KR102241063B1 - 예측성 바이오마커에 대한 검정법 - Google Patents

예측성 바이오마커에 대한 검정법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 하나의 생물학적 샘플에서 다중 바이오마커의 존재 또는 양을 검출하기 위한 검정법을 제공한다.

Description

예측성 바이오마커에 대한 검정법{ASSAY FOR PREDICTIVE BIOMARKERS}
관련 출원과의 상호 참조
본 출원은 2013년 3월 15일자로 출원된 미국 특허 출원 제61/793,133호에 대한 우선권을 주장하며, 이의 내용은 모든 목적을 위해 전체가 본 명세서에 참고로 포함된다.
본 발명은 바이오마커(biomarker)를 결정하고 검출하기 위한 검정법 및 암 환자의 치료 방법에 관한 것이다.
성공적인 암 요법 개발의 진보가 진행되는데 반하여, 환자의 일부만이 임의의 특정 요법에 반응한다. 많은 이용 가능한 암 요법의 좁은 치료 지수 및 독성 잠재성으로, 그러한 차별적인 반응은 불필요하고, 비효과적이고 심지어 잠재적으로 해로운 요법 섭생법을 받고 있는 환자에 잠재적으로 기여한다.
개별 환자를 치료하기 위한 요법을 최적화하는 한 가지 방법은 하나 이상의 예측 변수가 요법에 대한 반응으로 특정 결과와 관련이 있는지 여부를 결정하는 것이다. 약물 반응이 표적 세포에 고유한 특성 및 또한 숙주의 대사적 특성 둘 다를 반영하기 때문에 환자에서 약물 민감성을 예측하는 능력은 특히 어렵다.
특정 암 요법이 적용될 때 유리한 결과를 가질 것으로 예측되는 특정 암 환자를 식별하기 위한 추가의 예측성 마커를 식별할 필요가 있다. 또한 샘플에서 하나 초과의 바이오마커의 존재를 한 번에 결정하는데 유용한 검정법을 식별할 추가의 필요성이 있다.
본 발명은 생물학적 샘플에서 하나 초과의 바이오마커의 존재, 부재 또는 양을 결정하는 방법을 제공한다.
본 발명은 또한 암 치료에 대한 반응으로 유리한 결과에 대해 증가된 가능성을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서, 하나 이상의 유리한 결과와 관련되는 하나 이상의 예측 변수의 존재, 부재 또는 양을 환자에서 결정하는 단계; 및 예측 변수의 존재, 부재 또는 양에 기초하여 환자에게 치료를 적용하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
본 발명자들은 생물학적 샘플에서 하나 초과의 바이오마커를 한번에 검출하고 정량하는데 유용한 유전자 발현 검정법을 발견하였다. 그러한 바이오마커는 다음의 환자를 식별하는데 사용될 수 있다: 질병이 발병할 위험이 높은 환자; 예후가 나쁠 위험이 높은 환자; 예후가 양성일 가능성이 높은 환자; 특정 치료에 대한 반응으로 유리한 결과를 나타내기 쉬운 환자; 또는 특정 치료에 대한 반응으로 유리하지 않은 결과를 나타내기 쉬운 환자.
제한 없이, 본 발명은 (a) 하나 이상의 예측 인자의 존재 또는 양을 결정함으로써 암 환자에서 치료에 대한 반응을 예측하는 방법, (c) 하나 이상의 예측 인자의 존재 또는 양을 기초로 하여 환자를 선택함으로써 암을 치료하는 방법 및 (d) 환자의 바이오마커 프로파일을 기초로 하여 환자의 암을 치료하는 방법을 제공한다.
소정 실시형태에서, 환자 또는 그 환자로부터의 생물학적 샘플에서 예측 인자의 존재 또는 양을 결정하는 단계를 포함하는 암 환자에서 암 치료 (예를 들어, CYP17 억제제, 예컨대, 아비라테론 또는 이의 약학적으로 허용가능한 염으로 치료)에 대한 반응을 예측하는 방법이 제공되는데; 예측 인자의 존재 또는 양은 하나 이상의 양성 결과와 관련이 있다. 소정 실시형태는 환자 또는 그 환자로부터의 생물학적 샘플에서 두 번째 예측 인자의 존재 또는 양을 결정하는 단계를 포함하고, 두 번째 예측 인자의 존재 또는 양은 하나 이상의 양성 결과와 관련이 있다.
본 발명은 또한 본 명세서에서 "변이체", "마커", "바이오마커" 및/또는 "인자"로도 불리는 예측 인자의 식별을 포함하고, 이는 암 치료에 대한 유리한 반응의 증가된 확률과 관련이 있다. 암 치료에 대한 환자 반응과 이러한 예측 인자와의 조합은 특정 치료의 안정성 및/또는 유효성에서 더 높은 확신을 증가시킬 수 있다. 예측 인자는 유전자, 단백질, 환자 특성, 또는 환자 병력의 양상일 수 있다.
본 발명에 따른 그리고 본 발명의 검정법에 유용한 예측 인자는 전장 안드로겐 수용체 (AR); AR 변이체 1 (ARV1), AR 변이체 3/변이체 7 (ARV3/V7), AR 변이체 567 (ARV567), AR 변이체 8 (ARV8), TMPRSS2 전장 야생형; ERG 전장 야생형; ETV1 전장 야생형; TMPRSS2:ETV1 융합 유전자 (TMP:ETV); 및 TMPRSS2:ERG 융합 유전자 (TMP:ERG); CYP17; CYP11; HSD3B1; AKRIC3; NPY; PSA; KLK2; AGR2; BST1; PTPRC; 및 SNP L701H, H974Y, T877A, V715M; ESR1; Her2; 에스트로겐 수용체 (ER); PR; CYP19, 및 델타3AR을 포함한다.
본 발명의 검정법은 생물학적 샘플에서 하나 초과의 바이오마커를 검출하고, 샘플에서 바이오마커들의 임의의 조합을 검출할 수 있다. 일 실시형태에서, 검정법은 TMP:ERG과, AR, ARV1, ARV3/V7, ARV567, ARV8, TMPRSS2, ERG, ETV 및 TMP:ETV로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커를 검출한다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, 용어"포함하는", "함유하는", "갖는" 및 "포함하고 있는"은 이들의 개방된, 비제한적 의미로 사용된다.
"양(quantity)"은 값, 세기, 농도, 수량, 정도, 또는 발현 수준을 의미할 수 있다. 예를 들어, 유전자의 양은 유전자 또는 이의 일부가 대상의 게놈 또는 대상의 세포에 존재하는 횟수일 수 있다. 양은 또한 마커를 발현하는 생물학적 샘플에서 세포의 수, 또는 생물학적 샘플에서 마커의 전반적인 발현 수준 또는 세기를 의미할 수 있다. 양은 또한 환자가 이전에 노출될 수 있었던 환자에 대한 요법의 종류 또는 계통의 수를 말할 수 있다. 양은 절대 수(absolute number)에 비교될 수 있고, 건강한 환자로부터의 참고 샘플과 비교될 수 있고, 건강한 환자로부터의 평균 수와 비교될 수 있고, 또는 유사한 질병을 갖는 환자로부터의 평균 수와 비교될 수 있다.
암 치료는 단일 약물 또는 치료의 적용, 또는 하나 초과의 약물 또는 치료의 적용을 포함하는 병용 치료를 포함할 수 있다. 암 치료는 화학요법, 방사선요법, 또는 면역요법의 적용일 수 있거나; 암 치료는 골수 이식일 수 있다.
소정 실시 형태에서, 암 치료는 환자에게 CYP17 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, CYP17 억제제는 아비라테론, 또는 이의 약학적으로 허용가능한 염, 특히 아비라테론 아세테이트이다.
소정 실시 형태에서, 암 치료는 항암제에 의한 치료를 포함하며, 상기 항암제는 아세만난, 아클라루비신, 알데스류킨, 알렘투주맙, 알리트레티노인, 알트레타민, 아미포스틴, 아미노글루테티미드, 암사크린, 아나그렐리드, 아나스트로졸, 안세스팀, 아스파라기나제, 베바시주맙, 벡사로텐, 브록수리딘, 카페시타빈, 셀모류킨, 세트로레릭스, 세툭시맙, 클라드리빈, 클로파라빈, 클로트리마졸, 다클리주맙, 덱스라족산, 딜라제프, 도코사놀, 독시플루리딘, 브로모크립틴, 카무스틴, 시클로포스파미드, 시타라빈, 디클로페낙, 에델포신, 에드레콜로맙, 에플로르니틴, 에미테푸르, 엑스메스탄, 엑시서린드, 파드로졸, 필그라스팀, 피나스테라이드, 플루다라빈 포스페이트, 포르메스탄, 포테무스틴, 갈륨 니트레이트, 젬시타빈, 글리코핀, 헵타플라틴, 하이드록시우레아, 이반드론산, 이미퀴모드, 이오벤구안, 이리노테칸, 이르소글라딘, 란레오티드, 레플루노미드, 레노그라스팀, 렌티난 설페이트, 레트로졸, 리아로졸, 로바플라틴, 로니다민, 마소프로콜, 멜라소프롤, 멜팔란, 메캅토푸린, 메토트렉세이트, 메토클로프라미드, 미페프리스톤, 밀테포신, 미리모스팀, 미토구아존, 미토락톨, 미토마이신, 미토산트론, 몰그라모스팀, 나파렐린, 나르토그라스팀, 네다플라틴, 니루타미드, 노스카핀, 오프렐베킨, 오사테론, 옥살리프라틴, 파미드론산, 페가스파가제, 펜토산 폴리설페이트 소듐, 펜토스타틴, 피시바닐, 피라루비신, 포르피머 소듐, 프레드니손, 랄록시펜, 랄티트렉세드, 라스부리카제, 리툭시맙, 로무르티드, 사그라모스팀, 시조푸란, 소부족산, 소네르민, 스테로이드, 수라민, 타소네르민, 타자로텐, 테가푸르, 테모포르핀, 테모졸로미드, 테니포시드, 테트라클로로데카옥사이드, 탈리도미드, 타이말파신, 티로트로핀 알파, 토포테칸, 토레미펜, 트라스투주맙, 트레오설판, 트레티노인, 트릴로스탄, 트라이메트렉세이트, 우베니멕스, 발루비신, 베르테포르핀, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 빈데신, 및 비노렐빈을 포함하지만, 이로 제한되지는 않는다. 바람직한 실시형태에서, 암 치료는 리툭시맙을 포함한다. 다른 바람직한 실시형태에서, 암 치료는 멜팔린 또는 프레드니손, 또는 멜팔린과 프레드니손의 조합을 포함한다.
소정 실시형태에서, 암 치료는 병용 치료이다. 병용 치료는 CYP17 억제제 처리 및 다른 암 치료 또는 다른 항암제를 포함할 수 있다. 소정 실시형태에서, 다른 항암제는 코르티코스테로이드, 예를 들어, 프레드니손이다.
유리한 결과는 전체 반응 속도, 전체 생존율, 전체 완전 반응 속도, 반응 기간, 다음 요법까지의 긴 기간, 치료가 없는 간격, 치료에 대한 양성 반응, 진행까지의 긴 기간, 장기간 생존 및/또는 장기간의 진행이 없는 생존일 수 있다. 유리한 결과는 용량-의존적 또는 용량-비의존적일 수 있다. 유리한 결과는 무치료와 비교될 수 있거나, 다른 암 치료 또는 암 치료(들)와 비교될 수 있다.
"암" 또는 "종양"은 초기 종양 및 임의의 전이를 포함하여 환자에서의 임의의 종양성 증식을 포함하려는 것이다. 암은 혈액 또는 고형 종양 타입일 수 있다. 혈액 암은, 예컨대, 골수종 (예를 들어, 다발성 골수종), 백혈병 (예를 들어, 발덴스트룀 증후군, 급성 골수성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 과립구성 백혈병, 단구성 백혈병, 림프구성 백혈병), 및 림프종 (예를 들어, 여포성 림프종, 외투세포 림프종, 광범위 큰 B 세포 림프종, 악성 림프종, 형질세포종, 망상세포성 육종, 호지킨병, 비호지킨 림프종 또는 여포성 B-세포 비호지킨 림프종)을 포함한다. 고형 종양은 기관에서 유래할 수 있고, 예컨대, 뇌, 피부, 폐, 유방, 전립선, 난소, 결장, 신장, 및 간의 암을 포함한다. 암은 원발 부위에 있고, 전이하고, 난치성 (예를 들어, 하나 이상의 치료 계통에 난치성)이고/이거나 재발할 수 있다. 소정 실시형태에서, 암은 전립선암 또는 유방암이다.
예측 인자가 환자의 체내에 존재할 때, 예측 인자의 존재, 부재 또는 양은 환자로부터 생물학적 샘플을 획득하고 상기 생물학적 샘플이 예측 인자를 함유하는지 여부를 또는 생물학적 샘플이 예측 인자를 얼마의 양으로 함유하는지를 결정함으로써 평가될 수 있다. 본 명세서에 사용되는 바와 같이, "생물학적 샘플"은 대상으로부터 단리된 조직, 세포, 생물학적 유체 및 이들의 단리물, 및 대상 내에 존재하는 조직, 세포 및 유체로 구성되거나 함유하는 샘플을 말한다. 생물학적 샘플의 예는, 예를 들어, 가래, 혈액, 혈구 (예를 들어, 백혈구), 양수, 혈장, 혈청, 정액, 타액, 골수, 조직 또는 미세-바늘 생체검사 샘플, 소변, 복막액, 흉수, 및 세포 배양물을 포함한다. 생물학적 샘플은 또한 조직의 절편, 예컨대, 조직학적 목적을 위해 얻은 냉동 절편을 포함할 수 있다. 소정 실시형태에서, 생물학적 샘플은 종양 세포이거나 종양 세포를 포함할 수 있다. 소정 실시형태에서, 생물학적 샘플은 포르말린으로 고정될 수 있다. 소정 실시형태에서, 생물학적 샘플은 순환하는 종양 세포일 수 있다.
생물학적 샘플에서 예측 인자의 검출은 예측 인자의 유형을 검출하기 위한 임의의 종래의 방법, 예를 들어, 직접 측정, 면역 조직 화학법, 면역 블로팅, 면역 형광법, 면역 흡착법, 면역 침전법, 단백질 검정법, 형광 제자리 혼성화법, FACS 분석, 혼성화법, 제자리 혼성화법, 노던 블롯, 서던 블롯, 웨스턴 블롯, ELISA, 방사선 면역 검정법, 유전자 어레이/칩, PCR, RT-PCR, 또는 세포유전학적 분석에 의해 수행될 수 있다.
예측 인자가 특정 유전자형 또는 다형에 기초하는 경우, 생물학적 샘플은 유전자형 분석에 의해 분석될 수 있다. 용어 "유전자형"은 대상 또는 환자로부터의 DNA에 존재하는 대립 형질을 말하고, 대립 형질은 특정 부위(들)에서 핵산 서열에 존재하는 특정 뉴클레오티드(들)에 의해 정의될 수 있다. 종종 유전자형은 인간 개체군에서 변하는 것으로 알려진 단일 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드이다. "유전자형 분석"은 생물학적 검정법을 사용하여 개체의 유전자형을 결정하는 과정을 말한다. 이를 수행하는 현재의 방법은 PCR, DNA 시퀀싱, 안티센스 올리고뉴클레오티드 프로브, 및 마이크로어레이 또는 비드로의 혼성화를 포함한다.
"단일 뉴클레오티드 다형성" (SNP, 스닙으로 발음됨)은 게놈 (또는 다른 공유된 서열)에서 단일 뉴클레오티드 - A, T, C, 또는 G -가 종의 구성원들 사이에서 (또는 개체에서 쌍으로 이루어진 염색체들 사이에서) 상이할 때 발생하는 DNA 서열 변이이다. 예를 들어, 상이한 개체로부터의 두 개의 시퀀싱된 DNA 단편들, AAGCTTA에 대한 AAGCCTA는 단일 뉴클레오티드에서 차이가 있다. 이러한 경우, 두 개의 대립 형질 C 및 T가 있다고 한다. 거의 모든 일반적인 SNP은 단지 두 개의 대립 형질만을 갖는다.
하나 이상의 유전자형 변이의 존재 또는 부재의 검출은 본 명세서에서 식별된 유전자들 중 하나에 대응하는 핵산 서열 또는 그러한 유전자의 산물을 프로브와 접촉시키는 것을 포함한다. 프로브는, 예를 들어, 차등 결합 또는 혼성화에 의해 유전자 또는 유전자 산물의 특정 형태 또는 특정 변이 또는 변이들의 존재를 구별할 수 있다.
예측 인자가 특정 유전자 또는 단백질의 존재 또는 양 (발현 수준 포함)인 경우, 존재 또는 양 (발현 수준 포함)은 생물학적 샘플의 면역 조직 화학법으로 결정될 수 있다.
소정 실시형태에서, 암 환자의 치료 방법은 환자 또는 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 제1 예측 인자의 존재 또는 양을 결정하는 단계; 상기 환자 또는 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 제2 예측 인자의 존재 또는 양을 결정하는 단계; 및 상기 환자가 상기 치료에 반응하기 쉬운지 여부에 따라 치료 방법을 선택하는 단계를 포함한다.
본 발명은 또한 환자에서 암을 치료하기 위한 CYP17 억제제의 용도를 제공하는데, 환자는 CYP17 억제제에 대한 반응으로 하나 이상의 양성 결과와 관련이 있는 하나 이상의 예측 인자의 존재, 부재, 또는 양에 의해 특징지어진다.
본 명세서에 인용된 모든 간행물은 참고로 본 명세서에 포함된다. 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 기술 분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다.
실시예 1
두 개의 독립적인 PCa FFPET 샘플 세트에서 이전에 식별된 몇몇 AR 스플라이스 변이체 (ARV1, ARV3/V7, ARV567 및 ARV8 포함), AR 체세포 돌연변이 (L701H, V715M, H874Y 및 T877A 포함), 및 TMPRSS2 융합 유전자, TMPRSS2:ERG 및 TMPRSS2:ETV1의 존재를 평가하기 위해 태크맨 (TaqMan) qRT-PCR 검정법을 개발하였다. 제1 샘플 세트는 단계 II 내지 단계 IV 범위의 42개의 전립선 선암으로 구성되었다. 결과는 ARV1 및 ARV3/V7이, 모든 샘플의 92%가 변이체 중 하나 또는 둘 다의 발현을 보이는, 가장 널리 퍼져있는 변이체임을 보여주었다. TMPRSS2: ERG는 후기 단계 (III/IV)의 PCa 샘플에 널리 퍼져있는 AR 변이체 발현에 대한 높은 일치로, 테스트된 모든 샘플의 72%에 존재하였다. 제2 샘플 세트는 매칭된 인접한 정상 FFPET을 포함하는 8개의 전립선 선암으로 구성되었다. AR 변이체의 유사한 발현이 종양 및 매칭된 정상 샘플 둘 다에서 관찰되었지만, 종양 전립선 샘플은 매칭된 정상 샘플 (33%)에서 보다 TMPRSS2:ERG 융합 유전자의 더 높고 더 널리 퍼져있는 발현 (66.67%)을 보여주었다. 평가된 4개의 AR 돌연변이 중 어느 것도 샘플 세트의 어느 것에서도 검출되지 않았다.
[표 1]
Figure 112015093963415-pct00001
Figure 112015093963415-pct00002
Figure 112015093963415-pct00003
실시예 2
ESR1, CYP17, CYP19, 전장 AR 및 AR 스플라이스 변이체, ARV1, ARV3/V7, ARV567, 및 델타3AR의 존재에 대하여 8개의 유방암 세포주뿐만 아니라, 213개의 여성 유방암 FFPET 샘플, 80개의 ER- PR- Her2- 샘플, 68개의 ER- PR- Her2+ 샘플, 및 64개의 ER+ PR+ Her2- 샘플을 태크맨 qRT-PCR을 사용하여 조사하였다. ARV3/V7 및 델타3AR은, 이들 변이체 중 하나 또는 둘 다의 발현을 보이는 이러한 샘플의 >85%로, ER+ PR+ Her2- 및 ER- PR- Her2+ 샘플 세트에서 가장 널리 퍼져있는 변이체였다. 다른 한편으로, ARV1, ARV3/V7, 및 ARV567은, 이들 변이체 중 하나 또는 이들의 조합의 발현을 보이는 이러한 샘플의 >90%로, ER- PR- Her2- 샘플 세트에서 가장 널리 퍼져있는 변이체였다. AR 변이체 대부분의 낮은 발현 수준은 낮은 등급의 샘플과 비교하여, 높은 등급의 ER+ PR+ Her2- 및 ER- PR- Her2+ 샘플에서 관찰되었다. CYP19는 발현을 보이는 모든 샘플의 >75%로 모든 샘플 세트에서 상당히 널리 퍼져있는 반면, CYP17 발현은 테스트된 모든 샘플의 <30%에서 관찰되었다.
SEQUENCE LISTING <110> RICCI, DEBORAH KARKERA, JAYAPRAKASH <120> ASSAY FOR PREDICTIVE BIOMARKERS <130> PRD3300USNP <140> 14/207,879 <141> 2014-03-13 <150> 61/793,133 <151> 2013-03-15 <160> 24 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 1 tgcagcctat tgcgag 16 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 2 gcttctacca gctcaccaag ct 22 <210> 3 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 3 gattagcagg tcaaaagtga actgat 26 <210> 4 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 4 actctgggag cagct 15 <210> 5 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 5 cggaaatgtt atgaagcagg ga 22 <210> 6 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 6 caaacaccct caagattctt tcaga 25 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 7 ctgggagaaa aattccgggt 20 <210> 8 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 8 ggaaatgtta tgaagcaggg atg 23 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 9 tttgagatgc ttgcaattgc c 21 <210> 10 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 10 cttgcctgat tgcgagag 18 <210> 11 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 11 ctgggagaga gacagcttgt acac 24 <210> 12 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 12 caggtcaaaa gtgaactgat gca 23 <210> 13 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 13 cggcaggaag ccttat 16 <210> 14 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 14 gagctaagca ggaggcgga 19 <210> 15 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 15 taggcacact caaacaacga ctg 23 <210> 16 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 16 ttgaactcac tcaggtacc 19 <210> 17 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 17 tacctatcat tactcgatgc tgttga 26 <210> 18 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 18 ctggtacaaa ctgctcatca ttgtc 25 <210> 19 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 19 ccacaaaacc aagcgag 17 <210> 20 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 20 gccaccgtgc gaggtat 17 <210> 21 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 21 caccatccgc tttttcttgt c 21 <210> 22 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 22 ccacaagctg aaggc 15 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 23 gcggattctc atggaacaca 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 24 ggtcagccag gagcttcttg 20

Claims (5)

  1. (ⅰ) TMPRSS2:ERG 융합 유전자(TMP:ERG); 및 (ⅱ) 전장 안드로겐 수용체(AR), AR 변이체 1(ARV1), AR 변이체 3/변이체 7(ARV3/V7), AR 변이체 567(ARV567), AR 변이체 8(ARV8), TMPRSS2 전장 야생형, ERG 전장 야생형, ETV1 전장 야생형 및 TMPRSS2:ETV1 융합 유전자(TMP:ETV)로 이루어진 군에서 선택되는 적어도 하나의 바이오마커를 검출하기 위한 어세이(assay)를 사용하여, 환자로부터 수득한 생물학적 샘플 중 상기 바이오마커들의 존재, 부재 또는 양을 판정하는 단계를 포함하는, 전립선암 환자에서 아비라테론 아세테이트 및 프레드니손에 의한 치료에 대한 반응을 예측하는 방법으로서,
    상기 생물학적 샘플 중 상기 (ⅰ) TMPRSS2:ERG 융합 유전자(TMP:ERG)의 존재 및 상기 (ⅱ) 적어도 하나의 바이오마커의 존재, 부재 또는 양은 상기 환자가 상기 치료에 대해 유리한 반응을 할 가능성이 높음과 상관되는, 방법.
  2. 제1항에 있어서, 전립선암이 원발성암, 전이성암, 난치성암 또는 재발성암인, 방법.
  3. 제1항에 있어서, 바이오마커의 검출이 직접 측정, 면역 조직 화학법, 면역 블로팅, 면역 형광법, 면역 흡착법, 면역 침전법, 단백질 검정법, 형광 제자리 혼성화법, FACS 분석, 혼성화법, 제자리 혼성화법, 노던 블롯, 서던 블롯, 웨스턴 블롯, ELISA, 방사선 면역 검정법, 유전자 어레이/칩, PCR, RT-PCR, 또는 세포유전학적 분석에 의해 수행되는, 방법.
  4. 제1항에 있어서, 생물학적 샘플이 가래, 혈액, 혈구, 양수, 혈장, 혈청, 정액, 타액, 골수, 조직 또는 미세-바늘 생체검사 샘플, 소변, 복막액, 흉수 및 세포 배양물 중에서 선택되는, 방법.
  5. 제1항에 있어서, 생물학적 샘플이 포르말린으로 고정되는, 방법.
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