CN1860233A - 用于增加植株大小及增加叶片数目和大小的核苷酸序列及其编码的多肽 - Google Patents

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CN1860233A CNA038271745A CN03827174A CN1860233A CN 1860233 A CN1860233 A CN 1860233A CN A038271745 A CNA038271745 A CN A038271745A CN 03827174 A CN03827174 A CN 03827174A CN 1860233 A CN1860233 A CN 1860233A
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Abstract

本发明描述了分离的多核苷酸、其编码的多肽及这些产品制备转基因植物的用途，所述转基因植物的特征在于大小增大、具有数目和大小增加的莲座叶和开花延迟。

Description

用于增加植株大小及增加叶片数目和大小的核苷酸序列及其编码的多肽
发明领域
本发明涉及分离的多核苷酸、其编码的多肽及这些产品制备转基因植物的用途，所述转基因植物的特征在于大小增大、具有数目和大小增加的莲座叶(rosette leaf)和开花延迟。
发明背景
现有大于300,000种的植物。从适宜生活在潮湿生境中的纤细苔类到能够在沙漠中生存的仙人掌，它们表现出巨大的多样性。植物界包括生存期按月计量的草本植物，例如玉米，至可存活数千年的巨大红杉树。这种多样性反映了植物对在各类生境中生存的适应。这在最大的(超过250,000种)有花植物(被子植物门(Angiospermophyta))中可以最清楚地看到。它们也是分布最广泛的，从热带到北极均可发现。
包含人类介入的自然育种和选择的植物育种方法有大约20,000年之久。它已经在为了新目的而改造现存物种上产生了显著的进步。这20,000年的大部分时间中，世界经济主要基于农业的成功。
植物育种包含选择亲本、制备杂种以容许基因重组(等位基因)并且寻找和选择改良形式。成功取决于可利用的基因/等位基因、所需要的组合以及产生和发现给予植物期望特性所必需的正确组合的能力。现在分子遗传学技术能够提供新的基因、新的等位基因以及产生和选择具有新的、期望特性的植物的手段。
主要的农艺学价值来自调节植株总体上或其任何器官的大小。例如，绿色革命是产生矮秆小麦植株的结果，这种植株比较高的植株产生更高的种子产量，因为它们能够经受更高水平和供给的肥料和水。对整个植株或植株特定部分大小和高度的调节可以生产为了农业、园艺和其他行业特别改良的植株。例如，降低特定观赏植物、农作物和树种的高度可能是有益的，同时增加其它植物的高度可能是有益的。
增加一些种的切花的花茎(floral stem)长度可能也是有用的，而增加其它种的叶片大小可能具有经济吸引力。通过在特定植物部分的细胞中特异刺激激素(例如油菜素内酯(Brassinolide))的合成增加这些部分，例如种子和果实的大小来增加产量是有用的。另一个应用是在特定的细胞中通过改变赤霉酸的水平来刺激早开花。器官大小和生物质中的变化也导致组成分子质量的变化。
总而言之，分子遗传学技术提供在整个植株以及细胞、组织和器官水平上调节和操纵植株大小和高度的能力。因此，可以改变植物的形态来最大化期望的植株性状。
发明概述
因此，本发明涉及分离的多核苷酸、其编码的多肽及这些产品制备转基因植物的用途，所述转基因植物与非转化的野生型植株相比，特征在于大小增大、具有数目和大小增加的莲座叶和开花延迟。
本发明也涉及增加植物产量的方法、用于这些方法的重组核酸分子和多肽及其用途、产量增加的植物。
在农业和林业领域，正在不断努力生产产量增加的植物，特别是为了保证向不断增加的世界人口提供食物，并且保证可再生原材料的供应。通常，尝试通过育种获得产量增加的植物，然而这即耗时，又是劳动密集的。此外，必须对每个相关的植物物种执行恰当的育种方案。
通过植物的遗传操作，即通过在植物中导入和表达重组核酸分子已经取得了部分进展。这种方法的优点在于通常不限于一个植物物种，而可转用至其它的植物物种。例如在EP-A0 511 979中，描述了在植物细胞中表达原核天冬酰胺合成酶尤其导致生物质生产的增加。例如在WO 96/21737中描述了通过表达去调节或未调节的果糖-1，6-二磷酸酶导致光合作用速度增加，生产产量增加的植物。尽管如此，仍然需要提高农业或林业关注的植物产量的普遍适用方法。因此，本发明涉及用于增加植物产量的方法，其特征在于表达稳定整合到植株基因组中的重组DNA分子。
令人惊讶地发现表达本发明的蛋白质特定地导致产量增加。
术语″产量增加″，特别当测定植物的鲜重时，优选涉及生物质产量的增加。这种产量增加优选是指所谓的植物″需求″器官，其是吸收光合作用中所产生的光同化物的器官。特别优选可收获的植物部分，例如种子、果实、贮藏根、根、块茎、花、芽、枝条(shoot)、茎或木材。本发明的产量增加是与相同基因型的未转化植物相比，当在相同条件下培养时，生物质产量增加至少3％，优选至少10％以及特别优选至少20％。
附图简述
图1是本发明中描述的转化过程中使用的DNA载体CRS338的图谱。
个别表格的简述
表格-参考表
在序列表和参考表(有时称为REF表)中描述本发明的序列。参考表是指大量的″最大长度序列″或″MLS″。各个MLS相应于最长的cDNA并且在参考表的Av小节中有描述。
参考表包括关于每个MLS的下列信息：
I.cDNA序列
A.5′UTR
B.编码序列
C.3′UTR
II.基因组序列
A.外显子
B.内含子
C.启动子
III.cDNA序列与克隆IDs的连接
IV.多重转录起始位点(Multiple Transcription Start Site)
V.多肽序列
A.信号肽
B.结构域
C.相关多肽
VI.相关的多核苷酸序列
I.cDNA序列
参考表表明程序表中的哪个序列表示各个MLS的序列。MLS序列可包括5′和3′UTR以及编码序列。此外，当MLS序列涉及具体的cDNA克隆时，具体的cDNA克隆数目也包括在参考表内。
A.5′UTR
通过比较参考表中所指明的大部分5′MLS序列和相应的基因组序列来确定5′UTR的位置。在任何翻译起始位点前，从任何转录起始位点开始并且终止于最后核苷酸的相匹配的序列相应于5′UTR。
B.编码区
编码区是在MLS中发现的任何开放阅读框中的序列。在参考表的Polyp SEQ小节中指明了目的编码区。
C.3′UTR
通过比较参考表中所指明的大部分3′MLS序列和相应的基因组序列来确定3′UTR的位置。从MLS的翻译终止位点开始，终止于最后核苷酸的相匹配的序列相应于3′UTR。
II.基因组序列
另外，如果序列属于公共数据库，参考表表明基因组序列的具体″gi″数目。对于各个基因组序列，参考表表明哪些区域包括在MLS内。这些区域可包括5′和3′UTR以及MLS的编码序列。参见例如，下列图解：
Figure A0382717400091
参考表报告了包括在MLS序列内的各个区域的第一个和最后一个的碱基。例子显示如下：
gi No.47000：
37102…37497
37593…37925
数字表明MLS包含来自gi No.47000的2个区域的下列序列；包括第37102-37497位碱基的第一区域，和包括第37593-37925位碱基的第二区域。
A.外显子序列
通过比较基因组序列的区域的序列和参考表中所表明的相应MLS的序列来确定外显子的位置。
i.起始外显子(initial exon)
为了确定起始外显子的位置，使用来自参考表以下信息：
(1)多肽序列区域；
(2)cDNA多核苷酸区域；和
(3)基因组序列区域。
首先，多肽区域将表明翻译起始位点位于MLS序列中的何处。可使MLS序列与相应于所述MLS的基因组序列配比。根据MLS和相应基因组序列之间的配比，能够在基因组序列的一个区域中确定翻译起始位点的位置。这个翻译起始位点的位置在第一个外显子的开始。
通常，其中定位有翻译起始位点的相应基因组区域的外显子的最后碱基可表示起始外显子的末端。
在一些情况下，当起始外显子是唯一的外显子时，起始的外显子终止于终止密码子。当MLS代表的序列位于相应基因组序列的正链时，最后的碱基将比第一个碱基的编号更大。当MLS代表的序列位于相应基因组序列的负链时，则最后的碱基将比第一个碱基的编号更小。
ii.内部的外显子
除含有5′和3′UTR的区域、起始外显子和终末外显子外，相配于MLS序列的剩余基因组区域是内部的外显子。具体地，定义为剩余区域边界的碱基也定义为内部外显子的内含子/外显子接合点。
iii.末端外显子(terminal exon)
如同起始外显子一样，用来自参考表以下信息确定末端外显子的位置：
(1)多肽序列区域；
(2)cDNA多核苷酸区域；和
(3)基因组序列区域。
多肽区域将表明终止密码子位于MLS序列中的何处。使MLS序列与相应的基因组序列配比。根据MLS和相应基因组序列之间的配比，能够在基因组序列的一个区域中确定终止密码子的位置。所述终止密码子的位置在末端外显子的末尾。通常与其中定位有终止密码子的cDNA序列相配的相应基因组区域的外显子的第一个碱基将表示末端外显子的开始。在一些情况下，翻译起始位点将表示末端外显子的开始，其中所述末端外显子是唯一的外显子。
当MLS序列位于相应基因组序列的正链时，最后的碱基将比第一个碱基的编号更大。当MLS序列处于相应基因组序列的负链时，则最后的碱基将比第一个碱基的编号更小。
B.内含子序列
此外，通过鉴定位于含有外显子的基因组序列的区域之间的基因组序列定义相应于MLS的内含子。因此，内含子定义为启始于含有外显子的基因组区域下游的一个碱基，终止于含有外显子的基因组区域上游的一个碱基。
C.启动子序列
如下所示，相应于MLS的启动子序列定义为第一外显子上游的序列；更通常的，定义为第一个多重转录起始位点上游的序列；进一步通常定义为第一个多重转录起始位点上游大约2,000个核苷酸的序列。
III.cDNA序列与克隆IDs的连接
如上所述，参考表鉴定了涉及各个MLS的cDNA克隆。MLS序列可以比包括在cDNA克隆内的序列更长。在这种情况下，参考表表示包括在克隆内的MLS的区域。如果cDNA克隆序列的5′或3′末端与MLS序列相同，则不会有记载。
IV.多重转录起始位点
转录的起始可以在基因的多个位点上发生。参考表表示各个基因可能的多重转录位点。在参考表中，转录起始位点的位置可以是正数或负数。
通过正数表示的位置是指转录起始位点位于MLS序列中。负数表示转录起始位点在相应于MLS的基因组序列内。
为了确定具有负数的转录起始位点的位置，将MLS序列和相应的基因组序列进行比对。在参考公开的基因组序列的情况下，可通过直接参考参考表的公共基因组DNA部分所示的，″gi″编号标明的核苷酸序列发现相关的对应基因组序列。当所述位置是负数时，转录起始位点位于比对中MLS序列开始处配对的碱基上游相应的基因组序列中。负数与MLS序列的第一个碱基有关，其与相应于相关″gi″编号的基因组序列配对。
在没有参考公开的基因组DNA的情况下，用于比对的相关核苷酸序列是与由后面的Polyp SEQ小节的″gi″编号指定的氨基酸序列相关的核苷酸序列。
V.多肽序列
Polyp SEQ小节列出了相应于MLS序列的编码序列的多肽序列的SEQ ID NOS.和Ceres SEQ ID NO以及具有MLS序列编码序列的翻译起始位点的位置。
MLS序列可具有多重翻译起始位点，并且能够产生大于一个的多肽序列。
小节(Dp)(出现时)提供了关于被发现与参考和序列表的多肽序列有关，与所述多肽序列具有一定序列同一性百分数的氨基酸序列的信息。通过″gi″编号鉴定这些相关序列。
表3和4-蛋白质组 矩阵表
除本发明的各个共有序列之外(见下文)，申请人已经生成了积分矩阵来进一步提供共有序列的说明。各个矩阵的第一行表示共有序列中的残基位置。所述矩阵报告了在签名序列的每个残基位置的基团成员中发现的所有氨基酸的出现数。所述矩阵也表示各个残基的位置、发现有多少不同的生物体具有在相关位置包括残基的小组中的多肽。所述矩阵的最后列表明在共有序列的各个位置发现的所有氨基酸。
发明详述
1.定义
本申请中始终使用下列术语：
等位变体：″等位变体″是相同SDF的另选形式，其存在于生物体中的相同染色***点。等位变异可发生在基因序列的任何部分，包括调控区域。群体中的正常遗传变异可以导致等位变体的出现。通过遗传工程方法也可以产生等位变体。等位变体可以是天然存在的，包括栽培品种或生态型，植物中发现的变体。等位变体可能产生表现型的改变或不产生，并且可能表达或不表达。等位基因可能在基因座表示的性状的表现型中产生可检测的变化。表现型沉默的等位基因可能产生产物。
嵌合的：术语″嵌合的″用来描述如上所定义的基因或构建体，其中所述基因或构建体的至少2个元件，例如启动子和编码序列，和/或其它的调控序列，和/或填充序列，和/或其互补体是相互异源的。
组成型启动子：本发明中的启动子是指在大部分，但无需是所有的发育或细胞分化环境条件下，主动促进转录的″组成型启动子″。组成型启动子，的例子包括花椰菜花叶病毒(CaMV)35S转录起始区域和来源于根瘤土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)的T-DNA的1′或2′启动子以及来自各种植物基因的其他转录起始区域，例如技术人员公知的玉米泛素-1启动子。
协同表达：本发明中使用的术语″协同表达″是指在相同或相似的时间和/或阶段，和/或在相同或相似的环境条件下表达的基因。
结构域：结构域是可用于表征蛋白质家族和/或部分蛋白质的指纹或标记。这种指纹或标记可包括保守的(1)初级序列、(2)二级结构和/或(3)三维构象。一般地，各个结构域与蛋白质家族或基序相关。一般地，这些家族和/或基序与体外和/或体内的特异活性相关。结构域可以是任何长度，包括蛋白质的全部序列。结构域、相关家族和基序以及本发明多肽的相关活性在下文中详细描述。通常，具有指定结构域的多肽可显示出含有相同结构域的任何多肽所显示的活性中的至少一种。
内源的：本发明中的术语″内源的″是指细胞或所述细胞再生的生物体的天然部分的任何多核苷酸、多肽或蛋白质序列。
外源的：本发明中的″外源的″是指通过除有性杂交外的任何方式，开始或随后导入单独宿主细胞的基因组，或导入由所述宿主细胞再生的生物体的基因组，无论是否为嵌合的任何多核苷酸、多肽或蛋白质序列。这可通过如下描述的方式的例子来实现，包括土壤杆菌介导的转化(双子叶植物的-例如Salomon等人EMBO J.3：141(1984)；Herrera-Estrella等人EMBO J.2：987(1983)；单子叶植物的，代表性的论文是Escudero等人，Plant J.10：355(1996)，Ishida等人，Nature Biotechnology 14：745(1996)，May等人，Bio/Technology 13：486(1995))、生物射弹方法(Armaleo等人，Current Genetics 17：971990))、电穿孔、植物内(in planta)技术等。这种包含外源核酸的植物在此是指初级转基因植物(primary transgenic plant)T0和第一代T1。本发明中使用的术语″外源的″也可以包括将天然存在的元件***非天然存在的位置。
基因：本发明中使用的术语″基因″包括与具有遗传功能的单个遗传单位连续相关的所有调控和编码序列。基因可包括调节遗传功能的非编码序列，其包括但不限于具体的聚腺苷酸化、转录调节物、DNA构象、染色质构象、碱基甲基化的程度和位置以及控制所有这些的蛋白质的结合位点。基因，编码蛋白质，包括″外显子″(编码序列)，其可被″内含子″(非编码序列)间断。基因的遗传功能可能只需要RNA表达或蛋白质的产生，或可能只需要与表达无关的蛋白质和/或核酸的结合。在某些情况下，邻近的基因可通过一个基因重叠另一个基因的方式共享序列。可在生物体的基因组、人工染色体、质粒、载体等，或单独分离的实体内发现基因。
异源序列：″异源序列″是不有效连接的或相互天然不相连的。例如，认为来自玉米的启动子与拟南芥编码区序列是异源的。同样，认为来自玉米生长因子的编码基因的启动子与所述生长因子的玉米受体的编码序列是异源的。认为不是天然来源于编码序列来源的相同基因的调控元件序列，例如UTR或3′末端终止序列，与所述编码序列是异源的。天然有效连接以及相互邻接的元件不是相互异源的。另一方面，如果在这些相同的元件之间放置其它的填充序列，它们保持有效连接的状态，但变成异源的。因此，表达氨基酸转送子的玉米基因的启动子和编码序列不是相互异源的，但是以新的方式有效连接的玉米基因的启动子和编码序列是异源的。
同源基因：在本发明中，″同源基因″是指与目的基因共享序列相似性的基因。这种相似性可能只是在序列的片段中，并且经常代表了功能结构域，例如包括但不限于DNA结合结构域、具有酪氨酸激酶活性的结构域等。同源基因的功能活性不必是相同的。
诱导型启动子：本发明中的″诱导型启动子″是指在一定条件下，例如光、化学制剂的浓度、蛋白质浓度、生物体、细胞或细胞器等中的条件下受调节的启动子。可与本发明的多核苷酸一起使用的诱导型启动子的典型例子是PARSK1，即来自拟南芥基因的编码丝氨酸-苏氨酸激酶的启动子，该启动子受脱水作用、脱落酸和氯化钠诱导(Wang和Goodman，Plant J.8：37(1995))。通过诱导型启动子影响转录的环境条件的例子包括缺氧条件、温度升高或光的存在。
直向同源基因：本发明中″直向同源基因″是指编码执行与第一基因产物相似功能的基因产物的第二基因。直向同源基因也可与第一基因具有一定程度的序列相似性。直向同源基因可编码一种多肽，其显示出与第一基因对应的多肽具有一定程度的序列相似性。所述序列相似性可在功能结构域内，或沿着基因编码序列的整个长度和/或其相应的多肽中发现。
序列同一性百分数：本发明中使用的″序列同一性百分数″是通过在比较窗口中比较2个最佳比对的序列而确定的，其中为了使这2个序列进行最佳的序列对比，与参考序列(其不包括加入或缺失)相比，比较窗口中多核苷酸或氨基酸序列的片段可包括加入或缺失(例如，缺口或突出端)。通过确定在两个序列中都存在的相同核酸碱基或氨基酸残基的位置的数目来产生配对位置的数目，用配对位置的数目除以比较窗口中位置的总数，并且将结果乘以100来产生序列同一性的百分比来计算百分比。可通过Smith和Waterman Add.APL.Math.2：482(1981)的局部同源性算法、Needleman和Wunsch J.Mol.Biol.48：443(1970)的同源性序列比对算法、Pearson和Lipman Proc.Natl.Acad.Sci.(美国)85：2444(1988)的相似法搜索方法、这些算法的计算机化执行(Wisconsin Genetics软件包中的GAP、BESTFIT、BLAST、PASTA和TFASTA，Genetics ComputerGroup(GCG)，575 Science Dr.，Madison，WI)，或通过检验法进行比较序列的最佳序列对比。假定已经鉴定了用于比对的2个序列，优选使用GAP和BESTFIT确定其最佳的序列比对。一般地，对于缺口权重(gap weight)重使用的缺省值为5.00，而对于缺口重量长度为0.30。术语多核苷酸或多肽序列之间的″基本序列同一性″是指多核苷酸或多肽包括的序列使用程序与参考序列相比具有至少80％的序列同一性，优选至少85％的序列同一性，更优选至少90％的序列同一性以及最优选至少95％的序列同一性，更优选至少96％、97％、98％或99％的序列同一性。
植物启动子：″植物启动子″是能够在植物细胞中启动转录，并且可驱动或帮助本发明的SDF片段或本发明的SDF编码序列的转录的启动子。这种启动子不必为植物来源。例如，来源于植物病毒的启动子可以是植物启动子，例如CaMV35S启动子或来自根瘤土壤杆菌的启动子，例如T-DNA启动子。植物来源的植物启动子的典型例子是本领域普通技术人员公知的玉米泛素-1(ubi-1)启动子。
启动子：本发明使用的术语″启动子″是指位于基因转录启始位点上游的序列决定簇，其涉及识别和结合RNA聚合酶和其他蛋白质以启动和调节转录。基本启动子是为组装转录起始需要的转录复合物所必需的最小序列。基本启动子经常包括通常位于转录起始位点上游第15和35位核苷酸之间的″TATA盒″元件。基本启动子有时也包括″CCAAT盒″元件(一般为序列CCAAT)和/或GGGCG序列，其通常位于转录起始位点上游的第40和200位核苷酸，优选第60到120位核苷酸之间。
调控序列：本发明使用的术语″调控序列″是指影响转录或翻译起始和速率以及转录物或多肽产物的稳定性和/或迁移率的任何核苷酸序列。调控序列包括但不限于启动子、启动子控制元件、蛋白质结合序列、5′和3′UTR、转录起始位点、终止序列、聚腺苷酸序列、内含子、编码序列内的某些序列等。
信号肽：本发明中使用的″信号肽″是使蛋白质靶向分泌、运输至胞内间隔或细胞器或整合进入膜的氨基酸序列。信号肽如下表所示并且有更详细的描述。
特异性启动子：本发明中″特异性启动子″是指诱导型启动子的亚群，在生物体发育期间，其在特异的组织或细胞和/或特定时间高度优选地被诱导。″高度优选″是指在所需要的组织中的转录超过在任何其它组织中的转录至少3倍、优选5倍、更优选至少10倍，进一步优选至少20倍、50倍或100倍。可与本发明的多核苷酸一起使用的植物来源的暂时性和/或组织特异性启动子的典型例子是：PTA29，其能够驱动基因在毡绒层中和只在花药发育期间特异性转录的启动子(Koltonow等人，Plant Cell 2：1201(1990)；RCc2和RCc3，指导水稻中根特异性基因转录的启动子(Xu等人，Plant Mol.Biol.27：237(1995)；TobRB27，来自烟草的根-异性启动子(Yamamoto等人，Plant Cell 3：371(1991))。发育控制下的组织特异性启动子的例子包括仅仅在特定组织或器官，例如根、胚珠、果实、种子或花中启动转录的启动子。其它合适的启动子包括来自编码储存蛋白质或类脂体(lipid body)膜蛋白，油质蛋白的基因的启动子。上文记录了一些根特异性启动子。
严谨性：本发明中使用的″严谨性″是探针长度、探针组成(G+C含量)和盐浓度、有机溶剂浓度以及杂交温度或洗涤条件的函数。一般通过参数Tm比较严谨性，其是根据来自Tm的温度差别，Tm是杂交中50％的互补分子杂交的温度。高严谨性条件提供Tm-5℃至Tm-10℃的条件。中度或适中严谨性条件提供Tm-20℃至Tm-29℃的条件。低严谨性条件提供Tm-40℃至Tm-48℃的条件。杂交条件与Tm(℃)的关系表示为数学等式
Tm＝81.5-16.6(log10[Na+])+0.41(％G+C)-(600/N)(1)
其中N是探针的长度。这个等式对与靶序列有14至70个核苷酸长度相同的探针非常适用。下面用于DNA-DNA杂交体的Tm的等式可用于50至大于500个核苷酸范围内的探针以及用于含有有机溶剂(甲酰胺)的状况。
Tm＝81.5+16.6log{[Na+]/(1+0.7[Na+])}+0.41(％G+C)-500/L 0.63(％甲酰胺)(2)
其中L是杂交体中探针的长度。(P.Tijessen，″Hybridization withNucleic Acid Probes″in Laboratory Techniques in Biochemistry andMolecular Biology，P. C.vand der Vliet，ed.，c.1993 by Elsevier，Amsterdam.)。等式(2)中的Tm受杂交体性质的影响；对于DNA-RNA杂交体，Tm比计算的高10-15℃，对于RNA-RNA杂交体，Tm高20-25℃。因为当使用长探针时，同源性每降低1％，Tm降低大约1℃(Bonner等人，J.Mol.Biol.81：123(1973))，可为了检测相同的基因或相关的家族成员而调节严谨性条件。
假设平衡，导出等式(2)，并因此在探针过量和获得平衡的足够时间的条件下最优选地进行本发明的杂交。可通过在杂交缓冲液中包含杂交加速剂，例如葡聚糖硫酸酯或其他大量的聚合物来缩短达到平衡所需要的时间。
可在杂交反应期间或杂交发生后，通过改变所使用的洗涤溶液中的盐和温度条件控制严谨性。当用于计算洗涤溶液的严谨性时，上面显示的公式同样有效。优选洗涤溶液的严谨性在上面所述的范围之内；高严谨性是低于Tm5-8℃，中度或适中严谨性是低于Tm26-29℃以及低严谨性是低于Tm45-48℃。
基本上不含：当组合物中总的A+B的至少85wt.％是A时，包含A的组合物是″基本上不含″B的。优选地，A含有组合物中总的A+B的至少大约90wt.％，更优选为至少大约95wt.％，或者甚至99wt.％。例如，可认为植物基因或DNA序列基本上不含其它的植物基因或DNA序列。
翻译起始位点：本发明中″翻译起始位点″通常是cDNA转录物中的ATG，更通常为第一个ATG。然而单个cDNA可具有多个翻译起始位点。
转录起始位点：″转录起始位点″在本发明中用于描述转录开始的位点。这个位点一般位于TFIID结合位点，例如TATA盒下游的大约25个核苷酸处。转录可在基因内的一个或多个位点启始，并且单个基因可具有多个转录起始位点，其中一些可以是对于具体细胞类型或组织中的转录特异的。
非翻译区(UTR)：″UTR″是被转录但不被翻译的任何连续的核苷酸碱基系列。这些非翻译区可与特定的功能，例如增加mRNA信使的稳定性相关。UTRs的例子包括但不限于聚腺苷酸信号、终止序列、位于转录起始位点和第一个外显子之间的序列(5′UTR)以及位于最后的外显子和mRNA末尾之间的序列(3′UTR)。
变体：本发明中所使用的术语″变体″表示在某些方面不同于其它种类的多肽或蛋白质或多核苷酸分子。例如，多肽和蛋白质变体可由氨基酸序列和/或电荷和/或翻译后修饰(例如糖基化等)的变化组成。
2.本发明多核苷酸的重要特征
本发明的基因和多核苷酸是令人感兴趣的，因为当它们错误表达时(即当在非重要位置或以增加的量表达时)，它们产生高度增加、初级花序厚度增加、叶片数目和大小增加、特别是莲座叶以及开花时间延迟而繁殖能力不降低的植物。这些性状可用于开发或最大化植物的产物。例如，植株高度增加对于生长或收获其主茎或树干的种是有益的，例如观赏植物切花、纤维作物(例如亚麻、洋麻、hesperaloe、***)以及生产木材的树。对于一些观赏植物，花序厚度的增加也是期望的，而叶片数目和大小的增加可导致叶片农作物，例如莴苣、菠菜、卷心菜和烟草的产量/收获增加。本发明的基因也可通过将其置于组织/器官细胞器-特异启动子的控制下，增加特定组织/器官/细胞器的大小，由此特别增加植物果实和种子的大小。
3.本发明的基因
本发明的序列分离自拟南芥(多核苷酸和多肽SEQ ID NOS.29-47)、玉米(多核苷酸和多肽SEQ ID NOS.1-14)和芸苔属(多核苷酸和多肽SEQ ID NOS.15-28)，并且认为是直向同源基因，因为这些多肽在转基因的植物中执行相似的功能。
基于这些直向同源序列，申请人已经确定，具有上述讨论的期望特性的植物可通过用编码包括下列共有序列之一的多肽的多核苷酸(稳定整合到植物基因组中)转化植物或植物细胞来获得：
(S，E)t<8>(E，G)<2-5>t<11-14>WT(N，D)E+H<2>Ya<1>(S，Y)aEtSFV<1>Q(L，S)<8-83>(P，E)r<2-4>+<9-89>E<2>(D，G)QNF<2>n(SEQ ID NO.49)
V(E，K)tE(T，P)Ttt(M，G)(Y，I)t(A，K)G(K，N)(E，R)(Y，V)a<1>t<1-4>WT(N，D)E+H<1>(L，S)Ya(K，S)SMEASFVnQL<0-30>K(V，A)a<2>(G，E)<2>(Q，E)<9-19>(H，C)<1>(F，V)(L，P)<1>(S，N)PW<0-2>a<1>+r+P<0-8>tD<2>(E，N)<8>(G，D)<0-6>S(G，P)t<1>t<2>+<6-17>(Q，K)a<3>(E，S)<1-3>EVtDQNF<2>n(G，E)(I，A)<1>t(E，S)(N，T)(G，E)t<1>K<2>K<1>(V，R)(M，R)a S(E，R)t(SEQ IDNO.48)
共有序列包含小写和大写字母。大写字母代表标准的一个字母氨基酸缩写。小写字母代表氨基酸的类别：
″t″是指微小氨基酸，其具体为丙氨酸、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸
″p″是指极性的氨基酸，其具体地是天门冬酰胺和谷氨酰胺
″n″是指带负电荷的氨基酸，其具体为天冬氨酸和谷氨酸
″+″是指带正电荷的残基，其具体为赖氨酸、精氨酸和组氨酸
″r″是指芳族残基，其具体为苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸，
“a”是指脂族残基，其具体为异亮氨酸、缬氨酸、亮氨酸和甲硫氨酸(methonine)。
″<>″是指存在的残基数目。例如，A<8>S表示8个残基分开丙氨酸残基和丝氨酸残基。″A<8>S″相当于″AXXXXX XXXS″。同样″A<1-3>S″表示至少一个，但多至3个残基分开丙氨酸和丝氨酸。
除SEQ ID NOS.1-49的序列外，本发明也包括转化进入宿主植物后产生相同表现型效果的多肽的变体、片段或融合体。
多肽的一种变体包括氨基酸取代。优选保守取代来保持多肽的功能或活性。这种取代包括电荷、极性、疏水性、大小等的守恒。例如，序列内的一个或多个氨基酸残基可被作为功能等同物的相似极性的另一种氨基酸取代，例如在酶促作用中提供氢键。例证序列内的氨基酸取代优选为所述氨基酸所属的类别中的成员。例如，非极性(疏水性的)氨基酸包括丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和甲硫氨酸。极性的中性氨基酸包括甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天门冬酰胺和谷氨酰胺。带阳电荷的(碱性)氨基酸包括精氨酸、赖氨酸和组氨酸。带负电的(酸性)氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸。
变体包括与SEQ ID NOS.1-49具有至少80％或优选至少85、90、95、96、97、98或99％范围内的序列同一性百分数的序列。在所述序列同一性百分数范围内，本发明的多肽可在其多肽中间和/或在其N-末端和/或C-末端***其他加的单个氨基酸或氨基酸序列。同样，可从多肽中删除一些氨基酸或氨基酸序列。也可在所述序列中进行氨基酸取代；优选保守取代。
变体的一个优选类别包括(1)编码多肽的结构域和/或(2)在编码多肽和相关多肽之间保守的残基。对于这个类别的变体，通过在结构域和/或保守残基侧翼的位置***、缺失或取代改变编码的多肽序列。另一个种类的变体包括通过保守取代，在结构域或保守残基上发生变化的编码的多肽序列。
4.所述基因用于产生转基因植物的用途
为了使用本发明的序列或其组合或其部分和/或突变体和/或融合体和/或变体，制备包括***本发明多核苷酸序列的载体的重组DNA构建体，并且其适合于转化植物细胞。可利用标准的重组DNA技术产生所述构建体(Sambrook等人1989)，并且可通过土壤杆菌介导的转化或如下列作为参考的其它转化方式将其导入目的物种。
载体主链可以是本领域中任何典型的载体，例如质粒、病毒、人工染色体、BAC、YAC和PAC以及下列描述的载体种类：
(a)BAC：Shizuya等人，Proc.Natl.Acad.Sci.美国89：8794-8797(1992)；Hamilton等人，Proc.Natl.Acad.Sci.美国，93：9975-9979(1996)；
(b)YAC：Burke等人，Science 236：806-812(1987)；
(c)PAC：Stemberg N.等人，Proc Natl Acad Sci美国，一月；87(1)：103-7(1990)；
(d)细菌-酵母穿梭载体：Bradshaw等人，Nucl Acids Res 23：4850-4856(1995)；
(e)入噬菌体载体：置换型载体，例如，Frischauf等人，J.Mol Biol 170：827-842(1983)；或***载体，例如，Huynh等人，In：Glover NM(编著者)DNA Cloning：A practical Approach，Vol.1 Oxford：IRL Press(1985)；T-DNA基因融合载体：Walden等人，Mol Cell Biol 1：175-194(1990)；以及
(g)质粒载体：Sambrook等人，infra.
一般地，所述构建体将包括含有本发明的序列的载体，其中具有任何期望的转录和/或翻译调控序列，例如启动子、UTR和3′末端终止序列。载体也可包括复制起点、支架附着区(SAR)、标记物、同源序列、内含子等等。所述载体还可包括赋予植物细胞可选择表现型的标记基因。所述标记物可编码抗微生物抗性，特别是抗生素抗性，例如对卡那霉素、G418、博来霉素、潮霉素的抗性，或除草剂抗性，例如对chlorosulfuron或膦丝菌素(phosphinotricin)的抗性。
植物启动子片段可用于指导基因在再生植物的所有组织中的转录，并可以是组成型启动子，例如355。备选地，植物启动予可指导本发明的序列在特异组织中的转录(组织特异性启动子)，或者可在更准确的环境控制下指导转录(诱导型启动子)。
如果希望产生适当的多肽，一般包括在编码区3′末端的聚腺苷酸区域。聚腺苷酸区可来源于天然的基因、多种其它的植物基因，或来自T-DNA。
敲入构建体
也可使用″敲入″方法实现本发明序列的异位表达。在此，通过产生含有与启动子有效连接的转录激活因子的转基因植物来产生第一个组分，″激活因子系(activator line)″。第二组分包括与转录激活因子的靶结合序列/区域有效连接的目的cDNA序列。可将第二组分转化入″激活因子系″或用来转化宿主植物以产生可通过常规的育种方法与″激活因子系″杂交的″靶″系。两种情况下结果都是相同的。也就是说，所述启动子驱动转录激活因子蛋白质的产生，其随后结合靶结合区域以帮助目的cDNA的表达。
在植物中起作用的任何启动子都可用于第一组分，例如35S花椰菜花叶病毒启动子，或组织或器官特异性启动子。合适的转录激活因子多肽包括但不限于编码HAP1和GAL4的多肽。所选择的转录激活因子蛋白质识别和靶向的结合序列用于第二组分。
转化
用于转化多种高等植物物种的技术是众所周知的，并且在科技和科学文献中有描述。参见，例如Weising等人，Ann.Rev.Genet. 22：421(1988)；和Christou，Euphytica，第85卷，n.l-3：13-27，(1995).
转化单子叶和双子叶植物的方法是本领域技术人员已知的。对于将DNA导入植物宿主细胞，可使用多种技术。这些技术包括利用根瘤土壤杆菌或生根土壤杆菌(Agrobacterium rhizogenes)作为转化工具，用T-DNA转化植物细胞、原生质体的融合、注射、DNA的电穿孔、通过生物射弹方法以及其他的可能性导入DNA。
对于植物细胞中DNA的注射和电穿孔，质粒不必满足特定的要求。可使用例如pUC衍生物的简单质粒。
土壤杆菌用于转化植物细胞的用途已经得到广泛地检验，并且在EP-A120 516的说明书、在Hoekema(In：The Binary Plant Vector SystemOffsetdrukkerij Kanters B.V.，Alblasserdam(1985)，Chapter V)、Fraley等人(Crit.Rev.Plant.Sci.4，1-46)和An等人(EMBO J.4(1985)，277-287)中充分公开。
为了将DNA转入植物细胞，可将植物外植体与根瘤土壤杆菌或生根土壤杆菌共同培养。感染的植物材料(例如叶片外植体、部分的茎、根及原生质体或悬浮培养的植物细胞)，可在合适的培养基中再生完整的植株，所述培养基可包含用于筛选转化的细胞的抗生素或杀生物剂(biozides)。然后可检查如此获得的植物中导入的DNA的存在。利用生物射弹方法或通过原生质体转化来导入外来DNA的其它可能性是已知的(cf.，例如，Willmitzer，L.，1993 Transgenic plants.In：Biotechnology，A Multi-VolumeComprehensive Treatise(H.J.Rehm，G.Reed，A.Piihler，P.Stadler，eds.)，第2卷，627-659，VCH Weinheim-New York-Basel-Cambridge).
通过Ti-质粒-载体***和根瘤土壤杆菌的帮助，双子叶植物转化早已建立。最近的研究已经表明也可通过基于土壤杆菌的载体转化单子叶植物。(Chan等人，Plant Mol.Biol.22(1993)，491-506；Hiei等人，Plant J.6(1994)，271-282；Deng等人，Science in China 33(1990)，28-34；Wilmink等人，PlantCell Reports 11(1992)，76-80；May等人，Bio/Technology 13(1995)，486-492；Conner和Domisse；Int.J.Plant Sci.153(1992)，550-555；Ritchie等人，Transgenic Res.2(1993)，252-265)。
转化单子叶植物的备选***是通过生物射弹方法(Wan和Lemaux，Plant Physiol.104(1994)，37-48；Vasil等人，Bio/Technology 11(1993)，1553-1558；Ritala等人，Plant Mol.Biol.24(1994)，317-325；Spencer等人，Theor.Appl.Genet.79(1990)，625-631)、原生质体转化、部分渗透的细胞的电穿孔以及通过玻璃纤维导入DNA的转化。
具体地，在文献中多次描述了玉米的转化(ef.，例如，WO95/06128，EP 0513 849；EP 0 465 875；Fromm等人，Biotechnology 8(1990)，833-844；Gordon-Kamm等人，Plant Cell 2(1990)，603-618；Koziel等人，Biotechnology 11(1993)，194-200)。在EP 292 435中以及在Shillito等人(Bio/Technology 7(1989)，581)中描述了一种方法，此方法可从无粘液的、柔软的(松散的)玉米愈伤组织开始获得可育植株。Prioli和Sndahl(Bio/Technology 7(1989)，589)描述了从Cateto玉米近交系Cat 100-1的玉米原生质体再生和获得可育植株的方法。
也已经描述了其它谷类物种的成功转化，例如大麦(Wan和Lemaux，参见上面；Ritala等人，参见上面)以及小麦(Nehra等人，Plant J.5(1994)，285-297)。
一旦导入的DNA已经整合到植物细胞的基因组中，它通常在此是稳定的，并且包含在开始转化的细胞的后代中。它通常包含使得转化的植物细胞对杀生物剂或抗生素，例如卡那霉素、G418、博来霉素、潮霉素或膦丝菌素等有抗性的选择标记物。因此，单独选择的标记物应容许从缺乏导入的DNA的细胞筛选出转化的细胞。
转化的细胞在植物内以常规的方式生长(也参见McCormick等人，Plant Cell Reports 5(1986)，81-84)。可常规培养得到的植物。可从所述植物获得种子。
应培养两代或多代以确信稳定表现型特性是保持的，并传递下去。应收获种子以确信保持了相应的表现型或其它特性。
可通过多种常规方法将本发明的DNA构建体导入目的植物宿主的基因组。例如，可利用例如电穿孔和微注射植物细胞原生质体的技术将DNA构建体直接导入植物细胞的基因组DNA，或可利用弹道方法，例如DNA粒子轰击将DNA构建体直接导入植物组织。备选地，DNA构建体可与合适的T-DNA侧翼区结合并且被导入常用的根瘤土壤杆菌宿主载体。当通过根瘤土壤杆菌宿主感染细胞时，所述细菌的毒力作用可指导构建体和邻接的标记物***植物细胞DNA(McCormac等人，Mol.Biotechnol. 8：199(1997)；Hamilton，Gene  200：107(1997))；Salomon等EMBO J. 3：141(1984)；Herrera-Estrella等人，EMBOJ. 2：987(1983)。
显微注射技术是本领域已知的，并且在科学和专利文献中有很好的描述。利用聚乙二醇沉淀导入DNA构建体在Paszkowski等人，EMBOJ.3：2717(1984)中有描述。电穿孔技术在Fromm等人，Proc.Natl Acad.Sci.美国 82：5824(1985)中有描述。射弹转化技术在Klein等人，Nature  327：773(1987)中有描述。包括消除和使用二元或共整合载体的根瘤土壤杆菌-介导的转化技术在科学文献中有很好的描述。参见，例如Hamilton，CM.，Gene200：107(1997)；Müller等人，Mol. Gen.Genet. 207：171(1987)；Komari等人，Plant J. 10：165(1996)；Venkateswarlu等人，Biotechnology 2：1103(1991)和Gleave，AP.，Plant Mol.Biol.20：1203(1992)；Graves和Goldman，Plant Mol.Biol  7：34(1986)and Gould等人，Plant Physiology 95：426(1991).
培养通过上述任何转化技术获得的转化植物细胞，再生具有转化的基因型及由此的表现型的完整植株。这种再生技术依赖于在组织培养生长培养基中处理某些植物激素，一般依赖于与目的核苷酸序列一起导入的抗微生物剂和/或除草剂标记物。从培养的原生质体再生植物在Evans等人，Protoplasts Isolation and Culture in″Handbook of Plant Cell Culture，″第124-176页，MacMillan Publishing Company，New York，1983；and Binding，Regenerationof Plants，Plant Protoplasts，第21-73页，CRC Press，BocaRaton，1988中有描述。也可从植物愈伤组织、外植体、器官或其部分获得再生。一般这种再生技术在Klee等人，Ann.Rev.of Plant Phys. 38：467(1987)中有描述。单子叶植物(水稻)的再生由Hosoyama等人(Biosci.Biotechnol.Biochem. 58：1500(1994))和Ghosh等人(J.Biotechnol. 32：1(1994))描述。本发明的核酸可用于赋予基本上任何植物高度增加、初级花序厚度增加、叶片数目和大小增加以及开花时间延迟、而繁殖力没有降低的性状。
本发明的核苷酸序列一般可编码来自任何生物体，特别是来自植物、真菌、细菌或动物的任何适当的蛋白质。所述序列优选编码来自植物或真菌的蛋白质。优选地，植物是高等植物，特别是储存淀粉或油料的有用植物，例如马铃薯或谷类，例如水稻、玉米、小麦、大麦、黑麦、黑小麦、燕麦、粟等以及菠菜、烟草、甜菜、大豆、棉花等。
本发明的方法原则上可应用于任何植物。因此，单子叶以及双子叶植物物种是特别合适的。所述方法优选用于农业、园艺和/或林业上感兴趣的植物。
它的例子是蔬菜植物例如，黄瓜、甜瓜、南瓜、茄子、绿皮西葫芦、番茄、菠菜、卷心菜种、豌豆、菜豆等以及例如梨、苹果等的水果。
因此本发明已经使用了大量的植物，包括来自下列属的物种：腰果属(Anacardium)、落花生属(Arachis)、天门冬属(Asparagus)、颠茄属(Atropa)、燕麦属(Avena)、芸苔属(Brassica)、柑桔属(Citrus)、西瓜属(Citrullus)、辣椒属(Capsicum)、红蓝花属(Carthamus)、椰子属(Cocos)、咖啡属(Coffea)、香瓜属(Cucumis)、南瓜属(Cucurbita)、胡萝卜属(Daucus)、油棕属(Elaeis)、草莓属(Fragaria)、大豆属(Glycine)、棉属(Gossypium)、向日葵属(Helianthus)、龙骨角属(Heterocallis)、大麦属(Hordeum)、天仙子属(Hyoscyamus)、莴苣属(Lactuca)、亚麻属(Linum)、黑麦草属(Lolium)、羽扇豆属(Lupinus)、番茄属(Lycopersicon)、苹果属(Malus)、木薯(Manihot)、马约喇纳(Majorana)、苜蓿属(Medicago)、烟草属(Nicotiana)、木犀榄属(Olea)、稻属(Oryza)、黍属(Panieum)、Pannesetum、鳄梨属(Persea)、菜豆属(Phaseolus)、黄连木属(Pistachia)、豌豆属(Pisum)、梨属(Pyrus)、李属(Prunus)、萝卜属(Raphanus)、蓖麻属(Ricinus)、黑麦属(Secale)、千里光属(Senecio)、白芥属(Sinapis)、茄属(Solanum)、蜀黍属(Sorghum)、可可树属(Theobromus)、胡卢巴属(Trigonella)、小麦属(Triticum)、野豌豆属(Vicia)、葡萄属(Vitis)、豇豆属(Vigna)以及玉蜀黍属(Zea)。
技术人员可认识到在表达盒稳定地整合到转基因植物中并且证实是有效的之后，可通过有性杂交将其导入其它的植物。可根据待杂交的物种使用大量标准育种技术中的任何技术。
5.表现型研究
使用本发明的基因转化植物(特别是作为模式种的拟南芥)，并且结果显示转基因植物的表现型特征有改进。
5.1.克隆8490的表现型实验
cDNA 12337825(克隆8490-SEQ ID No.39)在35S启动子调控下的异位表达导致植物具有许多表现型，包括：
更高的植物
更厚的花序
更大的丛生
增加的莲座叶数目
略微延迟开花
因此，cDNA 12337825(SEQ ID No.39)的错误表达可用于增加整个植株的大小/生物质有用。直接作用是控制胚乳大小的的基因也可能对种子大小有益，并且如果在适当的启动子下，错误表达可能对植物生长和发育有益。
克隆8490包含cDNA 12337825，当在转录物分布图(Txp)实验(下文论述)中分析时，其在与根细胞伸长区相关的植物根分生区中下调，而在刺激胚乳的内倍性(interploidy)杂交体(产生大量胚乳和大种粒的父本四倍体)中上调。
材料和方法：
包含35S：：cDNA 12337825的T1和T2系的产生和表现型评测。
用含有相对于35S组成型启动子，为有义方向的cDNA 12337825Ti质粒转化野生型拟南芥Wassilewskija(wS)植株。用于这个构建体的Ti质粒载体，CRS 338(图1)包含植物选择性标记基因膦丝菌素转乙酰酶(PAT)，其赋予转化的植物除草剂抗性。如下进行转化：
方法：土壤杆菌-介导转化拟南芥
材料：0.2％ 植物琼脂(Phytagar)
      2g 植物琼脂
      1L nanopure的水
YEB(1L)
      5g 肉类提取物
      5g Bacto蛋白胨
      1g 酵母提取物
      5g 蔗糖
        0.24g 硫酸镁
渗透培养基(Infiltration Medium)(IM)(1L)
        2.2g MS盐
        50g 蔗糖
        5μl BAP溶液(储液是2mg/ml)
方法：
1.WS-2种子的分层。
向50ml Corning试管中的50ml 0.2％植物琼脂中加入0.5ml WS-2(CS2360)种子，涡旋直到种子和植物琼脂形成均匀的混合物。
用箔覆盖试管并且在4℃分层3天。
2.制备种子混合物。
从冷藏库获得分层的种子。
种子混合物加入1000ml的烧杯。
加入另外的950ml 0.2％植物琼脂并且混合均匀。
3.制备土壤混合物。
将24L SunshineMix #5土壤与16L Therm-O-Rock蛭石在水泥搅拌器中混合产生60：40的土壤混合物。
加入2汤匙Marathon和3汤匙Osmocote，并且充分混合内容物来改良土壤混合物。
3加仑水中加入1汤匙Peters肥料，并且加入土壤混合物，充分混合。
用土壤混合物装填4-英寸的盆，并且弄圆表面以产生小圆顶。
用8平方英寸的尼龙网覆盖盆并且用橡皮筋扣紧。
将144-英寸的盆放入各个没有孔的通用平板。
4.种植。
使用60ml注射器吸出35ml的种子混合物。
各个盆上滴25滴种子混合物。
重复直到所有的盆都已经种上。
将平板放置在温室木架上，用透明的繁殖圆盖(propagation dome)覆盖平板，在平板顶部放置55％的遮阳布并且通过向各个平板的底下加入l英寸水进行地下灌溉。
5.植物护养。
种植后3至4天，除去透明盖子和遮阳布。
根据需要用水地下灌溉平板。
7-10天后，使用镊子使盆稀薄至每盆20个植株。
2周后，以每加仑水1汤匙Peters肥料的比率地下灌溉所有的植物。
当苔(bolt)为大约5-10cm长时，在第一个结节和茎基部之间进行修剪以诱导第二代苔。
修剪后6至7天，进行浸渍渗滤(dipping infiltration)。
6.制备土壤杆菌。
将150ml新鲜YEB加入250ml离心瓶并且用泡沫塞(Identi-Plug)盖住每个离心瓶。
在121℃高压40分钟。
冷却至室温后，打开并且向每个培养瓶各自加入0.1ml的羧苄青霉素、壮观霉素和利福平储液。
获得土壤杆菌启子块(starter block)(具有生长至OD600为大约1.0的土壤杆菌培养物的96-孔块)，并且通过转移来自启子块中适当孔的1ml构建体种每个培养瓶。
盖住培养瓶，并且放置在设置为27℃和250转/分钟的Lab-Line培养温箱振荡器上。
土壤杆菌培养物达到OD600大约1.0后(大约24小时)移出，用塑料盖盖住培养瓶，放置在Sorvall SLA 1500转子中，并且在4℃，8000转/分钟于离心8分钟。
倒出上清液并且将瓶放在冰上备用。
向每瓶加入200ml渗透培养基(IM)，重悬土壤杆菌沉淀并且储存在冰上。
7.浸渍渗滤。
将重悬的土壤杆菌倒入16盎斯的聚丙烯容器中。
反转4-英寸的盆，将植物的地上部分浸泡在土壤杆菌悬浮液中并放置5分钟。
将土壤杆菌悬浮液倒入垃圾桶，同时保持聚丙烯容器的适当位置，翻转植物到直立位置。
每平板放置10个覆盖的盆。
用1-英寸的水充满每个平板并且用遮阳布覆盖。
保持覆盖24小时，然后移去遮阳布和聚丙烯容器。
恢复正常的植物护养。
当植物已经开花结束，用通道植物套筒(ciber plant sleave)覆盖每个盆。
植物完全干燥后，收集种子并且放入2.0ml的微管(micro tube)，储存在100-位的低温箱中。
选择10个独立转化事件并且如下评测其T1代中的定性表现型：
方法：错误表达突变株-T1代的高通量表现型筛选
1.土壤制备。始终戴手套
在大容器中，将60％高压处理的SunshineMix #5与40％的蛭石混合。
每25L土壤中加入2.5汤匙的Osmocote，并且加入2.5汤匙1％粒状的Marathon。
充分混合。
2.用土壤充填Com-Packs。
用制备的土壤松散地装填D601Com-Packs平齐至边沿。
将装填的盆放入在无孔通用平板内的有孔通用平板中。
根据种植需要进行重复。一套平板应包含6盆。
3.浸透土壤。
为所有的盆均匀洒水直到土壤浸透，并且水在平板的底部汇集。
土壤完全浸透后，倒出多余的水。
4.种植种子。
5.种子分层。
所有平板播种种子后，将其放入黑暗的4℃冷藏库。
使WS种子平板在冷藏库中放置2晚。可更长处理其它的生态型。这个冷处理可帮助促进种子的一致萌发。
6.从冷藏库移出平板并且用遮阳布覆盖。(只在温室中需要遮阳布)
适当时间后，从冷藏库移出平板并且放置到生长搁置架或工作台上。
用55％遮阳布覆盖整套的平板。所述布是在脆弱的萌发期间为减少光照强度所必需的。
所述布和圆顶应保留在平板上直到子叶已经完全展开。这通常在标准的温室条件下进行4-5天。
7.除去55％遮阳布和繁殖圆顶。
子叶已经完全展开后，移去55％遮阳布和繁殖圆顶。
8.用Finale混合物喷洒植物。始终戴手套并穿防护衣。
在聚-TEK喷雾器中，48盎斯水中混合3ml浓缩的Finale制备工作Finale混合物。
用Finale混合物的薄雾完全和均匀地喷洒植物。
每3-4天重复Finale喷雾直到仅剩余转化体。(需要应用大约3次.)
当达到仅剩下转化体时，停止Finale喷雾。
9.清除多余的转化体。
清除多余的转化体，使得每盆均匀分布最大数目为5的植株。
10.标记每个植物。
11.筛选每一盆的表现型。
当观察表现型时，标注描述表现型的标签。
在4个发育阶段重复筛选过程：幼苗、丛生、开花和衰老。
幼苗-子叶已经出现后的时期，但在第三真叶开始形成前。
丛生-从出现第3真叶直到初生苔刚开始延长之前的时期。
开花-从出现初生苔到衰老开始的时期(除注意开花时间本身外，应在大约50％的花已经开放的阶段进行大部分的观察)。
衰老-衰老开始后的时期(除″延迟衰老″外，应在植株已经完全干燥后进行大部分的观察)。
12.T1过表达-错误表达系的品质控制。
13.单株植物标杆。
在发育的开花阶段期间，必须分开单株植物以便它们不缠绕其本身，导致交叉污染并且难以收集种子。
在紧接于丛生的土壤中放置红锆石(Hyacinth)标杆，当心不要损伤植物。
小心地包裹标杆周围的初生和次生苔。
非常松地将单面涂塑的绞带包裹在标杆周围，并且保持植株处于原位。
14.准备收集种子。
当衰老开始并且终止形成花时，终止浇水。这使得植株适当干燥便于收集种子。
15.从植物收集种子
选择显示最大优点的T1表现型的2个事件(大的、延迟开花的)用于评测T2代。T2生长条件按照上述T1的步骤。实验设计不同于T1的种植，其中各个T2植株装在其自己的盆内，且没有使用除草剂选择。各个T2事件的所有的盆装在相同平板内，并且植物随机地分布在各个平板中。对各组测量的对照是不包含T-DNA的给定T1事件的分离后代(内对照)。通过土壤为基础的实验，在Ceres温室中长日照光条件(16小时)进行所有的分析。
如下获得T2测量值：
苔的天数＝种子播种和出现第一花序之间的天数。
叶片数＝存在于第一苔时期的莲座叶数目。
丛生面积＝最初苔出现的时候的丛生面积，使用((L×W)*3.14)/4。
初级花序厚度＝基部以上2.5cm处初级花序的直径。在开花终止/开始衰老时取得这个测量值。
高度＝最长花序从基部至顶端的的长度。在开花终止/开始衰老时取得这个测量值。
使用PCR扩增***随机选择的T1植株中的cDNA。然后测序这个PCR产物，证实正确的***包含在所述植株中。按标准方法进行品质控制过程。
在T2代中，使用PCR来证实各个植株中***物的存在或缺失。为了证实基因组DNA存在于反应混合物中，使用从RAP2.7基因扩增序列的引物来对各个样品进行第二类反应。认为产生RAP2.7的PCR产物的各个样品模板具有合适的模板品质。
结果：
T1植株的定性分析：
与对照相比，所有的10个事件均延迟开花，产生具有更多叶片的更大丛生和长而厚的花序(参见表5中的结果)。转基因″对照″是一组不同的表达35S：：cDNA的植株，其与未转化的WS野生型是难区分的。
表5.35S：：cDNA 12337825T1事件中观察到的定性表现型
  事件   增加的丛生大小增加的莲座叶数目   晚开花   高度和厚度
  ME03459-01   x   x   x
  ME03459-02   x   x   x
  ME03459-03   x   x   x
  ME03459-04   x   x   x
  ME03459-05   x   x   x
  ME03459-06   x   x   x
  ME04358-01   x   x   x
  ME04358-02   x   x   x
  ME04358-03   x   x   v
  ME04358-04   x   x   x
T2植株的定量分析：
更详细地评测T2代中的事件ME03459-01和ME03459-04。播种17个个体并且观察事件01，而播种18个个体观察事件04。两个事件的转基因植株都显示高度增加、初级花序厚度的增加、莲座叶数目增加、更大的丛生以及开花时间延迟至0.05的统计显著水平(表6)。两个事件都具有正常的繁殖能力。表格中注明为ME03459-01或ME03459-04的所有植株，是T1事件的分离后代，我们已经证实其包含所试验的转基因。表格中注明为-01对照或-04对照的所有植株，是T2的分离后代，其不包含所试验的转基因(内对照)。
两个事件都比对照显著地产生更多种子，是如期待的典型的、可育的、晚开花的植物。
事件ME03459-01是表5中注明的最强表达子。丛生面积、叶片数目、花序厚度和苔的天数全部都大于事件-04。
如通过卡方检验所计算的，所试验的转基因的分离频率表明各个事件包含单个***。对于两个事件T2种子分离为3R：1S(数据未显示)。
表6.35S：：cDNA 12337825T2事件中观察到的定量表现型
  事件/对照   观察的数目   丛生面积(mm2)   叶片数目   高度(cm)   初生花序厚度(英寸)   苔天数
  ME03459-01   14   7023.0*   11.0*   75.6*   0.068*   21.9*
  -01对照   3   2348.5   8.0   52.2   0.050   19.0
  ME03459-04   9   4977.7*   9.4*   68.9*   0.055*   20.8*
  -04对照   5   2521.1   7.5   54.0   0.051   18.1
  *通过t检验以0.05水平的显著不同于对照
结果总结
伴随强组成型启动子，(35S)的cDNA 12337825的异位表达产生更高的植株，其具有更厚的花序、更大的丛生以及更多莲座叶。通常在枝条和根尖中调节12337825，这表明编码的蛋白质可能有助于调节分生组织的功能。通过这种表达观察到的植株大小增加伴随有开花时间的延迟，但没有降低繁殖能力。如果枝条分生组织和根尖细胞中表达模式相似，它可能也是增加根生长的有用基因。
假定控制营养生长的过程在种间保守，这个基因和蛋白质很可能同样在其它种中发挥作用。增加的植物性生物质将提供增加的能源：降低比率并且提高碳与蔗糖和淀粉的结合。它可能在增加产量中发挥作用或其本身发挥作用。更高的花序给与更多的花机会，由此产生更多种子。增加生物质和花序高度的结合可在产量中产生显著的改善。更厚的花序可预防针对风、雨或干旱的″折断″。生物质优势和假定的光合作用优势对玉米和大豆有用。
因此，这个基因/蛋白质尤其适用于控制分生组织中细胞***的数目/速率，而不会干扰整个植株的形态。它可在具有适当启动子的农作物中显示，调节许多个器官的大小和生长速度。使用组织特异性启动子可能是特别需要的。例如，如果需要增加叶片大小而不需要增加根的大小，可将本发明的编码序列与叶片特异性启动子有效连接来达到这个目的。备选地，如果需要增加植株大小而不需要开花时间的变化，可用不指导在花分生组织中表达的叶片特异性启动子来调节本发明的编码序列。
所述蛋白质对在玉米中产生强健的茎有用，并且可预防″折断(snap)″。
5.2.CLONE8161-cDNA 5662747的表现型实验
Ceres cDNA 5662747(SEQ ID No.29)在35S启动子控制下的异位表达导致植株具有大量表现型，包括：
更高的植株
更厚的花序
质量上更大的丛生
质量上增加的莲座叶数目
延迟开花
结果，Ceres cDNA 5662747(SEQ ID No.29)的错误表达对增加整个植株大小/生物质有用。
克隆8161包含cDNA 5662747，当在转录物分布图实验(下文论述)中分析时，其相对于完整的植物mRNA提取物，在植物的枝条和根尖中下调，表明了其在分生组织活性中的作用。
材料和方法：
包含35S：：cDNA 5662747的T1和T2系的产生和表现型评测。
按标准方法(参见″Ceres Protocol-Agrobacterium-MediatedTransformation of Arabidopsis″)用Ti质粒转化野生型拟南芥Wassilewskija(WS)植物，所述质粒含有相对于35S组成型启动子为有义方向的cDNA 5662747。用于这个构建体的Ti质粒载体，CRS 311包含植物选择性标记基因膦丝菌素转乙酰酶(PAT)，其赋予转化的植物除草剂抗性。
选择10个独立转化事件并且按标准方法评测其T1代中的定性表现型。在T2代中选择显示最强T1表现型的3个事件进行评测。T2生长条件按照上述T1的步骤。实验设计不同于T1的种植，其中各个T2植株装在其自己的盆内，且没有使用除草剂选择。对于各个T2事件的所有的盆装在相同平板内，并且植物随机地分布在各个平板中。对各组测量值的对照是不包含这个基因的其他T1事件的分离后代(内对照)。通过土壤为基础的实验，在Ceres温室中长日照光条件(16小时)进行所有的分析。
如下获得T2测量值：
高度＝最长花序从基部至顶端的的长度。在开花终止/开始衰老时取得这个测量值。
初级花序厚度＝基部以上2.5cm处初级花序的直径。在开花终止/开始衰老时取得这个测量值。
苔的天数＝种子播种和长出第一花序之间的天数。
使用PCR扩增***随机选择的T1植株的cDNA。然后测序这个PCR产物，证实正确的***包含在所述植株中。按标准方法进行品质控制过程。
在T2代中，使用PCR来证实各个植株中***物的存在或缺失。为了证实基因组DNA存在于反应混合物中，使用从RAP2.7基因扩增序列的引物来对各个样品进行第二类反应。各个样品模板产生RAP2.7的PCR产物，因此认为所有的DNA样品具有合适的模板品质。
结果：
T1植株的定性分析：
所有的10个事件显示不同于野生型转基因对照的多种表现型(表7)；注意到和对照的明显差异。转基因的″对照″是一组不同的表达35S：：cDNA的植株，其与未转化的WS野生型是难区分的。大多数明显的变体表现型是次生花序形成减少、开花时间略微延迟、更大的丛生具有更多叶片以及花序高而厚。这种盆的植株只用来提供大小比较。
表7.35S：：cDNA 5662747T1事件中观察到的定性表现型
    事件   增加的丛生大小增加的莲座叶数目   晚开花化   减少的次生花序形成   高度和厚度   败育
  ME01795-01   x   x   x   x
  ME01795-02   x   x   x
  ME01795-03   x
  ME01795-04   x   x   x   x
  ME01795-05   x
  ME01795-06   x   x   x   x
  ME01795-07   x   x   x
  ME01795-08   x
  ME01795-09   x
  ME01795-10   x   x   x   x
T2植株的定量分析：
更详细地评测T2代中的事件01、04和10。对于各个事件播种14个个体。所有事件3中的转基因植株显示高度、初级花序厚度的增加以及开花时间延迟至0.01水平的统计显著(表8)。这些植株也具有质量上更大的丛生题，其包含更多的叶片(数据未显示)。表格中注明为ME01795-01、ME01795-04或ME01795-10的所有植株是T1事件的分离后代，我们已经证实其包含所试验的转基因。表格中注明为-01对照、-04对照或-10对照的所有植株，是T2的分离后代，其不包含所试验的转基因(内对照)。
T2分析中注意到的一个项目是在T1植株中观察到的次生花序形成的减少不再存在于T2植株中。此外，延迟开花时间从T1至T2代似乎强度有增加。
如通过卡方检验所示，所试验的转基因的分离频率表明各个事件包含单个***(表8，数据未显示)。
表8.在35S：：cDNA 5662747T2事件中观察到的定量表现型
  事件/对照   观察的数目   高度(cm)   初生花序厚度(英寸)   苔天数
  ME01795-01   8   64.3*   1.062*   29.8*
  -01对照   6   48.3   1.048   24.5
  ME01795-04   9   70.9*   1.065*   35.8*
  -04对照   5   42.4   1.047   25.8
  ME01795-10   8   67.9*   1.069*   31.3*
  -10对照   6   43.3   1.049   25.3
  *通过t检验以0.01水平的显著不同于对照
表达：相对于完整的植物mRNA提取物，Ceres克隆8161在植物的苗顶分生组织和根尖中下调。
结果总结
伴随强组成型启动子，(35S)的cDNA 5662747的异位表达产生更高的植株，其具有更厚的花序、更大的丛生以及更多莲座叶。通常在枝条和根尖中调节cDNA 5662747，这表明编码的蛋白质可能有助于调节分生组织的功能。通过这种表达观察到的植株大小增加伴随有开花时间的延迟，但没有降低繁殖能力。因为T1植株比T2植株开花延迟的严重度少很多，但仍然产生大的植株的表现型，所以有可能使用不同强度的启动子或具有不同空间表达模式的cDNA来保持植株高度和茎/花序厚度增加，而在开花时间上没有任何增加。备选地，可共表达早开花基因(例如，LEAFY)，由此来减缓/平衡任何晚开花的影响。此外，本发明的基因(cDNA5662747)可用来转化已知具有早开花特性的植株系，由此产生具有正常开花时间的转化系。如果枝条分生组织和根尖细胞中表达模式相似，它可能也是增加根生长的有用基因。
假定控制营养生长的过程在种间保守，这个基因和蛋白质很可能同样在其它种中发挥作用。增加的植物性生物质将提供增加的能源：降低比率并且提高碳与蔗糖和淀粉的结合。它可能在增加产量中发挥作用或其本身发挥作用。更高的花序给与更多的花机会，由此产生更多种子。增加生物质和花序高度的结合可在产量中产生显著的改善。更厚的花序可预防针对风、雨或干旱的″折断″。生物质优势和假定的光合作用优势对玉米和大豆有用。
因此，这个基因/蛋白质尤其适用于控制分生组织中细胞***的数目/速率，而不会干扰整个植株的形态。它可在具有适当启动子的农作物中显示，调节许多个器官的大小和生长速度。使用组织特异性启动子可能是特别需要的。例如，如果需要增加叶片大小而不需要增加根的大小，可将本发明的编码序列与叶片特异性启动子有效连接来达到这个目的。备选地，如果需要增加植株大小而不需要开花时间的变化，可用不指导在花分生组织中表达的叶片特异性启动子来调节本发明的编码序列。
微阵列分析
细胞控制其内部或外部刺激的应答的主要方式是通过调节特定基因的转录速率。例如，在器官发生进入形成器官特征的时期的细胞分化与大量基因的选择性活化和抑制相关。因此，由于mRNA及其控制蛋白质产物的不同群体，具体的器官、组织和细胞有功能差别。内部信号编制了选择性活化和抑制程序。例如，内部合成的激素产生这种信号。可通过增加编码涉及激素合成的蛋白质的基因转录水平来提高激素水平。
为了测量细胞如何对内部和/或外部刺激作出反应，可测量单个mRNA的水平，并用作基因转录程度的指示物。将细胞暴露于刺激，并且可在刺激后的不同时间点分离和测定mRNA。可将来自受刺激细胞的mRNA与未受刺激的对照细胞进行比较。与对照相比，mRNA水平在受刺激细胞中更高表示是细胞的刺激特异应答。与对照相比，mRNA水平在受刺激细胞更低表明也一样。
可用取自生物体的细胞进行相似的研究，所述细胞与没有突变的细胞相比，在其基因组中具有确定的突变。突变细胞中改变的mRNA水平表明突变如何导致转录的改变。这些转录变化与突变细胞所显示的表现型相关，所述表型与由对照细胞所显示的表现型不同。
中请人已经使用微阵列技术来测量用本发明的多核苷酸转化的植物细胞中mRNAs的水平。通常，具有本发明基因的转化体生长到合适的阶段，制备组织样品用于微阵列差异表达分析。
微阵列实验方法和结果
方法
表9中提供了用于每个差异表达分析实验的参数一览表。
1.样品组织制备
如下制备用于每个表达分析实验的组织样品：
(a)根
在高强度的漂白剂中消毒拟南芥(Arabidopsis thaliana)(Ws)种子少于5分钟，在无菌蒸馏去离子水中洗涤3次以上，再种在MS琼脂平板上。将平板4℃放置3晚，然后垂直放入具有16小时光照/8小时黑暗循环、23℃、70％相对湿度和～11,000 LUX的生长箱中。2周后，从琼脂中切下根，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃。
(b)莲座叶、茎和长角果
播种到Metro-混合350型土壤中之前，4℃使拟南芥(Ws)种子春化3天。将平板放置于具有16小时光照/8小时黑暗、80％相对湿度、23℃和13,000 LUX的生长箱中进行萌发和生长。3周后，收获莲座叶、茎和长角果，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃备用。4周后，收获长角果(<5mm，5-10mm以及＞10mm)，在液氮中快速快速并且储存在-80C备用。收获5周龄的完整植株(用作对照)，在液氮中快速冷冻并保存在80℃直到分离RNA。
(c)萌发
在漂白剂中消毒拟南芥种子(生态型Ws)并且用无菌水漂洗。将这些种子置于含有浸湿的高压滤纸的100mm皮氏平皿中。用箔包裹平板并且在4℃放置3晚进行春化。冷处理后，移去箔并将平板置于具有16小时光照/8小时黑暗循环、23℃、70％相对湿度和～11,000LUX的生长箱中。1天、2天、3天和4天后收集种子，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃直到分离RNA。
(d)脱落酸(ABA)
将拟南芥(生态型Wassilewskija)种子播种在托盘中并且在4℃放置4天进行春化。然后将其转入具有生长16小时光照/8小时黑暗、13,000LUX、70％湿度和20℃的生长箱中，用1L1×Hoagland′s溶液每周浇灌两次。用200-250ml，0.02％去污剂Silwet L-77溶液中的100μMABA喷洒大约1,000株14天龄的植株。在处理后1小时和6小时，在15到20分钟的时限内收获包括根的完整幼苗，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于具有100μMABA的1升烧杯中进行处理。对照植物用水处理。6小时和24小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(e)油菜素类固醇应答
进行2个单独的实验，一个使用表油菜素内酯(epi-brassinolide)，而一个使用油菜素类固醇生物合成抑制剂brassinazole。在表油菜素内酯实验中，将野生型拟南芥(生态型Wassilewskija)和油菜素类固醇生物合成突变体dwf4-1的种子播种在托盘中，并在4℃放置4天进行春化。然后将其转入具有16小时光照/8小时黑暗、11,000 LUX、70％湿度和22℃温度的生长箱。用1μM的表油菜素内酯溶液喷洒4周龄植株，3小时后收获枝条部分(未开放的花原基和苗顶分生组织)。在液氮中快速冷冻组织并储存在-80℃。在brassinazole实验中，如上所述使野生型拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子生长。用1μM brassinazole溶液喷洒4周龄植株，3小时后收获枝条部分(未开放的花原基和苗顶分生组织)。在液氮中快速冷冻组织并储存在-80℃。
除喷洒实验外，从2个不同的突变株制备组织；(1)dwf4-1敲除的突变株和(2)dwf4-1基因过表达的突变株。
将野生型拟南芥(生态型Wassilewskija)和dwf4-1敲除的突变体以及dwf4-1过表达突变株的种子播种在托盘中并在4℃放置4天进行春化。然后将其转入具有16小时光照/8小时黑暗、11,000LUX、70％湿度和22℃温度的生长箱。将来自枝条部分(未开放的花原基和苗顶分生组织)的组织在液氮中快速冷冻并储存在-80℃。
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在托盘中并且在4℃放置4天进行春化来完成另一个实验。然后将其转入生长箱。植株在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、13,000LUX光照强度、70％湿度、20℃温度下生长，用1L 1×Hoagland′s溶液每周浇灌两次(配方在Feldmann等人，(1987)Mol.Gen.Genet.208：1-9中详述，并且记录为完全营养液)。用200-250ml，0.02％去污剂Silwet L-77溶液中的0.1μM表油菜素内酯喷洒大约1,000株14天龄的植株。处理后1小时和6小时，在15到20分钟的时限内收获地上组织，并且在液氮中快速冷冻。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于具有100μM表油菜素内酯的1升烧杯中进行处理。对照植物用水处理。24小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(f)氮：高到低
用30％Clorox、0.1％Triton X-100表面消毒野生型拟南芥种子(生态型Ws)5分钟。然后更换无菌重馏去离子水4-5次漂洗种子。4℃在黑暗中使种子春化2-4天。冷处理后，将种子种在改良的1×MS培养基(没有NH4NO3或KNO3)上、0.5％蔗糖、0.5g/L MES、pH5.7、1％植物琼脂并且补充有终浓度为60mM的KNO3(高硝酸盐改良的1×MS培养基)。然后使平板在Percival生长箱中于22℃伴有16小时光照/8小时黑暗生长7天。
然后将萌发的幼苗转入含有50mL高硝酸盐改良的1×MS液体培养基的无菌培养瓶中。伴有轻度摇动，幼苗于22℃在16小时光照/8小时黑暗(在Percival生长箱中)，高硝酸盐改良的1×MS液体培养基上另外生长3天。
在高硝酸盐改良的1×MS液体培养基上生长3天后，将幼苗转移到含有50mL高硝酸盐改良的1×MS液体培养基或低硝酸盐改良的1×MS液体培养基(含有20□M KNO3)的新无菌培养瓶中。使幼苗在这些培养基条件下，伴有于22℃的轻度摇动，在16小时光照/8小时黑暗中生长合适的时间点，并收获完整的幼苗，用通过Trizol方法(LifeTech.)分离总RNA。用于微阵列实验的时间点是高和低硝酸盐改良的1×MS培养基的10分钟以及1小时的时间点。
备选地，将在含有0.1％Triton X-100的30％漂白剂中表面消毒，并进一步在无菌水中漂洗的种子种植在含有50mM KNO3(硝酸钾)的MS琼脂，(0.5％蔗糖)平板上。使幼苗在22℃，恒定的光照(3500LUX)下于生长。12天后，将幼苗转入含有1mM KNO3或50mM KNO3的MS琼脂平板。将转入含有50mM KNO3的琼脂平板的幼苗作为实验中的对照。用含有1mM KNO3的无菌MS溶液充分漂洗转入具有1mM KNO3的平板的幼苗。每次转移10个平板。收集各种时间点的根组织并在15mL Falcon试管中冷冻，其包括1小时、2小时、3小时、4小时、6小时、9小时、12小时、16小时和24小时。
将玉米35A19 Pioneer杂种种子播种在含有砂子的平地上，并且生长在25℃、16小时光照/8小时黑暗、～13,000LUX和80％相对湿度的Conviron生长箱中。每三天用重馏去离子水浇灌植株。让萌发的幼苗生长10天，并用高硝酸盐改良的1X MS液体培养基(参见上面)浇灌。在第11天，从砂予移出幼小玉米幼苗(其根完整)，并且在高硝酸盐改良的1XMS液体培养基中短时间漂洗。然后将相当于一半平面量的幼苗浸泡(直至其根)在含有500mL高或低硝酸盐改良的1×MS液体培养基(参见上面的详细说明)的烧杯中。
在合适的时间点，从它们相应的液体培养基移走幼苗，分离根和枝条，并将各个组织类型在液氮中快速冷冻，保存在-80℃。对每个时间点进行重复。使用Trizol方法(参见上面)，仅用根组织分离总RNA。
将在4小时和16小时时间点分离的玉米根组织用于微阵列实验。高和低硝酸盐改良的1×MS培养基均使用。
(g)氮：低到高
将拟南芥生态型Ws的种子播种在含有4L Grace Zonolite蛭石和土壤1∶2混合物的平面上。用3L水浇灌平面并4℃春化5天。将平面置于具有16小时光照/8小时黑暗、80％相对湿度、20℃和17,450LUX的Conviron生长箱中。用大约1.5L水每4天浇灌平面。用2L对照(100mM甘露糖醇pH 5.5)或实验溶液(50mM硝酸铵，pH 5.5)底部处理成熟的抽苔植株(萌发后24天)。分别在处理后30、120和240分钟收获根、叶片和长角果，在液氮中快速冷冻并保存在-80℃。
杂种玉米种子(Pioneer杂种35A19)在去离子水中通气过夜。30个种子种植在各个平面中，其包含4升Grace zonolite蛭石。底部给予2升水，并且将平面放置在具有16小时光照/8小时黑暗、20℃和80％相对湿度的Conviron生长箱中。每三天用1L自来水浇灌平面。如上所述用2L对照溶液(100mM甘露糖醇pH 6.5)或1L实验溶液(50mM硝酸铵，pH 6.8)处理5天龄的幼苗。在处理后10、90和180分钟分别收获每个处理的15个枝条，在液氮中快速冷冻并保存在-80℃。
备选地，将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子在4℃放置3天进行春化。然后将其播种在具有16小时光照/8小时黑暗、12,000-14,000LUX、70％湿度和20℃的生长箱中的蛭石上。每周两次用自来水底部浇灌它们。在4μL/cm2的托盘表面用水(对照)或0.6％硝酸铵喷洒24天龄的植株。从蛭石收清除全部枝条和一些初生根，在液氮中快速冷冻并且保存在-80℃。
(h)甲基茉莉酮酸酯
将拟南芥(生态型Wassilewskija)种子播种在托盘中，并在转入具有16小时光照/8小时黑暗、13,000LUX、70％湿度、20℃温度的生长箱前在4℃放置4天以进行春化，用1L 1×Hoagland′s溶液每周浇灌两次。用200-250ml，0.02％去污剂Silwet L-77溶液中的0.001％甲基茉莉酮酸酯喷洒大约1,000株14天龄的植株。处理后1小时和6小时，在15到20分钟的时限内收获包括根的完整幼苗，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于具有100μM甲基茉莉酮酸酯的1升烧杯中进行处理。对照植物用水处理。24小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(i)水杨酸
将拟南芥(生态型Wassilewskija)种子播种在托盘中，并在转入具有16小时光照/8小时黑暗、13,000LUX、70％湿度、20℃温度的生长箱前在4℃放置4天以进行春化，用1L 1×Hoagland′s溶液每周浇灌两次。用200-250ml，0.02％去污剂Silwet L-77溶液中的5mM水杨酸(溶解在70％乙醇中)喷洒大约1,000株14天龄的植株。处理后1小时和6小时，在15到20分钟的时限内收获包括根的完整幼苗，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃。
备选地，将野生型拟南芥(生态型Columbia)和突变株CS3726的种子播种在混有osmocote肥料和Marathon杀虫剂的200型土壤中，并在4℃放置3天进行春化。在室温下用连续光照培养平面。萌发后16天，用2mM SA，0.02％SilwettL-77或对照溶液(0.02％SilwettL-77)喷洒植株。处理后1小时、4小时、6小时、24小时和3周收获地上部分或花，快速冷冻并保存在-80℃。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于具有2mM SA的1升烧杯中进行处理。对照植物用水处理。12小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(i)干旱胁迫
将拟南芥(Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在转入具有16小时光照/8小时黑暗、150,000-160,000LUX、20℃和70％湿度的生长箱之前，4℃放置3天进行春化。14天后，切下地上组织，放置在置于皮氏平皿中的3MM Whatman滤纸上干燥1小时和6小时。将暴露于用1×Hoagland′s溶液湿润的3MM Whatman滤纸1小时和6小时的地上组织作为对照。收获组织，在液氮中快速冷冻并保存在-80℃。
备选地，在播种在Metromix 350型土壤中之前，4℃使拟南芥(Ws)种子春化3天。将平板置于具有23℃、16小时光照/8小时黑暗、80％相对湿度、～13,000LUX的生长箱中进行萌发和生长。每四日用1-1.5L水浇灌植物。对于处理的样品，萌发后16天终止浇水，但对于对照样品继续浇水。浇水停止后2天、3天、4天、5天、6天和7天收获莲座叶和茎、花和长角果。在液氮中快速冷冻组织并保存在-80℃直到分离RNA。在第8天也从已经经受7天干旱处理然后浇水1天的植株收获花和长角果。5周后收获对照植物(完整植株)，在液氮中快速冷冻并且如上保存。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗， 并置于室温下的1升空烧杯中进行处理。对照植物用水处理。1小时、6小时、12小时和24小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(k)渗透胁迫
将拟南芥(Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在转入具有16小时光照/8小时黑暗、12,000-14,000LUX、20℃和70％湿度的生长箱之前，4℃放置3天进行春化。14天后，切下地上组织，放置在皮氏平皿中用含20％PEG(聚乙二醇，Mr 8,000)的1×Hoagland′s溶液湿润的3MMWhatman滤纸上。仅含有1X Hoagland′s溶液的3MM Whatman滤纸上的地上组织用作对照。处理后1小时和6小时收获地上组织，在液氮中快速冷冻并保存在-80℃。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于具有10％PEG(聚乙二醇，Mr8,000)的1升烧杯中进行处理。对照植物用水处理。1小时和6小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于具有150mM NaCl的1升烧杯中进行处理。对照植物用水处理。1小时和6小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(l)热休克处理
将拟南芥(Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在转入具有16小时光照/8小时黑暗、12,000-14,000LUX、20℃和70％湿度的生长箱之前，4℃放置3天进行春化，将14天龄的植株转入42℃的生长箱，转移后1小时和6小时收获地上组织。将对照植物放置在20℃并收获地上组织。在液氮中快速冷冻组织并储存在-80℃。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于含有42℃水的1升烧杯中进行处理。对照植物用25℃的水处理。1小时和6小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(m)冷休克处理
将拟南芥(Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在转入具有16小时光照/8小时黑暗、12,000-14,000LUX、20℃和70％湿度的生长箱之前，4℃放置3天进行春化，将14天龄的植株转入4℃黑暗的生长箱，转移后1小时和6小时收获地上组织。将对照植物放置在20℃并用箔覆盖避光。在液氮中快速冷冻组织并储存在-80℃。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，并置于含有4℃水的1升烧杯中进行处理。对照植物用25℃的水处理。1小时和6小时后，分离地上组织和根组织并且在液氮中快速冷冻，再储存在-80℃。
(n)拟南芥种子
果实(荚果+种子)0-5mm
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX光照强度、70％湿度和22℃温度下生长。从至少3株植物上选择具有发育中的种子的3-4个长角果(果实)，手工剖开，通过其中含有的胚来确定它代表的发育阶段。用于这个测定的拟南芥胚发生阶段的描述如Bowman(1994)所概括。然后确定长角果长度，并用作胚期的近似决定因素。获得长角果，其包含受精后处于前心形期[受精后0-72小时(HAF)]的胚、长度为0-5mm，并在液氮中快速冷冻。
果实(荚果+种子)5-10mm
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX光照强度、70％湿度和22℃温度下生长。从至少3株植物上选择具有发育中的种子的3-4个长角果(果实)，手工剖开，通过其中含有的胚来确定它代表的发育阶段。用于这个测定的拟南芥胚发生阶段的描述如Bowman(1994)所概括。然后确定长角果长度，并用作胚期的近似决定因素。获得长角果，其包含受精后处于前心形期[受精后72-120小时(HAF)]的胚、长度为5-10mm，并在液氮中快速冷冻。
果实(荚果+种子)大于10mm
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX光照强度、70％湿度和22℃温度下生长。从至少3株植物上选择具有发育中的种子的3-4个长角果(果实)，手工剖开，通过其中含有的胚来确定它代表的发育阶段。用于这个测定的拟南芥胚发生阶段的描述如Bowman(1994)所概括。然后确定长角果长度，并用作胚期的近似决定因素。获得长角果，其包含绿色、晚期翻转-U-期(lateupturned-U-stage)[受精后大于120小时(HAF)-开花后9天(DAF)]胚胎、长度大于10mm的长角果并在液氮中快速冷冻。
绿荚5-10mm(样品72-74为对照组织)
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX光照强度、70％湿度和22℃温度下生长。从至少3株植物上选择具有发育中的种子的3-4个长角果(果实)，手工剖开，通过其中含有的胚来确定它代表的发育阶段。用于这个测定的拟南芥胚发生阶段的描述如Bowman(1994)所概括。然后确定长角果长度，并用作胚期的近似决定因素。打开绿色长角果，其包含受精后(HAF)72-120小时的发育中的种子、长度为5-10mm，并且移出种子。获得剩余组织(除去种子的绿荚)，并且在液氮中快速冷冻。
来自大于10mm的果实的绿色种子
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX光照强度、70％湿度和22℃温度下生长。从至少3株植物上选择具有发育中的种子的3-4个长角果(果实)，手工剖开，通过其中含有的胚来确定它代表的发育阶段。用于这个测定的拟南芥胚发生阶段的描述如Bowman(1994)所概括。然后确定长角果长度，并用作胚期的近似决定因素。打开包含发育至开花后(DAF)9天的种子、长度大于10mm的绿色长角果并且移出和收获种子，在液氮中快速冷冻。
来自大于10mm的果实的褐色种子
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。使植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX、70％湿度和22℃温度下生长。从至少3株植物选择产生3-4个长角果(果实)发育的种子，手工剖开以通过包封的胚来确定代表为哪个发育阶段。用于这个测定的拟南芥胚胎发生阶段的描述如Bowman(1994)所概括。然后确定长角果长度并用作胚期的近似决定因素。打开黄色长角果，其包含开花后(DAF)大于11天的褐色干燥种子、长度大于10mm，并且移出和收获种子，在液氮中快速冷冻。
来自大于10mm的果实的绿色/褐色种子
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。使植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX、70％湿度和22℃温度下生长。从至少3株植物选择产生3-4个长角果(果实)发育的种子，手工剖开以通过包封的胚来确定代表为哪个发育阶段。用于这个测定的拟南芥胚胎发生阶段的描述如Bowman(1994)所概括。然后确定长角果长度并用作胚期的近似决定因素。打开绿色长角果，其包含开花后(DAF)大于9天的绿色和褐色种子、长度大于10mm，并且移出和收获种子，在液氮中快速冷冻。
成熟种子(吸胀后24小时)
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的成熟干燥种子播种在湿润的滤纸上，并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将吸胀的种子转入生长箱[16小时光照：8小时黑暗条件、7000-8000LUX光照强度、70％湿度和22℃温度]，48小时后收获出现的幼苗并且在液氮中快速冷冻。
成熟种子(干燥)
将拟南芥(生态型Wassilewskija)的种子播种在盆中，并且在4℃放置2至3天进行春化。然后将其转入生长箱。使植物在长日照(16小时光照：8小时黑暗)条件、7000-8000LUX光照强度、70％湿度和22℃温度下生长并开始成熟。收集成熟的干燥种子，在28℃干燥1周，在4℃春化1周，然后用作RNA的来源。
(o)除草剂处理
用总体积为50ml的30％漂白剂、50μl Triton消毒拟南芥(Ws)种子5分钟。4℃使种子春化3天，然后在以每平板大约144个种子的密度种到GM琼脂平板上。在具有16小时光照/8小时黑暗、80％相对湿度、22℃和11,000LUX的Percival生长箱中培养平板14天。
用水、Finale(1.128g/L)、Glean(1.88g/L)、RoundUp(0.01g/L)或Trimec(0.08g/L)喷洒平板。在下列时间点收集组织并在液氮中快速冷冻：0、1、2、4、8、12和24小时。在RNA分离前将冷冻组织保存在-80℃。
(p)根尖
将拟南芥(生态型Ws)的种子种在MS平板上并在4℃春化3天，然后置于具有16小时光照8黑暗、70％相对湿度和大约3W/m2的25℃生长箱中。6天后，将幼苗转入含有B5液体培养基、1％蔗糖和0.05mg/1吲哚-3-丁酸的培养瓶中。培养瓶在室温下100转/分钟摇动培养。每周换一次培养基。3周后，收获根并用2％果胶酶、0.2％纤维素酶，pH7培养1小时，然后用#80(Sigma)筛网滤过。快速冷冻保留在筛网上的根体材料(用作对照)并储存在-80℃备用。将通过#80筛网的材料用#200(Sigma)筛网滤过，快速冷冻保留在筛网上的材料(根尖)并储存在-80℃备用。从一个根培养的培养瓶中收集大约10mg的根尖。
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。每三天浇灌覆盖的平板，进行7天。从砂子中小心地移出幼苗，移出根尖(～2mm长)，在液氮中快速冷冻，然后保存在-80℃。切下根尖上部的组织(～1cm长)，如上处理并用作对照组织。
(q)吸胀的种子
将玉米杂种35A(Pioneer)的种子播种在平板中水润湿的砂子中(10排，5-6个种子/排)，在置于具有16小时光照(25℃)/8小时黑暗(20℃)、75％相对湿度和13,000-14,000LUX的生长箱中之前，用透明的塑料盖子覆盖。播种后1天，在液氮中快速冷冻完整的种子，然后储存在-80℃。播种后2天，分离胚和胚乳，在液氮中快速冷冻，然后储存在-80℃。在第3-6天，分离地上组织、根和胚乳，在液氮中快速冷冻，然后保存在-80℃。
(r)花(绿色、白色或花芽)
将大约10□1的拟南芥种子(生态型Ws)播种在350土壤(含有0.03％marathon)中，并在4℃春化3天。然后在室温下使植物在荧光灯下生长直到开花。28天后收获3种不同类别的花。将根本未曾开放且完全为绿色的芽分类为″花芽″(也被研究者称为绿色芽)。将已经开始绽放、略微出现白色花瓣的芽分类为″绿色花″(也被研究者称为白色芽)。将几乎已经开放(没有长角果伸长)、具有完全可见的白色花瓣的花分类为″白色花″(也被研究者称为开放的花)。用镊子收获花芽和花，在液氮中快速冷冻并储存在-80℃直到分离RNA。
2.微阵列杂交方法
微阵列技术提供在单个实验中测定数以千计基因的mRNA转录物水平的能力。这些实验同时使2种差异标记的荧光cDNA库与在此之前已经用相同物种的cDNA克隆点样的载玻片杂交。每个排列的cDNA点具有相应的荧光比率，其表示2个样品库中各个mRNA种之间的差异水平。可将数以千计的多核苷酸点样在一个载玻片上，并且每个实验产生综合的表达模式。
涂覆载玻片
微阵列由化学涂覆的显微镜载玻片组成，本文中称为高密度排列的众多多核苷酸样品的″芯片″。聚-L-赖氨酸涂层通过提供疏水表面，容许这些点高密度排列，减少了排列在载玻片上的DNA溶液的点的扩散。用0.1％W/V的聚-L-赖氨酸(Sigma，St.Louis，Missouri)溶液涂覆玻璃显微镜载玻片(由Gold Seal Products制造的Gold Seal#3010，Portsmouth，NewHampshire，美国)，使用下列方案：
1.将载玻片置于载玻片搁架中(Shandon Lipshaw#121)。然后将搁架放进槽中(Shandon Lipshaw#121)。
2.制备清洁溶液：
将70g NaOH溶于280mL ddH2O。
加入420mL 95％乙醇。总体积是700mL(＝2×350mL)；搅拌直到完全混合。如果溶液保持混浊，加入ddH2O直到澄清。
3.将该溶液倒入具有载玻片的槽中；用玻璃盖子盖上该槽。在定轨振荡器上混合溶液2小时。
4.将搁架快速转入充满ddH2O的新鲜槽中。通过浸入、浸出搁架剧烈漂洗它们。每次用新鲜的ddH2O重复漂洗4次，至完全除去痕量的NaOH-乙醇。
5.制备聚赖氨酸溶液：
使用塑料量筒和烧杯，在560mL水中，0mL聚-L-赖氨酸和70mL组织培养PBS。
6.将载玻片转入聚赖氨酸溶液并摇动1小时。
7.将搁架快速转入充满ddH2O的新鲜盒室。浸入、浸出5次进行漂洗。
8.在微量滴定板载体上500转/分钟离心载玻片(搁架下放有纸巾以吸收液体)5分钟。将载玻片架转入具有覆盖物的空槽中。
9.在45℃烘箱中干燥载玻片架10分钟。
10.将载玻片保存在密闭的塑料载玻片盒中。
11.通常，这个方法后涂有赖氨酸的载玻片表面不是立刻就非常疏水的，但是随着储存变得日益疏水。疏水性表面帮助确保它们以高密度打点时斑点不会跑到一起。在这些载玻片有10天至1个月之久，它们即可以使用。然而，搁置太久时间的涂层载玻片通常由于太老而不能使用。这是因为它们出现当对着光时可看到的不透明斑点，这将导致荧光探针的高杂交背景。备选地，从TeleChem International，Inc.(Sunnyvale，CA，94089；产品目录号SMM-25，Superamine substrates)购买预涂覆的载玻片。
cDNA克隆***物的PCR扩增
使用***物特异的探针从拟南芥cDNA克隆扩增多核苷酸。得到的100μL PCR反应物用Qiaquick 96PCR纯化柱(Qiagen，Valencia，加利福尼亚，美国)和30μl的5mM Tris洗脱来纯化。将8.5μL的洗脱物与1.5μL的20×SSC混合，产生3×SSC中的DNA的最终点样溶液。从各个克隆产生的DNA的浓度在10-100ng/μl之间变化，但通常是大约50ng/μl。
在玻璃载玻片上排列PCR产物
使用套尖针(quill-tip pin)的排列(ChipMaker 3 spotting pins；Telechem，International，Inc.，Sunnyvale，加利福尼亚，美国)和自动排列仪(PixSys 3500，Cartesian Technologies，Irvine，加利福尼亚，美国)将来自cDNA克隆的PCR产物点样到聚-L-赖氨酸涂覆的载玻片上。将约0.5nl制备的PCR产物点样到各个位置以产生具有大约100μm直径的斑点。根据排列，斑点的中心-到-中心距是从180μM至210μM。在相对湿度设置为50％的槽中进行打点。
从Agilent Technology(Palo Alto，CA 94304)购买含有玉米序列的载玻片。
载玻片的后处理
排列后，通过在杂交前所需要的一系列步骤-再水化、UV交联、封闭和变性-来处理载玻片。通过将载玻片置于1烧杯温水(DNA面向下)上2-3秒进行再水化，使DNA在点内更均匀地分布，然后在加热板上快速干燥。然后通过紫外线照射(60-65mJ；2400 Stratalinker，Stratagene，La Jolla，加利福尼亚，美国)使DNA与载玻片交联。
接着，进行封闭步骤来修饰剩余的游离赖氨酸基团，由此使其结合标记的探针DNA的能力最小化。为了达到这个目的，将阵列置于载玻片搁架中。将准备好的空载玻片盒放置在定轨振荡器上。使搁架中部略微向内弯曲，以保证摇动时载玻片不会相互碰撞。如下制备封闭溶液：
将3×350-ml玻璃盒(具有金属盖顶)置于一边，并且将准备好的装有dH2O的大而圆的Pyrex皿放置在微波中。这时，在50ml锥形管中制备15m1硼酸钠。
将6-g琥珀酸酐溶于大约325-350mL 1-甲基-2-吡咯烷。快速加入试剂是至关紧要的。
a.最后一片琥珀酸酐溶解后立刻加入15mL硼酸钠。
b.硼酸钠溶液混合后立刻将该溶液倒入空载玻片盒。
c.将载玻片架快速且均匀地浸没在溶液中。剧烈地上下摇动几秒，确保载玻片不曾离开溶液。
d.在定轨振荡器上混合15-20分钟。同时，加热Pyrex皿中的水(足够覆盖载玻片架)至沸腾。
此后，将载玻片架轻轻地浸没在95℃水(刚好停止沸腾)中2分钟。然后，将载玻片架浸入95％乙醇中5次。在500转/分钟离心载玻片和搁架5分钟。将载玻片快速且均匀地加载到载板上以避免品质不匀。立刻使用阵列或保存在载玻片盒中。
杂交过程开始于从所讨论的2种组织中分离mRNA(参见下文″总RNA的分离″和″mRNA的分离″)，然后将其转化为单链cDNA(参见下文″产生用于杂交的探针″)。用不同的荧光染料独立地标记来自各个组织的cDNA，然后将两个样品集中在一起。然后将这些最终差异标记的cDNA库放置到加工过的微阵列上，并容许进行杂交(参见下文″杂交和洗涤条件″)。
总RNA的分离
在液氮中将大约1g植物组织研磨成细粉并转入含有10ml Trizol试剂的50-ml离心管中。剧烈涡旋试管1分钟，然后在定轨振荡器上于220转/分钟在室温下培养10-20分钟。向试管力入2ml氯仿，剧烈涡旋溶液至少30秒，然后再次在室温下摇动培养。然后样品在4℃，12,000×g(10,000转/分钟)离心15-20分钟。移走水层，倒置混合2.5ml 1.2M NaCl/0.8M柠檬酸钠和2.5ml的异丙醇。在室温下培养10分钟后，样品在4℃，12,000×g(10,000转/分钟)离心15分钟。用70％乙醇洗涤沉淀，于8,000转/分钟再离心5分钟，然后在室温下空气干燥10分钟。将所得到的总RNA溶于TE(10mM Tris-HCl，1mM EDTA，pH 8.0)或DEPC(焦碳酸二乙酯)处理的去离子水(无核糖核酸酶的水)。为了利用Qiagen试剂盒随后分离mRNA，将总RNA的沉淀溶于无核糖核酸酶的水。
mRNA的分离
利用Qiagen Oligotex mRNA Spin-柱方法(Qiagen，Valencia，加利福尼亚)分离mRNA。简言之，将500μl OBB缓冲液(20mM Tris-Cl，pH 7.5，1M NaCl，2mM EDTA，0.2％SDS)加入500μl总RNA(0.5-0.75mg)中，并充分混合。样品首先在70℃培养3分钟，然后在室温下培养10分钟，最后于14,000-18,000×g离心2分钟。通过涡旋，沉淀重悬在400μlOW2缓冲液(10mM Tris-Cl，pH 7.5，150mM NaCl，1mM EDTA)中，将所得到的溶液置于在1.5ml无核糖核酸酶的微离心试管中的小离心柱上，于14,000-18,000×g离心1分钟。将该离心柱转入新的1.5ml无核糖核酸酶的微离心试管，并用400μl的OW2缓冲液洗涤。为了从树脂释放分离的mRNA，将离心柱再次转入新的无核糖核酸酶的1.5ml微离心试管，加入70℃，20-100μl的OEB缓冲液(5mM Tris-Cl，pH 7.5)，通过吸管在所得到的溶液中重悬树脂。14,000-18,000×g离心1分钟后收集mRNA溶液。
备选地，利用Stratagene Poly(A)Quik mRNA分离试剂盒(Startagene，La Jolla，加利福尼亚)分离mRNA。在此，在65℃孵育有0.5mg的总RNA(1ml的最大体积)5分钟，在冰上快速冷却，加入0.1×体积的10×样品缓冲液(10mM Tris-HCl(pH 7.5)，1mM EDTA(pH 8.0)5M NaCl)。将RNA样品施加到预备的推进柱(push column)上，并以每2秒～1滴的速率通过所述柱。将收集的溶液再施加到柱上并如上所述进行收集。将200μl的高盐缓冲液(10mM Tris-HCl(pH 7.5)，1mM EDTA，0.5NaCl)施加到所述柱上，并以每2秒～1滴的速率通过所述柱。重复这个步骤，然后以相似的方式进行3次低盐缓冲应用冲液(10mM Tris-HCl(pH 7.5)，1mM EDTA，0.1M NaCl)洗涤。通过将预热到65℃的4等份200μl的洗脱缓冲液(10mM Tris-HCl(pH 7.5)，1mM EDTA)施加到柱上来洗脱mRNA。在此，洗脱缓冲液以1滴/秒的速率通过柱子。所得到的mRNA溶液通过加入0.1×体积的10×样品缓冲液、2.5体积冰冷的100％乙醇，-20℃孵育过夜，并且在4℃于14,000-18,000×g离心20-30分钟进行沉淀。用70％乙醇洗涤沉淀，在室温下空气干燥10分钟，然后重悬在无核糖核酸酶的去离子水中之前。
酵母对照的制备
利用Qiagen过滤大量提取试剂盒(Qiagen，Valencia，加利福尼亚)从下列酵母克隆中分离质粒DNA：YAL022c(Fun26)、YAL031c(Fun21)、YBR032w、YDL131w、YDL182w、YDL194w、YDL196w、YDR050c和YDR116c。用BsrBI(YAL022c(Fun26)、YAL031c(Fun21)、YDL131w、YDL182w、YDL194w、YDL196w、YDR050c)或AflIII(YBR032w、YDR116c)使质粒DNA线性化并分离。
酵母克隆的体外转录
在37℃孵育下列溶液2小时：17μl分离的酵母***DNA(1μg)、20μ15×缓冲液、10μl 100mM DTT、2.5μl (100U)RNasin、20μl 2.5mM(ea.)rNTPs、2.7μl(40U)SP6聚合酶和27.8μl无核糖核酸酶的去离子水。加入2μl(2U)Ampli DNase I，并继续再孵育15分钟。加入10μl 5M NH4OAC和100μl酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶1)，涡旋溶液，然后离心分开各相。为了沉淀RNA，加入250μl乙醇，于-20℃孵育溶液至少1个小时。然后样品在4℃，14,000-18,000×g离心20分钟，用500μl 70％的乙醇洗涤沉淀，在室温下空气干燥10分钟，再重悬在100μl无核糖核酸酶的去离子水中。然后重复沉淀步骤。
备选地，孵育2小时后，该溶液用酚/氯仿提取溶液一次，然后加入0.1体积3M醋酸钠和2.5体积100％的乙醇。4℃，15,000rpm离心溶液20分钟，将沉淀重悬在无核糖核酸酶的去离子水中。利用2U的Ampli DNaseI在37℃进行DNase I处理30分钟，反应条件如下：50mM Tris-HCl(pH7.5)，10mM MgCl2。然后加入NH4OAC和酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶1)终止DNase I反应，如上所述分离RNA。
将来自各个酵母克隆的0.15-2.5ng体外转录物RNA加入各个植物的mRNA样品中，然后标记为阳性(内部)探针对照。
杂交探针的产生
从cDNA第一链产生标记的杂交探针
利用AtlasTM Glass荧光标记试剂盒(Clontech Laboratories，Inc.，PaloAlto，加利福尼亚，美国)从分离的mRNA产生杂交探针。这需要有一个两步标记过程，首先在cDNA合成期间掺入伯脂肪族氨基，然后通过与这些氨基官能团反应使荧光染料与cDNA偶联。简言之，将5μg的oligo(dT)18引物d(TTTTTTTTTTTTTTTTTTV)与Poly A+mRNA(利用QiagenOligotex mRNA离心柱方法或Stratagene Poly(A)Quik mRNA分离方法(Stratagene，La Jolla，加利福尼亚，美国)分离的1.5-2μg mRNA)混合，总体积为25μl。将样品在热循环仪中70℃孵育5分钟，冷却至48℃，加入10μl 5×cDNA合成缓冲液(试剂盒提供)、5μl 10×dNTP混合物(dATP、dCTP、dGTP、dTTP和氨基烯丙基(aminoallyl)-dUTP；试剂盒提供)、7.5μl去离子水和2.5μl MMLV逆转录酶(500U)。然后使反应在48℃孵育30分钟，再于42℃孵育1小时。孵育结束，加热反应至70℃，10分钟，冷却至37℃，加入0.5μl(5U)RNase H，再在37℃孵育15分钟。加入0.5μl，0.5M EDTA和5μl QuickClean树脂(试剂盒提供)后，涡旋溶液1分钟，然后于14,000-18,000×g离心1分钟。将上清液移至0.45μM离心滤器(试剂盒供给)后，再次于14,000-18,000×g离心样品1分钟，向样品加入5.5μl 3M醋酸钠和137.55μl的100％乙醇，然后于-20℃孵育至少1小时。然后在4℃于14,000-18,000×g离心样品20分钟，用500μl，70％的乙醇洗涤得到的沉淀，在室温下空气干燥10分钟，再重悬在10μl 2×荧光标记缓冲液中(试剂盒提供)。加入均为10μl的荧光染料Cy3和Cy5((Amersham Pharmacia(Piscataway，新泽西，美国)；根据Clontech的AtlasTM试剂盒指导制备)，并且于室温在黑暗中孵育样品30分钟。
通过加入2μl，3M醋酸钠和50μl，100％乙醇，沉淀荧光标记的cDNA第一链，-20℃孵育至少2小时，14,000-18,000×g离心20分钟，用70％乙醇洗涤，空气干燥10分钟并溶于100μl水。
备选地，3-4μg mRNA、2.5μl(～8.9ng体外翻译的mRNA)对照酵母和3μg oligo dTV(TTTTTTTTTTTTTTTTTT(A/C/G)混合，总体积为24.7μl。在热循环仪中于70℃孵育样品10分钟，然后在冰上冷却。向此加入8μl的5×第一链缓冲液(来自Invitrogen(Carlsbad，加利福尼亚92008)；cat no.18064022)的 SuperScript II核糖核酸酶H-逆转录酶试剂盒)、0.8℃的aa-dUTP/dNTP混合物(50X；25mM dATP、25mM dGTP、25mM dCTP、15mM dTTP、10mM氨基烯丙基-dUTP)、4μl的0.1MDTT和2.5μl(500单位)的Superscript R.T.II酶(Stratagene)。在42℃孵育样品2小时，然后加入10℃的1M NaOH和10℃的0.5M EDTA的混合物。在65℃孵育15分钟后，加入25μl 1M Tris pH 7.4。将此与450μl水在Microcon 30柱中混合，然后11,000×g离心12分钟。用450μl洗涤该柱子两次(11,000g离心12分钟)，然后通过反转Microcon柱子并11,000×g离心20秒洗脱样品。通过在真空下离心使样品脱水并且保存在-20℃。
将各个反应沉淀溶于9μl的0.1M碳酸盐缓冲液(0.1M碳酸钠和碳酸氢钠，pH＝8.5-9)，并且取其4.5μl放入两个微离心试管。每个染料加入4.5μl(在DMSO中)并在黑暗中孵育所述混合物1小时。加入4.5μl的4M羟胺并再次在黑暗中孵育15分钟。
与用于产生探针的方法无关，利用Qiagen PCR提纯试剂盒(Qiagen，Valencia，加利福尼亚，美国)纯化该探针，并用100μl EB(试剂盒提供)洗脱。将样品加载到Microcon YM-30(Millipore，Bedford，马萨诸塞，美国)离心柱并浓缩至体积为4-5μl。
利用来自Agilent Technologies(Palo Alto，CA)的荧光线性扩增试剂盒(cat.No.G2556A)产生用于玉米微阵列的探针。
杂交和洗涤的条件
建立下列杂交和洗涤条件：
杂交条件：
标记的探针95℃加热3分钟并且在冰上冷却。然后将加温到42℃的25□L杂交缓冲液加入到该探针，通过吸管混合，得到下列终浓度：
50％甲酰胺
4×SSC
0.03％SDS
5×Denhardt′s溶液
0.1μg/ml单链鲑鱼***DNA
探针保持在42℃。杂交前，加热探针1分钟以上，加入到阵列中，然后盖上玻璃盖玻片。将载玻片置于杂交盒中(Telechem，Sunnyvale，加利福尼亚)并在42℃孵育过夜。
洗涤条件：
A.在1×SSC+0.03％SDS溶液中，室温下洗涤载玻片5分钟，
B.在0.2×SSC中，室温下洗涤载玻片5分钟，
C.在0.05×SSC中，室温下洗涤载玻片5分钟。
A、B和C后，800×g离心载玻片2分钟来干燥。然后对其扫描。
根据来自Agilent Technologies(Palo Alto，CA)荧光线性扩增试剂盒(cat.No.G2556A)中含有的说明书使玉米微阵列杂交。
载玻片的扫描
利用ScanArray 3000或5000(General Scanning，Watertown，马萨诸塞，美国)扫描芯片。在543和633nm，以10μm分辨率扫描芯片来测量与芯片杂交的样品中掺入的2种荧光染料的强度。
数据提取和分析
通过扫描载玻片产生的图像由2个16-bit TIFF图像组成，其表示2个样品在各个排列点的荧光发射。然后利用数据提取软件ImageneTM(Biodiscovery，洛杉矶，加利福尼亚，美国)定量和处理图像进行表达分析。随后利用分析程序GenespringTM(Silicon Genetics，San Carlos，加利福尼亚，美国)分析Imagene的输出量。在Genespring中，利用来源于Imagene输出量的中间像素强度测定值输入数据。减去背景，均在Genespring中进行比值计算和标准化。通过将数据断为32个组获得标准化，每组表示微阵列上32针打点区域之一。各组由360至550个点组成。通过设置比率中值为1并且将比值乘以合适的系数来分别使各组标准化。
结果
MA diff表(表10)提供了mRNAs差异表达实验的结果，如由其相应的cDNA ID号所报告的，与对照样品相比，其在特定类的条件下被差异转录。这些cDNA ID号相应于在参考和序列表中使用的cDNA ID号。用加号(+)表示相对于对照，实验植株中mRNA丰度水平的增加。同样用减号(-)表示相对于对照，实验植株中mRNA丰度水平的减少。
根据由术语″Expt Rep ID：″然后是″短名″表示的各类实验条件的克隆号来组织表格。表9将各个Expt Rep ID与实验和参数的简短说明连接起来。在此，实验的数目在本发明中的合适的用途/功能部分中引用。
在特定实验中显示差异表达的序列(在表格中由″+″或″-″表示)显示在植物功能中的用途，并且如下详细描述这些功能/用途，其中各部分的标题(即″用途部分″)与表9中具体的差异表达实验相关。
影响器官的基因、基因组分、产物(包括差异和功能)
根基因
根的经济价值不仅体现在收获的不定根或块茎，而且体现在根聚集养分以支持整株植物的生长并且增加其营养物质、种子、果实等的能力。根具有4种主要功能。首先，它们将植物固定在土壤中。其次，它们帮助和调节植物、土壤和土壤动物区系之间的分子信号和分子运输。第三，根为植物提供获自土壤或生长培养基的养分。第四，它们调节了局部土壤的化学和物理特性。
与在植物的大多数其它器官相比，根基因在根中是活化的或可能活化至更大的程度。这些基因和基因产物可调节许多植物性状，产生胁迫耐受性。根基因可用于调节根的生长和发育。
序列在根中的差异表达
测量植物的根相与地上部分中mRNA产物在的相对水平。具体地，从拟南芥植株的根和根尖分离mRNA，并且利用微阵列方法与从该植物的地上部分分离的mRNA进行比较。结果显示在表10中。
繁殖基因、基因组分和产物
繁殖基因定义为能够调节从开花时间和花序发育到受精以及最后种子和果实发育的有性生殖的任何方面的基因或基因组分。这些基因具有很大的经济效益以及生物重要性。每年水果和蔬菜产业总额超过$10亿USD。每年价值为大约$150亿USD的种子市场更为有利可图。
花序和花的发育基因、基因组分和产物
在繁殖生长期间，植物进入达到受精顶点、然后是产生种子的花发育程序。接着可能衰老，也可能不衰老。花形成是植物有性繁殖的先决条件，因此对于不能无性繁殖的植物繁殖以及形成种子和果实是必不可少的。单纯的植物营养生长转换为花形成的时刻是一个至关重要的时刻，例如在农业、园艺和植物育种中。同样，例如在各种有用植物(番茄、黄瓜、绿皮西葫芦、棉花等)的情况下，花数目增加可能导致产量增加的情况下，或在种植观赏植物和插瓶花的情况下，花的数目经常也具有经济学的重要性。
有花植物显示出2类花序构造中的1种：不确定的，其中花序无限生长；或确定的，其中产生顶生花。有花植物的成熟器官从称为分生组织的干细胞群发育而来。分生组织的同一性是从结构推断的，它产生：营养分生组织，其产生根和叶片，花序分生组织，其产生花分生组织以及花分生组织，其产生花器官，例如萼片和花瓣。不仅分生组织能够产生不同同一性的新的分生组织，而且它们自己的同一性可在发育期间改变。例如，在成花诱导时，营养枝条分生组织可转化成为花序分生组织，并且在一些物种中花序分生组织本身可最终变成花分生组织。尽管在植物发育中分生组织的转换很重要，但对于其中的机制几乎一无所知。
萌发后，枝条分生组织在其侧面上产生一系列叶片分生组织。然而，一旦已经发生成花诱导，枝条分生组织转入花分生组织的产生。花分生组织产生花器官原基，其分别发育成为萼片、花瓣、雄蕊或心皮。因此，可认为花形成是一系列有差别的发育步骤，即成花诱导、花原基的形成和花器官的产生。已经在许多物种中分离了中断每一步骤的突变，表明遗传分级结构指导开花过程(参见综述，Weigel和Meyerowitz，In Molecular Basisof Morphogenesis(ed.M.Bernfield).51st Annual Symposium of theSociety for Developmental Biology，第93-107页，纽约，1993)。
许多繁殖基因和基因产物的表达是由植物的内部程序或周围环境编管的。这些基因可用于调节例如果实和种子产量的性状。
种子和果实发育基因、基因组分和产物
胚珠是有花植物的初级雌性有性生殖器官。在成熟期，它包含***和含有由2个珠被包裹的2个极核的一个大的中央细胞，受精后其分别发育成为成熟种子的胚、胚乳和种皮。如胚珠发育成为种子，子房成熟为果实或长角果。因而，种子和果实发育需要许多多核苷酸编管的转录，其中一些是无所不在的，其它是胚特异的，且还有其它的仅在胚乳、种皮或果实中表达。这种基因被定义为果实发育应答基因并且可用于调节种子和果实的生长发育，例如种子大小、种子产量、种子化学组成和种子休眠。
长角果、花序和花中序列的差异表达
测量长角果中相对于植物总体上mRNA产物的相对水平。结果显示在表10中。
杂种种子发育中序列的差异表达
测量种子中相对于叶片和花轴中mRNA产物的水平。结果显示在表10中。
发育基因、基因组分和产物
吸胀作用和萌发应答基因、基因组分和产物
种子是全球饮食的重要组成成分。仅仅谷粒，其包括90％的全部栽培种子，提供了全球人均能量摄取的一半。开花植物中用于种子繁殖的初级器官***是胚珠。在成熟期，胚珠由单倍的雌配子体或由包括细胞核和珠被的几层母体组织围绕的胚囊组成。胚囊一般包含7个细胞，包括***、2个助细胞、包含2个极核的大中央细胞和3个反足细胞。授粉导致卵和中央细胞的受精。受精卵发育成为胚。受精的中央细胞发育成为胚乳。珠被成熟为种皮。如胚珠发育成为种子，子房成熟为果实或长角果。在发育后期，发育的种子结束广泛的生物合成和细胞活动时期而开始干燥以完成其发育并进入休眠的代谢静止状态。种子休眠一般在农作物中是不期望的特性，因为农作物需要快速萌发和生长。然而，一定程度的休眠，至少在种子发育期间是有益的。这对禾谷类作物来说是特别需要的，因为它防止谷粒还在亲本植株的穗上的时候就萌发(采收前的萌发)，这种现象将导致农业的较大损失。农作物的广泛驯化和育种已经在表面上降低了存在于其野生祖先种子中的休眠机制的水平，尽管在一些不利的环境条件下，可能重新出现休眠。相反，杂草种子经常伴随有固有的休眠机制而成熟，这容许一些种子在完成萌发前在土壤中存在多年。
萌发从吸胀作用、干燥种子摄取水以及休眠的胚和胚乳的活化开始。结果是强代谢活力的爆发。在细胞水平，将基因组从非活性状态转化为强烈的转录活性状态。储存的脂类、碳水化合物和蛋白质发生分解代谢为幼苗的生长发育提供燃料。DNA和细胞器被修复、复制并开始发挥作用。细胞扩大并且启动细胞***。枝条和根顶端分生组织被活化并开始生长和器官发生。简图4概括了在吸胀作用期间发生的一些新陈代谢和细胞代谢过程。当一部分胚、胚根延伸穿透包裹其的结构时，萌发完成。在拟南芥中，在吸胀作用二十四(24)小时之后发生种子萌发。因而，萌发需要众多的多核苷酸的快速和安排的转录。萌发后胚轴扩展并且子叶打开。分生组织的发育继续促进根的生长和枝条的生长，其后是早期的叶片形成。
吸胀作用和萌发基因
吸胀作用和萌发包括从休眠的干燥种子摄取水开始到枝条和根的扩展和伸长终止的事件。萌发周期存在于吸胀作用到部分胚、通常是胚根延伸穿透包裹其的种皮。吸胀作用和萌发基因定义为能够调节如上所述的吸胀作用和萌发的一个或多个过程的基因、基因组分和产物。它们对调节从早期的萌发势到产生胁迫耐受性的许多植物性状有用。
萌发的种子和吸胀胚中序列的差异表达
测量种子相对于整个植物中mRNA产物的水平。结果显示在表10中。
激素应答基因、基因组分和产物
脱落酸应答基因、基因组分和产物
植物激素是天然存在的以极小的量生效的物质，其在植物中作为刺激或抑制生长，或调节发育过程的信号而发挥作用。脱落酸(ABA)是在维管植物中无所不在的激素，已经在从根到顶芽的所有主要器官或活组织中发现。受ABA影响的主要生理应答是休眠、气孔的闭合胁迫、水分吸收、脱落和衰老。与主要的生长促进剂相反，生长素、细胞***素和赤霉素是ABA主要作为生长和代谢过程的抑制剂起作用。
内部或与植物接触的周围环境中ABA浓度的变化产生对许多基因和基因产物的调节。这些基因和/或产物决定着对例如植物萌发势和种子产量的性状的影响。
当ABA应答的多核苷酸和基因产物可单独起作用的时候，这些多核苷酸的组合也影响生长和发育。有用的组合包括具有相似的转录图谱或相似生物活性的不同ABA应答多核苷酸和/或基因产物以及相同或相似生化途径的成员。全部途径或部分途径由转录因子蛋白和控制信号转导通路活性的蛋白质控制。因此，这种蛋白水平的控制可特别用于改变植物的表现型和生化活性。此外，ABA应答的多核苷酸和/或基因产物与另一种环境应答多核苷酸的组合也是有用的，因为在激素-调节途径、胁迫和防御诱导通路、营养通路和发育之间存在着相互作用。
ABA处理的植物中序列的差异表达
测量用ABA处理的植物相对于用水处理的对照中mRNA产物的相对水平。结果显示在表10中。
油菜素类固醇应答基因、基因组分和产物
植物激素是天然存在的以极小的量生效的物质，其在植物中作为刺激或抑制生长，或调节发育过程的信号而发挥作用。油菜素类固醇(BRs)是最近发现的、研究得最少的植物激素种类。受BRs影响的主要生理反应是幼小组织通过细胞伸长和可能的细胞***的纵向生长。因此，BR代谢感受和活性中的中断经常导致形成矮化表现型。此外，因为BRs来源于甾醇代谢途径，任何对甾醇通路的干扰可能影响BR通路。同样地，BR通路中的干扰可能对甾醇通路的后面部分和由此的膜的甾醇化学组成有影响。
周围环境中或与植物接触的BR浓度的变化导致形成对许多基因和基因产物的调节。这些基因和/或产物决定着对例如植物生物质和种子产量的性状的影响。通过设计用来找出随着将BRs应用于植物而mRNA丰度有变化的基因的实验，从更大集合的基因中来发现和表征这些基因。
当BR应答的多核苷酸和基因产物可单独起作用的时候，这些多核苷酸的组合也影响生长和发育。有用的组合包括具有相似的转录图谱或相似生物活性的不同BR应答多核苷酸和/或基因产物以及相同或功能相关的生化途径的成员。全部途径或部分途径由转录因子蛋白和控制信号转导通路活性的蛋白质控制。因此，这种蛋白水平的控制可特别用于改变植物的表现型和生化活性。此外，BR应答的多核苷酸和/或基因产物与另一种环境应答多核苷酸的组合也是有用的，因为在激素-调节途径、胁迫通路、营养通路和发育之间存在着相互作用。在这里，除具有相似转录图谱和/或生物活性的多核苷酸之外，有用的组合包括可能具有不同转录图谱但参与共同或重叠通路的多核苷酸。
表油菜素内酯或Brassinozole植物中序列的差异表达
测量用表油菜素内酯或brassinozole处理的植物中mRNA产物的相对水平。结果显示在表10中。
代谢影响基因、基因组分和产物
氮应答基因、基因组分和产物
氮通常是植物生长中的速率限制元件，并且所有的大田作物对外源的氮源都具有基本的依赖性。通常供给的氮肥是硝酸铵、硝酸钾或尿素，其一般占农作物，例如集约农业中玉米和小麦相关成本的40％。植物使用氮的效率的增加应该是使用现有的肥料供给能够产生更高的产量和/或为了获得现有的农作物产量能够使用更低的肥料供给，或在贫瘠的土地上获得更多的产量。农作物中更高量的蛋白质也可产生更大的成本效益。″氮应答的″基因和基因产物可用于改变或调节植物的生长和发育。
完整幼苗、枝条和根中序列的差异表达
与对照相比，用高或低氮培养基处理的完整幼苗、枝条和根中mRNA产物的相对水平。结果显示在表10中。
成活力基因、基因组分和产物
植物包含许多蛋白质和通路，当其被阻断或诱导时，导致细胞、器官或完整植株的死亡。改变这些通路的基因变体可能对植物存活、萌发势和特性具有深远的影响。关键的通路包括涉及代谢和发育，或抵御胁迫、疾病和害虫的通路。它们也包括涉及细胞程序性死亡和坏死的通路。可调节成活力基因来影响细胞或植物的死亡。
根据定义，除草剂是导致组织、器官和完整植株死亡的化学制品。由除草剂活化或灭活的基因和通路包括导致细胞死亡以及提供保护功能的基因和通路。
除草剂处理的植物和除草剂抗性突变株中序列的差异表达
与对照植物比较，用除草剂处理的植物和除草剂抗性突变株中mRNA产物的相对水平。结果显示在表10中。
胁迫应答基因、基因组分和产物
冷应答的基因、基因组分和产物
承受低温和冷冻的能力是农作物的地理分布和生产量的主要决定因素。甚至在被认为适于培养给定种或栽培品种的区域中，可能由于异常的冷冻温度导致产量降低和作物歉收。在一些区域中，甚至某些农作物物种的冷冻耐受性的适度增加(1-2℃)将对农业生产量产生显著的影响。开发冷冻耐受性增加的基因型将会提供更多使作物损失最小化并且减少浪费能量的作法的使用来改变小气候的更可靠方法。
突然的低温导致许多基因和基因产物的调节，包括启动子。这些基因和/或产物决定着对例如植物萌发势和种子产量的性状的影响。
控制一个或多个冷应答的基因活性对调节生长和发育有用。
冷处理的植物中序列的差异表达
将冷处理植物中，mRNA产物的相对水平与对照植物相比较。结果显示在表10中。
热应答基因、基因组分和产物
承受高温的能力是农作物的地理分布和生产量的主要决定因素。即使是在被认为适于培养给定种或栽培品种的区域中，产量降低和作物歉收经常是因为异常的高温条件的结果。仅仅农作物物种的耐热性的适度增加将对农业生产量具有显著的影响。开发耐热性增加的基因型将会提供更多使作物损失最小化，并且减少浪费能量的作法的使用来改变小气候的更可靠方法。
周围环境或植物小气候中的温度变化导致形成对许多基因和基因产物的调节。
热处理的植物中序列的差异表达
将热处理植物中mRNA产物的相对水平与对照植物相比较。结果显示在表10中。
干旱应答基因、基因组分和产物
承受干旱条件的能力是农作物的地理分布和生产量的主要决定因素。即使是在被认为适于培养给定种或栽培品种的区域中，产量降低和作物歉收经常是因为异常的干旱条件的结果。仅仅农作物物种的干旱耐受性的适度增加将对农业生产量具有显著的影响。开发干旱耐受性增加的基因型将会提供更多使作物损失最小化并且减少浪费能量的作法的使用来改变小气候的更可靠方法。
周围环境中或植物内的干旱条件导致形成对许多基因和基因产物的调节。
干旱处理的植物和干旱突变株中序列的差异表达
将干旱处理植物和干旱突变株中mRNA产物的相对水平与对照植物相比较。结果显示在表10中。
甲基茉莉酮酸酯(茉莉酮酸酯)应答的基因、基因组分和产物
茉莉酸及其衍生物，被共同称为茉莉酮酸酯，是天然存在的植物脂类衍生物。这些物质是由脂肪氧合酶-依赖的生物合成途径中的亚麻酸合成的。茉莉酮酸酯是信号分子，其已经被证明是生长调节剂以及防御和胁迫应答的调节子。因而，茉莉酮酸酯代表了植物激素的一个单独种类。茉莉酮酸酯应答基因可用于调节植物的生长和发育。
甲基茉莉酮酸酯处理的植物中序列的差异表达
将甲基茉莉酮酸酯处理的植物中mRNA产物的相对水平与对照植物相比较。结果显示在表10中。
水杨酸应答的基因、基因组分和产物
植物防御应答可分成2组：组成型的和诱导型的。水杨酸(SA)是为活化被称为***获得抗性或SAR的植物诱导防御体系所必需的信号分子。这种应答是通过在暴露于无致病力的病原体之前触发的，其是持久的，且提供对广谱病原体的防护。另一个诱导防御体系是过敏反应(HR)。HR更快速，其在病原体(无毒病原体)进入的位点发生并且先于SAR。SA也是这些防御通路的关键信号分子。
水杨酸处理的植物中序列的差异表达
将水杨酸处理植物中mRNA产物的相对水平与对照植物相比较。结果显示在表10中。
渗透胁迫应答基因、基因组分和产物
承受并且从渗透和盐相关胁迫恢复的能力是农作物的地理分布和生产量的主要决定因素。渗透胁迫是由盐碱土和水分不足导致的胁迫的主要组成。即使是在被认为适于培养给定种或栽培品种的区域中，产量降低和作物歉收经常是异常的或暂时的环境胁迫条件的结果。仅仅农作物物种的耐渗透和耐盐度的适度增加将对农业生产量具有显著的影响。开发渗透耐受性增加的基因型将会提供更多使作物损失最小化并且减少浪费能量的作法的使用来改变土壤环境的更可靠方法。因此，渗透胁迫应答基因可用于调节植物的生长和发育。
PEG处理的植物中序列的差异表达
将PEG处理的植物中mRNA产物的相对水平与对照植物相比较。结果显示在表10中。
遮光应答基因、基因组分和产物
植物感受其环境中红(R)：远红外(FR)光的比率并且对具体的比率产生不同的应答。例如低R：FR比率，增加细胞伸长并且有利于开花而不是叶片产生。模拟R：FR比率的改变，导致植物中的遮光应答效应。在农作物田地的遮篷结构中植物对遮光的应答显著地影响了作物产量。因此，控制调节避免遮光应答的基因可提高作物产量。当植物光敏素介导避免遮光应答时，参与这个通路的下游因子很多是未知的。一个可能的下游参与者ATHB-2，其是转录因子HD-Zip类的成员，并且对R：FR比率变化显示强烈和快速的反应。ATHB-2过表达体具有稀疏的根群，更小和更少的叶片以及更长的下胚轴和叶柄。这种伸长产生自更长的表皮和皮层细胞以及次生维管组织的减少，同样的，生长在模拟遮篷遮光条件下的野生型幼苗中观察到这种变化。另一方面，ATHB-2表达减少的植物具有浓密的根群和许多大的叶片以及较短的下胚轴和叶柄。在此，下胚轴的变化是由于较短的表皮和皮层细胞以及维管组织增殖的增加。有趣地是，施用生长素能够逆转高ATHB-2水平的根表现型结果，恢复野生型表现型。因此，假设ATHB-2受到植物光敏色素的紧密调节，这些数据表明ATHB-2可能在避免遮光应答通路中连接生长素和植物光敏色素通路。
遮光应答的基因可用于调节植物的生长和发育。
远红光处理的植物中序列的差异表达
将远红光处理的植物中mRNA产物的相对水平与对照植物相比较。结果显示在表10中。
成活力基因、基因组分和产物
植物包含许多蛋白质和通路，当其被阻断或诱导时，导致细胞、器官或完整植株的死亡。改变这些通路的基因变体可能对植物存活、萌发势和特性具有深远的影响。关键的通路包括涉及代谢和发育，或抵御胁迫、疾病和害虫的通路。它们也包括涉及细胞程序性死亡和坏死的通路。通过发现当被失活时导致细胞或植物死亡的基因，本申请人已经阐明了许多这样的基因和通路。
根据定义，除草剂是导致组织、器官和完整植株死亡的化学制品。由除草剂活化或灭活的基因和通路包括导致细胞死亡以及提供保护功能的基因和通路。本申请人已经阐明了这些基因。
本节中定义的基因具有许多用途，包括控制哪些细胞、组织和器官被选择性地杀死，哪些被保护、产生耐除草剂的植物、发现新的除草剂和产生耐各种胁迫的植物。
也通过设计用来找出随着将不同的除草剂应用于植物，mRNA产物有变化的基因的实验从更大集合的基因来鉴定成活力基因。无论在生物体或细胞内部或外部，根据起伏的除草剂水平或浓度特异地差异转录成活力基因。Ma_diff表报告了各种成活力基因转录物水平的变化。
早期幼苗-阶段特异的应答基因、基因组分和产物
植物生活周期的一个更活化阶段是完成萌发的几天以后，也称为早期幼苗阶段。在这期间，植物开始发育和生长第一个叶片、根和其他在胚中未发现的器官。一般地，当萌发结束时开始这个阶段。通常萌发已经完成的第一个符号是胚根长度和鲜重的增加。这种基因和基因产物可调节大量植物性状以调节产量。例如，这些基因在发育和迅速生长的细胞、组织和器官中活化或潜在地活化到更大的程度，如通过播种后3或4天的幼苗的发育和生长来举例说明。
快速、有效的建立幼苗在商业性农业和园艺中是非常重要的。在枝条和根之间近似地分配资源，促进适应性的生长，也是重要的。需要建立向光性和向地性。所有这些需要持续萌发后的加工以保证产生健壮的幼苗。早期幼苗阶段的基因、基因组分和产物对操纵这些和其他加工有用。
保卫细胞基因、基因组分和产物
散布遍及芽表皮的是称为气孔的细小孔隙。每个气孔(stomal pore)由2个保卫细胞围绕。保卫细胞控制气孔的大小，这很重要，因为气孔控制植物内部和外部大气之间二氧化碳、氧和水蒸气的交换。通过主要由保卫细胞的质膜和液泡膜发生的离子流所驱动的膨胀变化来启闭气孔。已知保卫细胞对许多外界刺激作出反应，例如光照强度、二氧化碳和水蒸气的变化。保卫细胞也可感觉和快速地对内部刺激作出反应，包括ABA、生长素和钙离子流量变化。
因此，在保卫细胞中差异转录和/或翻译的基因、基因产物及其片段可用于调节例如ABA应答、干旱耐受性、呼吸作用、水势以及水的管理。所有的这些可反过来影响植物的产量，包括种子产量、收获指数、果实产量等等。
为了鉴定这样的保卫细胞基因、基因产物及其片段，申请人进行微阵列实验来比较保卫细胞相对于叶片中这些基因的转录物水平。实验数据显示如下。
一氧化氮应答基因、基因组分和产物
植物生长和产量中的速率限制元件经常是其耐受亚适条件或胁迫状态的能力，包括病原体侵袭状况、创伤以及各种其它因素的存在。为了抗击这样的状态，植物细胞展开一组可诱导的防御应答，包括一氧化氮(NO)、活性氧中间体(ROS)和水杨酸(SA)之间的协同相互作用。已经显示NO在动物的先天免疫和炎症性应答的活化中发挥重要作用。至少部分的这种哺乳动物信号通路存在于植物中，其中已知NO加强过敏反应(HR)。此外，NO在植物光形态发生中是刺激分子。
内部或周围环境中或与植物的接触中，一氧化氮浓度的变化导致形成对许多基因和基因产物的调节。
此外，一氧化氮应答的多核苷酸和/或基因产物与其它的环境应答的多核苷酸的组合也是有用的，因为在激素-调节途径、胁迫通路、病原体刺激通路、营养通路和发育之间存在相互作用。
一氧化氮应答的基因和基因产物的功能可以根据一氧化氮浓度的变化或缺少一氧化氮起伏时增加或衰减上述表现型或活性。更具体地说，这些基因和基因产物可能在生物体中调节胁迫应答。在植物中，这些基因和基因产物具有在胁迫状态下调节产量的用途。产量的测量值包括种子产量、种子大小、果实产量、果实大小等等。
苗顶分生组织基因、基因组分和产物
新的器官、茎、叶片、枝条和花序由苗顶分生组织(SAM)发育而来。因此植物的生长结构和构造取决于SAM的性能。苗顶分生组织(SAM)包括许多位于芽尖的形态上未分化的***细胞组成。在此阐明的SAM基因能够改变SAM的活性，因此为了应答植物密度而改变具有经济利益的许多性状，从观赏植物的叶形至器官数目。
此外，SAM的关键特征是其自我更新的能力。因此，本发明的SAM基因可用于调节SAM结构和/或功能的一种或多种方法，包括(I)细胞大小和***；(II)细胞分化和器官原基。本发明的基因和基因组分可广泛地用于调节这些细胞***过程的任何一项或全部，例如时机和速率。此外，本发明的多核苷酸和多肽可控制这些过程对例如与胚胎发生和激素应答相关的植物内部程序的反应。
因为SAM决定了植物的构造，改变的植物可用于许多农业、园艺、林业和其他工业部门。具有不同形状、数目的花、种子以及果实的植物将具有改变产量的植物部分。例如，具有更多枝条的植物可产生更多的花、种子或果实。没有侧枝的树可产生更长长度的无节疤木材。具有更大产量的特定植物部分的植物可能是组成化学制品的有用来源。
本发明如上所述，对本领域的普通技术人员而言，为了实施本发明，可以对材料和方法进行各种改变是显而易见的。此改变被认为包括在下列权利要求所定义的本发明的范围之内。
这里引用的本申请中的每篇专利和期刊文献以其整体引入作为参考。
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            表1-参考表
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            表1-参考表
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            表1-参考表Max Len.Seq.：rel to：Clone IDs：
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                                   表3
28 |    29 |    30 |    31 |    32  |    33 |    34 |    35 |    36 |    37 |    38 |    39 |    40 |
2 |     2 |     2 |     2 |     2  |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |
1 |     2 |     2 |     1 |     2  |     1 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     1 |
v|      ek|     ga|     e|      tp|      t|      sa|     sg|     mg|     yi|     sa|     ak|     g|
41 |    42 |    43 |    44 |    45  |    46 |    47 |    48 |    49 |    50 |    51 |    52 |    53 |
2 |     2 |     2 |     2 |     2  |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |
2 |     2 |     2 |     2 |     3  |     2 |     3 |     1 |     1 |     2 |     1 |     2 |     1 |
kn|     er|     yv|     ml|     eds|     ta|     emg|    w |     t|      nd|     e|      kr|     h|
54  |   55 |    56 |    57  |   58 |     59 |    60 |    61 |    62 |    63 |    64 |    65 |    66 |
2  |    2 |     2 |     2  |    2 |      2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |
3  |    2 |     1 |     2  |    2 |      1 |     1 |     1 |     1 |     1 |     1 |     1 |     2 |
smr|    ls|     y|      li|     ks|      s|      m |     e|      a|      s|      f|      v|      de|
67 |    68 |    69 |    70 |    71 |     72 |    73 |    74  |   75  |   76 |    77  |   78 |    79 |
2 |     2 |     2 |     2 |     2 |      2 |     2 |     2  |    2  |    2 |     2  |    2 |     2 |
1 |     1 |     1 |     1 |     2 |      1 |     1 |     3  |    3  |    2 |     3  |    2 |     2 |
q|      l|      y|      n|      sh|      t|      g|      ans|    lhr|    gp|     khr|    nd|     ea|
80 |    81 |    82 |    83 |    84 |     85 |    86 |    87 |    88 |    89 |    90 |    91 |    92 |
2 |     2 |     2 |     2 |     2 |      2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |     2 |
1 |     2 |     2 |     1 |     1 |      1 |     1 |     2 |     1 |     2 |     1 |     1 |     1 |
n|      vg|     st|     e|      s|       t|      r|      fs|     g|      sa|     g|      r|      k|
                                              玉米矩阵
                                                表3
93 |     94 |     95 |     96 |     97 |      98 |      99 |      100  |     101  |    102  |     103  |    104  |     105  |
2 |      2 |      2 |      2 |      2 |       2 |       2 |       2 |        2  |      2  |       2  |      2 |        2   |
1 |      1 |      1 |      1 |      2 |       1 |       1 |       2 |        2  |      3  |       3  |      2 |        4   |
p|       s|       q|       e|       qa|       f|        k|        va|        li|       hrq|       dre|      ge|        fvyl|
106  |   107  |   108  |   109  |   110  |    111  |    112  |    113  |     114  |    115  |     116  |    117  |     118  |
2  |     2 |      2  |     2  |     2   |     2   |     2  |      2  |       2  |      2  |       2 |       2 |        2 |
3  |     2 |      3  |     3  |     4   |     4   |     4  |      4  |       3  |      4  |       2 |       2 |        2 |
wvc|     qe|      kys|     iem|     nekr|     vytl|     kedp|     qkar|      ptd|      esvd|      ha|       rp|        iv|
119  |   120  |   121  |   122  |   123  |    124  |    125  |    126  |     127  |    128  |     129  |    130  |     131  |
2 |      2 |      2 |      2 |      2 |       2 |       2  |      2  |       2 |       2  |       2 |       2 |        2  |
1 |      1 |      1 |      2 |      2 |       2 |       3  |      3  |       2 |       4  |       2 |       2 |        3  |
n|       g|       r|       hr|      gs|       ga|       nak|      skc|       hc|       ecgd|      fv|       lp|        rae|
132  |   133  |   134  |   135  |   136  |    137  |    138  |    139  |     140  |    141  |     142  |    143  |     144  |
2 |      2 |      2 |      2  |     2  |      2 |       2 |       2 |        2 |       2 |        2 |       2 |        2  |
2 |      1 |      1 |      3  |     3  |      2 |       2 |       2 |        1 |       2 |        2 |       2 |        3  |
sn|      p|       w |      imv|     krq|      hr|       yf|       kr|        p|        lr|        vd|       kc|        lgr|
145  |   146  |   147  |   148  |   149  |   150  |     151  |    152  |     153  |    154  |     155  |    156  |     157  |
2 |      2  |     2  |     2  |     2  |     2 |        2  |      2  |       2 |       2  |       2  |      2  |       2  |
3 |      3  |     3  |     3  |     3  |     1 |        3  |      4  |       2 |       3  |       4  |      3  |       3  |
qsg|     inv|     pah|     vqh|     tsg|     d |        eag|      pvgm|      en|       nav|       qsae|     vrp|       vgl|
                                                  玉米矩阵
                                           表3
158  |    159  |    160  |    161  |    162  |    163  |    164  |    165  |    166  |    167  |    168  |    169  |    170  |
2  |      2  |      2  |      2  |      2 |       2  |      2  |      2 |       2  |      2  |      2  |      2 |       2 |
3  |      4  |      4  |      4  |      2 |       3  |      3  |      2 |       3  |      3  |      3  |      1 |       2 |
sdv|      shgd|     selg|     nsgy|     gd|       kts|      kqv|      ga|       isd|      crl|      ske|      s|        gp|
171  |    172  |    173  |    174  |    175  |    176  |    177  |    178  |    179  |    180  |    181  |    182  |    183  |
2 |       2  |      2  |      2  |      2  |      2 |       2  |      2 |       2 |       2 |       2 |       2  |      2  |
2 |       4  |      3  |      4  |      3  |      2 |       3  |      2 |       2 |       2 |       1 |       3  |      3  |
st|       aved|     sat|      shna|     lgr|      kr|       qes|      lr|       sg|       sa|       h|        scg|      rkp|
184  |    185  |    186  |    187  |    188  |    189  |    190  |    191  |    192  |    193  |    194  |    195  |    196  |
2  |      2  |      2  |      2 |       2 |       2  |      2  |      2  |      2 |       2  |      2 |       2 |       2 |
3  |      4  |      3  |      2 |       2 |       3  |      3  |      3  |      2 |       3  |      1 |       1 |       2 |
dge|      herp|     dpr|      qk|       il|       sla|      vhk|      gea|      es|       atr|      e|        v|        st|
197  |    198  |    199  |    200  |    201  |    202  |    203  |    204  |    205  |    206  |    207  |    208  |    209  |
2 |       2 |       2 |       2 |       2  |      2  |      2 |       2 |       2 |       2  |      2  |      2 |       2 |
1 |       1 |       1 |       1 |       3  |      3  |      2 |       2 |       2 |       3  |      3  |      2 |       2 |
d|        q|        n|        f|        vap|      nde|      ed|       ge|       ia|       keq|      gas|      es|       nt|
210  |    211  |    212  |    213  |    214  |    215  |    216  |    217  |    218  |    219  |    220  |    221  |    222  |
2 |       2 |       2  |      2 |       2  |      2  |      2 |       2  |      2 |       2 |       2 |       2 |       2 |
2 |       2 |       3  |      1 |       3  |      4  |      1 |       3  |      2 |       2 |       2 |       1 |       2 |
ge|       sa|       smc|      k|        kar|      mcyq|     k|        tks|      vr|       mr|       ml|       s|        er|
223  |
2  |
3  |
sat|                                                            玉米矩阵
                                            表4
21 |     22 |      23  |     24   | 25   |    26   |  27  |    28  |   29  |   30   |  31 |   32  |   33  |   34 |
2 |      2 |       2  |      2   |  2   |     2   |   2  |     2  |    2  |    2   |   2 |    2  |    2  |    2 |
2 |      2 |       3  |      5   |  4   |     5   |   3  |     3  |    3  |    5   |   2 |    3  |    3  |    2 |
se|      st|       dst|      dgsel| astl|     sqtyn|  sfg|     vly|    egd|    geqsh|  eg|    tae|    tlv|    sa|
61 |     62 |      63 |      64 |   65 |      66   |  67 |     68 |    69 |    70  |   71 |   72  |   73  |   74 |
2 |      2 |       2 |       2 |    2 |       2   |   2 |      2 |     2 |     2  |    2 |    2  |    2  |    2 |
1 |      2 |       1 |       1 |    1 |       5   |   1 |      2 |     2 |     3  |    2 |    3  |    4  |    2 |
e|       as|       s|        f|     v |       dnser|  q|       ls|     yh|     nde|    sh|    lsm|    gnds|   al|
121  |   122  |    123  |    124    125       126 |   127      128     129     130   | 131  | 132 |   133 |   134 |
2   |    2  |      2  |      2    | 2 |       2 |     2    |   2     | 2     | 2    |  2   |  2  |    2 |     2 |
4   |    4  |      3  |      6    | 6 |       2 |     6    |   7     | 6     | 5    |  5   |  3  |    2 |     2 |
rskt|    hsrk|     gia|      granke|ngrkqe|   sc|     hdcrat|  edgrva| flvise| lqptf|  rsaet| sdn|    pe|     wf|
181  |   182  |    183  |    184    185  |    186     187  |   188     189     190     191  | 192 |   193   | 194 |
2  |     2   |     2   |     2    | 2   |     2    |  2   |    2    |  2    |  2     | 2   |  2  |    2    |  2 |
4  |     5   |     4   |     6    | 5   |     6    |  4   |    6    |  6    |  7     | 5   |  4  |    5    |  1 |
hnse|    sgryp|    rlvp|     dyecsp hrdep|    drpkqs| qdke|    ismlyt| svliak| vlghyck gseda| ensd|   aeitr|  e|
                                                            矩阵_e17
                                                表4
35   |  36  |   37  |   38   | 39   | 40      41      42    |  43      44    | 45     46   |  47  |  48 |
2   |   2  |    2  |    2   |  2   |  2    |  2     | 2    |   2     | 2    |  2    | 2   |   2  |   2 |
4   |   4  |    4  |    5   |  6   |  7    |  7     | 6    |   7     | 6    |  7    | 5   |   4  |   1 |
srqt|   mlqs|   yedm|   sfgka| aeqpsd gevrmk  kntliqe edagtl|  ydptsik mktlse| epsaqritapsg|  egqa|  w |
75 |    76 |    77   |  78   | 79     80      81    | 82    |  83   |  84   |  85   | 86    | 87     88
2 |     2 |     2   |   2   |  2      2    |  2    |  2    |   2   |   2   |   2   |  2    |  2      2     |
2 |     2 |     5   |   6   |  9      7    |  6    |  6    |   6   |   5   |   5   |  6    |  9      7     |
lq|     gs|     ksryg|  nkqesg ednwmg ntksaec vptckr| sgptkl|  epnysk  shdrl|  trspm| rqhapk| fkdtnengdatvq|
135 |   136  |  137 |   138 |  139  | 140 |   141     142      143  |  144     145    146     147    148
2  |    2   |   2 |     2  |   2   |  2 |     2    |  2     |  2   |   2    |  2     |2       2 |    2
4  |    4   |   2 |     3  |   4   |  3 |     6    |  7     |  4   |   6    |  7     |9       6 |    8
imvr|   krqf|   hr|     yfr|   knrt|  psn|    lsrega| vprdsgi  krcv|   tsgqah| qlsrahnitdnspn pdaisr|vgqarli
195  |  196 |   197 |   198 |  199 |  200 |   201     202 |    203 |
2 |     2  |    2 |     2 |    2 |    2 |     2    |  2  |     2 |
3 |     3  |    2 |     1 |    1 |    1 |     6    |  3  |     2 |
vma|    stm|    dg|     q|     n|     f |     vmaipr| nde|     ed|
                                                  矩阵_e17
                                               表4
49 |   50 |    51 |   52 |      53 |    54  | 55  |   56 |    57  |   58  |   59 |   60  |
2 |    2 |     2 |    2 |       2 |     2  |  2  |    2 |     2  |    2  |    2 |    2  |
1 |    2 |     1 |    2 |       1 |     4  |  3  |    1 |     2  |    4  |    2 |    3  |
t|     nd|     e|     kr|       h|      smrn| lms|    y|      li|     knsd|   sy|    mil|
89   | 90  |   91     92   |    93    | 94|   95  |   96  |   97  |   98  |   99  |  100 |   101  | 102  |
2   |  2  |    2     |2   |     2    |  2 |   2  |    2  |    2  |    2  |    2  |   2 |     2   |  2   |
5   |  4  |    7     |5   |     5    |  2 |   4  |    4  |    3  |    2  |    2  |   2 |     4   |  4   |
sdcnh| gnca|   rgtipnskcarh|    pitsk|  sp|   qesa|   egad|   qge|    fy|     kt|    va|     lhfi|  hrkq|
149    150 |   151    152   |   153 |   154   155  |  156  |  157  |  158  |  159    160  |  161    162 |
2      2  |    2      2   |     2  |    2   | 2   |   2   |   2   |   2   |   2     |2   |   2    | 2  |
8      4  |    8      5   |     3  |    6   | 5   |   5   |   4   |   4   |   7     |5   |   7    | 4  |
tslvqngdspe|   efasgccplvga|    eqn|    neaqgyqnsat|  varmt|  vagt|   sdtl|   sthgvarselkv|  nksgfpcgdsn|
                                           矩阵_e17
                                                表4
103  |   104 |  105    106 |107  |  108 | 109 |   110  | 111   |112   113     114    115   116
2   |    2 |    2     |2 |  2   |   2  |  2  |    2   |  2    | 2    |2 |     2    | 2   | 2     |
5   |    2 |    7     |2 |  4   |   4  |  4  |    5   |  5    | 7    |4 |     6    | 6   | 7     |
dgren|   ge|    fsvcyn|wc|  qekt|   kygs| imkv|   neskr| vcyfi| krvempqrky|   patved|esnkmdhyapts|
163      164    165    166  167     168   169  |  170  | 171  | 172   173     174   |175  |176  |
2    |   2     |2   |  2    2     | 2    |2   |   2   |  2   |  2    |2     | 2    | 2   | 2   |
6    |   7     |6   |  8    6     | 7    |5   |   5   |  5   |  7    |6     | 5    | 4   | 4   |
kitqsd|  kvqrihsgakvepivsgdmcrsvli| sckpedsgcfd|  gpaks| sdtay| asvgeitsthaqe|snftg| lrst| kqld|
                                              矩阵_e17
                                      表4
117  |   118    119 |  120 |
2   |    2     |2  |   2  |
5   |    7     |3  |   4  |
rpqdk|   ilvtamdnsp|   gkvs|
177  |   178 |  179 |  180 |
2   |    2 |    2  |   2  |
5   |    4 |    3  |   4  |
qfhst|   lita|  scl|   swer|
           矩阵_e17
表9
差异分析的参数
  使用部分成活力   Exot Rep ID   短名   参数   值
  107881   At_除草剂_v2_cDNA_P   时间点(hr)   4
  107881   At_除草剂_v2_cDNA_P   处理   Glean vs.未处理
  107891   At_除草剂_v2_cDNA_P   时间点(hr)   12
  107891   At_除草剂_v2_cDNA_P   处理   Trimec vs.未处理
  根   108429   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测量   50
  108429   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测法   操纵子
  108429   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   组织   绿色花vs.完整植株
  根   108434   At_根_尖_cDNA_P   组织   根尖
  枝条分生组织   108435   At_stm_实变体_cDNA_P   植株系   wt Landsburg vs stm
  108435   At_stm_实变体_cDNA_P   组织   苗顶分生组织区
  再生和种子&果实发育   108437   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测量   33
  108437   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测法   操纵子
  108437   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   组织   ＜5mm长角果vs.完整植株
  再生和种子&果实发育   108438   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测量   33
  108438   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测法   操纵子
  108438   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   组织   5wk长角果vs完整植株
  根   108439   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测量   33
  108439   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   探测法   操纵子
  108439   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   组织   根(2周)vs完整植株
  吸涨&萌发   108461   At_萌发的_种子_cDNA_P   年龄   1vs.0
  108461   At_萌发的_种子_cDNA_P   组织   萌发的种子
  吸涨&萌发   108462   At_萌发的_种子_cDNA_P   年龄   2vs.0
  108462   At_萌发的_种子_cDNA_P   组织   萌发的种子
  早期幼苗阶段   108463   At_萌发的_种子_cDNA_P   年龄   3vs.0
  108463   At_萌发的_种子_cDNA_P   组织   萌发的种子
  早期幼苗阶段   108464   At_萌发的_种子_cDNA_P   年龄   4vs.0
  108464   At_萌发的_种子_cDNA_P   组织   萌发的种子
  成活力   108465   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   时间点(hr)   12
  108465   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   处理   Roundup vs.未处理
  干旱和再生   108473   At_干旱_花_cDNA_P   时间点(hr)   7d
  108473   At_干旱_花_cDNA_P   组织 花
  108473   At_干旱_花_cDNA_P   处理   干旱vs.无干旱
  枝条分生组织   108480   At_顶芽_Apices_cDNA_P   植株系   Ws-2
  108480   At_顶芽_Apices_cDNA_P   处理   1uM BR vs.来处理
表9
差异分析的参数
  枝条分生组织   108481  At_顶芽_cDNA_P   植株素   Ws-2
  108481  At_顶芽_cDNA_P   处理   1uM BRZ vs.未处理
  叶片   108488  At_50mM_NH4NO3_L-to-H_丛生_cDNA_P   时间点(hr)   2
  热   108523  Zm_42度_热_P   温度   热(42摄氏度）
  108523  Zm_42度_热_P   时间点(hr)   6
  108523  Zm_42度_热_P   组织   地上的
  吸涨&萌发   108528  Zm_吸涨的_种子_P   年龄   5vs 2
  108528  Zm_吸涨的_种子_P   组织   地上的vs.胚
  108528  Zm_吸涨的_种子_P   处理   吸胀
  吸涨&萌发   108530  Zm_吸涨的_种子_P   年龄   6vs.2
  108530  Zm_吸涨的_种子_P   组织   地上的vs.胚
  108530  Zm_吸涨的_种子_P   处理   吸胀
  吸涨&萌发、再生   108543  Zm_吸涨的_胚_胚乳_P   年龄   2
  108543  Zm_吸涨的_胚_胚乳_P   组织   胚vs.完整植株
  108543  Zm_吸涨的_胚_胚乳_P   处理   吸胀的
  吸涨&萌发   108546  Zm_吸涨的_种子_P   年龄   3vs.2
  108546  Zm_吸涨的_种子_P   组织   根vs.胚
  108546  Zm_吸涨的_种子_P   处理   吸胀
  茉莉酮酸酯   108569  At_0.001％_MeJA_cDNA_P   时间点(hr)   6
  108569  At_0.001％_MeJA_cDNA_P   组织   地上的
  108569  At_0.001％_MeJA_cDNA_P   处理   0.001％MeJA vs.未处理
  热   108577  At_42度_热_cDNA_P   温度   42vs.22
  108577  At_42度_热_cDNA_P   时间点(hr)   6
  108577  At_42度_热_cDNA_P   组织   地上的
  冷   108579  At_4度_冷_cDNA_P   温度   4vs.22
  108579  At_4度_冷_cDNA_P   时间点(hr)   6
  108579  At_4度_冷_cDNA_P   组织   地上的
  根和根毛   108594  At_Ler-rhl_根_cDNA_P   植株系   Ler rhl
  108594  At_Ler-rhl_根_cDNA_P   组织   根
  ABA，干旱，萌发   108614  At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   CS24
  108614  At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  108614  At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  108614  At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
  ABA，干旱，萌发   108622  At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   CS22
  108622  At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
表9
差异分析的参数
  108622   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  108622   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
  成活力   108629   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   时间点(hr)   1
  108629   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   处理   Glean vs.未处理
  成活力   108630   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   时间点(hr)   1
  108630   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   处理   Trimec vs未处理
  水杨酸   108668   At_2mM_SA_cDNA_P   植株系   WS
  108668   At_2mM_SA_cDNA_P   时间点(hr)   6
  108668   At_2mM_SA_cDNA_P   处理   2mM SA vs未处理
  再生和种子&果实发育   108687   Zm_胚-花_P   组织   胚
  108688   Zm_胚-花_P   组织   未成熟的花
  ABA，干旱，萌发   20000069   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   CS23
  20000069   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000069   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000069   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
  ABA，干旱，萌发   20000070   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   CS24
  20000070   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000070   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000070   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uMABA vs.未处理
  ABA，干旱，萌发   20000071   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   CS8104
  20000071   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000071   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000071   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
  ABA，干旱，萌发   20000072   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   CS8105
  20000072   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000072   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000072   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
  ABA，干旱，萌发   20000086   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   CS22
  20000086   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000086   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000086   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs未处理
  ABA，干旱，萌发   20000087   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   WS
  20000087   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000087   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000087   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
表9
差异分析的参数
  ABA，干旱，萌发   20000088   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   Landsberg
  20000088   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000088   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000088   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
  水杨酸   20000090   At_2mM_SA_CS3726-Columbia_cDNA_P   植株系   Columbia
  20000090   At_2mM_SA_CS3726-Columbia_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000090   At_2mM_SA_CS3726-Columbia_cDNA_P   组织   地上的
  20000090   At_2mM_SA_CS3726-Columbia_cDNA_P   处理   2mM SA vs.未处理
  热   20000111   At_42度_热_cDNA_P   温度   42vs.23
  20000111   At_42度_热_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000111   At_42度_热_cDNA_P   组织   地上的
  热   20000113   At_42度_热_cDNA_P   温度   42vs.23
  20000113   At_42度_热_cDNA_P   时间点(hr)   8
  20000113   At_42度_热_cDNA_P   组织   地上的
  ABA，干旱，萌发   20000117   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   植株系   columbia
  20000117   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   时间点(hr)   6
  20000117   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   组织   地上的
  20000117   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   处理   100uM ABA vs.未处理
  热   20000171   At_42度_热_P   探测法   mRNA vs.mRNA
  20000171   At_42度_热_P   温度   42vs.22
  20000171   At_42度_热_P   时间点(hr)   1
  20000171   At_42度_热_P   组织   地上的
  热   20000173   At_42度_热_P   探测法   mRNA vs.mRNA
  20000173   At_42度_热_P   温度   42vs.22
  20000173   At_42度_热_P   时间点(hr)   6
  20000173   At_42度_热_P   组织   地上的
  早期幼苗阶段   20000179   At_萌发的_种子_P   年龄   6vs.0
  20000179   At_萌发的_种子_P   组织   萌发的种子
  早期幼苗阶段   20000180   At_萌发的_种子_P   年龄   24vs.0
  20000180   At_萌发的_种子_P   组织   萌发的种子
  水杨酸   20000182   At_2mM_SA_P   时间点(hr)   6
  20000182   At_2mM_SA_P   组织   地上的
  20000182   At_2mM_SA_P   处理   2mM SA vs来处理
  叶片，枝条分生组织   20000184   At_芽_P   年龄   7
  20000184   At_芽_P   组织   芽vs.完整植株
表9
差异分析的参数
  根   20000185   At_根_P   年龄   7
  20000185   At_根_P   组织   根vs完整植株
  冷   20000213   At_4度_冷_P   温度   4vs.22
  20000213   At_4度_冷_P   时间点(hr)   2
  种子和果实发育   20000234   At_长角果_P   组织   ＜5mm长角果vs.完整植株
  种子和果实发育   20000235   At_长角果_YF_6-05-02_P   组织   5-10mm长角果vs.完整植株
  种子和果实发育   20000236   At_长角果_P   组织   ＞10mm长角果vs.完整植株
  再生和种子&果实发育   20000264   At_开_花_P   组织   开放的花vs.完整植株
  再生和种子&果实发育   20000265   At_开_花_P   组织   闭合的芽vs.完整植株
  再生和种子&果实发育   20000286   At_开_花_P   组织   半开放vs.完整植株
  干旱   20000437   At_干旱_P   时间点(hr)   24
  20000437   At_干旱_P   组织   完整植株
  20000437   At_干旱_P   处理   干旱vs.未干旱
  叶片，枝条分生组织   20000438   At_芽_P   年龄   14
  20000438   At_芽_P   组织   芽vs.完整植株
  根   20000439   At_根_P   年龄   14
  20000439   At_根_P   组织   根vs.完整植株
  油菜素内酯   20000441   At_1uM_BR-BRZ_P   组织   苗顶
  20000441   At_1uM_BR-BRZ_P   处理   1uM BR vs.未处理
  20000443   At_1uM_BR-BRZ_P   组织   苗顶
  20000443   At_1uM_BR-BRZ_P   处理   1uM BRZ vs.未处理
  水杨酸   20000478   Zm_5mM_SA_P   年龄   8
  20000478   Zm_5mM_SA_P   植株系   杂种
  20000478   Zm_5mM_SA_P   时间点(hr)   72
  20000478   Zm_5mM_SA_P   组织   地上的
  20000478   Zm_5mM_SA_P   处理   5mM SAvs.未处理
  再生和种子&果实发育   20000493   Zm_杂种_种子_发育_P   DAP   20vs.12
  20000493   Zm_杂种_种子_发育_P   植株系   杂种
  20000493   Zm_杂种_种子_发育_P   组织   胚乳vs.非繁殖的花
  保卫细胞   20000495   At_保卫_细胞_P   收获期   8/2/2002
  20000495   At_保卫_细胞_P   生物体   拟南芥
  20000495   At_保卫_细胞_P   组织   保卫细胞vs.叶片
  PEG   20000527   At_10％_PEG_P   年龄   20
  20000527   At_10％_PEG_P   组织   地上的
  20000527   At_10％_PEG_P   处理   10％PEG vs.未处理
表9
差异分析的参数
 ABA，干旱，萌发   20000573   At_100uM_ABA_突变体_P   生物体   拟南芥
  20000573   At_100uM_ABA_突变体_P   植株系   CS22vs.Ler wt
  20000573   At_100uM_ABA_突变体_P   时间点(hr)   N/A
  20000573   At_100uM_ABA_突变体_P   组织   完整植株
  20000573   At_100uM_ABA_突变体_P   处理   无
 成活力   20000629   Zm_除草剂-处理_P   时间点(hr)   12
  20000629   Zm_除草剂-处理_P   组织   地上的
  20000629   Zm_除草剂-处理_P   处理   Trimec vs 未处理
 干旱   20000638   At_干旱_cDNA_P   时间点(hr)   144
  20000638   At_干旱_cDNA_P   组织   sdf
 再生   20000794   At_花瓣_P   年龄   23-25天
  20000794   At_花瓣_P   组织   花瓣vs.完整植株
 遮光   20001247   At_远红外-诱导_P   年龄   7
  20001247   At_远红外-诱导_P   光   远红外vs.白光
  20001247   At_远红外-诱导_P   植株系   Columbia
  20001247   At_远红外-诱导_P   时间点(hr)   1
 遮光   20001248   At_远红外-诱导_P   年龄   7
  20001248   At_远红外-诱导_P   光   远红外vs.白光
  20001248   At_远红外-诱导_P   植株系   Columbia
  20001248   At_远红外-诱导_P   时间点(hr)   4
 遮光   20001450   At_远红外-诱导_P   年龄   7
  20001450   At_远红外-诱导_P   光   远红外vs白光
  20001450   At_远红外-诱导_P   植株系   Columbia
  20001450   At_远红外-诱导_P   时间点(hr)   8
 遮光   20001451   At_远红外-诱导_P   年龄   7
  20001451   At_远红外-诱导_P   光   远红外vs白光
  20001451   At_远红外-诱导_P   植株系   Columbia
  20001451   At_远红外-诱导_P   时间点(hr)   24
 氮   20001459   At_50mM_NH4NO3_低至高_P   时间点(hr)   4
  20001459   At_50mM_NH4NO3_低至高_P   组织   长角果
  20001459   At_50mM_NH4NO3_氐至高_P   处理   50mM NH4NO3 vs.100mM甘露糖醇
 成活力   20000530   Zm_2-4D_YF_8-26-02_P   生物体   玉米
  20000530   Zm_2-4D_YF_8-26-02_P   时间点(hr)   48
  20000530   Zm_2-4D_YF_8-26-02_P   组织   地上的
  20000530   Zm_2-4D_YF_8-26-02_P   处理   2，4-D vs.未处理
表9
差异分析的参数
  保卫细胞   20000570  At_保卫_细胞_JD_9-9-02_cDNA_P   收获日期  7/19/2002
  20000570  At_保卫_细胞_JD_9-9-02_cDNA_P   生物体  Canola
  20000570  At_保卫_细胞_JD_9-9-02_cDNA_P   组织  保卫细胞vs.叶片
表10-MA_DIFF表
差异表达分析的结果
  克隆   cDNA   生物材料   Expt_Rep_ID   短_名   值(平均log比例)   差异   差异(+/-)
  96   12323601   1580810   20000527   At_10％_PEG_P   1.554916476   1   +
  96   12323601   1580810   20000573   At_100uM_ABA_突变体_P   1.433853789   1   +
  96   12323601   1580810   20000441   At_1uM_BR-BRZ_P   -3.010706617   -1   -
  96   12323601   1580810   20000443   At_1uM_BR-BRZ_P   -2.748840687   -1   -
  96   12323601   1580810   20000171   At_42度_热_P   1.514139809   1   +
  96   12323601   1580810   20000173   At_42度_热_P   -1 71925392   -1   -
  96   12323601   23030   108577   At_42度_热_cDNA_P   -3.338050794   -1   -
  96   12323601   1580810   20000213   At_4度_冷_P   2 813628804   1   +
  96   12323601   23030   108579   At_4度_冷_cDNA_P   3.999311124   1   +
  96   12323601   1580810   20001459   At_50mM_NH4NO3_L-to-H_P   -1.715098188   -1   -
  96   12323601   1580810   20000437   At_干旱_P   4.220227281   1   +
  96   12323601   1580810   20001247   At_远红外-诱导_P   -4 634953394   -1   -
  96   12323601   1580810   20001248   At_远红外-诱导_P   5.592598825   1   +
  96   12323601   1580810   20001450   At_远红外-诱导_P   1.649915315   1   +
  96   12323601   1580810   20000180   At_萌发的_种子_P   -2.680555133   -1   -
  96   12323601   1580810   20000495   At_保卫_细胞_P   -3.247865708   -1   -
  96   12323601   1580810   20000264   At_开_花_P   -2.752089532   -1   -
  96   12323601   1580810   20000185   At_根_P   -4.966099796   -1   -
  96   12323601   1580810   20000439   At_根_P   -4.736820319   -1   -
  96   12323601   1580810   20000438   At_Shoots_P   -4.72150623   -1   -
  96   12323601   1580810   20000234   At_长角果_P   -2.874162085   -1   -
  96   12323601   1580810   20000235   At_长角果_P   -2.246390758   -1   -
  96   12323601   1580810   20000236   At_长角果_P   -2 46053553   -1   -
  8161   12321174   19239   108569   At_0.001％_MeJA_cDNA_P   -1.173013726   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000527   At_10％_PEG_P   1 259078847   1   +
  8161   12321174   19239   20000069   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   4.740481926   1   +
  8161   12321174   19239   20000070   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   3.670069907   1   +
  8161   12321174   19239   20000071   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   3.608787472   1   +
  8161   12321174   19239   20000086   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   3.027039775   1   +
  8161   12321174   19239   20000087   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   2.423296688   1   +
  8161   12321174   19239   20000088   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   2.856206036   1   +
  8161   12321174   19239   20000117   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   3.485993547   1   +
  8161   12321174   19239   108614   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   -1.365108521   -1   -
  8161   12321174   19239   108622   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   -1.321545662   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000441   At_1uM_BR-BRZ_P   -2.735405149   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000443   At_1uM_BR-BRZ_P   -2.242959206   -1   -
表10-MA_DlFF表
差异表达分析的结果
  克隆   cDNA   生物材料   Expt_Rep_ID   短_名   值(平均log比例)   差异   差异(+/-)
  8161   12321174   19239   20000090   At_2mM_SA_CS3726-Columbia_cDNA_P   2.729191739   1   +
  8161   12321174   19239   108668   At_2mM_SA_cDNA_P   -1.508606549   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000182   At_2mM_SA_P   -1.704743738   -1   -
  8161   12321174   19239   20000111   At_42度_热_DNA_P   -2.464590235   -1   -
  8161   12321174   19239   20000113   At_42度_热_cDNA_P   -1.876879573   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000173   At_42度_热_P   -2.821092623   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000213   At_4度_冷_P   4.599973491   1   +
  8161   12321174   19239   108579   At_4度_冷_cDNA_P   3.707962628   1   +
  8161   12321174   19239   108488   At_50mM_NH4NO3_L-to-H_丛生_cDNA_P   -1.429425437   -1   -
  8161   12321174   1580012   20001459   At_50mM_NH4NO3_L-to-H_P   -2.78961071   -1   -
  8161   12321174   19239   108473   At_干旱_花_cDNA_P   1.7089257g9   1   +
  8161   12321174   1580012   20000437   At_干旱_P   4.822027774   1   +
  8161   12321174   1580012   20001247   At_远红外-诱导_P   -4.212204824   -1   -
  8161   12321174   1580012   20001248   At_远红外-诱导_P   6.169999757   1   +
  8161   12321174   1580012   20001450   At_远红外-诱导_P   1.763281094   1   +
  8161   12321174   1580012   20001451   At_远红外-诱导_P   1.395085228   1   +
  8161   12321174   1580012   20000179   At_萌发的_种子_P   -1.441537409   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000180   At_萌发的_种子_P   -3.147732829   -1   -
  8161   12321174   19239   108461   At_萌发的_种子_cDNA_P   -1.646872266   -1   -
  8161   12321174   19239   108462   At_萌发的_种子_cDNA_P   -1 665185357   -1   -
  8161   12321174   19239   108463   At_萌发的_种子_cDNA_P   -1.426993122   -1   -
  8161   12321174   19239   108464   At_萌发的_种子_cDNA_P   -1.828990435   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000495   At_保卫_细胞_P   -2.920579386   -1   -
  8161   12321174   19239   20000570   At_保卫_细胞_cDNA_P   -1.49484136   -1   -
  8161   12321174   19239   107881   At_除草剂_v2_cDNA_P   -1.761216284   -1   -
  8161   12321174   19239   107891   At_除草剂_v2_cDNA_P   -2.164326634   -1   -
  8161   12321174   19239   108465   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   4.557494714   1   +
  8161   12321174   19239   108629   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   1.998365625   1   +
  8161   12321174   19239   108594   At_Ler-rhl_根_cDNA_P   1.196805915   1   +
  8161   12321174   1580012   20000264   At_开_花_P   -3.159834613   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000265   At_开_花_P   -2.481345749   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000286   At_开_花_P   -2.087635814   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000794   At_花瓣_P   -1.300481698   -1   -
  8161   12321174   19239   108434   At_根_尖_cDNA_P   -2.458487785   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000185   At_根_P   -5.279075251   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000439   At_根_P   -5.030661468   -1   -
表10-MA_DIFF表
差异表达分析的结果
  克隆   cDNA   生物材料   Expt_Rep_ID   短_名   值(平均log比例)   差异   差异(+/-)
  8161   12321174   19239   108480   At_顶_芽cDNA_P   -2.309034231   -1   -
  8161   12321174   19239   108481   At_顶_芽cDNA_P   -1.817142133   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000184   At_根_P   -5.762449008   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000438   At_根_P   -5.999883819   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000234   At_长角果_P   -3.209042334   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000235   At_长角果_P   -3.022090865   -1   -
  8161   12321174   1580012   20000236   At_长角果_P   -2.340846461   -1   -
  8161   12321174   19239   108435   At_stm_实变体_cDNA_P   -2.665998172   -1   -
  8161   12321174   19239   108437   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   -1.916511208   -1   -
  8161   12321174   19239   108438   At_组织_特异的_表达_cDNA P   -1.518965097   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000527   At_10％_PEG_P   1.554916476   1   +
  8490   13491409   19237   20000070   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   5.066668574   1   +
  8490   13491409   19237   20000072   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   4.640392336   1   +
  8490   13491409   19237   20000086   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   3.798180577   1   +
  8490   13491409   19237   20000087   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   3.425132193   1   +
  8490   13491409   19237   20000088   At_100uM_ABA_突变体_cDNA_P   3.271355571   1   +
  8490   13491409   1580810   20000573   At_100uM_ABA_突变体_P   1.433853789   1   +
  8490   13491409   1580810   20000441   At_1uM_BR-BRZ_P   -3.010706617   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000443   At_1uM_BR-BRZ_P   -2.748840687   -1   -
  8490   13491409   19237   20000090   At_2mM_SA_CS3726-Columbla_cDNA_P   3.600372905   1   +
  8490   13491409   19237   20000111   At_42度_热_cDNA_P   -2.04796601   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000171   At_42度_热_P   1.514139809   1   +
  8490   13491409   1580810   20000173   At_42度_热_P   -171925392   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000213   At_4度_冷_P   2.813628804   1   +
  8490   13491409   1580810   20001459   At_50mM_NH4NO3_L-to-H_P   -1715098188   -1   -
  8490   13491409   19237   108473   At_干旱_花_DNA_P   1.214971498   1   +
  8490   13491409   1580810   20000437   At_干旱_P   4.220227281   1   +
  8490   13491409   19237   20000638   At_干旱_cDNA_P   1.707634838   1   +
  8490   13491409   1580810   20001247   At_远红外-诱导_P   -4.634953394   -1   -
  8490   13491409   1580810   20001248   At_远红外-诱导_P   5.592598825   1   +
  8490   13491409   1580810   20001450   At_远红外-诱导_P   1.649915315   1   +
  8490   13491409   1580810   20000180   At_萌发的_种子_P   -2.680555133   -1   -
  8490   13491409   19237   108461   At_萌发的_种子_cDNA_P   -2.458568535   -1   -
  8490   13491409   19237   108462   At_萌发的_种子_cDNA_P   -2.330805635   -1   -
  8490   13491409   19237   108463   At_萌发的_种子_cDNA_P   -2.324720192   -1   -
  8490   13491409   19237   108464   At_萌发的_种子_cDNA_P   -2.37426655   -1   -
表10-MA_DIFF表
差异表达分析的结果
  克隆   cDNA   生物材料   Expt_Rep_ID   短_名   值(平均log比例)   差异   差异(+/-)
  8490   13491409   1580810   20000495   At_保卫_细胞_P   -3.247865708   -1   -
  8490   13491409   19237   107881   At_除草剂_v2_cDNA_P   -3.271686652   -1   -
  8490   13491409   19237   107891   At_除草剂_v2_cDNA_P   -2.602710336   -1   -
  8490   13491409   19237   108465   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   4.904232807   1   +
  8490   13491409   19237   108629   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   1.945047545   1   +
  8490   13491409   19237   108630   At_除草剂_v3_1_cDNA_P   1.421005702   1   +
  8490   13491409   1580810   20000264   At_开_花_P   -2.752089532   -1   -
  8490   13491409   19237   108434   At_根_尖_cDNA_P   -2.359223661   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000185   At_根_P   -4.966099796   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000439   At_根_P   -4.736820319   -1   -
  8490   13491409   19237   108480   At_苗顶_cDNA_P   -2.408359482   -1   -
  8490   13491409   19237   108481   At_苗顶_cDNA_P   -3.133713759   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000438   At_根_P   -4.72150623   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000234   At_长角果_P   -2.874162085   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000235   At_长角果_P   -2.246390758   -1   -
  8490   13491409   1580810   20000236   At_长角果_P   -2.46053553   -1   -
  8490   13491409   19237   108435   At_stm_突变体_cDNA_P   -2.551559281   -1   -
  8490   13491409   19237   108429   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   -1.022462895   -1   -
  8490   13491409   19237   108437   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   -1.501818945   -1   -
  8490   13491409   19237   108438   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   -1.739999423   -1   -
  8490   13491409   19237   108439   At_组织_特异的_表达_cDNA_P   -2.657664047   -1   -
  305463   12355477   1609791   20000478   Zm_5mM_SA_P   1.626535585   1   +
  305463   12355477   1609791   20000629   Zm_除草剂-处理_P   1.058894478   1   +
  305463   12355477   1609791   20000493   Zm_杂种_种子_发育_P   1.987652422   1   +
  305463   12355477   1609791   108543   Zm_吸涨的_胚_胚乳_P   -1.733891996   -1   -
  305463   12355477   1609791   108528   Zm_吸涨的_种子_P   1.608201864   1   +
  305463   12355477   1609791   108530   Zm_吸涨的_种子_P   1 26990335   1   +
  305463   12355477   1609791   108546   Zm_吸涨的_种子_P   1.460500636   1   +
  486033   12436299   1608109   20000530   Zm_2-4D_P   1.265765889   1   +
  486033   12436299   1608109   108523   Zm_42度_热_P   -1.154793559   -1   -
  486033   12436299   1608109   108687   Zm_胚-花_P   1.691512498   1   +
  486033   12436299   1608109   108688   Zm_胚-花_P   -2.071866621   -1   -
                              序列表
<110>西尔斯公司
<120>用于增加植株大小和增加叶片数目和大小的核苷酸序列及其编码的多肽
<130>2750-1573F(PCT)
<140>UNASSIGNED
<141>2003-08-18
<160>47
<170>PatentIn Version 3.0
<210>1
<211>1453
<212>DNA
<213>玉蜀黍玉米亚种(Zea mays Subsp.mays)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1453)
<223>Ceres Seq.ID no.12355477
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>n是a、c、t、g、未知或其它
<400>1
aatccctcgc ctgcaactgg ctctctgtcc ccttctgctc cccccacggt tccccagagc   60
ccgagccaaa tctaggggct tccttcatcc gagcgtggtt tcaattctag gggtagtcac  120
ctcacctgaa ttccgcccaa ataaattcgt cgctgccttg tgatccttgg ggtttccttg  180
gttcttgagt tgcgatcttc tgctggttcg tgtcccccaa tccgtaatca atccggcgtc  240
taggaaacca attgctgctc agttctctta tttgctcctc gccttccttc ctccagcctg  300
gttaaaatat cgaaagggga ttttttttta aaaatctgct catcgaggaa gcagggaaga  360
caagaattgt tgcatcggat aaaggtcggg tgaaaataca agcaaatcct gggaactcgc  420
gtccctttgc taggtggttc tttcctgata caaagaacac aatgggcgat gtgtccttga  480
acggacccat taaggctgct gagccaggtg ccggtggcat tgccaagggc aatcaagttc  540
tggacacgat gtccgccggg tggacagacg agagacacag gctgtatata agctctatgg  600
aggcctcttt cgtcgatcaa ctgtacaacc acgggagccg tccgcgcaac gcaaacggca  660
ccgccttcaa ggctctccgc agggagtacg tcgagtatga gaagaccgat gctcctgtgc  720
gaaggggggc taagtgctgc ggcgttcctg caaatccttg gatgcagcat ttcaggccac  780
gtagtgatgg cggtaataac gcgcgaggcg atgggctcgg ggattctgtg ggcgatcttg  840
aatctggcac tgaggcaaac cggaagagcc tctcagcgtc tcatggaagg gaacgggacg  900
cttgtgaggg agaaccccag cttctccatg aaagtagaga ggtctctgat caaaattttg  960
ctgacgacga ggctgaagct gaaacagaat caatgaaagc atacaagaaa aggagattaa 1020
gcaggacaat gatcaactaa atttgcaggg tcaattagct tagcctgttg caggaattga 1080
gatgactgtc ctaaaaggag gcagtaagat gatgggacat gtcttacgaa attttcagct 1140
gttgcctctt ggtagccaag gcactttgaa tccgaaggaa ggtgttgaag ggtagttgtt 1200
agtgatcttg tgatgatata acgagctctg gagcagttag catcggcatt ttagtggatt 1260
atgttcttgt tatgtgtatc tgtctatttt tcagtcctca tcggtagtgc tgcatagtac 1320
ctcgctctct cgtcagaagg atattaggct aggtcactgt tattaaattt ttcaataaca 1380
gtgaagtgta catgtgtttg ccaaatggtg agaatcatta ttgatttcca attcacaaac 1440
tattctttat gcc                                                    1453
<210>2
<211>576
<212>DNA
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<400>2
atgggcgatg tgtccttgaa cggacccatt aaggctgctg agccaggtgc cggtggcatt   60
gccaagggca atcaagttct ggacacgatg tccgccgggt ggacagacga gagacacagg  120
ctgtatataa gctctatgga ggcctctttc gtcgatcaac tgtacaacca cgggagccgt  180
ccgcgcaacg caaacggcac cgccttcaag gctctccgca gggagtacgt cgagtatgag  240
aagaccgatg ctcctgtgcg aaggggggct aagtgctgcg gcgttcctgc aaatccttgg  300
atgcagcatt tcaggccacg tagtgatggc ggtaataacg cgcgaggcga tgggctcggg  360
gattctgtgg gcgatcttga atctggcact gaggcaaacc ggaagagcct ctcagcgtct  420
catggaaggg aacgggacgc ttgtgaggga gaaccccagc ttctccatga aagtagagag  480
gtctctgatc aaaattttgc tgacgacgag gctgaagctg aaacagaatc aatgaaagca  540
tacaagaaaa ggagattaag caggacaatg atcaac                            576
<210>3
<211>192
<212>PRt
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<220>
<221>肽
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<223>Ceres Seq.ID no.12355478
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>3
Met Gly Asp Val Ser Leu Asn Gly Pro Ile Lys Ala Ala Glu Pro Gly
1               5                   10                  15
Ala Gly Gly Ile Ala Lys Gly Asn Gln Val Leu Asp Thr Met Ser Ala
            20                  25                  30
Gly Trp Thr Asp Glu Arg His Arg Leu Tyr Ile Ser Ser Met Glu Ala
        35                  40                  45
Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn His Gly Ser Arg Pro Arg Asn Ala
    50                  55                  60
Asn Gly Thr Ala Phe Lys Ala Leu Arg Arg Glu Tyr Val Glu Tyr Glu
65                  70                  75                  80
Lys Thr Asp Ala Pro Val Arg Arg Gly Ala Lys Cys Cys Gly Val Pro
                85                  90                  95
Ala Asn Pro Trp Met Gln His Phe Arg Pro Arg Ser Asp Gly Gly Asn
            100                 105                 110
Asn Ala Arg Gly Asp Gly Leu Gly Asp Ser Val Gly Asp Leu Glu Ser
        115                 120                 125
Gly Thr Glu Ala Asn Arg Lys Ser Leu Ser Ala Ser His Gly Arg Glu
    130                 135                 140
Arg Asp Ala Cys Glu Gly Glu Pro Gln Leu Leu His Glu Ser Arg Glu
145                 150                 155                 160
Val Ser Asp Gln Asn Phe Ala Asp Asp Glu Ala Glu Ala Glu Thr Glu
                165                 170                 175
Ser Met Lys Ala Tyr Lys Lys Arg Arg Leu Ser Arg Thr Met Ile Asn
            180                 185                 190
<210>4
<211>489
<212>DNA
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<400>4
atgtccgccg ggtggacaga cgagagacac aggctgtata taagctctat ggaggcctct     60
ttcgtcgatc aactgtacaa ccacgggagc cgtccgcgca acgcaaacgg caccgccttc    120
aaggctctcc gcagggagta cgtcgagtat gagaagaccg atgctcctgt gcgaaggggg    180
gctaagtgct gcggcgttcc tgcaaatcct tggatgcagc atttcaggcc acgtagtgat    240
ggcggtaata acgcgcgagg cgatgggctc ggggattctg tgggcgatct tgaatctggc    300
actgaggcaa accggaagag cctctcagcg tctcatggaa gggaacggga cgcttgtgag    360
ggagaacccc agcttctcca tgaaagtaga gaggtctctg atcaaaattt tgctgacgac    420
gaggctgaag ctgaaacaga atcaatgaaa gcatacaaga aaaggagatt aagcaggaca    480
atgatcaac                                                            489
<210>5
<211>163
<212>PRt
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<220>
<221>肽
<222>(1)..(163)
<223>Ceres Seq.ID no.12355479
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>5
Met Ser Ala Gly Trp Thr Asp Glu Arg His Arg Leu Tyr Ile Ser Ser
1               5                   10                  15
Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn His Gly Ser Arg Pro
            20                  25                  30
Arg Asn Ala Asn Gly Thr Ala Phe Lys Ala Leu Arg Arg Glu Tyr Val
        35                  40                  45
Glu Tyr Glu Lys Thr Asp Ala Pro Val Arg Arg Gly Ala Lys Cys Cys
    50                  55                  60
Gly Val Pro Ala Asn Pro Trp Met Gln His Phe Arg Pro Aro Ser Asp
65                  70                  75                  80
Gly Gly Asn Asn Ala Arg Gly Asp Gly Leu Gly Asp Ser Val Gly Asp
                85                  90                  95
Leu Glu Ser Gly Thr Glu Ala Asn Arg Lys Ser Leu Ser Ala Ser His
            100                 105                 110
Gly Arg Glu Arg Asp Ala Cys Glu Gly Glu Pro Gln Leu Leu His Glu
        115                 120                 125
Ser Arg Glu Val Ser Asp Gln Asn Phe Ala Asp Asp Glu Ala Glu Ala
    130                 135                 140
Glu Thr Glu Ser Met Lys Ala Tyr Lys Lys Arg Arg Leu Ser Arg Thr
145                 150                 155                 160
Met Ile Asn
<210>6
<211>441
<212>DNA
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<400>6
atggaggcct ctttcgtcga tcaactgtac aaccacggga gccgtccgcg caacgcaaac     60
ggcaccgcct tcaaggctct ccgcagggag tacgtcgagt atgagaagac cgatgctcct    120
gtgcgaaggg gggctaagtg ctgcggcgtt cctgcaaatc cttggatgca gcatttcagg    180
ccacgtagtg atggcggtaa taacgcgcga ggcgatgggc tcggggattc tgtgggcgat    240
cttgaatctg gcactgaggc aaaccggaag agcctctcag cgtctcatgg aagggaacgg    300
gacgcttgtg agggagaacc ccagcttctc catgaaagta gagaggtctc tgatcaaaat    360
tttgctgacg acgaggctga agctgaaaca gaatcaatga aagcatacaa gaaaaggaga    420
ttaagcagga caatgatcaa c                                              441
<210>7
<211>147
<212>PRt
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<220>
<221>肽
<222>(1)..(147)
<223>Ceres Seq.ID no.12355480
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>7
Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn His Gly Ser Arg Pro
1               5                   10                  15
Arg Asn Ala Asn Gly Thr Ala Phe Lys Ala Leu Arg Arg Glu Tyr Val
            20                  25                  30
Glu Tyr Glu Lys Thr Asp Ala Pro Val Arg Arg Gly Ala Lys Cys Cys
        35                  40                  45
Gly Val Pro Ala Asn Pro Trp Met Gln His Phe Arg Pro Arg Ser Asp
    50                  55                  60
Gly Gly Asn Asn Ala Arg Gly Asp Gly Leu Gly Asp Ser Val Gly Asp
65                  70                  75                  80
Leu Glu Ser Gly Thr Glu Ala Asn Arg Lys Ser Leu Ser Ala Ser His
                85                  90                  95
Gly Arg Glu Arg Asp Ala Cys Glu Gly Glu Pro Gln Leu Leu His Glu
            100                 105                 110
Ser Arg Glu Val Ser Asp Gln Asn Phe Ala Asp Asp Glu Ala Glu Ala
        115                 120                 125
Glu Thr Glu Ser Met Lys Ala Tyr Lys Lys Arg Arg Leu Ser Arg Thr
    130                 135                 140
Met Ile Asn
145
<210>8
<211>1494
<212>DNA
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1494)
<223>Ceres Seq.ID no.12410516
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>n是a、c、t、g未知或其它
<400>8
gtgtttcatt tttaatgacc attctctcat ctgctgctgg ctgcggctat atacccccct     60
ctctctgtct ctctatctcc ttctgttctt agacgtttct ccatagcctg agccaaatct    120
agggggcttg cttcatctgc tgtccgatcg tggtttggtt tctcggggct ggcgcggtca    180
agagcgcacc tgaattccac cgaaatccgc cacggtagtt cttgcctagg tgtgtcgttg    240
gtcgttgcct tgtgaccctt gcggattttc ttgtttcttt ttgagttgcg atctttgcag    300
gttagtctcc cccccaatcc gtaatcatcc ggcgtctagg aaactgcagt ccagttttct    360
tatttgttcg tctcgtgcct tctccccatc ctggttagaa agaatatcgg aagggggatt    420
tttttttttg cctgttcgta gaggaagcag tgaagacata attgttgcat ctgataaagc    480
tcgggcgaaa tacacgcaaa tccttggaat tttgcatccc tttgctggct cttttctgat    540
tcagagaacc caatggggga tgtgtccttg aatcgacccg ttaaggccga gccaactgcc    600
ggtggcattg ccaagggaaa ccgagttctg gacacgatgt ccgccgggtg gacggacgag    660
agacacatgc tgtatataag ctccatggag gcttcttttg tcgatcagct atacaaccat    720
ggaaaccatc cgcacgacgc aaatggcgct ggcttcaagg ttctccgcag gggggtgtgg    780
gagtacatcg agtatgagaa gaccagtgcc cctgtgcgaa gtggggctaa atgctgcgtc    840
cctgcaaatc cttggatccg gcatttcagg ccacgtgact gcggtagtaa cgcacagagt    900
gacgcggtcg aggcctcagt gggcgaccat gagtcgggta ctcaggcaag ccgcaagagc    960
ccttcagtgt ctcatggaag ggaacgggga gcttgtaagg gagaacccca gattctacat   1020
gaaagtacag aggtctctga tcaaaatttt gctgacgatg aggctgaagc tgaaacagaa   1080
tcaatgaaag catgcaagaa aaggagacta agcagggctt tgcactccgg tgctgaatga   1140
tcaagtaaat tcgcaggaac aattagctta gcctgttgca agaatcgata tgatttatcc    1200
taaaagaagg tgttaagatg atgggacatg gctttcaaaa ctttcagctg ttgcctgctg    1260
gtagccaaga cacactgaat ccgaaggaag gcgttgaagg gtagctgtta gtgattttgt    1320
gatataaaga gtactggggc agttagcatc ggcattttta gcggatttaa gttcttgtta    1380
tgtatatctg tcttctgtct tcatcagtag tgctgcttag tacctcactc tctcgtcagc    1440
aggatatttc tatatattgt ctgtacttgg tagatatatg tattggttga tccg          1494
<210>9
<211>585
<212>DNA
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<400>9
atgggggatg tgtccttgaa tcgacccgtt aaggccgagc caactgccgg tggcattgcc     60
aagggaaacc gagttctgga cacgatgtcc gccgggtgga cggacgagag acacatgctg    120
tatataagct ccatggaggc ttcttttgtc gatcagctat acaaccatgg aaaccatccg    180
cacgacgcaa atggcgctgg cttcaaggtt ctccgcaggg gggtgtggga gtacatcgag    240
tatgagaaga ccagtgcccc tgtgcgaagt ggggctaaat gctgcgtccc tgcaaatcct    300
tggatccggc atttcaggcc acgtgactgc ggtagtaacg cacagagtga cgcggtcgag    360
gcctcagtgg gcgaccatga gtcgggtact caggcaagcc gcaagagccc ttcagtgtct    420
catggaaggg aacggggagc ttgtaaggga gaaccccaga ttctacatga aagtacagag    480
gtctctgatc aaaattttgc tgacgatgag gctgaagctg aaacagaatc aatgaaagca    540
tgcaagaaaa ggagactaag cagggctttg cactccggtg ctgaa                    585
<210>10
<211>195
<212>PRt
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<220>
<221>肽
<222>(1)..(195)
<223>Ceres Seq.ID no.12410517
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>10
Met Gly Asp Val Ser Leu Asn Arg Pro Val Lys Ala Glu Pro Thr Ala
1               5                   10                  15
Gly Gly Ile Ala Lys Gly Asn Arg Val Leu Asp Thr Met Ser Ala Gly
            20                  25                  30
Trp Thr Asp Glu Aro His Met Leu Tyr Ile Ser Ser Met Glu Ala Ser
        35                  40                  45
Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn His Gly Asn His Pro His Asp Ala Asn
    50                  55                  60
Gly Ala Gly Phe Lys Val Leu Arg Arg Gly Val Trp Glu Tyr Ile Glu
65                  70                  75                  80
Tyr Glu Lys Thr Ser Ala Pro Val Arg Ser Gly Ala Lys Cys Cys Val
                85                  90                  95
Pro Ala Asn Pro Trp Ile Arg His Phe Arg Pro Arg Asp Cys Gly Ser
            100                 105                 110
Asn Ala Gln Ser Asp Ala Val Glu Ala Ser Val Gly Asp His Glu Ser
        115                 120                 125
Gly Thr Gln Ala Ser Arg Lys Ser Pro Ser Val Ser His Gly Arg Glu
    130                 135                 140
Arg Gly Ala Cys Lys Gly Glu Pro Gln Ile Leu His Glu Ser Thr Glu
145                 150                 155                 160
Val Ser Asp Gln Asn Phe Ala Asp Asp Glu Ala Glu Ala Glu Thr Glu
                165                 170                 175
Ser Met Lys Ala Cys Lys Lys Arg Arg Leu Ser Arg Ala Leu His Ser
            180                 185                 190
Gly Ala Glu
        195
<210>11
<211>501
<212>DNA
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<400>11
atgtccgccg ggtggacgga cgagagacac atgctgtata taagctccat ggaggcttct     60
tttgtcgatc agctatacaa ccatggaaac catccgcacg acgcaaatgg cgctggcttc    120
aaggttctcc gcaggggggt gtgggagtac atcgagtatg agaagaccag tgcccctgtg    180
cgaagtgggg ctaaatgctg cgtccctgca aatccttgga tccggcattt caggccacgt    240
gactgcggta gtaacgcaca gagtgacgcg gtcgaggcct cagtgggcga ccatgagtcg    300
ggtactcagg caagccgcaa gagcccttca gtgtctcatg gaagggaacg gggagcttgt    360
aagggagaac cccagattct acatgaaagt acagaggtct ctgatcaaaa ttttgctgac    420
gatgaggctg aagctgaaac agaatcaatg aaagcatgca agaaaaggag actaagcagg    480
gctttgcact ccggtgctga a                                              501
<210>12
<211>167
<212>PRt
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<220>
<221>肽
<222>(1)..(167)
<223>Ceres Seq.ID no.12410518
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>12
Met Ser Ala Gly Trp Thr Asp Glu Arg His Met Leu Tyr Ile Ser Ser
1               5                   10                  15
Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn His Gly Asn His Pro
            20                  25                  30
His Asp Ala Asn Gly Ala Gly Phe Lys Val Leu Arg Arg Gly Val Trp
        35                  40                  45
Glu Tyr Ile Glu Tyr Glu Lys Thr Ser Ala Pro Val Arg Ser Gly Ala
    50                  55                  60
Lys Cys Cys Val Pro Ala Asn Pro Trp Ile Arg His Phe Arg Pro Arg
65                  70                  75                  80
Asp Cys Gly Ser Asn Ala Gln Ser Asp Ala Val Glu Ala Ser Val Gly
                85                  90                  95
Asp His Glu Ser Gly Thr Gln Ala Ser Arg Lys Ser Pro Ser Val Ser
            100                 105                 110
His Gly Arg Glu Arg Gly Ala Cys Lys Gly Glu Pro Gln Ile Leu His
        115                 120                 125
Glu Ser Thr Glu Val Ser Asp Gln Asn Phe Ala Asp Asp Glu Ala Glu
    130                 135                 140
Ala Glu Thr Glu Ser Met Lys Ala Cys Lys Lys Arg Arg Leu Ser Arg
145                 150                 155                 160
Ala Leu His Ser Gly Ala Glu
                165
<210>13
<211>471
<212>DNA
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<400>13
atgctgtata taagctccat ggaggcttct tttgtcgatc agctatacaa ccatggaaac     60
catccgcacg acgcaaatgg cgctggcttc aaggttctcc gcaggggggt gtgggagtac    120
atcgagtatg agaagaccag tgcccctgtg cgaagtgggg ctaaatgctg cgtccctgca    180
aatccttgga tccggcattt caggccacgt gactgcggta gtaacgcaca gagtgacgcg    240
gtcgaggcct cagtgggcga ccatgagtcg ggtactcagg caagccgcaa gagcccttca    300
                                            9
gtgtctcatg gaagggaacg gggagcttgt aagggagaac cccagattct acatgaaagt    360
acagaggtct ctgatcaaaa ttttgctgac gatgaggctg aagctgaaac agaatcaatg    420
aaagcatgca agaaaaggag actaagcagg gctttgcact ccggtgctga a             471
<210>14
<211>157
<212>PRt
<213>玉蜀黍 玉米亚种
<220>
<221>肽
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<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>14
Met Leu Tyr Ile Ser Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr
1               5                   10                  15
Asn His Gly Asn His Pro His Asp Ala Asn Gly Ala Gly Phe Lys Val
            20                  25                  30
Leu Arg Arg Gly Val Trp Glu Tyr Ile Glu Tyr Glu Lys Thr Ser Ala
        35                  40                  45
Pro Val Arg Ser Gly Ala Lys Cys Cys Val Pro Ala Asn Pro Trp Ile
    50                  55                  60
Arg His Phe Arg Pro Arg Asp Cys Gly Ser Asn Ala Gln Ser Asp Ala
65                  70                  75                  80
Val Glu Ala Ser Val Gly Asp His Glu Ser Gly Thr Gln Ala Ser Arg
                85                  90                  95
Lys Ser Pro Ser Val Ser His Gly Arg Glu Arg Gly Ala Cys Lys Gly
            100                 105                 110
Glu Pro Gln Ile Leu His Glu Ser Thr Glu Val Ser Asp Gln Asn Phe
        115                 120                 125
Ala Asp Asp Glu Ala Glu Ala Glu Thr Glu Ser Met Lys Ala Cys Lys
    130                 135                 140
Lys Arg Arg Leu Ser Arg Ala Leu His Ser Gly Ala Glu
145                 150                 155
<210>15
<211>409
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜(Brassica napus)
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<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>n是a、c、t、g、未知或其它
<400>15
ttttttcttt ttcaccttct cctcctcctt ctctcctttc ttctgatatt ttcctctctc     60
tagtcttaac aagatagata ggtagcaaat ggttggtgac tacagagaga actatagccc    120
aagctccgac gattcttctt ctgtagggga agagacgact tcttcaatgt attctgcgag    180
gaatgaagat acgcctacag aatggaccga tgagaagcat agtttgtatc ttaaatcaat    240
ggaagcttcc ttcgttgatc agctgtacaa ctccctcggt gcgctcggct ccaaaaacaa    300
caaggatact gtcggaccat cgagaaggtt cggtgatggt ggaaaacctt ctgaagaaca    360
ggtatgaata ggacactttc ccctgtcttt ttccatgtgc gatgttgtg                409
<210>16
<211>276
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜
<400>16
atggttggtg actacagaga gaactatagc ccaagctccg acgattcttc ttctgtaggg     60
gaagagacga cttcttcaat gtattctgcg aggaatgaag atacgcctac agaatggacc    120
gatgagaagc atagtttgta tcttaaatca atggaagctt ccttcgttga tcagctgtac    180
aactccctcg gtgcgctcgg ctccaaaaac aacaaggata ctgtcggacc atcgagaagg    240
ttcggtgatg gtggaaaacc ttctgaagaa caggta                              276
<210>17
<211>92
<212>PRt
<213>甘蓝型 油菜
<220>
<221>肽
<222>(1)..(92)
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<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>17
Met Val Gly Asp Tyr Arg Glu Asn Tyr Ser Pro Ser Ser Asp Asp Ser
1               5                   10              15
Ser Ser Val Gly Glu Glu Thr Thr Ser Ser Met Tyr Ser Ala Arg Asn
            20                  25              30
Glu Asp Thr Pro Thr Glu Trp Thr Asp Glu Lys His Ser Leu Tyr Leu
        35                  40                  45
Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn Ser Leu Gly
    50                  55                  60
Ala Leu Gly Ser Lys Asn Asn Lys Asp Thr Val Gly Pro Ser Arg Arg
65                  70                  75                  80
Phe Gly Asp Gly Gly Lys Pro Ser Glu Glu Gln Val
            85                      90
<210>18
<211>198
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜
<400>18
atgtattctg cgaggaatga agatacgcct acagaatgga ccgatgagaa gcatagtttg     60
tatcttaaat caatggaagc ttccttcgtt gatcagctgt acaactccct cggtgcgctc    120
ggctccaaaa acaacaagga tactgtcgga ccatcgagaa ggttcggtga tggtggaaaa    180
ccttctgaag aacaggta                                                  198
<210>19
<211>66
<212>PRt
<213>甘蓝型 油菜
<220>
<221>肽
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<220>
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<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>19
Met Tyr Ser Ala Arg Asn Glu Asp Thr Pro Thr Glu Trp Thr Asp Glu
1               5                   10                  15
Lys His Ser Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln
            20                  25                  30
Leu Tyr Asn Ser Leu Gly Ala Leu Gly Ser Lys Asn Asn Lys Asp Thr
        35                  40                  45
Val Gly Pro Ser Arg Arg Phe Gly Asp Gly Gly Lys Pro Ser Glu Glu
    50                  55                  60
Gln Val
65
<210>20
<211>186
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜
<400>20
atgaagatac gcctacagaa tggaccgatg agaagcatag tttgtatctt aaatcaatgg     60
aagcttcctt cgttgatcag ctgtacaact ccctcggtgc gctcggctcc aaaaacaaca    120
aggatactgt cggaccatcg agaaggttcg gtgatggtgg aaaaccttct gaagaacagg    180
tatgaa                                                               186
<210>21
<211>62
<212>PRt
<213>甘蓝型 油菜
<220>
<221>peptide
<222>(1)..(62)
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<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>21
Met Lys Ile Arg Leu Gln Asn Gly Pro Met Arg Ser Ile Val Cys Ile
1               5                   10                  15
Leu Asn Gln Trp Lys Leu Pro Ser Leu Ile Ser Cys Thr Thr Pro Ser
            20                  25                  30
Val Arg Ser Ala Pro Lys Thr Thr Arg Ile Leu Ser Asp His Arg Glu
        35                  40                  45
Gly Ser Val Met Val Glu Asn Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Glu
    50                  55                  60
<210>22
<211>486
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜
<220>
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<222>(1)..(486)
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<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>n是a、c、t、g、未知或其它
<400>22
tttccgtctt tctttttcac cttctcctcc tccttctctc ctttcttctg atattttcct     60
ctctctagtc ttaacaagat agataggtag caaatggttg gtgactacag agagaactat    120
agcccaagct ccgacgattc ttcttctgta ggggaagaga cgacttcttc aatgtattct    180
gcgaggaatg aagatacgcc tacagaatgg accgatgaga agcatagttt gtatcttaaa    240
tcaatggaag cttccttcgt tgatcagctg tacaactccc tcggtgcgct cggctccaaa    300
aacaacaagg atactgtcgg accatcgaga aggttcggtg atggtggaaa accttctgaa    360
gaacagaaga tgaatgtgag gcagcctgag tatcgtctca atggaagaca cggtcgtcgc    420
tctcacgagt ttcttaggag tccatggatc aagcactata agccttcacc aaagtcccta    480
acagat                                                               486
<210>23
<211>393
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜
<400>23
atggttggtg actacagaga gaactatagc ccaagctccg acgattcttc ttctgtaggg     60
gaagagacga cttcttcaat gtattctgcg aggaatgaag atacgcctac agaatggacc    120
gatgagaagc atagtttgta tcttaaatca atggaagctt ccttcgttga tcagctgtac    180
aactccctcg gtgcgctcgg ctccaaaaac aacaaggata ctgtcggacc atcgagaagg    240
ttcggtgatg gtggaaaacc ttctgaagaa cagaagatga atgtgaggca gcctgagtat    300
cgtctcaatg gaagacacgg tcgtcgctct cacgagtttc ttaggagtcc atggatcaag    360
cactataagc cttcaccaaa gtccctaaca gat                                 393
<210>24
<211>131
<212>PRt
<213>甘蓝型 油菜
<220>
<221>肽
<222>(1)..(131)
<223>Ceres Seq.ID no.4796910
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>24
Met Val Gly Asp Tyr Arg Glu Asn Tyr Ser Pro Ser Ser Asp Asp Ser
1               5                   10                  15
Ser Ser Val Gly Glu Glu Thr Thr Ser Ser Met Tyr Ser Ala Arg Asn
            20                  25                  30
Glu Asp Thr Pro Thr Glu Trp Thr Asp Glu Lys His Ser Leu Tyr Leu
        35                  40                  45
Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn Ser Leu Gly
    50                  55                  60
Ala Leu Gly Ser Lys Asn Asn Lys Asp Thr Val Gly Pro Ser Arg Arg
65                  70                  75                  80
Phe Gly Asp Gly Gly Lys Pro Ser Glu Glu Gln Lys Met Asn Val Arg
                85                  90                  95
Gln Pro Glu Tyr Arg Leu Asn Gly Arg His Gly Arg Arg Ser His Glu
            100                 105                 110
Phe Leu Arg Ser Pro Trp Ile Lys His Tyr Lys Pro Ser Pro Lys Ser
        115                 120                 125
Leu Thr Asp
    130
<210>25
<211>315
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜
<400>25
atgtattctg cgaggaatga agatacgcct acagaatgga ccgatgagaa gcatagtttg     60
tatcttaaat caatggaagc ttccttcgtt gatcagctgt acaactccct cggtgcgctc    120
ggctccaaaa acaacaagga tactgtcgga ccatcgagaa ggttcggtga tggtggaaaa    180
ccttctgaag aacagaagat gaatgtgagg cagcctgagt atcgtctcaa tggaagacac    240
ggtcgtcgct ctcacgagtt tcttaggagt ccatggatca agcactataa gccttcacca    300
aagtccctaa cagat                                                     315
<210>26
<211>105
<212>PRt
<213>甘蓝型 油菜
<220>
<221>肽
<222>(1)..(105)
<223>Ceres Seq.ID no.4796911
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>26
Met Tyr Ser Ala Arg Asn Glu Asp Thr Pro Thr Glu Trp Thr Asp Glu
1               5                   10                  15
Lys His Ser Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln
            20                  25                  30
Leu Tyr Asn Ser Leu Gly Ala Leu Gly Ser Lys Asn Asn Lys Asp Thr
        35                  40                  45
Val Gly Pro Set Arg Arg Phe Gly Asp Gly Gly Lys Pro Ser Glu Glu
    50                  55                  60
Gln Lys Met Asn Val Arg Gln Pro Glu Tyr Arg Leu Asn Gly Arg His
65                  70                  75                  80
Gly Arg Arg Ser His Glu Phe Leu Arg Ser Pro Trp Ile Lys His Tyr
                85                  90                  95
Lys Pro Ser Pro Lys Ser Leu Thr Asp
            100                 105
<210>27
<211>243
<212>DNA
<213>甘蓝型 油菜
<400>27
atggaagctt ccttcgttga tcagctgtac aactccctcg gtgcgctcgg ctccaaaaac     60
aacaaggata ctgtcggacc atcgagaagg ttcggtgatg gtggaaaacc ttctgaagaa    120
cagaagatga atgtgaggca gcctgagtat cgtctcaatg gaagacacgg tcgtcgctct    180
cacgagtttc ttaggagtcc atggatcaag cactataagc cttcaccaaa gtccctaaca    240
gat                                                                  243
<210>28
<211>81
<212>PRt
<213>甘蓝型 油菜
<220>
<221>
<222>(1)..(81)
<223>Ceres Seq.ID no.4796912
<220>肽
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>28
Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn Ser Leu Gly Ala Leu
1               5                   10                  15
Gly Ser Lys Asn Asn Lys Asp Thr Val Gly Pro Ser Arg Arg Phe Gly
            20                  25                  30
Asp Gly Gly Lys Pro Ser Glu Glu Gln Lys Met Asn Val Arg Gln Pro
        35                  40                  45
Glu Tyr Arg Leu Asn Gly Arg His Gly Arg Arg Ser His Glu Phe Leu
    50                  55                  60
Arg Ser Pro Trp Ile Lys His Tyr Lys Pro Ser Pro Lys Ser Leu Thr
65                  70                  75                  80
Asp
<210>29
<211>1014
<212>DNA
<213>拟南芥(Arabidopsis tha(iana)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1014)
<223>Ceres Seq.ID no.12321174
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>n是a、c、t、g、未知或其它
<400>29
ctctctctct taaagctctc ttctttggct ctttcgaaga agaaccattt ttatttccta     60
agagagacga cggagttctt ttctaaagca ccggagagga ggagaagcaa cgatggagaa    120
tgattgcacg gtgaatattg tctctctgga gaaggatcgc gatgtttcgg aggcgtcggc    180
tgaatctcag agcgagtcga ctctttcgaa ctcgctcgat tccggtgtta cggctgagac    240
ctctcgttct gatgctgatt ccaaactgga tgaatgtact gcttggacga atgagaaaca    300
caactcatat cttgattatt tagagagctc gtttgttagg caattatact ccttgcttgg    360
aggtgggact cagagacttt ctagaactcg tgatgtgcag tctaactctc ataaatcagc    420
tgatcagttt accgtcctac aaaatggttg ctggcagaag gttaactttg gaaagaaaca    480
atcttgtttg gagacttcat ctgagtttcg ttttcacaga aattcattga gaaataagcc    540
tgaaaattcc aacggaaatt acaccatggg aactactgtc caaggagatg tgttatgtca    600
tgacgaaacc aaacactcag aggcgtcagg gcagaatttc agagaagaag aagaagaaga    660
agagaaggga gaggtgagca aaaaacgaga aagagaagca aataacgatg atagttcatt    720
gaaggaggat caggttgtgc cggtaaggat ggtgaagccc agaacgtgaa agcattagga    780
agtgtagatg aaatactatg aatagagata aagaaataga agaaggtgtg gttacgaatg    840
tggagagggt tttgtttgtt gtatagcgtg aggctaaaga gagccttcct tataaaggga    900
tccaatggga tatggaaata ggattggtgt ttgttttcgt taaattttgt ctaatgttaa    960
ctaggggaaa agttatctga tagtattagc atcttatggc aattttattc tttt         1014
<210>30
<211>654
<212>DNA
<213>拟南芥
<400>30
atggagaatg attgcacggt gaatattgtc tctctggaga aggatcgc+ga tgtttcggag    60
gcgtcggctg aatctcagag cgagtcgact ctttcgaact cgctcgattc cggtgttacg    120
gctgagacct ctcgttctga tgctgattcc aaactggatg aatgtactgc ttggacgaat    180
gagaaacaca actcatatct tgattattta gagagctcgt ttgttaggca attatactcc    240
ttgcttggag gtgggactca gagactttct agaactcgtg atgtgcagtc taactctcat    300
aaatcagctg atcagtttac cgtcctacaa aatggttgct ggcagaaggt taactttgga    360
aagaaacaat cttgtttgga gacttcatct gagtttcgtt ttcacagaaa ttcattgaga    420
aataagcctg aaaattccaa cggaaattac accatgggaa ctactgtcca aggagatgtg    480
ttatgtcatg acgaaaccaa acactcagag gcgtcagggc agaatttcag agaagaagaa    540
gaagaagaag agaagggaga ggtgagcaaa aaacgagaaa gagaagcaaa taacgatgat    600
agttcattga aggaggatca ggttgtgccg gtaaggatgg tgaagcccag aacg          654
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<211>218
<212>PRt
<213>拟南芥
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<220>
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<223>Xaa是任何aa，未知或其它
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Met Glu Asn Asp Cys Thr Val Asn Ile Val Ser Leu Glu Lys Asp Arg
1               5                   10                  15
Asp Val Ser Glu Ala Ser Ala Glu Ser Gln Ser Glu Ser Thr Leu Ser
            20                  25                  30
Asn Ser Leu Asp Ser Gly Val Thr Ala Glu Thr Ser Arg Ser Asp Ala
        35                  40                  45
Asp Ser Lys Leu Asp Glu Cys Thr Ala Trp Thr Asn Glu Lys His Asn
    50                  55                  60
Ser Tyr Leu Asp Tyr Leu Glu Ser Ser Phe Val Arg Gln Leu Tyr Ser
65                  70                  75                  80
Leu Leu Gly Gly Gly Thr Gln Arg Leu Ser Arg Thr Arg Asp Val Gln
                85                  90                  95
Ser Asn Ser His Lys Ser Ala Asp Gln Phe Thr Val Leu Gln Asn Gly
            100                 105                 110
Cys Trp Gln Lys Val Asn Phe Gly Lys Lys Gln Ser Cys Leu Glu Thr
        115                 120                 125
Ser Ser Glu Phe Arg Phe His Arg Asn Ser Leu Arg Asn Lys Pro Glu
    130                 135                 140
Asn Ser Asn Gly Asn Tyr Thr Met Gly Thr Thr Val Gln Gly Asp Val
145                 150                 155                 160
Leu Cys His Asp Glu Thr Lys His Ser Glu Ala Ser Gly Gln Asn Phe
                165                 170                 175
Arg Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Lys Gly Glu Val Ser Lys Lys Arg
            180                 185                 190
Glu Arg Glu Ala Asn Asn Asp Asp Ser Ser Leu Lys Glu Asp Gln Val
        195                 200                 205
Val Pro Val Arg Met Val Lys Pro Arg Thr
    210                 215
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<213>拟南芥
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<223>n是a、c、t、g、未知或其它
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agatattttg tttctctctt tctctctgat atttttcatt ttcttcttct tctctctctc     60
tctccacaaa gataagccaa caatggttgg tgattacaga ggacgcttta gtagccgtcg    120
tttctccgac gactctgacg attcttccga cgatgcttct tccgtggagg gagagaccac    180
ttcttccatg tactctgcgg ggaaagagta tatggaaaca gaatggacta atgagaagca    240
tagtttatat cttaaatcta tggaagcttc attcgtagat cagttatata actcgctcgg    300
agctctcggg aagaacgaga atgtatccga atcaacgagg ttcggtagcg gtagaaaacc    360
gtctcaagaa cagttcaagg ttcttcatga tggtttctgg cagaagatta atgtgaaaca    420
acctgaacat cggattaacg gaaggcacgg tggtaattct catgagtttc ttaggagtcc    480
atggattaag cattataaac ctttagtaaa gacacaaatc ccggtaacgg atgagcccga    540
aaatcaagtt gttagcagct ctaatgggaa gaagggaata tgcagctctg gctcagcctc    600
tagtctcaag cagctaagct ctcattcgcg tgaccacgac caaatcagcg ttggagaagc    660
agaggtatcg gatcagaact ttgttaacga aggaataaaa ggcgaaaacg gaagctcgaa    720
gaagatgaag acggtgatga tgagtgaatc gtcgagtacc gatcaggttg ttccactcaa    780
taagctcttg caacatgacg taaatttgaa gtctgtttct tgagaggtca gatggtgaag    840
ctttatatga ggagagaatt ttgtaatgta tatatatttg cataacttat aagtcaaatt    900
tactatcctt agttacaagt ttcttcatca tatatcccta actataaata tatttatatg    960
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<212>DNA
<213>拟南芥
<400>33
gatattttgt ttctctcttt ctctctgata tttttcattt tcttcttctt ctctctctct     60
ctccacaaag ataagccaac aatggttggt gattacagag gacgctttag tagccgtcgt    120
ttctccgacg actctgacga ttcttccgac gatgcttctt ccgtggaggg agagaccact    180
tcttccatgt actctgcggg gaaagagtat atggaaacag aatggactaa tgagaagcat    240
agtttatatc ttaaatctat ggaagcttca ttcgtagatc agttatataa ctcgctcgga    300
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tctcaagaac agttcaaggt tcttcatgat ggtttctggc agaagattaa tgtgaaacaa    420
cctgaacatc ggattaacgg aaggcacggt ggtaattctc atgagtttct taggagtcca    480
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aatcaagttg ttagcagctc taatgggaag aagggaatat gcagctctgg ctcagcctct    600
agtctcaagc agctaagctc tcattcgcgt gaccacgacc aaatcagcgt tggagaagca    660
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aagatgaaga cggtgatgat gagtgaatcg tcgagtaccg atcaggttgt tccactcaat    780
aagctcttgc aacatgacgt aaatttgaag tctgtttct                           819
<210>34
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<212>PRt
<213>拟南芥
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<221>肽
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<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>34
Asp Ile Leu Phe Leu Ser Phe Ser Leu Ile Phe Phe Ile Phe Phe Phe
1               5                   10                  15
Phe Ser Leu Ser Leu His Lys Asp Lys Pro Thr Met Val Gly Asp Tyr
            20                  25                  30
Arg Gly Arg Phe Ser Ser Arg Arg Phe Ser Asp Asp Ser Asp Asp Ser
        35                  40                  45
Ser Asp Asp Ala Ser Ser Val Glu Gly Glu Thr Thr Ser Ser Met Tyr
    50                  55                  60
Ser Ala Gly Lys Glu Tyr Met Glu Thr Glu Trp Thr Asn Glu Lys His
65                  70                  75                  80
Ser Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr
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Asn Ser Leu Gly Ala Leu Gly Lys Asn Glu Asn Val Ser Glu Ser Thr
            100                 105                 110
Arg Phe Gly Ser Gly Arg Lys Pro Ser Gln Glu Gln Phe Lys Val Leu
        115                 120                 125
His Asp Gly Phe Trp Gln Lys Ile Asn Val Lys Gln Pro Glu His Arg
    130                 135                 140
Ile Asn Gly Arg His Gly Gly Asn Ser His Glu Phe Leu Arg Ser Pro
145                 150                 155                 160
Trp Ile Lys His Tyr Lys Pro Leu Val Lys Thr Gln Ile Pro Val Thr
                165                 170                 175
Asp Glu Pro Glu Asn Gln Val Val Ser Ser Ser Asn Gly Lys Lys Gly
            180                 185                 190
Ile Cys Ser Ser Gly Ser Ala Ser Ser Leu Lys Gln Leu Ser Ser His
        195                 200                 205
Ser Arg Asp His Asp Gln Ile Ser Val Gly Glu Ala Glu Val Ser Asp
    210                 215                 220
Gln Asn Phe Val Asn Glu Gly Ile Lys Gly Glu Asn Gly Ser Ser Lys
225                 230                 235                 240
Lys Met Lys Thr Val Met Met Ser Glu Ser Ser Ser Thr Asp Gln Val
                245                 250                 255
Val Pro Leu Asn Lys Leu Leu Gln His Asp Val Asn Leu Lys Ser Val
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Ser
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<212>DNA
<213>拟南芥
<400>35
atggttggtg attacagagg acgctttagt agccgtcgtt tctccgacga ctctgacgat     60
tcttccgacg atgcttcttc cgtggaggga gagaccactt cttccatgta ctctgcgggg    120
aaagagtata tggaaacaga atggactaat gagaagcata gtttatatct taaatctatg    180
gaagcttcat tcgtagatca gttatataac tcgctcggag ctctcgggaa gaacgagaat    240
gtatccgaat caacgaggtt cggtagcggt agaaaaccgt ctcaagaaca gttcaaggtt    300
cttcatgatg gtttctggca gaagattaat gtgaaacaac ctgaacatcg gattaacgga    360
aggcacggtg gtaattctca tgagtttctt aggagtccat ggattaagca ttataaacct    420
ttagtaaaga cacaaatccc ggtaacggat gagcccgaaa atcaagttgt tagcagctct    480
aatgggaaga agggaatatg cagctctggc tcagcctcta gtctcaagca gctaagctct    540
cattcgcgtg accacgacca aatcagcgtt ggagaagcag aggtatcgga tcagaacttt    600
gttaacgaag gaataaaagg cgaaaacgga agctcgaaga agatgaagac ggtgatgatg    660
agtgaatcgt cgagtaccga tcaggttgtt ccactcaata agctcttgca acatgacgta    720
aatttgaagt ctgtttct                                                  738
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<212>PRt
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<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>36
Met Val Gly Asp Tyr Arg Gly Arg Phe Ser Ser Arg Arg Phe Ser Asp
1               5                   10                  15
Asp Ser Asp Asp Ser Ser Asp Asp Ala Ser Ser Val Glu Gly Glu Thr
            20                  25                  30
Thr Ser Ser Met Tyr Ser Ala Gly Lys Glu Tyr Met Glu Thr Glu Trp
         35                 40                  45
Thr Asn Glu Lys His Ser Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe
    50                  55                  60
Val Asp Gln Leu Tyr Asn Ser Leu Gly Ala Leu Gly Lys Asn Glu Asn
65                  70                  75                  80
Val Ser Glu Ser Thr Arg Phe Gly Ser Gly Arg Lys Pro Ser Gln Glu
                85                  90                  95
Gln Phe Lys Val Leu His Asp Gly Phe Trp Gln Lys Ile Asn Val Lys
            100                 105                 110
Gln Pro Glu His Arg Ile Asn Gly Arg His Gly Gly Asn Ser His Glu
        115                 120                 125
Phe Leu Arg Ser Pro Trp Ile Lys His Tyr Lys Pro Leu Val Lys Thr
    130                 135                 140
Gln Ile Pro Val Thr Asp Glu Pro Glu Asn Gln Val Val Ser Ser Ser
145                 150                 155                 160
Asn Gly Lys Lys Gly Ile Cys Ser Ser Gly Ser Ala Ser Ser Leu Lys
                165                 170                 175
Gln Leu Ser Ser His Ser Arg Asp His Asp Gln Ile Ser Val Gly Glu
            180                 185                 190
Ala Glu Val Ser Asp Gln Asn Phe Val Asn Glu Gly Ile Lys Gly Glu
        195                 200                 205
Asn Gly Ser Ser Lys Lys Met Lys Thr Val Met Met Ser Glu Ser Ser
    210                 215                 220
Ser Thr Asp Gln Val Val Pro Leu Asn Lys Leu Leu Gln His Asp Val
225                 230                 235                 240
Asn Leu Lys Ser Val Ser
                245
<210>37
<211>633
<212>DNA
<213>拟南芥
<400>37
atgtactctg cggggaaaga gtatatggaa acagaatgga ctaatgagaa gcatagttta     60
tatcttaaat ctatggaagc ttcattcgta gatcagttat ataactcgct cggagctctc    120
gggaagaacg agaatgtatc cgaatcaacg aggttcggta gcggtagaaa accgtctcaa    180
gaacagttca aggttcttca tgatggtttc tggcagaaga ttaatgtgaa acaacctgaa    240
catcggatta acggaaggca cggtggtaat tctcatgagt ttcttaggag tccatggatt    300
aagcattata aacctttagt aaagacacaa atcccggtaa cggatgagcc cgaaaatcaa    360
gttgttagca gctctaatgg gaagaaggga atatgcagct ctggctcagc ctctagtctc    420
aagcagctaa gctctcattc gcgtgaccac gaccaaatca gcgttggaga agcagaggta    480
tcggatcaga actttgttaa cgaaggaata aaaggcgaaa acggaagctc gaagaagatg    540
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<212>PRt
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<220>
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<223>Xaa是任何aa，未知或其它
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Met Tyr Ser Ala Gly Lys Glu Tyr Met Glu Thr Glu Trp Thr Asn Glu
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Lys His Ser Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln
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Leu Tyr Asn Ser Leu Gly Ala Leu Gly Lys Asn Glu Asn Val Ser Glu
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Ser Thr Arg Phe Gly Ser Gly Arg Lys Pro Ser Gln Glu Gln Phe Lys
    50                  55                  60
Val Leu His Asp Gly Phe Trp Gln Lys Ile Asn Val Lys Gln Pro Glu
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His Arg Ile Asn Gly Arg His Gly Gly Asn Ser His Glu Phe Leu Arg
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Ser Pro Trp Ile Lys His Tyr Lys Pro Leu Val Lys Thr Gln Ile Pro
            100                 105                 110
Val Thr Asp Glu Pro Glu Asn Gln Val Val Ser Ser Ser Asn Gly Lys
        115                 120                 125
Lys Gly Ile Cys Ser Ser Gly Ser Ala Ser Ser Leu Lys Gln Leu Ser
    130                 135                 140
Ser His Ser Arg Asp His Asp Gln Ile Ser Val Gly Glu Ala Glu Val
145                 150                 155                 160
Ser Asp Gln Asn Phe Val Asn Glu Gly Ile Lys Gly Glu Asn Gly Ser
                165                 170                 175
Ser Lys Lys Met Lys Thr Val Met Met Ser Glu Ser Ser Ser Thr Asp
            180                 185                 190
Gln Val Val Pro Leu Asn Lys Leu Leu Gln His Asp Val Asn Leu Lys
        195                 200                 205
Ser Val Ser
    210
<210>39
<211>960
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
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<222>(1)..(960)
<223>Ceres Seq.ID no.13491409
<220>
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<223>n是a、c、t、g、未知或其它
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gatgaagacg gtgatgatga gtgaatcgtc gagtaccgat caggttgttc cactcaataa    780
actcttgcaa catgacgtaa atttgaagtc tgtttcttga gaggtcagat ggtgaagctt    840
tatatgagga gagaattttg taatgtatat atatttgcat aacttataag tcaaatttac    900
tatccttagt tacaagtttc ttcatcatat atccctaact ataaatatat ttatatgccc    960
                                                                     960
<210>40
<211>816
<212>DNA
<213>拟南芥
<400>40
tttttgtttc tctctttctc tctgatattt ttcattttct tcttcttctc tctctctctc     60
cacaaagata agccaacaat ggttggtgat tacagaggac gctttagtag ccgtcgtttc    120
tccgatgact ctgacgattc ttccgacgat gcttcttccg tggagggaga gaccacttct    180
tccatgtact ctgcggggaa agagtatatg gaaacagaat ggactaatga gaagcatagt    240
ttatatctta aatctatgga agcttcattc gtagatcagt tatataactc gctcggagct    300
ctcgggaaga acgagaatgt atccgaatca acgaggttcg gtagcggtag aaaaccgtct    360
caagaacagt tcaaggttct tcatgatggt ttctggcaga agattaatgt gaaacaacct    420
gaacatcgga ttaacggaag gcacggtggt aattctcatg agtttcttag gagtccatgg    480
attaagcatt ataaaccttt agtaaagaca caaatcccgg taacggatga gcccgaaaat    540
caagttgtta gcagctctaa tgggaagaag ggaatatgca gctctggctc agcctctagt    600
ctcaagcagc taagctctca ttcgcgtgac cacgaccaaa tcagcgttgg agaagcagag    660
gtatcggatc agaactttgt taacgaagga ataaaaggcg aaaacggaag ctcgaagaag    720
atgaagacgg tgatgatgag tgaatcgtcg agtaccgatc aggttgttcc actcaataaa    780
ctcttgcaac atgacgtaaa tttgaagtct gtttct                              816
<210>41
<211>272
<212>PRt
<213>拟南芥
<220>
<221>肽
<222>(1)..(272)
<223>Ceres Seq.ID no.13491410
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>41
Phe Leu Phe Leu Ser Phe Ser Leu Ile Phe Phe Ile Phe Phe Phe Phe
1               5                   10                  15
Ser Leu Ser Leu His Lys Asp Lys Pro Thr Met Val Gly Asp Tyr Arg
            20                  25                  30
Gly Arg Phe Ser Ser Arg Arg Phe Ser Asp Asp Ser Asp Asp Ser Ser
        35                  40                  45
Asp Asp Ala Ser Ser Val Glu Gly Glu Thr Thr Ser Ser Met Tyr Ser
    50                  55                  60
Ala Gly Lys Glu Tyr Met Glu Thr Glu Trp Thr Asn Glu Lys His Ser
65                  70                  75                  80
Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln Leu Tyr Asn
                85                  90                  95
Ser Leu Gly Ala Leu Gly Lys Asn Glu Asn Val Ser Glu Ser Thr Arg
            100                 105                 110
Phe Gly Ser Gly Arg Lys Pro Ser Gln Glu Gln Phe Lys Val Leu His
        115                 120                 125
Asp Gly Phe Trp Gln Lys Ile Asn Val Lys Gln Pro Glu His Arg Ile
    130                 135                 140
Asn Gly Arg His Gly Gly Asn Ser His Glu Phe Leu Arg Ser Pro Trp
145                 150                 155                 160
Ile Lys His Tyr Lys Pro Leu Val Lys Thr Gln Ile Pro Val Thr Asp
                165                 170                 175
Glu Pro Glu Asn Gln Val Val Ser Ser Ser Asn Gly Lys Lys Gly Ile
            180                 185                 190
Cys Ser Ser Gly Ser Ala Ser Ser Leu Lys Gln Leu Ser Ser His Ser
        195                 200                 205
Arg Asp His Asp Gln Ile Ser Val Gly Glu Ala Glu Val Ser Asp Gln
    210                 215                 220
Asn Phe Val Asn Glu Gly Ile Lys Gly Glu Asn Gly Ser Ser Lys Lys
225                 230                 235                 240
Met Lys Thr Val Met Met Ser Glu Ser Ser Ser Thr Asp Gln Val Val
                245                 250                 255
Pro Leu Asn Lys Leu Leu Gln His Asp Val Asn Leu Lys Ser Val Ser
            260                 265                 270
<210>42
<211>738
<212>DNA
<213>拟南芥
<400>42
atggttggtg attacagagg acgctttagt agccgtcgtt tctccgatga ctctgacgat     60
tcttccgacg atgcttcttc cgtggaggga gagaccactt cttccatgta ctctgcgggg    120
aaagagtata tggaaacaga atggactaat gagaagcata gtttatatct taaatctatg    180
gaagcttcat tcgtagatca gttatataac tcgctcggag ctctcgggaa gaacgagaat    240
gtatccgaat caacgaggtt cggtagcggt agaaaaccgt ctcaagaaca gttcaaggtt    300
cttcatgatg gtttctggca gaagattaat gtgaaacaac ctgaacatcg gattaacgga    360
aggcacggtg gtaattctca tgagtttctt aggagtccat ggattaagca ttataaacct    420
ttagtaaaga cacaaatccc ggtaacggat gagcccgaaa atcaagttgt tagcagctct    480
aatgggaaga agggaatatg cagctctggc tcagcctcta gtctcaagca gctaagctct    540
cattcgcgtg accacgacca aatcagcgtt ggagaagcag aggtatcgga tcagaacttt    600
gttaacgaag gaataaaagg cgaaaacgga agctcgaaga agatgaagac ggtgatgatg    660
agtgaatcgt cgagtaccga tcaggttgtt ccactcaata aactcttgca acatgacgta    720
aatttgaagt ctgtttct                                                  738
<210>43
<211>246
<212>PRt
<213>拟南芥
<220>
<221>肽
<222>(1)..(246)
<223>Ceres Seq.ID no.13491411
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>43
Met Val Gly Asp Tyr Arg Gly Arg Phe Ser Ser Arg Arg Phe Ser Asp
1               5                   10                  15
Asp Ser Asp Asp Ser Ser Asp Asp Ala Ser Ser Val Glu Gly Glu Thr
            20                  25                  30
Thr Ser Ser Met Tyr Ser Ala Gly Lys Glu Tyr Met Glu Thr Glu Trp
        35                  40                  45
Thr Asn Glu Lys His Ser Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe
    50                  55                  60
Val Asp Gln Leu Tyr Asn Ser Leu Gly Ala Leu Gly Lys Asn Glu Asn
65                  70                  75                  80
Val Ser Glu Ser Thr Arg Phe Gly Ser Gly Arg Lys Pro Ser Gln Glu
                85                  90                  95
Gln Phe Lys Val Leu His Asp Gly Phe Trp Gln Lys Ile Asn Val Lys
            100                 105                 110
Gln Pro Glu His Arg Ile Asn Gly Arg His Gly Gly Asn Ser His Glu
        115                 120                 125
Phe Leu Arg Ser Pro Trp Ile Lys His Tyr Lys Pro Leu Val Lys Thr
    130                 135                 140
Gln Ile Pro Val Thr Asp Glu Pro Glu Asn Gln Val Val Ser Ser Ser
145                 150                 155                 160
Asn Gly Lys Lys Gly Ile Cys Ser Ser Gly Ser Ala Ser Ser Leu Lys
                165                 170                 175
Gin Leu Ser Ser His Ser Arg Asp His Asp Gln Ile Ser Val Gly Glu
            180                 185                 190
Ala Glu Val Ser Asp Gln Asn Phe Val Asn Glu Gly Ile Lys Gly Glu
        195                 200                 205
Asn Gly Ser Ser Lys Lys Met Lys Thr Val Met Met Ser Glu Ser Ser
    210                 215                 220
Ser Thr Asp Gln Val Val Pro Leu Asn Lys Leu Leu Gln His Asp Val
225                 230                 235                 240
Asn Leu Lys Ser Val Ser
                245
<210>44
<211>633
<212>DNA
<213>拟南芥
<400>44
atgtactctg cggggaaaga gtatatggaa acagaatgga ctaatgagaa gcatagttta     60
tatcttaaat ctatggaagc ttcattcgta gatcagttat ataactcgct cggagctctc    120
gggaagaacg agaatgtatc cgaatcaacg aggttcggta gcggtagaaa accgtctcaa    180
gaacagttca aggttcttca tgatggtttc tggcagaaga ttaatgtgaa acaacctgaa    240
catcggatta acggaaggca cggtggtaat tctcatgagt ttcttaggag tccatggatt    300
aagcattata aacctttagt aaagacacaa atcccggtaa cggatgagcc cgaaaatcaa    360
gttgttagca gctctaatgg gaagaaggga atatgcagct ctggctcagc ctctagtctc    420
aagcagctaa gctctcattc gcgtgaccac gaccaaatca gcgttggaga agcagaggta    480
tcggatcaga actttgttaa cgaaggaata aaaggcgaaa acggaagctc gaagaagatg    540
aagacggtga tgatgagtga atcgtcgagt accgatcagg ttgttccact caataaactc    600
ttgcaacatg acgtaaattt gaagtctgtt tct                                 633
<210>45
<211>211
<212>PRt
<213>拟南芥
<220>
<221>肽
<222>(1)..(211)
<223>Ceres Seq.ID no.13491412
<220>
<221>misc_feature
<222>()..()
<223>Xaa是任何aa，未知或其它
<400>45
Met Tyr Ser Ala Gly Lys Glu Tyr Met Glu Thr Glu Trp Thr Asn Glu
1               5                   10                  15
Lys His Ser Leu Tyr Leu Lys Ser Met Glu Ala Ser Phe Val Asp Gln
            20                  25                  30
Leu Tyr Asn Ser Leu Gly Ala Leu Gly Lys Asn Glu Asn Val Ser Glu
        35                  40                  45
Ser Thr Arg Phe Gly Ser Gly Arg Lys Pro Ser Gln Glu Gln Phe Lys
    50                  55                  60
Val Leu His Asp Gly Phe Trp Gln Lys Ile Asn Val Lys Gln Pro Glu
65                  70                  75                  80
His Arg Ile Asn Gly Arg His Gly Gly Asn Ser His Glu Phe Leu Arg
                85                  90                  95
Ser Pro Trp Ile Lys His Tyr Lys Pro Leu Val Lys Thr Gln Ile Pro
            100                 105                 110
Val Thr Asp Glu Pro Glu Asn Gln Val Val Ser Ser Ser Asn Gly Lys
        ll5                 120                 125
Lys Gly Ile Cys Ser Ser Gly Ser Ala Ser Ser Leu Lys Gln Leu Ser
    130                 135                 140
Ser His Ser Arg Asp His Asp Gln Ile Ser Val Gly Glu Ala Glu Val
145                 150                 155                 160
Ser Asp Gln Asn Phe Val Asn Glu Gly Ile Lys Gly Glu Asn Gly Ser
                165                 170                 175
Ser Lys Lys Met Lys Thr Val Met Met Ser Glu Ser Ser Ser Thr Asp
            180                 185                 190
Gln Val Val Pro Leu Asn Lys Leu Leu Gln His Asp Val Asn Leu Lys
        195                 200                 205
Ser Val Ser
    210
<210>46
<211>1031
<212>DNA
<213>人工序列
<220>.
<223>克隆核苷酸486033
<220>
<221>misc_feature
<222>(609)..(609)
<223>n是a、c、g、或t
<400>46
agttcgcttt ggcctccgct tgccccctcc ctctcgcgtc tctatacatc gccgctgttg     60
tgttgcagtt cagtttgcat cctgagctct ctcctggacc agccgagatt tctctctctg    120
cgcatctcta attcatcttc gtcgagagga gctgttcctc ttctttgccg cctcgaatct    180
gggactggtc ggttttctgg atccctgctg cctgtcgggt tctcgagagg tgtaaaatcc    240
aatggagggt gtgtcatcgt tgaaccagcc gttgatcaac gacgaccggc agcccgtgcc    300
cagcagtatc gccaagggtg atcaaatcca aggcctgttg tcgggtgaat ggacaaatga    360
gcggcacagc tcgtacataa gctccatgga ggcatctttc gtggagcaac tccgtagtgg    420
ttccaaggcc atccaggagg gcttgtgcca gagcatgagg attccgaggg atgatgctcg    480
cagccatgac gtccctgaga gtccgtgggt ggtggtgagg cgtttcaggc cacgcggtgt    540
ccaccatggc gatggaatgg aagtggaacc tttggtcgat ggttatggat caggtactga    600
cacggcccng agagaaggtc cggacccacg caagatagcg aaggcttctg ctattattga    660
agtcacggac cagaattttc ctgaggaggg gattcaatcc agtaacggtg catgcaagag    720
acagaaatct actcctggca atgcatcaaa tggccagggt acttaacaag atagtggaag    780
ccaagccatg ccctctctga agccttcagg aggccatggg ggaaacgaga cttgtctgca    840
gtactacgtg atgacaggtc gtgctgcagc tgcaagtagt ttggcttacc aaaatatgat    900
atcgtcgtcc tttctgcggt gtggagagta gaatatgcat atccacatct gcagagagca    960
ccggttctct tcttcttgtt gctgttacta ttttgtgcca tggagcaaat ttatttggta   1020
aatttgagct g                                                        1031
<210>47
<211>174
<212>PRt
<213>人工序列
<220>
<223>克隆肽486033
<220>
<221>misc_feature
<222>(123)..(123)
<223>Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400>47
Met Glu Gly Val Ser Ser Leu Asn Gln Pro Leu Ile Asn Asp Asp Arg
1                   5               10                  15
Gln Pro Val Pro Ser Ser Ile Ala Lys Gly Asp Gln Ile Gln Gly Leu
            20                  25                  30
Leu Ser Gly Glu Trp Thr Asn Glu Arg His Ser Ser Tyr Ile Ser Ser
        35                  40                  45
Met Glu Ala Ser Phe Val Glu Gln Leu Arg Ser Gly Ser Lys Ala Ile
    50                  55                  60
Gln Glu Gly Leu Cys Gln Ser Met Arg Tle Pro Arg Asp Asp Ala Arg
65                  70                  75                  80
Ser His Asp Val Pro Glu Ser Pro Trp Val Val Val Arg Arg Phe Arg
                85                  90                  95
Pro Arg Gly Val His His Gly Asp Gly Met Glu Val Glu Pro Leu Val
            100                 105                 110
Asp Gly Tyr Gly Ser Gly Thr Asp Thr Ala Xaa Arg Glu Gly Pro Asp
        115                 120                 125
Pro Arg Lys Ile Ala Lys Ala Ser Ala Ile Ile Glu Val Thr Asp Gln
    130                 135                 140
Asn Phe Pro Glu Glu Gly Ile Gln Ser Ser Asn Gly Ala Cys Lys Arg
145                 150                 155                 160
Gln Lys Ser Thr Pro Gly Asn Ala Ser Asn Gly Gln Gly Thr
                165                 170

Claims (20)

1.一种分离的核酸分子，其含有：
a)一种核酸，其具有编码这样的氨基酸序列的核苷酸序列，所述氨基酸序列显示与根据SEQ ID NO.3、5、7、10、12、14、17、19、21、24、26、28、31、34、36、38、41、43、45、48和49中的任一氨基酸序列至少85％的序列同一性；
b)一种与根据(a)小项的核苷酸序列互补的核酸；
c)一种核酸，其与根据(a)小项的核苷酸序列反向，从而所述反向核苷酸序列具有与根据(a)小项的核苷酸序列的序列顺序反向的序列顺序；或
d)一种核酸，其在大约40℃和48℃，低于所述核酸双链体熔解温度的温度允许形成核酸双链体的条件下，能够与(a)-(c)小项中任一小项的核酸杂交。
2.根据权利要求1所述的分离的核酸分子，其具有根据SEQ ID NO.1、2、4、6、8、9、11、13、15、16、18、20、22、23、35、27、29、30、32、33、35、37、39、40、42、44和46中的任一序列。
3.根据权利要求1所述的分离的核酸分子，其中所述氨基酸序列含有根据SEQ ID NO.3、5、7、10、12、14、17、19、21、24、26、28、31、34、36、38、41、43、45、48和49的序列。
4.根据权利要求1所述的分离的核酸分子，其中所述氨基酸具有根据SEQ ID NO.48或49的结构。
5.一种载体构建体，其含有：
a)具有能够在植物中导致转录和/或翻译的调控序列的第一核酸；和
b)具有权利要求1-4中任一项所述的分离的核酸分子序列的第二核酸；
其中所述第一和第二核酸有效连接，并且其中所述第二核酸与所述载体构建体中的任何元件是异源的。
6.根据权利要求5所述的载体构建体，其中所述第一核酸对于所述第二核酸是天然的。
7.根据权利要求5所述的载体构建体，其中所述第一核酸对于所述第二核酸是异源的。
8.一种含有权利要求1-4中任一项所述的分离的核酸分子的宿主细胞，其中所述核酸分子侧接外源序列。
9.一种含有权利要求5-7中任一项所述的载体构建体的宿主细胞。
10.一种分离的多肽，其含有这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列显示与根据SEQ ID No.3、5、7、10、12、14、17、19、21、24、26、28、31、34、36、38、41、43、45、48和49中任一氨基酸序列至少85％的序列同一性，并且能够使一种植物与野生型植物相比，具有增加的大小，或具有数目和大小增加的莲座叶。
11.一种将分离的核酸导入宿主细胞的方法，其中包括：
a)提供权利要求1-4中任一项所述的分离的核酸分子；和
b)在允许所述核酸***所述宿主细胞的条件下，使所述分离的核酸分子与所述宿主细胞接触。
12.一种转化宿主细胞的方法，其包括将宿主细胞与权利要求5-7中任一项所述的载体构建体接触。
13.一种调节植物开花时间或大小，或植物莲座叶的大小或数目的方法，其中包括用权利要求1所述的核酸分子或权利要求5所述的载体转化所述植物。
14.一种增加植物大小的方法，其中包括用权利要求1-4中任一项所述的核酸分子或权利要求5-7中任一项所述的载体转化所述植物。
15.一种增加植物莲座叶的大小或数目的方法，其中包括用权利要求1-4中任一项所述的核酸分子或权利要求5-7中任一项所述的载体转化所述植物。
16.一种增加植物大小，或莲座叶的大小或数目的方法，其中包括用编码根据SEQ ID NO.48或49的多肽的核酸分子转化植物。
17.一种检测样品中核酸的方法，其中包括：
a)提供权利要求1-4中任一项所述的分离的核酸分子；
b)在可以比较所述分离的核酸分子的序列与样品中DNA的序列的条件下，将所述分离的核酸分子与所述样品接触；以及
c)分析所述比较的结果。
18.含有权利要求1-4中任一项所述的核酸分子的植物、植物细胞、植物材料或植物种子，其中所述核酸分子与所述植物或植物细胞是外源的或异源的。
19.含有权利要求5-7中任一项所述的载体构建体的植物、植物细胞、植物材料或植物种子。
20.一种再生自权利要求18或19所述的植物细胞或种子的植物。
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