JP5967861B2 - 分子のグリコシル化 - Google Patents
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Description
したがって、本発明は、以下の項目を提供する:
(項目1)
少なくとも1つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作されたYarrowia lipolyticaまたはArxula adeninivorans細胞を提供すること;および
ターゲットタンパク質をコードする核酸を該細胞に導入すること
を含み、
該細胞が、該ターゲットタンパク質を改変N−グリコシル化形態で生産する、
改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を生産する方法。
(項目2)
上記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を単離することをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
上記ターゲットタンパク質が、外因性タンパク質である、項目1または2に記載の方法。
(項目4)
上記ターゲットタンパク質が、内因性タンパク質である、項目1〜3のいずれかに記載の方法。
(項目5)
上記ターゲットタンパク質が、哺乳動物タンパク質である、項目1〜4のいずれかに記載の方法。
(項目6)
上記ターゲットタンパク質が、ヒトタンパク質である、項目5に記載の方法。
(項目7)
上記ターゲットタンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、成長因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または融合タンパク質である、項目1〜6のいずれかに記載の方法。
(項目8)
上記融合タンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、成長因子、サイトカインまたはケモカインと抗体またはその抗原結合フラグメントとの融合体である、項目7に記載の方法。
(項目9)
上記ターゲットタンパク質が、リソソーム貯蔵障害(LSD)に関連したタンパク質である、項目1〜8のいずれかに記載の方法。
(項目10)
上記ターゲットタンパク質が、グルコセレブロシダーゼまたはガラクトセレブロシダーゼである、項目1〜9のいずれかに記載の方法。
(項目11)
上記ターゲットタンパク質が、アルファ−L−イズロニダーゼ、ベータ−D−ガラクトシダーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、ベータ−ヘキソサミニダーゼ、ベータ−D−マンノシダーゼ、アルファ−L−フコシダーゼ、アリールスルファターゼB、アリールスルファターゼA、アルファ−N−アセチルガラクトサミニダーゼ、アスパルチルグルコサミニダーゼ、イズロネート−2−スルファターゼ、アルファ−グルコサミニド−N−アセチルトランスフェラーゼ、ベータ−D−グルコロニダーゼ、ヒアルロニダーゼ、アルファ−L−マンノシダーゼ、アルファ−ノイラミニダーゼ、ホスホトランスフェラーゼ、酸性リパーゼ、酸性セラミダーゼ、スフィンゴミエリナーゼ、チオエステラーゼ、カテプシンK、およびリポタンパク質リパーゼからなる群より選択される、項目1〜9のいずれかに記載の方法。
(項目12)
上記改変N−グリコシル化形態が、1つ以上のN−グリカン構造を含む、項目1〜11のいずれかに記載の方法。
(項目13)
上記1つ以上のN−グリカンが、Man 5 GlcNAc 2 である、項目12に記載の方法。
(項目14)
上記1つ以上のN−グリカンが、Man 8 GlcNAc 2 である、項目12に記載の方法。
(項目15)
上記1つ以上のN−グリカンが、Man 9 GlcNAc 2 である、項目12に記載の方法。
(項目16)
上記1つ以上のN−グリカンが、Man 3 GlcNAc 2 である、項目12に記載の方法。
(項目17)
上記1つ以上のN−グリカンが、Glc 1 Man 5 GlcNAc 2 である、項目12に記載の方法。
(項目18)
上記1つ以上のN−グリカンが、Glc 2 Man 5 GlcNAc 2 である、項目12に記載の方法。
(項目19)
上記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質が、均一である、項目12〜18のいずれかに記載の方法。
(項目20)
上記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質が、実質的に均一である、項目12〜18のいずれかに記載の方法。
(項目21)
上記改変グリコシル化を含有する改変ターゲット分子の割合が、少なくとも約20%である、項目20に記載の方法。
(項目22)
上記改変グリコシル化を含有する改変ターゲット分子の割合が、少なくとも約30%である、項目20に記載の方法。
(項目23)
上記改変グリコシル化を含有する改変ターゲット分子の割合が、少なくとも約40%である、項目20に記載の方法。
(項目24)
上記改変グリコシル化が、Man 5 GlcNAc 2 である、項目19〜23のいずれかに記載の方法。
(項目25)
上記改変グリコシル化が、Man 8 GlcNAc 2 である、項目19〜23のいずれかに記載の方法。
(項目26)
上記改変グリコシル化が、Man 9 GlcNAc 2 である、項目19〜23のいずれかに記載の方法。
(項目27)
上記改変グリコシル化が、Man 3 GlcNAc 2 である、項目19〜23のいずれかに記載の方法。
(項目28)
上記改変グリコシル化が、Glc 1 Man 5 GlcNAc 2 である、項目19〜23のいずれかに記載の方法。
(項目29)
上記改変グリコシル化が、Glc 2 Man 5 GlcNAc 2 である、項目19〜23のいずれかに記載の方法。
(項目30)
上記細胞が、少なくとも1つのN−グリコシル化活性が欠損するように遺伝子操作される、項目1〜29のいずれかに記載の方法。
(項目31)
上記N−グリコシル化活性が、ALG3活性である、項目30に記載の方法。
(項目32)
上記N−グリコシル化活性が、OCH1活性である、項目30に記載の方法。
(項目33)
上記N−グリコシル化活性が、MNS1活性である、項目30に記載の方法。
(項目34)
上記N−グリコシル化活性が、MNN9活性である、項目30に記載の方法。
(項目35)
上記少なくとも1つの修飾が、上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の欠失を含む、項目1〜34のいずれかに記載の方法。
(項目36)
上記少なくとも1つの修飾が、上記N−グリコシル化活性を有する突然変異形態のタンパク質の発現を含む、項目1〜35のいずれかに記載の方法。
(項目37)
上記少なくとも1つの修飾が、上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質の機能的発現に干渉するRNA分子の導入または発現を含む、項目1〜36のいずれかに記載の方法。
(項目38)
上記少なくとも1つの修飾が、N−グリコシル化活性を有するタンパク質の発現を含む、項目1〜37のいずれかに記載の方法。
(項目39)
発現されるタンパク質が、上記細胞内の外因性核酸によってコードされたタンパク質である、項目38に記載の方法。
(項目40)
上記N−グリコシル化活性が、グルコシルトランスフェラーゼ活性である、項目38に記載の方法。
(項目41)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、ALG6である、項目38〜40のいずれかに記載の方法。
(項目42)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、アルファ−マンノシダーゼである、項目38に記載の方法。
(項目43)
上記アルファ−マンノシダーゼが、小胞体にターゲッティングされる、項目38に記載の方法。
(項目44)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、アルファ−マンノシダーゼポリペプチドおよびHDEL小胞体貯留ペプチドを含む融合タンパク質である、項目42または43に記載の方法。
(項目45)
上記アルファ−マンノシダーゼが、5.1未満の最適pHを有する、項目42に記載の方法。
(項目46)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、Man 5 GlcNAc 2 からグルコース残基を除去することができるタンパク質である、項目38に記載の方法。
(項目47)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、アルファ−1,3−グルコシダーゼ活性を有するタンパク質である、項目38または46に記載の方法。
(項目48)
上記タンパク質が、グルコシダーゼIIである、項目46または47に記載の方法。
(項目49)
上記タンパク質が、グルコシダーゼIIのアルファおよびベータサブユニットの一方または両方を含む、項目46〜48のいずれか一項に記載の方法。
(項目50)
上記タンパク質が、ムタナーゼである、項目46に記載の方法。
(項目51)
上記細胞が、少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作される、項目1に記載の方法。
(項目52)
上記少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性が、ALG3活性の欠損および高レベルのALG6活性を含む、項目51に記載の方法。
(項目53)
上記細胞が、少なくとも3つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作される、項目1に記載の方法。
(項目54)
上記少なくとも3つの修飾N−グリコシル化活性が、ALG3活性の欠損;高レベルのALG6活性;および高レベルのグルコシダーゼII活性を含む、項目51に記載の方法。
(項目55)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、外因性タンパク質である、項目38〜54のいずれかに記載の方法。
(項目56)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、哺乳動物タンパク質である、項目38〜54のいずれかに記載の方法。
(項目57)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、ヒトタンパク質である、項目56に記載の方法。
(項目58)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、下等真核生物タンパク質である、項目38〜54のいずれか一項に記載の方法。
(項目59)
上記下等真核生物が、真菌、トリパノソーマ、または原生動物である、項目45に記載の方法。
(項目60)
上記下等真核生物が、Typanosoma brucei、Trichoderma harzianum、およびAspergillusからなる群より選択される、項目58に記載の方法。
(項目61)
上記修飾が、上記ターゲットタンパク質のマンノシルリン酸化を果たすことができるタンパク質またはその生物学的に活性な変異体の発現を含む、項目1〜60のいずれかに記載の方法。
(項目62)
上記マンノシルリン酸化を果たすことができるタンパク質またはその生物学的に活性な変異体が、MNN4である、項目61に記載の方法。
(項目63)
上記マンノシルリン酸化を果たすことができるタンパク質またはその生物学的に活性な変異体が、PNO1である、項目61に記載の方法。
(項目64)
上記マンノシルリン酸化を果たすことができるタンパク質またはその生物活性変体が、MNN6である、項目61に記載の方法。
(項目65)
糖タンパク質のマンノシル残基の少なくとも約30%が、リン酸化される、項目61〜64のいずれか一項に記載の方法。
(項目66)
上記細胞が、OCH1活性が欠損するように遺伝子操作されない、項目1〜65のいずれか一項に記載の方法。
(項目67)
上記糖タンパク質の追加のプロセッシングをさらに含む、項目1〜66のいずれかに記載の方法。
(項目68)
上記追加のプロセッシングが、インビトロで行われる、項目67に記載の方法。
(項目69)
上記追加のプロセッシングが、インビボで行われる、項目67に記載の方法。
(項目70)
上記追加のプロセッシングが、上記修飾糖タンパク質への異種部分の付加を含む、項目67〜69のいずれかに記載の方法。
(項目71)
上記異種部分が、ポリマーまたは担体である、項目55に記載の方法。
(項目72)
上記追加のプロセッシングが、上記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質の酵素的または化学的処理を含む、項目67〜71のいずれかに記載の方法。
(項目73)
上記追加のプロセッシングが、マンノシダーゼ、マンナナーゼ、ホスホジエステラーゼ、グルコシダーゼまたはグリコシルトランスフェラーゼでの上記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質の処理を含む、項目67に記載の方法。
(項目74)
上記追加のプロセッシングが、フッ化水素酸での上記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質の処理を含む、項目72に記載の方法。
(項目75)
上記追加のプロセッシングが、上記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質のリン酸化を含む、項目67〜74のいずれかに記載の方法。
(項目76)
項目1〜75のいずれかに記載の方法によって生産される、改変N−グリコシル化を有する単離されたタンパク質。
(項目77)
少なくとも1つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作された、単離されたYarrowia lipolyticaまたはArxula adeninivorans細胞。
(項目78)
上記N−グリコシル化活性が、ALG3活性である、項目77に記載の単離された細胞。
(項目79)
上記N−グリコシル化活性が、OCH1活性である、項目77または78に記載の単離された細胞。
(項目80)
上記N−グリコシル化活性が、MNS1活性である、項目77〜79に記載の単離された細胞。
(項目81)
上記N−グリコシル化活性が、MNN9活性である、項目77〜79に記載の単離された細胞。
(項目82)
上記修飾が、上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の欠失を含む、項目77〜79に記載の単離された細胞。
(項目83)
上記修飾が、上記N−グリコシル化活性を有する突然変異形態のタンパク質の発現を含む、項目77〜79に記載の単離された細胞。
(項目84)
上記修飾が、上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質の機能的発現に干渉するRNA分子の導入または発現を含む、項目77〜83に記載の単離された細胞。
(項目85)
上記修飾が、N−グリコシル化活性を有するタンパク質の発現を含む、項目77〜83に記載の単離された細胞。
(項目86)
上記N−グリコシル化活性が、グルコシルトランスフェラーゼ活性である、項目85に記載の単離された細胞。
(項目87)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、ALG6である、項目85または86に記載の単離された細胞。
(項目88)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、アルファ−マンノシダーゼである、項目85に記載の単離された細胞。
(項目89)
上記アルファ−マンノシダーゼが、小胞体にターゲッティングされる、項目88に記載の単離された細胞。
(項目90)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、アルファ−マンノシダーゼポリペプチドおよびHDEL小胞体貯留ペプチドを含む融合タンパク質である、項目88または89に記載の単離された細胞。
(項目91)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、Man 5 GlcNAc 2 からグルコース残基を除去することができるタンパク質である、項目85に記載の単離された細胞。
(項目92)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、アルファ−1,3−グルコシダーゼ活性を有するタンパク質である、項目85または91に記載の単離された細胞。
(項目93)
上記タンパク質が、グルコシダーゼIIである、項目91または92に記載の単離された細胞。
(項目94)
上記タンパク質が、グルコシダーゼIIのアルファおよびベータサブユニットの一方または両方を含む、項目91〜93のいずれか一項に記載の単離された細胞。
(項目95)
上記タンパク質が、ムタナーゼである、項目91に記載の単離された細胞。
(項目96)
上記細胞が、少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作される、項目77〜95のいずれか一項に記載の単離された細胞。
(項目97)
上記少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性が、ALG3活性の欠損および高レベルのALG6活性を含む、項目96に記載の単離された細胞。
(項目98)
上記細胞が、少なくとも3つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作される、項目77〜97のいずれか一項に記載の単離された細胞。
(項目99)
上記少なくとも3つの修飾N−グリコシル化活性が、ALG3活性の欠損;高レベルのALG6活性;および高レベルのaグルコシダーゼII活性を含む、項目98に記載の単離された細胞。
(項目100)
上記細胞が、OCH1活性が欠損するように遺伝子操作されない、項目77〜99のいずれか一項に記載の単離された細胞。
(項目101)
上記N−グリコシル化活性を有するタンパク質が、ヒトタンパク質である、項目85〜100のいずれか一項に記載の単離された細胞。
(項目102)
上記修飾が、上記修飾糖タンパク質のマンノシルリン酸化を促進することができるタンパク質またはその生物学的に活性な変異体の発現を含む、項目77〜101のいずれかに記載の単離された細胞。
(項目103)
上記マンノシルリン酸化を果たすタンパク質またはその生物学的に活性な変異体が、MNN4である、項目102に記載の単離された細胞。
(項目104)
上記マンノシルリン酸化を果たすタンパク質またはその生物学的に活性な変異体が、PNO1である、項目103に記載の単離された細胞。
(項目105)
改変N−グリコシル化を有するタンパク質の投与によって治療することができる疾患を有するまたは有することが疑われる被験体に項目76に記載のタンパク質を投与することを含む、改変N−グリコシル化を有するタンパク質の投与によって治療することができる障害を治療する方法。
(項目106)
上記疾患が、代謝異常である、項目105に記載の方法。
(項目107)
上記代謝異常が、リソソーム貯蔵障害(LSD)である、項目106に記載の方法。
(項目108)
上記リソソーム貯蔵障害が、ゴーシェ病、テイ−サックス病、ポンペ病、ニーマン−ピック病、またはファブリ病である、項目107に記載の方法。
(項目109)
上記タンパク質が、LSDに関連したものである、項目105〜108のいずれかに記載の方法。
(項目110)
上記タンパク質が、グルコセレブロシダーゼまたはアルファ−ガラクトシダーゼである、項目109に記載の方法。
(項目111)
上記タンパク質が、アルファ−L−イズロニダーゼ、ベータ−D−ガラクトシダーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、ベータ−ヘキソサミニダーゼ、ベータ−D−マンノシダーゼ、アルファ−L−フコシダーゼ、アリールスルファターゼB、アリールスルファターゼA、アルファ−N−アセチルガラクトサミニダーゼ、アスパルチルグルコサミニダーゼ、イズロネート−2−スルファターゼ、アルファ−グルコサミニド−N−アセチルトランスフェラーゼ、ベータ−D−グルコロニダーゼ、ヒアルロニダーゼ、アルファ−L−マンノシダーゼ、アルファ−ノイラミニダーゼ、ホスホトランスフェラーゼ、酸性リパーゼ、酸性セラミダーゼ、スフィンゴミエリナーゼ、チオエステラーゼ、カテプシンK、およびリポタンパク質リパーゼからなる群より選択される、項目109に記載の方法。
(項目112)
上記被験体が、改変N−グリコシル化を有するタンパク質の投与によって治療することができる疾病を有するかどうかを決定することをさらに含む、項目105〜111のいずれかに記載の方法。
(項目113)
上記被験体がヒトである、項目105〜112のいずれかに記載の方法。
(項目114)
少なくとも1つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作されたYarrowia lipolyticaまたはArxula adeninivorans細胞から調製された細胞溶解産物とターゲットタンパク質を接触させることを含み、該細胞溶解産物とターゲットタンパク質の接触が、結果として、改変されたN−グリコシル化形態の該ターゲットタンパク質を生じさせる、改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を生産する方法。
(項目115)
N−グリコシル化活性を有する1つ以上のタンパク質とターゲットタンパク質を接触させることを含み、該N−グリコシル化活性を有する1つ以上のタンパク質が、少なくとも1つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作されたYarrowia lipolyticaまたはArxula adeninivorans細胞から得られ、および該N−グリコシル化活性を有する1つ以上のタンパク質とターゲット分子の接触が、結果として、改変されたN−グリコシル化形態の該ターゲットタンパク質を生じさせる、改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を生産する方法。
(項目116)
Yarrowia lipolyticaまたはArxula adeninivorans細胞の実質的に純粋な培養物であって、これらのうちの実質的な数が少なくとも1つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作される、培養物。
(項目117)
細胞の1つ以上の亜集団を含有し、それぞれの亜集団が、異なる修飾グリコシル化活性を含む、項目87に記載の細胞の実質的に純粋な培養物。
(項目118)
配列番号1または配列番号2を含む、単離されたヌクレオチド配列。
(項目119)
配列番号1または配列番号2と少なくとも80%同一である配列を含む、単離されたヌクレオチド配列。
(項目120)
項目118または119に記載の単離されたヌクレオチド配列によってコードされたポリペプチド。
(項目121)
(a)配列番号1もしくは配列番号2の相補体に高ストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列;または
(b)該ヌクレオチド配列の相補体
を含む、単離された核酸。
(項目122)
項目118〜121のいずれかに記載の核酸配列を含むベクター。
(項目123)
項目118〜121のいずれかに記載の核酸配列を含む発現ベクター。
(項目124)
上記ポリペプチドを発現する、項目123に記載の発現ベクターを含む培養細胞または該細胞の子孫。
(項目125)
上記ポリペプチドの発現を可能にする条件下で項目124に記載の細胞を培養することを含む、タンパク質の生産方法。
(項目126)
上記細胞を培養した後、該細胞または該細胞を培養した培地から上記ポリペプチドを単離することをさらに含む、項目125に記載の方法。
本明細書において用いる場合、ターゲット分子は、遺伝子操作細胞(例えば、真菌細胞、例えばYarrowia lipolyticaもしくはArxula adeninivorans(もしくは他の関連種二相性酵母)細胞;植物細胞;または動物細胞)からの1つ以上のN−グリコシル化活性によって改変N−グリコシル化を受ける任意の分子を指す。一部の実施形態では、前記ターゲット分子をYarrowia lipolyticaまたはArxula adeninivorans(または他の関連種二相性酵母)分泌経路の1つ以上の工程によって輸送することができ、その結果、その宿主細胞機械によってそれらの改変N−グリコシル化が生ずる。前記ターゲット分子は、内因性である場合もあり、または外因性である場合もある。
少なくとも1つの修飾N−グリコシル化活性を有する遺伝子操作細胞を本明細書に開示し、これらの細胞は、改変N−グリコシル化形態を有する1つ以上のターゲット分子の生産に有用である。遺伝子操作に適する細胞としては、例えば、真菌細胞(例えば、Yarrowia lipolyticaもしくは本明細書に記載する任意の他の関連二相性酵母細胞)、植物細胞、または動物細胞(例えば、線虫、昆虫、植物、鳥類、爬虫類、または哺乳動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、アレチネズミ、イヌ、ネコ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマ、クジラ、サルもしくはヒト))が挙げられる。前記細胞は、初代細胞、不死化細胞、または形質転換細胞である場合がある。前記細胞は、動物、例えば、非ヒト哺乳類におけるものである場合がある。そのような細胞は、本明細書に明記するような遺伝子操作に先立ち、様々な市場の供給業者および研究資源施設、例えば米国微生物系統保存機関(the American Type Culture Collection(Rockville,MD))などから得ることができる。ターゲット分子としては、タンパク質、例えば、本明細書に記載するターゲットタンパク質のいずれか(上記参照)が挙げられる。ターゲット分子としては、ドリコールも挙げられる。
改変N−グリコシル化形態のターゲット分子を生産する方法を本明細書に記載する。これらの方法は、一般に、遺伝子操作細胞(例えば、真菌細胞(例えば、Yarrowia lipolytica、Arxula adeninivoransもしくは本明細書に記載する任意の他の関連二相性酵母細胞)、植物細胞、または動物細胞(例えば、線虫、昆虫、植物、鳥類、爬虫類、もしくは哺乳動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、アレチネズミ、イヌ、ネコ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマ、クジラ、サルもしくはヒト))からの1つ以上のN−グリコシル化活性とターゲット分子を接触させる工程を含む。前記方法は、細胞ベースである場合もあり、または非細胞ベースである場合もある。
本明細書に記載する単離された改変N−グリコシル化分子(例えば、改変N−グリコシル化タンパク質またはドリコール)は、1つ以上の改変N−グリコシル化分子(例えば、改変されたN−グリコシル化を有するタンパク質)の投与によって治療できる様々な疾患を治療するために、用いることができる。改変N−グリコシル化分子(例えば、改変N−糖タンパク質または改変N−グリコシル化ドリコール)の投与によって治療または予防することができる一部の特定の医学的状態の例を後続のセクションで概説する。
代謝異常は、個々のヒト(または動物)細胞内のエネルギーの生産に影響を及ぼすものである。大部分の代謝異常は遺伝性であるが、食事、毒物、感染などの結果として「後天的な」場合もあり得る。遺伝性代謝異常は、先天性代謝異常としても知られている。一般に、遺伝子代謝異常は、細胞の代謝プロセスの一部の工程に必要な酵素の欠失または不適当に構築される酵素を生じさせる遺伝的欠陥によって引き起こされる。代謝異常の最大のクラスには、炭水化物代謝異常、アミノ酸代謝異常、有機酸代謝異常(有機酸尿症)、脂肪酸酸化およびミトコンドリア代謝異常、ポルフィリン代謝異常、プリンまたはピリミジン代謝異常、ステロイド代謝異常、ミトコンドリア機能障害、ペルオキシソーム機能障害、ならびにリソソーム貯蔵障害(LSD)がある。
癌は、細胞の無制御な***、および浸潤による隣接組織への直接増殖、または転移による遠隔部位への内移植(この場合、癌細胞は、血流もしくはリンパ系によって輸送される)、いずれかによって拡大するこれらの能力を特徴とする疾病または疾患の1類である。癌は、すべての年齢の人々を襲うが、年齢と共にリスクが増す傾向がある。癌のタイプとしては、例えば、肺癌、乳癌、大腸癌、膵臓癌、腎臓癌、胃癌、肝臓癌、骨の癌、血液学的癌、神経組織の癌、黒色腫、甲状腺癌、卵巣癌、精巣癌、前立腺癌、子宮頚癌、膣癌、または膀胱癌を挙げることができる。
「炎症性疾患」は、本明細書において用いる場合、1つ以上の物質(例えば、被験体内で自然に発生しない物質)が、白血球(例えば、B細胞、T細胞、マクロファージ、単球、または樹状細胞)の作用によって、病的反応、例えば病的免疫反応、を不適切に誘発するプロセスを指す。それ故、炎症反応に関与するそのような細胞は、「炎症性細胞」と呼ばれる。不適切に誘発される炎症反応は、異物(例えば、抗原、ウイルス、細菌、真菌)が被験体内または上に存在しない場合のものであることもある。不適切に誘発される反応は、自己成分(例えば、自己抗原)が炎症性細胞のターゲットにされる場合(例えば、多発性硬化症などの自己免疫疾患)のものであることもある。不適切に誘発される反応は、大きさまたは継続期間が不適切である反応、例えば過敏症である場合もある。それ故、不適切にターゲットにされる反応は、微生物感染(例えば、ウイルス性、細菌性または真菌性)の存在に起因する場合がある。炎症性疾患(例えば、自己免疫疾患)のタイプとしては、変形性関節症、関節リウマチ(RA)、脊椎関節症、POEMS症候群、クローン病、多中心性キャッスルマン病、全身性エリテマトーデス(SLE)、多発性硬化症(MS)、筋ジストロフィー(MD)、インスリン依存性糖尿病(IDDM)、皮膚筋炎、多発性筋炎、炎症性ニューロパチー、例えばギラン−バレー症候群、脈管炎、例えばウェゲナー肉芽腫症、結節性多発動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、側頭動脈炎、シェーグレン症候群、ベーチェット病、チャーグ−ストラウス症候群、または高安動脈炎を挙げることができるが、これらに限定されない。一定のタイプのアレルギー、例えば、鼻炎、副鼻腔炎、蕁麻疹(urticaria)、じんま疹(hives)、血管性浮腫、アトピー性皮膚炎、食物アレルギー(例えば、ナッツアレルギー)、薬物アレルギー(例えば、ペニシリン)、昆虫アレルギー(例えば、蜂刺されに対するアレルギー)、または肥満細胞症も炎症性疾患に含まれる。炎症性疾患としては、潰瘍性大腸炎および喘息も挙げることができる。
改変N−グリコシル化分子(例えば、改変N−グリコシル化形態のターゲット分子、例えばターゲットタンパク質)を、治療有効量の該分子ならびに1つ以上のアジュバント、賦形剤、担体および/または希釈剤を含有する医薬組成物に組み込むことができる。許容される希釈剤、担体および賦形剤は、一般に、レシピエントの恒常性(例えば、電解質バランス)に悪影響を及ぼさない。許容される担体としては、生体適合性、不活性または生体吸収性の塩、緩衝剤、オリゴ糖類または多糖類、ポリマー、粘度向上剤、保存薬などが挙げられる。1つの具体例としての担体は、生理食塩水(0.15M NaCl、pH7.0から7.4)である。もう1つの具体例としての担体は、50mM リン酸ナトリウム、100mM 塩化ナトリウムである。医薬組成物の調合および投与についてのさらなる詳細および技術は、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences(Maack Publishing Co.,Easton,Pa.)において見つけることができる。補助活性化合物も前記組成物に組み込むことができる。
表1は、ベクター(例えば、発現ベクター)の構築の際に使用したプラスミドおよび本明細書に記載する実験において使用した欠失カセットのすべてのリストを含む。Yarrowia lipolyticaのMTLY60株をこれらの実験において用いた。
Yarrowia lipolyticaにおけるOCH1(GenBank(登録商標)アクセッション番号:AJ563920)とMNN9(GenBank(登録商標)アクセッション番号:AF441127)遺伝子の両方をノックアウトする戦略を、LIP2遺伝子についてFickersら((2003)J Microbiol Methods.55(3):727−37)に記載されているように設定した。OCH1遺伝子について準拠した遺伝子構築戦略を図5に示す。
MNS1(ER α−1,2−マンノシダーゼ)は、Man9GlcNAc2のMan8GlcNAc2へのトリミングに関与し、また、中央アームのα−1,3−マンノースに連結されているα−1,2−マンノースをトリミングすることだけができるという意味で厳格な基質特異性を有する(図2)。MNS1遺伝子を、その基質特異性をゴルジタイプα−1,2−マンノシダーゼのほうにシフトさせるように突然変異誘発できるかどうかを決定するために、幾つかのERタイプマンノシダーゼの一次配列をゴルジタイプマンノシダーゼと比較した。これら2クラス間で異なる1つの領域を同定した。加えて、ゴルジタイプマンノシダーゼの触媒部位において酵母MNS1となって晶出したオリゴ糖も分析して、糖とタンパク質の間で起こりうる相互作用を同定した。驚くべきことに、両方の方法を用いて同じ部位が同定された。
A)R273L(アルギニン273をロイシンへ)
B)R273G(アルギニン273をグリシンへ)
C)R269S/S272G/R273L(アルギニン269をセリンへ/セリン272をグリシンへ/アルギニン273をロイシンへ)。
すべての突然変異は、Quick Change(Stratagene)突然変異誘発キットを使用して行った。強力な構成的TPI1プロモーターの制御下で3つの異なる突然変異遺伝子を発現するように構築物を作製した。野生型遺伝子をテンプレートとして使用することにより、オリゴヌクレオチド
Yarrowia lipolyticaMNN4の発現
Man8GlcNAc2のリン酸化を増加させるために、Yarrowia lipolytica MNN4(P.pastoris PNO1の相同体)をYarrowia lipolyticaにおいて過剰発現させて、N−グリカンのコアタイプリン酸化を促進した。
材料および方法
株、培養条件および試薬。Escherichia coli株MC1061またはTOP10またはDH5αを組換えプラスミドDNAの増幅に使用し、使用するプラスミドに依存して100μg/mLのカルベニシリンまたは50μg/mLのカナマイシンを補足したLuira−Broth(LB)培地中、37℃でサーモシェーカーにおいて増殖させた。
Yarrowia lipolytica MTLY60(ura3 leu2)株を親株として使用した。すべての酵母菌株を28℃のインキュベータで培養した。それらを、YPD培地(2%デキストロース、2%バクトペプトンおよび1%酵母抽出物)または合成デキストロース完全(SDC)培地(0.17% YNB(アミノ酸なし、および硫酸アンモニウムなし)、1%グルコース、0.5% NH4Cl、50mM リン酸K/Naバッファ pH6.8および0.077% Complete Supplement Mixture(Qbiogene Inc,Morgan Irvine,CA))を用いて増殖させた。Ura+およびLeu+形質転換体の選択のために、それぞれ、0.077% CSM−uraまたはCSM−leuを添加した。
(i)ALG3遺伝子のノックアウト(遺伝子置換)。ALG3遺伝子(GenBank(登録商標)アクセッション番号XM_503488、Genolevures:YALI0E03190g)のプロモーターフラグメント(P)を、Taqポリメラーゼ(Invtrogen)を使用し、
ALG3遺伝子を破壊するために、ALG3のプロモーターおよびターミネーターの部分を含み、且つ、URA3選択マーカーカセットを有するベクターを生成し、それをpYLalg3PUTと呼んだ。NotIおよびPacI部位を組込んで、そのベクターを線形化し、それによってE.coli関連DNAエレメントを除去した。プロモーターおよびターミネーター部位での二重相同組換えを用いて、ALG3をURA3選択可能マーカーで置換し、その結果、alg3::URA3突然変異株を得た。利用したノックアウト戦略は、Fickersら(2003;上記)によって記載されており、効率的なマーカーレスキューを助長するCre−lox組換え系を使用する。ゲノムALG3コンティーグにおける組込みの際に、Alg3pのα−1,6−マンノシルトランスフェラーゼ活性を失うはずである。これを、幾つかの形質転換体のマンノプロテインのグリコシル化パターンを分析することによって、モニターした。マンノプロテインから得たN−グリカンをDSA−FACE(キャピラリー電気泳動)によって分析し、エキソグリコシダーゼの選択で処理して、それらの構造を明らかにした。24のうちの7つの形質転換体がグリコシル化プロフィールの変化を生じた(それらのうちの3つを図13に示す)。7つすべての形質転換体において、ゲノムへのノックアウトカセットの正しい組み込みをPCRによって確認することができた。それらのプロフィールを分析することによって、3つの主グリカン構造を見つけた:(i)RNAse BのMan5GlcNAc2構造(これは、構造式IVである;図4)と同じサイズで生じるもの(構造式VII;図4);(ii)1グルコース単位余分の距離にあるもの;および(iii)2グルコース単位余分の距離にあるもの(図13)。これらの結果は、ALG3がこれらの細胞において破壊されたことを示す。
第一のグルコシルトランスフェラーゼ、すなわちAlg6p、についての構成的活性過剰発現カセットをalg3遺伝子置換ベクターに組み込む戦略を開発した。このベクターをpYLalg3PUT−ALG6と呼んだ。このベクターのNotI/PacIフラグメントをYarrowia lipolytica MTLY60株に形質転換した。このようにして、hp4dプロモーターの制御下でALG3の破壊およびALG6の過剰発現が達成される。ゲノムへの正しい組み込みを再びPCRによって確認した。マンノプロテインから得たN−グリカンのDSA−FACE分析は、形質転換体の半分、すなわち24のうち12、がWT株と比較すると、グリコシル化パターンの変化を示した。ALG6の過剰発現が軽度のクローン的変動をもたらした(図13)。
上で説明した実験からのグリカン構造の性質をさらに解明するために、マンノプロテインから得たグリカンのインビトロ消化(上記のとおり)を、エキソグリコシダーゼの選択で行った。次の酵素を用いてマンノプロテイングリカンを分析した:α−1,2−マンノシダーゼ;α−マンノシダーゼ(JB)およびグルコシダーゼII。観察された3つのグリカン構造は、Man5GlcNAc2(構造式VII;図4)、GlcMan5GlcNAc2(構造式VIII;図4)およびGlc2Man5GlcNAc2(構造式IX;図4)であった(図14)。これらの結果は、α−1,6−マンノシルトランスフェラーゼ(例えば、Och1p)による高マンノース伸長が殆どまたは全くないことを示している。
次に、モノ−グリコシル化(構造式VIII;図4)およびビ−グリコシル化(構造式IX;図4)Man5GlcNAc2(構造式VII;図4)構造をインビボで除去するために、酵素グルコシダーゼIIのα−サブユニットを過剰発現するように細胞を遺伝子操作した。YarrowiaのグルコシダーゼIIのαサブユニット(GenBank(登録商標)アクセッション番号:XM_500574)およびグルコシダーゼIITrypanosoma bruceiのαサブユニット(GenBank(登録商標)アクセッション番号:AJ865333)を2つの戦略として独立してクローニングして、そのタンパク質を過剰発現させた。グルコシダーゼIITrypanosoma bruceiのαサブユニットを選択した。その天然基質がGlcMan5GlcNAc2(構造式VIII;図4)であるからである。両方の遺伝子を構成的hp4dプロモーターの制御下でクローニングした。それらのプラスミドは、URA3マーカーを含有する。これらの構築物を、alg3突然変異酵母菌株(ALG6過剰発現を伴うものと伴わないものの両方)に形質転換した。
Man5GlcNAc2からのグルコース残基のインビボでの除去に対するYarrowiaまたはトリパノソーマグルコシダーゼII αサブユニットの発現の効果を改善するために、分子生物学技術を用いて、HDELタグをコードする核酸を、2つのGlsII α酵素のそれぞれをコードする核酸の3’末端にインフレームで付加させた。このHDELタグは、ゴルジからERへの取り戻しメカニズムとして役立てるつもりであった。hp4dプロモーターの制御下にある、Yarrowia lipolytica(Y.l.)とTrypanosoma brucei(T.b.)両方からのHDELタグ付きグルコシダーゼII配列をコードするプラスミドを、ALG6遺伝子の過剰発現を伴うおよび伴わないalg3 KO株に形質転換した。図30においてわかるように、Yarrowia lipolyticaグルコシダーゼII αサブユニットの過剰発現は、グルコシル化構造の量に対して小さな影響しか及ぼさなかった。対照的に、余分なHDELタグを有するTrypanosoma bruceiαサブユニットのα−グルコシダーゼIIの過剰発現は、モノ−グルコースピークを縮小させることとなった(図31参照)。
上で説明した結果は、モノ−グリコシル化形態のMan5GlcNAc2を減少させる1つの具体例としての手段を明示している。糖タンパク質からのビ−グリコシル化形態のMan5GlcNAc2を減少させるために、T.harzianumのムタナーゼを1つの可能性の有る解決策として調査した。酵素調製物をNovozymes(Novozyme 234;デンマークのBagsvaerd)から得、インビトロでオリゴ糖を消化するために使用した。すなわち、alg3ALG6株から得たオリゴ糖(グリカン:Man 5 GlcNAc 2 、GlcMan 5 GlcNAc 2 、およびGlc 2 Man 5 GlcNAc 2 )に、異なる濃度でムタナーゼを添加した。図32のDSA−FACEプロフィールに示されているように、オリゴ糖において観察されるビ−グルコースピークが効果的に縮小された。
グルコシダーゼIIのα−およびβ−サブユニットがヘテロダイマー複合体を形成し、その結果、そのβ−サブユニットが、その複合体のERへの取り戻しに責任を負い、基質認識にも関与し、これに対してそのα−サブユニットが触媒活性を含有することは公知である。グルコシダーゼIIのα−サブユニットだけの過剰発現は、ビ−グルコースオリゴ糖構造に対して及す影響が小さかったので、α−およびβ−サブユニットを共発現させた。
alg3欠損バックグランドにおいて発生するグルコース保有構造からグルコース残基を除去するために、Aspergillus niger成熟(シグナルペプチド欠失)グルコシダーゼII αおよびβを、Yarrowia lipolyticaにおける発現用のコドン最適化cDNAとして合成した(α−サブユニット(配列番号7;図36A−36B)β−サブユニット:(配列番号8;図37))。Aspergillus niger(An)グルコシダーゼαサブユニットを構成的TEF1およびhp4dプロモーターの制御下でクローニングし、これは、選択マーカーとしてURA3遺伝子を有した。それらの発現カセット(TEF1およびhp4dの制御下のORF)をYarrowia lipolytica alg3ALG6株に形質転換した。形質転換体候補をYPDにおいて増殖させ、分泌されたタンパク質からのグリカンをDSA−FACEによって分析した。2つのグルコシル化構造が形質転換株では非形質転換体(alg3ALG6)と比較してあまり豊富でないことを図38から推定することができる。
Y.lipolytica HAC1スプライス部位。Yarrowia lipolyticaにおけるHAC1のイントロン領域と真菌Trichoderma resseiおよびAspergillus nidulansにおけるHAC1のイントロン領域の間の配列相同性に基づいて、Yarrowia lipolytica HAC1(Genbank:XM_500811、Genolevures:Yali0B12716g)の可能性の有るスプライス部位を同定した。その5’および3’スプライス部位は、特徴的なループ構造内に局在すると予測され、そのイントロンは29bp長であると算出された。
Yarrowia lipolytica細胞(MTLY60株)を、hp4dプロモーターの発現制御下にあるスプライスされたHAC1 cDNAと選択マーカーとしてURA3遺伝子とを含有するベクター「PYHMAXHAC1ylスプライス型」(上記)を用いて形質転換した。酵母ゲノムへのこのベクターの組み込みをPCRを用いて検証した。そのPYHMAXHAC1ylスプライス型で形質転換されたMTLY60株をYPG中の2mLの培養物で、28℃で24時間増殖させた。それらの培養細胞をYNBで2回洗浄し、OD600 0.6に希釈し、50mMのリン酸緩衝液(pH:6.8)で緩衝したYTG中で24時間増殖させた。その後、それらの細胞をOD600 0.2に希釈し、さらに3世代増殖させて、中間指数期でそれらの細胞を回収した。そのペレットに、1mLのRNApure(商標)溶液を1gのガラスビーズと共にそれらの細胞に添加した。激しく振盪することによって細胞を破壊した。150μLのクロロホルムの添加によってそれらの破壊細胞からRNAを抽出し、イソプロパノールでRNAを沈殿させた。抽出されたRNAをDNAseででも処理して、一切の共沈DNA不純物を除去した。
培地:以下の実験のために3タイプの培地を用いた:BMY(酵母用緩衝培地:100mMリン酸カリウム(pH:6.0)/アミノ酸を伴わない1.34% YNB/1%酵母抽出物/2%ペプトン);BGMY(酵母用緩衝グリセロール−複合培地:100mMリン酸カリウム(pH:6.0)/アミノ酸を伴わない1.34% YNB/1%酵母抽出物/2%ペプトン/1%グリセロール);およびBMMY(酵母用緩衝メタノール−複合培地:100mMリン酸カリウム(pH:6.0)/アミノ酸を伴わない1.34% YNB/1%酵母抽出物/2%ペプトン/0.5%グリセロール)。
S.cerevisiaeにおいて、MNN6は、ホスホマンノース残基をN−グリカンに転移させる。従って、Y.lipolyticaにおけるYlMNN6の過剰発現は、リン酸化増加をもたらすことができる。さらに、YlMNN4およびYlMNN6の過剰発現によって、Y.lipolyticaのリン酸化に対する追加効果を得ることができる。YlMNN6コーディング領域(Genbank(登録商標)アクセッション番号XM_499811、Genolevures Ref:YALI0A06589g)を、PCRプライマー
異種タンパク質の分泌に対するHac1p過剰発現の評価
ヒグロマイシン耐性マーカーと、誘導性AOX1プロモーターの制御下にあるスプライスされたHAC1 cDNAとを含有するベクター(pPIChygppHAC1スプライス型)またはヒグロマイシン耐性マーカーと、構成的GAPプロモーターの制御下にあるスプライスされたHAC1 cDNAとを含有するベクター(pGAPhygHAC1ppスプライス型)を、誘導性AOX1プロモーターの制御下でmIL−10タンパク質を発現するGS115株に形質転換した。Pichia Expression kit(Invitrogen Cat.No.K1710−01、カリフォルニア州、カールズバッドのInvitrogen)からのエレクトロポレーションプロトコルに従って、P.pastoris細胞を形質転換した。それらのベクターを前記AOX1またはGAPプロモーター内で線形化して、Hac1p遺伝子の組み込みをそれぞれそのAOX1またはGAP遺伝子座にターゲッティングした。そのプラスミドの宿主ゲノムへの組み込みをPCRを用いて確認した。
ヒグロマイシン耐性マーカーと誘導性AOX1プロモーターの制御下にあるスプライスされたHAC1 cDNAとを含有するベクター(pPIChygppHAC1スプライス型)またはヒグロマイシン耐性マーカーと構成的GAPプロモーターの制御下にあるスプライスされたHAC1 cDNAとを含有するベクター(pGAPhygHAC1ppスプライス型)を、成熟ヒトインターフェロン−ベータ/アルファ−アグルチニン融合タンパク質、成熟マウスインターフェロンガンマ/アルファ−アグルチニン融合タンパク質、成熟ヒトエリスロポエチン/アルファ−アグルチニン融合タンパク質、またはアルファ−アグルチニンとマウストロンボモジュリンのレクチン様ドメインとの融合タンパク質(これらのそれぞれが、誘導性AOX1プロモーターの制御下にある)を発現するGlycoswitchMan5株に形質転換した。Pichia Expression kit(Invitrogen Cat.No.K1710−01)からのエレクトロポレーションプロトコルに従って、P.pastoris細胞を形質転換した。それらのベクターを前記AOX1またはGAPプロモーター内で線形化して、組み込みのためにHac1p遺伝子をそれぞれそのAOX1またはGAP遺伝子座にターゲッティングした。そのプラスミドの宿主ゲノムへの組み込みをPCRを用いて確認した。
Hac1pタンパク質を構成的に発現する株については、表面タンパク質のみを発現する参照株と比較して、4つすべてのタンパク質について表面発現レベルの改善をまったく観察することができないか、また、該発現レベルのはるかに小さな差しか観察することができなかった。ヒトインターフェロンベータを発現する細胞において、表面発現レベルの有意な減少が観察された。誘導性Hac1pを過剰発現する株(表5)については、次のことを観察することができた:1)ヒトインターフェロン−ガンマ表面発現株では、ヒトインターフェロン−ベータa−アグルチニン融合体のみを発現する参照株と比較して、表面発現レベルが1.8分の1になったことを観察することができ;2)ヒトエリスロポエチンa−アグルチニン融合タンパク質を表面発現する株については、前記参照株と比較して、表面発現レベルが1.3分の1になったことを観察することができ;3)ヒトインターフェロン−ベータを表面発現する株では、前記参照株と比較して、表面発現の差を観察することができず;および4)マウストロンボモジュリンレクチン様ドメインを表面発現する株では、前記参照株と比較して、表面発現レベルが1.9倍になったことを観察することができた。
(スプライスされたHAC1 cDNAから生産される)Hac1p産物の過剰発現が、P.pastorisにおける脂質代謝に影響を及ぼすかどうかを決定するために、上で説明したスプライスされたHAC1 cDNAで細胞を形質転換し、それらの細胞における脂質代謝に対するHac1pの影響を電子顕微鏡分析によって決定した。細胞をBMGYで48時間増殖させ、PBSで1回洗浄し、その後、BMMYでさらに48時間増殖させた。次に、8から12時間ごとに1%メタノールを含有する培地でそれらの細胞を培養した。その後、Baharaeenの方法(Baharaeenら(2004)Mycopathologia)による電子顕微鏡検査のためにそれらの細胞を調製した。簡単に言うと、グルタルアルデヒド(3%)とパラ−ホルムアルデヒド(pH7.2の0.05Mのカコジル酸ナトリウム中で緩衝された1.5%)とを含有する第一固定液を氷上で2時間、それらの細胞と接触させる。その後、それらの細胞を20分間、0.05Mのカコジル酸ナトリウムで3回洗浄した。洗浄後、それらの細胞を6%過マンガン酸カリウム溶液と1時間、室温で接触させ、その後、20分間、0.05Mのカコジル酸ナトリウムで3回洗浄した。実験結果を図54に提示する。P.pastorisにおける(スプライスされたHAC1 cDNAから生産される)Hac1p産物の過剰発現は、図54に示す電子顕微鏡写真(EM)において見ることができるような離散した積層膜領域の形成をもたらす。これらの結果は、脂質代謝に関与する遺伝子のその転写活性化経由でのHac1pの過剰発現が、P.pastorisにおける脂質代謝に対して強い影響を確かに及ぼすことを明示している。
Δoch1株によって発現される糖タンパク質に結合するMan5GlcNAc2の場合、α−1,2−マンノシダーゼを発現して、Man8GlcNAc2をMan5GlcNAc2へと切断することができる(すなわち、ゴルジ型α−1,2−マンノシダーゼ活性)。このマンノシダーゼは、分泌系にターゲッティングされるはずである。S.cerevisiae prepro接合因子に融合しており、HDEL配列でタグ付けされたTrichoderma reesei α−1,2−マンノシダーゼ(GenBank(登録商標)アクセッション番号:AF212153)は、Trichoderma reeseiおよびAspergillus nigerにおいてばかりでなくPichia pastorisにおいてもインビボでMan8GlcNAc2をMan5GlcNAc2へとトリミングすることができる。構成的hp4dプロモーターの制御下でY.lypolyticaにおいてMFManHDEL(HDEL配列でタグ付けしたTrichoderma reesei α−1,2−マンノシダーゼに融合したS.cerevisiaeα−接合因子prepro)を過剰発現する発現構築物を作製した(図23)。制限酵素NotIでのプラスミドpYHmAXManHDELの消化、それに続くアガロースゲル電気泳動を用いる所望のフラグメントの単離後、その発現カセットをそれらの細胞に形質転換した。
新しいプレートの単一コロニーから培養を開始し、250rpmのオービタルシェーカー内の50mL管の中の28℃の10mL YPDにおいて一晩増殖させた。次に、22mLの生産培地(2.5mLのオレイン酸エマルジョンを含む)が入っている250mL振盪フラスコにその前培養物を0.2の最終OD600で接種した。この培養物を250rpmのオービタルシェーカーの中で28℃でインキュベートした。その培養物のサンプルを、96時間培養を通して様々な時点で採取した。
滅菌50mLベッセルに、
20mLの滅菌水;
5mLのオレイン酸;および
125μLのTween 40
を添加する。
75Hzで1分間、超音波処理を行って、エマルジョンを形成させる。
1%酵母抽出物;
2%トリプトン;
1%グルコース;および
50mM ホスフェート pH6.8。
ヒトグルコセレブロシダーゼ(GLCM、Swiss Prot entry nr:P04061)を、Yarrowia lipolyticaでの発現用のコドン最適化cDNAとして化学合成した(配列番号15、図50)。
ヒトエリスロポエチン(Epo、Swiss Prot entry nr:P01588)をコードするcDNAを化学合成し、Yarrowia lipolyticaにおける発現のためにコドンを最適化した(配列番号16;図52)。その成熟タンパク質についてのcDNAコーディング配列をLIP2 preシグナル配列のコーディング配列に融合させた。この融合構築物を、オレイン酸誘導性POX2プロモーターの制御下でクローニングした。結果として生じたプラスミドをpYLPUXL2prehuEPOと名づけた。形質転換前に、そのプラスミドをNotIで切断し、発現カセットを含有するフラグメントを単離し、Yarrowia lipolytica株MTLY60Δoch1(実施例2に記載)に形質転換した。形質転換体候補を、実施例12に記載したとおり増殖させ、分泌されたタンパク質を、SDS PAGE後、R&D systemsから入手したモノクローナルマウス抗ヒトEpo抗体(クローンAE7A5)を使用するウエスタンブロットによって分析した。それらの細胞から得たEPO産物は、非常に均一なグリコシル化を示した。
ヒトα−ガラクトシダーゼA(AGAL、Swiss Prot entry nr:P06280)をコードするcDNAを、Yarrowia lipolyticaにおける発現用のコドン最適化cDNAとして化学合成した(配列番号17;図53)。
マンノシダーゼHDELのみの(すなわち、機能性OCH1遺伝子を含有する細胞における)発現が、真菌細胞によって発現されるタンパク質のより均一なグリコシル化をもたらすことができるかどうかを決定するために、マンノシダーゼHDELをコードする核酸を含有する発現カセット(実施例11参照)を野生型Yarrowia lipolytica po1d細胞に形質転換した。それらの細胞から得た分泌タンパク質から得られたグリカンをDSA−FACEによって分析した(図55)。分析したグリカンは、主として、Man5GlcNAc2および少ない部分であるMan6GlcNAc2から成った。これらの結果は、OCH1遺伝子の破壊が一切ない、マンノシダーゼHDELのみの発現が、Yarrowia lipolyticaによって発現されるタンパク質のより均一なグリコシル化をもたらすことを明示している。
本発明を「発明を実施するための形態」に関連して説明したが、上述の説明は、本発明を例証するためのものであり、本発明の範囲を限定するためのものではなく、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によって定義される。他の態様、利点および変形は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。
Claims (21)
- 改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を生産する方法であって、該方法は、
少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作されたYarrowia lipolytica細胞を提供すること;および
ターゲットタンパク質をコードする核酸を該細胞に導入すること
を含み、該細胞が該ターゲットタンパク質を改変N−グリコシル化形態で生産し、該ターゲットタンパク質がヒトタンパク質であり、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性の一方がOCH1活性の欠損を含み、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性のもう一方が、N−グリコシル化活性を有するタンパク質の発現を含み、ここで、該N−グリコシル化活性を有する発現されるタンパク質が、該ターゲットタンパク質のマンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドであり、そして、該マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドがMNN4である、方法。 - 前記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を単離することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ターゲットタンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、成長因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または融合タンパク質である、請求項1〜2のいずれかに記載の方法。
- 前記融合タンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、成長因子、サイトカインまたはケモカインと抗体またはその抗原結合フラグメントとの融合体である、請求項3に記載の方法。
- 前記ターゲットタンパク質が、リソソーム貯蔵障害(LSD)に関連したタンパク質である、請求項1〜4のいずれかに記載の方法。
- 前記ターゲットタンパク質が、グルコセレブロシダーゼ、ガラクトセレブロシダーゼ、アルファ−L−イズロニダーゼ、ベータ−D−ガラクトシダーゼ、ベータ−グルコシダーゼ、ベータ−ヘキソサミニダーゼ、ベータ−D−マンノシダーゼ、アルファ−L−フコシダーゼ、アリールスルファターゼB、アリールスルファターゼA、アルファ−N−アセチルガラクトサミニダーゼ、アスパルチルグルコサミニダーゼ、イズロネート−2−スルファターゼ、アルファ−グルコサミニド−N−アセチルトランスフェラーゼ、ベータ−D−グルコロニダーゼ、ヒアルロニダーゼ、アルファ−L−マンノシダーゼ、アルファ−ノイラミニダーゼ、ホスホトランスフェラーゼ、酸性リパーゼ、酸性セラミダーゼ、スフィンゴミエリナーゼ、チオエステラーゼ、カテプシンK、およびリポタンパク質リパーゼからなる群より選択される、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 前記改変N−グリコシル化形態が、1つ以上のN−グリカン構造を含む、請求項1〜6のいずれかに記載の方法。
- 前記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質が、均一である、請求項7に記載の方法。
- 前記改変N−グリコシル化を含有する改変ターゲット分子の割合が、少なくとも20%である、請求項8に記載の方法。
- 前記改変N−グリコシル化を含有する改変ターゲット分子の割合が、少なくとも30%である、請求項8に記載の方法。
- 前記改変N−グリコシル化を含有する改変ターゲット分子の割合が、少なくとも40%である、請求項8に記載の方法。
- 前記N−グリコシル化活性を有する発現されるタンパク質が、前記細胞内の外因性核酸によってコードされたタンパク質である、請求項1に記載の方法。
- 前記方法において、糖タンパク質のマンノシル残基の少なくとも30%が、リン酸化される、請求項1または12に記載の方法。
- 前記糖タンパク質のインビトロまたはインビボでの追加のプロセッシングをさらに含む、請求項1、12または13に記載の方法。
- 前記追加のプロセッシングが、
前記修飾糖タンパク質への異種部分の付加;
前記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質の酵素的または化学的処理;
マンノシダーゼ、マンナナーゼ、ホスホジエステラーゼ、グルコシダーゼまたはグリコシルトランスフェラーゼでの前記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質の処理;
フッ化水素酸での前記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質の処理;または
前記改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質のリン酸化
を含む、請求項14に記載の方法。 - 前記異種部分が、ポリマーまたは担体である、請求項15に記載の方法。
- 少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作された、単離されたYarrowia lipolytica細胞であって、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性の一方がOCH1活性の欠損を含み、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性のもう一方が、N−グリコシル化活性を有するタンパク質の発現を含み、ここで、該N−グリコシル化活性を有する発現されるタンパク質が、ターゲットタンパク質のマンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドであり、該マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドがMNN4であり、そして、該細胞が改変N−グリコシル化形態のヒトタンパク質の生産に使用される、細胞。
- 前記N−グリコシル化活性を有する発現されるタンパク質が、ヒトタンパク質である、請求項17に記載の単離された細胞。
- 少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作されたYarrowia lipolytica細胞から調製された細胞溶解産物とターゲットタンパク質を接触させることを含む、改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を生産する方法であって、該細胞溶解産物とターゲットタンパク質の接触が、結果として、改変されたN−グリコシル化形態の該ターゲットタンパク質を生じさせ、該ターゲットタンパク質がヒトタンパク質であり、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性の一方がOCH1活性の欠損を含み、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性のもう一方が、N−グリコシル化活性を有するタンパク質の発現を含み、ここで、該N−グリコシル化活性を有する発現されるタンパク質が、該ターゲットタンパク質のマンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドであり、該マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドがMNN4である、方法。
- N−グリコシル化活性を有する1つ以上のタンパク質とターゲットタンパク質を接触させることを含む、改変N−グリコシル化形態のターゲットタンパク質を生産する方法であって、該N−グリコシル化活性を有する1つ以上のタンパク質が、少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作されたYarrowia lipolytica細胞から得られ、および該N−グリコシル化活性を有する1つ以上のタンパク質とターゲット分子の接触が、結果として、改変されたN−グリコシル化形態の該ターゲットタンパク質を生じさせ、該ターゲットタンパク質がヒトタンパク質であり、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性の一方がOCH1活性の欠損を含み、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性のもう一方が、N−グリコシル化活性を有するタンパク質の発現を含み、ここで、該N−グリコシル化活性を有する発現されるタンパク質が、該ターゲットタンパク質のマンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドであり、該マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドがMNN4である、方法。
- Yarrowia lipolytica細胞を含む細胞の培養物であって、該細胞は少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性を含むように遺伝子操作され、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性の一方がOCH1活性の欠損を含み、該少なくとも2つの修飾N−グリコシル化活性のもう一方が、N−グリコシル化活性を有するタンパク質の発現を含み、ここで、該N−グリコシル化活性を有する発現されるタンパク質が、ターゲットタンパク質のマンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドであり、該マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドがMNN4であり、そして、該細胞が改変N−グリコシル化形態のヒトタンパク質の生産に使用され、該培養物中の生細胞の総数の40%未満が、遺伝子操作されたYarrowia lipolytica細胞以外の生細胞である、培養物。
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