JPH01155242A - Processing method of data of chromatoscanner - Google Patents
Processing method of data of chromatoscannerInfo
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- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/17—Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
- G01N21/59—Transmissivity
- G01N21/5907—Densitometers
- G01N21/5911—Densitometers of the scanning type
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Abstract
Description
【発明の詳細な説明】
(産業上の利用分野)
本発明は薄層クロマト(T L C)プレートや電気泳
動ゲルなどのサンプルプレートに展開されたパターンを
光学的に走査して解析するクロマトスキャナにおいて、
8I!l定データを処理する方法に関するものである。Detailed Description of the Invention (Industrial Application Field) The present invention relates to a chromatography scanner that optically scans and analyzes patterns developed on sample plates such as thin layer chromatography (TLC) plates and electrophoresis gels. In,
8I! The present invention relates to a method for processing constant data.
特に本発明は、1枚のTLCプレートなどに同時に展開
された複数レーンのクロマトグラムをデータ解析するの
に好都合な方法に関するものである。In particular, the present invention relates to a method convenient for data analysis of chromatograms of multiple lanes simultaneously developed on a single TLC plate or the like.
(従来の技術)
1枚のサンプルプレートには複数のサンプルが同時に展
開され、複数のレーンが存在している。(Prior Art) A plurality of samples are simultaneously developed on one sample plate, and a plurality of lanes exist.
特定のスポットを定量する場合には検量線が必要であり
、また、SDS電気泳動や等電点電気泳動においては、
スポットの位置と分子量やPI(等電点)との対応関係
を示す分子量カーブやPIカーブが必要である。A calibration curve is required to quantify a specific spot, and in SDS electrophoresis and isoelectric focusing,
A molecular weight curve and a PI curve are required that indicate the correspondence between the spot position and the molecular weight and PI (isoelectric point).
同一のサンプルプレートに展開されたパターン対しては
、−度に連続して測定を行なうのが通常であり、オート
レーンスキャンが行なわれている。For patterns developed on the same sample plate, it is usual to carry out measurements consecutively every time, and auto lane scanning is carried out.
オートレーンスキャンで得られる測定データには、第6
図に示されるように、レーンごとに連続した番号がつけ
られ、記憶装置に記憶されていく。第6図で、1は装置
に固有のルートディレクトリ。The measurement data obtained by auto lane scan includes the 6th
As shown in the figure, consecutive numbers are assigned to each lane and stored in the storage device. In Figure 6, 1 is the root directory specific to the device.
ファイル1,2はシングルレーンスキャンで得られたデ
ータのファイル、レーン1〜レーンn1は一サンプルプ
レートをオートレーンスキャンして得られたデータのフ
ァイル、レーン1〜レーンn2は他のサンプルプレート
をオートレーンスキャンして得られたデータのファイル
である。Files 1 and 2 are data files obtained by single lane scanning, lanes 1 to n1 are data files obtained by auto lane scanning one sample plate, and lanes 1 to n2 are data files obtained by auto lane scanning of another sample plate. This is a file of data obtained by lane scanning.
測定データに検量線1分子量カーブ、PIカーブなどを
適用してデータ処理を行なうときは、測定データをル−
ンずつ呼び出し、それらに検量線などを適用して処理を
行なっている。When processing data by applying a calibration curve, 1 molecular weight curve, PI curve, etc. to the measurement data, the measurement data should be
The process is carried out by calling each sample one by one and applying calibration curves, etc. to each sample.
(発明が解決しようとする問題点)
サンプルプレートのクロマトグラムを検量線やその他の
データ処理にかける場合、ル−ンだけにデータ処理を実
行するのは稀であり、一つのレーンのクロマトグラムに
必要な処理は同時に他のレーンのクロマトグラムに対し
ても施す必要があるのが殆んどである。すなわち、複数
のサンプルを同時泳動させるのはデータ処理した後の結
果をレーン間で比較検討するのが目的である場合が多い
からである。(Problem to be Solved by the Invention) When subjecting a chromatogram of a sample plate to a calibration curve or other data processing, it is rare to perform data processing only on a run; In most cases, the necessary processing also needs to be performed on the chromatograms of other lanes at the same time. That is, the purpose of simultaneously running multiple samples is often to compare and examine results after data processing between lanes.
従来は、1枚のサンプルプレートに展開された複数レー
ンのデータに対してレーンごとにデータ処理を施してい
るので、その作業が煩しいという問題がある。Conventionally, data processing is performed lane by lane on data from multiple lanes developed on a single sample plate, which poses a problem in that the work is cumbersome.
本発明は同一のサンプルプレート上で測定されたデータ
に対して一様にデータ処理を施すようにしてデータ処理
の煩わしさを除き、また、ファイルの管理も容易にする
ことのできるデータ処理方法を提供することを目的とす
るものである。The present invention provides a data processing method that uniformly processes data measured on the same sample plate, thereby eliminating the hassle of data processing and facilitating file management. The purpose is to provide
(問題点を解決するための手段)
本発明の方法では、測定データを処理するコンピュータ
システムとしてディレクトリによるファイル管理能力を
もつものを使用し、同一サンプルプレートの複数レーン
の走査による測定データには同一ディレクトリを作成し
て記憶し、データ処理時には同一ディレクトリをもつ測
定データに対して同一処理を施す。(Means for Solving the Problems) In the method of the present invention, a computer system that processes measurement data is capable of file management using directories, and measurement data obtained by scanning multiple lanes of the same sample plate is A directory is created and stored, and during data processing, the same processing is applied to measurement data having the same directory.
(作用)
第1図に本発明により記憶装置に記憶されたデータのデ
ィレクトリ構造を示す。(Operation) FIG. 1 shows the directory structure of data stored in a storage device according to the present invention.
lは特定のクロマトスキャナ装置に固有のディレクトリ
(ルートディレクトリ)であり、サブディレクトリ2,
3はTLCプレートや電気泳動ゲルなどのサンプルプレ
ートごとのディレクトリである。ファイルlオファイル
2と示されているのはシングルレーンスキャンで得られ
たデータのファイルである。サブディレクトリ2にはオ
ートレーンスキャンで測定されたーサンプルプレートの
レーン1からレーンn1までのデータが記憶されている
。サブディレクトリ3にはオートレーンスキャンで測定
された他のサンプルプレートのレーン1からレーンn2
までのデータが記憶されている。l is a directory (root directory) specific to a specific chromato scanner device, and subdirectories 2,
3 is a directory for each sample plate such as TLC plate or electrophoresis gel. The file designated as file 2 is a file of data obtained by single lane scanning. Subdirectory 2 stores data from lane 1 to lane n1 of the sample plate measured by auto lane scanning. Subdirectory 3 contains lanes 1 to n2 of other sample plates measured by auto lane scan.
Data up to that point is stored.
このように記憶されたデータに対し、例えばサブディレ
クトリ2に族するレーンlからレーンn1までの全ての
データに例えば検量線処理を施す場合は、ディレクトリ
名を指定することによってそのディレクトリ2内の全て
のレーン1〜レーンn1のデータに対して同じデータ処
理を施すことができる。For example, when performing calibration curve processing on all the data stored in this way from lane l to lane n1 belonging to subdirectory 2, all data in that directory 2 can be processed by specifying the directory name. The same data processing can be performed on data in lanes 1 to n1.
ディレクトリとオートレーンスキャンが1対1に対応し
ているので、ディレクトリを指定することで1回のオー
トレーンスキャンで作成された全てのクロマトグラムを
識別することができる。このように、オートレーンスキ
ャンで得られるクロマトグラムをディレクトリで管理す
ると好都合である。Since there is a one-to-one correspondence between directories and auto lane scans, all chromatograms created in one auto lane scan can be identified by specifying the directory. In this way, it is convenient to manage chromatograms obtained by autolane scanning in a directory.
(実施例)
第2図は本発明が適用されるクロマトスキャナの一例を
表わす。(Example) FIG. 2 shows an example of a chromatography scanner to which the present invention is applied.
4はTLCプレートや電気泳動ゲルなどのサンプルプレ
ートであり、XYステージ(図示略)に載せられている
。XYステージはXモータ5とYモータ6によってX方
向とY方向に移動させられる。7は光源であり、光源7
からの光はサンプルプレート4を透過(又は反射)して
受光部8により検出される。9は受光部8が検出した信
号から吸光度などを算出する信号処理部である。4 is a sample plate such as a TLC plate or an electrophoresis gel, which is placed on an XY stage (not shown). The XY stage is moved in the X direction and the Y direction by an X motor 5 and a Y motor 6. 7 is a light source; light source 7
The light from the sample plate 4 is transmitted (or reflected) through the sample plate 4 and detected by the light receiving section 8 . 9 is a signal processing unit that calculates absorbance and the like from the signal detected by the light receiving unit 8.
Xモータ5、Yモータ6を制御し、信号処理部9からの
測定データを入力してデータ処理を行なうためにマイク
ロコンピュータシステム10が設けられている、マイク
ロコンピュータシステム10にはROM12に記憶され
たプログラムと設定されたパラメータに従がってモータ
5,6を制御するとともに、信号処理部9からのデータ
処理を行なう制御部11と、データ処理の演算を行なう
演算部13と、オートレーンスキャンのパラメータを記
憶したり、信号処理部9から取り込んだデータを一時記
憶するRAM14が設けられている。A microcomputer system 10 is provided to control the X motor 5 and the Y motor 6, input measurement data from the signal processing section 9, and perform data processing. A control section 11 that controls the motors 5 and 6 according to the program and set parameters and processes data from the signal processing section 9, a calculation section 13 that performs data processing calculations, and an auto lane scan A RAM 14 is provided to store parameters and temporarily store data taken in from the signal processing section 9.
マイクロコンピュータシステム10にはデータ処理され
た後のデータを保存するための外部記憶装置15(例え
ばプロッピーディスク装置など)、オートレーンスキャ
ンのパラメータを入力したり、対話形式でデータ処理を
行なうためのキーボード16、表示を行なうCRT17
が接続されている。The microcomputer system 10 includes an external storage device 15 (for example, a proppy disk device, etc.) for storing data after data processing, and a device for inputting auto lane scan parameters and performing data processing in an interactive manner. Keyboard 16, CRT 17 for display
is connected.
第3図にオートレーンスキャンのパラメータを示す。Figure 3 shows the parameters of auto lane scan.
サンプルプレート4上にはレーンLt”Lnに沿ってス
ポット4aが展開されている。レーンの数はnである。Spots 4a are developed along lanes Lt"Ln on the sample plate 4. The number of lanes is n.
パラメータとしてはオートレーンスキャンを開始するス
タート位置のXo、Yo、Y方向の終了点Ye、レーン
数n及びレーン間距離dである。The parameters are Xo and Yo of the start position at which the auto lane scan starts, the end point Ye in the Y direction, the number of lanes n, and the distance between lanes d.
オートレーンスキャンはスタート位[(Xo。Auto lane scan starts from the starting position [(Xo.
Yo)からレーンL+に沿ってY方向にYeまで走査し
、次のレーンL2の開始点(X l、 Y o)に移動
して次のレーンL2の走査を行なう。レーンL1からレ
ーンLnまで順番に測定し、ファイルを作る。Yo) to Ye along lane L+ in the Y direction, moves to the starting point (X l, Yo) of the next lane L2, and scans the next lane L2. Measurements are made in order from lane L1 to lane Ln, and a file is created.
次に、オートレーンスキャンのディレクトリによる管理
を第4図により説明する。Next, the management of auto lane scan by directory will be explained with reference to FIG.
まず、オートレーンスキャンのパラータXo。First, Parata Xo from Auto Lane Scan.
Yo、Ya、n、dを読み取り(ステップSl)、ディ
レクトリ名が入力されるとそのディレクトリが既に存在
するかどうかをチエツクする(ステップS2.S3)。Yo, Ya, n, and d are read (step S1), and when a directory name is input, it is checked whether the directory already exists (steps S2 and S3).
もし既に存在してる場合はエラーメツセージを出力して
終了する(ステップs5)。If it already exists, an error message is output and the process ends (step s5).
そのディレクトリが既に存在するものでない盛合、入力
されたディレクトリ名に基づいてディレクトリを作成す
る(ステップS6)。If the directory does not already exist, a directory is created based on the input directory name (step S6).
レーン番号Nを1とし、ファイル名を作成する(ステッ
プ87〜S9)。The lane number N is set to 1, and a file name is created (steps 87 to S9).
ファイル名は、例えば
********¥LANE**・CHTのように作成
される。ここで
********はディレクトリ名であり、次の¥LA
NE**はレーン番号であり1次の・CHTはファイル
の種類を表わしている。The file name is created, for example, as ********\LANE**・CHT. Here, ******** is the directory name, and the following \LA
NE** is the lane number, and the primary ・CHT represents the type of file.
次に、オートレーンスキャンを開始するためにXYステ
ージのX位置を次の式
%式%)
で表わされる位置、Y位置をYOへ移動し、Y方向の終
了点Yeまで走査を行なってデータを取り込む(ステッ
プ810〜512)。取り込んだデータを外部記憶装置
15に記憶する(ステップSユ3)。その後、レーン番
号Nに1を加算して順次次のレーンの走査を行なってい
く(ステップ514)。全てのレーンの走査が行なわれ
ると終了する。Next, to start auto lane scanning, move the X position of the XY stage to the position expressed by the following formula (%) and move the Y position to YO, scan to the end point Ye in the Y direction, and collect the data. Capture (steps 810-512). The captured data is stored in the external storage device 15 (step S3). Thereafter, 1 is added to the lane number N and the next lane is sequentially scanned (step 514). The process ends when all lanes have been scanned.
次に、データ処理の例を第5図に基づいて説明する。Next, an example of data processing will be explained based on FIG.
データ処理は例えば検量線の適用、マーカ処理、拡大縮
小、エクスパンド、平行移動などであり。Data processing includes, for example, application of a calibration curve, marker processing, scaling, expansion, translation, etc.
いずれの処理の場合も同様である。The same applies to any processing.
データ処理を行なうことが指定され(ステップ520)
、ディレクトリ名が指定される(ステップ521)と、
指定されたディレクトリ内でクロマトのエクステンショ
ンをもつもののリストを作る(ステップ522)、上記
の例ではファイル名に・CRTをもつもののリストが作
られる。Data processing is specified (step 520).
, a directory name is specified (step 521),
A list of files with chromatographic extensions in the specified directory is created (step 522). In the above example, a list of files with *CRT in the file name is created.
データ処理後のファイルを新たにディレクトリ名を作成
して記憶するのか1元のディレクトリに重ね書きするの
かが入力されるのを待つ(ステップ523)。It waits for input as to whether to create a new directory name and store the file after data processing or to overwrite the original directory (step 523).
重ね書きが指定された場合は、データ処理後のファイル
を記憶するストア・ディレクトリ名を初めに指定したも
のとする(ステップ524)。If overwriting is specified, it is assumed that the store directory name in which the file after data processing is stored is specified first (step 524).
その後、ファイルリストから順次ファイルを呼び出して
RAMにロードし、データ処理を実行する(ステップ8
25〜828)。データ処理後のファイルを同じファイ
ル名でストア・ディレクトリに記憶する(ステップ52
9)、リストアツブされたファイルが終了するまでこの
データ処理を実行する。After that, files are sequentially called from the file list, loaded into RAM, and data processing is executed (step 8).
25-828). Store the file after data processing in the store directory with the same file name (step 52
9) Execute this data processing until the restored file is completed.
一方、重ね書きしないことが指定された場合は新たにデ
ィレクトリ名が入力されるのを待って(ステップS23
,530)、その入力されたディレクトリ名が既に存在
するかどうかをチエツクする(ステップ531)、存在
すればエラーメツセージを出力して終了する(ステップ
533)。On the other hand, if it is specified not to overwrite, wait for a new directory name to be input (step S23).
, 530), and checks whether the input directory name already exists (step 531). If it does exist, an error message is output and the process ends (step 533).
存在しなければそのディレクトリ名に基づいて新たにデ
ィレクトリを作成し、新たに作成したディレクトリをス
トア・ディレクトリとする(ステップS32,834,
535)。If it does not exist, a new directory is created based on the directory name, and the newly created directory is set as the store directory (steps S32, 834,
535).
その後、リストアツブされたファイルについて順次デー
タ処理を実行していく(ステップ525〜529)。Thereafter, data processing is sequentially performed on the restored files (steps 525 to 529).
(発明の効果)
本発明では測定データを処理するコンピュータシステム
としてディレクトリによるファイル管理能力をもつもの
を使用し、同一サンプルプレートの複数レーンの走査に
よる測定データには同一ディレクトリを作成して記憶し
、データ処理時には同一ディレクトリをもつ測定データ
に対して同一処理を施すようにしたので、オートレーン
スキャンされたデータのファイルの管理と識別が容易に
なる。(Effects of the Invention) In the present invention, a computer system capable of file management using directories is used as a computer system for processing measurement data, and the same directory is created and stored for measurement data obtained by scanning multiple lanes of the same sample plate. At the time of data processing, the same processing is applied to the measurement data having the same directory, making it easier to manage and identify files of data scanned by auto lane.
同一サンプルプレートに展開された複数レーンのクロマ
トグラムに対して一様に適用することを必要とするデー
タ処理に対しては、ファイルを1つ1つ指定する必要が
ないので、データ処理が容易になる。For data processing that requires uniform application to chromatograms of multiple lanes developed on the same sample plate, it is not necessary to specify each file one by one, making data processing easier. Become.
第1図は本発明により記憶されるファイルのディレクト
リ構造を示す図、第2図は本発明が適用されるクロマト
スキャナの一例を示す構成図、第3図はオートレーンス
キャンのパラメータを示す図、第4図は本発明における
オートレーンスキャンのディレクトリによる管理を示す
ブロー図、第5図は本発明によるデータ処理の手順を示
すフロー図、第6図は従来のデータ処理方法におけるフ
ァイルの記憶様式を示す図である。
4・・・・・・サンプルプレート・
5.6・・・・・・モータ、
8・・・・・・受光部、
9・・・・・・信号処理部、
10・・・・・・マイクロコンピュータシステム、15
・・・・・・外部記憶装置。
特許出願人 株式会社島津製作所FIG. 1 is a diagram showing the directory structure of files stored according to the present invention, FIG. 2 is a configuration diagram showing an example of a chromatography scanner to which the present invention is applied, and FIG. 3 is a diagram showing parameters of auto lane scan. FIG. 4 is a flow diagram showing the directory management of auto lane scanning in the present invention, FIG. 5 is a flow diagram showing the data processing procedure according to the present invention, and FIG. 6 is a flow diagram showing the file storage format in the conventional data processing method. FIG. 4... Sample plate 5.6... Motor, 8... Light receiving section, 9... Signal processing section, 10... Micro computer system, 15
...External storage device. Patent applicant: Shimadzu Corporation
Claims (1)
定データを記憶する記憶部、及びXYステージを制御す
るとともに、測定データを処理するコンピュータシステ
ムを備えたクロマトスキャナにおいて、コンピュータシ
ステムとしてディレクトリによるファイル管理能力をも
つものを使用し、同一サンプルプレートの複数レーンの
走査による測定データには同一ディレクトリを作成して
記憶し、データ処理時には同一ディレクトリをもつ測定
データに対して同一処理を施すことを特徴とするデータ
処理方法。In a chromato scanner equipped with a photometric section, a signal processing section that calculates absorbance from photometric signals, a storage section that stores measurement data, and a computer system that controls the XY stage and processes the measurement data, the computer system stores files in directories. It uses a device with management ability, creates and stores the same directory for measurement data obtained by scanning multiple lanes of the same sample plate, and performs the same processing on measurement data in the same directory during data processing. data processing method.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP31816987A JPH01155242A (en) | 1987-12-14 | 1987-12-14 | Processing method of data of chromatoscanner |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP31816987A JPH01155242A (en) | 1987-12-14 | 1987-12-14 | Processing method of data of chromatoscanner |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH01155242A true JPH01155242A (en) | 1989-06-19 |
Family
ID=18096243
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP31816987A Pending JPH01155242A (en) | 1987-12-14 | 1987-12-14 | Processing method of data of chromatoscanner |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPH01155242A (en) |
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1987
- 1987-12-14 JP JP31816987A patent/JPH01155242A/en active Pending
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