JP4537053B2 - 二重共鳴エネルギー転移核酸プローブ - Google Patents
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Description
本発明は、2001年6月25日に出願された米国特許仮出願第60/300,672号、及び2001年7月3日に出願された米国特許仮出願第60/303,258号の優先権の利益を主張するものであり、これらの内容全体は参照として本明細書に組み入れられる。
本発明は、一般的にmRNAなどの標的核酸の検出に係わる。より具体的には、本発明は、疾患に随伴する標的核酸の検出法において、共鳴エネルギー転移を利用して偽陽性シグナルを顕著に低下させる二重分子ビーコン法に係わる。
生細胞における遺伝子発現レベルをリアルタイムで監視及び定量できれば、さまざまな条件において特異的mRNAの生産、時間的及び空間的なプロセッシング、局在化、及び移動に関する重要な情報を得ることが出来る。この新しいタイプの情報は、生物学研究に大変革をもたらす可能性があり、また、医療診断及び治療に応用できる可能性がある。リアルタイムRT−PCR、ノーザンブロッティング、発現配列タグ(EST)、網羅的遺伝子発現解析法(SAGE)、及びDNAマイクロアレイ法など、遺伝子発現の解析及び定量化に現在利用可能な技術は、インビトロの研究においては強力なツールであるが、生細胞における遺伝子発現を定量化することはできない。生細胞において、高い特異性をもって標的mRNAを認識し、その認識結果を、高いシグナル対バックグランド比率で測定可能なシグナルに即座に変換できる分子プローブを開発する明確な必要がある。
本発明は、対象となる核酸上の第一の核酸標的配列にハイブリダイズし、第一の核酸標的配列に結合しないときにはステム−ループ構造を形成して共鳴エネルギー転移の供与体部分を組み込む第一の核酸プローブを含む、対象となる核酸を検出するための組成物を提供する。さらに、本発明の本実施形態は、対象となる核酸上の第二の核酸標的配列にハイブリダイズし、第二の核酸標的配列に結合しないときにはステム−ループ構造を形成して共鳴エネルギー転移の受容体部分を組み込む第二の核酸プローブを提供する。本発明は、第一の核酸プローブの供与体部分と第二の核酸プローブの受容体部分との相互作用から生じる共鳴エネルギー転移シグナルを検出して、第一の核酸プローブと第二の核酸プローブが共に対象となる核酸にハイブリダイズしたことを判定できるようにするため、第一の核酸標的配列及び第二の核酸標的配列を対象となる核酸上で何個かのヌクレオチドによって隔てられていることを条件とする。
本発明は、以下の本発明の好適な実施形態についての詳細な説明、及びそこに含まれる実施例を参照することによって容易に理解することができる。本発明の化合物、組成物、及び方法を開示・説明する前に、本発明は、特定の核酸プローブ、特定の核酸標的、特定の細胞型、特定の条件、または特定の方法などに限定されず、当然ながら、さまざまに変えることができるものであって、数多くの改変及び変更が当業者には明らかであると理解されるべきである。また、本明細書で使用する用語は、各実施形態を説明するためだけのものであり、制限的なものではないと解さるべきである。明細書及び請求の範囲において、「一つの」は、それが使用される文脈によっては一つ以上を意味することがある。したがって、例えば、「一つの核酸プローブ」というときには、一個以上の核酸プローブを利用しうることを意味することがある。
アクリジン
アクリジンイソチオシアネート
5−(2’−アミノエチル)アミノナフタレン−1−スルホン酸(EDANS)
4−アミノ−N−[3−ビニルスルホニル]フェニル]ナフタルイミド−3,5ジスルホネート(ルシファーイエローVS(Lucifer YellowVS))
N−(4−アニリノ−1−ナフチル)マレイミド
アントラニルアミド
ブリリアントイエロー
クマリン及び誘導化合物
クマリン
7−アミノ−4−メチルクマリン(AMC、クマリン120)
7−アミノ−4−トリフルオロメチルクマリン(クマリン151)
シアノシン(cyanosine)
4’−6−ジアミニジノ−2−フェニルインドール(DAPI)
5’,5”−ジブロモピロガロール−スルホフタレイン(ブロモピロガロールレッド)
7−ジエチルアミノ−3−(4’−イソチオシアナトフェニル)−4−メチルクマリン
ジエチレントリアミンペンタアセテート
4−(4’−ジイソチオシアナトジヒドロ−スチルベン−2,2’−ジスルホン酸
4,4’−ジイソチオシアナトスチルベン−2,2’−ジスルホン酸
5−[ジメチルアミノ]ナフタレン−1−スルホニルクロリド(DNS、塩化ダンシル)
4−(4’−ジメチルアミノフェニルアゾ)安息香酸(DABCYL)
4−ジメチルアミノフェニルアゾフェニル−4’−イソチオシアネート(DABITC)
エオシン及び誘導化合物
エオシン
エオシンイソチオシアネート
エリスロシン及び誘導化合物
エリスロシンB
エリスロシンイソチオシアネート
エチジウム
フルオレセイン及び誘導化合物
5−カルボキシフルオレセイン(FAM)
5−(4,6−ジクロロトリアジン−2−イル)アミノフルオレセイン(DTAF)
2’7’−ジメトキシ−4’5’−ジクロロ−6−カルボキシフルオレセイン(JOE)
フルオレセイン
フルオレセインイソチオシアネート
QFITC(XRITC)
フルオレスカミン
IR144
IR1446
マラカイトグリーンイソチオシアネート
4−メチルウンベリフェロン
オルトクレゾールフタレイン
ニトロチロシン
パラローザニリン
フェノールレッド
B−フィコエリトリン
o−フタルジアルデヒド
ピレン及び誘導化合物
ピレン
ピレン酪酸
スクシンイミジル1−ピレン酪酸
リアクティブレッド4(登録商標チバクロン・ブリリアントレッド3B−A(Cibacron Brilliant Red3B−A)
ローダミン及び誘導化合物
6−カルボキシ−X−ローダミン(ROX)
6−カルボキシローダミン(R6G)
リッサミン(lissamine)ローダミンB塩化スルホニル
ローダミン(Rhod)
ローダミンB
ローダミン123
ローダミンXイソチオシアネート
スルホローダミンB
スルホローダミン101
スルホローダミン101の塩化スルホニル誘導体(テキサスレッド)
N,N,N’,N”−テトラメチル−6−カルボキシローダミン(TAMRA)
テトラメチルローダミン
テトラメチルローダミンイソチオシアネート(TRITC)
リボフラビン
ロゾール酸(rosolic acid)
テルビウムキレート誘導体
当業者は、どのフルオロフォアが適当な供与体−受容体FRET対を作るかを、分光測定法の技術を用いて容易に判定することができる。例えば、FAM(525nmの発光最大値を有する)は、FRET対において、TAMRA、ROX、及びR6G(これらはすべて514nmの励起最大値を有する)に適した供与体である。アミノ修飾因子C6dT(グレン・リサーチ社(Glen Research)の使用によって、修飾されたT塩基が所定の位置に導入され、Juら(1995、Proc.Natl.Acad.Sci.USA92:4347−4351)に記載されているようにして、一級アミノ基が、修飾されたT塩基上に取り込まれるように、プローブを合成過程で好適に改変することができる。これらの改変は、引き続いて蛍光色素を本発明の核酸プローブの所定位置に取り込むために利用することができる。
(実施例1)
(二重核酸プローブ)
オリゴヌクレオチド合成 通常のホスホルアミダイト化学合成法を用いて、アプライドバイオシステムズ(Applied Biosystems)394型自動DNA合成装置(カリフォルニア州フォスターシティー)でオリゴヌクレオチドのプローブ及び標的を合成した。逆相(RP)+イオン交換(IE)二重高速液体クロマトグラフィー(HPLC)を用いて、ウォーターズ(Waters)600E型HPLC装置(ミリポア社(Millipore)マサチューセッツ州ミルフォード(Milford,MA))で分子ビーコンを精製した。RP−HPLC精製のために、オリゴヌクレオチドをハミルトン(Hamilton)PRP−1カラムにかけ、0.1Mトリエチル−酢酸アンモニウム(TEAA)pH7.2での5%から50%までの直線的アセトニトリル濃度勾配を用いて40分間溶出した。このオリゴヌクレオチドを、商標ソース(Source)カラム(アマーシャム・ファルマシアバイオテック社(Amersham Pharmacia Biotech)、ニュージャージー州ピスカタウェイ(Piscataway,NJ))を用いたIE−HPLCによってさらに精製し、0.1MトリスpH8.0での0%から50%までの直線的な1MLiCl濃度勾配を用いて40分間溶出した。ポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いて未修飾の(標的)オリゴヌクレオチドを精製した。すべてのオリゴヌクレオチドは、インテグレイティッドDNAテクノロジーズ株式会社(Integrated DNA Technologies, Inc.)(アイオワ州コーラルビル)で合成された。
ランタニドキレート合成 18塩基のプローブ長をもつ直鎖状オリゴヌクレオチドの3’末端を、増感剤cs124(Cooper及びSammes、2000)に共有結合したジエチレントリアミンペンタ酢酸(DTPA)キレートで標識した。表1に示すように、この直鎖状プローブの配列は、ヒトGAPDH遺伝子の第7エキソンに特異的な供与体分子ビーコンのプローブドメインと一致していた。
ステム共有型核酸プローブ
オリゴヌクレオチド合成 通常のホスホルアミダイト化学合成法を用いて、アプライドバイオシステムズ(Applied Biosystems)394型自動DNA合成装置(カリフォルニア州フォスターシティー)でオリゴヌクレオチドのプローブ及び標的を合成した。逆相(RP)+イオン交換(IE)2段階高速液体クロマトグラフィー(HPLC)を用いて、ウォーターズ(Waters)600E型HPLC装置(ミリポア社(Millipore)マサチューセッツ州ミルフォード)で分子ビーコンを精製した。RP−HPLC精製のために、オリゴヌクレオチドをハミルトン(Hamilton)PRP−1カラムにかけ、0.1Mトリエチル−酢酸アンモニウム(TEAA)pH7.2での5%から50%までの直線的アセトニトリル濃度勾配を用いて40分間溶出した。このオリゴヌクレオチドを、商標ソース(Source)カラム(アマーシャム・ファルマシアバイオテック社(Amersham Pharmacia Biotech)、ニュージャージー州ピスカタウェイ(Piscataway,NJ))を用いたIE−HPLCによってさらに精製し、0.1MトリスpH8.0での0%から50%までの直線的な1MLiCl濃度勾配を用いて40分間溶出した。ポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いて未修飾の(標的)オリゴヌクレオチドを精製した。すべてのオリゴヌクレオチドは、インテグレイティッドDNAテクノロジーズ株式会社(Integrated DNA Technologies,Inc.)(アイオワ州コーラルビル(Coralville,IA))で合成された。
(K−ras及びサバイビンの検出)
発癌遺伝子及び癌抑制遺伝子の遺伝的変化、ならびに、細胞に増殖優位性及び転移能力を与える遺伝子発現異常によって癌細胞が発生することが十分に確認されている。癌の診断及び治療の初期段階において決定的なステップは、遺伝子の変化による癌細胞を検出することである。重要な例は膵臓癌であり、米国では5番目に致命的な癌である。膵臓癌と診断された患者の12%だけが一年間生存することができ、5年間の全体的な生存率は約3〜5%である。膵臓癌の予後の悪さの主な理由は、これらの癌のほとんどを早期に発見できないことにある。CT−スキャン法及び内視鏡的逆行性胆道膵菅造影法(ERCP)など最近の臨床診断法は、大きさ2cm未満の膵臓癌を検出するには感度が低い。過去数十年にわたる広範な生物医学研究努力にも関わらず、90%を超える膵臓癌患者が、診断時までに既に局所における転移及び/または遠隔転移を起こしていて、治療が手遅れになることもしばしばである。従って、腫瘍の大きさではなく、分子マーカーによる初期段階で膵臓癌を検出することが重要である。
Beracchi,S.,及びY.Mely.2001.「分子ビーコンにおける励起子の相互作用:核酸構造の狭い範囲の変化に対する高感度センサー(Exciton interaction in molecular beacons:a sensitive sensor for short range modifications of the nucleicacid structure)」、Nucleic Acids Res.29:E62−2.
Bonnet,G.,S.Tyagi,A.Libchaber,及びF.R.Kramer.1999.「構造化されたDNAプローブの強化された特異性の熱力学的基礎(Thermodynamic basis of the enhanced specificity of structured DNA probes)」、Proc.Natl.Acad.Sci.USA96:6171−6176.
Bonnet,G.,Krichevsky,O.and Libchaber,A.1998.「DNAヘアピン−ループにおける構造的な揺らぎの動力学(Kinetics of conformational fluctuations in DNA hairpin−loops)」、Proc.Nail.Acad.Sci.USA,95,8602−8606.
Cardullo,R.A.,Agrawal,S.,Flores,C.,Zamecnik,P.C.,Wolf,D.E.1998.「非放射性蛍光共鳴エネルギー転移法による核酸ハイブリダイゼーションの検出(Detection of nucleic acid hybridization by nonradiative fluorescence resonance energy transfer)」、Proc.
Natl.Acad.Sci.US'A.85,8790−8794.
Chen,W,,Marfinez,G.及びMulchandani,A.2000「分子ビーコン:サルモネラを検出するためのリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応アッセイ法(Molecular beacons:a real−time
polymerase chainreaction assay for detecting Salmonella)」、Anal.Biochem.,280,166−172.
Cooper,M.,及びP.Sacnmes.2000.「新規発光性ユーロピウム(III)テルピリジルキレートの合成とスペクトル特性(Synthesis and spectral properties of a new luminescent Europium(III) terpyridylchelate)」、J.Chem.Soc.Perkin.Trans.2:1695−1700.
deBaar,M.P.,Timmermans,E.C.,Bakker,M.,deRooij,E.,vanGemen,B.及びGoudsmit,J.2001「ヒト免疫不全ウイルスI型サブタイプA、B及びC、ならびに循環組換え型AE及びAGを同定及び区別するための一チューブリアルタイム等温増幅アッセイ法(One−tube real−time isothermal amplification assay to identify and distinguish human immuno deficiency virus type1 subtypesA,B, and Candcirculating recombinant forms AEandAG)」、J.Clin.Microbiol.,39,1895−1902.
Dirks,R.W.,C.Molenaar及びH.J.Tan.be.2001.「生細胞におけるRNAのプロセッシングと輸送経路を可視化するための方法(Methods for visualizing RNAprocessing and transport pathways in living cells)」、Histocheni.CellBiol.115:3−11.
ElangovanM,R.N.Day及びA.Periasamy.2002.「単一の生細胞におけるタンパク質相互作用を局在化させるためのナノ秒蛍光共鳴エネルギー転移−蛍光寿命イメージング顕微鏡(Nanosecond fluorescence resonance energy transfer−fluorescence lifetime imaging microscopy to localize the protein interactions in a single living cell)」、J.Microsc.205:3−14.
Evangelista,R.A.,A.Po11ak,B.Allore,E.F.Templeton,R.C.Morton,及びE.P.Diamandis.1988.「タンパク質を標識するための新規のユーロピウムキレート、及び時間分解蛍光定量への応用(A new europium chelate for protein labelling and time−resolved fluorometric applications)」、Clin.Biochem.21:173−178.
Fang,X.,J.J.Li及びW.Tan.2000.「乳酸デヒドロゲナーゼと一本鎖DNAの分子相互作用を検索するための分子ビーコンの使用(Using molecular beacons to probe molecular interactions between lactate dehydrogenase and single−stranded DNA)」、Anal.Chem.73:3280−3285.
Femino,A.M,F.S.,Fay,K.Fogatty及びR.H.Singer.1998.「インサイチューにおける一種類のRNAの可視化(Visualization of single RNA transcripts in situ)」、Science280:585−90.
Goddard,N.L.,Bonnet,G.,Krichevsky,O.,Libchaber,A.2000.「一本鎖DNAの配列依存的厳密性(Sequence depend ent rigidity of single stranded DNA)」、Phys.Rev.Lett.,85,2400−2403.
Hung,S.C.,R.A..Mathies及びA.N.Glazer.1997.「エネルギー転移プライマーの分光学的及び電気泳動的な性質の最適化(Optimization of spectroscopic and electrophoretic properties of energy transfer primers)」、Analytical Biochemistry252:78−88.
Ju,J.,I.Kheterpal,J.R.Scherer,C.Ruan,C.W.Fuller,A.N.Glazer, and R.A.Mathies.1995.「蛍光エネルギー転移色素標識プライマーの設計と合成、及びそれらのDNA配列決定及び解析への応用(Design and synthesis of fluorescent energy transfer dye−labeled primers and their application for DNA sequencing and analysis)」、Analytical Biochemistry231:1.31−40.
KangJ.S.,J.R.Lakowicz及びG.Piszczek.2002.「DNAの動力学:長命な金属−リガンド複合体を用いた蛍光共鳴エネルギー転移研究(DNA dynamics: a fluorescence resonance energy transfer study using a long−lifetime metal−ligand complex)」、Arch,Pharm.Res.25:143−150.
Klostermeier D及びD.P. Millar.2002.「時間分解蛍光共鳴エネルギー転移:核酸を解析するための多目的ツール(Time−resolved fluorescence resonance energy transfer: A versatile tool for the analysis of nucleic acids)」、Biopolymers 61:159−179.
Kuhn,H.,Demidov,V.V.,Cou11,J.M.,Fiandaca,M.J.,Cildea,B.D.及びFrank−Kamenetskii,M.D.2002.「DNA及びPNAの分子ビーコンによる、一本鎖及び二本鎖のDNA標的へのハイブリダイゼーション(Hybridization of DNA and PNAmolecular beacons to single−stranded and double−stranded DNA targets)」、.J.AmChemSoc.,124,1097−1103.
Li, J.J., R. Geyer,及びW.Tan.2000.「一本鎖DNAの酵素的切断を行うための高感度蛍光アッセイ法として分子ビーコンの使用(Using molecular beacons as a sensitive fluorescence assay for enzymatic cleavage of single−stranded DNA)」、Nucleic Acids.Res.28:52.
Li,M.及びP.R.Selvin.1997.「テルビウム及びユーロピウムの発光ヂエチレントリアミンペンタ酢酸キレートアミン反応型:DNAへの結合とエネルギー転移測定(Amine−reactive forms of a luminescent diethylenetriaminepentaacetic acid chelate of terbium and europium:attachment to DNA and energy transfer measurements)」、.Bioconjug.Chem.8:127−132.
Liu,J.,P.Feldman及びT.D.Chung.2002.「分子ビーコンを使用したインビトロ転写のリアルタイム観察法(Real−time monitoring in vitro transcription using molecular beacons)」、Anal.Biochem.300:40−45.
Lemmetyinen,H.,E.Vuorimaa,A.Jutila,V.M.Mukkala,H.Takalo及びJ.Kankare.2000.「リガンドから、溶液及び固形フィルム中のランタニド(III)イオンへのエネルギー転移のメカニズムの時間分解研究(A time−resolved study of the mechanism of the energy transfer from a ligand to the Ianthanide(III)ion in solutions and solid films Luminescence)」、15:341−350.
Lopez,E.,C.Chypre,B,Alpha, and G.Mathis.1993.「固体支持体に固定されたポリメラーゼ連鎖反応産物を時間分解蛍光検出するためのユーロピウム(III)トリスビピリミジンクリプテート標識(Europium(III) trisbipyridine cryptate label for time−resolved fluorescence detection of polymerase chain reaction products fixed on a solid support.)」、Clin.Chem.39:196−201.
Marras,S.A.,Kramer,F.R. and Tyagi,S.(1999)「分子ビーコンを用いた単一ヌクレオチド変異の多重検出法(Multiplex detection of single−nucleotide variations using molecular beacons)」、Genet.Ana1.,14,151−156b.8.
Matsuo,T.1998.「生細胞における塩基性線維芽細胞成長因子のメッセンジャーRNAのインサイチューにおける可視化(In situ visualization of messenger RNA for basic fibroblast growth factor in living cells)」,Biochem.Brophys.Acta1379:178−184.
Mergny,J.L.,A.S.Boutorine,T.Garestier,F.Belloc,M.Rougee,N.V,Bulychev,A.A.
Koshkin,J.Bourson,A.V.Lebedev,andB.Valeur.1994.「核酸の構造及び配列に関するプローブとしての蛍光エネルギー転移(Fluorescence energy transfer as a probe for nucleic acid structures and sequences)」、Nucleic Acids Res.22:920−928.
Mitchell,P.2001,「細胞イメージングにスポットライトを当てる(Turning the spotlight on cellular imaging)」、Nat,Biotechnol.19:1013−1017.
Molenaar,C.,S.A.Marras,J.C.Slats,J.C.Truffert,M.Lemaitre,A,K.Raap,R.W.Dirks,and H.J.Tanke,2001.「生細胞においてRNAを可視化するための直鎖状2’O−メチルRNAプローブ(Linear 2’O−Methyl RNA probes for the visualization of RNA in living Cells)」、Nucteic AcidsRes.,29:E89−9.
Morrison,L.E.,and L.M.Sto1s.1993.「溶液内でDNAハイブリダイゼーションを測定する、蛍光を利用した高感度の熱力学的及び動力学的測定法(Sensitive fluorescence−based thermodynamic and kinetic measurements of DNA hybridization in solution)」、Biochemistry,32:3095−3104.
Ratilainen,T,Holmen,A.,Tuite,E.,Haaima,G.,Christensen,L.,Nielsen,P.E. and Norden,B,1998,「ペプチド核酸のハイブリダイゼーション(Hybridization of peptide nucleic acid)」、.Biochemistry,37:12331−12342.
Sei−Iida,Y.,H.Koshimoto,S.Kondo,and.A..Tsuji.2000「蛍光共鳴エネルギー転移を用いたインビトロにおける転写的RNA合成のリアルタイム観察法(Real−time monitoring of in vitro transcriptional RNA synthesis using fluorescence resonance energy transfer)」、Nucleic Aicids Res.28:E59.
Sixou,S.,F.C.Szoka,Jr.,G.A.Green,B.Giusti,G.Zon,andD.J.Chin.1994.「蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)によって検出される細胞内オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション(Intracellular oligonucleotide hybridization detected by fluorescence resonance energy transfer(FRET))」、NucleicAcidsRes.22:662−668.
Sokol,D.L.,X.Zhang,P.Lu, and A.M.Gewirtz.1998.「生細胞におけるDNA.RNAハイブリダイゼーションのリアルタイム検出(Real time detection of DNA.RNA hybridization in living cells)」、Proc,Natl,Acad.Sci.USA95:11538−11543.
Sueda,S.,J,Yuan, and K.Matsumoto.2000.「ユーロピウム発光を用いた均質的DNAハイブリダイゼーションアッセイ法(Homogeneous DNA hybridization assay by using europium luminescence energy transfer)」、Bioconjug,Chem.11:827−831.
Tsourkas,A.,M.Behlke, S.Rose, and G.Bao.2002a.「分子ビーコンのハイブリダイゼーション速度と熱力学(Hybridization kinetics and thermodynamics of molecular beacons)」、submitted to Biophysical J.
Tsourkas,A.,M.Behlke, and G.Bao.2002b.「ステム共有型及び従来型の分子ビーコンの構造−機能の関係(Structure−function relationships of shared−stem and conventional molecular beacons)」、Nucleic Acids Res.
Tsourkas,A. and Bao,G.2001.「FRET増感分子ビーコンを用いたmRNA転写物の検出(Detecting mRNA transcripts using FRET−enhanced molecular beacons)」、2001 Bioengineering Conference,講演集 ASMEBED−Vol.50,pp.169−170.
Tsuji,A.,Y.Sato,M.Hirano,T.Suga,H.Koshimoto,T.Taguchi,and S.Ohsuka2001.
「生細胞におけるハイブリダイゼーションを観察するための、蛍光共鳴エネルギー転移を利用した時間分解蛍光測定法(Development of a time−resolved fluorometric method for observing hybridization in living cells using fluorescence resonance energy transfer)」、BiophysJ.81:501−515.
Tsuji,A.,H.Koshimoto,Y.Sato,M.Hirana,Y,Sei−Tida,S.Kondo,andK.Ishibashi.2000.
「蛍光顕微鏡下で、単一の生細胞において特異的メッセンジャーRNAを直接観察する方法(Direct observation of specific messenger RNA in a single living ce11 under a luorescence microscope)」BiophysJ.78:3260−3274.
Tyagi,S.andF.R.Kramer.1996.「分子ビーコン:ハイブリダイゼーションすると蛍光を発するプローブ(Molecular beacons:probes that fluoresce upon hbridization)」、Nat.Bitechnol.14:303−308.
Vogelstein,B. and Kinzler,KW.1999.「デジタル式PCR(Digital PCR)」、Proc.Natl.Acad.Sci.ZI,SA,96,9236−9241.
Yuan,J.,K.Matsumoto, and H.Kimura.1998,「時間分解蛍光免疫アッセイ法のための、タンパク質に共有結合することができる新規のテトラデンテートベータ−ジケトネート−ユーロピウムキレート(A new tetradentate beta−diketonate−europium chelate that can be covalently bound to proteins for time−resolved fluoroimmunoassay)」、Anal.Chew.70:596−601.
Zuker,M.2000.「核酸の二次構造の計算法(Calculating nucleic acid secondary structure)」、Curr.Opin.Struct.Biol.10:303−310.
本出願を通して、さまざまな刊行物が参照されている。これらの刊行物すべての開示内容、及びそれらの刊行物の中で引用されている参考文献の開示内容は、本発明が属する従来技術の状態をより完全に説明するため、その全体を参照として本出願に組み入れる。発明の範囲と精神を逸脱することなく、本発明にさまざまな改変及び変更を加えることができることは、当業者にとって明らかである。本明細書で開示されている発明の詳細な説明及び実施内容に鑑みれば、本発明の他の実施形態は当業者にとって明らかである。発明の詳細な説明及び実施例は単に例示するためのものである。当業者は、通常の実験だけを用いて、本明細書に記載されている発明の具体的実施形態と等価のものを数多く認識し、または確認することができる。このような等価物も、以下の請求の範囲に含まれるものとする。
Claims (26)
- 対象とする核酸を検出するための組成物において、
a.対象核酸上の第一の核酸標的にハイブリダイズし、第一の核酸標的配列に結合していないときにはステム−ループ構造を形成し、共鳴エネルギー転移供与体部分と、クエンチャー部分であって、該供与体部分と該クエンチャー部分との相互作用を検出して、第一の核酸プローブのステム−ループ構造のものと非ステム−ループ構造のものを区別できるようにする、クエンチャー部分と、を備える第一の核酸プローブと、
b.対象核酸上の第二の核酸標的にハイブリダイズし、第二の核酸標的配列に結合していないときにはステム−ループ構造を形成し、共鳴エネルギー転移受容体部分と、クエンチャー部分であって、該受容体部分と該クエンチャー部分との相互作用を検出して、第二の核酸プローブのステム−ループ構造のものと非ステム−ループ構造のものを区別できるようにする、クエンチャー部分と、を備える第二の核酸プローブと、
を含む組成物であって、第一の核酸プローブの供与体部分と第二の核酸プローブの受容体部分との相互作用から生じる共鳴エネルギー転移シグナルを検出して、第一の核酸プローブと第二の核酸プローブの両方が対象核酸にハイブリダイズすることを判定できるようにするために、対象核酸上の第一の核酸標的配列と第二の核酸標的配列がいくつかのヌクレオチドによって隔てられており、第一の核酸プローブのステムの、一方の腕部及び/又は第二の核酸プローブのステムの、一方の腕部が、ステム−ループ形成と核酸標的配列へのハイブリダイゼーションの両方に関与する、組成物。 - 共鳴エネルギー転移シグナルが蛍光共鳴エネルギー転移によるものである、請求項1に記載の組成物。
- 共鳴エネルギー転移シグナルが蛍光共鳴エネルギー転移によるものであり、供与体部分が6−Famフルオロフォアである、請求項1に記載の組成物。
- 共鳴エネルギー転移シグナルが蛍光共鳴エネルギー転移によるものであり、受容体部分がCy−3、ROXまたはテキサスレッドである、請求項1又は3に記載の組成物。
- 共鳴エネルギー転移シグナルが発光共鳴エネルギー転移によるものである、請求項1に記載の組成物。
- 共鳴エネルギー転移シグナルが発光共鳴エネルギー転移によるものであり、供与体部分がランタニドキレーター分子である、請求項1に記載の組成物。
- 共鳴エネルギー転移シグナルが発光共鳴エネルギー転移によるものであり、供与体部分がユーロピウムまたはテルビウムである、請求項1に記載の組成物。
- 共鳴エネルギー転移シグナルが発光共鳴エネルギー転移によるものであり、供与体部分が、DTPA(ジエチレントリアミン五酢酸)−シトシン、DTPA−cs124、BCPDA(4,7−ビス(クロロスルフォフェニル)−1,10−フェナントロリンー2,9−ジカルボン酸)、BHHCT((1,1,1,2,2,3,3−ヘプタフルオロ−4,6−ヘキサンジオン−6−イル)クロロスルホ−o-テルフェニル)、イソシアナト−EDTA(エチレンジアミン四酢酸)、及びクワンタム・ダイ(Quantum Dye)から選択されたランタニドキレーター分子である、請求項1に記載の組成物。
- 供与体部分がランタニドキレートであり、受容体部分が有機性色素、Cy3、Cy5、ROXもしくはテキサスレッド、またはフィコビリプロテインである、請求項1、7、及び8のいずれか1項に記載の組成物。
- 受容体部分が、赤色フィコエリトリン(RPE)、青色フィコエリトリン(BRPE)、またはアロフィコシアニン(APC)から選択されたフィコビリタンパク質である、請求項1〜3及び5〜8のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一または第二の核酸プローブが5から50ヌクレオチドを含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一または第二の核酸プローブが10から40ヌクレオチドを含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一または第二の核酸プローブが15から30ヌクレオチドを含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一または第二の核酸プローブが20から25ヌクレオチドを含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一または第二の核酸プローブが2’−O−メチルヌクレオチドのバックボーンを含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一の核酸標的配列及び第二の核酸標的配列が1から20ヌクレオチドによって隔てられている、請求項1〜15のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一の核酸標的配列及び第二の核酸標的配列が2から10ヌクレオチドによって隔てられている、請求項1〜15のいずれか1項に記載の組成物。
- 第一の核酸標的配列及び第二の核酸標的配列が3から7ヌクレオチドによって隔てられている、請求項1〜15のいずれか1項に記載の組成物。
- 第二の核酸プローブが複数の受容体部分を含む、請求項1〜18のいずれか1項に記載の組成物。
- 請求項1〜19のいずれか1項に記載の組成物を、インビトロで対象とする核酸を含むと推定される試料と混合すること、及び、共鳴エネルギー転移シグナルを検出して、試料中の対象核酸の有無を判定することを含む、対象核酸を検出する方法。
- 試料が生細胞を含む、請求項20に記載の方法。
- 対象核酸が、対照核酸と比べると遺伝子の点変異、欠失または挿入を含む、請求項20又は21に記載の方法。
- 対象核酸が検出されたことが、試料中に癌が存在することを示す、請求項20又は21に記載の方法。
- 対象核酸が、K−ras、サバイビン、p53、p16、DPC4、及びBRCA2を含む、請求項20又は21に記載の方法。
- 対象核酸が検出されたことが、外的刺激に応答して対象核酸の発現パターンが変化したことを示す、請求項20〜24のいずれか1項に記載の方法。
- 検出を1光子または多光子顕微鏡、時間分解蛍光顕微鏡、または蛍光内視鏡によって実施する、請求項20〜25のいずれか1項に記載の方法。
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US20030059822A1 (en) * | 2001-09-18 | 2003-03-27 | U.S. Genomics, Inc. | Differential tagging of polymers for high resolution linear analysis |
EP1500710A4 (en) * | 2002-05-08 | 2006-10-04 | Arkray Inc | METHOD FOR DETECTING TARGET NUCLEIC ACID |
US7282330B2 (en) | 2002-05-28 | 2007-10-16 | U.S. Genomics, Inc. | Methods and apparati using single polymer analysis |
EP1546380A4 (en) * | 2002-05-28 | 2007-02-14 | Us Genomics Inc | METHODS AND APPARATUSES FOR ANALYZING SIMPLE POLYMERS |
CA2433473A1 (en) * | 2002-07-23 | 2004-01-23 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Fluorescent hybridization probes with reduced background |
ES2306900T3 (es) * | 2002-11-07 | 2008-11-16 | Erasmus Universiteit Rotterdam | Sondas fret y metodos para detectar moleculas de interaccion. |
CA2505603A1 (en) | 2002-11-18 | 2004-06-03 | Genospectra, Inc. | Caged sensors, regulators and compounds and uses thereof |
CN101061236A (zh) * | 2003-01-13 | 2007-10-24 | 艾默瑞大学 | 在正常细胞和癌细胞中检测基因表达的方法 |
US7041481B2 (en) | 2003-03-14 | 2006-05-09 | The Regents Of The University Of California | Chemical amplification based on fluid partitioning |
GB0311948D0 (en) * | 2003-05-23 | 2003-06-25 | Stockport Innovation Ltd | Light emitting probes |
US20050069895A1 (en) * | 2003-08-29 | 2005-03-31 | Applera Corporation | Compositions, methods, and kits for fabricating coded molecular tags |
US7198900B2 (en) * | 2003-08-29 | 2007-04-03 | Applera Corporation | Multiplex detection compositions, methods, and kits |
US20050048498A1 (en) * | 2003-08-29 | 2005-03-03 | Applera Corporation | Compositions, methods, and kits for assembling probes |
EP2806035B1 (en) * | 2004-02-18 | 2017-09-13 | Chromocell Corporation | Methods and materials using signaling probes |
DE602005022990D1 (de) * | 2004-03-19 | 2010-09-30 | Japan Science & Tech Agency | Verfahren zum nachweis von genmutation und kit zum nachweis von genmutation |
WO2005089524A2 (en) * | 2004-03-19 | 2005-09-29 | U.S. Genomics, Inc. | Compositions and methods for detection of single molecules |
WO2005103298A2 (en) * | 2004-04-20 | 2005-11-03 | Genaco Biomedical Products, Inc. | Method for detecting ncrna |
CA2562310A1 (en) * | 2004-04-30 | 2005-11-17 | Yale University | Methods and compositions for cancer diagnosis |
CN1300321C (zh) * | 2004-06-17 | 2007-02-14 | 中国科学技术大学 | 对肿瘤细胞有促凋亡功能的Survivin突变体重组腺病毒及获得方法 |
US7972858B2 (en) | 2004-08-13 | 2011-07-05 | President And Fellows Of Harvard College | Ultra high-throughput opti-nanopore DNA readout platform |
US20060166376A1 (en) | 2005-01-21 | 2006-07-27 | Craig Alan R | Compositions for use as a signal generation component and methods of using same |
EP1875238A2 (en) * | 2005-04-19 | 2008-01-09 | Syracuse University | Rapid exchange luminescence (rel) for high sensitivity detection |
US7410763B2 (en) * | 2005-09-01 | 2008-08-12 | Intel Corporation | Multiplex data collection and analysis in bioanalyte detection |
EP1931806B1 (en) | 2005-10-07 | 2011-10-05 | California Institute Of Technology | Pkr activation via hybridization chain reaction |
US8017331B2 (en) * | 2005-11-04 | 2011-09-13 | Mannkind Corporation | IRE-1α substrates |
ATE474066T1 (de) | 2005-11-15 | 2010-07-15 | Genoid Kft | Verfahren zum nachweis von pathogenen mittels molecular beacons |
EP2013561B1 (en) | 2006-03-31 | 2012-06-27 | Columbia University | Binary probes for fluorescent analysis of nucleic acids |
US8034563B1 (en) * | 2006-09-12 | 2011-10-11 | Steven Albert Benner | Activated joining of nucleic acid probes |
US7803543B2 (en) * | 2007-01-19 | 2010-09-28 | Chang Gung University | Methods and kits for the detection of nucleotide mutations using peptide nucleic acid as both PCR clamp and sensor probe |
EP2126114B1 (en) * | 2007-02-01 | 2016-09-28 | Abacus Diagnostica OY | Method for detection of presence of target polynucleotide in samples |
FI20070163A0 (fi) | 2007-02-27 | 2007-02-27 | Hidex Oy | Parannettu homogeeninen luminesenssibiotesti |
US8906354B2 (en) | 2007-02-28 | 2014-12-09 | Bruker Biospin Corporation | Loaded latex optical molecular imaging probes containing lipophilic large stokes shift dyes |
US8017104B2 (en) * | 2007-02-28 | 2011-09-13 | Carestream Health, Inc. | Large stoke shift dye used for optical imaging |
JP5211790B2 (ja) * | 2007-03-26 | 2013-06-12 | 住友化学株式会社 | Dnaメチル化測定方法 |
WO2008144562A1 (en) * | 2007-05-16 | 2008-11-27 | California Institute Of Technology | A versatile nucleic acid hairpin motif for programming biomolecular self-assembly pathways |
CA2688155C (en) * | 2007-05-31 | 2020-02-11 | The Regents Of The University Of California | High specificity and high sensitivity detection based on steric hindrance & enzyme-related signal amplification |
CA2693055C (en) * | 2007-07-09 | 2012-02-21 | Fio Corporation | Systems and methods for enhancing fluorescent detection of target molecules in a test sample |
US8252522B2 (en) * | 2007-08-14 | 2012-08-28 | The Regents Of The University Of California | Species detection methods and systems |
US20090162863A1 (en) * | 2007-12-13 | 2009-06-25 | Hitachi High-Technologies Corporation | Nucleic acid detection probe |
US20090162845A1 (en) * | 2007-12-20 | 2009-06-25 | Elazar Rabbani | Affinity tag nucleic acid and protein compositions, and processes for using same |
JP2011519579A (ja) * | 2008-05-15 | 2011-07-14 | トピジェン ファーマスーティカルズ インク | 炎症および新生細胞増殖の治療のためのオリゴヌクレオチド |
US20100021901A1 (en) * | 2008-05-22 | 2010-01-28 | Peng Yin | Compositions and methods for detecting analytes |
US20090311799A1 (en) * | 2008-06-13 | 2009-12-17 | Sotzing Gregory A | Nucleic Acid Materials for Nonradiative Energy Transfer and Methods of Production and Use |
US20100092960A1 (en) * | 2008-07-25 | 2010-04-15 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Helicase-assisted sequencing with molecular beacons |
WO2011120024A1 (en) | 2010-03-25 | 2011-09-29 | Quantalife, Inc. | Droplet generation for droplet-based assays |
US11130128B2 (en) | 2008-09-23 | 2021-09-28 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Detection method for a target nucleic acid |
US8709762B2 (en) | 2010-03-02 | 2014-04-29 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | System for hot-start amplification via a multiple emulsion |
US9132394B2 (en) | 2008-09-23 | 2015-09-15 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | System for detection of spaced droplets |
US8633015B2 (en) | 2008-09-23 | 2014-01-21 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Flow-based thermocycling system with thermoelectric cooler |
US10512910B2 (en) | 2008-09-23 | 2019-12-24 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Droplet-based analysis method |
US9417190B2 (en) | 2008-09-23 | 2016-08-16 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Calibrations and controls for droplet-based assays |
US9764322B2 (en) | 2008-09-23 | 2017-09-19 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | System for generating droplets with pressure monitoring |
US9492797B2 (en) | 2008-09-23 | 2016-11-15 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | System for detection of spaced droplets |
US9598725B2 (en) | 2010-03-02 | 2017-03-21 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Emulsion chemistry for encapsulated droplets |
US9156010B2 (en) | 2008-09-23 | 2015-10-13 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Droplet-based assay system |
US8951939B2 (en) | 2011-07-12 | 2015-02-10 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Digital assays with multiplexed detection of two or more targets in the same optical channel |
US8663920B2 (en) | 2011-07-29 | 2014-03-04 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Library characterization by digital assay |
WO2011120006A1 (en) | 2010-03-25 | 2011-09-29 | Auantalife, Inc. A Delaware Corporation | Detection system for droplet-based assays |
EP2186827A1 (en) | 2008-11-14 | 2010-05-19 | HS LifeSciences Ltd. | Surrogate marker directed cDNA cloning of selectively induced mRNAs |
CA2750820A1 (en) * | 2009-01-27 | 2010-08-05 | Qiagen Gaithersburg | Thermophilic helicase dependent amplification technology with endpoint homogenous fluorescent detection |
US20120115128A1 (en) * | 2009-05-07 | 2012-05-10 | The Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Selective protein labeling |
WO2010135319A1 (en) * | 2009-05-18 | 2010-11-25 | University Of Connecticut | Nucleic acid-based photovoltaic cell |
EP2473618B1 (en) | 2009-09-02 | 2015-03-04 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | System for mixing fluids by coalescence of multiple emulsions |
WO2011035801A1 (en) * | 2009-09-05 | 2011-03-31 | Vito Nv (Vlaamse Instelling Voor Technologisch Onderzoek) | Methods and systems for analysing hybridisation |
US20120237451A1 (en) * | 2009-09-18 | 2012-09-20 | Antony Kuang-Shih Chen | Novel molecular beacons |
US9353407B2 (en) | 2009-10-21 | 2016-05-31 | Brandeis University | Methods, kits and reaction mixtures for analyzing single-stranded nucleic acid sequences |
JP5917144B2 (ja) * | 2009-12-07 | 2016-05-11 | アークレイ株式会社 | 疾患関連遺伝子の多型検出用プローブおよびその用途 |
BR112012018629A2 (pt) * | 2009-12-21 | 2019-09-24 | Becton Dickinson Co | métodos para determinar a presença de mycobacterium e a presença de região não mutacionada do núcleo do gene rpob mycobacterium, kit e sistemas automotizados |
ES2623859T3 (es) * | 2010-03-04 | 2017-07-12 | Miacom Diagnostics Gmbh | FISH múltiple mejorada |
CA2767114A1 (en) | 2010-03-25 | 2011-09-29 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Droplet transport system for detection |
US8658780B2 (en) | 2010-05-18 | 2014-02-25 | California Institute Of Technology | Triggered covalent probes for imaging and silencing genetic expression |
US8962241B2 (en) * | 2010-07-20 | 2015-02-24 | California Institute Of Technology | Triggered molecular geometry based bioimaging probes |
US8877438B2 (en) | 2010-07-20 | 2014-11-04 | California Institute Of Technology | Self-assembled polynucleotide structure |
US9834439B2 (en) | 2010-07-20 | 2017-12-05 | California Institute Of Technology | Biomolecular self-assembly |
US8993737B2 (en) | 2010-08-25 | 2015-03-31 | Pacific Biosciences, Inc. | Phospholinked dye analogs with an amino acid linker |
WO2012061444A2 (en) | 2010-11-01 | 2012-05-10 | Hiddessen Amy L | System for forming emulsions |
EP2649202B1 (en) | 2010-12-07 | 2019-02-20 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Nucleic acid target detection using a detector, a probe and an inhibitor |
JP2014509865A (ja) | 2011-03-18 | 2014-04-24 | バイオ−ラッド・ラボラトリーズ・インコーポレーテッド | シグナルの組合せ使用による多重化デジタルアッセイ |
WO2012144485A1 (ja) * | 2011-04-20 | 2012-10-26 | オリンパス株式会社 | 生体試料中の核酸分子の検出方法 |
EP3789498A1 (en) | 2011-04-25 | 2021-03-10 | Bio-rad Laboratories, Inc. | Methods for nucleic acid analysis |
US10597701B2 (en) | 2011-05-11 | 2020-03-24 | Navinci Diagnostics Ab | Unfolding proximity probes and methods for the use thereof |
GB201107863D0 (en) * | 2011-05-11 | 2011-06-22 | Olink Ab | Method and product |
BR112014002134A2 (pt) * | 2011-08-24 | 2017-02-21 | Grifols Therapeutics Inc | polinucleotídeo, composição, método para determinar a presença de um ácido nucleico alvo em uma amostra, e, kit |
JP6013339B2 (ja) * | 2011-08-30 | 2016-10-25 | オリンパス株式会社 | 膵液を含む生体試料中の標的粒子の検出方法 |
US8981318B1 (en) | 2011-12-30 | 2015-03-17 | Gene Capture, Inc. | Multi-dimensional scanner for nano-second time scale signal detection |
WO2013131083A1 (en) | 2012-03-02 | 2013-09-06 | Winthrop-University Hospital | METHOD FOR USING PROBE BASED PCR DETECTION TO MEASURE THE LEVELS OF CIRCULATING DEMETHYLATED β CELL DERIVED DNA AS A MEASURE OF β CELL LOSS IN DIABETES |
DE102012203964B3 (de) * | 2012-03-14 | 2013-02-28 | GNA Biosolultions GmbH | Verfahren und Kit zur Detektion von Nukleinsäuren |
WO2013155531A2 (en) | 2012-04-13 | 2013-10-17 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Sample holder with a well having a wicking promoter |
EP2906714B1 (en) * | 2012-10-09 | 2019-12-04 | AdvanDx, Inc. | Devices, compositions and methods pertaining to microscopic analysis of microorganisms and other analytes of interest |
WO2014113502A1 (en) * | 2013-01-15 | 2014-07-24 | Quanterix Corporation | Detection of dna or rna using single molecule arrays and other techniques |
US20140212869A1 (en) * | 2013-01-25 | 2014-07-31 | Agilent Technologies, Inc. | Nucleic Acid Proximity Assay Involving the Formation of a Three-way junction |
US20140255924A1 (en) * | 2013-03-08 | 2014-09-11 | Agilent Technologies, Inc. | Twist-tie oligonucleotide probes |
WO2014145620A2 (en) * | 2013-03-15 | 2014-09-18 | The Broad Institute, Inc. | Novel hybridization probes and uses thereof |
US10457980B2 (en) * | 2013-04-30 | 2019-10-29 | California Institute Of Technology | Multiplex labeling of molecules by sequential hybridization barcoding |
US9856472B2 (en) | 2013-07-01 | 2018-01-02 | California Institute Of Technology | Small conditional RNAs |
US20150037787A1 (en) * | 2013-07-31 | 2015-02-05 | International Business Machines Corporation | Polynucleotide configuration for reliable electrical and optical sensing |
JP5928906B2 (ja) * | 2013-08-27 | 2016-06-01 | 横河電機株式会社 | 核酸配列計測方法、核酸配列計測用デバイス、核酸配列計測用デバイスの製造方法および核酸配列計測装置 |
EP2949759B1 (en) * | 2014-05-27 | 2017-07-26 | Université Paris Sud 11 | Multiplexed homogeneous oligonucleotide detection |
WO2016065207A1 (en) | 2014-10-23 | 2016-04-28 | Ricardo Mancebo | Reagents and methods for isothermal chain reaction |
ES2908919T3 (es) | 2016-07-05 | 2022-05-04 | California Inst Of Techn | Reacción en cadena de hibridación de iniciador fraccionario |
US10815519B2 (en) | 2016-08-30 | 2020-10-27 | California Institute Of Technology | Immunohistochemistry via hybridization chain reaction |
WO2018217905A1 (en) * | 2017-05-23 | 2018-11-29 | Rutgers, The State University Of New Jersey | Target mediated in situ signal amplification with dual interacting hairpin probes |
US11542542B2 (en) * | 2017-07-18 | 2023-01-03 | Ohio State Innovation Foundation | Antisense fingerloop DNAs and uses thereof |
US11214795B2 (en) | 2017-09-25 | 2022-01-04 | California Institute Of Technology | Bistable polynucleotide devices for the sensing and quantification of molecular events |
US11391734B2 (en) | 2017-09-25 | 2022-07-19 | California Institute Of Technology | Surface-immobilized bistable polynucleotide devices for the sensing and quantification of molecular events |
CN110596057A (zh) * | 2019-08-19 | 2019-12-20 | 广西医科大学 | 一种新型无标记的铽(iii)-核酸适体传感器及其制备方法与应用 |
WO2021077110A1 (en) * | 2019-10-18 | 2021-04-22 | The Regents Of The University Of Michigan | Biomaterial sensor systems |
EP4284925A1 (en) | 2021-01-26 | 2023-12-06 | California Institute of Technology | Allosteric conditional guide rnas for cell-selective regulation of crispr/cas |
Family Cites Families (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA1190838A (en) | 1981-07-17 | 1985-07-23 | Cavit Akin | Homogeneous nucleic acid hybridization diagnostics by non-radiative energy transfer |
US4996143A (en) | 1985-12-23 | 1991-02-26 | Syngene, Inc. | Fluorescent stokes shift probes for polynucleotide hybridization |
CA1273552A (en) * | 1985-12-23 | 1990-09-04 | Michael J. Heller | Fluorescent stokes shift probes for polynucleotide hybridization assays |
US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
US5459243A (en) | 1994-03-10 | 1995-10-17 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Apparatus and processes for the large scale generation and transfer of diazomethane |
JP3435268B2 (ja) | 1995-11-09 | 2003-08-11 | ペンタックス株式会社 | 蛍光観察内視鏡装置 |
JP3898228B2 (ja) | 1996-04-12 | 2007-03-28 | ザ パブリック ヘルス リサーチ インスティチュート オブ ザ シティー オブ ニューヨーク インク | 検出プローブ、キット及びアッセイ |
US5866336A (en) * | 1996-07-16 | 1999-02-02 | Oncor, Inc. | Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon |
US6117635A (en) | 1996-07-16 | 2000-09-12 | Intergen Company | Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon |
EP0971038A4 (en) | 1996-09-27 | 2000-03-29 | Lab Molecular Biophotonics | PROBE FOR DETERMINATION OF POLYNUCLEOTIDES AND DETERMINATION METHOD |
DE19782089T1 (de) | 1996-10-29 | 1999-12-23 | Univ Nebraska At Lincoln Linco | Verfahren zum Nachweisen von Punktmutationen in DNA unter Verwendung von Fluoreszenzenergieübergang |
US5989823A (en) | 1998-09-18 | 1999-11-23 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Homogeneous detection of a target through nucleic acid ligand-ligand beacon interaction |
WO1999049293A2 (en) | 1998-03-24 | 1999-09-30 | Boston Probes, Inc. | Methods, kits and compositions pertaining to detection complexes |
US6037130A (en) | 1998-07-28 | 2000-03-14 | The Public Health Institute Of The City Of New York, Inc. | Wavelength-shifting probes and primers and their use in assays and kits |
DE69913654T2 (de) | 1999-05-12 | 2004-06-09 | Hamamatsu Photonics K.K., Hamamatsu | Nachweis von Nukleinsäuren im Zytoplasma |
JP4537053B2 (ja) * | 2001-06-25 | 2010-09-01 | ジョージア テック リサーチ コーポレーション | 二重共鳴エネルギー転移核酸プローブ |
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