KR20230116793A - 세포의 농화를 위한 항체 - Google Patents

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KR20230116793A
KR20230116793A KR1020237018035A KR20237018035A KR20230116793A KR 20230116793 A KR20230116793 A KR 20230116793A KR 1020237018035 A KR1020237018035 A KR 1020237018035A KR 20237018035 A KR20237018035 A KR 20237018035A KR 20230116793 A KR20230116793 A KR 20230116793A
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치엔-위 첸
쥐-메이 리
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초 파마 인크.
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Abstract

본 발명은 SSEA4에 특이적으로 결합하는 변형된 항체 또는 이의 항원 결합 단편에 관한 것이며; 특히 글리콜 조작된 N-글리칸에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 변형된 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로 세포를 농화하는 방법에 관한 것이다.

Description

세포의 농화를 위한 항체
본 발명은 면역 세포의 농화 (enrichment)를 위한 단계 특이적 배아 항원 4 (SSEA4)에 특이적인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편에 관한 것이다.
세포 요법이라고도 알려진 세포 치료는 암, 유전성 질환 및 자가면역 질환과 같은 여러가지 질병을 치료하기 위한 강력한 전략으로서 개발되었다. 상기 치료는 의학적 효과를 발휘하기 위해 이러한 치료가 필요한 환자에게 원하는 세포를 도입하는 단계를 포함한다. 세포 치료에 활용되는 다양한 세포들 중에서, 면역 세포는 암 치료에 매우 성공적이라는 점에 비추어보면 중요한 역할을 하고 있다. 예를 들어, T 세포를 이식하면 세포 매개성 면역을 통해 암 성장을 억제할 수 있다. 원하는 면역 세포의 농화는 세포 치료 분야에서는 필수적이다. 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC) 중에서 원하는 면역 세포를 선별하는 기존의 방법은 대개 원하는 면역 세포 표면에 위치한 고유의 항원에 특이적인 항체를 이용하는 것이었다. 예를 들어, 항-CD56 항체는 세포 표면에서 CD56 항원을 발현하는 자연 살해 세포를 선별하는데 활용된다. 그러나, 거의 대부분의 자연 살해 세포는 CD56 항원을 발현하여, 기존의 방법으로는 살해 세포들 중에서 하위군을 선별하는데 실패하였다.
따라서, 세포의 농화에 대한 새로운 접근법을 개발할 필요가 있다.
본 발명은 변형된 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로 세포를 농화하는 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 항원의 에피토프 또는 이의 단편에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.
한 양태에서, 본 발명은 중쇄 가변 영역의 상보성 결정 영역 (CDR) 및 경쇄 가변 영역의 CDR을 포함하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서, 상기 중쇄 가변 영역의 CDR이 CDRH1, CDRH2 및 CDRH3 영역을 포함하고, 상기 경쇄 가변 역영의 CDR이 CDRL1, CDRL2 및 CDRL3 영역 포함하며,
상기 CDRH1 영역이 서열번호 1의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역이 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역이 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL1 영역이 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역이 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역이 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하거나;
또는
상기 CDRH1 영역이 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역이 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역이 서열번호 27의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL1 영역이 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역이 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역이 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하거나;
또는
상기 CDRH1 영역이 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역이 서열번호 31의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역이 서열번호 32의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL1 영역이 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역이 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역이 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하는, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.
한 양태에서, 본 발명은 본원에 개시된 CDR을 포함하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편을 제공한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 CDRH1 영역은 서열번호 7, 13 또는 14의 아미노산 서열을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 CDRH2 영역은 서열번호 8 또는 15의 아미노산 서열을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 CDRH3 영역은 서열번호 9, 16, 17 또는 18의 아미노산 서열을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 CDRL1 영역은 서열번호 10 또는 19의 아미노산 서열을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 CDRL2 영역은 서열번호 11, 20 또는 21의 아미노산 서열을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 CDRL3 영역은 서열번호 12 또는 22의 아미노산 서열을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 13인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 9인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 20인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 13인 CDRH1 영역, 서열번호 15인 CDRH2 영역, 서열번호 9인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 13인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 16인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 14인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 17인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 21인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 14인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 18인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 7인 CDRH1 영역, 서열번호 15인 CDRH2 영역, 서열번호 9인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 20인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 7인 CDRH1 영역, 서열번호 15인 CDRH2 영역, 서열번호 17인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 7인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 16인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 20인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 23의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역; 및 서열번호 24의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항원 결합 단편은 서열번호 37의 아미노산 서열을 포함하는 단쇄 Fv (scFv) 분자이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항원 결합 단편은 서열번호 38의 아미노산 서열을 갖는 Fc 영역에 융합되어 있다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 33의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역; 및 서열번호 34의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 추가로 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 35의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역; 및 서열번호 36의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 추가로 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체는 Fc 영역을 포함하거나, 또는 항원 결합 단편은 Fc 영역에 융합되어 있고, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 Fc 영역 상에 N-글리칸을 가지며, N-글리칸은 Man5GlcNAc2 (Man5), GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G0F), GalGlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G1F), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2F), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,3 결합)), Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,6 결합)), GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G0), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,3 결합)) 및 Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,6 결합))로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 23의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하고, N-글리칸은 Man5, G0F, G1F 및 G2F로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본 발명의 한 실시형태에서, N-글리칸은 G0F, G2F, G2S2F (α 2,3 결합), G2S2F (α 2,6 결합), G0, G2, G2S2 (α 2,3 결합) 및 G2S2 (α 2,6 결합)로 이루어진 군으로부터 선택되고, 복수의 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 한 개체군에 제공되며, 상기 개체군의 약 90% 이상이 동일한 N-글리칸을 가진다.
또한, 본 발명은 항체 또는 이의 항원 결합 단편; 및 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 고정하기 위한 지지체를 포함하는 세포 농화용 키트로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 있고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작 (glycoengineered)되는 것인, 키트도 제공한다.
한 양태에서, 본 발명은 항체 또는 이의 항원 결합 단편; 및 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 고정하기 위한 지지체를 포함하는 세포 농화용 키트로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 키트를 제공한다.
일부 실시형태에서, 상기 키트는 본원에 기술된 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 지지체는 자성 비드이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 키트는 지지체에 결합된 항원을 추가로 포함한다.
추가의 실시형태에서, 상기 항원은 SSEA4이다. 한 실시형태에서, 상기 항원은 항체 또는 이의 항원 결합 단편에 결합한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 항-SSEA4 항체 또는 SSEA4-결합 단편이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하기를 포함하는 세포 농화 방법도 제공한다:
세포의 풀 (pool)을 항체 또는 이의 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 단계; 및
상기 풀로부터 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 세포들을 분리하는 단계.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하기를 포함하는 세포 농화 방법도 제공한다:
세포의 풀을 항체 또는 이의 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 단계; 및
상기 풀로부터 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 세포들을 분리하는 단계.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 방법은 면역 세포의 농화를 위한 것이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 세포의 풀은 말초 혈액 단핵 세포이다. 본 발명의 하나 이상의 바람직한 실시형태에서, 상기 말초 혈액 단핵 세포는 자연 살해 세포, 자연 살해 T 세포, 대식세포, 단핵구 및 B 세포로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 지지체 상에 고정된다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체는 단편 항원 결합 영역 (Fab 영역)을 갖거나, 또는 Fc-융합된 항원 결합 단편은 항원 결합 단편을 갖고, 상기 Fab 영역 또는 항원 결합 단편은 지지체 상에 고정되며, 분리된 세포는 Fc 영역에 결합한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 Fab 영역 또는 항원 결합 단편은 지지체 상에 연결된 SSEA4에 결합한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 지지체는 자성 비드이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 본 방법은 하기 단계를 추가로 포함한다:
상기 풀로부터 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포들을 분리하는 단계.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포는 T 세포이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 항-SSEA4 항체 또는 SSEA4-결합 단편이다.
한 실시형태에서, 항체 또는 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포의 약 90% 이상이 T 세포이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 본 방법은 본원에 기재된 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
본 발명을 하기 섹션에서 상세히 설명한다. 본 발명의 다른 특징, 목적 및 이점들은 상세한 설명과 청구범위에서 찾아볼 수 있다.
도 1은 도해로 나타낸 N-글리칸의 구조이다.
도 2는 scFv-SSEA4-Fc 융합의 MCF7 세포 결합에 대한 결과를 나타낸 것이다.
도 3 (A) 내지 3 (F)는 α-SSEA-4 가변 영역의 알라닌 스캐닝을 나타낸 것이다. 항원 결합 능력은 ELISA로 평가하였다. 도 3 (A): CDRH1. 도 3 (B): CDRH2. 도 3 (C): CDRH3. 도 3 (D): CDRL1. 도 3 (E): CDRL2. 도 3 (F): CDRL3.
도 4 (A) 내지 4 (F)는 α-SSEA4 중쇄 가변 영역의 부위 특이적 돌연변이 유발에 대해 나타낸 것이다. 항원 결합 능력은 ELISA로 평가하였다. 도 4 (A): CDRH1의 Q32. 도 4 (B): CDHR1의 Y35. 도 4 (C): CDHR2의 I51. 도 4 (D): CDRH2의 W52. 도 4 (E): CDRH3의 V98. 도 4 (F): CDRH3의 N105.
도 5 (A) 내지 5 (I)는 α-SSEA4 경쇄 가변 영역의 부위 특이적 돌연변이 유발에 대해 나타낸 것이다. 항원 결합 능력은 ELISA로 평가하였다. 도 5 (A): CDRL1의 Y31. 도 5 (B): CDRL2의 D49. 도 5 (C): CDRL2의 T50. 도 5 (D): CDRL3의 F88. 도 5 (E): CDRL3의 Q89. 도 5 (F): CDRL3의 G90. 도 5 (G): CDRL3의 Y93. 도 5 (H): CDRL3의 P94. 도 5 (I): CDRL3의 L95.
도 6은 α-SSEA4 중쇄 및 경쇄 돌연변이들의 조합 (표 2에 요약됨)을 나타낸 것이다. 항원 결합 능력은 ELISA로 평가하였다.
도 7은 Fc 영역에 결합하는 면역 세포들의 농화를 위한 방법에 대한 한 실시형태의 개략도를 나타낸 것이다.
도 8은 비드 포획된 분획과 관류 분획에서 면역 세포의 프로파일을 나타낸 것이다.
도 9는 포획된 분획에서 NK 세포의 CD16 발현 수준과 CD16+ 백분율을 나타낸 것이다.
도 10은 모체 항체 또는 당쇄조작된 항체를 사용한 면역 세포 농화의 관류 분획에 대한 비교를 나타낸 것이다.
도 11은 모체 항체 또는 당쇄조작된 항체를 사용한 면역 세포 농화의 비드 포획된 분획에 대한 비교를 나타낸 것이다.
도 12 (A)는 서로 다른 항체인 항-SSEA4-G2S2 (α2,6) 및 항-SSEA4(2)-G2S2 (α2,6) 항체를 사용한 면역 세포 농화의 비드 포획된 분획을 나타낸 것이다. 도 12 (B)는 서로 다른 항체인 항-SSEA4-G2S2 (α2,6) 및 항-SSEA4(2)-G2S2 (α2,6) 항체를 사용한 면역 세포 농화의 비드 풍부한 분획을 나타낸 것이다.
도 13은 면역 세포 농화에 사용된 각각의 항-SSEA4 항체의 서로 다른 세포 결합 친화도를 나타낸 것이다.
도 14는 7-14일간 배양한 후 포획된 면역 세포의 세포 증식률 및 면역 세포 프로파일을 나타낸 것이다.
도 15는 14일간 배양한 후 포획된 세포의 세포독성을 나타낸 것이다.
도 16은 모체 항체 또는 당쇄조작된 항체로 포획되어 14일간 배양한 세포들의 세포독성을 나타낸 것이다.
도 17은 본 발명의 방법 또는 항-CD56 항체 접합된 비드를 사용하는 통상적인 접근 방법으로 포획된 세포들의 세포독성을 나타낸 것이다.
도 18 (A)는 본 발명의 방법 (FT T) 및 통상적인 접근 방법 (Ctrl T)으로 분리된 T 세포 (CD3+ 세포)의 백분율을 나타낸 것이다. 도 18 (B)는 CAR (항-CD19 또는 항-SSEA4) 발현 효율을 나타낸 것이다. 도 18 (C)는 각 세포군 (CAR+ FT T 세포 또는 CAR+ Ctrl T 세포)에 의해 제조된 개별 CAR-T 세포들의 세포독성 활성을 나타낸 것이다.
후술하는 설명에서, 다수의 용어들을 사용하고 하기의 정의들을 제공하여 청구대상의 요지에 대한 이해를 용이하게 하고자 한다. 본원에서 명시적으로 정의하지 않은 용어들이라면 보통의 일반적인 의미로 사용한다.
달리 명시하지 않는 한, 단수 (a 또는 an)는 "하나 이상"을 의미한다.
본원에 사용된 용어 "에피토프"는 항체가 결합하는 항원 상의 부위를 가리킨다.
본 명세서에 사용된 용어 "항체"는 특정 항원 (예를 들어, SSEA4)에 특이적으로 결합하거나 그와 상호 작용하는 적어도 하나의 상보성 결정 영역 (CDR)을 포함하는 임의의 항원 결합 분자 또는 분자 복합체를 의미한다. 용어 "항체"는 이황화 결합에 의해 상호연결된 4개의 폴리펩타이드 사슬인 2개의 중쇄 (H)와 2개의 경쇄 (L) 뿐만 아니라 이들의 다량체들 (예컨대, IgM)을 포함하는 면역글로불린 분자를 포함한다. 각 중쇄는 중쇄 가변 영역 (본 명세서에서 HCVR 또는 VH로 약칭함) 및 중쇄 불변 영역을 포함한다. 중쇄 불변 영역은 CH1, CH2 및 CH3의 3개의 도메인을 포함한다. 각 경쇄는 경쇄 가변 영역 (본 명세서에서 LCVR 또는 VL로 약칭함) 및 경쇄 불변 영역을 포함한다. 경쇄 불변 영역은 하나의 도메인 (CL1)을 포함한다. VH 및 VL 영역은 프레임워크 영역 (FR)이라고 하는 보다 보존된 영역들이 산재되어 있는 상보성 결정 영역 (CDR)이라고 하는 초가변 영역들로 더 세분화될 수 있다. 각각의 VH 및 VL은 아미노 말단으로부터 카르복시 말단까지 하기의 순서: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4로 배열된, 3개의 CDR과 4개의 FR로 구성되어 있다. 본 발명의 서로 다른 실시형태들에서, 항-SSEA4 항체 (또는 이의 항원 결합 부분)의 FR은 인간 생식세포 계열 서열과 동일할 수 있거나, 또는 자연적으로 또는 인공적으로 변형될 수도 있다. 아미노산 컨센서스 (consensus) 서열은 2 이상의 CDR을 나란히 놓고 분석한 결과를 기초로 정의될 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "상보성 결정 영역" (CDR)은 중쇄 및 경쇄 폴리펩타이드 모두의 가변 영역 내에서 발견되는 인접하지 않은 항원 결합 영역을 지칭한다. CDR은 문헌 [Kabat et al., J. Biol. Chem. 252:6609-6616 (1977)]; [Kabat et al., U.S. Dept. of Health and Human Services, "Sequences of proteins of immunological interest" (1991)]; [Chothia et al., J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)]; 및 [MacCallum et al., J. Mol. Biol. 262:732-745 (1996)]에 의해 설명된 바 있으며, 여기서 정의들은 서로에 대해 비교하는 경우 아미노산 잔기들의 중첩 또는 하위군을 포함한다.
본 명세서에 사용된 용어, 항체의 "항원 결합 부분", 항체의 "항원 결합 단편" 등은, 항원에 특이적으로 결합하여 복합체를 형성하는, 자연 발생적이고, 효소에 의해 수득가능한 합성 또는 유전자 조작된 임의의 폴리펩타이드 또는 당단백질을 포함한다.
본 발명은 SSEA4의 에피토프 또는 이의 단편에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 한 양태에서, 본 발명은 SSEA4의 에피토프 또는 이의 단편에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편을 제공한다.
한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편 (항-SSEA4)은 중쇄 가변 영역의 상보성 결정 영역 (CDR) 및 경쇄 가변 영역의 상보성 결정 영역을 포함하고, 이때 상기 중쇄 가변 영역의 상보성 결정 영역은 CDRH1, CDRH2 및 CDRH3 영역을 포함하며, 상기 경쇄 가변 영역의 상보성 결정 영역은 CDRL1, CDRL2 및 CDRL3 부위를 포함하고, 여기서:
상기 CDRH1 영역은 서열번호 1 (S-Xa1-GVY, Xa1은 Q, C, D, E, F, G, H, I, L, M, N, P, R, S, T, V, W 또는 Y임)의 아미노산 서열을 포함하며; 바람직하게는, 상기 CDRH1 영역은 서열번호 7 (SQGVY), 서열번호 13 (SIGVY) 또는 서열번호 14 (STGVY)의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRH2 영역은 서열번호 2 (A-Xa2-WAGGSTNYNSALMS, Xa2는 A, R, N, D, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, S, T 또는 V임)의 아미노산 서열을 포함하며; 바람직하게는, 상기 CDRH2 영역은 서열번호 8 (AIWAGGSTNYNSALMS) 또는 서열번호 15 (AGWAGGSTNYNSALMS)의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRH3 영역은 서열번호 3 (Xa3-DGYRGY-Xa4-MDY, Xa3은 V, I, P 또는 S이고, Xa4는 N, T, G 또는 Q임)의 아미노산 서열을 포함하며; 바람직하게는, 상기 CDRH3 영역은 서열번호 9 (VDGYRGYNMDY), 서열번호 16 (IDGYRGYNMDY), 서열번호 17 (VDGYRGYGMDY) 및 서열번호 18 (VDGYRGYQMDY)의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL1 영역은 서열번호 4 (SSVSXa5, Xa5는 Y 또는 H임)의 아미노산 서열을 포함하며; 바람직하게는 상기 CDRL1 영역은 서열번호 10 (SSVSY) 또는 서열번호 19 (SSVSH)의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL2 영역은 서열번호 5 (D-Xa6-S, Xa6은 A, R, N, C, Q, G, H, I, L, K, M, F, S, T, Y 또는 V임)의 아미노산 서열을 포함하며; 바람직하게는 상기 CDRL2 영역은 서열번호 11 (DTS), 서열번호 20 (DHS) 또는 서열번호 21 (DVS)의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL3 영역은 서열번호 6 (FQGSG-Xa7-PL, Xa7은 Y 또는 I임)의 아미노산 서열을 포함하며; 바람직하게는 상기 CDRL3 영역은 서열번호 12 (FQGSGYPL) 또는 서열번호 22 (FQGSGIPL)의 아미노산 서열을 포함한다.
특히, 항체 또는 이의 항원 결합 단편 (항-SSEA4(2))은 다음을 포함한다:
상기 CDRH1 영역은 서열번호 25 (GFSLKNYGVS)의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역은 서열번호 26 (VIWGDGSTNYHSTLRS)의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역은 서열번호 27 (PGRGYAMDY)의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL1 영역은 서열번호 28 (SASSSVSYMH)의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역이 서열번호 29 (YDTSKLTS)의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역이 서열번호 30 (FQGSGYPLT)의 아미노산 서열을 포함한다.
특히, 항체 또는 이의 항원 결합 단편 (항-SSEA4(3))은 다음을 포함한다:
상기 CDRH1 영역은 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역은 서열번호 31 (VIWGDGSTNYYADSVKG)의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역은 서열번호 32 (PGAGYAMDY)의 아미노산 서열을 포함하고;
상기 CDRL1 영역은 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역은 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역은 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함한다.
서열 목록은 표 1에 나타내었다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 13인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 9인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 20인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 13인 CDRH1 영역, 서열번호 15인 CDRH2 영역, 서열번호 9인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 13인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 16인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 14인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 17인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 21인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 14인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 18인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 7인 CDRH1 영역, 서열번호 15인 CDRH2 영역, 서열번호 9인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 20인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 7인 CDRH1 영역, 서열번호 15인 CDRH2 영역, 서열번호 17인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 11인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 7인 CDRH1 영역, 서열번호 8인 CDRH2 영역, 서열번호 16인 CDRH3 영역, 서열번호 10인 CDRL1 영역, 서열번호 20인 CDRL2 영역, 및 서열번호 12인 CDRL3 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 중쇄 및 경쇄의 CDR은 표 2에 열거하였다.
본 발명에 개시된 모든 항체들은 야생형 항체에 비하여 SSEA4에 대한 친화도에서 상당히 개선되었다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 23 (QVQLQESGPGLVAPSETLSITCTVSGFSLSSQGVYWVRQPPGKGLEWLGAIWAGGSTNYNSALMSRLSISKDNSKSQVFLKMNSLTAADTAMYYCARVDGYRGYNMDYWGQGTSVTVSS)의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역; 및 서열번호 24 (ENVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSNTSPKLWIYDTSKLASGVPGRFSGRGSGNSYSLTISSMEAEDVATYYCFQGSGYPLTFGSGTKLEIKR)의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다. 밑줄 친 글자들은 CDR 영역을 나타낸 것임. 바람직하게는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 23의 아미노산 서열 또는 이와 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는, 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함한다. 바람직하게는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 24의 아미노산 서열, 또는 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는, 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 37의 아미노산 서열을 포함하는 단쇄 Fv (scFv) 분자이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항원 결합 단편은 서열번호 38의 아미노산 서열을 갖는 Fc 영역에 융합되어 있다.
본 발명에 따른 항체는 전장일 수 있거나 (예를 들어, IgG1 또는 IgG4 항체), 또는 항원 결합 부분 (예를 들어, Fab, F(ab')2 또는 scFv 단편)만을 포함할 수 있으며, 필요에 따라 작용성에 영향을 미치도록 변형될 수도 있다.
본 발명에 따른 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 SSEA4에 특이적으로 결합한다. SSEA4는 글로보 계열의 글리코스핑고지질 (GSL)에 속하는 육당류로서, Neu5Acα2→3Galβ1→3GalNAcβ1→>3Galα1→>4Galβ1→>4Glcβ1의 구조를 포함한다. SSEA4는 난소암, 위암, 전립선암, 폐암, 유방암 및 췌장암을 비롯한 많은 상피암과 신장 세포 암종 및 다형성 교모세포종에서 과발현된다.
본원에 기재된 항체는 전체 항체 분자의 항원 결합 단편도 포함한다. 항체의 항원 결합 단편은, 예를 들어 항체 가변 도메인 및 선택적으로 불변 도메인을 인코딩하는 DNA의 조작과 발현을 포함하는 단백질 가수분해 소화 (proteolytic digestion) 또는 재조합 유전자 공학 기술과 같은 임의의 적절한 표준 기술을 사용하여 전체 항체 분자로부터 유도될 수 있다. 이러한 DNA는 공지되어 있고/있거나, 예를 들어 시판 공급원, DNA 라이브러리 (예를 들어, 파지-항체 라이브러리 포함)로부터 쉽게 입수할 수 있거나 합성될 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 가변 및/또는 불변 도메인을 적절한 구성으로 배열하거나, 또는 코돈을 도입하거나, 시스테인 잔기를 생성하거나, 아미노산을 변형, 부가 또는 결실시키는 것 등을 하기 위해, DNA를 시퀀싱하여 화학적으로 조작하거나, 또는 분자 생물학 기법을 사용하여 조작할 수 있다.
항원 결합 단편의 비제한적인 예로는 다음을 포함한다: (i) Fab 단편; (ii) F(ab')2 단편; (iii) Fd 단편; (iv) Fv 단편; (v) 단쇄 Fv 분자; (vi) dAb 단편; 및 (vii) 항체의 초가변 영역을 모방하는 아미노산 잔기로 이루어진 최소 인식 단위 (예: 분리된 상보성 결정 영역 (CDR), 예컨대 CDR3 펩타이드), 또는 구속성 (constrained) FR3-CDR3-FR4 펩타이드. 또한, 조작된 다른 분자들, 예컨대 도메인 특이적 항체, 단일 도메인 항체, 도메인 결실된 항체, 키메라 항체, CDR 이식된 항체, 이원항체, 삼원항체, 사원항체, 미니항체, 나노항체 (예: 1가 나노항체, 2가 나노항체 등), 소형의 모듈형 면역의약품 (SMIP, small module immunopharmaceutical), 및 상어 가변 IgNAR 도메인들도 본원에서 사용되는 "항원 결합 단편"이라는 표현에 포함된다.
항체의 항원 결합 단편은 통상적으로 적어도 하나의 가변 도메인을 포함한다. 가변 도메인은 임의의 크기 또는 아미노산 조성을 가질 수 있으며, 일반적으로 하나 이상의 프레임워크 서열을 갖는 프레임에 인접하여 있거나 프레임 내에 있는 적어도 하나의 CDR을 포함할 것이다. VL 도메인과 결합된 VH 도메인을 갖는 항원 결합 단편에서, 상기 VH 및 VL 도메인은 서로에 대해 임의의 적합한 배열로 위치할 수 있다. 예를 들어, 가변 영역은 이량체성으로서, VH-VH, VH-VL 또는 VL-VL 이량체를 포함할 수 있다. 다르게는, 항체의 항원 결합 단편은 단량체성 VH 또는 VL 도메인을 포함할 수 있다.
특정 실시형태에서, 항원 결합 단편은 적어도 하나의 불변 도메인, 예컨대 Fc 영역, 즉 Fc-융합된 항원 결합 단편에 융합될 수 있다. 본 발명의 항체의 항원 결합 단편에서 발견될 수 있는 가변 및 불변 도메인의 비제한적인 예시적 구성으로는 (i) VH-CH1; (ii) VH-CH2; (iii) VH-CH3; (iv) VH-CH1-CH2; (v) VH-CH1-CH2-CH3, (vi) VH-CH2-CH3; (vii) VH-CL; (viii) VL-CH1; (ix) VL-CH2; (x) VL-CH3; (xi) VL-CH1-CH2; (xii) VL-CH1-CH2-CH3; (xiii) VL-CH2-CH3; 및 (xiv) VL-CL을 포함한다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 항원 결합 단편은 VH-VL이고, Fc-융합된 항원 결합 단편은 VH-VL-Fc이다. 상기 열거한 임의의 예시적 구성들을 비롯한, 가변 및 불변 도메인의 임의의 구성에서, 가변 및 불변 도메인, 인접한 가변 도메인, 또는 인접한 불변 도메인들은 서로 직접 연결되거나, 또는 전체 또는 부분 경첩 (hinge) 또는 링커 영역에 의해 연결될 수도 있다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 항원 결합 단편은 VH-링커-VL이고, Fc-융합된 항원 결합 단편은 VH-링커-VL-Fc이다. 경첩 영역은 적어도 2개 (예: 5, 10, 15, 20, 40, 60개 또는 그 이상)의 아미노산으로 이루어질 수 있는데, 이로써 하나의 폴리펩타이드 분자내에서 인접한 가변 및/또는 불변 도메인들 사이에 유연성 또는 반-유연성 연결을 만들어 낸다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 링커 영역은 G4S의 3개 카피 (서열번호 39)이다. 또한, 본 발명의 항체의 항원 결합 단편은 (예를 들어, 이황화 결합(들)에 의해) 서로 및/또는 하나 이상의 단량체성 VH 또는 VL 도메인과 비공유 결합된 상기 나열된 임의의 가변 및 불변 도메인 구성의 동종 이량체 또는 이종 이량체 (또는 다른 다량체)를 포함할 수 있다.
전체 항체 분자와 마찬가지로, 항원 결합 단편은 단일특이적이거나 다중특이적 (예컨대, 이중특이적)일 수도 있다. 항체의 다중특이적 항원 결합 단편은 통상적으로 적어도 2개의 서로 다른 가변 도메인을 포함할 것인데, 이때 각 가변 도메인들은 별개의 항원 또는 동일한 항원 상의 서로 다른 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있다. 본원에 개시된 예시적인 이중특이적 항체 형태를 비롯한, 임의의 다중특이적 항체 형태는, 당업계에서 이용가능한 통상적인 기술을 사용하여 본 발명의 항체의 항원 결합 단편에서 사용하기 위해 개조할 수도 있다.
바람직하게는, 본 발명에 따른 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 포유동물 항체이다.
본 명세서에 사용된 용어 "포유동물 항체"에는 포유동물 생식계열 세포의 면역글로불린 서열로부터 유래된 가변 및 불변 영역을 갖는 항체를 포함시키고자 한다. 본 발명의 포유동물 항체는, 예를 들어 CDR, 특히 CDR3에서 포유동물 생식계열 세포의 면역글로불린 서열에 의해 코딩되지 않는 아미노산 잔기들 (예컨대, 시험관 내 무작위 또는 부위 특이적 돌연변이 유발 또는 생체 내 체세포 돌연변이에 의해 도입된 돌연변이들)을 포함할 수 있다.
인간 항체와 같은 포유동물 항체들은 경첩 이질성과 관련된 2가지의 형태로 존재할 수 있다. 한 형태로서, 면역글로불린 분자는, 이량체들이 사슬간 중쇄 이황화 결합에 의해 함께 유지되는, 약 150-160 kDa의 안정한 4쇄 구조물을 포함한다. 두 번째 형태는, 이량체들이 사슬간 이황화 결합을 통해 연결되지 않고 약 75-80 kDa의 분자가 공유결합된 경쇄 및 중쇄 (반 항체)로 구성되어 형성된다. 이러한 형태들은 심지어 친화성 정제 후에도 분리하기가 매우 어려웠었다.
본원에 개시된 항-SSEA4 항체는, 해당 항체가 유래되는 상응하는 생식계열 세포의 서열과 비교하였을 때, 중쇄 및 경쇄 가변 도메인의 프레임워크 및/또는 CDR 영역에서 하나 이상의 아미노산 치환, 삽입 및/또는 결실을 포함할 수 있다. 이러한 돌연변이들은 본원에 개시된 아미노산 서열을, 예를 들어 공개된 항체 서열 데이터베이스로부터 입수가능한 생식계열 세포의 서열들과 비교함으로써 쉽게 확인할 수 있다. 본 발명은 본 명세서에 개시된 임의의 아미노산 서열로부터 유래된 항체 및 이의 항원 결합 단편을 포함하는데, 이때 하나 이상의 프레임워크 및/또는 CDR 영역 내의 하나 이상의 아미노산은 해당 항체가 유래되는 생식계열 세포 서열의 상응하는 잔기(들)로, 또는 또 다른 포유동물 생식계열 세포 서열의 상응하는 잔기(들)로, 또는 상응하는 생식계열 세포 서열의 잔기(들)의 보존적 아미노산 치환으로 돌연변이 된다 (이러한 서열 변화들은 본원에서 총괄하여 "생식계열 세포 돌연변이"로 지칭함). 당업자라면 누구나, 본원에 개시된 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열들로 시작하여, 하나 이상의 개별 생식계열 세포 돌연변이 또는 이들의 조합을 포함하는 수많은 항체 및 항원 결합 단편을 쉽게 생산할 수 있다. 특정 실시형태에서, VH 및/또는 VL 도메인 내의 모든 프레임워크 및/또는 CDR 잔기들을, 해당 항체가 유래되는 본래의 생식계열 세포 서열에서 발견되는 잔기들로 역돌연변이 시킨다. 다른 실시형태에서, 특정 잔기들만 (예컨대, FR1의 처음 8개 아미노산 내에서 또는 FR4의 마지막 8개 아미노산 내에서 발견되는 돌연변이된 잔기들만, 또는 CDR1, CDR2 또는 CDR3 내에서 발견되는 돌연변이된 잔기들만)을 본래의 생식계열 세포 서열로 역돌연변이 시킨다. 다른 실시형태에서, 하나 이상의 프레임워크 및/또는 CDR 잔기(들)을 다른 생식계열 세포의 서열 (즉, 해당 항체가 본래 유래되는 생식계열 세포 서열과는 다른 생식계열 세포의 서열)의 상응하는 잔기(들)로 돌연변이 시킨다. 또한, 본 발명의 항체는 프레임워크 및/또는 CDR 영역 내에 2개 이상의 생식계열 세포의 돌연변이의 임의의 조합을 포함할 수 있는데, 예를 들어, 특정 개별 잔기들을 특정 생식계열 세포의 서열의 상응하는 잔기로 돌연변이시키는 한편, 본래 생식계열 세포의 서열과 상이한 다른 특정 잔기들은 유지시키거나 다른 생식계열 세포의 서열의 상응하는 잔기로 돌연변이 시킨다. 하나 이상의 생식계열 세포의 돌연변이를 포함하는 항체 및 항원 결합 단편이 일단 수득되면, 이들을 하나 이상의 원하는 특성, 예컨대 개선된 결합 특이성, 증가된 결합 친화성, 개선되거나 강화된 (상황에 따라) 길항적 또는 작용적 생물학적 특성, 감소된 면역원성 등에 대하여 쉽게 시험할 수 있다. 이러한 일반적인 방식으로 수득된 항체와 항원 결합 단편은 본 발명에 포함된다.
또한, 본 발명은 하나 이상의 보존적 치환을 갖는 본원에 개시된 VH, VL 및/또는 CDR 아미노산 서열들 중 임의의 서열의 변이체를 포함하는 항-SSEA4 항체도 포함한다. 예를 들어, 본 발명은 본원에 개시된 VH, VL 및/또는 CDR 아미노산 서열들 중 임의의 서열에 대하여, 예를 들어 6개 이하, 5개 이하, 4개 이하, 3개 이하 등의 보존적 아미노산 치환을 갖는 VH, VL 및/또는 CDR 아미노산 서열을 갖는 항-SSEA4 항체를 포함한다.
폴리펩타이드에 적용되는 "실질적인 유사성" 또는 "실질적으로 유사한"이라는 말은, 2개의 펩타이드 서열이, 최적으로 정렬되는 경우에, 예컨대 디폴트 갭 가중치를 사용하는 프로그램 GAP 또는 BESTFIT에 의해, 적어도 95%의 서열 동일성, 훨씬 더 바람직하게는 적어도 98% 또는 99%의 서열 동일성을 공유함을 의미한다. 바람직하게는, 동일하지 않은 잔기 위치는 보존적 아미노산 치환이 다르다. "보존적 아미노산 치환"은 아미노산 잔기가 유사한 화학적 특성 (예를 들어, 전하 또는 소수성)을 갖는 측쇄 (R기)를 갖는 또 다른 아미노산 잔기로 치환되는 것이다. 일반적으로, 보존적 아미노산 치환은 단백질의 기능적 특성을 실질적으로 변화시키지는 않는다. 2개 이상의 아미노산 서열에서 보존적 치환이 서로 다른 경우에는, 서열 동일성 백분율 또는 유사성의 정도를 상향 조정하여 치환의 보존적 특성을 조정할 수도 있다. 이러한 조정을 위한 방법들은 당업자에게 익히 알려져 있다. 유사한 화학적 특성을 갖는 측쇄를 함유하는 아미노산 그룹의 예로는 (1) 지방족 측쇄: 글리신, 알라닌, 발린, 류신 및 이소류신; (2) 지방족-하이드록실 측쇄: 세린 및 트레오닌; (3) 아미드 함유 측쇄: 아스파라긴 및 글루타민; (4) 방향족 측쇄: 페닐알라닌, 티로신 및 트립토판; (5) 염기성 측쇄: 리신, 아르기닌 및 히스티딘; (6) 산성 측쇄: 아스파르테이트 및 글루타메이트; 및 (7) 황 함유 측쇄: 시스테인 및 메티오닌을 포함한다. 바람직한 보존적 아미노산 치환기로는 발린-류신-이소류신, 페닐알라닌-티로신, 리신-아르기닌, 알라닌-발린, 글루타메이트-아스파르테이트 및 아스파라긴-글루타민을 들 수 있다. 다르게는, 보존적인 치환으로는, 본원에 인용에 의해 포함되는 문헌 [Gonnet et al. (1992) Science 256: 1443-1445]에 개시된 PAM250 로그 가능도 행렬 (log-likelihood matrix)에서 양의 값을 갖는 모든 변경을 들 수 있다. "중간 정도의 보존적인" 치환은 PAM250 로그 가능도 행렬에서 음이 아닌 값을 갖는 모든 변경이다.
폴리펩타이드에 대한 서열 유사성 (서열 동일성이라고도 함)은, 일반적으로 서열 분석 소프트웨어를 사용하여 측정한다. 단백질 분석 소프트웨어는 보존적 아미노산 치환을 비롯하여 다양한 치환, 결실 및 기타 변형들에 배정된 유사성에 대한 척도를 사용하여 유사한 서열들을 매칭한다. 예를 들어, GCG 소프트웨어는, 디폴트 매개변수들로 사용되어 밀접한 관련이 있는 폴리펩타이드, 예컨대 서로 다른 종의 유기체들의 상동성 폴리펩타이드들간 또는 야생형 단백질과 이의 돌연변이 간의 서열 상동성 또는 서열 동일성을 결정하는데 사용될 수 있는 Gap 및 Bestfit과 같은 프로그램을 포함한다. 또한, 폴리펩타이드 서열들은 GCG 버전 6.1의 프로그램인 디폴트 또는 권장 매개변수들을 사용하는 FASTA를 사용하여 비교할 수도 있다. FASTA (예를 들어, FASTA2 및 FASTA3)는 질의(query)와 검색(search) 서열들 사이에서 가장 잘 중첩되는 영역에 대한 정렬과 서열 동일성 백분율을 제공한다 (상기 문헌, Pearson (2000)). 본 발명의 서열을 서로 다른 유기체들에서 유래한 다수의 서열들을 포함하고 있는 데이터베이스와 비교하는 경우에 또 다른 바람직한 알고리즘으로는 디폴트 파라미터를 사용하는 컴퓨터 프로그램 BLAST, 특히 BLASTP 또는 TBLASTN을 들 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410] 및 [Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-402] (각 문헌은 인용에 의해 본원에 포함됨)을 참조한다.
바람직하게는, 본 발명에 따른 항체는 단일클론 항체이다.
본 발명의 항체는 단일특이적, 이중특이적 또는 다중특이적일 수 있다. 다중특이적 항체는 하나의 표적 폴리 펩타이드의 서로 다른 에피토프에 특이적일 수 있거나, 또는 하나 이상의 표적 폴리 펩타이드에 특이적인 항원 결합 도메인들을 포함할 수 있다. 본 발명의 항-SSEA4 항체는 또 다른 작용성 분자, 예컨대 또 다른 펩타이드 또는 단백질에 결합되거나 이들과 함께 공동 발현될 수도 있다. 예를 들어, 항체 또는 이의 단편은 (예를 들어, 화학적 결합, 유전적 융합, 비공유 결합 등에 의해) 하나 이상의 다른 분자 물질, 예컨대 다른 항체 또는 항체 단편에 기능적으로 연결되어 제2 결합 특이성을 갖는 이중특이적 또는 다중특이적 항체를 생성할 수 있다. 예를 들어, 본 발명은 면역글로불린의 한 아암(arm)이 SSEA4 또는 이의 단편에 특이적이고 면역글로불린의 다른 아암은 제2 치료 표적에 특이적이거나 치료 모이어티에 접합되어 있는 이중특이적 항체를 포함한다.
본 발명의 한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 원핵 및 진핵 발현 시스템을 포함하는 임의의 수의 발현 시스템을 사용하여 생산될 수 있다. 일부 실시형태에서, 발현 시스템은 포유동물 세포 발현, 예컨대 하이브리도마, 또는 CHO 세포 발현 시스템이다. 이러한 많은 시스템들은 상용 공급업체들로부터 쉽게 구할 수 있다. 항체가 VH 및 VL 영역을 모두 포함하는 실시형태에서, 상기 VH 및 VL 영역은 단일 벡터를 사용하여, 예컨대 이중 시스트론성 (di-cistronic) 발현 유닛에서, 또는 서로 다른 프로모터들의 제어 하에 발현될 수 있다. 다른 실시형태에서, VH 및 VL 영역은 별도의 벡터들을 사용하여 발현될 수 있다. 본 명세서에 기술된 VH 및 VL 영역은 선택적으로 N-말단에 메티오닌을 포함할 수 있다.
관심대상 항체의 중쇄 및 경쇄를 인코딩하는 유전자들은 세포로부터 클로닝될 수 있는데, 예를 들자면 단일클론 항체를 인코딩하는 유전자들은 하이브리도마로부터 클로닝되어 재조합 단일클론 항체를 생산하는데 사용될 수 있다. 단일클론 항체의 중쇄 및 경쇄를 인코딩하는 유전자 라이브러리는 하이브리도마 또는 형질 세포로도 만들 수 있다. 중쇄 및 경쇄 유전자 산물들의 무작위 조합은 다양한 항원 특이성을 갖는 대규모 항체 풀을 생성한다 (예컨대, 문헌 [Kuby, Immunology (3rd ed. 1997)] 참조).
단쇄 항체 또는 재조합 항체의 제조를 위한 기술들 (미국 특허 4,946,778호, 미국 특허 4,816,567호)을 개작하여 본 발명의 폴리펩타이드에 대한 항체를 제조할 수도 있다. 또한, 유전자이식 마우스, 또는 다른 유기체, 예컨대 다른 포유동물을 사용하여 인간화된 항체 또는 인간 항체를 발현시킬 수도 있다 (예를 들어, 미국 특허 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,661,016호, 문헌 [Marks et al., Bio/Technology 10:779-783 (1992)]; [Lonberg et al., Nature 368:856-859 (1994)]; [Morrison, Nature 368:812-13 (1994)]; [Fishwild et al., Nature Biotechnology 14:845-51 (1996)]; [Neuberger, Nature Biotechnology 14:826 (1996)]; 및 [Lonberg & Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13:65-93 (1995)]을 참조한다).
바람직하게는, 본 발명에 따른 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 당쇄항체 (glycoantibody)이다. 본원에서 사용되는 용어 "당쇄항체"는 Fc 영역에 하나의 균일한 당형태를 갖는 단일클론 항체의 동종 개체군을 가리킨다. 균일한 해당 개체군의 각 당쇄항체들은 동일하고, 동일한 에피토프에 결합하며, 명확하게 규명된 글리칸 구조와 서열을 갖는 동일한 Fc 글리칸을 함유한다.
Fc 영역의 당화 (glycosylation) 프로파일의 내용에서 "균일한"이라는 용어는 상호 교환하여 사용되는 것으로, 전구체 N-글리칸이 거의 없거나 미량으로 존재하는 하나의 원하는 N-글리칸 종으로 나타나는 단일한 당화 패턴을 의미하고자 한 것이다. 특정 실시형태에서, 미량의 전구체 N-글리칸은 약 2% 미만이다.
본원에서 사용되는 용어 "글리칸"은 다당류, 올리고당류 또는 단당류를 의미한다. 글리칸은 당 잔기들의 단량체 또는 중합체일 수 있고, 선형 또는 분지형일 수 있다. 글리칸은 천연 당 잔기 (예: 글루코스, N-아세틸글루코사민, N-아세틸 뉴라민산, 갈락토스, 만노스, 푸코스, 헥소스, 아라비노스, 리보스, 자일로스 등) 및/또는 변형된 당 (예: 2'-플루오로리보스, 2'-데옥시리보스, 포스포만노스, 6' 설포 N-아세틸글루코사민 등)을 포함할 수 있다. 글리칸은 본원에서 당접합체, 예컨대 당단백질, 당지질, 당펩타이드, 당프로테옴, 펩티도글리칸, 지질다당류 또는 프로테오글리칸의 탄수화물 부분을 지칭하는데 사용된다. 글리칸은 일반적으로 단당류들 간의 O-글리코시드 결합으로만 이루어진다. 예를 들어, 셀룰로스는 β-1,4-결합된 D-글루코스로 구성된 글리칸 (또는 보다 구체적으로는 글루칸)이고, 키틴은 β-1,4-결합된 N-아세틸-D-글루코사민으로 구성된 글리칸이다. 글리칸은 단당류 잔기들의 단독 중합체 또는 이종 중합체일 수 있으며, 선형 또는 분지형일 수 있다. 글리칸은 당단백질 및 프로테오글리칸에서와 같이 단백질에 부착되어 있는 상태로 발견될 수 있다. 이들은 일반적으로 세포의 외부 표면에서 발견된다. O- 및 N-결합 글리칸은 진핵생물에서는 매우 흔하지만, 원핵생물에서도 덜 흔하기는 하나 발견될 수도 있다. N-결합 글리칸은 시퀀 (sequon)에서 아스파라긴의 R-기 질소 (N)에 부착된 상태로 발견된다. 상기 시퀀은 Asn-X-Ser 또는 Asn-X-Thr 서열 (여기서, X는 프롤린을 제외한 임의의 아미노산임)이다.
본원에서 사용되는 용어 "N-글리칸"은 Fc-함유 폴리펩타이드에서 아스파라긴 잔기의 아미드 질소에 결합된 N-아세틸글루코사민 (GlcNAc)에 의해 부착된 N-결합 올리고당류를 가리킨다.
본 발명의 한 바람직한 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 글리콜-조작된 N-글리칸을 갖는다. 항체는 Fc 영역을 포함하거나, 또는 항원 결합 단편은 Fc 영역에 융합되어 있고, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 Fc 영역 상에 N-글리칸을 가지며, N-글리칸은 Man5GlcNAc2 (Man5), GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G0F), GalGlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G1F), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2F), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,3 결합)), Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,6 결합)), GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G0), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,3 결합)) 및 Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,6 결합))로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본 발명의 한 바람직한 실시형태에서, 항체는 서열번호 23의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하고, N-글리칸은 Man5, G0F, G1F 및 G2F로 이루어진 군으로부터 선택된다. 구체적으로, 복수의 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 한 개체군에 제공한다.
N-글리칸의 개략적인 구조는 도 1에 나타내었다.
또 다른 양태에서, 본 발명에 따른 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 탈푸코실화된 당형태를 갖는다. 본원에서 사용되는 용어 "탈푸코실화"는 Fc 영역의 N-글리칸에 코어 푸코스가 없는 것을 의미한다. 바람직하게는, 조작된 N-글리칸은 G0, G2, G2S2 (α 2,3 결합) 및 G2S2 (α 2,6 결합)로 이루어진 군으로부터 선택된다.
또 다른 양태에서, 본 발명에 따른 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 당쇄조작된 Fc를 갖는다. 본원에서 사용되는 "당쇄조작된 Fc"라는 용어는 Fc 영역 상의 N-글리칸이 효소적으로 또는 화학적으로 변형되거나 조작되었음을 의미한다. 본원에서 사용되는 용어 "Fc 당쇄조작"은 당쇄조작된 Fc를 만드는데 사용되는 효소적 또는 화학적 공정을 지칭한다. 예시적인 조작 방법은, 예를 들어 USSN12/959,351호 (Wong et al.)에 설명되어 있으며, 그 내용은 본원에 인용하여 포함시키고자 한다. 바람직하게는, 조작된 N-글리칸은 G0F, G2F, G2S2F (α 2,3 결합), G2S2F (α 2,6 결합), G0, G2, G2S2 (α 2,3 결합) 및 G2S2 (α 2,6 결합)로 이루어진 군으로부터 선택되고, 복수의 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 한 개체군에 제공되며, 상기 개체군의 약 90% 이상이 동일한 N-글리칸을 가진다.
조작된 N-글리칸의 대략적인 구조는 표 4에 나타내었다.
일부 실시형태에서, 복수의 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 한 개체군에 제공되고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편 개체군의 약 90% 이상이 동일한 N-글리칸을 갖는다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하기를 포함하는 세포 농화 방법을 제공한다:
세포의 풀 (pool)을 항체 또는 이의 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 단계; 및
상기 풀로부터 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 세포들을 분리하는 단계.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하기를 포함하는 세포 농화 방법도 제공한다:
세포의 풀을 항체 또는 이의 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 단계; 및
상기 풀로부터 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 세포들을 분리하는 단계.
또한, 본 발명은 항체 또는 이의 항원 결합 단편; 및 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 고정하기 위한 지지체를 포함하는 세포 농화용 키트로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 있고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 키트도 제공한다.
한 양태에서, 본 발명은 항체 또는 이의 항원 결합 단편; 및 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 고정하기 위한 지지체를 포함하는 세포 농화용 키트로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 실시형태에서, 키트는 항원을 추가로 포함한다. 항원은 지지체에 연결될 수 있다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 항원은 항체 또는 이의 항원 결합 단편에 결합한다. 바람직하게는, 항원은 SSEA4이다.
본 발명의 한 실시형태에서, 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 항-SSEA4 항체 또는 SSEA4-결합 단편이다.
본 발명에 따른 면역 세포는 항체-결합 세포이다. 본 발명의 한 실시형태에서, 면역 세포는 항체의 Fab 영역 또는 이의 항원 결합 단편에 결합한다. 본 발명의 또 다른 실시형태에서, 면역 세포는 항체의 Fc 영역 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합한다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 면역 세포는 자연 살해 세포, 자연 살해 T 세포, 대식세포, 단핵구 및 B 세포로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본원에서 사용되는 용어 "농화 (enrichment)"는 샘플에서 면역 세포의 비율을 증가시키는 과정을 의미한다. 바람직하게는, 농화는 부분 정제 또는 부분 선별 과정이다.
본원에서 사용되는 용어 "세포의 풀 (pool)"은 면역 세포를 포함하는 세포의 그룹을 의미한다. 일반적으로, 본 발명에 따른 세포의 풀은 다른 세포들도 포함한다. 바람직하게는, 상기 세포의 풀은 대상체로부터 유래한 샘플이다. 본원에서 사용되는 "샘플"이라는 용어는 개체, 대상체 또는 환자로부터 얻은 다양한 샘플 유형을 망라한다. 상기 정의는 생물학적 기원의 혈액 및 기타 액체 샘플, 고체 조직 샘플들, 예컨대 생검 표본 또는 조직 배양물 또는 이들로부터 유래된 세포들 및 이들의 자손도 포함한다. 본원에서 서로 교환되어 사용되는 용어 "개체", "대상체" 및 "환자"는 쥐과 (랫트, 마우스), 인간이 아닌 영장류, 인간, 개, 고양이, 유제류 (예: 말, 소, 양, 돼지, 염소) 등을 포함하나 이에 제한되지 않는 포유동물을 지칭한다. 본 발명의 바람직한 한 실시형태에서, 세포의 풀은 말초 혈액 단핵 세포이다. 보다 바람직하게는, 상기 말초 혈액 단핵 세포는 자연 살해 세포, 자연 살해 T 세포, 대식세포, 단핵구 및 B 세포로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본 발명에 따른 방법이 항체의 Fc 영역 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 면역 세포의 농화를 위해 사용되는 경우, Fab 영역 또는 그의 항원 결합 단편은 지지체 상에 고정된다.
본 발명에 따른 방법이 Fc 영역에 결합하는 면역 세포의 농화를 위해 사용되는 경우, 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편은 Fc 영역 및 Fab 영역 또는 항원 결합 단편을 가지고, Fab 영역 또는 그의 항원 결합 단편은 지지체에 연결된 SSEA4에 결합하며, 분리된 세포들은 Fc 영역에 결합한다. 이에 대한 개략적인 그래프를 도 2에 나타내었다. 임의의 이론에 국한시키려는 것은 아니지만, 항원 (SSEA4)과 항체 또는 이의 항원 결합 단편 간의 친화성 결합이 항원 결합으로 유도된 Fc 입체형태 변화를 야기하는 것으로 생각된다. 또한, SSEA4 및 본 발명에 따른 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 우수한 방향성을 제공한다. 그 결과, 항원 결합 항체 또는 Fc-융합된 항원 결합 단편에 대해 높은 친화성을 갖는 면역 세포의 아개체군이 농화된다. 따라서, 본 발명에 따른 방법은 고친화성 포획 (high-affinity capture)을 제공한다. 또한, SSEA4는 매우 안정적이고 합성이 용이하고, SSEA4를 지지체에 결합시키는 과정도 용이하여, 본 발명에 따른 방법을 효율적으로 수행할 수 있다. 또 다른 양태에서, PBMC는, 농화시킬 면역 세포를 제외하고는, SSEA4 또는 SSEA4 결합 분자 그 어느 것도 발현하지 않는데, 이러한 사실은 본 발명에 따른 방법이 높은 특이성을 달성할 수 있게 해준다.
특정 이론에 국한시키고자 하는 것은 아니지만, 본 발명에 따른 당쇄조작은 Fc 영역의 구조를 변화시켜 Fc 수용체를 갖는 세포에 대한 결합을 향상시키는 것으로 생각된다. 따라서, Fc 수용체를 갖는 세포들의 포획이 보다 쉽고 효율적이다.
지지체 상에 Fab 영역을 고정시키거나 SSEA4를 지지체에 결합시키는 방식은 직접 또는 간접적인 화학 결합일 수 있다. 본 발명의 바람직한 한 실시형태에서, 비오틴-스트렙타비딘 반응은 이러한 결합의 고정화에 활용될 수 있다.
본 발명에 따른 지지체는 고체를 가리킨다. 지지체의 예로는 중합체, 금속 또는 자성 고체를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 본 발명의 바람직한 한 실시형태에서, 지지체는 분리 단계에 도움을 주는 자성 비드이다. 바람직하게는, 자성 비드의 직경은 약 1 ㎛ 미만이다.
항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 세포를 분리하는 방식은 지지체의 특성에 따라 달라질 수도 있다. 예를 들어, 지지체가 자성 비드인 경우, 이러한 분리를 위해 자기력 또는 원심분리기가 사용될 수 있다.
본 발명의 한 실시형태에서, 실질적으로 순수한 T 세포군을 수득하여 농화시킬 수 있다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 항체 또는 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포의 약 90% 이상이 T 세포이다. 본 방법은 추가로 하기 단계를 포함한다:
항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포들을 분리하는 단계.
임의의 이론에 국한시키려는 것은 아니지만, 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 세포를 제거함으로써, 세포들을 실질적으로 순수한 T 세포군으로 한층 더 분리시킬 수 있을 것으로 생각된다. 배제를 용이하게 하기 위해, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 지지체 상에 고정시킬 수도 있다. 본 발명의 바람직한 한 실시형태에서, 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 항-SSEA4 항체 또는 SSEA4-결합 단편이다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 방법에 사용되는 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 본원에 설명된 실시형태들 중 임의의 하나이다.
본 발명의 일부 실시형태에서, 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)는 먼저 대상체로부터 유래된 전혈 샘플로부터 분리되며, Fc-농화된 개체군은 본원에 개시된 세포의 농화를 위한 방법 또는 키트에 의해 추가로 얻어진다. 상기 얻어진 Fc-농화된 개체군은 치료/보관 용도를 위해 추가로 증식시킬 수도 있다.
하기 실시예를 제공하여 당업자가 본 발명을 실시하는 것을 돕고자 한다.
실시예
실시예 1: 항-SSEA4 항체 및 항원 결합 단편에 대한 결합 분석
본원에서 사용된 scFv-SSEA4 (VH-링커-VL)는 항-SSEA4 중쇄 hMC41 (서열번호 23)과 경쇄 (서열번호 24) 및 그 사이에 G4S 링커의 3개 카피를 포함한다.
Fc-융합된 항원 결합 단편 (VH-링커-VL-Fc)은 항-SSEA4 중쇄 hMC41 (서열번호 23), 경쇄 (서열번호 24), 그 사이에 G4S 링커의 3개 카피 및 Fc 영역 (서열번호 38)을 포함한다.
항-SSEA4 항체들의 다수의 돌연변이들도 구축된다.
간략히 설명하면, 2x105 개의 세포들을 FACS 완충액 (PBS 중 2% FBS)에서 20 nM 농도의 항체와 함께 4℃에서 1시간 동안 항온배양하였다. FACS 완충액으로 세척한 후, 세포들을 FITC-접합된 염소 항-인간 IgG 항체 (FACS 완충액에 1:250로 희석함, Jackson Immuno Research)와 함께 4℃에서 30분간 항온배양하였다. 세포에 결합된 항-SSEA4 항체의 검출을 BD FACSVerse 유세포 분석기로 분석하였다.
도 2에 보이는 바와 같이, scFv-SSEA4-Fc 융합 단백질 (Fc-융합된 항원 결합 단편)은 MCF7 세포 표면의 항원 (SSEA4)을 항체로서 인식할 수 있다.
항-SSEA4 항체의 항원 결합 친화도는 ELISA에 의해 측정하였다. 간략히 설명하면, 항체를 0.5 mg/mL의 농도로 PBS에 희석한 후, 실온에서 2시간 동안 96-웰 분석 플레이트에서 SSEA4와 함께 항온배양하였다. 세척 사이클에 이어서, HRP-접합된 염소 항-인간 IgG 항체 (PBS 중에 1:10,000로 희석함, Jackson Immuno Research)를 웰에 첨가하여 실온에서 1시간 더 항온배양하였다. 세척 사이클 이후, 발색을 위해 TMB ELISA 기질 (Thermo Scientific)을 첨가하고, 동량의 2.5N H2SO4를 첨가하여 반응을 중지시켰다. OD 450 nm에서의 흡광도를 판독하여 M5 ELISA 판독기 (Molecular Device)로 기록하였다. 아미노산 변화의 위치는 번호 앞에 야생형 아미노산과 번호 뒤에 돌연변이로 표시하였다. 도 3 내지 6에 보이는 바와 같이, 특정 아미노산의 치환될 수 있는지의 여부는 야생형 항체에 대한 그의 항원 결합 친화도에 의해 결정되었다.
실시예 2: 세포의 농화
세포의 농화 방법은 하기 도식과 같이 수행하였다.
유세포 분석 결과를 도 8과 9에 나타내었다.
실시예 3: 면역 세포 포획에 있어서 당쇄조작 유무에 따른 항체의 비교
면역 세포 포획에서 (항-SSEA4-G2S2 α2,6) 당쇄조작을 한 항체 또는 (항-SSEA4) 당쇄조작을 하지 않은 항체에 대한 비교 결과를 도 10 (관류) 및 도 11(비드)에 나타내었다.
실시예 4: 면역 세포 포획에 사용되는 다양한 항원 결합 친화도를 갖는 서로 다른 항체들의 비교
면역 세포 포획에서 (항-SSEA4-G2S2 α2,6) 또는 (항-SSEA4(2)-G2S2 α2,6)이 있는 항체에 대한 비교 결과를 도 12 (A) (비드)에 나타내었다.
면역 세포 포획에서 (항-SSEA4-G2S2 α2,6) 또는 (항-SSEA4(3)-G2S2 α2,6)이 있는 항체에 대한 비교 결과를 도 12 (B) (비드)에 나타내었다.
서로 다른 항원 결합 친화도 및 개별 세포 결합 강도를 갖는 항체들을 사용한 면역 세포 농화의 결과를 도 12 (A)와 12 (B)에 나타내었다. 서로 다른 Fab 영역을 갖는 항-SSEA4 항체의 Fc 영역에 의한 면역 세포 포획 능력은 실질적으로 동일함을 알 수 있다. Fab 영역의 서열이 Fc 영역에 의한 면역 세포 포획의 능력에 영향을 미치지는 않을 것이다.
개별 세포 결합 강도에 있어서 항-SSEA4, 항-SSEA4(2) 또는 항-SSEA4(3) 항체를 비교한 결과를 도 13에 나타내었다.
서로 다른 Fab 영역을 갖는 항-SSEA4 항체의 Fc 영역에 의한 세포 결합 능력은 실질적으로 상이함을 알 수 있다. 그러나, 도 11과 12 (A)를 참조하면, Fc 영역에 의한 면역 세포 포획의 능력은 변화되지 않을 것이다.
실시예 5: 면역 세포의 세포독성
포획된 면역 세포들을 PRIME-XV 배지에서 IL-2 및 배양보조 세포 (불활성화된 K562)와 함께 배양하였다. 배양된 세포의 세포 증식 결과와 프로파일을 도 14에 나타내었고, 14일째 세포의 세포독성 결과는 도 15에 나타내었다.
(항-SSEA4-G2S2 α2,6) 당쇄조작을 한 항체 또는 (항-SSEA4) 당쇄조작을 하지 않은 (항-SSEA4) 항체에 의해 포획된 면역 세포들을 PRIME-XV 배지에서 IL-2 및 배양보조 세포 (불활성화된 K562)와 함께 배양하였다. 14일째 세포독성 결과를 도 16에 나타내었다.
(항-SSEA4-G2S2 α2,6) 당쇄조작을 한 항체 또는 (항-SSEA4) 당쇄조작을 하지 않은 (항-SSEA4) 항체에 의해, 그리고 항-CD56 항체에 의해 포획된 면역 세포들을 PRIME-XV 배지에서 IL-2 및 배양보조 세포 (불활성화된 K562)와 함께 배양하였다. 14일째 세포독성 결과를 도 17에 나타내었다.
이러한 결과는, 농화된 세포들이, 항-CD56 비드에 의해 농화 (NK 세포의 일반적인 분리 방법)된 모체 PBMC 또는 세포들보다 K562 표적 세포에 대해 더 우수한 직접적인 사멸 활성을 나타냄을 입증하는 것이다.
실시예 6: T 세포의 농화 방법의 비교
T 세포 분리에 대한 통상적인 접근 방식은 Miltenyi Biotech의 범용 T 세포 분리 키트 (주문 번호 130-596-535)로 수행하였다. 비-T 세포들은 비오틴 접합된 단일클론 항체 혼합액 (cocktail)과 범용 T 세포 마이크로비드 혼합액으로 표지한다. 자성으로 표지된 비-T 세포들은 자성 막대 내에 유지됨으로써 고갈되는 반면, 자성으로 표지되지 않은 T 세포는 상기 막대를 관류하게 된다.
본 발명의 방법을 아래에 설명한다. 12-웰 플레이트에서 CD3/CD28 Dynabead 첨가하고 24시간 후에 웰당 5x105 개의 T 세포를 CAR 렌티바이러스로 회전 접종하였다. 바이러스를 8 mg/mL 폴리브렌과 함께 활성화된 T 세포에 MOI=10으로 첨가하여 800 g로, 32℃에서 90분간 회전시켰다. 몇 시간 후에, 신선한 배지를 포함하는 IL2로 보충하였다. 형질도입 4일 후, dynabead를 제거한다. 세포들을 약 10일간 배양 (세포를 증식시키고 2-3일마다 IL2를 갈아줌)한 후, 이들을 CAR+ 백분율과 세포독성 활성의 검사에 사용하였다.
비-T 세포를 고갈시키기 위해 항체 혼합액을 필요로 하는 통상적인 접근 방식 (Ctrl T)을 사용한 T 세포 분리와는 대조적으로, 본원에서는 순수하고 고품질의 CD3+ T 세포를 얻는데 단 하나의 항체면 충분하다. 도 18 (A)에 나타낸 바와 같이, 우리의 방법론을 사용하여 유사한 백분율의 CD3+ T 세포를 관류 분획 (FT T)으로부터 분리할 수 있었다. 또한, CAR T 세포는 기존 접근법과 유사한 비율 (도 18 (B)) 및 세포독성 효능 (도 18 (C))으로 우리의 FT T로부터 제조될 수 있다.
본 발명을 상기 기재한 특정 실시형태들과 함께 설명하였지만, 이에 대한 많은 대안과 이의 수정과 변형은 당업자에게 명백할 것이다. 이러한 모든 대안, 수정과 변형은 본 발명의 범위 내에 속하는 것으로 간주한다.
SEQUENCE LISTING <110> CHO PHARMA, INC. <120> ANTIBODY FOR ENRICHMENT OF CELLS <130> none <150> US 63/119,345 <151> 2020-11-30 <160> 39 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> mutant <220> <221> MISC_FEATURE <222> (2)..(2) <223> Xaa being Q, C, D, E, F, G, H, I, L, M, N, P, R, S, T, V, W, or Y <400> 1 Ser Xaa Gly Val Tyr 1 5 <210> 2 <211> 16 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> mutant <220> <221> MISC_FEATURE <222> (2)..(2) <223> Xaa being A, R, N, D, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, S, T, or V <400> 2 Ala Xaa Trp Ala Gly Gly Ser Thr Asn Tyr Asn Ser Ala Leu Met Ser 1 5 10 15 <210> 3 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> mutant <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(1) <223> Xaa being V, I, P or S <220> <221> MISC_FEATURE <222> (8)..(8) <223> Xaa being N, T, G or Q <400> 3 Xaa Asp Gly Tyr Arg Gly Tyr Xaa Met Asp Tyr 1 5 10 <210> 4 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> mutant <220> <221> 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Claims (48)

  1. 단계 특이적 (stage-specific) 배아 항원 4 (SSEA4)의 에피토프 또는 이의 단편에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서, 중쇄 가변 영역의 상보성 결정 영역 (CDR) 및 경쇄 가변 영역의 CDR을 포함하고, 여기서 상기 중쇄 가변 영역의 CDR이 CDRH1, CDRH2 및 CDRH3 영역을 포함하며, 상기 경쇄 가변 영역의 CDR이 CDRL1, CDRL2 및 CDRL3 영역을 포함하고, 이때
    상기 CDRH1 영역이 서열번호 1의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역이 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역이 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하고;
    상기 CDRL1 영역이 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역이 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역이 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하거나;
    또는
    상기 CDRH1 영역이 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역이 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역이 서열번호 27의 아미노산 서열을 포함하고;
    상기 CDRL1 영역이 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역이 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역이 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하거나;
    또는
    상기 CDRH1 영역이 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRH2 영역이 서열번호 31의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRH3 영역이 서열번호 32의 아미노산 서열을 포함하고;
    상기 CDRL1 영역이 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하며; 상기 CDRL2 영역이 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하고; 상기 CDRL3 영역이 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  2. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 7, 13 또는 14의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  3. 제1항에 있어서, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 8 또는 15의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  4. 제1항에 있어서, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 9, 16, 17 또는 18의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  5. 제1항에 있어서, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10 또는 19의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  6. 제1항에 있어서, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 11, 20 또는 21의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  7. 제1항에 있어서, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12 또는 22의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  8. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 13을 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 8을 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 9를 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 20을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  9. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 13을 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 15를 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 9를 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 11을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  10. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 13을 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 8을 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 16을 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 11을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  11. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 14를 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 8을 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 17을 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 21을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  12. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 14를 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 8을 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 18을 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 11을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  13. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 7을 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 15를 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 9를 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 20을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  14. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 7을 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 15를 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 17을 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 11을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  15. 제1항에 있어서, 상기 CDRH1 영역이 서열번호 7을 포함하고, 상기 CDRH2 영역이 서열번호 8을 포함하며, 상기 CDRH3 영역이 서열번호 16을 포함하고, 상기 CDRL1 영역이 서열번호 10을 포함하며, 상기 CDRL2 영역이 서열번호 20을 포함하고, 상기 CDRL3 영역이 서열번호 12를 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  16. 제1항에 있어서, 상기 중쇄 가변 영역이 서열번호 23의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하고; 상기 경쇄 가변 영역이 서열번호 24의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  17. 제1항에 있어서, 상기 항원 결합 단편이 서열번호 37의 아미노산 서열을 포함하는 단쇄 Fv (scFv) 분자인 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  18. 제1항에 있어서, 상기 항원 결합 단편이 서열번호 38의 아미노산 서열을 갖는 Fc 영역에 융합되는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  19. 제1항에 있어서, 상기 중쇄 가변 영역이 서열번호 33의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하고; 상기 경쇄 가변 영역이 서열번호 34의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  20. 제1항에 있어서, 상기 중쇄 가변 영역이 서열번호 35의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하고; 상기 경쇄 가변 영역이 서열번호 36의 아미노산 서열 또는 이와 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 있고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에 N-글리칸을 가지며, 상기 N-글리칸이 Man5GlcNAc2 (Man5), GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G0F), GalGlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G1F), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2F), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,3 결합)), Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,6 결합)), GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G0), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,3 결합)) 및 Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,6 결합))로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  22. 제21항에 있어서, 상기 중쇄 가변 영역이 서열번호 23의 아미노산 서열을 포함하고, 상기 경쇄 가변 영역이 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하며, 상기 N-글리칸이 Man5, G0F, G1F 및 G2F로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  23. 제21항에 있어서, 상기 N-글리칸이 G0F, G2F, G2S2F (α 2,3 결합), G2S2F (α 2,6 결합), G0, G2, G2S2 (α 2,3 결합) 및 G2S2 (α 2,6 결합)로 이루어진 군으로부터 선택되고, 복수의 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 한 개체군에 제공되며, 상기 개체군의 약 90% 이상이 동일한 N-글리칸을 갖는 것인, 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
  24. 세포 농화 (enrichment)용 키트로서,
    항체 또는 이의 항원 결합 단편; 및 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 고정하기 위한 지지체를 포함하고,
    상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나, 또는 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 (glycoengineered) 것인, 세포 농화용 키트.
  25. 제24항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 정의된 것인, 세포 농화용 키트.
  26. 제24항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에 N-글리칸을 추가로 포함하고, 상기 N-글리칸이 Man5GlcNAc2 (Man5), GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G0F), GalGlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G1F), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2F), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,3 결합)), Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,6 결합)), GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G0), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,3 결합)) 및 Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,6 결합))로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 세포 농화용 키트.
  27. 제26항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 서열번호 23의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하고, 상기 N-글리칸이 Man5, G0F, G1F 및 G2F로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 세포 농화용 키트.
  28. 제26항에 있어서, 상기 N-글리칸이 G0F, G2F, G2S2F (α 2,3 결합), G2S2F (α 2,6 결합), G0, G2, G2S2 (α 2,3 결합) 및 G2S2 (α 2,6 결합)로 이루어진 군으로부터 선택되고, 복수의 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편이 한 개체군에 제공되며, 상기 개체군의 약 90% 이상이 동일한 N-글리칸을 갖는 것인, 세포 농화용 키트.
  29. 제24항에 있어서, 지지체에 결합된 항원을 추가로 포함하는, 세포 농화용 키트.
  30. 제29항에 있어서, 상기 항원이 SSEA4인 것인, 세포 농화용 키트.
  31. 제29항에 있어서, 상기 항원이 항체 또는 이의 항원 결합 단편에 결합하는 것인, 세포 농화용 키트.
  32. 제24항에 있어서, 상기 지지체가 자성 비드인 것인, 세포 농화용 키트.
  33. 제24항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 항-SSEA4 항체 또는 이의 SSEA4 결합 단편인 것인, 세포 농화용 키트.
  34. 세포 농화 방법으로서,
    세포의 풀 (pool)을 항체 또는 이의 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계로서, 상기 항체가 Fc 영역을 포함하거나 상기 항원 결합 단편이 Fc 영역에 융합되어 Fc-융합된 항원 결합 단편을 형성하고, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에서 당쇄조작되는 것인, 단계; 및
    상기 풀로부터 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하는 세포들을 분리하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  35. 제34항에 있어서, 상기 세포의 풀이 말초 혈액 단핵 세포인 것인, 방법.
  36. 제35항에 있어서, 상기 말초 혈액 단핵 세포가 자연 살해 세포, 자연 살해 T 세포, 대식세포, 단핵구 및 B 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 방법.
  37. 제34항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 지지체 상에 고정되는 것인, 방법.
  38. 제37항에 있어서, 상기 항체가 단편 항원 결합 영역 (Fab 영역)을 갖거나 Fc-융합된 항원 결합 단편이 항원 결합 단편을 갖고, 상기 Fab 영역 또는 항원 결합 단편이 지지체 상에 고정되며, 분리된 세포들이 Fc 영역에 결합하는 것인, 방법.
  39. 제38항에 있어서, 상기 Fab 영역 또는 항원 결합 단편이 지지체에 연결된 SSEA4에 결합하는 것인, 방법.
  40. 제37항에 있어서, 상기 지지체가 자성 비드인 것인, 방법.
  41. 제34항에 있어서, 상기 풀로부터 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포들을 분리하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  42. 제41항에 있어서, 상기 항체 또는 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포들이 T 세포인 것인, 방법.
  43. 제34항에 있어서, 상기 항체 또는 항원 결합 단편이 항-SSEA4 항체 또는 SSEA4-결합 단편인 것인, 방법.
  44. 제42항에 있어서, 상기 항체 또는 Fc-융합된 항원 결합 단편에 결합하지 못하는 세포들의 약 90% 이상이 T 세포인 것인, 방법.
  45. 제34항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 정의된 것인, 방법.
  46. 제34항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편이 Fc 영역 상에 N-글리칸을 추가로 포함하고, 상기 N-글리칸이 Man5GlcNAc2 (Man5), GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G0F), GalGlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G1F), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2F), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,3 결합)), Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2(Fuc) (G2S2F (α 2,6 결합)), GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G0), Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2), Sia2(α2-3)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,3 결합)) 및 Sia2(α2-6)Gal2GlcNAc2Man3GlcNAc2 (G2S2 (α 2,6 결합))로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 방법.
  47. 제46항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 서열번호 23의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하고, 상기 N-글리칸이 Man5, G0F, G1F 및 G2F로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 방법.
  48. 제46항에 있어서, 상기 N-글리칸이 G0F, G2F, G2S2F (α 2,3 결합), G2S2F (α 2,6 결합), G0, G2, G2S2 (α 2,3 결합) 및 G2S2 (α 2,6 결합)로 이루어진 군으로부터 선택되고, 복수의 항체 또는 이의 Fc-융합된 항원 결합 단편이 한 개체군에 제공되며, 상기 개체군의 약 90% 이상이 동일한 N-글리칸을 갖는 것인, 방법.
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