ES2935658T3 - Compounds and methods for the modulation of SMN2 - Google Patents
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Abstract
En el presente documento se describen compuestos, composiciones y métodos para modular el corte y empalme de SMN2. También se proporcionan usos de los compuestos y composiciones descritos en la fabricación de un medicamento para el tratamiento de la atrofia muscular espinal. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)Described herein are compounds, compositions, and methods for modulating SMN2 splicing. Also provided are uses of the described compounds and compositions in the manufacture of a medicament for the treatment of spinal muscular atrophy. (Automatic translation with Google Translate, without legal value)
Description
DESCRIPCIÓNDESCRIPTION
Compuestos y métodos para la modulación de SMN2Compounds and methods for the modulation of SMN2
Campo de la invenciónfield of invention
En la presente se proporcionan compuestos y composiciones para la modulación de SMN2.Provided herein are compounds and compositions for the modulation of SMN2.
ANTECEDENTESBACKGROUND
La atrofia muscular espinal proximal (SMA) es un trastorno neurodegenerativo genético caracterizado por la pérdida de neuronas motoras espinales. La SMA es una enfermedad autosómica recesiva de inicio temprano y actualmente es la principal causa de muerte entre los bebés. La gravedad de la SMA varía entre los pacientes y, por tanto, se ha clasificado en tres tipos. La SMA tipo I es la forma más grave que aparece al nacer o en el plazo de 6 meses y típicamente provoca la muerte en el plazo de 2 años. Los niños con SMA tipo I no pueden sentarse ni caminar. La SMA tipo II es la forma intermedia y los pacientes pueden sentarse, pero no pueden ponerse de pie ni caminar. Los pacientes con SMA tipo III, una forma crónica de la enfermedad, típicamente desarrollan SMA después de los 18 meses de edad (Lefebvre et al., Hum. Mol. Genet., 1998, 7, 1531-1536).Proximal spinal muscular atrophy (SMA) is a genetic neurodegenerative disorder characterized by loss of spinal motor neurons. SMA is an early-onset autosomal recessive disease and is currently the leading cause of death among infants. The severity of SMA varies among patients and has therefore been classified into three types. Type I SMA is the most severe form that appears at birth or within 6 months and typically causes death within 2 years. Children with SMA type I cannot sit or walk. Type II SMA is the intermediate form, and patients are able to sit, but cannot stand or walk. Patients with SMA type III, a chronic form of the disease, typically develop SMA after 18 months of age (Lefebvre et al., Hum. Mol. Genet., 1998, 7, 1531-1536).
La base molecular de la SMA está provocada por la pérdida de ambas copias del gen 1 de la neurona motora de supervivencia (SMN1), que también puede conocerse como SMN telomérico, una proteína que forma parte de un complejo multiproteico que se cree que está implicado en la biogénesis y el reciclaje de snRNP. Un gen casi idéntico, SMN2, que también puede conocerse como SMN centromérico, existe en una región duplicada en el cromosoma 5q13 y modula la gravedad de la enfermedad. La expresión del gen SMN1 normal da como resultado únicamente la expresión de la proteína de la neurona motora de supervivencia (SMN). Aunque SMN1 y SMN2 tienen el potencial de codificar la misma proteína, SMN2 contiene una mutación traduccionalmente silenciosa en la posición 6 del exón 7, lo que da como resultado una inclusión ineficiente del exón 7 en los transcritos de SMN2. Por tanto, la forma predominante de SMN2 es una versión truncada, carente del exón 7, que es inestable e inactiva (Cartegni y Kramer, Nat. Genet., 2002, 30, 377-384). La expresión del gen SMN2 da como resultado aproximadamente el 10-20% de la proteína de SMN y el 80-90% de la proteína de SMNdelta7 inestable/no funcional. La proteína de SMN desempeña un papel bien establecido en el ensamblaje del empalmosoma y también puede mediar en el tráfico de ARNm en el axón y el extremo terminal nervioso de las neuronas.The molecular basis of SMA is caused by the loss of both copies of survival motor neuron 1 (SMN1) gene, which may also be known as telomeric SMN, a protein that is part of a multiprotein complex thought to be involved. in the biogenesis and recycling of snRNP. An almost identical gene, SMN2, which may also be known as centromeric SMN, exists in a duplicated region on chromosome 5q13 and modulates disease severity. Expression of the normal SMN1 gene results only in expression of the survival motor neuron (SMN) protein. Although SMN1 and SMN2 have the potential to encode the same protein, SMN2 contains a translationally silent mutation at position 6 of exon 7, resulting in inefficient inclusion of exon 7 in SMN2 transcripts. Thus, the predominant form of SMN2 is a truncated version, missing exon 7, which is unstable and inactive (Cartegni and Kramer, Nat. Genet., 2002, 30, 377-384). Expression of the SMN2 gene results in approximately 10-20% of the SMN protein and 80-90% of the unstable/non-functional SMNdelta7 protein. The SMN protein plays a well-established role in splicesome assembly and may also mediate mRNA trafficking into the axon and nerve terminal end of neurons.
La tecnología antisentido es un medio eficaz para modular la expresión de uno o más productos génicos específicos, incluyendo los productos de corte y empalme alternativos, y es especialmente útil en una serie de aplicaciones terapéuticas, de diagnóstico y de investigación. El principio detrás de la tecnología antisentido es que un compuesto antisentido, que hibrida con un ácido nucleico objetivo, modula las actividades de expresión génica, como la transcripción, el corte y empalme, o la traducción, a través de una serie de mecanismos antisentido. La especificidad de secuencia de los compuestos antisentido los hace extremadamente atractivos como herramientas para la validación de objetivos y la funcionalización de genes, así como también como agentes terapéuticos para modular selectivamente la expresión de genes implicados en enfermedades.Antisense technology is an effective means of modulating the expression of one or more specific gene products, including alternative splicing products, and is especially useful in a number of therapeutic, diagnostic, and research applications. The principle behind antisense technology is that an antisense compound, hybridizing to a target nucleic acid, modulates gene expression activities, such as transcription, splicing, or translation, through a number of antisense mechanisms. The sequence specificity of antisense compounds makes them extremely attractive as tools for target validation and gene functionalization, as well as therapeutic agents to selectively modulate the expression of genes involved in disease.
La WO 2015/051283 se refiere a composiciones y métodos para tratar la esclerosis lateral amiotrófica. La US 2013/289092 se refiere a compuestos y métodos para modular la interacción entre proteínas y ácidos nucleicos objetivo.WO 2015/051283 refers to compositions and methods for treating amyotrophic lateral sclerosis. US 2013/289092 refers to compounds and methods for modulating the interaction between proteins and target nucleic acids.
La US 2016/068845 se refiere a la modulación de la expresión de la proteína quinasa de la distrofia miotónica (DMPK)US 2016/068845 refers to the modulation of the expression of myotonic dystrophy protein kinase (DMPK)
SUMARIOSUMMARY
En la presente se proporciona un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste en 14-25 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un pre-ARNm de SMN2; y en donde por lo menos un nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).Provided herein is an oligomeric compound comprising a modified oligonucleotide consisting of 14-25 linked nucleosides, wherein the modified oligonucleotide is complementary to a SMN2 pre-mRNA; and wherein at least one nucleoside of the modified oligonucleotide comprises a 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
También se proporciona en la presente un oligonucleótido modificado que consiste en 18 nucleósidos enlazados y que tiene la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 3, en donde cada nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida), y en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfodiéster.Also provided herein is a modified oligonucleotide consisting of 18 linked nucleosides and having the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 3, wherein each nucleoside of the modified oligonucleotide comprises a 2'-O-( N-methylacetamide), and wherein each internucleoside linkage of the modified oligonucleotide is selected from a phosphorothioate internucleoside linkage and a phosphodiester internucleoside linkage.
También se proporciona en la presente un oligonucleótido modificado que consiste en de 18 a 20 nucleósidos enlazados que comprende la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 1, en donde cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida), y en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfodiéster.Also provided herein is a modified oligonucleotide consisting of 18 to 20 linked nucleosides comprising the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1, wherein each of 18 nucleosides of the modified oligonucleotide comprise a sugar moiety modified with 2'-O-(N-methylacetamide), and wherein each internucleoside linkage of the modified oligonucleotide is selected from one phosphorothioate internucleoside linkage and one phosphodiester internucleoside linkage.
También se proporciona en la presente una composición farmacéutica que comprende el compuesto oligomérico o el oligonucleótido modificado de la invención, y por lo menos un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable.Also provided herein is a pharmaceutical composition comprising the oligomeric compound or modified oligonucleotide of the invention, and at least one pharmaceutically acceptable carrier or diluent.
También se proporciona en la presente el compuesto oligomérico, el oligonucleótido modificado o la composición farmacéutica de la invención, para su uso en un método para tratar la atrofia muscular espinal en un paciente.Also provided herein is the oligomeric compound, modified oligonucleotide or pharmaceutical composition of the invention, for use in a method of treating spinal muscular atrophy in a patient.
La presente divulgación proporciona compuestos y composiciones para la modulación del pre-ARNm de SMN2. La presente divulgación también proporciona compuestos y composiciones útiles, por ejemplo, para tratar, prevenir o mejorar uno o más síntomas de la atrofia muscular espinal.The present disclosure provides compounds and compositions for the modulation of SMN2 pre-mRNA. The present disclosure also provides compounds and compositions useful, for example, in treating, preventing, or ameliorating one or more symptoms of spinal muscular atrophy.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona compuestos oligoméricos que comprenden o consisten en oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) y complementarias a pre-ARNm de SMN. Los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) tienen captación celular mejorada y/o actividad farmacológica en el tejido muscular. Como SMN2 se expresa en el tejido muscular, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más modificaciones de 2'-O-(N-alquilacetamida) tendrán una actividad mejorada en el tejido muscular.In certain embodiments, the present disclosure provides oligomeric compounds comprising or consisting of modified oligonucleotides having one or more 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) and complementary sugar moieties. to SMN pre-mRNA. Modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) have enhanced cellular uptake and/or pharmacological activity in muscle tissue. Since SMN2 is expressed in muscle tissue, modified oligonucleotides having one or more 2'-O-(N-alkylacetamide) modifications will have enhanced activity in muscle tissue.
En la presente se proporcionan compuestos y métodos útiles para modular el procesamiento de un pre-ARNm de SMN2. Los compuestos comprenden oligonucleótidos modificados que comprenden fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida). En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida). En ciertas realizaciones, los compuestos de la invención modulan el corte y empalme de un pre-ARNm. Los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) también tienen actividad farmacológica mejorada para la modulación del pre-ARNm de SMN2. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) dirigidas al pre-ARNm de SMN2 aumentan la inclusión del exón 7 en mayor medida que los oligonucleótidos modificados que carecen de una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) para su uso en terapia.Provided herein are compounds and methods useful for modulating the processing of a SMN2 pre-mRNA. The compounds comprise modified oligonucleotides comprising sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide). In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise sugar moieties modified with 2'-O-(N-methylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide). In certain embodiments, compounds of the invention modulate splicing of a pre-mRNA. Modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) also have enhanced pharmacological activity for modulation of SMN2 pre-mRNA. For example, in certain embodiments, modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) targeting SMN2 pre-mRNA increase the inclusion of exon 7 to a greater extent than modified oligonucleotides lacking one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) for use in therapy.
También se proporcionan compuestos que comprenden un oligonucleótido modificado que comprende fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) para uso en terapia.Also provided are compounds comprising a modified oligonucleotide comprising 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) modified sugar moieties for use in therapy.
La presente divulgación proporciona las siguientes realizaciones numeradas no limitativas:The present disclosure provides the following non-limiting numbered embodiments:
Realización 1: Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste en 14-25 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un pre-ARNm de SMN2; y en donde por lo menos un nucleósido del oligonucleótido modificado tiene una estructura de Fórmula I:Embodiment 1: An oligomeric compound comprising a modified oligonucleotide consisting of 14-25 linked nucleosides, wherein the modified oligonucleotide is complementary to a SMN2 pre-mRNA; and wherein at least one nucleoside of the modified oligonucleotide has a structure of Formula I:
en donde Bx es una nucleobase;where Bx is a nucleobase;
y R1 para cada nucleósido de Fórmula I se selecciona independientemente entre: metilo, etilo, propilo e isopropilo.and R1 for each Formula I nucleoside is independently selected from: methyl, ethyl, propyl, and isopropyl.
Realización 2: El compuesto oligomérico de la realización 1, en donde Bx se selecciona entre adenina, guanina, citosina, timina, uracilo y 5-metilcitosina. Embodiment 2: The oligomeric compound of embodiment 1, wherein Bx is selected from adenine, guanine, cytosine, thymine, uracil, and 5-methylcytosine.
Realización 3: El compuesto oligomérico de la realización 1 o 2, en donde R1 es metilo.Embodiment 3: The oligomeric compound of embodiment 1 or 2, wherein R1 is methyl.
Realización 4: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los por lo menos 2 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 4: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the at least 2 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 5: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 7 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 5: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 7 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 6: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 8 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 6: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 8 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 7: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 9 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 7: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 9 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 8: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 10 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 8: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 10 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 9: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 11 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 9: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 11 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 10: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 12 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 10: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 12 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 11: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 13 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 11: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 13 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 12: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 14 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 12: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 14 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 13: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 15 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 13: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 15 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 14: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 16 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 14: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 16 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 15: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 17 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 15: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 17 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 16: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 16: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 18 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 17: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 19 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 17: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 19 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 18: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-3, en donde cada uno de los 20 nucleósidos del oligonucleótido modificado tiene una estructura seleccionada independientemente de la Fórmula I.Embodiment 18: The oligomeric compound of any of embodiments 1-3, wherein each of the 20 nucleosides of the modified oligonucleotide has a structure independently selected from Formula I.
Realización 19: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-18, en donde R1 del por lo menos un nucleósido que tiene una estructura de Fórmula I es metilo. Embodiment 19: The oligomeric compound of any of embodiments 1-18, wherein R1 of the at least one nucleoside having a structure of Formula I is methyl.
Realización 20: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1 -19, en donde R1 es el mismo para todos los nucleósidos que tienen una estructura de Fórmula I.Embodiment 20: The oligomeric compound of any of embodiments 1-19, wherein R1 is the same for all nucleosides having a structure of Formula I.
Realización 21: Un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido modificado que consiste en 14-25 nucleósidos enlazados, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un pre-ARNm de SMN2; y en donde por lo menos un nucleósido del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).Embodiment 21: An oligomeric compound comprising a modified oligonucleotide consisting of 14-25 linked nucleosides, wherein the modified oligonucleotide is complementary to a SMN2 pre-mRNA; and wherein at least one nucleoside of the modified oligonucleotide comprises a 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 22: el compuesto oligomérico de la realización 21, en donde la fracción de azúcar de cada nucleósido que comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) se selecciona de 2'-O-(N-metilacetamida) y 2' -O-(N-etilacetamida).Embodiment 22: the oligomeric compound of embodiment 21, wherein the sugar moiety of each nucleoside comprising a 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety is selected from 2'-O-(N-methylacetamide ) and 2'-O-(N-ethylacetamide).
Realización 23: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 7 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 23: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 7 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 24: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 8 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 24: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 8 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 25: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 9 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 25: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 9 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 26: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 10 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 26: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 10 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 27: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 11 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 27: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 11 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 28: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 12 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 28: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 12 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 29: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 13 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 29: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 13 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 30: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 14 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 30: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 14 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 31: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 15 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 31: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 15 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 32: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 16 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 32: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 16 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 33: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 17 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 33: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 17 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 34: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 18 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 34: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 18 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 35: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 19 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 35: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 19 nucleosides of the modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 36: El compuesto oligomérico de la realización 21 o 22, en donde cada uno de los 20 nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) independientemente seleccionada.Embodiment 36: The oligomeric compound of embodiment 21 or 22, wherein each of the 20 nucleosides of the Modified oligonucleotide comprises an independently selected 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 37: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-36, en donde la fracción de azúcar de por lo menos uno de los nucleósidos que comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) es una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N -metilacetamida).Embodiment 37: The oligomeric compound of any of embodiments 21-36, wherein the sugar moiety of at least one of the nucleosides comprising a 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moiety is a moiety sugar modified with 2'-O-(N-methylacetamide).
Realización 38: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-37, en donde el grupo N-alquilo de cada una de las fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) es el mismo grupo N-alquilo. Realización 39: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-38, en donde cada una de las fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) es una fracción de azúcar 2'-O-(N-metilacetamida). Realización 40: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 21-39, en donde cada fracción de azúcar de cada nucleósido del oligonucleótido modificado es una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).Embodiment 38: The oligomeric compound of any of Embodiments 21-37, wherein the N-alkyl group of each of the 2'-O-(N-alkylacetamide)-modified sugar moieties is the same N-alkyl group. Embodiment 39: The oligomeric compound of any of Embodiments 21-38, wherein each of the 2'-O-(N-alkylacetamide)-modified sugar moieties is a 2'-O-(N-methylacetamide) sugar moiety ). Embodiment 40: The oligomeric compound of any of embodiments 21-39, wherein each sugar moiety of each nucleoside of the modified oligonucleotide is a 2'-O-(N-methylacetamide) modified sugar moiety.
Realización 41: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-40, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 16-23 nucleósidos enlazados.Embodiment 41: The oligomeric compound of any of embodiments 1-40, wherein the modified oligonucleotide consists of 16-23 linked nucleosides.
Realización 42: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-40, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 18-20 nucleósidos enlazados.Embodiment 42: The oligomeric compound of any of embodiments 1-40, wherein the modified oligonucleotide consists of 18-20 linked nucleosides.
Realización 43: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 16 nucleósidos.Embodiment 43: The oligomeric compound of any of embodiments 1-41, wherein the modified oligonucleotide consists of 16 nucleosides.
Realización 44: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 17 nucleósidos.Embodiment 44: The oligomeric compound of any of embodiments 1-41, wherein the modified oligonucleotide consists of 17 nucleosides.
Realización 45: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 18 nucleósidos.Embodiment 45: The oligomeric compound of any of embodiments 1-41, wherein the modified oligonucleotide consists of 18 nucleosides.
Realización 46: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 19 nucleósidos.Embodiment 46: The oligomeric compound of any of embodiments 1-41, wherein the modified oligonucleotide consists of 19 nucleosides.
Realización 47: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-41, en donde el oligonucleótido modificado consiste en 20 nucleósidos.Embodiment 47: The oligomeric compound of any of embodiments 1-41, wherein the modified oligonucleotide consists of 20 nucleosides.
Realización 48: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-47, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos un enlace internucleosídico modificado.Embodiment 48: The oligomeric compound of any of embodiments 1-47, wherein the modified oligonucleotide comprises at least one modified internucleoside linkage.
Realización 49: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-48, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos un enlace internucleosídico de fosforotioato.Embodiment 49: The oligomeric compound of any of embodiments 1-48, wherein the modified oligonucleotide comprises at least one phosphorothioate internucleoside linkage.
Realización 50: El compuesto oligomérico de la realización 49, en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado se selecciona entre un enlace internucleosídico de fosforotioato y un enlace internucleosídico de fosfato.Embodiment 50: The oligomeric compound of embodiment 49, wherein each internucleoside linkage of the modified oligonucleotide is selected from a phosphorothioate internucleoside linkage and a phosphate internucleoside linkage.
Realización 51: El compuesto oligomérico de la realización 50, en donde el enlace internucleosídico de fosfato es un enlace internucleosídico de fosfodiéster.Embodiment 51: The oligomeric compound of embodiment 50, wherein the phosphate internucleoside bond is a phosphodiester internucleoside bond.
Realización 52: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-50, en donde cada enlace internucleosídico del oligonucleótido modificado es un enlace internucleosídico de fosforotioato.Embodiment 52: The oligomeric compound of any of embodiments 1-50, wherein each internucleoside linkage of the modified oligonucleotide is a phosphorothioate internucleoside linkage.
Realización 53: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-52, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos una nucleobase modificada.Embodiment 53: The oligomeric compound of any of embodiments 1-52, wherein the modified oligonucleotide comprises at least one modified nucleobase.
Realización 54: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-53, en donde el oligonucleótido modificado comprende por lo menos una 5-metilcitosina.Embodiment 54: The oligomeric compound of any of embodiments 1-53, wherein the modified oligonucleotide comprises at least one 5-methylcytosine.
Realización 55: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-54, en donde cada nucleobase del oligonucleótido modificado se selecciona entre timina, 5-metil citosina, citosina, adenina, uracilo y guanina. Realización 56: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-55, en donde cada citosina del oligonucleótido modificado es una 5-metilcitosina. Embodiment 55: The oligomeric compound of any of embodiments 1-54, wherein each nucleobase of the modified oligonucleotide is selected from thymine, 5-methyl cytosine, cytosine, adenine, uracil, and guanine. Embodiment 56: The oligomeric compound of any of embodiments 1-55, wherein each cytosine in the modified oligonucleotide is a 5-methylcytosine.
Realización 57: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1 -56, en donde cada nucleobase del oligonucleótido modificado se selecciona entre timina, 5-metil citosina, adenina y guanina.Embodiment 57: The oligomeric compound of any of embodiments 1-56, wherein each nucleobase of the modified oligonucleotide is selected from thymine, 5-methyl cytosine, adenine, and guanine.
Realización 58: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 70% complementario al pre-ARNm de SMN2.Embodiment 58: The oligomeric compound of any of embodiments 1-57, wherein the modified oligonucleotide is at least 70% complementary to SMN2 pre-mRNA.
Realización 59: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 75% complementario al pre-ARNm de SMN2.Embodiment 59: The oligomeric compound of any of embodiments 1-57, wherein the modified oligonucleotide is at least 75% complementary to SMN2 pre-mRNA.
Realización 60: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 80% complementario al pre-ARNm de SMN2.Embodiment 60: The oligomeric compound of any of embodiments 1-57, wherein the modified oligonucleotide is at least 80% complementary to SMN2 pre-mRNA.
Realización 61: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 85% complementario al pre-ARNm de SMN2.Embodiment 61: The oligomeric compound of any of embodiments 1-57, wherein the modified oligonucleotide is at least 85% complementary to SMN2 pre-mRNA.
Realización 62: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 90% complementario al pre-ARNm de SMN2.Embodiment 62: The oligomeric compound of any of embodiments 1-57, wherein the modified oligonucleotide is at least 90% complementary to SMN2 pre-mRNA.
Realización 63: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 95% complementario al pre-ARNm de SMN2.Embodiment 63: The oligomeric compound of any of embodiments 1-57, wherein the modified oligonucleotide is at least 95% complementary to SMN2 pre-mRNA.
Realización 64: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-57, en donde el oligonucleótido modificado es por lo menos un 100% complementario al pre-ARNm de SMN2.Embodiment 64: The oligomeric compound of any of embodiments 1-57, wherein the modified oligonucleotide is at least 100% complementary to SMN2 pre-mRNA.
Realización 65: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al intrón 7 del pre-ARNm de SMN2.Embodiment 65: The oligomeric compound of any of embodiments 1-64, wherein the modified oligonucleotide is complementary to intron 7 of the SMN2 pre-mRNA.
Realización 66: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al ISS-N1 del pre-ARNm de SMN2.Embodiment 66: The oligomeric compound of any of embodiments 1-64, wherein the modified oligonucleotide is complementary to ISS-N1 of the SMN2 pre-mRNA.
Realización 67: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado comprende una secuencia seleccionada entre las SEQ ID Números 1, 2 o 3.Embodiment 67: The oligomeric compound of any of embodiments 1-64, wherein the nucleobase sequence of the modified oligonucleotide comprises a sequence selected from SEQ ID Numbers 1, 2, or 3.
Realización 68: el compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado comprende una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID Números 12-239.Embodiment 68: the oligomeric compound of any of embodiments 1-64, wherein the nucleobase sequence of the modified oligonucleotide comprises a sequence selected from any of SEQ ID Numbers 12-239.
Realización 69: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde la secuencia de nucleobases del oligonucleótido modificado consiste en una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID Números 1,2, 3 o 12-239.Embodiment 69: The oligomeric compound of any of embodiments 1-64, wherein the nucleobase sequence of the modified oligonucleotide consists of a sequence selected from any of SEQ ID Numbers 1,2, 3, or 12-239.
Realización 70: El compuesto oligomérico de la realización 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al exón 7 del pre-ARNm de SMN2.Embodiment 70: The oligomeric compound of embodiment 1-64, wherein the modified oligonucleotide is complementary to exon 7 of the SMN2 pre-mRNA.
Realización 71: El compuesto oligomérico de la realización 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario al intrón 6 del pre-ARNm de SMN2.Embodiment 71: The oligomeric compound of embodiment 1-64, wherein the modified oligonucleotide is complementary to intron 6 of the SMN2 pre-mRNA.
Realización 72: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un potenciador de corte y empalme exónico en el exón 7 del pre-ARNm de SMN2.Embodiment 72: The oligomeric compound of any of embodiments 1-64, wherein the modified oligonucleotide is complementary to an exonic splicing enhancer in exon 7 of the SMN2 pre-mRNA.
Realización 73: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-64, en donde el oligonucleótido modificado es complementario a un silenciador de corte y empalme exónico aberrante en el exón 7 del pre-ARNm de SMN2.Embodiment 73: The oligomeric compound of any of embodiments 1-64, wherein the modified oligonucleotide is complementary to an aberrant exonic silencer in exon 7 of the SMN2 pre-mRNA.
Realización 74: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-73, en donde el compuesto oligomérico comprende un grupo conjugado.Embodiment 74: The oligomeric compound of any of embodiments 1-73, wherein the oligomeric compound comprises a conjugate group.
Realización 75: El compuesto oligomérico de la realización 74, en donde el grupo conjugado comprende un grupo lipídico o lipófilo.Embodiment 75: The oligomeric compound of embodiment 74, wherein the conjugated group comprises a lipid or lipophilic group.
Realización 76: El compuesto oligomérico de la realización 75, en donde el grupo lípido o lipófilo se selecciona entre: colesterol, un ácido graso saturado C10-C26, un ácido graso insaturado C10-C26, alquilo C10-C26, un triglicérido, tocoferol o ácido cólico.Embodiment 76: The oligomeric compound of embodiment 75, wherein the lipid or lipophilic group is selected from: cholesterol, a C 10 -C 26 saturated fatty acid, a C 10 -C 26 unsaturated fatty acid, C 10 -C 26 alkyl , a triglyceride, tocopherol or cholic acid.
Realización 77: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es una cadena hidrocarbonada saturada o una cadena hidrocarbonada insaturada.Embodiment 77: The oligomeric compound of embodiment 76, wherein the lipid or lipophilic group is a saturated hydrocarbon chain or an unsaturated hydrocarbon chain.
Realización 78: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es un lípido Ci6.Embodiment 78: The oligomeric compound of any of embodiments 75-77, wherein the lipid or lipophilic group is a Ci6 lipid.
Realización 79: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es un lípido C18.Embodiment 79: The oligomeric compound of any of embodiments 75-77, wherein the lipid or lipophilic group is a C 18 lipid.
Realización 80: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es alquilo C16.Embodiment 80: The oligomeric compound of any of Embodiments 75-77, wherein the lipid or lipophilic group is C 16 alkyl.
Realización 81: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 75-77, en donde el grupo lipídico o lipófilo es alquilo C18.Embodiment 81: The oligomeric compound of any of Embodiments 75-77, wherein the lipid or lipophilic group is C 18 alkyl.
Realización 82: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es colesterol. Realización 83: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es tocoferol. Realización 84: El compuesto oligomérico de la realización 76, en donde el grupo lipídico o lipófilo es Ci6 saturado.Embodiment 82: The oligomeric compound of embodiment 76, wherein the lipid or lipophilic group is cholesterol. Embodiment 83: The oligomeric compound of embodiment 76, wherein the lipid or lipophilic group is tocopherol. Embodiment 84: The oligomeric compound of embodiment 76, wherein the lipid or lipophilic group is saturated Ci6.
Realización 85: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-84, en donde el grupo conjugado está unido al oligonucleótido modificado en el extremo 5' del oligonucleótido modificado.Embodiment 85: The oligomeric compound of any of embodiments 74-84, wherein the conjugate group is attached to the modified oligonucleotide at the 5' end of the modified oligonucleotide.
Realización 86: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-85, en donde el grupo conjugado está unido al oligonucleótido modificado en el extremo 3' del oligonucleótido modificado.Embodiment 86: The oligomeric compound of any of embodiments 74-85, wherein the conjugate group is attached to the modified oligonucleotide at the 3' end of the modified oligonucleotide.
Realización 87: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-86, en donde el grupo conjugado comprende un conector escindible.Embodiment 87: The oligomeric compound of any of embodiments 74-86, wherein the conjugated group comprises a cleavable linker.
Realización 88: El compuesto oligomérico de la realización 87 en donde el conector escindible comprende uno o más nucleósidos conectores.Embodiment 88: The oligomeric compound of embodiment 87 wherein the cleavable linker comprises one or more linker nucleosides.
Realización 89: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-73 que consiste en el oligonucleótido modificado.Embodiment 89: The oligomeric compound of any of embodiments 1-73 consisting of the modified oligonucleotide.
Realización 90: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 74-88 que consiste en el oligonucleótido modificado y el grupo conjugado.Embodiment 90: The oligomeric compound of any of embodiments 74-88 consisting of the modified oligonucleotide and the conjugated group.
Realización 91: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-90, en donde el compuesto oligomérico modula el corte y empalme del pre-ARNm de SMN2.Embodiment 91: The oligomeric compound of any of embodiments 1-90, wherein the oligomeric compound modulates SMN2 pre-mRNA splicing.
Realización 92: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-91, en donde el compuesto oligomérico es de cadena sencilla.Embodiment 92: The oligomeric compound of any of embodiments 1-91, wherein the oligomeric compound is single chain.
Realización 93: El compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-91, en donde el compuesto oligomérico se empareja con un compuesto oligomérico complementario para formar un compuesto de cadena doble.Embodiment 93: The oligomeric compound of any of embodiments 1-91, wherein the oligomeric compound pairs with a complementary oligomeric compound to form a double-chain compound.
Realización 94: El compuesto oligomérico de la realización 93, en donde el compuesto oligomérico complementario comprende un grupo conjugado.Embodiment 94: The oligomeric compound of embodiment 93, wherein the complementary oligomeric compound comprises a conjugate group.
Realización 95: Una composición farmacéutica que comprende el compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1-94 y por lo menos un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable.Embodiment 95: A pharmaceutical composition comprising the oligomeric compound of any of embodiments 1-94 and at least one pharmaceutically acceptable carrier or diluent.
Realización 96: Un compuesto oligomérico de cualquiera de las realizaciones 1 a 94 o la composición de la realización 95 para su uso en terapia.Embodiment 96: An oligomeric compound of any of embodiments 1 to 94 or the composition of embodiment 95 for use in therapy.
Realización 97:Embodiment 97:
Realización 98: El compuesto de cualquiera de las realizaciones 1-94 o 96, en donde el pre-ARNm de SMN2 es una secuencia de nucleobases seleccionada de cualquiera de las SEQ ID NO: 10, 11 o 240. Embodiment 98: The compound of any of embodiments 1-94 or 96, wherein the SMN2 pre-mRNA is a nucleobase sequence selected from any of SEQ ID NO: 10, 11, or 240.
DESCRIPCIÓN DETALLADADETAILED DESCRIPTION
Debe entenderse que tanto la descripción general anterior como la siguiente descripción detallada son solamente ejemplares y explicativas y no son restrictivas de las realizaciones, como se reivindica. En la presente, el uso del singular incluye el plural a menos que se indique específicamente lo contrario. Como se usa en la presente, el uso de "o" significa "y/o" a menos que se indique lo contrario. Además, el uso del término "que incluye" así como otras formas, como "incluye" e "incluido", no es limitativo.It is to be understood that both the above general description and the following detailed description are exemplary and explanatory only and are not restrictive of the embodiments, as claimed. Herein, the use of the singular includes the plural unless specifically stated otherwise. As used herein, the use of "or" means "and/or" unless otherwise indicated. Furthermore, the use of the term "including" as well as other forms, such as "includes" and "included", is not limiting.
Los encabezados de las secciones usados en la presente tienen únicamente propósitos organizativos y no deben interpretarse como una limitación de la materia descrita.The section headings used herein are for organizational purposes only and should not be construed as limiting the subject matter described.
A menos que se indique lo contrario, los siguientes términos tienen los siguientes significados:Unless otherwise indicated, the following terms have the following meanings:
Como se usa en la presente, "pre-ARNm de SMN2" significa una secuencia de ARN, que incluye todos los exones, intrones y regiones no traducidas, transcrita a partir del ADN que codifica SMN2 humano. En ciertas realizaciones, el ADN que codifica SMN2 incluye la secuencia genómica de SMN2 humana proporcionada en el N° de registro de GENBANK NT_006713.14 truncada de los nucleótidos 19939708 a 19967777, en la presente SEQ ID NO: 240. En ciertas realizaciones, el pre-ARNm de SMN2 comprende la SEQ ID NO: 10. Los nucleótidos 1-60 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 6, los nucleótidos 61-114 de la SEQ ID NO: 10 representan el exón 7, y los nucleótidos 115-174 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 7.As used herein, "SMN2 pre-mRNA" means an RNA sequence, including all exons, introns, and untranslated regions, transcribed from DNA encoding human SMN2. In certain embodiments, the DNA encoding SMN2 includes the human SMN2 genomic sequence provided in GENBANK Accession No. NT_006713.14 truncated from nucleotides 19939708 to 19967777, herein SEQ ID NO: 240. In certain embodiments, the SMN2 pre-mRNA comprises SEQ ID NO: 10. Nucleotides 1-60 of SEQ ID NO: 10 represent a portion of intron 6, nucleotides 61-114 of SEQ ID NO: 10 represent exon 7, and nucleotides 115-174 of SEQ ID NO: 10 represent a portion of intron 7.
Como se usa en la presente, "ISS-N1" significa un dominio de silenciamiento de corte y empalme intrónico en el intrón 7. En ciertas realizaciones, ISS-N1 comprende la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 11.As used herein, "ISS-N1" means an intronic splice silencing domain in intron 7. In certain embodiments, ISS-N1 comprises the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 11.
Como se usa en la presente, "2'-desoxirribonucleósido" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar de furanosilo 2'-H(H), como se encuentra en los ácidos desoxirribonucleicos (ADN) de origen natural. En ciertas realizaciones, un 2'-desoxirribonucleósido puede comprender una nucleobase modificada o puede comprender una nucleobase de ARN (uracilo).As used herein, "2'-deoxyribonucleoside" means a nucleoside comprising a 2'-H(H) furanosyl sugar moiety, as found in naturally occurring deoxyribonucleic acids (DNA). In certain embodiments, a 2'-deoxyribonucleoside may comprise a modified nucleobase or may comprise an RNA (uracil) nucleobase.
Como se usa en la presente, "nucleósido 2' sustituido" o "nucleósido 2 modificado" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar 2' sustituido o 2' modificado. Como se usa en la presente, "2' sustituido" o "2 modificado" en referencia a una fracción de azúcar significa una fracción de azúcar que comprende por lo menos un grupo sustituyente 2' distinto de H u OH.As used herein, "2'-substituted nucleoside" or "2-modified nucleoside" means a nucleoside comprising a 2'-substituted or 2'-modified sugar moiety. As used herein, "2' substituted" or "2 modified" in reference to a sugar moiety means a sugar moiety comprising at least one 2' substituent group other than H or OH.
Como se usa en la presente, "actividad antisentido" significa cualquier cambio detectable y/o medible atribuible a la hibridación de un compuesto antisentido con su ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, la actividad antisentido es una disminución en la cantidad o expresión de un ácido nucleico objetivo o proteína codificada por dicho ácido nucleico objetivo en comparación con los niveles de ácido nucleico objetivo o niveles de proteína objetivo en ausencia del compuesto antisentido.As used herein, "antisense activity" means any detectable and/or measurable change attributable to hybridization of an antisense compound with its target nucleic acid. In certain embodiments, antisense activity is a decrease in the amount or expression of a target nucleic acid or protein encoded by said target nucleic acid compared to target nucleic acid levels or target protein levels in the absence of the antisense compound.
Como se usa en la presente, "compuesto antisentido" significa un compuesto que comprende un oligonucleótido antisentido y, opcionalmente, una o más características adicionales, como un grupo conjugado o un grupo terminal.As used herein, "antisense compound" means a compound that comprises an antisense oligonucleotide and, optionally, one or more additional features, such as a conjugate group or end group.
Como se usa en la presente, "oligonucleótido antisentido" significa un oligonucleótido que tiene una secuencia de nucleobases que es por lo menos parcialmente complementaria a un ácido nucleico objetivo.As used herein, "antisense oligonucleotide" means an oligonucleotide having a nucleobase sequence that is at least partially complementary to a target nucleic acid.
Como se usa en la presente, "mejorar" en referencia a un tratamiento significa una mejora en por lo menos un síntoma con respecto al mismo síntoma en ausencia del tratamiento. En ciertas realizaciones, la mejora es la reducción de la gravedad o la frecuencia de un síntoma o el retraso en el inicio o la ralentización de la progresión de la gravedad o la frecuencia de un síntoma.As used herein, "improve" in reference to a treatment means an improvement in at least one symptom over the same symptom in the absence of the treatment. In certain embodiments, the improvement is a reduction in the severity or frequency of a symptom or a delay in the onset or slowing of the progression of a symptom's severity or frequency.
Como se usa en la presente, "nucleósido bicíclico" o "BNA" significa un nucleósido que comprende una fracción de azúcar bicíclico. Como se usa en la presente, "azúcar bicíclico" o "fracción de azúcar bicíclico" significa una fracción de azúcar modificado que comprende dos anillos, en donde el segundo anillo se forma a través de un puente que conecta dos de los átomos en el primer anillo formando de este modo una estructura bicíclica. En ciertas realizaciones, el primer anillo de la fracción de azúcar bicíclico es una fracción de furanosilo. En ciertas de tales realizaciones, la fracción de furanosilo es una fracción de ribosilo. En ciertas realizaciones, la fracción de azúcar bicíclico no comprende una fracción de furanosilo.As used herein, "bicyclic nucleoside" or "BNA" means a nucleoside that comprises a bicyclic sugar moiety. As used herein, "bicyclic sugar" or "bicyclic sugar moiety" means a modified sugar moiety comprising two rings, wherein the second ring is formed through a bridge connecting two of the atoms in the first ring thus forming a bicyclic structure. In certain embodiments, the first ring of the bicyclic sugar moiety is a furanosyl moiety. In certain such embodiments, the furanosyl moiety is a ribosyl moiety. In certain embodiments, the bicyclic sugar moiety does not comprise a furanosyl moiety.
Como se usa en la presente, "grupo de ramificación" significa un grupo de átomos que tiene por lo menos 3 posiciones que son capaces de formar enlaces covalentes con por lo menos 3 grupos. En ciertas realizaciones, un grupo de ramificación proporciona una pluralidad de sitios reactivos para conectar ligandos atados a un oligonucleótido a través de un conector conjugado y/o una fracción escindible. As used herein, "branching group" means a group of atoms having at least 3 positions that are capable of forming covalent bonds with at least 3 groups. In certain embodiments, a branching group provides a plurality of reactive sites for connecting ligands tethered to an oligonucleotide through a conjugated linker and/or a cleavable moiety.
Como se usa en la presente, "fracción de direccionamiento celular" significa un grupo conjugado o una porción de un grupo conjugado que da como resultado una captación mejorada en un tipo de célula particular y/o distribución a un tejido particular con respecto a un compuesto oligomérico que carece de la fracción de direccionamiento celular.As used herein, "cell targeting moiety" means a conjugated group or a portion of a conjugated group that results in enhanced uptake in a particular cell type and/or distribution to a particular tissue with respect to a compound. oligomeric lacking the cell targeting moiety.
Como se usa en la presente, "fracción escindible" significa un enlace o grupo de átomos que se escinde en condiciones fisiológicas, por ejemplo, dentro de una célula, un animal o un humano.As used herein, "cleavable moiety" means a bond or group of atoms that is cleaved under physiological conditions, eg, within a cell, animal, or human.
Como se usa en la presente, "complementario" en referencia a un oligonucleótido significa que por lo menos el 70% de las nucleobases de dicho oligonucleótido o una o más regiones del mismo y las nucleobases de otro ácido nucleico o una o más regiones del mismo son capaces de formar puentes de hidrógeno entre sí cuando la secuencia de nucleobases del oligonucleótido y el otro ácido nucleico se alinean en direcciones opuestas. Las nucleobases complementarias significan nucleobases que son capaces de formar enlaces de hidrógeno entre sí. Los pares de nucleobases complementarias incluyen adenina (A) y timina (T), adenina (A) y uracilo (U), citosina (C) y guanina (G), 5-metil citosina (mC) y guanina (G). Los oligonucleótidos y/o ácidos nucleicos complementarios no necesitan tener complementariedad de nucleobases en cada nucleósido. Más bien, se toleran algunos malapareamientos. Como se usa en la presente, "totalmente complementario" o "100% complementario" en referencia a los oligonucleótidos significa que dichos oligonucleótidos son complementarios a otro oligonucleótido o ácido nucleico en cada nucleósido del oligonucleótido.As used herein, "complementary" in reference to an oligonucleotide means that at least 70% of the nucleobases of said oligonucleotide or one or more regions thereof and the nucleobases of another nucleic acid or one or more regions thereof they are capable of hydrogen bonding with each other when the nucleobase sequence of the oligonucleotide and the other nucleic acid align in opposite directions. Complementary nucleobases mean nucleobases that are capable of forming hydrogen bonds with each other. Complementary nucleobase pairs include adenine (A) and thymine (T), adenine (A) and uracil (U), cytosine (C) and guanine (G), 5-methyl cytosine (mC) and guanine (G). The complementary oligonucleotides and/or nucleic acids need not have nucleobase complementarity at each nucleoside. Rather, some mismatches are tolerated. As used herein, "fully complementary" or "100% complementary" in reference to oligonucleotides means that such oligonucleotides are complementary to another oligonucleotide or nucleic acid at each nucleoside of the oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "grupo conjugado" significa un grupo de átomos que está unido directa o indirectamente a un oligonucleótido. Los grupos conjugados incluyen una fracción conjugada y un conector conjugado que une la fracción conjugada al oligonucleótido.As used herein, "conjugate group" means a group of atoms that is attached directly or indirectly to an oligonucleotide. Conjugate groups include a conjugate moiety and a conjugate linker that joins the conjugate moiety to the oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "conector conjugado" significa un grupo de átomos que comprende por lo menos un enlace que conecta una fracción conjugada a un oligonucleótido.As used herein, "conjugate linker" means a group of atoms comprising at least one bond that connects a conjugate moiety to an oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "fracción conjugada" significa un grupo de átomos que se une a un oligonucleótido a través de un conector conjugado.As used herein, "conjugate moiety" means a group of atoms that is attached to an oligonucleotide through a conjugate linker.
Como se usa en la presente, "contiguo" en el contexto de un oligonucleótido se refiere a nucleósidos, nucleobases, fracciones de azúcar o enlaces internucleosídicos que están inmediatamente adyacentes entre sí. Por ejemplo, "nucleobases contiguas" significa nucleobases que están inmediatamente adyacentes entre sí en una secuencia.As used herein, "contiguous" in the context of an oligonucleotide refers to nucleosides, nucleobases, sugar moieties, or internucleoside linkages that are immediately adjacent to one another. For example, "contiguous nucleobases" means nucleobases that are immediately adjacent to each other in a sequence.
Como se usa en la presente, "compuesto antisentido de cadena doble" significa un compuesto antisentido que comprende dos compuestos oligoméricos que son complementarios entre sí y forman un dúplex, y en donde uno de dichos compuestos oligoméricos comprende un oligonucleótido antisentido.As used herein, "double-stranded antisense compound" means an antisense compound that comprises two oligomeric compounds that are complementary to each other and form a duplex, and wherein one of said oligomeric compounds comprises an antisense oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "completamente modificado" en referencia a un oligonucleótido modificado significa un oligonucleótido modificado en el que se modifica cada fracción de azúcar. "Modificado uniformemente" en referencia a un oligonucleótido modificado significa un oligonucleótido completamente modificado en el que cada fracción de azúcar es la misma. Por ejemplo, los nucleósidos de un oligonucleótido uniformemente modificado pueden tener cada uno una modificación 2'-MOE pero diferentes modificaciones de nucleobases, y los enlaces internucleosídicos pueden ser diferentes.As used herein, "fully modified" in reference to a modified oligonucleotide means a modified oligonucleotide in which every sugar moiety is modified. "Uniformly modified" in reference to a modified oligonucleotide means a completely modified oligonucleotide in which each sugar moiety is the same. For example, the nucleosides of a uniformly modified oligonucleotide may each have one 2'-MOE modification but different nucleobase modifications, and the internucleoside linkages may be different.
Como se usa en la presente, "gapmer" significa un oligonucleótido modificado que comprende una región interna que tiene una pluralidad de nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar no modificado colocadas entre regiones externas que tienen uno o más nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar modificado, en donde los nucleósidos de las regiones externas que son adyacentes a la región interna comprenden una fracción de azúcar modificado. La región interna puede denominarse "hueco" y las regiones externas pueden denominarse "alas".As used herein, "gapmer" means a modified oligonucleotide comprising an internal region having a plurality of nucleoside comprising unmodified sugar moieties positioned between external regions having one or more nucleoside comprising modified sugar moieties, in where the nucleosides of the outer regions that are adjacent to the inner region comprise a modified sugar moiety. The inner region may be referred to as a "hollow" and the outer regions may be referred to as "wings".
Como se usa en la presente, "hibridación" significa el emparejamiento o apareamiento de oligonucleótidos y/o ácidos nucleicos complementarios. Aunque no se limita a un mecanismo particular, el mecanismo más común de hibridación implica enlaces de hidrógeno, que pueden ser enlaces de hidrógeno de Watson-Crick, Hoogsteen o Hoogsteen inversos, entre nucleobases complementarias.As used herein, "hybridization" means the pairing of complementary oligonucleotides and/or nucleic acids. Although not limited to a particular mechanism, the most common mechanism of hybridization involves hydrogen bonding, which may be Watson-Crick, Hoogsteen, or reverse Hoogsteen hydrogen bonding, between complementary nucleobases.
Como se usa en la presente, "inhibir la expresión o actividad" se refiere a una reducción o bloqueo de la expresión o actividad con respecto a la expresión de actividad en una muestra de control o no tratada y no indica necesariamente una eliminación total de expresión o actividad.As used herein, "inhibiting expression or activity" refers to a reduction or blocking of expression or activity relative to the expression of activity in an untreated or control sample and does not necessarily indicate a complete elimination of expression. or activity.
Como se usa en la presente, el término "enlace internucleosídico" significa un grupo o enlace que forma un enlace covalente entre nucleósidos adyacentes en un oligonucleótido. Como se usa en la presente, "enlace internucleosídico modificado" significa cualquier enlace internucleosídico distinto de un enlace internucleosídico de fosfato de origen natural. A los enlaces no fosfato se hace referencia en la presente como enlaces internucleosídicos modificados. "Enlace fosforotioato" significa un enlace fosfato modificado en el que uno de los átomos de oxígeno que no forman puentes se reemplaza con un átomo de azufre. Un enlace internucleosídico de fosforotioato es un enlace internucleosídico modificado. Los enlaces internucleosídicos modificados incluyen enlaces que comprenden nucleósidos abásicos. Como se usa en la presente, "nucleósido abásico" significa una fracción de azúcar en un oligonucleótido o compuesto oligomérico que no está conectada directamente a una nucleobase. En ciertas realizaciones, un nucleósido abásico está adyacente a uno o dos nucleósidos en un oligonucleótido.As used herein, the term "internucleoside linkage" means a group or linkage that forms a covalent bond between adjacent nucleosides in an oligonucleotide. As used herein, "modified internucleoside linkage" means any internucleoside linkage other than an internucleoside linkage of naturally occurring phosphate. Non-phosphate bonds are referred to herein as modified internucleoside bonds. "Phosphorothioate bond" means a modified phosphate bond in which one of the non-bridged oxygen atoms is replaced with a sulfur atom. A phosphorothioate internucleoside bond is a modified internucleoside bond. Modified internucleoside linkages include linkages comprising abasic nucleosides. As used herein, "nucleoside abasic" means a sugar moiety in an oligonucleotide or oligomeric compound that is not directly linked to a nucleobase. In certain embodiments, an abasic nucleoside is adjacent to one or two nucleosides in an oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "Isis 396443" significa un oligonucleótido que tiene la siguiente estructura: Tes mCes Aes mCes Tes Tes Tes mCes Aes Tes Aes Aes Tes Ges mCes Tes Ges Ge en donde "mC" indica 5-metil citosina; "e" indica una modificación 2'-MOE; "C" indica citidina, "T" indica timidina, "A" indica adenosina, "G" indica guanosina y "s" indica enlace fosforotioato. A Isis 396443 también se hace referencia en la técnica como Nusinersen y como Ionis-SMNRx.As used herein, "Isis 396443" means an oligonucleotide having the following structure: Tes mCes Aes mCes Tes Tes mCes Aes Tes Aes Aes Tes Ges mCes Tes Ges Ge where "mC" indicates 5-methyl cytosine; "e" indicates a 2'-MOE modification; "C" indicates cytidine, "T" indicates thymidine, "A" indicates adenosine, "G" indicates guanosine, and "s" indicates phosphorothioate bond. Isis 396443 is also referred to in the art as Nusinersen and as Ionis-SMNRx.
Como se usa en la presente, "conector-nucleósido" significa un nucleósido que enlaza, ya sea directa o indirectamente, un oligonucleótido a una fracción conjugada. Los conectores-nucleósidos están localizados dentro del conector conjugado de un compuesto oligomérico. Los conectores-nucleósidos no se consideran parte de la porción de oligonucleótidos de un compuesto oligomérico incluso si son contiguos al oligonucleótido.As used herein, "linker-nucleoside" means a nucleoside that links, either directly or indirectly, an oligonucleotide to a conjugate moiety. Linkers-nucleosides are located within the conjugate linker of an oligomeric compound. Linkers-nucleosides are not considered part of the oligonucleotide portion of an oligomeric compound even if they are contiguous with the oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "azúcar modificada no bicíclico" o "fracción de azúcar modificada no bicíclico" significa una fracción de azúcar modificado que comprende una modificación, como un sustituyente, que no forma un puente entre dos átomos del azúcar para formar un segundo anilloAs used herein, "non-bicyclic modified sugar" or "non-bicyclic modified sugar moiety" means a modified sugar moiety that comprises a modification, such as a substituent, that does not bridge between two sugar atoms to form a second ring
Como se usa en la presente, "nucleósidos enlazados" son nucleósidos que están conectados en una secuencia continua (es decir, no hay nucleósidos adicionales presentes entre los que están enlazados).As used herein, "linked nucleosides" are nucleosides that are connected in a continuous sequence (ie, no additional nucleosides are present between those that are linked).
Como se usa en la presente, "malapareamiento" o "no complementario" significa una nucleobase de un primer oligonucleótido que no es complementaria con la nucleobase correspondiente de un segundo oligonucleótido o ácido nucleico objetivo cuando el primer y el segundo compuesto oligomérico están alineados.As used herein, "mismatch" or "noncomplementary" means a nucleobase of a first oligonucleotide that is not complementary to the corresponding nucleobase of a second oligonucleotide or target nucleic acid when the first and second oligomeric compounds are aligned.
Como se usa en la presente, "MOE" significa metoxietilo. "2'-MOE" significa un grupo -OCH2CH2OCH3 en la posición 2' de un anillo de furanosilo.As used herein, "MOE" means methoxyethyl. "2'-MOE" means a -OCH 2 CH 2 OCH 3 group at the 2' position of a furanosyl ring.
Como se usa en la presente, "motivo" significa el patrón de fracciones de azúcar modificado y/o no modificado, nucleobases y/o enlaces internucleosídicos, en un oligonucleótido.As used herein, "motif" means the pattern of modified and/or unmodified sugar moieties, nucleobases, and/or internucleoside linkages, in an oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "de origen natural" significa que se encuentra en la naturaleza.As used herein, "naturally occurring" means found in nature.
Como se usa en la presente, "nucleobase" significa una nucleobase de origen natural o una nucleobase modificada. Como se usa en la presente, una "nucleobase de origen natural" es adenina (A), timina (T), citosina (C), uracilo (U) y guanina (G). Como se usa en la presente, una nucleobase modificada es un grupo de átomos capaces de emparejarse con por lo menos una nucleobase de origen natural. Una base universal es una nucleobase que puede emparejarse con cualquiera de las cinco nucleobases no modificadas. Como se usa en la presente, "secuencia de nucleobases" significa el orden de las nucleobases contiguas en un ácido nucleico u oligonucleótido independiente de cualquier modificación de azúcar o del enlace internucleosídico.As used herein, "nucleobase" means a naturally occurring nucleobase or a modified nucleobase. As used herein, a "naturally occurring nucleobase" is adenine (A), thymine (T), cytosine (C), uracil (U), and guanine (G). As used herein, a modified nucleobase is a group of atoms capable of pairing with at least one naturally occurring nucleobase. A universal base is a nucleobase that can pair with any of the five unmodified nucleobases. As used herein, "nucleobase sequence" means the order of contiguous nucleobases in a nucleic acid or oligonucleotide independent of any sugar modification or internucleoside linkage.
Como se usa en la presente, "nucleósido" significa un compuesto que comprende una nucleobase y una fracción de azúcar. La nucleobase y la fracción de azúcar están cada uno, independientemente, sin modificar o modificado. Como se usa en la presente, "nucleósido modificado" significa un nucleósido que comprende una nucleobase modificada y/o una fracción de azúcar modificado.As used herein, "nucleoside" means a compound that comprises a nucleobase and a sugar moiety. The nucleobase and the sugar moiety are each, independently, unmodified or modified. As used herein, "modified nucleoside" means a nucleoside that comprises a modified nucleobase and/or a modified sugar moiety.
Como se usa en la presente, "2'-O-(N-alquilacetamida)" significa un grupo -O-CH2-C(O)-NH-alquilo en la posición 2' de un anillo de furanosilo.As used herein, "2'-O-(N-alkylacetamide)" means an -O-CH 2 -C(O)-NH-alkyl group at the 2' position of a furanosyl ring.
Como se usa en la presente, "2'-O-(N-metilacetamida)" o "2'-NMA" significa un grupo -O-CH2-C(O)-NH-CH3 en la posición 2 de un anillo de furanosilo.As used herein, "2'-O-(N-methylacetamide)" or "2'-NMA" means a group -O-CH2-C(O)-NH-CH3 at position 2 of a ring of furanosyl.
Como se usa en la presente, "compuesto oligomérico" significa un compuesto que consiste en un oligonucleótido y, opcionalmente, una o más características adicionales, como un grupo conjugado o un grupo terminal.As used herein, "oligomeric compound" means a compound consisting of an oligonucleotide and, optionally, one or more additional features, such as a conjugate group or end group.
Como se usa en la presente, "oligonucleótido" significa una cadena de nucleósidos enlazados conectados a través de enlaces internucleosídicos, en donde cada enlace nucleosídico e internucleosídico puede estar modificado o no modificado. A menos que se indique lo contrario, los oligonucleótidos consisten en 8-50 nucleósidos enlazados. Como se usa en la presente, "oligonucleótido modificado" significa un oligonucleótido en donde por lo menos un enlace nucleosídico o internucleosídico está modificado. Como se usa en la presente, "oligonucleótido no modificado" significa un oligonucleótido que no comprende ninguna modificación de nucleósidos o modificación internucleosídica.As used herein, "oligonucleotide" means a chain of linked nucleosides connected through internucleoside linkages, where each nucleoside and internucleoside linkage may be modified or unmodified. Unless otherwise indicated, oligonucleotides consist of 8-50 linked nucleosides. As used herein, "modified oligonucleotide" means an oligonucleotide in which at least one nucleoside or internucleoside bond is modified. As used herein, "unmodified oligonucleotide" means an oligonucleotide that does not comprise any nucleoside or internucleoside modification.
Como se usa en la presente, "portador o diluyente farmacéuticamente aceptable" significa cualquier sustancia adecuada para su uso en la administración a un animal. Ciertos de tales portadores permiten que se formulen composiciones farmacéuticas como, por ejemplo, comprimidos, píldoras, grageas, cápsulas, líquidos, geles, jarabes, lechadas, suspensiones y pastillas para chupar para la ingestión oral por parte de un sujeto. En ciertas realizaciones, un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable es agua estéril; solución salina estéril; o solución tampón estéril.As used herein, "pharmaceutically acceptable carrier or diluent" means any substance suitable for use in administration to an animal. Certain of such carriers allow pharmaceutical compositions to be formulated as, for example, tablets, pills, dragees, capsules, liquids, gels, syrups, slurries, suspensions, and lozenges for oral ingestion by a subject. In certain embodiments, a pharmaceutically acceptable carrier or diluent is sterile water; sterile saline solution; or sterile buffer solution.
Como se usa en la presente, "sales farmacéuticamente aceptables" significa sales fisiológica y farmacéuticamente aceptables de compuestos, como compuestos oligoméricos, es decir, sales que retienen la actividad biológica deseada del compuesto original y no imparten efectos toxicológicos no deseados a los mismos.As used herein, "pharmaceutically acceptable salts" means physiologically and pharmaceutically acceptable salts of compounds, such as oligomeric compounds, ie, salts that retain the desired biological activity of the parent compound and do not impart undesired toxicological effects thereto.
Como se usa en la presente, "composición farmacéutica" significa una mezcla de sustancias adecuadas para administrar a un sujeto. Por ejemplo, una composición farmacéutica puede comprender un compuesto antisentido y una solución acuosa estéril. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica muestra actividad en un ensayo de captación libre en ciertas líneas celulares.As used herein, "pharmaceutical composition" means a mixture of substances suitable for administration to a subject. For example, a pharmaceutical composition may comprise an antisense compound and a sterile aqueous solution. In certain embodiments, a pharmaceutical composition shows activity in a free uptake assay in certain cell lines.
Como se usa en la presente, "fracción de fósforo" significa un grupo de átomos que comprende un átomo de fósforo. En ciertas realizaciones, una fracción de fósforo comprende un mono-, di- o trifosfato, o fosforotioato.As used herein, "phosphorus moiety" means a group of atoms comprising a phosphorus atom. In certain embodiments, a phosphorus moiety comprises a mono-, di-, or triphosphate, or phosphorothioate.
Como se usa en la presente, "enlace internucleosídico fosfodiéster" significa un grupo fosfato que está unido covalentemente a dos nucleósidos adyacentes de un oligonucleótido modificado.As used herein, "phosphodiester internucleoside linkage" means a phosphate group that is covalently attached to two adjacent nucleosides of a modified oligonucleotide.
Como se usa en la presente, "transcrito precursor" significa un ARN codificante o no codificante que se somete a procesamiento para formar una forma procesada o madura del transcrito. Los transcritos precursores incluyen, pero no se limitan a, pre-ARNm, ARN largos no codificantes, pre-ARNmi y ARN intrónicos.As used herein, "parent transcript" means a coding or non-coding RNA that undergoes processing to form a processed or mature form of the transcript. Precursor transcripts include, but are not limited to, pre-mRNA, long non-coding RNAs, pre-miRNA, and intronic RNAs.
Como se usa en la presente, "procesamiento" en referencia a un transcrito precursor significa la conversión de un transcrito precursor para formar el transcrito procesado correspondiente. El procesamiento de un transcrito precursor incluye, pero no se limita a, eventos de escisión por nucleasas en los sitios de procesamiento del transcrito precursor.As used herein, "processing" in reference to a parent transcript means the conversion of a parent transcript to form the corresponding processed transcript. Processing of a parent transcript includes, but is not limited to, nuclease cleavage events at the processing sites of the parent transcript.
Como se usa en la presente, "profármaco" significa un agente terapéutico en una forma fuera del cuerpo que se convierte en una forma diferente dentro del cuerpo o las células del mismo. Típicamente, la conversión de un profármaco dentro del cuerpo se ve facilitada por la acción de una enzima (por ejemplo, enzima endógena o viral) o sustancia química presentes en células o tejidos y/o por condiciones fisiológicas.As used herein, "prodrug" means a therapeutic agent in one form outside the body that is converted to a different form within the body or cells thereof. Typically, the conversion of a prodrug within the body is facilitated by the action of an enzyme (eg, endogenous or viral enzyme) or chemical present in cells or tissues and/or by physiological conditions.
Como se usa en la presente, "compuesto de ARNi" significa un compuesto antisentido que actúa, por lo menos en parte, a través de RISC o Ago2 para modular un ácido nucleico objetivo y/o una proteína codificada por un ácido nucleico objetivo. Los compuestos de ARNi incluyen, pero no se limitan a, ARNip de cadena doble, ARN de cadena sencilla (ARNmc) y microARN, incluyendo imitadores de microARN. En ciertas realizaciones, un compuesto de ARNi modula la cantidad, la actividad y/o el corte y empalme de un ácido nucleico objetivo. El término compuesto de ARNi excluye los oligonucleótidos antisentido que actúan a través de la ARNasa H.As used herein, "RNAi compound" means an antisense compound that acts, at least in part, through RISC or Ago2 to modulate a target nucleic acid and/or a protein encoded by a target nucleic acid. RNAi compounds include, but are not limited to, double-stranded siRNA, single-stranded RNA (msRNA) and microRNA, including microRNA mimics. In certain embodiments, an RNAi compound modulates the amount, activity, and/or splicing of a target nucleic acid. The term RNAi compound excludes antisense oligonucleotides that act through RNase H.
Como se usa en la presente, el término "de cadena sencilla" en referencia a un compuesto antisentido significa un compuesto que consiste en un compuesto oligomérico que no está emparejado con un segundo compuesto oligomérico para formar un dúplex. "Autocomplementario" en referencia a un oligonucleótido significa un oligonucleótido que hibrida por lo menos parcialmente consigo mismo. Un compuesto que consiste en un compuesto oligomérico, en donde el oligonucleótido del compuesto oligomérico es autocomplementario, es un compuesto de cadena sencilla. Un compuesto oligomérico o antisentido de cadena sencilla puede ser capaz de unirse a un compuesto oligomérico complementario para formar un dúplex.As used herein, the term "single-stranded" in reference to an antisense compound means a compound consisting of one oligomeric compound that is not paired with a second oligomeric compound to form a duplex. "Self-complementary" in reference to an oligonucleotide means an oligonucleotide that hybridizes at least partially to itself. A compound consisting of an oligomeric compound, wherein the oligomeric compound oligonucleotide is self-complementary, is a single-stranded compound. A single chain oligomeric or antisense compound may be capable of binding to a complementary oligomeric compound to form a duplex.
Como se usa en la presente, "corte y empalme" significa el proceso mediante el cual se procesa un pre-ARNm para formar el ARNm correspondiente. El corte y empalme incluye, pero no se limita a, la eliminación de intrones del pre-ARNm y la unión de exones entre ellos.As used herein, "splicing" means the process by which a pre-mRNA is processed to form the corresponding mRNA. Splicing includes, but is not limited to, removal of introns from pre-mRNA and splicing of exons between them.
Como se usa en la presente, "fracción de azúcar" significa una fracción de azúcar no modificado o una fracción de azúcar modificado. Como se usa en la presente, "fracción de azúcar no modificado" significa una fracción de furanosilo 2'-OH(H), como se encuentra en el ARN (una "fracción de azúcar de ARN no modificado"), o una fracción 2'-H(H), tal como se encuentra en el ADN (una "fracción de azúcar de ADN no modificado"). Las fracciones de azúcar no modificado tienen un hidrógeno en cada una de las posiciones 1', 3' y 4', un oxígeno en la posición 3' y dos hidrógenos en la posición 5'. Como se usa en la presente, "fracción de azúcar modificado" o "azúcar modificado" significa una fracción de azúcar de furanosilo modificado o un sustituto de azúcar. Como se usa en la presente, fracción de azúcar de furanosilo modificado significa un azúcar de furanosilo que comprende un sustituyente que no es hidrógeno en lugar de por lo menos un hidrógeno de una fracción de azúcar no modificado. En ciertas realizaciones, una fracción de azúcar de furanosilo modificado es una fracción de azúcar 2' sustituido. Tales fracciones de azúcar de furanosilo modificado incluyen azúcares bicíclicos y azúcares no bicíclicos. Como se usa en la presente, "sustituto de azúcar" significa una fracción de azúcar modificado que tiene una fracción diferente al furanosilo que puede enlazar una nucleobase a otro grupo, como un enlace internucleosídico, un grupo conjugado o un grupo terminal en un oligonucleótido. Los nucleósidos modificados que comprenden sustitutos de azúcar pueden incorporarse en una o más posiciones dentro de un oligonucleótido y tales oligonucleótidos son capaces de hibridar con compuestos oligoméricos o ácidos nucleicos complementarios.As used herein, "sugar fraction" means an unmodified sugar fraction or a modified sugar fraction. As used herein, "unmodified sugar moiety" means a furanosyl 2'-OH(H) moiety, as found in RNA (an "unmodified RNA sugar moiety"), or a 2'-OH(H) moiety. '-H(H), as found in DNA (a "sugar moiety of unmodified DNA"). The unmodified sugar moieties have one hydrogen each at the 1', 3', and 4' positions, one oxygen at the 3' position, and two hydrogens at the 5' position. As used herein, "modified sugar fraction" or "modified sugar" means a modified furanosyl sugar moiety or a sugar substitute. As used herein, "modified furanosyl sugar moiety" means a furanosyl sugar comprising a non-hydrogen substituent in place of at least one hydrogen from an unmodified sugar moiety. In certain embodiments, a modified furanosyl sugar moiety is a 2'-substituted sugar moiety. Such modified furanosyl sugar moieties include bicyclic sugars and non-bicyclic sugars. As used herein, "sugar substitute" means a modified sugar moiety that has a moiety other than furanosyl that can link a nucleobase to another group, such as an internucleoside bond, a conjugated group, or an end group on an oligonucleotide. Modified nucleosides comprising sugar substitutes can be incorporated at one or more positions within an oligonucleotide and such oligonucleotides are capable of hybridizing to oligomeric compounds or complementary nucleic acids.
Como se usa en la presente, "transcrito precursor objetivo" significa un transcrito precursor con el que se diseña un oligonucleótido para que hibride. En ciertas realizaciones, un transcrito precursor objetivo es un pre-ARNm objetivo. Como se usa en la presente, "transcrito procesado objetivo" significa el ARN que resulta del procesamiento del transcrito precursor objetivo correspondiente. En ciertas realizaciones, un transcrito procesado objetivo es un ARNm objetivo. Como se usa en la presente, "pre-ARNm objetivo" significa un pre-ARNm con el que se diseña un oligonucleótido para que hibride. Como se usa en la presente, "ARNm objetivo" significa un ARNm que resulta del corte y empalme del pre-ARNm objetivo correspondiente.As used herein, "target parent transcript" means a parent transcript to which an oligonucleotide is designed to hybridize. In certain embodiments, a target precursor transcript is a pre-target mRNA. As used herein, "target processed transcript" means the RNA that results from processing of the corresponding target precursor transcript. In certain embodiments, a target processed transcript is a target mRNA. As used herein, "target pre-mRNA" means a pre-mRNA to which an oligonucleotide is designed to hybridize. As used herein, "target mRNA" means an mRNA that results from splicing of the corresponding pre-target mRNA.
Como se usa en la presente, "grupo terminal" significa un grupo químico o grupo de átomos que está enlazado covalentemente a un extremo terminal de un oligonucleótido.As used herein, "end group" means a chemical group or group of atoms that is covalently bonded to a terminus of an oligonucleotide.
Atrofia muscular de columnaspinal muscular atrophy
La SMA es un trastorno genético caracterizado por la degeneración de las neuronas motoras espinales. La SMA está provocada por la pérdida homocigótica de ambas copias funcionales del gen SMN1. Sin embargo, el gen SMN2 tiene el potencial de codificar la misma proteína que SMN1 y por tanto superar el defecto genético de los pacientes con SMA. La SMN2 contiene una mutación traduccionalmente silenciosa (C^T) en la posición 6 del exón 7, lo que da como resultado una inclusión ineficiente del exón 7 en los transcritos de SMN2. Por lo tanto, la forma predominante de SMN2, que carece del exón 7, es inestable e inactiva. Por tanto, los compuestos terapéuticos capaces de modular el corte y empalme de SMN2 de manera que aumente el porcentaje de transcritos de SMN2 que contienen el exón 7 serían útiles para el tratamiento de la SMA. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) tienen una actividad farmacológica mejorada para la modulación del pre-ARNm de SMN2, incluyendo el aumento del porcentaje de transcritos de SMN2 que contienen el exón 7. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) han mejorado la actividad farmacológica para la modulación del pre-ARNm de SMN2, incluyendo el aumento del porcentaje de transcritos de SMN2 que contienen el exón 7.SMA is a genetic disorder characterized by degeneration of spinal motor neurons. SMA is caused by the homozygous loss of both functional copies of the SMN1 gene. However, the SMN2 gene has the potential to encode the same protein as SMN1 and thus overcome the genetic defect in SMA patients. SMN2 contains a translationally silent (C^T) mutation at position 6 of exon 7, resulting in inefficient inclusion of exon 7 in SMN2 transcripts. Therefore, the predominant form of SMN2, which lacks exon 7, is unstable and inactive. Therefore, therapeutics capable of modulating SMN2 splicing in a manner that increases the percentage of SMN2 transcripts containing exon 7 would be useful for the treatment of SMA. In certain embodiments, modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) have enhanced pharmacological activity for modulation of SMN2 pre-mRNA, including increasing the percentage of transcripts of SMN2 containing exon 7. In certain embodiments, modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-methylacetamide) have enhanced pharmacological activity for modulation of SMN2 pre-mRNA, including increasing the percentage of SMN2 transcripts containing exon 7.
Aunque la SMA generalmente se caracteriza por la degeneración de las neuronas motoras espinales, SMN2 se expresa de manera ubicua en las células de todo el cuerpo, incluyendo las células musculares. En ciertas realizaciones, la actividad SMN mejorada en las células musculares proporciona un beneficio terapéutico. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) tienen una distribución celular mejorada en los tejidos de todo el cuerpo, incluyendo el tejido muscular. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) tienen una distribución celular mejorada en los tejidos de todo el cuerpo, incluido el tejido muscular.Although SMA is generally characterized by degeneration of spinal motor neurons, SMN2 is ubiquitously expressed in cells throughout the body, including muscle cells. In certain embodiments, the enhanced SMN activity in muscle cells provides a therapeutic benefit. In certain embodiments, modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) have improved cellular distribution to tissues throughout the body, including muscle tissue. In certain embodiments, modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-methylacetamide) have improved cellular distribution to tissues throughout the body, including muscle tissue.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) comprenden un conjugado que puede mejorar aún más la distribución celular y/o la actividad farmacológica. En ciertas realizaciones, el conjugado mejora la distribución al tejido muscular. En ciertas realizaciones, el conjugado es un lípido.In certain embodiments, modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) comprise a conjugate that can further enhance cellular distribution and/or pharmacological activity. In certain embodiments, the conjugate enhances delivery to muscle tissue. In certain embodiments, the conjugate is a lipid.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados que tienen una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) comprenden un conjugado que puede mejorar aún más la distribución celular y/o la actividad farmacológica. En ciertas realizaciones, el conjugado mejora la distribución al tejido muscular. En ciertas realizaciones, el conjugado es un lípido.In certain embodiments, modified oligonucleotides having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-methylacetamide) comprise a conjugate that can further enhance cellular distribution and/or pharmacological activity. In certain embodiments, the conjugate enhances delivery to muscle tissue. In certain embodiments, the conjugate is a lipid.
En la siguiente tabla no limitativa se ejemplifican ciertas secuencias de nucleobases dirigidas al pre-ARNm de SMN2. Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida). Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).Certain nucleobase sequences targeting SMN2 pre-mRNA are exemplified in the following non-limiting table. Any of the nucleobase sequences in the table below can be modified with six or more moieties of 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar. Any of the nucleobase sequences in the table below can be modified with six or more moieties of 2'-O-(N-methylacetamide) modified sugar.
Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) y puede comprender una fracción conjugada. Any of the nucleobase sequences in the table below may be modified with six or more moieties of 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar and may comprise a conjugate moiety.
Cualquiera de las secuencias de nucleobases de la tabla siguiente puede modificarse con seis o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) y puede comprender una fracción conjugada.Any of the nucleobase sequences in the table below may be modified with six or more 2'-O-(N-methylacetamide)-modified sugar moieties and may comprise a conjugate moiety.
ni n l iri i r -ARNm MN2ni n l iri i r -mRNA MN2
continuacióncontinuation
continuacióncontinuation
continuacióncontinuation
continuacióncontinuation
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Subíndices en la tabla anterior: "x" representa un enlace internucleosídico seleccionado entre un enlace internucleosídico de fosforotioato o un enlace internucleosídico de fosfato, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcisteína.Subscripts in the table above: "x" represents an internucleoside bond selected from a phosphorothioate internucleoside bond or a phosphate internucleoside bond, "n" represents a 2'-O-(N-methylacetamide) modified nucleoside. Superscripts: "m" before a C represents a 5-methylcysteine.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que comprenden una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1,2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251,252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261,262, 263, 264, o 265.In certain embodiments, the present disclosure provides modified oligonucleotides comprising a sequence selected from any of SEQ ID NO: 1,2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251,252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261,262, 263, 264, or 265.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que consisten en una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1,2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251,252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261,262, 263, 264, o 265.In certain embodiments, the present disclosure provides modified oligonucleotides consisting of a sequence selected from any of SEQ ID NO: 1,2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 ,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46 , 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71 .72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96 , 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121 , 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146 , 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171 , 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196 , 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221 , 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247 , 248, 249, 250, 251,252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261,262, 263, 264, or 265.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que comprenden una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1, 2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, o 265; y en donde por lo menos uno, por lo menos dos, por lo menos tres, por lo menos cuatro, por lo menos cinco o por lo menos seis nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).In certain embodiments, the present disclosure provides modified oligonucleotides comprising a sequence selected from any of SEQ ID N°: 1, 2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, or 265; and wherein at least one, at least two, at least three, at least four, at least five, or at least six nucleosides of the modified oligonucleotide comprise a 2'-O-(N -methylacetamide).
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona oligonucleótidos modificados que consisten en una secuencia seleccionada entre cualquiera de las SEQ ID N°: 1, 2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71,72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, o 265; y en donde por lo menos uno, por lo menos dos, por lo menos tres, por lo menos cuatro, por lo menos cinco o por lo menos seis nucleósidos del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida).In certain embodiments, the present disclosure provides modified oligonucleotides consisting of a sequence selected from any of SEQ ID NO: 1, 2, 3, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 ,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46 , 47, 48, 49, 50, 51,52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71 .72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96 , 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121 , 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146 , 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171 , 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196 , 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221 , 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247 , 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, or 265; and wherein at least one, at least two, at least three, at least four, at least five, or at least six nucleosides of the modified oligonucleotide comprise a 2'-O-(N -methylacetamide).
Ciertas administraciones de combinaciónCertain combination administrations
En ciertas realizaciones, se coadministra un primer agente que comprende el compuesto descrito en la presente con uno o más agentes secundarios. En ciertas realizaciones, tales segundos agentes están diseñados para tratar la misma enfermedad, trastorno o afección que el primer agente descrito en la presente. En ciertas realizaciones, los segundos agentes se coadministran con el primer agente para producir un efecto combinado. En ciertas realizaciones, los segundos agentes se coadministran con el primer agente para producir un efecto sinérgico. En ciertas realizaciones, la coadministración del primer y los segundos agentes permite el uso de dosis más bajas que las que se requerirían para lograr un efecto terapéutico o profiláctico si los agentes se administraran como terapia independiente.In certain embodiments, a first agent comprising the compound described herein is co-administered with one or more secondary agents. In certain embodiments, such second agents are designed to treat the same disease, disorder, or condition as the first agent described herein. In certain embodiments, the second agents are co-administered with the first agent to produce a combined effect. In certain embodiments, the second agents are co-administered with the first agent to produce a synergistic effect. In certain embodiments, co-administration of the first and second agents allows the use of lower doses than would be required to achieve a therapeutic or prophylactic effect if the agents were administered as stand-alone therapy.
En ciertas realizaciones, la presente divulgación proporciona la administración de un primer compuesto antisentido en el LCR, en combinación con la administración sistémica de un segundo compuesto antisentido. La administración sistémica y la administración de LCR pueden producirse simultáneamente, por separado o secuencialmente. En ciertas realizaciones, un sujeto recibe una primera dosis de un compuesto antisentido en el LCR y posteriormente recibe una segunda dosis de un compuesto antisentido sistémicamente. En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado en el LCR es Isis 396443. En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado en el LCR es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida). En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado en el LCR es un oligonucleótido modificado no conjugado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida).In certain embodiments, the present disclosure provides for administration of a first antisense compound into the CSF, in combination with systemic administration of a second antisense compound. Systemic administration and CSF administration can occur simultaneously, separately, or sequentially. In certain embodiments, a subject receives a first dose of an antisense compound in the CSF and subsequently receives a second dose of an antisense compound systemically. In certain embodiments, the antisense compound administered into the CSF is Isis 396443. In certain embodiments, the antisense compound administered into the CSF is a modified oligonucleotide having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) . In certain embodiments, the antisense compound administered into the CSF is an unconjugated modified oligonucleotide having one or more 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moieties.
En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida). En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) y un grupo conjugado. En ciertas realizaciones, el compuesto antisentido administrado sistémicamente es un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-metilacetamida) y un grupo conjugado.In certain embodiments, the systemically administered antisense compound is a modified oligonucleotide having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide). In certain embodiments, the systemically administered antisense compound is a modified oligonucleotide having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-methylacetamide). In certain embodiments, the systemically administered antisense compound is a modified oligonucleotide having one or more 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moieties and a conjugate group. In certain embodiments, the systemically administered antisense compound is a modified oligonucleotide having one or more 2'-O-(N-methylacetamide) modified sugar moieties and a conjugated group.
La administración puede producirse en cualquier orden y con frecuencia variable. Por ejemplo, un sujeto puede recibir una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida), y luego recibe una dosis de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) en el LCR. Alternativamente, un sujeto puede recibir una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) después de recibir una dosis de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) en el LCR. Alternativamente, un sujeto puede recibir simultáneamente una dosis de LCR de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) y una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida). La administración en el LCR y la administración sistémica pueden producirse en diferentes momentos y con diferentes frecuencias. Por ejemplo, un sujeto puede recibir la administración sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) de forma semanal o mensual. y recibe la administración en el LCR de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) en el LCR una vez cada cuatro meses o una vez cada seis meses. En ciertas realizaciones en las que una dosis de LCR de un compuesto antisentido (por ejemplo, ISIS 396443) y una dosis sistémica de un oligonucleótido modificado que tiene una o más fracciones de azúcar modificado con 2'-O-(N-alquilacetamida) o 2'-O-(N-metilacetamida) se administran por separado, en serie o secuencialmente, la administración de tales dosis puede espaciarse en varias duraciones como diariamente, semanalmente o mensualmente.Administration can occur in any order and with variable frequency. For example, a subject may receive a systemic dose of a modified oligonucleotide having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide), and then receive a dose of an antisense compound (eg, ISIS 396443) in the CSF. Alternatively, a subject can receive a systemic dose of a modified oligonucleotide having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) after receiving a dose of an antisense compound (eg, ISIS 396443) in the CSF. Alternatively, a subject may simultaneously receive a CSF dose of an antisense compound (eg, ISIS 396443) and a systemic dose of a modified oligonucleotide having one or more 2'-O-(N-alkylacetamide) modified sugar moieties. or 2'-O-(N-methylacetamide). CSF administration and systemic administration may occur at different times and with different frequencies. For example, a subject may receive systemic administration of a modified oligonucleotide having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) on a weekly or monthly basis. . and receives CSF administration of an antisense compound (eg, ISIS 396443) into the CSF once every four months or once every six months. In certain embodiments where a CSF dose of an antisense compound (eg, ISIS 396443) and a systemic dose of a modified oligonucleotide having one or more sugar moieties modified with 2'-O-(N-alkylacetamide) or 2'-O-(N-methylacetamide) are administered separately, serially, or sequentially, the administration of such doses may be spaced at various durations such as daily, weekly, or monthly.
I. Ciertos oligonucleótidosI. Certain oligonucleotides
La invención proporciona compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos, que consisten en nucleósidos enlazados. Los oligonucleótidos son oligonucleótidos modificados. Los oligonucleótidos modificados comprenden por lo menos una modificación relativa al ARN o ADN no modificado (es decir, comprenden por lo menos un nucleósido modificado (que comprende una fracción de azúcar modificado y/o una nucleobase modificada) y/o por lo menos un enlace internucleosídico modificado).The invention provides oligomeric compounds comprising oligonucleotides, consisting of linked nucleosides. Oligonucleotides are modified oligonucleotides. Modified oligonucleotides comprise at least one modification relative to unmodified RNA or DNA (i.e., they comprise at least one modified nucleoside (comprising a modified sugar moiety and/or a modified nucleobase) and/or at least one linker modified internucleoside).
A. Ciertos nucleósidos modificadosA. Certain modified nucleosides
Los nucleósidos modificados comprenden una fracción de azúcar modificado o una nucleobase modificada o tanto una fracción de azúcar modificado como una nucleobase modificada.Modified nucleosides comprise a modified sugar moiety or a modified nucleobase or both a modified sugar moiety and a modified nucleobase.
1. Ciertas fracciones de azúcar1. Certain fractions of sugar
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar modificado no bicíclico. En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar bicíclico o tricíclico. En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son sustitutos del azúcar. Tales sustitutos de azúcar pueden comprender una o más sustituciones correspondientes a las de otros tipos de fracciones de azúcar modificado.In certain embodiments, the modified sugar moieties are non-bicyclic modified sugar moieties. In certain embodiments, the modified sugar moieties are bicyclic or tricyclic sugar moieties. In certain embodiments, the modified sugar fractions are sugar substitutes. Such sugar substitutes may comprise one or more substitutions corresponding to those in other types of modified sugar moieties.
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son fracciones de azúcar modificado no bicíclico que comprenden un anillo de furanosilo con uno o más sustituyentes acíclicos, incluyendo pero no limitado a, sustituyentes en las posiciones 2', 4' y/o 5'. En ciertas realizaciones, uno o más sustituyentes acíclicos de fracciones de azúcar modificado no bicíclico están ramificadas. Los ejemplos de grupos sustituyentes 2' adecuados para fracciones de azúcar modificado no bicíclico incluyen pero no se limitan a: 2'-O-(N-alquilacetamida), por ejemplo, 2'-O-(N-metilacetamida). Ver, por ejemplo, la Patente de Estados Unidos N° 6.147.200 y Prakash et al., Org. Lett., 5, 403-6 (2003). A continuación se muestra un nucleósido modificado con "2'-O-(N-metilacetamida)" o "2'-NMA":In certain embodiments, the modified sugar moieties are non-bicyclic modified sugar moieties comprising a furanosyl ring with one or more acyclic substituents, including but not limited to, substituents at the 2', 4' and/or 5' positions. In certain embodiments, one or more acyclic substituents of non-bicyclic modified sugar moieties are branched. Examples of suitable 2' substituent groups for non-bicyclic modified sugar moieties include but are not limited to: 2'-O-(N-alkylacetamide), eg, 2'-O-(N-methylacetamide). See, for example, US Patent No. 6,147,200 and Prakash et al., Org. Lett., 5, 403-6 (2003). Below is a nucleoside modified with "2'-O-(N-methylacetamide)" or "2'-NMA":
En ciertas realizaciones, los grupos sustituyentes 2' se seleccionan entre: 2'-F, 2'-OCH3 ("OMe" o "O metilo"), 2'-O(CH2)2OCH3 ("MOE "), halo, alilo, amino, azido, SH, CN, OCN, CF3 , OCF3, O-alcoxi C1-C10, O-C1-C10 alcoxi sustituido, O-C1-C10 alquilo, O-C1-C10 alquilo sustituido, S-alquilo, N(Rm)-alquilo, O-alquenilo, S-alquenilo, N(Rm)-alquenilo, O-alquinilo, S-alquinilo, N(Rm)-alquinilo, O-alquilenil-O-alquilo, alquinilo, alcarilo, aralquilo, O-alcarilo, O-aralquilo, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn) o OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector de amino, o alquilo C1-C10 sustituido o no sustituido y los grupos sustituyentes 2' descritos en Cook et al., Patente de Estados Unidos 6.531.584; y Cook et al., Patente de Estados Unidos 5.859.221; y Cook et al., Patente de Estados Unidos N° 6.005.087. Ciertas realizaciones de estos grupos sustituyentes 2' pueden sustituirse adicionalmente con uno o más grupos sustituyentes seleccionados independientemente entre: hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro (NO2), tiol, tioalcoxi, tioalquilo, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo. Los ejemplos de grupos sustituyentes 4' adecuados para fracciones de azúcar modificado no bicíclico incluyen, pero no se limitan a, alcoxi (por ejemplo, metoxi), alquilo y los descritos en Manoharan et al., WO 2015/106128. Los ejemplos de grupos sustituyentes 5' adecuados para fracciones de azúcar modificado no bicíclico incluyen, pero no se limitan a: 5'-metilo (R o S), 5'-vinilo y 5'-metoxi. En ciertas realizaciones, los azúcares modificados no bicíclicos comprenden más de un sustituyente de azúcar sin puente, por ejemplo, fracciones de azúcar 2'-F-5'-metilo y las fracciones de azúcar modificado y los nucleósidos modificados descritos en Migawa et al., WO 2008 /101157 y Rajeev et al., US2013/0203836.).In certain embodiments, 2' substituent groups are selected from: 2'-F, 2'-OCH3 ("OMe" or "O methyl"), 2'-O(CH2)2OCH3 ("MOE"), halo, allyl , amino, azido, SH, CN, OCN, CF 3 , OCF 3 , O-C 1 -C 10 alkoxy, OC 1 -C 10 substituted alkoxy, OC 1 -C 10 alkyl, OC 1 -C 10 substituted alkyl, S -alkyl, N(Rm)-alkyl, O-alkenyl, S-alkenyl, N(Rm)-alkenyl, O-alkynyl, S-alkynyl, N(Rm)-alkynyl, O-alkylenyl-O-alkyl, alkynyl, alkaryl, aralkyl, O-alkaryl, O-aralkyl, O(CH2)2SCH3, O( CH2 ) 2ON (Rm)(Rn) or OCH2C (=O)-N(Rm)(Rn), where each Rm and Rn is, independently, H, an amino protecting group, or substituted or unsubstituted C 1 -C 10 alkyl and the 2' substituent groups described in Cook et al., US Patent 6,531,584; and Cook et al., US Patent 5,859,221; and Cook et al., US Patent No. 6,005,087. Certain embodiments of these 2' substituent groups may be further substituted with one or more substituent groups independently selected from: hydroxyl, amino, alkoxy, carboxy, benzyl, phenyl, nitro (NO 2 ), thiol, thioalkoxy, thioalkyl, halogen, alkyl, aryl , alkenyl and alkynyl. Examples of suitable 4' substituent groups for non-bicyclic modified sugar moieties include, but are not limited to, alkoxy (eg, methoxy), alkyl, and those described in Manoharan et al., WO 2015/106128. Examples of suitable 5' substituent groups for non-bicyclic modified sugar moieties include, but are not limited to: 5'-methyl (R or S), 5'-vinyl, and 5'-methoxy. In certain embodiments, the non-bicyclic modified sugars comprise more than one non-bridged sugar substituent, for example, 2'-F-5'-methyl sugar moieties and the modified sugar moieties and modified nucleosides described in Migawa et al. , WO 2008 /101157 and Rajeev et al., US2013/0203836.).
En ciertas realizaciones, un nucleósido 2' sustituido o un nucleósido modificado no bicíclico 2' comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2' no puente seleccionado de: F, NH2 , N3 , OCF3, OCH3 , O(CH2)3NH2, CH2CH=CH2, OCH2CH=CH2, OCH2CH2OCH3 , O(CH2)2SCH3, O(CH2)20N(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, y acetamida N-sustituida (OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector de amino, o alquilo C1-C10 sustituido o no sustituido. En ciertas realizaciones, cada Rm y Rn es, independientemente, H o alquilo C1-C3. En ciertas realizaciones, cada Rm y Rn es, independientemente, H o metilo.In certain embodiments, a 2' substituted nucleoside or a 2' non-bicyclic modified nucleoside comprises a sugar moiety comprising a non-bridging 2' substituent group selected from: F, NH 2 , N 3 , OCF 3 , OCH 3 , O( CH2)3NH2, CH2CH=CH2, OCH2CH=CH2, OCH 2 CH 2 OCH 3 , O(CH2)2SCH3, O(CH2)20N(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2 , and N-substituted acetamide (OCH 2 C(=O)-N(Rm)(Rn)), where each Rm and Rn is, independently, H, an amino protecting group, or substituted C 1 -C 10 alkyl or not substituted. In certain embodiments, each Rm and Rn is independently H or C1-C3 alkyl. In certain embodiments, each Rm and Rn is independently H or methyl.
En ciertas realizaciones, un nucleósido 2' sustituido o un nucleósido modificado 2' no bicíclico comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2' no puente seleccionado de: F, OCF3, OCH3, OCH2CH2OCH3 , O(CH2)2SCH3, O(CH2)2üN(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, y OCH2C(=O)-N(H)CH3.In certain embodiments, a non-bicyclic 2' substituted nucleoside or 2' modified nucleoside comprises a sugar moiety comprising a non-bridging 2' substituent group selected from: F, OCF3, OCH3, OCH 2 CH 2 OCH 3 , O(CH2 )2SCH3, O(CH2)2 ü N(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, and OCH2C(=O)-N(H)CH3.
En ciertas realizaciones, un nucleósido 2' sustituido o un nucleósido 2' modificado no bicíclico comprende una fracción de azúcar que comprende un grupo sustituyente 2' no puente seleccionado de: F, OCH3, OCH2CH2OCH3 y OCH2C(=O)-N(H)CH3.In certain embodiments, a 2' substituted nucleoside or a non-bicyclic 2' modified nucleoside comprises a sugar moiety comprising a non-bridging 2' substituent group selected from: F, OCH3, OCH 2 CH 2 OCH 3 and OCH 2 C(=O) -N(H)CH3.
Los nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar modificado, como fracciones de azúcar modificado no bicíclico, pueden denominarse por la posición o posiciones de las sustituciones en la fracción de azúcar del nucleósido. Por ejemplo, los nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar 2' sustituido o 2 modificado se denominan nucleósidos 2' sustituidos o nucleósidos 2 modificados.Nucleosides comprising modified sugar moieties, such as non-bicyclic modified sugar moieties, can be named by the position(s) of the substitutions in the sugar moiety of the nucleoside. For example, nucleosides comprising 2'-substituted or 2-modified sugar moieties are referred to as 2'-substituted or 2-modified nucleosides.
Ciertas fracciones de azúcar modificado comprenden un sustituyente de azúcar puente que forma un segundo anillo que da como resultado una fracción de azúcar bicíclico. En ciertas de tales realizaciones, la fracción de azúcar bicíclico comprende un puente entre los átomos del anillo de furanosa 4' y 2'. Los ejemplos de tales sustituyentes de azúcar puente de 4' a 2' incluyen, pero no se limitan a: 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2' (“LNA”), 4'-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-O-2' (“ENA”), 4'-Ch (CH3)-O-2' (denominado "etilo restringido" o "cEt" cuando está en la configuración S), 4'-CH2-O-CH2-2', 4'-CH2-N(R)-2', 4'-CH(CH2OCH3)-O-2' ("MOE restringido" o "cMOE") y análogos de los mismos (ver, por ejemplo, Seth et al., Patente de Estados Unidos 7.399.845, Bhat et al., Patente de Estados Unidos 7.569.686, Swayze et al., Patente de Estados Unidos 7.741.457 y Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.022.193), 4'-C(CH3)(c H3)-O-2' y análogos de los mismos (ver, por ejemplo, Seth et al., Patente de Estados Unidos 8.278.283), 4'-CH2-N(o c H3)-2' y análogos de los mismos (ver, por ejemplo, Prakash et al., Patente de Estados Unidos 8.278.425), 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (ver, por ejemplo, Allerson et al., Patente de Estados Unidos 7.696.345 y Allerson et al., Patente de Estados Unidos 8.124.745), 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (ver, por ejemplo, Zhou, et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134), 4'-CH2-C(=CH 2)-2' y análogos del mismo (ver, por ejemplo, Seth et al., Patente de Estados Unidos 8.278.426), 4'-C(RaRb)-N(R)-O-2', 4'-C(RaRb)-O-N(R)-2', 4'-CH2-O-N(R)-2' y 4'-CH2-N(R)-O-2', en donde cada R, Ra y Rb es, independientemente, H, un grupo protector o alquilo C1-C12 (ver, por ejemplo, Imanishi et al., Patente de Estados Unidos 7.427.672).Certain modified sugar moieties comprise a bridging sugar substituent that forms a second ring resulting in a bicyclic sugar moiety. In certain such embodiments, the bicyclic sugar moiety comprises a bridge between the 4' and 2' furanose ring atoms. Examples of such 4' to 2' bridging sugar substituents include, but are not limited to: 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2 ', 4'-CH2-O-2' (“LNA”), 4'-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-O-2' (“ENA”), 4'-C h (CH3)-O-2' (referred to as "restricted ethyl" or "cEt" when in the S configuration), 4'-CH2-O-CH2-2', 4'-CH2-N(R)-2' , 4'-CH(CH2OCH3)-O-2'("restrictedMOE" or "cMOE") and analogs thereof (see, for example, Seth et al., US Patent 7,399,845, Bhat et al ., US Patent 7,569,686, Swayze et al., US Patent 7,741,457 and Swayze et al., US Patent 8,022,193), 4'-C(CH3)( c H3)-O -2' and analogs thereof (see, for example, Seth et al., US Patent 8,278,283), 4'-CH2-N(oc H3)-2' and analogs thereof (see, for example, Prakash et al., US Patent 8,278,425), 4'-CH2-ON(CH3)-2' (see, for example, Allerson et al., US Patent 7,696,345 and Allerson et al. ., US Patent 8,124,745), 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (see, for example, Zhou, et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134), 4'-CH2-C(=CH 2)-2' and analogs thereof (see, for example, Seth et al., US Patent 8,278,426), 4'-C(RaRb)-N(R)-O-2', 4'-C(RaRb)-ON(R)-2', 4'-CH2-ON(R)-2' and 4'- CH2-N(R)-O-2', where each R, Ra and Rb is, independently, H, a protecting group or C 1 -C 12 alkyl (see, for example, Imanishi et al., US Pat. States 7,427,672).
En ciertas realizaciones, tales puentes de 4' a 2' comprenden independientemente de 1 a 4 grupos enlazados seleccionados independientemente de -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, and -N(Ra)-;In certain embodiments, such 4' to 2' bridges independently comprise 1 to 4 linked groups independently selected from -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]nO-, - C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si (Ra) 2 -, -S(=O)x-, and -N(Ra)-;
en donde:where:
x es 0, 1 o 2;x is 0, 1, or 2;
n es 1, 2, 3 o 4;n is 1, 2, 3 or 4;
cada Ra y Rb es, independientemente, H, un grupo protector, hidroxilo, alquilo C1-C12, alquilo C1-C12 sustituido, alquenilo C2-C12, alquenilo C2-C12 sustituido, alquinilo C2-C12, alquinilo C2-C12 sustituido, arilo C5-C20, arilo C5-C20 sustituido, radical heterociclo, radical heterociclo sustituido, heteroarilo, heteroarilo sustituido, radical alicíclico C5-C7, radical alicíclico C5-C7 sustituido, halógeno, OJ1, NJ1J2 , SJ1, N3 , COOJ1, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, CN, sulfonilo (S (=O)2-J1), o sulfoxilo (S(=O)-J1); yeach Ra and Rb is, independently, H, a protecting group, hydroxyl, C1 - C12 alkyl, substituted C1 - C12 alkyl, C2 - C12 alkenyl, substituted C2 - C12 alkenyl, C2- alkynyl C 12 , substituted C 2 -C 12 alkynyl, C 5 -C 20 aryl, substituted C 5 -C 20 aryl, heterocycle radical, substituted heterocycle radical, heteroaryl, substituted heteroaryl, C 5 -C 7 alicyclic radical, C 5 alicyclic radical -C 7 substituted, halogen, OJ 1 , NJ 1 J 2 , SJ 1 , N 3 , COOJ 1 , acyl (C(=O)-H), acyl substituted, CN, sulfonyl (S (=O) 2 -J 1 ), or sulfoxyl (S(=O)-J 1 ); and
cada J1 y J2 es, independientemente, H, alquilo C1-C12, alquilo C1-C12 sustituido, alquenilo C2-C12, alquenilo C2-C12 sustituido, alquinilo C2-C12, alquinilo C2-C12 sustituido, arilo C5-C20, arilo C5-C2Ü sustituido, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, un radical heterociclo, un radical heterociclo sustituido, aminoalquilo C1-C12, aminoalquilo C1-C12 sustituido, o un grupo protector.each J 1 and J 2 is, independently, H, C 1 -C 12 alkyl, substituted C 1 -C 12 alkyl, C 2 -C 12 alkenyl, substituted C 2 -C 12 alkenyl, C 2 -C 12 alkynyl, alkynyl Substituted C 2 -C 12 , C 5 -C 20 aryl, substituted C 5 -C 2 Ü aryl, acyl (C(=O)-H), substituted acyl, a heterocyclo radical, a substituted heterocyclo radical, C 1 -aminoalkyl C 12 , substituted C 1 -C 12 aminoalkyl, or a protecting group.
En la técnica se conocen fracciones de azúcar bicíclicos adicionales, ver, por ejemplo: Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 20017, 129, 8362-8379; Wengel et a., Patente de estados Unidos N° 7,053,207; Imanishi et al., Patente de estados Unidos N° 6,268,490; Imanishi et al. Patente de estados Unidos N° 6,770,748; Imanishi et al., U.S. RE44,779;Additional bicyclic sugar moieties are known in the art, see, for example: Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 20017, 129, 8362-8379; Wengel et al., US Patent No. 7,053,207; Imanishi et al., US Patent No. 6,268,490; Imanishi et al. US Patent No. 6,770,748; Imanishi et al., US RE44,779;
Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 6,794,499; Wengel et al., Patente de estados Unido Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 7,034,133; Wengel et al., Patente de estados Unido Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 8,034,909; Wengel et al., Patente de estados Unido Wengel et al., Patente de estados Unidos N° 7,572,582; and Ramasamy et al., Patente de estados Unidos N° 6,525,191; Torsten et al., WO 2004/106356; Wengel et al., WO 1999/014226; Seth et al., WO 2007/134181; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 7,547,684; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 7,666,854; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,088,746; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 7,750,131; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,030,467; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,268,980; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,546,556; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,530,640; Migawa et al., Patente de estados Unidos N° 9,012,421; Seth et al., Patente de estados Unidos N° 8,501,805; y Publicaciones de Patente de Estados Unidos N° Allerson et al., US2008/0039618 y Migawa et al., US2015/0191727.Wengel et al., US Patent No. 6,794,499; Wengel et al., US Patent Wengel et al., US Patent No. 7,034,133; Wengel et al., US Patent Wengel et al., US Patent No. 8,034,909; Wengel et al., US Patent Wengel et al., US Patent No. 7,572,582; and Ramasamy et al., US Patent No. 6,525,191; Torsten et al., WO 2004/106356; Wengel et al., WO 1999/014226; Seth et al., WO 2007/134181; Seth et al., US Patent No. 7,547,684; Seth et al., US Patent No. 7,666,854; Seth et al., US Patent No. 8,088,746; Seth et al., US Patent No. 7,750,131; Seth et al., US Patent No. 8,030,467; Seth et al., US Patent No. 8,268,980; Seth et al., US Patent No. 8,546,556; Seth et al., US Patent No. 8,530,640; Migawa et al., US Patent No. 9,012,421; Seth et al., US Patent No. 8,501,805; and United States Patent Publication Nos. Allerson et al., US2008/0039618 and Migawa et al., US2015/0191727.
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar bicíclico y los nucleósidos que incorporan tales fracciones de azúcar bicíclico se definen además por la configuración isomérica. Por ejemplo, un nucleósido de LNA (descrito en la presente) puede estar en la configuración a-L o en la configuración p-D.In certain embodiments, bicyclic sugar moieties and nucleosides incorporating such bicyclic sugar moieties are further defined by isomeric configuration. For example, an LNA nucleoside (described herein) can be in the a-L configuration or in the p-D configuration.
Se han incorporado nucleósidos biciclicos a-L-metilenoxi (4'-CH2-O-2') o a-L-LNA en oligonucleótidos antisentido que mostraron actividad antisentido (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). En la presente, las descripciones generales de los nucleósidos bicíclicos incluyen ambas configuraciones isoméricas. Cuando las posiciones de nucleósidos bicíclicos específicos (por ejemplo, LNA o cEt) se identifican en las realizaciones ejemplificadas en la presente, están en la configuración p-D, a menos que se especifique lo contrario.Bicyclic α-L-methyleneoxy (4'-CH2-O-2') or α-L-LNA nucleosides have been incorporated into antisense oligonucleotides that showed antisense activity (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). Herein, the general descriptions of bicyclic nucleosides include both isomeric configurations. When specific bicyclic nucleoside positions (eg, LNA or cEt) are identified in the exemplified embodiments herein, they are in the p-D configuration, unless otherwise specified.
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado comprenden uno o más sustituyentes de azúcar sin puente y uno o más sustituyentes de azúcar con puente (por ejemplo, azúcares 5'-sustituidos y 4'-2' con puente).In certain embodiments, the modified sugar moieties comprise one or more non-bridged sugar substituents and one or more bridged sugar substituents (eg, 5'-substituted and 4'-2'-bridged sugars).
En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar modificado son sustitutos de azúcar. En ciertas de tales realizaciones, el átomo de oxígeno de la fracción de azúcar se reemplaza, por ejemplo, con un átomo de azufre, carbono o nitrógeno. En ciertas de tales realizaciones, tales fracciones de azúcar modificado también comprenden sustituyentes puente y/o no puente como se describe en la presente. Por ejemplo, ciertos sustitutos de azúcar comprenden un átomo de azufre 4' y una sustitución en la posición 2' (ver, por ejemplo, Bhat et al., Patente de Estados Unidos 7,875,733 y Bhat et al., Patente de Estados Unidos 7,939,677) y/o la posición 5'.In certain embodiments, the modified sugar fractions are sugar substitutes. In certain such embodiments, the oxygen atom of the sugar moiety is replaced, for example, with a sulfur, carbon, or nitrogen atom. In certain such embodiments, such modified sugar moieties also comprise bridging and/or non-bridging substituents as described herein. For example, certain sugar substitutes comprise a 4' sulfur atom and a substitution at the 2' position (see, for example, Bhat et al., US Patent 7,875,733 and Bhat et al., US Patent 7,939,677). and/or the 5' position.
En ciertas realizaciones, los sustitutos de azúcar comprenden anillos que tienen más de 5 átomos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un sustituto de azúcar comprende un tetrahidropirano ("THP") de seis miembros.In certain embodiments, the sugar substitutes comprise rings having more than 5 atoms. For example, in certain embodiments, a sugar substitute comprises a six-membered tetrahydropyran ("THP").
Tales tetrahidropiranos pueden modificarse o sustituirse adicionalmente. Los nucleósidos que comprenden tales tetrahidropiranos modificados incluyen, pero no se limitan a, ácido nucleico de hexitol ("HNA"), ácido nucleico de anitol ("ANA"), ácido nucleico de manitol ("MNA") (ver, por ejemplo, Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10,Such tetrahydropyrans may be further modified or substituted. Nucleosides comprising such modified tetrahydropyrans include, but are not limited to, hexitol nucleic acid ("HNA"), annitol nucleic acid ("ANA"), mannitol nucleic acid ("MNA") (see, for example, Leumann, CJ Bioorg & Med Chem 2002, 10,
841-854), fluoro HNA:841-854), fluoro HNA:
("F-HNA", ver, por ejemplo, Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.088.904; Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.440.803; Swayze et al., Patente de Estados Unidos 8.796.437; y Swayze et al., Patente de Estados Unidos 9.005.906; F-HNA también puede denominarse F-THP o 3'-fluorotetrahidropirano) y nucleósidos que comprenden compuestos de THP modificados adicionales que tienen la fórmula: ("F-HNA", see, for example, Swayze et al., US Patent 8,088,904; Swayze et al., US Patent 8,440,803; Swayze et al., US Patent 8,796,437 and Swayze et al., US Patent 9,005,906; F-HNA may also be referred to as F-THP or 3'-fluorotetrahydropyran) and nucleosides comprising additional modified THP compounds having the formula:
en donde, independientemente, para cada uno de dichos nucleósidos de THP modificados:where, independently, for each of said modified THP nucleosides:
Bx es una fracción de nucleobase;Bx is a nucleobase fraction;
T3 y T4 son cada uno, independientemente, un grupo de enlace internucleosídico que enlaza el nucleósido de THP modificado con el resto de un oligonucleótido o uno de T3 y T4 es un grupo de enlace internucleosídico que enlaza el nucleósido de THP modificado con el resto de un oligonucleótido y el otro de T3 y T4 es H, un grupo protector de hidroxilo, un grupo conjugado enlazado o un grupo 5' o 3'-terminal;T 3 and T 4 are each, independently, an internucleoside linking group that links the modified THP nucleoside to the rest of an oligonucleotide or one of T 3 and T 4 is an internucleoside linking group that links the modified THP nucleoside with the remainder of an oligonucleotide and the other of T 3 and T 4 is H, a hydroxyl protecting group, a conjugate bonded group or a 5' or 3'-terminal group;
q1, q2 , q3, q4, q5, q6 y q7 son cada uno, independientemente, H, alquilo C1-C6, alquilo C1-C6 sustituido, alquenilo C2-C6 , alquenilo C2-C6 sustituido, alquinilo C2-C6 o alquinilo C2-C6 sustituido; yq 1 , q 2 , q3, q4, q5, q6 and q7 are each, independently, H, C 1 -C 6 alkyl, substituted C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, C 2 -C alkenyl 6 substituted, C 2 -C 6 alkynyl or substituted C 2 -C 6 alkynyl; and
cada uno de R1 y R2 se selecciona independientemente entre: hidrógeno, halógeno, alcoxi sustituido o no sustituido, NJ1J2, SJ1, N3 , OC(=X)J1, OC(=X)NJJ2, NJ3C(=X)NJJ y CN, en donde X es O, S o NJ1, y cada J1, J2 y J3 es, independientemente, H o alquilo C1-C6.R 1 and R 2 are each independently selected from: hydrogen, halogen, substituted or unsubstituted alkoxy, NJ 1 J 2 , SJ 1 , N 3 , OC(=X)J 1 , OC(=X)NJJ 2 , NJ3C(=X)NJJ and CN, where X is O, S, or NJ 1 , and each J 1 , J 2 , and J3 is independently H or C 1 -C 6 alkyl.
En ciertas realizaciones, se proporcionan nucleósidos de THP modificados en donde q1, q2 , q3, q4, q5, q6 y q7 son cada uno H. En ciertas realizaciones, por lo menos uno de q1, q2 , q3, q4, q5, q6 y q7 es distinto de H. En ciertas realizaciones, por lo menos uno de q1, q2, q3, q4, q5, q6 y q7 es metilo. En ciertas realizaciones, se proporcionan nucleósidos de THP modificados en donde uno de R1 y R2 es F. En ciertas realizaciones, R1 es F y R2 es H, en ciertas realizaciones, R1 es metoxi y R2 es H, y en ciertas realizaciones, R1 es metoxietoxi y R2 es H.In certain embodiments, modified THP nucleosides are provided where q 1 , q 2 , q3, q4, q5, q6 and q7 are each H. In certain embodiments, at least one of q 1 , q 2 , q3, q4 , q5, q6 and q7 is other than H. In certain embodiments, at least one of q 1 , q 2 , q3, q4, q5, q6 and q7 is methyl. In certain embodiments, modified THP nucleosides are provided where one of R 1 and R 2 is F. In certain embodiments, R 1 is F and R 2 is H, in certain embodiments, R 1 is methoxy and R 2 is H, and in certain embodiments, R 1 is methoxyethoxy and R 2 is H.
En ciertas realizaciones, los sustitutos de azúcar comprenden anillos que tienen más de 5 átomos y más de un heteroátomo. Por ejemplo, se ha informado de nucleósidos que comprenden fracciones de azúcar morfolino y su uso en oligonucleótidos (ver, por ejemplo, Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 y Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,698,685; Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,166,315; Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,185,444; y Summerton et al., Patente de Estados Unidos 5,034,506). Como se usa aquí, el término "morfolino" significa un sustituto de azúcar que tiene la siguiente estructura:In certain embodiments, the sugar substitutes comprise rings having more than 5 atoms and more than one heteroatom. For example, nucleosides comprising morpholino sugar moieties and their use in oligonucleotides have been reported (see, for example, Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 and Summerton et al., US Patent 5,698,685 ; Summerton et al., US Patent 5,166,315; Summerton et al., US Patent 5,185,444; and Summerton et al., US Patent 5,034,506). As used herein, the term "morpholino" means a sugar substitute having the following structure:
En ciertas realizaciones, los morfolinos pueden modificarse, por ejemplo, añadiendo o alterando varios grupos sustituyentes de la estructura de morfolino anterior. A tales sustitutos de azúcar se hace referencia en la presente como "morfolinos modificados".In certain embodiments, morpholinos can be modified, for example, by adding or altering various substituent groups to the above morpholino structure. Such sugar substitutes are referred to herein as "modified morpholinos."
En ciertas realizaciones, los sustitutos de azúcar comprenden fracciones acíclicas. Los ejemplos de nucleósidos y oligonucleótidos que comprenden tales sustitutos de azúcares acíclicos incluyen, pero no se limitan a: ácido nucleico peptídico ("PNA"), ácido nucleico de butilo acíclico (ver, por ejemplo, Kumar et al., Org. Biomol. Chem., 2013, 11,5853-5865), y nucleósidos y oligonucleótidos descritos en Manoharan et al., WO2011/133876.In certain embodiments, the sugar substitutes comprise acyclic moieties. Examples of nucleosides and oligonucleotides comprising such acyclic sugar substitutes include, but are not limited to: peptide nucleic acid ("PNA"), acyclic butyl nucleic acid (see, for example, Kumar et al., Org. Biomol. Chem., 2013, 11,5853-5865), and nucleosides and oligonucleotides described in Manoharan et al., WO2011/133876.
En la técnica se conocen muchos otros azúcares bicíclicos y tricíclicos y sistemas de anillos sustitutos de azúcares que pueden usarse en nucleósidos modificados.Many other bicyclic and tricyclic sugars and sugar substitute ring systems are known in the art that can be used in modified nucleosides.
2. Ciertas nucleobases modificadas2. Certain modified nucleobases
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos que comprenden una nucleobase no modificada. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos que comprenden una nucleobase modificada.In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise one or more nucleosides that comprise an unmodified nucleobase. In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise one or more nucleosides that comprise a modified nucleobase.
En ciertas realizaciones, las nucleobases modificadas se seleccionan de: pirimidinas 5-sustituidas, 6-azapirimidinas, pirimidinas sustituidas con alquilo o alquinilo, purinas sustituidas con alquilo y purinas N-2, N-6 y O-6 sustituidas. En ciertas realizaciones, las nucleobases modificadas se seleccionan de: 2-aminopropiladenina, 5-hidroximetilcitosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-N-metilguanina, 6-N-metiladenina, 2-propiladenina, 2 tiouracilo, 2-tiotimina y 2-tiocitosina, 5-propinilo (-CEC-CH3) uracilo, 5-propinilcitosina, 6-azouracilo, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-ribosiluracilo (pseudouracilo), 4-tiouracilo, 8-halo, 8-amino, 8-tiol, 8-tioalquilo, 8-hidroxilo, 8-aza y otras purinas 8-sustituidas, 5-halo, particularmente 5-bromo, 5-trifluorometilo, 5-halouracilo y 5-halocitosina, 7-metilguanina, 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-aminoadenina, 7-deazaguanina, 7-deazaadenina, 3-deazaguanina, 3-deazaadenina, 6-N-benzoiladenina, 2-N-isobutirilguanina, 4-N-benzoilcitosina, 4-N-benzoiluracilo, 5-metil 4-N-benzoilcitosina, 5-metil 4-N-benzoiluracilo, bases universales, bases hidrófobas, bases promiscuas, bases de tamaño expandido y bases fluoradas. Nucleobases modificadas adicionales incluyen pirimidinas tricíclicas, como 1,3-diazafenoxazina-2-ona, 1,3-diazafenotiazina-2-ona y 9-(2-aminoetoxi)-1,3-diazafenoxazina-2-ona (abrazadera G). Las nucleobases modificadas también pueden incluir aquellas en las que la base de purina o pirimidina se reemplaza con otros heterociclos, por ejemplo, 7-desaza-adenina, 7-desazaguanosina, 2-aminopiridina y 2-piridona. Nucleobases adicionales incluyen las divulgadas en Merigan et al., Patente de Estados Unidos 3.687.808, las divulgadas en The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, Edición Internacional, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S., Capítulo 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. y Lebleu, B., Eds., C1-C Press, 1993, 273-288; y las divulgadas en los Capítulos 6 y 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 y 442 443.In certain embodiments, the modified nucleobases are selected from: 5-substituted pyrimidines, 6-azapyrimidines, alkyl or alkynyl substituted pyrimidines, alkyl substituted purines, and N-2, N-6, and O-6 substituted purines. In certain embodiments, the modified nucleobases are selected from: 2-aminopropyladenine, 5-hydroxymethylcytosine, xanthine, hypoxanthine, 2-aminoadenine, 6-N-methylguanine, 6-N-methyladenine, 2-propyladenine, 2-thiouracil, 2-thiothymine and 2-thiocytosine, 5-propynyl (-CEC-CH 3 ) uracil, 5-propynylcytosine, 6-azouracil, 6-azocytosine, 6-azothymine, 5-ribosiluracil (pseudouracil), 4-thiouracil, 8-halo, 8-amino, 8-thiol, 8-thioalkyl, 8-hydroxy, 8-aza and other 8-substituted purines, 5-halo, particularly 5-bromo, 5-trifluoromethyl, 5-halouracil and 5-halocytosine , 7-methylguanine, 7-methyladenine, 2-F-adenine, 2-aminoadenine, 7-deazaguanine, 7-deazaadenine, 3-deazaguanine, 3-deazaadenine, 6-N-benzoyladenine, 2-N-isobutyrylguanine, 4-N -benzoylcytosine, 4-N-benzoyluracil, 5-methyl 4-N-benzoylcytosine, 5-methyl 4-N-benzoyluracil, universal bases, hydrophobic bases, promiscuous bases, size-expanded bases, and fluorinated bases. Additional modified nucleobases include tricyclic pyrimidines, such as 1,3-diazaphenoxazine-2-one, 1,3-diazaphenothiazine-2-one, and 9-(2-aminoethoxy)-1,3-diazaphenoxazine-2-one (G clamp). Modified nucleobases can also include those in which the purine or pyrimidine base is replaced with other heterocycles, for example, 7-deaza-adenine, 7-deazaguanosine, 2-aminopyridine, and 2-pyridone. Additional nucleobases include those disclosed in Merigan et al., US Patent 3,687,808; those disclosed in The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, JI, Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613; Sanghvi, YS, Chapter 15, Antisense Research and Applications, Crooke, ST and Lebleu, B., Eds., C 1- C Press, 1993, 273-288; and those disclosed in Chapters 6 and 15, Antisense Drug Technology, Crooke ST, Ed., CRC Press, 2008, 163-166 and 442-443.
Las publicaciones que enseñan la preparación de ciertas de las nucleobases modificadas mencionadas anteriormente, así como otras nucleobases modificadas, incluyen, sin limitación, Manoharan et al., US2003/0158403; Manoharan et al., US2003/0175906; Dinh et al., Patente de Estados Unidos 4,845,205; Spielvogel et al., Patente de Estados Unidos 5,130,302; Rogers et al., Patente de Estados Unidos 5,134,066; Bischofberger et al., Patente de Estados Unidos 5,175,273; Urdea et al., Patente de Estados Unidos 5,367,066; Benner et al., Patente de Estados Unidos 5,432,272; Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 5,434,257; Gmeiner et al., Patente de Estados Unidos 5,457,187; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,459,255; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,484,908; Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 5,502,177; Hawkins et al., Patente de Estados Unidos 5,525,711; Haralambidis et al., Patente de Estados Unidos 5,552,540; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,587,469; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,594,121; Switzer et al., Patente de Estados Unidos 5,596,091; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,614,617; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,645,985; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,681,941; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,811,534; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,750,692; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,948,903; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,587,470; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,457,191; Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 5,763,588; Froehler et al., Patente de Estados Unidos 5,830,653; Cook et al., Patente de Estados Unidos 5,808,027; Cook et al., 6,166,199; y Matteucci et al., Patente de Estados Unidos 6,005,096.Publications teaching the preparation of certain of the aforementioned modified nucleobases, as well as other modified nucleobases, include, without limitation, Manoharan et al., US2003/0158403; Manoharan et al., US2003/0175906; Dinh et al., US Patent 4,845,205; Spielvogel et al., US Patent 5,130,302; Rogers et al., US Patent 5,134,066; Bischofberger et al., US Patent 5,175,273; Urdea et al., US Patent 5,367,066; Benner et al., US Patent 5,432,272; Matteucci et al., US Patent 5,434,257; Gmeiner et al., US Patent 5,457,187; Cook et al., US Patent 5,459,255; Froehler et al., US Patent 5,484,908; Matteucci et al., US Patent 5,502,177; Hawkins et al., US Patent 5,525,711; Haralambidis et al., US Patent 5,552,540; Cook et al., US Patent 5,587,469; Froehler et al., US Patent 5,594,121; Switzer et al., US Patent 5,596,091; Cook et al., US Patent 5,614,617; Froehler et al., US Patent 5,645,985; Cook et al., US Patent 5,681,941; Cook et al., US Patent 5,811,534; Cook et al., US Patent 5,750,692; Cook et al., US Patent 5,948,903; Cook et al., US Patent 5,587,470; Cook et al., US Patent 5,457,191; Matteucci et al., US Patent 5,763,588; Froehler et al., US Patent 5,830,653; Cook et al., US Patent 5,808,027; Cook et al., 6,166,199; and Matteucci et al., US Patent 6,005,096.
B. Ciertos enlaces internucleosídicos modificadosB. Certain modified internucleoside linkages
En ciertas realizaciones, los nucleósidos de oligonucleótidos modificados pueden enlazarse entre sí usando cualquier enlace internucleosídico. Las dos clases principales de grupos de enlace internucleosídicos se definen por la presencia o ausencia de un átomo de fósforo. Los enlaces internucleosídicos que contienen fósforo representativos incluyen, pero no se limitan a, fosfatos, que contienen un enlace fosfodiéster ("P=O") (también denominados enlaces no modificados o de origen natural), fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforamidatos y fosforotioatos ("P= S") y fosforoditioatos ("HS-P=S"). Los grupos de enlace internucleosídicos representativos que no contienen fósforo incluyen, pero no se limitan a, metilenmetilimino (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), tiodiéster, tionocarbamato (-O-C(=O)(NH)-S-); siloxano (-O-SiH2-O-); y N,N'-dimetilhidracina (-CH2-N(CH3)-N(CHa)-). Los enlaces internucleosídicos modificados, en comparación con los enlaces fosfato de origen natural, pueden usarse para alterar, típicamente aumentar, la resistencia a las nucleasas del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos que tienen un átomo quiral pueden prepararse como una mezcla racémica o como enantiómeros separados. Los enlaces internucleosídicos quirales representativos incluyen, pero no se limitan a, alquilfosfonatos y fosforotioatos. Los métodos de preparación de enlaces internucleosídicos que contienen fósforo y que no contienen fósforo son bien conocidos por los expertos en la técnica.In certain embodiments, the modified oligonucleotide nucleosides can be linked together using any internucleoside linkage. The two main classes of internucleoside linking groups are defined by the presence or absence of a phosphorus atom. Representative phosphorus-containing internucleoside linkages include, but are not limited to, phosphates, which contain a phosphodiester ("P=O") bond (also called unmodified or naturally occurring linkages), phosphotriesters, methylphosphonates, phosphoramidates, and phosphorothioates (" P= S") and phosphorodithioates ("HS-P=S"). Representative non-phosphorous containing internucleoside linking groups include, but are not limited to, methylenemethylimino (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), thiodiester, thionocarbamate (-OC(=O)(NH)-S- ); siloxane (-O-SiH 2 -O-); and N,N'-dimethylhydrazine (-CH2-N(CH3)-N(CHa)-). Modified internucleoside linkages, as compared to naturally occurring phosphate linkages, can be used to alter, typically increase, the nuclease resistance of the oligonucleotide. In certain embodiments, the internucleoside linkages having a chiral atom can be prepared as a racemic mixture or as separate enantiomers. Representative chiral internucleoside linkages include, but are not limited to, alkylphosphonates and phosphorothioates. Methods of preparing phosphorous-containing and non-phosphorus-containing internucleoside linkages are well known to those skilled in the art.
Los enlaces internucleosídicos neutros incluyen, sin limitación, fosfotriésteres, metilfosfonatos, MMI (3'-CH2-N(CHa)-O-5'), amida-3 (3'-CH2-C(=O)-N(H)-5'), amida-4 (3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), formacetal (3'-O-CH2-O-5'), metoxipropilo, y tioformacetal (3'-S-CH2-O-5'). Enlaces internucleosídicos neutros adicionales incluyen enlaces no iónicos que comprenden siloxano (dialquilsiloxano), éster de carboxilato, carboxamida, sulfuro, éster de sulfonato y amidas (ver por ejemplo: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi and P.D. Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Capítulos 3 y 4, 40-65). Enlaces internucleosídicos neutros adicionales incluyen enlaces no iónicos que comprenden partes componentes mixtas de N, O, S y CH2.Neutral internucleoside linkages include, without limitation, phosphotriesters, methylphosphonates, MMI (3'-CH2-N(CHa)-O-5'), amide-3 (3'-CH2-C(=O)-N(H) -5'), amide-4 (3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), formacetal (3'-O-CH2-O-5'), methoxypropyl, and thioformacetal (3 '-S-CH2-O-5'). Additional neutral internucleoside bonds include nonionic bonds comprising siloxane (dialkylsiloxane), carboxylate ester, carboxamide, sulfide, sulfonate ester, and amides (see for example: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; YS Sanghvi and PD Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Chapters 3 and 4, 40-65). Additional neutral internucleoside bonds include nonionic bonds comprising mixed component parts of N, O, S and CH 2 .
C. Ciertos MotivosC. Certain Reasons
Los oligonucleótidos modificados en la presente invención comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden un azúcar modificado. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden una nucleobase modificada. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más enlaces internucleosídicos modificados. En tales realizaciones, las fracciones de azúcar modificado, no modificado y modificado de manera diferente, las nucleobases y/o los enlaces internucleosídicos de un oligonucleótido modificado definen un patrón o motivo. En ciertas realizaciones, los patrones de fracciones de azúcar, nucleobases y enlaces internucleosídicos son cada uno independientes de otros. Por tanto, un oligonucleótido modificado puede describirse por su motivo de azúcar, motivo de nucleobase y/o motivo de enlace internucleosídico (como se usa en la presente, motivo de nucleobase describe las modificaciones a las nucleobases independientes de la secuencia de nucleobases).The modified oligonucleotides in the present invention comprise one or more modified nucleosides that comprise a modified sugar. In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise one or more modified nucleosides that comprise a modified nucleobase. In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise one or more modified internucleoside linkages. In such embodiments, the fractions of modified, unmodified, and differently modified sugar, nucleobases, and/or internucleoside linkages of a modified oligonucleotide define a pattern or motif. In certain embodiments, the patterns of sugar moieties, nucleobases, and internucleoside bonds are each independent of one another. Thus, a modified oligonucleotide can be described by its sugar motif, nucleobase motif, and/or internucleoside linkage motif (as used herein, nucleobase motif describes nucleobase sequence-independent modifications to nucleobases).
1. Ciertos motivos de azúcar1. Certain reasons for sugar
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden uno o más tipos de fracciones de azúcar modificado y/o de azúcar no modificado dispuestas a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón definido o motivo de azúcar. En ciertos casos, tales motivos de azúcar incluyen, pero no se limitan a, cualquiera de las modificaciones de azúcar analizadas en la presente.In certain embodiments, the oligonucleotides comprise one or more types of modified sugar and/or unmodified sugar moieties arranged along the oligonucleotide or region thereof in a defined pattern or sugar motif. In certain instances, such sugar motifs include, but are not limited to, any of the sugar modifications discussed herein.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden o consisten en una región que tiene un motivo gapmer, que comprende dos regiones externas o "alas" y una región central o interna o "hueco". Las tres regiones de un motivo gapmer (el ala 5', el hueco y el ala 3') forman una secuencia contigua de nucleósidos en donde por lo menos algunas de las fracciones de azúcar de los nucleósidos de cada una de las alas difieren de por lo menos algunas de las fracciones de azúcar de los nucleósidos del hueco. Específicamente, por lo menos las fracciones de azúcar de los nucleósidos de cada ala que están más cerca del hueco (el nucleósido más 3' del ala 5' y el nucleósido más 5' del ala 3') son fracciones de azúcar modificado y se diferencian de las fracciones de azúcar de los nucleósidos de hueco colindantes, que son fracciones de azúcar no modificado, definiendo así el límite entre las alas y el hueco (es decir, la unión ala/hueco). En ciertas realizaciones, las fracciones de azúcar dentro del hueco son iguales entre sí. En ciertas realizaciones, el hueco incluye uno o más nucleósidos que tienen una fracción de azúcar que difiere de la fracción de azúcar de uno o más nucleósidos del hueco. En ciertas realizaciones, los motivos de azúcar de las dos alas son iguales entre sí (gapmer simétrico). En ciertas realizaciones, el motivo de azúcar del ala 5' difiere del motivo de azúcar del ala 3' (gapmer asimétrico).In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise or consist of a region having a gapmer motif, comprising two outer regions or "wings" and a central or inner region or "gap". The three regions of a gapmer motif (the 5' wing, the gap, and the 3' wing) form a contiguous sequence of nucleosides where at least some of the sugar moieties of the nucleosides in each of the wings differ by at least some of the sugar fractions of the hole nucleosides. Specifically, at least the sugar moieties of the nucleosides in each wing that are closest to the gap (the most 3' nucleoside of the 5' wing and the most 5' nucleoside of the 3' wing) are modified sugar moieties and differ of the sugar moieties of the neighboring hole nucleosides, which are unmodified sugar moieties, thus defining the boundary between the wings and the hole (ie, the wing/hole junction). In certain embodiments, the sugar fractions within the void are equal to each other. In certain embodiments, the gap includes one or more nucleosides that have a sugar moiety that differs from the sugar moiety of one or more nucleosides in the gap. In certain embodiments, the sugar motifs of the two wings are equal to each other (symmetrical gapmer). In certain embodiments, the 5' wing sugar motif differs from the 3' wing sugar motif (asymmetric gapmer).
En ciertas realizaciones, las alas de un gapmer comprenden de 1 a 5 nucleósidos. En ciertas realizaciones, las alas de un gapmer comprenden de 2 a 5 nucleósidos. En ciertas realizaciones, las alas de un gapmer comprenden de 3 a 5 nucleósidos. En ciertas realizaciones, los nucleósidos de un gapmer son todos nucleósidos modificados.In certain embodiments, the wings of a gapmer comprise 1 to 5 nucleosides. In certain embodiments, the wings of a gapmer comprise from 2 to 5 nucleosides. In certain embodiments, the wings of a gapmer comprise 3 to 5 nucleosides. In certain embodiments, the nucleosides of a gapmer are all modified nucleosides.
En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende de 7 a 12 nucleósidos. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende de 7 a 10 nucleósidos. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende de 8 a 10 nucleósidos. En ciertas realizaciones, el hueco de un gapmer comprende 10 nucleósidos. En cierta realización, cada nucleósido del hueco de un gapmer es un 2'-desoxinucleósido no modificado.In certain embodiments, the gap of a gapmer comprises from 7 to 12 nucleosides. In certain embodiments, the gap of a gapmer comprises from 7 to 10 nucleosides. In certain embodiments, the gap of a gapmer comprises 8 to 10 nucleosides. In certain embodiments, the gap of a gapmer comprises 10 nucleosides. In a certain embodiment, each nucleoside in the gapmer gap is an unmodified 2'-deoxynucleoside.
En ciertas realizaciones, el gapmer es un gapmer desoxi. En tales realizaciones, los nucleósidos en el lado del hueco de cada unión ala/hueco son nucleósidos 2'-desoxi no modificados y los nucleósidos en los lados del ala de cada unión ala/hueco son nucleósidos modificados. En ciertas de tales realizaciones, cada nucleósido del hueco es un nucleósido 2'-desoxi no modificado. En ciertas de tales realizaciones, cada nucleósido de cada ala es un nucleósido modificado.In certain embodiments, the gapmer is a deoxy gapmer. In such embodiments, the nucleosides on the gap side of each wing/gap junction are unmodified 2'-deoxy nucleosides and the nucleosides on the wing sides of each wing/gap junction are modified nucleosides. In certain such embodiments, each nucleoside in the gap is an unmodified 2'-deoxy nucleoside. In certain such embodiments, each nucleoside in each wing is a modified nucleoside.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden o consisten en una región que tiene un motivo de azúcar completamente modificado. En tales realizaciones, cada nucleósido de la región completamente modificada del oligonucleótido modificado comprende una fracción de azúcar modificado. En ciertas de tales realizaciones, cada nucleósido en el oligonucleótido modificado completo comprende una fracción de azúcar modificado. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden o consisten en una región que tiene un motivo de azúcar completamente modificado, en donde cada nucleósido dentro de la región completamente modificada comprende la misma fracción de azúcar modificado, referida en la presente como motivo de azúcar uniformemente modificado. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido completamente modificado es un oligonucleótido uniformemente modificado. En ciertas realizaciones, cada nucleósido de un oligonucleótido uniformemente modificado comprende la misma modificación 2'. En ciertas realizaciones, cada nucleósido de un oligonucleótido uniformemente modificado comprende un grupo 2'-O-(N-alquilacetamida). En ciertas realizaciones, cada nucleósido de un oligonucleótido uniformemente modificado comprende un grupo 2'-O-(N-metilacetamida). 2. Ciertos motivos de nucleobasesIn certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise or consist of a region having a completely modified sugar motif. In such embodiments, each nucleoside in the fully modified region of the modified oligonucleotide comprises a modified sugar moiety. In certain such embodiments, each nucleoside in the complete modified oligonucleotide comprises a modified sugar moiety. In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise or consist of a region having a fully modified sugar motif, wherein each nucleoside within the fully modified region comprises the same fraction of modified sugar, referred to herein as a uniformly modified sugar motif. . In certain embodiments, a fully modified oligonucleotide is a uniformly modified oligonucleotide. In certain embodiments, each nucleoside of a uniformly modified oligonucleotide comprises the same 2' modification. In certain embodiments, each nucleoside of a uniformly modified oligonucleotide comprises a 2'-O-(N-alkylacetamide) group. In certain embodiments, each nucleoside of a uniformly modified oligonucleotide comprises a 2'-O-(N-methylacetamide) group. 2. Certain nucleobase motifs
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden nucleobases modificadas y/o no modificadas dispuestas a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón o motivo definido. En ciertas realizaciones, cada nucleobase está modificada. En ciertas realizaciones, ninguna de las nucleobases está modificada. En ciertas realizaciones, cada purina o cada pirimidina está modificada. En ciertas realizaciones, cada adenina está modificada. En ciertas realizaciones, cada guanina está modificada. En ciertas realizaciones, cada timina está modificada. En ciertas realizaciones, cada uracilo está modificado. En ciertas realizaciones, cada citosina está modificada. En ciertas realizaciones, algunas o todas las nucleobases de citosina en un oligonucleótido modificado son 5-metilcitosinas.In certain embodiments, the oligonucleotides comprise modified and/or unmodified nucleobases arranged throughout the oligonucleotide or region thereof in a defined pattern or motif. In certain embodiments, each nucleobase is modified. In certain embodiments, neither of the nucleobases is modified. In certain embodiments, each purine or each pyrimidine is modified. In certain embodiments, each adenine is modified. In certain embodiments, each guanine is modified. In certain embodiments, each thymine is modified. In certain embodiments, each uracil is modified. In certain embodiments, each cytokine is modified. In certain embodiments, some or all of the cytosine nucleobases in a modified oligonucleotide are 5-methylcytosines.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados comprenden un bloque de nucleobases modificadas. En ciertas de tales realizaciones, el bloque está en el extremo 3' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de los 3 nucleósidos del extremo 3' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está en el extremo 5' del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, el bloque está dentro de los 3 nucleósidos del extremo 5' del oligonucleótido.In certain embodiments, the modified oligonucleotides comprise a block of modified nucleobases. In certain such embodiments, the block is at the 3' end of the oligonucleotide. In certain embodiments, the block is within 3 nucleosides of the 3' end of the oligonucleotide. In certain embodiments, the block is at the 5' end of the oligonucleotide. In certain embodiments, the block is within 3 nucleosides of the 5' end of the oligonucleotide.
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos que tienen un motivo gapmer comprenden un nucleósido que comprende una nucleobase modificada. En ciertas de tales realizaciones, un nucleósido que comprende una nucleobase modificada está en el hueco central de un oligonucleótido que tiene un motivo gapmer. En ciertas de tales realizaciones, la fracción de azúcar de dicho nucleósido es una fracción 2'-desoxirribosilo. En ciertas realizaciones, la nucleobase modificada se selecciona de: una 2-tiopirimidina y una 5-propinepirimidina.In certain embodiments, oligonucleotides having a gapmer motif comprise a nucleoside comprising a modified nucleobase. In certain such embodiments, a nucleoside comprising a modified nucleobase is in the core gap of an oligonucleotide having a gapmer motif. In certain such embodiments, the sugar moiety of said nucleoside is a 2'-deoxyribosyl moiety. In certain embodiments, the modified nucleobase is selected from: a 2-thiopyrimidine and a 5-propinepyrimidine.
3. Ciertos motivos de enlace internucleosídico3. Certain internucleoside linkage motifs
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos comprenden enlaces internucleosídicos modificados y/o no modificados dispuestos a lo largo del oligonucleótido o región del mismo en un patrón o motivo definido. En ciertas realizaciones, esencialmente cada grupo de enlace internucleosídico es un enlace internucleosídico de fosfato (P=O). En ciertas realizaciones, cada grupo de enlace internucleosídico de un oligonucleótido modificado es un fosforotioato (P=S). En ciertas realizaciones, cada grupo de enlace internucleosídico de un oligonucleótido modificado se selecciona independientemente de un enlace internucleosídico de fosforotioato y fosfato. En ciertas realizaciones, el motivo de azúcar de un oligonucleótido modificado es un gapmer y todos los enlaces internucleosídicos dentro del hueco están modificados. En ciertas de tales realizaciones, algunos o todos los enlaces internucleosídicos en las alas son enlaces de fosfato no modificados. En ciertas realizaciones, los enlaces internucleosídicos terminales están modificados.In certain embodiments, the oligonucleotides comprise modified and/or unmodified internucleoside linkages arranged throughout the oligonucleotide or region thereof in a defined pattern or motif. In certain embodiments, essentially each internucleoside linking group is a phosphate (P=O) internucleoside bond. In certain embodiments, each internucleoside linking group of a modified oligonucleotide is a phosphorothioate (P=S). In certain embodiments, each internucleoside linkage group of a modified oligonucleotide is independently selected from a phosphorothioate and phosphate internucleoside linkage. In certain embodiments, the sugar motif of a modified oligonucleotide is a gapmer and all internucleoside linkages within the gap are modified. In certain such embodiments, some or all of the internucleoside linkages in the wings are unmodified phosphate bonds. In certain embodiments, the terminal internucleoside linkages are modified.
D. Ciertas longitudesD. Certain lengths
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos (incluyendo los oligonucleótidos modificados) pueden tener cualquiera de una variedad de intervalos de longitudes. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos consisten en de X a Y nucleósidos enlazados, donde X representa el menor número de nucleósidos en el intervalo e Y representa el mayor número de nucleósidos en el intervalo. En la invención, X e Y se seleccionan cada uno independientemente de 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 y 25; ciertas de tales realizaciones, X e Y se seleccionan cada uno independientemente de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 y 50; siempre que X<Y. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos constan de 12 a 13, 12 a 14, 12 a 15, 12 a 16, 12 a 17, 12 a 18, 12 a 19, 12 a 20, 12 a 21, 12 a 22, 12 a 23, 12 a 24, 12 a 25, 12 a 26, 12 a 27, 12 a 28, 12 a 29, 12 a 30, 13 a 14, siempre que X<Y. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, los oligonucleótidos consisten en de 14 a 15, de 14 a 16, de 14 a 17, de 14 a 18, de 14 a 19, de 14 a 20, de 14 a 21, de 14 a 22, de 14 a 23, de 14 a 24, de 14 a 25, de 15 a 16, de 15 a 17, de 15 a 18, de 15 a 19, de 15 a 20, de 15 a 21, de 15 a 22, de 15 a 23, de 15 a 24, de 15 a 25, de 16 a 17, de 16 a 18, de 16 a 19, de 16 a 20, de 16 a 21, de 16 a 22, de 16 a 23, de 16 a 24, de 16 a 25, de 17 a 18, de 17 a 19, de 17 a 20, de 17 a 21, de 17 a 22, de 17 a 23, de 17 a 24, de 17 a 25, de 18 a 19, de 18 a 20, de 18 a 21, de 18 a 22, de 18 a 23, de 18 a 24, de 18 a 25, de 19 a 20, de 19 a 21, de 19 a 22, de 19 a 23, de 19 a 24, de 19 a 25, de 20 a 21, de 20 a 22, de 20 a 23, de 20 a 24, de 20 a 25, de 21 a 22, de 21 a 23, de 21 a 24, de 21 a 25, de 22 a 23, de 22 a 24, de 22 a 25, de 23 a 24, de 23 a 25, o de 24 a 25 nucleósidos enlazados.In certain embodiments, the oligonucleotides (including modified oligonucleotides) can be any of a variety of length ranges. In certain embodiments, the oligonucleotides consist of X to Y linked nucleosides, where X represents the smallest number of nucleosides in the range and Y represents the largest number of nucleosides in the range. In the invention, X and Y are each independently selected from 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, and 25; certain such embodiments, X and Y are each independently selected from 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 and 50; as long as X<Y. For example, in certain embodiments, the oligonucleotides consist of 12-13, 12-14, 12-15, 12-16, 12-17, 12-18, 12-19, 12-20, 12-21, 12-22. , 12 to 23, 12 to 24, 12 to 25, 12 to 26, 12 to 27, 12 to 28, 12 to 29, 12 to 30, 13 to 14, as long as X<Y. For example, in certain embodiments, the oligonucleotides consist of 14-15, 14-16, 14-17, 14-18, 14-19, 14-20, 14-21, 14-22 , from 14 to 23, from 14 to 24, from 14 to 25, from 15 to 16, from 15 to 17, from 15 to 18, from 15 to 19, from 15 to 20, from 15 to 21, from 15 to 22 , from 15 to 23, from 15 to 24, from 15 to 25, from 16 to 17, from 16 to 18, from 16 to 19, from 16 to 20, from 16 to 21, from 16 to 22, from 16 to 23 , from 16 to 24, from 16 to 25, from 17 to 18, from 17 to 19, from 17 to 20, from 17 to 21, from 17 to 22, from 17 to 23, from 17 to 24, from 17 to 25 , from 18 to 19, from 18 to 20, from 18 to 21, from 18 to 22, from 18 to 23, from 18 to 24, from 18 to 25, from 19 to 20, from 19 to 21, from 19 to 22 , from 19 to 23, from 19 to 24, from 19 to 25, from 20 to 21, from 20 to 22, from 20 to 23, from 20 to 24, from 20 to 25, from 21 to 22, from 21 to 23 , 21-24, 21-25, 22-23, 22-24, 22-25, 23-24, 23-25, or 24-25 linked nucleosides.
E. Ciertos oligonucleótidos modificadosE. Certain Modified Oligonucleotides
En ciertas realizaciones, las modificaciones anteriores (azúcar, nucleobase, enlace internucleosídico) se incorporan en un oligonucleótido modificado. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados se caracterizan por sus motivos de modificación y longitudes totales. En ciertas realizaciones, tales parámetros son independientes entre sí. Por tanto, a menos que se indique lo contrario, cada enlace internucleosídico de un oligonucleótido que tiene un motivo de azúcar gapmer puede estar modificado o no modificado y puede seguir o no el patrón de modificación gapmer de las modificaciones de azúcar. Por ejemplo, los enlaces internucleosídicos dentro de las regiones del ala de un gapmer de azúcar pueden ser iguales o diferentes entre sí y pueden ser iguales o diferentes de los enlaces internucleosídicos de la región de hueco del motivo del azúcar. De igual manera, tales oligonucleótidos gapmer de azúcar pueden comprender una o más nucleobases modificadas independientemente del patrón gapmer de las modificaciones de azúcar. Además, en ciertos casos, un oligonucleótido se describe por una longitud o intervalo total y por longitudes o intervalos de longitud de dos o más regiones (por ejemplo, regiones de nucleósidos que tienen modificaciones de azúcar especificadas), en tales circunstancias puede ser posible seleccionar números para cada intervalo que den como resultado un oligonucleótido que tiene una longitud total que caiga fuera del intervalo especificado. En tales circunstancias, ambos elementos deben ser satisfechos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, un oligonucleótido modificado consiste en 15 a 20 nucleósidos enlazados y tiene un motivo de azúcar que consiste en tres regiones, A, B y C, en donde la región A consiste en 2 a 6 nucleósidos enlazados que tienen un motivo de azúcar específico, la región B consiste en de 6 a 10 nucleósidos enlazados que tienen un motivo de azúcar específico, y la región C consiste en de 2 a 6 nucleósidos enlazados que tienen un motivo de azúcar específico. Tales realizaciones no incluyen oligonucleótidos modificados en los que A y C consisten cada uno en 6 nucleósidos enlazados y B consiste en 10 nucleósidos enlazados (aunque esos números de nucleósidos están permitidos dentro de los requisitos para A, B y C) porque la longitud total de tal oligonucleótido es 22, que excede el límite superior de la longitud total del oligonucleótido modificado (20). En la presente, si una descripción de un oligonucleótido no dice nada con respecto a uno o más parámetros, dicho parámetro no está limitado. Por tanto, un oligonucleótido modificado descrito solo como que tiene un motivo de azúcar gapmer sin descripción adicional puede tener cualquier longitud, motivo de enlace internucleosídico y motivo de nucleobase. A menos que se indique lo contrario, todas las modificaciones son independientes de la secuencia de nucleobases.In certain embodiments, the above modifications (sugar, nucleobase, internucleoside linkage) are incorporated into a modified oligonucleotide. In certain embodiments, the modified oligonucleotides are characterized by their modification motifs and total lengths. In certain embodiments, such parameters are independent of each other. Thus, unless otherwise indicated, each internucleoside linkage of an oligonucleotide having a gapmer sugar motif may or may not be modified and may or may not follow the gapmer pattern of sugar modifications. For example, the internucleoside linkages within the wing regions of a sugar gapmer may be the same or different from one another and may be the same or different from the internucleoside linkages within the gap region of the sugar motif. Likewise, such sugar gapmer oligonucleotides may comprise one or more modified nucleobases regardless of the gapmer pattern of the sugar modifications. Furthermore, in certain cases, an oligonucleotide is described by a total length or interval and by lengths or length intervals of two or more regions (for example, regions of nucleosides having specified sugar modifications), in such circumstances it may be possible to select numbers for each range that result in an oligonucleotide having a total length that falls outside of the specified range. In such circumstances, both elements must be satisfied. For example, In certain embodiments, a modified oligonucleotide consists of 15 to 20 linked nucleosides and has a sugar motif consisting of three regions, A, B and C, wherein region A consists of 2 to 6 linked nucleosides having a sugar motif. region B consists of 6 to 10 linked nucleosides having a specific sugar motif, and region C consisting of 2 to 6 linked nucleosides having a specific sugar motif. Such embodiments do not include modified oligonucleotides in which A and C each consist of 6 linked nucleosides and B consists of 10 linked nucleosides (although those numbers of nucleosides are allowed within the requirements for A, B and C) because the total length of such oligonucleotide is 22, which exceeds the upper limit of the total length of the modified oligonucleotide (20). Herein, if a description of an oligonucleotide is silent with respect to one or more parameters, that parameter is not limited. Thus, a modified oligonucleotide described only as having a gapmer sugar motif without further description can have any length, internucleoside linkage motif, and nucleobase motif. Unless otherwise indicated, all modifications are independent of nucleobase sequence.
F. Secuencia de nucleobasesF. Nucleobase sequence
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos (oligonucleótidos no modificados o modificados) se describen además por su secuencia de nucleobases. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos tienen una secuencia de nucleobases que es complementaria a un segundo oligonucleótido o un ácido nucleico de referencia identificado, como un transcrito precursor objetivo. En ciertas de tales realizaciones, una región de un oligonucleótido tiene una secuencia de nucleobases que es complementaria a un segundo oligonucleótido o un ácido nucleico de referencia identificado, como un transcrito precursor objetivo. En ciertas realizaciones, la secuencia de nucleobases de una región o la longitud total de un oligonucleótido es por lo menos un 50%, por lo menos un 60%, por lo menos un 70%, por lo menos un 80%, por lo menos un 90%, por lo menos un 95% o un 100% complementaria al segundo oligonucleótido o ácido nucleico, como un transcrito precursor objetivo.In certain embodiments, oligonucleotides (unmodified or modified oligonucleotides) are further described by their nucleobase sequence. In certain embodiments, the oligonucleotides have a nucleobase sequence that is complementary to a second oligonucleotide or an identified reference nucleic acid, such as a target precursor transcript. In certain such embodiments, a region of an oligonucleotide has a nucleobase sequence that is complementary to a second oligonucleotide or an identified reference nucleic acid, such as a target precursor transcript. In certain embodiments, the nucleobase sequence of a region or the total length of an oligonucleotide is at least 50%, at least 60%, at least 70%, at least 80%, at least 90%, at least 95% or 100% complementary to the second oligonucleotide or nucleic acid, as a target precursor transcript.
II. Ciertos compuestos oligoméricosII. Certain oligomeric compounds
En ciertas realizaciones, la invención proporciona compuestos oligoméricos que consisten en un oligonucleótido (modificado o no modificado) y opcionalmente uno o más grupos conjugados y/o grupos terminales. Los grupos conjugados consisten en una o más fracciones conjugadas y un conector conjugado que enlaza la fracción conjugada al oligonucleótido. Los grupos conjugados pueden unirse a uno o ambos extremos de un oligonucleótido y/o en cualquier posición interna. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen a la posición 2' de un nucleósido de un oligonucleótido modificado. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados que están unidos a uno o ambos extremos de un oligonucleótido son grupos terminales. En ciertas de tales realizaciones, los grupos conjugados o los grupos terminales se unen en el extremo 3' y/o 5' de los oligonucleótidos. En ciertas de tales realizaciones, Los grupos conjugados (o grupos terminales) se unen en el extremo 3' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen cerca del extremo 3' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados (o grupos terminales) se unen al extremo 5' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen cerca del extremo 5' de los oligonucleótidos.In certain embodiments, the invention provides oligomeric compounds consisting of an oligonucleotide (modified or unmodified) and optionally one or more conjugate groups and/or end groups. Conjugated groups consist of one or more conjugated moieties and a conjugated linker that links the conjugated moiety to the oligonucleotide. Conjugated groups can be attached to one or both ends of an oligonucleotide and/or at any internal position. In certain embodiments, the conjugated groups are attached to the 2' position of a nucleoside of a modified oligonucleotide. In certain embodiments, conjugate groups that are attached to one or both ends of an oligonucleotide are end groups. In certain such embodiments, conjugate groups or end groups are attached at the 3' and/or 5' end of the oligonucleotides. In certain such embodiments, conjugate groups (or end groups) are attached at the 3' end of the oligonucleotides. In certain embodiments, the conjugate groups are attached near the 3' end of the oligonucleotides. In certain embodiments, conjugate groups (or end groups) are attached to the 5' end of the oligonucleotides. In certain embodiments, the conjugated groups are attached near the 5' end of the oligonucleotides.
Los ejemplos de grupos terminales incluyen, pero no se limitan a, grupos conjugados, grupos de protección, fracciones de fosfato, grupos protectores, nucleósidos abásicos, nucleósidos modificados o no modificados y dos o más nucleósidos que están independientemente modificados o no modificados.Examples of end groups include, but are not limited to, conjugated groups, protecting groups, phosphate moieties, protecting groups, abasic nucleosides, modified or unmodified nucleosides, and two or more nucleosides that are independently modified or unmodified.
A. Ciertos grupos conjugadosA. Certain conjugated groups
En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos se unen covalentemente a uno o más grupos conjugados. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del oligonucleótido unido, incluyendo pero no limitado a, la farmacodinámica, la farmacocinética, la estabilidad, la unión, la absorción, la distribución tisular, la distribución celular, la captación celular, la carga y la depuración. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados imparten una nueva propiedad al oligonucleótido unido, por ejemplo, fluoróforos o grupos informadores que permiten la detección del oligonucleótido. Ciertos grupos conjugados y fracciones conjugadas se han descrito con anterioridad, por ejemplo: fracción de colesterol (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553 6556), ácido cólico (Manoharan et al., Bioorg Med. Chem. Lett.,1994, 4, 1053-1060), un tioéter, por ejemplo, hexil-S-tritiltiol (Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770), un tiocolesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), una cadena alifática, por ejemplo, residuos de do-decan-diol o undecilo (Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49- 54), un fosfolípido, por ejemplo, di-hexadecil-rac-glicerol o trietil-amonio 1,2-di-O-hexadecil-rac-glicero-3-H-fosfonato (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654, Shea et al.,Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), una poliamina o una cadena de polietilenglicol (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), o ácido acético de adamantano, una fracción de palmitilo (Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), una fracción de octadecilamina o hexilamino-carbonil-oxicolesterol (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937), un grupo tocoferol (Nishina et al., Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220; y Nishina et al., Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740), o un grupo GalNAc (por ejemplo, WO2014/179620). In certain embodiments, the oligonucleotides are covalently attached to one or more conjugated groups. In certain embodiments, the conjugated groups modify one or more properties of the attached oligonucleotide, including, but not limited to, pharmacodynamics, pharmacokinetics, stability, binding, absorption, tissue distribution, cellular distribution, cellular uptake, loading and debugging. In certain embodiments, the conjugated groups impart a new property to the attached oligonucleotide, eg, fluorophores or reporter groups that allow detection of the oligonucleotide. Certain conjugated groups and conjugated moieties have been previously described, for example: cholesterol moiety (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556), cholic acid (Manoharan et al., Bioorg Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1053-1060), a thioether, eg, hexyl-S-tritylthiol (Manoharan et al., Ann. NY Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770), a thiocholesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), an aliphatic chain, for example, do-decane-diol or undecyl residues (Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49-54), a phospholipid, for example, di-hexadecyl-rac-glycerol or triethyl-ammonium 1,2-di-O-hexadecyl-rac-glycero-3-H- phosphonate (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654, Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), a polyamine or a polyethylene glycol chain (Manoharan et al. ., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), or adamantane acetic acid, a palmityl moiety (Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), an octadecylamine or hexylamino-carbonyl-oxy-cholesterol moiety (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937), a tocopherol group (Nishina et al., Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220 and Nishina et al., Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740), or a GalNAc group (eg, WO2014/179620).
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados pueden seleccionarse de cualquiera de alquilo C22, alquiloIn certain embodiments, the conjugate groups can be selected from any of C22 alkyl,
C20, alquilo C16, alquilo C10, alquilo C21, alquilo C19, alquilo C18, alquilo C15, alquilo C14, alquilo C13, alquilo C12, alquilo C11, alquilo C9 alquilo, alquilo C8, alquilo C7, alquilo C6, alquilo C5, alquenilo C22, alquenilo C20, alquenilo C16, alquenilo C10, alquenilo C21, alquenilo C19, alquenilo C18, alquenilo C15, alquenilo C14, alqueniloC20, C16 alkyl, C10 alkyl, C21 alkyl, C19 alkyl, C18 alkyl, C15 alkyl, C14 alkyl, C13 alkyl, C12 alkyl, C11 alkyl, C9 alkyl, C8 alkyl, C7 alkyl, C6 alkyl, C5 alkyl, C22 alkenyl , C20 alkenyl, C16 alkenyl, C10 alkenyl, C21 alkenyl, C19 alkenyl, C18 alkenyl, C15 alkenyl, C14 alkenyl, alkenyl
C13, alquenilo C12, alquenilo C11, alquenilo C9, alquenilo C8, alquenilo C7, alquenilo C6 o alquenilo C5.C13, C12 alkenyl, C11 alkenyl, C9 alkenyl, C8 alkenyl, C7 alkenyl, C6 alkenyl or C5 alkenyl.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados pueden seleccionarse de cualquiera de alquilo C22, alquiloIn certain embodiments, the conjugate groups can be selected from any of C22 alkyl,
C20, alquilo C16, alquilo C10, alquilo C21, alquilo C19, alquilo C18, alquilo C15, alquilo C14, alquilo C13, alquilo C12, alquilo C11, alquilo C9, alquilo C8, alquilo C7, alquilo C6 y alquilo C5, donde la cadena de alquilo tiene uno owhere the chain for rent has one or
más enlaces insaturados.more unsaturated bonds.
1. Fracciones conjugadas1. Conjugate Fractions
Las fracciones conjugadas incluyen, sin limitación, intercaladores, moléculas informadoras, poliaminas, poliamidas, péptidos, carbohidratos (por ejemplo, GalNAc), fracciones de vitaminas, polietilenglicoles, tioéteres, poliéteres, colesteroles, tiocolesteroles, fracciones de ácido cólico, folato, lípidos, grupos lipófilos, fosfolípidos, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano, acridina, fluoresceínas, rodaminas, cumarinas, fluoróforosConjugated moieties include, without limitation, intercalators, reporter molecules, polyamines, polyamides, peptides, carbohydrates (eg, GalNAc), vitamin moieties, polyethylene glycols, thioethers, polyethers, cholesterols, thiocholesterols, cholic acid moieties, folate, lipids, lipophilic groups, phospholipids, biotin, phenazine, phenanthridine, anthraquinone, adamantane, acridine, fluoresceins, rhodamines, coumarins, fluorophores
y colorantes.and dyes.
En ciertas realizaciones, una fracción conjugada comprende una sustancia farmacéutica activa, por ejemplo, aspirina, warfarina, fenilbutazona, ibuprofeno, suprofeno, fen-bufeno, ketoprofeno, (S)-(+)-pranoprofeno, carprofeno, dansilsarcosina, ácido 2,3,5-triyodobenzoico, fingolimod, ácido flufenámico, ácido folínico, una benzotiadiazida, clorotiazida, una diazepina, indometicina, un barbitúrico, una cefalosporina, un fármaco de sulfonamida, un antidiabético, un antibacteriano o unantibiótico.In certain embodiments, a conjugate moiety comprises a pharmaceutical active substance, for example, aspirin, warfarin, phenylbutazone, ibuprofen, suprofen, fen-bufen, ketoprofen, (S)-(+)-pranoprofen, carprofen, dansylsarcosine, 2,3-acid ,5-triiodobenzoic, fingolimod, flufenamic acid, folinic acid, a benzothiadiazide, chlorothiazide, a diazepine, indomethicin, a barbiturate, a cephalosporin, a sulfonamide drug, an antidiabetic, an antibacterial, or an antibiotic.
2. Conectores conjugados2. Conjugate Connectors
Las fracciones conjugadas se unen a los oligonucleótidos a través de conectores conjugados. En ciertos compuestos oligoméricos, el conector conjugado es un enlace químico simple (es decir, la fracción conjugada se une directamente a un oligonucleótido a través de un enlace simple). En ciertos compuestos oligoméricos, una fracción conjugada se une a un oligonucleótido a través de un conector conjugado más complejo que comprende una o más fracciones de conectores conjugados, que son subunidades que componen un conector conjugado. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende una estructura de cadena, como una cadena de hidrocarbilo, o un oligómero de unidades repetitivas, como unidades de etilenglicol, nucleósidos o aminoácidos.The conjugated moieties are attached to the oligonucleotides through conjugated linkers. In certain oligomeric compounds, the conjugate linker is a single chemical bond (ie, the conjugate moiety is attached directly to an oligonucleotide via a single bond). In certain oligomeric compounds, a conjugate moiety is attached to an oligonucleotide via a more complex linker conjugate comprising one or more linker conjugate moieties, which are subunits that make up a linker conjugate. In certain embodiments, the conjugated linker comprises a chain structure, such as a hydrocarbyl chain, or an oligomer of repeating units, such as ethylene glycol, nucleoside, or amino acid units.
En ciertas realizaciones, un conector conjugado comprende uno o más grupos seleccionados de alquilo, amino, oxo, amida, disulfuro, polietilenglicol, éter, tioéter e hidroxilamino. En ciertas de tales realizaciones, el conector conjugado comprende grupos seleccionados de grupos alquilo, amino, oxo, amida y éter. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende grupos seleccionados de grupos alquilo y amida. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende grupos seleccionados de grupos alquilo y éter. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende por lo menos una fracción de fósforo. En ciertas realizaciones, el conector conjugado comprende por lo menos un grupo fosfato. En ciertas realizaciones, el conector conjugadoIn certain embodiments, a conjugated linker comprises one or more groups selected from alkyl, amino, oxo, amide, disulfide, polyethylene glycol, ether, thioether, and hydroxylamino. In certain such embodiments, the conjugate linker comprises groups selected from alkyl, amino, oxo, amide, and ether groups. In certain embodiments, the conjugate linker comprises groups selected from alkyl and amide groups. In certain embodiments, the conjugate linker comprises selected alkyl and ether groups. In certain embodiments, the conjugate linker comprises at least a phosphorous moiety. In certain embodiments, the conjugate linker comprises at least one phosphate group. In certain embodiments, the mating linker
incluye por lo menos un grupo de enlace neutro.includes at least one neutral link group.
En ciertas realizaciones, los conectores conjugados, incluyendo los conectores conjugados descritos anteriormente, son fracciones de enlace bifuncionales, por ejemplo, aquellos que se sabe en la técnica que sonIn certain embodiments, the conjugate linkers, including the conjugate linkers described above, are bifunctional linker moieties, for example, those known in the art to be
útiles para unir grupos conjugados a compuestos originales, como los oligonucleótidos proporcionados en la presente. En general, una fracción de enlace bifuncional comprende por lo menos dos grupos funcionales. Uno deuseful for attaching conjugate groups to parent compounds, such as the oligonucleotides provided herein. In general, a bifunctional linking moiety comprises at least two functional groups. One of
los grupos funcionales se selecciona para unirse a un sitio particular en un compuesto original y el otro se seleccionafunctional groups one selects to bind to a particular site on a parent compound and the other is selected
para unirse a un grupo conjugado. Los ejemplos de grupos funcionales usados en una fracción de enlace bifuncional incluyen, pero no se limitan a, electrófilos para reaccionar con grupos nucleófilos y nucleófilos para reaccionar conto join a conjugate group. Examples of functional groups used in a bifunctional linkage moiety include, but are not limited to, electrophiles to react with nucleophiles and nucleophiles to react with.
grupos electrofílicos. En ciertas realizaciones, las fracciones de enlace bifuncionales comprenden uno o más grupos seleccionados de amino, hidroxilo, ácido carboxílico, tiol, alquilo, alquenilo, y alquinilo.electrophilic groups. In certain embodiments, the bifunctional linking moieties comprise one or more groups selected from amino, hydroxyl, carboxylic acid, thiol, alkyl, alkenyl, and alkynyl.
Los ejemplos de conectores conjugados incluyen, pero no se limitan a, pirrolidina, ácido 8-amino-3,6-dioxaoctanoico (ADO), 4-(N-maleimidometil) ciclohexano-1-carboxilato de succinimidilo (SMCC) y ácido 6-aminohexanoico (AHEX o AHA). Otros conectores conjugados incluyen, pero no se limitan a, alquilo C1-C10 sustituido o no sustituido, alquenilo C2-C10 sustituido o no sustituido o alquinilo C2-C10 sustituido o no sustitudo, enExamples of conjugated linkers include, but are not limited to, pyrrolidine, 8-amino-3,6-dioxaoctanoic acid (ADO), succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate (SMCC), and 6- aminohexanoic acid (AHEX or AHA). Other conjugate linkers include, but are not limited to, substituted or unsubstituted C 1 -C 10 alkyl, substituted or unsubstituted C 2 -C 10 alkenyl, or substituted or unsubstituted C 2 -C 10 alkynyl, in
donde una lista no limitativa de grupos sustituyentes preferidos incluye hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro, tiol, tioalcoxi, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.where a non-limiting list of preferred substituent groups includes hydroxy, amino, alkoxy, carboxy, benzyl, phenyl, nitro, thiol, thioalkoxy, halogen, alkyl, aryl, alkenyl, and alkynyl.
En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden 1-10 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, tales conectores-nucleósidos son nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, tales conectoresnucleósidos comprenden una fracción de azúcar modificado. En ciertas realizaciones, los conectores-nucleósidos no In certain embodiments, the conjugate linkers comprise 1-10 linkers-nucleosides. In certain embodiments, such linkers-nucleosides are modified nucleosides. In certain embodiments, such nucleoside linkers comprise a modified sugar moiety. In certain embodiments, the linkers-nucleosides do not
están modificados. En ciertas realizaciones, los conectores-nucleósidos comprenden una base heterocíclica opcionalmente protegida seleccionada de una purina, purina sustituida, pirimidina o pirimidina sustituida. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un nucleósido seleccionado de uracilo, timina, citosina, 4-N-benzoilcitosina, 5-metilcitosina, 4-N-benzoil-5-metilcitosina, adenina, 6-N-benzoiladenina, guanina y 2-N-isobutirilguanina. Típicamente, es deseable que los conectores-nucleósidos se escindan del compuesto oligomérico después de que alcance un tejido objetivo. Por consiguiente, los conectores-nucleósidos se enlazan típicamente entre sí y con el resto del compuesto oligomérico a través de enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, tales enlaces escindibles son enlaces fosfodiéster.they are modified. In certain embodiments, the nucleoside-linkers comprise an optionally protected heterocyclic base selected from a purine, substituted purine, pyrimidine, or substituted pyrimidine. In certain embodiments, a cleavable moiety is a nucleoside selected from uracil, thymine, cytosine, 4-N-benzoylcytosine, 5-methylcytosine, 4-N-benzoyl-5-methylcytosine, adenine, 6-N-benzoyladenine, guanine, and 2- N-isobutyrylguanine. Typically, it is desirable that the nucleoside-linkers be cleaved from the oligomeric compound after it reaches a target tissue. Accordingly, the nucleoside-linkers are typically linked to each other and to the rest of the oligomeric compound through cleavable bonds. In certain embodiments, such cleavable bonds are phosphodiester bonds.
En la presente, los conectores-nucleósidos no se consideran parte del oligonucleótido. Por consiguiente, en las realizaciones en las que un compuesto oligomérico comprende un oligonucleótido que consiste en un número o intervalo especificado de nucleósidos enlazados y/o un porcentaje especificado de complementariedad con un ácido nucleico de referencia y el compuesto oligomérico también comprende un grupo conjugado que comprende un conector conjugado que comprende conectores-nucleósidos, esos conectores-nucleósidos no se cuentan en la longitud del oligonucleótido y no se usan para determinar el porcentaje de complementariedad del oligonucleótido para el ácido nucleico de referencia. Por ejemplo, un compuesto oligomérico puede comprender (1) un oligonucleótido modificado que consiste en 8-30 nucleósidos y (2) un grupo conjugado que comprende 1-10 conectores-nucleósidos que son contiguos a los nucleósidos del oligonucleótido modificado. El número total de nucleósidos enlazados contiguos en dicho compuesto oligomérico es superior a 30. Alternativamente, un compuesto oligomérico puede comprender un oligonucleótido modificado que consiste en 8-30 nucleósidos y ningún grupo conjugado. El número total de nucleósidos enlazados contiguos en uno de tales compuestos oligoméricos no es de más de 30. A menos que se indique lo contrario, los conectores conjugados comprenden no más de 10 conectoresnucleósidos. En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden no más de 5 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden no más de 3 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, Los conectores conjugados comprenden no más de 2 conectores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, los conectores conjugados comprenden no más de 1 conector-nucleósido.Herein, the linkers-nucleosides are not considered part of the oligonucleotide. Accordingly, in embodiments where an oligomeric compound comprises an oligonucleotide consisting of a specified number or range of linked nucleosides and/or a specified percentage of complementarity to a reference nucleic acid and the oligomeric compound also comprises a conjugated group that comprises a linker conjugate comprising linkers-nucleosides, those linkers-nucleosides are not counted in the length of the oligonucleotide and are not used to determine the percent complementarity of the oligonucleotide to the reference nucleic acid. For example, an oligomeric compound may comprise (1) a modified oligonucleotide consisting of 8-30 nucleosides and (2) a conjugated group comprising 1-10 linker-nucleosides that are contiguous with the nucleosides of the modified oligonucleotide. The total number of contiguous linked nucleosides in said oligomeric compound is greater than 30. Alternatively, an oligomeric compound may comprise a modified oligonucleotide consisting of 8-30 nucleosides and no conjugated groups. The total number of contiguous linked nucleosides in one such oligomeric compound is not more than 30. Unless otherwise indicated, conjugate linkers comprise not more than 10 nucleoside linkers. In certain embodiments, conjugate linkers comprise no more than 5 linkers-nucleosides. In certain embodiments, conjugate linkers comprise no more than 3 linkers-nucleosides. In certain embodiments, Linker Conjugates comprise no more than 2 linkers-nucleosides. In certain embodiments, conjugate linkers comprise no more than 1 linker-nucleoside.
En ciertas realizaciones, es deseable que un grupo conjugado se escinda del oligonucleótido. Por ejemplo, en ciertas circunstancias, los compuestos oligoméricos que comprenden una fracción conjugada particular son absorbidos mejor por un tipo de célula particular, pero una vez que el compuesto oligomérico ha sido absorbido, es deseable que el grupo conjugado se escinda para liberar el oligonucleótido original o no conjugado. Por tanto, ciertos conectores conjugados pueden comprender una o más fracciones escindibles. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un enlace escindible. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un grupo de átomos que comprende por lo menos un enlace escindible. En ciertas realizaciones, una fracción escindible comprende un grupo de átomos que tienen uno, dos, tres, cuatro o más de cuatro enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, una fracción escindible se escinde selectivamente dentro de una célula o compartimento subcelular, como un lisosoma. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es escindido selectivamente por enzimas endógenas, como nucleasas.In certain embodiments, it is desirable that a conjugated group be cleaved from the oligonucleotide. For example, in certain circumstances, oligomeric compounds comprising a particular conjugated moiety are better taken up by a particular cell type, but once the oligomeric compound has been taken up, it is desirable for the conjugated group to be cleaved to release the original oligonucleotide. or not conjugated. Thus, certain conjugated linkers may comprise one or more cleavable moieties. In certain embodiments, a cleavable moiety is a cleavable bond. In certain embodiments, a cleavable moiety is a group of atoms comprising at least one cleavable bond. In certain embodiments, a cleavable moiety comprises a group of atoms having one, two, three, four, or more than four cleavable bonds. In certain embodiments, a cleavable moiety is selectively cleaved within a cell or subcellular compartment, such as a lysosome. In certain embodiments, a cleavable moiety is selectively cleaved by endogenous enzymes, such as nucleases.
En ciertas realizaciones, un enlace escindible se selecciona entre: una amida, un éster, un éter, uno o ambos ésteres de un fosfodiéster, un éster de fosfato, un carbamato o un disulfuro. En ciertas realizaciones, un enlace escindible es uno o ambos de los ésteres de un fosfodiéster. En ciertas realizaciones, una fracción escindible comprende un fosfato o fosfodiéster. En ciertas realizaciones, la fracción escindible es un enlace de fosfato entre un oligonucleótido y una fracción conjugada o grupo conjugado.In certain embodiments, a cleavable bond is selected from: an amide, an ester, an ether, one or both esters of a phosphodiester, a phosphate ester, a carbamate, or a disulfide. In certain embodiments, a cleavable bond is one or both of the esters of a phosphodiester. In certain embodiments, a cleavable moiety comprises a phosphate or phosphodiester. In certain embodiments, the cleavable moiety is a phosphate bond between an oligonucleotide and a conjugated moiety or conjugated group.
En ciertas realizaciones, una fracción escindible comprende o consiste en uno o más conectoresnucleósidos. En ciertas de tales realizaciones, el uno o más conectores-nucleósidos están enlazados entre sí y/o al resto del compuesto oligomérico a través de enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, dichos enlaces escindibles son enlaces fosfodiéster no modificados. En ciertas realizaciones, una fracción escindible es un nucleósido 2'-desoxi que se une al nucleósido 3' o 5'-terminal de un oligonucleótido mediante un enlace internucleosídico de fosfato y se une covalentemente al resto del conector conjugado o fracción conjugada mediante un enlace de fosfato o fosforotioato. En ciertas de tales realizaciones, la fracción escindible es 2'-desoxiadenosina.In certain embodiments, a cleavable moiety comprises or consists of one or more nucleoside linkers. In certain such embodiments, the one or more linkers-nucleosides are linked to each other and/or to the remainder of the oligomeric compound through cleavable linkages. In certain embodiments, said cleavable linkages are unmodified phosphodiester linkages. In certain embodiments, a cleavable moiety is a 2'-deoxy nucleoside that is attached to the 3' or 5'-terminal nucleoside of an oligonucleotide via an internucleoside phosphate bond and is covalently attached to the remainder of the conjugate linker or conjugate moiety via a bond. phosphate or phosphorothioate. In certain such embodiments, the cleavable moiety is 2'-deoxyadenosine.
3. Ciertas fracciones conjugadas de direccionamiento celular3. Certain conjugated moieties of cell targeting
En ciertas realizaciones, un grupo conjugado comprende una fracción conjugada de direccionamiento celular. En ciertas realizaciones, un grupo conjugado tiene la fórmula general:In certain embodiments, a conjugated group comprises a conjugated cell targeting moiety. In certain embodiments, a conjugate group has the general formula:
[Ligando-Anclaje] -[Grupo de ramificación] -[Fracción Conectara] -[Fracción Conectara] [Ligand-Anchor] -[Branching Group] -[Connect Fraction] -[Connect Fraction]
^Conjugada Conj. Escindible^Conjugate Conj. Scissile
JJ
Fracción cvonjugada V V conjugate fraction
de direccionamiento celular Conector conjugado cell addressing Connector conjugate
en donde n es de 1 a aproximadamente 3, m es 0 cuando n es 1, m es 1 cuando n es 2 o más, j es 1 o 0 y k es 1 o 0.where n is from 1 to about 3, m is 0 when n is 1, m is 1 when n is 2 or more, j is 1 or 0, and k is 1 or 0.
En ciertas realizaciones, n es 1, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 1, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 1, j es 1 y k es 1. En ciertas realizaciones, realizaciones, n es 2, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 2, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 2, j es 1 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 1 y k es 1.In certain embodiments, n is 1, j is 1, and k is 0. In certain embodiments, n is 1, j is 0, and k is 1. In certain embodiments, n is 1, j is 1, and k is 1. In certain embodiments, embodiments , n is 2, j is 1, and k is 0. In certain embodiments, n is 2, j is 0, and k is 1. In certain embodiments, n is 2, j is 1, and k is 1. In certain embodiments, n is 3, j is 1 and k is 0. In certain embodiments, n is 3, j is 0, and k is 1. In certain embodiments, n is 3, j is 1, and k is 1.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden fracciones de direccionamiento celular que tienen por lo menos un ligando anclado. En ciertas realizaciones, las fracciones de direccionamiento celular comprenden dos ligandos anclados unidos covalentemente a un grupo de ramificación. En ciertas realizaciones, las fracciones de direccionamiento celular comprenden tres ligandos anclados unidos covalentemente a un grupo de ramificación.In certain embodiments, the conjugated groups comprise cell targeting moieties that have at least one ligand attached. In certain embodiments, cell targeting moieties comprise two tethered ligands covalently attached to a branching group. In certain embodiments, cell targeting moieties comprise three tethered ligands covalently attached to a branching group.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:In certain embodiments, the conjugated groups comprise a cell targeting moiety having the formula:
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:In certain embodiments, the conjugated groups comprise a cell targeting moiety having the formula:
en donde n es un número entero seleccionado entre 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7. En ciertas realizaciones, n es 1. En ciertas realizaciones, n es 2. En ciertas realizaciones, n es 3. En ciertas realizaciones, n es 4. En ciertas realizaciones, n es 5.where n is an integer selected from 1, 2, 3, 4, 5, 6, or 7. In certain embodiments, n is 1. In certain embodiments, n is 2. In certain embodiments, n is 3. In certain embodiments , n is 4. In certain embodiments, n is 5.
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:In certain embodiments, the conjugated groups comprise a cell targeting moiety having the formula:
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:In certain embodiments, the conjugated groups comprise a cell targeting moiety having the formula:
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula: In certain embodiments, the conjugated groups comprise a cell targeting moiety having the formula:
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:In certain embodiments, the conjugated groups comprise a cell targeting moiety having the formula:
En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden una fracción de direccionamiento celular que tiene la fórmula:In certain embodiments, the conjugated groups comprise a cell targeting moiety having the formula:
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden un grupo conjugado descrito en la presente como "LICA-1". LICA-1 tiene la fórmula: In certain embodiments, the oligomeric compounds comprise a conjugated group described herein as "LICA-1". LICA-1 has the formula:
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos que comprenden LICA-1 tienen la fórmula:In certain embodiments, oligomeric compounds comprising LICA-1 have the formula:
OligoOligo
Fracción de conjugado de direccionamiento celularCell Targeting Conjugate Fraction
en donde oligo es un oligonucleótido.where oligo is an oligonucleotide.
Las Patentes de Estados Unidos, publicaciones de solicitudes de patentes de Estados Unidos, publicaciones de solicitudes de patentes internacionales y otras publicaciones representativas que enseñan la preparación de algunos de los grupos conjugados indicados anteriormente, compuestos oligoméricos que comprenden grupos conjugados, anclajes, conectores conjugados, grupos de ramificación, ligandos, fracciones escindibles así como otras modificaciones incluyen, sin limitación, US 5,994,517, US 6,300,319, US 6,660,720, US 6,906,182, US 7,262,177, US 7,491,805, US 8,106,022, US 7,723,509, US 2006/0148740, US 2011/0123520, WO 2013/033230 y WO 2012/037254, Biessen et al., J. Med. Chem. 1995, 38, 1846-1852, Lee et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry 2011,19, 2494-2500, Rensen et al., J. Biol. Chem. 2001, 276, 37577-37584, Rensen et al., J. Med. Chem. 2004, 47, 5798-5808, Sliedregt et al., J. Med. Chem. 1999, 42, 609-618, and Valentijn et al., Tetrahedron, 1997, 53, 759-770.United States Patents, United States Patent Application Publications, International Patent Application Publications, and other representative publications that teach the preparation of some of the conjugated groups listed above, oligomeric compounds comprising conjugated groups, anchors, conjugated linkers, Ramification groups, ligands, splitible fractions as well as other modifications include, without limitation, US 5,994,517, US 6,300,319, US 6,660,720, US 6,906,182, US 7,262,177, US 7,491,805, US 8,106,022, US 7,723,509, US 2006/0148740, USA 2011/012, USA , WO 2013/033230 and WO 2012/037254, Biessen et al., J. Med. Chem. 1995, 38, 1846-1852, Lee et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry 2011, 19, 2494-2500, Rensen et al ., J. Biol. Chem. 2001, 276, 37577-37584, Rensen et al., J. Med. Chem. 2004, 47, 5798-5808, Sliedregt et al., J. Med. Chem. 1999, 42, 609-618, and Valentijn et al., Tetrahedron, 1997, 53, 759-770.
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden oligonucleótidos modificados que comprenden un motivo de azúcar completamente modificado y un grupo conjugado que comprende por lo menos uno, dos o tres ligandos de GalNAc. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido y los compuestos oligoméricos comprenden un grupo conjugado encontrado en cualquiera de las siguientes referencias: Lee, Carbohydr Res, 1978, 67, 509-514; Connolly et al., J Biol Chem, 1982, 257, 939-945; Pavia et al., Int J Pep Protein Res, 1983, 22, 539-548; Lee et al., Biochem, 1984, 23, 4255-4261; Lee et al., Glycoconjugate J, 1987, 4, 317-328; Toyokuni et al., Tetrahedron Lett, 1990, 31, 2673-2676; Biessen et al., J Med Chem, 1995, 38, 1538-1546; Valentijn et al., Tetrahedron, 1997, 53, 759-770; Kim et al., Tetrahedron Lett, 1997, 38, 3487-3490; Lee et al., Bioconjug Chem, 1997, 8, 762-765; Kato et al., Glycobiol, 2001, 11, 821-829; Rensen et al., J Biol Chem, 2001, 276, 37577 37584; Lee et al., Methods Enzymol, 2003, 362, 38-43; Westerlind et al., Glycoconj J, 2004, 21, 227-241; Lee et al., Bioorg Med Chem Lett, 2006, 16(19), 5132-5135; Maierhofer et al., Bioorg Med Chem, 2007, 15, 7661-7676; Khorev et al., Bioorg Med Chem, 2008, 16, 5216-5231; Lee et al., Bioorg Med Chem, 2011, 19, 2494-2500; Kornilova et al., Analyt Biochem, 2012, 425, 43-46; Pujol et al., Angew Chemie Int Ed Engl, 2012, 51, 7445-7448; Biessen et al., J Med Chem, 1995, 38, 1846-1852; Sliedregt et al., J Med Chem, 1999, 42, 609-618; Rensen et al., J Med Chem, 2004, 47, 5798-5808; Rensen et al., Arterioscler Thromb Vasc Biol, 2006, 26, 169-175; van Rossenberg et al., Gene Ther, 2004, 11, 457-464; Sato et al., J Am Chem Soc, 2004, 126, 14013-14022; Lee et al., J Org Chem, 2012, 77, 7564-7571; Biessen et al., FASEB J, 2000, 14, 1784-1792; Rajur et al., Bioconjug Chem, 1997, 8, 935-940; Duff et al., Methods Enzymol, 2000, 313, 297-321; Maier et al., Bioconjug Chem, 2003, 14, 18-29; Jayaprakash et al., Org Lett, 2010, 12, 5410-5413; Manoharan, Antisense Nucleic Acid Drug Dev, 2002, 12, 103-128; Merwin et al., Bioconjug Chem, 1994, 5, 612-620; Tomiya et al., Bioorg Med Chem, 2013, 21, 5275-5281; Solicitudes internacionales WO1998/013381; WO2011/038356; WO1997/046098; WO2008/098788; WO2004/101619; WO2012/037254; WO2011/120053; WO2011/100131; WO2011/163121; WO2012/177947; WO2013/033230; WO2013/075035; WO2012/083185; WO2012/083046; WO2009/082607; WO2009/134487; WO2010/144740; WO2010/148013; WO1997/020563; WO2010/088537; WO2002/043771; WO2010/129709; WO2012/068187; WO2009/126933; WO2004/024757; WO2010/054406; WO2012/089352; WO2012/089602; WO2013/166121; WO2013/165816; Patentes de Estados Unidos 4,751,219; 8,552,163; 6,908,903; 7,262,177; 5,994,517; 6,300,319; 8,106,022; 7,491,805; 7,491,805; 7,582,744; 8,137,695; 6,383,812; 6,525,031; 6,660,720; 7,723,509; 8,541,548; 8,344,125; 8,313,772; 8,349,308; 8,450,467; 8,501,930; 8,158,601; 7,262,177; 6,906,182; 6,620,916; 8,435,491; 8,404,862; 7,851,615; Publicaciones de solicitudes de patente de Estados Unidos publicadas US2011/0097264; US2011/0097265; US2013/0004427; US2005/0164235; US2006/0148740; US2008/0281044; US2010/0240730; US2003/0119724; US2006/0183886; US2008/0206869; US2011/0269814; US2009/0286973; US2011/0207799; US2012/0136042; US2012/0165393; US2008/0281041; US2009/0203135; US2012/0035115; US2012/0095075; US2012/0101148; US2012/0128760; US2012/0157509; US2012/0230938; US2013/0109817; US2013/0121954; US2013/0178512; US2013/0236968; US2011/0123520; US2003/0077829; US2008/0108801; y US2009/0203132.In certain embodiments, oligomeric compounds comprise modified oligonucleotides that they comprise a fully modified sugar motif and a conjugate group comprising at least one, two or three GalNAc ligands. In certain embodiments, the antisense compounds and oligomeric compounds comprise a conjugated group found in any of the following references: Lee, Carbohydr Res, 1978, 67, 509-514; Connolly et al., J Biol Chem, 1982, 257, 939-945; Pavia et al., Int J Pep Protein Res, 1983, 22, 539-548; Lee et al., Biochem, 1984, 23, 4255-4261; Lee et al., Glycoconjugate J, 1987, 4, 317-328; Toyokuni et al., Tetrahedron Lett, 1990, 31, 2673-2676; Biessen et al., J Med Chem, 1995, 38, 1538-1546; Valentijn et al., Tetrahedron, 1997, 53, 759-770; Kim et al., Tetrahedron Lett, 1997, 38, 3487-3490; Lee et al., Bioconjug Chem, 1997, 8, 762-765; Kato et al., Glycobiol, 2001, 11, 821-829; Rensen et al., J Biol Chem, 2001, 276, 37577-37584; Lee et al., Methods Enzymol, 2003, 362, 38-43; Westerlind et al., Glycoconj J, 2004, 21, 227-241; Lee et al., Bioorg Med Chem Lett, 2006, 16(19), 5132-5135; Maierhofer et al., Bioorg Med Chem, 2007, 15, 7661-7676; Khorev et al., Bioorg Med Chem, 2008, 16, 5216-5231; Lee et al., Bioorg Med Chem, 2011, 19, 2494-2500; Kornilova et al., Analyt Biochem, 2012, 425, 43-46; Pujol et al., Angew Chemie Int Ed Engl, 2012, 51, 7445-7448; Biessen et al., J Med Chem, 1995, 38, 1846-1852; Sliedregt et al., J Med Chem, 1999, 42, 609-618; Rensen et al., J Med Chem, 2004, 47, 5798-5808; Rensen et al., Arterioscler Thromb Vasc Biol, 2006, 26, 169-175; van Rossenberg et al., Gene Ther, 2004, 11, 457-464; Sato et al., J Am Chem Soc, 2004, 126, 14013-14022; Lee et al., J Org Chem, 2012, 77, 7564-7571; Biessen et al., FASEB J, 2000, 14, 1784-1792; Rajur et al., Bioconjug Chem, 1997, 8, 935-940; Duff et al., Methods Enzymol, 2000, 313, 297-321; Maier et al., Bioconjug Chem, 2003, 14, 18-29; Jayaprakash et al., Org Lett, 2010, 12, 5410-5413; Manoharan, Antisense Nucleic Acid Drug Dev., 2002, 12, 103-128; Merwin et al., Bioconjug Chem, 1994, 5, 612-620; Tomiya et al., Bioorg Med Chem, 2013, 21, 5275-5281; International applications WO1998/013381; WO2011/038356; WO1997/046098; WO2008/098788; WO2004/101619; WO2012/037254; WO2011/120053; WO2011/100131; WO2011/163121; WO2012/177947; WO2013/033230; WO2013/075035; WO2012/083185; WO2012/083046; WO2009/082607; WO2009/134487; WO2010/144740; WO2010/148013; WO1997/020563; WO2010/088537; WO2002/043771; WO2010/129709; WO2012/068187; WO2009/126933; WO2004/024757; WO2010/054406; WO2012/089352; WO2012/089602; WO2013/166121; WO2013/165816; United States Patents 4,751,219; 8,552,163; 6,908,903; 7,262,177; 5,994,517; 6,300,319; 8,106,022; 7,491,805; 7,491,805; 7,582,744; 8,137,695; 6,383,812; 6,525,031; 6,660,720; 7,723,509; 8,541,548; 8,344,125; 8,313,772; 8,349,308; 8,450,467; 8,501,930; 8,158,601; 7,262,177; 6,906,182; 6,620,916; 8,435,491; 8,404,862; 7,851,615; Published United States Patent Application Publications US2011/0097264; US2011/0097265; US2013/0004427; US2005/0164235; US2006/0148740; US2008/0281044; US2010/0240730; US2003/0119724; US2006/0183886; US2008/0206869; US2011/0269814; US2009/0286973; US2011/0207799; US2012/0136042; US2012/0165393; US2008/0281041; US2009/0203135; US2012/0035115; US2012/0095075; US2012/0101148; US2012/0128760; US2012/0157509; US2012/0230938; US2013/0109817; US2013/0121954; US2013/0178512; US2013/0236968; US2011/0123520; US2003/0077829; US2008/0108801; and US2009/0203132.
En ciertas realizaciones, los compuestos de la invención son de cadena sencilla. En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos se emparejan con un segundo oligonucleótido o compuesto oligomérico para formar un dúplex, que es de cadena doble.In certain embodiments, the compounds of the invention are single chain. In certain embodiments, the oligomeric compounds are paired with a second oligonucleotide or oligomeric compound to form a duplex, which is double-stranded.
III. Ciertos compuestos antisentidoIII. Certain antisense compounds
En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona compuestos antisentido, que comprenden o consisten en un compuesto oligomérico que comprende un oligonucleótido antisentido, que tiene secuencias de nucleobases complementarias a las de un ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido son de cadena sencilla. Tales compuestos antisentido de cadena sencilla típicamente comprenden o consisten en un compuesto oligomérico que comprende o consiste en un oligonucleótido modificado y opcionalmente un grupo conjugado. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido son de cadena doble. Tales compuestos antisentido de cadena doble comprenden un primer compuesto oligomérico que tiene una región complementaria a un ácido nucleico objetivo y un segundo compuesto oligomérico que tiene una región complementaria al primer compuesto oligomérico. El primer compuesto oligomérico de tales compuestos antisentido de cadena doble típicamente comprende o consiste en un oligonucleótido modificado y, opcionalmente, un grupo conjugado. El oligonucleótido del segundo compuesto oligomérico de dicho compuesto antisentido de cadena doble puede estar modificado o no modificado. Cualquiera o ambos compuestos oligoméricos de un compuesto antisentido de cadena doble pueden comprender un grupo conjugado. Los compuestos oligoméricos de compuestos antisentido de cadena doble pueden incluir nucleósidos salientes no complementarios.In certain embodiments, the present invention provides antisense compounds, which comprise or consist of an oligomeric compound comprising an antisense oligonucleotide, having nucleobase sequences complementary to that of a target nucleic acid. In certain embodiments, the antisense compounds are single chain. Such single stranded antisense compounds typically comprise or consist of an oligomeric compound comprising or consisting of a modified oligonucleotide and optionally a conjugate group. In certain embodiments, the antisense compounds are double-stranded. Such double-stranded antisense compounds comprise a first oligomeric compound having a region complementary to a target nucleic acid and a second oligomeric compound having a region complementary to the first oligomeric compound. The first oligomeric compound of such double-stranded antisense compounds typically comprises or consists of a modified oligonucleotide and, optionally, a conjugate group. The oligonucleotide of the second oligomeric compound of said double-stranded antisense compound may be modified or unmodified. Either or both oligomeric compounds of a double-chain antisense compound may comprise a conjugate group. Oligomeric compounds of double-stranded antisense compounds can include non-complementary leaving nucleosides.
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos de compuestos antisentido son capaces de hibridar con un ácido nucleico objetivo, dando como resultado por lo menos una actividad antisentido. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido afectan selectivamente a uno o más ácidos nucleicos objetivo. Tales compuestos antisentido selectivos comprenden una secuencia de nucleobases que hibrida con uno o más ácidos nucleicos objetivo, lo que da como resultado una o más actividades antisentido deseadas y no hibrida con uno o más ácidos nucleicos no objetivo o no hibrida con uno o más ácidos nucleicos no objetivo de tal manera que da como resultado una actividad antisentido significativa no deseada.In certain embodiments, oligomeric compounds of antisense compounds are capable of hybridizing to a target nucleic acid, resulting in at least one antisense activity. In certain embodiments, antisense compounds selectively affect one or more target nucleic acids. Such selective antisense compounds comprise a nucleobase sequence that hybridizes to one or more target nucleic acids, resulting in one or more desired antisense activities, and does not hybridize to one or more non-target nucleic acids or does not hybridize to one or more nucleic acids. untargeted in such a manner as to result in significant unwanted antisense activity.
En ciertas realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un ácido nucleico objetivo da como resultado la alteración del procesamiento, por ejemplo, corte y empalme, del transcrito precursor objetivo. En ciertas realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un transcrito precursor objetivo da como resultado la inhibición de una interacción de unión entre el ácido nucleico objetivo y una proteína u otro ácido nucleico. En ciertas de tales realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un transcrito precursor objetivo da como resultado la alteración de la traducción del ácido nucleico objetivo.In certain embodiments, hybridization of an antisense compound with a target nucleic acid results in the disruption of the processing, eg, splicing, of the target precursor transcript. in certain In embodiments, hybridization of an antisense compound to a target precursor transcript results in the inhibition of a binding interaction between the target nucleic acid and a protein or other nucleic acid. In certain such embodiments, hybridization of an antisense compound with a target precursor transcript results in the disruption of translation of the target nucleic acid.
Las actividades antisentido pueden observarse directa o indirectamente. En ciertas realizaciones, la observación o detección de una actividad antisentido implica la observación o detección de un cambio en la cantidad de un ácido nucleico objetivo o proteína codificada por dicho ácido nucleico objetivo, un cambio en la proporción de variantes de corte y empalme de un ácido nucleico o proteína, y/o un cambio fenotípico en una célula o animal. Antisense activities can be observed directly or indirectly. In certain embodiments, the observation or detection of an antisense activity involves the observation or detection of a change in the amount of a target nucleic acid or protein encoded by said target nucleic acid, a change in the proportion of splice variants of a nucleic acid or protein, and/or a phenotypic change in a cell or animal.
IV. Ciertos ácidos nucleicos objetivoIV. Certain target nucleic acids
Los compuestos antisentido pueden comprender o consistir en un oligonucleótido que comprende una región que es complementaria a un ácido nucleico objetivo. El ácido nucleico objetivo puede ser ADN que codifica SMN2, incluyendo la secuencia genómica de SMN2 humana proporcionada en el N° de registro de GENBANK NT_006713.14 truncada de los nucleótidos 19939708_a 19967777, en la presente SEQ ID NO: 240. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo comprende la SEQ ID NO: 10. Los nucleótidos 1-60 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 6 del pre-ARNm de SMN2, los nucleótidos 61-114 de la SEQ ID NO: 10 representan el exón 7 del pre-ARNm de SM2, y los nucleótidos 115-174 de la SEQ ID NO: 10 representan una porción del intrón 7 del pre-ARNm de SMN2. En ciertas realizaciones, el ácido nucleico objetivo comprende ISS-N1 que comprende la secuencia de nucleobases de la SEQ ID NO: 11.Antisense compounds may comprise or consist of an oligonucleotide comprising a region that is complementary to a target nucleic acid. The target nucleic acid may be DNA encoding SMN2, including the human SMN2 genomic sequence provided in GENBANK Accession No. NT_006713.14 truncated from nucleotides 19939708_ to 19967777, herein SEQ ID NO: 240. In certain embodiments, the target nucleic acid comprises SEQ ID NO: 10. Nucleotides 1-60 of SEQ ID NO: 10 represent a portion of intron 6 of the SMN2 pre-mRNA, nucleotides 61-114 of SEQ ID NO: 10 represent exon 7 of the SM2 pre-mRNA, and nucleotides 115-174 of SEQ ID NO: 10 represent a portion of intron 7 of the SMN2 pre-mRNA. In certain embodiments, the target nucleic acid comprises ISS-N1 comprising the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 11.
A. Complementariedad/malapareamientos con el ácido nucleico objetivoA. Complementarity/mismatches with the target nucleic acid
En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido y/o los compuestos oligoméricos comprenden oligonucleótidos antisentido que son complementarios al ácido nucleico objetivo en toda la longitud del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 99% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 95% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 90% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 85% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, tales oligonucleótidos son un 80% complementarios con el ácido nucleico objetivo. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos antisentido son por lo menos un 80% complementarios con el ácido nucleico objetivo en toda la longitud del oligonucleótido y comprenden una región que es un 100% o totalmente complementaria con un ácido nucleico objetivo. En ciertas de tales realizaciones, la región de complementariedad total tiene una longitud de 6 a 20 nucleobases. En ciertas de tales realizaciones, la región de complementariedad total tiene una longitud de 10 a 18 nucleobases. En ciertas de tales realizaciones, la región de complementariedad total tiene una longitud de 18 a 20 nucleobases.In certain embodiments, the antisense compounds and/or oligomeric compounds comprise antisense oligonucleotides that are complementary to the target nucleic acid over the entire length of the oligonucleotide. In certain embodiments, such oligonucleotides are 99% complementary to the target nucleic acid. In certain embodiments, such oligonucleotides are 95% complementary to the target nucleic acid. In certain embodiments, such oligonucleotides are 90% complementary to the target nucleic acid. In certain embodiments, such oligonucleotides are 85% complementary to the target nucleic acid. In certain embodiments, such oligonucleotides are 80% complementary to the target nucleic acid. In certain embodiments, the antisense oligonucleotides are at least 80% complementary to the target nucleic acid over the entire length of the oligonucleotide and comprise a region that is 100% or fully complementary to a target nucleic acid. In certain such embodiments, the full complementarity region is 6 to 20 nucleobases in length. In certain such embodiments, the full complementarity region is 10 to 18 nucleobases in length. In certain such embodiments, the full complementarity region is 18 to 20 nucleobases in length.
En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos y/o los compuestos antisentido comprenden una o más nucleobases malapareadas con respecto al ácido nucleico objetivo. En ciertas de tales realizaciones, la actividad antisentido contra el objetivo se reduce por tal malapareamiento, pero la actividad contra un no objetivo se reduce en una cantidad mayor. Por tanto, en ciertas de tales realizaciones, se mejora la selectividad del compuesto antisentido. En ciertas realizaciones, el malapareamiento se posiciona específicamente dentro de un oligonucleótido que tiene un motivo gapmer. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 1,2, 3, 4, 5, 6, 7 u 8 desde el extremo 5' de la región de hueco. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 desde el extremo 3' de la región de hueco. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 1, 2, 3 o 4 desde el extremo 5' de la región del ala. En ciertas de tales realizaciones, el malapareamiento está en la posición 4, 3, 2, o 1 desde el extremo 3' de la región del ala.In certain embodiments, the oligomeric compounds and/or antisense compounds comprise one or more nucleobases mismatched to the target nucleic acid. In certain such embodiments, antisense activity against the target is reduced by such a mismatch, but activity against a non-target is reduced by a greater amount. Thus, in certain such embodiments, the selectivity of the antisense compound is enhanced. In certain embodiments, the mismatch is specifically positioned within an oligonucleotide having a gapmer motif. In certain such embodiments, the mismatch is at position 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, or 8 from the 5' end of the gap region. In certain such embodiments, the mismatch is at position 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 from the 3' end of the gap region. In certain such embodiments, the mismatch is at position 1, 2, 3, or 4 from the 5' end of the wing region. In certain such embodiments, the mismatch is at position 4, 3, 2, or 1 from the 3' end of the wing region.
B. Modulación del procesamiento de ciertos ácidos nucleicos objetivoB. Modulating the Processing of Certain Target Nucleic Acids
Los compuestos oligoméricos de la invención comprenden o consisten en un oligonucleótido modificado que es complementario a un transcrito precursor objetivo que es un pre-ARNm objetivo. En ciertas realizaciones, poner en contacto una célula con un compuesto complementario a un transcrito precursor objetivo modula el procesamiento del transcrito precursor objetivo. En ciertas de tales realizaciones, el transcrito procesado objetivo resultante tiene una secuencia de nucleobases diferente de la del transcrito procesado objetivo que se produce en ausencia del compuesto. En ciertas realizaciones, el transcrito precursor objetivo es un pre-ARNm objetivo y el contacto de una célula con un compuesto complementario al pre-ARNm objetivo modula el corte y empalme del pre-ARNm objetivo. En ciertas de tales realizaciones, el ARNm objetivo resultante tiene una secuencia de nucleobases diferente que la del ARNm objetivo que se produce en ausencia del compuesto. En ciertas de tales realizaciones, se excluye un exón del ARNm objetivo. En ciertas realizaciones, se incluye un exón en el ARNm objetivo. En ciertas realizaciones, la exclusión o inclusión de un exón induce o previene la descomposición mediada por no sentido del ARNm objetivo, elimina o añade un codón de terminación prematura del ARNm objetivo y/o cambia el marco de lectura del ARNm objetivo. Oligomeric compounds of the invention comprise or consist of a modified oligonucleotide that is complementary to a target precursor transcript that is a target pre-mRNA. In certain embodiments, contacting a cell with a compound complementary to a target precursor transcript modulates processing of the target precursor transcript. In certain such embodiments, the resulting target processed transcript has a different nucleobase sequence than the target processed transcript that is produced in the absence of the compound. In certain embodiments, the target precursor transcript is a pre-target mRNA and contact of a cell with a compound complementary to the target pre-mRNA modulates splicing of the target pre-mRNA. In certain such embodiments, the resulting target mRNA has a different nucleobase sequence than the target mRNA that is produced in the absence of the compound. In certain such embodiments, an exon of the target mRNA is excluded. In certain embodiments, an exon is included in the target mRNA. In certain embodiments, the exclusion or inclusion of an exon induces or prevents nonsense-mediated decay of the target mRNA, removes or adds a premature termination codon from the target mRNA, and/or changes the reading frame of the target mRNA.
C. Ciertas enfermedades y afecciones asociadas con ciertos ácidos nucleicos objetivoC. Certain diseases and conditions associated with certain target nucleic acids
En ciertas realizaciones, un transcrito precursor objetivo está asociado con una enfermedad o afección. En ciertas de tales realizaciones, se usa un compuesto oligomérico que comprende o consiste en un oligonucleótido modificado que es complementario al transcrito precursor objetivo para tratar la enfermedad o afección. En ciertas de tales realizaciones, el compuesto modula el procesamiento del transcrito precursor objetivo para producir un transcrito procesado objetivo beneficioso. En ciertas de tales realizaciones, la enfermedad o afección está asociada con un procesamiento aberrante de un transcrito precursor. En ciertas de tales realizaciones, la enfermedad o condición está asociada con el corte y empalme aberrante de un pre-ARNm.In certain embodiments, a target precursor transcript is associated with a disease or condition. In certain such embodiments, an oligomeric compound comprising or consisting of a modified oligonucleotide that is complementary to the target parent transcript is used to treat the disease or condition. In certain such embodiments, the compound modulates the processing of the target precursor transcript to produce a beneficial target processed transcript. In certain such embodiments, the disease or condition is associated with aberrant processing of a precursor transcript. In certain such embodiments, the disease or condition is associated with aberrant splicing of a pre-mRNA.
V. Ciertas composiciones farmacéuticasV. Certain pharmaceutical compositions
En ciertas realizaciones, la presente invención proporciona composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más compuestos antisentido o una sal del mismo. En ciertas de tales realizaciones, la composición farmacéutica comprende un diluyente o portador farmacéuticamente aceptable adecuado. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, tal composición farmacéutica consiste en una solución salina estéril y uno o más compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es una solución salina de calidad farmacéutica. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste en un compuesto antisentido y agua estéril. En ciertas realizaciones, el agua estéril es agua de calidad farmacéutica. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende uno o más compuestos antisentido y solución salina tamponada con fosfato (PBS). En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste en uno o más compuestos antisentido y PBS estéril. En ciertas realizaciones, la PBS estéril es PBS de calidad farmacéutica.In certain embodiments, the present invention provides pharmaceutical compositions comprising one or more antisense compounds or a salt thereof. In certain such embodiments, the pharmaceutical composition comprises a suitable pharmaceutically acceptable diluent or carrier. In certain embodiments, a pharmaceutical composition comprises a sterile saline solution and one or more antisense compounds. In certain embodiments, such a pharmaceutical composition consists of a sterile saline solution and one or more antisense compounds. In certain embodiments, the sterile saline solution is a pharmaceutical grade saline solution. In certain embodiments, a pharmaceutical composition comprises one or more antisense compounds and sterile water. In certain embodiments, a pharmaceutical composition consists of an antisense compound and sterile water. In certain embodiments, the sterile water is pharmaceutical grade water. In certain embodiments, a pharmaceutical composition comprises one or more antisense compounds and phosphate buffered saline (PBS). In certain embodiments, a pharmaceutical composition consists of one or more antisense compounds and sterile PBS. In certain embodiments, the sterile PBS is pharmaceutical grade PBS.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden uno o más compuestos antisentido y uno o más excipientes. En ciertas de tales realizaciones, los excipientes se seleccionan de agua, soluciones salinas, alcohol, polietilenglicoles, gelatina, lactosa, amilasa, estearato de magnesio, talco, ácido silícico, parafina viscosa, hidroximetilcelulosa y polivinilpirrolidona.In certain embodiments, the pharmaceutical compositions comprise one or more antisense compounds and one or more excipients. In certain such embodiments, excipients are selected from water, saline solutions, alcohol, polyethylene glycols, gelatin, lactose, amylase, magnesium stearate, talc, silicic acid, viscous paraffin, hydroxymethylcellulose, and polyvinylpyrrolidone.
En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido pueden mezclarse con sustancias activas y/o inertes farmacéuticamente aceptables para la preparación de composiciones o formulaciones farmacéuticas. Las composiciones y los métodos para la formulación de composiciones farmacéuticas dependen de una serie de criterios que incluyen, pero no se limitan a, la vía de administración, la extensión de la enfermedad o la dosis a administrar.In certain embodiments, the antisense compounds may be mixed with pharmaceutically acceptable active and/or inert substances for the preparation of pharmaceutical compositions or formulations. Compositions and methods for formulating pharmaceutical compositions depend on a number of criteria including, but not limited to, the route of administration, the extent of the disease, or the dose to be administered.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden un compuesto oligomérico y/o un compuesto antisentido abarcan cualquier sal farmacéuticamente aceptable del compuesto antisentido, ésteres del compuesto antisentido o sales de tales ésteres. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos antisentido y/o compuestos oligoméricos que comprenden uno o más oligonucleótidos antisentido, tras la administración a un animal, incluyendo un humano, son capaces de proporcionar (directa o indirectamente) el metabolito biológicamente activo o residuo del mismo. Por consiguiente, por ejemplo, la divulgación también se refiere a sales farmacéuticamente aceptables de compuestos antisentido, profármacos, sales farmacéuticamente aceptables de tales profármacos y otros bioequivalentes. Las sales farmacéuticamente aceptables adecuadas incluyen, pero no se limitan a, sales de sodio y potasio. En ciertas realizaciones, los profármacos comprenden uno o más grupos conjugados unidos a un oligonucleótido, en donde el grupo conjugado se escinde mediante nucleasas endógenas dentro del cuerpo.In certain embodiments, pharmaceutical compositions comprising an oligomeric compound and/or an antisense compound encompass any pharmaceutically acceptable salts of the antisense compound, esters of the antisense compound, or salts of such esters. In certain embodiments, pharmaceutical compositions comprising antisense compounds and/or oligomeric compounds comprising one or more antisense oligonucleotides, upon administration to an animal, including a human, are capable of providing (directly or indirectly) the biologically active metabolite or residue. of the same. Accordingly, for example, the disclosure also relates to pharmaceutically acceptable salts of antisense compounds, prodrugs, pharmaceutically acceptable salts of such prodrugs, and other bioequivalents. Suitable pharmaceutically acceptable salts include, but are not limited to, sodium and potassium salts. In certain embodiments, prodrugs comprise one or more conjugated groups attached to an oligonucleotide, where the conjugated group is cleaved by endogenous nucleases within the body.
Se han usado fracciones lipídicas en terapias con ácidos nucleicos en una variedad de métodos. En algunos de tales métodos, el ácido nucleico, como un compuesto antisentido, se introduce en liposomas o lipoplejos preformados hechos de mezclas de lípidos catiónicos y lípidos neutros. En ciertos métodos, los complejos de ADN con lípidos mono- o policatiónicos se forman sin la presencia de un lípido neutro. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico a una célula o tejido particular. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico al tejido adiposo. En ciertas realizaciones, se selecciona una fracción lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico al tejido muscular.Lipid moieties have been used in nucleic acid therapies in a variety of methods. In some such methods, the nucleic acid, as an antisense compound, is introduced into preformed liposomes or lipoplexes made of mixtures of cationic lipids and neutral lipids. In certain methods, complexes of DNA with mono- or polycationic lipids are formed without the presence of a neutral lipid. In certain embodiments, a lipid moiety is selected to enhance the delivery of a pharmaceutical agent to a particular cell or tissue. In certain embodiments, a lipid fraction is selected to increase the delivery of a pharmaceutical agent to adipose tissue. In certain embodiments, a lipid fraction is selected to increase the delivery of a pharmaceutical agent to muscle tissue.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden un sistema de administración. Los ejemplos de sistemas de administración incluyen, pero no se limitan a, liposomas y emulsiones. Ciertos sistemas de administración son útiles para preparar ciertas composiciones farmacéuticas, incluyendo las que comprenden compuestos hidrófobos. En ciertas realizaciones, se usan ciertos solventes orgánicos como dimetilsulfóxido.In certain embodiments, the pharmaceutical compositions comprise a delivery system. Examples of delivery systems include, but are not limited to, liposomes and emulsions. Certain delivery systems are useful for preparing certain pharmaceutical compositions, including those comprising hydrophobic compounds. In certain embodiments, certain organic solvents such as dimethyl sulfoxide are used.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden una o más moléculas de administración específicas de tejido diseñadas para administrar el uno o más agentes farmacéuticos de la presente invención a tejidos o tipos de células específicos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas incluyen liposomas recubiertos con un anticuerpo específico de tejido.In certain embodiments, the pharmaceutical compositions comprise one or more tissue-specific delivery molecules designed to deliver the one or more pharmaceutical agents of the present invention to specific tissues or cell types. For example, in certain embodiments, compositions pharmaceuticals include liposomes coated with a tissue-specific antibody.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden un sistema cosolvente. Algunos de tales sistemas cosolventes comprenden, por ejemplo, alcohol bencílico, un surfactante no polar, un polímero orgánico miscible en agua y una fase acuosa. En ciertas realizaciones, tales sistemas cosolventes se usan para compuestos hidrófobos. Un ejemplo no limitativo de dicho sistema cosolvente es el sistema cosolvente VPD, que es una solución de etanol absoluto que comprende un 3% p/v de alcohol bencílico, un 8% p/v del surfactante no polar Polysorbate 80™ y un 65% p/v de polietilenglicol 300. Las proporciones de tales sistemas cosolventes pueden variar considerablemente sin alterar significativamente sus características de solubilidad y toxicidad. Además, la identidad de los componentes del cosolvente puede variar: por ejemplo, pueden usarse otros surfactantes en lugar de Polysorbate 80™; el tamaño de la fracción de polietilenglicol puede variar; otros polímeros biocompatibles pueden reemplazar al polietilenglicol, por ejemplo, polivinilpirrolidona; y otros azúcares o polisacáridos pueden sustituir a la dextrosa.In certain embodiments, the pharmaceutical compositions comprise a cosolvent system. Some such cosolvent systems comprise, for example, benzyl alcohol, a nonpolar surfactant, a water-miscible organic polymer, and an aqueous phase. In certain embodiments, such cosolvent systems are used for hydrophobic compounds. A non-limiting example of such a cosolvent system is the VPD cosolvent system, which is an absolute ethanol solution comprising 3% w/v benzyl alcohol, 8% w/v Polysorbate 80™ nonpolar surfactant, and 65% w/v polyethylene glycol 300. The ratios of such cosolvent systems can be varied considerably without significantly altering their solubility and toxicity characteristics. In addition, the identity of the cosolvent components may vary: for example, other surfactants may be used instead of Polysorbate 80™; the size of the polyethylene glycol fraction may vary; Other biocompatible polymers can replace polyethylene glycol, for example, polyvinylpyrrolidone; and other sugars or polysaccharides can substitute for dextrose.
En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración oral. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración bucal. En ciertas realizaciones, se prepara una composición farmacéutica para administración mediante inyección (por ejemplo, intravenosa, subcutánea, intramuscular, etc.). En ciertas de tales realizaciones, una composición farmacéutica comprende un portador y se formula en una solución acuosa, como agua o tampones fisiológicamente compatibles, como la solución de Hanks, la solución de Ringer o tampón de solución salina fisiológica. En ciertas realizaciones, se incluyen otros ingredientes (por ejemplo, ingredientes que ayudan en la solubilidad o sirven como conservantes). En ciertas realizaciones, las suspensiones inyectables se preparan usando portadores líquidos apropiados, agentes de suspensión y similares. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección se presentan en forma de dosificación unitaria, por ejemplo, en ampollas o en recipientes multidosis. Ciertas composiciones farmacéuticas para inyección son suspensiones, soluciones o emulsiones en vehículos oleosos o acuosos, y pueden contener agentes de formulación como agentes de suspensión, estabilización y/o dispersión. Ciertos solventes adecuados para su uso en composiciones farmacéuticas para inyección incluyen, pero no se limitan a, solventes lipófilos y aceites grasos, como aceite de sésamo, ésteres de ácidos grasos sintéticos, como oleato de etilo o triglicéridos, y liposomas. Las suspensiones acuosas para inyección pueden contener.In certain embodiments, the pharmaceutical compositions are prepared for oral administration. In certain embodiments, the pharmaceutical compositions are prepared for buccal administration. In certain embodiments, a pharmaceutical composition is prepared for administration by injection (eg, intravenous, subcutaneous, intramuscular, etc.). In certain such embodiments, a pharmaceutical composition comprises a carrier and is formulated in an aqueous solution, such as water or physiologically compatible buffers, such as Hanks' solution, Ringer's solution, or physiological saline buffer. In certain embodiments, other ingredients are included (eg, ingredients that aid in solubility or serve as preservatives). In certain embodiments, injectable suspensions are prepared using appropriate liquid carriers, suspending agents, and the like. Certain pharmaceutical compositions for injection are presented in unit dosage form, for example, in ampoules or multidose containers. Certain pharmaceutical compositions for injection are suspensions, solutions, or emulsions in oily or aqueous vehicles, and may contain formulatory agents such as suspending, stabilizing, and/or dispersing agents. Certain solvents suitable for use in pharmaceutical compositions for injection include, but are not limited to, lipophilic solvents and fatty oils, such as sesame oil, synthetic fatty acid esters, such as ethyl oleate or triglycerides, and liposomes. Aqueous suspensions for injection may contain.
Divulgación no limitativaNon-limiting disclosure
Aunque ciertos compuestos, composiciones y métodos descritos en la presente se han descrito con especificidad de acuerdo con ciertas realizaciones, los siguientes ejemplos sirven solo para ilustrar los compuestos descritos en la presente y no se pretende que los limiten.Although certain compounds, compositions, and methods described herein have been specifically described in accordance with certain embodiments, the following examples serve only to illustrate the compounds described herein and are not intended to limit them.
Aunque el listado de secuencias que acompaña a esta presentación identifica cada secuencia o como "ARN" o como "ADN", según se requiera, en realidad, esas secuencias pueden modificarse con cualquier combinación de modificaciones químicas. Un experto en la técnica apreciará fácilmente que dicha designación como "ARN" o "ADN" para describir oligonucleótidos modificados es, en ciertos casos, arbitraria. Por ejemplo, un oligonucleótido que comprende un nucleósido que comprende una fracción de azúcar 2'-OH y una base de timina podría describirse como un ADN que tiene un azúcar modificado (2'-OH en lugar de un 2'-H de ADN) o como un ARN que tiene una base modificada (timina (uracilo metilado) en lugar de un uracilo de ARN). Por consiguiente, se pretende que las secuencias de ácidos nucleicos proporcionadas en la presente que incluyen, pero no se limitan a, las que se encuentran en el listado de secuencias, abarquen ácidos nucleicos que contienen cualquier combinación de ARN y/o ADN natural o modificado, incluyendo pero no limitados a, dichos ácidos nucleicos que tienen nucleobases modificadas. A modo de ejemplo adicional y sin limitación, un compuesto oligomérico que tiene la secuencia de nucleobases "ATCGATCG" abarca cualquier compuesto oligomérico que tenga dicha secuencia de nucleobases, ya esté modificado o no modificado, incluyendo pero no limitados a, compuestos que comprenden bases de ARN, como los que tienen la secuencia "AUCGAUCG" y aquellos que tienen algunas bases de ADN y algunas bases de ARN como "AUCGATCG" y compuestos oligoméricos que tienen otras nucleobases modificadas, como "ATmCGAUCG", en donde mC indica una base de citosina que comprende un grupo metilo en la posición 5.Although the sequence listing that accompanies this presentation identifies each sequence as either "RNA" or "DNA" as required, in reality, those sequences can be modified with any combination of chemical modifications. One skilled in the art will readily appreciate that such a designation as "RNA" or "DNA" to describe modified oligonucleotides is, in certain cases, arbitrary. For example, an oligonucleotide comprising a nucleoside comprising a 2'-OH sugar moiety and a thymine base could be described as DNA having a modified sugar (2'-OH instead of a 2'-H of DNA). or as an RNA that has a modified base (thymine (methylated uracil) instead of an RNA uracil). Accordingly, the nucleic acid sequences provided herein including, but not limited to, those found in the sequence listing, are intended to encompass nucleic acids containing any combination of natural or modified RNA and/or DNA. , including but not limited to, such nucleic acids having modified nucleobases. By way of further example and without limitation, an oligomeric compound having the nucleobase sequence "ATCGATCG" encompasses any oligomeric compound having such nucleobase sequence, whether modified or unmodified, including, but not limited to, compounds comprising RNA, such as those with the sequence "AUCGAUCG" and those with some DNA bases and some RNA bases such as "AUCGATCG" and oligomeric compounds that have other nucleobases modified, such as "ATmCGAUCG", where mC indicates a cytosine base containing a methyl group in position 5.
Ciertos compuestos descritos en la presente (por ejemplo, oligonucleótidos modificados) tienen uno o más centros asimétricos y, por lo tanto, dan lugar a enantiómeros, diastereómeros y otras configuraciones estereoisoméricas que pueden definirse, en términos de estereoquímica absoluta, como (R) o (S), como a o p, como para los anómeros de azúcar, o como (D) o (L), como para los aminoácidos, etc. En los compuestos proporcionados en la presente se incluyen todos los posibles isómeros, incluyendo sus formas racémicas y ópticamente puras, a menos que se especifique lo contrario. De igual manera, también se incluyen todos los isómeros cis y trans y las formas tautoméricas a menos que se indique lo contrario. Los compuestos oligoméricos descritos en la presente incluyen mezclas quiralmente puras o enriquecidas, así como mezclas racémicas. Por ejemplo, los compuestos oligoméricos que tienen una pluralidad de enlaces internucleosídicos de fosforotioato incluyen tales compuestos en los que la quiralidad de los enlaces internucleosídicos de fosforotioato está controlada o es aleatoria.Certain compounds described herein (for example, modified oligonucleotides) have one or more asymmetric centers and therefore give rise to enantiomers, diastereomers, and other stereoisomeric configurations that can be defined, in terms of absolute stereochemistry, as (R) or (S), as a or p, as for sugar anomers, or as (D) or (L), as for amino acids, etc. The compounds provided herein include all possible isomers, including their racemic and optically pure forms, unless otherwise specified. Likewise, all cis and trans isomers and tautomeric forms are also included unless otherwise indicated. The oligomeric compounds described herein include chirally pure or enriched mixtures, as well as racemic mixtures. For example, oligomeric compounds having a plurality of phosphorothioate internucleoside linkages include such compounds in which the chirality of the phosphorothioate internucleoside linkages is controlled or random.
A menos que se indique lo contrario, cualquier compuesto, incluyendo los compuestos oligoméricos, descrito en la presente incluye una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.Unless otherwise indicated, any compound, including oligomeric compounds, described herein includes a pharmaceutically acceptable salt thereof.
Los compuestos descritos en la presente incluyen variaciones en las que uno o más átomos se reemplazan con un isótopo no radiactivo o un isótopo radiactivo del elemento indicado. Por ejemplo, los compuestos de la presente que comprenden átomos de hidrógeno abarcan todas las posibles sustituciones de deuterio para cada uno de los átomos de hidrógeno 1H. Las sustituciones isotópicas abarcadas por los compuestos de la presente incluyen pero no se limitan a: 2H o 3H en lugar de 1H, 13C o 14C en lugar de 12C, 15N en lugar de 14N, 17O o 18O en lugar de 16O, y 33S, 34S, 35S o 36S en lugar de 32S. En ciertas realizaciones, las sustituciones isotópicas no radiactivas pueden impartir nuevas propiedades al compuesto oligomérico que son beneficiosas para su uso como herramienta terapéutica o de investigación. En ciertas realizaciones, las sustituciones isotópicas radiactivas pueden hacer que el compuesto sea adecuado para propósitos de investigación o diagnóstico, como la imagneología.The compounds described herein include variations in which one or more atoms are replaced with a non-radioactive isotope or a radioactive isotope of the indicated element. For example, compounds herein comprising hydrogen atoms encompass all possible deuterium substitutions for each of the 1H hydrogen atoms. Isotopic substitutions encompassed by the compounds herein include but are not limited to: 2H or 3H instead of 1H, 13C or 14C instead of 12C, 15N instead of 14N, 17O or 18O instead of 16O, and 33S, 34S, 35S or 36S instead of 32S. In certain embodiments, non-radioactive isotopic substitutions can impart new properties to the oligomeric compound that are beneficial for use as a therapeutic or research tool. In certain embodiments, radioactive isotopic substitutions may make the compound suitable for research or diagnostic purposes, such as imaging.
EJEMPLOSEXAMPLES
Divulgación no limitativaNon-limiting disclosure
Aunque ciertos compuestos, composiciones y métodos descritos en la presente se han descrito con especificidad de acuerdo con ciertas realizaciones, los siguientes ejemplos sirven únicamente para ilustrar los compuestos descritos en la presente y no se pretende que los limiten.Although certain compounds, compositions, and methods described herein have been specifically described in accordance with certain embodiments, the following examples serve only to illustrate the compounds described herein and are not intended to limit them.
Ejemplo 1: efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 in vitroExample 1: Effect of modified oligonucleotides targeting SMN2 in vitro
Se probaron in vitro los oligonucleótidos modificados que comprenden modificaciones 2'-MOE o 2'-NMA, que se muestran en la tabla siguiente, para determinar sus efectos sobre el corte y empalme del exón 7 en SMN2.Modified oligonucleotides comprising 2'-MOE or 2'-NMA modifications, shown in the table below, were tested in vitro for their effects on exon 7 splicing in SMN2.
Se sembró en placas una línea celular de fibroblastos de pacientes con atrofia muscular espinal (SMA) (GM03813: Cornell Institute) a una densidad de 25000 células por pocillo y se transfectó usando electroporación a 120 V con una concentración de oligonucleótido modificado enumerado en la tabla siguiente. Después de un período de tratamiento de aproximadamente 24 horas, las células se lavaron con tampón DPBS y se lisaron. El ARN se extrajo usando purificación por Qiagen RNeasy y los niveles de ARNm se midieron mediante qRT-PCR. El nivel de SMN2 con el exón 7 se midió usando el conjunto de cebador/sonda hSMN2vd#4_LTS00216_MGB; el nivel de SMN2 sin el exón 7 se midió usando hSMN2va#4_LTS00215_MGB; y el nivel de SMN2 total se midió usando HTS4210. Las cantidades de SMN2 con y sin exón 7 se normalizaron a SMN2 total. Los resultados se presentan en la tabla siguiente como los niveles de SMN2 con el exón 7 (+ exón 7) con respecto al SMN2 total y los niveles de SMN2 sin el exón 7 (- exón 7) con respecto al SMN2 total. Como se ilustra en la tabla siguiente, el tratamiento con el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-NMA mostró una mayor inclusión del exón 7 (y una exclusión reducida del exón 7) en comparación con el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE en células de fibroblastos de pacientes con SMA.A spinal muscular atrophy (SMA) patient fibroblast cell line (GM03813: Cornell Institute) was plated at a density of 25000 cells per well and transfected using electroporation at 120 V with a concentration of modified oligonucleotide listed in the table following. After a treatment period of approximately 24 hours, the cells were washed with DPBS buffer and lysed. RNA was extracted using Qiagen RNeasy purification and mRNA levels were measured by qRT-PCR. The level of SMN2 with exon 7 was measured using the hSMN2vd#4_LTS00216_MGB primer/probe set; the level of SMN2 without exon 7 was measured using hSMN2va#4_LTS00215_MGB; and the total SMN2 level was measured using HTS4210. The amounts of SMN2 with and without exon 7 were normalized to total SMN2. The results are presented in the table below as levels of SMN2 with exon 7 (+ exon 7) relative to total SMN2 and levels of SMN2 without exon 7 (-exon 7) relative to total SMN2. As illustrated in the table below, treatment with the modified oligonucleotide comprising 2'-NMA modifications showed increased exon 7 inclusion (and reduced exon 7 exclusion) compared to the modified oligonucleotide comprising 2'-MOE modifications. in fibroblast cells from patients with SMA.
Subíndices en la tabla anterior: "s" representa un enlace internucleosídico de fosforotioato, "e" representa un nucleósido modificado con 2'-MOE, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcitosina.Subscripts in the table above: "s" represents a phosphorothioate internucleoside bond, "e" represents a 2'-MOE modified nucleoside, "n" represents a 2'-O-(N-methylacetamide) modified nucleoside. Superscripts: "m" before a C represents a 5-methylcytosine.
Tabla 2: Inclusión exclusión de exón 7Table 2: Inclusion exclusion of exon 7
continuacióncontinuation
Ejemplo 2: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicosExample 2: Effect of modified oligonucleotides targeting SMN2 in transgenic mice
La cepa de Taiwán de ratones transgénicos humanos SMA Tipo III (Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine) carecen de SMN de ratón y son homocigóticos para SMN2 humano. Estos ratones se han descrito en Hsieh-Li et al., Nature Genet. 24, 66-70 (2000). Cada ratón recibió un bolo intracerebroventricular (ICV) de solución salina (PBS) o Compuesto 396443 o Compuesto 443305 (ver el Ejemplo 1) una vez en el Día 1. Cada grupo de tratamiento consistía en 3-4 ratones. Los ratones se sacrificaron 7 días después, el Día 7. El ARN total de la médula espinal y el cerebro se extrajo y analizó mediante RT-PCR, como se describe en el Ejemplo 1. Las proporciones de SMN2 con exón 7 a SMN2 total y SMN2 sin exón 7 a SMN2 total se establecieron en 1,0 para el grupo de control tratado con PBS. Los resultados normalizados para todos los grupos de tratamiento se presentan en la tabla siguiente. Como se ilustra en la tabla siguiente, el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-NMA mostró una mayor inclusión del exón 7 y una menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprendía modificaciones 2'-MOE in vivo.The Taiwan strain of human SMA Type III transgenic mice (Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine) lack mouse SMN and are homozygous for human SMN2. These mice have been described in Hsieh-Li et al., Nature Genet. 24, 66-70 (2000). Each mouse received an intracerebroventricular (ICV) bolus of saline (PBS) or Compound 396443 or Compound 443305 (see Example 1) once on Day 1. Each treatment group consisted of 3-4 mice. Mice were sacrificed 7 days later, on Day 7. Total RNA from the spinal cord and brain was extracted and analyzed by RT-PCR, as described in Example 1. The ratios of SMN2 with exon 7 to total SMN2 and SMN2 without exon 7 to total SMN2 were set at 1.0 for the PBS-treated control group. The normalized results for all treatment groups are presented in the table below. As illustrated in the table below, the modified oligonucleotide comprising 2'-NMA modifications showed greater exon 7 inclusion and less exon 7 exclusion than the modified oligonucleotide comprising 2'-MOE modifications in vivo.
Tabla 3: Inclusión exclusión de exón 7Table 3: Inclusion exclusion of exon 7
Ejemplo 3: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicos después de la administración sistémicaExample 3: Effect of modified oligonucleotides targeting SMN2 in transgenic mice after systemic administration
Los ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III recibieron una inyección intraperitoneal (IP) de solución salina (PBS), Compuesto N° 396443 o Compuesto N° 443305 (ver Ejemplo 1) una vez cada 48 horas para un total de cuatro inyecciones. Cada grupo de tratamiento consistía en 3-4 ratones. Los ratones se sacrificaron 72 horas después de la última dosis. Se recogieron varios tejidos, incluyendo el hígado, el diafragma, el cuádriceps y el corazón, y se aisló el ARN total. Se midieron los niveles de SMN2 con y sin exón 7 y SMN2 total mediante RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2, excepto que los conjuntos de cebador/sonda para este experimento fueron los descritos en Tiziano, et al., Eur J Humn Genet, 2010 Los resultados se presentan en las tablas siguientes. Los resultados muestran que la administración sistémica del oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-NMA dio como resultado una mayor inclusión del exón 7 y menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE. Human Taiwan Type III transgenic mice received an intraperitoneal (IP) injection of saline (PBS), Compound No. 396443 or Compound No. 443305 (see Example 1) once every 48 hours for a total of four injections. Each treatment group consisted of 3-4 mice. Mice were sacrificed 72 hours after the last dose. Various tissues, including liver, diaphragm, quadriceps, and heart, were collected and total RNA was isolated. Levels of SMN2 with and without exon 7 and total SMN2 were measured by RT-qPCR as described in Examples 1 and 2, except that the primer/probe sets for this experiment were those described in Tiziano, et al., Eur J Humn Genet, 2010 The results are presented in the following tables. The results show that systemic administration of the modified oligonucleotide comprising 2'-NMA modifications resulted in greater exon 7 inclusion and less exon 7 exclusion than the modified oligonucleotide comprising 2'-MOE modifications.
Tabla 4: Inclusión exclusión de exón 7Table 4: Inclusion exclusion of exon 7
T l : V l r ED m k l l rir l r l l T l 4T l : V l r ED m k l l rir l r l l T l 4
Ejemplo 4: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicosExample 4: Effect of modified oligonucleotides targeting SMN2 in transgenic mice
Los ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III recibieron un bolo ICV de solución salina (PBS) o un oligonucleótido modificado enumerado en la tabla siguiente. Cada grupo de tratamiento consistía en 3-4 ratones. Los ratones se sacrificaron dos semanas después de la dosis. Se recogieron el cerebro y la médula espinal de cada ratón y se aisló el ARN total de cada tejido. Se midieron los niveles de SMN2 con y sin exón 7 y SMN2 total mediante RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2, y los resultados se presentan en las tablas siguientes. Los resultados muestran que los oligonucleótidos modificados que comprenden modificaciones 2'-NMA dieron como resultado una mayor inclusión del exón 7 y una menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE.Taiwan Type III human transgenic mice received an ICV bolus of saline (PBS) or a modified oligonucleotide listed in the table below. Each treatment group consisted of 3-4 mice. Mice were sacrificed two weeks post-dose. The brain and spinal cord of each mouse were collected and total RNA was isolated from each tissue. The levels of SMN2 with and without exon 7 and total SMN2 were measured by RT-qPCR as described in Examples 1 and 2, and the results are presented in the tables below. The results show that modified oligonucleotides comprising 2'-NMA modifications resulted in greater exon 7 inclusion and less exon 7 exclusion than modified oligonucleotide comprising 2'-MOE modifications.
Tabla 6: Oli onucleótidos modificados diri idos a SMN2 humanoTable 6: Modified olionucleotides targeting human SMN2
Subíndices en la tabla anterior: "s" representa un enlace internucleosídico de fosforotioato, "e" representa un nucleósido modificado con 2'-MOE, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcitosina. Subscripts in the table above: "s" represents a phosphorothioate internucleoside bond, "e" represents a 2'-MOE modified nucleoside, "n" represents a 2'-O-(N-methylacetamide) modified nucleoside. Superscripts: "m" before a C represents a 5-methylcytosine.
Tabla 7: Inclusión exclusión de exón 7Table 7: Inclusion exclusion of exon 7
Ejemplo 5: Efecto de oligonucleótidos modificados dirigidos a SMN2 en ratones transgénicos después de la administración sistémicaExample 5: Effect of modified oligonucleotides targeting SMN2 in transgenic mice after systemic administration
Los ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III recibieron una inyección subcutánea de solución salina (PBS) o un oligonucleótido modificado enumerado en el Ejemplo 4 una vez cada 48-72 horas para un total de 10-150 mg/kg/semana durante tres semanas. Cada grupo de tratamiento consistía en 4 ratones. Los ratones se sacrificaron 72 horas después de la última dosis. Se recogieron varios tejidos y se aisló el ARN total de cada tejido. Se midieron los niveles de SMN2 con y sin exón 7 y SMN2 total mediante RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2, y los resultados se presentan en las tablas siguientes. Los resultados muestran que la administración sistémica de los oligonucleótidos modificados que comprenden modificaciones 2'-NMA dio como resultado una mayor inclusión del exón 7 y una menor exclusión del exón 7 que el oligonucleótido modificado que comprende modificaciones 2'-MOE.Human Taiwan Type III transgenic mice received a subcutaneous injection of saline (PBS) or a modified oligonucleotide listed in Example 4 once every 48-72 hours for a total of 10-150 mg/kg/week for three weeks. Each treatment group consisted of 4 mice. Mice were sacrificed 72 hours after the last dose. Various tissues were collected and total RNA was isolated from each tissue. The levels of SMN2 with and without exon 7 and total SMN2 were measured by RT-qPCR as described in Examples 1 and 2, and the results are presented in the tables below. The results show that systemic administration of the modified oligonucleotides comprising 2'-NMA modifications resulted in greater exon 7 inclusion and less exon 7 exclusion than the modified oligonucleotide comprising 2'-MOE modifications.
Tabla 8: Inclusión exclusión de exón 7Table 8: Inclusion exclusion of exon 7
(continuación)(continuation)
T l : V l r ED m k l l rir l r l l T lT l : V l r ED m k l l rir l r l l T l
Ejemplo 6: Efecto de los compuestos que comprenden un grupo conjugado y un oligonucleótido modificado dirigido a SMN2 en ratones transgénicos después de la administración sistémicaExample 6: Effect of compounds comprising a conjugated group and a modified oligonucleotide targeting SMN2 in transgenic mice after systemic administration
Se trataron ratones transgénicos humanos Taiwán Tipo III mediante administración subcutánea con 10-300 mg/kg/semana de un oligonucleótido modificado enumerado en la tabla siguiente o solución salina (PBS) sola durante tres semanas y se sacrificaron 48-72 horas después de la última dosis. Había 3-4 ratones por grupo. Se extrajo el ARN total de varios tejidos y se realizó RT-qPCR como se describe en los Ejemplos 1 y 2. Los resultados presentados en la tabla siguiente muestran que el compuesto oligomérico que comprende un conjugado C16 y modificaciones 2'-NMA mostró una mayor inclusión del exón 7 y menor exclusión del exón 7 que los otros compuestos probados.Taiwan Type III human transgenic mice were treated by subcutaneous administration with 10-300 mg/kg/week of a modified oligonucleotide listed in the table below or saline (PBS) alone for three weeks and sacrificed 48-72 hours after the last injection. dose. There were 3-4 mice per group. Total RNA was extracted from various tissues and RT-qPCR was performed as described in Examples 1 and 2. The results presented in the table below show that the oligomeric compound comprising a C16 conjugate and 2'-NMA modifications showed higher inclusion of exon 7 and less exclusion of exon 7 than the other compounds tested.
Tabla 10: Oli onucleótidos modificados diri idos a SMN2 humanoTable 10: Modified olionucleotides targeting human SMN2
Subíndices en la tabla anterior: "s" representa un enlace internucleosídico de fosforotioato, "o" representa un enlace internucleosídico de fosfato, "d" representa un 2'-desoxinucleósido, "e" representa un nucleósido modificado con 2'-MOE, "n" representa un nucleósido modificado con 2'-O-(N-metilacetamida). Superíndices: "m" antes de una C representa una 5-metilcisteína. Subscripts in the above table: "s" represents a phosphorothioate internucleoside bond, "o" represents a phosphate internucleoside bond, "d" represents a 2'-deoxynucleoside, "e" represents a 2'-MOE modified nucleoside,"n" represents a nucleoside modified with 2'-O-(N-methylacetamide). Superscripts: "m" before a C represents a 5-methylcysteine.
La estructura de C16-HA es:The structure of C16-HA is:
Tabla 11: Inclusión exclusión de exón 7Table 11: Inclusion exclusion of exon 7
Ejemplo 7: Efectos de respuesta a la dosis de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipófilo in vivoExample 7: Dose-response effects of oligomeric compounds comprising a lipophilic conjugate group in vivo
Los compuestos oligoméricos descritos en la tabla siguiente son complementarios a los transcritos de MALAT-1 humanos y de ratón. Sus efectos sobre la expresión de MALAT-1 se probaron in vivo. Cada uno de los ratones macho con obesidad inducida por la dieta (DIO) recibió una inyección intravenosa, a través de la vena de la cola, de un compuesto oligomérico enumerado en la tabla siguiente o vehículo salino solo una vez a la semana durante dos semanas. Cada grupo de tratamiento consistía en tres o cuatro ratones. Tres días después de la inyección final, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARN de MALAT-1 en el corazón analizada por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de MALAT-1 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos muestran que los compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico fueron más potentes en el corazón en comparación con el compuesto original que no comprende un grupo conjugado lipofílico. The oligomeric compounds described in the table below are complementary to human and mouse MALAT-1 transcripts. Its effects on MALAT-1 expression were tested in vivo. Each of the male diet-induced obesity (DIO) mice received an intravenous injection, via the tail vein, of an oligomeric compound listed in the table below or saline vehicle alone once a week for two weeks. . Each treatment group consisted of three or four mice. Three days after the final injection, the animals were sacrificed. MALAT-1 RNA expression in the heart as analyzed by RT-qPCR and normalized to total RNA using RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA) is shown below. Mean results for each group are shown as the percentage of MALAT-1 RNA levels normalized to the mean results for vehicle-treated animals. The data show that the oligomeric compounds comprising a lipophilic conjugate group were more potent in the heart compared to the parent compound not comprising a lipophilic conjugate group.
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El subíndice "k" representa una fracción de azúcar bicíclico modificado con cEt. Ver las tablas anteriores para subíndices y superíndices adicionales. La estructura de "C16-HA-", se muestra en el Ejemplo 2. La estructura de "Ole-HA-" es:Subscript "k" represents a cEt-modified bicyclic sugar fraction. See the tables above for additional subscripts and superscripts. The structure of "C16-HA-", is shown in Example 2. The structure of "Ole-HA-" is:
Ejemplo 8: Efectos de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico in vivo siguiendo diferentes vías de administraciónExample 8: Effects of oligomeric compounds comprising a lipophilic conjugated group in vivo following different routes of administration
Se probaron in vivo los efectos de los Números de Isis 556089 y 812134 (ver el ejemplo 9) sobre la expresión de MALAT-1. Cada uno de los ratones macho C57bl/6 de tipo salvaje recibió o una inyección intravenosa (IV), a través de la vena de la cola, o una inyección subcutánea (SC) de N° Isis 556089, N° Isis 812134, o vehículo salino solo. Cada grupo de tratamiento consistía en cuatro ratones. Tres días después de la inyección, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARN de MALAT-1 analizada del corazón por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de MALAT-1 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos a continuación muestran que el compuesto oligomérico que comprende un grupo conjugado lipofílico fue más potente en comparación con el compuesto original que no comprende un grupo conjugado lipofílico.The effects of Isis Numbers 556089 and 812134 (see Example 9) on MALAT-1 expression were tested in vivo. Male wild-type C57bl/6 mice each received either an intravenous (IV) injection, via the tail vein, or a subcutaneous (SC) injection of Isis No. 556089, Isis No. 812134, or vehicle. saline alone. Each treatment group consisted of four mice. Three days after the injection, the animals were sacrificed. Shown below is MALAT-1 RNA expression analyzed from the heart by RT-qPCR and normalized to total RNA using RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Mean results for each group are shown as the percentage of MALAT-1 RNA levels normalized to the mean results for vehicle-treated animals. The data below shows that the oligomeric compound comprising a lipophilic conjugate group was more potent compared to the parent compound not comprising a lipophilic conjugate group.
^ -^ -
Ejemplo 9: Efectos de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico in vivo siguiendo diferentes vías de administraciónExample 9: Effects of oligomeric compounds comprising a lipophilic conjugated group in vivo following different routes of administration
Los compuestos enumerados en la tabla siguiente son complementarios a CD36 y se probaron in vivo. Cada uno de los ratones hembra C57bl/6 de tipo salvaje recibió una inyección intravenosa o una inyección intraperitoneal de un compuesto o vehículo salino solo una vez a la semana durante tres semanas. Cada grupo de tratamiento consistía en cuatro ratones. Tres días después de la inyección final, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARNm de CD36 analizada en corazón y cuádriceps por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de CD36 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos a continuación muestran que el compuesto oligomérico que comprende un grupo conjugado lipofílico fue más potente tanto en el corazón como en el cuádriceps en comparación con el compuesto original que no comprende un grupo conjugado lipofílico.The compounds listed in the table below are complementary to CD36 and were tested in vivo. Each of the wild-type C57bl/6 female mice received an intravenous injection or an intraperitoneal injection of a saline compound or vehicle only once a week for three weeks. Each treatment group consisted of four mice. Three days after the final injection, the animals were sacrificed. Shown below is CD36 mRNA expression analyzed in heart and quadriceps by RT-qPCR and normalized to total RNA using RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Mean results for each group are shown as the percentage of CD36 RNA levels normalized to the mean results for vehicle-treated animals. The data below show that the oligomeric compound comprising a lipophilic conjugate group was more potent in both heart and quadriceps compared to the parent compound not comprising a lipophilic conjugate group.
continuacióncontinuation
Ver las tablas anteriores para ver la leyenda.See the previous tables to see the legend.
Ejemplo 10: Efectos de compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico in vivo Los compuestos oligoméricos descritos en la tabla siguiente son complementarios al transcrito de proteína quinasa (DMPK) de distrofia miotónica humana y de ratón. Sus efectos sobre la expresión de DMPK se probaron in vivo. Cada uno de los ratones Balb/c de tipo salvaje recibió una inyección intravenosa de un compuesto oligomérico a una dosificación indicada en la tabla siguiente o vehículo salino solo. Cada animal recibió una dosis por semana durante 31/2 semanas, para un total de 4 dosis. Cada grupo de tratamiento consistía en tres o cuatro ratones. Dos días después de la última dosis, se sacrificó a los animales. A continuación se muestra la expresión de ARNm de DMPK analizada a partir de cuádriceps por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA. Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de DMPK normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Una entrada de "nd" significa que no hay datos. Los datos a continuación muestran que los compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico fueron más potentes en el cuádriceps en comparación con el compuesto original que no comprendía un grupo conjugado lipofílico. Example 10: Effects of Oligomeric Compounds Comprising a Lipophilic Conjugate Group in Vivo The oligomeric compounds described in the table below are complementary to human and mouse myotonic dystrophy protein kinase (DMPK) transcript. Its effects on DMPK expression were tested in vivo. Wild-type Balb/c mice each received an intravenous injection of an oligomeric compound at a dosage indicated in the table below or saline vehicle alone. Each animal received one dose per week for 31/2 weeks, for a total of 4 doses. Each treatment group consisted of three or four mice. Two days after the last dose, the animals were sacrificed. Below is DMPK mRNA expression analyzed from quadriceps by RT-qPCR and normalized to total RNA using RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA. Mean results for each group are shown as percentage of RNA levels of DMPK normalized to mean results for vehicle-treated animals. An entry of "nd" means no data. The data below show that oligomeric compounds comprising a lipophilic conjugated group were more potent in the quadriceps in comparison with the parent compound which did not comprise a lipophilic conjugate group.
T l 1 : Ex r i n DMPK in vivT l 1 : Ex r i n DMPK in viv
Ver las tablas anteriores para ver la leyenda. Las estructuras de "Chol-TEG-" y "Toco-TEG-" se muestran en los Ejemplos 1 y 2, respectivamente.See the previous tables to see the legend. The structures of "Chol-TEG-" and "Toco-TEG-" are shown in Examples 1 and 2, respectively.
"HA-Chol" es una modificación 2' que se muestra a continuación:"HA-Chol" is a 2' modification shown below:
"HA-C10" y "HA-C16" son modificaciones 2' que se muestran a continuación:"HA-C10" and "HA-C16" are 2' modifications shown below:
en donde n es 1 en el subíndice "HA-C10", yn es 7 en el subíndice "HA-C16".where n is 1 in the "HA-C10" subscript, and n is 7 in the "HA-C16" subscript.
Ejemplo 11: Efectos de los compuestos oligoméricos in vivoExample 11: Effects of oligomeric compounds in vivo
Los compuestos oligoméricos descritos en la tabla siguiente son complementarios a los transcritos de MALAT-1 humanos y de ratón. Sus efectos sobre la expresión de MALAT-1 se probaron in vivo. Cada uno de los ratones C57bl/6 macho de tipo salvaje recibió una inyección subcutánea de un compuesto oligomérico a una dosis indicada en la tabla siguiente o vehículo salino solo los días 0, 4 y 10 del período de tratamiento. Cada grupo de tratamiento consistía en tres ratones. Cuatro días después de la última inyección, se sacrificaron los animales. A continuación se muestra la expresión de ARN de MALAT-1 analizada del corazón por RT-qPCR y normalizada a ARN total usando RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Los resultados medios para cada grupo se muestran como el porcentaje de niveles de ARN de MALAT-1 normalizados con respecto a los resultados medios para los animales tratados con vehículo. Los datos a continuación muestran que los compuestos oligoméricos que comprenden un grupo conjugado lipofílico fueron más potentes en el corazón en comparación con el compuesto original que no comprendía un grupo conjugado lipofílico The oligomeric compounds described in the table below are complementary to human and mouse MALAT-1 transcripts. Its effects on MALAT-1 expression were tested in vivo. Each of the wild-type male C57bl/6 mice received a subcutaneous injection of an oligomeric compound at a dose indicated in the table below or saline vehicle only on days 0, 4 and 10 of the treatment period. Each treatment group consisted of three mice. Four days after the last injection, the animals were sacrificed. Shown below is MALAT-1 RNA expression analyzed from the heart by RT-qPCR and normalized to total RNA using RiboGreen (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA). Mean results for each group are shown as the percentage of MALAT-1 RNA levels normalized to the mean results for vehicle-treated animals. The data below show that the oligomeric compounds comprising a lipophilic conjugate group were more potent in the heart compared to the parent compound not comprising a lipophilic conjugate group.
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Ver las tablas anteriores para la leyenda. La estructura de "C16-HA-" se muestra en el Ejemplo 2. Las estructuras de "C16-2x-C6-" y "C16-2x-C3-" son:See previous tables for legend. The structure of "C16-HA-" is shown in Example 2. The structures of "C16-2x-C6-" and "C16-2x-C3-" are:
en donde m=2 en "C16-2x-C6-"; y m=1 en "C16-2x-C3-"where m=2 in "C16-2x-C6-"; and m=1 in "C16-2x-C3-"
la estructura de "C16-C6-" es:the structure of "C16-C6-" is:
y la estructura de "C16-C3-Ab-" esand the structure of "C16-C3-Ab-" is
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