MXPA04009809A - Moleculas de tirosina cinasa del receptor her-2 y uso de las mismas. - Google Patents

Moleculas de tirosina cinasa del receptor her-2 y uso de las mismas.

Info

Publication number
MXPA04009809A
MXPA04009809A MXPA04009809A MXPA04009809A MXPA04009809A MX PA04009809 A MXPA04009809 A MX PA04009809A MX PA04009809 A MXPA04009809 A MX PA04009809A MX PA04009809 A MXPA04009809 A MX PA04009809A MX PA04009809 A MXPA04009809 A MX PA04009809A
Authority
MX
Mexico
Prior art keywords
seq
polypeptide
set forth
fragment
activity
Prior art date
Application number
MXPA04009809A
Other languages
English (en)
Inventor
Tatarewicz Suzanna
Original Assignee
Amgen Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Amgen Inc filed Critical Amgen Inc
Publication of MXPA04009809A publication Critical patent/MXPA04009809A/es

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/71Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01KANIMAL HUSBANDRY; CARE OF BIRDS, FISHES, INSECTS; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2217/00Genetically modified animals
    • A01K2217/05Animals comprising random inserted nucleic acids (transgenic)
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy

Abstract

La presente invencion proporciona polipeptidos de Tirosina Cinasa del Receptor HER-2 y moleculas de acido nucleico que codifican para los mismos. Especificamente, la presente invencion se relaciona con variantes de empalme de HER-2 (HER-2sv). La invencion tambien proporciona agentes de union selectiva, vectores, celulas anfitrionas, y metodos para producir polipeptidos HER-2sv. La invencion proporciona ademas composiciones farmaceuticas y metodos para el diagnostico, tratamiento, alivio, y/o prevencion de enfermedades, trastornos, y condiciones asociados con los polipeptidos HER-2sv.

Description

MOLECULAS DE TIROSINA CINASA DEL RECEPTOR HER-2 Y USO.. DE LAS MISMAS Campo de la Invención La presente invención se relaciona con polipéptidos de Tirosina Cinasa del Receptor HER-2 y moléculas de ácido nucleico que codifican para los mismos. Específicamente, la presente invención se relaciona con variantes de empalme de HER-2 (HER-2sv) . La invención también se relaciona con agentes de unión selectivos, vectores, células anfitrionas, y métodos para producir polipéptidos HER-2sv. La invención se relaciona además con composiciones farmacéuticas y métodos para el diagnóstico, tratamiento, alivio y prevención de enfermedades, trastornos y condiciones asociadas con los' polilpéptidos HER-2sv.
Antecedentes de la Invención Los avances técnicos en la identificación, clonación, expresión, y manipulación de moléculas de ácido nucleico y para descifrar el genoma humano han acelerado en gran medida el descubrimiento de agentes terapéuticos novedosos. Las técnicas rápidas de secuenciamiento del ácido nucleico pueden ahora generar información sobre secuencias a velocidades sin precedentes y, acopladas con análisis computacionales , permiten el montaje de secuencias Ref: 159127 superpuestas en genomas - parciales y completos y la identificación de regiones que codifican para polipéptidos . Una comparación de una secuencia de aminoácidos predicha contra una recopilación de bases de datos de secuencias de aminoácidos conocidas le permite a uno determinar el grado de homología para secuencias y/o marcas estructurales previamente identificadas. La clonación y expresión de una región que codifica para un polipéptido de una molécula de ácido nucleico proporciona un producto polipeptidico para análisis estructurales y funcionales. La manipulación de moléculas de ácido nucleico y polipéptidos codificados puede conferir propiedades ventajosas sobre un producto para usarse como agente terapéutico. A pesar de los avances técnicos significativos en la investigación del genoma durante la década pasada, el potencial para el desarrollo de agentes terapéuticos novedosos basados en el genoma humano es aún más grande de lo imaginado. Muchos genes que codifican para agentes terapéuticos polipeptidicos potencialmente benéficos o aquellos que codifican para polipéptidos, que pueden actuar como "objetivos" para moléculas terapéuticas, aún no han sido identificados. En consecuencia un objetivo de la invención es identificar polipéptidos novedosos, y moléculas de ácido nucleico que codifiquen para los mismos, que tengan beneficios desde el punto de vista de diagnóstico o terapéutico. El protooncogen HER-2 (también conocido como erbB-2, c-neu, o HER-2/neu) es un miembro de la familia del factor del crecimiento epidérmico (EGF) . Otros miembros de la familia EGF incluyen al receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR o HER-1), ErbB- 3/HER- 3 y ErbB-4/HER-4. El HER-2 codifica para un receptor transmembranal (pl85) que tiene actividad de tirosina cinasa, y que está asociado con vías de transducción de señales múltiples. La expresión del HER-2 aberrante ha sido detectada en muchos tipos diferentesr de cánceres humanos, incluyendo el cáncer de mama, ovario, gástrico, pulmón y oral. El HER-2 es un factor de pronóstico predictivo importante en el cáncer de mama dado que la sobreexpresión del HER-2 en cáncer de mama ha sido asociada con una sobrevivencia total pobre y ha mostrado aumentar la enfermedad maligna. Debido a que este fenotipo maligno puede ser suprimido a través de la represión del HER-2, el HER-2 es un objetivo significativo para desarrollar agentes anticáncer.
Sumario de la Invención. La presente invención se relaciona con moléculas de ácido nucleico de HER-2sv novedosos y los polipéptidos codificados . La invención proporciona una molécula de ácido nucleico aislada que comprende: (a) la secuencia nucleotídica que se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: '7, o SEQ ID NO: 9; (b) una secuencia nucleotídica que codifica para el polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (c) una secuencia nucleotídica que se híbrida bajo condiciones al menos moderadamente rigurosas al complemento de la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) o (b.) , donde el polipéptido codificado tiene una actividad, del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; o (d) una secuencia nucleotídica complementaria a la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) -(c). La invención también proporciona una molécula de ácido nucleico aislada que comprende: (a) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido que es al menos aproximadamente 70 por ciento idéntico al polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2 , SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) una región de la secuencia nucleotídica de cualquiera de la SEQ ID NO:- 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9 que codifica para un fragmento polipeptídico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, o es antigénico; (c) una región de la secuencia nucleotidica de la SEQ ID NO: 1 que codifica para un fragmento polipeptídico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2, donde el fragmento polipeptídico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 2, o es antigénico; (d) una región de la secuencia nucleotidica de la SEQ ID NO: 3 que codifica para un fragmento polipeptídico de al menso aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, donde el fragmento polipeptídico tiene la actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 4, o es antigénico; (e) una región de la secuencia nucleotidica de la SEQ ID NO: 5 que codifica para un fragmento polipeptídico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, donde el fragmento polipeptídico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 6, o es antigénico; (f) una región de- la secuencia nucleot dica de la SEQ ID NO: 9 que codifica para un fragmento polipeptidico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 10, o es antigénico; (g) una secuencia nucleotidica que se híbrida bajo condiciones al menos moderadamente rigurosas al complemento de la secuencia nucleotidica de cualquiera de (a) -(f), donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, S.EQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; o (h) una secuencia nucleotidica complementaria a la secuencia nucleotidica de cualquiera de (a) -(g). La invención proporciona además una molécula de ácido nucleico aislada que comprende: (a) una secuencia nucleotidica que codifica para un polipéptido como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, con al menos una sustitución de aminoácido conservativa, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) una secuencia nucleotidica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 2 que tiene una Cruncación C- y/o N-terminal, donde el polipeptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 2, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2; (c) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 4 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 4, y donde el polipéptido incluye los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4; (d) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 6 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 6, y donde el polipéptido incluye los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6 ; (e) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 10 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10; (f) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 con al menos una modificación que es una sustitución de aminoácido, truncación C-terminal o truncación N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO : 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2, los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, o los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10; (g) una secuencia nucleotídica que se híbrida bajo condiciones al menos moderadamente rigurosas al complemento de la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) - (e) , donde el polipéptido codificado tiene una actividad de los polipéptidos expuestos en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; O (h) una secuencia nucleotídica complementaria a la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) - (f) . La presente invención proporciona un polipéptido aislado que comprende los aminoácidos expuestos en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, O SEQ ID NO: 10. La invención también proporciona un polipéptido aislado que comprende: (a) una secuencia de aminoácidos para un ortólogo de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) una secuencia de aminoácidos que es al menos 70 por ciento idéntica a la secuencia de aminoácidos de cualquiera de las SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (c) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 2 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2 , donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 2, o es antigénico; (d) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 4 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 4, o es antigénico; (e) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 6 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 6, o es antigénico; (f) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 10 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 10, o es antigénico. La invención proporciona además un polipéptido aislado que comprende: (a) la secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera dé la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, con al menos una sustitución de aminoácido conservativa, donde el polipéptido tiene una, actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ. ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) la secuencia de aminoácidos como se expone en la SEQ ID NO: 2 que tiene una truncación C- y/o N-terminal , donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 2, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO : 2 ; (c) la secuencia de aminoácidos como se expone en en la SEQ ID NO: 4 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 4, y donde el polipéptido incluye los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO : 4 ; (d) la secuencia de aminoácidos como se expone en la SEQ ID NO: 6 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 6, y donde el polipéptido incluye los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6; (e) la secuencia de aminoácidos como se expone en la SEQ ID NO: 10 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10; (f) la secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 con al menos una modificación que es una sustitución de aminoácido, truncación C-terminal o truncación N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2, los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, o los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10. También se proporcionan polipéptidos de fusión que comprenden secuencias de aminoácidos de HER-2sv.
La presente invención también proporciona un vector de expresión que comprende las moléculas de ácido nucleico aisladas expuestas aquí, células anfitrionas recombinantes que comprenden las moléculas de ácido nucleico recombinantes expuesta aqui, y un método para producir un polipéptido de HER-2sv que comprende cultivar las células anfitrionas y aislar opcionalmente el polipéptido asi producido. El aislamiento del polipéptido expresado es descrito como opcional debido a que pueden existir casos donde se desee expresar el polipéptido sobre la superficie celular o sobre una membrana celular para usarse en métodos de selección de tamizado para la identificación de antagonistas de la actividad de HER-2sv. Un animal no humano transgénico que comprende una-molécula de ácido nucleico que codifica para un polipéptido' de HER-2sv es también abarcado por la invención. Las moléculas de ácido nucleico de HER-2sv son introducidas en el animal de tal manera que permiten la expresión y niveles incrementados de un polipéptido de HER-2sv, los cuales pueden incluir niveles en circulación incrementados. De manera alternativa, las moléculas de ácido nucleico de HER-2sv son introducidas en el animal de tal manera que prevenga la expresión de polipéptido de HER-2sv endógeno (es decir, generen un animal transgénico que procese un gen polipéptido de HER-2sv alterado) . El animal no humano transgénico es preferiblemente un mamífero, y de manera más preferible un roedor, una rata o un ratón. También se proporcionan derivados de polipéptidos de HER-2sv de la presente invención. Adicionalmente se proporcionan agentes de unión selectivos como anticuerpos y péptidos capaces de unirse específicamente a los polipéptidos de HER-2sv de la invención . Las composiciones farmacéuticas que comprenden los nucleótidos, polipéptidos o agentes de unión selectivos de la invención y uno o más agentes de formulación farmacéuticamente aceptables también son abarcadas por la invención. Las composiciones farmacéuticas son usadas para proporcionar cantidades terapéuticamente efectivas de los nucleótidos o polipéptidos de la presente invención. La invención también está dirigida a métodos para usar los polipéptidos, moléculas de ácido nucleico, y agentes de unión selectivos . Los polipéptidos y moléculas de ácido nucleico de HER-2sv de la presente invención pueden ser usados para tratar, prevenir, aliviar y/o detectar enfermedades y trastornos, incluyendo aquellos expertos aquí. La presente invención también proporciona un método para ensayar moléculas de prueba para identificar una molécula de prueba que pueda unirse a un polipéptido de HER-2sv. El método comprende poner en contacto un polipéptido de HER-2sv con una molécula de prueba para determinar el grado de unión de la molécula de prueba al polipéptido. El método comprende además determinar si esas moléculas de prueba son antagonistas de un polipéptido de HER-2sv. La presente invención proporciona además un método para probar el impacto de las moléculas sobre la expresión del polipéptidos de HER-2sv o sobre la actividad del polipéptido de HER-2sv. Los métodos para regular la expresión y modulación (es decir, incremento o disminución) de los niveles de un polipéptido de HER-2sv también son abarcados por la invención. Un método comprende administrar a un animal una molécula de ácido nucleico que codifica para un polipéptido de HER-2sv. En otro método, puede ser administrada una molécula de ácido nucleico que comprende elimentos que modulen o regulen la expresión de un polipéptido de HER-2sv. Los ejemplos de esos métodos incluyen la terapia genética, terapia celular, y terapias antisentido como se describe mejor más adelante aquí.
Breve Descripción de las Figuras Las Figuras 1A-1C ilustran la secuencia nucleotídica del gen de la forma 68 de HER2-sv humano (SEQ ID NO: 1) y la secuencia de aminoácidos deducida del polipéptido de la forma 68 de HER2-sv humano (SEQ ID NO: 2); Las Figuras 2A-2D ilustran una secuencia nucleotidica del gen de la forma 97 de HER2-sv humano (SEQ ID NO: 3) y la secuencia de aminoácidos deducida del polipéptido de la forma 97 de HER2-sv humano (SEQ ID NO: 4); Las Figuras 3A-3D ilustran una secuencia nucleotidica del gen de la forma 119 de HER2-sv humano (SEQ ID NO: 5) y la secuencia de aminoácidos deducida del polipéptido de la forma 119 de HER2-sv humano (SEQ ID NO: 6) ; La Figura 4 ilustra una secuencia nucleotidica del gen de la forma 156 de HER2-sv humano (SEQ ID NO: 7) y la secuencia de aminoácidos deducida del polipéptido de la forma 156 de HER2-SV humano (SEQ ID NO: 8); Las Figuras 5A-5D ilustran una secuencia nucleotidica del gen de la forma 184 de HER2-sv humano (S.EQ ID NO: 9) y la secuencia de aminoácidos deducida del polipéptido de la forma 184 de HER2-SV humano (SEQ ID NO: 10) ; Las Figuras 6A-6C ilustran la alineación de la secuencia de aminoácidos de la porción extracelular de la forma 97 de HER-2 humano (SEQ ID NO: 11) y la forma 97 de HER-2 humano (SEQ ID NO: 4), 184 (SEQ ID NO: 10), 119 ( SEQ ID NO: 6), 68 (SEQ ID NO: 2), y 156 (SEQ ID NO: 8 ) ; La Figura 7 ilustra una representación esquemática de la estructura de la forma conocida del dominio extracelular del gen de HER-2 y las formas 119, 184, 97, 68 y 156 de HER-2sv. Se indican los dominios funcionales (dos dominios L y un dominio similar a la furina) en el dominio extracelular del gen de HER-2.
Descripción Detallada de la Invención Los encabezados de sección usados aquí son para propósitos de organización únicamente y no deben constituirse en limitantes de la materia objeto descrita. Todas las referencias citadas en esta solicitud son incorporadas, de manera expresa, aquí como referencia. 1. Definiciones Los términos "gen de HER-2sv" o "molécula de ácido nucleico de HER-2sv" o "polinucleótido de HER-2sv" se refieren a una molécula de ácido nucleico que comprende o consiste de una secuencia nucleotídica como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9; una secuencia nucleotídica que codifica para el polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, O SEQ ID NO: 10; y moléculas de ácido nucleico como se define aquí. El término "variante alélica del polipéptido HER-2sv" se refiere a una de varias formas alternativas que posiblemente se encuentren en la naturaleza de un gen que ocupa un sitio dado en un cromosoma de un organismo o población de organismos. El término "molécula de ácido nucleico aislada" se refiere a una molécula de ácido nucleico de la invención (1) que ha sido separada de al menos aproximadamente el 50 por ciento de las proteínas, lípidos, carbohidratos, u otros materiales con los cuales se encuentra de manera natural cuando el ácido nucleico total es aislado de las células de origen, (2) no está ligada a toda o una porción de un polinucleótido al cual la "molécula de ácido nucleico aislada" está ligada en la naturaleza, (3) está ligada operativamente a un polinucleótido al cual no está ligada en la naturaleza, o (4) no se encuentra en la naturaleza como parte de una secuencia polinucleotídica más grande. Preferiblemente, la molécula de ácido nucleico aislada de la presente invención está sustancialmente libre de cualquier otra molécula de ácido nucleico contaminante u otros contaminantes que se encuentran en su ambiente natural que interfieren con su uso en la producción de polipéptido o su uso terapéutico, en diagnóstico, profiláctico o en investigación . El término "secuencia de ácido nucleico" o "molécula de ácido nucleico" se refiere a una secuencia de ADN o ARN. El término abarca moléculas formadas de cualquiera de los análogos de bases conocidas del ADN y ARN, pero sin limitarse a 4-acetilcitosina, 8-hidroxi-N6-metiladenosina , aziridinil-citosina , pseudoisocitosina , 5- (carbohidroximetil ) uracilo, 5-fluorouracilo, 5-bromuracilo, 5-carboximetilaminometil-2-tiouracilo, 5-carboxi-metilaminometiluracilo, dihidrouracilo, inosina, N6-iso-penteniladenina, 1-metiladenina, 1-metilpseudouracilo, 1-metilguanina, 1-metilinosina, 2, 2-dimetil-guanina, 2-metiladenina, 2-metilguanina, 3-metilcitosina , 5-metilcitosina, N6-metiladenina, 7-metilguanina, 5-metilaminómetiluracilo, 5-metoxiamino-metil-2-tiouracilo, beta-D-manosilqueosina, 5 ' -metoxicarbonil-metiluracilo, 5-metoxiuracilo, 2-metiltio-N6-isopenteniladenina, metiléster del ácido uracil-5-oxiacético, ácido uracil-5-oxiacético, oxibutoxocina, pseudouracilo, queosina, 2-tiocitosina, 5-metil-2-tiouracilo, 2-tiouracilo, 4 -tiouracilo, 5-metiluracilo, metiléster del ácido N-uracil-5-oxiacético, ácido uracil-5-oxiacético, pesudouracilo, queosina, 2-tiocitosina y 2 , 6-diaminopurina . El término "vector" como se hizo aqui se refiere a cualquier molécula (por ejemplo, ácido nucleico, plásmido, o virus) usada para transferir información de codificación en una célula anfitriona. El término "vector de expresión" se refiere a un vector que es adecuado para la transformación de una célula anfitriona y contiene secuencias de ácido nucleico que dirigen y/o controlan la expresión -de secuencias de ácido nucleico heterólogas insertadas. La expresión incluye, pero no se limita a, procesos como la transcripción, traducción, empalme de ARN, si están presentes intrones. El término "ligada operativamente" se usa aquí para referirse a un arreglo de secuencias flanqueantes, donde las secuencias flanqueantes asi descritas están configuradas o aumentadas para efectuar su función usual. De este modo, una secuencia flanqueante ligada operativamente a una secuencia codificadora puede ser capaz de efectuar la replicación, transcripcióny/o traducción de la secuencia codificadora. Por ejemplo, una secuencia codificadora es ligada operativamente al promotor cuando el promotor es capaz de dirigir la transcripción de esa secuencia codificadora. Una secuencia flanqueante no necesita estar contigua a la secuencia codificadora, en tanto funcione, correctamente. De este modo, por ejemplo, las secuencias transcritas aún no traducidas intervinientes pueden estar presentes entre una secuencia promotora y la secuencia codificadora y la secuencia promotora pueden aún ser considerada "ligada operativamente" a la secuencia codificadora. El término "célula anfitriona" se usa para referirse a una célula que ha sido transformada o puede ser transformada con una secuencia de ácido nucleico y entonces de expresar un gen seleccionado de interés. El término incluye la progenia de la célula madre, si o no la progenia es idéntica en morfología o en constitución genética a la madre original, en tanto el gen seleccionado esté presente. El término "polipéptido de HER-2sv" se refiere a un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 y polipéptidos relacionados. Los polipéptidos relacionados incluyen fragmentos del polipéptido de HER-2sv, ortólogos del polipéptido de HER-2sv, variantes del polipéptido de HER-2sv, y derivado del polipéptido de HER-2sv, los cuales confieren al menos una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de las SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. Los polipéptidos de HER-2sv pueden ser polipéptidos naturales, como se define aquí, y pueden o no tener un residuo de metionina amino-terminal, dependiendo del método por el cual sean preparados. El término "fragmento, del polipéptido de HER-2sv" se refiere a un polipéptido que comprende una truncación en el amino-terminal (con o sin una secuencia líder) y/o una truncación en el carboxi-terminal del polipéptido como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. El término "fragmento del polipéptido de HER-2sv" también se refiere a truncaciones amino-terminales y/o carboxilo-terminal de ortólogos del polipéptido de HER-2sv, derivados del polipéptido de HER-2sv, o variantes del polipéptido de HER-2sv, o a truncaciones amino-terminal y/o carboxilo-terminal de los polipéptidos codificados por las variantes alélicas del polipéptido de HER-2sv. Los fragmentos del polipéptido de HER-2sv pueden resultar de la actividad de proteasa in vivo. Las formas de un polipéptido de HER-2sv unidas a la membrana también son contempladas por la presente invención. En las modalidades preferidas, las truncaciones comprenden aproximadamente 10 aminoácidos, o aproximadamente 20 aminoácidos, o aproximadamente 50 aminoácidos, o aproximadamente 75 aminoácidos, o aproximadamente 100 aminoácidos, o más de aproximadamente 100 aminoácidos. Los fragmentos polipeptidicos asi producidos comprenderán aproximadamente 25 aminoácidos contiguos, o aproximadamente 50 aminoácidos, o aproximadamente 75 aminoácidos, o aproximadamente 100 aminoácidos, o aproximadamente 150 aminoácidos, o aproximadamente 200 aminoácidos, o más de aproximadamente 200 aminoácidos. Esos fragmentos de polipéptido de HER-2sv pueden comprender opcionalmente un residuo de metionina amino-terminal. Se apreciará que esos fragmentos pueden ser usados, por ejemplo, para generar anticuerpos para polipéptidos de HER-2sv . El término "ortólogo del polipéptido de HER-2sv" se refiere a un polipéptido de otra especie que corresponde a la secuencia de aminoácidos del polipéptido de HER-2sv como se expone en cualquiera de las SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. Por ejemplo, los polipéptidos de HER-2sv de ratón y humano son considerados ortólogos entre si. El término "variantes del polipéptido de HER-2sv" se refiere a polipéptidos de HER-2sv que comprenden secuencias de aminoácidos que tienen una o más sustituciones, supresiones (como supresiones internas y/o fragmentos del polipéptido de HER-2sv) , y/o adiciones (como adiciones, internas y/o polipéptidos de fusión de HER-2sv) de la secuencia de aminoácidos en comparación con la secuencia de aminoácidos del polipéptido de HER-2sv expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10 (con o sin una secuencia líder) . Las . variantes pueden ser naturales (por ejemplo, variantes alélicas del polipéptido de HER-2sv y ortólogos del polipéptido de HER-2sv) o construidas artificialmente. Esas variantes de polipéptido de HER-2sv pueden ser preparadas a partir de las moléculas de ácido nucleico correspondientes que tengan una secuencia de ADN que varíe en consecuencia de la secuencia de ADN como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9. En modalidades preferidas, las variantes tienen de 1 a 3, o de 1 a 5, o de 1 a 10, o de 1 a 15, o de 1 a 20, o de 1 a 25, o de 1 a 50, o de 1 a -75, o de 1 a 100/ o más de 100 sustituciones de aminoácidos, donde las sustituciones pueden ser conservativas, no conservativas, o cualquier combinación de las mismas. El término "derivados de polipéptido de HER-2sv" se refiere al polipéptido expuesto en cualquiera de las SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, fragmentos de polipéptido de HER-2sv, ortólogos del polipéptido de HER-2sv, o variantes de polipéptido de HER-2sv, como se define aquí, que han sido modificadas químicamente. El término "derivados de polipéptido de HER-2sv" también se refiere a los polipéptidos codificados por las variantes alélicas del polipéptido de HER-2sv, como se define aquí, que han sido codificados químicamente. El término "polipéptido de HER-2sv maduro" se refiere a un polipéptido de HER-2sv que carece de secuencia líder. Un polipéptido de HER-2sv maduro también puede incluir otras modificaciones como procesamiento proteolítico del amino-terminal (con o sin una secuencia líder) y/o el carboxi-terminal , escisión de un polipéptido más pequeño de un precursor más grande, glicosilación ligada a N y/o ligada a O y similares. El término "polipéptido de fusión de HER-2sv" se refiere a una fusión de uno o más aminoácidos (como una proteína o péptido heterólogo) y el amino- o carboxilo-terminal del polipéptido expuesto en cualquiera de las SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10, fragmentos de polipéptido de HER-2sv, ortólogos de polipéptido de HER-2sv, variantes de polipéptido de HER-2sv, o derivado de HER-2sv, como se define aquí. El término "polipéptido de fusión de HER-2sv" también se refiere a una fusión de uno o más aminoácidos en el amino- o carboxilo-terminal del polipéptido codificado por las variantes alélicas del polipéptido de HER-2sv, como se define aquí. El término "polipéptidos de HER-2sv biológicamente activos" se refiere a polipéptidos de HER-2sv que tienen al menos una actividad característica del polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. Además, un polipéptido de HER-2sv puede ser activo como un inmunógeno; es decir, que el polipéptido de HER-2sv contiene al menos un epítope al cual pueden ser dirigidos anticuerpos . El término "polipéptido aislado" se refiere a un polipéptido de la presente invención (1) que ha sido separado de al menos aproximadamente el 50 por ciento de los polinucleótidos, lípidos, carbohidratos, u otros materiales con los cuales se encuentra de manera natural cuando es aislado de la célula de origen, (2) no está ligado (por interacción covalente o no) a ' toda o una porción de un polipéptido al cual el - "polipéptido aislado" está ligado en la naturaleza, (3) está ligado operativamente (por interacción covalente o no) a un polipéptido con el cual no está ligado en la naturaleza, o (4) no se encuentra en la naturaleza. Preferiblemente, el polipéptido aislado está sustancialmente libre de cualesquier otros polipéptidos contaminantes u otros contaminantes que se encuentran en su ambiente natural que interfieren con su uso terapéutico, en diagnóstico, profiláctico o en investigación. El término "identidad", como es conocido en la técnica, se refiere a una relación entre las secuencias de dos o más moléculas polipeptidicas o dos o más moléculas de ácido nucleico, de acuerdo a lo determinado comparando las secuencias. En la técnica, "identidad" también significa el grado de relación de la secuencia entre las moléculas de ácido nucleico o polipéptidos, según sea el caso, de acuerdo a lo determinado por el apareamiento entre cadenas de dos o más nucleótidos o dos o más secuencias de aminoácidos. "Identidad" mide el porcentaje de apareamientos idénticos entre la más pequeña de dos o más secuencias con alineaciones de espacios (y si las hay) dirigidas por un modelo matemático o programa de computadora (es decir, "algoritmo") particular. El término "similitud" es un concepto relacionado, pero en contraste con "identidad", "similitud" se refiere a una medida de la relación que incluye apareamientos idénticos y apareamientos por - sustitución conservativos. Si dos secuencias polipeptidicas tienen por ejemplo, 10/20 aminoácidos idénticos, los restantes son todos sustituciones no conservativas, entonces el por ciento de identidad y similitud serian ambos del 50%. Si en el mismo ejemplo, existen cinco posiciones más donde existen sustituciones conservativas, entonces el por ciento de identidad sigue siendo del 50%, pero el por ciento de similitud seria del 75% (15/20). Por lo tanto, en casos donde existen sustituciones conservativas, el por ciento de similitud entre dos polipéptidos será mayor que el por ciento de identidad entre aquellos' dos polipéptidos. El término "natural" o "nativo" cuando se usa en relación con materiales biológicos como moléculas de ácido nucleico, polipéptidos, células anfitrionas, y similares, se refiere a materiales los cuales se encuentran en la naturaleza y no son manipulados por el hombre. De manera similar "no natural" o "no nativo" como se usa aquí se refiere a un material que no se encuentra en la naturaleza o que ha sido modificado estructuralmente o sintetizado por el hombre . Los términos "cantidad efectiva" y "cantidad terapéuticamente efectiva se refieren cada uno a la cantidad de un polipéptido de HER-2sv o una molécula de ácido nucleico de HER-2sv usada para soportar un nivel observable de una o más actividades biológicas -de los polipéptidos de HER-2sv como se expone aquí . El término "vehículo farmacéuticamente aceptable" o "vehículo fisiológicamente aceptable" como se usa aquí se refiere a uno o más materiales de formulación adecuados para lograr o mejorar el suministro de polipéptido de HER-2sv, molécula de ácido nucleico de HER-2sv, o agentes de unión selectiva de HER-2sv como una composición farmacéutica. El término "antígeno" se refiere a una molécula o porción de una molécula capaz de unirse a un agente de unión, selectivo, como un anticuerpo, y que puede ser usada, adicionalmente, en un animal para producir anticuerpos capaces de unirse a un epítope de ese antígeno. Un antígeno puede tener uno o más epítopes. El término "agente de unión selectiva" se' refiere a una molécula o moléculas que tienen especificidad con un polipéptido de HER-2sv. Como se usan aquí, los términos "específico" y "especificidad" se refieren a la capacidad de los agentes de unión selectiva para unirse a polipéptidos de HER-2sv humanos y no unirse a polipéptidos de HER-2sv no humanos. Se apreciará, sin embargo, que los agentes de unión selectiva también pueden unirse a ortólogos de los polipéptidos expuestos en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10, es decir, versiones interespecies de los mismos, como polipéptídos de HER-2sv--de ratón y rata. El término "transducción" se usa para referirse a la transferencia de genes de una bacteria a otra, usualmente por medio de un fago. La "transducción" también se refiere a la adquisición y transferencias de secuencias de células eucarióticas por retrovirus. El término "transíección" se usa para referirse a la captación de ADN externo o exógeno por una célula, y una célula ha sido "transfectada" cuando ha sido introducido ADN exógeno dentro de la membrana celular. Un número de técnicas de transfección son bien conocidas en la técnica y son descritas aquí. Véase, por ejemplo, Graha et al., 1973, Virology 52:456; Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratories, 1989) ; Davis et al., Basic Methods in Molecular Biology (Elsevier, 1989); y Chu et al., 1981, Gene 13:197. Esas técnicas pueden ser usadas para introducir una o más entidades de ADN exógenas en células anfitrionas adecuadas. El término "transformación" como se usa aquí se refiere a un cambio en las características genéticas de una célula, y una célula ha sido transformada cuando ha sido modificada para contener un ADN nuevo. Por ejemplo, la célula es transformada donde es modificada genéticamente a su estado nativo. Después de la transfección o transducción, el ADN transformante puede recombinarse con el de la célula integrándose físicamente en un cromosoma de la célula, puede ser mantenido transitoriamente como un elemento episomal sin ser replicado, o puede replicarse independientemente como un plásmido. Se considera que una célula ha sido transformada de manera estable cuando el ADN se replica con la división de la célula . 2. Relación de las Moléculas de Acido Nucleico y/o Polipéptido Debe comprenderse que las moléculas de ácido nucleico relacionadas incluyen variantes alélicas de , la molécula de ácido nucleico de cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9, e incluyen secuencias las cuales son complementarias a cualquiera de las secuencias nucleotídicas anteriores. Las moléculas de ácido nucleico relacionadas también incluyen una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido que comprende o consiste esencialmente de una sustitución, modificación, adición y/o, supresión de uno o más aminoácidos residuales en comparación con el polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. Esos polipéptidos de HER-2sv relacionados pueden comprender, por ejemplo, una adición y/o una supresión de uno o más sitios de glicosilación ligados en N o ligados en 0 o una adición y/o una supresión de uno o más residuos de cisteina. Las moléculas de ácido nucleico relacionadas también incluyen fragmentos de moléculas de ácido nucleico de HER-2sv las cuales codifican para un polipéptido de al menos aproximadamente 25 aminoácidos contiguos, o aproximadamente 50 aminoácidos, o aproximadamente 75 aminoácidos, o aproximadamente 100 aminoácidos, o aproximadamente 150 aminoácidos, o aproximadamente 200 aminoácidos, o más de 200 aminoácidos residuales del polipéptido de HER-2sv de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. Además, las moléculas de ácido nucleico de HER-2sv relacionadas también incluyen aquellas moléculas las cuales comprenden secuencias nucleotidicas las cuales se hibridan bajo condiciones moderada o altamente rigurosas como se define aquí como la secuencia completamente complementaria de la secuencia de ácido nucleico de HER-2sv de cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7 o SEQ ID NO: 9, o de una molécula que codifique para un polipéptido, polipéptido el cual comprende la secuencia de aminoácidos como se muestra en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, o de un fragmento de ácido nucleico como se define aquí, o de un fragmento de ácido nucleico que codifica para un polipéptido como se define aquí. Las sondas de hibridación pueden ser preparadas- usando las secuencias de HER-2sv proporcionadas aquí para seleccionar bibliotecas de ADNc, ADN genómico o sintético por secuencias relacionadas. Las regiones de ADN y/o la secuencia de aminoácidos del polipéptido de HER-2sv que exhiben identidad significativa con secuencias ' conocidas son determinadas fácilmente usando algoritmos de alineación de secuencias como se describe aquí y aquellas regiones pueden ser usadas para diseñar sondas de selección o tamizado. El término " condiciones altamente rigurosas" se refiere a aquellas condiciones que están diseñadas para permitir la hibridación de hebras de ADN cuyas secuencias son altamente complementarias, y para excluir la hibridación de ADN significativamente no apareados. La rigurosidad de la hibridación es determinada principalmente por la temperatura, fuerza iónica, y la concentración de agentes desnaturalizantes como la formamida. Los ejemplos de "condiciones altamente rigurosas" para la hibridación y el lavado son cloruro de sodio 0.015 M, citrato de sodio 0.0015 M a 65-68°C o cloruro de sodio 0.015 M, citrato de sodio 0.0015 M, y formamida al 50% a 42°C. Véase Sambrook, Fritsch & Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2da ed., Cold Spring Harbor Laboratory, 1989); Anderson et al., Nucleic Acid Hybridisation : A Practical Approach Ch. 4 (IRL Press Limited) .
También pueden ser usadas condiciones más rigurosas (como temperatura más alta, fuerza iónica más baja, mayor cantidad de formamida, u otro agente desnaturalizante) - sin embargo, la velocidad de hibridación será afectada. Pueden ser incluidos otros agentes en los amortiguadores de hibridación y lavado con el propósito de reducir la hibridación no especifica y/o de fondo. Los ejemplos son seroalbúmina bovina al 0.1%, polivinilpirrolidona al 0.1%, pirofosfato de sodio al 0.1%, dodecilsulfato de sodio al 0.1%, NaDodS04, (SDS), ficoll, solución de Denhardt, AD de esperma de salmón sonicado (u otro ADN no complementario), y sulfato de dextrano, aunque también pueden ser usados otros agentes adecuados. La concentración y tipos de esos aditivos puede ser cambiada sin afectar sustancialmente la rigurosidad de las condiciones de hibridación. Los experimentos de hibridación usualmente son llevados a cabo a pH 6.8-7.4; sin embargo, a condiciones de fuerza iónica típica, la velocidad de hibridación es casi independiente del pH. Véase Anderson et al., Nucleic Acid Hybridisation : A Practical Approach Ch . 4 (IRL Press Limited) . Los factores que afectan la estabilidad del dúplex de ADN incluyen la composición de bases, longitud, y el grado de mal apareamiento de los pares de bases. Las condiciones de hibridación pueden ser ajustadas por un experto en la técnica para acomodar esas variables y permitir ADNs de diferentes relaciones de secuencia para formar híbridos . La temperatura de fusión de un dúplex de ADN perfectamente apareado puede ser estimada en la siguiente ecuación: Tm(°C)=81.5+16.6(log[Na+]+0.41(%G+C)-600/N-0.72(% de formamida) donde N es la longitud del dúplex formado, [Na+] es la concentración molar del ion de sodio en la solución de hibridación o lavado, %G+C es el porcentaje de bases (guanina+citosina) en el híbrido. Para híbridos imperfectamente apareados, la temperatura de fusión se reduce en aproximadamente 1°C por cada 1% de mal apareamiento. El término "condiciones moderadamente rigurosas" se refiere a condiciones bajo las cuales ocurriría un dúplex de ADN con un mayor grado de mal apareamiento de pares de bases que el que se puede formar bajo "condiciones altamente rigurosas". Los ejemplos de "condiciones moderadamente rigurosas" son cloruro de sodio 0.015 M, citrato de sodio 0.0015 M a 50-65°C o cloruro de sodio a 0.015 M, citrato de sodio a 0.0015 M, y formamida al 20% a 37-50°C. A manera de ejemplo, las "condiciones moderadamente rigurosas" de 50°c en ion sodio 0.015 M permitirán un mal apareamiento de aproximadamente 21%. Será apreciado por aquellos expertos en la técnica que no existe distinción absoluta entre las "condiciones altamente rigurosas y las "condiciones moderadamente rigurosas". Por ejemplo, a ion sodio a 0.015 M (sin formamida) , la temperatura de fusión del ADN largo perfectamente apareado es de aproximadamente 71 °C. Con un lavado a 65°C (a la misma fuerza iónica), esto proporcionaría un mal apareamiento de aproximadamente el 6%. Para capturar secuencias más distantemente relacionadas, un experto en la técnica puede simplemente hacer disminuir la temperatura o elevar la fuerza iónica. Un buen estimado de la temperatura de fusión en NaCl* 1M para sondas oligonucleotídicas hasta aproximadamente 20nt es dado por: Tm=2°C por par de base de A-T + 4°C por par de base G-C *La concentración de ion sodio en sal de citrato de sodio 6X (SSC) es 1M. I/ése Suggs et al., Developmental Biology Using Purified Genes 683 (Brown and Fox, ed. , 1981). Las condiciones de lavado altamente rigurosas para' oligonucleótidos son usualmente a una temperatura de 0-5°C por debajo de la Tm del oligonucleótido en 6X SSC, SDS al 0.1%. En otra modalidad, las moléculas de ácido nucleico relacionadas comprenden o consisten de una secuencia nucleotídica que es al menos aproximadamente 70 por ciento idéntica a la secuencia nucleotídica mostrada en cualquiera de las SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9. En modalidades preferidas, las secuencias nucleotídicas son aproximadamente 75 por ciento, o aproximadamente 80 por ciento, o aproximadamente 85 por ciento, o aproximadamente 90 por ciento, o aproximadamente 95, 96, 97, 98 ó 99 por ciento idénticas a las secuencias nucleotidicas como se muestra en cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9. Las moléculas de ácido nucleico relacionadas codifican para polipéptidos que poseen al menos una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. Las diferencias en la secuencia de ácido nucleico pueden dar como resultado modificaciones conservativas y/o no conservativas de la secuencia de aminoácidos en relación a la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. Las modificaciones conservativas a la secuencia, de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 (y las modificaciones correspondientes a los nucleótidos codificadores) producirán un polipéptido que tiene características funcionales y químicas similares a aquellos de los polipéptidos de HER-2sv. En contraste, pueden ser efectuadas modificaciones sustanciales en las características funcionales y/o químicas de los polipéptidos de HER-2sv seleccionando sustituciones en la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 que difieren significativamente en su efecto sobre el mantenimiento (a) de la estructura del esqueleto molecular en el área de la sustitución, por ejemplo, con una conformación en forma de lámina o helicoidal, (b) la carga o hidrofobicidad de la molécula en el sitio objetivo, o (c) el volumen de la cadena lateral. Por ejemplo, una "sustitución de aminoácido conservativa" puede implicar una sustitución de un aminoácido residual nativo con un residuo no nativo de modo que exista poco o ningún efecto sobre la polaridad o carga del aminoácido residual en esa posición. Además, cualquier residuo nativo en el polipéptido también puede ser sustituido con alanina, como ha sido descrito anteriormente por la "mutagénesis de exploración de alanina". Las sustituciones conservativas de aminoácido también abarcan aminoácidos residuales no naturales que son incorporados típicamente por síntesis peptídica química en lugar de la síntesis en los sistemas biológicos. Esas incluyen péptido miméticos y otras formas reservadas o invertidas de porciones de aminoácidos. Los residuos naturales pueden ser divididos en clases sobre la base de propiedades de la cadena lateral común : 1) hidrofóbico; norleucina, Met, Ala, Val, Leu, lie; 2) hidrofílieos neutros: Cys, Ser, Thr; 3) ácidos: Asp, Glu; 4) básicos: Asn, Gln, His, Lys, Arg; 5) residuos que tienen influencia sobre la orientación de la cadena: Gly, Pro; y 6) aromáticos: Trp, Tyr, Phe . Por ejemplo, las sustituciones no conservativas pueden implicar el intercambio de un miembro de una de esas clases por un miembro de otra clase. Esos residuos sustituidos pueden ser introducidos en regiones del polipéptido de HER-2sv humano que sean homólogos con polipéptidos de HER-2sv no humanos, o en las regiones no homologas de la molécula. Para producir esos cambios, se ha considerado el índice hidropático de los aminoácidos. A cada aminoácido se le ha asignado un índice hidropático sobre la base de su hidrofobicidad y características de carga. Los índices hidropáticos son: isoleucina (+4.5); valina (+4.2); leucina (+3.8); fenilalanina (+2.8); cisteína/cistina (+2.5); metionina (+1.9); alanina (+1.8); glicina (-0.4); treonina (-0.7); serina (-0.8); triptófano (-0.9); tirosina (-1.3); prolina (-1.6); histidina (-3.2); glutamato (-3.5); glutamina (-3.5); aspartato (-3.5); asparagina (-3.5); lisina (-3.9); y arginina (-4.5) . La importancia del índice hidropático del aminoácido para conferir función biológica interactiva sobre una proteina es generalmente comprendida en la técnica (Kyte efc al., 1982, J. Mol. Biol. 157:105-31). Se sabe que ciertos aminoácidos pueden ser sustituidos por otros aminoácidos que tienen un valor hidropático o similar y aún retener una actividad biológica similar. Para hacer cambios basados en el índice hidropático, la sustitución de aminoácidos cuyos índices hidropáticos están dentro de +2 son los preferidos, de modo que aquellos que están dentro de +1 son particularmente preferidos, y aquellos dentro de +0.5 son preferidos de manera aún más particular. También debe comprenderse en la técnica que la sustitución de aminoácidos similares puede hacerse efectivamente sobre la base de la hidrofilicidad, particularmente donde la proteína o péptido biológica y funcionalmente creado por ésta se pretende usar en modalidades inmunológicas , como en el presente caso. La hidrofilicidad promedio local mayor de una proteína, como la gobernada por la hidrofilicidad de sus aminoácidos adyacentes, se correlaciona con su inmunogenicidad y antigenicidad, es decir, con una propiedad biológica de la proteína . Los siguientes valores de hidrofilicidad han sido asignados a esos aminoácidos residuales: arginina (+3.0); lisina (+3.0); aspartato (+3.0 + 1); glutamato (+3.0 + 1); serina (+0.3); asparagina (+0.2); glutamina (+0.2); glicina (0); treonina (-0.4); prolina (-0.5 + 1); alanina (-0.59); histidina (-0.5); cisteina (-1.0); metionina (-1.3); valina (-1.5); leucina (-1.8); isoleucina (-1.8); tirosina (-2.3); fenilalanina (-2.5); y triptófano (-3.4). Para hacer cambios sobre la base de los valores de hidrofilicidad similares dada la sustitución de aminoácidos cuyos valores de hidrofilicidad están dentro de +2 y la preferida, aquéllos que están dentro de +1 son particularmente preferida, y aquéllos dentro de +0.5 son aún más particularmente preferidos. También pueden identificarse epitopes de secuencia de aminoácidos primarios sobre la base de la hidrofilicidad. Esas regiones también son referidas como "regiones centrales epitópicas". Las sustituciones de aminoácidos deseadas (sean conservativas o no) pueden ser determinadas por aquellos expertos en la técnica cuando se deseen esas sustituciones. Por ejemplo, las sustituciones de aminoácidos pueden ser usadas para identificar residuos importantes del polipéptido de HER-2sv, para incrementar o hacer disminuir la afinidad de los polipéptidos de HER-2sv descritos aquí. Las sustituciones de aminoácidos ejemplares se exponen en la Tabla 1.
TABLA I Sustituciones de aminoácidos Residuos Sustituciones Sustituciones originales e emplares preferidas Ala Val, Leu, lie Val Arg Lys, Gln, Asn Lys Asn Gln Gln Asp Glu Glu Cys Ser, Ala Ser Gln Asn Asn Glu Asp Asp Gly Pro, Ala Ala His Asn, Gln, Lys, Arg Arg lie Leu, Val, Met, Ala, Leu Phe, Norleucina Leu Norleucina, lie, lie Val, Met, Ala, Phe Lys Arg, Acido 1,4 Diamino- Arg butírico, Gln, Asn Met Leu, Phe, lie Leu Phe Leu, Val, lie, Ala, leu Tyr TABLA I (continuación) Residuos Sustituciones Sustituciones originales e emplares preferidas Pro Ala Gly Ser Thr, Ala, Cys Thr Thr Ser Ser Trp Tyr, Phe Tyr Tyr Trp, Phe, Thr, Ser Phe Val lie, Met, Leu, Phe Leu Ala, Norleucina Un experto en la técnica podrá determinar las variantes adecuadas del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 usando técnicas bien conocidas. Para identificar las áreas adecuadas de las moléculas que pueden ser cambiadas sin destruir la actividad biológica, un experto en la técnica puede ser blanco en áreas que cree son importantes para la actividad. Por ejemplo, cuando polipéptidos similares con actividades similares de la misma especie o de otra especie sean conocidos, un experto en la técnica puede comparar la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv con esos polipéptidos similares. Con esa comparación, puede identificar residuos y porciones de las moléculas que estén conservadas entre polipéptidos similares. Se apreciará que los cambios en las áreas de la molécula de HER-2sv que no estén conservadas en relación a esos polipéptidos similares con menos probabilidad afectarían de manera adversa la actividad y/o estructura biológica de un polipéptido de HER-2sv. Un experto en la técnica también sabría que, aún en regiones relativamente conservadas, pueden sustituirse aminoácidos químicamente similares por residuos naturales mientras se retenga la actividad (y sustituciones conservativas de aminoácidos residuales) . Por lo tanto, una vez que puedan ser importantes para la actividad biológica o para la estructura pueden ser sometidas a sustituciones conservativas de aminoácidos sin destruir la actividad biológica o sin afectar de manera adversa la estructura del polipéptido . Adicionalmente, un experto en la técnica puede revisar estudios de estructuras-función que identifiquen residuos en polipéptidos similares que sean importantes para la actividad o estructura. En vista de esa comparación, puede predecirse la importancia de los aminoácidos residuales en un polipéptido de HER-2sv que corresponda a los aminoácidos residuales que sean importantes para la actividad o estructura en polipéptidos similares. Un experto en la técnica puede optar por sustituciones de aminoácidos químicamente similares- por esos aminoácidos residuales importantes predichos de polipéptidos de HER-2sv. Un experto en la técnica también puede analizar la estructura tridimensional y la secuencia de aminoácidos en relación a esa estructura en polipéptidos similares. En vista de esa información, un experto en la técnica puede predecir la alineación de los aminoácidos residuales del polipéptido HER-2 sv con respecto a su estructura tridimensional. Un experto en la técnica puede elegir no hacer cambios radicales a los aminoácidos residuales descritos que estarán sobre la superficie de la proteína, puesto que esos residuos pueden estar implicados en interacciones importantes con otras moléculas. Además, un experto en la técnica puede generar variantes de prueba que contengan sustitución de aminoácidos en cada aminoácido residual. Las variantes podrían ser seleccionadas usando ensayos de actividad conocidos por aquellos expertos en la técnica. Esas variantes podrían ser usadas para recabar información acerca de variantes adecuadas. Por ejemplo, si se descubre que un cambio a un aminoácido particular da como resultado destrucción de la actividad, actividad reducida de manera indeseable, o inadecuada, las variantes con ese cambio serán evitadas. En otras palabras, sobre la base de la información recabada de esos experimentos de rutina, un experto en la técnica puede determinar fácilmente los aminoácidos donde deberán ser evitadas sustituciones adicionales solas o en combinación con otras mutaciones. Un número de publicaciones científicas se han dedicado a la predicción de la estructura secundaria. Véase Moult, 1996, Curr. Opin. Biotechnol . 7:422-27; Chou et al., 1974, Biochemistry 13:222-45; Chou et al., 1974, Bioche istry 113:211-22; Chou et al., 1978, Adv. Enzymol . Relat. Areas Mol. Biol . 47:45-48; Chou et al., 1978, Ann. Rev. Biochem. Al : 251-276 ; y Chou et al., 1979, Biophys . J. 26:367-84. Además, actualmente se encuentran disponibles programas de computadora para ayudar a predecir la estructura secundaria. Un método para predecir estructuras secundarias se basa en el modelaje de homología. Por ejemplo, dos polipéptidos o proteínas que tienen una identidad de secuencia de más del 30%, o similitud mayor del 40%, con frecuencia tienen topologías estructurales similares. El reciente crecimiento de las bases de datos estructurales de proteínas (PDB por sus siglas en inglés) ha proporcionado una mayor capacidad de predicción de la estructura secundaria, incluyendo el número potencial de pliegues dentro de la estructura de un polipéptido o proteína. Véase Holm et al., 1999, Nucleic Acids Res. 27:244-47. Se ha sugerido que existen números limitados de pliegues en un polipéptido o proteína dada y que una vez que ha sido resuelto un número crítico de estructuras, la predicción estructural se volverá dramáticamente más exacta (Brenner et al. , 1997, Curr. Opin. Struct. Biol. 7:369-76). Los métodos adicionales para predecir la estructura secundaria incluyen "enhebrado" (Jones, 1997, Curr. Opin. Struct. Biol. 7:377-87; Sippl et al., 1996, Structure 4:15-19), "análisis de perfil" (Bowie et al., 1991, Science, 253:164-170; Gribsko et al., 1990, Methods Enzymol. 183:146-59; Gribskov et al., 1987, Proc. Nat. Acad. Sci. E.U.A. 84:4355-58) y "enlace evolutivo" (Véase Holm et al., supra y Brenner et al., supra). Las variantes polipeptidicas de HER-2sv preferidas incluyen variantes de glicosilación donde el número y/o tipo de sitios de glicosilación han sido alterados en comparación con la secuencia de aminoácidos expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. En una modalidad, las variantes polipeptidicas de HER-2sv comprenden un número mayor o menor de sitios de glicosilación ligados a N que la secuencia de aminoácidos expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. Un sitio de glicosilación ligado en N se caracteriza por la secuencia: Asn-X-Ser o Asn-X-Thr, donde el aminoácido residual designado como X puede ser cualquier aminoácido residual excepto prolina. La sustitución de aminoácidos residuales para crear esta secuencia proporciona un nuevo sitio potencial para la adición de una cadena de carbohidrato ligada en N. De manera alternativa, las sustituciones que eliminan esta secuencia removerán una cadena de carbohidrato ligada en N existente. También se proporciona un rearrejlo de cadenas de carbohidratos ligadas en N donde uno o más sitios de glicosilación ligados a N (típicamente aquellos naturales) son eliminados y son creados uno o más sitios ligados a N nuevos. Las variantes de HER-2sv preferidas adicionales incluyen variantes de cisteína, donde uno o más de los residuos de cisteína están suprimidos o sustituidos con otros aminoácidos (por ejemplo, serina) en comparación con la secuencia de aminoácidos expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. Las variantes de cisteína son útiles cuando los polipéptidos de HER-2sv deben ser replegados a una conformación biológicamente activa como después del aislamiento de cuerpos de inclusión insolubles. Las variantes de cisteína generalmente tienen menos residuos de cisteína que la proteína nativa, y típicamente tienen un número para minimizar las interacciones resultantes de cisteínas no apareadas. En otras modalidades, las variantes de polipéptido de HER-2sv comprenden una secuencia de aminoácidos expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 con al menos una inserción de aminoácido donde el polipéptido tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, S-EQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, o una secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 con al menos una supresión de aminoácido y donde el polipéptido tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. Las variantes de polipéptidos de HER-2sv también comprende una secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 donde, el polipéptido tiene una truncación carboxilo- y/o amino-terminal y donde además el polipéptido tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. Las variantes del polipéptido de HER-2sv que comprenden además una secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 con al menos una modificación que es una sustitución de aminoácidos, una inserción de aminoácidos, una supresión de aminoácidos, truncación carboxilo-terminal , o truncación amino-terminal y donde el polipéptido tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10. En modalidades adicionales, las variantes del polipéptido de HER-2sv comprenden una secuencia de aminoácidos que es al menos aproximadamente 70 por ciento idéntica a la secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. En modalidades preferidas, las variantes del polipéptido de HER-2sv comprenden una secuencia de aminoácidos que es al menos aproximadamente 75 por ciento, o aproximadamente 80 por ciento, o aproximadamente 85 por ciento, o aproximadamente 90 por ciento, o aproximadamente 95, 96, 97, 98, ó 99 por ciento idénticas a la secuencia de aminoácidos expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. Las variantes de polipéptidos de HER-2sv poseen al menos una actividad de un polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. Además, el polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10, u otro polipéptido de HER-2sv, puede ser fusionado un polipéptido homólogo para formar un homodimero o a un polipéptido heterólogo para formar un heterodimero. Los péptidos y polipéptidos heterólogos incluyen, pero no se limitan a: un epitope para permitir la detección y/o aislamiento de un polipéptido de fusión de HER-2sv; una proteina receptora transmembranal o una porción de la misma, como un dominio extracelular o un dominio transmembranal e intracelular . Un ligando o una porción del mismo que se une a una proteina receptora transmembranal ; una enzima o porción de la misma que es catalíticamente activa; un polipéptido o un péptido el cual promueve la oligomerización, como un dominio de cremallera de leucina, un polipéptido o péptido el cual incrementa la estabilidad, como una región constante de inmunoglobulina; un polipéptido el cual tiene una actividad terapéutica diferente a la del polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO : 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, u otro polipéptido de HER-2sv. Las fusiones pueden ser hechas en cualquier amino terminal o carboxilo terminal del polipéptido que comprende las secuencias de aminoácidos expuestas a continuación en cualquiera de SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 SEQ ID NO : 6 SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10 u otro polipéptido HER-2s . Las fusiones pueden ser directas como molécula no enlazante o adaptadora o pueden ser a través de una molécula enlazante o adaptadora. Una molécula enlazante o adaptadora puede ser uno o más aminoácidos residuales, típicamente de aproximadamente 20 hasta aproximadamente 50 aminoácidos residuales. Una molécula enlazante o adaptadora también puede ser diseñada con un sitio de escisión por una endonucleasa de restricción de ADN o por una proteasa para permitir la separación de las porciones fusionadas. Se apreciará que una vez construidos, los polipéptidos de fusión pueden ser. derivados de acuerdo a los métodos descritos aquí . En una modalidad adicional de la invención, el polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10, u otro polipéptido de HER-2sv, es fusionado a uno o más dominios de una región Fe de IgG humana. Los anticuerpos comprenden dos partes funcionalmente independientes, un dominio variable conocido como "Fab" , que se une a un antígeno, y un dominio constante conocido como "Fe" que está implicado en las funciones efectoras como la activación del complemento y ataque por células fagocíticas. Un Fe tiene una vida media en suero prolongada, mientras que un Fab es de vida corta. Capón et al., 1989, Natura 337:525-31. Cuando son construidos junto con una proteína terapéutica, un dominio Fe puede proporcionar una vida media más prolongada o incorporar funciones como unión del receptor de Fe, unión de proteína A, fijación de complemento, y quizá aún transferencia placentaria. Id. La tabla II resume el uso de ciertas funciones de Fe conocidas en la técnica.
TABLA II Fusión de Fe con proteínas terapéuticas Forma del Fe Par de Implicaciones terapéuticas Referencia fusión IGgl N-terminal Enfermedad de Hodgkin; Patente Estadounidense No. de CD30-L linfoma anaplástico; 5,480,981 leucemia de células T Fcy2a Murino IL-10 Antiinflamatoria Zheng et al., 1995, J. rechazo de transplante I unol. 154:5590-600 IgGl Receptor Choque séptico Fisher et al., 1996, N. de TNF Engl. J. Med. 334:1697- 1702; Van Zee et al., 1996 J. Immunol. 156:2221-30 IgG, IgA, Receptor Inflamación, trastornos Patente Estadounidense No. Ig , o IgE de TNF autoinmunes 5,808,029 (excluyendo el primer dominio) IgGl Receptor SIDA Capón et al., 1989 de CD4 Nature 337:525-31 IgGl, N-terminal Anticáncer, antiviral Harvill et al., 1995 IgG3 de IL-2 Immurtotech 1:95-102 IgGl C-terminal Osteoartritis; WO 97/23614 de OPG densidad ósea IgGl N-terminal Antiobesidad PCT/US 97/23183, de leptina presentada en Diciembre 11, 1197 IgCyl Humano CTLA-4 Desordenes autoinmunes Linsley, 1191, J. Exp. Med. 174:561-69 En un ejemplo, puede ser fusionada una región CH2 y CH3 de bisagra de IgG humana al amino-terminal o carboxilo-terminal del polipéptido HER-2sv usando métodos conocidos por los expertos en la técnica. En otro ejemplo, puede ser fusionada la región CH2 y CH3 de la bisagra de IgG humana a cualquiera del amino-terminal o carboxilo-terminal de un fragmento de polipéptido de HER-2sv (por ejemplo, la porción extracelular predicha del polipéptido de HER-2sv) . El polipéptido de fusión de HER-2sv resultante puede ser purificado mediante el uso de una columna de afinidad de proteina A. Se ha encontrado que los péptidos y proteínas fusionados a una región Fe exhiben una vida media sustancialmente mayor in vivo que la contraparte no fusionada. También, una fusión a una región Fe permite la dimerización/multimerización del polipéptido de fusión. La región Fe puede ser una región Fe natural o puede ser alterada para mejorar ciertas cualidades, como cualidades terapéuticas, tiempo de circulación o agregación reducida. La identidad y similitud de moléculas de ácido nucleico y polipéptidos relacionados son calculadas fácilmente por métodos conocidos. Esos métodos incluyen, pero no se limitan a aquellos descritos en Computational Molecular Biology (A.M. Lesk, ed., Oxford University Press 1988); Biocomputing: Informatics and Genome Projects (D.W. Smith. Ed., Academic Press 1993); Computer Analysis of Sequence Data (Parte 1, A. . Griffin-and -H.G. Griffin, eds . , Humana Press 1994); G. Von Heinle, Sequence Analysis in Molecular Biology (Academic Press 1987); Sequence Analysis Primer (M. Gribskov and J. Devereux, eds., M. Stockton Press 1991); y Carillo et al., 1988 SIAM J. Applied Math. 48:1073. Los métodos preferidos para determinar la identidad y/o similitud están diseñados para dar un apareamiento más grande entre las secuencias probadas. Los métodos para determinar la identidad y similitud son descritos en programas de computadora disponibles públicamente. Los métodos de los programas de computadora preferidos para determinar la identidad y similitud entre dos frecuencias incluyen pero no se limitan a, el paquete del programa GCG, incluyendo el GAP (Devereux et al., 1984 Nucleic Acids Res. 12:387; Genetics Computer Group, University of Wisconsin, Madison, I), BLASTO, BLASTN, y FASTA (Altschul et al.. 1990, J. Mol. Biol. 215:403-10) . El programa BLASTX se encuentra públicamente disponible del National Center for Biotechnology Information (NCBI) y otras fuentes (Altschul et al., BLAST Manual (NCB NLM NIH, Bethesda, MD) ; Altschul et al., 1990 supra) . También puede ser usado el algoritmo de Smith aterman bien conocido para determinar la identidad. Ciertos esquemas de alineación para alinear dos secuencias de aminoácidos pueden dar como resultado el apareamiento de solo una región corta de la dos secuencias, y esta, región alineada pequeña puede tener una identidad de secuencia muy alta aún cuando no exista una relación significativa entre dos secuencias de longitud completa. En consecuencia, en una modalidad preferida, el método de alineación seleccionado (programa GAP) dará como resultado una alineación que abarca al menos 50 aminoácidos contiguos del polipéptido reclamado. Por ejemplo, usando el algoritmo de computadora GAP (Genetics Computer Group, Universidad de Wisconsin, Madison, WI), dos polipéptidos para los cuales va a ser determinado el por ciento de identidad de secuencia son alineados para el apareamiento óptimo de sus aminoácidos respectivos (el "especio apareado" de acuerdo a lo determinado por el algoritmo) . Una penalidad de abertura de espacio, (la cual es calculada como 3X en promedio; la "diagonal promedio" es el promedio de la diagonal de la matriz de comparación que este siendo usada; la "diagonal" es el valor o número asignada a cada apareamiento de aminoácidos perfecto por la matriz de comparación particular) y una penalidad de extensión de espacio (la cual es usualmente 0. IX la penalidad de abertura de espacio) , asi como una matriz de comparación como PAM 250 o BLOSUM 62 son usados en conjunto con el algoritmo. También es usada por el algoritmo una comparación estándar (véase Dayhoff et al., 5 Atlas of Protein Sequence and Structure (Supp. 3 1978) (matriz de comparación PAM250) ; Henikoff et al., Proc. Nati. Aca-d. Sel USA 89:10915-19 (matriz de comparación BLOSUM 62)). Los parámetros preferidos para la comparación de la secuencia polipeptidica incluyen los siguientes: Algoritmo: Needleman y Wunsch, 1970, J. Mol. Biol . 48 : 443-53; Matriz de comparación: BLOSUM 62 (Henikoff et al., supra) ; Penalidad de espacio: 12 Penalidad de longitud de espacio: 4 Umbral de similitud: 0 El programa GAP es útil con los parámetros anteriores. Los parámetros mencionados anteriormente son parámetros predeterminado para comparaciones de polipéptidos (sin penalidad de espacios finales) usando el algoritmo GAP. Los parámetros preferidos para la comparación de la secuencia de la molécula de ácido nucleico incluyen Los siguientes: Algoritmo: Needleman y Wunsch, supra; Matriz de comparación: apareamiento =+10, malos apareamientos = 0 Penalidad de Espacio: 50 Penalidad de Longitud de Espacio: 3 El programa GAP también es útil con los parámetros anteriores. Los parámetros mencionados anteriormente son los parámetros predeterminados para comparaciones de moléculas de ácido nucleico. Pueden ser usados otros algoritmos, penalidades de aberturas de espacio, penalidades de extensión de espacio, matrices de comparación y umbrales de similitud ejemplares, incluyendo aquellos expuestos en el Manual del Programa, Paquete Wisconsin, Versión 9, Septiembre, 1997. La elección particular se volverá evidente a aquellos expertos en la técnica y dependerá de la comparación específica a efectuar, como ADN a ADN, proteína a proteína, proteína a ADN,, y adicionalmente, si la comparación es entre pares de secuencias (caso en el cual generalmente se prefieren el GAP o BestFit) o entre una secuencia y una base de datos grande de secuencias (caso en el cual se prefieren FASTA o BLASTA) . 3. Moléculas de Acido Nucleico Las moléculas de ácido nucleico que codifican para un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de un péptido tier-2sv pueden ser obtenidas fácilmente en una variedad de formas, incluyendo, sin limitación, síntesis química, selección de bibliotecas de ADNc o genómico, selección de bibliotecas de expresión y/o amplificación PCR de ADNc. Los métodos de ADN recombinante usados aquí son aquellos generalmente expuestos en Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989) y/o Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel et al., des., Green Publishers Inc. y iley and Sons 1994) . La invención proporciona moléculas de ácido nucleico como se describe aquí métodos para obtener esas moléculas. Donde ha sido identificado un gen que codifica para la secuencia de aminoácidos del polipéptido de HER-2sv de una especie, toda o una porción de ese gen puede ser usado como sonda para identificar ortólogos o genes relacionados de la misma especie. Las sondas o cebadores pueden ser usados para seleccionar bibliotecas de ADNc de varias fuentes de tejidos que se cree expresan el polipéptido de HER-2sv. Además, parte o toda una molécula de ácido nucleico que tenga la secuencia expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7 o SEQ ID NO: 9 puede ser usada para seleccionar una biblioteca genómica para identificar y aislar un gen que codifique para la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv. Típicamente, se emplearán condiciones de rigurosidad moderada a alta para seleccionar el número mínimo de falsos positivos obtenidos de la selección. Las moléculas de ácido nucleico que codifican para la secuencia de aminoácidos de polipéptidos de HER-2sv también pueden ser identificadas por clonación de expresión la cual emplea la detección de clonas positivas sobre la base de una propiedad de la proteína expresada. Típicamente, las bibliotecas de ácido nucleico son seleccionadas por la unión de un anticuerpo u otro par de unión (por ejemplo receptor o ligando) a proteínas clonadas que son expresadas y presentadas sobre la superficie de una célula anfitriona. El anticuerpo o par de unión es modificado con una marca detectable para identificar aquellas células que expresan la clona deseada. Las técnicas de expresión recombinante conducidas de acuerdo con las descripciones expuestas más adelante pueden ser seguidas para producir esos polinucleótidos y para expresar los polipéptidos codificados. Por ejemplo, insertando una secuencia de ácido nucleico que codifique para la secuencia de aminoácidos de HER-2sv en un vector apropiado, el experto en la técnica puede producir fácilmente grandes cantidades de la secuencia nucleotídica deseada. Las secuencias pueden entonces ser usadas para generar sondas de detección o cebadores de amplificación. De manera alternativa, puede ser insertado un polinucleótido que codifique para la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv en un vector de expresión. Mediante la introducción del vector de expresión en un anfitrión apropiado, el polipéptido de HER-2sv codificado puede ser producido en grandes cantidades. Otro método para obtener una secuencia de ácido nucleico adecuada es la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) . En este método se prepara ADNc a partir de poli (A) +ARN o ARN total usando la enzima transcriptasa inversa. Entonces son agregados dos cebadores, típicamente complementarios a dos regiones separadas entre el ADNc que codifica para la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv, al ADNc junto con una polimerasa como la polimerasa de Taq y la polimerasa amplifica la región del ADN entre los dos cebadores . Otros medios para preparar una molécula de ácido nucleico que codifica para la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv es la síntesis química usando métodos bien conocidos por los expertos en la técnica, como aquellos descritos por Engels et al., 1989, Angew, Chem. Intl. Ed. 28:716-34. Esos métodos incluyen, ínter alia, los métodos del fosfotriéster, fosforoamidita, y H-fosfonato para la síntesis de ácido nucleico. Un método preferido para esa síntesis química es la síntesis soportada sobre polímero usando la química de la fosforoamidita estándar. Típicamente, el ADN que codifica para la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv será de varios cientos de nucleótidos de longitud. Pueden ser sintetizados ácidos nucleicos de más de aproximadamente 100 nucleótidos como varios fragmentos usando esos métodos. Los fragmentos pueden entonces ser ligados juntos para formar la secuencia nucleotídica de longitud completa de un gen de HER-2sv. Usualmente, el fragmento de ADN que codifica para el amino-terminal del polipéptido tendrá un ATG, el cual codifica para un residuo de metionina. Esta metionina puede o no estar presente en la forma del polipéptido de HER-2sv, dependiendo de si el polipéptido producido en la célula anfitriona está diseñado para ser secretado de esa célula. También pueden ser usados otros métodos conocidos por los expertos en la técnica. En ciertas modalidades, variantes de ácido .nucleico contienen codones los cuales han sido alterados para la expresión óptima del polipéptido de HER-2sv en una célula anfitriona dada. Las alteraciones de codón particulares dependerán del polipéptido HER-2sv y la célula anfitriona seleccionada para la expresión. Esa "optimización de codón" puede ser llevada a cabo por una variedad de métodos, por ejemplo, seleccionando codones que sean precedidos para usarse en genes altamente expresados en una célula anfitriona dada. Pueden ser usados los algoritmos de computadora que incorporan tablas de frecuencia de codones como el "Eco_high . Cd" para la preferencia de genes bacterianos altamente expresados y que son proporcionados por el Paquete de la Universidad de isconsin Versión 9.0 (Genetics Computer Group, Madison, WI). Otras tablas de frecuencia de codones útiles incluyen los "Celegans_high . cod, " "Celegans_low . cod, " "Drosophila_high. cod, " "Human_high . cod, " "Maize_high. cod, " y "Yeast_high.cod. " En algunos casos, puede ser deseable preparar moléculas de ácido nucleico que codifiquen para variantes de polipéptido de HER-2sv. Las moléculas de ácido nucleico que codifican para variantes pueden ser producidas usando mutagénesis dirigida al sitio, amplificación por PCR, u otros métodos apropiados, donde los cebadores tienen las mutaciones puntuales deseadas (véase Sambrook et al., supra, y Ausuble et al., supra, para descripciones de las técnicas de mutagénesis) . La síntesis química usando los métodos descritos por Engels et al., supra, también pueden ser usadas para preparar esas variantes. También pueden ser usados por los expertos en la técnica. 4. Vectores y Células Anfitrionas Una molécula de ácido nucleico que codifica para: la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv es insertada. en un vector de expresión apropiado usando técnicas de ligación estándar. El vector es seleccionado típicamente, de modo que sea funcional en la célula anfitriona particular empleada (es decir, el vector es compatible con la maquinaria de la célula anfitriona, de modo que la amplificación del gen y/o expresión del gen puede ocurrir) . Una molécula de ácido nucleico que codifica para la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de HER-2sv puede ser amplificada/expresada en células anfitrionas procarióticas , de levadura, insecto (sistemas de baculovirus ) y/o eucarióticas . La selección de la célula anfitriona dependerá en parte de si un polipéptido de HER-2sv va a ser modificado postraslacionalmente (por ejemplo, glicosilado y/o fosforilado). Si es asi, las células anfitrionas de levadura, insecto o mamífero son las preferidas. Para una revisión de los vectores de expresión, véase Meth. Enz . , vol. 185 (D.V. Goeddel, ed., Academic Press 1990) . Típicamente, los vectores de expresión usados en cualquiera de las células anfitrionas contendrán secuencias para el mantenimiento plasmídico y para la clonación y expresión de secuencias nucleotídicas exógenas. Esas secuencias, referidas colectivamente como "secuencias flanqueantes" en ciertas modalidades incluirán, típicamente, una o más de las siguientes secuencias nucleotídicas: un promotor, una o más secuencias mej oradoras, un origen de replicación, una secuencia de terminación transcripcional, una secuencia de intrón completa que contiene un sitio de empalme donador y receptor, una secuencia que codifica para una secuencia líder para la secreción de polipéptido, un sitio de unión ribosomal, una secuencia de poliadenilación, una región enlazante para insertar el ácido nucleico que codifica para el polipéptido a ser expresado, y un elemento marcador seleccionable . Cada una de esas secuencias es discutida más adelante.
Opcionalmente el vector puede contener una secuencia que codifique para una "marca", es decir, una molécula oligonucleotidica localizada en el extremo 5' o 3' de la secuencia que codifique para el polipéptido de HER-2sv; la secuencia oligonucleotidica codifica para poliHis (como hexaHis) , u otra "marca" como FLAG, HA (hemaglutinina del virus de la influenza) , o myc para lo cual existen anticuerpos comercialmente disponibles. Esta marca es fusionada típicamente al polipéptido tras la expresión del polipéptido y puede servir como medios para la purificación por afinidad del polipéptido de HER-2sv de la célula anfitriona. La purificación por afinidad puede ser efectuada, por ejemplo, por cromatografía en columna usando anticuerpos contra la marca como una matriz de afinidad. Opcionalmente, la marca puede ser removida posteriormente del polipéptido. de HER-2sv purificado por varios medios, como usando ciertas peptidasas para la escisión. Las secuencias flanqueantes pueden ser homologas (es decir de la misma especie y/o cepa que la célula anfitriona) , heteróloga (es decir, de una especie diferente a la especie o cepa de la célula anfitriona) , híbridas (es decir como una combinación de secuencias flanqueantes de más de una fuente) , o sintéticas, o las secuencias flanqueantes pueden ser secuencias nativas que normalmente funcionen para regular la expresión del polipéptido de HER-2sv. Por lo tanto, la fuente de una secuencia flanqueante puede ser cualquier organismo procariótico o eucariótico, cualquier organismo vertebrado o invertebrado, o cualquier planta, siempre que la secuencia flanqueante sea funcional en, y pueda ser activada, por la maquinaria de la célula anfitriona . Las secuencias flanqueantes útiles en los vectores de esta invención pueden ser obtenidas por cualquiera de varios métodos bien conocidos en la técnica. Típicamente, las secuencias flanqueantes útiles aquí - además de las secuencias flanqueantes del gen de HER-2sv - tenían que haber sido identificadas previamente por el trazo de su mapa y/o por digestión con endonucleasa de restricción y de este modo pueden ser aisladas de la fuente de tejido apropiada usando las endonucleasas de restricción apropiadas. En algunos casos, la secuencia nucleotídica completa de una secuencia flanqueante puede ser conocida. Aquí, la secuencia flanqueante puede ser sintetizada usando los métodos descritos aquí para la síntesis o clonación de ácido nucleico . Donde toda o solo una porción de la secuencia flanqueante es conocida, esta puede ser obtenida usando PCR y/o mediante la selección de una biblioteca genómica con un fragmento de secuencia oligonucleotídica y/o flanqueante adecuado para la misma u otra especie. Donde la secuencia flanqueante no es conocida, puede ser aislado un fragmento de ADN que contenga una secuencia flanqueante de una" pieza más grande de ADN que pueda contener, por ejemplo, una secuencia codificadora o aún otro gen o genes. El aislamiento puede ser efectuado por digestión -con endonucleasa de restricción para producir el fragmento de ADN apropiado seguido por el aislamiento usando purificación con gel de agarosa, cromatografía en columna Qiagen® (Chatsworth, CA) , u otros métodos conocidos por los expertos. La selección de la enzimas adecuadas para lograr este propósito serán fácilmente evidentes a un experto en la técnica. Un origen de replicación es típicamente una parte de aquellos vectores de expresión procarióticos obtenidos comercialmente, y las ayudas de origen en la amplificación del vector de una célula anfitriona. La amplificación del vector a un cierto número de copias pueden, en algunos casos, ser importante para la expresión óptima de un polipéptido de HER-2sv. Si el vector de elección no contiene un origen de sitio de replicación, puede ser sintetizado químicamente uno sobre la base de una secuencia conocida, y ligado en el vector. Por ejemplo, el origen de replicación del plásmido pBR322 (New England Biolabs, Beverly, A) es adecuado para la mayoría de las bacterias gram negativas y varios orígenes (por ejemplo, SV40, polioma, adenovirus, virus de la estomatitis vesicular (VSV) , o papiloma virus como el HPV o BPV) son útiles para clonar- vectores en celular de mamífero. Generalmente, el origen del componente de replicación no es necesario para vectores de expresión de mamíferos (por ejemplo el origen de SV40 es con frecuencia usado únicamente debido a que contiene el promotor inicial) . Una secuencia de terminación de la transcripción se localiza típicamente en 3' del extremo de una región que codifica para un polipéptido y sirve para terminar la transcripción. Usualmente, una secuencia de terminación de la transcripción en una célula procariótica es un fragmento rico en G-C seguido por una secuencia de poli-T. Aunque la secuencia es clonada fácilmente de una biblioteca o aún comprada comercialmente como parte de un vector, esta también puede ser sintetizada fácilmente usando métodos para la síntesis de ácido nucleico como aquellos descritos aquí. Un elemento de gen marcador seleccionable que codifica para una proteína necesaria para la sobrevivencia y crecimiento de una célula anfitriona que crece en un medio de cultivo selectivo. Los genes marcadores de selección típicos codifican para proteínas que (a) confieren resistencia a antibióticos u otras toxinas, por ejemplo, ampicilina, tetraciclina, o 'kanamicina para células anfitrionas procarióticas ; (b) deficiencias auxotrópicas de complemento de la célula; o (c) suministro de nutrientes críticos no disponibles de los medios complejos. Los marcadores seleccionables preferidos son el gen de resistencia a la kanamicina , el gen de resistencia a la ampicilina, el gen de resistencia a la tetraciclina . También puede ser usado un gen de resistencia a la neomicina para la selección en células anfitrionas procarióticas y eucarióticas . Pueden ser usados otros genes de selección para amplificar el gen que será expresado. La amplificación es el proceso donde los genes que son de mayor demanda para la producción de una proteina critica para el crecimiento son reiterados en serie dentro de los cromosomas de generaciones sucesivas de generaciones recombinantes . Los ejemplos de marcadores seleccionables adecuados para células de mamífero incluyen a la dihidrofolato reductasa (DHFR) y la timidina cinasa. Los transformantes de células de mamífero son colocados bajo presión de selección donde únicamente los transformantes están adaptados de manera única para sobrevivir en virtud del gen de selección presente en el vector. La presión de selección es impuesta cultivando las células transformadas bajo condiciones en las cuales la concentración del agente de selección en el medio es cambiada sucesivamente, conduciendo por lo tanto a la amplificación del gen de selección y el ADN que codifica para un polipéptido de HER-2sv. Como resultado, se sintetizan mayores cantidades de polipéptido de HER-2sv a partir del ADN amplificado .
Usualment es necesario el sitio de unión de ribosoma para el inicio de la traducción del AR m y este se caracteriza por una secuencia de Shine-Dalgano (procariotes) o una secuencia de Kozak (eucariotes) . El elemento se localiza típicamente 3' al promotor y 5' a la secuencia codificadora de un polipéptido de HER-2sv a ser expresado. La secuencia de Shine-Dalgarno es variada pero típicamente es una polipurina (es decir, que tiene un alto contenido de A-G) . Han sido identificadas muchas secuencias de Shine-Dalgarno, cada una de las cuales puede ser sintetizada fácilmente usando los métodos expuestos aquí y usados en un vector procariotico. Puede ser usada una secuencia líder, o señal, para dirigir un polipéptido de HER-2sv hacia fuera de la célula anfitriona. Típicamente, se coloca una secuencia nucleotídica que codifique para la secuencia señal en la región codificadora de una molécula de ácido nucleico de HER-2sv, o directamente en el extremo 5' de una región que codifique para el polipéptido de HER-2sv. Han sido identificadas muchas secuencias señal, y puede ser usada cualquiera de aquellas que sean funcionales en la célula anfitriona seleccionada en conjunto con una molécula de ácido nucleico de HER-2sv. Por lo tanto, una secuencia señal puede ser homologa (natural) o heteróloga a la molécula de ácido nucleico de HER-2sv. Adicionalmente, una secuencia señal puede ser sintetizada químicamente usando los- métodos descritos aquí. En la mayoría de los casos, la secreción de un polipéptido de HER-2sv de la célula anfitriona vía la presencia de un péptido señal dará como resultado la remoción del péptido señal del polipéptido de HER-2sv secretado. La secuencia señal puede ser un componentes del vector, o puede ser parte de una molécula de ácido nucleico de HER-2sv que esté insertada en el vector. Incluido dentro del alcance de esta invención está el uso de cualquier secuencia nucleotídica que codifique para una secuencia señal de polipéptido de HER-2sv nativa unida a una región codificadora del polipéptido de HER-2sv o una secuencia nucleotídica que codifique para una secuencia señal heteróloga unida a una región codificadora de polipéptido de HER-2sv. La secuencia señal heteróloga seleccionada deberá ser una que sea reconocida y procesada, es decir, escindida por. una señal peptidasa, por la célula anfitriona. Para células anfitrionas procarióticas que no reconozcan y procesen la secuencia señal del polipéptido de HER-2sv nativa, la secuencia señal es sustituida por una secuencia señal procariótica seleccionada, por ejemplo, del grupo de la fosfatasa alcalina, penicilinasa, o líderes de enterotoxina II térmicamente estables. Para la secreción de levadura, la secuencia señal del polipéptido de HER-2sv nativa puede ser sustituida por la invertasa de levadura, factor alfa, o líderes de fosfatasa ácida. En las células de mamífero en la expresión de la secuencia- señal nativa es satisfactoria, aunque pueden ser adecuadas otras secuencias señal de mamífero . En algunos casos, como donde sea deseada la glicosilación en un sistema de expresión de célula anfitriona eucariótica, pueden manipularse las diferentes secuencias para mejorar la glicosilación y rendimiento. Por ejemplo, puede alterarse el sitio de escisión de peptidasa de un péptido señal particular, o agregar prosecuencias, lo cual también puede afectar la glicosilación. El producto proteico final puede tener, en la posición -1 (en relación al primer aminoácido de la proteina madura) uno o más aminoácidos adicionales que inciden sobre la expresión, los cuales pueden no , haber sido removidos totalmente. Por ejemplo, el. producto protéico final puede tener uno o dos aminoácidos' residuales encontrados en el sitio de escisión de peptidasa, unidos al amino-terminal . De manera alternativa, el uso de algunos sitios de escisión de enzima puede dar como resultado una forma ligeramente truncada del polipéptido de HER-2sv deseado, si la enzima corta en esa área dentro del polipéptido maduro. En muchos casos, la transcripción de una molécula de ácido nucleico es incrementada por la presencia de uno o más intrones en el vector; esto es particularmente cierto donde un polipéptido es producido en células anfitrionas eucarióticas, especialmente - células anfitrionas de mamífero. Los intrones usados pueden encontrarse de manera natural dentro del gen de HER-2sv, especialmente donde el gen usado es una secuencia genómica de longitud completa o un fragmento de la misma. Donde el intrón no se encuentra de manera natural dentro del gen (como para la mayoría de los ADNc) , el intrón puede ser obtenido de otra fuente. La posición del intrón con respecto a las secuencias flanqueantes y el gen de HER-2sv generalmente es importante, puesto que el intrón debe ser transcrito para ser efectivo. De este modo, cuando está siendo transcrita una molécula de ADNc de HER-2sv, la posición preferida para el intrón es 3' al sitio de inicio de la transcripción y 5' a la secuencia de terminación de la transcripción de poli-A. Preferiblemente, el intrón o intrones se localizarán en un lado u otro (es decir, 5' o 3' ) del ADNc, de modo que no interrumpa la secuencia codificadora. Puede ser usado cualquier intrón de cualquier fuente, incluyendo organismo virales, procarióticos y eucarióticos (plantas o animales) , para practicar esta invención, siempre que sea compatible con la célula anfitriona en la cual se ha insertado. También incluidos aquí están los intrones sintéticos. Opcionalmente , puede ser usado más de un intrón en el vector. Los vectores de expresión y clonación de la presente invención contendrán típicamente un promotor que es reconocido por el organismo -anfitrión y ligado operativamente a la molécula que codifica para el polipéptido de HER-2sv. Los promotores son secuencias no transcritas localizadas corriente arriba (es decir, 5') al . codón de inicio de un gen estructural (generalmente dentro de aproximadamente 100 a 1000 pb) que controla la transcripción del gen estructural. Los promotores son agrupados, convencionalmente, en una de dos clases: promotores inducibles y promotores constitutivos. Los promotores inducibles inician niveles incrementados de transcripción de ADN bajo su control en respuesta a algún cambio en las condiciones de cultivo, como la presencia o ausencia de un nutriente o un cambio en la temperatura. Los promotores constitutivos, por otro lado, inician la producción continua de producto genético; es decir, que existe poco o ningún control sobre la expresión del gen.. Un gran número de promotores, reconocidos por una variedad de células anfitrionas potenciales son bien conocidos. Un promotor adecuado es ligado operativamente al ADN que i codifica para el polipéptido de HER-2sv removiendo el promotor del ADN de origen por digestión con enzima de restricción e insertando la secuencia promotora deseada en el vector. La secuencia promotora de HER-2sv nativa puede ser usada para la amplificación y/o expresión directa de una molécula de ácido nucleico de HER-2sv. Se prefiere un promotor heterólogo, sin embargo, si este permite una mayor transcripción y rendimientos- mayores de la proteina expresada en comparación con el promotor nativo, y si es compatible con el sistema de la célula anfitriona que ha sido seleccionada para su uso. Los promotores adecuados para usarse con células anfitrionas eucaripóticas incluyen los sistemas promotores de beta-lactamasa y lactosa; fosfatasa alcalina; un sistema promotor de triptófano (trp) ; y promotores híbridos como el promotor de tac. También son adecuados otros promotores adecuados conocidos. Sus secuencias han sido publicadas, por lo tanto a un experto en la técnica ligarlas con la secuencia de AD deseada, usando enlazantes o adaptadores según sea necesario para suministrar cualesquier sitios de restricción útiles . Los promotores adecuados para usarse con anfitriones de levadura son bien conocidos en la técnica, los mejoradores de levadura son usados, de manera ventajosa con promotores de levadura. Los promotores adecuados para usarse con células anfitrionas de mamífero son bien conocidos e incluyen, pero no se limitan a, aquellos obtenidos de los genomas de virus como el virus del polioma, virus de la viruela aviar, adenovirus (como el Adenovirus 2), virus del papiloma bovino, virus del sarcoma aviario, citomegalovirus, retrovirus, virus de la hepatitis B y de manera más preferible Virus de Simio 40 (SV40) . Otros promotores de mamífero adecuados -incluyen promotores de mamífero heterólogos, por ejemplo, promotores de choque térmico y el promotor de actina. Los promotores adicionales que pueden ser de interés en el control de la expresión del gen HER-2sv incluyen, pero no se limitan a: la región promotora inicial de SV40 (Bernoist and Chambón, 1981 Nature 290:304-10); el promotor de C V; el promotor contenido en la repetición terminal larga 3' del virus del sarcoma de Rous (Yamamoto, et al., 1980, Cell 22:787-97); el promotor de timidina cinasa del herpes (Wagner et al., 1981, Proc. Nati. Acad. Sci. E.U.A 78:1444-45); las secuencias reguladoras del gen de metalotionina (Brinster et al., 1982, Nature 296:39-42); vectores de expresión procarióticos como el promotor de beta-lactamasa (Villa-Kamaroff et al., 1978, Proc. Nati. Acad.
Sci. E.U.A. , 75: 3727-31); o el promotor de tac (DeBoer et al., 1983, Proc. Nati. Acad. Sci. E.U.A., 80:21-25). También de interés son las siguientes regiones de control transcripcional de animales, los cuales exhiben una especificidad tisular y han sido utilizadas en animales transgénicos : la región de control del gen de la elastasa I la cual es activa en célula acinares pancreáticas (Swift et al., 1984, Cell 38:639-46; Ornitz et al., 1986, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 50:399-409 (1986); acDonald, 1987, Hepatology 7:425-515); la región de control del gen de la insulina la cual es activa en células beta pancreáticas (hanahan, 1985, Nature 315:115-22); la región de control del gen de la inmunoglobulina la cual es activa en células linfoides (Grosschedl et al., 1984, Cell 38:647-58; Adames et al., 1985, Nature 318:533-38; Alexander et al., 1987, Mol. Cell. Biol., 7:1436-44); la región de control del virus tumoral mamario de ratón la cual es activa en células testiculares, de mama, linfoides y mastocitos (Leder et al., 1986, Cell 45:485-95); la región de control del gen de la albúmina la cual es activa en el hígado (Pinkert et al.,, 1987, Genes and Devel. 1:268-76); la región de control del gen de la alfa-feto-proteína la cual es activa en el hígado (Krumlauf et al., 1985, Mol. Cell. Biol., 5:1639-48; Hammer et al., 1987 Science 235:53-58); la región de control del. gen de la alfa 1-antitripsina la cual es activa en el hígado (Kelsey et al., 1987, Genes and Devel. 1:1161-71); la región de control del gen de beta-globina la cual es activa en células mieloides (Mogram et al., 1985, Nature 315:338-40; Kollias et al., 1986, Cell 46:89-94); la región de control del gen de la proteína básica mielina la cual es activa en células oligodendrocíticas en el cerebro (Readhead et al., 1987, Cell 48:703-12); la región de control del gen de la cadena ligera 2 de la miocina la cual es activa en músculo esquelético (Sani, 1985, Nature 314:283-86); y la región de control del gen de la hormona liberadora gonadotrópica la cual es activa en el hipotálamo (Masón et al., 1986, Science 234 : 1372-78) . Puede ser insertada una secuencia mejoradora en el vector para incrementar la transcripción de un ADN que codifique para un polipéptido de HER-2sv de la presente invención por eucariotes superiores. Los mej oradores son elementos de ADN que actúan en la posición cis, de manera usual, de aproximadamente 10-300 pb de longitud, que actúan sobre el promotor para incrementar la transcripción. Los mejoradores son relativamente independientes de la orientación y posición. Ellos han encontrado 5' y 3' a la unidad de transcripción. Se conocen varias secuencias mejoradoras disponibles de genes de mamíferos (por ejemplo, globina, elastasa, albúmina, alfa-feto-proteína e insulina) . Típicamente, sin embargo, será usado un mejorador de un virus. El mejorador de SV40, el mejorador del promotor inicial de citomegalovirus, el mejorador de polioma, y mejoradores de adenovirus son elementos mejoradores ejemplares para la activación de promotores eucarióticos . Aunque puede ser empalmado un mejorador en el vector en una posición 5' o 3' a la molécula de ácido nucleico de HER-2sv, éste típicamente se localiza en un sitio 5' del promotor. Los vectores de expresión de la invención pueden ser construidos a partir de un vector inicial como un vector comercialmente disponible. Esos vectores pueden o no contener todas las secuencias flanqueantes deseadas. Donde una o más de las secuencias flanqueantes descritas aquí no están ya presentes en el vector, ellas pueden ser obtenidas individualmente y ligadas en el vector. Los métodos usados para obtener cada una de las secuencias flanqueantes son bien conocidos por los expertos en la técnica. Los vectores preferidos para practicar esta invención son aquéllos que son compatibles con células anfitrionas bacterianas, de insecto y mamífero. Esos vectores incluyen, Ínter alia, pCRII, pCR3, y pcDNA3.1 (Invitrogen, San Diego, CA) , pBSII (Stratagene, La Jolla, CA) , pET15 (Novagen, Madison, WI), pGEX (Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ) pEGFP-N2 (Clontech, Palo Alto, CA) , pETL (BlueBacII, Invitrogen), pDSR-alfa (Publicación Internacional No. WO 90/14363) y pFastBacDual (Gibco-BRL, Grand Island, NY) . Los vectores adecuados adicionales incluyen, pero no se limitan a cósmidos, plásmidos, virus modificados, pero será evidente que el sistema del vector debe ser compatible con la célula anfitriona seleccionada. Esos vectores incluyen, pero no se limitan a plásmidos como derivados del plásmido Bluescript (un alto número de copias de fagémido basado en ColEl; Stratagene Cloning Systems, La Jolla CA) , plásmidos de clonación por PCR diseñados para clonar productos de PCR amplificados por Taq (por ejemplo, el Equipo TOPOMR TA Cloning® y derivados del plásmido pCR2.1®; Invitrogen) , y vectores- de mamífero, levadura o virus como un sistema de expresión de baculovirus (derivados del plásmido pBacPAK; Clontech) . Después de que ha sido construido el vector y ha sido insertada una molécula que codifica para un polipéptido de HER-2sv en el sitio apropiado del vector, el vector completo puede ser insertado en una célula anfitriona adecuada para la amplificación y/o expresión del polipéptido. La transformación de un vector de expresión por un polipéptido de HER-2sv en una célula anfitriona seleccionada puede ser efectuada por métodos bien conocidos incluyendo métodos como la transíección, infección, cloruro de calcio, electroporacion, microinyección, lipofección, método con DEAE-dextran, u otras técnicas conocidas. El método seleccionado será en parte función del tipo de célula anfitriona a ser usada. Esos métodos y otros métodos adecuados son bien conocidos por aquellos expertos en la técnica, y se exponen, por ejemplo, en Sambrook et al . , supra . Las células anfitrionas pueden ser células anfitrionas procarióticas (como E. coli) o células anfitrionas eucarióticas (como una célula de levadura, insecto o vertebrado) . La célula anfitriona, cuando es cultivada bajo condiciones apropiadas, sintetiza un polipéptido de HER-2sv que puede ser recolectado posteriormente del medio de -cultivo (si la célula anfitriona secreta este hacia el medio) o directamente de la célula anfitriona que produzca este (si no es secretado) . La selección de una célula anfitriona apropiada dependerá de varios factores, como los niveles de expresión deseados, modificaciones del polipéptido que sean deseables o necesarias para la actividad (como glicosilación o fosforilación) y facilidad de pliegue en la molécula biológicamente activa. Se conocen numerosas células anfitrionas adecuadas en la técnica y muchas se encuentran disponibles del American Type Culture Collection (ATCC) , Manassas, VA. Los ejemplos incluyen, pero no se limitan a, células de mamífero, como las células de ovario de hámster Chino (CHO) , células CHO DHFR(-) (Urlaub et al., 1980, Proc, Nati. Acad. Sci . E.U.ñ. 97:4216-20), células 293 ó 293T de riñon embriónico humano (HEK) , o células 3T3. La selección de las células anfitrionas de mamífero adecuadas y los métodos para la transformación, cultivo o amplificación, selección, producción de producto, y purificación son conocidos en la técnica. Otras líneas celulares de mamífero adecuadas, son las líneas celulares COS-1 y COS-7 de mono, y la línea celular CV-1. Las células anfitrionas de mamífero ejemplar adicionales incluyen líneas celulares de primate y líneas celulares de roedor, incluyendo líneas celulares transformadas. También son adecuadas las células diploides normales,- cepas de células derivadas de cultivo in vitro de tejido primario, asi como explantes primarios. Las células candidatas pueden ser genotipicamente deficientes en el gen de selección, o pueden contener un gen de selección que actúe de manera dominante. Otras lineas celulares de mamífero adecuadas incluyen pero no se limitan a, células N2A de neuroblastoma de ratón, HeLa, células L-929 de ratón, líneas 3T3 derivadas de ratones Suizos, Balb-c o NIH, líneas de células de hámster BHK o HaK. Cada una de esas líneas es conocida por y está disponible a aquellos expertos en la técnica de la expresión de proteínas. Igualmente útiles como células anfitrionas adecuadas para la presente invención son las células bacterianas. Por ejemplo, las diferentes cepas de E. coli (por ejemplo, HB101, DH5cc, DH10 y MC1061) son bien conocidas-corno células anfitrionas en el campo de la biotecnología. También pueden ser empleadas varias cepas de B. subtilis, Pseudomonas spp. , otros Bacillus ssp. , Streptomyces spp. , y similares, en este método. Muchas cepas de células de levadura conocidas por aquellos expertos en la técnica también se encuentran disponibles como células anfitrionas para la expresión de los polipéptidos de la presente invención. Las células de levadura preferidas incluyen, por ejemplo, Saccharomyces cerivisae y Pichia pastoris .
Adicionalmente, cuando se desee, pueden ser utilizados sistemas de células de insecto en los métodos de la presente invención. Esos sistemas son descritos, por ejemplo, en Kitts et al., 1993, Biotechniques, 14:810-7; Lucklow, 1993, Curr. Opin. Biotechnol . 4:564-72; y Lucklow et al., 1993, J. Virol., 67:4566-79. Las células de insecto preferidas son Sf-9 e Hi5 (Invitrogen) . También pueden usarse animales transgénicos para expresar polipéptidos de HER-2sv glicosilados . Por ejemplo, puede usarse un animal transgénico productor de leche (una vaca o cabra, por ejemplo) y obtener el polipéptido glicosilado de la presente en la leche del animal. También pueden usarse plantas para producir polipéptidos de HER-2sv, sin embargo, en general, la glicosilación que ocurre en plantas es diferente a la que es producida en células de mamífero y puede dar como resultado un producto glicosilado que no sea adecuado para uso terapéutico en humanos. 5. Producción de Polipéptido Las células anfitrionas que expresan un vector de expresión de polipéptido de HER-2sv pueden ser cultivadas usando medios estándar bien conocidos por los expertos. Los medios usualmente contendrán todos los nutrientes necesarios para el crecimiento y sobrevivencia de las células. Los medios adecuados para cultivar células de E. coli incluyen, por ejemplo, el Caldo de Luria (LB) y/o el Caldo Terrífico (TB) . Los medios adecuados para cultivar células eucarióticas incluyen el medio del Roswell Park Memorial Institute 1640 (RPMI 1640), Medio Esencial Mínimo (MEM) y/o Medio de Eagle Modificado de Dulbecco (DMEM) , todos los cuales pueden ser suplementados con suero y/o factores del crecimiento, según sea necesario para la línea celular particular que esté siendo cultivada. Un medio adecuado para cultivos de insecto es el medio de Grace suplementado con yeastolato, hidrolizado de lactoalbúmina y/o suero de carnero fetal, según sea necesario. Típicamente, se agrega un antibiótico u otro compuesto útil para el crecimiento selectivo de las células transfectadas o transformadas como un suplemento a los medios. El compuesto a ser usado será dictado por el elemento marcador seleccionable presente sobre el plásmido con el cual la célula anfitriona fue transformada. Por ejemplo, donde el elemento marcador seleccionable es la resistencia a la kanamicina, el compuesto agregado al medio de cultivo será la kanamicina. Otros compuestos para el crecimiento selectivo incluyen a la ampicilina, tetraciclina y neomicina. La cantidad de un polipéptido de HER-2sv producida por una célula anfitriona puede ser evaluada usando los métodos estándar conocidos en la técnica. Esos métodos incluyen, sin limitación, el análisis de electroinmunotransfereneia Western, electroforesis sobre SDS gel de poliacrilamida, electroforesis sobre gel no desnaturalizante, separación por Cromatografía Líquida de Alto Desemmpeño (CLAD) , inmunoprecipitación, y/o ensayos de actividad como ensayos de desviación de unión de ADN. Si un polipéptido de HER-2sv ha sido diseñado para ser secretado de las células anfitrionas, la mayoría del polipéptido puede encontrarse en el medio de cultivo celular. Si, sin embargo, el polipéptido de HER-2sv no es secretado de las células anfitrionas, estará presente en el citoplasma y/o el núcleo (para células anfitrionas eucarióticas ) o en el citosol (para células anfitrionas de bacterias gram negativas) . Para un polipéptido de HER-2sv situado en el citoplasma y/o núcleo de la célula anfitriona (para células anfitrionas eucarióticas) o en el citosol (para células anfitrionas bacterianas), el material intracelular (incluyendo cuerpos de inclusión de bacterias gram negativas) puede ser extraído de la célula anfitriona usando cualquier técnica estándar conocida por los expertos. Por ejemplo, las células anfitrionas pueden ser lisadas para liberar el contenido del periplasma/citoplasma por una prensa Francesa, homogeneización, y/o sonicación seguida por centrifugación. Si un polipéptido de HER-2sv ha formado cuerpos de inclusión en el citosol, los cuerpos de inclusión pueden con frecuencia unirse a las membranas celulares interna y/o externa y de este modo se encontrarán principalmente en el material sedimentado después de la centrifugación. El material sedimentado puede entonces ser tratado a pH extremo o con un agente caotrópico como un detergente, guanidina, derivados de guanidina, urea, o derivados de urea en presencia de un agente reductor como el ditiotreitol a pH alcalino o tris carboxietil fosfina a pH ácido para liberar, separar, y solubilizar los cuerpos de inclusión. El polipéptido de HER-2sv solubilizado puede entonces ser analizado usando electroforesis sobre gel, inmunoprecipitación, o similares. Si se desea aislar el polipéptido de HER-2sv, el aislamiento puede ser efectuado usando métodos estándar como aquéllos descritos aquí y en Marston et al., 1990, Meth Enz., 182:264-75. En algunos casos, un polipéptido de HER-2sv puede no ser biológicamente activo después del aislamiento. Pueden ser usados varios métodos para "replegar" o convertir el polipéptido a su estructura terciaria y generar enlaces disulfuro para reestablecer la actividad biológica. Esos métodos incluyen exponer el polipéptido solubilizado a un pH usualmente superior a 7 en presencia de una concentración particular de un caotropo. La selección del caotropo es muy similar a las selecciones usadas para la solubilización de cuerpos de inclusión, pero usualmente el caotropo es usado a una concentración más baja y no es necesario que sean usados los mismos caotropos para la solubilización . En la mayoría de los casos la solución de repliegue/oxidación también contendrá un agente reductor o el agente reductor más su forma oxidada en una relación específica para generar un potencial redox particular que permita que ocurra el arrastre de disulfuro en la formación de puentes de cisteína de la proteína. Algunos de los pares redox comúnmente usados incluyen al de cisteína/cistamina, glutatión (GSH/ditiobis GSH, cloruro cúprico, ditiotreitol (DTT)/ditian DTT, y 2-2mercaptoetanol (bME) /ditio-b (ME) . En muchos casos, puede ser usado un cosolvente o puede ser necesario incrementar la eficiencia del repliegue, y los reactivos más comunes usados para este propósito incluyen al glicerol, polietilen glicol de varios pesos moleculares, arginina y similares. Si no se formaron cuerpos de inclusión en un grado significativo después de la expresión de un polipéptido de HER-2sv, entonces el polipéptido se encontrará principalmente en el sobrenadante después de la centrifugación del homogeneizado celular. El polipéptido puede ser aislado adicionalmente del sobrenadante como aquéllos descritos aquí. La purificación de un polipéptido de HER-2sv de la solución puede ser efectuada usando una variedad de técnicas. Si el polipéptido ha sido sintetizado de modo que contenga una marca como la Hexahistidina (polipéptido de HER- 2sv/hexaHis) u otro péptido - pequeño como FLAG (Eastman Kodak Co., New Haven, CT) o myc (Invitrogen) en cualquiera de su carboxilo o aminoterminal , este puede ser purificado en un proceso en un paso haciendo pasar la solución a través de una columna de afinidad donde la matriz de la columna tiene una " alta afinidad por la marca. Por ejemplo, la polihistidina se une con mayor afinidad y especificidad al níquel. De este modo, puede ser usada una columna de afinidad de níquel (como las columnas de níquel Qiagen ) , para la purificación del polipéptido de HER-2sv/poliHis. Véase, por ejemplo, Curren t Protocols en Molecular Biology d 10.11.8 (Ausubel et al., eds . , Green Publishers Inc. y Wiley and Sons 1993) . Adicionalmente, los polipéptidos de HER-2sv pueden ser purificados a través del uso de un anticuerpo monoclonal que sea capaz de reconocer y unirse específicamente a un polipéptido de HER-2sv. Otros procedimientos adecuados para la purificación incluyen, sin limitación, cromatografía de afinidad, cromatografía de inmunoafinidad, cromatografía de intercambio iónico, cromatografía por tamiz molecular, CLAD, electroforesis (incluyendo electroforesis con gel nativo) seguida por elusión en gel, y enfoque isoeléctrico preparativo (máquina/técnica "Isoprime", Hoefer Scientific, San Francisco, CA) . En algunos casos, pueden ser combinadas dos o más técnicas de purificación para lograr una mayor pureza como aquellos expuestos por errifield et al., 1963, J. Am. Chem. Soc. 85:2149; Houghten et al., 1985, Proc Nati Acad. Sci. EUA 82:5132; y Stewart and Young, Solid Phase Peptide Synthesis (Pierce Chemical Co. 1984). Esos péptidos pueden ser sintetizados con o sin metionia sobre el amino-terminal. Los polipéptidos de HER-2sv sintetizados químicamente pueden ser oxidados usando los métodos expuestos en esas referencias para formar puentes disulfuro. Se espera que los polipéptidos de HER-2sv sintetizados químicamente tengan actividad biológica comparable a los polipéptidos de HER-2sv correspondientes producidos de manera recombinante o purificados de fuentes naturales, y de este modo puedan ser usados de manera intercambiable con un polipéptido de HER-2sv recombinante o natural. Otros medios para obtener polipéptido de HER-2sv es vía purificación de muestras biológicas como tejidos y/o fluidos de origen en los cuales el polipéptido de HER-2sv se encuentre de manera natural. Esa purificación puede ser conducida usando métodos para la purificación de proteínas como se describe aquí. La presencia del polipéptido de HER-2sv durante la purificación puede ser verificada, o ejemplo, usando un anticuerpo preparado contra el polipéptido de HER-2sv producido de manera recombinante o fragmentos peptídicos del mismo.
Un número de métodos adicionales para producir ácidos nucleicos y polipéptidos son conocidos en la técnica, y los métodos pueden ser usados para producir polipéptidos que tengan especificidad por el polipéptido de HER-2sv. Véase, por ejemplo, Roberts et al., 1997, Proc . Nati. Acad. Sci. E.U.A. 94:12297-303, el cual describe la producción de proteínas de fusión entre un ARNm y su péptido codificado. Véase también, Roberts, 1999, Curr. Opin. Chem. Biol. 3:268-73. Adicionalmente, la Patente Estadounidense No. 5,824,469 describe métodos para obtener oligonucleótidos capaces de llevar a cabo una función biológica específica. El procedimiento implica generar un conjunto heterogéneo de oligonucleótidos, cada uno de los cuales tiene una secuencia aleatorizada 5' , una secuencia preseleccionada central, y una secuencia aleatorizada 3' . El grupo heterogéneo resultante es introducido en una población de células que no exhiben la función biológica deseada. Las subpoblaciones de las células son entonces seleccionadas por aquellas que exhiben una función biológica predeterminada. De esa subpoblación, son aislados los oligonucleótidos capaces de llevar a cabo la función biológica deseada. Las Patentes Estadounidenses Nos 5,763,192; 5,814,476; 5,723,323; y 5,817,483 describen procesos para producir péptidos o polipéptidos. Esto se hace produciendo genes estocásticos o fragmentos de los mismos, e introduciendo entonces -esos- genes en las células anfitrionas que producen una o más proteínas codificadas por los genes estocásticos . Las células anfitrionas son entonces seleccionadas para identificar aquellas clonas que producen péptidos o polipéptidos que tienen la actividad deseada. Otro método para producir péptidos o polipéptidos es descrito en la Publicación Internacional No. WO99/15650, presentada por Athersys, Inc. Conocida como "Activación Aleatoria de Expresión de Genes para Descubrir Genes" (RAGE-GD) , el proceso implica la activación de la expresión o sobreexpresión de genes endógenos de un gen por métodos de recombinación in situ. Por ejemplo, la expresión de un gen endógeno es activada o incrementada integrando una secuencia reguladora en la célula objetivo que es capaz de activar la expresión del gen por recombinación no homologa o ilegítima. El ADN objetivo es sometido primero a radiación, y se inserta un promotor genético. El promotor eventualmente localiza una interrupción en la parte frontal de un gen, iniciando la transcripción del gen. Esto da como resultado la expresión del péptido o polipéptido deseado. Se apreciará que esos métodos también pueden ser usados para crear bibliotecas de expresión de polipéptidos de HER-2sv completas, las cuales pueden ser usadas posteriormente para la selección fenotípica de alto rendimiento en una variedad de ensayos, como ensayos bioquímicos, ensayos celulares, y ensayo de organismos completos (por ejemplo, plantas, ratones, etc) . 6. Síntesis Será apreciado por aquellos expertos en la técnica que las moléculas de ácido nucleico y polipéptidos descritas aquí pueden ser producidas por medios recombinantes u otros. 7. Agentes de Unión Selectiva El término "agente de unión selectiva se refiere a una molécula que tiene especificidad por uno o más polipéptidos de HER-2sv. Los agentes de unión selectivos adecuados incluyen, pero no se limitan a, anticuerpos y derivados de los mismos, polipéptidos, y moléculas pequeñas. Los agentes de unión selectivos adecuados pueden ser preparados usando métodos conocidos en la técnica, un agente de unión selectivo de polipéptido de HER-2sv ejemplar de la presente invención es capaz de unirse a cierta porción del polipéptido de HER-2sv inhibiendo por lo tanto la unión del polipéptido a un receptor de polipéptido de HER-2sv. Los agentes de unión selectiva como los anticuerpos y fragmentos de anticuerpo que se unen a polipéptidos de HER-2sv están dentro del alcance de la presente invención. Los anticuerpos pueden ser policlonales incluyendo los policlonales monoespecíficos; monoclonales (AcM) ; recombinantes ; quiméricos; humanizados, como injertados con región determinante de la complementariedad (CDR por sus siglas en inglés); humanos; e una sola cadena; y/o biespecíficos ; así como fragmentos; variantes; o derivados de los mismos. Los fragmentos de anticuerpo incluyen aquellas porciones del anticuerpo que se unen a un epítope sobre el polipéptido de HER-2SV. Los ejemplos de esos fragmentos incluyen los fragmentos Fab y F(Ab') generados por escisión enzimática de anticuerpos de longitud completa. Otros fragmentos de unión incluyen aquellos generados por técnicas de ADN recombinante , como la expresión de plásmidos recombinantes que contienen secuencias de ácido nucleico que codifican para regiones variables de anticuerpo. Los anticuerpos policlonales dirigidos hacia un polipéptido de HER-2sv generalmente son producidos en animales (por ejemplo, conejos y ratones) por medio de inyecciones subcutáneas o intraperitoneales múltiples de polipéptido de HER-2sv y un adyuvante. Puede ser útil conjugar un polipéptido de HER-2sv a una proteína portadora que sea inmunogenica en las especies a ser inmunizadas, como la hemocianina de cangrejo bayoneta, suero, albúmina, tiroglobulina bovina, o inhibidor de tripsina de soya. También, son usados agentes agregantes como el alumbre para mejorar la respuesta inmune. Después de la inmunización, los animales son sangrados y el suero es ensayado para determinar el titulo de anticuerpo -anti-HER-2sv . Los anticuerpos monoclonales dirigidos a polipéptidos de HER-2sv son producidos usando cualquier método que proporcione la producción de moléculas de anticuerpo por lineas de células continuas en cultivo. Los ejemplos de métodos adecuados para preparar anticuerpos monoclonales incluyen los métodos del hibridoma de Kohler et al., 1975, Nature 256:495-97 y el método del hibridoma de células B humanas (Kozbor, 1984, J. Immunol. 133:3001; Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications 51-63 (Marcel Dekker, Inc., 1987). También son proporcionadas por la invención lineas celulares de hibridoma que producen anticuerpos monoclonales reactivos con polipéptidos de HER-2sv. Los anticuerpos monoclonales de la invención pueden ser modificados para usarse como agentes terapéuticos. Una modalidad es un anticuerpo "quimérico" en el cual una porción de la cadena pesada (H) y/o ligera (L) es idéntica con u homologa a una secuencia correspondiente de anticuerpos derivados de una especie particular o perteneciente a una clase o subclase de anticuerpos particulares, mientras que el resto de las cadenas son idénticas u homologas a una secuencia correspondiente en anticuerpos derivados de otras . especies ' o pertenecientes a otra clase o subclase de anticuerpos. También están incluidos fragmentos de esos anticuerpos, en tanto exhiban la actividad biológica deseada. Véase la Patente Estadounidense No. 4,816,567; Marrison et al., 1985, Proc. Nati. Acad. Sci . 81:6851-55. En otra modalidad, un anticuerpo monoclonal de la invención es un anticuerpo "humanizado". Los métodos para humanizar anticuerpos no humanos son bien conocidos en la técnica. Véanse las Patentes Estadounidenses Nos. 5,585,089 y 5,693,762. De manera general, un anticuerpo humanizado tiene uno o más aminoácidos residuales introducidos en este de una fuente no humana. La humanización puede ser efectuada, por ejemplo usando los métodos descritos en la técnica (Jones et al., 1986 Nature 321:522-25; Riechmann et al., 1998, Nature 332:323-27; Verhoeyen et al., 1988, Science 239:1534-36), sustituyendo al menos una porción de una región determinante de la complementariedad de roedor por las regiones correspondientes de un anticuerpo humano. También abarcado por la invención son los anticuerpos humanos que se unan al polipéptido de HER-2sv. Usando animales transgénicos (por ejemplo ratones) que sean capaces de producir un repertorio de anticuerpos humanos en ausencia de la producción de inmunoglobulina endógena esos anticuerpos son producidos por inmunización con un antigeno del polipéptido de HER-2sv (es decir, que tengan al menos 6 aminoácidos contiguos), conjugados opcionalmente a un portador. Véase, por ejemplo, Jakobovits et al., 1993, Proc.
Nati. Acad. Sci . 90:255-1-55;- Jakobovits et al., 1993, Nature 362:255-58; Bruggermann et al., 1993, Year in Inmuno. 7:33. En un método, esos animales transgénicos son producidos incapacitando los sitios endógenos que codifican para las cadenas pesada o ligera de inmunoglobulina, e insertando sitios que codifiquen para proteínas de cadena pesada y ligera humanas y del genoma de los mismos. Se crían animales parcialmente modificados (es decir, aquellos que tienen menos del complemento completo de -modificaciones) para obtener un animal que tenga todas las modificaciones · del sistema inmune deseadas. Cuando se administra un inmunógeno, esos animales transgénicos producen anticuerpos con secuencias de aminoácidos humanas (en lugar de, por ejemplo, murinas), incluyendo regiones variables que son inmunoespecíficas para esos antígenos. Véanse las Solicitudes Internacionales Nos. PCT/US96/05928 y PCT/US93/06926. En la Patente Estadounidense No. 5,545,807, las Solicitudes Internacionales Nos. PCT/US91/245 y PCT/GB89/01207 , y en las Patentes Europeas Nos. 546073B1 y 546073A1 se describen métodos adicionales. Los anticuerpos humanos pueden ser producidos por la expresión de ADN recombinante en células anfitrionas o por la expresión en células de hibridoma como se describe aquí. En una modalidad alternativa, los anticuerpos humanos también pueden ser producidos a partir de bibliotecas presentadoras de fagos (Hoogenboom et al., 1991, J. Mol.
Biol. 227:381; Marks et al.-, 1991, J. Mol. Biol . 222:581). Esos procesos imitan a la selección inmune a través de la presentación de repertorios de anticuerpos sobre la superficie de bacteriófagos filamentosos, y la selección posterior de fago por su unión a un antigeno de elección. Una técnica es descrita en la Solicitud de Patente Internacional No. PCT/US98/17364 , la cual describe el aislamiento de anticuerpos agonistas de alta afinidad y funcionales para receptores de MPL y msk- usando ese método. Los anticuerpos quiméricos injertados con CDR-. y humanizados son producidos típicamente por métodos recombinantes . Los ácidos nucleicos que codifican para los I anticuerpos son introducidos en la célula anfitriona y expresados usando los materiales y procedimientos descritos aquí. En una modalidad preferida, los anticuerpos son producidos en células anfitrionas de mamífero, como la célula CHO. Los anticuerpos monoclonales (por ejemplo, humanos) pueden ser producidos por la expresión de ADN recombinante en células anfitrionas o por la expresión en células de hibridoma como se describe aquí. Los anticuerpos anti-HER-2sv de la invención pueden ser empleados en cualquier método de ensayo conocido, como ensayos de unión competitivos, ensayos de emparedados directos e indirectos, y ensayos de inmunoprecipitación (Sola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques 147-158 (CRC Press, Inc., 1987)) pa-ra la detección y cuantificación de polipéptidos dé HER-2sv. Los anticuerpos se unirán a los polipéptidos de HER-2sv con una afinidad que es apropiada para el método de ensayo que esté siendo empleado. Para aplicaciones de diagnóstico, en ciertas modalidades, los anticuerpos anti-HER-2sv pueden ser marcados con una porción detectable. La porción detectable puede ser cualquiera que sea capaz de producir, ya sea directa o indirectamente, una señal detectada. Por ejemplo, la porción detectable puede ser un radioisótopo como 3H, 14C, 2P, 5S, 125I, 99Tc, i:L1In, o 67Ga; un compuesto fluorescente o quimioluminiscente, como el isotiocianato de fluoresceina, rodamina, o luciferina; o una enzima, como una fosfatasa alcalina, ß-galactosidasa, o peroxidasa de rábano (Bayer, et al., 1990, Meth. Enz. 184:138-63). Los ensayos de unión competitiva dependen de la capacidad del estándar marcado (por ejemplo, un polipéptido de HER-2sv, o una porción inmunológicamente reactiva del mismo) para competir con el analito muestra de prueba (un polipéptido de HER-2sv) para unirse con una cantidad limitada de un anticuerpo anti-HER-2sv . La cantidad de polipéptido HER-2sv en la muestra de prueba es inversamente proporcional a la cantidad de estándar que queda unido a los anticuerpos. Para facilitar la determinación de la cantidad del estándar que queda unido, los anticuerpos se vuelven insolubles típicamente antes o después de la competencia, de modo que el estándar y el analito que estén unidos a los anticuerpos pueden ser separados convenientemente del estándar y el analito que permanezca sin unir. Los ensayos de empareado implican típicamente el uso de dos anticuerpos, cada uno capaz de unirse a una porción inmunogénica diferente, o epítope, de la proteína a ser detectada y/o cuantificada . En un ensayo de emparedado, el analito de la muestra de prueba es unido típicamente por un primer anticuerpo que esté inmovilizado sobre un soporte sólido, y posteriormente un segundo anticuerpo se une al analito, formado de este modo un complejo insoluble de tres partes. Véase, por ejemplo, la Patente Estadounidense No. 4,376,110. El segundo anticuerpo puede ser marcado en sí con una porción detectable (ensayos de emparedado directo) o puede ser medido usando un anticuerpo antinmunoglobulina que esté marcado con una porción detectable (ensayo de emparedado indirecto) . Por ejemplo, un tipo de ensayo de emparedado es un ensayo inmunosorbente ligado a enzima (ELISA) , caso en el cual la porción detectable es una enzima. Los agentes de unión selectiva, incluyendo los anticuerpos anti-HER-2sv, también son útiles para la formación de imágenes in vivo. Un anticuerpo marcado con una porción detectable puede ser administrado a un animal, preferiblemente en el flujo sanguíneo, y la presencia y localización del anticuerpo marcado en el anfitrión ensayada. El anticuerpo puede ser marcado con cualquier porción que sea detectable en un animal, ya sea por resonancia magnética nuclear, radiología, u otros medios de detección conocidos en la técnica. Los agentes de unión selectiva, incluyendo los anticuerpos, pueden ser usados como agentes terapéuticos. En una modalidad preferida, el agente de unión selectiva es un anticuerpo antagonista capaz de unirse específicamente a un polipéptido de HER-2sv inhibiendo o eliminando por lo tanto la actividad funcional de un polipéptido de HER-2sv in vivo o in vitro. En modalidades preferidas, el agente de unión selectiva, por ejemplo un anticuerpo antagonista, inhibirá la actividad funcional de un polipéptido de HER-2sv en al menos aproximadamente el 50%, y de manera preferida en al menos aproximadamente el 80%. En otra modalidad, el agente de unión selectiva puede ser cualquier anticuerpo anti-polipéptido de HER-2sv que sea capaz de interactuar con un par de unión del polipéptido de HER-2sv (un ligando o receptor) inhibiendo o eliminando por lo tanto la actividad del polipéptido de HER-2sv in vitro o in vivo. Los agentes de unión selectiva, incluyendo los anticuerpos anti-polipéptido de HER-2sv antagonistas, son identificados por ensayos de selección que son bien conocidos en la técnica. La invención también se relaciona con un equipo que comprenden agentes de - unión selectiva de HER-2sv (como anticuerpos) y otros reactivos útiles para detectar niveles de polipéptido de HER-2sv en muestras biológicas. Esos reactivos pueden incluir una marca detectable, suero bloqueador, muestras de control positivo y negativo, y reactivo de detección. 8. Microensayos Se apreciará que puede ser utilizada la tecnología de microarreglo de ADN de acuerdo con la presente invención. Los microarreglos de ADN son arreglos miniatura, de alta densidad, de ácidos nucleicos colocados sobre un soporte sólido, como el vidrio. Cada célula o elemento dentro del arreglo contiene numerosas copias de una sola especie de ácido nucleico que actúa como objetivo para la hibridación con una secuencia de ácido nucleico complementaria, (por ejemplo ARNm) . En el perfil de expresión usando la tecnología de microarreglo de ADN, primero se extrae el ARN de una célula o muestra de tejido y entonces es convertida enzimáticamente a ADNc marcado fluorescentemente. Este material es hibridado al microarreglo y el ADNc no unido es removido por lavado. La expresión de los genes discretos representados sobre el arreglo es visualizada entonces cuantificando la cantidad de ADNc marcado que se unió específicamente a cada molécula de ácido nucleico objetivo.
De esta manera, puede ser cuantificada la expresión de miles de genes con un alto rendimiento, en forma paralela a partir de una sola muestra de material biológico. Este perfil de expresión de alto rendimiento tiene una amplia gama de aplicaciones con respecto a las moléculas de HER-2sv de la invención, incluyendo, pero sin limitarse a: la identificación y validación de genes relacionados con enfermedades del HER-2sv como objetivos para agentes terapéuticos; toxicologia molecular de las moléculas de HER-2sv relacionadas e inhibidores de las mismas; estratificación de poblaciones y la generación de marcadores sustitutos para ensayos clínicos; y mejora del descubrimiento de fármaco de moléculas pequeñas de polipéptidos de HER-2sv relacionadas ayudando a la identificación de compuestos selectivos en tamices de alto rendimiento. 9. Derivados Químicos Los derivados modificados químicamente de polipéptidos de HER-2sv pueden ser preparados por un experto en la técnica, dada la revelación descrita aquí. Los derivados de polipéptido de HER-2sv son modificados en la forma que es diferente - ya sea en el tipo o ubicación de las moléculas unidas naturalmente al polipéptido. Los derivados pueden incluir moléculas formadas por la supresión de uno o más grupos químicos unidos de manera natural. El polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, u otro polipéptido de HER-2sv, puede ser modificado por la unión covalente de uno o más polímeros. Por ejemplo, el polímero seleccionado es típicamente soluble en agua, de modo que la proteína a la cual está unido no precipita en un ambiente acuoso, como un ambiente fisiológico. Incluida dentro del alcance de los polímeros adecuados se encuentra una mezcla de polímeros. Preferiblemente, para uso terapéutico de la preparación del producto final, el polímero será farmacéuticamente aceptable. Cada uno de los polímeros pueden ser de cualquier peso molecular y pueden ser ramificados o no. Cada uno de los polímeros tienen, típicamente, un peso molecular promedio de entre aproximadamente 2kDa hasta aproximadamente 100 kDa (indicando el término "aproximadamente" que en preparaciones de un polímero soluble en agua, algunas moléculas pesarán más, algo menos que el peso molecular establecido) . El peso molecular promedio de cada polímero está preferiblemente entre aproximadamente 5 kDa y aproximadamente 50 kDa, de manera más preferible entre aproximadamente 12 kDa y aproximadamente 40 kDa y de manera más preferible, entre aproximadamente 20 kDa y aproximadamente 35 kDa. Los polímeros adecuados solubles en agua o las mezclas de los mismos incluyen, pero no se limitan a, carbohidratos ligados en -N o ligados en 0, azúcares, fosfatos, polietilen glicol (PEG) (incluyendo las formas de PEG que han sido usadas para derivar proteínas, incluyendo mono- (C1-C10) , alcoxi, o ariloxi-polietilen glicol), monometoxi-polietilenglicol, dextran (como dextran de bajo peso molecular de, por ejemplo, aproximadamente 6 kD) , celulosa, u otros polímeros basados en carbohidratos, poli- (N-vinilpirrolidona) polietilen glicol, homopolímeros de propilen glicol, copolímeros de óxido de polipropileno/óxido de etileno, polioles polioxietilados (por ejemplo glicerol) , y alcohol polivinílico . También son abarcadas por la presente invención moléculas reticulantes bifuncionales para preparar multimeros de polipéptido de HER-2sv unidos covalentemente . En general, la derivación química puede sea efectuada bajo cualquier condición adecuada usada para hacer, reaccionar una proteína con una molécula polimérica activada. Los métodos para preparar derivados químicos de polipéptidos comprenderán, de manera general, los pasos de: (a) hacer reaccionar el polipéptido con la molécula polimérica activada (como un éster reactivo o derivado de aldehido de la molécula polimérica) bajo condiciones por las cuales el polipéptido que comprenda la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, u otro polipéptido de HER-2sv, quede unido a una o más moléculas poliméricas, y (b) obtener los productos de reacción. Las condiciones de reacción óptimas serán determinadas sobre la base de parámetros conocidos y el resultado deseado. Por ejemplo, a más grande la relación de molécula polimérica a proteína, mayor el porcentaje de molécula polimérica unida. En una modalidad, el derivado de polipéptido de HER-2sv puede tener una sola porción de la molécula polimérica en el amino-terminal . Véase, por ejemplo, la Patente Estadounidense No. 5,234,784. La pegilación de un polipéptido puede ser llevada a cabo específicamente usando cualquiera de las reacciones de pegilación conocidas en la técnica. Esas reacciones son descritas, por ejemplo, en las siguientes referencias: Francis et al., 1992, Focus on Growth Factors 3:4-10; Patentes Europeas Nos. 0154316 y 0401384; y Patente Estadounidense No. 4,179,337. Por ejemplo, la pegilación puede ser llevada a cabo vía una reacción de acilación o una reacción de alquilación con una molécula de polietilen glicol reactiva (o un polímero soluble en agua reactivo análogo) como se describe aquí. Para las reacciones de acilación, un polímero seleccionado deberá tener un solo grupo éster reactivo. Para la alquilación reductiva, un polímero seleccionado deberá tener un solo grupo aldehido reactivo. Un aldehido reactivo es, por ejemplo, polietilen glicol propionaldehído, el cual es estable en agua, o monoalcoxi de Ci-Cio o derivados de ariloxi de los mismos (véase la Patente Estadounidense No. 5,252,714-). En otra modalidad, los polipéptidos de HER-2sv pueden ser acoplados químicamente a biotina. Las moléculas de biotina/polipéptido de HER-2sv se dejan entonces unir a la avidina, dando como resultado moléculas tetravalentes de avidina/biotina/polipéptido de HER-2sv. Los polipéptidos de HER-2sv también pueden ser acoplados covalentemente al dinitrofenol (DNP) o trinitrofenol (TNP) y los conjugados resultante precipitados con anti-DNP o anti-TNP-IgM para formar conjugados decaméricos con una valencia de 10. Generalmente, las condiciones que pueden ser aliviadas o moduladas por la administración de los derivados de polipéptido de HER-2sv de la presente incluyen aquellas descritas para los polipéptidos de HER-2sv. Sin embargo, los derivados de polipéptidos de HER-2sv descritos aquí pueden tener actividades adicionales como actividad biológica mejorada o reducida, u otras características, como vida media incrementada o disminuida, en comparación con las moléculas no derivadas. 10. Animales no Humanos Modificados Genéticamente Adicionalmente incluidos dentro del alcance de la presente invención se encuentran animales no humanos como ratones, ratas, u otros roedores; conejos, cabras, ovejas u otros animales de granja, en los cuales los genes que codifican para el polipépt-ido de HER-2sv nativo han sido perturbados (es decir "alterados") de modo que el nivel de expresión de polipéptido de HER-2sv disminuya significativamente o sea abolido completamente. Esos animales pueden ser preparados usando técnicas y métodos como aquellos descritos en la Patente Estadounidense No. 5,557,032. La presente invención incluye además animales no humanos como ratones, ratas u otros roedores; conejos, cabras, ovejas u otros animales de granja, en los cuales la forma nativa de un gen de HER-2sv para ese animal o un gen de HER-2sv heterólogo es sobreexpresada por el animal, creando por lo tanto un animal "transgénico" . Esos animales transgénicos pueden ser preparados usando métodos bien conocidos, como aquellos descritos en la Patente Estadounidense No. 5,489,743 y la Publicación Internacional No. WO 94/ 28122. La presente invención incluye además animales no humanos en los cuales el promotor de uno o más de los polipéptidos de HER-2sv de la presente invención es activado o inactivado (por ejemplo, usando métodos de recombinación homologa) para alterar el nivel de expresión de uno o más de los polipéptidos de HER-2sv nativos. Esos animales no humanos pueden ser usados para seleccionar fármacos candidatos. En esa selección el impacto de un fármaco candidato sobre el animal puede ser medido. Por ejemplo, los fármacos -candidatos pueden hacer disminuir o aumentar la expresión del gen de HER-2sv. En ciertas modalidades, la cantidad de polipéptido de HER-2sv que es producida puede ser medida después de la exposición del animal al fármaco candidato. Adicionalmente , en ciertas modalidades, se puede detectar el impacto real del fármaco candidato sobre el animal. Por ejemplo, la sobreexpresión de un gen particular puede dar como resultado, o estar asociado con, una enfermedad, o condición patológica. En esos casos, puede probarse la capacidad de un fármaco candidato para hacer disminuir la expresión del gen o su capacidad para prevenir o inhibir una condición patológica. En otros ejemplos, la producción de un producto metabólico particular como un fragmento de un polipéptido, puede dar como resultado, o estar asociada con, una enfermedad o condición patológica. En esos casos, se puede probar la capacidad de un fármaco candidato para hacer disminuir la producción de ese producto metabólico o su capacidad para prevenir o inhibir una condición patológica. 11. Ensayo de Otros Moduladores de la Actividad del Polipéptido de HER-2sv En algunas situaciones, puede ser deseable identificar moléculas que sean moduladoras, por ejemplo, antagonistas, de la actividad del polipéptido de HER-2sv. Las moléculas naturales o sintéticas que modulen el polipéptido de HER-2sv pueden ser identificadas usando uno o más ensayos de selección, como aquellos descritos aquí. Esas moléculas pueden ser administradas en una forma ex vivo o en una forma in vivo por inyección, o por administración oral, dispositivos de implantación, o similares. "Molécula de prueba" se refiere a una molécula que está bajo evaluación por su capacidad para modular (es decir, incrementar o hacer disminuir) la actividad de un polipéptido de HER-2sv. De manera más común, una molécula de prueba interactuará directamente con un polipéptido de HER-2sv. Sin: embargo, también se contempló que una molécula de prueba también puede modular la actividad del polipéptido de HER-2sv directamente, como afectando la expresión del gen de HER-2sv, o uniéndose a un par de unión del polipéptido de HER-2sv (por ejemplo, receptor o ligando) . En una modalidad, una molécula de prueba se unirá a un polipéptido de HER-2sv con una constante de afinidad de al menos aproximadamente 10"6 M, preferiblemente de aproximadamente 10"8, de manera más preferible aproximadamente 10"9M, y de manera aún más preferible aproximadamente 10"10M. Los métodos para identificar compuestos que interactúan con polipéptidos de HER-2sv son abarcados por la presente invención. En ciertas modalidades, es incubado un polipéptido de HER-2sv con una molécula de prueba bajo condiciones que permitan la interacción de la molécula de prueba con un polipéptido de HER-2sv, y se mide el grado de interacción. La molécula de prueba puede ser separada en una forma sustancialmente purificada o en una mezcla cruda. En ciertas modalidades, un antagonista del polipéptido de HER-2sv puede ser una proteina, péptido, carbohidrato, lipido, o molécula de peso molecular pequeño que interactúe con el polipéptido de HER-2sv para regular su actividad. Las moléculas que regulan la expresión del polipéptido de HER-2sv incluyen ácidos nucleicos los cuales; son complementarios a ácidos nucleicos que codifican para un polipéptido de HER-2sv, o son complementarias secuencias de ácido nucleico las cuales dirigen o controlan la expresión del polipéptido de HER-2sv, y que actúan como reguladores antisentido de la expresión. Una vez que ha sido identificada una molécula de prueba como si interactuara con un polipéptido de HER-2sv, la molécula puede ser evaluada adicionalmente por su capacidad para incrementar o hacer disminuir la actividad del polipéptido de HER-2sv. La medición de la interacción de una molécula de prueba con un polipéptido de HER-2sv puede ser llevada a cabo en varios formatos, incluyendo ensayos de unión basados en células, ensayos de unión a membranas, ensayos en fase en solución, e inmunoensayos . En general, una molécula de prueba es incubada con un polipéptidos de HER-2sv durante un periodo de tiempo específico, y la actividad del polipéptido de HER-2sv es determinada por uno o más ensayos para medir la actividad biológica. La interacción de las moléculas de prueba con polipéptidos de HER-2sv también puede ser ensayada directamente usando anticuerpos policlonales o monoclonales en un inmunoensayo . De manera alternativa, pueden ser usadas formas modificadas de polipéptidos de HER-2sv que contengan marcas epitópicas como se describe aquí, en solución en inmunoensayos . En el caso de que los polipéptidos de HER-2sv representen actividad biológica a través de una interacción con un par de unión (por ejemplo, un receptor o ligando.), puede ser usada una variedad de ensayos in vitro para medir la unión de un polipéptido de HER-2sv al par de unión correspondiente (como un agente de unión selectiva, receptor, o ligando) . Esos ensayos pueden ser usados para seleccionar moléculas de prueba para su capacidad de incrementar el porcentaje y/o grado de unión de un polipéptido de HER-2sv a su par de unión. En un ensayo, un polipéptido de HER-2sv es inmovilizado en las paredes de una placa microtituladora . Entonces puede agregarse el par de unión del polipéptido de HER-2sv marcado radiactivamente (por ejemplo, par de unión de polipéptido de HER-2sv yodado) y una molécula de prueba puede ser agregada ya sea una a la vez (en cualquier orden) o simultáneamente a los pozos. Después de incubar, los pozos pueden ser lavados y contados para determinar la radioactividad, usando un contador de destellos, para determinar el grado en el cual el par de unión se unió al polipéptido de HER-2sv. Típicamente, una molécula será probada sobre un intervalo de concentraciones, y puede ser usada una serie de pozos de control que carece de uno o más elementos de los ensayos de prueba para la exactitud en la evaluación de los resultados. Una alternativa a este método implica revestir "las posiciones" de las proteínas, es decir, inmovilizar el par de unión del polipéptido de HER-2sv a los pozos de la placa microtituladora e incubar con la molécula de prueba y el polipéptido HER-2sv marcado radiactivamente y determinar el grado de unión del polipéptido de HER-2sv. Véase, por ejemplo current Protocols in Molecular Biology, cap. 18 (Ausubel et al., eds . , Green Publishers Inc. y iley and Sons 1995) . Como una alternativa al marcado radioactivo, un polipéptido de HER-2sv o su par de unión puede ser conjugado a biotina, y entonces puede ser detectada la presencia de proteína biotinilada usando estreptavidina ligada a una enzima, como la peroxidasa de rábano (HRP por sus siglas en inglés) o fosfatasa alcalina (AP por sus siglas en inglés) , la cual puede ser detectada colorimétricamente, o marcando de manera fluorescente la estreptavidina. Un anticuerpo dirigido a un polipéptido de HER-2sv o a un par de unión- del polipéptido de HER-2sv, y el cual está conjugado con biotina, también puede ser usado para propósitos de detección después de la incubación del complejo con estreptavidina ligada a enzima ligada a AP o HRP. También puede ser inmovilizado un polipéptido de HER-2sv o un par de unión del polipéptido de HER-2sv por unión a perlas de agarosa, perlas de acrílico, u otros tipos de sustratos en fase sólida inertes. El complejo sustrato-proteína puede ser colocado en una solución que contenga la proteína complementaria y el compuesto de prueba. Después de la incubación, las perlas pueden ser precipitadas por centrifugación, y la cantidad de unión entre el polipéptido de HER-2sv y su par de unión puede ser evaluada usando los métodos descritos aquí. De manera alternativa, el complejo sustrato-proteína puede ser utilizado en una columna con la molécula de prueba y la proteína complementaria pasando a través de la columna. La formación de un complejo entre un polipéptido de HER-2sv y su par de unión puede entonces ser evaluado usando cualquiera de las técnicas descritas aquí (por ejemplo, marcado radioactivo o unión de anticuerpo) . Otro ensayo in vitro que útil para identificar una molécula de prueba que incrementa o hace disminuir la formación de un complejo entre una proteína de unión de polipéptido de HER-2sv y un par de unión de polipéptido de HER-2sv es un sistema detector de resonancia de plasmon superficial como el sistema de ensayo BIAcore (Pharmacia, Piscataway, NJ) . El sistema BIAcore es utilizado de acuerdo a lo especificado por el fabricante. Este ensayo implica, esencialmente, la unión covalente del polipéptido de HER-2sv o un par de unión del polipéptido de HER-2sv a un microcircuito integrado detector recubierto con dextrán que se localiza en un detector. El compuesto de prueba y la otra proteina complementaria pueden entonces ser inyectadas, ya sea simultánea o secuencialmente, en la cámara que contiene el microcircuito integrado detector. La cantidad de proteina complementaria que se une puede ser evaluada sobre la base del cambio en la masa molecular que está asociada físicamente con el lado recubierto con dextrán del microcircuito integrado detectar, con el cambio en la masa molecular que sea medida por el sistema detector. En algunos casos, puede ser deseable evaluar dos o más compuestos de prueba juntos por su capacidad para incrementar o hacer disminuir la formación- de un complejo de un polipéptido de HER-2sv y un par de unión de polipéptido de HER-2sv. En esos casos, los ensayos expuestos aquí pueden ser modificados fácilmente agregando los compuestos de prueba adicionales, ya sea simultáneamente con, o después de, el primer compuesto de prueba. El resto de los pasos en el ensayo son como se exponen aquí. Pueden ser usados ensayos in vi tro como aquellos descritos aquí, de manera ventajosa, para seleccionar grandes cantidades de compuestos por un efecto sobre la formación de un complejo entre un polipéptido de HER-2sv y un par de unión del polipéptido de HER-2sv. Los ensayos pueden ser automatizados para seleccionar compuestos generados en la presentación de fagos, péptidos sintéticos, bibliotecas de síntesis química. Los compuestos que incrementan o hacen disminuir la formación de un complejo entre un polipéptido de HER-2sv y un par de unión del polipéptido de HER-2sv también pueden ser seleccionados en cultivo celular usando células y líneas celulares que expresen el polipéptido de HER-2sv o el par de unión del polipéptido de HER-2sv. Las células y líneas celulares pueden ser obtenidas de cualquier mamífero, pero preferiblemente serán de fuentes humanas u otros primates, caninos o roedores. La unión de un polipéptido de HER-2sv de las células que expresen el par de unión del polipéptido de HER-2sv en la superficie cebadora en presencia o ausencia de moléculas · de prueba o el grado de unión puede ser determinado, por ejemplo, por citométrica de flujo usando un anticuerpo biotinilado a un par de unión del polipéptido de HER-2sv. Los ensayos de cultivo celular pueden ser usados, de manera ventajosa, para evaluar mejor los compuestos que sean calificados como positivos en los ensayos de unión de proteína descritos aquí.
También pueden ser usados cultivos celulares para determinar el impacto de un fármaco candidato. Por ejemplo, los fármacos candidatos pueden hacer disminuir o incrementar la expresión en el gen de HER-2sv. En ciertas modalidades, la cantidad de polipéptido de HER-2sv o un fragmento de polipéptido de HER-2sv que sea producido puede ser medida después de la exposición al cultivo celular el fármaco candidato. En ciertas modalidades, puede detectarse el impacto real del fármaco candidato sobre cultivo celular. Por ejemplo, la sobreexpresión de un gen particular puede tener un impacto particular sobre el cultivo celular. En esos casos, puede probarse la capacidad de un fármaco candidato para incrementar o hacer disminuir la expresión del gen o su capacidad para prevenir o inhibir un impacto particular sobre el cultivo celular. En otros ejemplos, la producción de un producto metabólico particular, como un fragmento de un polipéptido puede dar como resultado, o estar asociado, con una enfermedad o condición patológica. En esos casos, puede probarse la capacidad del fármaco candidato para ser disminuir la producción de ese producto metabólico en un cultivo celular. 12. Proteínas Internalizantes La secuencia de la proteina tat (del VIH) puede ser usada para internalizar proteínas en una célula. Véase, por ejemplo Falwell et al.,- 1994, Proc. Nati. ñcad. Sci. U.S. A. 91:664-68. Por ejemplo, se ha descrito que una secuencia de 11 aminoácidos (Y-G-R-K-K-R-R-Q-R-R-R; SEQ ID NO: 12) de la proteina tat del VIH (llamada el "dominio de transducción de proteína" o TAT PDT) media la liberación a través de la membrana citoplásmica y la membrana nuclear de una célula. Véase Schwarze et al., 1999 Science 285:1569-72; y Nagahara et al., 1998, Nat. Med. 4:1449-52. En esos procedimientos, se preparan constructos de FITC (G-G-G-G-Y-G-R-K-K-R-R-Q-R-R-R; marcado con FITC; SEQ ID NO: 13) que penetran los tejidos después de la administración intraperitoneal, y es detectada la unión de esos constructos a células por análisis de clasificación celular activado por fluorescencia (FACS) . Las células tratadas con la proteína de fusión tat-p-gal demostrarán actividad de ß-gal. Después de la inyección, la expresión de ese constructo puede ser detectado en un número de tejidos, incluyendo el hígado, riñon, pulmón, corazón, y tejido cerebral. Se cree que esos constructos experimentan algún grado de despliegue para entrar a la celular, y por lo tanto, pueden requerir un repliegue después de entrar a la célula . De este modo se apreciará que la secuencia de la proteína tat puede ser usada para internalizar un polipéptido deseado en una célula. Por ejemplo, usando la secuencia de la proteína tat, puede ser administrado un antagonista de HER-2sv (como un agente de unión selectivo anti-HER-2sv, molécula pequeña, receptor soluble, u oligonucleótido antisentido) intracelularmente para inhibir la actividad de una molécula de HER-2sv. Como se usa aqui, el término "molécula de HER-2sv" se refiere a moléculas de ácido nucleico de HER-2sv y polipéptidos de HER-2sv como se describen aqui. Cuando se desee, la proteina de HER-2sv en si también puede ser administrada internamente a una célula usando esos procedimientos. Véase también, Straus, 1999, Science 285:1466-67. 13. Identificación de la Fuente Celular Usando Polipéptido de HER-2sv De acuerdo con ciertas modalidades de la invención, puede ser útil poder determinar la fuente de un cierto tipo de célula asociada con un polipéptido de HER-2sv. Por ejemplo, puede ser útil determinar el origen de una enfermedad o condición patológica como ayuda para seleccionar una terapia apropiada. En ciertas modalidades, pueden ser usados ácidos nucleicos que codifiquen para un polipéptido de HER-2sv como sonda para identificar las células descritas aqui seleccionando los ácidos nucleicos de las células con esa sonda. En otras modalidades, pueden usarse cuerpos anti-polipéptido de HER-2sv para probar la presencia de polipéptido de HER-2sv en células, y de este modo determinar esas células son los tipos descritos aquí 14. Composiciones de Administración de Polipéptido de HER-2sv Las composiciones terapéuticas están dentro del alcance de la presente invención. Esas composiciones farmacéuticas de polipéptido de HER-2sv pueden comprender una cantidad terapéuticamente activa de un polipéptido de HER-2sv o una molécula de ácido nucleico de HER-2sv en mezcla con un agente de formulación farmacéutico o> fisiológicamente aceptable seleccionado por su idoneidad con el modo de administración. Muchas composiciones farmacéuticas comprenden una cantidad terapéuticamente efectiva de uno o más agentes de unión selectiva de polipéptidos de HER-2sv en mezcla con un agente de formulación farmacéutica o fisiológicamente aceptable seleccionado por su idoneidad con el modo · de administración . Los materiales de formulación aceptables preferiblemente son no tóxicos a las dosis y concentraciones empleadas . La composición farmacéutica puede contener materiales de formulación para modificar, mantener, o preservar, por ejemplo, el pH, osmolaridad, viscosidad, claridad, color, isotonicidad, olor, esterilidad, estabilidad, velocidad de disolución o liberación, adsorción, o penetración de la composición. Los materiales de formulación adecuados incluyen, pero no se limitan a, aminoácidos (como la glicina, glutamina, asparagina, arginina o lisina), antimicrobianos, antioxidantes (como ácido ascórbido, sulfito de sodio, o sulfito ácido de sodio) , amortiguadores (como borato, bicarbonato, Tris-HCl, citratos, fosfatos u otros ácidos orgánicos), agentes para aumentar el volumen (como manitol o glicina) , agentes quelantes (como ácido etilendiamin tetraacético (EDTA) ) , agentes complejantes (como la cafeína, polivinilpirrolidona, ß-ciclodextrina, o hidroxipropil-p-ciclodextrina ) , cargas, monosacáridos, disacáridos, y otros carbohidratos (como glucosa, mañosa o dextrinas) , proteínas (como seroalbúmina, gelatina o inmunoglobulinas ) , agentes colorantes, saborizantes y diluentes, agentes emulsificantes , polímeros hidrofílicos (como la polivinilpirrolidona), polipéptidos de bajo peso molecular, contraiones formadores de sales (como el sodio) , preservativos (como el cloruro de benzalconio, ácido benzoico, ácido salicílico, timerosal, alcohol fenetílico, metilparabeno, propilparabeno, clorhexidina, ácido sórbico, o peróxido de hidrógeno) , solventes (como la glicerina, propilen glicol, o polietilen glicol) , alcoholes azucarados (como el manitol o sorbitol) , agentes suspensores, tensoactivos o agentes humectantes (como pluronics; PEG; ésteres de sorbitan; polisorbatos como el polisorbato 20 o polisorbato 80; tritón; trometamina; lecitina; colesterol o tiloxapel) , agentes para mejorar la estabilidad (como la sucrosa o sorbitol), agentes para mejorar la tonicidad (como haluros de metal alcalino, preferiblemente cloruro de sodio o potasio - o manitol sorbitol) , vehículos de liberación, diluentes, excipientes y/o adyuvantes farmacéuticos. Véase Remington' s Pharmaceutical Sciences (18va Ed., A.R. Gennaro, ed., Mack Publishing Company 1990). La composición farmacéutica óptima será determinada por un experto dependiendo, por ejemplo, de la ruta de administración pretendida, el formato de liberación y la dosis deseada. Véase, por ejemplo, Remington 's Pharmaceutical Sciences, supra. Esas composiciones pueden tener influencias sobre el estado físico, estabilidad, velocidad de liberación in vivo, y velocidad de eliminación in vivo de la molécula de HER-2sv. El vehículo o excipiente primario en una composición farmacéutica puede ser de naturaleza acuosa o no acuosa. Por ejemplo, un vehículo o excipiente adecuado por inyección puede ser agua, solución salina fisiológica, o fluido cerebroespinal artificial, posiblemente suplementado con otros materiales comunes en composiciones para administración parenteral. La solución salina amortiguada neutra o solución salina mezclada con seroalbúmina son vehículos ejemplares adicionales. Otras composiciones farmacéuticas ejemplares comprenden amortiguador Tris de pH de aproximadamente 7.0-8.5, o amortiguador de acetato con un pH de aproximadamente 4.0-5.5, las cuales pueden incluir además sorbitol o un sustituto adecuado. En una modalidad de la presente invención, las composiciones de polipéptido de HER-2sv pueden ser preparadas para almacenarse mezclando la composición seleccionada que tenga el grado de pureza deseado con agentes de formulación óptimos (Remington 's Pharmaceutical Sciences, supra) en forma de una torta liofilizada o una solución acuosa. Además, el producto del polipéptido HER-2sv puede ser formulado como un liofilizado usando excipientes apropiados como la sucrosa. Las composiciones farmacéuticas de polipéptido HER-2sv pueden ser seleccionadas para la liberación parenteral. De manera alternativa, las composiciones pueden ser seleccionadas para la inhalación o para la liberación a través del tracto digestivo, como oralmente. La preparación de esas composiciones farmacéuticamente aceptables está dentro de la experiencia de la técnica. Los componentes de formulación están presentes en concentraciones que son aceptables para el sitio de administración. Por ejemplo, son usados amortiguadores para mantener la composición a pH fisiológico o a un pH ligeramente bajo, típicamente en un intervalo de pH de aproximadamente 5 hasta aproximadamente 8.
Cuando es contemplada la administración parenteral, las composiciones terapéuticas para usarse en la invención pueden estar en forma de una solución acuosa libre de pirógenos, parenteralmente aceptable, que comprende la molécula de HER-2sv deseada en un vehículo farmacéuticamente aceptable. Un vehículo particularmente adecuado para inyección parenteral es agua destilada estéril en la cual es formulada una molécula de HER-2sv como una solución estéril, osotónica, apropiadamente preservada. Otra preparación más puede implicar la formulación de la molécula deseada con un agente, como microesferas inyectables, partículas bioerosionables, compuestos poliméricos (como ácido poliláctico o ácido poliglicólico) , perlas, o liposomas, que proporcionen la liberación controlada o sostenida del producto, las cuales pueden entonces ser proporcionadas vía una inyección de depósito. También puede ser usado ácido hialurónico y este puede tener el efecto de promover la duración sostenida en la circulación. Otros medios adecuados para la introducción de la molécula deseada incluyen dispositivo de liberación de fármaco implantables. En una modalidad, puede ser formulada una composicón farmacéutica para inhalación. Por ejemplo, el polipéptido de HER-2sv puede ser formulado como un polvo seco para inhalación. También pueden ser formuladas soluciones para inhalación de polipéptido o molécula de ácido nucleico de HER-2sv con un propelente para la liberación en aerosol. En otra modalidad más, la solución puede ser nebulizada. La administración pulmonar es descrita mejor en la Publicación Internacional No. O 94/20069, la cual describe la liberación pulmonar de proteínas modificadas químicamente . También se contempló que ciertas formulaciones pueden ser administradas oralmente. En una modalidad de la presente invención, los polipéptidos de HER-2sv que son administrados en esta fórmula pueden ser formulados con o sin aquellos vehículos usados de manera acostumbrada para componer formas de dosificación sólidas como tabletas y cápsulas. Por ejemplo, puede ser diseñada una cápsula para liberar la porción activa de la formulación en el punto en el tractogastrointestinal cuando la biodisponibilidad sea maximizada y la degradación presintética sea minimizada. Pueden ser incluidos agentes adicionales para facilitar la absorción del polipéptido de HER-2sv. También pueden ser empleados diluentes, saborizantes , ceras de temperatura de fusión baja, aceites vegetales, agentes suspensores, agentes desintegrantes de tabletas, y aglutinantes. Otra composición farmacéutica puede implicar una cantidad efectiva de polipéptido de HER-2sv en una mezcla con excipientes no tóxicos que sean adecuados para la manufactura de tabletas. Disolviendo las tabletas en agua estéril, u otro vehículo apropiado, pueden ser preparadas soluciones en forma de dosis unitaria. Los excipientes adecuados incluyen, pero no se limitan a, diluentes inertes, como carbonato de calcio, carbonato o bicarbonato de sodio, lactosa, o fosfato de calcio; o agentes aglutinantes, como almidón, gelatina o acacia; o agentes lubricantes como estearato de magnesio, ácido esteárico, o talco. Las composiciones farmacéuticas de polipéptido de HER-2sv adicionales serán evidentes a aquellos expertos en la técnica, incluyendo formulaciones que impliquen polipéptidos de HER-2sv en formulaciones de liberación sostenida controlada. Las técnicas para formular una variedad de otros medios de liberación sostenida o controlada, como vehículos portadores para liposomas, micropartículas , bioerosionables o perlas porosas en inyecciones de depósito, también son conocidas por aquellos expertos en la técnica. Véase, por ejemplo, la Solicitud Internacional No. PCT/US93/00829, la cual describe la liberación controlada de micropartículas poliméricas porosas para la liberación de composiciones farmacéuticas. Los ejemplos adicionales de preparaciones de liberación sostenida incluyen matrices poliméricas semipermeables en forma de artículos formados, por ejemplo películas o microcápsulas . Las matrices de liberación sostenida pueden incluir poliésteres, hidrogeles, polilactidas (Patente Estadounidense No. 3,773,919 y Patente Europea No. 058481), copolimeros de ácido L-glutámico y gamma etil-L-glutamato (Sidman et al., 1983, Biopolymers 22:547-56), poli ( 2-hidroxietil-metacrilato ) (Langer et ai., 1981, J. Biomed. Mater . Res. 15:167-277 y Langer, 1982, Che . Tech. 12 : 8-105 ), acetato de etilen vinilo (Langer et al., supra) o ácido poli-D (-) -3-hidroxibutírico (Patente Europea No. 133988). Las composiciones de liberación sostenida también pueden incluir liposomas, los cuales pueden · ser preparados por cualquiera de varios métodos conocidos en la técnica. Véase, por ejemplo, Eppstein et al., 1985, Proc . Nati. Acad. Sci. EUA 82:3688-92; y Patentes Europeas Nos. 036676, 088046, y 143949. La composición farmacéutica de HER-2sv a ser usada para la administración in vivo típicamente debe ser estéril. Esto puede ser logrado por filtración a través de membranas de filtración estéril. Donde la composición es liofilizada, la esterilización usando este método puede ser conducida antes de, o después de, la liofilización y reconstitución. La composición para la administración parenteral puede ser almacenada en forma liofilizada o en una solución. Además, las composiciones parenterales generalmente son colocadas en un recipiente que tiene un orificio de acceso estéril, por ejemplo, una bolsa de solución intravenosa o frasco que tiene un tapón perforable por una aguja de inyección hipodérmica.
Una vez que la composición farmacéutica ha sido formulada, esta puede ser almacenada en frascos estériles como una solución, suspensión, gel, emulsión, sólido, o como un polvo deshidratado o liofilizado. Esas formulaciones pueden ser almacenadas en una forma lista para usar o en una forma (por ejemplo liofilizada) que requiera reconstitución antes de la administración. En una modalidad especifica, la presente invención está dirigida a equipos para producir una unidad de administración de una sola dosis. Los equipos pueden contener cada uno un primer recipiente que tenga una proteina seca y un segundo recipiente que tenga una formulación acuosa. También incluidos dentro del alcance de esta invención están los equipos que contienen jeringas prellenadas de una sola dosis y cámaras múltiples (por ejemplo, jeringas y liojeringas de liquido) . La cantidad efectiva de una composición farmacéutica de HER-2sv a ser empleada terapéuticamente dependerá, por ejemplo del contexto y objetivos terapéuticos. Un experto en la técnica apreciará que los niveles de dosificación apropiado para el tratamiento variarán de este modo, en parte, de la molécula liberada, la indicación para la cual esté siendo usada la molécula de HER-2sv, la ruta de administración, talla, peso corporal, superficie corporal y tamaño (peso corporal, superficie corporal o tamaño del órgano) y condición ( la edad y salud general) del paciente. En consecuencia, el clínico puede titular la dosis y modificar la ruta de administración para obtener el efecto terapéutico óptimo. Una dosis típica puede fluctuar de aproximadamente 0.1 µg/kg hasta aproximadamente 100 mg/kg o más, dependiendo de los factores mencionados anteriormente. En otras modalidades, la dosis puede fluctuar de aproximadamente 0.1 µg/kg hasta aproximadamente .100 mg/kg; o de 1 µg/kg hasta aproximadamente 100 mg/kg; o de 5 µg/kg hasta aproximadamente 100 mg/kg. La frecuencia de la dosificación dependerá de los parámetros farmacocinéticos de la molécula de HER-2sv en la formulación que esté siendo usada. Típicamente, un clínico administrará la composición hasta que se alcance una dosis que logre el efecto deseado. La composición puede, por lo tanto, ser administrada como una dosis única, como dos o más dosis (las cuales pueden o no contener la misma cantidad de la molécula deseada con el tiempo) por tiempo, o como una infusión continua vía un dispositivo de implantación o catéter. Los refinamientos adicionales de la dosis apropiada son hechos de manera rutinaria por los expertos en la técnica y están dentro del ámbito de las tareas efectuadas de manera rutinaria por ellos. Las dosis apropiadas pueden ser determinadas a través de datos-respuesta apropiados. La ruta de administración de la composición farmacéutica es de acuerdo con métodos conocidos, por ejemplo oralmente; a través de inyección por rutas intravenosa, intraperitoneal , intracerebral ( intraparenquimal ) , intracerebroventricular , intramuscular, intraocular, intraarterial, intraportal, o intralesión; sistemas de liberación sostenida; o por dispositivos de implantación. Donde se desee, las composiciones pueden ser administradas por la inyección de un bolo o continuamente por infusión, o por un dispositivo de implantación. De manera alternativa o adicional, la composición puede ser administrada localmente vía implantación de una membrana como esponja, u otro material apropiado sobre el cual la molécula deseada haya sido absorbida o encapsulada. Donde sea usado un dispositivo de implantación, el dispositivo pude ser implantado en cualquier tejido u órgano adecuado, la liberación de la molécula deseada puede ser vía difusión, bolo liberado con el tiempo, o administración continua . En algunos casos, puede ser deseable usar composiciones farmacéuticas de polipéptido de HER-2sv en una forma ex vivo. En esos casos, las células, tejidos u órganos que han sido removidos del paciente son expuestos a composiciones farmacéuticas de polipéptido de HER-2sv después de lo cual las células, tejidos, u órganos son implantados posteriormente de nuevo en el paciente. En otros casos, un polipéptido de HER-2sv puede ser liberado implantando ciertas- células que han sido modificadas genéticamente, usando métodos como aquellos descritos aquí, para expresar y secretar el polipéptido de HER-2sv. Esas células pueden ser células de animal o humano, y pueden ser autólogas, heterólogas o xenogenéicas . Opcionalmente , las células pueden ser inmortalizadas. Para hacer disminuir la probabilidad de una respuesta inmunológica, las células pueden ser encapsuladas para evitar la infiltración de tejidos circundantes. Los materiales de encapsulación son típicamente recintos o membranas poliméricas biocompatibles, semipermeables, que permiten la liberación de los productos proteicos pero evitan la destrucción de las células por el sistema inmune del paciente o por otros factores dañinos de los tejidos circundantes. Como se discute aquí, puede ser deseable tratar las poblaciones de células aisladas (como las células no diferenciadas, linfocitos, células sanguíneas rojas, condrocitos, neuronas y similares) con uno o más polipéptidos de HER-2sv. Esto puede ser logrado exponiendo las células aisladas al polipéptido directamente, donde este está en una forma que es permeable a la membrana celular. Modalidades adicionales de la presente invención se relacionan con células y métodos (por ejemplo, métodos de recombinación homologa y/u otros métodos de producción recombinante) para la producción in vi tro de los polipéptidos terapéuticos y para - la - producción y liberación de polipéptidos terapéuticos por terapia genética o terapia celular. Pueden ser usados métodos homólogos u otros métodos de recombinación para modificar una célula que contenga un gen HER-2sv normalmente transcripcionalmente silencioso, o un gen subexpresado, y por lo tanto producir una célula que exprese cantidades terapéuticamente eficaces de polipéptidos de HER-2sv . La recombinación homologa es una técnica originalmente desarrollada para producir genes para inducir o corregir mutaciones en genes transcripcionalmente activos.
Kucherlapati, 1989, Prog. in Nucí. Acid Res. & Mol. Biol. 36:301. La técnica básica fue desarrollada como un método para introducir mutaciones especificas en regiones especificas del genoma de mamíferos (Thomas et al., 1986, Cell 44:419-28; Thomas and Capecchi, 1987, Cell 51:503-12; Doetschman et al., 1988, Proc. Nati. Acad. Sel. U.S. A. 85:8583-87) para corregir mutaciones específicas dentro de genes defectuosos (Doetschman et al., 1987 Nature 330:576-78). Las técnicas de recombinación homologa ejemplares son aquellas descritas en la" Patente Estadounidense No. 5,272,071; Patentes Europeas Nos. 9193051 y 505500; Solicitud Internacional No. PCT/US90/07642 , y Publicación Internacional No. WO 91/09955) . A través de la recombinación homologa, la secuencia de ADN a ser insertada en el genoma puede ser dirigida a una región especifica del gen de interés uniendo esta al ADN objetivo. El ADN objetivo es una secuencia nucleotidica que es complementaria (homologa) a una región del ADN genómico. Piezas pequeñas de ADN objetivo que son complementarias a una región especifica del genoma son puestas en contacto con la hebra madre durante el proceso de replicación del ADN. Esta es una propiedad general de ADN que ha sido insertado en una célula para hibridarse, y por lo tanto, recorabinarse con otras piezas de ADN endógeno a través de regiones homologas compartidas. Si esta hebra complementaria es unida a un oligonucleótido que contenga una mutación o una secuencia diferente o un nucleótido adicional, también es incorporado en la hebra recién sintetizada como resultado de la recombinación. Como resultado de la función cotej adora, es posible que la nueva secuencia de ADN sirva como patrón o molde. De este modo, el ADN transferido es incorporado en el genoma . Unidas a esas piezas del ADN objetivo se encuentran regiones de ADN que pueden interactuar con o controlar la expresión de un polipéptido de HER-2sv, por ejemplo, las secuencias flanqueantes. Por ejemplo, es insertado un elemento promotor/mej orador, un supresor, o un elemento modulador de la transcripción, exógeno, en el genoma de la célula anfitriona pretendida con suficiente proximidad y orientación para tener influencia sobre la transcripción del ADN que codifica para el polipéptido de HER-2sv deseado. El elemento de control controla una porción del ADN presente en el genoma de la célula anfitriona. De este modo, la expresión del polipéptido de HER-2sv puede ser lograda no por transfección del ADN que codifica para el gen de HER-2sv en si, sino mediante el uso del ADN objetivo (que contiene regiones de homología con el gen endógeno de interés) acoplado con segmentos reguladores de ADN que proporcionan la secuencia genética endógena con señales reconocibles para la transcripción de un gen de HER-2sv. En un método ejemplar, la expresión de un gen objetivo deseado en una célula (es decir, un gen celular endógeno deseado) es alterada vía recombinación homologa en el genoma celular en un sitio preseleccionado, por la introducción de ADN que incluye al menos una secuencia reguladora, un exón y un sitio donador de empalme. Esos componentes son introducidos en el ADN cromosomal (genómico) de tal manera que esto, en efecto, da como resultado la producción de una nueva unidad de transcripción (en la cual la secuencia reguladora, el exón, y el sitio donador de empalme presentes en el constructo de ADN están ligados operativamente al gen endógeno) . Como resultado de la introducción de esos componentes en el ADN cromosomal, la expresión del gen endógeno deseado es alterada.
La expresión alte-rada del gen, como se describe aquí, abarca a la activación (o hacer que sea expresado) un gen el cual normalmente es silencioso (no expresado) en la célula como se obtuvo, así como incrementar la . expresión de un gen que no es expresado a niveles fisiológicamente significativos en la célula como se obtuvo. Las modalidades comprenden además cambiar el patrón de regulación o inducción de modo que difiera del patrón de regulación o inducción que ocurre en la en la célula como se obtuvo, y reducir (incluyendo la eliminación) la expresión de un gen que es expresado en la célula como se obtuvo. Un método mediante el cual puede ser usada la recombinación homologa para incrementar, u obligar, a la producción de polipéptido de HER-2sv de un gen de HER-2sv endógeno a la célula implica usar primero la recombinación homologa para colocar una secuencia de recombinación de un sistema de recombinación específico del sitio (por ejemplo, Cre/IoxP, FLP/FRT) (Sauer, 1994, Curr. Opin. Biotechnol . , 5:521-27; Sauer, 1993, Methods Enzymol., 225:890-900) corriente arriba de (es decir 5' a) la región que codifica para el polipéptido de la HER-2sv genómica endógena de la célula. Un plásmido que contiene un sitio de recombinación homólogo al sitio que fue colocado justo corriente arriba de la región que codifica para el polipéptido de HER-2sv genómica es introducida en la línea celular modificada junto con la enzima recombinasa apropiada. Esta recombinasa hace que el plásmido se integre, via el sitio de recombinación del plásmido, en el sitio de recombinación localizado justo corriente arriba de la región que codifica para el polipéptido de HER-2sv a la linea celular (Baubonis and Sauer, 1993, nucleic Acids Res. 21:2025-29; O' Gorman et al., 1991, Science 251:1351-55). Cualesquier secuencias flanqueantes que se sepa incrementa la transcripción (por ejemplo, mej orador/promotor, intrón, mej orador de la traducción) , si están colocadas apropiadamente en este plásmido, se integrarán de tal manera que crearán una unidad transcripcional nueva o modificada que da como resultado la producción de novo o incrementada de polipéptido de HER-2sv del gen de HER-2sv endógeno de la célula. Un método adicional para usar la linea celular- en la cual la secuencia de recombinación especifica del sitio ha sido colocada justo corriente arriba de la región que codifica para el polipéptido de HER-2sv genómica endógena de la célula es usar la recombinación homologa para introducir un segundo sitio de recombinación en cualquier parte en el genoma de la linea celular. Entonces es introducida la enzima recombinasa apropiada en la linea celular de doble sitio de recombinación, produciendo un evento de recombinación (supresión, reversión y translocación) (Sauer, 1994, Curr. Opin. Biotechnol . , 5:521-27; Sauer, 1993, Methods Enzymol, 225:890-900) que crearía una unidad transcripcional nueva o modificada que daría como resultado la protección de novo o incrementada de polipéptido de HER-2sv del gen de HER-2sv endógeno de la célula. Un método adicional para incrementar, u obligar, la expresión del polipéptido de HER-2sv de un gen de HER-2sv endógeno de la célula implica incrementar, u obligar a, la expresión de un gen o genes (por ejemplo, factores de transcripción) y/o disminución de la expresión de un gen o genes (por ejemplo, represores transcripcionales ) en una forma que de como resultado la producción de novo o incrementada del polipéptido de HER-2sv del gen de HER-2sv endógeno de la célula. Este método incluye la introducción de un polipéptido no natural (por ejemplo, un polipéptido que comprenda un dominio lineal de ADN específico del sitio a un dominio de factor transcripcional) en la célula, de modo que resulte la producción de novo o incrementada de polipéptido de HER-2sv del gen de HER-2sv endógeno de la célula. La presente invención se relaciona además con constructos de ADN útiles en el método para alterar la expresión objetivo. En ciertas modalidades, los constructos de ADN ejemplares comprenden: (a) una o más secuencias objetivo, (b) una secuencia reguladora, (c) un exón, y (d) un sitio donador de empalme no apareado. La secuencia objetivo en el constructo de ADN dirige la integración de los elementos (a) -(d) en un gen objetivo en una célula de modo que esos elementos (b)-(d) sean ligados operativamente a secuencias del gen objetivo endógeno. En otra modalidad, los constructos de ADN comprenden: (a) una o más secuencias objetivo, (b) una secuencia reguladora, (c) un exón, (d) un sitio donador de empalme, (e) un intrón, y (f) un sitio aceptor de empalme, donde la secuencia objetivo dirige la integración de los elementos (a) -(f) de modo que los elementos de (b)-(f) sean ligados operativamente al gen endógeno. La secuencia objetivo es homologa al sitio preseleccionado en el ADN cromosomal celular con el cual ocurre la recombinación homologa. En el constructo, el exón es generalmente 3' de la secuencia reguladora y el sitio donador de empalme es 3' del exón. Si la secuencia de un gen particular es conocida, como la secuencia de ácido nucleico del polipéptido de HER-2sv presentada aquí, puede ser sintetizada o medida de otro modo una pieza de ADN que sea complementaria a una región seleccionada del gen, como por la restricción apropiada del ADN nativo en sitios de reconocimiento específicos que se unen a la región de interés. Esta pieza sirve como una secuencia objetiva tras la introducción en la célula y se hibridará a su región homologa dentro del genoma. Si esta hibridación ocurre durante la replicación del ADN, esta pieza de ADN y cualesquier secuencias adicionales unidas a esta, actuarán como un fragmento de Okazaki y será incorporada en una hebra de ADN hija recién sintetizada. La presente invención, por lo tanto, incluye los nucleótidos que codifican para un polipéptido de HER-2sv, nucleótidos los cuales pueden ser usados como secuencias objetivo. También se contempló la terapia de células con polipéptido de HER-2sv, por ejemplo, el implante de células productoras de polipéptidos de HER-2sv. Esta modalidad implica implantar células capaces de sintetizar y secretar de una forma biológicamente activa del polipéptido de HER-2sv. Esas células productoras de polipéptido de HER-2sv pueden ser células que sean productoras naturales del polipéptido de HER-2sv o pueden ser células recombinantes cuya capacidad para producir polipéptidos de HER-2sv haya sido aumentada por transformación como un gen que codifique para el polipéptido de HER-2sv deseado o con un gen que aumente la expresión del polipéptido de HER-2sv. Esa modificación puede ser lograda por medio de un vector adecuado para liberar el gen, asi como para promover su expresión y secreción. Para minimizar una reacción inmunológica potencial en pacientes a los que se les este administrando un polipéptido de HER-2sv, como puede ocurrir con la administración de un polipéptido de especies diferentes, es preferido que las células que produzcan el polipéptido de HER-2sv humano sean de origen humano y produzcan el polipéptido HER-2sv humano. De igual modo, se prefiere que las células - recombinantes que produzcan el polipéptido de HER-2sv sean transformadas con un vector de expresión que contenga un gen que codifique para un polipéptido de HER-2sv humano. Las células implantadas pueden ser encapsuladas para evitar la infiltración de tejido circundante. Puede ser implantadas células humanas o de animales no humanos en pacientes en recintos o membranas poliméricas biocompatibles, semipermeable, que permiten la liberación del polipéptido de HER-2sv, pero que prevengan la destrucción de las células por. el sistema inmune del paciente o por otros factores dañinos' del tejido circundante. De manera alternativa, las células propias del paciente, transformadas para producir polipéptidos de HER-2sv ex vivo, pueden ser implantadas directamente en el paciente sin esa encapsulación . Las técnicas para la encapsulación de células vivientes son conocidas en la técnica, y la preparación de las células encapsuladas y su implantación en pacientes puede ser efectuada de manera rutinaria. Por ejemplo, Baetge et al. (Publicación Internacional No. WO 95/05452 y solicitud internacional No. PCT/US94/09299) describen cápsulas de membrana que contienen células modificadas genéticamente para la liberación efectiva de moléculas biológicamente activas. Las cápsulas son biocompatibles y son fácilmente recuperables. Las cápsulas encapsulan células transíectadas con moléculas de ADN r-ecom inante que comprenden secuencias de ADN que codifican para moléculas biológicamente activas ligadas operativamente a promotores que no son objeto de desregulación in vivo tras su implante en un anfitrión mamífero. Los dispositivos proporcionan la liberación de moléculas de células vivientes a sitios específicos dentro de un receptor. Además, véanse las Patentes Estadounidenses Nos. 4,892,538; 5,011,472; y 5,106,627. Un sistema . para encapsular células vivientes es descrito en la Publicación Internacional No. WO 91/10425 (Aebischer et al.). Véase también, la Publicación Internacional No. WO 91/10470 (Aebischer et al.); Winn et al., 1991, Exper. Neurol. 113:322-29; Aebischer et al., 1991, Exper. Neurol. 111:26.9-75; y Tresco et al., 1992, ASAIO 38:17-23. También se contempló la liberación de polipéptidos HER-2sv por terapia genética in vivo e in vi tro. Un ejemplo de una técnica de terapia genética es el uso del gen HER-2sv (ADN genómico, ADNc, y/o ADN sintético) que codifique para un polipéptido de HER-2sv que pueda ser ligado operativamente o un promotor constitutivo o inducido para formar un "constructo de ADN para terapia genética". El promotor puede ser homólogo o heterólogo al gen de HER-2sv endógeno, siempre que se activa en la célula o tipo de tejido en el cual el constructo sea insertado. Otros componentes del constructo de ADN para terapia genética pueden incluir, opcionalmente, moléculas de ADN diseñadas para la integración especifica del sitio (por ejemplo, secuencias endógenas útiles para la recombinación homologa), promotores específicos del tejido, mejoradores o silenciadores, moléculas de ADN capaces de proporcionar una ventaja selectiva sobre la célula madre, moléculas de ADN útiles como marcas para identificar células transformadas, sistemas de selección negativa, agentes de unión específica de células (como, por ejemplo, para hacer blanco en células) , factores de internalización específicos de células, factores de transcripción que mejoran la expresión de un vector, y factores que permiten la producción de vectores. Un constructo de ADN para terapia genética puede entonces ser introducido en células (ya sea ex vivo o in vivo) usando vectores virales o no virales. Los medios para introducir el constructo de ADN para terapia genética es por medio de vectores virales como se describe aquí . Ciertos vectores, como los vectores retrovirales , liberarán el constructo de ADN al ADN cromosomal de las células y el gen puede integrarse al ADN cromosomal. Otros vectores funcionarán como episomas, y el constructo de ADN para terapias genéticas permanecerá en el citoplasma. En otras modalidades más, pueden ser incluidos elementos reguladores para la expresión controlada del gen de HER-2sv en la célula objetivo. Esos elementos son activados en respuesta a un efector apropiado. De esta manera, puede ser expresado un polipéptido terapéutico cuando se desee. Un medio de control convencional implica el uso de dimerizadores o rapálogos de molécula pequeña para dimerizar proteínas quiméricas que contengan el dominio de unión de molécula pequeña y un dominio capaz de iniciar un proceso biológico, como una proteína de unión de ADN o proteína de activación transcripcional (véanse las Publicaciones Internacionales Nos. O 96/41865, WO 97/31898, y WO 97/31899). La dimerización de las proteínas puede ser usada para iniciar la transcripción del transgen. Una tecnología de regulación alternativa usa un método para almacenar proteínas expresadas del gen de interés dentro de la célula como un agregado o aglomerado. El gen de interés es expresado como una proteína de fusión que incluye un dominio de agregación condicional que da como resultado la retención de la proteína agregada en el retículo endoplásmico. Las proteínas almacenadas son estables y se inactivan dentro de la célula. Las proteínas pueden ser liberadas, sin embargo, administrando un fármaco (por ejemplo, un ligando de molécula pequeña) que remueve el dominio de agregación condicional y por lo tanto separa específicamente los agregados o aglomerados de modo que las proteínas puedan ser secretadas de la célula. Véase Aridor et al., 2000, Science 287:816-17 y Rivera et al., 2000 Science 287:826-30. Otros medios de control de o cambios de gen adecuados incluyen, pero no se limitan a, los sistemas descritos aquí. La mifepristona (RU486) es usada como un antagonista de la progesterona . Un dominio de unión del ligando del receptor de progesterona modificado al antagonista de la progesterona activa la transcripción formando un dimero de dos factores de transcripción que pasa entonces al núcleo para unirse al ADN . El dominio de unión del ligando es modificado para eliminar la capacidad del receptor para unirse al ligando natural. El sistema receptor de hormona esteroidea modificado descrito mejor en la Patente Estadounidense No. 5,364,791 y las Publicaciones internacionales Nos. WO 96/40911 y WO 97/10337. Otro sistema de control más usa ecdisona (una hormona esteroidea de la mosca de la fruta) que se une a y activa un receptor de ecdisona (receptor citoplásmico) . El receptor se transloca entonces al núcleo para unirse a un elemento de respuesta de ADN especifico (promotor del gen sensible a la ecdisona) . El receptor de ecdisona incluye un dominio de transactivación, dominio de unión de ADN, y dominio de unión del ligando para iniciar la transcripción. El sistema de ecdisona es descrito mejor en la Patente Estadounidense No. 5,514,578 y las Publicaciones Internacionales Nos. WO 97/38117, WO 96/37609, y WO 93/03162.
Otros medios- de - control usan un transactivador positivo controlable por tetraciclina . Este sistema implica un dominio de unión de ADN de proteina represora tet mutante (cambios de los aminoácidos de tet R-4 mutantes los cuales dieron como resultado una proteina transactivadora regulada por tetraciclina inversa, es decir, que se une a un operador de tet en presencia de tetraciclina) ligado a un polipéptido el cual activa la transcripción. Esos sistemas son descritos en las Patentes Estadounidenses Nos. 5,464,758, 5,650,298 y 5, 654, 168. Sistemas de control de expresión y constructos de ácido nucleico adicionales son descritos en las Patentes Estadounidenses Nos. 5,741,679 y 5,834,186, de Innovir Laboratories Inc. La terapia genética in vivo puede ser efectuada introduciendo el gen que codifica para el polipéptido de HER-2sv en células vía inyección local de una molécula de ácido nucleico de HER-2sv o por otros vectores de liberación viral o no virales apropiados. Hefti 1994, Neurobiology 25:1418-35. Por ejemplo una molécula de ácido nucleico que codifique para un polipéptido de HER-2sv puede estar contenida en un vector de virus adenoasociado (AAV) para la liberación de las células objetivo (véase, por ejemplo, Johnson, Publicación Internacional No. WO 95/34670; Solicitud Internacional No. PCT/US95/07178 ) . El genoma de AAV recombinante típicamente contiene repeticiones- terminales invertidas de AAV flanqueando a una secuencia de ADN que codifica para un polipéptido de HER-2sv ligado operativamente a secuencias promotoras y de poliadenilación funcionales. Los vectores virales adecuados alternativos incluyen, pero no se limitan, a vectores de retrovirus, adenovirus, virus del herpes simple, lentivirus, virus de la hepatitis, parvovirus, papovavirus, poxvirus, alfavirus, coronavirus, rabdovirus, paramyxovirus, y del virus del papiloma. La Patente Estadounidense No. 5,672,344 describe un sistema de transferencia genética mediado viral in vivo que implica un vector de HSV-1 neurotrófico recombinante . La Patente Estadounidense No. 5,399,346 proporciona ejemplos de un proceso para proporcionar a un paciente una proteina terapéutica mediante la liberación de células humanas que han sido tratadas in vitro para insertar un segmento de ADN que codifica para una proteina terapéutica. Los métodos y materiales adicionales para la práctica de las técnicas de terapia genética son descritos en las Patentes Estadounidenses Nos. 5,631,236 (que implica vectores adenovirales , 5,672,510 (que implica vectores retrovirales ) , 5,635,399 (que implica vectores retrovirales que expresan citocinas) . Los métodos de liberación no viral incluyen, pero no se limitan a, transferencia mediada por liposomas, liberación de ADN desnudo (inyección directa) , transferencia mediada por un receptor (complejo de ligando-ADN) , electroporación, precipitación con fosfato de calcio, y bombardeo de micropartículas (por ejemplo, cañón genético) . Los materiales y métodos de terapia genética también pueden incluir promotores inducibles, promotores mejoradores específicos de un tejido, secuencias de ADN diseñadas para la integración específica al sitio, secuencias de ADN capaces de proporcionar una ventaja selectiva sobre la célula madre, marcas para identificar células transformadas, sistemas de selección negativa y sistemas de control de expresión (medidas seguras) , agentes de unión específico de la célula (para hacer blanco en células), factores de internalización específicos de células, y factores de transcripción para mejorar la expresión por un vector, así como métodos para la elaboración de vectores. Esos métodos y materiales adicionales para la práctica de las técnicas de terapia genética son descritos en las Patentes Estadounidenses Nos. 4,970,154 (que implican técnicas de electroporación), 5,679,559 (que describen un sistema que contiene lipoproteína) , 5, 676, 954 (que implica portadores liposomales ) , 5,593, 875 (que describe métodos para la transfección con fosfato de calcio), y 4,945,050 (que describe un proceso donde las partículas biológicamente activas son impulsadas en células a una velocidad por la cual las partículas penetran la superficie de las células y quedan incorporadas en el interior de las células), y la Publicación Internacional No. O 96/40958 (que implica ligandos nucleares) . También se contempló que la terapia genética o terapia celular con HER-2sv puede incluir además la liberación de uno o más polipéptidos adicionales en la misma o diferentes células. Esas células pueden ser introducidas por separado en el paciente o las células pueden ser contenidas en un solo dispositivo implantable, como la membrana encapsulante descrita anteriormente, o las células pueden ser modificadas por separado por medio de vectores virales. Los medios para incrementar la expresión endógena del polipéptido de HER-2sv en una célula vía la terapia genética sirven para insertar uno o más elementos mejoradores en el promotor de polipéptido de HER-2sv, donde los elementos mejoradores pueden servir para incrementar la actividad transcripcional del gen de HER-2sv. Los elementos mejoradores usados serán seleccionados sobre la base del tejido el cual se desee activar los elementos genéticos-mej oradores que se sabe confieren la activación del promotor en ese tejido serán seleccionados. Por ejemplo, si un gen que codifica para un polipéptido de HER-2sv va a ser "activado" en células T, puede ser usado el elemento mejorador del promotor lck. Aqui, la porción funcional del elemento transcripcional a ser agregado puede ser insertada en un fragmento de ADN que contenga el promotor- del polipéptido de HER-2sv (y opcionalmente insertado en un vector y/o secuencias flanqueantes 5' y/o 3') usando técnicas de clonación estándar. Este constructo, conocido como un "constructo de recombinación homólogo", puede entonces ser introducido en las células deseadas ex vivo o in vivo. La terapia genética también puede ser usada para hacer disminuir la expresión del polipéptido de HER-2sv modificando la secuencia nucleotidica del promotor endógeno. Es.a modificación es efectuada típicamente vía el método de recombinación homologa. Por ejemplo, puede ser diseñada una molécula de ADN que contenga toda o una porción del promotor del gen de HER-2sv seleccionada para la inactivación para remover y/o reemplazar piezas del promotor que regulen la transcripción. Por ejemplo, puede ser suprimida la casilla TATA y/o el sitio de unión de un activador transcripcional del promotor usando técnicas de biología molecular estándar; esa supresión puede inhibir la actividad del promotor expresando por lo tanto la transcripción del gen HER-2sv correspondiente. La supresión de la casilla TATA o el sitio de unión del activador de la transcripción en el promotor puede ser efectuada generando un constructo de ADN que comprenda toda o la porción relevante del promotor del polipéptido de HER-2sv (de la misma o una especie relacionada a la del gen de HER-2sv a ser regulado) en el cual una o más de la casillas de TATA- o nucleótidos del sitio de unión de activación transcripcional son sometidos a mutación vía sustitución, supresión y/o inserción de uno o más nucleótidos. Como resultado, la casilla TATA y/o el sitio de unión del activador tienen menor actividad o se vuelve completamente inactiva. Este constructo, el cual también típicamente contendrá al menos 500 bases de ADN que corresponden a las secuencias de ADN 5' y 3' nativas (endógenas) adyacentes al segmento promotor que ha sido modificado, puede ser introducido en las células apropiadas (ya sea ex vivo o in vivo) directamente o vía vectores virales como se describe aquí. Típicamente, la integración del constructo del ADN genómico de las células será vía recombinación homologa, donde las secuencias de ADN 5' y 3' en el constructo del promotor pueden servir para ayudar a integrar la región promotora modificada vía hibridación al ADN cromosomal endógeno. 15. Usos Terapéuticos Las moléculas de ácido nucleico de HER-2sv, polipéptidos , y antagonistas de los mismos pueden ser usados para tratar, diagnosticar, aliviar o prevenir el número de enfermedades, trastornos o condiciones, incluyendo aquellas expuestas aquí. Los antagonistas del polipéptido de HER-2sv incluyen aquellas moléculas que regulan la actividad del polipéptido de HER-2sv haciendo disminuir al menos una actividad de la forma madura del polipéptido de HER-2sv. Los antagonistas pueden ser cofactores, como una proteina, péptido, carbohidrato, lipido o molécula de peso molecular pequeño, que interactúen con el polipéptido de HER-2sv y por lo tanto regulen su actividad. Los antagonistas del polipéptido potenciales incluyen anticuerpos que reaccionan con formas solubles o unidas a la membrana de los polipéptidos de HER-2sv que comprenden parte de o todos los dominios extracelulares de las proteínas. Las moléculas que regulan la expresión del polipéptido de HER-2sv típicamente incluyen ácidos nucleicos que codifican para el polipéptido de HER-2sv que pueden actuar como reguladores antisentido de la expresión. Puesto que ha sido detectada la expresión aberrante de HER—2s en un número de cánceres humanos, incluyendo el cáncer de mama, ovario, gástrico, de pulmón, y oral, las moléculas de ácido nucleico de HER-2sv, polipéptidos y antagonistas de las mismas pueden ser útil en el diagnóstico o tratamiento de enfermedades incluyendo el cáncer de mama, ovario, gástrico, pulmón y oral. Otros carcinomas humanos que implican polipéptidos HER-2sv son abarcados dentro del alcance de esta invención. La función de los antagonistas del polipéptido de HER-2sv pueden ser usada (simultánea o secuencialmente ) en combinación con una o más citocinas, factores del crecimiento, antibióticos, antiinflamatorios, agentes quimioterapéuticos según sea apropiado para la condición que esté siendo tratada. Otras enfermedades o trastornos causados o mediados por niveles indeseables de polipéptido de HER-2sv son abarcados dentro del alcance de la invención. Los niveles indeseables preferiblemente incluyen niveles excesivos de polipéptidos de HER-2sv. 16. Usos de los Acidos Nucleicos y " Polipéptidos de HER-2sv Las moléculas de ácido nucleico de la invención (incluyendo aquellas que por si mismas no codifican para polipéptidos biológicamente activos) pueden ser usadas para trazar el mapa de ubicación del gen de HER-2sv y genes relacionados en cromosomas. El trazo del mapa puede ser efectuado por técnicas conocidas en la técnica, como la amplificación por PCR e hibridación in situ. Las moléculas de ácido nucleico de HER-2sv (incluyendo aquellas que por si mismas no codifican para polipéptidos biológicamente activos) , pueden ser útiles como sondas de hibridación en ensayos de diagnóstico para probar, cualitativa o cuantitativamente, la presencia de una molécula de ácido nucleico de HER-2s-v en muestras de tejido o fluido corporal de mamífero. También pueden ser empleados otros métodos donde sea deseable inhibir la actividad de uno o más polipéptidos de HER-2sv. Esa inhibición puede ser efectuada por moléculas de ácido nucleico que sean complementarias a y que se hibriden a secuencias de control de expresión (formación de triple hélice) o a ARNm de HER-2sv. Por ejemplo, las moléculas de ADN o ARN antisentido, que tienen una secuencia que es complementaria a al menos una porción de un gen de HER-2sv pueden ser introducidas en las células. Las sondas antisentido pueden ser diseñadas por técnicas disponibles usando la secuencia de los genes de HER-2sv descrita aquí. Típicamente, cada molécula antisentido será complementaria al sitio de inicio (extremo 5' ) de cada gen de HER—2sv seleccionado. Cuando la molécula antisentido se híbrida entonces el ARNm de HER-2sv correspondiente, la traducción de este ARNm es prevenida o reducida. Los inhibidores antisentido proporcionan información relacionada con la disminución o ausencia del polipéptido de HER-2sv en una célula u organismo. De manera alternativa, la terapia genética puede ser empleada para crear un inhibidor negativo dominante de uno o más polipéptidos de HER-2sv. En esta situación, el ADN que codifica para un polipéptido mutante de cada polipéptido de HER-2sv seleccionado puede ser preparado o introducido en las células de un paciente usando métodos virales o no virales como se describe aquí. Cada uno de esos mutantes es diseñado típicamente para competir con el polipéptido endógeno en su papel biológico. Puede ser usado un polipéptido de HER-2sv, biológicamente activo o no, como inmunógeno., es decir, que el polipéptido contiene al menos un epítope al cual los anticuerpos están dirigidos. Los agentes de unión selectiva que se unen a un polipéptido de HER-2sv (como se describe aquí) pueden ser usados para propósitos de diagnóstico in vivo e in vitro, incluyendo, pero sin limitarse a, el uso en forma marcada para detectar la presencia del polipéptido de HER-2sv o una muestra de fluido corporal o celular. Los anticuerpos también pueden ser usados para prevenir, tratar o diagnosticar un número de enfermedades y trastornos, incluyendo aquellos expuesto aquí. Los anticuerpos pueden unir a un polipéptido de HER-2sv para hacer disminuir o bloquear al menos una actividad característica de un polipéptido de HER-2sv, o pueden unirse a un polipéptido para incrementar al menos una actividad característica de un polipéptido de HER-2sv (incluyendo el incremento de la farmacocinética del polipéptido de HER-2sv) . Los ácidos nucleicos de HER-2sv humanos de la presente invención también son herramientas útiles para aislar los genes del poli-péptido de HER-2sv cromosomales correspondientes. El ADN genómico de HER-2sv humano puede ser usado para identificar enfermedades degenerativas tisulares hereditarias. Los siguientes ejemplos pretenden servir para propósitos de ilustración únicamente y no deberán constituir limitantes al alcance de la invención de ninguna manera.
EJEMPLO 1 Clonación de Variantes de Empalme de HER-2 De manera general, se usan los materiales y métodos como se describe en Sambrook et al., supra para clonar y analizar genes que codifican para polipéptidos de HER-2sv de rata . Para aislar secuencias de ADNc variantes de empalme de HER-2, se seleccionó una biblioteca de ADNc de tejido humano patentada usando los amplimeros 2771-31 (5'-C-G-G-T-C-G-A-C-G-A-G-C-T-C-G-A-G-G-G-T-C-3' ; SEQ ID NO: 14) y 2771-· 33 (5' -C-A-G-T-C-T-C-C-G-C-A-T-C-G-T-G—T-A-C-T-T-C-C-G-3 ' ; SEQ ID NO: 15). Las amplificaciones por PCR se preparon usando 100 ng de patrón de ADNc de tejido humano, 10 ng de patrón o molde de ADNc humano de Clontech Marathón, o 10 ng de patrón o molde de ADNc de xenoinjerto humano de Clontech Maratón; 10 pmol de antimeros; el equipo de PCR Advantage-HF2 (Clontech; y 2 µ? de GC-Metl (Clontech) en un volumen final de 50 µ? . Las reacciones se -efectúan a 9 °C durante 2 minutos durante un ciclo; 94 °C durante 30 segundos, 65 °C durante 30 segundos, y 72°C durante 3 minutos durante 40 ciclos; y 72°C durante 7 minutos durante un ciclo. Los productos generados en esta primera PCR fueron reamplificados por amplificaciones de PCR anidadas usando 1 mi del producto de la primera PCR y los amplimeros 2771-32 (5' -G-A-G-C-C-G-C-A-G-T-G-A-G-C-A-C-C-A-T-G-G-A-G-3' ; SEQ ID NO: 16) y 2771-34 ( 5' -G-C-T-G-C-C-G-T-C-G-C-T-T-G-A-T-G-A-G-G-A-T-C-3' ) ; SEQ ID NO: 17) y las mismas condiciones empleadas en la PCR inicial. Los productos de la PRC generados en las amplificaciones por PCR anidadas fueron analizados por electroforesis sobre gel, con productos de varios tamaños siendo detectados en las siguientes bibliotecas de ADN: estómago fetal, páncreas fetal, riñon fetal, pulmón fetal, corazón fetal, úteo, testículos, placenta, cuero cabelludo fetal, calvaría fetal, columna vertebral, tráquea, tumor pulmonar, tumor de mama T1543, tumor de ovario, tumor de colon, tumor de próstata, intestino delgada fetal, y linfocitos mononucleares circulantes. Esos productos fueron ligados en el vector pGEM-T EASY y usados para transformar E. coli. Se aisló ADN plasmidico de seis colonias individuales aisladas de cada transformación y sus insertos fueron secuenciados . Se identificaron cinco variantes de empalme del dominio extracelular del gen de tirosina cinasa del receptor de HER-2 en las selecciones efectuadas por PCR. Las Figuras 6A-6C ilustran la alineación de la secuencia de aminoácidos de la porción intracelular del HER-2sv humano (SEQ ID NO: 11) y los polipéptidos codificados por las cinco variantes de empalme. Esas variantes de empalme incluyenron la forma" 97 HER-2sv (SEQ ID NO: 4), HER-2sv 184 (SEQ ID NO: 10), HER-2sv 119 (SEQ ID NO: 6), HER-2sv 68 (SEQ ID NO: 2) y HER-2sv 156 (SEQ ID NO: 8) . La Figura 7 ilustra una representación esquemática de la estructura de la forma conocida del dominio extracelular del gen de HER-2 y las formas 119, 184, 97, 68 y 156 del HER-2sv humano. La forma conocida del dominio extracelular de HER-2 consiste de 17 exones. Estructuralmente, esta posee dos dominios L del receptor, un dominio similar a la furina, y un dominio transmembranal . Los dominios L del receptor son dominios de unión de ligando, cada uno de esos dominios consiste de una hélice beta derecha de una sola hebra. El dominio similar a la furina es una región rica en cisteína, en la cual se encuentra una variedad de proteínas que estén implicadas en la transducción de señales . En la formación 119 del HER-2sv, y el exon adicional entre los exones 9 y 10 de la forma conocida del dominio extracelular HER-2 codifica para 39 aminoácidos adicionales. Esta secuencia adicional perturba al segundo dominio L de HER-2. Se detectaron las secuencias de la forma 119 en la biblioteca de ADNc de cuero cabelludo. En la forma 184 del HER-2sv, un exón adicional entre los exones 14 y 15 de la forma conocida del dominio extracelular de HER-2 codifica para 34 aminoácidos adicionales. Esta secuencia adicional no perturba los dominios L o el dominio similar a la furina de HER-s . Las secuencias de la forma 184 se detectaron en la biblioteca de ADNc de traquea. La forma 97 de HER-2sv carece del exón 16 de la forma conocida del dominio extracelular de HER-2. La supresión del exón 16 no perturba los dominios L o el dominio similar a la furina de HER-2. Las secuencias de la forma 97 se detectaron en bibliotecas de ADNc de calvaría y traquea. La forma 68 del HER-2sv posee sitios de empalme atípicos dentro de los exones 7 y 12 de la forma conocida del dominio extracelular de HER-2, dando como resultado una supresión de 187 aminoácidos. La supresión de esta porción de HER-2 remueve la mayoría del dominio similar a la furina y la mayoría del segundo dominio L del receptor. Las secuencias de la forma 68 fueron detectadas en bibliotecas de ADNc de riñon fetal, testículo, tumor de colon y el carcinoma de mama T1543. La forma 156 del HER-2sv posee sitios de empalme típicos dentro de los exones 4 y 15 de la forma conocida del dominio extracelular de HE -2. El sitio de empalme atípico en el exón 4 genera una abreviación de marco y un codón de interrupción prematura. Esta variante de empalme carece de dominio similar a la furina y el segundo dominio L del receptor. Las secuencias de la forma 156 fueron detectadas en la biblioteca de ADNc de carcinoma de mama T1543.
EJEMPLO 2 Expresión del AR m de HER-2sv La expresión del ARNm de HER-2sv es examinada por análisis de electroinmunotransferencia Northern. Son sondeadas manchas northern de tejido humano múltiples (Clontech) con un fragmento de restricción decuado aislado de una clona de ADNc de polipéptido de HER-2sv humano. La sonda es marcada con 32P-dCTP usando técnicas estándar. Las manchas Northern son prehibridadas durante 2 horas a 42 °C en solución de hibridación (5X SSC, formamida desionizada al 50%, solución de Denhardt 5X, SDS a 0.5% y 100 mg/ml de esperma de salmón de ADN desnaturalizado) y entonces hibridadas a 42 °C durante la noche en solución de hibridación fresca con un contenido de 5 ng/ml de la sonda marcada. Después de la hibridación, los filtros son lavados dos veces durante 10 minutos a temperatura ambiente en SSC 2X y SDS al 0.1%, y entonces dos veces durante 30 minutos a 65°C en SSC O . IX y SDS al 0.1%. Las manchas son entonces expuestas a autorradiografia . La expresión del ARNm HER-2sv es localizada por hibridación in situ. Un panel de tejidos de ratón embriónico y adulto normal es fijado en paraformaldehido al 4%, incluido en parafina, y cortado en 5 µp?. Los tejidos cortados son permeabilizados en HC1 0.2 M, digeridos con Proteinasa K, y acetilados con trietanolamina y anhídrido acético. Los cortes son prehibridados durante 1 hora a 60 °C en solución de hibridción (NaCl. 300 mM, Tris-HCl 20 mM, pH 8.0, EDTA 5 mM, solución de Denhardt IX, SDS al 0.2%, DTT 10 mM, ARNt 0.25 mg/ml, 25 g ml de poliA, 25 µg/ml· de poliC y formadehído al 50%) y entonces se hibridan durante la noche a 60°C en la misma solución con un contenido de 10% de dextrano y 2 x 104 cpm/µ? de una ribosonda antisentido marcada con 33P complementaria al gen de HER-2sv humano. La ribosonda es obtenida por transcripción in vivo de una clona que contiene secuencias de ADNc de HER-2sv humano usando técnicas estándar . Después de la hibridación, los cortes son enjuagados en solución de hibridación, tratados con ARNasaA para digerir la sonda no hibridada, y entonces lavada con SSC 0. IX a 55°C durante 30 minutos. Los cortes son entonces sumergidos en emulsión de NTB-2 (Kodak, Rochester, Y) , expuestos durante 3 semanas a 4°C, revelados, y contrateñidos con hematoxilina y eosina.- La morfología del tejido y la señal de hibridación son analizadas simultáneamente por un campo oscuro e iluminación estándar para cerebro (un corte sagital y dos coronarios), tracto gastrointestinal (esófago, estómago, duodeno, yeyuno, íleo, colon proximal y colon distal) , pituitaria, hígado, pulmón, corazón, bazo, timo, nodos linfáticos, riñon, adrenal, vejiga, páncreas, glándula salival, órganos reproductores masculinos y femeninos (ovario, oviducto, y útero en hembra o mujer; y testículos, epididimo, próstata, vesícula seminal, y vasos deferentes en el macho u hombre), BAT y WAT (subcutánea, perirenal) , óseo (fémur), piel, mama y músculo esquelético.
EJEMPLO 3 Producción de Polipéptidos de HER-2sv A. Expresión de Polipéptidos de HER-2sv en Bacterias Se usó PCR para amplificar secuencias de ADN patrón o molde que codifican para un polipéptidos HER-2sv usando cebadores correspondientes en los extremos 5' y 3' de la secuencia. Los productos de ADN amplificados fueron modificados para que tuvieran sitios enzimas de restricción para permitir la inserción en vectores de inserción. Los productos de la PCR son purificados por gel e insertados por vectores de expresión usando la metodología del ADN recombinante estándar. Un vector ejemplar, como pAMG21 (ATCC no. 98113) que contiene el promotor lux y un gen que codifica para la resistencia a la kanamicina es digerido con Bam HI y Nde I para la clonación direccional del ADN insertado. La mezcla ligada es transformada en una cepa anfitriona de E. coli por electroporación y los transformantes son seleccionados por la resistencia a la kanamicina. El ADN plasmidico de las clonas seleccionadas es sometido y aislado para el sometido a secuenciamiento de ADN para confirmar la presencia del inserto. Las células anfitrionas transformadas son incluidas en medios 2xYT que contienen 30 µg/mL de kanamicina a 30 °C antes de la inducción. La expresión genética es inducida por la adición de N- (3-oxohexanoil) -dl-homoserin lactona a una concentración final de 30 ng/mL seguida por incubación a 30 °C o 37 °C durante 6 horas. La expresión del polipéptidos de HER-2sv es evaluada mediante la centrifugación del cultivo, resuspensión y lisis de los sedimentos bacterianos y análisis de las proteínas de célula anfitriona por electroforesis sobre SDS gel de poliacrilamida . Los cuerpos de inclusión que contienen polipéptido de HER-2sv son purificados como sigue. Son sedimentadas células bacterianas por centrifugación y resuspendidas en agua. La suspensión celular es lisada por sonicación y sedimentación por centrifugación a 195,000 xg durante 5 a 10 minutos. El sobrenadante es desechado, y el sedimento es lavado y transferido a un homogenizador . El sedimento es homogenizado en 5 mL de solución de Percoll (Percoll líquido al 75% y NaCl 0.15 M) hasta ser uniformemente suspendido y entonces se diluye y centrifuga a 21,600 xg durante 30 minutos. Las fracciones de gradiente que contienen los cuerpos de inclusión son recuperadas y reunidas. Los cuerpos de exclusión analizados por SDS-PAGE. Es escindida una sola banda sobre un gel de poliacrilamida SDS correspondiente al polipéptido de HER-2sv producido por E. coli del gel, y es determinada la secuencia de aminoácidos N-terminal esencialmente como lo descrito por Matsudaira et al., 1987, J. Biol. Chem. 262:10-35.
B. Expresión del HER-2sv en Células de Mamífero Se usó PCR para amplificar la secuencia de ADN patrón o molde que codifican para un polipéptido de HER-2sv usando cebadores correspondientes a los extremos 5' y 3' de la secuencia. Los productos de ADN amplificado pueden ser modificados para que contengan sitios de enzima de restricción para permitir la inserción en los vectores de expresión. Los productos de la PCR son purificados sobre gel e insertados en vectores de expresión usando la metodología del ADN recombinante estándar. Un vector de expresión, pCEP4 (Invitrogen, Carlsbad, CA) , que contiene el origen de replicación del virus de Epstein-Barr , puede ser usado para la expresión de polipéptidos de HER-2sv en células 293-EBNA-l. Los productos de la PCR amplificados y purificados sobre gel son ligados en el vector pCEP4 e introducidos en las células 293-EBNA por lipofección. Las células transíectadas son seleccionadas en 100 µg/mL de higromicina y los cultivos resistentes al fármaco resultante se hacen crecer hasta la confluencia. Las células son entonces cultivadas en medios libres de suero durante 72 horas. Los medios acondicionados son removidos y la expresión del polipéptido de HER-2sv es analizada por SDS-PAGE . La expresión del polipéptido de HER-2sv puede ser detectada por tinción con plata. De manera alternativa, el polipéptido de HER-2sv es producido como una proteína de fusión con una marca epitópica, como un dominio constante de IgG o epítope de FLAG, el cual puede ser detectado por el análisis de electroinmunotransferencia Western mostrando anticuerpos para la marca peptídica. Los polipéptidos de HER-2sv pueden ser escindidos de SDS-gel de poliacrilamida, o las proteínas de fusión de HER-2sv son purificadas por cromatografía de afinidad para la marca epitópica, y sometidas a análisis de secuencia de aminoácidos N-terminales como se describe aquí.
C. Expresión y Purificación del Polipeptido de HER-2sv en Células de Mamífero Los constructos de expresión de polipéptido de HER-2sv son introducidos en células 293 EBNA o CHO por lipofeccion o por el protocolo con fosfato de calcio. Para conducir estudios funcionales sobre los polipéptidos de HER-2sv que son producidos, son generadas grandes cantidades de medios acondicionados a partir de un conjunto de clonas de 293 EBNA seleccionadas con higromicina. Las células son cultivadas en Matraces Nunc Triple de 500" cm hasta un 80% de confluencia antes de cambiar a medios libres de suero una semana antes de cosechar los medios . Los medios acondicionados son cosechados y congelados a -20°C hasta su purificación. Los medios acondicionados son purificados por cromatografía de afinidad como se describe más adelante. El medio es descongelado y entonces se hace pasar a través de un filtro de 0.2 µp?. Una columna de Proteína G es equilibrada con PBS a pH 7.0, y entonces cargada con los medios filtrados. La columna es lavada con PBS hasta que la absorbancia a A2eo alcanza una línea basal. El polipéptido de HER-2sv es eluido de la columna con Glicina-HCl 01 M a pH 2.7 y neutralizada inmediatamente con Tris-HCl 1 M a pH 8.5. Las fracciones que contienen polipéptido de HER-2sv son reunidas, dializadas en PBS, y almacenadas a -70°C.
Para el factor Xa la escisión del polipéptido de fusión polipéptido de HER-2sv Fe humano, la proteína purificada por cromatografía de afinidad es dializada en Truis-HCl 50 mM, NaCl 100 mM, CaCl2 2 mM a pH 8.0. Se agrega Factor Xa de proteasa de restricción a la proteína dializada a 1/100 (p/p) y la muestra es digerida durante la noche a temperatura ambiente .
EJEMPLO 4 Producción de Anticuerpos Anti-Polipéptido de HER-2sv Los anticuerpos para polipéptido de HER-2sv pueden ser obtenidos por inmunización con proteína purificada o con péptidos de HER-2sv producidos por síntesis biológica o química. Los procedimientos adecuados para generar anticuerpos incluyen aquellos descritos en Hudson y Bay, Practical Iwmunology (2da ed. , Blackwell Scientific Publications) . En un procedimiento para la producción de anticuerpos, son inyectados animales (típicamente ratones o conejos) con un antígeno de HER-2sv (como un polipéptido de HER-2sv) , y aquellos con niveles de títulos en suero suficiente de acuerdo a lo determinado por ELISA son detectados para la detección de hibridoma. Son recolectados los bazos de animales inmunizados y preparados como suspensiones como una sola célula de los cuales son recuperados los esplenocitos . Los esplenocitos son fusionados a células de genoma de ratón (como células SP2/0-Agl4), primero son incubados en DMÉM con 200 U/mL de penicilina, 200 µ?/p? de sulfato de estreptomicina, y 4 mM de glutamina, y entonces son incubados en un medio de selección HAT (hipoxantina, aminopterina y timidina) . Después de la selección, los sobrenadantes del cultivo tisular son retirados de cada pozo de fusión y probados para la producción de anticuerpo anti-HER-2sv por ELISA. También pueden ser empleados procedimientos alternativos para obtener anticuerpos anti-HER-2sv, como la inmunización de ratones transgénicos que albergan sitios de Ig humana para la producción de anticuerpos humanos, y la selección de bibliotecas de anticuerpos sintéticos, como aquellas generadas por la mutagénesis de un dominio variable de anticuerpo.
EJEMPLO 5 Expresión de Polipéptido de HER-2sv en Ratones Transgénicos Para evaluar la actividad biológica del polipéptido de HER-2sv, se preparó un constructo que codifica para una proteina de fusión de polipéptido de HER-2sv/Fc bajo el control de un promotor ApoE especifico del hígado. Se espera que la liberación de este constructo produzca cambios patológicos que sean informativos de la función del polipéptido de HER-2sv. De manera similar, es preparado un constructo que contiene el polipéptido de HER-2sv de longitud completa bajo el control del promotor de actina beta. Se espera que la liberación de este constructo dé como resultado una expresión ubicua. Para generar esos constructos, se usa PCR para amplificar las secuencias de ADN patrón que codifiquen para un polipéptido de HER-2sv usando cebadores que correspondan a los extremos 5' y 3' de la secuencia deseada y que incoporen sitios de enzima de restricción para permitir la inserción del producto amplificado en un vector de expresión. Después de la amplificación, los productos de la PCR son purificados sobre gel, digeridos con las enzimas de restricción apropiadas, y ligados en un vector de expresión usando técnicas de ADN recombinante estándar. Por ejemplo, las secuencias del polipéptido de HER-2sv amplificadas pueden ser clonadas en un vector de expresión bajo el control del promotor de ß-actina humana de acuerdo a lo descrito por Graham et al., 1997, Nature Genetics, 17 : 272-7 y Ray et al., 1991, Genes Dev. 5:2265-73. Después de la ligación, son usadas mezclas de reacción para transformar la cepa anfitriona de E. coli por electroporación y son seleccionados los transformantes resistentes al fármaco. El ADN plasmidico de las colonias seleccionadas es aislado y sometido a secuenciamiento de ADN para confirmar la secuencia de un inserto apropiado y la ausencia de mutación. El vector de expresión de polipéptido HER-2sv es purificado a través de dos rondas de centrifugación en gradiente de densidad con CsCl, escindido con una enzima de restricción adecuada, y un fragmento linearizado que contiene el transgen de polipéptido de HER-2sv es purificado por electroforesis sobre gel. El fragmento purificado es resuspendido en Tris 5 mM, pH 7.4, EDTA a 0.2 mM a una concentración de 2 mg/mL. Son inyectados embriones de una sola célula de ratones cruzados BDF1 x BDF1 como se describió (Publicación Internacional No. O 97/23614). Los embriones son cultivados durante la noche en un incubador de C02 y son transferidos 15-20 embriones de dos células a los oviductos de un ratón hembra CD1 pseudopreñada . La descendencia obtenida de embriones microinyectados es seleccionada por amplificación por PCR del transgen integrado en muestras de ADN genómico como sigue. Son digeridas piezas de oreja en 20 mL de amortiguador de oreja (Tris 20 mM, pH 8.0, EDTA 10 mM, SDS al 0.5%, y 500 mg/mL de proteinasa K) a 55°C durante la noche. La muestra es entonces diluida con 200 mL de TE, y se usan 2 mL de la muestra de oreja en una reacción de PCR usando los cebadores apropiados. A las 8 semanas de edad, los animales fundadores transgénicos y los animales control son sacrificados para efectuar la necroscopia y análisis patológico. Son removidas porciones del bazo y es aislado el ARN celular total de los bazos usando el Equipo de Extracción de ARN Total (Qiagen) y la expresión del transgen es determinada por RT-PCR. El ARN recuperado de los bazos es convertido a ADNc usando el Sistema de Preamplificación SuperScriptMR (Gibco-RL) como sigue. Es usado un cebador adecuado, localizado en la secuencia del vector de expresión y 3' al transgen del polipéptido de HER-2sv, para cebar la síntesis de ADNc de los transcriptos genéticos. Se incuban diez mg de ARN de bazo total de fundadores y controles transgénicos con 1 mM de cebador durante 10 minutos a 70°C y se colocan sobre hielo. La reacción es entonces suplementaria con Tris-HCl 10 mM, pH 8.3, KC1 50 mM, MgCl2 2.5 mM, 10 mM de cada dNTP, DTT 0.1 mM, y 200 U de transcriptasa inversa SuperScript II. Después de incubar durante 50 minutos a 42 °C, la reacción es detenida calentando durante 15 minutos a 72 °C y digerida con 2U de Rnasa H durante 20 minutos a 37 °C. Las muestras son entonces amplificadas por PCR usando cebadores específicos para polipéptido HER-2sv.
EJEMPLO 6 Actividad Biológica de Péptido de HER-2sv en Ratones Transgénicos Antes de la eutanasia, los animales transgénicos son pesados, anestesiados con isofluorano y sangrados por punción cardiaca. Las muestras son sometidas a hematología y análisis de la química del suero. Se efectuó una radiografía después de la examinación terminal. Tras una disección aproximada, los órganos vicerales mayores son sometidos a análisis de peso. Después de la disección aproximada, los tejidos (es decir, hígado, bazo, páncreas, estómago, todo el tracto gastrointestinal, ríñones, órganos reproductores, piel y glándulas mamarias, huesos, cerebro, corazón, pulmones, timo, tráquea, esófago, tiroide, adrenales, vejiga urinaria, nodos linfáticos y músculo esquelético) son removidos y fijados en Zn-Formalina amortiguada al 10% para su examen histológico. Después de la fijación, los tejidos son procesados en bloques de parafina, y se obtienen cortes de 3 mm. Todos los cortes son teñidos con hematoxilina y exosina, y entonces son sometidos a análisis histológico. El bazo, los nodos linfáticos, y los parches de Peyer de ambos ratones transgénicos y control son sometidos a análisis inmunohistológico con anticuerpos específicos para celulars B y células T como sigue. Los cortes incluidos en parafina fijados con formalina son deesparafinizados e hidratados en agua desionizada. Los cortes son templados con peróxido de hidrógeno al 3%, bloqueados con Proteína de Bloqueo (Lipshaw, Pittsburgh, PA) , e incubados en anti-B220 y CD3 de ratón monoclonal de rata (Harían, Indianapolis , IN) .
La unión del anticuerpo es detectada por anti-inmunoglobulinas de rata de conejo biotiniladas y estreptavidina conjugada con peróxidos (BioGenex, San Ramón, CA) con DAB como un cromágeno (Biotek, Santa Barbara, CA) . Las secciones son contrateñidas con hematoxilina . Después de la necropsia, las MLN y cortes de bazo y timo tomadas de animales transgénicos y control de carnadas son removidas. Son preparadas suspensiones de una sola célula triturando suavemente los tejidos con el extremo plano de una jeringa contra el fondo de un tamiz celular de nyln de 100 mm (Becton Dickinson, Franklin Lakes, NJ) . Las células son lavadas dos veces, contadas, y aproximadamente 1 x 10e células de cada tejido son incubadas entonces durante 10 minutos con 0.5 µ de bloque de CD16/32 (FcyIII/lI ) en un volumen de 20 yL. Las muestras son entonces teñidas durante 30 minutos a 2-8°C en un volumen de 100 µL de PBS (que carece de Ca+ y Mg+) , seroalbúmina bovina al 0.1%, y azida de sodio al 0.01% con 0.5 µg de anticuerpo de FITC o anticuerpos monoclonales con PE contra CD90.2 (Thy-1.2), CD45R (N220) , CDllb (MAC-1) , Gr-1, CD4 o CD8 (PharMingen, San Diego, CA) . Después de la unión del anticuerpo, las células son lavadas y entonces analizadas por citometría de flujo por un FACScan (Becton Dickinson) . Aunque la presente invención ha sido descrita en términos de las modalidades preferidas, debe comprenderse que se les ocurrirán variaciones y modificaciones a aquellos expertos en la técnica. Por lo tanto, se pretende que las reivindicaciones anexas cubran todas aquellas variaciones y equivalentes que entren dentro del alcance de la invención como se reclama. Se hace constar que con relación a esta fecha, un mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención, es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.

Claims (1)

  1. REIVINDICACIONES Habiéndose descrito la invención como antecede, se reclama como propiedad lo contenido en las siguientes reivindicaciones. 1. Una molécula de ácido nucleico aislada, caracterizada porque comprende: (a) la secuencia nucleotídica que se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO : 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9; (b) una secuencia nucleotídica que codifica para el polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO : 8, O SEQ ID NO: 10; (c) una secuencia nucleotídica que se híbrida bajo condiciones al menos moderadamente rigurosas al complemento de la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) o (b) , donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO : 6, SEQ ID NO : 8, o SEQ ID NO: 10; o (d) una secuencia nucleotídica complementaria a la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) - (c) . 2. Una molécula de ácido nucleico aislada, caracterizada porque comprende: (a) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido que es al menos aproximadamente 70 por ciento idéntico al polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID -NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) una región de la secuencia nucleotidica de cualquiera de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO.: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, o SEQ ID NO: 9 que codifica para un fragmento polipeptidico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, o es antigénico; (c) una región de la secuencia nucleotidica de la SEQ ID NO: 1 que codifica para un fragmento polipeptidico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 2, o es antigénico; (d) una región de la secuencia nucleotidica de la SEQ ID NO: 3 que codifica para un fragmento polipeptidico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, donde el fragmento polipeptidico tiene la actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 4, o es antigénico; (e) una región de la secuencia nucleotidica de la SEQ ID NO: 5 que codifica para un fragmento polipeptídico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, donde el fragmento polipeptídico tiene . una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 6, o es antigénico; (f) una región de la secuencia nucleotídica de la SEQ ID NO: 9 que codifica para un fragmento polipeptídico de al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, que incluye los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10, donde el fragmento polipeptídico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 10, o es antigénico; (g) una secuencia nucleotídica que se híbrida bajo condiciones al menos moderadamente rigurosas al complemento de la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) - (f) , donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; o (h) una secuencia nucleotídica complementaria a la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) - (g) . 3. Una molécula de ácido nucleico aislada, caracterizada porque comprende: (a) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, con al menos una sustitución de aminoácido conservativa, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) una secuencia nucleotidica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 2 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 2, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2; (c) una secuencia nucleotidica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 4 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 4, y donde el polipéptido incluye los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4 ; (d) una secuencia nucleotidica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 6 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 6, y donde el polipéptido incluye los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6; (e) una secuencia nucleotidica que codifica para un polipéptido como se expone en la SEQ ID NO: 10 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10; (f) una secuencia nucleotídica que codifica para un polipéptido como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 con al menos una modificación que es una sustitución de aminoácido, truncación C-terminal o truncación N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2, los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, o los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10; (g) una secuencia nucleotídica que se híbrida bajo condiciones al menos moderadamente rigurosas al complemento de la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) - (e) , donde el polipéptido codificado tiene una actividad de los polipéptidos expuestos en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; o (h) una secuencia nucleotídica complementaria a la secuencia nucleotídica de cualquiera de (a) - (f ) . . Un vector caracterizado porque comprende la molécula de ácido nucleico de conformidad con las reivindicaciones 1, 2 ó 3. 5. Una célula anfitriona, caracterizada porque comprende el vector de conformidad con la reivindicación 4. 6. La célula anfitriona de conformidad con la reivindicación 5, caracterizada porque es una célula eucariótica . 7. La célula anfitriona de conformidad con la reivindicación 5, caracterizada porque es una célula procariótica . 8. Un proceso para producir un polipéptido de HER-2sv, caracterizado porque comprende cultivar la célula anfitriona de conformidad con la reivindicación 5, bajo condiciones adecuadas para expresar el polipéptido, y aislar opcionalmente el polipéptido del cultivo. 9. Un polipéptido, caracterizado porque se produce por el proceso de conformidad con la reivindicación 8. 10. El proceso de conformidad con la reivindicación 8, caracterizado porque la molécula de ácido nucleico, comprende ADN promotor diferente al ADN promotor del polipéptido de HER-2sv nativo ligado operativamente al ADN que codifica al polipéptido HER-2sv. 11. La molécula de ácido nucleico aislada de conformidad con la reivindicación 2, caracterizada porque el por ciento de identidad es determinado usando un programa de computadora seleccionado del grupo que consiste de GAP, BLASTN, FASTA, BLASTA, BLASTX, BestFit, y el algoritmo de Smith-Waterman . 12. Un proceso para determinar si un compuesto inhibe la actividad del polipéptido de HER-2sv o producción del polipéptido de HER-2sv, caracterizado porque comprende exponer una célula de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 5, 6 ó 7 al compuesto y medir la actividad del polipéptido de HER-2sv con la producción de polipéptido de HER-2sv en la célula. 13. Un polipéptido aislado, caracterizado porque comprende los aminoácidos expuestos en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. 14. Un polipéptido aislado, caracterizado porque comprende : (a) una secuencia de aminoácidos para un ortólogo de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) una secuencia de aminoácidos que es al menos aproximadamente 70 por ciento idéntica a la secuencia de aminoácidos de cualquiera de las SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (c) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 2 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2, donde el fragmento polipeptidico tiene una- actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 2, o es antigénico; (d) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 4 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 4, o es antigénico; (e) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 6 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 6, o es antigénico; (f) un fragmento de la secuencia de aminoácidos expuesta en la SEQ ID NO: 10 que comprende al menos aproximadamente 25 aminoácidos residuales, incluyendo los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10, donde el fragmento polipeptidico tiene una actividad del polipéptido expuesto en la SEQ ID NO: 10, o es antigénico. 15. Un polipéptido aislado, caracterizado porque comprende : (a) la secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, con al menos una sustitución de aminoácido conservativa, donde el polipéptido tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10; (b) la secuencia de aminoácidos como se expone en la SEQ ID NO: 2 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 2, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2; (c) la secuencia de aminoácidos como se expone en la SEQ ID NO: 4 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 4, y donde el polipéptido incluye los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4; (d) la secuencia de aminoácidos como se expone en la SEQ ID NO: 6 que tiene una truncación C- y/o N-terminal; donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 6, y donde el polipéptido incluye los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6; (e) la secuencia de aminoácidos como se expone en la SEQ ID NO: 10 que tiene una truncación C- y/o N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en la SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10; (f) la secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10 con al menos una modificación que es una sustitución de aminoácido, truncación C-terminal o truncación N-terminal, donde el polipéptido codificado tiene una actividad del polipéptido expuesta en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, o SEQ ID NO: 10, y donde el polipéptido incluye los residuos 261 hasta 262 de la SEQ ID NO: 2, los residuos 383 hasta 384 de la SEQ ID NO: 4, los residuos 384 hasta 422 de la SEQ ID NO: 6, o los residuos 580 hasta 613 de la SEQ ID NO: 10. 16. Un polipéptido aislado codificado por la molécula de ácido nucleico de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 ó 3, caracterizado porque el polipéptido tiene una actividad del polipéptido expuesto en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. 17. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 14, caracterizado porque el por ciento de identidad es determinado usando un programa de computadora seleccionado del grupo que consiste de GAP, BLASTP, FASTA, BLASTA, BLASTX, BestFit, y el algoritmo de Smith-Waterman . 18. Un agente de- unión selectivo o un fragmento del mismo, caracterizado porque se une específicamente al polipéptido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15. 19. El agente de unión selectivo o fragmento del mismo de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque se une específicamente al polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos como se expone en cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10, o un fragmento de la misma. 20. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo o fragmento del mismo. 21. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo humanizado. 22. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo humano o fragmento del mismo. 23. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo policlonal o fragmento del mismo. 24. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo monoclonal o fragmento del mismo. 25. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo quimérico o fragmento del mismo. 26. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo injertado con CDR o fragmento del mismo. 27. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un anticuerpo antiidiotipico o un fragmento del mismo. 28. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque es un fragmento de región variable. 29. El fragmento de región variable de conformidad con la reivindicación 28, caracterizado porque es un fragmento de Fab o Fab' . 30. El agente de unión selectiva o fragmento del mismo, caracterizado porque comprende al menos una región que determina la complementariedad con especificidad para un polipéptido que tiene la secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO:, 8 o SEQ ID NO: 10. 31. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque se une a una marca detectable. 32. El agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado porque antagoniza la actividad biológica del polipéptido de HER-2sv. 33. Un método para tratar, prevenir, o aliviar una enfermedad, condición o trastorno relacionado con el polipéptido de HER-2sv, caracterizado porque comprende administrar a un paciente una cantidad efectiva de un agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18. 34. Un agente de unión selectiva producido inmunizando un animal con un polipéptido, caracterizado porque comprende una secuencia de aminoácidos de cualquiera de la SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8 o SEQ ID NO: 10. 35. Un hibridoma que produce un agente de unión selectiva, caracterizado porque es capaz de unirse a un polipéptido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15. 36. Un método para detectar o cuantificar la cantidad de polipéptido de HER-2sv, caracterizado porque usa el anticuerpo anti-HER-2sv o un fragmento de conformidad con la reivindicación 18. 37. Un equipo para detectar o cuantificar la cantidad de polipéptido de HER-2sv en una muestra biológica, caracterizado porque comprende el agente de unión selectiva de conformidad con la reivindicación 18. 38. Una composición, caracterizada porque comprende el polipéptid-o de -conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15, y un agente de formulación farmacéuticamente aceptable. 39. La composición de conformidad con la reivindicación 38, caracterizada porque ¦ el agente de formulación farmacéuticamente aceptable es un vehículo, adyuvante, solubilizador, estabilizador, o antioxidante. 40. Un polipéptido, caracterizado porque comprende un derivado de polipéptido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15. 41. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 40, caracterizado porque es modificado covalentemente con un polímero soluble en agua. 42. El polipéptido de conformidad con la reivindicación 41, caracterizado porque el polímero soluble en agua es polietilen glicol, monometoxi-polietilen glicol, dextrano, celulosa, poli- (N-vinil pirrolidona) polietilen glicol, homopolímeros de propilen glicol, copolímeros de óxido de polipropileno/óxido de etileno, polioles polioxietilados, o alcohol polivinílico . 43. Una composición, caracterizada porque comprende una molécula de ácido nucleico de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 ó 3 y un agente de formulación farmacéuticamente aceptable. 44. La composición de conformidad con la reivindicación 43, caracterizada porque la molécula de ácido nucleico está contenida en un vector viral. 45. Un vector viral, caracterizado porque comprende una molécula de ácido nucleico de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 ó 3. 46. Un polipéptido de fusión, caracterizado porque comprende el polipéptido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15 fusionada a una secuencia de aminoácidos heteróloga. 47. El polipéptido de fusión de conformidad con la reivindicación 46, caracterizado porque la secuencia de aminoácidos heteróloga es un dominio constante de IgG o fragmento del mismo. 48. Un método para tratar, prevenir o aliviar una condición médica, caracterizado porque comprende administrar a un paciente el polipéptido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15, o el polipéptido codificado por el ácido nucleico de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 ó 3. 49. Un método para diagnosticar una condición patológica o una susceptibilidad a una condición patológica en un sujeto, caracterizado porque comprende: (a) determinar la presencia o cantidad de expresión del polipéptido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15, o el polipéptido codificado por (a) poner en contacto el polipéptido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 13, 14 ó 15 con un compuesto y (b) determinar el grado de unión del polipéptido de HER-2sv al compuesto. 52. El método de conformidad con 1¿ reivindicación 51, caracterizado porque comprende además | determinar la actividad del polipéptido cuando está unido ají compuesto 53. Un método para modular los niveles de un nucleico de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 ó 3.
MXPA04009809A 2002-04-11 2003-04-11 Moleculas de tirosina cinasa del receptor her-2 y uso de las mismas. MXPA04009809A (es)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US37191202P 2002-04-11 2002-04-11
PCT/US2003/011392 WO2003087338A2 (en) 2002-04-11 2003-04-11 Her-2 receptor tyrosine kinase molecules and uses thereof

Publications (1)

Publication Number Publication Date
MXPA04009809A true MXPA04009809A (es) 2004-12-13

Family

ID=29250758

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
MXPA04009809A MXPA04009809A (es) 2002-04-11 2003-04-11 Moleculas de tirosina cinasa del receptor her-2 y uso de las mismas.

Country Status (8)

Country Link
US (1) US20030228606A1 (es)
EP (1) EP1572939A4 (es)
JP (1) JP2005535297A (es)
AU (1) AU2003262190A1 (es)
CA (1) CA2481509A1 (es)
MX (1) MXPA04009809A (es)
PL (1) PL375033A1 (es)
WO (1) WO2003087338A2 (es)

Families Citing this family (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7763452B2 (en) 2003-06-25 2010-07-27 Bn Immunotherapeutics, Inc. Purification of HER-2 variants
DE602004020769D1 (de) * 2003-06-25 2009-06-04 Bn Immunotherapeutics Inc Aufreinigung von her-2-varianten
JP4660756B2 (ja) * 2005-03-25 2011-03-30 国立大学法人徳島大学 ダイヤモンドチップへの蛋白質/ペプチドの固定化方法
ES2798758T3 (es) * 2007-06-06 2020-12-14 Sarepta Therapeutics Inc Proteínas variantes de empalme her2 y her3 solubles, oligonucleótidos de cambio de empalme y su uso en el tratamiento de enfermedades
WO2012075333A2 (en) 2010-12-02 2012-06-07 Prometheus Laboratories Inc. Her2delta16 peptides
WO2013110030A2 (en) 2012-01-19 2013-07-25 Duke University Vaccines against antigens involved in therapy resistance and methods of using same
CA2945305C (en) 2014-04-10 2023-10-17 Seattle Children's Hospital (dba Seattle Children's Research Institute) Method and compositions for cellular immunotherapy
WO2016007504A1 (en) 2014-07-07 2016-01-14 Duke University Vaccines against an oncogenic isoform of esr1 and methods of using the same
EP3166646A4 (en) 2014-07-07 2018-03-07 Duke University Vaccines against an oncogenic isoform of her2 (erbb2) and methods of using the same
CA2994829A1 (en) 2015-08-07 2017-02-16 Seattle Children's Hospital (dba Seattle Children's Research Institute) Bispecific car t-cells for solid tumor targeting
CN108697779B (zh) 2016-01-07 2023-09-19 杜克大学 癌症疫苗和递送方法
US11224665B2 (en) 2016-10-05 2022-01-18 Duke University Mitochondrial antiviral signaling (MAVS) protein compositions and methods of using the same
US10487143B2 (en) 2016-10-05 2019-11-26 Duke University Vaccines against HER3 antigens and methods of using the same
US11408005B2 (en) 2016-12-12 2022-08-09 Seattle Children's Hospital Chimeric transcription factor variants with augmented sensitivity to drug ligand induction of transgene expression in mammalian cells

Family Cites Families (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU675929B2 (en) * 1992-02-06 1997-02-27 Curis, Inc. Biosynthetic binding protein for cancer marker
US5869445A (en) * 1993-03-17 1999-02-09 University Of Washington Methods for eliciting or enhancing reactivity to HER-2/neu protein
US5518885A (en) * 1994-04-19 1996-05-21 The United States Of America As Represented By The Department Of Health & Human Services ERBB2 promoter binding protein in neoplastic disease
US6080409A (en) * 1995-12-28 2000-06-27 Dendreon Corporation Immunostimulatory method
NZ519191A (en) * 1996-10-18 2005-04-29 Univ Texas Antibodies that bind to domain 1 of ErbB2 useful for inducing cell death via apoptosis, and nucleic acids encoding such antibodies
US5964732A (en) * 1997-02-07 1999-10-12 Abbeymoor Medical, Inc. Urethral apparatus with position indicator and methods of use thereof
US6287569B1 (en) * 1997-04-10 2001-09-11 The Regents Of The University Of California Vaccines with enhanced intracellular processing
WO2000020579A1 (en) * 1998-10-02 2000-04-13 Mcmaster University Spliced form of erbb-2/neu oncogene
US7198920B1 (en) * 1999-01-29 2007-04-03 Corika Corporation HER-2/neu fusion proteins
EP1189641B1 (en) * 1999-06-25 2009-07-29 Genentech, Inc. HUMANIZED ANTI-ErbB2 ANTIBODIES AND TREATMENT WITH ANTI-ErbB2 ANTIBODIES
EP1272633B1 (en) * 2000-03-30 2011-04-27 Dendreon Corporation Compositions and methods for dendritic cell-based immunotherapy

Also Published As

Publication number Publication date
AU2003262190A1 (en) 2003-10-27
CA2481509A1 (en) 2003-10-23
WO2003087338A3 (en) 2006-01-05
PL375033A1 (en) 2005-11-14
EP1572939A2 (en) 2005-09-14
WO2003087338A2 (en) 2003-10-23
EP1572939A4 (en) 2006-08-30
JP2005535297A (ja) 2005-11-24
US20030228606A1 (en) 2003-12-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP2077279B1 (en) Thymic stromal lymphopoietin receptor molecules and uses thereof
US20020037557A1 (en) Fibroblast growth factor-like molecules and uses thereof
MXPA04009809A (es) Moleculas de tirosina cinasa del receptor her-2 y uso de las mismas.
EP1196442B1 (en) Vgf polypeptides and methods of treating vgf-related disorders
AU2002303091B2 (en) G-protein coupled receptor molecules and uses thereof
AU2002303091A1 (en) G-protein coupled receptor molecules and uses thereof
US7629144B2 (en) Secreted epithelial colon stromal-1 molecules and uses thereof
US20060281149A1 (en) Transforming growth factor-beta-related molecules and uses thereof
US20090053763A1 (en) Tumor endothelial marker 7-alpha molecules and uses thereof
US7771965B2 (en) Tumor endothelial marker 5α molecules and uses thereof
WO2001007074A1 (en) Vgf selective binding agents and methods of treating vgf-related disorders
AU2001271618B8 (en) B7-Like molecules and uses thereof
AU2001271618A1 (en) B7-Like molecules and uses thereof
AU2006203546A1 (en) Transforming Growth Factor-Beta-Related Molecules and Uses Thereof
AU2002303880A1 (en) Tumor endothelial marker 7a molecules and uses thereof
WO2003046127A2 (en) Tumor endothelial marker 5 molecules and uses thereof

Legal Events

Date Code Title Description
FA Abandonment or withdrawal