JPWO2020081415A5 - - Google Patents
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Description
[本発明1001]
ウイルス粒子を含む参照組成物の感染性に対するウイルス粒子を含む試験組成物の感染性を決定するための方法であって、
a.標的細胞に前記試験組成物及び参照組成物を別々に接種する工程と、
b.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
c.前記試験組成物及び参照組成物を接種された前記標的細胞から、それぞれ試験核酸試料及び参照核酸試料を単離する工程と、
d.前記試験核酸試料及び前記参照核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程と
を含む、前記方法。
[本発明1002]
ウイルス粒子を含む参照組成物の感染性に対するウイルス粒子を含む試験組成物の感染性を決定するための方法であって、
a.前記試験組成物及び参照組成物の系列希釈物を調製する工程と、
b.標的細胞に前記試験組成物及び参照組成物の前記系列希釈物を別々に接種する工程と、
c.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
d.前記試験組成物及び参照組成物を接種された前記標的細胞から、それぞれ試験核酸試料及び参照核酸試料を単離する工程と、
e.前記試験核酸試料及び前記参照核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程と
を含む、前記方法。
[本発明1003]
前記系列希釈物が、10倍未満の希釈物である、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記系列希釈物が、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、または8倍の希釈物である、本発明1002の方法。
[本発明1005]
前記系列希釈物が、2倍の希釈物である、本発明1002の方法。
[本発明1006]
前記系列希釈物が、少なくとも2種類の希釈物、少なくとも3種類の希釈物、少なくとも5種類の希釈物、または少なくとも10種類の希釈物を含む、本発明1002~1005のいずれかの方法。
[本発明1007]
前記系列希釈物が、2~20種類の希釈物を含む、本発明1002~1005のいずれかの方法。
[本発明1008]
平行線モデルを用いて、前記参照組成物に対する前記試験組成物の感染性を計算する工程をさらに含む、本発明1002~1007のいずれかの方法。
[本発明1009]
前記参照組成物に対する前記試験組成物の感染性を計算する前記工程が、
a.試験組成物及び参照組成物の各希釈度についてのVGC:TCGC比を計算することと、
b.前記試験組成物及び参照組成物についての対数希釈度に対し対数VGC:TCGC比をプロットすることと、
c.共通の傾きを用いて、前記試験組成物及び参照組成物のデータポイントを試験組成物及び参照組成物の線にフィットさせることと、
d.前記参照組成物に対する前記試験組成物の感染性を
として計算することと
を含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
変動係数(cv)が、約100%未満、約50%未満、または約25%未満である、本発明1001~1009のいずれかの方法。
[本発明1011]
標的細胞に接種する前記工程が、ウイルス粒子の存在下で前記標的細胞を
a.約5分から約3日の間、
b.約12時間から約36時間の間、
c.約18時間から約30時間の間、
d.約1時間、約2時間、約6時間、約12時間、約18時間、約24時間、約30時間、もしくは約36時間、
e.約1日、もしくは約1.5日、もしくは約2日、または
f.約24時間
にわたってインキュベートすることを含む、本発明1001~1010のいずれかの方法。
[本発明1012]
核酸組成物中の前記VGC及びTCGCがポリメラーゼ連鎖反応によって決定される、本発明1001~1011のいずれかの方法。
[本発明1013]
前記ポリメラーゼ連鎖反応が定量的ポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1012の方法。
[本発明1014]
前記ポリメラーゼ連鎖反応がデジタルポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1012の方法。
[本発明1015]
前記ウイルス粒子が複製欠損型ウイルスである、本発明1001~1014のいずれかの方法。
[本発明1016]
前記複製欠損型ウイルスが、AAV、アデノウイルス、ワクシニア、またはレンチウイルスである、本発明1015の方法。
[本発明1017]
前記複製欠損型ウイルスがレトロウイルスである、本発明1015の方法。
[本発明1018]
前記複製欠損型ウイルスがAAVである、本発明1015の方法。
[本発明1019]
前記AAVが組換えAAV(rAAV)である、本発明1018の方法。
[本発明1020]
前記rAAVが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、及びAAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、またはAAV.HSC16血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
前記rAAVが、AAV8血清型またはAAV9血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記標的細胞が、BHK21、HEK293、BEAS-2BS、HeLaS3、Huh-7、Hepa1-6、またはA549細胞である、本発明1001~1021のいずれかの方法。
[本発明1023]
前記標的細胞がHuh-7細胞である、本発明1022の方法。
[本発明1024]
前記試験組成物及び前記参照組成物が同じ力価を有し、前記力価がミリリットル当たりのゲノムコピー(GC)として測定される、本発明1001~1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
前記試験組成物及び前記参照組成物が異なる力価を有し、前記力価がミリリットル当たりのゲノムコピー(GC)として測定される、本発明1001~1023のいずれかの方法。
[本発明1026]
前記試験組成物の前記力価が、約1×10e+10GC/ml~約1×10e+13GC/mlのrAAV粒子である、本発明1024または本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記参照組成物の前記力価が、約1×10e+10GC/ml~約1×10e+13GC/mlのrAAV粒子である、本発明1024~1026のいずれかの方法。
[本発明1028]
0、1、2、3、4、または5つの置換を含む、以下のヌクレオチド配列:
を含む約15~約40個のヌクレオチドを有する、単離されたポリヌクレオチド。
[本発明1029]
約15~約40個のヌクレオチドを有し、SEQ ID NO:1~6のうちの1つのヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
[本発明1030]
SEQ ID NO:1~6のうちの1つのヌクレオチド配列からなる、単離されたポリヌクレオチド。
[本発明1031]
(i)本発明1028~1030のいずれかのポリヌクレオチドと、(ii)前記ポリヌクレオチドに共有結合している検出可能な標識とを含む、組成物。
[本発明1032]
前記検出可能な標識が蛍光標識である、本発明1031の組成物。
[本発明1033]
前記検出可能な標識が、FAM、JOE、TAMRA、及びROXのうちの1つ以上を含む、本発明1032の組成物。
[本発明1034]
順方向プライマー及び逆方向プライマーの対であって、前記順方向プライマー及び逆方向プライマーがそれぞれSEQ ID NO:1及び2のポリヌクレオチド配列を含む、前記対。
[本発明1035]
順方向プライマー及び逆方向プライマーの対であって、前記順方向プライマー及び逆方向プライマーがそれぞれSEQ ID NO:4及び5のポリヌクレオチド配列を含む、前記対。
[本発明1036]
プローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せであって、前記順方向プライマー、逆方向プライマー、及びプローブが、それぞれSEQ ID NO:1、2、及び3のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを含む、前記組合せ。
[本発明1037]
プローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せであって、前記順方向プライマー、逆方向プライマー、及びプローブが、それぞれSEQ ID NO:4、5、及び6のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを含む、前記組合せ。
[本発明1038]
目的ポリヌクレオチドを生成する方法であって、本発明1034または1035の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対を用いて、生物学的試料からのDNAをポリメラーゼ連鎖反応に供する工程を含む、前記方法。
[本発明1039]
目的ポリヌクレオチドを生成する方法であって、本発明1036または1037のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せを用いて、生物学的試料からのDNAをポリメラーゼ連鎖反応に供する工程を含む、前記方法。
[本発明1040]
試料中のrAAVを検出するためのキットであって、SEQ ID NO:1~3からなる群より選択される1つ以上のポリヌクレオチドを含む、前記キット。
[本発明1041]
試料中のrAAVを検出するためのキットであって、本発明1034の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対を含む、前記キット。
[本発明1042]
試料中のrAAVを検出するためのキットであって、本発明1036のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せを含む、前記キット。
[本発明1043]
参照試料の感染性に対するrAAV試験試料の感染性を決定するためのキットであって、本発明1034の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対を含む、前記キット。
[本発明1044]
本発明1035の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対をさらに含む、本発明1043のキット。
[本発明1045]
参照組成物の感染性に対するrAAV試験組成物の感染性を決定するためのキットであって、本発明1036のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せを含む、前記キット。
[本発明1046]
本発明1037のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せをさらに含む、本発明1045のキット。
[本発明1047]
rAAV参照組成物をさらに含む、本発明1040~1046のいずれかのキット。
[本発明1048]
以下の工程を含む、異なる条件下でのウイルス粒子の組成物の相対的感染性を決定するための方法:
a.第1及び第2の条件セットの下で、標的細胞にウイルス粒子を含む前記組成物を接種する工程と、
b.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
c.前記第1及び第2の条件セットの下で接種された標的細胞から、それぞれ第1及び第2の核酸試料を単離する工程と、
d.前記第1及び第2の核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程。
[本発明1049]
前記第1及び第2の条件セットが、同じ標的細胞を使用する、本発明1048の方法。
[本発明1050]
前記第1及び第2の条件セットが、異なる標的細胞を使用する、本発明1048の方法。
[本発明1051]
前記異なる標的細胞が、異なる遺伝子修飾を含む、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記異なる標的細胞が、前記標的細胞のうちの1つに遺伝子修飾が存在することを除いて同一である、本発明1050の方法。
[本発明1053]
標的細胞に接種する前記工程が、標的細胞に前記組成物の系列希釈物を接種することを含む、本発明1049~1052のいずれかの方法。
[本発明1054]
前記系列希釈物が、2倍の希釈物である、本発明1053の方法。
[本発明1055]
標的細胞に接種する前記工程が、標的細胞に前記組成物の系列希釈物を接種することを含む、本発明1053または本発明1054の方法。
[本発明1056]
平行線モデルを用いて、前記第1及び第2の条件セットの下で、前記組成物の相対的感染性を計算する工程をさらに含む、本発明1053~1055のいずれかの方法。
[本発明1057]
前記第1及び第2の条件セットの下で、前記組成物の相対感染性を計算する前記工程が、
a.前記第1及び第2の条件セットの各希釈度についてのVGC:TCGC比を計算することと、
b.前記第1及び第2の条件セットについての対数希釈度に対し対数VGC:TCGC比をプロットすることと、
c.共通の傾きを用いて、前記第1及び第2の条件セットのデータポイントを第1及び第2の条件の線にフィットさせることと、
d.前記第2の条件に対する前記第1の条件の下での感染性を
として計算することと
を含む、本発明1056の方法。
[本発明1058]
変動係数(cv)が、約100%未満、約50%未満、または約25%未満である、本発明1053~1057のいずれかの方法。
[本発明1059]
核酸組成物中の前記VGC及びTCGCがポリメラーゼ連鎖反応によって決定される、本発明1053~1058のいずれかの方法。
[本発明1060]
前記ポリメラーゼ連鎖反応が定量的ポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1059の方法。
[本発明1061]
前記ポリメラーゼ連鎖反応がデジタルポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1059の方法。
[本発明1062]
前記ウイルス粒子が複製欠損型ウイルスである、本発明1048~1061のいずれかの方法。
[本発明1063]
前記複製欠損型ウイルスが、AAV、アデノウイルス、ワクシニア、またはレンチウイルスである、本発明1062の方法。
[本発明1064]
前記複製欠損型ウイルスがレトロウイルスである、本発明1062の方法。
[本発明1065]
前記複製欠損型ウイルスがAAVである、本発明1062の方法。
[本発明1066]
前記AAVが組換えAAV(rAAV)である、本発明1065の方法。
[本発明1067]
前記rAAVが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、及びAAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、またはAAV.HSC16血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1066の方法。
[本発明1068]
前記rAAVが、AAV8血清型またはAAV9血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1067の方法。
[本発明1069]
少なくとも1つの条件セットの下での前記標的細胞が、BHK21、HEK293、BEAS-2BS、HeLaS3、Huh-7、Hepa1-6、またはA549細胞を含む、本発明1048~1068のいずれかの方法。
[本発明1070]
少なくとも1つの条件セットの下での前記標的細胞がHuh-7細胞を含む、本発明1022または1069の方法。
本明細書で説明される組成物及び方法のさらなる他の特徴及び利点は、添付の図面と共に読めば、以下の詳細な説明からさらに明らかになるであろう。
ウイルス粒子を含む参照組成物の感染性に対するウイルス粒子を含む試験組成物の感染性を決定するための方法であって、
a.標的細胞に前記試験組成物及び参照組成物を別々に接種する工程と、
b.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
c.前記試験組成物及び参照組成物を接種された前記標的細胞から、それぞれ試験核酸試料及び参照核酸試料を単離する工程と、
d.前記試験核酸試料及び前記参照核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程と
を含む、前記方法。
[本発明1002]
ウイルス粒子を含む参照組成物の感染性に対するウイルス粒子を含む試験組成物の感染性を決定するための方法であって、
a.前記試験組成物及び参照組成物の系列希釈物を調製する工程と、
b.標的細胞に前記試験組成物及び参照組成物の前記系列希釈物を別々に接種する工程と、
c.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
d.前記試験組成物及び参照組成物を接種された前記標的細胞から、それぞれ試験核酸試料及び参照核酸試料を単離する工程と、
e.前記試験核酸試料及び前記参照核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程と
を含む、前記方法。
[本発明1003]
前記系列希釈物が、10倍未満の希釈物である、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記系列希釈物が、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、または8倍の希釈物である、本発明1002の方法。
[本発明1005]
前記系列希釈物が、2倍の希釈物である、本発明1002の方法。
[本発明1006]
前記系列希釈物が、少なくとも2種類の希釈物、少なくとも3種類の希釈物、少なくとも5種類の希釈物、または少なくとも10種類の希釈物を含む、本発明1002~1005のいずれかの方法。
[本発明1007]
前記系列希釈物が、2~20種類の希釈物を含む、本発明1002~1005のいずれかの方法。
[本発明1008]
平行線モデルを用いて、前記参照組成物に対する前記試験組成物の感染性を計算する工程をさらに含む、本発明1002~1007のいずれかの方法。
[本発明1009]
前記参照組成物に対する前記試験組成物の感染性を計算する前記工程が、
a.試験組成物及び参照組成物の各希釈度についてのVGC:TCGC比を計算することと、
b.前記試験組成物及び参照組成物についての対数希釈度に対し対数VGC:TCGC比をプロットすることと、
c.共通の傾きを用いて、前記試験組成物及び参照組成物のデータポイントを試験組成物及び参照組成物の線にフィットさせることと、
d.前記参照組成物に対する前記試験組成物の感染性を
として計算することと
を含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
変動係数(cv)が、約100%未満、約50%未満、または約25%未満である、本発明1001~1009のいずれかの方法。
[本発明1011]
標的細胞に接種する前記工程が、ウイルス粒子の存在下で前記標的細胞を
a.約5分から約3日の間、
b.約12時間から約36時間の間、
c.約18時間から約30時間の間、
d.約1時間、約2時間、約6時間、約12時間、約18時間、約24時間、約30時間、もしくは約36時間、
e.約1日、もしくは約1.5日、もしくは約2日、または
f.約24時間
にわたってインキュベートすることを含む、本発明1001~1010のいずれかの方法。
[本発明1012]
核酸組成物中の前記VGC及びTCGCがポリメラーゼ連鎖反応によって決定される、本発明1001~1011のいずれかの方法。
[本発明1013]
前記ポリメラーゼ連鎖反応が定量的ポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1012の方法。
[本発明1014]
前記ポリメラーゼ連鎖反応がデジタルポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1012の方法。
[本発明1015]
前記ウイルス粒子が複製欠損型ウイルスである、本発明1001~1014のいずれかの方法。
[本発明1016]
前記複製欠損型ウイルスが、AAV、アデノウイルス、ワクシニア、またはレンチウイルスである、本発明1015の方法。
[本発明1017]
前記複製欠損型ウイルスがレトロウイルスである、本発明1015の方法。
[本発明1018]
前記複製欠損型ウイルスがAAVである、本発明1015の方法。
[本発明1019]
前記AAVが組換えAAV(rAAV)である、本発明1018の方法。
[本発明1020]
前記rAAVが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、及びAAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、またはAAV.HSC16血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
前記rAAVが、AAV8血清型またはAAV9血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記標的細胞が、BHK21、HEK293、BEAS-2BS、HeLaS3、Huh-7、Hepa1-6、またはA549細胞である、本発明1001~1021のいずれかの方法。
[本発明1023]
前記標的細胞がHuh-7細胞である、本発明1022の方法。
[本発明1024]
前記試験組成物及び前記参照組成物が同じ力価を有し、前記力価がミリリットル当たりのゲノムコピー(GC)として測定される、本発明1001~1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
前記試験組成物及び前記参照組成物が異なる力価を有し、前記力価がミリリットル当たりのゲノムコピー(GC)として測定される、本発明1001~1023のいずれかの方法。
[本発明1026]
前記試験組成物の前記力価が、約1×10e+10GC/ml~約1×10e+13GC/mlのrAAV粒子である、本発明1024または本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記参照組成物の前記力価が、約1×10e+10GC/ml~約1×10e+13GC/mlのrAAV粒子である、本発明1024~1026のいずれかの方法。
[本発明1028]
0、1、2、3、4、または5つの置換を含む、以下のヌクレオチド配列:
を含む約15~約40個のヌクレオチドを有する、単離されたポリヌクレオチド。
[本発明1029]
約15~約40個のヌクレオチドを有し、SEQ ID NO:1~6のうちの1つのヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
[本発明1030]
SEQ ID NO:1~6のうちの1つのヌクレオチド配列からなる、単離されたポリヌクレオチド。
[本発明1031]
(i)本発明1028~1030のいずれかのポリヌクレオチドと、(ii)前記ポリヌクレオチドに共有結合している検出可能な標識とを含む、組成物。
[本発明1032]
前記検出可能な標識が蛍光標識である、本発明1031の組成物。
[本発明1033]
前記検出可能な標識が、FAM、JOE、TAMRA、及びROXのうちの1つ以上を含む、本発明1032の組成物。
[本発明1034]
順方向プライマー及び逆方向プライマーの対であって、前記順方向プライマー及び逆方向プライマーがそれぞれSEQ ID NO:1及び2のポリヌクレオチド配列を含む、前記対。
[本発明1035]
順方向プライマー及び逆方向プライマーの対であって、前記順方向プライマー及び逆方向プライマーがそれぞれSEQ ID NO:4及び5のポリヌクレオチド配列を含む、前記対。
[本発明1036]
プローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せであって、前記順方向プライマー、逆方向プライマー、及びプローブが、それぞれSEQ ID NO:1、2、及び3のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを含む、前記組合せ。
[本発明1037]
プローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せであって、前記順方向プライマー、逆方向プライマー、及びプローブが、それぞれSEQ ID NO:4、5、及び6のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを含む、前記組合せ。
[本発明1038]
目的ポリヌクレオチドを生成する方法であって、本発明1034または1035の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対を用いて、生物学的試料からのDNAをポリメラーゼ連鎖反応に供する工程を含む、前記方法。
[本発明1039]
目的ポリヌクレオチドを生成する方法であって、本発明1036または1037のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せを用いて、生物学的試料からのDNAをポリメラーゼ連鎖反応に供する工程を含む、前記方法。
[本発明1040]
試料中のrAAVを検出するためのキットであって、SEQ ID NO:1~3からなる群より選択される1つ以上のポリヌクレオチドを含む、前記キット。
[本発明1041]
試料中のrAAVを検出するためのキットであって、本発明1034の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対を含む、前記キット。
[本発明1042]
試料中のrAAVを検出するためのキットであって、本発明1036のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せを含む、前記キット。
[本発明1043]
参照試料の感染性に対するrAAV試験試料の感染性を決定するためのキットであって、本発明1034の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対を含む、前記キット。
[本発明1044]
本発明1035の順方向プライマー及び逆方向プライマーの対をさらに含む、本発明1043のキット。
[本発明1045]
参照組成物の感染性に対するrAAV試験組成物の感染性を決定するためのキットであって、本発明1036のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せを含む、前記キット。
[本発明1046]
本発明1037のプローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せをさらに含む、本発明1045のキット。
[本発明1047]
rAAV参照組成物をさらに含む、本発明1040~1046のいずれかのキット。
[本発明1048]
以下の工程を含む、異なる条件下でのウイルス粒子の組成物の相対的感染性を決定するための方法:
a.第1及び第2の条件セットの下で、標的細胞にウイルス粒子を含む前記組成物を接種する工程と、
b.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
c.前記第1及び第2の条件セットの下で接種された標的細胞から、それぞれ第1及び第2の核酸試料を単離する工程と、
d.前記第1及び第2の核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程。
[本発明1049]
前記第1及び第2の条件セットが、同じ標的細胞を使用する、本発明1048の方法。
[本発明1050]
前記第1及び第2の条件セットが、異なる標的細胞を使用する、本発明1048の方法。
[本発明1051]
前記異なる標的細胞が、異なる遺伝子修飾を含む、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記異なる標的細胞が、前記標的細胞のうちの1つに遺伝子修飾が存在することを除いて同一である、本発明1050の方法。
[本発明1053]
標的細胞に接種する前記工程が、標的細胞に前記組成物の系列希釈物を接種することを含む、本発明1049~1052のいずれかの方法。
[本発明1054]
前記系列希釈物が、2倍の希釈物である、本発明1053の方法。
[本発明1055]
標的細胞に接種する前記工程が、標的細胞に前記組成物の系列希釈物を接種することを含む、本発明1053または本発明1054の方法。
[本発明1056]
平行線モデルを用いて、前記第1及び第2の条件セットの下で、前記組成物の相対的感染性を計算する工程をさらに含む、本発明1053~1055のいずれかの方法。
[本発明1057]
前記第1及び第2の条件セットの下で、前記組成物の相対感染性を計算する前記工程が、
a.前記第1及び第2の条件セットの各希釈度についてのVGC:TCGC比を計算することと、
b.前記第1及び第2の条件セットについての対数希釈度に対し対数VGC:TCGC比をプロットすることと、
c.共通の傾きを用いて、前記第1及び第2の条件セットのデータポイントを第1及び第2の条件の線にフィットさせることと、
d.前記第2の条件に対する前記第1の条件の下での感染性を
として計算することと
を含む、本発明1056の方法。
[本発明1058]
変動係数(cv)が、約100%未満、約50%未満、または約25%未満である、本発明1053~1057のいずれかの方法。
[本発明1059]
核酸組成物中の前記VGC及びTCGCがポリメラーゼ連鎖反応によって決定される、本発明1053~1058のいずれかの方法。
[本発明1060]
前記ポリメラーゼ連鎖反応が定量的ポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1059の方法。
[本発明1061]
前記ポリメラーゼ連鎖反応がデジタルポリメラーゼ連鎖反応である、本発明1059の方法。
[本発明1062]
前記ウイルス粒子が複製欠損型ウイルスである、本発明1048~1061のいずれかの方法。
[本発明1063]
前記複製欠損型ウイルスが、AAV、アデノウイルス、ワクシニア、またはレンチウイルスである、本発明1062の方法。
[本発明1064]
前記複製欠損型ウイルスがレトロウイルスである、本発明1062の方法。
[本発明1065]
前記複製欠損型ウイルスがAAVである、本発明1062の方法。
[本発明1066]
前記AAVが組換えAAV(rAAV)である、本発明1065の方法。
[本発明1067]
前記rAAVが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、及びAAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、またはAAV.HSC16血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1066の方法。
[本発明1068]
前記rAAVが、AAV8血清型またはAAV9血清型のカプシドタンパク質を含む、本発明1067の方法。
[本発明1069]
少なくとも1つの条件セットの下での前記標的細胞が、BHK21、HEK293、BEAS-2BS、HeLaS3、Huh-7、Hepa1-6、またはA549細胞を含む、本発明1048~1068のいずれかの方法。
[本発明1070]
少なくとも1つの条件セットの下での前記標的細胞がHuh-7細胞を含む、本発明1022または1069の方法。
本明細書で説明される組成物及び方法のさらなる他の特徴及び利点は、添付の図面と共に読めば、以下の詳細な説明からさらに明らかになるであろう。
Claims (15)
- ウイルス粒子を含む参照組成物の感染性に対するウイルス粒子を含む試験組成物の感染性を決定するための方法であって、
a.標的細胞に前記試験組成物及び参照組成物を別々に接種する工程と、
b.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
c.前記試験組成物及び参照組成物を接種された前記標的細胞から、それぞれ試験核酸試料及び参照核酸試料を単離する工程と、
d.前記試験核酸試料及び前記参照核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程と
を含み前記ウイルス粒子が複製欠損型ウイルスである、前記方法。 - 前記試験組成物及び参照組成物の系列希釈物を調製する工程をさらに含み、かつ、任意で、平行線モデルを用いて、前記参照組成物に対する前記試験組成物の感染性を計算する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 標的細胞に接種する前記工程が、ウイルス粒子の存在下で前記標的細胞を
a.約5分から約3日の間、
b.約12時間から約36時間の間、
c.約18時間から約30時間の間、
d.約1時間、約2時間、約6時間、約12時間、約18時間、約24時間、約30時間、もしくは約36時間、
e.約1日、もしくは約1.5日、もしくは約2日、または
f.約24時間
にわたってインキュベートすることを含む、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。 - 核酸組成物中の前記VGC及びTCGCがポリメラーゼ連鎖反応によって決定される、請求項1~4のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試験組成物及び前記参照組成物が同じ力価を有し、前記力価がミリリットル当たりのゲノムコピー(GC)として測定される、請求項1~5のいずれか1項に記載の方法。
- (a) それぞれSEQ ID NO:1及び2のポリヌクレオチド配列を含む順方向プライマー及び逆方向プライマーの対、
(b) それぞれSEQ ID NO:4及び5のポリヌクレオチド配列を含む順方向プライマー及び逆方向プライマーの対、
(c) プローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せであって、前記順方向プライマー、逆方向プライマー、及びプローブが、それぞれSEQ ID NO:1、2、及び3のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを含む、前記組合せ、または
(d) プローブ、順方向プライマー、及び逆方向プライマーの組合せであって、前記順方向プライマー、逆方向プライマー、及びプローブが、それぞれSEQ ID NO:4、5、及び6のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを含む、前記組合せ
を用いて、生物学的試料からのDNAをポリメラーゼ連鎖反応に供する工程を含む、請求項5に記載の方法。 - 以下の工程を含む、異なる条件下でのウイルス粒子の組成物の相対的感染性を決定するための方法であって、前記ウイルス粒子が複製欠損型ウイルスを含む、前記方法:
a.第1及び第2の条件セットの下で、標的細胞にウイルス粒子を含む前記組成物を接種する工程と、
b.前記接種された細胞を洗浄して細胞外のウイルス粒子を除去する工程と、
c.前記第1及び第2の条件セットの下で接種された標的細胞から、それぞれ第1及び第2の核酸試料を単離する工程と、
d.前記第1及び第2の核酸試料におけるウイルスゲノムコピー(VGC):標的細胞ゲノムコピー(TCGC)の比を決定する工程。 - (a)前記第1及び第2の条件セットが、同じ標的細胞を使用する、または(b) 前記第1及び第2の条件セットが、異なる標的細胞を使用する、任意で、前記異なる標的細胞が、異なる遺伝子修飾を含む、または前記異なる標的細胞が、前記標的細胞のうちの1つに遺伝子修飾が存在することを除いて同一である、請求項8に記載の方法。
- 標的細胞に接種する前記工程が、標的細胞に前記組成物の系列希釈物を接種することを含む、請求項8または9に記載の方法。
- 前記複製欠損型ウイルスが、AAV、アデノウイルス、ワクシニア、またはレンチウイルスである、請求項1~11のいずれか1項に記載の方法。
- 前記複製欠損型ウイルスがAAVである、好ましくは前記AAVが組換えAAV(rAAV)である、請求項12に記載の方法。
- 前記rAAVが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、及びAAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、またはAAV.HSC16血清型のカプシドタンパク質を含む、好ましくは前記rAAVが、AAV8血清型またはAAV9血清型のカプシドタンパク質を含む、請求項13に記載の方法。
- 少なくとも1つの条件セットの下での前記標的細胞が、BHK21、HEK293、BEAS-2BS、HeLaS3、Huh-7、Hepa1-6、またはA549細胞を含む、好ましくは少なくとも1つの条件セットの下での前記標的細胞がHuh-7細胞を含む、請求項1~14のいずれか1項に記載の方法。
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