CN103153341B - 慢性淋巴细胞性白血病(cll)生物标志物 - Google Patents

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Abstract

本申请描述了慢性淋巴细胞性白血病(CLL)的生物标志物。具体地，本发明涉及作为生物标志物用于CLL中患者选择的miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和/或PI3K、以及治疗性处理的方法、制品及其制备方法、诊断用试剂盒、和做与其有关的广告的方法。

Description

慢性淋巴细胞性白血病(CLL)生物标志物
相关申请
本申请依照35USC§119要求2010年8月3日提交的美国临时申请号61/370,403和2011年2月7日提交的美国临时申请号61/440,162的优先权，其内容通过提述完整并入本文。
发明领域
本发明涉及慢性淋巴细胞性白血病(CLL)的生物标志物。具体地，本发明涉及作为生物标志物用于CLL中患者选择的miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K、以及治疗性处理的方法、制品及其制备方法、诊断用试剂盒以及做与其有关的广告的方法。
发明背景
慢性淋巴细胞性白血病(CLL)是西方世界中成人白血病的最常见形式。类似于许多其它B细胞恶性肿瘤，CLL由CD20表面抗原的表达表征并且可以由此由抗CD20疗法靶向。已经证明了利妥昔单抗(一种单克隆的嵌合抗CD20抗体)对滤泡性NHL患者(Marcus等，J Clin Oncol.26:4579-4586(2008);Hiddemann等，Blood106:3725-3732(2005))和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者(Coiffier等，N.Engl J.Med.346:235-242(2002);Feugier等，J Clin Oncol.23(18):4117-4126(2005))就无进展存活(PFS)和总体存活(OS)而言的重大益处。另外，还已经显示了使用化疗加利妥昔单抗相比于单独的化疗延长CLL中未经治疗的和复发的/不应性患者中的PFS(Hallek等，Blood,ASH AnnualMeeting Abstract,112:325(2008);Robak等，Blood,ASH Annual MeetingAbstracts,112:lba-1(2008))，且最近还显示延长总体存活(Hallek等，Blood,ASH Annual Meeting Abstracts,114:摘要535(2009))。
利妥昔单抗清除B细胞的作用机制包括抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)(Golay等，Blood95(12):3900-3908(2000))、补体依赖性细胞毒性(CDC)(Golay等，Blood95(12):3900-3908(2000);Harjunpaa等，Scand JImmunol.51(6):634-641(2000))和直接的促凋亡效应(Hofmeister等，BloodCells Mol Dis.6(2):133-143(2000))。
尽管已经知道了抗CD20抗体利妥昔单抗的作用机制，但对于会预测对基于CD20抗体的疗法的响应或抗性的疾病或宿主有关因子仍然缺少认知。在CLL中已经公开了众多被证明为影响疾病预后的因子。这些因子包括细胞遗传的和分子的畸变、IgVH基因座的突变状态、ZAP70和CD38表达以及更多(综述于Moreno和Monserrat Blood Reviews22:211-219(2008))。
然而，迄今为止，这些标志物中没有一个对CLL中基于抗CD20抗体的疗法显示真正的预测性意义。另外，与其它NHL实体中作用机制有关的Fcγ受体多态性(Cartron等，Blood99(3):754-758(2002);Weng和Levy,J Clin Oncol.21(21):3940-7(2003))并未显示影响CLL中基于抗CD20的疗法的结果(Farag等，Blood103:1472-1474(2004);Dornan等，Blood(ASH Annual MeetingAbstracts)114:2338(2009))。
本研究的目的是在一项有对照的随机化试验内用标准化疗(氟达拉滨/环磷酰胺；FC)或FC加利妥昔单抗(R-FC)治疗的大患者组中发现预测性的生物标志物，并将基因组数据与临床结果关联。
microRNA(miRNA)是通过影响mRNA的稳定性和翻译牵涉多细胞生物体中基因表达的转录后调控的短的(17-27个核苷酸)非编码RNA。miRNA可以结合靶mRNA并且抑制其翻译或促进其降解，由此影响生物学过程。miRNA1513p是发现于8号染色体上的microRNA，其在PTK2的内含子中(intronic)。关于miRNA1513p的出版物包括：Fulci等Genes,Chromosomes&Cancer48(12):1069-1082(2009);Agirre等Mol.Cancer Res.6(12):1830-1840(2008);Ding等Nat.Cell Biol.12(4):390-399(2010);Kawahara等EMBO8(8):763-769(2007)。
Visone等Blood114(18):3872-3879(2009)关注CLL中核型特异性的miRNA签名。
发明概述
本文中的发明涉及鉴定生物标志物miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K来预测CLL中对疗法的应答。
依照第一个实施方案，本发明涉及一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果发现所述患者具有升高量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的CLL药物。这类CLL药物的例子包括：
-诱导FAK信号传导和/或同型粘附的CLL药物；
-B细胞拮抗剂诸如CD20抗体，例如人源化的、人的或嵌合的抗CD20抗体
-I型抗CD20抗体
-II型抗CD20抗体
-抗CD20抗体诸如利妥昔单抗、奥法木单抗(ofatumumab)、GA101、SBI-087、维妥珠单抗(veltuzumab)、和AME-133。
在另一个实施方案中，本发明提供一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果发现所述患者具有升高量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的利妥昔单抗、氟达拉滨和环磷酰胺的组合。
另外，本发明涉及一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果发现所述患者具有降低量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的除利妥昔单抗以外的CLL药物。
本发明还涉及为慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者选择疗法的方法，其包括测定来自患者的样品中选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达，并基于生物标志物的表达水平来选择CLL药物。在一个实施方案中，如果癌症样品表达升高水平的生物标志物，则对所述患者选择用CLL药物(例如诱导FAK信号传导或同型粘附的CLL药物，或者是B细胞拮抗剂诸如CD20抗体的CLL药物)治疗。在另一个实施方案中，如果癌症样品表达降低水平的生物标志物，则对所述患者选择用除利妥昔单抗以外的CLL药物治疗。
本发明还提供了一种诊断用试剂盒，其包含一种或多种试剂，所述试剂用于测定来自CLL患者的样品中选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达。
本发明还涉及一种制品，其包含包装在一起的在药学可接受的载体中的CLL药物和包装插页，所述包装插页指示所述CLL药物基于一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达来治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者。
在一个有关的方面，本发明涉及一种用于制造制品的方法，其包括在包装中组合包含CLL药物的药物组合物和包装插页，所述包装插页指示所述药物组合物基于一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达来治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者。
此外，本发明涉及一种用于做CLL药物广告的方法，其包括向目标受众推广CLL药物基于一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达来治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的用途。
在另一个方面，本发明涉及一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果发现所述患者具有减少的PI3K生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的CLL药物。
此外，本发明在一个方面提供了一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果发现所述患者具有减少的PI3K生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的利妥昔单抗、氟达拉滨和环磷酰胺的组合。
另外，提供了一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果发现所述患者具有升高的PI3K生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的除利妥昔单抗以外的CLL药物。
附图简述
图1A图示了关于miRNA1513p表达(基于阵列)和疗法的无进展存活(PFS)。
图1B图示了关于miRNA1513p表达(基于qRT-PCR)和疗法的PFS。
图2A图示了关于miRNA4093p表达(基于阵列)和疗法的PFS。
图2B图示了关于miRNA4093p表达(基于qRT-PCR)和疗法的PFS。
图3图示了关于治疗和PTK2表达的Exon1.0ST PFS。
图4图示了关于治疗和PTK2表达的U133+2PFS。
图5图示了关于治疗和PTK2表达的qRT-PCR:PFS。
图6图示了由miRNA1513p靶向3’UTR。如在方法中描述的用miRNA1513p或NTC转染海拉(HeLa)细胞。将miRNA1513p对每种构建物的阻抑标准化到NTC。数据推导自3次生物学重复。通过两侧Student t检验来测定统计学显著性。**P<0.01,*P<0.05。
图7图示了由治疗和PIK3R3表达(高：大于等于中值=4；低：小于4)分层的患者中的PFS。
图8A-8C图示了PIK3R3表达的结果关联：PIK3R3表达亚组的FCR对FC的治疗效果(图8A)；FC分支中PIK3R3表达的预后效果(图8B)；和FCR分支中PIK3R3表达的效果(图8C)。标志物截留指在指定的四分位数处或作为连续变量的PIK3R3表达。
发明详述
I.定义
“慢性淋巴细胞性白血病”或“CLL”指白细胞(淋巴细胞)癌。本文中CLL的例子包括，“一线”或“未经治疗”的CLL(即其中CLL患者针对CLL治疗未接受过任何在先疗法)，“先前治疗过的CLL”(其中CLL患者已经针对CLL接受过在先治疗)，“不应性”CLL(其中患者对CLL疗法是不应性的)，“复发的CLL”(其中患者在针对CLL的在先疗法后复发)。
在本文中，“患者”是人患者。所述患者可以是“CLL患者”，即患有或有风险患上一种或多种CLL症状的人。此外，所述患者可以是既往治疗过的CLL患者。
对于本文中的目的，“先前治疗过的”CLL患者接受过在先CLL疗法，这类疗法包括苯丁酸氮芥(chlorambucil)(有或无***(prednisone)/***龙(prednisolone))、氟达拉滨(或其它核苷类似物)、和/或含有烷化物的联合方案。任选地，这类先前治疗过的CLL患者对于在先烷化剂是敏感或不应性的，但优选地对于氟达拉滨是敏感的(例如实现持续6个月或更长的响应)。
“不应性”CLL在即使对CLL患者施用抗肿瘤剂(诸如化疗剂)的情况下仍然进展。不应性癌症的一个例子是对以下任何一种或多种为不应性的癌症：核苷类似物(例如氟达拉滨)、环磷酰胺；氟达拉滨和环磷酰胺(FC)；苯丁酸氮芥；***或***龙；含有烷化物的联合疗法，包括环磷酰胺、长春新碱、***龙(CHOP)、或环磷酰胺、长春新碱、***龙(CVP)；阿仑单抗(alemtuzumab)(Campath)等。
“CLL药物”是对治疗CLL有效的药物。CLL药物的例子包括下文记载的化疗剂和化疗方案；B细胞拮抗剂诸如CD20抗体(例如利妥昔单抗或奥法木单抗等)、CD22抗体、和CD79b抗体；静脉内免疫球蛋白；CD52抗体(例如阿仑单抗)；烷化剂(例如苯丁酸氮芥、苯达莫司汀(bendamustine)、或环磷酰胺)；核苷类似物或抗代谢物(例如氟达拉滨)、氟达拉滨和环磷酰胺(FC)；***或***龙；含有烷化物的联合疗法，包括环磷酰胺、长春新碱、***龙(CHOP)，或环磷酰胺、长春新碱、***龙(CVP)；等等。在一个实施方案中，所述CLL药物诱导FAK信号传导和/或同型聚集。
“FAK信号传导”指FAK的上调或活化(例如经由FAK的Tyr397的磷酸化)，包括活化下游信号传导分子诸如Src激酶、生长因子受体结合蛋白2衔接头蛋白(Grb2)的活化，和/或Ras/促细胞***原(mitogen)活化的蛋白质激酶途径(由FAK活化所致)。用于鉴定诱导FAK信号传导的CLL药物s或B细胞拮抗剂(例如CD20抗体)的方法记载于Altomonte等J.Cell.Physiol200:272-274(2004)。
“同型粘附”或“同型聚集”指相同细胞彼此之间的相互作用和附接，其可能导致程序化细胞死亡。可以如记载于Ivanov等J.Clin.Invest.119(8):2143-2159(2009)或Altomonte等J.Cell.Physiol200:272-274(2004)中的那样评估用于鉴定诱导同型聚集的CLL药物或B细胞拮抗剂(例如CD20抗体)的方法。
如本文中使用的，术语“生物标志物”或“标志物”一般指其在组织或细胞中/上表达或分泌的可以通过已知的方法(或本文所披露的方法)来检测且是预测性的或可以用于预测(或帮助预测)细胞、组织或患者对治疗方案的响应性的分子，包括基因、mRNA、蛋白质、碳水化合物结构或糖脂。本文中特别感兴趣的生物标志物是PTK2、miRNA1513p、和miRNA4093p。
“蛋白质酪氨酸激酶2”或“PTK2”用于本文指人蛋白质酪氨酸激酶2(PTK2)，也称为焦点粘着激酶1(FADK1)。对于本文中的目的，“PTK2”指编码PTK2的DNA或mRNA，以及编码的PTK2蛋白，包括其中任意一种的促进样品中PTK2检测的片段或部分。PTK2序列公众可获于：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=Graphi cs&list_uids=5747，或http://www.uniprot.org/uniprot/Q05397。PTK2也称为：FAK;FADK;FAK1;FRNK;pp125FAK;PTK2。PTK2基因编码细胞质蛋白质酪氨酸激酶，其被发现集中于在存在胞外基质组分的情况中生长的细胞之间形成的焦点粘着中。该编码的蛋白是蛋白质酪氨酸激酶的焦点粘着激酶(FAK)子家族的成员，但与其它子家族的激酶缺乏显著的序列相似性。对该基因的活化可能是应答某些神经肽或细胞与胞外基质的相互作用所触发的细胞内信号转导途径和细胞生长中的一个重要的早期步骤。对于该基因至少已经发现了编码4种不同同等型的4种转录变体，但仅确定了其中两种的全长性质。术语“PTK2”在本文中包括其每种同等型，包括同等型1、2、3、和4(分别为Q05397-1、-2、-3、和-4)。可以依照本发明评估PTK2的DNA、mRNA和/或蛋白质。
“磷酸肌醇3-激酶”和“PI3K”指人磷酸肌醇3-激酶，包括其亚基。PI3K是能够将磷酸肌醇的肌醇环的3’OH磷酸化的脂质激酶。PI3K在本文中包含I类(包含IA类和1B类)、II类和III类PI3K。在一个实施方案中，PI3K是I类PI3K，且任选地，该PI3K包含其调节亚基诸如调节亚基3(PIK3R3)。对于本文中的目的，PI3K(和别名)指编码PI3K的DNA或mRNA、或PI3K蛋白(包含PI3K亚基)，以及其中任意一种的促进样品中PI3K检测的片段或部分。可以依照本发明评估PI3K的DNA、mRNA和/或蛋白质，以及PI3K活化。由此，“减少的PI3K生物标志物”指量和/或活性降低了的PI3K生物标志物，且“升高的PI3K生物标志物”指量和/或活性增加了的PI3K生物标志物。
“磷酸肌醇-3-激酶，调节亚基3(γ)”、“PIK3R3”和“p55-γ”指能够与PI3K催化亚基(110kDa)相互作用的人PI3K调节亚基3。参见例如Dey等Gene209(1-2):175-83(1998),Ingham等J.Biol.Chem.276(15):12257-65(2001)和UniProtKB/Swiss-Prot:P55G HUMAN.Q92569。在此定义中明确地纳入了PIK3R3同等型。对于本文中的目的，PIK3R3(和别名)指编码PIK3K3的DNA或mRNA、或PIK3K3蛋白、以及其中任意一种的促进样品中PIK3K3检测的片段或部分。可以依照本发明来评估PIK3R3的DNA、mRNA、和/或蛋白质、和/或PIK3R3的活化(或包含PIK3R3的PI3K的活化)。
“microRNA”或“miRNA”是通过影响mRNA的稳定性和翻译两者牵涉多细胞生物体中基因表达的转录后调控的短(一般约15-30个核苷酸)的非编码RNA。
“miRNA1513p”用于本文指包含以下序列的miRNA：CUAGACUGAAGCUCCUUGAGG(SEQ ID NO:1)。亦参见：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/442893和http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000809。miRNA1513p在PTK的内含子中且与其共表达。对于本文中的目的，该术语包括DNA或mRNA，包括其促进样品中miRNA1513p检测的片段或部分。
“miRNA4093p”用于本文指包含以下序列的RNA：GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU(SEQ ID NO:2)。亦参见：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/574413或http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0001735。对于本文中的目的，该术语包括DNA或mRNA，包括其促进样品中miRNA4093p检测的片段或部分。
“患者样品”指从CLL患者获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织，像来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检样品或穿刺样品；血液或任何血液组分；体液，诸如脑脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)或间隙液；来自受试者的妊娠或发育任何时间的细胞。组织样品可能包含在自然界中天然不与组织混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素、等等。本文中肿瘤样品的例子包括但不限于，肿瘤活检、循环中的肿瘤细胞、血清或血浆、外周血单个核细胞(PBMC)、循环中的血浆蛋白质、腹水、自肿瘤衍生或展现出肿瘤样特性的原代细胞培养物或细胞系、以及保存的肿瘤样品，诸如***固定的、石蜡包埋的肿瘤样品或冷冻的肿瘤样品。在一个实施方案中，所述样品包含外周血单个核细胞(PBMC)，其包括富集CD19的PBMC。
患者对药物治疗的“有效响应”或“响应性”及类似用语指当施用CLL药物时，给予患者(该患者有CLL风险或患有CLL)的临床或治疗受益。此类受益包括下列任意一种或多种：延长存活(包括总体存活和无进展存活)；产生客观响应(包括完全响应或部分响应)、或改善CLL的征候或症状等。在一个实施方案中，使用生物标志物来鉴定用药物治疗时，预期相对于不以相同水平表达该生物标志物的患者具有更大的无进展存活(PFS)的患者。本文中生物标志物(一种或多种)的出现有效预示或以高灵敏度预示这类有效响应。
“存活”指患者保持存活，并且包括总体存活以及无进展存活。
“总体存活”指患者自诊断或治疗时间起保持一定时期存活，诸如1年、5年等。
“无进展存活”指患者保持存活且癌症没有进展或恶化。
“延长存活”意味着使接受治疗的患者中总体存活或无进展存活相对于未接受治疗的患者(即相对于未用所述药物治疗的患者)或者不以指定水平表达生物标志物的患者，和/或相对于用已获批准的抗肿瘤剂(诸如氟达拉滨和环磷酰胺的化疗方案，FC)治疗的患者有延长。
“客观响应”指可测量的响应，包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。
“完全响应”或“CR”意指癌症的所有症候响应治疗而消失。这并不总是意味着癌症得到治愈。
“部分响应”或“PR”指一处或多处肿瘤或损伤的大小或癌症在身体中的范围响应治疗而缩小。
与CLL患者升高的临床受益有关的生物标志物的“量”或“水平”是生物学样品中可检测的水平。这些可以通过本领域中技术人员已知的且也被本发明披露的方法来测量。所评估的生物标志物的表达水平或量可用于测定对治疗的响应。
术语“表达的水平”或“表达水平”通常可互换使用，且一般指生物学样品中多核苷酸、mRNA或氨基酸产物或蛋白质的量。“表达”一般指基因所编码的信息转换成细胞中存在的和运行的结构的过程。因此，依照本发明，基因的“表达”可以指转录成多核苷酸、翻译成蛋白质、或甚至蛋白质的翻译后修饰。转录得到的多核苷酸的、翻译得到的蛋白质的、或翻译后修饰得到的蛋白质的片段也应视为表达的，无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或经过降解的转录物，或者是源自蛋白质的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录成多核苷酸(如mRNA)、然后翻译成蛋白质的基因，还有转录成RNA但不翻译成蛋白质的基因(例如miRNA)。
生物标志物的“升高”或“较高”的量或水平指所述量等于或大于患者群体中(例如在CLL患者群体中或在CLL患者的亚群(例如先前治疗过的CLL患者)中)生物标志物的中值量。例如，所述量可以在50%至约100%，例如约75至100%的百分位数范围中。
生物标志物的“降低”或“较低”的量或水平指所述量小于患者群体中生物标志物的中值量。例如，所述量可以在0%-约49%的百分位数范围中，例如从约0-25%。
短语“基于...的表达”用于本文意指使用本文中一种或多种生物标志物的表达水平的信息来传达治疗决策、在包装插页上提供的信息或销售/推广指导等。在生物标志物的表达升高的情况中，可以用CLL药物诸如B细胞拮抗剂例如CD20抗体(诸如利妥昔单抗)来治疗患者。在生物标志物的表达水平降低的情况中，可以用除利妥昔单抗以外(或除抗CD20抗体以外)的CLL药物来治疗患者。
“B细胞表面标志物”或“B细胞表面抗原”在本文中指在B细胞表面上表达的抗原，可以用能结合它的拮抗剂来靶向它。例示性的B细胞表面标志物包括CD10、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD37、CD40、CD53、CD72、CD73、CD74、CDw75、CDw76、CD77、CDw78、CD79a、CD79b、CD80、CD81、CD82、CD83、CDw84、CD85和CD86白细胞表面标志物(有关说明参见The Leukocyte Antigen Facts Book，第2版，1997，Barclay等编，Academic Press，Harcourt Brace&Co.，New York)。其它B细胞表面标志物包括RP105、FcRH2、B细胞CR2、CCR6、P2X5、HLA-DOB、CXCR5、FCER2、BR3、BAFF、BLyS、Btig、NAG14、SLGC16270、FcRH1、IRTA2、ATWD578、FcRH3、IRTA1、FcRH6、BCMA、和239287。在一个实施方案中，所述B细胞表面标志物是CD20、CD22、或CD79b。
“CD20”抗原或“CD20”是在超过90%来自外周血或淋巴样器官的B细胞表面上找到的约35kDa非糖基化磷蛋白。CD20存在于正常B细胞和恶性B细胞二者上，但在干细胞上不表达。CD20在文献中的其它名称包括“B淋巴细胞限制抗原”和“Bp35”。CD20抗原记载于例如Clark等，Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)82:1766(1985)。
“B细胞拮抗剂”指在结合B细胞表面标志物或B细胞特异性存活或增殖因子后破坏或消减哺乳动物中的B细胞和/或干扰B细胞存活和/或一项或多项B细胞功能的分子，例如通过降低或阻止B细胞引发的体液应答。所述拮抗剂优选能够消减用它治疗的哺乳动物中的B细胞(即降低循环中的B细胞水平)。这类消减可通过多种机制来实现，诸如ADCC和/或CDC、抑制B细胞增殖、或B细胞直接裂解和/或诱导B细胞死亡(例如通过凋亡)。拮抗剂可通过本领域已知的、用于凋亡和消减的其它度量、和B细胞增殖和生长的延迟或终止、或B细胞存活的多种方法来筛选。
“结合B细胞表面标志物的抗体”或“针对B细胞表面标志物的抗体”指在结合B细胞表面标志物后破坏或消减哺乳动物中的B细胞和/或干扰一种或多种B细胞功能(例如通过降低或阻止由B细胞引发的体液应答)的分子。优选地，该抗体能够在用其处理的哺乳动物中消减B细胞(即降低循环中的B细胞水平)。这种消减可通过各种机制来实现，诸如抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)、抑制B细胞增殖、和/或诱导B细胞死亡(如通过凋亡)。在一个实施方案中，所述抗体是结合人CD20的抗体。
抗CD20抗体的例子包括：嵌合抗CD20抗体诸如利妥昔单抗(参见下文)；人抗CD20抗体诸如奥法木单抗(由Genmab,Denmark销售；亦参见Glennie和van de Winkel,Drug Discovery Today8:503-510(2003);Cragg等，Blood101:1045-1052(2003);WO2004/035607;和WO2005/103081)；人源化抗CD20抗体诸如人源化2H7(参见下文)或维妥珠单抗(hA20)(Goldenberg等Blood113(5):1062-1070(2009))；糖基化变体抗体，包括具有两分无岩藻糖基化的Fc区-碳水化合物的糖基化变体诸如GA101(参见下文)；小型模块化免疫药物(SmallModular ImmunoPharmaceutical)(SMIP)或单链抗体诸如SBI-087；钇[90]标记的2B8鼠抗体，称作“Y2B8”或“替伊莫单抗(Ibritumomab Tiuxetan)”()，可购自Biogen Idec,Inc.(例如美国5,736,137；2B8于1993年6月22日保藏于ATCC登录号HB11388下)；鼠IgG2a“B1”，也称为“托西莫单抗(tositumomab)”，任选用131I标记以生成“131I-B1”或“碘I131托西莫单抗”抗体(BEXXARTM)，可购自Corixa(亦参见例如U.S.5,595,721)；鼠单克隆抗体“1F5”(例如Press等Blood69(2):584-591(1987))及其变体，包括“框架修补的”或人源化的1F5(例如WO2003/002607,Leung,S.;ATCC保藏物HB-96450)；US2004/0093621(Shitara等)中记载的Fc区结合有复杂N-糖苷连接的糖链的抗体；WO2006/106959(Numazaki等，Biomedics Inc.)中记载的对CD20抗原的细胞外表位具有高结合亲和力的嵌合化的或人源化的单克隆抗体；结合CD20的单克隆抗体和抗原结合片段(例如WO2005/000901,Tedder等)，诸如HB20-3、HB20-4、HB20-25、和MB20-11；结合CD20的单链蛋白质，包括但不限于TRU-015(例如US2005/0186216(Ledbetter和Hayden-Ledbetter);US2005/0202534(Hayden-Ledbetter和Ledbetter);US2005/0202028(Hayden-Ledbetter和Ledbetter);US2005/136049(Ledbetter等);US2005/0202023(Hayden-Ledbetter和Ledbetter)–Trubion Pharm Inc.)；CD20结合分子诸如AME系列抗体，例如如在WO2004/103404;US2005/0025764;和US2006/0251652(Watkins等，Applied Molecular Evolution,Inc.)中列出的AME-133抗体，和如在例如WO2005/070963(Allan等，Applied MolecularEvolution,Inc.)中列出的具有Fc突变的抗CD20抗体；CD20结合分子诸如记载于WO2005/016969和US2005/0069545(Carr等)中的那些；双特异性抗体，如例如在WO2005/014618(Chang等)中列出的；针对CD20的全人抗体，如例如记载于WO2006/130458;Gazit等，Amgen/AstraZeneca)中的；针对CD20的抗体，如例如记载于WO2006/126069(Morawala,Avestha GengraineTechnologies Pvt Ltd.)中的；A20抗体或其变体，诸如嵌合的或人源化的A20抗体(分别为cA20、hA20)和IMMUN-106(例如US2003/0219433,Immunomedics)；以及单克隆抗体L27、G28-2、93-1B3、B-C1或NU-B2，可从国际白细胞分型研究组(International Leukocyte Typing Workshop)获得(例如Valentine等，于：Leukocyte Typing III(McMichael编，第440页,OxfordUniversity Press(1987))。
“I型”CD20抗体经由有力的补体依赖性细胞毒性(CDC)和抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)介导细胞死亡。I型抗CD20抗体的例子包括利妥昔单抗、维妥珠单抗、ocrelizumab、奥法木单抗和AME-133。
“II型”CD20抗体经由不依赖于胱天蛋白酶的凋亡(伴随着磷脂酰丝氨酸暴露)启动靶细胞死亡，且比I型抗CD20抗体展现出更强的同型粘附和ADCC。II型抗体不将CD20局部化到脂筏中。II型抗CD20抗体的例子包括托西莫单抗(B1)、11B8、AT80和人源化B-Ly1抗体。
“利妥昔单抗”是结合B细胞上的CD20抗原并消减体内B细胞的嵌合的IgG1抗CD20抗体。它的重链和轻链的氨基酸序列公开于美国专利No.7,381,560中，并通过提述明确并入本文。利妥昔单抗在美国可以从Genentech商标下购得，在其它国家可以从Roche下购得。已经将编码利妥昔单抗的核酸在1992年11月10日保藏于ATCC保藏号69119下。利妥昔单抗的生物学活性被认为牵涉结合CD20时靶细胞中的信号传导，其导致生长抑制和(非经典的)凋亡(称为“直接细胞死亡”)、补体依赖性细胞毒性(CDC)、和由展示Fcγ受体(FcγR)的细胞(诸如表达FcγRIIIa的NK细胞和巨噬细胞)介导的抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)。
术语“人源化B-Ly1抗体”和“GA101”在本文中指人源化的IgG1B-Ly1抗体，如披露于描述鼠单克隆抗CD20抗体B-Ly1的人源化变体的WO2005/044859和WO2007/031875中的。此外，优选地，人源化B-Ly1抗体是依照记载于WO2005/044859、WO2004/065540、WO2007/031875、Umana等Nature Biotechnol.17(1999)176-180(1999)和WO1999/54342中的规程在Fc区中经过糖工程改造(GE)的。在本发明的一个实施方案中优选无岩藻糖基化的、经过糖工程改造的人源化B-Ly1(B-HH6-B-KV1GE)。这类糖工程改造的人源化B-Ly1抗体在Fc区中具有改变的糖基化模式，优选地具有降低水平的岩藻糖残基。优选地，岩藻糖的量是在Asn297处的寡糖总量的60%或更少(在一个实施方案中，岩藻糖的量介于40%和60%之间，在另一个实施方案中，岩藻糖的量是50%或更少，且在再一个实施方案中，岩藻糖的量是30%或更少)。此外，Fc区的寡糖优选为两分的。这些糖工程改造的人源化B-Ly1抗体具有增加的ADCC。
纯粹为了本文的目的，除非另有说明，“2H7”或“2H7抗体”指包含记载于US2006/0034835和WO2004/056312(同由Lowman等);US2006/0188495(Barron等);和US2006/0246004(Adams等)的可变域序列的人源化抗CD20抗体。简言之，以一系列定点诱变步骤进行鼠抗人CD20抗体2H7(本文中也称作m2H7，m代表鼠))的人源化。鼠2H7抗体可变区序列和具有小鼠V和人C的嵌合2H7已经记载于例如美国专利No.5,846,818和6,204,023。通过比较鼠2H7可变域的氨基酸序列(披露于US5,846,818)与已知抗体的序列(Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版(Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991))，鉴定了2H7的CDR残基。基于序列高变性(Kabat等，见上)定义了轻链和重链的CDR区。使用合成的寡核苷酸，利用定点诱变(Kunkel,Proc.Natl.Acad.Sci.(USA),82:488-492(1985))将鼠2H7的所有六个CDR区引入质粒pVX4上所包含的、与共有序列VκI、VHIII(VLκ亚组I、VH亚组III)对应的完整人Fab框架(参见WO2004/056312中的图2)。通过定点诱变在噬菌粒pVX4中对V区(CDR和/或FR)进行进一步的修饰。构建用于表达全长IgG的质粒，其通过将嵌合2H7Fab以及人源化Fab2至6型的VL和VH域亚克隆入先前描述的pRK载体中(Gorman等，DNA Prot.Eng.Tech.,2:3-10(1990))进行哺乳动物细胞表达。Ocrelizumab是本文中人源化2H7抗体的一个例子。
如本文中使用的，“聚合酶链式反应”或“PCR”技术通常指其中如1987年7月28日公告的美国专利No.4,683,195中所记载的，扩增微量的核酸(RNA和/或DNA)特定片段的规程。通常，需要获知目的区域末端或以外的序列信息，从而可设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上将与待扩增模板的对立链相同或相似。两条引物的5’末端核苷酸可与所扩增物质的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA和由总细胞RNA转录的cDNA、噬菌体或质粒序列等扩增特定RNA序列、特定DNA序列。一般参见Mullis等，Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.51:263(1987);Erlich编，PCR Technology，(Stockton Press，NY，1989)。如本文中使用的，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个(但非唯一的)例子，包括使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或生成核酸的特定片段或者扩增或生成与特定核酸互补的核酸特定片段。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤测量PCR产物的量。这种技术已经记载于多份出版物，包括Cronin等，Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004);和Ma等，Cancer Cell5:607-616(2004)。
术语“微阵列”指可杂交阵列元素(优选为多核苷酸探针)在基片上的有序排列。
术语“多核苷酸”在以单数或复数使用时一般指任何多聚核糖核苷酸或多聚脱氧核糖核苷酸，可以是未经修饰的RNA或DNA或经修饰的RNA或DNA。由此，例如，如本文中定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA、包含单链区和双链区的DNA、单链和双链RNA、和包含单链区和双链区的RNA、包含DNA和RNA的杂合分子，它可以是单链的，或者更典型的是双链的，或者包含单链区和双链区。另外，如本文中使用的，术语“多核苷酸”指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自同一分子或来自不同分子。所述区可包含一种或多种分子的整个，但是更典型的是只包含有些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”明确包括cDNA。该术语包括包含一种或多种经修饰碱基的DNA(包括cDNA)和RNA。如此，主链为稳定性或其它原因而修饰的DNA或RNA也是“多核苷酸”该术语在本文中的意图所在。此外，包含罕见碱基诸如肌苷或经修饰碱基诸如氚化碱基的DNA或RNA也包括在如本文中所定义的术语“多核苷酸”内。一般而言，术语“多核苷酸”涵盖未修饰多核苷酸的所有化学、酶和/或代谢修饰形式，以及病毒和细胞(包括简单和复杂细胞)的特征性的DNA和RNA的化学形式。
术语“寡核苷酸”指相对短的多核苷酸，包括但不限于单链脱氧核糖核苷酸、单链或双链核糖核苷酸、RNA:DNA杂合物、和双链DNA。寡核苷酸(诸如单链DNA探针寡核苷酸)经常通过化学方法合成，例如使用商品化的自动化寡核苷酸合成仪。然而，可通过多种其他方法来制备寡核苷酸，包括体外重组DNA介导的技术以及通过在细胞和生物体中表达DNA。
杂交反应的“严格性”可以由本领域中的普通技术人员容易地确定，而且通常根据探针长度、洗涤温度和盐浓度凭经验计算。一般而言，较长的探针要求较高的温度以正确退火，而较短的探针需要较低的温度。杂交通常依赖于当互补链存在于低于其解链温度的环境中时变性DNA重新退火的能力。探针与可杂交序列之间的期望同源性程度越高，可使用的相对温度也越高。结果，可推出较高相对温度将趋向于使反应条件更为严格，而较低温度也就较不严格。关于杂交反应严格性的其它细节和解释，参见Ausubel等，CurrentProtocols in Molecular Biology,Wiley Interscience Publishers,1995。
如本文中所定义的，“严格条件”或“高严格条件”通常为：(1)对于洗涤采用低离子强度和高温，例如0.015M氯化钠/0.0015M柠檬酸钠/0.1%十二烷基硫酸钠，50°C；(2)在杂交期间使用变性剂，诸如甲酰胺，例如50%(v/v)甲酰胺及0.1%牛血清清蛋白/0.1%Ficoll/0.1%聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸钠缓冲液pH6.5及750mM氯化钠、75mM柠檬酸钠的，42°C；或(3)使用50%甲酰胺、5x SSC(0.75M NaCl、0.075M柠檬酸钠)、50mM磷酸钠(pH6.8)、0.1%焦磷酸钠、5x登哈特氏(Denhardt’s)溶液、超声处理的鲑精DNA(50μg/ml)、0.1%SDS和10%硫酸右旋糖苷，42°C，在42°C于0.2x SSC(氯化钠/柠檬酸钠)和50%甲酰胺中洗涤，然后在55°C进行由含有EDTA的0.1x SSC组成的高严格洗涤。
“中等严格条件”可规定为如Sambrook等，Molecular Cloning:ALaboratory Manual,New York:Cold Spring Harbor Press,1989所描述的，而且包括使用与上文所述那些相比较不严格的洗涤溶液和杂交条件(例如温度、离子强度和%SDS)。中等严格条件的一个例子是在含：20%甲酰胺、5x SSC(150mM NaCl,15mM柠檬酸三钠)、50mM磷酸钠(pH7.6)、5x登哈特氏溶液、10%硫酸右旋糖苷和20mg/ml变性的剪切的鲑精DNA的溶液中于37°C温育过夜，然后于约37-50°C在1x SSC中洗涤滤膜。熟练技术人员会认识到如何根据适应诸如探针长度等因素的需要来调节温度、离子强度等。
“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的例子包括烷化剂类，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺()；磺酸烷基酯类(alkylsulfonates)，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodepa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedepa)和乌瑞替派(uredepa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)、三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢***酚(tetrahydrocannabinol)(屈***酚(dronabinol)，)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinicacid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物托泊替康(topotecan)()、CPT-11(伊立替康(irinotecan)，)、乙酰喜树碱、东莨菪亭(scopoletin)和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；替尼泊苷(teniposide)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine)；抗生素类，诸如烯二炔类(enediyne)抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1(参见例如Nicolaou等，Angew.Chem Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；CDP323，一种口服α-4整联蛋白抑制剂；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomycin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(authramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、carabicin、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)(包括吗啉代多柔比星、氰基吗啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星、盐酸多柔比星脂质体注射剂()、脂质体多柔比星TLC D-99()、PEG化脂质体多柔比星()和脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素C、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨喋呤、吉西他滨(gemcitabine)()、替加氟(tegafur)()、卡培他滨(capecitabine)()、埃坡霉素(epothilone)和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨喋呤、蝶酰三谷氨酸(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨、6-巯基嘌呤(mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷(azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、双脱氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(folinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defosfamide)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS NaturalProducts,Eugene,OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2''-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素、疣孢菌素(verracurin)A、杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；塞替派；类紫杉醇(taxoid)，例如帕利他塞(paclitaxel)()、帕利他塞的清蛋白改造的纳米颗粒剂型(ABRAXANETM)和多西他塞(doxetaxel)())；苯丁酸氮芥；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤；甲氨喋呤；铂剂，诸如顺铂(cisplatin)、奥沙利铂(oxaliplatin)和卡铂(carboplatin)；阻止微管蛋白聚合而形成微管的长春花药类(vincas)，包含长春碱(vinblastine)()、长春新碱(vincristine)()、长春地辛(vindesine)()、和长春瑞滨(vinorelbine)()；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；亚叶酸(leucovorin)；能灭瘤(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊本膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄酸类(retinoids)，诸如视黄酸(retinoic acid)，包括bexarotene()；二膦酸盐类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如或)、依替膦酸钠(etidronate)()、NE-58095、唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronic acid/zoledronate)()、阿伦膦酸盐(alendronate)()、帕米膦酸盐(pamidronate)()、替鲁膦酸盐(tiludronate)()或利塞膦酸盐(risedronate)()；曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制牵涉异常细胞增殖的信号途经中的基因表达的，诸如例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，诸如疫苗和基因疗法疫苗，例如疫苗、疫苗和疫苗；拓扑异构酶1抑制剂(例如)；rmRH(例如)；BAY439006(sorafenib;Bayer);SU-11248(Pfizer);哌立福辛(perifosine)、COX-2抑制剂(例如塞来考昔(celecoxib)或艾托考昔(etoricoxib))、蛋白体抑制剂(例如PS341)；硼替佐米(bortezomib)()；CCI-779；替吡法尼(tipifarnib)(R11577)；orafenib；ABT510；Bcl-2抑制剂，诸如哈眠那(oblimersen sodium)()；匹杉琼(pixantrone)；EGFR抑制剂(参见下文定义)；酪氨酸激酶抑制剂(参见下文定义)；和任何上述物质的药学可接受盐、酸或衍生物；以及两种或更多上述物质的组合，诸如CHOP(环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和***龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)。
在本文中，化疗剂包括“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”，其作用于调节、降低、阻断或抑制能够促进癌症生长的激素的效果。它们可以本身就是激素，包括但不限于：具有混合的激动剂/拮抗剂谱的抗***类，包括他莫昔芬(tamoxifen)()、4-羟基他莫昔芬、托瑞米芬(toremifene)()、艾多昔芬(idoxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、雷洛昔芬(raloxifene)()、曲沃昔芬(trioxifene)、那洛昔芬(keoxifene)、以及选择性***受体调控物类(SERM)诸如SERM3；没有激动剂特性的纯粹的抗***，诸如氟维司群(fulvestrant)()和EM800(此类药剂可阻断***受体(ER)二聚化，抑制DNA结合，提高ER周转，和/或遏制ER水平)；芳香酶抑制剂，包括类固醇芳香酶抑制剂，诸如福美坦(formestane)和依西美坦(exemestane)()，及非类固醇芳香酶抑制剂，诸如阿那曲唑(anastrozole)()、来曲唑(letrozole)()和氨鲁米特(aminoglutethimide)，及其它芳香酶抑制剂，包括伏罗唑(vorozole)()、醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)()、法倔唑(fadrozole)、和4(5)-咪唑；***(lutenizing hormone)释放激素激动剂，包括亮丙瑞林(leuprolide)(和)、戈舍瑞林(goserelin)、布舍瑞林(buserelin)和曲普瑞林(triptorelin)；性类固醇类，包括孕激素，诸如醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)和醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesteroneacetate)，***，诸如乙烯雌酚(diethylstilbestrol)和倍美力(premarin)，及雄激素/类维生素A，诸如氟***(fluoxymesterone)、全反式维A酸(alltransretionic acid)和芬维A胺(fenretinide)；奥那司酮(onapristone)；抗孕酮类；***受体下调调节剂(ERD)；抗雄激素类，诸如氟他米特(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide)；及上述任何物质的药学可接受的盐、酸或衍生物；以及两种或更多种上述物质的组合。
本文中的化疗剂或化疗方案的特定例子包括：烷化剂类(例如苯丁酸氮芥、苯达莫司汀或环磷酰胺)；核苷类似物或抗代谢物类(例如氟达拉滨)、氟达拉滨和环磷酰胺(FC)；***或***龙；含有烷化物的联合疗法，包括环磷酰胺、长春新碱、***龙(CHOP)或环磷酰胺、长春新碱、***龙(CVP)等。
“目标受众”指接受如通过销售或做广告(尤其为了特定用途、治疗、或适应症)进行的特定药物促销或意图进行的特定药物促销的人群或机构，诸如患者个体，患者群体，报纸、医学文献、和杂志读者，电视或因特网观众，无线电或因特网听众，内科医生，药品公司等。
“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商品包装中的说明书，它们包含有关涉及此类治疗用产品应用的适应征、用法、剂量、施用、禁忌症、要与所包装产品联用的其它治疗用产品、和/或警告等的信息。
本文中的术语“抗体”以其最广义使用并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于，单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出期望的抗原结合活性。
“抗体片段”指与完整抗体不同的包含完整抗体的一部分的分子，其结合完整抗体所结合的抗原。抗体片段的例子包括但不限于，Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和从抗体片段形成的多特异性抗体。
“亲和力成熟的”抗体指在一个或多个高变区(HVR)中具有一处或多处改变、导致该抗体对抗原的亲和力与没有这类改变的亲本抗体相比有所改进的抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50%或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50%或更多。本文中提供了例示性的竞争测定法。在一个实施方案中，所述抗体与利妥昔单抗、奥法木单抗、GA101、SBI-087、维妥珠单抗或AME-133结合相同的表位。
术语“嵌合”抗体指这样一种抗体，其中重链和/或轻链的一部分自特定来源或物种衍生，而重链和/或轻链的剩余部分自不同的来源或物种衍生。
抗体的“类”指其重链具有的恒定域或恒定区的类型。抗体有五大类：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中有些可进一步分为“亚类”(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。将与不同类的免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α、δ、ε、γ和μ。
如在本文中使用的，术语“细胞毒剂”指抑制或防止细胞的功能和/或导致细胞死亡或破坏的物质。细胞毒剂包括但不限于，放射性同位素(例如At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)；化疗剂或化疗药物(例如甲氨蝶呤、阿霉素(adriamycin)、长春花生物碱类(vincaalkaloids)(长春新碱、长春碱、依托泊苷)、多柔比星、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔红霉素或其它嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段，诸如溶核酶；抗生素；毒素，诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活毒素，包括其片段和/或变体；以及下文披露的各种抗肿瘤剂或抗癌剂。
“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
术语“Fc区”在本文中用于定义免疫球蛋白重链的C-端区域，其至少包含恒定区的一部分。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区从Cys226或从Pro230延伸至重链的羧基末端。然而，Fc区的C末端赖氨酸(Lys447)可以存在或者不存在。除非在本文中另外指出的，依照EU编号***(也称为EU索引)来对Fc区或恒定区中的氨基酸残基编号，如记载于Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991中的。
“框架区”或“FR”指除高变区(HVR)残基以外的可变域残基。可变域的FR一般由4个FR域组成：FR1、FR2、FR3、和FR4。因此，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以下列顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”和“完整抗体”在本文中可互换使用，指具有基本上类似于天然抗体结构的结构或具有含有如本文中定义的Fc区的重链的抗体。
“人抗体”是具有对应于由人或人细胞生成的抗体的氨基酸序列的抗体、或者自利用了人抗体全集或其它编码人抗体的序列的非人来源衍生的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会会包含至少一个、通常两个基本上整个如下的可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的HVR，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含至少部分自人抗体衍生的抗体恒定区。抗体例如非人抗体的“人源化形式”指已经经过人源化的抗体。
如本文中使用的，术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中序列上高度可变和/或形成结构上定义的环(“高变环”)的每个区域。通常，天然的4条链的抗体包含六个HVR；三个在VH中(H1、H2、H3)，且三个在VL中(L1、L2、L3)。HVR通常包含来自高变环和/或来自“互补决定区”(CDR)的氨基酸残基，后者具有最高的序列变异性和/或牵涉抗原识别。例示性的高变环存在于氨基酸位置26-32(L1)、50-52(L2)、91-96(L3)、26-32(H1)、53-55(H2),和96-101(H3)中。(Chothia和Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。例示性CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3)存在于L1的氨基酸残基24-34、L2的50-56、L3的89-97、H1的31-35B、H2的50-65、和H3的95-102。(Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991))。除了VH中CDR1例外以外，CDR一般包含形成高变环的氨基酸残基。CDR还包含“特异性决定残基”或“SDR”，其为接触抗原的残基。SDR包含在称为缩略(abbreviated)-CDR或a-CDR的CDR区内。例示性的a-CDR(a-CDR-L1、a-CDR-L2、a-CDR-L3、a-CDR-H1、a-CDR-H2和a-CDR-H3)存在于L1的氨基酸残基31-34、L2的50-55、L3的89-96、H1的31-35B、H2的50-58、和H3的95-102。(参见Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))。除非另外指示的，可变域中的HVR残基和其它残基(例如FR残基)在本文中依照Kabat等，见上编号。在一个实施方案中，本文中的CD20抗体包含利妥昔单抗、奥法木单抗、GA101、SBI-087、维妥珠单抗或AME-133的HVR。
“免疫偶联物”指抗体偶联至一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂。
如本文中使用的，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体相同和/或结合相同表位，除了一般以少量存在的可能的变体抗体(例如含有天然存在的突变或在生产单克隆抗体制备物的过程中产生)外。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。因此，修饰语“单克隆”指示抗体从基本上同质的抗体群获得的特征，不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，依照本发明所要使用的单克隆抗体可通过多种技术来制备，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示技术、以及利用含有所有或部分的人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，本文中描述的这类方法以及其它用于制备单克隆抗体的例示性方法。
“裸抗体(裸露的抗体)”指未偶联异源模块(例如“细胞毒性模块”)或放射性标记物的抗体。所述裸抗体可以以药物配制剂存在。
“天然抗体”指天然存在的具有各种结构的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白，由以二硫键结合的两条相同的轻链和两条相同的重链构成。每条重链从N末端到C末端都具有可变区(VH)(也称为可变重域或重链可变域)，接着是3个恒定域(CH1、CH2和CH3)。类似地，每条轻链从N末端到C末端都具有可变区(VL)(也称为可变轻域或轻链可变域)，接着是恒定轻(CL)域。抗体的轻链根据其恒定域的氨基酸序列可以分为两型，称为卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商品包装中的说明书，它们包含有关涉及此类治疗用产品应用的适应征、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症、和/或警告的信息。
术语“药物配制剂”指其形式容许药物的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的无菌制备物。
“无菌”配制剂是无菌的或者没有任何活的微生物及其孢子。
“试剂盒”指包含至少一种试剂(例如用于治疗CLL的药物，或用于特异性检测本发明的生物标志物基因或蛋白的探针)的任何制品(例如包装或容器)。优选地，所述制品以用于实施本发明方法的单元来宣传、分发、或销售。
“药学可接受载体”指药物配制剂中除活性成分以外的成分，其对受试者是无毒性的。药学可接受载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
II.CLL药物
在一个方面，本发明涉及基于本文中披露的一种或多种生物标志物的表达来选择能够用CLL药物治疗的患者。CLL药物的例子包括但不限于：
-上文所记载的化疗剂和化疗方案，具体包括：烷化剂类(例如苯丁酸氮芥、苯达莫司汀或环磷酰胺)；核苷类似物或抗代谢物类(例如氟达拉滨)，氟达拉滨和环磷酰胺(FC)；***或***龙；含有烷化物的联合疗法，包括环磷酰胺、长春新碱、***龙(CHOP)，或环磷酰胺、长春新碱、***龙(CVP)；等等。
-B细胞拮抗剂，诸如CD20抗体(例如利妥昔单抗、奥法木单抗、GA101、SBI-087、维妥珠单抗和AME-133等)、CD22抗体或CD79b抗体；
-静脉内免疫球蛋白；
-CD52抗体(例如阿仑单抗)；以及
-正在开发中或已被批准的用于治疗CLL的其它药物或其组合。
在一个实施方案中，所述CLL药物诱导FAK信号传导和/或同型聚集。任选地，所述CLL药物选自：B细胞拮抗剂、B细胞抗体、CD20抗体、I型CD20抗体、II型CD20抗体、CD22抗体、CD79b抗体等。
在一个实施方案中(其中生物标志物的表达水平低于中值)，所述CLL药物不是利妥昔单抗。
在一个实施方案中，所述药物是例如针对或结合CD20的抗体。本文中的抗体包括：单克隆抗体，其包含嵌合的、人源化的或人的抗体。在一个实施方案中，所述抗体是抗体片段，例如Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，所述抗体是全长抗体，例如完整的IgG1抗体或如本文中定义的其它抗体类或同种型。
在一个实施方案中，所述抗体(例如本文方法中使用的抗体)可单一地或组合地掺入以下1-6部分中所描述的任何特征：
1.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv、和scFv片段，及下文所描述的其它片段。对于某些抗体片段的综述，参见Hudson等Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见例如Pluckthün，于The Pharmacology of MonoclonalAntibodies，第113卷，Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269页-第315页(1994)；还可参见WO93/16185；和美国专利Nos.5,571,894和5,587,458。对于包含拯救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab')2片段的论述，参见美国专利5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。参见例如EP404,097;WO1993/01161;Hudson等，Nat.Med.9:129-134(2003);和Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等，Nat.Med.9:129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA;参见例如美国专利No.6,248,516B1)。
可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段，如本文中所描述的。
2.嵌合的和人源化的抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；和Morrison等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))中。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如自小鼠、大鼠、仓鼠、家兔、或非人灵长类诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在另一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以减少对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其制备方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等，Nature332:323-329(1988);Queen等，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA86:10029-10033(1989);美国专利No.5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409;Kashmiri等，Methods36:25-34(2005)(描述了SDR(a-CDR)嫁接);Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”);Dall’Acqua等，Methods36:43-60(2005)(描述了“FR改组”);和Osbourn等，Methods36:61-68(2005)和Klimka等，Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(参见例如Sims等J.Immunol.151:2296(1993))；自轻链或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(参见例如Carter等Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992);和Presta等J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(参见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(参见例如Baca等，J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)和Rosok等，J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
利妥昔单抗是结合CD20的嵌合抗体的一个例子。结合CD20的人源化抗体的例子包括：GA101、SBI-087、AME-133和维妥珠单抗。
3.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术生成人抗体。一般地，人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)和Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为应答抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分的人免疫球蛋白基因座，其替换了内源性免疫球蛋白基因座，或者其存在于染色体外或被随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，参见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还参见，例如美国专利No.6,075,181和6,150,584(描述XENOMOUSETM技术)；美国专利No.5,770,429(描述技术)；美国专利No.7,041,870(描述技术)；美国专利申请公开No.US2007/0061900(描述技术)。可以通过例如与不同的人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法来制备人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤细胞系。(参见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984);Brodeur等，Monoclonal Antibody ProductionTechniques and Applications,第51页-第63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987);和Boerner等，J.Immunol.,147:86(1991)。)经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体还记载于Li等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(描述从杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(描述人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)还记载于Vollmers和Brandlein,Histology and Histopathology,20(3):927-937(2005)以及Vollmers和Brandlein,Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
还可以通过分离选自人衍生的噬菌体展示文库的Fv克隆可变域序列来生成人抗体。然后，可以将这类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
奥法木单抗是结合CD20的人抗体的一个例子。
4.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等于Methods in Molecular Biology178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等，Nature348:552-554;Clackson等，Nature352:624-628(1991);Marks等，J.Mol.Biol.222:581-597(1992);Marks和Bradbury,于Methods in Molecular Biology248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003);Sidhu等，J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004);Lee等，J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004);Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA101(34):12467-12472(2004);和Lee等，J.Immunol.Methods284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等，Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等，EMBOJ,12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利出版物包括例如：美国专利No.5,750,373,和美国专利公开No.2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
5.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两种不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对CD20，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合CD20的两种不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂局部化于表达CD20的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链的重组共表达(参见Milstein和Cuello,Nature305:537(1983)、WO93/08829和Traunecker等，EMBO J.10:3655(1991))、和“突起-入-空穴”工程(参见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004A1)；交联两种或更多种抗体或片段(参见例如美国专利No.4,676,980和Brennan等，Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(参见例如Kostelny等，J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(参见例如Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；及使用单链Fv(sFv)二聚体(参见例如Gruber等，J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等J.Immunol.147:60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(参见例如US2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合CD20及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(参见例如US2008/0069820)。
6.抗体变体
在某些实施方案中，涵盖本文中提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除、和/或***和/或替代。可以进行删除、***、和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力、降低的免疫原性)和/或会基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。一种例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
氨基酸序列***包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内***。末端***的例子包括具有N末端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它***变体包括抗体的N或C末端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
在某些实施方案中，改变本文中提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的、双触角寡糖，其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。参见例如Wright等TIBTECH15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖、和唾液酸，以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1%至80%、1%至65%、5%至65%或20%至40%。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的、杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的Eu编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US2003/0157108(Presta,L.);US2004/0093621(Kyowa HakkoKogyo Co.,Ltd)。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US2003/0157108;WO2000/61739;WO2001/29246;US2003/0115614;US2002/0164328;US2004/0093621;US2004/0132140;US2004/0110704;US2004/0110282;US2004/0109865;WO2003/085119;WO2003/084570;WO2005/035586;WO2005/035778;WO2005/053742;WO2002/031140;Okazaki等J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004);Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986);美国专利申请No US2003/0157108A1,Presta,L;及WO2004/056312A1,Adams等，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87:614(2004);Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006);及WO2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO2003/011878(Jean-Mairet等)；美国专利No.6,602,684(Umana等)；及US2005/0123546(Umana等)。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO1997/30087(Patel等)；WO1998/58964(Raju,S.)；及WO1999/22764(Raju,S.)。
GA101是结合CD20的抗体糖基化变体的一个例子。
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，这使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238、265、269、270、297、327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体。(参见例如美国专利No.6,737,056;WO2004/056312,和Shields等，J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298、333、和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551,WO99/51642,和Idusogie等J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于US2005/0014934A1(Hinton等)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter,Nature322:738-40(1988);美国专利No.5,648,260;美国专利No.5,624,821;及WO94/29351，其关注Fc区变体的其它例子。
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在具体的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块偶联，以创建免疫偶联物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、右旋糖苷、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)、和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物的数目可以变化，而且如果附着了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能、抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和可以通过暴露于辐射而选择性加热的非蛋白质性质模块的偶联物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
在一个实施方案中，所述药物是包含偶联于一种或多种细胞毒剂的抗体(诸如CD20抗体)的免疫偶联物，所述细胞毒剂诸如化疗剂或化疗药物、生长抑制剂、毒素(例如蛋白质毒素，细菌、真菌、植物或动物起源的酶活毒素，或其片段)、或放射性同位素。
在一个实施方案中，免疫偶联物是抗体-药物偶联物(ADC)，其中抗体偶联于一种或多种药物，所述药物包括但不限于美登木素生物碱(maytansinoid)(参见美国专利No.5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP0425235B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利No.5,635,483和5,780,588,和7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素或其衍生物(参见美国专利No.5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001和5,877,296;Hinman等，Cancer Res.53:3336-3342(1993);和Lode等，Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素或多柔比星(参见Kratz等，Current Med.Chem.13:477-523(2006);Jeffrey等，Bioorganic&Med.Chem.Letters16:358-362(2006);Torgov等，Bioconj.Chem.16:717-721(2005);Nagy等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA97:829-834(2000);Dubowchik等，Bioorg.&Med.Chem.Letters12:1529-1532(2002);King等，J.Med.Chem.45:4336-4343(2002);和美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤、长春地辛；紫杉烷类诸如多西他塞、帕利他塞、larotaxel、tesetaxel和ortataxel；单端孢菌毒素(trichothecene);和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫偶联物包含如本文中描述的抗体偶联于酶活性毒素或其片段，包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单孢菌(Pseudomonas aeruginosa))、、蓖麻毒蛋白A链、相思豆毒蛋白A链、蒴莲根毒素(modeccin)A链、α-帚曲毒素(sarcin)、油桐(Aleurites fordii)蛋白、香石竹(dianthin)蛋白、美洲商陆(Phytolaca Americana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制物、麻疯树毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制物、白树毒素(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依诺霉素(enomycin)和单端孢菌毒素。
在另一个实施方案中，免疫偶联物包含如本文中描述的抗体偶联于放射性原子以形成放射偶联物。多种放射性同位素可用于生成放射偶联抗体。例子包括At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32,Pb212和Lu的放射性同位素。在将放射偶联物用于检测时，它可包含放射性原子用于闪烁照相研究，例如Tc99m或I123，或是包含自旋标记物用于核磁共振(NMR)成像(也称为磁共振成像，MRI)，诸如碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的偶联物，诸如N-琥珀酰亚氨基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(IT)，亚氨酸酯（诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯）、活性酯类（诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯）、醛类（诸如戊二醛）、双叠氮化合物（诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺）、双重氮衍生物（诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺）、二异硫氰酸酯（诸如甲苯2,6-二异氰酸酯）、和双活性氟化合物（诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯）的双功能衍生物。例如，可以如Vitetta等，Science238:1098(1987)中描述的制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苯甲基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体偶联的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头、肽酶敏感接头、光不稳定接头、二甲基接头、或含二硫化物接头(Chari等，Cancer Res.52:127-131(1992);美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫偶联物或ADC明确涵盖但不限于用下列交联试剂制备的这类偶联物：商品化(如购自Pierce Biotechnology Inc.,Rockford,IL,U.S.A.)的BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、sulfo-EMCS、sulfo-GMBS、sulfo-KMUS、sulfo-MBS、sulfo-SIAB、sulfo-SMCC和sulfo-SMPB、和SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)。
III.诊断方法
在一个方面，本文在的发明涉及为慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者选择疗法的方法，其包括测定来自患者的样品中选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达(或活化)，并基于该生物标志物的表达水平来选择CLL药物。在一个实施方案中，升高水平的生物标志物(一种或多种)会导致选择诱导FAK信号传导和/或同型粘附的CLL药物、和/或B细胞拮抗剂、和/或CD20抗体来用于治疗患者。在另一个实施方案中，当生物标志物(一种或多种)以降低水平或中值以下的水平存在时，对该患者会选择除利妥昔单抗以外或除CD20抗体以外的CLL药物来治疗。
可以基本与测量生物标志物表达同时地来测定生物标志物的中值表达水平，或可以先前已经测定生物标志物的中值表达水平。熟练的技术人员能够对各种诊断测定法测定患者群体中生物标志物的中值表达水平。这在下表中例示，下表提供了下文实施例中的各种生物测定法和生物标志物的中值表达水平。
测试来自患者的样品中本文中一种或多种生物标志物的表达。组织或细胞样品的来源可以是实体组织，像来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检样品或穿刺样品；血液或任何血液组分；体液，诸如脑脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)或间隙液；来自受试者的妊娠或发育任何时间的细胞。组织样品可能包含在自然界中天然不与组织混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素、等等。本文中肿瘤样品的例子包括但不限于，肿瘤活检、肿瘤细胞、血清或血浆、外周血单个核细胞(PBMC)、循环中的血浆蛋白质、腹水、自肿瘤衍生或展现出肿瘤样特性的原代细胞培养物或细胞系、以及保存的肿瘤样品，诸如***固定的、石蜡包埋的肿瘤样品或冷冻的肿瘤样品。在一个实施方案中，所述样品包含外周血单个核细胞(PBMC)，其包括富集CD19的PBMC。
用于测定mRNA或蛋白质表达的各种方法包括但不限于，基因表达序型分析、包括定量实时PCR(qRT-PCR)在内的聚合酶链式反应、RNA-Seq、微阵列分析、基因表达连续分析(SAGE)、MassARRAY、蛋白质组学、免疫组织化学(IHC)等等。优选地，量化mRNA。优选地，使用聚合酶链式反应(PCR)技术或通过微阵列分析来实施这类mRNA分析。当采用PCR时，一些优选的PCR形式是定量实时PCR(qRT-PCR)。
现在将更详细的描述用于测定基因表达的各种例示性方法。
1.基因表达序型分析
一般而言，基因表达序型分析的方法可分成两大组：基于多核苷酸杂交分析的方法，和基于多核苷酸测序的方法。本领域中已知用于样品中mRNA表达定量的最常使用的方法包括Northern印迹和原位杂交(Parker&Barnes,Methods in Molecular Biology106:247-283(1999))；RNA酶保护测定法(Hod,Biotechniques13:852-854(1992))和聚合酶链式反应(PCR)(Weis等，Trends inGenetics8:263-264(1992))。或者，可采用能识别特定双链体(包括DNA双链体、RNA双链体、及DNA-RNA杂合双链体或DNA-蛋白质双链体)的抗体。基于测序的基因表达分析的代表性方法包括基因表达连续分析(SAGE)、和通过大规模平行签名测序(MPSS)进行的基因表达分析。
2.聚合酶链式反应(PCR)
在上文所列技术中，PCR是一种灵敏且灵活的定量方法，它可用于比较经过或未经药物处理的、正常和肿瘤组织中的、不同样品群中的mRNA水平，以表征基因表达型式、区分密切相关的mRNA、及分析RNA结构。
第一步是从靶样品分离mRNA。起始材料通常是分别从人肿瘤或肿瘤细胞系及相应的正常组织或细胞系分离的总RNA。如此，可从多种原发性肿瘤中分离RNA，包括***/乳腺、肺、结肠、***、脑、肝、肾、胰、脾、胸腺、睾丸、卵巢、子宫等肿瘤或肿瘤细胞系，及来自健康供体的合并DNA。如果mRNA的来源是原发性肿瘤，那么mRNA可从例如冷冻的或归档的石蜡包埋且固定(例如***固定)的组织样品提取。用于提取mRNA的通用方法是本领域众所周知的，并且公开于分子生物学的标准教科书中，包括Ausubel等，Current Protocols of Molecular Biology,John Wiley and Sons(1997)。用于从石蜡包埋组织提取RNA的方法公开于例如Rupp和Locker,LabInvest.56:A67(1987);和De Andrés等,BioTechniques18:42044(1995)。具体而言，RNA分离可使用来自商业制造商诸如Qiagen的纯化试剂盒、缓冲液组和蛋白酶依照制造商的说明书进行。例如，来自培养细胞的总RNA可使用Qiagen RNeasy微型柱分离。其它商品化RNA分离试剂盒包括完整DNA和RNA纯化试剂盒(Madison,Wis.)和石蜡块RNA分离试剂盒(Ambion,Inc.)。来自组织样品的总RNA可使用RNAStat-60(Tel-Test)分离。从肿瘤制备的RNA可通过例如氯化铯密度梯度离心来分离。
由于RNA不能充当PCR的模板，通过PCR进行基因表达序型分析的第一步是将RNA模板逆转录成cDNA，接着是它在PCR反应中的指数式扩增。最常用的两种逆转录酶是鸟类成髓细胞性白血病病毒逆转录酶(AMV-RT)和莫洛尼(Moloney)鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)。逆转录步骤典型的使用特异性引物、随机六聚物或寡聚dT引物引发，取决于表达序型分析的情况和目标。例如，提取的RNA可使用GENEAMPTMRNA PCR试剂盒(Perkin Elmer,Calif.,USA)遵循制造商的说明书逆转录。然后可将衍生的cDNA作为模板用于后续PCR反应。尽管PCR步骤可使用多种热稳定的DNA依赖性DNA聚合酶，典型的采用Taq DNA聚合酶，它具有5'-3'核酸酶活性但缺乏3'-5'校正内切核酸酶活性。如此，PCR典型的利用Taq或Tth聚合酶的5'-核酸酶活性来水解与其靶扩增子结合的杂交探针，但是可使用具有等效5'核酸酶活性的任何酶。使用两种寡核苷酸引物来生成扩增子，典型的是PCR反应的。第三种寡核苷酸或探针设计用于检测位于前两种PCR引物之间的核苷酸序列。探针是Taq DNA聚合酶不可延伸的且用报道荧光染料和淬灭荧光染料标记。在两种染料如它们在探针上的那样位置靠近时，任何激光诱发的来自报道染料的发射受到淬灭染料的淬灭。在扩增反应期间，Taq DNA聚合酶以模板依赖性方式切割探针。所得探针片段在溶液中解离，来自所释放报道染料的信号不再受到第二荧光团的淬灭效应的作用。每合成一个新的分子就释放一个分子的报道染料，未淬灭报道染料的检测提供了数据定量阐述的基础。
PCR可使用商品化设备进行，诸如例如ABI PRISM序列检测***(Perkin-Elmer-Applied Biosystems,Foster City,Calif.,USA)或Lightcycler(Roche Molecular Biochemicals,Mannheim,Germany)。在一个优选的实施方案中，在实时定量PCR装置上运行5'核酸酶规程，诸如ABI PRISM序列检测***。该***由热循环仪、激光(器)、电荷耦合装置(CCD)、照相机和计算机组成。该***在热循环仪上以96孔形式扩增样品。在扩增期间，通过光纤电缆实时收集所有96个孔的激光诱发的荧光信号，并在CCD处检测。该***包括用于运行设备和分析数据的软件。
5'-核酸酶测定法数据最初表述为Ct，或循环阈值(threshold cycle)。如上文所讨论的，在每个循环期间记录荧光值并代表至扩增反应中该点时扩增的产物的量。首次记录到有统计学意义的荧光信号的点即循环阈值(Ct)。
为了将错误和样品间变异的影响降至最低，通常使用内部标准进行PCR。理想的内部标准在不同组织间以恒定水平表达，不受实验处理的影响。最频繁的用于基因表达型式标准化的RNA是持家基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和P-肌动蛋白的mRNA。
PCR技术的一种最新变化形式是定量实时PCR(qRT-PCR)，它通过双重标记的荧光生成探针(即探针)测量PCR产物积累。实时PCR与定量竞争性PCR(其中使用每种靶序列的内部竞争物来进行标准化)和定量比较性PCR(使用样品内包含的标准化基因或持家基因供PCR之用)都兼容。更多详情参阅例如Held等,Genome Research6:986-994(1996)。
多份发表的期刊论文给出了使用固定的、石蜡包埋的组织作为RNA来源用于基因表达序型分析的代表性方案的步骤，包括mRNA分离、纯化、引物延伸和扩增(例如Godfrey等,J.Molec.Diagnostics2:84-91(2000);Specht等,Am.J.Pathol.158:419-29(2001))。简单的说，一种代表性方法由切出石蜡包埋的肿瘤组织样品的约10微米厚切片开始。然后，提取RNA，并除去蛋白质和DNA。分析RNA浓度后，在必要时可包括RNA修复和/或扩增步骤，并使用基因特异启动子逆转录RNA，随后是PCR。
依照本发明的一个方面，PCR引物和探针是基于待扩增基因中存在的内含子序列设计的。在这个实施方案中，引物/探针设计的第一步是描绘基因内的内含子序列。这可通过公众可得到的软件来进行，诸如由Kent,W.,GenomeRes.12(4):656-64(2002)开发的DNA BLAT软件或BLAST软件，包括其变化形式。后续步骤遵循完全建立的PCR引物和探针设计方法。
为了避免非特异性信号，重要的是在设计引物和探针时掩盖(mask)内含子内的重复序列。这可容易地通过使用Repeat Masker程序来实现，该程序可通过贝勒医学院(Baylor College of Medicine)在线获得，它针对重复元件文库筛选DNA序列并返回其中掩盖了重复元件的查询序列。然后可使用任何商品化或通过其它途径公众可获得的引物/探针设计包将掩盖后的内含子序列用于设计引物和探针序列，诸如Primer Express(Applied Biosystems)；MGBassay-by-design(Applied Biosystems)；Primer3(Rozen和Skaletsky(2000)Primer3在万维网上供一般用户和生物学家编程员使用。在Krawetz S,MisenerS编的《Bioinformatics Methods and Protocols:Methods in Molecular Biology》中，Humana Press，Totowa，N.J.，第365-386页)。
PCR引物设计中考虑的因素包括引物长度、解链温度(meltingtemperature,Tm)、G/C含量、特异性、互补引物序列、和3'-末端序列。一般而言，最佳的PCR引物通常长17-30个碱基，包含约20-80%诸如例如约50-60%G+C碱基。典型的优选Tm在50和80℃之间，例如约50-70℃。
关于PCR引物和探针设计的进一步指导参见例如Dieffenbach等人，“General Concepts for PCR Primer Design”，于PCR Primer,A LaboratoryManual，Cold Spring Harbor Laboratory Press，New York，1995，第133-155页；Innis和Gelfand，“Optimization of PCRs”，于PCR Protocols,A Guide toMethods and Applications，CRC Press，London，1994，第5-11页；及Plasterer,T.N.,Primerselect:Primer and probe design.Methods Mol.Biol.70:520-527(1997)，将其完整公开内容明确纳入本文作为参考。
3.RNN-Seq
RNA-Seq(也称为全转录物组鸟枪法测序(WTSS))指使用高通量测序技术来对cDNA测序以得到关于样品的RNA内容物的信息。描述RNA-Seq的出版物包括：Wang等“RNA-Seq:a revolutionary tool for transcriptomics”NatureReviews Genetics10(1):57-63(January2009);Ryan等BioTechniques45(1):81-94(2008);和Maher等"Transcriptome sequencing to detect gene fusions incancer".Nature458(7234):97-101(January2009)。
4.微阵列
差异基因表达也可使用微阵列技术来鉴定或验证。如此，可使用微阵列技术在新鲜的或石蜡包埋的肿瘤组织中测量乳腺癌相关基因的表达序型。在这种方法中，在微芯片基片上涂布(plate)或排列(array)感兴趣多核苷酸序列(包括cDNA和寡核苷酸)。然后使排列的序列与来自感兴趣细胞或组织的特异性DNA探针杂交。正如在PCR方法中一样，mRNA的来源典型的是从人肿瘤或肿瘤细胞系及相应的正常组织或细胞系分离的总RNA。如此，RNA可从多种原发性肿瘤或肿瘤细胞系分离。如果mRNA的来源是原发性肿瘤，那么mRNA可从例如冷冻的或归档的石蜡包埋且固定(例如***固定)的组织样品提取，所述组织样品是日常临床实践中常规制备和保存的。
在微阵列技术的一个具体实施方案中，将cDNA克隆的PCR扩增***物以密集阵列应用至基片。优选的是，将至少10,000种核苷酸序列应用至基片。以每片10,000种成分固定化在微芯片上的微阵列基因适于在严格条件下杂交。荧光标记的cDNA探针可通过从感兴趣组织提取的RNA的逆转录中掺入荧光核苷酸来生成。应用至芯片的经标记cDNA探针与阵列上的每个DNA斑点以特异性发生杂交。严格清洗以除去非特异性结合的探针后，通过共聚焦激光显微镜检术或通过其它检测方法诸如CCD照相机扫描芯片。每种阵列成分的杂交的定量容许评估相应mRNA的丰度。凭借双重有色荧光，将从两种RNA来源生成的分开标记的cDNA探针与阵列成对杂交。如此同时测定来自两种来源的对应于每种指定基因的转录物的相对丰度。小型化规模的杂交提供了大量基因表达样式的便利且快速评估。此类方法已经显示出检测以每个细胞少数拷贝表达的罕见转录物所要求的灵敏度及可再现的检测表达水平的至少约2倍差异(Schena等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA93(2):106-149(1996))。微阵列分析可使用商品化设备遵循制造商的方案进行，诸如使用Affymetrix GENCHIPTM技术、或Incyte的微阵列技术。
为大规模分析基因表达而开发的微阵列方法使得有可能***搜索多种肿瘤类型中的癌症分类和结果预测的分子标志物。
5.基因表达连续分析(SAGE)
基因表达连续分析(SAGE)是容许同时且定量分析大量基因转录物且不需要为每种转录物提供个别杂交探针的一种方法。首先，生成包含足以唯一鉴定一种转录物的信息的一种短序列标签(约10-14bp)，前提是该标签是从每种转录物内的一个唯一位置得到的。然后，将许多转录物连接起来以形成长、连续分子，它们可测序，以同时揭示多种标签的身份。任何转录物群的表达样式可通过测定个别标签的丰度并鉴定与每种标签对应的基因来定量评估。更多详情参见例如Velculescu等,Science270:484-487(1995);Velculescu等,Cell88:243-51(1997)。
6.MassARRAY技术
MassARRAY(Sequenom,San Diego,Calif.)技术是将质谱术(MS)用于检测的一种自动化、高通量的基因表达分析方法。依照这种方法，在分离RNA、逆转录和PCR扩增之后，将cDNA进行引物延伸。将cDNA衍生的引物延伸产物纯化，并分配到预先加载了MALTI-TOF MS样品制备所需要的成分的芯片阵列上。通过分析所得质谱中的峰面积，对反应中存在的各种cDNA定量。
7.免疫组织化学
免疫组化方法也适用于检测本发明的预后标志物的表达水平。如此，使用对每种标志物特异的抗体或抗血清，优选多克隆抗血清，最优选单克隆抗体来检测表达。抗体可通过直接标记抗体自身来检测，例如用放射性标记物、荧光标记物、半抗原标记物诸如生物素、或酶诸如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶。或者，未标记一抗与经标记二抗(包括对一抗特异的抗血清、多克隆抗血清或单克隆抗体)联合使用。免疫组织化学方案和试剂盒是本领域众所周知的，而且可通过商业途径获得。
8.蛋白质组学
术语“蛋白质组”定义为某一时间点样品(例如组织、生物体或细胞培养物)中存在的蛋白质的全体。蛋白质组学包括研究样品中蛋白质表达的全局变化(也称为“表达蛋白质组学”)等。蛋白质组学典型的包括下列步骤：(1)通过二维凝胶电泳(2-D PAGE)将样品中的各种蛋白质分开；(2)鉴定从凝胶中回收的各种蛋白质，例如通过质谱术或N-末端测序；及(3)使用生物信息学分析数据。蛋白质组学方法是其它基因表达序型分析方法的有用补充，可以单独使用或联合其它方法使用，用于检测本发明的预后标志物的产物。
还可以使用体内诊断测定法来评估生物标志物表达，例如通过施用结合待检测分子且标记有可检测标记物(例如放射性同位素)的分子(诸如抗体)，然后对患者进行外部扫描以定位所述标记物。
IV.治疗方法
在一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果发现所述患者具有升高量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物；或减少的PI3K生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的CLL药物。本文中CLL药物的例子包括：诱导FAK信号传导和/或诱导同型粘附的CLL药物；B细胞拮抗剂或B细胞抗体；CD20抗体(包括人源化的、人的、嵌合的、I型或II型抗CD20抗体，诸如利妥昔单抗、奥法木单抗、GA101、SBI-087、维妥珠单抗和AME-133)。
本发明还涉及一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，包括如果已经发现所述患者具有升高量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物；或减少的PI3K生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的抗CD20抗体(例如利妥昔单抗)。
此外，本发明了提供了一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，包括如果发现所述患者具有升高量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物；或减少的PI3K生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的利妥昔单抗、氟达拉滨和环磷酰胺的组合。
本发明还涉及一种用于治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的方法，包括如果发现所述患者具有降低量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物；或升高的PI3K生物标志物，则对所述患者施用治疗有效量的除利妥昔单抗以外的CLL药物。
相对于不具有升高量的生物标志物的患者，期望本文中治疗的患者会受益于更大的无进展存活(PFS)。
可以单独地或与其它CLL药物组合来使用本发明的CLL药物。例如，CD20抗体可以与至少一种别的治疗剂，例如与化疗方案，具体包括烷化剂(例如苯丁酸氮芥、苯达莫司汀、或环磷酰胺)、核苷类似物或抗代谢物(例如氟达拉滨)、氟达拉滨和环磷酰胺(FC)、***或***龙、含有烷化物的联合疗法包括环磷酰胺、长春新碱、***龙(CHOP)、或环磷酰胺、长春新碱、***龙(CVP)等；与其它B细胞拮抗剂诸如CD20抗体(例如利妥昔单抗、奥法木单抗、GA101、SBI-087、维妥珠单抗和AME-133等)、CD22抗体或CD79b抗体，与静脉内免疫球蛋白；和/或与CD52抗体(例如阿仑单抗)共同施用。上文所记载的这类联合疗法涵盖了联合施用(其中两种或更多种治疗剂包含在同一配制剂中或分开的配制剂中)、和分开施用，其中第一药物的施用可以在第二药物的施用之前、同时、和/或之后进行。本发明的CLL药物还可以与放射疗法联合使用。
本文中的药物(一种或多种)可以通过任何合适的手段来施用，包括胃肠外、肺内、和鼻内、及损伤内(如果希望局部治疗的话)施用。胃肠外输注包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内、或皮下施用。剂量给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射，这部分取决于施用是短暂的还是长时间的。本文中涵盖各种剂量给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用、推注施用、和脉冲输注。
为了预防或治疗疾病，本发明的抗体(当单独或与一种或多种其它别的治疗剂联合使用时)的合适剂量会取决于所要治疗的疾病的类型、抗体的类型、疾病的严重性和病程、施用抗体是出于预防还是治疗目的、先前的疗法、患者的临床史和对抗体的应答、以及主治医师的斟酌决定。抗体适合于在一次或一系列的治疗中给予患者。取决于疾病的类型和严重性，约1μg/kg-15mg/kg(例如0.1mg/kg-10mg/kg)的抗体可作为首次候选剂量施用给患者，无论是例如通过一次或多次分开的给药或通过连续输注。取决于上述提及的因素，一种典型的日剂量可在约1μg/kg-100mg/kg或更多的范围内。对于几天或更长时间的重复给药，取决于病情，治疗通常会持续直至出现疾病症状得到期望的抑制为止。CD20抗体的一种例示性的剂量方案包括每周一次、每两周一次、或每月一次地施用范围从约500mg/m2到约1500mg/m2的抗体。利妥昔单抗的一种例示性剂量方案是375mg/m2(第1天)，然后每28天一次500mg/m2(周期2-6)。奥法木单抗的一种例示性剂量方案：300mg起始剂量，然后是2000mg剂量(每月)；500mg或1000mg的重复剂量；300mg与1周后1000mg，接着是每月一次的1000mg输注多至11次，等等。
然而，也可使用其它剂量方案。通过常规技术和测定法容易地监测该疗法的进展。
应当理解，可以替换作为药物的抗体或在作为药物的抗体外使用本发明的免疫偶联物来实施任何上述配制剂或治疗方法。
V.制品
在本发明的另一个实施方案中，制品用在治疗CLL中。所述制品包含容器和容器上或与容器联合的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶、管形瓶、注射器等等。容器可以由多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器容纳或含有包含作为活性剂的CLL药物的组合物，并且可以具有无菌存取口(例如，容器可以是具有由皮下注射针可穿过的塞子的静脉内溶液袋或管形瓶)。
制品可以进一步包含第二容器，其包含药学可接受的稀释缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、Ringer氏溶液和右旋糖溶液。制品可以进一步包含从商业和用户观点看期望的其它材料，包括其它缓冲液、稀释剂、滤器、针、和注射器。
本发明的制品还包括信息，例如以包装插页的形式，指示基于本文中生物标志物的表达水平将所述组合物用于治疗CLL。所述插页或标签可采取任何形式，诸如纸或电子介质，例如磁记录介质(例如软盘)或CD-ROM。所述标签或插页还可包括关于所述试剂盒或制品中药物组合物和剂量形式的其它信息。
依照本发明的一个实施方案，提供了包含包装在一起的CLL药物(例如B细胞拮抗剂或抗CD20抗体)和包装插页的制品，所述CLL药物在药学可接受的载体中，所述包装插页指示所述CLL药物基于一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达来治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者。
本发明还涉及一种用于制造制品的方法，包括在包装中组合药物组合物和包装插页，所述药物组合物包含CLL药物(例如B细胞拮抗剂或抗CD20抗体)，所述包装插页指示所述药物组合物基于一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达来治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者。
所述制品可以进一步包含另外的容器，其包含药学可接受的稀释缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、Ringer氏溶液和/或右旋糖溶液。制品可以进一步包含从商业和用户观点看期望的其它材料，包括其它缓冲液、稀释剂、滤器、针、和注射器。
VI.诊断用试剂盒
本发明还涉及可用于检测本文中鉴定的任意一种或多种生物标志物的诊断用试剂盒。因此，提供诊断用试剂盒，其包含一种或多种试剂用于测定来自CLL患者的样品中选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达。任选地，所述试剂盒进一步包含在患者表达升高水平的生物标志物的情况下，使用该试剂盒来选择用于治疗CLL患者的CLL药物(例如B细胞拮抗剂或抗CD20抗体)的说明书。在另一个实施方案中，如果患者表达降低水平的生物标志物，说明书就会指导使用该试剂盒来选择除利妥昔单抗以外(或除抗CD20抗体以外)的CLL药物。在一个实施方案中，例如在PCR试剂盒中，一种或多种试剂包含用于检测miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、或PI3K生物标志物的一对DNA引物和探针。
VII.做广告的方法
本文中的发明还涵盖一种用于为CLL药物做广告的方法，其包括给目标受众宣传CLL药物(例如B细胞拮抗剂或抗CD20抗体)基于一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物标志物的表达来治疗慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的用途。
做广告为经由非个人媒体进行的、通常付费的通讯，其中发起人受到鉴别且信息受到控制。为本文目的的做广告包括宣传、公共关系、产品布置、赞助、保险(underwriting)、和促销。该术语还包括出现在任何印刷传播媒体中的赞助的信息公告，其设计用于引起大众的兴趣以劝说、通知、宣传、激发、或以其它方式改变行为，向购买、支持、或认可本文中发明的有利方式发展。
本文中诊断方法的广告和宣传可通过任何手段实现。用于传递这些信息的广告媒体的例子包括电视、电台、电影、杂志、报纸、因特网、和告示板，包括商业性的，即出现在广播媒体中的信息。广告还包括那些在食品货车座位上、机场通道墙壁上、和公共汽车侧面上的广告、或电话等候信息或店内布告(PA)***中听到的广告、或可放置视觉或听觉通讯的任何地方的广告。
宣传或做广告手段的更特定的例子包括电视、电台、电影、因特网(诸如网络传播和网络研讨会(webinar))、意图到达同步用户的交互式计算机网络、固定的或电子的告示板和其它公共标牌、海报、传统的或电子的文献(诸如杂志和报纸)、其它媒体渠道、讲座或个体接触，例如通过电子邮件、电话、即时信息、邮寄、快递、大众(mass)、或承运人邮件(carrier mail)、亲自访问等进行。
所使用的做广告的类型会取决于许多因素，例如待传达的目标受众的性质，例如医院、保险公司、诊所、医生、护士、和患者，以及成本考虑和管理药物和诊断剂做广告的相关管辖权法律和条例。可根据由服务相互作用和/或其它数据(诸如用户人口统计状况和地理学定位)限定的用户表征使做广告个性化或用户化。
VIII.生物学材料的保藏
下列生物学材料已经保藏于美国典型培养物保藏中心，10801UniversityBoulevard,Manassas,VA20110-2209,USA(ATCC)：
保藏物  ATCC编号保藏日
编码利妥昔单抗的DNA(在TCAE载体中) 69119 1992年11月10日
实施例
预测CLL对CD20抗体的响应的生物标志物材料和方法
样品：
分析来自一项国际、多中心、开放标签的III期试验的治疗前(pretreatment)患者样品，将CLL患者随机分配为接受R-FC(利妥昔单抗加氟达拉滨/环磷酰胺)或单独的FC(氟达拉滨/环磷酰胺)。主要目标是证明R-FC相比于单独FC的更好的无进展存活(PFS)。该研究方案由参与中心处的机构审查委员会批准并且所有的患者都签署了知情同意书。试验设计和资格标准的详情记载于Robak等J.Clin.Oncol.28(10):1756-1765(2010)。基于RNA的可获性和签署的知情同意书来选择参与对外周血样品的分子遗传学分析的患者。
从n=301位患者可获得针对CD19+细胞阳性选出的治疗前外周血单个核细胞(PBMC)样品。依照制造商的方案(Miltenyi,Germany)通过磁珠分离来实施CD19分离。
RNA分离：
在Qiagen缓冲液RLT中将人细胞团粒匀浆化。由Asuragen,Inc.依照该公司的标准操作规程从人细胞团粒匀浆物分离出总RNA，该规程已经针对microRNA的保留进行过优化，并且还包括DNA酶处理步骤。通过使用NanoDrop ND-1000UV分光光度计在260和280nm处的吸光度读数来测定总RNA样品的纯度和数量。使用Nano测定法，通过Agilent Bioanalyzer2100毛细管电泳来证明总RNA的完整性合格。通过对1-2种专有microRNA（作为总microRNA丰度的替代）的单重qRT-PCR测量来测定样品对microRNA序型分析的适用性。
miRNA表达序型分析：
miRNA序型分析服务平台。
来自Ambion的一种定制AFFYMETRIX设计为包含自Sanger miRBase(Marcus等，J Clin Oncol.26:4579-4586(2008);Hiddemann等，Blood106:3725-3732(2005);http://microrna.sanger.ac.uk/sequences/index. shtml)和已发表报告(Coiffier等，N.Engl J.Med.346:235-242(2002);Feugier等，J Clin Oncol.23(18):4117-4126(2005);和Hallek等，Blood,ASH AnnualMeeting Abstract,112:325(2008);和Robak等，Blood,ASH Annual MeetingAbstracts,112:lba-1(2008))衍生的探针。抗基因组探针序列由提供，并且自在人外显子阵列上用于估计背景信号的较大的对照集衍生，如下文中描述的。将阵列上的其它非miRNA对照探针设计为缺乏与人基因组的序列同源性，并且使其可以用于掺加(spike-in)外部参照对照。
样品和阵列处理：
将用于miRNA序型研究的样品由Asuragen Services(Austin,TX)依照该公司的标准操作规程来处理。在样品质量控制(QC)评估后，将总RNA样品(每份样品400ng总RNA)中的RNA分子的3’端依照该公司的标准方案用生物素标记。除了从杂交中略去20X真核生物杂交对照外，都依照推荐的规程实施杂交、清洗、染色、成像、和信号提取。
信号加工：
针对Ambion miRChip执行的信号加工是一个多步骤的过程，其牵涉探针特异性的检测调用(call)、背景估算和校正、常方差稳定化、以及阵列比例调整(scaling)或全局标准化(Hallek等，Blood,ASH Annual Meeting Abstract,112:325(2008))。对于每种探针，减去估算的背景值，该背景值从G-C匹配的抗基因组对照集的中值信号推导。将特定分析实验中的阵列一起标准化，其依照由Hallek等，Blood,ASH Annual Meeting Abstracts,114:Abstract535(2009)描述的方差稳定化方法。检测调用基于对miRNA探针信号相比于GC含量匹配的抗基因组探针的信号分布的Wilcoxon秩和检验。
统计学分析：
对于统计学假设检验，应用假定为等方差的两样本t-检验。对具有同一因子的超过2个实验分组或水平的实验设计采用单因素ANOVA。这些检验基于以下两个标准定义了哪些探针被视为差异表达：缺省p值0.001和log2差异大于1。
U133Plus2.0:
使用人U133Plus2.0全基因组寡核苷酸阵列来实施基因表达序型分析。依照制造商自动化方案使用阵列站(GCAS)来实施RNA样品标记。简言之，从来自每份样品的0.5μg总RNA开始生成生物素化的cRNA。向总RNA反应加入2μl5种Gene Logic的珠蛋白消减寡聚物的22.5μM混合物，其由2-α、2-β、和1-γ血红蛋白基因构成。珠蛋白寡聚物是基因特异性的阻断物，其在第一链cDNA合成期间极大地减少从珠蛋白mRNA生成的珠蛋白cDNA的量。Roche从GeneLogic(Gainthersburg MD,USA)购买了该寡聚物序列。
在阵列***(GCAS)机器人上，用HTOne-Cycle靶物标记试剂盒P/N900686来实施靶物标记方法。然后依照制造商的方案将样品染色、清洗并杂交于阵列。以每批次24份样品进行样品杂交。使用扫描仪3000扫描阵列。使用操作软件(GCOS)来捕捉原始信号强度。将微阵列软件包(Suite)5.0(MAS5.0)和表达控制台(Expression Console)用于基本的计算分析。
使用RMA算法实施进一步的统计学分析，其将探针强度汇总为探针集信号(Irizarry等，Biostatistics4(2):249-264(2003))。使用分位数-分位数方法将探针集信号强度标准化(Bolstad等，Bioinformatics19:185-193(2003))。所有标准化的数据在分析前都经过log2转化以下调高表达值影响的权重。
在应用质量控制的标准规程(Irizarry等，见上)后，最终选出240份样品用于统计学分析。
在U133Plus2.0微阵列上存在的潜在的54,675个探针集中，有41,256个探针集至少存在于2份样品中，其中存在调用是由MAS5.0算法(Statistical Algorithms Description Document,2002)定义的。在存在的探针集的集合上实施统计学分析。
使用全转录本测定法(WTA)和基因/外显子1.0ST测定法对总RNA进行基因表达序型分析。
由Asuragen,Inc.依照该公司的标准操作规程来处理用于mRNA序型分析研究的样品。从每份样品1μg总RNA制备生物素标记的有义链cDNA，其使用修改过的AFFYMETRIX全转录本(WT)有义靶物标记测定法(Inc.)。通过分光光度法来量化中间cRNA和所得cDNA的产量。对于外显子阵列，使用5μg cDNA进行片段化和标记在640型杂交炉(oven)中，在45°C实施对阵列的杂交达16小时。在FS450流控站(Fluidics station)上清洗阵列并将其染色。在扫描器30007G上扫描阵列。对于每一张扫描的阵列，提供.DAT、.CEL、.jpg、和.xml平面文件。另外，对于核心数据集和相应的QC信息(其捕捉了包含曲线下面积和polyA峰(spike)的度量)提供RMA标准化的数据。
qRT-PCR逆转录、扩增和分析，逆转录和PCR扩增：
使用贮存ABI Taqman miRNA测定法、PCR主混合物和逆转录(RT)组分。对于每一测定的每个重复，将4μL体积中1ng总RNA在10μL总反应体积中进行逆转录。将3μL RT产物继续用于每个15μL Taqman PCR扩增。所有的扩增都在经过验证的ABI7900HT实时热循环仪上实施。将已知拷贝数的合成的miRNA作为阳性对照纳入到每个测定组中。将每组重复的平均Ct值与从已知拷贝数的合成RNA(在酵母tRNA中稀释)衍生的独立生成的标准曲线进行比较。对每反应500-50,000,000个拷贝之间的合成RNA模板生成标准曲线。报告每条标准曲线的R^2值。
依照制造商的方案使用ABI试剂盒，使用UBC作为对照基因，通过qRT-PCR技术确认PTK2的结果。
依照制造商方案使用ABI试剂盒，通过qRT-PCR技术确认miRNA1513p和miRNA4093p的结果。相对于普遍显示较高表达水平的对照基因miRNA150和miRNA26来分析miRNA1513p和miRNA4093p的表达水平。
统计学分析
临床数据
使用费雪精确(Fisher’s exact)检验、曼-惠特尼(Mann-Whitney)检验或时序检验(log-rank test)来比较治疗前临床特征，即人口统计学、预后标志物(细胞遗传畸变如del(17p)、del(11q)、ZAP70和CD38表达、IgVH状态)、无进展存活(PFS)。认为p值<0.05是统计学上显著的。
Cox回归建模和测试
使用采用了Cox回归模型的两种办法来鉴定与存活有关的基因和miRNA。第一种办法考虑了下列模型。
模型A
hi(t)=exp(β1Tx+β2RNA)h0(t)
模型B
hi(t)=exp(β1Tx+β2Age+β3Binet+β4IgVH+β5Del17p+β6Del11q+β7RNA)h0(t)
其中
·hi(t)是个体i的危害函数
·ho(t)是基线危害函数
·βi是下列解释变量的系数：
оAge,Binet,IgVH,Del17p,del11q和Tx，其分别代表了年龄、Binet分期、IgVH、Del17p和del11q突变状态以及治疗组
оRNA，其代表了探针集信号强度(经log-2转化)
对于两个模型，零假设是探针集强度信号和存活之间没有关系。
第二种办法使用了下列两个模型(C和D)，将它们与对数-似然比检验(LRT检验)比较。由于对基线处的探针集信号可能能够预测一个治疗组中与另一组相比更好存活的能力感兴趣，我们将以下两项都纳入到模型B中：探针集信号强度和探针集信号强度与治疗因素的相互作用项。
模型C
hi(t)=exp(β1Tx+β2Age+β3BinetStage+β4IgVH+β5Del17p)h0(t)
模型D
hi(t)=exp(β1Tx+β2Age+β3BinetStage+β4IgVH+β5Del17p+β6RNA+β7Tx:RNA)h0(t)
零假设为在探针集强度和存活之间没有关系，备选假设是存在这样的关系并且在两个治疗组之间存在差异。
对鉴定为存在的每个探针集进行两种检验(Wald和LRT)。由于实施大量的检验，应用基于错误发现率(FDR)的多重测试规程(Storey等，Proceedings ofthe National Academy of Sciences100:9440-9445(2003))来控制被Wald和对数-似然比检验二者错误鉴定为差异表达的基因(或miRNA)的预期比例。选择10%的FDR来声明显著差异。
对于在该文件中出现的不同的表和图(其中计算了中值PFS)，使用中值作为截留将mRNA和miRNA信号强度对分。
miRNA反向相关和3’UTR萤光素酶测定法
从TARGETSCAN5.1TM(http://www.targetscan.org/)下载预测的靶物，并且不考虑预测位点的保守性从mRNA表达序型分析数据提取表达。通过比较miRNA阵列和mRNA阵列的数据并计算Pearson相关系数来测定与miRNA的反向相关。以q值<0.01确定显著反向相关的靶物。随后，将达到该阈值的3’UTR克隆到3’UTR萤光素酶报告构建物(Switchgear Genomics)上游，并将100ng每种构建物转染到96孔板中的海拉细胞(ATCC)中，用25ngpRL-CMV、10nM miRNA1513p模拟物(Dharmacon)或混杂的模拟物。在转染后24小时测定萤光素酶活性，并将所有数据都标准化到花虫(renilla)萤光素酶转染对照和混杂的对照模拟物。实施3次生物学重复。通过双侧Student t检验来确定混杂的对照和miRNA1513p模拟物之间差异的统计学显著性。
结果
microRNA数据：
使用microRNA平台，发现了miRNA1513p和miRNA409-3p在基于利妥昔单抗的疗法中是PFS的重要预测性miRNA(图1A、1B和2A、2B，表1、2A、2B)。
通过qRT-PCR对阵列数据进行验证确认了miRNA1513p和miRNA4093p的预测意义(图2A和2B，表1、2A、2B)。
当将这两者都纳入到包含了在研究组中证明了预后意义的治疗前因素(治疗FC对FCR、年龄、Binet分期、IgVH突变状态、del(17p))的联合多变量模型中时，其独立的预测意义仍然保持。
治疗：miRNA1513p相互作用：HR1.09(1.01-1.17),p=0.021。
治疗：miRNA4093p相互作用：HR1.09(1.1-1.18),p=0.047。
在同一模型中组合miRNA1513p和miRNA4093p并未揭示出叠加的预测意义。
表1:关于治疗和miRNA1513p、miRNA4093p表达的中值PFS
表2A:miRNA1513p在CLL中在基于抗CD20的疗法中对PFS的预测重要性
阵列 RT-PCR
HR P HR P
Tx:FC,miRNA151<中值对>中值 0.99 0.96 0.84 0.43
Tx:FCR,miRNA151>中值对>中值 0.49 0.005 0.47 0.0049
miRNA151>中值:Tx FCR对FC 0.47 0.0019 0.46 0.0027
miRNA151<中值:Tx:FCR对FC 0.98 0.92 0.87 0.55
表2B:miRNA4093p在CLL中在基于抗CD20的疗法中对PFS的预测重要性
阵列 RT-PCR
HR P HR P
Tx:FC,miRNA409<中值对>中值 1.12 0.6 1.03 0.88
Tx:FCR,miRNA409>中值对>中值 0.5 0.0052 0.54 0.025
miRNA409>中值:Tx FCR对FC 0.44 0.00098 0.44 0.0028
miRNA409<中值:Tx:FCR对FC 1 0.98 0.81 0.35
如图1A中显示的，具有高于中值的miRNA1513p表达水平的患者在用FCR治疗(n=75，事件：26，未达到中值PFS)时比用FC治疗(n=76，事件：47，中值PFS:18.5月；p=0.0019)时具有显著更长的PFS。用FCR治疗的患者在起始miRNA1513p水平高于中值时(n=75，事件：26，未达到中值PFS)相比于低于中值的miRNA1513p表达水平(n=74，事件：41，中值PFS24月；p=0.005)具有显著更长的PFS。在用FC治疗的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.96)，不管miRNA1513p表达水平。在miRNA1513p表达低于中值的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.92)，不管疗法。
如图1B中显示的，具有高于中值的miRNA1513p表达水平的患者在用FCR治疗(n=71，事件：25，未达到中值PFS)时比用FC治疗(n=69，事件：41，中值PFS:20.7月；p=0.0027)时具有显著更长的PFS。用FCR治疗的患者在起始miRNA1513p水平高于中值时(n=71，事件：25，未达到中值PFS)相比于低于中值的miRNA1513p表达水平(n=66，事件：36，中值PFS23.9月；p=0.0049)具有显著更长的PFS。在用FC治疗的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.43)，不管miRNA1513p表达水平。在miRNA1513p表达低于中值的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.55)，不管疗法。
图2B显示了具有高于中值的miRNA4093p表达水平的患者在用FCR治疗(n=75，事件：27，未达到中值PFS)时比用FC治疗(n=76，事件：43，中值PFS:18月；p=0.00098)时具有显著更长的PFS。用FCR治疗的患者在起始miRNA4093p水平高于中值时(n=75，事件：27，未达到中值PFS)相比于低于中值的miRNA4093p表达水平(n=74，事件：40，中值PFS24月；p=0.0052)具有显著更长的PFS。在用FC治疗的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.6)，不管miRNA4093p表达水平。在miRNA4093p表达低于中值的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.98)，不管疗法。
图2B显示了具有高于中值的miRNA4093p表达水平的患者在用FCR治疗(n=64，事件：20，未达到中值PFS)时比用FC治疗(n=76，事件：43，中值PFS:18.3月；p=0.0028)时具有显著更长的PFS。用FCR治疗的患者在起始miRNA4093p水平高于中值时(n=64，事件：20，未达到中值PFS)相比于低于中值的miRNA4093p表达水平(n=73，事件：41，中值PFS26.2月；p=0.025)具有显著更长的PFS。在用FC治疗的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.88)，不管miRNA4093p表达水平。在miRNA4093p表达低于中值的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.35)，不管疗法。
mRNA数据：
使用AFFYMETRIX Exon1.0ST和U133plus微阵列平台，发现了PTK2在基于利妥昔单抗的疗法中是PFS的重要的预测性的差异表达基因(参见图3和4；表3和4)。PTK2在包含多种预后因素(FC对FCR治疗、年龄、Binet分期、IgVH突变状态、del(17p))的多变量分析中与无进展存活有关。在对多重检验校正后，WALD检验仍然是显著的(P值=1.510-4–q值<0.1)。
通过qRT-PCR对阵列数据进行验证确认了PTK2的预测意义(图5;表3和4)。
此外，miRNA151在8号染色体上PTK2的内含子中并且很可能共同表达，它们的表达水平之间的相关性非常高(Pearson相关系数=0.84)。
表3:关于治疗和CD19+细胞中PTK2表达的中值PFS(月)（依照阵列平台）。
中值PFS 中值PFS 中值PFS
PTK2 PTK2 PTK2
Exon1.0ST U133plus2.0 qRT-PCR
Tx:FC,基因<中值 17.9 17.9 17.9
Tx:FC,基因>中值 21.5 21.5 21.5
Tx:FCR,基因<中值 20 20 20
Tx:FCR,基因>中值 未达到 42.4 未达到
表4:CD19+细胞中PTK2表达关于治疗(FC对FCR)的预测意义（依照阵列平台）。
图3显示了具有高于中值的PTK2表达水平的患者在用FCR治疗(n=81，事件：28，未达到中值PFS)时比用FC治疗(n=69，事件：42，中值PFS:21.5月；p=0.0031)时具有显著更长的PFS。用FCR治疗的患者在起始PTK2表达水平高于中值时(n=81，事件：28，未达到中值PFS)相比于低于中值的PTK2表达水平(n=71，事件：42，中值PFS20月；p=0.0016)具有显著更长的PFS。在用FC治疗的患者中在PFS中未观察到差异(p=0.48)，不管PTK2表达水平。在PTK2表达低于中值的患者中在PFS中未观察到任何差异(p=0.79)，不管疗法。
图4显示了具有高于中值的PTK2表达水平的患者在用FCR治疗(n=67，事件：25，中值PFS42.4月)时比用FC治疗(n=52，事件：34，中值PFS:21.5月；p=0.011)时具有显著更长的PFS。用FCR治疗的患者在起始PTK2表达水平高于中值时(n=67，事件：25，中值PFS42.4月)相比于低于中值的PTK2表达水平(n=55，事件：31，中值PFS20月；p=0.027)具有显著更长的PFS。在用FC治疗的患者中在PFS中未观察到任何差异(p=0.53)，不管PTK2表达水平。在PTK2表达低于中值的患者中在PFS中未观察到任何差异(p=0.46)，不管疗法。
图5显示了具有高于中值的PTK2表达水平的患者在用FCR治疗(n=71，事件：23，未达到中值PFS)时比用FC治疗(n=65，事件：39，中值PFS:21.5月；p=0.0059)时具有显著更长的PFS。用FCR治疗的患者在起始PTK2表达水平高于中值时(n=71，事件：23，未达到中值PFS)相比于低于中值的PTK2表达水平(n=63，事件：36，中值PFS20月；p=0.0049)具有显著更长的PFS。在用FC治疗的患者中在PFS中未观察到任何差异(p=0.25)，不管PTK2表达水平。在PTK2表达低于中值的患者中在PFS中未观察到任何差异(p=0.37)，不管疗法。
为了评估改变的miRNA1513p表达水平的潜在的生物学后果，将这些miRNA的表达与它们的预测靶基因(在3’UTR中保守或不保守)的mRNA表达关联，因为主要认为miRNA在mRNA降解的水平上发挥其作用。Guo等Nature466(7308):835-40(2010)。
测定靶物相关系数并且1214个预测出的靶物中仅有23个与miRNA1513p呈负关联(PCC<-0.2及q值<0.01)。为了验证这些预测出的靶物中哪些可能是真正的靶物，在海拉细胞中表达miRNA1513p的模拟物或混杂的对照，并在24小时后评估其抑制萤光素酶报告构建物表达的能力，所述构建物含有每个基因的3’UTR(图6)。在预测的23个3’UTR中，18个可以被亚克隆到合适的载体中。特别地，18个3’UTR中仅有5个(28%)在引入miRNA1513p时在萤光素酶活性中显示出统计学显著的降低。这些结果暗示，miRNA1513p选择性地调节靶物以介导特异性的生物学应答，它可能是调控对FCR的响应。此外，其中一种靶物即PIK3R3的较低的mRNA表达与R-FC结果呈正关联(p=0.03，图7和8A-C)。
结论
本研究的目的是发现预测CLL患者用基于抗CD20抗体的疗法治疗的结果的生物标志物。本文中的数据首次揭示，升高的miRNA1513p和miRNA4093p表达水平(高于中位值)以及升高的PTK2基因表达水平(高于中位值)与用基于抗-CD20的疗法治疗的CLL患者中延长的PFS有关。通过qRT-PCR验证了来自微阵列平台的发现。另外，在使用已知影响疾病预后的多种因素的多变量分析中预测意义得到保持。
总之，本文中的数据证明了在治疗前预测CLL患者对基于抗CD20抗体的疗法的结果和受益的可行性。对miRNA1513p和4093p以及PTK2的mRNA表达的诊断性评估充当为CLL患者选择最适疗法的有用工具。此外，较低的PIK3R3(经过确认的miRNA1513p的靶物)表达与抗CD20抗体结果呈正关联。
尽管出于理解清楚的目的，已经在一定程度上通过例示和实施例详细描述了前述发明，但这些说明和实施例不应理解为限制本发明的范围。本文中应用的所有专利和科学文献的公开内容都通过提述明确地完整并入。

Claims (12)

1.一种或多种用于测定来自CLL患者的样品中选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物的表达的试剂在制备用于为慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者选择疗法的诊断用试剂盒中的用途，其中所述选择包括测定所述患者的样品中选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物的表达，并基于所述生物标志物的表达水平来选择CLL药物，
其中所述患者具有升高量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物，则选择基于抗CD20抗体的疗法，其中所述基于抗CD20抗体的疗法是利妥昔单抗、氟达拉滨和环磷酰胺的组合，
其中所述患者具有降低量的一种或多种选自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物标志物，则选择除利妥昔单抗以外的CLL药物。
2.权利要求1的用途，其中所述患者相对于不具有升高量的所述生物标志物的患者具有更大的无进展存活(PFS)。
3.权利要求1的用途，其中所述患者具有升高量的miRNA1513p。
4.权利要求1的用途，其中所述患者具有升高量的miRNA4093p。
5.权利要求1的用途，其中所述患者具有升高量的PTK2。
6.权利要求1的用途，其中通过基因表达序型分析(profiling)来评估所述生物标志物的量。
7.权利要求6的用途，其中所述基因表达序型分析包括聚合酶链式反应(PCR)。
8.权利要求7的用途，其中所述PCR包括定量实时PCR(qRT-PCR)。
9.前述权利要求中任一项的用途，其中所述测定生物标志物的表达包括对来自所述患者的样品测试所述生物标志物的表达。
10.权利要求9的用途，其中所述样品包含外周血单个核细胞(PBMC)。
11.一种或多种用于测定来自CLL患者的样品中PI3K的生物标志物的表达的试剂在制备用于为慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者选择疗法的诊断用试剂盒中的用途，其中所述选择包括测定所述患者的样品中PI3K的生物标志物的表达，并基于所述生物标志物的表达水平来选择CLL药物，
其中如果所述患者具有减少的PI3K生物标志物，则选择所述患者进行利妥昔单抗、氟达拉滨和环磷酰胺的组合的治疗，
其中如果所述患者具有升高的PI3K生物标志物，则选择所述患者进行除利妥昔单抗以外的CLL药物治疗。
12.权利要求11的用途，其中所述PI3K生物标志物包含PIK3R3。
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