JP2019528726A - マルチプレックスリアルタイムpcrを実施する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本明細書で使用される場合、「試料」という用語は、核酸を含む標本又は培養物(例えば、微生物学的培養物)を含む。「試料」という用語はまた、生体試料及び環境試料の両方を含むことを意味する。試料は合成に由来する標本を含みうる。生体試料としては、全血、血清、血漿、臍帯血、絨毛膜絨毛、羊水、脳脊髄液、髄液、洗浄液(例えば、気管支肺胞、胃、腹膜、乳管、耳、関節鏡検査)、生検試料、尿、糞便、喀痰、唾液、鼻粘液、前立腺液、***、リンパ液、胆汁、涙、汗、母乳、***液、胚細胞、及び胎児細胞が挙げられる。好ましい実施形態では、生体試料は血液であり、より好ましくは血漿である。本明細書で使用される場合、「血液」という用語は、全血、又は従来定義されているような血清及び血漿などの血液のいずれの画分も包含する。血漿は、抗凝固剤で処理された血液の遠心分離から生じる全血の画分を指す。血清は、血液試料が凝固した後に残っている水分の多い(watery)部分を指す。環境試料としては、表面物質、土壌、水、及び工業用試料などの環境材料、並びに食品及び乳製品加工器具、装置、機器、用具、使い捨て品、及び非使い捨て品から得られる試料が挙げられる。これらの実施例は、本発明に適用可能な試料の種類を限定するものとして解釈されるべきではない。
クエンチャー部分を含有するクエンチングオリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドプローブの蛍光標識タグ部分とハイブリダイズでき、二本鎖の融解温度より低い温度では蛍光シグナルをクエンチできるが、二本鎖が解離している融解温度より高い温度ではクエンチできないことを検証するために実験を行った。表1は、タグ部分及びクエンチングオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。クエンチングオリゴヌクレオチドQ0はクエンチャーを含まず、一方でクエンチングオリゴヌクレオチドQ1はその5’末端にBHQ−2クエンチャーを含む。
さまざまな濃度のHIV−1グループM(HIM)のテンプレート配列と混合したさまざまな濃度の内部標準テンプレート(GIC)を含んだ試料を用いてリアルタイムPCRの検討を行った。GIC配列にハイブリダイズする標準TaqMan(登録商標)加水分解プローブ(G0)及び相補的クエンチングオリゴヌクレオチド(Q9)とHIM配列にハイブリダイズするアニーリング部分をもつタグ付きプローブ(L24)を使用して、これら2つのテンプレートから生成された増幅産物を検出した。両プローブをFAMで標識した。表3はそれらの配列及びクエンチングオリゴヌクレオチドの配列を示す。
G0及びL24プローブを、第1のセットではFAM色素で、第2のセットではHEX色素で、第3のセットではJA270色素で、第4のセットではCy5.5色素で標識したことを除いて、実施例2に記載したように一連の実験を行った。各実験セットにおいて、PCR増幅を、GICテンプレートのみが100cp/rxnで存在する状態、HIVテンプレートのみが1000cp/rxnで存在する状態、又は存在するGIC(100cp/rxn)及びHIV(1000cp/rxn)テンプレートの両方が存在する状態で実施した。実験の結果を図10に示す。58℃での蛍光読み取り値(図10、第1列)では、L24プローブは依然としてQ9クエンチングオリゴヌクレオチドとハイブリダイズしたので、GICテンプレートに対するG0プローブによって生成されたシグナルのみが観察された。80℃での蛍光読み取り値(図10、第2列)では、G0プローブ(GIC用)及び「非クエンチ」L24プローブ(HIV用)の両方によって生成されたシグナルが観察された。各蛍光色素について正規化係数を使用した後、80℃のシグナルから58℃のシグナルを減算すると、HIVテンプレートのみに由来する増幅曲線が得られた(図10、第3列)。HEX及びJA270から生成されたシグナルはFAMからのシグナルと同等又はそれより高かった一方で、Cy5.5からのシグナルはFAMシグナルよりもかなり低かったが検出可能であった。
ヌクレオチド修飾を有するタグ付きプローブ及びクエンチングオリゴヌクレオチドを使用したことを除いて、実施例2に記載のものと同様の実験を行った。HIMテンプレートの存在を検出するために使用した「標準」L24プローブにくわえて、プローブのタグ部分のすべてのヌクレオチド(L24の下線部分として表3に示される)がリボース部分の2’位にO−メチル置換基(2’−OMe)を有することによって修飾されたタグ付きプローブL24−OMEを生成した。L24のタグ部分にハイブリダイズするための2つの修飾Q9クエンチングオリゴヌクレオチドも生成した。Q9−OMEはすべてのヌクレオチドが2’−OMe置換基で修飾され、Q9−OME(A/G)はA及びGヌクレオチドのみが2’−OMe置換基で修飾された。タグ部分とクエンチングオリゴヌクレオチドの次の3つの異なる組み合わせを用いて、HIMテンプレートの検出を行った。Q9−OMEをもつL24(A/G)、Q9−OMEをもつL24−OME(A/G)、及びQ9−OMEをもつL24−OME。この実験の結果を図12に示す。
配列番号1:9FAM9TAGオリゴヌクレオチド配列
CGTCGCCAGTCAGCTCCGGT
配列番号2:Q0クエンチングオリゴヌクレオチド配列(クエンチャーなし)
CCGGAGCTGACTGGCGACG
配列番号3:Q1クエンチングオリゴヌクレオチド配列(5’末端にBHQ−1クエンチャー)
CCGGAGCTGACTGGCGACG
配列番号4:G0 TaqManプローブオリゴヌクレオチド配列(FAM/BHQ/リン酸塩)
TGCGCGTCCCGTTTTGATACTTCGTAACGGTGC
配列番号5:L24タグ付きプローブオリゴヌクレオチド配列(BHQ/FAM/リン酸塩)
TCTCTAGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACCACACATTGGCACCGCCGTCT
配列番号6:Q9クエンチングオリゴヌクレオチド配列(3’末端にクエンチャー)
AGACGGCGGTGCCAATGTGTG
Claims (23)
- 試料中の標的核酸を増幅及び検出する方法であって、
(a)単一の反応容器内で前記標的核酸配列を含む前記試料を、
(i)各オリゴヌクレオチドプライマーが前記標的核酸の部分配列の逆鎖にハイブリダイズできる1つのオリゴヌクレオチドプライマー対、
(ii)アニーリング部分及びタグ部分を含み、前記タグ部分が、前記標的核酸配列に非相補的なヌクレオチド配列又は非ヌクレオチド分子を含み、前記アニーリング部分が、前記標的核酸配列に少なくとも部分的に相補的なヌクレオチド配列を含み、前記オリゴヌクレオチドプライマー対によって境界を画された前記標的核酸の前記部分配列の領域にハイブリダイズし、前記タグ部分又は前記アニーリング部分に位置するレポーター部分及び前記アニーリング部分に位置する第1のクエンチャー部分を含む相互作用標識をさらに含み、前記レポーター部分がヌクレアーゼ感受性切断部位によって前記第1のクエンチャー部分から分離され、前記レポーター部分をクエンチできる1つ以上のクエンチャー部分を含む又はそれと結合するクエンチング分子が前記タグ部分に結合しているとき、前記タグ部分が、前記クエンチング分子に温度依存的に可逆的結合しているオリゴヌクレオチドプローブ
と接触させるステップ、
(b)各PCRサイクルの伸長ステップの間に、前記ポリメラーゼの前記ヌクレアーゼ活性が、前記プローブの前記アニーリング部分の前記第1のクエンチャー部分からの前記タグ部分の切断及び分離を可能にするように、5’から3’へのヌクレアーゼ活性を有する核酸ポリメラーゼを用いるPCRで前記標的核酸を増幅するステップ、
(c)前記クエンチング分子が前記タグ部分に結合している第1の温度で前記レポーター部分からの抑制シグナルを測定するステップ、
(d)前記クエンチング分子が前記タグ部分に結合していない第2の温度に温度を上昇させるステップ、
(e)前記第2の温度で前記レポーター部分からの温度補正シグナルを測定するステップ、
(f)前記第2の温度で検出された温度補正シグナルから前記前記第1の温度で検出された前記抑制シグナルを減算することによって算出シグナル値を得るステップ、
(g)複数のPCRサイクルを通してステップ(b)から(f)を繰り返すステップ、
(h)前記複数のPCRサイクルからの前記算出シグナル値を測定して、前記標的核酸の存在を検出するステップ
を含む方法。 - 前記レポーター部分が、前記オリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分又は前記オリゴヌクレオチドプローブの前記アニーリング部分にある請求項1に記載の方法。
- 前記タグ部分が、前記標的核酸配列に非相補的なヌクレオチド配列を含み、前記クエンチング分子が、前記オリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分に少なくとも部分的に相補的なヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドであり、ハイブリダイゼーションによって前記タグ部分に結合する請求項1又は2に記載の方法。
- 前記タグ部分が、核酸ポリメラーゼによって伸長できないように修飾を含む請求項1〜3の何れか一項に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分又は前記クエンチング分子又は前記タグ部分と前記クエンチング分子の両方が、1つ以上のヌクレオチド修飾を含む請求項1〜4の何れか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のヌクレオチド修飾が、ロックド核酸(LNA)、ペプチド核酸(PNA)、架橋化核酸(BNA)、2’−O−アルキル置換、L−エナンチオマーヌクレオチド、又はそれらの組み合わせからなる群より選択される請求項1〜5の何れか一項に記載の方法。
- 前記レポーター部分が蛍光色素であり、前記クエンチャー部分が、前記蛍光色素からの検出可能なシグナルをクエンチする請求項1〜6の何れか一項に記載の方法。
- 試料中の2つ以上の標的核酸配列を検出する方法であって、
(a)単一の反応容器内で前記2つ以上の標的核酸配列を含むことが疑われる前記試料を、
(i)第1の標的核酸配列の各鎖に相補的なヌクレオチド配列をもつ第1のオリゴヌクレオチドプライマー対及び第2の標的核酸配列の各鎖に相補的なヌクレオチド配列をもつ第2のオリゴヌクレオチドプライマー対、
(ii)前記第1の標的核酸配列に少なくとも部分的に相補的なヌクレオチド配列を含み、前記第1のオリゴヌクレオチドプライマー対によって境界を画された前記第1の標的核酸配列内にアニールし、検出可能なシグナルを生成できる蛍光部分及び前記蛍光部分によって生成される前記検出可能なシグナルをクエンチできる第1のクエンチャー部分を含み、前記蛍光部分が、ヌクレアーゼ感受性切断部位によって第1のクエンチャー部分と分離されている第1のオリゴヌクレオチドプローブ、
(iii)2つの異なる部分、前記第2の標的核酸配列に少なくとも部分的に相補的なヌクレオチド配列を含み、前記第2のオリゴヌクレオチドプライマー対によって境界を画された前記第2の標的核酸配列内にアニールし、第2のクエンチャー部分を含むアニーリング部分と、前記アニーリング部分の前記5’末端若しくは3’末端に結合された又は前記アニーリング部分の領域にリンカーを介して結合された、前記2つ以上の標的核酸配列に非相補的なヌクレオチド配列を含むタグ部分を含み、前記タグ部分が、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記蛍光部分と同一であり、その検出可能なシグナルが前記アニーリング部分の前記第2のクエンチャー部分によってクエンチできる蛍光部分を含み、前記蛍光部分が、ヌクレアーゼ感受性切断部位によって前記第2のクエンチング部分から分離されている第2のオリゴヌクレオチドプローブ、
(iv)前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分に少なくとも部分的に相補的なヌクレオチド配列を含み、前記タグ部分にハイブリダイズして二本鎖を形成し、前記タグ部分にハイブリダイズしたときに前記タグ部分の前記蛍光部分によって生成される前記検出可能なシグナルをクエンチする第3のクエンチャー部分を含むクエンチングオリゴヌクレオチド、
と接触させるステップ、
(b)各PCRサイクルの伸長ステップの間に、前記核酸ポリメラーゼの前記5’から3’へのヌクレアーゼ活性が、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のクエンチング部分からの前記蛍光部分の切断及び分離並びに前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記アニーリング部分の前記第2のクエンチング部分からの前記タグ部分の前記蛍光部分の切断及び分離を可能にするように、前記第1及び第2の標的核酸配列を、5’から3’へのヌクレアーゼ活性を有する核酸ポリメラーゼを用いたポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって増幅し、前記伸長ステップの間に、前記クエンチングオリゴヌクレオチドが前記タグ部分にハイブリダイズしたままであるステップ、
(c)前記クエンチングオリゴヌクレオチドが、前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分にハイブリダイズされている第1の温度で蛍光シグナルを測定するステップ、
(d)前記クエンチングオリゴヌクレオチドが前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分にハイブリダイズされない、前記第1の温度より高い第2の温度に温度を上昇させるステップ、
(e)前記第2の温度で蛍光シグナルを測定するステップ、
(f)前記第2の温度で検出された前記蛍光シグナルから前記第1の温度で検出された前記蛍光シグナルを減算することによって算出シグナル値を得るステップ、
(g)ステップ(b)から(f)を複数のPCRサイクルで繰り返して、第1及び第2の標的核酸配列から所望の量の増幅産物を生成するステップ、
(h)前記複数のPCRサイクルからの前記第1の温度で検出された前記蛍光シグナルから第1の標的核酸配列の存在を決定し、前記複数のPCRサイクルからの前記算出シグナル値から前記第2の標的核酸配列の存在を決定するステップ
を含む方法。 - 前記タグ部分が、前記アニーリング部分の5’末端又は前記アニーリング部分の3’末端に結合されている請求項8に記載の方法。
- 前記タグ部分が、核酸ポリメラーゼによって伸長できないように修飾を含む請求項8又は9に記載の方法。
- 前記クエンチングオリゴヌクレオチドが、ステムループ構造を介して前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分に連結されている請求項8〜10の何れか一項に記載の方法。
- 前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分又は前記クエンチングオリゴヌクレオチド又は前記タグ部分と前記クエンチングオリゴヌクレオチドの両方が、1つ以上のヌクレオチド修飾を含む請求項8〜11の何れか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のヌクレオチド修飾が、ロックド核酸(LNA)、ペプチド核酸(PNA)、架橋化核酸(BNA)、2’−O−アルキル置換、L−エナンチオマーヌクレオチド、又はそれらの組み合わせからなる群より選択される請求項8〜12の何れか一項に記載の方法。
- 試料中の2つ以上の標的核酸配列を検出する方法であって、
(a)単一の反応容器内で前記2つ以上の標的核酸配列を含むことが疑われる前記試料を、
(i)第1の標的核酸配列の各鎖に相補的な配列をもつ第1のオリゴヌクレオチドプライマー対及び第2の標的核酸配列の各鎖に相補的な配列をもつ第2のオリゴヌクレオチドプライマー対、
(ii)2つの異なる部分、前記第1の標的核酸配列に少なくとも部分的に相補的な配列を含み、前記第1のオリゴヌクレオチドプライマー対によって境界を画された前記第1の標的核酸配列内にアニールし、第1のクエンチャー部分を含み、3’末端でブロックされて核酸ポリメラーゼによる伸長を妨げる第1のアニーリング部分と、前記第1のアニーリング部分の5’末端若しくは3’末端に結合され、前記2つ以上の標的核酸配列に非相補的なヌクレオチド配列を含む第1のタグ部分を含み、前記第1のタグ部分が、検出可能なシグナルが前記第1のアニーリング部分の前記第1のクエンチャー部分によってクエンチできる蛍光部分を含み、前記蛍光部分が、ヌクレアーゼ感受性切断部位によって前記第1のクエンチング部分から分離されている第1のオリゴヌクレオチドプローブ、
(iii)前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のタグ部分に少なくとも部分的に相補的な配列を含み、前記第1のタグ部分にハイブリダイズして二本鎖を形成し、前記第1のタグ部分にハイブリダイズされたときに前記第1のタグ部分の前記蛍光部分によって生成される前記検出可能なシグナルをクエンチする第2のクエンチング部分を含む第1のクエンチングオリゴヌクレオチド、
(iv)2つの異なる部分、前記第2の標的核酸配列に少なくとも部分的に相補的な配列を含み、前記第2のオリゴヌクレオチドプライマー対によって境界を画された前記第2の標的核酸配列内にアニールし、第3のクエンチャー部分を含み、3’末端でブロックされて核酸ポリメラーゼによる伸長を妨げる第2のアニーリング部分と、前記第2のアニーリング部分の5’末端若しくは3’末端に結合され、前記2つ以上の標的核酸配列に非相補的なヌクレオチド配列を含み、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のタグ部分の前記ヌクレオチド配列と比較して異なる核酸配列若しくは異なるヌクレオチド修飾を有する第2のタグ部分を含み、前記第2のタグ部分が、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記蛍光部分と同一であり、検出可能なシグナルが、前記第2のアニーリング部分の前記第3のクエンチャー部分によってクエンチできる蛍光部分を含み、前記蛍光部分が、ヌクレアーゼ感受性切断部位によって前記第3のクエンチング部分から分離されている第2のオリゴヌクレオチドプローブ、
(v)前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のタグ部分に少なくとも部分的に相補的な配列を含み、前記第2のタグ部分にハイブリダイズして二本鎖を形成し、前記第2のタグ部分にハイブリダイズされたときに前記第2のタグ部分の前記蛍光部分によって生成される前記検出可能なシグナルをクエンチする第4のクエンチング部分を含む第2のクエンチングオリゴヌクレオチドと接触させ、前記第2のクエンチングオリゴヌクレオチドと前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のタグ部分の間の前記二本鎖が、前記第1のクエンチングオリゴヌクレオチドと前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のタグ部分の間の前記二本鎖より高い融解温度(Tm)値を有するステップ、
(b)各PCRサイクルの伸長ステップの間に、前記核酸ポリメラーゼの前記5’から3’へのヌクレアーゼ活性が、
(i)前記伸長ステップにおいて、前記第1のクエンチングオリゴヌクレオチドが前記第1のタグ部分にハイブリダイズしたままである、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のアニーリング部分の前記第1のクエンチング部分からの前記第1のタグ部分の前記蛍光部分の切断及び分離、及び
(ii)前記伸長ステップにおいて、前記第2のクエンチングオリゴヌクレオチドが前記第2のタグ部分にハイブリダイズしたままである、前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のアニーリング部分の前記第3のクエンチング部分からの前記第2のタグ部分の前記蛍光部分の切断及び分離
を可能にするように、5’から3’へのヌクレアーゼ活性を有する核酸ポリメラーゼを用いたポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって前記第1及び第2の標的核酸配列を増幅するステップ、
(c)前記第1のクエンチングオリゴヌクレオチドが、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブからの前記第1のタグ部分にハイブリダイズされず、前記第2のクエンチングオリゴヌクレオチドが、前記第2のオリゴヌクレオチドプローブからの前記第2のタグ部分にハイブリダイズしたままである第1の温度に温度を上昇させるステップ、
(d)前記第1の温度で蛍光シグナルを測定するステップ、
(e)前記第2のクエンチングオリゴヌクレオチドが、前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のタグ部分にハイブリダイズされない、前記第1の温度より高い第2の温度に温度を上昇させるステップ、
(f)前記第2の温度で蛍光シグナルを測定するステップ、
(g)前記第2の温度で検出された前記蛍光シグナルから前記第1の温度で検出された前記蛍光シグナルを減算することによって算出シグナル値を得るステップ、
(h)ステップ(b)から(f)を複数のPCRサイクルで繰り返して、第1及び第2の標的核酸配列から所望の量の増幅産物を生成するステップ、
(i)前記複数のPCRサイクルからの前記第1の温度で検出された前記蛍光シグナルから第1の標的核酸配列の存在を決定し、前記複数のPCRサイクルからの前記算出シグナル値から前記第2の標的核酸配列の存在を決定するステップ
を含む方法。 - 前記第1のタグ部分が、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のアニーリング部分の3’末端に結合され、前記第2のタグ部分が、前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のアニーリング部分の3’末端に結合されている請求項14に記載の方法。
- 前記第1のタグ部分が、前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のアニーリング部分の5’末端に結合され、前記第2のタグ部分が、前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のアニーリング部分の5’末端に結合されている請求項14又は15に記載の方法。
- 前記第1のクエンチングオリゴヌクレオチドが、ステムループ構造を介して前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のタグ部分に連結されている請求項14〜16の何れか一項に記載の方法。
- 前記第2のクエンチングオリゴヌクレオチドが、ステムループ構造を介して前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のタグ部分に連結されている請求項14〜17の何れか一項に記載の方法。
- 前記第1のタグ部分と前記第2のタグ部分がともに、両方のタグ部分が核酸ポリメラーゼによって伸長できないように修飾を含む請求項14〜18の何れか一項に記載の方法。
- 前記第1のオリゴヌクレオチドプローブの前記第1のタグ部分、若しくは前記第1のクエンチングオリゴヌクレオチド、若しくは前記第2のオリゴヌクレオチドプローブの前記第2のタグ部分、若しくは前記第2のクエンチングオリゴヌクレオチドのいずれか又はそれらのいずれかの組み合わせが、1つ以上のヌクレオチド修飾を含む請求項14〜19の何れか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のヌクレオチド修飾が、ロックド核酸(LNA)、ペプチド核酸(PNA)、架橋化核酸(BNA)、2’−O−アルキル置換、L−エナンチオマーヌクレオチド、又はそれらの組み合わせからなる群より選択される請求項14〜20の何れか一項に記載の方法。
- 試料中の2つ以上の標的核酸配列を検出するためのキットであって、
(a)前記2つ以上の標的核酸配列の各鎖に相補的な配列をもつ2つ以上のオリゴヌクレオチドプライマー対、
(b)2つの異なる部分、前記2つ以上の標的核酸配列の1つに少なくとも部分的に相補的な配列を含み、前記2つ以上の標的核酸配列の前記の1つにアニールし、第1のクエンチャー部分を含むアニーリング部分と、前記第1のアニーリング部分の5’末端若しくは3’末端に結合された、又は前記アニーリング部分の領域にリンカーを介して結合されたタグ部分を含み、前記2つ以上の標的核酸配列に非相補的なヌクレオチド配列を含み、前記タグ部分が、検出可能なシグナルが前記アニーリング部分の前記第1のクエンチャー部分でクエンチできる蛍光部分を含み、前記蛍光部分が、ヌクレアーゼ感受性切断部位によって前記第1のクエンチング部分から分離されている少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブ、
(c)前記オリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分に少なくとも部分的に相補的なヌクレオチド配列を含み、前記タグ部分にハイブリダイズして二本鎖を形成し、前記クエンチングオリゴヌクレオチドが前記タグ部分にハイブリダイズしたときに前記タグ部分の前記蛍光部分によって生成される前記検出可能なシグナルをクエンチする第2のクエンチャー部分を含む少なくとも1つのクエンチングオリゴヌクレオチド
を備えるキット。 - 前記オリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分、又は前記クエンチングオリゴヌクレオチド、又は前記オリゴヌクレオチドプローブの前記タグ部分と前記クエンチングオリゴヌクレオチドの両方が、もう1つの(one more)ヌクレオチド修飾を含み、前記1つ以上のヌクレオチド修飾が、ロックド核酸(LNA)、ペプチド核酸(PNA)、架橋化核酸(BNA)、2’−O−アルキル置換、L−エナンチオマーヌクレオチド、又はそれらの組み合わせからなる群より選択される請求項22に記載のキット。
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