CN114592059A - 一种评估5-fu治疗敏感性/耐药性的试剂盒 - Google Patents

一种评估5-fu治疗敏感性/耐药性的试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN114592059A
CN114592059A CN202210028785.8A CN202210028785A CN114592059A CN 114592059 A CN114592059 A CN 114592059A CN 202210028785 A CN202210028785 A CN 202210028785A CN 114592059 A CN114592059 A CN 114592059A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene
coa reductase
fatty acyl
kit
seq
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202210028785.8A
Other languages
English (en)
Inventor
赵丽瑛
马强
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Southern Hospital Southern Medical University
Original Assignee
Southern Hospital Southern Medical University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Southern Hospital Southern Medical University filed Critical Southern Hospital Southern Medical University
Priority to CN202210028785.8A priority Critical patent/CN114592059A/zh
Publication of CN114592059A publication Critical patent/CN114592059A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种评估5‑FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒,利用本试剂盒检测结直肠癌样本中的Fatty Acyl‑CoA Reductase 1基因是可行的。本发明可以帮助临床医生根据结直肠癌患者肿瘤组织中Fatty Acyl‑CoA Reductase 1基因的表达情况,确定结直肠癌患者是否适用氟尿嘧啶类药物治疗,从而制定个性化治疗方案。本试剂盒操作简便,检测时间短,可实现高通量检测,且价格低廉,主要应用于Fatty Acyl‑CoA Reductase 1基因的检测,可以指导临床医生用于结直肠癌患者的5‑FU用药。

Description

一种评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒
技术领域
本发明涉及生物医药技术领域,具体地,涉及一种评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒。
背景技术
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是全球发病率排名第三的常见的消化道恶性肿瘤之一,其发病率与病死率均保持逐年上升的趋势。近年来,越来越多不同作用靶点的药物给大肠癌患者带来了不同的治疗选择,同时也为患者带来了更多的生存获益。
5-氟尿嘧啶(5-FU)是结直肠癌化疗中使用最为广泛的药物,然而,由于肿瘤细胞原发或继发的耐药性,化疗的效果差强人意,5-FU药物的总体有效性偏低,肿瘤对5-FU药物的敏感性/耐药性成为制约患者化疗及预后的主要因素之一。因此,急需寻找5-FU药物敏感获耐药的相关基因,方便临床医生制定合理的结直肠癌个性化治疗方案,具有积极的临床意义。
发明内容
本发明的目的是为了克服现有技术的上述不足,提供一种评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒,本发明发现,Fatty Acyl-CoA Reductase 1(FAR1)基因的表达量与5-FU药物敏感性/耐药性有很高的关联性,Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因表达量高,则结直肠癌患者对5-FU药物敏感性低、耐药性高,Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因表达量低,则对5-FU药物敏感性高、耐药性低。因此,Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因有望成为结直肠癌诊断和用药治疗的新靶点,开发用于Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因表达量检测的试剂盒有重要的临床意义。
本发明的目的是提供检测Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达量的产品在制备评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒中的应用。
为了实现上述目的,本发明是通过以下方案予以实现的:
检测Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达量的产品在制备评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒中的应用。
优选地,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达量为Fatty Acyl-CoAReductase 1基因mRNA的表达量。
优选地,所述试剂盒还含有检测内参基因GAPDH的mRNA的表达量的试剂。
优选地,所示评估5-FU治疗敏感性/耐药性为评估结直肠癌5-FU治疗敏感性/耐药性。
优选地,所述检测Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达量的产品为FattyAcyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒。
更优选地,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒含有核苷酸序列如SEQ ID NO.1~2的引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.3的探针。
更优选地,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒还含有核苷酸序列如SEQ ID NO.4~5的引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.6的探针。
更优选地,所述探针的5’端标记FAM、VIC、HEX、或CY5荧光基团中的任何一种;
更优选地,所述探针的3’标记有淬灭基团BHQ1、BHQ2的任何一种。
更优选地,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒还含有阴性质控品和/或阳性质控品。
更优选地,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒还含有FAR1定量参考品和/或内参基因定量参考品。
进一步本发明提供一种评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒,该试剂盒是基于标准曲线法的相对定量法对Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因和内参基因GAPDH的mRNA的表达量进行检测。
具体地,其含有以下引物和探针:
Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因上游引物:5’-TGTGCAGCTACAGTAAGGTTT-3’(SEQ ID NO.1),
Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因下游引物:5’-GATTCTTCATTTGTTGTGCAAGG-3’(SEQ ID NO.2),
Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因探针:5’-FAM-ATGTGATTGCAACGCGACAGCTT-BHQ1-3’(SEQ ID NO.3),
内参基因GAPDH上游引物:5’-AAAACCTGCCAAATATGATGACA-3’(SEQ ID NO.4),
内参基因GAPDH下游引物:5’-TGAAGTCAGAGGAGACCACC-3’(SEQ ID NO.5),
内参基因GAPDH探针:5’-VIC-CAGTGTAGCCCAGGATGCCCTT-BHQ1-3’(SEQ ID NO.6);
还含有PCR buffer、逆转录酶、RNA酶抑制剂、热启动Taq酶、dNTPs、FAR1定量参考品(浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL的标准物)、内参基因定量参考品(浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL的标准物)、阴性质控品、阳性质控品。
FAR1定量参考品:为用已定值的Fatty Acyl-CoA Reductase 1质粒稀释成的标准物,其浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL,Fatty Acyl-CoA Reductase 1质粒是将人工构建的含Fatty Acyl-CoA Reductase 1目的基因序列的质粒,用1×TE稀释至相应的浓度,其Fatty Acyl-CoA Reductase 1目的基因序列如SEQ ID NO.8所示;
内参基因定量参考品:为用已定值的内参质粒稀释成的标准物,其浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL,内参基因定量参考品是指将人工构建的含内参目的基因序列的质粒,用1×TE稀释至相应的浓度,其内参基因目的基因序列如SEQ ID NO.7所示;
阴性质控品为临床样本的RNA,其Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值大于或等于3;
阳性质控品为临床样本的RNA,其Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值小于3。
其使用方法为:(1)试剂准备:PCR反应液18μl、酶混合液2μl,充分混匀后备用,
其中PCR反应液由表1中的引物(SEQ ID NO.1~2和SEQ ID NO.4~5)、探针(SEQID NO.3和SEQ ID NO.6)和PCR buffer组成,其中引物的扩增体系终浓度为0.2μmol/L,探针的扩增体系终浓度为0.1μmol/L,PCR buffer终浓度为1×;
酶混合液由逆转录酶、RNA酶抑制剂、热启动Taq酶和dNTPs组成,其中逆转录酶的反应终浓度为2.0U,RNA酶抑制剂的反应终浓度为0.5U,热启动Taq酶的反应终浓度为2.0U,dNTPs的反应终浓度为0.4mM。
(2)加样:向PCR反应管中,分别加入5μl的阴性质控品、阳性质控品,FAR1定量参考品、内参基因定量参考品或待测样品(结直肠癌组织RNA)盖紧管盖,放入仪器样品槽,
其中,FAR1定量参考品:为用已定值的Fatty Acyl-CoA Reductase 1质粒稀释成的标准物,浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL。
内参基因定量参考品:为用已定值的内参质粒稀释成的标准物,浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL。
(3)PCR检测:将PCR反应管置于荧光定量PCR仪(ABI7500)中,设置反应程序:
打开“Setup”窗口,按样本对应顺序设置阴性质控、阳性质控以及未知样本设置为“Unknow”、FAR1和内参基因定量参考品设置为“Standard”并“Quantity”栏中填写相应的浓度,并在“Sample Name”一栏中设置样本名称;探针检测模式设置为:Reporter Dye1:FAM,Quencher Dye1:NONE,Reporter Dye2:VIC,Quencher Dye2:none,Passive Reference:NONE。打开instrument窗口,设置循环条件如下:
Figure BDA0003465575270000041
注:*表示收集荧光信号
3、结果分析:
反应结束后保存检测数据文件。在Results下打开Amplification Plot窗口。选择分析的目的样品所在位置。将Baseline数值改为start:3,stop:10,并打开manual设定Threshold:2-6e+3。双击Rn坐标上数值打开Graph settings窗口,将Post Run Settings中Log改为Linear,OK后打开Analysis preferences窗口,在Analysis菜单下选择Analyze自动分析结果,在Report界面察看结果,记录未知样本定量值。
4、结果判读
阴性结果判读:同一个样本的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值大于或等于3,5-FU化疗耐药。
阳性结果判读:同一个样本的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值小于3,5-FU化疗敏感。
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
本发明公开了一种评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒,利用本试剂盒检测结直肠癌样本中的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因是可行的。本发明可以帮助临床医生根据结直肠癌患者肿瘤组织中Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达情况,确定结直肠癌患者是否适用氟尿嘧啶类药物治疗,从而制定个性化治疗方案。本试剂盒操作简便,检测时间短,可实现高通量检测,且价格低廉,主要应用于Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的检测,可以指导临床医生用于5-FU用药指导。
附图说明
图1为实施例1的阴性质控品扩增曲线图。
图2为实施例1的阳性质控品扩增曲线图。
图3为实施例1的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因标准品的扩增曲线图。
图4是实施例1的内参基因标准品的扩增曲线图。
图5是实施例1的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因标准曲线图。
图6是实施例1的内参基因标准曲线图。
图7是实施例2的阴、阳性质控品的定量值。
具体实施方式
下面结合说明书附图及具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述,所述实施例只用于解释本发明,并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明,均为常规方法;所使用的材料、试剂等,如无特殊说明,为可从商业途径得到的试剂和材料。
实施例1 一种检测的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的方法
1、引物设计
根据GenBank中登录的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因(FAR1,NCBI:NM_032228.6)和内参基因(GAPDH,NCBI:NM_001256799.3)序列,应用Oligodt7.0软件设计特异性的引物及探针,并通过NCBI的BLAST功能对其特异性进行初步鉴定,引物探针序列见表1。
表1:
Figure BDA0003465575270000051
Figure BDA0003465575270000061
2、Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的实时荧光定量PCR扩增及检测
(1)试剂准备:PCR反应液18μl、酶混合液2μl,充分混匀后备用,
其中PCR反应液由表1中的引物(SEQ ID NO.1~2和SEQ ID NO.4~5)、探针(SEQID NO.3和SEQ ID NO.6)和PCR buffer组成,其中引物的扩增体系终浓度为0.2μmol/L,探针的扩增体系终浓度为0.1μmol/L,PCR buffer终浓度为1×;
酶混合液由逆转录酶、RNA酶抑制剂、热启动Taq酶和dNTPs组成,其中逆转录酶的反应终浓度为2.0U,RNA酶抑制剂的反应终浓度为0.5U,热启动Taq酶的反应终浓度为2.0U,dNTPs的反应终浓度为0.4mM。
(2)加样:向PCR反应管中,分别加入5μl的阴性质控品、阳性质控品、FAR1定量参考品或内参基因定量参考品,盖紧管盖,放入仪器样品槽,
其中,FAR1定量参考品:为用已定值的Fatty Acyl-CoA Reductase 1质粒稀释成的标准物,浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL;
内参基因定量参考品:为用已定值的内参质粒稀释成的标准物,浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL;
内参基因定量参考品是指将人工构建的含内参目的基因序列的质粒,用1×TE稀释至相应的浓度,其内参基因目的基因序列如SEQ ID NO.7所示;
FAR1定量参考品是将人工构建的含Fatty Acyl-CoA Reductase 1目的基因序列的质粒,用1×TE稀释至相应的浓度,其Fatty Acyl-CoA Reductase 1目的基因序列如SEQID NO.8所示;
阴性质控品为临床样本的RNA,其Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值大于或等于3;
阳性质控品为临床样本的RNA,其其Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值小于3。
(3)PCR检测:将PCR反应管置于荧光定量PCR仪中,设置反应程序:
Figure BDA0003465575270000062
Figure BDA0003465575270000071
注:*表示收集荧光信号
3、结果分析:
反应结束后保存检测数据文件。在Results下打开Amplification Plot窗口。选择分析的目的样品所在位置。将Baseline数值改为start:3,stop:10,并打开manual设定Threshold:2-6e+3。双击Rn坐标上数值打开Graph settings窗口,将Post Run Settings中Log改为Linear,OK后打开Analysis preferences窗口,在Analysis菜单下选择Analyze自动分析结果,在Report界面察看结果,记录未知样本定量值。
4、实验结果
阴、阳性性质控品的FAM、VIC检测通道有扩增曲线为明显S型曲线(见图1、图2),Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量参考品的FAM检测通道扩增曲线成S型(见附图3),其标准曲线的相关系数分别为0.997,斜率为-3.74(见附图4);内参基因定量参考品的VIC检测通道扩增曲线成S型(见附图5),其标准曲线的相关系数为0.999,斜率为-3.77(见附图6)。
该试剂盒是基于标准曲线法的相对定量法对Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量进行检测。阴性质控品的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值大于3;阳性质控品的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值小于3。
本试剂盒中Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因和内参基因扩增曲线的相关系数均大于0.98,且阴、阳性质控品符合要求,说明书试剂盒的质量比较可靠,定量结果比较准确。
实施例2 一种检测的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的试剂盒
一、组成
FAR1 PCR反应液1管,由引物、探针和PCR buffer组成,其中引物的扩增体系终浓度为0.2μmol/L,探针的扩增体系终浓度为0.1μmol/L,PCR buffer终浓度为1×,具体引物探针如下:
Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因上游引物:5’-TGTGCAGCTACAGTAAGGTTT-3’(SEQ ID NO.1),
Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因下游引物:5’-GATTCTTCATTTGTTGTGCAAGG-3’(SEQ ID NO.2),
Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因探针:5’-FAM-ATGTGATTGCAACGCGACAGCT T-BHQ1-3’(SEQ ID NO.3),
内参基因上游引物:5’-AAAACCTGCCAAATATGATGACA-3’(SEQ ID NO.4),
内参基因下游引物:5’-TGAAGTCAGAGGAGACCACC-3’(SEQ ID NO.5),
内参基因探针:5’-VIC-CAGTGTAGCCCAGGATGCCCTT-BHQ1-3’(SEQ ID NO.6);
FAR1酶混合液1管,由逆转录酶、RNA酶抑制剂、热启动Taq酶和dNTPs组成,其中逆转录酶的反应终浓度为2.0U,RNA酶抑制剂的反应终浓度为0.5U,热启动Taq酶的反应终浓度为2.0U,dNTPs的反应终浓度为0.4mM。
FAR1定量参考品:为用已定值的Fatty Acyl-CoA Reductase 1质粒稀释成的标准物,其浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL,Fatty Acyl-CoA Reductase 1质粒是将人工构建的含Fatty Acyl-CoA Reductase 1目的基因序列的质粒,用1×TE稀释至相应的浓度,其Fatty Acyl-CoA Reductase 1目的基因序列如SEQ ID NO.8所示;
内参基因定量参考品:为用已定值的内参质粒稀释成的标准物,其浓度为1×106copies/mL、1×105copies/mL、1×104copies/mL、1×103copies/mL,内参基因定量参考品是指将人工构建的含内参目的基因序列的质粒,用1×TE稀释至相应的浓度,其内参基因目的基因序列如SEQ ID NO.7所示;
阴性质控品1管:为临床样本的RNA,其Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值大于或等于3;
阳性质控品1管:为临床样本的RNA,其其Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值小于3。
二、使用方法
(1)试剂准备:PCR反应液18μl、酶混合液2μl,充分混匀后备用,
(2)加样:向PCR反应管中,分别加入5μl的阴性质控品、阳性质控品,FAR1定量参考品、内参基因定量参考品和待测样品(结直肠癌组织RNA)盖紧管盖,放入仪器样品槽。
(3)PCR检测:将PCR反应管置于荧光定量PCR仪中,设置反应程序:
Figure BDA0003465575270000081
Figure BDA0003465575270000091
注:*表示收集荧光信号
3、结果分析:
反应结束后保存检测数据文件。在Results下打开Amplification Plot窗口。选择分析的目的样品所在位置。将Baseline数值改为start:3,stop:10,并打开manual设定Threshold:2-6e+3。双击Rn坐标上数值打开Graph settings窗口,将Post Run Settings中Log改为Linear,OK后打开Analysis preferences窗口,在Analysis菜单下选择Analyze自动分析结果,在Report界面察看结果,记录未知样本定量值。
4、结果判读
阴性结果判读:同一个样本的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值(见图7)为3.25,5-FU化疗耐药。
阳性结果判读:同一个样本的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值(见图7)为1.75,5-FU化疗敏感。
实施例3 5-FU化疗耐药性样本检测
一、实验方法
选取临床上5-FU化疗耐药的组织样本15例,对所有样本进行核酸提取,使用实施例2的试剂盒进行检测,同时用阴、阳性质控品进行质量控制。
二、实验结果
阴、阳性性质控品的FAM和VIC检测通道有扩增曲线为明显S型曲线,其中阴性质控品的定量值/内参基因定量值为3.25,且大于3;阳性质控品的定量值/内参基因定量值为1.75,且小于3。阴、阳性质控品均符合试剂盒的质控要求,因此待检标本的检测结果是有效的。
由15例待检标本的检测结果可知,所有5-FU化疗耐药的样本检测的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值均大于3,详细结果见表2。
表2
Figure BDA0003465575270000092
Figure BDA0003465575270000101
结果显示,15例5-FU化疗耐药标本的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值均大于3,检测结果与临床结果完全吻合,说明利用本试剂盒检测特异性是可行的,具有良好的特异性。
实施例3 5-FU化疗敏感性样本检测
一、实验方法
选取临床上5-FU化疗敏感的结直肠癌组织样本20例,对所有样本进行核酸提取,使用实施例2的试剂盒进行检测,同时用阴、阳性质控品进行质量控制。
二、实验结果
阴、阳性质控品均符合试剂盒的质控要求,因此待检标本的检测结果是有效的。20例5-FU化疗敏感性的结直肠癌阳性组织样本检测结果均小于3,其检测结果如表3。
表3
Figure BDA0003465575270000102
Figure BDA0003465575270000111
结果显示,20例5-FU化疗敏感标本的Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因定量值/内参基因定量值均小于3,检测结果与临床结果完全吻合,说明利用本试剂盒检测特异性是可行的,具有良好的特异性。
最后所应当说明的是,以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对本发明保护范围的限制,对于本领域的普通技术人员来说,在上述说明及思路的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动,这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等,均应包含在本发明权利要求的保护范围之内。
SEQ ID NO.1 5’-TGTGCAGCTACAGTAAGGTTT-3’
SEQ ID NO.2 5’-GATTCTTCATTTGTTGTGCAAGG-3’
SEQ ID NO.3 5’-FAM-ATGTGATTGCAACGCGACAGCTT-BHQ1-3’
SEQ ID NO.4 5’-AAAACCTGCCAAATATGATGACA-3’
SEQ ID NO.5 5’-TGAAGTCAGAGGAGACCACC-3’
SEQ ID NO.6 5’-VIC-CAGTGTAGCCCAGGATGCCCTT-BHQ1-3’
SEQ ID NO.7所示。
AAGCTCACTGGCATGGCCTTCCGTGTCCCCACTGCCAACGTGTCAGTGGTGGACCTGACCTGCCGTCTAGAAAAACCTGCCAAATATGATGACATCAAGAAGGTGGTGAAGCAGGCGTCGGAGGGCCCCCTCAAGGGCATCCTGGGCTACACTGAGCACCAGGTGGTCTCCTCTGACTTCAACAGCGACACCCACTCCTCCACCTTTGACGCTGGGGCTG。
SEQ ID NO.8所示。
ACCAATATTATATTCCACTGTGCAGCTACAGTAAGGTTTAATGAAAATTTAAGAGATGCTGTTCAGTTAAATGTGATTGCAACGCGACAGCTTATTCTCCTTGCACAACAAATGAAGAATCTGGAAGTGTTCATGCATGTATCAACAGCATATGCCTACTGTAATCGCAAGCATATTGATGAAGTAGTCTATCCACCACCTGTGGATCCCAAGAAGCTGATTGATTCTTTAGAGTGGATGGATGATGGCCTAGTAAATGATATCACGCCAAAATTGATAGGAGACAGACCTAATACA。
序列表
<110> 南方医科大学南方医院
<120> 一种评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒
<160> 8
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tgtgcagcta cagtaaggtt t 21
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gattcttcat ttgttgtgca agg 23
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
atgtgattgc aacgcgacag ctt 23
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
aaaacctgcc aaatatgatg aca 23
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tgaagtcaga ggagaccacc 20
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
cagtgtagcc caggatgccc tt 22
<210> 7
<211> 220
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aagctcactg gcatggcctt ccgtgtcccc actgccaacg tgtcagtggt ggacctgacc 60
tgccgtctag aaaaacctgc caaatatgat gacatcaaga aggtggtgaa gcaggcgtcg 120
gagggccccc tcaagggcat cctgggctac actgagcacc aggtggtctc ctctgacttc 180
aacagcgaca cccactcctc cacctttgac gctggggctg 220
<210> 8
<211> 297
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
accaatatta tattccactg tgcagctaca gtaaggttta atgaaaattt aagagatgct 60
gttcagttaa atgtgattgc aacgcgacag cttattctcc ttgcacaaca aatgaagaat 120
ctggaagtgt tcatgcatgt atcaacagca tatgcctact gtaatcgcaa gcatattgat 180
gaagtagtct atccaccacc tgtggatccc aagaagctga ttgattcttt agagtggatg 240
gatgatggcc tagtaaatga tatcacgcca aaattgatag gagacagacc taataca 297

Claims (10)

1.检测Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达量的产品在制备评估5-FU治疗敏感性/耐药性的试剂盒中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达量为Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量。
3.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所示评估5-FU治疗敏感性/耐药性为评估结直肠癌5-FU治疗敏感性/耐药性。
4.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述检测Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因的表达量的产品为Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒含有核苷酸序列如SEQ ID NO.1~2的引物和核苷酸序列如SEQID NO.3的探针。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒还含有核苷酸序列如SEQ ID NO.4~5的引物和核苷酸序列如SEQID NO.6的探针。
7.根据权利要求5或6所述的应用,其特征在于,所述探针的5’端标记FAM、VIC、HEX、或CY5荧光基团中的任何一种。
8.根据权利要求5或6所述的应用,其特征在于,所述探针的3’标记有淬灭基团BHQ1、BHQ2的任何一种。
9.根据权利要求5或6所述的应用,其特征在于,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒还含有阴性质控品和/或阳性质控品。
10.根据权利要求5或6所述的应用,其特征在于,所述Fatty Acyl-CoA Reductase 1基因mRNA的表达量检测试剂盒还含有FAR1定量参考品和/或内参基因定量参考品。
CN202210028785.8A 2022-01-11 2022-01-11 一种评估5-fu治疗敏感性/耐药性的试剂盒 Pending CN114592059A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210028785.8A CN114592059A (zh) 2022-01-11 2022-01-11 一种评估5-fu治疗敏感性/耐药性的试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210028785.8A CN114592059A (zh) 2022-01-11 2022-01-11 一种评估5-fu治疗敏感性/耐药性的试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN114592059A true CN114592059A (zh) 2022-06-07

Family

ID=81803947

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210028785.8A Pending CN114592059A (zh) 2022-01-11 2022-01-11 一种评估5-fu治疗敏感性/耐药性的试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114592059A (zh)

Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003079746A2 (en) * 2001-02-05 2003-10-02 Bristol-Myers Squibb Company A novel human g-protein coupled receptor, hgprbmy14, related to the orphan gpcr, gpr73
CN101541977A (zh) * 2006-09-19 2009-09-23 诺瓦提斯公司 用于raf抑制剂的靶向调节、效力、诊断和/或预后的生物标志物
CN104267188A (zh) * 2014-08-28 2015-01-07 汪建平 针对msk1基因的相关制剂在制备5-fu耐药性检测试剂及5-fu耐药逆转剂方面的应用
KR20150084146A (ko) * 2014-01-13 2015-07-22 연세대학교 산학협력단 저온 상압 플라즈마를 이용한 p53 결핍 암세포 또는 약물 내성 암세포의 선택적 세포사멸 방법
US20150366835A1 (en) * 2014-06-12 2015-12-24 Nsabp Foundation, Inc. Methods of Subtyping CRC and their Association with Treatment of Colon Cancer Patients with Oxaliplatin
CN107937520A (zh) * 2017-11-02 2018-04-20 中山大学附属第八医院(深圳福田) 与结直肠癌相关的分子标记物、抑制剂、试剂盒和药剂
CN111518909A (zh) * 2020-05-19 2020-08-11 中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所) Mettl2基因在制备检测结直肠癌氟尿嘧啶类药物治疗敏感性的试剂盒中的应用

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003079746A2 (en) * 2001-02-05 2003-10-02 Bristol-Myers Squibb Company A novel human g-protein coupled receptor, hgprbmy14, related to the orphan gpcr, gpr73
CN101541977A (zh) * 2006-09-19 2009-09-23 诺瓦提斯公司 用于raf抑制剂的靶向调节、效力、诊断和/或预后的生物标志物
KR20150084146A (ko) * 2014-01-13 2015-07-22 연세대학교 산학협력단 저온 상압 플라즈마를 이용한 p53 결핍 암세포 또는 약물 내성 암세포의 선택적 세포사멸 방법
US20150366835A1 (en) * 2014-06-12 2015-12-24 Nsabp Foundation, Inc. Methods of Subtyping CRC and their Association with Treatment of Colon Cancer Patients with Oxaliplatin
CN104267188A (zh) * 2014-08-28 2015-01-07 汪建平 针对msk1基因的相关制剂在制备5-fu耐药性检测试剂及5-fu耐药逆转剂方面的应用
CN107937520A (zh) * 2017-11-02 2018-04-20 中山大学附属第八医院(深圳福田) 与结直肠癌相关的分子标记物、抑制剂、试剂盒和药剂
CN111518909A (zh) * 2020-05-19 2020-08-11 中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所) Mettl2基因在制备检测结直肠癌氟尿嘧啶类药物治疗敏感性的试剂盒中的应用

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
GUAN-HUA RAO等: "Establishment of a human colorectal cancer cell line P6C with stem cell properties and resistance to chemotherapeutic drugs", 中国药理学报(英文版), vol. 34, no. 006, pages 793 - 804 *
SHUIPING LIU等: "PCDH17 increases the sensitivity of colorectal cancer to 5-fluorouracil treatment by inducing apoptosis and autophagic cell death", SIGNAL TRANSDUCT TARGET THER, vol. 4, no. 1, pages 1 - 10 *
丁博月等: "结直肠癌干细胞表面标志物和信号通路研究进展", 基础医学与临床, vol. 37, no. 01, pages 133 - 137 *
华彬等: "胃腺癌细胞对5-氟尿嘧啶与奥沙利铂的敏感性研究", 中国药业, vol. 18, no. 09, pages 18 - 19 *
吴佳燕等: "长链非编码RNA与结直肠癌诊断、治疗及预后的研究进展", 肿瘤, vol. 37, no. 03, pages 295 - 301 *
员亚晶等: "RNAi沉默Sox2表达对结直肠癌细胞5-氟尿嘧啶的增敏作用", 江苏大学学报(医学版), vol. 30, no. 01, pages 7 - 11 *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2018086263A1 (zh) 一种实时荧光定量pcr检测方法及其标准品和检测试剂盒
CN104818320A (zh) 一次性检测肺癌多重基因的引物、探针、检测体系和试剂盒
CN111235272B (zh) 一次性检测肺癌多重基因突变的组合物及其应用
CN105886648A (zh) 用于检测egfr基因t790m突变的试剂盒
WO2021164492A1 (zh) 一组结肠癌预后相关基因的应用
CN112852984B (zh) 泌尿***感染病原体的检测体系及其试剂盒和应用
CN106755360B (zh) 用于检测人类cyp2d6基因多态性的核酸、试剂盒及方法
CN107988369A (zh) 一种同时检测人egfr基因45个突变位点的试剂盒
CN106434874A (zh) 检测人kras基因突变的微滴pcr试剂盒
CN110699440A (zh) 一种检测二甲双胍个体化用药相关基因snp位点的引物及方法
CN110863051A (zh) 一种met基因扩增检测的引物、体系及试剂盒
CN114395627B (zh) 一种评估阿帕替尼治疗敏感性和/或耐药性的试剂盒
CN111500728A (zh) 检测人ar-v7及ar基因表达的引物探针组合物、试剂盒及检测方法
CN110656171B (zh) 小核仁核糖核酸snord33作为生物标记物用于制备检测试剂盒中的用途
CN108728538B (zh) Alk基因融合检测引物、方法及试剂盒
CN111235240A (zh) 人braf基因v600e位点突变检测的pcr反应液与试剂盒
CN114592059A (zh) 一种评估5-fu治疗敏感性/耐药性的试剂盒
CN111850129B (zh) 检测微卫星nr21位点稳定性的引物对、试剂盒及方法
CN113881759A (zh) Egfr基因突变检测试剂盒及其检测方法
CN110964830A (zh) 多重检测ros1基因突变的试剂盒及方法
CN109504772A (zh) 一种基于数字pcr平台pole基因突变的检测方法
CN103966310A (zh) 乳腺癌易感基因快速检测试剂盒及检测方法
CN102690881B (zh) 用于快速恒温基因突变检测的聚合酶链反应方法
CN114990142B (zh) 一种fyco1-alk融合基因及其检测试剂盒和应用
CN116377060A (zh) 评估胃癌和或结直肠癌对5-氟尿嘧啶耐药性的探针引物组及其试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20220607