JP7097850B2 - 遠視のリスクを判定する方法 - Google Patents
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Description
rs7851693:骨密度(大腿骨の付け根)に関するSNP(非特許文献 1)
rs13336428:骨密度(大腿骨の付け根)に関するSNP(非特許文献 2)
rs7605378:骨粗鬆症に関するSNP(非特許文献 3)
rs6651806:ストレスに対する反応性に関するSNP(非特許文献 4)
rs6651806:疎外感に関するSNP(非特許文献 5)
rs6651806:ネガティブ思考に関するSNP(非特許文献 6)
rs2106854:血液中のフィブリノーゲン濃度に関するSNP(非特許文献 7)
rs4085613:乾癬に関するSNP(非特許文献 8)
rs1975197:下肢静止不能症候群(むずむず脚症候群)に関するSNP(非特許文献 9)
rs12688220:膵炎に関するSNP(非特許文献 10)
rs6871626:炎症性腸疾患に関するSNP(非特許文献 11)
染色体番号 9
染色体上の位置 133478827
塩基配列 CTGGCACAGGCTCTGTGCCCTACCC[G/C]CCTACCTCAGCCACCTGCATTTGTT(配列番号1)
染色体番号 16
染色体上の位置 1532463
塩基配列 AGAAGCACAACTCGGTGAGTGACTC[A/G]GGGAACCGTCACGCCGGCATCCGCG(配列番号2)
染色体番号 2
染色体上の位置 200676926
塩基配列 AATGAATCTGAGATGTTTCTGACCT[A/C]ATCAGGGTAGTAGTTTCCTCTCCAA(配列番号3)
染色体番号 X
染色体上の位置 43688964
塩基配列 TTGTGATGACAGATGTTTGAAGTTA[A/C]CAGAATAAAGGAAGTTAATTTGCGA(配列番号4)
染色体番号 5
染色体上の位置 131769174
塩基配列 TATAAAGAATTTTTATATGGTTTTC[T/C]AAGTAGATATGAAGCTTTTTAAATT(配列番号5)
染色体番号 1
染色体上の位置 152550018
塩基配列 CAAACTGCCTATTTATTTTTACTGC[A/C]AAGTCTAAGAACTCAGGATTTCTAA(配列番号6)
染色体番号 9
染色体上の位置 8846955
塩基配列 TCCTTGTGTTTGGTTTTGACCTCAC[T/C]GTAGTTGCTTCTGTGCTCTGCAGCC(配列番号7)
染色体番号 X
染色体上の位置 106244767
塩基配列 ATGTCCTTTGAGCATCATTTTTTAC[T/C]CCCATTGGGTGCTTTACATTTGTCT(配列番号8)
染色体番号 5
染色体上の位置 158826792
塩基配列 GGTGCCTGCTGGATGGAGGCGCCTG[A/C]CCAAGTGATGAAGGACAGGTAACTT(配列番号9)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1~xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (2)
- 遠視に罹患したヒトの遺伝子型データと、遠視に罹患していないヒトの遺伝子型データと、を学習データとして用いて機械学習したモデルを用いて、遠視と正の相関があるrs7605378、rs6651806、rs2106854、及びrs4085613と、遠視と負の相関があるrs7851693、rs6871626、rs13336428、及びrs1975197と、遠視と正の相関又は負の相関があるrs12688220と、を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報であって、
rs7605378の遺伝子型がCC、rs6651806の遺伝子型がAC、rs2106854の遺伝子型がTC、rs4085613の遺伝子型がAC、rs12688220の遺伝子型がTC、rs7851693の遺伝子型がGG、rs6871626の遺伝子型がAA、rs13336428の遺伝子型がAG、rs12688220の遺伝子型がCC、及びrs1975197の遺伝子型がTTであるか否かに関する遺伝子型情報に基づいて、遠視のリスクを判定する、方法。 - リスクの判定を受ける対象者の体液サンプル、細胞サンプル又は体毛を用いる、請求項1に記載の方法。
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JP2020178544A JP2020178544A (ja) | 2020-11-05 |
JP2020178544A5 JP2020178544A5 (ja) | 2022-03-15 |
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Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004173505A (ja) | 2002-11-22 | 2004-06-24 | Mitsuo Itakura | 疾患感受性遺伝子の同定方法並びにそれに用いるプログラムおよびシステム |
WO2009044294A2 (en) | 2007-06-15 | 2009-04-09 | Université De Geneve | Means and methods for the treatment of cataract and presbyopia |
JP2012094143A (ja) | 2010-10-27 | 2012-05-17 | Samsung Sds Co Ltd | バイオマーカー抽出装置および方法 |
WO2018200980A1 (en) | 2017-04-28 | 2018-11-01 | Avellino Lab Usa, Inc. | Methods for detecting alleles associated with keratoconus |
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Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004173505A (ja) | 2002-11-22 | 2004-06-24 | Mitsuo Itakura | 疾患感受性遺伝子の同定方法並びにそれに用いるプログラムおよびシステム |
WO2009044294A2 (en) | 2007-06-15 | 2009-04-09 | Université De Geneve | Means and methods for the treatment of cataract and presbyopia |
JP2012094143A (ja) | 2010-10-27 | 2012-05-17 | Samsung Sds Co Ltd | バイオマーカー抽出装置および方法 |
WO2018200980A1 (en) | 2017-04-28 | 2018-11-01 | Avellino Lab Usa, Inc. | Methods for detecting alleles associated with keratoconus |
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JP2020178544A (ja) | 2020-11-05 |
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