JP5379350B2 - 胃がんのリンパ節転移の判定を補助する方法。 - Google Patents
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Description
method)法やPCR(polymerase chain reaction)法などを用いたがんの分子診断の研究が盛んに行われるようになっている。分子診断は、分子マーカー(例えば、がん細胞に特異的に発現するタンパク質、このタンパク質をコードする遺伝子、この遺伝子のmRNAなど)を検出することにより行うことができる。
探索が盛んに行われている。
例えば、特許文献1(特開2006−223303号公報)には、ヒト胃癌由来細胞株であるKATOIIIまたは胃癌患者から採取した腹腔内洗浄液中の細胞において、TFF1、TFF2、FABP1、CK20、MUC2、CEA、TACSTD1、MASPIN、PRSS4、GW112およびACTBの遺伝子の発現レベルを調べており、これら遺伝子の発現レベルに基づいて胃癌の再発予測を行うことが記載されている。
特許文献2(特表2006−526998号公報)には、EEFA1A、TUBA6、FKBP1A、PKM2、LDHA、RPL4、ARF1、SURF4、KRT8、GAPD、HSPCB、PGK1、HMGIY、K−ALPHA−1、FTH1、HSPA8、SH3GLB2、ACTB、HSPCA、TMSB4X、PYCR1、ATF4、JUN、HSPB1、IGKC、SNC73、CD74、LOC131177(FAM3D)、AGR2、IMAGE:4296901(pepsin A)の遺伝子の発現程度を測定することによって胃癌を診断する方法が記載されている。さらに、GADD45B、JUN、HMGIY、GSTP1、LMNA、ESRRA、PLK、CD44、IGFBP3、PKM2、FKBP1A、KRT8、TMSB4X、GAPD、ATP5A1、PTMA、CALM2、NET1の遺伝子の発現程度を測定することによって転移性胃癌を診断する方法が記載されている。
特許文献3(特表2005−304497号公報)には、PVT1、MYC、FOLR1、PLUNC(LUNX)、E2F1、TGIF2、TNFRSF5、NCOA3、ELMO2、MYBL2、NCOA3(AIB1)、PTPN1、PRex1、BCAS1、ZNF217、STK6(BTAK)、CUL4B、MCF2、CTAG、SDC1、DNMT3A、MLH1、CTNNB1、CCK、ZNF131、CDK6、MET、MYC、PVT1、EGR2、KSAM(FGFR2)、PKY(HIPK3)、LMO2、CD44、KRAS、KRAG(SSPN)、CYP1A1、IQGAP1、FURIN(PACE)、PPARBP、ERBB2、CCNE1、MYBL2、BAIAP1、PTPRG、N33、TEK、MTAP、CDKN2A(p16)、MLLT3、JAK2、GASC1、D9S913、SMAD4、MADH2、MADH7(SMAD7)、DCC、MALT1、GRP、BCL2、FVT1、SERPINB(PI5)、CTDP1の遺伝子の発現レベルに基づいて胃癌の診断が可能であることが記載されている。
特に、次のような一般式:
R1−R2−(CH2CH2O)n−H
(ここで、R1は炭素数10〜22のアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、イソオクチル基;R2は−O−又は−(C6H6)−O−;nは8〜120の整数)で表されるポリオキシエチレン系非イオン性界面活性剤が好適であり、例えばポリオキシエチレンラウリルエーテル、ポリオキシエチレンセチルエーテル、ポリオキシエチレンオレイルエーテル、ポリオキシエチレンミリスチリルエーテル、ポリオキシエチレンステアリルエーテル、ポリオキシエチレンノニルフェニルエーテル、及びポリオキシエチレンイソオクチルフェニルエーテルなどが挙げられる。具体的には、Brij35(ポリオキシエチレン(35)ラウリルエーテル)などが好適である。可溶化液中の界面活性剤の濃度は0.1〜6%(v/v)が好ましく、より好ましくは1〜5%(v/v)である。
(a)配列番号1〜12のいずれかに記載の配列を有するポリヌクレオチド;または
(b)上記(a)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチド
からなる。
(a)配列番号1に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(b)上記(a)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第一プライマと、
(c)配列番号2に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(d)上記(c)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第二プライマとを含むプライマセットが挙げられる。
また、
(e)配列番号3に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(f)上記(e)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第一プライマと、
(g)配列番号4に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(h)上記(g)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第二プライマとを含むプライマセットが挙げられる。
また、
(i)配列番号5に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(j)上記(i)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第一プライマと、
(k)配列番号6に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(l)上記(k)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第二プライマとを含むプライマセットが挙げられる。
また、
(m)配列番号7に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(n)上記(m)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第一プライマと、
(o)配列番号8に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(p)上記(o)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第二プライマとを含むプライマセットが挙げられる。
また、
(q)配列番号9に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(r)上記(q)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第一プライマと、
(s)配列番号10に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(t)上記(s)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第二プライマとを含むプライマセットが挙げられる。
また、
(u)配列番号11に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(v)前記(u)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第一プライマと、
(w)配列番号12に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(x)前記(w)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される第二プライマとを含むプライマセットが挙げられる。
本実施形態のマーカーは、がん細胞だけでなく正常な細胞でもわずかに存在が認められる場合がある。このような場合、上記のマーカーの検出結果を所定の閾値と比較することにより、胃がん由来のがん細胞のリンパ節への転移を判定することが好ましい。
RT−PCRキット(キアゲン社製、カタログ番号204245)を用い、その使用説明書に従って行なった。反応液の組成および反応条件は、以下のとおりである。
RNase free H2O 22.00μL
2×Mix 25.00μL
100nMフォワードプライマ(最終濃度500μM) 0.25μL
100nMリバースプライマ(最終濃度500μM) 0.25μL
Quanti Tect RTミックス 0.50μL
陽性検体または陰性検体 2.00μL
合計 50.00μL
50℃、30分
95℃、15分
PCR:以下の工程を40サイクル;
94℃、15秒、
53℃、30秒、
72℃、30秒。
したがって、この縦軸の値および横軸のサイクル数が比較的大きいマーカー候補は、胃がんのリンパ節への転移を検出するためのマーカーとして有用であるということができる。
また、従来から胃がんのリンパ節転移マーカーとして知られていたCEAやCK20のmRNAは、縦軸の値および横軸のサイクル数が比較的大きく、リンパ節転移が起こった組織で特異的に発現量が多いことがわかる。
胃がん由来のがん細胞の転移が組織学的に認められたリンパ節9個からそれぞれRNA溶液(陽性試料)9検体を調製した。また、乳がん由来のがん細胞の転移が組織学的に認められなかったリンパ節10個からそれぞれRNA溶液(陰性試料)10検体を調製した。陽性試料9検体及び陰性試料10検体を用いて、それぞれリアルタイムRT−PCRを行ない、上記11種類のタンパク質をコードする遺伝子のmRNAを検出した。
RNA溶液の調製方法及びRT−PCRの条件については、実施例1と同様である。11種類のマーカー候補を検出するためにRT−PCRに用いたプライマは、以下の表3に示すように、配列番号1〜22の配列を有するプライマである。
また、対照として、ハウスキーピング遺伝子のタンパク質であるβ−アクチン(ACTB) のmRNAを検出した。β−アクチン(ACTB)のmRNAを検出するためにRT−PCRに用いたプライマは、以下の表3に示すように、配列番号23〜24の配列を有するプライマである。
また、AGR2のmRNAの検出の際には、サイクル数23〜28の範囲で閾値を設定することにより、本実施例で用いた全ての陽性試料を陽性と判定することができ、全ての陰性試料を陰性と判定することができる。
また、PRSS8のmRNAの検出の際には、サイクル数29〜32の範囲で閾値を設定することにより、本実施例で用いた全ての陽性試料を陽性と判定することができ、全ての陰性試料を陰性と判定することができる。
MUC1のmRNAの検出の際には、サイクル数26〜28の範囲で閾値を設定することにより、本実施例で用いた全ての陽性試料を陽性と判定することができ、全ての陰性試料を陰性と判定することができる。
MUC4のmRNAの検出の際には、サイクル数32〜34の範囲で閾値を設定することにより、本実施例で用いた全ての陽性試料を陽性と判定することができ、全ての陰性試料を陰性と判定することができる。
MUC17のmRNAの検出の際には、サイクル数31〜35の範囲で閾値を設定することにより、本実施例で用いた全ての陽性試料を陽性と判定することができ、全ての陰性試料を陰性と判定することができる。
また、反応後の陽性試料を用いた電気泳動実験により、本実施例の陽性試料において検出されたDNAの増幅が、プライマダイマーなどの非特異反応によるものではないことを確認した(図には示していない)。
Claims (4)
- 胃がん患者から採取されたリンパ節から検出用試料を調製する工程と、
前記検出用試料に含まれる、アンテリアグラジエント2ホモログ(Anteroir gradient 2 homolog:AGR2)をコードする遺伝子のmRNAまたはその断片が過剰に存在するか否か判定する第一判定工程と、
前記マーカーが過剰に存在すると判定された場合に、胃がん由来のがん細胞が前記リンパ節に転移していると判定する第二判定工程
とを含む胃がんのリンパ節転移の判定を補助する方法。 - 前記第一判定工程において、前記検出用試料と、逆転写活性を有する酵素と、DNAポリメラーゼと、前記AGR2を増幅するためのプライマセットとを用いて逆転写反応および核酸増幅反応を行い、増幅に伴って生じた産物を測定することにより、前記マーカーが過剰に存在するか否かを判定する、請求項1記載の方法。
- 前記プライマセットが第一プライマおよび第二プライマを含み、
前記第一プライマが
(a)配列番号3に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(b)前記(a)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択され、
前記第二プライマが
(c)配列番号4に記載の配列を有するポリヌクレオチド;および
(d)前記(c)のポリヌクレオチドにおいて少なくとも1つのヌクレオチドが置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、核酸増幅反応においてプライマ機能を有するポリヌクレオチドからなる群より選択される、
請求項2に記載の方法。 - 前記第一判定工程において、前記産物の測定結果と、所定の閾値とを比較することにより、前記AGR2をコードする遺伝子のmRNAまたはその断片が過剰に存在するか否かを判定する、請求項2または3に記載の方法。
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