JP2022510407A - 多重反応同位体分子種反応モニタリングによる、サンプル内検量線を用いた分析方法 - Google Patents

Abstract

本開示は、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析におけるいくつかの方法を提供する：（１）サンプルの分析物濃度を決定するための、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析技術の方法、ここで、多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）モードにおいて、ＭＳ／ＭＳを介して、それぞれのサンプルに追加した安定同位体標識（ＳＩＬ）分析物の、多重同位体分子種トランジションをモニターすることによって、外部検量線の代わりにサンプル内検量線（ＩＳＣＣ）が用いられる；（２）サンプルの分析物濃度を決定するための、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析の方法、ここで、１つのサンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）が、マルチサンプル外部検量線の代わりに用いられる；および（３）分析物濃度がアッセイのＵＬＯＱを超えているサンプルの分析物濃度を決定するための、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析の方法、ここで、モニターしたＭＩＲＭチャンネルの同位体存在率の計算に基づいて、サンプル調製においてサンプルを物理的に希釈する代わりに、同位体サンプル希釈が用いられる。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本願は、米国仮出願第６２／７７５，３１８号（２０１８年１２月４日出願）の優先権を主張する。米国仮出願第６２／７７５，３１８号の全体的な内容は、参照によって本明細書に援用される。

ＥＦＳ－ＷＥＢによって電子的に提出する配列表の参照
本願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂによって電子的に提出される配列表（名前：「３３３８＿１４８ＰＣ０１＿ＳＬ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」；サイズ：８４４ｂｙｔｅｓ；および作成日：２０１９年１２月３日）を含み、これはその全体が参照によって本明細書に援用される。

探索医学研究の近年の急速な発展に伴い、前臨床および臨床試験におけるバイオマーカーの定量的決定、および定量的プロテオミクスは、分子および細胞生物学研究、医薬品探索および開発において、潜在的バイオマーカーの特定および検証、患者の層別化および用量選択を可能にすること、代替エンドポイントとしての機能、および作用部位におけるＰＫ／ＰＤ関係の構築などの、ますます重要な役割を有するようになっている。発生した研究サンプルと同じ生物学的マトリックスにおいて作成した外部検量線の使用、およびアッセイの内部標準として、外部検量線および発生した研究サンプルの両方における、安定に同位体標識した（ＳＩＬ）分析物の使用は、生物学的マトリックスにおける小分子薬物および生物学的薬物の定量的決定のための、正確で安定した液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）アッセイの開発において、重要であることは周知である。

しかしながら、前臨床および臨床試験におけるバイオマーカー測定では、バイオマーカーの内在的な性質により、真のマトリックスにおける真の参照標準を用いた外部検量線の使用が、多くの場合不可能である。真のマトリックスにおけるＳＩＬ代替分析物によって外部検量線を作成することは、代替策の１つであり、ＳＩＬ代替分析物と真の分析物は、サンプル抽出、クロマトグラフィー分離、ＭＳイオン化、フラグメント化、および検出に関して、「同一の」物理化学的性質を有しているため、真のマトリックスにおける真の分析物を用いたアッセイと、同様のアッセイ性能を提供することができる。しかしながらＳＩＬ分析物の別のバージョンがアッセイの内部標準として必要であり、ＳＩＬ分析物の２つのバージョンへのアクセスは、特にタンパク質の分析について、非常にコストと時間がかかるため、このアプローチは容易に利用することはできない。そのため、薬物の開発の前臨床または臨床段階において、バイオマーカー、薬物、またはその代謝物の定量的ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析のための他のアプローチを開発する必要がある。

本開示は、サンプル中の少なくとも１つの分析物の濃度を定量するための、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ技術に関するものであり、当該方法は、１つ以上の既知の分量の安定同位体標識（ＳＩＬ）分析物を、少なくとも１つの分析物を含むサンプルに加え、添加したそれぞれのＳＩＬ分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）によって、１つ以上のサンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を構築することを含み、ここで、ＳＩＬ分析物のＭＩＲＭとは、ＳＩＬ分析物の複数の同位体トランジションの多重反応モニタリングをいい；それぞれの分析物のＩＳＣＣとは、ＭＩＲＭトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率（分析濃度当量）と、対応するＭＩＲＭトランジションにおいて測定したタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）ピーク面積との関係に基づいて、サンプル内で構築され；確率されたＩＳＣＣ、および液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）工程からの分析物について測定したピーク面積を用いて、サンプル中の少なくとも１つの分析物の濃度を定量化し；タンデム質量分析計は、多重反応モニタリングモードにおいて操作する。

いくつかの局面において、分析物、ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種を、質量分析計においてイオン化し、分析物、ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の、プロトン化（または脱プロトン化）した親イオンを生成する。いくつかの局面において、分析物の親イオン、ＳＩＬ分析物の親イオン、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンは、質量分析計において、同じ開裂部位においてフラグメント化され、ニューラルロスおよび娘イオンを生じる。

いくつかの実施態様において、分析物の親イオンから娘イオンへのトランジションは、質量分析計においてモニターされ、分析物の親イオンから娘イオンへのトランジションについてのピーク面積を測定する。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンから、ＳＩＬ分析物の娘イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の娘イオンへの、選択した多重トランジションを、質量分析計においてモニターする（「多重同位体分子種反応モニタリング」または「ＭＩＲＭ」）。

いくつかの局面において、それぞれのＭＩＲＭトランジションのピーク面積が測定され、ここで、ＭＩＲＭトランジションは、ＳＩＬ分析物の親イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンから、ＳＩＬ分析物の娘イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の娘イオンへの選択されたトランジションを含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種のＭＩＲＭトランジションにおける測定されたピーク面積と、それぞれのＭＩＲＭトランジションについての分析物濃度当量との関係に基づいて、サンプル内検量線を作成する。

いくつかの局面において、それぞれのＭＩＲＭトランジションについての分析物濃度当量は、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の、対応するＭＩＲＭトランジションの理論上の同位体存在率から計算され、ここで、理論上の同位体存在率は、Analytical Chemistry, 2012, 84(11), 4844－4850において公開されている方法を用いて計算し、当該方法は、ＳＩＬ分析物のニューラルロスおよび娘イオンの同位体分布に基づいて計算される。別の局面において、単位分解能トリプル四重極質量分析計について、ＳＩＬ分析物およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の、（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐから（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのそれぞれのＭＩＲＭトランジション（ｍ／ｚ）についての理論上の同位体存在率を、式（Ｉ）：
（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのＭＩＲＭトランジションにおける同位体存在率＝
［（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）の質量における、娘イオンの相対同位体分布］＊
［ｎ＋（α－β）の分子量におけるニュートラルロスの動態同位体分布］
（Ｉ）
［式中、
ｍ／ｚは質量電荷比であり
ｐはＳＩＬ分析物の親分子のモノアイソトピック質量であり
Ｚ_ｐは親イオンの電荷数であり
ｄはＳＩＬ分析物の娘フラグメントのモノアイソトピック質量であり
Ｚ_ｄは娘イオンの電荷数であり
ｎはＳＩＬ分析物のニュートラルロスのモノアイソトピック質量であり
ｐ＝ｄ＋ｎ
αおよびβは整数であり、それらはそれぞれ親イオンおよび娘イオンにおけるさらなる中性子の数であり、α＞０、β＞０、およびα＞βであり
Ｚ_ｐおよびＺ_ｄは整数である］
に基づいて計算する。

いくつかの局面において、同位体存在率計算機は、worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html（２０１９年１１月１０日にアクセス）に存在する。いくつかの局面において、最大の分析物濃度当量（ＩＳＣＣの「定量上限」または「ＵＬＯＱ」）を、式（ＩＩ）：
（Ｍ／Ｖ）＊（Ｍ_分析物／Ｍ_{ＳＩＬ分析物}）ｎｇ／ｍＬ （ＩＩ）
［式中、
Ｍ（ｎｇ）は、サンプルに添加したＳＩＬ分析物の総量であり；
Ｖは、ＳＩＬ分析物を添加する前のサンプル体積（ｍＬ）であり；
Ｍ_分析物は、分析物の分子量であり；
Ｍ_{ＳＩＬ分析物}は、ＳＩＬ分析物の分子量である］
に基づいて計算する。

いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける、１つ以上の他の分析物濃度当量を、式（ＩＩＩ）：
Ｉ_ａ＊ＵＬＯＱ（ｎｇ／ｍｌ） （ＩＩＩ）
［式中、Ｉ_ａは、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種のＭＩＲＭトランジションの、計算した理論上の同位体存在率である］
に基づいて計算する。

本開示の方法は、対応するＳＩＬ分析物を用いて、タンパク質である分析物を検出または定量するのに有用である。いくつかの局面において、分析物はタンパク質またはペプチドである。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、安定同位体標識タンパク質またはペプチドである。いくつかの局面において、分析物の親イオン、およびＳＩＬ分析物の親は、少なくとも約３個のアミノ酸、少なくとも約４個のアミノ酸、少なくとも約５個のアミノ酸、少なくとも約６個のアミノ酸、少なくとも約７個のアミノ酸、少なくとも約８個のアミノ酸、少なくとも約９個のアミノ酸、少なくとも約１０個のアミノ酸、少なくとも約１１個のアミノ酸、少なくとも約１２個のアミノ酸、少なくとも約１３個のアミノ酸、少なくとも約１４個のアミノ酸、少なくとも約１５個のアミノ酸、少なくとも約１６個のアミノ酸、少なくとも約１７個のアミノ酸、少なくとも約１８個のアミノ酸、少なくとも約１９個のアミノ酸、または少なくとも約２０個のアミノ酸を含む。

いくつかの局面において、分析物の親イオンおよびＳＩＬ分析物の親イオンは、４～２０個のアミノ酸、４～１５個のアミノ酸、５～１５個のアミノ酸、４～１４個のアミノ酸、５～１４個のアミノ酸、５～１３個のアミノ酸、５～１２個のアミノ酸、６～１５個のアミノ酸、６～１４個のアミノ酸、６～１３個のアミノ酸、６～１２個のアミノ酸、６～１１個のアミノ酸、６～１０個のアミノ酸、６～９個のアミノ酸、６～８個のアミノ酸、７～１５個のアミノ酸、７～１４個のアミノ酸、７～１３個のアミノ酸、７～１２個のアミノ酸、７～１１個のアミノ酸、７～１０個のアミノ酸、または７～９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、分析物は抗体である。別の局面において、分析物は融合タンパク質である。いくつかの局面において、分析物はタンパク質および異種部位を含む、融合タンパク質である。別の局面において、分析物はＦｃ融合タンパク質である。いくつかの局面において、分析物は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ７３、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＣＤ７３抗体、またはそれらの任意の組み合わせである。

本開示の方法はまた、小分子である分析物の検出または定量に有効である。いくつかの局面において、分析物は小分子である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、安定同位体標識小分子である。いくつかの局面において、小分子は、少なくとも約１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約９００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１０００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１９００ｇ／ｍｏｌ、または少なくとも約２０００ｇ／ｍｏｌのモル質量を有する。

本開示の方法は、同位体により標識されたＳＩＬ分析物の使用に関する。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、少なくとも約３個、少なくとも約４個、少なくとも約５個、少なくとも約６個、少なくとも約７個、少なくとも約８個、少なくとも約９個、少なくとも約１０個、少なくとも約１１個、少なくとも約１２個、少なくとも約１３個、少なくとも約１４個、少なくとも約１５個、少なくとも約１６個、少なくとも約１７個、少なくとも約１８個、少なくとも約１９個、または少なくとも約２０個の安定な同位体標識を含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、約３～約２０個の同位体標識、約３～約１９個の同位体標識、約３～約１５個の同位体標識、約３～約１０個の同位体標識、約３～約８個の同位体標識、約３～約７個の同位体標識、約３～約６個の同位体標識、約４～約１５個の同位体標識、約４～約１０個の同位体標識、約４～約８個の同位体標識、約４～約７個の同位体標識、約４～約６個の同位体標識、約５～約８個の同位体標識、約５～約７個の同位体標識、約６～約１０個の同位体標識、約６～約８個の同位体標識、約７～約１６個の同位体標識、約７～約１６個の同位体標識、約８～約１６個の同位体標識、約８～約１５個の同位体標識、約９～約１５個の同位体標識、約９～約１４個の同位体標識、約１０～約１４個の同位体標識、約１０～約１３個の同位体標識、または約１１～約１３個の同位体標識を含む。

測定のためのＭＩＲＭトランジションの選択は、安定で正確なアッセイ性能を確立するための、本開示の方法の重要な要素である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物のＭＩＲＭトランジションにおいて測定した相対ピーク面積のそれぞれは、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率から１５％未満の偏差を有する。

いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおいて測定した相対ピーク面積の少なくとも１つは、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率から、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．１％未満、０．０１％未満、０．００１％未満、または０．０００１％未満の偏差を有する。

いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は、４～１５である。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の最大のＭＩＲＭトランジションおよび最小のＭＩＲＭトランジションの分析物濃度当量は、少なくとも約１０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、または少なくとも約２０００倍異なる。

いくつかの局面において、２つの選択したＭＩＲＭトランジションの計算した理論上の同位体存在率は、少なくとも０．０１％、少なくとも０．０５％、少なくとも０．１％、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも１．５％、少なくとも２％、少なくとも２．５％、少なくとも３％、少なくとも３．５％、少なくとも４％、少なくとも４．５％、少なくとも５％、少なくとも５．５％、少なくとも６％、少なくとも６．５％、少なくとも７％、少なくとも７．５％、少なくとも８％、少なくとも８．５％、少なくとも９％、少なくとも９．５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも約５０％離れている。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０．４％未満、０．３％未満、０．２％未満、または０．１％未満の非標識分析物を含む。

いくつかの局面において、標識は、^２Ｈ、^１３Ｃ、^１５Ｎ、^３３Ｓ、^３４Ｓ、^３６Ｓ、^１７Ｏ、または^１８Ｏである。

本開示の方法は、分析物（分子）をイオン化するためのイオン源が用いられる質量分析に関する。いくつかの局面において、１つ以上のプロトン化または脱プロトン化分子は、１価に帯電している、２価に帯電している、３価に帯電している、またはそれ以上である。いくつかの局面において、質量分析計は、Ｑ１、Ｑ２、およびＱ３を含むトリプル四重極質量分析計である。いくつかの局面において、Ｑ１およびＱ３について用いられる分解能は単位分解能である。別の局面において、Ｑ１およびＱ３について用いられる分解能は、単位分解能よりも高い。別の局面において、Ｑ１およびＱ３について用いられる分解能は異なる。別の局面において、Ｑ１について用いられる分解能は、Ｑ３の単位分解能よりも高い。

いくつかの局面において、サンプル調製の前または間に、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）組成物（すなわち、既知の量のＳＩＬ分析物）を加える。

本開示の方法は、特に外部検量線を機器上で実行する必要がない場合に、非常に有効であり、必要な機器時間の合計を改善する。いくつかの局面において、当該方法は機器の総実行時間を減少させる。いくつかの局面において、外部検量線を用いない。いくつかの局面において、分析物はバイオマーカーである。いくつかの局面において、分析物は代謝物である。いくつかの局面において、分析物は小分子薬物である。いくつかの局面において、分析物はペプチドである。いくつかの局面において、分析物はタンパク質である。

本開示の方法は、生物源などの、様々な供給源からの分析物の検出または定量に有効である。いくつかの局面において、サンプルは、血清、組織、生検組織、ホルマリン固定／パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）、血漿、唾液、脳脊髄液、涙、尿、滑液、乾燥血液スポット、またはそれらの任意の組み合わせである。

いくつかの局面において、分析物はＣＤ７３またはその一部である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物はＶ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）である。いくつかの局面において、分析物はＰＤ－１またはその一部である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物はＬＡＡＦＰＥＤ［Ａｒｇ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ_４）］（配列番号：２）である。いくつかの局面において、分析物はＰＤ－Ｌ１またはその一部である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物はＬＱＤＡＧ［Ｖａｌ（^１３Ｃ_５、^１５Ｎ）］ＹＲ（配列番号：３）である。いくつかの局面において、分析物はダクラタスビルである。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルである。

本開示の方法は、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を含む組成物を開示し、ここで、ＩＳＣＣは、安定同位体標識分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）によって構築される。

本開示の方法はまた、研究サンプルにおける少なくとも１つの分析物の濃度を定量するための方法であって、ブランクマトリックスサンプルに、１つ以上の既知の分量の１つ以上の分析物を加えて、添加したそれぞれの分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）によって、１つ以上の１サンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）を作成することを含む方法を開示し、ここで、分析物のＭＩＲＭは、分析物の多重同位体トランジションの多重反応モニタリングを意味し；それぞれの分析物のＯＳＭＥＣＣは、ＭＩＲＭトランジションにおける、計算した理論上の同位体存在率（分析物濃度当量）と、対応するＭＩＲＭトランジションにおける、測定したタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）ピーク面積（または、アッセイに内部標準が用いられる場合は、ピーク面積比）との関係に基づいて、ブランクマトリックスサンプル中で構築され；研究サンプルにおける少なくとも１つの濃度は、確立したＯＳＭＥＣＣ、および液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）工程から、分析物について測定されたピーク面積（または、アッセイに内部標準が用いられる場合は、ピーク面積比）を用いて定量し；分析物のピーク面積比は、分析物のピーク面積を内部標準のピーク面積で割ったものであり；タンデム質量分析は、多重反応モニタリングモードで操作する。

いくつかの局面において、分析物のそれぞれのＭＩＲＭトランジションについての分析物濃度当量は、分析物または分析物の天然に存在する同位体種の、対応するＭＩＲＭトランジションの理論上の同位体存在率から計算し、ここで、理論上の同位体存在率は、Analytical Chemistry, 2012, 84(11), 4844－4850において公開されている方法を用いて計算し、当該方法は、分析物のニュートラルロスおよび娘イオンの同位体分布に基づいて計算する。

いくつかの局面において、単位分解トリプル四重極質量分析計について、分析物および分析物の天然に存在する同位体分子種の（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐから（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのそれぞれのＭＩＲＭトランジション（ｍ／ｚ）についての理論上の同位体存在率を、式（Ｉ）：
（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのＭＩＲＭトランジションにおける同位体存在率＝
［（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）の質量における、娘イオンの相対同位体分布］＊
［ｎ＋（α－β）の質量におけるニュートラルロスの相対同位体分布］
（Ｉ）
［式中、
ｍ／ｚは質量電荷比であり
ｐは分析物の親分子のモノアイソトピック質量であり
Ｚ_ｐは親イオンの電荷数であり
ｄは分析物の娘フラグメントのモノアイソトピック質量であり
Ｚ_ｄは娘イオンの電荷数であり
ｎは分析物のニュートラルロスのモノアイソトピック質量であり
ｐ＝ｄ＋ｎ
αおよびβは整数であり、α＞０、β＞０、およびα＞β
Ｚ_ｐおよびＺ_ｄは整数である］
に基づいて計算する。

いくつかの局面において、同位体分布計算機は、worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html（２０１９年１１月１０日にアクセス）である。いくつかの局面において、最大分析物濃度当量（ＩＳＣＣの「定量上限」または「ＵＬＯＱ」）を、式（ＩＩ）：
（Ｍ／Ｖ）＊ｎｇ／ｍＬ （ＩＶ）
［式中、
Ｍ（ｎｇ）は、サンプルに添加した分析物の総量であり；
Ｖは分析物を添加する前のサンプル体積（ｍＬ）である］
に基づいて計算する。

いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける、１つ以上の他の分析物濃度当量は、式（ＩＩＩ）：
Ｉ_ａ＊ＵＬＯＱ（ｎｇ／ｍＬ） （ＩＩＩ）
［式中、Ｉ_ａは、分析物または分析物の天然に存在する同位体分子種のＭＩＲＭトランジションの、計算した理論上の同位体存在率である］
に基づいて計算する。

いくつかの局面において、分析物はタンパク質またはペプチドである。いくつかの局面において、分析物の親イオンは、少なくとも約３個のアミノ酸、少なくとも約４個のアミノ酸、少なくとも約５個のアミノ酸、少なくとも約６個のアミノ酸、少なくとも約７個のアミノ酸、少なくとも約８個のアミノ酸、少なくとも約９個のアミノ酸、少なくとも約１０個のアミノ酸、少なくとも約１１個のアミノ酸、少なくとも約１２個のアミノ酸、少なくとも約１３個のアミノ酸、少なくとも約１４個のアミノ酸、少なくとも約１５個のアミノ酸、少なくとも約１６個のアミノ酸、少なくとも約１７個のアミノ酸、少なくとも約１８個のアミノ酸、少なくとも約１９個のアミノ酸、または少なくとも約２０個のアミノ酸を含む。いくつかの局面において、分析物の親イオンは、４～２０個のアミノ酸、４～１５個のアミノ酸、５～１５個のアミノ酸、４～１４個のアミノ酸、５～１４個のアミノ酸、５～１３個のアミノ酸、５～１２個のアミノ酸、６～１５個のアミノ酸、６～１４個のアミノ酸、６～１３個のアミノ酸、６～１２個のアミノ酸、６～１１個のアミノ酸、６～１０個のアミノ酸、６～９個のアミノ酸、６～８個のアミノ酸、７～１５個のアミノ酸、７～１４個のアミノ酸、７～１３個のアミノ酸、７～１２個のアミノ酸、７～１１個のアミノ酸、７～１０個のアミノ酸、または７～９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、分析物は抗体である。いくつかの局面において、分析物は融合タンパク質である。いくつかの局面において、分析物はＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ７３、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＣＤ７３抗体、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの局面において、分析物は小分子である。

いくつかの局面において、小分子は、少なくとも約１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約９００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１０００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１９００ｇ／ｍｏｌ、または少なくとも約２０００ｇ／ｍｏｌのモル質量を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は２～２０の間である。いくつかの局面において、最大のＭＩＲＭおよび最小のＭＩＲＭの分析物濃度当量は、少なくとも約１０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、または少なくとも約２０００倍異なる。いくつかの局面において、２つの選択したＭＩＲＭトランジションの計算した理論上の同位体存在率は、少なくとも０．０１％、少なくとも０．０５％、少なくとも０．１％、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも１．５％、少なくとも２％、少なくとも２．５％、少なくとも３％、少なくとも３．５％、少なくとも４％、少なくとも４．５％、少なくとも５％、少なくとも５．５％、少なくとも６％、少なくとも６．５％、少なくとも７％、少なくとも７．５％、少なくとも８％、少なくとも８．５％、少なくとも９％、少なくとも９．５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも約５０％離れている。

図１は、例として、ＰＤ－Ｌ１の代理ペプチドを使用する、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＭＳ／ＭＳ方法論のスキーム図を示す。ＳＩＬ分析物の量は、適切な検量線を作成するために、分析物の予想濃度に基づいて追加する。ライン１は、ＳＩＬ分析物ＭＩＲＭチャンネル１を示す（ｍ／ｚ：４６４．２→６８６．４）、同位体存在率１００％：１００ｎｇ／ｍＬのＳＩＬ分析物濃度（９９．４ｎｇ／ｍＬの分析物濃度当量）；ライン２は、ＳＩＬ分析物ＭＩＲＭチャンネル２を示す（ｍ／ｚ：４６４．７→６８７．４）、同位体存在率３０．０％：３０．０ｎｇ／ｍＬのＳＩＬ分析物濃度（２９．８ｎｇ／ｍＬの分析物濃度当量）；ライン３は、ＳＩＬ分析物ＭＩＲＭチャンネル３を示す（ｍ／ｚ：４６５．２→６８８．４）、同位体存在率６．６３％：６．６３ｎｇ／ｍＬのＳＩＬ分析物濃度（６．５９ｎｇ／ｍＬの分析物濃度当量）；ライン４は、分析物選択反応モニタリング（ＳＲＭ）チャンネルを示す（ｍ／ｚ：４６１．２→６８０．４）、測定濃度：５６．８ｎｇ／ｍＬ。

図２Ａおよび２Ｂは、ＳＩＬ ＣＤ７３ペプチドの１０個のＭＩＲＭチャンネル、およびＣＤ７３ペプチドの１個の選択反応モニタリング（ＳＲＭ）チャンネルの体表的なクロマトグラムを示す。これらの１０個のＭＩＲＭチャンネルは、ＣＤ７３の定量分析のためのＩＳＣＣを構築するために用いられる。図２Ａは縮小図であり；図２Ｂは拡大図である。

図３は、１サンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）および同位体サンプル希釈についての、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシスワークフローを示す。

図４Ａおよび４Ｂ．図４Ａは、ダクラタスビルの測定について、マルチサンプル外部検量線、１サンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）、および同位体サンプル希釈についてモニターした、ＭＲＭおよびＭＩＲＭトランジションの概要を示す。図４Ｂは、使用される２つのマルチサンプル外部検量線および２つの１サンプル多点外部検量線、並びに２つのＩＳＣＣについて、検量線の性能を示す。

図５Ａおよび５Ｂ．図５Ａは、マルチサンプル外部検量線、１サンプル多点外部検量線、およびＩＳＣＣを用いて定量化した、ＱＣサンプルについてのデータの正確性および精度を示す。検量線範囲内の濃度（１、３、４０、５００、および８００ｎｇ／ｍＬ）を有するＱＣサンプル、および検量線範囲を超える濃度（５０００および２００００ｎｇ／ｍＬ）を有するＱＣサンプルの両方を試験した。しかしながら、５０００および２００００ｎｇ／ｍＬのＱＣサンプルは、サンプル調製の間に、検量線範囲内に物理的に希釈した（それぞれ、１００および２００倍）。図５Ｂは、同位体サンプル希釈を用いて定量したＱＣサンプルについてのデータの正確性および精度を示す。検量線範囲を超える濃度（５０００、２００００、および５００００ｎｇ／ｍＬ）のＱＣサンプルのみを試験した。

発明の詳細な説明
本開示は、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳを介して分析物の濃度を定量するための、非常に効果的なアプローチを提供する。具体的には、当該アプローチは、サンプル中の分析物の濃度を測定するために、安定標識同位体（ＳＩＬ）を用いたサンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を用いる。本開示の特徴は、外部検量線の代わりに、ＩＳＣＣを用いることによって、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ機器の総実行時間を減少させることができる。さらに、ＩＳＣＣはサンプル自体の中に存在するため、本開示の方法は、外部検量線を作成するために本物の生物学的マトリックスを用いる必要がなくなり、定量的なＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシス工程が簡素化される。

実施例に示されるように、当該アプローチは、同位体トランジションのＭＩＲＭモニタリングを介して、分析物濃度を定量化し、濃度曲線を生成するのに有効である。いくつかの局面において、本開示は、分析物を含むサンプルにＳＩＬ分析物を添加する方法を提供し、ここで、分析物は、ＳＩＬ分析物の「多重同位体分子種反応モニタリング」または「ＭＩＲＭ」から生成したＩＳＣＣによって定量化することができる。いくつかの局面において、本開示は、安定同位体標識タンパク質またはタンパク質フラグメントを用いることによって、タンパク質分析物を解析する方法を提供する。いくつかの局面において、本開示は、抗体の濃度を定量する方法を提供する。別の局面において、本開示は、小分子の安定同位体標識バリアントを用いて、小分子を解析する方法を提供する。

Ｉ．用語
本明細書において用いられる用語「および／または」は、他の有無に関わらず、２つの特定の特徴または構成要素のそれぞれについての、具体的な開示であると解釈されるべきである。したがって、本明細書において「Ａおよび／またはＢ」などの句において用いられる用語「および／または」は、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単体）、および「Ｂ」（単体）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」などの句において用いられる用語「および／または」は、以下の局面のそれぞれを含むことが意図される：Ａ、Ｂ、およびＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単体）；Ｂ（単体）；およびＣ（単体）。

局面が「含む」という言葉によって本明細書において記載されている場合は常に、「～から成る」および／または「本質的に～から成る」に関して記載されている別の類似の局面もまた提供されることが理解される。

別段の定義がない限り、本明細書において用いられる全ての技術的および科学的用語は、本開示が関連する技術分野における当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。例えば、the Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei－Show, 2nd ed., 2002, CRC Press; The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press；および the Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Pressは、本開示において使用される多くの用語についての一般的な辞書を当業者に提供する。

単位、接頭辞、および記号は、国際単位系（ＳＩ）で受け入れられている形式において示される。数値範囲は、範囲を定義する数値を含む。本明細書において提供される見出しは、本開示の様々な局面を限定するものではなく、本開示の様々な局面は、明細書全体を参照することによって把握することができる。したがって、直下において定義される用語は、明細書全体を参照することによって、さらに完全に定義される。

選択肢の使用（例えば、「または」）は、選択肢の１つ、両方、またはそれらの任意の組み合わせのいずれかを意味することが理解されるべきである。本明細書において用いられる不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、記載されるまたは列挙される任意の要素の「１つ以上」を意味することが理解されるべきである。

用語「約」または「本質的に～から成る」は、当業者によって決定される特定の値または組成について、許容される誤差範囲内である、値または組成をいい、これは、当該値または組成の測定方法または決定方法、すなわち検出系の制限に部分的に依存するであろう。例えば、「約」または「本質的に～から成る」は、当技術分野における実施ごとに、１以内または１を超える標準偏差であることを意味しうる。あるいは、「約」または「本質的に～から成る」は、最大１０％の範囲を意味しうる。さらに、特に生物学的システムまたはプロセスに関して、当該用語は、最大で１桁違いまたは最大で５倍の値を意味しうる。特定の値または組成が本願および特許請求の範囲に示されている場合、特に言及されない限り、「約」または「本質的に～から成る」の意味は、その特定の値または組成物の許容誤差範囲内であると推測されるべきである。

本明細書で用いられる、任意の濃度範囲、パーセント範囲、比率範囲、または整数範囲は、特に言及されない場合、列挙された範囲内の任意の整数値、および適切な場合、その分数（整数の１０分の１および１００分の１など）を含むことが理解されるべきである。

本明細書で用いられる「バイオマーカー」は、タンパク質、ペプチド、プロテオグリカン、糖タンパク質、リポタンパク質、炭水化物、脂質、核酸（例えば、ｃＤＮＡまたは複製ＤＮＡなどのＤＮＡ、またはｍＲＮＡなどのＲＮＡ）、有機または無機化学物、天然または合成ポリマー、小分子（例えば、代謝物）、または生物学的サンプルに存在する、または由来する、前記のいずれかの識別分子もしくは識別フラグメント、または正常な生物学的プロセス、病原性プロセス、または治療的介入に対する薬学的応答、またはそれらの症状として客観的に測定し評価される、任意の他の特徴などの、実質的に任意の検出可能な化合物である。

本明細書において用いられる「代謝物」は、代謝の任意の中間体および生成物をいう。薬物代謝物の存在は、人がその代謝物の「親」薬物を使用したことを示す、信頼できる指標である。代謝物はバイオマーカーでありうる。

本明細書において用いられる「代謝プロファイル」は、別のサンプルまたはサンプル群から得られた参照値またはプロファイルとの比較に用いることができる、代謝物の定量結果の任意の規定の値の一式をいう。

本明細書において用いられる用語「同位体分子種」は、少なくとも１つの原子が異なる中性子の数を有する点が親分子と異なる組成物をいう。

本明細書において用いられる用語「分析物」は、分析または定量化が望まれる混合物中に存在する、任意の分子またはタンパク質（天然または組換えのいずれか）を含む、その最も広い意味で用いられる。そのような分析物としては、限定されないが、小分子、酵素、ホルモン、増殖因子、サイトカイン、ペプチド、免疫グロブリン（例えば、抗体）、および／または任意の融合タンパク質が挙げられる。

本明細書で用いられる用語「同位体」および「同位体分子種」は同義で用いられ、親分子と比較して、異なる同位体組成を有する分子をいう。

本明細書で用いられる用語「分析物当量」または「分析物濃度当量」は、ＳＩＬ分析物と分析物の質量の差を調節した後の、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を構築するのに用いられる、ＳＩＬ分析物の計算された濃度をいう。ＩＳＣＣ検量線は、それぞれのＭＩＲＭのピーク面積の決定と並行して、ＳＩＬ分析物のＭＩＲＭ測定に基づいて構築される。計算された濃度曲線は、同位体存在率について調整しながら、ＳＩＬ分析物と非標識分析物との質量の差に起因する、これらのわずかな質量の差を考慮して調整する必要がある。代表的なＩＳＣＣ濃度曲線は、図１に示され、ここで、ＳＩＬ分析物濃度は、質量と同位体存在率の差を考慮して調整される。濃度曲線の最大濃度（定量上限「ＵＬＯＱ」）について、分析物当量を計算するためのサンプルの調整は、図１において点１として表され、式（ＩＩ）：
（Ｍ／Ｖ）＊（Ｍ_分析物／Ｍ_{ＳＩＬ分析物}）ｎｇ／ｍＬ （ＩＩ）
［式中、
Ｍ（ｎｇ）は、サンプルに添加したＳＩＬ分析物の総量であり；
Ｖは、ＳＩＬ分析物を添加する前のサンプル体積（ｍＬ）であり；
Ｍ_分析物は、分析物の分子量であり；
Ｍ_{ＳＩＬ分析物}は、ＳＩＬ分析物の分子量である］
に基づいて計算する。

例えば、ＳＩＬ分析物が１００ｎｇ／ｍＬの既知の濃度で添加され、ＭＩＲＭが１００％の同位体存在率を有する場合、図１においてデータ点１として示されるように、分析物濃度当量は９９．４ｎｇ／ｍＬであり、これはＵＬＯＱでもある。濃度曲線の残りの分析物濃度当量についてのサンプルの調整は、図１の点２および３に示され、式（ＩＩＩ）：
Ｉ_ａ＊ＵＬＯＱ（ｎｇ／ｍｌ） （ＩＩＩ）
［式中、Ｉ_ａは、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種のＭＩＲＭトランジションの計算した理論上の同位体存在率である］
に基づいて計算する。

本明細書で用いられる用語「親イオン」または「前駆体イオン」は、解離してフラグメントを生成しうる帯電した分子部分をいい、その１つ以上は帯電し、１つ以上は中性種でありうる。親イオンは、分子イオンまたは分子イオンの帯電フラグメントでありうる。

本明細書において用いられる用語「娘イオン」は、特定の親（前駆体）イオンの反応の帯電した生成物をいう。一般に、そのようなイオンは、特定の前駆体イオンと直接関係があり、前駆体イオンの固有の状態に関係し得る。反応はフラグメント化を含む必要はないが、例えば、帯電する電荷の数の変化を伴う場合がある。したがって、フラグメントイオンは娘イオンであるが、全ての娘イオンがフラグメントイオンであるとは限らない。

本明細書で用いられる用語「ニュートラルロス」は、質量分析計の動作中の特定の親（前駆体）イオンの反応中に失われる、中性電荷の質量をいう。

本明細書において用いられる用語「非ペプチド分子」は、最も広い意味を意図し、小分子および小分子薬物を含みうる。「小分子」または「小分子薬物」は、一般に約１０００－２０００ｇ／ｍｏｌ未満の分子量を有する、有機、無機、または有機金属化合物を指すために、本明細書において広く用いられるが、この特徴は、本発明の目的を限定することを意図するものではない。「小分子」はまた、実験室で合成された、または天然に存在する、非ペプチド性、非オリゴマー性の有機化合物をいう場合もある。「小分子」の例としては、限定されないが、タキソール、クロピドグレル、およびアピキサバンが挙げられる。小分子の別の例としては、ダパグリフロジン、サクサグリプチン、テムサビル（temsavir）、レジパスビル、ソフォスブビル、およびロスバスタチンが挙げられる。

用語「クロマトグラフィー」は、混合物中に存在する他の分子（例えば、夾雑物）から分子（例えば、抗体）を分離する、任意の種類の技術をいう。通常、移動相の影響下で、または結合および溶出プロセスにおいて、定常溶媒を介して混合物の個々の分子が移動する速度の差の結果として、分子は他の分子（例えば、夾雑物）から分離される。用語「マトリックス」または「クロマトグラフィーマトリックス」は、本明細書において同義で用いられ、分離プロセスにおいて、分子を混合物中に存在する他の分子から分離する、任意の種類の吸着剤、樹脂、または固相をいう。限定されない例としては、カラムまたはカートリッジにおいて用いることができる、粒子状、一枚岩状、または繊維状樹脂ならびに膜が挙げられる。マトリックスを形成する物質の例としては、多糖（アガロースおよびセルロースなど）；並びにシリカ（例えば、制御細孔ガラス）、ポリ（スチレンジビニル）ベンゼン、ポリアクリルアミド、セラミック粒子、および上記のいずれかの誘導体などの、他の機械的に安定なマトリックスが挙げられる。本開示の方法に適切な典型的なマトリックスの種類の例は、カチオン交換樹脂、親和性樹脂、アニオン交換樹脂、または混合相樹脂である。「リガンド」は、クロマトグラフィーマトリックスに結合し、マトリックスの結合特性を決定する官能基である。「リガンド」の例としては、限定されないが、イオン交換基、疎水性相互作用基、親水性相互作用基、チオ親和性（thiophilic）相互作用基、金属親和性基、親和性基、生体親和性基、および混合相基（前記の組み合わせ）が挙げられる。本明細書において用いることができるいくつかの好ましいリガンドとしては、限定されないが、スルホプロピル、スルホン酸などの強カチオン交換基；塩化トリメチルアンモニウムなどの強アニオン交換基；カルボン酸などの弱カチオン交換基；Ｎ５ＮジエチルアミノまたはＤＥＡなどの弱アニオン交換基；フェニル、ブチル、プロピル、ヘキシルなどの疎水性相互作用基；およびタンパク質Ａ、タンパク質Ｇ、およびタンパク質Ｌなどの親和基が挙げられる。本開示をさらに容易に理解できるようにするために、いくつかの用語を最初に定義する。本明細書において用いられるように、本明細書で明示的に規定される場合を除いて、以下のそれぞれの用語は、以下に記載される意味を有するものとする。さらなる定義は、明細書を通して記載される。

用語「親和性クロマトグラフィー」は、分子（例えば、Ｆｃ領域含有分子または抗体）が、分子に特異的なリガンドに特異的に結合する、タンパク質分離技術をいう。そのようなリガンドは一般に、生体特異性リガンドという。いくつかの局面において、生体特異性リガンド（例えば、タンパク質Ａ、またはその機能的バリアント）は、クロマトグラフィーマトリックス物質に共有結合し、溶液がクロマトグラフィーマトリックスに接触している時に、溶液中の分子に接触可能である。分子は一般に、クロマトグラフィーステップの間、生体特異性リガンドに特異的な結合親和性を有するが、混合物中の他の溶質および／またはタンパク質は、リガンドに感知可能な程度にまたは特異的に、結合しない。固定化されたリガンドへの分子の結合は、夾雑タンパク質またはタンパク質不純物が、クロマトグラフィーマトリックスを通過することを可能にし、その間分子は、固相物質の固定化されたリガンドに特異的に結合したままである。次いで、特異的に結合した分子は、適切な条件下（例えば、低ｐＨ、高ｐＨ、高塩、競合リガンドなど）において、固定化リガンドから活性型で除去され、以前にカラムを通過することができた夾雑タンパク質またはタンパク質不純物を含まない、溶出緩衝液と共にクロマトグラフィーカラムを通過する。それぞれの特異的な結合タンパク質、例えば抗体を精製するために、任意の成分をリガンドとして用いることができる。しかしながら、本開示のさまざまな方法において、Ｆｃ領域含有標的タンパク質について、タンパク質Ａがリガンドとして用いられる。標的タンパク質（例えば、Ｆｃ領域含有タンパク質）の生体特異性リガンド（例えば、タンパク質Ａ）からの溶出条件は、当業者によって容易に決定することができる。いくつかの局面において、タンパク質Ｇまたはタンパク質Ｌまたはその機能的バリアントは、生体特異性リガンドとして用いられうる。いくつかの局面において、タンパク質Ａなどの生体特異性リガンドは、Ｆｃ領域含有タンパク質への結合、洗浄、または生体特異性リガンド／標的タンパク質結合体の再平衡化について、５～９のｐＨ範囲で用いられ、次いで少なくとも１つの塩を含有する、約４以下のｐＨを有する緩衝液によって溶出する。

用語「精製する」、「分離する」、または「単離する」は、本明細書において同義で用いられ、分子および１つ以上の不純物を含む組成物またはサンプルからの、分子の純度を高めることをいう。一般に、分子の純度の程度は、組成物からの少なくとも１つの不純物を（完全にまたは部分的に）除去することによって増加する。

本明細書において、クロマトグラフィーに関連して用いられる用語「クロマトグラフィーカラム」または「カラム」は、しばしば、クロマトグラフィーマトリックスまたは樹脂が充填された、シリンダーまたは中空柱の形態の容器をいう。クロマトグラフィーマトリックスまたは樹脂は、精製に用いられる物理的および／または化学的特性を提供する物質である。

用語「イオン交換」および「イオン交換クロマトグラフィー」は、対象の溶質が、混合物中の溶質不純物または夾雑物よりも、多かれ少なかれ、帯電した化合物と非特異的に相互作用するように、対象のイオン化可能な溶質（例えば、混合物中の分子）は、固相イオン交換物質に結合した（例えば、共有結合によって）、反対に帯電したリガンドと、適切なｐＨおよび伝導率の条件下で相互作用する、クロマトグラフィー工程をいう。混合物中の夾雑溶質は、イオン交換物質のカラムから洗い流すことができ、あるいは、対象の溶質よりも早くまたは遅く、樹脂に結合させるか、または樹脂から排除する。「イオン交換クロマトグラフィー」としては、具体的には、カチオン交換（ＣＥＸ）、アニオン交換（ＡＥＸ）、および混合相クロマトグラフィーが挙げられる。

「カチオン交換樹脂」または「カチオン交換膜」は、負に帯電し、固相の上または通過した水溶液中のカチオンと交換するための遊離カチオンを有する、固相をいう。カチオン交換樹脂を形成するのに適切な固相に結合した、任意の負に帯電したリガンド、例えば、カルボキシレート、スルホネート、および以下に記載される他のものを用いることができる。市販のカチオン交換樹脂としては、限定されないが、例えば、スルホネートに基づく基（例えば、GE Healthcare からのMonoS, MiniS, Source 15S および 30S, SP SEPHAROSE(登録商標) Fast Flow, SP SEPHAROSE(登録商標) High Performance, TosohからのTOYOPEARL(登録商標) SP－650S および SP－650M, BioRadからのMACRO－PREP(登録商標) High S, Pall Technologies からのCeramic HyperD S, TRISACRYL(登録商標) M および LS SP および Spherodex LS SP）；スルホエチルに基づく基（例えば、EMDからのFRACTOGEL(登録商標) SE, Applied BiosystemsからのPOROS(登録商標) S－10 および S－20）；スルホプロピルに基づく基（例えば、Tosoh からのTSK Gel SP 5PW および SP－5PW－HR, Life TechnologiesからのPOROS(登録商標) HS－20, HS 50, および POROS(登録商標) XS）；スルホイソブチルに基づく基（例えば、EMDからのFRACTOGEL(登録商標) EMD SO₃ ^－）；スルホキシエチルに基づく基（例えば、WhatmanからのSE52, SE53 および Express－Ion S）；カルボキシメチルに基づく基（例えば、GE HealthcareCからのM SEPHAROSE(登録商標) Fast Flow, Biochrom Labs Inc.からのHydrocell CM, BioRadからのMACRO－PREP(登録商標) CM, Pall TechnologiesからのCeramic HyperD CM, TRISACRYL(登録商標) M CM, TRISACRYL(登録商標) LS CM, MilliporeMからのMatrx CELLUFINE(登録商標) C500 および C200, WhatmanCからのM52, CM32, CM23 および Express－Ion C, TosohからのTOYOPEARL(登録商標) CM－650S, CM－650M および CM－650C）；スルホン酸およびカルボン酸に基づく基（例えば、J. T. BakerからのBAKERBOND(登録商標) Carboxy－Sulfon）；カルボン酸に基づく基（例えば、J. T BakerからのWP CBX, Dow Liquid SeparationsからのDOWEX(登録商標). MAC－3, Sigma－AldrichからのAMBERLITE(登録商標) Weak Cation Exchangers, DOWEX(登録商標) Weak Cation Exchanger, および DIAION(登録商標) Weak Cation Exchangers, およびEMDからのFRACTOGEL(登録商標) EMD COO－－）；スルホン酸に基づく基（例えば、Biochrom Labs Inc.からのHydrocell SP, Dow Liquid SeparationsからのDOWEX(登録商標) Fine Mesh Strong Acid Cation Resin, J. T. BakerからのUNOsphere S, WP Sulfonic, SartoriusからのSARTOBIND(登録商標) S membrane, Sigma－AldrichからのAMBERLITE(登録商標) Strong Cation Exchangers, DOWEX(登録商標) Strong Cation および DIAION(登録商標) Strong Cation Exchanger）；またはオルトフォスフェートに基づく基（例えば、WhatmanからのP11）を有するものが挙げられる。

他のカチオン交換樹脂としては、Poros HS, Poros XS, カルボキシメチルセルロース, BAKERBOND ABXTM, アガロースに固定したスルホプロピルおよびアガロースに固定したスルホニル, MonoS, MiniS, Source 15S, 30S, SP SEPHAROSE(登録商標), CM SEPHAROSE(登録商標), BAKERBOND Carboxy－Sulfon, WP CBX, WP Sulfonic, Hydrocell CM, Hydrocel SP, UNOsphere S, Macro－Prep High S, Macro－Prep CM, Ceramic HyperD S, Ceramic HyperD CM, Ceramic HyperD Z, Trisacryl M CM, Trisacryl LS CM, Trisacryl M SP, Trisacryl LS SP, Spherodex LS SP, DOWEX Fine Mesh Strong Acid Cation Resin, DOWEX MAC－3, Matrex Cellufine C500, Matrex Cellufine C200, Fractogel EMD SO3－, Fractogel EMD SE, Fractogel EMD COO－, Amberlite Weak and Strong Cation Exchangers, Diaion Weak and Strong Cation Exchangers, TSK Gel SP－5PW－HR, TSK Gel SP－5PW, Toyopearl CM (650S, 650M, 650C), Toyopearl SP (650S, 650M, 650C), CM (23, 32, 52), SE(52, 53), P11, Express－Ion C, またはExpress－Ion Sが挙げられる。

「アニオン交換樹脂」または「アニオン交換膜」は、正に帯電し、それらに結合する１つ以上の正に帯電したリガンドを有する、固相をいう。アニオン交換樹脂を形成するのに適切な、固相に結合した任意の正に帯電したリガンド、４級アミノ基などを用いることができる。市販のアニオン交換樹脂としては、Applied BiosystemsからのDEAEセルロース, POROS(登録商標) PI 20, PI 50, HQ 10, HQ 20, HQ 50, D 50, SartoriusからのSARTOBIND(登録商標) Q, MonoQ, MiniQ, Source 15Q および 30Q, Q, DEAE および ANX SEPHAROSE(登録商標) Fast Flow, Q SEPHAROSE(登録商標) High Performance, QAE SEPHADEX(登録商標) および FAST Q SEPHAROSE(登録商標) (GE Healthcare), J. T. BakerからのWP PEI, WP DEAM, WP QUAT, Biochrom Labs Inc.からのHydrocell DEAE および Hydrocell QA, BioradからのUNOsphere Q, MACRO－PREP(登録商標). DEAE および MACRO－PREP(登録商標) High Q, Pall TechnologiesからのCeramic HyperD Q, ceramic HyperD DEAE, TRISACRYL(登録商標) M および LS DEAE, Spherodex LS DEAE, QMA SPHEROSIL(登録商標) LS, QMA SPHEROSIL(登録商標). M および MUSTANG(登録商標) Q, Dow Liquid SeparationsからのDOWEX(登録商標) Fine Mesh Strong Base Type I および Type II Anion Resins および DOWEX(登録商標) MONOSPHER E 77, weak base anion, MilliporeからのINTERCEPT(登録商標) Q membrane, Matrex CELLUFINE(登録商標) A200, A500, Q500, および Q800, EMDからのFRACTOGEL(登録商標) EMD TMAE, FRACTOGEL(登録商標) EMD DEAE および FRACTOGEL(登録商標) EMD DMAE, Sigma－AldrichからのAMBERLITE(登録商標) weak strong anion exchangers type I および II, DOWEX(登録商標) weak and strong anion exchangers type I および II, DIAION(登録商標) weak and strong anion exchangers type I および II, DUOLITE(登録商標), TosohからのTSK gel Q および DEAE 5PW および 5PW－HR, TOYOPEARL(登録商標) SuperQ－650S, 650M および 650C, QAE－550C および 650S, DEAE－650M および 650C, WhatmanからのQA52, DE23, DE32, DE51, DE52, DE53, Express－Ion D または Express－Ion Q, およびSARTOBIND(登録商標) Q (Sartorius Corporation, New York, USA)が挙げられる。

他のアニオン交換樹脂としては、POROS HQ, Q SEPHAROSE(登録商標) Fast Flow, DEAE SEPHAROSE(登録商標) Fast Flow, SARTOBIND(登録商標) Q, ANX SEPHAROSE(登録商標) 4 Fast Flow (high sub), Q SEPHAROSE(登録商標) XL, Q SEPHAROSE(登録商標) big beads, DEAE Sephadex A－25, DEAE Sephadex A－50, QAE Sephadex A－25, QAE Sephadex A－50, Q SEPHAROSE(登録商標) high performance, Q SEPHAROSE(登録商標) XL, Sourse 15Q, Sourse 30Q, Resourse Q, Capto Q, Capto DEAE, Mono Q, Toyopearl Super Q, Toyopearl DEAE, Toyopearl QAE, Toyopearl Q, Toyopearl GigaCap Q, TS gel SuperQ, TS gel DEAE, Fractogel EMD TMAE, Fractogel EMD TMAE HiCap, Fractogel EMD DEAE, Fractogel EMD DMAE, Macroprep High Q, Macro－prep－DEAE, Unosphere Q, Nuvia Q, PORGS PI, DEAE Ceramic HyperD, またはQ Ceramic HyperDが挙げられる。

「質量分析」（「ＭＳ」または「ｍａｓｓ－ｓｐｅｃ」）は、質量電荷比イオンの測定に用いられる分析技術である。これは、サンプルをイオン化し、異なる分子量のイオンを分離し、イオン流量の強度を測定することにより、その相対量を記録することによって達成する。一般的な質量分析計は３つの部位を含む：イオン源、質量分析計、および検出系。イオン源は、分析対象の物質（分析物）をイオン化する、質量分析計の一部である。次いで、イオン源を磁場または電場によって質量分析計に輸送し、そこで質量電荷比（ｍ／ｚ）に従ってイオンが分離される。多くの質量分析計は、タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）に２つ以上の質量分析計を用いる。検出器は、イオンが表面を通過するか、表面に衝突したときに誘導される電荷、または生成される電流を記録する。質量分析は、質量分析計によってｍ／ｚイオンをスキャンするときに、検出器において生成するシグナルを測定した結果である。

本明細書において用いられる用語「サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）」は、例えば、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析を実行するために伝統的に用いられる外部検量線ではなく、サンプルマトリックス自体に存在する検量線をいう。

本明細書において用いられる用語「ＳＩＬ分析物」または「安定同位体標識分析物」は、１つ以上の位置に同位体要素を含むように修飾された、分析物またはそのフラグメントである化合物をいう。最も一般的な標識技術は、安定な同位体として^１３Ｃまたは^１５Ｎを用い、化合物を１つ以上の位置で標識することができる。他の適切な安定な同位体としては、^２Ｈ、^３３Ｓ、^３４Ｓ、^３６Ｓ、^１７Ｏ、または^１８Ｏが挙げられる。

用語「多重同位体分子種反応モニタリング」またはＭＩＲＭは、親イオンおよびその同位体分子種イオン（異なる中性子を有する親イオン）から、同じ開裂部位を有するその生成物イオンへの、特定の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを追跡するために、質量分析計を調整することによる工程をいい、「ＭＩＲＭチャンネル」または「ＭＩＲＭトランジション」ともいう。さらに一般には、質量分析計を用いて単一のイオンのみを測定する場合、当該工程は選択反応モニタリング（ＳＲＭ）とも呼ばれる。複数の反応がＳＲＭによって測定され、複数の生成物イオンが１つ以上の前駆体イオンから生成される場合、この工程は多重反応モニタリング（ＭＲＭ）として当技術分野において知られている。トリプル四重極質量分析計におけるＳＲＭ実験において、最初の四重極（Ｑ１）は、サンプル中の予想される化学種の特定のｍ／ｚ（前駆体イオン）のみを通過させるように設定されている。２番目の四重極（すなわち、Ｑ２または衝突室）は、Ｑ１を通過したイオンをフラグメント化するために用いられる。３番目の四重極（Ｑ３）は、期待される化学種の予想されるフラグメント化生成物に対応する特定のｍ／ｚのイオン（フラグメントイオン）のみを検出器に通すように設定されている。多くのＳＲＭ実験が実行される場合、その工程は多重反応モニタリング（「ＭＲＭ」）と呼ばれる。

本明細書で用いられる用語「ＭＩＲＭトランジション」、あるいは親－娘イオントランジション対「ＰＤＩＴＰ」は、追跡するｍ／ｚ値の対をいう。簡単にいうと、娘イオンＤ（ｄ＋１．００７８３＊Ｚ_ｄのモノアイソトピック質量、Ｚ_ｄは娘イオンの電荷数）およびニュートラルロスＮ（ｎのモノアイソトピック質量）を有する親イオンＰ（ｐ＋１．００７８３＊Ｚ_ｐのモノアイソトピック質量、Ｚ_ｐは親イオンの電荷数であり、水素のモノアイソトピック質量は１．００７８３Ｄａである）について、最も豊富な（１００％）ＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）は、以下に示す通りである：
（ｐ＋１．００７８３＊Ｚ_ｐ）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋１．００７８３＊Ｚ_ｄ）／Ｚ_ｄ

最も一般的に用いられる電荷状態（１価、２価、および３価イオン）を用いる単位分解能トリプル四重極質量分析計について、このＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）は、以下のように単純化することができる：
（ｐ＋Ｚ_ｐ）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ）／Ｚ_ｄ

隣接するＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）における同位体存在率（ｍ／ｚ）：
（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄ
は、以下のように計算することができる：
（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄの隣接するＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率＝
［（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）の質量における、娘イオンの相対同位体分布］＊
［ｎ＋（α－β）の分子量におけるニュートラルロスの相対同位体分布］
［式中、
（１）ｐ＝ｄ＋ｎ
（２）αおよびβは整数であり、それらはそれぞれ、親イオンおよび娘イオンにおけるさらなる中性子の数であり、α＞０、β＞０、およびα＞βであり
（３）Ｚ_ｐおよびＺ_ｄは整数であり、
（４）分子の同位体分布は、オンライン計算機（worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html, ２０１９年１１月１０日にアクセス）を用いて得ることができ、
（５）それぞれｄ（α＝０）およびｎ（α－β＝０）の質量において、娘イオンおよびニュートラルロスの相対同位体分布は１００％である］。

αおよびβの異なる組み合わせを用いることによって、（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄの異なる隣接するＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）における同位体存在率を正確に計算し測定することができる。

本開示の様々な局面は、以下のサブセクションにおいてさらに詳細に説明する。

ＩＩ．定量方法
本開示は、多重同位体分子種反応モニタリング－サンプル内検量線補正－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）法に関し、これは、外部検量線を用いることなく、それぞれの個々のサンプルを即座に正確に測定することを可能にし、それによって本物の生物学的マトリックスを用いる必要がなくなり、定量的ＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシスプロセスを単純化し、機器時間が大幅に短縮される。ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ法は、創薬および開発における通常の薬物動態（ＰＫ）サンプル分析に適用することができるが、この方法は、例えばバイオマーカー測定および定量的プロテオミクスなどの、本物のマトリックスがほとんど利用できない場合、および、例えば臨床診断研究室における臨床診断などの、低スループットと長い転換時間が、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ技術の使用を妨げる主な問題である場合、および、例えば新鮮な凍結ＦＦＰＥ組織分析などの、検量線作成が厄介である場合について、特に有用である。さらに、ＩＳＣＣはまた、ブランクマトリックスにおける既知量の非標識分析物をスパイクすることによって、外部検量線として使用することができ、それによって外部検量線は１つのサンプルのみにおいて作成することができ、外部検量線のために複数のサンプルを調製する必要がない。

通常、分析物の最も豊富なＭＩＲＭチャンネルは、定量分析のためにＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイにおいてモニターする。元素の天然に存在する同位体によって、最も豊富なＭＩＲＭチャンネルにおいて観察されるＭＳ／ＭＳ応答に加えて、最も豊富なＭＩＲＭチャンネルに隣接する同位体ＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率は、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって正確に計算し、測定することができる。簡単にいえば、娘イオンＤ（ｄ＋１．００７８３＊Ｚ_ｄのモノアイソトピック質量、Ｚ_ｄは娘イオンの電荷数）およびニュートラルロスＮ（ｎのモノアイソトピック質量）を有する、親イオンＰ（ｐ＋１．００７８３＊Ｚ_ｐのモノアイソトピック質量、Ｚ_ｐは親イオンの電荷数であり、水素のモノアイソトピック質量は１．００７８３Ｄａ）について、最も豊富な（１００％）ＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）は、以下に示す通りである：
（ｐ＋１．００７８３＊Ｚ_ｐ）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋１．００７８３＊Ｚ_ｄ）／Ｚ_ｄ

最も一般的に用いられる電荷状態（１価、２価、および３価イオン）を用いる単位分解能トリプル四重極質量分析計について、このＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）は、以下のように単純化することができる：
（ｐ＋Ｚ_ｐ）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ）／Ｚ_ｄ

隣接するＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）における同位体存在率：
（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄ
は、以下のように計算することができる：
（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄの隣接するＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率＝
［（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）の質量における、娘イオンの相対同位体分布］＊
［ｎ＋（α－β）の分子量におけるニュートラルロスの相対同位体分布］
［式中、
（１）ｐ＝ｄ＋ｎ
（２）αおよびβは整数であり、それらはそれぞれ親イオンおよび娘イオンにおけるさらなる中性子の数であり、α＞０、β＞０、およびα＞βであり
（３）Ｚ_ｐおよびＺ_ｄは整数であり、
（４）分子の同位体分布は、オンライン計算機（worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html（２０１９年１１月１０日アクセス））を用いて得ることができ、
（５）それぞれｄ（α＝０）およびｎ（α－β＝０）の質量において、娘イオンおよびニュートラルロスの相対同位体分布は１００％である］

αおよびβの異なる組み合わせを用いることによって、（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄの異なる隣接するＭＩＲＭチャンネル（ｍ／ｚ）における同位体存在率を正確に計算し測定することができる。最も豊富なＭＩＲＭチャンネル（α＝０およびβ＝０）から最も少ないＭＩＲＭチャンネルへの同位体存在率は、５～６桁高くなりうる。理論的には、これらの同位体存在率が娘イオンおよびニュートラルロスの異なる同位体の組み合わせから生じ、これらが「同一の」物理化学的性質を有するため、全範囲にわたり、隣接するＭＩＲＭチャンネルの全てにおいて、ＭＳ／ＭＳ応答（ピーク面積）および計算した理論上の同位体存在率の間には、線形関係が存在するはずである。しかしながら、この線形関係は、質量分析計の検出限界、並びにほとんどの質量分析計の線形範囲によって制限を受ける。この線形関係を維持するために、ＳＩＬ分析物について用いられる全てのＭＩＲＭチャンネル、および分析物について用いられるＳＲＭチャンネルに関して、滞留時間、衝突エネルギー（ＣＥ）、およびデクラスタリングポテンシャル（ＤＰ）など、同じ質量分析計パラメーターを設定する必要がある。

本方法は、定量ＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシスのために、多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）チャンネルにおける同位体存在率を用いて、各研究サンプルにおいてサンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を構築する、完全に新しい方法を実証する。小分子、ペプチド、タンパク質、バイオマーカー、定量プロテオミクス、臨床診断研究、および他の分野での定量分析における使用などの、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ法の多くの潜在的な応用が存在する。

同位体希釈原理を用いた、ＬＣ－ＭＳプロテオミクスにおける絶対定量は、各研究サンプルに、既知量のＳＩＬペプチド（ＡＱＵＡアプローチ）またはタンパク質（ＰＳＡＱアプローチ）をスパイキングすることによって達成した。研究サンプルのペプチド（またはタンパク質）濃度は、非標識ペプチド（またはタンパク質）のピーク面積と、標識ペプチド（またはタンパク質）のピーク面積との比を用いて、計算することができた。しかしながら、この定量アプローチは、原点を通過する線形関係が、ＭＳ応答（または応答比）と対応する濃度との間に存在することを前提とした、１つの較正点のみに基づく。

近年、この問題に取り組むために、Chiva et al. (66th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, June 3－7, 2018, San Diego, CA, p ThP 481)は、ホルマリン固定／パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルにおける標的ペプチドの絶対定量のために、各研究サンプルに検量線をスパイクすることによって、正確で安定したアッセイを開発したことを報告した。この検量線は、２～２００ｆｍｏｌの異なる濃度において、５つの異なるＳＩＬペプチド分析物（および、それぞれのＳＩＬペプチド分析物について、１０、１６、２３、３３、および３９の総標識部位）を用いて、事前に作成された。しかしながら、３０～４０もの標識部位を有する、複数の異なる標識ペプチド分析物が、１つの標的ペプチドの解析に必要であるため、この方法は、特に複数の標的ペプチドの定量プロテオミクスについて、非常にコストと時間がかかる。

本開示において有用な方法は、サンプル中の少なくとも１つの分析物の存在を検出し、および／または濃度を定量化することに関し、当該方法は、少なくとも１つの分析物を含むサンプルに、１つ以上の既知の分量の安定同位体標識（ＳＩＬ）分析物を添加し、それぞれの添加したＳＩＬ分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）によって、１つ以上のサンプル内検量線（ＩＣＳＳ）を構築することを含み、ここで、ＳＩＬ分析物のＭＩＲＭは、ＳＩＬ分析物の複数の同位体トランジションの多重反応モニタリングをいい；ここで、それぞれの分析物のＩＳＣＣは、ＭＩＲＭトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率（分析物濃度当量）と、対応するＭＩＲＭトランジションにおいて測定したタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）ピーク面積との関係に基づいて、サンプル内で構築され；ここで、確立されたＩＣＳＳ、および液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）工程からの分析物について測定したピーク面積を用いて、サンプル中の少なくとも１つの分析物の濃度を定量化し；ここで、タンデム質量分析計は、多重反応モニタリングモードにおいて操作する。

いくつかの局面において、分析物、ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種は、質量分析計においてイオン化されて、分析物、ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種のプロトン化（または脱プロトン化）親イオンを生じる。いくつかの局面において、質量分析計において、分析物の親イオン、ＳＩＬ分析物の親イオン、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンは、同じ開裂部位においてフラグメント化され、ニュートラルロスおよび娘イオンを生じる。

いくつかの局面において、分析物の親イオンから娘イオンへのトランジションを、質量分析計においてモニターし、分析物の親イオンから娘イオンへのトランジションについてのピーク面積を測定する。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンから、ＳＩＬ分析物の娘イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の娘イオンへの選択された多重トランジションを、質量分析計においてモニターする（「多重同位体分子種反応モニタリング」または「ＭＩＲＭ」）。

いくつかの局面において、それぞれのＭＩＲＭトランジションのピーク面積を測定し、ここで、ＭＩＲＭトランジションは、ＳＩＬ分析物の親イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンから、ＳＩＬ分析物の娘イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の娘イオンへの選択されたトランジションを含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の、ＭＩＲＭトランジションにおいて測定したピーク面積と、それぞれのＭＩＲＭトランジションと同等の分析物濃度との関係に基づき、サンプル内検量線を作成する。

いくつかの局面において、それぞれのＭＩＲＭトランジションと同等の分析物濃度を、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションの理論上の同位体存在率から計算し、ここで、理論上の同位体存在率は、Analytical Chemistry, 2012, 84(11), 4844－4850において公開されている方法を用いて計算し、ここで、当該方法は、ＳＩＬ分析物のニュートラルロスおよび娘イオンの同位体分布に基づいて計算する。別の局面において、ＳＩＬ分析物およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の、（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐから（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのそれぞれのＭＩＲＭトランジション（ｍ／ｚ）についての理論上の同位体存在率を、式（Ｉ）：
（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのＭＩＲＭトランジションにおける同位体存在率＝
［（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）の質量における、娘イオンの相対同位体分布］＊
［ｎ＋（α－β）の質量における、ニュートラルロスの相対同位体分布］
（Ｉ）
［式中、
ｍ／ｚは質量電荷比であり
ｐはＳＩＬ分析物の親分子のモノアイソトピック質量であり
Ｚ_ｐは親イオンの電荷数であり
ｄはＳＩＬ分析物の娘フラグメントのモノアイソトピック質量であり
Ｚ_ｄは娘イオンの電荷数であり
ｎはＳＩＬ分析物のニュートラルロスのモノアイソトピック質量であり
ｐ＝ｄ＋ｎ
αおよびβは整数であり、それらはそれぞれ、親イオンおよび娘イオンにおけるさらなる中性子の数であり、α＞０、β＞０、およびα＞βであり
Ｚ_ｐおよびＺ_ｄは整数である］
に基づいて計算する。

いくつかの局面において、同位体存在率計算機が、worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html（２０１９年１１月１０日にアクセス）に存在する。いくつかの局面において、最大の分析物濃度当量（ＩＳＣＣの「定量上限」または「ＵＬＯＱ」）を、式（ＩＩ）：
（Ｍ／Ｖ）＊（Ｍ_分析物／Ｍ_{ＳＩＬ分析物}）ｎｇ／ｍＬ （ＩＩ）
［式中、
Ｍ（ｎｇ）は、サンプルに添加したＳＩＬ分析物の総量であり；
Ｖは、ＳＩＬ分析物を添加する前のサンプル体積（ｍＬ）であり；
Ｍ_分析物は、分析物の分子量であり；
Ｍ_{ＳＩＬ分析物}は、ＳＩＬ分析物の分子量である］
に基づいて計算する。

いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける、１つ以上の他の分析物濃度当量を、式（ＩＩＩ）：
Ｉ_ａ＊ＵＬＯＱ（ｎｇ／ｍｌ） （ＩＩＩ）
［式中、Ｉ_ａは、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種のＭＩＲＭトランジションの、計算した理論上の同位体存在率である］
に基づいて計算する。

本開示において有用な方法は、分析物を含むサンプルに添加した、安定同位体標識（ＳＩＬ）分析物の使用に関する。このＳＩＬ分析物は、次いでＭＩＲＭ技術によってモニターし、濃度検量線を構築して、サンプル中に存在する分析物の濃度を定量することができる。いくつかの局面において、分析物はタンパク質またはペプチドであり、ＳＩＬ分析物は安定同位体標識タンパク質またはペプチドである。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、少なくとも約３個のアミノ酸、少なくとも約４個のアミノ酸、少なくとも約５個のアミノ酸、少なくとも約６個のアミノ酸、少なくとも約７個のアミノ酸、少なくとも約８個のアミノ酸、少なくとも約９個のアミノ酸、少なくとも約１０個のアミノ酸、少なくとも約１１個のアミノ酸、少なくとも約１２個のアミノ酸、少なくとも約１３個のアミノ酸、少なくとも約１４個のアミノ酸、少なくとも約１５個のアミノ酸、少なくとも約１６個のアミノ酸、少なくとも約１７個のアミノ酸、少なくとも約１８個のアミノ酸、少なくとも約１９個のアミノ酸、または少なくとも約２０個のアミノ酸、少なくとも約２１個のアミノ酸、少なくとも約２２個のアミノ酸、少なくとも約２３個のアミノ酸、少なくとも約２４個のアミノ酸、少なくとも約２５個のアミノ酸、少なくとも約２６個のアミノ酸、少なくとも約２７個のアミノ酸、少なくとも約２８個のアミノ酸、少なくとも約２９個のアミノ酸、少なくとも約３０個のアミノ酸、少なくとも約３１個のアミノ酸、少なくとも約３２個のアミノ酸、少なくとも約３３個のアミノ酸、少なくとも約３４個のアミノ酸、少なくとも約３５個のアミノ酸、少なくとも約３６個のアミノ酸、少なくとも約３７個のアミノ酸、少なくとも約３８個のアミノ酸、少なくとも約３９個のアミノ酸、または少なくとも約４０個のアミノ酸を含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、４～４０個のアミノ酸、４～３５個のアミノ酸、５～３５個のアミノ酸、４～３４個のアミノ酸、５～３４個のアミノ酸、５～３３個のアミノ酸、５～３２個のアミノ酸、６～３５個のアミノ酸、６～３４個のアミノ酸、６～３３個のアミノ酸、６～３２個のアミノ酸、６～３１個のアミノ酸、６～３０個のアミノ酸、６～２９個のアミノ酸、６～２８個のアミノ酸、７～３５個のアミノ酸、７～３４個のアミノ酸、７～３３個のアミノ酸、７～３２個のアミノ酸、７～３１個のアミノ酸、７～３０個のアミノ酸、または７～２９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、分析物またはＳＩＬ分析物の親イオンは、７～１１個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、８～１１個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、８～１０個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、８～９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、６～９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、６～１０個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、４～３０個のアミノ酸、４～２５個のアミノ酸、５～２５個のアミノ酸、４～２４個のアミノ酸、５～２４個のアミノ酸、５～２３個のアミノ酸、５～２２個のアミノ酸、６～２５個のアミノ酸、６～２４個のアミノ酸、６～２３個のアミノ酸、６～２２個のアミノ酸、６～２１個のアミノ酸、６～２０個のアミノ酸、７～２５個のアミノ酸、７～２４個のアミノ酸、７～２３個のアミノ酸、７～２２個のアミノ酸、７～２１個のアミノ酸、または７～２０個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、４～２０個のアミノ酸、４～１５個のアミノ酸、５～１５個のアミノ酸、４～１４個のアミノ酸、５～１４個のアミノ酸、５～１３個のアミノ酸、５～１２個のアミノ酸、６～１５個のアミノ酸、６～１４個のアミノ酸、６～１３個のアミノ酸、６～１２個のアミノ酸、６～１１個のアミノ酸、６～１０個のアミノ酸、６～９個のアミノ酸、６～８個のアミノ酸、７～１５個のアミノ酸、７～１４個のアミノ酸、７～１３個のアミノ酸、７～１２個のアミノ酸、７～１１個のアミノ酸、７～１０個のアミノ酸、または７～９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、安定同位体標識タンパク質またはペプチドである。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物の親イオンは、少なくとも約３個のアミノ酸、少なくとも約４個のアミノ酸、少なくとも約５個のアミノ酸、少なくとも約６個のアミノ酸、少なくとも約７個のアミノ酸、少なくとも約８個のアミノ酸、少なくとも約９個のアミノ酸、少なくとも約１０個のアミノ酸、少なくとも約１１個のアミノ酸、少なくとも約１２個のアミノ酸、少なくとも約１３個のアミノ酸、少なくとも約１４個のアミノ酸、少なくとも約１５個のアミノ酸、少なくとも約１６個のアミノ酸、少なくとも約１７個のアミノ酸、少なくとも約１８個のアミノ酸、少なくとも約１９個のアミノ酸、または少なくとも約２０個のアミノ酸を含む。

いくつかの局面において、分析物は抗体である。別の局面において、分析物は融合タンパク質である。別の局面において、分析物は、タンパク質および異種部位を含む融合タンパク質である。別の局面において、分析物はＦｃ融合タンパク質である。いくつかの局面において、分析物は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ７３、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＣＤ７３抗体、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの局面において、分析物は、抗ＧＩＴＲ抗体、抗ＣＸＣＲ４抗体、抗ＴＩＧＩＴ抗体、抗ＯＸ４０抗体、抗ＬＡＧ３抗体、抗ＴＩＭ３抗体、抗ＩＬ８抗体、またはそれらの任意の組み合わせである。

本開示の方法は、対応するＳＩＬ分析物を用いて、タンパク質である分析物を検出し、定量するのに有効である。いくつかの局面において、分析物は抗体である。いくつかの局面において、分析物はＣＤ７３または抗ＣＤ７３抗体、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物は、ＰＤ－１、またはニボルマブなどの抗ＰＤ－１抗体、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物は、ＰＤ－Ｌ１、またはイピリムマブなどの抗ＰＤ－Ｌ１抗体、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物は、抗ＯＸ４０（ＣＤ１３４、ＴＮＦＲＳＦ４、ＡＣＴ３５、および／またはＴＸＧＰ１Ｌとしても知られている）抗体（例えば、ＢＭＳ９８６１７８、またはＭＤＸ－１８０３）、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物はウロクプルマブ、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物はＢＭＳ－９８６１５６、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物は、ＢＭＳ－９８６０１６、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物は、ＢＭＳ－９８６２０７、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物は、ＢＭＳ－９８６２５３、またはそのフラグメントである。いくつかの局面において、分析物は、ＢＭＳ－９８６２５８、またはそのフラグメントである。

いくつかの局面において、分析物は抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの局面において、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブ（OPDIVO（登録商標）、5C4、BMS－936558、MDX－1106、およびONO－4538としても知られている）、ペムブロリズマブ（Merck；KEYTRUDA（登録商標）、lambrolizumab、およびMK－3475としても知られている；WO2008/156712を参照）、PDR001（Novartis；WO 2015/112900を参照）、MEDI－0680（AstraZeneca；AMP－514としても知られている；WO 2012/145493を参照）、セミプリマブ（Regeneron；REGN－2810としても知られている； WO 2015/112800を参照）、JS001（TAIZHOU JUNSHI PHARMA；Si－Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 （2017）を参照）、BGB－A317（Beigene； WO 2015/35606およびUS 2015/0079109を参照）、INCSHR1210（Jiangsu Hengrui Medicine；SHR－1210としても知られている；WO 2015/085847；Si－Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 （2017）を参照）、TSR－042（Tesaro Biopharmaceutical；ANB011としても知られている；WO2014/179664を参照）、GLS－010（Wuxi/Harbin Gloria Pharmaceuticals；WBP3055としても知られている； Si－Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 （2017）を参照）、AM－0001（Armo）、STI－1110（Sorrento Therapeutics；WO 2014/194302を参照）、AGEN2034（Agenus；WO 2017/040790を参照）、MGA012（Macrogenics、WO 2017/19846を参照）、およびIBI308（Innovent；WO 2017/024465、WO 2017/025016、WO 2017/132825、およびWO 2017/133540を参照）から成る群から選択される。

いくつかの局面において、分析物は抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。いくつかの局面において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、BMS－936559（12A4、MDX－1105としても知られている；例えば、米国特許第7,943,743およびWO 2013/173223）、アテゾリズマブ（Roche；TECENTRIQ（登録商標）；MPDL3280A、RG7446としても知られている；US 8,217,149を参照；Herbst et al. (2013） J Clin Oncol 31(suppl):3000もまた参照）、デュルバルマブ（AstraZeneca；IMFINZI（登録商標）、MEDI－4736としても知られている；WO 2011/066389を参照）、アベルマブ（Pfizer；BAVENCIO（登録商標）、MSB－0010718Cとしても知られている；WO 2013/079174を参照）、STI－1014（Sorrento；WO 2013/181634を参照）、CX－072（Cytomx；WO 2016/149201を参照）、KN035（3D Med/アルファマブ；Zhang et al., Cell Discov. 7:3（March 2017）を参照、LY3300054（Eli Lilly Co.；例えば、WO 2017/034916を参照）、およびCK－301（Checkpoint Therapeutics；Gorelik et al., AACR:Abstract 4606（Apr 2016）を参照）から成る群から選択される。

いくつかの局面において、分析物はＣＤ７３またはその一部である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、Ｖ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）である。いくつかの局面において、分析物はＰＤ－１またはその一部である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物はＬＡＡＦＰＥＤ［Ａｒｇ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ_４）］（配列番号：２）である。いくつかの局面において、分析物はＰＤ－Ｌ１またはその一部である。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物はＬＱＤＡＧ［Ｖａｌ（^１３Ｃ_５、^１５Ｎ）］ＹＲ（配列番号：３）である。いくつかの局面において、分析物はダクラタスビルである。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルである。

いくつかの局面において、分析物は非ペプチド分子である。いくつかの局面において、分析物は、少なくとも１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも９００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１０００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも１９００ｇ／ｍｏｌ、または少なくとも２０００ｇ／ｍｏｌの分子量を有する。

いくつかの局面において、分析物は抗菌剤または抗ウイルス剤である。いくつかの局面において、分析物は、肝炎Ｂ、肝炎Ｃ、ＨＩＶ、梅毒、またはそれらの任意の組み合わせに対する薬剤である。別の局面において、抗ＨＣＶ活性を有する分析物は、ＨＣＶまたはフラビウイルス感染の治療のために、ＨＣＶメタロプロテアーゼ、ＨＣＶセリンプロテアーゼ、ＨＣＶポリメラーゼ、ＨＣＶヘリカーゼ、ＨＣＶ ＮＳ４Ｂタンパク質、ＨＣＶ侵入、ＨＣＶ会合、ＨＣＶ放出、ＨＣＶ ＮＳ５Ａタンパク質、およびＩＭＰＤＨ、および／またはシクロスポリン類似体、および／またはヌクレオシド類似体から選択される標的の機能を阻害するのに有用なものである。

選択的ＨＣＶセリンプロテアーゼ阻害剤として、本開示において用いることのできる分析物の中には、特許ＷＯ／１９９９／００７７３３、ＷＯ／２００５／００７６８１、ＷＯ／２００５／０２８５０２、ＷＯ／２００５／０３５５２５、ＷＯ／２００５／０３７８６０、ＷＯ／２００５／０７７９６９、ＷＯ／２００６／０３９４８８、ＷＯ／２００７／０２２４５９、ＷＯ／２００８／１０６０５８、ＷＯ２００８／１０６１３９、ＷＯ／２０００／００９５５８、ＷＯ／２０００／００９５４３、ＷＯ／１９９９／０６４４４２、ＷＯ／１９９９／００７７３３、ＷＯ／１９９９／０７７３４、ＷＯ／１９９９／０５０２３０、およびＷＯ／１９９８／０１７６７９号において開示されるペプチド化合物がある。ＮＳ５Ｂポリメラーゼ阻害剤もまた、活性を示した。これらの薬剤としては、限定されないが、例えば、ＷＯ０１／９０１２１（Ａ２）、米国特許第６，３４８，５８７Ｂ１号、またはＷＯ０１／６０３１５、またはＷＯ０１／３２１５３に記載される、ヌクレオシド型ポリメラーゼ阻害剤、またはＥＰ１６２１９６Ａ１またはＷＯ０２／０４４２５において記載されるベンゾイミダゾールポリメラーゼ阻害剤などの、非ヌクレオシド阻害剤などの、ＨＣＶ ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼの他の阻害剤が挙げられる。

ＰＥＧ化アルファ－インターフェロンおよびリバビリンの組み合わせに加えて、ＨＣＶウイルス複製を選択的に阻害するＨＣＶ感染患者の治療に有用な化合物の他の組み合わせが望まれている。特に、ＮＳ５Ａタンパク質の機能を阻害するのに有効な薬剤と、他のウイルス標的を阻害するのに有効な薬剤との組み合わせが望まれている。ＨＣＶ ＮＳ５Ａ タンパク質は、例えば、Tan, S.－L.; Katzel, M. G. Virology (2001) 284, 1－12、およびPark, K.－J.; Choi, S.－H, J. Biological Chemistry (2003)において記載されている。ＨＣＶ ＮＳ５Ａ阻害剤の合成を記載する、関連する特許開示は、以下の通りである：ＵＳ２００９／０２０２４７８；ＵＳ２００９／０２０２４８３；ＷＯ２００９／０２０８２８；ＷＯ２００９／０２０８２５；ＷＯ２００９／１０２３１８；ＷＯ２００９／１０２３２５；ＷＯ２００９／１０２６９４；ＷＯ２００８／１４４３８０；ＷＯ２００８／０２１９２７；ＷＯ２００８／０２１９２８；ＷＯ２００８／０２１９３６；ＷＯ２００６／１３３３２６；ＷＯ２００４／０１４８５２；ＷＯ２００８／０７０４４７；ＷＯ２００９／０３４３９０；ＷＯ２００６／０７９８３３；ＷＯ２００７／０３１７９１；ＷＯ２００７／０７０５５６；ＷＯ２００７／０７０６００；ＷＯ２００８／０６４２１８；ＷＯ２００８／１５４６０１；ＷＯ２００７／０８２５５４；ＷＯ２００８／０４８５８９；ＷＯ２０１０／０１７４０１；ＷＯ２０１０／０６５６６８；ＷＯ２０１０／０６５６７４；ＷＯ２０１０／０６５６８１、これらのそれぞれの内容は、参照によって本明細書に明示的に組み込まれる。

いくつかの局面において、分析物は小分子である。いくつかの局面において、分析物はタキソール、クロピドグレル、アピキサバン、ダパグリフロジン、サクサグリプチン、テムサビル、レジパスビル、ソフォスブビル、またはロスバスタチンである。いくつかの局面において、分析物はタキソールである。いくつかの局面において、分析物はクロピドグレルである。いくつかの局面において、分析物はアピキサバンである。いくつかの局面において、分析物はダパグリフロジンである。いくつかの局面において、分析物はサクサグリプチンである。いくつかの局面において、分析物はテムサビルである。いくつかの局面において、分析物はレジパスビルである。いくつかの局面において、分析物はソフォスブビルである。いくつかの局面において、分析物はロスバスタチンである。

別の局面において、分析物は、核酸分子、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡである。いくつかの局面において、核酸分子は、少なくとも約１０個の核酸、少なくとも約１５個の核酸、少なくとも約２０個の核酸、少なくとも約２５個の核酸、少なくとも約３０個の核酸、少なくとも約４０個の核酸、少なくとも約５０個の核酸、少なくとも約１００個の核酸、少なくとも約２００個の核酸、少なくとも約３００個の核酸、少なくとも約４００個の核酸、少なくとも約５００個の核酸、少なくとも約６００個の核酸、少なくとも約７００個の核酸、少なくとも約８００個の核酸、少なくとも約９００個の核酸、少なくとも約１０００個の核酸、少なくとも約１２００個の核酸、少なくとも約１４００個の核酸、少なくとも約１６００個の核酸、少なくとも約１８００個の核酸、少なくとも約２０００個の核酸、少なくとも約２２００個の核酸、少なくとも約２４００個の核酸、少なくとも約２６００個の核酸、少なくとも約２８００個の核酸、または少なくとも約３０００個の核酸である。

いくつかの局面において、分析物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。別の局面において、分析物はｓｉＲＮＡまたはｍｉＲＮＡである。別の局面において、分析物は遺伝子治療ベクターまたはプラスミドである。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、少なくとも約４個、少なくとも約５個、少なくとも約６個、少なくとも約７個、少なくとも約８個、少なくとも約９個、少なくとも約１０個、少なくとも約１１個、少なくとも約１２個、少なくとも約１３個、少なくとも約１４個、少なくとも約１５個、少なくとも約１６個、少なくとも約１７個、少なくとも約１８個、少なくとも約１９個、少なくとも約２０個の同位体標識、少なくとも約２１個、少なくとも約２２個、少なくとも約２３個、少なくとも約２４個、少なくとも約２５個、少なくとも約２６個、少なくとも約２７個、少なくとも約２８個、少なくとも約２９個、少なくとも約３０個、少なくとも約３１個、少なくとも約３２個、少なくとも約３３個、少なくとも約３４個、少なくとも約３５個、少なくとも約３６個、少なくとも約３７個、少なくとも約３８個、少なくとも約３９個、または少なくとも約４０個の同位体標識を含む。

測定のためのＭＩＲＭトランジションの選択は、安定で正確なアッセイ性能を確保するために、本開示の方法の重要な要素である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおいて測定された相対ピーク面積のそれぞれは、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率から１５％未満の偏差を有する。

いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積のうち少なくとも１つは、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．９％未満、０．８％未満、０．７％未満、０．６％未満、０．５％未満、０．４％未満、０．３％未満、０．２％未満、０．１％未満、０．０９％未満、０．０８％未満、０．０７％未満、０．０６％未満、０．０５％未満、０．０４％未満、０．０３％未満、０．０２％未満、０．０１％未満、０．００９％未満、０．００８％未満、０．００７％未満、０．００６％未満、０．００５％未満、０．００４％未満、０．００３％未満、０．００２％未満、０．００１％未満、０．００９％未満、０．００８％未満、０．００７％未満、０．００６％未満、０．００５％未満、０．００４％未満、０．００３％未満、０．００２％未満、または０．０００１％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から１４％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から１３％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から１２％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から１１％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から１０％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から９％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から８％未満の偏差を有する。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションにおける測定された相対ピーク面積の全ては、ＳＩＬ分析物、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から７％未満の偏差を有する。

いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は、４～１５の間、４～１４の間、５～１３の間、５～１２の間、６～１２の間、６～１１の間、７～１１の間、７～１０の間、８～１０の間、または８～９の間である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は、４～１０の間、４～９の間、５～９の間、６～９の間、６～８の間、または７～８の間である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は６である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は７である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は１０である。いくつかの局面において、ＭＩＲＭトランジションの数は１５である。

いくつかの局面において、最大のＭＩＲＭチャンネルおよび最小のＭＩＲＭチャンネルの分析物濃度当量が、少なくとも約１０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約３００倍、少なくとも約４００倍、少なくとも約５００倍、少なくとも約６００倍、少なくとも約７００倍、少なくとも約８００倍、少なくとも約９００倍、少なくとも約１０００倍、少なくとも約１１００倍、少なくとも約１２００倍、少なくとも約１３００倍、少なくとも約１４００倍、少なくとも約１５００倍、少なくとも約１６００倍、少なくとも約１７００倍、少なくとも約１８００倍、少なくとも約１９００倍、少なくとも約２０００倍、少なくとも約２１００倍、少なくとも約２２００倍、少なくとも約２３００倍、少なくとも約２４００倍、少なくとも約２５００倍、少なくとも約２６００倍、少なくとも約２７００倍、少なくとも約２８００倍、少なくとも約２９００倍、少なくとも約３０００倍、少なくとも約３１００倍、少なくとも約３２００倍、少なくとも約３３００倍、少なくとも約３４００倍、少なくとも約３５００倍、少なくとも約３６００倍、少なくとも約３７００倍、少なくとも約３８００倍、少なくとも約３９００倍、少なくとも約４０００倍、少なくとも約４１００倍、少なくとも約４２００倍、少なくとも約４３００倍、少なくとも約４４００倍、少なくとも約４５００倍、少なくとも約４６００倍、少なくとも約４７００倍、少なくとも約４８００倍、少なくとも約４９００倍、少なくとも約５０００倍、少なくとも約５１００倍、少なくとも約５２００倍、少なくとも約５３００倍、少なくとも約５４００倍、少なくとも約５５００倍、少なくとも約５６００倍、少なくとも約５７００倍、少なくとも約５８００倍、少なくとも約５９００倍、または少なくとも約６０００倍異なる。

いくつかの局面において、２つの選択したＭＩＲＭトランジションの計算した理論上の同位体存在率は、少なくとも０．０１％、少なくとも０．０５％、少なくとも０．１％、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも１．５％、少なくとも２％、少なくとも２．５％、少なくとも３％、少なくとも３．５％、少なくとも４％、少なくとも４．５％、少なくとも５％、少なくとも５．５％、少なくとも６％、少なくとも６．５％、少なくとも７％、少なくとも７．５％、少なくとも８％、少なくとも８．５％、少なくとも９％、少なくとも９．５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも約５０％離れている。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、痕跡量の非標識分析物を含む。いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．９％未満、０．８％未満、０．７％未満、０．６％未満、０．５％未満、０．４％未満、０．３％未満、０．２％未満、または０．１％未満の非標識分析物を含む。

いくつかの局面において、ＳＩＬ分析物は、１つ以上の安定な同位体によって１つ以上の部位において標識されている。いくつかの局面において、安定な同位体標識は、^２Ｈ、^１３Ｃ、^１５Ｎ、^３３Ｓ、^３４Ｓ、^３６Ｓ、^１７Ｏ、または^１８Ｏである。いくつかの局面において、安定な同位体標識は、^１３Ｃおよび／または^１５Ｎである。いくつかの局面において、安定な同位体標識は、^１３Ｃである。いくつかの局面において、安定な同位体標識は、^１５Ｎである。

一般に、トリプル四重極質量分析計における実験について、最初の四重極（Ｑ１）は、サンプル内の予想される化学種の特定のｍ／ｚのイオン（前駆体イオン）のみのイオンを通過させるように設定されている。２番目の四重極（すなわち、Ｑ２または衝突室）は、Ｑ１を通過するイオンをフラグメント化するために用いられる。３番目の四重極（Ｑ３）は、予想される化学種の予想されるフラグメント化生成物に対応する、特定のｍ／ｚのイオン（フラグメントイオン）のみを検出器に通すように設定されている。いくつかの局面において、サンプルは質量分析計においてイオン化されて、１つ以上のプロトン化または脱プロトン化された分子イオンを生成する。いくつかの局面において、１つ以上のプロトン化または脱プロトン化された分子は、１価、２価、３価、またはそれ以上である。いくつかの局面において、質量分析計はトリプル四重極質量分析計である。いくつかの局面において、Ｑ１およびＱ３について用いられる分解能は、単位分解能である。別の局面において、Ｑ１およびＱ３について用いられる分解能は異なる。別の局面において、Ｑ１について用いられる分解能は、Ｑ３について用いられる単位分解能よりも高い。

高速液体クロマトグラフィーによる分離の有用性は、低分子量から高分子量までの範囲の分子の分析および精製などの、幅広い応用について実証されている。液体クロマトグラフィーにおいて、特に分析に必要な時間から生じる大きな制限がある。本開示の方法は、特に外部検量線を機器で実行する必要がない場合において、非常に効果的であり、必要な総機器時間を改善する。いくつかの局面において、当該方法は機器の総実行時間を短縮する。いくつかの局面において、外部検量線は用いない。いくつかの局面において、分析物はバイオマーカーである。いくつかの局面において、分析物は代謝物である。

本開示の方法は、生物源などの様々な供給源からの分析物を検出または定量化するのに有効である。いくつかの局面において、サンプルは、血清、組織、生検組織、ホルマリン固定／パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）、血漿、唾液、脳脊髄液、涙、尿、滑液、乾燥血液スポット、またはその任意の組み合わせである。いくつかの局面において、サンプルは血清である。いくつかの局面において、サンプルは組織である。いくつかの局面において、サンプルは生検組織である。いくつかの局面において、サンプルはホルマリン固定／パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）である。いくつかの局面において、サンプルは血漿である。いくつかの局面において、サンプルは唾液である。いくつかの局面において、サンプルは脳脊髄液である。いくつかの局面において、サンプルは涙である。いくつかの局面において、サンプルは尿である。いくつかの局面において、サンプルは滑液である。いくつかの局面において、サンプルは乾燥血液スポットである。

本開示の方法はまた、生物学的マトリックスから分析物を分離することができる、少なくとも１つの液体クロマトグラフィーカラム、対象の分析物を含むサンプル、サンプルに添加された少なくとも１つの安定同位体標識分析物、並びに１つ以上プロトン化された、または脱プロトン化された親イオン、分析物に固有の娘イオン、および安定同位体標識分析物をイオン化し、フラグメント化し、検出することができる質量分析計を含む、液体クロマトグラフィーを含む、液体クロマトグラフィー－質量分析系を構築するのにも有用である。一般に、クロマトグラフィーは、混合物中に存在する他の分子（例えば、夾雑物）から分子（例えば、抗体）を分離する、任意の種類の技術である。

液体クロマトグラフィー（ＬＣ）は、その後の分析および／または同定のために、流体混合物の成分を分離するための、十分に確立された分析技術であり、その中で、カラム、マイクロ流体チップに基づくチャンネル、またはチューブは、一般に数ミクロンの直径の小粒子などの微細に粉砕された固体またはゲルである、固定相物質が充填されている。小さな粒子径は、固定相を生成する様々な化学物質によって修飾することができる、大きな表面積を提供する。液体溶出液は、カラムの寸法および粒子径に基づいて、望ましい流量において、液体クロマトグラフィーカラム（「ＬＣカラム」）に送られる。この液体溶出液は、時に移動相といわれる。分析されるサンプルは、ＬＣカラムの前に、移動相の流れに少量で導入（例えば、注入）される。サンプル中の分析物の移動速度は、カラムの長さを横切る際の、固定相の特定の化学的および／または物理的相互作用によって影響される。特定の分析物がカラムの終端から溶出または出てくる時間は、保持時間または溶出時間と呼ばれ、特に、特定の分析物の正確な分子量などの他の分析特性と組み合わせた場合、特定の分析物の特性を合理的に同定することができる。分離された成分は、液体クロマトグラフィーカラムから、さらなる分析のための他の種類の分析機器に送られてもよく、例えば、液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ／ＭＳまたはＬＣ／ＭＳ／ＭＳ）は、化合物が質量分析計のイオン源に導入される前に、化合物をクロマトグラフィーで分離する。

質量分析（「ＭＳ」または「質量分析」）は、質量電荷比イオンを測定するために用いられる、分析技術である。これは、サンプルをイオン化し、異なる質量のイオンを分離し、イオン流量の強度を測定することによって、その相対的な存在量を記録することによって実現される。一般的な質量分析計は、３つの部分：イオン源、質量分析計、および検出系を含む。イオン源は、分析対象物質（分析物）をイオン化する、質量分析計の一部である。次いで、イオンは磁場または電場によって質量分析器に送達され、そこで質量電荷比（ｍ／ｚ）に従ってイオンが分離される。多くの質量分析計は、タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）に２つ以上の質量分析計を用いる。検出器は、イオンが表面を通過するか、表面に衝突したときに誘導される電荷、または生成される電流を記録する。質量分析は、質量分析計によってｍ／ｚイオンをスキャンするときに、検出器において生成するシグナルを測定した結果である。

本開示の方法は、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を含む組成物を開示し、ここで、ＩＳＣＣは安定同位体標識分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）を含む。安定同位体標識分析物のＭＩＲＭを含むＩＳＣＣを生成する本開示の方法は、バイオマーカーの分析に有用である。バイオマーカーは、例えば、生物学的サンプルから単離されるか、生物学的サンプルにおいて直接測定されるか、または生物学的サンプルにおいて検出されるか、生物学的サンプル中にあると決定されうる。バイオマーカーは、機能的、部分的に機能的、または非機能的でありうる。バイオマーカーがタンパク質またはそのフラグメントである場合、それを配列決定することができ、そのコード遺伝子は、十分に確立された技術を用いてクローニングすることができる。本開示の方法はまた、代用エンドポイントとして規制当局の承認のための、バイオマーカーの開発および／または検証にも有用である。代用エンドポイントは、臨床エンドポイントの代替として規制当局に承認されたバイオマーカーであり、臨床的に意味のあるエンドポイントの代替として用いることが意図される。代用エンドポイントが承認される前に、臨床的利益を予想する、またはそれと関連することが信頼できることを示す、広範な証拠が必要である。

本開示の方法はまた、バイオマーカー、代謝物、または代謝プロファイルの分析にも有用である。バイオマーカーまたは代謝物の分析は、健康または疾患の生物学的状態の精度の高い尺度を示す。それぞれの個人に固有の、変化した代謝フィンガープリントは、システム生物学をさらに理解し、様々な疾患の潜在的なリスクを検出し、または特定し、最終的には個別化医療（すなわち、適切な薬を、適切な用量で、適切な時に、適切な人に）の目標を達成するのに役立つ、新たな手段を提供する。本発明において用いられる代謝物プロファイルは、別のサンプルまたはサンプル群から得られた参照値またはプロファイルと比較するために用いることができる、代謝物の定量的結果の任意の定義された値の一覧であると理解されるべきである。例えば、疾患を有する患者からのサンプルの代謝物プロファイルは、同様に一致した健康な患者からのサンプルの代謝物プロファイルとは、大幅に異なる可能性がある。代謝物プロファイルは、プロファイルを参照または標準プロファイルと比較することによって、障害に対する患者の感受性を予想するのに役立ちうる。

本開示の方法はまた、特定の患者のための最適な治療プロトコルおよび／または最適な薬物選択、組み合わせ、および用量の推奨または選択に関する。各投与の後の薬物のピーク濃度を測定することができる。各投与後の薬物のトラフ濃度もまた測定することができる。その間の変動を含む投与間隔（時間）は、バイオマーカーまたは代謝物の分析から判別される情報に基づいて最適化することができる。

本開示はまた、本明細書に記載される方法によって用いられる、液体クロマトグラフィー－質量分析系を含む。いくつかの局面において、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳは、
（ｉ）生物学的マトリックスから分析物を分離することができる、少なくとも１つの液体クロマトグラフィーカラムを含む、液体クロマトグラフィー；
（ｉｉ）対象の分析物を含むサンプル；
（ｉｉｉ）サンプルに添加した少なくとも１つの安定同位体標識分析物；および
（ｉｖ）分析物および安定同位体標識分析物に固有の、１つ以上プロトン化された（または脱プロトン化された）親イオンおよび娘イオンをイオン化し、フラグメント化し、および検出することができる、質量分析計
を含む。

別の局面において、本開示は、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を含む組成物を含み、ここで、ＩＳＣＣは安定同位体標識分析物を含む。

本開示はまた、１サンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）の作成に関する。このアプローチでは、安定標識同位体（ＳＩＬ）分析物を使用せず、代わりに、ブランクマトリックスサンプルに、既知量の分析物をスパイクすることを含む。ブランクマトリックスは、対象の分析物を含まない、マトリックスの種類である。１つのブランクマトリックスサンプルに既知量の分析物をスパイクすることによって、分析物の対応するＭＩＲＭチャンネルにおいて、計算した理論上の同位体存在率（分析物濃度当量）と測定したＭＳ／ＭＳピーク面積（または、アッセイに内部標準が用いられる場合、ピーク面積比）との関係に基づいて、ブランクマトリックスサンプルの１サンプル多点外部検量線を確立することができる。この１サンプル多点外部検量線は、定量ＬＣ－ＭＳ／ＭＳに基づくバイオアナリシスのための従来のマルチサンプル外部検量線と同じ方法において、用いることができる。このアプローチは、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量分析において、従来のマルチサンプル外部検量線を作成する必要がない、代替方法として機能する。

それぞれのＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率を正確に計算し、測定することができるため、同位体サンプル希釈は、試験サンプルの最も豊富なＭＩＲＭチャンネルに加えて、１つまたは数個の分析物のＭＩＲＭチャンネルを単に追跡することによって達成することができる。最も豊富なＭＩＲＭチャンネル（同位体存在率１００％）は、アッセイ検量線範囲内の濃度を有するサンプルの定量に用いられるが、あまり豊富でないＭＩＲＭチャンネル（ＩＡ％の同位体存在率）は、アッセイの定量上限（ＵＬＯＱ）を超える濃度を有するサンプルの定量に用いることができ、１００％／ＩＡ％の同位体希釈因子（ＩＤＦ）を生じる。このアプローチは、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量分析で試験サンプルを物理的に希釈する必要をなくすための、代替方法として機能する。

いくつかの局面において、本開示は、研究サンプル中の少なくとも１つの分析物の濃度を定量する方法に関し、ここで、当該方法は、ブランクマトリックスサンプルに、１つ以上の既知の分量の１つ以上の分析物を添加して、それぞれの添加された分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）によって、１つ以上の１サンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）を構築することを含み、ここで、分析物のＭＩＲＭは、分析物の複数の同位体トランジションの多重反応モニタリングをいい；ここで、それぞれの分析物のＯＳＭＥＣＣは、ＭＩＲＭトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率（分析物濃度当量）と、対応するＭＩＲＭトランジションにおいて測定したタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）ピーク面積（または、アッセイに内部標準が用いられる場合、ピーク面積比）との関係に基づいて、ブランクマトリックスサンプル中に構築され；ここで、研究サンプルにおける少なくとも１つの分析物の濃度は、確立したＯＳＭＥＣＣ、および液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）工程からの分析物について測定したピーク面積（または、アッセイに内部標準が用いられている場合、ピーク面積比）を用いて定量し；ここで、分析物についてのピーク面積比は、分析物のピーク面積を内部標準のピーク面積で割ったものであり、ここで、タンデム質量分析計は、多重反応モニタリングにおいて操作する。

本開示はさらに、以下の実施例によって説明されるが、これはさらなる限定として解釈されるべきではない。本出願全体にわたって引用される全ての文献の内容は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。

実施例１
ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析のための、ＳＩＬ分析物の調製
ギ酸（SupraPur grade）を、EMD Chemicals（Gibbstown, NJ, USA）から購入した。ＨＰＬＣグレードのメタノールおよびアセトニトリルは、J.T. Baker（Phillipsburg, NJ, USA）から購入した。ＬＣグレードの重炭酸アンモニウムおよび０．０５％ｔｗｅｅｎ（ＰＢＳＴ）を含むリン酸緩衝生理食塩水は、Sigma－Aldrich（St. Louis, MO, USA）から購入した。Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標） Ｍ－２８０ ストレプトアビジンは、Invitrogen（Carlsbad, CA, USA）から購入した。シーケンシンググレードの修飾トリプシンは、Promega Corporation（Madison, WI, USA）から購入した。分化クラスター７３（ＣＤ７３）の全ての非標識および標識代替ペプチド：ＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）およびＶ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）；プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ－１）：ＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２）およびＬＡＡＦＰＥＤ［Ａｒｇ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ_４）］（配列番号：２）；並びにプログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）：ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）およびＬＱＤＡＧ［Ｖａｌ（^１３Ｃ_５、^１５Ｎ）］ＹＲ（配列番号：３）は、Genscript（Piscataway, NJ, USA）から購入した。脱イオン水は、Barnstead International（Dubuque, IA, USA）からのNANOpure Diamond ultrapure water systemを用いて生成した。組み換えヒトＣＤ７３（６１，０８４Ｄａ）、抗ヒトＣＤ７３モノクローナル抗体（ｍＡｂ）、小分子薬ダクラタスビル、およびＳＩＬ薬、^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルを作成した。

用いたＬＣ－ＭＳ／ＭＳ系は、Ｎｅｘｅｒａ ＵＰＬＣ系（Shimadzu, Columbia, MD）と結合した、トリプル四重極６５００質量分析計(AB Sciex, Foster City, CA)であった。ＵＰＬＣ系は、２つのＬＣ－３０ＡＤポンプ、１つのＳＩＬ－３０ＡＣＭＰ オートサンプラー、および１つのＣＴＯ－３０ＡＳ カラムヒーターから成る。分離は、Acquity HSS T3 分析カラム（２．１ｍｍｘ５０ｍｍ、粒子径１．８μｍ）（Waters, Milford, MA）において、０．０１％ギ酸／水（Ａ）および０．０１％ギ酸／アセトニトリル（Ｂ）の移動相を用いた勾配溶出によって、行った。ＬＣ－ＭＳ／ＭＳデータは、Analyst（登録商標） Software（1.6.2）によって取得した。

追跡のためのＭＩＲＭチャンネルの選択
図１は、例として、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）ペプチド ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）の定量分析を用いた、一般的なＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ法を示す。それぞれの１００μＬの研究サンプルに、既知量のＳＩＬ分析物 ＬＱＤＡＧ［Ｖａｌ（^１３Ｃ_５、^１５Ｎ）］ＹＲ（配列番号：３）（２０μＬの５００ｎｇ／ｍＬ＝１０ｎｇ）をスパイクすることによって、この標識された分析物のＭＩＲＭチャンネル中の計算した理論上の同位体存在率を、対応するＭＩＲＭチャンネル中のＳＩＬ分析物の同位体濃度（または、分析物濃度当量）に変換することができる。したがって、それぞれの研究サンプルにおいて、理論上の同位体濃度（または、分析物濃度当量）と、測定したＭＳ／ＭＳ応答との間のＩＳＣＣを確立することができ、このサンプルの分析物濃度は、確立した検量線と分析物のピーク面積に基づいて、すぐに計算することができる。

ヒトおよびサル血清における、内因性ＣＤ７３のＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量
ＣＤ７３は７０ｋＤａのタンパク質であり、多くの腫瘍において高い発現を示す。ヒトおよびサル血清におけるＣＤ７３の定量分析は、用量選択に役立ち、抗ＣＤ７３前臨床および臨床薬剤開発のための薬力学的情報を提供するために必要である。当初は、代替マトリックスにおける組み換えＣＤ７３参照標準（６１，０８４Ｄａ）の段階希釈による、従来の外部検量線を用いた免疫捕捉ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイを開発し、検証した。抗ＣＤ７３ ｍＡｂをＣＤ７３の免疫捕捉に用い、次いで変性、トリプシン消化、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析を行った。ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイにおいてモニターした代替ペプチド（ヒトおよびサルＣＤ７３の両方に固有）は、二価の親イオンからｙ６イオン（５０２．３^＋＋→６２８．３^＋）へのＳＲＭトランジション（ｍ／ｚ）を伴う、ＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）であった。１０μＬの体積のＳＩＬ代替ペプチド、Ｖ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）を、１００ｎｇ／ｍＬの濃度で、トリプシン消化の後、それぞれのサンプルに加えた。このアッセイの元の血清サンプル体積は１００μＬであったため、これは１０ｎｇ／ｍＬ（［１０μＬ・１００ｎｇ／ｍＬ］／１００μＬ）の元の血清サンプル中のＳＩＬペプチド、または６０４．７９２ｎｇ／ｍＬの組み換えＣＤ７３（１０ｎｇ／ｍＬ・［６１，０８４Ｄａ／１０１０Ｄａ］）に相当する。この実験において、この標識ペプチドは外部検量線と共にアッセイの内部標準として使用しただけでなく、それぞれの個々の研究サンプルについてのＩＳＣＣとしてもまた使用した。これにより、外部検量線およびＩＳＣＣによって測定したＣＤ７３濃度を並べて比較することができる。

外部検量線およびＩＳＣＣアプローチを用いて、ヒトおよびサル血清におけるＣＤ７３の定量を行う前に、標識された代替ペプチド、Ｖ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）についてのＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率を計算して測定し、選択したＭＩＲＭチャンネルが、予期しない干渉がなく、ＩＳＣＣを確立するのに信頼性が高く、正確であることを確認する必要がある。

トリプル四重極質量分析計におけるペプチドのフラグメント化は、Skyline（MacCoss Lab, Department of Genome Sciences, UW）などのオンラインツールを用いることによって、容易に解決することができる。この場合、ｙ６イオンは娘イオンとしてモニターされるため、娘イオンおよびニュートラルロスは、それぞれＣ_２６Ｈ_４６Ｎ_９Ｏ_９ ^＋および^１３Ｃ_６ ^１５ＮＣ_１４Ｈ_２９Ｎ_２Ｏ_４と決定される。娘イオン（Ｃ_２６Ｈ_４６Ｎ_９Ｏ_９ ^＋）およびニュートラルロス（^１３Ｃ_６ ^１５ＮＣ_１４Ｈ_２９Ｎ_２Ｏ_４）の同位体分布は、オンライン計算機（worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html（２０１９年１１月１０日にアクセス））を用いて計算し、表１に列挙した。Ｖ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）についての最も豊富なＭＩＲＭチャンネル（１００％存在率）および隣接するＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率を計算した。Ｖ［ＩＬＥ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）について、対応するＭＩＲＭチャンネルにおけるSciex API 6500質量分析計を用いた、これらのＭＩＲＭチャンネルにおいて計算した理論上の同位体存在率、および測定結果（ピーク面積）を、表２に示す。存在率は、最も豊富なＭＩＲＭチャンネルから最も少ないＭＩＲＭチャンネルまで６，０００倍以上に及ぶ。必要に応じて、より低い同位体存在率もまた計算し、用いることができるが、しかしながら、多くの場合において、トリプル四重極質量分析計の直線範囲を超えるであろう。表２に示されるように、計算した理論上の同位体存在率から測定した結果の割合の差は、１３．５％以内であり、これは、同位体不純物および内因性マトリックスからの干渉などのいかなる干渉もなく、測定結果が正確であり、信頼でき、そのため、これらのＭＩＲＭチャンネルは、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ絶対定量分析に選択することができることを示す。

ＳＩＬペプチドについてのＭＩＲＭチャンネル中の、計算した理論上の同位体存在率を用いて、ＩＳＣＣに用いられる１０個の選択されたＭＩＲＭチャンネル中の、スパイクしたＳＩＬペプチド同位体濃度（およびＣＤ７３タンパク質濃度当量）を計算し、表２の右の２つの欄に列挙した。ＩＳＣＣは、これらの濃度（ｘ軸）と、対応するＭＩＲＭチャンネルにおける測定したＭＳ／ＭＳピーク面積（ｙ軸）を用いて、それぞれの研究サンプル中に構築される。検量線回帰および濃度計算は、社内で開発したソフトを用いて行った。加重（１／ｘ^２）線形最小二乗回帰を、全てのＩＳＣＣについて用いた。ヒト血漿における、サンプル番号１について、最初の３回の注入について、ＩＳＣＣの性能、線形曲線（切片および直線勾配）および計算された濃度を、それぞれ表３および４に示す（全てのサンプルは、３回の反復において抽出し、分析した）。表３に示すように、これらの３回の反復について優れたＩＳＣＣ性能が観察された。ＩＳＣＣに用いられる１０個のＭＩＲＭチャンネルと、２回目の注入についての１つのＳＲＭチャンネルについての代表的なクロマトグラムは、図２Ａおよび２Ｂに示す。

外部検量線およびＩＳＣＣアプローチを用いた、ヒトおよびサル血清中の内因性ＣＤ７３量の定量分析の結果は、表５に列挙する。全体として、ＩＳＣＣアプローチによって測定したＣＤ７３濃度は、外部検量線を用いて測定した濃度よりも、約１１％から１７％低い。これは、研究サンプルの免疫捕捉および消化損失が追跡され、外部検量線により補正されたために、免疫捕捉および消化のために８６．０％の回収率であったことが原因である。しかしながら、消化後にＳＩＬペプチドをスパイクしたため、ＩＳＣＣアプローチの場合はそうではなかった。そのため、表５に示すように、ＩＳＣＣアプローチで測定された濃度は、８６．０％の回収率によって補正するべきであり、補正された濃度は、外部検量線を用いて測定した濃度とと非常に良く一致した。

最終アッセイには全ての有望なＭＩＲＭチャンネルを含めることは必要ではない。ヒト血清中のＣＤ７３の定量について選択されたＭＩＲＭチャンネルを、表２に示す。サンプル分析の実行において用いられるＭＩＲＭチャンネルを選択する際には、いくつかの考慮事項がある：

ＩＳＣＣ曲線範囲は、選択されたＭＩＲＭチャンネルの同位体存在率範囲によって定義される。そのため、予想される濃度範囲をカバーするために、適切なＭＩＲＭチャンネルを選択する必要がある。この作業において、選択されたＭＩＲＭチャンネルは、約１，６００倍の曲線範囲をカバーし、投与後のＣＤ７３の予想される増加をカバーした。

同位体存在率の計算値と測定値の間に、大きな％Ｄｅｖ（＞１５％）が存在する任意のＭＩＲＭチャンネルは、大きな％Ｄｅｖは通常、同位体不純物および内因性マトリックスからの干渉など、ＭＩＲＭチャンネル中に潜在的な干渉が存在することを意味するため、選択するべきではない。そのため、ＭＩＲＭチャンネルの選択については、複数のマトリックスロットをテストすべきである。

同位体の存在率が近い複数のＭＩＲＭチャンネルの中から、１つのＭＩＲＭチャンネルのみを選択するべきである。この例において、表２に示すように、ＭＩＲＭチャンネル４および５、７および８は、それぞれ非常に近い同位体存在率を有するため、ＭＩＲＭチャンネル４および８は選択しなかった。

実証の目的のみのために、本実施例において、計１０個のＭＩＲＭチャンネルを用いた。より少ないＭＩＲＭチャンネル（１，０００倍の曲線について、４～５個のＭＩＲＭチャンネル）を用いても、データ品質に影響はない。
表１
安定同位体標識ペプチド Ｖ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）のニュートラルロス（^１３Ｃ_６ ^１５ＮＣ_１４Ｈ_２９Ｎ_２Ｏ_４）および娘イオン（［Ｃ_２６Ｈ_４６Ｎ_９Ｏ_９］^＋）の同位体分布

注：親イオン：［^１３Ｃ_６ ^１５ＮＣ_４０Ｈ_７６Ｎ_１１Ｏ_１３］^＋＋、二価（Ｚ_ｐ＝２）

^ａ １０μＬの１００ｎｇ／ｍＬ（１ｎｇ）のＳＩＬペプチドを、消化サンプル中にスパイクした。アッセイに用いた元のサンプル体積は１００μＬであったため、これは、元のサンプルにおいて、最も豊富なＭＩＲＭチャンネルに１０ｎｇ／ｍＬのＳＩＬペプチドが存在するのと同じである。隣接するＭＩＲＭチャンネルにおける他のＳＩＬペプチド同位体濃度は、計算された理論上の相対同位体存在率に基づいて計算した。
^ｂ ＣＤ７３タンパク質濃度当量＝ＳＩＬペプチド同位体濃度＊（組み換えＣＤ７３分子量 ６１，０８４／ＳＩＬペプチド分子量 １０１０）。

^ａ ＩＳＣＣを用いたＣＤ７３タンパク質濃度と、外部検量線を用いたＣＤ７３タンパク質濃度の差の割合
^ｂ スパイクしたＳＩＬペプチドは免疫捕捉および消化ステップを経ていないため、ＣＤ７３濃度を免疫捕捉および消化の回復（８６．０％）によって補正した。
^ｃ ＩＳＣＣを用いた回復補正ＣＤ７３タンパク質濃度と、外部検量線を用いたＣＤ７３タンパク質濃度の差の割合

実施例２
消化されたヒト大腸ホモジネート中のタンパク質バイオマーカー ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、およびＣＤ７３の代替ペプチドのＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量
上記のＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ法は、複数のペプチド標的についての絶対定量プロテオミクスのために、消化サンプルに既知量の複数のＳＩＬ代替ペプチドをスパイクすることによって、容易に定量的プロテオミクスに適用することができる。ＡＱＵＡアプローチと同様に、ＩＳＣＣの定量もまた、サンプル中にスパイクしたＳＩＬ代替ペプチドの濃度に基づく。しかしながら、それぞれの標的ペプチドについて、１つの較正点のみをＡＱＵＡアプローチにおいて用いるため、特に、標的ペプチドの濃度が、スパイクしたＳＩＬ代替ペプチドの濃度よりもはるかに高いか、はるかに低い場合、定量の精度は大幅に低下する可能性がある。一方で、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアプローチは、各標的ペプチドについて、３～４桁の完全な検量線範囲を提供することができ、定量の精度は、検量線範囲全体で保証することができる。

この実施例において、３つの代替ペプチド、ＰＤ－１についてＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２）、ＰＤ－Ｌ１についてＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）、およびＣＤ７３についてＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）を混合し、それぞれ１．００、１０．０、および５０．０ｎｇ／ｍＬの濃度で、トリプシンで完全に消化したヒト大腸組織ホモジネートにスパイクした。１００μＬの体積の調製したサンプルをアッセイに用いた。ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析のために、１０ｎｇ（５００ｎｇ／ｍＬを２０μＬ）のそれぞれのＳＩＬペプチド ＬＡＡＦＰＥＤ［Ａｒｇ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ_４）］（配列番号：２）、ＬＱＤＡＧ［Ｖａｌ（^１３Ｃ_５、^１５Ｎ）］ＹＲ（配列番号：３）、およびＶ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）の、１０％メタノール９０％水中の混合物を、調製したサンプルに添加した。サンプル中のそれぞれのＳＩＬペプチドの濃度は、１００ｎｇ／ｍＬ（１０ｎｇ／１００μＬ）である。表６は、これらの３つのペプチドのＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量分析に用いられる、ＭＩＲＭチャンネル、それらの同位体濃度、および分析物濃度当量を示す。全てのＩＳＣＣ曲線に加重（１／ｘ^２）最小二乗直線回帰を用いた。（見かけの濃度の１０．０％以内の、データは示されていない）全ての較正点についての非常に正確な予測濃度によって、良好なＩＳＣＣ性能が実証された。これらの３つのペプチドの測定濃度を表７に示し、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ測定の精度は、試験したサンプルの全てによって確認した。
表６
消化されたヒト大腸ホモジネートにおける、ＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２）、ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）、およびＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）のＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量分析について用いた、ＭＩＲＭチャンネルおよびその同位体濃度

^ａ：ＩＳＣＣ ＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２）濃度当量＝ＩＳＣＣ ＳＩＬ－ＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２）同位体濃度＊（ＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２）分子量 ９１８／ＳＩＬ－ＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２） 分子量９２８）
^ｂ：ＩＳＣＣ ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）濃度当量＝ＩＳＣＣ ＳＩＬ－ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）同位体濃度＊（ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）分子量 ９２１／ＳＩＬ－ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）分子量 ９２７）
^ｃ：ＩＳＣＣ ＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）濃度当量＝ＩＳＣＣ ＳＩＬ－ＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）同位体濃度＊（ＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）分子量 １００３／ＳＩＬ－ＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）分子量 １０１０）

表７．ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳを用いた、完全消化大腸組織ホモジネートにおける、代替ペプチド ＬＡＡＦＰＥＤＲ（配列番号：２）、ＬＱＤＡＧＶＹＲ（配列番号：３）、およびＶＩＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）の定量分析

複数のペプチドの標的定量プロテオミクスにおけるＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアプローチの１つの潜在的な問題は、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳの実行においてモニターする必要のあるＭＩＲＭチャンネルの総数が多すぎて、トリプル四重極質量分析計によって処理することができない可能性があることである。この問題は、各標的ペプチドの異なる保持時間枠に基づいてスケジュールされたＭＩＲＭを用い、それぞれのＩＳＣＣにおいてより少ないＭＩＲＭチャンネルを用いることによって、軽減することができうる。正確で信頼性の高い定量は、２～３桁の濃度範囲について、３～４個のＭＩＲＭチャンネルを多重形式で用いることによっても達成することができることが結果から示された。

実施例３
ヒトおよびラット血漿中の小分子薬ダクラタスビルのＭＩＲＭ－ＩＣＳＳ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析
娘イオンおよびニュートラルロスが決定された後、同じＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳワークフローもまた、小分子薬物およびバイオマーカーなどの小分子分析物の測定に用いることができる。ここで、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアプローチを用いた、ヒトおよびラット血漿中の小分子薬物、ダクラタスビルの即時定量分析の例を示す。

１０、１００、５００、および１，０００ｎｇ／ｍＬのダクラタスビルの、１００μＬのヒトおよびラット血漿サンプルを、それぞれヒトおよびラット血漿中に、２０μＬの５，０００ｎｇ／ｍＬのＳＩＬ ^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルと混合した。ヒトおよびラット血漿サンプルにおける^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルの当量濃度は、１，０００ｎｇ／ｍＬ（［２０μＬｘ５，０００ｎｇ／ｍＬ］／１００μＬ＝１，０００ｎｇ／ｍＬ）であった。サンプルを液液抽出によって抽出し（H. Jiang et al, Journal of Chromatography A 2012, 1245, 117－121）、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析に注入した。表８は、ダクラタスビルの定量のためのＩＳＣＣにおいて用いられる、ＭＩＲＭチャンネルとその同位体濃度を示す。全てのＩＳＣＣは、加重（１／ｘ^２）最小二乗線形回帰を用いて構築した。全ての較正点についての予想濃度は、十分に、規制されたＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシスの許容基準の範囲内である（データは示されていない）。表９は、ヒトおよびラットの血漿中のダクラタスビルの測定結果を示し、これはダクラタスビルのＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析が正確であったことを示す。

表８．ダクラタスビルのＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量分析に用いられる、ＭＩＲＭチャンネルおよびその同位体濃度

^ａ：ＩＳＣＣダクラタスビル濃度当量＝ＩＳＣＣ ＳＩＬ－ダクラタスビル同位体濃度＊（ダクラタスビル分子量 ７３９／ＳＩＬ－ダクラタスビル分子量 ７４５）

表９．ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳを用いた、ヒトおよびラット血漿におけるダクラタスビルの定量分析

ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイについてのさらなる考慮事項
ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイの開発およびサンプル分析を成功させるために、いくつかのさらなる考慮事項が存在する。適切なＳＩＬ分析物の選択は、信頼性が高く安定した定量ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイの開発に重要な因子の１つである。選択したＭＩＲＭチャンネルにおける、この標識分析物の同位体存在率は、分析物の定量分析のための検量線として用いられるため、標識された分析物は、分析物からの同位体干渉を回避するように設計する必要があり、この干渉はアッセイの精度を損なう可能性がある。経験則では、ほとんどの小分子化合物および６～１２個のアミノ酸を含むペプチド分析物について、干渉を回避するために、４～６個の標識が必要である。ＩＳＣＣアプローチの場合、それぞれの研究サンプルにおいて、アッセイの定量上限（ＵＬＯＱ）を定義するために、大量のＳＩＬ分析物が必要であるため、ＳＩＬ分析物の不純物（非標識分析物の量）は、ＳＩＬ分析物から分析物への干渉を回避するのに十分低くする必要がある。さらに、標識不純物（ＳＩＬ分析物よりも少ない、または多い標識部位を有する、標識分析物の量）もまた、ＳＩＬ分析物のＭＩＲＭチャンネル中の同位体存在率への干渉を回避するように、十分に低くする必要がある。

重水素標識は非常に費用対効果が高く、容易に利用可能であるが、重水素標識分析物は非標識分析物から容易に分離され、さらに重要なことには、水素－重水素交換反応によって、陽子と重陽子の交換が容易に生じ、ＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率の正確な計算が不可能になるため、重水素標識分析物はＩＳＣＣアプローチにおいて回避すべきである。

適切に較正されたトリプル四重極質量分析計を使用することは、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアプローチの成功のためのもう１つの因子である。１価および２価の親イオンの場合、Ｑ１およびＱ３の両方についての単位分解能（半分の高さにおける全幅－ＦＷＨＨ＝０．７質量単位）は、対応するＭＩＲＭチャンネルにおいて計算した理論上の同位体存在率に近接する、正確なＭＳ／ＭＳ応答を生成するのに十分に良好である。必要に応じて、Ｑ１の分解能を高くすると（ＦＷＨＨ＝０．５質量単位）、測定精度が向上しうるが、機器の感度がいくらか失われるという代償がある。Ｑ３において高い分解能（ＦＷＨＨ＝０．５質量単位）を用いることは、測定精度の向上には役に立たないことが、我々の試験結果から示された。

同位体間隔（Ｚｐ＝１の場合１Ｄａ、Ｚｐ＝２の場合０．５Ｄａ、Ｚｐ＝３の場合０．３３Ｄａなど）は、電荷数（Ｚｐ）の増加と共に徐々に減少するため、３価（以上）の親イオンを含むＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率の正確な測定は、ＦＷＨＨ＜０．５質量単位を有する分解能を用いたとしても、困難であるであろうことが予想される。高いＭＳ／ＭＳ応答を有する３価（以上）の親イオンは利用可能でないため、この作業において、３価（以上）の親イオンを有するＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率は試験しなかった。

ＩＳＣＣは、人的および機器的操作を伴わずに、選択されたＭＩＲＭチャンネルにおいて、天然に存在する同位体存在率を用いて構築されるため、確立されたＩＳＣＣについての性能は、アッセイの認定およびサンプル分析の間、サンプル間で非常に類似しているはずである。いくつかのサンプルに関して、１つのＭＩＲＭチャンネルにおける予測できない有意な偏りは、通常これらのマトリックスロットからの内因性干渉を示しており、この点を除外しても、データの精度に大きな影響はない。一方で、多くのサンプルについて、ほとんどのＭＩＲＭチャンネルにおける任意の予測できない有意な偏りは、ＭＳ機器の較正に失敗していることを示す。

ＩＳＣＣはそれぞれの研究サンプルに存在し、そのため、研究サンプルにＳＩＬ分析物をスパイクした後、全ての変数、例えば、抽出、注入、イオン化、フラグメント化、および検出からの変数などは、ＩＳＣＣ自体によって追跡され、補正されるため、ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳアプローチにおいて、さらなるアッセイの内部標準を追加する必要はない。このため、例えば、実施例３における、小分子薬物ダクラタスビルの分析において、サンプル調製の最初にサンプルにＳＩＬダクラタスビルをスパイクしたように、ＳＩＬ分析物をサンプル調製においてできるだけ早くスパイクすることによって、アッセイ性能はさらに向上しうる。ただし、免疫捕捉を用いたタンパク質分析の場合、標識ペプチドは、免疫捕捉の後、および免疫捕捉の間の任意のバリエーションの後にのみスパイクすることができ、実施例１におけるＣＤ７３タンパク質の分析のように、トリプシン消化は追跡および補正されない。この問題は、ＳＩＬタンパク質を、サンプル調製の最初に標識された代替ペプチドの一部によってスパイクすることによって解決することができる。

ＩＳＣＣはそれぞれの個々のサンプルに存在し、現在、複数のＭＩＲＭチャンネルからのピーク面積を用いてＩＳＣＣを構築することができる市販のソフトウェアは存在しないため、本研究において社内開発ソフトウェアを使用して、加重最小二乗回帰アルゴリズムを用いてＩＳＣＣを生成し、バッチ中のサンプル濃度を計算した。ＭＩＲＭ－ＩＳＣＣ－ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ法の幅広い応用は、主要な質量分析会社による市販のソフトウェア開発に依存する。

実施例４
１サンプル多点外部検量線を用いた定量ＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシスおよびＭＩＲＭ技術を用いた同位体サンプル希釈
用いたＬＣ－ＭＳ／ＭＳ系は、Nexera UPLC system（Shimadzu, Columbia, MD）を結合した、トリプル四重極６５００質量分析計（AB Sciex, Foster City, CA）であった。ＵＰＬＣ系は、２つのＬＣ－３０ＡＤポンプ、１つのＳＩＬ－３０ＡＣＭＰオートサンプラー、および１つのＣＴＯ－３０ＡＳカラムヒーターから成る。分離は、０．１％ギ酸を含む、１０ｍＭ酢酸アンモニウム／水／アセトニトリル（９０／１０）、および０．１％ギ酸を含む、１０ｍＭ酢酸アンモニウム／水／アセトニトリル（１０／９０）の移動相を用いた勾配溶出によって、Acquity HSS T3 分析カラム（2.1 mmｘ50 mm, 粒子径 1.8 μm）（Waters, Milford, MA）において行った。流速は０．８ｍＬ／分であった。ＬＣ－ＭＳ／ＭＳデータは、Analyst Software（1.6.2）（AB Sciex, Foster City, CA）によって得た。

マルチサンプル外部検量線、１サンプル多点外部検量線、およびＩＳＣＣを用いるダクラタスビルのＬＣ－ＭＳ／ＭＳ定量のための、サンプル調製。ダクラタスビルおよび^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルについての全てのストック溶液を、アセトニトリル／ＤＭＳＯ（１／１、ｖ／ｖ）中で調製した。２００００ｎｇ／ｍＬにおけるダクラタスビルは、０．５ｍｇ／ｍＬのストック溶液をヒト血漿で適切に希釈することによって調製した。１０００、８００、５００、１００、２０、４、２、および１ｎｇ／ｍＬの濃度におけるダクラタスビルのマルチサンプル外部検量線は、２００００ｎｇ／ｍＬのダクラタスビルをヒト血漿中で段階希釈することによって調製した。２００００、５０００、８００、５００、４０、３、および１ｎｇ／ｍＬのダクラタスビルにおけるＱＣサンプルは、０．５ｍｇ／ｍＬのダクラタスビルのストック溶液を段階希釈することによって調製した。

５０００ｎｇ／ｍＬの濃度のダクラタスビルは、０．５ｍｇ／ｍＬのダクラタスビルのストック溶液を適切に希釈して、メタノール／水（１０／９０）中に調製し、この溶液は、１サンプル多点外部検量線を構築するために用いた。５０４０．６ｎｇ／ｍＬにおける^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルは、０．５ｍｇ／ｍＬの^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルのストック溶液をメタノール／水（１０／９０）によって適切に希釈することによって調製し、この溶液は、それぞれのサンプルにおいてＩＳＣＣを構築するために用い、またマルチサンプル外部検量線および１サンプル多点外部検量線アプローチの両方について、アッセイ安定同位体標識内部標準（ＳＩＬ－ＩＳ）として用いた。

１～１０００ｎｇ／ｍＬの２つのマルチサンプル外部検量線、１、３、４０、５００、および８００ｎｇ／ｍＬのＱＣサンプルの６回の反復、および２つの１サンプル多点外部検量線（既知量のダクラタスビルをスパイクする、２つのブランク血漿サンプル）のために、１００μＬの血漿サンプルの分割量を、９６ウェルプレートに移した。５０００および２００００ｎｇ／ｍＬのＱＣサンプルを、それぞれ１００および２００倍希釈し、１００μＬの希釈および非希釈の両方のＱＣサンプルを、５０００および２００００ｎｇ／ｍＬ（それぞれ６回の反復）で９６ウェルプレートに移した。１０％メタノールおよび９０％水中の、５０００ｎｇ／ｍＬのダクラタスビルの２０μＬの体積を、２つのブランクヒト血漿サンプルに加え、２つの１サンプル多点外部検量線を構築し、１０％メタノールおよび９０％水の２０μＬの体積を、埋め合わせとして他のサンプルに加えた。１０％メタノールおよび９０％水中の、５０４０．６ｎｇ／ｍＬの^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルの２０μＬの分割量を、９６ウェルプレートのそれぞれの血漿サンプルに加えた。マルチサンプル外部検量線および１サンプル多点外部検量線について、^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルをアッセイＳＩＬ－ＩＳとして用いた。また、各サンプルのＩＳＣＣを構築するために、ＳＩＬ分析物としても用いた。

サンプルは、Janus Mini liquid handler（PerkinElmer, Waltham, MA）を用いて、液液抽出（H. Jiang et al, Journal of Chromatography A 2012, 1245, 117－121）によって抽出した。１Ｍ 重炭酸アンモニウム緩衝液の５０μＬの体積を、それぞれサンプルに加え、次いで６００μＬのＭＴＢＥを加えた。９６ウェルプレートを５分間ボルテックスし、４００μＬの上清を新たな９６ウェルプレートに移し、５０℃で蒸発乾燥させた。ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析のために、サンプルを１００μＬの１０％メタノール／水によって再構成した。

マルチサンプル外部検量線、１サンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）、およびサンプル内検量線（ＩＳＣＣ）のそれぞれについて追跡した、ＭＲＭおよびＭＩＲＭトランジションの概要を、図４Ａに示す。同位体サンプル希釈に用いられるＳＲＭチャンネルおよび対応する同位体希釈因子（ＩＤＦ）はまた、図４Ａに示される。用いた２つのマルチサンプル外部検量線および２つの１サンプル多点外部検量線についての検量線性能は、２つのＩＳＣＣと同様に、図４Ｂに示される。

マルチサンプル外部検量線、１サンプル多点外部検量線、およびＩＳＣＣを用いたＱＣサンプルについての正確性および精度データは、図５Ａに示される。５０００および２００００ｎｇ／ｍＬのＱＣサンプルは、それぞれ２段階希釈によって、１００倍および２００倍物理的に希釈した。この例において、ＱＣサンプルの同じセットの濃度を、３つの異なる種類の検量線によって計算した。これらの３つの種類の検量線による全ての濃度レベルにおいて、ＱＣサンプルの正確な測定が実証され、１サンプルマルチポイント検量線およびＩＳＣＣのいずれも、従来のマルチサンプル外部検量線と同等の精度で、生物分析データを提供することができることが実証された。そのため、従来からマルチサンプル外部検量線が用いられているＬＣ－ＭＳ／ＭＳ生物分析アッセイにおいて、これらを用いることができる。

アッセイのＵＬＯＱを超える濃度のサンプルについてのサンプル希釈ステップを排除するために、ＭＩＲＭ技術を用いた同位体サンプル希釈アプローチを、５０００、２００００、および５００００ｎｇ／ｍＬのＱＣサンプルを用いて、３つの種類の検量線全てによって評価した。図５Ｂに示すように、５０００および２００００ｎｇ／ｍＬにおけるＱＣサンプルの正確な測定は、最大１０４０倍の同位体希釈因子（ＩＤＦ）を用いた、３つの異なる検量線を使用して達成した。ＩＳＣＣのみが、１６９５および４３８６のＩＤＦで、２００００ｎｇ／ｍＬにおけるＱＣサンプルの正確な測定を提供した。さらに、１６９５および４３８６のＩＤＦは、５００００ｎｇ／ｍＬの濃度のＱＣサンプルを用いてＩＳＣＣについて評価され、両方のＩＤＦについて正確な測定が達成された。そのため、同位体サンプル希釈アプローチをＬＣ－ＭＳ／ＭＳ生物分析アプローチに用いて、物理的なサンプル希釈ステップを排除することができる。
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この出願を通して、様々な刊行物は、著者名および日付によって、あるいは特許番号または特許公開番号によって括弧内に参照される。これらの刊行物の開示は、本明細書に記載および請求された開示の日付の時点で、当業者に既知の最新の技術をより完全に説明するために、参照によってその全体が本明細書に援用される。しかしながら、本明細書における参照文献の引用は、そのような参照文献が本開示の先行文献であることの承認として解釈されるべきではない。

Claims (68)

1. サンプル中の少なくとも１つの分析物の濃度を定量化する方法であって、少なくとも１つの分析物を含むサンプルに、１つ以上の既知の分量の安定同位体標識（ＳＩＬ）分析物を添加し、それぞれの添加したＳＩＬ分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）によって、１つ以上のサンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を構築することを含む方法であって、ＳＩＬ分析物のＭＩＲＭとは、ＳＩＬ分析物の複数の同位体トランジションの多重反応モニタリングをいい；それぞれの分析物のＩＳＣＣは、ＭＩＲＭトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率（分析物濃度当量）と、対応するＭＩＲＭトランジションにおいて測定したタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）との関係に基づいて、サンプル内で構築され；確立されたＩＳＣＣ、および液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）工程からの分析物について測定したピーク面積を用いて、サンプル中の少なくとも１つの分析物の濃度を定量化し；タンデム質量分析計は、多重反応モニタリングモードにおいて操作する、方法。
2. （ｉ）分析物、ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分析種は、質量分析計においてイオン化されて、分析物、ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種のプロトン化（または脱プロトン化）親イオンを生じ；
   （ｉｉ）質量分析計において、分析物の親イオン、ＳＩＬ分析物の親イオン、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンは、同じ開裂部位においてフラグメント化され、ニュートラルロスおよび娘イオンを生じ；
   （ｉｉｉ）分析物の親イオンから娘イオンへのトランジションを、質量分析計においてモニターし；
   （ｉｖ）分析物の親イオンから娘イオンへのトランジションについてのピーク面積を測定し；
   （ｖ）ＳＩＬ分析物の親イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンから、ＳＩＬ分析物の娘イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の娘イオンへの選択された多重トランジションを、質量分析計においてモニターし（「多重同位体分子種反応モニタリング」または「ＭＩＲＭ」）；
   （ｖｉ）それぞれのＭＩＲＭトランジションのピーク面積を測定し、ここで、ＭＩＲＭトランジションは、ＳＩＬ分析物の親イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の親イオンから、ＳＩＬ分析物の娘イオンおよびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の娘イオンへの選択されたトランジションを含む、
   請求項１に記載の方法。
3. ＳＩＬ分析物、およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の、ＭＩＲＭトランジションにおいて測定したピーク面積と、それぞれのＭＩＲＭトランジションと同等の分析物濃度の関係に基づき、サンプル内検量線をさらに作成する、請求項２に記載の方法。
4. それぞれのＭＩＲＭトランジションと同等の分析物濃度を、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションの理論上の同位体存在率から計算する、請求項３に記載の方法であって、理論上の同位体存在率は、Analytical Chemistry, 2012, 84（11）, 4844－4850において公開されている方法を用いて計算し、当該方法は、ＳＩＬ分析物のニュートラルロスおよび娘イオンの同位体分布に基づいて計算する、方法。
5. ＳＩＬ分析物およびＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の、（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐから（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのそれぞれのＭＩＲＭトランジション（ｍ／ｚ）についての理論上の同位体存在率を、式（Ｉ）：
   （ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのＭＩＲＭトランジションにおける同位体存在率＝
   ［（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）の質量における、娘イオンの相対同位体分布］＊
   ［ｎ＋（α－β）の質量における、ニュートラルロスの相対同位体分布］
   （Ｉ）
   ［式中、
   ｍ／ｚは質量電荷比であり
   ｐはＳＩＬ分析物の親分子のモノアイソトピック質量であり
   Ｚ_ｐは親イオンの電荷数であり
   ｄはＳＩＬ分析物の娘フラグメントのモノアイソトピック質量であり
   Ｚ_ｄは娘イオンの電荷数であり
   ｎはＳＩＬ分析物のニュートラルロスのモノアイソトピック質量であり
   ｐ＝ｄ＋ｎ
   αおよびβは整数であり、それらはそれぞれ親イオンおよび娘イオンにおけるさらなる中性子の数であり、α＞０、β＞０、およびα＞βであり
   Ｚ_ｐおよびＺ_ｄは整数である］
   に基づいて計算する、請求項４に記載の方法。
6. 同位体分布計算機が、worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html（２０１９年１１月１０日にアクセス）である、請求項４および５に記載の方法。
7. 最大の分析物濃度当量（ＩＳＣＣの「定量上限」または「ＵＬＯＱ」）を、式（ＩＩ）：
   （Ｍ／Ｖ）＊（Ｍ_分析物／Ｍ_{ＳＩＬ分析物}）ｎｇ／ｍＬ （ＩＩ）
   ［式中、
   Ｍ（ｎｇ）は、サンプルに添加したＳＩＬ分析物の総量であり；
   Ｖは、ＳＩＬ分析物を添加する前のサンプル体積（ｍＬ）であり；
   Ｍ_分析物は、分析物の分子量であり；
   Ｍ_{ＳＩＬ分析物}は、ＳＩＬ分析物の分子量である］
   に基づいて計算する、請求項６に記載の方法。
8. ＭＩＲＭトランジションにおける、１つ以上の他の分析物濃度当量を、式（ＩＩＩ）：
   Ｉ_ａ＊ＵＬＯＱ（ｎｇ／ｍＬ） （ＩＩＩ）
   ［式中、Ｉ_ａは、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種のＭＩＲＭトランジションの、計算した理論上の同位体存在率である］
   に基づいて計算する、請求項７に記載の方法。
9. 分析物がタンパク質またはペプチドである、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
10. ＳＩＬ分析物が安定同位体標識タンパク質またはペプチドである、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。
11. ＳＩＬ分析物の親イオンが、少なくとも約３個のアミノ酸、少なくとも約４個のアミノ酸、少なくとも約５個のアミノ酸、少なくとも約６個のアミノ酸、少なくとも約７個のアミノ酸、少なくとも約８個のアミノ酸、少なくとも約９個のアミノ酸、少なくとも約１０個のアミノ酸、少なくとも約１１個のアミノ酸、少なくとも約１２個のアミノ酸、少なくとも約１３個のアミノ酸、少なくとも約１４個のアミノ酸、少なくとも約１５個のアミノ酸、少なくとも約１６個のアミノ酸、少なくとも約１７個のアミノ酸、少なくとも約１８個のアミノ酸、少なくとも約１９個のアミノ酸、または少なくとも約２０個のアミノ酸を含む、請求項１０に記載の方法。
12. ＳＩＬ分析物の親イオンが、４～２０個のアミノ酸、４～１５個のアミノ酸、５～１５個のアミノ酸、４～１４個のアミノ酸、５～１４個のアミノ酸、５～１３個のアミノ酸、５～１２個のアミノ酸、６～１５個のアミノ酸、６～１４個のアミノ酸、６～１３個のアミノ酸、６～１２個のアミノ酸、６～１１個のアミノ酸、６～１０個のアミノ酸、６～９個のアミノ酸、６～８個のアミノ酸、７～１５個のアミノ酸、７～１４個のアミノ酸、７～１３個のアミノ酸、７～１２個のアミノ酸、７～１１個のアミノ酸、７～１０個のアミノ酸、または７～９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む、請求項１０または１１に記載の方法。
13. 分析物が抗体である、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
14. 分析物が融合タンパク質である、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
15. 分析物が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ７３、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＣＤ７３抗体、またはこれらの任意の組み合わせである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
16. 分析物が小分子である、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
17. 小分子が、少なくとも約１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約９００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１０００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１９００ｇ／ｍｏｌ、または少なくとも約２０００ｇ／ｍｏｌのモル質量を有する、請求項１６に記載の方法。
18. ＳＩＬ分析物が、少なくとも約３個、少なくとも約４個、少なくとも約５個、少なくとも約６個、少なくとも約７個、少なくとも約８個、少なくとも約９個、少なくとも約１０個、少なくとも約１１個、少なくとも約１２個、少なくとも約１３個、少なくとも約１４個、少なくとも約１５個、少なくとも約１６個、少なくとも約１７個、少なくとも約１８個、少なくとも約１９個、または少なくとも約２０個の安定な同位体標識を含む、請求項１～１７のいずれか１項に記載の方法。
19. ＳＩＬ分析物が、約３～約２０個の同位体標識、約３～約１９個の同位体標識、約３～約１５個の同位体標識、約３～約１０個の同位体標識、約３～約８個の同位体標識、約３～約７個の同位体標識、約３～約６個の同位体標識、約４～約１５個の同位体標識、約４～約１０個の同位体標識、約４～約８個の同位体標識、約４～約７個の同位体標識、約４～約６個の同位体標識、約５～約８個の同位体標識、約５～約７個の同位体標識、約６～約１０個の同位体標識、約６～約８個の同位体標識、約７～約１６個の同位体標識、約７～約１６個の同位体標識、約８～約１６個の同位体標識、約８～約１５個の同位体標識、約９～約１５個の同位体標識、約９～約１４個の同位体標識、約１０～約１４個の同位体標識、約１０～約１３個の同位体標識、または約１１～約１３個の同位体標識を含む、請求項１８に記載の方法。
20. ＭＩＲＭトランジションにおいて測定されたそれぞれの相対ピーク面積が、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するＭＩＲＭトランジションにおいて、計算した理論上の同位体存在率から１５％未満の偏差を有する、請求項２～１９のいずれか１項に記載の方法。
21. ＭＩＲＭトランジションにおいて測定した少なくとも１つの相対ピーク面積が、ＳＩＬ分析物の対応するＭＩＲＭトランジション、またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種において計算した理論上の同位体存在率から、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．１％未満、０．０１％未満、０．００１％未満、または０．０００１％未満の偏差を有する、請求項２０に記載の方法。
22. ＭＩＲＭトランジションにおいて測定した相対ピーク面積の少なくとも１つが、ＳＩＬ分析物またはＳＩＬ分析物の天然に存在する同位体分子種の対応するトランジションにおいて計算した理論上の同位体存在率の１％から１５％の間の偏差を有する、請求項２１に記載の方法。
23. ＭＩＲＭトランジションの数が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０である、請求項２２に記載の方法。
24. ＭＩＲＭトランジションの数が、２から２０の間である、請求項２３に記載の方法。
25. 最大のＭＩＲＭおよび最小のＭＩＲＭの分析物濃度当量が、少なくとも約１０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、または少なくとも約２０００倍異なる、請求項２～２４のいずれか１項に記載の方法。
26. ２つの選択したＭＩＲＭトランジションの計算した理論上の同位体存在率が、少なくとも０．０１％、少なくとも０．０５％、少なくとも０．１％、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも１．５％、少なくとも２％、少なくとも２．５％、少なくとも３％、少なくとも３．５％、少なくとも４％、少なくとも４．５％、少なくとも５％、少なくとも５．５％、少なくとも６％、少なくとも６．５％、少なくとも７％、少なくとも７．５％、少なくとも８％、少なくとも８．５％、少なくとも９％、少なくとも９．５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも約５０％離れている、請求項４～２５のいずれか１項に記載の方法。
27. ＳＩＬ分析物が、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０．４％未満、０．３％未満、０．２％未満、または０．１％未満の非標識分析物を含む、請求項１～２６のいずれか１項に記載の方法。
28. 標識が^２Ｈ、^１３Ｃ、^１５Ｎ、^３３Ｓ、^３４Ｓ、^３６Ｓ、^１７Ｏ、または^１８Ｏである、請求項１～２７のいずれか１項に記載の方法。
29. １つ以上のプロトン化または脱プロトン化分子イオンが、１価、２価、３価、またはそれ以上である、請求項１～２８のいずれか１項に記載の方法。
30. 質量分析計が、Ｑ１、Ｑ２、およびＱ３を含むトリプル四重極質量分析計である、請求項１～２９のいずれか１項に記載の方法。
31. Ｑ１およびＱ３について用いられる分解能が単位分解能である、請求項３０に記載の方法。
32. Ｑ１およびＱ３について用いられる分解能が異なる、請求項３０に記載の方法。
33. Ｑ１について用いられる分解能が、Ｑ３の単位分解能よりも高い、請求項３０に記載の方法。
34. サンプル調製の前または間に、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）組成物を加える、請求項１～３３のいずれか１項に記載の方法。
35. 機器の総実行時間を短縮する、請求項１～３４のいずれか１項に記載の方法。
36. 外部検量線を用いない、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。
37. 分析物がバイオマーカーである、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
38. 分析物が代謝物である、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
39. サンプルが、血清、組織、生検組織、ホルマリン固定／パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）、血漿、唾液、脳脊髄液、涙、尿、滑液、乾燥血液スポット、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
40. 分析物がＣＤ７３またはその一部である、請求項１～１２、および１８～３９のいずれか１項に記載の方法。
41. ＳＩＬ分析物が、Ｖ［Ｉｌｅ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ）］ＹＰＡＶＥＧＲ（配列番号：１）であるＳＩＬペプチドである、請求項４０に記載の方法。
42. 分析物が、ＰＤ－１またはその一部である、請求項１～１２および１８～３９のいずれか１項に記載の方法。
43. ＳＩＬ分析物が、ＬＡＡＦＰＥＤ［Ａｒｇ（^１３Ｃ_６、^１５Ｎ_４）］（配列番号：２）であるＳＩＬペプチドである、請求項４２に記載の方法。
44. 分析物が、ＰＤ－Ｌ１またはその一部である、請求項１～１２および１８～３９のいずれか１項に記載の方法。
45. ＳＩＬ分析物が、ＬＱＤＡＧ［Ｖａｌ（^１３Ｃ_５、^１５Ｎ）］ＹＲ（配列番号：３）であるペプチドである、請求項４４に記載の方法。
46. 分析物がダクラタスビルである、請求項１～８および１６～３９のいずれか１項に記載の方法。
47. ＳＩＬ分析物が^１３Ｃ_２ ^１５Ｎ_４－ダクラタスビルである、請求項４６に記載の方法。
48. 生物学的マトリックスから分析物を分離することができる、少なくとも１つの液体クロマトグラフィーカラムを含む、液体クロマトグラフィー；
    目的の分析物を含むサンプル；
    サンプルに添加した少なくとも１つの安定同位体標識分析物；および
    分析物および安定同位体標識分析物に特異的な、１つ以上のプロトン化または脱プロトン化親イオンおよび娘イオンをイオン化し、フラグメント化し、検出することができる、質量分析計
    を含む、液体クロマトグラフィー－質量分析系。
49. ＩＳＣＣが安定同位体標識分析物を含む、サンプル内検量線（ＩＳＣＣ）を含む組成物。
50. ブランクマトリックスサンプルに、１つ以上の既知の分量の１つ以上の分析物を加えて、添加したそれぞれの分析物の多重同位体分子種反応モニタリング（ＭＩＲＭ）によって、１つ以上の１サンプル多点外部検量線（ＯＳＭＥＣＣ）を作成すること含む、１サンプル多点外部検量線を用いる、定量ＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシス方法であって、分析物のＭＩＲＭは、分析物の多重同位体トランジションの多重反応モニタリングを意味し；それぞれの分析物のＯＳＭＥＣＣは、ＭＩＲＭトランジションにおける、計算した理論上の同位体存在率（分析物濃度当量）と、対応するＭＩＲＭトランジションにおける、測定したタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）ピーク面積（または、アッセイに内部標準が用いられる場合は、ピーク面積比）との関係に基づいて、ブランクマトリックスサンプル中で構築され；研究サンプルにおける少なくとも１つの分析物の濃度は、ブランクマトリックスサンプルにおいて確立したＯＳＭＥＣＣ、および液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）工程から、研究サンプルにおける分析物について測定されたピーク面積（または、アッセイに内部標準が用いられる場合は、ピーク面積比）を用いて定量し；分析物のピーク面積比は、分析物のピーク面積を内部標準のピーク面積で割ったものであり；タンデム質量分析計は、多重反応モニタリングモードで操作する、方法。
51. それぞれのＭＩＲＭトランジションについての分析物濃度当量を、分析物または分析物の天然に存在する同位体種の、対応するＭＩＲＭトランジションの理論上の同位体存在率から計算する、請求項５０に記載の方法であって、理論上の同位体存在率は、Analytical Chemistry, 2012, 84（11）, 4844－4850において公開されている方法を用いて計算し、当該方法は、分析物のニュートラルロスおよび娘イオンの同位体分布に基づいて計算される、方法。
52. 分析物および分析物の天然に存在する同位体分子種の（ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐから（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのそれぞれのＭＩＲＭトランジション（ｍ／ｚ）についての理論上の同位体存在率を、式（Ｉ）：
    （ｐ＋Ｚ_ｐ＋α）／Ｚ_ｐ→（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）／Ｚ_ｄのＭＩＲＭトランジションにおける同位体存在率＝
    ［（ｄ＋Ｚ_ｄ＋β）の質量における、娘イオンの相対同位体分布］＊
    ［ｎ＋（α－β）の質量におけるニュートラルロスの相対同位体分布］
    （Ｉ）
    ［式中、
    ｍ／ｚは質量電荷比であり
    ｐは分析物の親分子のモノアイソトピック質量であり
    Ｚ_ｐは親イオンの電荷数であり
    ｄは分析物の娘フラグメントのモノアイソトピック質量であり
    Ｚ_ｄは娘イオンの電荷数であり
    ｎは分析物のニュートラルロスのモノアイソトピック質量であり
    ｐ＝ｄ＋ｎ
    αおよびβは整数であり、それらはそれぞれ親イオンおよび娘イオンにおけるさらなる中性子の数であり、α＞０、β＞０、およびα＞βであり
    Ｚ_ｐおよびＺ_ｄは整数である］
    に基づいて計算する、請求項５１に記載の方法。
53. 同位体分布計算機が、worldwideweb.sisweb.com/mstools/isotope.html（２０１９年１１月１０日にアクセス）である、請求項５１または５２に記載の方法。
54. 最大分析物濃度当量（ＩＳＣＣの「定量上限」または「ＵＬＯＱ」）を、式（ＩＩ）：
    （Ｍ／Ｖ）＊ｎｇ／ｍＬ （ＩＶ）
    ［式中、
    Ｍ（ｎｇ）は、サンプルに添加した分析物の総量であり；
    Ｖは、分析物を添加する前のサンプル体積（ｍＬ）である］
    に基づいて計算する、請求項５３に記載の方法。
55. ＭＩＲＭトランジションにおける、１つ以上の他の分析物濃度当量を、式（ＩＩＩ）：
    Ｉ_ａ＊ＵＬＯＱ（ｎｇ／ｍＬ） （ＩＩＩ）
    ［式中、Ｉ_ａは、分析物または分析物の天然に存在する同位体種のＭＩＲＭトランジションの、計算した理論上の同位体存在率である］
    に基づいて計算する、請求項５４に記載の方法。
56. 分析物がタンパク質またはペプチドである、請求項５０～５５のいずれか１項に記載の方法。
57. 分析物の親イオンが、少なくとも約３個のアミノ酸、少なくとも約４個のアミノ酸、少なくとも約５個のアミノ酸、少なくとも約６個のアミノ酸、少なくとも約７個のアミノ酸、少なくとも約８個のアミノ酸、少なくとも約９個のアミノ酸、少なくとも約１０個のアミノ酸、少なくとも約１１個のアミノ酸、少なくとも約１２個のアミノ酸、少なくとも約１３個のアミノ酸、少なくとも約１４個のアミノ酸、少なくとも約１５個のアミノ酸、少なくとも約１６個のアミノ酸、少なくとも約１７個のアミノ酸、少なくとも約１８個のアミノ酸、少なくとも約１９個のアミノ酸、または少なくとも約２０個のアミノ酸を含む、請求項５６に記載の方法。
58. 分析物の親イオンが、４～２０個のアミノ酸、４～１５個のアミノ酸、５～１５個のアミノ酸、４～１４個のアミノ酸、５～１４個のアミノ酸、５～１３個のアミノ酸、５～１２個のアミノ酸、６～１５個のアミノ酸、６～１４個のアミノ酸、６～１３個のアミノ酸、６～１２個のアミノ酸、６～１１個のアミノ酸、６～１０個のアミノ酸、６～９個のアミノ酸、６～８個のアミノ酸、７～１５個のアミノ酸、７～１４個のアミノ酸、７～１３個のアミノ酸、７～１２個のアミノ酸、７～１１個のアミノ酸、７～１０個のアミノ酸、または７～９個のアミノ酸のアミノ酸配列を含む、請求項５６または５７に記載の方法。
59. 分析物が抗体である、請求項５０～５８のいずれか１項に記載の方法。
60. 分析物が融合タンパク質である、請求項５０～５８のいずれか１項に記載の方法。
61. 分析物がＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ７３、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＣＤ７３抗体、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項５０～５８のいずれか１項に記載の方法。
62. 分析物が小分子である、請求項５０～５５のいずれか１項に記載の方法。
63. 小分子が、少なくとも約１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約９００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１０００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１１００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１２００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１３００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１４００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１５００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１６００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１７００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１８００ｇ／ｍｏｌ、少なくとも約１９００ｇ／ｍｏｌ、または少なくとも約２０００ｇ／ｍｏｌのモル質量を有する、請求項６２に記載の方法。
64. ＭＩＲＭトランジションの数が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０である、請求項５１～６３のいずれか１項に記載の方法。
65. ＭＩＲＭトランジションの数が、２～２０の間である、請求項６４に記載の方法。
66. 最大のＭＩＲＭおよび最小のＭＩＲＭの分析物濃度当量が、少なくとも約１０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、または少なくとも約２０００倍異なる、請求項５１～６５のいずれか１項に記載の方法。
67. ２つの選択したＭＩＲＭトランジションの計算した理論上の同位体存在率が、少なくとも０．０１％、少なくとも０．０５％、少なくとも０．１％、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも１．５％、少なくとも２％、少なくとも２．５％、少なくとも３％、少なくとも３．５％、少なくとも４％、少なくとも４．５％、少なくとも５％、少なくとも５．５％、少なくとも６％、少なくとも６．５％、少なくとも７％、少なくとも７．５％、少なくとも８％、少なくとも８．５％、少なくとも９％、少なくとも９．５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも約５０％離れている、請求項５２～６６のいずれか１項に記載の方法。
68. ＬＣ－ＭＳ／ＭＳバイオアナリシスにおいて、分析物濃度がアッセイＵＬＯＱよりも高いサンプルを定量するための、同位体サンプル希釈方法であって、それぞれのＭＩＲＭチャンネルにおける同位体存在率を、正確に計算し測定することができるため、研究サンプルについて最も豊富なＭＩＲＭチャンネルに加えて、分析物の１つまたはいくつかのＭＩＲＭチャンネルをモニターするだけで、同位体サンプル希釈を達成することができる方法であって、最も豊富なＭＩＲＭチャンネル（１００％の同位体存在率）が、アッセイ検量線範囲内の濃度を有するサンプルの定量に用いられるが、あまり豊富でないＭＩＲＭチャンネル（ＩＡ％の同位体存在率）を、アッセイの定量上限（ＵＬＯＱ）を超える濃度を有するサンプルの定量に用いることができ、それによって１００％／ＩＡ％の同位体希釈因子（ＩＤＦ）を生じる方法であって、本アプローチが、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳの定量分析において、研究サンプルを物理的に希釈する必要をなくすための代替的方法として機能する、方法。

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