PL206306B1 - Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC - Google Patents
Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHCInfo
- Publication number
- PL206306B1 PL206306B1 PL373700A PL37370003A PL206306B1 PL 206306 B1 PL206306 B1 PL 206306B1 PL 373700 A PL373700 A PL 373700A PL 37370003 A PL37370003 A PL 37370003A PL 206306 B1 PL206306 B1 PL 206306B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- peptide
- seq
- cells
- peptides
- tumor
- Prior art date
Links
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 title claims abstract description 214
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 63
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 title abstract description 87
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims abstract description 12
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract description 12
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 12
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 claims abstract description 7
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims abstract description 6
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims abstract 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 93
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 23
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 20
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 claims description 13
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 10
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 10
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 8
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 claims description 7
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 7
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 claims description 7
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 7
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 3
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 claims description 3
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 claims description 3
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 claims description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 3
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 3
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 2
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 claims description 2
- 208000024313 Testicular Neoplasms Diseases 0.000 claims description 2
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 claims description 2
- 201000000498 stomach carcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 2
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 claims description 2
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 claims 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims 1
- 210000003932 urinary bladder Anatomy 0.000 claims 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 abstract 1
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 66
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 40
- 102100028972 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain Human genes 0.000 description 34
- 108010075704 HLA-A Antigens Proteins 0.000 description 34
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 33
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 33
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 32
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 32
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 31
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 31
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 29
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 27
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 17
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 17
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 13
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 13
- 102100033421 Keratin, type I cytoskeletal 18 Human genes 0.000 description 12
- 108010066327 Keratin-18 Proteins 0.000 description 12
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 12
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 12
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 11
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 11
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 10
- 102000052575 Proto-Oncogene Human genes 0.000 description 9
- 108700020978 Proto-Oncogene Proteins 0.000 description 9
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 9
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 8
- 235000005772 leucine Nutrition 0.000 description 8
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 8
- 102100021663 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 Human genes 0.000 description 7
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 7
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 7
- 108010002687 Survivin Proteins 0.000 description 7
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 7
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 7
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 7
- 235000014393 valine Nutrition 0.000 description 7
- 102000004149 Annexin A2 Human genes 0.000 description 6
- 108090000668 Annexin A2 Proteins 0.000 description 6
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 6
- 102100028976 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain Human genes 0.000 description 6
- 108010058607 HLA-B Antigens Proteins 0.000 description 6
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 6
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 6
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 6
- 230000004044 response Effects 0.000 description 6
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 6
- 102000006311 Cyclin D1 Human genes 0.000 description 5
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 5
- 102000008949 Histocompatibility Antigens Class I Human genes 0.000 description 5
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 5
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 5
- 102000043131 MHC class II family Human genes 0.000 description 5
- 108091054438 MHC class II family Proteins 0.000 description 5
- 108010088865 Nicotinamide N-Methyltransferase Proteins 0.000 description 5
- 102000009063 Nicotinamide N-methyltransferase Human genes 0.000 description 5
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 5
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 5
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 5
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 5
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 235000014705 isoleucine Nutrition 0.000 description 5
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 5
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 102000018757 Apolipoprotein L1 Human genes 0.000 description 4
- 108010052469 Apolipoprotein L1 Proteins 0.000 description 4
- 102000004457 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 4
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 4
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 4
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 4
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 4
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 4
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 4
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 3
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 3
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 3
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- 102000017794 Perilipin-2 Human genes 0.000 description 3
- 108010067163 Perilipin-2 Proteins 0.000 description 3
- 239000012980 RPMI-1640 medium Substances 0.000 description 3
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 3
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 238000009566 cancer vaccine Methods 0.000 description 3
- 229940022399 cancer vaccine Drugs 0.000 description 3
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 3
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 3
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 3
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 3
- 125000001909 leucine group Chemical group [H]N(*)C(C(*)=O)C([H])([H])C(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 3
- 235000006109 methionine Nutrition 0.000 description 3
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 3
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 3
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 102100033391 ATP-dependent RNA helicase DDX3X Human genes 0.000 description 2
- 102000004145 Annexin A1 Human genes 0.000 description 2
- 108090000663 Annexin A1 Proteins 0.000 description 2
- 102000004148 Annexin A4 Human genes 0.000 description 2
- 108090000669 Annexin A4 Proteins 0.000 description 2
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 2
- 108010052495 Calgranulin B Proteins 0.000 description 2
- 102100025926 Calmodulin-3 Human genes 0.000 description 2
- 101710164738 Calmodulin-3 Proteins 0.000 description 2
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 2
- 108050001186 Chaperonin Cpn60 Proteins 0.000 description 2
- 102000052603 Chaperonins Human genes 0.000 description 2
- 102100034667 Chloride intracellular channel protein 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100026127 Clathrin heavy chain 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710094648 Coat protein Proteins 0.000 description 2
- 102100021740 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A Human genes 0.000 description 2
- 108010089760 Electron Transport Complex I Proteins 0.000 description 2
- 102000008013 Electron Transport Complex I Human genes 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 101150031329 Ets1 gene Proteins 0.000 description 2
- 102000001390 Fructose-Bisphosphate Aldolase Human genes 0.000 description 2
- 108010068561 Fructose-Bisphosphate Aldolase Proteins 0.000 description 2
- 102000000794 Galectin 2 Human genes 0.000 description 2
- 108010001496 Galectin 2 Proteins 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100021181 Golgi phosphoprotein 3 Human genes 0.000 description 2
- 102100040754 Guanylate cyclase soluble subunit alpha-1 Human genes 0.000 description 2
- 108010074032 HLA-A2 Antigen Proteins 0.000 description 2
- 102000025850 HLA-A2 Antigen Human genes 0.000 description 2
- 102000002812 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010004889 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102100027685 Hemoglobin subunit alpha Human genes 0.000 description 2
- 102000006479 Heterogeneous-Nuclear Ribonucleoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108010019372 Heterogeneous-Nuclear Ribonucleoproteins Proteins 0.000 description 2
- 108010088652 Histocompatibility Antigens Class I Proteins 0.000 description 2
- 101000870662 Homo sapiens ATP-dependent RNA helicase DDX3X Proteins 0.000 description 2
- 101000946430 Homo sapiens Chloride intracellular channel protein 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000912851 Homo sapiens Clathrin heavy chain 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000896083 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A Proteins 0.000 description 2
- 101001038755 Homo sapiens Guanylate cyclase soluble subunit alpha-1 Proteins 0.000 description 2
- 101001009007 Homo sapiens Hemoglobin subunit alpha Proteins 0.000 description 2
- 101710125418 Major capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 101710141454 Nucleoprotein Proteins 0.000 description 2
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 2
- 101710083689 Probable capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 102100032420 Protein S100-A9 Human genes 0.000 description 2
- 102100022127 Radixin Human genes 0.000 description 2
- 102100021993 Sterol O-acyltransferase 1 Human genes 0.000 description 2
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 2
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 2
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 2
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 2
- 102100035071 Vimentin Human genes 0.000 description 2
- 108010065472 Vimentin Proteins 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 2
- 210000000577 adipose tissue Anatomy 0.000 description 2
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 239000012894 fetal calf serum Substances 0.000 description 2
- 230000037433 frameshift Effects 0.000 description 2
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 2
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 2
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 2
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 2
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- GCHPUFAZSONQIV-UHFFFAOYSA-N isovaline Chemical compound CCC(C)(N)C(O)=O GCHPUFAZSONQIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 2
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 238000012856 packing Methods 0.000 description 2
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 2
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 108010048484 radixin Proteins 0.000 description 2
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 108010016093 sterol O-acyltransferase 1 Proteins 0.000 description 2
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 2
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 2
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 2
- 210000005048 vimentin Anatomy 0.000 description 2
- ZRZROXNBKJAOKB-GFVHOAGBSA-N (2s)-2-[[2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[2-[[2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-amino-3-(1h-indol-3-yl)propanoyl]amino]propanoyl]amino]acetyl]amino]acetyl]amino]-3-carboxypropanoyl]amino]propanoyl]amino]-3-hydroxypropanoyl]amino]acetyl]amino]pentanedioic acid Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)=CNC2=C1 ZRZROXNBKJAOKB-GFVHOAGBSA-N 0.000 description 1
- 102100035322 60S ribosomal protein L24 Human genes 0.000 description 1
- 102100033408 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B Human genes 0.000 description 1
- 101710170753 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B Proteins 0.000 description 1
- 101710159080 Aconitate hydratase A Proteins 0.000 description 1
- 101710159078 Aconitate hydratase B Proteins 0.000 description 1
- 102100036822 Ankyrin repeat and KH domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102000004154 Annexin A6 Human genes 0.000 description 1
- 108090000656 Annexin A6 Proteins 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 102100024436 Caldesmon Human genes 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102100028003 Catenin alpha-1 Human genes 0.000 description 1
- 101710106615 Catenin alpha-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100032230 Caveolae-associated protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108050005260 Caveolae-associated protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100023508 Chloride intracellular channel protein 4 Human genes 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 108700022408 Coatomer Proteins 0.000 description 1
- 102000057710 Coatomer Human genes 0.000 description 1
- 101710197825 Coatomer subunit gamma Proteins 0.000 description 1
- 102100037290 Coatomer subunit gamma-1 Human genes 0.000 description 1
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 1
- 108010051088 Delta Sleep-Inducing Peptide Proteins 0.000 description 1
- 101100114422 Drosophila melanogaster gammaCOP gene Proteins 0.000 description 1
- 102100020965 E3 ubiquitin-protein transferase RMND5B Human genes 0.000 description 1
- 102100032020 EH domain-containing protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100020903 Ezrin Human genes 0.000 description 1
- 102000018700 F-Box Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010066805 F-Box Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000008857 Ferritin Human genes 0.000 description 1
- 108050000784 Ferritin Proteins 0.000 description 1
- 238000008416 Ferritin Methods 0.000 description 1
- 102100021062 Ferritin light chain Human genes 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 102100022272 Fructose-bisphosphate aldolase B Human genes 0.000 description 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108010029526 HLA-A28 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101710141326 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C Proteins 0.000 description 1
- 102100028909 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K Human genes 0.000 description 1
- 102100028895 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M Human genes 0.000 description 1
- 108010042923 Heterogeneous-Nuclear Ribonucleoprotein Group M Proteins 0.000 description 1
- 108010084680 Heterogeneous-Nuclear Ribonucleoprotein K Proteins 0.000 description 1
- 101000774738 Homo sapiens A-kinase anchor protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000928335 Homo sapiens Ankyrin repeat and KH domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000910297 Homo sapiens Caldesmon Proteins 0.000 description 1
- 101000906636 Homo sapiens Chloride intracellular channel protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000952964 Homo sapiens Coatomer subunit gamma-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000854467 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein transferase RMND5B Proteins 0.000 description 1
- 101000921226 Homo sapiens EH domain-containing protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000854648 Homo sapiens Ezrin Proteins 0.000 description 1
- 101000818390 Homo sapiens Ferritin light chain Proteins 0.000 description 1
- 101000755933 Homo sapiens Fructose-bisphosphate aldolase B Proteins 0.000 description 1
- 101000633984 Homo sapiens Influenza virus NS1A-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 101001136981 Homo sapiens Proteasome subunit beta type-9 Proteins 0.000 description 1
- 101000736906 Homo sapiens Protein prune homolog 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000685914 Homo sapiens Protein transport protein Sec23B Proteins 0.000 description 1
- 101000666730 Homo sapiens T-complex protein 1 subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000915470 Homo sapiens Zinc finger MYND domain-containing protein 11 Proteins 0.000 description 1
- 241000701044 Human gammaherpesvirus 4 Species 0.000 description 1
- 241000725303 Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 1
- 101900297506 Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B Reverse transcriptase/ribonuclease H Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102100029241 Influenza virus NS1A-binding protein Human genes 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 description 1
- 102000011782 Keratins Human genes 0.000 description 1
- 108010076876 Keratins Proteins 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical group NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Chemical group 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Chemical group NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010066345 MHC binding peptide Proteins 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 description 1
- 101100420730 Mus musculus Sec23a gene Proteins 0.000 description 1
- 108060008487 Myosin Proteins 0.000 description 1
- 102000003505 Myosin Human genes 0.000 description 1
- 102100036640 Myosin-10 Human genes 0.000 description 1
- 208000034179 Neoplasms, Glandular and Epithelial Diseases 0.000 description 1
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102000003867 Phospholipid Transfer Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000216 Phospholipid Transfer Proteins Proteins 0.000 description 1
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 1
- OQSGBXGNAFQGGS-CYDGBPFRSA-N Pro-Val-Ile Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O OQSGBXGNAFQGGS-CYDGBPFRSA-N 0.000 description 1
- 101710084026 Probable coatomer subunit gamma Proteins 0.000 description 1
- 101710180316 Protease 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100035764 Proteasome subunit beta type-9 Human genes 0.000 description 1
- 102000055027 Protein Methyltransferases Human genes 0.000 description 1
- 108700040121 Protein Methyltransferases Proteins 0.000 description 1
- 102100036040 Protein prune homolog 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100023366 Protein transport protein Sec23B Human genes 0.000 description 1
- 101710201576 Putative membrane protein Proteins 0.000 description 1
- 108091034057 RNA (poly(A)) Proteins 0.000 description 1
- 102000044126 RNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 230000004570 RNA-binding Effects 0.000 description 1
- 101710105008 RNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 238000011530 RNeasy Mini Kit Methods 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101150013347 SEC14 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010017324 STAT3 Transcription Factor Proteins 0.000 description 1
- 102100024040 Signal transducer and activator of transcription 3 Human genes 0.000 description 1
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108010019965 Spectrin Proteins 0.000 description 1
- 102000005890 Spectrin Human genes 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 1
- 102100038410 T-complex protein 1 subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- NQQMWWVVGIXUOX-SVSWQMSJSA-N Thr-Ser-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O NQQMWWVVGIXUOX-SVSWQMSJSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- SQUMHUZLJDUROQ-YDHLFZDLSA-N Tyr-Val-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O SQUMHUZLJDUROQ-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 1
- 102100028551 Zinc finger MYND domain-containing protein 11 Human genes 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000004873 anchoring Methods 0.000 description 1
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 1
- 230000006023 anti-tumor response Effects 0.000 description 1
- 239000008365 aqueous carrier Substances 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010093581 aspartyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 244000309466 calf Species 0.000 description 1
- 102000028861 calmodulin binding Human genes 0.000 description 1
- 108091000084 calmodulin binding Proteins 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000006369 cell cycle progression Effects 0.000 description 1
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000001311 chemical methods and process Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000012875 competitive assay Methods 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 208000035250 cutaneous malignant susceptibility to 1 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 230000001461 cytolytic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000000432 density-gradient centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- PXLIDIMHPNPGMH-PJWPDVOUSA-N disodium;dioxido(dioxo)chromium-51 Chemical compound [Na+].[Na+].[O-][51Cr]([O-])(=O)=O PXLIDIMHPNPGMH-PJWPDVOUSA-N 0.000 description 1
- 238000012137 double-staining Methods 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 210000002472 endoplasmic reticulum Anatomy 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 108010048367 enhanced green fluorescent protein Proteins 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 229960000390 fludarabine Drugs 0.000 description 1
- GIUYCYHIANZCFB-FJFJXFQQSA-N fludarabine phosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC(F)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@@H]1O GIUYCYHIANZCFB-FJFJXFQQSA-N 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011223 gene expression profiling Methods 0.000 description 1
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 1
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 1
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 1
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 125000000741 isoleucyl group Chemical group [H]N([H])C(C(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])[H])C(=O)O* 0.000 description 1
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000004895 liquid chromatography mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 230000002934 lysing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 238000009629 microbiological culture Methods 0.000 description 1
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 1
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 1
- 239000003226 mitogen Substances 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 230000003387 muscular Effects 0.000 description 1
- 108010076457 nonmuscle myosin type IIB heavy chain Proteins 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 1
- 108010011903 peptide receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000014187 peptide receptors Human genes 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 229940124531 pharmaceutical excipient Drugs 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 238000007747 plating Methods 0.000 description 1
- 229920001296 polysiloxane Polymers 0.000 description 1
- 238000004094 preconcentration Methods 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000019525 primary metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 108010025463 ribosomal protein L24 Proteins 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 235000017709 saponins Nutrition 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000002381 testicular Effects 0.000 description 1
- 235000008521 threonine Nutrition 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 1
- 108010060175 trypsinogen activation peptide Proteins 0.000 description 1
- 230000037455 tumor specific immune response Effects 0.000 description 1
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
- C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
- A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
- A61K39/464448—Regulators of development
- A61K39/46445—Apoptosis related proteins, e.g. survivin or livin
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
- A61K39/464452—Transcription factors, e.g. SOX or c-MYC
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/464838—Viral antigens
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/18—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for pancreatic disorders, e.g. pancreatic enzymes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
- A61P13/10—Drugs for disorders of the urinary system of the bladder
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
- A61P13/12—Drugs for disorders of the urinary system of the kidneys
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
- A61P15/14—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives for lactation disorders, e.g. galactorrhoea
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
- A61P37/04—Immunostimulants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
- C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
- C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
- C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
- G01N33/5047—Cells of the immune system
- G01N33/505—Cells of the immune system involving T-cells
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56966—Animal cells
- G01N33/56977—HLA or MHC typing
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
- A61K2039/515—Animal cells
- A61K2039/5158—Antigen-pulsed cells, e.g. T-cells
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
- A61K2239/48—Blood cells, e.g. leukemia or lymphoma
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10S530/00—Chemistry: natural resins or derivatives; peptides or proteins; lignins or reaction products thereof
- Y10S530/827—Proteins from mammals or birds
- Y10S530/828—Cancer
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Virology (AREA)
- Endocrinology (AREA)
Description
Opis wynalazku
Niniejszy wynalazek dotyczy związanych z nowotworem peptydów mających zdolność do wiązania się z cząsteczką ludzkiego głównego układu zgodności tkankowej (MHC, ang. major histocompatibility), klasy I.
Takie peptydy są stosowane - na przykład - w immunoterapii chorób związanych z nowotworem.
Kiedy komórki nowotworowe są usuwane przez układ odpornościowy, kluczową rolę odgrywa identyfikacja związanych z nowotworem antygenów (TAA, ang. tumor-associated antigens) przez składniki układu odpornościowego. Mechanizm ten jest oparty na fakcie, że istnieją jakościowe i ilościowe różnice pomiędzy komórkami nowotworowymi i komórkami zdrowymi. Aby indukować odpowiedź przeciwnowotworową, komórki nowotworowe muszą wykazywać ekspresję antygenów, które indukują odpowiedź immunologiczną wystarczającą do usunięcia nowotworu.
W szczególności, w odrzucenie nowotworów zaangażowane są cytotoksyczne limfocyty T (w dalszym tekście CTL) wykazujące ekspresję CD8. Aby indukować taką reakcję immunologiczną przez cytotoksyczne limfocyty T, komórkom T muszą być prezentowane obce białka/peptydy. Antygeny są rozpoznawane przez komórki T jako fragmenty peptydów tylko, jeśli są prezentowane przez cząsteczki MHC na powierzchniach komórek. Te cząsteczki MHC („główny układ zgodności tkankowej”) są receptorami peptydów, które zwykle wiążą peptydy wewnątrz komórki i transportują je na powierzchnię komórki. Ten kompleks peptydu i cząsteczki MHC jest rozpoznawany przez komórki T. Ludzkie cząsteczki MHC określane są także jako ludzkie antygeny leukocytów (HLA, ang. human leukocyte antigens).
Istnieją dwie klasy cząsteczek MHC: cząsteczki MHC klasy I, które są obecne na większości komórek posiadających jądro, prezentują peptydy wytworzone w wyniku degradacji białek endogennych. Cząsteczki MHC klasy II są obecne tylko na profesjonalnych komórkach prezentujących antygen (APC, ang. antigen-presenting cells) i prezentują peptydy białek egzogennych, które są pobierane i przetwarzane podczas endocytozy. Kompleksy peptyd/MHC klasy I są rozpoznawane przez CD8-dodatnie cytotoksyczne limfocyty T, kompleksy peptyd/MHC klasy II są rozpoznawane przez pomocnicze komórki T CD4.
W celu indukowania komórkowej odpowiedzi immunologicznej peptyd musi zostać zwią zany z czą steczką MHC. To zdarzenie zależ y od allelu cząsteczki MHC i od sekwencji aminokwasowej peptydu. Peptydy wiążące MHC klasy I, mające - co jest ogólną regułą - długość 8-10 reszt, zawierają dwie konserwowane reszty („kotwiczące”) w swojej sekwencji, które angażują komplementarne kieszenie usytuowane w cząsteczce MHC.
W celu indukowania przez ukł ad odpornościowy efektywnej odpowiedzi CTL skierowanej przeciwko peptydom związanym z nowotworem, peptydy te muszą nie tylko być w stanie wiązać się ze specyficznymi cząsteczkami MHC klasy I ulegającymi ekspresji w komórkach nowotworowych, ale muszą także być w stanie być rozpoznawane przez komórki T posiadające specyficzne receptory komórek T (TCR, ang. T-cell receptor).
Podczas opracowywania szczepionki przeciwnowotworowej głównym celem jest, aby zidentyfikować i scharakteryzować związane z nowotworem antygeny, które są rozpoznawane przez CD8+ CTL.
Antygeny - lub, odpowiednio, ich epitopy - które są rozpoznawane przez specyficzne dla nowotworu cytotoksyczne limfocyty T mogą być cząsteczkami białek wszystkich klas, takimi jak enzymy, receptory, czynniki transkrypcyjne, itp. Inną ważną klasą antygenów związanych z nowotworem są struktury specyficzne dla tkanki, takie jak antygeny rakowe-jądra, które ulegają ekspresji w różnych typach nowotworów i zdrowej tkance jądra.
W celu zidentyfikowania przez limfocyty T biał ek jako antygenów specyficznych dla nowotworu i w celu zastosowania ich w terapii, muszą zostać spełnione pewne wymagania: Antygen musi ulegać ekspresji głównie w komórkach nowotworowych, a nie w zdrowych komórkach lub przynajmniej w mniejszym stopniu niż w nowotworach. Ponadto, po żądane jest, jeś li specyficzny antygen jest obecny nie tylko w jednym rodzaju nowotworu, ale także w innych rodzajach w wysokich stężeniach. Ponadto, istotna jest obecność epitopów w sekwencji aminokwasowej antygenu, ponieważ przypuszcza się, że te peptydy pochodzące od antygenu związanego z nowotworem indukują odpowiedź komórek T, albo in vitro, albo in vivo.
Zatem, TAA stanowią punkt wyjścia dla rozwoju szczepionki przeciwnowotworowej. Sposoby identyfikacji i charakteryzacji TAA są oparte na wykorzystaniu pochodzących od pacjenta CTL lub na wytworzeniu różnicowych profili transkrypcji pomiędzy nowotworami a zdrową tkanką.
PL 206 306 B1
Identyfikacja genów, które ulegają nadekspresji w tkankach nowotworowych lub które selektywnie ulegają ekspresji w takich tkankach, nie zapewnia dokładnej informacji o wykorzystaniu antygenów powstałych po transkrypcji tych genów w terapii immunologicznej. Oparte jest to na fakcie, że tylko kilka epitopów z tych antygenów jest odpowiednich do takiego wykorzystania, ponieważ odpowiedź komórek T jest indukowana - poprzez prezentację MHC - tylko przez epitopy antygenów, a nie przez antygeny jako całość. Zatem, ważne jest, aby wybrać te peptydy z białek ulegających nadekspresji lub selektywnej ekspresji, które są prezentowane przez cząsteczki MHC, tym samym tworząc punkty ataku dla specyficznego rozpoznania nowotworu przez cytotoksyczne limfocyty T.
W świetle powyż szych faktów, celem niniejszego wynalazku jest dostarczenie przynajmniej jednej nowej sekwencji aminokwasowej takiego peptydu, który może wiązać się z cząsteczką ludzkiego głównego układu zgodności tkankowej (MHC) klasy I.
Ten cel zostaje osiągnięty, według wynalazku, przez dostarczenie związanego z nowotworem peptydu zawierającego sekwencję aminokwasową SEK ID NR 1, która jest wybrana z grupy składającej się z SEK ID NR 1 do SEK ID NR 79 załączonego protokołu sekwencji, przy czym ten peptyd ma zdolność do wiązania się z cząsteczką ludzkiego głównego układu zgodności tkankowej (MHC) klasy I.
Cel postawiony przed wynalazkiem zostaje całkowicie osiągnięty w taki sposób.
Rozumie się, że peptydy zidentyfikowane w nowotworze mogą być syntetyzowane lub ulegać ekspresji w komórkach w celu otrzymania większych ilości i w celu wykorzystania ich do celów opisanych poniżej.
Wynalazcy byli w stanie zidentyfikować w tkance nowotworowej wyżej wspomniane peptydy jako specyficzne ligandy cząsteczek MHC klasy I. W związku z tym, określeniem „związane z nowotworem”, określa się tutaj peptydy, które zostały wyizolowane i zidentyfikowane z substancji nowotworowej. Peptydy te - prezentowane na samoistnych (pierwotnych) nowotworach - są przedmiotem przetwarzania antygenu w komórce nowotworowej.
W terapii raka można zastosować specyficzne ligandy, na przykład, aby indukować odpowiedź immunologiczną skierowaną przeciwko komórkom nowotworowym, które wykazują ekspresję odpowiadających im antygenów, od których pochodzą peptydy.
Z jednej strony, taką odpowiedź immunologiczną, w kategoriach indukcji CTL, można osiągnąć in vivo. W tym celu peptyd podaje się - na przykład w postaci kompozycji farmaceutycznej - pacjentowi, który cierpi na chorobę nowotworową związaną z TAA.
Z drugiej strony, odpowiedź CTL przeciwko nowotworowi wykazującemu ekspresję antygenu, od którego pochodzą peptydy, można indukować ex vivo. W tym celu komórki prekursorowe CTL inkubuje się razem z komórkami prezentującymi antygen i peptydami. CTL w ten sposób stymulowane następnie hoduje się i te aktywowane CTL podaje się pacjentowi.
Dalszą możliwością jest przyłączenie peptydów ex vivo do APC i podanie tych naładowanych APC pacjentowi, który w tkance nowotworowej wykazuje ekspresję antygenu, od którego pochodzi peptyd. APC mogą, z kolei, prezentować peptyd CTL in vivo i aktywować je.
Peptydy według wynalazku można ponadto wykorzystać jako odczynniki diagnostyczne.
W ten sposób peptydy moż na zastosować w celu dowiedzenia się , czy w populacji CTL istnieją CTL specyficznie skierowane przeciwko peptydowi lub czy CTL są indukowane w terapii.
Ponadto, przy użyciu peptydu można testować zwiększenie się liczby komórek prekursorowych T, które wykazują reaktywność przeciwko określonemu peptydowi.
Dodatkowo, peptyd można zastosować jako znacznik do oszacowania przebiegu choroby nowotworu wykazującego ekspresję antygenu, od którego pochodzi peptyd.
W załączonej Tabeli 1 wymienione są zidentyfikowane peptydy. Są one ułoż one według odpowiednich typów HLA, z którymi się wiążą. Ponadto, w tabeli peptydy są ułożone według białek, od których pochodzi peptyd, i według odpowiedniej pozycji peptydu w odpowiadającym mu białku. W tym celu zostały zachowane angielskie oznaczenia białek, aby uniknąć mylących tłumaczeń. Ponadto, przytoczono numery ACC, które są stosowane w banku genów „Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej” Narodowego Instytutu Zdrowia (zobacz http://www.ncbi.nlm.nih.gov).
Wynalazcy byli w stanie wyizolować peptydy (lub ligandy) z raków komórek nerkowych dwóch pacjentów, RCC01 i RCC13. W tym celu wyizolowano 68 ligandów z tkanki nowotworowej pacjenta RCC01 i 13 ligandów z tkanki nowotworowej pacjenta RCC13. Dwa z ligandów zidentyfikowanych u obydwu pacjentów był y identyczne. Był y to peptydy mają ce sekwencję ID NR 1 i 3 (YVDPVITSI protoonkogenu met (C-met) i ALLNIKVKL keratyny 18).
PL 206 306 B1
Można było zidentyfikować 79 ligandów z nowotworów pacjentów, z których 30 było związanych z podtypami HLA HLA-A*02, 13 było związanych z podtypami HLA-A*68, 34 z HLA-B*18 lub HLA-BM*44 i 2 z HLA*24.
Ligandy HLA-A*02 wszystkie wykazywały specyficzny dla allelu motyw peptydowy: (leucyna/walina, izowalina, alanina lub metionina w pozycji 2; leucyna/walina, izowalina lub alanina na C-końcu).
Niektóre z ligandów pochodziły z powszechnie ulegających ekspresji tak zwanych genów podstawowego metabolizmu, które ulegają ekspresji w równej mierze w większości tkanek, ale ekspresja wielu zmienia się w związku z nowotworem.
Peptyd mający sekwencję ID NR 1 YVDPVITSI, na przykład, uważany jest za ligand, który, w szczególnoś ci, jest związany z nowotworami i który pochodzi od protoonkogenu met (c-met) (pozycje 654-662). Peptydy mające sekwencję ID NR 2, 22 i 23 pochodzą od adypofiliny (określanej także jako białko „związane z różnicowaniem się tkanki tłuszczowej”) i obejmują pozycje 129-137, 62-71 i 349-358 w tym białku, przy czym dwie ostatnie znajdują się pośród peptydów prezentowanych przez HLA-A*68. Ligand mający sekwencję ID NR 3 jest ligandem, który pochodzi od keratyny 18 i jest usytuowany w pozycji 365-373.
Większa część ligandów zawierała aminokwas kwas glutaminowy (E) w pozycji 2, który jest aminokwasem kotwiczącym podtypu HLA-BM4. W ten sposób można zidentyfikować peptydy, które pochodzą od białek, które we wcześniejszych doświadczeniach okazały się być immunogenne, na przykład peptyd mający sekwencję ID NR 5, który pochodzi od białka aneksyny II (pozycja w aneksynie II: 55-63). Białko to okazało się być immunogenne pod względem cząsteczek MHC klasy II u pacjentów z czerniakiem (zobacz Heinzel i wsp., The self peptide annexin II (208-223) presented by dendrytic cells sentisizes autologous CD4+ T-lymphocytes to recognize melanoma cells, 2001, Cancer Immunol. Immunother. 49: 671-678).
Ponadto, można by zidentyfikować niektóre peptydy, które pochodzą od białek, które, w szczególności, ulegają nadekspresji w tkance nowotworowej. Zatem, można by zidentyfikować fragmenty wimentyny (EEIAFLKKL, pozycja 229-237) i kaldesmonu (DEAAFLERL, pozycja 92-100). Young i wsp., Expression profiling of renal epithelial neoplasms: a method for tumor classification and discovery of diagnostic molecular markers, 2001, Am. J. Pathol., 158: 1639-1651) ujawnili, że te białka ulegały nadekspresji w tkankach raka komórek nerkowych.
Wynalazcy byli ponadto w stanie - między innymi - zidentyfikować ligandy, które pochodziły od ets-1 (NEFSLKGVDF, pozycja 86-95), alfa-kateiny (NEQDLGIQY, pozycja 169-177) i galektyny 2 (SEVKFTVTF, pozycja 80-88).
Wynalazcy ponadto wyizolowali fragment YYMIGEQKF (sekwencja ID NR 79), który pochodzi od enzymu nikotynamido-N-metylotransferazy (pozycja 203-211). Takahashi i wsp., Gene expression profiling of elear celi renal celi carcinoma: gene identification and prognostic classification, 2001, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98: 9754-9749, ujawnili, że ten enzym ulegał nadekspresji w raku komórek nerkowych.
Nieoczekiwanie, wynalazcy byli w stanie wykryć cytotoksyczne limfocyty T specyficzne dla jednego ze zidentyfikowanych peptydów we krwi dawcy. Zatem, możliwe jest indukowanie odpowiedzi CTL specyficznej przeciwko nowotworom.
Wynalazcy byli w stanie pokazać we własnych doświadczeniach, że poprzez zastosowanie dwóch przykładowo wybranych peptydów można wytworzyć in vivo cytotoksyczne limfocyty T (CTL), które były specyficzne dla peptydów mających sekwencję ID NR 1 (fragment protoonkogenu c-met lub peptyd c-met) lub specyficzne dla peptydu mającego sekwencję ID NR 2 (fragment adypofiliny lub peptyd adypofilinowy). Te CTL były w stanie specyficznie zabijać komórki nowotworowe, które wykazywały ekspresję odpowiednich białek i które pochodziły od różnych linii komórek nowotworowych różnych pacjentów. Wynalazcy ponadto mogli pokazać, że przez wspomniane CTL mogły ulec lizie, na przykład, komórki dendrytyczne, do których zostały wcześniej przyłączone (naniesione) odpowiednie peptydy. Wynalazcy pokazali tymi doświadczeniami, że ludzkie komórki T można aktywować in vitro poprzez zastosowanie peptydów według wynalazku jako epitopów. Wynalazcy mogli nie tylko pokazać, że CTL, które otrzymano z monojądrzastych komórek krwi obwodowej (PBMNC, ang. peripheral blood mononuclear cells) pacjenta i które były specyficzne dla pewnego peptydu, były w stanie zabijać komórki tego samego rodzaju nowotworu u innego pacjenta. Wynalazcy ponadto pokazali, że nawet komórki innych rodzajów nowotworów mogły ulec lizie przez te CTL.
PL 206 306 B1
W korzystnym wykonaniu, do stymulacji odpowiedzi immunologicznej można zastosować, także, peptydy, które obejmują sekwencję SEK ID NR 1, i w których sekwencji przynajmniej jeden aminokwas można zastąpić innym aminokwasem o podobnych właściwościach chemicznych.
Odnośnie odpowiednich podtypów MHC, są to, na przykład, aminokwasy kotwiczące, które można zastąpić aminokwasem o podobnych właściwościach chemicznych. Na przykład, w peptydach, które są związane z podtypem MHC HLA-A*02, leucynę w pozycji 2 można zastąpić izoleucyną, waliną lub metionina i vice versa, a leucynę na C-końcu waliną, izoleucyną i alaniną, które wszystkie zawierają niepolarne łańcuchy boczne.
Ponadto, możliwe jest zastosowanie peptydów mających sekwencję ID NR 1, która obejmuje przynajmniej jeden dodatkowy aminokwas na N- lub C-końcu, lub z sekwencji której można przynajmniej jeden aminokwas usunąć.
Ponadto, można zastosować peptydy mające sekwencję ID NR 1, która obejmuje przynajmniej jeden aminokwas chemicznie zmodyfikowany.
Zmieniający(e) się aminokwas(y) jest (są) wybrany(e) w ten sposób, że zmiana nie wpływa na immunogeniczność peptydu, to znaczy peptyd wciąż wykazuje podobne powinowactwo wiązania się z czą steczki MHC i zdolność do stymulowania komórek T.
Według wynalazku peptyd można zastosować do leczenia chorób nowotworowych i/lub chorób gruczolakowatych.
Choroby nowotworowe, które mają być leczone, obejmują, na przykład, raka nerek, piersi, trzustki, żołądka, jąder i/lub skóry. Lista chorób nowotworowych ma być jedynie przykładem i nie powinna ograniczać zakresu zastosowania.
Wynalazcy byli w stanie pokazać, we własnych doświadczeniach, że peptydy według wynalazku są odpowiednie do takiego zastosowania. Zatem, pokazano, że przez specyficznie wytworzone CTL, które były specyficzne dla pewnych peptydów, mogą być skutecznie i selektywnie zabijane komórki nowotworowe.
Do zastosowania antygenów związanych z nowotworem w szczepionce przeciwnowotworowej jest, co jest regułą ogólną, kilka możliwych postaci aplikacji. Tighe i wsp., 1998, Gene vaccination: plasmid DNA is more than just a blueprint, Immunol. Today 19(2):89-97, pokazali, że antygen można podawać albo jako białko rekombinowane z odpowiednimi adiuwantami lub systemami nośników, albo - w wektorach plazmidowych - jako cDNA kodują cy antygen. W tych drugich przypadkach, aby indukować odpowiedź immunologiczną, antygen musi być przetworzony i prezentowany przez komórki prezentujące antygen (APC) w organizmie pacjenta.
Melief i wsp., 1996, Peptide-based cancer vaccines, Curr. Opin. Immunol. 8:651-657, pokazali dalszą możliwość, tj. zastosowanie syntetycznych peptydów jako szczepionki.
W korzystnym wykonaniu peptyd moż na zastosować z dodatkiem adiuwantów lub sam.
Jako adiuwant można zastosować na przykład czynnik stymulujący tworzenie się kolonii granulocytów i makrofagów (GM-CSF, ang. granulocyte-macrophage-colony-stimulating-factor).
Dalszymi przykładami takich adiuwantów są wodorotlenek glinu, emulsje z olei mineralnych, takie jak adiuwanty Freunda, saponiny i związki silikonowe.
Zastosowanie adiuwantów jest korzystne, ponieważ można zwiększyć odpowiedź immunologiczną indukowaną przez peptyd i/lub można stabilizować peptyd.
W innym korzystnym wykonaniu podaje się peptyd zwią zany z komórką prezentują c ą antygen.
Ten etap jest korzystny, ponieważ peptydy można prezentować układowi odpornościowemu, w szczególnoś ci cytotoksycznym limfocytom T (CTL). W ten sposób CTL mogą identyfikować i specyficznie zabijać komórki nowotworowe. Na przykład, komórki dendrytyczne, monocyty lub limfocyty B są odpowiednie do tego celu jako komórki prezentujące antygen.
W tym celu do komórek, na przykł ad, przyłącza się ex vivo peptydy. Z drugiej strony, komórki można transfekować przy użyciu DNA lub odpowiadającego mu RNA kodującego peptydy w tym celu, aby peptydy ulegały ekspresji na komórkach.
Wynalazcy byli w stanie pokazać, we własnych doświadczeniach, że do komórek dendrytycznych (DC) można by przyłączyć specyficzne peptydy i że te naładowane komórki dendrytyczne aktywowały specyficzne dla peptydu CTL. To oznacza, że układ odpornościowy można stymulować w celu wytworzenia CTL skierowanych przeciwko nowotworom, które wykazują ekspresję odpowiednich peptydów.
PL 206 306 B1
Komórki prezentujące antygen niosące peptyd można zastosować albo w sposób bezpośredni, albo można je aktywować przed użyciem białkiem szoku cieplnego gp96. To białko szoku cieplnego indukuje ekspresję cząsteczek MHC klasy I i współstymuluje cząsteczki takie jak B7 i, w dodatku, stymuluje wytwarzanie cytokin. W ten sposób indukcja odpowiedzi immunologicznych jest razem wziąwszy wzmocniona.
W innym korzystnym wykonaniu peptydy stosuje się w celu znakowania leukocytów, w szczególności limfocytów T.
To zastosowanie jest korzystne, jeśli stosuje się peptydy w celu wykrycia, w populacji CTL, CTL specyficznie skierowanych przeciwko peptydom.
Peptyd można dalej zastosować jako znacznik do oszacowania przebiegu terapii choroby nowotworowej.
Peptyd można także zastosować do monitorowania terapii w innych immunizacjach lub terapiach. W ten sposób peptyd można nie tylko zastosować w sposób terapeutyczny, ale także w sposób diagnostyczny.
W dalszym wykonaniu stosuje się peptydy do wytworzenia przeciwciał a.
Przeciwciała poliklonalne można otrzymać, w ogólny sposób, przez immunizację zwierząt z zastosowaniem wstrzyknię cia peptydów i następującego później oczyszczania immunoglobuliny.
Przeciwciała monoklonalne można wytworzyć według standardowych protokołów, na przykład, jak to opisano w Methods Enzymol. (1986), 121, Hybridoma technology and monoclonal antibodies.
W dalszym aspekcie wynalazek dotyczy kompozycji farmaceutycznej zawierającej jeden lub więcej peptydów.
Tę kompozycję można na przykład podawać pozajelitowe na przykład, podskórnie, doskórnie lub domięśniowo, lub można ją podawać doustnie. W tym celu peptydy rozpuszcza się lub zawiesza w farmaceutycznie akceptowanym no ś niku, korzystnie wodnym no ś niku. Kompozycja moż e ponadto zawierać dodatki, na przykład bufory, środki wiążące, rozcieńczalniki itp.
Peptydy można także podawać razem z substancjami immunostymulującymi, na przykład cytokinami. Wyczerpujący opis dodatków, które można zastosować w kompozycji tego rodzaju, jest podany, na przykład, w A. Kibbe, Handbook of Pharmaceutical Excipients, wyd. trzecie, 2000, American Pharmaceutical Association i w czasopismach farmaceutycznych.
Kompozycję można zastosować do zapobiegania, profilaktyki i/lub terapii chorób nowotworowych i/lub chorób gruczolakowatych.
Kompozycję farmaceutyczną zawierającą peptyd mający sekwencję ID NR 1 podaje się pacjentowi, który cierpi na chorobę nowotworową, z którą jest związany odpowiedni peptyd lub antygen. Tym samym można indukować odpowiedź immunologiczną specyficzną dla nowotworu na podstawie CTL specyficznych dla nowotworu.
Ilością peptydu lub peptydów obecnych w kompozycji farmaceutycznej jest terapeutycznie skuteczna ilość. W związku z tym, peptydy zawarte w kompozycji mogą wiązać się z przynajmniej dwoma różnymi typami HLA.
Niniejszy wynalazek dotyczy, w dalszym aspekcie, cząsteczek kwasów nukleinowych kodujących peptydy o sekwencji ID NR 1.
Cząsteczki kwasów nukleinowych mogą stanowić cząsteczki DNA lub RNA i można je również zastosować do terapii immunologicznej raka. Tym samym peptyd ulegający ekspresji przez cząsteczkę kwasu nukleinowego indukuje odpowiedź immunologiczną przeciwko komórkom nowotworowym, które wykazują ekspresję peptydu.
Według wynalazku cząsteczki kwasu nukleinowego mogą być dostarczone na wektorze.
Wynalazek ponadto dotyczy komórki zmodyfikowanej genetycznie przy użyciu cząsteczki kwasu nukleinowego tak, aby komórka wytwarzała peptyd mający sekwencję ID NR 1.
W tym celu komórki transfekuje się DNA lub odpowiadają cym mu RNA kodują cym peptydy, przez co komórki wykazują ekspresję peptydów na powierzchni komórkowej. W tym celu, jako komórki prezentujące antygen odpowiednie są na przykład komórki dendrytyczne, monocyty lub limfocyty B.
Zrozumiały będzie fakt, że indywidua wymienione powyżej i indywidua, które będą jeszcze wyjaśnione poniżej, można zastosować nie tylko w tych kombinacjach, które są w każdym wypadku wyszczególnione, ale także w innych kombinacjach lub same bez wykraczania poza zakres niniejszego wynalazku.
PL 206 306 B1
Wykonania według wynalazku są przedstawione i wyjaśnione na poniższych rysunkach.
Fig. 1 pokazuje wykrywanie limfocytów T CD8+ specyficznych dla keratyny 18;
Fig. 2a-d pokazują indukcję odpowiedzi CTL in vitro, specyficznych dla peptydu c-Met (SEK ID NR 1), Fig. 2a+b, lub peptydu adypofiliny (SEK ID NR 2), Fig. 2c+d;
Fig. 3a-f pokazują specyficzną dla antygenu lizę linii komórek nowotworowych, wykazujących ekspresję c-Met lub adypofiliny, za pośrednictwem peptydu c-Met (SEK ID NR 1), Fig. 3a-d, lub peptydu adypofiliny (SEK ID NR 2), Fig. 3e-f, które to peptydy indukują CTL;
Fig. 4a-c pokazują oznaczenia hamowania lizy w znakowanych 51Cr komórkach nowotworowych i nieznakowanych komórkach, do których dodano T2, za pośrednictwem peptydu c-Met (SEK ID NR 1), Fig. 4a+b, lub peptydu adypofiliny (SEK ID NR 2), Fig. 4c, które to peptydy indukują CTL;
Fig. 5a+b pokazują lizę autologicznej komórki dendrytycznej transfekowanej nowotworowym RNA za pośrednictwem peptydu c-Met (SEK ID NR 1), Fig. 5a, lub peptydu adypofiliny (SEK ID NR 2), Fig. 5b, które to peptydy indukują CTL;
Fig. 6 pokazuje, że autologiczne CTL specyficzne dla adypofiliny indukowane in vitro rozpoznają autologiczne komórki nowotworowe pacjenta z przewlekłą białaczką limfatyczną, ale nie komórki autologiczne dendrytyczne lub B.
P r z y k ł a d 1
1.1 Próbki od pacjentów
Próbki od pacjentów mających histologicznie potwierdzonego raka komórek nerek uzyskano z oddziału urologicznego, Uniwersytetu w Tiibingen. Obydwaj pacjenci nie byli poddani terapii przedoperacyjnej. Pacjent nr 1 (poniżej określany RCC01) posiadał następujące typy HLA: HLA-A*02 A*68 B*18 B*44; pacjent nr 2 (poniżej określany RCC13) HLA-A*02 A*24 B*07 B*40.
1.2 Izolacja peptydów związanych z MHC klasy I
Gwałtownie zamrożone próbki nowotworów przetwarzano, jak to opisano w Schirle, M. i wsp., Identification of tumor-associated MHC-class I ligands by a novel T cell-independent approach, 2000, European Journal of Immunology, 30:2216-2225. Peptydy izolowano zgodnie ze standardowymi protokołami przy użyciu przeciwciała monoklonalnego W6/32 specyficznego dla HLA klasy I lub przeciwciała monoklonalnego BB7.2 specyficznego dla HLA-A2. Wytwarzanie i wykorzystanie tych przeciwciał jest opisane przez Barnstable'a, C.J. i wsp., Production of monoclonal antibodies to group A erythrocytes, HLA and other human celi surface antigens - New Tools for genetic analysis, 1978, Celi, 14:9-20 oraz Parhama, P. & Brodsky'ego, F.M., Partial purification and some properties of BB7.2. A cytotoxic monoclonal antibody with specificity for HLA-A2 and a variant of HLA-A28, 1981, Hum. Immunol., 3:277-299.
1.3 Spektrometria masowa
Peptydy z tkanki nowotworowej pacjenta RCC01 wydzielono przy użyciu HPLC z odwróconymi fazami (SMART-system, μRPC C2/C18 SC 2.1/19, Amersham Pharmacia Biotech), a frakcje analizowano przy użyciu nanoESI MS. W tym celu postępowano, jak to opisano w Schirle, M. i wsp., Identification of tumor-associated MHC class I ligands by a novel T cell-independent approach, 2000, European Journal of Immunology, 30:2216-2225.
Peptydy z tkanki nowotworowej pacjenta RCC13 identyfikowano przy użyciu współbieżnej kapilarnej LC-MS, jak to wspomniano powyżej, z małymi modyfikacjami: Naniesiono objętości próbek około 100 gl, odsolone je i wstępnie zatężono na μ-prekolumnie 300 μm * 5 mm C18 (LC packings). Pompka wstrzykująca (PHD 2000, Harvard Apparatus, Inc.) wyposażona w gazoszczelną strzykawkę 100 gl (1710 RNR, Hamilton), dostarczała rozpuszczalnik i próbkę z prędkością 2 gl/min. W celu oddzielenia peptydu podłączono kolumnę wstępnie zatężającą do kolumny 75 gm * 250 mm C-18 (LC packings). Następnie zastosowano gradient dwuskładnikowy 25% - 60% B w ciągu 70 min, stosując prędkość przepływu 12 gl/min, zmniejszoną do około 300 gl/min na prekolumnie, przy użyciu części TEE (ZT1C, Valco) i kolumny 300 gm * 150 mm C-18.
Zawsze dodatkowo włączano pusty przebieg, aby upewnić się, czy układ jest wolny od pozostałości peptydów. Przeprowadzono współbieżną fragmentację, jak to opisano, a fragment widma analizowano ręcznie. Przeszukiwanie baz danych (NCBInr, EST) wykonano przy użyciu MASCOT (http://www.matrixscience.com).
1.4 Identyfikacja 77 ligandów MHC klasy I z tkanek nowotworowych pacjenta RCC01
W załączonej Tabeli 1 wymienione są ligandy, które były związane z HLA-A*02, HLA-A*68, HLA-B*18 lub HLA-BM*44. Peptydy, które wiążą się z HLA-A*02, odzwierciedlały specyficzny dla allelu motyw peptydowy: W pozycji 2 leucyna, walina, izoleucyną, alanina lub metionina, a na C-końcu
PL 206 306 B1 leucyna, walina, izoleucyną lub alanina. Większość ligandów pochodziła od tak zwanych białek metabolizmu podstawowego, ale można było także wykryć ligandy od białek o opisanych związkach z nowotworem.
Ligandy HLA-A*68 zidentyfikowano poprzez ich aminokwas kotwiczący treoninę, izoleucynę, walinę, alaninę lub leucynę w pozycji 2 i argininę lub lizynę na C-końcu. To wskazywało na podtyp HLA-A*6801. Pośród peptydów prezentowanych przez HLA-A*68 znaleziono dwa inne ligandy od adypofiliny, MTSALPEIQK i MAGDIYSVFR, a ponadto ETIPLTAEKL pochodzący od związanej z nowotworem cykliny D1. Peptyd TIVNILTNR pochodzi od aneksyny II, które to białko udowodniono, że jest immunogenne w powiązaniu z MHC klasy II u pacjentów z czerniakiem (zobacz Heinzel i wsp., The self peptide annexin II (208-223) presented by dendritic cells sentisizes autologous CD4+T-lymphocytes to recognize melanoma cells, 2001, Cancer Immunol. Immunother. 49:671-678). Dalsze ligandy niosły kwas glutaminowy w pozycji 2, który jest aminokwasem kotwiczącym podtypu HLABM*44. Ponieważ motyw peptydowy HLA-B*18 jest nieznany, rozróżnienie pomiędzy Ugandami tych dwóch cząsteczek HLA-B nie było możliwe.
1.5 Ligandy MHC klasy I z tkanki nowotworowej pacjenta RCC13
W tej tkance nowotworowej także można było zidentyfikować te same ligandy, które zostały zidentyfikowane u pacjenta RCC01 i które pochodziły od protoonkogenu met (c-Met) i keratyny 18: peptydy mające sekwencję ID NR 1 i 3. Dodatkowo, można było uzyskać z tej tkanki nowotworowej dalsze ligandy: Można było zidentyfikować ligand, który pochodzi od nikotynamido-N-metylotransferazy (NNMT); ten gen ulega nadekspresji w ponad 95% wszystkich raków nerek. Ponadto, niektóre inne ligandy pokrywają się z repertuarem peptydów z RCC01.
1.6 Wykrywanie specyficznych dla keratyny 18 komórek T w repertuarze zdrowych komórek T CD8+
Monojądrzaste komórki krwi obwodowej od zdrowych pacjentów wybarwiono tetramerami HLA-A*0201, które fałdowały się z peptydami adypofiliny, keratyny 18 lub protoonkogenu met (c-Met): W celu wytworzenia tetramerów fałdowano in vitro rekombinowane cząsteczki HLA-A*0201 z peptydami SVASTITGV (SEK ID NR 2, adypofilina), ALLNIKVKL (SEK ID NR 3, keratyna 18) lub YVDPVITSI (SEK ID NR 1, protoonkogen met, c-Met), oczyszczonymi przy użyciu filtracji na żelu, biotynylowanymi i zmieszanymi ze streptawidyną w celu połączenia monomerów.
Nieoczekiwanie, w czterech z 22 zdrowych osobników odkryto znaczącą populację limfocytów T CD8+ specyficznych dla keratyny 18. Na Fig. 1 pokazane są wyniki podwójnego barwienia w postaci wykresów punktowych, przy czym w środkowym rzędzie pokazane są wyniki barwienia keratyną 18. Pomiędzy 0,02 a 0,2% CD8+-dodatnich komórek T było specyficznych dla keratyny 18. Jak można zobaczyć w niższym rzędzie wykresu punktowego, wiązanie tetrameru keratyny 18 było specyficzne.
P r z y k ł a d 2
W celu analizy prezentowania peptydów o SEK ID NR 1 (YVDPVITSI) (fragment peptydu protoonkogenu c-Met) i SEK ID NR 2 (fragment peptydu adypofiliny) przez komórki nowotworowe i ich rozpoznawania przez CTL, indukowano in vitro CTL, które były specyficzne dla peptydu adypofiliny (SEK ID NR 2). W tym celu zastosowano komórki dendrytyczne (DC, ang. dendritic cells) pochodzące od zdrowych dawców HLA-A*02-dodatnich.
2.1 Wytwarzanie DC
Monojądrzaste komórki krwi obwodowej (PBMNC) izolowano przy użyciu wirowania w gradientach gę stości Ficoll/Paque (Biochrom, Berlin, Niemcy) heparynizowanej krwi uzyskanej z preparatów górnej warstwy skrzepu krwi zdrowych ochotników z banku krwi Uniwersytetu w Tubingen. Komórki wysiano (1 x 107 komórek/3 ml na studzienkę) w 6-studzienkowych płytkach (Falcon, Heidelberg, Niemcy) w pożywce RP10 (RPMI 1640 z dodatkiem 10% inaktywowanej ogrzewaniem cielęcej surowicy płodowej i antybiotyków). Po 2 godzinach inkubacji w 37°C i 5% CO2, usunięto komórki nieprzylegające, a przylegające monocyty krwi hodowano w pożywce RP10 z dodatkiem następujących cytokin: ludzkiego rekombinowanego GM-CSF (czynnik stymulujący tworzenie się kolonii granulocytów i makrofagów; Leukomax, Novartis; 100 ng/ml), interleukiny IL-4 (R&D Systems, Wiesbaden, Niemcy, 1000 lU/ml) i TNF-α (czynnika α martwicy nowotworów) (R&D Systems, Wiesbaden, Niemcy, 10 ng/ml).
2.2 Synteza peptydów
Przykładowo, dwa peptydy wiążące się z HLA-A*02 (c-Met (SEK ID NR 1, YVDPVITSI) lub adypofiliny (SEK ID NR 2, SVASTITGV), które zidentyfikowano, jak to opisano powyżej) zsyntetyzowano przy użyciu standardowych technik chemicznych F-moc w urządzeniu do syntezy peptydów (432A,
PL 206 306 B1
Applied Biosystems, Weiterstadt, Niemcy) i analizowano przy użyciu HPLC z odwróconymi fazami oraz spektrometrii masowej. W ten sposób wytworzono wystarczające ilości zidentyfikowanych peptydów.
2.3 Indukcja odpowiedzi CTL specyficznej dla antygenu przy użyciu ograniczonych do HLA-A*02 syntetycznych peptydów
W celu indukcji CTL do otrzymanych w etapie 2.1 DC (5 x 105) dodano peptydy uzyskane w etapie 2.2 o SEK ID NR 1 lub SEK ID NR 2, każdy w stężeniu 50 μg/ml, na 2 godziny, przemyto i inkubowano z 2,5 * 106 autologicznych PBMNC w pożywce RP10.
Po 7 dniach hodowli komórki ponownie stymulowano autologicznymi PBMNC z dodanymi peptydami. W tym celu dodano 1 ng/ml ludzkiej rekombinowanej interleukiny IL-2 (R&D Systems) w dniu 1, 3 i 5. Aktywność cytolityczną w ten sposób stymulowanych CTL analizowano w dniu 5 po ostatniej ponownej stymulacji przy użyciu standardowego oznaczenia uwalniania 51Cr (zobacz poniżej, pod 2.4: oznaczenie CTL).
2.4 Oznaczenie CTL
W oznaczeniu CTL jako komórki docelowe stosowano komórki nowotworowe, komórki różnych linii komórkowych, do których dodano peptyd, i autologiczne DC. Do komórek, do których dodano peptyd, dodano 50 μg/ml peptydu (SEK ID NR 1 lub SEK ID NR 2) na 2 godziny. Wszystkie komórki docelowe wyznakowano chromianem sodu [51Cr] w RP10 (RPMI 1640 z dodatkiem 10% inaktywowanej ogrzewaniem cielęcej surowicy i antybiotyków) przez 1 godzinę w 37°C. Następnie, przeniesiono 104 komórek/studzienkę na 96-studzienkową okrągłodenną płytkę. Dodano różne liczby CTL tak, aby otrzymać końcową objętość 200 μl i inkubowano przez 4 godziny w 37°C. Na końcu oznaczeń zebrano supernatanty (50 μl/studzienkę) i policzono w liczniku płytkowym promieniowania beta. Procent specyficznej lizy obliczono jako: 100 x (uwalnianie w doświadczeniu - spontaniczne uwalnianie/maksymalne uwalnianie - spontaniczne uwalnianie). Spontaniczne i maksymalne uwalnianie określono w obecności, odpowiednio, albo pożywki, albo 2% Triton X-100.
2.5 Wyniki indukcji CTL
a) Aktywność cytotoksyczna CTL przeciwko DC, do których dodano peptyd
Na Fig. 2 pokazane są wyniki oznaczania uwalniania 51Cr (zobacz pod 2.4) w odniesieniu do aktywności cytotoksycznej indukowanych CTL (zobacz pod 2.3) przeciwko komórkom T2 lub DC. Linia komórkowa T2 jest HLA-A*02-dodatnia i ma niedobór TAP (przenośnika związanego z obróbką antygenu, ang. transporter associated with antigen processing); (przenośnik TAP-peptyd transportuje fragmenty peptydu antygenu białkowego z cytozolu do siateczki wewnątrzplazmatycznej, gdzie wiążą się one z cząsteczkami MHC).
Na Fig. 2a i 2b pokazana jest aktywność cytotoksyczna CTL indukowanych peptydem o SEK ID NR 1 przeciwko komórkom T2 i DC, do obydwóch typów komórek wcześniej dodano peptydu (c-Met) o SEK ID NR 1 (wypełnione kwadraty) lub peptydu kontrolnego (surwiwiny (= „Sv”; ELTLGEFLKL; SEK ID NR 80) lub HIV (ILKEPVHGV; peptyd odwrotnej transkryptazy Pol. HIV-1, pozycje 476-484; SEK ID NR 81). Na Fig. 2c i 2d pokazana jest aktywność cytotoksyczna CTL indukowanych peptydem o SEK ID NR 2 przeciwko komórkom T2 lub DC, do których wcześniej dodano peptyd (adypofiliny) o SEK ID NR 2.
Specyficzna liza, którą pokazano w uwalnianiu 51Cr, jest przedstawiona na Fig. 2a - 2d, jak również na diagramach lizy CTL na Fig. 3-5, względem różnych stosunków komórek efektorowych (CTL) do docelowych (znakowanych 51Cr komórek, które mają ulec lizie).
Jak można zobaczyć na Fig. 2a - 2d, można było pokazać specyficzne dla antygenu zabijanie komórek przy użyciu linii komórkowej CTL, która została wytworzona po 2-tygodniowej ponownej stymulacji: Przy zwiększaniu ilości CTL lizie ulegały tylko komórki, które prezentowały albo peptyd c-Met o SEK ID NR 1 (Fig. 2a i 2b) lub peptyd adypofiliny o SEK ID NR 2 (Fig. 2c i 2d) (zobacz, odpowiednio, na Fig. 2a - 2d krzywe z wypełnionymi kwadratami); podczas gdy komórki kontrolne, do których dodano peptydy kontrolne, nie ulegały lizie (krzywe z pustymi kwadratami). Tym samym można było przedstawić specyficzność aktywności cytotoksycznej.
b) Aktywność cytotoksyczna CTL przeciwko nowotworowym liniom komórkowym
Następnie testowano, znów przy użyciu standardowych oznaczeń uwalniania 51Cr w nowotworach, czy CTL specyficzne dla peptydu c-Met o SEK ID NR 1 lub dla peptydu adypofiliny o SEK ID NR 2 rozpoznawały i przeprowadzały lizę komórek nowotworowych, które w sposób endogenny wykazują ekspresję protoonkogenu c-Met lub adypofiliny.
W tym celu zastosowano następujące linie komórkowe, znakowane 51Cr, HLA-A*02-dodatnie: HCT 116 (rak okrężnicy; uzyskana od prof. G. Pawelca, Tiibingen, Niemcy), A 498, MZ 1257
PL 206 306 B1 i MZ 1774 (rak komórek nerkowych, uzyskana od prof. A. Knutha, Frankfurt, Niemcy), MCF-7 (rak piersi; uzyskana z ATCC, Amerykańskiego Zbioru Typów Hodowlanych), Mel 1479 (czerniak złośliwy;
uzyskana od prof. G. Pawelca, Tiibingen, Niemcy) i U 266 (szpiczak mnogi; uzyskana od prof. G. Pawelca, Tiibingen, Niemcy). Te linie komórkowe wykazują ekspresję protoonkogenu c-Met i adypofiliny jako struktur docelowych („celów”).
W doświadczeniach jako kontrolę negatywną stosowano CEBV (unieśmiertelniona wirusem Epstein-Barra linia komórek B Croft, HLA-A*01-dodatnia; uzyskana od OJ. Finn, Pittsburgh, USA) i linię komórkową SK-ON/-3 (rak jajnika; HLA-A*03-dodatnia; uzyskana od O.J. Finn, Pittsburgh, USA). Komórki K 562 (na przykład dostępne z Niemieckiego Zbioru Mikroorganizmów i Hodowli Komórkowych DSMZ; ACC 10) stosowano, aby określić aktywność naturalnych komórek cytotoksycznych (NK, ang. natural killers), ponieważ ta linia komórkowa jest wysoce wrażliwa na te komórki zabijające.
Wszystkie komórki hodowano w pożywce RP10 (RPMI 1640 z dodatkiem 10% inaktywowanej ogrzewaniem cielęcej surowicy płodowej i antybiotyków).
Oznaczenia uwalniania 51Cr (zobacz pod 2.4) przeprowadzono, jak to opisano powyżej, z wyżej wspomnianymi liniami komórek nowotworowych i indukowanymi CTL.
Figury 3a - 3f pokazują wyniki tych oznaczeń CTL, przy czym na Fig. 3a - 3d zastosowano CTL, które były indukowane przy użyciu peptydu c-Met o SEK ID NR 1, a na Fig. 3e - 3f zastosowano CTL, które były indukowane przy użyciu peptydu adypofiliny o SEK ID NR 2.
Jak można zobaczyć na Fig. 3a - 3f, CTL specyficzne dla peptydu c-Met o SEK ID NR 1 (Fig. 3a -3d) lub specyficzne dla peptydu adypofiliny o SEK ID NR 2 (Fig. 3e-3f) były w stanie skutecznie przeprowadzać lizę komórek nowotworowych wykazujących ekspresję zarówno HLA-A*02, jak i c-Met lub adypofiliny (to znaczy na Fig. 3a linia komórkowa HCT 116, na Fig. 3b linia komórkowa A 498, na Fig. 3c linie komórkowe MZ 1257 i MEL 1479, a na Fig. 3d linie komórkowe MCF-7 i U 266; na Fig. 3e linie komórkowe A 494, U 266 i MCF-7, na Fig. 3f linie komórkowe MZ 1774, Mel 1479 i MZ 1257). Specyficzną lizę zmierzono - jak wspomniano pod 2.4 - poprzez uwalnianie 51Cr. Nie było żadnej lizy linii komórek kontrolnych SK-ON/-3 (HLA-A*02-ujemne), ani poprzez CTL, które były indukowane peptydem o SEK ID NR 1, ani przez CTL, które były indukowane peptydem o SEK ID NR 2. Zatem, można było pokazać, że obydwa peptydy muszą być prezentowane na komórkach nowotworowych w powiązaniu z cząsteczkami HLA-A*02, aby skutecznie przeprowadzać lizę komórek docelowych. Ponadto, w ten sposób udowodniono specyficzność dla antygenu i ograniczenie do MHC CTL.
Komórki CTL indukowane in vitro peptydem mającym SEK ID NR 1 nie rozpoznają linii komórkowej K562 (zobacz Fig. 3a, 3b i 3d), co wskazuje na to, że aktywność cytotoksyczna nie odbywa się za pośrednictwem komórek naturalnych zabójców (NK).
c) Oznaczenia inhibicji
W celu dalszej weryfikacji specyficzności dla antygenu i ograniczenia do MHC indukowanych in vitro CTL, przeprowadzono oznaczenia inhibicji z inhibitorowymi liniami komórkowymi nie znakowanymi 51Cr („zimnymi”).
W tym celu analizowano zdolność linii komórek, do których dodano peptyd, do hamowania lizy komórek nowotworowych (oznaczenie kompetycyjne). W tym celu zastosowano nadmiar inhibitora (to znaczy nadmiar komórek, do których dodano nieznakowanej substancji). Stosunek inhibitora (komórek, do których dodano peptyd) do komórek docelowych (komórek nowotworowych) wynosił 20:1.
Kiedy linie komórek inhibitorowych uległy lizie, nie uwalniał się żaden 51Cr, ponieważ linie komórek inhibitorowych nie były znakowane.
Jako inhibitor stosowano linię komórkową T2 (HLA-A*02; z niedoborem TAP; zobacz pod 2.5.a)). Przed oznaczeniem, do tej linii komórkowej T2 dodano, odpowiednio, odpowiedniego peptydu (SEK ID NR 1 lub 2) lub niezwiązanego z doświadczeniem peptydu kontrolnego (surwiwiny (= Sv),
SEK ID NR 80).
Wyniki tych oznaczeń są pokazane na Fig. 4a - 4c, przy czym na Fig. 4a i 4b zastosowano CTL, które były indukowane peptydem c-Met (SEK ID NR 1), a na Fig. 4c zastosowano CTL, które były indukowane peptydem adypofiliny (SEK ID NR 2).
Na Fig. 4a i 4b testowano lizę znakowanych 51Cr linii komórkowych U 266 i A 498 bez linii komórek inhibitorowych (zobacz krzywa z wypełnionymi kwadratami); lizę z linią komórek inhibitorowych T2, do których dodano peptydu kontrolnego (surwiwiny; SEK ID NR 80; kontrola negatywna, krzywa z wypełnionymi trójkątami); lizę z linią komórek inhibitorowych T2, do których dodano peptydu c-Met o SEK ID NR 1 (krzywa z pustymi rombami).
PL 206 306 B1
Można pokazać lizę poprzez CTL komórek nowotworowych bez komórek inhibitorowych (zobacz na Fig. 4a-4d, odpowiednio, krzywe z wypełnionymi kwadratami). Ponadto, jak można zobaczyć na Fig. 4a i 4b, podczas stosowania nadmiaru inhibitorowych komórek docelowych komórki nowotworowe nie uległy lizie (i nie było uwalniania 51Cr), jeśli do inhibitorowych komórek docelowych dodano peptyd c-Met o SEK ID NR 1 (zobacz, odpowiednio, krzywe z symbolami pustych rombów). Aktywność CTL była skierowana przeciwko nadmiarowi nieznakowanych komórek T tak, że te komórki, a nie komórki nowotworowe uległy lizie. Komórki T2, do których dodano peptyd kontrolny (odpowiednio surwiwiny; SEK ID NR 80), nie były zdolne do hamowania lizy komórek nowotworowych przez CTL tak, że można było zmierzyć uwalnianie 51Cr (zobacz na Fig. 4a i 4b krzywe z wypełnionymi trójkątami).
Można pokazać podobny efekt, kiedy się zastosuje CTL indukowane peptydem adypofiliny o SEK ID NR 2 (zobacz Fig. Ac):
Ograniczenie do MHC i specyficzność dla antygenu aktywności cytotoksycznej indukowanych przy użyciu adypofiliny CTL można pokazać poprzez zastosowanie przeciwciała monoklonalnego specyficznego dla HLA-A*02 i poprzez oznaczenie inhibicji z nieznakowanym („zimnym”) inhibitorem: Wyniki tego doświadczenia są pokazane na Fig. 4c. Komórki nowotworowe A 498 zablokowano, kiedy zastosowano przeciwciało specyficzne dla HLA-A*02 (przeciwciało monoklonalne BB7.2, lgG2b, uzyskane od S. Stefanovica, Tiibingen) tak, że nie ulegały one lizie poprzez dodanie CTL i nie było uwalniania 51Cr (zobacz Fig. 4c krzywa z symbolami wypełnionych trójkątów). Jako kontrolę zastosowano niespecyficzne przeciwciało, które nie blokowało cząsteczki HLA-A*02 (ChromPure Maus IgG, Dianova, Niemcy; zobacz na Fig. 4c krzywa z wypełnionymi kwadratami). Przy tych oznaczeniach inhibicji, komórki inkubowano przez 30 min z 10 μg/ml przeciwciała przed wysianiem ich na 96-studzienkowe płytki.
Ponadto, można było pokazać, że linia komórek współzawodniczących T2, do których dodano peptydu kontrolnego surwiwiny (SEK ID NR 80) (T2/SV), nie była w stanie hamować lizy linii komórek nowotworowych A 498 indukowanej CTL (zobacz na Fig. 4c krzywa z wypełnionymi kółkami), ale linia komórek inhibitorowych T2, do których dodano peptydu adypofiliny o SEK ID NR 2 (T2/AD) była w stanie hamować lizę linii komórek nowotworowych tak, że - ograniczając się do tego drugiego przypadku - nie można było zmierzyć żadnego uwalniania 51Cr (zobacz na Fig. 4c krzywa z symbolami x).
d) Specyficzna liza transfekowanych DC
W następnym doświadczeniu była analizowana aktywność cytotoksyczna CTL w układzie autologicznym. W tym celu jako komórki docelowe zastosowano autologiczne DC wytworzone z tych samych PBMNC, które wykorzystano do indukcji CTL (zobacz pod 2.2). Przed oznaczeniem CTL DC poddano elektroporacji RNA, który wcześniej został wyizolowany albo z linii komórek nowotworowych, albo który stanowi kontrolny RNA (ulegający transkrypcji in viłro EGFP-RNA, wzmocniony kompleksem zielone białko fluorescencyjne-RNA); plazmid: pSP64 Poli(A) EGFPII uzyskany od Van Tendeloo, Antwerpia, Belgia). Całkowity RNA komórek nowotworowych izolowano przy użyciu QIAGEN Rneasy Mini Kit (QIAGEN, Hilden, Niemcy) według protokołu producenta. Ilość i czystość RNA określono spektrometrycznie i przechowywano w małych ilościach w -80°C.
Przed elektroporacją w dniu 6 niedojrzałe DC przemyto dwa razy wolną od surowicy pożywką X-VIVO 20 (BioWhittaker, Walkersville, USA) i ponownie zawieszono przy końcowym stężeniu 2*107 komórek/ml. Następnie, 200 μl zawiesiny komórek zmieszano z 10 μg całkowitego RNA i poddawano elektroporacji w 4 mm kuwecie przy użyciu Easyject Plus™ (Peglab, Erlangen, Niemcy) (parametry: 300 V, 150 gF, 1540 Ω, czas pulsu 231 ms). Po elektroporacji komórki natychmiast przeniesiono do pożywki RP10 i ponownie wstawiono do inkubatora. Okazało się, że ponad 80% komórek było żywych po elektroporacji.
Wyniki tych doświadczeń są pokazane na Fig. 5a i 5b. Na Fig. 5a zastosowano CTL, które indukowano peptydem c-Met o SEK ID NR 1, na Fig. 5b zastosowano CTL, które indukowano peptydem adypofiliny o SEK ID NR 2.
Po przeprowadzeniu oznaczenia CTL z CTL indukowanymi peptydem c-Met (SEK ID NR 1) (zobacz pod 2.4) można było zademonstrować specyficzną lizę DC, które zostały poddane elektroporacji RNA linii komórkowej A 498 wykazującej ekspresję adypofiliny (zobacz na Fig. 5b krzywa z wypełnionymi trójkątami). Ponadto, lizie ulegały DC, do których dodano peptyd adypofiliny SEK ID NR 2 (zobacz na Fig. 5b krzywa z wypełnionymi rombami). Z drugiej strony, DC, które zostały poddane elektroporacji kontrolnym RNA (EGFP) nie uległy lizie (zobacz na Fig. 5b krzywa z pustymi trójkątami).
PL 206 306 B1
Zatem, można było pokazać, że - po transfekcji DC przy użyciu RNA komórek nowotworowych c-Met- lub adypofilinododatnich - zidentyfikowane peptydy, to znaczy peptyd c-Met o SEK ID NR 1 i peptyd adypofiliny o SEK ID NR 2, był y przetwarzane i prezentowane.
e) Indukcja specyficznych dla adypofiliny CTL u pacjenta z przewlekłą białaczką limfatyczną
W dalszym doś wiadczeniu wytwarzano CTL z PBMNC pacjenta HLA-A*02-dodatniego z przewlekłą białaczką limfatyczną (CLL, ang. chronić lymphatic leukemia), które były specyficzne dla peptydu adypofiliny o SEK ID NR 2. Pacjent był w fazie remisji choroby po leczeniu fludarabiną. Ponadto, zastosowano autologiczne komórki CLL i DC tego pacjenta jako znakowane 51Cr komórki docelowe w oznaczeniu, w których uwalnianie 51Cr odbywa się za pośrednictwem CTL indukowanych peptydem.
Jak to pokazano na Fig. 6, CTL indukowane peptydem skutecznie przeprowadzały lizę autologicznych DC z tego pacjenta, do których dodano peptyd adypofiliny o SEK ID NR 2 („DC + AD”), jak również autologicznych komórek CLL („komórki CLL”). DC, do których dodano peptydu kontrolnego surwiwiny o SEK ID NR 80, - z drugiej strony - nie ulegały lizie („DC + SV”). Także niezłośliwe komórki B i linia komórkowa K 562 nie ulegała lizie przez CTL.
Specyficzność odpowiedzi CTL potwierdzono dalej w oznaczeniu hamowania komórek docelowych, przy użyciu linii komórkowej T2 (zobacz powyżej) jako komórek inhibitorowych, do których dodano, odpowiednio, peptyd adypofiliny o SEK ID NR 2 lub peptyd kontrolny surwiwinę o SEK ID NR 80. CTL indukowane peptydem adypofiliny o SEK ID NR 2 przeprowadzały lizę nadmiarowych inhibitorowych linii komórkowych, do których dodano związanego peptydu o SEK ID NR 2 tak, że komórki nowotworowe znakowane 51Cr nie ulegały lizie w tym przypadku (zobacz na Fig. 6 krzywa z pustymi kwadratami).
W końcu, wynalazcy mogli pokazać, że zidentyfikowane peptydy stanowią obiecujące substancje w zakresie terapii immunologicznej wielu chorób (nowotworowych).
T a b e l a 1
| Sekwencja | Pozycja/Gen | Nr dostę pu ACC | SEK ID NR | |
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
| pacjent RCC01 HLA-A*02 | ||||
| 1. | YVDPVITSI | 654-662 protoonkogen met (ang. met proto-oncogen) | J02958 | SEK ID NR 1 |
| 2. | SVASTITGV | 129-137 białko związane z różnicowaniem się tkanki tłuszczowej (ang. adipose differentiation-related) | X97324 | SEK ID NR 2 |
| 3. | ALLNIKVKL | 365-373 keratyna 18 (ang. keratin 18) | M26326 | SEK ID NR 3 |
| 4. | ALFDGDPHL | 1-9 KIAA0367 | AB002365 | SEK ID NR 4 |
| 5. | RLLDYVVNI | 679-687 hipotetyczne białko FLJ20004 (ang. hypothetical protein FLJ20004) | AB040951 | SEK ID NR 5 |
| 6. | ALANGIEEV | 101-109 apolipoproteina L, 3 (ang. apolipoprotein L, 3) | AY014906 | SEK ID NR 6 |
| 7. | QLIDKVWQL | 593-601 białko SEC14 1 podobne do białka S. cerevisiae (ang. (S. cerevisiae)-like 1) | D67029 | SEK ID NR 7 |
| 8. | ALSDLEITL | 389-397 indukowane mitogenem białko 2 (ang. mitogen inducible 2) | Z24725 | SEK ID NR 8 |
| 9. | ILDTGTIOL | 174-182 gen specyficzny dla nerki i wątroby (ang. kidney- and liver-specific gene) | AB013094 | SEK ID NR 9 |
| 10. | SLLGGDVVSV | 27-36 immunoreaktor, peptyd delta indukujący zasypianie (ang. delta sleep inducing peptide) | AF153603 | SEK ID NR 10 |
| 11. | FLDGNELTL | 167-175 wewnątrzkomórkowy kanał chlorkowy 1 (ang. chloride intracellular channel 1) | U93205 | SEK ID NR 11 |
| 12. | NLLPKLHIV | 179-187 wewnątrzkomórkowy kanał chlorkowy 1 (ang. chloride intracellular channel 1) | U93205 | SEK ID NR 12 |
PL 206 306 B1 ciąg dalszy Tabeli 1
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
| 13. | ALASHLIEA | 507-515 białko 2 zawierające domenę EH (ang. EH-domain containing 2) | AF181263 | SEK ID NR 13 |
| 14. | SLYGGTITI | 296-304 hipotetyczne białko FLJ11189 (ang. hypothetical protein FLJ11189) | AK000697 | SEK ID NR 14 |
| 15. | FLLDKKIGV | 218-226 TCP1 zawierające chaperoninę, podjednostka 2 (beta) (ang. chaperonin containing) | AF026166 | SEK ID NR 15 |
| 16. | FLDGNEMTL | 178-186 wewnątrzkomórkowy kanał chlorkowy 4 (ang. chloride intracellular channel 4) | AF097330 | SEK ID NR 16 |
| 17. | AIVDKVPSV | 147-155 białko płaszcza gamma-COP (ang. coatprotein gamma-cop) | AF100756 | SEK ID NR 17 |
| 18. | DVASVIVTKL | 241-250 cząsteczka 54 kD rozpoznawania sygnału (ang. signal recognition particie 54kD) | U51920 | SEK ID NR 18 |
| 19. | LASVSTVL | 130-137 hemoglobina, alfa 2 (ang. hemoglobin, alpha 2) | AF230076 | SEK ID NR 19 |
| 20. | VMAPRTLVL | 3-11 HLA-A | SEK ID NR 20 | |
| 21. | LLFDRPMHV | 267-275 hnRNP M | L03532 | SEK ID NR 21 |
| HLA-A*68 | ||||
| 22. | MTSALPIIOK | 62-71 białko związane z różnicowaniem się tkanki tłuszczowej (ang. adipose differentiation-related) | X97324 | SEK ID NR 22 |
| 23. | MAGDIYSVFR | 349-358 białko związane z różnicowaniem się tkanki tłuszczowej (ang. adipose differentiation-related) | X97324 | SEK ID NR 23 |
| 24. | ETIPLTAEKL | 115-124 cyklina D1/PRAD1 (ang. cyclin D1/PRAD1) | X59798 | SEK ID NR 24 |
| 25. | DVMVGPFKLR | 934-943 białko 2 kotwiczące kinazy A (PRKA) (ang. A kinase (PRKA) anchor protein 2) | AJ303079 | SEK ID NR 25 |
| 26. | TIIDILTKR | 64-72 aneksyna A1 (ang. annexin A1) | X05908 | SEK ID NR 26 |
| 27. | TIVNILTNR | 55-63 aneksyna A2 (ang. annexin A2) | BC001388 | SEK ID NR 27 |
| 28. | TIIDIITHR | 385-393 aneksyna A6 (ang. annexin A6) | J03578 | SEK ID NR 28 |
| 29. | SIFDGRWAK | 107-116 przypuszczalne białko błonowe (ang. putative membrane protein) | AB020980 | SEK ID NR 29 |
| 30. | STIEYVIQR | 115-123 homolog B białka Sec23 (S. cerevisiae) (ang. Sec23 (S. cerevisiae) homolog B) | BC005032 | SEK ID NR 30 |
| 31. | ELIKPPTILR | 132-141 kompleks 3 białka związanego z adaptorem (ang. adaptor-related protein complex 3) | AF092092 | SEK ID NR 31 |
| 32. | EIAMATVTALR | 248-258 adolaza A, fruktozobifosforan (ang. aldolase A, fructose-biphosphate) | X12447 | SEK ID NR 32 |
| 33. | ETIGEILKK | 95-103 hnRNP K | BC000355 | SEK ID NR 33 |
| 34. | SLADIMAKR | 86-94 rybosomalne białko L24 (ang. ribosomal protein L24) | BC000690 | SEK ID NR 34 |
| HLA-B*44 lub HLA-B*18 | ||||
| 35. | EEIAFLKKL | 229-237 wimentyna (ang. vimentin) | M14144 | SEK ID NR 35 |
| 36. | DEAAFLERL | 92-100 kaldesmon 1 (ang. caldesmon 1) | M64110 | SEK ID NR 36 |
PL 206 306 B1 ciąg dalszy Tabeli 1
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
| 37. | DEMKVLVL | 545-552 spektryna, beta, nieerytrocytarna 1 (ang. spectrin, beta, non-erythrocytic 1) | M96803 | SEK ID NR 37 |
| 38. | DEVKFLTV | 191-198 aneksyna A4 (ang. annexin A4) | M82809 | SEK ID NR 38 |
| 39. | NENSLFKSL | 935-943 klatryna, polipeptyd ciężki (Hc) (ang. clathrin, heavy polypeptide (Hc)) | D21260 | SEK ID NR 39 |
| 40. | DEFKVVVV | 373-380 białko płaszcza, gamma-COP (ang. coat protein, gamma-cop) | AF100756 | SEK ID NR 40 |
| 41. | EEVKLIKKM | 137-145 ferrytyna, polipeptyd lekki (ang. ferritin, light polypeptide) | M11147 | SEK ID NR 41 |
| 42. | DEVKLPAKL | 158-166 polimeraza I i czynnik uwalniający transkrypt (ang. polymerase I and transcript release factor) | AF312393 | SEK ID NR 42 |
| 43. | TERELKVAY | 637-645 hipotetyczne białko FLJ20004 (ang. hypothetical protein FLJ20004) | AB040951 | SEK ID NR 43 |
| 44. | NEFSLKGVDF | 86-95 ets-1 | J04101 | SEK ID NR 44 |
| 45. | NEQDLGIQY | 169-177 katenina alfa 1 (ang. catenin alpha 1) | D13866 | SEK ID NR 45 |
| 46. | EERIVELF | 306-313 przekaźnik sygnału i aktywator 3 transkrypcji (ang. signal transducer and activator of transcription 3) | BC000627 | SEK ID NR 46 |
| 47. | EEIREAFRVF | 84-93 kalmodulina 3 (ang. calmodulin 3) | J04046 | SEK ID NR 47 |
| 48. | DEYIYRHFF | 344-352 białko 8 postępu cyklu komórkowego (ang. celi cycle progression 8 protein) | AF011794 | SEK ID NR 48 |
| 49. | DELELHQRF | 308-316 białko wiążące adenowirusa 5 E1A (ang. adenovirus 5 E1A binding protein) | Χ86098 | SEK ID NR 49 |
| 50. | SEVKFTVTF | 80-88 galektyna 2 (ang. galectin 2) | M87842 | SEK ID NR 50 |
| 51. | IETIINTF | 12-19 kalgranulina B (ang. calgranulin B) | M26311 | SEK ID NR 51 |
| 52. | KENPLQFKF | 61-69/72-80 wilina 2 (ezryna)/(radyksyna) (ang. villin 2 (ezrin)/(radixin)) | J05021/L02320 | SEK ID NR 52 |
| 53. | DEVRTLTY | 41-48 metylotransferaza hnRNP, białko 2 podobne do białka S. cerevisiae (ang. hnRNP methyltransferase) | Y10807 | SEK ID NR 53 |
| 54. | GEAVVNRVF | 43-51 wielka wielofunkcyjna proteaza 2 (ang. large multifunctional protease 2), LMP2 | Z14977 | SEK ID NR 54 |
| 55. | EEVLIPDQKY | 385-394 białko 3A z domeną F i powtarzającą się sekwencją bogatą w leucynę (ang. F-box and leucine-rich) | AF126028 | SEK ID NR 55 |
| 56. | DEGRLVLEF | 163-171 O-acetylotransferaza 1 steroli (ang. sterol O-acyltransferase 1) | L21934 | SEK ID NR 56 |
| 57. | DEVELIHF | 838-845 specyficzny dla chromatyny czynnik fazy elongacji transkrypcji (ang. chromatin-specific) | AF152961 | SEK ID NR 57 |
| 58. | VEVLLNYAY | 83-91 białko wiążące NS1 (ang. NSI-binding protein) | AF205218 | SEK ID NR 58 |
| 59. | TENDIRVMF | 120-128 białko wiążące się z RNA z powtórzeniami trypletu CUG (ang. CUG triplet repeat, RNA-binding) | AF267534 | SEK ID NR 59 |
| 60. | LEGLTVVY | 62-69 podjednostka zeta 1 kompleksu białka będącego podjednostka płaszcza (ang. Coatomer) | AF151878 | SEK ID NR 60 |
PL 206 306 B1 ciąg dalszy Tabeli 1
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
| 61. | NELPTVAF | 192-199 hipotetyczne białko (ang. hypothetical protein) | AK001475 | SEK ID NR 61 |
| 62. | EEFGQAFSF | 77-85 MHC klasy II, DP alfa 1 (ang. MHC, class II, DP alpha 1) | Χ03100 | SEK ID NR 62 |
| 63. | VEAIFSKY | 33-40 hnRNP C (C1/C2) | M29063 | SEK ID NR 63 |
| 64. | DERTFHIFY | 277-285 miozyna, polipeptyd ciężki 10, niemięśniowa (ang. myosin, heavy polypeptide 10, non-muscle) | M69181 | SEK ID NR 64 |
| 65. | TEKVLAAVY | 206-214 aldolaza B, fruktozobisfosforan (ang. aldolase B, fructose-bisphosphate) | K01177 | SEK ID NR 65 |
| 66. | VESPLSVSF | 159-167 hipotetyczne białko FLJ22318 (ang. hypothetical protein FLJ22318) | AK025971 | SEK ID NR 66 |
| 67. | SEAGSHTLOW | MHC-I | SEK ID NR 67 | |
| 68. | DEGKVIRF | 56-63 EST ramka odczytu-1 (ang. EST reading frame-1) | BF431469 | SEK ID NR 68 |
| pacjent RCC13 | ||||
| HLA-A*02 | ||||
| 69. | ALAAVVTEV | przesunięcie ramki odczytu, ramka odczytu DDX3 +2 (ang. frameshift, DDX3 reading frame +2) | AF061337 | SEK ID NR 69 |
| 70. | TLIEDILGV | 209-217 białko związane z białkiem 4 przejściowego receptora (ang. transient receptor protein 4 associated) | AL132825 | SEK ID NR 70 |
| 71. | ALFGALFLA | 2-10 białko przenoszące fosfolipidy (ang. phospholipid transfer protein) | L26232 | SEK ID NR 71 |
| 72. | VLATLVLLL | 72-80 EST | AA483794 | SEK ID NR 72 |
| 73. | TLDDLIAAV | 325-333 hipotetyczne białko FU 10042 (ang. hypothetical protein FLJ10042) | AK000904 | SEK ID NR 73 |
| 74. | YLDNGVVWFV | 316-324 specyficzne dla uszkodzenia białko 1 wiążące się z DNA (127 kD) (ang. damage-specific DNA) | U18299 | SEK ID NR 74 |
| 75. | SVFAGVVGV | 581-589 cyklaza 1 guanylanu, rozpuszczalna, alfa 3 (ang. guanylate cyclase 1, soluble, alpha 3) | U58855 | SEK ID NR 75 |
| 76. | SLINVGLISV | 48-57 kwaśne białko bogate w leucyny (ang. acidic protein rich in leucines) | BC000476 | SEK ID NR 76 |
| 77. | ALADGVQKV | 176-184 apolipoproteina L, 1) (ang. apolipoprotein L, 1)) | AF323540 | SEK ID NR 77 |
| HLA-A*24 | ||||
| 78. | TYGEIFEKF | 107-115 dehydrogenaza NADH (ubichinon) 1, (B14.5b) (ang. NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1, | AF070652 | SEK ID NR 78 |
| 79. | YYMIGEQKF | 203-211 nikotynamido-N-metylotransferaza (ang. nicotinamide-n-methyltransferase) | U08021 | SEK ID NR 79 |
PL 206 306 B1
LISTA SEKWENCJI <110> Immatics Biotechnologies GmbH <120> Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC <130> 4648P102WO <160> 81 <170> Patentln wersja 3.1 <210> 1 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1
Tyr Val Asp Pro Val Ile Thr Ser Ile
5
Claims (16)
1. Peptyd związany z nowotworem obejmujący sekwencję aminokwasową YVDPVITSI (SEK ID NR 1), przy czym peptyd ten ma zdolność do wiązania się z cząsteczką ludzkiego głównego układu zgodności tkankowej (MHC) klasy I.
2. Peptyd według zastrz. 1, znamienny tym, że przynajmniej jeden aminokwas jest zastąpiony przez inny aminokwas mający podobne właściwości chemiczne.
3. Peptyd według zastrz. 1 albo 2, znamienny tym, że zawiera przynajmniej jeden dodatkowy aminokwas na N- lub C-końcu.
4. Peptyd według dowolnego z zastrz. 1 do 3, znamienny tym, że przynajmniej jeden aminokwas został usunięty.
5. Peptyd według dowolnego z zastrz. 1 do 4, znamienny tym, że przynajmniej jeden aminokwas jest chemicznie zmodyfikowany.
6. Zastosowanie peptydu jak określono w dowolnym z zastrz. 1 do 5 do wytworzenia leku do leczenia chorób nowotworowych i/lub chorób gruczolakowatych.
7. Zastosowanie według zastrz. 6, znamienne tym, że tą chorobą jest rak nerek, piersi, trzustki, żołądka, pęcherza moczowego i/lub jąder.
8. Zastosowanie według zastrz. 6 albo 7, znamienne tym, że ten peptyd jest stosowany w połączeniu z adiuwantem.
9. Zastosowanie według zastrz. 6 albo 7, znamienne tym, że ten peptyd jest stosowany, kiedy jest związany z komórką prezentującą antygen.
10. Zastosowanie peptydu jak określono w dowolnym z zastrz. 1 do 5 do znakowania in vitro leukocytów, w szczególności limfocytów T.
11. Zastosowanie według zastrz. 10 do oszacowania przebiegu terapii choroby nowotworowej.
12. Zastosowanie peptydu jak określono w dowolnym z zastrz. 1 do 5 do przygotowania przeciwciała.
13. Kompozycja farmaceutyczna zawierająca peptyd jak określono w dowolnym z zastrz. 1 do 5.
14. Cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca peptyd jak określono w dowolnym z zastrz. 1 do 5.
15. Wektor obejmujący cząsteczkę kwasu nukleinowego jak określono w zastrz. 14.
16. Komórka zmodyfikowana genetycznie przy użyciu cząsteczki kwasu nukleinowego jak określono w zastrz. 14 albo przy użyciu wektora jak określono w zastrz. 15 w celu wytworzenia peptydu jak określono w dowolnym z zastrz. 1 do 5.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE10225144A DE10225144A1 (de) | 2002-05-29 | 2002-05-29 | An MHC-Moleküle bindende Tumor-assoziierte Peptide |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL373700A1 PL373700A1 (pl) | 2005-09-05 |
| PL206306B1 true PL206306B1 (pl) | 2010-07-30 |
Family
ID=29557592
Family Applications (5)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL390817A PL211159B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
| PL390816A PL210356B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
| PL390815A PL211158B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
| PL390814A PL211157B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
| PL373700A PL206306B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
Family Applications Before (4)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL390817A PL211159B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
| PL390816A PL210356B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
| PL390815A PL211158B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
| PL390814A PL211157B1 (pl) | 2002-05-29 | 2003-03-27 | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC |
Country Status (15)
| Country | Link |
|---|---|
| US (5) | US7396904B2 (pl) |
| EP (5) | EP1734048B1 (pl) |
| JP (5) | JP4472520B2 (pl) |
| AT (5) | ATE416188T1 (pl) |
| AU (2) | AU2003224001B2 (pl) |
| CA (5) | CA2736972C (pl) |
| CY (5) | CY1108507T1 (pl) |
| DE (6) | DE10225144A1 (pl) |
| DK (5) | DK2014673T3 (pl) |
| ES (5) | ES2350461T3 (pl) |
| HR (1) | HRP20041108B1 (pl) |
| PL (5) | PL211159B1 (pl) |
| PT (5) | PT1507795E (pl) |
| SI (5) | SI1507795T1 (pl) |
| WO (1) | WO2003102023A1 (pl) |
Families Citing this family (42)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7892559B2 (en) | 2002-01-30 | 2011-02-22 | Survac Aps | Survivin-derived peptides and use thereof |
| DE10225139A1 (de) * | 2002-05-29 | 2004-02-26 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Verfahren zur Identifizierung von immunreaktiven Peptiden |
| US20050221350A1 (en) | 2002-05-29 | 2005-10-06 | Toni Weinschenk | Method for identifying immunoreactive peptides |
| US7670604B2 (en) | 2002-12-13 | 2010-03-02 | Aurelium Biopharma, Inc. | Vimentin directed diagnostics and therapeutics for multidrug resistant neoplastic disease |
| PT2359841E (pt) * | 2003-01-30 | 2015-02-10 | Survac Aps | Péptidos derivados de survivina e a sua utilização |
| DE10313819A1 (de) * | 2003-03-24 | 2004-10-07 | Immatics Biotechnologies Gmbh | An MHC-Moleküle bindende Tumor-assoziierte Peptide |
| CA2549185C (en) | 2003-12-01 | 2012-10-30 | Meiji Dairies Corporation | Peptide inhibiting angiotensin converting enzyme |
| EP1695089A1 (en) * | 2003-12-15 | 2006-08-30 | Aurelium Biopharma Inc. | Vimentin directed diagnostics and therapeutics for multidrug resistant neoplastic disease |
| DE102004011503A1 (de) * | 2004-01-28 | 2005-09-15 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Verfahren zur Identifizierung und Quantifizierung von tumor-assoziierten Peptiden |
| DE102004026135A1 (de) | 2004-05-25 | 2006-01-05 | Immatics Biotechnologies Gmbh | An MHC-Moleküle bindende Tumor-assoziierte Peptide |
| DE602004019215D1 (de) * | 2004-10-02 | 2009-03-12 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Immunogene T-Helfer Epitope von menschlichen Tumorantigenen und deren Verwendung in immunotherapeutischen Methoden |
| IL172896A0 (en) * | 2005-12-29 | 2006-06-11 | Yeda Res & Dev | Cxcr4 inhibition |
| US20090004213A1 (en) * | 2007-03-26 | 2009-01-01 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Combination therapy using active immunotherapy |
| HUE026142T2 (en) | 2007-07-27 | 2016-05-30 | Immatics Biotechnologies Gmbh | New immunogenic epitope for immunotherapy |
| WO2009129498A2 (en) * | 2008-04-17 | 2009-10-22 | Immuneregen Biosciences, Inc. | Substance p and analogs thereof as a cancer immunogenic composition adjuvant |
| PL2119726T5 (pl) | 2008-05-14 | 2018-04-30 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Nowe i silne peptydy MHC klasy II pochodzące z surwiwiny i neurokanu |
| CN101451975B (zh) * | 2008-12-29 | 2012-01-25 | 浙江大学 | 一种检测胃癌预后与分期血清蛋白质的方法 |
| US8075895B2 (en) * | 2009-09-22 | 2011-12-13 | Janssen Pharmaceutica N.V. | Identification of antigenic peptides from multiple myeloma cells |
| GB201004575D0 (en) | 2010-03-19 | 2010-05-05 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Composition of tumor associated peptides and related anti cancer vaccine for the treatment of gastric cancer and other cancers |
| GB201009222D0 (en) * | 2010-06-02 | 2010-07-21 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Improved cancer therapy based on tumour associated antigens derived from cyclin D1 |
| US9555074B2 (en) | 2010-10-08 | 2017-01-31 | Regents Of The University Of Minnesota | Annexin II compositions |
| RS62602B1 (sr) | 2013-08-05 | 2021-12-31 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Nova imunoterapija za lečenje nekoliko tumora, kao što je rak pluća, uključujući nsclc |
| US20160310583A1 (en) * | 2013-10-03 | 2016-10-27 | Sumitomo Dainippon Pharma Co., Ltd. | Tumor antigen peptide |
| US10206986B2 (en) | 2013-11-13 | 2019-02-19 | Regents Of The University Of Minnesota | Annexin II variant compositions and methods |
| GB201505305D0 (en) | 2015-03-27 | 2015-05-13 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against various tumors |
| MD3388075T2 (ro) | 2015-03-27 | 2023-10-31 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Noi peptide și combinații de peptide pentru utilizare în imunoterapia împotriva unor diverse tumori (SEQ ID 25 - MXRA5-003) |
| NL2014935B1 (en) | 2015-06-08 | 2017-02-03 | Applied Immune Tech Ltd | T cell receptor like antibodies having fine specificity. |
| GB201511546D0 (en) | 2015-07-01 | 2015-08-12 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against ovarian cancer and other cancers |
| MA42294B1 (fr) | 2015-07-01 | 2020-11-30 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Nouveaux peptides et combinaison de peptides à utiliser en immunothérapie contre le cancer de l'ovaire et d'autres cancers |
| GB201520550D0 (en) | 2015-11-23 | 2016-01-06 | Immunocore Ltd & Adaptimmune Ltd | Peptides |
| GB201520568D0 (en) | 2015-11-23 | 2016-01-06 | Immunocore Ltd | Peptides |
| GB201520558D0 (en) * | 2015-11-23 | 2016-01-06 | Immunocore Ltd & Adaptimmune Ltd | Peptides |
| GB201521746D0 (en) * | 2015-12-10 | 2016-01-27 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against CLL and other cancers |
| SG10202111399YA (en) | 2015-12-22 | 2021-11-29 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against breast cancer and other cancers |
| DE102016005550A1 (de) | 2016-05-09 | 2017-11-09 | Emc Microcollections Gmbh | Adjuvans zur lnduzierung einer zellulären lmmunantwort |
| JP7075125B2 (ja) | 2016-05-25 | 2022-05-25 | イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー | 標的としてのおよび胆嚢がんおよび胆管がんおよびその他のがんに対する免疫療法で使用するための新規ペプチド、ペプチド組み合わせ |
| GB201609193D0 (en) | 2016-05-25 | 2016-07-06 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel peptides, combination of peptides as targets for use in immunotherapy against gallbladder cancer and cholangiocarcinoma and other cancers |
| KR102639592B1 (ko) | 2016-12-08 | 2024-02-21 | 이매틱스 바이오테크놀로지스 게엠베하 | 짝짓기가 향상된 t 세포 수용체 |
| DE102016123893A1 (de) | 2016-12-08 | 2018-06-14 | Immatics Biotechnologies Gmbh | T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung |
| WO2019160383A1 (ko) * | 2018-02-19 | 2019-08-22 | 고려대학교 산학협력단 | 열충격단백질의 에피토프를 포함하는 백신 및 이의 용도 |
| KR102184377B1 (ko) | 2018-02-19 | 2020-11-30 | 고려대학교 산학협력단 | 열충격단백질의 에피토프를 포함하는 백신 및 이의 용도 |
| BR102018010523A2 (pt) * | 2018-05-23 | 2020-04-28 | Univ Estadual Campinas Unicamp | peptídeo, composição farmacêutica compreendendo o mesmo e uso |
Family Cites Families (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4810781A (en) * | 1987-01-15 | 1989-03-07 | The George Washington University | Methods of preparing epitopes of tumor associated antigens |
| US5739009A (en) * | 1996-12-12 | 1998-04-14 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Adipocyte-specific differentiation-related protein |
| US6977074B2 (en) * | 1997-07-10 | 2005-12-20 | Mannkind Corporation | Method of inducing a CTL response |
| DE19837015C2 (de) * | 1998-08-14 | 2003-03-20 | Vasopharm Biotech Gmbh | Isolierte und gereinigte humane lösliche Guanylylcyclase alpha1/beta1 (hsGCalpha1/beta1) |
| US6809179B1 (en) | 1999-08-04 | 2004-10-26 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Tumor-associated antigen (R11) |
| DE19936563A1 (de) | 1999-08-04 | 2001-02-08 | Boehringer Ingelheim Int | Tumorassoziiertes Antigen |
| WO2001063294A2 (en) * | 2000-02-24 | 2001-08-30 | Oxford Glycosciences (Uk) Limited | Diagnosis of bipolar affective disorder (bad) and unipolar depression |
| AU2001295582A1 (en) * | 2000-12-20 | 2002-07-01 | GlaxoSmithKline Biologicals (s.a.) | Tumour-related antigens |
| US20030170719A1 (en) * | 2000-12-28 | 2003-09-11 | Akio Matsuda | NF-kappa B activating gene |
| AU2002309583A1 (en) * | 2001-04-18 | 2002-11-05 | Protein Desing Labs, Inc. | Methods of diagnosis of lung cancer, compositions and methods of screening for modulators of lung cancer |
| US6867283B2 (en) * | 2001-05-16 | 2005-03-15 | Technion Research & Development Foundation Ltd. | Peptides capable of binding to MHC molecules, cells presenting such peptides, and pharmaceutical compositions comprising such peptides and/or cells |
| US7125663B2 (en) * | 2001-06-13 | 2006-10-24 | Millenium Pharmaceuticals, Inc. | Genes, compositions, kits and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of cervical cancer |
| AU2002346613A1 (en) * | 2001-12-03 | 2003-06-17 | Michael Bowen | Polynucleotides and polypeptides associated with the development of rheumatoid arthritis |
-
2002
- 2002-05-29 DE DE10225144A patent/DE10225144A1/de not_active Ceased
-
2003
- 2003-03-27 AT AT06015806T patent/ATE416188T1/de active
- 2003-03-27 DE DE50310882T patent/DE50310882D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 EP EP06015805A patent/EP1734048B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 EP EP06015806A patent/EP1734049B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 PL PL390817A patent/PL211159B1/pl unknown
- 2003-03-27 DK DK08014305.0T patent/DK2014673T3/da active
- 2003-03-27 DK DK06015806T patent/DK1734049T3/da active
- 2003-03-27 JP JP2004509714A patent/JP4472520B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2003-03-27 ES ES08014304T patent/ES2350461T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 ES ES06015806T patent/ES2317379T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 SI SI200331412T patent/SI1507795T1/sl unknown
- 2003-03-27 PT PT03720376T patent/PT1507795E/pt unknown
- 2003-03-27 PL PL390816A patent/PL210356B1/pl unknown
- 2003-03-27 CA CA2736972A patent/CA2736972C/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-03-27 AT AT03720376T patent/ATE410442T1/de active
- 2003-03-27 PT PT06015806T patent/PT1734049E/pt unknown
- 2003-03-27 ES ES03720376T patent/ES2314196T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 AU AU2003224001A patent/AU2003224001B2/en not_active Ceased
- 2003-03-27 CA CA2487137A patent/CA2487137C/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-03-27 DK DK06015805T patent/DK1734048T3/da active
- 2003-03-27 CA CA2736974A patent/CA2736974C/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-03-27 EP EP03720376A patent/EP1507795B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 DE DE50310952T patent/DE50310952D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 PT PT06015805T patent/PT1734048E/pt unknown
- 2003-03-27 DK DK03720376T patent/DK1507795T3/da active
- 2003-03-27 EP EP08014304A patent/EP2006294B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 DE DE50312701T patent/DE50312701D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 SI SI200331848T patent/SI2014673T1/sl unknown
- 2003-03-27 AT AT08014305T patent/ATE466872T1/de active
- 2003-03-27 ES ES06015805T patent/ES2317378T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 SI SI200331885T patent/SI2006294T1/sl unknown
- 2003-03-27 PL PL390815A patent/PL211158B1/pl unknown
- 2003-03-27 DK DK08014304.3T patent/DK2006294T3/da active
- 2003-03-27 AT AT08014304T patent/ATE478088T1/de active
- 2003-03-27 SI SI200331430T patent/SI1734049T1/sl unknown
- 2003-03-27 PT PT08014305T patent/PT2014673E/pt unknown
- 2003-03-27 DE DE50313004T patent/DE50313004D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 AT AT06015805T patent/ATE417859T1/de active
- 2003-03-27 DE DE50310613T patent/DE50310613D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 PL PL390814A patent/PL211157B1/pl unknown
- 2003-03-27 CA CA2736926A patent/CA2736926C/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-03-27 CA CA2736921A patent/CA2736921C/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-03-27 WO PCT/EP2003/003181 patent/WO2003102023A1/de active Application Filing
- 2003-03-27 SI SI200331451T patent/SI1734048T1/sl unknown
- 2003-03-27 EP EP08014305A patent/EP2014673B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 ES ES08014305T patent/ES2348468T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-03-27 PL PL373700A patent/PL206306B1/pl unknown
- 2003-03-27 PT PT08014304T patent/PT2006294E/pt unknown
-
2004
- 2004-11-23 HR HRP20041108AA patent/HRP20041108B1/hr not_active IP Right Cessation
- 2004-11-29 US US10/999,364 patent/US7396904B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2007
- 2007-08-30 US US11/848,062 patent/US7763711B2/en not_active Expired - Lifetime
- 2007-08-30 US US11/848,110 patent/US7666984B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2008
- 2008-11-13 CY CY20081101297T patent/CY1108507T1/el unknown
- 2008-12-09 CY CY20081101425T patent/CY1108673T1/el unknown
- 2008-12-30 CY CY20081101508T patent/CY1108680T1/el unknown
-
2009
- 2009-12-15 JP JP2009283583A patent/JP5042300B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2009-12-15 JP JP2009283586A patent/JP5042303B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2009-12-15 JP JP2009283585A patent/JP5042302B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2009-12-15 JP JP2009283584A patent/JP5042301B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2010
- 2010-01-22 US US12/632,463 patent/US8399613B2/en not_active Expired - Lifetime
- 2010-01-22 US US12/632,541 patent/US8536304B2/en not_active Expired - Lifetime
- 2010-02-25 AU AU2010200689A patent/AU2010200689B2/en not_active Ceased
- 2010-07-30 CY CY20101100714T patent/CY1110723T1/el unknown
- 2010-11-03 CY CY20101100991T patent/CY1111174T1/el unknown
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| PL206306B1 (pl) | Związane z nowotworem peptydy wiążące się z cząsteczkami MHC | |
| JP4365405B2 (ja) | Ｍｈｃ分子と結合する腫瘍関連ペプチド |