JPS6239598A - 標識付けした核酸 - Google Patents

標識付けした核酸

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JPS6239598A
JPS6239598A JP61191191A JP19119186A JPS6239598A JP S6239598 A JPS6239598 A JP S6239598A JP 61191191 A JP61191191 A JP 61191191A JP 19119186 A JP19119186 A JP 19119186A JP S6239598 A JPS6239598 A JP S6239598A
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 本発明は、核酸の、同位体(アイソトープ)を用いない
標識付けに関する。
従来の技術 核酸の標識付けは医学および研究の両方における多くの
分析目的のために必須である。例えば、このような標識
付けした分子は、複雑な細菌群の中で、特殊な細菌の遺
伝子の単一コピー(copy)の存在を検出するために
使用することができ、こうして感染の迅速な診断を行な
うことができる。伝統的に、こうした標識付けは、放射
性をもつように傳識付けられたヌクレオチドを、DNA
Jリメラーゼを用いて核酸内に、酵素により組み入れる
ことを包含していた。
同位体を用いない核酸の標識付は法も存在する。
このような方法の一つは、核酸内へのビオチンで標識付
けたヌクレオチドの組み入れを要する。
〔ランジャー(Langer)外、プロシーデインダス
・オブーナショナル・アカデミ−・オプeサイエンシー
ズ(PrOceedings of NatiOnal
 Aca、demyOf 5ciences)+  7
8.6633. 1981)。この標識付けした核酸の
、フィルターに結合された標的DNAへのハイブリッド
形成(交IA)後に、これを比色法による検定により検
出することができる(1983年9月2日にランデス(
Landes)が出願し、本出願人と同一人に譲渡され
た、USSNSSN第525芳44 アヒシンとの複合体の形成;下記酵素がアビジン更複合
するための、ビオチンで標識付けした酵素の添加;およ
び比色法基質の添加による酵素の検゛出;を含む。
本発明は、アクリジンエステル類または発光ランタニド
で標識付けしたポリヌクレオチドを提供する。これらの
q識付けしたポリヌクレオチドは、相同のポリヌクレオ
チド配列の直接検定の手段を与える。
アクリジンエステル類〔キャンプベル(C姐pbell
)外、ヨーロッパ特許第0082636号〕または発光
ランタニド〔ヘミン(Hemmila) 、ヨーロッパ
特許第0064484号〕、最も好ましくはユーロピウ
ム、テルビウムまたはサマリウムをポリヌクレオチドに
くみ入れることにより同位体を用いないで標識づけられ
たポリヌクレオチドを合成する方法は、一般に、官能化
試薬のこのポリヌクレオチト9への組み入れ、およびこ
れに続くアクリジンエステル、発光ランタニド、または
発光ラン。
タニドキレートのこれらの試薬への結合を包含する。こ
れらの官能化試薬は、化学的または酵素的て組み入れる
ことができる。一つの具体化では、シトシンの同族体が
ポリヌクレオチド9の合成の間に化学的に付加され、別
の具体化では、単一または二重鎖の鋳型(テンプレート
)から合成されるポリヌクレオチド内に、例えば三リン
酸化塩基の同族体を組み入れるのにD N A $ +
)メラーゼが使用される。このような三リン酸化塩基の
例を下に示す: ○HX 式中、XはHまたはOHであり、zくn<−toである
。もう一つの方法には、先に標識付けたヌクレオチドま
たはポリヌクレオチドを、例えばカルボジイミド結合(
coupl工ng)によシ存在するポリヌクレオチドへ
共有結合させる方法が包含される。
標識付けしたポリヌクレオチドは、酵素または酵素基質
の添加を必要とすることなく、ニトロセルロースのよう
な適当な媒体上のRNAまたはDNAの相同配列の直接
検出のための標準法に使用することができる。
本発明のその他の特徴および利点は、以下に示すその好
ましい具体化の説明および特許請求の範囲から明らかで
あろう。
構造 「ポリヌクレオチド」という語は、2またはそれ以上の
ヌクレオチビ塩基対を含有するヌクレオチド配列を指す
。これらは、鋳型なしで化学的に、または単一または二
重鎖のボ゛リヌクレオチド鋳型を用いて酵素により合成
することができ、あるいは、ゲノム、プラスミL” (
plasmiJ ウィルス、またはその他のベクター中
に遺伝子または遺伝子の部分として存在する天然配列か
ら誘導することができる。本発明に従えば、ポリヌクレ
オチドは1またはそれ以上のアクリジンエステル基また
は発光ランタニド9を用いて標識づけられる。
アクリジンエステル アクリジンエステルおよびこれらの合成は、キャンプベ
ル(Campbell)外(前述)、マクカプラ(Mc
Capra) 外の英国特許第1,461,877号お
よびシーハン(Sheehan)の米国特許第3539
574号に記載されておシ、これらは両者ともここで参
照されている。
本発明に有用なアクリジンエステルは、一般式:(式中
、Tは、サルファイド基、アミド基まだは1またはそれ
以上のヒドロキシル基、を含有シテいてもよい飽和また
は不飽和脂肪族鎖である)を有する。Tの長さは、相同
ポリヌクレオチドのハイブリット9形成を有意には妨げ
ないようなものでなくてはならない。好ましくは、Tの
脂肪族鎖中の炭素原子の数は1−10であシ、最も好ま
しくは、2から5までである。Aは離脱基である。好ま
しくは、Aは: である。
発光ランタニド 発光ランタニドは一般に、キレートとして使用される。
ランタニビキレートの例は、ヘミ2(HemmilaX
前述)、ヒント、シュア(Hindshure)外のヨ
ーロッパ特許第0068875号、ソイニ(Soini
)  外の米国特許m4374t2o号;フランク(F
rank) 外の米国特許第4.283382号;フラ
ンク(1’rank)外の米国特許第425Q313号
;ウイーダー(Wieder)外の米国特許第4,35
2,751号;ウイーダ−(wiaer)外の米国特許
第4,432,907号;およびソイニ(Soini)
  外のヨーロッパ特許第0103558号;に示され
ており、上記のものはここで参照されている。本発明で
使用されるキレート化剤は、次の性質を有していなくて
はならない:(a)分子の一端は発光ランタニドをキレ
ート化することができなくてはならず、そして(b)分
子の他端は、ポリヌクレオチド配列上のアミン、アミノ
プロピルまたは他の反応基と共有結合することができる
基を有していなくてはならない。一般に、これらのキレ
ート化剤は、下記(A)、 (B)の2構造の1つを有
している; (A) 〔式中、2は、 (a)  N=C=8 。
(C)  ”31 (ここで1<n<10.) (ここで1≦n<10.) または (gJ−CH−C−CH2−W  (ここでWはハロゲ
ン、好ましくは臭素である);αD であり、Yはポリアミノカルボキシレート配位子、好ま
しくは、 または (ここでn、mおよびpの各々は別個に、2−4である
) である〕;または (B)  構造 ここで2≦n(10そして2≦rn < 4のDTPA
Ao (勾に示されたキレート化剤は、一般的にヘミラ(He
+nm1la)外、〔アナリテイカル・バイオケミス 
ト リ イ (Amalytical  Binche
mistry)  l  37  :335.1984
)に記載されているように、市販品として入手できる化
合物から合成することができる。DTPAA  (上記
Bに示されている)の合成は、エムΦビー・ベイリイ(
M、P、Ba1leY)  外、アナリスト(Anal
yst)、 109.1449.1984に示されてい
る。ポリヌクレオチドヲ、Zが上記式〇〇に示された通
りであるキレートで標識付けしようとするときは、この
ポリヌクレオチドは、キレートが結合できるようにする
ために、まずアミノチオランと反応させねばならない。
合成 官能基の導入 標識付けされるべきポリヌクレオチドは、最初に、アク
リジンエステルと反応することができるアミノプロピル
または第一アミン基のような反応基、または発光ランタ
ニドをキレート化することができる成分1またはそれ以
上の導入により官能化しなくてはならない。このような
官能基は、次にポリヌクレオチドの化学的または酵素的
合成に使用されるヌクレオチドに結合させることができ
る。別法として、官能基を、存在するポリヌクレオチド
に化学的に結合させることもできる。
モツク(M○ck)により記載された(1985年5月
15日に出願され、本出願人と同一人に■渡された米国
特許出願筒734,323号、これによって参照されて
いる)もののような塩基同族体を、通常の塩基の代りに
、ポリヌクレオチドの合成の間に組み入れることができ
る。これらは、分子の末端に組み入れられ、次に続く塩
基を必要に応じて加え得るものであり、そしてアクリジ
ンエステルまたは発光ランタニドキレート化化合物を結
合させることのできるアミノプロピル基、または発光ラ
ンタニドを直接キレート化するのに使用することができ
る基を導入する役目を果す。このような同族体の一般構
造を下に示す: 式中、Dはあらゆる保護基、好ましくは447−ジメト
キントリチル基であり、Gは他のヌクレオチドへの化学
的結合を可能にする基、例えば:であり、Jはアクリジ
ンエステルまたはランタニドキレート化化合物と反応す
ることができるか、または発光ランタニド9をキレート
化することのできる基である。Jの例は: (a)  −HN(CH) NHCOCF’   ここ
で1≦n<10゜2 n      3′ および(c) である。
ホIJヌクレオチビを官能化するには、後の2つの例(
bおよびC)を、合成ポリヌクレオチドへの組み入れ後
に塩基によって加水分解しなくてはならない。このよう
な反応は、結果的に、構造二〇 0−P−0 (ここで、lおよびmばOまたは正の整敬であり、kば OHOH または の、d +)ヌクレオチドを形成することになる。発光
ランタニドは直接、これらの後者の化合物にキレート化
されることができる。
このような化学的に合成された官能化d IJヌクレオ
チビの例は、自動化された亜リン酸塩合成によシ、合成
33塩基対ポリヌクレオチドの両末端にC−4アミノプ
ロピル−変形されたシチジンが組み入れられているもの
である。このようなポリヌクレオチド9は、次式: %式% の構造を有している。
酵素によるポリヌクレオチド合成 下に示したもののような、反応性またはアミン官能性を
有する変形されたヌクレオチ)” [o1族体を、単一
または二重鎖の鋳型を利用して、ポリヌクレオチド標識
付けの間に、通常の三すン酸化ヌクンオチド塩基の代り
に組み入れることができる。このような三すン酸化ヌク
レオチビの例は:(ここでXはH(DNA)まだは0H
(RNA)であり、2≦n≦10) である。
このような酵素法の例には、DNAアーゼIを加えるか
または加えないで、DNAポリメラーゼを用いる二重鎖
DNAのニックトランスレーション(nick tra
nslatiOn) ; D N AポリメラーゼI(
フレノウ断片)を用いる二重鎖領域からの単一鎖DNA
のゾライマ−(primer)伸長;DNAの末端デオ
キシトランスフェラーゼテーリング(taning);
または糖成分上に2′および3′ヒドロキシル基を有す
る同族体および二重鎖領域を滲なう単一鎖DNA祷型に
ついてのRNAポリメラーゼの使用〔マニアテイス(M
aniat、is)外、1982モレキユラー・クロー
ニング(MolecularCunning) 、ア・
ラボラトリイ・マニ二アル ゛(A Labnratn
ry Manual)、コールド・スプリング+1 ハ
ーバ−研究所(Cold SpringHarbarL
abnratnry) 、 ニュー ヨーク州、コール
)”@、Xプリン/拳ハーバー2私書箱100);が含
まれる。
存在するポリヌクレオチドの官能化 ポリヌクレオチドは、例えば、BSPSE  (ランデ
ス(Landes ) * 前述〕を用いる、主にアデ
ニンおよびシトシン残基でのアルキル化によって化学的
に変形されることができる。別法として、先に標識付け
したポリヌクレオチドまたはポリリジンは、例えば、カ
ルボジイミド結合〔・・ロラン(Hallnran)外
、ジャーナル・オメ・イムノロシイ(Jr+urnal
 nf 工mmunnlogy)、 96 : 373
゜1966)  を用いて、第二のポリヌクレオチドに
共有結合により結合させることができる。ポリリジンは
また、ここに参照されているワード’(Ward)のヨ
ーロッパ特許第0063879号によシ記載されている
ように標識付けの前にg IJヌクレオチビの51末端
に結合させることもできる。
アクリジンエステルの付加 1またはそれ以上の反応性第一アミン基を用いて官能化
されたポリヌクレオチド9は、下記の実施例に示すよう
に、アクリジンエステルで容易に標識付けされる: 実施例 ポリヌクレオチドの標識付けの前に、アクリジンエステ
ルのは下に示すようにして合成されるニアクリジン−9
−カルボ/r1!(870rn9)を塩化チオニル(l
 OmJ)に加え、混合物を3時間油浴中で還流させる
。この反応混合物を回転蒸発器上で真空蒸発させ、転像
残留物を60℃よシ低温に加熱しながら無水ピリジン(
50m/)中に再溶解させる。この溶液を水浴中でl”
Lぼ20℃に冷却した。p−ヒドロキシフェニルプロピ
オン酸n−ヒドロキシこはく酸イミビエステル(1g)
を無水ピリジン(lO+++/)に溶解させ、かくはん
しながら、上記のアクリジン−9カルボン酸塩化物−ピ
リジン溶液に加える。この反応混合物を15−30℃で
ほぼ30分間かくはんした後、かくはんしながら氷水(
250rd”)中に注ぐ。この混合物を分液ロート中に
移して酢酸エチル(250xt)で抽出する。有機相を
分離し、無水硫酸す) IJウム上で乾燥させ、濾過し
て、真空蒸発させる。残留物を無水トルエン(50r)
)から3回蒸発させて、無水ジメトキシエタン(5OW
l)に再溶解させる。こうして得られる溶液を、光線を
通さない容器で約15時間15−30℃に置く。この保
温中に形成されるすべての沈殿を濾去し、溶液をシリカ
ゲルカラム(300グラム)にかけ、溶離溶媒として酢
酸エチルおよびヘキサン(2:1)の溶液を用いてフラ
ッシュクロマトグラフィー〔ダブリュー・シー・ステイ
ル(W、C,5till)外、ゼネラルφオプ・オーガ
ニック・ケミストリイ(General nf Org
anic Chemistry)(1978) 。
第43巻、2923)によシ精製する。純粋な分画を合
わせて、テフロン(Tsflnn) 47 trys 
0.45μmフィルターを通して清適し、真空蒸発させ
る。
収率はほぼ36%である。これを無水クロロホルム(2
5+、xl )に再溶解させ、混合物にフルオルスルホ
ン酸メチル(1,1m1)を加えて、15−30℃で約
20時間かくはんする。形成される沈殿を濾去し、無水
トルエンで3回すしてジメトキシエタンで2回洗浄する
。乾燥させた結晶を乾燥させ、−20℃で光から保護し
て貯蔵する。最終的な収量は、純粋なアクリジンエステ
ル123 )1ぼ556■である。
官能化DNA(構造(22に示されたように両端を第一
アミン基で官能化されだ33塩基対の、l IJヌクレ
オチビ)100μ9を、水(190μl)、NaC1(
5M溶液toμl)およびNaHCO3(5チ溶液25
μl)と混合する。0,10および20分で、アクリジ
ンエステル(2り(ンメチルホルムアミビ中の60μM
原液83μl)を加える。
さらに10分後に、Na(J (200mM)を含有す
るクエン酸塩(100mM溶液500A7.pH5,5
)を加える。こうして得られる標識付けしたポリヌクレ
オチドを、Na(J(200mM)を廿有するクエン酸
塩(l OOmM、  pE(5)で平衡させたセファ
デクス(Sephadex)G 25カラム上で精製し
た。
1          u ポリヌクレオチド鎖 のポリヌクレオチドゝが得られる。
■ま光はそれ以上のアミノプロピル基で官能化されたポ
リヌクレオチド〔モツク(Mnck) 外、前述、参照
〕を、発光ランタニドがこのポリヌクレオチげに結合す
ることができるように、発光ランタニドヤレートと混合
する。例えば、ポリヌクレオチド50μ9(構造器に示
されている)を、トリエチルアミン(5μ9)および式
: のユーロピウムキレート(315μ9.硼酸ナトリウム
緩衝液0.2 M、  p)19.5に溶解させたもの
)と混合して、15°−30℃に3時間放置する。
この標識付けしたポリヌクレオチドを、硼酸ナトリウム
(0,1M、pH8,0)で平衡させたセファデクス(
Sephadex)  G 50−80カラム上で精製
し、必要があれば、移動相として酢酸トリエチルアンモ
ニウム(0,1M、  pH7,0)  およびアセト
ニトリルの混合物を用いる逆相HPLCによシ゛さらに
精製する。この方法によれば、構造:■ のポリヌクレオチドが形成される。別の出発キレートを
使用すると、上記の方法で構造:Q−NH−[(−L または Q−NH−C−L NH (ここでl≦n<i o ) または Q、−NH−C−(CH2)n−L(ここでl
≦n≦10) またば Q−1(H−CH2TCH2−L(ここでQは
ポリヌクレオチドであり、Lば である) (ここでl≦n≦10) CH−Co  − (E u3 + )   OH 罰 ■ または 2〈尤<10.) のポリヌクレオチドが形成されることになるであろう。
検出 標的ホIJヌクレオチドへの標識付けされたポリヌクレ
オチビプローブのハイブリット9形成は、ポール(Pa
ll)ナイロンフィルターまたはそれらの同等物に関す
る標準方法〔マニアテイス(Mania−tis)外、
前述〕Kより実施した。結合された発光ランタニドで標
識付けしたポリヌクレオチドは、LKB蛍光計による時
間分割蛍光を使用して測定“°これは試料中の標的yN
 +)ヌクレオチドの尺つる0シグナルの強化は、標識
付けしたフィーにLKB”強化1溶液を加えることによ
つ1することができる。
アクリジンエステル 1されるべき試料のホIJヌクレオチドは、標二よって
普通にニトロセルロースフィルターボさせられた後、次
のようにハイブリッド形成させられる: これらのフィルターは、フィルタ−1立方センチメート
ルあたり100μlの予備ハイブリッド緩衝液を用いて
、48℃で2時間予備ノ・イズリツ1した後、48℃の
アクリジンエステルで標識付けしたオリゴマープローブ
(1dあたり50℃g)を含む緩衝液中で、遮断剤とし
てメチル硫酸メトキシフェナジンを用いるかまたは用い
ないで、2時間ハイブリッド形成させる。この予備ハイ
ブリッドおよびハイブリッド形成緩衝液は、塩化テトラ
メチルアンモニウム(0,9M)、クエン酸ナトリウム
(50mM)、デフ ハーノ(Denhar ts )
(5X)、5DS(Q、1%)、ピロリン酸ナトリウム
(0,1% )、および大腸菌(E、cnll) tR
NA(50η/罰原液L m、lあたり2μl)より成
っている。次にフィルターを15−30℃で、クエン酸
ナトリウム(l OOrn!J、  pH6,5)を含
有する塩化テトラメチルアンモニウム(0,9M ’)
中で4回5分間洗浄する。次に、ポリヌクレオチドが結
合されている領域を切り取って、12X47++L!n
プリスチレン管に入れた酢酸ナトリウム(10mM。
pH4,75のもの50−)で処理する。試料を、注入
試薬として過酸化水素(0,1% )を含有するNaO
H(0,l Mのもの10(it/)を用イーC、ベル
トールド(Bertbnld) 9500 T光子計数
装置で、化学発光ングナルについて測定する(ピーク領
域積分型)。得られる形を、ポリヌクレオチドを含まな
かったフィルターから得られたものと比較する。遮断剤
試薬は、非特異結合を消去する。
その他の具体化は前記の特許請求の範囲内にある。

Claims (13)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)ヌクレオチドまたはポリヌクレオチド中にアクリ
    ジンエステルまたは発光ランタニドを組み入れることよ
    り成る、アイソトープを用いないで標識付けしたヌクレ
    オチドまたはポリヌクレオチドを合成する方法。
  2. (2)アクリジンエステルが構造: ▲数式、化学式、表等があります▼ (式中、Tは、飽和脂肪族鎖、不飽和脂肪族鎖、サルフ
    ァイト基を含有する脂肪族鎖、アミド基を含有する脂肪
    族鎖、2つのヒドロキシル基を含有する脂肪族鎖から選
    択され、Aは離脱基である) を有する、特許請求の範囲第1項に記載の方法。
  3. (3)発光ランタニドが、式(1)または(2):▲数
    式、化学式、表等があります▼(1) 〔式中、Zは、 (a)N=C=S、 (b)▲数式、化学式、表等があります▼(ここでWは
    ハロゲンである)、 (c)▲数式、化学式、表等があります▼ (d)N_3 (e)▲数式、化学式、表等があります▼ (ここでVはアルキル基またはフェニル基であり、1≦
    n≦10) (f)▲数式、化学式、表等があります▼(ここで1≦
    n≦10)および (g)▲数式、化学式、表等があります▼(ここで1≦
    n≦10); から選択され、そしてYは (a) ▲数式、化学式、表等があります▼ および(b) ▲数式、化学式、表等があります▼ (ここでn、mおよびpは各々別個に2−4である) から選択される〕; ▲数式、化学式、表等があります▼(2) (ここで2≦n≦10および2≦m≦4) の化合物でキレート化されているものである、特許請求
    の範囲第1項に記載の方法。
  4. (4)A成分が次式: ▲数式、化学式、表等があります▼ の構造を有している、特許請求の範囲第2項に記載の方
    法。
  5. (5)アクリジンエステルまたは発光ランタニドで標識
    付けされた第一ヌクレオチドまたは第一ポリヌクレオチ
    ド。
  6. (6)ランタニドがユーロピウム、テルビウムまたはサ
    マリウムである、特許請求の範囲第5項に記載の第一ヌ
    クレオチドまたは第一ポリヌクレオチド。
  7. (7)ユーロピウムをキレート化することができる基で
    標識付けされたヌクレオチドまたはポリヌクレオチド。
  8. (8)キレート団が、 ▲数式、化学式、表等があります▼ または ▲数式、化学式、表等があります▼ または ▲数式、化学式、表等があります▼ または ▲数式、化学式、表等があります▼ (ここでn、mおよびpは各々別個に2−4である) または ▲数式、化学式、表等があります▼ (ここで2≦m≦4) である特許請求の範囲第7項に記載のヌクレオチドまた
    はポリヌクレオチド。
  9. (9)アクリジンエステルが、第一ヌクレオチドまたは
    第一ポリヌクレオチド上のアミン基に化学的に結合して
    いる、特許請求の範囲第6項に記載の上記第一ヌクレオ
    チドまたは第一ポリヌクレオチド。
  10. (10)下記アミン基を包含する第二ヌクレオチドまた
    は第二ポリヌクレオチドを下記第一ヌクレオチドまたは
    第一ポリヌクレオチドに化学的にまたは酵素を用いて結
    合させることにより、アミン基が第一ヌクレオチドまた
    は第一ポリヌクレオチドに導入されたものである、特許
    請求の範囲第9項に記載の第一ヌクレオチドまたは第一
    ポリヌクレオチド。
  11. (11)ヌクレオチドまたはポリヌクレオチドがユーロ
    ピウム、テルビウムまたはサマリウムにキレート化され
    ている、特許請求の範囲第8項に記載のヌクレオチドま
    たはポリヌクレオチド。
  12. (12)ヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを化学的
    に変形し、アクリジンエステルまたは発光ランタニドを
    この変形されたヌクレオチドまたは変形ポリヌクレオチ
    ドに結合させることより成る、特許請求の範囲第1項に
    記載の方法。
  13. (13)上記変形が、上記ヌクレオチドまたはポリヌク
    レオチドの塩基のアルキル化である、特許請求の範囲第
    12項に記載の方法。
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