JP7165098B2 - 動脈硬化のリスクを判定する方法 - Google Patents
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Description
rs1042714:自己超越性(男性向け)に関するSNP(非特許文献 1)
rs1042714:自己超越性(女性向け)に関するSNP(非特許文献 2)
rs1801260:夜型傾向に関するSNP(非特許文献 3)
rs1801260:報酬依存性(男性向け)に関するSNP(非特許文献 4)
rs2236653:肝臓酵素レベル(ALP)に関するSNP(非特許文献 5)
rs67180937:冠動脈疾患に関するSNP(非特許文献 6)
rs2059807:多嚢胞性卵巣症候群に関するSNP(非特許文献 7)
rs74225573:角膜曲率に関するSNP(非特許文献 8)
rs4888262:精巣がんに関するSNP(非特許文献 9)
rs2840381:膵炎に関するSNP(非特許文献 10)
染色体番号 5
染色体上の位置 148206473
塩基配列 TGCGCCGGACCACGACGTCACGCAG[G/C]AAAGGGACGAGGTGTGGGTGGTGGG(配列番号1)
染色体番号 4
染色体上の位置 56301369
塩基配列 CCAGCAGGAGGTGATCATAGGGGCA[T/C]AGCCAGTTCTGACAGTGTTTTAGGT(配列番号2)
染色体番号 11
染色体上の位置 126283785
塩基配列 AGAAGTGTGGGGCCATTGGGAGGGG[T/C]AGGGAGACTTTCCTGGGGACAGAGA(配列番号3)
染色体番号 1
染色体上の位置 222823743
塩基配列 AGAAGGTATGATTATTCTTTGTTTT[T/G]TTTTTTTTTCATGGTCCCAGCTTGA(配列番号4)
染色体番号 19
染色体上の位置 7166109
塩基配列 TGTGAATCAGACCTCTTGCTTTTAA[T/C]AGGCTGATGCAGTGAGGTTGTATAA(配列番号5)
染色体番号 1
染色体上の位置 11280994
塩基配列 GAAGCTAGACGTTGCTAGATAAGAT[T/C]TTATTTATAGTTCTAGCTCTGGAAC(配列番号6)
染色体番号 16
染色体上の位置 74670458
塩基配列 GCTGTAAATTCTGACTTTGATGTGA[T/C]GTAAGTTTTTGCAAGTCCTAAAATG(配列番号7)
染色体番号 1
染色体上の位置 111217823
塩基配列 GGCCCGGGCCGGCAGCCTGACTCCC[T/C]GTGGGCCGGCTCTGCTGGGTGGGCA(配列番号8)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1~xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (2)
- 動脈硬化に罹患したヒトの遺伝子型データと、動脈硬化に罹患していないヒトの遺伝子型データと、を学習データとして用いて機械学習したモデルを用いて、動脈硬化と正の相関があるrs67180937と、動脈硬化と負の相関があるrs2059807(配列番号5)、rs2236653、rs1042714、rs74225573、rs4888262、及びrs1801260(配列番号2)と、動脈硬化と正の相関又は負の相関があるrs2840381(配列番号8)と、を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報であって、
rs67180937の遺伝子型がGG、rs2840381(配列番号8)の遺伝子型がTC、rs2059807(配列番号5)の遺伝子型がTT、rs2236653の遺伝子型がTC、rs1042714の遺伝子型がCC、rs74225573の遺伝子型がTC、rs4888262の遺伝子型がTT、rs1801260(配列番号2)の遺伝子型がTT、及びrs2840381(配列番号8)の遺伝子型がTTであるか否かに関する遺伝子型情報に基づいて、動脈硬化のリスクを判定する、方法。 - リスクの判定を受ける対象者の体液サンプル、細胞サンプル又は体毛を用いる、請求項1に記載の方法。
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Citations (5)
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WO2003087360A1 (fr) | 2002-04-12 | 2003-10-23 | Osaka Industrial Promotion Organization | Procede d'evaluation du risque d'arteriosclerose, procede de mesure du risque d'arteriosclerose, microreseau, dispositif et programme pour evaluer le risque d'arteriosclerose |
WO2005036443A1 (ja) | 2003-10-15 | 2005-04-21 | Signpost Corporation | 疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法、疾患危険度判定方法及び判定用アレイ |
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