JP2002530630A - 水溶性発光量子ドットおよびその生体分子コンジュゲート - Google Patents

水溶性発光量子ドットおよびその生体分子コンジュゲート

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JP2002530630A JP2000582598A JP2000582598A JP2002530630A JP 2002530630 A JP2002530630 A JP 2002530630A JP 2000582598 A JP2000582598 A JP 2000582598A JP 2000582598 A JP2000582598 A JP 2000582598A JP 2002530630 A JP2002530630 A JP 2002530630A
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Abstract

(57)【要約】 本発明は、水溶性発光量子ドット、その生体分子コンジュゲート、およびそのような量子ドットまたはコンジュゲートを含む組成物を提供する。さらに、本発明は、発光量子ドットを得る方法、その生体分子コンジュゲートを作製する方法、および生体分子コンジュゲートをインビトロおよびインビボ超高感度非同位体検出に使用する方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 本願は、米国仮特許出願番号第60/101,748号(1998年9月24
日出願)および米国仮特許出願番号第60/131,987号(1999年4月
30日出願)の優先権を主張する。
【0002】 (政府支援) 本発明は、部分的に、認可番号CHE−9610254にてNational Science
Foundationからの、そして認可番号FG02−98ER24873にてDepartm
ent of Energyからの資金供給によってなされた。従って、アメリカ合衆国は本
発明において一定の権利を有し得る。
【0003】 (発明の技術分野) 本発明は、水溶性発光量子ドット(water-soluble luminescent quantum dot
)、その生体分子コンジュゲート(biomolecular conjugate)、およびそのよう
な量子ドットまたはコンジュゲートを含む組成物に関する。さらに、本発明は、
発光量子ドットを得る方法、その生体分子コンジュゲートを作製する方法、なら
びに生体分子コンジュゲートをインビトロおよびインビボでの超高感度非同位体
検出に使用する方法に関する。
【0004】 (発明の背景) 生物学的アッセイに使用する高感度非同位体検出システムの開発は、DNA配
列決定、臨床的診断アッセイ、および基礎的な細胞および分子生物学のプロトコ
ール等の多くの研究および診断領域に重大な影響を与えてきた。現在の非同位体
検出法は、酵素が関連した色変化を受けるか、または蛍光性、発光性、もしくは
電気活性な有機レポーター分子に主に基づいている(Kricka編、Nonisotopic Pr
obing, Blotting, and Sequencing, Academic Press, New York, 1995;Issac編
、Protocols for Nucleic Acid Analysis by Nonradioactive Probes, Humana,
Totowa, NJ, 1994;ならびにDiamandisおよびChristopoulos編、Immunoassay, A
cademic Press, New York, 1996)。これらの非同位体システムは放射性同位体
検出に付随する問題(例えば、放射性同位体の短い半減期、健康被害および放射
性廃棄物の費用のかかる除去)を解決するが、それらは、発光半導体量子ドット
を利用する非同位体検出システムほど高感度または安定ではない。例えば、Zn
SキャッピングしたCdSe量子ドット等の高発光半導体量子ドットは、蛍光ロ
ーダミン等の有機染料よりも20倍明るく、光退色に対して100倍安定であり
、そしてスペクトル線幅が3倍狭い。
【0005】 過去10年間にわたって、多種多様の半導体量子ドットの合成および特徴付け
において、多くの進歩があった。最近の前進は、比較的単分散の量子ドットの大
規模調製を導いた(Murrayら、J. Am. Chem. Soc.,115, 8706-15 (1993);Bowen
Katariら、J. Phys. Chem., 98, 4109-17 (1994);およびHinesら、J. Phys. C
hem., 100, 468-71 (1996))。他の前進は、量子ドット格子構造の特徴付けを導
き(Henglein, Chem. Rev., 89, 1861-73 (1989);およびWellerら、Chem. Int.
Ed. Engl. 32, 41-53(1993))、そしてまた、量子−ドットアレイの製作(Murr
ayら、Science, 270, 1335-38 (1995);Andresら、Science, 273, 1690-93 (1996
);Heathら、J. Phys. Chem., 100, 3144-49 (1996);Collierら、Science, 277,
1978-81 (1997);Mirkinら、Nature, 382, 607-09 (1996);およびAlivisatos
ら、Nature, 382, 609-11 (1996))、ならびに発光ダイオードの製作(Colvinら
、Nature, 370, 354-57 (1994);およびDabbousiら、Appl. Phys. Let., 66, 131
6-18 (1995))も導いた。特に、IIB−VIB半導体が多くの関心の焦点であ
り、これにより前例のない程度の単分散性および結晶秩序を有するCdSe量子
ドットの開発が導かれた(Murray (1993),前述)。
【0006】 発光量子ドット技術におけるさらなる前進により、量子ドットの蛍光収率およ
び安定性の劇的な増大が得られた。量子ドットの注目すべき発光特性は、量子サ
イズ束縛(quantum-size confinement)(これは、金属と半導体のコア粒子がそれ
らの励起ボーア半径(約1〜5nm)よりも小さい場合に起こる)から生じる(
Alivisatos、Science, 271, 933-37 (1996);Alivisatos、J. Phys. Chem., 100
, 13226-39 (1996);Brus, Appl. Phys., A 53, 465-74 (1991);Wilsonら、Sci
ence, 262, 1242-46 (1993);Henglein (1989),前述;およびWeller (1993),
前述)。最近の研究により、改良された発光がサイズを整調することができる低
いバンドギャップのコア粒子を、高いバンドギャップのシェルでキャッピングす
ることによって得ることができること示された。例えば、ZnS層で不動態化さ
れたCdSe量子ドットは室温で強力に発光性であり(35〜50%量子収率)
、そしてその発光波長は、粒子サイズを変えることによって、青から赤まで調整
できる。さらに、ZnSキャッピングはコア表面を保護し、量子ドットのより大
きな安定性を導く(Hines (1996),前述;およびDabbousiら、J. Phys. Chem. B
101, 9463-75 (1997))。
【0007】 発光量子ドット技術における著しい前進にもかかわらず、キャッピングした発
光量子ドットは、それらが水溶性でないため、生物学的用途には適していない。
さらに、生体分子の生物活性を保つような方法で、生体分子に量子ドットを結合
することはできなかった。しかし、発光量子ドットは、現在利用可能な非同位体
検出システムを超える重大な前進を提供するので、生物学的アッセイにおける検
出目的に使用し得る発光量子ドットへの実現されていない要求が依然存在してい
る。このため、本発明の目的は、生物学的用途に適した発光量子ドットを提供す
ることである。本発明の別の目的は、生物学的用途に適した発光量子ドットの生
体分子コンジュゲートを提供することにある。特に、本発明は、発光量子ドット
の生体分子コンジュゲート(ここで、生体分子はその生物学的活性を保持したま
まであり、得られるコンジュゲートは生物学的用途に適している)を提供しよう
としている。従って、本発明のさらに別の目的は、そのような発光量子ドットを
作製する方法およびその生体分子コンジュゲートを作製する方法を提供すること
である。本発明のなおさらに別の目的は、そのような量子ドットまたはその生体
分子コンジュゲートを含む組成物を提供することである。本発明のさらなる目的
は、生体分子コンジュゲートを、インビトロおよびインビボでの超高感度非同位
体検出に使用する方法を提供することである。本発明のこれらおよび他の目的お
よび利点ならびにさらなる発明的特徴は、本明細書中に提供する詳細な説明を読
めば、当業者に明らかとなるだろう。
【0008】 (発明の要旨) 本発明は、コア、キャップおよび親水性結合基を含む、水溶性発光量子ドット
を提供する。水溶性発光量子ドットおよび水性担体を含む組成物もまた提供する
。本発明は、水溶性発光量子ドットおよび生体分子を含むコンジュゲート(ここ
で、生体分子は親水性結合基に直接または間接的に結合されている)をさらに提
供する。このコンジュゲートおよび水性担体を含む組成物もまた提供する。
【0009】 水溶性発光量子ドットを得る方法およびその生体分子コンジュゲートを作製す
る方法を本発明によってさらに提供する。本発明によって提供される他の方法に
は、インビトロおよびインビボで生体分子を検出する方法が含まれる。
【0010】 (発明の詳細な説明) 本発明は、インビトロおよびインビボでの生体分子の超高感度非同位体検出の
手段および方法を提供する。本発明は、キャッピングした発光量子ドットが、親
水性結合基を量子ドットのキャップに結合することによって水溶性にされ得ると
いう、そしてこれらの量子ドットがその発光特性を保持するという驚くべき予期
せぬ有利な発見を前提としている。本発明はまた、様々な生体分子が量子ドット
のキャップ上の親水性結合基に直接および間接的に結合され得るという、そして
これらの生体分子がその生物活性を保持し得るという発見を前提としている。
【0011】 上記の点から、本発明は、一実施態様において、コア、キャップおよび親水性
結合基を含む水溶性発光半導体量子ドットを提供する。「コア」とは、ナノ粒子
サイズの半導体である。IIB−VIB半導体、IIIB−VB半導体またはI
VB−IVB半導体のいずれのコアも本発明において使用できるが、コアはキャ
ップと組み合わせた場合、発光量子ドットを生じるようなものでなくてはならな
い。IIB−VIB半導体は、周期表のIIB族からの少なくとも1つの元素と
、VIB族からの少なくとも1つの元素とを含む化合物等である。好ましくは、
コアは、約1nmから約10nmまでのサイズ範囲の、IIB−VIB半導体、
IIIB−VB半導体またはIVB−IVB半導体である。コアは、より好まし
くは、IIB−VIB半導体であり、約2nmから約5nmまでのサイズ範囲で
ある。最も好ましくは、コアはCdSまたはCdSeである。この点で、CdS
eはコアとして特に好ましい(特に約4.2nmのサイズのもの)。
【0012】 「キャップ」とは、コアの半導体とは異なり、コアに結合することによってコ
ア上に表面層を形成する半導体である。キャップは、所定の半導体コアと組み合
わせた場合、発光量子ドットを生じるようなものでなくてはならない。キャップ
は、コアよりも高いバンドギャップを有することによってコアを不動態化すべき
である。この点で、キャップは、好ましくは、高いバンドギャップのIIB−V
IB半導体である。より好ましくは、キャップはZnSまたはCdSである。最
も好ましくは、キャップはZnSである。特に、コアがCdSeまたはCdSで
ある場合、キャップは好ましくはZnSであり、コアがCdSeである場合、キ
ャップは好ましくはCdSである。
【0013】 「結合基」とは、その語を本明細書中で使用する場合、(例えば、任意の安定
な物理的または化学的結合によって)発光半導体量子ドットのキャップ表面に結
合され得、かつ量子ドットをもはや発光性でないようにすることなく量子ドット
を水溶性にし得る任意の有機基を示す。従って、結合基は親水性部分を含む。好
ましくは、結合基は、親水性量子ドットが少なくとも約1時間溶解状態のままで
あることを可能にする。より好ましくは、結合基は、親水性量子ドットが少なく
とも約1日溶解状態のままであることを可能にする。さらにより好ましくは、結
合基は、親水性量子ドットが少なくとも約1週間、最も好ましくは少なくとも約
1ヶ月間、溶解状態のままであることを可能にする。望ましくは、結合基は、共
有結合によってキャップに結合され、そして親水性部分を露出するようにしてキ
ャップに結合される。好ましくは、親水性結合基は、イオウ原子を介して量子ド
ットに結合される。より好ましくは、親水性結合基は、イオウ原子と少なくとも
1つの親水性結合基とを含む有機基である。適当な親水性結合基としては、例え
ば、カルボン酸またはその塩、スルホン酸またはその塩、スルファミン酸または
その塩、アミノ置換基、四級アンモニウム塩、および水酸基が挙げられる。本発
明の親水性結合基の有機基は、好ましくはC1〜C6アルキル基またはアリール基
であり、より好ましくはC1〜C6アルキル基であり、さらにより好ましくはC1
〜C3アルキル基である。従って、好ましい実施態様では、本発明の結合基は、
チオールカルボン酸またはチオールアルコールである。より好ましくは、結合基
はチオールカルボン酸である。最も好ましくは、結合基はメルカプト酢酸である
【0014】 従って、水溶性発光半導体量子ドットの好ましい実施態様は、約4.2nmの
サイズのCdSeコア、ZnSキャップおよび結合基を含むものである。水溶性
発光半導体量子ドットの別の好ましい実施態様は、CdSeコア、ZnSキャッ
プおよび結合基メルカプト酢酸を含むものである。特に好ましい水溶性発光半導
体量子ドットは、約4.2nmのCdSeコア、約1nmのZnSキャップ、お
よびメルカプト酢酸結合基を含む。
【0015】 別の実施態様では、本発明はまた、上記水溶性発光半導体量子ドットおよび水
性担体を含む組成物を提供する。任意の適当な水性担体がこの組成物において使
用できる。望ましくは、担体は組成物を所望の温度(例えば、室温)にて安定に
するものであり、ほぼ中性pHのものである。適当な水性担体の例は、当業者に
公知であり、生理食塩水溶液およびリン酸緩衝化生理食塩水溶液(PBS)が挙
げられる。
【0016】 さらに別の実施態様では、本発明は、上記水溶性発光半導体量子ドットおよび
生体分子を含むコンジュゲート(ここで、生体分子は親水性結合基を介して量子
ドットに結合されている)を提供する。生体分子は、量子ドットを水不溶性にす
べきではない。好ましくは、生体分子はタンパク質、タンパク質のフラグメント
、または核酸である。句「タンパク質またはそのフラグメント」の使用は、(天
然から単離されたものであろうとなかろうと)ウイルス、細菌、植物または動物
(例えば、ヒト等の哺乳動物)起源の、または合成の、タンパク質、糖タンパク
質、ポリペプチド、ペプチド等を包含することを意図する。本発明のコンジュゲ
ートにおいて生体分子として使用するのに好ましいタンパク質またはそのフラグ
メントは、抗原、抗原のエピトープ、抗体、または抗体の抗原反応性フラグメン
ト(antigenically reactive fragment)である。句「核酸」の使用は、(天然
から単離されたものであろうとなかろうと)ウイルス、細菌、植物または動物(
例えば、ヒト等の哺乳動物)起源の、合成の、一本鎖の、二本鎖の、天然もしく
は非天然ヌクレオチドを含む、または化学的に修飾された、DNAおよびRNA
を包含することを意図する。好ましい核酸は、ステム・アンド・ループ構造(st
em and loop structure)を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであり、親水性結合
基は該一本鎖オリゴヌクレオチドの一端に結合され、クエンチング部分は該一本
鎖オリゴヌクレオチドの他端に結合され、該クエンチング部分は発光半導体量子
ドットをクエンチする。
【0017】 生体分子は、(例えば、任意の安定な物理的または化学的結合によって)水溶
性発光量子ドットの親水性結合基に任意の適当な手段により直接または間接的に
結合できる。望ましくは、生体分子は1つ以上の共有結合を介して直接または間
接的に結合基に結合される。生体分子が親水性結合基に間接的に結合される場合
、その結合は好ましくは「リンカー」による。語「リンカー」の使用は、生体分
子を水溶性発光量子ドットの結合基に連結するのに使用することができる任意の
適当な手段を包含することを意図する。リンカーは水溶性発光量子ドットを水不
溶性にすべきでなく、量子ドットの発光に悪影響を与えるべきでない。また、リ
ンカーは結合した生体分子の機能に悪影響を与えるべきでない。コンジュゲート
がインビボで使用される場合、望ましくは、リンカーは生体適合性である。
【0018】 例えば、結合基がメルカプト酢酸であり核酸生体分子が結合基に結合している
場合、リンカーは好ましくは、一級アミン、チオール、ストレプトアビジン、ニ
ュートラアビジン、ビオチン、または類似の分子である。結合基がメルカプト酢
酸でありタンパク質生体分子またはそのフラグメントが結合基に結合されている
場合、リンカーは好ましくは、ストレプトアビジン、ニュートラアビジン、ビオ
チン、または類似の分子である。本発明によれば、リンカーは、結合したタンパ
ク質の機能または活性に不可欠なアミノ酸において、タンパク質生体分子または
そのフラグメントと結合すべきではない。クロスリンカー(例えば、媒介クロス
リンカー(intermediate crosslinker))が、生体分子を水溶性発光量子ドット
の結合基に結合するのに使用できる。エチル−3−(ジメチルアミノプロピル)
カルボジイミド(EDAC)は媒介クロスリンカーの一例である。本発明で使用
する媒介クロスリンカーの他の例は、当該分野で公知である。例えば、Bioconju
gate Techniques (Academic Press, New York, (1996))を参照のこと。
【0019】 触媒的クロスリンカー(catalytic crosslinker)もまた、生体分子を水溶性
発光量子ドットの結合基に結合するのに使用できる。触媒的クロスリンカーは、
結合基への生体分子の直接結合をもたらす。触媒的クロスリンカーの例もまた当
該分野で公知である。例えば、Bioconjugate Techniques (1996)(前述)を参照
のこと。
【0020】 水溶性発光量子ドットの結合基への生体分子の結合はまた、当該分野で公知で
あるような2官能性化合物によって達成され得る。例えば、Bioconjugate Techn
iques (1996)(前述)を参照のこと。
【0021】 短いリンカーが立体障害の問題を引き起こし得るか、またはそうでなければ、
生体分子の機能に影響を与え得る場合には、リンカーの長さを、当該分野で周知
の手順を用いて、例えば、約10〜約20原子のスペーサーを付加することによ
って、増加させることができる(例えば、Bioconjugate Techniques (1996)(前
述)を参照のこと)。1つの可能なリンカーは、親水性であり標識化オリゴヌク
レオチドを調製するときに広く使用されている活性化ポリエチレングリコールで
ある。
【0022】 従って、好ましい本発明のコンジュゲートは、約4.2nmのCdSeコア、
ZnSキャップ、親水性結合基、および生体分子を含むコンジュゲートである。
別の好ましい本発明のコンジュゲートは、CdSeコア、ZnSキャップ、メル
カプト酢酸結合基、および生体分子を含むコンジュゲートである。特に好ましい
コンジュゲートは、約4.2nmのCdSeコア、約1nmのZnSコーティン
グ、メルカプト酢酸結合基、および生体分子を含む。
【0023】 他の好ましい本発明のコンジュゲートは、生体分子がステムとループとを含む
一本鎖オリゴヌクレオチドである、本質的に上述したようなコンジュゲートであ
る。親水性結合基は一本鎖オリゴヌクレオチドの一端に結合され、クエンチング
部分は一本鎖オリゴヌクレオチドの他端に結合される。クエンチング部分は発光
半導体量子ドットをクエンチする。
【0024】 量子ドットの発光をクエンチする任意の適当なクエンチング部分を、上記他の
好ましいコンジュゲートにおいて使用することができる。好ましくは、他の好ま
しいコンジュゲートは、3’末端に一級アミン基、5’末端にビオチン基を含む
。クエンチング部分は、好ましくは、オリゴヌクレオチドの3’アミノ基に共有
結合された非蛍光有機発色団である。より好ましくは、クエンチング部分は、4
−[4’−ジメチルアミノフェニルアゾ]安息香酸(DABCYL)である。好
ましくは、バイオコンジュゲート(bioconjugate)の発光量子ドットは、周知の
架橋法によってまずストレプトアビジンを用いて誘導体化され、次いで、好まし
くは1:1のモル比で、5’ビオチン基に結合される。
【0025】 従って、別の実施態様では、本発明はまた、上述したようなコンジュゲートと
水性担体とを含む組成物を提供する。任意の適当な水性担体がこの組成物におい
て使用できる。望ましくは、担体は組成物を所望の温度(例えば、室温)にて安
定にするものであり、そしてほぼ中性のpHのものである。適当な水性担体の例
は、当業者に公知であり、生理食塩水およびPBSが挙げられる。
【0026】 上記の点から、本発明はさらに、記載したような水溶性発光半導体量子ドット
を得る方法を提供する。本方法は、(a)非極性有機溶媒中の上記したような発
光半導体量子ドットと、結合基を含む第1の水溶液とを反応させる工程と、(b
)ほぼ中性pHの第2の水溶液を添加し、混合する工程と、(c)水層を抽出す
ることによって、水溶性発光半導体量子ドットを得る工程とを含む。好ましくは
、非極性有機溶媒はクロロホルムであり、結合基はメルカプト酢酸である。
【0027】 本発明はまた、上述したような水溶性発光半導体量子ドットおよび生体分子を
含むコンジュゲートを作製する方法を提供する。生体分子が量子ドットの結合基
に直接結合される場合、本方法は、(a)上記したような水溶性発光半導体量子
ドットと、水溶性発光半導体量子ドットのキャップ上の結合基に直接結合し得る
生体分子とを接触させる工程と、(b)コンジュゲートを単離する工程とを含む
。好ましくは、生体分子はタンパク質またはそのフラグメントあるいは核酸であ
る。生体分子を結合基に直接結合させる方法の一実施態様において、結合基はメ
ルカプト酢酸であり、生体分子はタンパク質である。直接結合法の別の実施態様
においては、量子ドットおよび生体分子を、触媒的クロスリンカーの存在下で接
触させる。
【0028】 生体分子が水溶性発光半導体量子ドットの結合基に間接的に結合される場合、
本発明は、(a)上記したような水溶性半導体発光量子ドットと、結合基および
生体分子に結合し得るリンカーとを接触させる工程と、(b)リンカーが結合し
た水溶性発光半導体量子ドットを単離する工程と、(c)リンカーが結合した水
溶性発光半導体量子ドットを生体分子と接触させる工程と、(d)コンジュゲー
トを単離する工程とを含む方法を提供する。
【0029】 あるいは、本方法は、(a)生体分子と、結合基および生体分子に結合し得る
リンカーとを接触させる工程と、(b)リンカーが結合した生体分子を単離する
工程と、(c)リンカーが結合した生体分子と水溶性発光量子ドットとを接触さ
せる工程と、(d)コンジュゲートを単離する工程とを含む。生体分子を結合基
に間接的に結合させる方法の一実施態様において、リンカーは一級アミンまたは
ストレプトアビジンであり、結合基はメルカプト酢酸であり、生体分子は核酸で
ある。
【0030】 生体分子を結合基に間接的に結合させる方法の別の実施態様において、本方法
は、(a)水溶性発光量子ドットと、媒介クロスリンカーまたは2官能分子(こ
れらのいずれか一つが結合基および生体分子に結合し得る)とを接触させる工程
、(b)媒介クロスリンカーまたは2官能分子が結合した水溶性発光量子ドット
を単離する工程と、(c)媒介クロスリンカーまたは2官能分子が結合した水溶
性発光量子ドットと生体分子とを接触させる工程と、(d)コンジュゲートを単
離する工程とを含む。
【0031】 あるいは、本方法は、(a)生体分子と、媒介クロスリンカーまたは2官能分
子(これらのいずれか一つが結合基および生体分子に結合し得る)とを接触させ
る工程と、(b)媒介クロスリンカーまたは2官能分子が結合した生体分子を単
離する工程と、(c)媒介クロスリンカーまたは2官能分子が結合した生体分子
を水溶性発光量子ドットと接触させる工程と、(d)コンジュゲートを単離する
工程とを含む。そのような実施態様の例には、結合基としてメルカプト酢酸、生
体分子としてタンパク質またはそのフラグメント、および媒介クロスリンカーと
してEDACを用いる方法がある。
【0032】 サンプル中のタンパク質を検出する方法もまた本発明によって提供される。本
方法は、(a)サンプルと上記したようなコンジュゲートとを接触させる工程で
あって、該コンジュゲートの生体分子が該タンパク質に特異的に結合する工程と
、(b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートがサン
プル中の該タンパク質に結合したことを示す工程とを含む。
【0033】 好ましくは、タンパク質検出の方法において、コンジュゲートの生体分子はタ
ンパク質またはそのフラグメント(例えば、抗体またはその抗原反応性フラグメ
ント)であり、サンプル中のタンパク質は、該抗体またはその抗原反応性フラグ
メントにより結合される抗原またはそのエピトープである。該抗原またはそのエ
ピトープは、好ましくは、ウイルスまたは細菌の一部である。あるいは、また好
ましくは、コンジュゲートの生体分子は抗原またはそのエピトープであり、サン
プル中のタンパク質は、該抗原またはそのエピトープに結合する抗体またはその
抗原反応性フラグメントである。該抗体またはその抗原反応性フラグメントは、
好ましくは、ウイルス、細菌、またはウイルスもしくは細菌の一部に特異的であ
る。さらに別の他のそして好ましい実施態様においては、コンジュゲートの生体
分子は核酸であり、サンプル中のタンパク質は核酸結合タンパク質(例えば、D
NA結合タンパク質)である。
【0034】 本発明により提供される別の方法は、サンプル中の核酸を検出する方法である
。本方法は、(a)サンプルと上記したようなコンジュゲートとを接触させる工
程であって、該コンジュゲートの生体分子が該核酸に特異的に結合する工程と、
(b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートが該サン
プル中の該核酸に結合したことを示す工程とを含む。好ましくは、コンジュゲー
トの生体分子は核酸である。あるいはそして好ましくは、コンジュゲートの生体
分子は核酸に結合するタンパク質またはそのフラグメント(例えば、DNA結合
タンパク質)である。
【0035】 図1に示すように、本発明はまた、サンプル中の核酸を検出する別の方法を提
供する。この方法は、ステム・アンド・ループ構造を有する一本鎖オリゴヌクレ
オチド、量子ドット部分、およびクエンチング部分を含む、バイオコンジュゲー
トを使用することを含む。オリゴヌクレオチドのループは、サンプル中で検出さ
れるべき核酸中の標的配列に相補的なプローブ配列を含む。望ましくは、ループ
はそれが標的配列と接触した際に容易に開くような、しかし、それが容易に剪断
されるほど大きくはない、十分なサイズのものである。好ましくは、ループは、
約10ヌクレオチドから約30ヌクレオチドまで、より好ましくは約15ヌクレ
オチドから約25ヌクレオチドまでである。プローブ配列は、ループのすべてま
たはそれ未満を含み得る。好ましくは、プローブ配列は、少なくとも約15ヌク
レオチド長である。ステムは、一本鎖オリゴヌクレオチドの2つの末端のまたは
その付近の相補配列をアニーリングすることによって形成される。発光量子ドッ
ト部分は一本鎖オリゴヌクレオチドの一端に共有結合され、クエンチング部分は
一本鎖オリゴヌクレオチドの他端に共有結合される。ステムは、一本鎖オリゴヌ
クレオチドが標的配列に結合していない場合に量子ドットの発光がクエンチされ
るように、発光量子ドットおよびクエンチング部分を互いに非常に近傍に維持す
る。この点で、ステムを構成する相補配列は、発光量子ドットのクエンチングを
達成するように、オリゴヌクレオチドの両端に十分に近くなくてはならない。プ
ローブ配列がサンプル中の検出すべき核酸中の標的配列に遭遇する場合、それは
標的配列に結合(すなわちハイブリダイズ)することによって、ステムハイブリ
ッドよりも長く安定なプローブ−標的ハイブリッドを形成する。プローブ−標的
ハイブリッドの長さおよび剛性によって、ステムハイブリッドの同時形成が防止
される。結果として、該構造がステムを開かせる自発的構造変化を受けることに
よって、量子ドット部分とクエンチング部分とが分離し、発光が回復する。
【0036】 従って、本方法は、(a)サンプルとコンジュゲート(ここで、生体分子はス
テム・アンド・ループ構造を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであり、親水性結合
基が該一本鎖オリゴヌクレオチドの一端に結合されており、クエンチング部分が
該一本鎖オリゴヌクレオチドの他端に結合されている)とを接触させ、その結果
、クエンチング部分が発光半導体量子ドットをクエンチする工程を含む(すべて
上述されるとおり)。ループは、サンプル中の核酸中の標的配列に結合するプロ
ーブ配列を含む。結合時、コンジュゲートがステムを開かせる構造変化を受ける
ことによって、量子ドットとクエンチング部分とが分離される。本方法はさらに
、(b)発光を検出する工程を含む。発光の検出は、コンジュゲートがサンプル
中の核酸に結合したことを示す。
【0037】 図2に示すように、本発明は、固相支持体(例えば、メンブレン、ガラスビー
ズ、透明ポリマー等)へ結合させることによって、サンプル中の一本鎖核酸(例
えば、mRNA)、cDNA、または変性二本鎖DNAを検出するさらに別の方
法を提供する。本方法は、(a)第1の一本鎖核酸を含むサンプルと、該第1の
一本鎖核酸に結合し得る第2の一本鎖核酸が結合した固相支持体とを接触させる
工程と、(b)固相支持体と上記したようなコンジュゲート(ここで、該生体分
子は、該第2の一本鎖核酸により結合されている領域以外の領域で該第1の一本
鎖核酸に特異的に結合する第3の一本鎖核酸である)とを接触させる工程と、(
c)発光を検出する工程であって、発光の検出が、コンジュゲートの第3の一本
鎖核酸がサンプル中の第1の一本鎖核酸に結合したことを示す工程とを含む。
【0038】 好ましくは、第2の一本鎖核酸はオリゴヌクレオチド捕捉プローブ(例えば、
合成チミン(ポリ−T)またはアデノシン(ポリ−A)オリゴヌクレオチド)で
ある。好ましくは、第2の一本鎖核酸は当該分野で公知の方法に従う標準的な架
橋手順によって、固相支持体に結合される(例えば、Joosら、Anal. Biochem.,
247, 96-101 (1997);Runningら、BioTechniques, 8, 276-277 (1990)を参照の
こと)。第2の一本鎖核酸は、安定かつ効率的に第1の一本鎖核酸と結合するよ
うに、固相支持体上で十分な長さと密度を有するべきである。好ましくは、捕捉
プローブは、少なくとも約35塩基長である。
【0039】 さらに広くは、本発明はサンプル中の核酸を検出する方法を提供する。本方法
は、核酸捕捉プローブを固相支持体に結合する工程を含む。核酸捕捉プローブは
、サンプル中の該核酸に結合する配列を含む。次いで、結合した核酸捕捉プロー
ブはサンプルと接触させられることによって、該核酸を固相支持体上に固定化す
る。本方法はさらに、該固定化された核酸と、水溶性発光半導体量子ドットおよ
び生体分子を含むコンジュゲートとを接触させる工程を含む。コンジュゲートの
生体分子は、該核酸に特異的に結合する。次いで、本方法は、発光を検出する工
程を含む。発光の検出は、コンジュゲートがサンプル中の該核酸に結合したこと
を示す。
【0040】 本発明はまた、2つ以上の異なる分子および/または所定の分子上の2つ以上
の領域をサンプル中で同時検出し得る方法を提供する。本方法は、1セットの上
述したようなコンジュゲート(ここで、セット中の各コンジュゲートは、サンプ
ル中の異なる分子または所定の分子上の異なる領域に特異的に結合する生体分子
に結合した、異なるサイズの量子ドットまたは異なる組成の量子ドットを有する
)を使用することを含む。好ましくは、コンジュゲートの量子ドットは1nmか
ら10nmまでのサイズ範囲であり、このサイズは、青〜赤の範囲の発光の放射
を可能にする。特定の色の発光に対応する量子ドットサイズは当該分野で周知で
ある。このサイズ範囲内において、異なるサイズの量子ドットが単一波長で励起
され得、かつ異なるサイズの量子ドット間の発光の差異が検出され得る限り、量
子ドットの任意のサイズバリエーションを用いることができる。望ましくは、異
なるサイズの量子ドットは、狭く対称的な発光ピークを有するキャッピング層を
有する。好ましくは、異なるサイズの量子ドットは、コアの構造に適合する無機
キャッピング層を有する。より好ましくは、異なるサイズの量子ドットは、Zn
SまたはCdSeキャッピング層を有する。同様に、異なる組成または構成の量
子ドットは、特定の色の発光に関して変化するだろう。組成が異なる量子ドット
が単一波長で励起され得、かつ異なる組成の量子ドット間の発光の差異が検出さ
れ得る限り、量子ドット間の組成の任意のバリエーションを用いることができる
。サンプル中の異なる標的分子の検出は、コンジュゲートのセットを構成する組
成の異なる量子ドットまたは異なるサイズの量子ドットによって生じる多色発光
の放射から生じる。この方法はまた、単一タンパク質の異なる機能ドメインを、
例えば区別することを可能にする。
【0041】 従って、本発明は、サンプル中の2つ以上の異なる分子および/または所定の
分子の2つ以上の領域を同時検出する方法を提供する。本方法は、サンプルと、
水溶性発光半導体量子ドットおよび生体分子の2つ以上のコンジュゲートとを接
触させる工程を含み、ここで該2つ以上のコンジュゲートのそれぞれが、異なる
サイズまたは組成の量子ドットと、サンプル中の異なる分子または所定の分子の
異なる領域に特異的に結合する生体分子とを含む。本方法はさらに、発光を検出
する工程であって、所定の色の発光の検出がサンプル中の分子へのコンジュゲー
トの結合を示す工程を含む。
【0042】 本発明によれば、2つ以上のタンパク質またはそのフラグメントをサンプル中
で同時検出できる。あるいは、2つ以上の核酸が同時検出できる。この点で、サ
ンプルは核酸およびタンパク質(またはそれらのフラグメント)の混合物を含む
ことができる。
【0043】 好ましくは、2つ以上のタンパク質またはそのフラグメントを検出する方法に
おいて、各コンジュゲートの生体分子はタンパク質またはそのフラグメント(例
えば、抗体またはその抗原反応性フラグメント)であり、サンプル中のタンパク
質またはそのフラグメントは該抗体またはその抗原反応性フラグメントにより結
合される抗原またはそのエピトープである。あるいはそしてまた好ましくは、各
コンジュゲートの生体分子は抗原またはそのエピトープであり、サンプル中のタ
ンパク質またはそのフラグメントは、該抗原またはそのエピトープに結合する抗
体またはその抗原反応性フラグメントである。また好ましくは、各コンジュゲー
トの生体分子は核酸であり、サンプル中のタンパク質またはそのフラグメントは
核酸結合タンパク質(例えば、DNA結合タンパク質)である。
【0044】 また、本発明によれば、2つ以上の核酸がサンプル中で同時検出できる。サン
プル中の核酸を検出する上記方法のいずれもが、該核酸に結合し得る生体分子に
結合した異なるサイズの量子ドットを含む2つ以上のコンジュゲートとともに用
いられ得る。従って、サンプル中の2つ以上の核酸を同時検出する1つの方法は
、(a)サンプルと、2つ以上のコンジュゲート(ここで、各コンジュゲートは
、サンプル中の標的核酸に特異的に結合する生体分子(好ましくは、核酸(特に
一本鎖核酸)またはタンパク質もしくはそのフラグメント(例えば、DNA結合
タンパク質))に結合した異なるサイズの量子ドットを含む)とを接触させる工
程と、(b)発光を検出する工程であって、所定の色の発光の検出が、コンジュ
ゲートがサンプル中のその標的核酸に結合したことを示す工程とを含む。
【0045】 サンプル中の2つ以上の核酸を同時検出する別の方法は、2つ以上のコンジュ
ゲート(これらの各々は異なる上記ステム・アンド・ループ構造を有する一本鎖
オリゴヌクレオチドを含む)を、上述したようなコンジュゲートを使用する方法
に従って、使用することを含む。サンプル中の2つ以上の核酸を同時検出するさ
らに別の方法は、上記方法(ここで、検出すべき核酸は上記した種類の固相支持
体に結合される)を、記載したサンプル中の核酸を結合する方法および記載した
上述したような該核酸を検出する方法に従って使用することを含む。この方法の
一実施態様を図2に記載する。
【0046】 サンプル中の2つ以上の分子を同時検出する本発明の方法の別の実施態様では
、サンプルは、少なくとも1つの核酸と少なくとも1つのタンパク質またはその
フラグメントとを含む。サンプル中の核酸およびタンパク質またはそのフラグメ
ントの同時検出は、記載したサンプル中のタンパク質またはそのフラグメントを
検出する方法、および記載した上述したサンプル中の核酸を検出する方法に従っ
て、上記したような方法を使用して達成できる。
【0047】 上記コンジュゲートおよび方法は、生体分子の検出を達成する非常に多くの他
の方法および生物学的システムにおける使用に適合され得る。このような方法と
しては、例えば、インサイチュハイブリダイゼーション等が挙げられる。本発明
はまた、量子ドットの増大した光安定性によって、生細胞における細胞メカニズ
ム(例えば、リガンド−レセプター相互作用および分子輸送)をリアルタイムで
観察するための広範な用途を有する。
【0048】 本発明は、様々な診断アッセイにおける用途を有する。これらには、ウイルス
感染、ガン、心疾患、肝疾患、遺伝子疾患および免疫疾患の検出が含まれるが、
それらに限定されない。本発明は、HIVおよび肝炎等の特定のウイルスを、例
えば、(a)試験すべきサンプルを患者から取り出し、(b)該サンプルと水溶
性発光量子ドット生体分子コンジュゲート(ここで、生体分子は、該ウイルスに
結合する抗体またはその抗原反応性フラグメントである)とを接触させ、(c)
発光を検出する(ここで、発光の検出が該ウイルスがサンプル中に存在すること
を示す)ことによって、検出する診断アッセイに使用できる。患者のサンプルは
、唾液、涙液、血液、血清または尿等の体液であり得る。例えば、HIV gp
120に対する抗体が、サンプル中のHIVの存在を検出するために使用され得
る。あるいは、HIV gp120が、サンプル中の、HIVに対する抗体の存
在を検出するために使用され得る。
【0049】 本発明はまた、ウイルス核酸を検出することによって、特定のウイルス(例え
ば、HIVおよび肝炎)の超低レベルのウイルス負荷を決定する診断アッセイに
使用できる。患者のウイルス負荷の決定は、ウイルス粒子数が現在の技術の検出
限界未満である場合に有用である。例えば、この技術は、高度な薬物治療(例え
ば、三剤療法(triple drug therapy))中のAIDS患者(ここで、該患者のウ
イルス負荷は非常に減少している)の超低HIVレベルを追跡するのに特に有用
であり得る。ウイルス核酸の検出は、例えば、(a)試験すべきサンプルを患者
から取り出し、(b)該サンプルを処理して、ウイルスDNAまたはRNAを遊
離させ、(c)該サンプルと、水溶性発光量子ドット生体分子コンジュゲート(
ここで、該生体分子は該ウイルスの核酸に結合する)とを接触させ、(d)発光
を検出する(ここで、発光の検出は該ウイルスがサンプル中に存在することを示
す)ことによって、達成され得る。
【0050】 本発明の方法の一実施態様を図3に示す。この方法を用いて、ウイルス核酸の
検出は、(a)試験すべきサンプルを患者から取り出し、(b)該サンプルを処
理して、ウイルスDNAまたはRNAを遊離させ、(c)捕捉プローブを固相支
持体に結合させ(ここで、捕捉プローブはサンプル中の該ウイルス核酸に結合す
る配列を含む)、(d)結合した捕捉プローブとウイルス核酸とを接触させるこ
とによって、ウイルス核酸を固相支持体上に固定し、(e)固定化したウイルス
核酸と発光量子ドットコンジュゲート(ここで、コンジュゲートの生体分子は該
ウイルス核酸に特異的に結合する)とを接触させ、(f)発光を検出する(ここ
で、発光の検出は、コンジュゲートがサンプル中のウイルス核酸に結合したこと
を示す)ことによって、達成される。
【0051】 好ましくは、固相支持体は、捕捉プローブが結合し得る、ガラス表面、透明ポ
リマー表面、メンブレン等である。捕捉プローブは、固相支持体表面への結合お
よび標的ウイルス核酸との結合の両方が可能な任意の分子であり得る。好ましく
は、捕捉プローブは、固相支持体に結合した相補配列に結合する第1の核酸配列
と、ウイルスゲノム中の第3の核酸配列に結合する第2の核酸配列とを含む一本
鎖オリゴヌクレオチドである。第1および第2の核酸配列を含むオリゴヌクレオ
チドは、約20〜50塩基の長さを有し得る。好ましくは、オリゴヌクレオチド
は、少なくとも約30塩基の長さを有する。望ましくは、ウイルスゲノム中の第
3の核酸配列は保存配列である。
【0052】 発光量子ドットコンジュゲートは、捕捉プローブ配列の第2の配列によって結
合される領域以外の領域で標的ウイルス核酸の第3の配列に特異的に結合する生
体分子に結合した発光量子ドットを含む。生体分子は、標的ウイルス核酸に結合
し得る任意の分子であり得る。好ましくは、生体分子は、標的ウイルスゲノム中
の第3の配列に相補的な第4の配列を含むオリゴヌクレオチドである。あるいは
、生体分子は標的ウイルス核酸に特異的に結合するDNA結合タンパク質であり
得る。
【0053】 単一ウイルスの検出に加えて、本発明は、異なる種のウイルス核酸を検出する
ことによって、様々なタイプのウイルスのウイルス負荷または単一ウイルスの様
々なサブタイプのウイルス負荷を同時検出するために使用することができる。サ
ンプル中の複数のウイルス核酸を同時検出する1つの方法は、(a)サンプルと
、1セットのコンジュゲート(ここで、該セットの各コンジュゲートは、サンプ
ル中の標的ウイルス核酸と特異的に結合するプローブ生体分子に結合した異なる
サイズの量子ドットを含む)を接触させる工程と、(b)多色発光を検出する工
程であって、多色発光の検出が、異なるコンジュゲートのそれぞれがサンプル中
のその標的ウイルス核酸に結合したことを示す工程とを含む。サンプル中の2つ
以上の核酸を同時検出するさらに別の方法は上記方法を用いることを含み、これ
もまた図3に記載する。
【0054】 本発明は、例えば、ガン、心疾患または肝疾患等の特定の疾患状態を、(a)
試験すべきサンプルを患者から取り出し、(b)該サンプルと、水溶性発光量子
ドット生体分子コンジュゲート(ここで、生体分子は所定の疾患状態と関連する
タンパク質に結合する抗体またはその抗原反応性フラグメントであり、該疾患は
、例えば、ガン、心疾患または肝疾患である)とを接触させ、(c)発光を検出
する(ここで、発光の検出は、所定の疾患状態の存在を示す)ことによって検出
するのと類似の様式で使用できる。これらの場合、サンプルは、細胞もしくは組
織生検材料または体液(例えば、血液、血清または尿)であり得る。タンパク質
は、所定の疾患に関連するマーカーまたは酵素であり得、それらの検出は、所定
の疾患状態の存在を示す。疾患状態の検出は、タンパク質の産生過剰または産生
不足の検出のように定量的なものであるか、あるいは非野生型(変異したものま
たは切断したもの)形態のタンパク質の検出のように定性的なものであるかのい
ずれかであり得る。定量的測定に関して、好ましくは、量子ドットコンジュゲー
ト−標的タンパク質複合体の発光を、適当なセットの標準と比較する。適当なセ
ットの標準は、例えば、様々な所定濃度の検出されている標的と接触している本
発明の発光量子ドットコンジュゲートを含む。当業者は、例えばサンプル中のタ
ンパク質の量の概算が、サンプルの発光と適当な標準の発光とを比較することに
よって決定され得ることを理解するだろう。
【0055】 本発明はまた、遺伝子疾患またはガン等の疾患状態を、(a)試験すべきサン
プルを患者から取り出し、(b)該サンプルと水溶性発光量子ドット生体分子コ
ンジュゲート(ここで、生体分子は、目的の核酸と特異的にハイブリダイズする
核酸である)とを接触させ、(c)発光を検出する(ここで、発光の検出は所定
の疾患状態の存在を示す)ことによって、検出するのに使用できる。これらの場
合、サンプルは、細胞、組織または体液に由来するものであり得る。目的の遺伝
子は、疾患状態のマーカー(例えば、乳ガンの存在を示し得るBRCA1)であ
り得る。
【0056】 上記方法はまた、動物におけるインビボ試験に適合させることができる。コン
ジュゲートは、生物学的に許容し得る担体中で、動物に投与すべきである。投与
経路は、該コンジュゲートとアッセイすべき生体分子(例えば、タンパク質また
は核酸)との間の接触を達成するものであるべきである。インビボ投与は、発光
を検出することによってのみ制限される。言い換えれば、コンジュゲートとアッ
セイすべき生体分子との間の接触部位は、発光検出手段がアクセス可能でなくて
はならない。この点で、光ファイバが使用され得る。光ファイバにより、本発明
の方法で必要な光の放出および検出が可能となる。
【0057】
【実施例】
本発明を以下の実施例においてさらに記載する。これらの実施例は本発明をさ
らに例示するために提供され、本発明の範囲を制限することを意図しない。
【0058】 (実施例1) 本実施例は、一端が発光量子ドットのキャップに結合し得、かつ他端が親水性
部分を含む結合基を結合することによって、水溶性発光量子ドットを得る方法を
示す。
【0059】 4.2nmのCdSeコアおよびZnSキャップを含む量子ドットを、Hines
およびGuyot-Sionnest(J. Phys. Chem., 100, 468-71 (1996))により開発され
た手順に従って調製した。量子ドットをクロロホルムに溶解し、ゆっくりと攪拌
しながら、1.0Mの氷メルカプト酢酸(glacial mercapto-acetic acid)と室温
で2時間反応させた。引き続いて、等量のPBS水溶液(pH 7.4)を、3
0分間激しく振盪しながら反応混合物に加えた。クロロホルム層と水層との自然
分離時に、メルカプトコーティングされた量子ドットを含む水層を抽出した。次
いで、水層を遠心分離して、メルカプトコーティングされた量子ドットをペレッ
トにし、少なくとも4回抽出して過剰のメルカプト酢酸を取り除いた。最終ペレ
ットを10mlのPBS(pH 7.4)に再懸濁し、室温で用時まで保存した
。メルカプトコーティングされた量子ドットは少なくとも1ヶ月間可溶性のまま
であった。
【0060】 (比較例1a) 本実施例は、水溶性でない量子ドットの調製を示す。
【0061】 その表面上にメルカプト安息香酸基を有する量子ドットを構築した。メルカプ
ト安息香酸を、50%DMSO/50%メタノールの溶液に溶解した。テトラメ
チルアンモニウムヒドロキシドを添加することによって、溶液のpHを11に調
節した。メルカプト安息香酸の終濃度は5mMであった。
【0062】 メルカプト安息香酸溶液の1mlアリコートをおよそ1mgの実施例1に記載
のZnSキャッピングした量子ドットに加え、70℃で加熱した。メルカプト安
息香酸が結合した量子ドットは一時的に可溶化するが、メルカプト安息香酸量子
ドットはおよそ1時間後急速に凝集し始めた。溶液からの量子ドットの凝集は、
不安定性の表れである。次いで、メルカプト安息香酸量子ドットをアセトンを用
いて精製し、引き続いて、PBS中に置いた。再び、量子ドットは不安定であり
、数時間後に溶液から沈殿した。
【0063】 (実施例2) 本実施例は、架橋剤によって、タンパク質性生体分子(例えば、リガンド)を
発光量子ドットのキャップ上の結合基に結合する方法を示す。
【0064】 1mlの実施例1の精製したメルカプト−量子ドットの溶液を、2mgのトラ
ンスフェリン(Sigma Chemical Co., St. Louis, MO)および1mgの架橋試薬E
DAC(Sigma Chemical Co.)と、ボルテックスしつつ、室温で一晩反応させた。
次いで、この溶液を50,000RPMで1時間遠心分離して、量子ドット−ト
ランスフェリンバイオコンジュゲートをペレットにし、上清を取り除いた。この
遠心分離工程をさらに2回繰り返した。精製したトランスフェリンバイオコンジ
ュゲートをPBS(pH 7.4)に溶解し、室温で保存した。
【0065】 (実施例3) 本実施例は、架橋剤によって、タンパク質性生体分子(例えば、抗体)を発光
量子ドットのキャップ上の結合基に結合する方法を示す。
【0066】 1mlの実施例1の精製したメルカプト−量子ドットの溶液を、2mgの免疫
グロブリンG(IgG)(Sigma Chemical Co.)および1mgのEDACと、ボル
テックスしつつ、室温で一晩反応させた。次いで、この溶液を50,000RP
Mで1時間遠心分離して、量子ドット−免疫グロブリンバイオコンジュゲートを
ペレットにし、上清を取り除いた。この遠心分離工程をさらに2回繰り返した。
精製した免疫グロブリンバイオコンジュゲートをPBS(pH 7.4)に溶解
し、室温で保存した。
【0067】 (実施例4) 本実施例は、リンカー(例えば、遊離アミン基)によって、核酸を発光量子ド
ットのキャップ上の結合基に結合する方法を示す。
【0068】 1mlの実施例1の精製したメルカプト−量子ドットの溶液を、3’−または
5’−アミン修飾オリゴヌクレオチド(Midland Certified Reagents, Midland,
TX)および1mgのEDACと、ボルテックスしつつ、室温で一晩反応させる。
次いで、この溶液を50,000RPMで1時間遠心分離して、量子ドット−オ
リゴヌクレオチドバイオコンジュゲートをペレットにし、上清を取り除く。この
遠心分離工程をさらに2回繰り返す。精製したオリゴヌクレオチドバイオコンジ
ュゲートをPBS(pH 7.4)に溶解し、室温で保存する。このアプローチ
を用いて、直接結合が、量子ドット上のカルボン酸基と核酸上のアミン基との間
に形成される。
【0069】 (実施例5) 本実施例は、リンカー(例えば、ストレプトアビジンまたはニュートラアビジ
ン)によって、発光量子ドットのキャップ上の結合基に核酸生体分子を結合する
方法を示す。
【0070】 実施例2および3に示した手順に従って、ストレプトアビジン(Sigma Chemica
l Co.)をメルカプト−量子ドットに共有結合する。量子ドットをストレプトアビ
ジンでコーティングした後、ビオチン化オリゴヌクレオチド(Midland Certified
Reagents)を、ストレプトアビジンコーティングした量子ドットと、ボルテック
スしつつ、室温で一晩インキュベートする。量子ドット−ストレプトアビジン−
ビオチン化−オリゴヌクレオチドを、50,000RPMで1時間遠心分離する
ことによって精製する。上清を捨て、ペレットをPBS(pH 7.4)に再び
溶解する。遠心分離工程をさらに2回繰り返す。精製した量子ドット−ストレプ
トアビジン−ビオチン化−オリゴヌクレオチドをPBSに溶解し保存する。スト
レプトアビジンをニュートラアビジンに代えて、同じ方法が使用できる。
【0071】 (実施例6) 本実施例は、インビトロで抗体を検出するために抗体バイオコンジュゲートを
使用する方法(ここで、この方法は免疫凝集アッセイである)を示す。
【0072】 免疫グロブリン分子(例えば、IgG)に結合した水溶性発光量子ドットを含
む精製した免疫グロブリンバイオコンジュゲートを、実施例3に示した手順によ
って調製した。発光量子ドット−免疫グロブリンバイオコンジュゲートを、0.
5μg/mlの抗Fab抗体(これはIgG分子に結合する)と反応させた。反
応混合物を室温で1時間インキュベートした。該抗Fab抗体は発光量子ドット
−免疫グロブリンバイオコンジュゲートのIgG分子に結合し、これにより、発
光バイオコンジュゲートが凝集した。高解像度CCDカメラ(140万画素,Ph
otometrix, Tuscon, AZ)および100W水銀励起ランプを備え付けた落射蛍光
顕微鏡を用いて、発光を検出することによって、凝集を測定した。
【0073】 (実施例7) 本実施例は、インビトロで抗体を検出するためにタンパク質バイオコンジュゲ
ートを使用する方法(ここで、この方法は免疫凝集アッセイである)を示す。
【0074】 水溶性発光量子ドットとタンパク質性生体分子(例えば、抗原)とを含む精製
したタンパク質バイオコンジュゲートを、実施例2および3の手順に従って調製
する。精製した細胞溶解物を、細胞を溶解し、サンプルを遠心分離して細胞の破
片をペレットにし、次いで、精製した細胞溶解物を含む上清を抽出することによ
って、血液サンプルから調製する。精製した細胞溶解物を発光量子ドット−抗原
バイオコンジュゲートとともにインキュベートする。目的の抗体が細胞溶解物サ
ンプル中に存在する場合、発光量子ドット−抗原コンジュゲートに結合した抗原
を認識し、それに結合して、これにより、発光量子ドットが凝集する。従って、
発光量子ドットコンジュゲートの凝集は、細胞溶解物サンプル中にその抗体が存
在することを示す。凝集は、実施例6に示した手順に従って発光によって決定さ
れる。所望であるならば、全く同じ方法が、サンプルとコントロールとを比較す
るために行われ得る。適当なコントロールとしては、標的抗体を含まない生理学
的に等価な組成物に発光量子ドット−バイオコンジュゲートを加えることが挙げ
られる。
【0075】 (実施例8) 本実施例は、インビトロでタンパク質を検出するために抗体バイオコンジュゲ
ートを使用する方法(ここで、この方法は免疫凝集アッセイである)を示す。
【0076】 水溶性発光量子ドットと抗体とを含む精製した抗体コンジュゲートを、実施例
3の手順に従って調製する。精製した細胞溶解物を、実施例7に示した手順に従
って、血液または組織サンプルから調製する。精製した細胞溶解物を、発光量子
ドット−抗体コンジュゲートとともにインキュベートする。目的のタンパク質が
細胞溶解物サンプル中に存在する場合、発光量子ドット−抗体コンジュゲートに
結合した抗体分子は、サンプル中の該タンパク質を認識し、それに結合し、これ
によって発光量子ドットが凝集する。従って、凝集は該タンパク質がサンプル中
に存在することを示す。凝集の程度は、細胞溶解物サンプル中に存在するタンパ
ク質の濃度を示す。凝集の程度は、実施例6に示した手順に従って発光によって
決定される。もちろん、サンプル中のタンパク質濃度を概算するため、量子ドッ
ト−コンジュゲート−タンパク質複合体の発光を、所定濃度の標的タンパク質と
接触している本発明の発光量子ドット−バイオコンジュゲートを含む一連の標準
と比較する。
【0077】 (実施例9) 本実施例は、抗体をインビトロで検出するためにタンパク質バイオコンジュゲ
ートを使用する方法(ここで、この方法は直接免疫アッセイである)を示す。
【0078】 精製した細胞溶解物を、実施例7に示した手順に従って血液サンプルから調製
する。水溶性発光量子ドットとタンパク質性生体分子(例えば、抗原)とを含む
精製したタンパク質バイオコンジュゲートを、実施例2の手順に従って調製する
。選択されて結合される抗原は、目的の抗体によって特異的に認識されるもので
ある。精製した細胞溶解物のサンプルをポリスチレン表面上にピペッティングし
、2時間室温でインキュベートする。サンプルを取り除き、ポリスチレン表面を
蒸留水で洗浄する。非特異的結合を防ぐために、PBS中1%のウシ血清アルブ
ミン(BSA)(Sigma Chemical Co.)溶液をポリスチレン表面上にピペッティン
グし、1時間室温でインキュベートする。BSAを取り除きポリスチレン表面を
蒸留水で洗浄した後、水溶性発光量子ドット−抗原バイオコンジュゲートをポリ
スチレン表面上にピペッティングし、インキュベートする。目的の抗体が細胞溶
解物サンプル中に存在する場合、それは発光量子ドット−抗原バイオコンジュゲ
ートに結合した抗原を認識し、それに結合する。量子ドット−抗原バイオコンジ
ュゲートの発光を、514nmのAr+/Kr+レーザーを用いてサンプルを励起
することによって検出する。
【0079】 (実施例10) 本実施例は、インビトロでタンパク質を検出するために抗体バイオコンジュゲ
ートを使用する方法(ここで、この方法はサンドイッチ免疫アッセイである)を
示す。
【0080】 精製した細胞溶解物を、実施例7に示す手順に従って、血液または組織サンプ
ルから調製する。水溶性発光量子ドットと抗体とを含む抗体バイオコンジュゲー
トを、実施例3に示す手順に従って調製する。選択されて結合される抗体は、目
的のタンパク質を特異的に認識するものである。まず、目的のタンパク質を認識
する「捕捉」抗体をポリスチレン表面上にピペッティングし、室温で2時間イン
キュベートする。抗体を取り除き、ポリスチレン表面を蒸留水で洗浄する。非特
異的抗体結合を防ぐため、PBS中1%のBSA溶液をポリスチレン表面上にピ
ペッティングし、室温で1時間インキュベートする。BSAを取り除きポリスチ
レン表面を蒸留水で洗浄した後、精製した細胞溶解物をポリスチレン表面上にピ
ペッティングし、室温で2時間インキュベートする。目的のタンパク質が細胞溶
解物サンプル中に存在する場合、「捕捉」抗体はそのタンパク質に結合する。ポ
リスチレン表面を蒸留水で洗浄して、結合していないタンパク質を取り除く。最
後に、発光量子ドット−抗体バイオコンジュゲートを加えて、室温で2時間イン
キュベートする。目的のタンパク質が存在する場合、発光量子ドット−抗体バイ
オコンジュゲートに結合した抗体がそれに結合する。量子ドット−抗体バイオコ
ンジュゲートの発光を、514nmのAr+/Kr+レーザーを用いてサンプルを
励起することによって検出する。
【0081】 (実施例11) 本実施例は、インビトロで核酸を検出するために核酸バイオコンジュゲートを
使用する方法を示す。
【0082】 精製したmRNAサンプルを、当該分野で周知の方法に従って細胞または組織
から調製する。特定の目的のmRNAは、該mRNAを単離するのに、どの方法
およびどの細胞または組織を使用するかを指定するだろう。水溶性発光量子ドッ
トと核酸とを含む核酸バイオコンジュゲートを、実施例4、5または14に示し
た手順に従って調製する。結合される核酸は、目的の核酸配列に特異的にハイブ
リダイズするオリゴヌクレオチド配列から構成される。100μlの0.1μM
アミン修飾ポリチミジン(Midland Certified Reagents)、一片のBiodyne
Cメンブレン(Pall Gelman Sciences, Ann Arbor, MI)(0.5cm×0.5
cm)、および1mgのEDACを遠心管中に加え、この混合物を室温で一晩イ
ンキュベートすることによって、アミン修飾ポリチミジンをBiodyne C
メンブレンに共有結合する。次の日、Biodyne Cメンブレンを蒸留水で
3〜4回リンスする。精製したmRNAサンプルを、アミン修飾ポリチミジンを
結合したBiodyne Cメンブレンに加え、室温で2時間インキュベートす
る。mRNA分子のポリAテールは結合したポリチミジンとハイブリダイズし、
mRNAがBiodyne Cメンブレンに結合されるのを可能にする。Bio
dyne Cメンブレンを蒸留水で数回洗浄し、ハイブリダイズしていないmR
NAを取り除く。次に、水溶性発光量子ドットと、目的のmRNAに特異的にハ
イブリダイズするオリゴヌクレオチドとを含むオリゴヌクレオチドバイオコンジ
ュゲートを、アミン修飾ポリチミジンおよびmRNAを結合したBiodyne
Cメンブレンと反応させ、室温で一晩インキュベートする。目的のmRNAが
存在する場合、発光量子ドット−オリゴヌクレオチドバイオコンジュゲートはそ
れにハイブリダイズする。Biodyne Cメンブレンを蒸留水で数回洗浄し
て、過剰のハイブリダイズしていない発光量子ドット−オリゴヌクレオチドバイ
オコンジュゲートを取り除く。量子ドット−オリゴヌクレオチドバイオコンジュ
ゲートの発光を、514nmのAr+/Kr+レーザーでサンプルを励起すること
によって検出する。
【0083】 (実施例12) 本実施例は、レセプター媒介エンドサイトーシスをインビボで検出するために
タンパク質バイオコンジュゲートを使用する方法を示す。
【0084】 水溶性発光量子ドットとトランスフェリンとを含む生体分子コンジュゲートを
、実施例2に示した手順に従って調製した。10%のウシ胎仔血清、1%のペニ
シリン/ストレプトマイシン、およびファンギゾンを含む最小必須培地(MEM
)で、HeLa細胞を増殖させた。培養細胞を、発光量子ドット−トランスフェ
リンバイオコンジュゲートとともに、37℃で一晩インキュベートした。洗浄を
繰り返して過剰のバイオコンジュゲートを取り除いた後、細胞をペトリ皿からト
リプシン処理によって取り出し、実施例6に記載の高解像度CCDカメラ(14
0万画素,Photometrix)および100W水銀励起ランプを備え付けた落射蛍光
顕微鏡を用いた画像化のために、ガラスカバースリップ上に置いた。HeLa細
胞の内部発光は、コンジュゲートのトランスフェリンが依然生物学的に活性であ
り、HeLa細胞表面上のトランスフェリンレセプターによって認識されること
を示した。実施例1の水溶性発光量子ドットとともにインキュベートしたHeL
a細胞は発光しなかった。経時の内部発光量の測定により、エンドサイトーシス
速度の測定が可能となる。
【0085】 (実施例13) 本実施例は、タンパク質性生体分子(例えば、リガンド)を、リンカー(例え
ば、ストレプトアビジンまたはニュートラアビジン)によって、発光量子ドット
のキャップ上の結合基に結合する方法を示す。
【0086】 ストレプトアビジン(Sigma Chemical Co.)を、実施例2に示した手順に従って
、メルカプト−量子ドットに共有結合する。タンパク質(例えば、トランスフェ
リン)を、EDAC架橋法を用いて、ビオチンに結合する。ビオチンへの結合は
、タンパク質活性にほとんど変化がないように誘導体化することができるアミノ
酸において起こらなくてはならない。精製したストレプトアビジンコーティング
した量子ドットの溶液を、ビオチン化したトランスフェリンと、ボルテックスし
つつ、室温で一晩反応させる。ビオチン化したトランスフェリンおよびストレプ
トアビジンコーティングした量子ドットを、所望する1量子ドットあたりのタン
パク質分子数を生じるように特定のモル比(例えば、1:1、1:2等)で反応
させることができる。次いで、溶液を50,000RPMで1時間遠心分離して
、量子ドット−トランスフェリンバイオコンジュゲートをペレットにし、上清を
取り除く。この遠心分離工程をさらに2回繰り返す。精製したトランスフェリン
バイオコンジュゲートをPBS(pH 7.4)に溶解し、室温で保存する。
【0087】 (実施例14) 本実施例は、リンカー(例えば、チオール基)によって、発光量子ドットのキ
ャップ上の結合基に核酸を結合する方法を示す。
【0088】 4.2nmのCdSeコアおよびZnSキャップを含む量子ドットを、Hines
およびGuyot-Sionnest(1996)(前述)によって開発された手順に従って調製する
。チオール修飾したオリゴヌクレオチドを購入するかまたは標準的な合成手順を
用いて調製する。1mlのCdSe(ZnS)量子ドット溶液をチオール修飾し
たオリゴヌクレオチドと反応させる。量子ドットのZnSコーティングは、修飾
オリゴヌクレオチドのチオール基が結合し得る未反応のZn分子を含む。次いで
、溶液を50,000RPMで1時間遠心分離して、量子ドット−オリゴヌクレ
オチドバイオコンジュゲートをペレットにし、上清を取り除く。この遠心分離工
程をさらに2回繰り返す。精製したオリゴヌクレオチドバイオコンジュゲートを
PBS(pH 7.4)に溶解し、室温で保存する。
【0089】 (実施例15) 本実施例は、インビトロで核酸を検出するために特別設計された、クエンチャ
ーをさらに含む核酸バイオコンジュゲートを作製する方法を示す。
【0090】 特別設計された核酸バイオコンジュゲートは、ステム・アンド・ループ構造を
有する一本鎖オリゴヌクレオチド、量子ドット部分、およびクエンチング部分を
含む。一級アミン基を3’末端に有するようにオリゴヌクレオチドを修飾する(
このアミン修飾オリゴヌクレオチドはMidland Certified Reagentsから入手可能
である)。標準的な架橋手順を用いて、ビオチン基を5’末端に有するように、
オリゴヌクレオチドをさらに修飾する。アミノ反応性誘導体DABCYL(Mole
cular Probes, Eugene, ORから入手可能である)を用いることによって、非蛍光
有機発色団(4−[4’−ジメチルアミノフェニルアゾ]安息香酸(DABCY
L))を3’アミノ基に共有結合する。量子ドットをまず、実施例2に記載の方
法に従ってストレプトアビジンを用いて誘導体化し、次いで、5’ビオチン基に
1:1のモル比で結合させる。オリゴヌクレオチドバイオコンジュゲートを、ゲ
ル濾過カラムおよびHPLCを用いて精製する。
【0091】 (実施例16) 本実施例は、メルカプトコハク酸結合基を発光量子ドットのキャップに結合す
ることによって、水溶性発光量子ドットを得る方法を示す。本実施例はさらに、
リンカー(例えば、遊離チオール基)によって、核酸をメルカプトコハク酸結合
基に結合する方法を示す。
【0092】 4.2nmのCdSeコアおよびZnSキャップを含む量子ドットを、前述し
たように調製した。量子ドットをメルカプトコハク酸(0.5g/ml、pH
9.0)に溶解し、15〜30分間室温で混合した。30%アセトン/70%量
子ドットの濃度での一連のアセトン沈殿を、親水性発光量子ドットを十分に精製
するために行った。得られたメルカプトコハク酸−量子ドットをpH 6.0の
15mM EDAC溶液に懸濁した。
【0093】 1mlの精製したメルカプトコハク酸コーティングした発光量子ドットの溶液
を、3’−または5’−チオール−末端のいずれかの15マーオリゴヌクレオチ
ド(Midland Certified Reagents)と、1量子ドットあたりおよそ100オリゴヌ
クレオチドの相対濃度で反応させた。混合しつつ、30〜60分間反応を続けた
。発光量子ドット−DNAコンジュゲートを、アセトン沈殿(30%アセトン/
70%コンジュゲート)によって数回精製した。引き続いて、発光量子ドット−
DNAコンジュゲートをハイブリダイゼーション緩衝液(0.4M NaCl、
pH 7.0)中に保存した。
【0094】 (実施例17) 本実施例は、インビトロで核酸を検出するために核酸バイオコンジュゲートを
使用する方法を示す。
【0095】 実施例16に記載のように生成した3’−および5’−チオール末端オリゴヌ
クレオチド−発光量子ドットコンジュゲートの等量のアリコートを、ハイブリダ
イゼーション緩衝液(0.4 NaCl、pH 7.0)に懸濁した。相補的3
0マーリンカーを、2つの発光量子ドットコンジュゲート毎にほぼ1リンカーの
相対濃度で、ハイブリダイゼーション緩衝液に加えた。30マーリンカーは、発
光量子ドットコンジュゲートのチオール末端15マーオリゴヌクレオチドとハイ
ブリダイズするよう特別設計した。従って、発光量子ドットコンジュゲートのオ
リゴヌクレオチドがその生物学的活性を保持している場合、図4に示すように、
2つの量子ドットが、リンカーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし、引き続
いて凝集するだろう。ハイブリダイゼーションを1〜12時間モニターし、バイ
オコンジュゲートの凝集を観察した。逆広領域Hgランプ(inverted wide-field
Hg lamp)励起および高感度CCD検出を用いて、凝集を画像化した。
【0096】 本明細書中に引用したすべての参考文献(特許、特許出願および刊行物を含む
)は、言及することでその全体が本明細書中に組み込まれる。
【0097】 本発明を好ましい実施態様を強調して記載してきたが、好ましい実施態様の変
形物が作製され使用され得ること、および本発明が本明細書中に具体的に記載し
た以外の方法で実施され得ることは当業者に明らかであろう。本発明は、そのよ
うな変形物および代替的実施を包含することが意図される。従って、本発明は、
上記特許請求の範囲によって規定される発明の精神および範囲内に包含されるす
べての改変を包含する。
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1は、ステム・アンド・ループ構造を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを含
むバイオコンジュゲート、および標的核酸に結合した該バイオコンジュゲートの
概略図である。
【図2】 図2は、本発明によるサンプル中の複数の核酸を検出する方法の概略図である
【図3】 図3は、本発明によるサンプル中のウイルス核酸を検出する方法の概略図であ
る。
【図4】 図4は、発光半導体量子ドットおよびオリゴヌクレオチドを含むバイオコンジ
ュゲートならびにDNAリンカーによって結合された該バイオコンジュゲートの
概略図である。
【手続補正書】特許協力条約第34条補正の翻訳文提出書
【提出日】平成12年10月27日(2000.10.27)
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正内容】
【特許請求の範囲】
【請求項27】 前記生体分子がステム・アンド・ループ構造を含む一本鎖
オリゴヌクレオチドであり、前記親水性結合基が該一本鎖オリゴヌクレオチドの
一端に結合されており、クエンチング部分が該一本鎖オリゴヌクレオチドの他端
に結合されており、該クエンチング部分が該発光半導体量子ドットをクエンチす
る、請求項20または23〜26のいずれかに記載のコンジュゲート。
【請求項28】 請求項20〜27のいずれかに記載のコンジュゲートと水
性担体とを含む組成物。
【請求項29】 (a)非極性有機溶媒中の発光半導体量子ドットを、結合
基を含む第1の水溶液と反応させる工程と、 (b)ほぼ中性のpHの第2の水溶液を加え、混合する工程と、 (c)水層を抽出することによって、水溶性発光半導体量子ドットを得る工程 とを含む、水溶性発光半導体量子ドットを得る方法。
【請求項30】 前記非極性有機溶媒がクロロホルムであり、前記結合基
メルカプト酢酸である、請求項29記載の方法。
【請求項31】 (a)請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導
体量子ドットと、該水溶性発光半導体量子ドットのキャップ上の結合基に直接結
合し得る生体分子とを接触させる工程と (b)コンジュゲートを単離する工程 とを含む、請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドットと生
体分子とを含むコンジュゲートを作製する方法。
【請求項32】 前記生体分子がタンパク質もしくはそのフラグメント、ま
たは核酸である、請求項31記載の方法。
【請求項33】 前記結合基がメルカプト酢酸である、請求項31または請
求項32記載の方法。
【請求項34】 工程(a)が、前記水溶性発光半導体量子ドットおよび前
記生体分子と、クロスリンカーとを接触させることをさらに含む、請求項31 33 のいずれかに記載の方法。
【請求項35】 (a)請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導
体量子ドットと、(i)リンカー、媒介クロスリンカーまたは2官能分子とを接
触させ、次いで(ii)該水溶性発光半導体量子ドットのキャップ上の結合基と
間接的に結合し得る生体分子とを接触させる工程と、 (b)コンジュゲートを単離する工程 とを含む、請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドットと生
体分子とを含むコンジュゲートを作製する方法。
【請求項36】 前記生体分子がタンパク質もしくはそのフラグメント、ま
たは核酸である、請求項35記載の方法。
【請求項37】 前記結合基がメルカプト酢酸である、請求項35または請
求項36記載の方法。
【請求項38】 前記リンカーがストレプトアビジンである、請求項35 37 のいずれかに記載の方法。
【請求項39】 (a)生体分子と、(i)リンカー、媒介クロスリンカー
または2官能分子とを接触させ、次いで(ii)請求項1〜18のいずれかに記
載の水溶性発光半導体量子ドットとを接触させる工程と、 (b)コンジュゲートを単離する工程 とを含む、請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドットと生
体分子とを含むコンジュゲートを作製する方法。
【請求項40】 前記生体分子がタンパク質もしくはそのフラグメント、ま
たは核酸である、請求項39記載の方法。
【請求項41】 前記結合基がメルカプト酢酸である、請求項40記載の方
法。
【請求項42】 前記リンカーがストレプトアビジンである、請求項39 41 のいずれかに記載の方法。
【請求項43】 サンプル中のタンパク質を検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項20〜27のいずれかに記載のコンジュゲートとを接
触させる工程であって、該コンジュゲートの生体分子が該タンパク質に特異的に
結合する工程と、 (b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートが該サン
プル中の該タンパク質に結合したことを示す工程 とを含む方法。
【請求項44】 前記コンジュゲートの生体分子がタンパク質またはそのフ
ラグメントである、請求項43記載の方法。
【請求項45】 前記コンジュゲートの生体分子が抗体またはその抗原反応
性フラグメントであり、前記サンプル中のタンパク質が、該抗体または該その抗
原反応性フラグメントに結合される抗原またはそのエピトープである、請求項 または請求項44記載の方法。
【請求項46】 前記抗原または前記そのエピトープがウイルスまたは細菌
のものである、請求項45記載の方法。
【請求項47】 前記コンジュゲートの生体分子が抗原またはそのエピトー
プであり、前記サンプル中のタンパク質が、該抗原またはそのエピトープに結合
する抗体またはその抗原反応性フラグメントである、請求項43記載の方法。
【請求項48】 前記抗体または前記その抗原反応性フラグメントが、ウイ
ルス、細菌、ウイルスの一部、または細菌の一部に特異的である、請求項47
載の方法。
【請求項49】 前記コンジュゲートの生体分子が核酸である、請求項43 記載の方法。
【請求項50】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項20〜27のいずれかに記載のコンジュゲートとを接
触させる工程であって、該コンジュゲートの生体分子が該核酸に特異的に結合す
る工程と、 (b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートが該サン
プル中の該核酸に結合したことを示す工程 とを含む方法。
【請求項51】 前記生体分子が核酸である、請求項50記載の方法。
【請求項52】 前記生体分子がタンパク質またはそのフラグメントである
、請求項50記載の方法。
【請求項53】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項27記載のコンジュゲートとを接触させる工程であっ
て、前記ループがプローブ配列を含み、該プローブ配列が該核酸中の標的配列に
結合すると、前記ステムを開かせる構造変化を該コンジュゲートが受けることに
よって、前記量子ドット部分と前記クエンチング部分とが分離する工程と、 (b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートが該サン
プル中の該核酸に結合したことを示す工程、 とを含む方法。
【請求項54】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)第1の一本鎖核酸を含むサンプルと、該第1の一本鎖核酸に結合し得る第
2の一本鎖核酸が結合した固相支持体とを接触させる工程と、 (b)該固相支持体と、請求項23記載のコンジュゲート(ここで、前記生体分
子は、該第2の一本鎖核酸が結合する領域以外の領域で該第1の一本鎖核酸に特
異的に結合する第3の一本鎖核酸である)とを接触させる工程と、 (c)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートの該第3
の一本鎖核酸が該サンプル中の該第1の一本鎖核酸に結合したことを示す工程 とを含む方法。
【請求項55】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)核酸捕捉プローブ(ここで、該核酸捕捉プローブは該サンプル中の該核酸
に結合する配列を含む)を固相支持体に結合させる工程と、 (b)結合した核酸捕捉プローブと該サンプルとを接触させることによって、該
核酸を該固相支持体上に固定化する工程と、 (c)該固定化した核酸と請求項23記載のコンジュゲート(ここで、該コンジ
ュゲートの生体分子は該核酸に特異的に結合する)とを接触させる工程と、 (d)発光を検出する工程であって、発光の検出が該コンジュゲートが該サンプ
ル中の該核酸に結合したことを示す工程 とを含む方法。
【請求項56】 サンプル中の2つ以上の異なる分子および/または所定の
分子の2つ以上の領域、のいずれかを同時検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項20〜27のいずれかに記載の2つ以上のコンジュゲ
ート(ここで、該2つ以上のコンジュゲートのそれぞれが、異なるサイズおよび
組成の量子ドットと、該サンプル中の異なる分子または所定の分子の異なる領域
に特異的に結合する生体分子とを含む)とを接触させる工程と、 (b)発光を検出する工程であって、所定の色の発光の検出が、該サンプル中の
分子にコンジュゲートが結合したことを示す工程 とを含む方法。
【請求項57】 前記サンプルが2つ以上の異なるタンパク質またはそのフ
ラグメントを含む、請求項56記載の方法。
【請求項58】 前記サンプルが2つ以上の異なる核酸を含む、請求項56 記載の方法。
【請求項59】 前記サンプルが少なくとも1つの核酸と少なくとも1つの
タンパク質またはそのフラグメントとを含む、請求項56記載の方法。
【手続補正2】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】0001
【補正方法】削除
【手続補正3】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】0002
【補正方法】削除
【手続補正4】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】0059
【補正方法】変更
【補正内容】
【0059】 4.2nmのCdSeコアおよびZnSキャップを含む量子ドットを、Hines
およびGuyot-Sionnest(J. Phys. Chem., 100, 468-71 (1996))により開発され
た手順に従って調製した。量子ドットをクロロホルムに溶解し、ゆっくりと攪拌
しながら、1.0Mの氷メルカプト酢酸(glacial mercapto-acetic acid)と室温
で2時間反応させた。引き続いて、等量のPBS水溶液(pH 7.4)を、3
0分間激しく振盪しながら反応混合物に加えた。クロロホルム層と水層との自然
分離時に、メルカプトコーティングされた量子ドットを含む水層を抽出した。次
いで、水層を遠心分離して、メルカプトコーティングされた量子ドットをペレッ
トにし、少なくとも4回抽出して過剰のメルカプト酢酸を取り除いた。最終ペレ
ットを10mlのPBS(pH 7.4)に再懸濁し、室温で用時まで保存した
。メルカプトコーティングされた量子ドットは少なくとも1ヶ月間可溶性のまま
であった。水溶性量子ドットの調製は、Chanら、Science, 281, 2016-2018 (199 8)にさらに論ぜられる。
【手続補正5】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】0096
【補正方法】削除
【手続補正6】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】0097
【補正方法】削除
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) G01N 33/58 C12N 15/00 A (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SL,SZ,TZ,UG,ZW ),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU, TJ,TM),AE,AL,AM,AT,AU,AZ, BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH,CN,C R,CU,CZ,DE,DK,DM,EE,ES,FI ,GB,GD,GE,GH,GM,HR,HU,ID, IL,IN,IS,JP,KE,KG,KP,KR,K Z,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV,MD ,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ,PL, PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI,SK,S L,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,UZ,VN ,YU,ZA,ZW (72)発明者 チャン、ウォーレン スィー.ダヴリュ. アメリカ合衆国、インディアナ州 47403、 ブルーミントン、ウエスト アレン スト リート 1411 (72)発明者 エマリィ、スティーヴン アール. アメリカ合衆国、ニュー メキシコ州 87544、ロス アラモス、ガーヴァー レ イン 274 Fターム(参考) 2G045 AA34 AA35 DA12 DA13 DA14 DA36 FA11 FB02 FB03 FB07 FB13 GC15 4B024 AA11 AA20 CA01 CA09 CA11 HA13 HA14 4B063 QA01 QA13 QA17 QA18 QA19 QQ42 QQ52 QR32 QR35 QR38 QR56 QS34 QX02 4H045 AA20 AA30 BA50 DA75 EA50 FA50

Claims (60)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 コア、キャップおよび親水性結合基を含む、水溶性発光半導
    体量子ドット。
  2. 【請求項2】 前記親水性結合基がイオウ原子を介して前記量子ドットに結
    合されている、請求項1記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  3. 【請求項3】 前記親水性結合基がイオウ原子と少なくとも1つの親水性置
    換基とを含む有機基である、請求項1または2記載の水溶性発光半導体量子ドッ
    ト。
  4. 【請求項4】 前記親水性置換基が、カルボン酸またはその塩、スルホン酸
    またはその塩、スルファミン酸またはその塩、アミノ置換基、四級アンモニウム
    塩、および水酸基からなる群より選ばれる、請求項3記載の水溶性発光半導体量
    子ドット。
  5. 【請求項5】 前記有機基がC1〜C6アルキル基またはアリール基である、
    請求項3または請求項4記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  6. 【請求項6】 前記有機基がC1〜C6アルキル基である、請求項3〜5のい
    ずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  7. 【請求項7】 前記親水性結合基がチオールカルボン酸またはチオールアル
    コールである、請求項3記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  8. 【請求項8】 前記親水性結合基がメルカプト酢酸である、請求項1〜7の
    いずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  9. 【請求項9】 前記量子ドットのコアが、IIB−VIB半導体、IIIB
    −VB半導体、およびIVB−IVB半導体からなる群より選ばれ、該コアのサ
    イズが約1nmから約10nmまでである、請求項1〜8のいずれかに記載の水
    溶性発光半導体量子ドット。
  10. 【請求項10】 前記量子ドットのコアがIIB−VIB半導体からなる群
    より選ばれ、該コアのサイズが約2nmから約5nmまでである、請求項1〜9
    のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  11. 【請求項11】 前記量子ドットのコアがCdSまたはCdSeである、請
    求項1〜10のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  12. 【請求項12】 前記量子ドットのコアがCdSeである、請求項1〜11
    のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  13. 【請求項13】 前記コアのサイズが約4.2nmである、請求項1〜12
    のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  14. 【請求項14】 前記キャップが高いバンドギャップのIIB−VIB半導
    体からなる群より選ばれる、請求項1〜13のいずれかに記載の水溶性発光半導
    体量子ドット。
  15. 【請求項15】 前記キャップがZnSである、請求項1〜14のいずれか
    に記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  16. 【請求項16】 前記キャップがCdSである、請求項1〜14のいずれか
    に記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  17. 【請求項17】 CdSeコア、ZnSキャップおよびメルカプト酢酸結合
    基を含む、水溶性発光半導体量子ドット。
  18. 【請求項18】 前記CdSeコアが約4.2nmであり、前記ZnSコー
    ティングが約1nmである、請求項17記載の水溶性発光半導体量子ドット。
  19. 【請求項19】 請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子
    ドットと水性担体とを含む組成物。
  20. 【請求項20】 請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子
    ドットと生体分子(ここで、該生体分子は前記親水性結合基を介して該量子ドッ
    トに結合されている)とを含むコンジュゲート。
  21. 【請求項21】 前記生体分子がタンパク質またはそのフラグメントである
    、請求項20記載のコンジュゲート。
  22. 【請求項22】 前記タンパク質またはそのフラグメントが抗体またはその
    抗原反応性フラグメントである、請求項21記載のコンジュゲート。
  23. 【請求項23】 前記生体分子が核酸である、請求項20記載のコンジュゲ
    ート。
  24. 【請求項24】 前記生体分子がリンカーを介して前記親水性結合基に結合
    されている、請求項20〜23のいずれかに記載のコンジュゲート。.
  25. 【請求項25】 前記リンカーが一級アミンである、請求項24記載のコン
    ジュゲート。
  26. 【請求項26】 前記リンカーがストレプトアビジン、ニュートラアビジン
    またはビオチンである、請求項24記載のコンジュゲート。
  27. 【請求項27】 前記リンカーがチオール基である、請求項24記載のコン
    ジュゲート。
  28. 【請求項28】 前記生体分子がステム・アンド・ループ構造を含む一本鎖
    オリゴヌクレオチドであり、前記親水性結合基が該一本鎖オリゴヌクレオチドの
    一端に結合されており、クエンチング部分が該一本鎖オリゴヌクレオチドの他端
    に結合されており、該クエンチング部分が該発光半導体量子ドットをクエンチす
    る、請求項20または23〜27のいずれかに記載のコンジュゲート。
  29. 【請求項29】 請求項20〜28のいずれかに記載のコンジュゲートと水
    性担体とを含む組成物。
  30. 【請求項30】 (a)非極性有機溶媒中の発光半導体量子ドットを、結合
    基を含む第1の水溶液と反応させる工程と、 (b)ほぼ中性のpHの第2の水溶液を加え、混合する工程と、 (c)水層を抽出することによって、水溶性発光半導体量子ドットを得る工程 とを含む、水溶性発光半導体量子ドットを得る方法。
  31. 【請求項31】 前記非極性有機溶媒がクロロホルムであり、前記化合物が
    メルカプト酢酸である、請求項30記載の方法。
  32. 【請求項32】 (a)請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導
    体量子ドットと、該水溶性発光半導体量子ドットのキャップ上の結合基に直接結
    合し得る生体分子とを接触させる工程と (b)コンジュゲートを単離する工程 とを含む、請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドットと生
    体分子とを含むコンジュゲートを作製する方法。
  33. 【請求項33】 前記生体分子がタンパク質もしくはそのフラグメント、ま
    たは核酸である、請求項32記載の方法。
  34. 【請求項34】 前記結合基がメルカプト酢酸である、請求項32または請
    求項33記載の方法。
  35. 【請求項35】 工程(a)が、前記水溶性発光半導体量子ドットおよび前
    記生体分子と、クロスリンカーとを接触させることをさらに含む、請求項32〜
    34のいずれかに記載の方法。
  36. 【請求項36】 (a)請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導
    体量子ドットと、(i)リンカー、媒介クロスリンカーまたは2官能分子とを接
    触させ、次いで(ii)該水溶性発光半導体量子ドットのキャップ上の結合基と
    間接的に結合し得る生体分子とを接触させる工程と、 (b)コンジュゲートを単離する工程 とを含む、請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドットと生
    体分子とを含むコンジュゲートを作製する方法。
  37. 【請求項37】 前記生体分子がタンパク質もしくはそのフラグメント、ま
    たは核酸である、請求項36記載の方法。
  38. 【請求項38】 前記結合基がメルカプト酢酸である、請求項36または請
    求項37記載の方法。
  39. 【請求項39】 前記リンカーがストレプトアビジン、ニュートラアビジン
    またはビオチンである、請求項36〜38のいずれかに記載の方法。
  40. 【請求項40】 (a)生体分子と、(i)リンカー、媒介クロスリンカー
    または2官能分子とを接触させ、次いで(ii)請求項1〜18のいずれかに記
    載の水溶性発光半導体量子ドットとを接触させる工程と、 (b)コンジュゲートを単離する工程 とを含む、請求項1〜18のいずれかに記載の水溶性発光半導体量子ドットと生
    体分子とを含むコンジュゲートを作製する方法。
  41. 【請求項41】 前記生体分子がタンパク質もしくはそのフラグメント、ま
    たは核酸である、請求項40記載の方法。
  42. 【請求項42】 前記結合基がメルカプト酢酸である、請求項41記載の方
    法。
  43. 【請求項43】 前記リンカーがストレプトアビジン、ニュートラアビジン
    またはビオチンである、請求項40〜42のいずれかに記載の方法。
  44. 【請求項44】 サンプル中のタンパク質を検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項20〜28のいずれかに記載のコンジュゲートとを接
    触させる工程であって、該コンジュゲートの生体分子が該タンパク質に特異的に
    結合する工程と、 (b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートが該サン
    プル中の該タンパク質に結合したことを示す工程 とを含む方法。
  45. 【請求項45】 前記コンジュゲートの生体分子がタンパク質またはそのフ
    ラグメントである、請求項44記載の方法。
  46. 【請求項46】 前記コンジュゲートの生体分子が抗体またはその抗原反応
    性フラグメントであり、前記サンプル中のタンパク質が、該抗体または該その抗
    原反応性フラグメントに結合される抗原またはそのエピトープである、請求項4
    4または請求項45記載の方法。
  47. 【請求項47】 前記抗原または前記そのエピトープがウイルスまたは細菌
    のものである、請求項46記載の方法。
  48. 【請求項48】 前記コンジュゲートの生体分子が抗原またはそのエピトー
    プであり、前記サンプル中のタンパク質が、該抗原またはそのエピトープに結合
    する抗体またはその抗原反応性フラグメントである、請求項44記載の方法。
  49. 【請求項49】 前記抗体または前記その抗原反応性フラグメントが、ウイ
    ルス、細菌、ウイルスの一部、または細菌の一部に特異的である、請求項48記
    載の方法。
  50. 【請求項50】 前記コンジュゲートの生体分子が核酸である、請求項44
    記載の方法。
  51. 【請求項51】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項20〜28のいずれかに記載のコンジュゲートとを接
    触させる工程であって、該コンジュゲートの生体分子が該核酸に特異的に結合す
    る工程と、 (b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートが該サン
    プル中の該核酸に結合したことを示す工程 とを含む方法。
  52. 【請求項52】 前記生体分子が核酸である、請求項51記載の方法。
  53. 【請求項53】 前記生体分子がタンパク質またはそのフラグメントである
    、請求項51記載の方法。
  54. 【請求項54】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項28記載のコンジュゲートとを接触させる工程であっ
    て、前記ループがプローブ配列を含み、該プローブ配列が該核酸中の標的配列に
    結合すると、前記ステムを開かせる構造変化を該コンジュゲートが受けることに
    よって、前記量子ドット部分と前記クエンチング部分とが分離する工程と、 (b)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートが該サン
    プル中の該核酸に結合したことを示す工程、 とを含む方法。
  55. 【請求項55】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)第1の一本鎖核酸を含むサンプルと、該第1の一本鎖核酸に結合し得る第
    2の一本鎖核酸が結合した固相支持体とを接触させる工程と、 (b)該固相支持体と、請求項23記載のコンジュゲート(ここで、前記生体分
    子は、該第2の一本鎖核酸が結合する領域以外の領域で該第1の一本鎖核酸に特
    異的に結合する第3の一本鎖核酸である)とを接触させる工程と、 (c)発光を検出する工程であって、発光の検出が、該コンジュゲートの該第3
    の一本鎖核酸が該サンプル中の該第1の一本鎖核酸に結合したことを示す工程 とを含む方法。
  56. 【請求項56】 サンプル中の核酸を検出する方法であって、 (a)核酸捕捉プローブ(ここで、該核酸捕捉プローブは該サンプル中の該核酸
    に結合する配列を含む)を固相支持体に結合させる工程と、 (b)結合した核酸捕捉プローブと該サンプルとを接触させることによって、該
    核酸を該固相支持体上に固定化する工程と、 (c)該固定化した核酸と請求項23記載のコンジュゲート(ここで、該コンジ
    ュゲートの生体分子は該核酸に特異的に結合する)とを接触させる工程と、 (d)発光を検出する工程であって、発光の検出が該コンジュゲートが該サンプ
    ル中の該核酸に結合したことを示す工程 とを含む方法。
  57. 【請求項57】 サンプル中の2つ以上の異なる分子および/または所定の
    分子の2つ以上の領域、のいずれかを同時検出する方法であって、 (a)該サンプルと請求項20〜28のいずれかに記載の2つ以上のコンジュゲ
    ート(ここで、該2つ以上のコンジュゲートのそれぞれが、異なるサイズおよび
    組成の量子ドットと、該サンプル中の異なる分子または所定の分子の異なる領域
    に特異的に結合する生体分子とを含む)とを接触させる工程と、 (b)発光を検出する工程であって、所定の色の発光の検出が、該サンプル中の
    分子にコンジュゲートが結合したことを示す工程 とを含む方法。
  58. 【請求項58】 前記サンプルが2つ以上の異なるタンパク質またはそのフ
    ラグメントを含む、請求項57記載の方法。
  59. 【請求項59】 前記サンプルが2つ以上の異なる核酸を含む、請求項57
    記載の方法。
  60. 【請求項60】 前記サンプルが少なくとも1つの核酸と少なくとも1つの
    タンパク質またはそのフラグメントとを含む、請求項57記載の方法。
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