RU2565554C2 - СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БИОВАРОВ И ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ Yersinia pestis ОСНОВНОГО ПОДВИДА С ПОМОЩЬЮ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ - Google Patents
СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БИОВАРОВ И ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ Yersinia pestis ОСНОВНОГО ПОДВИДА С ПОМОЩЬЮ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ Download PDFInfo
- Publication number
- RU2565554C2 RU2565554C2 RU2014138468/10A RU2014138468A RU2565554C2 RU 2565554 C2 RU2565554 C2 RU 2565554C2 RU 2014138468/10 A RU2014138468/10 A RU 2014138468/10A RU 2014138468 A RU2014138468 A RU 2014138468A RU 2565554 C2 RU2565554 C2 RU 2565554C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- ant
- strains
- primers
- biovars
- med
- Prior art date
Links
Landscapes
- Agricultural Chemicals And Associated Chemicals (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида с помощью полимеразной цепной реакции. Способ предусматривает выделение ДНК исследуемого штамма, последовательное проведение ПЦР с праймерами на ДНК мишени «Med24», «glpD», «pCKF» и с праймерами «1.ANT/1.ORI», «2.ANT/2.MED следующего состава:
Дифференциацию осуществляют путем сравнения наличия и размеров образуемых амплифицированных фрагментов исследуемого штамма с размерами фрагментов типичных штаммов античного (геноварианты 0.ANT, 1.ANT, 2.ANT), средневекового (геноварианты 2.MED, 2.MED0) и восточного (геновариант 1.ORI) биоваров. Представленное изобретение позволяет быстро и эффективно разделить штаммы возбудителя чумы по их биоварной и внутрибиоварной принадлежности. 1 табл., 3 пр.
Description
Изобретение относится к области медицинской микробиологии, в частности к внутривидовой дифференциации и молекулярному типированию штаммов возбудителя чумы, и может быть использовано в научно-исследовательских учреждениях медицинского профиля и службах Роспотребнадзора.
Возбудитель чумы Yersinia pestis является этиологическим агентом одной из наиболее опасных инфекционных болезней бактериальной природы - чумы. Природные очаги чумы расположены на территории большинства континентов, и многие из этих очагов находятся в активно действующем состоянии. В Российской Федерации и сопредельных государствах существуют 45 очагов чумы, в том числе 11 из них расположены в самой России. В некоторых пограничных государствах отмечаются случаи болезни чумой человека, ввиду чего существует опасность заноса инфекции на территорию России. В связи с активными экономическими и туристическими связями реальной является также опасность завоза этой особо опасной болезни из дальнего зарубежья. Все эти факты требуют разработки современных средств индикации и идентификации штаммов возбудителя чумы.
Штаммы Y. pestis делят на три биовара - античный, средневековый и восточный, вызвавшие в различные исторические эпохи три пандемии чумы. В природных очагах чумы в Российской Федерации, других странах СНГ и сопредельных государствах распространены штаммы античного и средневекового биоваров, в то время как штаммы восточного биовара выделяются в граничащей с Россией стране - Китае, а также на территориях других континентов. Как показало секвенирование полных геномов штаммов Y.pestis разных биоваров, каждый из этих биоваров неоднороден по составу входящих в него штаммов и включает внутрибиоварные геноварианты, имеющие различное географическое распространение.
Так штаммы античного биовара включают три эволюционные линии: древнюю 0.ANT из Китая, африканскую 1.ANT и азиатскую 2.ANT. Штаммы средневекового биовара включают линию 2.MED, циркулирующую на территории Европы, Юго-Западной и Восточной Азии, и выявленную нами линию 2.MED0 из Центрально-Кавказского региона. Штаммы восточного биовара представлены линией 1.ORI, распространенной в Северной и Южной Америке, на о-ве Мадагаскар, в Юго-Восточной Азии, в некоторых регионах Китая.
Важной задачей при расследовании вспышек чумы является определение источника происхождения штамма и установление возможных путей его заноса. Для решения этой задачи необходимо применение современных молекулярно-генетических методов, обладающих высоким разрешением и высокой степенью надежности. Выявление с их помощью принадлежности штаммов возбудителя чумы к конкретным биоварам и геновариантам позволит определить регион происхождения и эпидемическую значимость штамма, выделенного при мониторинге территорий природных очагов или вызвавшего единичные случаи или вспышки чумы. Использование полимеразной цепной реакции, обладающей по сравнению с другими генетическими технологиями преимуществом быстрого и простого в исполнении метода, позволяет существенно ускорить анализ генеза выделенного штамма. До сих пор метод ПЦР применялся для детекции и установления принадлежности штамма к виду Y.pestis, для определения принадлежности штаммов к основному или неосновным подвидам возбудителя чумы, для разделения штаммов античного и средневекового биовара, но не для дифференциации штаммов трех - античного, средневекового и восточного - биоваров и не для определения внутрибиоварных геновариантов античного (0.ANT, 1.ANT, 2.ANT), средневекового (2.MED, 2.MED.0) и восточного (1.ORI) биоваров.
Известен способ детекции бактерий рода Yersinia и дифференциации патогенных для человека видов иерсиний методом полимеразной цепной реакции, который основан на анализе вариабельности нуклеотидной последовательности гена порина ompF [Патент RU 2354700, дата опубликования 10.05.2009]. С помощью этого метода можно проводить дифференциацию трех видов патогенных иерсиний: возбудителей кишечного иерсиниоза, псевдотуберкулеза и чумы, но нельзя проводить внутривидовую (биовары, геноварианты) дифференциацию штаммов возбудителя чумы.
Также существует зарегистрированная тест-система, предназначенная для экспресс-диагностики возбудителя чумы методом ПЦР с набором праймеров на гены cafl и pla, расположенные на плазмидах чумного микроба [Тест-система для выявления ДНК Yersinia pestis методом ПЦР (ГенПест)]. Однако эта система предназначена для детекции возбудителя чумы, но не для разделения внутривидовых групп штаммов Y. pestis.
Известен способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулеза методом полимеразной цепной реакции [Патент RU 2425891, дата опубликования 10.08.2011]. Этот способ полезен для дифференциации штаммов Y. pestis основного подвида (высоковирулентные штаммы) и неосновных подвидов (избирательно вирулентные штаммы) и дифференциации от них близкородственного псевдотуберкулезного микроба. Но он не позволяет разделять штаммы основного подвида по их принадлежности к одному из трех (античный, средневековый и восточный) биоваров возбудителя чумы и к геновариантам внутри этих биоваров.
Известен способ дифференциации чумного и псевдотуберкулезного микробов с одновременной внутривидовой дифференциацией штаммов чумного микроба [Патент RU 2332464, опубликован 27.08.2008]. В соответствии с этим способом дифференциацию штаммов Y. pestis проводят по размеру амплификатов вариабельного участка области hutG-YPO1967, полученных с использованием праймеров TAN1 и TAN2. Однако локус hutG-YPO1967 расположен в нестабильной области генома Y. pestis, которая часто утрачивается у штаммов основного подвида, что делает невозможным их идентификацию этим методом. Способ требует использования большого числа референтных штаммов, а также сложен в интерпретации результатов.
Известен способ дифференциации штаммов Y. pestis основного подвида средневекового и античного биоваров методом полимеразной цепной реакции, который позволяет проводить разделение штаммов этих двух биоваров, но не обеспечивает дифференциацию от них штаммов восточного биовара [Патент RU 2496882, дата опубликования 27.10.2013]. Кроме того, этот способ не позволяет устанавливать принадлежность штаммов к определенным геновариантам внутри биоваров возбудителя чумы.
Известен способ подвидовой и биоварной дифференциации штаммов Y. pestis методом ПЦР и мультилокусного сиквенс-типирования [Патент RU 2471872, дата опубликования 10.01.2013]. Этот метод полезен для определения биоварной и подвидовой принадлежности штаммов возбудителя чумы. Однако он предусматривает секвенирование фрагментов генома исследуемых штаммов Y. pestis, что приводит к удлинению времени проведения анализа и требует наличия дорогостоящего оборудования. Этот способ также не позволяет определять принадлежность штаммов Y. pestis к определенным геновариантам внутри биоваров возбудителя чумы.
Все изложенные выше данные свидетельствуют о необходимости разработки быстрого и эффективного способа разделения штаммов возбудителя чумы по их биоварной и внутрибиоварной принадлежности.
В научной и специальной литературе отсутствуют публикации об использовании метода полимеразной цепной реакции для проведения дифференциации штаммов трех биоваров. Не имеется ни одной публикации, посвященной дифференциации геновариантов штаммов Y. pestis с помощью ПЦР.
Задачей изобретения является разработка простого и надежного способа дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Y. pestis основного подвида с помощью полимеразной цепной реакции.
Технический результат заключается в обеспечении быстрой и эффективной дифференциации штаммов возбудителя чумы по их принадлежности к различным биоварам и геновариантам.
Технический результат достигается способом дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Y. pestis методом ПЦР, который предусматривает последовательную амплификацию ДНК мишеней «Med24», «glpD», «pCKF»; ДНК мишеней «1.ANT/1.ORI», «2.ANT/2.MED» в исследуемом материале, при этом праймеры имеют следующие последовательности:
и последующую дифференциацию штаммов Y.pestis путем сравнения наличия и размеров амплифицируемых фрагментов с размерами фрагментов типичных штаммов античного (геноварианты O.ANT, l.ANT, 2ANT), средневекового (геноварианты 2.MED, 2.MED0) и восточного (геновариант 1.ORI) биоваров в соответствии с таблицей.
Выделение ДНК исследуемого штамма чумного микроба проводят по стандартной методике в соответствии с МУ 1.3.2569-09 «Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности».
Полимеразную цепную реакцию осуществляют с применением вышеуказанных праймеров на мишени «Med24», «glpD», « pCKF», «1.ANT/1.ORI». «2.ANT/2.MED». Праймеры на ДНК мишени рассчитаны на основе нуклеотидных последовательностей этих участков генома у штаммов Y. pestis, представленных в базе данных NCBI GenBank, а на участок «pCKF» - на основе полученной нами полной нуклеотидной последовательности плазмиды размером 5.4 т.п.н., присутствующей в штаммах средневекового биовара из Центрально-Кавказского высокогорного очага чумы.
Амплификацию ДНК для мишеней «Med24», «glpD» и «pCKF» осуществляют по следующей программе: 1 цикл 94°C в течение 5 мин, затем 35 циклов при температуре 94°C в течение 45 с, при температуре 57°C в течение 1 мин, при температуре 72°C в течение 45 с и завершающий цикл в течение 3 мин при 72°C. Для мишеней «1.ANT/1.0RI»и 2.ANT/2.MED» используется следующий режим амплификации: I цикл при температуре 94°С в течение 5 мин, затем 35 циклов при температуре 94°С в течение 45 с, 58°С 1 мин, 72°С 45 с и завершающий цикл 3 мин при 72°С.
Дифференциацию биоваров и геновариантов штаммов Y. pestis основного подвида с помощью ПЦР осуществляют в соответствии с таблицей.
Определение принадлежности исследуемого штамма Y. pestis основного подвида к одному из трех биоваров проводят с использованием праймеров на ДНК мишени «Med24», «pCKF» и «glpD».
У всех штаммов античного биовара с праймерами на мишень «MedD24» образуются амплификаты размером 222 п.н., не образуются амплификаты с праймерами на мишень «pCKF», и образуются амплификаты размером 508 п.н. с праймерами на мишень «glpD» (см. таблицу).
У большинства штаммов средневекового биовара с праймерами на мишень «MedD24» образуются амплификаты размером 198 п.н., не образуются амплификаты с праймерами на мишень «pCKF» и образуются амплификаты размером 508 п.н. на мишень «glpD». Исключение составляют штаммы средневекового биовара из Центрально-Кавказского высокогорного очага чумы, у которых с праймерами на мишень «Med24» образуются амплификаты размером 222 п.н., образуются амплификаты размером 420 п.н. на мишень «pCKF» и образуются амплификаты размером 508 п.н. с праймерами на мишень «glpD».
У всех штаммов восточного биовара с праймерами на мишень «Med24» образуются амплификаты размером 222 п.н., не образуются амплификаты с праймерами на мишень «pCKF» и образуются амплификаты размером 415 п.н. с праймерами на мишень «glpD».
Для дифференциации геновариантов штаммов возбудителя чумы дополнительно используют праймеры на ДНК мишени «1.ANT/1.ORI» и «.2.ANT/2.MED».
Геноварианты штаммов античного биовара - 0.ANT, 1.ANT и 2.ANT отличаются по наличию и размерам образуемых в ПЦР амплификатов с праймерами на эти мишени. У штаммов 0.ANT не образуются амплификаты с праймерами на мишень «1.ANT/1.ORI» и образуются амплификаты размером 467 п.н. с праймерами на «2.ANT/2.MED». У штаммов 1.ANT образуются амплификаты размером 416 п.н. с праймерами на мишень «1.ANT/1.ORI» и образуются амплификаты размером 467 п.н. на «2.ANT/2.MED». У штаммов 2.ANT не образуются амплификаты с праймерами на мишень «1.ANT/1.ORI» и образуются амплификаты размером 397 п.н. с праймерами на «2.ANT/2.MED».
Геноварианты штаммов средневекового биовара определяются по отсутствию (2.MED) или наличию (2.MED0) амплификата размером 420 п.н. с праймерами на мишень «pCKF», а также по разнице в размерах образуемых амплификатов с праймерами на мишень «MedD24» (2.MED - 198 п.н., 2.MED0 - 222 п.н.).
Сущность изобретения поясняется следующими примерами.
Пример 1.
Определение принадлежности исследуемого штамма Y. pestis основного подвида к одному из трех биоваров проводят с использованием праймеров на ДНК мишени «MedD24», «glpD» и «pCKF». Исследуемый штамм Y. pestis относится к античному биовару, если у него образуются амплификаты с праймерами на «MedD24» и «glpD», размеры которых составляют 222 и 508 п.н. соответственно, и не образуется амплификат с праймерами на мишень «pCKF» (см. таблицу).
Для установления геновариантной принадлежности штамма античного биовара у него определяют наличие и размеры амплификатов, образуемых с праймерами на мишени «1.ANT/1.ORI» и «2.ANT/2.MED».
Штамм античного биовара относят к геноварианту 0.ANT, если у него не образуется амплификат с праймерами на мишень «1.ANT/1.ORI», но образуется амплификат размером 467 п.н. с праймерами на мишень «2.ANT/2.MED». Аналогичную характеристику имеют типичные штаммы 0.ANT (см. таблицу).
К геноварианту 0.ANT относят исследуемый штамм Y. pestis, в том случае, если у штамма не образуется амплификат с праймерами на мишень «1.ANT/1.ORI», но образуется амплификат размером 467 п.н. с праймерами на «2.ANT/2.MED». Аналогичную характеристику имеют типичные штаммы 0.ANT.
Штамм античного биовара относят к геноварианту 1.ANT, если у него образуется амплификат с праймерами на мишень «1.ANT/1.ORI» размером 416 п.н. и образуется амплификат с праймерами на «2.ANT/2.MED» размером 467 п.н. Аналогичную характеристику имеют типичные штаммы 1.ANT.
Штамм античного биовара относят к геноварианту 2.ANT, в том случае если у него не образуется амплификат с праймерами на мишень «1.ANT/1.ORI», но образуется амплификат размером 397 п.н. с праймерами на мишень «2.ANT/2.MED». Аналогичную характеристику имеют типичные штаммы 2.ANT.
Пример 2.
Исследование штамма Y. pestis осуществляют аналогично примеру №1. Изучаемый штамм Y. pestis относят к средневековому биовару, если у него с праймерами на мишень «MedD24» образуется амплификат размером 198 п.н. и не образуется амплификат с праймерами на мишень «pCKF», или же в том случае, если у него с праймерами на мишень «MedD24» образуется амплификат размером 222 п.н. и образуется амплификат размером 420 п.н. с праймерами на мишень «рСКР». С праймерами на мишень «glpD» у всех штаммов средневекового биовара образуется амплификат размером 508 п.н. (см. таблицу).
Штамм средневекового биовара относят к геноварианту 2.MED в том случае, если у него с праймерами на мишень «Med24» образуется амплификат размером 198 п.н., не образуется амплификат с праймерами на мишень «рСКР» и образуется амплификат с праймерами на мишень «glpD» размером 508 п.н. Аналогичную характеристику имеют типичные штаммы геноварианта 2.MED.
Штамм средневекового биовара относят к геноварианту 2.MED0 в том случае, если у него с праймерами на мишень «Med24» образуется амплификат размером 222 п.н., образуется амплификат размером 420 п.н. с праймерами на мишень «pCKF» и образуется амплификат с праймерами на мишень «glpD» размером 508 п.н. Аналогичную характеристику имеют типичные штаммы геноварианта 2.MED.0.
Пример 3.
Исследование штамма осуществляют аналогично примеру №1. Изучаемый штамм Y. pestis относится к восточному биовару, если у него образуются амплификаты с праймерами на «MedD24» размером 222 п.н., не образуется амплификат с праймерами на мишень «рСКР» и образуется амплификат с праймерами на мишень «glpD» размером 415 п.н. Аналогичную характеристику имеют типичные штаммы 1.ORI. Следовательно, исследуемый штамм Y. pestis относится к восточному биовару, геноварианту 1.ORI.
Таким образом, заявленный способ дифференциации биоваров и геновариантов возбудителя чумы с помощью полимеразной цепной реакции, основанный на выявлении наличия амплификатов и разницы в их размерах, обеспечивает проведение надежной и быстрой молекулярной идентификации штаммов Y. pestis основного подвида.
Claims (1)
- Способ дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида, предусматривающий выделение ДНК штамма, последовательное проведение полимеразной цепной реакции с праймерами на ДНК мишени «Med24», «glpD», «pCKF»; с праймерами на ДНК мишени «1.ANT/1.0RI», «2.ANT/2.MED следующего состава:
и дифференциацию биоваров и геновариантов штаммов Y. pestis путем сравнения наличия и размеров амплифицируемых фрагментов с размерами фрагментов типичных штаммов античного (геноварианты 0.ANT, l.ANT, 2.ANT), средневекового (геноварианты 2.MED, 2.MED0) и восточного (геновариант 1.0RI) биоваров с помощью таблицы.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2014138468/10A RU2565554C2 (ru) | 2014-09-23 | 2014-09-23 | СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БИОВАРОВ И ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ Yersinia pestis ОСНОВНОГО ПОДВИДА С ПОМОЩЬЮ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2014138468/10A RU2565554C2 (ru) | 2014-09-23 | 2014-09-23 | СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БИОВАРОВ И ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ Yersinia pestis ОСНОВНОГО ПОДВИДА С ПОМОЩЬЮ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2014138468A RU2014138468A (ru) | 2015-01-20 |
| RU2565554C2 true RU2565554C2 (ru) | 2015-10-20 |
Family
ID=53280850
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2014138468/10A RU2565554C2 (ru) | 2014-09-23 | 2014-09-23 | СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БИОВАРОВ И ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ Yersinia pestis ОСНОВНОГО ПОДВИДА С ПОМОЩЬЮ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2565554C2 (ru) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2684231C1 (ru) * | 2018-01-22 | 2019-04-04 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") | СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ Yersinia pestis СРЕДНЕВЕКОВОГО БИОВАРА ПО ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ МЕТОДОМ ПЦР С ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКИМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ |
| RU2705813C1 (ru) * | 2018-11-12 | 2019-11-12 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФКУЗ "РосНИПЧИ "Микроб") | Способ идентификации штаммов yersinia pestis средневекового биовара с последующей дифференциацией по филогенетической принадлежности методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2471872C1 (ru) * | 2011-09-08 | 2013-01-10 | Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Способ дифференциации штаммов yersinia pestis различных подвидов и биоваров методами полимеразной цепной реакции и мультилокусного сиквенс-типирования |
| RU2496882C2 (ru) * | 2012-09-17 | 2013-10-27 | Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного подвида средневекового и античного биоваров методом полимеразной цепной реакции |
-
2014
- 2014-09-23 RU RU2014138468/10A patent/RU2565554C2/ru active IP Right Revival
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2471872C1 (ru) * | 2011-09-08 | 2013-01-10 | Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Способ дифференциации штаммов yersinia pestis различных подвидов и биоваров методами полимеразной цепной реакции и мультилокусного сиквенс-типирования |
| RU2496882C2 (ru) * | 2012-09-17 | 2013-10-27 | Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного подвида средневекового и античного биоваров методом полимеразной цепной реакции |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| DONGSHENG ZHOU et al., Genetics of Metabolic Variations between Yersinia pestis Biovars and the Proposal of a New Biovar, microtus, JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Aug. 2004, Vol. 186, No. 15, pp. 5147-5152 . JULIA M. RIEHM et al., Yersinia pestis Lineages in Mongolia, PLoS ONE, February 2012, Volume 7, Issue 2, e30624, pp.1-14 * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2684231C1 (ru) * | 2018-01-22 | 2019-04-04 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") | СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ Yersinia pestis СРЕДНЕВЕКОВОГО БИОВАРА ПО ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ МЕТОДОМ ПЦР С ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКИМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ |
| RU2705813C1 (ru) * | 2018-11-12 | 2019-11-12 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФКУЗ "РосНИПЧИ "Микроб") | Способ идентификации штаммов yersinia pestis средневекового биовара с последующей дифференциацией по филогенетической принадлежности методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2014138468A (ru) | 2015-01-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Wolk et al. | PCR–electrospray ionization mass spectrometry: the potential to change infectious disease diagnostics in clinical and public health laboratories | |
| Wüthrich et al. | Exploring the virome of cattle with non-suppurative encephalitis of unknown etiology by metagenomics | |
| CN102839224B (zh) | 等温扩增检测猴痘病毒的试剂及等温扩增检测猴痘病毒的方法 | |
| RU2504585C1 (ru) | Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченного зонда для идентификации рнк коронавируса человека, ассоциированного с тяжелым острым респираторным синдромом | |
| Chiu et al. | Next‐generation sequencing | |
| Nakauchi et al. | Real-time RT-PCR assays for discriminating influenza B virus Yamagata and Victoria lineages | |
| Furuya et al. | Quantitative PCR detection of feline morbillivirus in cat urine samples | |
| Kim et al. | Differential diagnosis of Brucella abortus by real-time PCR based on a single-nucleotide polymorphisms | |
| RU2565554C2 (ru) | СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БИОВАРОВ И ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ Yersinia pestis ОСНОВНОГО ПОДВИДА С ПОМОЩЬЮ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ | |
| CN107400736A (zh) | 鸭2型腺病毒环介导等温扩增检测引物组及试剂盒 | |
| RU2612137C1 (ru) | Способ идентификации подвидов возбудителя туляремии Francisella tularensis subsp. tularensis, Francisella tularensis subsp. mediasiatica и Francisella tularensis subsp. holarctica | |
| RU2550257C2 (ru) | СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ТИПИЧНЫХ И АТИПИЧНЫХ ШТАММОВ Yersinia pestis СРЕДНЕВЕКОВОГО БИОВАРА МЕТОДОМ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ | |
| Boyle et al. | Evaluation of Vitek MS for rapid classification of clinical isolates belonging to Mycobacterium avium complex | |
| RU2496882C2 (ru) | Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного подвида средневекового и античного биоваров методом полимеразной цепной реакции | |
| Franco-Luiz et al. | The detection of Vaccinia virus confirms the high circulation of Orthopoxvirus in buffaloes living in geographical isolation, Marajó Island, Brazilian Amazon | |
| RU2736649C1 (ru) | Способ генетической дифференциации штаммов Yersinia pseudotuberculosis путем молекулярно-генетического типирования | |
| Duarte-Escalante et al. | Molecular markers in the epidemiology and diagnosis of coccidioidomycosis | |
| Valley-Omar et al. | Reduced amplification efficiency of the RNA-dependent-RNA-polymerase (RdRp) target enables tracking of the Delta SARS-CoV-2 variant using routine diagnostic tests. medRxiv Prepr Serv Heal Sci [Internet]. 2021 | |
| Herrera-Rodriguez et al. | Infectious diseases detection by microarray: an overview of clinical relevant infections | |
| KR20150134004A (ko) | 개선된 검출 정확성을 제공해 줄 수 있는 핵산검사 기반의 조류 인플루엔자 바이러스 검출 키트 | |
| RU2486252C1 (ru) | СПОСОБ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ Yersinia pseudotuberculosis ОТ Yersinia pestis И Yersinia enterocolitica | |
| RU2561469C1 (ru) | Способ определения геновариантов штаммов возбудителя чумы методом мультилокусного секвенирования | |
| KR20160069235A (ko) | 고위험 병원체 진단용 멀티플렉스 프라이머 세트 및 이의 용도 | |
| RU2705813C1 (ru) | Способ идентификации штаммов yersinia pestis средневекового биовара с последующей дифференциацией по филогенетической принадлежности методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов | |
| RU2532845C1 (ru) | ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНЫЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЙ ЗОНД MS8 Flip-R ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ ГИСТОПЛАЗМОЗА Histoplasma capsulatum |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20160924 |
|
| NF4A | Reinstatement of patent |
Effective date: 20170808 |
|
| PD4A | Correction of name of patent owner | ||
| TK4A | Correction to the publication in the bulletin (patent) |
Free format text: CORRECTION TO CHAPTER -PD4A- IN JOURNAL 22-2018 FOR INID CODE(S) (73) |