CN110499364A

CN110499364A - 一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组及其试剂盒和应用

Info

Publication number: CN110499364A
Application number: CN201910695135.7A
Authority: CN
Inventors: 盛敏
Original assignee: Beijing Kai'ang Medical Diagnostic Technology Co Ltd
Current assignee: Beijing Kai'ang Medical Diagnostic Technology Co Ltd
Priority date: 2019-07-30
Filing date: 2019-07-30
Publication date: 2019-11-26

Abstract

本发明公开了一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组，包括标准全外显子探针组、全基因组拷贝数异常探针和线粒体环全长探针。所述遗传病包括6161种遗传病；标准全外显子探针组可以检测全外显子变异导致的遗传病，包括神经***疾病、代谢***疾病、内分泌***疾病、消化***疾病、骨骼***疾病、泌尿***疾病、免疫***疾病、心血管***疾病、血液***疾病、皮肤***疾病、眼科***疾病、耳***疾病、呼吸***疾病和生殖***疾病；其线粒体探针密度为6X；检测样本包括血液，新鲜组织，FFPE样本和唾液。本发明公开了用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组的使用方法、试剂盒及其应用。

Description

一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组及其试剂盒和应用

技术领域

本发明涉及一种用于检测遗传病的探针组及其试剂盒和应用，属于遗传病基因检测诊断技术领域，特别涉及一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组及其试剂盒和应用。

背景技术

近十年来，高通量测序技术，又称为下一代测序技术(Next generationSequencing，NGS)凭借其具有高准确性、高通量、高灵敏度和低成本的优势飞速发展。NGS技术可以以前所未有的速度对整个基因组进行测序，能够在短时间内以较低的成本获得整个基因组的测序，开辟了基因组学和分子生物学的新时代。

人类遗传病全外显子测序是以NGS为技术依托，可以一次分析人类23000多个基因的全部外显子区域。但全外显子组测序在人类遗传病检测上存在一定的局限性：1)检测基因只包含全基因组的外显子区域，对于线粒体基因疾病有漏检风险；2)检测范围对全基因组拷贝数异常(CNV)引起的基因组病缺乏准确性。

发明内容

为了克服现有技术的不足，本发明目的是提供一种全面的遗传病检测方案，在遗传病全外显子组检测的基础之上，增加了线粒体探针和CNV探针，采用二代测序平台，一次性完成人类23000多个基因全部外显子，全基因组拷贝数异常(CNV)和线粒体环基因的检测。

为了达到上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明提供一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组，包括标准全外显子探针组、全基因组拷贝数异常探针和线粒体环全长探针。

进一步地，所述遗传病包括6161种遗传病；标准全外显子探针组可以检测全外显子变异导致的遗传病，包括神经***疾病、代谢***疾病、内分泌***疾病、消化***疾病、骨骼***疾病、泌尿***疾病、免疫***疾病、心血管***疾病、血液***疾病、皮肤***疾病、眼科***疾病、耳部***疾病、呼吸***疾病和生殖***疾病。

进一步地，所述全基因组拷贝数异常探针可以检测拷贝数变异导致的基因组疾病，包括21三体综合征、18三体综合征、三倍体，以及基因组位置缺失或重复导致的智力障碍或者其他类型的疾病。

进一步地，所述线粒体环全长探针可以检测线粒体环基因变异导致的线粒体疾病，包括线粒体脑肌病，线粒体肌病和线粒体脑病。

进一步地，其线粒体探针密度为6X。

本发明提供用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组的使用方法，包括以下步骤：

(1)样本采集与基因组提取：收集待检样本，提取获得待检样本的基因组；

(2)基因组的片段化，末端修复和加A尾：使用基因组片段化酶将基因组消化为250bp左右的DNA片段，并在DNA片段的末端添加A碱基；

(3)接头连接：添加适用于illumina Novaseq测序平台的接头；连接产物进行纯化；

(4)文库富集：将上一步的纯化产物进行PCR扩增富集、纯化，获得该样本的DNA文库；

(5)探针与文库的杂交捕获：将该文库进行杂交前封闭，封闭后使用上述探针组进行杂交捕获；

(6)目的区域的富集：将上一步的产物进行洗脱获得探针捕获序列，将捕获序列进行PCR扩增；

(7)富集产物的纯化：将上一步的富集产物进行纯化，获得测序产物；

(8)将测序产物进行NGS测序，采用生物信息学分析测序结果。

进一步地，所述步骤(1)中，检测样本包括血液，新鲜组织，FFPE样本和唾液。

进一步地，所述步骤(3)和步骤(7)中，纯化为磁珠纯化，为Agencourt AMPure XPKit。

进一步地，所述步骤(4)中PCR富集的体系为：上一步纯化产物20μL、KAPA HIFIMasterMix 25μL、接头引物5μL；反应条件为：98度预变性45s，循环6次(98度变性15s；60度退火30s；72度延伸30s)；72度延伸1min。

更进一步地，接头序列为适用于illumina Novaseq测序平台的接头。

进一步地，所述步骤(6)中所用磁珠为Invitrogen公司的Dynabeads M270Streptavidin。

进一步地，所述步骤(8)中，NGS测序采用Illumina公司的Novaseq测序。

本发明一种用于检测扩展型遗传病全外显子的试剂盒，包括如上所述的用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组。

本发明提供如上所述的用于检测扩展型遗传病全外显子探针组在制备用于常见遗传病检测的基因芯片、试剂盒或检测设备中的应用。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

本发明针对扩展型遗传病全外显子检测，结合全外显子探针、人线粒体环全长探针组和CNV探针组，实现最全面的诊断性扩展型全外显子检测，可以一次性完成三大类遗传异常分析，提高遗传病检测的阳性率。同时，该方法具有节省临床时间，急速周期，和高性价比的特性。

具体实施方式

本发明提供一种全面的遗传病检测方案，在遗传病全外显子组检测的基础之上，增加了线粒体探针和CNV探针，采用二代测序平台，一次性完成人类23000多个基因全部外显子，全基因组拷贝数异常(CNV)和线粒体环基因的检测。通过该遗传病诊断性扩展型全外显子检测，从而实现最全诊断，一次性完成三大类遗传异常分析，提高遗传病检测的阳性率。

本发明的关键点：

1.本发明的检测样本有多种，包括血液，新鲜组织，FFPE样本以及唾液等；

2.在标准全外探针组中添加CNV探针；

标准全外探针组可检测6161种单基因遗传病，其种类及基因如下。CNV探针见表1。

标准全外探针组基因：

A1BG、CCND3、FAM163A、KCNK10、NRG4、REM1、TECTB、A1CF、CCNDBP1、FAM163B、KCNK12、NRGN、REM2、TEDDM1、A2M、CCNE1、FAM166A、KCNK13、NRIP1、REN、TEF、A2ML1、CCNE2、FAM166B、KCNK15、NRIP2、RENBP、TEFM、A3GALT2、CCNF、FAM167A、KCNK16、NRIP3、REP15、TEK、A4GALT、CCNG1、FAM167B、KCNK17、NRK、REPIN1、TEKT1、A4GNT、CCNG2、FAM168A、KCNK18、NRL、REPS1、TEKT2、AAAS、CCNH、FAM168B、KCNK2、NRM、REPS2、TEKT3、AACS、CCNI、FAM169A、KCNK3、NRN1、RER1、TEKT4、AADAC、CCNI2、FAM169B、KCNK4、NRN1L、RERE、TEKT5、AADACL2、CCNJ、FAM170A、KCNK5、NRP1、RERG、TELO2、AADACL3、CCNJL、FAM170B、KCNK6、NRP2、RERGL、TEN1、AADACL4、CCNK、FAM171A1、KCNK7、NRROS、RESP18、TENC1、AADAT、CCNL1、FAM171A2、KCNK9、NRSN1、REST、TENM1、AAED1、CCNL2、FAM171B、KCNMA1、NRSN2、RET、TENM2、AAGAB、CCNO、FAM172A、KCNMB1、NRTN、RETN、TENM3、AAK1、CCNT1、FAM173A、KCNMB2、NRXN1、RETNLB、TENM4、AAMDC、CCNT2、FAM173B、KCNMB3、NRXN2、RETSAT、TEP1、AAMP、CCNY、FAM174A、KCNMB4、NRXN3、REV1、TEPP、AANAT、CCNYL1、FAM174B、KCNN1、NSA2、REV3L、TERF1、AAR2、CCP110、FAM175A、KCNN2、NSD1、REXO1、TERF2、AARD、CCPG1、FAM175B、KCNN3、NSDHL、REXO2、TERF2IP、AARS、CCR1、FAM177A1、KCNN4、NSF、REXO4、TERT、AARS2、CCR10、FAM177B、KCNQ1、NSFL1C、RFC1、TES、AARSD1、CCR2、FAM178A、KCNQ2、NSG1、RFC2、TESC、AASDH、CCR3、FAM178B、KCNQ3、NSL1、RFC3、TESK1、AASDHPPT、CCR4、FAM179A、KCNQ4、NSMAF、RFC4、TESK2、AASS、CCR5、FAM179B、KCNQ5、NSMCE1、RFC5、TESPA1、AATF、CCR6、FAM180A、KCNRG、NSMCE2、RFESD、TET1、AATK、CCR7、FAM180B、KCNS1、NSMCE4A、RFFL、TET2、ABAT、CCR8、FAM181A、KCNS2、NSMF、RFK、TET3、ABCA1、CCR9、FAM181B、KCNS3、NSRP1、RFNG、TEX10、ABCA10、CCRL2、FAM183A、KCNT1、NSUN2、RFPL1、TEX101、ABCA12、CCRN4L、FAM184A、KCNT2、NSUN3、RFPL2、TEX11、ABCA13、CCS、FAM184B、KCNU1、NSUN4、RFPL3、TEX12、ABCA2、CCSAP、FAM185A、KCNV1、NSUN5、RFPL4A、TEX13A、ABCA3、CCSER1、FAM186A、KCNV2、NSUN6、RFPL4AL1、TEX13B、ABCA4、CCSER2、FAM186B、KCP、NSUN7、RFPL4B、TEX14、ABCA5、CCT2、FAM187B、KCTD1、NT5C、RFT1、TEX15、ABCA6、CCT3、FAM188A、KCTD10、NT5C1A、RFTN1、TEX19、ABCA7、CCT4、FAM188B、KCTD11、NT5C1B、RFTN2、TEX2、ABCA8、CCT5、FAM189A1、KCTD12、NT5C1B-RDH14、RFWD2、TEX22、ABCA9、CCT6A、FAM189A2、KCTD13、NT5C2、RFWD3、TEX26、ABCB1、CCT6B、FAM189B、KCTD14、NT5C3A、RFX1、TEX261、ABCB10、CCT7、FAM192A、KCTD15、NT5C3B、RFX2、TEX264、ABCB11、CCT8、FAM193A、KCTD16、NT5DC1、RFX3、TEX28、ABCB4、CCT8L2、FAM193B、KCTD17、NT5DC2、RFX4、TEX29、ABCB5、CCZ1、FAM194A、KCTD18、NT5DC3、RFX5、TEX30、ABCB6、CCZ1B、FAM194B、KCTD19、NT5E、RFX6、TEX33、ABCB7、CD101、FAM195A、KCTD2、NT5M、RFX7、TEX35、ABCB8、CD109、FAM195B、KCTD20、NTAN1、RFX8、TEX36、ABCB9、CD14、FAM196A、KCTD21、NTF3、RFXANK、TEX37、ABCC1、CD151、FAM196B、KCTD3、NTF4、RFXAP、TEX38、ABCC10、CD160、FAM198A、KCTD4、NTHL1、RGAG1、TEX40、ABCC11、CD163、FAM198B、KCTD5、NTM、RGAG4、TEX9、ABCC12、CD163L1、FAM199X、KCTD6、NTMT1、RGCC、TF、ABCC2、CD164、FAM19A1、KCTD7、NTN1、RGL1、TFAM、ABCC3、CD164L2、FAM19A2、KCTD8、NTN3、RGL2、TFAP2A、ABCC4、CD177、FAM19A3、KCTD9、NTN4、RGL3、TFAP2B、ABCC5、CD180、FAM19A4、KDELC1、NTN5、RGL4、TFAP2C、ABCC6、CD19、FAM19A5、KDELC2、NTNG1、RGMA、TFAP2D、ABCC8、CD1A、FAM200A、KDELR1、NTNG2、RGMB、TFAP2E、ABCC9、CD1B、FAM203A、KDELR2、NTPCR、RGN、TFAP4、ABCD1、CD1C、FAM203B、KDELR3、NTRK1、RGP1、TFB1M、ABCD2、CD1D、FAM204A、KDM1A、NTRK2、RGPD1、TFB2M、ABCD3、CD1E、FAM205A、KDM1B、NTRK3、RGPD2、TFCP2、ABCD4、CD2、FAM206A、KDM2A、NTS、RGPD3、TFCP2L1、ABCE1、CD200、FAM207A、KDM2B、NTSR1、RGPD4、TFDP1、ABCF1、CD200R1、FAM208A、KDM3A、NTSR2、RGPD5、TFDP2、ABCF2、CD200R1L、FAM208B、KDM3B、NUAK1、RGPD6、TFDP3、ABCF3、CD207、FAM209A、KDM4A、NUAK2、RGPD8、TFE3、ABCG1、CD209、FAM209B、KDM4B、NUB1、RGR、TFEB、ABCG2、CD22、FAM20A、KDM4C、NUBP1、RGS1、TFEC、ABCG4、CD226、FAM20B、KDM4D、NUBP2、RGS10、TFF1、ABCG5、CD24、FAM20C、KDM4E、NUBPL、RGS11、TFF2、ABCG8、CD244、FAM210A、KDM5A、NUCB1、RGS12、TFF3、ABHD1、CD247、FAM210B、KDM5B、NUCB2、RGS13、TFG、ABHD10、CD248、FAM211A、KDM5C、NUCKS1、RGS14、TFIP11、ABHD11、CD27、FAM211B、KDM5D、NUDC、RGS16、TFPI、ABHD12、CD274、FAM212A、KDM6A、NUDCD1、RGS17、TFPI2、ABHD12B、CD276、FAM212B、KDM6B、NUDCD2、RGS18、TFPT、ABHD13、CD28、FAM213A、KDM8、NUDCD3、RGS19、TFR2、ABHD14A、CD2AP、FAM213B、KDR、NUDT1、RGS2、TFRC、ABHD14B、CD2BP2、FAM214A、KDSR、NUDT10、RGS20、TG、ABHD15、CD300A、FAM214B、KEAP1、NUDT11、RGS21、TGDS、ABHD16A、CD300C、FAM216A、KEL、NUDT12、RGS22、TGFA、ABHD16B、CD300E、FAM216B、KERA、NUDT13、RGS3、TGFB1、ABHD17A、CD300LB、FAM217A、KHDC1、NUDT14、RGS4、TGFB1I1、ABHD17B、CD300LD、FAM217B、KHDC1L、NUDT15、RGS5、TGFB2、ABHD17C、CD300LF、FAM218A、KHDC3L、NUDT16、RGS6、TGFB3、ABHD2、CD300LG、FAM219A、KHDRBS1、NUDT16L1、RGS7、TGFBI、ABHD3、CD302、FAM219B、KHDRBS2、NUDT17、RGS7BP、TGFBR1、ABHD4、CD320、FAM21A、KHDRBS3、NUDT18、RGS8、TGFBR2、ABHD5、CD33、FAM21B、KHK、NUDT19、RGS9、TGFBR3、ABHD6、CD34、FAM21C、KHNYN、NUDT2、RGS9BP、TGFBR3L、ABHD8、CD36、FAM220A、KHSRP、NUDT21、RGSL1、TGFBRAP1、ABI1、CD37、FAM221A、KIAA0020、NUDT22、RHAG、TGIF1、ABI2、CD38、FAM221B、KIAA0040、NUDT3、RHBDD1、TGIF2、ABI3、CD3D、FAM222A、KIAA0100、NUDT4、RHBDD2、TGIF2-C20orf24、ABI3BP、CD3E、FAM222B、KIAA0101、NUDT5、RHBDD3、TGIF2LX、ABL1、CD3EAP、FAM227A、KIAA0141、NUDT6、RHBDF1、TGIF2LY、ABL2、CD3G、FAM227B、KIAA0195、NUDT7、RHBDF2、TGM1、ABLIM1、CD4、FAM228A、KIAA0196、NUDT8、RHBDL1、TGM2、ABLIM2、CD40、FAM228B、KIAA0226、NUDT9、RHBDL2、TGM3、ABLIM3、CD40LG、FAM229A、KIAA0226L、NUF2、RHBDL3、TGM4、ABO、CD44、FAM229B、KIAA0232、NUFIP1、RHBG、TGM5、ABR、CD46、FAM230A、KIAA0247、NUFIP2、RHCE、TGM6、ABRA、CD47、FAM24A、KIAA0319、NUGGC、RHCG、TGM7、ABRACL、CD48、FAM24B、KIAA0319L、NUMA1、RHD、TGOLN2、ABT1、CD5、FAM25A、KIAA0355、NUMB、RHEB、TGS1、ABTB1、CD52、FAM25C、KIAA0368、NUMBL、RHEBL1、TH、ABTB2、CD53、FAM25G、KIAA0391、NUP107、RHNO1、THADA、ACAA1、CD55、FAM26D、KIAA0408、NUP133、RHO、THAP1、ACA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3、CCDC64B、FAM102A、KARS、NPHS1、RBM7、TCEAL3、ZNF844、CCDC65、FAM102B、KAT2A、NPHS2、RBM8A、TCEAL4、ZNF845、CCDC66、FAM103A1、KAT2B、NPIPA1、RBMS1、TCEAL5、ZNF846、CCDC67、FAM104A、KAT5、NPIPA2、RBMS2、TCEAL6、ZNF85、CCDC68、FAM104B、KAT6A、NPIPA3、RBMS3、TCEAL7、ZNF850、CCDC69、FAM105A、KAT6B、NPIPA5、RBMX、TCEAL8、ZNF852、CCDC7、FAM105B、KAT7、NPIPA7、RBMX2、TCEANC、ZNF853、CCDC70、FAM107A、KAT8、NPIPA8、RBMXL1、TCEANC2、ZNF860、CCDC71、FAM107B、KATNA1、NPIPB11、RBMXL2、TCEB1、ZNF862、CCDC71L、FAM109A、KATNAL1、NPIPB15、RBMXL3、TCEB2、ZNF865、CCDC73、FAM109B、KATNAL2、NPIPB3、RBMY1A1、TCEB3、ZNF878、CCDC74A、FAM110A、KATNB1、NPIPB4、RBMY1B、TCEB3B、ZNF879、CCDC74B、FAM110B、KATNBL1、NPIPB5、RBMY1D、TCEB3C、ZNF880、CCDC77、FAM110C、KAZALD1、NPIPB6、RBMY1E、TCEB3CL、ZNF883、CCDC78、FAM110D、KAZN、NPIPB8、RBMY1F、TCEB3CL2、ZNF888、CCDC79、FAM111A、KBTBD11、NPIPB9、RBMY1J、TCERG1、ZNF891、CCDC8、FAM111B、KBTBD12、NPL、RBP1、TCERG1L、ZNF90、CCDC80、FAM114A1、KBTBD13、NPLOC4、RBP2、TCF12、ZNF91、CCDC81、FAM114A2、KBTBD2、NPM1、RBP3、TCF15、ZNF92、CCDC82、FAM115A、KBTBD3、NPM2、RBP4、TCF19、ZNF93、CCDC83、FAM115C、KBTBD4、NPM3、RBP5、TCF20、ZNF98、CCDC84、FAM117A、KBTBD6、NPNT、RBP7、TCF21、ZNF99、CCDC85A、FAM117B、KBTBD7、NPPA、RBPJ、TCF23、ZNFX1、CCDC85B、FAM118A、KBTBD8、NPPB、RBPJL、TCF24、ZNHIT1、CCDC85C、FAM118B、KCMF1、NPPC、RBPMS、TCF25、ZNHIT2、CCDC86、FAM120A、KCNA1、NPR1、RBPMS2、TCF3、ZNHIT3、CCDC87、FAM120AOS、KCNA10、NPR2、RBX1、TCF4、ZNHIT6、CCDC88A、FAM120B、KCNA2、NPR3、RC3H1、TCF7、ZNRD1、CCDC88B、FAM120C、KCNA3、NPRL2、RC3H2、TCF7L1、ZNRF1、CCDC88C、FAM122A、KCNA4、NPRL3、RCAN1、TCF7L2、ZNRF2、CCDC89、FAM122B、KCNA5、NPS、RCAN2、TCFL5、ZNRF3、CCDC9、FAM122C、KCNA6、NPSR1、RCAN3、TCHH、ZNRF4、CCDC90B、FAM124A、KCNA7、NPTN、RCBTB1、TCHHL1、ZP1、CCDC91、FAM124B、KCNAB1、NPTX1、RCBTB2、TCHP、ZP2、CCDC92、FAM126A、KCNAB2、NPTX2、RCC1、TCIRG1、ZP3、CCDC93、FAM126B、KCNAB3、NPTXR、RCC2、TCL1A、ZP4、CCDC94、FAM127A、KCNB1、NPVF、RCCD1、TCL1B、ZPBP、CCDC96、FAM127B、KCNB2、NPW、RCE1、TCN1、ZPBP2、CCDC97、FAM127C、KCNC1、NPY、RCHY1、TCN2、ZPLD1、CCER1、FAM129A、KCNC2、NPY1R、RCL1、TCOF1、ZRANB1、CCHCR1、FAM129B、KCNC3、NPY2R、RCN1、TCP1、ZRANB2、CCIN、FAM129C、KCNC4、NPY4R、RCN2、TCP10、ZRANB3、CCK、FAM131A、KCND1、NPY5R、RCN3、TCP10L、ZRSR2、CCKAR、FAM131B、KCND2、NQO1、RCOR1、TCP10L2、ZSCAN1、CCKBR、FAM131C、KCND3、NQO2、RCOR2、TCP11、ZSCAN10、CCL1、FAM132A、KCNE1、NR0B1、RCOR3、TCP11L1、ZSCAN12、CCL11、FAM132B、KCNE1L、NR0B2、RCSD1、TCP11L2、ZSCAN16、CCL13、FAM133A、KCNE2、NR1D1、RCVRN、TCP11X1、ZSCAN18、CCL14、FAM133B、KCNE3、NR1D2、RD3、TCP11X2、ZSCAN2、CCL15、FAM134A、KCNE4、NR1H2、RD3L、TCTA、ZSCAN20、CCL16、FAM134B、KCNF1、NR1H3、RDH10、TCTE1、ZSCAN21、CCL17、FAM134C、KCNG1、NR1H4、RDH11、TCTE3、ZSCAN22、CCL18、FAM135A、KCNG2、NR1I2、RDH12、TCTEX1D1、ZSCAN23、CCL19、FAM135B、KCNG3、NR1I3、RDH13、TCTEX1D2、ZSCAN25、CCL2、FAM136A、KCNG4、NR2C1、RDH14、TCTEX1D4、ZSCAN26、CCL20、FAM13A、KCNH1、NR2C2、RDH16、TCTN1、ZSCAN29、CCL21、FAM13B、KCNH2、NR2C2AP、RDH5、TCTN2、ZSCAN30、CCL22、FAM13C、KCNH3、NR2E1、RDH8、TCTN3、ZSCAN31、CCL23、FAM149A、KCNH4、NR2E3、RDM1、TDG、ZSCAN32、CCL24、FAM149B1、KCNH5、NR2F1、RDX、TDGF1、ZSCAN4、CCL25、FAM150A、KCNH6、NR2F2、REC8、TDO2、ZSCAN5A、CCL26、FAM150B、KCNH7、NR2F6、RECK、TDP1、ZSCAN5B、CCL27、FAM151A、KCNH8、NR3C1、RECQL、TDP2、ZSCAN9、CCL28、FAM151B、KCNIP1、NR3C2、RECQL4、TDRD1、ZSWIM1、CCL3、FAM153A、KCNIP2、NR4A1、RECQL5、TDRD10、ZSWIM2、CCL3L1、FAM153B、KCNIP3、NR4A2、REEP1、TDRD12、ZSWIM3、CCL3L3、FAM154A、KCNIP4、NR4A3、REEP2、TDRD3、ZSWIM4、CCL4、FAM154B、KCNJ1、NR5A1、REEP3、TDRD5、ZSWIM5、CCL4L1、FAM155A、KCNJ10、NR5A2、REEP4、TDRD6、ZSWIM6、CCL4L2、FAM155B、KCNJ11、NR6A1、REEP5、TDRD7、ZSWIM7、CCL5、FAM156A、KCNJ12、NRAP、REEP6、TDRD9、ZSWIM8、CCL7、FAM156B、KCNJ13、NRARP、REG1A、TDRKH、ZUFSP、CCL8、FAM157A、KCNJ14、NRAS、REG1B、TDRP、ZW10、CCM2、FAM157B、KCNJ15、NRBF2、REG3A、TEAD1、ZWILCH、CCM2L、FAM159A、KCNJ16、NRBP1、REG3G、TEAD2、ZWINT、CCNA1、FAM159B、KCNJ18、NRBP2、REG4、TEAD3、ZXDA、CCNA2、FAM160A1、KCNJ2、NRCAM、REL、TEAD4、ZXDB、CCNB1、FAM160A2、KCNJ3、NRD1、RELA、TEC、ZXDC、CCNB1IP1、FAM160B1、KCNJ4、NRDE2、RELB、TECPR1、ZYG11A、CCNB2、FAM160B2、KCNJ5、NREP、RELL1、TECPR2、ZYG11B、CCNB3、FAM161A、KCNJ6、NRF1、RELL2、TECR、ZYX、CCNC、FAM161B、KCNJ8、NRG1、RELN、TECRL、ZZEF1、CCND1、FAM162A、KCNJ9、NRG2、RELT、TECTA、ZZZ3、CCND2、FAM162B、KCNK1、NRG3。

表1全基因组拷贝数异常(CNV)探针

3.同时，在标准全外探针组中添加线粒体环全长探针；

线粒体环全长探针见表2。线粒体探针密度为6X。

表2线粒体环全长探针

4.可一次性检测完成三大类基因异常分析(全外显子，CNV和线粒体)。

现结合具体实施例对本发明作进一步说明。

实施例1扩展型遗传病全外显子检测CNV

(1)样品采集与提取：以临床收集的4例经CNV-seq确诊为CNV变异所致的遗传病患者外周血为例，分别采用QIAamp DNA Blood Mini Kit进行基因组DNA提取；

(3)接头连接：对DNA片段进行接头连接；产物使用Agencourt AMPure XP Kit进行纯化；

(4)文库富集：将上一步纯化产物进行PCR扩增富集，PCR体系为：上一步纯化产物20μL、KAPA HIFI MasterMix 25μL、接头引物5μL；反应条件为：98度预变性45s，循环6次(98度变性15s；60度退火30s；72度延伸30s)；72度延伸1min；PCR产物使用Agencourt AMPureXP Kit进行纯化；获得用于杂交捕获的DNA文库；

(5)基因捕获：使用Human Cot-1和通用Blocker将DNA文库进行杂交前封闭，获得已封闭的DNA文库；添加探针组混合液，与已经封闭的DNA文库进行16h的杂交捕获；

(6)目标区域富集：将探针捕获产物使用Dynabeads M270 Streptavidin进行洗脱，获得捕获的靶序列；将捕获的靶序列进行PCR扩增，获得富集的靶序列，PCR扩增体系为：获得的靶序列20μL、引物5μL、KAPA HIFI MasterMix 25μL；反应条件为：98度预变性45s，循环6次(98度变性15s；60度退火30s；72度延伸30s)；72度延伸1min；

(7)将待测序产物进行二代测序，采用生物信息学分析测序结果。

表4、基因组DNA提取浓度及DNA文库浓度

样本编号	基因组DNA提取浓度(ng/μL)	DNA文库浓度(ng/μL)
			1阮若男	65.3	34.4
2袁楚森	86.0	45.3
			3李奕辰	35.9	23.3
4陈羿朴	80.2	44.0

本实施例中，待测序产物的Qubit定量和qPCR定量结果如表5所示。

表5、测序产物的Qubit定量和qPCR定量浓度

文库	Qubit浓度(ng/μL)	qPCR浓度(nM/L)
			从1-4号混合文库中捕获到的靶序列	1.79	6.88

本实施例中，如表6所示。

表6、4份样本的结果(1为阮若男，2为袁楚森，3为李奕辰，4为陈羿朴)

综上，根据本发明的探针捕获区域(如表2所示)设计相应的探针，即可实现CNV所致的遗传病的检测。

实施例2扩展型遗传病全外显子检测线粒体突

(1)样品采集与提取：以临床收集的4例经单独线粒体探针捕获及Sanger测序确诊为线粒体变异所致的遗传病患者外周血为例，分别采用QIAamp DNA Blood Mini Kit进行基因组DNA提取；

表7、基因组DNA提取浓度及DNA文库浓度

样本编号	基因组DNA提取浓度(ng/μL)	DNA文库浓度(ng/μL)
			1李贵平	34.6	46.2
2沈习宇	51.0	36.2
			3沈心悦	64.8	33.8
4李垚	34.8	37.6

本实施例中，待测序产物的Qubit定量和qPCR定量结果如表8所示。

表8、测序产物的Qubit定量和qPCR定量浓度

文库	Qubit浓度(ng/μL)	qPCR浓度(nM/L)
			从1-4号混合文库中捕获到的靶序列	0.952	3.00

本实施例中，如表9所示。

表9、4份样本的结果(1为李贵平，2为沈习宇，3为沈心悦，4为李垚)

综上，根据本发明的探针捕获区域(如表3所示)设计相应的探针，即可实现线粒体突变所致的遗传病的检测。

本发明并不局限于上述实施方式，如果对本发明的各种改动或变型不脱离本发明的精神和范围，倘若这些改动和变型属于本发明的权利要求和等同技术范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变动。

Claims

1.一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组，其特征在于：包括标准全外显子探针组、全基因组拷贝数异常探针和线粒体环全长探针。

2.根据权利要求1所述的用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组，其特征在于，所述遗传病包括6161种遗传病；标准全外显子探针组可以检测全外显子变异导致的遗传病，包括神经***疾病、代谢***疾病、内分泌***疾病、消化***疾病、骨骼***疾病、泌尿***疾病、免疫***疾病、心血管***疾病、血液***疾病、皮肤***疾病、眼科***疾病、耳部***疾病、呼吸***疾病和生殖***疾病。

3.根据权利要求1所述的用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组，其特征在于，所述全基因组拷贝数异常探针可以检测拷贝数变异导致的基因组疾病，包括21三体综合征、18三体综合征、三倍体，以及基因组位置缺失或重复导致的智力障碍或者其他类型的疾病。

4.根据权利要求1所述的用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组，其特征在于，所述线粒体环全长探针可以检测线粒体环基因变异导致的线粒体疾病，包括线粒体脑肌病，线粒体肌病和线粒体脑病。

5.根据权利要求1所述的用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组，其特征在于：其线粒体探针密度为6X。

6.用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组的使用方法，其特征在于，包括以下步骤：

(8)将测序产物进行NGS测序，采用生物信息学分析测序结果。

7.根据权利要求6所述的使用方法，其特征在于：步骤(1)中，检测样本包括血液，新鲜组织，FFPE样本和唾液。

8.根据权利要求6所述的使用方法，其特征在于：所述步骤(3)和步骤(7)中，纯化为磁珠纯化，为Agencourt AMPure XP Kit。

9.一种用于检测扩展型遗传病全外显子的试剂盒，其特征在于：包括权利要求1所述的用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组。

10.权利要求1-6任一项所述的用于检测扩展型遗传病全外显子探针组在制备用于常见遗传病检测的基因芯片、试剂盒或检测设备中的应用。