JP7386234B2 - 複合試料内の関連化合物の同定およびスコア化 - Google Patents
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Description
本願は、その内容が参照することによってその全体として本明細書に組み込まれる2018年8月31日に出願された米国仮特許出願第62/725,989号の利益を主張する。
本明細書の教示は、化合物の同定または定量化において、その化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを含むことに関する。より具体的に、本明細書の教示は、既知の化合物の1つ以上の付加物、修飾形態、またはペプチドについての情報を使用して、その既知の化合物の滞留時間を同定または検証するためのシステムおよび方法に関する。本明細書に開示されるシステムおよび方法は、限定ではないが、液体クロマトグラフィ(LC)デバイス等の分離デバイスに結合される質量分析計を使用して実施される。本明細書に開示されるシステムおよび方法は、プロセッサ、コントローラ、マイクロコントローラ、または図1のコンピュータシステム等のコンピュータシステムと併せても実施される。
(滞留時間の曖昧性)
質量分析計は、多くの場合、既知の溶出着目化合物を試料から同定および特性評価するために、クロマトグラフィまたは他の分離システムと結合される。そのような結合されたシステムにおいて、溶出溶媒は、イオン化され、一連の質量スペクトルが、規定された時間間隔において、溶出溶媒から取得される。これらの時間間隔は、例えば、1秒から100分以上に及ぶ。一連の質量スペクトルは、クロマトグラムまたは抽出イオンクロマトグラム(XIC)を形成する。
「Detecting Mass Spectrometry Based Similarity Via Curve Subtraction」と題された国際出願第PCT/IB2016/050481号(以降では「第‘481号出願」)は、既知の化合物の2つ以上の生成イオンのXICピークをグループ分けする方法を説明する。第‘481号出願は、参照することによって本明細書に組み込まれる。第‘481号出願において、ピークのグループに関するピークの適切な選択が、曲線減算を使用して遂行される。
システム、方法、およびコンピュータプログラム製品が、既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、既知の化合物の滞留時間を検証するために開示される。3つ全ての実施形態は、以下のステップを含む。
本発明は、例えば、以下を提供する。
(項目1)
既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、前記既知の化合物の滞留時間を検証するためのシステムであって、前記システムは、
試料混合物から既知の化合物および前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを分離する分離デバイスと、
複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、質量範囲全体に及ぶための1つ以上の順次質量窓幅を使用して、前記分離している試料混合物に1つ以上の質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンを実施し、前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する生成イオンスペクトルの集合を生成する質量分析計と、
前記既知の化合物および前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドの生成イオンに関する期待滞留時間および期待生成イオン質量スペクトルを含むデータベースと、
プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する前記生成イオンスペクトルの集合を受信することと、
前記データベースを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択することと、
前記生成イオンスペクトルの集合から前記M個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、M個のXICを生成することと、
曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す第1のXICピークグループを計算することと、
前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループのうちの第1のXICピークを選択することと、
前記データベースを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドのL個の生成イオンを選択することと、
前記生成イオンスペクトルの集合から前記L個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、L個のXICを生成することと、
曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す第2のXICピークグループを計算することと、
前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す前記第2のXICピークグループのうちの第2のXICピークを選択することと、
前記データベースから見出される前記第1のXICピークの期待滞留時間と前記データベースから見出される前記第2のXICピークの期待滞留時間との間の差によって前記第2のXICピークの滞留時間をシフトすることと、
前記第2のXICピークの前記シフトされた滞留時間が前記第1のXICピークの前記滞留時間の滞留時間閾値以内である場合、前記第1のXICピークの前記滞留時間が前記既知の化合物の前記滞留時間であることを検証することと
を行う、システム。
(項目2)
前記プロセッサは、前記第1のXICピークと前記第2のXICピークとの類似性をさらに比較し、前記類似性に基づいて、前記第1のXICピークおよび前記第2のXICピークをスコア化する、項目1に記載のシステム。
(項目3)
前記プロセッサは、曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループを計算し、前記第1のXICピークグループを計算することは、
前記M個のXICのうちの各XICを他のM個のXICの各々から減算し、
個の減算曲線を生成することであって、各減算曲線は、各滞留時間において、
前記各滞留時間における第1のXICの強度と2つ以上の隣接した滞留時間における前記第1のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記各滞留時間における第2のXICの強度と前記隣接した滞留時間における前記第2のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記第2のXICの前記正規化された強度を前記第1のXICの対応する正規化された強度から減算することと、
差分強度の統計的尺度を計算することと
を行うことによって、前記第1のXICおよび前記第2のXICから計算される、ことと、
前記
個の減算曲線のうちの1つ以上の減算曲線がゼロの閾値以内である値を有する1つ以上の滞留時間の少なくとも1つの領域を同定することと、
前記少なくとも1つの領域に関して、前記領域を同定する前記1つ以上の減算曲線を計算するために使用された2つ以上のXICを取得し、前記領域内にある前記2つ以上のXICの各ピークを前記第1のピークグループに追加することと
による、項目1に記載のシステム。
(項目4)
前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の平均を計算することを含む、項目3に記載のシステム
(項目5)
滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記平均μ i+m は、
に従って計算され、式中、Nは、各滞留時間に計算される差分強度の数であり、Nは、奇数であり、mは、Nの中点であり、j=1~Nに関する
は、滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度である、項目4に記載のシステム。
(項目6)
前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の標準偏差を計算することを含む、項目3に記載のシステム。
(項目7)
滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記標準偏差σ i+m は、
に従って計算され、式中、Nは、各滞留時間に計算される差分強度の数であり、Nは、奇数であり、mは、Nの中点であり、j=1~Nに関する
は、滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度であり、μ i+m は、
に従って計算される前記平均である、項目6に記載のシステム。
(項目8)
前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の中央値、最頻値、または分散のうちの1つを計算することを含む、項目3に記載のシステム。
(項目9)
前記プロセッサは、曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物を表す前記第2のXICピークグループを計算し、前記第2のXICピークグループを計算することは、
前記L個のXICのうちの各XICを他のL個のXICの各々から減算し、
個の減算曲線を生成することであって、各減算曲線は、各滞留時間において、
前記各滞留時間における前記第1のXICの強度と2つ以上の隣接した滞留時間における前記第1のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記各滞留時間における前記第2のXICの強度と前記隣接した滞留時間における前記第2のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記第2のXICの前記正規化された強度を前記第1のXICの対応する正規化された強度から減算することと、
前記差分強度の統計的尺度を計算することと
を行うことによって、前記第1のXICおよび前記第2のXICから計算される、ことと、
前記
個の減算曲線のうちの1つ以上の減算曲線がゼロの閾値以内である値を有する1つ以上の滞留時間の少なくとも1つの領域を同定することと、
前記少なくとも1つの領域に関して、前記領域を同定する前記1つ以上の減算曲線を計算するために使用された2つ以上のXICを取得し、前記領域内にある前記2つ以上のXICの各ピークを前記第2のピークグループに追加することと
による、項目1に記載のシステム。
(項目10)
前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の平均を計算することを含む、項目9に記載のシステム。
(項目11)
滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記平均μ i+m は、
に従って計算され、式中、Nは、各滞留時間に計算される差分強度の数であり、Nは、奇数であり、mは、Nの中点であり、j=1~Nに関する
は、滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度である、項目10に記載のシステム。
(項目12)
前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の標準偏差を計算することを含む、項目9に記載のシステム。
(項目13)
滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記標準偏差σ i+m は、
に従って計算され、式中、Nは、各滞留時間に計算される差分強度の数であり、Nは、奇数であり、mは、Nの中点であり、j=1~Nに関する
は、滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度であり、μ i+m は、
に従って計算される前記平均である、項目12に記載のシステム。
(項目14)
既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、前記既知の化合物の滞留時間を検証する方法であって、前記方法は、
複数の滞留時間に関して、質量範囲全体に関する生成イオンスペクトルの集合を取得することであって、既知の化合物および前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドは、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、1つ以上の質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンは、複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、前記質量範囲全体に及ぶための1つ以上の順次前駆体イオン質量窓幅を使用して、前記分離している試料混合物に実施され、質量分析計を使用して、前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する前記生成イオンスペクトルの前記集合を生成する、ことと、
プロセッサを使用して、前記既知の化合物および前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドの生成イオンに関する期待滞留時間および期待生成イオン質量スペクトルを含むデータベースを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記生成イオンスペクトルの集合から前記M個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、M個のXICを生成することと、
前記プロセッサを使用して、曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す第1のXICピークグループを計算することと、
前記プロセッサを使用して、前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループのうちの第1のXICピークを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記データベースを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドのL個の生成イオンを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記生成イオンスペクトルの集合から前記L個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、L個のXICを生成することと、
前記プロセッサを使用して、曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す第2のXICピークグループを計算することと、
前記プロセッサを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す前記第2のXICピークグループのうちの第2のXICピークを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記データベースから見出される前記第1のXICピークの前記期待滞留時間と前記データベースから見出される前記第2のXICピークの前記期待滞留時間との間の差によって前記第2のXICピークの滞留をシフトすることと、
前記プロセッサを使用して、前記第2のXICピークの前記シフトされた滞留時間が前記第1のXICピークの前記滞留時間の滞留時間閾値以内である場合、前記第1のXICピークの前記滞留時間が前記既知の化合物の前記滞留時間であることを検証することと
を含む、方法。
(項目15)
非一過性の有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記記憶媒体のコンテンツは、既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して前記既知の化合物の滞留時間を検証する方法を実施するためのプロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の異なるソフトウェアモジュールを備え、前記異なるソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、分析モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して、複数の滞留時間に関して、質量範囲全体に関する生成イオンスペクトルの集合を取得することであって、既知の化合物および前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドは、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、1つ以上の質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンは、複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、前記質量範囲全体に及ぶための1つ以上の順次前駆体イオン質量窓幅を使用して、前記分離している試料混合物に実施され、質量分析計を使用して、前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する前記生成イオンスペクトルの集合を生成する、ことと、
前記分析モジュールを使用して、前記既知の化合物および前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドの生成イオンに関する期待滞留時間および期待生成イオン質量スペクトルを含むデータベースを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記生成イオンスペクトルの前記集合から前記M個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、M個のXICを生成することと、
前記分析モジュールを使用して、曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す第1のXICピークグループを計算することと、
前記分析モジュールを使用して、前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループのうちの第1のXICピークを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記データベースを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドのL個の生成イオンを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記生成イオンスペクトルの前記集合から前記L個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、L個のXICを生成することと、
前記分析モジュールを使用して、曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す第2のXICピークグループを計算することと、
前記分析モジュールを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す前記第2のXICピークグループのうちの第2のXICピークを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記データベースから見出される前記第1のXICピークの前記期待滞留時間と前記データベースから見出される前記第2のXICピークの前記期待滞留時間との間の差によって前記第2のXICピークの滞留をシフトすることと、
前記分析モジュールを使用して、前記第2のXICピークの前記シフトされた滞留時間が前記第1のXICピークの前記滞留時間の滞留時間閾値以内である場合、前記第1のXICピークの前記滞留時間が前記既知の化合物の前記滞留時間であることを検証することと
を含む、コンピュータプログラム製品。
(コンピュータ実装システム)
図1は、本教示の実施形態が実装され得るコンピュータシステム100を図示するブロック図である。コンピュータシステム100は、情報を通信するためのバス102または他の通信機構と、情報を処理するためのバス102と結合されるプロセッサ104とを含む。コンピュータシステム100は、プロセッサ104によって実行されるべき命令を記憶するためにバス102に結合されたランダムアクセスメモリ(RAM)または他の動的記憶デバイスであり得るメモリ106も含む。メモリ106は、プロセッサ104によって実行されるべき命令の実行中、一時的変数または他の中間情報を記憶するためにも使用され得る。コンピュータシステム100は、プロセッサ104のための静的情報および命令を記憶するためにバス102に結合された読み取り専用メモリ(ROM)108または他の静的記憶デバイスをさらに含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス110は、情報および命令を記憶するために提供され、バス102に結合される。
上で説明されるように、第‘874号出願の方法は、2つ以上のXICピークが同一の生成イオンm/z値に関して見出されるとき、滞留時間の曖昧性を解決することを対象とする。方法は、2つ以上のXICピークに関して取得される質量スペクトルのm/zピークの1つ以上のイオン特性の値を生成イオンに関する既知の値と比較する。
図15は、種々の実施形態による、既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、既知の化合物の滞留時間を検証するためのシステム1500の概略図である。システム1500は、分離デバイス1510と、質量分析計1520と、データベース1530と、プロセッサ1540とを含む。分離デバイス1510は、試料混合物から既知の化合物と既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドとを分離する。分離デバイス1510は、限定ではないが、電気泳動デバイス、クロマトグラフデバイス、異差分イオン移動度分光分析(DMS)デバイス、または他の移動度デバイスを含むことができる。
図16は、種々の実施形態による、既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、既知の化合物の滞留時間を検証する方法1600を示すフローチャートである。
種々の実施形態において、コンピュータプログラム製品は、そのコンテンツが、既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、既知の化合物の滞留時間を検証する方法を実施するためにプロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含む有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を含む。方法は、1つ以上の異なるソフトウェアモジュールを含むシステムによって実施される。
Claims (15)
- 既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、前記既知の化合物の滞留時間を検証するためのシステムであって、前記システムは、
試料混合物から既知の化合物および前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを分離する分離デバイスと、
複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、質量範囲全体に及ぶための1つ以上の順次質量窓幅を使用して、前記分離している試料混合物に1つ以上の質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンを実施し、前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する生成イオンスペクトルの集合を生成する質量分析計と、
前記既知の化合物および前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドの生成イオンに関する期待滞留時間および期待生成イオン質量スペクトルを含むデータベースと、
プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する前記生成イオンスペクトルの集合を受信することと、
前記データベースを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択することと、
前記生成イオンスペクトルの集合から前記M個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、M個のXICを生成することと、
曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す第1のXICピークグループを計算することと、
前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループのうちの第1のXICピークを選択することと、
前記データベースを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドのL個の生成イオンを選択することと、
前記生成イオンスペクトルの集合から前記L個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、L個のXICを生成することと、
曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す第2のXICピークグループを計算することと、
前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す前記第2のXICピークグループのうちの第2のXICピークを選択することと、
前記データベースから見出される前記第1のXICピークの期待滞留時間と前記データベースから見出される前記第2のXICピークの期待滞留時間との間の差によって前記第2のXICピークの滞留時間をシフトすることと、
前記第2のXICピークの前記シフトされた滞留時間が前記第1のXICピークの前記滞留時間の滞留時間閾値以内である場合、前記第1のXICピークの前記滞留時間が前記既知の化合物の前記滞留時間であることを検証することと
を行う、システム。 - 前記プロセッサは、前記第1のXICピークと前記第2のXICピークとの類似性をさらに比較し、前記類似性に基づいて、前記第1のXICピークおよび前記第2のXICピークをスコア化する、請求項1に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループを計算し、前記第1のXICピークグループを計算することは、
前記M個のXICのうちの各XICを他のM個のXICの各々から減算し、
前記各滞留時間における第1のXICの強度と2つ以上の隣接した滞留時間における前記第1のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記各滞留時間における第2のXICの強度と前記隣接した滞留時間における前記第2のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記第2のXICの前記正規化された強度を前記第1のXICの対応する正規化された強度から減算することと、
差分強度の統計的尺度を計算することと
を行うことによって、前記第1のXICおよび前記第2のXICから計算される、ことと、
前記
前記少なくとも1つの領域に関して、前記領域を同定する前記1つ以上の減算曲線を計算するために使用された2つ以上のXICを取得し、前記領域内にある前記2つ以上のXICの各ピークを前記第1のピークグループに追加することと
による、請求項1に記載のシステム。 - 前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の平均を計算することを含む、請求項3に記載のシステム
- 滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記平均μi+mは、
- 前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の標準偏差を計算することを含む、請求項3に記載のシステム。
- 滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記標準偏差σi+mは、
- 前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の中央値、最頻値、または分散のうちの1つを計算することを含む、請求項3に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物を表す前記第2のXICピークグループを計算し、前記第2のXICピークグループを計算することは、
前記L個のXICのうちの各XICを他のL個のXICの各々から減算し、
前記各滞留時間における前記第1のXICの強度と2つ以上の隣接した滞留時間における前記第1のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記各滞留時間における前記第2のXICの強度と前記隣接した滞留時間における前記第2のXICの2つ以上の強度とを正規化することと、
前記第2のXICの前記正規化された強度を前記第1のXICの対応する正規化された強度から減算することと、
差分強度の統計的尺度を計算することと
を行うことによって、前記第1のXICおよび前記第2のXICから計算される、ことと、
前記
前記少なくとも1つの領域に関して、前記領域を同定する前記1つ以上の減算曲線を計算するために使用された2つ以上のXICを取得し、前記領域内にある前記2つ以上のXICの各ピークを前記第2のピークグループに追加することと
による、請求項1に記載のシステム。 - 前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の平均を計算することを含む、請求項9に記載のシステム。
- 滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記平均μi+mは、
- 前記差分強度の統計的尺度を計算することは、前記差分強度の標準偏差を計算することを含む、請求項9に記載のシステム。
- 滞留時間i+mに関して計算される前記差分強度の前記標準偏差σi+mは、
- 既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して、前記既知の化合物の滞留時間を検証する方法であって、前記方法は、
複数の滞留時間に関して、質量範囲全体に関する生成イオンスペクトルの集合を取得することであって、既知の化合物および前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドは、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、1つ以上の質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンは、複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、前記質量範囲全体に及ぶための1つ以上の順次前駆体イオン質量窓幅を使用して、前記分離している試料混合物に実施され、質量分析計を使用して、前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する前記生成イオンスペクトルの前記集合を生成する、ことと、
プロセッサを使用して、前記既知の化合物および前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドの生成イオンに関する期待滞留時間および期待生成イオン質量スペクトルを含むデータベースを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記生成イオンスペクトルの集合から前記M個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、M個のXICを生成することと、
前記プロセッサを使用して、曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す第1のXICピークグループを計算することと、
前記プロセッサを使用して、前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループのうちの第1のXICピークを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記データベースを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドのL個の生成イオンを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記生成イオンスペクトルの集合から前記L個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、L個のXICを生成することと、
前記プロセッサを使用して、曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す第2のXICピークグループを計算することと、
前記プロセッサを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す前記第2のXICピークグループのうちの第2のXICピークを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記データベースから見出される前記第1のXICピークの前記期待滞留時間と前記データベースから見出される前記第2のXICピークの前記期待滞留時間との間の差によって前記第2のXICピークの滞留をシフトすることと、
前記プロセッサを使用して、前記第2のXICピークの前記シフトされた滞留時間が前記第1のXICピークの前記滞留時間の滞留時間閾値以内である場合、前記第1のXICピークの前記滞留時間が前記既知の化合物の前記滞留時間であることを検証することと
を含む、方法。 - 非一過性の有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記記憶媒体のコンテンツは、既知の化合物の付加物、修飾形態、またはペプチドを使用して前記既知の化合物の滞留時間を検証する方法を実施するためのプロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の異なるソフトウェアモジュールを備え、前記異なるソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、分析モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して、複数の滞留時間に関して、質量範囲全体に関する生成イオンスペクトルの集合を取得することであって、既知の化合物および前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドは、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、1つ以上の質量分析/質量分析(MS/MS)スキャンは、複数の滞留時間のうちの各滞留時間において、前記質量範囲全体に及ぶための1つ以上の順次前駆体イオン質量窓幅を使用して、前記分離している試料混合物に実施され、質量分析計を使用して、前記複数の滞留時間に関して、前記質量範囲全体に関する前記生成イオンスペクトルの集合を生成する、ことと、
前記分析モジュールを使用して、前記既知の化合物および前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドの生成イオンに関する期待滞留時間および期待生成イオン質量スペクトルを含むデータベースを使用して、前記既知の化合物のM個の生成イオンを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記生成イオンスペクトルの前記集合から前記M個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、M個のXICを生成することと、
前記分析モジュールを使用して、曲線減算を使用して、前記M個のXICから前記既知の化合物を表す第1のXICピークグループを計算することと、
前記分析モジュールを使用して、前記既知の化合物を表す前記第1のXICピークグループのうちの第1のXICピークを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記データベースを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドのL個の生成イオンを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記生成イオンスペクトルの前記集合から前記L個の生成イオンの各々に関してXICを計算し、L個のXICを生成することと、
前記分析モジュールを使用して、曲線減算を使用して、前記L個のXICから前記既知の化合物の少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す第2のXICピークグループを計算することと、
前記分析モジュールを使用して、前記既知の化合物の前記少なくとも1つの付加物、修飾形態、またはペプチドを表す前記第2のXICピークグループのうちの第2のXICピークを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記データベースから見出される前記第1のXICピークの前記期待滞留時間と前記データベースから見出される前記第2のXICピークの前記期待滞留時間との間の差によって前記第2のXICピークの滞留をシフトすることと、
前記分析モジュールを使用して、前記第2のXICピークの前記シフトされた滞留時間が前記第1のXICピークの前記滞留時間の滞留時間閾値以内である場合、前記第1のXICピークの前記滞留時間が前記既知の化合物の前記滞留時間であることを検証することと
を含む、コンピュータプログラム製品。
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