KR20120101340A - 1형 인터페론 진단 - Google Patents

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KR20120101340A
KR20120101340A KR1020127008547A KR20127008547A KR20120101340A KR 20120101340 A KR20120101340 A KR 20120101340A KR 1020127008547 A KR1020127008547 A KR 1020127008547A KR 20127008547 A KR20127008547 A KR 20127008547A KR 20120101340 A KR20120101340 A KR 20120101340A
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웨이 주
크리스 모어하우스
바바라 화이트
바히자 자랄
이홍 야오
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메디뮨 엘엘씨
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Abstract

본 발명은 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일, 그러한 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 확인하기 위한 키트 및 방법을 개시한다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 또한 예를 들어, I형 IFN 또는 IFNα 매개 질병을 앓는 환자를 치료하는 방법, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제로 치료받는 환자의 질환 진행을 모니터링하는 방법, 환자를 IFNα에 결합하고, IFNα 활성을 중화시키는 치료제를 투여받는 후보자로서 확인하는 방법, 및 IFNα 유도성 질병을 앓는 환자를 진단하거나 또는 상기 환자의 예후를 제공할 때 사용될 수 있다.

Description

1형 인터페론 진단{TYPE 1 INTERFERON DIAGNOSTIC}
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2009년 9월 3일에 출원된 미국 가출원 번호 제61/239,630호를 우선권 주장하며, 이 출원은 그 전문이 본원에 참고로 포함된다.
서열 목록
본 출원은 EFS-Web을 통해 ASCII 포맷으로 제출된 서열 목록을 포함하며, 이는 그 전문이 본원에 참고로 포함된다. 2010년 9월 1일에 작성된 상기 ASCII 카피의 파일명은 MED217T4.txt이며, 그 크기는 28,665 바이트이다.
발명의 분야
본 개시내용은 1형 인터페론, 예를 들어, 인터페론(IFN: interferon) 알파에 의해 유도가능한 약력학적(PD: pharmacodynamic) 마커, PD 마커를 검출하는 프로브 및 키트, 및 그를 이용하는 방법에 관한 것이다. 본 개시내용은 추가로 자가면역 질환에 의해 유도된 PD 마커에 관한 것이다. 본 개시내용은 추가로 자가면역 질환, 예를 들어, SLE, DM, PM, SSc, RA, 쇼그렌, 및 루푸스 신염을 앓는 환자를 위한 진단제로서 그의 발현물이 사용될 수 있는 것인 유전자에 관한 것이다. 본 개시내용은 추가로 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제, 예를 들어, 항인터페론 알파 항체에 대해 반응을 할 수 있는, 자가면역 질환을 앓는 환자를 확인하는 데 그의 발현물이 사용될 수 있는 것인 유전자에 관한 것이다.
본 개시내용은 IFNα에 의해 유도되는 PD 마커를 포함한다. PD 마커는 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제, 예를 들어, IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 제제로 환자를 치료하는 방법, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제에 대한 후보자로서 환자를 확인하는 방법, 1형 인터페론 또는 IFNα 수준 증가와 관련된 질병을 앓는 것으로 환자를 진단하는 방법, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제, 예를 들어, IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제로 치료받는 환자의 질환 진행을 모니터링하는 방법, 및 IFNα 매개 질병의 치료를 위한 후보 치료제를 확인하는 방법에서 사용될 수 있다. 본 개시내용은 또한 다르게는 자가면역 질환, 예를 들어, SLE, DM, PM, SSc, RA, 쇼그렌, 및 루푸스 신염에 관여하는 PD 마커를 포함한다.
본 개시내용의 한 실시양태는 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제, 예를 들어, IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제 및 I형 인터페론 또는 IFNα의 수용체에 결합하는 제제에 대한 후보자로서 환자를 확인하는 방법을 포함한다. IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 존재 여부를 환자로부터 얻은 시료에서 검출한다. PD 마커 발현 프로파일은 한 유전자 세트의 발현 또는 활성의 상향조절을 포함한다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 또 다른 실시양태는 I형 IFN 또는 IFNα 매개 질환 또는 질병을 앓는 환자를 치료하는 방법을 포함한다. I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 상기 환자에게 투여한다. 한 실시양태에서, 제제는 IFN 또는 IFNα에 결합하여 IFN 또는 IFNα 활성을 중화시킨다. 또 다른 실시양태에서, 제제는 1형 인터페론 또는 IFNα의 수용체에 결합한다. 제제는 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시킨다. PD 마커 발현 프로파일은 한 유전자 세트의 발현 또는 활성의 상향조절을 포함한다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 추가의 또 다른 실시양태는 중간 정도 또는 강한 I형 IFN 또는 IFNα PD 마커 프로파일을 포함하는 자가면역 질환 환자를 치료하는 방법을 포함한다. I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 상기 환자에게 투여한다. 한 실시양태에서, 제제는 IFN 또는 IFNα에 결합하여 IFN 또는 IFNα 활성을 중화시킨다. 또 다른 실시양태에서, 제제는 1형 인터페론 또는 IFNα의 수용체에 결합한다. 제제는 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시킨다. PD 마커 발현 프로파일은 한 유전자 세트의 발현 또는 활성의 상향조절을 포함한다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 추가의 실시양태는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 중화를 필요로 하는 환자에서 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시키는 방법을 포함한다. I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 상기 환자에게 투여한다. 한 실시양태에서, 제제는 IFN 또는 IFNα에 결합하여 IFN 또는 IFNα 활성을 중화시킨다. 또 다른 실시양태에서, 제제는 1형 인터페론 또는 IFNα의 수용체에 결합한다. 제제는 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시킨다. PD 마커 발현 프로파일은 한 유전자 세트의 발현 또는 활성의 상향조절을 포함한다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 SAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 또 다른 실시양태는 IFNα 수준 증가와 관련된 질병을 앓는 것으로 환자를 진단하는 방법을 포함한다. IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 존재 여부를 환자로부터 얻은 시료에서 검출한다. PD 마커 발현 프로파일은 한 유전자 세트의 발현 또는 활성의 상향조절을 포함한다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 추가의 실시양태는 IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제로 치료받는 환자의 질환 진행을 모니터링하는 방법을 포함한다. 제1 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 환자로부터 얻은 제1 시료에서 수득한다. I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 환자에게 투여한다. 한 실시양태에서, 제제는 IFN 또는 IFNα에 결합하여 IFN 또는 IFNα 활성을 중화시킨다. 또 다른 실시양태에서, 제제는 1형 인터페론 또는 IFNα의 수용체에 결합한다. 제2 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 환자로부터 얻은 제2 시료에서 수득한다. 제1 및 제2 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 비교한다. PD 마커 발현 프로파일은 한 유전자 세트의 발현 또는 활성의 상향조절을 포함한다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 추가의 또다른 실시양태는 IFNα 매개 질병의 치료를 위한 후보 치료제를 확인하는 방법을 포함한다. IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함하는 세포를 제제와 접촉시킨다. 세포의 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일 변화의 존재 여부를 검출한다. PD 마커 발현 프로파일은 한 유전자 세트의 발현 또는 활성의 상향조절을 포함한다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 추가의 실시양태는 올리고뉴클레오티드 세트를 포함한다. 올리고뉴클레오티드 세트는 유전자 세트의 발현을 특이적으로 검출하는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 구체적인 실시양태에서, 유전자 세트는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6일 수 있다.
본 개시내용의 추가의 실시양태는 18S, ACTB, 및 GAPDH를 특이적으로 검출하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
본 개시내용의 또 다른 실시양태는 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4가지 이상, 및 18S, ACTB, 및 GAPDH를 특이적으로 검출하는 올리고뉴클레오티드 뿐만 아니라, 검출에 적합한 시약을 포함하는 키트이다.
본 개시내용의 또 다른 실시양태는 시료 중 IFN 활성을 검출하는 방법을 포함한다. IFN 자극성 반응 요소의 제어하에 리포터 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 세포를 시료와 함께 인큐베이션시킨다. 리포터 유전자의 발현을 검출한다.
본 개시내용의 추가의 실시양태는 환자의 자가면역 질병 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 방법을 포함한다. 제1 PD 마커 발현 프로파일은 환자로부터 유래된 제1 시료로부터 수득한다. 제2 PD 마커 발현 프로파일은 환자로부터 유래된 제2 시료로부터 수득한다. 제1 및 제2 PD 마커 발현 프로파일을 비교한다. 제1 및 제2 PD 마커 발현 프로파일 사이의 변동이 질환 진행 또는 퇴행을 시사한다.
도 1. 진단제로 사용된 4개의 유전자(IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2) 지표(signature)에 대한 수신자 조작 특징(ROC: Receiver operator characteristic) 곡선. 치료받은 SLE 환자에 대한 민감도(진양성률)와 1-특이도(가양성률) 사이의 상충 관계를 본 플롯은 182일째 및 196일째 1차 임상 종점을 사용하여 입증한다.
도 2a 및 b. 4개의 유전자(IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2) 지표 기반 테스트를 사용하였을 때, SLE에 있어 진단 테스트 양성 및 음성 환자 사이에는 뚜렷한 경계가 존재한다. (a) 테스트 음성 및 테스트 양성 환자에 대한 평균 로그2 변화 배수(어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystem's) qRT-PCR 택맨(TaqMan) 저밀도 어레이(TLDA: TaqMan low density array) 플랫폼 사용)를 나타낸다. (b) 약물 처리된 SLE 환자에 대한 유전자 지표 값에 대한 평균 로그2 변화 배수 밀도 플롯.
도 3a 및 b. 플라세보 또는 0.3/1/3/10 mg/kg의 MEDI-545 코호트에서 4개의 유전자(IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2) 지표 (a) 양성 또는 (b) 음성 SLE 환자에서의 시간 조절형 곡선하면적 - 기준선 SLEDAI 점수. 모든 데이터는 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 환자에서 MEDI-545의 정맥내 다중 투여에 관해 평가하는 1b상의, 다중센터, 무작위, 이중 맹검, 플라세보 대조군, 용량 단계적 증가 연구로부터 수득한 것이다. 사전 스크리닝에서 모든 SLE 피험체의 SLEDAI 점수는 ≥ 6이다.
도 4a 및 b. SELDAI 반응에서 감소(개선)가 ≥ 4 포인트. a. 진단 양성. b. 진단 음성. 모든 데이터는 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 환자에서 MEDI-545의 정맥내 다중 투여에 관해 평가하는 1b상의, 다중센터, 무작위, 이중 맹검, 플라세보 대조군, 용량 단계적 증가 연구로부터 수득한 것이다. 사전 스크리닝에서 모든 SLE 피험체의 SLEDAI 점수는 ≥ 6이다.
도 5a 및 b. SELDAI 반응에서 감소(개선)가 ≥ 4 포인트이며, Dx+ 피험체에서의 감소는 >50%인 것 대 기준선 후 Dx에서의 감소는 <50%인 것. 모든 데이터는 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 환자에서 MEDI-545의 정맥내 다중 투여에 관해 평가하는 1b상의, 다중센터, 무작위, 이중 맹검, 플라세보 대조군, 용량 단계적 증가 연구로부터 수득한 것이다. 사전 스크리닝에서 모든 SLE 피험체의 SLEDAI 점수는 ≥ 6이다.
도 6a 및 b. 복합 반응. a) 4개의 유전자 지표에 대해 양성인 환자의 복합 반응. b) 4개의 유전자 지표에 대해 음성인 환자의 복합 반응. 모든 데이터는 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 환자에서 MEDI-545의 정맥내 다중 투여에 관해 평가하는 1b상의, 다중센터, 무작위, 이중 맹검, 플라세보 대조군, 용량 단계적 증가 연구로부터 수득한 것이다. 사전 스크리닝에서 모든 SLE 피험체의 SLEDAI 점수는 ≥ 6이다.
도 7a 및 b. SLEDAI 곡선하면적 - 기준선. a) 4개의 유전자 지표에 대해 양성인 피험체. b) 4개의 유전자 지표에 대해 음성인 피험체. 모든 데이터는 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 환자에서 MEDI-545의 정맥내 다중 투여에 관해 평가하는 1b상의, 다중센터, 무작위, 이중 맹검, 플라세보 대조군, 용량 단계적 증가 연구로부터 수득한 것이다. 사전 스크리닝에서 모든 SLE 피험체의 SLEDAI 점수는 ≥ 6이다.
도 8a 및 b. 기준선으로부터의 SLEDAI 변화. a) 4개의 유전자 지표에 대해 양성인 피험체. b) 4개의 유전자 지표에 대해 음성인 피험체. 모든 데이터는 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 환자에서 MEDI-545의 정맥내 다중 투여에 관해 평가하는 1b상의, 다중센터, 무작위, 이중 맹검, 플라세보 대조군, 용량 단계적 증가 연구로부터 수득한 것이다. 사전 스크리닝에서 모든 SLE 피험체의 SLEDAI 점수는 ≥ 6이다.
도 9a-c. I형 IFN 지표의 억제율이 > 50%인 피험체는 보다 높은 SLEDAI 반응율(감소 > 4 포인트)을 가진다. a) 1 mg/kg IV q2wks, b) 3 mg/kg IV q2wks, c) 10 mg/kg IV q2wks.
도 10a-c. I형 IFN 지표의 억제율이 < 50%인 피험체는 보다 낮은 SLEDAI 반응율(감소 > 4 포인트)을 가진다. a) 1 mg/kg IV q2wks, b) 3 mg/kg IV q2wks, c) 10 mg/kg IV q2wks.
도 11a 및 b. 각종 질환에서의 5개의 유전자 지표. a) 정상, SLE, SM, PM, RA, 및 SSc로부터의 전혈 중 유전자 지표. b) 정상 피부, SLE 피부, SSc 피부, 정상 근육, DM 근육, PM 근육, 정상 활막 조직에서의 유전자 지표.
도 12a 및 b. 각종 질환에서의 4개의 유전자 지표. a) 정상, SLE, SM, PM, RA, 및 SSc로부터의 전혈 중 유전자 지표. b) 정상 피부, SLE 피부, SSc 피부, 정상 근육, DM 근육, PM 근육, 정상 활막 조직에서의 유전자 지표.
본 개시내용은 환자에서 질환을 확인하고, 진단하고, 치료하고, 그의 진행을 모니터링하는 방법을 포함한다. 환자는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 질환, 질병, 또는 병증을 앓는 임의의 동물을 포함한다. 환자는 자가면역 질환 또는 질병 또는 병증을 앓는 임의의 동물을 포함한다. 자가면역 질환/질병/병증으로는 전신 홍반 루푸스(SLE: systemic lupus erythematosus), 인슐린 의존 당뇨병, 염증성 장 질환(크론병, 궤양 대장염, 및 복강 질환 포함), 다발 경화증, 건선, 자가면역성 갑상샘염, 피부경화증, 류마티스 관절염, 사구체신염, 특발성 염증성 근염, 쇼그렌 증후군, 혈관염, 봉입체 근염(IBM: inclusion body myositis), 피부근염(DM: dermatomyositis), 다발근염(PM: polymyositis), 사르코이드증, 피부경화증 및 루푸스 신염을 포함한다. 환자는 실험 연구의 결과로서 질환, 질병 또는 병증을 가질 수 있는데, 예를 들어, 질환, 질병 또는 병증를 위해 개발된 실험 모델일 수 있다. 별법으로, 환자는 실험적 조작없이 질환, 질병 또는 병증을 가질 수 있다. 환자로는 인간, 마우스, 래트, 말, 돼지, 고양이, 개, 및 임의의 연구용 동물을 포함한다.
환자는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함할 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 강한 프로파일, 중간 정도의 프로파일, 또는 약한 프로파일일 수 있다. 대조군 시료(들) 또는 대조군 환자(들)에 대해 상대적인, 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 조절 이상(dysregulation) 배수를 측정하고(예를 들어, 환자의 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 발현에 있어서 상기 배수는 증가한다), 상기 환자의 조절 이상 배수와 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 갖는 다른 환자들의 것을 비교하여 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 강한, 중간 정도의 또는 약한 프로파일로 쉽게 지정할 수 있다. 조절 이상 배수는 비교와 같이 당업계에 주지된 방법에 의해 계산할 수 있다. 예를 들어, 국체 출원 번호 PCT/US2007/024947의 실시예 8을 참조한다. 한 실시양태에서, 조절 이상 배수는 mRNA 발현 수준 변화 배수로서 계산된다. 강한, 중간 정도의 또는 약한 프로파일은 가능하게는 특이적으로 I형 IFN 또는 IFNα 유도성인 것이 아닌 유전자에 대해 생성될 수 있다.
I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 포함된 유전자군의 상향 또는 하향조절은 당업계에 주지된 방법에 의해 계산될 수 있다. 한 실시양태에서, 상향 또는 하향조절은 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2로부터 선택되는 4개 이상의 유전자로 구성된 군의 mRNA 발현 수준의 평균 변화 배수로서 계산된다. 또 다른 실시양태에서, 상향 또는 하향조절은 4개 이상의 표적 유전자(IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2)에 대한 평균 Ct(사이클 역치: cycle threshold)와 3개의 대조군 유전자에 대한 평균 Ct 사이의 차로서 계산된다.
I. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일
A. 진단 유전자
환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 포함된 유전자군은 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6이다.
구체적인 실시양태에서, 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 포함된 유전자군은 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2를 포함한다. 또 다른 구체적인 실시양태에서, 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 포함된 유전자군은 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2로 구성된다. 추가의 구체적인 실시양태에서, 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 포함된 유전자군은 IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2를 포함한다. 또 다른 구체적인 실시양태에서, 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 포함된 유전자군은 IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2로 구성된다.
발현 프로파일 중의 IFNα 유도성 PD 마커는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6을 포함할 수 있다.
발현 프로파일 중의 IFNα 유도성 PD 마커는 (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는 (d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는 (e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는 (f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로 구성될 수 있다.
B. 혈청 단백질
발현 프로파일에서 IFNα 유도성 PD 마커는 아디포넥틴, 알파 페토프로테인, 아포리포프로테인 CIII, 베타 2 마이크로글로불린, 암 항원 125, 암 항원 19-9, 에오탁신, FABP, 인자 VII, 페리틴, IL-10, IL-12p70, IL-16, IL-18, IL-1ra, IL-3, MCP-1, MMP-3, 미오글로빈, SGOT, 조직 인자, TIMP-1, TNF RII, TNF-알파, VCAM-1, vWF, BDNK, 보체 3, CD40 리간드, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, 마이엘로퍼옥시다제, RANTES, 또는 트롬보포이에틴의 혈청 단백질 수준 중 임의로 하나 이상의 변경을 포함할 수 있다.
발현 프로파일에서 IFNα 유도성 PD 마커는 아디포넥틴, 알파 페토프로테인, 아포리포프로테인 CIII, 베타 2 마이크로글로불린, 암 항원 125, 암 항원 19-9, 에오탁신, FABP, 인자 VII, 페리틴, IL-10, IL-12p70, IL-16, IL-18, IL-1ra, IL-3, MCP-1, MMP-3, 미오글로빈, SGOT, 조직 인자, TIMP-1, TNF RII, TNF-알파, VCAM-1, 또는 vWF의 혈청 단백질 수준 중 임의로 하나 이상의 변경을 포함할 수 있다.
발현 프로파일에서 IFNα 유도성 PD 마커는 BDNK, 보체 3, CD40 리간드, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, 마이엘로퍼옥시다제, RANTES, 또는 트롬보포이에틴의 혈청 단백질 수준 중 임의로 하나 이상의 변경을 포함할 수 있다.
IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 기준선에 비하여 상승된 IFNα 수준에 노출된 세포에서 유전자의 상향조절된 발현 또는 활성을 포함할 수 있다. 유전자의 상향조절된 발현 또는 활성은 유전자로부터 mRNA의 발현 증가, 유전자에 의해 코딩된 단백질 발현 증가, 또는 유전자에 의해 코딩된 단백질의 활성 증가를 포함한다. 유전자의 발현 또는 활성은 IFNα에 대한 직접적인 또는 간접적인 반응으로 상향조절될 수 있다.
C. 인터페론 서브타입
I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함하는 환자는 추가로 임의 개수의 IFNα 또는 I형 IFN 서브타입의 발현의 상향조절을 포함할 수 있다. IFNα 또는 I형 IFN 서브타입은 임의로 1개 초과, 2개 초과, 3개 초과, 4개 초과, 5개 초과, 6개 초과, 7개 초과, 8개 초과, 9개 초과, 또는 10개 초과의 IFNα 또는 I형 IFN 서브타입을 포함할 수 있다. 이들 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ, 또는 IFNω를 포함할 수 있다. 환자는 IFN 서브타입 IFNα1, IFNα2, IFNα8, 및 IFNα14 발현의 상향조절을 포함할 수 있다.
별법으로, 본 개시내용에 의해 포함된 방법으로 치료받은 환자는 단순히 임의 개수의 IFNα 또는 I형 IFN 서브타입의 발현이 상향조절된, 유전자 발현 프로파일을 포함하는 것으로서 확인된 환자일 수 있다. IFNα 또는 I형 IFN 서브타입은 임의로 1개 초과, 2개 초과, 3개 초과, 4개 초과, 5개 초과, 6개 초과, 7개 초과, 8개 초과, 9개 초과, 또는 10개 초과의 IFNα 또는 I 형 IFN 서브타입을 포함할 수 있다. 이들 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ, 또는 IFNω를 포함할 수 있다. 이들 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα8, 및 IFNα14를 포함할 수 있다.
D. IFN α 수용체
I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함하는 환자는 추가로 IFNα 수용체, IFNAR1 또는 IFNAR2 중 어느 하나, 또는 그 둘 모두, 또는 TNFα, 또는 IFNγ, 또는 IFNγ 수용체(IFNGR1, IFNGR2 중 어느 하나, 또는 IFNGR1 및 IFNGR2 그 둘 모두)의 발현의 상향조절을 포함할 수 있다. 환자는 단순히 IFNα 수용체, IFNAR1 또는 IFNAR2 중 어느 하나, 또는 그 둘 모두, 또는 TNFα, 또는 IFNγ, 또는 IFNγ 수용체 (IFNGR1, IFNGR2 중 어느 하나, 또는 IFNGR1 및 IFNGR2 그 둘 모두)의 발현의 상향조절을 포함하는 환자로서 확인될 수 있다.
II . 상향조절
환자의 발현 프로파일에서 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 상향조절 또는 하향조절은 대조군으로부터 얻은 시료(환자의 비질환성 조직(예를 들어, 건선 환자의 비병변성 피부)인 시료, 또는 질환 또는 질병을 앓지 않는 건강한 환자로부터 얻은 것일 수 있다)의 것에 대해 상대적으로 임의의 정도만큼 이루어질 수 있거나, 또는 그의 발현이 질환에 의해 변하지 않는 것인, 환자로부터의 유전자 (소위 "하우스 키핑" 유전자)의 것에 대해 상대적인 것일 수 있다.
상향조절 또는 하향조절 정도는 대조군 또는 대조군 시료의 것의 10% 이상, 15% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 100% 이상, 125% 이상, 150% 이상, 또는 200% 이상, 또는 300% 이상, 또는 400% 이상, 또는 500% 이상, 또는 그 초과일 수 있다.
I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 PD 마커에 포함된 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수로서 계산될 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 또한 4개의 표적 유전자에 대한 평균 Ct(사이클 역치)와 3개의 대조군 유전자에 대한 평균 Ct 사이의 차로서 계산될 수 있다.
유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수는 적어도 약 2 내지 적어도 약 15 사이, 적어도 약 2 내지 적어도 약 10 사이, 또는 적어도 약 2 내지 적어도 약 5 사이일 수 있다. 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수는 약 2 이상, 약 2.5 이상, 약 3 이상, 약 3.5 이상, 약 4 이상, 약 4.5 이상, 약 5 이상, 약 5.5 이상, 약 6 이상, 약 6.5 이상, 약 7 이상, 약 8 이상, 약 9 이상 또는 약 10 이상일 수 있다.
발현의 증가 정도를 통해 자가면역 질환을 앓는 지표 양성 및 지표 음성 환자를 확인하기 위한 변화 배수 컷오프를 확인할 수 있다. 한 실시양태에서, 컷오프는 약 2 이상이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 약 2.5 이상이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 약 3 이상이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 약 3.5 이상이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 약 4 이상이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 약 4.5 이상이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 3.5, 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 4.0, 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 및 4.5 이상으로부터 선택된다. 또 다른 실시양태에서 컷오프는 약 2 내지 약 8 사이이다. 한 실시양태에서, 컷오프는 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 증가된 발현 수준의 평균이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 증가된 발현 수준의 중앙값이다.
발현의 증가 정도를 통해서는 또한 자가면역 질환을 앓는 지표 양성 및 지표 음성 환자를 확인하기 위한 ΔCt 컷오프를 확인할 수 있다. 한 실시양태에서, 컷오프는 약 7.6 이상이다. 또 다른 실시양태에서, 컷오프는 7.56이다. 변화 배수 컷오프를 사용하여 적절한 ΔCt 컷오프를 결정할 수 있다(예를 들어, 1 < log2 변화 배수 < 3은 8.65 내지 6.56 범위의 ΔCt에 상응한다). 따라서, 또 다른 실시양태에서, ΔCt 컷오프는 약 6.56 내지 약 8.56 사이이다.
추가로, 환자는 대조군에 비하여 10% 이상, 15% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 100% 이상, 125% 이상, 150% 이상, 또는 200% 이상, 또는 300% 이상, 또는 400% 이상, 또는 500%로 I형 IFN 서브타입을 과발현할 수 있거나, 그렇게 과발현할 수 있는 조직을 가질 수 있다. I형 IFN 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ, 또는 IFNω 중 어느 하나일 수 있다. I형 IFN 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα8, 및 IFNα14 모두를 포함할 수 있다.
IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 있어서 프로브에 의해, 또는 키트내 프로브에 의해 시료 중에서 검출되는 임의 유전자의 상향조절된 발현 또는 활성은 대조군 세포, 예를 들어, 건강한 지원자의 세포, 또는 대조군 동물의 세포, 또는 배양물 중 IFNα에 노출되지 않은 세포의 기준선 수준과 비교하여 1.2배 이상, 1.25배 이상, 1.3배 이상, 1.4배 이상, 1.5배 이상, 2.0배 이상, 2.25배 이상, 2.5배 이상, 2.75배 이상, 3.0배 이상, 3.5배 이상, 4.0배 이상, 4.5배 이상, 5.0배 이상, 6.0배 이상, 7.0배 이상, 8.0배 이상, 9.0배 이상, 10.0배 이상, 15.0배 이상, 20.0배 이상, 25.0배 이상, 또는 50.0배 이상일 수 있다. IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에서 모든 유전자는 동일한 증가 배수로 상향조절된 발현 또는 활성을 가질 수 있다. 별법으로, PD 마커 발현 프로파일에서 유전자는 다양한 수준의 상향조절된 발현 또는 활성을 가질 수 있다.
A. 상향조절 측정
IFNα 유도성 PD 마커의 유전자 발현 또는 활성의 상향 또는 하향조절은 당업계에 공지되어 있는 임의의 수단에 의해 측정될 수 있다. 예를 들어, 유전자 발현의 상향 또는 하향조절은 mRNA 수준을 측정함으로써 검출될 수 있다. mRNA 발현은 노던 블롯팅, 슬롯 블롯팅, 정량적 역전사 효소 중합효소 연쇄 반응, 또는 유전자 칩 하이브리드화 기법에 의해 측정될 수 있다. 예를 들어, 유전자 칩 하이브리드화 기법을 위한 핵산 어레이 제조에 관해서는 미국 특허 번호 제5,744,305호 및 제5,143,854호를 참조한다. 예를 들어, 유전자 발현을 측정하기 위한 택맨(TAQMAN)® 사용 방법에 대해서는 문헌 ([Establishing and functional characterization of an HEK-293 cell line expressing autofluorescently tagged β-actin (pEYFP-ACTIN) and the neurokinin type 1 receptor (NK1-R) Hrovat, A; Zavec, AB; Pogacnik, A; Frangez, R; Vrecl, M 2010 Cellular & Molecular Biology Letters 1, 55-69], [Expression profiles of proliferative and antiapoptotic genes in sporadic and colitis-related mouse colon cancer models Svec, J; Ergang, P; Mandys, V; ment, M; Pacha, J 2010 International Journal of Experimental Pathology 1, 44-53], 및 [Protein kinase inhibitors emodin and dichloro-ribofuranosylbenzimidazole modulate the cellular accumulation and cytotoxicity of cisplatin in a schedule-dependent manner Kurokawa, T; He, GA; Siddik, ZH 2010 Cancer Chemotherapy and Pharmacology 3, 427-436])을 참조한다.
중합효소 연쇄 반응(PCR: polymerase chain reaction)에서 표적에 선택적으로 결합하는 프라이머는, PCR 반응에서 하이브리드화되고, 표적을 검출함에 있어 배경에 비하여 충분한 신호를 생성하는 프라이머를 실험적으로 결정하는 것에 기초하여 선택될 수 있거나, 또는 문헌 [Maniatis et al., Molecular Cloning, Second Edition, Section 11.46. 1989]에 기술된 바와 같이 프라이머:표적 이중체의 융점을 사용함으로써 예측될 수 있다. 유사하게, 택맨® 방법 또는 관련 방법에서 PCR 생성물을 검출하기 위한 프로브는 실험적으로 결정되거나 예측될 수 있다. 그러한 프라이머 및 프로브(총칭하여, "올리고뉴클레오티드")는 그 길이가 10 내지 30개 이상의 뉴클레오티드일 수 있다.
IFNα 유도성 PD 마커의 유전자 발현 또는 활성의 상향 또는 하향조절은 단백질 수준을 검출함으로써 측정될 수 있다. 단백질 발현 수준을 검출하는 방법은 면역 기반 분석법, 예를 들어, 효소-결합 면역흡착 분석법(ELISA: enzyme-linked immunosorbant assay), 웨스턴 블롯팅, 단백질 어레이, 및 은 염색법을 포함한다.
IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 단백질 활성의 프로파일을 포함할 수 있다. IFNα 유도성 PD 마커의 유전자 발현 또는 활성의 상향 또는 하향조절은 검출가능한 인산화 활성, 탈인산화 활성, 또는 절단 활성을 포함하나, 이에 한정되지 않는 단백질의 활성을 검출함으로써 측정될 수 있다. 추가로, IFNα 유도성 PD 마커의 유전자 발현 또는 활성의 상향 또는 하향조절은 이들 유전자 발현 수준 또는 활성의 임의 조합을 검출함으로써 측정될 수 있다.
III . I형 IFN 또는 IFNα 유도성 질환, 질병, 또는 병증
I형 IFN 또는 IFNα 유도성 질환, 질병, 또는 병증은 I형 IFN 또는 IFNα PD 마커 발현 프로파일 또는 유전자 지표를 나타내는 임의의 것이다. PD 마커 발현 프로파일 및 유전자 지표는 등가의 것으로 이해될 것이다. 이러한 질환, 질병, 또는 병증으로는 자가면역 성분을 갖는 것, 예를 들어, 전신 홍반 루푸스(SLE), 인슐린 의존 당뇨병, 염증성 장 질환(크론병, 궤양 대장염, 및 복강 질환 포함), 다발 경화증, 건선, 자가면역성 갑상샘염, 피부경화증, 류마티스 관절염, 사구체신염, 특발성 염증성 근염, 쇼그렌 증후군, 혈관염, 봉입체 근염(IBM), 피부근염, 다발근염, 루푸스 신염, 및 사르코이드증을 포함한다. 다른 질환, 질병, 또는 병증으로는 이식편 대 숙주 질환 및 이식 거부를 포함한다.
A. 환자 증상
환자는 또한 예를 들어, 국제 출원 번호 PCT/US2007/024941에서 논의된 바와 같이, 다수의 증상들 중 어느 것을 나타낼 수 있거나, 동 문헌에서 논의된 바와 같이 임상 SLEDAI 점수 또는 BILAG 점수를 가질 수 있다. 이들 증상으로는 피로감, 기관 손상, 협부 발진, 및 탈모증을 포함할 수 있다. 환자는 예를 들어, 지난 10일 이내에 측정되고 평가된 바와 같은 SLE 질병 활성의 지수인 SLEDAI와 같은, 공지된 임상 점수화 시스템을 사용함으로써 점수화될 수 있다(문헌 [Bombardier C, Gladman D D, Urowitz M B, Caron D, Chang C H and the Committee on Prognosis Studies in SLE: Derivation of the SLEDAI for Lupus Patients. Arthritis Rheum 35:630-640, 1992.]). SLEDAI 점수화 시스템하의 질병 활성은 0 내지 105 범위일 수 있다. SLEDAI 활성 부류는 하기와 같이 정의되었다: 비활성(SLEDAI = 0); 경미한 활성(SLEDAI = 1-5); 중간 정도의 활성(SLEDAI = 6-10); 높은 활성(SLEDAI = 11-19); 매우 높은 활성(SLEDAI = 20 이상). (문헌 [Griffiths, et al., Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices]). 또 다른 질병 점수화 지수는 BILAG 지수인데, 이는 8개의 기관계에서의 구체적인 임상적 소견: 일반, 점막피부, 신경, 근골격, 심혈관, 호흡기, 신장, 및 혈액학적 결과에 기초한 SLE의 활성 지수이다. 점수화는 문자 시스템에 기초하지만, 가중 수치 점수는 또한 각각의 문자로 지정될 수 있는데, 이를 통해 BILAG 점수는 0-72 범위로 계산될 수 있다(문헌 [Griffiths, et al., Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices). 다른 점수화 지수로는 PGA 점수, 복합 반응자 지수(CRI: composite responder index), 및 ANAM4™ 테스트를 포함한다. 예를 들어, 본원에 기술된 자가면역 질병 치료 방법은 예를 들어, 경미, 중간 정도, 높음, 또는 매우 높음과 같이, 당업계에 공지된 임의의 분류 방법에 의해 측정된 바와 같은 질환 활성의 임의 활성 수준을 갖는 것으로서 확인된 임의의 피험체에 대해 사용될 수 있다. 예를 들어, 본원에 기술된 자가면역 질병 치료 방법은 환자의 증상을 감소시킬 수 있거나, 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 질환, 질병, 또는 병증에 관한 질환 점수를 개선시킬 수 있다.
IV . 치료제
치료제는 환자에게 투여될 수 있거나, 또는 환자가 제제 또는 치료제의 투여를 위한 후보자로서 확인될 수 있다. 치료제는 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절할 수 있다. 적합한 치료제로는 I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 분자를 포함한다. 적합한 치료제로는 I형 인터페론 또는 IFNα의 수용체에 결합하여 I형 인터페론 또는 IFNα의 수용체 활성을 조절하는 분자를 포함한다. 치료제는 소분자 또는 생물학적 제제일 수 있다. 치료제가 소분자일 경우, 이는 합성될 수 있거나, 또는 천연 공급원으로부터 확인되고, 단리될 수 있다.
치료제가 생물학적 제제인 경우, I형 IFN 또는 IFNα의 임의의 서브타입(들)에 대하여 특이적인 항체일 수 있다. 예를 들어, 항체는 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ, 또는 IFNω 중 어느 하나에 대하여 특이적일 수 있다. 별법으로, 항체는 임의로 2개, 임의로 3개, 임의로 4개, 임의로 5개, 임의로 6개, 임의로 7개, 임의로 8개, 임의로 9개, 임의로 10개, 임의로 11개, 임의로 12개의 I형 IFN 또는 IFNα에 대해 특이적일 수 있다. 만약 항체가 1개 초과의 I형 IFN 서브타입에 대하여 특이적일 경우, 항체는 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα8, IFNα10, 및 IFNα21에 대해 특이적일 수 있거나; 또는 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα8, 및 IFNα10에 대해 특이적일 수 있거나; 또는 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα8, 및 IFNα21에 대해 특이적일 수 있거나; 또는 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα10, 및 IFNα21에 대해 특이적일 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα에 대해 특이적인 항체로는 MEDI-545, MEDI-545 이외의 임의의 생물학적 항체, 미국 특허 출원 11/009,410(2004년 12월 10일 출원) 및 미국 특허 출원 11/1/157,494(2005년 6월 20일 출원)에 기재된 항체, 및 미국 특허 번호 제7,087,726호에 기재된 다른 항체(실시예 1 및 2, 표 3 및 표 4에 개시된 것, 및/또는 56번째 문단 25-54번째 줄의 표제 "Deposit of Material"로 개시된 것), NK-2 및 YOK5/19(WO 84/03105), LO-22(미국 특허 4,902,618), 144 BS(미국 특허 4,885,166), 및 EBI-1, EBI-2, 및 EBI-3(EP 119476)을 포함한다. IFNα 활성을 조절하는 치료제는 IFNα 활성을 중화시킬 수 있다. 당업자는 그러한 생물학적 제제의 제조 및 제법, 및 그의 투여 방법에 대해 잘 알고 있다.
MEDI-545는 대부분의 인터페론-알파(IFNα) 서브타입에 결합하는, 147,000 달톤의, 완전 인간 IgG1κ 모노클로날 항체(Mab: monoclonal antibody)이다. MEDI-545는 100% 인간 단백질 서열로부터 제조되는 바, 이에 상기 항체는 완전 인간 모노클로날 항체이다. 완전 인간 모노클로날 항체는 보다 바람직한 안전성 프로파일을 가질 수 있고, 인체로부터 덜 신속하게 제거될 수 있고, 이로써 가능하게는 투약 빈도를 감소시킬 수 있는 바, 다른 형태의 모노클로날 항체, 예를 들어, 키메라 및 인간화된 항체보다 장점을 가질 수 있다. MEDI-545는, 기능에 관한 분석법에 기초하여 잠재적인 치료제에 대한 가장 바람직한 특성을 갖는 것으로서 선택된 IgG4κ 항체인 13H5로부터 유래되었다. 이어서, 13H5를 IgG1 항체 이소형으로 전환시키고, CHO 세포에서 생산하고, 추가의 특징 규명 및 임상전 개발을 위해 선택하고, 처츰에는 MDX-1103이라 지정하였다(현재는 MEDI-545로 지칭된다). 또한, 미국 특허 출원 공개 번호 2007/0014724; PCT 출원 PCT/US2008/058133(2008년 3월 25일 출원, 발명의 명칭: "Antibodies with Decreased Deamidation Profiles"); 및 PCT 출원 PCT/US2008/058132((2008년 3월 25일 출원)(상기 출원들은 그 전문이 모든 목적을 위해 본원에 참고로 포함된다)을 참조한다.
치료제는 미국 특허 번호 제7,619,070호 및 제7,662,381호 및 국제 출원 번호 PCT/US2009/033358에 개시된 것을 비롯한, 인터페론 수용체에 대한 항체일 수 있다.
A. 항체
항체는 합성 항체, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 재조합적으로 생산된 항체, 인트라바디, 다중특이성 항체(이중특이성 항체 포함), 인간 항체, 인간화된 항체, 키메라 항체, 단일 쇄 Fv(scFv: single-chain Fv)(이중특이성 scFv 포함), BiTE 분자, 단일 쇄 항체, Fab 단편, F(ab') 단편, 이황화 결합된 Fv(sdFv: disulfide linked Fv), 또는 상기 중 어느 것의 에피토프 결합 단편일 수 있다. 항체는 면역글로불린 분자, 또는 면역글로불린 분자의 면역학적으로 활성 부위 중 어느 것일 수 있다. 추가로, 항체는 임의의 이소형 중 어느 것일 수 있다. 예를 들어, 이소형 IgG1, IgG2, IgG3, 또는 IgG4 중 어느 것일 수 있다. 항체는 가변 및 불변 영역을 포함하는 전장의 항체, 또는 그의 항원 결합 단편, 예를 들어, 단일 쇄 항체, 또는 Fab 또는 Fab'2 단편일 수 있다. 항체는 또한 치료제, 예를 들어, 세포독소 또는 방사성 동위원소에 접합되거나 그에 연결될 수 있다.
치료 방법에서, IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 제제, 또는 I형 인터페론 또는 IFNα의 수용체에 결합하여 I형 인터페론 또는 IFNα의 수용체 활성을 조절하는 제제 이외의, 제2 제제가 환자에게 투여될 수 있다. 제2 제제로는 비스테로이드성 소염제, 예를 들어, 이부프로펜, 나프록센, 서린다크, 디클로페낙, 피록시캄, 케토프로펜, 디플루니살, 나부메톤, 에토돌락, 및 옥사프로진, 인도메타신; 항말라리아제, 예를 들어, 히드록시클로로퀸; 코르티코스테로이드 호르몬, 예를 들어, 프레드니손, 히드로코르티손, 메틸프레드니솔론, 및 덱사메타손; 메토트렉세이트; 면역억제제, 예를 들어, 아자티오프린 및 시클로포스파미드; 및 예를 들면, T 세포를 표적하는 생물학적 제제, 예를 들어, 알레파셉트(Alefacept), 및 에팔리주맙(Efalizumab), 또는 TNFα를 표적하는 생물학적 제제, 예를 들어, 엔브렐(Enbrel), 레미케이드(Remicade) 및 휴미라(Humira)를 포함하나, 이에 한정되지 않는다.
B. 후보 치료제 확인
후보 치료제는 본 개시내용에 의해 포함된 방법에 의해 확인될 수 있다. 후보 치료제는 소형 분자 또는 생물학적 제제를 비롯한 임의 유형의 분자일 수 있다. 본 개시내용에 의해 포함된 방법에 의해 확인된 후보 치료제는 질환, 질병, 또는 병증을 위한 치료제로서 유용한 것으로 즉시 확인될 수 있다. 별법으로, 본 개시내용에 의해 포함된 방법에 의해 확인된 후보 치료제는 환자 치료를 위해 선택되기에 앞서 추가로 테스트되고/거나 변형될 필요가 있을 수 있다. 별법으로, 본 개시내용에 의해 포함된 방법에 의해 확인된 후보 치료제는 추가로 테스트된 후, 환자 치료를 위한 분자로서 탈락될 수 있다.
후보 치료제를 확인하는 방법에서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함하는 세포를 제제와 접촉시킨다. 상기 세포는 임의 유형의 세포, 예를 들어, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함하는 상업적으로 이용가능한 무한증식 세포주, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 유도하도록 IFNα로 처리된 상업적으로 이용가능한 무한증식 세포주, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 갖는 환자로부터 단리된 세포, 또는 건강한 환자로부터 단리되고 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 유도하도록 IFNα로 처리된 세포일 수 있다.
상기 세포와 제제를 접촉시킨 후, 세포의 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일 변화의 존재 여부를 검출한다. 변화의 존재는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에서 1개 이상의 유전자의 상향조절된 발현 또는 활성이 10% 이상 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 20% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 30% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 40% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 50% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 60% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 70% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 75% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 80% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 85% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 90% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 95% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 96% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 97% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 98% 감소, 1개 이상의 상향조절된 유전자의 99% 감소, 또는 1개 이상의 상향조절된 유전자의 100% 감소된 것을 비롯한, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 임의의 변화일 수 있다.
V. 환자에서의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 프로파일 중화
상기 제제를 사용한 치료법은 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 프로파일을 중화시킬 수 있다. 상기 제제를 사용한 치료법은 I형 IFN 또는 IFNα 매개 질환 또는 질병의 하나 이상의 증상을 감소시킬 수 있다. 상기 제제를 사용한 치료법은 I형 IFN 또는 IFNα 매개 질환 또는 질병과 관련된 발적을 줄일 수 있다. 상기 제제를 사용한 치료법은 I형 IFN 또는 IFNα 매개 질환 또는 질병을 앓는 환자에 대한 예후를 개선시킬 수 있다. 상기 제제를 사용한 치료법은 환자의 삶의 질을 더 높일 수 있다. 상기 제제를 사용한 치료법은 제2 제제를 공투여해야 할 필요성을 완화시킬 수 있거나, 환자에게 투여되는 제2 제제의 투여량을 감소시킬 수 있다. 상기 제제를 사용한 치료법은 I형 IFN 또는 IFNα 매개 질환 또는 질병과 관련된 환자의 입원 횟수를 감소시킬 수 있다.
I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 프로파일을 중화시킬 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 프로파일의 중화는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상의 유전자에서의 감소일 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 프로파일의 중화는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 프로파일에서 상향조절된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상의 유전자 중 어느 것을 2% 이상, 3% 이상, 4% 이상, 5% 이상, 7% 이상, 8% 이상, 10% 이상, 15% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 또는 90% 이상 감소시키는 것이다. 별법으로, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 프로파일의 중화란, 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 유전자의 발현을 대조군 시료 중의 상기 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 유전자의 발현 수준의 최대 50%, 최대 45%, 최대 40%, 최대 35%, 최대 30%, 최대 25%, 최대 20%, 최대 15%, 최대 10%, 최대 5%, 최대 4%, 최대 3%, 최대 2%, 또는 최대 1% 이내로 감소시키는 것이다. I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제가 생물학적 제제, 예를 들어, 항체일 경우, 상기 제제는 0.3 내지 30 mg/kg, 0.3 내지 10 mg/kg, 0.3 내지 3 mg/kg, 0.3 내지 1 mg/kg, 1 내지 30 mg/kg, 3 내지 30 mg/kg, 5 내지 30 mg/kg, 10 내지 30 mg/kg, 1 내지 10 mg/kg, 3 내지 10 mg/kg, 또는 1 내지 5 mg/kg의 용량으로 I형 IFN 또는 IFNα 프로파일을 중화시킬 수 있다.
I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제는 추가로 또는 별법으로 하나 이상의 I형 IFN 또는 IFNα 서브타입의 발현을 중화시킬 수 있다. IFNα 또는 I형 IFN 서브타입은 임의로 1개 초과, 2개 초과, 3개 초과, 4개 초과, 5개 초과, 6개 초과, 7개 초과, 8개 초과, 9개 초과, 또는 10개 초과의 IFNα 또는 I형 IFN 서브타입을 포함할 수 있다. 이들 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ, 또는 IFNω를 포함할 수 있다. 이들 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα8, 및 IFNα14 모두를 포함할 수 있다. 별법으로, 이들 서브타입은 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα8, IFNα10, IFNα21을 포함할 수 있다. IFNα 또는 I형 IFN 서브타입의 중화는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 5개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 또는 10개 이상의 서브 타입 중 어느 것을 2% 이상, 3% 이상, 4% 이상, 5% 이상, 7% 이상, 8% 이상, 10% 이상, 15% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 또는 90% 이상 감소시키는 것일 수 있다. IFNα 또는 I형 IFN 서브타입의 중화는 IFNα 또는 I형 IFN 서브타입 유전자의 발현을 대조군 시료 중 IFNα 또는 I형 IFN 서브타입의 발현 수준의 최대 50%, 최대 45%, 최대 40%, 최대 35%, 최대 30%, 최대 25%, 최대 20%, 최대 15%, 최대 10%, 최대 5%, 최대 4%, 최대 3%, 최대 2%, 또는 최대 1% 이내로 감소시키는 것일 수 있다. IFNα 또는 I형 IFN에 결합하여 IFNα 활성 또는 I형 IFN 활성을 조절하는 제제가 생물학적 제제, 예를 들어, 항체일 경우, 상기 제제는 0.3 내지 30 mg/kg, 0.3 내지 10 mg/kg, 0.3 내지 3 mg/kg, 0.3 내지 1 mg/kg, 1 내지 30 mg/kg, 3 내지 30 mg/kg, 5 내지 30 mg/kg, 10 내지 30 mg/kg, 1 내지 10 mg/kg, 3 내지 10 mg/kg, 또는 1 내지 5 mg/kg의 용량으로 IFNα 또는 I형 IFN 서브타입을 중화시킬 수 있다.
I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제는 추가로 또는 별법으로 IFNα 수용체, IFNAR1 또는 IFNAR2 중 어느 하나, 또는 그 둘 모두, 또는 TNFα, 또는 IFNγ, 또는 IFNγ 수용체(IFNGR1, IFNGR2 중 어느 하나, 또는 IFNGR1 및 IFNGR2 그 둘 모두)의 발현을 중화시킬 수 있다. IFNα 수용체, IFNAR1 또는 IFNAR2 중 어느 하나, 또는 그 둘 모두, 또는 TNFα, 또는 IFNγ, 또는 IFNγ 수용체(IFNGR1, IFNGR2 중 어느 하나, 또는 IFNGR1 및 IFNGR2 그 둘 모두)의 발현의 중화는 상기 유전자 중 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 5개 이상, 6개 이상을 2% 이상, 3% 이상, 4% 이상, 5% 이상, 7% 이상, 8% 이상, 10% 이상, 15% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 또는 90% 이상 감소시키는 것일 수 있다. IFNα 수용체, IFNAR1 또는 IFNAR2 중 어느 하나, 또는 그 둘 모두, 또는 TNFα, 또는 IFNγ, 또는 IFNγ 수용체(IFNGR1, IFNGR2 중 어느 하나, 또는 IFNGR1 및 IFNGR2 그 둘 모두)의 발현의 중화는 발현을 대조군 시료 중 상기 유전자들의 발현 수준의 최대 50%, 최대 45%, 최대 40%, 최대 35%, 최대 30%, 최대 25%, 최대 20%, 최대 15%, 최대 10%, 최대 5%, 최대 4%, 최대 3%, 최대 2%, 또는 최대 1% 이내로 감소시키는 것이다. I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제가 생물학적 제제, 예를 들어, 항체일 경우, 상기 제제는 0.3 내지 30 mg/kg, 0.3 내지 10 mg/kg, 0.3 내지 3 mg/kg, 0.3 내지 1 mg/kg, 1 내지 30 mg/kg, 3 내지 30 mg/kg, 5 내지 30 mg/kg, 10 내지 30 mg/kg, 1 내지 10 mg/kg, 3 내지 10 mg/kg, 또는 1 내지 5 mg/kg의 용량으로 IFNα 수용체, IFNAR1 또는 IFNAR2, 또는 TNFα, 또는 IFNγ, 또는 IFNγ 수용체 IFNGR1 또는 IFNGR2의 발현을 중화시킬 수 있다.
C. 환자 시료
시료는 또한 본 개시내용의 방법에서 환자로부터 수득될 수 있다. 시료는 임의의 생물학적 체액 또는 조직, 예를 들어, 전혈, 타액, 뇨, 활액, 골수, 뇌척수액, 비내 분비물, 가래, 양수, 기관지폐포 세척액, 말초 혈액 단핵 세포, 전체 백혈구 세포, 림프절 세포, 비장 세포, 편도 세포, 또는 피부를 포함한다. 시료는 당업계에 공지된 임의 수단에 의해 수득할 수 있다.
VI . 질환 진행을 모니터링하는 방법
환자의 질환 진행을 모니터링하는 방법에서, 환자로부터 얻은 시료를, 예를 들어, I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제, 또는 I형 IFN 또는 IFNα에 결합하나, I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하지 않는 제제, 또는 I형 IFN 또는 IFNα에 결합하여 I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 포함하거나, 포함하지 않을 수 있는 제제의 조합물과 같은 제제의 투여 이전 및 이후에 수득할 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일은 (제제 투여 이전 및 이후에) 시료에서 수득한다. 시료에서의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 비교한다. 비교는 시료 중에 존재하는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수에 관한 것일 수 있거나, 시료 중에 존재하는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 정량에 관한 것일 수 있거나, 또는 그의 임의 조합일 수 있다. 치료제의 효능을 나타내는 변동은, 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수 또는 수준(또는 그의 임의 조합)이 치료제 투여 이전에 얻은 시료와 비교하여 치료제 투여 이후에 얻은 시료 중에서 감소되었는지 여부에 의해 나타낼 수 있다. 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1배 이상, 2배 이상, 3배 이상, 4배 이상, 5배 이상, 6배 이상, 7배 이상, 8배 이상, 9배 이상, 또는 10배 이상만큼 감소될 수 있다. 임의의 주어진 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 수준은 10% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 또는 95%만큼 감소될 수 있다. 수준이 감소된, 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 또는 4개 이상일 수 있다. 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 감소된 개수 및 감소된 수준의 임의 조합이 효능을 나타낼 수 있다. 치료제의 효능을 나타내는 변동은, 하향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수 또는 수준(또는 그의 임의 조합)이 치료제 투여 이전에 얻은 시료와 비교하여 치료제 투여 이후에 얻은 시료 중에서 감소되었는지 여부에 의해 나타낼 수 있다.
환자로부터 수득되는 시료는 제제의 제1 투여 이전에 수득될 수 있는데, 즉, 환자는 제제 투약을 받은 적이 없는 환자이다. 별법으로, 환자로부터 수득되는 시료는 치료 과정에서 제제 투여 이후에 수득될 수 있다. 예를 들어, 제제는 모니터링 프로토콜 개시 이전에 투여될 수 있다. 제제 투여 이후 추가의 시료가 환자로부터 수득될 수 있고, 시료 중 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커를 비교한다. 시료는 동일하거나 다른 유형의 것일 수 있으며, 예를 들어, 수득한 각 시료는 혈액 시료일 수 있거나, 수득한 각 시료는 혈청 시료일 수 있다. 각 시료 중에서 검출되는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커는 동일한 것이거나, 실질적으로 중복될 수 있거나, 유사한 것일 수 있다.
시료는 치료제 투여 이전 및 이후 어느 때에나 수득될 수 있다. 치료제 투여 이후 수득되는 시료는 치료제 투여 이후 적어도 2일, 적어도 3일, 적어도 4일, 적어도 5일, 적어도 6일, 적어도 7일, 적어도 8일, 적어도 9일, 적어도 10일, 적어도 12일, 또는 적어도 14일이 경과한 후에 수득될 수 있다. 치료제 투여 이후 수득되는 시료는 치료제 투여 이후 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 4주, 적어도 5주, 적어도 6주, 적어도 7주, 또는 적어도 8주가 경과한 후에 수득될 수 있다. 치료제 투여 이후 수득되는 시료는 치료제 투여후 적어도 2개월, 적어도 3개월, 적어도 4개월, 적어도 5개월, 또는 적어도 6개월이 경과한 후에 수득될 수 있다.
추가 시료는 치료제 투여 이후 환자로부터 수득될 수 있다. 시간 경과에 따라 질환 또는 질병의 진행 또는 퇴행을 모니터하기 위해 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 12개 이상, 15개 이상, 20개 이상, 25개 이상의 시료를 환자로부터 수득할 수 있다. 질환 진행은 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 4주, 적어도 5주, 적어도 6주, 적어도 7주, 적어도 2개월, 적어도 3개월, 적어도 4개월, 적어도 5개월, 적어도 6개월, 적어도 1년, 적어도 2년, 적어도 3년, 적어도 4년, 적어도 5년, 적어도 10년의 기간에 걸쳐, 또는 환자 일생 동안에 걸쳐 모니터링될 수 있다. 추가 시료는 일정한 간격으로, 예를 들어, 매달, 2달에 한번, 매 분기마다 한번, 1년에 2번, 또는 매년인 간격으로 환자로부터 수득될 수 있다. 시료는 일정한 간격으로 제제 투여 이후 환자로부터 수득될 수 있다. 예를 들어, 시료는 매 제제 투여 이후 1주째, 또는 매 제제 투여 이후 2주째, 또는 매 제제 투여 이후 3주째, 또는 매 제제 투여 이후 1개월째, 또는 매 제제 투여 이후 2개월째에 환자로부터 수득될 수 있다. 별법으로, 제제 투여 이후 또는 매 제제 투여 이후 환자로부터 다수의 시료가 수득될 수 있다.
환자에서의 질환 진행은 제제를 투여하지 않을 때 유사하게 모니터링될 수 있다. 시료는 질환 또는 질병을 앓는 환자로부터 주기적으로 수득될 수 있다. 질환 진행은 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수가 조기에 얻은 시료에 비해 후기에 수득한 시료 중에서 증가되었는지 여부에 의해 확인될 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9, 또는 10개 이상만큼 증가할 수 있다. 질환 진행은 임의의 주어진 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 수준이 10% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상만큼 증가하였는지 여부에 의해 확인될 수 있다. 질환 진행은 임의의 주어진 하향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 수준이 10% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상만큼 감소하였는지 여부에 의해 확인될 수 있다. 수준이 증가된 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 15개 이상, 20개 이상, 25개 이상, 30개 이상, 또는 35개 이상일 수 있다. 수준이 감소된 하향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 15개 이상, 20개 이상, 25개 이상, 30개 이상, 또는 35개 이상일 수 있다. 개수가 증가된 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커와 수준이 증가된 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 임의의 조합이 질환 진행을 나타낼 수 있다. 별법으로, 또는 조합적으로, 개수가 감소된 하향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커와 수준이 감소된 하향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 임의의 조합이 질환 진행을 나타낼 수 있다. 질환 퇴행은 또한 질환 또는 질병을 앓지만, 제제로 치료받은 적이 없는 환자에서 확인될 수 있다. 이러한 경우, 퇴행은 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수가 조기에 얻은 시료에 비해 후기에 수득한 시료 중에서 감소되었는지 여부에 의해 확인될 수 있다. I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 또는 10개 이상만큼 감소할 수 있다. 질환 퇴행은 임의의 주어진 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 수준이 10% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상만큼 감소하였는지 여부에 의해 확인될 수 있다. 질환 퇴행은 임의의 주어진 하향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 수준이 10% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 35% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상만큼 감소하였는지 여부에 의해 확인될 수 있다. 수준이 감소된 상향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 15개 이상, 20개 이상, 25개 이상, 30개 이상, 또는 35개 이상일 수 있다. 수준이 증가된 하향조절된 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 15개 이상, 20개 이상, 25개 이상, 30개 이상, 또는 35개 이상일 수 있다. 질환 진행 또는 질환 퇴행은 임의의 기간에 걸쳐 임의 간격으로 시료를 수득함으로써 모니터링될 수 있다. 질환 진행 또는 질환 퇴행은 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 4주, 적어도 5주, 적어도 6주, 적어도 7주, 적어도 2개월, 적어도 3개월, 적어도 4개월, 적어도 5개월, 적어도 6개월, 적어도 1년, 적어도 2년, 적어도 3년, 적어도 4년, 적어도 5년, 적어도 10년 과정에 걸쳐, 또는 환자 일생에 걸쳐 시료를 수득함으로써 모니터링될 수 있다. 질환 진행 또는 질환 퇴행은 적어도 매달, 2달에 한번, 매 분기마다 한번, 1년에 2번, 또는 매년 시료를 수득함으로써 모니터링될 수 있다. 시료는 엄격한 시간 간격으로 수득될 필요는 없다.
VII . 키트 및 프로브
본 개시내용은 또한 키트 및 프로브를 포함한다. 프로브는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일에 포함될 수 있는 임의 유전자의 임의 발현 또는 활성을 검출하는 임의 분자일 수 있다.
VIII . IFN 활성을 검출하는 방법
본 개시내용은 또한 IFN 활성을 검출하는 방법을 포함한다. 이러한 방법은 인터페론 자극성 반응 요소의 제어하에 있는 리포터 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 세포를 사용할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 세포는 폴리뉴클레오티드 서열로 형질감염되거나, 형질전환될 수 있는 임의 세포일 수 있고, 이는 배양물 중에서 유지될 수 있다. 이들 세포로는 동물 세포, 세균 세포, 효모 세포, 곤충 세포, 또는 식물 세포를 포함한다. 이들 세포는 현탁액에 부착될 수 있거나, 현탁액 중에서 성장할 수 있다. 세포가 동물 세포일 경우, 이는 공지된 세포주, 예를 들어, HeLa, COS, NIH3T3, AGS, 293, CHO, Huh-7, HUVEC, MCF-7, C6, BHK-21, BNLCL 2, C2C12, HepG2, 및 ATDC5로부터의 것일 수 있다. 무수히 많은 다른 세포주가 공지되어 있으며, 이는 당업자에 의해 수득될 수 있다. 별법으로, 세포는 무한증식하거나, 무한증식하지 않는 1차 세포일 수 있다.
세포는 인터페론 자극성 반응 요소의 제어하에 있는 리포터 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 서열은 세포의 DNA에 안정적으로 통합될 수 있거나, 세포에 안정적으로 또는 일시적으로 존재하는 염색체외 요소일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 네이키드 폴리뉴클레오티드 분자, 지질 또는 다른 분자와 복합체를 형성한 폴리뉴클레오티드 분자, 또는 바이러스 입자 중의 폴리뉴클레오티드로서 세포에 도입될 수 있다.
폴리뉴클레오티드가 네이키드 폴리뉴클레오티드 분자로서 도입되었다면, 폴리뉴클레오티드는 선형 또는 환형 분자로 존재할 수 있다. 환형 폴리뉴클레오티드 분자의 비제한적인 일례로 플라스미드, 및 인공 염색체를 포함한다. 이들 벡터는 효소로 절단됨으로써, 예를 들어, 선형 폴리뉴클레오티드 분자를 생성할 수 있다.
추가로, 폴리뉴클레오티드가 네이키드 폴리뉴클레오티드 분자로서 도입되었다면, 이는 당업계에 주지되어 있는 다수의 기법들 중 어느 것에 의해 세포내로 도입된 것일 수 있다. 이러한 기법으로는 전기천공, 미세주사, 및 바이오리스틱스 입자 전달법을 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 또한, 예를 들어, 문헌 ([Loeffler and Behr, 1993, Meth. Enzymol. 217:599-618]; [Cohen et al., 1993, Meth. Enzymol. 217:618-644]; [Clin. Pharma. Ther. 29:69-92 (1985), Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd, ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989] 및 [Ausubel et al., ed. Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., N.Y., N.Y. (1987-2001])을 참조한다.
폴리뉴클레오티드가 지질 또는 리포좀의 복합체로서 도입되었다면, 이 또한 당업자에게 공지되어 있는 많은 기법들 중 하나에 의해 도입된 것일 수 있다. 지질 또는 리포좀은 DNA 또는 RNA에 결합하여 소수성의 코팅된 전달 비히클을 제공하는 지방 입자 또는 지질의 혼합물을 포함한다. 적합한 리포좀은 천연 공급원, 예를 들어, 달걀, 식물 또는 동물 공급원으로부터의 인지질을 비롯한, 종래의 합성 또는 천연 인지질 리포좀 물질들 중 어느 것, 예를 들어, 포스파티딜콜린, 포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 스핑고마이엘린, 포스파티딜세린 또는 포스파티딜이노시톨을 포함할 수 있다. 예를 들어, 디미리스토일포스파티딜콜린, 디올레오일포스파티딜콜린, 디올레오일포스파티디콜린 및 상응하는 합성 포스파티딜에탄올아민 및 포스파티딜글리세롤과 같은 합성 인지질 또한 사용될 수 있다. 벡터와 함께 접합체를 형성할 수 있는 지질 또는 리포좀 또한 당업자에게 상업적으로 이용가능한 것이다. 당업자에게 공지된 상업적으로 이용가능한 지질 또는 리포좀 형질감염 시약의 일례로는 리포펙트아민(LIPOFECTAMINE)™(Invitrogen), 진주스(GENEJUICE)®(Novagen), 진잼머(GENEJAMMER)®(Stratagene), 퓨진(FUGENE)® HD(Roche), 메가펙틴(MEGAFECTIN)™(Qbiogene), 슈퍼펙트(SUPERFECT)®(Qiagen), 및 이펙텐(EFFECTENE)®(Qiagen)을 포함한다.
폴리뉴클레오티드가 다른 분자와의 복합체로서 도입되었다면, 이는 압착되었거나, 나노스피어로 존재할 수 있다. 압착된 폴리뉴클레오티드 복합체는 미국 특허 5,972,901, 6,008,336, 및 6,077,835에 기술되어 있다. 나노스피어는 미국 특허 번호 제5,718,905호 및 제6,207,195호에 기술되어 있다. 이와 같이 핵산과 복합체를 형성한, 압착된 폴리뉴클레오티드 복합체 및 나노스피어는 중합체 양이온을 이용한다. 전형적인 중합체 양이온으로는 젤라틴, 폴리-L-리신, 및 키토산을 포함한다. 별법으로, 폴리뉴클레오티드는 DEAE-덱스트란과 복합체를 형성할 수 있거나, 예를 들어, 인산칼슘 공침전, 또는 염화칼슘 공침전과 같은 기법을 사용함으로써 형질감염될 수 있다.
폴리뉴클레오티드가 바이러스와 결합하여 도입되었다면, 바이러스는 폴리뉴클레오티드 전달을 위한 것으로서 주지되어 있는 임의의 적합한 바이러스일 수 있다. 벡터로서 사용될 수 있는 일례의 바이러스로는 아데노바이러스, 아데노 관련 바이러스, 렌티바이러스, 레트로바이러스, 헤르페스 바이러스(예를 들어, 헤르페스 단순 바이러스), 백시나 바이러스, 파포바이러스, 센다이 바이러스, SV40 바이러스, 호흡기 세포융합 바이러스 등을 포함한다.
폴리뉴클레오티드 서열은 리포터 유전자 및 인터페론 자극성 반응 요소를 포함할 수 있다. 리포터 유전자는 루시퍼라제, 클로람페니콜 아세틸 트랜스퍼라제, β-갈락토시다제, 녹색 형광 단백질, β-글루쿠로니다제, 또는 분비된 태반 알칼리성 포스파타제 중 어느 하나일 수 있다. 이들 리포터 유전자 다수, 예를 들어, 녹색 형광 단백질 및 루시퍼라제의 변형물이 공지되어 있고, 당업자에 의해 쉽게 확인될 수 있고/거나 제조될 수 있다. 열거되어 있는 것을 제외한 다른 리포터 유전자 또한 당업자에게 알려져 있으며, 이는 쉽게 이용할 수 있다. 인터페론 자극성 반응 요소 또한 당업자에게 알려져 있다. 이는 상업적 업체, 예를 들어, 스트라진(Stratagene), 클론테크(Clonetech), 및 바이오믹스(Biomyx)로부터 입수할 수 있다. 이는 또한 예를 들어, 문헌 ([Alcantara et al., (Nuc . Acid . Res . 30 (2002):2068-2075] 및 [Kirchhoff et al., (Oncogene 18 (1999):3725-3736)])에 보고되어 있다.
분석법에 사용되는 세포는 시료와 함께 인큐베이션될 수 있다. 시료는 환자로부터, 환자 시료를 가지고 있는 업체로부터 수득될 수 있거나, 보정을 위해 사용되는 대조군 시료이거나, 대조군으로서 수득될 수 있다. 시료가 환자로부터 수득되는 경우, 이는 임의의 생물학적 체액 또는 조직, 예를 들어, 전혈, 타액, 뇨, 활액, 골수, 뇌척수액, 비내 분비물, 가래, 양수, 기관지폐포 세척액, 말초 혈액 단핵세포, 전체 백혈구 세포, 림프절 세포, 비장 세포, 편도 세포, 또는 피부일 수 있다.
리포터 유전자의 발현은 당업계에 주지되어 있는 임의의 수단에 의해 검출된다. "0" 일지라도 발현은 시료 중 IFN 활성을 나타낸다. 당업자는 추가로 리포터 유전자의 임의의 발현 수준을 정량한 후, 이어서 시료 중 IFN 활성 수준으로 연관시킬 수 있다. 본 출원인은 본 개시내용의 일부 측면을 기술하기 위해 비제한적인 실시양태 세트를 제공한다.
실시양태
실시양태 1. I형 IFN 또는 IFNα에 결합하고, I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 투여하는 단계를 포함하고;
여기서, 환자는 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함하고;
여기서, 제제는 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시키는 것인, I형 IFN 또는 IFNα 매개 질환 또는 질병을 앓는 환자를 치료하는 방법.
실시양태 2. I형 IFN 또는 IFNα에 결합하고, I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 투여하는 단계를 포함하고;
여기서, 제제는 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시키는 것인, 중간 정도 또는 강한 I형 IFN 또는 IFNα PD 마커 프로파일을 포함하는 자가면역 질환 환자를 치료하는 방법.
실시양태 3. I형 IFN 또는 IFNα에 결합하고, I형 IFN 또는 IFNα 활성을 조절하는 제제를 환자에게 투여하는 단계를 포함하고;
여기서, 제제는 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시키는 것인, 질환 또는 질병을 앓는 환자에서 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 중화시키는 방법.
실시양태 4. 실시양태 1 내지 3 중 어느 한 실시양태에 있어서, 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 중화를 검출하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
실시양태 5. 실시양태 1 내지 4 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이 PD 마커 유전자의 전사체를 포함하는 것인 방법.
실시양태 6. 실시양태 1 내지 4 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이 PD 마커 유전자로부터 발현된 폴리펩티드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 7. 실시양태 1 내지 6 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로 구성된 것으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성을 포함하는 것인 방법.
실시양태 8. 실시양태 1 내지 6 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로 구성된 것으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성으로 구성된 것인 방법.
실시양태 9. 실시양태 7 또는 8에 있어서, 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성이 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수로서 계산되는 것인 방법.
실시양태 10. 실시양태 9에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 적어도 약 3 내지 적어도 약 15 사이, 적어도 약 3 내지 적어도 약 10 사이, 또는 적어도 약 3 내지 적어도 약 5 사이인 것인 방법.
실시양태 11. 실시양태 9에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 약 2 이상, 약 2.5 이상, 약 3 이상, 약 3.5 이상, 약 4 이상, 약 4.5 이상, 약 5 이상, 약 5.5 이상, 약 6 이상, 약 6.5 이상, 약 7 이상, 약 8 이상, 약 9 이상 또는 약 10 이상인 것인 방법.
실시양태 12. 실시양태 1 내지 11 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제제가 생물학적 제제인 것인 방법.
실시양태 13. 실시양태 12에 있어서, 제제가 항체인 것인 방법.
실시양태 14. 실시양태 13에 있어서, 항체가 MEDI-545인 것인 방법.
실시양태 15. 실시양태 13에 있어서, 항체가 하나 이상의 I형 IFN 또는 IFNα 서브타입에 특이적이지만, MEDI-545는 아닌 것인 방법.
실시양태 16. 실시양태 1 내지 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제제를 투여하는 것이 질환 또는 질병 중 하나 이상의 증상을 완화시키는 것인 방법.
실시양태 17. 실시양태 13 내지 16 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항체를 대략 0.03 내지 30 mg/kg 사이의 용량으로 투여하는 것인 방법.
실시양태 18. 실시양태 17에 있어서, 항체를 0.3 내지 3 mg/kg 사이의 용량, 또는 0.03 내지 1 mg/kg 사이의 용량으로 투여하는 것인 방법.
실시양태 19. 실시양태 1 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제제가 환자의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 10% 이상만큼, 20% 이상만큼, 30% 이상만큼, 40% 이상만큼 또는 50% 이상만큼 중화시키는 것인 방법.
실시양태 20. 실시양태 1 내지 19 중 어느 한 실시양태에 있어서, 질환 또는 질병이 루푸스, 루푸스 신염, 피부근염, 다발근염, 건선, SSc, 혈관염, 사르코이드증, 쇼그렌 증후군, 또는 특발성 염증성 근염 중 하나인 것인 방법.
실시양태 21. 실시양태 20에 있어서, 질환 또는 질병이 루푸스인 것인 방법.
실시양태 22. 실시양태 20에 있어서, 질환 또는 질병이 건선인 것인 방법.
실시양태 23. 실시양태 1 내지 22 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이 적어도 IFNα 서브타입 1, 2, 8, 및 14의 상향조절된 발현 또는 활성을 포함하는 것인 방법.
실시양태 24. 제1 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 환자로부터 얻은 제1 시료에서 수득하는 단계를 포함하는, 환자의 자가면역 질환 진행을 모니터링하거나 예후하는 방법.
실시양태 25. 실시양태 24에 있어서, 제1 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이 강한 프로파일이고, 환자 예후가 질환 진행인 것인 방법.
실시양태 26. 실시양태 25에 있어서, 자가면역 질환이 SLE이고, 진행이 SLE 발적인 것인 방법.
실시양태 27. 실시양태 26에 있어서, 제1 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이 약한 프로파일이고, 환자 예후가 질환 퇴행인 것인 방법.
실시양태 28. 실시양태 24에 있어서, 환자로부터 얻은 제2 시료에서 제2 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 수득하고;
여기서, 제1 발현 프로파일과 비교하여 제2 발현 프로파일에서의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수 또는 수준의 증가가 질환 진행을 예후하거나; 또는
여기서, 제1 발현 프로파일과 비교하여 제2 발현 프로파일에서의 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커의 개수 또는 수준의 감소가 질환 퇴행을 예후하는 것인 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
실시양태 29. 실시양태 26 내지 28 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이 PD 마커 유전자의 전사체를 포함하는 것인 방법.
실시양태 30. 실시양태 24 내지 28 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이 PD 마커 유전자로부터 발현된 폴리펩티드를 포함하는 것인 방법.
실시양태 31. 실시양태 24 내지 28 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 발현 또는 활성을 포함하는 것인 방법.
실시양태 32. 실시양태 24 내지 28 중 어느 한 실시양태에 있어서, I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 발현 또는 활성으로 구성된 것인 방법.
실시양태 33. 환자로부터 얻은 제1 시료에서 제1 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 수득하는 단계;
IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제를 투여하는 단계;
환자로부터 얻은 제2 시료에서 제2 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 수득하는 단계; 및
제1 및 제2 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 비교하는 단계를 포하고;
여기서, 제1 및 제2 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일 사이의 변동이 IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제의 효능 수준을 나타내는 것인, IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제로 치료받는 환자의 질환 진행을 모니터링하는 방법.
실시양태 34. 실시양태 33에 있어서, 제1 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성을 포함하는 것인 방법.
실시양태 35. 실시양태 33에 있어서, 제1 I형 IFN 또는 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성으로 구성된 것인 방법.
실시양태 36. 실시양태 34 또는 35에 있어서, 변동이 유전자의 상향조절된 발현 또는 활성 수준의 감소인 것인 방법.
실시양태 37. 실시양태 33 내지 35 중 어느 한 실시양태에 있어서, 질환 또는 질병이 루푸스, 루푸스 신염, 피부근염, 다발근염, 건선, SSc, 혈관염, 사르코이드증, 쇼그렌 증후군, 또는 특발성 염증성 근염 중 하나인 것인 방법.
실시양태 38. 실시양태 37에 있어서, 질환이 루푸스인 것인 방법.
실시양태 39. 실시양태 33 내지 38 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 소형 분자 또는 생물학적 제제인 것인 방법.
실시양태 40. 실시양태 39에 있어서, 생물학적 제제가 항체인 것인 방법.
실시양태 41. 실시양태 40에 있어서, 항체가 MEDI-545이고/거나, 항체가 하나 이상의 I형 IFN 또는 IFNα 서브타입에 특이적이지만, MEDI-545는 아닌 것인 방법.
실시양태 42. 실시양태 33 내지 41 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제1 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 치료제 투여 이전에 수득하는 것인 방법.
실시양태 43. 실시양태 33 내지 41 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제1 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 치료제 투여시에 수득하는 것인 방법.
실시양태 44. 실시양태 33 내지 43 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제1 및 제2 시료가 전혈 또는 혈청인 것인 방법.
실시양태 45. 실시양태 33 내지 44 중 어느 한 실시양태에 있어서, 환자로부터 얻은 제3 시료에서 제3 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 수득하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
실시양태 46. 실시양태 45에 있어서, 환자로부터 얻은 제4 시료에서 제4 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 수득하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
실시양태 47. 실시양태 46에 있어서, 환자로부터 얻은 제5 시료에서 제5 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 수득하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
실시양태 48. 실시양태 47에 있어서, 환자로부터 얻은 제6 시료에서 제6 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 수득하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
실시양태 49. 실시양태 33 내지 48 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제2 시료를, 치료제를 투여한 후 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 1개월 또는 적어도 2개월이 경과하였을 때에 수득하는 것인 방법.
실시양태 50. 실시양태 45에 있어서, 제3 시료를 제2 시료를 수득한 후 적어도 2일, 적어도 5일, 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 1개월 또는 적어도 2개월이 경과하였을 때에 수득하는 것인 방법.
실시양태 51. 실시양태 46에 있어서, 제4 시료를 제3 시료를 수득한 후 적어도 2일, 적어도 5일, 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 1개월 또는 적어도 2개월이 경과하였을 때에 수득하는 것인 방법.
실시양태 52. 실시양태 47에 있어서, 제5 시료를 제4 시료를 수득한 후 적어도 2일, 적어도 5일, 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 1개월 또는 적어도 2개월이 경과하였을 때에 수득하는 것인 방법.
실시양태 53. 실시양태 33 내지 52 중 어느 한 실시양태에 있어서, 변동이 유전자의 상향조절된 발현 또는 활성의 감소인 것인 방법.
실시양태 54. 실시양태 53에 있어서, 감소가 10% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 96% 이상, 97% 이상, 98% 이상, 99% 이상, 또는 100% 이상인 것인 방법.
실시양태 55. 환자로부터 얻은 시료에서 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 존재 여부를 검출하는 단계를 포함하고,
여기서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 존재를 검출하는 것이 IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제에 대한 후보자로서 환자를 확인하는 것인,
IFNα에 결합하여 IFNα 활성을 조절하는 치료제에 대한 후보자로서 환자를 확인하는 방법.
실시양태 56. 실시양태 55에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성을 포함하는 것인 방법.
실시양태 57. 실시양태 55에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성으로 구성된 것인 방법.
실시양태 58. 실시양태 56 또는 57에 있어서, 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성이 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수로서 계산되는 것인 방법.
실시양태 59. 실시양태 58에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 약 2 이상, 약 3 이상 및 약 4 이상인 것인 방법.
실시양태 60. 실시양태 59에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 약 2 이상, 약 2.5 이상, 약 3 이상, 약 3.5 이상, 약 4 이상, 약 4.5 이상, 약 5 이상, 약 5.5 이상, 약 6 이상, 약 6.5 이상, 약 7 이상, 약 8 이상, 약 9 이상 또는 약 10 이상인 것인 방법.
실시양태 61. 실시양태 55 내지 60 중 어느 한 실시양태에 있어서, 환자가 루푸스, 루푸스 신염, 피부근염, 다발근염, 건선, SSc, 혈관염, 사르코이드증, 쇼그렌 증후군, 또는 특발성 염증성 근염으로부터 선택되는 질병을 앓는 것으로 진단받은 것인 방법.
실시양태 62. 실시양태 61에 있어서, 질병이 루푸스인 것인 방법.
실시양태 63. 실시양태 55 내지 62 중 어느 한 실시양태에 있어서, 치료제가 소형 분자 또는 생물학적 제제인 것인 방법.
실시양태 64. 실시양태 63에 있어서, 생물학적 제제가 항체인 것인 방법.
실시양태 65. 실시양태 64에 있어서, 항체가 MEDI-545인 것인 방법.
실시양태 66. 실시양태 64에 있어서, 항체가 하나 이상의 I형 IFN 또는 IFNα 서브타입에 특이적이지만, MEDI-545는 아닌 것인 방법.
실시양태 67. 실시양태 55 내지 66 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상향조절된 발현 또는 활성이 하나 이상의 유전자의 mRNA 수준의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 68. 실시양태 55 내지 66 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상향조절된 발현 또는 활성이 하나 이상의 유전자의 단백질 수준의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 69. 실시양태 55 내지 66 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상향조절된 발현 또는 활성이 하나 이상의 유전자로부터 발현된 단백질의 효소 활성의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 70. 실시양태 55 내지 69 중 어느 한 실시양태에 있어서, 시료가 전혈인 것인 방법.
실시양태 71. 환자로부터 얻은 시료에서 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 존재 여부를 검출하는 단계를 포함하고,
여기서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 존재를 검출하는 것이 환자가 IFNα 수준 증가와 관련된 질병을 앓는 것으로 확인하는 것인, IFNα 수준 증가와 관련된 질병을 앓는 것으로 환자를 진단하는 방법.
실시양태 72. 실시양태 71에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성을 포함하는 것인 방법.
실시양태 73. 실시양태 71에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성으로 구성된 것인 방법.
실시양태 74. 실시양태 72 또는 73에 있어서, 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성이 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수로서 계산되는 것인 방법.
실시양태 75. 실시양태 74에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 적어도 약 2, 적어도 약 3 내지 적어도 약 4 사이인 것인 방법.
실시양태 76. 실시양태 74에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 약 2 이상, 약 2.5 이상, 약 3 이상, 약 3.5 이상, 약 4 이상, 약 4.5 이상, 약 5 이상, 약 5.5 이상, 약 6 이상, 약 6.5 이상, 약 7 이상, 약 8 이상, 약 9 이상 또는 약 10 이상인 것인 방법.
실시양태 77. 실시양태 72 내지 76 중 어느 한 실시양태에 있어서, 질환 또는 질병이 루푸스, 루푸스 신염, 피부근염, 다발근염, 건선, SSc, 혈관염, 사르코이드증, 쇼그렌 증후군, 또는 특발성 염증성 근염 중 하나인 것인 방법.
실시양태 78. 실시양태 77에 있어서, 질병이 루푸스인 것인 방법.
실시양태 79. 실시양태 72 내지 78 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상향조절된 발현 또는 활성이 하나 이상의 유전자의 mRNA 수준의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 80. 실시양태 72 내지 78 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상향조절된 발현 또는 활성이 하나 이상의 유전자의 단백질 수준의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 81. 실시양태 72 내지 78 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상향조절된 발현 또는 활성이 상향조절된 발현 또는 활성이 하나 이상의 유전자로부터 발현된 단백질의 효소 활성의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 82. IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 포함하는 세포를 제제와 접촉시키는 단계; 및
세포의 IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일 변화의 존재 여부를 검출하는 단계를 포함하고,
여기서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 유전자의 상향조절 감소를 포함하는 변화의 존재는 상기 제제가 후보 치료제임을 나타내는 것인, IFNα 매개 질병의 치료를 위한 후보 치료제를 확인하는 방법.
실시양태 83. 실시양태 82에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성을 포함하는 것인 방법.
실시양태 84. 실시양태 82에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일이
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(b) IFI44, IFI44L, IFI6, 및 SAD2;
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2;
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 및
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6으로부터 선택되는 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성으로 구성된 것인 방법.
실시양태 85. 실시양태 83 또는 84에 있어서, 유전자 세트의 상향조절된 발현 또는 활성이 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수로서 계산되는 것인 방법.
실시양태 86. 실시양태 85에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 적어도 약 3 내지 적어도 약 15 사이, 적어도 약 3 내지 적어도 약 10 사이, 또는 적어도 약 3 내지 적어도 약 5 사이인 것인 방법.
실시양태 87. 실시양태 85에 있어서, 유전자 세트의 발현 또는 활성의 평균 증가 배수가 약 2 이상, 약 2.5 이상, 약 3 이상, 약 3.5 이상, 약 4 이상, 약 4.5 이상, 약 5 이상, 약 5.5 이상, 약 6 이상, 약 6.5 이상, 약 7 이상, 약 8 이상, 약 9 이상 또는 약 10 이상인 것인 방법.
실시양태 88. 실시양태 83 내지 87 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포가, IFNα 수준 증가와 관련된 질병을 포함하는 환자로부터 수득되는 것인 방법.
실시양태 89. 실시양태 83 내지 87 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포가, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일을 유도하도록 IFNα로 처리된 세포인 것인 방법.
실시양태 90. 실시양태 83 내지 89 중 어느 한 실시양태에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 유전자의 상향조절이 하나 이상의 유전자의 mRNA 수준의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 91. 실시양태 83 내지 89 중 어느 한 실시양태에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 유전자의 상향조절이 하나 이상의 유전자의 단백질 수준의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 92. 실시양태 83 내지 89 중 어느 한 실시양태에 있어서, IFNα 유도성 PD 마커 발현 프로파일의 유전자의 상향조절이 하나 이상의 유전자로부터 발현된 단백질의 효소 활성의 증가를 포함하는 것인 방법.
실시양태 93. 하기 유전자 세트:
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6 중 어느 하나의 발현을 특이적으로 증폭시키고 검출하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 세트.
실시양태 94. 실시양태 93에 있어서, 18S, ACTB, 및 GAPDH를 증폭시키고 검출하기 위한 프라이머를 추가로 포함하는 프라이머 세트.
실시양태 95. 유전자 세트:
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는
(b) IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는
(c) IFI27, IFI44L, IFI6 및 RSAD2; 또는
(d) IFI27, IFI44, IFI6 및 RSAD2; 또는
(e) IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2; 또는
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, 및 IFI6 중 어느 하나의 발현을 특이적으로 검출하는 폴리뉴클레오티드로 구성된 프라이머 세트.
실시양태 96. 실시양태 93 및 94에 있어서, 프라이머 세트가 서열 번호 1-24의 서열을 가지는 것인 것.
실시양태 96. 실시양태 1 내지 95 중 어느 한 실시양태에 있어서, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2가 서열 번호 25-32의 서열을 가지는 것인 것.
실시양태 97. 실시양태 93 내지 96의 프라이머를 포함하는 키트.
실시양태 98. 실시양태 1 내지 96 중 어느 한 실시양태에 있어서, 발현 증가가 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA 수준에서의 발현 평균 또는 중앙값의 증가인 것인 것.
실시양태 99. 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출하는 단계를 포함하고,
여기서, 약 4배 이상의 mRNA의 증가가 상기 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체를 나타내는 것인, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체를 확인하는 방법.
실시양태 100. 실시양태 99에 있어서, mRNA가 건강한 환자로부터 얻은 풀링된 시료에서의 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA에 비해 증가된 것인 방법.
실시양태 101. 실시양태 99 또는 100에 있어서, mRNA 증가가 시료 중에 존재하는 하나 이상의 대조군 유전자의 mRNA에 비해 증가된 것인 방법.
실시양태 102. 실시양태 99 내지 101 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 대조군 유전자가 ACTB, GAPDH 및 18S rRNA로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 103. 실시양태 99 내지 102 중 어느 한 실시양태에 있어서, IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2의 mRNA의 증가가 검출되는 것인 방법.
실시양태 104. 실시양태 99 내지 103 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 105. 실시양태 99 내지 104 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 것인 방법.
실시양태 106. 실시양태 99 내지 105 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 방법.
실시양태 107. 실시양태 99 내지 106 중 어느 한 실시양태에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 것이
1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
3) cDNA를, 서열 번호 25-32의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
실시양태 108. 실시양태 99 내지 107 중 어느 한 실시양태에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 13-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 109. 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출하는 단계를 포함하고,
여기서, mRNA 증가를 하기 알고리즘:
에 따라 계산하고,
여기서, 약 7.6의 ΔCtIFN이 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체임을 나타내는 것인, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체를 확인하는 방법.
실시양태 110. 실시양태 99 내지 109 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 111. 실시양태 99 내지 110 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 것인 방법.
실시양태 112. 실시양태 99 내지 111 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 방법.
실시양태 113. 실시양태 99 내지 112 중 어느 한 실시양태에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 것이
1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
3) cDNA를, 서열 번호 25-35의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
실시양태 114. 실시양태 99 내지 113 중 어느 한 실시양태에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 1-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 115.
a) 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출함으로써 치료법에 적합한 피험체를 확인하고, 여기서, 약 4배 이상의 mRNA의 증가가 상기 치료법에 적합한 피험체임을 나타내는 것인 단계; 및
b) 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제로 피험체를 치료하는 방법.
실시양태 116. 실시양태 99 내지 115 중 어느 한 실시양태에 있어서, mRNA가 건강한 환자로부터 얻은 풀링된 시료에서의 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA에 비해 증가된 것인 방법.
실시양태 117. 실시양태 99 내지 116 중 어느 한 실시양태에 있어서, mRNA 증가가 시료 중에 존재하는 하나 이상의 대조군 유전자의 mRNA에 비해 증가된 것인 방법.
실시양태 118. 실시양태 99 내지 117 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 대조군 유전자가 ACTB, GAPDH 및 18S rRNA로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 119. 실시양태 99 내지 118 중 어느 한 실시양태에 있어서, IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2의 mRNA의 증가가 검출되는 것인 방법.
실시양태 120. 실시양태 99 내지 119 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 121. 실시양태 99 내지 120 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 것인 방법.
실시양태 122. 실시양태 99 내지 121 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 방법.
실시양태 123. 실시양태 99 내지 122 중 어느 한 실시양태에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 것이
1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
3) cDNA를, 서열 번호 25-32의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
실시양태 124. 실시양태 99 내지 123 중 어느 한 실시양태에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 13-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 125.
a) 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출하고,
여기서, mRNA 증가를 하기 알고리즘:
Figure pct00002
에 따라 계산하고,
여기서, 약 7.6의 ΔCtIFN이 IFNα 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체임을 나타내는 것인 단계; 및
b) 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체를 확인하는 방법.
실시양태 126. 실시양태 99 내지 125 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체로부터 선택되는 것인 방법.
실시양태 127. 실시양태 99 내지 126 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 것인 방법.
실시양태 128. 실시양태 99 내지 127 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 방법.
실시양태 129. 실시양태 99 내지 128 중 어느 한 실시양태에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 것이
1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
3) cDNA를, 서열 번호 25-35의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
실시양태 130. 실시양태 99 내지 129 중 어느 한 실시양태에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 1-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 방법.
본 명세서에서 언급된 모든 공개문헌, 특허 및 특허 출원은 각각의 개별 공개문헌, 특허 및 특허 출원은 그 전문이 본원에 참고로 포함되는 것으로서 구체적이고 개별적으로 기재된 것처럼 동일한 정도로 본원에서 본 명세서에 참고로서 포함된다.
본 출원은 참고로서 미국 가출원 시리얼 번호 제60/924,219호(2007년 5월 3일 출원), 미국 가출원 시리얼 번호 제60/924,584호(2007년 5월 21일 출원), 미국 가출원 시리얼 번호 제60/960,187호(2007년 9월 19일 출원), 미국 가출원 시리얼 번호 제60/996,176(2007년 11월 5일 출원), 미국 가출원 시리얼 번호 제 61/129,366호(2008년 6월 20일 출원), PCT 출원 PCT/US2007/024947(2007년 12월 6일 출원), PCT 출원 PCT/US2008/62646(2008년 5월 5일 출원), PCT 출원 PCT/US2009/048028(2009년 6월 19일 출원), 및 미국 특허 출원 시리얼 번호 제12/517,333호(2009년 6월 2일 출원)를 포함한다. 본 출원은 또한 참고로서 미국 가출원 시리얼 번호 제60/924,220호(2007년 5월 3일 출원), 미국 가출원 시리얼 번호 제60/996,219호(2007년 11월 6일 출원), 및 미국 가출원 시리얼 번호 제60/996,820호(2007년 12월 6일 출원)를 포함한다. 본 출원은 추가로 참고로서 미국 가출원 시리얼 번호 제60/996,174호(2007년 11월 5일 출원), PCT 출원 PCT/US2007/024941(2007년 12월 6일 출원) 및 미국 특허 출원 시리얼 번호 제12/517,334호(2009년 6월 2일 출원)를 포함한다. 본 출원은 추가로 참고로서 미국 가출원 시리얼 번호 제61/006,963(2008년 2월 8일 출원) 및 PCT 출원 PCT/US2009/033407(2009년 2월 6일 출원)을 포함한다.
하기의 실시예 세트는 단지 예시 목적을 위해 제공되는 것이며, 본 개시내용은 어느 방식으로든 하기 실시예로 제한되는 것으로 해석되어서는 안 된다.
실시예
IX . 실시예 1: 항 IFN 알파 치료제에 대한 진단 분석법 개발
A. 배경
그의 전사체가 하기 3가지 선택 조건을 만족하는 것인 약력학적(PD) 유전자를 확인하기 위해 유전자 발현 프로파일링을 사용하였다. 구체적으로, 3가지 선택 조건은 1) 1형 IFN 서브타입에 의해 유도되는 것, 2) SLE 환자 혈청 중에서 MEDI-545에 의해 억제되는 것, 및 3) 정상의 건강한 기증자와 비교하였을 때 SLE 환자에서 과발현되는 것이다. 그러한 유전자로는 국제 출원 번호 PCT/US2007/024947(2007년 12월 6일 출원), 국제 출원 번호 PCT/US2008/062646(2008년 5월 5일 출원), 국제 출원 번호 PCT/US2009/033407(2009년 2월 6일 출원), 및 국제 출원 번호 PCT/US2009/048028(2009년 6월 19일 출원)(상기 출원 각각은 그 전문이 본원에 참고로 포함된다)에 기술되어 있는 것을 포함한다.
이전 연구를 통해 질환, 예를 들어, SLE의 "지표"로서 사용될 수 있는 유전자군을 확인할 수 있었다. 예를 들어, 본 발명자들은 앞서 SLE 및 다른 자가면역 질환에 대한 21개의 유전자 지표를 확인하였다. 국제 출원 번호 PCT/US2007/024947(2007년 12월 6일 출원)(상기 출원은은 그 전문이 본원에 참고로 포함된다)을 참조한다. 본 발명자들은 자가면역 질환, 예를 들어, SLE를 앓는 환자를 확인하는 데 21개 유전자의 서브세트를 사용하는 것이 정확한지 여부를 확인하고자 하였다. 또한, 본 발명자들은 1형 인터페론을 조절하는 치료제, 예를 들어, 항인터페론 알파 항체 또는 항인터페론 수용체 항체에 대해 환자가 반응하는지 여부를 나타낼 수 있는 지표로서 21개 유전자의 서브세트가 사용될 수 있는지 확인하고자 하였다.
환자를 확인하는 데 21개 유전자의 서브세트가 사용될 수 있는지 확인하기 위해, 본 발명자들은 현재 진행 중인 MEDI-545에 대한 임상 시험에 포함된 환자로부터 얻은 유전자 발현 데이터를 분석하였다. 표준 임상 프로토콜에 따라 SLE 환자에게 MEDI-545를 투여하였다. 임상 결과는 표준 SLE 평가 방법, 예를 들어, 홍반 루푸스에서의 에스트로겐 안전성-전신 홍반 루푸스 질환 활성 지수(SELENA-SLEDAI: Safety of Estrogens in Lupus Erythematosus-Systemic Lupus Erythematosus Disease Activity Index), 영국 제도 루푸스 활성군 지수(British Isles Lupus Activity Group index), 및 의사의 전반적 평가(Physician Global Assessment)(MDGA)를 사용하여 평가하였다. 애피메트릭스(Affymetrix) 인간 게놈 U133 플러스 2.0 진칩(GeneChips)®을 사용하여 환자 시료에 대한 유전자 발현 프로파일링을 수행함으로써 후보 유전자를 확인하였다.
하기에서 논의되는 바와 같이, 이러한 분석을 통해 항IFN 알파 또는 I형 인터페론 치료제를 사용하는 치료에 대한 환자(예를 들어, SLE 또는 근염 환자)를 확인하기 위한 진단 유전자 세트(예를 들어, 4 또는 5개의 유전자에 기반한 분석법)를 확인할 수 있었다. 구체적으로, SLE 환자에서 시팔리무맙(MEDI-545)에 대한 반응을 예측할 수 있는 능력을 갖는 진단 유전자 세트를 선별하였다. 그 결과, 이들 4개의 유전자의 발현에 대해 측정하는 것을 사용함으로써 시팔리무맙을 사용하는 치료법이 도움이 되는 환자인지 여부를 예측할 수 있었다. 하기에서 상세하게 설명되는 바와 같이, 다양한 조건하에서 4개 유전자의 발현을 사용할 수 있고, 상기 질환에 대한 치료제를 사용한 치료법에 적합한 환자를 확인할 수 있었다. 진단 분석법에 적합한 5개의 유전자로 이루어진 하나의 군은 IFI44, IFI44L, IFI27, RSAD2 및 IFI6으로 구성되었다. 상기 군으로부터 선택되는 임의의 4개의 유전자가 진단 분석법에 적합할 수 있었다. 하기 표 1 및 도 1과 2에서 제공되는 분석 데이터에 대한 유전자군은 IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2로 구성되어 있다.
B. 분석 원리
진단 분석법은 정량적 역전사-중합효소 연쇄 반응(qRT-PCR: quantitative Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction)에 기반한 것이다. 본 분석법에서는 4개의 표준 유전자: IFI44, IFI44L, IFI27 및 RSAD2로부터 기원한 전사체를 증폭시키고 검출한다. 진단 분석법에서는 또한 대조군("하우스키핑 유전자")으로서 내인성 RNA 분자 세트: ACTB, GAPDH 및 18S rRNA를 증폭시키고 검출한다. 허가받은 PAX진™ 혈액 RNA 시스템(PAXgene™ Blood RNA System)(Qiagen, 키트 카탈로그 번호 762164; Becton Dickinson, 콜렉션 튜브 카탈로그 번호 762165; K042613)을 사용하여 환자로부터 수집된 전혈 시료로부터 수득된 전체 RNA 시료로부터 전사체 표적을 증폭시킨다. PAX진™ 혈액 RNA 키트에 명시되어 있는 방법을 사용하여 RNA를 단리한다. 2개의 서열 특이 정방향 및 역방향 프라이머(비표지형)를 사용하여 표적 전사체를 증폭시킨다. 형광 리포터 부분, FAM, 및 형광 소광 부분, BHQ1로 표지된 서열 특이 프로브를 사용하여 각각의 증폭 표적을 검출한다. 각 표적을 96 웰 플레이트 중 개별 웰에서 증폭시키고, 검출한다. 어플라이드 바이오시스템즈 7500 패스트 Dx 실시간 PCR 장치(Applied Biosystems 7500 Fast Dx Real-Time PCR Instrument), 임상 멀티플렉스 테스트 시스템(Clinical Multiplex Test System)(Applied Biosystems: 미국 캘리포니아주 포스터 시티, 카탈로그 번호 4406985; 082562) 상에서 SDS 소프트웨어 버전 1.4를 사용하는 형광 검출에 기반하여 시료 중 각 전사체를 정량적으로 측정한다.
정량적으로 측정함으로써 RNA 시료 중 전사체의 상대적인 존재량에 상응하는 각 표적에 대한 사이클 역치(Ct) 값을 측정할 수 있다. 각 증폭 사이클의 신장 단계 동안 중합효소의 5'-3' 엑소뉴클레아제 활성에 의한 리포터-소광자의 인접성의 유리로부터 초래되는 형광 신호의 기하학적 증가를 측정함으로써 Ct를 측정한다. 각 유전자 및 대조군에 대한 정량적 Ct 값을 사용하여 건강한 피험체에 대해 상대적인, 자가면역 질환을 앓는 피험체에서의 표적 유전자의 과발현 수준을 계산할 수 있다. 과발현 수준은 건강한 피험체에서의 표적 유전자의 평균 수준에 대해 상대적인, 자가면역 질환을 앓는 피험체에서의 표적 유전자의 mRNA 수준의 평균 변화 배수로서 표시될 수 있거나, 또는 I형 인터페론 유도성 유전자의 과발현 점수로서 표시될 수 있다.
구체적으로, 점수(ΔCtIFN)("ΔCt")는 하기 알고리즘에 따라 4개의 표적 유전자에 대한 평균 Ct와, 3개의 대조군 유전자의 평균 Ct 사이의 차이로서 계산된다:
Figure pct00003
이어서, 상기 점수를 사용하여 정량적 테스트 결과를 결정하고, 여기서, 점수가 컷오프 이상일 경우, 테스트 결과는 양성이고, 점수가 컷오프 미만일 경우, 테스트 결과는 음성인 것으로 결정된다. 음성 결과는 환자가 시팔리무맙 치료법에 대해 반응할 가능성이 없다는 것(비반응자)을 나타내고, 양성 결과는 환자가 시팔리무맙 치료법에 반응할 가능성이 있다는 것(반응자)을 나타낸다.
C. 분석 단계
1. RNA 준비
허가받은 PAX진™ 혈액 RNA 시스템(Qiagen, 키트 카탈로그 번호 762164; Becton Dickinson, 콜렉션 튜브 카탈로그 번호 762165; K042613)을 사용하여 전혈로부터 전체 RNA를 준비하고, cDNA 합성을 위한 주형을 제공한다. 260 nm 및 280 nm 파장에서의 흡광도를 측정함으로써 분광광도법에 의해 RNA 수율 및 정질에 대해 테스트한다. 공식 C (mg/ml) = A280/0.025를 사용하여 RNA 수율을 계산한다. 추가로, RNA의 순도는 260 nm에서의 흡광도 대 280 nm에서의 흡광도의 비를 사용하여 평가한다. A260/A280 비의 허용 범위는 ≥ 1.6이다.
2. cDNA 합성 및 표적 증폭
액체 RT 효소 믹스, 및 RT 프라이머 및 뉴클레오티드를 함유하는 RT 완충액을 사용하여 정제된 전체 RNA로부터 cDNA를 합성한다. cDNA 합성은 RT 효소에 대한 기질로서의 역할을 하는 RNA 분자에 하이브리드화되는 랜덤 헥사데카머 혼합물이 RT 프라이머를 사용하는 랜덤 프라이밍 접근법을 사용한다. 생성된 cDNA는 RNA 시료 중에 존재하는 서열을 나타내는 비례적인 DNA 혼합물을 함유한다.
qPCR 완충액, 유전자 프라이머 및 프로브 및 임상 등급의 앰플리태크 골드(AmpliTaq Gold) 중합효소를 사용하여 표적 전사체를 동시에 증폭시키면서 검출한다. 각각의 증폭 사이클 동안, 2개의 서열 특이 정방향 및 역방향 프라이머(비표지형)는 어닐링 단계 진행시 상보적인 cDNA 주형에 하이브리드화되고, 어닐링 단계 진행시 앰플리태크 골드 중합효소에 대한 기질로서의 역할을 함으로써, 그 결과, 표적에 상보적인 새로운 DNA 가닥이 생성된다. 정방향 및 역방향 프라이머는 각각 상이한 센스 또는 안티센스 가닥에 하이브리드화된다. 어닐링 단계 진행시 상보적인 표적 서열에 하이브리드화되는, 형광 리포터 부분, FAM, 및 형광 소광 부분, BHQ1로 표지된 서열 특이 프로브를 사용하여 각각의 증폭 표적을 검출한다. 각 표적을 96 웰 플레이트 중 개별 웰에서 증폭시키고, 검출한다.
Figure pct00004
3. 신호 검출
SDS 소프트웨어 버전 1.4를 사용하여 어플라이드 바이오시스템즈 7500 패스트 Dx 실시간 PCR 장치(Applied Biosystems 7500 Fast Dx Real-Time PCR Instrument)(Applied Biosystems(미국 캘리포니아주 포스터 시티 소재), 카탈로그 번호 4406985; K082562) 상에서의 형광 검출값에 기초하여 시료 중 각 전사체의 양을 정량적으로 측정함으로써 RNA 시료 중 전사체의 상대적인 존재량에 상응하는 각 표적에 대한 사이클 역치(Ct) 값을 측정한다. 상기 장치는 각 증폭 사이클의 신장 단계 동안 중합효소의 5'-3' 엑소뉴클레아제 활성에 의한 리포터-소광자의 인접성의 유리로부터 초래되는 형광 신호의 기하학적 증가를 측정함으로써 Ct를 측정한다. 각 유전자 및 대조군에 대한 정량적 Ct 값을 사용하여 I형 인터페론 유도성 유전자의 과발현 점수를 계산한다.
4. 분석 대조군
임의로 각 실행에 포함된 시험관내 전사체(IVT: In vitro Transcript) RNA 대조군(각각의 4개의 표적 유전자 및 하우스키핑 유전자 대조군)은 역전사, cDNA 합성, PCR, 하이브리드화, 및/또는 검출 단계 동안 잠재적인 사용자의 오류, 오염, 교차 반응 및/또는 분석 실패를 검출할 수 있도록 디자인된 것이다. 주어진 실행을 입증하거나, 또는 그가 틀렸음을 입증하기 위한 유효 대조군으로서 대조군 결과를 사용하였다. 허가받은 PAX진™ 혈액 RNA 시스템을 사용함으로써 수행되고, RNA 정질 체크를 통해 조절되는 RNA 단리를 입증하는 데에는 상기 대조군이 사용되지 않았다. 단, 거의 컷오프에 가까운, 음성 및 저 양성 대조군이 포함될 수 있다.
5. 소프트웨어
소프트웨어를 사용함으로써 상기 기술된 식을 사용하여 ΔCt를 계산할 수 있다. 이어서, ΔCt를 사용하여 정량적 테스트 결과를 결정하고, 여기서, 점수가 컷오프 이상일 경우, 테스트 결과는 양성이고, 점수가 컷오프 미만일 경우, 테스트 결과는 음성인 것으로 결정된다. 음성 결과는 환자가 시팔리무맙 치료법에 대해 반응할 가능성이 없다는 것(비반응자)을 나타내고, 양성 결과는 환자가 시팔리무맙 치료법에 반응할 가능성이 있다는 것(반응자)을 나타낸다.
6. 분석 키트 구성 요소
Figure pct00005
7. 표적 유전자를 동시에 증폭 및 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드
Figure pct00006
Figure pct00007
8. 표적 유전자의 서열
Figure pct00008
X. 실시예 2: 다양한 분석을 통해 MEDI -545에 대한 반응과 4개의 유전자 지표 사이에 상관관계가 존재한다는 것이 입증되었다.
진단학상 양성 피험체 대 음성 피험체로 지정하는 데 사용되는 역치값은 2가지 기본 방법을 사용하여 측정하였다. 먼저, 202명의 SLE 피험체로부터 4개의 유전자 진단 변화 배수 점수 분포를 단일 모드를 넘는 모드의 존재에 대해 평가하였다. 그러한 다중 모드 분포가 1 초과의 점수 집단이 존재함을 암시할 것이다. 이러한 분포로부터 2가지 상이한 모드가 확인되었고, 이들 두 모두를 구별짓는 영역의 중심은 값이 대략 4인 것으로 밝혀졌다. 상기 분포는 약 2 내지 약 8의 범위가 2가지 모두를 구별짓는 데 사용될 수 있으며, 따라서, 적합한 평균 변화 배수 컷오프는 약 2 내지 약 8 사이일 수 있다는 것을 나타낸다.
두번째로, SLE 점수 분포의 비교로 24명의 정상의 건강한 기증자의 4개의 유전자 진단 변화 배수 점수 분포를 상한에 대해 평가하였다. 24명의 정상의 건강한 기증자로부터의 평균 진단 변화 배수 점수는 1.34로, 상계(평균+2*SD)는 2.91이었다. 정상의 건강한 기증자 집단의 피험체 계수가 본 발명의 질환을 앓는 집단의 피험체 계수보다 훨씬 작기 때문에, 본 발명자들은 2가지 모드의 SLE 점수 분포로부터 얻은 결과와 일치하는, 정상의 건강한 기증자의 상계 진단 점수에 대해 적게 잡은 추정치를 사용하였다. 그 자체로, 진단 양성군 및 진단 음성군으로 SLE 환자를 계층화하기 위해 컷포인트가 ≥ 4인 것을 선택하였다.
진단 양성 집단의 경우, 147명의 SLE 피험체가 상기 군으로 계층화되었는데, 점수의 평균, 중앙값, 및 표준 편차는 각각 36.13, 63.76, 및 2.71이었다. 진단 음성 집단의 경우, 55명 SLE 피험체가 상기 군으로 계층화되었는데, 점수의 평균, 중앙값, 및 표준 편차는 각각 0.95, 0.89, 및 2.00이었다. 2 표본 양측 웰치스(Welch's) 변형 t 검정을 통해 상기 두 군 사이에는 유의적인 차이가 있는 것으로 나타났으며, p값은 1.62 x 10-66이었다.
변화 배수 계산에 기초한 임상 시험 데이터로부터 얻은 4개의 유전자 지표(즉, IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2 지표)를 사용하여 SLEDAI 임상 종점을 사용하는 수신자 조작 특징(ROC) 곡선을 작성하였다. 처리 후 182일째, 196일째, 및 210일째 평가된 것으로서, 기준선으로부터 SLEDAI가 4포인트 이상 하락한 것을 사용한 곡선이 도 1에 제시되어 있다. RCO 곡선에 기초하여, IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2 발현시, 평균 변화 배수의 컷오프 포인트는 ≥4인 것을 선택하였다.
평균 변화 배수의 컷오프 포인트가 ≥4일 때, 처리 후 182일째 수집된 혈액 시료로부터 얻은 데이터에 기초한 테스트의 민감도 및 특이도는 각각 87.0% 및 32.9%였다. 182일째의 AUC 데이터는 0.59였다. 평균 변화 배수의 컷 포인트가 ≥4일 때, 처리 후 196일째 수집된 혈액 시료로부터 얻은 데이터에 기초한 테스트의 민감도 및 특이도는 각각 85.7% 및 32.8%였다. 196일째의 AUC 데이터는 0.57이었다. 마지막으로, 같은 컷오프 포인트를 사용하였을 때, 처리 후 210일째 얻은 민감도, 특이도, 및 AUC 값은 각각 86.0%, 33.8%, 및 0.56이었다.
4개의 유전자 각각에 대한 변화 배수로서 제시된 평균 과발현을, SLE 환자를 진단 양성(반응자) 대 진단 음성(비반응자) 상태로 나누는 분류자로서 사용하였을 때, 각 군들은 명확하게 분리되었다. 로그2 눈금으로 제시된 4개의 유전자 평균 점수 분포가 2가지 겉보기 모드로 명확하게 나타났는데, 그 사이에 포함되는 값은 거의 없었다. 도 2a 및 b는 평균 변화 배수의 컷오프가 ≥4일 때의, 4개의 유전자(IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2) 진단을 사용하여 이루어진 환자의 진단 테스트 양성군 및 음성군으로의 분포를 나타낸다.
A. SLENA - SLEDAI ≥ 4
본 발명자들은 MI-CP 152 전역에 걸쳐 모든 시팔리무맙 투약군을 풀링하고, 기준선으로부터 SELENA-SLEDAI 감소의 임상 종점이 ≥ 4 포인트인 것을 사용한 바, 182일째의 양성 예측치는 46.6%인 것으로 계산되었다(PPV: 진단-양성 피험체[Dx+] 중 피험체 반응자의 비율). 유사하게, 본 발명자들은 계산하여 182일째의 음성 예측치 82.1%를 얻었다(NPV: 진단-음성 피험체[Dx-] 중 피험체 비반응자의 비율). 상기의 같은 임상 종점에 대해 민감도 및 특이도 값은 87.0% 및 32.9%였다.
본 발명자들은 플라세보 반응률이 대략 20% 내지 40%인 것을 관찰하였는 바, 본 발명자들은 적중률에 대한 플라세보 효과에서 인자로 "ΔPPV" 및 "ΔNPV"를 계산하는 것이 적절하다는 것을 발견하게 되었다. ΔPPV 값은 (중간 분석시 이용가능한 대개 0.3 내지 1.0 mg/kg의 데이터에 기초한) 시팔리무맙으로 처리된 피험체에 대한 PPV와 플라세보로 처리된 피험체에 대한 PPV 사이의 차이값이다. 유사하게, ΔNPV에 대해서는, 상기 계산치는 (다시 대개는 0.3 내지 1.0 mg/kg의 데이터 군에 기초한) 시팔리무맙으로 처리된 피험체에 대한 NPV와 플라세보로 처리된 피험체에 대한 NPV 사이의 차이값이다. 상기 ΔPPV/NPV 통계치는 PPV 및 NPV에 대해 적게 잡은 추정치이며, 이는 주어진 플라세보에 대해 반응하는 환자와 관련하여, 주어진 약물에 대해 반응하는 환자의 비율로 제시된다. 그 자체로서, 이러한 통계치는 반응자 상태의 고유한 "잡음" 수준을 나타낸다. 그러나, 비록 상기 PPV/NPV 값이 조절되기는 하였지만, 본 발명자들은 시팔리무맙으로 처리된 Dx 음성 환자에 비해, 시팔리무맙으로 처리된 Dx 양성 환자의 반응률이 여전히 강하게 나타났다는 것을 알 수 있었다.
상기 결과의 요약 내용은 하기 표 1에 제시되어 있다.
[표 1]
Figure pct00009
도 3a 및 b는 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 환자에서 MEDI-545의 정맥내 다중 투여에 관해 평가하는 1b상의, 다중센터, 무작위, 이중 맹검, 플라세보 대조군, 용량 단계적 증가 연구로부터 수득한 데이터를 나타낸다. 사전 스크리닝에서 모든 SLE 피험체의 SLEDAI 점수는 ≥ 6이었다. 도 3a 및 b는 플라세보, 또는 0.3/1/3/10 mg/kg의 MEDI-545 코호트에서 4개의 유전자 (IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2) 지표 양성 또는 음성 SLE 환자에서의 시간 조절형 곡선하면적 - 기준선 SLEDAI 점수를 나타낸다. 도 3a는 지표 양성에 관한 것이고, 도 3b는 지표 음성에 관한 것이다.
임상 시험에서 피험체의 1차 인구 통계학적/임상 변수와 4개의 유전자 진단(즉, IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2 지표) 사이에는 어떤 중요한 상관관계 패턴도 없었다. 이들 1차 변수에 대한 피어슨(Pearson) 상관 계수를 하기 표 2에서 제공한다.
[표 2]
Figure pct00010
B. SELDAI 반응에서 감소(개선)가 ≥ 4 포인트인 양의 상관관계
데이터는 시험 CP152로부터 얻었다. I형 IFN 지표를 스크리닝하여 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 피험체를 계층화한 후, 0일째부터 182째까지 플라세보 또는 시팔리무맙에 노출시켰다. SLEDAI 반응은 SLEDAI 감소(질환 활성의 개선)가 ≥ 4 포인트인 것으로 나타났다. 검은색(Solid) 사각형 표시/실선은 시팔리무맙에 노출된 피험체를 나타내고, 흰색(open) 사각형 표시/점선은 플라세보 환자를 나타낸다. 182-210일째의 짧은 선은 단지 182-210일의 평균값이며, 어떤 기호 표시없이 실선으로만 표시된 것은 시팔리무맙 피험체에 대한 평균값을 나타내고, 어떤 기호 표시없이 점선으로만 표시된 것은 플라세보 피험체대한 평균값을 나타낸다. 플라세보 또는 시팔리무맙을 1회 이상 투여받고, 기준선에서의 SLEDAI 점수가 ≥6인 피험체가 포함되었는데, 1, 3, 또는 10 mg/kg 시팔리무맙 또는 플라세보를 받은 피험체에 대한 데이터가 제시되어 있다. 196일째 또는 그 이전에 질환 활성의 증가를 위해 프로토콜에서 허용되는 수준보다 더 큰 수준으로 구조 코르티코스테로이드를 필요로 한 피험체는 본 분석에서 비반응자로 간주하였다.
도 4a는 스크리닝시 양성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 88)에 대한 평균 SLEDAI 반응률(%)은 52.5%이고, 플라세보 피험체(n = 22)에 대한 평균 SLEDAI 반응률(%)은 33.9%였다. 도 4b는 스크리닝시 음성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 22)에 대한 평균 복합 반응은 25.7%이고, 플라세보 피험체(n = 6)에 대한 평균 복합 반응은 22.2%였다.
C. 지표 및 SELDAI 반응에서 감소를 보이는 양의 상관관계. SELDAI 반응에서 감소(개선)가 ≥ 4 포인트이며, Dx + 피험체에서의 감소는 ≥50%인 것 대 기준선 후 Dx 에서의 감소는 <50%인 것.
도 5a 및 b. 데이터는 시험 CP152로부터 얻었다. I형 IFN 지표를 스크리닝하여 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 피험체를 계층화한 후, 0일째부터 182째까지 플라세보 또는 시팔리무맙에 노출시켰다. SLEDAI 반응은 SLEDAI 감소(질환 활성의 개선)가 > 4 포인트인 것으로 나타났다. 검은색 사각형 표시/실선은 시팔리무맙에 노출된 피험체를 나타내고, 흰색 사각형 표시/점선은 플라세보 환자를 나타낸다. 182-210일째의 짧은 선은 단지 182-210일의 평균값이며, 어떤 기호 표시없이 실선으로만 표시된 것은 시팔리무맙 피험체에 대한 평균값을 나타내고, 어떤 기호 표시없이 점선으로만 표시된 것은 플라세보 피험체대한 평균값을 나타낸다. 플라세보 또는 시팔리무맙을 1회 이상 투여받고, 기준선에서의 SLEDAI 점수가 >6인 피험체가 포함되었는데, 1, 3, 또는 10 mg/kg 시팔리무맙 또는 플라세보를 받은 피험체에 대한 데이터가 제시되어 있다. 196일째 또는 그 이전에 질환 활성의 증가를 위해 프로토콜에서 허용되는 수준보다 더 큰 수준으로 구조 코르티코스테로이드를 필요로 한 피험체는 본 분석에서 비반응자로 간주하였다.
도 5a는 스크리닝시 양성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 시팔리무맙으로 처리된 경우, 투여 후 28-210일째 기준선 진단 지표 점수의 중앙값 감소는 > 50%였고, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 23)에 대한 평균 SLEDAI 반응률(%)은 66.3%이고, 플라세보 피험체(n = 22)에 대한 평균 SLEDAI 반응률(%)은 33.9%였다. 도 B는 스크리닝시 양성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 시팔리무맙으로 처리된 경우, 투여 후 28-210일째 기준선 진단 지표 점수의 중앙값 감소는 < 50%였고, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 23)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 48.0%이고, 플라세보 피험체(n = 22)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 33.9%였다.
D. 복합 반응 및 지표에서의 양의 상관관계
도 6a 및 b에 나타낸 바와 같이, 피험체의 복합 반응은 양(+)인 4개의 유전자 지표 점수와 상관관계가 있다. 데이터는 시험 CP152로부터 얻었다. I형 IFN 지표를 스크리닝하여 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 피험체를 계층화한 후, 0일째부터 182째까지 매 2주마다 0.3, 1, 3, 또는 10 mg/kg의 용량으로 플라세보 또는 시팔리무맙에 IV로 노출시켰다. 복합 반응은 SLEDAI 감소(개선)가 ≥ 4 포인트 + 1 이상의 새로운 BILAG B 점수(중간 정도 이상인 발적에 대한 척도) + 3 인치 시각적 상사 척도 상에서의 의사의 전반적 평가에 있어 > 0.3 인치인 비악화인 것으로 나타났다. 검은색 사각형 표시/실선은 시팔리무맙에 노출된 피험체를 나타내고, 흰색 사각형 표시/점선은 플라세보 환자를 나타낸다. 182-210일째의 짧은 선은 단지 182-210일의 평균값이며, 어떤 기호 표시없이 실선으로만 표시된 것은 시팔리무맙 피험체에 대한 평균값을 나타내고, 어떤 기호 표시없이 점선으로만 표시된 것은 플라세보 피험체에 대한 평균값을 나타낸다. 플라세보 또는 시팔리무맙을 1회 이상 투여받고, 기준선에서의 SLEDAI 점수가 ≥6인 피험체가 포함되었다. 196일째 또는 그 이전에 질환 활성의 증가를 위해 프로토콜에서 허용되는 수준보다 더 큰 수준으로 구조 코르티코스테로이드를 필요로 한 피험체는 본 분석에서 비반응자로 간주하였다. 도 6a는 스크리닝시 양성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 88)에 대한 평균 복합 반응률(%)은 46.4%이고, 플라세보 피험체(n = 29)에 대한 평균 복합 반응률(%)은 36.1%였다. 도 6b는 스크리닝시 음성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 28)에 대한 평균 복합 반응은 19.1%이고, 플라세보 피험체(n = 9)에 대한 평균 복합 반응은 14.8%였다.
E. SLEDAI 곡선하면적 - 기준선에서의 양의 상관관계
도 7a 및 b에 나타낸 바와 같이, SLEDAI 곡선하면적 - 기준선의 감소는 양(+)인 4개의 유전자 지표 점수와 상관관계가 있다. 데이터는 시험 CP152로부터 얻었다. I형 IFN 지표를 스크리닝하여 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 피험체를 계층화한 후, 0일째부터 182째까지 매 2주마다 0.3, 1, 3, 또는 10 mg/kg의 용량으로 플라세보 또는 시팔리무맙에 IV로 노출시켰다. SLEDAI 점수에 대한 곡선하면적 - 기준선(질환 활성의 척도)를 나타내는데, 음(-)의 값이 클수록 질환 활성 감소가 크다는 것을 나타낸다. 검은색 사각형 표시/실선은 시팔리무맙에 노출된 피험체를 나타내고, 흰색 사각형 표시/점선은 플라세보 환자를 나타낸다. 182-210일째의 짧은 선은 단지 182-210일의 평균값이며, 어떤 기호 표시없이 실선으로만 표시된 것은 시팔리무맙 피험체에 대한 평균값을 나타내고, 어떤 기호 표시없이 점선으로만 표시된 것은 플라세보 피험체에 대한 평균값을 나타낸다. 플라세보 또는 시팔리무맙을 1회 이상 투여받은 피험체가 포함되었다. 도 7a는 스크리닝시 양성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 92)에 대한 평균 SLEDAI 곡선하면적 - 기준선은 -2.34이고, 플라세보 피험체(n = 30)에 대한 평균 SLEDAI 곡선하면적 - 기준선은 -1.14였다. 도 7b는 스크리닝시 음성 진단 테스트를 받은 피험체를 포함하는데, 182-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 29)에 대한 평균 SLEDAI 곡선하면적 - 기준선은 -0.46이고, 플라세보 피험체(n = 10)에 대한 평균 복합 반응은 -0.88이었다.
F. 기준선으로부터의 SLEDAI 변화 및 지표에서의 양의 상관관계
도 8a 및 b에 나타낸 바와 같이, 기준선으로부터의 SLEDAI의 감소는 양(+)인 4개의 유전자 지표 점수와 상관관계가 있다. 데이터는 시험 CP152로부터 얻었다. I형 IFN 지표를 스크리닝하여 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 피험체를 계층화한 후, 0일째부터 182째까지 매 2주마다 0.3, 1, 3, 또는 10 mg/kg의 용량으로 플라세보 또는 시팔리무맙에 IV로 노출시켰다. 기준선에서의 SLEDAI 점수가 ≥6인 피험체에서 SLEDAI 반응은 SLEDAI 감소(질환 활성의 개선)가 ≥ 4 포인트인 것으로 나타났다. 검은색 사각형 표시/실선은 시팔리무맙에 노출된 피험체를 나타내고, 흰색 사각형 표시/점선은 플라세보 환자를 나타낸다. 168-210일째의 짧은 선은 단지 168-210일의 평균값이며, 어떤 기호 표시없이 실선으로만 표시된 것은 시팔리무맙 피험체에 대한 평균값을 나타내고, 어떤 기호 표시없이 점선으로만 표시된 것은 플라세보 피험체에 대한 평균값을 나타낸다. 피험체는 플라세보 또는 시팔리무맙을 1회 이상 투여받았다. 196일째 또는 그 이전에 질환 활성의 증가를 위해 프로토콜에서 허용되는 수준보다 더 큰 수준으로 구조 코르티코스테로이드를 필요로 한 피험체는 본 분석에서 비반응자로 간주하였다. 기준선에서 양성 진단 테스트를 받고, 투여 후 28-210일째 I형 IFN 지표의 중앙값 감소가 ≥50인 피험체를 나타낸다. 도 8a는 1 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 10)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 53%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 7)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 21%였다. 도 8b는 3 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 6)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 63%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 6)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 33%였다.
G. 지표 억제, SLEDAI 반응, 및 용량
도 9a-c. 데이터는 시험 CP152로부터 얻었다. I형 IFN 지표를 스크리닝하여 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 피험체를 계층화한 후, 0일째부터 182째까지 매 2주마다 0.3, 1, 3, 또는 10 mg/kg의 용량으로 플라세보 또는 시팔리무맙에 IV로 노출시켰다. 기준선에서의 SLEDAI 점수가 ≥6인 피험체에서 SLEDAI 반응은 SLEDAI 감소(질환 활성의 개선)가 ≥ 4 포인트인 것으로 나타났다. 검은색 사각형 표시/실선은 시팔리무맙에 노출된 피험체를 나타내고, 흰색 사각형 표시/점선은 플라세보 환자를 나타낸다. 168-210일째의 짧은 선은 단지 168-210일의 평균값이며, 어떤 기호 표시없이 실선으로만 표시된 것은 시팔리무맙 피험체에 대한 평균값을 나타내고, 어떤 기호 표시없이 점선으로만 표시된 것은 플라세보 피험체에 대한 평균값을 나타낸다. 피험체는 플라세보 또는 시팔리무맙을 1회 이상 투여받았다. 196일째 또는 그 이전에 질환 활성의 증가를 위해 프로토콜에서 허용되는 수준보다 더 큰 수준으로 구조 코르티코스테로이드를 필요로 한 피험체는 본 분석에서 비반응자로 간주하였다. 기준선에서 양성 진단 테스트를 받고, 투여 후 28-210일째 I형 IFN 지표의 중앙값 감소가 ≥50인 피험체를 나타낸다. 도 9a는 1 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 10)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 53%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 7)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 21%였다. 도 9b는 3 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 6)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 63%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 6)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 33%였다. 도 9c는 10 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 9)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 75%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 9)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 45%였다.
데이터는 시험 CP152로부터 얻었다. I형 IFN 지표를 스크리닝하여 중간 정도 내지 중증으로 활성인 SLE를 앓는 피험체를 계층화한 후, 0일째부터 182째까지 매 2주마다 0.3, 1, 3, 또는 10 mg/kg의 용량으로 플라세보 또는 시팔리무맙에 IV로 노출시켰다. 기준선에서의 SLEDAI 점수가 ≥6인 피험체에서 SLEDAI 반응은 SLEDAI 감소(질환 활성의 개선)가 ≥ 4 포인트인 것으로 나타났다. 검은색 사각형 표시/실선은 시팔리무맙에 노출된 피험체를 나타내고, 흰색 사각형 표시/점선은 플라세보 환자를 나타낸다. 168-210일째의 짧은 선은 단지 168-210일의 평균값이며, 어떤 기호 표시없이 실선으로만 표시된 것은 시팔리무맙 피험체에 대한 평균값을 나타내고, 어떤 기호 표시없이 점선으로만 표시된 것은 플라세보 피험체에 대한 평균값을 나타낸다. 피험체는 플라세보 또는 시팔리무맙을 1회 이상 투여받았다. 196일째 또는 그 이전에 질환 활성의 증가를 위해 프로토콜에서 허용되는 수준보다 더 큰 수준으로 구조 코르티코스테로이드를 필요로 한 피험체는 본 분석에서 비반응자로 간주하였다. 기준선에서 양성 진단 테스트를 받고, 투여 후 28-210일째 I형 IFN 지표의 중앙값 감소가 ≥50인 피험체를 나타낸다. 도 10a는 1 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 9)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 37%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 7)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 21%였다. 도 10b는 3 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 12)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 42%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 6)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 33%였다. 도 10c는 10 mg/kg의 시팔리무맙을 IV로 받은 피험체를 포함하는데, 168-210일째 시팔리무맙 피험체(n = 15)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 45%이고, 같은 코호트로부터의 플라세보 피험체(n = 9)에 대한 평균 SLEDAI 반응은 45%였다.
H. 건강한 기증자와의 비교로 나타낸 변화 배수에 대한 상대적인 Δ Ct
초기 연구에서, 본 발명자들은 각 SLE 환자에 대한 참조로서 24명의 정상의 건강한 기증자의 풀을 사용하여 변화 배수를 계산하였다. 그러나, 본 발명자들은 이러한 참조가 일부 교란 문제를 초래할 수 있으며, 구체적으로는 1) 이는 잠재적으로 본 분석에 변동을 도입할 수 있고, 2) 역학적 범위가 동일한 인공의 참조를 제조한다는 것은 부담이 되는 작업이라는 것을 발견하게 되었다.
본 발명자들은 상기와 같은 정상의 참조에 대한 필요성을 평가하는 분석을 수행하였고, ΔCt 값을 변화 배수 값과 비교하였을 때, (로그2로 변환된) 둘 사이에는 99% 초과의 상관관계가 있음을 발견하게 되었다. 따라서, SLE 환자 시료로부터의 하우스키핑 유전자와 함께 ΔCt 값을 참조로서 사용할 수 있으며, 건강한 기증자를 측정하거나, 그와 비교할 필요는 없다. 이러한 접근법은, 진단 테스트의 1차 결과가 정량적 점수인 것과는 반대로, 양성 또는 음성인 정질적 결과일 경우에 증진될 수 있다. 본 발명자들의 결과를 통해 변화 배수 척도로 컷오프가 ≥4인 것은 ΔCt 척도로 컷오프가 ≥7.6인 것으로 해석된다고 밝혀졌다.
XI . 실시예 3. 피부근염 및 다발근염에서 혈액 중 1형 인터페론- 및 다른 시토카인 유도성 유전자 발현과 질환 활성 사이의 관계
A. 배경
1형 IFN 유도성 유전자의 주변부 과발현을 보이는 환자의 유병률을 확인하기 위한 초기 연구에서 애피메트릭스 인간 게놈 U133 플러스 2.0 진칩®을 사용하여 DM 또는 PM을 앓는 42명의 환자의 말초 혈액에 대해 유전자 발현 프로파일링을 수행하였다. 이어서, DM 및 PM에 대한 잠재적인 치료학적 표적으로서 1형 IFN에 대한 추가의 과학적 식견을 얻기 위해 DM 또는 PM을 앓는 24명의 환자를 전향적 방식으로 등록시키고, 표준 임상 관리를 제공하면서 최대 6년 (평균 1.9년) 동안 후속 처리하였다.
B. 방법
150회의 환자 방문 전체에 걸쳐 질환 활성에 대한 MITAX(근염 치료 의도 활성 지수: Myositis Intention to Treat Activity Index)의 점수화를 비롯한 임상 과정을 평가하였다. 상기 지수는 의사가 사용하는 6개의 기관 또는 계통에 기초하는데, 각 기관 또는 계통에 대해 환자(남성/여성)는 다용량의 스테로이드 및/또는 면역억제 약물로 치료받을 것이다. 80회째의 환자 방문시 수집된 말초 혈액 시료는 1형 IFN, TNFα, IL-1β, GM-CSF, IL-10, 및 IL-13 신호 전달 경로를 위한 시토카인 유도성 유전자 발현의 마이크로어레이 분석을 위해 사용하였다.
C. 결과
42명의 DM 및 PM 환자 중 35명(87%)에서 말초 혈액 중 1형 IFN 유도성 유전자의 과발현이 중간 정도로/강하게 나타났다. 치료 진행 과정 동안 수행된 종단 연구에서, 24명의 환자 중 21명이 말초 혈액 중 1형 IFN 유도성 유전자의 과발현을 나타내었다. 구체적으로, 치료 동안 IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2 및 1형 IFN 유도성의 13개의 유전자 복합 지표(IFI27, RSAD2, IFI44L, ISG15, OAS3, HERC5, MX1, ESPTI1, IFIT3, IFI44, OAS1, IFIT1, 및 IFI6)의 과발현이 질환 활성과 고도한 상관관계가 있었다. 3명의 환자의 경우, 치료 동안 질환 재발이 일어나기 대략 1개월 전에 1형 IFN 유도성 유전자 과발현이 일어났다. TNFα, IL-1β, GM-CSF, IL-10, 및 IL-13 유도성 유전자 지표는 또한 DM 및 PM 환자에서 과발현은 되었지만, 질환 활성과는 어떤 상관관계도 없었다.
주변부에서 1형 IFN 유도성 유전자가 과발현되는 DM 및 PM 환자 집단에서 1형 IFN을 표적하는 것이 임상적으로 도움이 될 수 있다. 말초 혈액 중 1형 IFN 유도성 유전자의 과발현은 상기 환자용의 항1형 IFN 요법 개발을 위한 약력학적 예측 바이오마커로서 사용하기 위한 것으로서 추가로 연구할 가치가 있다. 구체적으로, SLE를 통해 얻은 상기 기술된 결과는 4개의 유전자 진단을 통해 항인터페론 알파 요법에 반응할 가능성이 있는 DM 및 PM 환자를 확인할 수 있게 된다는 것을 시사한다.
XII . 실시예 4: SLE , DM , PM , SSc , 및 RA 를 앓는 환자로부터 얻은 전혈 중 1형 IFN 유도성 유전자의 과발현 존재 및 그 크기를 평가하기 위한 4개 또는 5개의 유전자 지표의 용도
A. 배경
본 발명자들은 전신 홍반 루푸스(SLE), 피부근염(DM), 다발근염(PM), 류마티스 관절염(RA: rheumatoid arthritis), 및 전신 피부경화증(SSc: systemic scleroderma)을 앓는 피험체의 I형 인터페론(IFN) 경로의 활성화에 있어 어떤 공통점이 존재하는지 여부를 확인하기 위한 연구에 착수하였다.
본 발명자들은 262명의 SLE, 44명의 DM, 33명의 PM, 38명의 SSc 및 89명의 RA 피험체의 전혈(WB: whole blood) 중 과발현된 전사체를 확인하였고, 애피메트릭스 U133 플러스 2.0 진칩®을 사용하여 발현에 대해 24명의 건강한 피험체의 것과 비교하였다. 5개의 유전자 I형 IFN 지표(IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, 및 SAD2)를 사용하여 각 피험체에 대해 개별적으로 전혈 중 I형 IFN 경로의 활성화를 평가하고, 16명의 SLE, 및 22명의 SSc 피험체로부터 얻은 병변성 피부, 37명의 DM 및 36명의 PM 피험체로부터 얻은 생검, 및 20명의 RA 피험체로부터 얻은 활막 조직 중에서의 I형 IFN 경로의 활성화도 평가하였다. 다른 시토카인 유전자 지표, 예를 들어, TNFα, IL1β, IL-10, IL-13, IL-17, 및 GM-CSF 또한 이들 피험체의 WB 중 경로의 활성화에 대해 평가하였다. 추가로, I형 IFN 유도성 및 비I형 IFN 유도성 전사체, 둘 모두의 발현 프로파일을 사용하는 클러스터링 방법을 통해 질환을 앓는 피험체 및 건강한 피험체의 분자 분류를 수행하였다.
피험체에서 I형 IFN 경로의 활성화를 평가하는 데 사용된 상기 5개의 유전자 패널은 문헌 [Yao et al, 2009]에 기술된 바와 같이, DM, PM, 및 SLE를 앓는 피험체에서 항IFNα mAb의 약력학적 성질을 측정하는 데 사용된 21개의 I형 IFN 유도성 유전자 세트로부터 확인하였다. 정상의 건강한 기증자와 비교하여 SLE, DM, PM, SSc, RA, 및 쇼그렌 질환을 앓는 피험체에서 상기 21개의 유전자 중 5개의 유전자가 가장 크게 과발현하는 것으로 밝혀졌다(표 3a-3g). 하기 표 3a-3g에는 유전자가 (각 개별 질환내) 21개의 유전자의 각 블록에 대해 내림차순으로 분류되어 있으며, 21개의 유전자 중 5개의 유전자의 순위가 제시되어 있다.
[표 3a]
Figure pct00011
[표 3b]
Figure pct00012
[표 3c]
Figure pct00013
[표 3d]
Figure pct00014
[표 3e]
Figure pct00015
[표 3f]
Figure pct00016
[표 3g]
Figure pct00017
본 발명자들은, WB 중 I형 IFN 경로의 활성화에 대해 양성인 SLE, DM, PM, SSc, 및 RA 피험체의 비율이 SLE의 경우, 72%, DM의 경우, 66%, PM의 경우, 61%, SSc의 경우, 50%, 및 PA의 경우, 33%라는 것을 발견하게 되었다. 포함된 조직 및 WB 둘 모두에서의 I형 IFN 유도성 전사체의 과발현은 일치하는 것으로 관찰되었다.
이러한 연구로부터, SLE, DM, PM, SSc, 및 RA 피험체 집단에서 I형 IFN 경로의 활성화는 일치하는 것으로 관찰되었다. PM 및 RA 피험체의 하위군 또한 TNFα 경로의 활성화를 나타내었고, SSc 피험체의 하위군은 IL-17 경로에서 강한 활성화를 나타내었다. 피험체의 WB 중 가장 크게 과발현되는 전사체 중 36개의 I형 IFN 유도성 전사체로 구성된 공통 세트가 존재하였다. 따라서, 본 연구를 통해 고전적 SLE, DM, PM, SSc, 및 RA 명명법을 제시하는 것 이외에도, 상이한 질환 소견을 갖는 피험체들 모두를 분자적 특징에 의해 분류할 수 있다는 것이 밝혀졌다.
B. 결과
개별 SLE, DM, PM, SSc 및 RA 피험체, 및 건강한 피험체의 WB 중 5개의 I형 IFN 유도성 유전자를 사용하여 계산된 I형 IFN 유도성 유전자 지표의 점수가 도 11a에 제시되어 있다. 다중 유전자의 상대적인 발현에 대한 복합 점수를 통해 경로 활성에 대해 신뢰할 수 있는 측정값을 얻을 수 있다. 복합 점수가 4보다 큰 환자는 I형 IFN 유도성 유전자 지표가 양성인 것으로 간주하였다. 5개의 유전자 패널을 사용한 I형 IFN 유전자 지표 양성/음성 상태에 대한 역치는 건강한 정상 기증자로부터 얻은 지표 값의 분포를 이용함으로써 결정되었다. 이들 정상의 건강한 기증자 24명에 대한 시료 크기가 보통 규모이기 때문에, 본 발명자들은 지표 상태 역치에 대해 추정치를 적게 잡았다. 정상의 건강한 기증자의 I형 IFN 유전자 지표 값에 대한 최대값은 3이었다. 컷오프 4를 통해 일반 집단과 보다 잘 정렬될 가능성이 있는 추가 변동을 허용하였다. 이들 피험체의 WB 중 I형 IFN 유도성 유전자 지표에 대한 점수는 건강한 피험체의 점수와 비교하였을 때 유의적이었다(건강한 정상 피험체, SLE, DM, PM, RA 및 SSc 피험체의 중앙값 점수는 각각 1.1, 34.5, 12.4, 5.3, 2.3, 및 4.3이고, p 값은 SLE, DM, PM, RA, 및 SSc 피험체에 대해 각각 7.8x10-47, 7.5x10-7, 6.6x10-4, 4.7x10-5, 및 5.2x10-4였다).
자가면역 질환의 경우, 5개의 I형 IFN 지표 점수를 사용하여 I형 IFN 경로의 활성화에 대해 "지표 양성"인 것으로 점수화된 피험체의 비율(%)을 구하였다(표 4). 각 자가면역 질환 중 1형 IFN 경로의 활성화에 대해 지표 양성인 환자는 73% SLE, 66% DM, 61% PM, 및 50% SSc, 33% RA였다. 양성 지표(또는 음성 지표)를 갖는 유사한 피험체를 확인하는 상기 방법을 통해 이들 자가면역 질환의 구체적인 하위군에 강력한 I형 IFN 유전자 과발현이 존재함을 제안한다.
[표 4]
Figure pct00018
본 발명자들은 또한 질환 조직(SLE 및 SSc 피험체의 병변성 피부, DM 및 PM 피험체의 근육 표본, 및 RA 피험체의 활막 조직)에서 I형 IFN 유도성 유전자의 과발현에 대해 평가하였다. 본 발명자들은 피부 및 근육의 특징을 이루는 세포 중 잠재적인 I형 IFN 유도성 전사체를 확인하기 위해 1차 인간 각질세포/섬유아세포 모델 및 근아세포 근육 세포주(SkMC)를 IFNα 또는 IFNβ로 시험관내에서 자극시키는 것을 사용하였다. 정주 피부 세포 또는 근육 세포주에서의 I형 IFN에 의해 유도된 전사체 대부분 또한 WB 중에서도 유도가능하였다(피부 데이터는 [Yao Y, Jallal J, et al., Type I IFN as a potential therapeutic target for psoriasis. PLoS ONE 2008; 3(7): e2737. doi: 10.1371/journal.pone.0002737.]에 기술되어 있다). 하기 시료 크기, 16명의 SLE, 37명의 DM, 36명의 PM, 22명의 SSc, 및 20명의 RA 피험체 중 평가된 SLE, SSc, DM, PM, 및 RA 피험체의 큰 서브세트의 질환 부위에서 I형 IFN 유도성 유전자가 고도로 과발현된 것이 관찰되었다(SLE, SSc, DM, 및 PM 피험체에 대한 각각의 p값 <0.01; 중앙값 5개의 유전자 I형 IFN 지표 점수는 정상의 건강한 기증자, SLE 및 SSc 피험체의 피부에서 0.8, 13.6, 4.5이고; 정상의 건강한 기증자, DM 및 PM 피험체의 근육 표본에서 0.9, 15.3, 및 5이고; 정상의 건강한 기증자 및 RA 피험체의 활막 조직에서 1.0 및 7.1이었다(RA 비교의 경우, 정상 대조군 시료 크기가 평가하기에는 너무 작았다); 도 11b).
매치된 WB 및 질환 조직 표본에서 양성 I형 IFN 유도성 유전자 지표(5개의 유전자 지표 사용)를 갖는 환자들 간의 분석에서, 16명의 SLE 피험체 중 13명은 WB 및 병변성 피부에서 유사한 I형 IFN 유도성 유전자 지표 점수를 보였다(P<0.05, 피셔(Fisher)의 정확 검정법 사용). WB 및 근육 표본이 쌍을 이룬 10명의 DM 및 9명의 PM 피험체의 경우, 2개의 DM 근육 표본, 1개의 PM 근육 및 1개의 PM WB 표본(같은 환자로부터 얻은 것)은 I형 IFN 유도성 유전자 지표에 대해 음성을 띠었다. WB 및 피부 표본이 쌍을 이룬 10명의 SSc 피험체의 경우, 7명의 피험체가 유사한 I형 IFN 유도성 유전자 지표 점수를 나타내었다. 이러한 관찰 결과는 SLE, DM, PM, 및 SSc 피험체의 WB 및 질환 조직에서 I형 IFN 유도성 유전자의 발현은 일치하는 경향이 강하다는 것을 나타낸다.
추가 분석에서, 본 발명자들은 4개의 유전자 지표(IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2)를 연구였고, SLE, DM, PM, 및 SSc 피험체의 WB 및 질환 조직에서 4개의 유전자 I형 IFN 유도성 유전자의 발현은 일치하는 경향이 강한 것으로 확인되었다. 도 12a 및 b를 참조한다.
SEQUENCE LISTING <110> MEDIMMUNE, LLC <120> INTERFERON DIAGNOSTIC <130> MED0217.PCT4 <140> <141> <150> 61/239,630 <151> 2009-09-03 <160> 35 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 1 gctaccacat ccaaggaagg 20 <210> 2 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 2 cgcaaattac ccactcccga ccc 23 <210> 3 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 3 gcctcgaaag agtcctgtat tg 22 <210> 4 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 4 acagagcctc gcctttg 17 <210> 5 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 5 agctggcggc gggtgtgg 18 <210> 6 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description 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tatgctttgg ttcaatagtt atccacattc tgacagtcta 2820 atttagtttt aatcagaatt atactcatct tttgggtagt catagatatt aagaaagcaa 2880 gagtttctta tgtccagtta tggaatattt cctaaagcaa ggctgcaggt gaagttgtgc 2940 tcaagtgaat gttcaggaga cacaattcag tggaagaaat taagtcttta aaaaagacct 3000 aggaatagga gaaccatgga aattgaggag gtaggcctac aagtagatat tgggaacaaa 3060 attagagagg caaccagaaa aagttatttt aggctcacca gagttgttct tattgcacag 3120 taacacacca atataccaaa acagcaggta ttgcagtaga gaaagagttt aataattgaa 3180 tggcagaaaa atgaggaagg ttgaggaaac ctcaaatcta cctccctgct gagtctaagt 3240 ttaggatttt taagagaaag gcaggtaagg tgctgaaggt ctggagctgc tgatttgttg 3300 gggtataggg aatgaaatga aacatacaga gatgaaaact ggaagttttt ttttgtttgt 3360 tttgtttttt ttttgttgtt gttttttttt ttttttgttt ttttgctgag tcaattcctt 3420 ggagggggtc ttcagactga ctggtgtcag cagacccatg ggattccaag atctggaaaa 3480 ctttttagat agaaacttga tgtttcttaa cgttacatat attatcttat agaaataact 3540 aagggaagtt agtgccttgt gaccacatct atgtgacttt taggcagtaa gaaactataa 3600 ggaaaggagc taacagtcat gctgtaagta gctacaggga attggcttaa agggcaagtt 3660 ggttagtact tagctgtgtt tttattcaaa gtctacattt tatgtagtgg ttaatgtttg 3720 ctgttcatta ggatggtttc acagttacca tacaaatgta gaagcaacag gtccaaaaag 3780 tagggcatga ttttctccat gtaatccagg gagaaaacaa gccatgacca ttgttggttg 3840 ggagactgaa ggtgattgaa ggttcaccat catcctcacc aacttttggg ccataattca 3900 cccaaccctt tggtggagcc tgaaaaaaat ctgggcagaa tgtaggactt ctttattttg 3960 tttaaagggg taacacagag tgcccttatg aaggagttgg agatcctgca aggaagagaa 4020 ggagtgaagg agagatcaag agagagaaac aatgaggaac atttcatttg acccaacatc 4080 ctttaggagc ataaatgttg acactaagtt atcccttttg tgctaaaatg gacagtattg 4140 gcaaaatgat accacaactt cttattctct ggctctatat tgctttggaa acacttaaac 4200 atcaaatgga gttaaataca tatttgaaat ttaggttagg aaatattggt gaggaggcct 4260 caaaaagggg gaaacatctt ttgtctggga ggatattttc cattttgtgg atttccctga 4320 tctttttcta ccaccctgag gggtggtggg aattatcatt ttgctacatt ttagaggtca 4380 tccaggattt ttgaaacttt acattcttta cggttaagca agatgtacag ctcagtcaaa 4440 gacactaaat tcttcttaga aaaatagtgc taaggagtat agcagatgac ctatatgtgt 4500 gttggctggg agaatatcat cttaaagtga gagtgatgtt gtggagacag ttgaaatgtc 4560 aatgctagag cctctgtggt gtgaatgggc acgttaggtt gttgcattag aaagtgactg 4620 tttctgacag aaatttgtag ctttgtgcaa actcacccac catctacctc aataaaatat 4680 agagaaaaga aaaatagagc agtttgagtt ctatgaggta tgcaggccca gagagacata 4740 agtatgttcc tttagtcttg cttcctgtgt gccacactgc ccctccacaa ccatagctgg 4800 gggcaattgt ttaaagtcat tttgttcccg actagctgcc ttgcacatta tcttcatttt 4860 cctggaattt gatacagaga gcaatttata gccaattgat agcttatgct gtttcaatgt 4920 aaattcgtgg taaataactt aggaactgcc tcttcttttt ctttgaaaac ctacttataa 4980 ctgttgctaa taagaatgtg tattgttcag gacaacttgt ctccatacag ttgggttgta 5040 accctcatgc ttggcccaaa taaactctct acttatatca gtttttccta cacttcttcc 5100 ttttaggtca acaataccaa gaggggttac tgtgctgggt aatgtgtaaa cttgtgtctt 5160 gtttagaaag ataaatttaa agactatcac attgcttttt cataaaacaa gacaggtcta 5220 caattaattt attttgacgc aaattgatag gggggccaag taagccccat atgcttaatg 5280 atcagctgat gaataatcat ctcctagcaa cataactcaa tctaatgcta aggtacccac 5340 aagatggcaa ggctgatcaa agtcgtcatg gaatcctgca accaaaagcc atgggaattt 5400 ggaagccctc aaatcccatt cctaatctga tgagtctatg gaccaatttg tggaggacag 5460 tagattaaat agatctgatt tttgccatca atgtaaggag gataaaaact tgcataccaa 5520 ttgtacaccc ttgcaaaatc tttctctgat gttggagaaa atgggccagt gagatcatgg 5580 atatagaagt acagtcaatg ttcagctgta ccctcccaca atcccacttc cttcctcaac 5640 acaattcaaa caaatagact cagactgttt caggctccag gacaggaagt gcagtgtagg 5700 caaaattgca aaaattgagg gcacaggggt ggaggtgggg gggttgaata acaagctgtg 5760 ctaaataatt acgtgtaaat atattttttc atttttaaaa attgatttct tttgcacatt 5820 ccatgacaat atatgtcaca tttttaaaat aaatgcaaag aagcatacat ccaaaaaaaa 5880 aaaaaaaaa 5889 <210> 29 <211> 836 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 29 ccagccttca gccggagaac cgtttactcg ctgctgtgcc catctatcag caggctccgg 60 gctgaagatt gcttctcttc tctcctccaa ggtctagtga cggagcccgc gcgcggcgcc 120 accatgcggc agaaggcggt atcgcttttc ttgtgctacc tgctgctctt cacttgcagt 180 ggggtggagg caggtaagaa aaagtgctcg gagagctcgg acagcggctc cgggttctgg 240 aaggccctga ccttcatggc cgtcggagga ggactcgcag tcgccgggct gcccgcgctg 300 ggcttcaccg gcgccggcat cgcggccaac tcggtggctg cctcgctgat gagctggtct 360 gcgatcctga atgggggcgg cgtgcccgcc ggggggctag tggccacgct gcagagcctc 420 ggggctggtg gcagcagcgt cgtcataggt aatattggtg ccctgatggg ctacgccacc 480 cacaagtatc tcgatagtga ggaggatgag gagtagccag cagctcccag aacctcttct 540 tccttcttgg cctaactctt ccagttagga tctagaactt tgcctttttt tttttttttt 600 tttttttgag atgggttctc actatattgt ccaggctaga gtgcagtggc tattcacaga 660 tgcgaacata gtacactgca gcctccaact cctagcctca agtgatcctc ctgtctcaac 720 ctcccaagta ggattacaag catgcgccga cgatgcccag aatccagaac tttgtctatc 780 actctcccca acaacctaga tgtgaaaaca gaataaactt cacccagaaa acactt 836 <210> 30 <211> 848 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 30 ccagccttca gccggagaac cgtttactcg ctgctgtgcc catctatcag caggctccgg 60 gctgaagatt gcttctcttc tctcctccaa ggtctagtga cggagcccgc gcgcggcgcc 120 accatgcggc agaaggcggt atcgcttttc ttgtgctacc tgctgctctt cacttgcagt 180 ggggtggagg caggtgagaa tgcgggtaag aaaaagtgct cggagagctc ggacagcggc 240 tccgggttct ggaaggccct gaccttcatg gccgtcggag gaggactcgc agtcgccggg 300 ctgcccgcgc tgggcttcac cggcgccggc atcgcggcca actcggtggc tgcctcgctg 360 atgagctggt ctgcgatcct gaatgggggc ggcgtgcccg ccggggggct agtggccacg 420 ctgcagagcc tcggggctgg tggcagcagc gtcgtcatag gtaatattgg tgccctgatg 480 ggctacgcca cccacaagta tctcgatagt gaggaggatg aggagtagcc agcagctccc 540 agaacctctt cttccttctt ggcctaactc ttccagttag gatctagaac tttgcctttt 600 tttttttttt tttttttttg agatgggttc tcactatatt gtccaggcta gagtgcagtg 660 gctattcaca gatgcgaaca tagtacactg cagcctccaa ctcctagcct caagtgatcc 720 tcctgtctca acctcccaag taggattaca agcatgcgcc gacgatgccc agaatccaga 780 actttgtcta tcactctccc caacaaccta gatgtgaaaa cagaataaac ttcacccaga 840 aaacactt 848 <210> 31 <211> 860 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 31 ccagccttca gccggagaac cgtttactcg ctgctgtgcc catctatcag caggctccgg 60 gctgaagatt gcttctcttc tctcctccaa ggtctagtga cggagcccgc gcgcggcgcc 120 accatgcggc agaaggcggt atcgcttttc ttgtgctacc tgctgctctt cacttgcagt 180 ggggtggagg caggtgagaa tgcgggtaag gatgcaggta agaaaaagtg ctcggagagc 240 tcggacagcg gctccgggtt ctggaaggcc ctgaccttca tggccgtcgg aggaggactc 300 gcagtcgccg ggctgcccgc gctgggcttc accggcgccg gcatcgcggc caactcggtg 360 gctgcctcgc tgatgagctg gtctgcgatc ctgaatgggg gcggcgtgcc cgccgggggg 420 ctagtggcca cgctgcagag cctcggggct ggtggcagca gcgtcgtcat aggtaatatt 480 ggtgccctga tgggctacgc cacccacaag tatctcgata gtgaggagga tgaggagtag 540 ccagcagctc ccagaacctc ttcttccttc ttggcctaac tcttccagtt aggatctaga 600 actttgcctt tttttttttt tttttttttt tgagatgggt tctcactata ttgtccaggc 660 tagagtgcag tggctattca cagatgcgaa catagtacac tgcagcctcc aactcctagc 720 ctcaagtgat cctcctgtct caacctccca agtaggatta caagcatgcg ccgacgatgc 780 ccagaatcca gaactttgtc tatcactctc cccaacaacc tagatgtgaa aacagaataa 840 acttcaccca gaaaacactt 860 <210> 32 <211> 3512 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 32 aactcagctg agtgttagtc aaagaaggtg tgtcctgctc cccaatgaca ggttgctcag 60 agactgctga tttccatccc tatataaaga gagtccctgg catacagaga ctgctctgct 120 ccaggcatct gccacaatgt gggtgcttac acctgctgct tttgctggga agctcttgag 180 tgtgttcagg caacctctga gctctctgtg gaggagcctg gtcccgctgt tctgctggct 240 gagggcaacc ttctggctgc tagctaccaa gaggagaaag cagcagctgg tcctgagagg 300 gccagatgag accaaagagg aggaagagga ccctcctctg cccaccaccc caaccagcgt 360 caactatcac ttcactcgcc agtgcaacta caaatgcggc ttctgtttcc acacagccaa 420 aacatccttt gtgctgcccc ttgaggaagc aaagagagga ttgcttttgc ttaaggaagc 480 tggtatggag aagatcaact tttcaggtgg agagccattt cttcaagacc ggggagaata 540 cctgggcaag ttggtgaggt tctgcaaagt agagttgcgg ctgcccagcg tgagcatcgt 600 gagcaatgga agcctgatcc gggagaggtg gttccagaat tatggtgagt atttggacat 660 tctcgctatc tcctgtgaca gctttgacga ggaagtcaat gtccttattg gccgtggcca 720 aggaaagaag aaccatgtgg aaaaccttca aaagctgagg aggtggtgta gggattatag 780 agtcgctttc aagataaatt ctgtcattaa tcgtttcaac gtggaagagg acatgacgga 840 acagatcaaa gcactaaacc ctgtccgctg gaaagtgttc cagtgcctct taattgaggg 900 tgagaattgt ggagaagatg ctctaagaga agcagaaaga tttgttattg gtgatgaaga 960 atttgaaaga ttcttggagc gccacaaaga agtgtcctgc ttggtgcctg aatctaacca 1020 gaagatgaaa gactcctacc ttattctgga tgaatatatg cgctttctga actgtagaaa 1080 gggacggaag gacccttcca agtccatcct ggatgttggt gtagaagaag ctataaaatt 1140 cagtggattt gatgaaaaga tgtttctgaa gcgaggagga aaatacatat ggagtaaggc 1200 tgatctgaag ctggattggt agagcggaaa gtggaacgag acttcaacac accagtggga 1260 aaactcctag agtaactgcc attgtctgca atactatccc gttggtattt cccagtggct 1320 gaaaacctga ttttctgctg cacgtggcat ctgattacct gtggtcactg aacacacgaa 1380 taacttggat agcaaatcct gagacaatgg aaaaccatta actttacttc attggcttat 1440 aaccttgttg ttattgaaac agcacttctg tttttgagtt tgttttagct aaaaagaagg 1500 aatacacaca ggaataatga ccccaaaaat gcttagataa ggcccctata cacaggacct 1560 gacatttagc tcaatgatgc gtttgtaaga aataagctct agtgatatct gtgggggcaa 1620 aatttaattt ggatttgatt ttttaaaaca atgtttactg cgatttctat atttccattt 1680 tgaaactatt tcttgttcca ggtttgttca tttgacagag tcagtatttt ttgccaaata 1740 tccagataac cagttttcac atctgagaca ttacaaagta tctgcctcaa ttatttctgc 1800 tggttataat gctttttttt ttttgccttt atgccattgc agtcttgtac tttttactgt 1860 gatgtacaga aatagtcaac agatgtttcc aagaacatat gatatgataa tcctaccaat 1920 tttcaagaag tctctagaaa gagataacac atggaaagac ggtgtggtgc agcccagccc 1980 acggtggctg ttccatgaat gctggctacc tatgtgtgtg gtacctgttg tgtccctttc 2040 tcttcaaaga tcctgagcaa aacaaagata cgctttccat ttgatgatgg agttgacatg 2100 gaggcagtgc ttgcattgct ttgttcgcct atcatctggc cacatgaggc tgtcaagcaa 2160 aagaatagga gtgtagttga gtagctggtt ggccctacat ctctgagaag tgacggcaca 2220 ctgggttggc ataagatatc ctaaaatcac gctggaacct tgggcaagga agaatgtgag 2280 caagagtaga gagagtgcct ggatttcatg tcagtgaagc caagtcacca tatcatattt 2340 ttgaatgaac tctgagtcag ttgaaatagg gtaccatcta ggtcagttta agaagagtca 2400 gctcagagaa agcaagcata agggaaaatg tcacgtaaac tagatcaggg aacaaaatcc 2460 tctccttgtg gaaatatccc atgcagtttg ttgatacaac ttagtatctt attgcctaaa 2520 aaaaaatttc ttatcattgt ttcaaaaaag caaaatcatg gaaaattttt gttgtccagg 2580 caaataaaag gtcattttaa tttagctgca atttcagtgt tcctcactag gtggcattta 2640 aatgtcgcct gatgtcatta agcaccatcc aaaaagtctg cttcataatc tattttcaag 2700 acttggtgat tctgaaagtt ttggtttttg tgactttgtt tctcaggaaa aaaaatattc 2760 ctacttaaat tttaagtcta taattcaatt taaatatgtg tgtgtctcat ccaggatagg 2820 ataggttgtc ttctattttc cattttacct atttactttt tttgtaagaa aagagaaaaa 2880 tgaattctaa agatgttccc catgggtttt gattgtgtct aagctatgat gaccttcata 2940 taatcagcat aaacataaaa caaatttttt acttaacatg agtgcacttt actaatcctc 3000 atggcacagt ggctcacgcc tgtaatccca gcacttggga ggacaatgtg ggtggatcac 3060 gaggtcagga gttcgagaac agcctggcca acatggtgaa accccgtctc cactaaaaat 3120 acaaaaatta gccaggcatg gtggcgtaca cttgtaattc cagctactca agaggctgag 3180 gcaggaggat tgcttgaacc ctgaaggcag aggttacaga gccaagatag cgccactgca 3240 ctccagcctg gatgacagag caagactccg tctcaaaaaa aaaaaaaaaa aaaagcaaga 3300 gagttcaact aagaaaggtc acatatgtga aagcccaagg acactgtttg atatacagca 3360 ggtattcaat cagtgttatt tgaaaccaaa tctgaatttg aagtttgaat cttctgagtt 3420 ggaatgaatt tttttctagc tgagggaaac tgtatttttc tttccccaaa gaggaatgta 3480 atgtaaagtg aaataaaact ataagctatg tt 3512 <210> 33 <211> 526 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 33 gaattcggct ttggtgactc tagataacct cgggccgatc gcacgccccc cgtggcggcg 60 acgacccatt cgaacgtctg ccctatcaac tttcgatggt agtcgccgtg cctaccatgg 120 tgaccacggt gacggggaat cagggttcga ttccggagag ggagcctgag aaacggctcc 180 acatccaagg aaggcagcag gcgcgcaaat tacccactcc cgacccgggg aggtagtgac 240 gaaaaataac aatcaggact ctttcgaggc cctgtaattg gaatgagtcc actttaaatc 300 ctttacgagg atccattgga gggcaagtct ggtgccagca gccgcggtaa ttccagctcc 360 aatagcgtat attaaagttc tgcagttaaa aagctcgtag ttggatcttg ggagcgggcg 420 ggcggtccgc cggaggcgag ccaccgcccg tccccgcccc ttgcctctcg gcgccccctc 480 gatgctctta gctgagtgtc aaacagagga ttacccatgt aagctt 526 <210> 34 <211> 551 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 34 gaattcaccg ccgagaccgc gtccgccccg cgagcacaga gcctcgcctt tgccgatccg 60 ccgcccgtcc acacccgccg ccagctcacc atggatgatg atatcgccgc gctcgtcgtc 120 gacaacgctc cggcatgtgc aaggccggct tcgcgggcga cgatgccccc cgggccgttt 180 cccctccatc gtggggcgcc ccaggcacca gggcgtgatg gtgggcatgg gtcagaagga 240 ttcctatgtg ggcacgaggc ccagagcaag agaggcatcc tcaccctgaa gtaccccatc 300 gagcaggcat cgtcaccaac tgggacgaca tggagaaaat ctggcaccac accttctaca 360 atgagctgcg tgtggctccg aggagcaccc cgtgctgctg accgaggccc ccctgaaccc 420 caaggccaac cggagaagat gacccagatc atgtttgaga ccttcaacac cccagccatg 480 tacgttgcta tccaggctgt gctatcctgt acgcctctgg ccgtaaacat gaggattacc 540 catgtaagct t 551 <210> 35 <211> 684 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 35 gaattcaaat tgagcccgca gcctcccgct tcgctctctg ctcctcctgt tcgacagtca 60 gccgcatctt cttttgcgtc gccagccgag ccacatcgct cagacaccat ggggaaggtg 120 aaggtcgagt caacggattt ggtcgtattg ggcgcctggt caccagggct gcttttaacc 180 tggtaaagtg gatattgttg ccatcaatga ccccttcatt gacctcaact acatggttta 240 catgttccaa tatattccac ccatggcaaa ttccatggca ccgtcaaggc tgagaacggg 300 aagcttgtca tcaatggaaa tcccatcacc atcttccagg agcgagatcc ctccaaaatc 360 aagtggggcg atgctggcgc agtacgtcgt ggagtccact ggcgtcttca ccaccatgga 420 gaaggctggg gctcatttgc aggggggagc caaaagggtc atcatctctg ccccctctgc 480 tgatgccccc atgttcgtca tgggtggacc atgagaagta tgacaacagc ctcaagatca 540 tcagcaatgc ctcctgcacc accaactgct tagcacccct ggccaaggtc atccatgaca 600 actttggtat cgtggaagga ctcatgacca catcatgcca tcactgccac ccagaagaaa 660 catgaggatt acccatgtgg atcc 684

Claims (33)

  1. 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출하는 단계를 포함하는, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체를 확인하는 방법으로서, 약 4배 이상의 mRNA의 증가가 상기 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체임을 나타내는 것인 확인 방법.
  2. 제1항에 있어서, mRNA가 건강한 환자로부터 얻은 풀링된 시료에서의 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA에 비해 증가된 것인 확인 방법.
  3. 제1항에 있어서, mRNA 증가가 시료 중에 존재하는 하나 이상의 대조군 유전자의 mRNA에 비해 증가된 것인 확인 방법.
  4. 제3항에 있어서, 하나 이상의 대조군 유전자가 ACTB, GAPDH 및 18S rRNA로부터 선택되는 것인 확인 방법.
  5. 제1항에 있어서, IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2의 mRNA의 증가가 검출되는 것인 확인 방법.
  6. (내용 없음)
  7. 제5항에 있어서, 치료제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체부터 선택되는 것인 확인 방법.
  8. 제7항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 확인 방법.
  9. 제7항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 확인 방법.
  10. 제1항에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 단계가
    1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
    2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
    3) cDNA를, 서열 번호 25-32의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
    4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계
    를 포함하는 것인 확인 방법.
  11. 제10항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 13-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 확인 방법.
  12. 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출하는 단계를 포함하는, 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체를 확인하는 방법으로서,
    mRNA 증가를 하기 알고리즘:
    Figure pct00019

    에 따라 계산하고,
    여기서, 약 7.6의 ΔCtIFN이 상기 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체임을 나타내는 것인 확인 방법.
  13. 제12항에 있어서, 치료제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체부터 선택되는 것인 확인 방법.
  14. 제13항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 확인 방법.
  15. 제13항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 확인 방법.
  16. 제12항에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 단계가
    1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
    2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
    3) cDNA를, 서열 번호 25-35의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
    4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계
    를 포함하는 것인 확인 방법.
  17. 제16항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 1-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 확인 방법.
  18. 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제로 피험체를 치료하는 방법으로서,
    a) 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출함으로써 치료법에 적합한 피험체를 확인하고, 여기서, 약 4배 이상의 mRNA의 증가가 상기 치료법에 적합한 피험체임을 나타내는 것인 단계; 및
    b) 치료제를 투여하는 단계
    를 포함하는 치료 방법.
  19. 제18항에 있어서, mRNA 증가가 건강한 환자로부터 얻은 풀링된 시료에서의 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA에 비해 증가된 것인 치료 방법.
  20. 제18항에 있어서, mRNA 증가가 시료 중에 존재하는 하나 이상의 대조군 유전자의 mRNA에 비해 증가된 것인 치료 방법.
  21. 제20항에 있어서, 하나 이상의 대조군 유전자가 ACTB, GAPDH 및 18S rRNA로부터 선택되는 것인 치료 방법.
  22. 제18항에 있어서, IFI27, IFI44, IFI44L 및 RSAD2의 mRNA의 증가가 검출되는 것인 치료 방법.
  23. 제18항에 있어서, 치료제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체부터 선택되는 것인 치료 방법.
  24. 제23항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 치료 방법.
  25. 제23항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 치료 방법.
  26. 제18항에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 단계가
    1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
    2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
    3) cDNA를, 서열 번호 25-32의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
    4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계
    를 포함하는 것인 치료 방법.
  27. 제20항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 13-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 치료 방법.
  28. 1형 인터페론 활성을 조절하는 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체를 확인하는 방법으로서,
    a) 피험체의 시료에서 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2 중 4개 이상의 mRNA의 증가를 검출하고, 여기서, mRNA 증가를 하기 알고리즘:
    Figure pct00020

    에 따라 계산하고,
    여기서, 약 7.6의 ΔCtIFN이 상기 치료제를 사용한 치료법에 적합한 피험체임을 나타내는 것인 단계; 및
    b) 치료제를 투여하는 단계
    를 포함하는 확인 방법.
  29. 제28항에 있어서, 치료제가 항인터페론 알파 항체 및 항인터페론 알파 수용체 항체부터 선택되는 것인 확인 방법.
  30. 제29항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙인 확인 방법.
  31. 제29항에 있어서, 항인터페론 항체가 시팔리무맙이 아닌 것인 확인 방법.
  32. 제28항에 있어서, 적어도 IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 및 RSAD2의 mRNA를 검출하는 단계가
    1) 피험체로부터 얻은 시료로부터 RNA를 단리하는 단계;
    2) RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계;
    3) cDNA를, 서열 번호 25-35의 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오티드와 하이브리드화하는 단계; 및
    4) cDNA를 증폭시키고, 증폭된 생성물을 검출하는 단계
    를 포함하는 것인 확인 방법.
  33. 제16항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열 번호 1-24의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드로부터 선택되는 것인 확인 방법.
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Families Citing this family (24)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1552021A4 (en) * 2002-06-11 2006-06-14 Idaho Res Foundation INTERFERON TYPE I INDUCIBLE PROTEINS FOR THE DETECTION OF VIRUS INFECTION
JP2010512315A (ja) * 2006-12-06 2010-04-22 メディミューン，エルエルシー インターフェロンα誘導性薬力学的マーカー
EP2068924A4 (en) * 2007-05-03 2011-07-20 Medimmune Llc INTERFERON ALPHA INDUCED PHARMACODYNAMIC MARKERS
CA2834203A1 (en) * 2011-04-26 2012-11-01 Genentech, Inc. Compositions and method for treating autoimmune diseases
WO2013101771A2 (en) * 2011-12-30 2013-07-04 Genentech, Inc. Compositions and method for treating autoimmune diseases
US9493570B2 (en) * 2012-06-13 2016-11-15 Medimmune, Llc Fixed dosage regimens for anti-type I interferon receptor (IFNAR) antibodies
JP6531306B2 (ja) * 2015-02-20 2019-06-19 一三 西野 炎症性筋疾患鑑別マーカー及びそれを用いた炎症性筋疾患と非炎症性筋疾患の鑑別方法
CN105316404B (zh) * 2015-02-27 2017-02-22 中南大学湘雅二医院 ***性红斑狼疮生物标志物及其诊断试剂盒
SG10202008769SA (en) 2016-03-10 2020-10-29 Viela Bio Inc Ilt7 binding molecules and methods of using the same
CN105567861B (zh) * 2016-03-16 2018-12-14 宫蕊 Ifi27作为冠心病诊断标志物的用途
US20220162325A1 (en) * 2019-02-15 2022-05-26 Astrazeneca Ab Type i interferon-mediated disorders
CA3159568A1 (en) 2019-11-11 2021-05-20 Astrazeneca Ab Type i interferon inhibition in systemic lupus erythematosus
JP2023527054A (ja) 2020-05-29 2023-06-26 アストラゼネカ・アクチエボラーグ Ｉ型インターフェロンシグナル伝達の阻害剤による心血管代謝疾患の治療
TW202237647A (zh) 2020-10-08 2022-10-01 瑞典商阿斯特捷利康公司 狼瘡發作之治療
EP4247423A2 (en) 2020-11-18 2023-09-27 Astrazeneca AB Steroid sparing
AU2022260544A1 (en) 2021-04-23 2023-11-30 Astrazeneca Ab Treatment of lupus nephritis with anti-type i inf receptor antibody anifrolumab
IL307750A (en) 2021-04-23 2023-12-01 Astrazeneca Ab TREATMENT OF ERYTHEMATOUS SKIN LUPUS
PT4114465T (pt) 2021-04-23 2023-11-03 Astrazeneca Ab Regime de dosagem de anti-ifnar1 para injeção subcutânea
AU2022270101A1 (en) * 2021-05-04 2023-10-05 Viela Bio, Inc. Methods of treatment of autoimmune disorders using ilt7 binding proteins
EP4337696A1 (en) 2021-05-12 2024-03-20 Astrazeneca AB Inhibitor of type 1 interferon receptor steroid sparing in systemic lupus erythematosus patients
WO2023006700A1 (en) 2021-07-27 2023-02-02 Astrazeneca Ab Treatment of lupus
KR20240082399A (ko) 2021-10-04 2024-06-10 아스트라제네카 아베 루푸스의 치료
WO2024056631A1 (en) 2022-09-14 2024-03-21 Idorsia Pharmaceuticals Ltd S1p 1 receptor modulators for use in the treatment of type 1 ifn mediated diseases
WO2024079241A1 (en) 2022-10-13 2024-04-18 Astrazeneca Ab Treatment of lupus

Family Cites Families (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8303165D0 (en) 1983-02-04 1983-03-09 Secher D S Monoclonal antibody
WO1984003106A1 (en) 1983-02-04 1984-08-16 Wadley Inst Of Molecular Medic Production and characterization of hybridoma antibodies directed specifically against common determinant(s) present among closely related, but distinct proteins
DE3306060A1 (de) 1983-02-22 1984-08-23 Boehringer Ingelheim International GmbH, 6507 Ingelheim Neue immunglobulin-produzierende hybridzellinien, deren verwendung und verfahren zu deren herstellung
US4885166A (en) 1985-06-11 1989-12-05 Ciba-Geigy Corporation Hybrid interferons
US7247425B2 (en) * 1998-01-30 2007-07-24 Evolutionary Genomics, Llc Methods to identify polynucleotide and polypeptide sequences which may be associated with physiological and medical conditions
US7087726B2 (en) 2001-02-22 2006-08-08 Genentech, Inc. Anti-interferon-α antibodies
CA2518101A1 (en) * 2003-03-03 2005-06-09 Genentech, Inc. Compositions and methods for the treatment of systemic lupus erythematosis
CA2458085A1 (en) * 2003-03-21 2004-09-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Transcriptional activity assay
EP1631590B1 (en) 2003-04-23 2011-07-27 Medarex, Inc. Humanized antibodies to interferon alpha receptor-1 (ifnar-1)
HUE035520T2 (en) 2003-12-10 2018-05-28 Squibb & Sons Llc Interferon alpha antibodies and their use
JP2007527247A (ja) * 2004-03-05 2007-09-27 ロゼッタ インファーマティクス エルエルシー 臨床的基準および情報提供性遺伝子セットの組合せを使用する乳癌患者の分類
AU2005258077C1 (en) 2004-06-21 2012-10-25 E. R. Squibb & Sons, L.L.C. Interferon alpha receptor 1 antibodies and their uses
ATE549416T1 (de) * 2005-08-05 2012-03-15 Genentech Inc Verfahren und zusammensetzungen zum nachweis von autoimmunkrankheiten
US8211649B2 (en) * 2006-03-31 2012-07-03 Human Genome Sciences, Inc. Methods of diagnosing and prognosing hodgkin's lymphoma
EP2052088A2 (en) * 2006-08-02 2009-04-29 Genizon Biosciences Genemap of the human genes associated with psoriasis
JP2010512315A (ja) * 2006-12-06 2010-04-22 メディミューン，エルエルシー インターフェロンα誘導性薬力学的マーカー
EP2068924A4 (en) * 2007-05-03 2011-07-20 Medimmune Llc INTERFERON ALPHA INDUCED PHARMACODYNAMIC MARKERS
US20100209914A1 (en) * 2007-05-25 2010-08-19 Ore Pharmaceuticals , Inc. Methods, systems, and kits for evaluating multiple sclerosis
EP2252703B1 (en) * 2008-02-08 2014-11-05 MedImmune, LLC Disease markers and uses thereof
WO2009130176A1 (en) * 2008-04-21 2009-10-29 Novartis Forschungsstiftung Zweigniederlassung Friedrich Miescher Institute For Biomedical Research Antiviral Therapy
WO2009149319A2 (en) * 2008-06-05 2009-12-10 Wyeth Gene expression profiles associated with asthma exacerbation attacks

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