JP2022529945A - チロシンキナーゼ阻害剤耐性ｅｇｆｒ変異を有するがんに対する化合物 - Google Patents

Abstract

本開示は、ポジオチニブなどの第3世代チロシンキナーゼ阻害剤を投与することによる、オシメルチニブ耐性EGFR変異を有すると判定された患者においてがんを治療する方法を提供する。TIFF2022529945000014.tif59128

Description

本願は、2019年4月17日に提出された米国特許仮出願第62/835,343号の恩典を主張するものであり、該仮出願の全体が、参照により本明細書に組み入れられる。

1. 分野
本発明は概して、分子生物学および医学の分野に関する。より具体的には、本発明は、チロシンキナーゼ阻害剤耐性EGFR変異を有する患者を治療するための方法に関する。

2. 関連技術の説明
非小細胞肺がん（NSCLC）の約10％は上皮成長因子受容体（EGFR）の変異を有し、該変異は、チロシンキナーゼ阻害剤（TKI）、例えば、ゲフィチニブ、エルロチニブ、およびオシメルチニブに対する感受性を増加させる。最近、オシメルチニブは、EGFR変異型NSCLC4に対する第一選択療法として承認されたが、デノボ耐性および獲得耐性は、多くの患者にとって依然として治療の障害となっている。一連の獲得された非定型のEGFR変異は、オシメルチニブ耐性を付与する潜在性を有し得る。これらの獲得された非定型の耐性変異はオシメルチニブ前部の溶媒に近い薬物結合ポケットのコンフォメーションを変化させ、薬物と受容体との結合親和性の変化を引き起こすことが、試験により示されている。したがって、耐性EGFR変異型のがんを治療するための新規な治療法に対する満たされていないニーズが存在する。

概要
本開示の態様は、耐性EGFR変異を有する患者においてがんを治療するための方法および組成物を提供する。第一の態様では、対象においてがんを治療する方法であって、有効量のポジオチニブを対象に投与する段階を含む方法が提供され、ここで対象は、1つまたは複数上皮成長因子受容体（EGFR）チロシンキナーゼ阻害剤（TKI）耐性変異を有すると判定されている。特定の局面では、患者はヒトである。

いくつかの局面では、ポジオチニブは、ポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される。特定の局面では、ポジオチニブ塩酸塩は、錠剤として製剤化される。

特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン18、19、20、または21における点変異、挿入、および/または欠失（1～18個のヌクレオチド）を含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン18のアミノ酸688～728における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709、L718、G719、S720、G724、およびT725からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709A、E709K、L718Q、L718V、G719A、G719S、S720P、G724S、および/またはT725Mを含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン19のアミノ酸729～761における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744、L747、L747、K754、A755、K757、および/またはD761からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744V、I744T、L747S、L747FS、A755T、K757R、および/またはD761Nを含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン20のアミノ酸763～823における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、A763、A767、S768、V769、N771、H773、D770、V774、C775、S784、L792、G796、C797、S811、およびR776からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、A767ASV、D770insNPG、S784F、R776C、S768I、V774M、S768I、H773insAH、H773insNPH、V774A、V769L、V769M、S768dupSVD、A763insLQEA、N771dupN、R776H、L792H、G796D、S784F、C775Y、および/またはS811Fを含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン21のアミノ酸824～875における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833、V834、G836、V843、T854、L861、L861、L862、L844、およびL858からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833F、L833V、V834L、L858R、L861Q、V843I、L861R、L862V、L844V、L861Q、G836S、および/またはT854Iを含み得る。いくつかの局面では、対象は、2つ、3つ、または4つのEGFR TKI耐性変異を有すると判定されている。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、残基E709、L718、G719、G724、C797、V843、T854、L861、および/またはL792にある。いくつかの局面では、対象は、残基C797またはT790におけるEGFR変異を有さないと判定されている。特定の局面では、対象は、残基T790におけるEGFR変異を有さないと判定される。他の局面では、対象は、T790変異を単独または別の変異（例えばG719変異、例えばG719AもしくはG719S）との組み合わせで有すると判定される。特定の局面では、対象は、C797における残基における変異を有すると判定される。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、G719X、E709X、G724S、L718X、L861Q、T854I、V843I、C797S、および/またはL792Xからなる群より選択され、ここでXは任意のアミノ酸である。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797Sからなる群より選択される。

いくつかの局面では、対象は、以前にTKIの投与を受けている。特定の局面では、対象は、以前に投与を受けたTKIに対して耐性である。いくつかの局面では、TKIは、ラパチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、オルムチニブ、ロシレチニブ、ナコチニブ、またはネラチニブである。特定の局面では、TKIは、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、オルムチニブ、ロシレチニブ、またはナコチニブである。特定の局面では、TKIは、オシメルチニブ（osimeritinib）である。

特定の局面では、対象は、患者由来のゲノム試料を分析することにより、EGFR TKI耐性変異を有すると判定された。いくつかの局面では、ゲノム試料は、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される。特定の局面では、EGFR TKI耐性変異の存在は、核酸配列決定またはPCR分析により判定される。

特定の局面では、ポジオチニブは経口投与される。いくつかの局面では、ポジオチニブは、5～25 mgの用量で投与される。特定の局面では、ポジオチニブは、8 mg、12 mg、または16 mgの用量で投与される。いくつかの局面では、ポジオチニブは毎日投与される。特定の局面では、ポジオチニブは継続的に投与される。いくつかの局面では、ポジオチニブは、28日周期で投与される。

さらなる局面では、方法は、さらなる抗がん療法を施す段階をさらに含む。いくつかの局面では、さらなる抗がん療法は、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である。特定の局面では、ポジオチニブおよび/または抗がん療法は、静脈内に、皮下に、骨内に、経口的に、経皮的に、持続型放出にて、制御型放出にて、遅延型放出にて、坐剤として、または舌下に、適用される。いくつかの局面では、ポジオチニブおよび/または抗がん療法の適用は、局所への、局部への、または全身への適用を含む。特定の局面では、ポジオチニブおよび/または抗がん療法は、2回以上適用される。

いくつかの局面では、がんは、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍I型およびII型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、あるいは皮膚がんである。特定の局面では、がんは非小細胞肺がんである。

別の態様では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異を有すると判定された対象において使用するための、ポジオチニブを含む薬学的組成物が提供される。いくつかの局面では、組成物は、経口組成物としてさらに定義される。特定の局面では、組成物は、5～25 mgのポジオチニブを含む。特定の局面では、組成物は、8 mg、12 mg、または16 mgのポジオチニブを含む。いくつかの局面では、ポジオチニブは、ポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される。いくつかの局面では、組成物は、錠剤として製剤化されている。いくつかの局面では、対象は、抗がん療法による治療を受けている。

特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン18、19、20、または21における点変異、挿入、および/または欠失（1～18個のヌクレオチド）を含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン18のアミノ酸688～728における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709、L718、G719、S720、およびG724からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709A、L718Q、L718V、G719A、G719S、S720P、および/またはG724Sを含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン19のアミノ酸729～761における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744、L747、L747、A755、K757、および/またはD761からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744V、I744T、L747S、L747FS、A755T、K757R、および/またはD761Nを含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン20のアミノ酸763～823における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、A763、S768、V769、H773、D770、V774、C775、S784、L792、G796、C797、S811、およびR776からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、D770insNPG、S784F、R776C、S768I、V774M、S768I、H773insAH、H773insNPH、V774A、V769L、V769M、S768dupSVD、A763insLQEA、L792H、G796D、S784F、C775Y、および/またはS811Fを含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン21のアミノ酸824～875における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833、V834、G836、V843、T854、L861、L861、L862、L844、およびL858からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833F、V834L、L858R、L861Q、V843I、L861R、L862V、L844V、L861Q、G836S、および/またはT854Iを含み得る。いくつかの局面では、対象は、2つ、3つ、または4つのEGFR TKI耐性変異を有すると判定されている。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、残基E709、L718、G719、G724、C797、V843、T854、L861、および/またはL792にある。いくつかの局面では、対象は、残基C797またはT790におけるEGFR変異を有さないと判定されている。特定の局面では、対象は、残基T790におけるEGFR変異を有さないと判定される。他の局面では、対象は、T790変異を単独または別の変異との組み合わせで有すると判定される。特定の局面では、対象は、C797における残基における変異を有すると判定される。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、G719X、E709X、G724S、L718X、L861Q、T854I、V843I、C797S、および/またはL792Xからなる群より選択され、ここでXは任意のアミノ酸である。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797Sからなる群より選択される。

別の態様では、がんを有する対象におけるポジオチニブ単独またはポジオチニブと第2の抗がん療法との組み合わせに対する応答性を予測する方法であって、当該患者から得られたゲノム試料におけるEGFR TKI耐性変異を検出する段階を含む方法が提供され、ここで、当該試料がEGFR TKI耐性変異の存在について陽性である場合に、当該患者はポジオチニブ単独またはポジオチニブと抗がん療法との組み合わせに対して好ましい応答性を有すると予測される。

特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン18、19、20、または21における点変異、挿入、および/または欠失（1～18個のヌクレオチド）を含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン18のアミノ酸688～728における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709、L718、G719、S720、およびG724からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709A、L718Q、L718V、G719A、G719S、S720P、および/またはG724Sを含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン19のアミノ酸729～761における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744、L747、L747、A755、K757、および/またはD761からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744V、I744T、L747S、L747FS、A755T、K757R、および/またはD761Nを含む。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン20のアミノ酸763～823における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、A763、S768、V769、H773、D770、V774、C775、S784、L792、G796、C797、S811、およびR776からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、D770insNPG、S784F、R776C、S768I、V774M、S768I、H773insAH、H773insNPH、V774A、V769L、V769M、S768dupSVD、A763insLQEA、L792H、G796D、S784F、C775Y、および/またはS811Fを含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、エクソン21のアミノ酸824～875における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含む。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833、V834、G836、V843、T854、L861、L861、L862、L844、およびL858からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833F、V834L、L858R、L861Q、V843I、L861R、L862V、L844V、L861Q、G836S、および/またはT854Iを含み得る。いくつかの局面では、対象は、2つ、3つ、または4つのEGFR TKI耐性変異を有すると判定されている。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、残基E709、L718、G719、G724、C797、V843、T854、L861、および/またはL792にある。いくつかの局面では、対象は、残基C797またはT790におけるEGFR変異を有さないと判定されている。特定の局面では、対象は、残基T790におけるEGFR変異を有さないと判定される。他の局面では、対象は、T790変異を単独または別の変異との組み合わせで有すると判定される。特定の局面では、対象は、C797における残基における変異を有すると判定される。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、G719X、E709X、G724S、L718X、L861Q、T854I、V843I、C797S、および/またはL792Xからなる群より選択され、ここでXは任意のアミノ酸である。特定の局面では、1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異は、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797Sからなる群より選択される。

いくつかの局面では、ポジオチニブ単独またはポジオチニブと抗がん療法との組み合わせに対する好ましい応答性は、腫瘍の大きさもしくは腫瘍量の減少、腫瘍成長の阻害、腫瘍関連疼痛の軽減、がん関連病態の軽減、がん関連症状の軽減、がんの非進行、無病期間の延長、進行までの期間の延長、寛解の誘導、転移の減少、または患者の生存性の向上を含む。

さらなる局面では、方法は、好ましい応答性を有すると予測された患者にポジオチニブを単独またはポジオチニブと第2の抗がん療法との組み合わせで施す段階をさらに含む。いくつかの局面では、ポジオチニブは経口投与される。特定の局面では、ポジオチニブは、5～25 mgの用量で投与される。特定の局面では、ポジオチニブは、8 mg、12 mg、または16 mgの用量で投与される。いくつかの局面では、ポジオチニブは、ポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される。特定の局面では、ポジオチニブ塩酸塩は、錠剤として製剤化される。

本発明の他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明らかとなるだろう。しかしながら、本明細書の詳細な説明から、本発明の精神および範囲の範囲内での様々な変更および修飾が当業者には明らかとなることから、詳細な説明および特定の実施例は、本発明の好ましい態様を示すものではあるが、例示のみを目的として提供されることが理解されるべきである。

以下の図面は、本明細書の一部を形成するものであり、本発明の特定の局面をさらに実証するために含まれる。本発明は、本明細書において提示される特定の態様の詳細な説明と組み合わせて、これらの図面の1つまたは複数を参照することによって、よりよく理解され得る。

図1A～1D：変異体EGFRのインシリコモデリングは、エクソン18のPループが、オシメルチニブの結合において重要であるが、ポジオチニブの結合においてはそうではないことを実証する。（図1A）EGFRエクソン19 del（E746_A7450del）に結合したオシメルチニブのインシリコモデリングは、オシメルチニブのインドール環と、アミノ酸V726およびF723を含むEGFRエクソン18のPループとの間の、独特なπスタッキング相互作用を有する（破線）。ポジオチニブは、薬物結合ポケット内へとさらに伸びて、T790を含む疎水性間隙と相互作用する。（図1B）反応性のコンフォメーションにおける、およびG719Sとの予測されるコンフォメーションにおける、EGFR G719Sのオシメルチニブとの分子モデリングは、インドール環におけるTKI－タンパク質相互作用の不安定化を実証する。（図1C）EGFR G719Sの、ポジオチニブとのインシリコモデリングは、ポジオチニブの結合においても、TKI－タンパク質相互作用においても、予測される変化が存在しないことを示す。（図1D）L719Q変異の分子モデリングは、Q719が、オシメルチニブとM793との相互作用を妨害し、そしてマイケルアクセプター（反応基）を、C797を有するアラインメントから移動させることを実証する。対照的にポジオチニブは、Q719による影響をあまり受けず、かつ、L719Q変異の状況下においてさえも、依然としてC797と反応する位置にある。 図2A～2D：ポジオチニブは、インビトロで、非定型EGFR変異において、オシメルチニブと比べてより強力かつより選択的である。（図2A）エクソン18～21にわたる一次非定型変異を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞の、対数IC₅₀値のヒートマップ。変異は、最も耐性のものから最も感受性のものへの順で、上から下へと配置している。比較のため、古典的EGFR変異が下に列挙される。（図2B）エクソン18～21にわたる一次非定型変異を発現するBa/F3細胞のIC₅₀値を、WT EGFR（+10 ng/ml EGF）を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞のIC₅₀値で割った比の、ヒートマップ。比較のため、古典的EGFR変異が下に列挙される。 （図2C）エクソン18～21にわたる一次非定型変異を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞の、IC50値の棒グラフ。統計学的な差異は、スチューデントのt検定により決定された。（図2D）エクソン18～21にわたる一次非定型変異を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞の、変異体／WT比の棒グラフ。統計学的な差異は、スチューデントのt検定により決定された。 図3A～3D：インビボにおいて、非定型的なPループエクソン18変異は、オシメルチニブに対する一次耐性を生じさせるが、ポジオチニブに対してはそうではない。（図3A）記載されている阻害剤で28日間にわたり治療された、EGFRエクソン18 Pループ変異（G719A）を保有するNSCLCのPDXモデルの、腫瘍成長曲線。（図3B）記載されている阻害剤での治療後、28日間の実験の終了時における、G719A腫瘍の体積のパーセント変化の平均 ± SEMの棒グラフ。記号は、個々のマウスを表す。有意な差異は、ANOVAおよび多重比較のためのテューキー検定により決定された。（図3C）記載されている阻害剤で28日間にわたり治療された、非Pループエクソン18 EGFR変異（E709K L858R）を有するNSCLC PDXモデルの、腫瘍成長曲線。（図3D）記載されている阻害剤での治療後、28日間の実験の終了時における、E709K/L858R腫瘍の体積のパーセント変化の平均 ± SEMの棒グラフ。記号は、個々のマウスを表す。有意な差異は、ANOVAおよび多重比較のためのテューキー検定により決定された。 図4A～4D：獲得された非定型変異は、オシメルチニブに対する耐性を生じさせるが、キナゾリンTKIに対しては感受性であり、かつ、共起する変異の薬物感受性／耐性プロファイルは、一次変異によってもたらされ得る。（図4A）エクソン18～21にわたる獲得された非定型変異を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞の、対数IC₅₀値のヒートマップ。変異は、最も耐性のものから最も感受性のものへの順で、上から下へと配置している。（図4B）エクソン18～21にわたる獲得された非定型変異を発現するBa/F3細胞のIC₅₀値を、WT EGFR（+10 ng/ml EGF）を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞のIC₅₀値で割った比の、ヒートマップ。（図4C）エクソン18～21にわたる獲得された非定型変異を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞の、IC50値の棒グラフ。統計学的な差異は、スチューデントのt検定により決定された。（図4D）エクソン18～21にわたる獲得された非定型変異を発現しており、ポジオチニブまたはオシメルチニブのいずれかで72時間にわたり処理されたBa/F3細胞の、変異体／WT比の棒グラフ。統計学的な差異は、パネルAから、スチューデントのt検定により決定されたが、薬物は、最も選択的であるものから最も選択的でないものへの順で、左から右へと再配置している。

例示的な態様の説明
本試験により、NSCLCなどの様々な悪性病変にわたるオシメルチニブ耐性EGFR変異を同定した。複数のTKIにわたり、耐性変異の薬物感受性が系統的に評価された。耐性EGFR変異は、ポジオチニブに対して感受性であることが見出された。

したがって、本開示の特定の態様は、オシメルチニブ耐性EGFR変異を有するがん患者を治療するための方法を提供する。特に、本方法は、エクソン18、19、20、または21変異のような、オシメルチニブ耐性EGFR変異を1つまたは複数有すると同定された患者への、ポジオチニブ（HM781-36Bとしても知られる）の投与を含む。ポジオチニブの大きさおよび柔軟性は、立体障害を克服して、低ナノモル濃度でEGFR変異体を阻害する。したがって、ポジオチニブ、および構造的に類似の阻害剤は、オシメルチニブ耐性EGFR変異を標的とするために使用可能な、強力なEGFR阻害剤である。

I. 定義
本明細書において用いられるとき、「1つの（a）」または「1つの（an）」は、1つまたは複数を意味し得る。本明細書の請求項において用いられるとき、「含む」という語と併せて使用される場合、「1つの（a）」または「1つの（an）」という語は、1つを、または1つより多くを意味し得る。

請求項における用語「または」の使用は、選択肢のみを指すことが明確に指定されているか、または選択肢が相互排他的である場合を除き、「および/または」を意味するために使用されるが、本開示は、選択肢のみ、ならびに「および/または」を指す定義を裏付けるものである。本明細書において用いられるとき、「別の」は、少なくとも第2のもの、またはそれ以上のものを意味し得る。

用語「本質的に」は、方法または組成物が、特定の段階または材料、ならびに、それらの方法および組成物の基本的な特徴および新規な特徴に大きな影響を与えない、段階または材料のみを含むこととして、理解される。

用語「実質的に含まない」は、98%の列挙される成分、および2%未満の、組成物または粒子がそれを実質的に含まない成分に、使用される。

本明細書において用いられるとき、用語「実質的に」または「およそ」は、それに関連する基本的な機能を変化させることなく許容される程度に変動し得る、任意の、定量的比較、値、測定値、または他の表現を修飾するために、適用され得る。

用語「約」は、概して、指定される値を測定するための標準的な分析技術を用いて決定された場合の指定される値の、標準偏差以内を意味する。該用語はまた、指定される値±5％を指すのにも使用することができる。

「治療」または「治療する」は、（１）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において疾患を阻害すること（例えば、病態および/または総体症状のさらなる進行を阻止すること）、（２）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において疾患を改善すること（例えば、病態および/または総体症状を後退させること）、および/または（３）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において任意の測定可能な疾患の減少に作用すること、を含む。例えば、治療は、有効量のポジオチニブの投与を含み得る。

「予防的に処置する」は、（１）疾患の危険性を有しかつ／または疾患に罹りやすい可能性があるが疾患の病態もしくは総体症状のいずれかもしくは全てを経験も示してもいない対象もしくは患者において、疾患を発症する危険性を低減もしくは軽減すること、および/または（２）疾患の危険性を有するか、および/または疾患に罹りやすい可能性があるが、まだ疾患の病態もしくは総体症状のいずれかもしくは全てを経験も示してもいない対象もしくは患者において、疾患の病態もしくは総体症状の開始を遅らせること、を含む。

本明細書において用いられるとき、用語「患者」または「対象」は、生存している哺乳類生物、例えば、ヒト、サル、ウシ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、マウス、ラット、モルモット、またはそれらの遺伝子組み換え種を指す。特定の態様では、患者または対象は、霊長類である。ヒト患者の非限定的な例は、成人、未成年、幼児、および胎児である。

用語「有効な」は、この用語が本明細書および/または請求項で使用されるとき、所望の、期待された、または意図された結果を達成するために十分であることを意味する。化合物を用いて患者もしくは対象を治療するという文脈において使用されるとき、「有効量」、「治療有効量」、または「薬学的有効量」は、化合物の量が、疾患を治療もしくは予防するために対象もしくは患者に投与されたときに、疾患のかかる治療もしくは予防に作用するのに十分な量であることを意味する。

本明細書において用いられるとき、用語「IC₅₀」は、得られた最大応答の50％である、阻害的用量を指す。この定量的測定は、特定の生物学的、生化学的、もしくは化学的プロセス（またはプロセスの構成要素、すなわち、酵素、細胞、細胞受容体、もしくは微生物）を半分阻害するのにどの程度の量の特定の薬物、または他の物質（阻害剤）が必要であるかを示す。

「抗がん」剤は、例えば、がん細胞の殺傷を促進し、がん細胞のアポトーシスを誘導し、がん細胞の増殖速度を低減し、転移の発生率もしくは数を低減し、腫瘍の大きさを縮小し、腫瘍の成長を阻害し、腫瘍もしくはがん細胞への血液供給を削減し、がん細胞もしくは腫瘍に対する免疫応答を促進し、がんの進行を予防もしくは阻害し、またはがんを有する対象の生存期間を延長することにより、対象におけるがん細胞／腫瘍に負の影響を与えることができる。

用語「挿入」または「挿入変異」は、DNA配列中への1つまたは複数のヌクレオチド塩基対の付加を指す。

「ハイブリダイズする」または「ハイブリダイゼーション」は、核酸間の結合を指す。ハイブリダイゼーションのための条件は、結合する核酸の配列相同性によって変化し得る。したがって、対象の核酸間の配列相同性が高い場合、ストリンジェントな条件が使用される。配列相同性が低い場合、穏やかな条件が使用される。ハイブリダイゼーション条件がストリンジェントである場合、ハイブリダイゼーション特異性は増大し、そしてハイブリダイゼーション特異性のこの増大は、非特異的なハイブリダイゼーション産物の量の減少をもたらす。しかしながら、穏やかなハイブリダイゼーション条件下では、ハイブリダイゼーション特異性は減少し、そしてハイブリダイゼーション特異性のこの減少は、非特異的なハイブリダイゼーション産物の量の増大をもたらす。

「プローブ」は、少なくともヌクレオチド8個の長さのポリヌクレオチドであって、かつ、プローブ中の少なくとも1つの配列と、標的領域中の配列との相補性のために、標的配列とハイブリッド構造を形成する、ポリヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドは、DNAおよび/またはRNAから構成され得る。プローブは、特定の態様において、検出可能に標識される。プローブは、その大きさを大きく変化させることができる。一般的にプローブは、例えば少なくとも8～15個のヌクレオチドの長さである。他のプローブは、例えば少なくとも20、30、または40ヌクレオチド長である。また別のプローブは多少長く、少なくとも、例えば50、60、70、80、または90ヌクレオチド長である。またプローブは、上述の範囲内にある、任意の特定の長さのものでもあり得る。好ましくはプローブは、ポリメラーゼ連鎖反応の間に標的配列をプライミングするために使用される配列に対して相補的な配列を、含まない。

「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」は、一本鎖もしくは二本鎖の、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドのポリマーを指し、これは、未修飾のRNAもしくはDNAであってよく、または修飾されたRNAもしくはDNAであってもよい。

「修飾されたリボヌクレオチド」またはデオキシリボヌクレオチドは、核酸において、天然の塩基の代わりに使用され得る分子を指し、かつ、以下を含むが、これらに限定されない：修飾されたプリンおよびピリミジン、微量塩基、コンバーチブルヌクレオシド、プリンおよびピリミジンの構造的アナログ、標識された、誘導体化された、および修飾されたヌクレオシドおよびヌクレオチド、コンジュゲートされたヌクレオシドおよびヌクレオチド、配列修飾剤、末端修飾剤、スペーサー修飾剤、ならびに、以下を含むがこれらに限定されない、バックボーン修飾を有するヌクレオチド：リボース修飾ヌクレオチド、ホスホロアミダート、ホスホロチオアート、ホスホンアミダイト、メチルホスホナート、メチルホスホロアミダイト、メチルホスホンアミダイト、5'-β-シアノエチルホスホロアミダイト、メチレンホスホナート、ホスホロジチオアート、ペプチド核酸、アキラルな、および中性のヌクレオチド間結合。

「バリアント」は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであって、それぞれヌクレオチドまたはアミノ酸の1つまたは複数の置換、欠失、または挿入のために、野生型と比較して、または個体集団において最も広く認められる型と比較して異なっている、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを指す。置換、欠失、または挿入されているヌクレオチドまたはアミノ酸の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、またはそれより多く、例えば、25、30、35、40、45、もしくは50個であり得る。

「プライマー」または「プライマー配列」は、標的核酸配列（例えば、増幅されるDNA鋳型）にハイブリダイズして、核酸合成反応をプライミングする、オリゴヌクレオチドを指す。プライマーは、DNAオリゴヌクレオチドであってよく、RNAオリゴヌクレオチドであってよく、またはキメラ配列であってもよい。プライマーは、天然の、合成の、または修飾されたヌクレオチドを含み得る。プライマーの長さの上限および下限の両方は、実験により決定される。プライマーの長さの下限は、核酸増幅反応の条件下における、標的核酸とのハイブリダイゼーションの際に、安定な二本鎖を形成するのに必要とされる最小限の長さである。非常に短いプライマー（通常、3～4ヌクレオチド長未満）は、そのようなハイブリダイゼーション条件下においては、標的核酸と、熱力学的に安定な二本鎖を形成しない。上限は、標的核酸において、所定の核酸配列以外の領域で二本鎖を形成する可能性によって、しばしば決定される。一般的に、好適なプライマーの長さは、約10～約40ヌクレオチド長の範囲である。特定の態様では、例えば、プライマーは、10～40、15～30、または10～20ヌクレオチド長であり得る。プライマーは、適切な条件下に置かれた場合に、ポリヌクレオチド配列上で、合成の開始点として作用することができる。

「検出」、「検出可能な」、およびそれらの文法的等価物は、標的核酸配列の存在、および/または量、および/または相同性を決定する方法を指す。いくつかの態様では、検出は、標的核酸配列の増幅を生じる。他の態様では、標的核酸の配列決定は、標的核酸を「検出する」ことを特徴とすることができる。プローブに結合した標識は、例えば、化学的もしくは物理的手段により検出可能である、当技術分野において周知である多種多様な標識の任意のものを含み得る。プローブに結合させることが可能である標識は、例えば、蛍光および発光材料を含む。

「増幅する」、「増幅」、およびそれらの文法的等価物は、直線的もしくは指数関数的のいずれかで核酸配列を増幅するための広範な技法を含むがこれらに限定されない、鋳型依存的な様式で標的核酸配列の少なくとも一部を複製する任意の方法を指す。増幅工程を実施するための例示的な手段は、リガーゼ連鎖反応(LCR)、リガーゼ検出反応(LDR)、Q-レプリカーゼ増幅が後に続くライゲーション、PCR、プライマー伸長、鎖置換増幅(SDA)、ハイパーブランチ鎖置換増幅、複数置換増幅(MDA)、核酸鎖に基づく増幅(NASBA)、2工程多重増幅、ローリングサークル増幅(RCA)、リコンビナーゼ-ポリメラーゼ増幅(RPA)(TwistDx、Cambridg、UK)、および自立配列複製(3SR)、ならびにそれらの多重バージョンまたは組み合わせ、例えば、OLA/PCR、PCR/OLA、LDR/PCR、PCR/PCR/LDR、PCR/LDR、LCR/PCR、PCR/LCR(複合連鎖反応-CCRとしても知られる)を含むがこれらに限定されないもの、などを含む。かかる技法の説明は、他の場所、Sambrookら、Molecular Cloning、3^rd Edition)において見出され得る。

一般的に本明細書にて使用されるとき、「薬学的に許容される」は、合理的な利益／リスクの比率を伴い、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題もしくは合併症を伴うことのない、健全な医学的判断の範疇において、ヒトおよび動物の組織、器官、および/または体液と接触させて使用するのに好適な化合物、材料、組成物、および/または投薬形態を指す。

「薬学的に許容される塩」は、上記のような薬学的に許容され、所望の薬理活性を有する、本発明の化合物の塩を意味する。かかる塩の非限定的な例は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、およびリン酸などの無機酸を用いて形成された酸付加塩；または1,2-エタンジスルホン酸、2-ヒドロキシエタンスルホン酸、2-ナフタレンスルホン酸、3-フェニルプロピオン酸、4,4′-メチレンビス(3-ヒドロキシ-2-エン-1-カルボン酸)、4-メチルビシクロ[2.2.2]オクタ-2-エン-1-カルボン酸、酢酸、脂肪族モノ-およびジカルボン酸、脂肪族硫酸、芳香族硫酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、カンファ-スルホン酸、炭酸、ケイ皮酸、クエン酸、シクロペンタンプロピオン酸、エタンスルホン酸、フマル酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸、グルタミン酸、グリコール酸、ヘプタン酸、ヘキサン酸、ヒドロキシナフトエ酸、乳酸、ラウリル硫酸、マレイン酸、リンゴ酸、マロン酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、ムコン酸、o-(4-ヒドロキシベンゾイル)安息香酸、シュウ酸、p-クロロベンゼンスルホン酸、フェニル-置換アルカン酸、プロピオン酸、p-トルエンスルホン酸、ピルビン酸、サリチル酸、ステアリン酸、コハク酸、酒石酸、第3級ブチル酢酸、およびトリメチル酢酸などの有機酸を用いて形成された酸付加塩を含む。薬学的に許容される塩は、存在する酸性プロトンが無機または有機塩基と反応可能である場合に形成され得る塩基付加塩も含む。許容される無機塩基は、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アルミニウム、および水酸化カルシウムを含む。許容される有機塩基の非限定的な例は、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、トロメタミン、およびN-メチルグルカミンを含む。本発明の任意の塩の一部を形成する特定のアニオンまたはカチオンは、その塩が全体として薬理学的に許容される限りは、危険ではない、ということが認識されるべきである。薬学的に許容される塩ならびにそれらの調製および使用方法のさらなる例は、Handbook of Pharmaceutical Salts:Properties,and Use（P.H.Stahl&C.G.Wermuth eds.、Verlag Helvetica Chimica Acta、2002）において提供される。

II. 耐性EGFR変異
本開示の特定の態様は、対象が、1つまたは複数のオシメルチニブ耐性EGFR変異（例えばエクソン18、19、20、または21の変異）を有するかどうかを判定することに関する。対象は、2つ、3つ、4つ、またはそれより多くのEGFRエクソン20変異を有し得る。1つまたは複数のEGFR変異は、エクソン18または20における、E709、L718、G719、G724、C797、V843、T854、L861、およびL792からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置し得る。1つまたは複数のEGFR変異は、G719X、E709X、G724S、L718X、L861Q、T854I、V843I、C797S、および/またはL792Xであり得、ここでXは任意のアミノ酸である。変異検出方法は、当技術分野において公知であり、PCR分析および核酸配列決定、ならびにFISHおよびCGHを含む。特定の局面では、EGFR変異は、例えば腫瘍または血漿由来循環フリーDNAからの、DNA配列決定により検出される。

EGFRエクソン18変異は、アミノ酸688～728における、1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）、エクソン18のアミノ酸間のインフレーム欠失を含み得る。1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709、L718、G719、S720、およびG724からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置し得る。1つまたは複数のEGFRエクソン18変異は、E709A、L718Q、L718V、G719A、G719S、S720P、および/またはG724Sを含み得る。

EGFR エクソン19変異は、アミノ酸729～761における、1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）、エクソン19のアミノ酸間のインフレーム欠失を含み得る。1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744、L747、L747、A755、K757、および/またはD761からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置し得る。1つまたは複数のEGFRエクソン19変異は、I744V、I744T、L747S、L747FS、A755T、K757R、および/またはD761Nを含み得る。

EGFR エクソン20変異は、アミノ酸763～823における、1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）を含み得る。特定の局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、A763、S768、V769、H773、D770、V774、C775、S784、L792、G796、C797、S811、およびR776からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する。いくつかの局面では、1つまたは複数のEGFRエクソン20変異は、D770insNPG、S784F、R776C、S768I、V774M、S768I、H773insAH、H773insNPH、V774A、V769L、V769M、S768dupSVD、A763insLQEA、L792H、G796D、S784F、C775Y、および/またはS811Fを含む。

EGFRエクソン21変異は、アミノ酸824～875における、1つまたは複数の点変異、挿入、および/または欠失（3～18個のヌクレオチド）、エクソン21のアミノ酸間のインフレーム欠失を含み得る。1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833、V834、G836、V843、T854、L861、L862、L844、およびL858からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置し得る。1つまたは複数のEGFRエクソン21変異は、L833F、V834L、L858R、L861Q、V843I、L861R、L862V、L844V、L861Q、G836S、および/またはT854Iを含み得る。

いくつかの局面では、対象は、EGFRの残基C797およびT790における変異を有し得るか、または該変異を生じさせ得、ここで該変異は、ポジオチニブなどのTKIに対する耐性をもたらし得る。したがって、特定の局面では、対象は、EGFRのC797および/またはT790における変異（例えば、C797Sおよび/またはT790M）を有さないと判定される。いくつかの局面では、T790変異（例えばT790M）を有する対象は、オシメルチニブの投与を受け得、かつC797変異（例えばC797S）を有する対象は、化学療法および/または放射線療法を施され得る。例えば、C797Sが古典的EGFR変異（例えば、L858Rまたはエクソン19欠失）との関連で獲得され、かつT790Mが存在しない場合、これらの変異はポジオチニブに対して感受性であり得る。しかしながら、C797S変異がT790M変異またはエクソン20挿入変異と共に獲得される場合、これらの変異はポジオチニブに対して耐性であり得る。さらに、T790M変異が古典的変異（例えば、L858Rまたはエクソン19欠失）と共に獲得される場合、これらの変異はポジオチニブに対して耐性であり得るが、オシメルチニブに対しては感受性であり得る。また、インビトロにおいて、エクソン18の点変異と共にT790M変異が獲得される場合（G719X/T790M）、これらの変異はポジオチニブに対して感受性のままのようである。いくつかの局面では、L858R/C797S、Ex19del/C797S、またはG719X/T790M変異体は、ポジオチニブ、および他のキナゾリンアミンTKIの両方に対して感受性である。しかしながら、特定の局面では、L858R/T790M/C797S、エクソン19欠失/T790M/C797S、およびエクソン20挿入 + C797SまたはT790M変異体は、EGFR TKIに対して耐性である。

患者試料は、対象における肺がんに由来する核酸を含む、任意の体の組織または液体であり得る。特定の態様では、試料は、循環腫瘍細胞または細胞フリーDNAを含む血液試料である。他の態様では、試料は、組織、例えば、肺組織であり得る。肺組織は、腫瘍組織に由来することができ、新鮮凍結、またはホルマリン固定、パラフィン包埋(FFPE)されてもよい。特定の態様では、肺腫瘍FFPE試料が得られる。

本明細書に記載されている方法における使用に好適な試料には、遺伝子材料、例えば、ゲノムDNA(gDNA)が含まれる。ゲノムDNAは典型的に、血液、または口腔粘膜の粘膜スクレーピングなどの生物試料から抽出されるが、尿、腫瘍、もしくは去痰薬を含む他の生物試料から抽出することもできる。試料それ自体は、典型的に、正常または腫瘍組織を含む、対象から取り出された有核細胞（例えば、血液もしくは頬側細胞）または組織を含む。試料を入手し、処理し、分析するための方法および試薬は、当技術分野において周知である。いくつかの態様では、試料は、医療機関の協力の下、例えば血液を採取することにより、得られる。いくつかの態様では、試料は、医療機関の協力を伴わずに得られ、例えば、試料は、頬側綿棒もしくはブラシを用いて得られる頬側細胞を含む試料、または口腔洗浄液試料のように、非侵襲的に得られる。

いくつかの場合において、生物試料は、DNA単離のために処理することができる。例えば、細胞または組織試料中のDNAは、試料の他の成分から分離することができる。細胞は、当技術分野において周知の技術を用いて、生物試料から回収することができる。例えば、細胞は、細胞試料を遠心分離し、ペレット化した細胞を再懸濁することにより、回収することができる。細胞は、リン酸緩衝食塩水(PBS)などの緩衝液中に再懸濁することができる。細胞懸濁液を遠心分離して、細胞ペレットを得た後、細胞を溶解して、DNA、例えば、gDNAを抽出することができる。例えば、Ausubelら(2003)を参照されたい。試料を濃縮および/または精製して、DNAを単離することができる。あらゆる種類のさらなる処理に供されるものを含む、対象から得られた全ての試料は、対象から得られたものと考えられる。例えば、フェノール抽出を含む、慣例的な方法を用いて、生物試料からゲノムDNAを抽出することができる。あるいは、ゲノムDNAは、QIAamp(登録商標)組織キット(Qiagen、Chatsworth、Calif.)、およびWizard(登録商標)ゲノムDNA精製キット(Promega)などのキットを用いて抽出することができる。試料の源の非限定的な例は、尿、血液、および組織を含む。

本明細書に記載されている耐性EGFR変異の存在または不在は、当技術分野において周知の方法を用いて決定することができる。例えば、ゲル電気泳動、キャピラリ電気泳動、サイズ排除クロマトグラフィ、配列決定、および/またはアレイを用いて、挿入変異の存在または不在を検出することができる。望ましい場合には、核酸の増幅は、当技術分野において周知の方法、例えば、PCRを用いて成し遂げることができる。一例において、試料（例えば、ゲノムDNAを含む試料）は、対象から得られる。次いで、試料中のDNAを試験して、本明細書に記載されている挿入変異の特性を決定する。挿入変異は、本明細書に記載されている任意の方法により、例えば、配列決定により、またはゲノムDNA、RNA、もしくはcDNA中の遺伝子の核酸プローブ、例えば、DNAプローブ(cDNAおよびオリゴヌクレオチドプローブを含む)もしくはRNAプローブに対するハイブリダイゼーションにより、検出することができる。核酸プローブは、特定の変異体と特異的または優先的にハイブリダイズするように設計することができる。

プローブのセットは、典型的に、本開示の実施可能な推奨治療において用いられる標的遺伝子変異（例えば、EGFR変異）を検出するために用いられる、プライマーのセット(通常は、プライマー対)および/または検出可能に標識されたプローブを指す。プライマー対は、前記遺伝子のそれぞれについての標的遺伝子変異についての領域にわたるアンプリコンを定義するために、増幅反応において用いられる。アンプリコンのセットは、マッチしたプローブのセットにより検出される。例示的な態様では、本方法は、標的遺伝子変異のセット（例えば、EGFR変異）を検出するために、TaqMan(商標)(Roche Molecular Systems、Pleasanton、Calif.)アッセイを使用することができる。一態様では、プローブのセットは、次世代配列決定反応などの核酸配列決定反応により検出されるアンプリコンを産生するために用いられるプライマーのセットである。これらの態様では、例えば、AmpliSEQ(商標)(Life Technologies/Ion Torrent、Carlsbad、Calif.)またはTruSEQ(商標)(Illumina、San Diego、Calif.)技術を利用することができる。

核酸マーカーの分析は、配列分析および電気泳動分析を含むがこれらに限定されない、当技術分野において周知の技術を用いて実施することができる。配列分析の非限定的な例は、Maxam-Gilbert配列決定、Sanger配列決定、キャピラリアレイDNA配列決定、サーマルサイクル配列決定(Searsら、1992)、固相配列決定(Zimmermanら、1992)、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型質量分析(MALDI-TOF/MS;Fuら、1998)などの質量分析を伴う配列決定、ならびにハイブリダイゼーションによる配列決定(Cheeら、1996;Drmanacら、1993;Drmanacら、1998)を含む。電気泳動分析の非限定的な例は、スラブゲル電気泳動、例えば、アガロースまたはポリアクリルアミドゲル電気泳動、キャピラリ電気泳動、および変性勾配ゲル電気泳動を含む。さらに、次世代配列決定法は、the Life Technologies/Ion Torrent PGMまたはProton、the Illumina HiSEQまたはMiSEQ、およびthe Roche/454次世代配列決定システムなどの会社から商業的に入手可能なキットおよび装置を用いて実施することができる。

核酸分析の他の方法は、直接手動配列決定(ChurchおよびGilbert、1988；Sangerら、1977；米国特許第5,288,644号)；自動化蛍光配列決定；一本鎖形態多型アッセイ(SSCP)(Schaferら、1995)；クランプ変性ゲル電気泳動(CDGE)；二次元ゲル電気泳動(2DGEもしくはTDGE)；形態感受性ゲル電気泳動(CSGE)；変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)(Sheffieldら、1989)；変性高速液体クロマトグラフィ(DHPLC、Underhillら、1997)赤外線マトリックス支援レーザー脱離/イオン化(IR-MALDI)質量分析(WO99/57318)；移動度シフト分析(Oritaら、1989)；制限酵素分析(Flavellら、1978；Geeverら、1981)；定量的リアルタイムPCR(Racaら、2004)；ヘテロ二本鎖分析；化学的ミスマッチ分解(CMC)(Cottonら、1985)；RNase保護アッセイ(Myersら、1985)；ヌクレオチドミスマッチを認識するポリペプチド、例えば、大腸菌（E.coli）mutSタンパク質の使用；アレル特異的PCR、ならびにかかる方法の組み合わせを含み得る。例えば、米国特許公開第2004/0014095を参照されたい。この特許は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれる。

一例において、試料におけるEGFR変異を同定する方法は、かかる試料に由来する核酸を、変異したEGFRタンパク質をコードする核酸、または変異を含むその断片に特異的にハイブリダイズすることができる核酸プローブと接触させること、およびそのハイブリダイゼーションを検出すること、を含む。特定の一態様では、かかるプローブは、例えば、放射性同位体(³H、³²P、もしくは³³P)、蛍光剤(ローダミン、もしくはフルオレセイン)、または発色剤を用いて、検出可能に標識される。特定の一態様では、プローブは、アンチセンスオリゴマー、例えば、PNA、モルフォリノ-ホスフォラミダート、LNA、または2′-アルコキシアルコキシである。プローブは、約8個のヌクレオチド～約100個のヌクレオチド、または約10～約75個、または約15～約50個、または約20～約30個であり得る。別の局面では、本開示のかかるプローブは、試料におけるEGFR変異を同定するためのキット中で提供され、かかるキットは、EGFR遺伝子における変異部位に特異的にハイブリダイズするか、またはそれらに隣接するオリゴヌクレオチドを含む。キットはさらに、キットを用いるハイブリダイゼーション試験の結果に基づいてポジオチニブを用いてEGFR変異を含む腫瘍を有する患者を治療するための指示を含む。

別の局面では、試料におけるEGFR変異を検出するための方法は、かかるEGFR遺伝子に対応するかかる核酸試料または変異を含むと考えられるその断片を増幅すること、および増幅した核酸の電気泳動移動度を、対応する野生型EGFR遺伝子またはその断片の電気泳動移動度と比較すること、を含む。移動度における差異は、増幅した核酸配列における変異の存在を示す。電気泳動の移動度は、ポリアクリルアミドゲル上で測定できる。

あるいは、核酸は、酵素的変異検出(EMD)(Del Titoら、1998)を用いて変異の検出について分析することができる。EMDは、点変異、挿入、および欠失に起因する塩基対ミスマッチにより引き起こされる構造ひずみを検出および分解するまで、二本鎖DNAに沿ってスキャンする、バクテリオファージリゾルバーゼT₄エンドヌクレアーゼVIIを使用する。リゾルバーゼ分解により、例えば、ゲル電気泳動により形成される2つの短い断片の検出は、変異の存在を示す。EMD方法の利点は、PCR反応から直接アッセイされ、試料精製の必要性を排除し、ハイブリダイゼーション時間を短縮し、シグナル対ノイズ比を増大させる点変異、欠失、および挿入を同定するための単一のプロトコルである。通常のDNAの最大20倍の発現と最大4kbの大きさの断片とを含む混合した試料をアッセイすることができる。しかし、EMDスキャニングは、変異陽性試料中に生じる特定の塩基変化を同定せず、必要な場合には、変異を同定するためにさらなる配列決定手順が必要となる。米国特許第5,869,245号において実証されているように、CEL I酵素をリゾルバーゼT₄エンドヌクレアーゼVIIと同様に使用することができる。

III. 治療方法
本明細書では、個体におけるがんの進行を治療するまたは遅延させるための方法であって、有効量のポジオチニブ、または構造的に類似の阻害剤を、その個体、耐性EGFR変異を有すると判定された対象に投与することを含む方法がさらに提供される。対象は、1つ以上のEGFR変異を有し得る。

治療のために企図されるがんの例には、肺がん、頭頸部がん、乳がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、骨がん、精巣がん、子宮頸がん、消化器がん、リンパ腫、肺の前腫瘍性病変、結腸がん、黒色腫、および膀胱がんが含まれる。特定の局面では、がんは、非小細胞肺がんである。

いくつかの態様では、対象は、哺乳類、例えば、霊長類、好ましくは、高等霊長類、例えば、ヒト（例えば、本明細書に記載された障害を有するか、またはそれらの障害を有する危険性のある患者）である。一態様では、対象は、免疫応答を強化する必要がある。特定の態様では、対象は、易感染性であるか、その危険性がある。例えば、対象は、化学療法的治療および/または放射線療法を受けているか、または受けたことがある。あるいは、または組み合わせて、対象は、感染の結果として、易感染性であるか、またはその危険性がある。

特定の態様は、ポジオチニブ（HM781-36B、HM781-36、および1-[4-[4-(3,4-ジクロロ-2-フルオロアニリノ)-7-メトキシキナゾリン-6-イル]オキシピペリジン-1-イル]プロパ-2-エン-1-オンとしても知られる）の、オシメルチニブ耐性EGFR変異を有すると判定された対象への投与に関する。ポジオチニブは、HER1、HER2、およびHER4を含む受容体型チロシンキナーゼのHERファミリーを介するシグナル伝達を不可逆的に阻害する、キナゾリン系pan-HER阻害剤である。ポジオチニブ、または構造的に類似する化合物（例えば、米国特許第8,188,102号および米国特許出願公開第20130071452号；参照により本明細書に組み入れられる）が、本発明の方法において用いられてもよい。

ポジオチニブ（例えばポジオチニブ塩酸塩）は、例えば錠剤として、経口投与され得る。ポジオチニブは、4～25 mgの用量で、例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、または24 mgの用量で、投与され得る。投薬は、毎日か、1日おきか、3日ごとか、または週1回であり得る。投薬は、連続的なスケジュール（例えば28日周期）であり得る。

いくつかの局面では、本明細書に記載されているように、T790変異（例えばT790M）を有する対象は、オシメルチニブの投与を受け得、かつC797変異（例えばC797S）を有する対象は、化学療法および/または放射線療法を施され得る。オシメルチニブ、化学療法、および/または放射線は、単独またはポジオチニブとの組み合わせで適用され得る。オシメルチニブは、25～100 mgの用量で、例えば約40または80 mgの用量で、投与され得る。投薬は、毎日か、1日おきか、2日ごとか、3日ごとか、または週1回であり得る。オシメルチニブは、例えば錠剤として、経口投与され得る。

A. 薬学的組成物
本明細書では、耐性EGFR変異を有すると判定された対象のための、ポジオチニブおよび薬学的に許容される担体を含む、薬学的組成物ならびに製剤もまた、提供される。

本明細書に記載されている薬学的組成物および製剤は、所望の程度の純度を有する活性成分（例えば、抗体またはポリペプチド）を、凍結乾燥製剤または水溶液の形態の1つ以上の任意の薬学的に許容される担体（Remington's Pharmaceutical Sciences 22^nd edition、2012）と混合することにより、調製することができる。薬学的に許容される担体は、一般的に、使用される用量および濃度において受容者に対して非毒性であり、緩衝液、例えば、ホスフェート、シトレート、および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤、例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；3-ペンタノール；およびm-クレゾール)；低分子量(約10残基未満)ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、またはリジン；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む、単糖類、二糖類、および他の炭水化物；キレート化剤、例えば、EDTA；糖類、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、亜鉛-タンパク質錯体）；および/または非イオン性界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)を含むが、これらに限定されない。本明細書では、例示的な薬学的に許容される担体は、介在性(insterstitial)薬剤分散剤、例えば、可溶性中性-活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質(sHASEGP)、例えば、ヒト可溶性PH-20ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えば、rHuPH20(HYLENEX(登録商標)、Baxter International、Inc.)をさらに含む。rHuPH20を含む、ある例示的なsHASEGPおよび使用方法は、米国特許公開第2005/0260186号および第2006/0104968号に記載されている。一局面では、sHASEGPは、1つ以上のさらなるグルコサミノグリカナーゼ、例えば、コンドロイチナーゼと組み合わされる。

B. 併用療法
特定の態様では、本態様の組成物および方法は、少なくとも1つのさらなる治療法と組み合わせたポジオチニブを含む。さらなる治療法は、放射線療法、手術（例えば、乳腺腫瘍摘出術および***切除術）、化学療法、遺伝子療法、DNA療法、ウイルス療法、RNA療法、免疫療法、骨髄移植、ナノセラピー、モノクローナル抗体療法、または前記の組み合わせであり得る。さらなる治療法は、アジュバントまたはネオアジュバント療法の形態であり得る。

いくつかの態様では、さらなる治療法は、小分子酵素阻害剤または転移抑制剤の投与である。いくつかの態様では、さらなる治療法は、副作用を減じた薬剤（例えば、治療の副作用の発生および/または重篤度を減少させることを意図した薬剤、例えば、制吐剤など）の投与である。いくつかの態様では、さらなる治療法は、放射線療法である。いくつかの態様では、さらなる治療法は、手術である。いくつかの態様では、さらなる治療法は、放射線療法と手術との組み合わせである。いくつかの態様では、さらなる治療法は、ガンマ照射である。いくつかの態様では、さらなる治療法は、PBK/AKT/mTOR経路を標的とする治療法、HSP90阻害剤、チューブリン阻害剤、アポトーシス阻害剤、および/または化学予防剤である。さらなる治療法は、当技術分野において周知の1つ以上の化学療法剤であり得る。

ポジオチニブは、免疫チェックポイント療法などのさらなるがん治療法の前、間、後、またはそれらと種々に組み合わせて、投与され得る。投与は、同時投与から、数分間隔、数日間隔、数週間隔までの範囲であり得る。ポジオチニブがさらなる治療剤とは別々に患者に提供される態様では、2つの化合物が患者に対してなお有利な併用効果を与えることができるように、一般的に、各送達時間の間に有意期間が終了しないことを確実にする。かかる場合において、互いの約12～24または72時間以内に、より特定的には、互いの約6～12時間以内に、患者に抗体療法および抗がん療法を提供してもよいことが企図される。いくつかの状況において、それぞれの投与の間に数日間（2、3、4、5、6、または7日間）から数週間（1、2、3、4、5、6、7、または8週間）の間隔をもたせ、治療のための期間を有意に延長することが望ましいこともある。

様々な組み合わせが利用され得る。以下の例において、ポジオチニブは「A」であり、抗がん療法は「B」である。

患者に対する本態様の任意の化合物の投与または治療法の実施は、存在する場合には薬剤の毒性を考慮に入れて、かかる化合物の投与のための一般的なプロトコルに従う。したがって、いくつかの態様では、併用療法に起因する毒性をモニタリングする工程がある。

１．化学療法
本態様に従って、多様な化学療法剤を使用することができる。用語「化学療法」は、がんを治療するための薬物の使用を指す。「化学療法剤」は、がんの治療において投与される化合物または組成物を示すために使用される。これらの薬剤または薬物は、細胞内のそれらの活性モード、例えば、それらが細胞周期に影響するかどうか、およびそれらが細胞周期のどの段階に影響するか、により分類される。あるいは、薬剤は、そのDNAに直接架橋する能力、DNA中に介入する能力、または核酸合成に作用することにより染色体および有糸***異常を誘導するための能力に基づいて特徴付けられてもよい。

化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド：スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、およびウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスフォラミド、トリエチレンチオホスフォラミド、およびトリメチロロメラミンを含む、エチレンイミンおよびメチラメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成アナログトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カチスタチン；CC-1065（そのアゾゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成アナログを含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン1およびクリプトフィシン8）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、KW-2189およびCB1-TM1を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロホスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、およびウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムヌスチン；抗生剤、例えば、エンジイン抗生剤（例えば、カリチアマイシン、特に、カリチアマイシンガンマlIおよびカリチアマイシンオメガI1）；ダイネマイシンＡを含む、ダイネマイシン；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルチノスタチン発色団および関連する色素タンパク質エンジイン抗生剤発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン（authrarnycin）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン(モルフォリノ-ドキソルビシン、シアノモルフォリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む)、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンC、ミコフェノール酸、ノガラマイシン(nogalarnycin)、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、およびゾルビシン；抗代謝物質、例えば、メトトレキサートおよび5-フルオロウラシル(5-FU)；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、プテロプテリン、およびトリメトレキサート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、およびチオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモファー、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフフリジン、エノシタビン、およびフロックスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、ドロモスタノロンプロピオナート、エピチオスタノール、メピチオスタン、およびテストラクトン；抗副腎、例えば、ミトタンおよびトリロスタン；葉酸補充物質、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルミチン；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシッド；ガリウムニトレート；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニンメイタンシノイド、例えば、メイタンシンおよびアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサトロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；2-エチルヒドラジド；プロカルバジン；PSK多糖複合体；ラゾキサン；リゾキシンン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；2,2',2''-トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、T-2毒素、ベラクリンA、ロリジンA、およびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド(「Ara-C」)；シクロホスファミド；タキソイド、例えば、パクリタキセルおよびドセタキセルゲムシタビン；6-チオグアニン；メルカプトプリン；プラチナ配位錯体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、およびカルボプラチン；ビンブラスチン；プラチナ；エトプシド(VP-16)；イフォスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼロダ；イバンドロナート；イリノテカン（例えば、CPT-11）；トポイソメラーゼ阻害剤RFS2000；ジフルオロジフルオロメチルオルニチン(DMFO)；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン、ゲムシタビエン、ナベルビン、ファネシル－タンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランスプラチナ、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が含まれる。

２．放射線療法
DNA損傷を引き起こし、かつ幅広く用いられている他の因子は、γ線、X線として知られているもの、および/または腫瘍細胞に対する放射性同位体の指向性送達を含む。DNA損傷因子の他の形態も企図され、例えば、電子レンジ、陽子ビーム照射（米国特許第5,760,395号および第4,870,287号）、ならびにUV照射が挙げられる。これらの因子の全ては、DNAに対して、DNAの前駆体に対して、DNAの複製および修復に対して、ならびに染色体の集合および維持に対して、広範囲の損傷に影響を与える可能性が高い。X線についての線量範囲は、長期間（3～4週間）についての50～200レントゲンの1日線量から、2000～6000レントゲンの単一線量までの範囲にわたる。放射性同位体についての線量範囲は、広く異なり、同位体の半減期、放出された放射線の強度および種類、ならびに新生物細胞による取込みに依存する。

３．免疫療法
当業者は、さらなる免疫療法が、本態様の方法と組み合わせてまたは連動させて用いられ得ることを理解するだろう。がん治療の文脈において、免疫療法は、一般的に、がん細胞を標的とし、それを破壊するために、免疫エフェクター細胞および分子の使用に依存する。リツキシマブ（RITUXAN（登録商標））は、その一例である。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面上にあるいくつかのマーカーに特異的な抗体であり得る。抗体単独を治療法のエフェクターとして使用することもでき、または、抗体が、細胞殺傷に実際に作用する他の細胞を動員してもよい。抗体はまた、薬物または毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンA鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）にコンジュゲートされ、分子標的剤として機能することができる。あるいは、エフェクターは、直接的または間接的に腫瘍細胞標的と相互作用する表面分子を有するリンパ球であり得る。様々なエフェクター細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞およびＮＫ細胞を含む

抗体－薬物コンジュゲートは、がん治療の開発において画期的なアプローチとして出現した。がんは、世界中において、主な死因の一つである。抗体-薬物コンジュゲート(ADC)は、細胞を殺傷する薬物に共有結合したモノクローナル抗体(MAb)を含む。このアプローチは、Mabのそれらの抗原標的に対する高い特異性と、高度に強力な細胞傷害性薬物とを組み合わせており、ペイロード(薬物)を豊富なレベルの抗原と共に腫瘍細胞に送達する「武装した」MAbsをもたらす。薬物の標的指向性送達はまた、正常組織中への薬物の曝露を最小限にし、毒性の軽減および治療指標の改善をもたらす。2つのADC薬物の認可、FDAにより2011年に認可されたADCETRIS(登録商標)（ブレンツキシマブベドチン）および2013年に認可されたKADCYLA(登録商標)（トラスツズマブエムタンシンまたはT-DM1）は、このアプローチを確証している。現在、30種を超えるADC薬物候補が、がん治療のための臨床試験の様々な段階にある(Lealら、2014)。抗体エンジニアリングおよびリンカー-ペイロード最適化が、益々成熟しているために、新規ADCの創薬および開発は、このアプローチと標的指向性MAbの生成とに好適な新規標的の同定および検証に大いに依存する。ADCの標的についての2つの基準は、腫瘍細胞および頑強な内部移行における、上方制御された/高レベルの発現である。

免疫療法の一局面では、腫瘍細胞は、標的指向化に適している（すなわち、他の細胞の大部分において存在しない）いくつかのマーカーを有する必要がある。多くの腫瘍マーカーが存在し、これらのいずれもが、本態様の文脈における標的指向化に好適であり得る。一般的な腫瘍マーカーは、CD20、がん胎児性抗原、チロシナーゼ(p97)、gp68、TAG-72、HMFG、Sialyl Lewis抗原、MucA、MucB、PLAP、ラミニン受容体、erb B、およびp155を含む。免疫療法の代替的な局面は、抗がん効果と免疫刺激効果とを組み合わせることである。サイトカイン、例えば、IL-2、IL-4、IL-12、GM-CSF、ガンマ-IFN、ケモカイン、例えば、MIP-1、MCP-1、IL-8、および増殖因子、例えば、FLT3リガンドを含む、免疫刺激分子も存在する。

免疫療法の例には、免疫アジュバント、例えば、マイコバクテリウムボビス、熱帯熱マラリア原虫、ジニトロクロロベンゼン、および芳香族化合物（米国特許第5,801,005号および第5,739,169号；HuiおよびHashimoto、1998；Christodoulidesら、1998）；サイトカイン療法、例えば、インターフェロンα、β、およびγ、IL-1、GM-CSF、およびTNF（Bukowskiら、1998；Davidsonら、1998；Hellstrandら、1998）；遺伝子療法、例えば、TNF、IL-1、IL-2、およびp53（Qinら、1998；Austin-WardおよびVillaseca、1998；米国特許第5,830,880号および第5,846,945号）；ならびにモノクローナル抗体、例えば、抗CD20、抗ガングリオシドGM2、および抗p185（Hollander、2012；Hanibuchiら、1998；米国特許第5,824,311号）が含まれる。1つ以上の抗がん療法が本明細書に記載の抗体療法と共に使用され得ることが企図される。

いくつかの態様では、免疫療法は、免疫チェックポイント阻害剤であり得る。免疫チェックポイントは、シグナル（例えば、共刺激分子）を強くするか、またはシグナルを弱くする。免疫チェックポイント妨害により標的とされ得る阻害性免疫チェックポイントは、アデノシンA2A受容体(A2AR)、B7-H3（CD276としても知られている）、BおよびTリンパ球減衰剤(BTLA)、細胞傷害性T-リンパ球関連タンパク質4(CTLA-4、CD152としても知られている)、インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)、キラー細胞免疫グロブリン(KIR)、リンパ球活性化遺伝子-3(LAG3)、プログラム死1(PD-1)、T細胞免疫グロブリンドメインおよびムチンドメイン3(TIM-3)、ならびにT細胞活性化のVドメインIg抑制剤(VISTA)を含む。特に、免疫チェックポイント阻害剤は、PD-1系および/またはCTLA-4を標的とする。

免疫チェックポイント阻害剤は、薬物、例えば、小分子、リガンドもしくは受容体の組換え形態であることができ、または特に、抗体、例えば、ヒト抗体（例えば、国際特許公開第WO2015/016718号；Pardoll, Nat Rev Cancer、12(4):252-64, 2012；両文献は参照により本明細書に取り込まれる）である。免疫チェックポイントタンパク質またはそのアナログの既知の阻害剤が用いられてもよく、特に、キメラ、ヒト化、またはヒト形態の抗体が用いられてもよい。当業者には、代替的および/または等価な名称が、本開示において言及された特定の抗体のために使用されてもよいことが分かるであろう。かかる代替的および/または等価な名称は、本明細書の文脈において互換的である。例えば、ランブロリズマブは、代替的および等価な名称としてMK-3475およびペンブロリズマブとしても知られていることが知られている。

いくつかの態様では、PD-1結合アンタゴニストは、PD-1のそのリガンド結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一局面では、PD-1リガンド結合パートナーは、PDL1および/またはPDL2である。別の態様では、PDL1結合アンタゴニストは、PDL1のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一局面では、PDL1結合パートナーは、PD-1および/またはB7-1である。別の態様では、PDL2結合アンタゴニストは、PDL2のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一局面では、PDL2結合パートナーは、PD-1である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであり得る。例示的な抗体は、米国特許第8,735,553号、第8,354,509号、および第8,008,449号に記載されており、これらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。本明細書にて提供される方法において使用するための他のPD-1系アンタゴニストは、当技術分野において周知であり、例えば、米国特許公開第US2014/0294898号、第US2014/022021号、および第US2011/0008369号に記載されており、これらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。

いくつかの態様では、PD-1結合アンタゴニストは、抗PD-1抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの態様では、抗PD-1抗体は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびCT-011からなる群より選択される。いくつかの態様では、PD-1結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のFc領域）に融合したPDL1またはPDL2の細胞外またはPD-1結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの態様では、PD-1結合アンタゴニストは、AMP-224である。MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558、およびOPDIVO(登録商標)としても知られているニボルマブは、WO2006/121168に記載されている抗PD-1抗体である。MK-3475、Merck3475、ランブロリズマブ、KEYTRUDA(登録商標)、およびSCH-900475としても知られているペンブロリズマブは、WO2009/114335に記載されている抗PD-1抗体である。hBATまたはhBAT-1としても知られているCT-011は、WO2009/101611に記載されている抗PD-1抗体である。B7-DCIgとしても知られているAMP-224は、WO2010/027827およびWO2011/066342に記載されているPDL2-Fc融合可溶性受容体である。

本明細書において提供される方法において標的とされ得る別の免疫チェックポイントは、CD152としても知られている、細胞傷害性T-リンパ球-関連タンパク質4(CTLA-4)である。ヒトCTLA-4の完全なcDNA配列は、Genbankアクセッション番号L15006を有する。CTLA-4は、T細胞の表面上で見出され、抗原-提示細胞の表面上のCD80またはCD86に結合されると、「オフ」スイッチとして作用する。CTLA4は、ヘルパーT細胞の表面上で発現され、阻害性シグナルをT細胞に伝達する、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。CTLA4は、T細胞共刺激タンパク質、CD28に類似しており、両分子は、抗原-提示細胞上のそれぞれB7-1およびB7-2とも呼ばれるCD80およびCD86に結合する。CTLA4は、阻害性シグナルをT細胞に伝達し、一方で、CD28は、刺激性シグナルを伝達する。細胞内CTLA4は、調節性T細胞においても見出され、それらの機能にとって重要であり得る。T細胞受容体およびCD28を介するT細胞活性化は、CTLA-4、B7分子についての阻害性受容体の発現増大に至る。

いくつかの態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗CTLA-4抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、もしくはキメラ抗体）、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドである。

本方法において使用するのに好適な抗ヒトCTLA-4抗体(またはそれらに由来するVHおよび/もしくはVLドメイン)は、当該分野において周知の方法を用いて作成することができる。あるいは、当該分野において認識される抗CTLA-4抗体を使用することができる。例えば、米国特許第8,119,129号；国際特許公開第WO01/14424号、第WO98/42752号、および第WO00/37504号(CP675,206、トレメリムマブ；以前のチシリムマブとしても知られている)；米国特許第6,207,156号；Hurwitzら、1998；Camachoら、2004；ならびにMokyrら、1998において開示された抗CTLA-4抗体を、本明細書において開示される方法において使用することができる。前記刊行物のそれぞれの教示内容は、参照により本明細書に組み込まれる。CTLA-4に対する結合について当該分野において認識されるこれらの抗体と競合する抗体を使用することもできる。例えば、ヒト化CTLA-4抗体は、国際特許出願第WO2001/014424号、および第WO2000/037504号、および米国特許第8,017,114号に記載されており、これらの全ては、参照により本明細書に組み込まれる。

例示的な抗CTLA-4抗体は、イピリムマブ（10D1、MDX-010、MDX-101、およびYervoy(登録商標)としても知られている）またはその抗原結合断片およびバリアントである（例えば、WO01/14424を参照されたい）。他の態様では、抗体は、イピリムマブの重鎖および軽鎖CDRまたはVRを含む。したがって、一態様では、抗体は、イピリムマブのVH領域のCDR1、CDR2、およびCDR3ドメイン、ならびにイピリムマブのVL領域のCDR1、CDR2、およびCDR3ドメインを含む。別の態様では、抗体は、上記の抗体と同じCTLA-4上のエピトープとの結合および/またはそれらへの結合について競合する。別の態様では、抗体は、上記の抗体と少なくとも約90%の可変領域アミノ酸配列相同性（例えば、イピリムマブと少なくとも約90%、95%、または99%の可変領域相同性）を有する。

CTLA-4を調節するための他の分子は、CTLA-4リガンドおよび受容体、例えば、米国特許第5,844,905号、第5,885,796号、および国際特許出願第WO1995/001994号および第WO1998/042752号に記載のもの；全て参照により本明細書に取り込まれる、ならびにイムノアドヘシン、例えば、米国特許第8,329,867号に記載のもの、参照により本明細書の取り込まれる、を含む。

４．手術
がんを有する人の約６０％は、予防的、診断的または病期分類的、治療的、および緩和的手術を含む、ある種の手術を受ける。治療的手術は、がん組織の全てまたは一部が物理的に除去されるか、切除されるか、および/または破壊される切除術を含み、また他の治療法、例えば、本態様の治療、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、遺伝子療法、免疫療法、および/または代替的な治療法と併用することができる。腫瘍切除術は、腫瘍の少なくとも一部の物理的除去を指す。腫瘍切除術に加えて、手術による治療は、レーザー手術、冷凍外科手術、電気手術、および顕微鏡制御された手術（モース手術）を含む。

がん細胞、組織、または腫瘍の一部または全ての切除では、体内に腔が形成されてもよい。治療は、さらなる抗がん療法を用いる領域の灌流、直接注入、または局所適用により成し遂げることができる。かかる治療は、例えば、1、2、3、4、5、6もしくは7日ごとに、または1、2、3、4および5週ごとに、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12ヶ月ごとに繰り返すことができる。これらの治療は、用量を変化させたものであってもよい。

５．他の薬剤
治療の治療効果を改善するために本態様の特定の局面と組み合わせて他の薬剤を用いてもよいことが企図される。これらのさらなる薬剤には、細胞表面受容体およびGAPジャンクションの上方制御に作用する薬剤、細胞増殖抑制剤および分化剤、細胞接着の阻害剤、過剰増殖細胞のアポトーシス誘導剤への感受性を増大させる薬剤、または他の生物学的薬剤が含まれる。GAPジャンクションの数を高めることによる細胞内シグナリングの増大は、隣接する過剰増殖細胞集団に対する抗過剰増殖効果を増大し得る。他の態様では、細胞増殖抑制剤または分化剤は、治療の抗過剰増殖効果を改善するために本態様の特定の局面と組み合わせて用いることができる。細胞接着の阻害剤は、本態様の効果を改善するために企図される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ(FAK)阻害剤およびロバスタチンである。抗体c225などの過剰増殖細胞のアポトーシスに対する感受性を増大させる他の薬剤が、治療効果を改善するために本態様の特定の局面と組み合わせて用いられ得ることがさらに企図される。

IV. キット
オシメルチニブ耐性EGFR変異（例えば、本明細書において開示されるもの）を検出するためのキットも、本開示の範囲の範囲内である。そのようなキットの一例は、オシメルチニブ耐性EGFR変異に特異的なプライマーのセットを含み得る。キットは、本明細書に記載されている特定のオシメルチニブ耐性EGFR変異の存在または不在を検出するためにプライマーを使用するための指示書を、さらに含み得る。キットは、がん患者由来の試料において、本明細書に記載のオシメルチニブ耐性EGFR変異について陽性であると同定することが、チロシンキナーゼ阻害剤ポジオチニブまたは構造的に類似の阻害剤に対する感受性の指標となることを示す、診断目的のための指示書を、さらに含み得る。キットは、がん患者由来の試料において、本明細書に記載のオシメルチニブ耐性EGFR変異について陽性であると同定することが、ポジオチニブまたは構造的に類似の阻害剤を用いて患者が治療されるべきであることを示すことを示す指示書を、さらに含み得る。

V. 実施例
以下の実施例は、本発明の好ましい態様を実証するために含まれる。当業者であれば、後に続く本実施例において開示された技術は、本発明の実施において十分に機能することが本発明者により見出された技術であり、それ故に、その実施のための好ましいモードを構成するものとして考慮することができる、ということを理解するべきである。しかし、当業者であれば、本開示に照らして、本明細書において開示された特定の態様において多数の変更を加えることができること、そして本発明の精神および範囲から逸脱することなく同様または類似する結果を依然として得ることができること、を理解するべきである。

実施例1 － オシメルチニブ耐性EGFR変異を有するがん細胞に対する、薬物の同定
オシメルチニブ耐性変異またはエルロチニブ耐性変異であって、エクソン18～21にわたる非定型EGFR変異、および古典的EGFR変異を含む変異を発現する、Ba/F3細胞株のパネルが作製された。変異の形質転換能力はその後、IL-3を除外した後の細胞生存率の持続性によって、評価された。活性化EGFR変異体Ba/F3細胞はその後、ポジオチニブに対してスクリーニングされた。細胞生存率は、Cell Titer Gloアッセイにより決定された。

ポジオチニブは、非定型変異（例えば、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797S）を発現するBa/F3細胞株の増殖を、3 nM未満のIC50値で阻害した。さらなるデノボ耐性変異（例えばI740duplPVAIK）のインシリコモデリングは、受容体のキナーゼヒンジにおける変化は、オシメルチニブの結合を防止し得るが、ポジオチニブが結合する、薬物結合ポケット中のより深部の残基は、影響を受けなかったことを明らかにした。変異体EGFRのインシリコモデリングは、エクソン18のPループが、オシメルチニブの結合において重要であるが、ポジオチニブの結合においてはそうではないことを実証した（図1）。EGFRエクソン19 del（E746_A7450del）に結合したオシメルチニブのインシリコモデリングは、オシメルチニブのインドール環と、アミノ酸V726およびF723を含むEGFRエクソン18のPループとの間の、独特なπスタッキング相互作用を有していた。ポジオチニブは、薬物結合ポケット内へとさらに伸びて、T790を含む疎水性間隙と相互作用した。EGFR G719Sの、ポジオチニブとのインシリコモデリングは、ポジオチニブの結合においても、TKI－タンパク質相互作用においても、予測される変化が存在しないことを示した（図1C）。L719Q変異の分子モデリングは、Q719が、オシメルチニブとM793との相互作用を妨害し、そしてマイケルアクセプター（反応基）を、C797を有するアラインメントから移動させたことを実証した。対照的にポジオチニブは、Q719による影響をあまり受けず、かつ、L719Q変異の状況下においてさえも、依然としてC797と反応する位置にあった（図1D）。

図2Aは、ポジオチニブが、インビトロで、非定型EGFR変異において、オシメルチニブと比べてより強力かつより選択的であることを示す。さらに、インビボにおいて、非定型的なPループエクソン18変異は、オシメルチニブに対する一次耐性を生じさせるが、ポジオチニブに対してはそうではないことが示された（図3A）。

さらなる試験は、獲得された非定型変異は、オシメルチニブに対する耐性を生じさせるが、キナゾリンTKIに対しては感受性であること、および、共起する変異の薬物感受性／耐性プロファイルは、一次変異によってもたらされ得ることを示した。（図4）。

したがって、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797Sを含む、デノボおよび獲得性の両方の非定型オシメルチニブ耐性EGFR変異型NSCLCに対して、ポジオチニブは有効な阻害剤である。本試験は、第2世代TKI、特にポジオチニブが、非定型EGFR変異体NSCLCにおいて、オシメルチニブ耐性を克服したことを示した。

（表１）記載されている一次非定型変異を発現するBa/F3細胞の、ポジオチニブまたはオシメルチニブでの処理の72時間後のIC50値。

（表２）記載されている獲得された非定型変異を発現するBa/F3細胞の、ポジオチニブまたはオシメルチニブでの処理の72時間後のIC50値。

（表３）Ba/F3細胞株を作製するために使用された変異および配列の一覧。

実施例2 － 材料および方法
Ba/F3細胞株の作製およびIL-3の除外：Ba/F3細胞株は、以前に記述されたように確立された（Robichaux et al., 2018）。手短に述べると、安定なBa/F3細胞株は、12時間にわたる、Ba/F3細胞株へのレトロウイルス形質導入によって作製された。レトロウイルスは、リポフェクタミン2000（Invitrogen）を用いて、表1に要約されるpBabe-Puroベースのベクター（AddgeneおよびBioinnovatise）を、Phoenix 293T-ampho細胞（Orbigen）へとトランスフェクトすることによって、作製された。形質導入の3日後、2 μg/mlのピューロマイシン（Invitrogen）がRPMI培地に添加された。細胞株はその後、IL-3の不在下で2週間にわたり成長させ、そして細胞生存率は、Cell Titer Gloアッセイ（Progema）を用いて3日ごとに評価された。結果として得られた安定な細胞株は、10% FBS含有、IL-3不含有のRPMI-1640培地において維持された。

細胞生存率アッセイおよびIC₅₀推定：細胞生存率は、以前に記述されたように、Cell Titer Gloアッセイ（Promega）を用いて決定された（Robichaux et al., 2018）。手短に述べると、1ウェルにつき2000～3000個の細胞が、384ウェルプレート（Greiner Bio-One）に、技術的反復＝3としてプレーティングされた。細胞は、1ウェルにつき40 μLの最終量で、7種類の異なる濃度のチロシンキナーゼ阻害剤か、またはビヒクル単独で処理された。3日後、11 μLのCell Titer Gloが、各ウェルに添加された。プレートは15分間振とうされ、そして生物発光は、FLUOstar OPTIMAマルチモードマイクロプレートリーダー（BMG LABTECH）を用いて決定された。生物発光の値は、DMSOで処理された細胞に対して正規化され、そして、変数の傾きを有する、正規化されたデータへの非線形回帰のあてはめを用いて、GraphPad Prismにおいて、正規化された値はプロットされた。IC₅₀値は、50%阻害として、GraphPad Prismにより算定された。

本明細書において開示され、特許請求される方法の全ては、本開示に照らして、過度の実験を行うことなく、構築および実施することができる。本発明の組成物および方法は、好ましい態様に関連して説明されてきたが、当業者には、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書において記載された方法、および方法の段階または段階の順序に変更が適用されてもよいことが、明らかであろう。より具体的には、化学的および生理的の両方において関連する特定の作用物質が、本明細書に記載の作用物質の代わりに用いられてもよく、それらが同じまたは同様の結果に到達し得ることは、明らかであろう。当業者には明らかである全てのかかる同様の置換および修飾は、添付の特許請求の範囲により定義される本発明の精神内、範囲内、および概念内であるとみなされる。

参考文献
以下の参考文献は、本明細書に示されたものを補足する例示的な手順の、または他の詳細を提供する範囲で、参照により本明細書に具体的に組み入れられる。

Claims (82)

1. 対象においてがんを治療する方法であって、有効量のポジオチニブを該対象に投与する段階を含み、該対象が、1つまたは複数の上皮成長因子受容体（EGFR）チロシンキナーゼ阻害剤（TKI）耐性変異を有すると判定されている、方法。
2. 前記ポジオチニブが、ポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される、請求項1に記載の方法。
3. 前記ポジオチニブ塩酸塩が、錠剤として製剤化されている、請求項1または2に記載の方法。
4. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、エクソン18、19、20、または21における点変異、挿入、および/または1～18個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項1～3のいずれか一項に記載の方法。
5. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、エクソン18のアミノ酸688～728における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または3～18個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項1～4のいずれか一項に記載の方法。
6. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン18変異が、E709、L718、G719、S720、およびG724からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する、請求項5に記載の方法。
7. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン18変異が、E709、L718、G719、S720、G724、およびT725からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する、請求項5または6に記載の方法。
8. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン18変異が、E709A、L718Q、L718V、G719A、G719S、S720P、および/またはG724Sを含む、請求項5～7のいずれか一項に記載の方法。
9. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン18変異が、E709A、E709K、L718Q、L718V、G719A、G719S、S720P、G724S、および/またはT725Mを含む、請求項5～8のいずれか一項に記載の方法。
10. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、エクソン19のアミノ酸729～761における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または3～18個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項1～9のいずれか一項に記載の方法。
11. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン19変異が、I744、L747、L747、A755、K757、および/またはD761からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する、請求項10に記載の方法。
12. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン19変異が、I744、L747、L747、K754、A755、K757、および/またはD761からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する、請求項10または11に記載の方法。
13. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン19変異が、I744V、I744T、L747S、L747FS、A755T、K757R、および/またはD761Nを含む、請求項10～12のいずれか一項に記載の方法。
14. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン19変異が、I744V、I744T、L747S、L747P、L747FS、K754E、A755T、K757R、および/またはD761Nを含む、請求項10～13のいずれか一項に記載の方法。
15. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、エクソン20のアミノ酸763～823における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または3～18個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項1～14のいずれか一項に記載の方法。
16. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン20変異が、A763、S768、V769、H773、D770、V774、C775、S784、L792、G796、C797、S811、およびR776からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する、請求項15に記載の方法。
17. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン20変異が、A763、A767、S768、V769、N771、H773、D770、V774、C775、S784、L792、G796、C797、S811、およびR776からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する、請求項15または16に記載の方法。
18. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン20変異が、D770insNPG、S784F、R776C、S768I、V774M、S768I、H773insAH、H773insNPH、V774A、V769L、V769M、S768dupSVD、A763insLQEA、L792H、G796D、S784F、C775Y、および/またはS811Fを含む、請求項15～18のいずれか一項に記載の方法。
19. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン20変異が、A767ASV、D770insNPG、S784F、R776C、S768I、V774M、S768I、H773insAH、H773insNPH、V774A、V769L、V769M、S768dupSVD、A763insLQEA、N771dupN、R776H、L792H、G796D、S784F、C775Y、および/またはS811Fを含む、請求項15～18のいずれか一項に記載の方法。
20. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、エクソン21のアミノ酸824～875における1つまたは複数の点変異、挿入、および/または3～18個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項1～19のいずれか一項に記載の方法。
21. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン21変異が、L833、V834、G836、V843、T854、L861、L861、L862、L844、およびL858からなる群より選択される1つまたは複数の残基に位置する、請求項20に記載の方法。
22. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン21変異が、L833F、V834L、L858R、L861Q、V843I、L861R、L862V、L844V、L861Q、G836S、および/またはT854Iを含み得る、請求項20または21に記載の方法。
23. 前記1つまたは複数のEGFRエクソン21変異が、L833F、L833V、V834L、L858R、L861Q、V843I、L861R、L862V、L844V、L861Q、G836S、および/またはT854Iを含み得る、請求項20～22のいずれか一項に記載の方法。
24. 前記対象が、2つ、3つ、または4つのEGFR TKI耐性変異を有すると判定されている、請求項1～23のいずれか一項に記載の方法。
25. 前記対象が、以前にTKIの投与を受けている、請求項1～24のいずれか一項に記載の方法。
26. 前記対象が、以前に投与を受けたTKIに対して耐性である、請求項25に記載の方法。
27. 前記TKIが、ラパチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、オルムチニブ、ロシレチニブ、ナコチニブ、またはネラチニブである、請求項25または26記載の方法。
28. 前記TKIが、オシメルチニブ、イブルチニブ、ナザルチニブ、オルムチニブ、ロシレチニブ、またはナコチニブである、請求項25～27のいずれか一項に記載の方法。
29. 前記TKIがオシメルチニブである、請求項25～28のいずれか一項に記載の方法。
30. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、残基E709、L718、G719、G724、C797、V843、T854、L861、および/またはL792にある、請求項1～29のいずれか一項に記載の方法。
31. 前記対象が、残基C797またはT790におけるEGFR変異を有さないと判定されている、請求項1～30のいずれか一項に記載の方法。
32. 前記対象が、残基T790におけるEGFR変異を有さないと判定される、請求項1～31のいずれか一項に記載の方法。
33. 前記対象がT790変異を有する、請求項1～30のいずれか一項に記載の方法。
34. 前記対象が、T790変異を、少なくとも1つのさらなる変異との組み合わせで有する、請求項33に記載の方法。
35. 前記対象が、T790MおよびG719A変異を有する、請求項34に記載の方法。
36. 前記対象が、T790MおよびG719S変異を有する、請求項34に記載の方法。
37. 前記対象が、C797における残基における変異を有すると判定される、請求項32～36のいずれか一項に記載の方法。
38. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、G719X、E709X、G724S、L718X、L861Q、T854I、V843I、C797S、および/またはL792Xからなる群より選択され、Xが任意のアミノ酸である、請求項1～37のいずれか一項に記載の方法。
39. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797Sからなる群より選択される、請求項1～38のいずれか一項に記載の方法。
40. 前記対象が、患者由来のゲノム試料を分析することにより、EGFR TKI耐性変異を有すると判定されている、請求項1～39のいずれか一項に記載の方法。
41. 前記ゲノム試料が、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される、請求項41に記載の方法。
42. 前記EGFR TKI耐性変異の存在が、核酸配列決定またはPCR分析により判定される、請求項1～41のいずれか一項に記載の方法。
43. 前記ポジオチニブが経口投与される、請求項1～42のいずれか一項に記載の方法。
44. 前記ポジオチニブが、5～25 mgの用量で投与される、請求項1～43のいずれか一項に記載の方法。
45. 前記ポジオチニブが、8 mg、12 mg、または16 mgの用量で投与される、請求項1～44のいずれか一項に記載の方法。
46. 前記ポジオチニブが毎日投与される、請求項1～45のいずれか一項に記載の方法。
47. 前記ポジオチニブが継続的に投与される、請求項1～46のいずれか一項に記載の方法。
48. 前記ポジオチニブが28日周期で投与される、請求項1～47のいずれか一項に記載の方法。
49. さらなる抗がん療法を施す段階をさらに含む、請求項1～48のいずれか一項記載の方法。
50. 前記さらなる抗がん療法が、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である、請求項49に記載の方法。
51. 前記ポジオチニブおよび/または前記抗がん療法が、静脈内に、皮下に、骨内に、経口的に、経皮的に、持続型放出にて、制御型放出にて、遅延型放出にて、坐剤として、または舌下に、適用される、請求項49または50に記載の方法。
52. 前記ポジオチニブおよび/または前記抗がん療法の適用が、局所への、局部への、または全身への適用を含む、請求項49～51のいずれか一項に記載の方法。
53. 前記ポジオチニブおよび/または前記抗がん療法が、2回以上適用される、請求項49～52のいずれか一項に記載の方法。
54. 前記がんが、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍I型およびII型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、あるいは皮膚がんである、請求項1～53のいずれか一項に記載の方法。
55. 前記がんが非小細胞肺がんである、請求項1～54のいずれか一項に記載の方法。
56. 前記患者がヒトである、請求項1～55のいずれか一項に記載の方法。
57. 1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異を有すると判定された対象において使用するための、ポジオチニブを含む薬学的組成物。
58. 経口組成物としてさらに定義される、請求項57に記載の組成物。
59. 5～25 mgのポジオチニブを含む、請求項57または58に記載の組成物。
60. 8 mg、12 mg、または16 mgのポジオチニブを含む、請求項57または58に記載の組成物。
61. 前記ポジオチニブが、ポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される、請求項57に記載の組成物。
62. 錠剤として製剤化されている、請求項57または58に記載の組成物。
63. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、エクソン18、19、20、または21における点変異、挿入、および/または1～18個のヌクレオチドの欠失を含む、請求項57～62のいずれか一項に記載の組成物。
64. 前記対象が、2つ、3つ、または4つのEGFR TKI耐性変異を有すると判定されている、請求項57～63のいずれか一項に記載の組成物。
65. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、残基E709、L718、G719、G724、C797、V843、T854、L861、および/またはL792にある、請求項57～64のいずれか一項に記載の組成物。
66. 前記対象が、残基C797またはT790においてEGFR変異を有さないと判定されている、請求項57～65のいずれか一項に記載の組成物。
67. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、G719X、E709X、G724S、L718X、L861Q、T854I、V843I、C797S、および/またはL792Xからなる群より選択され、Xが任意のアミノ酸である、請求項57～66のいずれか一項に記載の組成物。
68. 前記1つまたは複数のEGFR TKI耐性変異が、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797Sからなる群より選択される、請求項57～67のいずれか一項に記載の組成物。
69. 前記対象が、抗がん療法による治療を受けている、請求項57～68のいずれか一項に記載の組成物。
70. がんを有する対象におけるポジオチニブ単独またはポジオチニブと第2の抗がん療法との組み合わせに対する応答性を予測する方法であって、当該患者から得られたゲノム試料におけるEGFR TKI耐性変異を検出する段階を含み、該試料が該EGFR TKI耐性変異の存在について陽性である場合に、該患者がポジオチニブ単独またはポジオチニブと抗がん療法との組み合わせに対して好ましい応答性を有すると予測される、方法。
71. 前記EGFR TKI耐性変異が、残基E709、L718、G719、G724、C797、V843、T854、L861、および/またはL792にある、請求項70に記載の方法。
72. 前記ゲノム試料が、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される、請求項70または71に記載の方法。
73. HERエクソン21変異の存在が、核酸配列決定またはPCR分析により判定される、請求項70～72のいずれか一項に記載の方法。
74. 前記EGFR TKI耐性変異が、G719X、E709X、G724S、L718X、L861Q、T854I、V843I、C797S、および/またはL792Xからなる群より選択され、Xが任意のアミノ酸である、請求項70～73のいずれか一項に記載の方法。
75. 前記EGFR TKI耐性変異が、L861Q、G719S、L858R/L792H、L858R/C797S、およびEx19del/C797Sからなる群より選択される、請求項70～74のいずれか一項に記載の方法。
76. ポジオチニブ単独またはポジオチニブと抗がん療法との組み合わせに対する好ましい応答性が、腫瘍の大きさもしくは腫瘍量の減少、腫瘍成長の阻害、腫瘍関連疼痛の軽減、がん関連病態の軽減、がん関連症状の軽減、がんの非進行、無病期間の延長、進行までの期間の延長、寛解の誘導、転移の減少、または患者の生存性の向上を含む、請求項70～75のいずれか一項に記載の方法。
77. 好ましい応答性を有すると予測された前記患者にポジオチニブを単独または第2の抗がん療法との組み合わせで施す段階をさらに含む、請求項70～76のいずれか一項記載の方法。
78. 前記ポジオチニブが経口投与される、請求項70～77のいずれか一項に記載の方法。
79. 前記ポジオチニブが、5～25 mgの用量で投与される、請求項70～78のいずれか一項に記載の方法。
80. 前記ポジオチニブが、8 mg、12 mg、または16 mgの用量で投与される、請求項70～79のいずれか一項に記載の方法。
81. 前記ポジオチニブが、ポジオチニブ塩酸塩としてさらに定義される、請求項70～80のいずれか一項に記載の方法。
82. 前記ポジオチニブ塩酸塩が、錠剤として製剤化されている、請求項81に記載の方法。

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