JP2022527499A - Ｈｅｒ２エクソン２１挿入を有するがん細胞に対する抗腫瘍活性を有する化合物 - Google Patents

Abstract

本開示は、ポジオチニブなどの第３世代チロシンキナーゼ阻害剤を投与することによって、ＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定された患者においてがんを治療する方法を提供する。

Description

本出願は、２０１９年３月２９日に出願された米国仮特許出願第６２／８２６，７５８号の恩典を主張するものであり、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる。

本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈにより授与された認可番号ＣＡ１９０６２８の下、政府支援により行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。

１．分野
本発明は全体として、分子生物学および医学の分野に関する。より具体的には、本発明は、ＨＥＲ２エクソン２１変異を有する患者を治療する方法に関する。

２．関連技術の説明
ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２）としても公知のＥｒｂ－ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）の増幅は多くのがんの種類で生じ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ－ＤＭ１）、ラパチニブ、およびネラチニブなどの標的剤が、化学療法単独と比較して、臨床アウトカムを改善することが示されている（Ｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ，２００２）。ＥＲＢＢ２（ＨＥＲ２）の活性化変異が、多くのがんの種類で報告されている（Ｋｒｉｓ ｅｔ ａｌ，２０１５）。ＨＥＲ２増幅を保有するがんについてＦＤＡが承認した標的療法が存在するが、ＨＥＲ２変異に特異的な承認されている標的療法は存在しない。一方で、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｎｅｔｗｏｒｋ非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）ガイドラインは、広範な分子プロファイリングにより新たに診察された患者を検査して、ＨＥＲ２変異を検出することを推奨している（Ｅｔｔｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ，２０１８）。

ＨＥＲ２変異体がんに対する標的剤の最近の臨床試験は、アファチニブ、ネラチニブ、およびダコミチニブなどの共有結合型第二世代チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に注目している。ＳＵＭＭＩＴ汎がん（ｐａｎ－ｃａｎｃｅｒ）試験は、ネラチニブを受けた患者が、全ＨＥＲ２変異に対して１５％未満の客観的奏効率（ＯＲＲ）を有したことを報告した（Ｈｙｍａｎ ｅｔ ａｌ，２０１８）。しかしながら、複数の試験にわたって、患者をがんの種類によって層別化したときに、乳がんを有する患者は、単剤ネラチニブに対して１２．５％～３２％のＯＲＲを有している（Ｈｙｍａｎ ｅｌ ａｌ，２０１８； Ｍａ ｅｌ ａｌ，２０１７）のに対して；肺がんを有する患者は、単剤としてのネラチニブに対して０％～４％の奏効率を有しており（Ｈｙｍａｎ ｅｔ ａｌ，２０１８； Ｍａｚｉｅｒｅｓ ｅｌ ａｌ，２０１５）、ＨＥＲ２阻害の有効性のがん特異的な差が示された。興味深いことに、単一のがん種類内では、ＨＥＲ２ターゲティング剤は、バリアント特異的な差異を引き起こすように見える。ＳＵＭＭＩＴ試験では、ＨＥＲ２キナーゼドメイン点変異を有する患者は２１．４％のＯＲＲを有したのに対して、エクソン２０挿入を有する患者は、ネラチニブに対して７．１％のＯＲＲを有した（Ｈｙｍａｎ ｅｔ ａｌ，２０１８）。さらに、ダコミチニブは、ＨＥＲ２変異体ＮＳＣＬＣに対して１１．５％のＯＲＲを有したが、ＨＥＲ２エクソン２０挿入変異、ｐ．Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡを有する患者間では奏効は生じず（Ｋｒｉｓ ｅｔ ａｌ，２０１５）、アファチニブの２つの別の試験では、エクソン２０挿入陽性ＮＳＣＬＣを有する患者は、アファチニブに対して１８．２％および１８．８％の奏効率を有した。

ＨＥＲ２モノクローナル抗体および薬物－抗体コンジュゲートの試験は、類似した結果を示した。汎がん試験ＭｙＰａｔｈｗａｙは、３５種類の異なる腫瘍型において抗ＨＥＲ２モノクローナル抗体トラスツズマブとペルツズマブとの組み合わせの有効性を試験し、全てのＨＥＲ２変異およびがんの種類に対して１１％のＯＲＲを報告した。この試験では、含まれる３５種類の腫瘍型のうちＮＳＣＬＣ患者の２１％および１名の胆道がん患者のみが反応した。加えて、Ｔ－ＤＭ１の有効性を試験する汎ＨＥＲ２（ｐａｎ－ＨＥＲ２）変異体ＮＳＣＬＣ試験では、エクソン２０挿入変異を保有する患者は５４．５％のＯＲＲを有したが、エクソン１９変異を有する患者は部分奏効を有さなかった。患者のアウトカムにおけるこれらのがん特異的およびバリアント特異的差異は、がん種間のＨＥＲ２変異の状況および特定された種々のＨＥＲ２変異に対する効果的な療法の特定の詳細かつ系統的理解というまだ満たされていないニーズを示す。

ＨＥＲ２活性化変異の前臨床試験もまた、種々のＴＫＩに対する異なる感受性を報告している。ＨＥＲ２細胞外ドメイン内の変異の試験は、これら変異がラパチニブなどの非共有結合型阻害剤に対する耐性に関連し、さらにネラチニブ、アファチニブ、およびオシメルチニブを含む共有結合型ＴＫＩに対して強い感受性を示すが、エクソン１９内の変異は、ラパチニブおよび共有結合型阻害剤に対してさまざまな感受性を示すことを示している。さらに、試験は、ＨＥＲ２エクソン２０変異が、非共有結合型および共有結合型のＴＫＩ、例えば、オシメルチニブ、ナザルチニブ、ロシレチニブ、およびオルムチニブ等に対して広範な耐性を有することを明示している。その上、共有結合型キナゾリンアミンベースのＴＫＩであるネラチニブ、アファチニブ、およびダコミチニブは、個々のＨＥＲ２エクソン２０変異に対して異なる応答を誘発する。しかしながら、まれな（ｕｎｃｏｍｍｏｎ）ＨＥＲ２変異のみが、臨床的に意義のある濃度でこれらのＴＫＩに対して感受性を示した。ごく最近になって、ポジオチニブが、患者で達成可能な濃度でＨＥＲ２エクソン２０挿入変異を効果的に阻害したこと、およびポジオチニブ処置が、ＨＥＲ２エクソン２０変異を保有する１名の患者において放射線応答を誘導したことが報告された。それにもかかわらず、ＨＥＲ２変異体がんの最もよく見られるバリアントを標的とするたった１つのＨＥＲ２ ＴＫＩですら特定されていない。

概要
本開示の実施形態において、本開示は、ＨＥＲ２エクソン２１変異を有する患者においてがんを治療するための方法および組成物を提供する。一実施形態では、対象においてがんを治療する方法であって、有効量のポジオチニブを対象に投与する工程を含み、該対象が、１つ以上のＨＥＲエクソン２１変異を有すると判定されている、方法が提供される。特定の態様では、対象はヒトである。

いくつかの態様では、ポジオチニブはポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される。ある特定の態様では、ポジオチニブ塩酸塩は錠剤として製剤化される。

ある特定の態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、アミノ酸８３２～８８３に１つ以上の点変異、挿入、および／または１～１８個のヌクレオチドの欠失を含む。いくつかの態様では、対象は、２つ、３つ、または４つのＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定されている。いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２、Ｒ８６８、およびＬ８６９からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２Ｉ、Ｒ８６８Ｗ、およびＬ８６９Ｒからなる群より選択される。いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２およびＲ８６８からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２ＩおよびＲ８６８Ｗからなる群より選択される。

いくつかの態様では、対象は、以前に投与されたチロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性を有するか、またはそれに対する耐性を示している。ある特定の態様では、チロシンキナーゼ阻害剤は、ラパチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、またはベラチニブ（ｂｅｒａｔｉｎｉｂ）である。

ある特定の態様では、ポジオチニブは経口的に投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは、５～２５ｍｇ、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２、２３、２４、または２５ｍｇの用量で投与される。ある特定の態様では、ポジオチニブは、８ｍｇ、１２ｍｇ、または１６ｍｇの用量で投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは毎日投与される。ある特定の態様では、ポジオチニブは継続的に投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは２８日サイクルで投与される。

ある特定の態様では、患者由来のゲノム試料を分析することにより対象がＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定された。いくつかの態様では、ゲノム試料は、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される。特定の態様では、ＨＥＲ２エクソン２１変異の存在は、核酸配列決定（例えば、腫瘍組織のまたは血漿由来循環フリーＤＮＡのＤＮＡ配列決定）またはＰＣＲ分析によって判定される。

ある特定の態様では、方法は、さらなる抗がん療法を実施する工程をさらに含む。いくつかの態様では、抗がん療法は、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である。ある特定の態様では、ポジオチニブ投与および／または抗がん療法は、静脈内に、皮下に、骨内に、経口的に、経皮的に、持続型放出にて、制御型放出にて、遅延型放出にて、坐剤として、または舌下に、実施される。いくつかの態様では、ポジオチニブを投与することおよび／または抗がん療法を実施することは、局所的実施、局部的実施、または全身的実施を含む。特定の態様では、ポジオチニブ投与および／または抗がん療法は、２回以上、例えば、毎日、１日おきに、または毎週、実施される。

いくつかの態様では、がんは、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢神経系組織もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍Ｉ型およびＩＩ型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、または皮膚がんである。特定の態様では、がんは非小細胞肺がんである。

別の実施形態では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定された患者のための、ポジオチニブを含む薬学的組成物が提供される。ある特定の態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、アミノ酸８３２～８８３における、点変異、挿入、および／または１～１８個のヌクレオチドの欠失を含む。ある特定の態様では、対象は、２つ、３つ、または４つのＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定されている。

いくつかの態様では、ポジオチニブはポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される。ある特定の態様では、ポジオチニブ塩酸塩は錠剤として製剤化される。

いくつかの態様では、ポジオチニブは経口的に投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは、５～２５ｍｇ、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２、２３、２４、または２５ｍｇの用量で投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは、８ｍｇ、１２ｍｇ、または１６ｍｇの用量で投与される。ある特定の態様では、ポジオチニブは毎日投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは継続的に投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは２８日サイクルで投与される。

いくつかの態様では、対象は、以前に投与されたチロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性を有するか、またはそれに対する耐性を示したことがある。ある特定の態様では、チロシンキナーゼ阻害剤は、ラパチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、またはベラチニブである。

いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２、Ｒ８６８、およびＬ８６９からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２Ｉ、Ｒ８６８Ｗ、およびＬ８６９Ｒからなる群より選択される。いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２およびＲ８６８からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２ＩおよびＲ８６８Ｗからなる群より選択される。いくつかの態様では、患者は抗がん療法によって治療中である。

さらに別の実施形態では、がんを有する対象におけるポジオチニブ単独または抗がん療法と組み合わせたポジオチニブに対する応答性を予測する方法であって、患者から得られたゲノム試料においてＨＥＲ２エクソン２１変異を検出する工程を含み、試料がＨＥＲ２エクソン２１変異の存在について陽性である場合に、患者がポジオチニブ単独または抗がん療法と組み合わせたポジオチニブに対して好ましい応答性を有すると予測される、方法が提供される。いくつかの態様では、ゲノム試料は、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される。ある特定の態様では、ＨＥＲ２エクソン２１変異の存在は、核酸配列決定またはＰＣＲ分析によって判定される。ある特定の態様では、ＨＥＲ２エクソン２１変異は、アミノ酸８３２～８８３に１つ以上の点変異、挿入、および／または１～１８個のヌクレオチドの欠失を含む。いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２、Ｒ８６８、およびＬ８６９からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２Ｉ、Ｒ８６８Ｗ、およびＬ８６９Ｒからなる群より選択される。いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２およびＲ８６８からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２ＩおよびＲ８６８Ｗからなる群より選択される。

ある特定の態様では、ポジオチニブ阻害剤単独または抗がん療法と組み合わせたポジオチニブ阻害剤に対する好ましい応答性は、腫瘍の大きさもしくは腫瘍量の減少、腫瘍成長の阻止、腫瘍関連疼痛の軽減、がん関連病態の軽減、がん関連症状の軽減、がんの非進行、無病期間の延長、進行までの期間の延長、寛解の誘導、転移の減少、または患者の生存性の向上を含む。さらなる態様では、好ましい応答性を有すると予測された患者は、ポジオチニブを単独でまたは第２の抗がん療法と組み合わせて投与される。

いくつかの態様では、ポジオチニブはポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される。ある特定の態様では、ポジオチニブ塩酸塩は錠剤として製剤化される。

いくつかの態様では、ポジオチニブは経口的に投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは、５～２５ｍｇ、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２、２３、２４、または２５ｍｇの用量で投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは、８ｍｇ、１２ｍｇ、または１６ｍｇの用量で投与される。ある特定の態様では、ポジオチニブは毎日投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは継続的に投与される。いくつかの態様では、ポジオチニブは２８日サイクルで投与される。

いくつかの態様では、対象は、以前に投与されたチロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性を有するか、またはそれに対する耐性を示したことがある。ある特定の態様では、チロシンキナーゼ阻害剤は、ラパチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、またはベラチニブである。

本発明の他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明らかとなるだろう。しかしながら、本明細書の詳細な説明から、本発明の精神および範囲の範囲内でのさまざまな変更および修飾が当業者には明らかとなることから、詳細な説明および特定の実施例は、本発明の好ましい実施形態を示すものではあるが、例示のみを目的としていることが理解されるべきである。

添付の図面は、本明細書の一部を形成するものであり、本発明のある特定の態様をさらに実証するために含まれる。本発明は、本明細書において提示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせて、これらの図面の１つまたは複数を参照することによって、よりよく理解され得る。
図１Ａ～１Ｊ：ＨＥＲ２変異は、多種多様ながんの種類において生じ、受容体全体にわたって変異ホットスポットが生じる。がんごとのＨＥＲ２変異（Ａ）およびＨＥＲ２エクソン２０変異（Ｂ）の頻度の加重平均の棒グラフ。バーは加重平均±ＳＥＭを表す。ドットのサイズは、各データベースにおける患者の数を表す。Ｇｕａｒｄａｎｔ Ｈｅａｌｔｈによって報告されたｃｆＤＮＡにより検出されたＨＥＲ２変異の頻度は、Ｏｄｅｇａａｒｄ ｅｔ ａｌ ２０１８において報告されるように臨床的感度について補正した。 図２Ａ～２Ｈ：ＨＥＲ２変異ホットスポットはがんの種類ごとに変化する。ｃＢｉｏｐｏｒｔａｌおよびＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎデータベースで報告された（Ａ）全てのがん（Ｎ＝２３３８）、（Ｂ）肺がん（Ｎ＝１７７）、（Ｃ）乳がん（Ｎ＝１４３）、および（Ｄ）結腸直腸がん（Ｎ＝２１９）でのＨＥＲ２変異位置の頻度の円グラフ。（Ｅ）ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌおよびＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎで報告された全てのがんで最も高い頻度でみられる１０種類のＨＥＲ２変異のロリポッププロット（Ｌｏｌｌｉｐｏｐ ｐｌｏｔ）（Ｎ＝２３３８ ＨＥＲ２変異）。バーの長さは変異の頻度と相関する。（Ｅ～Ｈ）ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌおよびＭＤ ＡｎｄｅｒｓｏｎデータベースにおけるＮＳＣＬＣ（Ｆ、Ｎ＝１７７）、乳がん（Ｇ、Ｎ＝１４３）、および結腸直腸がん（Ｈ、Ｎ＝２１９）で最も高い頻度でみられる１０種類のＨＥＲ２変異のロリポッププロット；バーの長さは、報告された変異の頻度と相関する。 図３Ａ～３Ｃ：チロシンキナーゼドメインで最も高い頻度でみられるＨＥＲ２バリアントは活性化変異である。ＩＬ－３を含まない条件下で１４日間増殖させた、ＨＥＲ２エクソン１９（Ａ）、ＨＥＲ２エクソン２０（Ｂ）、およびＨＥＲ２エクソン２１（Ｃ）変異を発現する安定Ｂａ／Ｆ３細胞株の細胞生存度。細胞生存度は、Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏアッセイによって３日毎に測定された。平均値±ＳＥＭを各細胞についてプロットした（ｎ＝３、生物学的に独立した実験）。 図４Ａ～４Ｆ：ポジオチニブは、Ｂａ／Ｆ３細胞においてＨＥＲ２変異について試験した最も強力な阻害剤であった。（Ａ）薬物処理の７２時間後の表示した変異を安定的に発現するＢａ／Ｆ３細胞および薬物についての、ＧｒａｐｈＰａｄで計算したｌｏｇ ＩＣ_５０値のヒートマップ。細胞生存度をＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏアッセイによって測定した（Ｎ≧３）。アファチニブ，ネラチニブ、タルロキソチニブ（ｔａｒｌｏｘｏｔｉｎｉｂ）－ＴＫＩ、またはポジオチニブで７２時間の薬物処理後の、ＨＥＲ２変異を発現する全てのＢａ／Ｆ３細胞株（Ｂ）、ＨＥＲ２エクソン１９変異体細胞株（Ｃ）、ＨＥＲ２エクソン２０変異体細胞株（Ｄ）、またはＨＥＲ２エクソン２１変異体細胞株（Ｅ）についての平均ＩＣ_５０値。バーは平均値±ＳＥＭ（Ｎ≧３）を表す。（Ｃ～Ｅ）Ｄｕｎｎの多重比較検定による一元配置ＡＮＯＶＡを用いて、群間の統計学的有意性を判定した。（Ｆ）表示した阻害剤によるＬ７５５ＳまたはＬ７５５Ｐを発現するＢａ／Ｆ３細胞の平均ＩＣ_５０値。ドットは平均値±ＳＥＭ（Ｎ≧３）を表す。統計学的有意性を対応のあるｔ検定によって判定した。 図５Ａ～５Ｄ：ＨＥＲ２変異体の分子動力学シミュレーションは、Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡおよびＬ７５５Ｐ変異について薬物感受性が低下する推定メカニズムを示している。（Ａ）１５０ｎｓ加速分子動力学シミュレーション時のＨＥＲ２ Ｖ７７７ＬおよびＹ７７２ｄｕｐＹＶＭＡエクソン２０変異体についてのα－Ｃ－ヘリックス位置。（Ｂ）α－Ｃ－ヘリックスの「イン（ｉｎ）」の立体構造対「アウト（ｏｕｔ）」の立体構造でのＨＥＲ２エクソン２０変異体についての分子動力学スナップショットの部分分布。（Ｃ）Ｖ７７７ＬおよびＹ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ変異体の分子動力学スナップショット。Ｐ－ループおよびキナーゼヒンジ立体構造においてわずかな差異が存在した一方で、α－Ｃ－ヘリックス位置では有意なシフトが存在した（Ｖ７７７Ｌでは「アウト」位置、Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡでは「イン」位置）。（Ｄ）Ｌ７５５ＰおよびＬ７５５Ｓ ＨＥＲ２変異体の分子動力学スナップショット。Ｌ７５５Ｐ変異体は、Ｖ７９０による骨格水素結合を欠き、キナーゼヒンジの不安定化および結合部位に向けてのＰ－ループの収縮をもたらす。 図６Ａ～６Ｆ：ＨＥＲ２変異を発現するヒト細胞株もまた、ポジオチニブに対して最も高い感受性を有する。表示した阻害剤で７２時間処理した、エクソン２０挿入変異、ＨＥＲ２ Ｇ７７６ｄｅｌｉｎｓＶＣ（Ａ）、ＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ（Ｂ）、ＨＥＲ２ Ｇ７７８ｄｕｐＧＳＰ（Ｃ）を発現するＭＣＦ１０Ａ細胞の用量反応曲線。（Ｄ）ＭＣＦ１０Ａ ＨＥＲ２選択性インデックスの棒グラフ。変異体細胞株のＩＣ_５０値を、各表示した薬物に対するＨＥＲ２ ＷＴ発現細胞株の平均ＩＣ_５０値によって除算した。ドットは各細胞株の平均値±ＳＥＭを表し、バーは全３種類の細胞株の平均値±最小／最大（各細胞株ごとにＮ≧３）を表す。（Ｅ）表示した阻害剤で７２時間処理した、ＨＥＲ２エクソン１９変異Ｌ７５５Ｓを保有するＣＷ－２大腸細胞の用量反応曲線。（Ａ～Ｃ、Ｅ）曲線は中央値±ＳＥＭ、Ｎ＝３を表す。（Ｆ）２１日目でのＣＷ－２腫瘍体積の棒グラフ。マウスをビヒクル対照（Ｎ＝５）、３０ｍｇ／ｋｇネラチニブ（Ｎ＝５）、２０ｍｇ／ｋｇアファチニブ（Ｎ＝５）、または５ｍｇ／ｋｇポジオチニブ（Ｎ＝５）で５日／週で処置し、腫瘍を３５０ｍｍ^３で無作為化し、点線によって表示した。ドットは個々の腫瘍を表し、バーは平均値±ＳＥＭを表す。統計学的有意性を一元配置ＡＮＯＶＡによって判定した。 図７Ａ～７Ｄ：ＨＥＲ２変異を有するＮＳＣＬＣ患者はポジオチニブに対して４２％の確定奏効率を有する。（Ａ）臨床試験ＮＣＴ０３０６６２０６での最初の１２名のＨＥＲ２エクソン２０患者の奏効のウォーターフォールプロット（Ｗａｔｅｒｆａｌｌ ｐｌｏｔ）。客観的部分奏効が示され（左から７、８、１０、１１、および１２番目のバー）、未確定の奏効が示され（９番目のバー）、安定が示され（３～６番目のバー）、かつ進行が示される（１～２番目のバー）。（Ｂ）最初の１２名のＨＥＲ２エクソン２０患者の無増悪生存期間のカプラン・マイヤープロットは、ｍＰＦＳが２０１８年１２月時点で５．６ヶ月であったことを示す。（Ｃ）ポジオチニブ処置の１日前および治療の８週後のＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ変異を有する患者のＣＴスキャン。（Ｄ）ポジオチニブ処置の１日前および４週後のＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｐ変異体ＮＳＣＬＣを有する患者のＰＥＴスキャン。患者は、トラスツズマブ、ニボルマブ、および抗ＴＤＭ１との組み合わせでの白金ベースの化学療法で以前に処置されており、かつそれによって進行しているが、ポジオチニブ処置により標的病変において－１２％の減少を有した。 図８Ａ～８Ｇ：ポジオチニブ処置は細胞表面上でのＨＥＲ２の蓄積を誘導し、ポジオチニブとＴ－ＤＭ１処置との組み合わせは抗腫瘍活性を増強する。（Ａ）１０ｎＭポジオチニブ処置の２４時間後の、ＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ、ＨＥＲ２ Ｇ７７８ｄｕｐＧＳＰ、およびＨＥＲ２ Ｇ７７６ｄｅｌｉｎｓＶＣを発現するＭＣ１０Ａ細胞株上のＨＥＲ２受容体発現のＦＡＣＳ分析。バーは平均値±ＳＥＭを表し、有意差がＤＭＳＯ処置群とポジオチニブ処置群との間のスチューデントｔ－検定により判定された。（Ｂ）ポジオチニブ、Ｔ－ＤＭ１、またはポジオチニブと表示した用量のＴ－ＤＭ１で処置した、ＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ、ＨＥＲ２ Ｇ７７８ｄｕｐＧＳＰ、およびＨＥＲ２ Ｇ７７６ｄｅｌｉｎｓＶＣを発現するＭＣＦ１０Ａ細胞株のＩＣ_５０値の棒グラフ。バーは平均値±ＳＥＭ（ｎ＝３、独立した実験）を表し、有意差が一元配置ＡＮＯＶＡおよびＤｕｎｎの多重比較事後分析により判定された。（Ｃ）表示した阻害剤で処置したＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ ＮＳＣＬＣ ＰＤＸの腫瘍成長曲線。ポジオチニブ処置は１週間に５日実施され、Ｔ－ＤＭ１は処置の開始時に１回投与された。（Ｄ）ＰＦＳが最良効果からの腫瘍倍加として定義される、無増悪生存期間（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤー曲線。マンテル・コックスのログランク検定を用いて、群間の有意差を判定した。マウスは安楽死の時点で打ち切られた。（Ｅ）１５日目での表示した阻害剤で処置したマウスの腫瘍体積のパーセント変化のドットプロット。（Ｆ）１５日目および４５日目での各群における担腫瘍マウスの数の図表。（Ｇ）表示した阻害剤で処置したＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡマウスの腫瘍体積のスパイダープロット。点線は無作為化の点（３００ｍｍ^３）を示す。 図９Ａ～９Ｄ：エクソン２０挿入変異の多様性は、Ｇｕａｒｄａｎｔ、ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ、およびＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎのデータベースにおいてがんの種類ごとに異なる。（Ａ）全てのがんの種類、Ｎ＝５１７におけるＨＥＲ２エクソン２０挿入変異の頻度の円グラフ。エクソン２０挿入変異の頻度を、がんの種類ごとにさらに分析した：（Ｂ）肺がん、Ｎ＝３６２、（Ｃ）乳がん、Ｎ＝３０、および（Ｄ）その他のがん、Ｎ＝１２５。 図１０Ａ～１０Ｂ：よく見られるＨＥＲ２変異は恒常的にリン酸化されており、ｐ－ＨＥＲ２発現は薬物感受性と相関しない。（Ａ）相対的ｐ－ＨＥＲ２発現を、ＥＬＩＳＡにより決定された総ＨＥＲ２に対するｐ－ＨＥＲ２の比率を用いることによって測定した。バーは平均値±ＳＥＭ、およびｎ＝３を表す。ＮＤ＝検出限界未満。（Ｂ）相対的ＨＥＲ２の相関関係を、Ｂａ／Ｆ３ ＨＥＲ２変異体細胞株についてポジオチニブＩＣ_５０値に対してプロットした。ピアソン相関係数およびｐ値をＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ｎ＝３）によって決定した。 図１１Ａ～１１Ｂ：分子モデリングにより、ＨＥＲ２変異体は結合ポケットサイズが異なることが明らかにされている。（Ａ）ＨＥＲ２キナーゼドメインエクソン１９、２０、および２１タンパク質骨格をそれぞれ、青色、ピンク色、およびオレンジ色に着色した。鋳型Ｘ線構造（ＰＤＢ ３ＰＰ０）由来のリガンドが緑色のバーで描かれ、ラベルが変異残基／挿入位置に与えられる。（Ｂ）加速分子動力学シミュレーションから得られたＨＥＲ２変異体についての結合ポケット体積のプロファイル。 ポジオチニブはＨＥＲ２変異体細胞株においてｐ－ＨＥＲ２を阻害する。表示した薬物および用量の処置の２時間後のＧ７７６ｄｅｌｉｎｓＶＣを発現するＭＣＦ１０Ａ細胞のウエスタンブロット。 ポジオチニブは、エクソン１９変異体結腸直腸がんの異種移植片における腫瘍成長を抑制する。ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｓ変異を保有するＣＷ－２細胞を、６週齢の雌のｎｕ／ｎｕヌードマウスの側腹部に注入した。腫瘍が３５０ｍｍ^３に到達したときに、マウスを４群：２０ｍｇ／ｋｇアファチニブ、５ｍｇ／ｋｇポジオチニブ、３０ｍｇ／ｋｇネラチニブ、またはビヒクル対照に無作為化した。腫瘍体積を週に３回測定し、マウスは月曜日～金曜日（週に５日）に薬物を受けた。記号は各時点での平均値±ＳＥＭを表す。Ｔｕｋｅｙの多重比較検定による二元配置ＡＮＯＶＡを用いて、統計学的有意性を判定した。アスタリスクはビヒクルとポジオチニブまたはネラチニブとの間の有意性を示す。各比較でのＰ値は下段に列記され、有意差が最初に検出された１０日目から始めた。

例示的な実施形態の説明
本試験は、種々の悪性腫瘍間で最もよく見られるＨＥＲ２変異のゲノムバリアントの頻度を決定した。体系的に、１６個の最も頻度の高いＨＥＲ２変異について活性化の可能性が示され、１１種類の通常用いられるＥＧＦＲおよびＨＥＲ２ ＴＫＩでのそれらの薬物感受性が評価された。エクソン２０挿入変異およびエクソン１９中におけるｐ．Ｌ７５５Ｐ（ｐ．Ｌ７５５Ｓではない）変異が試験したＴＫＩの多くに対して抵抗性であったことが認められた。薬剤耐性ＨＥＲ２バリアント、Ｌ７５５Ｐおよびエクソン２０挿入の分子動力学モデリングは、これらの変異が、受容体の立体構造状態に影響を及ぼし、薬物結合ポケットの全体のサイズを縮小させることを明示した。さらに、ポジオチニブは、評価した全てのＨＥＲ２変異の強力な阻害剤として同定された。その上、本試験は、ポジオチニブが、最も耐性の高いＨＥＲ２バリアント、エクソン２０挿入、エクソン２１変異、およびＬ７５５Ｐを保有するＮＳＣＬＣ患者において臨床活性を有することを示す。結論として、本試験は、ポジオチニブ媒介性細胞表面受容体蓄積が、インビボで抗腫瘍活性を増加させるために活用できるＴ－ＤＭ１活性を増強し、ＨＥＲ２変異体ＮＳＣＬＣのＰＤＸモデルにおいて完全な腫瘍退縮をもたらすことを示す。

したがって、本開示のある特定の実施形態は、ＨＥＲ２エクソン２１変異を有するがん患者を治療するための方法を提供する。具体的には、本方法は、ＨＥＲエクソン１９点変異を有すると同定された患者へのポジオチニブ（ＨＭ７８１－３６Ｂとしても知られている）またはアファチニブの投与を含む。ポジオチニブの大きさおよび柔軟性は、立体障害を克服し、低いナノモル濃度でＨＥＲ２エクソン２１変異体を阻害する。したがって、ポジオチニブまたはアファチニブならびに構造的に類似する阻害剤は、第２世代および第３世代の不可逆的なＴＫＩに耐性を有するＨＥＲ２エクソン２１挿入を標的とするために使用することのできる、強力なＨＥＲ２阻害剤である。

Ｉ．定義
本明細書において用いられるとき、「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」は、１つまたは複数を含み得る。本明細書の請求項において用いられるとき、「含む」という語と併せて使用されるとき、「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」という語は、１つまたは複数を意味し得る。

本開示は代替物のみならびに「および／または」を指す定義を支持しているが、代替物のみを指すかまたは代替物が相互に排他的であると明確に示されていない限り、特許請求の範囲における用語「または」の使用は「および／または」を意味するために使用される。本明細書において用いられるとき、「別の」は、少なくとも第２のもの、またはそれ以上のものを意味し得る。

用語「約」は示された値±５％を意味する。

「治療」または「治療する」は、（１）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において疾患を阻害すること（例えば、病態および／または総体症状のさらなる進行を阻止すること）、（２）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において疾患を改善すること（例えば、病態および／または総体症状を後退させること）、および／または（３）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において任意の測定可能な疾患の減少に作用すること、を含む。例えば、治療は、有効量のポジオチニブまたはアファチニブの投与を含み得る。

「予防的に処置する」は、（１）疾患の危険性を有し、かつ／または疾患に罹りやすい可能性があるが、まだ疾患の病態もしくは総体症状のいずれかもしくは全てを経験も示してもいない対象もしくは患者において疾患の発症の危険性を低減または緩和すること、および／または（２）疾患の危険性を有するか、および／または疾患に罹りやすい可能性があるが、まだ疾患の病態もしくは総体症状のいずれかもしくは全てを経験も示してもいない対象もしくは患者において、疾患の病態もしくは総体症状の開始を遅らせること、を含む。

本明細書において用いられるとき、用語「患者」または「対象」は、生存している哺乳類生物、例えば、ヒト、サル、ウシ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、マウス、ラット、モルモット、またはそれらの遺伝子組み換え種を指す。特定の実施形態では、患者または対象は、霊長類である。ヒト患者の非限定的な例は、成人、未成年、幼児、および胎児である。

用語「有効な」は、この用語が本明細書および／または請求項で使用されるとき、所望の、期待された、または意図された結果を達成するために十分であることを意味する。化合物を用いて患者もしくは対象を治療するという文脈において使用されるとき、「有効量」、「治療有効量」、または「薬学的有効量」は、化合物の量が、疾患を治療もしくは予防するために対象もしくは患者に投与されたときに、疾患のかかる治療もしくは予防に作用するのに十分な量であることを意味する。

本明細書において用いられるとき、用語「ＩＣ_５０」は、得られた最大応答の５０％である、阻害的用量を指す。この定量的測定は、特定の生物学的、生化学的、もしくは化学的プロセス（またはプロセスの構成要素、すなわち、酵素、細胞、細胞受容体、もしくは微生物）を半分阻害するのにどの程度の量の特定の薬物、または他の物質（阻害剤）が必要であるかを示す。

「抗がん」剤は、例えば、がん細胞の殺傷を促進し、がん細胞のアポトーシスを誘導し、がん細胞の増殖速度を低減し、転移の発生率もしくは数を低減し、腫瘍の大きさを縮小し、腫瘍の成長を阻害し、腫瘍もしくはがん細胞への血液供給を削減し、がん細胞もしくは腫瘍に対する免疫応答を促進し、がんの進行を予防もしくは阻害し、またはがんを有する対象の生存期間を延長することにより、対象におけるがん細胞／腫瘍に負の影響を与えることができる。

用語「挿入」または「挿入変異」は、１つ以上のヌクレオチド塩基対のＤＮＡ配列中への付加を指す。例えば、ＨＥＲ２エクソン２１挿入変異は、アミノ酸８３２と８８３にヌクレオチド１～１８個の１つ以上の挿入を含む。

「ハイブリダイズする」または「ハイブリダイゼーション」は、核酸同士の結合を指す。ハイブリダイゼーションの条件は、結合する核酸の配列相同性に応じて様々であり得る。よって、対象とする核酸間の配列相同性が高い場合、ストリンジェントな条件が用いられる。配列相同性が低い場合、中程度の条件が用いられる。ハイブリダイゼーション条件がストリンジェントである場合、ハイブリダイゼーション特異性は増大し、ハイブリダイゼーション特異性のこの増大は、非特異的ハイブリダイゼーション産物の産生を減少させる。しかしながら、中程度のハイブリダイゼーション条件下では、ハイブリダイゼーション特異性は低下し、ハイブリダイゼーション特異性のこの低下は、非特異的ハイブリダイゼーション産物の産生を増大させる。

「プローブ」は、少なくとも８個のヌクレオチドの長さを有し、かつプローブ中の少なくとも１つの配列と標的領域中の配列との相補性のために標的配列と共にハイブリッド構造を形成する、ポリヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡで構成され得る。プローブは、ある特定の実施形態では、検出可能に標識される。プローブの大きさは有意に異なり得る。一般的に、プローブの長さは、例えば、少なくとも８～１５個のヌクレオチドの長さである。他のプローブの長さは、例えば、少なくとも２０、３０、または４０ヌクレオチド長である。さらなる他のプローブの長さは、幾分かより長く、少なくとも、例えば、５０、６０、７０、８０、または９０ヌクレオチド長である。プローブはまた、前記範囲の範囲内にある任意の特定の長さのものであり得る。好ましくは、プローブは、ポリメラーゼ連鎖反応中に標的配列をプライミングするために用いられる配列に相補的な配列を含まない。

「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」は、非修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡまたは修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡであり得る、一本鎖または二本鎖デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドのポリマーを指す。

「修飾リボヌクレオチド」またはデオキシリボヌクレオチドは、核酸において天然塩基の代わりに使用することができる分子を指し、これらに限定されないが、修飾プリンおよびピリミジン、微量塩基、コンバーチブルヌクレオシド、プリンおよびピリミジンの構造的アナログ、標識された、誘導体化された、および修飾されたヌクレオシドおよびヌクレオチド、コンジュゲートされたヌクレオシドおよびヌクレオチド、配列修飾因子、末端修飾因子、スペーサー修飾因子、ならびに骨格修飾されたヌクレオチドを含み、これらに限定されないが、リボース修飾ヌクレオチド、ホスフォラミダート、ホスホロチオエート、ホスフォナミジト、メチルホスフォナート、メチルホスフォラミジト、メチルホスフォナミジト、５′－β－シアノエチルホスフォラミジト、メチレンホスフォナート、ホスフォロジチオエート、ペプチド核酸、光学不活性および中性ヌクレオチド間結合を含む。

「バリアント」は、それぞれ、１つ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸の交換、欠失、または挿入によって、野生型または個々の集団において最も多くみられる形態と比較して異なる、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを指す。交換、欠失、または挿入されるヌクレオチドまたはアミノ酸の数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれより多い、例えば、２５、３０、３５、４０、４５、または５０個であり得る。

「プライマー」または「プライマー配列」は、核酸合成反応をプライミングするために標的核酸配列（例えば、増幅されるべきＤＮＡ鋳型）にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを指す。プライマーは、ＤＮＡオリゴヌクレオチド、ＲＮＡオリゴヌクレオチド、またはキメラ配列であり得る。プライマーは、天然、合成、または修飾ヌクレオチドを含み得る。プライマーの長さの上限および下限はいずれも経験的に決定される。プライマーの長さの下限は、核酸増幅反応条件下での標的核酸とのハイブリダイゼーション時に安定な二本鎖を形成するのに必要とされる最低限の長さである。非常に短いプライマー（通常、３～４未満のヌクレオチド長）は、そのようなハイブリダイゼーション条件下で標的核酸と熱力学的に安定な二本鎖を形成しない。上限は、多くの場合、標的核酸中の予め決定された核酸配列以外の領域において二本鎖形成を有する可能性により決定される。一般的に、適切なプライマーの長さは、約１０～約４０ヌクレオチド長の範囲内である。ある特定の実施形態では、例えば、プライマーは、１０～４０、１５～３０、または１０～２０ヌクレオチド長であり得る。プライマーは、適切な条件下に置かれたときに、ポリヌクレオチド配列上の合成開始点として作用することができる。

「検出」、「検出可能な」、およびそれらの文法的等価物は、標的核酸配列の存在、および／または量、および／または相同性を決定する方法を指す。いくつかの実施形態では、検出は、標的核酸配列の増幅を生じる。他の実施形態では、標的核酸の配列決定は、標的核酸を「検出する」ことを特徴とすることができる。プローブに結合した標識は、例えば、化学的もしくは物理的手段により検出可能である、当技術分野において周知である多種多様な標識の任意のものを含み得る。プローブに結合させることが可能である標識は、例えば、蛍光および発光材料を含む。

「増幅する」、「増幅」、およびそれらの文法的等価物は、直線的もしくは指数関数的のいずれかで核酸配列を増幅するための広範な技法を含むがこれらに限定されない、鋳型依存的な様式で標的核酸配列の少なくとも一部を複製する任意の方法を指す。増幅工程を実施するための例示的な手段は、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、リガーゼ検出反応（ＬＤＲ）、Ｑ－レプリカーゼ増幅が後に続くライゲーション、ＰＣＲ、プライマー伸長、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ハイパーブランチ鎖置換増幅、複数置換増幅（ＭＤＡ）、核酸鎖に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）、２工程多重増幅、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、リコンビナーゼ－ポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）（ＴｗｉｓｔＤｘ、Ｃａｍｂｒｉｄｇ、ＵＫ）、および自立配列複製（３ＳＲ）、ならびにそれらの多重バージョンまたは組み合わせ、例えば、ＯＬＡ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＯＬＡ、ＬＤＲ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＰＣＲ／ＬＤＲ、ＰＣＲ／ＬＤＲ、ＬＣＲ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＬＣＲ（複合連鎖反応－ＣＣＲとしても知られる）を含むがこれらに限定されないもの、などを含む。かかる技法の説明は、他の場所、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ、３^ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ）において見出され得る。

一般的に本明細書にて使用されるとき、「薬学的に許容される」は、合理的な利益／リスクの比率を伴い、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題もしくは合併症を伴うことのない、健全な医学的判断の範疇において、ヒトおよび動物の組織、器官、および／または体液と接触させて使用するのに好適な化合物、材料、組成物、および／または投薬形態を指す。

「薬学的に許容される塩」は、上記のような薬学的に許容され、所望の薬理活性を有する、本発明の化合物の塩を意味する。かかる塩の非限定的な例は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、およびリン酸などの無機酸を用いて形成された酸付加塩；または１，２－エタンジスルホン酸、２－ヒドロキシエタンスルホン酸、２－ナフタレンスルホン酸、３－フェニルプロピオン酸、４，４′－メチレンビス（３－ヒドロキシ－２－エン－１－カルボン酸）、４－メチルビシクロ［２．２．２］オクタ－２－エン－１－カルボン酸、酢酸、脂肪族モノ－およびジカルボン酸、脂肪族硫酸、芳香族硫酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、カンファ－スルホン酸、炭酸、ケイ皮酸、クエン酸、シクロペンタンプロピオン酸、エタンスルホン酸、フマル酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸、グルタミン酸、グリコール酸、ヘプタン酸、ヘキサン酸、ヒドロキシナフトエ酸、乳酸、ラウリル硫酸、マレイン酸、リンゴ酸、マロン酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、ムコン酸、ｏ－（４－ヒドロキシベンゾイル）安息香酸、シュウ酸、ｐ－クロロベンゼンスルホン酸、フェニル－置換アルカン酸、プロピオン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、ピルビン酸、サリチル酸、ステアリン酸、コハク酸、酒石酸、第３級ブチル酢酸、およびトリメチル酢酸などの有機酸を用いて形成された酸付加塩を含む。薬学的に許容される塩は、存在する酸性プロトンが無機または有機塩基と反応可能である場合に形成され得る塩基付加塩も含む。許容される無機塩基は、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アルミニウム、および水酸化カルシウムを含む。許容される有機塩基の非限定的な例は、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、トロメタミン、およびＮ－メチルグルカミンを含む。本発明の任意の塩の一部を形成する特定のアニオンまたはカチオンは、その塩が全体として薬理学的に許容される限りは、危険ではない、ということが認識されるべきである。薬学的に許容される塩ならびにそれらの調製および使用方法のさらなる例は、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ａｎｄ Ｕｓｅ（Ｐ．Ｈ．Ｓｔａｈｌ＆Ｃ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ ｅｄｓ．、Ｖｅｒｌａｇ Ｈｅｌｖｅｔｉｃａ Ｃｈｉｍｉｃａ Ａｃｔａ、２００２）において提供される。

ＩＩ．ＨＥＲ２エクソン２１変異
本開示の特定の実施形態は、対象が、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異、特に図２に示されている１つ以上の挿入変異を有するかどうかを判定することに関する。対象は、２つ、３つ、４つ、またはそれより多くのＨＥＲ２エクソン２１変異を有していてもよい。変異検出方法は、当技術分野において公知であり、ＰＣＲ分析および核酸配列決定、ならびにＦＩＳＨおよびＣＧＨを含む。特定の態様では、エクソン２１変異は、例えば、腫瘍または血漿由来循環フリーＤＮＡなどからのＤＮＡ配列決定により検出される。

ＨＥＲ２エクソン２１変異は、アミノ酸８３２～８８３に１つ以上の点変異、挿入、および／または１～１８個のヌクレオチドの欠失を含んでもよい。いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２、Ｒ８６８、およびＬ８６９からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２Ｉ、Ｒ８６８Ｗ、およびＬ８６９Ｒからなる群より選択される。いくつかの態様では、１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異は、Ｖ８４２およびＲ８６８からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する。いくつかの態様では、１つ以上のエクソン２１変異は、Ｖ８４２ＩおよびＲ８６８Ｗからなる群より選択される。

いくつかの態様では、対象は、ＴＫＩ、例えばポジオチニブに対して耐性をもたらし得るＥＧＦＲ残基Ｃ７９７での変異を有し得るまたは発生し得る。したがって、ある特定の態様では、対象は、ＥＧＦＲ Ｃ７９７および／またはＴ７９０に変異、例えばＣ７９７Ｓおよび／またはＴ７９０Ｍを有さないと判定される。いくつかの態様では、Ｔ７９０変異、例えばＴ７９０Ｍを有する対象は、オシメルチニブを投与され得る、Ｃ７９７変異、例えばＣ７９７Ｓを有する対象は、化学療法および／または放射線療法を実施され得る。

患者試料は、対象における肺がんに由来する核酸を含む、任意の体の組織または液体であり得る。特定の実施形態では、試料は、循環腫瘍細胞または細胞フリーＤＮＡを含む血液試料である。他の実施形態では、試料は、組織、例えば、肺組織であり得る。肺組織は、腫瘍組織に由来することができ、新鮮凍結、またはホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）されてもよい。特定の実施形態では、肺腫瘍ＦＦＰＥ試料が得られる。

本明細書において記載される方法における使用に好適な試料には、遺伝子材料、例えば、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）が含まれる。ゲノムＤＮＡは典型的に、血液、または口腔粘膜の粘膜スクレーピングなどの生物試料から抽出されるが、尿、腫瘍、もしくは去痰薬を含む他の生物試料から抽出することもできる。試料それ自体は、典型的に、正常または腫瘍組織を含む、対象から取り出された有核細胞（例えば、血液もしくは頬側細胞）または組織を含む。試料を入手し、処理し、分析するための方法および試薬は、当技術分野において周知である。いくつかの実施形態では、試料は、医療機関の協力の下、例えば血液を採取することにより、得られる。いくつかの実施形態では、試料は、医療機関の協力を伴わずに得られ、例えば、試料は、頬側綿棒もしくはブラシを用いて得られる頬側細胞を含む試料、または口腔洗浄液試料のように、非侵襲的に得られる。

いくつかの場合において、生物試料は、ＤＮＡ単離のために処理することができる。例えば、細胞または組織試料中のＤＮＡは、試料の他の成分から分離することができる。細胞は、当技術分野において周知の技術を用いて、生物試料から回収することができる。例えば、細胞は、細胞試料を遠心分離し、ペレット化した細胞を再懸濁することにより、回収することができる。細胞は、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）などの緩衝液中に再懸濁することができる。細胞懸濁液を遠心分離して、細胞ペレットを得た後、細胞を溶解して、ＤＮＡ、例えば、ｇＤＮＡを抽出することができる。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（２００３）を参照されたい。試料を濃縮および／または精製して、ＤＮＡを単離することができる。あらゆる種類のさらなる処理に供されるものを含む、対象から得られた全ての試料は、対象から得られたものと考えられる。例えば、フェノール抽出を含む、慣例的な方法を用いて、生物試料からゲノムＤＮＡを抽出することができる。あるいは、ゲノムＤＮＡは、ＱＩＡａｍｐ（登録商標）組織キット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ、Ｃａｌｉｆ．）、およびＷｉｚａｒｄ（登録商標）ゲノムＤＮＡ精製キット（Ｐｒｏｍｅｇａ）などのキットを用いて抽出することができる。試料の源の非限定的な例は、尿、血液、および組織を含む。

本明細書に記載されるようなＨＥＲ２エクソン２１変異の存在または不在は、当技術分野において周知の方法を用いて決定することができる。例えば、ゲル電気泳動、キャピラリ電気泳動、サイズ排除クロマトグラフィ、配列決定、および／またはアレイを用いて、挿入変異の存在または不在を検出することができる。望ましい場合には、核酸の増幅は、当技術分野において周知の方法、例えば、ＰＣＲを用いて成し遂げることができる。一例において、試料（例えば、ゲノムＤＮＡを含む試料）は、対象から得られる。次いで、試料中のＤＮＡを試験して、本明細書に記載されるような挿入変異の特性を決定する。挿入変異は、本明細書に記載される任意の方法により、例えば、配列決定により、またはゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、もしくはｃＤＮＡ中の遺伝子の核酸プローブ、例えば、ＤＮＡプローブ（ｃＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドプローブを含む）もしくはＲＮＡプローブに対するハイブリダイゼーションにより、検出することができる。核酸プローブは、特定の変異体と特異的または優先的にハイブリダイズするように設計することができる。

プローブのセットは、典型的に、本開示の実施可能な推奨治療において用いられる標的遺伝子変異（例えば、ＨＥＲ２エクソン２１変異）を検出するために用いられる、プライマーのセット（通常は、プライマー対）および／または検出可能に標識されたプローブを指す。プライマー対は、前記遺伝子のそれぞれについての標的遺伝子変異についての領域にわたるアンプリコンを定義するために、増幅反応において用いられる。アンプリコンのセットは、マッチしたプローブのセットにより検出される。例示的な実施形態では、本方法は、標的遺伝子変異のセット、例えばＨＥＲ２エクソン２１変異を検出するために、ＴａｑＭａｎ（商標）（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ、Ｃａｌｉｆ．）アッセイを使用することができる。一実施形態では、プローブのセットは、次世代配列決定反応などの核酸配列決定反応により検出されるアンプリコンを産生するために用いられるプライマーのセットである。これらの実施形態では、例えば、ＡｍｐｌｉＳＥＱ（商標）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、Ｃａｌｉｆ．）またはＴｒｕＳＥＱ（商標）（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．）技術を用いることができる。

核酸マーカーの分析は、配列分析および電気泳動分析を含むがこれらに限定されない、当技術分野において周知の技術を用いて実施することができる。配列分析の非限定的な例は、Ｍａｘａｍ－Ｇｉｌｂｅｒｔ配列決定、Ｓａｎｇｅｒ配列決定、キャピラリアレイＤＮＡ配列決定、サーマルサイクル配列決定（Ｓｅａｒｓら、１９９２）、固相配列決定（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎら、１９９２）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ／ＭＳ；Ｆｕら、１９９８）などの質量分析を伴う配列決定、ならびにハイブリダイゼーションによる配列決定（Ｃｈｅｅら、１９９６；Ｄｒｍａｎａｃら、１９９３；Ｄｒｍａｎａｃら、１９９８）を含む。電気泳動分析の非限定的な例は、スラブゲル電気泳動、例えば、アガロースまたはポリアクリルアミドゲル電気泳動、キャピラリ電気泳動、および変性勾配ゲル電気泳動を含む。さらに、次世代配列決定法は、ｔｈｅ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ ＰＧＭまたはＰｒｏｔｏｎ、ｔｈｅ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳＥＱまたはＭｉＳＥＱ、およびｔｈｅ Ｒｏｃｈｅ／４５４次世代配列決定システムなどの会社から商業的に入手可能なキットおよび装置を用いて実施することができる。

核酸分析の他の方法は、直接手動配列決定（ＣｈｕｒｃｈおよびＧｉｌｂｅｒｔ、１９８８；Ｓａｎｇｅｒら、１９７７；米国特許第５，２８８，６４４号）；自動化蛍光配列決定；一本鎖形態多型アッセイ（ＳＳＣＰ）（Ｓｃｈａｆｅｒら、１９９５）；クランプ変性ゲル電気泳動（ＣＤＧＥ）；二次元ゲル電気泳動（２ＤＧＥもしくはＴＤＧＥ）；形態感受性ゲル電気泳動（ＣＳＧＥ）；変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄら、１９８９）；変性高速液体クロマトグラフィ（ＤＨＰＬＣ、Ｕｎｄｅｒｈｉｌｌら、１９９７）赤外線マトリックス支援レーザー脱離／イオン化（ＩＲ－ＭＡＬＤＩ）質量分析（ＷＯ９９／５７３１８）；移動度シフト分析（Ｏｒｉｔａら、１９８９）；制限酵素分析（Ｆｌａｖｅｌｌら、１９７８；Ｇｅｅｖｅｒら、１９８１）；定量的リアルタイムＰＣＲ（Ｒａｃａら、２００４）；ヘテロ二本鎖分析；化学的ミスマッチ分解（ＣＭＣ）（Ｃｏｔｔｏｎら、１９８５）；ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｙｅｒｓら、１９８５）；ヌクレオチドミスマッチを認識するポリペプチド、例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ） ｍｕｔＳタンパク質の使用；アレル特異的ＰＣＲ、ならびにかかる方法の組み合わせを含み得る。例えば、米国特許出願公開第２００４／００１４０９５号を参照されたい。この特許は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれる。

一例において、試料におけるＨＥＲ２変異を同定する方法は、かかる試料に由来する核酸を、変異したＨＥＲ２タンパク質をコードする核酸、または変異を含むその断片に特異的にハイブリダイズすることができる核酸プローブと接触させること、およびそのハイブリダイゼーションを検出すること、を含む。特定の一実施形態では、かかるプローブは、例えば、放射性同位体（^３Ｈ、^３２Ｐ、もしくは^３３Ｐ）、蛍光剤（ローダミン、もしくはフルオレセイン）、または発色剤を用いて、検出可能に標識される。特定の一実施形態では、プローブは、アンチセンスオリゴマー、例えば、ＰＮＡ、モルフォリノ－ホスフォラミダート、ＬＮＡ、または２′－アルコキシアルコキシである。プローブは、約８個のヌクレオチド～約１００個のヌクレオチド、または約１０～約７５個、または約１５～約５０個、または約２０～約３０個であり得る。別の態様では、本開示のかかるプローブは、試料におけるＨＥＲ２変異を同定するためのキット中で提供され、かかるキットは、ＨＥＲ２遺伝子における変異部位に特異的にハイブリダイズするか、またはそれらに隣接するオリゴヌクレオチドを含む。キットはさらに、キットを用いるハイブリダイゼーション試験の結果に基づいてポジオチニブまたはアファチニブを用いてＨＥＲ２挿入変異を含む腫瘍を有する患者を治療するための指示を含む。

別の態様では、試料におけるエクソン２１変異を検出するための方法は、かかるＨＥＲ２遺伝子のエクソン２１に対応するかかる核酸試料または変異を含むと考えられるその断片を増幅すること、および増幅した核酸の電気泳動移動度を、対応する野生型ＨＥＲ２遺伝子またはその断片の電気泳動移動度と比較すること、を含む。移動度における差異は、増幅した核酸配列における変異の存在を示す。電気泳動の移動度は、ポリアクリルアミドゲル上で測定できる。

あるいは、核酸は、酵素的変異検出（ＥＭＤ）（Ｄｅｌ Ｔｉｔｏら、１９９８）を用いて変異の検出について分析することができる。ＥＭＤは、点変異、挿入、および欠失に起因する塩基対ミスマッチにより引き起こされる構造ひずみを検出および分解するまで、二本鎖ＤＮＡに沿ってスキャンする、バクテリオファージリゾルバーゼＴ_４エンドヌクレアーゼＶＩＩを使用する。リゾルバーゼ分解により、例えば、ゲル電気泳動により形成される２つの短い断片の検出は、変異の存在を示す。ＥＭＤ方法の利点は、ＰＣＲ反応から直接アッセイされ、試料精製の必要性を排除し、ハイブリダイゼーション時間を短縮し、シグナル対ノイズ比を増大させる、点変異、欠失、および挿入を同定するための単一のプロトコールである。通常のＤＮＡの最大２０倍の発現と最大４ｋｂの大きさの断片とを含む混合した試料をアッセイすることができる。しかし、ＥＭＤスキャニングは、変異陽性試料中に生じる特定の塩基変化を同定せず、必要な場合には、変異を同定するためにさらなる配列決定手順が必要となる。米国特許第５，８６９，２４５号において実証されているように、ＣＥＬ Ｉ酵素をリゾルバーゼＴ_４エンドヌクレアーゼＶＩＩと同様に使用することができる。

ＩＩＩ．治療方法
本明細書では、個体におけるがんの進行を治療するまたは遅延させるための方法であって、有効量のポジオチニブ、アファチニブ、または構造的に同様の阻害剤を、その個体に、ＨＥＲ２エクソン２１変異、例えばエクソン２１挿入を有すると判定された対象に投与する工程を含む、方法がさらに提供される。対象は、１つ以上のＨＥＲエクソン２１変異を有し得る。

治療のために企図されるがんの例には、肺がん、頭頸部がん、乳がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、骨がん、精巣がん、子宮頸がん、消化器がん、リンパ腫、肺の前腫瘍性病変、結腸がん、黒色腫、および膀胱がんが含まれる。特定の態様では、がんは、非小細胞肺がんである。

いくつかの実施形態では、対象は、哺乳類、例えば、霊長類、好ましくは、高等霊長類、例えば、ヒト（例えば、本明細書に記載された障害を有するか、またはそれらの障害を有する危険性のある患者）である。一実施形態では、対象は、免疫応答を強化する必要がある。特定の実施形態では、対象は、易感染性であるか、その危険性がある。例えば、対象は、化学療法的治療および／または放射線療法を受けているか、または受けたことがある。あるいは、または組み合わせて、対象は、感染の結果として、易感染性であるか、またはその危険性がある。

ある特定の実施形態は、ＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定された対象へのポジオチニブ（ＨＭ７８１－３６Ｂ、ＨＭ７８１－３６、および１－［４－［４－（３，４－ジクロロ－２－フルオロアニリノ）－７－メトキシキナゾリン－６－イル］オキシピペリジン－１－イル］プロップ－２－エン－１－オンとしても知られている）の投与に関する。ポジオチニブは、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、およびＨＥＲ４を含むチロシンキナーゼ受容体のＨＥＲファミリーを介するシグナル伝達を不可逆的に阻止する、キナゾリン系ｐａｎ－ＨＥＲ阻害剤である。ポジオチニブまたは構造的に類似する化合物（例えば、米国特許第８，１８８，１０２号および米国特許出願公開第２０１３／００７１４５２号；参照により本明細書に組み入れられる）が、本発明の方法において用いられてもよい。

ポジオチニブ、ポジオチニブ塩酸塩は、例えば錠剤で、経口的に投与されてもよい。ポジオチニブは、４～２５ｍｇの用量で、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４ｍｇの用量で投与されてもよい。投与は、毎日、１日おき、３日毎、または週に１回であってもよい。投与は、継続的なスケジュールで、例えば２８日サイクルであってもよい。

いくつかの態様では、Ｔ７９０変異、例えばＴ７９０Ｍを有する対象は、オシメルチニブを投与され得る、Ｃ７９７変異、例えばＣ７９７Ｓを有する対象は、本明細書において記載されるような化学療法および／または放射線療法を実施され得る。オシメルチニブ投与、化学療法、および／または放射線投与は、単独でまたはポジオチニブと組み合わせて実施され得る。オシメルチニブは、２５から１００ｍｇ、例えば、約４０または８０ｍｇの用量で投与され得る。投与は、毎日、１日おき、２日毎、３日毎、または週に１回であってもよい。オシメルチニブは、例えば錠剤で、経口的に投与され得る。

アファチニブは、１０～５０ｍｇ、例えば、１０、２０、３０、４０、または５０ｍｇの用量で投与され得る。アファチニブは、毎日、１日おき、２日毎、３日毎、または毎週投与され得る。アファチニブは、例えば錠剤で、経口的に投与され得る。

Ａ．薬学的組成物
本明細書では、ＨＥＲ２エクソン２１変異、例えばエクソン２１変異を有すると判定された対象のための、ポジオチニブまたはアファチニブと薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物および製剤も提供される。

本明細書に記載される薬学的組成物および製剤は、所望の程度の純度を有する活性成分（例えば、抗体またはポリペプチド）を、凍結乾燥製剤または水溶液の形態の１つ以上の任意の薬学的に許容される担体（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ２２^ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ、２０１２）と混合することにより、調製することができる。薬学的に許容される担体は、一般的に、使用される用量および濃度において受容者に対して非毒性であり、緩衝液、例えば、ホスフェート、シトレート、および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤、例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；およびｍ－クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、またはリジン；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む、単糖類、二糖類、および他の炭水化物；キレート化剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖類、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、亜鉛－タンパク質錯体）；および／または非イオン性界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含むが、これらに限定されない。本明細書では、例示的な薬学的に許容される担体は、介在性（ｉｎｓｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ）薬剤分散剤、例えば、可溶性中性－活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ヒト可溶性ＰＨ－２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、Ｉｎｃ．）をさらに含む。ｒＨｕＰＨ２０を含む、ある例示的なｓＨＡＳＥＧＰおよび使用方法は、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号および同第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰは、１つ以上のさらなるグルコサミノグリカナーゼ、例えば、コンドロイチナーゼと組み合わされる。

Ｂ．併用療法
特定の実施形態では、本実施形態の組成物および方法は、少なくとも１つのさらなる治療法と組み合わせたポジオチニブまたはアファチニブを含む。さらなる治療法は、放射線療法、手術（例えば、乳腺腫瘍摘出術および***切除術）、化学療法、遺伝子療法、ＤＮＡ療法、ウイルス療法、ＲＮＡ療法、免疫療法、骨髄移植、ナノセラピー、モノクローナル抗体療法、または前記の組み合わせであり得る。さらなる治療法は、アジュバントまたはネオアジュバント療法の形態であり得る。

いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、小分子酵素阻害剤または転移抑制剤の投与である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、副作用を減じた薬剤（例えば、治療の副作用の発生および／または重篤度を減少させることを意図した薬剤、例えば、制吐剤など）の投与である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、放射線療法である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、手術である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、放射線療法と手術との組み合わせである。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、ガンマ照射である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、ＰＢＫ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路を標的とする治療法、ＨＳＰ９０阻害剤、チューブリン阻害剤、アポトーシス阻害剤、および／または化学予防剤である。さらなる治療法は、当技術分野において周知の１つ以上の化学療法剤であり得る。

ポジオチニブまたはアファチニブは、免疫チェックポイント療法などのさらなるがん治療法の前、その間、その後、またはそれらと種々に組み合わせて、投与され得る。投与は、同時投与から、数分間隔、数日間隔、数週間隔までの範囲であり得る。ポジオチニブまたはアファチニブがさらなる治療剤とは別々に患者に提供される実施形態では、２つの化合物が患者に対してなお有利な併用効果を与えることができるように、一般的に、各送達時間の間に有意期間が終了しないことを確実にする。かかる場合において、互いの約１２～２４または７２時間以内に、より特定的には、互いの約６～１２時間以内に、患者に抗体療法および抗がん療法を提供してもよいことが企図される。いくつかの状況において、それぞれの投与の間に数日間（２、３、４、５、６、または７日間）から数週間（１、２、３、４、５、６、７、または８週間）の間隔をもたせ、治療のための期間を有意に延長することが望ましいこともある。

様々な組み合わせが用いられ得る。以下の例において、ポジオチニブまたはアファチニブは「Ａ」であり、抗がん療法は「Ｂ」である。

患者に対する本実施形態の任意の化合物の投与または治療法の実施は、存在する場合には薬剤の毒性を考慮に入れて、かかる化合物の投与のための一般的なプロトコールに従う。したがって、いくつかの実施形態では、組み合わせ療法に起因する毒性をモニタリングする工程がある。

１．化学療法
本実施形態に従って、多様な化学療法剤を使用することができる。用語「化学療法」は、がんを治療するための薬物の使用を指す。「化学療法剤」は、がんの治療において投与される化合物または組成物を示すために使用される。これらの薬剤または薬物は、細胞内のそれらの活性モード、例えば、それらが細胞周期に影響するかどうか、およびそれらが細胞周期のどの段階に影響するか、により分類される。あるいは、薬剤は、そのＤＮＡに直接架橋する能力、ＤＮＡ中に介入する能力、または核酸合成に作用することにより染色体および有糸***異常を誘導するための能力に基づいて特徴付けられてもよい。

化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド：スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、およびウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスフォラミド、トリエチレンチオホスフォラミド、およびトリメチロロメラミンを含む、エチレンイミンおよびメチラメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成アナログトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カチスタチン；ＣＣ－１０６５（そのアゾゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成アナログを含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ－２１８９およびＣＢ１－ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロホスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、およびウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムヌスチン；抗生剤、例えば、エンジイン抗生剤（例えば、カリチアマイシン、特に、カリチアマイシンガンマｌＩおよびカリチアマイシンオメガＩ１）；ダイネマイシンＡを含む、ダイネマイシン；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルチノスタチン発色団および関連する色素タンパク質エンジイン抗生剤発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン（ａｕｔｈｒａｒｎｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン（モルフォリノ－ドキソルビシン、シアノモルフォリノ－ドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン（ｎｏｇａｌａｒｎｙｃｉｎ）、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、およびゾルビシン；抗代謝物質、例えば、メトトレキサートおよび５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、プテロプテリン、およびトリメトレキサート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、およびチオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモファー、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフフリジン、エノシタビン、およびフロックスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、ドロモスタノロンプロピオナート、エピチオスタノール、メピチオスタン、およびテストラクトン；抗副腎、例えば、ミトタンおよびトリロスタン；葉酸補充物質、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルミチン；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシッド；ガリウムニトレート；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニンメイタンシノイド、例えば、メイタンシンおよびアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサトロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体；ラゾキサン；リゾキシンン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２”－トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ－２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、およびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；シクロホスファミド；タキソイド、例えば、パクリタキセルおよびドセタキセルゲムシタビン；６－チオグアニン；メルカプトプリン；プラチナ配位錯体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、およびカルボプラチン；ビンブラスチン；プラチナ；エトプシド（ＶＰ－１６）；イフォスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼロダ；イバンドロナート；イリノテカン（例えば、ＣＰＴ－１１）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン、ゲムシタビエン、ナベルビン、ファネシル－タンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランスプラチナ、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が含まれる。

２．放射線療法
ＤＮＡ損傷を引き起こし、かつ幅広く用いられている他の因子は、γ線、Ｘ線として知られているもの、および／または腫瘍細胞に対する放射性同位体の指向性送達を含む。ＤＮＡ損傷因子の他の形態も企図され、例えば、電子レンジ、陽子ビーム照射（米国特許第５，７６０，３９５号および同第４，８７０，２８７号）、ならびにＵＶ照射が挙げられる。これらの因子の全ては、ＤＮＡに対して、ＤＮＡの前駆体に対して、ＤＮＡの複製および修復に対して、ならびに染色体の集合および維持に対して、広範囲の損傷に影響を与える可能性が高い。Ｘ線についての線量範囲は、長期間（３～４週間）についての５０～２００レントゲンの１日線量から、２０００～６０００レントゲンの単一線量までの範囲にわたる。放射性同位体についての線量範囲は、広く異なり、同位体の半減期、放出された放射線の強度および種類、ならびに新生物細胞による取込みに依存する。

３．免疫療法
当業者は、さらなる免疫療法が、本実施形態の方法と組み合わせてまたは連動させて用いられ得ることを理解するだろう。がん治療の文脈において、免疫療法は、一般的に、がん細胞を標的とし、それを破壊するために、免疫エフェクター細胞および分子の使用に依存する。リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））は、その一例である。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面上にあるいくつかのマーカーに特異的な抗体であり得る。抗体単独を治療法のエフェクターとして使用することもでき、または、抗体が、細胞殺傷に実際に作用する他の細胞を動員してもよい。抗体はまた、薬物または毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンＡ鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）にコンジュゲートされ、分子標的剤として機能することができる。あるいは、エフェクターは、直接的または間接的に腫瘍細胞標的と相互作用する表面分子を有するリンパ球であり得る。様々なエフェクター細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞およびＮＫ細胞を含む。

抗体－薬物コンジュゲートは、がん治療の開発において画期的なアプローチとして出現した。がんは、世界中において、主な死因の一つである。抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、細胞を殺傷する薬物に共有結合したモノクローナル抗体（ＭＡｂ）を含む。このアプローチは、Ｍａｂのそれらの抗原標的に対する高い特異性と、高度に強力な細胞傷害性薬物とを組み合わせており、ペイロード（薬物）を豊富なレベルの抗原と共に腫瘍細胞に送達する「武装した」ＭＡｂｓをもたらす。薬物の標的指向性送達はまた、正常組織中への薬物の曝露を最小限にし、毒性の軽減および治療指標の改善をもたらす。２つのＡＤＣ薬物の認可、ＦＤＡにより２０１１年に認可されたＡＤＣＥＴＲＩＳ（登録商標）（ブレンツキシマブベドチン）および２０１３年に認可されたＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）（トラスツズマブエムタンシンまたはＴ－ＤＭ１）は、このアプローチを確証している。現在、３０種類を超えるＡＤＣ薬物候補が、がん治療のための臨床試験の様々な段階にある（Ｌｅａｌら、２０１４）。抗体エンジニアリングおよびリンカー－ペイロード最適化が、益々成熟しているために、新規ＡＤＣの創薬および開発は、このアプローチと標的指向性ＭＡｂの生成とに好適な新規標的の同定および検証に大いに依存する。ＡＤＣの標的についての２つの基準は、腫瘍細胞および頑強な内部移行における、上方制御された／高レベルの発現である。

免疫療法の一態様では、腫瘍細胞は、標的指向化に適している（すなわち、他の細胞の大部分において存在しない）いくつかのマーカーを有する必要がある。多くの腫瘍マーカーが存在し、これらのいずれもが、本実施形態の文脈における標的指向化に好適であり得る。一般的な腫瘍マーカーは、ＣＤ２０、がん胎児性抗原、チロシナーゼ（ｐ９７）、ｇｐ６８、ＴＡＧ－７２、ＨＭＦＧ、Ｓｉａｌｙｌ Ｌｅｗｉｓ抗原、ＭｕｃＡ、ＭｕｃＢ、ＰＬＡＰ、ラミニン受容体、ｅｒｂ Ｂ、およびｐ１５５を含む。免疫療法の代替的な一態様は、抗がん効果と免疫刺激効果とを組み合わせることである。サイトカイン、例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１２、ＧＭ－ＣＳＦ、ガンマ－ＩＦＮ、ケモカイン、例えば、ＭＩＰ－１、ＭＣＰ－１、ＩＬ－８、および増殖因子、例えば、ＦＬＴ３リガンドを含む、免疫刺激分子も存在する。

免疫療法の例には、免疫アジュバント、例えば、マイコバクテリウムボビス、熱帯熱マラリア原虫、ジニトロクロロベンゼン、および芳香族化合物（米国特許第５，８０１，００５号および同第５，７３９，１６９号；ＨｕｉおよびＨａｓｈｉｍｏｔｏ、１９９８；Ｃｈｒｉｓｔｏｄｏｕｌｉｄｅｓら、１９９８）；サイトカイン療法、例えば、インターフェロンα、β、およびγ、ＩＬ－１、ＧＭ－ＣＳＦ、およびＴＮＦ（Ｂｕｋｏｗｓｋｉら、１９９８；Ｄａｖｉｄｓｏｎら、１９９８；Ｈｅｌｌｓｔｒａｎｄら、１９９８）；遺伝子療法、例えば、ＴＮＦ、ＩＬ－１、ＩＬ－２、およびｐ５３（Ｑｉｎら、１９９８；Ａｕｓｔｉｎ－ＷａｒｄおよびＶｉｌｌａｓｅｃａ、１９９８；米国特許第５，８３０，８８０号および同第５，８４６，９４５号）；ならびにモノクローナル抗体、例えば、抗ＣＤ２０、抗ガングリオシドＧＭ２、および抗ｐ１８５（Ｈｏｌｌａｎｄｅｒ、２０１２；Ｈａｎｉｂｕｃｈｉら、１９９８；米国特許第５，８２４，３１１号）が含まれる。１つ以上の抗がん療法が本明細書に記載の抗体療法と共に使用され得ることが企図される。

いくつかの実施形態では、免疫療法は、免疫チェックポイント阻害剤であり得る。免疫チェックポイントは、シグナル（例えば、共刺激分子）を強くするか、またはシグナルを弱くする。免疫チェックポイント妨害により標的とされ得る阻害性免疫チェックポイントは、アデノシンＡ２Ａ受容体（Ａ２ＡＲ）、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６としても知られている）、ＢおよびＴリンパ球減衰剤（ＢＴＬＡ）、細胞傷害性Ｔ－リンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ－４、ＣＤ１５２としても知られている）、インドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、キラー細胞免疫グロブリン（ＫＩＲ）、リンパ球活性化遺伝子－３（ＬＡＧ３）、プログラム死１（ＰＤ－１）、Ｔ細胞免疫グロブリンドメインおよびムチンドメイン３（ＴＩＭ－３）、ならびにＴ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制剤（ＶＩＳＴＡ）を含む。特に、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１系および／またはＣＴＬＡ－４を標的とする。

免疫チェックポイント阻害剤は、薬物、例えば、小分子、リガンドもしくは受容体の組換え形態であることができ、または特に、抗体、例えば、ヒト抗体（例えば、国際特許公報番号ＷＯ２０１５／０１６７１８；Ｐａｒｄｏｌｌ、Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ、１２（４）：２５２－６４、２０１２；両文献は参照により本明細書に取り込まれる）である。免疫チェックポイントタンパク質またはそのアナログの既知の阻害剤が用いられてもよく、特に、キメラ、ヒト化、またはヒト形態の抗体が用いられてもよい。当業者には、代替的および／または等価な名称が、本開示において言及された特定の抗体のために使用されてもよいことが分かるであろう。かかる代替的および／または等価な名称は、本明細書の文脈において互換的である。例えば、ランブロリズマブは、代替的および等価な名称としてＭＫ－３４７５およびペンブロリズマブとしても知られていることが知られている。

いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一態様では、ＰＤ－１リガンド結合パートナーは、ＰＤＬ１および／またはＰＤＬ２である。別の実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一態様では、ＰＤＬ１結合パートナーは、ＰＤ－１および／またはＢ７－１である。別の実施形態では、ＰＤＬ２結合アンタゴニストは、ＰＤＬ２のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一態様では、ＰＤＬ２結合パートナーは、ＰＤ－１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであり得る。例示的な抗体は、米国特許第８，７３５，５５３号、同第８，３５４，５０９号、および同第８，００８，４４９号に記載されており、これらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。本明細書にて提供される方法において使用するための他のＰＤ－１系アンタゴニストは、当技術分野において周知であり、例えば、米国特許出願公開第ＵＳ２０１４／０２９４８９８号、同第ＵＳ２０１４／０２２０２１号、および同第ＵＳ２０１１／０００８３６９号に記載されており、これらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびＣＴ－０１１からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合したＰＤＬ１またはＰＤＬ２の細胞外またはＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＡＭＰ－２２４である。ＭＤＸ－１１０６－０４、ＭＤＸ－１１０６、ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、およびＯＰＤＩＶＯ（登録商標）としても知られているニボルマブは、ＷＯ２００６／１２１１６８に記載されている抗ＰＤ－１抗体である。ＭＫ－３４７５、Ｍｅｒｃｋ３４７５、ランブロリズマブ、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）、およびＳＣＨ－９００４７５としても知られているペンブロリズマブは、ＷＯ２００９／１１４３３５に記載されている抗ＰＤ－１抗体である。ｈＢＡＴまたはｈＢＡＴ－１としても知られているＣＴ－０１１は、ＷＯ２００９／１０１６１１に記載されている抗ＰＤ－１抗体である。Ｂ７－ＤＣＩｇとしても知られているＡＭＰ－２２４は、ＷＯ２０１０／０２７８２７およびＷＯ２０１１／０６６３４２に記載されているＰＤＬ２－Ｆｃ融合可溶性受容体である。

本明細書において提供される方法において標的とされ得る別の免疫チェックポイントは、ＣＤ１５２としても知られている、細胞傷害性Ｔ－リンパ球－関連タンパク質４（ＣＴＬＡ－４）である。ヒトＣＴＬＡ－４の完全なｃＤＮＡ配列は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｌ１５００６を有する。ＣＴＬＡ－４は、Ｔ細胞の表面上で見出され、抗原－提示細胞の表面上のＣＤ８０またはＣＤ８６に結合されると、「オフ」スイッチとして作用する。ＣＴＬＡ４は、ヘルパーＴ細胞の表面上で発現され、阻害性シグナルをＴ細胞に伝達する、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。ＣＴＬＡ４は、Ｔ細胞共刺激タンパク質、ＣＤ２８に類似しており、両分子は、抗原－提示細胞上のそれぞれＢ７－１およびＢ７－２とも呼ばれるＣＤ８０およびＣＤ８６に結合する。ＣＴＬＡ４は、阻害性シグナルをＴ細胞に伝達し、一方で、ＣＤ２８は、刺激性シグナルを伝達する。細胞内ＣＴＬＡ４は、調節性Ｔ細胞においても見出され、それらの機能にとって重要であり得る。Ｔ細胞受容体およびＣＤ２８を介するＴ細胞活性化は、ＣＴＬＡ－４、Ｂ７分子についての阻害性受容体の発現増大に至る。

いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ－４抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、もしくはキメラ抗体）、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドである。

本方法において使用するのに好適な抗ヒトＣＴＬＡ－４抗体（またはそれらに由来するＶＨおよび／もしくはＶＬドメイン）は、当該分野において周知の方法を用いて作成することができる。あるいは、当該分野において認識される抗ＣＴＬＡ－４抗体を使用することができる。例えば、米国特許第８，１１９，１２９号；国際特許公報番号ＷＯ０１／１４４２４、同ＷＯ９８／４２７５２、および同ＷＯ００／３７５０４（ＣＰ６７５，２０６、トレメリムマブ；以前のチシリムマブとしても知られている）；米国特許第６，２０７，１５６号；Ｈｕｒｗｉｔｚら、１９９８；Ｃａｍａｃｈｏら、２００４；ならびにＭｏｋｙｒら、１９９８において開示された抗ＣＴＬＡ－４抗体を、本明細書において開示される方法において使用することができる。前記刊行物のそれぞれの教示内容は、参照により本明細書に組み込まれる。ＣＴＬＡ－４に対する結合について当該分野において認識されるこれらの抗体と競合する抗体を使用することもできる。例えば、ヒト化ＣＴＬＡ－４抗体は、国際特許出願番号２００１／０１４４２４、および同ＷＯ２０００／０３７５０４、および米国特許第８，０１７，１１４号に記載されており、これらの全ては、参照により本明細書に組み込まれる。

例示的な抗ＣＴＬＡ－４抗体は、イピリムマブ（１０Ｄ１、ＭＤＸ－０１０、ＭＤＸ－１０１、およびＹｅｒｖｏｙ（登録商標）としても知られている）またはその抗原結合断片およびバリアントである（例えば、ＷＯ０１／１４４２４を参照されたい）。他の実施形態では、抗体は、イピリムマブの重鎖および軽鎖ＣＤＲまたはＶＲを含む。したがって、一実施形態では、抗体は、イピリムマブのＶＨ領域のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３ドメイン、ならびにイピリムマブのＶＬ領域のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３ドメインを含む。別の実施形態では、抗体は、上記の抗体と同じＣＴＬＡ－４上のエピトープとの結合および／またはそれらへの結合について競合する。別の実施形態では、抗体は、上記の抗体と少なくとも約９０％の可変領域アミノ酸配列相同性（例えば、イピリムマブと少なくとも約９０％、９５％、または９９％の可変領域相同性）を有する。

ＣＴＬＡ－４を調節するための他の分子は、ＣＴＬＡ－４リガンドおよび受容体、例えば、米国特許第５，８４４，９０５号、同第５，８８５，７９６号、および国際特許出願番号ＷＯ１９９５／００１９９４および同ＷＯ１９９８／０４２７５２に記載のもの；全て参照により本明細書に取り込まれる、ならびにイムノアドヘシン、例えば、米国特許第８，３２９，８６７号に記載のもの、参照により本明細書の取り込まれる、を含む。

４．手術
がんを有する人の約６０％は、予防的、診断的または病期分類的、治療的、および緩和的手術を含む、ある種の手術を受ける。治療的手術は、がん組織の全てまたは一部が物理的に除去されるか、切除されるか、および／または破壊される切除術を含み、また他の治療法、例えば、本実施形態の治療、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、遺伝子療法、免疫療法、および／または代替的な治療法と併用することができる。腫瘍切除術は、腫瘍の少なくとも一部の物理的除去を指す。腫瘍切除術に加えて、手術による治療は、レーザー手術、冷凍外科手術、電気手術、および顕微鏡制御された手術（モース手術）を含む。

がん細胞、組織、または腫瘍の一部または全てを切除すると、体内に腔が形成される場合がある。治療は、さらなる抗がん療法を用いる領域の灌流、直接注入、または局所適用により成し遂げることができる。かかる治療は、例えば、１、２、３、４、５、６もしくは７日ごとに、または１、２、３、４および５週ごとに、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月ごとに繰り返すことができる。これらの治療は、用量を変化させたものであってもよい。

５．他の薬剤
治療の治療効果を改善するために本実施形態の特定の態様と組み合わせて他の薬剤を用いてもよいことが企図される。これらのさらなる薬剤には、細胞表面受容体およびＧＡＰジャンクションの上方制御に作用する薬剤、細胞増殖抑制剤および分化剤、細胞接着の阻害剤、過剰増殖細胞のアポトーシス誘導剤への感受性を増大させる薬剤、または他の生物学的薬剤が含まれる。ＧＡＰジャンクションの数を高めることによる細胞内シグナリングの増大は、隣接する過剰増殖細胞集団に対する抗過剰増殖効果を増大し得る。他の実施形態では、細胞増殖抑制剤または分化剤は、治療の抗過剰増殖効果を改善するために本実施形態の特定の態様と組み合わせて用いることができる。細胞接着の阻害剤は、本実施形態の効果を改善するために企図される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ（ＦＡＫ）阻害剤およびロバスタチンである。抗体ｃ２２５などの過剰増殖細胞のアポトーシスに対する感受性を増大させる他の薬剤が、治療効果を改善するために本実施形態の特定の態様と組み合わせて用いられ得ることがさらに企図される。

ＩＶ．キット
ＨＥＲ２エクソン２１変異、例えば、本明細書において開示されるもの等を検出するためのキットも、本開示の範囲の範囲内である。そのようなキットの一例は、エクソン２１変異に特異的なプライマーのセットを含み得る。キットはさらに、本明細書に記載される特定のＨＥＲ２エクソン２１変異の存在または不在を検出するためにプライマーを使用するための指示書を含み得る。キットはさらに、がん患者由来の試料における本明細書に記載のＨＥＲ２エクソン２１変異について陽性であると同定することが、チロシンキナーゼ阻害剤であるポジオチニブまたはアファチニブまたは構造的に類似する阻害剤に対する感受性の指標となることを示す、診断目的のための指示書を含み得る。キットはさらに、がん患者由来の試料における本明細書に記載のＨＥＲ２エクソン２１変異について陽性であると同定することが、患者がポジオチニブ、アファチニブ、または構造的に類似する阻害剤を用いて治療されるべきであることを示すことを示す、指示書を含み得る。

Ｖ．実施例
以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態を実証するために含まれる。当業者であれば、後に続く本実施例において開示された技術は、本発明の実施において十分に機能することが本発明者により見出された技術であり、それ故に、その実施のための好ましいモードを構成するものとして考慮することができる、ということを理解するべきである。しかし、当業者であれば、本開示に照らして、本明細書において開示された特定の実施形態において多数の変更を加えることができること、そして本発明の精神および範囲から逸脱することなく同様または類似する結果を依然として得ることができること、を理解するべきである。

実施例１－ＨＥＲ２エクソン２１変異を有するがん細胞に対する薬物の同定
ＨＥＲ２変異は膀胱、胃、および胆管のがんにおいて最も高い頻度で生じる：がんの種類間でのＨＥＲ２変異の多様性を理解するために、ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ、ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ、およびＦｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅからのコホート、ならびにＧｕａｒｄａｎｔ ＨｅａｌｔｈからのｃｆＤＮＡコホートを含む、複数のデータベースを照会した。全データベースにわたって、全ての非同義ＨＥＲ２変異を２５種類の異なるがんの種類の範囲内で分析した（表２）。ＨＥＲ２変異についての加重平均頻度を計算した。ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥデータベース（Ｍｅｒｉｃ－Ｂｅｒｎｓｔａｍ ｅｔ ａｌ，２０１８）で観察されたものと同様に、ＨＥＲ２変異は、膀胱（８．３％）、胆管（５．３％）、および胃（４．５％）のがんにおいて最も高い頻度で生じ（図１Ａ）；かつＨＥＲ２エクソン２０変異は、小腸（１．８％）、肺（１．５％）、および***（０．９％）のがんにおいて最も高い頻度で生じた（図１Ｂ）。

ＨＥＲ２変異はＨＥＲ２のチロシンキナーゼドメインにおいて最も高い頻度で生じ、かつ変異ホットスポットは悪性腫瘍ごとに異なる：次に、変異の頻度を、ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌおよびＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎで報告されたＨＥＲ２受容体のさまざま領域の範囲内で分析した。全てのがんの種類にわたって、ＨＥＲ２変異は、チロシンキナーゼドメイン（４６％）において最も高い頻度で生じ、それには、エクソン２０（２０％）、エクソン１９（１１％）、およびエクソン２１（９％）での変異が含まれた（図２Ａ）。加えて、細胞外ドメイン変異は３７％がＨＥＲ２変異で構成された。照会した全てのがんにわたって、最もよく見られるＨＥＲ２変異は、ｐ．Ｓ３１０Ｆ／Ｙ（１１．０％）、ｐ．Ｙ７７２＿Ａ７７５ｄｕｐＹＶＭＡ（５．７％）、ｐ．Ｌ７５５Ｐ／Ｓ（４．６％）、ｐ．Ｖ８４２Ｉ（４．４％）、およびｐ．Ｖ７７７Ｌ／Ｍ（４．０％）であった（図２Ｅ）。肺がんでは、ＨＥＲ２変異の大部分はエクソン２０内で生じ（４８％）、Ｙ７７２＿Ａ７７５ｄｕｐＹＶＭＡは全ＨＥＲ２変異の３４％を含んだ（図２Ｂ、２Ｆ）。乳がんでは、ＨＥＲ２変異の大部分はエクソン１９内で生じ（３７％）、Ｌ７５５変異がＨＥＲ２変異の２２％で最も高い保有率であった（図２Ｃ）。一方で、１つのバリアントが優勢であった肺がんとは異なり、乳がんでは、エクソン１９変異内により多くの変異多様性が存在した（図２Ｇ）。結腸直腸がんでは、ＨＥＲ２変異は、エクソン２１（２３％）および細胞外ドメイン（２３％）において最も高い頻度で生じ、エクソン２１におけるＶ８４２Ｉバリアントが最も高い保有率であった（１９％）（図２Ｄ、２Ｈ）。

Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡはがんの種類全てにわたって最もよく見られるＨＥＲ２エクソン２０挿入変異である：ＨＥＲ２エクソン２０変異は、ＨＥＲ２のチロシンキナーゼドメイン内で最もよく生じる変異であり（全ＨＥＲ２変異の１６％かつチロシンキナーゼドメイン変異の４３％）、ＨＥＲ２エクソン２０挿入変異は依然として臨床上の課題である。エクソン２０挿入の多様性および保有率を理解するために、ＨＥＲ２エクソン２０挿入配列の頻度を、ｃＢｉｏｐｏｒｔａｌデータベース、ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎデータベース、およびＧｕａｒｄａｎｔ Ｈｅａｌｔｈデータベースにおいてがんの種類ごとに分析した。Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ挿入は、全ＨＥＲ２エクソン２０挿入の７０％を含む最もよく見られるＨＥＲ２エクソン２０挿入であり、ｐ．Ｇ７７８ｄｕｐＧＳＰ（１４％）およびｐ．Ｇ７７６ｄｅｌ ｉｎｓＶＣ（９％）挿入は、２番目および３番目に高い頻度で生じた（図９Ａ）。ＮＳＣＬＣ（Ｎ＝３６２）におけるエクソン２０挿入変異はエクソン２０挿入変異の最大の多様性を示し（図９Ｂ）、乳がん（Ｎ＝３０）におけるエクソン２０挿入変異は、挿入配列の多様性はほとんど示さず、３種類の異なるバリアントのみが報告された（図９Ｃ）。その他のがんの種類では、さらなる挿入変異はわずかにしか認められず、Ｙ７７２およびＧ７７８での重複が分析した全てのがんの種類において最も高い頻度で生じた（図９Ｄ）。

頻繁に検出されるＨＥＲ２の変化は活性化変異である：よく見られるＨＥＲ２変異の機能的影響を評価するために、エクソン１９、２０、および２１間で最も頻繁に検出された１６個のＨＥＲ２変異をＢａ／Ｆ３細胞に安定して発現させた。試験した全１６個のＨＥＲ２変異は、Ｂａ／Ｆ３細胞のＩＬ－３非依存的な生存を誘導することが認められた（図３Ａ～Ｃ）。さらに、これら１６個のＨＥＲ２変異の発現は、リン酸化ＨＥＲ２の発現をもたらし（図１０Ａ）、これらの変異が受容体活性化をもたらすことを示した。

ポジオチニブは、試験した最も強力なＴＫＩであり、かつ最もよく見られるＨＥＲ２変異をインビトロで阻害した：最近の報告は、ＨＥＲ２変異体疾患の前臨床モデルにおける共有結合型のキナゾリンアミンベースのＴＫＩ（すなわち、アファチニブ、ダコミチニブ、ポジオチニブ、ネラチニブ）の有効性を強調しているが、アファチニブ、ダコミチニブ、およびネラチニブの臨床試験は低いＯＲＲ、ならびに患者アウトカムにおいてがん特異的な差異およびバリアント特異的な差異を有している。最もよく検出されるＨＥＲ２バリアント間での薬物感受性を体系的に評価するために、ＨＥＲ２変異体Ｂａ／Ｆ３細胞のパネルを、１１種類の共有結合型および非共有結合型のＥＧＦＲおよびＨＥＲ２ ＴＫＩに対してスクリーニングを行った。ＨＥＲ２変異体は、非共有結合型阻害剤、ラパチニブおよびサパチニブ（ｓａｐａｔｉｎｉｂ）に対して強力な耐性を示した（図４Ａ）。共有結合型ＴＫＩオシメルチニブ、イブルチニブ、およびナザルチニブは、エクソン２０変異を発現する細胞における細胞生存度を抑制するのに有効ではなかった；しかしながら、これらのＴＫＩは、Ｄ７６９バリアントを発現する細胞に対しては活性を示した（図４Ａ）。比較して、共有結合型のキナゾリンアミンベースのＴＫＩ、アファチニブ、ネラチニブ、ダコミチニブ、タルロキソチニブ－ＴＫＩ、およびポジオチニブは、３つのエクソン全てにわたってＨＥＲ２変異体に対する阻害性の活性を有した（図４Ａ）。試験した全てのＨＥＲ２変異バリアントおよびＴＫＩの間で、ポジオチニブが最も低い平均ＩＣ_５０を有し、かつアファチニブ、ネラチニブ、またはタルロキソチニブ－ＴＫＩより細胞生存度を低下させるのに有意に効果的であった（図４Ｂ）。加えて、ポジオチニブは、ＨＥＲ２エクソン１９および２０変異に対してアファチニブ、ネラチニブ、またはタルロキソチニブ－ＴＫＩのいずれかより有意に有効であったが、エクソン２１変異体に対する平均ＩＣ_５０には有意差はなく（図４Ｃ～Ｅ）、変異位置が薬物結合に影響を与えることを示唆した。さらに、エクソン１９内のＬ７５５ＳおよびＬ７５５Ｐバリアントは、試験したＴＫＩ全てにわたって薬物感受性において有意差を有し（図４Ｆ）、この部位での特定のアミノ酸変化が薬物結合親和性に影響を与えたことを示した。

ＨＥＲ２変異の位置およびアミノ酸変化は薬物結合親和性に影響を及ぼす：変異の位置およびアミノ酸変化がどのように薬物結合親和性および抑制効果に影響を及ぼすことができるかをさらに理解するために、分子動力学シミュレーションを用いて、これらの変異がＨＥＲ２キナーゼドメインの構造およびダイナミクスにどのように影響を及ぼすかを調べた。Ｌ７５５Ｓ、Ｌ７５５Ｐ、Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ、およびＶ７７７Ｌ ＨＥＲ２変異体の分子モデル（図１１Ａ）を、鋳型として公的に入手可能であるＸ線構造（ＰＤＢ ３ＰＰ０）を使用して構築し、加速分子動力学に供し、タンパク質立体構造サンプリングを増やした。特にＰ－ループおよびα－Ｃ－ヘリックス位置に関する、サンプリングしたタンパク質立体構造の範囲は、これらのＨＥＲ２変異体間で異なっていた。エクソン２０変異間ですら、特にα－Ｃ－ヘリックス領域において、差は明白であり、α－Ｃ－ヘリックスの立体構造の持続が「イン」（より小さな結合ポケットを有する活性な立体構造）と「アウト」（より大きな結合ポケットを有する不活性な立体構造）との間で異なっていた。Ｖ７７７Ｌ変異体は「アウト」の立体構造を多数サンプリングした一方で、Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ変異体は「イン」と「アウト」の両方の立体構造をサンプリングした（図５Ａ）。全体的に見て、これらの立体構造状態の差は、Ｖ７７７Ｌ変異体より１０倍を上回る頻度で「イン」の立体構造（図５Ｂ）で存在するＹ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ変異体、および平均して、Ｖ７７７Ｌと比較してＹ７７２ｄｕｐＹＶＭＡでのより小さな結合ポケット（図５Ｃおよび１１Ｂ）をもたらした。加えて、ネラチニブはα－Ｃ－ヘリックスに向けて方向づけられたピリジル環を含むことから、Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡのより小さな結合ポケットは、Ｖ７７７Ｌと比較してＹ７７２ｄｕｐＹＶＭＡに対するネラチニブの効力を弱める原因になる可能性がある。

ＨＥＲ２変異体結合ポケット体積のさらなる分析（図１０Ｂ）は、同じ残基での変異がタンパク質立体構造に対して劇的に異なる作用を有し得ることを実証した。具体的には、Ｌ７５５Ｐ変異のプロリン残基は、水素結合ドナーを欠いており、それぞれＬ７５５とＶ７９０との間のβ３鎖とβ５鎖との間の骨格水素結合を破壊する。これらの２本のβ鎖間の安定化の欠如は、β－シートの不安定化およびキナーゼヒンジ領域における構造的再配列をもたらした（図５Ｄ）。具体的には、Ｌ７５５ＰのＬ８００残基が活性部位内に突出し、ポケットサイズを大幅に低下させた。β３鎖立体構造の変化はまた、Ｐ－ループを内向きに崩壊させ、ポケット体積をさらに低下させ、多くのＴＫＩに対するこの変異体の感受性をより低下させた。さらに、ヒンジ可動性の変化はまた、キナーゼ活性化において役割を果たす可能性がある。Ｌ７５５Ｐ変異体立体構造のこれらの明らかな変化は、Ｌ７５５Ｓ変異体の挙動と対照的であり、野生型ＨＥＲ２により類似している立体構造とポケット体積プロファイルを有した（図１１Ｂ）。

ＨＥＲ２変異体ヒトがん細胞株はポジオチニブに対して増強された感受性を示した：ＨＥＲ２阻害剤を試験した臨床研究によって、がんの種類特異的な薬物感受性の差が明らかにされている（Ｈｙｍａｎ ｅｔ ａｌ，２０１８）。共有結合型のキナゾリンアミンベースのＴＫＩがＨＥＲ２変異体疾患のモデルにおいて活性を有するかどうかを判定するために、ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２ ＴＫＩのパネルをヒトがん細胞株において試験した。前腫瘍性ＭＣＦ１０Ａ乳腺上皮細胞にＨＥＲ２エクソン２０変異をトランスフェクトし、１２種類のＥＧＦＲ／ＨＥＲ２ ＴＫＩに対する感受性をインビトロで評価した。Ｇ７７６ｄｅｌ ｉｎｓＶＣ、Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ、またはＧ７７８ｄｕｐＧＳＰ ＨＥＲ２変異を発現するＭＣＦ１０Ａ細胞はポジオチニブに対して最も感受性を有し、それぞれ１２ｎＭ、８．３ｎＭ、および４．５ｎＭのＩＣ_５０値であった（図６Ａ～Ｃ）。比較して、タルロキソチニブ－ＴＫＩおよびネラチニブはそれぞれ、２１ｎＭおよび１５０ｎＭの平均ＩＣ_５０値を生じ（図６Ａ～Ｃ）、ポジオチニブは、タルロキソチニブ－ＴＫＩおよびネラチニブよりそれぞれ２．６倍および１９倍超強力であることを示した（ｐ＜０．００１）。さらに、ポジオチニブおよびネラチニブによるＭＣＦ１０Ａ ＨＥＲ２ Ｇ７７６ｄｅｌｉｎｓＶＣ細胞のウエスタンブロッティングは、ポジオチニブは１０ｎＭでｐ－ＨＥＲ２を完全に抑制するが、ネラチニブはそうではないことを示した（図１２Ａ）。野生型（ＷＴ）ＨＥＲ２は、Ｂａ／Ｆ３細胞をＩＬ－３非依存的に成長するように形質転換しないことから、ＭＣＦ１０Ａ細胞を用いて、ＷＴ ＨＥＲ２と比較した変異体ＨＥＲ２についてのＴＫＩの選択性を判定した。この目的のために、選択性インデックス（ＳＩ、ＩＣ_５０値 変異体／ ＩＣ_５０値 ＷＴ）を各阻害剤について計算し、ポジオチニブがＭＣＦ１０Ａ細胞株において試験した最も変異体選択的なＴＫＩ（ＳＩ＝０．０２８）であり、ピロチニブ（ＳＩ＝０．０６３）およびタルロキソチニブ－ＴＫＩ（ＳＩ＝０．１１１）がそれに続くことが認められた（図６Ｄ）。Ｂａ／Ｆ３細胞を用いて得られたデータ（図３Ｃ）と一致して、ＨＥＲ２エクソン１９変異体結腸直腸がんのモデル（ＣＷ－２）において、ポジオチニブ、タルロキソチニブ－ＴＫＩ、およびネラチニブ間の感受性の差はあまり劇的ではないが、有意であり（ｐ＝０．０２およびｐ＝０．０００４）、それぞれ３．１９ｎＭ、４．２４ｎＭ、および６８．８ｎＭの平均ＩＣ_５０値であった（図６Ｅ）。さらに、ＣＷ－２結腸直腸細胞の異種移植片マウスモデルでは、２１日目に、ポジオチニブ（５ｍｇ／ｋｇ）で処置した動物は、ビヒクル処置群と比較して腫瘍体積で５８％の低減を示していた（ｐ＝０．０１１）。これと比較して、ネラチニブ（３０ｍｇ／ｋｇ）で処置した動物は、ビヒクル対照と比較して増加した腫瘍体積（２８％）を示し（ｐ＝０．０２３）、かつアファチニブ（２０ｍｇ／ｋｇ）処置は、ビヒクル対照と比較して腫瘍成長に有意な影響を及ぼさなかった（図６Ｆ、１３）。

ポジオチニブはＨＥＲ２変異を有するＮＳＣＬＣ患者において抗腫瘍活性を有する：これらの前臨床データおよびエクソン２０変異に対する以前に発表された研究（Ｒｏｂｉｃｈａｕｘ ｅｔ ａｌ，２０１８）に基づき、ＥＧＦＲおよびＨＥＲ２エクソン２０変異体ＮＳＣＬＣにおけるポジオチニブの医師主導型第ＩＩ相臨床試験（ＮＣＴ０３０６６２０６）を開始した。進行、死亡、または脱落まで、患者を毎日経口でのポジオチニブ１６ｍｇにより処置した。客観的奏効をＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に基づき８週毎に評価した。ＨＥＲ２エクソン２０挿入変異を保有する最初の１２名の評価可能な患者のうち、６／１２（５０％）の患者は部分奏効（ＰＲ）の最良効果を有した。この奏効は、２ヶ月後に連続スキャンによって５／１２で確認された（確定客観的奏効率、４２％）（図７Ａ）。これらの１２名の患者のうち、２名の患者は、最初の効果判定時に進行（ＰＤ）を有し、８３％の病勢コントロール率（ＤＣＲ）が得られた。２０１８年１２月の時点で、１２名の患者のうち１０名が継続中であり、最初の１２名の患者の中央値ＰＦＳは５．６ヶ月であった（図７Ｂ）。これまで、この試験に含まれる全ての患者は、２つの最もよく見られるＨＥＲ２エクソン２０挿入、Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡおよびＧ７７８ｄｕｐＧＳＰのうち一方を保有した（図７Ａ）。Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ変異を有する１名のＮＳＣＬＣ患者の処置前および処置後（８週）の代表的な画像は、右肺において強い腫瘍の縮小を示した（図７Ｃ）。前治療歴の数を含む患者特性は表３に認められる。加えて、ＨＥＲ２エクソン１９点変異、Ｌ７５５を保有する１名の多数の前処置を受けたＮＳＣＬＣ患者は、コンパッショネートケア使用プロトコール（Ｃ－ＩＮＤ１８－００１４）で処置された。患者は毎日１６ｍｇポジオチニブで処置され、４週で腫瘍の縮小を有した（図７Ｄ、白枠）。患者は、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に準拠する安定（ＳＤ）（標的病変での－１２％減少）を有した。患者は、明らかな疾患進行が画像化され、ポジオチニブが中止されるまで、７ヶ月超にわたり病勢コントロールを有しポジオチニブを続けた。患者は、ポジオチニブ処置の最後に臨床的に良好であり、続けてさらなる全身治療を受けた。

ポジオチニブとＴ－ＤＭ１処置との組み合わせは抗腫瘍活性を増強する：ＨＥＲ２陽性乳がんモデルにおけるＨＥＲ２ ＴＫＩラパチニブおよびＥＧＦＲ変異体ＮＳＣＬＣモデルにおけるＥＧＦＲ阻害剤の以前の試験は、ＴＫＩ処置が細胞表面上での受容体蓄積の増加をもたらすこと、および増加した細胞表面ＨＥＲ２／ＥＧＦＲが抗体依存性細胞障害（ＡＤＣＣ）に対する感受性を増加させることを示している。ポジオチニブ処置が細胞表面上の総ＨＥＲ２受容体発現を増加させるかどうかを判定するために、細胞表面ＨＥＲ２発現を、低用量ポジオチニブ処置の２４時間後にＦＡＣＳにより分析した。平均して、ポジオチニブ処置が細胞表面ＨＥＲ２発現を２倍増加させる（図８Ａ、ｐ＜０．０００１）ことが認められた。次に、ポジオチニブとＴ－ＤＭ１との組み合わせが細胞生存度をインビトロで低減させ得るかどうかを試験した、Ｔ－ＤＭ１単独はＭＣＦ１０Ａ ＨＥＲ２変異体細胞株の生存度を抑制しなかったが、Ｔ－ＤＭ１とポジオチニブとの組み合わせは、用量依存的にいずれかの作用物質単独より有意に低いＩＣ_５０値をもたらしたことが認められた（図８Ｂ）。これらの知見をインビボで検証するために、低用量のポジオチニブと単回用量のＴ－ＤＭ１との組み合わせをＨＥＲ２変異体ＮＳＣＬＣ ＰＤＸモデル、ＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡで試験した（図８Ｃ）。治療に対する反応を評価するために、最良効果からの腫瘍倍加までの時間として定義される、無増悪生存期間（ＰＦＳ）を決定した。ビヒクル対照を受けたマウスは、３日の中央値ＰＦＳ（ｍＰＦＳ）を有したのに対して、低用量のポジオチニブまたはＴ－ＤＭ１を受けたマウスはそれぞれ、１５日および２７日のｍＰＦＳを有した。しかしながら、低用量ポジオチニブとの組み合わせでの単回用量のＴ－ＤＭ１を受けた（１４／２０）マウスは、４５日目に無腫瘍状態のままであった（図８Ｄ）。さらに、最良効果の時点、１５日目に、低用量ポジオチニブ（２．５ｍｇ／ｋｇ）と単回用量のＴ－ＤＭ１（１０ｍｇ／ｋｇ）の組み合わせは、Ｔ－ＤＭ１単独を受けた２／９マウスまたは低用量ポジオチニブを受けた０／１２マウスと比較して、２０／２０マウス（１００％）で完全な腫瘍の退縮をもたらした（図８Ｃ～Ｆ）。３０日目までに、腫瘍成長はＴ－ＤＭ１単独を受けた全てのマウスで始まったが；しかしながら、組み合わせ処置を受けた１４／２０マウスでは、腫瘍再発生のエビデンスはなかった（図８Ｆ、Ｇ）。

本明細書において、ＨＥＲ２変異はさまざまな腫瘍型で生じるが、特異的変異ホットスポットは悪性腫瘍ごとに異なっていることを報告する。さらに、ＨＥＲ２ ＴＫＩに対する感受性は、変異位置間で不均一であり、ＨＥＲ２エクソン２０挿入およびＬ７５５Ｐ変異は、おそらく薬物結合ポケットの体積の低減のために、ＨＥＲ２ ＴＫＩの大部分に対して耐性を有する。さらに、ポジオチニブは、ＨＥＲ２エクソン２０挿入およびＬ７５５Ｐ変異を有するＮＳＣＬＣ患者において臨床的有効性を有する強力な汎ＨＥＲ２変異体選択的阻害剤として特定された。最後に、ポジオチニブ処置は細胞表面上でのＨＥＲ２の蓄積を誘導すること、およびポジオチニブとＴ－ＤＭ１処置との組み合わせがインビトロおよびインビボでの抗腫瘍活性を増強させることを確立した。

汎がん分析は、ＨＥＲ２変異ホットスポットは、がんの種類ごとに異なっており、かつインビトロでＨＥＲ２ ＴＫＩに対して異なる感受性を有し、臨床的有効性に影響を及ぼす可能性があることを示している。ＳＵＭＭＩＴ試験では、ネラチニブは、乳がん患者において最も高い有効性を生じ、応答者の大部分がＬ７５５Ｓ、Ｖ７７７Ｌ、またはＬ８６９Ｒ変異について陽性であった。インビトロでのＢａ／Ｆ３薬物スクリーニングでは、これらの変異は低ＩＣ_５０値と相関した。これに対して、結腸直腸がんを有する患者はネラチニブに反応しなかった。この臨床的観察と一致して、Ｖ８４２Ｉ変異は結腸直腸がんの症例で最もよく見られるＨＥＲ２変異であり、この特異的変異は薬物スクリーニングアッセイにおいてネラチニブに対して感受性を有さなかったことが認められた。これらのデータは、悪性腫瘍間での異なるＴＫＩ感受性が、一部において、がん特異的変異ホットスポットによって説明され、薬物感受性に直接影響を及ぼす可能性があることを示唆する。しかしながら、ＨＥＲ２変異の分布が腫瘍型ごとに異なっている理由、およびある特定の変異が異なる腫瘍型でも類似の薬物応答を生じるかどうかについて、重大な問題が残っている。ＳＵＭＭＩＴ試験からのデータは、特定のエクソン２０挿入は乳がん患者におけるネラチニブ感受性と関連したものの、これらの同一の変異は、全ての他のがんの種類では耐性と関連していることを示し、さらなる調査に値する感受性のこれらの腫瘍型特異的な差の根底にある潜在的なメカニズムが存在し得ることを示した。

エクソン２０挿入変異およびエクソン１９ Ｌ７５５Ｐ変異は、ほとんどのＨＥＲ２ ＴＫＩに対して耐性を有する。インビトロでの薬物スクリーニングは、エクソン２０挿入変異およびＬ７５５Ｐ変異が、試験した各ＴＫＩで最も高いＩＣ_５０値を有したことを示した。分子動力学シミュレーションによって、これらの変異が、薬物結合ポケットの全体のサイズおよび可動性に影響を及ぼす立体構造の変化を誘導することが明らかにされた。まとめると、これらのインビトロおよびインシリコでの知見は、ＨＥＲ２エクソン２０挿入変異を有する患者は歴史的にＴＫＩに対する反応が乏しかったという臨床的観察と一致する。エクソン２０挿入が高い頻度で生じる肺がんでは、ＨＥＲ２エクソン２０挿入変異を保有する患者は、ネラチニブ、ダコミチニブ、およびアファチニブに対してそれぞれ、０％、１１．５％、および１８．２％～１８．８％の奏効率を有した。さらに、Ｌ７５５Ｓ変異はネラチニブに対して反応することが示されている一方で、Ｌ７５５Ｐ変異は、ＴＫＩおよび抗体－薬物コンジュゲートの両方に対して強い耐性を有する。

実施例２－材料および方法
ＨＥＲ２変異保有率およびバリアント頻度の分析：ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ、ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、またはＧｕａｒｄａｎｔ Ｈｅａｌｔｈからのデータベースで報告された各ＨＥＲ２変異の頻度を決定するために、各データベースを個別に照会し、次いで、頻度を各データベースにおける患者の総数によって加重し、加重平均として報告する。ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌにおけるがんの種類間でのＨＥＲ２変異の頻度を決定するために、全非重複（ａｌｌ ｎｏｎ－ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ）試験を選択し、エクスポートした。重複（ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ）試験では、最大のデータセットのみを用いた。ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ ＣｅｎｔｅｒでのＨＥＲ２変異頻度を決定するために、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙデータベースを、がんの種類に非依存的に全てのＨＥＲ２変異について照会した。Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ＭｅｄｉｃｉｎｅからのＨＥＲ２エクソン２０変異の頻度を決定するために、ＨＥＲ２欠失、フレームシフト、挿入、および点変異を有する患者の数の非特定化されたデータを表にし、５つ未満の変異を有するがんの種類を除外した。最後に、Ｇｕａｒｄａｎｔ ＨｅａｌｔｈでのＨＥＲ２エクソン２０変異の頻度を決定するために、Ｇｕａｒｄａｎｔ３６０臨床データベースを、ＥＲＢＢ２エクソン２０変異を有する２０１５年１０月から２０１８年５月の間に試験した試料（７０から７３遺伝子パネル）について照会した。Ｇｕａｒｄａｎｔ３６０（登録商標）は、７３種類までの遺伝子におけるＳＮＶ、ｉｎｄｅｌ、融合、およびＳＮＶを報告する、ＣＬＩＡ認証を受けたＣＡＰ／ＮＹＳＤＯＨ認可の網羅的ｃｆＤＮＡ ＮＧＳ検査である。次いで、Ｏｄｅｇａａｒｄ ｅｔ ａｌ ２０１８で報告されたように、Ｇｕａｒｄａｎｔ Ｈｅａｌｔｈから報告された頻度を正規化し、臨床的感度を補正した。具体的には、頻度をパーセント臨床的感度、８５．９％で除算した。

Ｂａ／Ｆ３細胞株作製およびＩＬ－３欠乏：Ｂａ／Ｆ３細胞株を以前に記載されている（Ｒｏｂｉｃｈａｕｘ ｅｔ ａｌ，２０１８）ように確立した。簡単に説明すると、１２時間にわたるＢａ／Ｆ３細胞株のレトロウイルス形質導入によって、安定Ｂａ／Ｆ３細胞株を作製した。リポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて、表１に要約したｐＢａｂｅ－Ｐｕｒｏベースのベクター（ＡｄｄｇｅｎｅおよびＢｉｏｉｎｎｏｖａｔｉｓｅ）をＰｈｏｅｎｉｘ ２９３Ｔ－ａｍｐｈｏ細胞（Ｏｒｂｉｇｅｎ）にトランスフェクトすることによって、レトロウイルスを作製した。形質導入の３日後に、２μｇ／ｍｌピューロマイシン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をＲＰＭＩ培地に添加した。５日間の選択の後、細胞をＦＩＴＣ－ＨＥＲ２（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）で染色し、ＦＡＣＳにより選別した。次いで、ＩＬ－３の非存在下で細胞株を２週間増殖させ、Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏアッセイ（Ｐｒｏｇｅｍａ）を用いて３日毎に細胞生存度を評価した。結果として得られた安定細胞株を、ＩＬ－３を含まない１０％ＦＢＳ含有ＲＰＭＩ－１６４０培地中で維持した。

細胞生存度アッセイおよびＩＣ_５０推定：以前に記載された（Ｒｏｂｉｃｈａｕｘ ｅｔ ａｌ，２０１８）ように、Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて細胞生存度を測定した。簡単に説明すると、３８４ウェルプレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ）に、１ウェルあたり２０００～３０００個の細胞を技術的に三連で播種した。細胞を、１ウェルあたり４０μＬの最終体積で７種類の異なる濃度のチロシンキナーゼ阻害剤またはビヒクル単独で処理した。３日後、１１μＬのＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏを各ウェルに添加した。プレートを１５分間振とうし、ＦＬＵＯｓｔａｒ ＯＰＴＩＭＡマルチモードマイクロプレートリーダー（ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ）を用いて、生物発光を測定した。生物発光の値をＤＭＳＯ処理細胞に対して正規化し、正規化した値を、可変傾斜を用いる正規化データに対する非線形回帰フィットを用いてＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍにてプロットした。ＩＣ_５０値を５０％阻害でＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍにより計算した。

リン酸化ＨＥＲ２および総ＨＥＲ２についてのＥＬＩＳＡならびにＩＣ５０値との相関関係：上記に記載される親Ｂａ／Ｆ３細胞株およびＨＥＲ２変異を発現するＢａ／Ｆ３細胞株の各々から、タンパク質を回収した。５μｇ／ｍｌのタンパク質を各ＥＬＩＳＡプレートに添加し、リン酸化ＨＥＲ２（Ｃｅｌｌ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃７９６８）および総ＨＥＲ２（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃７３１０）について製造元の指示書に記載されているようにＥＳＬＩＳＡを実施した。ＥＬＩＳＡにより決定された総ＨＥＲ２に対するｐ－ＨＥＲ２の比率を得ることによって、相対的ｐ－ＨＥＲ２発現を測定した。相対的ｐ－ＨＥＲ２比率を、上記のように計算したポジオチニブＩＣ５０値に対してプロットした。ピアソン相関係数およびｐ値をＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍによって決定した。

チロシンキナーゼ阻害剤およびＴ－ＤＭ１：ＭｅｄＣｈｅｍ Ｅｘｐｒｅｓｓから購入したＥＧＦ８１６およびピロチニブを除いて、全ての阻害剤をＳｅｌｌｅｃｋ Ｃｈｅｍｉｃａｌから購入した。全ての阻害剤をＤＭＳＯで１０ｍＭの濃度にて溶解し、－８０℃で貯蔵した。阻害剤は、２回の凍結融解サイクルの後には廃棄されるように制限した。Ｔ－ＤＭ１は、Ｍ．Ｄ．Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒの施設内薬局から購入し、再構成した。

分子動力学シミュレーション：ＨＥＲ２変異体のタンパク質構造モデルを、ＭＯＥコンピュータプログラム（Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ）を用いて、インシリコ変異をＰＤＢ ３ＰＰ０ Ｘ線構造に導入することによって構築した。ＮＡＭＤシミュレーションパッケージを用いて、古典および加速分子動力学シミュレーションを実施した。さらなる詳細を補足情報（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）欄において提供する。

ヒト細胞株：ＭＣＦ１０Ａ細胞をＡＴＣＣから購入し、１％ペニシリン／ストレプトマイシン、５％ウマ血清（ｓｉｇｍａ）、２０ｎｇ／ｍｌ ＥＧＦ、０．５ｍｇ／ｍｌヒドロコルチゾン、および１０μｇ／ｍｌインスリンを追加したＤＭＥＭ／Ｆ１２培地で培養した。レトロウイルス形質導入によって、安定発現細胞株を作出し、リポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて表１に要約したｐＢａｂｅ－Ｐｕｒｏベースのベクター（Ａｄｄｇｅｎｅ ａｎｄ Ｂｉｏｉｎｎｏｖａｔｉｓｅ）をＰｈｏｅｎｉｘ ２９３Ｔ－ａｍｐｈｏ細胞（Ｏｒｂｉｇｅｎ）にトランスフェクトすることによって、レトロウイルスを作製した。形質導入の２日後、０．５μｇ／ｍｌピューロマイシン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をＲＰＭＩ培地に添加した。１４日間の選択の後、細胞を上記のような細胞生存度アッセイで試験した。ＣＷ－２細胞はＭＴＡ下でＲｉｋｅｎ細胞株データベースによって提供され、１０％ＦＢＳおよび１％ペニシリン／ストレプトマイシンを含むＲＰＭＩ中で維持された。

インビボ異種移植片試験：ＣＷ－２細胞株異種移植片を、５０％マトリゲル中の１×１０^６個の細胞を６週齢のメスｎｕ／ｎｕヌードマウスに注入することによって、作出した。腫瘍が３５０ｍｍ^３に達したら、マウスを４群：２０ｍｇ／ｋｇアファチニブ、５ｍｇ／ｋｇポジオチニブ、３０ｍｇ／ｋｇネラチニブ、またはビヒクル対照（ｄＨ_２Ｏ中に、０．５％メチルセルロール、２％Ｔｗｅｅｎ－８０）に無作為化した。腫瘍体積を週に３回測定した。マウスは月曜日～金曜日（週に５日）薬物を受けたが、水曜日に投与を始め、最初の３日の投与後に２日の休薬日を与えた。

Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡ ＰＤＸマウスをＪａｘ Ｌａｂｓから購入した（Ｍｏｄｅｌ＃ＴＭ０１４４６）。ＨＥＲ２ Ｙ７７２ｄｕｐＹＶＭＡを発現する腫瘍由来の断片を、５～６週齢のメスＮＳＧマウス（Ｊａｘ Ｌａｂｓ ＃００５５５７）に接種した。マウスを週に３回測定し、腫瘍が２００～３００ｍｍ^３の体積に達したら、マウスを以下の４つの処置群に無作為化した：ビヒクル対照（ｄＨ_２Ｏ中に、０．５％メチルセルロール、０．０５％Ｔｗｅｅｎ－８０）、２．５ｍｇ／ｋｇポジオチニブ、１０ｍｇ／ｋｇ Ｔ－ＤＭ１、または２．５ｍｇ／ｋｇポジオチニブと１０ｍｇ／ｋｇ Ｔ－ＤＭ１との組み合わせ。腫瘍体積および体重を週に３回測定した。２．５ｍｇ／ｋｇポジオチニブで処置されるマウスは、薬物を月曜日～金曜日（週に５日）に経口で受けた。１０ｍｇ／ｋｇ Ｔ－ＤＭ１で処置されるマウスは、無作為化の日にＴ－ＤＭ１の１回の静脈内（ＩＶ）投与を受けた。ポジオチニブとＴ－ＤＭ１との組み合わせで処置されるマウスは、Ｔ－ＤＭ１の１回ＩＶ投与を受け、Ｔ－ＤＭ１の投与の３日後に、週に５日２．５ｍｇ／ｋｇポジオチニブを開始した。マウスの体重が１０％を上回って低下するか、または２０グラム未満に低下した場合には、マウスに投与の休みを与えた。無増悪生存期間は、２回の連続する測定での最良奏効から腫瘍倍加までとして定義された。完全退縮は、腫瘍量の９５％を上回る減少として定義され、完全退縮を伴うマウスでは、腫瘍倍加は、３回以上の連続する測定で７５ｍｍ^３を上回ると定義された。実験は、Ｇｏｏｄ Ａｎｉｍａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅｓにしたがって、ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ（Ｈｏｕｓｔｏｎ、ＴＸ）の承認を得て、完了した。

（表１）安定細胞株を作製するために用いられるベクター

（表２）データベース全体でのがんの種類ごとの患者の総数

（表３）患者特性および前治療歴の数

ＦＡＣＳ：ＨＥＲ２変異を過剰発現するＭＣＦ１０Ａ細胞を６ウェルプレート中に一晩播種し、次いで、１０ｎＭポジオチニブで処理した。２４時間後、細胞をＰＢＳで２回洗浄し、トリプシン処理した。次いで、細胞をＰＢＳ中０．５％のＦＢＳで再懸濁し、Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ（＃３２４４０４）からの抗ＨＥＲ２－ＦＩＴＣ抗体により氷上で４５分間染色した。細胞をＰＢＳ中０．５％ＦＢＳで２回洗浄し、フローサイトメトリーにより分析した。ＩｇＧおよび未染色対照をゲーティングに用いた。

ウエスタンブロッティング：ウエスタンブロッティングのために、細胞をＰＢＳで洗浄し、ＲＩＰＰＡ溶解バッファー（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）およびプロテアーゼ阻害剤カクテル錠（Ｒｏｃｈｅ）で溶解した。タンパク質（３０～４０μｇ）を、ＢｉｏＲａｄから購入したゲルにロードした。ＢｉｏＲａｄセミドライトランスファーを用い、次いで、ｐＨＥＲ２、ＨＥＲ２、ｐＰＩ３Ｋ、ＰＩ３Ｋ、ｐ－ＡＫＴ、ＡＫＴ、ｐ－ＥＲＫ１／２、およびＥＲＫ１／２（１：１０００；Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）に対する抗体を用いてプローブした。ブロットを、ローディング対照としてビンクリンまたはβ－アクチンに対する抗体（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）でプローブし、ＥＣＬウエスタンブロッティング基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて曝露した。

ＨＥＲ２発現レベルおよびＢａ／Ｆ３変異体ＩＣ５０との相関性：タンパク質をＢａ／Ｆ細胞株から回収し、総ＨＥＲ２について製造元の指示書により記載されるようにＥＬＩＳＡを実施した（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ，＃７３１０）。ＥＬＩＳＡにより測定された相対的発現を、上記のように計算されたＩＣ５０値に対してプロットした。ピアソン相関係数およびｐ値をＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍによって決定した。

臨床試験およびＣＩＮＤ識別番号：患者は、コンパッショネート使用プロトコール（ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ ＣＩＮＤ－１８－００１４）または臨床試験ＮＣＴ０３０６６２０６のいずれかでのポジオチニブによる処置に対する書面でのインフォームドコンセントを提出した。プロトコールはＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ施設内審査委員会およびアメリカ食品医薬品局（Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）の両方により認可を受けている。

本明細書において開示され、特許請求される方法の全ては、本開示に照らして、過度の実験を行うことなく、構築および実施することができる。本発明の組成物および方法は、好ましい実施形態に関連して説明されてきたが、当業者には、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書において記載された方法および工程、または方法の工程の順序に変更が適用されてもよいことが、明らかであろう。より具体的には、化学的および生理的に関連する特定の薬剤が本明細書に記載の薬剤の代わりに用いられてもよく、それらが同じまたは同様の結果に到達し得ることは、明らかであろう。当業者には明らかである全てのかかる同様の置換および修飾は、添付の特許請求の範囲により定義される本発明の精神、範囲、および概念の範囲内であるとみなされる。

参考文献
以下の参考文献は、本明細書に示された参考文献を補足する例示的な手順的なまたは他の詳細を提供するものであり、参照により本明細書に具体的に取り込まれる。

Claims (59)

1. 対象においてがんを治療する方法であって、有効量のポジオチニブを該対象に投与する工程を含み、該対象が１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定されている、該方法。
2. 前記ポジオチニブがポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される、請求項１記載の方法。
3. 前記ポジオチニブ塩酸塩が錠剤として製剤化される、請求項２記載の方法。
4. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が、アミノ酸８３２～８８３に点変異、挿入、および／または１～１８個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項１～３のいずれか一項記載の方法。
5. 前記対象が、２つ、３つ、または４つのＨＥＲエクソン２１変異を有すると判定されている、請求項１～４のいずれか一項記載の方法。
6. 前記対象がチロシンキナーゼ阻害剤を以前に投与されたことがある、請求項１～５のいずれか一項記載の方法。
7. 前記対象が、以前に投与された前記チロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性を有する、請求項６記載の方法。
8. 前記チロシンキナーゼ阻害剤が、ラパチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、またはベラチニブ（ｂｅｒａｔｉｎｉｂ）である、請求項７記載の方法。
9. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が、Ｖ８４２、Ｒ８６８、およびＬ８６９からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する、請求項４記載の方法。
10. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が残基Ｖ８４２および／またはＲ８６８に存在する、請求項４記載の方法。
11. 前記対象が、残基Ｃ７９７にＥＧＦＲ変異を有さないと判定されている、請求項１～１０のいずれか一項記載の方法。
12. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が、Ｖ８４２Ｉ、Ｒ８６８Ｗ、およびＬ８６９Ｒからなる群より選択される、請求項１～１１のいずれか一項記載の方法。
13. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異がＶ８４２Ｉおよび／またはＲ８６８Ｗである、請求項１～１２のいずれか一項記載の方法。
14. 患者由来のゲノム試料を分析することにより前記対象がＨＥＲ２エクソン２１変異を有すると判定された、請求項１～１３のいずれか一項記載の方法。
15. 前記ゲノム試料が、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される、請求項１５記載の方法。
16. ＨＥＲ２エクソン２１変異の存在が核酸配列決定またはＰＣＲ分析によって判定される、請求項１～１５のいずれか一項記載の方法。
17. 前記ポジオチニブが経口的に投与される、請求項１～１６のいずれか一項記載の方法。
18. 前記ポジオチニブが５～２５ｍｇの用量で投与される、請求項１～１７のいずれか一項記載の方法。
19. 前記ポジオチニブが、８ｍｇ、１２ｍｇ、または１６ｍｇの用量で投与される、請求項１～１８のいずれか一項記載の方法。
20. 前記ポジオチニブが毎日投与される、請求項１～１９のいずれか一項記載の方法。
21. 前記ポジオチニブが継続的に投与される、請求項１～２０のいずれか一項記載の方法。
22. 前記ポジオチニブが２８日サイクルで投与される、請求項１～２１のいずれか一項記載の方法。
23. さらなる抗がん療法を実施する工程をさらに含む、請求項１～２２のいずれか一項記載の方法。
24. 前記さらなる抗がん療法が、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である、請求項２３記載の方法。
25. 前記ポジオチニブ投与および／または抗がん療法が、静脈内に、皮下に、骨内に、経口的に、経皮的に、持続型放出にて、制御型放出にて、遅延型放出にて、坐剤として、または舌下に、実施される、請求項２３または２４記載の方法。
26. 前記ポジオチニブを投与することおよび／または抗がん療法を実施することが、局所的実施、局部的実施、または全身的実施を含む、請求項２３～２５のいずれか一項記載の方法。
27. 前記ポジオチニブ投与および／または抗がん療法が２回以上実施される、請求項２３～２６のいずれか一項記載の方法。
28. 前記がんが、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢神経系組織もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍Ｉ型およびＩＩ型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、または皮膚がんである、請求項１～２７のいずれか一項記載の方法。
29. 前記がんが非小細胞肺がんである、請求項１～２８のいずれか一項記載の方法。
30. 前記患者がヒトである、請求項１～２９のいずれか一項記載の方法。
31. １つ以上のＨＥＲエクソン２１変異を有すると判定された対象において使用するための、ポジオチニブを含む薬学的組成物。
32. 経口組成物としてさらに定義される、請求項３１記載の組成物。
33. ５～２５ｍｇのポジオチニブを含む、請求項３１または３２記載の組成物。
34. ８ｍｇ、１２ｍｇ、または１６ｍｇのポジオチニブを含む、請求項３１～３３のいずれか一項記載の組成物。
35. 前記ポジオチニブがポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される、請求項３１～３４のいずれか一項記載の組成物。
36. 錠剤として製剤化されている、請求項３１～３５のいずれか一項記載の組成物。
37. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が、アミノ酸８３２～８８３に点変異、挿入、および／または１～１８個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項３１～３６のいずれか一項記載の組成物。
38. 前記対象が、２つ、３つ、または４つのＨＥＲエクソン２１変異を有すると判定されている、請求項３１～３７のいずれか一項記載の組成物。
39. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が、Ｖ８４２、Ｒ８６８、およびＬ８６９からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する、請求項３７記載の組成物。
40. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が残基Ｖ８４２および／またはＲ８６８に存在する、請求項３７記載の方法。
41. 前記対象が、残基Ｃ７９７にＥＧＦＲ変異を有さないと判定されている、請求項３１～４０のいずれか一項記載の組成物。
42. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が、Ｖ８４２Ｉ、Ｒ８６８Ｗ、およびＬ８６９Ｒからなる群より選択される、請求項３１～４１のいずれか一項記載の組成物。
43. 前記１つ以上のエクソン２１変異がＶ８４２Ｉおよび／またはＲ８６８Ｗである、請求項３１～４２のいずれか一項記載の方法。
44. 前記対象が抗がん療法によって治療中である、請求項３１～４３のいずれか一項記載の組成物。
45. がんを有する対象におけるポジオチニブ単独または第２の抗がん療法と組み合わせたポジオチニブに対する応答性を予測する方法であって、患者から得られたゲノム試料におけるＨＥＲ２エクソン２１変異を検出する工程を含み、該試料が該ＨＥＲ２エクソン２１変異の存在について陽性である場合に患者がポジオチニブ単独または抗がん療法と組み合わせたポジオチニブに対して好ましい応答性を有すると予測される、該方法。
46. 前記ＨＥＲエクソン２１変異がエクソン２０挿入変異としてさらに定義される、請求項４５記載の方法。
47. 前記ゲノム試料が、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される、請求項４５または４６記載の方法。
48. ＨＥＲエクソン２１変異の存在が核酸配列決定またはＰＣＲ分析によって判定される、請求項４５～４７のいずれか一項記載の方法。
49. 前記ＨＥＲ２エクソン２１変異が、アミノ酸８３２～８８３に点変異、挿入、および／または１～１８個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項４８記載の方法。
50. 前記ＨＥＲ２エクソン２１変異が、Ｖ８４２、Ｒ８６８、およびＬ８６９からなる群より選択される１つ以上の残基に存在する、請求項４９記載の方法。
51. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が残基Ｖ８４２および／またはＲ８６８に存在する、請求項４９記載の方法。
52. 前記１つ以上のＨＥＲ２エクソン２１変異が、Ｖ８４２Ｉ、Ｒ８６８Ｗ、およびＬ８６９Ｒからなる群より選択される、請求項４５～５１のいずれか一項記載の方法。
53. ポジオチニブ単独または抗がん療法と組み合わせたポジオチニブに対する好ましい応答性が、腫瘍の大きさもしくは腫瘍量の減少、腫瘍成長の阻止、腫瘍関連疼痛の軽減、がん関連病態の軽減、がん関連症状の軽減、がんの非進行、無病期間の延長、進行までの期間の延長、寛解の誘導、転移の減少、または患者の生存性の向上を含む、請求項４５～５２のいずれか一項記載の方法。
54. 好ましい応答性を有すると予測された前記患者に、ポジオチニブを単独でまたは第２の抗がん療法と組み合わせて投与する工程をさらに含む、請求項４５～５３のいずれか一項記載の方法。
55. 前記ポジオチニブが経口的に投与される、請求項５４記載の方法。
56. 前記ポジオチニブが５～２５ｍｇの用量で投与される、請求項５４または５５記載の方法。
57. 前記ポジオチニブが、８ｍｇ、１２ｍｇ、または１６ｍｇの用量で投与される、請求項５４～５６のいずれか一項記載の方法。
58. 前記ポジオチニブがポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される、請求項５４～５７のいずれか一項記載の方法。
59. 前記ポジオチニブ塩酸塩が錠剤として製剤化される、請求項５４～５８のいずれか一項記載の方法。

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