JPH10503383A - 核酸増幅用の安定化された酵素組成物 - Google Patents

核酸増幅用の安定化された酵素組成物

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Abstract

(57)【要約】 核酸増幅において用いるための安定化された酵素組成物。単一の安定化された配合物中の1種類またはそれ以上の酵素の安定化のための組成物を提供する。更に別の組成物は、乾燥した安定化された酵素混合物と、必要な副因子および酵素基質とを一緒に、再水和の際に用いるための単一容器中に包含する。更に、安定化された酵素組成物の製造方法および使用方法並びに開示された組成物を包含する核酸増幅用のキットを開示する。

Description

【発明の詳細な説明】 核酸増幅用の安定化された酵素組成物発明の分野 本発明は、分子生物学の分野、概して、核酸増幅および安定化された生体組成 物に関する。特に、本発明は、1種類またはそれ以上の核酸ポリメラーゼを含有 する安定な凍結乾燥酵素組成物に関する。発明の背景 デオキシリボ核酸(DNA)およびリボ核酸(RNA)は、共有結合したヌク レオチドサブユニットから成る大型の直鎖状巨大分子である。DNAは、通常、 2本のDNA鎖が水素結合によって逆平行様式で結合している「二本鎖」の形で 見出される。RNAは、通常、1本のポリヌクレオチド鎖として天然に存在する 。ヌクレオチドは、糖(デオキシリボースかまたはリボース)および含窒素塩基 部分を有する分子であり、通常、ホスホジエステル結合によって互いに結合して 核酸になっている。5種類の通常の含窒素塩基が存在する。3種類はDNAでも RNAでも見られ、これらは、アデニン(A)、グアニン(G)およびシトシン (C)である。他の二つは、チミン(T)およびウラシル(U)であり、それぞ れDNAおよびRNAに特有である。 あらゆる生物遺伝情報の大部分は(全部ではないとしても)、DNAまたはR NAの形で一つの世代から次の世代へと伝えられる。この情報は、遺伝コードを 構成する一本の核酸鎖すなわち「鎖」に沿ったヌクレオチドの配列で伝えられる 。更に、核酸鎖の含窒素塩基はそれぞれ、同じかまたは異なった核酸鎖の1種類 またはそれ以上の他の含窒素塩基と特異的に水素結合する能力を有する。したが って、通常の条件下において、AはT(またはU)と水素結合し且つCはGと水 素結合し、この特異的水素結合は塩基対合と称される。二本鎖DNAの場合、そ の2本の鎖それぞれが1本のヌクレオチド鎖から成り、それらヌクレオチドの大 部分または全部がもう一方の鎖と塩基対合している。このような場合、一方のD NA鎖上のヌクレオチドの順序が、もう一方のDNA鎖上のヌクレオチドの順序 を決定する。この方式で互いに「鏡像」である2本の核酸鎖は、完全に相補的で あ るといわれる。 核酸は、それぞれの核酸鎖が完全に相補的な鎖のヌクレオチドの順序を指定す るという事実を利用する機序によってインビボで合成され、このことは、所望の 核酸がRNAであろうとDNAであろうと、そして鋳型として用いられる核酸が RNAであるかDNAであるかに関係なく変わることがない。DNA複製のため の独特の機序の大部分は、鋳型核酸鎖に水素結合したポリヌクレオチドプライマ ーの3’ヒドロキシル基に対してヌクレオチドを逐次的に加えるためにDNAポ リメラーゼの使用を必要とする。新たに加えられるヌクレオチドは、鋳型鎖の対 応するヌクレオチドと対合するそれらの能力に基づいてDNAポリメラーゼによ って選択される。プライマーの一端にヌクレヌオチドを加えるこの過程は、時々 、プライマー伸長と呼ばれる。 DNA合成とは異なり、RNA合成は、通常、ポリヌクレオチドプライマーの 存在を必要としない。むしろ、RNA合成は、通常、核酸鋳型の1個またはそれ 以上の特定のヌクレオチド配列を認識するRNAポリメラーゼによって媒介され る。プロモーターと称される、RNAポリメラーゼが結合する鋳型領域は、通常 、二本鎖である。プロモーターに結合した後、RNAポリメラーゼは、鋳型鎖を 「読取り」、そしてその鋳型に相補的な共有結合したポリリボヌクレオチド鎖を 合成する。異なる生物に由来するRNAポリメラーゼは、異なるプロモーター配 列を優先的に認識する。 DNAおよびRNAポリメラーゼ酵素は、多数の異なった生物から精製されて きた。大腸菌(E.coli)DNAポリメラーゼI、DNAポリメラーゼIのクレノ ウフラグメントおよび種々のRNAポリメラーゼなどのこれらの酵素のいくつか は、分子生物学および核酸生化学研究の手段としてインビトロで一般的に用いら れている。一般的には、例えば、サムブルック(Sambrook)ら,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(第2版,コールド・スプリング・ハーバー・プレス(Cold Sp ring Harbor Press)1989)を参照されたい。 核酸ポリメラーゼのもう一つの使用は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)など の核酸増幅の様々な方法の出現とともに始まった。例えば、マリス(Mullis)ら ,米国特許第4,683,195号明細書、同第4,683,202号明細書および同第4,800,159 号明細書を参照されたい。PCRの最も簡単な形では、標的ヌクレオチド配列領 域の内、標的核酸に関して3’側に位置した標的核酸の領域にそれぞれ相補的な プライマーである2種類のオリゴヌクレオチドプライマーが合成される。それぞ れのプラマーは、2本の相補的核酸鎖の一方に相補的であり、その標的領域は、 二本鎖標的核酸の両方の核酸鎖を包含するヌクレオチド配列領域を含む。これら プライマーを基質と水素結合(「ハイブリッド形成」)させ、そしてDNAポリ メラーゼをヌクレオチド三リン酸と一緒に反応混合物に対して加えた場合、それ ぞれのハイブリッド形成したプライマーは、酵素によって5’→3’方向に伸長 する。次に、反応混合物を加熱してプライマー伸長生成物:鋳型ハイブリッドを 融解させ、温度を低下させてプライマー/標的ハイブリダイゼーションをもう1 回可能にし、そしてより多くのDNAポリメラーゼを加えて、高温段階で失活し たDNAポリメラーゼを置換する。その過程を所望のサイクル数繰り返すことに より、標的ヌクレオチド配列を有する核酸の量は指数的に増加する。更に最近、 サーマス・アクアティクス(Thermus aquaticus)に由来する熱安定DNAポリ メラーゼは、PCR法で首尾よく用いられて、高価な酵素を多量に繰り返し加え る必要性を減少させた。Taqポリメラーゼは、90〜95℃での不活性化に耐 えるので、各回の鎖分離後に繰り返し酵素を加える必要性をなくする。 増幅過程の一段階としてRNA転写を用いるような核酸増幅の他の方法が考案 されている。一つのこのような方法は、PCR反応で用いられるプライマーの一 つにプロモーター配列を包含させ、次にPCR法により増幅させた後に、DNA 依存性RNAポリメラーゼによる一本鎖RNAの転写の鋳型として二本鎖DNA を用いることによって働く。例えば、ムラカワ(Murakawa)ら,DNA7:287-295(1988) を参照されたい)。 他の増幅法は、DNAまたはRNA標的を増幅させるのにRNA依存性DNA 合成および転写の多数のサイクルを用いる。例えば、バーグ(Burg)ら,WO 89/1050 号;ジンジェラス(Gingeras)ら,WO 88/10315号(時々、転写増幅系またはT ASと称される);カシアン(Kacian)およびフルツ(Fultz),EPO公開第4 08,295号(本出願と同一所有権者を有する);デイビー(Davey)およびマレク (Malek),EPO出願第88113948.9号;マレクら,WO 91/02818号を参照され たい)。これらの方法は、相補的DNA鎖の合成の鋳型としてRNAまたはDN Aを用いることができる酵素である逆転写酵素(RT)を使用する。これらの方 法のいくつかはまた、必須成分として細胞性RNアーゼH活性を利用する。モロ ニーネズミ白血病ウイルス(MMLV)およびトリ骨髄芽球症ウイルス(AMV )によってコードされるものなどの大部分のレトロウイルス逆転写酵素は、RN A依存性DNAポリメラーゼ、DNA依存性DNAポリメラーゼ活性、並びにR NアーゼH活性を有する。RNアーゼH活性は、RNA:DNAハイブリッド核 酸分子のRNA鎖を選択的に破壊するので、温度循環を必要とすることなく増幅 反応を進行させる。 核酸増幅は、種々の設定において独特のまたは特徴的な核酸セグメントの特異 的識別および/または増幅のための益々一般的な手段である。したがって、核酸 増幅は、食糧農業試験、医学的診断、ヒト遺伝子分析およびカウンセリング、考 古学並びに刑事弁論で用いられる。これらの方法は全て酵素を用いるので、極め て活性な酵素を多量に製造する、包装する、輸送するおよび貯蔵する方法は、核 酸増幅用酵素およびキットの製造、マーケティングおよび販売において極めて重 要な問題点となっている。具体的に、転写に基づく増幅を用いる方法に関して、 逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの活性標品を貯蔵するための商業的に許容 しうる方法および標品は、核酸増幅用キットについて成功した製造およびマーケ ティングに不可欠である。 逆転写酵素およびRNAポリメラーゼ酵素(並びに分子生物学研究で用いられ る多数の他の酵素)を安定化させる一般的な方法は、50%(v/v)グリセロ ールおよびジチオトレイトール(DTT)またはβ−メルカプトエタノール(β ME)などの還元剤を含有する溶液中のそれぞれの酵素の液体標品を−20℃で 貯蔵することによる。この方法は、酵素の活性を何か月間もほとんど活性を失う ことなく保存する。対照的に、酵素を室温でまたは4℃で貯蔵する場合、酵素活 性は容易に失われる。これらの標品は、概して、酵素供給者から最終使用者まで ドライアイス中で輸送され、このような輸送の際に、酵素標品の凍結融解のため に酵素活性が30%またはそれ以上減少することは一般的である。これらの酵素 は、別個に配合され且つ供給される。 冷凍を必要とすることなく逆転写酵素およびRNAポリメラーゼを貯蔵し且つ 輸送する方法は、ドライアイス、ウェットパック、ドライパックまたはスチロフ ォーム輸送容器などの冷蔵輸送および/または冷貯蔵法の必要性をなくすであろ う。このような方法はまた、酵素活性を維持するこれらの方法に関係した生産経 費が不必要であるので、原価効率がよりよいと考えられる。酵素標品がある限ら れた高温暴露に耐えることを可能にする酵素貯蔵方法は、その酵素標品が輸送中 に積載ドック上またはトラック中にある場合に、起こりうる酵素活性の減少をな くすであろう。このような方法は、極めて再現可能であるべきであろう。更に、 酵素が単一容器中において(任意の必要な副因子および基質の全部または大部分 を含有する配合物中などの)それらの目的用途に適合した形で提供される場合、 このような標品は製造するのにより経済的であり且つ使用するのにより好都合で あろう。 凍結乾燥(lyophilization)は、食品、生体膜、全細胞(例えば、American Society for Microbiology,Manual of Methods for General Bacteriology 210-217(198 1)を参照されたい)、および酵素を含めた生体高分子を保存するのに用いられて きた。凍結乾燥は、減圧下での昇華によって凍結試料から水を除去することを必 要とする。昇華とは、液体状態を経ることなく固体を蒸発させる過程である。 凍結乾燥の理論的局面は複雑である。タンパク質などの生体物質が水溶液中に ある場合、その分子は、水分子を含む水和殻によって取り囲まれていると考えら れ、この水和殻はタンパク質を安定させ且つその活性を維持するのに役立つ。水 が除去された時、通常は水和殼で隠されているタンパク質の反応性基は自由にな って互いに反応し、それによって新たに、本質的に不可逆性の結合を形成する。 これらの結合は、タンパク質の自然のコンホメーションを歪めることがある。更 に、水の不存在下では、新たな疎水/親水相互作用が起こるかもしれず、これも またタンパク質のコンホメーションを歪めることがある。多数のタンパク質の三 次元コンホメーションは生物学的活性を与えるので、そのコンホメーションの歪 みは、乾燥時に生物学的活性を変化させることがある。同様の機序により、タン パク質の架橋および凝集が起こりうる。 タンパク質試料を乾燥させる前に凍結させることは、乾燥によるコンホメーシ ョン歪度を少なくするのに役立つ。低下した初期温度は、反応物のエネルギーを 奪うことによってアミノ酸反応性基間の望ましくない反応を最小限に維持するの に役立つ。同時に、凍結状態でのタンパク質は、溶液の場合よりも立体的にあま り自由ではなく且つ総体的なコンホメーション変化がほとんどない傾向がある。 しかしながら、完全に乾燥された凍結乾燥物は、低百分率の水をまだ含有して いる不完全に乾燥された凍結乾燥物の場合よりも「保存」すなわち貯蔵寿命が短 い傾向がある。このような不完全に乾燥された凍結乾燥物は、しばしば、約4〜 10℃以下の温度で貯蔵される必要があり、そしてなお、水が存在しないところ では起こりえない不活性化学反応が進行しうる。したがって、多数の不完全乾燥 で凍結乾燥された生物学的活性タンパク質の保存寿命は、完全に乾燥されている ものよりも長いが、活性を維持するために標品を冷蔵することはなお必要である 。たとえそうでも、このような標品の活性は比較的短期間で減少する。更に、ホ スホフルクトキナーゼなどの若干の酵素は、その標品が完全に乾燥されているか 否かに関わりなく、凍結保護物質の不存在下では凍結乾燥後に完全に失活する。 例えば、カーペンター(Carpenter)ら,Cryobiology 25:372-376(1988)を参 照されたい。 本明細書中で用いられる「凍結保護物質」という用語は、生物学的活性物質の 凍結、乾燥および/またはその乾燥物質の再構成の際に、その活性を保護する傾 向がある化合物または組成物を意味するものである。 「安定化剤」という用語は、生物学的活性物質に対して加えられた場合に、そ の物質が安定化剤の不存在下で貯蔵されている場合と比較して、その物質の生物 学的活性の経時減少を妨げるまたは遅らせる物質を意味する。 特定のタンパク質を含めた生体材料を乾燥させる場合に生物学的活性を保存す るのに役立つ賦形剤として用いるために各種凍結保護物質添加剤が用いられまた は提案されてきた。クレッグ(Clegg)ら,Cryobiology 19:106-316(1982)は 、乾燥保存後も生存しうる状態にある海産エビアルテミア(Artemia)の嚢子の 能力におけるグリセロールおよび/またはトレハロースの役割を研究してきた。 カーペンターら,Cryobiology 24:455-464(1987)は、二糖マルトース、スクロ ース、ラクトースおよびトレハロースが、空気乾燥された精製酵素標品において ホスホ フルクトキナーゼ活性の安定化を増加させる役割を果たしうるということを報告 している。EPO公開第0431882A2号は、誘導体化された後にマンニトールまた はラクトースの存在下で凍結乾燥された精製アルカリ性ホスファターゼの安定化 された標品を開示している。EPO公開第0091258A2号は、ヒト血清アルブミン 、ゼラチン、ヒトγグロブリンまたはサケ硫酸プロタミンなどの安定化タンパク 質の存在下での精製タンパク質の貯蔵または凍結乾燥による、腫瘍壊死因子(T NF)を安定化させる方法を開示している。米国特許第4,451,569号明細書は、 精製グルタチオンペルオキシダーゼの活性を安定化させるペントース、糖アルコ ールおよび若干の二糖の使用を開示している。安定化された組成物は、凍結乾燥 された後、20℃未満の温度で貯蔵することができる。EPO公開第0448146A1 号は、ジカルボン酸塩を含有する安定化された凍結乾燥ゴナドトロピン標品を検 討している。その標品は、スクロースまたはトレハロースなどの二糖を更に含む ことができる。ロサー(Roser),Biopharm,47-53(1991年9月)は、トレハロ ースを用いて周囲温度で乾燥された種々の生体分子の生物学的活性を保存するこ とを検討している。PCT公開第WO87/00196号は、トレハロースの存在下の空気 乾燥による単クローン性抗体およびウシ腸アルカリ性ホスファターゼの安定化を 報告している。PCT公開第WO89/00012号および同第WO89/06542号は、若干の食 品および生きているウイルス粒子の抗原性を保存するためのトレハロースの使用 を検討している。EPO公開第02270799A1号は、界面活性剤またはグリセロール などの安定化剤を含有する配合物中の組換えβ−インターフェロンの安定化を報 告している。その組成物は、追加の安定化剤としてスクロースおよびトレハロー スを含めた種々の糖、塘アルコール、およびタンパク質を更に含むことができ、 これらの内で最も好ましいのはデキストロースである。 これら添加剤のいくつかは、周囲温度においてほぼ脱水状態で貯蔵された場合 、生物学的活性物質の保存寿命を何か月またはそれ以上まで延長することが判っ ている。しかしながら、具体的な予想される添加剤の有効性、適合性または利点 は、安定化するように求められる生物学的活性物質の化学組成に依り、タンパク 質の場合、これらの因子としては、限定されることなく、そのタンパク質のアミ ノ酸配列、並びにその二次、三次および四次構造を挙げることができる。したが って、 特定の組成物が特定の生物学的活性物質の生物学的活性を保存するように働くか どうかを演繹的に予想することはできない。 更に、タンパク質を凍結乾燥させる場合、緩衝液組成、凍結速度、負圧の量、 凍結乾燥初期温度、作業温度および最終温度並びに凍結乾燥手順の長さを含めた 追加の因子は、これらに限定されることなく、活性タンパク質の安定性および保 存寿命を決定するのに重要である。 若干のタンパク質は、多数の酵素活性を有することが知られている。例えば、 モロニーネズミ白血病ウイルスに由来する酵素などのレトロウイルス逆転写酵素 (MMLV−RT)は、DNA依存性DNAポリメラーゼ活性、RNA依存性D NAポリメラーゼ活性およびRNアーゼH活性を有する。これらの活性は同一酵 素中に含まれるが、乾燥標品中のこれらの活性のいずれか一つを保存するための 条件は、残りの酵素活性の一つまたは両方もまた同一の条件下で保存されること を約束するものではない。 更に、カシアンおよびフルツ,上記(本出願と同一所有権者を有し且つ本明細 書中に援用される)の転写に基づく核酸増幅系の場合と同様に、逆転写酵素の3 種類の活性の相対比活性の均衡は、再構成後も、乾燥前のこれらの活性の均衡と 同様の状態にあるということが特定の用途に要求される場合、特定の保存法は、 これらの酵素活性の微妙な均衡を失わせ、それによってその酵素をこの種の使用 に不適当にさせることがある。例えば、酵素のRNアーゼ活性がRNA依存性D NAポリメラーゼ活性より多く保存される場合、RNA:DNA開始複合体は、 DNA合成が開始できる前に分解されることがある。 ある与えられた酵素活性の長期保存に有効な与えられた凍結保護組成物は、別 の酵素活性に対して適用された場合の有効性または利点が明らかではないので、 種々の酵素は、しばしば、活性安定化について全く異なった議論を必要とする。 結果として、商業的に製造された凍結乾燥酵素標品の内の全部または大部分は、 その特定の酵素の活性を保存するように受注生産された配合物中に、乾燥された 1種類の酵素のみを含む。発明の概要 本発明は、酵素活性を実質的に減少することなく周囲温度で長期間貯蔵するこ とができる逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの乾燥配合物を含む組成物およ びキットに関する。好ましくは、該配合物は、レトロウイルス逆転写酵素および /またはバクテリオファージRNAポリメラーゼの標品を含む。更に好ましくは 、該配合物は、凍結保護賦形剤中に、モロニーネズミ白血病ウイルスに由来する 逆転写酵素(MMLV−RT)およびバクテリオファージT7 RNAポリメラ ーゼを含む。なお一層好ましくは、本発明は、1種類またはそれ以上の凍結保護 賦形剤中にMMLV−RTおよびT7 RNAポリメラーゼ両方を含有する乾燥 配合物を含む単一容器に関する。最も好ましくは、本発明は、MMLV−RTお よびT7 RNAポリメラーゼ、トレハロースおよびポリビニルピロリドン(P AP)のどちらかまたは両方を含む1種類またはそれ以上の凍結保護賦形剤、ヌ クレオチド三リン酸、並びに前記酵素活性に必要な金属イオンおよび副因子を含 有する乾燥配合物を含む単一容器であって、安定化された凍結乾燥物の再構成並 びに標的核酸および1種類またはそれ以上の適当なプライマーの添加の際に、該 配合物が、過度の取扱いを必要とすることなく核酸増幅に好都合で且つ原価効率 がよい形である上記単一容器に関する。場合により、このような配合物は、核酸 合成の開始のためのプライマーを含んでいてよい。最後に、本発明は、上記の乾 燥配合物の製造方法および使用方法に関する。 逆転写酵素およびRNAポリメラーゼ酵素は、バーグら,上記;ジンジェラス ら,上記(時々、転写増幅系またはTASと称される);カシアンおよびフルツ ,上記;デイビーおよびマレク,EPO出願第88113948.9号;およびマレクら, PCT公開第WO 91/02818号で記載されたような、転写媒介性核酸増幅法におい て重要な物質である。このような方法は、法医学および医学的診断などの分野に おいて益々重要であり、そこでは、増幅試薬の経時安定性が、核酸増幅を用いる 製品の製造、マーケティングおよび使用の費用の重要な要件である。 出願人は、逆転写酵素のDNA依存性DNAポリメラーゼ、RNA依存性DN AポリメラーゼおよびRNアーゼH活性の保存のための方法および乾燥配合物を 発見した。同方法および配合物は、RNAポリメラーゼ活性の保存に適している ことが発見された。更に、出願人は、意外にも、両方の酵素および4種類全部の 酵素活性が、高温で長時間のインキュベーション後でさえも、かなりの期間にわ たって4種類の活性をいずれもほとんど失うことなく、単一容器中の乾燥配合物 として安定化され且つ保存されうることを発見した。 本方法の一つの態様は、活性な精製逆転写酵素を、非還元性二糖(好ましくは 、スクロースまたはトレハロース)またはポリビニルピロリドン(PAP)を含 む凍結保護賦形剤と一緒に、または逆転写酵素および該凍結保護物質を含有する 溶液を、限定されるわけではないが凍結乾燥などの方法によって酵素を乾燥した 後に、逆転写酵素のDNA依存性DNAポリメラーゼ、RNA依存性DNAポリ メラーゼおよびRNアーゼH活性を保護し且つ保存する物質として作用するのに 有効な量のこれらの化合物の混合物と一緒に提供することを含む。 第二の態様において、本発明は、活性な精製RNAポリメラーゼ、好ましくは 、T7 RNAポリメラーゼを、室温で90日間を越えて実質的に安定な脱水状 態で安定化させ且つ保存する方法を特徴とする。この態様において、RNAポリ メラーゼは、Mg++またはZn++を含有するような金属塩;非還元性二糖、好ま しくは、トレハロース、およびポリビニルピロリドン(PAP)から成る群より 選択される1種類またはそれ以上の保護安定化剤;並びにn−アセチル−L−シ ステイン(NALC)などの還元剤の存在下で乾燥される。理論によって制限さ れることを望むものではないが、出願人は、還元剤が、酵素中に存在する任意の システイン残基の酸化による酵素の失活を妨げるのに役立つと考えている。この 態様において、RNAポリメラーゼは、好ましくは、その脱水配合物を45℃の 温度に対して少なくとも30日間、または35℃に少なくとも61日間暴露後に 、その元の活性の少なくとも70%を保持している。 もう一つの態様において、本発明は、逆転写酵素(好ましくは、MMLV−R T)、RNAポリメラーゼ(好ましくは、T7 RNAポリメラーゼ)、乾燥酵 素の酵素活性を保存するのに有効な量の凍結保護賦形剤(好ましくは、トレハロ ースおよび/またはポリビニルピロリドン)、ヌクレオチド三リン酸、必要な副 因子、任意のオリゴヌクレオチドプライマー、および還元剤、好ましくは、チオ ール化合物の混合物を含有する単一乾燥配合物を特徴とする。 更にもう一つの態様において、本発明は、生物の1種類またはそれ以上の系統 発生分類に属する核酸の増幅および特異的識別のための、例えば、属の中の1種 類若しくはそれ以上の種、または科の中の1種類若しくはそれ以上の属の特異的 検出のためのキットの成分を含む。本発明は、単一容器中に逆転写酵素、RNA ポリメラーゼ、リボヌクレオチド三リン酸、デオキシリボヌクレオチド三リン酸 、亜鉛および/またはマグネシウム塩、および還元剤を含む再構成可能な乾燥配 合物を提供する。増幅プライマーおよび再構成水溶液は、キットの1種類または それ以上の更に別の成分として与えられることができる。或いは、増幅プライマ ーは、乾燥配合物中に含まれることができる。標的配列特異的核酸ハイブリダイ ゼーション検定プローブおよび任意の望ましい未標識ヘルパーオリゴヌクレオチ ドは、乾燥配合物中に含まれるかまたは別の試薬で提供されることができる。乾 燥配合物の再構成およびオリゴヌクレオチドプライマー(既に存在していない場 合)を添加したのち、混合物を不完全または完全な一本鎖標的核酸と接触させる 。標的核酸が1個または複数のプライマー(またはプロモーター−プライマー( 1個または複数の)のプライマー部分)と相補的なヌクレオチド配列を有する場 合、核酸増幅に充分な温度での反応混合物のインキュベーションの際に反応が進 行するであろう。 もう一つの態様において、本発明は、逆転写酵素(好ましくは、MMLV−R T)、RNAポリメラーゼ(好ましくは、T7 RNAポリメラーゼ)、凍結保 護賦形剤、ヌクレオチド三リン酸、必要な副因子および、好ましくはチオール基 を有する還元剤の組み合わせを含有する単一凍結乾燥物を含む。該凍結乾燥物は 、冷蔵を必要とすることなく輸送され且つ貯蔵されうるし、そして酵素活性を有 意に減少させることなく一時的な高温暴露、例えば、限定されることなく、55 ℃で30日間に耐えることができる。 「ヌクレオチド三リン酸」とは、それぞれRNAポリメラーゼおよびDNAポ リメラーゼ(好ましくは逆転写酵素)の基質として役立つことができるリボ−ま たはデオキシリボヌクレオチド三リン酸およびそれらの誘導体を意味する。この ような誘導体としては、限定されることなく、含窒素塩基(通常、アデニン、チ ミンまたはウラシル、シトシンおよびグアニン)、リボース若しくはデオキシリ ボース部分、またはリン酸基に包含されたメチル(または他のアルキル)および /または硫黄基を有するヌクレオチドを挙げることができる。 「ヌクレオチド」とは、一つの含窒素塩基(通常、アデニン、チミンまたはウ ラシル、シトシンおよびグアニン)、糖部分(リボースまたはデオキシリボース )およびリン酸基を含む核酸サブユニットを意味する。本明細書中で用いられる 用語は、用いられる文脈に応じて、取り込まれていないリボ−またはデオキシリ ボヌクレオチド三リン酸およびオリゴヌクレオチドまたは核酸鎖の共有結合した ヌクレオチドサブユニット両方を意味する。発明の詳細な説明 本発明は、DNAポリメラーゼおよびRNAポリメラーゼ酵素の酵素活性を安 定化させる方法であって、凍結保護物質または安定化「増量剤」の存在下におい てこれらの酵素の1種類またはそれ以上を含有する溶液から溶媒を除去すること による上記方法に関する。このような凍結保護物質としては、サッカライド、特 に、非還元性二糖、および酵素と水素結合するのに利用可能な陽性および/また は陰性基を有する水溶性ポリマーがある。特に好ましい凍結保護物質は、二糖の スクロースおよびトレハロース並びにポリマーのポリビニルピロリドン(PAP )である。 本発明は、更に、乾燥保存されたDNAポリメラーゼ、乾燥保存されたRNA ポリメラーゼ、またはDNAポリメラーゼおよびRNAポリメラーゼ両方を含有 する乾燥保存された混合物を含む安定な組成物に関する。これらの組成物を含む 好ましい酵素は、逆転写酵素およびバクテリオファージRNAポリメラーゼであ り;特に好ましい酵素は、モロニーネズミ白血病ウイルス由来レトロウイルス逆 転写酵素およびバクテリオファージT7由来RNAポリメラーゼである。 本発明のDNAポリメラーゼおよびRNAポリメラーゼを乾燥保存する好まし い方法は凍結乾燥による。この方法では、酵素含有溶液を凍結させ、凍結した酵 素溶液に真空を適用し、そして昇華によって標品から溶媒を除去して、溶質を残 す。 本発明は、更に、1種類またはそれ以上の特定の核酸配列の複製のための組成 物であって、DNAポリメラーゼ(好ましくは、逆転写酵素)、RNAポリメラ ーゼ、ヌクレオチド三リン酸、および酵素活性に必要な副因子の乾燥保存された 標品を含む上記組成物を特徴とする。乾燥保存された標品は、標的ヌクレオチド 配列の特異的複製のめたの増幅プライマーおよび/またはハイブリダイゼーショ ン検定プローブおよびヘルパーを更に含むことができる。好ましくは、乾燥保存 組成物を凍結乾燥によって製造する。 本発明の組成物は、たとえ高温で貯蔵された場合にも、長期間安定している。 このような組成物は、したがって、これらの酵素の市販標品およびこれらの酵素 を含む核酸増幅用キットの輸送および貯蔵において有用である。実施例 以下の実施例は、本発明の現在好ましい様々な実施態様を例証するものであり 、いずれにせよその範囲を制限しないということは理解されるであろう。実施態 様の開示もまた、本発明によって対応することが求められる一つまたはそれ以上 の目的を達成するのにより有効である本発明の他の実施態様が存在しないかもし れないということを示すものではない。 実施例1:逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの凍結乾燥 この実施例および以下の実施例で用いた逆転写酵素は、大腸菌(E.coli)菌株 1200で発現され且つ細胞ペーストから精製された組換えモロニーネズミ白血 病ウイルス逆転写酵素かまたは、ユナイテッド・ステーツ・バイオケミカルズ( United States Biochemicals),クリーブランド,オハイオから入手した商業的 に入手可能な精製MMLV−RT標品であった。酵素標品は、20〜50mMト リス−HCl(pH7.5)、0.1M NaCl、0.1mMエチレンジアミ ン四酢酸(EDTA)、1.0mMジチオトレイトール(DTT)、0.01% (v/v)TERGITOL NP -40(TERGITOL NP は、ユニオン・カーバイド・ケミカ ルズ・アンド・プラスティクス・カンパニー・インコーポレーテッド(Union Carbide Chemicals and Plastics Co.,Tnc.)の登録商標である)または0.1%(v/ v)TRTTON X-100(TRITON は、ユニオン・カーバイド・ケミカルズ・アンド・ プラスティクス・カンパニー・インコーポレーテッドの登録商標である)および 50%(v/v)グリセロールを含有する貯蔵用緩衝液中に−20℃で貯蔵され た。精製T7 RNAポリメラーゼは、エピセントル・テクノロジーズ(Epicen tre Technologies),マディソン,WIから入手した。透析の前に、酵素を50% (v/v)グリセロール、50mMトリス−HCl(pH7.5)、0.1M Na Cl、1.0mM DTT、0.1mM EDTAおよび0.1%(v/v)TR ITON X-100中で貯蔵した。この酵素もまた、透析の前に−20℃で貯蔵した。 3種類の酵素標品を凍結乾燥用に透析した。第一標品は、20mM HEPE S([2−ヒドロキシエチル]ピペラジン−N’−[2−エタンスルホン酸]) (pH7.5)、0.1M NaCl、0.1mM EDTA、2mM NAL C、0.1mM硫酸亜鉛、0.2Mトレハロースおよび水を含有する緩衝液中に 希釈されたMMLV−RT 324,012単位を含んだ。その最終容量は72 0μlであった。これを、同緩衝液(トレハロース緩衝液(Trehalose Buffer) )250mlに対して4℃で6時間透析した。透析膜は、2%(w/v)重炭酸 ナトリウムおよび10mM EDTA(pH8.0)中で、次に、10mM E DTA(pH8.0)中で、そして最後に、脱イオン水中でそれぞれ10分間沸 騰させることによって調製された。次に、その膜を、使用前に脱イオン水で充分 に洗浄した。透析用緩衝液を同量の新鮮な緩衝液と交換し、そして透析を更に1 0時間続けた。緩衝液を再度交換し、そして更に3時間続けた。最終容量は65 5μlであった。 第二標品は、720μl中にT7 RNAポリメラーゼ144,000単位を 含んだ。これを、トレハロース緩衝液に対して逆転写酵素標品と同様の計画でお よび同量で透析した。最終容量は1270μlであった。 第三標品は、逆転写酵素およびRNAポリメラーゼ両方を含み、逆転写酵素3 24,012単位およびRNAポリメラーゼ144,000単位を組合わせて、 最終容量1440μlとした。これを、3等量のトレハロース緩衝液に対して他 の二つの標品と同様の計画で透析した。透析液の最終容量は1975μlであっ た。 透析後、各標品を12等分のアリコートとしてバイアル中に分割した。各バイ アルは、逆転写酵素27,000単位、T7 RNAポリメラーゼ12,000 単位、または両酵素をこれらの量で含んだ。それらのバイアルを、FCP−II I制御システムを備えたプログラム化しうるビルティス(Virtis)型凍結乾燥器 101−SRCに入れた。バイアルを約5分間で−40℃まで冷却した。凍結乾 燥は、圧力を−180トルまで低下させることによって開始され、その真空は、 凍結乾燥プロトコル中、一定に保たれた。次に、温度を−10℃まで次の2時間 中に直線的に上昇させ、そしてこの温度で次の6時間維持した。次に、その温度 を10℃まで次の1時間中に直線的に上昇させ、そして10℃で4時間維持した 。その温度を25℃まで次の30分間にわたって再度直線的に上昇させ、そして 25℃で次の10.5時間維持した。次に、乾燥窒素の導入によって圧力を大気 圧に戻し、そしてバイアルを凍結乾燥器から取出す前に、それらを窒素下におい て密封した。次に、バイアルを25℃で22日間貯蔵した。 貯蔵期間後、凍結乾燥された酵素標品を、再構成用緩衝液(Reconstitution B uffer))(0.01%(v/v)TRITON X-100、41.6mM MgCl2、1 mM ZnC232、10%(v/v)グリセロール、0.3%(v/v)エ タノール、0.02%(w/v)メチルパラベンおよび0.01%(w/v)プ ロピルパラベン)中に再構成し、そして核酸増幅を支持するそれらの能力につい て検定した。 全容量90μlの反応混合物は、50mMトリス−HCl(pH8.0)、1 7.5mM、2mMスペルミジン、25mM KCl、各2mMのdATP、d CTP、dTTPおよびdGTP、2.5mM CTPおよびUTP、6.5m M ATPおよびGTP、5mM DTT、バクテリオファージT7遺伝子10 の一方の鎖の領域に相補的な標的結合領域を有するプロモーター−プライマー( 配列番号:1)の675μg/ml溶液0.44μl、バクテリオファージT7 遺伝子10のもう一方の鎖に相補的な標的結合領域を有するプライマー(配列番 号:2)の451μg/ml溶液0.3μl、T7遺伝子10標的核酸100コ ピーおよび水を含んで調製された。T7遺伝子10RNA標的は、プラスミドp GEMEX−1(プロメガ・コーポレーション(Promega Corporation),マディ ソン,WI)に由来するプラスミド由来T7遺伝子10制限フラグメントの(+)セ ンス転写物であった。精製RNA転写物は、0.61ピコモル/μlの濃度で存 在した。標的核酸100コピーを各試験管に加えた。各試験管に鉱油200μl を更に重層させて、検定中の試料の蒸発を防止した。 試験管は全て、95℃で5分間インキュベートし、そして上記のように再構成 された酵素を加える前に室温まで冷却したが、この工程は、標的核酸がRNAで あるかまたは二本鎖DNAではなく一本鎖DNAである場合は不必要であり、初 期加熱工程は、RNA分子内水素結合のいずれかの領域を融解させるのに役立つ 。次に、別々に凍結乾燥された酵素標品が入っている試験管に、T7 RNAポ リメラーゼ400単位および凍結乾燥MMLV−RT 600単位かまたは90 0単位を含有する溶液10μlを入れた。同時凍結乾燥されたT7 RNAポリ メラーゼおよびMMLV−RTは、それぞれ、400単位および900単位/1 0μlの濃度で存在した。試験管を37℃で3時間インキュベートした。 反応中に生じた増幅核酸の量は、アーノルド(Arnold)およびネルソン(Nelson) ,米国特許第5,283,174号明細書(本出願と同一所有権者を有し且つ本明細書中 に援用される)に記載の均一保護検定を用いて測定されたが、放射性標識プロー ブを用いることによるなどの核酸標的を検出する多数の他の検定システムおよび 方法が当該技術分野において利用可能であるということは当業者に明らかであろ う。 増幅反応は、200mMコハク酸リチウム(pH5.2)、17%(w/v) ラウリル硫酸リチウム、3mM EDTA(エチレンジアミン四酢酸)および3 mM EGTA([エチレンビス(オキシエチレニトリロ)]−四酢酸)、およ びT7遺伝子10RNA転写物に相補的なアクリジニウムエステル標識プローブ (配列番号:3)を含有するハイブリダイゼーション緩衝液100μlを各試験 管に加えることで終結した。その試験管を60℃で20分間インキュベートした 。ハイブリッド形成していないプローブと結合したアクリジニウムエステルを、 300μlの182mM NaOH、600mMホウ酸および1%(v/v)TRIT ON X-100を加えることで加水分解し、そしてその試験管を60℃で5分間インキ ュベートした。残りの化学発光は、0.4N HNO3中1%(v/v)H22 200μlを加えた直後に1M NaOH(200μl)を直ちに加えて溶液を アルカリ化した時にルミノメーターで測定された。結果は相対光単位(RLU) で報告されるが、これは、化学発光標識によって発せられた光子の数の尺度であ る。結果を下記の表1に示す。 これらの結果は、同時凍結乾燥されたMMLV−RTおよびT7 RNAポリ メラーゼが、酵素標品をもう一方の酵素の液体酵素標品と組合わせた反応混合物 かまたは両酵素が凍結乾燥されていない反応混合物の場合よりも効果的にRNA 遺伝子10標的の増幅を引き起こしたことを示す。液体酵素と比較して、増幅を 触媒するいずれの凍結乾燥酵素標品の能力にも有意の減少はなかった。したがっ て、結果は、それぞれの酵素が、単独でかまたは一緒に、トレハロースの存在下 の乾燥状態での貯蔵によって効果的に安定化されうることを更に実証する。これ らの条件下の核酸増幅は、逆転写酵素の3種類全部の酵素活性(RNA依存性D NAポリメラーゼ、DNA依存性DNAポリメラーゼおよびRNアーゼH)の存 在に依るので、その検定は、これらの活性が本方法によって効果的に安定化され ていることおよび核酸増幅を促進するような方式で活性が調和した状態に維持さ れていることを有効に示すものである。 追加の実験は、逆転写酵素が、同様の条件下においてトレハロースではなくス クロースの存在下で凍結乾燥されうることを示したが、トレハロースは、凍結保 護安定化剤としてスクロースよりも僅かに優れていると考えられた。(実施例6 を参照されたい。) b.非イオン性界面活性剤の存在下での逆転写酵素およびT7 RNAポリメ ラーゼの凍結乾燥 酵素の透析中酵素活性を維持しながら、凍結乾燥操作中のタンパク質の沈殿を 最小限にすることを試みるために、逆転写酵素およびRNAポリメラーゼを非イ オン性界面活性剤の存在下で同時透析し且つ凍結乾燥させた。6種類の透析混合 物を、透析緩衝液中に0%、0.01%、0.05%、0.1%、0.2%およ び0.5%TRITON X-102を含むよう調製した。透析緩衝液は、20mM HE PES、0.1M NaCl、0.1mM EDTA、5mM NALC、0. 1mM酢酸亜鉛および0.2Mトレハロースを含んだ。各透析混合物の最終容量 は250mlであった。それぞれの緩衝液467マイクロリットルを、MMLV −RT(2900単位/μl)46μlおよびT7 RNAポリメラーゼ(80 0単位/μl)74μlと混合して、それぞれの透析液の開始容量を587μl とした。試料を該当する緩衝液60mlに対して4℃で透析し、同量の緩衝液を 3回取換えた。3回目の緩衝液交換後、0%、0.01%および0.05%TRIT ON X-102含有試料で沈殿が見られたが、このような沈殿は、0.1%、0.2% または0.5%TRITON X-102含有試料では見られなかった。 透析後、各透析液の容量を測定し、そして計算された酵素濃度を適宜に調整し た。それぞれの試料を4個のバイアルに分け、各バイアルには、MMLV−RT 24,750単位およびT7 RNAポリメラーゼ11,000単位が含まれて いた。凍結乾燥を上のように行った。乾燥後の界面活性剤含有凍結乾燥物の外観 は、TRITON X-102の不存在下で製造された凍結乾燥物と区別できなかった。凍 結乾燥後、バイアルを4℃および55℃で32日間貯蔵した。 非イオン性界面活性剤の酵素活性に対する効果は、T7遺伝子10増幅システ ムを用いる増幅検定で評価された。それぞれの凍結乾燥酵素標品を再構成用緩衝 液中で再水和させ、MMLV−RT 900単位およびT7 RNAポリメラー ゼ400単位をそれぞれの反応混合物中で評価した。RNA遺伝子10転写物( 100コピー/反応)を標的核酸として用いた。検定は、特に断らない限り、上 記のように行われた。結果はRLUで報告される。 これらの結果は、TRITON X-102などの非イオン性界面活性剤が、MMLV− RTまたはT7 RNAポリメラーゼの透析後のタンパク質沈殿の形成を効果的 に防止しうることを実証する。結果は、更に、TRITON X-102が、標的核酸の増 幅に有害な作用を及ぼさないし、しかも凍結乾燥酵素を高温で貯蔵した場合に、 経時酵素活性を一層安定させるようにも作用しうることを示している。界面活性 剤は、この検定においてバックグラウンドルミネセンスの増加を引き起こさない 。これらの結果はまた、界面活性剤の不存在下で凍結乾燥された試料(試料B) でも、非凍結乾燥酵素とほぼ同様の活性を残していることを実証する。結果は、 更に、凍結乾燥酵素標品を高温で長期間貯蔵した場合に、凍結乾燥酵素標品では 検出可能な活性の減少を生じないことを示している。 これらの結果が、他の非イオン性界面活性剤、例えば、限定されるわけではな いが、BRIJ系、TWEEN系、TRITON系の他の界面活性剤、TERGITOL系の界面活性剤 は、酵素活性に悪影響を与えることなく、凍結乾燥中に乾燥タンパク質を可溶性 状態で維持するそれらの能力について上記のように容易にスクリーニングされう るということを直接に示唆していることは当業者に明らかであろう。 実施例2:逆転写酵素およびRNAポリメラーゼと増幅試薬との同時凍結乾燥 モロニーネズミ白血病ウイルス逆転写酵素およびT7 RNAポリメラーゼ酵 素標品を、乾燥する前に、50mMトリス−HCl(pH7.5)、0.1M NaCl、0.1mM EDTA、1mM DTT、0.01%(v/v)NP −40または0.1%(v/v)TRITON X-100および50%(v/v)グリセ ロールを含有する貯蔵用緩衝液中に−20℃で保持した。 凍結乾燥用に、MMLV RT 3x106単位およびT7ポリメラーゼ1. 3x106単位(各標品2.5ml)を混合し、そして分画分子量12,000 ダルトンの透析膜を用いて、20mM HEPES(pH7.5)、5mM N ALC、0.1mM EDTA、0.1mM酢酸亜鉛、0.2%(v/v)TRIT ON X-102および0.2Mトレハロースを含有する少なくとも50容量の緩衝液 に対して2〜8℃で透析し、同容量の緩衝液を少なくとも8時間の緩衝液交換間 隔で3回取換えた。 透析された酵素標品20ミリリットルを、10.0mMスペルミジン、250 mMイミダゾール/150mMグルタミン酸(pH6.8)、99mM NAL C、12.5%(w/v)PAP、各12.5mMのrCTPおよびrUTP、 各31.2mMのrATPおよびrGTP、各10.0mMのdCTP、dGT P、dATPおよびdTTPを含有する増幅試薬60mlと混合した(容量比6 :2)。更に別の実験は、試薬を容量比7:1(増幅試薬対酵素標品)で、有意 に異なった結果を伴うことなく混合しうることを示した。理論的に、透析酵素標 品および増幅試薬は、等比率で混合することができ、増幅試薬対酵素の適当な比 率の決定は、充分に当業者の能力の範囲内である。 凍結乾燥前の混合された酵素:増幅試薬配合物の最終組成は、MMLVRT 2.7x106単位およびT7ポリメラーゼ1.2x106単位、各酵素6X106 単位、5.0mM HEPES(pH6.8〜7.0)、0.025mM E DTA、0.025mM酢酸亜鉛、10.0mMスペルミジン、187.5mM イミダゾール、112.5mMグルタミン酸、75.6mM NALC、0.0 5%(v/v)TRITON X-102、9.4%(w/v)PAP(平均分子量40,0 00ダルトン)、0.05Mトレハロース、各9.4mMのrCTPおよびrU TP、各23.4mMのrATPおよびrGTP、並びに各7.5mMのdCT P、dGTP、dATPおよびdTTPであった。 混合された酵素:増幅試薬標品(以下、酵素:増幅試薬)800マイクロリッ トルを、凍結乾燥のためにそれぞれ個々のガラスバイアル中に入れた(全酵素約 39,000単位/バイアル)。凍結乾燥は、実施例1の場合と同様に行われた 。凍結乾燥後、バイアルを以下の実施例で示されたように処理した。 実施例3:凍結乾燥された試薬の増幅活性検定 逆転写酵素、RNAポリメラーゼおよび増幅試薬の新たに凍結乾燥された標品 を、25℃、35℃および45℃において3〜61日間の様々な時間でインキュ ベートした。全てのバイアルを同じ標品から全く同じに調製した。指示された時 点で、凍結乾燥試薬が入っているバイアルを高温から取出し、そして最後の試料 が集められるまで−30℃で貯蔵した。それぞれの温度に関して「ゼロ」時を示 す試料を、−30℃で全実験期間中貯蔵した。 最後の時点のバイアルが集められた時に、全ての試料を再構成用試薬 (Reconstituting Reagent)(0.01%(v/v)TRITON X-102、41.6m M MgCl2、1mM ZnC232、10%(v/v)グリセロール、0. 3%(v/v)エタノール、0.02%(w/v)メチルパラベンおよび0.0 1%(w/v)プロピルパラベン)1.5ml中で再水和し、そして各バイアル の内容物の核酸増幅を引き起こす能力について検定した。 モデル増幅システムにおける活性は、この実施例において以下の方法で測定さ れた。各増幅反応混合物は、標的核酸としてB型肝炎ウイルスゲノムの一部分を 有するプラスミド(B型肝炎ウイルスゲノムの2.6kbフラグメントを有する PUCプラスミド)からの二本鎖DNA制限フラグメント500コピーを含んだ 。標的DNAを水かまたはヒト血清20μlで希釈した。負の対照は、標的DN A不含である以外は同様に作成された。これを、2Xプライマー溶液20μlに 対して加えた。この溶液の最終組成は、全容量40μl中に0.1N KOH、 17.5mM EGTA、25mMイミダゾール、25mMグルタミン酸、0. 025%(w/v)フェノールレッドおよび各0.3μMの2種類のプライマー であった。第一プライマー((−)センス)は、DNA標的の(+)センス鎖に 相補的な3’標的結合ヌクレオチド配列領域から成り、そして5’非相補的部分 は、T7 RNAポリメラーゼのプロモーターのヌクレオチド配列を有する5’ 非相補的領域から下流に位置した。第二プライマー((+)センス)は、もう一 方の((−)センス)DNA鎖に相補的な標的結合領域から成るヌクレオチド配 列を有した。 反応混合物それぞれ40μlを、約95℃でインキュベートして、二本鎖DN A標的を変性させた。次に、反応を室温まで5分間冷却し、そして330mMイ ミダゾールおよび200mMグルタミン酸を含有する緩衝液10μlで中和した 。標的核酸がDNAではなくRNAであるならば、この変性工程は不必要であろ う。 再構成された酵素:増幅試薬それぞれ50マイクロリットルを、変性され中和 されたDNA反応混合物50μlに加えた後、それを37℃で3時間インキュベ ートした。それぞれの反応は、RNアーゼ不含DNアーゼIを20μl(40単 位)加えることによって終結した。 再構成された酵素:増幅試薬それぞれの相対増幅は、アーノルドおよびネルソ ン,米国特許第5,283,174号明細書に記載された均一保護検定(HPA)を用い ることによって決定されたが、放射性標識などの種々の検出手段を用いる他の検 定法を用いることができることは当業者に理解されるであろう。各増幅反応に、 増幅されたRNAアンプリコンに相補的であるように設計された約75フェムト モル(fmol)のアクリジニウムエステル標識オリゴヌクレオチドブローブ((+ )センス)を含有する、10mMコハク酸リチウム(pH5.0)、2%(w/ v)ラウリル硫酸リチウム、1mMメルカプトエタンスルホン酸、0.3%(w /v)PAP−40、230mM LiOH、1.2M LiCl、20mM EGTA、20mM EDTA、100mMコハク酸(pH4.7)および15m M 2,2’−ジピリジルジスルフィドの溶液100μlを加えた。各試験管を 混合し、60℃で20分間インキュベートした後、冷却した。各反応混合物に、 0.6Mホウ酸ナトリウム(pH8.5)、1%(v/v)TRITON X-100およ び182mM NaOHを含有する溶液300μlを加え、そして60℃で6分 間インキュベートして、ハイブリッド形成プローブと結合していない標識を破壊 した。 反応混合物を5分間冷却し、そして残りの化学発光は、0.1%(v/v)H22、0.1mM硝酸 200μlを自動注入した直後に1.0N NaOHを 注入後、ルミノメーター(LEADER(登録商標)ジェン・プローブ・インコーポレ ーテッド(Gen-Probe Incorporated),サン・ディエゴ,CA)で測定した。引 き続き発せられる光の量は、相対光単位(RLU)で報告される。これらの条件 下において、発光のバックグラウンド水準は、約2000〜4000RLUの範 囲内であった。 結果を記録し、そして下記に示されたように各貯蔵温度(25℃、35℃およ び45℃)に関して表示した。各試料を三重反復試験で検定し且つ平均した。こ の平均を用いて、各温度に関するデータをグラフにプロットした。図1は表3に 対応し、図2は表4に、そして図3は表5に対応する。 これらのデータは、本明細書中に記載の方法によって製造された同時凍結乾燥 酵素:増幅試薬が、用いられた転写媒介性増幅法にしたがって核酸増幅を行うの に必要な4種類全部(RNA依存性DNAポリメラーゼ、DNA依存性DNAポ リメラーゼ、RNアーゼHおよびRNAポリメラーゼ)の酵素活性を保持してい ることを示す。したがって、そのデータは、試薬を逆転写酵素およびRNAポリ メラーゼと一緒に同時凍結乾燥する場合、ヌクレオチド三リン酸または増幅試薬 の任意の他の成分に対する顕著な有害作用が存在しないことを示す。 これらの結果は、更に、増幅反応がヒト血清などの複雑な生体試料の存在下で 行われる場合、逆転写酵素の酵素活性およびRNAポリメラーゼ酵素活性は有意 に阻害されないということを示す。したがって、凍結乾燥増幅試薬は、臨床診断 設定で得られるような試料と一緒に用いるのに適していると考えられる。 そのデータは多数の方法で解釈することができ、より有用な解釈手段の一つは 、アレーニウス式の形式を利用して、実際に試験されるよりも長期間にわたる組 成物の安定性を予測する。アレーニウス式は、化学反応の速度および種々の熱不 安定性化合物の安定性を温度の関数として予測するのに当業者によって一般的に 用いられている。 本明細書中で用いられるように、アレーニウス式は、活性酵素(または試薬) がある与えられた温度で単一の失活速度および全試験温度で単一の失活機序を有 する酵素(または試薬)失活の一次反応を仮定する。出願人が用いた等式は、 ln(k2/k1)=(−Ea/R)((T2−T1)/(T2×T1)) であり、式中、k2は実験温度(°K)での速度定数であり、k1は対照温度での 反応の速度定数であり、Eaは反応の活性化エネルギーであり、Rは気体定数( 1.987cal/°K−モル)であり、T1は対照温度(例えば、298.1 6°K(25℃))であり、そしてT2は実験温度(°Kで表わされる)である 。 Eaが15,000cal/モルであると仮定され且つ対照および実験温度が 知られているならば、速度定数の比率k2/k1を決定することができる。対照お よび実験温度が両方とも25℃である簡単な場合、これらの定数比は、定数が同 じであるので1である。実験温度が35℃であり且つ対照温度が25℃である場 合、予測比率は2.27であろう。実験温度が45℃であり且つ対照温度が25 ℃ である場合、予測比率は4.91であろう。同じ式を用いて、対照温度が5℃で あり且つ実験温度が45℃である場合、その比率は30.33である。 速度定数比は、貯蔵時間が時で表わされているか、日、週等であるかいずれに せよ、実験貯蔵時間対標準貯蔵時間の「分解比率」と考えることができる。した がって、凍結乾燥酵素/増幅試薬が45℃において30日でその元の能力の90 %まで分解する場合、アレーニウス式は、活性が同様に低下するのに25℃で1 47.3(30x4.91)日を要するであろうと予想する。 したがって、そのデータは、凍結乾燥標品の混合された成分が、たとえ45℃ で30日後でも、増幅を支持するそれらの能力を「実時間」で顕著に失うことは ないことを実証する。更に、アレーニウス式を利用することにより、同データは 、凍結乾燥試薬を使用前に実際に25℃でほとんど5か月間または5℃で2.5 年間(30.33x30日)貯蔵したとしても、その試薬は活性を有意に失わな いであろうと予想する。 出願人は、本発明の理解を助けるものとしてこれらのデータ分析法を示すが、 理論的考察によって制限または拘束されることを望むものではない。本発明の組 成物の実際の安定性は、凍結乾燥試薬の安定性の予測について一般的な指標を与 えるアレーニウス式の予測とは異なることがありうる。 実施例4:凍結乾燥試薬のT7 RNAポリメラーゼ検定 実施例2で製造された凍結乾燥酵素:増幅試薬を、35℃で0日、3日、9日 、16日、21日および30日間インキュベートした。これらの各時点で、バイ アルをそのストレス温度から取出し、そして最後の試料が集められるまで−30 ℃で貯蔵した。 RNAポリメラーゼ活性は、凍結乾燥試薬の各アリコートを、再構成用緩衝液 (0.01%(v/v)TRITON X-100、41.6mM MgCl2、1mM Z nC232、10%(v/v)グリセロール、0.3%(v/v)エタノール 、0.02%(w/v)メチルパラベンおよび0.01%(w/v)プロピルパ ラベン)1.5ml中で再構成することによって測定された。次に、その試薬を 、20mM HEPES(pH7.5)、5mM NALC、0.1mM ED TA、0.1mM ZnC232、0.1M NaClおよび0.2%(v/ v) TRITON X-102を含有する溶液で100倍、200倍および400倍に希釈した 。22mM MgCl2、各7.8mMのATPおよびGTP、各2.5mMの CTPおよびUTP、62.5mMトリス(pH7.5)、2.5mMスペルミ ジンおよび0.5ナノモルの標的核酸を含む反応プレミックスを別個に調製した 。標的は、バクテリオファージT7遺伝子10から直ぐ上流に位置したT7プロ モーターを有する直鎖状pUC T7G10プラスミドであった。このプラスミ ドは、プラスミドpGEMEX−1(プロメガ・コーポレーション,マディソン ,WI)に由来した。 反応プレミックスを40μlアリコートに分け、そして各アリコートを37℃ で3分間インキュベートした。酵素:増幅試薬の各希釈液10マイクロリットル を、温めたプレミックス試験管に加え、そして37℃で20分間インキュベート した。転写産物に相補的であるように設計された約75フェムトモルのアクリジ ニウムエステル標識遺伝子10オリゴヌクレオチドプローブ((−)センス)を 含有する、10mMコハク酸リチウム、2%(w/v)ラウリル硫酸リチウム、 1mMメルカプトエタンスルホン酸、0.3%(w/v)PAP−40、230 mM LiOH、1.2M LiCl、20mM EGTA、20mM EDT A、100mMコハク酸(pH4.7)および15mM 2,2’−ジピリジル ジスルフィドの溶液50μlを、各試験管に加えた。遺伝子10プローブに相補 的な10フェムトモル(fmol)の一本鎖DNAを含有する標準試料をHPA工程 に包含させて、実験反応混合物中に生じたRNAの量を定量した。ハイブリダイ ゼーションは、ハイブリダイゼーション容量が半分であったこと以外、本質的に 実施例2の場合のように行われた。ハイブリッド形成されなかった標識を分解後 、残りのアクリジニウムエステルを反応させ、そして発光をルミノメーターでR LUとして測定した。 生データは、次のように、RNAポリメラーゼ活性のμl当たりの単位に変換 された。正対照反応について得られた原RLUを、負対照(標的DNA不含)で 得られたRLUから差し引いた。この数値は、10 fmolのRNAが試料中にあ る場合に得られる正味発光量であり、RLU/fmol RNAとして表わすことが できる。同様に、それぞれの試料について得られたRLUは、バックグラウンド ルミ ネセンスから差し引くことができる(RLU/20分間)。この数値を、標準に ついて得られた数値(RLU/fmol RNA)で割ると、その結果は、それぞれ の反応において20分間当たりに生じたRNAのfmol数である。RNAポリメラ ーゼ活性1単位は、検定条件下の20分間での1 fmol RNAの生成として定義 されたので、この数値は、最初に加えられた酵素の10μl容量ごとのRNAポ リメラーゼ活性の単位数でもある。 これらの反応から得られたデータは、最初に、生成したRNAのfmolを、各試 験管で示された元の1.5mlの再構成酵素:増幅試薬のマイクロリットル数の 関数として表わすことによって、35℃で貯蔵の各時間に関してプロットされた 。簡単な一次関数が描かれた。データがプロットされたら、各時点について得ら れたデータに最も良く適合した線を計算し、この曲線の傾きを、T7ポリメラー ゼ活性の単位/マイクロリットルとして表わした。「ゼロ時」時点を活性100 %とみなすと、それぞれの残りの時点のT7 RNAポリメラーゼの計算された 単位は、残りの活性%として表わされた。 図4は、35℃で貯蔵の日数の関数としての、凍結乾燥酵素:増幅試薬中のT 7 RNAポリメラーゼの単位数/マイクロリットルのプロットである。この結 果は、T7 RNAポリメラーゼの減少があったとしても、35℃で30日間の インキュベーション期間にわたってほとんど起こらないことを示している。 実施例5:凍結乾燥試薬の逆転写酵素検定 35℃で3日、9日、16日、21日および30日間インキュベートされた凍 結乾燥MMLV逆転写酵素の活性を、次のように検定した。個々のバイアルを指 定の時間にそのストレス温度から取出し、そして最後の試料が集められるまで− 30℃で貯蔵した。 各バイアルを、実施例4の場合と同様に、再構成用緩衝液1.5ml中で再構 成し且つ100倍、200倍および400倍に希釈した。別個の逆転写酵素プレ ミックス混合物を、5mM MgCl2、30mM KCl、各0.25mMの dATP、dTTP、dCTPおよびdGTP、62.5mMトリス(pH7. 5)、2.5mMスペルミジン、3.75nM標的RNAおよび750nMの増 幅プライマーを含むよう製造した。標的RNAは、実施例4で生じたT7遺伝子 10RNA転写物であった。プライマーは、標的DNAの3’末端に近い領域に 対してハイブリッド形成するように設計された22塩基長さオリゴヌクレオチド であった。酵素希釈液10マイクロリットルをそれぞれ、氷上の反応プレミック ス40μlに加えた。反応は、37℃で15分間のインキュベーションによって 行われた。それぞれの反応は、アクリジニウムエステル標識ハイブリダイゼーシ ョンプローブ50μlの添加によって終止させた。プローブは、新たに合成され た遺伝子10cDNAに相補的であるように設計された。 HPAによる検出は、実施例3で記載のように行われた。結果はRLUで測定 された。 この検定は、MMLV逆転写酵素のRNA依存性DNAポリメラーゼ活性およ びRNアーゼH活性を測定した。後者の活性は、遺伝子10プライマーの伸長に よって生じたRNA:DNAハイブリッドのRNA鎖の分解がなければ、プロー ブがcDNAに対してハイブリッド形成することができないので、間接的に測定 される。 これら混合された酵素活性の1単位は、上記の反応条件下の15分間での1 f mol cDNAの検出として定義された。それぞれの時点および希釈での残りの酵 素活性の単位の計算は、実施例4の場合と同様に、標準として10 fmolの増幅 cDNAを用いて行われた。 図5は、35℃での貯蔵日数の関数としての、凍結乾燥酵素:増幅試薬中のR T活性の単位数/マイクロリットルのプロットである。この結果は、RT活性の 低下があったとしても、35℃で30日間のインキュベーション期間にわたって ほとんど起こらないことを示している。 実施例6:逆転写酵素およびRNAポリメラーゼとヌクレオチドおよびプライマ ーとの同時凍結乾燥 前の実施例は、RNAポリメラーゼおよび逆転写酵素の乾燥保存標品と、ヌク レオチド三リン酸および核酸増幅に必要な副因子とを一緒に含有する単一試薬の 製造および使用を例証した。高温で長期の貯蔵後に核酸を増幅するこのような「 単一バイアル」試薬の能力があれば、このような試薬を使用する方法において工 程数を減少させるように且つ核酸増幅用のキットの容器数を3個(例えば、凍結 乾 燥酵素:増幅試薬、プライマーおよび再構成用試薬)から2個(例えば、凍結乾 燥酵素/プライマー/増幅試薬および再構成用試薬)に減少させるように、凍結 乾燥標品中に1種類または複数の増幅プライマーを包含させることは容易に可能 なはずであるということは当業者に明らかであろう。 このような標品は、最初の標的核酸がRNAであり且つ増幅法が等温のもの、 例えば、カシアンおよびフルツ,PCT公開第WO91/01384号またはカシアンら, PCT公開第WO93/22461号でのような方法である場合のように、増幅反応が、一 方または両方の酵素を変性する温度を用いない場合に有用である。 実施例7:逆転写酵素とスクロースとの凍結乾燥 出願人は、更に、スクロースを(例えば、0.2M濃度の)、逆転写酵素の凍 結乾燥において凍結保護安定化剤として用いることができることを発見した。ス クロースの安定化作用は良好であると考えられ、MMLV−RTを含有し且つ5 0%(v/v)グリセロール中において−20℃で同じ時間貯蔵された標準的な 液体溶液と比較して、0.2Mスクロース中で凍結乾燥された標品は、凍結乾燥 物を4℃で30日間貯蔵後に、標準的なMMLV−RT標品の活性の93%を維 持した。スクロースではなく0.2Mトレハロースを含有する同様に処理された 凍結乾燥物は、同様の条件下の標準について平均105%の活性を示した。 実施例8:PAPの存在下での凍結乾燥 出願人は、更に、ポリビニルピロリドン(PAP)が、凍結乾燥の前の緩衝液 中でトレハロースと混合された場合に、酵素:増幅試薬をトレハロース単独の存 在下で凍結乾燥させる場合よりも大きく、凍結乾燥T7 RNAポリメラーゼ: MMLV−RT:増幅試薬標品の安定性を向上させることを発見した。この驚く べき知見は、凍結乾燥酵素:増幅試薬の安定性が、凍結保護安定化剤としてトレ ハロースを単独でかまたはトレハロースおよびPAPの組合わせを含有する凍結 乾燥組成物の場合よりもむしろPAPを単独で用いることによってほぼ同じかま たは高い程度に維持されうることを示唆する。酵素の凍結乾燥は、実施例2で詳 述されたように、TRITON X-100または別の非イオン性可溶化剤を含有する透析 溶液に対して精製酵素を透析することによって最適化することができる。この透 析溶液はトレハロースを含まない。緩衝液交換工程後、酵素溶液のアリコートを 調製し、そして種々の量のPAPを各アリコートに加えることができる。次に、 それらのアリコートに、実施例2で詳述されたように酵素:増幅試薬を加え且つ 凍結乾燥することができる。これらの凍結乾燥試料は、実施例3の場合と同様に 、異なった温度で様々な時間インキュベートされ、そしてそれぞれの酵素活性に ついておよび核酸増幅を支持する再構成された試薬の能力について検定すること ができる。 上の実施例は、本発明の方法および組成物の好ましい実施態様を単に記載して いるだけであり、発明を制限するまたは定義するためのものではないということ は当業者に理解されるであろう。他の実施態様は、これらの実施例に続く請求の 範囲に包含される。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 プットナム,ジェイムズ・ガーフィールド アメリカ合衆国カリフォルニア州92102, サン・ディエゴ,デイル・ストリート 1933 (72)発明者 デイヴィス,ウィリアム・マイケル アメリカ合衆国カリフォルニア州92122, サン・ディエゴ,ブエナ・ヴィスタ・スト リート 3628

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1. 単一容器中の酵素組成物を貯蔵し且つ安定化させる方法であって、 (a)(i)逆転写酵素、RNAポリメラーゼ並びに逆転写酵素およびRNA ポリメラーゼの混合物から成る群より選択される活性酵素組成物、および (ii)非還元性二糖、ポリビニルピロリドン並びに非還元性二糖および ポリビニルピロリドンの混合物から成る群より選択される安定化剤 を含む溶液を提供し、 (b)該溶液を凍結させ、 (c)該凍結した溶液の溶媒部分を真空の適用によって昇華させ、それによっ て該活性酵素組成物および該安定化剤を含む凍結乾燥物を生成すること を含む上記方法。 2. 前記活性酵素組成物が、本質的に、逆転写酵素およびRNAポリメラー ゼの混合物から成る請求項1に記載の方法。 3. 前記安定化剤が、本質的にトレハロースから成る請求項2に記載の方法 。 4. 前記安定化剤が、本質的にポリビニルピロリドンから成る請求項2に記 載の方法。 5. 前記乾燥粉末を再構成し且つ適当な核酸基質および反応物と混合した場 合に、前記溶液が、DNA重合およびRNA転写の両方を可能にするのに充分な デオキシリボヌクレオチド三リン酸、リボヌクレオチド三リン酸、金属塩および 副因子を単一溶液中に更に含む、請求項2に記載の方法。 6. 前記溶液が、少なくとも1種類のオリゴヌクレオチド増幅プライマーを 更に含む請求項5に記載の方法。 7. 前記凍結乾燥物を室温で2か月間貯蔵した場合に、前記酵素組成物が、 標的核酸を増幅するその能力を少なくとも70%保持する請求項5に記載の方法 。 8. 前記凍結乾燥物を35℃で2か月間貯蔵した場合に、前記酵素組成物が 、標的核酸を増幅するその能力を少なくとも70%保持する請求項5に記載の方 法。 9. 前記凍結乾燥物を45℃で2か月間貯蔵した場合に、前記酵素組成物が 、標的核酸を増幅するその能力を少なくとも70%保持する請求項5に記載の方 法。 10.前記凍結乾燥物を55℃で2か月間貯蔵した場合に、前記酵素組成物が 、標的核酸を増幅するその能力を少なくとも70%保持する請求項5に記載の方 法。 11.凍結乾燥された逆転写酵素を含む組成物。 12.凍結乾燥されたRNAポリメラーゼを含む組成物。 13.標的核酸の増幅用組成物であって、 (a)有効量のRNA依存性DNAポリメラーゼ活性、DNA依存性DNAポ リメラーゼ活性、RNアーゼH活性およびDNA依存性RNAポリメラーゼ活性 、ここにおいて、RNA依存性DNAポリメラーゼ活性、DNA依存性DNAポ リメラーゼ活性およびRNアーゼH活性は1種類またはそれ以上の別個の酵素に よって与えられ、 (b)凍結保護活性を有する1種類またはそれ以上の安定化剤、 (c)デオキシリボヌクレオチド三リン酸およびリボヌクレオチド三リン酸、 (d)金属塩、および (e)還元剤 を有する単一凍結乾燥物を含み、 ここにおいて、水性溶媒の添加によって該凍結乾燥物を再構成する場合に、得 られる溶液が、標的ヌクレオチド配列領域を有する一本鎖RNA分子および1種 類またはそれ以上の適当なオリゴヌクレオチドプライマーを該溶液に加え且つ該 酵素活性を促進するのに充分な温度で該溶液をインキュベートした時に、該RN A分子を増幅することを特徴とする上記組成物。 14.前記1種類またはそれ以上の適当なプライマーが、凍結乾燥物中に含ま れている請求項13に記載の組成物。 15.前記RNA依存性DNAポリメラーゼ活性、DNA依存性DNAポリメ ラーゼ活性およびRNアーゼH活性が、組換えレトロウイルス逆転写酵素によっ て与えられ、そして前記DNA依存性RNAポリメラーゼ活性がバクテリオファ ージRNAポリメラーゼによって与えられる請求項13に記載の組成物。 16.前記逆転写酵素が、モロニーネズミ白血病ウイルスに由来する請求項1 5に記載の組成物。 17.前記RNAポリメラーゼが、T7バクテリオファージに由来する請求項 15に記載の組成物。 18.前記安定化剤が、非還元性二糖、ポリビニルピロリドン並びに非還元性 二糖およびポリビニルピロリドンの混合物から成る群より選択される請求項13 に記載の組成物。 19.スクロース、トレハロースおよびポリビニルピロリドンから成る群より 選択される安定化剤を含む請求項13に記載の組成物。 20.前記安定化剤がトレハロースを含む請求項13に記載の組成物。 21.標的核酸の増幅用組成物であって、 (a)有効量のRNA依存性DNAポリメラーゼ活性、DNA依存性DNAポ リメラーゼ活性、RNアーゼH活性およびDNA依存性RNAポリメラーゼ活性 、ここにおいて、RNA依存性DNAポリメラーゼ活性、DNA依存性DNAポ リメラーゼ活性およびRNアーゼH活性は1種類またはそれ以上の別個の酵素に よって与えられ、 (b)凍結保護活性を有する1種類またはそれ以上の安定化剤、 (c)デオキシリボヌクレオチド三リン酸およびリボヌクレオチド三リン酸、 (d)金属塩、 (e)還元剤、および (f)緩衝液 を有する単一凍結乾燥物を含み、 但し、該組成物はカルボン酸を含まないという条件付きであり、 ここにおいて、水性溶媒の添加によって該凍結乾燥物を再構成する場合に、得 られる溶液が、標的ヌクレオチド配列領域を有する一本鎖RNA分子および1種 類またはそれ以上の適当なオリゴヌクレオチドプライマーを該溶液に加え且つ該 酵素活性を促進するのに充分な温度で該溶液をインキュベートした時に、該RN A分子を増幅することを特徴とする上記組成物。 22.前記RNA依存性DNAポリメラーゼ活性、DNA依存性DNAポリメ ラーゼ活性およびRNアーゼH活性が、組換えレトロウイルス逆転写酵素によっ て与えられ、そして前記DNA依存性RNAポリメラーゼ活性がバクテリオファ ージRNAポリメラーゼによって与えられる請求項21に記載の組成物。 23.前記逆転写酵素が、モロニーネズミ白血病ウイルスに由来する請求項2 2に記載の組成物。 24.前記RNAポリメラーゼが、T7バクテリオファージに由来する請求項 22に記載の組成物。 25.前記安定化剤が、非還元性二糖およびポリビニルピロリドン並びに非還 元性二糖およびポリビニルピロリドンの混合物から成る群より選択される請求項 21に記載の組成物。 26.前記安定化剤が、非還元性二糖およびポリビニルピロリドンから成る群 より選択される請求項22に記載の組成物。 27.前記安定化剤がトレハロースを含む請求項22に記載の組成物。 28.標的核酸の増幅用キットであって、単一凍結乾燥配合物中に組合わされ た逆転写酵素およびRNAポリメラーゼを、トレハロースおよびポリビニルピロ リドンから成る群より選択される凍結保護安定化剤と一緒に含み、ここにおいて 、該凍結乾燥配合物の再水和およびオリゴヌクレオチドプライマーの存在下での 標的核酸の添加の際に、若干のまたは全部の該標的核酸が増幅される上記キット 。 29.前記凍結乾燥配合物が、金属塩およびヌクレオチド三リン酸を更に含む 請求項28に記載のキット。 30.少なくとも1種類のオリゴヌクレオチド増幅プライマーを更に含む請求 項28に記載のキット。 31.前記安定化剤がトレハロースを含む請求項28に記載のキット。 32.前記安定化剤がポリビニルピロリドンを含む請求項28に記載のキット 。
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