JPH0965899A - オリゴヌクレオチド、それから成るヘリコバクター・パイロリ検出用プライマー及びそれを用いたヘリコバクター・パイロリの検出方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド、それから成るヘリコバクター・パイロリ検出用プライマー及びそれを用いたヘリコバクター・パイロリの検出方法

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JPH0965899A
JPH0965899A JP7246737A JP24673795A JPH0965899A JP H0965899 A JPH0965899 A JP H0965899A JP 7246737 A JP7246737 A JP 7246737A JP 24673795 A JP24673795 A JP 24673795A JP H0965899 A JPH0965899 A JP H0965899A
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JP
Japan
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helicobacter pylori
oligonucleotide
primer
detecting
pcr
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Osamu Kawamata
治 川俣
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Srl KK
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S R L KK
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 従来のヘリコバクター・パイロリの検出方法
よりも高感度にヘリコバクター・パイロリを検出するこ
とを可能にする、PCRによるヘリコバクター・パイロ
リの検出のためのプライマーとして用いられる新規なオ
リゴヌクレオチド、それから成るプライマー及びそれを
用いたヘリコバクター・パイロリの検出方法を提供する
こと。 【解決手段】 配列表の配列番号1ないし7で示される
塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、それから成るプ
ライマー及びそれを用いたPCRによるヘリコバクター
・パイロリの検出方法を提供した。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、ヘリコバクター・パイ
ロリ(Helicobacter pylori )の検出に有用な新規なオ
リゴヌクレオチド、それから成るPCR用プライマー及
びそれを用いたヘリコバクター・パイロリの検出方法に
関する。
【0002】
【従来の技術】ヘリコバクター・パイロリは、胃炎等の
消化器性疾患を引き起こす病原体であるので、体内にヘ
リコバクター・パイロリが存在するか否かを検査する必
要がある場合がある。従来より、ヘリコバクター・パイ
ロリの遺伝子の一部をPCRにより増幅し、増幅産物を
検出することによりヘリコバクター・パイロリが存在す
るか否かを検査する方法が知られている。従来の方法で
は、配列表の配列番号8及び9で示される塩基配列を有
するオリゴヌクレオチドの組をプライマーとして用いて
いる。
【0003】
【発明が解決しようとする課題】ヘリコバクター・パイ
ロリの検出において、検出感度が高ければ高いほど好ま
しいことは言うまでもない。
【0004】従って、本発明の目的は、従来のヘリコバ
クター・パイロリの検出方法よりも高感度にヘリコバク
ター・パイロリを検出することを可能にする、PCRに
よるヘリコバクター・パイロリの検出のためのプライマ
ーとして用いられる新規なオリゴヌクレオチド、それか
ら成るプライマー及びそれを用いたヘリコバクター・パ
イロリの検出方法を提供することである。
【0005】
【課題を解決するための手段】本願発明者らは、鋭意研
究の結果、従来のPCRによるヘリコバクター・パイロ
リの検出方法よりも高感度にヘリコバクター・パイロリ
を検出することができるオリゴヌクレオチドを見出し、
本発明を完成した。
【0006】すなわち、本発明は、配列表の配列番号1
ないし7で示される塩基配列を有する新規なオリゴヌク
レオチドを提供する。さらに本発明は、上記本発明のオ
リゴヌクレオチドから成る、ヘリコバクター・パイロリ
の遺伝子をPCRにより検出するためのプライマーを提
供する。さらにまた、本発明は、(1) 配列番号1で示さ
れる塩基配列を有するオリゴヌクレオチド(以下、「A
−2R」と言うことがある)と配列番号2で示される塩
基配列を有するオリゴヌクレオチド(以下、「A−2F
1」ということがある)の組、(2) A−2Rと配列番号
3で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチド(以
下、「A−2F2」と言うことがある)の組、(3) A−
2Rと配列番号4で示される塩基配列を有するオリゴヌ
クレオチド(以下、「A−2F3」と言うことがある)
の組、(4) 配列番号5で示される塩基配列を有するオリ
ゴヌクレオチド(以下、「B−1F」と言うことがあ
る)と配列番号6で示される塩基配列を有するオリゴヌ
クレオチド(以下、「B−1R1」ということがある)
の組、又は(5) B−1Fと配列番号7で示される塩基配
列を有するオリゴヌクレオチド(以下、「B−1R2」
と言うことがある)の組をプライマーとして用いたPC
Rにより検体中のヘリコバクター・パイロリの遺伝子の
一部を増幅し、増幅された遺伝子断片を検出することか
ら成るヘリコバクター・パイロリの検出方法を提供す
る。
【0007】以下、本発明を詳細に説明する。
【0008】上述のように、本発明のオリゴヌクレオチ
ドは、配列表の配列番号1ないし7で示される塩基配列
を有するものである。これらのオリゴヌクレオチドは、
ヘリコバクター・パイロリのゲノム内の領域にそれぞれ
ハイブリダイズする。ヘリコバクター・パイロリのゲノ
ムの塩基配列の一部は公知であり、J. Bacteriol. 173
1920-1931(1991) "Shuttle cloning and nucleotide se
quence of Helicobacter pylori gene responsible for
urease activity" に記載されている。本発明のオリゴ
ヌクレオチドの配列番号、名称及びそれらがハイブリダ
イズするヘリコバクター・パイロリのゲノム上の領域を
下記表1に示す。
【0009】
【表1】
【0010】上記本発明のオリゴヌクレオチドは、その
塩基配列が明らかになっているので、市販のDNA合成
機を用いて容易に製造できる。
【0011】上記本発明のオリゴヌクレオチドは、ヘリ
コバクター・パイロリのゲノムをPCRにより検出する
ためのプライマーとして用いることができる。この場
合、上記A−2R、B−1R1及びB−1R2はリバー
スプライマーとして用いられ、A−2F1、A−2F
2、A−2F3及びB−1Fはフォワードプライマーと
して用いられる。好ましいプライマーの組合せ及びそれ
らの組合せ(プライマーセット)の名称、並びにそれら
の各組合せにより増幅される領域及びそのサイズを下記
表2に示す。
【0012】
【表2】
【0013】本発明の方法に供される検体は、特に限定
されないが、例えば生体の組織、血液や胃液等の体液、
便等を挙げることができる。これらを緩衝液に懸濁後、
煮沸処理したもの、又はこれらから常法により抽出した
DNAをPCRにかけることができる。この場合、DN
Aの抽出は、市販の核酸抽出試薬を用いて容易に行うこ
とができる。
【0014】次いでPCRを行うが、PCRの方法自体
はこの分野において周知であり、PCRを行うための試
薬キット及び装置は市販されている。これらを用いて常
法によりPCRを行うことができる。なお、具体的な条
件の一例は下記実施例に記載されている。
【0015】PCR後、増幅産物は常法により検出する
ことができる。例えば、増幅産物を常法によりアガロー
スゲル電気泳動にかけ、ゲルをエチジウムブロミド等の
核酸染色試薬で染色した後、必要ならば紫外線照射下等
でバンドを検出する。また、例えば増幅産物を、これの
一部と相補的なDNAプローブと結合させてこれを酵素
反応、発光反応等で検出することもできる。試料中にヘ
リコバクター・パイロリが存在した場合には、増幅バン
ドが検出され、存在しない場合には増幅バンドが検出さ
れないので、検体中のヘリコバクター・パイロリの有無
を知ることができる。
【0016】なお、上記表2に示したプライマーセット
を用いることにより、高感度にヘリコバクター・パイロ
リを検出することができるが、異なるプライマーセット
を用いて増幅操作を2回連続的に行うことによりさらに
検出感度を高めることができる。これは、いわゆるne
sted PCRとして知られる手法であり、1回目の
PCR増幅産物中の領域を2回目のPCRによりさらに
増幅するものである。この場合の好ましい第1回目のプ
ライマーセットと第2回目のプライマーセットの組合せ
の例を増幅産物のサイズと併せて下記表3に示す。
【0017】
【表3】
【0018】
【実施例】以下、本発明を実施例に基づきより具体的に
説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定される
ものではない。
【0019】実施例1 消化器性疾患患者の胃粘膜組織を、市販の核酸抽出試薬
であるSepaGene(三光純薬社製)を用いてDN
A抽出を行った。抽出DNAを50μlの緩衝液に溶解
し、10μlをPCR反応系に用いた。PCR反応は、
市販のPCRキット及びサーマルサイクラー(商品名)
を用いて、94℃1分間、52℃1分間、72℃1分間
のサイクルを30回繰り返した。なお、プライマーセッ
トとしては、上記表2に示した、プライマーセットA
1、A2、A3、B1及びB2をそれぞれ用いて行っ
た。また、検体は、各プライマーセットにつき100検
体を供した。増幅産物10μlを常法に従いアガロース
ゲルで電気泳動後、エチジウムブロミドで染色し、紫外
線照射下でバンドを検出した。その結果、いずれのプラ
イマーセットを用いた場合でも、50%以上の検体が陽
性であった。
【0020】一方、比較のため、従来のプライマーセッ
トであるHPU(配列番号8及び9で示される塩基配列
を有する)を用いて上記と同様に検出操作を行った。そ
の結果をプライマーセットA1、A2及びB1を用いた
場合と比較して下記表4ないし表7に示す。なお、これ
らの表中、「+」は陽性、「−」は陰性を示す。
【0021】
【表4】
【0022】
【表5】
【0023】
【表6】
【0024】
【表7】
【0025】上記表4に示されるように、従来のプライ
マーセットを用いた場合には、100検体中、陽性と判
定されたものが38検体しかないのに対し、本発明の方
法によれば、いずれも50検体以上が陽性と判定されて
いる。また、この結果を各プライマーセット毎に詳しく
見ると、表5ないし表7に示されるように、本発明の方
法で陰性と判定されたにもかかわらず従来の方法で陽性
と判定されたものはA1で1検体、B1で2検体しかな
く、A2に至っては0検体であった。これとは逆に従来
の方法で陰性と判定されたにもかかわらず本発明の方法
で陽性と判定されたものはA1とB1で19検体、A2
で24検体あった。これらから、本発明の方法が従来の
方法よりも高感度にヘリコバクター・パイロリを検出で
きることが確認された。
【0026】実施例2 実施例1と全く同様にしてPCRを行った。もっとも、
用いたプライマーセットは、上記表3に示された1回目
のプライマーセットであるA1、A2及びB2であっ
た。次いで、得られたPCR産物5μlを用いて1回目
と同様にPCRを行った。もっとも、用いたプライマー
セットは、表3に示された2回目のプライマーセットで
あり、また、サイクル数は20回であった。得られた増
幅産物を実施例1と同様にして検出した。その結果、表
8に示されるように陽性と判定された検体数は表7に示
された1回目のPCRの結果陽性と判定された検体数よ
りも5検体から7検体増加した。このことから、本方法
によれば、さらに感度を高めることができることがわか
る。
【0027】
【表8】
【0028】
【発明の効果】本発明により、ヘリコバクター・パイロ
リの検出が従来の方法よりも高感度に行えるようになっ
た。
【0029】
【配列表】
配列番号:1 配列の長さ:21 配列の型:核酸 配列 ATGGAAGTGT GAGCCGATTT G 21
【0030】配列番号:2 配列の長さ:21 配列の型:核酸 配列 TCACCCCAAA AGAGTTAGAT A 21
【0031】配列番号:3 配列の長さ:22 配列の型:核酸 配列 ATATTATGGA AGAAGCGAGA GC 22
【0032】配列番号:4 配列の長さ:20 配列の型:核酸 配列 CATGAAGTGG GTATTGAAGC 20
【0033】配列番号:5 配列の長さ:23 配列の型:核酸 配列 TTCACCCCAA CAAATCCCTA CAG 23
【0034】配列番号:6 配列の長さ:24 配列の型:核酸 配列 TTCTACACAA CCGGCTTCAT TCAA 24
【0035】配列番号:7 配列の長さ:19 配列の型:核酸 配列 GCCGCCAGCG CCTTCAGTG 19
【0036】配列番号:8 配列の長さ:18 配列の型:核酸 配列 GCCAATGGTA AATTAGTT 18
【0037】配列番号:9 配列の長さ:18 配列の型:核酸 配列 CTCCTTAATT GTTTTTAC 18
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 C12R 1:01) (C12N 15/09 ZNA C12R 1:01) (C12Q 1/04 C12R 1:01)

Claims (16)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 配列表の配列番号1で示される塩基配列
    を有するオリゴヌクレオチド。
  2. 【請求項2】 配列表の配列番号2で示される塩基配列
    を有するオリゴヌクレオチド。
  3. 【請求項3】 配列表の配列番号3で示される塩基配列
    を有するオリゴヌクレオチド。
  4. 【請求項4】 配列表の配列番号4で示される塩基配列
    を有するオリゴヌクレオチド。
  5. 【請求項5】 配列表の配列番号5で示される塩基配列
    を有するオリゴヌクレオチド。
  6. 【請求項6】 配列表の配列番号6で示される塩基配列
    を有するオリゴヌクレオチド。
  7. 【請求項7】 配列表の配列番号7で示される塩基配列
    を有するオリゴヌクレオチド。
  8. 【請求項8】 請求項1ないし7のいずれか1項に記載
    のオリゴヌクレオチドから成る、ヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子をPCRにより検出するためのプライマ
    ー。
  9. 【請求項9】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドと請
    求項2記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーとし
    て用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイロ
    リの遺伝子の一部を増幅し、増幅された遺伝子断片を検
    出することから成るヘリコバクター・パイロリの検出方
    法。
  10. 【請求項10】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドと
    請求項3記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーと
    して用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子の一部を増幅し、増幅された遺伝子断片を
    検出することから成るヘリコバクター・パイロリの検出
    方法。
  11. 【請求項11】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドと
    請求項4記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーと
    して用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子の一部を増幅し、増幅された遺伝子断片を
    検出することから成るヘリコバクター・パイロリの検出
    方法。
  12. 【請求項12】 請求項5記載のオリゴヌクレオチドと
    請求項6記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーと
    して用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子の一部を増幅し、増幅された遺伝子断片を
    検出することから成るヘリコバクター・パイロリの検出
    方法。
  13. 【請求項13】 請求項5記載のオリゴヌクレオチドと
    請求項7記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーと
    して用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子の一部を増幅し、増幅された遺伝子断片を
    検出することから成るヘリコバクター・パイロリの検出
    方法。
  14. 【請求項14】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドと
    請求項2記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーと
    して用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子の一部を増幅し、次いで請求項1記載のオ
    リゴヌクレオチドと請求項3記載のオリゴヌクレオチド
    の組をプライマーとして用いたPCRにより増幅断片の
    一部をさらに増幅し、増幅された遺伝子断片を検出する
    ことから成るヘリコバクター・パイロリの検出方法。
  15. 【請求項15】 請求項1記載のオリゴヌクレオチドと
    請求項3記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーと
    して用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子の一部を増幅し、次いで請求項1記載のオ
    リゴヌクレオチドと請求項4記載のオリゴヌクレオチド
    の組をプライマーとして用いたPCRにより増幅断片の
    一部をさらに増幅し、増幅された遺伝子断片を検出する
    ことから成るヘリコバクター・パイロリの検出方法。
  16. 【請求項16】 請求項5記載のオリゴヌクレオチドと
    請求項7記載のオリゴヌクレオチドの組をプライマーと
    して用いたPCRにより検体中のヘリコバクター・パイ
    ロリの遺伝子の一部を増幅し、次いで請求項5記載のオ
    リゴヌクレオチドと請求項6記載のオリゴヌクレオチド
    の組をプライマーとして用いたPCRにより増幅断片の
    一部をさらに増幅し、増幅された遺伝子断片を検出する
    ことから成るヘリコバクター・パイロリの検出方法。
JP7246737A 1995-08-31 1995-08-31 オリゴヌクレオチド、それから成るヘリコバクター・パイロリ検出用プライマー及びそれを用いたヘリコバクター・パイロリの検出方法 Pending JPH0965899A (ja)

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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20030024129A (ko) * 2001-09-17 2003-03-26 국윤호 헬리코박터 파일로리의 탐지 및 동정 방법

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