RU2018140894A - Тагментация с применением иммобилизованных транспосом с линкерами - Google Patents
Тагментация с применением иммобилизованных транспосом с линкерами Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018140894A RU2018140894A RU2018140894A RU2018140894A RU2018140894A RU 2018140894 A RU2018140894 A RU 2018140894A RU 2018140894 A RU2018140894 A RU 2018140894A RU 2018140894 A RU2018140894 A RU 2018140894A RU 2018140894 A RU2018140894 A RU 2018140894A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- complex
- sequence
- transposon
- paragraphs
- linker
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 19
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 claims 18
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 14
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 14
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims 11
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 11
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 10
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 10
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N biotin Natural products N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims 9
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 8
- 239000008187 granular material Substances 0.000 claims 8
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 8
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 7
- 108010020764 Transposases Proteins 0.000 claims 6
- 102000008579 Transposases Human genes 0.000 claims 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 5
- 125000002947 alkylene group Chemical group 0.000 claims 5
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims 5
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims 5
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 5
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 5
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 claims 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 4
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 claims 4
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 claims 3
- OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 5,6-dihydrouracil Chemical compound O=C1CCNC(=O)N1 OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 102000010719 DNA-(Apurinic or Apyrimidinic Site) Lyase Human genes 0.000 claims 2
- 108010063362 DNA-(Apurinic or Apyrimidinic Site) Lyase Proteins 0.000 claims 2
- 108010012306 Tn5 transposase Proteins 0.000 claims 2
- 102000006943 Uracil-DNA Glycosidase Human genes 0.000 claims 2
- 108010072685 Uracil-DNA Glycosidase Proteins 0.000 claims 2
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims 2
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 claims 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 2
- -1 ethylene, propylene Chemical group 0.000 claims 2
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims 2
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 claims 2
- ZAYHVCMSTBRABG-UHFFFAOYSA-N 5-Methylcytidine Natural products O=C1N=C(N)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 ZAYHVCMSTBRABG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 5-bromodeoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims 1
- ZAYHVCMSTBRABG-JXOAFFINSA-N 5-methylcytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C(C)=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 ZAYHVCMSTBRABG-JXOAFFINSA-N 0.000 claims 1
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- OGHAROSJZRTIOK-KQYNXXCUSA-O 7-methylguanosine Chemical compound C1=2N=C(N)NC(=O)C=2[N+](C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OGHAROSJZRTIOK-KQYNXXCUSA-O 0.000 claims 1
- HCAJQHYUCKICQH-VPENINKCSA-N 8-Oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2NC(=O)N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HCAJQHYUCKICQH-VPENINKCSA-N 0.000 claims 1
- UBKVUFQGVWHZIR-UHFFFAOYSA-N 8-oxoguanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=NC(=O)N=C21 UBKVUFQGVWHZIR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N BROMODEOXYURIDINE Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 claims 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 claims 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 1
- 101000615492 Homo sapiens Methyl-CpG-binding domain protein 4 Proteins 0.000 claims 1
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 claims 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 claims 1
- UBORTCNDUKBEOP-UHFFFAOYSA-N L-xanthosine Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 102100021290 Methyl-CpG-binding domain protein 4 Human genes 0.000 claims 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims 1
- 108091093078 Pyrimidine dimer Proteins 0.000 claims 1
- UBORTCNDUKBEOP-HAVMAKPUSA-N Xanthosine Natural products O[C@@H]1[C@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-HAVMAKPUSA-N 0.000 claims 1
- ASJWEHCPLGMOJE-LJMGSBPFSA-N ac1l3rvh Chemical compound N1C(=O)NC(=O)[C@@]2(C)[C@@]3(C)C(=O)NC(=O)N[C@H]3[C@H]21 ASJWEHCPLGMOJE-LJMGSBPFSA-N 0.000 claims 1
- 125000003277 amino group Chemical class 0.000 claims 1
- 150000001615 biotins Chemical class 0.000 claims 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims 1
- 229950004398 broxuridine Drugs 0.000 claims 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 claims 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 claims 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims 1
- ZPTBLXKRQACLCR-XVFCMESISA-N dihydrouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)CC1 ZPTBLXKRQACLCR-XVFCMESISA-N 0.000 claims 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 claims 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims 1
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 claims 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims 1
- 125000000383 tetramethylene group Chemical group [H]C([H])([*:1])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[*:2] 0.000 claims 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims 1
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 claims 1
- UBORTCNDUKBEOP-UUOKFMHZSA-N xanthosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-UUOKFMHZSA-N 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N11/00—Carrier-bound or immobilised enzymes; Carrier-bound or immobilised microbial cells; Preparation thereof
- C12N11/02—Enzymes or microbial cells immobilised on or in an organic carrier
- C12N11/06—Enzymes or microbial cells immobilised on or in an organic carrier attached to the carrier via a bridging agent
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1082—Preparation or screening gene libraries by chromosomal integration of polynucleotide sequences, HR-, site-specific-recombination, transposons, viral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
- C12Q2521/301—Endonuclease
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/151—Modifications characterised by repeat or repeated sequences, e.g. VNTR, microsatellite, concatemer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/191—Modifications characterised by incorporating an adaptor
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Virology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicinal Preparation (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Claims (93)
1. Комплекс транспосомы, содержащий:
(i) транспозазу,
(ii) первый транспозон, содержащий:
(a) 3’-часть, содержащую концевую последовательность первого транспозона; и
(b) первую адапторную последовательность на 5’-конце концевой последовательности первого транспозона;
(iii) второй транспозон, содержащий концевую последовательность второго транспозона, комплементарную по меньшей мере части концевой последовательности первого транспозона; и
(iv) линкер, присоединенный к указанному первому или второму транспозону и содержащий аффинный элемент.
2. Комплекс по п. 1, отличающийся тем, что указанный линкер присоединен ко второму транспозону на 3’-конце указанного второго транспозона.
3. Комплекс по п. 2, отличающийся тем, что второй конец указанного линкера присоединен к указанному аффинному элементу.
4. Комплекс по п. 3, отличающийся тем, что указанные линкер и аффинный элемент имеют структуру формулы (I):
где
АЭ представляет собой аффинный элемент;
Y представляет собой C2-6алкилен;
X1 представляет собой O, NR1 или S;
где R1 представляет собой H или алкил C1-10;
n представляет собой целое число от 1 до 6;
X2 представляет собой O, CH2 или S;
Ra представляет собой H или -OH; и
Z отсутствует, если Ra представляет собой H, или представляет собой CH2, если Ra представляет собой H или OH;
при этом символом 
обозначена точка присоединения ко второму транспозону.
5. Комплекс по п. 4, отличающийся тем, что фосфатная группа в формуле (I) соединена с 3’-гидроксилом концевого нуклеотида указанного второго транспозона.
6. Комплекс по п. 4 или 5, отличающийся тем, что АЭ содержит или представляет собой необязательно замещенный биотин или аминогруппу.
7. Комплекс по п. 6, отличающийся тем, что АЭ представляет собой биотин.
8. Комплекс по любому из пп. 4-7, отличающийся тем, что Y представляет собой алкилен C2-6, алкилен C2-5, алкилен C2-4 или алкилен C2-3.
9. Комплекс по п. 8, отличающийся тем, что Y представляет собой этилен, пропилен или бутилен.
10. Комплекс по любому из пп. 4-9, отличающийся тем, что X1 представляет собой NR1, а R1 представляет собой H или алкил C1-10.
11. Комплекс по п. 10, отличающийся тем, что R1 представляет собой H.
12. Комплекс по любому из пп. 4-11, отличающийся тем, что n равен 1 или 2.
13. Комплекс по любому из пп. 4-12, отличающийся тем, что X2 представляет собой CH2.
14. Комплекс по любому из пп. 4-12, отличающийся тем, что X2 представляет собой O.
15. Комплекс по любому из пп. 4-14, отличающийся тем, что Ra представляет собой H, а Z отсутствует.
16. Комплекс по любому из пп. 4-14, где Ra представляет собой H, а Z представляет собой CH2.
17. Комплекс по любому из пп. 4-14, где Ra представляет собой -OH, а Z представляет собой CH2.
18. Комплекс по п. 4, отличающийся тем, что указанный линкер и аффинный элемент имеют структуру формулы (I’):
где Z отсутствует или представляет собой CH2.
19. Комплекс по п. 4, отличающийся тем, что указанный линкер и аффинный элемент имеют структуру формулы (Ia):
20. Комплекс по п. 4, отличающийся тем, что указанный линкер и аффинный элемент имеют структуру формулы (Ib) или (Ic):
где n равен 1 или 2;
X2 представляет собой O или CH2; и
Z отсутствует или представляет собой CH2.
21. Комплекс по п. 4, отличающийся тем, что указанный линкер и аффинный элемент имеют структуру, выбранную из группы, состоящей из:
22. Комплекс по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что указанная транспозаза представляет собой транспозазу Tn5.
23. Комплекс по п. 22, отличающийся тем, что указанная транспозаза Tn5 представляет собой транспозазу Tn5 дикого типа или гиперактивную транспозазу Tn5, или ее мутант, при этом указанная транспозаза необязательно конъюгирована с меткой очистки.
24. Комплекс по п. 22 или 23, отличающийся тем, что концевая последовательность первого транспозона и концевая последовательность второго транспозона представлены ME и ME’.
25. Комплекс по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что первая адапторная последовательность содержит последовательность праймера.
26. Комплекс по п. 25, отличающийся тем, что указанная первая адапторная последовательность содержит A14 или B15.
27. Композиция, содержащая первый комплекс по п. 25, отличающийся тем, что указанный первый адаптор содержит первую последовательность праймера, и второй комплекс по п. 25, отличающийся тем, что указанный первый адаптор содержит вторую последовательность праймера.
28. Композиция по п. 27, отличающаяся тем, что первая последовательность праймера содержит A14, а вторая последовательность праймера содержит B15.
29. Модифицированный олигонуклеотид, содержащий первый транспозон и второй транспозон, отличающийся тем, что указанный первый транспозон содержит (a) 3’-часть, содержащую концевую последовательность первого транспозона, и (b) первую адапторную последовательность на 5’-конце концевой последовательности первого транспозона, а указанный второй транспозон содержит концевую последовательность второго транспозона, комплементарную по меньшей мере части концевой последовательности указанного первого транспозона и аннелированную с ней, и при этом первый конец линкера присоединен к 3’-концу указанного второго транспозона, а второй конец указанного линкера присоединен к аффинному элементу.
30. Модифицированный олигонуклеотид по п. 29, отличающийся тем, что указанный линкер и аффинный элемент имеют структуру формулы (I), (I’), (Ia), (Ib), (Ic), (I(a)), (I(b)) или (I(c)) по любому из пп. 1-28.
31. Комплекс по любому из пп. 1-26, отличающийся тем, что указанный аффинный элемент связан с партнером для аффинного связывания на твердой подложке, за счет чего указанный комплекс связан с указанной твердой подложкой.
32. Комплекс по п. 31, отличающийся тем, что указанный аффинный элемент представляет собой биотин, а партнер для аффинного связывания представляет собой стрептавидин.
33. Комплекс по п. 31 или 32, отличающийся тем, что указанная твердая подложка представляет собой гранулу или парамагнитную гранулу.
34. Композиция по любому из пп. 27-28, отличающаяся тем, что указанный аффинный элемент связан с партнером для аффинного связывания на твердой подложке, за счет чего указанная композиция связана с указанной твердой подложкой.
35. Композиция по п. 34, отличающаяся тем, что указанный аффинный элемент представляет собой биотин, а партнер для аффинного связывания представляет собой стрептавидин.
36. Композиция по п. 34 или 35, отличающаяся тем, что указанная твердая подложка представляет собой гранулу или парамагнитную гранулу.
37. Способ получения библиотеки меченых фрагментов нуклеиновых кислот из двухцепочечной целевой нуклеиновой кислоты, включающий инкубацию указанной целевой нуклеиновой кислоты со связанным комплексом по любому из пп. 31-33 или композицией по любому из пп.34-36 в условиях, достаточных для фрагментации указанной целевой нуклеиновой кислоты на множество целевых фрагментов, и для присоединения 3’-конца первого транспозона к 5’-концам целевых фрагментов с получением множества 5’-меченых целевых фрагментов.
38. Способ по п. 37, дополнительно включающий амплификацию одного или более из 5’-меченых целевых фрагментов.
39. Способ по п. 38, отличающийся тем, что указанная амплификация включает получение и/или амплификацию полностью дуплексных 5’-меченых целевых фрагментов.
40. Способ по п. 38 или 39, отличающийся тем, что указанная амплификация включает инкубацию по меньшей мере одного полностью дуплексного 5’-меченого целевого фрагмента, содержащего последовательность праймера на каждом конце с носителем вторичного адаптора, одиночными нуклеотидами и полимеразой, в условиях, достаточных для амплификации указанных целевых фрагментов и инсерции указанного носителя вторичного адаптора, который содержит последовательность, комплементарную последовательности праймера, и вторичную адапторную последовательность, с получением таким образом библиотеки фрагментов для секвенирования.
41. Способ по п. 40, отличающийся тем, что указанный носитель вторичного адаптора содержит последовательность праймера, индексную последовательность, «штрихкодирующую» последовательность, метку очистки или их комбинацию.
42. Способ по п. 41, отличающийся тем, что указанный носитель вторичного адаптора содержит индексную последовательность и последовательность праймера.
43. Способ по любому из пп. 39-42, отличающийся тем, что указанные полностью дуплексные 5’-меченые целевые фрагменты содержат разные последовательности праймера на каждом конце, при этом необязательно указанные разные последовательности праймеров представляют собой A14 и B15.
44. Способ по любому из пп. 41-43, отличающийся тем, что каждый из указанных носителей вторичного адаптора содержит одну из двух последовательностей праймеров, при этом необязательно указанные две последовательности праймеров представляют собой последовательность праймера P5 и последовательность праймера P7, и одну из множества индексных последовательностей.
45. Способ по любому из пп. 37-44, отличающийся тем, что указанные фрагменты гибридизуют с комплементарными праймерами, привитыми на проточную ячейку или твердую подложку.
46. Способ по любому из пп. 37-45, дополнительно включающий секвенирование одного или более из 5’-меченых целевых фрагментов или продуктов их амплификации.
47. Способ получения связанного с твердой подложкой комплекса транспосомы, включающий обработку транспозазы модифицированным олигонуклеотидом по п. 29 или 30, в условиях, достаточных для связывания указанной транспозазы и модифицированного олигонуклеотида в комплекс транспосомы.
48. Способ по п. 47, дополнительно включающий инкубацию указанного комплекса транспосомы с твердой подложкой, содержащей партнер для аффинного связывания, в условиях, достаточных для того, чтобы указанный аффинный элемент связался с указанным партнером для аффинного связывания.
49. Комплекс транспосомы по п. 1, отличающийся тем, что указанный линкер представляет собой расщепляемый линкер.
50. Комплекс транспосомы по п. 49, отличающийся тем, что указанный расщепляемый линкер присоединен к 5’-концу указанной первой адапторной последовательности.
51. Комплекс транспосомы по п. 1, отличающийся тем, что указанный линкер присоединен к 5’-концу указанного первого транспозона, а указанный линкер представляет собой расщепляемый линкер.
52. Комплекс по п. 51, отличающийся тем, что указанный аффинный элемент связан с партнером для аффинного связывания на твердой подложке.
53. Комплекс по п. 52, отличающийся тем, что указанная твердая подложка представляет собой пробирку, лунку планшета, предметное стекло или слайд, гранулу или проточную ячейку, при этом необязательно указанная твердая подложка представляет собой парамагнитную гранулу.
54. Комплекс по п. 52 или 53, отличающийся тем, что указанный аффинный элемент представляет собой биотин, а партнер для аффинного связывания представляет собой стрептавидин.
55. Комплекс по любому из пп. 52-54, отличающийся тем, что указанная адапторная последовательность содержит одну или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из универсальных последовательностей, последовательностей праймеров или связанных с секвенированием последовательностей.
56. Способ получения образца для секвенирования, включающий:
получение комплекса по любому из пп. 52-55;
нанесение нуклеиновой кислоты на указанный комплекс в условиях, подходящих для тагментации, с иммобилизацией таким образом фрагментов целевой нуклеиновой кислоты на твердой подложке;
амплификацию иммобилизованных тагментированных нуклеиновых кислот;
расщепление расщепляемого фрагмента; и
обогащение целевыми амплифицированными нуклеиновыми кислотами, с получением таким образом образца для секвенирования.
57. Способ по п. 56, отличающийся тем, что указанный расщепляемый линкер содержит фоторасщепляемый или расщепляемый ферментативным путем нуклеотид, при этом необязательно указанный расщепляемый нуклеотид представляет собой урацил, уридин, 8-оксо-гуанин, ксантин, гипоксантин, 5,6-дигидроурацил, 5-метилцитозин, тиминовый димер, 7-метилгуанозин, 8-оксо-дезоксигуанозин, ксантозин, инозин, дигидроуридин, бромдезоксиуридин, уридин или 5-метилцитидин, при этом необязательно указанный расщепляемый нуклеотид представляет собой урацил.
58. Способ по п. 57, отличающийся тем, что расщепление осуществляют ферментом, представляющим собой (a) гликозилазу, необязательно выбранную из группы, состоящей из урацил-ДНК-гликозилазы, MUG, SMUG, TDG или MBD4, при этом необязательно указанная гликозилаза представляет собой урацил-ДНК-гликозилазу, или (b) представляющим собой апуриновую/aпиримидиновую (АП) эндонуклеазу, при этом необязательно указанная АП-эндонуклеаза выбрана из группы, состоящей из Endo VIII, Endo IV или Endo V, при этом необязательно указанная АП-эндонуклеаза представляет собой Endo VIII.
59. Способ по любому из пп. 56-58, отличающийся тем, что указанная твердая подложка содержит гранулы, необязательно парамагнитные гранулы.
60. Способ по любому из пп. 56-59, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой (a) ДНК, при этом необязательно указанная ДНК является двухцепочечной, необязательно при этом указанная двухцепочечная ДНК представляет собой геномную ДНК, необязательно при этом указанную геномную ДНК выбирают из группы, включающей нуклеиновые кислоты одиночной клетки, ткани, опухоли, крови, плазмы, мочи или внеклеточные нуклеиновые кислоты, или (b) РНК или ее производное, или кДНК.
61. Способ по любому из пп. 56-60, отличающийся тем, что указанный этап амплификации включает что-либо одно или более из ПЦР или изотермической амплификации, или указанный этап амплификации представлен ПЦР.
62. Способ по любому из пп. 56-61, отличающийся тем, что последовательность транспозона дополнительно содержит одну или более адапторных последовательностей, выбранных из группы, содержащей универсальные последовательности, последовательности праймеров или связанные с секвенированием последовательности.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201762461620P | 2017-02-21 | 2017-02-21 | |
| US62/461,620 | 2017-02-21 | ||
| PCT/US2018/018824 WO2018156519A1 (en) | 2017-02-21 | 2018-02-20 | Tagmentation using immobilized transposomes with linkers |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2022128744A Division RU2022128744A (ru) | 2017-02-21 | 2018-02-20 | Тагментация с применением иммобилизованных транспосом с линкерами |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2018140894A true RU2018140894A (ru) | 2020-05-20 |
| RU2018140894A3 RU2018140894A3 (ru) | 2021-11-16 |
| RU2783536C2 RU2783536C2 (ru) | 2022-11-14 |
Family
ID=
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11591650B2 (en) | Massively multiplexed RNA sequencing | |
| AU2017203349B2 (en) | Compositions of toehold primer duplexes and methods of use | |
| ES2633567T3 (es) | Métodos y sistemas para el enriquecimiento de secuencias basadas en solución y análisis de regiones genómicas | |
| ES2447419T3 (es) | Composiciones para la amplificación isotérmica lineal de secuencias de polinucleótidos | |
| NZ748776A (en) | Tagmentation using immobilized transposomes with linkers | |
| US20140274811A1 (en) | Methods for Amplifying a Complete Genome or Transcriptome | |
| US20120028310A1 (en) | Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions | |
| CA2936564A1 (en) | Methods for generating double stranded dna libraries and sequencing methods for the identification of methylated cytosines | |
| CA2905144C (en) | Methods for amplification of nucleic acids on solid support | |
| US20190177760A1 (en) | Methods for Amplification of Nucleic Acids Utilizing Clamp Oligonucleotides | |
| JP6971276B2 (ja) | クランプオリゴヌクレオチドを利用する核酸増幅方法 | |
| WO2007022474B1 (en) | HUMAN RIBOSOMAL DNA(rDNA) AND RIBOSOMAL RNA (rRNA) NUCLEIC ACIDS AND USES THEREOF | |
| JP2009504192A5 (ru) | ||
| US20090023151A1 (en) | Method For The Labeling And Detection Of Small Polynucleotides | |
| CN108517349B (zh) | 基于杂交的钩连接方法 | |
| CN105247071B (zh) | 使用等位基因特异的反应性引物的核酸扩增方法 | |
| CN102933720B (zh) | 用于生成具有单链悬突的双链核酸的方法 | |
| JP2020182457A (ja) | 核酸増幅の特異的抑制方法 | |
| US10072290B2 (en) | Methods for amplifying fragmented target nucleic acids utilizing an assembler sequence | |
| EP3827011B1 (en) | Methods and composition for targeted genomic analysis | |
| US10179931B2 (en) | Methods for immobilizing target nucleic acids utilizing combinatorial capture probes | |
| JP5093929B2 (ja) | テンの個体識別方法及びｐｃｒプライマーセット | |
| WO2024145579A1 (en) | Spatial transcriptomics library preparation materials and methods | |
| JP2023515499A (ja) | 超並列核酸シーケンシングライブラリを生成するための組成物及び方法 | |
| JP2019176860A (ja) | アセンブラ配列を利用する断片化された標的核酸の増幅方法 |