JPH08500722A - ポリヌクレオチド固定化担体 - Google Patents
ポリヌクレオチド固定化担体Info
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Abstract
(57)【要約】
本発明は、不溶性担体とその不溶性担体に固定化されたヌクレオチドを含むヌクレオチド固定化担体を提供する。このポリヌクレオチドは、mRNAのポリアデニル酸テイルに相補的な配列を少なくとも一つ含む。このヌクレオチド固定化担体は、センス及びアンチセンスcDNAや一本鎖cDNAの合成を含む種々の方法に有用である。このヌクレオチド固定化担体は、また、センスおよびアンチセンスmRNAの合成にも有用である。更に加えて、このヌクレオチド固定化担体は、ベクターにcDNA配列を一定の方向で挿入する改良法も提供する。本発明は、また不溶性担体にポリヌクレオチドを結合する新しい方法も提供する。
Description
【発明の詳細な説明】
ポリヌクレオチド固定化担体発明の背景
大部分の生物は、遺伝情報がDNAの形で保存されている。このDNAはメッ
センジャーRNA(mRNA)に転写され、次いで、このmRNAはタンパク質
に翻訳される。真核細胞においては、ゲノムDNAが成熟mRNAにプロセシン
グされるときに、通常、いくつかの遺伝情報の欠落が起こる。この欠落はイント
ロン/エキソン、すなわち、RNAスプライシングもしくはタンパク質のプロセ
シングによって起こる。したがって、タンパク質構造の遺伝的基礎はゲノムDN
AよりもむしろmRNAを使って研究するほうが有利である。
しかし不幸なことに、mRNAは非常に不安定で、種々のリボヌクレアーゼ(
RNA分解酵素、以下、RNaseという。)により、容易に分解を受け、実験
が困難である。そこで、多くの研究者達は、mRNA分子のDNAコピー(cD
NA)を研究の材料に使ってきた。これらコピーは、ターゲットのmRNAを鋳
型として、一本鎖DNAを生産できるレトロウィルスから分離された逆転写酵素
を用いてつくる。
二本鎖DNA(ds−cDNA)は一本鎖cDNA(ss−cDNA)よりも
一般的には安定である。DNAポリメラーゼを用いて、ss−cDNAをds−
cDNAへ変換する方法は、この技術分野でよく知られている。ds−cDNA
上に貯えられた遺伝子情報は、種々のプロトコールで、例えば、ds−cDNA
を発現ベクターに挿入し、次いでこの組換えベクターを種々の細胞に導入して、
利用される。これらのベクターに存在するプロモーターや制限部位は、ds−c
DNAの転写及び翻訳の研究の道具として利用できる。
ポリペプチドをコードする配列を含むmRNA(すなわち、センスmRNA)
の転写に関与するベクターのプロモーターの利用に加えて、相補的cDNA鎖か
ら転写されたアンチセンスmRNAをつくることもできる。アンチセンスmRN
Aは、タンパク質の生物学的機能や、その作用が未だ知られていないmRNAを
理解する有用な道具である。アンチセンスRNA分子はターゲットmRNAと共
にアニールさせ、翻訳を阻害することによって、特異的タンパク質の生産をブロ
ックする。それゆえ、この型の翻訳阻害は種々の病状に関連するいろいろな遺伝
子産物の研究に重要であろうと容易に想定される。
ss−cDNAは、DNAポリメラーゼの触媒作用によるds−cDNAの合
成の基礎として使用されるほか、ポリメラーゼ・チェイン・リアクション(以下
、PCRという。)の鋳型として使用できる。この方法で、反対向きの複数のヌ
クレオチド・プライマーと熱安定性DNAポリメラーゼを用いて、特異的な遺伝
子配列を迅速に増幅できる。アニーリングとDNA合成のサイクルを繰り返すこ
とにより、ターゲット遺伝子のコピーが速やかにつくられる。こうして、センス
ss−cDNAは、それに対応するds−cDNAのセグメントを特異的に増幅
させるため使われる。
現在知られている、ds−cDNA生産の一つのプロトコールは、Sambrookら
の「モレキュラー・クローニング 実験マニュアル、第2版」(Cold Spring Ha
rbor, NY, 1989) (以下、「モレキュラー・クローニング」という。)に記載
された液相法がある。このマニュアルを完全に開示するため、参考文献がここに
取り込まれている。液相法では、アンチセンスss−cDNAは、mRNAから
逆転写酵素の作用、それに続くRNaseによるmRNA分解によってつくられ
る。ds−cDNAは、DNAポリメラーゼを用いて、残ったアンチセンスss
−cDNAからつくられる。逆転写酵素に続くDNAポリメラーゼ反応は、逆転
写酵素が自己プライミングするループ構造をその3’末端にもつss−cDNA
を残していくので、特異的プライマーを必要とはしない。
液相法では、生じたds−cDNAは分子の方向を決定するマーカーが含まれ
ていない。したがって、新しくつくられたds−cDNAクローンは、その50
%が転写方向が誤っているであろうから、容易にはクローニング・ベクターへ挿
入できない。それゆえ、ベクターへ正しい方向で挿入し、mRNAを迅速にクロ
ーニングする方法が、望まれている。
ss−cDNAあるいはds−cDNAは、固相を用いることによってもつく
られる(I.Raineri et al., Nucleic Acids Research, 19:4010, 1991)。固相
法では、通常、多孔性ビーズに固定されたポリデオキシチミジル酸(ポリdT)
がmRNAのポリアデニル酸(ポリA)テイルと相補し結合する。次いで、アン
チセンスss−cDNAが、結合されたmRNAから逆転写酵素によってつくら
れる。鋳型のRNAが消化分解されたのち、第2のcDNA鎖がDNAポリメラ
ーゼによって合成される。生じたds−cDNAは、ビーズに固定化されたアン
チセンス鎖をもっている。
しかし固相法においては、ds−cDNA産物は不溶性担体から切り離すこと
ができない。この問題を避けるためには、ds−cDNA産物を加熱し、担体に
固定されたds−cDNAからss−cDNAを遊離させ、このss−cDNA
を用いて、ds−cDNAがPCRで合成される。しかし、これは反応にもう一
つのステップが加わることを意味し、PCR反応ごとに適当な一揃いのプライマ
ーが必要となる。
それゆえ、単離されたmRNAから、結合型ではないds−cDNAクローン
を創る単純な方法が要求されている。本発明の方法は、結合型ではなく、方向性
が正しい、クローン創生可能な産物を有利に提供するであろう。
また、cDNAクローンからmRNAを合成できる種々の方法も知られており
、その一つは液相法である(S. Shichijo ら:J. Neurosci. Res., 30:316-320,
1991)。この方法においては、RNAプロモーターをもつベクターにds−c
DNAが挿入される。ベクターは次いで、制限酵素で消化されて直鎖状となり、
RNAポリメラーゼの作用でmRNAが合成される。合成されたmRNAは、鋳
型DNAを除去するためDNaseで処理される。必要ならばこのとき、新たに
合成されたRNAの末端に、ターミナル・トランスフェラーゼ及びdATPを用
いてポリアデニル酸テイルが付加される。
mRNAの固相合成法もまた、よく知られている。その一つは、Hironori Ter
ada(寺田博之)らの「固定化DNAによる転写の動的解析」(Biophysics(生
物物理)、31:49-52、1991)に書かれている。この方法では、DNA配列が制限
酵素によってバクテリオファージ・ラムダのゲノムから消化されて、粘着末端を
もつランダムDNA断片が生じる。これをT4DNAポリメラーゼを用い、ビオ
チン化dUTPによって粘着末端を満たし平滑化する。T4DNAポリメラーゼ
によ
るDNA合成のあいだ、ビオチン化dUTPがハイブリダイズするように、むき
出しのdAヌクレオチドをもつ粘着末端が残るように、制限酵素が選ばれる。ラ
ンダム配列が次に、アビジンをもつアクリルアミド担体に固定化される。mRN
Aが天然のラムダ・プロモーター配列をもつ配列から、T7RNAポリメラーゼ
又はSP6RNAポリメラーゼを用いて、合成される。この系は、バクテリオフ
ァージ・ラムダにおける転写の速度論的解析の研究のため設計されたものである
。
mRNAの液相及び固相合成法はいずれも、欠点をもっている。液相合成法は
、RNAプロモーター含有のベクターの使用が必要な上、挿入の後はベクターは
、直鎖状の配列に変換されなければならない。固相合成法は、いつも完全な遺伝
情報を提供するとは限らない。なぜなら、この情報は固定化されたゲノムDNA
の情報であってmRNAの情報ではないからである。それゆえ、改良されたmR
NAの合成方法が望まれている。
Stammらは、固相担体にアミノ結合を介して共有結合されたオリゴヌクレオチ
ドは、PCRの実験に便利に使用できると述べている(Nucleic Acids Res., 19
:1350, 1991)。しかし、Stammらが述べているテクニックは、cDNAやRNA
の生産を特異的に提供するものではない。そのうえ、担体に共有結合されたオリ
ゴヌクレオチドを除くメカニズムについては何ら提供されていない。発明の概要
本発明は、遺伝子の保存や分析に有用なポリヌクレオチド固定化担体、そのポ
リヌクレオチド固定化担体を用いる遺伝子の保存方法、並びに、ss−cDNA
、ds−cDNA、センスmRNAもしくはアンチセンスmRNAの製造方法に
関する。
本発明のひとつの局面は、不溶性担体とその担体に固定されるポリヌクレオチ
ドを含むポリヌクレオチド固定化担体を提供することである。ここで固定される
ポリヌクレオチドは、少なくとも、mRNAのポリAテイルに相補的なひとつの
配列を含む。このポリヌクレオチド固定化担体は、ds−cDNAの製造や、ま
たセンスもしくはアンチセンスcDNAの製造を含む、いろいろな方法に有用で
ある。このポリヌクレオチド固定化担体は、また、センスもしくはアンチセンス
mRNAの製造にも有用である。更に、このポリヌクレオチド固定化担体は、c
DNA配列をベクターに方向性正しく挿入する改良法も提供する。本発明は、ま
た、不溶性担体にポリヌクレオチドを結合する新しい方法も含んでいる。
本発明は、mRNAのポリAテイルに相補的な配列、例えばオリゴdT、を含
むポリヌクレオチドに焦点を当てている。本発明のひとつの好ましい局面におい
ては、このポリヌクレオチドは、更に制限酵素の認識サイト及びmRNAのプロ
モーター配列を含むことができる。ポリヌクレオチドは、通常、マイクロタイタ
ープレートのような不溶性皿に固定される。本発明のひとつの好ましい形態にお
けるマイクロタイタープレートは、少なくとも、二つのウェルをもち、各々には
異なるポリヌクレオチドが固定される。本発明のポリヌクレオチド固定化担体は
、全体長さをもつds−cDNA、センスもしくはアンチセンスss−cDNA
、及びセンスもしくはアンチセンスmRNAの製造に使用できる。更に、ポリヌ
クレオチド固定化ss−cDNAは長期に安定であって、ds−cDNA又はm
RNAの製造に何度もこれを繰り返して使用できる。
本発明のひとつの実施態様は、不溶性皿、好ましくはマイクロタイタープレー
トにポリヌクレオチドを固定化させた、ポリヌクレオチド固定化担体である。固
定化されたポリヌクレオチドは、少なくとも、mRNAのポリAテイルに相補的
なひとつの配列、例えば、ポリdTを含む。あるひとつの好ましい実施態様にお
いては、このポリヌクレオチドは、少なくともひとつの制限酵素サイトを含む。
更に好ましい実施態様では、このポリヌクレオチドは、制限酵素サイトに加え、
RNAプロモーターをもっている。本発明のもうひとつの実施態様は、少なくと
もひとつのRNAプロモーターを含む不溶性担体に、好ましくはポリヌクレオチ
ドを結合させた、ポリヌクレオチド固定化担体である。最も好ましい実施態様は
、T7もしくはSP6RNAプロモーターのいずれかを含むものである。
本発明の別の実施態様は、不溶性担体と、少なくともひとつの制限酵素サイト
を含む固定化されたポリヌクレオチドから成る、ヌクレオチド固定化担体である
。好ましい制限酵素は、EcoRI、NotI、SmaI及びSalI等である
。好ましいポリヌクレオチドの配列はSEQ ID NO:(配列番号)4、13又は14
である。好ましい実施態様では、固定化ポリヌクレオチドは30〜100ヌクレ
オ
チドの長さである。
本発明の更に別の実施態様では、不溶性担体、好ましくは不溶性皿と、それに
結合されたds−cDNAから成るds−cDNA固定化担体の、そのds−c
DNAの少なくとも一方の鎖は、mRNAのポリAテイルに相補する配列を少な
くとも含んでいる。本発明の好ましい実施態様においては、ds−cDNAの少
なくとも一方の鎖は、RNAプロモーターをもっており、更に好ましくは、ds
−cDNAは少なくとも二つの異なるRNAプロモーターを含んでいる。もっと
好ましくは、これらのプロモーターは、T7もしくはSP6RNAプロモーター
である。ds−cDNA固定化担体の別の実施態様においては、少なくとも一つ
の制限酵素認識サイトは、その配列に組み込まれている。
本発明の別の実施態様は、ポリヌクレオチド、好ましくは、少なくとも一つの
RNAプロモーターをもつポリヌクレオチドを不溶性担体に結合させて得られる
、ds−cDNA固定化担体の製造方法である。このポリヌクレオチドは、好ま
しくはmRNAのポリAテイルに相補する配列を少なくとも一つもっており、ヌ
クレオチド固定化担体を形成する。そこへ、細胞溶解液のようなポリAテイルの
mRNA含有溶液を加え、mRNAのポリアデニル酸テイル(ポリAテイル)を
固定化ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズさせ、更に好ましくは、担体と溶
液をインキュベートすると、最初の液相及び固相が生じる。上記方法の更に好ま
しい実施態様においては、最初の液相はインキュベーションの後、除かれる。ハ
イブリダイゼーションののち、アニール処理されたmRNAに相補的なアンチセ
ンスcDNAがつくられ、次いで、センスcDNAがつくられる。
上記方法の更に好ましい実施態様は、最初の反応混合物に逆転写酵素、dAT
P、dCTP、dGTP及びdTTPを用い、固相と最初の反応混合物をインキ
ュベートすることを必要とする。インキュベーションののち、RNase、DN
Aポリメラーゼ、DNAリガーゼ、dATP、dCTP、dGTP及びdTTP
を含む第2の反応混合物が、液相に加えられる。そののち、固相をインキュベー
トし、第2の液相をつくり、そののち、この第2の液相を除去する。
本発明の更に別の実施態様は、ds−cDNA固定化担体をつくったのち担体
から液を除去し、ds−cDNA固定化担体を保存する、ds−cDNAの保存
方法である。
本発明の更に別の実施態様は、不溶性担体に固定化されたds−cDNAが更
にRNAプロモーターをもつように、ds−cDNA固定化担体を上記のように
してつくることにより、担体上にアンチセンスmRNAを製造する方法である。
プロモーターが転写を始めるような試薬を含むサンプル液を加えると、アンチセ
ンスmRNAが生産される。アンチセンスmRNAの好ましい生産方法では、担
体とサンプル液をインキュベートすることによって、最初の液相と固相をつくり
、次いで以下のステップで反応を始める。
1)固相に、RNAポリメラーゼ、ATP、CTP、GTP及びUTPと共に
、望ましくは、ラベルされたdNTP類の一つを含む反応混合物を加える。
2)液相と反応混合物をインキュベートし、次いで、固相と反応混合物を加熱
し、アンチセンスmRNAを含む液相をつくる。
そののち、液相を取得し、DNaseで処理することにより、反応をつづける
ことが望ましい。
本発明の別の実施態様は、固相担体上にセンスmRNAを以下のステップによ
って生産する方法に向けられている。
(a)mRNAのポリAテイルに相補する配列を少なくとも一つもっており、
RNAプロモーターを少なくとも一つもっており、更に制限酵素認識サイトを少
なくとも一つもっているポリヌクレオチドを、不溶性担体に結合させ、ヌクレオ
チド固定化担体をつくる;
(b)ヌクレオチド固定化担体にポリAテイルをもつmRNA含有サンプル液
を加える;
(c)mRNAのポリAテイルを相補塩基配列とハイブリダイズさせる;
(d)mRNAに相補的なアンチセンスcDNAをつくるため、鋳型としてm
RNAを用いる;
(e)アンチセンスcDNAに相補的なセンスcDNAをつくる。この際、d
s−cDNA分子は担体に固定されている;
(f)ds−cDNAに、二本鎖のアダプターを加える。この二本鎖アダプタ
ーは、不溶性担体に固定化されたポリヌクレオチドとは異なる第2のRNAプロ
モーター、及び不溶性担体に固定化されたポリヌクレオチド上の制限酵素認識サ
イトとは異なる第2の制限酵素認識サイトの、少なくとも一つを含んでいるもの
である。オプションとして、DNAリガーゼ及び二本鎖アダプター含有の反応混
合物を加えてもよい;
(g)第2の制限酵素認識サイトを認識する制限酵素で、ds−cDNAを消
化する;
(h)第2のRNAプロモーターを用いて、RNAを転写し、DNA/RNA
ハイブリッドをつくる。この反応は固相に、ATP、CTP、GTP、UTP、
及び第2のRNAプロモーターと反応するRNAポリメラーゼを加え、そののち
、固相と反応混合物をインキュベートし、DNA/RNAハイブリッドをつくる
。オプションとして、前記のdNTP類の一つがラベルされていてもよい。
(i)好ましくは加熱によって、DNA/RNAハイブリッドを解離させ、セ
ンスmRNAを含有する液相をつくる。液相をDNaseで処理してもよい。
本発明の他の実施態様は、以下の方法によるds−cDNAの製造方法に向け
られている。
1.ヌクレオチド固定化担体にポリAテイルをもつmRNA含有サンプル液を
加える;
2.サンプル液と担体をインキュベートし、第1の液相と固相をつくる;
3.第1の液相を除く。
4.逆転写酵素、dATP、dCTP、dGTP及びdTTPと共に、前記の
ラベルされたヌクレオチドを含む第1の反応混合物を、固相に加える;
5.第1の反応混合物と固相をインキュベートする;
6.RNase、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、dATP、dCTP
、dGTP及びdTTP含有の第2の反応混合物を固相に加え;そして
7.第2の反応混合物と固相をインキュベートする。
本発明の他の実施態様は、上記したような方法でds−cDNAをつくり、次
いで第2の反応混合物と固相を加熱する、センスss−cDNAの製造方法であ
る。このとき、センスss−cDNAを含む第2の液相が得られる。
本発明の他の実施態様は、上記したような方法でds−cDNAをつくり、次
いで第2の反応混合物と固相を加熱する、アンチセンスss−cDNAの製造方
法である。このとき、センスss−cDNAを含む第2の液相と、固相を含むア
ンチセンスss−cDNAが得られる。
本発明の他の同様な実施態様の一つは、上記したようなds−cDNA固定化
担体を用いる、センスcDNAの製造方法である。センスcDNAとアンチセン
スcDNAが液相で二本鎖cDNAを形成したのちに、そのds−cDNAは変
性され、液相が得られる。
本発明の他の同様な実施態様の一つは、センスss−cDNAの製造方法に向
けられている。この方法は、液相でのds−cDNA固定化担体の生産を含むも
ので、そこでは、ds−cDNA鎖の一方の鎖が不溶性担体に固定され、ds−
cDNA鎖の一方の鎖は、mRNAのポリAテイルに相補的な配列を少なくとも
一つ含んでいる。その後、ds−cDNA固定化担体を変性し、液相を得る。
本発明の他の実施態様の一つは、上記したように、ds−cDNA固定化担体
を製造することによる、アンチセンスss−cDNAの製造方法であり、そこで
は、センスcDNAとアンチセンスcDNAは液相で二本鎖を形成している。こ
のds−cDNAは、この方法で自由に選択して開裂できる制限酵素サイトを含
むほうが好ましい。ds−cDNAを変性させ、液相を除去し、得られる固相は
アンチセンスss−cDNAを含むであろう。
本発明の他の実施態様の一つは、ベクターに特定の方向性をもたせて、cDN
Aを挿入するcDNAベクターの操作方法である。一つの手順を以下に示す。
(a)上記したように、ds−cDNA固定化担体をつくる。そこでは、不溶
性担体に固定されたポリヌクレオチドには、第1の制限酵素認識サイトが付加さ
れて含まれている;
(b)そのds−cDNAに二本鎖アダプターを加える。この二本鎖アダプタ
ーは、不溶性担体に固定化されたポリヌクレオチド上の制限酵素認識サイトとは
異なる第2の制限酵素認識サイトを含んでいる;
(c)そのds−cDNAを、第1の制限酵素認識サイトを認識する制限酵素
、及び第2の制限酵素認識サイトを認識する制限酵素で消化して、第1の粘着末
端をもち、好ましくは更に第2の粘着末端をもつ、遊離型のds−cDNAを生
じ
させ;
(d)遊離型のds−cDNAを、第1の粘着末端に対して相補的配列をもち
、好ましくは更に第2の粘着末端に対しても相補的配列をもつベクターに挿入す
る。
本発明のもうひとつの局面は、表面にSH基をもつ不溶性担体に、少なくとも
一つのプリン塩基をもつ第1の一本鎖ポリヌクレオチドを、その第1の一本鎖ポ
リヌクレオチドに第2の一本鎖ポリヌクレオチドをハイブリダイズさせて二本鎖
コンプレックスを形成させるたのちに、これを固定化する方法に向けられている
。担体は第一級アミン化合物で任意に処理される。上記コンプレックスは、この
とき、プリン塩基を副反応から保護する。その後、第1のポリヌクレオチドの5
’を、好ましくは二本鎖コンプレックスを変性後に、マレイミド化合物と反応さ
せると、5’末端にマレイミド基をもつポリヌクレオチドが生じる。一つの任意
に選ばれるマレイミド化合物はスルフォ−SMCCである。反応が進むと、不溶
性担体に結合されたSH基に、第1のポリヌクレオチドの5’末端と反応したマ
レイミド基が結合する。
上記の不溶性担体へのポリヌクレオチドの固定化方法において、好ましい一つ
の実施態様では、不溶性担体上でアミン残基とスクシンイミジル−S−アセチル
チオ酢酸(SATA)を反応させ、反応コンプレックスを形成させることにより
、SH残基がアミン残基からつくられる。反応コンプレックスの脱アセチル化は
ヒドロキシルアミンで行われる。図面の簡単な説明
図1は、マレイミド法による不溶性担体上への第1のポリヌクレオチド・プロ
ーブの固定化手順を示す。
図2は、カルボジイミド法による不溶性担体上への第1のポリヌクレオチド・
プローブの固定化手順を示す。
図3は、本発明における、ポリヌクレオチド固定化担体からのセンスss−c
DNA、アンチセンスmRNA及びセンスmRNAの合成手順の原理を示す。
図4は、本発明による、合成されたGs蛋白のアンチセンスmRNA(A)及
びセンスmRNA(B)のアガロースゲル電気泳動のポラロイド写真を示す。
図5は、本発明における、ポリヌクレオチド固定化担体からのGs蛋白のss
−cDNAからの、PCRで増幅されたds−cDNAのアガロースゲル電気泳
動のポラロイド写真を示す。(A)、(B)及び(C)は、それぞれ同じプレー
トからの、第1、第2及び第3の合成を示す。
図6は、本発明による、ヒトの末梢血白血球からのjunオンコジーンの、P
CRで増幅されたds−cDNAのアガロースゲル電気泳動のポラロイド写真を
示す。
図7は、本発明による、ヒトの末梢血白血球からの種々の遺伝子の、PCRで
増幅されたds−cDNAのアガロースゲル電気泳動のポラロイド写真を示す。
(A)及び(B)は、PCRのアニーリングの温度がそれぞれ、45℃及び55
℃である。
図8は、本発明による、PCRで増幅されたGs蛋白のds−cDNAのアガ
ロースゲル電気泳動のポラロイド写真を示す。発明の詳細な説明 定義
よく知られた以下の略号を使用した。
A:アデニン
C:シトシン
G:グアニン
T:チミン
U:ウラシル
dATP:デオキシアデノシン三リン酸
dCTP:デオキシシチジン三リン酸
dGTP:デオキシグアノシン三リン酸
dTTP:デオキシチミジン三リン酸
本発明において、「不溶性皿」とは、オリゴヌクレオチドの通常の生産に使用
され、水性緩衝液もしくは溶液に不溶性の、窪みをもった、もしくは平らな担体
を意味する。本願で使用される不溶性皿は、液体を保持できるものが好ましい。
したがって、好ましい実施態様はマイクロタイター・ディシュ、プラスチック・
プレート又はナイロン膜であって、例えば、プラスチック・ビーズや他の不溶性
ビーズではない。
制限エンドヌクレアーゼ酵素で特異的に消化されるヌクレオチド配列は、ここ
では、「制限酵素認識サイト」として定義される。そのような認識サイトは数多
く知られており、ある与えられた配列は1以上の認識サイトを持っていることも
ありうる。例えば、その配列がNotIに対する認識サイトとEcoRIに対す
る認識サイトの両方を含むような場合である。
「RNAプロモーター」は、ここでは、RNAポリメラーゼにより認識され、
そこから下流にヌクレオチドの転写が始まるヌクレオチド配列を意味する。例え
ば、T7RNAプロモーター(SEQ ID NO:1)は下記に示される。
5’−AATACGACTCACTATAG−3’
別のもう一つのRNAプロモーターはSP6プロモーター(SEQ ID NO:2)で
、下記に示される。
5’−CATTTAGGTGACACTATAGAA−3’
「不溶性担体」とはここでは、本願発明の範囲内において操作するとき、操作
をしているあいだに使用溶液に実質的に溶解せず、また加熱過程で融解もしくは
溶解しない物質を意味する。そのような不溶性担体の例として、不溶性皿(プラ
スチック製マイクロタイタープレート、ガラス製マイクロタイタープレート、又
はナイロン膜を含む)があり、また、アガロースやプラスチック・ビーズも含む
。
本願発明において、センスmRNAとは遺伝情報と同等なmRNAを意味し、
一方、アンチセンスmRNAとはセンスmRNAに相補的なポリヌクレオチドを
意味する。センスss−cDNAは、センスmRNAの遺伝情報と同等な遺伝情
報を含んでいる。ただし、そのcDNAにおいては、mRNAのウラシルはチミ
ンに置き代わり、ヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチドであってリボヌクレ
オチドではない。
本発明で用いられる水は、その中のRNase活性を実質的に減少させるため
に、好ましくは、ジエチルピロカーボネート(DEPC)で処理される。水のD
EPC処理は、水に対してDEPCを0.1%加え、37℃で一晩インキュベー
ト後、オートクレーブすることにより行う。本発明の概観
本願発明を使用して、ds−cDNA、ss−cDNA、センス−mRNA及
びアンチセンスmRNAが迅速、かつ有利にマイクロタイター・プレートのよう
な不溶性皿(ID)の中で、固定オリゴヌクレオチド配列から合成される。この
システムの利点は、RNAが不溶性皿に固定されているとき、液を容易に交換で
きる点である。以前には、エタノール沈殿やそれに類似の操作は、液交換のたび
に可溶性RNAを回収する必要があった。本発明の好ましい実施態様では、制限
酵素サイト、RNAプロモーター配列及びポリdT配列は、共有結合でマイクロ
タイター・プレートのウェルに結合されている。細胞質のmRNAを含む細胞溶
解液は、更に精製することなく、ウェルの中に注ぐことができる。好ましい実施
態様においては、オリゴdTヌクレオチド鎖は、mRNAのポリAテイルと水素
結合するであろう。mRNAがアニールによって、ターゲットに固定化されると
、ハイブリダイゼーションの条件を妨害しない液の交換をすることができる。
一本鎖cDNAは、デオキシヌクレオチドと逆転写酵素を加えることにより、
固定化mRNAから製造できる。二本鎖cDNAは、その反応液をDNAポリメ
ラーゼ及びデオキシオリゴヌクレオチドを含む反応液に交換すれば容易に製造で
きる。アンチセンスmRNAは、共有結合で付加されたオリゴヌクレオチド上の
プロモーター結合サイトに向けられたRNAポリメラーゼを加えることにより、
転写できる。更に、好ましくは、別の異なる制限酵素認識サイト及び第2のRN
Aプロモーター配列を含むアダプターを、そのds−cDNAの固定されていな
い方の末端に、有利に結合させることができる。
その後、センスmRNAは、結合されたアダプターに向けられたRNAポリメ
ラーゼを加えることにより、速やかに容易に、転写される。一本鎖センスcDN
Aは、固定された一本鎖アンチセンスcDNAから、繰り返し合成できる。本発
明は、基礎分子生物学と分析のみに有用な道具を提供するものではなく、種々の
疾患の分子診断及び治療にも有用である。
我々は、mRNAのポリAテイルに相補的な配列を少なくとも一つ含むポリヌ
クレオチドを不溶性担体に固定すると、理論及び応用分子生物学におけるヌクレ
オチド類合成や実験テクニックに意義のある有利性がもたらされることを見出し
た。これらの有利性の多くは、以下の発明の記述から明らかとなるであろう。
本発明の固定化ポリヌクレオチド
上で述べたように、固定化ポリヌクレオチドは、mRNAのポリAテイルに相
補的な配列を含んでいる。そのような相補的配列は、オリゴdTやポリUである
。その配列の長さは15〜80塩基、更に好ましくは、30〜100塩基である
。
30〜100merを含む種々の長さのポリヌクレオチドは、この分野で通常
の知識をもつ技術者に知られたテクニックを用いて容易に合成できる。これらの
テクニックは、mRNAのポリAテイルに相補的な配列、RNAプロモーター配
列、及び/又は いろいろな制限酵素サイトをもった配列の合成方法を含む。D
NA合成装置は、そのような合成を促進する。DNA合成装置の一つは、カリフ
ォルニア州、ロサンジェルスのアプライド・バイオシステムズ社により生産され
ている。
本発明の好ましい実施態様において、mRNAのポリAテイルに相補的な配列
を少なくとも一つ含むポリヌクレオチドは、不溶性担体に結合されていて、ヌク
レオチド固定化担体を構成する。これらの配列は、好ましくは30〜100ヌク
レオチド長さである。より好ましい実施態様では、固定化ポリヌクレオチドは、
更にRNAプロモーター、及び/又は 制限酵素認識サイトを含む。好ましくは
、その5’末端は不溶性担体に固定され、その3’末端はmRNAのポリAテイ
ルに相補する。
我々は、固定化のためのポリヌクレオチドを数多く使用してみた。一つの特に
好ましい配列は、ポリdT配列、EcoRIとNotI認識サイト、及びT7プ
ロモーター配列を含む配列である。この配列の使用は本明細書の実施例で多く記
述されている。しかし、他の制限酵素認識サイト及びプロモーターを組合せても
、我々は同様の結果を得ている。例えば、T7プロモーターと共にSmaI−S
alIを使用しても、ここに記載の方法に重要な影響を及ぼさないようである。
我
々はまた、SP6プロモーターと共にEcoRI−NotIも使用した。
固定化方法
本発明の実行に当っては、ポリヌクレオチドは不溶性担体に固定される。不溶
性担体へのポリヌクレオチドの固定化方法は種々用いることができ、その方法に
は共有結合法、イオン結合法、その他物理吸収法がある。しかし、共有結合法が
好ましい。本発明のある実施態様においては、ポリヌクレオチドはその表面にカ
ルボキシル基、アミノ基、又は水酸基のような官能基をもつマイクロタイター・
プレートに固定される。その表面にカルボキシル基又は第一級アミノ基をもつプ
ラスチック・プレート、あるいは、その表面にこれらの官能基をもたないが、後
にこれらの官能基を付加したプラスチック・プレートも使用できる。好ましくは
、その表面に既にカルボキシル基又は第一級アミノ基をもつプラスチック・プレ
ートである。これらカルボキシル基又は第一級アミノ基をもつプラスチック・プ
レートの例は、「スミロン」マイクロプレートMS−3796FやMS−369
6Fで、住友ベークライトから入手できる。
官能基をもつ不溶性担体にポリヌクレオチドを固定する好ましい方法では、ポ
リヌクレオチドの5’末端を担体の官能基に共有結合で結合させる。官能基への
ポリヌクレオチドの結合に用いられる種々の共有結合法の多くは、使用できる。
よく知られた、好ましい方法の例は、マレイミド法とカルボジイミド法がある。
マレイミド法は、図1に示したように、マレイミド基を含む物質と別のSH基
を含む物質との反応を伴う。マレイミド法を用いて、不溶性担体にポリヌクレオ
チドの5’末端を結合させるため、ポリヌクレオチドの5’末端はマレイミド化
合物と反応させる。好適なマレイミド化合物はスルフォスクシンイミディル−4
−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート(以下、ス
ルフォ−SMCC)である。
SH基は、アミノ基をもつ担体とスクシンイミディル−S−アセチルチオアセ
テート(以下、SATA)との反応に続く、ヒドロキシラミンを用いる脱アセチ
ル化により、担体に付与される。なお、スルフォ−SMCCやSATAは、ピア
ース社等のいくつかの会社から、市販品を容易に入手できる。生じた担体上のS
H基は、ポリヌクレオチドの5’末端のマレイミド基と反応し、ポリヌクレオチ
ド固定化担体を形成する。マレイミド法を用いて我々が経験した一つの問題は、
プレート上のSH基がポリヌクレオチドの5’末端のアミノ基と反応するばかり
ではなく、プリン塩基、すなわち、アデニン及びグアニンの第一級アミンとも反
応することである。ポリヌクレオチドを5’末端でのみ固定化することを確かな
ものとするため、プリン塩基上のアミノ基は、固定化の前に相補的ポリヌクレオ
チドと対をつくらせて、保護しておく。固定化ののちに、相補的ポリヌクレオチ
ドは加熱等の変性処理により除かれる。
カルボジイミド法は、図2に示されている。この方法は、アミノ基をもつカル
ボジイミドとカルボキシル基をもつ材料との反応を伴う。カルボジイミド化合物
の一つの例は、1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミ
ド塩酸塩(以下、EDC)である。カルボジイミド法でEDCを用いるためには
、EDCを先ずアミノ基をもつEDC化合物に活性化しておかなければならない
。これは、N−ヒドロキシスルフォスクシンイミド(以下、スルフォ−NHS)
と共に反応させて得られる。EDCもスルフォ−NHSも、ピアース社等のよく
知られた会社から、市販品を容易に入手できる。
カルボジイミド法で担体にポリヌクレオチドを結合させるには、好ましくは、
予めカルボキシル基を結合させた担体を用いる。EDCは、スルフォ−NHSと
反応させ活性化しておく。この活性化EDCは、その表面にカルボキシル基を含
む担体と反応する。次いで、これをアミノ基をもつポリヌクレオチドの5’末端
と反応させると、ポリヌクレオチド固定化担体が得られる。
我々は、不溶性担体上の活性化アミノ基又は活性化カルボキシル基の非特異的
結合が、そのプレートを第一級アミン化合物、好ましくは、グリシンで処理する
ことにより、効果的に減少もしくは除去されうることを見つけている。
他の多くの固定化方法、例えば、寺田らにより記述されているビオチン−アビ
ジン系を用いる方法も使用できる(上掲書)。検体の供試
本発明の好ましい方法においては、mRNAのポリAテイルに相補的な配列を
もつ不溶性担体に、mRNAを含む検体を供試する。検体のmRNAのポリAテ
イルは、固定化ポリヌクレオチドとハイブリダイズするように処置される。この
処置は、この分野で通常の知識をもつ技術者によく知られたように、種々の因子
に依存する温度によるインキュベーションにより達成される。これらの因子は、
相補的ヌクレオチド配列の長さ、相補的ヌクレオチド配列の全塩基量のうちのグ
アニンもしくはシトシンの比(GC含量)、緩衝液中の塩化ナトリウム濃度、相
補鎖におけるミスマッチの塩基数、及びヌクレオチドの型、等である。本発明の
好ましい形においては、次の式がインキュベーションの温度の計算に使用できる
。
T(inc)=16.6×log(M)+0.41(GC)+81.5-67.5/n-15(℃)
上式において、Mは溶液中の塩化ナトリウム濃度(M)、GCはGC含量、n
はヌクレオチド配列の長さ(ヌクレオチドの数)を示す。
インキュベーションの時間も、「モレキュラー・クローニング」のマニュアル
に書かれている。
インキュベーションの時間は、好ましくは、1時間から一晩で、検体は、イン
キュベーションの間ゆっくり振ったほうが好ましい。インキュベーションは、好
ましくは好適な緩衝液中で行う。ノーザーンブロットやドットブロット法におい
てRNAとDNAをハイブリダイズさせるときに用いる緩衝液と同じ緩衝液が使
える。この緩衝液は、好ましくは、RNaseで汚染されないようにして、調製
する。もし、RNaseが存在するようなら、その活性をできるかぎり抑えるよ
うにコントロールしなければならない。RNaseを含まない緩衝液は、例えば
市販品の「ファスト・トラック」(インヴィトロゲン社、サンジエゴ、カルフォ
ルニア州)の商標で売られているmRNA精製用キットの中に、あるいは、後述
の溶解用バッファーとして、入手できる。
上記したように、本発明で使用する水からRNase活性を除去するために、
水は好ましくは、ジエチルピオカーボネート(DEPC)で処理される。好まし
いDEPC処理は、水にDEPCを0.1%加え、37℃で一晩放置したのち、
オートクレーブで滅菌する。洗浄操作
インキュベーション後、好ましくは、検体の非結合成分を不溶性担体から洗い
去る。適当な洗浄液は、インキュベーション用バッファーであり、あるいはmR
NA精製用キットに含まれるバッファー等である。しかし、核酸の型に因っては
、適当な溶液を使用することが好ましい。mRNAを捕捉したまま保持するため
の洗浄液は、好ましくは、1mM EDTA及び0.5M塩化ナトリウム含有の
20mMトリスバッファー(DEPC処理水を使用)、pH7.5(以下、RN
A洗浄液という。)を用いる。DNAをそのまま保持するための洗浄液は、好ま
しくは、1mM EDTA及び0.5M塩化ナトリウム含有の20mMトリスバ
ッファー、pH7.5をオートクレーブし、これ(以下、DNA洗浄液という。
)を用いる。二本鎖cDNA固定化担体
本発明におけるds−cDNA固定化担体は、次のようにして得られる。ポリ
ヌクレオチド固定化担体を、mRNA検体と混合し、固定化ポリヌクレオチドと
mRNAのあいだでハイブリダイゼーションを起こさせる。次いで、逆転写酵素
を用いてmRNA鋳型からcDNAが合成される。mRNAは、好ましくは、R
NaseHを用いて消化され、次いで、好ましくは、DNAポリメラーゼ、4つ
のdXTP類及びリガーゼの作用により、ds−cDNAが合成される。その結
果、不溶性担体に固定化されたds−cDNAの構築が成される。
生じたcDNAの相補鎖は、その生産の間、標識dXTP類を取り込むことに
より、標識させることができる。種々の標識方法のいくつか、例えば、放射性物
質あるいはビオチンのような試薬−引き続き起こる比色的又は光発生反応で検出
可能なのであるが−等が用いられる。
固定化cDNAは、更に種々のテクニックのため、利用できる。本発明の特に
好ましい方法では、もし固定化ポリヌクレオチドがRNAプロモーター配列をも
っているならば、アンチセンスRNAをつくることができる。そのとき、プロモ
ーターに対する好適なRNAポリメラーゼが、4つのリボヌクレオチド三リン酸
と共に加えられる。この分野の通常の知識をもつ技術者にとって明らかなように
、
少なくともこれらヌクレオチド三リン酸の一つが標識をもっているならば、この
際のアンチセンスRNAが標識されることは明らかであろう。
本発明の更に好ましい方法は、熱変性で生じた固定化アンチセンスss−cD
NAに検体をハイブリダイズさせて、RNAブロット分析と同等の分析方法を提
供できることである。熱変性後、センスss−cDNAは液相に来るであろう。
このセンスss−cDNAは、例えば、PCR及び塩基配列決定のような種々の
良く知られたテクニックに利用されるであろう。
これらの実験で使用されるmRNAは、好ましくは、精製mRNA、生物試料
からのmRNA、又はRNase活性を阻害した細胞溶解液である。mRNAの
精製は、ノーザーンブロット又はドットブロット法で使用されるmRNA精製法
が使える。市販のキットも入手できる。RNase活性を阻害した細胞溶解液を
得る操作のためには、溶解用バッファーが好んで使われ、そこでは、生物試料は
200μg/mlプロテイナーゼK、10mMバナジル・リボヌクレオシド・コ
ンプレックス、500単位/mlRNaseインヒビター、0.5%ドデシル硫
酸ナトリウム(SDS)及びエチレンジアミンテトラ酢酸(EDTA)含有のp
H8.0溶液で処理される。
インキュベーションの温度は、その実験が核酸のハイブリダイゼーションか、
酵素反応かによって、それぞれのケースで変動する。ハイブリダイゼーションは
、検体の供試と題したセクションで既に述べている。
酵素反応においては、酵素が阻害されない温度ならばどんな温度でも構わない
が、それぞれの酵素に最適な温度がよい。インキュベーションの時間は、30分
〜一晩で、振り混ぜの有無はいずれでもよい。酵素反応では、酵素活性を阻害し
なければどんな緩衝液も使用できるが、それぞれの酵素活性に最適な緩衝液成分
が好ましい。しかし、この緩衝液にRNaseが混入していないことが重要であ
る。もしRNaseが存在するならば、その作用をRNAsin等のインヒビタ
ーを用いてできる限り最小に抑えておかねばならない。
更に付言すれば、二本鎖ポリヌクレオチド・コンプレックスを変性させるよう
な加熱反応は、好適な緩衝液中で行われる。
固定化ds−cDNAを含む不溶性担体は、DNaseが混入していない溶液
、
好ましくは、DNaseが混入しておらず、1mM EDTA及び0.5M塩化
ナトリウム含有の20mM、pH7.6のトリス−塩酸緩衝液から成る溶液の条
件下で、4℃で少なくとも1ヵ月保存することができる。
固定化ポリヌクレオチドをもつ不溶性担体は、繰り返し何度も使用できる。事
実、我々は、ヌクレオチド固定化担体を固定化ヌクレオチドの有意な損失なく、
何度も使用した。固定化ポリヌクレオチドの再使用のために行う、ハイブリダイ
ズされたmRNAの消化及び除去は、インキュベーションの後にRNase含有
液でリンスして行う。RNase含有液の代わりに希NaOH溶液を用いて、固
定化cDNAからハイブリダイズされたmRNAを除去することもできる。第2
のRNAプロモーターおよびセンスRNAの合成
本発明方法の一つの実施態様では、第2のRNAプロモーターがあることが望
ましい。この第2のRNAプロモーターは、センスRNAの生産に向けられ使用
される。標識されたヌクレオチド三リン酸が、標識されたセンスRNAの生産に
使用できる。第2のRNAプロモーターのヌクレオチド配列は、その下流に続く
遺伝情報を転写・開始させるため用いられるRNAポリメラーゼで認識できる配
列である。第2のRNAプロモーターは、通常は、ds−cDNAの第1のプロ
モーターの反対側に位置する。これらの配列は、ポリヌクレオチド固定化不溶性
担体の第1のプロモーター配列とは異なるプロモーター結合サイトをコードする
配列が好ましい。
本発明では、第2のRNAプロモーターと反応するRNAポリメラーゼは、第1
のRNAプロモーターと交叉反応を起こしてはならない。仮に、第1のRNAプ
ロモーターがバクテリオファージT7からのものであるとき、第2のRNAプロ
モーターは例えば、SP6プロモーターとすることができる。
第2のプロモーターを提供するため、第2のRNAプロモーター及び第2の制
限酵素認識サイトを含むアダプターが使われる。このアダプターは、ds−cD
NAの末端に付加される。好適なアダプターの例は、下記のSAlI−SP6ア
ダプターである(SEQ ID NO:3)。
5’−TCGACATTTAGGTGACACTATAGAA−3’
3’− GTAAATCCACTGTGATATCTT−5’
第2の制限酵素認識サイトは、好ましくは、ポリヌクレオチド固定化不溶性担
体中にある制限酵素認識サイトと同じであってはならない。同じならば、消化さ
れるmRNAの方向性が失われるからである。第1の制限酵素が、例えば、Ec
oRI及び/又はNotIならば、第2の制限酵素がSmaI及び/又はSal
Iとする。方向性をもったクローニング
一方の末端に第1の制限酵素サイト、及び他方の末端に第2の制限酵素サイト
を含むds−cDNA分子は、平滑末端連結により調製できる。この方法では、
制限酵素サイト及びRNAプロモーター配列を含む二本鎖オリゴヌクレオチドは
、T4リガーゼのような酵素を用いて、固定化ds−cDNAの固定されていな
い一方の末端に連結される。生じた修飾ds−cDNAは、両制限酵素サイトを
含む直鎖状ベクターに挿入される。第1の制限酵素サイトと第2の制限酵素サイ
トは類似していないので、ds−cDNAの連結は一方向性をもって起こるであ
ろう。この方法では、ベクターへのcDNAの挿入の方向はコントロールできる
。発明の図示的、例示的使用
本発明の好ましい実施態様を図示的に図3に示した。制限酵素認識サイト、R
NAプロモーター、及びオリゴdT配列をもつ、30〜100merのポリヌク
レオチド配列を含む不溶性担体(a)は、ポリAテイルをもつmRNA含有検体
液と混合される。生じた固定化ポリヌクレオチド−mRNAのコンプレックスは
、固定化ヌクレオチドのオリゴdTテイルをプライマーとし、RNAを鋳型とし
て、逆転写酵素と反応させる。その結果、mRNA−cDNAハイブリッドが不
溶性担体(c)上で合成される。RNase及びDNAポリメラーゼの添加は、
RNAの消化を伴い、RNA−cDNAハイブリッドは、不溶性担体(d)上に
固定されたds−cDNAへと変換される。次いで、この固定されたds−cD
NAは、低塩濃度で、例えば、水中でインキュベートされ、次いで加熱されてd
s−cDNAを変性させる。センスss−cDNAは、その相補ペアと水素結合
を保
つことができず、溶液(e)中に遊離の形で浮遊する。浮遊するセンスss−c
DNA(e)は、その後PCRの鋳型として興味対象の特異的遺伝子の増幅のた
め使用される。
上記ds−cDNA固定不溶性担体(d)の他の使用は、アンチセンスmRN
A(f)の生産のためである。ds−cDNAのアンチセンス鎖に特異的なRN
Aポリメラーゼが、RNA分子の転写に使われる。次いで、マイクロタイター・
プレートを加熱し、液を除去し、RNaseを含まないDNase(f)で消化
することによって、アンチセンスmRNAが得られる。
本発明の更に別の実施態様は、ds−cDNA固定化担体(d)を二本鎖オリ
ゴヌクレオチドの連結ターゲットとして使うことである。これらのオリゴヌクレ
オチドは、好ましくは、第2のRNAプロモーター及び第2の制限酵素サイト(
g)に対応するヌクレオチド配列を含んでいる。そして、このコンプレックス(
g)は、第2のプロモーターから転写が始まるRNAポリメラーゼと共にインキ
ュベートすることによって、センスmRNAを合成できる。次いで、マイクロタ
イター・プレートを加熱し、液相を除去し、液相をRNaseを含まないDNa
se(h)で消化することによって、センスmRNAを合成できる。
この発明の種々の面を、以下の実施例によって更に詳細に説明する。これらの
実施例は、分かりやすく説明することを意図したもので、本発明を何ら制限する
ものではない。実施例1
イン・ビトロで合成されたGs蛋白特異的なmRNAからの、ss−cDNA、
ds−cDNA、センスmRNA及びアンチセンスmRNAの合成、
並びにPCRによるGs蛋白特異的ds−cDNAの増幅
(1)ポリデオキシリボヌクレオチドの合成
DNAシンセサイザー380B(Applied Biosystems社製)を用いて、制限酵
素EcoRI及びNotIが認識する塩基配列、T7RNAプロモーターの塩基
配列並びにチミンが17個連続した塩基配列を含む下記の53merのポリデオ
キシリボヌクレオチドを合成した。このポリデオキシリボヌクレオチドの塩基配
列(SEQ ID NO:4)を、次に示す。
5’−AGCTGAATTC GCGGCCGCAA TACGACTCACT
ATAGTTTTT TTTTTTTTTT TTT−3’
合成に当っては、Applied Biosystems社のプロトコールに従って、アミノリン
ク−2(Applied Biosystems社製)を用い、このポリデオキシリボヌクレオチド
の5’末端にアミノ基を導入した。合成後、30%水酸化アンモニウム中、55
℃で、一晩、放置した後、スピード・バック(Savant社製)で乾燥し、DEPC
処理水で1mg/mlとなるように溶解し、−20℃で保存した。
(2)マイクロタイタープレートへのポリデオキシリボヌクレオチドの固定
DEPC処理水に溶解した20mM EDC(Pierce社製)液とDEPC処理
水に溶解した10mMスルフォ−NHS(Pierce社製)液を24μlずつ当量混
合し、これに上記(1)のポリデオキシリボヌクレオチド2μl(2μg)を加
え、この溶液をスミロンマイクロプレートMS−3796F(住友ベークライト
社製)のウェル中に注ぎ、37℃で一晩、インキュベートした。その後、反応液
を1mM EDTA及び0.5M塩化ナトリウムを含む20Mトリス塩酸緩衝液
(H7.6)に置き換え、使用するまで、4℃に保管した。
(3)mRNAの合成
ラットGs蛋白特異的mRNAを次のように合成した。
ラットGs蛋白のcDNAが挿入されたプラスミドベクターpGEM2の10
0μgは米国ジョーンズ・ホプキンス大学、R.リード博士から供与を受けた。
そのプラスミドを制限酵素NheI(Promega社製)1000ユニットで、37
℃、2時間、消化し、直鎖状とした。pH7.4のトリス塩酸緩衝液で予め飽和
させたフェノール、クロロホルム及びイソアミルアルコールの25:24:1(
容量比)混合液を等量加えてDNAを抽出したのち、これに0.1容の3M酢酸
ナトリウムとドライアイスで冷した2.5容のエタノールを加え、30分間、D
NA
を沈殿させた。次に、そのDNAを15,000rpm、4℃、20分間、遠心
分離した(MTX−150、Tomy)。
沈殿を70%エタノールに再懸濁し、15,000rpm、4℃、5分間、再
び遠心分離した。上清を除き、沈殿をスピード・バック減圧遠心で乾燥させ、D
EPC処理水に再懸濁した。これに5×RNA転写バッファー(Promega社製)
20μl,100mM DTT(Promega社製)10μl,RNase阻害剤(R
Nasin、Promega社製)100ユニット、2.5mMリボヌクレオチド(Prome
ga社製)20μl及びT7RNAポリメラーゼ(Promega社製)100ユニット
を加え、DEPC処理水で最終液量を100μlとし、37℃で2時間反応させ
た。その後、これにRNaseを含まないDNase(Promega社製)100ユ
ニット(100μl)を加え、37℃で30分間反応させた。
DNAの消化ののち、予め水で飽和させたフェノール、クロロホルム及びイソ
アミルアルコールの25:24:1(容量比)混合液を等量加え、RNAを抽出
した。ドライアイス上、0.1容の3M酢酸ナトリウムと2.5容の冷エタノー
ルを加えて、30分間放置し、RNAを沈殿させた。その後、15,000rp
m、4℃、20分間、遠心分離し(MTX−150、Tomy)、沈殿を70%
エタノール1mlに再懸濁し、15,000rpm、4℃、5分間、再び遠心分
離した。上清を除いた後、沈殿をスピード・バック減圧遠心で乾燥させ、DEP
C処理水に再懸濁した。このRNAの260nmの吸光度を測定した(U−20
00、日立製)。
260nmの吸光度が1.0のときRNA濃度は40μg/mlとして、液中
のRNAの濃度を1.0μg/mlとなるように希釈した。これを5μlずつに
分け、使用まで−70℃に保管した。
(4)マイクロタイタープレート上でのds−cDNAの合成
合成されたヒトGs蛋白特異的mRNAをDEPC処理水で希釈し、それぞれ
、その5μg、1μg、100ng、10ng、1ng、100pg、10pg
、1pg及び0.1pgを含むサンプル液5μlをとり、溶解バッファー45μ
l
を加え液量を50μlとし、45℃で1時間インキュベートして内在のRNas
eを分解した。これに、最終濃度が0.5Mとなるように5M塩化ナトリウムを
加えた。この液をポリデオキシリボヌクレオチド固定マイクロタイタープレート
のウェルに注いだ。室温で30分間インキュベートし、そのmRNAのポリAテ
イルと固定化オリゴdTをハイブリダイズさせた。洗浄後、75mM塩化カリウ
ム、3mM塩化マグネシウム、10mM DTT及び0.5mM dNTP(d
ATP、dCTP、dGTP及びdTTP)を含有する50mMトリス塩酸緩衝
液(pH8.3)50μl,並びに逆転写酵素(スーパースクリプト、Gibco-BR
L社製)500ユニットを、それぞれのウェルに加え、37℃で1時間インキュ
ベートし、mRNAを鋳型として第1のcDNA鎖を合成させた。
この「第1のcDNA鎖」合成後、その緩衝液を100mM塩化カリウム、5
mM塩化マグネシウム、10mM硫酸アンモニウム、0.15mM酸化型β−N
AD、各0.25mM dNTP(dATP、dCTP、dGTP及びdTTP
)、1.2mM DTT、65ユニット/ml DNAリガーゼ、250ユニッ
ト/ml DNAポリメラーゼおよび13ユニット/ml RNaseH(Gibc
o-BRL社製)を含む25mMトリス塩酸緩衝液(pH7.5)(以下、ds−c
DNA調製用バッファーという。)50μlに置き換え、16℃で3時間インキ
ュベートし、第1のcDNA鎖からds−cDNAを合成した。反応終了後、液
を1mM EDTA及び0.5M塩化ナトリウムを含む20mMトリス塩酸緩衝
液(pH7.6)に置き換え、4℃に保管した。
(5)固定化ヌクレオチドからのss−cDNAの合成
上記パラグラフ(4)で述べた固定化ds−cDNAをcDNA洗浄液で5回
洗い、DEPC処理水50μlを加え、80℃、10分間加熱し、相補的cDN
A鎖を変性させた。遊離のss−DNAを含む溶液を直ちに新鮮な0.65ml
容チューブに移し、これを−20℃に保管した。プレートは、上記パラグラフ(
4)で述べたようにして、ds−cDNA調製用バッファーとともに再度、16
℃で3時間インキュベートし、ds−cDNA合成のため再使用した。この操作
を3
回繰り返し、ウェル一つからss−cDNA液を合計3回採取した。
(6)アンチセンスmRNAの合成
上記パラグラフ(4)で得た固定化されたds−cDNAをRNA洗浄液で5
回洗浄し、5×転写バッファー(Promega社製)10μl、100mM DTT
5μl、RNasin 50ユニット(1.25μl)、10mMリボヌクレ
オチド混合物10μl及びT7RNAポリメラーゼ20ユニット(1μl)を加
え、DEPC処理水で液量を50μlとした。
37℃で一時間インキュベートしたのち、プレートを90℃で8分間加熱し、
遊離のアンチセンスmRNA含有液を直ちに新鮮なチューブに移した。これに、
RNaseを含まないDNase(Promega社製)10ユニット(10μl)を
加え、37℃で30分間インキュベートし、残っているDNAを消化した。 次
いで、反応混合物に等量の水飽和フェノール・クロロホルム・イソアミルアルコ
ール(25:24:1)混合液を加え、RNAを抽出した。RNAをエタノール
で沈殿させ、15,000rpmで20分間、遠心分離した(MTX−150、
Tomy)。沈殿を70%エタノール1mlに再懸濁し、15,000rpm、
4℃で5分間、再度遠心分離した。上清を除いたのち、沈殿をスピード・バック
遠心(Savant社製)で乾燥し、DEPC処理水5μlに再懸濁した。得られたア
ンチセンスmRNA分子を下記のアガロースゲル電気泳動で分析した。
mRNAの5μlに、40mM酢酸ナトリウム及び5mM EDTA(pH8
.0)含有の0.1M MOPS(pH7.0)2μl、ホルムアミド10μl
及びホルムアルデヒド3.5μlを加え、45℃、15分間加熱した。次いで、
そのmRNA液に、10mM EDTA(pH8.0)、0.25%ブロモフェ
ノールブルー及び0.25%キシレンシアノールFFを含有する50%グリセリ
ン(ローディング・バッファー)2μl、及び1mg/mlエチジウムブロマイ
ド1μlを加え、1%アガロースゲルに供試した。電気泳動は10mMリン酸緩
衝液(pH7.0)中、100V/6.5cm幅の電圧で、約1時間かけて行な
った。電気泳動後、ゲルをUVで照射し、生じたRNA蛍光バンドを、図4(A
)
に示すように、ポラロイドフィルム上に記録した。
図4の(A)のレーン1は、上記(3)の対照Gs蛋白mRNAを示し、レー
ン2及び3は、ここで合成されたGs蛋白mRNAの別々の二つの実験を示す。
成されたmRNAの大きさは約2000塩基で、対照mRNAより少し大きかっ
た。これは、多分3’末端に付加されたポリデオキシリボヌクレオチドに因るも
のと思われる。
(7)センスmRNAの合成
上記パラグラフ(4)で得たds−cDNA固定化マイクロタイターウェルを
cDNA洗浄液で3回洗い、5×T4リガーゼバッファー(Gibco-BRL社製)1
0μl、DEPC処理水31μl、SEQ ID NO:3の配列のSalI-SP6アダプター4
μl(4μg)及びT4リガーゼ(Gibco-BRL社製)5μl(5ユニット)を加
え、16℃で一晩インキュベートした。
各ウェルをcDNA洗浄液で3回洗ったのち、Hバッファー(ベーリンガー・
マンハイム社製)5μl、DEPC処理水44μl及びSalI(ベーリンガー・マ
ンハイム社製)1μl(10ユニット)を加えた。この液を37℃で2時間イン
キュベートし、SalIサイトで切断した。各ウェルをRNA洗浄液で5回洗い、5
×RNA転写バッファー10μl、0.1M DTT 5μl、RNasin
125μl(50ユニット)、10mMリボヌクレオチド10μl及びSP6RN
Aポリメラーゼ(Promega社製)1μl(20ユニット)を加え、DEPC処理
水で液量を50μlとした。
37℃で1時間インキュベートしたのち、プレートを90℃で8分間加熱し、
ウェル内の液体を直ちに新鮮なチューブに移した。RNaseを含まないDNa
seの10μl(10ユニット)を加え、37℃で30分間インキュベートし、
残存のDNAを消化した。次いで、反応混合物に等量の水飽和フェノール・クロ
ロホルム・イソアミルアルコール(25:24:1)混合液を加え、RNAを抽
出した。このRNAをエタノールで沈殿させ、15,000rpmで20分間、
遠心分離した(MTX−150、Tomy)。沈殿を70%エタノール1mlに
再懸濁し、15,000rpm、4℃で5分間、再度遠心分離した。上清を除い
たのち、沈殿を乾燥し、DEPC処理水5μlに再懸濁した。
得られたmRNA分子を、パラグラフ(6)で述べたようにアガロース電気泳
動で分析し、蛍光を発しているRNAバンドを図4(B)に示すように、ポラロ
イドフィルムに記録した。図4(B)のレーン1、2及び3は、それぞれ、上記
パラグラフ(3)に記載したGs蛋白mRNA、上記パラグラフ(6)からの合
成Gs蛋白mRNA、及びパラグラフ(7)の合成Gs蛋白mRNAを示す。合
成mRNAの大きさは約2000塩基で、対照mRNAより少し大きかった。こ
れは、多分3’末端に付加されたポリデオキシリボヌクレオチドに因るものと思
われる。
(8)G蛋白特異的なds−cDNAの増幅用PCRプライマーの合成
G蛋白のアルファ・サブユニットに特異的なセンス(G2-s)及びアンチセン
ス(G4-as)オリゴデオキシリボヌクレオチドを、パラグラフ(1)に記載した
ようにDNAシンセサイザーで合成した。塩基配列を次に示す。
G2-s 5’−AGCACCATTGTGAAGCAGATGA−3’ (
SEQID NO:5)
G4-as 5’−CTCTGGCCTCCCACATCAAACA−3’ (
SEQID NO:6)
(9)PCRによるcDNAの増幅
パラグラフ(5)で取得したss−cDNAの1μlに、上記G2-s及びG4-a
sの2種類のヌクレオチド各0.1μg(1μl)、10×PCRバッファー(P
romega社製)5μl、25mM塩化マグネシウム1μl、10mM dNTP混
合物(Promega社製)4μl、Taqポリメラーゼ(Promega社製)0.5μl、
及びDEPC処理水36.5μlを加えた。これに蒸発防止のためミネラルオイ
ル2滴を加え重層した。初めに95℃で10分間加熱し、その後サーマルサイク
ラー480型(Perkin-Elmer Cetus社製)でPCR反応を行った。PCRは、5
5℃/1.5分、72℃/4分及び95℃/1.5分の保温サイクルを30回繰
り返した。
並行実験として、Gs蛋白のcDNA 10ng(1μl)を用い、陽性対照
とした。得られたPCR産物の10μlに、10×ローディング・バッファー(
0.25%ブロモフェノールブルー、0.25%キシレンシアノールFF及び1
5%フィコール、タイプ400)1μlを加え、65℃で15分間加熱し、その
後、5μg/mlエチジウムブロマイド含有1.5%アガロースゲルに供試した
。電気泳動は、1×TBEバッファー(0.001MのEDTAを含む0.04
5Mのトリス−ホウ酸緩衝液、pH8.0)中、100V/6.5cm幅の電圧
で、約1時間かけて行なった。電気泳動後、図5に示すように蛍光を発するヌク
レオチドバンドは、ポラロイドフィルム上に記録された。
図5において、ゲル(A)、(B)及び(C)は、それぞれ、連続的な実験結
である。ゲルのレーン2−10は、上記パラグラフ(5)で述べた初めのmRN
Aを、それぞれ、5μg、1μg、100ng、10ng、1ng、100pg
、10pg、1pg及び0.1pg含んでいる。レーン11は陰性コントロール
で、mRNAを含んでいない。図5に示すように、Gs蛋白のDNAは、初めの
10−100pgのmRNAから再現性よく増幅され、その大きさは約500塩
基対で、レーン1の陽性対照の大きさと同じ程度であった。実施例2
ヒト白血球からの、junオンコジーン特異的なds−cDNA及び
センスss−cDNAの合成、並びにそのds−cDNAのPCR増幅
(I)ポリデオキシリボヌクレオチド固定化マイクロタイタープレート
ポリデオキシヌクレオチド固定化マイクロタイタープレートを、実施例1のパ
ラグラフ(2)で述べたようにして調製した。
(II)ヒト白血球の細胞溶解液の調製
ヘパリン処理血3mlに3倍量のリン酸緩衝化生理食塩液(PBS)を加え、
これをイソリンフォ(Gallard-Schlesinger社製)3ml入りの15mlチュー
ブに
加えて重層した。400×gで30分間遠心分離後、イソリンフォと血漿のあい
だの中間層の細胞を集め、これをPBSで3回、洗浄した。ペレット(細胞)に
細胞溶解用バッファー150μlを加え懸濁し、太さ18Gの注射針の中を繰返
し通して、細胞を完全に溶解させた。次いで、細胞溶解液を、間歇的に攪拌しな
がら、45℃で30分間インキュベートし、RNaseを減らした。
(III)マイクロタイタープレート上でのds−cDNAの合成
パラグラフ(II)で調製した細胞溶解液に、最終濃度が0.5Mとなるように
5M塩化ナトリウムを加えた。これを、0.5M塩化ナトリウム含有細胞溶解用
バッファーで10倍、100倍及び1000倍に希釈した。得られた希釈液各5
0μlをポリデオキシリボヌクレオチド固定化マイクロタイタープレートのウェ
ルに加え、室温で30分間インキュベートし、固定化ポリdT配列と分離細胞m
RNAのポリAテイルとのあいだで、ハイブリダイズさせた。反応終了後、その
バッファーを除去し、各ウェルをRNA洗浄液を用いて2回洗浄した。各ウェル
に、逆転写酵素用バッファー50μl及び逆転写酵素500ユニットを加え、3
7℃で1時間インキュベートし、第1のcDNA鎖の合成を開始させた。その反
応バッファーを、ds−cDNA調製用バッファー50μlと置き換え、16℃
で3時間インキュベートして、ds−cDNAを合成させた。
(IV)プレートからのss−cDNAの合成
パラグラフ(III)で得た固定化ds−cDNAを、cDNA洗浄液を用いて
5回洗い、次いでDEPC処理水50μlを加えて、80℃で10分間加熱して
、相補DNA鎖を変性させた。次いで、ウェルの液を新鮮な0.65mlチュー
ブに直ちに移し、これを−20℃で保存した。
(V)junオンコジーン特異的mRNAのPCR増幅用プライマーの合成
junオンコジーンに特異的な、下記の配列を有するセンス(jun−s)及
びアンチセンス(jun−as)オリゴデオキシリボヌクレオチドを、実施例1
パラグラフ(I)に記載したように、DNAシンセサイザーを用いて合成した。
jun-s :5'-CCC TGA AGG AGG AGC CGC AGA C-3' (SEQ ID NO:7)
jun-as :5'-CGT GGG TCA AGA CTT TCT GCT TGA GCT G-3'(SEQ ID NO:8)
(VI)cDNAのPCR増幅
上記パラグラフ(IV)で得たセンスss−cDNA1μlに、上記パラグラフ
(V)の2種のオリゴデオキシリボヌクレオチド各1μl(0.1μg)、10
×PCRバッファー(Promega社製)5μl、25mM塩化マグネシウム 1μ
l、10mM dNTP混合物(Promega社製)4μl、Taqポリメラーゼ(P
romega社製)0.5μl及びDEPC処理水36.5μlを加えた。蒸発を防ぐ
ために、2滴のミネラル油を反応物に加えて、重層した。反応混合物を、実施例
1パラグラフ(9)に記載したように、はじめは95℃で10分間、次いで、5
5℃/1.5分、72℃/4分及び95℃/1.5分の保温サイクルを30回繰
り返して、PCR増幅反応に供した。
得られたPCR産物の10μlに、10×ローディング・バッファー1μlを
加え、これを5μg/mlエチジウムブロマイド含有1.5%アガロースゲルに
供試した。電気泳動は、1×TBEバッファー中、100V/6.5cm幅の電
圧で、約1時間かけて行なった。電気泳動後、蛍光を発するDNAバンドを、図
4に示されるようにポラロイドフィルム上に記録した。図6のレーン1−8は、
それぞれ、白血球の1:1000希釈、原液(血液1mlに相当)、1:10希
釈、及び1:100希釈についての、2回の実験結果を示している。図6に示し
たように、junオンコジーンは、細胞溶解液の原液のみではなく、1:10希
釈や1:100希釈についても、cDNAの増幅が確認され、その大きさは37
0塩基対と評価した。この大きさは、理論値372塩基対と近似している。実施例3
ヒト白血球からのタキキニン受容体に特異的なds−cDNAのPCR増幅
(i)タキキニン受容体に特異的なmRNAの増幅用PCRプライマーの合成
下記の2種類の塩基配列をもつオリゴデオキシリボヌクレオチド(tac-s及びt
ac-as)を、実施例1パラグラフ(1)に記載したように、DNAシンセサイザ
ーで合成した。
tac-s :5'-GCCAGCATCTACTCCATGAC-3' (SEQ ID NO:9)
tac-as :5'-GGGCAGCCACGAGATGG-3' (SEQ ID NO:10)
(ii)cDNAのPCR増幅
実施例2のパラグラフ(IV)で調製した細胞溶解液原液からのss−cDNA
1μlに、上記tac-s及びtac-asオリゴデオキシリボヌクレオチド各0.1μg
(1μl)、10×PCRバッファー5μl、25mM塩化マグネシウム 1μ
l、10mM dNTP混合物4μl、Taqポリメラーゼ0.5μl及びDE
PC処理水36.5μlを加え、混合した。蒸発を防ぐために、2滴のミネラル
油を反応物に加えて、重層した。反応は、最初に95℃、10分間、加熱処理し
、その後、アニーリング温度を45℃と55℃の2通り/1.5分とし、次いで
、実施例1パラグラフ(9)に記載したように、エキステンションを72℃/4
分、及び変性を95℃/1.5分とする加熱サイクルでPCRを実行した。PC
R産物10μlを10×ローディングバッファー1μlと混ぜ、65℃、5分間
加熱し、5μg/mlエチジウムブロマイド含有の1.5%アガロースゲルに供
試した。電気泳動は、1×TBEバッファー中で、100V/6.5cm幅の電
圧で約1時間かけて行った。電気泳動後、DNAバンドをポラロイドフィルム上
で記録した。結果は、次の実施例4でディスカスされている。実施例4
ヒト白血球からのオルニチンデカルボキシラーゼ(ODC)に特異的な
ds−cDNAのPCR増幅
a)ODC特異的mRNAのPCR用プライマーの合成
ODC特異的なセンス(ODC-s)及びアンチセンス(ODC-as)オリゴデオキシ
リボヌクレオチドを、実施例1パラグラフ(1)に記載したようにDNAシンセ
サイザーで合成した。その塩基配列は下記に示した。
ODC-s :5'-GACTCTGGAGTGAGAATCATA-3' (SEQ ID NO:1
1)
ODC-as :5'-ATCCAATCACCCACATGCATT-3' (SEQ ID NO:1
2)
b)cDNAのPCR増幅
細胞溶解液からのss−cDNA1μlに、上記2種類のオリゴデオキシリボ
ヌクレオチドODC-s及びODC-asを各0.1μg(1μl)、10×PCRバッフ
ァー5μl、25mM塩化マグネシウム 1μl、10mM dNTP混合物4
μl及びTaqポリメラーゼ0.5μl、及びDEPC処理水36.5μlを加
え、混合した。蒸発を防ぐために、2滴のミネラル油を反応物に加えて、重層し
た。実施例1のパラグラフ(9)に記載したようにPCR反応を行った。PCR
産物10μlを10×ローディングバッファー1μlと混ぜ、65℃、5分間加
熱し、5μg/mlエチジウムブロマイド含有の1.5%アガロースゲルに供試
した。電気泳動は、1×TBEバッファー中で、100V/6.5cm幅で約1
時間かけて行った。電気泳動後、ゲルを紫外線に当て、蛍光を発しているDNA
バンドをポラロイドフィルム上に、図7に示すように記録した。図7において、
レーン(A)及び(B)は、アニーリング温度がそれぞれ、45℃及び55℃で
ある。レーン1、2、及び3は、それぞれ、ODC、タキキニン受容体及びju
nオンコジーンである。図7に示されるように、ODC遺伝子は、アニーリング
温度が45℃及び55℃のいずれでも増幅されたのに対して、タキキニン受容体
及びjunオンコジーン遺伝子は、45℃においてのみ増幅された。実施例5
ポリデオキシリボヌクレオチド固定化マイクロタイタープレート上で
合成されたds−cDNAからのcDNAライブラリーの構築と
バクテリアへのcDNAライブラリーの導入
(1)マイクロタイタープレート上で合成されたds−cDNAへのSP6−S alIアダプターの連結
実施例2パラグラフ(III)で述べた、マイクロタイタープレート上で合成さ
れたヒト白血球のds−cDNAは、SP6−SalIアダプターが連結され、
その後、実施例パラグラフ(7)で述べたように、SalIで消化された。
(2)マイクロタイタープレートからのds−cDNAの除去
SalIによる消化ののち、ウェルをcDNA洗浄液で3回洗浄し、これに、
Hバッファー5μl、DEPC処理水44μl及びNotI(ベーリンガーマン
ハイム社製)1μl(10ユニット)を加え、37℃で一晩インキュベートし、
固定化ポリデオキシリボヌクレオチド上のNotIサイトで切断した。反応液は
新鮮な0.65mlチューブに移し、65℃、20分間、加熱してNotIを失
活させた。
(3)ベクターへのds−cDNAの挿入(cDNAライブラリーの構築)
上記の加熱失活液のds−cDNAを10μlとり、これに5×T4リガーゼ
バッファー4μl、DEPC処理水4μl、予めSalI及びNotIで処理し
たpSPORTベクター(Gibco-BRL社製)1μl(50ng)、及びT4リガ
ーゼ(Gibco-BRL社製)1μlを加え、室温で3時間インキュベートし、分離し
たds−cDNAをベクターに連結した。cDNA−ベクター複合体を沈殿させ
るため、これに酵母tRNA(Gibco-BRL社製)5μl(5μg)、7.5M酢
酸アンモニウム12.5μl及びエタノール70μlを加え、−70℃で一晩静
置した。15,000rpm、4℃で20分間、遠心分離し、DNAを沈殿させ
、沈殿を70%エタノール0.5mlに再懸濁し、15,000rpmで5分間
、再遠心分離した。上清を除去後、沈殿をスピード・バック遠心で乾燥させ、こ
れをDEPC処理水に再懸濁した。
(4)トランスフォーメーション(形質転換)
上記のcDNAが挿入されたプラスミドをDEPC処理水5μlに再懸濁した
。この懸濁液1μlをとり、これにコンピテント細胞(エレクトロマックスDH
10α、Gibco-BRL社製)25μlを加え、氷上で混合し、0.1cmの専用キ
ュベット(バイオラッド社製)に注入し、ジーンパルサー(バイオラッド社製)
を用いて、16.6V/cmの電気刺激を与え、細胞内にcDNAライブラリー
を取り込ませた。その後、SOCバッファー(Gibco-BRL社製)1mlを加え、
細胞を新鮮な10mlポリプロピレンチューブに移した。細胞混合物を37℃で
正確に1時間、225rpmで振り混ぜながら、インキュベートした。細胞をS
OC培地で10倍及び100倍に希釈後、その50μlを100μg/mlのア
ンピシリン含有LB培地に塗布し、37℃で一晩インキュベートした。こうして
、培地
上に出現したコロニー数をカウントした。
表1は、その結果である。1mlの血液の白血球当り、それぞれのウェルから
約60,000〜900,000のコロニーが得られた。
この実験は、ds−cDNAは増幅され、続いてプラスミドベクターにクロー
ン化されうることを示している。この方法は、効率性及び迅速性の点で有利であ
る。
実施例6 種々のオリゴヌクレオチド固定化プレートから、イン・ビトロ合成さ
れたGs蛋白特異的mRNAからの、Gs蛋白特異的ss−及びds−cDNA
の合成、並びにGs蛋白特異的ds−cDNAのPCR増幅
(1)ポリデオキシリボヌクレオチドの合成
SmaIとSalIのような二つの異なる制限酵素サイト、T7RNAプロモ
ーター配列、及びそれに続く5’から3’への17個のチミン残基を含む50m
erのポリデオキシリボヌクレオチドを実施例1の記載と同様にして、合成した
。このポリデオキシリボヌクレオチド配列を、以下に示した。
5’−GGGGCCCGGGGTCGACAATACGACTCACTATAG
TTTTTTTTTTTTTTTTT−3’(SEQ ID NO:13)
EcoRIとNotIのような二つの異なる制限酵素サイト、SP6RNAプ
ロモーター配列、及びそれに続く5’から3’への17個のチミン残基を含む5
6merのポリデオキシリボヌクレオチドを実施例1の記載と同様にして、合成
した。このポリデオキシリボヌクレオチド配列を、以下に示した。
5’−GGGGGAATTCGCGGCCGCCATTTAGGTGACACT
ATAGAATTTTTTTTTTTTTTTTT−3’ (SEQ ID NO:14)
実施例1に述べたようにアミノリンク2を用いて、これらのポリデオキシリボ
ヌクレオチドの5’末端に、第一級アミン残基を導入した。
(2)マイクロタイタープレートへのポリデオキシリボヌクレオチドの固定化
20mM EDC(ピアース社製)及び10mM スルフォ−NHS(ピアー
ス社製)のDEPC−水の溶液24μlと合成ポリデオキシリボヌクレオチド2
μl(2μg)を混ぜ、これをマイクロタイタープレート(MS−3796F、
住友ベークライト社製)のウェルに加えた。プレートを37℃で一晩、インキュ
ベート後、各ウェルの反応液を1mM EDTA、及び0.5M塩化ナトリウム
含有20mMトリス緩衝液(pH7.6)で置き換えた。
(3)マイクロタイタープレート上でのds−cDNA合成
実施例1の記載と同様に合成して得られたGs蛋白のmRNAの2μgを、0
.5M塩化ナトリウムを含む溶解用バッファーに溶かして液量を50μlとしこ
れを、ポリデオキシリボヌクレオチド固定化マイクロタイタープレートのウェル
に加えた。プレートを室温で30分間、インキュベートしたのち、各ウェルをR
NA洗浄用バッファーで2回洗い、次いで、スーパースクリプトの代わりにMM
LV−逆転写酵素を使ったほかは実施例1の記載と同様に合成して、cDNAを
プレート上で合成した。第1のcDNA鎖の合成の後に実施例1の記載と同様に
して、プレート上で第2のcDNA鎖を合成した。ds−cDNA合成のウェル
は、cDNA洗浄用バッファーで5回洗ったのち、DEPC処理水50μlを加
え、80℃で10分間加熱し、DNA二重コイルを変性させた。その液は、直ち
に新鮮な0.65mlチューブに移し、使用するまで20℃に保管した。
(4)cDNAのPCR増幅
上記(3)のss−cDNA1μlに、実施例1で記載したG2−s及びG4
−asの各0.1μg(1μl)、10×PCRバッファー5μl、25mM塩
化マグネシウム1μl、10mM dNTP混合物4μl及びTaqポリメラー
ゼ0.5μl、及びDEPC処理水36.5μlを加え、混合し、次いで蒸発を
防ぐため2滴のミネラル油を反応物に加え重層した。初めはチューブを95℃、
10分間、加熱し、その後、サーマルサイクラー(480型、Perkin-Elmer-Cetus
社製)を用い、55℃、1.5分のアニーリング処理を30回行った。PCR産
物10μlを10×ローディングバッファー1μlと混ぜ、65℃、5分間加熱
後、5μg/mlエチジウムブロマイド含有の1.5%アガロースゲルに供試し
た。電気泳動は、1×TBEバッファー中で、100V/6.5cm幅で約1時
間かけて行った。電気泳動後、ゲルに紫外線を当ててDNAバンドを視覚化し、
これをポラロイドフィルム上に、図6Aに示すように記録した。図6A中、レー
ン2及び3は、SEQ ID NO:13の配列をもつポリヌクレオチドが固定されたプレー
トからの二つの結果を示し、レーン5及び6は、SEQ ID NO:14の配列をもつポリ
ヌクレオチドが固定されたプレートからの二つの結果を示す。レーン1及び4は
、それぞれ、SEQ ID NO:13及び14の配列をもつポリヌクレオチドが固定されたプ
レートからの陰性対照(mRNA無添加)である。
以上のように、これらの実施例は本発明の広範な利用性を示している。しかし
、これらの実施例は、本発明を分かりやすく説明することを意図したものであっ
て、本発明を制限するものではなく、本発明の範囲は、次のクレームで説明され
るものである。配列表
(1)一般情報
(i)出願人:ケラー,シリア(Keller, Cylia)
ミツハシ,マサト(Mitsuhashi ,Masato)
アキタヤ,タツオ(Akitaya, Tatsuo)
(ii)発明の名称:メッセンジャーRNAを測定するための方法と試薬
(iii)配列数: 12
(vi)連絡先:
(A)宛名:クノービ・マーテンズ・オルソン アンド ベアー
(B)番地:620ニューポートビーチ センタードライブ16階
(C)市 :ニューポートビーチ
(D)州 :カリフォルニア
(E)国 :アメリカ合衆国
(F)ZIP:92660
(v)コンピュータ読取り可能形式
(A)媒体:フロッピーディスク
(B)コンピュータ:IBM PC 互換
(C)操作システム:PC-DOS/MS-DOS
(D)ソフトウェア:PatentIn Release ♯1.0, Version ♯1.25
(vi)現行出願データ
(A)出願番号
(B)出願日
(C)分類
(viii)代理人/事務所情報
(A)名前:アルトマン,ダニエル イー
(B)登録番号:34,115
(C)整理番号:HITACHI.002A
(ix)通信情報
(A)電話番号:714-760-0404
(B)ファクシミリ番号:714-760-9502
(2)SEQ ID NO:1に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:17
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:T7プロモーター配列
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:1
(2)SEQ ID NO:2に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:21
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:SP6プロモーター配列
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:2
(2)SEQ ID NO:3に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:25
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:SALI SP6アダプター配列
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:3
(2)SEQ ID NO:4に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:53
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:EcoRI, NotI及びT7プロモーターを含む53merオリゴ
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:4
(2)SEQ ID NO:5に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:22
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:G2-Sオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:5
(2)SEQ ID NO:6に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:22
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:G2-ASオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:6
(2)SEQ ID NO:7に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:22
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:JUN-Sオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:7
(2)SEQ ID NO:8に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:28
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:JUN-ASオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:8
(2)SEQ ID NO:9に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:20
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:TAC-Sオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:9
(2)SEQ ID NO:10に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:17
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:TAC-ASオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:10
(2)SEQ ID NO:11に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:21
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:ODC-Sオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:11
(2)SEQ ID NO:12に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:21
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:ODC-ASオリゴヌクレオチドプライマー
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:12
(2)SEQ ID NO:13に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:50
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセテイカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:SmaI及びSalI部位及びT7 RNAプロモーターを含む50 merオ
リゴ
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:13
(2)SEQ ID NO:14に関する情報
(i)配列の特徴
(A)長さ:56
(B)種類:核酸
(C)鎖の数:一本鎖
(D)トポロジー:直鎖状
(ii)分子タイプ:cDNA to mRNA
(iii)ハイポセティカル:NO
(iv)アンチ・センス:NO
(vi)オリジナル出所
(A)組織:EcoRI及びNotI及びSP6 RNAプロモーターを含む56 merオリ
ゴ
(xi)配列の説明:SEQ ID NO:14
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.次の工程: (a)少なくとも一つの、mRNAのポリAテイルに相補的な配列を含むポリヌ クレオチドを、不溶性担体に結合させて、ヌクレオチド固定化担体をつくる工程 ; (b)上記ヌクレオチド固定化担体に、ポリAテイルをもつmRNA含有サンプ ル液を加える工程; (c)上記mRNAのポリAテイルと、ポリAテイルに相補的な配列をハイブリ ダイズさせる工程; (d)上記mRNAを鋳型として、mRNAに相補的なアンチセンスcDNAを 製造する工程;及び (e)そのアンチセンスcDNAに相補的なセンスcDNAを製造する工程;を 含むds−cDNA固定化担体を製造する方法。 2.ポリヌクレオチドが、少なくとも一つのRNAプロモーターを更に含む請求 項1の方法。 3.サンプル液が細胞溶解液を含む請求項1の方法。 4.工程(c)が、上記担体とサンプル液のインキュベートを含んでなり、第1 の液相と固相を生成させるものである、請求項1の方法。 5.更に第1の液相を除去する工程を含む請求項4の方法。 6.工程(d)が次の工程: 逆転写酵素、dATP、dCTP、dGTP及びdTTPを含む第1の反応混 合物を上記固相に加える工程;及び 上記固相と第1の反応混合物をインキュベートする工程;を含む請求項4の方 法。 7.工程(e)が次の工程: RNase、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、dATP、dCTP、d GTP及びdTTPを含む第2の反応混合物を、インキュベートされた固相に加 える工程; その固相をインキュベートし、第2の液相を生成させる工程;及び その第2の液相を除去する工程; を含む請求項6の方法。 8.次の工程: (i)請求項1の方法によりds−cDNA固定化担体を製造する工程; (ii)上記担体から液体を除去する工程;及び (iii)そのds−cDNA固定化担体を貯蔵する工程; を含むds−cDNAの貯蔵方法。 9.次の工程: (i)担体に固定されるds−cDNAは、更にRNAプロモーターを付加的に 含んでいるds−cDNA固定化担体を、請求項1の方法により製造する工程; 及び (ii)そのプロモーターからアンチセンスmRNAを製造する工程;を含む固相 担体上でアンチセンスmRNAを製造する方法。 10.工程(c)は、上記担体とサンプル液をインキュベートして、第1の液相 と固相を生成させる工程を含み、そして、工程(ii)は次の工程: 上記固相に、RNAポリメラーゼ、ATP、CTP、GTP及びUTPを含む 反応混合物を添加する工程; 上記固相と反応混合物をインキュベートする工程;及び 上記固相と反応混合物を加熱し、アンチセンスmRNAを含む液相を生成させ る工程; を含む請求項9の方法。 11.添加されるATP、CTP、GTP又はUTPのうちの、少なくとも一が 標識されたものである、請求項10の方法。 12.更に次の工程: アンチセンスmRNAを含む液相を得る工程;及び アンチセンスmRNAを含む液相をDNaseで処理する工程; を付加的に含む請求項10の方法。 13.次の工程: (a)少なくとも一つの、mRNAのポリAテイルに相補的な配列、少なくとも 一つのRNAプロモーター、及び少なくとも一つの制限酵素認識サイトを含むポ リヌクレオチドを、不溶性担体に結合させて、ヌクレオチド固定化担体をつくる 工程; (b)上記ヌクレオチド固定化担体に、ポリAテイルをもつmRNA含有サンプ ル液を加える工程; (c)上記mRNAのポリAテイルと、ポリAテイルに相補的な配列をハイブリ ダイズさせる工程; (d)上記mRNAを鋳型として、上記mRNAに相補的なアンチセンスcDN Aを製造する工程;及び (e)上記アンチセンスcDNAに相補的なセンスcDNAを製造しつつ、上記 担体に固定されたds−cDNAを製造する工程; (f)不溶性担体に固定化されたRNAプロモーターとは異なる第2のRNAプ ロモーター、あるいは、上記担体に固定化された制限酵素認識サイトとは異なる 第2の制限酵素認識サイトの、少なくともいずれかを含む二本鎖アダプターを、 上記ds−cDNAに加える工程; (g)上記ds−cDNAを、上記第2の制限酵素認識サイトを認識する制限酵 素で消化する工程; (h)上記第2のRNAプロモーターを用いて、RNAを製造することにより、 DNA/RNA二本鎖を製造する工程;及び (i)DNA/RNA二本鎖を変性して、センスmRNAを含む液相を生成する 工程; を含む固相担体上でセンスmRNAを製造する方法。 14.工程(f)が次の工程: 上記固相に、DNAリガーゼ、上記二本鎖アダプターを含む反応混合物を加え る工程;及び 上記固相と反応混合物をインキュベートする工程;を含む請求項13の方法。 15.工程(h)が次の工程: 上記固相に、ATP、CTP、GTP、UTP及び第2のRNAプロモーター と反応するRNAポリメラーゼを含む反応混合物を添加する工程;及び 上記固相と反応混合物をインキュベートし、DNA/RNA二本鎖をつくる工 程; を含む請求項13の方法。 16.添加されるATP、CTP、GTP及びUTPのうちの、少なくとも一が 標識されてなる、請求項15の方法。 17.工程(i)が、上記DNA/RNA二本鎖を加熱することを含む請求項1 3の方法。 18.更に次の工程: 工程(i)の液相を採取する工程;及び その液相をDNaseで処理する工程; を付加的に含む請求項13の方法。 19.次の工程: (a)上記ヌクレオチド固定化担体に、mRNA含有サンプル液を加える工程; (b)上記サンプル液と担体をインキュベートし、第1の液相と固相を生成させ る工程; (c)液相を除去する工程; (d)上記固相に、逆転写酵素、dATP、dCTP、dGTP及びdTTPを 含む第1の反応混合物を加える工程; (e)上記第1の反応混合物と固相をインキュベートする工程; (f)上記固相に、RNase、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、dAT P、dCTP、dGTP及びdTTPを含む第2の反応混合物を添加する工程; 及び (g)上記第2の反応混合物と固相をインキュベートする工程;を含み、不溶性 皿に、mRNAのポリAテイルに相補的な配列を少なくとも一つ含むポリヌクレ オチドが固定された、ヌクレオチド固定化担体を用いる、ds−cDNAを製造 する方法。 20.工程(d)において添加されるdATP、dCTP、dGTP又はdTT Pのうちの、少なくとも一が標識されたものである、請求項19の方法。 21.請求項19の方法により、ds−cDNAを製造する工程; 第2の反応混合物と固相を加熱して、センスss−cDNAを含む第2の液相 をつくる工程;及び その第2の液相を採取する工程; を含むセンスss−cDNAを製造する方法。 22.請求項19の方法により、ds−cDNAを製造する工程; 第2の反応混合物と固相を加熱して、センスss−cDNAを含む第2の液相 をつくる工程;及び その固相を採取する工程; を含むアンチセンスss−cDNAを製造する方法。 23.次の工程: (a)請求項1の方法により、センスcDNAとアンチセンスcDNAが液相で ds−cDNA二本鎖を形成する、ds−cDNA固定化担体を製造する工程; (b)上記ds−cDNAを変性させる工程;及び (c)上記液相を採取する工程; を含むセンスss−cDNAを製造する方法。 24.次の工程: (a)mRNAのポリAテイルに相補的な配列を、少なくとも一つ含むds−c DNAの一方の鎖を、不溶性担体に固定して、ds−cDNA固定化担体を液相 中に製造する工程; (b)上記ds−cDNA固定化担体を変性させる工程;及び (c)その液相を採取する工程; を含むセンスss−cDNAを製造する方法。 25.次の工程: (a)請求項1の方法により、センスcDNAとアンチセンスcDNAが液相で ds−cDNA二本鎖を形成する、ds−cDNA固定化担体を製造する工程; (b)上記ds−cDNAを変性させる工程;及び (c)上記液相を除去し、上記アンチセンスss−cDNAを含む固相とする工 程; を含むアンチセンスss−cDNAを製造する方法。 26.ds−cDNAが制限酵素認識サイトを含み、かつ、その制限酵素認識サ イトを認識する制限酵素で、そのアンチセンスds−cDNAを消化することを 含む請求項25の方法。 27.次の工程: (a)請求項1の方法により、不溶性担体に固定されたポリヌクレオチドが更に 第1の制限酵素認識サイトを含むds−cDNA固定化担体を製造し; (b)そのds−cDNAに、上記不溶性担体に固定されたポリヌクレオチドの 制限酵素認識サイトとは異なる、第2の制限酵素認識サイトを含む二本鎖アダプ ターを加える工程; (c)上記ds−cDNAを、上記第1の制限酵素認識サイトを認識する制限酵 素、及び上記第2の制限酵素認識サイトを認識する制限酵素で消化し、第1の末 端に第1の粘着末端をもつ非固定ds−cDNAを生成させる工程; (d)非固定ds−cDNAを、その第1の末端で、上記第1の粘着末端に相補 的な配列をもっているベクターに連結する工程、を含むcDNA配列を特定の方 向でベクターに挿入する方法。 28.工程(c)の非固定ds−cDNAが、更に第2の末端で粘着末端を生じ 、かつ、工程(d)のベクターが更に、第2の末端で上記第2の粘着末端に相補 的な配列をもっている、請求項27の方法。 29.次の工程: 第1の一本鎖ポリヌクレオチドに、その第1のポリヌクレオチドに相補的な第 2の一本鎖ポリヌクレオチドをハイブリダイズさせ二本鎖を形成させて、ポリヌ クレオチドのプリン塩基を更なる反応から保護する工程; その第1のポリヌクレオチドの5’末端をマレイミド化合物と反応させて、5 ’末端にマレイミド基をもつポリヌクレオチドをつくる工程; 第1のポリヌクレオチドの5’末端でマレイミド基にスルフヒドリル基を反応 する工程; を含んでなり、少なくとも一つのプリン塩基をもつ第1の一本鎖ポリヌクレオチ ドを、表面にスルフヒドリル基をもつ不溶性担体に固定化する方法。 30.更に、上記二本鎖コンプレックスを変性させることを含む請求項29の方 法。 31.上記マレイミド化合物がスルフォーSMCCを含む請求項29の方法。 32.上記スルフヒドリル基が、不溶性担体上で、 上記アミノ基をSATAと反応させ、反応コンプレックスを生成させる反応; 及び、 その反応コンプレックスをヒドロキシルアミンで脱アセチル化する反応; を含む方法により、担体表面アミノ基から製造されるものである、請求項29の 方法。 33.更に、上記担体を第一級アミン化合物で処理することを含む請求項29の 方法。 34.(a)不溶性皿;及び (b)mRNAのポリAテイルに相補的な配列を少なくとも一つ、RNAプロモ ーターを少なくとも一つ、及び制限酵素認識サイトを少なくとも一つ含むポリヌ クレオチドを、上記不溶性皿に固定されたポリヌクレオチド;を含むヌクレオチ ド固定化担体。 35.上記ポリヌクレオチドが、30〜100ヌクレオチドを含む請求項34の ヌクレオチド固定化担体。 36.不溶性皿がマイクロタイタープレートを含む請求項34のヌクレオチド固 定化担体。 37.マイクロタイタープレートが少なくとも二つのウェルを含み、そのウエル 各々は相異なる固定化ポリヌクレオチドを含む請求項36のヌクレオチド固定化 担体。 38.ヌクレオチドが、EcoRI、NotI、SmaI及びSalIから成る 群から選ばれる制限酵素の認識サイトを含む請求項34のヌクレオチド固定化担 体。 39.ポリヌクレオチドが、T7RNAプロモーター又はSP6RNAプロモー ターを含む請求項34のヌクレオチド固定化担体。 40.ポリヌクレオチドが、mRNAのポリAテイルに相補的な配列としてポリ dTを含む請求項34のヌクレオチド固定化担体。 41.ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO:4、 SEQ ID NO:13及びSEQ ID NO:14から 成る群から選ばれる配列を含む請求項34のヌクレオチド固定化担体。 42.ポリヌクレオチドが、少なくとも二つのRNAプロモーターを含む請求項 34のヌクレオチド固定化担体。 43.ポリヌクレオチドが、少なくとも二つの相異なるRNAプロモーターを含 む請求項42のヌクレオチド固定化担体。 44.ポリヌクレオチドが、T7RNAプロモーター及びSP6RNAプロモー ターを含む請求項42のヌクレオチド固定化担体。
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