JP7319920B2 - 過敏性腸症候群または炎症性腸疾患の処置での使用のための微生物リゾチーム - Google Patents
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Description
配列表への言及
本出願は、コンピュータ可読形式の配列表を含む。このコンピュータ可読形式は、参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、コンピュータ可読形式の配列表を含む。このコンピュータ可読形式は、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、消化（ＧＩ）管中において、健康な微生物叢を安定化させ且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制するための、ならびに過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防するための、緩和するための、または処置するための、微生物リゾチームおよびそれを含む組成物に関する。
ヒトの腸内細菌叢には、ヒトの腸内健康で重要な役割を果たす多数の細菌が含まれる。回腸遠位部では、内腔内容物１グラム当たり１０ｅ７～１０ｅ８個の主に嫌気性の細菌が含まれているのに対して、結腸では、１グラム当たり１０ｅ１１～１０ｅ１２個の細菌コロニーが含まれており、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）およびビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の種が優性である。慢性腸炎は、遺伝的に感受性である宿主における共生（正常な内在性）腸内細菌に対する過度に攻撃的な細胞媒介性免疫応答の結果である。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、急性発作を伴う断続的な経過に続いて寛解期間を示すことが多い慢性腸炎を特徴とする衰弱性疾病である。急性発作中の臨床症状として、下痢、出血、腹痛、発熱、関節痛、および体重減少が挙げられる。ＩＢＤは様々な形で現れ得、その最も一般的なものは、クローン病（消化管全体に影響を及ぼし得る、腸の慢性貫壁性炎症）および潰瘍性大腸炎（結腸に影響を及ぼす慢性の炎症性腸疾患）である。潰瘍性大腸炎およびクローン病は、消化管において内腔細菌の濃度が最も高い領域で生じる。
リゾチームは、多くの生物により細菌に対する防御機構として産生されるＯ－グリコシルヒドロラーゼである。この酵素は、ペプチドグリカンのグリコシド結合を開裂させることにより、細菌の細胞壁の加水分解を引き起こす。リゾチーム作用により細胞壁が弱くなった後、細菌細胞は、不均衡な浸透圧の結果として溶解する。加えて、リゾチームは、細胞外ペプチドグリカンを可溶性断片へと分解し得、これにより炎症が制限されると思われる。
リゾチームは、下記の５種の異なるグリコシドヒドロラーゼ（ＧＨ）ファミリに分類されている（ＣＡＺｙ，ｗｗｗ．ｃａｚｙ．ｏｒｇ）：ニワトリ卵白リゾチーム（ＧＨ２２）、ガチョウ卵白リゾチーム（ＧＨ２３）、バクテリオファージＴ４リゾチーム（ＧＨ２４）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）鞭毛タンパク質（ＧＨ７３）、およびキャラロプシス（Ｃｈａｌａｒｏｐｓｉｓ）リゾチーム（ＧＨ２５）。ファミリＧＨ２３およびＧＨ２４からのリゾチームはバクテリオファージから主に知られており、最近になって真菌で同定された。リゾチームファミリＧＨ２５は、他のリゾチームファミリとは構造的に無関係であることが分かっている。
リゾチームは、天然の豊富さに起因して従来はニワトリの卵白から抽出されている。ニワトリの卵白から抽出されたリゾチームは、商業市場で入手可能な主な製品であるが、例えばスタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）細胞壁中のＮ，６－Ｏ－ジアセチルムラミン酸を開裂せず、そのため、数ある中でもこの重要なヒト病原体を溶解し得ない（Ｍａｓｓｃｈａｌｃｋ Ｂ，Ｄｅｃｋｅｒｓ Ｄ，Ｍｉｃｈｉｅｌｓ ＣＷ（２００２），“Ｌｙｔｉｃ ａｎｄ ｎｏｎｌｙｔｉｃ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｒａｍ－ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｂａｃｔｅｒｉａ ｂｙ ｌｙｓｏｚｙｍｅ ｕｎｄｅｒ ａｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃ ａｎｄ ｈｉｇｈ ｈｙｄｒｏｓｔａｔｉｃ ｐｒｅｓｓｕｒｅ”，Ｊ Ｆｏｏｄ Ｐｒｏｔ．６５（１２）：１９１６－２３）。
国際公開第２０００／２１３８１号パンフレット、英国特許第２３７９１６６号明細書および国際公開第２００４／０２６３３４号パンフレットそれぞれには、ニワトリの卵白由来のＧＨ２２リゾチームを含む組成物が開示されている。国際公開第２０１３／０７６２５３号パンフレットには、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）由来の野生型ＧＨ２５リゾチームの成熟アミノ酸配列が開示されている。
投与時に、微生物叢を、望ましくない微生物叢を有するヒト（例えば、ＩＢＤおよび／またはＩＢＳを患っている患者）の利益へと変える組成物が必要とされている。本発明は、そのような変化を得る方法を提供する。
本発明は、様々な用途のための、微生物リゾチームおよびそれを含む組成物を提供する。
一態様では、本発明は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法での使用のための、微生物リゾチームおよびそれを含む組成物を提供する。
一態様では、この微生物リゾチームまたはそれを含む組成物は、消化（ＧＩ）管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する。さらなる態様では、この微生物リゾチームまたはそれを含む組成物は、炎症を予防し、緩和し、または処置し、さらなる態様では、この微生物リゾチームまたはそれを含む組成物は、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる。
同様に本明細書で説明されているのは、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法である。
消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性を有する単離ポリペプチドを前記ヒトに与えることを含む方法がさらに説明されている。
配列表の概要
配列番号１は、国際公開第２０１３／０７６２５３号パンフレットで説明されている、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）由来の野生型ＧＨ２５リゾチームの成熟アミノ酸配列である。
配列番号２は、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）から単離されたＧＨ２４リゾチームの遺伝子配列である。
配列番号３は、配列番号２から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号４は、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）由来の野生型ＧＨ２４リゾチームの成熟アミノ酸配列である。
配列番号５は、セキショクヤケイ（Ｇａｌｌｕｓ ｇａｌｌｕｓ）由来の野生型ＧＨ２２リゾチーム（ニワトリ卵白リゾチーム）の成熟アミノ酸配列である。
配列番号６は、プライマーＦ－８０４７０である。
配列番号７は、プライマーＲ－８０４７０である。
配列番号８は、プライマー８６４３である。
配列番号９は、プライマー８６５４である。
配列番号１０は、フォワードプライマー２７Ｆである。
配列番号１１は、リバースプライマー５３４Ｒである。
配列番号１２は、Ｄｕｎｃａｎ，Ｓ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｓｙｓｔ．Ｅｖｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５２（ＰＴ６），２１４１－２１４６（２００２）で説明されており且つＨｏｌｄ Ｇ．Ｌ．により２００１年９月１９日にＧｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙに提出された、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）と分類された１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を表す配列である。
配列番号１３は、マイセリオフトラ・フェルグシー（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｆｅｒｇｕｓｉｉ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのゲノムＤＮＡ配列である。
配列番号１４は、配列番号１３から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号１５は、マイセリオフトラ・フェルグシー（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｆｅｒｇｕｓｉｉ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号１６は、レカニシリウム種（Ｌｅｃａｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐ．）ＷＭＭ７４２から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７は、配列番号１６から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号１８は、レカニシリウム種（Ｌｅｃａｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐ．）ＷＭＭ７４２由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号１９は、接合菌種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐ．）ＸＺ２６５５から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０は、配列番号１９から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号２１は、接合菌種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐ．）ＸＺ２６５５由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号２２は、マルブランケア・フラバ（Ｍａｌｂｒａｎｃｈｅａ ｆｌａｖａ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３は、配列番号２２から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号２４は、マルブランケア・フラバ（Ｍａｌｂｒａｎｃｈｅａ ｆｌａｖａ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号２５は、ハイフォローマ・ポリトリチ（Ｈｙｐｈｏｌｏｍａ ｐｏｌｙｔｒｉｃｈｉ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのコドン最適化ＤＮＡである。
配列番号２６は、配列番号２５から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号２７は、ハイフォローマ・ポリトリチ（Ｈｙｐｈｏｌｏｍａ ｐｏｌｙｔｒｉｃｈｉ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号２８は、エンギオドンチウム・アルブム（Ｅｎｇｙｏｄｏｎｔｉｕｍ ａｌｂｕｍ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９は、配列番号２８から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号３０は、エンギオドンチウム・アルブム（Ｅｎｇｙｏｄｏｎｔｉｕｍ ａｌｂｕｍ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号１は、国際公開第２０１３／０７６２５３号パンフレットで説明されている、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）由来の野生型ＧＨ２５リゾチームの成熟アミノ酸配列である。
配列番号２は、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）から単離されたＧＨ２４リゾチームの遺伝子配列である。
配列番号３は、配列番号２から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号４は、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）由来の野生型ＧＨ２４リゾチームの成熟アミノ酸配列である。
配列番号５は、セキショクヤケイ（Ｇａｌｌｕｓ ｇａｌｌｕｓ）由来の野生型ＧＨ２２リゾチーム（ニワトリ卵白リゾチーム）の成熟アミノ酸配列である。
配列番号６は、プライマーＦ－８０４７０である。
配列番号７は、プライマーＲ－８０４７０である。
配列番号８は、プライマー８６４３である。
配列番号９は、プライマー８６５４である。
配列番号１０は、フォワードプライマー２７Ｆである。
配列番号１１は、リバースプライマー５３４Ｒである。
配列番号１２は、Ｄｕｎｃａｎ，Ｓ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｓｙｓｔ．Ｅｖｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５２（ＰＴ６），２１４１－２１４６（２００２）で説明されており且つＨｏｌｄ Ｇ．Ｌ．により２００１年９月１９日にＧｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙに提出された、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）と分類された１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を表す配列である。
配列番号１３は、マイセリオフトラ・フェルグシー（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｆｅｒｇｕｓｉｉ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのゲノムＤＮＡ配列である。
配列番号１４は、配列番号１３から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号１５は、マイセリオフトラ・フェルグシー（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｆｅｒｇｕｓｉｉ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号１６は、レカニシリウム種（Ｌｅｃａｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐ．）ＷＭＭ７４２から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７は、配列番号１６から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号１８は、レカニシリウム種（Ｌｅｃａｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐ．）ＷＭＭ７４２由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号１９は、接合菌種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐ．）ＸＺ２６５５から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０は、配列番号１９から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号２１は、接合菌種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐ．）ＸＺ２６５５由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号２２は、マルブランケア・フラバ（Ｍａｌｂｒａｎｃｈｅａ ｆｌａｖａ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３は、配列番号２２から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号２４は、マルブランケア・フラバ（Ｍａｌｂｒａｎｃｈｅａ ｆｌａｖａ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号２５は、ハイフォローマ・ポリトリチ（Ｈｙｐｈｏｌｏｍａ ｐｏｌｙｔｒｉｃｈｉ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのコドン最適化ＤＮＡである。
配列番号２６は、配列番号２５から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号２７は、ハイフォローマ・ポリトリチ（Ｈｙｐｈｏｌｏｍａ ｐｏｌｙｔｒｉｃｈｉ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
配列番号２８は、エンギオドンチウム・アルブム（Ｅｎｇｙｏｄｏｎｔｉｕｍ ａｌｂｕｍ）から単離されたＧＨ２５リゾチームのｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９は、配列番号２８から推定されるアミノ酸配列である。
配列番号３０は、エンギオドンチウム・アルブム（Ｅｎｇｙｏｄｏｎｔｉｕｍ ａｌｂｕｍ）由来の成熟ＧＨ２５リゾチームのアミノ酸配列である。
定義
食事誘発性肥満：食事誘発性肥満（ＤＩＯ）とは、高脂肪および／または高密度の食事を食べる（ヒト）または食餌する（動物モデル）ことにより引き起こされる肥満のことである。
食事誘発性肥満：食事誘発性肥満（ＤＩＯ）とは、高脂肪および／または高密度の食事を食べる（ヒト）または食餌する（動物モデル）ことにより引き起こされる肥満のことである。
異所性脂質沈着：用語「脂質沈着」は、体脂肪の沈着に使用される。異所性脂肪とは、通常は脂肪を少量しか含まない非脂肪組織（例えば、肝臓、骨格筋、心臓、および膵臓）の細胞内でのトリグリセリドの貯蔵のことである。そのため、用語「異所性脂質沈着」は、肝臓、骨格筋、心臓、および膵臓等の組織中に貯蔵されている脂肪を意味する。
フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）：１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列の同一性が属内で異なることが知られている（Ｖｅｔｒｏｖｓｋｙ Ｔ，Ｂａｌｄｒｉａｎ Ｐ（２０１３）Ｔｈｅ Ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ １６Ｓ ｒＲＮＡ Ｇｅｎｅ ｉｎ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｇｅｎｏｍｅｓ ａｎｄ Ｉｔｓ Ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆｏｒ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ａｎａｌｙｓｅｓ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（２）：ｅ５７９２３．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００５７９２３）。平均同一性は９５．５６であり標準偏差は３．６８であることが分かっている。また、属の１２．２％が、平均ペアワイズ１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子類似性が９０％未満である種を含むことも分かった。
配列番号１２は、Ｄｕｎｃａｎ，Ｓ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｓｙｓｔ．Ｅｖｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５２（ＰＴ ６），２１４１－２１４６（２００２）で説明されており且つＨｏｌｄ Ｇ．Ｌ．により２００１年９月１９日にＧｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙに提出された、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）属と分類された１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。その結果、株は、前記株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１～Ｖ３領域の配列同一性が配列番号１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）と定義される。
食品組成物：「食品組成物」とは、食品としてヒトに投与され得るあらゆる組成物のことである。本明細書で使用される場合、食品組成物は「食事組成物」と同一である。
断片：用語「断片」は、成熟ポリペプチドまたは成熟ドメインのアミノ末端および／またはカルボキシル末端に存在しない１個または複数個（例えばいくつかの）アミノ酸を有するポリペプチドまたは触媒ドメインを意味し、この断片はリゾチームを有する。一態様では、断片は、配列番号１の少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、配列番号１の少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含み、且つリゾチーム活性を有する。
別の態様では、断片は、配列番号４の少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、配列番号４の少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含み、且つリゾチーム活性を有する。
別の態様では、断片は、配列番号１５の少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、配列番号１５の少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含み、且つリゾチーム活性を有する。
グルコース調節不全：用語「グルコース調節不全」とは、代謝と血糖値の調節とにおける障害のことである。グルコース調節不全により主に引き起こされる状態の例として、低血糖、高血糖、インスリン抵抗性、高インスリン血症、Ｘ症候群、メタボリックシンドローム、および糖尿病が挙げられる。
ＧＩ管の微生物叢中におけるｘの細菌の割合を増加させる：用語「ＧＩ管の微生物叢中におけるｘの細菌の割合を増加させる」は、特定の分類学的ランク（例えば、目または属）の細菌の量がコントロールサンプルと比較して増加していることを意味する。微生物叢のサンプルを腸（即ち消化管）から採取して、このサンプル中の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の配列（読み取り）を調べることにより分析し得る。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の読み取りを、配列同一性に基づいて一緒にクラスター化し得、各クラスターを１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の既知の配列のデータベースと比較して、このクラスター中の細菌の種類を同定し得る。このクラスターを、様々な分類学的レベル（門、網、目、科、属、または種）で統合して、サンプル全体にわたる各分類学的レベル内の細菌の量の定量分析を行ない得る。
コントロールの人由来のクラスターを、本発明のリゾチームを投与した人と比較することにより、微生物叢の差異を決定し得る。そのような決定の例として、例えば、リゾチームを投与していないコントロールと比較した、リゾチームを投与した動物またはヒトから採取した微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合の差異、またはコントロールと比較した、リゾチームを投与した動物またはヒトから採取した微生物叢中におけるクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目の細菌の割合の差異が挙げられる。
単離された：用語「単離された」は、天然には存在しない形態または環境中の物質を意味する。単離された物質の非限定的な例として、下記が挙げられる：（１）あらゆる天然には存在しない物質、（２）自然界で関連している天然に存在する成分のうちの１つもしくは複数もしくは全てから少なくとも部分的に取り出されているあらゆる物質（例えば、限定されないが、あらゆる酵素、バリアント、核酸、タンパク質、ペプチド、もしくは補助因子）、（３）あらゆる物質であって、自然界で見られるこの物質と比べて人の手により改変されている物質、または（４）あらゆる物質であって、この物質が自然界で関連している他の成分と比べてこの物質の量を増加させることにより改変されている物質（例えば、この物質をコードする遺伝子の複数のコピー；この物質をコードする遺伝子と自然界で関連するプロモーターと比べて強いプロモーターの使用）。単離された物質は、発酵ブロスサンプル中に存在していてもよい。
リゾチーム活性：用語「リゾチーム活性」は、浸透圧に起因する溶菌を引き起こす、ペプチドグリカン中のＮ－アセチルムラミン酸とＮ－アセチル－Ｄ－グルコサミン残基との間のまたはキトデキシトリン（ｃｈｉｔｏｄｅｘｔｒｉｎ）中のＮ－アセチル－Ｄ－グルコサミン残基間の１，４－ベータ－結合の酵素的加水分解を意味する。リゾチームは、酵素クラスＥＣ ３．２．１．１７に属する。リゾチーム活性は概して、比濁測定により測定される。この方法は、リゾチームの溶解作用により引き起こされるミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｔｅｕｓ）ＡＴＣＣ ４６９８の懸濁液の濁度の変化に基づく。適切な実験条件では、この変化は培地中のリゾチームの量に比例する（Ｃｏｍｂｉｎｅｄ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｆｏｏｄ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ Ｏｒｇａｎｉｓａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＵＮ（ｗｗｗ．ｆａｏ．ｏｒｇ）のＩＮＳ １１０５を参照されたい）。本発明の目的のために、リゾチーム活性を、実施例５（「リゾチーム活性の決定」）で説明されている濁度アッセイに従って決定する。一態様では、本発明のポリペプチドは、配列番号１のリゾチーム活性の少なくとも２０％を有し、例えば、配列番号１のリゾチーム活性の少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％を有する。一態様では、本発明のポリペプチドは、配列番号４のリゾチーム活性の少なくとも２０％を有し、例えば、配列番号４のリゾチーム活性の少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％を有する。一態様では、本発明のポリペプチドは、配列番号１５のリゾチーム活性の少なくとも２０％を有し、例えば、配列番号１５のリゾチーム活性の少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％を有する。
成熟ポリペプチド：用語「成熟ポリペプチド」は、翻訳および任意の翻訳後改変（例えば、Ｎ末端プロセシング、Ｃ末端トランケーション、グリコシル化、リン酸化等）の後の最終形態のポリペプチドを意味する。
医療デバイス：医療デバイスは、本明細書において、ＵＳ Ｆｅｄｅｒａｌ Ｆｏｏｄ Ｄｒｕｇ ＆ Ｃｏｓｍｅｔｉｃ（ＦＤ＆Ｃ）Ａｃｔのセクション２０１（ｈ）での医療デバイスの定義を満たす製品と理解され、この製品として、ヒトもしくは他の動物における疾患の治癒、緩和、処置もしくは予防での使用を意図された、またはヒトもしくは他の動物の身体の構造もしくは任意の機能に影響を及ぼすことを意図された、機器、装置（ａｐｐａｒａｔｕｓ）、道具、機械、装置（ｃｏｎｔｒｉｖａｎｃｅ）、移植片、インビトロ試薬、または他の類似のもしくは関連する物品（例えば構成部品）、またはｏｆｆｉｃｉａｌ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＦｏｒｍｕｌａｒｙもしくはＵｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｏｅｉａで認められたアクセサリー、またはこれらへのあらゆる付属品が挙げられ、この製品は、ヒトまたは他の動物の体内または身体上での化学作用を通してこの製品の主に意図された目的を達成せず、この製品の主に意図された目的のいずれかの達成のために代謝されることに依存しない。
微生物リゾチーム：用語「微生物リゾチーム」は、微生物源から得られるまたは入手可能である、リゾチーム活性を有するポリペプチドを意味する。微生物源の例は真菌であり、即ち、リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られ、または入手可能であり、ここで、用語界は分類学的ランクである。具体的には、微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門等の子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られ、または入手可能であり、ここで、用語門および亜門は分類学的ランクである。
ポリペプチドの分類学的ランクが未知である場合、（例えば、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＩＢ）ウェブサイトｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／を使用して）このポリペプチドのＢＬＡＳＴＰ検索を実施し、次いで最も近い相同体と比較することにより、分類学的ランクは当業者により容易に決定され得る。既知のポリペプチドの断片である未知のポリペプチドは、同一の分類学的種であると考えられる。最大１０箇所の位置で置換、欠失および／または挿入を含む未知の天然ポリペプチドまたは人工バリアントは、既知のポリペプチドと同一の分類学的種に由来すると考えられる。
から得られる、または入手可能である：用語「から得られる、または入手可能である」は、ポリペプチドが、特定の分類学的ランクに由来する生物中で見出され得ることを意味する。一実施形態では、ポリペプチドは真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られ、または入手可能であり、ここで、用語界は分類学的ランクである。好ましい実施形態では、ポリペプチドは子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られ、または入手可能であり、ここで、用語門は分類学的ランクである。別の好ましい実施形態では、ポリペプチドは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門から得られ、または入手可能であり、ここで、用語亜門は分類学的ランクである。別の好ましい実施形態では、ポリペプチドはユーロチウム菌（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱から得られ、または入手可能であり、ここで、用語網は分類学的ランクである。
ポリペプチドの分類学的ランクが未知である場合、（例えば、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＩＢ）ウェブサイトｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／を使用して）このポリペプチドのＢＬＡＳＴＰ検索を実施し、次いで最も近い相同体と比較することにより、分類学的ランクは当業者により容易に決定され得る。既知のポリペプチドの断片である未知のポリペプチドは、同一の分類学的種であると考えられる。最大１０箇所の位置で置換、欠失および／または挿入を含む未知の天然ポリペプチドまたは人工バリアントは、既知のポリペプチドと同一の分類学的種に由来すると考えられる。
操作的分類単位（ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ｕｎｉｔ）（ＯＴＵ）：用語「操作的分類単位」は、ある程度の類似性を有する配列のクラスターを意味する。この場合、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の配列を異なるＯＴＵに割り当てるための閾値として９７パーセントが選択され、このことは、単一のＯＴＵ内の全ての配列が少なくとも９７パーセントの配列同一性を有することを意味する。この同一性レベルでは、各ＯＴＵは単一の細菌種を表すと見なされる（または想定される）ことが多い。
手術後再発：手術後の疾患または状態の増悪を意味する。そのため、語句「ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの手術後再発を予防する、緩和する、または処置する」は、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤが手術後に現れるリスクを予防する、緩和するまたは処置することを意味する。
予防する：何らかの行動を通して、疾患、障害、または疾患もしくは状態の症状を停止させるまたは妨げることを意味する。
（状態の）寛解：症状があまり重度でなくなる疾患の経過の期間を意味する。そのため、語句「ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの寛解を維持する」は、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤが再発するリスクが予防されるまたは緩和されることを意味する。
配列同一性：２つのアミノ酸配列の間のまたは２つのヌクレオチド配列の間の関連性は、パラメータ「配列同一性」により説明される。
本発明の目的のために、２つのアミノ酸配列の間の配列同一性は、ＥＭＢＯＳＳパッケージ（ＥＭＢＯＳＳ：Ｔｈｅ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｏｐｅｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｓｕｉｔｅ，Ｒｉｃｅ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．１６：２７６－２７７）のＮｅｅｄｌｅプログラム（好ましくは、バージョン５．０．０以降）により実行されるＮｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３－４５３）を使用して決定される。使用されるパラメータは、１０のギャップオープンペナルティ、０．５のギャップ伸長ペナルティ、およびＥＢＬＯＳＵＭ６２（ＢＬＯＳＵＭ６２のＥＭＢＯＳＳバージョン）置換行列である。「最長同一性」と標識されたＮｅｅｄｌｅの出力（－ｎｏｂｒｉｅｆオプションを使用して得られる）は同一性パーセントとして使用され、下記のように算出される：
（同一残基×１００）／（アラインメントの長さ－アラインメント中のギャップの総数）。
（同一残基×１００）／（アラインメントの長さ－アラインメント中のギャップの総数）。
実質的に純粋なポリペプチド：用語「実質的に純粋なポリペプチド」は、このポリペプチドが天然にまたは組換えにより会合している他のポリペプチド物質の含有が最大１０重量％、最大８重量％、最大６重量％、最大５重量％、最大４重量％、最大３重量％、最大２重量％、最大１重量％および最大０．５重量％である調製物を意味する。好ましくは、このポリペプチドは、この調製物中に存在する全ポリペプチド物質の少なくとも９２重量％純粋であり、例えば、少なくとも９４重量％純粋であり、少なくとも９５重量％純粋であり、少なくとも９６重量％純粋であり、少なくとも９７重量％純粋であり、少なくとも９８重量％純粋であり、少なくとも９９重量％であり、少なくとも９９．５重量％純粋であり、および１００％純粋である。本発明のポリペプチドは、好ましくは実質的に純粋な形態である。これは、例えば公知の組換え方法でこのポリペプチドを調製することにより、または従来の精製方法により達成され得る。
治療用組成物：「治療用組成物」とは、疾患を予防するために、緩和するためにまたは処置するために使用される、ヒトへの投与用の薬学的に活性な成分を含むあらゆる非食品組成物のことである。治療用組成物の例として、下記が挙げられるがこれらに限定されない：散剤、錠剤、例えばロゼンジ剤もしくは発泡錠剤、カプセル剤、乳剤もしくはペースト剤の成分、個々のサシェ剤、チューインガム、またはオイルドロップ等のより一般的な組成物中のもしくは微生物に有効な担体であることが当業者により決定されているあらゆる他の適切な担体中のもの。
バリアント：用語「バリアント」は、変更（即ち、１箇所または複数箇所（例えば数カ所）の位置での１個または複数個（数個）のアミノ酸残基の置換、挿入および／または欠失）を含む、リゾチーム活性を有するポリペプチドを意味する。置換は、ある位置を占めるアミノ酸の異なるアミノ酸による置き換えを意味し、欠失は、ある位置を占めるアミノ酸の除去を意味し、挿入は、この位置を占めるアミノ酸に隣接した且つ直後への１個、２個または３個のアミノ酸の付加を意味する。
一態様では、本発明に係るリゾチームバリアントは、１～５個、１～１０個、１～１５個、１～２０個、１～２５個、１～３０個、１～３５個、１～４０個、１～４５個、または１～５０個の変更を含み得、即ち、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０個の変更を含み得、且つ親リゾチーム（例えば、配列番号１、配列番号４または配列番号１５）のリゾチーム活性の少なくとも２０％を有し得、例えば、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％を有し得る。
本発明の詳細な説明
微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）は、ヒトに与えられた場合には微生物叢に変化をもたらし、このことはヒトの健康の改善にとって有益であり得ることを発見した。
微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）は、ヒトに与えられた場合には微生物叢に変化をもたらし、このことはヒトの健康の改善にとって有益であり得ることを発見した。
一実施形態では、本明細書において、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）および／または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法が説明されている。一実施形態では、この方法は、１種または複数種の微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス等）を準備して投与することを含む。一実施形態では、この微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である。
そのため、微生物リゾチームは、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）および／または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に罹患している患者への投与に適していることが、本発明者らにより発見されている。
一実施形態では、この方法は、寛解期間中に、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）および／または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に罹患している患者を予防する、緩和するまたは処置するためであり、ここで、この寛解期間とは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの症状の重症度が一時的に軽減されている期間のことである。一実施形態は、寛解期間中に、クローン病または潰瘍性大腸炎に罹患している患者を予防する、緩和するまたは処置するためであり、ここで、寛解期間とは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの症状の重症度が一時的に軽減されている期間のことである。
本明細書で説明されている微生物リゾチームを、例えば入院している高齢者等の人の体重増加を得るためにも投与し得る。一実施形態では、この方法は、手術後に患者に１種または複数種の微生物リゾチームを投与することを含む。一実施形態では、この方法は体重管理のためであり、例えば所望されるレベルへの体重の保持のためである。一実施形態では、この方法は、概して手術後または入院中に体重が減少するリスクがある入院患者の体重管理のためである。
一実施形態では、本発明は、人間の体重増加を得るための、微生物リゾチームを含む組成物の使用であって、食品または食品添加物は、１種または複数種の微生物リゾチームを含む、使用に関する。
一実施形態では、体重は、微生物リゾチームを含む組成物を投与していないコントロールと比較して少なくとも１％増加しており、例えば、少なくとも１．５％、少なくとも２．０％、少なくとも２．５％、少なくとも３％、少なくとも３．５％、少なくとも４％、または少なくとも５％増加している。別の実施形態では、体重は、このコントロールと比較して１％～１５％増加しており、例えば、１％～１２％、１％～１０％、１．５％～８％、２．０％～７％増加している、またはこれらの区間の任意の組合せである。
本発明はさらに、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対してリゾチーム活性を有するポリペプチドの使用に関する。ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）は、ヒトの腸内細菌叢の重要な細菌である。特定の理論に拘束されることなく、部分的に分解された細菌の細胞壁の酵素的溶解による、腸内細菌叢からの死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞の除去は、ヒトの腸内健康にとって重要な貢献であると考えられる。
本発明の一実施形態では、本発明のポリペプチドは、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合に、ニワトリ卵白リゾチーム（配列番号５）のリゾチーム活性と比較してリゾチーム活性が改善されている。
本発明のある態様は、消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、ヒトに、本発明により定義されたポリペプチドを与えることを含む方法を対象とする。
本発明のある態様は、消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドを与えることを含む方法を対象とする。
本発明のある態様は、消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する方法であって、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２４のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドもしくはポリペプチドの供給源、または配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドもしくはポリペプチドの供給源をヒトに与えることを含む方法を対象とする。
過去数年にわたり、健康なヒトの微生物叢の構成成分としてのフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の重要性を明確に説明している研究の数が増えている。例えば、Ｆ．プラウスニッツイ（Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）は、多くの腸障害（特にＩＢＤ患者）において蔓延が低い（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ １６（３），ｐｐ１－７，Ｊｕｌｙ ２０１３）。
一実施形態では、本発明の組成物、方法および使用は、ＧＩ管中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の低い存在量と関連する状態の処置または予防において効率が高い。さらなる実施形態では、本発明の組成物、方法および使用は、ＧＩ管中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の増加をもたらす。
一態様では、本発明は、リゾチーム活性を有する１種もしくは複数種のポリペプチド、またはリゾチーム活性を有する１種もしくは複数種のポリペプチドを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）であって、このポリペプチドは、グリコシルヒドロリアーゼファミリ２４（ＧＨ２４）またはグリコシルヒドロリアーゼファミリ２５（ＧＨ２５）に由来し、且つ真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である、ポリペプチドまたは組成物に関する。
一態様では、本発明の方法で使用される、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、微生物リゾチームである。一実施形態では、例えば、本発明で使用される組成物（例えば、１種または複数種の微生物リゾチームを含む食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）を使用して、細菌性病原体の増殖／腸内コロニー形成を抑制することによりヒトの健康な微生物叢を安定化させ得、この細菌性病原体として、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・コリ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、およびカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）種、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）種、ならびにサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）種、例えばサルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ）およびサルモネラ・チフィリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、エンテロコッカス種（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．）、ならびにヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）が挙げられる。さらなる実施形態では、本発明のリゾチームは、消化管の微生物バランスに好ましい効果をもたらす。
一実施形態では、本発明で使用される組成物は、ＧＩ管の微生物叢中におけるクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目の細菌の割合を増加させる。ある実施形態では、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも１．５％、少なくとも２％、少なくとも２．５％、少なくとも５％、または少なくとも７．５％増加する。代替実施形態では、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する。
一実施形態では、この微生物リゾチームは真菌起源である。一実施形態では、この微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である。ある実施形態では、この微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門等の子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である。一実施形態では、この微生物リゾチームは、ユーロチウム菌（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱から得られる、または入手可能である。さらなる実施形態では、この微生物リゾチームは、ユーロチウム（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）目から得られる、または入手可能である。さらなる実施形態では、この微生物リゾチームは、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌａｃｅａｅ）科から得られる、または入手可能である。さらなる実施形態では、微生物リゾチームは、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）属から得られる、または入手可能である。
一実施形態では、この微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む。一実施形態では、この微生物リゾチームは、ＧＨ２４由来の１個または複数個のドメインを含む。一実施形態では、この微生物リゾチームは、ＧＨ２５由来の１個または複数個のドメインを含む。
一実施形態では、本発明は、ＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる方法であって、微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）の投与を含む方法に関する。一実施形態では、この微生物リゾチームを、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質８～２５０ｐｐｍのレベルで投与する。一実施形態では、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、または少なくとも２０％増加する。代替実施形態では、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する。
一実施形態では、この方法は、ＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させ、このフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌は、配列番号１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含み、例えば、配列番号１２に対して少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含む。ある実施形態では、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、または少なくとも５％増加する。代替実施形態では、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する。
好ましい実施形態では、本発明は、患者に、１種または複数種の微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス等）を投与することを含む、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）および／または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法であって、
（ａ）この微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む微生物リゾチームであり、
（ｂ）任意選択で、この微生物リゾチームを少なくとも５日にわたり毎日投与する、
方法に関する。
（ａ）この微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む微生物リゾチームであり、
（ｂ）任意選択で、この微生物リゾチームを少なくとも５日にわたり毎日投与する、
方法に関する。
別の好ましい実施形態では、本発明は、患者に、１種または複数種の微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス等）を投与することを含む、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）および／または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法であって、
（ａ）この微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む微生物リゾチームであり、
（ｂ）この微生物リゾチームを寛解期間中に投与し、
（ｃ）任意選択で、この微生物リゾチームを少なくとも５日にわたり毎日投与し、
この寛解期間は、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの症状の重症度が一時的に軽減されている期間である、
方法に関する。
（ａ）この微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む微生物リゾチームであり、
（ｂ）この微生物リゾチームを寛解期間中に投与し、
（ｃ）任意選択で、この微生物リゾチームを少なくとも５日にわたり毎日投与し、
この寛解期間は、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの症状の重症度が一時的に軽減されている期間である、
方法に関する。
さらに別の好ましい実施形態では、本発明は、１種または複数種の微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス等）を投与することを含む、ＧＩ管のマイクロバイオーム中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる方法であって、
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２４リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加する、
方法に関する。
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２４リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加する、
方法に関する。
別の好ましい実施形態では、本発明は、１種または複数種のリゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）を投与することを含む、ＧＩ管のマイクロバイオーム中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる方法であって、
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２５リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加する、
方法に関する。
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２５リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加する、
方法に関する。
さらに別の好ましい実施形態では、本発明は、１種または複数種の微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）を投与することを含む、ＧＩ管のマイクロバイオーム中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる方法であって、
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２４リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、
（ｃ）フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌は、配列番号１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含み、例えば、配列番号１２に対して少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含む、
方法に関する。
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２４リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、
（ｃ）フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌は、配列番号１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含み、例えば、配列番号１２に対して少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含む、
方法に関する。
さらに別の好ましい実施形態では、本発明は、１種または複数種の微生物リゾチームを含む組成物（例えば、食品組成物もしくは医薬組成物または医療デバイス）を投与することを含む、ＧＩ管のマイクロバイオーム中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる方法であって、
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２５リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、
（ｃ）フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌は、配列番号１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含み、例えば、配列番号１２に対して少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含む、
方法に関する。
（ａ）この微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門（好ましくはチャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門）から得られるまたは入手可能であるＧＨ２５リゾチームであり、
（ｂ）動物のＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、
（ｃ）フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌は、配列番号１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含み、例えば、配列番号１２に対して少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡを含む、
方法に関する。
一実施形態では、本発明で使用される微生物リゾチームを、食品１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与し、例えば、食品１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～１０００ｐｐｍ、もしくは０．１～５００ｐｐｍ、１～５００ｐｐｍ、１０～５００ｐｐｍ、１０～３００ｐｐｍ、もしくは１０～２００ｐｐｍのレベルで投与し、またはこれらの区間の任意の組合せで投与する。一実施形態では、この微生物リゾチームを、食品１ｋｇ当たり酵素タンパク質１１～１２５ｐｐｍのレベルで投与し、例えば、食品１ｋｇ当たり酵素タンパク質１２～１００ｐｐｍ、１３～７５ｐｐｍ、１５～５０ｐｐｍ、１７．５～４０ｐｐｍ、２５～７５ｐｐｍ、もしくは３０～６０ｐｐｍのレベルで投与し、またはこれらの区間の任意の組合せで投与する。
一実施形態では、この微生物リゾチームは真菌起源である。ある実施形態では、この微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門等の子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である。
一実施形態では、この微生物リゾチームは、配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一実施形態では、この微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸配列もしくはその対立遺伝子バリアントを含み、もしくはからなり、または、リゾチーム活性を有する、このアミノ酸配列もしくはその対立遺伝子バリアントの断片であり、この断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む。別の実施形態では、この微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸配列またはその対立遺伝子バリアントと、Ｎ末端および／またはＣ末端のＨｉｓタグおよび／またはＨＱタグとを含む、またはからなる。別の態様では、このポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸１～２０８を含む、またはからなる。
別の実施形態では、この微生物リゾチームは配列番号１のバリアントであり、このバリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個の置換、および／または１個もしくは複数個の欠失、および／または１個もしくは複数個の挿入、またはこれらの任意の組合せを含む。別の実施形態では、配列番号１中における、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む位置の数は１～４５箇所の位置であり、例えば、１～４０箇所、１～３５箇所、１～３０箇所、１～２５箇所、１～２０箇所、１～１５箇所、１～１０箇所、または１～５箇所の位置である。ある実施形態では、配列番号１中における、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む位置の数は１０箇所以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０箇所である。他の実施形態では、配列番号１中における、置換、欠失、および／または挿入の数は１０個以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個である。さらなる実施形態では、配列番号１中における置換（好ましくは保存的置換）の数は１０個以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個である。さらなる実施形態では、配列番号１中における保存的置換の数は１０個以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個である。
このアミノ酸の変更は軽度であり得、即ち下記であり得る：タンパク質の折り畳みおよび／もしくは活性に顕著な影響を及ぼさない保存的なアミノ酸置換もしくはアミノ酸挿入；概して１～３０個のアミノ酸の小さい欠失；小さいアミノ末端もしくはカルボキシル末端の伸長、例えば、アミノ末端メチオニン残基；最大２０～２５個の残基の小さいリンカーペプチド；または正味電荷もしくは別の機能を変更することにより精製を容易にする小さい伸長、例えば、ポリヒスチジントラクト（ｐｏｌｙ－ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ ｔｒａｃｔ）、抗原性エピトープ、もしくは結合ドメイン。
保存的置換の例は、塩基性アミノ酸（アルギニン、リシン、およびヒスチジン）、酸性アミノ酸（グルタミン酸、およびアスパラギン酸）、極性アミノ酸（グルタミン、およびアスパラギン）、疎水性アミノ酸（ロイシン、イソロイシン、およびバリン）、芳香族アミノ酸（フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシン）、ならびに低分子アミノ酸（グリシン、アラニン、セリン、トレオニン、およびメチオニン）の群内である。一般に特異的活性を変更しないアミノ酸置換は当分野で既知であり、例えばＨ．Ｎｅｕｒａｔｈ ａｎｄ Ｒ．Ｌ．Ｈｉｌｌ，１９７９，Ｉｎ，Ｔｈｅ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋにより説明されている。一般的な置換は、Ａｌａ／Ｓｅｒ、Ｖａｌ／Ｉｌｅ、Ａｓｐ／Ｇｌｕ、Ｔｈｒ／Ｓｅｒ、Ａｌａ／Ｇｌｙ、Ａｌａ／Ｔｈｒ、Ｓｅｒ／Ａｓｎ、Ａｌａ／Ｖａｌ、Ｓｅｒ／Ｇｌｙ、Ｔｙｒ／Ｐｈｅ、Ａｌａ／Ｐｒｏ、Ｌｙｓ／Ａｒｇ、Ａｓｐ／Ａｓｎ、Ｌｅｕ／Ｉｌｅ、Ｌｅｕ／Ｖａｌ、Ａｌａ／Ｇｌｕ、およびＡｓｐ／Ｇｌｙである。保存的置換の他の例は下記である：ＧからＡへ；ＡからＧ、Ｓへ；ＶからＩ、Ｌ、Ａ、Ｔ、Ｓへ；ＩからＶ、Ｌ、Ｍへ；ＬからＩ、Ｍ、Ｖへ；ＭからＬ、Ｉ、Ｖへ；ＰからＡ、Ｓ、Ｎへ；ＦからＹ、Ｗ、Ｈへ；ＹからＦ、Ｗ、Ｈへ；ＷからＹ、Ｆ、Ｈへ；ＲからＫ、Ｅ、Ｄへ；ＫからＲ、Ｅ、Ｄへ；ＨからＱ、Ｎ、Ｓへ；ＤからＮ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｑへ；ＥからＱ、Ｄ、Ｋ、Ｒ、Ｎへ；ＳからＴ、Ａへ；ＴからＳ、Ｖ、Ａへ；ＣからＳ、Ｔ、Ａへ；ＮからＤ、Ｑ、Ｈ、Ｓへ；ＱからＥ、Ｎ、Ｈ、Ｋ、Ｒへ。
ポリペプチド中の必須アミノ酸を、当分野で既知の手順（例えば、部位特異的変異誘発、またはアラニンスキャニング変異誘発）に従って同定し得る（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ，１９８９，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１０８１－１０８５）。後者の技術では、分子中の全ての残基で単一のアラニン変異を導入し、得られた変異体分子をリゾチーム活性に関して試験し、この分子の活性にとって不可欠なアミノ酸残基を同定する。Ｈｉｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：４６９９－４７０８も参照されたい。推定上の接触部位アミノ酸の変異と組み合わせた、核磁気共鳴、結晶構造解析、電子回折、または光親和性標識のような技術により決定されるように、構造の物理的解析により、酵素の活性部位、または他の生物学的相互作用も決定し得る。例えば、ｄｅ Ｖｏｓ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５５：３０６－３１２；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２４：８９９－９０４；Ｗｌｏｄａｖｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９２，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３０９：５９－６４を参照されたい。必須アミノ酸の同定も、関連するポリペプチドとのアラインメントから推論し得る。
国際公開第２０１３／０７６２５３号パンフレットで開示されているように、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２リゾチームの結晶構造を、１．３Åの分解能で解析した。この原子座標を使用して、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２リゾチームの構造または相同構造（例えば、本発明のバリアント）を示す三次元モデルを作成し得る。ｘ線構造を使用して、アミノ酸残基Ｄ９５およびＥ９７（ナンバリングに関して配列番号１を使用する）を触媒残基として同定した。
一実施形態では、本微生物リゾチームは、配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一実施形態では、本発明で使用される微生物リゾチームは、配列番号４のアミノ酸配列もしくはその対立遺伝子バリアントを含み、もしくはからなり、または、リゾチーム活性を有する、このアミノ酸配列もしくはその対立遺伝子バリアントの断片であり、この断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む。別の実施形態では、この微生物リゾチームは、配列番号４のアミノ酸配列またはその対立遺伝子バリアントと、Ｎ末端および／またはＣ末端のＨｉｓタグおよび／またはＨＱタグとを含む、またはからなる。別の態様では、このポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸１～２４５を含む、またはからなる。
別の実施形態では、この微生物リゾチームは配列番号４のバリアントであり、このバリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個の置換、および／または１個もしくは複数個の欠失、および／または１個もしくは複数個の挿入、またはこれらの任意の組合せを含む。別の実施形態では、配列番号４中における、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む位置の数は１～４５箇所の間であり、例えば、１～４０箇所、１～３５箇所、１～３０箇所、１～２５箇所、１～２０箇所、１～１５箇所、１～１０箇所、または１～５箇所の位置である。ある実施形態では、配列番号４中における、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む位置の数は１０箇所以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０箇所である。他の実施形態では、配列番号４中における、置換、欠失、および／または挿入の数は１０個以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個である。さらなる実施形態では、配列番号４中における置換（好ましくは保存的置換）の数は１０個以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個である。さらなる実施形態では、配列番号４中における保存的置換の数は１０個以下であり、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個である。
このアミノ酸の変更は軽度であり得、即ち下記であり得る：タンパク質の折り畳みおよび／もしくは活性に顕著な影響を及ぼさない保存的なアミノ酸置換もしくはアミノ酸挿入；概して１～３０個のアミノ酸の小さい欠失；小さいアミノ末端もしくはカルボキシル末端の伸長、例えば、アミノ末端メチオニン残基；最大２０～２５個の残基の小さいリンカーペプチド；または正味電荷もしくは別の機能を変更することにより精製を容易にする小さい伸長、例えば、ポリヒスチジントラクト、抗原性エピトープ、もしくは結合ドメイン。
保存的置換の例は、塩基性アミノ酸（アルギニン、リシン、およびヒスチジン）、酸性アミノ酸（グルタミン酸、およびアスパラギン酸）、極性アミノ酸（グルタミン、およびアスパラギン）、疎水性アミノ酸（ロイシン、イソロイシン、およびバリン）、芳香族アミノ酸（フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシン）、ならびに低分子アミノ酸（グリシン、アラニン、セリン、トレオニン、およびメチオニン）の群内である。一般に特異的活性を変更しないアミノ酸置換は当分野で既知であり、例えばＨ．Ｎｅｕｒａｔｈ ａｎｄ Ｒ．Ｌ．Ｈｉｌｌ，１９７９，Ｉｎ，Ｔｈｅ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋにより説明されている。一般的な置換は、Ａｌａ／Ｓｅｒ、Ｖａｌ／Ｉｌｅ、Ａｓｐ／Ｇｌｕ、Ｔｈｒ／Ｓｅｒ、Ａｌａ／Ｇｌｙ、Ａｌａ／Ｔｈｒ、Ｓｅｒ／Ａｓｎ、Ａｌａ／Ｖａｌ、Ｓｅｒ／Ｇｌｙ、Ｔｙｒ／Ｐｈｅ、Ａｌａ／Ｐｒｏ、Ｌｙｓ／Ａｒｇ、Ａｓｐ／Ａｓｎ、Ｌｅｕ／Ｉｌｅ、Ｌｅｕ／Ｖａｌ、Ａｌａ／Ｇｌｕ、およびＡｓｐ／Ｇｌｙである。保存的置換の他の例は下記である：ＧからＡへ；ＡからＧ、Ｓへ；ＶからＩ、Ｌ、Ａ、Ｔ、Ｓへ；ＩからＶ、Ｌ、Ｍへ；ＬからＩ、Ｍ、Ｖへ；ＭからＬ、Ｉ、Ｖへ；ＰからＡ、Ｓ、Ｎへ；ＦからＹ、Ｗ、Ｈへ；ＹからＦ、Ｗ、Ｈへ；ＷからＹ、Ｆ、Ｈへ；ＲからＫ、Ｅ、Ｄへ；ＫからＲ、Ｅ、Ｄへ；ＨからＱ、Ｎ、Ｓへ；ＤからＮ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｑへ；ＥからＱ、Ｄ、Ｋ、Ｒ、Ｎへ；ＳからＴ、Ａへ；ＴからＳ、Ｖ、Ａへ；ＣからＳ、Ｔ、Ａへ；ＮからＤ、Ｑ、Ｈ、Ｓへ；ＱからＥ、Ｎ、Ｈ、Ｋ、Ｒへ。
ポリペプチド中の必須アミノ酸を、当分野で既知の手順（例えば、部位特異的変異誘発、またはアラニンスキャニング変異誘発）に従って同定し得る（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ，１９８９，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１０８１－１０８５）。後者の技術では、分子中の全ての残基で単一のアラニン変異を導入し、得られた変異体分子をリゾチーム活性に関して試験し、この分子の活性にとって不可欠なアミノ酸残基を同定する。Ｈｉｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：４６９９－４７０８も参照されたい。推定上の接触部位アミノ酸の変異と組み合わせた、核磁気共鳴、結晶構造解析、電子回折、または光親和性標識のような技術により決定されるように、構造の物理的解析により、酵素の活性部位、または他の生物学的相互作用も決定し得る。例えば、ｄｅ Ｖｏｓ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５５：３０６－３１２；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２４：８９９－９０４；Ｗｌｏｄａｖｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９２，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３０９：５９－６４を参照されたい。必須アミノ酸の同定も、関連するポリペプチドとのアラインメントから推論し得る。
国際公開第２０１３／０７６２５３号パンフレットで開示されているように、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２リゾチームの結晶構造を、１．３Åの分解能で解析した。この原子座標を使用して、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２リゾチームの構造または相同構造（例えば、本発明のバリアント）を示す三次元モデルを作成し得る。ｘ線構造を使用して、アミノ酸残基Ｄ９５およびＥ９７（ナンバリングに関して配列番号１を使用する）を触媒残基として同定した。
一実施形態では、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一実施形態では、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、配列番号１８に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１８に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一実施形態では、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、配列番号２１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号２１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一実施形態では、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、配列番号２４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号２４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一実施形態では、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、配列番号２７に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号２７に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一実施形態では、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、配列番号３０に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号３０に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
アミノ酸の変更、保存的置換、ならびにＮ末端および／またはＣ末端のリンカーの例は上記で説明されている。
Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎにより「適切な量で投与された場合には宿主に利益をもたらす、生きている生物（ｌｉｖｅ ｏｒｇａｎｉｓｍｓ ｗｈｉｃｈ ｗｈｅｎ ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄ ｉｎ ａｄｅｑｕａｔｅ ａｍｏｕｎｔｓ ｃｏｎｆｅｒ ａ ｂｅｎｅｆｉｔ ｏｎ ｔｈｅ ｈｏｓｔ）」と定義されたプロバイオティクスの投与は、一般に健康な集団における安全な栄養介入である。プロバイオティクスはヒトの腸管中で見出され、通常はヨーグルトならびに他の栄養製品および／または食品（例えば、飲料、シリアル、およびチョコレートキャンディバー）中に存在する。
組成物：
本発明に従って調製された組成物は、食品または栄養補助食品の形態で投与され得、且つあらゆる液体、固体、または半固体の形態であり得る。この組成物は、例えば、任意選択で他の細菌（例えば、ヨーグルト発酵物もしくはチーズ、または他の食品（例えば、スナックバー、チョコレート、もしくはジュース等の飲料））と組み合わせて少なくとも前記微生物リゾチームを含む乳製品（例えば、発酵乳製品）であり得る。食品組成物の非限定的な例として、全乳、脱脂乳、調製乳、フレーバーミルク、ヨーグルト、例えば、天然ヨーグルト、フレーバーヨーグルト、フローズンヨーグルト、または飲むヨーグルト（ｄｒｉｎｋｉｎｇ ｙｏｇｈｕｒｔ）、トニック、およびスポーツドリンク、他の乳製品、例えば、カスタード、チーズ、およびコテージチーズ配合物、およびアイスクリームが挙げられる。半固形の食品組成物を、ペーストおよびスプレッドから選択し得る。固形の組成物として、食品バー、ビスケット、シリアル、食物繊維、またはあらゆる他の食品が挙げられ得る。
本発明に従って調製された組成物は、食品または栄養補助食品の形態で投与され得、且つあらゆる液体、固体、または半固体の形態であり得る。この組成物は、例えば、任意選択で他の細菌（例えば、ヨーグルト発酵物もしくはチーズ、または他の食品（例えば、スナックバー、チョコレート、もしくはジュース等の飲料））と組み合わせて少なくとも前記微生物リゾチームを含む乳製品（例えば、発酵乳製品）であり得る。食品組成物の非限定的な例として、全乳、脱脂乳、調製乳、フレーバーミルク、ヨーグルト、例えば、天然ヨーグルト、フレーバーヨーグルト、フローズンヨーグルト、または飲むヨーグルト（ｄｒｉｎｋｉｎｇ ｙｏｇｈｕｒｔ）、トニック、およびスポーツドリンク、他の乳製品、例えば、カスタード、チーズ、およびコテージチーズ配合物、およびアイスクリームが挙げられる。半固形の食品組成物を、ペーストおよびスプレッドから選択し得る。固形の組成物として、食品バー、ビスケット、シリアル、食物繊維、またはあらゆる他の食品が挙げられ得る。
本微生物リゾチームを、散剤、錠剤、例えばロゼンジ剤もしくは発泡錠剤の形態の栄養補助食品として、カプセル形態で、乳剤もしくはペースト剤の成分として、または生きている生物に有効な担体であることが当業者に決定されたあらゆる他の適切な担体中でも与え得る。微生物リゾチームを含む組成物は、個々のサシェ剤、カプセル剤、チューインガム、またはオイルドロップ等のより一般的な組成物中であり得る。
一実施形態では、本食品組成物は、消費者による消費の準備ができている最終製品である。そのため、この食品組成物は、消費者により購入され得る、または他の方法で入手され得る。しかしながら、この食品組成物はまた、他の食品の製造の基本成分でもあり得る。
本明細書で説明された食品組成物は担体を含み得る。用語「担体」は、本微生物リゾチームが担体全体にわたり分布していることを示唆しており、且つ当業者に既知である。本発明での使用のための担体として、限定されないが、例えば、天然小麦粉、予備乾燥小麦粉、デンプン、加工デンプン、植物性タンパク質、乳タンパク質、変性タンパク質、および糖アルコール、例えば、マンニトール、ソルビトール、イノシトール、ズルシトール、キシリトール、またはアラビトールが挙げられる。そのため、担体は、この食品組成物の主成分である。好ましくは、担体中における微生物リゾチームの総量は、担体と微生物リゾチームとの合計量を基準として、５％（重量／重量）未満であり、より好ましくは２％（重量／重量）未満または０．５％（重量／重量）未満である。具体的な実施形態では、この食品組成物は、本微生物リゾチームと担体とからなる。しかしながら、この組成物は添加剤を含み得る。好ましくは、そのような添加剤はまた、担体全体にわたり分布している。
好ましい実施形態
１．過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法であって、微生物リゾチーム、または微生物リゾチームを含む組成物を投与することを含む方法。
１．過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法であって、微生物リゾチーム、または微生物リゾチームを含む組成物を投与することを含む方法。
２．リゾチームを含む組成物を、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与する、実施形態１に記載の方法。
３．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～２００ｍｇのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～１５０ｍｇ、２～１００ｍｇ、２～９０ｍｇ、２～８０ｍｇ、または１０～７０ｍｇのレベルで投与する、実施形態１または２に記載の方法。
４．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．０４～１１．０μｍｏｌのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～６．０μｍｏｌ、０．２～５．０μｍｏｌ、０．３～４．０μｍｏｌ、または０．４～３．０μｍｏｌのレベルで投与する、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
５．微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である、実施形態１～４のいずれか１つに記載の方法。
６．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、実施形態１～５のいずれか１つに記載の方法。
７．微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１～６のいずれか１つに記載の方法。
８．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。
９．微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。
１０．微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。
１１．微生物リゾチームは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの寛解を維持する、実施形態１～１０のいずれか１つに記載の方法。
１２．微生物リゾチームは、手術後再発を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１～１１のいずれか１つに記載の方法。
１３．微生物リゾチームは、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる、実施形態１～１２のいずれか１つに記載の方法。
１４．微生物リゾチームは、配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するポリペプチドであり、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドである、実施形態１３に記載の方法。
１５．微生物リゾチームは、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連するグルコース調節不全を改善する、実施形態１～１４のいずれか１つに記載の方法。
１６．微生物リゾチームは、配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するポリペプチドであり、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドである、実施形態１５に記載の方法。
１７．組成物は、ＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の方法。
１８．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、または少なくとも２０％増加する、実施形態１７に記載の方法。
１９．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する、実施形態１７に記載の方法。
２０．微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である、実施形態１～１９のいずれか１つに記載の方法。
２１．微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門から得られる、または入手可能である、実施形態１～１９のいずれか１つに記載の方法。
２２．微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
２３．微生物リゾチームは、ＧＨ２４由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
２４．微生物リゾチームは、ＧＨ２５由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
２５．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１～２４のいずれか１つに記載の方法。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１～２４のいずれか１つに記載の方法。
２６．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１～２４のいずれか１つに記載の方法。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１～２４のいずれか１つに記載の方法。
２７．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、配列番号４のアミノ酸１～２４５、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の方法。
２８．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の方法。
２９．ヒトの処置での使用のための実施形態１～２８のいずれか１つに記載の方法。
３０．組成物は液体製剤である、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の方法。
３１．組成物は固体製剤である、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の方法。
３２．組成物は、食品組成物もしくは医薬組成物、または医療デバイスである、実施形態１～３１のいずれか１つに記載の方法。
３３．組成物は食品組成物である、実施形態１～３２のいずれか１つに記載の方法。
３４．組成物は医薬組成物である、実施形態１～３２のいずれか１つに記載の方法。
３５．組成物は医療デバイスである、実施形態１～３２のいずれか１つに記載の方法。
３６．組成物は、散剤、錠剤、ロゼンジ剤、発泡錠剤、カプセル剤、乳剤、ペースト剤、個々のサシェ剤、チューインガムまたはオイルドロップの形態である、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の方法。
３７．組成物を、可能な限り経口投与または直腸投与により投与する、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の方法。
３８．消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合にラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対してリゾチーム活性を有する単離ＧＨ２５ポリペプチドを前記ヒトに与えることを含む方法。
３９．消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２４のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドを前記ヒトに与えることを含み、好ましくは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドを前記ヒトに与えることを含み、より好ましくは、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドを前記ヒトに与えることを含み、さらにより好ましくは、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドまたは配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドを前記ヒトに与えることを含む方法。
４０．消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドを前記ヒトに与えることを含む方法。
４１．消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドを前記ヒトに与えることを含む方法。
４２．消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させることを含む、ヒトの腸内健康を改善する方法であって、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドを前記ヒトに与えることを含む方法。
４３．ヒトの消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する方法であって、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合にラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対してリゾチーム活性を有する単離ＧＨ２５ポリペプチドを前記ヒトに与えることを含む方法。
４４．ヒトの消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する方法であって、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２４のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドの供給源を前記ヒトに与えることを含み、好ましくは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドの供給源を前記ヒトに与えることを含み、より好ましくは、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドの供給源を前記ヒトに与えることを含み、さらにより好ましくは、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドまたは配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドの供給源を前記ヒトに与えることを含む方法。
４５．ヒトの消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する方法であって、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドの供給源を前記ヒトに与えることを含む方法。
４６．ヒトの消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する方法であって、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドの供給源を前記ヒトに与えることを含む方法。
４７．ヒトの消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する方法であって、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチドの供給源を前記ヒトに与えることを含む方法。
４８．ポリペプチドは、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合に、４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定値を少なくとも０．２０増加させる、５ｐｐｍでのラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性を有する、実施形態３８～４７のいずれか１つに記載の方法。
４９．リゾチーム活性を有するポリペプチドは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態３８～４８のいずれか１つに記載の方法。
５０．リゾチーム活性を有するポリペプチドは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態３８～４８のいずれか１つに記載の方法。
５１．リゾチーム活性を有するポリペプチドは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態３８～４８のいずれか１つに記載の方法。
５２．リゾチーム活性を有するポリペプチドは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態３８～４８のいずれか１つに記載の方法。
５３．ＧＩ管のマイクロバイオーム中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる方法であって、患者に、微生物リゾチーム、または微生物リゾチームを含む組成物を投与することを含む方法。
５４．リゾチームを含む組成物を、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与する、実施形態５３に記載の方法。
５５．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～２００ｍｇのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～１５０ｍｇ、２～１００ｍｇ、２～９０ｍｇ、２～８０ｍｇ、または１０～７０ｍｇのレベルで投与する、実施形態５３または５４に記載の方法。
５６．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．０４～１１．０μｍｏｌのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～６．０μｍｏｌ、０．２～５．０μｍｏｌ、０．３～４．０μｍｏｌ、または０．４～３．０μｍｏｌのレベルで投与する、実施形態５３～５５のいずれか１つに記載の方法。
５７．微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である、実施形態５３～５６のいずれか１つに記載の方法。
５８．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、実施形態５３～５７のいずれか１つに記載の方法。
５９．微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態５３～５８のいずれか１つに記載の方法。
６０．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態５３～５８のいずれか１つに記載の方法。
６１．微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態５３～５８のいずれか１つに記載の方法。
６２．微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態５３～５８のいずれか１つに記載の方法。
６３．微生物リゾチームは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの寛解を維持する、実施形態５３～６２のいずれか１つに記載の方法。
６４．微生物リゾチームは、手術後再発を予防する、緩和する、または処置する、実施形態５３～６３のいずれか１つに記載の方法。
６５．微生物リゾチームは、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる、実施形態５３～６４のいずれか１つに記載の方法。
６６．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する、実施形態５３～６５のいずれか１つに記載の方法。
６７．微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である、実施形態５３～６６のいずれか１つに記載の方法。
６８．微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門から得られる、または入手可能である、実施形態５３～６６のいずれか１つに記載の方法。
６９．微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む、実施形態５３～６８のいずれか１つに記載の方法。
７０．微生物リゾチームは、ＧＨ２４由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態５３～６８のいずれか１つに記載の方法。
７１．微生物リゾチームは、ＧＨ２５由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態５３～６８のいずれか１つに記載の方法。
７２．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態５３～７１のいずれか１つに記載の方法。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態５３～７１のいずれか１つに記載の方法。
７３．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態５３～７１のいずれか１つに記載の方法。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態５３～７１のいずれか１つに記載の方法。
７４．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、配列番号４のアミノ酸１～２４５、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態５３～７２のいずれか１つに記載の方法。
７５．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態５３～７３のいずれか１つに記載の方法。
７６．ヒトの処置での使用のための実施形態５３～７５のいずれか１つに記載の方法。
７７．組成物は液体製剤である、実施形態５３～７６のいずれか１つに記載の方法。
７８．組成物は固体製剤である、実施形態５３～７６のいずれか１つに記載の方法。
７９．組成物は、食品組成物もしくは医薬組成物、または医療デバイスである、実施形態５３～７８のいずれか１つに記載の方法。
８０．組成物は食品組成物である、実施形態５３～７９のいずれか１つに記載の方法。
８１．組成物は医薬組成物である、実施形態５３～７９のいずれか１つに記載の方法。
８２．組成物は医療デバイスである、実施形態５３～７９のいずれか１つに記載の方法。
８３．組成物は、散剤、錠剤、ロゼンジ剤、発泡錠剤、カプセル剤、乳剤、ペースト剤、個々のサシェ剤、チューインガムまたはオイルドロップの形態である、実施形態５３～８２のいずれか１つに記載の方法。
８４．組成物を、可能な限り経口投与または直腸投与により投与する、実施形態５３～８３のいずれか１つに記載の方法。
８５．方法をクローン病および／または潰瘍性大腸炎の処置で使用する、実施形態１～８４のいずれか１つに記載の方法。
８６．過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防するための、緩和するためのまたは処置するための薬物の製造における、微生物リゾチーム、または微生物リゾチームを含む組成物の使用。
８７．リゾチームを含む組成物を、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与する、実施形態８６に記載の使用。
８８．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～２００ｍｇのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～１５０ｍｇ、２～１００ｍｇ、２～９０ｍｇ、２～８０ｍｇ、または１０～７０ｍｇのレベルで投与する、実施形態８６または８７に記載の使用。
８９．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．０４～１１．０μｍｏｌのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～６．０μｍｏｌ、０．２～５．０μｍｏｌ、０．３～４．０μｍｏｌ、または０．４～３．０μｍｏｌのレベルで投与する、実施形態８６～８８のいずれか１つに記載の使用。
９０．微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である、実施形態８６～８９のいずれか１つに記載の使用。
９１．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、実施形態８６～９０のいずれか１つに記載の使用。
９２．微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態８６～９１のいずれか１つに記載の使用。
９３．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態８６～９２のいずれか１つに記載の使用。
９４．微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態８６～９２のいずれか１つに記載の使用。
９５．微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態８６～９２のいずれか１つに記載の使用。
９６．微生物リゾチームは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの寛解を維持する、実施形態８６～９５のいずれか１つに記載の使用。
９７．微生物リゾチームは、手術後再発を予防する、緩和する、または処置する、実施形態８６～９６のいずれか１つに記載の使用。
９８．微生物リゾチームは、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる、実施形態８６～９７のいずれか１つに記載の使用。
９９．組成物は、ＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる、実施形態８６～９８のいずれか１つに記載の使用。
１００．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、または少なくとも２０％増加する、実施形態９９に記載の使用。
１０１．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する、実施形態９９に記載の使用。
１０２．微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である、実施形態８６～１０１のいずれか１つに記載の使用。
１０３．微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門から得られる、または入手可能である、実施形態８６～１０１のいずれか１つに記載の使用。
１０４．微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む、実施形態８６～１０３のいずれか１つに記載の使用。
１０５．微生物リゾチームは、ＧＨ２４由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態８６～１０３のいずれか１つに記載の使用。
１０６．微生物リゾチームは、ＧＨ２５由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態８６～１０３のいずれか１つに記載の使用。
１０７．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態８６～１０６のいずれか１つに記載の使用。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態８６～１０６のいずれか１つに記載の使用。
１０８．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態８６～１０６のいずれか１つに記載の使用。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態８６～１０６のいずれか１つに記載の使用。
１０９．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、配列番号４のアミノ酸１～２４５、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態８６～１０７のいずれか１つに記載の使用。
１１０．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態８６～１０８のいずれか１つに記載の使用。
１１１．ヒトの処置での使用のための実施形態８６～１１０のいずれか１つに記載の使用。
１１２．組成物は液体製剤である、実施形態８６～１１１のいずれか１つに記載の使用。
１１３．組成物は固体製剤である、実施形態８６～１１１のいずれか１つに記載の使用。
１１４．組成物は、食品組成物もしくは医薬組成物、または医療デバイスである、実施形態８６～１１３のいずれか１つに記載の使用。
１１５．組成物は食品組成物である、実施形態８６～１１４のいずれか１つに記載の使用。
１１６．組成物は医薬組成物である、実施形態８６～１１４のいずれか１つに記載の使用。
１１７．組成物は医療デバイスである、実施形態８６～１１４のいずれか１つに記載の使用。
１１８．組成物は、散剤、錠剤、ロゼンジ剤、発泡錠剤、カプセル剤、乳剤、ペースト剤、個々のサシェ剤、チューインガムまたはオイルドロップの形態である、実施形態８６～１１７のいずれか１つに記載の使用。
１１９．組成物を、可能な限り経口投与または直腸投与により投与する、実施形態８６～１１８のいずれか１つに記載の使用。
１２０．ＧＩ管のマイクロバイオーム中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させるための薬物の製造における、微生物リゾチーム、または微生物リゾチームを含む組成物の使用。
１２１．リゾチームを含む組成物を、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与する、実施形態１２０に記載の使用。
１２２．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～２００ｍｇのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～１５０ｍｇ、２～１００ｍｇ、２～９０ｍｇ、２～８０ｍｇ、または１０～７０ｍｇのレベルで投与する、実施形態１２０または１２１に記載の使用。
１２３．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．０４～１１．０μｍｏｌのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～６．０μｍｏｌ、０．２～５．０μｍｏｌ、０．３～４．０μｍｏｌ、または０．４～３．０μｍｏｌのレベルで投与する、実施形態１２０～１２２のいずれか１つに記載の使用。
１２４．微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である、実施形態１２０～１２３のいずれか１つに記載の使用。
１２５．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、実施形態１２０～１２４のいずれか１つに記載の使用。
１２６．微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１２０～１２５のいずれか１つに記載の使用。
１２７．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１２０～１２６のいずれか１つに記載の使用。
１２８．微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１２０～１２６いずれか１つに記載の使用。
１２９．微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１２０～１２６のいずれか１つに記載の使用。
１３０．微生物リゾチームは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの寛解を維持する、実施形態１２０～１２９のいずれか１つに記載の使用。
１３１．微生物リゾチームは、手術後再発を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１２０～１３０のいずれか１つに記載の使用。
１３２．微生物リゾチームは、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる、実施形態１２０～１３１のいずれか１つに記載の使用。
１３３．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、または少なくとも２０％増加する、実施形態１２０～１３２のいずれか１つに記載の使用。
１３４．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する、実施形態１２０～１３２のいずれか１つに記載の使用。
１３５．微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である、実施形態１２０～１３４のいずれか１つに記載の使用。
１３６．微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門から得られる、または入手可能である、実施形態１２０～１３５のいずれか１つに記載の使用。
１３７．微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む、実施形態１２０～１３６のいずれか１つに記載の使用。
１３８．微生物リゾチームは、ＧＨ２４由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１２０～１３６のいずれか１つに記載の使用。
１３９．微生物リゾチームは、ＧＨ２５由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１２０～１３６のいずれか１つに記載の使用。
１４０．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１２０～１３９のいずれか１つに記載の使用。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１２０～１３９のいずれか１つに記載の使用。
１４１．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１２０～１３９のいずれか１つに記載の使用。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１２０～１３９のいずれか１つに記載の使用。
１４２．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、配列番号４のアミノ酸１～２４５、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１２０～１４０のいずれか１つに記載の使用。
１４３．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１２０～１４１のいずれか１つに記載の使用。
１４４．ヒトの処置での使用のための実施形態１２０～１４３のいずれか１つに記載の使用。
１４５．組成物は液体製剤である、実施形態１２０～１４４のいずれか１つに記載の使用。
１４６．組成物は固体製剤である、実施形態１２０～１４４のいずれか１つに記載の使用。
１４７．組成物は、食品組成物もしくは医薬組成物、または医療デバイスである、実施形態１２０～１４６のいずれか１つに記載の使用。
１４８．組成物は食品組成物である、実施形態１２０～１４７のいずれか１つに記載の使用。
１４９．組成物は医薬組成物である、実施形態１２０～１４７のいずれか１つに記載の使用。
１５０．組成物は医療デバイスである、実施形態１２０～１４７のいずれか１つに記載の使用。
１５１．組成物は、散剤、錠剤、ロゼンジ剤、発泡錠剤、カプセル剤、乳剤、ペースト剤、個々のサシェ剤、チューインガムまたはオイルドロップの形態である、実施形態１２０～１５０のいずれか１つに記載の使用。
１５２．組成物を、可能な限り経口投与または直腸投与により投与する、実施形態１２０～１５１のいずれか１つに記載の使用。
１５３．使用をクローン病および／または潰瘍性大腸炎の処置で使用する、実施形態８６～１５２のいずれか１つに記載の使用。
１５４．過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防するための、緩和するためのまたは処置するための方法での使用のための、微生物リゾチーム、または微生物リゾチームを含む組成物。
１５５．リゾチームを含む組成物を、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与する、実施形態１５４に記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１５６．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～２００ｍｇのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～１５０ｍｇ、２～１００ｍｇ、２～９０ｍｇ、２～８０ｍｇ、または１０～７０ｍｇのレベルで投与する、実施形態１５４または１５５に記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１５７．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．０４～１１．０μｍｏｌのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～６．０μｍｏｌ、０．２～５．０μｍｏｌ、０．３～４．０μｍｏｌ、または０．４～３．０μｍｏｌのレベルで投与する、実施形態１５４～１５６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１５８．微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である、実施形態１５４～１５７のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１５９．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、実施形態１５４～１５８のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６０．微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１５４～１５９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６１．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１５４～１６０のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６２．微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１５４～１６０のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６３．微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１５４～１６０のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６４．微生物リゾチームは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの寛解を維持する、実施形態１５４～１６３のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６５．微生物リゾチームは、手術後再発を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１５４～１６４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６６．微生物リゾチームは、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる、実施形態１５４～１６５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６７．組成物は、ＧＩ管の微生物叢中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる、実施形態１５４～１６６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６８．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、または少なくとも２０％増加する、実施形態１６７に記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１６９．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する、実施形態１６７に記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７０．微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である、実施形態１５４～１６９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７１．微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門から得られる、または入手可能である、実施形態１５４～１６９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７２．微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む、実施形態１５４～１７１のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７３．微生物リゾチームは、ＧＨ２４由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１５４～１７２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７４．微生物リゾチームは、ＧＨ２５由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１５４～１７２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７５．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１５４～１７４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１５４～１７４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７６．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１５４～１７４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１５４～１７４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７７．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、配列番号４のアミノ酸１～２４５、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１５４～１７５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７８．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１５４～１７６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１７９．ヒトの処置での使用のための実施形態１５４～１７８のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８０．組成物は液体製剤である、実施形態１５４～１７９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８１．組成物は固体製剤である、実施形態１５４～１７９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８２．組成物は、食品組成物もしくは医薬組成物、または医療デバイスである、実施形態１５４～１８１のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８３．組成物は食品組成物である、実施形態１５４～１８２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８４．組成物は医薬組成物である、実施形態１５４～１８２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８５．組成物は医療デバイスである、実施形態１５４～１８２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８６．組成物は、散剤、錠剤、ロゼンジ剤、発泡錠剤、カプセル剤、乳剤、ペースト剤、個々のサシェ剤、チューインガムまたはオイルドロップの形態である、実施形態１５４～１８５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８７．組成物を、可能な限り経口投与または直腸投与により投与する、実施形態１５４～１８６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１８８．ＧＩ管のマイクロバイオーム中におけるフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合を増加させる方法での使用のための微生物リゾチーム、または微生物リゾチームを含む組成物。
１８９．リゾチームを含む組成物を、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与する、実施形態１８８に記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９０．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～２００ｍｇのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質１～１５０ｍｇ、２～１００ｍｇ、２～９０ｍｇ、２～８０ｍｇ、または１０～７０ｍｇのレベルで投与する、実施形態１８８または１８９に記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９１．リゾチームを含む組成物を、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．０４～１１．０μｍｏｌのレベルで投与し、例えば、体重１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～６．０μｍｏｌ、０．２～５．０μｍｏｌ、０．３～４．０μｍｏｌ、または０．４～３．０μｍｏｌのレベルで投与する、実施形態１８８～１９０のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９２．微生物リゾチームは、真菌（Ｆｕｎｇｉ）界から得られる、または入手可能である、実施形態１８８～１９１のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９３．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、実施形態１８８～１９２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９４．微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１８８～１９３のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９５．微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１８８～１９４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９６．微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１８８～１９４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９７．微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１８８～１９４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９８．微生物リゾチームは、ＩＢＳおよび／またはＩＢＤの寛解を維持する、実施形態１８８～１９７のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
１９９．微生物リゾチームは、手術後再発を予防する、緩和する、または処置する、実施形態１８８～１９８のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２００．微生物リゾチームは、例えば食事誘発性肥満等の肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる、実施形態１８８～１９９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０１．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１％増加し、例えば、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、または少なくとも２０％増加する、実施形態１８８～２００のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０２．フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌の割合は少なくとも１．２５倍増加し、例えば、少なくとも１．５０倍、少なくとも１．７５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、または少なくとも３．０倍増加する、実施形態１８８～２００のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０３．微生物リゾチームは、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門から得られる、または入手可能である、実施形態１８８～２０２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０４．微生物リゾチームは、チャワンタケ（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門から得られる、または入手可能である、実施形態１８８～２０３のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０５．微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む、実施形態１８８～２０４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０６．微生物リゾチームは、ＧＨ２４由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１８８～２０５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０７．微生物リゾチームは、ＧＨ２５由来の１個または複数個のドメインを含む、実施形態１８８～２０５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０８．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１８８～２０７のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号４に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１８８～２０７のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２０９．微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１８８～２０７のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、例えば、配列番号１５に対して少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号１５のバリアントであって、バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
ならびに
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含み、例えば、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、実施形態１８８～２０７のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１０．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、配列番号４のアミノ酸１～２４５、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１８８～２０８のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１１．微生物リゾチームは、配列番号１のアミノ酸１～２０８、および配列番号１５のアミノ酸１～２０７からなる群から選択される、実施形態１８８～２０９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１２．ヒトの処置での使用のための実施形態１８８～２１１のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１３．組成物は液体製剤である、実施形態１８８～２１２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１４．組成物は固体製剤である、実施形態１８８～２１２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１５．組成物は、食品組成物もしくは医薬組成物、または医療デバイスである、実施形態１８８～２１４のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１６．組成物は食品組成物および／または栄養補助剤である、実施形態１８８～２１５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１７．組成物は医薬組成物である、実施形態１８８～２１５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１８．組成物は医療デバイスである、実施形態１８８～２１５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２１９．組成物は、散剤、錠剤、ロゼンジ剤、発泡錠剤、カプセル剤、乳剤、ペースト剤、個々のサシェ剤、チューインガムまたはオイルドロップの形態である、実施形態１８８～２１８のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２２０．組成物を、可能な限り経口投与または直腸投与により投与する、実施形態１８８～２１９のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２２１．微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物を、クローン病および／または潰瘍性大腸炎の処置で使用する、実施形態１５４～２２０のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２２２．微生物リゾチームは、消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させる、実施形態１～１５３のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２３．微生物リゾチームは、ヒトの消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する、実施形態１～１５３のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２４．微生物リゾチームは、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合にラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対してリゾチーム活性を有する、実施形態１～１５３、２２２または２２３のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２５．微生物リゾチームは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２４のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択され、好ましくは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択され、より好ましくは、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択され、さらにより好ましくは、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドまたは配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドである、実施形態２２２～２２４のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２６．微生物リゾチームは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択される、実施形態２２２～２２４のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２７．微生物リゾチームは、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択される、実施形態２２２～２２４のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２８．微生物リゾチームは、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択される、実施形態２２２～２２４のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２９．微生物リゾチームは、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合に、４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定値を少なくとも０．２０増加させる、５ｐｐｍでのラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性を有する、実施形態２２２～２２８のいずれか１つに記載の方法または使用。
２３０．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態２２２～２２９のいずれか１つに記載の方法または使用。
２３１．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態２２２～２３０のいずれか１つに記載の方法または使用。
２３２．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態２２２～２３０のいずれか１つに記載の方法または使用。
２３３．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態２２２～２３０のいずれか１つに記載の方法または使用。
２３４．微生物リゾチームは、消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させる、実施形態１５４～２２１のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２３５．微生物リゾチームは、ヒトの消化管からの、死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する、実施形態１５４～２２１のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２３６．微生物リゾチームは、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合にラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対してリゾチーム活性を有する、実施形態１５４～２２１、２３４または２３５のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２３７．微生物リゾチームは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２４のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択され、好ましくは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択され、より好ましくは、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択され、さらにより好ましくは、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドまたは配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドである、実施形態２３４～２３６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２３８．微生物リゾチームは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択される、実施形態２３４～２３６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２３９．微生物リゾチームは、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択される、実施形態２３４～２３６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２４０．微生物リゾチームは、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドからなる群から選択される、実施形態２３４～２３６のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２４１．微生物リゾチームは、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合に、４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定値を少なくとも０．２０増加させる、５ｐｐｍでのラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性を有する、実施形態２３４～２４０のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２４２．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、実施形態２３４～２４１のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２４３．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態２３４～２４２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２４４．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、上位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態２３４～２４２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
２４５．リゾチーム活性を有する微生物リゾチームは、下位ＧＩ管中の炎症を予防する、緩和する、および処置する、実施形態２３４～２４２のいずれか１つに記載の微生物リゾチーム、またはそれを含む組成物。
株
トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ＣＢＳ８０４．７０を、Ｃｅｎｔｒａａｌｂｕｒｅａｕ ｖｏｏｒ Ｓｃｈｉｍｍｅｌｃｕｌｔｕｒｅｓ（Ｕｔｒｅｃｈｔ，ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）から購入した。Ｃｅｎｔｒａｌ Ｂｕｒｅａｕ ｖｏｒ Ｓｃｈｎｉｍｍｅｌｋｕｌｔｕｒｅによると、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ＣＢＳ８０４．７０は、１９６８年５月に英国Ｓｔａｆｆｏｒｄｓｈｉｒｅの石炭廃さいの頂上土壌から単離された。
トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ＣＢＳ８０４．７０を、Ｃｅｎｔｒａａｌｂｕｒｅａｕ ｖｏｏｒ Ｓｃｈｉｍｍｅｌｃｕｌｔｕｒｅｓ（Ｕｔｒｅｃｈｔ，ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）から購入した。Ｃｅｎｔｒａｌ Ｂｕｒｅａｕ ｖｏｒ Ｓｃｈｎｉｍｍｅｌｋｕｌｔｕｒｅによると、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ＣＢＳ８０４．７０は、１９６８年５月に英国Ｓｔａｆｆｏｒｄｓｈｉｒｅの石炭廃さいの頂上土壌から単離された。
Ｃｅｎｔｒａｌ Ｂｕｒｅａｕ ｖｏｒ Ｓｃｈｎｉｍｍｅｌｋｕｌｔｕｒｅによると、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２は、日本の津久井湖（Ｔｓｕｋｕｉ Ｌａｋｅ）付近のブタ糞便堆肥のスラッジから１９８４年にＡ．Ｙｏｎｅｄａにより単離された。
培地および溶液
ＹＰ＋２％グルコース培地は、１％酵母抽出物、２％ペプトン、および２％グルコースで構成された。
ＹＰ＋２％グルコース培地は、１％酵母抽出物、２％ペプトン、および２％グルコースで構成された。
ＹＰ＋２％マルトデキストリン培地は、１％酵母抽出物、２％ペプトン、および２％マルトデキストリンで構成された。
ＰＤＡ寒天プレートはジャガイモ浸出液で構成され、ジャガイモ浸出を、３０分にわたり水中において、スライスされた（洗浄されたが皮はむかれていない）ジャガイモ３００ｇを沸騰させ、次いでこのブロスをデカントしてチーズクロスに通して濾すことにより行なった。次いで、この懸濁液の全量が１リットルになるまで蒸留水を添加し、続いてデキストロース２０ｇおよび寒天粉末２０ｇを添加した。この培地を、１５分にわたり１５ｐｓｉでオートクレーブ処理することにより滅菌した（Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ，８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｒｅｖｉｓｉｏｎ Ａ，１９９８）。
ＬＢプレートは、バクトトリプトン１０ｇ、酵母抽出物５ｇ、塩化ナトリウム１０ｇ、バクト寒天１５ｇ、および１リットルまで脱イオン水で構成された。
ＬＢ培地は、バクトトリプトン１０ｇ、酵母抽出物５ｇ、塩化ナトリウム１０ｇ、および１リットルまで脱イオン水で構成された。
ＣＯＶＥスクロースプレートは、スクロース３４２ｇ、寒天粉末２０ｇ、ＣＯＶＥ塩溶液２０ｍｌ、および１リットルまで脱イオン水で構成された。この培地を、１５分にわたり１５ｐｓｉでオートクレーブ処理することにより滅菌した（Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ，８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｒｅｖｉｓｉｏｎ Ａ，１９９８）。この培地を６０℃まで冷却し、１０ｍＭアセトアミド、１５ｍＭ ＣｓＣｌ、ＴＲＩＴＯＮ（登録商標）Ｘ－１００（５０μｌ／５００ｍｌ）を添加した。
ＣＯＶＥ塩溶液は、ＭｇＳＯ４・７Ｈ２Ｏ ２６ｇ、ＫＣＬ ２６ｇ、ＫＨ２ＰＯ４ ２６ｇ、ＣＯＶＥ微量金属溶液５０ｍｌ、および１リットルまで脱イオン水で構成された。
ＣＯＶＥ微量金属溶液は、Ｎａ２Ｂ４Ｏ７・１０Ｈ２Ｏ ０．０４ｇ、ＣｕＳＯ４・５Ｈ２Ｏ ０．４ｇ、ＦｅＳＯ４・７Ｈ２Ｏ １．２ｇ、ＭｎＳＯ４・Ｈ２Ｏ ０．７ｇ、Ｎａ２ＭｏＯ４・２Ｈ２Ｏ ０．８ｇ、ＺｎＳＯ４・７Ｈ２Ｏ １０ｇ、および１リットルまで脱イオン水で構成された。
実施例１：アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２由来のＧＨ２５リゾチームのクローニング、発現、および精製
国際公開第２０１３／０７６２５３号パンフレットの実施例２で説明されているように、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２（配列番号１）からＧＨ２５リゾチームをクローニングして発現させ、実施例５で説明されているように精製した。
国際公開第２０１３／０７６２５３号パンフレットの実施例２で説明されているように、アクレモニウム・アルカロフィルム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）ＣＢＳ１１４．９２（配列番号１）からＧＨ２５リゾチームをクローニングして発現させ、実施例５で説明されているように精製した。
実施例２：トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）由来のＧＨ２４リゾチームの発現
この真菌株を、２０℃で５日にわたり、１０００ｍｌのＥｒｌｅｎｍｅｙｅｒ振とうフラスコ中において、ＹＰ＋２％グルコース培地１００ｍｌ中で培養した。ＭＩＲＡＣＬＯＴＨ（登録商標）（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ，ＵＳＡ）で裏打ちされたＢｕｃｈｎｅｒ吸引漏斗に通した、この培地のろ過により、このフラスコから菌糸を回収した。菌糸を液体窒素で凍結させ、さらなる使用まで－８０℃で貯蔵した。製造業者の指示に従って、ＤＮＥＡＳＹ（登録商標）Ｐｌａｎｔ Ｍａｘｉ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ ＧＭＢＨ，Ｈｉｌｄｅｎ Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用してゲノムＤＮＡを単離した。
この真菌株を、２０℃で５日にわたり、１０００ｍｌのＥｒｌｅｎｍｅｙｅｒ振とうフラスコ中において、ＹＰ＋２％グルコース培地１００ｍｌ中で培養した。ＭＩＲＡＣＬＯＴＨ（登録商標）（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ，ＵＳＡ）で裏打ちされたＢｕｃｈｎｅｒ吸引漏斗に通した、この培地のろ過により、このフラスコから菌糸を回収した。菌糸を液体窒素で凍結させ、さらなる使用まで－８０℃で貯蔵した。製造業者の指示に従って、ＤＮＥＡＳＹ（登録商標）Ｐｌａｎｔ Ｍａｘｉ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ ＧＭＢＨ，Ｈｉｌｄｅｎ Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用してゲノムＤＮＡを単離した。
ゲノム配列情報を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｙＳｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）により作成した。製造業者の指示に従い、単離されたトリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ゲノムＤＮＡ ５μｇを使用して、ライブラリを調製して分析した。２００～５００ｂｐのライブラリインサートサイズと共に１００ｂｐの対末端戦略（ｐａｉｒｅｄ ｅｎｄ ｓｔｒａｔｅｇｙ）を用いた。ＨｉＳｅｑランの半分を合計９５，７４４，２９８に使用し、１００ｂｐの生読み取りデータを得た。その後、この読み取りデータを２５％に分画し、続いてトリミングした（１０以上のＰｈｒｅｄスコアを有する最長の部分配列を抽出する）。これらの読み取りデータを、Ｉｄｂａバージョン０．１９を使用して組み立てた。４００ｂｐよりも短いコンティグを廃棄し、１０，０３５のＮ－５０で８，９５４，７９１，０３０ｂｐを得た。遺伝子を、ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍ ＥＳバージョン２．３ｃを使用して呼び出し、触媒ドメインの同定を、Ｐｆａｍにより提供される「Ｐｈａｇｅ ｌｙｓｏｚｙｍｅ ＰＦ００９５９」Ｈｉｄｄｅｎ Ｍａｒｋｏｖ Ｍｏｄｅｌを使用して行なった。全コード領域のポリペプチドコード配列を、下記で説明するプライマーＦ－８０４７０およびＲ－８０４７０（それぞれ配列番号６および配列番号７）を使用するＰＣＲにより、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ＣＢＳ８０４．７０ゲノムＤＮＡからクローニングした。
太字は、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）酵素コード領域を表す。制限部位に下線を引いている。この制限部位の左側の配列はｐＤａｕ１０９の挿入部位と相同である（国際公開第２００５／０４２７３５号パンフレット）。
実験には、Ｅｘｔｅｎｓｏｒ ＨＩＦＩ ＰＣＲミックス，２倍濃度（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃカタログ番号ＡＢ－０７９５）を使用した。
増幅反応（２５μｌ）を、下記の最終濃度と共に製造業者の指示（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃカタログ番号ＡＢ－０７９５）に従って実施した：
ＰＣＲ混合物：
０．５μＭ プライマーＦ－８０４７０
０．５μＭ プライマーＲ－８０４７０
１２．５μｌ Ｅｘｔｅｎｓｏｒ ＨＩＦＩ ＰＣＲミックス，２倍濃度
１１．０μｌ Ｈ２Ｏ
トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ＣＢＳ８０４．７０ゲノムＤＮＡ １０ｎｇ。
ＰＣＲ混合物：
０．５μＭ プライマーＦ－８０４７０
０．５μＭ プライマーＲ－８０４７０
１２．５μｌ Ｅｘｔｅｎｓｏｒ ＨＩＦＩ ＰＣＲミックス，２倍濃度
１１．０μｌ Ｈ２Ｏ
トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）ＣＢＳ８０４．７０ゲノムＤＮＡ １０ｎｇ。
ＰＣＲ反応物を、下記のようにプログラムされたＤＹＡＤ（登録商標）Ｄｕａｌ－Ｂｌｏｃｋ Ｔｈｅｒｍａｌ Ｃｙｃｌｅｒ（ＢｉｏＲａｄ，ＵＳＡ）中でインキュベートした：３０秒にわたる９４℃で１サイクル、それぞれ３０秒にわたる９４℃、３０秒にわたる５２℃および６０秒にわたる６８℃で３０サイクル、続いて６分にわたる６８℃で１サイクル。試料を、取り出してさらに処理する前に１０℃まで冷却した。
このＰＣＲ反応物３μｌを、４０ｍＭ トリス塩基、２０ｍＭ 酢酸ナトリウム、１ｍＭ ＥＤＴＡ二ナトリウム（ＴＡＥ）緩衝液を使用する１％アガロースゲル電気泳動で分析した。約９４６ｂｐの主要バンドを観察した。残りのＰＣＲ反応物を、製造業者の指示に従って、ＩＬＬＵＳＴＲＡ（商標）ＧＦＸ（商標）ＰＣＲ ＤＮＡ ａｎｄ Ｇｅｌ Ｂａｎｄ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ，ＵＳＡ）で直接精製した。
プラスミドｐＤａｕ１０９ ２μｇをＢａｍ ＨＩおよびＨｉｎｄ ＩＩＩで消化し、この消化されたプラスミドを、５０ｍＭ トリス塩基－５０ｍＭ ホウ酸－１ｍＭ ＥＤＴＡ二ナトリウム（ＴＢＥ）緩衝液を使用して１％アガロースゲル上で泳動させて、この制限プラスミドからスタッファー断片を除去した。ＳＹＢＲ（登録商標）Ｓａｆｅ ＤＮＡゲル染色剤（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹ，ＵＳＡ）の添加、および４７０ｎｍ波長トランスイルミネーターの使用により、バンドを可視化した。この制限プラスミドに対応するバンドを切り取り、ＩＬＬＵＳＴＲＡ（商標）ＧＦＸ（商標）ＰＣＲ ＤＮＡ ａｎｄ Ｇｅｌ Ｂａｎｄ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔを使用して精製した。このプラスミドを１０ｍＭ トリスｐＨ８．０に溶出させ、このプラスミドの濃度を、１μｌ当たり２０ｎｇに調整した。ＩＮ－ＦＵＳＩＯＮ（登録商標）ＰＣＲ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｋｉｔ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して、９８３ｂｐのＰＣＲ断片を、Ｂａｍ ＨＩおよびＨｉｎｄ ＩＩＩで消化されたｐＤａｕ１０９（２０ｎｇ）にクローニングした。ＩＮ－ＦＵＳＩＯＮ（登録商標）総反応物体積は１０μｌであった。ＩＮ－ＦＵＳＩＯＮ（登録商標）総反応物体積は１０μｌであった。ＩＮ－ＦＵＳＩＯＮ（登録商標）反応物で、製造業者のプロトコルに従って、ＦＵＳＩＯＮ－ＢＬＵＥ（商標）大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ，ＵＳＡ）を形質転換させ、１ｍｌ当たりアンピシリン５０μｇを補充したＬＢ寒天プレート上に蒔いた。３７℃での一晩のインキュベーション後、１ｍｌ当たりアンピシリン５０μｇを補充したＬＢプレートによる選択下で、形質転換コロニーが増殖するのを観察した。
下記で説明するｐＤａｕ１０９ベクタープライマーを使用するコロニーＰＣＲによる分析のために、いくつかのコロニーを選択した。４つのコロニーを、黄色接種ピン（Ｎｕｎｃ Ａ／Ｓ，Ｄｅｎｍａｒｋ）により、１ｍｌ当たりアンピシリン５０μｇを補充したＬＢプレートから、１ｍｌ当たりアンピシリン５０μｇを補充した新規のＬＢプレートに移し、３７℃で一晩インキュベートした。
プライマー８６５３：５’－ＧＣＡＡＧＧＧＡＴＧＣＣＡＴＧＣＴＴＧＧ－３’（配列番号８）
プライマー８６５４：５’－ＣＡＴＡＴＡＡＣＣＡＡＴＴＧＣＣＣＴＣ－３’（配列番号９）
プライマー８６５３：５’－ＧＣＡＡＧＧＧＡＴＧＣＣＡＴＧＣＴＴＧＧ－３’（配列番号８）
プライマー８６５４：５’－ＣＡＴＡＴＡＡＣＣＡＡＴＴＧＣＣＣＴＣ－３’（配列番号９）
３つのコロニーそれぞれを、２×Ｅｘｔｅｎｓｏｒ ＨＩＦＩ ＰＣＲミックス（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ，ＵＳＡ）５μｌ、プライマー８６５３（１０ｐｍ／μｌ）０．５μｌ、プライマー８６５４（１０ｐｍ／μｌ）０．５μｌ、および脱イオン水４μｌが入った、２００μｌのＰＣＲチューブに直接移した。各コロニーＰＣＲを、下記のようにプログラムされたＤＹＡＤ（登録商標）Ｄｕａｌ－Ｂｌｏｃｋ Ｔｈｅｒｍａｌ Ｃｙｃｌｅｒ中でインキュベートした：６０秒にわたる９４℃で１サイクル、それぞれ３０秒にわたる９５℃、４５秒にわたる６０℃、６０秒にわたる７２℃で３０サイクル、１０分にわたる６８℃、および１０分にわたる１０℃。
完了した各ＰＣＲ反応物３μｌを、ＴＡＥ緩衝液を使用して１％アガロースゲル電気泳動にかけた。４種全ての大腸菌（Ｅ，ｃｏｌｉ）形質転換体は、約９８０ｂｐのＰＣＲバンドを示した。ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎｉｐｒｅｐ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ ＧＭＢＨ，Ｈｉｌｄｅｎ Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、４つのコロニーのそれぞれからプラスミドＤＮＡを単離した。得られたプラスミドＤＮＡを、バージョン３．１ ＢＩＧ－ＤＹＥ（商標）ターミネーターケミストリを使用するＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｍｏｄｅｌ ３７３０ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ ＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して、プライマー８６５３および８６５４（配列番号ＮＯ：８および配列番号９）で配列決定した。ｐＫＫＳＣ０３１２－２と命名した１種のプラスミドを、アスペルギルス・オリゼー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ）ＭＴ３５６８を形質転換させるために選択した。Ａ．オリゼー（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）ＭＴ３５６８は、アスペルギルス・オリゼー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ）ＪａＬ３５５のａｍｄＳ（アセトアミダーゼ）破壊遺伝子誘導体であり（国際公開第２００２／４０６９４号パンフレット）、この誘導体では、Ａ．オリゼー（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）ａｍｄＳ遺伝子を不活性化させることによりｐｙｒＧ栄養要求性が回復した。Ａ．オリゼー（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）ＭＴ３５６８のプロトプラストを、欧州特許第０２３８０２３号明細書第１４～１５頁で説明されている方法に従って調製した。
ｐＫＫＳＣ０３１２－２を含む大腸菌（Ｅ，ｃｏｌｉ）３７０１を、製造業者（Ｇｅｎｏｍｅｄ）の指示に従って一晩増殖させ、製造業者の指示に従ってＰｌａｓｍｉｄ Ｍｉｄｉ Ｋｉｔ（Ｇｅｎｏｍｅｄ ＪＥＴｑｕｉｃｋキット、カタログ番号４００２５０、ＧＥＮＯＭＥＤ ＧｍｂＨ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、ｐＫＫＳＣ０３１２－２のプラスミドＤＮＡを単離した。精製したプラスミドＤＮＡで、アスペルギルス・オリゼー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ）ＭＴ３５６８を形質転換させた。Ａ．オリゼー（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）ＭＴ３５６８プロトプラストを、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１４１９－１４２２の方法に従って調製した。選択プレートは、＋１０ｍＭ アセトアミド＋１５ｍＭ ＣｓＣｌ＋ＴＲＩＴＯＮ（登録商標）Ｘ－１００（５０μｌ／５００ｍｌ）を含むＣＯＶＥスクロースからなる。このプレートを３７℃でインキュベートした。簡単に説明すると、ＤＮＡ ３ｕｇｓを表すプラスミドＤＮＡ ８μｌをＭＴ３５６８プロトプラスト１００μｌに添加した。６０％ＰＥＧ溶液２５０μｌを添加し、チューブを穏やかに混合し、３０分にわたり３７°でインキュベートした。この混合物を、予め融解させたＣｏｖｅトップアガロース（このトップアガロースを融解させ、次いで、プロトプラスト混合物に添加する前に温水浴中で温度を４０℃に平衡化した）１０ｍｌに添加した。次いで、組み合わせた混合物を、１０ｍＭ アセトアミドが入った２枚のＣｏｖｅ－スクロース選択ペトリ皿上に蒔いた。このプレートを、４日にわたり３７℃でインキュベートした。炭素源として選択アセトアミドを使用するプレート上での増殖により、単一のアスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）形質転換コロニーを同定した。４種のＡ．オリゼー（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）形質転換体それぞれを、９６ウェルディーププレート中において、２％グルコースを補充したＹＰ培地７５０μｌ、および２％マルトデキストリン７５０μｌ、およびＤＡＰ４Ｃに接種し、４日にわたり３７℃静止でインキュベートした。同時に、４種の形質転換体を、ＣＯＶＥ－２スクロース寒天培地上で再画線した。
次いで、アスペルギルス・オリゼー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ）形質転換体からの培養ブロスを、製造業者の推奨に従って、ＮＵＰＡＧＥ（登録商標）１０％ Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓ ＳＤＳゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用するＳＤＳ－ＰＡＧＥにより、ＧＨ２４ポリペプチドの産生に関して分析した。アスペルギルス・オリゼー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ）形質転換体のそれぞれに関して、約２７ｋＤａでタンパク質バンドを観察した。１種のＡ．オリゼー（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）形質転換体を、８５ｒｐｍで撹拌しつつ、４日にわたり２６℃で、ＤＡＰ４Ｃ培地１００ｍｌが入った１０００ｍｌのＥｒｌｅｎｍｅｙｅｒ振とうフラスコ中で培養した。
実施例３：トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）由来のＧＨ２４リゾチームの精製
実施例３からのＧＨリゾチームを含む発酵上清を、カットオフが０．２２μｍであるＦａｓｔ ＰＥＳ Ｂｏｔｔｌｅトップフィルタに通してろ過した。得られた溶液を、５ｍＭ酢酸Ｎａ、ｐＨ４．５で透析ろ過し、１０ｋＤａのカットオフ膜を備えたＵｌｔｒａ Ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ Ｕｎｉｔ（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ）で濃縮した（１０分の１に減量した）。
実施例３からのＧＨリゾチームを含む発酵上清を、カットオフが０．２２μｍであるＦａｓｔ ＰＥＳ Ｂｏｔｔｌｅトップフィルタに通してろ過した。得られた溶液を、５ｍＭ酢酸Ｎａ、ｐＨ４．５で透析ろ過し、１０ｋＤａのカットオフ膜を備えたＵｌｔｒａ Ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ Ｕｎｉｔ（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ）で濃縮した（１０分の１に減量した）。
前処理後、リゾチーム含有溶液約２７５ｍＬを、１０カラム容量を超える緩衝液Ａ（５０ｍＭ 酢酸Ｎａ ｐＨ４．５）および緩衝液Ｂ（５０ｍＭ 酢酸Ｎａ＋１Ｍ ＮａＣｌ ｐＨ４．５）の０から１００％勾配で結合リゾチームを溶出させるＸＫ２６カラム中のＳＰ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ（約６０ｍＬ）によるクロマトグラフィーで精製した。このカラムからの画分を、クロマトグラム（２８０ｎｍおよび２５４ｎｍでの吸収）ならびにＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析に基づいてプールした。
ＳＤＳ－ＰＡＧＥから推定される分子量は約２７ｋＤａであり、純度は＞９０％であった。
実施例４：トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）由来のＧＨ２４リゾチームの他の特性
決定されたＮ末端配列は、ＹＰＶＫＴＤＬであった。
決定されたＮ末端配列は、ＹＰＶＫＴＤＬであった。
この成熟配列から算出される分子量は、２６２０５．５Ｄａ（Ｍ＋Ｈ）＋である。
インタクトな分子量分析により決定される分子量は、２６２０５．３Ｄａ（Ｍ＋Ｈ）＋であった。
この成熟配列（ＥＤＭＡＮ Ｎ末端配列決定データ、インタクトな分子量分析、およびププロテオーム分析から）：
実施例５：リゾチーム活性の決定
５４０ｎｍにて分光光度計で測定した、再懸濁させたマイクロコッカス・リゾデイクティカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）ＡＴＴＣ Ｎｏ．４６９８（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｍ３７７０）またはエクシグオバクテリウム・ウンダエ（Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｎｄａｅ）（ＤＳＭ１４４８１）の溶液の吸光度／光学密度の減少（低下）を測定することにより、リゾチーム活性を決定した。
５４０ｎｍにて分光光度計で測定した、再懸濁させたマイクロコッカス・リゾデイクティカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）ＡＴＴＣ Ｎｏ．４６９８（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｍ３７７０）またはエクシグオバクテリウム・ウンダエ（Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｎｄａｅ）（ＤＳＭ１４４８１）の溶液の吸光度／光学密度の減少（低下）を測定することにより、リゾチーム活性を決定した。
マイクロコッカス・リゾデイクティカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）基質の調製
使用前に、細胞を、クエン酸－リン酸緩衝液ｐＨ６．５に細胞０．５ｍｇ／ｍＬの濃度まで再懸濁させ、５４０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）を測定した。次いで、この細胞懸濁液を、細胞濃度がＯＤ５４０＝１．０と等しくなるように調整した。調整した細胞懸濁液を、使用前に低温貯蔵した。再懸濁細胞を４時間以内に使用した。
使用前に、細胞を、クエン酸－リン酸緩衝液ｐＨ６．５に細胞０．５ｍｇ／ｍＬの濃度まで再懸濁させ、５４０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）を測定した。次いで、この細胞懸濁液を、細胞濃度がＯＤ５４０＝１．０と等しくなるように調整した。調整した細胞懸濁液を、使用前に低温貯蔵した。再懸濁細胞を４時間以内に使用した。
エクシグオバクテリウム・ウンダエ（Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｎｄａｅ）基質の乾燥細胞の調製
Ｅ．ウンデア（Ｅ．ｕｎｄａｅ）（ＤＳＭ１４４８１）の培養物を、３０℃、２５０ｒｐｍで一晩にて、５００ｍＬの振とうフラスコ中において、ＬＢ培地（Ｆｌｕｋａ ５１２０８、２５ｇ／Ｌ）１００ｍＬ中で増殖させた。次いで、一晩培養物を１０分にわたり２０℃および５０００ｇで遠心分離し、次いで、ペレットを滅菌ｍｉｌｌｉＱ水で２回洗浄し、ｍｉｌｌｉＱに再懸濁させた。洗浄した細胞を１３０００ｒｐｍで１分にわたり遠心分離し、可能な限り上清をデカントした。洗浄した細胞を、１時間にわたり真空遠心機で乾燥させた。５４０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）＝１となるように、細胞ペレットをクエン酸－リン酸緩衝液ｐＨ４、５または６に再懸濁させた。
Ｅ．ウンデア（Ｅ．ｕｎｄａｅ）（ＤＳＭ１４４８１）の培養物を、３０℃、２５０ｒｐｍで一晩にて、５００ｍＬの振とうフラスコ中において、ＬＢ培地（Ｆｌｕｋａ ５１２０８、２５ｇ／Ｌ）１００ｍＬ中で増殖させた。次いで、一晩培養物を１０分にわたり２０℃および５０００ｇで遠心分離し、次いで、ペレットを滅菌ｍｉｌｌｉＱ水で２回洗浄し、ｍｉｌｌｉＱに再懸濁させた。洗浄した細胞を１３０００ｒｐｍで１分にわたり遠心分離し、可能な限り上清をデカントした。洗浄した細胞を、１時間にわたり真空遠心機で乾燥させた。５４０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）＝１となるように、細胞ペレットをクエン酸－リン酸緩衝液ｐＨ４、５または６に再懸濁させた。
濁度アッセイにおけるリゾチーム抗菌活性の測定
測定するリゾチーム試料を、クエン酸－リン酸緩衝液ｐＨ４、５または６で酵素タンパク質１００～２００ｍｇ／Ｌの濃度まで希釈し、使用まで氷上で保持した。９６ウェルマイクロタイタープレート（Ｎｕｎｃ）中において、各ウェルに基質２００μＬを添加し、このプレートを、ＶＥＲＳＡｍａｘマイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）中で５分にわたり３７℃でインキュベートした。インキュベーション後、各ウェルの吸光度を５４０ｎｍで測定した（開始値）。活性測定を開始するために、各基質（２００μＬ）に希釈リゾチーム試料２０μＬを添加し、５４０ｎｍでの吸光度の動力学的測定を、３７℃で３０分～２４時間にわたり開始した。５４０ｎｍで測定した吸光度を各ウェルに関してモニタリングし、リゾチームがリゾチーム活性を有する場合には、経時的に吸光度の低下が見られる。結果を下記の表１に示す。
測定するリゾチーム試料を、クエン酸－リン酸緩衝液ｐＨ４、５または６で酵素タンパク質１００～２００ｍｇ／Ｌの濃度まで希釈し、使用まで氷上で保持した。９６ウェルマイクロタイタープレート（Ｎｕｎｃ）中において、各ウェルに基質２００μＬを添加し、このプレートを、ＶＥＲＳＡｍａｘマイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）中で５分にわたり３７℃でインキュベートした。インキュベーション後、各ウェルの吸光度を５４０ｎｍで測定した（開始値）。活性測定を開始するために、各基質（２００μＬ）に希釈リゾチーム試料２０μＬを添加し、５４０ｎｍでの吸光度の動力学的測定を、３７℃で３０分～２４時間にわたり開始した。５４０ｎｍで測定した吸光度を各ウェルに関してモニタリングし、リゾチームがリゾチーム活性を有する場合には、経時的に吸光度の低下が見られる。結果を下記の表１に示す。
このデータから、セキショクヤケイ（Ｇａｌｌｕｓ ｇａｌｌｕｓ）由来のＧＨ２２リゾチーム、トリコフェア・サッカタ（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ ｓａｃｃａｔａ）由来のＧＨ２４リゾチーム、およびＡ．アルカロフィルム（Ａ．ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｍ）由来のＧＨ２５リゾチームが全てリゾチーム活性を有することを確認する。
実施例６：マウスでのインビボ試験－大腸炎マウスモデルにおける免疫調節特性
動物および飼育
雌のＢａｌｂＣマウス（到着時に６週齢、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒｓ ＵＫ Ｌｉｍｉｔｅｄ）を、到着時に体重に基づいて３つのケージで無作為に飼育し、１２時間明暗周期で飼育した。
動物および飼育
雌のＢａｌｂＣマウス（到着時に６週齢、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒｓ ＵＫ Ｌｉｍｉｔｅｄ）を、到着時に体重に基づいて３つのケージで無作為に飼育し、１２時間明暗周期で飼育した。
実験手順の開始前に、１４日の順化期間を許容した。
給餌および処置
マウスは、標準固形飼料（維持ＦＭ１Ｐ食餌、Ｓｐｅｃｉａｌ Ｄｉｅｔ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＵＫ）に自由にアクセスした。水はボトルから自由に摂取可能であった。
マウスは、標準固形飼料（維持ＦＭ１Ｐ食餌、Ｓｐｅｃｉａｌ Ｄｉｅｔ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＵＫ）に自由にアクセスした。水はボトルから自由に摂取可能であった。
このマウスを１２匹の数の群に分けた。表２に従って、試験化合物またはビヒクルで、動物を１日に１回強制投与（＜２０ｍＬ／ｋｇ）により処置した。最初の投与はデキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）処置の２日前であり、研究終了前日まで続けた（合計７日の処置）。
デキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）による大腸炎の誘発
大腸炎を誘発するために、飲料水にデキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）を添加した（３重量／体積％）。ＤＳＳの投与から５日後に動物を処分し、下記で詳述するようにエンドポイント分析を実施した。０日目に試験化合物を投与した直後に、飲料水にＤＳＳを添加した。
大腸炎を誘発するために、飲料水にデキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）を添加した（３重量／体積％）。ＤＳＳの投与から５日後に動物を処分し、下記で詳述するようにエンドポイント分析を実施した。０日目に試験化合物を投与した直後に、飲料水にＤＳＳを添加した。
実験パラメータおよび分析
慎重な臨床検査を毎日実行し、この臨床検査は、皮膚、毛皮、目、粘膜の変化、分泌物および***物の発生（例えば下痢）、ならびに自律神経性活動（例えば、流涙、唾液分泌、立毛、瞳孔径、異常な呼吸パターン）の観察を含んだ。歩行、姿勢、および取扱いに対する反応の変化、ならびに奇妙な挙動、振戦、痙攣、睡眠、および昏睡の存在も記述した。各動物の体重をさらに毎日記録した。
慎重な臨床検査を毎日実行し、この臨床検査は、皮膚、毛皮、目、粘膜の変化、分泌物および***物の発生（例えば下痢）、ならびに自律神経性活動（例えば、流涙、唾液分泌、立毛、瞳孔径、異常な呼吸パターン）の観察を含んだ。歩行、姿勢、および取扱いに対する反応の変化、ならびに奇妙な挙動、振戦、痙攣、睡眠、および昏睡の存在も記述した。各動物の体重をさらに毎日記録した。
全てのマウスからの糞便サンプリングを、－３日目（試験化合物による最初の処置前）、および０日目（飲料水へのＤＳＳ添加の直前）に行なった。サンプルを、個々のマウスからの自然な排便を通して新たに集めた。これらを滅菌／ＤＮアーゼフリーエッペンドルフチューブに集め、－８０℃で貯蔵した。
飲料水へのＤＳＳの添加の５日後、動物を安楽死させ、下記で説明するエンドポイント手順を実行した。
結腸を摘出し、洗浄し、そして開いた。結腸の炎症等級付けを、光学顕微鏡を使用して肉眼的に実施し、Ｗａｌｌａｃｅスコアリング方法に基づいて２人の盲検観察者により行なった。結腸損傷のスコアリング基準は下記であった：
０－損傷なし。
１－充血。潰瘍なし。
２－充血、および腸管壁の肥厚。潰瘍なし。
３－腸管壁が肥厚することなく１つの潰瘍。
４－潰瘍または炎症の２つ以上の部位。
５－潰瘍および炎症の２つ以上の主要な部位、または結腸の長さに沿って＞１ｃｍ延びる潰瘍／炎症の１つの部位。
６～１０－損傷が結腸の長さに沿って＞２ｃｍカバーする場合には、スコアは、さらなるセンチメートル毎に１増加した。
０－損傷なし。
１－充血。潰瘍なし。
２－充血、および腸管壁の肥厚。潰瘍なし。
３－腸管壁が肥厚することなく１つの潰瘍。
４－潰瘍または炎症の２つ以上の部位。
５－潰瘍および炎症の２つ以上の主要な部位、または結腸の長さに沿って＞１ｃｍ延びる潰瘍／炎症の１つの部位。
６～１０－損傷が結腸の長さに沿って＞２ｃｍカバーする場合には、スコアは、さらなるセンチメートル毎に１増加した。
盲腸および結腸の内容物を処分時に取り出し、別々の試験管中で急速凍結し、出荷するまで－８０℃で貯蔵した。
結腸の近位半分を、Ｗａｌｌａｃｅスコアリングの後に取り出して秤量した。各サンプルをエッペンドルフチューブに入れ、急速凍結した後、サイトカイン分析に使用するまで－８０℃で貯蔵した。
近位結腸の切片を、溶解溶液（溶解溶液５ｍＬに対して結腸組織１ｇの比でのプロテアーゼ阻害剤および組織タンパク質抽出試薬）が入った溶解チューブに入れた。この組織を、３０秒にわたり６８００ｒｐｍで３回ホモジナイズした。次に、ホモジナイズしたサンプルを遠心分離（４℃で５分にわたり１０００ｒｐｍ）してタンパク質を抽出し、得られた上清をサイトカイン分析のために等分した。
ホモジナイズした結腸切片からの上清を、Ｍａｇｐｉｘシステム（Ｌｕｍｉｎｅｘ）を使用して、様々なＴｈ１特異的サイトカインおよびＴｈ１７特異的サイトカイン（ＩＬ－１０、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＩＬ－１２、ＩＬ－１７ａ、ＩＬ－２５）に関して多重アッセイ（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用してサイトカインレベルについて評価した。
結果：
５日にわたる飲料水のＤＳＳ（３重量／体積％）による処置により、平均Ｗａｌｌａｃｅスコアの増加により示されるように、通常の飲料水に曝露されたコントロール動物と比較した場合にマウスの結腸中で炎症作用が引き起こされた（図１Ａ）。
５日にわたる飲料水のＤＳＳ（３重量／体積％）による処置により、平均Ｗａｌｌａｃｅスコアの増加により示されるように、通常の飲料水に曝露されたコントロール動物と比較した場合にマウスの結腸中で炎症作用が引き起こされた（図１Ａ）。
配列番号１による処置により、ＤＳＳにより誘発される炎症作用が用量依存的に阻害された。Ｗａｌｌａｃｅスコアへの同様の結果が、配列番号５による処置後に見られた。配列番号１５も、ＤＳＳにより誘発される炎症を阻害したが、配列番号１および配列番号５ほど効果的ではなかった（図１Ａ）。
結腸の長さは損傷の重症度の指標であり、なぜならば、大腸炎は浮腫を増加させて結腸全体の長さを短くするからである。現在の研究では、全ての群において結腸長は同等であり、そのため、ＤＳＳにより誘発された炎症は軽度のみであることが確認された（図１Ｂ）。
炎症に起因して、ＤＳＳ（３重量／体積％）に曝露された動物およびビヒクル緩衝液で処置された動物での結腸重量は、通常の飲料水に曝露されたコントロール動物と比較して増加した。しかしながら、ＤＳＳ曝露動物における配列番号１による処置により、疾患コントロール群で見られた結腸湿重量の増加に対する用量依存的な減少が引き起こされた。結腸重量を減少させる用量依存的傾向も、配列番号５による処置後に見られたが、このことは配列番号１の場合ほど顕著ではなく、このことは、配列番号５と比較して配列番号１のより良好な性能を示す。配列番号１５による処置は、ＤＳＳにより誘発される結腸湿重量の増加に影響を及ぼさなかった（図１Ｃ）。
マウスの体重を、コントロール、または配列番号１、配列番号１５、もしくは配列番号５のいずれかによる予防的処置が開始される－３日目からモニタリングした。体重増加（－３～０日目）は群の間で同等であり（図２および図３）、この年齢のマウスから予想されるように、この期間にわたり全群で体重が増加し続けた。ＤＳＳ負荷を開始した０日目から４日目まで、約２または３ｇ体重の飲料水中のＤＳＳを投与した全ての群の動物において、明らかな体重の緩やかな減少があった（図２および図３）。この大腸炎に関連する体重減少の用量依存的阻害は、配列番号１、配列番号１５、または配列番号５のいずれかによる処置後に見られ得（図３）、試験した全ての最高用量で、配列番号１が最も効果的である（図５）。
腫瘍壊死因子－α（ＴＮＦ－α）は、単球／マクロファージ、好中球、およびＴ－リンパ球等の多種多様な細胞により分泌される多機能炎症誘発性サイトカインである。
予想されているように、疾患コントロール群は、健康コントロール動物と比較して結腸中において高レベルの炎症誘発性サイトカイン（ＴＮＦ－α、ＩＬ－β、ＩＬ－６、ＩＬ－１７ａ、およびＩＬ－２５）を発現する。加えて、炎症誘発性サイトカインＩＬ－１２および調節性サイトカインＩＬ－１０が誘発されるが、ＤＳＳ負荷後の程度はより低い（図４）。
配列番号１、配列番号１５、および配列番号５による処置によって、ＤＳＳにより誘発されたサイトカインレベルが用量依存的に低下する。配列番号１５は、配列番号１および配列番号５と比較して結腸中のサイトカインレベルに対する小さい効果のみを有した。驚くべきことに、配列番号１は、サイトカインレベルの低下において全体的に最も効果的であった。特に、炎症の重要な駆動体ＴＮＦ－α、ＩＬ－１ｂ、およびＩＬ－６の場合（図４）。
タンパク質のサイズが異なることを考慮すると、配列番号５に対する配列番号１の優位性がさらにより明確に見られ、そのため、配列番号１、配列番号１５、および配列番号５はそれぞれ、分子サイズが２３．０、２４．０、および１４．３ｋＤａである。図５では、結腸中のサイトカインレベルを、試験化合物のｍｏｌ／マウス／日の関数として示す。配列番号１は配列番号５と比べて効果的にサイトカインレベルを全体的に低下させることを明確に見ることができる。
現在の研究では、マウスに同様の濃度（ｍｇ／マウス／日）の各試験化合物を投与したが、異なる分子サイズに起因して、このことは、配列番号１および配列番号１５により配列番号５と比較して約４０％少ない分子が投与されていることを意味し、驚くべきことにこれにもかかわらず、配列番号１の免疫調節性能は配列番号５と比べて良好であった。
要約すると、５日にわたり飲料水にＤＳＳ（３重量／体積％）を添加すると、予想されたように結腸に炎症作用が生じた。このことは、炎症の指標としてのＷａｌｌａｃｅスコアリング、および結腸重量の増加の両方に関して明らかであった。評価したＴｈ１サイトカインおよびＴｈ１７サイトカインも、ＤＳＳにより誘発される炎症作用を支持した。
配列番号１、配列番号１５、または配列番号５による処置（－３日目～５日目）により、結腸中において、ＤＳＳによる誘発される炎症作用の減少で一貫した阻害効果が生じた。このことを、炎症性サイトカインレベルの低下、および結果として生じる炎症の観察（Ｗａｌｌａｃｅスコアリングにより示される）の両方で観察した。配列番号１は、動物の炎症の低減および健康の改善で最も効果的な化合物であり、このことは、配列番号１による処置はヒトでの大腸炎の予防において潜在的な保護効果を有することを示す。
実施例７ マウスでのインビボ試験－食餌誘発性肥満および耐糖能への腸微生物調節の有効性
動物および飼育
到着時に６週齢の３６匹の雄のＣ５７ＢＬ／６Ｊマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，Ｍａｉｎｅ，ＵＳＡ）を、登録時に体重に基づいて実験群に無作為に割り当て、全ての群で等しい標準偏差および平均体重を確保した。マウスを、１つの群当たり１２匹のマウス／４つのケージにて１つのケージ当たり３匹で飼育し、実験開始前に、１２日にわたり低脂肪参照食餌（ＬＦＤ）に順応させた。
動物および飼育
到着時に６週齢の３６匹の雄のＣ５７ＢＬ／６Ｊマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，Ｍａｉｎｅ，ＵＳＡ）を、登録時に体重に基づいて実験群に無作為に割り当て、全ての群で等しい標準偏差および平均体重を確保した。マウスを、１つの群当たり１２匹のマウス／４つのケージにて１つのケージ当たり３匹で飼育し、実験開始前に、１２日にわたり低脂肪参照食餌（ＬＦＤ）に順応させた。
給餌および処置
マウスに、餌摂取量を測定しつつペレット状の非染色餌を１週間に３回自由に交換して給餌した。マウスに、高脂肪高スクロース食餌（ＨＦＤ、Ｄ１２４５１、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔ）または低脂肪参照食餌（ＬＦＤ、Ｄ１２４５０Ｈ、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔ）を給餌した。餌を、（製造業者の指示に従って）使用まで４℃で貯蔵した
マウスに、餌摂取量を測定しつつペレット状の非染色餌を１週間に３回自由に交換して給餌した。マウスに、高脂肪高スクロース食餌（ＨＦＤ、Ｄ１２４５１、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔ）または低脂肪参照食餌（ＬＦＤ、Ｄ１２４５０Ｈ、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔ）を給餌した。餌を、（製造業者の指示に従って）使用まで４℃で貯蔵した
滅菌水はボトルから自由に摂取可能であり、毎週交換した。
実験パラメータおよび分析
試験化合物またはビヒクル（ＰＢＳ ｐＨ ７．４，Ｒｅｆ：１００１０－０２３，Ｇｉｂｃｏ）を、毎日午前１０時に１００μＬの強制投与（２５Ｇ針）により投与した。約５ｍｇ／ｍＬの配列番号１を、使用まで－２０度で貯蔵した。
試験化合物またはビヒクル（ＰＢＳ ｐＨ ７．４，Ｒｅｆ：１００１０－０２３，Ｇｉｂｃｏ）を、毎日午前１０時に１００μＬの強制投与（２５Ｇ針）により投与した。約５ｍｇ／ｍＬの配列番号１を、使用まで－２０度で貯蔵した。
実験プロトコルの０、４、８、および１２週目に、磁気共鳴（ＭＲ）スキャン（Ｍｉｎｉｓｐｅｃ ＬＦ９０，Ｂｒｕｋｅｒ、使用時に毎日較正した）の３回の測定の平均により、個々のマウスの身体組成を評価した。新鮮な糞便を、毎日の強制投与前の光周期の開始時（８ＡＭ±１時間）に、ＭＲスキャンと同時に集めた。このサンプルをすぐにドライアイス上で凍結させ、さらなる処理まで－８０℃で貯蔵した。
グルコースにより刺激されるインスリン分泌、および腸透過性と共に、経口グルコース負荷試験を、実験プロトコルの１０週目に評価した。マウスを午前８時に５時間にわたり絶食させ、午前１０時に強制投与した。除脂肪量１ｇ当たり４μＬの５０％デキストロース溶液およびスルホン酸溶液１５０μＬによる経口強制投与の前に、５時間絶食血糖測定（ＯｎｅＴｏｕｃｈ Ｖａｒｉｏ Ｆｌｅｘ，ＬｉｆｅＳｃａｎ）、および尾静脈からの血液のサンプリングを実行した。スルホン酸溶液は、０．５％のカルボキシメチルセルロースナトリウム塩（ＣＭＣ）（Ｍｅｄｉｕｍ ｖｉｓｃｏｓｉｔｙ，Ｓｉｇｍａ）蒸留水懸濁液１５０μＬに溶解させたフルオレセイン－５（６）－スルホン酸（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）１．５ｍｇからなった。ブドウ糖負荷から０、１５、３０、６０、９０、および１２０分後の時点で尾静脈穿刺から血糖を測定し、負荷後０、１５、３０、６０、および１２０分の時点で、インスリンおよび腸透過性に関する血液サンプルを、ＥＤＴＡにより調製された毛細管チューブ（Ｍｉｃｒｏｖｅｔｔｅ ＣＢ３００，Ｓａｒｓｔｅｄｔ）に採取した。この手順後にマウスに生理食塩水（０．９％塩化ナトリウム、Ｈｏｓｐｉｒａ）０．５ｍＬを投与して、このマウスに水分補給した。血液サンプルを、室温にて１０００ｒｃｆで１０分にわたり遠心分離した。インスリン測定のために、最初の５μＬの血漿をドライアイス上で９６ウェルＰＣＲプレートに移し、下流処理まで－８０℃で保持した。次の５μＬの血漿（腸透過性試験に使用する）を、黒色の９６ウェル光学ボタンプレート（Ｎｕｎｃ）に移し、蒸留水中の０．５％ＣＭＣ １５０μＬを添加するまで湿った氷上で保持し、且つ十分に混合した。このプレートを、励起／発光４８５／５２８ｎｍの波長でＳｙｎｅｒｇｙ ＨＴ Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅリーダー（ＢｉｏＴｅｋ）により読み取った。製造業者のプロトコルに従って、Ｍｏｕｓｅ ｕｌｔｒａｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｉｎｓｕｌｉｎ ＥＬＩＳＡ（Ｒｅｆ：８０－ＩＮＤＭＳＵ－Ｅ１０、ロット：０６４８９、Ａｌｐｃｏ）によりインスリンレベルを測定し、ＥｎＳｐｉｒｅ ２３００マルチラベルリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）で定量した。
実験プロトコルの１２週目に剖検を実行した。マウスを午前７．１５時±１５分から絶食させ、午前１０時に強制投与した。交互の順で安楽死を行なった。マウスを、イソフルラン（６５％Ｎ２中に３％、３５％Ｏ２、Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｋａｂｉ）で麻酔した。３つのうちの各ケージ中の最初のおよび最後のマウスに、安楽死の５分前に、体重１ｇ当たり２μＬのインスリン（１．９ｍＵ／μＬまで希釈したＨｕｍｕｌｉｎ １００ｍＵ／ｍＬ、Ｌｉｌｌｙ）を静脈内注射した。３匹のうちの１匹（２匹目のマウス）に、体重１ｇ当たり２μＬの生理食塩水（０．９％塩化ナトリウム、Ｈｏｓｐｉｒａ）を注射した。心臓穿刺を、２５Ｇ針、およびＥＤＴＡで被覆された１ｍＬシリジンを使用して行なった。血液を、ＤＰＰ ＩＶ阻害剤（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）１μＬおよびプロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｐ８３４０、Ｓｉｇｍａ）１μＬが入ったエッペンドルフチューブに移した。このサンプルを１０分にわたり１０００ｒｃｆで遠心分離し、血漿を三重に等分し、ドライアイス上に置き、さらなる処理まで－８０℃の貯蔵庫に移した。
組織採取：肝臓、腎臓、ｅＷＡＴ、ｉＷＡＴ、ｒｐＷＡＴ、ｉＢＡＴ、心臓、四頭筋、腓腹筋、脳、および結腸の重量を測定し、これらの組織を液体窒素で直ちに凍結し、－８０℃で貯蔵した。同じオペレータにより組織を解剖し、全てのマウスに関して同じ順序で取った。脳を、死後＜６０秒で液体窒素により凍結した。小腸（胃から盲腸まで）および結腸（盲腸から直腸まで）の長さを測定し、取扱い時間全体を通して、下部の湿った氷により冷却したＰｌｅｘｉｇｌａｓプレート上で保持した。十二指腸は小腸の最初の５ｃｍであると考え、残りの小腸組織を、長さが等しい３つの部分に分けた。最初の３ｃｍを廃棄し、小腸の近位２／３の残りを空腸と分類した。小腸の遠位１／３の最初の３ｃｍを廃棄し、残りの組織を回腸と分類した。十二指腸、空腸、回腸、および結腸の最も近位のｃｍは、腸組織を空にする前に、６０％メタノール、３０％クロロホルム、および１０％氷酢酸からなるＣａｒｎｏｙの溶液（粘膜層を完全に保つため）中で組織診断用に保存した。小腸、盲腸、および結腸の内容物を機械的圧力により単離し、ドライアイス上で凍結させ、続いて－８０℃で貯蔵した。十二指腸、空腸、回腸、結腸、および盲腸に由来する組織を液体窒素で急速冷凍し、－８０℃で貯蔵した。肝臓、ｅＷＡＴ、ｉＷＡＴ、およびｉＢＡＴからの組織検診用の代謝組織を、７２時間にわたり４％パラホルムアルデヒド溶液中で保存し、続いて７０％エタノール中で保存した。組織学的Ｏｉｌ Ｒｅｄ Ｏ脂質染色を可能とするために、肝臓組織を、Ｔｉｓｓｕｅ－Ｔｅｋ Ｏ．Ｃ．Ｔ Ｃｏｍｐｏｕｎｄ（Ｓａｋｕｒａ Ｆｉｎｅｔｅｋ）中でさらに保存した。
結果
ＨＦＤ給餌により、２週目から実験全体を通して重度の食餌誘発性肥満が誘発された。配列番号１による処置は、体重の増加を防がなかった（図１Ａ）。しかしながら、磁気共鳴スキャニングにより身体組成を分析すると、配列番号１で処置されたマウスは１２週目に脂肪量が減少したように見えたが、それまでのいずれの週でも減少せず（図１Ｂ）、このことは、配列番号１処置は、体重の発達に影響を及ぼすことなく（図１Ａ）、食餌誘発性肥満マウスでの脂肪蓄積を改善し得る（図１Ｃ）ことを示唆する。
ＨＦＤ給餌により、２週目から実験全体を通して重度の食餌誘発性肥満が誘発された。配列番号１による処置は、体重の増加を防がなかった（図１Ａ）。しかしながら、磁気共鳴スキャニングにより身体組成を分析すると、配列番号１で処置されたマウスは１２週目に脂肪量が減少したように見えたが、それまでのいずれの週でも減少せず（図１Ｂ）、このことは、配列番号１処置は、体重の発達に影響を及ぼすことなく（図１Ａ）、食餌誘発性肥満マウスでの脂肪蓄積を改善し得る（図１Ｃ）ことを示唆する。
グルコース調節障害は、様々な生活習慣病と密接に関係している。従って、本発明者らは、配列番号１による処置が、食餌誘発性肥満とは無関係にＨＦＤ誘発性血糖調節異常を改善し得るかどうかを試験した。空腹時インスリン（高インスリン血症）および空腹時血糖（高血糖症）の増加はインスリン耐性の生物学的マーカーであり、両方のパラメータは、ＨＦＤ給餌コントロールマウスと比較して、配列番号１で処置されたマウスで改善された（図２Ａ、図２Ｂ）。増強されたグルコース調節は耐糖能試験により強化され、配列番号１で処置されたマウスは、ＨＦＤ給餌コントロールマウスと比べて効率的にグルコース負荷を除去した（図２Ｃ）。改善された耐糖能は、ベータ細胞のインスリン分泌能力の増加によっては説明されず（図２Ｄ）、従って、配列番号１で処置されたマウスの代謝組織におけるインスリン感受性の改善を示唆する。まとめると、これらのデータは、配列番号１が、２型糖尿病および循環器疾患の共通点である肥満関連インスリン耐性から保護することを示す。
ＨＦＤにより誘発される代謝性炎症は、ほとんどの場合、細菌の細胞壁成分であるリポ多糖（ＬＰＳ）の循環レベルの増加を可能にする腸バリア機能の低下（漏出性腸）により引き起こされる。腸バリア機能を試験するために、本発明者らは、０．５％カルボキシメチルセルロースナトリウム塩（ＣＭＣ）、１％フルオレセイン－５（６）－スルホン酸溶液１５０μｌをマウスに経口的に負荷し、負荷から０、１５、３０、６０および１２０分後に尾静脈から採取した血漿サンプル中の蛍光を測定した。配列番号１で処置されたマウスはバリア機能の増加を示し、このことは、配列番号１が、ＨＦＤにより誘発される代謝性炎症を軽減することを示す。
実施例８ ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法（Ａ）
ＰＧＮ抽出：
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）の培養：
ＰＧＮ抽出：
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）の培養：
材料
ＭＲＳブロス、製品番号ＢＤ ２８８１３０、ｐＨ６．３～６．７。
ＭＲＳ寒天プレート、ＢＤ ２８８１３０；Ａｇａｒ Ｏｘｏｉｄ ＬＰ００１１；ｐＨ６．３～６．７。
０．９％ ＮａＣｌ、Ｍｅｒｃｋ １０６４０４、カタログ番号７６４７１４５
ジャー、ｓｕｐｐｌｉｅｒ Ｍｅｒｃｋ １１６３８７、Ａｎａｅｒｏｃｕｌｔ嫌気ジャー２．５Ｌ
Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌ、ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号ＡＮ００２５Ａ
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ＤＳＭ１０５３３
ＭＲＳブロス、製品番号ＢＤ ２８８１３０、ｐＨ６．３～６．７。
ＭＲＳ寒天プレート、ＢＤ ２８８１３０；Ａｇａｒ Ｏｘｏｉｄ ＬＰ００１１；ｐＨ６．３～６．７。
０．９％ ＮａＣｌ、Ｍｅｒｃｋ １０６４０４、カタログ番号７６４７１４５
ジャー、ｓｕｐｐｌｉｅｒ Ｍｅｒｃｋ １１６３８７、Ａｎａｅｒｏｃｕｌｔ嫌気ジャー２．５Ｌ
Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌ、ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号ＡＮ００２５Ａ
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ＤＳＭ１０５３３
手順
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を凍結ストックからＭＲＳ寒天プレートに画線し、３０°Ｃで、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャー中で２日にわたり嫌気性条件下にてインキュベートした。いくつかのコロニーを、５００ｍｌの青色キャップボトル中のＭＲＳブロス５００ｍｌに接種し、３０℃で７２時間にわたり、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャーに入れた。
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を凍結ストックからＭＲＳ寒天プレートに画線し、３０°Ｃで、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャー中で２日にわたり嫌気性条件下にてインキュベートした。いくつかのコロニーを、５００ｍｌの青色キャップボトル中のＭＲＳブロス５００ｍｌに接種し、３０℃で７２時間にわたり、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャーに入れた。
培養物を遠心沈殿させ（６０００ｒｐｍ、１０分）、上清を捨てた後に遠心分離を再度実施した。ペレットを０．９％ＮａＣｌ １００ｍｌで洗浄し、懸濁液をよく混合して１０分にわたり６０００ｒｐｍで遠心分離した。上清を捨て、０．９％ＮａＣｌでの洗浄手順を合計３回繰り返した。ペレットに０．９％ＮａＣｌ約４０ｍｌを添加し、溶液を５０ｍｌのファルコンチューブに移した。この溶液を１０分にわたり６０００ｒｐｍで遠心分離し、上清を捨てた。ペレットを、ペプチドグリカンの抽出を行なうまで－１８℃で貯蔵した。
抽出手順：
材料
ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）由来のプロテアーゼ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５１４７、ＣＡＳ ９０３６－０６－０
ＰＢＳ ｐＨ７．３：
・ ＮａＣｌ：８ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３１４３４、ＣＡＳ ７６４７－１４－５
・ ＫＣｌ：０．２ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ９３３３、ＣＡＳ ７４４７－４０－７
・ ＫＨ２ＰＯ４：０．２４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５６５５、ＣＡＳ ７７７８－７７－０
・ Ｎａ２ＨＰＯ４．２Ｈ２Ｏ：１．４４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３０４１２、ＣＡＳ １００２８－２４－７
・ １０００ｍＬまでＭｉｌｌｉ－Ｑ水を添加
１％Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ１００溶液：
・ １ｍＬ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ１００、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｘ１００、ＣＡＳ ９００２－９３－１
・ １００ｍＬまでＭｉｌｌｉ Ｑ水を添加
５００ｍＭ 炭酸ナトリウム緩衝液、ｐＨ９．３：
・ ５００ｍＭ 炭酸ナトリウムを、ＭＱ水５００ｍＬ中のＮａ２ＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ７７９５、ＣＡＳ ４９７－１９－８）２１ｇから作製し、５００ｍＭ 重炭酸ナトリウムを、ＭＷ水５００ｍＬ中のＮａＨＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ６０１４、ＣＡＳ １４４－５５－８）７２ｇから作製する。
・ ｐＨ９．３緩衝液を、ＮａＨＣＯ３ ３２０ｍＬおよびＮａ２ＣＯ３ ８０ｍＬから作製し、ＨＣｌでｐＨを調整する。
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ、ｐＨ８．０、１ｍＭ ＥＤＴＡを含むフェノール溶液、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ４５５７、ＣＡＳ １０８－９５－２
アセトン、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３２２０１－Ｍ、ＣＡＳ ６７－６４－１
エタノール、９６％、ＣＣＳ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ １６８０６４３、ＣＡＳ ６４－１７－５
材料
ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）由来のプロテアーゼ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５１４７、ＣＡＳ ９０３６－０６－０
ＰＢＳ ｐＨ７．３：
・ ＮａＣｌ：８ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３１４３４、ＣＡＳ ７６４７－１４－５
・ ＫＣｌ：０．２ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ９３３３、ＣＡＳ ７４４７－４０－７
・ ＫＨ２ＰＯ４：０．２４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５６５５、ＣＡＳ ７７７８－７７－０
・ Ｎａ２ＨＰＯ４．２Ｈ２Ｏ：１．４４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３０４１２、ＣＡＳ １００２８－２４－７
・ １０００ｍＬまでＭｉｌｌｉ－Ｑ水を添加
１％Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ１００溶液：
・ １ｍＬ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ１００、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｘ１００、ＣＡＳ ９００２－９３－１
・ １００ｍＬまでＭｉｌｌｉ Ｑ水を添加
５００ｍＭ 炭酸ナトリウム緩衝液、ｐＨ９．３：
・ ５００ｍＭ 炭酸ナトリウムを、ＭＱ水５００ｍＬ中のＮａ２ＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ７７９５、ＣＡＳ ４９７－１９－８）２１ｇから作製し、５００ｍＭ 重炭酸ナトリウムを、ＭＷ水５００ｍＬ中のＮａＨＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ６０１４、ＣＡＳ １４４－５５－８）７２ｇから作製する。
・ ｐＨ９．３緩衝液を、ＮａＨＣＯ３ ３２０ｍＬおよびＮａ２ＣＯ３ ８０ｍＬから作製し、ＨＣｌでｐＨを調整する。
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ、ｐＨ８．０、１ｍＭ ＥＤＴＡを含むフェノール溶液、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ４５５７、ＣＡＳ １０８－９５－２
アセトン、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３２２０１－Ｍ、ＣＡＳ ６７－６４－１
エタノール、９６％、ＣＣＳ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ １６８０６４３、ＣＡＳ ６４－１７－５
手順
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞材料を凍結乾燥させた。この凍結乾燥材料（５２５ｍｇ）を、５０ｍＬのファルコンチューブ中のＰＢＳ（４０ｍＬ）に懸濁させた。この懸濁液を、室温でサーモシェーカー中にて７００ｒｐｍで２時間にわたり振とうした。次いで、ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）プロテアーゼ（５５ｍｇ）を添加し、この懸濁液を、サーモシェーカー中にて３７℃で６時間インキュベートした。次いで、この懸濁液を室温にて１９００ｇで２０分遠心分離し、上清をデカントした。ペレットを、１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。さらなる遠心分離およびデカンテーションの後、このペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、プロテーアーゼ（５５ｍｇ）を再度添加した。この懸濁液を３７℃で６時間にわたり再度インキュベートし、遠心分離し、次いでデカントした。ペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。この洗浄手順を、ＰＢＳ（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で再度繰り返し、次いで５０％エタノール／水（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で繰り返した。次いで、ペレットを２つのファルコンチューブに分けた。各チューブに、４０℃まで予め加熱したフェノール溶液（１５ｍＬ）を添加した。懸濁液を４０℃で１０分振とうし、次いで９６％エタノール（各チューブに２５ｍＬ）を添加し、遠心分離し、次いでデカントした。乾燥凍結させる前に、ペレットをアセトン（各チューブにて４０ｍＬ）および９６％エタノール（各チューブにて４０ｍＬ）でさらに洗浄した。２つのチューブからのペレットを組み合わせることにより、精製済ペプチドグリカン８０ｍｇを白色粉体として得た。
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞材料を凍結乾燥させた。この凍結乾燥材料（５２５ｍｇ）を、５０ｍＬのファルコンチューブ中のＰＢＳ（４０ｍＬ）に懸濁させた。この懸濁液を、室温でサーモシェーカー中にて７００ｒｐｍで２時間にわたり振とうした。次いで、ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）プロテアーゼ（５５ｍｇ）を添加し、この懸濁液を、サーモシェーカー中にて３７℃で６時間インキュベートした。次いで、この懸濁液を室温にて１９００ｇで２０分遠心分離し、上清をデカントした。ペレットを、１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。さらなる遠心分離およびデカンテーションの後、このペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、プロテーアーゼ（５５ｍｇ）を再度添加した。この懸濁液を３７℃で６時間にわたり再度インキュベートし、遠心分離し、次いでデカントした。ペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。この洗浄手順を、ＰＢＳ（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で再度繰り返し、次いで５０％エタノール／水（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で繰り返した。次いで、ペレットを２つのファルコンチューブに分けた。各チューブに、４０℃まで予め加熱したフェノール溶液（１５ｍＬ）を添加した。懸濁液を４０℃で１０分振とうし、次いで９６％エタノール（各チューブに２５ｍＬ）を添加し、遠心分離し、次いでデカントした。乾燥凍結させる前に、ペレットをアセトン（各チューブにて４０ｍＬ）および９６％エタノール（各チューブにて４０ｍＬ）でさらに洗浄した。２つのチューブからのペレットを組み合わせることにより、精製済ペプチドグリカン８０ｍｇを白色粉体として得た。
減少エンドアッセイ（ｒｅｄｕｃｉｎｇ ｅｎｄ ａｓｓａｙ）
利用可能なストック溶液の強度に応じて、リゾチームを、ポリプロピレンチューブ中において、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で５０μｇ／ｍＬまで希釈した。希釈したリゾチームを、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で６．３μｇ／ｍＬの濃度までの２倍希釈系列を調製することにより、９６ウェルポリプロピレンマイクロタイタープレート中でさらに希釈した。ＭｉｌｌＱ中のＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）基質の５０ｍｇ／ｍｌストック溶液を調製し、リン酸緩衝液（５０ｍＭ クエン酸塩、５０ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、ｐＨ５．０）で２５０μｇ／ｍｌまで希釈した。ポリプロピレンディープウェルプレート中において、このリゾチーム希釈液５０μＬをＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）溶液４５０μＬと混合し、４５分にわたり振とうしつつ（５００ｒｐｍ）４０℃でインキュベートした。インキュベーション後、このディープウェルプレートを遠心分離して（３２００ｒｐｍ、７分）不溶性物質をペレット化し、９６ウェルＰＣＲプレート中において、上清１００μＬを、３．２Ｍ ＨＣｌ ５０μＬと混合し、８０分にわたり９５℃でインキュベートした。このＰＣＲプレートの各ウェルに３．５Ｍ ＮａＯＨ ５０μＬを添加し、各試料１５０μＬを、４－ヒドロキシベンズヒドラジド（ＰＡＨＢＡＨ）のＫ－Ｎａ酒石酸塩／ＮａＯＨ緩衝液（５０ｇ／Ｌ Ｋ－Ｎａ酒石酸塩＋２０ｇ／Ｌ ＮａＯＨ）溶液が１つのウェル当たり７５μＬ入った新たなＰＣＲプレートに移した。このプレートを１０分にわたり９５℃でインキュベートした後、１００μＬ／試料を、４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定のための透明平底マイクロタイタープレートに移した。ＯＤ測定を、３倍希釈した試料（Ｍｉｌｌｉ－Ｑ水１００μＬで希釈した試料５０μＬ）で実施した。ＯＤ測定値は、元々の（バックグラウンド）読み取り値を引いた後の差を表し、且つ２つのＯＤ測定値の平均を表す。
利用可能なストック溶液の強度に応じて、リゾチームを、ポリプロピレンチューブ中において、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で５０μｇ／ｍＬまで希釈した。希釈したリゾチームを、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で６．３μｇ／ｍＬの濃度までの２倍希釈系列を調製することにより、９６ウェルポリプロピレンマイクロタイタープレート中でさらに希釈した。ＭｉｌｌＱ中のＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）基質の５０ｍｇ／ｍｌストック溶液を調製し、リン酸緩衝液（５０ｍＭ クエン酸塩、５０ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、ｐＨ５．０）で２５０μｇ／ｍｌまで希釈した。ポリプロピレンディープウェルプレート中において、このリゾチーム希釈液５０μＬをＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）溶液４５０μＬと混合し、４５分にわたり振とうしつつ（５００ｒｐｍ）４０℃でインキュベートした。インキュベーション後、このディープウェルプレートを遠心分離して（３２００ｒｐｍ、７分）不溶性物質をペレット化し、９６ウェルＰＣＲプレート中において、上清１００μＬを、３．２Ｍ ＨＣｌ ５０μＬと混合し、８０分にわたり９５℃でインキュベートした。このＰＣＲプレートの各ウェルに３．５Ｍ ＮａＯＨ ５０μＬを添加し、各試料１５０μＬを、４－ヒドロキシベンズヒドラジド（ＰＡＨＢＡＨ）のＫ－Ｎａ酒石酸塩／ＮａＯＨ緩衝液（５０ｇ／Ｌ Ｋ－Ｎａ酒石酸塩＋２０ｇ／Ｌ ＮａＯＨ）溶液が１つのウェル当たり７５μＬ入った新たなＰＣＲプレートに移した。このプレートを１０分にわたり９５℃でインキュベートした後、１００μＬ／試料を、４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定のための透明平底マイクロタイタープレートに移した。ＯＤ測定を、３倍希釈した試料（Ｍｉｌｌｉ－Ｑ水１００μＬで希釈した試料５０μＬ）で実施した。ＯＤ測定値は、元々の（バックグラウンド）読み取り値を引いた後の差を表し、且つ２つのＯＤ測定値の平均を表す。
結果を表３に示す。
この結果は、リゾチーム配列番号１、１８、２１、２４、２７および３０が、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）の細胞壁中で見出されたペプチドグリカンに対する優れたリゾチーム活性を有することを示すが、このペプチドグリカンに対して、配列番号５によるリゾチームの活性はないことが示された。
実施例９ ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法（Ｂ）
ＰＧＮ抽出：
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）の培養：
ＰＧＮ抽出：
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）の培養：
材料
ＭＲＳブロス、製品番号ＢＤ ２８８１３０、ｐＨ６．３～６．７。
ＭＲＳ寒天プレート、ＢＤ ２８８１３０；Ａｇａｒ Ｏｘｏｉｄ ＬＰ００１１；ｐＨ６．３～６．７。
０．９％ ＮａＣｌ、Ｍｅｒｃｋ １０６４０４、カタログ番号７６４７１４５
ジャー、ｓｕｐｐｌｉｅｒ Ｍｅｒｃｋ １１６３８７、Ａｎａｅｒｏｃｕｌｔ嫌気ジャー２．５Ｌ
Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌ、ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号ＡＮ００２５Ａ
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ＤＳＭ１０５３３
ＭＲＳブロス、製品番号ＢＤ ２８８１３０、ｐＨ６．３～６．７。
ＭＲＳ寒天プレート、ＢＤ ２８８１３０；Ａｇａｒ Ｏｘｏｉｄ ＬＰ００１１；ｐＨ６．３～６．７。
０．９％ ＮａＣｌ、Ｍｅｒｃｋ １０６４０４、カタログ番号７６４７１４５
ジャー、ｓｕｐｐｌｉｅｒ Ｍｅｒｃｋ １１６３８７、Ａｎａｅｒｏｃｕｌｔ嫌気ジャー２．５Ｌ
Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌ、ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号ＡＮ００２５Ａ
ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ＤＳＭ１０５３３
手順
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を凍結ストックからＭＲＳ寒天プレートに画線し、３０°Ｃで、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャー中で２日にわたり嫌気性条件下にてインキュベートした。いくつかのコロニーを、５００ｍＬの青色キャップボトル中のＭＲＳブロス５００ｍＬに接種し、３０℃で７２時間にわたり、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャーに入れた。
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を凍結ストックからＭＲＳ寒天プレートに画線し、３０°Ｃで、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャー中で２日にわたり嫌気性条件下にてインキュベートした。いくつかのコロニーを、５００ｍＬの青色キャップボトル中のＭＲＳブロス５００ｍＬに接種し、３０℃で７２時間にわたり、Ａｎａｅｒｏｇｅｎ ２．５Ｌが入った嫌気ジャーに入れた。
培養物を遠心沈殿させ（６０００ｒｐｍ、１０分）、上清を捨てた後に遠心分離を再度実施した。ペレットを０．９％ＮａＣｌ １００ｍｌで洗浄し、懸濁液をよく混合して１０分にわたり６０００ｒｐｍで遠心分離した。上清を捨て、０．９％ＮａＣｌでの洗浄手順を合計３回繰り返した。ペレットに０．９％ＮａＣｌ約４０ｍＬを添加し、溶液を５０ｍＬのファルコンチューブに移した。この溶液を１０分にわたり６０００ｒｐｍで遠心分離し、上清を捨てた。ペレットを、ペプチドグリカンの抽出を行なうまで－１８℃で貯蔵した。
抽出手順：
材料
ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）由来のプロテアーゼ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５１４７、ＣＡＳ ９０３６－０６－０
ＰＢＳ ｐＨ７．３：
・ ＮａＣｌ：８ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３１４３４、ＣＡＳ ７６４７－１４－５
・ ＫＣｌ：０．２ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ９３３３、ＣＡＳ ７４４７－４０－７
・ ＫＨ２ＰＯ４：０．２４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５６５５、ＣＡＳ ７７７８－７７－０
・ Ｎａ２ＨＰＯ４．２Ｈ２Ｏ：１．４４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３０４１２、ＣＡＳ １００２８－２４－７
・ １０００ｍＬまでＭｉｌｌｉ－Ｑ水を添加
１％Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ１００溶液：
・ １ｍＬ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ１００、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｘ１００、ＣＡＳ ９００２－９３－１
・ １００ｍＬまでＭｉｌｌｉ Ｑ水を添加
５００ｍＭ 炭酸ナトリウム緩衝液、ｐＨ９．３：
・ ５００ｍＭ 炭酸ナトリウムを、ＭＱ水５００ｍＬ中のＮａ２ＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ７７９５、ＣＡＳ ４９７－１９－８）２１ｇから作製する
・ ５００ｍＭ 重炭酸ナトリウムを、ＭＷ水５００ｍＬ中のＮａＨＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ６０１４、ＣＡＳ １４４－５５－８）７２ｇから作製する。
・ ｐＨ９．３緩衝液を、ＮａＨＣＯ３ ３２０ｍＬおよびＮａ２ＣＯ３ ８０ｍＬから作製し、ＨＣｌでｐＨを調整する。
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ、ｐＨ８．０、１ｍＭ ＥＤＴＡを含むフェノール溶液、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ４５５７、ＣＡＳ １０８－９５－２
アセトン、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３２２０１－Ｍ、ＣＡＳ ６７－６４－１
エタノール、９６％、ＣＣＳ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ １６８０６４３、ＣＡＳ ６４－１７－５
材料
ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）由来のプロテアーゼ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５１４７、ＣＡＳ ９０３６－０６－０
ＰＢＳ ｐＨ７．３：
・ ＮａＣｌ：８ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３１４３４、ＣＡＳ ７６４７－１４－５
・ ＫＣｌ：０．２ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ９３３３、ＣＡＳ ７４４７－４０－７
・ ＫＨ２ＰＯ４：０．２４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ５６５５、ＣＡＳ ７７７８－７７－０
・ Ｎａ２ＨＰＯ４．２Ｈ２Ｏ：１．４４ｇ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３０４１２、ＣＡＳ １００２８－２４－７
・ １０００ｍＬまでＭｉｌｌｉ－Ｑ水を添加
１％Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ１００溶液：
・ １ｍＬ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ１００、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｘ１００、ＣＡＳ ９００２－９３－１
・ １００ｍＬまでＭｉｌｌｉ Ｑ水を添加
５００ｍＭ 炭酸ナトリウム緩衝液、ｐＨ９．３：
・ ５００ｍＭ 炭酸ナトリウムを、ＭＱ水５００ｍＬ中のＮａ２ＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ７７９５、ＣＡＳ ４９７－１９－８）２１ｇから作製する
・ ５００ｍＭ 重炭酸ナトリウムを、ＭＷ水５００ｍＬ中のＮａＨＣＯ３（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｓ６０１４、ＣＡＳ １４４－５５－８）７２ｇから作製する。
・ ｐＨ９．３緩衝液を、ＮａＨＣＯ３ ３２０ｍＬおよびＮａ２ＣＯ３ ８０ｍＬから作製し、ＨＣｌでｐＨを調整する。
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ、ｐＨ８．０、１ｍＭ ＥＤＴＡを含むフェノール溶液、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｐ４５５７、ＣＡＳ １０８－９５－２
アセトン、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ ３２２０１－Ｍ、ＣＡＳ ６７－６４－１
エタノール、９６％、ＣＣＳ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ １６８０６４３、ＣＡＳ ６４－１７－５
手順
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞材料を凍結乾燥させた。この凍結乾燥材料（５２５ｍｇ）を、５０ｍＬのファルコンチューブ中のＰＢＳ（４０ｍＬ）に懸濁させた。この懸濁液を、室温でサーモシェーカー中にて７００ｒｐｍで２時間にわたり振とうした。次いで、ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）プロテアーゼ（５５ｍｇ）を添加し、この懸濁液を、サーモシェーカー中にて３７℃で６時間インキュベートした。次いで、この懸濁液を室温にて１９００ｇで２０分遠心分離し、上清をデカントした。ペレットを、１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。さらなる遠心分離およびデカンテーションの後、このペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、プロテーアーゼ（５５ｍｇ）を再度添加した。この懸濁液を３７℃で６時間にわたり再度インキュベートし、遠心分離し、次いでデカントした。ペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。この洗浄手順を、ＰＢＳ（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で再度繰り返し、次いで５０％エタノール／水（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で繰り返した。次いで、ペレットを２つのファルコンチューブに分けた。各チューブに、４０℃まで予め加熱したフェノール溶液（１５ｍＬ）を添加した。懸濁液を４０℃で１０分振とうし、次いで９６％エタノール（各チューブに２５ｍＬ）を添加し、遠心分離し、次いでデカントした。乾燥凍結させる前に、ペレットをアセトン（各チューブにて４０ｍＬ）および９６％エタノール（各チューブにて４０ｍＬ）でさらに洗浄した。２つのチューブからのペレットを組み合わせることにより、精製済ペプチドグリカン８０ｍｇを白色粉体として得た。
Ｌ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞材料を凍結乾燥させた。この凍結乾燥材料（５２５ｍｇ）を、５０ｍＬのファルコンチューブ中のＰＢＳ（４０ｍＬ）に懸濁させた。この懸濁液を、室温でサーモシェーカー中にて７００ｒｐｍで２時間にわたり振とうした。次いで、ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｒｉｓｅｕｓ）プロテアーゼ（５５ｍｇ）を添加し、この懸濁液を、サーモシェーカー中にて３７℃で６時間インキュベートした。次いで、この懸濁液を室温にて１９００ｇで２０分遠心分離し、上清をデカントした。ペレットを、１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。さらなる遠心分離およびデカンテーションの後、このペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、プロテーアーゼ（５５ｍｇ）を再度添加した。この懸濁液を３７℃で６時間にわたり再度インキュベートし、遠心分離し、次いでデカントした。ペレットをＰＢＳ（４０ｍＬ）に再懸濁させ、３７℃で一晩振とうした。この洗浄手順を、ＰＢＳ（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で再度繰り返し、次いで５０％エタノール／水（４０ｍＬ、３０分の撹拌）で繰り返した。次いで、ペレットを２つのファルコンチューブに分けた。各チューブに、４０℃まで予め加熱したフェノール溶液（１５ｍＬ）を添加した。懸濁液を４０℃で１０分振とうし、次いで９６％エタノール（各チューブに２５ｍＬ）を添加し、遠心分離し、次いでデカントした。乾燥凍結させる前に、ペレットをアセトン（各チューブにて４０ｍＬ）および９６％エタノール（各チューブにて４０ｍＬ）でさらに洗浄した。２つのチューブからのペレットを組み合わせることにより、精製済ペプチドグリカン８０ｍｇを白色粉体として得た。
減少エンドアッセイ
リゾチームを、ポリプロピレンチューブ中において、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で２００μｇ／ｍＬまで希釈した。希釈したリゾチームを、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で６．３μｇ／ｍＬの濃度までの２倍希釈系列を調製することにより、９６ウェルポリプロピレンマイクロタイタープレート中でさらに希釈した。ＭｉｌｌＱ中のＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）基質の５０ｍｇ／ｍｌストック溶液を調製し、リン酸緩衝液（５０ｍＭ クエン酸塩、５０ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、ｐＨ５．０）で２５０μｇ／ｍｌまで希釈した。ポリプロピレンディープウェルプレート中において、このリゾチーム希釈液５０μＬをＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）溶液４５０μＬと混合し、４５分にわたり振とうしつつ（５００ｒｐｍ）４０℃でインキュベートした。インキュベーション後、このディープウェルプレートを遠心分離して（３２００ｒｐｍ、７分）不溶性物質をペレット化し、９６ウェルＰＣＲプレート中において、上清１００μＬを、３．２Ｍ ＨＣｌ ５０μＬと混合し、８０分にわたり９５℃でインキュベートした。このＰＣＲプレートの各ウェルに３．５Ｍ ＮａＯＨ ５０μＬを添加し、各試料１５０μＬを、４－ヒドロキシベンズヒドラジド（ＰＡＨＢＡＨ）のＫ－Ｎａ酒石酸塩／ＮａＯＨ緩衝液（５０ｇ／Ｌ Ｋ－Ｎａ酒石酸塩＋２０ｇ／Ｌ ＮａＯＨ）溶液が１つのウェル当たり７５μＬ入った新たなＰＣＲプレートに移した。このプレートを１０分にわたり９５℃でインキュベートした後、１００μＬ／試料を、４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定のための透明平底マイクロタイタープレートに移した。ＯＤ測定を、３倍希釈した試料（Ｍｉｌｌｉ－Ｑ水１００μＬで希釈した試料５０μＬ）で実施した。ＯＤ測定値は、元々の（バックグラウンド）読み取り値を引いた後の差を表し、且つ２つのＯＤ測定値の平均を表す。
リゾチームを、ポリプロピレンチューブ中において、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で２００μｇ／ｍＬまで希釈した。希釈したリゾチームを、リン酸希釈緩衝液（５ｍＭ クエン酸塩、５ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％ＴｒｉｔｏｎＸ－１００、ｐＨ５．０）で６．３μｇ／ｍＬの濃度までの２倍希釈系列を調製することにより、９６ウェルポリプロピレンマイクロタイタープレート中でさらに希釈した。ＭｉｌｌＱ中のＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）基質の５０ｍｇ／ｍｌストック溶液を調製し、リン酸緩衝液（５０ｍＭ クエン酸塩、５０ｍＭ Ｋ２ＨＰＯ４、ｐＨ５．０）で２５０μｇ／ｍｌまで希釈した。ポリプロピレンディープウェルプレート中において、このリゾチーム希釈液５０μＬをＬ．ジョンソニー（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）溶液４５０μＬと混合し、４５分にわたり振とうしつつ（５００ｒｐｍ）４０℃でインキュベートした。インキュベーション後、このディープウェルプレートを遠心分離して（３２００ｒｐｍ、７分）不溶性物質をペレット化し、９６ウェルＰＣＲプレート中において、上清１００μＬを、３．２Ｍ ＨＣｌ ５０μＬと混合し、８０分にわたり９５℃でインキュベートした。このＰＣＲプレートの各ウェルに３．５Ｍ ＮａＯＨ ５０μＬを添加し、各試料１５０μＬを、４－ヒドロキシベンズヒドラジド（ＰＡＨＢＡＨ）のＫ－Ｎａ酒石酸塩／ＮａＯＨ緩衝液（５０ｇ／Ｌ Ｋ－Ｎａ酒石酸塩＋２０ｇ／Ｌ ＮａＯＨ）溶液が１つのウェル当たり７５μＬ入った新たなＰＣＲプレートに移した。このプレートを１０分にわたり９５℃でインキュベートした後、１００μＬ／試料を、４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定のための透明平底マイクロタイタープレートに移した。ＯＤ測定を、３倍希釈した試料（Ｍｉｌｌｉ－Ｑ水１００μＬで希釈した試料５０μＬ）で実施した。ＯＤ測定値は、元々の（バックグラウンド）読み取り値を引いた後の差を表し、且つ２つのＯＤ測定値の平均を表す。
結果を表４に示す。
この結果は、２種のリゾチーム（配列番号１および１５）が、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）の細胞壁中で見出されたペプチドグリカンに対する優れたリゾチーム活性を有することを示すが、このペプチドグリカンに対して、配列番号５によるリゾチームの活性はないことが示された。
本明細書で説明され且つ特許請求された本発明は、本明細書で開示された特定の態様により範囲が限定されるべきではなく、なぜならば、この態様は、本発明のいくつかの態様の例証といて意図されているからである。あらゆる同等の態様が本発明の範囲内であることが意図されている。実際には、本明細書で示されたものおよび説明されたものに加えて、本発明の様々な改変が、上述の説明から当業者に明らかになるだろう。そのような改変も添付の特許請求の範囲に含まれることが意図されている。矛盾する場合には、定義を含む本開示が優先するだろう。
Claims (27)
- 過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を予防する、緩和するまたは処置する方法での使用のための、微生物リゾチームを含む組成物。
- 肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる方法での使用のための、微生物リゾチームを含む組成物であって、前記組成物が、ＧＩ管中の健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、組成物。
- 前記肥満が食事誘発性肥満である、請求項２に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、前記ＧＩ管中の前記健康な微生物叢を安定化させ、且つ細菌性病原体の増殖および／または腸内コロニー形成を抑制する、請求項２に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、炎症を予防する、緩和する、または処置する、請求項１～４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、肥満と関連する異所性脂質沈着を減少させる、請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記肥満が食事誘発性肥満である、請求項６に記載の組成物。
- リゾチームを含む組成物を、組成物１ｋｇ当たり酵素タンパク質０．１～１０００ｐｐｍのレベルで投与する、請求項１～７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、ＧＨ２４およびＧＨ２５からなるリストから選択される１個または複数個のドメインを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、
（ａ）配列番号１に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｂ）配列番号１のバリアントであって、前記バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｃ）リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、前記断片は少なくとも１７０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｄ）配列番号４に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｅ）配列番号４のバリアントであって、前記バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、
（ｆ）リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、前記断片は少なくとも２１０個のアミノ酸を含む、断片、
（ｇ）配列番号１５に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するポリペプチド、
（ｈ）配列番号１５のバリアントであって、前記バリアントはリゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０箇所の位置で、１個もしくは複数個のアミノ酸置換、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸欠失、および／または１個もしくは複数個のアミノ酸挿入、またはこれらの任意の組合せを含む、バリアント、ならびに
（ｉ）リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、前記断片は少なくとも１７０個のアミノ酸のアミノ酸を含む、断片
からなる群から選択される、請求項１～９のいずれか一項に記載の組成物。 - 前記微生物リゾチームは、配列番号１に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドである、請求項１０に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、リゾチーム活性を有する、（ａ）または（ｂ）のポリペプチドの断片であって、前記断片は、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片である、請求項１０または１１に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、配列番号４に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドである、請求項１０～１２のいずれか１項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、リゾチーム活性を有する、（ｄ）または（ｅ）のポリペプチドの断片であって、前記断片は、少なくとも２１５個のアミノ酸、少なくとも２２０個のアミノ酸、少なくとも２２５個のアミノ酸、少なくとも２３０個のアミノ酸、少なくとも２３５個のアミノ酸、または少なくとも２４０個のアミノ酸を含む、断片である、請求項１０～１３のいずれか１項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、配列番号１５に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するポリペプチドである、請求項１０～１４のいずれか１項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、リゾチーム活性を有する、（ｇ）または（ｈ）のポリペプチドの断片であって、前記断片は、少なくとも１７５個のアミノ酸、少なくとも１７７個のアミノ酸、少なくとも１８０個のアミノ酸、少なくとも１８５個のアミノ酸、少なくとも１９０個のアミノ酸、少なくとも１９５個のアミノ酸、または少なくとも２００個のアミノ酸を含む、断片である、請求項１０～１５のいずれか１項に記載の組成物。
- ヒトの処置での使用のための請求項１～１６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記組成物は、食品組成物または医薬組成物、または医療デバイスである、請求項１～１７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記組成物は、散剤、錠剤、ロゼンジ剤、発泡錠剤、カプセル剤、乳剤、ペースト剤、個々のサシェ剤、チューインガムまたはオイルドロップの形態である、請求項１～１８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記組成物を、クローン病および／または潰瘍性大腸炎の処置で使用する、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、消化管中における死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の量を減少させる、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、ヒトの消化管から死んだラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）細胞またはこの細胞由来の細胞壁細片の除去を促進する、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対するリゾチーム活性の決定方法により決定した場合に、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）に対してリゾチーム活性を有する、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２４のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群から選択される、請求項２２に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、配列番号１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１５のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群から選択される、請求項２４に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、配列番号１８のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号３０のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群から選択される、請求項２４または２５に記載の組成物。
- 前記微生物リゾチームは、配列番号２１のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、および配列番号２７のポリペプチドに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群から選択される、請求項２４～２６のいずれか１項に記載の組成物。
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| Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2009, Vol.57, p.2233-2240 |
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