KR101854896B1 - Single nucleotide polymorphism markers for identifying korean traditional dog breeds and uses thereof - Google Patents
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Abstract
Description
본 발명은 토종견 품종 확인용 단일염기다형성 마커 및 이를 이용하여 삽살이, 진도견 및 동경이 품종을 확인하는 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a single nucleotide polymorphic marker for identification of a native dog breed, and a method for identifying a mock-up, an ambulatory dog, and an amphibian.
국내의 대표적인 토종견으로는 진도의 진도견, 경산의 삽살이, 경주의 동경이 및 북한의 풍산개가 있으며, 각각 특징적인 외형을 가지고 있다. 진도견의 경우 팔각형의 얼굴형과 약간 치켜올라간 눈을 가지고 있으며, 삽살이는 중형견으로 눈을 덮는 긴 털을 특징으로 한다. 동경이의 경우 외형은 진도견과 유사하나 꼬리가 없어가 5 ㎝ 이하인 것이 특징이다. 삽살이나 동경이의 경우 일제시대를 거치면서 개체수가 급격히 감소하여 멸종 위기에 이르렀으나 최근 들어 체계적인 보존 사업을 펼치면서 개체수가 늘어나고 있다.Domestic representative domestic dogs include Jindo-jindo dogs, Gyeongsan-eup, Gyeongju, and Poongsan-ji in North Korea. Jindo dogs have an octagonal face and slightly raised eyes, and the snack is characterized by long hair covering the eyes with a medium-sized dog. In the case of Tokyo, the appearance is similar to that of Jindo dog, but it has no tail and it is characterized by less than 5 ㎝. In the case of snail or Tokyo, the number of the population decreased drastically after the Japanese colonial rule and reached the extinction crisis. Recently, however, the number of the population has been increasing with systematic preservation project.
개체의 외형적인 특징을 이용하여 토종견 품종을 확인할 수 있지만 토종견 보존 및 보호를 위하여 정확하고 신속한 품종 확인 방법이 필요하며, 이를 위하여 대용량 단일염기다형성 정보를 이용할 필요가 있다.Although we can identify the breed of domesticated dogs using the external features of the individual, accurate and rapid breed identification methods are needed for the preservation and protection of domesticated dogs. For this purpose, it is necessary to use large single nucleotide polymorphism information.
한편, 단일염기다형성 마커를 이용한 품종 확인이나 확인 방법에 대한 기술로는 개의 모질에 대한 유전자 마커(특허문헌 1) 또는 닭의 품종을 확인하는 방법(특허문헌 2)이 있으나, 국내 토종견 품종에 관한 연구는 전무한 실정이다.On the other hand, as a technique for identification and identification of breeds using single nucleotide polymorphic markers, there are genetic markers for dog hairs (Patent Document 1) or methods for identifying breeds of chickens (Patent Document 2) There is no research.
본 발명의 일 양상은 서열번호 1 내지 12의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 삽살이 품종 확인용 키트, 및 삽살이 품종 확인 방법을 제공하는 것이다.One aspect of the present invention is a polynucleotide consisting of 10 to 100 consecutive DNA sequences comprising at least one single base polymorphism selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1 to 12 and the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: Or a complementary polynucleotide thereof, and a method for identifying a snail cultivar.
본 발명의 다른 양상은 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 진도견 품종 확인용 키,트 및 진도견 품종 확인 방법을 제공하는 것이다.Another aspect of the present invention is a polynucleotide encoding a polynucleotide comprising a polynucleotide sequence having a polynucleotide sequence of SEQ ID NOS: 2, 4, 7, 9, 12 to 18 and a polynucleotide sequence of SEQ ID NOS: 19 to 20, The present invention also provides a method for identifying a breeding dog breed and a breeding dog breeding species comprising a polynucleotide consisting of a consecutive DNA sequence or a complementary polynucleotide thereof.
본 발명의 또 다른 양상은 서열번호 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 동경이 품종 확인용 키트, 및 동경이 품종 확인 방법을 제공하는 것이다.Another aspect of the present invention is a polynucleotide comprising at least one single nucleotide polymorphism selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 18 and the 26th nucleotide of SEQ ID NOS: Which comprises a polynucleotide consisting of 10 to 100 consecutive DNA sequences or a complementary polynucleotide thereof, and a method for identifying this variety.
본 발명의 일 양상은 서열번호 1 내지 12의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 삽살이 품종 확인용 키트를 제공한다.One aspect of the present invention is a method for the detection and quantification of 10 to 100 consecutive nucleotide polymorphisms (SNPs) comprising at least one single nucleotide polymorphism (SNP) selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1-12 and the 26th nucleotide of SEQ ID NO: DNA sequence, or a complementary polynucleotide of the polynucleotide or its complementary polynucleotide.
본 명세서에서 용어 '뉴클레오티드(nucleotide)"는 단일가닥 또는 이중가닥 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드이며, 다르게 특별하게 언급되어 있지 않은 한 자연의 뉴클레오티드의 유사체를 포함한다(Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York(1980); Uhlman 및 Peyman, Chemical Reviews, 90:543-584(1990)).As used herein, the term " nucleotide "is a deoxyribonucleotide or ribonucleotide present in single-stranded or double-stranded form and includes analogs of natural nucleotides unless otherwise specifically indicated (Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York (1980); Uhlman and Peyman, Chemical Reviews, 90: 543-584 (1990)).
본 명세서에서 용어 '단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)'은 게놈에서 단일염기(A, T, C 또는 G)가 동일종의 개체들 사이 또는 한 개체(individual)의 쌍염색체 사이에 다른 경우 발생하는 DNA 서열의 다양성을 의미한다. 예를 들어, 서로 다른 개체의 세 개의 DNA 단편들(예:AAGT[A/A]AG, AAGT[A/G]AG, AAGT[G/G]AG)처럼 단일염기에서 차이를 포함하는 경우, 두 개의 대립 유전자(A 또는 G)라고 부르며, 일반적으로 거의 모든 SNPs는 두 개의 대립 유전자를 가진다. 한 집단(population) 내에서, SNP는 소수 대립인자 빈도(minor allele frequency, MAF; 특정 집단에서 발견되는 유전자위치(locus)에서 가장 낮은 대립인자 빈도)로 할당될 수 있다. 단일염기는 폴리뉴클레오티드 서열에 변화(대체), 제거(결실) 또는 첨가(삽입)될 수 있으며, SNP는 번역 프레임의 변화를 유발할 수 있다.The term " single nucleotide polymorphism " (SNP) is used herein to mean that a single nucleotide (A, T, C or G) in the genome is different between homologous individuals or between individual chromosomes DNA sequence identity. For example, if three DNA fragments of different entities (eg, AAGT [A / A] AG, AAGT [A / G] AG, and AAGT [G / Two alleles (A or G) are called, and almost all SNPs have two alleles. Within a population, SNPs can be assigned to a minor allele frequency (MAF; the lowest allele frequency in locus found in a particular population). Single bases can be changed (substituted), removed (deleted), or added (inserted) to polynucleotide sequences, and SNPs can cause changes in translation frames.
상기 서열번호 1 내지 13은 상기 각각의 SNP 부위의 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드로 각각의 SNP 부위는 서열번호 1 내지 12에서는 21번째 뉴클레오티드이고, 서열번호 13에서는 26번째 뉴클레오티드이다. 삽살이 품종 확인용 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 바람직하게는 상기 SNP 부위를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열이며, 더욱 바람직하게는 상기 SNP 부위를 포함하는 20개 이상의 연속 서열이며, 가장 바람직하게는 서열번호 1 내지 13의 각 서열이다.1 to 13 are polynucleotides comprising the nucleotide sequences of the respective SNP sites, and each SNP site is the 21st nucleotide in SEQ ID NOS: 1 to 12 and the 26th nucleotide in SEQ ID NO: 13. The polynucleotide including the SNP for breeding stock identification is preferably at least 10 or more consecutive DNA sequences including the SNP region, more preferably 20 or more consecutive sequences including the SNP region, and most preferably, SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 13.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 서열번호 1 내지 13 각각에 포함되어 있는 삽살이 품종 확인용 SNP는 서열번호 1에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 2에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 3에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 4에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 5에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 6에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 7에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 8에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 9에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 10에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 11에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 12에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 및 서열번호 13에서는 26번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C인 것이 바람직하다.According to one embodiment of the present invention, the SNP for identifying the snarl cultivar contained in each of SEQ ID NOS: 1 to 13 is characterized in that the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 1 is A, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 2 is G, The genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 4 is G, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 5 is T, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: The genotype of the 21st nucleotide is T, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 8 is G, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 9 is T, the genotype of the 21st nucleotide is G in SEQ ID NO: The nucleotide of the second nucleotide is T, the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 12 It genotype of the A and SEQ ID NO: 13, the genotype of the 26th nucleotide C is preferred.
본 발명의 다른 양상은,According to another aspect of the present invention,
(a) 품종을 확인하고자 하는 개체로부터 DNA를 수득하는 단계; (a) obtaining DNA from an individual to which a variety is to be identified;
(b) 상기 수득한 DNA를 주형으로 서열번호 1 내지 12의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는 삽살이 품종 확인방법을 제공한다.(b) confirming the genotype of at least one single base polymorphism selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1 to 12 and the 26th nucleotide of SEQ ID NO: 13 as a template for the obtained DNA. ≪ / RTI >
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 삽살이 품종 확인방법은 (b) 단계 이후, (c) 상기 확인한 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형이 서열번호 1의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 2의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 3의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 4의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 5의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 6의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 7의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 8의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 9의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 10의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 11의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 12의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A 또는 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 C에 해당하는 경우 삽살이 품종으로 판단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.(B), (c) the genotype of the at least one single nucleotide polymorphism identified is the genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 1, the genotype A of SEQ ID NO: 2, The nucleotide G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 4, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 5, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 7, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 8, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 9, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 10, The genotype T of the nucleotide, the genotype A of the 21 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 12 or the 26 & And a step of judging the genotype C of the cloned gene to be a spike breed if it corresponds to the genotype C of the cloned gene.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 (a) 단계에서 품종을 확인하고자 하는 개체로부터 DNA를 수득하는 방법은 당업계에서 통상적으로 사용되는 페놀/클로로포름 추출법(Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303, 1990), CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980) 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행될 수 있다. 상기 DNA를 수득하는 시료는 특별히 한정된 것은 아니며, 근육, 표피, 혈액 및 털 등을 이용하여 DNA를 추출할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the method for obtaining DNA from the individual to be breed in step (a) may be a phenol / chloroform extraction method (Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303, 1990), Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980) or commercially available DNA extraction kits . The sample for obtaining the DNA is not particularly limited, and DNA can be extracted using muscles, epidermis, blood, hair, or the like.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 (b) 단계에서 SNP의 유전자형을 확인하는 단계는, 개체에서 분리한 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 1 내지 12의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머(primer)를 이용하여 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction)을 수행한 후 증폭 산물에서 SNP 의 유전자형을 결정하는 방법을 이용하여 수행될 수 있다.According to an embodiment of the present invention, in the step (b), the step of confirming the genotype of the SNP comprises using the DNA isolated from the individual as a template, the 21st nucleotide of SEQ ID NOs: 1 to 12, and the 26th nucleotide of SEQ ID NO: A polynucleotide comprising at least one SNP selected from the group consisting of nucleotides, or a primer capable of amplifying a complementary polynucleotide thereof, is subjected to a polymerase chain reaction, and the SNP And determining the genotype of the gene.
본 명세서에서 용어, '프라이머(primer)'는 적합한 온도 및 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 중합반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일-가닥 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 요소, 예를 들어, 온도와 프라이머의 용도에 따라 변화가 있지만 전형적으로 15 내지 30개의 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 혼성 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다. 프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화 되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 예를 들면, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드의 일부 서열에 완벽하게 상보적인 서열뿐만 아니라, 이 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 상보성을 갖는 서열일 수 있다.As used herein, the term " primer " refers to an oligonucleotide that can act as a starting point for template-directed DNA synthesis under suitable conditions (i.e., four other nucleoside triphosphates and polymerization enzymes) Means single-stranded oligonucleotides. The suitable length of the primer is typically 15 to 30 nucleotides, although it varies with the various factors, e.g., temperature and use of the primer. Short primer molecules generally require lower temperatures to form a sufficiently stable hybrid complex with the template. The sequence of the primer does not need to have a sequence completely complementary to a partial sequence of the template, and it is sufficient if the primer has sufficient complementarity within a range capable of hybridizing with the template and acting as a primer. For example, it may be a sequence completely complementary to a partial sequence of the polynucleotide of SEQ ID NO: 1, or a sequence complementary to such a sequence that hybridizes to this sequence and can perform a primer action.
상기 증폭 산물에서 유전자형을 결정하는 방법은 당업계에 알려진 다양한 방법에 의하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 디데옥시법에 의한 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통하여 이루어지거나, SNP 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 DNA와 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 방법 등이 이용될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.Methods for determining the genotype in the amplification product can be performed by various methods known in the art. For example, a probe comprising a sequence at the SNP site or a complementary probe thereof is hybridized with the DNA, and the degree of hybridization obtained is determined through determination of the nucleotide sequence of the direct nucleic acid by the dideoxy method, A method for determining the nucleotide sequence, and the like can be used, but the present invention is not limited thereto.
본 명세서에서 용어, '프로브(probe)'란 특정 표적 서열에 특이적으로 결합하는 폴리뉴클레오티드를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 단일가닥 형태일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 또한, 상보적 뉴클레오티드에 수소 결합에 의하여 혼성화될 수 있는 성질을 갖는 것이면, 천연 뉴클레오티드로 구성된 것뿐만 아니라, 천연 뉴클레오티드, 천연 뉴클레오티드의 유사체, 천연 뉴클레오티드의 당, 염기 또는 인산 부위가 변형되어 있는 뉴클레오티드 및 이들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다.As used herein, the term " probe " refers to a polynucleotide that specifically binds to a specific target sequence. The polynucleotide may be DNA or RNA. The polynucleotide may be in single stranded form. The polynucleotide may also be a polynucleotide which is not only composed of a natural nucleotide but also a natural nucleotide, an analogue of a natural nucleotide, a sugar, a base or a phosphate site of a natural nucleotide, which is capable of being hybridized to a complementary nucleotide by hydrogen bonding And nucleotides selected from the group consisting of combinations thereof.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 (b) 단계에서 SNP의 유전자형을 확인하는 단계는, 서열번호 1 내지 12의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 상보적인 DNA 단편으로 이루어진 DNA 마이크로어레이 칩(DNA microarray chip)을 이용하여 수행될 수 있다.According to an embodiment of the present invention, in the step (b), the step of confirming the genotype of the SNP comprises the step of analyzing the SNPs of the SNPs selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOs: 1 to 12 and the 26th nucleotide of SEQ ID NO: And a DNA microarray chip composed of a DNA fragment complementary to the polynucleotide including the polynucleotide.
본 명세서에서 용어, '마이크로어레이(microarray)' 기판 표면의 구분된 영역에 DNA 단편이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것을 의미한다. 상기 마이크로어레이는, 상기 영역이 예를 들면 400/㎠ 이상, 103/㎠, 또는 104/㎠의 밀도로 기판 상에 배열되어 있는 것일 수 있다. 마이크로어레이 칩을 이용하면 마이크로어레이를 스캐닝하여 이미지로 형상화한 후 이미지 분석프로그램으로 형광물질에 따른 발색강도를 측정하여 SNP 부위의 유전자형을 확인할 수 있다.In this specification, the term 'microarray' means that a DNA fragment is immobilized at a high density in a divided region of a substrate surface. The microarray may have the region arranged on the substrate at a density of, for example, 400 /
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 (b) 단계에서 확인한 SNP의 유전자형이 서열번호 1의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 2의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 3의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 4의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 5의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 6의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 7의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 8의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 9의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 10의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 11의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 12의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A 또는 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 C에 해당하는 경우 삽살이 품종으로 판단할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the genotype of the SNP identified in step (b) is the genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 1, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 2, the nucleotide of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 5, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 5, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 6, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 9, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 10, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 10, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: A or the genotype C of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 13, You can block.
본 발명의 다른 양상은 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 진도견 품종 확인용 키트를 제공한다.Another aspect of the present invention is a polynucleotide encoding a polynucleotide comprising a polynucleotide sequence having a polynucleotide sequence of SEQ ID NOS: 2, 4, 7, 9, 12 to 18 and a polynucleotide sequence of SEQ ID NOS: 19 to 20, The present invention provides a kit for identifying a breeding dog breed comprising a polynucleotide consisting of a consecutive DNA sequence or a complementary polynucleotide thereof.
상기 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 20은 상기 각각의 SNP 부위의 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드로 각각의 SNP 부위는 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 18에서는 21번째 뉴클레오티드이고, 서열번호 19 및 20에서는 26번째 뉴클레오티드이다. 진도견 품종 확인용 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 바람직하게는 상기 SNP 부위를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열이며, 더욱 바람직하게는 상기 SNP 부위를 포함하는 20개 이상의 연속 서열이며, 가장 바람직하게는 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 20의 각 서열이다.2, 4, 7, 9, 12 to 20 are polynucleotides containing the nucleotide sequences of the respective SNP regions, and each of the SNP regions is the 21st nucleotide in SEQ ID NOS: 2, 4, And the 26 th nucleotide in SEQ ID NOS: 19 and 20, respectively. The polynucleotide including the SNP for confirming the breeding date of the dog is preferably at least 10 consecutive DNA sequences comprising the SNP region, more preferably 20 or more consecutive sequences including the SNP region, Nos. 2, 4, 7, 9 and 12 to 20, respectively.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 20 각각에 포함되어 있는 진도견 품종 확인용 SNP는 서열번호 2에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 4에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 7에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 9에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 12에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 13에서는 26번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 14에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 15에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 16에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 17에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 18에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 19에서는 26번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 및 서열번호 20에서는 26번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C인 것이 바람직하다.According to one embodiment of the present invention, the SNP for confirming the breeding dog species contained in each of SEQ ID NOS: 2, 4, 7, 9, 12 to 20 is characterized in that the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 2 is A, The genotype of the 21st nucleotide is C, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 9 is C, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 12 is G, the 26th nucleotide in SEQ ID NO: The genotype of the 21st nucleotide is C, the genotype of the 21st nucleotide in the SEQ ID NO: 15 is T, the genotype of the 21st nucleotide in the SEQ ID NO: 16 is A, the genotype of the 21st nucleotide in the SEQ ID NO: C, the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 18 is T, the 26th nucleotide in SEQ ID NO: 19 It is the genotype of the nucleotide in the C and SEQ ID NO: 20 is the genotype of the 26th nucleotide C is preferred.
본 발명의 또 다른 양상은, According to yet another aspect of the present invention,
(i) 품종을 확인하고자 하는 개체로부터 DNA를 수득하는 단계; 및(i) obtaining DNA from the individual to which the breed is to be identified; And
(ii) 상기 수득한 DNA를 주형으로 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는 진도견 품종 확인방법을 제공한다.(ii) a genotype of at least one single nucleotide polymorphism selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOs: 2, 4, 7, 9, 12 to 18 and the 26th nucleotide of SEQ ID NOs: 19 to 20, The method comprising the steps of:
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 진도견 품종 확인방법은 (ii) 단계 이후, (iii) 상기 확인한 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형이 서열번호 2의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 4의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 7의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 9의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 12의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 14의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 15의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 16의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 17의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 18의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 19의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 C 및 서열번호 20의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 C에 해당하는 경우 진도견 품종으로 판단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the method for identifying a sidewalk cultivar may include: (i) after step (ii), (iii) the genotype of the at least one single nucleotide polymorphism identified is genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 2, The genotype C of the 21 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 7, the genotype C of the 21 < th > nucleotide of SEQ ID NO: The genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 14, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 15, the genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 16, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype T of the nucleotide, the genotype C of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 19 and the 26th nucleotide of SEQ ID NO: If the genotype C of the oligonucleotide may further comprise the step of determining the jindogyeon varieties.
상기 단계 (i)에서 개체로부터 DNA를 수득하는 방법은 상기 삽살이 품종 확인방법의 단계 (a)에서 이용한 방법과 동일하게 수행할 수 있다.The method for obtaining DNA from an individual in the step (i) can be carried out in the same manner as the method used in the step (a) of the method for identifying the spp breed.
상기 단계 (ii)에서 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계는 상기 삽살이 품종 확인방법의 단계 (b)에서 에서 이용한 방법과 동일하게 수행할 수 있으며, 다만 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 이용하는 차이가 있다.The step of confirming the genotype of the single nucleotide polymorphism in the step (ii) can be performed in the same manner as the method used in the step (b) of the snacking variety identification method, except that SEQ ID NOS: 2, 4, 7, 9, 12 There is a difference in that a primer capable of amplifying a polynucleotide selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID Nos. 19 to 20 and the 26th nucleotide of SEQ ID Nos. 19 to 20 or a complementary polynucleotide thereof is used.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 (ii) 단계에서 확인한 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형이 서열번호 2의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 4의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 7의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 9의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 12의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 14의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 15의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 16의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 17의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 18의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 19의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 C 또는 서열번호 20의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 C에 해당하는 경우 진도견 품종으로 판단할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the genotype of the at least one single nucleotide polymorphism identified in step (ii) is selected from genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 2, genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 4, The genotype C of the 21st nucleotide, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 9, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 12, the genotype G of the 26th nucleotide of SEQ ID NO: 13, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 15, the genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 16, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 17, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 18, The genotype C of the second nucleotide or the genotype C of the 26 < th > If it is, it can be judged as a kind of Jindo dog.
본 발명의 다른 양상은 서열번호 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 동경이 품종 확인용 키트를 제공한다.Another aspect of the invention includes at least one single base polymorphism selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 18 and the 26th nucleotide of SEQ ID NOS: Which comprises a polynucleotide consisting of 10 to 100 consecutive DNA sequences or a complementary polynucleotide thereof.
상기 서열번호 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 20은 상기 각각의 SNP 부위의 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드로 각각의 SNP 부위는 서열번호 21, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 18에서는 21번째 뉴클레오티드이고, 서열번호 19 및 20에서는 26번째 뉴클레오티드이다. 동경이 품종 확인용 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 바람직하게는 상기 SNP 부위를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열이며, 더욱 바람직하게는 상기 SNP 부위를 포함하는 20개 이상의 연속 서열이며, 가장 바람직하게는 서열번호 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 20의 각 서열이다.1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 20 are polynucleotides comprising the nucleotide sequences of the respective SNP regions, and each of the SNP regions comprises SEQ ID NOS: 21, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 18, and 26th nucleotides in SEQ ID NOS: 19 and 20, respectively. The polynucleotide comprising the SNP for breed identification is preferably at least 10 continuous DNA sequences comprising the SNP site, more preferably 20 or more consecutive sequences comprising the SNP site, SEQ ID NOS: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 20.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 20 각각에 포함되어 있는 동경이 품종 확인용 SNP는 서열번호 1에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 3에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 5에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 6에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 8에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 10에서는 26번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 14에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 15에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 16에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 17에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 18에서는 21번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 19에서는 26번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T 또는 서열번호 20에서는 26번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T인 것이 바람직하다.According to one embodiment of the present invention, the SNP for breed identification of the varieties included in each of 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 20 is characterized in that the genotype of the 21st nucleotide in SEQ ID NO: 1 is G, 3, the genotype of the 21st nucleotide is G, the genotype of the 21st nucleotide in the SEQ ID No. 5 is C, the genotype of the 21st nucleotide in the nucleotide number 6 is A, the genotype of the 21st nucleotide in the
본 발명의 또 다른 양상은,According to yet another aspect of the present invention,
(1) 품종을 확인하고자 하는 개체로부터 DNA를 수득하는 단계;(1) obtaining DNA from an individual to be breed;
(2) 상기 수득한 DNA를 주형으로 서열번호 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는 동경이 품종 확인방법을 제공한다.(2) The DNA obtained by using the obtained DNA as a template has at least one single nucleotide selected from the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 18 and the 26th nucleotide of SEQ ID NOS: And identifying the genotype of the base polymorphism.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 동경이 품종 확인방법은 (2) 단계 이후, (3) 상기 확인한 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형이 서열번호 1의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 3의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 5의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 6의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 8의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 10의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 14의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 15의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 16의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 17의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 18의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 19의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 T 또는 서열번호 20의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 T에 해당하는 경우 동경이 품종으로 판단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the method of the present invention is characterized in that the step (2) is followed by (3) the genotype of the at least one single nucleotide polymorphism confirmed by the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 1, The genotype G of the 21st nucleotide, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 5, the genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 6, the genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 8, the genotype A of the 26th nucleotide of SEQ ID NO: The genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 14, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 15, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 16, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype C of the second nucleotide of SEQ ID NO: 19, the genotype T of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 19, And when the genotype T of the nucleotide corresponds to the genotype T, it may further include a step of determining that the species is a cultivar.
상기 단계 (1)에서 개체로부터 DNA를 수득하는 방법은 상기 삽살이 품종 확인방법의 단계 (a)에서 이용한 방법과 동일하게 수행할 수 있다.The method for obtaining DNA from an individual in the step (1) can be carried out in the same manner as the method used in the step (a) of the method for identifying the snacking variety.
상기 단계 (2에서 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계는 상기 삽살이 품종 확인방법의 단계 (b)에서 에서 이용한 방법과 동일하게 수행할 수 있으며, 다만 서열번호 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 이용하는 차이가 있다.The step of identifying the genotype of the single nucleotide polymorphism in the step (2) can be carried out in the same manner as the method used in the step (b) of the snacking variety identification method, except that SEQ ID NOS: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 18, and 26th nucleotides of SEQ ID NOS: 19 to 20, or primers capable of amplifying a complementary polynucleotide of the polynucleotide.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 (2)에서 확인한 하나 이상의 단일염기다형성의 유전자형이 서열번호 1의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 3의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 5의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 6의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 8의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 10의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 A, 서열번호 14의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 15의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 16의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 G, 서열번호 17의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 T, 서열번호 18의 21번째 뉴클레오티드의 유전자형 C, 서열번호 19의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 T 또는 서열번호 20의 26번째 뉴클레오티드의 유전자형 T에 해당하는 경우 동경이 품종으로 판단할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the genotype of the at least one single nucleotide polymorphism identified in (2) above is genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 1, genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 3, 21 The genotype C of the first nucleotide of SEQ ID NO: 6, the genotype C of the second nucleotide of SEQ ID NO: 14, the genotype C of the second nucleotide of SEQ ID NO: The genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 15, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 16, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 17, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 18, The genotype T of the nucleotide or the genotype T of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 20 In the case of longing, it can be judged as a breed.
본 발명의 토종견 품종 확인용 단일염기다형성 마커를 이용하면 삽살이, 진도견 및 동경이 품종의 유전적 특성을 확인할 수 있고, 품종을 정확하게 확인할 수 있다.Using the single nucleotide polymorphism markers for identification of the native dog breeds of the present invention, the genetic characteristics of the snails, the true dogs, and the earliest varieties can be confirmed, and the breeds can be accurately identified.
도 1은 본 발명의 SNPs 마커에 대하여 교차 검증(cross validation)을 실시한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 2는 본 발명의 SNPs 마커를 이용하여 삽살이, 진도견 및 동경이 품종을 K=3으로 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다.FIG. 1 is a graph showing the result of cross validation of the SNPs marker of the present invention. FIG.
FIG. 2 is a graph showing the results of clustering of SNPs according to the present invention using K =
이하 하나 이상의 구체예를 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 하나 이상의 구체예를 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, one or more embodiments will be described in more detail by way of examples. However, these embodiments are intended to illustrate one or more embodiments, and the scope of the present invention is not limited to these embodiments.
실험예Experimental Example 1: 토종견에 대한 시료 수집 및 1: Sample collection for domestic dogs IlluminaIllumina Canine 167k chip 분석 Canine 167k chip analysis
국내 토종견 품종인 삽살이 118두, 진도견 15두, 동경이 20두의 시료를 수집하여 제조사의 지시에 따라 QIAamp® genomic DNA kits(Qiagen, 미국)를 이용하여 genomic DNA를 추출하였다. 추출한 genomic DNA 및 Illumina Canine 167k chip(Illumina, 미국)을 이용하여 제조사의 지시에 따라 SNP 분석을 실시하였다.Genomic DNA was extracted using QIAamp ® genomic DNA kits (Qiagen, USA) according to the manufacturer 's instructions. The samples were collected from 118 domestic dogs, 15 dogs, and 20 dogs. The extracted genomic DNA and Illumina Canine 167k chip (Illumina, USA) were used to perform SNP analysis according to the manufacturer's instructions.
실험예Experimental Example 2: Chip 데이터 분석 결과 2: Chip data analysis result
상기 실시예 1에서 수득한 chip 데이터를 이용하여 대립인자(allele)의 고정/빈도의 차이 정도를 품종별로 비교하였다. Using the chip data obtained in Example 1, the degree of difference in fixing / frequency of alleles was compared for each variety.
그 결과, 삽살이-진도견, 삽살이-동경이 및 진도견-동경이 각각의 품종 사이에서 대립인자의 빈도 차이가 있는 것을 확인하였으며 이를 표 1에 나타내었다. 대립인자 빈도 차이는 내림차순으로 정렬하였다.As a result, it was confirmed that there was a difference in allelic frequency among the different varieties of Zushi-Jindo dog, Zushi-Jindo dog, and Jindo dog-Tokyo. Allelic frequency differences were sorted in descending order.
실험예Experimental Example 3: 3: 삽살이Snatch 품종 확인용 For breed identification SNPsSNPs 발굴 및 검증 Excavation and verification
상기 실험예 2에서 분석한 SNPs 중에서 품종간 대립인자 빈도차이가 0.7 이상 (삽살이-진도견 0.87 이상, 삽살이-동경이 0.89 이상 및 진도견-동경이 0.7 이상)인 SNPs를 품종별로 7개씩 선별하고, 중복된 SNPs를 제거하여 20개의 SNPs를 발굴하였다.Among the SNPs analyzed in Experimental Example 2, seven SNPs with a difference in allelic frequency among the breeds of 0.7 or more (SNPs with a spoilage-gypseoid ratio of 0.87 or more, And 20 SNPs were excavated.
상기 발굴한 20개의 SNPs 마커가 삽살이, 진도견 및 동경이 품종을 유전적으로 잘 분리할 수 있는지 확인하기 위하여 ADMIXTURE software(UCLA human genetics, 미국)를 이용하여 각 개체간의 유전적 관계 및 집단 안의 유전적 유사성 (genetic relationships and genetic similarities)을 확인하였다.In order to confirm whether the 20 SNPs identified in this study can genetically isolate the spikelet, Jindo dog, and Tokyo variety, the genetic relationship between each individual and the genetic similarity within the group using ADMIXTURE software (UCLA human genetics, USA) (genetic relationships and genetic similarities).
구체적으로, 선발된 20개의 SNPs가 몇 개의 클러스터 집단을 최적으로 분리하는지 확인하기 위하여 K를 1부터 10까지 설정하여 분석한 결과 도 1에 나타난 것과 같이 K=3 일 때 가장 낮은 cross-validation(CV) error를 가지는 것을 확인하였다.Specifically, to determine the optimal separation of the cluster groups of 20 SNPs selected, K was set from 1 to 10, and as a result, as shown in Fig. 1, the lowest cross-validation (CV ) error.
또한, 품종을 확인하는 비율을 확인하기 위하여 개체별 3가지 클러스터링(clustering) 비율의 평균을 품종별로 계산하였다. 그 결과 하기 표 2에 나타난 것과 같이 발굴한 SNPs 마커는 삽살이 품종을 약 95% 이상 확인할 수 있고, 진도견 품종은 91% 이상, 동경이 품종은 89% 이상 확인할 수 있음을 확인하였다. 3개 품종에서 추정된 Cluster K=3의 Bar plot을 도 2에 나타내었다. 도 2의 그래프에서 적색은 삽살이를 의미하고, 청색은 동경이 및 녹색은 진도견을 의미한다.In order to confirm the rate of confirming the varieties, the average of the three clustering ratios per individual was calculated for each breed. As a result, it was confirmed that the SNPs markers found in the following Table 2 can confirm at least 95% of the snack cultivars, 91% of the Jindo dog cultivars, and 89% of the varieties of the oriental cultivars. Bar plot of Cluster K = 3 estimated from three cultivars is shown in Fig. In the graph of Fig. 2, red means snack, blue means longitude and green means sagittal.
발굴한 토종견 품종 확인용 SNPs 마커를 하기 표 3에 나타내었으며, 마커 서열에서 [A/B]란 염기 A가 염기 B로 돌연변이된 것을 의미한다.The SNPs markers for identification of the extracted domesticated dog breeds are shown in Table 3, and the [A / B] in the marker sequence means that the base A is mutated to the base B.
이제까지 본 발명에 대하여 그 바람직한 실시예들을 중심으로 살펴보았다. 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 본 발명의 본질적인 특성에서 벗어나지 않는 범위에서 변형된 형태로 구현될 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 개시된 실시예들은 한정적인 관점이 아니라 설명적인 관점에서 고려되어야 한다. 본 발명의 범위는 전술한 설명이 아니라 특허청구범위에 나타나 있으며, 그와 동등한 범위 내에 있는 모든 차이점은 본 발명에 포함된 것으로 해석되어야 할 것이다.The present invention has been described with reference to the preferred embodiments. It will be understood by those skilled in the art that various changes in form and details may be made therein without departing from the spirit and scope of the invention as defined by the appended claims. Therefore, the disclosed embodiments should be considered in an illustrative rather than a restrictive sense. The scope of the present invention is defined by the appended claims rather than by the foregoing description, and all differences within the scope of equivalents thereof should be construed as being included in the present invention.
<110> YEONGNAM UNIVERSITY RESEARCH AND BUSINESS FOUNDATION <120> SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM MARKERS FOR IDENTIFYING KOREAN TRADITIONAL DOG BREEDS AND USES THEREOF <130> PN160305 <160> 20 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> A or G <400> 1 acatggttag acttgcaggc ntcctcttaa ggcaaacacc t 41 <210> 2 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G or A <400> 2 cccttatgct ctgcctaaca naagtttatt cacttctcaa a 41 <210> 3 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> A or G <400> 3 ccaccacttg ccagacttcc ncatccctta ctcctacacg c 41 <210> 4 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G or A <400> 4 gttcacaaag tcaggagtga ncattctatt tgttatttct a 41 <210> 5 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 5 aactgtaata aaaaagcaca nacccatgta tcttcatgct t 41 <210> 6 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> C or A <400> 6 gtatcacctg ttaatgaagg ntacaaggca gaggcctctg c 41 <210> 7 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 7 caaggaattt tcctgttgtg ntcctgctca gcaaatcaaa c 41 <210> 8 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G or A <400> 8 gtgagctcta gaccgagtca naccagttgg gggtggtggg g 41 <210> 9 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 9 ttgtggggta tagttctttt ngttctacaa agagaccaat g 41 <210> 10 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G or A <400> 10 actgtaccac tcccagagaa nagagagaag cctacctcaa a 41 <210> 11 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 11 gaaactgttg tgaagtaaag ntaggagcca gaaggcccac t 41 <210> 12 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> A or G <400> 12 ggaatgaggt ttttcatttc ngctccttcc ttttcagatg c 41 <210> 13 <211> 51 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (26) <223> A or G <400> 13 aacaaggggt gcagaaaagc agcaanagca gcaaccaata gcagctaaac t 51 <210> 14 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> C or T <400> 14 ctgaaatgaa ctttctttca nttcacaaag aaaatgaaac c 41 <210> 15 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 15 taccagatga ggagaggtac nggaattgca tgatcattat g 41 <210> 16 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> A or G <400> 16 tgatataaac atgtgcgtaa ntataccaaa ggatgtggtc a 41 <210> 17 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> C or T <400> 17 agagttgagg atcttaatat ngctctctct ctctttaaat a 41 <210> 18 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 18 gggagttttc cttaatcata nggttgaaag taaggaagga a 41 <210> 19 <211> 51 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (26) <223> C or T <400> 19 tgacttagtg ggcacactcc attttnatct ggctatcatg ctttcattgc a 51 <210> 20 <211> 51 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (26) <223> C or T <400> 20 atcctgctag ctctcctctc cacttntctg ttttccaagg ctgggttcgt c 51 <110> YEONGNAM UNIVERSITY RESEARCH AND BUSINESS FOUNDATION <120> SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM MARKERS FOR IDENTIFYING KOREAN TRADITIONAL DOG BREEDS AND USES THEREOF <130> PN160305 <160> 20 <170> KoPatentin 3.0 <210> 1 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> A or G <400> 1 acatggttag acttgcaggc ntcctcttaa ggcaaacacc t 41 <210> 2 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G ore <400> 2 cccttatgct ctgcctaaca naagtttatt cacttctcaa a 41 <210> 3 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> A or G <400> 3 ccaccacttg ccagacttcc ncatccctta ctcctacacg c 41 <210> 4 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G ore <400> 4 gttcacaaag tcaggagtga ncattctatt tgttatttct a 41 <210> 5 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 5 aactgtaata aaaaagcaca nacccatgta tcttcatgct t 41 <210> 6 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> C or A <400> 6 gtatcacctg ttaatgaagg ntacaaggca gaggcctctg c 41 <210> 7 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 7 caaggaattt tcctgttgtg ntcctgctca gcaaatcaaa c 41 <210> 8 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G ore <400> 8 gtgagctcta gaccgagtca naccagttgg gggtggtggg g 41 <210> 9 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 9 ttgtggggta tagttctttt ngttctacaa agagaccaat g 41 <210> 10 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> G ore <400> 10 actgtaccac tcccagagaa nagagagaag cctacctcaa a 41 <210> 11 <211> 41 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele <222> (21) <223> T or C <400> 11 gaaactgttg tgaagtaaag ntaggagcca gaaggcccac t 41 <210> 12 <211> 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nggttgaaag taaggaagga a 41 <210> 19 <211> 51 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele (26) <223> C or T <400> 19 tgacttagtg ggcacactcc attttnatct ggctatcatg ctttcattgc a 51 <210> 20 <211> 51 <212> DNA <213> Canis lupus <220> <221> allele (26) <223> C or T <400> 20 atcctgctag ctctcctctc cacttntctg ttttccaagg ctgggttcgt c 51
Claims (12)
A polynucleotide consisting of 10 to 100 consecutive DNA sequences comprising a single nucleotide polymorphism of the group consisting of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1 to 12 and the 26th nucleotide of SEQ ID NO: 13, or a complementary A kit for identifying a spp breed comprising a polynucleotide.
2. The method according to claim 1, wherein the single nucleotide polymorphism is a polymorphism in which the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 1 is A, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 2 is G, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 3 is A, The genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 5 is T, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 6 is T, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 10 is T, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 10 is G, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 11 is T, the 21st nucleotide of SEQ ID NO: And the genotype of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 13 is " C ". Kits.
(b) 상기 수득한 DNA를 주형으로 서열번호 1 내지 12의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 13의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 모든 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는 삽살이 품종 확인방법.
(a) obtaining DNA from an individual to which a variety is to be identified; And
(b) identifying the genotype of all single nucleotide polymorphisms in the group consisting of the 21 < th > nucleotide of SEQ ID NOS: 1 to 12 and the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 13 using the obtained DNA as a template.
4. The method according to claim 3, wherein, after step (b), (c) the genotype of the at least one single nucleotide polymorphism identified is genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 1, genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 2, 3, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 4, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 5, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 6, the nucleotide C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 8, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 9, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 10, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 11, The genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 13 and the genotype C of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: Wherein the step of determining the type of the snack is further characterized by determining that the snack is a snack.
10 to 100 consecutive DNAs including all of the single nucleotide polymorphism of the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 2, 4, 7, 9, 12 to 18 and the 26th nucleotide of SEQ ID NOS: 19 to 20 Wherein the polynucleotide comprises a polynucleotide sequence complementary to the polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof.
6. The polynucleotide of claim 5, wherein the polymorphism of the single nucleotide polymorphism is characterized in that the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 2 is A, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 4 is A, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 7 is C, The genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 12 is G, the genotype of the 26th nucleotide of SEQ ID NO: 13 is G, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 14 is C, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype of the second nucleotide of SEQ ID NO: 18 is T, the genotype of the 21 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 16 is A, the genotype of the 21 & And the genotype of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 20 is " C & Kit.
(ⅱ) 상기 수득한 DNA를 주형으로 서열번호 2, 4, 7, 9, 12 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 군에서 모든 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는 진도견 품종 확인방법.
(I) obtaining DNA from the individual to be identified; And
(Ii) identifying the genotype of all single nucleotide polymorphisms in the group as the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 2, 4, 7, 9, 12 to 18 and 26th nucleotides of SEQ ID NOS: 19 to 20, The method comprising the steps of:
8. The method according to claim 7, wherein after the step (ii), (iii) the genotype of the at least one single nucleotide polymorphism identified is genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 2, genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 7, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 9, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 12, the genotype G of the 26th nucleotide of SEQ ID NO: 13, the genotype G of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 15, the genotype A of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 16, the genotype C of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 17, the genotype T of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 18, The genotype C of the 26 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 20 and the genotype C of the 26 & If jindogyeon way check varieties characterized in that it comprises the further step of determining the jindogyeon varieties.
(SEQ ID NOS: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 18, and 26 th nucleotides of SEQ ID NOS: 19 to 20) Comprising a polynucleotide consisting of consecutive DNA sequences or a complementary polynucleotide thereof.
10. The polynucleotide according to claim 9, wherein the polymorphism of the single nucleotide polymorphism is characterized in that the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 1 is G, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 3 is G, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 5 is C, The genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 8 is A, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: 8 is A, the genotype of the 26th nucleotide of SEQ ID NO: 10 is A, the genotype of the 21st nucleotide of SEQ ID NO: The genotype of the second nucleotide of SEQ ID NO: 18 is C, the genotype of the 21 < th > nucleotide of SEQ ID NO: 16 is G, the genotype of the 21 & The genotype of T and the genotype of the 26 th nucleotide of SEQ ID NO: 20 is T. Kit.
(2) 상기 수득한 DNA를 주형으로 서열번호 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 내지 18의 21번째 뉴클레오티드 및 서열번호 19 내지 20의 26번째 뉴클레오티드로 군에서 모든 단일염기다형성의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는 동경이 품종 확인방법.
(1) obtaining DNA from an individual to be breed; And
(2) Using the obtained DNA as a template, the genotypes of all single nucleotide polymorphisms in the group as the 21st nucleotide of SEQ ID NOS: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 14 to 18 and the 26th nucleotide of SEQ ID NOS: The method comprising the steps of:
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Cited By (1)
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| KR20200102895A (en) * | 2019-02-22 | 2020-09-01 | 이원다이애그노믹스(주) | Animal Identification Method using SNP marker |
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| GRNT | Written decision to grant |