ES2935658T3 - Compuestos y métodos para la modulación de SMN2 - Google Patents

Compuestos y métodos para la modulación de SMN2 Download PDF

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Abstract

En el presente documento se describen compuestos, composiciones y métodos para modular el corte y empalme de SMN2. También se proporcionan usos de los compuestos y composiciones descritos en la fabricación de un medicamento para el tratamiento de la atrofia muscular espinal. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN
Compuestos y métodos para la modulación de SMN2
Campo de la invención
En la presente se proporcionan compuestos y composiciones para la modulación de SMN2.
ANTECEDENTES
La atrofia muscular espinal proximal (SMA) es un trastorno neurodegenerativo genético caracterizado por la pérdida de neuronas motoras espinales. La SMA es una enfermedad autosómica recesiva de inicio temprano y actualmente es la principal causa de muerte entre los bebés. La gravedad de la SMA varía entre los pacientes y, por tanto, se ha clasificado en tres tipos. La SMA tipo I es la forma más grave que aparece al nacer o en el plazo de 6 meses y típicamente provoca la muerte en el plazo de 2 años. Los niños con SMA tipo I no pueden sentarse ni caminar. La SMA tipo II es la forma intermedia y los pacientes pueden sentarse, pero no pueden ponerse de pie ni caminar. Los pacientes con SMA tipo III, una forma crónica de la enfermedad, típicamente desarrollan SMA después de los 18 meses de edad (Lefebvre et al., Hum. Mol. Genet., 1998, 7, 1531-1536).
La base molecular de la SMA está provocada por la pérdida de ambas copias del gen 1 de la neurona motora de supervivencia (SMN1), que también puede conocerse como SMN telomérico, una proteína que forma parte de un complejo multiproteico que se cree que está implicado en la biogénesis y el reciclaje de snRNP. Un gen casi idéntico, SMN2, que también puede conocerse como SMN centromérico, existe en una región duplicada en el cromosoma 5q13 y modula la gravedad de la enfermedad. La expresión del gen SMN1 normal da como resultado únicamente la expresión de la proteína de la neurona motora de supervivencia (SMN). Aunque SMN1 y SMN2 tienen el potencial de codificar la misma proteína, SMN2 contiene una mutación traduccionalmente silenciosa en la posición 6 del exón 7, lo que da como resultado una inclusión ineficiente del exón 7 en los transcritos de SMN2. Por tanto, la forma predominante de SMN2 es una versión truncada, carente del exón 7, que es inestable e inactiva (Cartegni y Kramer, Nat. Genet., 2002, 30, 377-384). La expresión del gen SMN2 da como resultado aproximadamente el 10-20% de la proteína de SMN y el 80-90% de la proteína de SMNdelta7 inestable/no funcional. La proteína de SMN desempeña un papel bien establecido en el ensamblaje del empalmosoma y también puede mediar en el tráfico de ARNm en el axón y el extremo terminal nervioso de las neuronas.
La tecnología antisentido es un medio eficaz para modular la expresión de uno o más productos génicos específicos, incluyendo los productos de corte y empalme alternativos, y es especialmente útil en una serie de aplicaciones terapéuticas, de diagnóstico y de investigación. El principio detrás de la tecnología antisentido es que un compuesto antisentido, que hibrida con un ácido nucleico objetivo, modula las actividades de expresión génica, como la transcripción, el corte y empalme, o la traducción, a través de una serie de mecanismos antisentido. La especificidad de secuencia de los compuestos antisentido los hace extremadamente atractivos como herramientas para la validación de objetivos y la funcionalización de genes, así como también como agentes terapéuticos para modular selectivamente la expresión de genes implicados en enfermedades.
La WO 2015/051283 se refiere a composiciones y métodos para tratar la esclerosis lateral amiotrófica. La US 2013/289092 se refiere a compuestos y métodos para modular la interacción entre proteínas y ácidos nucleicos objetivo.
La US 2016/068845 se refiere a la modulación de la expresión de la proteína quinasa de la distrofia miotónica (DMPK)
SUMARIO
En la presente se proporciona un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste en 14-25 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un pre-ARNm de SMN2; y en donde por lo menos un nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).
También se proporciona en la presente un oligonucleótido modificado que consiste en 18 nucleósidos enlazados y que tiene la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 3, en donde cada nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida), y en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfodiéster.
También se proporciona en la presente un oligonucleótido modificado que consiste en de 18 a 20 nucleósidos enlazados que comprende la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 1, en donde cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida), y en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfodiéster.
También se proporciona en la presente una composición farmacéutica que comprende el compuesto oligomérico o el oligonucleótido modificado de la invención, y por lo menos un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable.
También se proporciona en la presente el compuesto oligomérico, el oligonucleótido modificado o la composición farmacéutica de la invención, para su uso en un método para tratar la atrofia muscular espinal en un paciente.
La presente divulgación proporciona compuestos y composiciones para la modulación del pre-ARNm de SMN2. La presente divulgación también proporciona compuestos y composiciones útiles, por ejemplo, para tratar, prevenir o mejorar uno o más síntomas de la atrofia muscular espinal.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona compuestos oligoméricos que comprenden o consisten en oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) y complementarias a pre-ARNm de SMN. Los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) tienen captación celular mejorada y/o actividad farmacológica en el tejido muscular. Como SMN2 se expresa en el tejido muscular, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más modificaciones de 2'-O-(N-alquilacetamida) tendrán una actividad mejorada en el tejido muscular.
En la presente se proporcionan compuestos y métodos útiles para modular el procesamiento de un pre-ARNm de SMN2. Los compuestos comprenden oligonucleótidos modificados que comprenden fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida). En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida). En ciertas realizaciones, los compuestos de la invención modulan el corte y empalme de un pre-ARNm. Los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) también tienen actividad farmacológica mejorada para la modulación del pre-ARNm de SMN2. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) dirigidas al pre-ARNm de SMN2 aumentan la inclusión del exón 7 en mayor medida que los oligonucleótidos modificados que carecen de una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) para su uso en terapia.
También se proporcionan compuestos que comprenden un oligonucleótido modificado que comprende fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) para uso en terapia.
La presente divulgación proporciona las siguientes realizaciones numeradas no limitativas:
Realización 1: Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste en 14-25 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un pre-ARNm de SMN2; y en donde por lo menos un nucleósido del oligonucleótido modificado tiene una estructura de Fórmula I:
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en donde Bx es una nucleobase;
y R1 para cada nucleósido de Fórmula I se selecciona independientemente entre: metilo, etilo, propilo e isopropilo.
Realización 2: El compuesto oligomérico de la realización 1, en donde Bx se selecciona entre adenina, guanina, citosina, timina, uracilo y 5-metilcitosina.
Realización 3: El compuesto oligomérico de la realización 1 o 2, en donde R1 es metilo.
Realización 4: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los por lo menos 2 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 5: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 7 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 6: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 8 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 7: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 9 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 8: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 10 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 9: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 11 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 10: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 12 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 11: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 13 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 12: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 14 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 13: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 15 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 14: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 16 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 15: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 17 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 16: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 17: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 19 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 18: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 20 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.
Realización 19: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-18, en donde R1 del por lo menos un nucleósido que tiene una estructura de Fórmula I es metilo.
Realización 20: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1 -19, en donde R1 es el mismo para todos los nucleósidos que tienen una estructura de Fórmula I.
Realización 21: Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste en 14-25 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un pre-ARNm de SMN2; y en donde por lo menos un nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).
Realización 22: el compuesto oligomérico de la realización 21, en donde la fracción de azúcar de cada nucleósido que comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) se selecciona de 2'-O-(N-metilacetamida) y 2' -O-(N-etilacetamida).
Realización 23: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 7 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 24: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 8 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 25: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 9 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 26: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 10 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 27: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 11 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 28: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 12 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 29: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 13 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 30: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 14 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 31: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 15 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 32: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 16 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 33: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 17 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 34: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 35: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 19 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 36: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 20 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.
Realización 37: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-36, en donde la fracción de azúcar de por lo menos uno de los nucleósidos que comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) es una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N -metilacetamida).
Realización 38: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-37, en donde el grupo N-alquilo de cada una de las fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) es el mismo grupo N-alquilo. Realización 39: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-38, en donde cada una de las fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) es una fracción de azúcar 2'-O-(N-metilacetamida). Realización 40: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-39, en donde cada fracción de azúcar de cada nucleósido del oligonucleótido modificado es una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).
Realización 41: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-40, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 16-23 nucleósidos enlazados.
Realización 42: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-40, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 18-20 nucleósidos enlazados.
Realización 43: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 16 nucleósidos.
Realización 44: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 17 nucleósidos.
Realización 45: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 18 nucleósidos.
Realización 46: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 19 nucleósidos.
Realización 47: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 20 nucleósidos.
Realización 48: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-47, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos un enlace internucleosídico modificado.
Realización 49: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-48, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos un enlace internucleosídico de fosforotioato.
Realización 50: El compuesto oligomérico de la realización 49, en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfato.
Realización 51: El compuesto oligomérico de la realización 50, en donde el enlace internucleosídico de fosfato es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.
Realización 52: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-50, en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado es un enlace internucleosídico de fosforotioato.
Realización 53: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-52, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos una nucleobase modificada.
Realización 54: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-53, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos una 5-metilcitosina.
Realización 55: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-54, en donde cada nucleobase del oligonucleótido modificado se selecciona entre timina, 5-metil citosina, citosina, adenina, uracilo y guanina. Realización 56: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-55, en donde cada citosina del oligonucleótido modificado es una 5-metilcitosina.
Realización 57: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1 -56, en donde cada nucleobase del oligonucleótido modificado se selecciona entre timina, 5-metil citosina, adenina y guanina.
Realización 58: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 70% complementario al pre-ARNm de SMN2.
Realización 59: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 75% complementario al pre-ARNm de SMN2.
Realización 60: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 80% complementario al pre-ARNm de SMN2.
Realización 61: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 85% complementario al pre-ARNm de SMN2.
Realización 62: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 90% complementario al pre-ARNm de SMN2.
Realización 63: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 95% complementario al pre-ARNm de SMN2.
Realización 64: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 100% complementario al pre-ARNm de SMN2.
Realización 65: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al intrón 7 del pre-ARNm de SMN2.
Realización 66: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al ISS-N1 del pre-ARNm de SMN2.
Realización 67: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado comprende una secuencia seleccionada entre las SEQ ID Números 1, 2 o 3.
Realización 68: el compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado comprende una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID Números 12-239.
Realización 69: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado consiste en una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID Números 1,2, 3 o 12-239.
Realización 70: El compuesto oligomérico de la realización 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al exón 7 del pre-ARNm de SMN2.
Realización 71: El compuesto oligomérico de la realización 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al intrón 6 del pre-ARNm de SMN2.
Realización 72: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un potenciador de corte y empalme exónico en el exón 7 del pre-ARNm de SMN2.
Realización 73: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un silenciador de corte y empalme exónico aberrante en el exón 7 del pre-ARNm de SMN2.
Realización 74: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-73, en donde el compuesto oligomérico comprende un grupo conjugado.
Realización 75: El compuesto oligomérico de la realización 74, en donde el grupo conjugado comprende un grupo lipídico o lipófilo.
Realización 76: El compuesto oligomérico de la realización 75, en donde el grupo lípido o lipófilo se selecciona entre: colesterol, un ácido graso saturado C10-C26, un ácido graso insaturado C10-C26, alquilo C10-C26, un triglicérido, tocoferol o ácido cólico.
Realización 77: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es una cadena hidrocarbonada saturada o una cadena hidrocarbonada insaturada.
Realización 78: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es un lípido Ci6.
Realización 79: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es un lípido C18.
Realización 80: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es alquilo C16.
Realización 81: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es alquilo C18.
Realización 82: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es colesterol. Realización 83: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es tocoferol. Realización 84: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es Ci6 saturado.
Realización 85: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-84, en donde el grupo conjugado está unido al oligonucleótido modificado en el extremo 5' del oligonucleótido modificado.
Realización 86: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-85, en donde el grupo conjugado está unido al oligonucleótido modificado en el extremo 3' del oligonucleótido modificado.
Realización 87: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-86, en donde el grupo conjugado comprende un conector escindible.
Realización 88: El compuesto oligomérico de la realización 87 en donde el conector escindible comprende uno o más nucleósidos conectores.
Realización 89: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-73 que consiste en el oligonucleótido modificado.
Realización 90: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-88 que consiste en el oligonucleótido modificado y el grupo conjugado.
Realización 91: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-90, en donde el compuesto oligomérico modula el corte y empalme del pre-ARNm de SMN2.
Realización 92: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-91, en donde el compuesto oligomérico es de cadena sencilla.
Realización 93: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-91, en donde el compuesto oligomérico se empareja con un compuesto oligomérico complementario para formar un compuesto de cadena doble.
Realización 94: El compuesto oligomérico de la realización 93, en donde el compuesto oligomérico complementario comprende un grupo conjugado.
Realización 95: Una composición farmacéutica que comprende el compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-94 y por lo menos un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable.
Realización 96: Un compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1 a 94 o la composición de la realización 95 para su uso en terapia.
Realización 97:
Realización 98: El compuesto de cualquiera de las realizaciones 1-94 o 96, en donde el pre-ARNm de SMN2 es una secuencia de nucleobases seleccionada de cualquiera de las SEQ ID NO: 10, 11 o 240.
DESCRIPCIÓN DETALLADA
Debe entenderse que tanto la descripción general anterior como la siguiente descripción detallada son solamente ejemplares y explicativas y no son restrictivas de las realizaciones, como se reivindica. En la presente, el uso del singular incluye el plural a menos que se indique específicamente lo contrario. Como se usa en la presente, el uso de "o" significa "y/o" a menos que se indique lo contrario. Además, el uso del término "que incluye" así como otras formas, como "incluye" e "incluido", no es limitativo.
Los encabezados de las secciones usados en la presente tienen únicamente propósitos organizativos y no deben interpretarse como una limitación de la materia descrita.
A menos que se indique lo contrario, los siguientes términos tienen los siguientes significados:
Como se usa en la presente, "pre-ARNm de SMN2" significa una secuencia de ARN, que incluye todos los exones, intrones y regiones no traducidas, transcrita a partir del ADN que codifica SMN2 humano. En ciertas realizaciones, el ADN que codifica SMN2 incluye la secuencia genómica de SMN2 humana proporcionada en el N° de registro de GENBANK NT_006713.14 truncada de los nucleótidos 19939708 a 19967777, en la presente SEQ ID NO: 240. En ciertas realizaciones, el pre-ARNm de SMN2 comprende la SEQ ID NO: 10. Los nucleótidos 1-60 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 6, los nucleótidos 61-114 de la SEQ ID NO: 10 representan el exón 7, y los nucleótidos 115-174 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 7.
Como se usa en la presente, "ISS-N1" significa un dominio de silenciamiento de corte y empalme intrónico en el intrón 7. En ciertas realizaciones, ISS-N1 comprende la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 11.
Como se usa en la presente, "2'-desoxirribonucleósido" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar de furanosilo 2'-H(H), como se encuentra en los ácidos desoxirribonucleicos (ADN) de origen natural. En ciertas realizaciones, un 2'-desoxirribonucleósido puede comprender una nucleobase modificada o puede comprender una nucleobase de ARN (uracilo).
Como se usa en la presente, "nucleósido 2' sustituido" o "nucleósido 2 modificado" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar 2' sustituido o 2' modificado. Como se usa en la presente, "2' sustituido" o "2 modificado" en referencia a una fracción de azúcar significa una fracción de azúcar que comprende por lo menos un grupo sustituyente 2' distinto de H u OH.
Como se usa en la presente, "actividad antisentido" significa cualquier cambio detectable y/o medible atribuible a la hibridación de un compuesto antisentido con su ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, la actividad antisentido es una disminución en la cantidad o expresión de un ácido nucleico objetivo o proteína codificada por dicho ácido nucleico objetivo en comparación con los niveles de ácido nucleico objetivo o niveles de proteína objetivo en ausencia del compuesto antisentido.
Como se usa en la presente, "compuesto antisentido" significa un compuesto que comprende un oligonucleótido antisentido y, opcionalmente, una o más características adicionales, como un grupo conjugado o un grupo terminal.
Como se usa en la presente, "oligonucleótido antisentido" significa un oligonucleótido que tiene una secuencia de nucleobases que es por lo menos parcialmente complementaria a un ácido nucleico objetivo.
Como se usa en la presente, "mejorar" en referencia a un tratamiento significa una mejora en por lo menos un síntoma con respecto al mismo síntoma en ausencia del tratamiento. En ciertas realizaciones, la mejora es la reducción de la gravedad o la frecuencia de un síntoma o el retraso en el inicio o la ralentización de la progresión de la gravedad o la frecuencia de un síntoma.
Como se usa en la presente, "nucleósido bicíclico" o "BNA" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar bicíclico. Como se usa en la presente, "azúcar bicíclico" o "fracción de azúcar bicíclico" significa una fracción de azúcar modificado que comprende dos anillos, en donde el segundo anillo se forma a través de un puente que conecta dos de los átomos en el primer anillo formando de este modo una estructura bicíclica. En ciertas realizaciones, el primer anillo de la fracción de azúcar bicíclico es una fracción de furanosilo. En ciertas de tales realizaciones, la fracción de furanosilo es una fracción de ribosilo. En ciertas realizaciones, la fracción de azúcar bicíclico no comprende una fracción de furanosilo.
Como se usa en la presente, "grupo de ramificación" significa un grupo de átomos que tiene por lo menos 3 posiciones que son capaces de formar enlaces covalentes con por lo menos 3 grupos. En ciertas realizaciones, un grupo de ramificación proporciona una pluralidad de sitios reactivos para conectar ligandos atados a un oligonucleótido a través de un conector conjugado y/o una fracción escindible.
Como se usa en la presente, "fracción de direccionamiento celular" significa un grupo conjugado o una porción de un grupo conjugado que da como resultado una captación mejorada en un tipo de célula particular y/o distribución a un tejido particular con respecto a un compuesto oligomérico que carece de la fracción de direccionamiento celular.
Como se usa en la presente, "fracción escindible" significa un enlace o grupo de átomos que se escinde en condiciones fisiológicas, por ejemplo, dentro de una célula, un animal o un humano.
Como se usa en la presente, "complementario" en referencia a un oligonucleótido significa que por lo menos el 70% de las nucleobases de dicho oligonucleótido o una o más regiones del mismo y las nucleobases de otro ácido nucleico o una o más regiones del mismo son capaces de formar puentes de hidrógeno entre sí cuando la secuencia de nucleobases del oligonucleótido y el otro ácido nucleico se alinean en direcciones opuestas. Las nucleobases complementarias significan nucleobases que son capaces de formar enlaces de hidrógeno entre sí. Los pares de nucleobases complementarias incluyen adenina (A) y timina (T), adenina (A) y uracilo (U), citosina (C) y guanina (G), 5-metil citosina (mC) y guanina (G). Los oligonucleótidos y/o ácidos nucleicos complementarios no necesitan tener complementariedad de nucleobases en cada nucleósido. Más bien, se toleran algunos malapareamientos. Como se usa en la presente, "totalmente complementario" o "100% complementario" en referencia a los oligonucleótidos significa que dichos oligonucleótidos son complementarios a otro oligonucleótido o ácido nucleico en cada nucleósido del oligonucleótido.
Como se usa en la presente, "grupo conjugado" significa un grupo de átomos que está unido directa o indirectamente a un oligonucleótido. Los grupos conjugados incluyen una fracción conjugada y un conector conjugado que une la fracción conjugada al oligonucleótido.
Como se usa en la presente, "conector conjugado" significa un grupo de átomos que comprende por lo menos un enlace que conecta una fracción conjugada a un oligonucleótido.
Como se usa en la presente, "fracción conjugada" significa un grupo de átomos que se une a un oligonucleótido a través de un conector conjugado.
Como se usa en la presente, "contiguo" en el contexto de un oligonucleótido se refiere a nucleósidos, nucleobases, fracciones de azúcar o enlaces internucleosídicos que están inmediatamente adyacentes entre sí. Por ejemplo, "nucleobases contiguas" significa nucleobases que están inmediatamente adyacentes entre sí en una secuencia.
Como se usa en la presente, "compuesto antisentido de cadena doble" significa un compuesto antisentido que comprende dos compuestos oligoméricos que son complementarios entre sí y forman un dúplex, y en donde uno de dichos compuestos oligoméricos comprende un oligonucleótido antisentido.
Como se usa en la presente, "completamente modificado" en referencia a un oligonucleótido modificado significa un oligonucleótido modificado en el que se modifica cada fracción de azúcar. "Modificado uniformemente" en referencia a un oligonucleótido modificado significa un oligonucleótido completamente modificado en el que cada fracción de azúcar es la misma. Por ejemplo, los nucleósidos de un oligonucleótido uniformemente modificado pueden tener cada uno una modificación 2'-MOE pero diferentes modificaciones de nucleobases, y los enlaces internucleosídicos pueden ser diferentes.
Como se usa en la presente, "gapmer" significa un oligonucleótido modificado que comprende una región interna que tiene una pluralidad de nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar no modificado colocadas entre regiones externas que tienen uno o más nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar modificado, en donde los nucleósidos de las regiones externas que son adyacentes a la región interna comprenden una fracción de azúcar modificado. La región interna puede denominarse "hueco" y las regiones externas pueden denominarse "alas".
Como se usa en la presente, "hibridación" significa el emparejamiento o apareamiento de oligonucleótidos y/o ácidos nucleicos complementarios. Aunque no se limita a un mecanismo particular, el mecanismo más común de hibridación implica enlaces de hidrógeno, que pueden ser enlaces de hidrógeno de Watson-Crick, Hoogsteen o Hoogsteen inversos, entre nucleobases complementarias.
Como se usa en la presente, "inhibir la expresión o actividad" se refiere a una reducción o bloqueo de la expresión o actividad con respecto a la expresión de actividad en una muestra de control o no tratada y no indica necesariamente una eliminación total de expresión o actividad.
Como se usa en la presente, el término "enlace internucleosídico" significa un grupo o enlace que forma un enlace covalente entre nucleósidos adyacentes en un oligonucleótido. Como se usa en la presente, "enlace internucleosídico modificado" significa cualquier enlace internucleosídico distinto de un enlace internucleosídico de fosfato de origen natural. A los enlaces no fosfato se hace referencia en la presente como enlaces internucleosídicos modificados. "Enlace fosforotioato" significa un enlace fosfato modificado en el que uno de los átomos de oxígeno que no forman puentes se reemplaza con un átomo de azufre. Un enlace internucleosídico de fosforotioato es un enlace internucleosídico modificado. Los enlaces internucleosídicos modificados incluyen enlaces que comprenden nucleósidos abásicos. Como se usa en la presente, "nucleósido abásico" significa una fracción de azúcar en un oligonucleótido o compuesto oligomérico que no está conectada directamente a una nucleobase. En ciertas realizaciones, un nucleósido abásico está adyacente a uno o dos nucleósidos en un oligonucleótido.
Como se usa en la presente, "Isis 396443" significa un oligonucleótido que tiene la siguiente estructura: Tes mCes Aes mCes Tes Tes Tes mCes Aes Tes Aes Aes Tes Ges mCes Tes Ges Ge en donde "mC" indica 5-metil citosina; "e" indica una modificación 2'-MOE; "C" indica citidina, "T" indica timidina, "A" indica adenosina, "G" indica guanosina y "s" indica enlace fosforotioato. A Isis 396443 también se hace referencia en la técnica como Nusinersen y como Ionis-SMNRx.
Como se usa en la presente, "conector-nucleósido" significa un nucleósido que enlaza, ya sea directa o indirectamente, un oligonucleótido a una fracción conjugada. Los conectores-nucleósidos están localizados dentro del conector conjugado de un compuesto oligomérico. Los conectores-nucleósidos no se consideran parte de la porción de oligonucleótidos de un compuesto oligomérico incluso si son contiguos al oligonucleótido.
Como se usa en la presente, "azúcar modificada no bicíclico" o "fracción de azúcar modificada no bicíclico" significa una fracción de azúcar modificado que comprende una modificación, como un sustituyente, que no forma un puente entre dos átomos del azúcar para formar un segundo anillo
Como se usa en la presente, "nucleósidos enlazados" son nucleósidos que están conectados en una secuencia continua (es decir, no hay nucleósidos adicionales presentes entre los que están enlazados).
Como se usa en la presente, "malapareamiento" o "no complementario" significa una nucleobase de un primer oligonucleótido que no es complementaria con la nucleobase correspondiente de un segundo oligonucleótido o ácido nucleico objetivo cuando el primer y el segundo compuesto oligomérico están alineados.
Como se usa en la presente, "MOE" significa metoxietilo. "2'-MOE" significa un grupo -OCH2CH2OCH3 en la posición 2' de un anillo de furanosilo.
Como se usa en la presente, "motivo" significa el patrón de fracciones de azúcar modificado y/o no modificado, nucleobases y/o enlaces internucleosídicos, en un oligonucleótido.
Como se usa en la presente, "de origen natural" significa que se encuentra en la naturaleza.
Como se usa en la presente, "nucleobase" significa una nucleobase de origen natural o una nucleobase modificada. Como se usa en la presente, una "nucleobase de origen natural" es adenina (A), timina (T), citosina (C), uracilo (U) y guanina (G). Como se usa en la presente, una nucleobase modificada es un grupo de átomos capaces de emparejarse con por lo menos una nucleobase de origen natural. Una base universal es una nucleobase que puede emparejarse con cualquiera de las cinco nucleobases no modificadas. Como se usa en la presente, "secuencia de nucleobases" significa el orden de las nucleobases contiguas en un ácido nucleico u oligonucleótido independiente de cualquier modificación de azúcar o del enlace internucleosídico.
Como se usa en la presente, "nucleósido" significa un compuesto que comprende una nucleobase y una fracción de azúcar. La nucleobase y la fracción de azúcar están cada uno, independientemente, sin modificar o modificado. Como se usa en la presente, "nucleósido modificado" significa un nucleósido que comprende una nucleobase modificada y/o una fracción de azúcar modificado.
Como se usa en la presente, "2'-O-(N-alquilacetamida)" significa un grupo -O-CH2-C(O)-NH-alquilo en la posición 2' de un anillo de furanosilo.
Como se usa en la presente, "2'-O-(N-metilacetamida)" o "2'-NMA" significa un grupo -O-CH2-C(O)-NH-CH3 en la posición 2 de un anillo de furanosilo.
Como se usa en la presente, "compuesto oligomérico" significa un compuesto que consiste en un oligonucleótido y, opcionalmente, una o más características adicionales, como un grupo conjugado o un grupo terminal.
Como se usa en la presente, "oligonucleótido" significa una cadena de nucleósidos enlazados conectados a través de enlaces internucleosídicos, en donde cada enlace nucleosídico e internucleosídico puede estar modificado o no modificado. A menos que se indique lo contrario, los oligonucleótidos consisten en 8-50 nucleósidos enlazados. Como se usa en la presente, "oligonucleótido modificado" significa un oligonucleótido en donde por lo menos un enlace nucleosídico o internucleosídico está modificado. Como se usa en la presente, "oligonucleótido no modificado" significa un oligonucleótido que no comprende ninguna modificación de nucleósidos o modificación internucleosídica.
Como se usa en la presente, "portador o diluyente farmacéuticamente aceptable" significa cualquier sustancia adecuada para su uso en la administración a un animal. Ciertos de tales portadores permiten que se formulen composiciones farmacéuticas como, por ejemplo, comprimidos, píldoras, grageas, cápsulas, líquidos, geles, jarabes, lechadas, suspensiones y pastillas para chupar para la ingestión oral por parte de un sujeto. En ciertas realizaciones, un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable es agua estéril; solución salina estéril; o solución tampón estéril.
Como se usa en la presente, "sales farmacéuticamente aceptables" significa sales fisiológica y farmacéuticamente aceptables de compuestos, como compuestos oligoméricos, es decir, sales que retienen la actividad biológica deseada del compuesto original y no imparten efectos toxicológicos no deseados a los mismos.
Como se usa en la presente, "composición farmacéutica" significa una mezcla de sustancias adecuadas para administrar a un sujeto. Por ejemplo, una composición farmacéutica puede comprender un compuesto antisentido y una solución acuosa estéril. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica muestra actividad en un ensayo de captación libre en ciertas líneas celulares.
Como se usa en la presente, "fracción de fósforo" significa un grupo de átomos que comprende un átomo de fósforo. En ciertas realizaciones, una fracción de fósforo comprende un mono-, di- o trifosfato, o fosforotioato.
Como se usa en la presente, "enlace internucleosídico fosfodiéster" significa un grupo fosfato que está unido covalentemente a dos nucleósidos adyacentes de un oligonucleótido modificado.
Como se usa en la presente, "transcrito precursor" significa un ARN codificante o no codificante que se somete a procesamiento para formar una forma procesada o madura del transcrito. Los transcritos precursores incluyen, pero no se limitan a, pre-ARNm, ARN largos no codificantes, pre-ARNmi y ARN intrónicos.
Como se usa en la presente, "procesamiento" en referencia a un transcrito precursor significa la conversión de un transcrito precursor para formar el transcrito procesado correspondiente. El procesamiento de un transcrito precursor incluye, pero no se limita a, eventos de escisión por nucleasas en los sitios de procesamiento del transcrito precursor.
Como se usa en la presente, "profármaco" significa un agente terapéutico en una forma fuera del cuerpo que se convierte en una forma diferente dentro del cuerpo o las células del mismo. Típicamente, la conversión de un profármaco dentro del cuerpo se ve facilitada por la acción de una enzima (por ejemplo, enzima endógena o viral) o sustancia química presentes en células o tejidos y/o por condiciones fisiológicas.
Como se usa en la presente, "compuesto de ARNi" significa un compuesto antisentido que actúa, por lo menos en parte, a través de RISC o Ago2 para modular un ácido nucleico objetivo y/o una proteína codificada por un ácido nucleico objetivo. Los compuestos de ARNi incluyen, pero no se limitan a, ARNip de cadena doble, ARN de cadena sencilla (ARNmc) y microARN, incluyendo imitadores de microARN. En ciertas realizaciones, un compuesto de ARNi modula la cantidad, la actividad y/o el corte y empalme de un ácido nucleico objetivo. El término compuesto de ARNi excluye los oligonucleótidos antisentido que actúan a través de la ARNasa H.
Como se usa en la presente, el término "de cadena sencilla" en referencia a un compuesto antisentido significa un compuesto que consiste en un compuesto oligomérico que no está emparejado con un segundo compuesto oligomérico para formar un dúplex. "Autocomplementario" en referencia a un oligonucleótido significa un oligonucleótido que hibrida por lo menos parcialmente consigo mismo. Un compuesto que consiste en un compuesto oligomérico, en donde el oligonucleótido del compuesto oligomérico es autocomplementario, es un compuesto de cadena sencilla. Un compuesto oligomérico o antisentido de cadena sencilla puede ser capaz de unirse a un compuesto oligomérico complementario para formar un dúplex.
Como se usa en la presente, "corte y empalme" significa el proceso mediante el cual se procesa un pre-ARNm para formar el ARNm correspondiente. El corte y empalme incluye, pero no se limita a, la eliminación de intrones del pre-ARNm y la unión de exones entre ellos.
Como se usa en la presente, "fracción de azúcar" significa una fracción de azúcar no modificado o una fracción de azúcar modificado. Como se usa en la presente, "fracción de azúcar no modificado" significa una fracción de furanosilo 2'-OH(H), como se encuentra en el ARN (una "fracción de azúcar de ARN no modificado"), o una fracción 2'-H(H), tal como se encuentra en el ADN (una "fracción de azúcar de ADN no modificado"). Las fracciones de azúcar no modificado tienen un hidrógeno en cada una de las posiciones 1', 3' y 4', un oxígeno en la posición 3' y dos hidrógenos en la posición 5'. Como se usa en la presente, "fracción de azúcar modificado" o "azúcar modificado" significa una fracción de azúcar de furanosilo modificado o un sustituto de azúcar. Como se usa en la presente, fracción de azúcar de furanosilo modificado significa un azúcar de furanosilo que comprende un sustituyente que no es hidrógeno en lugar de por lo menos un hidrógeno de una fracción de azúcar no modificado. En ciertas realizaciones, una fracción de azúcar de furanosilo modificado es una fracción de azúcar 2' sustituido. Tales fracciones de azúcar de furanosilo modificado incluyen azúcares bicíclicos y azúcares no bicíclicos. Como se usa en la presente, "sustituto de azúcar" significa una fracción de azúcar modificado que tiene una fracción diferente al furanosilo que puede enlazar una nucleobase a otro grupo, como un enlace internucleosídico, un grupo conjugado o un grupo terminal en un oligonucleótido. Los nucleósidos modificados que comprenden sustitutos de azúcar pueden incorporarse en una o más posiciones dentro de un oligonucleótido y tales oligonucleótidos son capaces de hibridar con compuestos oligoméricos o ácidos nucleicos complementarios.
Como se usa en la presente, "transcrito precursor objetivo" significa un transcrito precursor con el que se diseña un oligonucleótido para que hibride. En ciertas realizaciones, un transcrito precursor objetivo es un pre-ARNm objetivo. Como se usa en la presente, "transcrito procesado objetivo" significa el ARN que resulta del procesamiento del transcrito precursor objetivo correspondiente. En ciertas realizaciones, un transcrito procesado objetivo es un ARNm objetivo. Como se usa en la presente, "pre-ARNm objetivo" significa un pre-ARNm con el que se diseña un oligonucleótido para que hibride. Como se usa en la presente, "ARNm objetivo" significa un ARNm que resulta del corte y empalme del pre-ARNm objetivo correspondiente.
Como se usa en la presente, "grupo terminal" significa un grupo químico o grupo de átomos que está enlazado covalentemente a un extremo terminal de un oligonucleótido.
Atrofia muscular de columna
La SMA es un trastorno genético caracterizado por la degeneración de las neuronas motoras espinales. La SMA está provocada por la pérdida homocigótica de ambas copias funcionales del gen SMN1. Sin embargo, el gen SMN2 tiene el potencial de codificar la misma proteína que SMN1 y por tanto superar el defecto genético de los pacientes con SMA. La SMN2 contiene una mutación traduccionalmente silenciosa (C^T) en la posición 6 del exón 7, lo que da como resultado una inclusión ineficiente del exón 7 en los transcritos de SMN2. Por lo tanto, la forma predominante de SMN2, que carece del exón 7, es inestable e inactiva. Por tanto, los compuestos terapéuticos capaces de modular el corte y empalme de SMN2 de manera que aumente el porcentaje de transcritos de SMN2 que contienen el exón 7 serían útiles para el tratamiento de la SMA. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) tienen una actividad farmacológica mejorada para la modulación del pre-ARNm de SMN2, incluyendo el aumento del porcentaje de transcritos de SMN2 que contienen el exón 7. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) han mejorado la actividad farmacológica para la modulación del pre-ARNm de SMN2, incluyendo el aumento del porcentaje de transcritos de SMN2 que contienen el exón 7.
Aunque la SMA generalmente se caracteriza por la degeneración de las neuronas motoras espinales, SMN2 se expresa de manera ubicua en las células de todo el cuerpo, incluyendo las células musculares. En ciertas realizaciones, la actividad SMN mejorada en las células musculares proporciona un beneficio terapéutico. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) tienen una distribución celular mejorada en los tejidos de todo el cuerpo, incluyendo el tejido muscular. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) tienen una distribución celular mejorada en los tejidos de todo el cuerpo, incluido el tejido muscular.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) comprenden un conjugado que puede mejorar aún más la distribución celular y/o la actividad farmacológica. En ciertas realizaciones, el conjugado mejora la distribución al tejido muscular. En ciertas realizaciones, el conjugado es un lípido.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) comprenden un conjugado que puede mejorar aún más la distribución celular y/o la actividad farmacológica. En ciertas realizaciones, el conjugado mejora la distribución al tejido muscular. En ciertas realizaciones, el conjugado es un lípido.
En la siguiente tabla no limitativa se ejemplifican ciertas secuencias de nucleobases dirigidas al pre-ARNm de SMN2. Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida). Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).
Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) y puede comprender una fracción conjugada.
Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) y puede comprender una fracción conjugada.
ni n l iri i r -ARNm MN2
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Subíndices en la tabla anterior: "x" representa un enlace internucleosídico seleccionado entre un enlace internucleosídico de fosforotioato o un enlace internucleosídico de fosfato, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcisteína.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que comprenden una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1,2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251,252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261,262, 263, 264, o 265.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que consisten en una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1,2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251,252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261,262, 263, 264, o 265.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que comprenden una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1, 2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, o 265; y en donde por lo menos uno, por lo menos dos, por lo menos tres, por lo menos cuatro, por lo menos cinco o por lo menos seis nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que consisten en una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1, 2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, o 265; y en donde por lo menos uno, por lo menos dos, por lo menos tres, por lo menos cuatro, por lo menos cinco o por lo menos seis nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).
Ciertas administraciones de combinación
En ciertas realizaciones, se coadministra un primer agente que comprende el compuesto descrito en la presente con uno o más agentes secundarios. En ciertas realizaciones, tales segundos agentes están diseñados para tratar la misma enfermedad, trastorno o afección que el primer agente descrito en la presente. En ciertas realizaciones, los segundos agentes se coadministran con el primer agente para producir un efecto combinado. En ciertas realizaciones, los segundos agentes se coadministran con el primer agente para producir un efecto sinérgico. En ciertas realizaciones, la coadministración del primer y los segundos agentes permite el uso de dosis más bajas que las que se requerirían para lograr un efecto terapéutico o profiláctico si los agentes se administraran como terapia independiente.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona la administración de un primer compuesto antisentido en el LCR, en combinación con la administración sistémica de un segundo compuesto antisentido. La administración sistémica y la administración de LCR pueden producirse simultáneamente, por separado o secuencialmente. En ciertas realizaciones, un sujeto recibe una primera dosis de un compuesto antisentido en el LCR y posteriormente recibe una segunda dosis de un compuesto antisentido sistémicamente. En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado en el LCR es Isis 396443. En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado en el LCR es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida). En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado en el LCR es un oligonucleótido modificado no conjugado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).
En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida). En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) y un grupo conjugado. En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) y un grupo conjugado.
La administración puede producirse en cualquier orden y con frecuencia variable. Por ejemplo, un sujeto puede recibir una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida), y luego recibe una dosis de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) en el LCR. Alternativamente, un sujeto puede recibir una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) después de recibir una dosis de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) en el LCR. Alternativamente, un sujeto puede recibir simultáneamente una dosis de LCR de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) y una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida). La administración en el LCR y la administración sistémica pueden producirse en diferentes momentos y con diferentes frecuencias. Por ejemplo, un sujeto puede recibir la administración sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) de forma semanal o mensual. y recibe la administración en el LCR de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) en el LCR una vez cada cuatro meses o una vez cada seis meses. En ciertas realizaciones en las que una dosis de LCR de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) y una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) se administran por separado, en serie o secuencialmente, la administración de tales dosis puede espaciarse en varias duraciones como diariamente, semanalmente o mensualmente.
I. Ciertos oligonucleótidos
La invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos, que consisten en nucleósidos enlazados. Los oligonucleótidos son oligonucleótidos modificados. Los oligonucleótidos modificados comprenden por lo menos una modificación relativa al ARN o ADN no modificado (es decir, comprenden por lo menos un nucleósido modificado (que comprende una fracción de azúcar modificado y/o una nucleobase modificada) y/o por lo menos un enlace internucleosídico modificado).
A. Ciertos nucleósidos modificados
Los nucleósidos modificados comprenden una fracción de azúcar modificado o una nucleobase modificada o tanto una fracción de azúcar modificado como una nucleobase modificada.
1. Ciertas fracciones de azúcar
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar modificado no bicíclico. En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar bicíclico o tricíclico. En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son sustitutos del azúcar. Tales sustitutos de azúcar pueden comprender una o más sustituciones correspondientes a las de otros tipos de fracciones de azúcar modificado.
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar modificado no bicíclico que comprenden un anillo de furanosilo con uno o más sustituyentes acíclicos, incluyendo pero no limitado a, sustituyentes en las posiciones 2', 4' y/o 5'. En ciertas realizaciones, uno o más sustituyentes acíclicos de fracciones de azúcar modificado no bicíclico están ramificadas. Los ejemplos de grupos sustituyentes 2' adecuados para fracciones de azúcar modificado no bicíclico incluyen pero no se limitan a: 2'-O-(N-alquilacetamida), por ejemplo, 2'-O-(N-metilacetamida). Ver, por ejemplo, la Patente de Estados Unidos N° 6.147.200 y Prakash et al., Org. Lett., 5, 403-6 (2003). A continuación se muestra un nucleósido modificado con "2'-O-(N-metilacetamida)" o "2'-NMA":
Figure imgf000021_0001
En ciertas realizaciones, los grupos sustituyentes 2' se seleccionan entre: 2'-F, 2'-OCH3 ("OMe" o "O­ metilo"), 2'-O(CH2)2OCH3 ("MOE "), halo, alilo, amino, azido, SH, CN, OCN, CF3 , OCF3, O-alcoxi C1-C10, O-C1-C10 alcoxi sustituido, O-C1-C10 alquilo, O-C1-C10 alquilo sustituido, S-alquilo, N(Rm)-alquilo, O-alquenilo, S-alquenilo, N(Rm)-alquenilo, O-alquinilo, S-alquinilo, N(Rm)-alquinilo, O-alquilenil-O-alquilo, alquinilo, alcarilo, aralquilo, O-alcarilo, O-aralquilo, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn) o OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector de amino, o alquilo C1-C10 sustituido o no sustituido y los grupos sustituyentes 2' descritos en Cook et al., Patente de Estados Unidos 6.531.584; y Cook et al., Patente de Estados Unidos 5.859.221; y Cook et al., Patente de Estados Unidos N° 6.005.087. Ciertas realizaciones de estos grupos sustituyentes 2' pueden sustituirse adicionalmente con uno o más grupos sustituyentes seleccionados independientemente entre: hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro (NO2), tiol, tioalcoxi, tioalquilo, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo. Los ejemplos de grupos sustituyentes 4' adecuados para fracciones de azúcar modificado no bicíclico incluyen, pero no se limitan a, alcoxi (por ejemplo, metoxi), alquilo y los descritos en Manoharan et al., WO 2015/106128. Los ejemplos de grupos sustituyentes 5' adecuados para fracciones de azúcar modificado no bicíclico incluyen, pero no se limitan a: 5'-metilo (R o S), 5'-vinilo y 5'-metoxi. En ciertas realizaciones, los azúcares modificados no bicíclicos comprenden más de un sustituyente de azúcar sin puente, por ejemplo, fracciones de azúcar 2'-F-5'-metilo y las fracciones de azúcar modificado y los nucleósidos modificados descritos en Migawa et al., WO 2008 /101157 y Rajeev et al., US2013/0203836.).
En ciertas realizaciones, un nucleósido 2' sustituido o un nucleósido modificado no bicíclico 2' comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2' no puente seleccionado de: F, NH2 , N3 , OCF3, OCH3 , O(CH2)3NH2, CH2CH=CH2, OCH2CH=CH2, OCH2CH2OCH3 , O(CH2)2SCH3, O(CH2)20N(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, y acetamida N-sustituida (OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector de amino, o alquilo C1-C10 sustituido o no sustituido. En ciertas realizaciones, cada Rm y Rn es, independientemente, H o alquilo C1-C3. En ciertas realizaciones, cada Rm y Rn es, independientemente, H o metilo.
En ciertas realizaciones, un nucleósido 2' sustituido o un nucleósido modificado 2' no bicíclico comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2' no puente seleccionado de: F, OCF3, OCH3, OCH2CH2OCH3 , O(CH2)2SCH3, O(CH2)2üN(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, y OCH2C(=O)-N(H)CH3.
En ciertas realizaciones, un nucleósido 2' sustituido o un nucleósido 2' modificado no bicíclico comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2' no puente seleccionado de: F, OCH3, OCH2CH2OCH3 y OCH2C(=O)-N(H)CH3.
Los nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar modificado, como fracciones de azúcar modificado no bicíclico, pueden denominarse por la posición o posiciones de las sustituciones en la fracción de azúcar del nucleósido. Por ejemplo, los nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar 2' sustituido o 2 modificado se denominan nucleósidos 2' sustituidos o nucleósidos 2 modificados.
Ciertas fracciones de azúcar modificado comprenden un sustituyente de azúcar puente que forma un segundo anillo que da como resultado una fracción de azúcar bicíclico. En ciertas de tales realizaciones, la fracción de azúcar bicíclico comprende un puente entre los átomos del anillo de furanosa 4' y 2'. Los ejemplos de tales sustituyentes de azúcar puente de 4' a 2' incluyen, pero no se limitan a: 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2' (“LNA”), 4'-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-O-2' (“ENA”), 4'-Ch (CH3)-O-2' (denominado "etilo restringido" o "cEt" cuando está en la configuración S), 4'-CH2-O-CH2-2', 4'-CH2-N(R)-2', 4'-CH(CH2OCH3)-O-2' ("MOE restringido" o "cMOE") y análogos de los mismos (ver, por ejemplo, Seth et al., Patente de Estados Unidos 7.399.845, Bhat et al., Patente de Estados Unidos 7.569.686, Swayze et al., Patente de Estados Unidos 7.741.457 y Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.022.193), 4'-C(CH3)(c H3)-O-2' y análogos de los mismos (ver, por ejemplo, Seth et al., Patente de Estados Unidos 8.278.283), 4'-CH2-N(o c H3)-2' y análogos de los mismos (ver, por ejemplo, Prakash et al., Patente de Estados Unidos 8.278.425), 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (ver, por ejemplo, Allerson et al., Patente de Estados Unidos 7.696.345 y Allerson et al., Patente de Estados Unidos 8.124.745), 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (ver, por ejemplo, Zhou, et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134), 4'-CH2-C(=CH 2)-2' y análogos del mismo (ver, por ejemplo, Seth et al., Patente de Estados Unidos 8.278.426), 4'-C(RaRb)-N(R)-O-2', 4'-C(RaRb)-O-N(R)-2', 4'-CH2-O-N(R)-2' y 4'-CH2-N(R)-O-2', en donde cada R, Ra y Rb es, independientemente, H, un grupo protector o alquilo C1-C12 (ver, por ejemplo, Imanishi et al., Patente de Estados Unidos 7.427.672).
En ciertas realizaciones, tales puentes de 4' a 2' comprenden independientemente de 1 a 4 grupos enlazados seleccionados independientemente de -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, and -N(Ra)-;
en donde:
x es 0, 1 o 2;
n es 1, 2, 3 o 4;
cada Ra y Rb es, independientemente, H, un grupo protector, hidroxilo, alquilo C1-C12, alquilo C1-C12 sustituido, alquenilo C2-C12, alquenilo C2-C12 sustituido, alquinilo C2-C12, alquinilo C2-C12 sustituido, arilo C5-C20, arilo C5-C20 sustituido, radical heterociclo, radical heterociclo sustituido, heteroarilo, heteroarilo sustituido, radical alicíclico C5-C7, radical alicíclico C5-C7 sustituido, halógeno, OJ1, NJ1J2 , SJ1, N3 , COOJ1, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, CN, sulfonilo (S (=O)2-J1), o sulfoxilo (S(=O)-J1); y
cada J1 y J2 es, independientemente, H, alquilo C1-C12, alquilo C1-C12 sustituido, alquenilo C2-C12, alquenilo C2-C12 sustituido, alquinilo C2-C12, alquinilo C2-C12 sustituido, arilo C5-C20, arilo C5-C2Ü sustituido, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, un radical heterociclo, un radical heterociclo sustituido, aminoalquilo C1-C12, aminoalquilo C1-C12 sustituido, o un grupo protector.
En la técnica se conocen fracciones de azúcar bicíclicos adicionales, ver, por ejemplo: Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 20017, 129, 8362-8379; Wengel et a., Patente de estados Unidos N° 7,053,207; Imanishi et al., Patente de estados Unidos N° 6,268,490; Imanishi et al. Patente de estados Unidos N° 6,770,748; Imanishi et al., U.S. RE44,779;
Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 6,794,499; Wengel et al., Patente de estados Unido Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 7,034,133; Wengel et al., Patente de estados Unido Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 8,034,909; Wengel et al., Patente de estados Unido Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 7,572,582; and Ramasamy et al., Patente de estados Unidos N° 6,525,191; Torsten et al., WO 2004/106356; Wengel et al., WO 1999/014226; Seth et al., WO 2007/134181; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 7,547,684; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 7,666,854; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,088,746; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 7,750,131; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,030,467; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,268,980; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,546,556; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,530,640; Migawa et al., Patente de estados Unidos N° 9,012,421; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,501,805; y Publicaciones de Patente de Estados Unidos N° Allerson et al., US2008/0039618 y Migawa et al., US2015/0191727.
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar bicíclico y los nucleósidos que incorporan tales fracciones de azúcar bicíclico se definen además por la configuración isomérica. Por ejemplo, un nucleósido de LNA (descrito en la presente) puede estar en la configuración a-L o en la configuración p-D.
Figure imgf000023_0001
Se han incorporado nucleósidos biciclicos a-L-metilenoxi (4'-CH2-O-2') o a-L-LNA en oligonucleótidos antisentido que mostraron actividad antisentido (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). En la presente, las descripciones generales de los nucleósidos bicíclicos incluyen ambas configuraciones isoméricas. Cuando las posiciones de nucleósidos bicíclicos específicos (por ejemplo, LNA o cEt) se identifican en las realizaciones ejemplificadas en la presente, están en la configuración p-D, a menos que se especifique lo contrario.
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado comprenden uno o más sustituyentes de azúcar sin puente y uno o más sustituyentes de azúcar con puente (por ejemplo, azúcares 5'-sustituidos y 4'-2' con puente).
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son sustitutos de azúcar. En ciertas de tales realizaciones, el átomo de oxígeno de la fracción de azúcar se reemplaza, por ejemplo, con un átomo de azufre, carbono o nitrógeno. En ciertas de tales realizaciones, tales fracciones de azúcar modificado también comprenden sustituyentes puente y/o no puente como se describe en la presente. Por ejemplo, ciertos sustitutos de azúcar comprenden un átomo de azufre 4' y una sustitución en la posición 2' (ver, por ejemplo, Bhat et al., Patente de Estados Unidos 7,875,733 y Bhat et al., Patente de Estados Unidos 7,939,677) y/o la posición 5'.
En ciertas realizaciones, los sustitutos de azúcar comprenden anillos que tienen más de 5 átomos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un sustituto de azúcar comprende un tetrahidropirano ("THP") de seis miembros.
Tales tetrahidropiranos pueden modificarse o sustituirse adicionalmente. Los nucleósidos que comprenden tales tetrahidropiranos modificados incluyen, pero no se limitan a, ácido nucleico de hexitol ("HNA"), ácido nucleico de anitol ("ANA"), ácido nucleico de manitol ("MNA") (ver, por ejemplo, Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10,
841-854), fluoro HNA:
Figure imgf000023_0002
("F-HNA", ver, por ejemplo, Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.088.904; Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.440.803; Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.796.437; y Swayze et al., Patente de Estados Unidos 9.005.906; F-HNA también puede denominarse F-THP o 3'-fluorotetrahidropirano) y nucleósidos que comprenden compuestos de THP modificados adicionales que tienen la fórmula:
Figure imgf000024_0001
en donde, independientemente, para cada uno de dichos nucleósidos de THP modificados:
Bx es una fracción de nucleobase;
T3 y T4 son cada uno, independientemente, un grupo de enlace internucleosídico que enlaza el nucleósido de THP modificado con el resto de un oligonucleótido o uno de T3 y T4 es un grupo de enlace internucleosídico que enlaza el nucleósido de THP modificado con el resto de un oligonucleótido y el otro de T3 y T4 es H, un grupo protector de hidroxilo, un grupo conjugado enlazado o un grupo 5' o 3'-terminal;
q1, q2 , q3, q4, q5, q6 y q7 son cada uno, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6 , alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6 o alquinilo C2-C6 sustituido; y
cada uno de R1 y R2 se selecciona independientemente entre: hidrógeno, halógeno, alcoxi sustituido o no sustituido, NJ1J2, SJ1, N3 , OC(=X)J1, OC(=X)NJJ2, NJ3C(=X)NJJ y CN, en donde X es O, S o NJ1, y cada J1, J2 y J3 es, independientemente, H o alquilo C1-C6.
En ciertas realizaciones, se proporcionan nucleósidos de THP modificados en donde q1, q2 , q3, q4, q5, q6 y q7 son cada uno H. En ciertas realizaciones, por lo menos uno de q1, q2 , q3, q4, q5, q6 y q7 es distinto de H. En ciertas realizaciones, por lo menos uno de q1, q2, q3, q4, q5, q6 y q7 es metilo. En ciertas realizaciones, se proporcionan nucleósidos de THP modificados en donde uno de R1 y R2 es F. En ciertas realizaciones, R1 es F y R2 es H, en ciertas realizaciones, R1 es metoxi y R2 es H, y en ciertas realizaciones, R1 es metoxietoxi y R2 es H.
En ciertas realizaciones, los sustitutos de azúcar comprenden anillos que tienen más de 5 átomos y más de un heteroátomo. Por ejemplo, se ha informado de nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar morfolino y su uso en oligonucleótidos (ver, por ejemplo, Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 y Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,698,685; Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,166,315; Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,185,444; y Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,034,506). Como se usa aquí, el término "morfolino" significa un sustituto de azúcar que tiene la siguiente estructura:
Figure imgf000024_0002
En ciertas realizaciones, los morfolinos pueden modificarse, por ejemplo, añadiendo o alterando varios grupos sustituyentes de la estructura de morfolino anterior. A tales sustitutos de azúcar se hace referencia en la presente como "morfolinos modificados".
En ciertas realizaciones, los sustitutos de azúcar comprenden fracciones acíclicas. Los ejemplos de nucleósidos y oligonucleótidos que comprenden tales sustitutos de azúcares acíclicos incluyen, pero no se limitan a: ácido nucleico peptídico ("PNA"), ácido nucleico de butilo acíclico (ver, por ejemplo, Kumar et al., Org. Biomol. Chem., 2013, 11,5853-5865), y nucleósidos y oligonucleótidos descritos en Manoharan et al., WO2011/133876.
En la técnica se conocen muchos otros azúcares bicíclicos y tricíclicos y sistemas de anillos sustitutos de azúcares que pueden usarse en nucleósidos modificados.
2. Ciertas nucleobases modificadas
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos que comprenden una nucleobase no modificada. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos que comprenden una nucleobase modificada.
En ciertas realizaciones, las nucleobases modificadas se seleccionan de: pirimidinas 5-sustituidas, 6-azapirimidinas, pirimidinas sustituidas con alquilo o alquinilo, purinas sustituidas con alquilo y purinas N-2, N-6 y O-6 sustituidas. En ciertas realizaciones, las nucleobases modificadas se seleccionan de: 2-aminopropiladenina, 5-hidroximetilcitosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-N-metilguanina, 6-N-metiladenina, 2-propiladenina, 2 tiouracilo, 2-tiotimina y 2-tiocitosina, 5-propinilo (-CEC-CH3) uracilo, 5-propinilcitosina, 6-azouracilo, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-ribosiluracilo (pseudouracilo), 4-tiouracilo, 8-halo, 8-amino, 8-tiol, 8-tioalquilo, 8-hidroxilo, 8-aza y otras purinas 8-sustituidas, 5-halo, particularmente 5-bromo, 5-trifluorometilo, 5-halouracilo y 5-halocitosina, 7-metilguanina, 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-aminoadenina, 7-deazaguanina, 7-deazaadenina, 3-deazaguanina, 3-deazaadenina, 6-N-benzoiladenina, 2-N-isobutirilguanina, 4-N-benzoilcitosina, 4-N-benzoiluracilo, 5-metil 4-N-benzoilcitosina, 5-metil 4-N-benzoiluracilo, bases universales, bases hidrófobas, bases promiscuas, bases de tamaño expandido y bases fluoradas. Nucleobases modificadas adicionales incluyen pirimidinas tricíclicas, como 1,3-diazafenoxazina-2-ona, 1,3-diazafenotiazina-2-ona y 9-(2-aminoetoxi)-1,3-diazafenoxazina-2-ona (abrazadera G). Las nucleobases modificadas también pueden incluir aquellas en las que la base de purina o pirimidina se reemplaza con otros heterociclos, por ejemplo, 7-desaza-adenina, 7-desazaguanosina, 2-aminopiridina y 2-piridona. Nucleobases adicionales incluyen las divulgadas en Merigan et al., Patente de Estados Unidos 3.687.808, las divulgadas en The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, Edición Internacional, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S., Capítulo 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. y Lebleu, B., Eds., C1-C Press, 1993, 273-288; y las divulgadas en los Capítulos 6 y 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 y 442­ 443.
Las publicaciones que enseñan la preparación de ciertas de las nucleobases modificadas mencionadas anteriormente, así como otras nucleobases modificadas, incluyen, sin limitación, Manoharan et al., US2003/0158403; Manoharan et al., US2003/0175906; Dinh et al., Patente de Estados Unidos 4,845,205; Spielvogel et al., Patente de Estados Unidos 5,130,302; Rogers et al., Patente de Estados Unidos 5,134,066; Bischofberger et al., Patente de Estados Unidos 5,175,273; Urdea et al., Patente de Estados Unidos 5,367,066; Benner et al., Patente de Estados Unidos 5,432,272; Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 5,434,257; Gmeiner et al., Patente de Estados Unidos 5,457,187; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,459,255; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,484,908; Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 5,502,177; Hawkins et al., Patente de Estados Unidos 5,525,711; Haralambidis et al., Patente de Estados Unidos 5,552,540; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,587,469; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,594,121; Switzer et al., Patente de Estados Unidos 5,596,091; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,614,617; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,645,985; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,681,941; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,811,534; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,750,692; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,948,903; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,587,470; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,457,191; Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 5,763,588; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,830,653; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,808,027; Cook et al., 6,166,199; y Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 6,005,096.
B. Ciertos enlaces internucleosídicos modificados
En ciertas realizaciones, los nucleósidos de oligonucleótidos modificados pueden enlazarse entre sí usando cualquier enlace internucleosídico. Las dos clases principales de grupos de enlace internucleosídicos se definen por la presencia o ausencia de un átomo de fósforo. Los enlaces internucleosídicos que contienen fósforo representativos incluyen, pero no se limitan a, fosfatos, que contienen un enlace fosfodiéster ("P=O") (también denominados enlaces no modificados o de origen natural), fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforamidatos y fosforotioatos ("P= S") y fosforoditioatos ("HS-P=S"). Los grupos de enlace internucleosídicos representativos que no contienen fósforo incluyen, pero no se limitan a, metilenmetilimino (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), tiodiéster, tionocarbamato (-O-C(=O)(NH)-S-); siloxano (-O-SiH2-O-); y N,N'-dimetilhidracina (-CH2-N(CH3)-N(CHa)-). Los enlaces internucleosídicos modificados, en comparación con los enlaces fosfato de origen natural, pueden usarse para alterar, típicamente aumentar, la resistencia a las nucleasas del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos que tienen un átomo quiral pueden prepararse como una mezcla racémica o como enantiómeros separados. Los enlaces internucleosídicos quirales representativos incluyen, pero no se limitan a, alquilfosfonatos y fosforotioatos. Los métodos de preparación de enlaces internucleosídicos que contienen fósforo y que no contienen fósforo son bien conocidos por los expertos en la técnica.
Los enlaces internucleosídicos neutros incluyen, sin limitación, fosfotriésteres, metilfosfonatos, MMI (3'-CH2-N(CHa)-O-5'), amida-3 (3'-CH2-C(=O)-N(H)-5'), amida-4 (3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), formacetal (3'-O-CH2-O-5'), metoxipropilo, y tioformacetal (3'-S-CH2-O-5'). Enlaces internucleosídicos neutros adicionales incluyen enlaces no iónicos que comprenden siloxano (dialquilsiloxano), éster de carboxilato, carboxamida, sulfuro, éster de sulfonato y amidas (ver por ejemplo: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi and P.D. Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Capítulos 3 y 4, 40-65). Enlaces internucleosídicos neutros adicionales incluyen enlaces no iónicos que comprenden partes componentes mixtas de N, O, S y CH2.
C. Ciertos Motivos
Los oligonucleótidos modificados en la presente invención comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden un azúcar modificado. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden una nucleobase modificada. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más enlaces internucleosídicos modificados. En tales realizaciones, las fracciones de azúcar modificado, no modificado y modificado de manera diferente, las nucleobases y/o los enlaces internucleosídicos de un oligonucleótido modificado definen un patrón o motivo. En ciertas realizaciones, los patrones de fracciones de azúcar, nucleobases y enlaces internucleosídicos son cada uno independientes de otros. Por tanto, un oligonucleótido modificado puede describirse por su motivo de azúcar, motivo de nucleobase y/o motivo de enlace internucleosídico (como se usa en la presente, motivo de nucleobase describe las modificaciones a las nucleobases independientes de la secuencia de nucleobases).
1. Ciertos motivos de azúcar
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden uno o más tipos de fracciones de azúcar modificado y/o de azúcar no modificado dispuestas a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de azúcar. En ciertos casos, tales motivos de azúcar incluyen, pero no se limitan a, cualquiera de las modificaciones de azúcar analizadas en la presente.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden o consisten en una región que tiene un motivo gapmer, que comprende dos regiones externas o "alas" y una región central o interna o "hueco". Las tres regiones de un motivo gapmer (el ala 5', el hueco y el ala 3') forman una secuencia contigua de nucleósidos en donde por lo menos algunas de las fracciones de azúcar de los nucleósidos de cada una de las alas difieren de por lo menos algunas de las fracciones de azúcar de los nucleósidos del hueco. Específicamente, por lo menos las fracciones de azúcar de los nucleósidos de cada ala que están más cerca del hueco (el nucleósido más 3' del ala 5' y el nucleósido más 5' del ala 3') son fracciones de azúcar modificado y se diferencian de las fracciones de azúcar de los nucleósidos de hueco colindantes, que son fracciones de azúcar no modificado, definiendo así el límite entre las alas y el hueco (es decir, la unión ala/hueco). En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar dentro del hueco son iguales entre sí. En ciertas realizaciones, el hueco incluye uno o más nucleósidos que tienen una fracción de azúcar que difiere de la fracción de azúcar de uno o más nucleósidos del hueco. En ciertas realizaciones, los motivos de azúcar de las dos alas son iguales entre sí (gapmer simétrico). En ciertas realizaciones, el motivo de azúcar del ala 5' difiere del motivo de azúcar del ala 3' (gapmer asimétrico).
En ciertas realizaciones, las alas de un gapmer comprenden de 1 a 5 nucleósidos. En ciertas realizaciones, las alas de un gapmer comprenden de 2 a 5 nucleósidos. En ciertas realizaciones, las alas de un gapmer comprenden de 3 a 5 nucleósidos. En ciertas realizaciones, los nucleósidos de un gapmer son todos nucleósidos modificados.
En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende de 7 a 12 nucleósidos. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende de 7 a 10 nucleósidos. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende de 8 a 10 nucleósidos. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende 10 nucleósidos. En cierta realización, cada nucleósido del hueco de un gapmer es un 2'-desoxinucleósido no modificado.
En ciertas realizaciones, el gapmer es un gapmer desoxi. En tales realizaciones, los nucleósidos en el lado del hueco de cada unión ala/hueco son nucleósidos 2'-desoxi no modificados y los nucleósidos en los lados del ala de cada unión ala/hueco son nucleósidos modificados. En ciertas de tales realizaciones, cada nucleósido del hueco es un nucleósido 2'-desoxi no modificado. En ciertas de tales realizaciones, cada nucleósido de cada ala es un nucleósido modificado.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden o consisten en una región que tiene un motivo de azúcar completamente modificado. En tales realizaciones, cada nucleósido de la región completamente modificada del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado. En ciertas de tales realizaciones, cada nucleósido en el oligonucleótido modificado completo comprende una fracción de azúcar modificado. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden o consisten en una región que tiene un motivo de azúcar completamente modificado, en donde cada nucleósido dentro de la región completamente modificada comprende la misma fracción de azúcar modificado, referida en la presente como motivo de azúcar uniformemente modificado. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido completamente modificado es un oligonucleótido uniformemente modificado. En ciertas realizaciones, cada nucleósido de un oligonucleótido uniformemente modificado comprende la misma modificación 2'. En ciertas realizaciones, cada nucleósido de un oligonucleótido uniformemente modificado comprende un grupo 2'-O-(N-alquilacetamida). En ciertas realizaciones, cada nucleósido de un oligonucleótido uniformemente modificado comprende un grupo 2'-O-(N-metilacetamida). 2. Ciertos motivos de nucleobases
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden nucleobases modificadas y/o no modificadas dispuestas a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón o motivo definido. En ciertas realizaciones, cada nucleobase está modificada. En ciertas realizaciones, ninguna de las nucleobases está modificada. En ciertas realizaciones, cada purina o cada pirimidina está modificada. En ciertas realizaciones, cada adenina está modificada. En ciertas realizaciones, cada guanina está modificada. En ciertas realizaciones, cada timina está modificada. En ciertas realizaciones, cada uracilo está modificado. En ciertas realizaciones, cada citosina está modificada. En ciertas realizaciones, algunas o todas las nucleobases de citosina en un oligonucleótido modificado son 5-metilcitosinas.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden un bloque de nucleobases modificadas. En ciertas de tales realizaciones, el bloque está en el extremo 3' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de los 3 nucleósidos del extremo 3' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está en el extremo 5' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de los 3 nucleósidos del extremo 5' del oligonucleótido.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos que tienen un motivo gapmer comprenden un nucleósido que comprende una nucleobase modificada. En ciertas de tales realizaciones, un nucleósido que comprende una nucleobase modificada está en el hueco central de un oligonucleótido que tiene un motivo gapmer. En ciertas de tales realizaciones, la fracción de azúcar de dicho nucleósido es una fracción 2'-desoxirribosilo. En ciertas realizaciones, la nucleobase modificada se selecciona de: una 2-tiopirimidina y una 5-propinepirimidina.
3. Ciertos motivos de enlace internucleosídico
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden enlaces internucleosídicos modificados y/o no modificados dispuestos a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón o motivo definido. En ciertas realizaciones, esencialmente cada grupo de enlace internucleosídico es un enlace internucleosídico de fosfato (P=O). En ciertas realizaciones, cada grupo de enlace internucleosídico de un oligonucleótido modificado es un fosforotioato (P=S). En ciertas realizaciones, cada grupo de enlace internucleosídico de un oligonucleótido modificado se selecciona independientemente de un enlace internucleosídico de fosforotioato y fosfato. En ciertas realizaciones, el motivo de azúcar de un oligonucleótido modificado es un gapmer y todos los enlaces internucleosídicos dentro del hueco están modificados. En ciertas de tales realizaciones, algunos o todos los enlaces internucleosídicos en las alas son enlaces de fosfato no modificados. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos terminales están modificados.
D. Ciertas longitudes
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos (incluyendo los oligonucleótidos modificados) pueden tener cualquiera de una variedad de intervalos de longitudes. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos consisten en de X a Y nucleósidos enlazados, donde X representa el menor número de nucleósidos en el intervalo e Y representa el mayor número de nucleósidos en el intervalo. En la invención, X e Y se seleccionan cada uno independientemente de 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 y 25; ciertas de tales realizaciones, X e Y se seleccionan cada uno independientemente de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 y 50; siempre que X<Y. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos constan de 12 a 13, 12 a 14, 12 a 15, 12 a 16, 12 a 17, 12 a 18, 12 a 19, 12 a 20, 12 a 21, 12 a 22, 12 a 23, 12 a 24, 12 a 25, 12 a 26, 12 a 27, 12 a 28, 12 a 29, 12 a 30, 13 a 14, siempre que X<Y. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos consisten en de 14 a 15, de 14 a 16, de 14 a 17, de 14 a 18, de 14 a 19, de 14 a 20, de 14 a 21, de 14 a 22, de 14 a 23, de 14 a 24, de 14 a 25, de 15 a 16, de 15 a 17, de 15 a 18, de 15 a 19, de 15 a 20, de 15 a 21, de 15 a 22, de 15 a 23, de 15 a 24, de 15 a 25, de 16 a 17, de 16 a 18, de 16 a 19, de 16 a 20, de 16 a 21, de 16 a 22, de 16 a 23, de 16 a 24, de 16 a 25, de 17 a 18, de 17 a 19, de 17 a 20, de 17 a 21, de 17 a 22, de 17 a 23, de 17 a 24, de 17 a 25, de 18 a 19, de 18 a 20, de 18 a 21, de 18 a 22, de 18 a 23, de 18 a 24, de 18 a 25, de 19 a 20, de 19 a 21, de 19 a 22, de 19 a 23, de 19 a 24, de 19 a 25, de 20 a 21, de 20 a 22, de 20 a 23, de 20 a 24, de 20 a 25, de 21 a 22, de 21 a 23, de 21 a 24, de 21 a 25, de 22 a 23, de 22 a 24, de 22 a 25, de 23 a 24, de 23 a 25, o de 24 a 25 nucleósidos enlazados.
E. Ciertos oligonucleótidos modificados
En ciertas realizaciones, las modificaciones anteriores (azúcar, nucleobase, enlace internucleosídico) se incorporan en un oligonucleótido modificado. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados se caracterizan por sus motivos de modificación y longitudes totales. En ciertas realizaciones, tales parámetros son independientes entre sí. Por tanto, a menos que se indique lo contrario, cada enlace internucleosídico de un oligonucleótido que tiene un motivo de azúcar gapmer puede estar modificado o no modificado y puede seguir o no el patrón de modificación gapmer de las modificaciones de azúcar. Por ejemplo, los enlaces internucleosídicos dentro de las regiones del ala de un gapmer de azúcar pueden ser iguales o diferentes entre sí y pueden ser iguales o diferentes de los enlaces internucleosídicos de la región de hueco del motivo del azúcar. De igual manera, tales oligonucleótidos gapmer de azúcar pueden comprender una o más nucleobases modificadas independientemente del patrón gapmer de las modificaciones de azúcar. Además, en ciertos casos, un oligonucleótido se describe por una longitud o intervalo total y por longitudes o intervalos de longitud de dos o más regiones (por ejemplo, regiones de nucleósidos que tienen modificaciones de azúcar especificadas), en tales circunstancias puede ser posible seleccionar números para cada intervalo que den como resultado un oligonucleótido que tiene una longitud total que caiga fuera del intervalo especificado. En tales circunstancias, ambos elementos deben ser satisfechos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un oligonucleótido modificado consiste en 15 a 20 nucleósidos enlazados y tiene un motivo de azúcar que consiste en tres regiones, A, B y C, en donde la región A consiste en 2 a 6 nucleósidos enlazados que tienen un motivo de azúcar específico, la región B consiste en de 6 a 10 nucleósidos enlazados que tienen un motivo de azúcar específico, y la región C consiste en de 2 a 6 nucleósidos enlazados que tienen un motivo de azúcar específico. Tales realizaciones no incluyen oligonucleótidos modificados en los que A y C consisten cada uno en 6 nucleósidos enlazados y B consiste en 10 nucleósidos enlazados (aunque esos números de nucleósidos están permitidos dentro de los requisitos para A, B y C) porque la longitud total de tal oligonucleótido es 22, que excede el límite superior de la longitud total del oligonucleótido modificado (20). En la presente, si una descripción de un oligonucleótido no dice nada con respecto a uno o más parámetros, dicho parámetro no está limitado. Por tanto, un oligonucleótido modificado descrito solo como que tiene un motivo de azúcar gapmer sin descripción adicional puede tener cualquier longitud, motivo de enlace internucleosídico y motivo de nucleobase. A menos que se indique lo contrario, todas las modificaciones son independientes de la secuencia de nucleobases.
F. Secuencia de nucleobases
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos (oligonucleótidos no modificados o modificados) se describen además por su secuencia de nucleobases. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos tienen una secuencia de nucleobases que es complementaria a un segundo oligonucleótido o un ácido nucleico de referencia identificado, como un transcrito precursor objetivo. En ciertas de tales realizaciones, una región de un oligonucleótido tiene una secuencia de nucleobases que es complementaria a un segundo oligonucleótido o un ácido nucleico de referencia identificado, como un transcrito precursor objetivo. En ciertas realizaciones, la secuencia de nucleobases de una región o la longitud total de un oligonucleótido es por lo menos un 50%, por lo menos un 60%, por lo menos un 70%, por lo menos un 80%, por lo menos un 90%, por lo menos un 95% o un 100% complementaria al segundo oligonucleótido o ácido nucleico, como un transcrito precursor objetivo.
II. Ciertos compuestos oligoméricos
En ciertas realizaciones, la invención proporciona compuestos oligoméricos que consisten en un oligonucleótido (modificado o no modificado) y opcionalmente uno o más grupos conjugados y/o grupos terminales. Los grupos conjugados consisten en una o más fracciones conjugadas y un conector conjugado que enlaza la fracción conjugada al oligonucleótido. Los grupos conjugados pueden unirse a uno o ambos extremos de un oligonucleótido y/o en cualquier posición interna. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen a la posición 2' de un nucleósido de un oligonucleótido modificado. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados que están unidos a uno o ambos extremos de un oligonucleótido son grupos terminales. En ciertas de tales realizaciones, los grupos conjugados o los grupos terminales se unen en el extremo 3' y/o 5' de los oligonucleótidos. En ciertas de tales realizaciones, Los grupos conjugados (o grupos terminales) se unen en el extremo 3' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen cerca del extremo 3' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados (o grupos terminales) se unen al extremo 5' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen cerca del extremo 5' de los oligonucleótidos.
Los ejemplos de grupos terminales incluyen, pero no se limitan a, grupos conjugados, grupos de protección, fracciones de fosfato, grupos protectores, nucleósidos abásicos, nucleósidos modificados o no modificados y dos o más nucleósidos que están independientemente modificados o no modificados.
A. Ciertos grupos conjugados
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos se unen covalentemente a uno o más grupos conjugados. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del oligonucleótido unido, incluyendo pero no limitado a, la farmacodinámica, la farmacocinética, la estabilidad, la unión, la absorción, la distribución tisular, la distribución celular, la captación celular, la carga y la depuración. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados imparten una nueva propiedad al oligonucleótido unido, por ejemplo, fluoróforos o grupos informadores que permiten la detección del oligonucleótido. Ciertos grupos conjugados y fracciones conjugadas se han descrito con anterioridad, por ejemplo: fracción de colesterol (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553­ 6556), ácido cólico (Manoharan et al., Bioorg Med. Chem. Lett.,1994, 4, 1053-1060), un tioéter, por ejemplo, hexil-S-tritiltiol (Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770), un tiocolesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), una cadena alifática, por ejemplo, residuos de do-decan-diol o undecilo (Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49- 54), un fosfolípido, por ejemplo, di-hexadecil-rac-glicerol o trietil-amonio 1,2-di-O-hexadecil-rac-glicero-3-H-fosfonato (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654, Shea et al.,Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), una poliamina o una cadena de polietilenglicol (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), o ácido acético de adamantano, una fracción de palmitilo (Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), una fracción de octadecilamina o hexilamino-carbonil-oxicolesterol (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937), un grupo tocoferol (Nishina et al., Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220; y Nishina et al., Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740), o un grupo GalNAc (por ejemplo, WO2014/179620).
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados pueden seleccionarse de cualquiera de alquilo C22, alquilo
C20, alquilo C16, alquilo C10, alquilo C21, alquilo C19, alquilo C18, alquilo C15, alquilo C14, alquilo C13, alquilo C12, alquilo C11, alquilo C9 alquilo, alquilo C8, alquilo C7, alquilo C6, alquilo C5, alquenilo C22, alquenilo C20, alquenilo C16, alquenilo C10, alquenilo C21, alquenilo C19, alquenilo C18, alquenilo C15, alquenilo C14, alquenilo
C13, alquenilo C12, alquenilo C11, alquenilo C9, alquenilo C8, alquenilo C7, alquenilo C6 o alquenilo C5.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados pueden seleccionarse de cualquiera de alquilo C22, alquilo
C20, alquilo C16, alquilo C10, alquilo C21, alquilo C19, alquilo C18, alquilo C15, alquilo C14, alquilo C13, alquilo C12, alquilo C11, alquilo C9, alquilo C8, alquilo C7, alquilo C6 y alquilo C5, donde la cadena de alquilo tiene uno o
más enlaces insaturados.
1. Fracciones conjugadas
Las fracciones conjugadas incluyen, sin limitación, intercaladores, moléculas informadoras, poliaminas, poliamidas, péptidos, carbohidratos (por ejemplo, GalNAc), fracciones de vitaminas, polietilenglicoles, tioéteres, poliéteres, colesteroles, tiocolesteroles, fracciones de ácido cólico, folato, lípidos, grupos lipófilos, fosfolípidos, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano, acridina, fluoresceínas, rodaminas, cumarinas, fluoróforos
y colorantes.
En ciertas realizaciones, una fracción conjugada comprende una sustancia farmacéutica activa, por ejemplo, aspirina, warfarina, fenilbutazona, ibuprofeno, suprofeno, fen-bufeno, ketoprofeno, (S)-(+)-pranoprofeno, carprofeno, dansilsarcosina, ácido 2,3,5-triyodobenzoico, fingolimod, ácido flufenámico, ácido folínico, una benzotiadiazida, clorotiazida, una diazepina, indometicina, un barbitúrico, una cefalosporina, un fármaco de sulfonamida, un antidiabético, un antibacteriano o unantibiótico.
2. Conectores conjugados
Las fracciones conjugadas se unen a los oligonucleótidos a través de conectores conjugados. En ciertos compuestos oligoméricos, el conector conjugado es un enlace químico simple (es decir, la fracción conjugada se une directamente a un oligonucleótido a través de un enlace simple). En ciertos compuestos oligoméricos, una fracción conjugada se une a un oligonucleótido a través de un conector conjugado más complejo que comprende una o más fracciones de conectores conjugados, que son subunidades que componen un conector conjugado. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende una estructura de cadena, como una cadena de hidrocarbilo, o un oligómero de unidades repetitivas, como unidades de etilenglicol, nucleósidos o aminoácidos.
En ciertas realizaciones, un conector conjugado comprende uno o más grupos seleccionados de alquilo, amino, oxo, amida, disulfuro, polietilenglicol, éter, tioéter e hidroxilamino. En ciertas de tales realizaciones, el conector conjugado comprende grupos seleccionados de grupos alquilo, amino, oxo, amida y éter. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende grupos seleccionados de grupos alquilo y amida. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende grupos seleccionados de grupos alquilo y éter. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende por lo menos una fracción de fósforo. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende por lo menos un grupo fosfato. En ciertas realizaciones, el conector conjugado
incluye por lo menos un grupo de enlace neutro.
En ciertas realizaciones, los conectores conjugados, incluyendo los conectores conjugados descritos anteriormente, son fracciones de enlace bifuncionales, por ejemplo, aquellos que se sabe en la técnica que son
útiles para unir grupos conjugados a compuestos originales, como los oligonucleótidos proporcionados en la presente. En general, una fracción de enlace bifuncional comprende por lo menos dos grupos funcionales. Uno de
los grupos funcionales se selecciona para unirse a un sitio particular en un compuesto original y el otro se selecciona
para unirse a un grupo conjugado. Los ejemplos de grupos funcionales usados en una fracción de enlace bifuncional incluyen, pero no se limitan a, electrófilos para reaccionar con grupos nucleófilos y nucleófilos para reaccionar con
grupos electrofílicos. En ciertas realizaciones, las fracciones de enlace bifuncionales comprenden uno o más grupos seleccionados de amino, hidroxilo, ácido carboxílico, tiol, alquilo, alquenilo, y alquinilo.
Los ejemplos de conectores conjugados incluyen, pero no se limitan a, pirrolidina, ácido 8-amino-3,6-dioxaoctanoico (ADO), 4-(N-maleimidometil) ciclohexano-1-carboxilato de succinimidilo (SMCC) y ácido 6-aminohexanoico (AHEX o AHA). Otros conectores conjugados incluyen, pero no se limitan a, alquilo C1-C10 sustituido o no sustituido, alquenilo C2-C10 sustituido o no sustituido o alquinilo C2-C10 sustituido o no sustitudo, en
donde una lista no limitativa de grupos sustituyentes preferidos incluye hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro, tiol, tioalcoxi, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.
En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden 1-10 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, tales conectores-nucleósidos son nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, tales conectoresnucleósidos comprenden una fracción de azúcar modificado. En ciertas realizaciones, los conectores-nucleósidos no
están modificados. En ciertas realizaciones, los conectores-nucleósidos comprenden una base heterocíclica opcionalmente protegida seleccionada de una purina, purina sustituida, pirimidina o pirimidina sustituida. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un nucleósido seleccionado de uracilo, timina, citosina, 4-N-benzoilcitosina, 5-metilcitosina, 4-N-benzoil-5-metilcitosina, adenina, 6-N-benzoiladenina, guanina y 2-N-isobutirilguanina. Típicamente, es deseable que los conectores-nucleósidos se escindan del compuesto oligomérico después de que alcance un tejido objetivo. Por consiguiente, los conectores-nucleósidos se enlazan típicamente entre sí y con el resto del compuesto oligomérico a través de enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, tales enlaces escindibles son enlaces fosfodiéster.
En la presente, los conectores-nucleósidos no se consideran parte del oligonucleótido. Por consiguiente, en las realizaciones en las que un compuesto oligomérico comprende un oligonucleótido que consiste en un número o intervalo especificado de nucleósidos enlazados y/o un porcentaje especificado de complementariedad con un ácido nucleico de referencia y el compuesto oligomérico también comprende un grupo conjugado que comprende un conector conjugado que comprende conectores-nucleósidos, esos conectores-nucleósidos no se cuentan en la longitud del oligonucleótido y no se usan para determinar el porcentaje de complementariedad del oligonucleótido para el ácido nucleico de referencia. Por ejemplo, un compuesto oligomérico puede comprender (1) un oligonucleótido modificado que consiste en 8-30 nucleósidos y (2) un grupo conjugado que comprende 1-10 conectores-nucleósidos que son contiguos a los nucleósidos del oligonucleótido modificado. El número total de nucleósidos enlazados contiguos en dicho compuesto oligomérico es superior a 30. Alternativamente, un compuesto oligomérico puede comprender un oligonucleótido modificado que consiste en 8-30 nucleósidos y ningún grupo conjugado. El número total de nucleósidos enlazados contiguos en uno de tales compuestos oligoméricos no es de más de 30. A menos que se indique lo contrario, los conectores conjugados comprenden no más de 10 conectoresnucleósidos. En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden no más de 5 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden no más de 3 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, Los conectores conjugados comprenden no más de 2 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden no más de 1 conector-nucleósido.
En ciertas realizaciones, es deseable que un grupo conjugado se escinda del oligonucleótido. Por ejemplo, en ciertas circunstancias, los compuestos oligoméricos que comprenden una fracción conjugada particular son absorbidos mejor por un tipo de célula particular, pero una vez que el compuesto oligomérico ha sido absorbido, es deseable que el grupo conjugado se escinda para liberar el oligonucleótido original o no conjugado. Por tanto, ciertos conectores conjugados pueden comprender una o más fracciones escindibles. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un enlace escindible. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un grupo de átomos que comprende por lo menos un enlace escindible. En ciertas realizaciones, una fracción escindible comprende un grupo de átomos que tienen uno, dos, tres, cuatro o más de cuatro enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, una fracción escindible se escinde selectivamente dentro de una célula o compartimento subcelular, como un lisosoma. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es escindido selectivamente por enzimas endógenas, como nucleasas.
En ciertas realizaciones, un enlace escindible se selecciona entre: una amida, un éster, un éter, uno o ambos ésteres de un fosfodiéster, un éster de fosfato, un carbamato o un disulfuro. En ciertas realizaciones, un enlace escindible es uno o ambos de los ésteres de un fosfodiéster. En ciertas realizaciones, una fracción escindible comprende un fosfato o fosfodiéster. En ciertas realizaciones, la fracción escindible es un enlace de fosfato entre un oligonucleótido y una fracción conjugada o grupo conjugado.
En ciertas realizaciones, una fracción escindible comprende o consiste en uno o más conectoresnucleósidos. En ciertas de tales realizaciones, el uno o más conectores-nucleósidos están enlazados entre sí y/o al resto del compuesto oligomérico a través de enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, dichos enlaces escindibles son enlaces fosfodiéster no modificados. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un nucleósido 2'-desoxi que se une al nucleósido 3' o 5'-terminal de un oligonucleótido mediante un enlace internucleosídico de fosfato y se une covalentemente al resto del conector conjugado o fracción conjugada mediante un enlace de fosfato o fosforotioato. En ciertas de tales realizaciones, la fracción escindible es 2'-desoxiadenosina.
3. Ciertas fracciones conjugadas de direccionamiento celular
En ciertas realizaciones, un grupo conjugado comprende una fracción conjugada de direccionamiento celular. En ciertas realizaciones, un grupo conjugado tiene la fórmula general:
[Ligando-Anclaje] -[Grupo de ramificación] -[Fracción Conectara] -[Fracción Conectara]
Figure imgf000030_0001
^Conjugada Conj. Escindible
J
Fracción cvonjugada V
de direccionamiento celular Conector conjugado
en donde n es de 1 a aproximadamente 3, m es 0 cuando n es 1, m es 1 cuando n es 2 o más, j es 1 o 0 y k es 1 o 0.
En ciertas realizaciones, n es 1, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 1, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 1, j es 1 y k es 1. En ciertas realizaciones, realizaciones, n es 2, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 2, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 2, j es 1 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 1 y k es 1.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden fracciones de direccionamiento celular que tienen por lo menos un ligando anclado. En ciertas realizaciones, las fracciones de direccionamiento celular comprenden dos ligandos anclados unidos covalentemente a un grupo de ramificación. En ciertas realizaciones, las fracciones de direccionamiento celular comprenden tres ligandos anclados unidos covalentemente a un grupo de ramificación.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:
Figure imgf000031_0001
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:
Figure imgf000031_0002
en donde n es un número entero seleccionado entre 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7. En ciertas realizaciones, n es 1. En ciertas realizaciones, n es 2. En ciertas realizaciones, n es 3. En ciertas realizaciones, n es 4. En ciertas realizaciones, n es 5.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:
Figure imgf000031_0003
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:
Figure imgf000031_0004
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:
Figure imgf000032_0001
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:
Figure imgf000032_0002
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:
Figure imgf000032_0003
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden un grupo conjugado descrito en la presente como "LICA-1". LICA-1 tiene la fórmula:
Figure imgf000033_0001
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos que comprenden LICA-1 tienen la fórmula:
Oligo
Figure imgf000033_0002
Fracción de conjugado de direccionamiento celular
en donde oligo es un oligonucleótido.
Las Patentes de Estados Unidos, publicaciones de solicitudes de patentes de Estados Unidos, publicaciones de solicitudes de patentes internacionales y otras publicaciones representativas que enseñan la preparación de algunos de los grupos conjugados indicados anteriormente, compuestos oligoméricos que comprenden grupos conjugados, anclajes, conectores conjugados, grupos de ramificación, ligandos, fracciones escindibles así como otras modificaciones incluyen, sin limitación, US 5,994,517, US 6,300,319, US 6,660,720, US 6,906,182, US 7,262,177, US 7,491,805, US 8,106,022, US 7,723,509, US 2006/0148740, US 2011/0123520, WO 2013/033230 y WO 2012/037254, Biessen et al., J. Med. Chem. 1995, 38, 1846-1852, Lee et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry 2011,19, 2494-2500, Rensen et al., J. Biol. Chem. 2001, 276, 37577-37584, Rensen et al., J. Med. Chem. 2004, 47, 5798-5808, Sliedregt et al., J. Med. Chem. 1999, 42, 609-618, and Valentijn et al., Tetrahedron, 1997, 53, 759-770.
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden oligonucleótidos modificados que comprenden un motivo de azúcar completamente modificado y un grupo conjugado que comprende por lo menos uno, dos o tres ligandos de GalNAc. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido y los compuestos oligoméricos comprenden un grupo conjugado encontrado en cualquiera de las siguientes referencias: Lee, Carbohydr Res, 1978, 67, 509-514; Connolly et al., J Biol Chem, 1982, 257, 939-945; Pavia et al., Int J Pep Protein Res, 1983, 22, 539-548; Lee et al., Biochem, 1984, 23, 4255-4261; Lee et al., Glycoconjugate J, 1987, 4, 317-328; Toyokuni et al., Tetrahedron Lett, 1990, 31, 2673-2676; Biessen et al., J Med Chem, 1995, 38, 1538-1546; Valentijn et al., Tetrahedron, 1997, 53, 759-770; Kim et al., Tetrahedron Lett, 1997, 38, 3487-3490; Lee et al., Bioconjug Chem, 1997, 8, 762-765; Kato et al., Glycobiol, 2001, 11, 821-829; Rensen et al., J Biol Chem, 2001, 276, 37577­ 37584; Lee et al., Methods Enzymol, 2003, 362, 38-43; Westerlind et al., Glycoconj J, 2004, 21, 227-241; Lee et al., Bioorg Med Chem Lett, 2006, 16(19), 5132-5135; Maierhofer et al., Bioorg Med Chem, 2007, 15, 7661-7676; Khorev et al., Bioorg Med Chem, 2008, 16, 5216-5231; Lee et al., Bioorg Med Chem, 2011, 19, 2494-2500; Kornilova et al., Analyt Biochem, 2012, 425, 43-46; Pujol et al., Angew Chemie Int Ed Engl, 2012, 51, 7445-7448; Biessen et al., J Med Chem, 1995, 38, 1846-1852; Sliedregt et al., J Med Chem, 1999, 42, 609-618; Rensen et al., J Med Chem, 2004, 47, 5798-5808; Rensen et al., Arterioscler Thromb Vasc Biol, 2006, 26, 169-175; van Rossenberg et al., Gene Ther, 2004, 11, 457-464; Sato et al., J Am Chem Soc, 2004, 126, 14013-14022; Lee et al., J Org Chem, 2012, 77, 7564-7571; Biessen et al., FASEB J, 2000, 14, 1784-1792; Rajur et al., Bioconjug Chem, 1997, 8, 935-940; Duff et al., Methods Enzymol, 2000, 313, 297-321; Maier et al., Bioconjug Chem, 2003, 14, 18-29; Jayaprakash et al., Org Lett, 2010, 12, 5410-5413; Manoharan, Antisense Nucleic Acid Drug Dev, 2002, 12, 103-128; Merwin et al., Bioconjug Chem, 1994, 5, 612-620; Tomiya et al., Bioorg Med Chem, 2013, 21, 5275-5281; Solicitudes internacionales WO1998/013381; WO2011/038356; WO1997/046098; WO2008/098788; WO2004/101619; WO2012/037254; WO2011/120053; WO2011/100131; WO2011/163121; WO2012/177947; WO2013/033230; WO2013/075035; WO2012/083185; WO2012/083046; WO2009/082607; WO2009/134487; WO2010/144740; WO2010/148013; WO1997/020563; WO2010/088537; WO2002/043771; WO2010/129709; WO2012/068187; WO2009/126933; WO2004/024757; WO2010/054406; WO2012/089352; WO2012/089602; WO2013/166121; WO2013/165816; Patentes de Estados Unidos 4,751,219; 8,552,163; 6,908,903; 7,262,177; 5,994,517; 6,300,319; 8,106,022; 7,491,805; 7,491,805; 7,582,744; 8,137,695; 6,383,812; 6,525,031; 6,660,720; 7,723,509; 8,541,548; 8,344,125; 8,313,772; 8,349,308; 8,450,467; 8,501,930; 8,158,601; 7,262,177; 6,906,182; 6,620,916; 8,435,491; 8,404,862; 7,851,615; Publicaciones de solicitudes de patente de Estados Unidos publicadas US2011/0097264; US2011/0097265; US2013/0004427; US2005/0164235; US2006/0148740; US2008/0281044; US2010/0240730; US2003/0119724; US2006/0183886; US2008/0206869; US2011/0269814; US2009/0286973; US2011/0207799; US2012/0136042; US2012/0165393; US2008/0281041; US2009/0203135; US2012/0035115; US2012/0095075; US2012/0101148; US2012/0128760; US2012/0157509; US2012/0230938; US2013/0109817; US2013/0121954; US2013/0178512; US2013/0236968; US2011/0123520; US2003/0077829; US2008/0108801; y US2009/0203132.
En ciertas realizaciones, los compuestos de la invención son de cadena sencilla. En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos se emparejan con un segundo oligonucleótido o compuesto oligomérico para formar un dúplex, que es de cadena doble.
III. Ciertos compuestos antisentido
En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona compuestos antisentido, que comprenden o consisten en un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido antisentido, que tiene secuencias de nucleobases complementarias a las de un ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido son de cadena sencilla. Tales compuestos antisentido de cadena sencilla típicamente comprenden o consisten en un compuesto oligomérico que comprende o consiste en un oligonucleótido modificado y opcionalmente un grupo conjugado. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido son de cadena doble. Tales compuestos antisentido de cadena doble comprenden un primer compuesto oligomérico que tiene una región complementaria a un ácido nucleico objetivo y un segundo compuesto oligomérico que tiene una región complementaria al primer compuesto oligomérico. El primer compuesto oligomérico de tales compuestos antisentido de cadena doble típicamente comprende o consiste en un oligonucleótido modificado y, opcionalmente, un grupo conjugado. El oligonucleótido del segundo compuesto oligomérico de dicho compuesto antisentido de cadena doble puede estar modificado o no modificado. Cualquiera o ambos compuestos oligoméricos de un compuesto antisentido de cadena doble pueden comprender un grupo conjugado. Los compuestos oligoméricos de compuestos antisentido de cadena doble pueden incluir nucleósidos salientes no complementarios.
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos de compuestos antisentido son capaces de hibridar con un ácido nucleico objetivo, dando como resultado por lo menos una actividad antisentido. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido afectan selectivamente a uno o más ácidos nucleicos objetivo. Tales compuestos antisentido selectivos comprenden una secuencia de nucleobases que hibrida con uno o más ácidos nucleicos objetivo, lo que da como resultado una o más actividades antisentido deseadas y no hibrida con uno o más ácidos nucleicos no objetivo o no hibrida con uno o más ácidos nucleicos no objetivo de tal manera que da como resultado una actividad antisentido significativa no deseada.
En ciertas realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un ácido nucleico objetivo da como resultado la alteración del procesamiento, por ejemplo, corte y empalme, del transcrito precursor objetivo. En ciertas realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un transcrito precursor objetivo da como resultado la inhibición de una interacción de unión entre el ácido nucleico objetivo y una proteína u otro ácido nucleico. En ciertas de tales realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un transcrito precursor objetivo da como resultado la alteración de la traducción del ácido nucleico objetivo.
Las actividades antisentido pueden observarse directa o indirectamente. En ciertas realizaciones, la observación o detección de una actividad antisentido implica la observación o detección de un cambio en la cantidad de un ácido nucleico objetivo o proteína codificada por dicho ácido nucleico objetivo, un cambio en la proporción de variantes de corte y empalme de un ácido nucleico o proteína, y/o un cambio fenotípico en una célula o animal.
IV. Ciertos ácidos nucleicos objetivo
Los compuestos antisentido pueden comprender o consistir en un oligonucleótido que comprende una región que es complementaria a un ácido nucleico objetivo. El ácido nucleico objetivo puede ser ADN que codifica SMN2, incluyendo la secuencia genómica de SMN2 humana proporcionada en el N° de registro de GENBANK NT_006713.14 truncada de los nucleótidos 19939708_a 19967777, en la presente SEQ ID NO: 240. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo comprende la SEQ ID NO: 10. Los nucleótidos 1-60 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 6 del pre-ARNm de SMN2, los nucleótidos 61-114 de la SEQ ID NO: 10 representan el exón 7 del pre-ARNm de SM2, y los nucleótidos 115-174 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 7 del pre-ARNm de SMN2. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo comprende ISS-N1 que comprende la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 11.
A. Complementariedad/malapareamientos con el ácido nucleico objetivo
En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido y/o los compuestos oligoméricos comprenden oligonucleótidos antisentido que son complementarios al ácido nucleico objetivo en toda la longitud del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 99% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 95% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 90% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 85% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 80% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos antisentido son por lo menos un 80% complementarios con el ácido nucleico objetivo en toda la longitud del oligonucleótido y comprenden una región que es un 100% o totalmente complementaria con un ácido nucleico objetivo. En ciertas de tales realizaciones, la región de complementariedad total tiene una longitud de 6 a 20 nucleobases. En ciertas de tales realizaciones, la región de complementariedad total tiene una longitud de 10 a 18 nucleobases. En ciertas de tales realizaciones, la región de complementariedad total tiene una longitud de 18 a 20 nucleobases.
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos y/o los compuestos antisentido comprenden una o más nucleobases malapareadas con respecto al ácido nucleico objetivo. En ciertas de tales realizaciones, la actividad antisentido contra el objetivo se reduce por tal malapareamiento, pero la actividad contra un no objetivo se reduce en una cantidad mayor. Por tanto, en ciertas de tales realizaciones, se mejora la selectividad del compuesto antisentido. En ciertas realizaciones, el malapareamiento se posiciona específicamente dentro de un oligonucleótido que tiene un motivo gapmer. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 1,2, 3, 4, 5, 6, 7 u 8 desde el extremo 5' de la región de hueco. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 desde el extremo 3' de la región de hueco. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 1, 2, 3 o 4 desde el extremo 5' de la región del ala. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 4, 3, 2, o 1 desde el extremo 3' de la región del ala.
B. Modulación del procesamiento de ciertos ácidos nucleicos objetivo
Los compuestos oligoméricos de la invención comprenden o consisten en un oligonucleótido modificado que es complementario a un transcrito precursor objetivo que es un pre-ARNm objetivo. En ciertas realizaciones, poner en contacto una célula con un compuesto complementario a un transcrito precursor objetivo modula el procesamiento del transcrito precursor objetivo. En ciertas de tales realizaciones, el transcrito procesado objetivo resultante tiene una secuencia de nucleobases diferente de la del transcrito procesado objetivo que se produce en ausencia del compuesto. En ciertas realizaciones, el transcrito precursor objetivo es un pre-ARNm objetivo y el contacto de una célula con un compuesto complementario al pre-ARNm objetivo modula el corte y empalme del pre-ARNm objetivo. En ciertas de tales realizaciones, el ARNm objetivo resultante tiene una secuencia de nucleobases diferente que la del ARNm objetivo que se produce en ausencia del compuesto. En ciertas de tales realizaciones, se excluye un exón del ARNm objetivo. En ciertas realizaciones, se incluye un exón en el ARNm objetivo. En ciertas realizaciones, la exclusión o inclusión de un exón induce o previene la descomposición mediada por no sentido del ARNm objetivo, elimina o añade un codón de terminación prematura del ARNm objetivo y/o cambia el marco de lectura del ARNm objetivo.
C. Ciertas enfermedades y afecciones asociadas con ciertos ácidos nucleicos objetivo
En ciertas realizaciones, un transcrito precursor objetivo está asociado con una enfermedad o afección. En ciertas de tales realizaciones, se usa un compuesto oligomérico que comprende o consiste en un oligonucleótido modificado que es complementario al transcrito precursor objetivo para tratar la enfermedad o afección. En ciertas de tales realizaciones, el compuesto modula el procesamiento del transcrito precursor objetivo para producir un transcrito procesado objetivo beneficioso. En ciertas de tales realizaciones, la enfermedad o afección está asociada con un procesamiento aberrante de un transcrito precursor. En ciertas de tales realizaciones, la enfermedad o condición está asociada con el corte y empalme aberrante de un pre-ARNm.
V. Ciertas composiciones farmacéuticas
En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más compuestos antisentido o una sal del mismo. En ciertas de tales realizaciones, la composición farmacéutica comprende un diluyente o portador farmacéuticamente aceptable adecuado. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, tal composición farmacéutica consiste en una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es una solución salina de calidad farmacéutica. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste en un compuesto antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, el agua estéril es agua de calidad farmacéutica. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y solución salina tamponada con fosfato (PBS). En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste en uno o más compuestos antisentido y PBS estéril. En ciertas realizaciones, la PBS estéril es PBS de calidad farmacéutica.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden uno o más compuestos antisentido y uno o más excipientes. En ciertas de tales realizaciones, los excipientes se seleccionan de agua, soluciones salinas, alcohol, polietilenglicoles, gelatina, lactosa, amilasa, estearato de magnesio, talco, ácido silícico, parafina viscosa, hidroximetilcelulosa y polivinilpirrolidona.
En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido pueden mezclarse con sustancias activas y/o inertes farmacéuticamente aceptables para la preparación de composiciones o formulaciones farmacéuticas. Las composiciones y los métodos para la formulación de composiciones farmacéuticas dependen de una serie de criterios que incluyen, pero no se limitan a, la vía de administración, la extensión de la enfermedad o la dosis a administrar.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden un compuesto oligomérico y/o un compuesto antisentido abarcan cualquier sal farmacéuticamente aceptable del compuesto antisentido, ésteres del compuesto antisentido o sales de tales ésteres. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos antisentido y/o compuestos oligoméricos que comprenden uno o más oligonucleótidos antisentido, tras la administración a un animal, incluyendo un humano, son capaces de proporcionar (directa o indirectamente) el metabolito biológicamente activo o residuo del mismo. Por consiguiente, por ejemplo, la divulgación también se refiere a sales farmacéuticamente aceptables de compuestos antisentido, profármacos, sales farmacéuticamente aceptables de tales profármacos y otros bioequivalentes. Las sales farmacéuticamente aceptables adecuadas incluyen, pero no se limitan a, sales de sodio y potasio. En ciertas realizaciones, los profármacos comprenden uno o más grupos conjugados unidos a un oligonucleótido, en donde el grupo conjugado se escinde mediante nucleasas endógenas dentro del cuerpo.
Se han usado fracciones lipídicas en terapias con ácidos nucleicos en una variedad de métodos. En algunos de tales métodos, el ácido nucleico, como un compuesto antisentido, se introduce en liposomas o lipoplejos preformados hechos de mezclas de lípidos catiónicos y lípidos neutros. En ciertos métodos, los complejos de ADN con lípidos mono- o policatiónicos se forman sin la presencia de un lípido neutro. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico a una célula o tejido particular. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico al tejido adiposo. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico al tejido muscular.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden un sistema de administración. Los ejemplos de sistemas de administración incluyen, pero no se limitan a, liposomas y emulsiones. Ciertos sistemas de administración son útiles para preparar ciertas composiciones farmacéuticas, incluyendo las que comprenden compuestos hidrófobos. En ciertas realizaciones, se usan ciertos solventes orgánicos como dimetilsulfóxido.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden una o más moléculas de administración específicas de tejido diseñadas para administrar el uno o más agentes farmacéuticos de la presente invención a tejidos o tipos de células específicos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas incluyen liposomas recubiertos con un anticuerpo específico de tejido.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden un sistema cosolvente. Algunos de tales sistemas cosolventes comprenden, por ejemplo, alcohol bencílico, un surfactante no polar, un polímero orgánico miscible en agua y una fase acuosa. En ciertas realizaciones, tales sistemas cosolventes se usan para compuestos hidrófobos. Un ejemplo no limitativo de dicho sistema cosolvente es el sistema cosolvente VPD, que es una solución de etanol absoluto que comprende un 3% p/v de alcohol bencílico, un 8% p/v del surfactante no polar Polysorbate 80™ y un 65% p/v de polietilenglicol 300. Las proporciones de tales sistemas cosolventes pueden variar considerablemente sin alterar significativamente sus características de solubilidad y toxicidad. Además, la identidad de los componentes del cosolvente puede variar: por ejemplo, pueden usarse otros surfactantes en lugar de Polysorbate 80™; el tamaño de la fracción de polietilenglicol puede variar; otros polímeros biocompatibles pueden reemplazar al polietilenglicol, por ejemplo, polivinilpirrolidona; y otros azúcares o polisacáridos pueden sustituir a la dextrosa.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración oral. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración bucal. En ciertas realizaciones, se prepara una composición farmacéutica para administración mediante inyección (por ejemplo, intravenosa, subcutánea, intramuscular, etc.). En ciertas de tales realizaciones, una composición farmacéutica comprende un portador y se formula en una solución acuosa, como agua o tampones fisiológicamente compatibles, como la solución de Hanks, la solución de Ringer o tampón de solución salina fisiológica. En ciertas realizaciones, se incluyen otros ingredientes (por ejemplo, ingredientes que ayudan en la solubilidad o sirven como conservantes). En ciertas realizaciones, las suspensiones inyectables se preparan usando portadores líquidos apropiados, agentes de suspensión y similares. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección se presentan en forma de dosificación unitaria, por ejemplo, en ampollas o en recipientes multidosis. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección son suspensiones, soluciones o emulsiones en vehículos oleosos o acuosos, y pueden contener agentes de formulación como agentes de suspensión, estabilización y/o dispersión. Ciertos solventes adecuados para su uso en composiciones farmacéuticas para inyección incluyen, pero no se limitan a, solventes lipófilos y aceites grasos, como aceite de sésamo, ésteres de ácidos grasos sintéticos, como oleato de etilo o triglicéridos, y liposomas. Las suspensiones acuosas para inyección pueden contener.
Divulgación no limitativa
Aunque ciertos compuestos, composiciones y métodos descritos en la presente se han descrito con especificidad de acuerdo con ciertas realizaciones, los siguientes ejemplos sirven solo para ilustrar los compuestos descritos en la presente y no se pretende que los limiten.
Aunque el listado de secuencias que acompaña a esta presentación identifica cada secuencia o como "ARN" o como "ADN", según se requiera, en realidad, esas secuencias pueden modificarse con cualquier combinación de modificaciones químicas. Un experto en la técnica apreciará fácilmente que dicha designación como "ARN" o "ADN" para describir oligonucleótidos modificados es, en ciertos casos, arbitraria. Por ejemplo, un oligonucleótido que comprende un nucleósido que comprende una fracción de azúcar 2'-OH y una base de timina podría describirse como un ADN que tiene un azúcar modificado (2'-OH en lugar de un 2'-H de ADN) o como un ARN que tiene una base modificada (timina (uracilo metilado) en lugar de un uracilo de ARN). Por consiguiente, se pretende que las secuencias de ácidos nucleicos proporcionadas en la presente que incluyen, pero no se limitan a, las que se encuentran en el listado de secuencias, abarquen ácidos nucleicos que contienen cualquier combinación de ARN y/o ADN natural o modificado, incluyendo pero no limitados a, dichos ácidos nucleicos que tienen nucleobases modificadas. A modo de ejemplo adicional y sin limitación, un compuesto oligomérico que tiene la secuencia de nucleobases "ATCGATCG" abarca cualquier compuesto oligomérico que tenga dicha secuencia de nucleobases, ya esté modificado o no modificado, incluyendo pero no limitados a, compuestos que comprenden bases de ARN, como los que tienen la secuencia "AUCGAUCG" y aquellos que tienen algunas bases de ADN y algunas bases de ARN como "AUCGATCG" y compuestos oligoméricos que tienen otras nucleobases modificadas, como "ATmCGAUCG", en donde mC indica una base de citosina que comprende un grupo metilo en la posición 5.
Ciertos compuestos descritos en la presente (por ejemplo, oligonucleótidos modificados) tienen uno o más centros asimétricos y, por lo tanto, dan lugar a enantiómeros, diastereómeros y otras configuraciones estereoisoméricas que pueden definirse, en términos de estereoquímica absoluta, como (R) o (S), como a o p, como para los anómeros de azúcar, o como (D) o (L), como para los aminoácidos, etc. En los compuestos proporcionados en la presente se incluyen todos los posibles isómeros, incluyendo sus formas racémicas y ópticamente puras, a menos que se especifique lo contrario. De igual manera, también se incluyen todos los isómeros cis y trans y las formas tautoméricas a menos que se indique lo contrario. Los compuestos oligoméricos descritos en la presente incluyen mezclas quiralmente puras o enriquecidas, así como mezclas racémicas. Por ejemplo, los compuestos oligoméricos que tienen una pluralidad de enlaces internucleosídicos de fosforotioato incluyen tales compuestos en los que la quiralidad de los enlaces internucleosídicos de fosforotioato está controlada o es aleatoria.
A menos que se indique lo contrario, cualquier compuesto, incluyendo los compuestos oligoméricos, descrito en la presente incluye una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.
Los compuestos descritos en la presente incluyen variaciones en las que uno o más átomos se reemplazan con un isótopo no radiactivo o un isótopo radiactivo del elemento indicado. Por ejemplo, los compuestos de la presente que comprenden átomos de hidrógeno abarcan todas las posibles sustituciones de deuterio para cada uno de los átomos de hidrógeno 1H. Las sustituciones isotópicas abarcadas por los compuestos de la presente incluyen pero no se limitan a: 2H o 3H en lugar de 1H, 13C o 14C en lugar de 12C, 15N en lugar de 14N, 17O o 18O en lugar de 16O, y 33S, 34S, 35S o 36S en lugar de 32S. En ciertas realizaciones, las sustituciones isotópicas no radiactivas pueden impartir nuevas propiedades al compuesto oligomérico que son beneficiosas para su uso como herramienta terapéutica o de investigación. En ciertas realizaciones, las sustituciones isotópicas radiactivas pueden hacer que el compuesto sea adecuado para propósitos de investigación o diagnóstico, como la imagneología.
EJEMPLOS
Divulgación no limitativa
Aunque ciertos compuestos, composiciones y métodos descritos en la presente se han descrito con especificidad de acuerdo con ciertas realizaciones, los siguientes ejemplos sirven únicamente para ilustrar los compuestos descritos en la presente y no se pretende que los limiten.
Ejemplo 1: efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 in vitro
Se probaron in vitro los oligonucleótidos modificados que comprenden modificaciones 2'-MOE o 2'-NMA, que se muestran en la tabla siguiente, para determinar sus efectos sobre el corte y empalme del exón 7 en SMN2.
Se sembró en placas una línea celular de fibroblastos de pacientes con atrofia muscular espinal (SMA) (GM03813: Cornell Institute) a una densidad de 25000 células por pocillo y se transfectó usando electroporación a 120 V con una concentración de oligonucleótido modificado enumerado en la tabla siguiente. Después de un período de tratamiento de aproximadamente 24 horas, las células se lavaron con tampón DPBS y se lisaron. El ARN se extrajo usando purificación por Qiagen RNeasy y los niveles de ARNm se midieron mediante qRT-PCR. El nivel de SMN2 con el exón 7 se midió usando el conjunto de cebador/sonda hSMN2vd#4_LTS00216_MGB; el nivel de SMN2 sin el exón 7 se midió usando hSMN2va#4_LTS00215_MGB; y el nivel de SMN2 total se midió usando HTS4210. Las cantidades de SMN2 con y sin exón 7 se normalizaron a SMN2 total. Los resultados se presentan en la tabla siguiente como los niveles de SMN2 con el exón 7 (+ exón 7) con respecto al SMN2 total y los niveles de SMN2 sin el exón 7 (- exón 7) con respecto al SMN2 total. Como se ilustra en la tabla siguiente, el tratamiento con el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-NMA mostró una mayor inclusión del exón 7 (y una exclusión reducida del exón 7) en comparación con el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE en células de fibroblastos de pacientes con SMA.
Figure imgf000038_0001
Subíndices en la tabla anterior: "s" representa un enlace internucleosídico de fosforotioato, "e" representa un nucleósido modificado con 2'-MOE, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcitosina.
Tabla 2: Inclusión exclusión de exón 7
Figure imgf000038_0002
continuación
Figure imgf000039_0002
Ejemplo 2: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicos
La cepa de Taiwán de ratones transgénicos humanos SMA Tipo III (Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine) carecen de SMN de ratón y son homocigóticos para SMN2 humano. Estos ratones se han descrito en Hsieh-Li et al., Nature Genet. 24, 66-70 (2000). Cada ratón recibió un bolo intracerebroventricular (ICV) de solución salina (PBS) o Compuesto 396443 o Compuesto 443305 (ver el Ejemplo 1) una vez en el Día 1. Cada grupo de tratamiento consistía en 3-4 ratones. Los ratones se sacrificaron 7 días después, el Día 7. El ARN total de la médula espinal y el cerebro se extrajo y analizó mediante RT-PCR, como se describe en el Ejemplo 1. Las proporciones de SMN2 con exón 7 a SMN2 total y SMN2 sin exón 7 a SMN2 total se establecieron en 1,0 para el grupo de control tratado con PBS. Los resultados normalizados para todos los grupos de tratamiento se presentan en la tabla siguiente. Como se ilustra en la tabla siguiente, el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-NMA mostró una mayor inclusión del exón 7 y una menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprendía modificaciones 2'-MOE in vivo.
Tabla 3: Inclusión exclusión de exón 7
Figure imgf000039_0001
Ejemplo 3: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicos después de la administración sistémica
Los ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III recibieron una inyección intraperitoneal (IP) de solución salina (PBS), Compuesto N° 396443 o Compuesto N° 443305 (ver Ejemplo 1) una vez cada 48 horas para un total de cuatro inyecciones. Cada grupo de tratamiento consistía en 3-4 ratones. Los ratones se sacrificaron 72 horas después de la última dosis. Se recogieron varios tejidos, incluyendo el hígado, el diafragma, el cuádriceps y el corazón, y se aisló el ARN total. Se midieron los niveles de SMN2 con y sin exón 7 y SMN2 total mediante RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2, excepto que los conjuntos de cebador/sonda para este experimento fueron los descritos en Tiziano, et al., Eur J Humn Genet, 2010 Los resultados se presentan en las tablas siguientes. Los resultados muestran que la administración sistémica del oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-NMA dio como resultado una mayor inclusión del exón 7 y menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE.
Tabla 4: Inclusión exclusión de exón 7
Figure imgf000040_0001
T l : V l r ED m k l l rir l r l l T l 4
Figure imgf000040_0003
Ejemplo 4: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicos
Los ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III recibieron un bolo ICV de solución salina (PBS) o un oligonucleótido modificado enumerado en la tabla siguiente. Cada grupo de tratamiento consistía en 3-4 ratones. Los ratones se sacrificaron dos semanas después de la dosis. Se recogieron el cerebro y la médula espinal de cada ratón y se aisló el ARN total de cada tejido. Se midieron los niveles de SMN2 con y sin exón 7 y SMN2 total mediante RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2, y los resultados se presentan en las tablas siguientes. Los resultados muestran que los oligonucleótidos modificados que comprenden modificaciones 2'-NMA dieron como resultado una mayor inclusión del exón 7 y una menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE.
Tabla 6: Oli onucleótidos modificados diri idos a SMN2 humano
Figure imgf000040_0002
Subíndices en la tabla anterior: "s" representa un enlace internucleosídico de fosforotioato, "e" representa un nucleósido modificado con 2'-MOE, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcitosina.
Tabla 7: Inclusión exclusión de exón 7
Figure imgf000041_0001
Ejemplo 5: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicos después de la administración sistémica
Los ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III recibieron una inyección subcutánea de solución salina (PBS) o un oligonucleótido modificado enumerado en el Ejemplo 4 una vez cada 48-72 horas para un total de 10-150 mg/kg/semana durante tres semanas. Cada grupo de tratamiento consistía en 4 ratones. Los ratones se sacrificaron 72 horas después de la última dosis. Se recogieron varios tejidos y se aisló el ARN total de cada tejido. Se midieron los niveles de SMN2 con y sin exón 7 y SMN2 total mediante RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2, y los resultados se presentan en las tablas siguientes. Los resultados muestran que la administración sistémica de los oligonucleótidos modificados que comprenden modificaciones 2'-NMA dio como resultado una mayor inclusión del exón 7 y una menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE.
Tabla 8: Inclusión exclusión de exón 7
Figure imgf000041_0002
(continuación)
Figure imgf000042_0001
T l : V l r ED m k l l rir l r l l T l
Figure imgf000042_0003
Ejemplo 6: Efecto de los compuestos que comprenden un grupo conjugado y un oligonucleótido modificado dirigido a SMN2 en ratones transgénicos después de la administración sistémica
Se trataron ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III mediante administración subcutánea con 10-300 mg/kg/semana de un oligonucleótido modificado enumerado en la tabla siguiente o solución salina (PBS) sola durante tres semanas y se sacrificaron 48-72 horas después de la última dosis. Había 3-4 ratones por grupo. Se extrajo el ARN total de varios tejidos y se realizó RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2. Los resultados presentados en la tabla siguiente muestran que el compuesto oligomérico que comprende un conjugado C16 y modificaciones 2'-NMA mostró una mayor inclusión del exón 7 y menor exclusión del exón 7 que los otros compuestos probados.
Tabla 10: Oli onucleótidos modificados diri idos a SMN2 humano
Figure imgf000042_0002
Subíndices en la tabla anterior: "s" representa un enlace internucleosídico de fosforotioato, "o" representa un enlace internucleosídico de fosfato, "d" representa un 2'-desoxinucleósido, "e" representa un nucleósido modificado con 2'-MOE, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcisteína.
La estructura de C16-HA es:
Figure imgf000043_0001
Tabla 11: Inclusión exclusión de exón 7
Figure imgf000043_0002
Ejemplo 7: Efectos de respuesta a la dosis de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipófilo in vivo
Los compuestos oligoméricos descritos en la tabla siguiente son complementarios a los transcritos de MALAT-1 humanos y de ratón. Sus efectos sobre la expresión de MALAT-1 se probaron in vivo. Cada uno de los ratones macho con obesidad inducida por la dieta (DIO) recibió una inyección intravenosa, a través de la vena de la cola, de un compuesto oligomérico enumerado en la tabla siguiente o vehículo salino solo una vez a la semana durante dos semanas. Cada grupo de tratamiento consistía en tres o cuatro ratones. Tres días después de la inyección final, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARN de MALAT-1 en el corazón analizada por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de MALAT-1 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos muestran que los compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico fueron más potentes en el corazón en comparación con el compuesto original que no comprende un grupo conjugado lipofílico.
-
Figure imgf000044_0002
El subíndice "k" representa una fracción de azúcar bicíclico modificado con cEt. Ver las tablas anteriores para subíndices y superíndices adicionales. La estructura de "C16-HA-", se muestra en el Ejemplo 2. La estructura de "Ole-HA-" es:
Figure imgf000044_0001
Ejemplo 8: Efectos de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico in vivo siguiendo diferentes vías de administración
Se probaron in vivo los efectos de los Números de Isis 556089 y 812134 (ver el ejemplo 9) sobre la expresión de MALAT-1. Cada uno de los ratones macho C57bl/6 de tipo salvaje recibió o una inyección intravenosa (IV), a través de la vena de la cola, o una inyección subcutánea (SC) de N° Isis 556089, N° Isis 812134, o vehículo salino solo. Cada grupo de tratamiento consistía en cuatro ratones. Tres días después de la inyección, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARN de MALAT-1 analizada del corazón por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de MALAT-1 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos a continuación muestran que el compuesto oligomérico que comprende un grupo conjugado lipofílico fue más potente en comparación con el compuesto original que no comprende un grupo conjugado lipofílico.
^ -
Figure imgf000044_0003
Ejemplo 9: Efectos de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico in vivo siguiendo diferentes vías de administración
Los compuestos enumerados en la tabla siguiente son complementarios a CD36 y se probaron in vivo. Cada uno de los ratones hembra C57bl/6 de tipo salvaje recibió una inyección intravenosa o una inyección intraperitoneal de un compuesto o vehículo salino solo una vez a la semana durante tres semanas. Cada grupo de tratamiento consistía en cuatro ratones. Tres días después de la inyección final, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARNm de CD36 analizada en corazón y cuádriceps por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de CD36 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos a continuación muestran que el compuesto oligomérico que comprende un grupo conjugado lipofílico fue más potente tanto en el corazón como en el cuádriceps en comparación con el compuesto original que no comprende un grupo conjugado lipofílico.
Figure imgf000045_0001
continuación
Figure imgf000045_0002
Ver las tablas anteriores para ver la leyenda.
Ejemplo 10: Efectos de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico in vivo Los compuestos oligoméricos descritos en la tabla siguiente son complementarios al transcrito de proteína quinasa (DMPK) de distrofia miotónica humana y de ratón. Sus efectos sobre la expresión de DMPK se probaron in vivo. Cada uno de los ratones Balb/c de tipo salvaje recibió una inyección intravenosa de un compuesto oligomérico a una dosificación indicada en la tabla siguiente o vehículo salino solo. Cada animal recibió una dosis por semana durante 31/2 semanas, para un total de 4 dosis. Cada grupo de tratamiento consistía en tres o cuatro ratones. Dos días después de la última dosis, se sacrificó a los animales. A continuación se muestra la expresión de ARNm de DMPK analizada a partir de cuádriceps por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA. Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de DMPK normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Una entrada de "nd" significa que no hay datos. Los datos a continuación muestran que los compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico fueron más potentes en el cuádriceps en comparación con el compuesto original que no comprendía un grupo conjugado lipofílico.
T l 1 : Ex r i n DMPK in viv
Figure imgf000046_0003
Ver las tablas anteriores para ver la leyenda. Las estructuras de "Chol-TEG-" y "Toco-TEG-" se muestran en los Ejemplos 1 y 2, respectivamente.
"HA-Chol" es una modificación 2' que se muestra a continuación:
Figure imgf000046_0001
"HA-C10" y "HA-C16" son modificaciones 2' que se muestran a continuación:
Figure imgf000046_0002
en donde n es 1 en el subíndice "HA-C10", yn es 7 en el subíndice "HA-C16".
Ejemplo 11: Efectos de los compuestos oligoméricos in vivo
Los compuestos oligoméricos descritos en la tabla siguiente son complementarios a los transcritos de MALAT-1 humanos y de ratón. Sus efectos sobre la expresión de MALAT-1 se probaron in vivo. Cada uno de los ratones C57bl/6 macho de tipo salvaje recibió una inyección subcutánea de un compuesto oligomérico a una dosis indicada en la tabla siguiente o vehículo salino solo los días 0, 4 y 10 del período de tratamiento. Cada grupo de tratamiento consistía en tres ratones. Cuatro días después de la última inyección, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARN de MALAT-1 analizada del corazón por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de MALAT-1 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos a continuación muestran que los compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico fueron más potentes en el corazón en comparación con el compuesto original que no comprendía un grupo conjugado lipofílico
-
Figure imgf000047_0003
Ver las tablas anteriores para la leyenda. La estructura de "C16-HA-" se muestra en el Ejemplo 2. Las estructuras de "C16-2x-C6-" y "C16-2x-C3-" son:
Figure imgf000047_0001
en donde m=2 en "C16-2x-C6-"; y m=1 en "C16-2x-C3-"
la estructura de "C16-C6-" es:
Figure imgf000047_0002
y la estructura de "C16-C3-Ab-" es
Figure imgf000048_0001

Claims (18)

REIVINDICACIONES
1. Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste en 14-25 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un pre-ARNm de SMN2; y en donde por lo menos un nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).
2. El compuesto oligomérico de la reivindicación 1, en donde:
a. cada uno de los 7 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
b. cada uno de los 8 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
c. cada uno de los 9 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
d. cada uno de los 10 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
e. cada uno de los 11 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
f. cada uno de los 12 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
g. cada uno de los 13 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
h. cada uno de los 14 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
i. cada uno de los 15 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
j. cada uno de los 16 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
k. cada uno de los 17 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
l. cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
m. cada uno de los 19 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida);
n. cada uno de los 20 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).
3. El compuesto oligomérico de la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en donde:
a. cada una de las fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) e; s una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metillacetamida); o
b. cada fracción de azúcar de cada nucleósido del oligonucleótido modificado es una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida); o
c. cada fracción de azúcar de cada nucleósido del oligonucleótido modificado es una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).
4. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1 -3, en donde:
a. el oligonucleótido modificado consiste en: 16-23 nucleósidos enlazados; o
b. el oligonucleótido modificado consiste en: 18-20 nucleósidos enlazados.
5. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1 -4, en donde:
a. el oligonucleótido modificado consiste en 16 nucleósidos;
a. el oligonucleótido modificado consiste en 17 nucleósidos;
a. el oligonucleótido modificado consiste en 18 nucleósidos;
a. el oligonucleótido modificado consiste en 19 nucleósidos; o
a. el oligonucleótido modificado consiste en 20 nucleósidos.
6. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-5, en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfodiéster, opcionalmente en donde:
a. el oligonucleótido modificado tiene 5 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster;
b. el oligonucleótido modificado tiene 6 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster;
c. el oligonucleótido modificado tiene por lo menos 6 enlaces internucleosídicos de fosfodiéster.
7. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos una nucleobase modificada, opcionalmente en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos una 5-metil citosina.
8. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1 -7, en donde:
a. el oligonucleótido modificado es por lo menos un 70% complementario al pre-ARNm de SMN2;
b. el oligonucleótido modificado es por lo menos un 75% complementario al pre-ARNm de SMN2;
c. el oligonucleótido modificado es por lo menos un 80% complementario al pre-ARNm de SMN2;
d. el oligonucleótido modificado es por lo menos un 85% complementario al pre-ARNm de SMN2;
e. el oligonucleótido modificado es por lo menos un 90% complementario al pre-ARNm de SMN2;
f. el oligonucleótido modificado es por lo menos un 95% complementario al pre-ARNm de SMN2; o
g. el oligonucleótido modificado es un 100% complementario al pre-ARNm de SMN2.
9. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-8, en donde el compuesto oligomérico comprende un grupo conjugado, opcionalmente en donde el grupo conjugado comprende un grupo lipídico o lipófilo, opcionalmente en donde:
a. el grupo lipídico o lipófilo se selecciona entre: colesterol, un ácido graso saturado C10-C26, un ácido graso insaturado C10-C26, alquilo C10-C26, un triglicérido, tocoferol o ácido cólico;
b. el grupo lipídico o lipófilo es una cadena de hidrocarburo saturada o una cadena de hidrocarburo insaturada; c. el grupo lipídico o lipófilo es alquilo C16; o
d. el grupo lipídico o lipófilo es C16 saturado.
10. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-9, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a ISS-N1 del pre-ARNm de SMN2.
11. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1 -10, en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado comprende una secuencia seleccionada de las SEQ ID NO 1, 2, o 3, como en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado consiste en la SEQ ID NO: 3.
12. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-11, en donde el compuesto oligomérico es de cadena sencilla.
13. Un oligonucleótido modificado que consiste en 18 nucleósidos enlazados y que tiene la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 3, en donde cada nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida), y en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfodiéster.
14. Un oligonucleótido modificado que consiste en de 18 a 20 nucleósidos enlazados que comprende la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 1, en donde cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida), y en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfodiéster.
15. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, o el oligonucleótido modificado de la reivindicación 13 o la reivindicación 14, en donde el oligonucleótido modificado es una sal de sodio o una sal de potasio.
16. Una composición farmacéutica que comprende el compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1 -12 o 15, o el oligonucleótido modificado de cualquiera de las reivindicaciones 13-15, y por lo menos un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable.
17. La composición farmacéutica de la reivindicación 16, en donde la composición comprende un diluyente farmacéuticamente aceptable, y el diluyente farmacéuticamente aceptable es solución salina tamponada con fosfato (PBS), opcionalmente en donde la composición farmacéutica consiste en el compuesto y PBS.
18. El compuesto oligomérico de cualquiera de las reivindicaciones 1-12 o 15, el oligonucleótido modificado de cualquiera de las reivindicaciones 13-15, o la composición farmacéutica de la reivindicación 16 o 17, para su uso en un método para tratar la atrofia muscular espinal en un paciente.
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