EA017966B1 - Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования - Google Patents

Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования Download PDF

Info

Publication number
EA017966B1
EA017966B1 EA201000231A EA201000231A EA017966B1 EA 017966 B1 EA017966 B1 EA 017966B1 EA 201000231 A EA201000231 A EA 201000231A EA 201000231 A EA201000231 A EA 201000231A EA 017966 B1 EA017966 B1 EA 017966B1
Authority
EA
Eurasian Patent Office
Prior art keywords
chromosome
sequences
biological sample
nucleic acid
sequenced
Prior art date
Application number
EA201000231A
Other languages
English (en)
Other versions
EA201000231A1 (ru
Inventor
Йук-Минг Деннис Ло
Росса Вай Квун Чиу
Кван Чее Чан
Original Assignee
Те Чайниз Юниверсити Ов Гонгконг
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=39798126&utm_source=***_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=EA017966(B1) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Те Чайниз Юниверсити Ов Гонгконг filed Critical Те Чайниз Юниверсити Ов Гонгконг
Publication of EA201000231A1 publication Critical patent/EA201000231A1/ru
Publication of EA017966B1 publication Critical patent/EA017966B1/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/10—Ploidy or copy number detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/38—Pediatrics
    • G01N2800/385—Congenital anomalies
    • G01N2800/387—Down syndrome; Trisomy 18; Trisomy 13
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

Воплощения данного изобретения относятся к способам, системам и аппаратуре для определения того, имеется ли фетальная хромосомная анэуплоидия из биологического образца, взятого у беременной женщины. Молекулы нуклеиновых кислот биологического образца секвенируют, так что секвенируется часть генома. Соответствующие количества клинически релевантной хромосомы и фоновых хромосом определяют из результатов секвенирования. Параметр, полученный из таких количеств (например, соотношение), сравнивают с одним или несколькими пороговыми значениями, причем таким образом определяют классификацию того, имеется ли фетальная хромосомная анэуплоидия.

Description

Настоящая заявка притязает на приоритет и является непредварительной заявкой предварительной заявки на патент США № 60/951438, озаглавленной Определение дисбаланса нуклеотидной последовательности, зарегистрированной 23 июля 2007 (досье поверенного № 016285-005200И8), включенной в данное описание в качестве ссылки.
Перекрестные ссылки на родственные заявки
Настоящая заявка также является родственной одновременно находящейся на регистрации непредварительной заявке, озаглавленной Определение дисбаланса нуклеотидной последовательности (досье поверенного № 016285-005210И8), включенной в данное описание в качестве ссылки.
Область техники, к которой относится изобретение
Данное изобретение вообще относится к диагностическому исследованию фетальной хромосомной анэуплоидии посредством определения дисбаланса между различными нуклеотидными последовательностями и, конкретнее, к идентификации трисомии 21 (синдром Дауна) и других хромосомных анэуплоидии через исследование материнского образца (например, крови).
Уровень техники
Фетальная хромосомная анэуплоидия является результатом присутствия анормальной(ых) дозы(доз) хромосомы или хромосомного участка. Анормальная(ые) доза(ы) может(могут) быть анормально высокой(ими), например присутствие лишней хромосомы 21 или хромосомного участка при трисомии 21, или анормально низкой(ими), например отсутствие хромосомы X при синдроме Тернера.
Обычные пренатальные диагностические методы фетальной хромосомной анэуплоидии, например трисомии 21, включают взятие образцов материалов плода инвазивными процедурами, такими как амниоцентез, или взятие образцов хориальной ворсины, которые ограничиваются опасностью потери плода. Неинвазивные процедуры, такие как скрининг ультразвуковой эхографией и биохимические маркеры, используют для устранения опасности для беременной женщины от характерных инвазивных диагностических процедур, однако такие методы скрининга вместо коровой хромосомной анормальности обычно определяют вторичные патологические явления, которые ассоциируются с хромосомной анэуплоидией, например трисомией 21, и таким образом имеют ограниченную диагностическую точность и другие недостатки, такие как слишком высокое влияние гестационного возраста.
Открытие циркулирующей внеклеточной фетальной ДНК в материнской плазме в 1977 г. предоставило новые возможности для неинвазивной пренатальной диагностики (Ьо Υ.Μ.Ό. аиб Сйш В.У.К., 2007, №к Вее. Сенек, 8, 71-77). Хотя данный метод легко применим для пренатальной диагностики связанных с полом (Со81а ΤΜ. е! а1., N. Епд1. 1. Меб., 346, 1502) и некоторых отдельных генных расстройств (Ьо Υ.Μ.Ό. е! а1., N. Епд1. 1. Меб., 339, 1734-1738), его применение для пренатальной диагностики хромосомных анэуплоидий представляется весьма сомнительным (Ьо Υ.Μ.Ό. апб СЫи В.У.К., 2007, цит. выше). Во-первых, фетальные нуклеиновые кислоты сосуществуют в материнской плазме с высоким фоном нуклеиновых кислот материнского происхождения, которые часто могут препятствовать анализу фетальных нуклеиновых кислот (Ьо Υ.Μ.Ό. е! а1., 1998, Ат. 1. Нит. Сенек, 62, 768-775). Во-вторых, фетальные нуклеиновые кислоты циркулируют в материнской плазме преимущественно во внеклеточной форме, что затрудняет получение информации о количестве генов или хромосом в геноме плода.
Недавно осуществлены существенные разработки, преодолевающие указанные сомнения (ВепаеЫ А. апб Со§!а Ι.Μ., 2007, Ьапее!, 369, 440-442). В одном подходе детектируют фетальноспецифические нуклеиновые кислоты в материнской плазме, причем таким образом преодолевается проблема влияния материнского фона (Ьо Υ.Μ.Ό. апб СЫи, ВУК, 2007, цит. выше). Дозу хромосомы 21 выводят из соотношений полиморфных аллелей в молекулах ДНК/РНК, полученных из плаценты. Однако такой метод менее точен, когда образцы содержат небольшое количество целевой нуклеиновой кислоты, и может применяться только к плодам, гетерозиготным для целевых полиморфизмов, которые являются только подмножеством популяции, если используется один полиморфизм.
Пйа11ап е! а1. (Пйа11ап В. е! а1., 2007, цит. выше, Пйа11ап В. е! а1., 2007, Ьапее!, 369, 474-481) описали альтернативную стратегию обогащения доли циркулирующей фетальной ДНК посредством добавления формальдегида к материнской плазме. Пропорцию последовательностей хромосомы 21 в материнской плазме, вносимую плодом, определяют посредством оценки отношения наследуемых от отца фетальноспецифических аллелей к фетально неспецифическим аллелям для однонуклеотидных полиморфизмов (8ΝΡ) на хромосоме 21. Подобным образом отношения 8ΝΡ вычисляют для эталонной хромосомы. Затем выводят дисбаланс фетальной хромосомы 21 посредством обнаружения статистически значимого различия между отношениями 8ΝΡ для хромосомы 21 и эталонной хромосомы, где значимость определяют с использованием заданного значения р<0,05. Для того чтобы добиться высокого охвата популяции, намечают более 500 8ΝΡ на хромосому. Однако имеются расхождения, касающиеся эффективности формальдегида для обогащения фетальной ДНК до высокой доли (Сйипд &Τ.Υ. е! а1., 2005, С1ш. Сйет., 51, 655658), и поэтому воспроизводимость метода нуждается в дополнительной оценке. Также, так как каждые плод и мать будут давать информацию о различном числе 8ΝΡ для каждой хромосомы, степень статистического критерия для сравнения отношений 8ΝΡ может изменяться от случая к случаю (Ьо Υ.Μ.Ό. апб СЫи В.У.К., 2007, Ьапее!, 369, 1997). Более того, так как такие подходы зависят от детекции генети
- 1 017966 ческих полиморфизмов, они ограничены плодами, гетерозиготными для указанных полиморфизмов.
С использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР, РСК) и количественного определения ДНК локуса хромосомы 21 и эталонного локуса в культуре аминоцитов, полученной из плодов с трисомией 21 и эуплоидных плодов, Ζίιηιικπηπηπ е! а1. (2002, С1т. С11ст.. 48, 362-363) смогли различить две группы плодов на основании 1,5-кратного увеличения в последовательностях ДНК хромосомы 21 в первых. Так как 2-кратное различие в концентрации матрицы ДНК составляет различие только в один пороговый цикл (С1), установление 1,5-кратного различия является пределом обычной ПЦР в реальном времени. Для того чтобы добиться более точной степени количественного определения, необходимы другие стратегии.
Разработана численная (бщба1) ПЦР для детекции отклонения аллельного соотношения в образцах нуклеиновых кислот (Сйапд ИЛУ. е! а1., 2002, 1. №11. Сапсег 1п81, 94, 1697-1703). Численная ПЦР представляет собой амплификацию на основе метода анализа нуклеиновых кислот, при котором требуется распределение образца, содержащего нуклеиновые кислоты, на множество отдельных образцов, где каждый образец содержит в среднем не более чем примерно одну последовательность-мишень на образец. Специфические нуклеиновые кислоты-мишени амплифицируют с последовательностьспецифическими праймерами для образования специфических ампликонов численной ПЦР. Локусы нуклеиновых кислот, являющихся мишенями, и виды или панель последовательностьспецифических праймеров, включенных в реакции, определяют или отбирают перед анализом нуклеиновых кислот.
Клинически показана применимость детекции утраты гетерозиготности (ЬОН) в образцах опухолевых ДНК (Ζΐιοιι У. е! а1., 2002, Ьапсе!, 359, 219-225). Для результатов анализов методом численной ПЦР последовательный критерий отношения вероятностей (БРКТ) адаптирован предварительными исследованиями для классификации экспериментальных результатов как приводящих к выводу о наличии или отсутствии ЬОН в образце (Е1 Кагош е! а1., 2006, §!а!. Меб., 25, 3124-3133).
В методах, используемых в предыдущих исследованиях, количество данных, собранных при численной ПЦР, слишком мало. Таким образом, точность может быть поставлена под сомнение из-за небольшого числа полученных точек и типичных статистических флуктуаций.
Поэтому желательно, чтобы неинвазивные тесты имели высокую чувствительность и специфичность для минимизации ложно-отрицательных и ложно-положительных результатов соответственно. Однако фетальная ДНК в материнской плазме и сыворотке присутствует в низкой абсолютной концентрации и представляет незначительную часть всех последовательностей ДНК. Поэтому также желательно иметь методы, которые допускают неинвазивную детекцию фетальной хромосомной анэуплоидии посредством максимизации количества генетической информации, которую можно получить из ограниченного количества фетальных нуклеиновых кислот, которые присутствуют как минимальная популяция в биологическом образце, содержащем материнские фоновые нуклеиновые кислоты.
Сущность изобретения
Воплощения данного изобретения относятся к способам, системам и аппаратуре для определения того, существует ли дисбаланс нуклеотидных последовательностей (например, хромосомный дисбаланс) в биологическом образце, взятом у беременной женщины. Такое определение можно осуществить с использованием параметра количества клинически релевантного хромосомного участка по отношению к другим клинически нерелевантным хромосомным участкам (фоновые участки) в биологическом образце. В одном аспекте количество хромосом определяют из секвенирования молекул нуклеиновых кислот в материнском биологическом образце, таком как моча, плазма, сыворотка, и других подходящих биологических образцах. Молекулы нуклеиновых кислот биологического образца секвенируют, так что секвенируют часть генома. Выбирают одно или несколько пороговых значений для определения того, имеется ли изменение при сравнении с эталонным количеством (т.е. дисбаланс), например, в отношении соотношения количеств двух хромосомных участков (или наборов участков).
Согласно примеру одного воплощения биологический образец, взятый у беременной женщины, анализируют для осуществления пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии. Биологический образец включает молекулы нуклеиновых кислот. Часть молекул нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце, секвенируют. В одном аспекте количество полученной генетической информации является достаточным для точного диагноза, не будучи пока чрезмерно избыточным, так как ограничивается ценами и количеством исходного требуемого биологического образца.
На основании секвенирования определяют первое количество первой хромосомы из последовательностей, идентифицированных как происходящие от первой хромосомы. Второе количество одной или нескольких вторых хромосом определяют из последовательностей, идентифицированных как происходящие от одной из вторых хромосом. Затем параметр от первого количества и второго количества сравнивают с одним или несколькими пороговыми значениями. На основании сравнения определяют, существует ли фетальная хромосомная анэуплоидия для первой хромосомы. Секвенирование выгодно максимизирует количество генетической информации, которую можно получить из ограниченного количества фетальных нуклеиновых кислот, которые существуют как незначительная популяция в биологическом образце, содержащем материнские фоновые нуклеиновые кислоты.
Согласно одному из примеров воплощения биологический образец, полученный от беременной
- 2 017966 женщины, анализируют для осуществления пренатального диагноза фетальной хромосомной анэуплоидии. Биологический образец включает молекулы нуклеиновых кислот. Идентифицируют процент фетальных ДНК в биологическом образце. На основании процента вычисляют число N анализируемых последовательностей с учетом желательной точности. Секвенируют рандомизированно, по меньшей мере, N молекул нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце.
На основании рандомизированного секвенирования определяют первое количество первой хромосомы из последовательностей, идентифицированных как происходящие от первой хромосомы. Второе количество одной или нескольких вторых хромосом определяют из последовательностей, идентифицированных как происходящие от одной из вторых хромосом. Затем параметр от первого количества и второго количества сравнивают с одним или несколькими пороговыми значениями. На основании сравнения определяют, существует ли фетальная хромосомная анэуплоидия для первой хромосомы. Рандомизированное секвенирование выгодно максимизирует количество генетической информации, которую можно получить из ограниченного количества фетальных нуклеиновых кислот, которые существуют как незначительная популяция в биологическом образце, содержащем материнские фоновые нуклеиновые кислоты.
Другие воплощения изобретения относятся к системам и носителям, считываемым на компьютере, связанным со способами, описанными в данном описании.
Лучшего понимания характера и преимуществ настоящего изобретения можно достичь, обратившись к приведенному далее подробному описанию и прилагаемым чертежам.
Краткое описание чертежей
Фиг. 1 представляет собой схему способа 100 для осуществления пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии в биологическом образце, полученном от беременной женщины, согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 2 представляет собой схему способа 200 для осуществления пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием рандомизированного секвенирования согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 3А показывает график представленности в процентах последовательностей хромосомы 21 в образцах материнской плазмы, включающих плоды с трисомией 21 или эуплоидиные плоды, согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 3В показывает корреляцию между концентрациями фракции фетальной ДНК в материнской плазме, определенными массивным параллельным секвенированием и микрогидродинамической численной ПЦР, согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 4А показывает диаграмму представленности в процентах выровненных последовательностей на хромосому согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 4В показывает график различия (%) в представленности в процентах на хромосому между случаем трисомии 21 и случаем эуплоидии, показанными на фиг. 4А;
фиг. 5 показывает степень корреляции между сверхпредставленностью в последовательностях хромосомы 21 и концентрациями фракции фетальной ДНК в материнской плазме, включая плоды с трисомией 21, согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 6 показывает таблицу части генома человека, которую анализируют согласно воплощению настоящего изобретения; Т21 отмечает образец, полученный при беременности, включающей плод с трисомией 21;
фиг. 7 показывает таблицу числа последовательностей, требуемых для того, чтобы отличить эуплоидный плод от плода с трисомией 21 согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 8А показывает таблицу верхних десяти начальных позиций секвенированных меток, выровненных с хромосомой 21, согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 8В показывает таблицу верхних десяти начальных позиций секвенированных меток, выровненных с хромосомой 22, согласно воплощению настоящего изобретения;
фиг. 9 показывает блок-схему примера компьютерной аппаратуры, применимой с системой и способами согласно воплощениям настоящего изобретения.
Определения
Термин биологический образец, используемый в данном описании, относится к любому образцу, взятому у субъекта (например, человека, такого как беременная женщина) и содержащему одну или несколько молекул нуклеиновой(ых) кислоты(кислот), представляющих интерес.
Термин нуклеиновая кислота или полинуклеотид относится к дезоксирибонуклеиновой кислоте (ДНК) или рибонуклеиновой кислоте (РНК) и их полимеру или в одно- или в двухцепочечной форме. Если конкретно не указано иное, термин охватывает нуклеиновые кислоты, содержащие известные аналоги природных нуклеотидов, которые имеют свойства связывания, схожие с эталонной нуклеиновой кислотой, и метаболизируются подобно нуклеотидам, встречающимся в природе. Если не указано иное, определенная нуклеотидная последовательность также безоговорочно охватывает ее консервативно модифицированные варианты (например, замещения вырожденного кодона), аллели, ортологи, 8ΝΡ и комплементарные последовательности, а также точно указанную последовательность. Конкретно замещений
- 3 017966 вырожденного кодона можно достичь, генерируя последовательности, в которых третья позиция одного или нескольких выбранных (или всех) кодонов замещена смешанными остатками оснований и/или дезоксинозинов (Ва1хег е! а1., М.1с1е1с Λοίά Век., 19: 5081 (1991); Ок!кика е! а1., 1. ΒίοΙ. Скет., 260: 2605-2608 (1985) и Βοκκοΐίηί е! а1., Мо1. Се11. Ргокек, 8: 91-98 (1994)). Термин нуклеиновая кислота используется как взаимозаменяемый с геном, кДНК, мРНК, малой некодирующей РНК, микроРНК (миРНК), взаимодействующей с Ρινί РНК и короткой шпилечной РНК (κΙιΒΝΑ). кодируемой геном или локусом.
Термин ген обозначает сегмент ДНК, участвующий в продукции полипептидной цепи. Он может включать участки, предшествующие и следующие за кодирующей областью (лидерные и концевые), а также промежуточные последовательности (интроны) между отдельными кодирующими сегментами (экзонами).
Термин реакция, используемый в данном описании, относится к любому процессу, включающему химическое, ферментативное или физическое действие, которое указывает на присутствие или отсутствие определенной полинуклеотидной последовательности, представляющей интерес. Примером реакции является реакция амплификации, такая как полимеразная цепная реакция (ПЦР). Другим примером реакции является реакция секвенирования или путем синтеза, или путем лигирования. Информативная реакция представляет собой реакцию, которая указывает на присутствие одной или нескольких определенных полинуклеотидных последовательностей, представляющих интерес, и в одном случае, когда присутствует только одна последовательность, представляющая интерес. Термин лунка, используемый в данном описании, относится к реакции в предварительно обусловленном месте в пределах ограниченной структуры, например в сосуде, клетке или камере в форме лунки, в ряду операций ПЦР.
Термин клинически релевантная нуклеотидная последовательность, используемый в данном описании, может относиться к полинуклеотидной последовательности, соответствующей сегменту более крупной геномной последовательности, возможный дисбаланс которой проверяют, или самой более крупной геномной последовательности. Одним из примеров является последовательность хромосомы 21. Другие примеры включают хромосомы 18, 13, X и Υ. Еще другие примеры включают мутированные генетические последовательности или генетические полиморфизмы или вариации числа копий, которые плод может унаследовать от одного или обоих родителей. Еще другие примеры включают последовательности, которые мутированы, делетированы или амплифицированы в злокачественной опухоли, например последовательности, в которых происходит потеря гетерозиготности или дупликации генов. В некоторых воплощениях несколько клинически релевантных нуклеотидных последовательностей или, равнозначно, несколько маркеров клинически релевантной нуклеотидной последовательности можно использовать для получения данных для детекции дисбаланса. Например, данные о пяти не следующих подряд друг за другом последовательностей на хромосоме 21 можно использовать вместе для определения возможного дисбаланса хромосомы 21, причем эффективно уменьшается потребность в объеме образца до 1/5.
Термин фоновая нуклеотидная последовательность, используемый в данном описании, относится к нуклеотидной последовательности, нормальное отношение которой к клинически релевантной нуклеотидной последовательности известно, например, отношение 1 к 1. Как один из примеров, фоновая нуклеотидная последовательность и клинически релевантная нуклеотидная последовательность представляют собой два аллеля из одной и той же хромосомы, различающиеся по гетерозиготности. В другом примере фоновая нуклеотидная последовательность представляет собой один аллель, гетерозиготный к другому аллелю, который представляет собой клинически релевантную нуклеотидную последовательность. Более того, некоторые из любых - фоновой нуклеотидной последовательности и клинически релевантной нуклеотидной последовательности могут происходить от различных индивидуумов.
Термин эталонная нуклеотидная последовательность, используемый в данном описании, относится к нуклеотидной последовательности, средняя концентрация которой на реакцию известна или, что равнозначно, измерена.
Термин сверхпредставленная нуклеотидная последовательность, используемый в данном описании, относится к одной из двух нуклеотидных последовательностей, представляющих интерес (например, клинически релевантной нуклеотидной последовательности и фоновой нуклеотидной последовательности), которой в биологическом образце больше, чем другой последовательности.
Термин на основании (основе), используемый в данном описании, обозначает на основании (основе), по меньшей мере, частично и относится к одному значению (или результату), используемому при определении другого значения, например, что имеет место в соотношении на входе и выходе данного способа. Термин получение, используемый в данном описании, также относится к соотношению на входе и выходе данного способа, например, когда получение представляет собой расчет формулы.
Термин количественные данные, используемый в данном описании, означает, что данные получены из одной или нескольких реакций и что получены одно или несколько численных значений. Например, число лунок, которое показывает флуоресцентный маркер для определенной последовательности, может представлять собой количественные данные.
Термин параметр, используемый в данном описании, обозначает численное значение, которое характеризует набор количественных данных и/или соотношение между наборами количественных дан
- 4 017966 ных. Например, отношение (или функция отношения) между первым количеством первой нуклеотидной последовательности и вторым количеством второй нуклеотидной последовательности является параметром.
Термин пороговое значение обозначает численное значение, которое используют для того, чтобы вынести решение о двух или большем числе состояний (например, болезненное или неболезненное) для классификации биологического образца. Например, если параметр больше порогового значения, количественным данным дают первую классификацию (например, болезненное состояние); или если параметр меньше порогового значения, количественным данным дают вторую классификацию (например, неболезненное состояние).
Термин дисбаланс, используемый в данном описании, обозначает значимое отклонение, определенное по меньшей мере по одному пороговому значению в количестве клинически релевантной нуклеотидной последовательности в сравнении с эталонной последовательностью. Например, эталонное количество может представлять собой отношение 3/5, и, таким образом, дисбаланс может иметь место, если измеренное отношение равно 1:1.
Термин хромосомная анэуплоидия, используемый в данном описании, обозначает отклонение поддающегося измерению количества хромосомы от количества диплоидного генома. Отклонение может представлять собой прирост или потерю. Оно может включать всю одну хромосому или участок хромосомы.
Термин рандомизированное секвенирование, используемый в данном описании, относится к секвенированию, при котором секвенируемые фрагменты нуклеиновой кислоты специфически не идентифицируют или не намечают перед процедурой секвенирования. Последовательностьспецифические праймеры для локализации специфических генных локусов не требуются. Секвенированные пулы нуклеиновых кислот изменяются от образца к образцу и даже от анализа к анализу одного и того же образца. Идентичность секвенированных нуклеиновых кислот обнаруживается только из секвенирования полученной продукции. В некоторых воплощениях настоящего изобретения рандомизированному секвенированию могут предшествовать процедуры обогащения биологического образца определенными популяциями молекул нуклеиновых кислот, разделяющих некоторые общие особенности. В одном воплощении каждый из фрагментов в биологическом образце имеет равную вероятность быть секвенированным.
Термин фракция генома человека или часть генома человека, используемый в данном описании, относится к менее чем 100% нуклеотидных последовательностей в геноме человека, который включают около 3 млрд пар оснований нуклеотидов. В контексте секвенирования он относится к менее чем 1кратному охвату нуклеотидных последовательностей в геноме человека. Термин может выражаться в процентах от абсолютного числа нуклеотидов/пар оснований. Как пример использования, термин может использоваться как относящийся к фактическому объему секвенирования. Воплощения могут определять требуемое минимальное значение секвенированной фракции генома человека для того, чтобы поставить точный диагноз. Как другой пример использования, термин можно отнести к количеству данных по секвенированию, используемых для получения параметра или всей суммы данных для классификации заболевания.
Термин секвенированная метка, используемый в данном описании, относится к ряду секвенированных нуклеотидов из любой части или всей молекулы нуклеиновой кислоты. Например, секвенированная метка может представлять собой короткий ряд секвенированных нуклеотидов из фрагмента нуклеиновой кислоты, короткий ряд нуклеотидов по обоим концам фрагмента нуклеиновой кислоты или секвенирование всего фрагмента нуклеиновой кислоты, который существует в биологическом образце. Фрагмент нуклеиновой кислоты представляет собой любую часть более крупной молекулы нуклеиновой кислоты. Фрагмент (например, ген) может существовать отдельно (т.е. не быть связанным) от других частей более крупной молекулы нуклеиновой кислоты.
Осуществление изобретения
Воплощения данного изобретения относятся к способам, системам и аппаратуре для определения того, имеется ли увеличение или уменьшение (болезненное состояние) клинически релевантного хромосомного участка по сравнению с неболезненным состоянием. Такое определение можно осуществить с использованием параметра количества клинически релевантного хромосомного участка относительно других клинически нерелевантных хромосомных участков (фоновые участки) в биологическом образце. Молекулы нуклеиновых кислот биологического образца секвенируют, так что секвенируют часть генома, и количество можно определить из результатов секвенирования. Выбирают одно или несколько пороговых значений для определения того, имеется ли изменение по сравнению с эталонным количеством (т.е. дисбаланс), например, в отношении отношения количеств двух хромосомных участков (или наборов участков).
Изменение, обнаруженное в эталонном количестве, может представлять собой любое отклонение (в большую или меньшую сторону) в отношении клинически релевантной нуклеотидной последовательности к другим клинически нерелевантным нуклеотидным последовательностям. Таким образом, эталонное состояние может представлять собой любое отношение или другую количественную характеристику (например, иное соотношение, чем 1-1), и измеренное состояние, обозначающее изменение, может пред
- 5 017966 ставлять собой любое отношение или другую количественную характеристику, отличающиеся от эталонной количественной характеристики, определенной по одному или нескольким пороговым значениям.
Клинически релевантный хромосомный участок (также называемый клинически релевантной нуклеотидной последовательностью) и фоновая нуклеотидная последовательность могут происходить от первого типа клеток и от одного или нескольких вторых типов клеток. Например, фетальные нуклеотидные последовательности, полученные из клеток плода/плаценты, присутствуют в биологическом образце, таком как материнская плазма, который содержит фоновые материнские нуклеотидные последовательности, происходящие от материнских клеток. В одном воплощении пороговое значение определяют на основании, по меньшей мере, частично процента первого типа клеток в биологическом образце. Данные по проценту последовательностей плода в образце можно определить с помощью любых локусов, полученных от плода, и не ограничиваться измерением клинически релевантных нуклеотидных последовательностей. В другом воплощении пороговое значение определяют, по меньшей мере, частично по проценту опухолевых последовательностей в биологическом образце, таком как плазма, сыворотка, слюна или моча, который содержит фон нуклеотидных последовательностей, полученных из незлокачественных клеток организма.
I. Общий способ.
Фиг. 1 представляет собой схему способа 100 для осуществления пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии в биологическом образце, полученном от беременной женщины, согласно воплощению настоящего изобретения.
На стадии 110 получают биологический образец от беременной женщины. Биологический образец может представлять собой плазму, мочу, сыворотку или любой другой подходящий образец. Образец содержит молекулы нуклеиновых кислот от плода и беременной женщины. Например, молекулы нуклеиновых кислот могут представлять собой фрагменты хромосом.
На стадии 120 секвенируют по меньшей мере часть нескольких молекул нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце. Секвенированная часть представляет фракцию генома человека. В одном воплощении молекулы нуклеиновых кислот представляют собой фрагменты соответствующих хромосом. Секвенированы могут быть один конец (например, 35 пар оснований (п.о.)), оба конца или весь фрагмент. Могут быть секвенированы все молекулы нуклеиновых кислот в образце или может быть секвенировано только подмножество. Такое подмножество может быть выбрано произвольно, а также как описано подробнее ниже.
В одном воплощении секвенирование осуществляют с использованием массированного параллельного секвенирования. Массированное параллельное секвенирование, такое, которого можно достичь на платформе 454 (Воске) (Магдикек М. е! а1., 2005, №1Шгс. 437, 376-380), с анализатором Икиита Оеиоте (или на платформе 8о1еха) или с системой 8ОЫЭ (Арркеб ВюкукЮтк) или технологией секвенирования Нексои Тгие 8шд1е Мо1еси1е ΌΝΑ (Натк Τ.Ό. е! а1., 2008, 8с1еисе, 320, 106-109), одномолекулярной технологией в реальном времени (8МВТ™) от РасШс Вюкаеисек и нанопористым секвенированием (8ош О.У. аиб Ме11ег А., 2007, С11и. Скет., 53: 1996-2001), позволяет параллельно секвенировать множество молекул нуклеиновых кислот, выделенных из образца, при высоких порядках мультиплексирования (Эеаг ВпеГ Риис!:. Оеиотк Рго1еот1с, 2003, 1: 397-416). На каждой из таких платформ секвенируют клонально размноженные или даже неамплифицированные отдельные молекулы фрагментов нуклеиновых кислот.
Так как при каждом прогоне от каждого образца получают большое число данных секвенирования порядка от сотен тысяч до миллионов или даже, возможно, сотни миллионов или миллиарды, полученные результаты секвенирования образуют характерный профиль смеси видов нуклеиновых кислот в исходном образце. Например, гаплотип, траскриптома и профили метилирования по данным секвенирования имеют сходство с показателями исходного образца (Вгеииег е! а1., №1. Вю1еск., 2000, 18: 630-634; Тау1ог е! а1., Саисег Век., 2007, 67: 8511-8518). Из-за большого числа отобранных последовательностей из каждого образца число идентичных последовательностей, таких как полученные при секвенировании пула нуклеиновых кислот при многократном охвате или высокой избыточности, также является хорошей количественной представленностью количества определенных видов нуклеиновых кислот или локуса в исходном образце.
На стадии 130 на основании секвенирования (например, результатов секвенирования) определяют первое количество первой хромосомы (например, клинически релевантной хромосомы). Первое количество определяют из последовательностей, идентифицированных как происходящие от первой хромосомы. Например, затем можно использовать процедуры биоинформатики для определения местонахождения каждой из таких последовательностей ДНК в геноме человека. Возможно, что доля таких последовательностей будет отброшена при последующем анализе, поскольку они присутствуют в повторяющихся участках генома человека или в участках, подвергнутых интериндивидуальным вариациям, например вариациям числа копий. Таким образом, можно определить количество хромосомы, представляющей интерес, и одной или нескольких других хромосом.
На стадии 140 на основании секвенирования определяют второе количество одной или нескольких
- 6 017966 вторых хромосом из последовательностей, идентифицированных как происходящие от одной из вторых хромосом. В одном воплощении вторые хромосомы представляют собой все другие хромосомы, кроме одной первой (т.е. испытывают одну). В другом воплощении вторая хромосома представляет собой только одну другую хромосому.
Существует ряд способов определения количеств хромосом, в том числе, но без ограничения, подсчет числа секвенированных меток, числа секвенированных нуклеотидов (пар оснований) или общей длины секвенированных нуклеотидов (пар оснований), происходящих от определенной(ых) хромосомы (хромосом) или участков хромосомы.
В другом воплощении могут быть установлены критерии для результатов секвенирования для определения того, что подсчитывать. В одном аспекте количество можно получить, основываясь на доле секвенированного продукта. Например, после анализа методами биоинформатики можно выбрать продукт секвенирования, соответствующий фрагментам нуклеиновой кислоты в определенном интервале по размеру. Примерами интервалов размера являются примерно <300 п.о., <200 п.о. или <100 п.о.
На стадии 150 определяют параметр из первого количества и второго количества. Параметр может представлять собой, например, простое отношение первого количества ко второму количеству или первого количества ко второму количеству плюс первое количество. В одном аспекте каждое количество может представлять собой аргумент функции или отдельных функций, где затем из таких отдельных функций может быть взято отношение. Специалисту в данной области техники будет понятно значение ряда различных подходящих параметров.
В одном воплощении параметр (например, представленность фракции) хромосомы, потенциально вовлеченный в хромосомную анэуплоидию, например хромосомы 21 или хромосомы 18 или хромосомы 13, затем можно вычислить из результатов процедуры биоинформатики. Представленность фракции можно получить на основании количества всех последовательностей (например, некоторой меры всех хромосом, включая клинически релевантную хромосому) или определенного подмножества хромосом (например, только одной другой хромосомы, кроме испытываемой).
На стадии 150 параметр сравнивают с одним или несколькими пороговыми значениями. Пороговые значения можно определить любым подходящим путем. Такие пути включают метод правдоподобия по баейсовскому типу, последовательный критерий отношения вероятностей (8РК.Т), ложное обнаружение, доверительный интервал, оперативную характеристику получателя (КОС). Примеры применений таких методов и специфических для образцов методов описаны в одновременно рассматриваемой заявке Определение дисбаланса нуклеотидных последовательностей (досье поверенного № 016285-005210И8), включенной в данное описание в качестве ссылки.
В одном воплощении параметр (например, представленность фракции клинически релевантной хромосомы) затем сравнивают с эталонным интервалом, установленным при беременностях, включающих здоровые (т.е. эуплоидные) плоды. Возможно, что в некоторых вариантах процедуры эталонный интервал (т.е. пороговые значения) можно регулировать в соответствии с концентрацией фракции фетальной ДНК (1) в определенном образце материнской плазмы. Величину ί можно определить из набора данных секвенирования, например, с использованием последовательностей, картируемых к хромосоме Υ, если пол плода мужской. Величину 1 также можно определить в отдельном анализе, например, с использованием эпигенетических маркеров плода (Сйаи К.С.А. с1 а1., 2006, С1ш. С11ст.. 52, 2211-8) или из анализа однонуклеотидных полиморфизмов.
На стадии 160 на основании сравнения выполняют классификацию - существует ли фетальная хромосомная анэуплоидия для первой хромосомы. В одном воплощении классификация представляет собой определенное да или нет. В другом воплощении классификация может быть неподдающейся определению или неопределенной. В еще одном воплощении классификация может представлять собой оценку, которая должна быть интерпретирована позднее, например, врачом.
II. Секвенирование, выравнивание и определение количеств.
Как указано выше, секвенируют только часть генома. В одном аспекте, даже когда секвенируют пул нуклеиновых кислот в образце при <100% геномном охвате вместо многократного охвата и из числа захваченных молекул нуклеиновых кислот, большинство каждого вида нуклеиновой кислоты секвенируют только один раз. Также можно определить дисбаланс дозы определенной хромосомы или участков хромосомы. Иными словами, дисбаланс дозы определенной хромосомы или участков хромосомы выводят из представленности в процентах указанного локуса среди других картируемых секвенированных меток образца.
Это контрастирует с ситуациями, когда один и тот же пул нуклеиновых кислот секвенируют несколько раз для того, чтобы достичь высокой избыточности или многократного охвата, посредством чего каждый вид нуклеиновой кислоты секвенируется несколько раз. В таких ситуациях число раз секвенирования определенного вида нуклеиновой кислоты относительно другого вида нуклеиновой кислоты коррелирует с их относительными концентрациями в исходном образце. Стоимость секвенирования возрастает с числом крат охвата, требуемым для достижения точной представленности вида нуклеиновой кислоты.
В одном примере как пояснительном доля таких последовательностей может быть от хромосомы,
- 7 017966 вовлеченной в анэуплоидию, такой как хромосома 21. Могут быть получены еще другие последовательности из других хромосом при таком осуществлении секвенирования. Учитывая относительный размер хромосомы 21 по сравнению с другими хромосомами, при таком осуществлении секвенирования можно получить нормализованную частоту встречаемости в эталонном интервале последовательностей, специфических для хромосомы 21. Если плод имеет трисомию 21, тогда нормализованная частота встречаемости последовательностей, образованных хромосомой 21 при таком осуществлении секвенирования, будет возрастать, что дает, таким образом, возможность обнаружения трисомии 21. Степень изменения при нормализации частоты встречаемости будет зависеть от концентрации фракции фетальных нуклеиновых кислот в анализируемом образце.
В одном воплощении используют анализатор Шишша Сеиоте для секвенирования геномной ДНК человека и образцов ДНК плазмы человека по одному концу. Анализатор 111ит1па Сепоте секвенирует молекулы клонально размноженной одной ДНК, захваченные на твердой поверхности, названной проточной ячейкой. Каждая проточная ячейка имеет 8 полос для секвенирования 8 отдельных образцов или пулов образцов. Каждая полоса способна генерировать ~200 млн осн. (МЬ) последовательности, которая представляет собой только фракцию последовательностей в 3 млрд пар оснований в геноме человека. Каждую геномную ДНК или образец ДНК плазмы секвенируют с использованием одной полосы проточной ячейки. Полученные короткие метки последовательностей выравнивают с эталонной последовательностью генома и отмечают хромосомное происхождение. Общее число отдельных секвенированных меток, выровненных с каждой хромосомой, табулируют и сравнивают с относительным размером каждой хромосомы, ожидаемой от эталонного генома человека или характерных образцов без заболевания. Затем идентифицируют прирост или утрату хромосом.
Описанный подход является только одним примером описанной в данном описании стратегии дозы гена/хромосомы. С другой стороны, можно осуществить секвенирование по парным концам. Вместо сравнения длины секвенированных фрагментов с длиной, ожидаемой в эталонном геноме, как описано в СатрЬе11 е1 а1. (№11. депек, 2008, 40: 722-729), подсчитывают число выровненных секвенированных меток и сортируют согласно местоположению хромосом. Прирост или утрату хромосомных участков или целых хромосом определяют путем сравнения полученных чисел с ожидаемым размером хромосом в эталонном геноме или в характерных образцах без заболевания. Так как секвенирование по парным концам дает возможность установить размер исходного фрагмента нуклеиновой кислоты, в одном примере фокусируются на подсчете числа парных секвенированных меток, соответствующих фрагментам нуклеиновых кислот обусловленного размера, такого как <300 п.о, <200 п.о. или <100 п.о.
В другом воплощении фракцию пула нуклеиновых кислот, которую секвенируют за прогон, подвергают дополнительному отбору перед секвенированием. Например, можно использовать методы на основе гибридизации, такие как олигонуклеотидная матрица, для первого подбора нуклеотидных последовательностей из определенной хромосомы, например хромосомы, потенциально анэуплоидной, и другая(ие) хромосома(ы) не участвуют в испытания на анэуплоидию. Другим примером является то, что перед секвенированием из пула образцов дополнительно выбирают или обогащают определенное подмножество нуклеотидных последовательностей. Например, как обсуждалось выше, имеется сообщение, что молекулы фетальной ДНК в материнской плазме сравнивают с более короткими фрагментами, чем молекулы материнской фоновой ДНК (Сйап е1 а1., С1ш. Сйет., 2004, 50: 88-92). Таким образом, специалисты в данной области техники могут использовать один или несколько известных способов фракционирования нуклеотидных последовательностей в образце в соответствии с размером молекул, например электрофорез в геле или колонки для исключения по размеру или подход на основе микрогидродинамики. Также, с другой стороны, в примере анализа внеклеточной фетальной ДНК в материнской плазме часть фетальных нуклеиновых кислот можно обогатить методом, при котором подавляется материнский фон, таким как добавление формальдегида (О11а11ап е1 а1., 1АМА, 2004, 291: 1114-9). В одном воплощении часть подмножества предварительно отобранного пула нуклеиновых кислот секвенируют рандомизированно.
Другие стратегии секвенирования отдельных молекул, такие как на платформе 454 Восйе, платформе Аррйеб В|О5у51еш5 ЗОйГО, технология секвенирования Нейсои Тгие 8шд1е Мо1еси1е ΌΝΑ, одномолекулярная технология в реальном времени (ЗМВТ) от Расгйс Вюкшепсек и нанопористое секвенирование, можно подобным образом использовать в данной заявке.
III. Определение количеств хромосом из продукта секвенирования.
После массивного параллельного секвенирования осуществляют анализ методами биоинформатики для установления места хромосомного происхождения секвенированных меток. После такой процедуры метки, идентифицированные как происходящие от потенциально ауэноплоидной хромосомы, т.е. хромосомы 21 в данном исследовании, сравнивают количественно со всеми секвенированными метками или метками, происходящими от одной или нескольких хромосом, не вовлеченных в анэуплоидию. Соотношение между продуктом секвенирования из хромосомы 21 и других не-21 хромосом в испытываемом образце сравнивают с пороговыми значениями, полученными методами, описанными в разделе, приведенном выше, для определения того, получен образец при беременности, включающей эуплоидный плод или плод с трисомией 21.
- 8 017966
Число различных количеств включает, но не ограничивается, перечисленное далее, что можно было бы получить из секвенированных меток. Например, число секвенированных меток, т.е. подсчитанных абсолютно, выровненных с определенной хромосомой, можно было бы сравнить с абсолютным числом секвенированных меток, выровненных с другими хромосомами. С другой стороны, подсчет фракции количества секвенированных меток из хромосомы 21 относительно всех или некоторых других секвенированных меток можно было бы сравнить с соответствующим значением для других неанэуплоидных хромосом. В данном эксперименте, поскольку секвенируют 36 п.о. из каждого фрагмента ДНК, число секвенированных нуклеотидов из определенной хромосомы можно легко получить из 36 п.о. умножением на число секвенированных меток.
Кроме того, так как каждый образец материнской плазмы секвенируют только с использованием одной проточной ячейки, которая может секвенировать только часть генома человека, по статистике, большинство видов фрагментов ДНК материнской плазмы могут быть секвенированы с образованием только одного числа секвенированных меток. Иными словами, фрагменты нуклеиновых кислот, присутствующие в образце материнской плазмы, секвенируют менее чем с 1-кратным охватом. Таким образом, общее число секвенированных нуклеотидов для любой определенной хромосомы будет преимущественно соответствовать количеству, доле или длине части указанной хромосомы, которая секвенирована. Следовательно, количественное определение представленности потенциально анэуплоидной хромосомы можно получить из фракции числа или эквивалентной длины секвенированных нуклеотидов из такой хромосомы относительно полученного подобным образом количества для других хромосом.
IV. Обогащение пулов нуклеиновых кислот для секвенирования.
Как указано выше и установлено в разделе примеров ниже, только часть генома человека требуется для секвенирования для того, чтобы отличить случаи трисомии 21 от эуплоидии. Таким образом, возможно и эффективно по стоимости обогащать пул нуклеиновых кислот для секвенирования перед рандомизированным секвенированием фракции обогащенного пула. Например, молекулы фетальной ДНК в материнской плазме состоят из более коротких фрагментов, чем молекулы материнской фоновой ДНК (Сйап с1 а1., С11п. Сйеш, 2004, 50: 88-92). Таким образом, специалисты могут использовать один или несколько известных способов для фракционирования нуклеотидных последовательностей в образце в соответствии с размером молекул, например, с помощью электрофореза в геле или колонок для исключения по размерам или подхода на основе микрогидродинамики.
Также, с другой стороны, в примере анализа внеклеточной фетальной ДНК в материнской плазме долю фетальных нуклеиновых кислот можно обогатить методом, при котором подавляется материнский фон, таким как добавление формальдегида (ЭйаЛап с1 а1., 1ЛМЛ, 2004, 291: 1114-9). Доля полученных фетальных последовательностей может быть обогащена в пуле нуклеиновых кислот, включающих более короткие фрагменты. Согласно фиг. 7 число секвенированных меток, требуемое для того, чтобы отличить случаи трисомии 21 от эуплоидии, будет уменьшаться, так как повышается концентрация фракции фетальной ДНК.
С другой стороны, последовательности, происходящие от потенциально анэуплоидной хромосомы и от одной или нескольких хромосом, не вовлеченных в анэуплоидидю, можно обогатить методами гибридизации, например, на олигонуклеотидных микроматрицах. Затем обогащенные пулы нуклеиновых кислот можно подвергнуть рандомизированному секвенированию. Это может создать возможность для уменьшения стоимости секвенирования.
V. Рандомизированное секвенирование.
Фиг. 2 представляет собой схему способа 200 осуществления пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием рандомизированного секвенирования согласно воплощению настоящего изобретения. В одном аспекте в случае подхода с массивным параллельным секвенированием одновременно можно получить представительные результаты от всех хромосом. Источник определенного фрагмента заранее не выбирают. Секвенирование осуществляют рандомизированно, и затем можно осуществить поиск в базе данных для того, чтобы увидеть, откуда появился определенный фрагмент. Это противоположно ситуациям, когда амплифицируют специфический фрагмент из хромосомы 21 и другой фрагмент из хромосомы 1.
На стадии 210 получают биологический образец от беременной женщины. На стадии 220 вычисляют число N последовательностей для анализа для желательной точности. В одном воплощении сначала идентифицируют процент фетальной ДНК в биологическом образце. Это можно осуществить любым подходящим способом, известным специалистам в данной области техники. Идентификация может просто зарегистрировать величину, которая измерена с помощью другого объекта. В данном воплощении вычисление числа N последовательностей для анализа основано на проценте. Например, число последовательностей, необходимое для анализа, может возрастать, когда падает процент фетальной ДНК, и может понижаться, когда процент фетальной ДНК растет. Число N может быть фиксированным числом или относительным числом, таким как процент. В другом воплощении может быть известно число последовательностей Ν, адекватное для точного диагноза заболевания. Можно получить достаточное число N даже при беременностях с концентрациями фетальной ДНК на нижнем пределе нормального интервала.
На стадии 230 рандомизированно секвенируют, по меньшей мере, N молекул из множества молекул
- 9 017966 нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце. Особенностью такого описанного подхода является то, что секвенируемые нуклеиновые кислоты специально не идентифицируют или не локализуют перед анализом образца, т.е. секвенированием. Последовательностьспецифические праймеры для локализации специфических генных локусов для секвенирования не требуются. Пулы секвенированных нуклеиновых кислот изменяются от образца к образцу и даже от анализа к анализу одного и того же образца. Более того, из последующего описания (фиг. 6) следует, что количество продукта секвенирования, необходимое в случае диагностики, может изменяться между испытываемыми образцами и эталонной популяцией. Такие аспекты заметно контрастируют с большинством диагностических подходов, таких как основанные на флуоресценции гибридизации ίη зйи, количественной флуоресцентной ПНР, количественной ПЦР в реальном времени, численной ПЦР, сравнительной геномной гибридизации, микроматричной сравнительной геномной гибридизации и т.д., где требуется локализация генных локусов до предварительного определения, причем таким образом необходимо использовать локусспецифические праймеры или набор зондов либо их панели.
В одном воплощении рандомизированное секвенирование осуществляют на фрагментах ДНК, которые присутствуют в плазме беременной женщины, и получают геномные последовательности, которые могут происходить или от плода или от матери. Рандомизированное секвенирование включает получение образцов (секвенирование) произвольной части молекул нуклеиновой кислоты, присутствующих в биологическом образце. Так как секвенирование рандомизированное, в каждом анализе могут быть секвенированы различные подмножества (фракции) молекул нуклеиновых кислот (и, таким образом, генома). Воплощения будут работать даже когда такое подмножество изменяется от образца к образцу и от анализа к анализу, что может происходить даже с использованием одного и того же образца. Примеры фракции составляют примерно 0,1, 0,5, 1, 5, 10, 20 или 30% генома. В других воплощениях фракция составляет, по меньшей мере, любую из указанных величин.
Остальные стадии 240-270 могут протекать подобно стадиям в способе 100.
VI. Отбор пулов секвенированных меток после секвенирования.
Как описано ниже в примерах II и III, подмножество данных секвенирования является достаточным для того, чтобы отличить случаи трисомии 21 от случаев эуплоидии. Подмножество данных секвенирования может представлять собой долю секвенированных меток, которые выходят за пределы некоторых качественных параметров. Например, в примере II используют секвенированные метки, которые уникально выравниваются с эталонным геномом человека, замаскированного повторами. С другой стороны, можно секвенировать характерный пул фрагментов нуклеиновых кислот из всех хромосом, но сосредоточиться на сравнении между данными, относящимися к потенциально анэуплоидной хромосоме, и данными, относящимися к ряду неанэуплоидных хромосом.
Также с другой стороны, подмножество продукта секвенирования, охватывающее секвенированные метки, образованные из фрагментов нуклеиновых кислот, соответствующих окну определенного размера в исходном образце, можно разобрать во время анализа после секвенирования. Например, с использованием анализатора Шит1па Оепоте можно использовать секвенирование по парным концам, которое относится к секвенированию обоих концов фрагментов нуклеиновых кислот. Данные секвенирования каждой пары концов затем выравнивают с эталонной последовательностью генома человека. Затем можно установить расстояние или число нуклеотидов, заключающихся между двумя концами. Также можно установить полную длину исходного фрагмента нуклеиновой кислоты. С другой стороны, платформы секвенирования, такие как платформа 454, и, возможно, некоторые другие методы одномолекулярного секвенирования дают возможность секвенировать полную длину коротких фрагментов нуклеиновых кислот, например 200 п.о. Таким способом из данных секвенирования можно сразу же узнать фактическую длину фрагмента нуклеиновой кислоты.
Такой анализ парных концов также возможен с использованием других платформ секвенирования, например системы Лррйеб Вю8у81ет8 ЗОЫЭ. В случае платформы Восйе 454 из-за повышенной регистрируемой длины по сравнению с другими системами массивного параллельного секвенирования также возможно определить длину фрагмента из его полной последовательности.
Преимущество фокусирования данных анализа на подмножестве секвенированных меток, соответствующих коротким фрагментам нуклеиновых кислот в исходном образце материнской плазмы, имеет место из-за того, что набор данных будет эффективно обогащен последовательностями ДНК, полученными от плода. Это так, поскольку молекулы фетальной ДНК в материнской плазме составляют более короткие фрагменты, чем молекулы фоновой ДНК (Сйап е! а1., Οΐίη. Сйет., 2004, 50: 88-92). Согласно фиг. 7, число секвенированных меток, требуемое для того, чтобы отличить случаи эуплоидии от случаев трисомии 21, может быть уменьшено, так как возрастает концентрация фетальной ДНК.
Отбор подмножеств пулов нуклеиновых кислот после секвенирования отличается от других стратегий обогащения нуклеиновых кислот, которые осуществляют перед анализом образца, таких как применение электрофореза в геле или колонок с исключением по размерам, для отбора нуклеиновых кислот определенного размера, которые требуют физического отделения обогащенного пула от фонового пула нуклеиновых кислот. Физические процедуры будут вводить больше экспериментальных стадий и могут привести к проблемам, таким как загрязнение. Отбор ίη δίΐίοο после секвенирования подмножеств из
- 10 017966 продукта секвенирования также может допускать отбор в зависимости от чувствительности и специфичности, требуемых для определения заболевания.
Биоинформативные, вычислительные и статистические подходы, используемые для определения того, получен образец материнской плазмы от беременной женщины с плодом с трисомией 21 или эуплоидным плодом, можно исполнить в компьютерном программном продукте, используемом для определения параметров из результатов секвенирования. Работа компьютерной программы может включать определение поддающегося измерению количества потенциально анэуплоидной хромосомы, а также количества(количеств) одной или нескольких других хромосом. Параметр можно определить и сравнить с соответствующими пороговыми значениями для определения, в случае потенциально анэуплоидной хромосомы, имеется ли фетальная хромосомная анэуплоидия.
Примеры
Приведенные далее примеры приводятся для пояснения, но не для ограничения заявленного изобретения.
I. Пренатальная диагностика фетальной трисомии 21.
Отбирают для исследования восемь беременных женщин. Все беременные женщины находятся на 1-м или 2-м триместре беременности и имеют одноплодную беременность. У четырех из них плоды с трисомией 21, а у других четырех эуплоидные плоды. У каждой берут двадцать миллилитров периферической венозной крови. Материнскую плазму собирают после центрифугирования при 1600хд в течение 10 мин и затем центрифугируют при 16000хд в течение 10 мин. Затем экстрагируют ДНК из 5-10 мл каждого образца плазмы. Затем ДНК материнской плазмы используют для массивного параллельного секвенирования с помощью анализатора Шитша Оеиоте согласно инструкциям изготовителя. Работники, выполняющие секвенирование, во время секвенирования и анализа данных о последовательностях не знают о диагнозе плода.
Коротко, приблизительно 50 нг ДНК материнской плазмы используют для получения библиотеки ДНК. Можно начинать с меньших количеств ДНК материнской плазмы, таких как 15 или 10 нг. Фрагменты ДНК материнской плазмы затупляют по концам, лигируют с адаптерами 8о1еха и отбирают фрагменты в 150-300 п.о. очисткой в геле. С другой стороны, затупленные по концам и адаптерлигированные фрагменты ДНК материнской плазмы можно пропустить через колонки (например, АМРиге, Адепсоий) для удаления нелигированных адаптеров без отбора по размеру перед получением кластера. Адаптерлигированную ДНК гибридизируют с поверхностью проточных ячеек и получают кластеры ДНК с использованием кластерной системы 111ит1иа, затем следуют 36 циклов секвенирования на анализаторе 111ит1иа Оеиоте. ДНК из каждого образца материнской плазмы секвенируют только в одной проточной ячейке. Считанные данные секвенирования собирают с использованием конвейера для анализа 8о1еха Апа1ув1в Р1ре11пе. Затем все считанные данные выравнивают с эталонной последовательностью генома человека, маскированной повторами, комплект 36 ΝΟΒΙ (ОепВапк, инвентарные номера Ν0_000001-Ν0_000024), с использованием программы Е1апб.
В данном исследовании для уменьшения сложности анализа данных далее рассматривают только последовательности, картированные к единственному участку эталона генома человека, маскированного повторами. С другой стороны, можно использовать другие подмножества или весь набор данных секвенирования. Подсчитывают общее число уникально картируемых последовательностей для каждого образца. Число последовательностей, уникально выровненных с хромосомой 21, выражают для каждого образца в виде доли от общего числа выровненных последовательностей. Так как материнская плазма содержит фетальную ДНК среди фоновой ДНК материнского происхождения, плод с трисомией 21 будет вносить дополнительные секвенированные метки, происходящие от хромосомы 21, из-за присутствия дополнительной копии хромосомы 21 в фетальном геноме. Следовательно, процент последовательностей хромосомы 21 в материнской плазме при беременности с плодом с трисомией 21 будет выше, чем процент при беременности с эуплоидным плодом. Анализ не требует локализации фетальноспецифических последовательностей. Также не требуется предварительное физическое отделение фетальных нуклеиновых кислот от материнских. Также нет необходимости отличать или идентифицировать фетальные и материнские последовательности после секвенирования.
Фиг. 3А показывает процент последовательностей, картированных к хромосоме 21 (представленность в процентах хромосомы 21) для каждого из 8 образцов ДНК материнской плазмы. Представленность в процентах хромосомы 21 существенно выше в материнской плазме при беременности с трисомией 21, чем в плазме при эуплоидной беременности. Такие данные предполагают, что можно осуществить неинвазивную пренатальную диагностику фетальной анэуплоидии, определяя представленность в процентах анэуплоидной хромосомы в сравнении с эталонной популяцией. С другой стороны, сверхпредставленность хромосомы 21 можно детектировать, сравнивая представленность в процентах хромосомы 21, полученную экспериментально, с представленностью в процентах последовательностей хромосомы 21, ожидаемой в случае эуплоидного генома человека. Это можно осуществить, маскируя или не маскируя повторные участки в геноме человека.
У пяти из восьми беременных женщин пол плода мужской. Последовательности, картированные к
- 11 017966 хромосоме Υ, могут быть фетальноспецифическими. Процент последовательностей, картированных к хромосоме Υ, используют для вычисления концентрации фракции фетальной ДНК в исходном образце материнской плазмы. Более того, концентрацию фракции фетальной ДНК также определяют, используя микрогидродинамическую численную ПЦР с участием паралогичных генов Х-связанного цинкопальцевого белка (ΖΡΧ) и Υ-связанного цинкопальцевого белка (ΖΡΥ).
Фиг. 3В показывает корреляцию концентраций фракции фетальной ДНК, выведенных по представленности в процентах хромосомы Υ путем секвенирования, и концентраций, определенных микрогидродинамической численной ПЦР ΖΡΥ/ΖΡΧ. Имеется положительная корреляция между концентрациями фракции фетальной ДНК в материнской плазме, полученными указанными двумя способами. Коэффициент корреляции (г) составляет 0,917 при корреляционном анализе Пирсона.
Проценты последовательностей ДНК материнской плазмы, выровненных с каждой из 24 хромосом (22 аутосомы и хромосомы X и Υ), для двух характерных случаев показаны на фиг. 4А. У одной из беременных женщин плод с трисомией 21, а у другой эуплоидный плод. Представленность в процентах последовательностей, картированных к хромосоме 21, выше у беременной женщины с плодом с трисомией 21 по сравнению с беременной женщиной с эуплоидным плодом.
Различия (%) в представленности в процентах на хромосому между образцами материнской плазмы в вышеуказанных двух случаях показаны на фиг. 4В. Различие в процентах для определенной хромосомы вычисляют с использованием следующей формулы:
различие в процентах (%)=(Р21-Ре)/Рех100%, где Р21 - процент последовательностей ДНК плазмы, выровненных с определенной хромосомой, у беременной женщины с плодом с трисомией 21 и
Ре - процент последовательностей ДНК плазмы, выровненных с определенной хромосомой, у беременной женщины с эуплоидным плодом.
Как видно на фиг. 4В, существует сверхпредставленность - на 11% последовательностей хромосомы 21 в плазме беременной женщины с плодом с трисомией 21 в сравнении с беременной женщиной с эуплоидным плодом. В случае последовательностей, выровненных с другими хромосомами, различия между двумя случаями находятся в пределах 5%. Так как представленность в процентах для хромосомы 21 при трисомии 21 возрастает при сравнении с образцами эуплоидной материнской плазмы, различие (%) можно, с другой стороны, обозначить как степень сверхпредставленности в последовательностях хромосомы 21. Кроме различий (%) и абсолютных различий между представленностью в процентах хромосомы 21 также можно вычислить отношения подсчетов опытных и эталонных образцов, которые могут указывать степень сверхпредставленности хромосомы 21 при трисомии 21 при сравнении с эуплоидными образцами.
В случае четырех беременных женщин с эуплоидными плодами в среднем 1,345% последовательностей ДНК в их плазме выравниваются с хромосомой 21. У четырех беременных женщин с плодами с трисомией 21 три плода мужского пола. Представленность в процентах хромосомы 21 вычисляют для каждого из трех указанных случаев. Различие (%) в представленности в процентах хромосомы 21 для каждого из указанных трех случаев трисомии 21 со средней представленностью в процентах хромосомы 21, полученной из значений для четырех случаев эуплоидии, определяют так, как описано выше. Иными словами, среднее из четырех случаев с эуплоидными плодами используют в качестве эталона для такого вычисления. Концентрации фракции фетальной ДНК для указанных трех случаев мужской трисомии 21 выводят из их соответствующей представленности последовательностей хромосомы Υ.
Корреляция между степенью сверхпредставленности последовательностей хромосомы 21 и концентрациями фракции фетальной ДНК показана на фиг. 5. Между двумя параметрами существует заметная положительная корреляция. Коэффициент корреляции (г) составляет 0,898 при корреляционном анализе Пирсона. Такие результаты показывают, что степень сверхпредставленности последовательностей хромосомы 21 в материнской плазме связана с концентрацией фетальной ДНК в образце материнской плазмы. Таким образом, для идентификации беременности с плодом с трисомией 21 можно определить пороговые значения степени сверхпредставленности последовательностей хромосомы 21, релевантные концентрациям фракции фетальной ДНК.
Определение концентрации фракции фетальной ДНК в материнской плазме также можно осуществить отдельно от прогона секвенирования. Например, концентрацию ДНК хромосомы Υ можно определить предварительно с использованием ПЦР в реальном времени, микрогидродинамической ПЦР или масс-спектрометрии. Например, на фиг. 3В видно, что существует хорошая корреляция между концентрациями фракции фетальной ДНК, установленными на основе данных для хромосомы Υ, полученных в прогоне секвенирования, и отношением ΖΡΥ/ΖΡΧ, полученным отдельно от прогона секвенирования. Действительно, концентрацию ДНК можно определить с использованием иных локусов, чем хромосома Υ, и применимых к плоду женского пола. Например, Сйаи с1 а1. показали, что происходящие от плода метилированные последовательности ΒΆ88ΡΙΆ можно определить в плазме беременной женщины на фоне неметилированных последовательностей ΒΆ88ΡΙΆ материнского происхождения (Сйаи с1 а1., С1т. С11ст.. 2006, 52: 2211-8). При этом концентрацию фракции фетальной ДНК можно определить путем деления количества метилированных последовательностей ΒΆ88ΡΙΆ на количество всех последователь
- 12 017966 ностей ΚΆ88ΕΙΆ (метилированных и неметилированных).
Ожидается, что материнская плазма может быть предпочтительнее материнской сыворотки для практического осуществления изобретения, поскольку ДНК высвобождается из материнских клеток крови во время свертывания крови. Так, если использовать сыворотку, ожидается, что концентрация фракции фетальной ДНК будет ниже в материнской плазме, чем в материнской сыворотке. Иными словами, если использовать материнскую сыворотку, ожидается, что потребуется получить больше последовательностей для диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии по сравнению с образцом плазмы, полученным от той же беременной женщины в то же время.
Еще одним альтернативным путем определения концентрация фракции фетальной ДНК может быть количественное определение полиморфных различий между беременной женщиной и плодом (ОйаНап К. с1 а1., 2007, Ьапее!, 369, 474-481). Примером такого способа может быть локализация полиморфных сайтов, при которой беременная женщина является гомозиготной, а плод является гетерозиготным. Количество фетальноспецифического аллеля можно сравнить с количеством обычного аллеля для определения концентрация фракции фетальной ДНК.
В отличие от существующих методов обнаружения хромосомных аберраций, включающих сравнительную геномную гибридизацию, микроматричную сравнительную геномную гибридизацию, количественную полимеразную цепную реакцию в реальном времени, которые детектируют и количественно определяют одну или несколько специфических последовательностей, массивное параллельное секвенирование не зависит от детекции или анализа предварительно определенного или предварительно идентифицированного набора последовательностей ДНК. Секвенируют произвольно представленную фракцию молекул ДНК из пула образцов. Число различных секвенированных меток, выровненных с различными участками хромосом, сравнивают между образцами, содержащими или несодержащими виды ДНК, представляющие интерес. Хромосомные аберрации будут выявляться по различиям в числе (или проценте) последовательностей, выровненных с любым заданным участком хромосомы в образцах.
В другом примере метод секвенирования внеклеточной ДНК в плазме можно использовать для детекции хромосомных аберраций в ДНК плазмы для обнаружения специфического рака. Различные онкозаболевания имеют набор типичных хромосомных аберраций. Можно использовать изменения (амплификации или делеции) в нескольких участках хромосомы. Так, может иметься повышенная доля последовательностей, выровненных с амплифицированными участками, и пониженная доля последовательностей, выровненных с сокращенными участками. Представленность в процентах на хромосому можно сравнить с размером для каждой соответствующей хромосомы в эталонном геноме, выраженную как процент геномной представленности любой данной хромосомы в отношении всего генома. Также можно использовать прямые сравнения или сравнения с эталонной хромосомой.
ΙΙ. Секвенирование только фракции генома человека.
В эксперименте, описанном выше в примере Ι, ДНК материнской плазмы из каждого отдельного образца секвенируют с использованием только одной проточной кюветы. Число секвенированных меток, полученных секвенированием из каждого из испытываемых образцов, показано на фиг. 6. Т21 отмечает образец, полученный от беременной женщины с плодом с трисомией 21.
Секвенируют 36 п.о. из каждого из секвенированных фрагментов ДНК материнской плазмы, число секвенированных нуклеотидов/пар оснований из каждого образца можно определить, умножая 36 п.о. на число секвенированных меток, что также показано на фиг. 6. Так как в геноме человека имеется приблизительно 3 млрд пар оснований, количество данных секвенирования, полученное от каждого образца материнской плазмы, представляет только часть, колеблющуюся от примерно 10 до 13%.
Более того, при таком исследовании только уникально картированные секвенированные метки, обозначенные ИО в номенклатуре из программы Е1апб. используют для того, чтобы показать наличие сверхпредставленности в количестве последовательностей хромосомы 21 в образцах материнской плазмы при беременностях с плодами с трисомией 21, как описано выше в примере Ι. Как видно на фиг. 6, последовательности ИО представляют только подмножество всех секвенированных меток, полученных из каждого образца, и также представляют даже меньшую часть - примерно 2% генома человека. Такие данные показывают, что для успешного выполнения диагностики фетальной анэуплоидии достаточно секвенирования только части последовательностей генома человека, присутствующих в испытываемом образце.
ΙΙΙ. Определение числа требуемых последовательностей.
Результат секвенирования ДНК плазмы от беременной женщины с эуплоидным плодом мужского пола используют для такого анализа. Число секвенированных меток, которые можно картировать к эталонной последовательности генома человека без несоответствий, составляет 1990000. Подмножества последовательностей произвольно выбирают из таких 1990000 меток, и в каждом из подмножеств вычисляют процент последовательностей, выровненных с хромосомой 21. Число последовательностей в подмножествах изменяется от 60000 до 540000 последовательностей. Для каждого размера подмножества составляют несколько подмножеств с тем же числом секвенированных меток случайным отбором секвенированных меток из общего пула до тех пор, пока другая комбинация станет невозможной. Затем из нескольких подмножеств в пределах подмножеств каждого размера вычисляют средний процент последовательностей, выровненных с хромосомой 21, и его стандартное отклонение (8Ό). Полученные данные
- 13 017966 сравнивают по всем подмножествам различного размера для определения влияния размера подмножества на распределение процента последовательностей, выровненных с хромосомой 21. Затем вычисляют 5-е и 95-е процентили согласно среднему и 8Ό.
Когда у беременной женщины плод с трисомией 21, секвенированные метки, выровненные с хромосомой 21, должны быть сверхпредставленными в материнской плазме из-за избыточной дозы хромосомы 21 из плода. Степень сверхпредставленности зависит от процента фетальной ДНК в образце ДНК материнской плазмы в соответствии с приведенным ниже уравнением
где РегТ21 представляет процент последовательностей, выровненных с хромосомой 21, у беременной женщины с плодом с трисомией 21;
РегЕи представляет процент последовательностей, выровненных с хромосомой 21, у беременной женщины с эуплоидным плодом;
£ представляет процент фетальной ДНК в ДНК материнской плазмы.
Как видно на фиг. 7, 8Ό для процентов последовательностей, выровненных с хромосомой 21, уменьшается с возрастанием числа последовательностей в каждом подмножестве. Следовательно, когда число последовательностей в каждом подмножестве возрастает, интервал между 5-ми и 95-ми процентилями уменьшается. Когда интервал 5-95% для случаев эуплоидии и трисомии 21 не перекрывается, тогда дифференциация между двумя группами случаев может быть возможна с точностью >95%.
Как видно на фиг. 7, минимальный размер подмножества для дифференциации случаев трисомии 21 и случаев эуплоидии зависит от процента фетальной ДНК. Минимальные размеры подмножеств для дифференциации случаев трисомии 21 и случаев эуплоидии составляют 120000, 180000 и 540000 последовательностей для процентов фетальной ДНК 20, 10 и 5% соответственно. Иными словами, число последовательностей, требуемых для анализа для определения того, имеет ли плод трисомию 21, будет составлять 120000, когда образец ДНК материнской плазмы содержит 20% фетальной ДНК. Число последовательностей, требуемых для анализа, будет возрастать до 540000, когда процент фетальной ДНК падает до 5%.
Так как данные получают с использованием секвенирвания 36 п.о., 120000, 180000 и 540000 последовательностей соответствуют 0,14, 0,22 и 0,65% генома человека соответственно. Так как нижний интервал концентраций фетальной ДНК в материнской плазме, полученной на ранних сроках беременности, как сообщается, примерно 5% (Ьо Υ.Μ.Ώ. е! а1., 1998, Ат. I. Нит. Сенек, 62, 768-775), секвенирование примерно 0,6% генома человека может представлять минимальный объем секвенирования, требуемый для диагностики с точностью по меньшей мере 95% при детекции фетальной хромосомной анэуплоидии при любых сроках беременности.
IV. Рандомизированное секвенирование.
Для того чтобы пояснить, что секвенированные фрагменты ДНК в ходе секвенирования отбирают рандомизированно, получают секвенированные метки, образованные из восьми образцов материнской плазмы, анализированных в примере I. Для каждого образца материнской плазмы определяют исходные позиции в отношении к эталонной последовательности генома человека комплекту 36 ΝΟΒΙ каждой из секвенировнных меток в 36 п.о., которые выравнивают уникально с хромосомой 21 без несоответствий. Затем определяют число позиций для пулов выровненных секвенировнных меток из каждого образца в порядке возрастания. Осуществляют подобный анализ для хромосомы 22. В целях пояснения верхние десять исходных позиций для хромосомы 21 и хромосомы 22 для каждого образца материнской плазмы показаны на фиг. 8А и 8В соответственно. Как можно представить из приведенных таблиц, секвенированные пулы фрагментов ДНК между образцами не являются идентичными.
Любые из компонентов или функций программ, описанных в данной заявке, можно выполнить в виде программного кода, выполняемого процессором с использованием любого подходящего машинного языка, такого как, например, 1ауа, С++ или Рег1, с использованием, например, традиционных или ориентированных на объект методов. Программный код может сохраняться как ряд инструкций или команд на среде, считываемой компьютером, для хранения и/или передачи, подходящие среды включают запоминающее устройство с произвольной выборкой (КАМ), постоянное запоминающее устройство (ПЗУ, КОМ), магнитную среду, жесткий дисковод или дискету, или оптическую среду, такую как компакт-диск (СИ) или Όνο (цифровой универсальный диск), флэш-память и т.п. Среда, считываемая компьютером, может представлять собой любую комбинацию таких устройств хранения или передачи информации.
Такие программы также могут кодироваться и передаваться с использованием сигналов носителя, адаптированных для передачи по проводным, оптическим и/или беспроводным сетям, соответствующим протоколам, включая Интернет. Как таковая, среда, считываемая компьютером, согласно воплощению настоящего изобретения может быть создана с использованием сигнала данных, кодированного такими программами. Среда, считываемая компьютером, кодированная программным кодом, может быть в пакете с совместимым устройством или предоставлена отдельно от других устройств (например, пересылаться через Интернет). Любая такая считываемая компьютером среда может быть размещена на или в пределах отдельного компьютерного программного продукта (например, жесткий дисковод или целая компьютерная система), и может быть представлена на или в рамках различных компьютерных программ
- 14 017966 ных продуктов в системе или сети. Компьютерная система может включать монитор, принтер или другой подходящий дисплей для предоставления пользователю любых результатов, указанных в данном описании.
Пример компьютерной системы показан на фиг. 9. Подсистемы, показанные на фиг. 9, соединяются между собой системной шиной 975. Показаны дополнительные подсистемы, такие как принтер 974, клавиатура 978, фиксированный диск 979, монитор 976, который соединен с адаптером дисплея 982, и другие. Периферические устройства и устройства ввода/вывода (Ι/О), которые соединены с контроллером Ι/О, могут быть соединены с компьютерной системой любыми средствами, известными в технике, такими как последовательный порт 977. Например, для присоединения компьютера к глобальной сети, такой как Интернет, устройству ввода данных или сканеру можно использовать последовательный порт 977 или внешний интерфейс 981. Соединение через системную шину позволяет коммутировать центральный процессор 973 с каждой подсистемой и контролировать выполнение инструкций из запоминающей системы 972 или фиксированного диска 979, а также обмен информацией между подсистемами. Запоминающая система 972 и/или фиксированный диск 979 могут составлять часть считываемой компьютером среды.
Приведенное выше описание примеров воплощения изобретения представлено в целях пояснения и описания. Не предполагается, что оно является исчерпывающим или ограничивает изобретение точно описанной формой, и в свете описанного выше возможны многие модификации и вариации. Воплощения выбраны и описаны для наилучшего понимания принципов изобретения и его практических применений, которые позволят другим специалистам в данной области техники применять изобретение наилучшим образом в различных воплощениях и различных модификациях, которые подходят для определенного предполагаемого применения.
Все публикации, патенты и заявки на патент, цитированные в данном описании, входят в него в качестве ссылок.

Claims (28)

1. Способ выполнения пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии в биологическом образце, полученном от беременной женщины, где биологический образец содержит молекулы нуклеиновых кислот женщины и плода, включающий выполнение рандомизированного секвенирования молекул нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце с получением их последовательностей;
выравнивание по меньшей мере части последовательностей с человеческим геномом;
определение первого количества последовательностей, идентифицированных как выровненные с первой хромосомой; и определение второго количества последовательностей, идентифицированных как выровненные с одной или более вторых хромосом;
определение параметра от первого количества и второго количества, где этот параметр представляет собой относительное количество между первым и вторым количеством;
сравнение этого параметра с одним или несколькими пороговыми значениями для определения диагноза, имеется ли фетальная хромосомная анэуплоидия по первой хромосоме.
2. Способ по п.1, где биологический образец представляет собой материнскую кровь, плазму, сыворотку, мочу или слюну.
3. Способ по п.1, где биологический образец представляет собой трансцервикальную промывочную жидкость.
4. Способ по п.1, где первая хромосома представляет собой хромосому 21, хромосому 18, хромосому 13, хромосому X или хромосому Υ.
5. Способ по п.1, где этот параметр определен из соотношения между первым количеством и вторым количеством.
6. Способ по п.5, где соотношение показывает процент последовательностей, определенных как выровненные к первой хромосоме среди всех последовательностей.
7. Способ по п.5, где соотношение представляет собой фракционный подсчет числа последовательностей, фракционного числа секвенированных нуклеотидов или фракционной длины накопленных последовательностей.
8. Способ по п.5, где отбирают меньшие, чем обусловленное число пар оснований, последовательности, которые выравнивают с первой хромосомой.
9. Способ по п.8, где обусловленное число пар оснований равно 300 п.о., 200 п.о. или 100 п.о.
10. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца обогащают для последовательностей, происходящих по меньшей мере от одной определенной хромосомы.
11. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца обогащают для последовательностей, которые меньше 300 п.о.
12. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца обогащают для по
- 15 017966 следовательностей, которые меньше 200 п.о.
13. Способ по п.1, где молекулы нуклеиновых кислот биологического образца амплифицируют с использованием полимеразной цепной реакции.
14. Способ по п.1, где полученные последовательности представляют собой, по меньшей мере, предварительно определенную фракцию генома человека.
15. Способ по п.1, где фракция представляет по меньшей мере 0,1% генома человека.
16. Способ по п.1, где фракция представляет по меньшей мере 0,5% генома человека.
17. Способ по п.1, где по меньшей мере одно из пороговых значений зависит от концентрации фракции фетальной ДНК в биологическом образце.
18. Способ по п.17, где концентрацию фракции фетальной ДНК в биологическом образце определяют с помощью одной или нескольких долей последовательностей хромосомы Υ, фетального эпигенетического маркера или с использованием анализа однонуклеотидного полиморфизма.
19. Способ по п.1, где пороговое значение является эталонным значением, установленным из одного или более нормальных биологических образцов.
20. Способ по п.1, дополнительно включающий идентификацию количества фетальной ДНК в биологическом образце и вычисления числа N молекул секвенируемых нуклеиновых кислот для желательной точности.
21. Способ по п.20, дополнительно включающий определение процентного содержания фетальной ДНК в биологическом образце и где вычисление числа N молекул секвенируемых нуклеиновых кислот для желательной точности основано на этом процентном содержании.
22. Способ по п.1, где последовательности, определенные как выровненные с первой хромосомой, выравниваются только с первой хромосомой и где последовательности, определенные как выровненные с одной или более второй хромосомой, выравниваются только с одной второй хромосомой.
23. Способ по п.1, где первое количество определено на основании пула (общего количества) секвенированных меток, которые выровнены по множеству положений на первой хромосоме.
24. Способ по п.23, где часть человеческого генома, с которой выравнивают секвенированные метки, не является предварительно определенной.
25. Способ по п.24, где часть человеческого генома, соответствующая секвенированным меткам, выровненным с первой хромосомой, не является предварительно определенной.
26. Способ по п.1, где параметр представляет собой фракционное представление последовательности, идентифицированной как выровненная с первой хромосомой, и это фракционное представление измерено в виде порции молекул нуклеиновых кислот в биологическом образце, которая происходит из первой хромосомы.
27. Способ по п.26, где одно или более пороговое значение рассчитывается как отношение размера первой хромосомы к размеру одной или более второй хромосомы.
28. Компьютерный программный продукт, включающий считываемую компьютером среду, кодированную рядом инструкций для регулирования вычислительной системы для выполнения операции по осуществлению пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии в биологическом образце, полученном от беременной женщины, причем операция включает стадии получения последовательностей при рандомизированном секвенировании множества молекул нуклеиновых кислот, содержащихся в биологическом образце, где биологический образец включает молекулы нуклеиновых кислот женщины и плода, выравнивания каждой последовательности с геномом человека, где указанная доля включает фракцию генома человека;
определения первого количества первой хромосомы из последовательностей, идентифицированных как выровненные с первой хромосомой;
определения второго количества одной или нескольких вторых хромосом из последовательностей, идентифицированных как выровненные с одной или более второй хромосомой;
определения параметра из первого количества и второго количества, где этот параметр представляет собой относительное соотношение между первым и вторым количеством;
сравнения параметра с одним или несколькими пороговыми значениями, для определения диагноза, имеется ли фетальная хромосомная анэуплоидия по первой хромосоме.
EA201000231A 2007-07-23 2008-07-23 Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования EA017966B1 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US95143807P 2007-07-23 2007-07-23
PCT/GB2008/002530 WO2009013496A1 (en) 2007-07-23 2008-07-23 Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using genomic sequencing

Publications (2)

Publication Number Publication Date
EA201000231A1 EA201000231A1 (ru) 2010-06-30
EA017966B1 true EA017966B1 (ru) 2013-04-30

Family

ID=39798126

Family Applications (6)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EA201201551A EA201201551A1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Способ диагностики рака с использованием геномного секвенирования
EA201000231A EA017966B1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования
EA201600280A EA035451B9 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Способ диагностики рака с использованием геномного секвенирования
EA201300072A EA028642B1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Способ пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии
EA201791612A EA039167B1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования
EA202192446A EA202192446A1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EA201201551A EA201201551A1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Способ диагностики рака с использованием геномного секвенирования

Family Applications After (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EA201600280A EA035451B9 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Способ диагностики рака с использованием геномного секвенирования
EA201300072A EA028642B1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Способ пренатальной диагностики фетальной хромосомной анэуплоидии
EA201791612A EA039167B1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования
EA202192446A EA202192446A1 (ru) 2007-07-23 2008-07-23 Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования

Country Status (26)

Country Link
US (10) US20090029377A1 (ru)
EP (15) EP2557517B1 (ru)
JP (16) JP5519500B2 (ru)
KR (23) KR102561664B1 (ru)
CN (11) CN103902809B (ru)
AU (1) AU2008278839B2 (ru)
BR (1) BRPI0814670B8 (ru)
CA (10) CA2900927C (ru)
CY (3) CY1114773T1 (ru)
DK (6) DK2557520T3 (ru)
EA (6) EA201201551A1 (ru)
ES (6) ES2933486T3 (ru)
FI (1) FI2557517T3 (ru)
HK (5) HK1177768A1 (ru)
HR (4) HRP20230033T3 (ru)
HU (3) HUE054639T2 (ru)
IL (2) IL203311A (ru)
LT (2) LT2557520T (ru)
MX (3) MX341573B (ru)
NZ (2) NZ600407A (ru)
PL (4) PL2514842T3 (ru)
PT (3) PT2183693E (ru)
SG (1) SG183062A1 (ru)
SI (4) SI2183693T2 (ru)
WO (2) WO2009013496A1 (ru)
ZA (1) ZA201000524B (ru)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2602366C2 (ru) * 2014-05-21 2016-11-20 Общество С Ограниченной Ответственностью "Тестген" Способ получения днк-праймеров и зондов для малоинвазивной пренатальной пцр-диагностики трисомии 21-й хромосомы у плода по крови беременной женщины и диагностический набор для ее осуществления
RU2717023C1 (ru) * 2019-04-24 2020-03-17 Общество с ограниченной ответственностью "ГЕНОТЕК ИТ" Способ определения кариотипа плода беременной женщины на основании секвенирования гибридных прочтений, состоящих из коротких фрагментов внеклеточной ДНК
US12002544B2 (en) 2010-11-30 2024-06-04 The Chinese University Of Hong Kong Determining progress of chromosomal aberrations over time

Families Citing this family (270)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100022414A1 (en) 2008-07-18 2010-01-28 Raindance Technologies, Inc. Droplet Libraries
US8024128B2 (en) * 2004-09-07 2011-09-20 Gene Security Network, Inc. System and method for improving clinical decisions by aggregating, validating and analysing genetic and phenotypic data
ATE406463T1 (de) 2005-04-06 2008-09-15 Maurice Stroun Methode zur krebsdiagnose mittels nachweis von dna und rna im kreislauf
EP2477029A1 (en) * 2005-06-02 2012-07-18 Fluidigm Corporation Analysis using microfluidic partitioning devices
US11111543B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US20070178501A1 (en) * 2005-12-06 2007-08-02 Matthew Rabinowitz System and method for integrating and validating genotypic, phenotypic and medical information into a database according to a standardized ontology
US20070027636A1 (en) * 2005-07-29 2007-02-01 Matthew Rabinowitz System and method for using genetic, phentoypic and clinical data to make predictions for clinical or lifestyle decisions
US10081839B2 (en) * 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US8515679B2 (en) 2005-12-06 2013-08-20 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US10083273B2 (en) * 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US9424392B2 (en) 2005-11-26 2016-08-23 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals
US11111544B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US8532930B2 (en) 2005-11-26 2013-09-10 Natera, Inc. Method for determining the number of copies of a chromosome in the genome of a target individual using genetic data from genetically related individuals
ES2739484T3 (es) * 2006-02-02 2020-01-31 Univ Leland Stanford Junior Prueba genética fetal no invasiva mediante análisis digital
US20080050739A1 (en) * 2006-06-14 2008-02-28 Roland Stoughton Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats
EP2589668A1 (en) 2006-06-14 2013-05-08 Verinata Health, Inc Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags
US8137912B2 (en) * 2006-06-14 2012-03-20 The General Hospital Corporation Methods for the diagnosis of fetal abnormalities
US20080070792A1 (en) 2006-06-14 2008-03-20 Roland Stoughton Use of highly parallel snp genotyping for fetal diagnosis
US20100112590A1 (en) 2007-07-23 2010-05-06 The Chinese University Of Hong Kong Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment
CA2900927C (en) * 2007-07-23 2018-08-14 The Chinese University Of Hong Kong Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using genomic sequencing
US7888127B2 (en) 2008-01-15 2011-02-15 Sequenom, Inc. Methods for reducing adduct formation for mass spectrometry analysis
WO2009105531A1 (en) * 2008-02-19 2009-08-27 Gene Security Network, Inc. Methods for cell genotyping
AU2009223671B2 (en) * 2008-03-11 2014-11-27 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination
DE102008019132A1 (de) * 2008-04-16 2009-10-22 Olympus Life Science Research Europa Gmbh Verfahren zur quantitativen Bestimmung der Kopienzahl einer vorbestimmten Sequenz in einer Probe
WO2009146335A1 (en) * 2008-05-27 2009-12-03 Gene Security Network, Inc. Methods for embryo characterization and comparison
US12038438B2 (en) 2008-07-18 2024-07-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Enzyme quantification
ES2620431T3 (es) 2008-08-04 2017-06-28 Natera, Inc. Métodos para la determinación de alelos y de ploidía
GB2467691A (en) 2008-09-05 2010-08-11 Aueon Inc Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options
US8476013B2 (en) 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US8962247B2 (en) 2008-09-16 2015-02-24 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses
CA3069082C (en) * 2008-09-20 2022-03-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing
AU2015202167B2 (en) * 2008-09-20 2017-12-21 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing
US8563242B2 (en) * 2009-08-11 2013-10-22 The Chinese University Of Hong Kong Method for detecting chromosomal aneuploidy
US20120185176A1 (en) 2009-09-30 2012-07-19 Natera, Inc. Methods for Non-Invasive Prenatal Ploidy Calling
EP2494065B1 (en) * 2009-10-26 2015-12-23 Lifecodexx AG Means and methods for non-invasive diagnosis of chromosomal aneuploidy
WO2011053790A2 (en) * 2009-10-30 2011-05-05 Fluidigm Corporation Assay of closely linked targets in fetal diagnosis and coincidence detection assay for genetic analysis
ES2720282T3 (es) 2009-11-05 2019-07-19 Univ Hong Kong Chinese Análisis genómico fetal a partir de una muestra biológica materna
MX357692B (es) * 2009-11-06 2018-07-19 Univ Hong Kong Chinese Analisis genomico a base de tamaño.
US8703652B2 (en) 2009-11-06 2014-04-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Non-invasive diagnosis of graft rejection in organ transplant patients
JP2013514079A (ja) * 2009-12-17 2013-04-25 キージーン・エン・フェー 制限酵素に基づく全ゲノムシーケンシング
ES2577017T3 (es) 2009-12-22 2016-07-12 Sequenom, Inc. Procedimientos y kits para identificar la aneuploidia
US9323888B2 (en) 2010-01-19 2016-04-26 Verinata Health, Inc. Detecting and classifying copy number variation
AU2015203579B2 (en) * 2010-01-19 2017-12-21 Verinata Health, Inc. Sequencing methods and compositions for prenatal diagnoses
US10388403B2 (en) 2010-01-19 2019-08-20 Verinata Health, Inc. Analyzing copy number variation in the detection of cancer
US20120100548A1 (en) 2010-10-26 2012-04-26 Verinata Health, Inc. Method for determining copy number variations
WO2011091063A1 (en) 2010-01-19 2011-07-28 Verinata Health, Inc. Partition defined detection methods
AU2015204302B2 (en) * 2010-01-19 2017-10-05 Verinata Health, Inc. Method for determining copy number variations
EP2848703A1 (en) * 2010-01-19 2015-03-18 Verinata Health, Inc Simultaneous determination of aneuploidy and fetal fraction
WO2011090556A1 (en) 2010-01-19 2011-07-28 Verinata Health, Inc. Methods for determining fraction of fetal nucleic acid in maternal samples
AU2011207544A1 (en) 2010-01-19 2012-09-06 Verinata Health, Inc. Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic DNA by whole genome sequencing
US9260745B2 (en) 2010-01-19 2016-02-16 Verinata Health, Inc. Detecting and classifying copy number variation
US20110312503A1 (en) 2010-01-23 2011-12-22 Artemis Health, Inc. Methods of fetal abnormality detection
JP2013517789A (ja) * 2010-01-26 2013-05-20 ニプド ジェネティクス リミテッド 胎児異数性の非侵襲性出生前診断の方法および組成物
EP3392349A1 (en) * 2010-02-12 2018-10-24 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis
WO2011130880A1 (zh) * 2010-04-23 2011-10-27 深圳华大基因科技有限公司 胎儿染色体非整倍性的检测方法
US20190010543A1 (en) 2010-05-18 2019-01-10 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11326208B2 (en) 2010-05-18 2022-05-10 Natera, Inc. Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA
US11322224B2 (en) 2010-05-18 2022-05-03 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11332785B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11332793B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
CA3037126C (en) 2010-05-18 2023-09-12 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11939634B2 (en) 2010-05-18 2024-03-26 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11339429B2 (en) 2010-05-18 2022-05-24 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US9677118B2 (en) 2014-04-21 2017-06-13 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
WO2013052557A2 (en) * 2011-10-03 2013-04-11 Natera, Inc. Methods for preimplantation genetic diagnosis by sequencing
US10316362B2 (en) 2010-05-18 2019-06-11 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11408031B2 (en) 2010-05-18 2022-08-09 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal paternity testing
CN103069006A (zh) * 2010-07-23 2013-04-24 艾索特里克斯遗传实验室有限责任公司 区别表达的胚胎或母源基因组区的鉴定及其用途
US8700338B2 (en) 2011-01-25 2014-04-15 Ariosa Diagnosis, Inc. Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy
US10533223B2 (en) 2010-08-06 2020-01-14 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of target nucleic acids using hybridization
US11203786B2 (en) 2010-08-06 2021-12-21 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of target nucleic acids using hybridization
US11031095B2 (en) 2010-08-06 2021-06-08 Ariosa Diagnostics, Inc. Assay systems for determination of fetal copy number variation
US20120034603A1 (en) * 2010-08-06 2012-02-09 Tandem Diagnostics, Inc. Ligation-based detection of genetic variants
US20140342940A1 (en) 2011-01-25 2014-11-20 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization
US20130040375A1 (en) * 2011-08-08 2013-02-14 Tandem Diagnotics, Inc. Assay systems for genetic analysis
US20120077185A1 (en) * 2010-08-06 2012-03-29 Tandem Diagnostics, Inc. Detection of genetic abnormalities and infectious disease
US20130261003A1 (en) 2010-08-06 2013-10-03 Ariosa Diagnostics, In. Ligation-based detection of genetic variants
US10167508B2 (en) 2010-08-06 2019-01-01 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of genetic abnormalities
WO2012019323A1 (zh) * 2010-08-13 2012-02-16 深圳华大基因科技有限公司 一种细胞染色体分析方法
EP2619329B1 (en) 2010-09-24 2019-05-22 The Board of Trustees of The Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers
US9267174B2 (en) 2010-10-26 2016-02-23 Stanford University Method of simultaneously screening for multiple genotypes and/or mutations
CN103620055A (zh) 2010-12-07 2014-03-05 利兰·斯坦福青年大学托管委员会 在全基因组规模非侵入性确定亲本单倍型的胎儿遗传
JP6328934B2 (ja) 2010-12-22 2018-05-23 ナテラ， インコーポレイテッド 非侵襲性出生前親子鑑定法
CA2823618C (en) * 2011-01-05 2022-05-24 The Chinese University Of Hong Kong Noninvasive prenatal genotyping of fetal sex chromosomes
US9994897B2 (en) 2013-03-08 2018-06-12 Ariosa Diagnostics, Inc. Non-invasive fetal sex determination
US20120190021A1 (en) * 2011-01-25 2012-07-26 Aria Diagnostics, Inc. Detection of genetic abnormalities
US11270781B2 (en) 2011-01-25 2022-03-08 Ariosa Diagnostics, Inc. Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination
US8756020B2 (en) 2011-01-25 2014-06-17 Ariosa Diagnostics, Inc. Enhanced risk probabilities using biomolecule estimations
US10131947B2 (en) * 2011-01-25 2018-11-20 Ariosa Diagnostics, Inc. Noninvasive detection of fetal aneuploidy in egg donor pregnancies
JP6153874B2 (ja) 2011-02-09 2017-06-28 ナテラ， インコーポレイテッド 非侵襲的出生前倍数性呼び出しのための方法
EP3760731A1 (en) * 2011-02-09 2021-01-06 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
EP2675819B1 (en) 2011-02-18 2020-04-08 Bio-Rad Laboratories, Inc. Compositions and methods for molecular labeling
CA2827873C (en) * 2011-02-24 2022-08-16 The Chinese University Of Hong Kong Molecular testing of multiple pregnancies
EP2689029A1 (en) * 2011-03-22 2014-01-29 Life Technologies Corporation Identification of linkage using multiplex digital pcr
US9260753B2 (en) 2011-03-24 2016-02-16 President And Fellows Of Harvard College Single cell nucleic acid detection and analysis
US20150065358A1 (en) * 2011-03-30 2015-03-05 Verinata Health, Inc. Method for verifying bioassay samples
RS57837B1 (sr) 2011-04-12 2018-12-31 Verinata Health Inc Razrešavanje genomskih frakcija upotrebom broja kopija polimorfizama
GB2484764B (en) 2011-04-14 2012-09-05 Verinata Health Inc Normalizing chromosomes for the determination and verification of common and rare chromosomal aneuploidies
US9411937B2 (en) 2011-04-15 2016-08-09 Verinata Health, Inc. Detecting and classifying copy number variation
US8455221B2 (en) 2011-04-29 2013-06-04 Sequenom, Inc. Quantification of a minority nucleic acid species
WO2012177792A2 (en) 2011-06-24 2012-12-27 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of a genetic variation
SG191757A1 (en) 2011-06-29 2013-08-30 Bgi Health Service Co Ltd Noninvasive detection of fetal genetic abnormality
CN103797368A (zh) * 2011-06-30 2014-05-14 新加坡国立大学 胎儿有核红细胞的检测
US20130157875A1 (en) * 2011-07-20 2013-06-20 Anthony P. Shuber Methods for assessing genomic instabilities
GB2485635B (en) * 2011-07-26 2012-11-28 Verinata Health Inc Method for determining the presence or absence of different aneuploidies in a sample
US8712697B2 (en) 2011-09-07 2014-04-29 Ariosa Diagnostics, Inc. Determination of copy number variations using binomial probability calculations
CN104160391A (zh) * 2011-09-16 2014-11-19 考利达基因组股份有限公司 确定异质样本的基因组中的变异
US20140228226A1 (en) * 2011-09-21 2014-08-14 Bgi Health Service Co., Ltd. Method and system for determining chromosome aneuploidy of single cell
US9984198B2 (en) 2011-10-06 2018-05-29 Sequenom, Inc. Reducing sequence read count error in assessment of complex genetic variations
US10424394B2 (en) 2011-10-06 2019-09-24 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP3922731A3 (en) 2011-10-06 2022-01-05 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US10196681B2 (en) 2011-10-06 2019-02-05 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US9367663B2 (en) 2011-10-06 2016-06-14 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
WO2013052907A2 (en) 2011-10-06 2013-04-11 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US8688388B2 (en) 2011-10-11 2014-04-01 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP3243908B1 (en) 2011-10-11 2019-01-02 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
CN102329876B (zh) * 2011-10-14 2014-04-02 深圳华大基因科技有限公司 一种测定待检测样本中疾病相关核酸分子的核苷酸序列的方法
ES2651612T3 (es) 2011-10-18 2018-01-29 Multiplicom Nv Diagnóstico de aneuploidía cromosómica fetal
WO2013062856A1 (en) 2011-10-27 2013-05-02 Verinata Health, Inc. Set membership testers for aligning nucleic acid samples
EP2602733A3 (en) * 2011-12-08 2013-08-14 Koninklijke Philips Electronics N.V. Biological cell assessment using whole genome sequence and oncological therapy planning using same
EP4148739A1 (en) 2012-01-20 2023-03-15 Sequenom, Inc. Diagnostic processes that factor experimental conditions
EP3757210B1 (en) 2012-03-02 2022-08-24 Sequenom, Inc. Methods for enriching cancer nucleic acid from a biological sample
US9892230B2 (en) * 2012-03-08 2018-02-13 The Chinese University Of Hong Kong Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma
WO2013148496A1 (en) * 2012-03-26 2013-10-03 The Johns Hopkins University Rapid aneuploidy detection
EP3178945B1 (en) * 2012-04-06 2018-10-17 The Chinese University Of Hong Kong Method of analyzing a biological sample from a female subject pregnant with a fetus
AU2013249012B2 (en) * 2012-04-19 2019-03-28 The Medical College Of Wisconsin, Inc. Highly sensitive surveillance using detection of cell free DNA
CN104471077B (zh) 2012-05-21 2017-05-24 富鲁达公司 颗粒群的单颗粒分析
US10289800B2 (en) 2012-05-21 2019-05-14 Ariosa Diagnostics, Inc. Processes for calculating phased fetal genomic sequences
ES2902401T3 (es) 2012-05-21 2022-03-28 Sequenom Inc Métodos y procesos para la evaluación no invasiva de variaciones genéticas
US10504613B2 (en) 2012-12-20 2019-12-10 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US9920361B2 (en) 2012-05-21 2018-03-20 Sequenom, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acid
US11261494B2 (en) * 2012-06-21 2022-03-01 The Chinese University Of Hong Kong Method of measuring a fractional concentration of tumor DNA
US10497461B2 (en) 2012-06-22 2019-12-03 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
CA2878979C (en) 2012-07-13 2021-09-14 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
WO2014015269A1 (en) 2012-07-19 2014-01-23 Ariosa Diagnostics, Inc. Multiplexed sequential ligation-based detection of genetic variants
KR102393608B1 (ko) 2012-09-04 2022-05-03 가던트 헬쓰, 인크. 희귀 돌연변이 및 카피수 변이를 검출하기 위한 시스템 및 방법
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US20160040229A1 (en) 2013-08-16 2016-02-11 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US11913065B2 (en) 2012-09-04 2024-02-27 Guardent Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
DK3536807T3 (da) 2012-09-20 2024-02-05 Univ Hong Kong Chinese Ikkeinvasiv bestemmelse af foster- eller tumormethylom fra plasma
US9732390B2 (en) 2012-09-20 2017-08-15 The Chinese University Of Hong Kong Non-invasive determination of methylome of fetus or tumor from plasma
US10706957B2 (en) 2012-09-20 2020-07-07 The Chinese University Of Hong Kong Non-invasive determination of methylome of tumor from plasma
SG11201502390QA (en) * 2012-09-26 2015-05-28 Agency Science Tech & Res Biomarkers for down syndrome prenatal diagnosis
CA3120521A1 (en) 2012-10-04 2014-04-10 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US10482994B2 (en) 2012-10-04 2019-11-19 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP2728014B1 (en) * 2012-10-31 2015-10-07 Genesupport SA Non-invasive method for detecting a fetal chromosomal aneuploidy
US10643738B2 (en) 2013-01-10 2020-05-05 The Chinese University Of Hong Kong Noninvasive prenatal molecular karyotyping from maternal plasma
US20130309666A1 (en) 2013-01-25 2013-11-21 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
JP6542676B2 (ja) * 2013-02-20 2019-07-10 バイオナノ ジェノミクス、 インコーポレイテッド ナノフルイディクスにおける分子の特性解析
EP3351643B1 (en) * 2013-02-28 2019-09-18 The Chinese University Of Hong Kong Maternal plasma transcriptome analysis by massively parallel rna sequencing
WO2014133369A1 (ko) * 2013-02-28 2014-09-04 주식회사 테라젠이텍스 유전체 서열분석을 이용한 태아 염색체 이수성의 진단 방법 및 장치
US20130189684A1 (en) 2013-03-12 2013-07-25 Sequenom, Inc. Quantification of cell-specific nucleic acid markers
US9305756B2 (en) 2013-03-13 2016-04-05 Agena Bioscience, Inc. Preparation enhancements and methods of use for MALDI mass spectrometry
EP2971100A1 (en) 2013-03-13 2016-01-20 Sequenom, Inc. Primers for dna methylation analysis
TWI637058B (zh) 2013-03-15 2018-10-01 香港中文大學 測定多胞胎妊娠之胎兒基因組
FI2981921T3 (fi) 2013-04-03 2023-03-09 Sequenom Inc Menetelmiä ja prosesseja geneettisten variaatioiden ei-invasiiviseen arviointiin
US20140336055A1 (en) 2013-05-07 2014-11-13 Sequenom, Inc. Genetic markers for macular degeneration disorder treatment
KR102665592B1 (ko) 2013-05-24 2024-05-21 시쿼넘, 인코포레이티드 유전적 변이의 비침습 평가를 위한 방법 및 프로세스
CA2898747C (en) * 2013-06-13 2021-09-21 Ariosa Diagnostics, Inc. Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination
AU2014284180B2 (en) 2013-06-21 2020-03-19 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
CN104520437B (zh) * 2013-07-17 2016-09-14 深圳华大基因股份有限公司 一种染色体非整倍性检测方法及装置
US10174375B2 (en) 2013-09-20 2019-01-08 The Chinese University Of Hong Kong Sequencing analysis of circulating DNA to detect and monitor autoimmune diseases
US10262755B2 (en) 2014-04-21 2019-04-16 Natera, Inc. Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments
US9499870B2 (en) 2013-09-27 2016-11-22 Natera, Inc. Cell free DNA diagnostic testing standards
US10577655B2 (en) 2013-09-27 2020-03-03 Natera, Inc. Cell free DNA diagnostic testing standards
MY181069A (en) * 2013-10-04 2020-12-17 Sequenom Inc Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US10438691B2 (en) 2013-10-07 2019-10-08 Sequenom, Inc. Non-invasive assessment of chromosome alterations using change in subsequence mappability
AU2014340239B2 (en) * 2013-10-21 2019-11-28 Verinata Health, Inc. Method for improving the sensitivity of detection in determining copy number variations
WO2015089726A1 (zh) * 2013-12-17 2015-06-25 深圳华大基因科技有限公司 一种染色体非整倍性检测方法及装置
ES2784450T3 (es) 2013-12-28 2020-09-25 Guardant Health Inc Métodos y sistemas para detectar variantes genéticas
WO2015138774A1 (en) 2014-03-13 2015-09-17 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP3134541B1 (en) 2014-04-21 2020-08-19 Natera, Inc. Detecting copy number variations (cnv) of chromosomal segments in cancer
KR101663171B1 (ko) * 2014-05-27 2016-10-14 이원 다이애그노믹스 게놈센타(주) 다운증후군 진단을 위한 바이오마커 및 그의 용도
WO2016003047A1 (ko) * 2014-07-01 2016-01-07 바이오코아 주식회사 디지털 ｐｃｒ을 이용하여 임부의 혈액 또는 혈장으로부터 태아의 유전자 정보를 분석하는 방법
CN106795562B (zh) * 2014-07-18 2022-03-25 香港中文大学 Dna混合物中的组织甲基化模式分析
WO2016010401A1 (ko) * 2014-07-18 2016-01-21 에스케이텔레콘 주식회사 산모의 혈청 dna를 이용한 태아의 단일유전자 유전변이의 예측방법
KR20160010277A (ko) * 2014-07-18 2016-01-27 에스케이텔레콤 주식회사 산모의 무세포 dna의 차세대 서열분석을 통한 태아의 단일유전자 유전변이의 예측방법
US20160026759A1 (en) * 2014-07-22 2016-01-28 Yourgene Bioscience Detecting Chromosomal Aneuploidy
EP4358097A1 (en) 2014-07-25 2024-04-24 University of Washington Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free dna, and methods of identifying a disease or disorder using same
WO2016019042A1 (en) 2014-07-30 2016-02-04 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US11072814B2 (en) 2014-12-12 2021-07-27 Verinata Health, Inc. Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations
US10364467B2 (en) 2015-01-13 2019-07-30 The Chinese University Of Hong Kong Using size and number aberrations in plasma DNA for detecting cancer
US10319463B2 (en) * 2015-01-23 2019-06-11 The Chinese University Of Hong Kong Combined size- and count-based analysis of maternal plasma for detection of fetal subchromosomal aberrations
ES2908347T3 (es) 2015-02-10 2022-04-28 Univ Hong Kong Chinese Detección de mutaciones para cribado de cáncer y análisis fetal
CN104789686B (zh) * 2015-05-06 2018-09-07 浙江安诺优达生物科技有限公司 检测染色体非整倍性的试剂盒和装置
CN104789466B (zh) * 2015-05-06 2018-03-13 安诺优达基因科技(北京)有限公司 检测染色体非整倍性的试剂盒和装置
WO2016183106A1 (en) 2015-05-11 2016-11-17 Natera, Inc. Methods and compositions for determining ploidy
US10395759B2 (en) 2015-05-18 2019-08-27 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and systems for copy number variant detection
EP3666902B1 (en) 2015-05-22 2024-07-03 Medicover Public Co Ltd Multiplexed parallel analysis of targeted genomic regions for non-invasive prenatal testing
CN104951671B (zh) * 2015-06-10 2017-09-19 东莞博奥木华基因科技有限公司 基于单样本外周血检测胎儿染色体非整倍性的装置
JP2018518203A (ja) * 2015-06-24 2018-07-12 オックスフォード バイオダイナミックス リミテッド エピジェネティックな染色体相互作用
EP3118323A1 (en) 2015-07-13 2017-01-18 Cartagenia N.V. System and methodology for the analysis of genomic data obtained from a subject
US20180211002A1 (en) 2015-07-13 2018-07-26 Agilent Technologies Belgium Nv System and methodology for the analysis of genomic data obtained from a subject
ES2911613T3 (es) 2015-07-20 2022-05-20 Univ Hong Kong Chinese Análisis de patrones de metilación de haplotipos en tejidos en una mezcla de ADN
CA2993362A1 (en) 2015-07-23 2017-01-26 The Chinese University Of Hong Kong Analysis of fragmentation patterns of cell-free dna
AU2016305103C1 (en) 2015-08-12 2020-06-04 The Chinese University Of Hong Kong Single-molecule sequencing of plasma DNA
WO2017044609A1 (en) 2015-09-08 2017-03-16 Cold Spring Harbor Laboratory Genetic copy number determination using high throughput multiplex sequencing of smashed nucleotides
US10774375B2 (en) 2015-09-18 2020-09-15 Agena Bioscience, Inc. Methods and compositions for the quantitation of mitochondrial nucleic acid
WO2017051996A1 (ko) * 2015-09-24 2017-03-30 에스케이텔레콤 주식회사 비침습적 태아 염색체 이수성 판별 방법
CN105132572B (zh) * 2015-09-25 2018-03-02 邯郸市康业生物科技有限公司 一种无创产前筛查21‑三体综合征试剂盒
KR101848438B1 (ko) * 2015-10-29 2018-04-13 바이오코아 주식회사 디지털 pcr을 이용한 산전진단 방법
JP2019507585A (ja) 2015-12-17 2019-03-22 ガーダント ヘルス， インコーポレイテッド 無細胞ｄｎａの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法
GB201522665D0 (en) * 2015-12-22 2016-02-03 Premaitha Ltd Detection of chromosome abnormalities
KR101817180B1 (ko) * 2016-01-20 2018-01-10 이원다이애그노믹스(주) 염색체 이상 판단 방법
US10095831B2 (en) 2016-02-03 2018-10-09 Verinata Health, Inc. Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations
WO2017192589A1 (en) 2016-05-02 2017-11-09 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Neutralizing antibodies to influenza ha and their use and identification
KR101879329B1 (ko) * 2016-06-13 2018-07-17 충북대학교 산학협력단 유전자 차별 발현 분석을 위한 RNA-seq 발현량 데이터 시뮬레이션 방법 및 이를 기록한 기록매체
US11200963B2 (en) 2016-07-27 2021-12-14 Sequenom, Inc. Genetic copy number alteration classifications
WO2018064486A1 (en) 2016-09-29 2018-04-05 Counsyl, Inc. Noninvasive prenatal screening using dynamic iterative depth optimization
US9850523B1 (en) 2016-09-30 2017-12-26 Guardant Health, Inc. Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids
SG11201811159SA (en) 2016-09-30 2019-01-30 Guardant Health Inc Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids
WO2018067517A1 (en) 2016-10-04 2018-04-12 Natera, Inc. Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing
CN110100013A (zh) 2016-10-24 2019-08-06 香港中文大学 用于肿瘤检测的方法和***
KR20230062684A (ko) 2016-11-30 2023-05-09 더 차이니즈 유니버시티 오브 홍콩 소변 및 기타 샘플에서의 무세포 dna의 분석
US10011870B2 (en) 2016-12-07 2018-07-03 Natera, Inc. Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules
BR112019014208A2 (pt) * 2017-01-11 2020-03-17 Quest Diagnostics Investments Llc Métodos para detectar diagnóstico falso-positivo de aneuploidia cromossômica em um feto e para detectar diagnóstico aneuploidiadiagnóstico de aneuploidia cromossômica falso-positiva em um feto.
JP7237003B2 (ja) 2017-01-24 2023-03-10 セクエノム， インコーポレイテッド 遺伝子片の評価のための方法およびプロセス
CA3051509A1 (en) 2017-01-25 2018-08-02 The Chinese University Of Hong Kong Diagnostic applications using nucleic acid fragments
WO2018156418A1 (en) 2017-02-21 2018-08-30 Natera, Inc. Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids
EP3642353A4 (en) 2017-06-20 2021-02-24 The Medical College of Wisconsin, Inc. ASSESSMENT OF THE RISK OF COMPLICATION OF A TRANSPLANT WITH TOTAL ACELLULAR DNA
SI3658689T1 (sl) 2017-07-26 2021-08-31 Trisomytest, S.R.O. Metoda za neizvazivno predrojstno zaznavanje anevploidije plodovih kromosomov iz materine krvi na osnovi Bayesove mreže
EP3662480A4 (en) 2017-08-04 2021-05-19 BillionToOne, Inc. TARGET-ASSOCIATED MOLECULES FOR CHARACTERIZATION IN CONNECTION WITH BIOLOGICAL TARGETS
EA202090348A1 (ru) 2017-08-04 2020-05-06 Трисомытест, С.Р.О. Способ неинвазивного пренатального выявления аномалий половых хромосом у плода и определения пола плода в случае одноплодной и двухплодной беременности
US11519024B2 (en) 2017-08-04 2022-12-06 Billiontoone, Inc. Homologous genomic regions for characterization associated with biological targets
SK862017A3 (sk) 2017-08-24 2020-05-04 Grendar Marian Doc Mgr Phd Spôsob použitia fetálnej frakcie a chromozómovej reprezentácie pri určovaní aneuploidného stavu v neinvazívnom prenatálnom testovaní
WO2019043656A1 (en) * 2017-09-01 2019-03-07 Genus Plc METHODS AND SYSTEMS FOR ASSESSING AND / OR QUANTIFYING POPULATIONS OF SPERMATOZOIDS WITH SEXUAL ASYMMETRY
KR20200085783A (ko) 2017-10-27 2020-07-15 주노 다이어그노스틱스, 인크. 초저용량 액체 생검을 위한 장치, 시스템 및 방법
US11168356B2 (en) 2017-11-02 2021-11-09 The Chinese University Of Hong Kong Using nucleic acid size range for noninvasive cancer detection
CN109979529B (zh) * 2017-12-28 2021-01-08 北京安诺优达医学检验实验室有限公司 Cnv检测装置
DK3735470T3 (da) 2018-01-05 2024-02-26 Billiontoone Inc Kvalitetskontroltemplates til sikring af validiteten af sekventeringsbaserede analyser
CN108282396B (zh) * 2018-02-13 2022-02-22 湖南快乐阳光互动娱乐传媒有限公司 一种im集群中的多级消息广播方法及***
KR102099151B1 (ko) * 2018-03-05 2020-04-10 서강대학교산학협력단 마이크로웰 어레이를 이용한 dPCR 분석방법 및 분석장치
WO2019195225A1 (en) 2018-04-02 2019-10-10 Illumina, Inc. Compositions and methods for making controls for sequence-based genetic testing
CA3095292A1 (en) 2018-04-02 2019-10-10 Progenity, Inc. Methods, systems, and compositions for counting nucleic acid molecules
US12024738B2 (en) 2018-04-14 2024-07-02 Natera, Inc. Methods for cancer detection and monitoring
AU2019263869A1 (en) 2018-05-03 2020-11-26 Grail, Inc. Size-tagged preferred ends and orientation-aware analysis for measuring properties of cell-free mixtures
CA3098321A1 (en) 2018-06-01 2019-12-05 Grail, Inc. Convolutional neural network systems and methods for data classification
US11525159B2 (en) 2018-07-03 2022-12-13 Natera, Inc. Methods for detection of donor-derived cell-free DNA
WO2020096691A2 (en) * 2018-09-04 2020-05-14 Guardant Health, Inc. Methods and systems for detecting allelic imbalance in cell-free nucleic acid samples
US20210301342A1 (en) 2018-09-07 2021-09-30 Sequenom, Inc. Methods, and systems to detect transplant rejection
WO2020076474A1 (en) 2018-10-12 2020-04-16 Nantomics, Llc Prenatal purity assessments using bambam
EP3874060A1 (en) * 2018-10-31 2021-09-08 Guardant Health, Inc. Methods, compositions and systems for calibrating epigenetic partitioning assays
CN109545379B (zh) * 2018-12-05 2021-11-09 易必祥 基于基因大数据的治疗***
US11581062B2 (en) 2018-12-10 2023-02-14 Grail, Llc Systems and methods for classifying patients with respect to multiple cancer classes
JP6783437B2 (ja) * 2019-01-04 2020-11-11 株式会社大一商会 遊技機
JP2020108548A (ja) * 2019-01-04 2020-07-16 株式会社大一商会 遊技機
US11643693B2 (en) 2019-01-31 2023-05-09 Guardant Health, Inc. Compositions and methods for isolating cell-free DNA
US20220093208A1 (en) 2019-02-19 2022-03-24 Sequenom, Inc. Compositions, methods, and systems to detect hematopoietic stem cell transplantation status
KR20200109544A (ko) * 2019-03-13 2020-09-23 울산대학교 산학협력단 공통 유전자 추출에 의한 다중 암 분류 방법
AU2020246747A1 (en) 2019-03-25 2021-08-26 Grail, Inc. Determining linear and circular forms of circulating nucleic acids
WO2020206170A1 (en) 2019-04-02 2020-10-08 Progenity, Inc. Methods, systems, and compositions for counting nucleic acid molecules
US11931674B2 (en) 2019-04-04 2024-03-19 Natera, Inc. Materials and methods for processing blood samples
TWI724710B (zh) * 2019-08-16 2021-04-11 財團法人工業技術研究院 建構數位化疾病模組的方法及裝置
IL294153B2 (en) 2019-08-16 2023-09-01 Univ Hong Kong Chinese Determination of base changes of nucleic acids
WO2021067417A1 (en) * 2019-09-30 2021-04-08 Myome, Inc. Polygenic risk score for in vitro fertilization
KR20220097894A (ko) * 2019-10-16 2022-07-08 스틸라 테크놀로지스 핵산 서열 농도의 측정
WO2021137770A1 (en) 2019-12-30 2021-07-08 Geneton S.R.O. Method for fetal fraction estimation based on detection and interpretation of single nucleotide variants
US20210238668A1 (en) * 2020-01-08 2021-08-05 The Chinese University Of Hong Kong Biterminal dna fragment types in cell-free samples and uses thereof
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
EP4110953A2 (en) 2020-02-28 2023-01-04 Laboratory Corporation of America Holdings Compositions, methods, and systems for paternity determination
WO2021229661A1 (ja) * 2020-05-11 2021-11-18 日本電気株式会社 判定装置、判定方法および記録媒体
US20220254153A1 (en) * 2020-05-11 2022-08-11 Nec Corporation Determination device, determination method, and recording medium
WO2021237105A1 (en) * 2020-05-22 2021-11-25 Invitae Corporation Methods for determining a genetic variation
CN114645080A (zh) * 2020-12-21 2022-06-21 高嵩 一种利用多态性位点和靶位点测序检测胎儿遗传变异的方法
WO2022246291A1 (en) * 2021-05-21 2022-11-24 Invitae Corporation Methods for determining a genetic variation
CN113981062B (zh) * 2021-10-14 2024-02-20 武汉蓝沙医学检验实验室有限公司 以非生父和母亲dna评估胎儿dna浓度的方法及应用
US12043873B2 (en) 2022-03-21 2024-07-23 Billiontoone, Inc. Molecule counting of methylated cell-free DNA for treatment monitoring
WO2024058850A1 (en) * 2022-09-16 2024-03-21 Myriad Women's Health, Inc. Rna-facs for rare cell isolation and detection of genetic variants

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007092473A2 (en) * 2006-02-02 2007-08-16 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Non-invasive fetal genetic screening by digital analysis

Family Cites Families (93)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5641628A (en) * 1989-11-13 1997-06-24 Children's Medical Center Corporation Non-invasive method for isolation and detection of fetal DNA
AU2765992A (en) * 1991-10-03 1993-05-03 Indiana University Foundation Method for screening for alzheimer's disease
US6100029A (en) * 1996-08-14 2000-08-08 Exact Laboratories, Inc. Methods for the detection of chromosomal aberrations
GB9704444D0 (en) * 1997-03-04 1997-04-23 Isis Innovation Non-invasive prenatal diagnosis
US20010051341A1 (en) * 1997-03-04 2001-12-13 Isis Innovation Limited Non-invasive prenatal diagnosis
US6143496A (en) * 1997-04-17 2000-11-07 Cytonix Corporation Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly
US6558901B1 (en) * 1997-05-02 2003-05-06 Biomerieux Vitek Nucleic acid assays
US6566101B1 (en) * 1997-06-16 2003-05-20 Anthony P. Shuber Primer extension methods for detecting nucleic acids
US20030022207A1 (en) 1998-10-16 2003-01-30 Solexa, Ltd. Arrayed polynucleotides and their use in genome analysis
AU3372800A (en) * 1999-02-23 2000-09-14 Caliper Technologies Corporation Manipulation of microparticles in microfluidic systems
AUPQ008799A0 (en) * 1999-04-30 1999-05-27 Tillett, Daniel Genome sequencing
US6818395B1 (en) * 1999-06-28 2004-11-16 California Institute Of Technology Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences
US6440706B1 (en) * 1999-08-02 2002-08-27 Johns Hopkins University Digital amplification
WO2001027857A2 (en) * 1999-10-13 2001-04-19 Sequenom, Inc. Methods for generating databases and databases for identifying polymorphic genetic markers
GB0009784D0 (en) * 2000-04-20 2000-06-07 Simeg Limited Methods for clinical diagnosis
GB0016742D0 (en) * 2000-07-10 2000-08-30 Simeg Limited Diagnostic method
US6664056B2 (en) * 2000-10-17 2003-12-16 The Chinese University Of Hong Kong Non-invasive prenatal monitoring
US8898021B2 (en) * 2001-02-02 2014-11-25 Mark W. Perlin Method and system for DNA mixture analysis
US20020164816A1 (en) * 2001-04-06 2002-11-07 California Institute Of Technology Microfluidic sample separation device
WO2002081729A2 (en) * 2001-04-06 2002-10-17 California Institute Of Technology Nucleic acid amplification utilizing microfluidic devices
US7118907B2 (en) * 2001-06-06 2006-10-10 Li-Cor, Inc. Single molecule detection systems and methods
US20050037388A1 (en) * 2001-06-22 2005-02-17 University Of Geneva Method for detecting diseases caused by chromosomal imbalances
US6927028B2 (en) * 2001-08-31 2005-08-09 Chinese University Of Hong Kong Non-invasive methods for detecting non-host DNA in a host using epigenetic differences between the host and non-host DNA
GT200200183A (es) * 2001-09-28 2003-05-23 Procedimiento para preparar derivados de heterocicloalquilsulfonil pirazol
IL161267A0 (en) 2001-10-05 2004-09-27 Combinatorx Inc Combinations for the treatment of immunoinflammatory disorders
DE60232013D1 (de) * 2001-11-20 2009-05-28 Exact Sciences Corp Automatische probenvorbereitungsverfahren und -vorrichtungen
US7691333B2 (en) * 2001-11-30 2010-04-06 Fluidigm Corporation Microfluidic device and methods of using same
EP1463796B1 (en) 2001-11-30 2013-01-09 Fluidigm Corporation Microfluidic device and methods of using same
US20030180765A1 (en) 2002-02-01 2003-09-25 The Johns Hopkins University Digital amplification for detection of mismatch repair deficient tumor cells
US6977162B2 (en) * 2002-03-01 2005-12-20 Ravgen, Inc. Rapid analysis of variations in a genome
CA2477761A1 (en) 2002-03-01 2003-09-12 Ravgen, Inc. Methods for detection of genetic disorders
US20070178478A1 (en) * 2002-05-08 2007-08-02 Dhallan Ravinder S Methods for detection of genetic disorders
US7727720B2 (en) * 2002-05-08 2010-06-01 Ravgen, Inc. Methods for detection of genetic disorders
US7442506B2 (en) * 2002-05-08 2008-10-28 Ravgen, Inc. Methods for detection of genetic disorders
KR100500697B1 (ko) 2002-10-21 2005-07-12 한국에너지기술연구원 다단계 열회수형 물유동층 열교환기
US7704687B2 (en) * 2002-11-15 2010-04-27 The Johns Hopkins University Digital karyotyping
AU2004205774B2 (en) * 2003-01-17 2006-12-14 The Chinese University Of Hong Kong Circulating mRNA as diagnostic markers for pregnancy-related disorders
EP1601785A4 (en) 2003-02-28 2007-02-07 Ravgen Inc METHOD FOR DETECTING GENETIC DISEASES
US8394582B2 (en) * 2003-03-05 2013-03-12 Genetic Technologies, Inc Identification of fetal DNA and fetal cell markers in maternal plasma or serum
EP1606417A2 (en) * 2003-03-07 2005-12-21 Rubicon Genomics Inc. In vitro dna immortalization and whole genome amplification using libraries generated from randomly fragmented dna
US20050112604A1 (en) 2003-03-14 2005-05-26 Akihide Fujimoto Loss of heterozygosity of the DNA markers in the 12q22-23 region
US7604965B2 (en) * 2003-04-03 2009-10-20 Fluidigm Corporation Thermal reaction device and method for using the same
US20050145496A1 (en) * 2003-04-03 2005-07-07 Federico Goodsaid Thermal reaction device and method for using the same
US20040197832A1 (en) * 2003-04-03 2004-10-07 Mor Research Applications Ltd. Non-invasive prenatal genetic diagnosis using transcervical cells
JP5419248B2 (ja) * 2003-04-03 2014-02-19 フルイディグム コーポレイション マイクロ流体装置およびその使用方法
US7476363B2 (en) * 2003-04-03 2009-01-13 Fluidigm Corporation Microfluidic devices and methods of using same
RU2249820C1 (ru) * 2003-08-18 2005-04-10 Лактионов Павел Петрович Способ ранней диагностики заболеваний, связанных с нарушением функционирования генетического аппарата клетки
WO2005023091A2 (en) * 2003-09-05 2005-03-17 The Trustees Of Boston University Method for non-invasive prenatal diagnosis
US20050282213A1 (en) * 2003-09-22 2005-12-22 Trisogen Biotechnology Limited Partnership Methods and kits useful for detecting an alteration in a locus copy number
CN101985619B (zh) 2003-10-08 2014-08-20 波士顿大学信托人 染色体异常的产前诊断方法
DE60328193D1 (de) * 2003-10-16 2009-08-13 Sequenom Inc Nicht invasiver Nachweis fötaler genetischer Merkmale
US20050221341A1 (en) * 2003-10-22 2005-10-06 Shimkets Richard A Sequence-based karyotyping
CA2544178A1 (en) * 2003-10-30 2005-05-19 Tufts-New England Medical Center Prenatal diagnosis using cell-free fetal dna in amniotic fluid
US20100216153A1 (en) * 2004-02-27 2010-08-26 Helicos Biosciences Corporation Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities
US20100216151A1 (en) * 2004-02-27 2010-08-26 Helicos Biosciences Corporation Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities
US20060046258A1 (en) * 2004-02-27 2006-03-02 Lapidus Stanley N Applications of single molecule sequencing
US7709194B2 (en) 2004-06-04 2010-05-04 The Chinese University Of Hong Kong Marker for prenatal diagnosis and monitoring
DE102004036285A1 (de) * 2004-07-27 2006-02-16 Advalytix Ag Verfahren zum Bestimmen der Häufigkeit von Sequenzen einer Probe
EP1799858A4 (en) * 2004-09-20 2009-03-04 Univ Pittsburgh MULTI MODE MULTIPLEX FIRE PROCEDURES
CN1779688A (zh) * 2004-11-22 2006-05-31 寰硕数码股份有限公司 交互式医疗信息***及方法
CA2601735C (en) * 2005-03-18 2015-10-06 The Chinese University Of Hong Kong Markers for prenatal diagnosis and monitoring of trisomy 21
CA2601221C (en) * 2005-03-18 2013-08-06 The Chinese University Of Hong Kong A method for the detection of chromosomal aneuploidies
US20070196820A1 (en) 2005-04-05 2007-08-23 Ravi Kapur Devices and methods for enrichment and alteration of cells and other particles
EP2477029A1 (en) 2005-06-02 2012-07-18 Fluidigm Corporation Analysis using microfluidic partitioning devices
WO2007001259A1 (en) * 2005-06-16 2007-01-04 Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Methods and materials for identifying polymorphic variants, diagnosing susceptibilities, and treating disease
US20070059680A1 (en) * 2005-09-15 2007-03-15 Ravi Kapur System for cell enrichment
US20070122823A1 (en) 2005-09-01 2007-05-31 Bianchi Diana W Amniotic fluid cell-free fetal DNA fragment size pattern for prenatal diagnosis
US20070184511A1 (en) * 2005-11-18 2007-08-09 Large Scale Biology Corporation Method for Diagnosing a Person Having Sjogren's Syndrome
EP3599609A1 (en) * 2005-11-26 2020-01-29 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and using data to make predictions
CA2647793C (en) 2006-02-28 2016-07-05 University Of Louisville Research Foundation Detecting fetal chromosomal abnormalities using tandem single nucleotide polymorphisms
WO2007112418A2 (en) * 2006-03-28 2007-10-04 Baylor College Of Medicine Screening for down syndrome
US8058055B2 (en) * 2006-04-07 2011-11-15 Agilent Technologies, Inc. High resolution chromosomal mapping
US7901884B2 (en) * 2006-05-03 2011-03-08 The Chinese University Of Hong Kong Markers for prenatal diagnosis and monitoring
US7754428B2 (en) 2006-05-03 2010-07-13 The Chinese University Of Hong Kong Fetal methylation markers
US20080050739A1 (en) * 2006-06-14 2008-02-28 Roland Stoughton Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats
US20080070792A1 (en) * 2006-06-14 2008-03-20 Roland Stoughton Use of highly parallel snp genotyping for fetal diagnosis
US8137912B2 (en) * 2006-06-14 2012-03-20 The General Hospital Corporation Methods for the diagnosis of fetal abnormalities
EP3425058A1 (en) 2006-06-14 2019-01-09 Verinata Health, Inc Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats
US20080026390A1 (en) * 2006-06-14 2008-01-31 Roland Stoughton Diagnosis of Fetal Abnormalities by Comparative Genomic Hybridization Analysis
US20080090239A1 (en) * 2006-06-14 2008-04-17 Daniel Shoemaker Rare cell analysis using sample splitting and dna tags
EP2548972A1 (en) 2006-06-14 2013-01-23 Verinata Health, Inc Methods for the diagnosis of fetal abnormalities
EP2589668A1 (en) * 2006-06-14 2013-05-08 Verinata Health, Inc Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags
CA2655269A1 (en) * 2006-06-16 2007-12-21 Sequenom, Inc. Methods and compositions for the amplification, detection and quantification of nucleic acid from a sample
US20080113358A1 (en) * 2006-07-28 2008-05-15 Ravi Kapur Selection of cells using biomarkers
NO2958395T3 (ru) * 2007-01-30 2018-05-12
CA2677517C (en) * 2007-02-08 2015-11-03 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for rhd typing, gender determination and nucleic acid quantification
US20100094562A1 (en) * 2007-05-04 2010-04-15 Mordechai Shohat System, Method and Device for Comprehensive Individualized Genetic Information or Genetic Counseling
CA2688032C (en) 2007-05-24 2015-11-03 Apceth Gmbh & Co. Kg Cd34 stem cell-related methods and compositions
CA2900927C (en) 2007-07-23 2018-08-14 The Chinese University Of Hong Kong Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using genomic sequencing
US20090053719A1 (en) 2007-08-03 2009-02-26 The Chinese University Of Hong Kong Analysis of nucleic acids by digital pcr
SI2200622T2 (sl) 2007-09-19 2015-09-30 Pluristem Ltd. Adherentne celice iz adipoznih ali placentnih tkiv in njihova uporaba pri terapiji
CA3069082C (en) * 2008-09-20 2022-03-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing
MX357692B (es) * 2009-11-06 2018-07-19 Univ Hong Kong Chinese Analisis genomico a base de tamaño.

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007092473A2 (en) * 2006-02-02 2007-08-16 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Non-invasive fetal genetic screening by digital analysis

Non-Patent Citations (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BISCHOFF F.Z. ET AL.: "CELL-FREE FETAL DNA AND INTACT FETAL CELLS IN MATERNAL BLOOD CIRCULATION: IMPLICATIONS FOR FIRST AND SECOND TRIMESTER NON-INVASIVE PRENATAL DIAGNOSIS",HUMAN REPRODUCTION UPDATE, OXFORD UNIVERSITY PRESS, OXFORD, GB, vol. 8, no. 6, 1 November 2002 (2002-11-01), pages 493-500, XP009024999, ISSN: 1355-4786 *
CHRISTINA FAN AND STEPHEN R., QUAKE H.: "Detection of Aneuploidy with Digital Polymerase Chain Reaction", ANALYTICAL CHEMISTRY, AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, COLUMBUS, US, vol. 79, no. 19, 1 October 2007 (2007-10-01), pages 7576-7579, XP007905914, ISSN: 0003-2700 [retrieved on 2007-08-24], the whole document *
DENNIS LO AND ROSSA W.K., CHIU Y.M.: "Prenatal diagnosis: progress through plasma nucleic acids", NATURE REVIEWS GENETICS, MACMILLAN MAGAZINES, GB, vol. 8, 1 January 2007 (2007-01-01), pages 71-77, XP007905874, the whole document *
LO Y.M. DENNIS ET AL.: "Noninvasive prenatal diagnosis of fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma nucleic acid analysis", CLINICAL CHEMISTRY, AMERICAN ASSOCIATION FOR CLINICAL CHEMISTRY, WASHINGTON, DC, vol. 54, no. 3, 17 January 2008 (2008-01-17), pages 461-466, XP001536860, ISSN: 0009-9147, the whole document *
LO Y.M.D. ET AL.: "Digital PCR for the molecular detection of fetal chromosomal aneuploidy", PNAS, vol. 104, no. 32, 7 August 2007 (2007-08-07), pages 13116-13121, XP007905909, page 13117, left-hand column - page 13118, right-hand column *
LO Y.M.D. ET AL.: "Plasma placental RNA allelic ratio permits noninvasive prenatal chromosomal aneuploidy detection", NATURE MEDICINE, vol. 13, no. 2, February 2007 (2007-02), pages 218-223, XP007905910, cited in the application, the whole document *
LUN FIONA M.F. ET AL.: "Microfluidics digital PCR reveals a higher than expected fraction of fetal DNA in maternal plasma", CLINICAL CHEMISTRY, AMERICAN ASSOCIATION FOR CLINICAL CHEMISTRY, WASHINGTON, DC, vol. 54, no. 10, 1 October 2008 (2008-10-01), pages 1664-1672, XP009108983, ISSN: 0009-9147, the whole document *
POHL GUDRUN ET AL.: "Principle and applications of digital PCR", EXPERT REVIEW OF MOLECULAR DIAGNOSTICS, JAN 2004, vol. 4, no. 1, January 2004 (2004-01), pages 41-47, XP009109051, ISSN: 1473-7159, the whole document *
SHIH I.-M. ET AL.: "Evidence that genetic instability occurs at an early stage of colorectal tumorigenesis", CANCER RESEARCH, vol. 61, February 2002 (2002-02), pages 818-822, XP0079059, page 819, right-hand column, line 13-page 820, right-hand column, line 21, fig. 2 *
TONG YU K. ЕТ AL.: "Noninvasive prenatal detection of fetal trisomy 18 by epigenetic alielic ratio analysis in maternal plasma: Theoretical and empirical considerations", CLINICAL CHEMISTRY, AMERICAN ASSOCIATION FOR CLINICAL CHEMISTRY, WASHINGTON, DC, vol. 52, no. 12, 13 October 2006 (2006-10-13), pages 2194-2202, XP002470084, ISSN: 0009-9147, cited in the application, the whole document *
XIAO YAN ZHONG ET AL.: "FETAL DNA IN MATERNAL PLASMA IS ELEVATED IN PREGNANCIES WITH ANEUPLOID FETUSES", PRENATAL DIAGNOSIS, CHICHESTER, SUSSEX, GB, vol. 20, no. 10, 1 October 2000 (2000-10-01), pages 795-798, XP008007704, ISSN: 0197-3851, abstract *
ZHOU W. ET AL.: "Counting alleles to predict recurrence of early-stage colorectal cancers", LANCET THE, LANCET LIMITED LONDON, GB, vol. 359, no. 9302, 19 January 2002 (2002-01-19), pages 219-225, XP004791874, ISSN: 0140-6736, cited in the application, abstract, page 220, right-hand column, line 38-page 221, right-hand column, line 10, fig. 1, 2 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US12002544B2 (en) 2010-11-30 2024-06-04 The Chinese University Of Hong Kong Determining progress of chromosomal aberrations over time
RU2602366C2 (ru) * 2014-05-21 2016-11-20 Общество С Ограниченной Ответственностью "Тестген" Способ получения днк-праймеров и зондов для малоинвазивной пренатальной пцр-диагностики трисомии 21-й хромосомы у плода по крови беременной женщины и диагностический набор для ее осуществления
RU2717023C1 (ru) * 2019-04-24 2020-03-17 Общество с ограниченной ответственностью "ГЕНОТЕК ИТ" Способ определения кариотипа плода беременной женщины на основании секвенирования гибридных прочтений, состоящих из коротких фрагментов внеклеточной ДНК

Also Published As

Publication number Publication date
KR20160113147A (ko) 2016-09-28
KR101972994B1 (ko) 2019-04-29
JP2024056078A (ja) 2024-04-19
KR20190114041A (ko) 2019-10-08
EP2557518B1 (en) 2017-03-15
DK2183693T4 (en) 2019-02-11
JP5736170B2 (ja) 2015-06-17
HRP20140009T1 (hr) 2014-03-14
CN106834474A (zh) 2017-06-13
JP2022040312A (ja) 2022-03-10
CA2694007A1 (en) 2009-01-29
EP2514842A3 (en) 2012-12-26
EP2183693B1 (en) 2014-01-01
KR20180114251A (ko) 2018-10-17
EA201201551A1 (ru) 2013-08-30
ES2933486T3 (es) 2023-02-09
CA2900927A1 (en) 2009-01-29
KR102443163B1 (ko) 2022-09-14
US8972202B2 (en) 2015-03-03
JP2015142588A (ja) 2015-08-06
PT2557517T (pt) 2023-01-04
CN107083424A (zh) 2017-08-22
SI2557520T1 (sl) 2021-08-31
KR102128960B1 (ko) 2020-07-02
SI2557517T1 (sl) 2023-03-31
JP7490219B2 (ja) 2024-05-27
EA202192446A1 (ru) 2022-01-31
CN101849236A (zh) 2010-09-29
CN106676188A (zh) 2017-05-17
KR101829565B1 (ko) 2018-03-29
JP2019000113A (ja) 2019-01-10
KR20180121695A (ko) 2018-11-07
CA3127930A1 (en) 2009-01-29
KR102112438B1 (ko) 2020-06-04
CN106834474B (zh) 2019-09-24
EP2183692B1 (en) 2017-08-23
CA2693081A1 (en) 2009-01-29
US20140256560A1 (en) 2014-09-11
IL203311A (en) 2014-07-31
US20090087847A1 (en) 2009-04-02
CN103902809A (zh) 2014-07-02
EA035451B1 (ru) 2020-06-18
EP2514842B1 (en) 2016-02-24
EP2183693B2 (en) 2018-11-14
EP2557520A3 (en) 2015-04-29
US20200056242A1 (en) 2020-02-20
ES2441807T3 (es) 2014-02-06
EA035451B9 (ru) 2020-09-09
PL2514842T3 (pl) 2016-08-31
JP2022173465A (ja) 2022-11-18
CA2693081C (en) 2016-01-26
HRP20230033T3 (hr) 2023-03-03
KR102147626B1 (ko) 2020-08-24
HUE054639T2 (hu) 2021-09-28
WO2009013492A1 (en) 2009-01-29
KR102222378B1 (ko) 2021-03-04
EP3892736A1 (en) 2021-10-13
HUE030510T2 (hu) 2017-05-29
KR20210006468A (ko) 2021-01-18
PT2183693E (pt) 2014-01-14
CA3029497C (en) 2023-08-08
EA028642B1 (ru) 2017-12-29
KR20210028263A (ko) 2021-03-11
DK2183693T3 (da) 2014-01-20
CN106886688B (zh) 2020-07-10
EP2557517B1 (en) 2022-10-26
NZ582702A (en) 2012-07-27
LT2557517T (lt) 2023-01-10
EP2514842A2 (en) 2012-10-24
CA3176319A1 (en) 2009-01-29
EP3067807A1 (en) 2016-09-14
ZA201000524B (en) 2011-03-30
PT2557520T (pt) 2021-05-06
CY1124357T1 (el) 2022-07-22
US20090029377A1 (en) 2009-01-29
PL2557517T3 (pl) 2023-03-06
JP2020115887A (ja) 2020-08-06
KR20210130269A (ko) 2021-10-29
DK2527471T3 (da) 2020-05-18
JP2016185162A (ja) 2016-10-27
CA3076159C (en) 2022-05-24
SI2514842T1 (sl) 2016-06-30
CA3029497A1 (en) 2009-01-29
IL233261A0 (en) 2014-08-31
EP2557519B1 (en) 2020-08-19
DK2557519T3 (da) 2020-09-21
US10208348B2 (en) 2019-02-19
JP7026303B2 (ja) 2022-02-28
CY1114773T1 (el) 2016-12-14
HUE061020T2 (hu) 2023-05-28
KR102197512B1 (ko) 2021-01-04
CN106834481A (zh) 2017-06-13
JP6383837B2 (ja) 2018-08-29
MX341573B (es) 2016-08-25
EP2527471A2 (en) 2012-11-28
HRP20140009T4 (hr) 2019-03-08
JP6695392B2 (ja) 2020-05-20
ES2441807T5 (es) 2019-04-25
EA201600280A1 (ru) 2016-07-29
KR102339760B1 (ko) 2021-12-14
PL2183693T5 (pl) 2019-04-30
KR101966262B1 (ko) 2019-04-08
BRPI0814670A2 (pt) 2015-02-18
KR20200055151A (ko) 2020-05-20
CA3200589A1 (en) 2009-01-29
KR101829564B1 (ko) 2018-02-14
HK1199067A1 (en) 2015-06-19
JP6522554B2 (ja) 2019-05-29
KR102561664B1 (ko) 2023-07-28
SI2183693T1 (sl) 2014-02-28
JP6151739B2 (ja) 2017-06-21
DK2557517T3 (da) 2022-11-28
KR20190143494A (ko) 2019-12-30
DK2557520T3 (da) 2021-05-31
EP3770275A1 (en) 2021-01-27
KR101896167B1 (ko) 2018-09-07
ES2869347T3 (es) 2021-10-25
EP2557519A3 (en) 2014-07-23
US9051616B2 (en) 2015-06-09
HRP20210983T1 (hr) 2021-09-17
JP2023178477A (ja) 2023-12-14
EA201000231A1 (ru) 2010-06-30
US20140329696A1 (en) 2014-11-06
JP7381116B2 (ja) 2023-11-15
BRPI0814670B8 (pt) 2021-07-27
EP2183693A1 (en) 2010-05-12
CA2694007C (en) 2019-02-26
HRP20160493T1 (hr) 2016-07-15
EP2557518A3 (en) 2014-10-08
JP2010534068A (ja) 2010-11-04
EP3656870A1 (en) 2020-05-27
JP2019013245A (ja) 2019-01-31
AU2008278843A1 (en) 2009-01-29
MX2010000846A (es) 2010-04-21
EP2557520B1 (en) 2021-04-07
EP3745405A1 (en) 2020-12-02
EP2527471A3 (en) 2012-12-26
PL2557520T3 (pl) 2021-10-11
PL2183693T4 (pl) 2015-11-30
HK1144024A1 (en) 2011-01-21
HK1224033A1 (zh) 2017-08-11
EA201791612A2 (ru) 2017-11-30
KR20230117256A (ko) 2023-08-07
KR102458210B1 (ko) 2022-10-24
JP7081829B2 (ja) 2022-06-07
KR20100075826A (ko) 2010-07-05
KR20190114039A (ko) 2019-10-08
KR20180100713A (ko) 2018-09-11
US20230323462A1 (en) 2023-10-12
EP2527471B1 (en) 2020-03-04
EP2557519A2 (en) 2013-02-13
ES2792802T3 (es) 2020-11-12
KR20160113146A (ko) 2016-09-28
BRPI0814670B1 (pt) 2019-10-01
ES2820866T3 (es) 2021-04-22
CA3076142C (en) 2023-01-03
FI2557517T3 (fi) 2022-11-30
CN106886688A (zh) 2017-06-23
CN107083425A (zh) 2017-08-22
AU2008278839A1 (en) 2009-01-29
KR20230047215A (ko) 2023-04-06
LT2557520T (lt) 2021-05-25
KR20100058503A (ko) 2010-06-03
CN103853916B (zh) 2018-07-27
MX346069B (es) 2017-03-06
US20140045181A1 (en) 2014-02-13
EA201300072A1 (ru) 2014-11-28
CN103902809B (zh) 2017-11-28
DK2514842T3 (en) 2016-05-30
NZ600407A (en) 2013-12-20
EP2557518A2 (en) 2013-02-13
EP2557517A2 (en) 2013-02-13
KR20170127073A (ko) 2017-11-20
JP2017148073A (ja) 2017-08-31
SI2183693T2 (sl) 2019-02-28
PL2183693T3 (pl) 2014-03-31
KR20220146689A (ko) 2022-11-01
CA3076142A1 (en) 2009-01-29
US20140256559A1 (en) 2014-09-11
EA039167B1 (ru) 2021-12-13
EP2557517A3 (en) 2014-11-05
US20190136323A1 (en) 2019-05-09
CN103849684A (zh) 2014-06-11
CN101971178B (zh) 2014-03-26
IL233261A (en) 2016-07-31
EP4134960A1 (en) 2023-02-15
JP5519500B2 (ja) 2014-06-11
ES2571738T3 (es) 2016-05-26
JP2020031663A (ja) 2020-03-05
CA3009992C (en) 2021-10-19
KR20200100860A (ko) 2020-08-26
KR102076438B1 (ko) 2020-02-11
US20140329695A1 (en) 2014-11-06
KR20160113148A (ko) 2016-09-28
JP2010534069A (ja) 2010-11-04
EP2557520A2 (en) 2013-02-13
KR101916456B1 (ko) 2018-11-07
SG183062A1 (en) 2012-08-30
US8706422B2 (en) 2014-04-22
CA3009992A1 (en) 2009-01-29
EP2183692A1 (en) 2010-05-12
JP6629940B2 (ja) 2020-01-15
JP2020031664A (ja) 2020-03-05
AU2008278839B2 (en) 2013-04-04
HK1182195A1 (zh) 2013-11-22
EP3540739A1 (en) 2019-09-18
CA3076159A1 (en) 2009-01-29
KR20160113145A (ko) 2016-09-28
US11725245B2 (en) 2023-08-15
JP2022103371A (ja) 2022-07-07
WO2009013496A1 (en) 2009-01-29
KR102516709B1 (ko) 2023-04-03
CN101971178A (zh) 2011-02-09
CN103853916A (zh) 2014-06-11
DK2183693T5 (en) 2019-02-18
KR20220127377A (ko) 2022-09-19
EA201791612A3 (ru) 2018-03-30
JP2014073134A (ja) 2014-04-24
CA2900927C (en) 2018-08-14
KR20160030404A (ko) 2016-03-17
KR101646978B1 (ko) 2016-08-09
JP7457399B2 (ja) 2024-03-28
KR102060911B1 (ko) 2019-12-30
CY1117525T1 (el) 2017-04-26
HK1177768A1 (zh) 2013-08-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7490219B2 (ja) ゲノム配列決定を使用する胎児染色体異数性の診断
US10619214B2 (en) Detecting genetic aberrations associated with cancer using genomic sequencing
AU2013203077B2 (en) Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using genomic sequencing
WO2024047977A1 (ja) ２種以上の検査を実施可能な遺伝学的解析方法
AU2013200581B2 (en) Diagnosing cancer using genomic sequencing
AU2008278843B2 (en) Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using genomic sequencing