JP5189569B2 - 標識および標識補体として使用するためのポリヌクレオチド、製品、ならびにその使用方法 - Google Patents
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Description
本発明は例えば、分子の分類をするオリゴヌクレオチド標識ファミリーの使用に関するものである。標識補体への特異ハイブリダイゼーションによって、特定の標識ファミリーメンバーは互いに区別される。
基本的なプロセスであるオリゴヌクレオチドとアナログの特異ハイブリダイゼーションは、診断アッセイで病気関連のポリヌクレオチドを識別、新ターゲット・ポリヌクレオチドのクローンをスクリーニングし、ポリヌクレオチド混合物ブロットで特異ポリヌクレオチドを識別、不適切に発現された遺伝子とDNA塩基配列決定を治療学的に妨害するなど幅広い種類の研究、医療用、産業上の利用に使われている。配列特異ハイブリダイゼーションは、高生産性複合核酸アッセイの発展には重要である。ヒトゲノムプロジェクトなどのプロジェクトで得た膨大な配列情報量をさらに広げるアッセイフォーマットである高性能な配列特異ハイブリダイゼーションを成功させるのは非常に難しくなってきている。
少なくとも2ヌクレオチド違う場合、各24merは次のものより少なくとも6ヌクレオチド違うことが検討されている。一連の二配列間にアランメントを形成する時は、組み込みや欠失を考慮せずに決められる。このようにして固有な「ジップコード」配列が作成される。ジップコードはターゲット依存方法(target dependent manner)でラベルに結合すると、固有なジップコードを作り出し、チップ上でそのアドレスに交雑される。ジップコードが他のアドレスにクロス交雑するのを最小限におさえるためには、ハイブリダイゼーション反応が75〜80℃の温度で行わなければならなず、ハイブリダイゼーションの高温度状態のため、部分的なホモロジーを持っている24mersは、完全な相補性の配列より少なく交雑すると「デッドゾーン」となる。この厳密なハイブリダイゼーション状態を実行する方法には例えば高温度ハイブリダイゼーションがあり、これはBrennerらによっても実行されている。
核酸検出アッセイの使用に望ましいハイブリダイゼーション特質を得るため、コンピューターのアルゴリズムを使用して1168の配列のファミリーを得た。最小限のクロス交雑で相補する配列に正確に交雑するというファミリーメンバーの性能を実証して、一連の1168 オリゴヌクレオチド配列はハイブリダイゼーションアッセイで部分的に特徴づけられた。これらは表Iの配列番号:1から1168 を持つ配列である。
一連のどの配列対でも、
M1≦15、M2≦12、M3≦19、M4≦15、M5≦18であり、
M1は内部インデルのないアラインメントのマッチの最大スコア;
M2はアラインメントのマッチしているブロックの最大長;
M3は最大のスコアがあるアラインメントのマッチしている最大スコア;
M4は最大のスコアがあるアラインメントのマッチしている二つの最長ブロック長の最大の和;
M5は最大スコアのアラインメントで少なくとも3長のマッチしている全ブロッ
ク長の最大の和であり、ここで
アラインメントのスコアは(A x m) - (B x mm) - (C x (og + eg)) -(D x eg))の式で決定され、ここで、
各(i)から(iv)は:
(i) m = 6、mm = 6、og = 0 および eg = 6、
(ii) m = 6、mm = 6、og = 5 および eg = 1、
(iii)m = 6、mm = 2、og = 5 および eg = 1、
(iv) m = 6、mm = 6、og = 6 および eg = 0、
Aはアラインメントのマッチした塩基対の合計数;
Bはアラインメントの内部のミスマッチした対の合計数;
Cはアラインメントの内部ギャップの合計数;
Dはアラインメントの内部インデルの合計数引く、アラインメントの内部ギャップの合計数であり、
ここで、最大スコアは各(i)、(ii)、(iii)、(iv)別々で決定される。
一連のどの配列対でも、
M1≦18、M2≦16、M3≦20、M4≦17、M5≦19、
M1は内部インデルがないアラインメントのマッチする最大スコア;
M2はアラインメントのマッチしているブロックの最大長;
M3は最大スコアをもつアラインメントのマッチの最大スコア;
M4は最大スコアアラインメントのマッチの二つの最長ブロック長の最大の和;
M5は最大スコアのアラインメントの少なくともマッチしている3長の全ブロックの長さの最大の和。ここで、
アラインメントのスコアは(A x m) - (B x mm) - (C x (og + eg)) -(D x eg))の式で決定される。ここで、
各(i)から(iv)は、
(i) m = 6、mm = 6、og = 0 および eg = 6、
(ii) m = 6、mm = 6、og = 5 および eg = 1、
(iii)m = 6、mm = 2、og = 5 および eg = 1、ならびに
(iv) m = 6、mm = 6、og = 6 および eg = 0、
Aはアラインメントのマッチした塩基対の合計数;
Bはアラインメントの内部のミスマッチした対の合計数;
Cはアラインメントの内部ギャップの合計数;
Dはアラインメントの内部インデルの合計数引く、アラインメントの内部ギャップの合計数。
ここで、最大スコアは各(i)、(ii)、(iii)、(iv)別々に決定される。
を構成している組成物のことで、各分子は表IAの配列群をベースとしたオリゴヌ
クレオチド集団から選択されたオリゴヌクレオチドを構成し、各1から3は各
配列の3までのヌクレオチド塩基が以下に提供されるヌクレオチド塩基と置き換えれるという条件で、他の1から3と区別するため選択されたヌクレオチド塩基である:
一連のどの配列ペアでも、
M1≦18、M2≦16、M3≦20、M4≦17、M5≦19、
M1は内部インデルがないアラインメントのマッチの最大スコア;
M2はアラインメントのマッチするブロックの最大長;
M3は最大スコアをもつアラインメントのマッチの最大スコア。
M4は最大スコアのアラインメントのマッチの二つの最長ブロック長さの最大の和;
M5は最大スコアのアラインメントの少なくとも3長のマッチする全ブロック長
の最大の和。
アラインメントのスコアは3A - B - 3C - Dの式で決定される。
Aはアラインメントのマッチした塩基対の合計数;
Bはアラインメントの内部のミスマッチした対の合計数;
Cはアラインメントの内部ギャップの合計数;
Dはアラインメントの内部インデルの合計数引く、アラインメントの内部ギャップの合計数。
群を含む。
M1 > 19/24 x L1、M2 > 17/24 x L1、M3 > 21/24 x L1、M4 > 18/24 x L1、M5 > 20/24 x L1、ここでL1は対の最短長の配列である。ここで、
M1は内部インデルがない配列対アラインメントのマッチの最大スコア。
M2は配列対アラインメントのマッチのブロックの最大長。
M3は最大スコアをもつ配列対アラインメントのマッチの最大スコア。
M4は最大スコアの配列対アラインメントのマッチの2つの最長ギャップ最大の和。
M5は最大スコアの配列対アラインメントで、少なくとも3長のマッチする全ギャップ長の最大の和。ここで、
アラインメントのスコアは(A x m) - (B x mm) - (C x (og + eg)) -(D x eg))の式で決定される。ここで、
各(i)から(iv)は、
(i) m = 6、mm = 6、og = 0 および eg = 6、
(ii) m = 6、mm = 6、og = 5 および eg = 1、
(iii)m = 6、mm = 2、og = 5 および eg = 1、
(iv) m = 6、mm = 6、og = 6 および eg = 0、
Aはアラインメントのマッチした塩基対の合計数。
Bはアラインメントの内部のミスマッチした対の合計数。
Cはアラインメントの内部ギャップの合計数。
Dはアラインメントの内部インデルの合計数引く、アラインメン
ト内部ギャップの合計数。
ここで、最大スコアは各(i)、(ii)、(iii)、(iv)別々で決定される。
M1≦18、M2≦16、M3≦20、M4≦17、M5≦19
M1は内部インデルがない配列対の任意のアラインメントのマッチの最大スコア。
M2は配列対のアラインメントのマッチするブロックの最大長。
M3は最大スコアをもつ配列対の任意のアラインメントのマッチの最大スコア。
M4は最大スコアの配列対のアラインメントのマッチする2つの最長ブロックの最大の和。
M5は最大スコアの配列対のアラインメントで少なくともマッチする3長の全ブロック長の最大の和。ここで、
前記アラインメントのスコアは3A - B - 3C - Dの式で決定される。ここでは、
Aはアラインメントのマッチした塩基対の合計数。
Bはアラインメントの内部のミスマッチした対の合計数。
Cはアラインメントの内部ギャップの合計数。
Dはアラインメントの内部インデルの合計数引く、アラインメント内部ギャップの合計数。
(A) 第一プライマーの存在下で標識配列が標識配列に相補的な配列で5'末端の拡大した分子を形成するために核酸分子を増幅する。この第一プライマーは、5'-配列を持ち、本発明の標識補体ファミリーに属している標識補体配列に相補的な標識配列を持つ。
(B) ポリメラーゼと増幅した配列の3'末端に相補的な5'末端を持つ第二プライマーが存在する増幅分子を伸長する。多数のヌクレオチド三リン酸塩誘導体の存在下で、第二プライマーの3'末端が最隣接した前記の遺伝子座に伸長し、それぞれの誘導体は(i)転写の間、増大するヌクレオチド鎖の3'末端にポリメラーゼの組み入れが可能(ii)重合の終結を引き起こす(iii) それぞれの微分検出が可能な誘導体であり、それらには増幅した配列の遺伝子座にありうる各ヌクレオチドに相補的な前記の誘導体がある。
(C) 特に第二プライマーが(A)の標識補体配列を持った標識補体にハイブリダイズし、
(D) 核酸の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、(B)の第二プライマーに組み込まれているヌクレオチド誘導体を検出する。
(A) 第一プライマーの存在下で標識配列が標識配列に相対的な配列で5'末端の拡大した分子を形成するために核酸分子を増幅する。この第一プライマーは、5'-配列を持ち、本発明の標識補体ファミリーに属している標識補体配列に相補的な標識配列を持つ。
(B) ポリメラーゼと増幅した配列の3'末端に相補的な5'末端を持つ第二プライマーの存在下で増幅分子を伸長する。多数のヌクレオチド三リン酸塩誘導体の存在下で、第二プライマーの3'末端が最隣接した前記の遺伝子座に伸長し、それぞれは(i)転写の間、増大するヌクレオチド鎖の3'末端にポリメラーゼの組み入れが可能(ii)重合の終結を引き起こす(iii) それぞれの微分検出が可能な誘導体であり、それらには増幅した配列の遺伝子座にありうる各ヌクレオチドに相補的な前記の誘導体がある。
(C) 特に第二プライマーが(A)の標識補体配列を持った標識補体にハイブリダイズし、
(D) 核酸の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、(B)の第二プライマーに組み込まれているヌクレオチド誘導体を検出する。
ここで(A)の各標識は各核酸分子にとって固有である。段階(A)と(B)は相互の存在下で前記の核分子を使って行なわれる。
(A) 第一プライマー対の存在下で標識配列が標識配列に相補的な配列で5'末端の拡大した分子を形成するために二本鎖分子を増幅する。この第一プライマーは、同一の5'配列を持ち、本発明の標識補体ファミリーに属している標識補体配列に相補的な標識配列を持つ。
(B) ポリメラーゼと増幅した配列の3'末端に相補的な5'末端を持つ第二プライマー対が存在する増幅分子を伸長する。多数のヌクレオチド三リン酸塩誘導体の存在下で、前記第二プライマーの3'末端が最隣接した前記の遺伝子座に伸長し、それぞれは(i)転写の間、増大するヌクレオチド鎖の3'末端にポリメラーゼの組み入れが可能(ii)重合の終結を引き起こす(iii) それぞれの微分検出が可能な誘導体であり、それらには増幅した配列の遺伝子座にありうる各ヌクレオチドに相補的な前記の誘導体がある。
(C) 特に第二プライマーが(A)の標識補体配列を持った標識補体にハイブリダイズし、
(D) 前記の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、(B)の第二プライマーに組み込まれているヌクレオチド誘導体を検出する。
ここで(A)の各標識の配列は各核酸分子にとって固有で、段階(A)と(B)は相互の存在下で前記の核分子を使って行なわれる。
(a) 分子とプライマーを交雑する。5'配列のプライマーは、本発明の標識補体ファミリーに属する標識補体の配列に相補体的な標識配列で、又3'末端が近傍の遺伝子座に伸長する。
(b) 複数のヌクレオチド3 リン酸塩の誘導体の存在下で、プライマーの3'末端を酵素的に伸長する。それぞれは(i) 増大するヌクレオチドストランドの3'-末端に酵素の取り込みが可能(ii) 前記の伸長の終結を引き起こす。(iii)たがいに微分検出が可能な誘導体であり、それらには前記の遺伝子座に存在する限りの各ヌクレオチドに相補的な前記の誘導体がある。
(c)特に段階(b)で形成された伸長プライマーを(a)の標識補体配列をもつ標識補体に交雑する。
(d) 核酸分子の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、段階(b)のプライマーに組み込まれているヌクレオチド誘導体を検出する。
ここで(a)の各標識は各核酸分子にとって固有であり、段階(a)と(b)は相互の存在下で、前記の核分子を使って行なわれる。
(i) 第一ラベルでターゲットをラベルする。
(ii) ターゲットへの特異バインディングが可能な最初の検出部分を準備する。第一標識を含む。
(iii)前記の特定分子とターゲットのバインディングを可能にする(起こす)状態下で、混合物サンプルを検出部分に露出する。
(iv)本発明の適切な標識補体ファミリーを用意する。このファミリーには第一標識の補体に相補的な配列を持っている第一標識補体を含んでいる。
(v) 第一標識とその標識補体の特異ハイブリダイゼーションを可能にする(起こる)状態下で、サンプルを標識補体ファミリーに露出する。
(vi) 混合物にある前記のターゲットの存在や欠如を決定するため、最初の前記の標識補体にハイブリダイズした前記の最初の検出部分が、前記のラベル付けされたターゲットと結合されているかを決定する。
本発明はオリゴヌクレオチド配列標識ファミリーを使って分子の複合体混合物を区別する方法である。オリゴヌクレオチド配列標識ファミリーは区別する過程において、最小のクロス交雑を行なうように設計されており、このように配列ファミリー内のどの配列も、当業者には知られている適切なハイブリダイゼーション条件下で、配列ファミリーから派生した他のどの配列とも著しくクロス交雑しない。本発明は分析物の超並列処理に特に有効である。
本発明は、相互に最小限クロス交雑することが実証されている24merポリヌクレオチドを含んでいる。ポリヌクレオチドファミリーは、このように標識ファミリーとして有効で、その補体は標識補体として有効である。
アラインメントR1:
・マッチmの報酬
・ミスマッチmmの罰則
・ギャップog を開いた罰金
・ギャップeg を伸長した罰金
1. 最初のマッチに先行する各縦列と最後のマッチの後の各縦列に0 を割り当てる。
2. 残りの各縦列は、マッチであればm を割り当てミスマッチであれば-mm 、ギャップライマーの最初のインデルであれば-og-eg 、インデルだがギャップの最初のインデルでない場合は-eg を割り当てる。
・M1はアラインメント全部の最大数で内部インデル無し;
・M2はアラインメント全部のブロック最大長;
・M3は最大スコアのアラインメント全部の最大数;
・M4は最大スコアのアラインメント全部の最大長の二つのブロックの最大の和;・M5は最大スコアのアラインメント全部の、少なくとも3長のブロック全部の長さの最大の和。
・重量{6、6、0、6}で、M1 = 8、M2 = 4、M3 = 10、M4 = 6、
M5 = 6;
・重量{3、1、2、1}で、M1 = 8、M2 = 4、M3 = 10、M4 = 6、M5 = 4
・M1 > 16 あるいは
・M2 > 13 あるいは
・M3 > 20 あるいは
・M4 > 16 あるいは
・M5 > 19
{6、6、0、6}、あるいは{6、6、5、1}、あるいは{6、2、5、1}、あるいは{6、6、6、0}のどちらかの重量を使用する時である。言い換えれば、SとT 間の5 つの類似基準は上記の各4 つの重量セットで決定され、これらの閾値に対して調べられる(合計20の試験)。
・M1 > 19 あるいは
・M2 > 17 あるいは
・M3 > 21 あるいは
・M4 > 18 あるいは
・M5 > 20
{6、6、0、6}か{6、6、5、1}か{6、2、5、1}か{6、6、6、0}のどちらかの重量を使用している時は、低いクロス交雑を示し、閾値の減少はさらに低いクロス交雑の配列集団を作り出す。もう一つの方法として、重量{3、1、2、1}のどれかを使用するとき、「過度の類似」は次のようにも定義される。
・M1 > 19か
・M2 > 17か
・M3 > 21か
・M4 > 18か
・M5 > 20
代わりに、他の重量の組み合わせは、低いクロス交雑で配列集団となる。
M1 > 19/24 x L1
M2 > 17/24 x L1
M3 > 21/24 x L1
M4 > 18/24 x L1
M5 > 20/24 x L1
好ましくは本発明のオリゴヌクレオチド配列が直接に標準ホスホラミダイ
ト合成方法あるいはそのようなもので合成されることである(Caruthersら、Methods in Enzymology; 154、287-313: 1987; Lipshutzら、Nature Genet.; 21、20-24: 1999; Fodorら、Science; 251、763-773: 1991)。2本鎖安定に効果的なペプチド核酸や修飾ヌクレオチドのような非天然塩基が含まれている代用化学も使用してもよい(Hacia ら; Nucleic Acids Res ;27: 4034-4039、1999; Nguyen ら、Nucleic Acids Res.;27、1492-1498: 1999; Weiler ら、Nucleic Acids Res.; 25、2792-2799:1997)。本発明のオリゴヌクレオチド配列をホスホロチオネートかホスホロチアミド・ヌクレオチドのような交代性ヌクレオチドバックボーンで合成するのも可能である。段階的な方法で配列ブロックの追加による合成方法は使われることがある(Lyttle ら、Biotechniques、19: 274-280 (1995)。合成は適応用の固相担体として使われる基質に直接におこなってもよい。あるいはオリゴヌクレオチドは溶液用として担体から切断できるか、第二の担体に結合できる。
異なった固相担体は本発明に使え、それらはスライドに限らず、プレート、チップ、面ブラン、ビーズ、微粒子、その他同様なものである。固相担体は素材も様々で、プラスティック、ガラス、シリコン、ナイロン、ポリスチレン、シリカゲル、ラテックス、などそのようなもので構成されている。担体の表面は普通の取り付け方法で相補的な標識補体で表面が覆われている。
オリゴヌクレオチド標識配列ファミリーは分析物集合に共役され、色々違った方法で最も好ましくはポリヌクレオチド配列であるが、ポリヌクレオチドに限らず直接の化学合成、化学カップリング、連結、増幅、その様なものも最適である。プライマー配列で合成されている配列標識は、例えばPCR 増幅にあるターゲットのプライマーの酵素伸長に使用できる。
疾病診断や単一ヌクレオチド多形性分析、遺伝子型特定、発現分析遺伝子分析などに非クロス交雑配列ファミリーが適用できる遺伝分析分野が多数ある。遺伝子分析のそのような方法はプライマー伸長方法と呼ばれ(遺伝ビット分析としても知られている(Nikiforovら、Nucleic Acids Res.; 22、4167-4175: 1994;Headら Nucleic Acids Res.; 25、5065-5071: 1997))、これはゲノムDNA 内の特異多形性サイトにあるヌクレオチドの同定には非常に正確な方法である。標準のプライマー伸長反応では定義された多形のサイトがあるゲノムDNA 部分は、多形サイトに隣接するプライマー使用のPCRで伸長される。多形性サイトにどのヌクレオチドが存在するのか同定するには、第三のプライマーは多形の位置がプライマーまですぐ3'のとこにあるよう合成される。プライマー伸長反応にはDNA ポリメラーゼ1のクレノーサブユニットのような4までのジデオキシヌクレオチド・三リン酸エステルとDNA ポリメラーゼである伸長用のプライマーとしての伸長DNA が含まれるよう設置されている。ジデオキシ・ヌクレオチドの使用で、多形サイトに一致するサイトのプライマー3' 末端に一塩基が加えられる。このような方法で特異多形サイトにあるヌクレオチドの同一性は、各反応に組み入れられ蛍光の色素でラベルされたヌクレオチドの同一性によって決定されることができるが、この方法の大きな弱点は低い処理量である。各プライマー伸長反応は個々の管で単独で行なわれる。
キットには例えば遺伝分析用に非クロス交雑配列ファミリーを入れることがあり、少なくとも溶液状あるいは固体担体状の非クロス交雑配列の1 セットが入っている。できれば配列が微粒子に結合しており、施用に適切な緩衝液と試薬が入るとよいし、試薬としては酵素、ヌクレオチド、蛍光ラベル、その他特別な用途に必要なものを入れることがあり、このキットの正しい使い方も説明されている。
実施例1 - ビーズ配列のクロストーク挙動
表1から不規則に選択された100 配列群は最小限クロス交雑するオリゴヌクレオチドファミリーとして使用できるか試験した。選択された100本の配列は試験の配列に割り当てられた数字で別々に表Iに表示した。
非クロス交雑配列標識またはサブ集団ファミリーは合成中にオリゴヌクレオチドプローブ配列に装着され、増幅したプローブ配列を生成するのに使用できる。非クロス交雑配列標識のPCR 増幅の可能性と、その後の二次元アレイあるいはビーズアレイでの適正な位置にそれぞれ各自の配列をアドレス指定する試験のため次の実験が考案された。24merの標識配列が5'-3'の特異方法でp53のエクソン特異配列(20mer逆プライマー)に接続することができ、p53 配列を接続することはヌクレオチド遺伝子配列の逆性の補体を意味する。増幅後に一本鎖DNA が次の発生を促進する為、標識逆プライマーが5'端末で改質リン酸塩(PO4)で合成できる。フォーワード増幅プライマー(5'-3')で表される適切なエクソンは第二のPCR プライマーで生成される。この時点でフォーワードプライマーはCy3-アビディンあるいは同等のものを検出できるよう、5'-修飾ビオチンでラベルすることができる。
エクソン-1 リバースプライマーの上の数字は、示された塩基のゲノムヌクレオ
チドの位置を表す。
238 bp に成る生成物を増幅する。
キソヌクレア-ゼ消化の影響下にあるのでその結果、固相アレイに共有結合的に結合している標識配列に相補的な一本鎖配列(反標識)の露出を引き起こす。この結果できた生成物は95℃で5 分間加熱され、その後10〜50 nMの濃度でアレイに直接付けられた。ハイブリダイゼーションと並列の分類に続き、標識エクソン1 配列はCy3-ストレプトアビジンを使用し視覚化される。ビオチン化した生成物が直接視覚化するだけでなく、生成物そのものはSNP 検出やハプロタイプ決定などの増幅領域の解析をさらに行なう基質としての働きもできる。
非クロス交雑:
それぞれが完全な補体でない2つの配列間でのハイブリダイゼーションの欠如を表す。
一本鎖基質に全部ではないが一部的に相補的な一本鎖DNA 配列の水素結合。
DNAの鎖の塩基配列をもとに2本あるいはそれ以上の別々のDNA ストランドが相互にどれだけ密に関連しているかを表す。
A、G、T/U、Cの記号はここで技術的に一般的な意味をとる。TとUの場合、ストランド間の水素結合(Watson-Crick)に関してこれらは相互に同等で、本発明との関連では活動中の結合特質である、ということをこの分野の技術者は理解するであろう。従って2塩基は互換性があり、T/Uの指摘となる。化学物質でヌクレオチド塩基に似ているはアナログである。これは普段DNA には表れないが、多少の構造の違いはあるがヌクレオチドの代用ができる塩基である。本発明に特に有益なのは天然にできた塩基が別々に適切なところに挿入できるということである。そのようなアナログは非天然塩基で、それにはペプチド核酸やその様なものがあり、天然にできるヌクレオチド塩基と同じ方法で普通のWatson-Crick 式でペアリングをおこなう。
DNA 配列の反転あるいは「鏡」イメージ。相補DNA 配列はすべての「T」に「A」が、すべての「G」に「C」がある。一本鎖DNAの2本の相補鎖、例えば標識配列とその補体、は二本鎖分子を作り出す為に合体する。
メッセンジャーRNA 鋳型から合成されたDNA。物理地図作成のプローブとして一本鎖型がおもに使用される。
短いヌクレオチド高分子をしめす。ヌクレオチドは天然のヌクレオチド塩基あるいはアナログのものがある。
共に使用した時にクロス交雑しない他のオリゴヌクレオチドの最低一つと特異的に分析物を分類するのに使用することが出来るオリゴヌクレオチドを参照とする。
Claims (19)
- 以下の特徴を有する、最小限に交差ハイブリダイズするオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団:
(a)各標識もしくは標識補体はシトシンもしくはグアノシン残基のいずれかを含んでおらず、
(b)1つの標識もしくは標識補体中で2つのシトシンもしくはグアノシン残基は互いに隣接して位置しておらず、2つのシトシンもしくはグアノシン残基は多くとも6個の非シトシンもしくは非グアノシン残基でそれぞれ分離されており、
(c)各標識もしくは標識補体中のシトシンもしくはグアノシン残基の数はL/4を超えず、ここでLはオリゴヌクレオチド中の塩基の数であり、
(d)各標識もしくは標識補体は4個以上連続する同一のヌクレオチドを含まず、
(e)各標識もしくは標識補体中のグアノシンもしくはシトシン残基の数は、該集団の他のすべての標識もしくは標識補体中のグアノシンもしくはシトシン残基の平均数から1個より多く違わず、
(f)各標識もしくは標識補体が37℃で0.2M塩化ナトリウム、0.1Mトリス、0.08% Triton(登録商標)X-100、pH 8.0を含むハイブリダイゼーション条件に曝された場合、標識もしくは標識補体と標識もしくは標識補体に完全に相補的でない集団中のオリゴヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション最大度が、標識もしくは標識補体と該標識もしくは標識補体に完全に相補的なオリゴヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション度の30%を超えず、かつ、各標識もしくは標識補体の長さが24ヌクレオチドである。 - 各標識もしくは標識補体が、該標識もしくは標識補体の末端から7残基以内に位置するグアノシン残基もしくはシトシン残基のいずれかを含んでいる、請求項1記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 各オリゴヌクレオチドがシトシン残基を含んでいない、請求項1記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 各オリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体が37℃で0.2M塩化ナトリウム、0.1Mトリス、0.08% Triton(登録商標)X-100、pH 8.0を含むハイブリダイゼーション条件に曝された場合、標識もしくは標識補体と標識もしくは標識補体に完全に相補的でない集団中のオリゴヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション最大度が、標識もしくは標識補体と該標識もしくは標識補体に完全に相補的なオリゴヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション度の20%を超えない、請求項1〜3のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 各オリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体が37℃で0.2M塩化ナトリウム、0.1Mトリス、0.08% Triton(登録商標)X-100、pH 8.0を含むハイブリダイゼーション条件に曝された場合、標識もしくは標識補体と標識もしくは標識補体に完全に相補的でない集団中のオリゴヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション最大度が、標識もしくは標識補体と該標識もしくは標識補体に完全に相補的なオリゴヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション度の15%を超えない、請求項1〜4のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 各オリゴヌクレオチド中のグアノシンもしくはシトシン残基の数が同一である、請求項1〜5のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 各標識もしくは標識補体が6個のグアノシンもしくはシトシン残基のいずれかを含む、請求項1〜6のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 標識もしくは標識補体が固相担体に付着している、請求項1〜7のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 担体が複数の空間的にアドレス指定可能な領域を含む平面状基質である、請求項8に記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 標識もしくは標識補体が微粒子に共有結合で連結されている、請求項8記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 微粒子がコード化されており、コード化微粒子の各々がそれに付着した異なる標識もしくは標識補体を有している、請求項10記載のオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団。
- 標識もしくは標識補体として使用するための最小限に交差ハイブリダイズする分子を含む組成物であって、各分子が24ヌクレオチド塩基の長さの配列を含むオリゴヌクレオチドを含み、各配列がグアノシン残基を含み、かつ、各配列についてLを該配列中の塩基の数とした場合にグアノシン残基の数がL/4を超えず、かつ、各配列がシトシン残基を含まず、該配列中で2つのグアノシン残基は互いに隣接して位置しておらず、2つのグアノシン残基は多くとも6個の非グアノシン残基でそれぞれ分離されており、
一定の一連のハイブリダイゼーション条件下において、該オリゴヌクレオチドと該組成物中の異なるオリゴヌクレオチドの補体との間の交差ハイブリダイゼーション度は、該オリゴヌクレオチドと該オリゴヌクレオチドの補体との間のハイブリダイゼーション度の15%を越えず、かつ、
該一定の一連のハイブリダイゼーション条件により、ハイブリダイゼーション条件が0.2 M塩化ナトリウム、0.1 M トリス、0.08% Triton(登録商標)X-100、pH 8.0、37℃を含むときに得られるハイブリダイゼーションレベルと同じハイブリダイゼーションレベルが得られ、かつ、オリゴヌクレオチドは微粒子に共有結合されている、組成物。 - 標識もしくは標識補体として使用するための最小限に交差ハイブリダイズする分子を含む組成物であって、各分子が24ヌクレオチド塩基の長さの配列を含むオリゴヌクレオチドを含み、各配列がシトシン残基を含み、かつ、各配列についてLを該配列中の塩基の数とした場合にシトシン残基の数がL/4を超えず、かつ、各配列がグアノシン残基を含まず、該配列中で2つのシトシン残基は互いに隣接して位置しておらず、2つのシトシン残基は多くとも6個の非シトシン残基でそれぞれ分離されており、
一定の一連のハイブリダイゼーション条件下において、該オリゴヌクレオチドと該組成物中の異なるオリゴヌクレオチドの補体との間の交差ハイブリダイゼーション度は、該オリゴヌクレオチドと該オリゴヌクレオチドの補体との間のハイブリダイゼーション度の15%を越えず、かつ、
該一定の一連のハイブリダイゼーション条件により、ハイブリダイゼーション条件が0.2 M塩化ナトリウム、0.1 M トリス、0.08% Triton(登録商標)X-100、pH 8.0、37℃を含むときに得られるハイブリダイゼーションレベルと同じハイブリダイゼーションレベルが得られ、かつ、オリゴヌクレオチドは微粒子に共有結合されている、組成物。 - 各配列が配列の末端から7残基以内に位置するグアノシン残基を含む、請求項12記載の組成物。
- 各配列中に存在するグアノシン残基またはシトシン残基の数が同一である、請求項12または13記載の組成物。
- 各配列が6個のグアノシン残基または6個のシトシン残基を含む、請求項12または13記載の組成物。
- オリゴヌクレオチドがコード化微粒子に共有結合で連結されており、コード化微粒子の各々がそれに付着した異なるオリゴヌクレオチドを有している、請求項12または13記載の組成物。
- 各配列が配列の末端から7残基以内に位置するシトシン残基を含む、請求項13記載の組成物。
- 一つ以上の固相担体を含み、各担体は一つ以上の空間的に分離した領域を持ち、各領域はそれに共有結合している実質的に同一な標識もしくは標識補体の均一な集団を持っており、各標識もしくは標識補体は請求項1〜11のいずれか一項で定義されたオリゴヌクレオチド標識もしくは標識補体の集団から選択されるか又は請求項12〜18のいずれか一項で定義されたオリゴヌクレオチドの組成物から選択される、ポリヌクレオチドの分類と識別用のキット。
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KR102522023B1 (ko) | 2016-09-26 | 2023-04-17 | 셀룰러 리서치, 인크. | 바코딩된 올리고뉴클레오티드 서열을 갖는 시약을 이용한 단백질 발현의 측정 |
WO2018132610A1 (en) | 2017-01-13 | 2018-07-19 | Cellular Research, Inc. | Hydrophilic coating of fluidic channels |
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US11946095B2 (en) | 2017-12-19 | 2024-04-02 | Becton, Dickinson And Company | Particles associated with oligonucleotides |
CN110573184A (zh) * | 2018-02-09 | 2019-12-13 | 俄亥俄州立创新基金会 | Rna纳米结构,其制备方法和用途 |
JP7358388B2 (ja) | 2018-05-03 | 2023-10-10 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 反対側の転写物末端における分子バーコーディング |
US11773441B2 (en) | 2018-05-03 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | High throughput multiomics sample analysis |
US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
EP3861134A1 (en) | 2018-10-01 | 2021-08-11 | Becton, Dickinson and Company | Determining 5' transcript sequences |
CN112969789A (zh) | 2018-11-08 | 2021-06-15 | 贝克顿迪金森公司 | 使用随机引发的单细胞全转录组分析 |
EP3894552A1 (en) | 2018-12-13 | 2021-10-20 | Becton, Dickinson and Company | Selective extension in single cell whole transcriptome analysis |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
WO2020150356A1 (en) | 2019-01-16 | 2020-07-23 | Becton, Dickinson And Company | Polymerase chain reaction normalization through primer titration |
CN113574178A (zh) | 2019-01-23 | 2021-10-29 | 贝克顿迪金森公司 | 与抗体关联的寡核苷酸 |
WO2020214642A1 (en) | 2019-04-19 | 2020-10-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data |
WO2020243579A1 (en) | 2019-05-30 | 2020-12-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
WO2021016239A1 (en) | 2019-07-22 | 2021-01-28 | Becton, Dickinson And Company | Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay |
WO2021092433A2 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
US11773436B2 (en) | 2019-11-08 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Using random priming to obtain full-length V(D)J information for immune repertoire sequencing |
EP4055185A1 (en) | 2019-11-08 | 2022-09-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing |
CN114885610A (zh) | 2019-12-23 | 2022-08-09 | 10X基因组学有限公司 | 使用rna模板化连接进行空间分析的方法 |
WO2021146207A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for quantitation of proteins and rna |
US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
US11821035B1 (en) | 2020-01-29 | 2023-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods of making gene expression libraries |
US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
US11835462B2 (en) | 2020-02-11 | 2023-12-05 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for partitioning a biological sample |
US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
US11926863B1 (en) | 2020-02-27 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells |
US11768175B1 (en) | 2020-03-04 | 2023-09-26 | 10X Genomics, Inc. | Electrophoretic methods for spatial analysis |
ES2965354T3 (es) | 2020-04-22 | 2024-04-12 | 10X Genomics Inc | Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana |
EP4150118A1 (en) | 2020-05-14 | 2023-03-22 | Becton Dickinson and Company | Primers for immune repertoire profiling |
EP4153776A1 (en) | 2020-05-22 | 2023-03-29 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
EP4153775B1 (en) | 2020-05-22 | 2024-07-24 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
AU2021283174A1 (en) | 2020-06-02 | 2023-01-05 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid library methods |
CN116249785A (zh) | 2020-06-02 | 2023-06-09 | 10X基因组学有限公司 | 用于抗原-受体的空间转录组学 |
US12031177B1 (en) | 2020-06-04 | 2024-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods of enhancing spatial resolution of transcripts |
WO2021252499A1 (en) | 2020-06-08 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
WO2021252591A1 (en) | 2020-06-10 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
WO2021263111A1 (en) | 2020-06-25 | 2021-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of dna methylation |
US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
US11981960B1 (en) | 2020-07-06 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis utilizing degradable hydrogels |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
US11981958B1 (en) | 2020-08-20 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using DNA capture |
US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
US11739443B2 (en) | 2020-11-20 | 2023-08-29 | Becton, Dickinson And Company | Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins |
EP4121555A1 (en) | 2020-12-21 | 2023-01-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
CN112553379B (zh) * | 2020-12-30 | 2022-08-19 | 湖北新纵科病毒疾病工程技术有限公司 | 基于液相芯片检测呼吸道传染病病毒的方法及试剂盒 |
WO2022198068A1 (en) | 2021-03-18 | 2022-09-22 | 10X Genomics, Inc. | Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample |
WO2023034489A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-03-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
Family Cites Families (32)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4851331A (en) | 1986-05-16 | 1989-07-25 | Allied Corporation | Method and kit for polynucleotide assay including primer-dependant DNA polymerase |
US4942124A (en) | 1987-08-11 | 1990-07-17 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex sequencing |
US5149625A (en) | 1987-08-11 | 1992-09-22 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex analysis of DNA |
US5002867A (en) | 1988-04-25 | 1991-03-26 | Macevicz Stephen C | Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes |
AU5640090A (en) | 1989-03-21 | 1990-11-05 | Collaborative Research Inc. | A dna diagnostic test using an exonuclease activity |
US6040138A (en) * | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
CA2130562A1 (en) | 1992-02-19 | 1993-09-02 | Alexander B. Chetverin | Novel oligonucleotide arrays and their use for sorting, isolating, sequencing, and manipulating nucleic acids |
US5981176A (en) | 1992-06-17 | 1999-11-09 | City Of Hope | Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
EP0698792B1 (en) * | 1993-05-10 | 2003-07-02 | Nissui Pharmaceutical Co., Ltd. | Method for assaying more than one immunological ligand, and assay reagent and kit therefor |
US5604097A (en) * | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US6013445A (en) | 1996-06-06 | 2000-01-11 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
US5695934A (en) | 1994-10-13 | 1997-12-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides |
GB9507238D0 (en) | 1995-04-07 | 1995-05-31 | Isis Innovation | Detecting dna sequence variations |
PL324000A1 (en) * | 1995-06-07 | 1998-04-27 | Lynx Therapeutics | Oligionucleotidic labels for sorting and identofication purpose |
US5830539A (en) * | 1995-11-17 | 1998-11-03 | The State Of Oregon Acting By And Through The State Board Of Higher Education On Behalf Of The University Of Oregon | Methods for functionalizing and coating substrates and devices made according to the methods |
EP2573101B1 (en) | 1996-02-09 | 2016-04-20 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
US6458530B1 (en) * | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
GB9609441D0 (en) * | 1996-05-04 | 1996-07-10 | Zeneca Ltd | Process |
TW349909B (en) | 1997-01-22 | 1999-01-11 | Alps Electric Co Ltd | Hot transfer printer |
US6205444B1 (en) | 1997-10-17 | 2001-03-20 | International Business Machines Corporation | Multiple sequence alignment system and method |
US6238869B1 (en) * | 1997-12-19 | 2001-05-29 | High Throughput Genomics, Inc. | High throughput assay system |
US6395481B1 (en) * | 1999-02-16 | 2002-05-28 | Arch Development Corp. | Methods for detection of promoter polymorphism in a UGT gene promoter |
WO2000058516A2 (en) * | 1999-03-26 | 2000-10-05 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Universal arrays |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US6287778B1 (en) | 1999-10-19 | 2001-09-11 | Affymetrix, Inc. | Allele detection using primer extension with sequence-coded identity tags |
WO2001059151A2 (en) * | 2000-02-10 | 2001-08-16 | Tm Bioscience Corporation | Method of designing and selecting polynucleotide sequences |
US7157564B1 (en) | 2000-04-06 | 2007-01-02 | Affymetrix, Inc. | Tag nucleic acids and probe arrays |
DE60133198T2 (de) * | 2000-06-22 | 2009-03-12 | Theravance, Inc., South San Francisco | Glykopeptidderivate mit carboxysacchariden |
US20030180953A1 (en) | 2000-12-29 | 2003-09-25 | Elitra Pharmaceuticals, Inc. | Gene disruption methodologies for drug target discovery |
JP4422963B2 (ja) | 2001-01-25 | 2010-03-03 | ルミネックス モレキュラー ダイアグノスティックス, インク. | 標識および標識補体として使用するための非クロス交雑しているポリヌクレオチドのファミリー、製品、ならびにその使用方法 |
US7226737B2 (en) | 2001-01-25 | 2007-06-05 | Luminex Molecular Diagnostics, Inc. | Polynucleotides for use as tags and tag complements, manufacture and use thereof |
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