JP2519406B2 - 保護剤を結合したオリゴヌクレオチド連鎖を含む新規化合物、及び該新規化合物の製造方法 - Google Patents
保護剤を結合したオリゴヌクレオチド連鎖を含む新規化合物、及び該新規化合物の製造方法Info
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Description
【発明の詳細な説明】 本発明は、新規な化合物並びにその用途、特に明確な
DNA又はRNAの連鎖の検出を可能にするプローブとしての
その用途に関するものである。
DNA又はRNAの連鎖の検出を可能にするプローブとしての
その用途に関するものである。
本発明による化合物は、共役結合により少くとも1つ
の「インターカレーションを生ずる基」に結合している
自然のヌクレオチド若しくは変性されたヌクレオチド鎖
を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴデオキシヌクレオ
チドからなっている。
の「インターカレーションを生ずる基」に結合している
自然のヌクレオチド若しくは変性されたヌクレオチド鎖
を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴデオキシヌクレオ
チドからなっている。
尚、以下の説明においては、次の簡略化されたヌクレ
オチドの表現が用いられる: この式は次の化学式に対応する。
オチドの表現が用いられる: この式は次の化学式に対応する。
この式の末端(3′),(5′)については前述した
通りである。
通りである。
また以下の説明においては、次の略記が用いられる: ODN :オリゴデオキシリボヌクレオチド Ar :パラクロルフェニル CNEt :β−シアノエチル Me :メチル Et :エチル MMTr :モノメトキシトリチル DMTr :ジメトキシトリチル Tr :トリチル MST :メシチレンスルホニルテトラゾリド DMT :ジメチル−1,5−テトラゾール T :チミジン TEA :トリエチルアミン TLC :薄層クロマトグラフィー 尚、式(DMTr)TTTT-Arにおいて、リン酸ジ
エステル結合は記号(−)によって、また、リン酸トリ
エステル結合は記号()によって各々表され、各々の
リン酸塩はp−クロロフェニル基(Ar)により保護され
ている。
エステル結合は記号(−)によって、また、リン酸トリ
エステル結合は記号()によって各々表され、各々の
リン酸塩はp−クロロフェニル基(Ar)により保護され
ている。
この形式の化合物のうち、特に述べる必要のあるもの
は、式 (上式において、基Bは同一でも、異なっていてもよ
く、各々自然の核酸又は変性された核酸の塩基を表わ
し、基Xは同一でも異なっていてもよく、各々オキソア
ニオンO 、チオアニノンS 、アルキル基、アルコキ
シ基、アリールオキシ基、アミノアルキル基、アミノア
ルコキシ基、チオアルキル基、又は基−Y−Zを表わ
し、R,R′は同一でも、異なっていてもよく、各々水素
原子又は基−Y−Zを表わし、Yは−alk−が直鎖状で
あるか又は分岐を有するアルキレン基、 又は基Y″−O−Y′−を表わし、ここにY″又はY′
は、同一でも、異なっていてもよく、各々−alk−が直
鎖であるか又は分岐を有するアルキレン基、 を表わし、EはXと同一の意味を有してもよく、Jは水
素原子又は水酸基を表わし、Zはインターカレーション
を生ずる基を表わし、nは0を含む整数を表わす) により示される化合物である。
は、式 (上式において、基Bは同一でも、異なっていてもよ
く、各々自然の核酸又は変性された核酸の塩基を表わ
し、基Xは同一でも異なっていてもよく、各々オキソア
ニオンO 、チオアニノンS 、アルキル基、アルコキ
シ基、アリールオキシ基、アミノアルキル基、アミノア
ルコキシ基、チオアルキル基、又は基−Y−Zを表わ
し、R,R′は同一でも、異なっていてもよく、各々水素
原子又は基−Y−Zを表わし、Yは−alk−が直鎖状で
あるか又は分岐を有するアルキレン基、 又は基Y″−O−Y′−を表わし、ここにY″又はY′
は、同一でも、異なっていてもよく、各々−alk−が直
鎖であるか又は分岐を有するアルキレン基、 を表わし、EはXと同一の意味を有してもよく、Jは水
素原子又は水酸基を表わし、Zはインターカレーション
を生ずる基を表わし、nは0を含む整数を表わす) により示される化合物である。
ところで、式Iがヌクレオチド(同一でも異なってい
てもよい)の鎖を表わし、nは単に分子中に含まれるヌ
クレオチドの数を表わす。尚、式Iにおいてnは、好ま
しくは数1-50、より好ましくは数1-25を表わしている。
てもよい)の鎖を表わし、nは単に分子中に含まれるヌ
クレオチドの数を表わす。尚、式Iにおいてnは、好ま
しくは数1-50、より好ましくは数1-25を表わしている。
インターカレーションを生ずる基Zは、核酸関連技術
において既知の化合物であり、DNA又はRNAの構造におい
て「それ自身を挿入(インターカレーション)」するこ
とのできる化合物である。
において既知の化合物であり、DNA又はRNAの構造におい
て「それ自身を挿入(インターカレーション)」するこ
とのできる化合物である。
これらのインターカレーションを生ずる部分は一般
に、平坦な形状を持った多環式化合物、例えばアクリジ
ン、フロクマリン又はエリプチシン及びその誘導体から
なる。
に、平坦な形状を持った多環式化合物、例えばアクリジ
ン、フロクマリン又はエリプチシン及びその誘導体から
なる。
Zの意味については、より特定的には、次の2つが用
いられる。
いられる。
基Bは、好ましくは、核酸の自然の塩基、例えばチア
ミン(T),アデニン(A),シトシン(C),グアニ
ン(G)又はウラシル(U)からなるが、変性された核
酸の塩基特にハロゲン若しくはアジド誘導体例えば5−
ブロモ−ウラシル又は8−アジド−アデニンを用いても
よく、更に塩基の光活性化可能な誘導体を用いてよい。
この適用については後に説明する。
ミン(T),アデニン(A),シトシン(C),グアニ
ン(G)又はウラシル(U)からなるが、変性された核
酸の塩基特にハロゲン若しくはアジド誘導体例えば5−
ブロモ−ウラシル又は8−アジド−アデニンを用いても
よく、更に塩基の光活性化可能な誘導体を用いてよい。
この適用については後に説明する。
基Xは好ましくはオキソアニオンを表わすが、それ以
外の意味を有してもよい。基Xがアルキル基を表わす場
合、それは好ましくは低級基即ち、C1〜C7アルキル基、
例えばエチル基、メチル基又はプロピル基である。基X
がアルコキシ基を表わす場合、それは好ましくは低級
基,即ちC1〜C7アルコキシ基,例えばメトキシ基又はエ
トキシ基である。基Xがアミノアルキル基又はアミノア
ルコキシ基を表わす場合、それは一置換又は二置換され
たアミノアルキル基又は第四アンモニウム塩系のアミノ
基であってもよく、この条件の基では置換基は好ましく
は前記のように定義した低級アルキル基である。アミノ
基をリンに結合しているアルキル鎖又はアルコキシ鎖
は、好ましくは、1-10個の炭素原子を有する直鎖又は分
岐鎖である。また、基Xがチオアルキル基であれば、そ
れは好ましくは低級チオアルキル基、即ち1〜7個の炭
素原子を有するチオアルキル基である。
外の意味を有してもよい。基Xがアルキル基を表わす場
合、それは好ましくは低級基即ち、C1〜C7アルキル基、
例えばエチル基、メチル基又はプロピル基である。基X
がアルコキシ基を表わす場合、それは好ましくは低級
基,即ちC1〜C7アルコキシ基,例えばメトキシ基又はエ
トキシ基である。基Xがアミノアルキル基又はアミノア
ルコキシ基を表わす場合、それは一置換又は二置換され
たアミノアルキル基又は第四アンモニウム塩系のアミノ
基であってもよく、この条件の基では置換基は好ましく
は前記のように定義した低級アルキル基である。アミノ
基をリンに結合しているアルキル鎖又はアルコキシ鎖
は、好ましくは、1-10個の炭素原子を有する直鎖又は分
岐鎖である。また、基Xがチオアルキル基であれば、そ
れは好ましくは低級チオアルキル基、即ち1〜7個の炭
素原子を有するチオアルキル基である。
R及びR′は、水素を表わす他に、特に次の意味を有
してもよい。
してもよい。
(a)−alk−Z 基−alk−は、好ましくは、1〜10個の炭素原子を有
する直鎖状又は分岐を有するアルキレン基である。
する直鎖状又は分岐を有するアルキレン基である。
本発明は、塩基又は酸との塩形の上記化合物、並びに
ラセミ形又は光学的に純粋なRもしくはS異性体ないし
はその混合物の形の化合物も提供する。
ラセミ形又は光学的に純粋なRもしくはS異性体ないし
はその混合物の形の化合物も提供する。
特に有用な化合物としては、式 (T-)n(Y1)Z1 Z2(Y2)(-T)n Z2(Y2)(-T)n(Y1)Z1 (上式において、Tはチミジン基を表わし、nは整数1-
25を表わし、Y1,Y2はC1-C7アルキレン基又は を表わし、ここにp及びqは整数1-10を表わし、Z1,Z2
はZと同じ意味を有する。) を有する化合物、式 (A-)n(CH2)nZ (G-)n(CH2)nZ (C-)n(CH2)nZ によって表わされるか、又は連鎖状化合物、例えば次の
オリゴヌクレオチド d[A-T-A-A-A-T-T-C-A-C-(CH2)nZ]; d[A-A-T-G-G-T-A-A-A-A-T-(CH2)nZ] が挙げられる。
25を表わし、Y1,Y2はC1-C7アルキレン基又は を表わし、ここにp及びqは整数1-10を表わし、Z1,Z2
はZと同じ意味を有する。) を有する化合物、式 (A-)n(CH2)nZ (G-)n(CH2)nZ (C-)n(CH2)nZ によって表わされるか、又は連鎖状化合物、例えば次の
オリゴヌクレオチド d[A-T-A-A-A-T-T-C-A-C-(CH2)nZ]; d[A-A-T-G-G-T-A-A-A-A-T-(CH2)nZ] が挙げられる。
これらの化合物は、既知の方法、特に「リン酸トリエ
ステル法」と呼ばれる合成方法により調製することがで
きる。この方法によれば、ヌクレオチド鎖が最初に形成
され、使用されない種々の基が保護され、最後に保護基
が除かれ、所望の生成物が取得される。
ステル法」と呼ばれる合成方法により調製することがで
きる。この方法によれば、ヌクレオチド鎖が最初に形成
され、使用されない種々の基が保護され、最後に保護基
が除かれ、所望の生成物が取得される。
例えば、第1の方法によれば、3′にインターカレー
ションを生ずる基を有する本発明により化合物、例えば
1aによって示される化合物は、式2の3′−リン酸ジエ
ステルのヌクレオチドを、式3のインターカレーション
を生ずる部分のヒドロキシル化誘導体に、又は既に3′
にインターカレーションを生ずる部分を有するオリゴヌ
クレオチドの5′−ヒドロキシル化誘導体(例、式4)
に結合することによって調製される(方程式1,2)。
ションを生ずる基を有する本発明により化合物、例えば
1aによって示される化合物は、式2の3′−リン酸ジエ
ステルのヌクレオチドを、式3のインターカレーション
を生ずる部分のヒドロキシル化誘導体に、又は既に3′
にインターカレーションを生ずる部分を有するオリゴヌ
クレオチドの5′−ヒドロキシル化誘導体(例、式4)
に結合することによって調製される(方程式1,2)。
また、5′にインターカレーションを生ずる基を有す
る化合物1bは、インターカレーションを生ずる部分3の
ヒドロキシル化誘導体を5′−リン酸ジエステルヌクレ
オチド(例、5)に結合するか、又はインターカレーシ
ョンを生ずる部分6のジエステルを5′−ヒドロキシル
化ヌクレオチド(例、7)とともに縮合することによっ
て取得される(方程式3,4)。
る化合物1bは、インターカレーションを生ずる部分3の
ヒドロキシル化誘導体を5′−リン酸ジエステルヌクレ
オチド(例、5)に結合するか、又はインターカレーシ
ョンを生ずる部分6のジエステルを5′−ヒドロキシル
化ヌクレオチド(例、7)とともに縮合することによっ
て取得される(方程式3,4)。
3′,5′の両方にインターカレーションを生ずる基を
有する化合物(例、1c)を調製するには、一例として、
ジエステル(例、6)を式4のトリエステルと結合する
か、または3′,5′−ビス(リン酸ジエステル)ヌクレ
オチド(例、8)を出発物質とし、これをインターカレ
ーションを生ずる部分3のヒドリキシル化誘導体に結合
する(方程式5,6)。
有する化合物(例、1c)を調製するには、一例として、
ジエステル(例、6)を式4のトリエステルと結合する
か、または3′,5′−ビス(リン酸ジエステル)ヌクレ
オチド(例、8)を出発物質とし、これをインターカレ
ーションを生ずる部分3のヒドリキシル化誘導体に結合
する(方程式5,6)。
最後に、ヌクレオチド間のリン酸塩に結合されたイン
ターカレーションを生ずる部分を有する化合物(例、1
d)は、インターカレーションを生ずる部分のヒドロキ
シル化誘導体をヌクレオチド間のリン酸ジエステル基9
に結合するか、または既にインターカレーションを生ず
る部分を有するオリゴヌクレオチド10の5′−ヒドロキ
シル化誘導体にジエステル2を結合させることにより調
製される(方程式7,8)。
ターカレーションを生ずる部分を有する化合物(例、1
d)は、インターカレーションを生ずる部分のヒドロキ
シル化誘導体をヌクレオチド間のリン酸ジエステル基9
に結合するか、または既にインターカレーションを生ず
る部分を有するオリゴヌクレオチド10の5′−ヒドロキ
シル化誘導体にジエステル2を結合させることにより調
製される(方程式7,8)。
ダイマー22,23及び中間オリゴマーは、方程式9〜11
のうちのひとつに従って調製し得る。これらの方程式
は、いわゆるリン酸トリエステル合成において既知の技
術に関連している。
のうちのひとつに従って調製し得る。これらの方程式
は、いわゆるリン酸トリエステル合成において既知の技
術に関連している。
これらの方程式によれば、明確な連鎖のオリゴマー及
び種々のモノマー16,17は、種々の適宜保護された式11
のヌクレオチドから取得し得る。
び種々のモノマー16,17は、種々の適宜保護された式11
のヌクレオチドから取得し得る。
上式11においてMは、官能基NH2がアシル基により保
護された自然の核酸又は変性された核酸の1つの塩基を
表し、JLは水素原子又はトリアルキルシリルオキシ基又
は別の保護された基を表し、Trはトリチル基、モノメト
キシトリチル基又はジメトキシトリチル基を表す。
護された自然の核酸又は変性された核酸の1つの塩基を
表し、JLは水素原子又はトリアルキルシリルオキシ基又
は別の保護された基を表し、Trはトリチル基、モノメト
キシトリチル基又はジメトキシトリチル基を表す。
Xがエーテル化された形の基を表す化合物は、ホスホ
リル化剤12,13,14即ち を用いて、適宜保護されたヌクレオチド(例11)から調
製することができる。
リル化剤12,13,14即ち を用いて、適宜保護されたヌクレオチド(例11)から調
製することができる。
これら種々の反応の反応条件は既知であり、後記の各
方程式に簡単に示されている。
方程式に簡単に示されている。
リン酸塩が3つの別々の置換基を有するジヌクレオシ
ド−リン酸塩は、偏左右異性体形(RもしくはS)又は
異性体20Rもしくは20S及び21Rもしくは21S型において取
得される。
ド−リン酸塩は、偏左右異性体形(RもしくはS)又は
異性体20Rもしくは20S及び21Rもしくは21S型において取
得される。
異性体21Rもしくは21Sは、偏左右異性体の両成分を分
離するか、または異性体20R、20Sの各々をアルコラート
で処理することによって取得される。
離するか、または異性体20R、20Sの各々をアルコラート
で処理することによって取得される。
試薬13,14による偏左右異性体21R、21S及び異性体21
R、21Sのホスホリル化によって、ダイマー22,23が各々
生成する(これらのダイマーにおいて基X=ORのリン
酸塩キャリヤーは、偏左右異性体(R,S)の形又は2つ
の異性体形式のうちの1つRもしくはSとしてよ
い。)。
R、21Sのホスホリル化によって、ダイマー22,23が各々
生成する(これらのダイマーにおいて基X=ORのリン
酸塩キャリヤーは、偏左右異性体(R,S)の形又は2つ
の異性体形式のうちの1つRもしくはSとしてよ
い。)。
ホスホン酸から誘導されたダイマー22,23(X=R
)は、方程式10にしたがってメタホスホネート24を経
て取得される。
)は、方程式10にしたがってメタホスホネート24を経
て取得される。
オリゴマー2,4,5,7,8はダイマー22,23から取得される
(方程式11)。
(方程式11)。
ヌクレオチド間のリン酸ジエステル基9を有するオリ
ゴマーの調製は、方程式12,13に示されている。
ゴマーの調製は、方程式12,13に示されている。
最後に、種々の完全に保護されたオリゴマーを式1の
化合物に添加させることは、種々の保護基を選択的に除
去することによって行う。ヌクレオチド間のリン酸塩の
脱保護脱アリール化は、ベンゾヒドロキサン酸塩により
無水媒体中で行う。この新規な方法によれば、使用した
インターカレーションを生ずる基及びアルキル化リン酸
エステルを保存しつつアリール化リン酸エステルのブロ
ックを分解(デブロッキング)することができる。
化合物に添加させることは、種々の保護基を選択的に除
去することによって行う。ヌクレオチド間のリン酸塩の
脱保護脱アリール化は、ベンゾヒドロキサン酸塩により
無水媒体中で行う。この新規な方法によれば、使用した
インターカレーションを生ずる基及びアルキル化リン酸
エステルを保存しつつアリール化リン酸エステルのブロ
ックを分解(デブロッキング)することができる。
最後に、本発明による化合物は、特にDNA及びRNAの断
片を用いて半合成法により調製することができる。DNA
及びRNAの断片は、遺伝子工学により調製され、これに
はインターカレーションを生ずる部分が後に結合され
る。
片を用いて半合成法により調製することができる。DNA
及びRNAの断片は、遺伝子工学により調製され、これに
はインターカレーションを生ずる部分が後に結合され
る。
前述した各方程式を以下に列挙する。
インターカレーションを生ずる部分とオリゴヌクレオ
チドの鎖からなる本発明による化合物は、オリゴヌクレ
オチドのどんな相補的な連鎖にも選択的に結合する。本
発明の化合物に依存するインターカレーションを生ずる
部分によって、相補的なオリゴヌクレオチドに対する本
発明化合物の親和性が、オリゴヌクレオチド自身につい
て改善される。
チドの鎖からなる本発明による化合物は、オリゴヌクレ
オチドのどんな相補的な連鎖にも選択的に結合する。本
発明の化合物に依存するインターカレーションを生ずる
部分によって、相補的なオリゴヌクレオチドに対する本
発明化合物の親和性が、オリゴヌクレオチド自身につい
て改善される。
ヌクレオチドと異なる性質をもったインターカレーシ
ョンを生ずる部分の存在によって、その検出が可能にな
り、従って、インターカレーションを生ずる部分がその
一部分をなしている鎖に対して相補的なヌクレオチド鎖
の存在の検出が可能になる。
ョンを生ずる部分の存在によって、その検出が可能にな
り、従って、インターカレーションを生ずる部分がその
一部分をなしている鎖に対して相補的なヌクレオチド鎖
の存在の検出が可能になる。
従って、本発明の化合物は、ハイブリダイゼーション
プローブとしてのみならず、明確なDNA又はRNA連鎖の精
製成分としても使用できる。
プローブとしてのみならず、明確なDNA又はRNA連鎖の精
製成分としても使用できる。
このように、インターカレーションを生ずる部分を存
在させると、例えばアクリジン誘導体の場合には、光化
学的な架橋形成前に、又フロクマリン誘導体の場合に
は、光化学的な架橋形成後に、蛍光によって、結合した
化合物をそのまま検出することが可能になる。
在させると、例えばアクリジン誘導体の場合には、光化
学的な架橋形成前に、又フロクマリン誘導体の場合に
は、光化学的な架橋形成後に、蛍光によって、結合した
化合物をそのまま検出することが可能になる。
これは、例えばゲル上のハイブリダイゼーションない
しは交雑により、DNA又はRNAの断片中のある所定の連鎖
を検出するために、本発明の化合物が使用され得ること
を示している。
しは交雑により、DNA又はRNAの断片中のある所定の連鎖
を検出するために、本発明の化合物が使用され得ること
を示している。
本発明による化合物は、DNA又はRNAに生ずる突然変異
の検出にも使用し得る。正常な遺伝子の塩基(例えば
G)が突然変異を受けた遺伝子において別の塩基(例え
ばT)に代られた場合、3′の側がAにより終端するオ
リゴデオキシヌクレオチドを構成できる(インターカレ
ーションを生ずる基は3′においてリン酸塩基に結合し
ている)。突然変異を受けた遺伝子においては対合は完
全であるが、正常な遺伝子の場合、最後の塩基対は形成
され得ない。これはインターカレーションを生ずる部分
の相互作用の妨害を意味し、この妨害は、生成された複
合対の安定性の見地から、対合の不在を増幅する。同じ
効果はオリゴデオキシヌクレオチドの5′の側の対合し
得なかった塩基を選ぶことによっても得られる(インタ
ーカレーションを生ずる基はリン酸塩に5′において結
合される。) 例えば、2種のオリゴデオキシヌクレオチド (Tp)8(CH2)5Z″及び(Tp)7Ap(CH2)5Z″は、ポリ(rA)に
結合している。生成した複合対の半解離温度は、各々41
℃,27℃である。前者は8個の塩基対A.T.を形成し、後
者は7個の塩基対を形成するが、最後の塩基対の不在に
よるインターカレーションの乱れは、複合体を著しく不
安定にする。比較として、化合物(Tp)4(CH2)5Z″は4個
の塩基対を形成し得るに過ぎないが、は解離温度31℃に
おいて(Tp)8(CH2)5Z″のインターカレーションと類似し
たインターカレーションを引き起こす。
の検出にも使用し得る。正常な遺伝子の塩基(例えば
G)が突然変異を受けた遺伝子において別の塩基(例え
ばT)に代られた場合、3′の側がAにより終端するオ
リゴデオキシヌクレオチドを構成できる(インターカレ
ーションを生ずる基は3′においてリン酸塩基に結合し
ている)。突然変異を受けた遺伝子においては対合は完
全であるが、正常な遺伝子の場合、最後の塩基対は形成
され得ない。これはインターカレーションを生ずる部分
の相互作用の妨害を意味し、この妨害は、生成された複
合対の安定性の見地から、対合の不在を増幅する。同じ
効果はオリゴデオキシヌクレオチドの5′の側の対合し
得なかった塩基を選ぶことによっても得られる(インタ
ーカレーションを生ずる基はリン酸塩に5′において結
合される。) 例えば、2種のオリゴデオキシヌクレオチド (Tp)8(CH2)5Z″及び(Tp)7Ap(CH2)5Z″は、ポリ(rA)に
結合している。生成した複合対の半解離温度は、各々41
℃,27℃である。前者は8個の塩基対A.T.を形成し、後
者は7個の塩基対を形成するが、最後の塩基対の不在に
よるインターカレーションの乱れは、複合体を著しく不
安定にする。比較として、化合物(Tp)4(CH2)5Z″は4個
の塩基対を形成し得るに過ぎないが、は解離温度31℃に
おいて(Tp)8(CH2)5Z″のインターカレーションと類似し
たインターカレーションを引き起こす。
本発明の化合物によって、例えばリボゾームに見られ
るようなタンパク質−核酸複合体中の接近可能な連鎖を
検出することもできる。
るようなタンパク質−核酸複合体中の接近可能な連鎖を
検出することもできる。
本発明の化合物によって、或る与えられた連鎖を含む
DNA又はRNA断片を親和性クロマトグラフィーにより生成
可能である。
DNA又はRNA断片を親和性クロマトグラフィーにより生成
可能である。
細胞レベルでは、本発明の化合物により、所定の連鎖
(例えば、ビールス)を有する細胞をフローサイトフル
オリメトリーにより分離し、また細胞中のDNA又はRNAの
所定の連鎖(例えばビールス)の存在さえも診断するこ
とができる(細胞病理学)。
(例えば、ビールス)を有する細胞をフローサイトフル
オリメトリーにより分離し、また細胞中のDNA又はRNAの
所定の連鎖(例えばビールス)の存在さえも診断するこ
とができる(細胞病理学)。
一般に、本発明の化合物は、蛍光プローブとして使用
でき、従来用いられた放射性プローブに代ることができ
る。明らかなように、この形成のプローブは、放射性プ
ローブに比べて大きな利点を備えている。特にオリゴヌ
クレオチドは、前述したように、インターカレーション
を生ずる部分の存在により、その相補的連鎖についてよ
り大きな親和性を有している。また、蛍光剤は放射性プ
ローブの場合によりも著しく速やかに検出できる上に、
高い空間的分解能(spatialresolution)を非常に容易
に確保できるという利点も備えている。
でき、従来用いられた放射性プローブに代ることができ
る。明らかなように、この形成のプローブは、放射性プ
ローブに比べて大きな利点を備えている。特にオリゴヌ
クレオチドは、前述したように、インターカレーション
を生ずる部分の存在により、その相補的連鎖についてよ
り大きな親和性を有している。また、蛍光剤は放射性プ
ローブの場合によりも著しく速やかに検出できる上に、
高い空間的分解能(spatialresolution)を非常に容易
に確保できるという利点も備えている。
この形式のプローブによれば、蛍光を定量的に測定
し、従って定量することは、充分に容易である。
し、従って定量することは、充分に容易である。
更に、従来のプローブに対して本発明のプローブが有
する看過し得ない利点は、放射性物質を扱う必要がない
ことである。
する看過し得ない利点は、放射性物質を扱う必要がない
ことである。
本発明の化合物と核酸とのつながりは、種々の方法例
えば吸収、蛍光、円偏光二色性または核磁気共鳴によっ
てモニターできる。
えば吸収、蛍光、円偏光二色性または核磁気共鳴によっ
てモニターできる。
インターカレーションを生ずる部分の吸収波長帯には
目立ったスペクトル変化が観察される(目立った淡色効
果は50%に達し得る。長波長へのスペクトルの移行)。
目立ったスペクトル変化が観察される(目立った淡色効
果は50%に達し得る。長波長へのスペクトルの移行)。
オリゴヌクレオチドがチミン連鎖(T4,T8,T12)を含
む場合、これらのスペクトル変化は、相補的な連鎖(ポ
リA)上に固定したことのみにより現出される。ポリU
及びポリCについては相互作用はまったく観察されな
い。
む場合、これらのスペクトル変化は、相補的な連鎖(ポ
リA)上に固定したことのみにより現出される。ポリU
及びポリCについては相互作用はまったく観察されな
い。
オリゴヌクレオチド連鎖がアデニン(AS)を含む場
合、ポリU又はポリdTのみは特性的なスペクトル変更を
惹起させる。ポリAはいかなる効果も示さない。
合、ポリU又はポリdTのみは特性的なスペクトル変更を
惹起させる。ポリAはいかなる効果も示さない。
いろいろのパラメーターの安定性に対する影響を示す
ために、本発明の化合物により形成された複合体の検討
を行った。
ために、本発明の化合物により形成された複合体の検討
を行った。
安定性は昇温時の複合体(T1/2)の半遷移温度により
測定可能である。下表はアクリジンのインターカレーシ
ョンを生ずる誘導体に結合した(CH2)5分岐又はエチル基
により置換されたオリゴヌクレオチドについてこの温度
を比較したものである。T1/2の値は、10-2Mカコジル酸
ナトリウム及び0.1M NaClを含有するpH7の緩衝液中にお
いてインターカレーションを生ずる部分の濃度5×10-2
Mにより1:1(T:A)の比について定めた。
測定可能である。下表はアクリジンのインターカレーシ
ョンを生ずる誘導体に結合した(CH2)5分岐又はエチル基
により置換されたオリゴヌクレオチドについてこの温度
を比較したものである。T1/2の値は、10-2Mカコジル酸
ナトリウム及び0.1M NaClを含有するpH7の緩衝液中にお
いてインターカレーションを生ずる部分の濃度5×10-2
Mにより1:1(T:A)の比について定めた。
(T-)12Et :30℃ (T-)12(CH2)5Z″ :47℃ (T-)8Et :9.5℃ (T-)8(CH2)5Z″ :41℃ (T-)4Et :<0℃ (T-)4(CH2)5Z″ :31℃ インターカレーションを生ずる部分の存在による複合
体の安定は顕著である。オリゴヌクレオチドが短いほど
温度差はそれだけ大きくなる。
体の安定は顕著である。オリゴヌクレオチドが短いほど
温度差はそれだけ大きくなる。
安定性は、次のT1/2が示すようにインターカレーショ
ンを生ずる部分をオリゴヌクレオチドに結合させるため
に用いる分枝の長さに依存する。
ンを生ずる部分をオリゴヌクレオチドに結合させるため
に用いる分枝の長さに依存する。
(T-)4(CH2)3Z″ :17℃ (T-)4(CH2)4Z″ :18℃ (T-)4(CH2)5Z″ :31℃ (T-)4(CH2)6Z″ :31℃ 従って、複合体の良好な安定性を確実にするには、C5
の1つの分枝で充分である。
の1つの分枝で充分である。
複合体の安定性は、オリゴヌクレオチドの濃度に伴う
T1/2の変化から測定した反応の自由エンタルピー(Kcal
/mol)によって定めることができる。
T1/2の変化から測定した反応の自由エンタルピー(Kcal
/mol)によって定めることができる。
(T-)12Et :70Kcal/mol (T-)12(CH2)5Z″ :94Kcal/mol (T-)8Et :51Kcal/mol (T-)8(CH2)5Z″ :73Kcal/mol (T-)4Et :測定不能 (T-)4(CH2)5Z″ :39Kcal/mol このようにインターカレーションを生ずる部分の存在
により、結合オリゴヌクレオチド1モル当り20〜30kカ
ロリーの利得が可能となる。
により、結合オリゴヌクレオチド1モル当り20〜30kカ
ロリーの利得が可能となる。
本発明のその他の特徴及び利点を示すため、限定的で
ない以下の実施例について説明する。
ない以下の実施例について説明する。
実施例1. (DMTr)T(CH2)3Z′ (1)ピリジニウム−5′−o−(ジメトキシトリチ
ル)−チミジン−3′−(p−クロロフェニルホスフェ
ート) (a)(ジメチル−p−クロロフェニルホスフェートに
塩素を作用させて調製した)メチル−p−クロロフェニ
ルクロロホスフェート3当量を、無水ピリジン中に1,5
−ジメチル−テトラゾール(DMTe)9当量を溶かして得
た溶液に−20℃で撹拌下に添加した。添加終了時に周囲
温度で1時間撹拌を続け、ピリジン中に5′−o−ジメ
トキシトリメチル−チミジン(ジャーナル・オブ・ジ・
アメリカン・ケミカル・ソサイエティ、J.Americ.Chem.
Soc.1983年.85.3821頁)1当量を溶かして得た溶液を
−10℃で添加した。周囲温度で数時間反応させた後、氷
水を添加し、ジエステルをクロロホルムで押出した。次
にクロロホルム溶液を乾燥させ、真空中で濃縮した。ピ
リジン溶液の形で得られたジエステルは、以降の工程に
用いる上にほぼ純粋なものであった。この反応のヌクレ
オチドに基づいた収率は、ほぼ定量的であった。シリカ
ゲル上のTLC;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10、v/v)、Rf〜
0.5。
ル)−チミジン−3′−(p−クロロフェニルホスフェ
ート) (a)(ジメチル−p−クロロフェニルホスフェートに
塩素を作用させて調製した)メチル−p−クロロフェニ
ルクロロホスフェート3当量を、無水ピリジン中に1,5
−ジメチル−テトラゾール(DMTe)9当量を溶かして得
た溶液に−20℃で撹拌下に添加した。添加終了時に周囲
温度で1時間撹拌を続け、ピリジン中に5′−o−ジメ
トキシトリメチル−チミジン(ジャーナル・オブ・ジ・
アメリカン・ケミカル・ソサイエティ、J.Americ.Chem.
Soc.1983年.85.3821頁)1当量を溶かして得た溶液を
−10℃で添加した。周囲温度で数時間反応させた後、氷
水を添加し、ジエステルをクロロホルムで押出した。次
にクロロホルム溶液を乾燥させ、真空中で濃縮した。ピ
リジン溶液の形で得られたジエステルは、以降の工程に
用いる上にほぼ純粋なものであった。この反応のヌクレ
オチドに基づいた収率は、ほぼ定量的であった。シリカ
ゲル上のTLC;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10、v/v)、Rf〜
0.5。
(b)メチル−p−クロロフェニルクロロホスフェート
の代わりにメチル−p−クロロフェニルブロモホスフェ
ートを用いた場合にも同じ効果が得られる(テトラヘド
ロン・レターズ、「Tetrahed ron Letters」1980年.21
巻.2063頁)。
の代わりにメチル−p−クロロフェニルブロモホスフェ
ートを用いた場合にも同じ効果が得られる(テトラヘド
ロン・レターズ、「Tetrahed ron Letters」1980年.21
巻.2063頁)。
(2)前記のように調製したジエステル0.25ミリモル、
8−(ω−ヒドロキシプロポキシ)−プロラレン0.2ミ
リモル及びメシチレンスルホニテトラゾール(MST)
(核酸研究「Nucleic Acids Res.」1977年.4巻.353頁)
0.4ミリモルを無水ピリジン1.5mlに溶かした溶液を撹拌
下に2時間周囲温度で反応させた。次に氷水0.5mlを加
え、同じ温度で20分間更に撹拌を続けた。溶液を真空中
で濃縮し、残留物をクロロホルムに吸収させ、有機相を
NaHCO3水溶液(濃度5%)2×1mlにより洗浄し、Na2SO
4上において乾燥させた。溶液を真空中に追いだした後
に取得した生成物をシリカベルカラム上において精製し
た(溶離剤、CH2Cl2/NaOH)。
8−(ω−ヒドロキシプロポキシ)−プロラレン0.2ミ
リモル及びメシチレンスルホニテトラゾール(MST)
(核酸研究「Nucleic Acids Res.」1977年.4巻.353頁)
0.4ミリモルを無水ピリジン1.5mlに溶かした溶液を撹拌
下に2時間周囲温度で反応させた。次に氷水0.5mlを加
え、同じ温度で20分間更に撹拌を続けた。溶液を真空中
で濃縮し、残留物をクロロホルムに吸収させ、有機相を
NaHCO3水溶液(濃度5%)2×1mlにより洗浄し、Na2SO
4上において乾燥させた。溶液を真空中に追いだした後
に取得した生成物をシリカベルカラム上において精製し
た(溶離剤、CH2Cl2/NaOH)。
プソラレン誘導体に基づいたこの調製の収率は、80%
のオーダーであった。
のオーダーであった。
TLC:シリカゲル60F254;溶剤:CH2Cl2,MeOH(9:1,v/
v)、Rf0.73。
v)、Rf0.73。
実施例2,3 (DMTr)T(CH2)nZ″ 実施例1の手順に従い、8−(ω−ヒドロキシプロキ
シ)−プソラレンの代わりに2−メトキシ−6−クロロ
−9−(ω−ヒドロキシプロピルアミノ)−アクリジン
又は2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒドロキシ
ペンチルアミノ)−アクリジンを使用して、次の化合物
を調製した。
シ)−プソラレンの代わりに2−メトキシ−6−クロロ
−9−(ω−ヒドロキシプロピルアミノ)−アクリジン
又は2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒドロキシ
ペンチルアミノ)−アクリジンを使用して、次の化合物
を調製した。
実施例4 Z″(CH2)5TCNEt (1)Ar-TCNEt 5′−o−(ジメトキシトリチル)−チミジンの代わ
りにチミジン−3′−(p−クロロフェニル−β−シア
ノエチルホスフェート)を使用し、実施例1と同様に操
作した。生成物をクロロホルムにより抽出した後、溶剤
及びピリジンを真空中に追いだし、残留物をエーテルに
吸収させ、得られた白色固形物を同じ溶剤で数回洗浄し
た。
りにチミジン−3′−(p−クロロフェニル−β−シア
ノエチルホスフェート)を使用し、実施例1と同様に操
作した。生成物をクロロホルムにより抽出した後、溶剤
及びピリジンを真空中に追いだし、残留物をエーテルに
吸収させ、得られた白色固形物を同じ溶剤で数回洗浄し
た。
収率90〜95% TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:25,v/v)、Rf〜0.
32。
32。
(2)結合 実施例4-(1)において前述したように調製したヌク
レオチドジホスフェート1当量、2−メトキシ−6−ク
ロロ−9(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−アクリジ
ン1.5当量、メシチレンスルフォニルクロライド2当
量、及びテトラゾール6当量をピリジンに溶かして得た
混合物を周囲温度で2時間反応させた。過剰量を結合材
を氷水の添加により破壊した後に、生成物をクロロホル
ムにより抽出し、CH2Cl2/MeOH混合物(99:1-99:10,v/
v)を用いてシリカゲル上において精製した。精製物は
黄色固体形で取得され、調製の収率は82%であった。TL
C:シリカゲル、CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.21。
レオチドジホスフェート1当量、2−メトキシ−6−ク
ロロ−9(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−アクリジ
ン1.5当量、メシチレンスルフォニルクロライド2当
量、及びテトラゾール6当量をピリジンに溶かして得た
混合物を周囲温度で2時間反応させた。過剰量を結合材
を氷水の添加により破壊した後に、生成物をクロロホル
ムにより抽出し、CH2Cl2/MeOH混合物(99:1-99:10,v/
v)を用いてシリカゲル上において精製した。精製物は
黄色固体形で取得され、調製の収率は82%であった。TL
C:シリカゲル、CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.21。
実施例5 Z″(CH2)5T-Ar (1)Z″(CH2)5T-Ar 実施例4-(2)によって得た化合物をEt3N−ピリジン
(1:2,v/v)(トリエステル1ミリモル1m1の溶液)によ
って数時間室温で処理した。溶液を真空中に追いだした
後に得られた黄色固体をエーテルで後洗浄した。
(1:2,v/v)(トリエステル1ミリモル1m1の溶液)によ
って数時間室温で処理した。溶液を真空中に追いだした
後に得られた黄色固体をエーテルで後洗浄した。
収率〜88% TLC:シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,v/v)、R
f〜0.63。
f〜0.63。
(2)Z″(CH2)5T-Ar 1当量、3′−ベンゾイルチミ
ジン3当量及びMST10当量を使用して、実施例1と同様
に操作を行い、黄色固体形の生成物が収率75%において
取得された。
ジン3当量及びMST10当量を使用して、実施例1と同様
に操作を行い、黄色固体形の生成物が収率75%において
取得された。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.2
5。
5。
実施例6 (DMTr)TTTT(CH2)3Z′ (1)(DMTr)TT-Ar ジヌクレオチド(DMTr)dTTCNEt0.3ミリモルを
ピリジン/トリエチルアミン溶液(2:1,v/v)5mlにより
数時間室温で処理した。溶液を真空中に追いだし、得ら
れた固形物をエーテルで洗浄した。収率〜90%。
ピリジン/トリエチルアミン溶液(2:1,v/v)5mlにより
数時間室温で処理した。溶液を真空中に追いだし、得ら
れた固形物をエーテルで洗浄した。収率〜90%。
(2)(DMTr)TTTTCNEt ジヌクレオチド(DMTr)TTCNEt(0.2ミリモ
ル)をベンゼンスルホン酸(容積比7:3のクロロホルム
/メタノール3ml中に溶かした。混合物をクロロホルム
に吸収させ、NaHCO35%水溶液によりクロロホルム混合
物を洗浄し、Na2SO4上において乾燥させ、真空中で濃縮
した。実施例6−1に従って調製したジヌクレオチド0.
25ミリモルをこの残留物に添加した。混合物をピリジン
により蒸発させて乾燥させた後、無水ピリジン3mlを残
留物に添加し、更にMST0.6ミリモルを添加し、反応混合
物を2時間周囲温度で撹拌した。次に過剰な結合剤を氷
水の添加により破壊し、CH2Cl2/NaOHの混合物の代わり
にCH2Cl2/水アセトン系(43:2:55,v/v)を用いて、実
施例1-(2)に従って調製を完了させた。調製の収率は
75%であった。
ル)をベンゼンスルホン酸(容積比7:3のクロロホルム
/メタノール3ml中に溶かした。混合物をクロロホルム
に吸収させ、NaHCO35%水溶液によりクロロホルム混合
物を洗浄し、Na2SO4上において乾燥させ、真空中で濃縮
した。実施例6−1に従って調製したジヌクレオチド0.
25ミリモルをこの残留物に添加した。混合物をピリジン
により蒸発させて乾燥させた後、無水ピリジン3mlを残
留物に添加し、更にMST0.6ミリモルを添加し、反応混合
物を2時間周囲温度で撹拌した。次に過剰な結合剤を氷
水の添加により破壊し、CH2Cl2/NaOHの混合物の代わり
にCH2Cl2/水アセトン系(43:2:55,v/v)を用いて、実
施例1-(2)に従って調製を完了させた。調製の収率は
75%であった。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v),Rf〜0.5
0。
0。
(3)(DMTr)TTTT-Ar 実施例6-(2)に従って調製したテトラヌクレオチド
を用いて、実施例6-(1)の手順に従って操作し、固形
の生成物を80%の収率で所得した。
を用いて、実施例6-(1)の手順に従って操作し、固形
の生成物を80%の収率で所得した。
(4)(DMTr)TTTT(CH2)3Z′ (DMTr)TTTT-Ar 1当量、8−(ω−ヒドロキ
シプロポキシ)−プソラレン1.3当量及びMST3当量を無
水ピリジン溶液中において2時間室温で反応させ、実施
例6-(2)のようにして調製を完了させた。収率、72
%。TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v),Rf〜
0.37。
シプロポキシ)−プソラレン1.3当量及びMST3当量を無
水ピリジン溶液中において2時間室温で反応させ、実施
例6-(2)のようにして調製を完了させた。収率、72
%。TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v),Rf〜
0.37。
実施例7 (DMTr)TTTT(CH2)5Z″ (1)T(CH2)5Z″ 実施例3によって得た化合物(DMTr)T(CH2)5Z″
を酢酸80%溶液により室温で1時間30分処理した。酢酸
をエタノールで蒸発させて追いだした後、シリカゲル上
において生成物を後精製した。収率86%。
を酢酸80%溶液により室温で1時間30分処理した。酢酸
をエタノールで蒸発させて追いだした後、シリカゲル上
において生成物を後精製した。収率86%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v),Rf〜0.1
4。
4。
(2)(DMTr)TTT(CH2)5Z″ (DMTr)TT-Ar(1.2当量)(実施例6-(1))、
T(CH2)5Z″(1当量)(前記のように調製)及びMST
(2当量)の混合物を無水ピリジン中において撹拌下に
周囲温度で2時間反応させ、実施例6−2のようにして
調製を完了させた。収率78%。
T(CH2)5Z″(1当量)(前記のように調製)及びMST
(2当量)の混合物を無水ピリジン中において撹拌下に
周囲温度で2時間反応させ、実施例6−2のようにして
調製を完了させた。収率78%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v),Rf〜0.4
1。
1。
実施例8 (DMTr)TTTT(CH2)5Z″ プソラレン誘導体の代わりに2−メトキシ−6−クロ
ロ−9−(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)アクリジン
(1.5当量)を用いて、実施例6-(4)と同様に操作
し、87%の収率で所望生成物を取得した。
ロ−9−(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)アクリジン
(1.5当量)を用いて、実施例6-(4)と同様に操作
し、87%の収率で所望生成物を取得した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v),Rf〜0.3
7。
7。
実施例9 Z′(CH2)3TTTT-Ar メチル−p−クロロフェニルブロモホスフェート(3
当量)を−20℃で撹拌下に無水ピリジンの過剰量(〜50
当量)に添加し、更に撹拌を周囲温度で15分間継続し、
次に8−(ω−ヒドロキシプロキシ)−プソラレン(1
当量)を添加した。周囲温度で2時間反応を継続させ、
通常の処理後にCH2Cl2/MeOH(90:10,85:15及び75:25,v/
v)の混合物を次々に用いてシリカゲルカラム上におい
てジエステルを精製した。収率〜75%。
当量)を−20℃で撹拌下に無水ピリジンの過剰量(〜50
当量)に添加し、更に撹拌を周囲温度で15分間継続し、
次に8−(ω−ヒドロキシプロキシ)−プソラレン(1
当量)を添加した。周囲温度で2時間反応を継続させ、
通常の処理後にCH2Cl2/MeOH(90:10,85:15及び75:25,v/
v)の混合物を次々に用いてシリカゲルカラム上におい
てジエステルを精製した。収率〜75%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v),Rf=0.2
4。
4。
(2)TTTTCNEt 完全に保護されたテトラヌクレオチド(1当量)を、
CH2Cl2/MeOH(7:3,v/v)(〜4当量)に溶かしたベンゼ
ンスルホン酸溶液〜4当量(濃度2%)により処理し
た。混合物をクロロホルムで希釈し、NaHCO3の5%溶液
で数回洗浄し、Na2SO4上において乾燥させ、真空中にお
いて濃縮させた。取得した固形物をエーテルで数回洗浄
した。調製の収率は82%であった。
CH2Cl2/MeOH(7:3,v/v)(〜4当量)に溶かしたベンゼ
ンスルホン酸溶液〜4当量(濃度2%)により処理し
た。混合物をクロロホルムで希釈し、NaHCO3の5%溶液
で数回洗浄し、Na2SO4上において乾燥させ、真空中にお
いて濃縮させた。取得した固形物をエーテルで数回洗浄
した。調製の収率は82%であった。
(3)Z′(CH2)3TTTTCNEt ジエステル(実施例9-(1))(1.3当量)、TT
TTCNEt(1当量)及びMST(2.5当量)の存在下
に無水ピリジン中において結合を行わせた。溶剤混合物
CH2Cl2/H2Oアセトン(43:2:55及び32:3:65,v/v)を次
々に用いてシリカゲル上で生成物を精製することによ
り、実施例6-(2)と同様にして調製を完了した。収率
〜55%。TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、
Rf〜0.31。
TTCNEt(1当量)及びMST(2.5当量)の存在下
に無水ピリジン中において結合を行わせた。溶剤混合物
CH2Cl2/H2Oアセトン(43:2:55及び32:3:65,v/v)を次
々に用いてシリカゲル上で生成物を精製することによ
り、実施例6-(2)と同様にして調製を完了した。収率
〜55%。TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、
Rf〜0.31。
(4)脱シアノエチル化 完全に保護された化合物(実施例9-(3))を実施例
5-(1)に従って処理した。収率〜80%。
5-(1)に従って処理した。収率〜80%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
64。
64。
実施例10 Z′(CH2)3TTTT(CH2)3Z′ (1)Ar-TTTTCNEt モノヌクレオチドTCNEtの代りにテトラヌクレオチ
ドTTTTCNEtを使用して、実施例4-(1)の
手続きに従って操作し、白色固体形のピリジニウム塩が
得られた。収率〜92%。
ドTTTTCNEtを使用して、実施例4-(1)の
手続きに従って操作し、白色固体形のピリジニウム塩が
得られた。収率〜92%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(75:25,v/v)、Rf〜0.
47。
47。
(2)Ar-TTTT-Ar テトラヌクレオチドAr-TTTTCNEtを出発物
質として使用し、実施例6-(1)と同様に操作し、白色
固体形の生成物が90%の収率で取得された。
質として使用し、実施例6-(1)と同様に操作し、白色
固体形の生成物が90%の収率で取得された。
TLC:シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,v/v)、R
f〜0.12。
f〜0.12。
(3)テトラヌクレオチド3′−5′−ビス−(アリー
ルホスフェート)Ar-TTTT-Ar 1当量、8−(ω
−ヒドロキシプロポキシ)−プソラレン4当量及びMST6
当量を使用し、実施例9-(3)の手順に従って結合を行
わせた。白色固体形の生成物が取得された。
ルホスフェート)Ar-TTTT-Ar 1当量、8−(ω
−ヒドロキシプロポキシ)−プソラレン4当量及びMST6
当量を使用し、実施例9-(3)の手順に従って結合を行
わせた。白色固体形の生成物が取得された。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.
5。
5。
実施例11 Z′(CH2)5TTTT(CH2)5Z′ 2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒドロキシペ
ンチルアミノ)−アクリジンを用いて、実施例10-
(3)に従って操作し、黄色固体形の生成物が得られ
た。
ンチルアミノ)−アクリジンを用いて、実施例10-
(3)に従って操作し、黄色固体形の生成物が得られ
た。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(88:12,v/v)、Rf〜0.
27。
27。
実施例12 EtOH/CH3CN(50:50,v/v)の混合物に溶かしたフッ化
セシウムの6・10-4モル溶液5当量に周囲温度において
攪拌下に添加した。同じ温度で攪拌を2時間継続し、溶
剤系CH2Cl2/EtOH(90:10,v/v)、Rf〜0.22。
セシウムの6・10-4モル溶液5当量に周囲温度において
攪拌下に添加した。同じ温度で攪拌を2時間継続し、溶
剤系CH2Cl2/EtOH(90:10,v/v)、Rf〜0.22。
(2)実施例7-(1)に従い脱トリチル化を酢酸を用い
て行った。収率78%。
て行った。収率78%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
1。
1。
実施例13 (1)(DMTr)TT (a)ピリジニウム−5′−o−(ジメトイシトリメチ
ル)−チミジン−3′−(p−クロロフェニルホスフェ
ート)(実施例1-(1))(1当量)、チミジン(1.5
当量)、テトラゾール(6当量)及びメシチレンスルホ
ニルクロライド(1.5当量を無水ピリジンに溶かした混
合物を攪拌下に1時間30分周囲温度で反応させた。実施
例1-(2)と同様にして調製を完了し、CH2Cl2/EtOH系
(99:1-94:6,v/v)、1スポット:Rf〜0.36;CH2Cl2/THF
(5:4,v/v)、2スポット:Rf=0.48〜0.42。
ル)−チミジン−3′−(p−クロロフェニルホスフェ
ート)(実施例1-(1))(1当量)、チミジン(1.5
当量)、テトラゾール(6当量)及びメシチレンスルホ
ニルクロライド(1.5当量を無水ピリジンに溶かした混
合物を攪拌下に1時間30分周囲温度で反応させた。実施
例1-(2)と同様にして調製を完了し、CH2Cl2/EtOH系
(99:1-94:6,v/v)、1スポット:Rf〜0.36;CH2Cl2/THF
(5:4,v/v)、2スポット:Rf=0.48〜0.42。
(b)異性体を調製用クロマトグラフィーによりいた上
に分離した(シイカゲル60F254、溶剤CH2Cl2/THF(5:4,
v/v)。
に分離した(シイカゲル60F254、溶剤CH2Cl2/THF(5:4,
v/v)。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/THF(5:4,v/v)。
α異性体、Rf=0.48 β異性体、Rf=0.42 (a)化合物(DMTr)T(CH2)5Z″の代りに立方異性
体(DMTr)TT(又はそのα−もしくはβ−異性体)
を使用し、実施例12-(1)と同様の手順に従って操作
し、立方異性形のエチルエステルを83%の収率で取得し
た。
体(DMTr)TT(又はそのα−もしくはβ−異性体)
を使用し、実施例12-(1)と同様の手順に従って操作
し、立方異性形のエチルエステルを83%の収率で取得し
た。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、1スポ
ット:Rf〜0.27;CH2Cl2/THF(5:4,v/v),2スポット:Rf=
0.32-0.24。
ット:Rf〜0.27;CH2Cl2/THF(5:4,v/v),2スポット:Rf=
0.32-0.24。
(b)前記と同様に異性体を調製用クロマトグラフィー
により板上に分離した。
により板上に分離した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/THF(5:4,v/v)。
α異性体、Rf=0.32 β異性体、Rf=0.24 実施例14 (1)ヌクレオチドTCNEtの代りに化合物 を使用して、実施例4-(1)と同様に操作し、ピリジニ
ウム塩の形の生成物を90%の収率で取得した。
ウム塩の形の生成物を90%の収率で取得した。
TLC:シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,v/v)、R
f=0.52。
f=0.52。
実施例15 5′−o−(ジメトキシトリチル)−チミジン(1当
量)及び無水ホスホン酸メチル(6当量)をピリジンに
溶かした混合物を周囲温度で一夜反応させた。次に実施
例1-(1)のように反応を完了させ、生成物をシリカゲ
ル上に置いて精製した。収率85%。
量)及び無水ホスホン酸メチル(6当量)をピリジンに
溶かした混合物を周囲温度で一夜反応させた。次に実施
例1-(1)のように反応を完了させ、生成物をシリカゲ
ル上に置いて精製した。収率85%。
TLC:シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,v/v)、R
f〜0.4。
f〜0.4。
(2)チミジン−3′−(p−クロロフェニルβ−シア
ノエチルホスフェート)(1当量)とのヌクレオシド−
3′−メチル−ホスフォネート(実施例15-(1))
(1.5当量)の結合をMST3当量の存在下に行わせ、実施
例6-(2)のようにして調製を完了した。収率60%。
ノエチルホスフェート)(1当量)とのヌクレオシド−
3′−メチル−ホスフォネート(実施例15-(1))
(1.5当量)の結合をMST3当量の存在下に行わせ、実施
例6-(2)のようにして調製を完了した。収率60%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(87:13,v/v)、Rf=0.
58-0.61。
58-0.61。
実施例16 実施例13-(2a)に従って調製した の溶液(1当量)と1−メチル−イミダゾール(6当
量)とをアクリロニトリルに溶かした溶液に、メチル−
p−クロロフェニルブルモホスフェート(3当量)を−
20℃で攪拌下に添加し、30分間周囲温度で更に攪拌を続
けた。過剰なブロモホスフェートを水の添加により破壊
した後、生成物をクロロホルムで抽出し、シリカゲル上
において精製した。収率75%。
量)とをアクリロニトリルに溶かした溶液に、メチル−
p−クロロフェニルブルモホスフェート(3当量)を−
20℃で攪拌下に添加し、30分間周囲温度で更に攪拌を続
けた。過剰なブロモホスフェートを水の添加により破壊
した後、生成物をクロロホルムで抽出し、シリカゲル上
において精製した。収率75%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.5
3。
3。
実施例16-(1)に従って調製したジヌクレオチドを
トリメチルアミンの20%アクロニトリル溶液により1〜
2時間周囲温度で処理し、溶剤を真空中に追い出し、テ
トラメチルアンモニウム塩形の生成物を取得した。
トリメチルアミンの20%アクロニトリル溶液により1〜
2時間周囲温度で処理し、溶剤を真空中に追い出し、テ
トラメチルアンモニウム塩形の生成物を取得した。
化合物(DMTr)TTCNEtの代りに実施例16-
(1)に従って調製した化合物を、またジヌクレオチド
(実施例6-(1))の代りに化合物(実施例16-
(2))を各々使用して、実施例6-(2)の手順に従っ
て操作し、テトラヌクレオチドを調製した。
(1)に従って調製した化合物を、またジヌクレオチド
(実施例6-(1))の代りに化合物(実施例16-
(2))を各々使用して、実施例6-(2)の手順に従っ
て操作し、テトラヌクレオチドを調製した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/NaOH(9:1,v/v)、Rf〜0.4
3。
3。
実施例16-(2)に従って脱メチル化したテトラヌク
レオチド(実施例16-(3))(1当量)を実施例12-
(2)に従って調製したモノヌクレオチド(1当量)
と、MST(2当量)の存在の下に結合させ、実施例6-
(2)のようにして調製を完了した。
レオチド(実施例16-(3))(1当量)を実施例12-
(2)に従って調製したモノヌクレオチド(1当量)
と、MST(2当量)の存在の下に結合させ、実施例6-
(2)のようにして調製を完了した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf0.
39。
39。
実施例17 ペンタヌクレオチド(実施例16-(4))を出発物質
として使用し、実施例9-(2)と同様の手順に従って操
作し、黄色固体形の生成物を取得した。
として使用し、実施例9-(2)と同様の手順に従って操
作し、黄色固体形の生成物を取得した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
26。
26。
(2)ペンタヌクレオチド(実施例17-(1))(1当
量)をMST(3当量)の存在の下にジヌクレオチド(実
施例16-(2))(1.5当量)と結合させ、次に実施例6-
(2)と同様にして調製を完了した。
量)をMST(3当量)の存在の下にジヌクレオチド(実
施例16-(2))(1.5当量)と結合させ、次に実施例6-
(2)と同様にして調製を完了した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
35。
35。
実施例18 1−ヒドロキシ−ベンソトリアゾール(2.2当量)及
びピリジン(2.2当量)をテトラヒドロフランに溶かし
て得た溶液にメチルジクロロホスホネート(1.1当量)
を0℃で攪拌下に添加し、20℃で1時間攪拌を続けた。
1時間の滞留時間後にこの混合物に8−(ω−ヒドロキ
シプロポキシ)−プソラレン(1当量)を周囲温度で添
加し、次にヘキサン−1,6−ジオール(4当量)及びN
−メチルイミダゾール(4当量)を添加し、周囲温度で
3時間攪拌を続けた。クロロホルムで抽出し水で洗浄し
た後に生成物をシリカゲル上において精製した。調製の
収率は62%であった。
びピリジン(2.2当量)をテトラヒドロフランに溶かし
て得た溶液にメチルジクロロホスホネート(1.1当量)
を0℃で攪拌下に添加し、20℃で1時間攪拌を続けた。
1時間の滞留時間後にこの混合物に8−(ω−ヒドロキ
シプロポキシ)−プソラレン(1当量)を周囲温度で添
加し、次にヘキサン−1,6−ジオール(4当量)及びN
−メチルイミダゾール(4当量)を添加し、周囲温度で
3時間攪拌を続けた。クロロホルムで抽出し水で洗浄し
た後に生成物をシリカゲル上において精製した。調製の
収率は62%であった。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.3
2。
2。
(2)実施例18-(1)に従って前述したように調製し
化合物を使用し、実施例6-(4)の手順に従って操作
し、保護された生成物を調製し、CH2Cl2/H2O/アセト
ン系(46:1.5:52.5及び43:2:55,v/v)によりシリカゲル
上において精製した。収率〜75%。
化合物を使用し、実施例6-(4)の手順に従って操作
し、保護された生成物を調製し、CH2Cl2/H2O/アセト
ン系(46:1.5:52.5及び43:2:55,v/v)によりシリカゲル
上において精製した。収率〜75%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.6
4。
4。
実施例19 (1) (DMTr)T(T)7(CNEt) 実施例6-(3)に従って調製したジエステル(1.2当
量)、実施例9-(2)に従って調製したトリエステル
(1当量)及びMST(3当量)の混合物を2時間周囲温
度で反応させた。次に実施例6-(2)に従って調製を完
了させた。
量)、実施例9-(2)に従って調製したトリエステル
(1当量)及びMST(3当量)の混合物を2時間周囲温
度で反応させた。次に実施例6-(2)に従って調製を完
了させた。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.6
1。
1。
(2)(DMTr)T(T)6T-Ar 化合物(DMTr)T(T)7+CNEtを出発物質として
使用し、実施例6-(1)に示した手順に従って操作し、
白色固体形のジエステルを取得した。
使用し、実施例6-(1)に示した手順に従って操作し、
白色固体形のジエステルを取得した。
実施例18-(2)に従って調製した化合物を出発物質
として使用し、実施例9-(2)に示した手順に従って操
作し、白色固体形の生成物を取得した。
として使用し、実施例9-(2)に示した手順に従って操
作し、白色固体形の生成物を取得した。
(4)結合 ジエステイル(実施例19-(2))及びトリエステル
(実施例19-(3))を出発物質として使用し、保護さ
れたドデカヌクレオチドを調製し、このものをCH2Cl2/
H2O/アセトン系(20:5:75,v/v)によりシリカゲル上に
おいて精製した。
(実施例19-(3))を出発物質として使用し、保護さ
れたドデカヌクレオチドを調製し、このものをCH2Cl2/
H2O/アセトン系(20:5:75,v/v)によりシリカゲル上に
おいて精製した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v)、Rf〜0.
4。
4。
実施例20 Z″(CH2)5(T)8(Bz) (1)Z″(CH2)5(T)4CNEt 実施例10-(1)に従って調製したジエステル(1当
量)及び2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒドロ
キシペンチルアミノ)−アクリジンを使用し、実施例6-
(4)に示した手順に従って操作し、黄色固体形の生成
物を73%の収率で得た。
量)及び2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒドロ
キシペンチルアミノ)−アクリジンを使用し、実施例6-
(4)に示した手順に従って操作し、黄色固体形の生成
物を73%の収率で得た。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
4。
4。
(2)Z″(CH2)5(T)4‐Ar 完全に保護されたテトラヌクレオチド(実施例20-
(1))を実施例5-(1)に従って処理した。収率85
%。
(1))を実施例5-(1)に従って処理した。収率85
%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
11。
11。
(3)Z″(CH2)5(T)4‐Ar(1当量)、T(
T)3(Bz)(1.2当量)及びMST(2当量)の混合物を
2時間周囲温度で無水ピリジン中において攪拌下に反応
させ、実施例6-(2)に示すように調製を完了した。
T)3(Bz)(1.2当量)及びMST(2当量)の混合物を
2時間周囲温度で無水ピリジン中において攪拌下に反応
させ、実施例6-(2)に示すように調製を完了した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
45。
45。
実施例21 (DMTr)(T)4(CH2)4Z″ プソラレン誘導体の代りに2−メトキシ−6−クロロ
−9−(ω−ヒドロキシブチルアミノ)−アクリジン
(1.5当量)を使用し、実施例6-(4)に示した手順に
従って操作し、完全に保護された生成物を収率82%で得
た。
−9−(ω−ヒドロキシブチルアミノ)−アクリジン
(1.5当量)を使用し、実施例6-(4)に示した手順に
従って操作し、完全に保護された生成物を収率82%で得
た。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
18。
18。
実施例22 (DMTr)(T)8(CH2)5Z″ (1)(T)4(CH2)5Z″ 実施例8の化合物の脱トリチル化によってこの生成物
を取得した。
を取得した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf=0.
3。
3。
(2)(T)4(CH2)5Z″(1当量)、(DMTr)(T
)3T-Ar(実施例6-(3))1.2当量及びMST2.5当量を
ピリジン溶液中において1時間周囲温度において反応さ
せ、CH2Cl2/H2O/アセトン系(20:5:75,v/v)を用いて
実施例6-(2)のように調製を完了した。収率73%。
)3T-Ar(実施例6-(3))1.2当量及びMST2.5当量を
ピリジン溶液中において1時間周囲温度において反応さ
せ、CH2Cl2/H2O/アセトン系(20:5:75,v/v)を用いて
実施例6-(2)のように調製を完了した。収率73%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf0.
37。
37。
実施例23 (DMTr)(T)8(CH2)6Z″ 実施例19-(2)によるジエステル(DMTr)T(
T)6T-Ar(1当量)、2−メトキシ−6−クロロ−
9−(ω−ヒドロキシヘキシルアミノ)−アクリジン
(2当量)及びMST(2当量)を出発物質として使用
し、実施例22-(2)に示した手順に従って操作し、前
記生成物が72%の収率で得られた。
T)6T-Ar(1当量)、2−メトキシ−6−クロロ−
9−(ω−ヒドロキシヘキシルアミノ)−アクリジン
(2当量)及びMST(2当量)を出発物質として使用
し、実施例22-(2)に示した手順に従って操作し、前
記生成物が72%の収率で得られた。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
38。
38。
実施例24 (DMTr)(T)12(CH2)5Z″ 化合物(DMTr)T(T)6T-Ar(実施例19-
(2))(1当量)及び化合物(T)4(CH2)5Z″(実
施例22-(1))(1.2当量)を出発物質として使用し、
完全に保護されたドデカヌクレオチドが68%の収率で得
られた。
(2))(1当量)及び化合物(T)4(CH2)5Z″(実
施例22-(1))(1.2当量)を出発物質として使用し、
完全に保護されたドデカヌクレオチドが68%の収率で得
られた。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
32。
32。
実施例25 Z″(CH2)5(T)8(CH2)5Z″ (1)Ar-(T)8CNEt (DMTr)(T)8CNEt(実施例19-(1))の脱トリ
チル化により調製した(T)8CNEtを実施例4-(1)
のようにしてホスホリル化した。
チル化により調製した(T)8CNEtを実施例4-(1)
のようにしてホスホリル化した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
12;CH2Cl2/MeOH(75:25,v/v)、Rf〜0.6。
12;CH2Cl2/MeOH(75:25,v/v)、Rf〜0.6。
(2)Ar-(T)7T-Ar Ar-(T)8CNEtを出発物質として使用し、実施例6-
(1)に示した手順に従って操作し、固体の生成物を得
た。
(1)に示した手順に従って操作し、固体の生成物を得
た。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(75:25,v/v)、Rf〜0.
15。
15。
(3)Ar-(T)7T-Ar(1当量)、2−メトキシ−6
−クロロ−9−(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−ア
クリジン(3当量)及びMST(sic)(5当量)を使用し
て、実施例22-(2)に示した手順に従って操作し、オ
クラヌクレオチドを取得した。
−クロロ−9−(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−ア
クリジン(3当量)及びMST(sic)(5当量)を使用し
て、実施例22-(2)に示した手順に従って操作し、オ
クラヌクレオチドを取得した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
3。
3。
実施例26 ピリジンに溶かした2−メトキシ−6−クロロ−9−
(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−アクリジン(1当
量)の溶液に、p−クロロフェニルエチルブルモホスフ
ェート(2当量)を−10℃で添加した。20分後に室温で
過剰なブロモホスフェートを水の添加により破壊し、生
成物をクロロホルムで抽出し、シリカ上で精製した。
(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−アクリジン(1当
量)の溶液に、p−クロロフェニルエチルブルモホスフ
ェート(2当量)を−10℃で添加した。20分後に室温で
過剰なブロモホスフェートを水の添加により破壊し、生
成物をクロロホルムで抽出し、シリカ上で精製した。
TLC:シリカゲル;;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
42。
42。
ヘキサン−1,6−ジオール(6当量)及びフッ化セシウ
ム(5当量)の混合物をアセトニトリルに溶かしたもの
を24時間周囲温度で24時間反応させ、生成物をシリカゲ
ル上において精製した。
ム(5当量)の混合物をアセトニトリルに溶かしたもの
を24時間周囲温度で24時間反応させ、生成物をシリカゲ
ル上において精製した。
TLC:シリカゲル;;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
23。
23。
(3)Ar-(T)7T(Bz) (DMTr)(T)7T(Bz)の脱トリチル化によって
得た(T)7T(Bz)を実施例4-(1)に従ってホス
ホリル化した。
得た(T)7T(Bz)を実施例4-(1)に従ってホス
ホリル化した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
14。
14。
Ar-(T)7T(Bz)(1当量)及びMST(2.5当量)を
出発物質として使用し、実施例22-(2)に示した手順
に従って操作し、前記の生成物を得た。
出発物質として使用し、実施例22-(2)に示した手順
に従って操作し、前記の生成物を得た。
TLC:シリカゲル;;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
2。
2。
実施例27及び28 の代りにα異性体(実施例13-(2b))を使用して、実
施例16のように操作した(TLC:シリカゲル;CH2Cl2/THF
(5:4,v/v)、Rf〜0.32)。ヌクレオチド間の2個のリ
ン酸エチル基がα異性体形になっているペンタヌクレオ
チドが取得された。
施例16のように操作した(TLC:シリカゲル;CH2Cl2/THF
(5:4,v/v)、Rf〜0.32)。ヌクレオチド間の2個のリ
ン酸エチル基がα異性体形になっているペンタヌクレオ
チドが取得された。
TLC:シリカゲル;;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
39。
39。
β異性体 (実施例13-(2b))のβ異性体(シリカゲル;CH2Cl2/
THF(5:4,v/v)、Rf0.24)を出発物質として使用し、
前述の手順に従って操作し、ヌクレオチド間の2個のリ
ン酸エチル基がβ異性体形になっているペンタヌクレオ
チドを得た。
THF(5:4,v/v)、Rf0.24)を出発物質として使用し、
前述の手順に従って操作し、ヌクレオチド間の2個のリ
ン酸エチル基がβ異性体形になっているペンタヌクレオ
チドを得た。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
39。
39。
実施例29 (1)アンモニウム5′−o−(ジメトキシトリチル)
−チミジン−3′−ホスフェート メチルジクロロホスフェート(4当量)をピリジン
(〜1000当量)に−20℃で攪拌下に添加し、15分後にこ
の混合物に5′−o−(ジメトキシトリチル)チミジン
(1当量)を添加し、30分間かき混ぜを続けた。過剰な
ホスホリル化剤を水の添加により破壊した後、生成物を
クロロホルムで抽出し、シリカ上において精製した(溶
剤:isoPrOH/NH4OH/H2O(7:2:1,v/v)、Rf〜0.65。
−チミジン−3′−ホスフェート メチルジクロロホスフェート(4当量)をピリジン
(〜1000当量)に−20℃で攪拌下に添加し、15分後にこ
の混合物に5′−o−(ジメトキシトリチル)チミジン
(1当量)を添加し、30分間かき混ぜを続けた。過剰な
ホスホリル化剤を水の添加により破壊した後、生成物を
クロロホルムで抽出し、シリカ上において精製した(溶
剤:isoPrOH/NH4OH/H2O(7:2:1,v/v)、Rf〜0.65。
(2)(DMTr)T-(T)3T(Bz) (トリエチルアミンのピリジン溶液によりアンモニウ
ム塩を共蒸発させて得た)トリエチルアンモニウム5′
−o−(ジメトキシトリチル)−チミジン−3′−ホス
フェート(2当量)及び2,4,6−トリイソプロピルベン
ゼンスルホニルクロライド(3当量)をピリジンに溶か
して得た溶液を、3時間周囲温度で反応させた。通常の
処理の後、溶剤系CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)を使用して
生成物をシリカゲル(調製板)上においた後精製した。
収率〜78%。
ム塩を共蒸発させて得た)トリエチルアンモニウム5′
−o−(ジメトキシトリチル)−チミジン−3′−ホス
フェート(2当量)及び2,4,6−トリイソプロピルベン
ゼンスルホニルクロライド(3当量)をピリジンに溶か
して得た溶液を、3時間周囲温度で反応させた。通常の
処理の後、溶剤系CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)を使用して
生成物をシリカゲル(調製板)上においた後精製した。
収率〜78%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(80:20,v/v)、Rf〜0.
3。
3。
前記のように調製した(DMTr)T-(T)3T(Bz)
(1当量)、2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒ
ドロキシペンチルアミノ)−アクリジン(2当量)及び
MST(5当量)のピリジン溶液を6時間周囲温度で反応
させ、実施例22-(2)に示すようにして調製を完了さ
せた。収率〜65%。
(1当量)、2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒ
ドロキシペンチルアミノ)−アクリジン(2当量)及び
MST(5当量)のピリジン溶液を6時間周囲温度で反応
させ、実施例22-(2)に示すようにして調製を完了さ
せた。収率〜65%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
33。
33。
(4)実施例29-(3)による化合物の脱トリチル化に
より調製した化合物 1当量(TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、
Rf〜0.2)をピリジン中においてMST(2.5当量)の存在
下にジエステル(DMTr)TTT-Ar(1.5当量)と結
合し、実施例22-(2)に従って調製を完了した。収率
〜63%。
より調製した化合物 1当量(TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、
Rf〜0.2)をピリジン中においてMST(2.5当量)の存在
下にジエステル(DMTr)TTT-Ar(1.5当量)と結
合し、実施例22-(2)に従って調製を完了した。収率
〜63%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf〜0.
4。
4。
実施例30 エタノールの代りに3−ブロモ−プロパン−1−オル
を使用して実施例12に示した手順に従って操作した。
を使用して実施例12に示した手順に従って操作した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf=0.
18。
18。
ジヌクレオチド(DMTr)TT-Ar(2当量)をMST
(3当量)の存在の下にモノヌクレオチド(実施例30-
(1))(1当量)と結合させることにより、前記の生
成物が得られた。
(3当量)の存在の下にモノヌクレオチド(実施例30-
(1))(1当量)と結合させることにより、前記の生
成物が得られた。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf0.
21、0.27。
21、0.27。
(TLC:シラン化シリカゲル;アセトン、水(16:6、v/
v)、Rf〜0.5)(実施例30-(2)による化合物の脱ト
リチル化により調製する)を、トリメチルアミンのアセ
トニトリル溶液により数時間周囲温度で処理した。溶剤
を蒸発させた後、黄色固体形の生成物が取得された。
v)、Rf〜0.5)(実施例30-(2)による化合物の脱ト
リチル化により調製する)を、トリメチルアミンのアセ
トニトリル溶液により数時間周囲温度で処理した。溶剤
を蒸発させた後、黄色固体形の生成物が取得された。
TLC:シラン化シリカゲル;アセトン、水(16:6、v/
v)、Rf0.05。
v)、Rf0.05。
実施例31 (1)(DMTr)(T)3CNEt ジヌクレオチド(DMTr)TT-Arの代りにモノヌクレ
オチド(DMTr)T-Arを使用し、実施例6-(2)と同様に
操作し、デトリヌクレオチドを調製した。
オチド(DMTr)T-Arを使用し、実施例6-(2)と同様に
操作し、デトリヌクレオチドを調製した。
(2)Ar-(T)3CNEt (DMTr)(T)3CNEtの脱トリチル化により調製し
た(T)3CNEtを実施例4-(1)に従ってホスホリル
化した。
た(T)3CNEtを実施例4-(1)に従ってホスホリル
化した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0;
CH2Cl2/MeOH(80:20,v/v)、Rf0.5。
CH2Cl2/MeOH(80:20,v/v)、Rf0.5。
(3)Z″(CH2)5(T)3CNEt トリヌクレオチドAr-(T)3CNEt(1当量)をMST
(3当量)の存在下に2−メトキシ−6−クロロ−9−
(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−アクリジン(2当
量)と結合することにより、完全に保護された取りヌク
レオチドが、70%の収率で得られた。
(3当量)の存在下に2−メトキシ−6−クロロ−9−
(ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−アクリジン(2当
量)と結合することにより、完全に保護された取りヌク
レオチドが、70%の収率で得られた。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0.
1;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf0.35。
1;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf0.35。
(4)実施例6-(1)に従ってZ″(CH2)5(T)3C
NEtの脱シアノエチル化により調製したジエステルZ″
(CH2)5(T)T-Ar(1当量)をMST(3当量)の存
在下に2′,3′−o−メトキシメチリデン−ウリデン
(2当量)と結合させた。通常の処理後に生成物をシリ
カゲル上において精製した。
NEtの脱シアノエチル化により調製したジエステルZ″
(CH2)5(T)T-Ar(1当量)をMST(3当量)の存
在下に2′,3′−o−メトキシメチリデン−ウリデン
(2当量)と結合させた。通常の処理後に生成物をシリ
カゲル上において精製した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0.
36;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf0.53。
36;CH2Cl2/MeOH(85:15,v/v)、Rf0.53。
実施例32 (DMTr)dbzA(CH2)5Z″ (1)ピリジニウム5′−o−(ジメトキシトリチル)
−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3′−(p−ク
ロロフェニルホスフェート) 5′−o−(ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイル
−デオキシアデノシンを出発物質として使用し、実施例
1-(1a)と同様に処理し、前記の生成物を調製した。
−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3′−(p−ク
ロロフェニルホスフェート) 5′−o−(ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイル
−デオキシアデノシンを出発物質として使用し、実施例
1-(1a)と同様に処理し、前記の生成物を調製した。
TLC:シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,v/v)、R
f〜0.5。
f〜0.5。
(2)8−(ω−ヒドロキシプロボキシ)−プソラレン
の代りに2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒドロ
キシペンチルアミノ)−アクリジンを使用し、またチミ
ンのジエステル誘導体の体りにアデニンのジエステル誘
導体を使用して、実施例1-(2)と同様に操作した。収
率80%。
の代りに2−メトキシ−6−クロロ−9−(ω−ヒドロ
キシペンチルアミノ)−アクリジンを使用し、またチミ
ンのジエステル誘導体の体りにアデニンのジエステル誘
導体を使用して、実施例1-(2)と同様に操作した。収
率80%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0.
42。
42。
実施例33 (DMTr)danC(CH2)5Z″ 5′−o−(ジメトキシトリチル)−N−アニソイル
デオキシシチジンを出発物質として使用し、実施例32と
同様に操作し、ピリジニウム5′−o−(ジメトキシト
リチル)−N−アニソイルデオキシシチジン−3′−
(p−クロロフェニルホスフェート)(DMTr)danC-Ar
[TLC、シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,v/v),R
f〜0.47]及び化合物(DMTr)danC(CH2)5Z″を調製し
た。収率80%。
デオキシシチジンを出発物質として使用し、実施例32と
同様に操作し、ピリジニウム5′−o−(ジメトキシト
リチル)−N−アニソイルデオキシシチジン−3′−
(p−クロロフェニルホスフェート)(DMTr)danC-Ar
[TLC、シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,v/v),R
f〜0.47]及び化合物(DMTr)danC(CH2)5Z″を調製し
た。収率80%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0.
4。
4。
実施例34 (DMTr)dibG(CH2)5Z″ 5′−o−(ジメトキシトリチル)−N−イソブチル
−デオキシ−グアノシンを出発物質として使用し、実施
例32の手順に従って、ピリジニウム5′−o−(ジメト
キシトリチル)−N−イソブチル−デオキシグアノジン
−3′−(p−クロロフェニルホスフェート)(DMTr)
dibG-Ar[TLC、シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,
v/v),Rf〜0.45]及び化合物(DMTr)dibG(CH2)5Z″
を調製した。
−デオキシ−グアノシンを出発物質として使用し、実施
例32の手順に従って、ピリジニウム5′−o−(ジメト
キシトリチル)−N−イソブチル−デオキシグアノジン
−3′−(p−クロロフェニルホスフェート)(DMTr)
dibG-Ar[TLC、シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(85:5:10,
v/v),Rf〜0.45]及び化合物(DMTr)dibG(CH2)5Z″
を調製した。
収率=70%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0.
43。
43。
実施例35 (DMTr)d(bzA)5(CH2)5Z″ (1)(DMTr)d(bzA)3bz-A-Ar ジニクレオチド(DMTr)dbzAbzACNEtを出発物質
として使用し、実施例6-(1)、6-(2)及び6-(3)
に従って操作し、テトラヌクレオチドを取得した。
として使用し、実施例6-(1)、6-(2)及び6-(3)
に従って操作し、テトラヌクレオチドを取得した。
(2)(化合物(DMTr)dbzA(CH2)5Z″(実施例32)
の脱トリチル化によって得た)化合物dbzA(CH2)5Z″
を、MST(3当量)の存在下に、実施例35-(1)のテト
ラヌクレオチド(1.5当量)と結合させた。通常の処理
後にCH2Cl2/H2O/アセトン系(46:2:52及び40:2:58,v/
v)を次々に用いてシリカ上で生成物を精製した。
の脱トリチル化によって得た)化合物dbzA(CH2)5Z″
を、MST(3当量)の存在下に、実施例35-(1)のテト
ラヌクレオチド(1.5当量)と結合させた。通常の処理
後にCH2Cl2/H2O/アセトン系(46:2:52及び40:2:58,v/
v)を次々に用いてシリカ上で生成物を精製した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0.
16。
16。
実施例36 (DMTr)dbzATbzAbzABzATTanCBzA
anC(CH2)5Z″ (1)(DMTr)dbzATbzAbzACNEt (DMTr)dbzAT-Ar(1.2当量)、bzAbzACNEt
(2当量)及びMST(3当量)を出発物質として使用
し、テトラヌクレオチドを調製し、CH2Cl2/H2O/アセ
トン系(52:2:46及び43:2:55,v/v)を次々に用いてシリ
カゲル上において精製した。
anC(CH2)5Z″ (1)(DMTr)dbzATbzAbzACNEt (DMTr)dbzAT-Ar(1.2当量)、bzAbzACNEt
(2当量)及びMST(3当量)を出発物質として使用
し、テトラヌクレオチドを調製し、CH2Cl2/H2O/アセ
トン系(52:2:46及び43:2:55,v/v)を次々に用いてシリ
カゲル上において精製した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
35。
35。
(2)(DMTr)dbzATbzAbzAbzATCNEt 実施例36-(1)によるテトラヌクレオチドを実施例6
-(1)に従ってトリエチルアミンにより脱シアノエチ
ル化した後、MSTの存在下にジヌクレオチドbzATCN
Etと結合した。通常の処理後に、CH2Cl2/H2O/アセト
ン系(43:2:55,v/v)を用いてシリカゲル上において生
成物を精製した。
-(1)に従ってトリエチルアミンにより脱シアノエチ
ル化した後、MSTの存在下にジヌクレオチドbzATCN
Etと結合した。通常の処理後に、CH2Cl2/H2O/アセト
ン系(43:2:55,v/v)を用いてシリカゲル上において生
成物を精製した。
(3)(DMTr)dbzAanC(CH2)5Z″ (実施例7-(1)による化合物(DMTr)danC(CH2)5
Z″の脱トリチル化によって得た)danC(CH2)5Z″(1
当量)を、実施例32-(1)に従って調製したヌクレオ
チド(1.2当量)と、MST(3当量)の存在下に結合さ
せ、通常の処理後に生成物をCH2Cl2/H2O/アセトン系
(59:1:40、53:2:45及び46:2:52)を次々に用いてシリ
カゲル上において精製した。
Z″の脱トリチル化によって得た)danC(CH2)5Z″(1
当量)を、実施例32-(1)に従って調製したヌクレオ
チド(1.2当量)と、MST(3当量)の存在下に結合さ
せ、通常の処理後に生成物をCH2Cl2/H2O/アセトン系
(59:1:40、53:2:45及び46:2:52)を次々に用いてシリ
カゲル上において精製した。
(4)(DMTr)dTanCbzAanC(CH2)5Z″ ジヌクレオチド(DMTr)dTanC-Ar(1.2当量)を
(実施例36-(3)の化合物の脱トリチル化によって取
得した)ジヌクレオチドbzAanC(CH2)5Z″(1当
量)と結合させ、テトラヌクレオチドを取得した。
(実施例36-(3)の化合物の脱トリチル化によって取
得した)ジヌクレオチドbzAanC(CH2)5Z″(1当
量)と結合させ、テトラヌクレオチドを取得した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
42。
42。
(5)(実施例36-(2)による化合物の脱シアノエチ
ル化によって取得した)ヘキサヌクレオチド(DMTr)db
zATbzAbzAbzAT-Ar(1.2当量)を(実施例36
-(4)による化合物の脱トリチル化によって取得し
た)テトラヌクレオチドdTanCbzAanC(CH2)5Z″
(1当量)と結合させて、完全に保護されたデカヌクレ
オチドを生成させ、次にCH2Cl2/H2O/アセトン系(63:
1:36,32:3:65,v/v)を次々に用いてそれをシリカゲル上
において精製した。
ル化によって取得した)ヘキサヌクレオチド(DMTr)db
zATbzAbzAbzAT-Ar(1.2当量)を(実施例36
-(4)による化合物の脱トリチル化によって取得し
た)テトラヌクレオチドdTanCbzAanC(CH2)5Z″
(1当量)と結合させて、完全に保護されたデカヌクレ
オチドを生成させ、次にCH2Cl2/H2O/アセトン系(63:
1:36,32:3:65,v/v)を次々に用いてそれをシリカゲル上
において精製した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
24。
24。
実施例37 (DMTr)dbzAbzATibGibGTbzAbzAb
zAbzAT(CH2)5Z″ (1)(DMTr)dbzAbzAbzAbzAT(CH2)5Z″ テトラヌクレオチド(DMTr)dbzAbzAbzAbzA-Ar
(1当量)(実施例7-(1))とMST(3当量)の存在
下にピリジンに溶解させて2時間周囲温度で反応させ、
実施例35-(2)のようにして調製を完了した。収率5
0%。
zAbzAT(CH2)5Z″ (1)(DMTr)dbzAbzAbzAbzAT(CH2)5Z″ テトラヌクレオチド(DMTr)dbzAbzAbzAbzA-Ar
(1当量)(実施例7-(1))とMST(3当量)の存在
下にピリジンに溶解させて2時間周囲温度で反応させ、
実施例35-(2)のようにして調製を完了した。収率5
0%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
18。
18。
(2)(DMTr)dTibGibGTCNEt (DMTr)dTibG-Ar及びdibGTCNEtを出発物質と
して使用し、実施例35-(2)のように操作し、テトラ
ヌクレオチドを50%の収率で得た。
して使用し、実施例35-(2)のように操作し、テトラ
ヌクレオチドを50%の収率で得た。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf〜0.
48。
48。
(3)(DMTr)dbzAbzATibGibGTCNEt (実施例37-(2)による化合物の脱トリチル化によ
り調製した)テトラヌクレオチドdTibGibGTCN
Et(1当量)をMST(3当量)の存在下にジヌクレオチ
ド(DMTr)dbzA‐Ar(1.3当量)と結合させた。通常
の処理後に、CH2Cl2/H2O/アセトン系(43:2:55,v/v)
を用いてシリカゲル上において生成物を精製した。収率
52%。
り調製した)テトラヌクレオチドdTibGibGTCN
Et(1当量)をMST(3当量)の存在下にジヌクレオチ
ド(DMTr)dbzA‐Ar(1.3当量)と結合させた。通常
の処理後に、CH2Cl2/H2O/アセトン系(43:2:55,v/v)
を用いてシリカゲル上において生成物を精製した。収率
52%。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf=0.
42。
42。
(4)実施例6-(1)に従って化合物(実施例37-
(3))の脱シアノエチル化により調製したヘキサヌク
レオチド(DMTr)dbzAbzATibGibGT-Ar(1.2
当量)を、(実施例37-(1)による化合物の脱トリチ
ル化によって取得した)ペンタヌクレオチドdbzAbzA
bzAbzAT(CH2)5Z″(1当量)と、MST(3当
量)の存在下に結合させた。通常の処理後に、CH2Cl2/
H2O/アセトン系(32:3:65,v/v)を用いて生成物をシリ
カゲル上で精製した。
(3))の脱シアノエチル化により調製したヘキサヌク
レオチド(DMTr)dbzAbzATibGibGT-Ar(1.2
当量)を、(実施例37-(1)による化合物の脱トリチ
ル化によって取得した)ペンタヌクレオチドdbzAbzA
bzAbzAT(CH2)5Z″(1当量)と、MST(3当
量)の存在下に結合させた。通常の処理後に、CH2Cl2/
H2O/アセトン系(32:3:65,v/v)を用いて生成物をシリ
カゲル上で精製した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(90:10,v/v)、Rf0.
2。
2。
実施例38 Z′(CH2)3-T-T-T-T-(CH2)5Z″ 実施例10に従って精製した完全に保護されたオリゴヌ
クレオチドを、脱保護すべきアリール化リン酸エステル
1当量につきC6H5(C=O)NHOH-DBU10当量を用いて、
ベンゾヒドロキサム酸及び1,8−ジアザイシクロ(5,4,
0)ウンデ−7−セン(DBU)を無水ピリジンに溶かした
モル液と周囲温度で一夜中攪拌下に反応させた。反応混
合物をDOWEX50(ピリジニウム形)で中和、ろ過し、樹
脂をH2O/MeOH混合物(1:1,v/v)により洗浄し、溶剤を
真空中において追い出した。次にH2O/MeOH(70:30,v/
v)中のNH4HCO3溶離勾配(10-3M‐0.5M)を用いてDEAE
セファセル(Sephacel)カラム上で生成物を後精製し
た。
クレオチドを、脱保護すべきアリール化リン酸エステル
1当量につきC6H5(C=O)NHOH-DBU10当量を用いて、
ベンゾヒドロキサム酸及び1,8−ジアザイシクロ(5,4,
0)ウンデ−7−セン(DBU)を無水ピリジンに溶かした
モル液と周囲温度で一夜中攪拌下に反応させた。反応混
合物をDOWEX50(ピリジニウム形)で中和、ろ過し、樹
脂をH2O/MeOH混合物(1:1,v/v)により洗浄し、溶剤を
真空中において追い出した。次にH2O/MeOH(70:30,v/
v)中のNH4HCO3溶離勾配(10-3M‐0.5M)を用いてDEAE
セファセル(Sephacel)カラム上で生成物を後精製し
た。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/TEA/H2O(65:9:15,v/v),Rf
〜0.25。
〜0.25。
実施例39 Z″(CH2)5-T-T-T-T-(CH2)5Z″ 実施例11に従って調製したテトラヌクレオチドを出発
物質として使用し、実施例38に示したように操作し、黄
色固体形の生成物を単離した。
物質として使用し、実施例38に示したように操作し、黄
色固体形の生成物を単離した。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/NH4OH/H2O(65:9:15,v/v),R
f〜0.4。
f〜0.4。
実施例40 Z″(CH2)5-(T-)8-(CH2)5Z″ オクタヌクレオチドZ″(CH2)5+(T+)8+(CH2)5Z″ (実施例25)を実施例38のようにして脱保護処理した。
H2O/MeOH(50:50,v/v)中のNH4HCO3溶離勾配(5・10-2
M‐0.8M)を用いて生成物をDEAE−セファセル(Sephace
l)上で精製した。
H2O/MeOH(50:50,v/v)中のNH4HCO3溶離勾配(5・10-2
M‐0.8M)を用いて生成物をDEAE−セファセル(Sephace
l)上で精製した。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/NH4OH/H2O(85:9:25,v/
v),Rf0.42。
v),Rf0.42。
実施例41-56 実施例38と同様にして脱アリール化を行った。溶剤を
蒸発させた後に得た残留物を濃度80%の酢酸により1〜
2時間周囲温度で処理した。エタノールで数回蒸発させ
ることにより酢酸を真空中において除去し、残留物を水
に吸収させ、水相をエーテルで洗浄した。次に仕込み番
号(number of charges)に従ったNH4HCO3の溶離勾配
(10-3M‐0.2Mないし10-3M‐1M)を用いて生成物をDEAE
セファセル(Sephacel)中において精製した。
蒸発させた後に得た残留物を濃度80%の酢酸により1〜
2時間周囲温度で処理した。エタノールで数回蒸発させ
ることにより酢酸を真空中において除去し、残留物を水
に吸収させ、水相をエーテルで洗浄した。次に仕込み番
号(number of charges)に従ったNH4HCO3の溶離勾配
(10-3M‐0.2Mないし10-3M‐1M)を用いて生成物をDEAE
セファセル(Sephacel)中において精製した。
実施例57 Z″(CH2)5-(T-)7-T 実施例38に従って、化合物Z″(CH2)5(T)7T
(Bz)を脱アリール化した。溶剤を蒸発させた後に得ら
れた残留物を45分間周囲温度で水酸化ナトリウムの水溶
液(0.25M)により処理した。反応混合物をピリジニウ
ム形のアニオン樹脂により中和した後に生成物をDEAEセ
ファセル(Sephacel)上において精製した[H2O/MeOH
(70:30,v/v)中のNH4HCO3溶離勾配10-3M‐0.9M]。
(Bz)を脱アリール化した。溶剤を蒸発させた後に得ら
れた残留物を45分間周囲温度で水酸化ナトリウムの水溶
液(0.25M)により処理した。反応混合物をピリジニウ
ム形のアニオン樹脂により中和した後に生成物をDEAEセ
ファセル(Sephacel)上において精製した[H2O/MeOH
(70:30,v/v)中のNH4HCO3溶離勾配10-3M‐0.9M]。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/NH4OH/H2O(65:9:15,v/
v),Rf0.13。
v),Rf0.13。
実施例58 実施例57に示した手順に従って操作を行い、実施例26
に従って調製したオクタヌクレオチドを処理し、前記の
生成物を所得した。
に従って調製したオクタヌクレオチドを処理し、前記の
生成物を所得した。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/NH4OH/H2O(65:9:15,v/
v),Rf0.13。
v),Rf0.13。
実施例59 実施例29の化合物を実施例38に従って脱亜リール化し
た。溶剤を蒸発した後に得られた残留物を45分間周囲温
度で水酸化ナトリウムの水溶液(0.25M)により処理し
た。反応混合物をアニオン樹脂(ピリジニウム形)によ
り中和し、溶剤を真空中に追い出した後、80%酢酸によ
り残留物を後処理し、実施例41〜56のようにして調製を
完了した。
た。溶剤を蒸発した後に得られた残留物を45分間周囲温
度で水酸化ナトリウムの水溶液(0.25M)により処理し
た。反応混合物をアニオン樹脂(ピリジニウム形)によ
り中和し、溶剤を真空中に追い出した後、80%酢酸によ
り残留物を後処理し、実施例41〜56のようにして調製を
完了した。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/NH4OH/H2O(65:9:15,v/
v),Rf0.3。
v),Rf0.3。
実施例60 (実施例30)の脱アリール化を実施例38のようにて行
った。次の生成物をセファデックス(Sephadex)G25上
において後精製した[溶剤:H2O/MeOH(85:15,v/
v)]。
った。次の生成物をセファデックス(Sephadex)G25上
において後精製した[溶剤:H2O/MeOH(85:15,v/
v)]。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/NH4OH/H2O(65:9:15,v/
v),Rf0.27;セルロース:EtOH/AcONH4(M)(4:1,v/
v)、Rf〜0.51。
v),Rf0.27;セルロース:EtOH/AcONH4(M)(4:1,v/
v)、Rf〜0.51。
実施例61 完全に保護されたヌクレオチド(1当量)(実施例3
1)をベンゼンスルホン酸の2%CH2Cl2/MeOH/H2O(7:
2:.5:0.5,v/v)溶液により50分間10℃で処理した。混合
物をクロロホルムで希釈し、NH4HCO3の水溶液で洗浄
し、乾燥し、真空中で濃縮した。次に得られた残留物
を、ピリジンに溶かしたC6H5(C=O)NHOH-DBUのモル
液(30当量)により(周囲温度で2日間)処理し、更に
水酸化ナトリウムにより(周囲温度で45分間)処理した
(溶液中の水酸化ナトリウム濃度0.1N)。DOWEX50
(ピリジニウム形)により反応混合物を中和し、溶剤を
蒸発させた後、H2O/MeOH(70:30,v/v)中のNH4HCO3の溶
離勾配(10-3M‐0.5M)を用いて生成物をDEAEセファセ
ル(Sephacel)上に置いて精製した。
1)をベンゼンスルホン酸の2%CH2Cl2/MeOH/H2O(7:
2:.5:0.5,v/v)溶液により50分間10℃で処理した。混合
物をクロロホルムで希釈し、NH4HCO3の水溶液で洗浄
し、乾燥し、真空中で濃縮した。次に得られた残留物
を、ピリジンに溶かしたC6H5(C=O)NHOH-DBUのモル
液(30当量)により(周囲温度で2日間)処理し、更に
水酸化ナトリウムにより(周囲温度で45分間)処理した
(溶液中の水酸化ナトリウム濃度0.1N)。DOWEX50
(ピリジニウム形)により反応混合物を中和し、溶剤を
蒸発させた後、H2O/MeOH(70:30,v/v)中のNH4HCO3の溶
離勾配(10-3M‐0.5M)を用いて生成物をDEAEセファセ
ル(Sephacel)上に置いて精製した。
TLC;シリカゲル;isoPrOH/NH4OH/H2O(65:9:15,v/
v),Rf0.38。
v),Rf0.38。
実施例62 ヌクレオチド(DMTr)dbzA(CH2)5Z″(1当量)
をピリジン中のC6H5(C=O)NHOH-DBUのモル液(10当
量)により周囲温度で一夜処理した。MeOH/H2O(2:1,v/
v)中の水酸化ナトリウムのモル液2倍量をこの溶液に
添加し、周囲温度で1日攪拌を続けた。反応混合物をア
ニオン樹脂(ピリジニウム形)DE中和した後、真空中で
溶剤を追い出し、残留物を80%酢酸で処理した。次に生
成物をシリカゲル(調製板)上において精製した。溶
剤、CH2Cl2/MeOH(50:50,v/v)。
をピリジン中のC6H5(C=O)NHOH-DBUのモル液(10当
量)により周囲温度で一夜処理した。MeOH/H2O(2:1,v/
v)中の水酸化ナトリウムのモル液2倍量をこの溶液に
添加し、周囲温度で1日攪拌を続けた。反応混合物をア
ニオン樹脂(ピリジニウム形)DE中和した後、真空中で
溶剤を追い出し、残留物を80%酢酸で処理した。次に生
成物をシリカゲル(調製板)上において精製した。溶
剤、CH2Cl2/MeOH(50:50,v/v)。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(50:50,v/v)、Rf0.
33。
33。
実施例63及び64 実施例33及び34による化合物の脱保護を実施例62のよ
うに行い、生成物をいた上においてクロマトグラフィー
により精製した。
うに行い、生成物をいた上においてクロマトグラフィー
により精製した。
シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(50:50,v/v)、 TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(50:50,v/v)、Rf0.
43。
43。
シリカゲル;EtOH/AcONH4(M)(8:2,v/v)、 実施例65-67 脱保護すべきアリール化リン酸エステル1当量当りC6
H5(C=O)NHOH-DBU10当量を用いて実施例62のように
してオリゴヌクレオチド(実施例35、36、37)を脱保護
処理した。次にH2O/MeOH(70:30,v/v)中のNH4HCO3溶離
勾配を、実施例65については10-3M‐0.7M、実施例66に
ついては10-3M‐0.9M、実施例67については、0.1M-1Mと
して、生成物をDEAEセファセル(Sephacel)上において
精製した。
H5(C=O)NHOH-DBU10当量を用いて実施例62のように
してオリゴヌクレオチド(実施例35、36、37)を脱保護
処理した。次にH2O/MeOH(70:30,v/v)中のNH4HCO3溶離
勾配を、実施例65については10-3M‐0.7M、実施例66に
ついては10-3M‐0.9M、実施例67については、0.1M-1Mと
して、生成物をDEAEセファセル(Sephacel)上において
精製した。
実施例68 ジヌクレオチド(DMTr)T±T±CNEtの代りに、実施
例15に従って調製した化合物を使用し、8−(ω−ヒド
ロキシプロポキシ)−プソラレンの代りに2−メトキシ
−6−クロロ−9−ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−
アクリジンを使用して、実施例6の手順に従って操作
し、保護された生成物が60%の収率で得られた。
例15に従って調製した化合物を使用し、8−(ω−ヒド
ロキシプロポキシ)−プソラレンの代りに2−メトキシ
−6−クロロ−9−ω−ヒドロキシペンチルアミノ)−
アクリジンを使用して、実施例6の手順に従って操作
し、保護された生成物が60%の収率で得られた。
(2)実施例41-61のようにして脱保護を行い、生成物
を後にHPLC[Lichrosorb RP-18カラム(メルク社);溶
剤CH3CN/酢酸トリエチルアンモニウムの濃度10重量%
の水溶液(pH=5.5)/水、容積比216:79:713、流量1.2
ml/分]により精製した。滞留時間=7分40秒。
を後にHPLC[Lichrosorb RP-18カラム(メルク社);溶
剤CH3CN/酢酸トリエチルアンモニウムの濃度10重量%
の水溶液(pH=5.5)/水、容積比216:79:713、流量1.2
ml/分]により精製した。滞留時間=7分40秒。
実施例69及び70 ヌクレオチド3′−メチル−ホスフェート(実施例15
-1(1.5当量)とジー(p−クロロフェニル)チミジン
3′−ホスフェート(1当量)との結合をMST(3当
量)の存在下に行い、α及びβ異性体をシリカ上のクロ
マトグラフィーにより分離した。
-1(1.5当量)とジー(p−クロロフェニル)チミジン
3′−ホスフェート(1当量)との結合をMST(3当
量)の存在下に行い、α及びβ異性体をシリカ上のクロ
マトグラフィーにより分離した。
TLC:シリカゲル;CH2Cl2/MeOH(9:1,v/v) α異性体:Rf=0.63 β異性体:Rf=0.58 (a)α異性体 実施例69及び70-(1)に従って調製したα−異性体
を、ピリジン/トリエチルアミン/水溶液(3:1:1、容
積比)と、6時間40℃で反応させた。生成したジエステ
ルを、溶剤系CH2Cl2/MeOH/ピリジン(85:15:0.4,v/v)
を用いて、シリカ上でクロマトグラフィーにより生成し
た。取得したジエステル(1当量)をMST(3当量)の
存在下にβ−シアノエタノール(2当量)と結合させ
た。次に実施例1-(2)のようにして調製を完了した。
を、ピリジン/トリエチルアミン/水溶液(3:1:1、容
積比)と、6時間40℃で反応させた。生成したジエステ
ルを、溶剤系CH2Cl2/MeOH/ピリジン(85:15:0.4,v/v)
を用いて、シリカ上でクロマトグラフィーにより生成し
た。取得したジエステル(1当量)をMST(3当量)の
存在下にβ−シアノエタノール(2当量)と結合させ
た。次に実施例1-(2)のようにして調製を完了した。
α異性体:Rf=0.55及び0.52[TLC:シリカゲル;CH2Cl
2/MeOH(9:1,v/v)]。
2/MeOH(9:1,v/v)]。
(b)β異性体 実施例69及び70-(1)に従って調製したβ異性体を
出発物質として使用し、前記のように操作して、β異性
体を取得した。
出発物質として使用し、前記のように操作して、β異性
体を取得した。
β異性体:Rf=0.49及び0.45,TLC:シリカゲル;CH2Cl2
/MeOH(9:1,v/v)。
/MeOH(9:1,v/v)。
(3)実施例69及び70-(2)によるα、βの各異性体
を使用して、実施例68に示したように操作し、各々α異
性体及びβ異性体の形のテトラヌクレオチドを取得し
た。HPLC[Lichrosorb RP-18カラム(メルク社);溶
剤:CH2CN/酢酸トリエチルアンモニウムの濃度10重量
%の水溶液(pH=5.9)水(216:79:713,v/v)、流量1.2
ml/分]。
を使用して、実施例68に示したように操作し、各々α異
性体及びβ異性体の形のテトラヌクレオチドを取得し
た。HPLC[Lichrosorb RP-18カラム(メルク社);溶
剤:CH2CN/酢酸トリエチルアンモニウムの濃度10重量
%の水溶液(pH=5.9)水(216:79:713,v/v)、流量1.2
ml/分]。
実施例69 α異性体の滞留時間=7分30秒 実施例70 β異性体の滞留時間=7分46秒 実施例71-77 実施例35-37に示した手順に従って操作し、下記の方
程式によるブロックを結合し実施例65-67と同様に保護
基を除去することにより、完全に保護されたオリゴデオ
キシヌクレオチドを調製した。脱保護されたオリゴヌク
レオチド(実施例71-77)は次にHPLCにより精製した。
程式によるブロックを結合し実施例65-67と同様に保護
基を除去することにより、完全に保護されたオリゴデオ
キシヌクレオチドを調製した。脱保護されたオリゴヌク
レオチド(実施例71-77)は次にHPLCにより精製した。
Lichrosorb RP-18カラム(メルク社);流量1.2ml/分 A1:CH3CN/TEAc/水(18:88:794、v/v) A′1:CH3CN/AAc/水(18:88:794、v/v) B1:CH3CN/TEAc/水(108:79:713、v/v) B2:CH3CN/TEAc/水(216:79:713、v/v) B′2:CH3CN/AAc/水(216:79:713、v/v) AAc:酢酸アンモニウムの濃度10重量%の水溶液(pH=
5.9) TEAc:酢酸取り得散るアンモニウムの濃度10重量%の
水溶液(pH=5.9)
5.9) TEAc:酢酸取り得散るアンモニウムの濃度10重量%の
水溶液(pH=5.9)
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 C12Q 1/68 G01N 33/50 Z G01N 33/50 9162−4B C12N 15/00 A (72)発明者 アスリーヌ・ユリス フランス国、ラ・スールス45100、アレ ー・アンドレ・ジード、9
Claims (15)
- 【請求項1】共有結合を介して平坦な形状を有する多環
式化合物からなるインターカレーションを生ずる基Zが
結合されているヌクレオチド(sic)の自然の鎖又は変
性された鎖からなるオリゴヌクレオチド又はオリゴデオ
キシヌクレオチドからなる化合物において、 (上式において、 基Bは同一でも、異なっていてもよく、各々自然の核酸
又は変性された核酸の塩基を表わし、 基Xは同一でも異なっていてもよく、各々オキソアニオ
ンO 、チオアニノンS 、アルキル基、アルコキシ
基、アリールオキシ基、アミノアルキル基、アミノアル
コキシ基、チオアルキル基又は基−Y−Zを表わし、 R,R′は同一でも、異なっていてもよく、各々水素原子
又は基−Y−Zを表わし、 Yは、−alk−が直鎖であるか又は分岐を有するアルキ
レン基、 又は基Y″−O−Y′−を表わし、 ここにY″又はY′は、同一でも、異なっていてもよ
く、各々−alk−が直鎖であるか又は分岐を有するアル
キレン基、 を表わし、 EはXと同一の意味を有してもよく、 Jは水素原子又は水酸基を表わし、 Zはインターカレーションを生ずる基を表わし、 nは1以上の整数を表わす) によって示されることを特徴とする新規化合物。 - 【請求項2】インターカレーションを生ずる基Zをアク
リジン、フロクマリン及びエリプチシンの中から選んだ
特許請求の範囲第1項記載の新規化合物。 - 【請求項3】基Bをチミン、アデニン、シトシン、グア
ニン、ウラシル、5−ブロモ−ウラシル、8−アジド−
アデニン、2,6−ジアミノプリン又はこれらの塩基の光
活性化可能な誘導体に対応する基とした特許請求の範囲
第1又は2項に記載の新規化合物。 - 【請求項4】基Zを から選んだ特許請求の範囲第1〜3項の何れか1項記載
の新規化合物。 - 【請求項5】BをT(チミン基),G(グアニン基),A
(アデニン基),C(シトシン基)及びU(ウラシル基)
から選び、XをオキソアニオンO 、メチル、エチル、
プロピル、メトキシ、エトキシ及びプロポキシから選
び、J=Hとする特許請求の範囲第1〜4項の何れか1
項に記載の新規化合物。 - 【請求項6】式 (T-)n(Y1)Z1, Z2(Y2)(-T)n, Z2(Y2)(-T)n(Y1)Z1 (上式において、Tはチミジン基を表わし、nは整数1-
25を表わし、Y1,Y2はC1-C7アルキレン基又は を表わし、ここにp及びqは整数1-10を表わし、Z1,Z2
はZと同じ意味を有する。Tに繋がる「−」はリン酸ジ
エステル結合を示す。) によって表わされる特許請求の範囲第1項記載の新規化
合物。 - 【請求項7】式(TpTq)n(Y1)(Z1)によって表わされる特
許請求の範囲第6項記載の新規化合物。 - 【請求項8】式 (A-)n(CH2)nZ, (G-)n(CH2)nZ, (C-)n(CH2)nZ, によって表わされるか、又は連鎖状化合物、例えば次の
オリゴヌクレオチド d[A-T-A-A-A-T-T-C-A-C-(CH2)nZ], d[A-A-T-G-G-T-A-A-A-A-T-(CH2)nZ], d[T-T-T-A-A-(CH2)nZ], d[T-T-T-A-A-T-T-T-A-A-(CH2)nZ], d[T-T-T-A-A-T-T-T-A-A-T-T-T-A-A-(CH2)nZ], d[T-T-T-T-T-T-T-A-(CH2)nZ], (上式において、T(チミン基),G(グアニン基),A
(アデニン基),C(シトシン基)に繋がる「−」はリン
酸ジエステル結合を示す。) のうちの1つである特許請求の範囲第1項記載の新規化
合物。 - 【請求項9】次のオリゴヌクレオチド Z′(CH2)3TTTT(CH2)3Z′ Z″(CH2)5TTTT(CH2)5Z″ Z′(CH2)3−T−T−T−T−(CH2)3Z′ Z″(CH2)5−T−T−T−T−(CH2)5Z″ Z″(CH2)5-(T-)8(CH2)5Z″ T-(CH2)3Z′ T-(CH2)3Z″ T-(CH2)5Z″ T-T-T-(CH2)5Z″ T-T-T-T-(CH2)3Z′ T-T-T-T-(CH2)5Z″ (T-)4(CH2)4Z″ (T-)8(CH2)5Z″ (T-)8(CH2)6Z″ (T-)12(CH2)5Z″ d[A-A-A-A-A-(CH2)5Z″] d[A-T-A-A-A-T-T-C-A-C-(CH2)5Z″] d[A-A-T-G-G-T-A-A-A-A-T-(CH2)5Z″] (上式において、T(チミン基),G(グアニン基),A
(アデニン基),C(シトシン基)に繋がる「−」はリン
酸ジエステル結合を、「」はリン酸トリエステル結合
を示す。) によって表わされる特許請求の範囲第4項記載の新規化
合物。 - 【請求項10】保護基で完全に保護された次式で示され
る誘導体を調製して、この保護基を除去することを含む
ことを特徴とする保護剤を結合したオリゴヌクレオチド
連鎖を含む新規化合物の製造方法。 (上式において、 基Bは同一でも、異なっていてもよく、各々自然の核酸
又は変性された核酸の塩基を表わし、 基Xは同一でも異なっていてもよく、各々オキソアニオ
ンO 、チオアニノンS 、アルキル基、アルコキシ
基、アリールオキシ基、アミノアルキル基、アミノアル
コキシ基、チオアルキル基又は基−Y−Zを表わし、 R,R′は同一でも、異なっていてもよく、各々水素原子
又は基−Y−Zを表わし、 Yは、−alk−が直鎖であるか又は分岐を有するアルキ
レン基、 又は基Y″−O−Y′−を表わし、 ここにY″又はY′は、同一でも、異なっていてもよ
く、各々−alk−が直鎖であるか又は分岐を有するアル
キレン基、 を表わし、 EはXと同一の意味を有してもよく、 Jは水素原子又は水酸基を表わし、 Zはインターカレーションを生ずる基を表わし、 nは1以上の整数を表わす) - 【請求項11】保護基によって保護された3′−リン酸
ジエステルのオリゴヌクレオチドを、インターカレーシ
ョンを生ずる基を有するヒドロキシル化誘導体(Z−Y-
HO)と結合させるか、又は既にインターカレーションを
生ずる基を有する保護基で保護されたオリゴヌクレオチ
ドの5′−ヒドロキシル化誘導体と結合させることを含
む特許請求の範囲第10項に記載の新規化合物の製造方
法。 - 【請求項12】保護基によって保護された5′−リン酸
ジエステルのオリゴヌクレオチドを、インターカレーシ
ョンを生ずる基を有するヒドロキシル化誘導体(Z−Y-
HO)と結合させるか、又はインターカレーションを生ず
る基を備えたジエステルキャリヤーを保護基によって保
護されたオリゴヌクレオチドの5′−ヒドロキシル化誘
導体と結合させることを含む特許請求の範囲第10項記載
の製造方法。 - 【請求項13】インターカレーションを生ずる基を有す
るヒドロキシル化誘導体(Z−Y-HO)を、保護基によっ
て保護されたオリゴヌクレオチド3′,5′−ビス−(リ
ン酸ジエステル)と結合させる特許請求の範囲第10項記
載の製造方法。 - 【請求項14】インターカレーションを生ずる基を有す
るジエステルキャリアーを、インターカレーションを生
ずる基を既に有する保護基によって保護されたオリゴヌ
クレオチドの5′−ヒドロキシルと結合させることを含
む特許請求の範囲第10項記載の製造方法。 - 【請求項15】保護基がヌクレオチド間を保護するリン
酸塩を含み、このアリール化リン酸エステルの脱保護
を、無水媒質中においてベンゾヒドロキサム酸により非
親核第3塩基の存在下に行うことを含む特許請求の範囲
第10項記載の製造方法。
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---|---|---|---|
FR8301223A FR2540122B1 (fr) | 1983-01-27 | 1983-01-27 | Nouveaux composes comportant une sequence d'oligonucleotide liee a un agent d'intercalation, leur procede de synthese et leur application |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPS59141598A JPS59141598A (ja) | 1984-08-14 |
JP2519406B2 true JP2519406B2 (ja) | 1996-07-31 |
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Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP59012162A Expired - Lifetime JP2519406B2 (ja) | 1983-01-27 | 1984-01-27 | 保護剤を結合したオリゴヌクレオチド連鎖を含む新規化合物、及び該新規化合物の製造方法 |
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---|---|
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EP (1) | EP0117777B1 (ja) |
JP (1) | JP2519406B2 (ja) |
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DE (1) | DE3468220D1 (ja) |
FR (1) | FR2540122B1 (ja) |
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JP2509574B2 (ja) * | 1985-08-15 | 1996-06-19 | アモコ・コーポレーション | 標識付けした核酸 |
FR2586704B1 (fr) * | 1985-09-04 | 1987-12-18 | Centre Nat Rech Scient | Nouveaux composes comportant une sequence d'oligonucleotide liee a un agent d'intercalation et a un groupe chimique activable, leur synthese et leurs applications a titre de nucleases artificielles specifiques de sequences. centre national de la recherche scientifique (cnrs) |
US4959463A (en) * | 1985-10-15 | 1990-09-25 | Genentech, Inc. | Intermediates |
JP3293820B2 (ja) * | 1985-12-13 | 2002-06-17 | エンゾ− バイオケム インコ−ポレイテツド | 標的ポリヌクレオチドにハイブリツド形成するための新規な一工程方法とポリヌクレオチド化合物 |
US5912339A (en) * | 1986-10-28 | 1999-06-15 | The Johns Hopkins University | Oligonucleoside alkyl or arylphosphonate derivatives capable of crosslinking with or cleaving nucleic acids |
FR2612930B1 (fr) * | 1987-03-27 | 1990-12-28 | Centre Nat Rech Scient | Sondes oligonucleotidiques a |
ATE87932T1 (de) * | 1986-12-02 | 1993-04-15 | Centre Nat Rech Scient | Alpha-oligonukleotide. |
FR2607507B1 (fr) * | 1986-12-02 | 1990-04-13 | Centre Nat Rech Scient | Nouveaux derives a-d-oligonucleotides, leur preparation et leur emploi |
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