JP6480349B2 - 血液でのegfr変異の検査 - Google Patents
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Description
本明細書に記載するのは、固形腫瘍がんを有する被験対象の状態を評価する改善された方法であり、この方法は、固形腫瘍がんを有する被験対象の血液中で1つ以上の腫瘍核酸変異の存在または不在を検出し;その1つ以上の腫瘍核酸変異の存在または不在の検出結果に基づき、固形腫瘍がんを有するその被験対象の状態を評価することを含んでいる。改善されたこの方法は、固形腫瘍がんを有する被験対象から得られた血液サンプルに対して、または血液サンプルから単離された全ゲノムDNAに対して定量リアルタイム・ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施することによってその1つ以上の腫瘍核酸変異を検出することを含むことができる。本明細書には、固形腫瘍がんを有する被験対象から得られた血液サンプル中で腫瘍変異の存在または不在を検出する改善された方法も記載してあり、この方法は、変異した核酸配列に特異的なプライマーを用いて血液サンプルに対して定量リアルタイム・ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施してPCRサイクル閾値を生成させることを含んでいる。本明細書に記載した改善された方法のいくつかの実施態様では、固形腫瘍がんを有する被験対象の転移状態を考慮して、その被験対象から取得した血液サンプルに含まれる変異した腫瘍核酸配列の検出感度を向上させる。別のいくつかの実施態様では、固形腫瘍がんを有する被験対象から取得した血液サンプル中での1つ以上の腫瘍核酸変異の存在または不在の検出は、血液中を循環している変異した配列の量を測定し、検出されたその量に基づき、被験対象のがんの状態をモニターすることを含んでいる。
本発明の実施態様の主題を特に法定の条件に合致するようにここに記述するが、この記述は、必ずしも請求項の範囲を制限することを意図していない。請求項の主題は別のやり方で実現することができ、異なる要素やステップが含まれていてもよく、他の既存の技術や将来の技術と組み合わせて用いることができる。この記述は、さまざまなステップまたは要素が何らかの特定の順番や配置になっていることを意味すると解釈してはならない。ただし、個々のステップの順番、または要素の配置が明示的に記載されているときは別である。
一例において、発明者らは、NSCLC被験対象の転移状態を考慮する場合には、被験対象の血液中を循環している変異したEGFR配列の検出に基づいたNSCLC被験対象におけるEGFR変異の検出を有意に改善できることを発見した。特に、発明者らは、NSCLC被験対象の部分集合である遠隔転移NSCLCを有する被験対象において、血液中に存在する核酸の増幅によって検出されたEGFR変異の存在または不在が、被験対象のNSCLC腫瘍にEGFR変異が存在するか不在であるかを正確に予測していることを発見した。遠隔転移を有する被験対象にとっては血液アッセイが信頼できるものであるという発見を考慮すると、陰性結果、すなわち血液サンプルにEGFR変異が見いだされないという知見があれば、被験対象がEGFR変異を持っておらず、したがって陰性結果を確認するための侵襲性バイオプシーを必要としないと判断するのに十分である。逆に、遠隔転移NSCLCのないNSCLC被験対象では、血液中に検出可能なEGFR変異が存在することが、被験対象のNSCLC腫瘍にEGFR変異が存在することの正確な予測因子として機能する一方で、血液中に検出可能なEGFR変異が不在であることは、被験対象のNSCLC腫瘍にEGFR変異が不在であることの正確な予測因子としては機能しえない。
本明細書に記載した、固形腫瘍がんを有する被験対象の状態を評価する方法は、被験対象の血液中で腫瘍関連変異を検出することを利用してその被験対象における固形腫瘍がんの状態と進行をモニターする診断方法を含んでいる。上記の方法の実施態様には、NSCLC被験対象の血液中でEGFR変異を検出することを利用してその被験対象におけるNSCLCの状態と進行をモニターする方法が含まれる。
本明細書に記載した方法のいくつかの実施態様によれば、固形腫瘍がんを有する被験対象で腫瘍関連変異を検出した結果を、被験対象における固形腫瘍がんの転帰の予後因子および/または予測因子として利用する。発明者らは、変異した腫瘍関連核酸の検出結果が被験対象の固形腫瘍がんの転帰(その中には、がん療法の応答が含まれる)と相関していることを発見した。発明者らは、がん被験対象から得られた血漿サンプル中での変異した腫瘍関連核酸配列の検出を、固形腫瘍がんの診断と治療に関する方法に組み込むことにより、自分たちの発見を、固形腫瘍がんの治療と診断に応用した。本明細書に記載した方法のいくつかの実施態様には、患者の血漿サンプルを調べて変異した腫瘍関連核酸配列を探すことにより、患者の血液中で腫瘍関連変異を検出および/または定量することが組み込まれている。上記の方法による検出として、被験対象から採取した血液サンプルまたは血漿サンプルに対して実施されるインビトロ検出が可能である。固形腫瘍がんを有する被験対象の血液中で検出される変異荷重は、がんの発達と転帰に関する予後因子および/または予測因子として用いることができる。発明者らの発見の有用な応用を実現した治療法と診断法によれば、検出結果を検出後のステップで利用し、固形がんの発達、患者の転帰、がん療法の効果を予測することのほか、治療と診断手続きの選択や、固形腫瘍がん患者の行動選択をガイドすることができる。
本明細書に記載した方法の実施態様では、核酸配列を適切な方法(例えば定量的増幅や核酸シークエンシング)で検出する。定量的増幅の方法は、例えば、アメリカ合衆国特許第5,210,015号、第5,804,375号、第6,127,155号、第6,180,349号、第6,033,854号、第5,972,602号のほか、例えばHolland他、Proc. Natl. Acad. Sci.、第88巻:7276〜7280ページ(1991年);Gibson他、Genome Research、第6巻:995〜1001ページ(1996年);DeGraves他、Biotechniques、第34巻(1):106〜110ページ、112〜115ページ(2003年);Deiman B.他、Mol. Biotechnol.、第20巻(2):163〜179ページ(2002年)に開示されている。増幅は、“リアルタイム”でモニターすることができる。標準的なサンガー・ジデオキシ法や他のより古いヌクレオチド・シークエンシング法を利用できるが、シークエンシングは、ハイスループット・シークエンシング(例えば、HiSeq(登録商標)、MiSeq(登録商標)、ゲノム分析装置(それぞれIllumina社から入手可能)、SOLiD(登録商標)、Ion Torrent(登録商標)(それぞれLife Technologies社から入手可能)、454(登録商標)シークエンシング(Roche Diagnostics社)などの“次世代シークエンシング”法)を利用するとき特に効果的に実施できる。例えばハイスループット・シークエンシングでは、多数の鋳型と多数のプライマーを用いた並列シークエンシング反応により、ゲノムの、またはゲノムの大きな部分の迅速なシークエンシングが可能になる。例えばWO 03/004690、WO 03/054142、WO 2004/069849、WO 2004/070005、WO 2004/070007、WO 2005/003375、WO 00/06770、WO 00/27521、WO 00/58507、WO 01/23610、WO 01/57248、WO 01/57249、WO 02/061127、WO 03/016565、WO 03/048387、WO 2004/018497、WO 2004/018493、WO 2004/050915、WO 2004/076692、WO 2005/021786、WO 2005/047301、WO 2005/065814、WO 2005/068656、WO 2005/068089、WO 2005/078130と、Seo他、Proc. Natl. Acad. Sci. USA(2004年)第101巻:5488〜5493ページを参照のこと。いくつかの実施態様では、アンプリコンは、塩基組み込み法(例えばパイロシークエンシング法(アメリカ合衆国特許第6,274,320号、第6,258,568号、第6,210,891号))、水素イオン検出法(ISFET)(アメリカ合衆国特許第8,262,900号)、染料ターミネータ検出法(アメリカ合衆国特許第7,835,871号、第8,244,479号、第8,315,817号、第8,412,467号)から選択した方法の1つによってシークエンシングされる。ディープ・シークエンシングの技術と装置(すなわちディジタルな配列読み出しが可能な技術と装置)も使用できる。装置の例として、GSファミリーの装置(454 Life Sciences社、ブランフォード、コネティカット州);ION PROTON(登録商標)とPGM(登録商標)(Life Technologies社、グランド・アイランド、ニューヨーク州);HISEQ(登録商標)とMISEQ(登録商標)(Illumina社、サン・ディエゴ、カリフォルニア州)や、これらのあらゆる改良装置と変更装置が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に記載した方法に関する(例えばサンプル信号と対照値または対照範囲の)計算と比較では、コンピュータに基づく計算とツールを利用することができる。ツールは、従来型設計の汎用コンピュータ・システム(本明細書では“ホスト・コンピュータ”と呼ぶ)によって実行可能なコンピュータ・プログラムの形で提供すると有利である。ホスト・コンピュータは、多数の異なるハードウエア素子を用いて構成することができ、多くのサイズと形態で製造することができる(例えばデスクトップPC、ラップトップ、タブレットPC、携帯式コンピュータ、サーバ、ワークステーション、メインフレーム)。標準部品(例えばモニター、キーボード、ディスク・ドライブ、CDドライブおよび/またはDVDドライブなど)も含めることができる。ホスト・コンピュータをネットワークに接続する場合、接続は、適切な任意の通信媒体(例えば有線媒体、光媒体、無線媒体)と適切な任意の通信プロトコル(例えばTCP/IP)を通じて提供することができる。ホスト・コンピュータは、適切なネットワーク用ハードウエア(例えばモデム、イーサネット(登録商標)・カード、WiFiカード)を含むことができる。ホスト・コンピュータは、さまざまなオペレーティング・システムの任意のもの(UNIX(登録商標)、Linax、マイクロソフト・ウインドウズ、MacOSや、他の任意のオペレーティング・システム)を実装することができる。
固形腫瘍がん(例えばNSCLC)を有する被験対象は、本発明の実施態様による方法を実施する前には診断されていなかった固形腫瘍がんを持っている可能性がある。例えば被験対象は、固形腫瘍がんを診断するための他の診断手続きが完了する前に、またはその診断手続きの間に、血液中で腫瘍関連変異(例えばEGFR変異配列)の存在を調べることができる。そのような診断手続きの例は、さまざまなイメージング技術や、バイオプシーの間に得られたサンプルの組織学的分析である。同様の考察が、固形腫瘍がんを有する被験対象の転移状態とがんのステージ分類に当てはまる。転移状態(例えばNSCLC のM1a状態またはM1b状態)とがんのステージ分類は、本発明の実施態様による方法の前に、またはその方法と同時に、またはその方法の後に明らかにすることができるが、被験対象に対して実施するさまざまな診断ステップと手続きの順序による制限を受けることはない。
本明細書に記載した方法に従って検出される腫瘍関連変異は、固形腫瘍がんを有する被験対象で見いだされる変異であり、被験対象における固形腫瘍がんの発達に影響を与える。例えば腫瘍関連変異は、がんの発生、進行、再発のほか、がん療法に対するがんの応答性または感受性に影響を与える可能性がある。本明細書に記載した方法に従って検出できる腫瘍関連変異の一例は、前がん遺伝子中の変異であり、その変異が前がん遺伝子をがん遺伝子に変換する。別の一例は、腫瘍抑制遺伝子中の変異であり、その変異の結果としてその遺伝子の機能の喪失または低下が起こる。本発明の方法に従って検出できる変異は、タンパク質をコードしている遺伝子中の変異に限定されず、非コード核酸配列(例えば調節要素、非コードRNAをコードしている配列、他の非コード配列)中の変異も含まれる。タンパク質をコードしている核酸配列の腫瘍関連変異として、イン-フレーム欠失またはイン-フレーム挿入のほか、置換が可能である。例えば検出される変異したEGFR配列は、典型的には、1つ以上のイン-フレーム・ヌクレオチドの欠失または挿入を含む核酸配列と、EGFRの変異したアミノ酸配列になるヌクレオチド置換を含む核酸配列である。腫瘍関連変異によってタンパク質が融合する可能性がある。患者の血液中で検出できて、がんの発生、進行、再発とがん療法のモニターに使用できる腫瘍関連変異のいくつかの例として、以下の変異、すなわちEGFR変異、KRAS変異(KRASコドン12、13、61、146における変異が含まれる)、ALK変異(ALK融合が含まれる)、ROS1変異(ROS1融合が含まれる)、c-MET変異、PIK3CA(PI3K-CA)変異、NRF2変異、FGFR1-3変異、AKT1変異(AKT1融合が含まれる)、BRAF変異(V600E置換が含まれる)、NRAS変異、TMPRSS2:ERG融合、SPOP変異、RET融合、PPAR-γ融合、IDH-1変異、IDH-2変異が挙げられるが、これらに限定されない。上記の変異のいくつかはいくつかの固形腫瘍がんに関係しているが、すべての固形腫瘍がんに関係しているわけではないことを理解されたい。したがって上記の腫瘍関連変異のいくつかの検出は、ある種のがんを評価するのにより適切である可能性がある。例えば以下の変異の検出は、肺がんの評価に適している可能性がある:EGFR変異、KRAS変異、ALK融合、ROS1融合、c-MET変異、PIK3CA(PI3K-CA)変異、NRF2変異、FGFR1-3変異。別の一例では、AKT1変異(融合を含む)の検出が、乳癌の評価に適している可能性がある。別の一例では、KRAS変異(例えばコドン12、13、61、146の変異)、BRAF置換V600E、NRAS変異、PIK3CA(PI3K-CA)変異、EGFR細胞外ドメインのホット・スポット変異の検出を利用して結直腸がんを評価することができる。TMPRSS2:ERG融合とSPOP変異の検出を利用して前立腺がんを評価することができる。BRAF変異、NRAS変異、RET融合、PPAR-γ融合の検出を利用して甲状腺がんを評価することができる。IDH-1と IDH-2における変異の検出を利用してグリオブラストーマを評価することができる一方で、FGFR3における変異の検出を利用して膀胱がんを検出することができる。腫瘍関連変異とがんの種類の関連性に関する上記のリストは完全または限定的ではないことを理解されたい。
肺がんは、肺組織に形成される固形腫瘍がんである。たいていの肺がんは、空気の通路に沿って並んだ上皮細胞で始まる。このタイプのがんは、“非小細胞肺がん (Non-Small Cell Jung Cancer)”(NSCLC)と呼ばれている。より頻度が小さい他のタイプの肺がんは、“小細胞肺がん” と呼ばれており、非上皮肺細胞(例えば神経細胞やホルモン産生細胞)で始まる。肺がんのNSCLCと小細胞肺がんへの分類は、適切な治療法を決める上で重要である。肺がんについては、患者の体内におけるがんの程度を記述するステージ分類に関する説明もある。現在の臨床の実務では、肺がんは、一般に、国際がん連合(UICC)によって開発されて管理されている悪性腫瘍(TNM)の分類に従ってステージ分類される。TNM分類は、腫瘍のサイズ、腫瘍が近傍の組織に侵入しているかどうか、局所的リンパ節の関与、遠隔転移、身体の1つの部分から別の部分へのがんの広がりを考慮している。現在のTNM分類によれば、肺がんは5つのステージに分割される。ステージ0はインサイチュ肺がんとも呼ばれ、がんが肺の外部の組織に侵入していないことを意味する。ステージIの肺がんは、どのリンパ節にも広がっていない小さな腫瘍であり、外科的に完全に除去することができる。ステージIは、腫瘍のサイズに基づいて2つの下位ステージAとBに分けられる。3cm未満の小さな腫瘍はステージIAに分類される。3〜5cmのステージIの腫瘍は、一般にステージIBの肺がんに分類される。ステージIIは、一般に、より大きな腫瘍を意味し、下位ステージIIAは、リンパ節まで広がったより大きな腫瘍(幅が5cm超だが7cm未満)か、肺内の近傍の構造に侵入していてもいなくてもよいが、リンパ節には広がっていないより大きな腫瘍(幅が7cm超)を表わす。
上皮増殖因子受容体(EGFR)はHER-1またはErb-B1としても知られており、一部の患者におけるNSCLCの発達と進行に関与するがん遺伝子である。EGFRは、Erbファミリーの膜結合受容体タンパク質である。EGFRは、細胞外リガンド結合ドメインと、膜貫通ドメインと、チロシンキナーゼ活性を有する細胞内ドメインを含んでいる。EGFRは、モノマーの状態では不活性である。EGFRは、リガンドが結合することによって他のHERファミリーのメンバーとのホモダイマーまたはヘテロダイマーになった後、分子間チロシンリン酸化が起こる。アダプタ分子またはシグナル伝達分子がリン酸化したEGFRに結合し、そのことが下流の細胞内シグナル伝達カスケードの引き金を引く。EGFRが引き金となるシグナル伝達カスケードの例は、Aktカスケード、STATカスケード、MAPKカスケードである。EGFRは、いくつかの機構によってさまざまながんの増殖を促進する。それらの機構には、EGFR増幅と、EGFRの変異による活性化が含まれるが、これらに限定されない。
核酸の単離とPCR増幅
全サンプルを肺がん(NSCLC)患者から取得した。核酸の単離は、COBAS(登録商標)DNAサンプル調製キット(Roche Molecular Diagnostics社、インディアナポリス、インディアナ州)を製造者の指示に従って用いて実施した。COBAS(登録商標)EGFR変異試験キット(Roche Molecular Diagnostics社)を製造者の指示に従って用い、リアルタイム・アレル特異的PCR増幅をCOBAS(登録商標)装置で実施した。簡単に述べると、COBAS(登録商標)キットは、ヒトEGFR遺伝子でさまざまな変異を検出するアレル特異的リアルタイムPCRのための3種類の反応混合物MMX1、MMX2、MMX3を含んでいる。MMX1は、ヒトEGFR遺伝子のエキソン19にある複数の欠失(Ex19Delと呼ぶ)と置換変異S768I(JA270信号)を探すためのプライマーと6-カルボキシフルオレセイン(FAM)で標識したプローブを含んでいる。MMX2は、置換変異L858R(FAM信号)と置換変異T790M(JA270信号)を探すためのプライマーとプローブを含んでいる。MMX3は、置換変異L861Q(FAM信号)と、一連の置換変異G719X(HEX信号)と、ヒトEGFR遺伝子のエキソン20にある複数の挿入(Ex20Ins)(JA270信号)を探すためのプライマーとプローブを含んでいる。各反応混合物は、ヒトEGFR遺伝子のエキソン28を標的とする内部対照(IC)プライマーとプローブ(Cy5.5信号)をさらに含んでいる。
DNA 標的を定量するための較正曲線の確立
アッセイを較正するため、COBAS(登録商標)EGFR変異試験キットを用いてさまざまな量のゲノムDNAでリアルタイムPCR増幅を実施した。12通りのレベルのゲノムDNAを調べた:0.25、0.5、1、2、4、8、16、32、64、125、250、500 ng/反応。それぞれのゲノムDNAレベルにおいて、キットに含まれる異なる3通りの多重PCR反応混合物(MMX1、MMX2、MMX3、実施例1参照)の中の内部対照(IC)プライマーとプローブを用いて同じPCRアッセイを120回実施した。得られた標準曲線を図2に示す。図2では、X軸はゲノムDNAのレベルを表わし、Y軸は、反応で得られた交点(Cp)に対応するサイクル数を表わす。図2に示した実験データに基づき、内部対照値の有効範囲(IC Cp範囲)を20〜32に設定した。選択した有効Cp範囲では、試験したすべての反応混合物でアッセイの線形性が観察された。
定量PCRアッセイのためのカットオフ限界の確立
各反応混合物について、PCRの後期サイクルで起こる真の標的の不在下での非特異的増幅(それを“ブレイクスルー増幅”と名づけた)からのデータを用い、有効IC Cp範囲の中で測定可能な範囲を確立した。各反応混合物について、少なくとも1セットのプライマーとプローブでブレイクスルー増幅が観察された。各反応混合物内の各標的について、CpRの値を求めた。CpRは、内部対照信号とブレイクスルー信号の差であり、同じ反応で観察されたブレイクスルーCpと内部対照Cpの差として計算される。例えば(表2に示した)Ex19Del標的では、試験した高いほうのレベルのゲノムDNAでブレイクスルーが起こったが、CpRはそれらのレベルで常に大きかった。観察された最小CpRをカットオフ値として選択した。実施例2で議論したようにIC値Cpが有効範囲内にあり、CpR値(標的信号と対照信号の差)が17.7というカットオフ値よりも小さかった場合にだけ、標的Ex19Del信号が陽性である(変異が検出された)と見なした。
野生型ゲノムDNA標的の存在下で変異標的を定量するための較正曲線の確立
がん細胞と正常細胞の他にゲノムDNAも含んでいる患者のサンプルに似せるため、アッセイによって検出できるさまざまな量の各変異標的(実施例1参照)を、さまざまな量の野生型ゲノムDNAと組み合わせた。T790M変異を含むさまざまな量の標的核酸(2、4、8、50、100、200 ng/反応)を、バックグラウンドとなるさまざまな量の野生型ゲノムDNA(0.25、0.5、1.0、2.0、3.9、7.8、15.6、31.3、62.5、125、250、500 ng/反応)と組み合わせた。次に、実験で得られた標的特異的Cpを、入力標的DNAの量に対してプロットした。異なるレベルの標的DNAで得られたT790M特異的プローブの信号(JA270 Cp)を平均し、サンプル中に存在するT790M変異標的のコピー数の対数値に対してプロットした。得られた較正曲線を図3に示す。
肺がん(NSCLC)患者の血液中の変異EGFR DNAの検出
化学療法を実施した後かつエルロチニブ標的治療の前と最中に、血漿サンプルをNSCLC患者から回収した。サンプル回収の予定表の概略を図4に示す。サンプルは、図4にCP0-4として示した時点で4週間ごとに回収した。サンプルの回収は必ずしも時点CP4で停止しなかった。回収した血漿サンプルからDNAを単離し、COBAS(登録商標)キットを製造者の指示に従って用いてリアルタイムPCR増幅を実施した(実施例1参照)。例示を目的として、2人の患者(“ケースA”と“ケースB”)の血漿中で測定したEGFRの活性化エキソン19欠失(Ex19Del)とT790M活性化置換のレベルを図5にグラフで示す。両方の患者において、初期診断で得られた腫瘍組織サンプルは、活性化EGFR変異(Ex19Del)を含んでいるが耐性変異(T790M)は含んでいないことが以前に明らかにされていた。実施例4に記載した較正曲線を用い、変異DNA配列の量(それはコピー数で表わされ、図5に示したグラフのY軸にプロットされている)を測定した。ケースAとケースBの両方で、血液中の変異DNAの量の増加がNSCLCの進行と相関していた。そのことは、適切なイメージング技術によって検出されるとともに、エルロチニブ治療に対する耐性の上昇からも示される。
転移状態が異なるNSCLC患者の血液中でのEGFR変異の検出
NSCLC 患者の血漿中でのEGFR変異の検出と患者の転移状態を相関させる2つの研究を実施した。第1の研究(研究I)では、血漿サンプルとマッチング組織サンプルを28人のステージIVのNSCLC 患者から回収した。組織サンプルと血漿サンプルの変異状態を調べた。サンプル中で検出された変異に関するデータを患者の転移状態と比較した。研究Iの実験データを表3と表4にまとめてある。
最初にNSCLCと診断された患者の血液中でEGFR変異を検出することの利点
EGFR活性化変異は、最初にステージIIIB〜ステージIVのNSCLC であると診断された200人の患者で検出される。検出は、一般に、前の実施例に記載した手続きに従って実施される。活性化EGFR変異は、20%の患者の血液で検出される。耐性EGFR変異は、活性化EGFR変異を有する患者の一部で検出される。これら患者の転移状態は、PETスキャンによって明らかにされる。50%の患者はpM1a転移状態であると判定され、50%の患者はpM1b転移状態であると判定される。血液中で活性化EGFR変異が検出されることと、pM1a患者ではなくてpM1b患者の腫瘍組織にその変異が存在することの間の陽性一致率が大きいという知見に基づくと、血液中で検出可能なEGFR活性化変異を有するpM1b患者とpM1a患者には、追加の診断手続きを実施することなく、標的チロシンキナーゼ阻害剤(TKI)療法が推奨され、実施される。標的TKI療法は、血液中で検出可能なEGFR活性化変異がないpM1b患者や、血液中で検出可能な耐性変異があるpM1b患者には勧められない(追加の診断手続きが必要であるとは考えられない)。血液中で検出可能なEGFR活性化変異がないpM1a患者は、腫瘍組織のバイオプシーへと進み、バイオプシー・サンプル中でのその後の変異検出により、これらの患者がEGFR療法の候補であるかどうかを判断する。200人の患者に関する上記の意思決定プロセスを図6に図示する。この意思決定プロセスのもとでは、200人のうちで94人の患者だけがバイオプシーを必要とし、その後に組織変異試験を実施して、彼らがTKI標的治療の候補であるかどうかを判断する。
再発したNSCLC患者の血液中でEGFR変異を検出することの利点
EGFR活性化変異は、ステージIIIB〜ステージIVのNSCLC を有する200人の再発患者で検出される。検出は、一般に、前の実施例に記載した手続きに従って実施される。活性化EGFR変異は、20%の患者の血液で検出される。これら患者の転移状態は、PETスキャンによって明らかにされる。40%の患者はpM1a転移状態であると判定され、60%の患者はpM1b転移状態であると判定される。血液中で活性化EGFR変異が検出されることと、pM1a患者ではなくてpM1b患者の腫瘍組織にその変異が存在することの間の陽性一致率が大きいという知見に基づくと、血液中で検出可能なEGFR活性化変異を有するpM1b患者とpM1a患者には、追加の診断手続きを実施することなく、標的チロシンキナーゼ阻害剤(TKI)療法が推奨され、実施される。標的TKI療法は、血液中で検出可能なEGFR活性化変異がないpM1b患者には勧められない(追加の診断手続きが必要であるとは考えられない)。血液中で検出可能なEGFR活性化変異がないpM1a患者は、腫瘍組織のバイオプシーへと進み、バイオプシー・サンプル中でのその後の変異検出により、これらの患者がEGFR療法の候補であるかどうかを判断する。200人の患者に関する上記の意思決定プロセスを図7に図示する。この意思決定プロセスのもとでは、200人のうちで75人の患者だけがバイオプシーを必要とし、その後に組織変異試験を実施して、彼らがTKI標的治療の候補であるかどうかを判断する。
NSCLC患者の血液中でEGFR変異を検出することの利点
EGFR活性化変異は、ステージIIIB〜ステージIVのNSCLCを有する200人の再発患者の血液で検出される。検出は、一般に、前の実施例で記載した手続きに従って実施される。意思決定プロセスの概略を図8に示す。
臨床研究
NSCLC患者における治療結果を評価するため、臨床研究を実施した。この研究の設計を図9に図示する。以前に未治療のステージIIIB/IV NSCLCであった451人の患者が研究に参加した。患者をがんのステージ、組織学、喫煙状態によって層化して2つのほぼ等しい群に分け、治療計画を割り当てた。以下により詳しく議論するように、3通りの治療計画、すなわちゲムシタビン+カルボプラチン、シスプラチン+エルロチニブ、シスプラチン+プラセボを用いた。2つの患者群を、この研究の2つの異なる群、すなわち化学療法とTKI療法の組み合わせを意味する組み合わせ療法の群と、化学療法の群に割り当てた。4週間治療した段階で、組み合わせ療法群(“CE群”)に参加した患者には、1,250mg/m2のゲムシタビンを各治療サイクルの1日目と8日目に投与し、それに加えて75 mg/m2のカルボプラチン AUC=5またはシスプラチンを1日目に投与し、それに加えて150mg/日のエルロチニブ(タルセバ(登録商標))を15〜28日目に投与した。化学療法群(“C群”)の患者には、1,250mg/m2のゲムシタビンを各治療サイクルの1日目と8日目に投与し、それに加えて75 mg/m2のカルボプラチン AUC=5またはシスプラチンを1日目に投与し、それに加えてプラセボを15〜28日目に投与した。それぞれの群で6治療サイクルにわたって上記の療法を繰り返した(“治療相”)。維持相では、組み合わせ療法群に参加した患者に、進行する疾患が出現するまで150mg/日のエルロチニブを投与した。化学療法群の患者には、進行性疾患が出現するまでプラセボを投与し、出現した時点で150mg/日のエルロチニブの投与を開始した。進行性疾患(PD)は、RECISTに従って定義した。
EGFR変異発生率
血漿EGFR変異陽性の組織サンプルと血漿サンプルの発生率を求めた。血漿サンプルについては、変異陽性サンプルの全発生率は、基準サンプル回収点(“時点”とも呼ぶ)で35%(106/305)、C3サンプル回収点で15%(37/305)、PDサンプル回収点で27%(81/305)であった。患者で検出されたEGFR変異配列の詳細な分布を表8に示す。TKI鋭敏化変異については、発生率は、組織サンプルで40.2%、基準血漿サンプルで32.2%、C3血漿サンプルで13.0%、PD血漿サンプルで23.9%であった。TKI耐性変異については、発生率は、組織サンプルで5.4%、基準血漿サンプルで2.0%、C3血漿サンプルで1.4%、PD血漿サンプルで3.7%であった。
腫瘍サンプルと血漿サンプルの間の一致
臨床研究に参加した238人の患者について、腫瘍サンプルと基準血漿サンプルの両方でEGFR分析の結果を利用できた(“一致したペア”)。腫瘍サンプルと基準血漿サンプルの間でEGFR TKI鋭敏化変異を検出するための一致指標は以下の通りであった:感度 - 75%(72/96患者);特異度 - 96%(137/142患者);陽性予測値 - 94%(72/77患者);陰性予測値 - 85%(137/161患者);全一致 - 88%(209/238患者)。TKI鋭敏化変異に関する一致データを表9にまとめてある。
転移状態が異なる患者における腫瘍サンプルと血漿サンプルの一致
TKI鋭敏化変異に関する腫瘍サンプルと血漿サンプルの間の一致が、遠隔転移を有する患者では遠隔転移がない患者と比べて大きいことが明らかになった。転移状態は、組織サンプルと基準血漿サンプルを利用できる233人の患者で利用できた。転移状態は基準時点で判定した。表10(A〜C)に、転移状態に基づく組織サンプルと基準血漿サンプルの一致データのまとめを示す。M1b患者下位群における血漿EGFR変異測定の感度は91%(41/45患者)、特異度は98%(47/48患者)、全一致は95%(88/93患者)であった。M1a患者下位群では、血漿EGFR変異測定の感度は60%(29/48患者)、特異度は95%(83/87患者)、全一致は83%(112/135患者)であった。
血漿サンプル中での標的DNAの検出
DNA標的の定量に用いた標準曲線を図11に示す。EGFR血漿変異陽性患者と血漿変異陰性患者における無細胞(cf)DNAの分布を図12と表11に示す。この実施例で議論する実験結果は、検出範囲で検出が線形であることを示している。DNA 標的の定量のための標準曲線では、DNAのコピー数の代わりにCpを使用できることを理解されたい。
異なる時点での血漿サンプルの分析
451人の患者のうちの305人で、基準、C3、PDの各時点における分析可能な血漿サンプルを利用できた(67.6%)。基準、C3、PDにおける血漿EGFR変異陽性サンプルの発生率は、それぞれ、35%(106/305)、15%(47/305)、27%(81/305)であった。98人の変異陽性患者が、基準時点でエキソン19欠失(Ex19Del)またはL858R置換を有することがわかった(C群で51人;CE群で47人)。C3時点では、C群の患者の21人(41%)がEGFR変異陽性を失い、CE群の患者の39人(83%)が変異陽性を失った。PD時点では、C群の21人の患者のうちの8人と、CE群の39人の患者のうちの18人が、変異陽性を再び獲得した。これらのデータは、患者の変異荷重が治療中に変化していたことを示していた。
臨床研究中に血漿サンプルで検出されたDNAのレベルのダイナミックな定量的変化
臨床研究中に血漿サンプルで検出されたDNAレベルのダイナミックな定量的変化を評価した。図19と表21は、研究期間中の全血漿cf DNAのダイナミックな定量的変化を示している。図20と表22は、研究期間中の変異した標的DNAの合計レベルのダイナミックな定量的変化を示している。図21と表23は、研究期間中のEGFRエキソン19と21における変異した標的DNAのダイナミックな定量的変化を示している。研究期間中、血漿EGFR標的配列の合計レベルのかなりの低下が、臨床研究のC群とCE群の両方で観察された。しかし血漿中のEGFRが変異したDNAの検出レベルは、C群だけでPDにおいて高レベルに復帰し、CE群では低いままであった。この実施例で議論するデータは、患者の変異荷重が治療中にダイナミックに変化したことを示していた。このデータは、EGFR陽性腫瘍を有する患者の治療にはTKIがより有効であることも示していた。
変異状態と治療結果の間の相関
NSCLC患者の血漿サンプルと組織サンプルにおけるEGFR変異の検出と治療結果の間の相関を検出するため、データ分析を実施した。138人の血漿変異陽性患者(基準サンプルに基づく)と289人の血漿変異陰性患者のほか、組織陽性患者と組織陰性患者の全応答率(ORR)、無増悪生存(PFS)、全生存(OS)に関して下位群の分析を実施した。血漿変異陽性患者のPFS中央値は、研究のCE群では13.8ヶ月、C群では5.9ヶ月であった(ハザード比(HR)>0.21)のに対し、組織変異陽性患者では、CE群で16.8ヶ月、C群で6.9ヶ月であった(HR 0.25)。血清変異陰性患者のPFS中央値は、CE群では6.7ヶ月、C群では6.0ヶ月であった(HR 0.80)のに対し、組織変異陽性患者では、CE群で6.7ヶ月、C群で5.9ヶ月であった(HR 0.97)。血漿変異陽性患者のOS中央値は、CE群では32.4ヶ月、C群では18.6ヶ月であった(HR 0.50)のに対し、組織変異陽性患者では、CE群で31.4ヶ月、C群で20.6ヶ月であった(HR 0.48)。血漿変異陰性患者のOS中央値は、CE群では16.1ヶ月、C群では13.3ヶ月であった(HR 0.90)のに対し、組織変異陰性患者では、CE群で14.9ヶ月、C群で12.2ヶ月であった(HR 0.77)。
Claims (4)
- 非小細胞肺がん(NSCLC)を有するヒト被験対象から得られた血漿サンプル中のEGFR変異を検出する方法であって、
ここで前記被験対象は、1サイクル以上の療法を完了しており、
前記療法がチロシンキナーゼ阻害剤の投与を含み、
前記サンプルは、EGFR遺伝子を含み、かつ1つ以上のEGFR変異を含むDNAと、EGFR遺伝子を含むが、EGFR変異を含まないDNAと、EGFR遺伝子を含まないDNAとを含み、
以下のステップ:
(a)EGFR変異に特異的なアレル特異的プライマー対と、内部対照を増幅するためのプライマー対とを用いて、前記サンプル中のDNAに対して第1の多重リアルタイムPCRを実施し、ここで内部対照は、EGFR遺伝子座中の頻繁に変異することはない核酸領域であって、前記アレル特異的プライマー対によって増幅される領域とは異なる核酸領域であり、
(b)前記EGFR変異に関するサンプルPCR閾値を生成させ、ここで、前記サンプルPCR閾値は、前記第1の多重リアルタイムPCRにおいて、前記アレル特異的プライマー対によって増幅される核酸の信号が所定の大きさに達するために必要とされるサイクル数であり、そして、第1の内部対照閾値を生成させ、ここで、前記第1の内部対照閾値は、前記第1の多重リアルタイムPCRにおいて、内部対照の信号が所定の大きさに達するために必要とされるサイクル数であり、
(c)工程(a)で使用されるものと同一の、EGFR変異に特異的なアレル特異的プライマー対と内部対照を増幅するためのプライマー対を用いて、ゲノムDNAに対して第2の多重リアルタイムPCRを実施し、ここでゲノムDNAは、前記サンプルから単離されたDNAであって、EGFR遺伝子を含むがEGFR変異を含まないDNAと、EGFR遺伝子を含まないDNAとから成り、
(d)カットオフ閾値を生成させ、ここで前記カットオフ閾値は、前記第2の多重リアルタイムPCRにおいて、前記アレル特異的プライマー対によって増幅される核酸の信号が所定の大きさに達するために必要とされるサイクル数であり、そして、第2の内部対照閾値を生成させ、ここで、前記第2の内部対照閾値は、内部対照の信号が所定の大きさに達するために必要とされるサイクル数であり、
(e)前記カットオフ閾値と前記第2の内部対照閾値との差よりも小さい、前記サンプルPCR閾値と前記第1の内部対照閾値との差を検出し、それにより前記サンプル中のEGFR変異を検出すること
を含む、方法。 - 前記チロシンキナーゼ阻害剤がエルロチニブまたはゲフィチニブである、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上のEGFR変異が活性化変異を含む、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記1つ以上のEGFR変異が、イン-フレーム・エキソン19欠失、L858R、L861Q、G719X、T790M、S678I、イン-フレーム・エキソン20挿入からなる群から選択される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
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US20200004928A1 (en) * | 2018-06-29 | 2020-01-02 | Roche Sequencing Solutions, Inc. | Computing device with improved user interface for interpreting and visualizing data |
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WO2003004690A2 (en) | 2001-07-06 | 2003-01-16 | 454$m(3) CORPORATION | Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter |
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GB0304371D0 (en) | 2003-02-26 | 2003-04-02 | Solexa Ltd | DNA Sequence analysis |
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