CN107760771A - 一种乳腺癌易感基因brca1和brca2全基因捕获引物、试剂盒及其方法 - Google Patents
一种乳腺癌易感基因brca1和brca2全基因捕获引物、试剂盒及其方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了一种用于HER‑2基因拷贝数扩增检测的核苷酸序列、试剂盒及其应用,包含扩增BRCA1(Gene ID:672)基因全长的8对PCR扩增引物;扩增BRCA2(Gene ID:675)基因全长的8对PCR扩增引物,扩增捕获的DNA可用于后续的高通量测序分析。相比于探针靶向捕获技术和多重PCR技术,该方法操作简单,成本低,测序数据均一性好,较少的测序数据量即可达到99%以上的覆盖度,有助于为乳腺癌易感基因相关的遗传性肿瘤风险评估或用药以及数据库的建立提供基因检测技术支持。
Description
技术领域
本发明属于基因检测技术领域,具体涉及一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获引物、试剂盒及其应用。
背景技术
BRCA1和BRCA2均属于抑癌基因,是乳腺癌和卵巢癌易感相关的两个基因,主要参与DNA损伤修复。BRCA1和BRCA2与同源重组、DNA损伤修复、胚胎生长、转录调控有关。BRCA1和BRCA2基因突变是大多数常染色体显性家族遗传性乳腺癌、卵巢癌发病的原因,尤其是BRCA2基因突变和男性乳腺癌关系更为密切。BRCA基因突变携带者的乳腺终生患癌危险度显著升高,且易早年发病。乳腺癌是妇女最常见的恶性肿瘤,2007年全球有130万乳腺癌新发患者,超过46万的患者死于乳腺癌。中国近年乳腺癌发病率高居女性恶性肿瘤的首位,并以3%以上的速度逐年递增,估计全国每年有4万多妇女死于此病。其发病机制主要归纳为遗传易感性、内分泌失调、通过哺乳传染病毒颗粒等。约5%的乳腺癌是由基因突变引起,其中肿瘤抑制基因BRCA1和BRCA2与乳腺癌发病的关系较为密切,BRCA1突变者40岁前发生乳腺癌概率高达19%。
BRCA1、BRCA2与家族遗传性乳腺癌的高度相关性已毋庸置疑。通过对BRCA1的检测,可反映乳腺癌的发生发展,也可筛检出乳腺癌、卵巢癌及其他相关恶性肿瘤的高危人群,利于该类疾病的早期诊断治疗。通过对BRCA2检测,可以早期发现乳腺癌及其他几种恶性肿瘤,如***癌、卵巢癌等,并可选择合理有效的治疗方案。
目前,针对BRCA1和BRCA2的检测集中在外显子上,但是同样有研究表明,内含子上核酸序列的变异,也会影响RNA的剪切,从而影响基因的功能。针对BRCA1和BRCA2的捕获技术主要包含多重PCR和靶向捕获技术,相比于多重PCR捕获技术复杂的设计和偏好性,靶向捕获技术的高成本,本专利采用长片段PCR技术,可以快速简单、低成本的完成BRCA1和BRCA2全基因的捕获。结合后续的高通量测序技术,较少的测序数据量即可达到99%以上的覆盖度,有助于对乳腺癌易感基因相关的遗传性肿瘤风险评估或用药以及数据库的建立提供基因检测技术支持。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获引物、试剂盒及其应用。
为解决上述技术问题,本发明采用的技术方案如下:
一种可以扩增乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因的引物,包括如下核酸序列:
(1)扩增BRCA1基因全长的引物对,其核苷酸序列SEQ ID NO.:1~16所示;
(2)扩增BRCA2基因全长的引物对,其核苷酸序列SEQ ID NO.:17~32所示;
上述引物对在一次检测中共同使用。
上述一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因引物及其互补序列在本发明的保护范围之内。
本发明的另一种技术方案为:一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获试剂盒,包含上述引物SEQ ID NO.:1~16,SEQ ID NO.:17~32所示PCR扩增的缓冲液,酶,dNTP。
一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获的方法,包括如下步骤:
(1)提取人外周血基因组DNA;
(2)以提取的人外周血基因组DNA为模板、权利要求1中的引物、PCR扩增缓冲液,酶,dNTP,进行捕获BRCA1全基因的8个PCR扩增反应和捕获BRCA2全基因的8个扩增反应;
(3)采用1%的琼脂糖凝胶进行电泳检测,判定PCR扩增是否成功。
作为优选,所述步骤(2)中,捕获BRCA1全基因的8个PCR扩增反应和捕获BRCA2全基因的8个扩增反应,每个扩增反应的扩增体系为:总体积20μL,包含5×PrimeSTAR GXLBuffer 4μL,dNTP Mixture(2.5mM each)1.6μL,PrimeSTAR GXL DNA Polymerase 1μL,上游引物(SEQ ID NO.:1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29)0.4μM,下游引物(SEQID NO.:2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28,30)0.4μM,模板DNA 50-100ng,去离子水补足体积至20μL。
作为又以优选,所述步骤(2)中,PCR反应中的扩增程序为:95℃,2min;95℃,45s,68℃,10min,25个循环;16℃,终止反应。
有益效果:
本发明提供了一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获试剂盒,可以快速简单的完成BRCA1和BRCA2全基因的捕获。捕获到的DNA可直接用于后续的通量测序。相比于靶向捕获技术和多重PCR技术,该方法操作简单,成本低,测序数据均一性好,较少的测序数据量即可达到99%以上的覆盖度,有助于对乳腺癌易感基因相关的遗传性肿瘤风险评估或用药以及数据库的建立提供基因检测技术支持。
附图说明
图1为BRCA1和BRCA2扩增结果示图;
BRCA1:1-8;BRCA2:9-16。
具体实施方式
根据下述实施例,可以更好地理解本发明。然而,本领域的技术人员容易理解,实施例所描述的内容仅用于说明本发明,而不应当也不会限制权利要求书中所详细描述的本发明。
实施例1:
步骤1:DNA提取
取200μL外周血,按照全血基因组DNA提取试剂盒说明书进行DNA提取(购自杭州新捷生物科技有限公司),提取DNA用于后续实验或者存放于-20℃。
步骤2:PCR扩增和检测
(1)扩增BRCA1和BRCA2引物对,其核苷酸序列SEQ ID NO.:1-32所示;
(2)在PCR 8连管中,配制如下反应体系:
总体积20μL,包含5×PrimeSTAR GXL Buffer 4μL,dNTP Mixture(2.5mM each)1.6μL,PrimeSTAR GXL DNA Polymerase 1μL,上游引物(SEQ ID NO.:1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29)0.4μM,下游引物(SEQ ID NO.:2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28,30)0.4μM,模板DNA 50-100ng,去离子水补足体积至20μL。PCR反应中的扩增程序为:95℃,2min;95℃,45s,68℃,10min,25个循环;16℃,终止反应。
步骤3:结果分析
反应结束后,采用琼脂糖凝胶电泳分析,判定PCR扩增是否成功。
实施例2:
步骤1:DNA提取
取200μL外周血,按照全血基因组DNA提取试剂盒说明书进行DNA提取(购自杭州新捷生物科技有限公司),提取DNA用于后续实验或者存放于-20℃。
步骤2:PCR扩增和检测
(1)扩增BRCA1和BRCA2引物对,其核苷酸序列SEQ ID NO.:1-32所示;
(2)在PCR 8连管中,配制如下反应体系:
总体积20μL,包含5×PrimeSTAR GXL Buffer 4μL,dNTP Mixture(2.5mM each)1.6μL,PrimeSTAR GXL DNA Polymerase 1μL,上游引物(SEQ ID NO.:1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29)0.4μM,下游引物(SEQ ID NO.:2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28,30)0.4μM,模板DNA 50-100ng,去离子水补足体积至20μL。PCR反应中的扩增程序为:95℃,2min;95℃,45s,68℃,10min,25个循环;16℃,终止反应。
步骤3:产物纯化
(1)将步骤(2)中得到16个PCR扩增产物,各取10μL进行混合,得到160μL PCR扩增产物。
(2)在以上160μL PCR产物中加入160μL Agencourt AMPure XP Reagent(贝克曼,CAT#:A63880),按照试剂操作说明书进行纯化操作,最终采用100μL去离子水进行洗脱。
步骤4:文库构建
(1)取50ng纯化产物,采用TruePrep DNA Library Prep Kit V2for(诺唯赞,CAT#:TD501-01)进行建库操作。
(2)采用Agencourt AMPure XP Reagent分选350bp的文库片段。
步骤5:上机测序
采用MiSeq(Illumina)进行测序,测序模式为PE150。
步骤6:数据分析
采用生物信息软件对测序结果进行分析。
以上所述,是本发明较佳的实施例,并非本发明任何形式上或实质上的限制,应当指出,对于本技术领域的技术人员,在不脱离本发明的范围前提下,还可以对之做一些修改和改进,这些改进和补充也应该视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 杭州迪安医学检验中心有限公司
<120> 一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获引物、试剂盒及其方法
<160> 32
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 0
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ttgctttcac tgatggacac a 21
<210> 3
<211> 29
<212> DNA
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<400> 3
gttggttgta atcatagttc ctggtaaag 29
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<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gaaacttact gcctttctct aatgc 25
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<211> 24
<212> DNA
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<211> 27
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<212> DNA
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<211> 24
<212> DNA
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<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<211> 24
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<211> 26
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cagcctgtta ttatcctttc tgatgc 26
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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accctagctc tcagactgtt ttct 24
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<211> 24
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gccctactcc aactcttatt ctgc 24
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<211> 26
<212> DNA
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gggaggaagg agcaaatatt ttacca 26
<210> 30
<211> 24
<212> DNA
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
gcttttgtgg taagtttaaa agggc 25
Claims (5)
1.一种扩增乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因的引物,其特征在于,包括以下核酸序列:
(1)扩增BRCA1基因全长的引物对,其核苷酸序列SEQ ID NO.:1~16所示;
(2)扩增BRCA2基因全长的引物对,其核苷酸序列SEQ ID NO.:17~32所示;
上述引物在一次检测中共同使用。
2.一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获试剂盒,其特征在于,包含权利要求1所述的扩增乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因的引物,PCR扩增的缓冲液,酶,dNTP。
3.一种乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)提取人外周血基因组DNA;
(2)以提取的人外周血基因组DNA为模板、权利要求1中的引物、PCR扩增缓冲液,酶,dNTP,进行捕获BRCA1全基因的8个PCR扩增反应和捕获BRCA2全基因的8个扩增反应;
(3)采用1%的琼脂糖凝胶进行电泳检测,判定PCR扩增是否成功。
4.根据权利要求3所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获的方法,其特征在于,所述步骤(2)中,捕获BRCA1全基因的8个PCR扩增反应和捕获BRCA2全基因的8个扩增反应,每个扩增反应的扩增体系为:总体积20μL,包含5×PrimeSTAR GXL Buffer 4μL,dNTPMixture(2.5mM each)1.6μL,PrimeSTAR GXL DNA Polymerase 1μL,上游引物(SEQ IDNO.:1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29)0.4μM,下游引物(SEQ ID NO.:2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28,30)0.4μM,模板DNA 50-100ng,去离子水补足体积至20μL。
5.根据权利要求3所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2全基因捕获的方法,其特征在于,所述步骤(2)中,PCR反应中的扩增程序为:95℃,2min;95℃,45s,68℃,10min,25个循环;16℃,终止反应。
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