JP2023534520A - Ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２タンパク質、抗ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２抗体、及びその使用方法 - Google Patents
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Abstract
本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、及びそのようなスパイクタンパク質を含有する三量体を提供する。また、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体及びその抗原結合断片を提供する。タンパク質、三量体、及び抗体を用いて、例えば、対象から得られるサンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出することができる。【選択図】 図１
Description
本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する抗体及びその抗原結合断片、並びにこれらの製造方法、及び、例えば抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の検出における、これらの使用方法に関する。
１．１ 配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されており、且つその全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含有する。２０２１年７月９日に作成した上記のＡＳＣＩＩコピーは、ＣＯＶＩＤ－１０１－ＷＯ－ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、サイズが６８，９７０バイトである。
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されており、且つその全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含有する。２０２１年７月９日に作成した上記のＡＳＣＩＩコピーは、ＣＯＶＩＤ－１０１－ＷＯ－ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、サイズが６８，９７０バイトである。
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２型（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）によって生じたコロナウイルス２０１９（ＣＯＶＩＤ１９）のパンデミックが出現した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、２０１９年１２月に中華人民共和国の武漢市で初めて確認され、急速に世界的な感染を引き起こした。このウイルスの死亡率は現在のところ不確かであるが、全世界的な患者数及び死亡数は膨大であり、２０２０年７月の時点で、１４００万人超の患者及び６０万人超の死亡が全世界で確認されている。当該ウイルスは、感染者が咳をしたか、くしゃみをしたか、又は話したときに放出される、鼻又は口からの小滴を介してヒトからヒトに蔓延することができる。潜伏期間（曝露から徴候の発症までの時間）は、０～２４日の範囲内であり、平均で３～５日であるが、ウイルスはこの期間中に伝染する虞がある。症状として、発熱、咳、及び呼吸困難が挙げられる。一部の患者において、肺感染症は重篤であり、重度の呼吸困難又は死亡すら引き起こす。しかしながら、ウイルスに感染している多くの患者は、軽度の症状しかないか、又は症状がない。残念ながら、これらの患者はまた、ウイルスを他の人々に蔓延させる虞がある。
現在、いくつかのワクチン及び抗ウイルスアプローチが調査されているが、認可されたワクチンも、科学界及び医学界の広範囲にわたる承認を得た特定の治療法も存在しない。ゆえに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の蔓延を予防することが重要である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染して回復した患者は、回復後に伝染力はないかもしれないとする仮説が唱えられている。伝染性でない人々を識別できることは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の蔓延を防止するのに有用であろう。患者において抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体について試験するいくつかのアッセイが、現在利用可能であるが、所望の感度及び特異性を欠いている。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した患者を識別するのに有用な試薬及びアッセイが至急必要とされている。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含む抗体と同じ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のエピトープに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であり、ＶＨ及びＶＬのアミノ酸配列は、（ａ）それぞれ配列番号５５及び配列番号６４；（ｂ）それぞれ配列番号５６及び配列番号６５；（ｃ）それぞれ配列番号５７及び配列番号６６；（ｄ）それぞれ配列番号５８及び配列番号６７；（ｅ）それぞれ配列番号５９及び配列番号６８；（ｆ）それぞれ配列番号６０及び配列番号６９；（ｇ）それぞれ配列番号６１及び配列番号７０；（ｈ）それぞれ配列番号６２及び配列番号７１；又は（ｉ）それぞれ配列番号６３及び配列番号７２の配列を含む。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質への参照抗体の結合を競合的に阻害する抗体又はその抗原結合断片であり、参照抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨ及びＶＬのアミノ酸配列は：（ａ）それぞれ配列番号５５及び配列番号６４；（ｂ）それぞれ配列番号５６及び配列番号６５；（ｃ）それぞれ配列番号５７及び配列番号６６；（ｄ）それぞれ配列番号５８及び配列番号６７；（ｅ）それぞれ配列番号５９及び配列番号６８；（ｆ）それぞれ配列番号６０及び配列番号６９；（ｇ）それぞれ配列番号６１及び配列番号７０；（ｈ）それぞれ配列番号６２及び配列番号７１；又は（ｉ）それぞれ配列番号６３及び配列番号７２の配列を含む。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは：（ａ）それぞれ配列番号１、２、及び３、並びに配列番号２８、２９、及び３０；（ｂ）それぞれ配列番号４、５、及び６、並びに配列番号３１、３２、及び３３；（ｃ）それぞれ配列番号７、８、及び９、並びに配列番号３４、３５、及び３６；（ｄ）それぞれ配列番号１０、１１、及び１２、並びに配列番号３７、３８、及び３９；（ｅ）それぞれ配列番号１３、１４、及び１５、並びに配列番号４０、４１、及び４２；（ｆ）それぞれ配列番号１６、１７、及び１８、並びに配列番号４３、４４、及び４５；（ｇ）それぞれ配列番号１９、２０、及び２１、並びに配列番号４６、４７、及び４８；（ｈ）それぞれ配列番号２２、２３、及び２４、並びに配列番号４９、５０、及び５１；又は（ｉ）それぞれ配列番号２５、２６、及び２７、並びに配列番号５２、５３、及び５４からなる群から選択されるＶＨ－ＣＤＲ１～３及びＶＬ ＣＤＲ１～３アミノ酸配列を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片である。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、可変重鎖（ＶＨ）アミノ酸配列は：（ａ）配列番号５５；（ｂ）配列番号５６；（ｃ）配列番号５７；（ｄ）配列番号５８；（ｅ）配列番号５９；（ｆ）配列番号６０；（ｇ）配列番号６１；（ｈ）配列番号６２；及び（ｉ）配列番号６３からなる群から選択される。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、可変軽鎖（ＶＬ）アミノ酸配列は：（ａ）配列番号６４；（ｂ）配列番号６５；（ｃ）配列番号６６；（ｄ）配列番号６７；（ｅ）配列番号６８；（ｆ）配列番号６９；（ｇ）配列番号７０；（ｈ）配列番号７１；及び（ｉ）配列番号７２からなる群から選択される。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であり、可変重鎖（ＶＨ）アミノ酸配列は：（ａ）配列番号５５；（ｂ）配列番号５６；（ｃ）配列番号５７；（ｄ）配列番号５８；（ｅ）配列番号５９；（ｆ）配列番号６０；（ｇ）配列番号６１；（ｈ）配列番号６２；及び（ｉ）配列番号６３からなる群から選択される。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であり、可変軽鎖（ＶＬ）アミノ酸配列は：（ａ）配列番号６４；（ｂ）配列番号６５；（ｃ）配列番号６６；（ｄ）配列番号６７；（ｅ）配列番号６８；（ｆ）配列番号６９；（ｇ）配列番号７０；（ｈ）配列番号７１；及び（ｉ）配列番号７２からなる群から選択される。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片は：（ａ）それぞれ配列番号５５及び配列番号６４；（ｂ）それぞれ配列番号５６及び配列番号６５；（ｃ）それぞれ配列番号５７及び配列番号６６；（ｄ）それぞれ配列番号５８及び配列番号６７；（ｅ）それぞれ配列番号５９及び配列番号６８；（ｆ）それぞれ配列番号６０及び配列番号６９；（ｇ）それぞれ；配列番号６１及び配列番号７０；（ｈ）それぞれ配列番号６２及び配列番号７１；並びに（ｉ）それぞれ配列番号６３及び配列番号７２からなる群から選択される可変重鎖（ＶＨ）アミノ酸配列及び可変軽鎖（ＶＬ）アミノ酸配列を含む。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶと交差反応する。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又は抗原結合断片は、重鎖定常領域を含む。一部の態様において、重鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンＩｇＧ及びＩｇＭからなる群から選択される。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片は、軽鎖定常領域を含む。一部の態様において、軽鎖定常領域は、カッパ軽鎖定常領域である。一部の態様において、軽鎖定常領域は、ラムダ軽鎖定常領域である。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又は抗原結合断片は、完全長抗体である。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片は、抗原結合断片である。一部の態様において、抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖ、Ｖ－ＮＡＲドメイン、ＩｇＮａｒ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、シングルドメイン抗体、（ｓｃＦｖ）２、又はｓｃＦｖ－Ｆｃを含む。
一部の態様において、抗体又は抗原結合断片は、単離されている。一部の態様において、抗体又は抗原結合断片は、モノクローナルである。一部の態様において、抗体又は抗原結合断片は、組換え型である。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又は抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を中和しない。一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又は抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の偽ウイルスを中和しない。
一部の態様において、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片はさらに、検出可能な標識を含む。一部の態様において、前記標識は、酵素標識、金粒子、免疫蛍光標識、化学発光標識、燐光標識、放射性標識、アビジン／ビオチン、着色粒子、及び磁気粒子からなる群から選択される。一部の態様において、前記標識は、酵素イムノアッセイ、ラテラルフロー試験、ラジオイムノアッセイ、ウェスタンブロットアッセイ、免疫蛍光アッセイ、免疫沈降アッセイ、化学発光アッセイ、サイトメトリー、又は免疫組織化学アッセイによって検出される。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むポリペプチドである。一部の態様において、ポリペプチドは単離されている。一部の態様において、ポリペプチドは、組換えにより生成されるか、又は化学的に合成される。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ポリペプチドを含む三量体である。一部の態様において、三量体は単離されている。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ポリペプチドをコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドである。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片の重鎖可変領域をコードする核酸分子及び／又は軽鎖可変領域をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドである。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、本明細書中で提供されるポリヌクレオチドを含む単離されたベクターである。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、本明細書中で提供されるポリヌクレオチド、本明細書中で提供されるベクター、又は本明細書中で提供される抗体若しくはその抗原結合断片の重鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第１のベクター及び軽鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第２のベクターを含む宿主細胞である。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、本明細書中で提供される抗体若しくはその抗原結合断片、又は本明細書中で提供されるタンパク質を製造する方法であって、（ａ）本明細書中で提供される細胞を培養することと、（ｂ）抗体若しくはその抗原結合断片、又はタンパク質を、培養された細胞から単離することとを含む方法である。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片を検出する方法であって、サンプルを、本明細書中で提供されるポリペプチド又は三量体と接触させることを含み、場合によってはさらに、ポリペプチド又は三量体と、抗体又はその抗原結合断片との間の結合を検出することを含む方法である。一部の態様において、サンプルは生体サンプルである。一部の態様において、検出方法は酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。一部の態様において、検出方法はラテラルフローアッセイである。一部の態様において、サンプルはヒト対象由来である。一部の態様において、サンプルは、ＩｇＧ抗体又はその抗原結合断片を含有する。一部の態様において、サンプルは、ＩｇＭ抗体又はその抗原結合断片を含有する。
一部の態様において、本明細書中で提供される方法は、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片の、対照としての使用を含む。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、（ｉ）本明細書中で提供されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、本明細書中で提供される三量体、又は本明細書中で提供されるポリヌクレオチド、及び（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する抗体又はその抗原結合断片を含むキットである。一部の態様において、キットは、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片を含む。一部の態様において、キットは、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片、及びＳＡＲＳ－Ｃｏ－Ｖ２スパイクタンパク質抗原を含む。一部の態様において、キットは、使用又は販売のための承認を反映する通知を含む。
本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質、当該スパイクタンパク質に特異的に結合する抗体（例えばモノクローナル抗体）及びその抗原結合断片、並びにその製造方法、選択方法、及び使用方法である。
５．１ 専門用語
用語「抗体」は、免疫グロブリン分子であって、その可変領域内の少なくとも１つの抗原認識部位を介して、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、又は前述の組合せ等の標的を認識してこれに特異的に結合する免疫グロブリン分子を意味する。本明細書中で用いられる用語「抗体」は、当該抗体が所望の生物学的活性を示す限り、インタクトポリクローナル抗体、インタクトモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体を含む融合タンパク質、及び他のあらゆる修飾免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、免疫グロブリンの５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭ、又はそれらのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）（それぞれ、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、及びミューと呼ばれる重鎖定常ドメインの同一性に基づく）のいずれかであり得る。免疫グロブリンの異なるクラスは、異なる周知のサブユニット構造及び３次元立体配置を有する。抗体は、裸であってもよいし、毒素、放射性同位体等の他の分子にコンジュゲートされていてもよい。
用語「抗体」は、免疫グロブリン分子であって、その可変領域内の少なくとも１つの抗原認識部位を介して、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、又は前述の組合せ等の標的を認識してこれに特異的に結合する免疫グロブリン分子を意味する。本明細書中で用いられる用語「抗体」は、当該抗体が所望の生物学的活性を示す限り、インタクトポリクローナル抗体、インタクトモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体を含む融合タンパク質、及び他のあらゆる修飾免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、免疫グロブリンの５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭ、又はそれらのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）（それぞれ、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、及びミューと呼ばれる重鎖定常ドメインの同一性に基づく）のいずれかであり得る。免疫グロブリンの異なるクラスは、異なる周知のサブユニット構造及び３次元立体配置を有する。抗体は、裸であってもよいし、毒素、放射性同位体等の他の分子にコンジュゲートされていてもよい。
用語「抗体断片」は、インタクト抗体の一部分を指す。「抗原結合断片」、「抗原結合ドメイン」、又は「抗原結合領域」は、抗原に結合するインタクト抗体の一部分を指す。抗原結合断片は、インタクト抗体の抗原決定領域（例えば相補性決定領域（ＣＤＲ））を含有し得る。抗体の抗原結合断片の例として、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片、線状抗体、並びに一本鎖抗体が挙げられるが、これらに限定されない。抗体の抗原結合断片は、齧歯類（例えば、マウス、ラット、又はハムスター）及びヒト等のあらゆる動物種から得ることもできるし、人工的に生成することもできる。
用語「抗ＳＡＲ２－ＣｏＶ－２抗体」、「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体」、及び「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する抗体」は、本明細書中で互換的に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合することができる抗体を指すのに用いられる。無関係の非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の結合の程度は、例えばＦｏｒｔｅＢｉｏ又はＢｉａｃｏｒｅを用いて測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への抗体の結合の約１０％未満であり得る。本明細書中で提供される一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体はまた、ＳＡＲＳ－１に結合することができる。本明細書中で提供される一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体は、ＳＡＲＳ－１に結合しない。
用語「ＳＡＲ２－ＣｏＶ－２抗体の抗スパイクタンパク質」、「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗体」、及び「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体」は、本明細書中で互換的に、抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合するのに診断薬として有用であるほど十分な親和性で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合することができる抗体を指すのに用いられる。無関係の非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗体の結合の程度は、例えばＦｏｒｔｅＢｉｏ又はＢｉａｃｏｒｅを用いて測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への抗体の結合の約１０％未満であり得る。本明細書中で提供される一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗体はまた、ＳＡＲＳ－１のスパイクタンパク質に結合することもできる。本明細書中で提供される一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗体は、ＳＡＲＳ－１のスパイクタンパク質に結合しない。
「モノクローナル」抗体又はその抗原結合断片は、単一の抗原決定基又はエピトープの高度に特異的な認識及び結合に関与する均質な抗体又は抗原結合断片の集団を指す。これは、様々な抗原決定基に対して向けられる様々な抗体を典型的に含むポリクローナル抗体と対照的である。用語「モノクローナル」抗体又はその抗原結合断片は、インタクトなモノクローナル抗体及び完全長のモノクローナル抗体の双方、並びに抗体断片（Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ等）、単鎖（ｓｃＦｖ）変異体、抗体部分を含む融合タンパク質、及び抗原認識部位を含む他のあらゆる修飾免疫グロブリン分子を包含する。さらに、「モノクローナル」抗体又はその抗原結合断片は、ハイブリドーマ、ファージ選択、組換え発現、及びトランスジェニック動物によるものが挙げられるがこれらに限定されない任意の数の方法で製造されるような抗体及びその抗原結合断片を指す。
本明細書中で用いられる用語「可変領域」又は「可変ドメイン」は、互換的に用いられており、当該技術分野において一般的である。可変領域は、典型的に、抗体の一部分、広義には、軽鎖又は重鎖の一部分、典型的には成熟重鎖内のアミノ末端の約１１０～１２０個のアミノ酸又は１１０～１２５個のアミノ酸、及び成熟軽鎖内の約９０～１１５個のアミノ酸を指し、これらは抗体間で配列が広範囲に異なり、そしてその特定の抗原に対する特定の抗体の結合及び特異性に活用される。配列内の可変性は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される領域内に集中する一方、可変ドメイン内のより高度に保存された領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と称される。特定のいかなる機序にも理論にも縛られることを望むものではないが、軽鎖及び重鎖のＣＤＲは、抗体の、抗原との相互作用及び特異性を主に担うと考えられる。一部の態様において、可変領域はヒト可変領域である。一部の態様において、可変領域は、齧歯類又はマウスのＣＤＲ、及びヒトのフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。一部の態様において、可変領域は、霊長類（例えば非ヒト霊長類）の可変領域である。一部の態様において、可変領域は、齧歯類又はマウスのＣＤＲ、及び霊長類（例えば非ヒト霊長類）のフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。
本明細書中で用いられる用語「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」は、配列が超可変であり、且つ／又は構造的に明確なループ（超可変ループ）を形成し、且つ／又は抗原接触残基を含有する、抗体可変ドメインの領域の各々を指す。抗体は、６つのＣＤＲ、例えば、ＶＨ内の３つ及びＶＬ内の３つを含み得る。
用語「ＶＬ」及び「ＶＬドメイン」は、互換的に、抗体の軽鎖可変領域を指すのに用いられる。
用語「ＶＨ」及び「ＶＨドメイン」は、互換的に、抗体の重鎖可変領域を指すのに用いられる。
用語「Ｋａｂａｔナンバリング」及び同様の用語は、当該技術分野において認識されており、抗体又はその抗原結合断片の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域内のアミノ酸残基をナンバリングする方式を指す。一部の態様において、ＣＤＲを、Ｋａｂａｔナンバリング方式に従って決定することができる（例えば、Ｋａｂａｔ ＥＡ＆Ｗｕ ＴＴ（１９７１）Ａｎｎ ＮＹ Ａｃａｄ Ｓｃｉ １９０：３８２－３９１及びＫａｂａｔ ＥＡ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２参照）。Ｋａｂａｔナンバリング方式を用いると、抗体重鎖分子内のＣＤＲは典型的に、アミノ酸位置３１～３５（場合によっては、３５に続く１つ又は２つの追加のアミノ酸（Ｋａｂａｔナンバリングスキームでは３５Ａ及び３５Ｂと呼ばれる）を含み得る）（ＣＤＲ１）、アミノ酸位置５０～６５（ＣＤＲ２）、及びアミノ酸位置９５～１０２（ＣＤＲ３）にて存在する。Ｋａｂａｔナンバリング方式を用いて、抗体軽鎖分子内のＣＤＲは典型的に、アミノ酸位置２４～３４（ＣＤＲ１）、アミノ酸位置５０～５６（ＣＤＲ２）、及びアミノ酸位置８９～９７（ＣＤＲ３）にて存在する。
Ｃｈｏｔｈｉａは、その代わりに、構造ループの位置に言及している（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））。Ｋａｂａｔナンバリング規則を用いてナンバリングした場合のＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ１ループの末端は、当該ループの長さに応じてＨ３２～Ｈ３４の間で変化する（これは、ＫａｂａｔナンバリングスキームがＨ３５Ａ及びＨ３５Ｂにて挿入を置くためであり、３５Ａも３５Ｂも存在しなければ、当該ループは３２で終わり、３５Ａのみが存在すれば、当該ループは３３で終わり、３５Ａ及び３５Ｂの双方が存在すれば、当該ループは３４で終わる）。ＡｂＭ超可変領域は、Ｋａｂａｔ ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループとの間で妥協案を示し、且つＯｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって用いられる。
本明細書中で用いられる用語「定常領域」又は「定常ドメイン」は、互換的であり、当該技術分野において一般的な意味を有する。定常領域は、抗体部分、例えば、抗体の、抗原への結合に直接的には関与しないが、Ｆｃ受容体との相互作用等の種々のエフェクタ機能を示し得る軽鎖及び／又は重鎖のカルボキシル末端部分である。免疫グロブリン分子の定常領域は一般に、免疫グロブリン可変ドメインと比較して、より保存されたアミノ酸配列を有する。一部の態様において、抗体又は抗原結合断片は、抗体依存性の細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）にとって十分な定常領域又はその一部分を含む。
本明細書中で用いられる用語「重鎖」は、抗体に関して用いられる場合、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、ＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４のサブクラスを含む、抗体のＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭクラスをそれぞれ生じさせるあらゆる別個のタイプ、例えば、アルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）、及びミュー（μ）を指し得る。重鎖アミノ酸配列は、当該技術分野において公知である。一部の態様において、重鎖はヒト重鎖である。
本明細書中で用いられる用語「軽鎖」は、抗体に関して用いられる場合、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、あらゆる別個のタイプ、例えばκ（カッパ）又はλ（ラムダ）を指し得る。軽鎖アミノ酸配列は、当該技術分野において周知である。一部の態様において、軽鎖はヒト軽鎖である。
用語「キメラ」抗体又はその抗原結合断片は、アミノ酸配列が２つ以上の種に由来する抗体又はその抗原結合断片を指す。典型的には、軽鎖及び重鎖双方の可変領域は、哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ等）の一種に由来する、所望される特異性、親和性、及び能力を有する抗体又はその抗原結合断片の可変領域に対応する一方で、定常領域は、別の種（通常はヒト）における免疫応答を誘発することを回避するために、その種に由来する抗体又はその抗原結合断片内の配列に相同である。
用語「ヒト化」抗体又はその抗原結合断片は、最小限の非ヒト（例えばマウス）配列を含有する、特定の免疫グロブリン鎖、キメラ免疫グロブリン、又はその断片である非ヒト（例えばマウス）抗体又は抗原結合断片の形態を指す。典型的には、ヒト化抗体又はその抗原結合断片は、相補性決定領域（ＣＤＲ）の残基が、所望の特異性、親和性、及び能力を有する非ヒト種（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター）のＣＤＲ由来の残基によって置換されている（「ＣＤＲグラフト化」）ヒト免疫グロブリンである（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２－５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３－３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４－１５３６（１９８８））。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＲ）残基は、所望される特異性、親和性、及び能力を有する非ヒト種由来の抗体又は断片内の対応する残基で置換されている。ヒト化抗体又はその抗原結合断片はさらに、Ｆｖフレームワーク領域にある、且つ／又は置換された非ヒト残基内にある追加の残基の置換によって修飾されて、抗体又はその抗原結合断片の特異性、親和性、及び／又は能力を洗練して最適化することができる。一般に、ヒト化抗体又はその抗原結合断片は、非ヒト免疫グロブリンに対応するＣＤＲ領域の全て又は実質的に全てを含有する少なくとも１つ、典型的には２つ又は３つの可変ドメインの実質的に全てを含むこととなるが、ＦＲ領域の全て又は実質的に全ては、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。また、ヒト化抗体又はその抗原結合断片は、免疫グロブリン定常領域又はドメイン（Ｆｃ）の少なくとも一部分、典型的にはヒト免疫グロブリンのものを含み得る。ヒト化抗体を生成するのに用いられる方法の例が、米国特許第５，２２５，５３９号明細書、Ｒｏｇｕｓｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，９１（３）：９６９－９７３（１９９４）、及びＲｏｇｕｓｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．９（１０）：８９５－９０４（１９９６）に記載されている。一部の態様において、「ヒト化抗体」は、再表面化抗体（ｒｅｓｕｒｆａｃｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ）である。
用語「ヒト」抗体又はその抗原結合断片は、ヒト免疫グロブリン遺伝子座に由来するアミノ酸配列を有する抗体又はその抗原結合断片を意味し、そのような抗体又は抗原結合断片は、当該技術分野において知られているあらゆる技術を用いて製造される。ヒト抗体又はその抗原結合断片のこの定義は、インタクトな抗体又は完全長の抗体、及びそれらの断片を含む。
「結合親和性」は、一般に、分子（例えば抗体又はその抗原結合断片）の単一の結合部位と、その結合パートナー（例えば抗原）との間の非共有結合性の相互作用の合計の強度を指す。特に指定されない限り、本明細書中で用いられる「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体又はその抗原結合断片と抗原）間の１：１相互作用を反映する内因性結合親和性を指す。分子Ｘの、そのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（ＫＤ）によって表され得る。親和性は、平衡解離定数（ＫＤ）及び平衡結合定数（ＫＡ）が挙げられるがこれらに限定されない、当該技術分野において知られているいくつかの方法で測定され、且つ／又は表され得る。ＫＤは、ｋｏｆｆ／ｋｏｎの商から算出されるが、ＫＡは、ｋｏｎ／ｋｏｆｆの商から算出される。ｋｏｎは、例えば抗体又はその抗原結合断片の、抗原に対する結合速度定数を指し、そしてｋｏｆｆは、例えば抗体又はその抗原結合断片の、抗原からの解離を指す。ｋｏｎ及びｋｏｆｆは、当業者に知られている技術、例えばＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）又はＫｉｎＥｘＡによって決定することができる。
本明細書中で用いられる「エピトープ」は、当該技術分野の用語であり、抗体又はその抗原結合断片が特異的に結合し得る抗原の局所領域を指す。エピトープは、例えば、ポリペプチド（直鎖状であるか、又は連続したエピトープ）の連続アミノ酸であってもよいし、エピトープは、例えば、１つ以上のポリペプチドの２つ以上の非連続領域から一体となっていてもよい（コンフォメーションエピトープ、非直鎖状エピトープ、不連続エピトープ、又は非連続エピトープ）。一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片が結合するエピトープは、例えばＮＭＲ分光法、Ｘ線回折結晶解析研究、ＥＬＩＳＡアッセイ、水素／重水素交換質量分析法（例えば、液体クロマトグラフィエレクトロスプレー質量分析法）、アレイベースのオリゴペプチドスキャニングアッセイ、及び／又は変異誘発マッピング（例えば、部位特異的変異誘発マッピング）によって判定することができる。Ｘ線結晶解析について、結晶化は、当該技術分野において知られている方法のいずれかを用いて達成され得る（例えば、Ｇｉｅｇｅ Ｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５０（Ｐｔ ４）：３３９－３５０；ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ Ａ（１９９０）Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ １８９：１－２３；Ｃｈａｙｅｎ ＮＥ（１９９７）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ５：１２６９－１２７４；ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ Ａ（１９７６）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２５１：６３００－６３０３）。抗体／その抗原結合断片：抗原の結晶は、周知のＸ線回折技術を用いて研究することができ、且つコンピューターソフトウェア、例えばＸ－ＰＬＯＲ（Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、１９９２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃにより配布される；例えば、Ｍｅｔｈ Ｅｎｚｙｍｏｌ（１９８５）ｖｏｌｕｍｅｓ １１４ ＆ １１５，ｅｄｓ Ｗｙｃｋｏｆｆ ＨＷ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．２００４／００１４１９４）、及びＢＵＳＴＥＲ（Ｂｒｉｃｏｇｎｅ Ｇ（１９９３）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ４９（Ｐｔ １）：３７－６０；Ｂｒｉｃｏｇｎｅ Ｇ（１９９７）Ｍｅｔｈ Ｅｎｚｙｍｏｌ ２７６Ａ：３６１－４２３，ｅｄ Ｃａｒｔｅｒ ＣＷ；Ｒｏｖｅｒｓｉ Ｐ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５６（Ｐｔ １０）：１３１６－１３２３参照）を用いて精製することができる。変異誘発マッピング研究は、当業者に知られているあらゆる方法を用いて達成され得る。例えば、アラニンスキャニング変異誘発技術が挙げられる変異誘発技術の説明について、Ｃｈａｍｐｅ Ｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７０：１３８８－１３９４及びＣｕｎｎｉｎｇｈａｍ ＢＣ＆Ｗｅｌｌｓ ＪＡ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１０８１－１０８５参照。
参照抗体と「同じエピトープに結合する」抗体は、参照抗体と同じアミノ酸残基に結合する抗体を指す。抗体の、参照抗体と同じエピトープに結合する能力は、水素／重水素交換アッセイによって決定することができる（例えば、Ｃｏａｌｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｒａｐｉｄ Ｃｏｍｍｕｎ．Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．２００９；２３：６３９－６４７参照）。
本明細書中で用いられる用語「免疫特異的に結合する」、「免疫特異的に認識する」、「特異的に結合する」、及び「特異的に認識する」は、抗体又はその抗原結合断片の文脈における類似の用語である。これらの用語は、抗体又はその抗原結合断片が、その抗原結合ドメインを介してエピトープに結合すること、そして結合が、抗原結合ドメインとエピトープとの間にいくらかの相補性を必要とすることを示す。したがって、一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に「特異的に結合する」抗体はまた、１つ以上の関連するウイルス（例えばＳＡＲＳ－１）のスパイクタンパク質に結合することができ、且つ／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のバリアントに結合することができるが、無関係の非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への結合の程度は、例えばＦｏｒｔｅＢｉｏ又はＢｉａｃｏｒｅを用いて測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－のスパイクタンパク質に対する抗体の結合の約１０％未満である。
抗体は、所与のエピトープへの参照抗体の結合をある程度ブロックする限りにおいて、当該エピトープ又は重複エピトープに優先的に結合するならば、当該エピトープへの参照抗体の結合を「競合的に阻害する」と言われる。競合的阻害は、当該技術分野において知られているあらゆる方法、例えば競合ＥＬＩＳＡアッセイによって判定され得る。抗体は、所与のエピトープへの参照抗体の結合を少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％、又は少なくとも５０％競合的に阻害すると言うことができる。
「単離されている」ポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、又は組成物は、天然には見出されない形態のポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、又は組成物である。単離されたポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、又は組成物として、もはや天然に見出される形態ではない程度まで精製されているものが挙げられる。一部の態様において、単離されている抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、又は組成物は、実質的に純粋である。本明細書中で用いられる「実質的に純粋な」は、少なくとも５０％純粋（すなわち、混入物がない）、少なくとも９０％純粋、少なくとも９５％純粋、少なくとも９８％純粋、又は少なくとも９９％純粋な物質を指す。
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、及び「タンパク質」は、本明細書中で互換的に、あらゆる長さのアミノ酸のポリマーを指すのに用いられる。ポリマーは、直鎖状であっても分枝状であってもよく、修飾アミノ酸を含んでもよく、そして非アミノ酸によって中断されていてもよい。当該用語はまた、天然に、又は介在によって修飾されている、例えばジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質付加、アセチル化、リン酸化、又は他のあらゆる操作若しくは修飾、例えば標識成分とのコンジュゲーションによって修飾されているアミノ酸ポリマーを包含する。また、定義の範囲に含まれるのは、例えば、アミノ酸（例えば、非天然アミノ酸等が挙げられる）の１つ以上の類似体を含有するポリペプチド、並びに当該技術分野において知られている他の修飾である。本発明のポリペプチドは抗体に基づくため、一部の態様において、ポリペプチドは単鎖又は結合鎖として存在し得ることが理解される。
「同一性パーセント」は、２つの配列（例えばアミノ酸配列又は核酸配列）間の同一性の程度を指す。同一性パーセントは、２つの配列をアラインメントし、且つギャップを導入して配列間の同一性を最大化させることによって決定することができる。アラインメントは、当該技術分野において知られているプログラムを用いて生じさせることができる。本明細書での目的のために、ヌクレオチド配列のアラインメントは、デフォルトパラメータに設定したｂｌａｓｔｎプログラムにより実行することができ、アミノ酸配列のアラインメントは、デフォルトパラメータに設定したｂｌａｓｔｐプログラムにより実行することができる（ワールドワイドウェブｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ上の全米バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ、ＮＣＢＩ）参照）。
本明細書中で用いられる、疎水性側鎖を有するアミノ酸として、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）、フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、及びチロシン（Ｙ）が挙げられる。脂肪族疎水性側鎖を有するアミノ酸として、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、及びバリン（Ｖ）が挙げられる。芳香族疎水性側鎖を有するアミノ酸として、フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、及びチロシン（Ｙ）が挙げられる。
本明細書中で用いられる、極性中性側鎖を有するアミノ酸として、アスパラギン（Ｎ）、システイン（Ｃ）、グルタミン（Ｑ）、セリン（Ｓ）、及びスレオニン（Ｔ）が挙げられる。
本明細書中で用いられる、荷電側鎖を有するアミノ酸として、アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）、アルギニン（Ｒ）、ヒスチジン（Ｈ）、及びリジン（Ｋ）が挙げられる。酸性荷電側鎖を有するアミノ酸として、アスパラギン酸（Ｄ）及びグルタミン酸（Ｅ）が挙げられる。塩基性荷電側鎖を有するアミノ酸として、アルギニン（Ｒ）、ヒスチジン（Ｈ）、及びリジン（Ｋ）が挙げられる。
本明細書中で用いられる用語「宿主細胞」は、あらゆる種類の細胞、例えば初代細胞、培養細胞、又は細胞株由来細胞であってよい。一部の態様において、用語「宿主細胞」は、核酸分子により形質移入された細胞、及びそのような細胞の後代又は潜在的後代を指す。そのような細胞の後代は、例えば、次世代において、又は宿主細胞ゲノムへの核酸分子中への組込において生じ得る変異又は環境の影響に起因して、核酸分子により形質移入された親細胞と同一でない場合がある。
用語「医薬製剤」は、活性成分の生物活性が有効となることを可能にするような形態をし、且つ製剤が投与されることとなる対象に対して許容できないほど毒性が高い追加の成分を含有しない製剤を指す。製剤は無菌であり得る。
本明細書中で用いられる用語「対象」及び「患者」は、互換的に用いられる。対象は動物とすることができる。一部の態様において、対象は哺乳動物、例えば、非ヒト動物（例えば、ウシ、ブタ、ウマ、ネコ、イヌ、ラット、マウス、サル又は他の霊長類等）である。一部の態様において、対象はヒトである。
本開示及び特許請求の範囲において用いられる単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、別途文脈が明確に指示しない限り、複数形を含む。
文言「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と共に態様が本明細書中に記載される場合は常に、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」及び／又は「本質的にからなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」に関して記載される、他の点では類似の態様もまた提供されることが理解される。本開示において、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、及び「有する（ｈａｖｉｎｇ）」等は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」等を意味し得；「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」又は「本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」はオープンエンドであり、列挙されているものの基本的又は新規な特性が、列挙されているもの以外の存在によって変化しない限りにおいて、列挙されるもの以外の存在を許容するが、先行技術の態様は除外する。
特に明記されない限り、又は文脈から明らかでない限り、本明細書中で用いられる用語「又は」は、包括的であることが理解される。本明細書中の「Ａ及び／又はＢ」等の語句に用いられる用語「及び／又は」は、「Ａ及びＢ」の双方、「Ａ又はＢ」、「Ａ」、並びに「Ｂ」を含むことが意図されている。同様に、「Ａ、Ｂ、及び／又はＣ」等の語句に用いられる用語「及び／又は」は、以下の態様の各々を包含することが意図されている：Ａ、Ｂ、及びＣ；Ａ、Ｂ、又はＣ；Ａ又はＣ；Ａ又はＢ；Ｂ又はＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；並びにＣ（単独）。
本明細書中で用いられる用語「約」及び「およそ」は、数値又は数の範囲を修飾するのに用いられる場合、当該値又は範囲から最大で１０％超、そして最小で１０％超の偏差が、引用される値又は範囲の意図される意味の範囲内に留まることを示す。態様が、ある数値又は範囲について文言「約」又は「およそ」と共に本明細書中に記載される場合は常に、当該特定の数値又は範囲（「約」を含まない）に言及する、他の点では類似の態様もまた提供されることが理解される。
本明細書中で提供される組成物又は方法はいずれも、本明細書中で提供されるその他の組成物及び方法のいずれかの１つ以上と組み合わされ得る。
５．２ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２内の天然に存在するスパイクタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１００に記載される。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２内の天然に存在するスパイクタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１００に記載される。
配列番号１００のアミノ酸１～１２が、スパイクタンパク質のシグナルペプチドである。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質の成熟バージョンは、配列番号１００のアミノ酸１３～１２７３を含有する。配列番号１００のアミノ酸１３～１２１３は細胞外ドメインに対応し、アミノ酸１２１４～１２３４は膜貫通ドメインに対応し、アミノ酸１２３５～１２７３は細胞質ドメインに対応する。
本明細書中で提供されるのは、特性が向上した、例えば、（例えば細胞培養において）発現が向上した、そして抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出する有効性が向上したスパイクタンパク質である。一態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質は、以下の配列を含む。
一態様において、本明細書中で提供されるタンパク質は、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含む。一態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むタンパク質を含む三量体である。
５．３ 抗体及びその抗原結合断片
特定の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体（例えば、ヒト抗体等のモノクローナル抗体）及びその抗原結合断片である。
特定の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体（例えば、ヒト抗体等のモノクローナル抗体）及びその抗原結合断片である。
一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１００に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質及び／又は配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質に結合することができる。一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１００に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質及び／又は配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を含む三量体に結合することができる。
一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ２三量体に結合することができる。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片は、スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ、配列番号１００のアミノ酸３３４～５２６）に結合することができる。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ２三量体に、そしてスパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に結合することができる。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質に結合することができる。一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含む（例えば、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を各々有する３つのタンパク質を含む）ＳＡＲＳ２三量体に結合することができる。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、且つ表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ及び同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、表１に記載される抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ、及び表２に記載される同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含み、且つ表３内の同抗体のＶＨ配列と少なくとも８５％同一の配列を含むＶＨ、及び表４内の同抗体のＶＬ配列と少なくとも８５％同一の配列を含むＶＬを含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、表１に記載される抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ、及び表２に記載される同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含み、且つ表３内の同抗体のＶＨ配列と少なくとも９０％同一の配列を含むＶＨ、及び表４内の同抗体のＶＬ配列と少なくとも９０％同一の配列を含むＶＬを含む。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、表１に記載される抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ、及び表２に記載される同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含み、且つ表３内の同抗体のＶＨ配列と少なくとも９５％同一の配列を含むＶＨ、及び表４内の同抗体のＶＬ配列と少なくとも９５％同一の配列を含むＶＬを含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、表１に記載される抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ、及び表２に記載される同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含み、且つ表３内の同抗体のＶＨ配列と少なくとも９６％同一の配列を含むＶＨ、及び表４内の同抗体のＶＬ配列と少なくとも９６％同一の配列を含むＶＬを含む。一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、表１に記載される抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ、及び表２に記載される同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含み、且つ表３内の同抗体のＶＨ配列と少なくとも９７％同一の配列を含むＶＨ、及び表４内の同抗体のＶＬ配列と少なくとも９７％同一の配列を含むＶＬを含む。一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、表１に記載される抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ、及び表２に記載される同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含み、且つ表３内の同抗体のＶＨ配列と少なくとも９８％同一の配列を含むＶＨ、及び表４内の同抗体のＶＬ配列と少なくとも９８％同一の配列を含むＶＬを含む。一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲ（すなわち、表１に記載される抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ、及び表２に記載される同抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を含み、且つ表３内の同抗体のＶＨ配列と少なくとも９９％同一の配列を含むＶＨ、及び表４内の同抗体のＶＬ配列と少なくとも９９％同一の配列を含むＶＬを含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、表３及び表４に記載される抗体の可変重鎖（ＶＨ）及び／又は可変軽鎖（ＶＬ）を含む抗体と同じ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のエピトープに特異的に結合する。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体のスパイクタンパク質への参照抗体の結合を競合的に阻害し、参照抗体は、表３及び表４に記載される抗体の、表３に記載される可変重鎖（ＶＨ）及び／又は可変軽鎖（ＶＬ）を含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、且つ表３に記載される抗体のＶＨを含む。一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、且つ表４に記載される抗体のＶＬを含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し、且つ表３及び表４に記載される抗体のＶＨ及びＶＬ（すなわち、抗体のＶＨ及び同抗体のＶＬ）を含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、そのＶＬドメインのみによって、若しくはそのＶＨドメインのみによって、又はその３つのＶＬ ＣＤＲのみによって、若しくはその３つのＶＨ ＣＤＲのみによって説明され得る。例えば、ヒト軽鎖又は重鎖ライブラリからそれぞれ相補性軽鎖又は重鎖を特定して、高い、又は元の抗体の親和性よりも高い親和性を有するヒト化抗体バリアントをもたらすことによる、マウス抗αｖβ３抗体のヒト化を説明する、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＲａｄｅｒ Ｃ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）ＰＮＡＳ ９５：８９１０－８９１５参照。また、特異的ＶＬドメイン（又はＶＨドメイン）を用いて、ライブラリを相補性可変ドメインの有無に関してスクリーニングすることによって、特異的抗原に結合する抗体を生成する方法を説明する、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＣｌａｃｋｓｏｎ Ｔ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４－６２８参照。スクリーニングは、特異的ＶＨドメインについて１４個の新たなパートナー、及び特異的ＶＬドメインについて１３個の新たなパートナーを生成した。これらは、ＥＬＩＳＡによって判定して、強力なバインダであった。また、特異的ＶＨドメインを用いて、ライブラリ（例えばヒトＶＬライブラリ）を相補的ＶＬドメインの有無に関してスクリーニングすることによって特異的抗原に結合する抗体を生成する方法であって、選択されたＶＬドメインを次に、追加の相補的（例えばヒト）ＶＨドメインの選択を誘導するのに用いることができる方法を説明する、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＫｉｍ ＳＪ＆Ｈｏｎｇ ＨＪ，（２００７）Ｊ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ４５：５７２－５７７参照。
一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片のＣＤＲを、免疫グロブリン構造ループの位置を指すＣｈｏｔｈｉａナンバリングスキームに従って決定することができる（例えば、Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃ ＆ Ｌｅｓｋ ＡＭ，（１９８７），Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９６：９０１－９１７；Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ Ｂ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２７３：９２７－９４８；Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃ ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２７：７９９－８１７；Ｔｒａｍｏｎｔａｎｏ Ａ ｅｔ ａｌ．，（１９９０） Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２１５（１）：１７５－８２；及び米国特許第７，７０９，２２６号明細書参照）。典型的には、Ｋａｂａｔナンバリング規則を使用する場合、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ１ループは重鎖アミノ酸２６～３２、３３、又は３４に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ２ループは重鎖アミノ酸５２～５６に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ３ループは重鎖アミノ酸９５～１０２に存在する一方、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｌ１ループは軽鎖アミノ酸２４～３４に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｌ２ループは軽鎖アミノ酸５０～５６に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｌ３ループは軽鎖アミノ酸８９～９７に存在する。Ｋａｂａｔナンバリング規則を用いてナンバリングした場合のＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ１ループの末端は、当該ループの長さに応じてＨ３２～Ｈ３４の間で変化する（これは、ＫａｂａｔナンバリングスキームがＨ３５Ａ及びＨ３５Ｂにて挿入を置くためであり、３５Ａも３５Ｂも存在しなければ、当該ループは３２で終わり、３５Ａのみが存在すれば、当該ループは３３で終わり、３５Ａ及び３５Ｂの双方が存在すれば、当該ループは３４で終わる）。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合し、且つ表３及び表４に記載されるＶＨ配列及びＶＬ配列を含む抗体のＣｈｏｔｈｉａ ＶＨ及びＶＬ（すなわち、抗体のＶＨ及び同抗体のＶＬ）ＣＤＲを含む抗体及びその抗原結合断片である。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片は、１つ以上のＣＤＲを含み、ここでＣｈｏｔｈｉａ及びＫａｂａｔ ＣＤＲは、同じアミノ酸配列を有する。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合し、且つＫａｂａｔ ＣＤＲ及びＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲの組合せを含む抗体及びその抗原結合断片である。
一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片のＣＤＲを、Ｌｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ，（１９９９）Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｓｔ ７：１３２－１３６及びＬｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２７：２０９－２１２において説明されるように、ＩＭＧＴナンバリング方式に従って決定することができる。ＩＭＧＴナンバリングスキームに従えば、ＶＨ－ＣＤＲ１は２６～３５位であり、ＶＨ－ＣＤＲ２は５１～５７位であり、ＶＨ－ＣＤＲ３は９３～１０２位であり、ＶＬ－ＣＤＲ１は２７～３２位であり、ＶＬ－ＣＤＲ２は５０～５２位であり、ＶＬ－ＣＤＲ３は８９～９７位である。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合し、且つ、例えばＬｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ（１９９９）、前掲及びＬｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ ｅｔ ａｌ．（１９９９）、前掲に記載される、表３及び表４に記載されるＶＨ配列及びＶＬ配列を含む抗体のＩＭＧＴ ＶＨ及びＶＬ（すなわち、抗体のＶＨ及び同抗体のＶＬ）ＣＤＲを含む抗体及びその抗原結合断片である。
一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片のＣＤＲを、ＭａｃＣａｌｌｕｍ ＲＭ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２６２：７３２－７４５に従って決定することができる。また、例えば、Ｍａｒｔｉｎ Ａ．“Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｖａｒｉａｂｌｅ Ｄｏｍａｉｎｓ，”ｉｎ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｄｕｅｂｅｌ，ｅｄｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ ３１，ｐｐ．４２２－４３９，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｂｅｒｌｉｎ（２００１）参照。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合し、且つ、ＭａｃＣａｌｌｕｍ ＲＭ ｅｔ ａｌ．における方法によって決定される、表４及び４に記載されるＶＨ配列及びＶＬ配列を含む抗体のＶＨ及びＶＬ（すなわち、抗体のＶＨ及び同抗体のＶＬ）ＣＤＲを含む抗体又はその抗原結合断片である。
一部の態様において、抗体又はその抗原結合断片のＣＤＲを、ＡｂＭナンバリングスキームに従って決定することができる。これは、Ｋａｂａｔ ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループとの間で妥協案を示し、且つＯｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェア（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｉｎｃ．）によって用いられるＡｂＭ超可変領域に言及する。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合し、且つ、ＡｂＭナンバリングスキームによって決定される、表３及び表４に記載されるＶＨ配列及びＶＬ配列を含む抗体のＶＨ及びＶＬ（すなわち、抗体のＶＨ及び同抗体のＶＬ）ＣＤＲを含む抗体又はその抗原結合断片である。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、重鎖及び／又は軽鎖を含む抗体である。ヒト定常領域配列の非限定的な例が、当該技術分野において説明されており、例えば、米国特許第５，６９３，７８０号明細書及びＫａｂａｔ ＥＡ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）、前掲参照。
重鎖に関して、一部の態様において、本明細書中に記載される抗体の重鎖は、アルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）、又はミュー（μ）重鎖であり得る。一部の態様において、記載される抗体の重鎖は、ヒトアルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）、又はミュー（μ）重鎖を含み得る。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体は、重鎖を含み、ＶＨドメインのアミノ酸配列は、表３に示されるアミノ酸配列を含み、重鎖の定常領域は、ヒトガンマ（γ）重鎖定常領域（例えばヒトＩｇＧ１重鎖定常領域）のアミノ酸配列を含む。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体は、重鎖を含み、ＶＨドメインのアミノ酸配列は、表３に示されるアミノ酸配列を含み、重鎖の定常領域は、ヒトＩｇＭ重鎖定常領域のアミノ酸配列を含む。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体は、重鎖を含み、ＶＨドメインのアミノ酸配列は、表３に示される配列を含み、重鎖の定常領域は、本明細書中に記載されるか、又は当該技術分野において知られているヒト重鎖のアミノ酸を含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片の軽鎖は、ヒトカッパ軽鎖又はヒトラムダ軽鎖である。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体は、軽鎖を含み、ＶＬドメインのアミノ酸配列は、表４に示される配列を含み、軽鎖の定常領域は、ヒトカッパ又はラムダ軽鎖定常領域のアミノ酸配列を含む。
一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、軽鎖を含み、ＶＬドメインのアミノ酸配列は、表４に示される配列を含み、軽鎖の定常領域は、ヒトカッパ軽鎖定常領域のアミノ酸配列を含む。
一部の態様において、本明細書中に記載される抗体の軽鎖は、ラムダ軽鎖である。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体は、軽鎖を含み、ＶＬドメインのアミノ酸配列は、表４に示される配列を含み、軽鎖の定常領域は、ヒトラムダ軽鎖定常領域のアミノ酸配列を含む。
一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体は、本明細書中に記載されるあらゆるアミノ酸配列を含むＶＨドメイン及びＶＬドメインを含み、定常領域は、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、若しくはＩｇＹ免疫グロブリン分子、又はヒトＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、若しくはＩｇＹ免疫グロブリン分子の定常領域のアミノ酸配列を含む。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体は、本明細書中に記載されるあらゆるアミノ酸配列を含むＶＨドメイン及びＶＬドメインを含み、定常領域は、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、若しくはＩｇＹ免疫グロブリン分子、免疫グロブリン分子のあらゆるクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）、又はあらゆるサブクラス（例えば、ＩｇＧ２ａ及びＩｇＧ２ｂ）の定常領域のアミノ酸配列を含む。一部の態様において、定常領域は、ヒトＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、若しくはＩｇＹ免疫グロブリン分子、免疫グロブリン分子のあらゆるクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）、又はあらゆるサブクラス（例えば、ＩｇＧ２ａ及びＩｇＧ２ｂ）の定常領域のアミノ酸配列を含む。
一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を中和しない。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の偽ウイルスを中和しない。
競合結合アッセイを用いて、２つの抗体が重複エピトープに結合するかを判定することができる。免疫グロブリンが、試験下で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質等の共通抗原への参照抗体の特異的結合を阻害するアッセイにより、競合結合を判定することができる。多数の種類の競合結合アッセイ、例えば、固相直接又は間接ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、固相直接又は間接酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（Ｓｔａｈｌｉ Ｃ ｅｔ ａｌ．，（１９８３）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ ９：２４２－２５３参照）；固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Ｋｉｒｋｌａｎｄ ＴＮ ｅｔ ａｌ．，（１９８６）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １３７：３６１４－９参照）；固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ（Ｈａｒｌｏｗ Ｅ ＆ Ｌａｎｅ Ｄ，（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ参照）；Ｉ－１２５標識を用いる固相直接標識ＲＩＡ（Ｍｏｒｅｌ ＧＡ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２５（１）：７－１５参照）；固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Ｃｈｅｕｎｇ ＲＣ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７６：５４６－５２）；及び直接標識ＲＩＡ （Ｍｏｌｄｅｎｈａｕｅｒ Ｇ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｓｃａｎｄ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ３２：７７－８２）が知られている。典型的には、そのようなアッセイは、非標識試験免疫グロブリン及び標識参照免疫グロブリンのいずれかを有する固体表面又は細胞に結合した精製抗原の使用を伴う。試験免疫グロブリンの存在下で、固体表面又は細胞に結合した標識の量を判定することによって、競合的阻害を測定することができる。通常、試験免疫グロブリンは、過剰に存在する。通常、競合抗体は、過剰に存在する場合、共通抗原への参照抗体の特異的結合を、少なくとも５０～５５％、５５～６０％、６０～６５％、６５～７０％、７０～７５％、又はそれ以上阻害することとなる。競合結合アッセイは、標識抗原又は標識抗体のいずれかを用いて、多数の異なるフォーマットで構成され得る。このアッセイの一般的なバージョンでは、抗原は、９６ウェルプレート上に固定される。次に、抗原に対する標識抗体の結合をブロックする未標識抗体の能力が、放射性標識又は酵素標識を用いて測定される。更なる詳細について、例えば、Ｗａｇｅｎｅｒ Ｃ ｅｔ ａｌ．，（１９８３）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １３０：２３０８－２３１５；Ｗａｇｅｎｅｒ Ｃ ｅｔ ａｌ．，（１９８４）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ６８：２６９－２７４；Ｋｕｒｏｋｉ Ｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５０：４８７２－４８７９；Ｋｕｒｏｋｉ Ｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｎｖｅｓｔ ２１：５２３－５３８；Ｋｕｒｏｋｉ Ｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ １１：３９１－４０７、及びＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ Ｅ ＆ Ｌａｎｅ Ｄ ｅｄｉｔｏｒｓ，ｐｐ．３８６－３８９参照。
一部の態様において、競合アッセイは、表面プラズモン共鳴（ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標））を用いて、例えば、Ａｂｄｉｃｈｅ ＹＮ ｅｔ ａｌ．，（２００９）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ ３８６：１７２－１８０によって説明されるもの等の「インタンデムアプローチ」によって実行され、これにより、抗原が、チップ表面、例えば、ＣＭ５センサチップ上に固定されてから、抗体又は抗原結合断片がチップ上を流れる。抗体又はその抗原結合断片が、本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体と競合するかを判定するために、最初に抗体又は抗原結合断片をチップ表面上に流して飽和を達成してから、潜在的競合抗体を添加する。続いて、競合抗体又はその抗原結合断片の結合が、非競合対照と比較して判定且つ定量され得る。
別の態様において、本明細書中で提供されるのは、当業者に知られている、又は本明細書中に記載されるアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ競合アッセイ、又は懸濁アレイ若しくは表面プラズモン共鳴アッセイ）を用いて判定される、記載される抗体又はその抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合するのを競合的に（例えば用量依存的に）阻害する抗体である。
一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する、本明細書中に記載される抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びｓｃＦｖからなる群から選択され、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、又はｓｃＦｖは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片の重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む。Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、又はｓｃＦｖは、本明細書中で論じたものが挙げられるがこれに限定されない、当業者に知られているあらゆる技術によって生成可能である。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片は、検出可能な標識又は物質に融合又はコンジュゲート（例えば、共有結合又は非共有結合）され得る。検出可能な標識又は物質の例として、グルコースオキシダーゼ等の酵素標識；ヨウ素（１２５Ｉ、１２１Ｉ）、炭素（１４Ｃ）、硫黄（３５Ｓ）、トリチウム（３Ｈ）、インジウム（１２１Ｉｎ）、及びテクネチウム（９９Ｔｃ）等の放射性同位体；ルミノール等の発光標識；並びにフルオレセイン及びローダミン等の蛍光標識、並びにビオチンが挙げられる。そのような標識抗体又はその抗原結合断片を用いて、本明細書中の他の場所で論じられるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質若しくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する抗体を検出することができる。
５．４ タンパク質及び抗体生成
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質、並びに当該スパイクタンパク質に免疫特異的に結合する抗体及びその抗原結合断片は、タンパク質、並びに抗体及びその抗原結合断片を合成するための当該技術分野において知られているあらゆる方法によって、例えば、化学合成によって、又は組換え発現技術によって生成することができる。本明細書中に記載される方法は、別段の指摘がない限り、分子生物学、微生物学、遺伝的分析、組換えＤＮＡ、有機化学、生化学、ＰＣＲ、オリゴヌクレオチド合成及び修飾、核酸ハイブリダイゼーション、並びに当該技術分野の技能の範囲内の関連分野における従来技術を使用する。これらの技術については、例えば本明細書中で引用される参考文献に記載されており、そして文献において十分に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ Ｊ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ；Ａｕｓｕｂｅｌ ＦＭ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（１９８７年及び年次改訂版）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （１９８７年及び年次改訂版）Ｇａｉｔ（ｅｄ．）（１９８４）Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ；Ｅｃｋｓｔｅｉｎ（ｅｄ．）（１９９１）Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ；Ｂｉｒｒｅｎ Ｂ ｅｔ ａｌ．，（ｅｄｓ．）（１９９９）Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ参照。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質、並びに当該スパイクタンパク質に免疫特異的に結合する抗体及びその抗原結合断片は、タンパク質、並びに抗体及びその抗原結合断片を合成するための当該技術分野において知られているあらゆる方法によって、例えば、化学合成によって、又は組換え発現技術によって生成することができる。本明細書中に記載される方法は、別段の指摘がない限り、分子生物学、微生物学、遺伝的分析、組換えＤＮＡ、有機化学、生化学、ＰＣＲ、オリゴヌクレオチド合成及び修飾、核酸ハイブリダイゼーション、並びに当該技術分野の技能の範囲内の関連分野における従来技術を使用する。これらの技術については、例えば本明細書中で引用される参考文献に記載されており、そして文献において十分に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ Ｊ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ；Ａｕｓｕｂｅｌ ＦＭ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（１９８７年及び年次改訂版）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （１９８７年及び年次改訂版）Ｇａｉｔ（ｅｄ．）（１９８４）Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ；Ｅｃｋｓｔｅｉｎ（ｅｄ．）（１９９１）Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ；Ｂｉｒｒｅｎ Ｂ ｅｔ ａｌ．，（ｅｄｓ．）（１９９９）Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ参照。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を製造する方法であって、本明細書中に記載される細胞又は宿主細胞を培養することを含む方法である。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を製造する方法であって、本明細書中に記載される細胞又は宿主細胞（例えば、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドを含む細胞又は宿主細胞）を用いてタンパク質を発現させる（例えば、組換えにより発現させる）ことを含む方法である。一部の態様において、細胞は、単離された細胞である。一部の態様において、外因性ポリヌクレオチドが細胞中に導入されている。一部の態様において、当該方法はさらに、細胞、宿主細胞、又は培養物から得られたタンパク質を分離又は精製する工程を含む。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する抗体又は抗原結合断片を製造する方法であって、本明細書中に記載される細胞又は宿主細胞を培養することを含む方法である。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片を製造する方法であって、本明細書中に記載される細胞又は宿主細胞（例えば、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドを含む細胞又は宿主細胞）を用いて抗体又はその抗原結合断片を発現させる（例えば、組換え発現させる）ことを含む方法である。一部の態様において、細胞は単離細胞である。一部の態様において、外因性ポリヌクレオチドが細胞中に導入されている。一部の態様において、当該方法はさらに、細胞、宿主細胞、又は培養物から得られた抗体又は抗原結合断片を分離又は精製する工程を含む。
ポリクローナル抗体を生成する方法が、当該技術分野において知られている（例えば、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，（２００２）５ｔｈ Ｅｄ．，Ａｕｓｕｂｅｌ ＦＭ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋの第１１章参照）。
モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、ハイブリドーマ、組換え、及びファージディスプレイ技術、酵母ベースの提示技術の使用が挙げられる、当該技術分野において知られている多種多様な技術、又はそれらの組合せを用いて調製され得る。例えば、モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、当該技術分野において知られており、例えば、Ｈａｒｌｏｗ Ｅ ＆ Ｌａｎｅ Ｄ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ ｅｄ．１９８８）；Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ ＧＪ ｅｔ ａｌ．，於：Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３ ６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１）において教示されているか、又はＫｏｈｌｅｒ Ｇ ＆ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ Ｃ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５に記載されているものが挙げられるハイブリドーマ技術を用いて生成することができる。本明細書中に記載される抗体を選択且つ生成するために使用され得る酵母ベースの提示法の例として、例えば、それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際公開第２００９／０３６３７９Ａ２号パンフレット、国際公開第２０１０／１０５２５６号パンフレット、及び国際公開第２０１２／００９５６８号パンフレットに開示されるものが挙げられる。
一部の態様において、モノクローナル抗体又は抗原結合断片は、クローン細胞（例えば、組換え抗体又は抗原結合断片を産生するハイブリドーマ又は宿主細胞）によって産生される抗体又は抗原結合断片であり、抗体又は抗原結合断片は、例えばＥＬＩＳＡ、又は当該技術分野において知られている他の抗原結合アッセイ、例えばラテラルフローアッセイ、若しくは本明細書中で提供される実施例における他の抗原結合アッセイによって判定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する。一部の態様において、モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、ヒト抗体又はその抗原結合断片であり得る。一部の態様において、モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、Ｆａｂ断片又はＦ（ａｂ’）２断片であり得る。本明細書中に記載されるモノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、例えば、Ｋｏｈｌｅｒ Ｇ ＆ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ Ｃ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５に記載されるハイブリドーマ法によって製造され得るか、又は、例えば本明細書中に記載される技術を用いて、ファージライブラリから単離され得る。クローン細胞株の、そしてそれによって発現されるモノクローナル抗体及びその抗原結合断片の他の調製方法は、当該技術分野において周知である（例えば、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，（２００２）５ｔｈ Ｅｄ．，Ａｕｓｕｂｅｌ ＦＭ ｅｔ ａｌ．、前掲の第１１章参照）。
本明細書中に記載される抗体の抗原結合断片は、当業者に知られているあらゆる技術によって生成され得る。例えば、本明細書中に記載されるＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片は、（Ｆａｂ断片を生成するための）パパイン等の酵素、又は（Ｆ（ａｂ’）２断片を生成するための）ペプシンを用いた、免疫グロブリン分子のタンパク質分解的切断によって生成され得る。Ｆａｂ断片は、四量体抗体分子の２つの同一のアームのうちの１つに対応し、重鎖のＶＨドメイン及びＣＨ１ドメインと対になる完全軽鎖を含有する。Ｆ（ａｂ’）２断片は、ヒンジ領域内のジスルフィド結合によって連結した四量体抗体分子の２つの抗原結合アームを含有する。
さらに、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、当該技術分野において知られている種々のファージディスプレイ法及び／又は酵母ベースの提示法を用いて生成することもできる。ファージディスプレイ法では、タンパク質が、これをコードするポリヌクレオチド配列を有するファージ粒子の表面上に提示される。特に、ＶＨドメイン及びＶＬドメインをコードするＤＮＡ配列は、動物ｃＤＮＡライブラリ（例えば、罹患組織のヒト又はマウスｃＤＮＡライブラリ）から増幅される。ＶＨドメイン及びＶＬドメインをコードするＤＮＡは、ＰＣＲによってｓｃＦｖリンカーと一緒に組み換えられて、ファージミドベクター中にクローニングされる。ベクターは、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）内にエレクトロポレートされる。そして、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）にヘルパーファージが感染する。これらの方法において用いられるファージは典型的に、ｆｄ及びＭ１３が挙げられる繊維状ファージであり、ＶＨドメイン及びＶＬドメインは、通常、ファージ遺伝子ＩＩＩ又は遺伝子ＶＩＩＩのいずれかに、組換えにより融合する。特定の抗原に結合する抗体又はその抗原結合断片を発現するファージは、抗原により、例えば、標識抗原、又は固体表面若しくはビーズに結合したか若しくは捕捉された抗原を用いて、選択又は識別され得る。本明細書中に記載される抗体又は断片を製造するのに用いられ得るファージディスプレイ法の例として、Ｂｒｉｎｋｍａｎ Ｕ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ １８２：４１－５０；Ａｍｅｓ ＲＳ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ １８４：１７７－１８６；Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈ ＣＡ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２４：９５２－９５８；Ｐｅｒｓｉｃ Ｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｇｅｎｅ １８７：９－１８；Ｂｕｒｔｏｎ ＤＲ ＆ Ｂａｒｂａｓ ＣＦ（１９９４）Ａｄｖａｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ５７：１９１－２８０；国際出願ＰＣＴ／ＧＢ９１／００１１３４号明細書、国際公開第９０／０２８０９号パンフレット、国際公開第９１／１０７３７号パンフレット、国際公開第９２／０１０４７号パンフレット、国際公開第９２／１８６１９号パンフレット、国際公開第９３／１１２３６号パンフレット、国際公開第９５／１５９８２号パンフレット、国際公開第９５／２０４０１号パンフレット、及び国際公開第９７／１３８４４号パンフレット；並びに米国特許第５，６９８，４２６号明細書、米国特許第５，２２３，４０９号明細書、米国特許第５，４０３，４８４号明細書、米国特許第５，５８０，７１７号明細書、米国特許第５，４２７，９０８号明細書、米国特許第５，７５０，７５３号明細書、米国特許第５，８２１，０４７号明細書、米国特許第５，５７１，６９８号明細書、米国特許第５，４２７，９０８号明細書、米国特許第５，５１６，６３７号明細書、米国特許第５，７８０，２２５号明細書、米国特許第５，６５８，７２７号明細書、米国特許第５，７３３，７４３号明細書、及び米国特許第５，９６９，１０８号明細書に開示されるものが挙げられる。
５．４．１ ポリヌクレオチド
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドである。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドである。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体若しくはその抗原結合断片、又はそのドメイン（例えば、可変軽鎖領域及び／又は可変重鎖領域）をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド、並びにベクター、例えば、宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）及び哺乳動物細胞）内での組換え発現用の、そのようなポリヌクレオチドを含むベクターである。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に免疫特異的に結合し、且つ本明細書中に記載されるアミノ酸配列を含む抗体又はその抗原結合断片、並びにそのような抗体若しくは抗原結合断片とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への結合に関して（例えば、用量依存的に）競合するか、又はそのような抗体若しくは抗原結合断片のものと同じエピトープに結合する抗体又は抗原結合断片をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドである。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、表５に記載される重鎖可変領域（ＶＨ）をコードする核酸分子及び／又は表６に記載される軽鎖可変領域（ＶＬ）をコードする核酸分子を含むポリヌクレオチドである。
また、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１のスパイクタンパク質をコードするか、又は、例えば、コドン／ＲＮＡ最適化、異種シグナル配列との置換、及びｍＲＮＡ不安定性要素の排除によって最適化されている、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体若しくはその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドである。コドン変化（例えば、遺伝コードの縮重に起因する、同じアミノ酸をコードするコドン変化）を導入すること、且つ／又はｍＲＮＡ内の阻害領域を除外することによって、組換え発現について最適化された核酸を生成する方法は、例えば、米国特許第５，９６５，７２６号明細書；米国特許第６，１７４，６６６号明細書；米国特許第６，２９１，６６４号明細書；米国特許第６，４１４，１３２号明細書；及び米国特許第６，７９４，４９８号明細書に記載される最適化方法を適応させることによって実行することができる。
本明細書中に記載される抗体若しくはその抗原結合断片、又はそのドメインをコードするポリヌクレオチドは、当該技術分野において周知の方法（例えば、ＰＣＲ及び他の分子クローニング法）を用いて、適切な供給源（例えばハイブリドーマ）由来の核酸から生成され得る。例えば、知られている配列の３’末端及び５’末端にハイブリダイズ可能な合成プライマーを用いたＰＣＲ増幅は、注目する抗体を産生するハイブリドーマ細胞から得られたゲノムＤＮＡを用いて実行され得る。そのようなＰＣＲ増幅法を用いて、抗体又はその抗原結合断片の軽鎖及び／又は重鎖をコードする配列を含む核酸を得ることができる。そのようなＰＣＲ増幅法を用いて、抗体又はその抗原結合断片の可変軽鎖領域及び／又は可変重鎖領域をコードする配列を含む核酸を得ることができる。増幅された核酸は、宿主細胞内での発現のために、そして例えば、キメラ抗体及びヒト化抗体又はその抗原結合断片を生成するための更なるクローニングのために、ベクター中にクローニングされ得る。
本明細書中で提供されるポリヌクレオチドは、例えば、ＲＮＡ形態であってもＤＮＡ形態であってもよい。ＤＮＡとして、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、及び合成ＤＮＡが挙げられ、そしてＤＮＡは、二本鎖であっても一本鎖であってもよい。一本鎖であれば、ＤＮＡは、コード鎖であっても非コード（アンチセンス）鎖であってもよい。一部の態様において、ポリヌクレオチドは、１つ以上の内因性イントロンを欠いているｃＤＮＡ又はＤＮＡである。一部の態様において、ポリヌクレオチドは、天然に存在しないポリヌクレオチドである。一部の態様において、ポリヌクレオチドは、組換えにより生成される。一部の態様において、ポリヌクレオチドは単離されている。一部の態様において、ポリヌクレオチドは、実質的に純粋である。一部の態様において、ポリヌクレオチドは、天然成分から精製される。
５．４．２ 細胞及びベクター
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、宿主細胞内、例えば哺乳動物細胞内での組換え発現用の、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含むベクター（例えば発現ベクター）である。また、本明細書中で提供されるのは、スパイクタンパク質又はスパイクタンパク質の三量体を組換えにより発現させるための、そのようなベクターを含む細胞、例えば宿主細胞である。特定の態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１又はその三量体のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を生成する方法であって、そのようなタンパク質を宿主細胞内で発現させることを含む方法である。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、宿主細胞内、例えば哺乳動物細胞内での組換え発現用の、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含むベクター（例えば発現ベクター）である。また、本明細書中で提供されるのは、スパイクタンパク質又はスパイクタンパク質の三量体を組換えにより発現させるための、そのようなベクターを含む細胞、例えば宿主細胞である。特定の態様において、本明細書中で提供されるのは、配列番号１０１又はその三量体のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を生成する方法であって、そのようなタンパク質を宿主細胞内で発現させることを含む方法である。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、宿主細胞内、例えば哺乳動物細胞内での組換え発現用の、スパイクに結合する抗体及びその抗原結合断片又はそのドメインをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含むベクター（例えば発現ベクター）である。また、本明細書中で提供されるのは、スパイクに結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片（例えば、ヒト抗体又はその抗原結合断片）を組換え発現するための、そのようなベクターを含む細胞、例えば宿主細胞である。特定の態様において、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片を生成するための方法であって、そのような抗体又はその抗原結合断片を宿主細胞内で発現させることを含む方法である。
一部の態様において、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質の組換え発現は、スパイクタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターの構築を伴う。配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質をコードするポリヌクレオチドが得られると、そのタンパク質の生成用のベクターは、当該技術分野において周知の技術を用いて、組換えＤＮＡ技術によって生成することができる。ゆえに、スパイクタンパク質コードヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドを発現させることによってタンパク質を調製する方法が、本明細書中に記載される。
一部の態様において、スパイクに特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体若しくはその抗原結合断片又はそのドメイン（例えば、本明細書中に記載される重鎖又は軽鎖）の組換え発現は、抗体若しくはその抗原結合断片又はそのドメインをコードするポリヌクレオチドを含有する発現ベクターの構築を伴う。本明細書中に記載される抗体若しくはその抗原結合断片又はそのドメイン（例えば、重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメイン）をコードするポリヌクレオチドが得られると、抗体又はその抗原結合断片の生成用のベクターを、当該技術分野において周知の技術を用いた組換えＤＮＡ技術によって生成することができる。ゆえに、ヌクレオチド配列をコードする抗体若しくはその抗原結合断片又はそのドメイン（例えば、軽鎖又は重鎖）を含有するポリヌクレオチドを発現させることによってタンパク質を調製するための方法が、本明細書中に記載されている。
当業者に周知の方法を用いて、タンパク質、或いは抗体若しくはその抗原結合断片又はそのドメイン（例えば、軽鎖又は重鎖）コード配列、並びに適切な転写及び翻訳制御シグナルを含有する発現ベクターを構築することができる。これらの方法として、例えば、インビトロ組換えＤＮＡ技術、合成技術、及びインビボ遺伝子組換えが挙げられる。また、提供されるのは、本明細書中に記載されるタンパク質、或いは抗体若しくはその抗原結合断片、重鎖若しくは軽鎖、重鎖可変ドメイン若しくは軽鎖可変ドメイン、又はプロモータに作動可能に連結された重軽ＣＤＲ又は軽鎖ＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含む複製可能ベクターである。そのようなベクターは、例えば、抗体又はその抗原結合断片の定常領域をコードするヌクレオチド配列を含むことができ（例えば、国際公開第８６／０５８０７号パンフレット及び国際公開第８９／０１０３６号パンフレット；並びに米国特許第５，１２２，４６４号明細書参照）、そして抗体又はその抗原結合断片の可変ドメインは、重鎖全体、軽鎖全体、又は重鎖全体及び軽鎖全体の双方の発現のために、そのようなベクター中にクローニングされ得る。
発現ベクターは、従来の技術によって細胞（例えば宿主細胞）に移すことができ、そして結果として生じた細胞は続いて、従来の技術によって培養されて、本明細書中に記載されるタンパク質、或いは抗体若しくはその抗原結合断片（例えば、表１～表４に記載される抗体の６つのＣＤＲ、ＶＨ、ＶＬ、ＶＨ及びＶＬ、重鎖、軽鎖、又は重鎖及び軽鎖を含む抗体又はその抗原結合断片）、又はそのドメイン（例えば、表３及び表４に記載される抗体のＶＨ、ＶＬ、ＶＨ及びＶＬ、重鎖、又は軽鎖）を生成することができる。ゆえに、本明細書中で提供されるのは、宿主細胞内でのそのような配列の発現用のプロモータに作動可能に連結された、本明細書中に記載されるタンパク質、或いは抗体若しくはその抗原結合断片（例えば、表１～表４に記載される抗体の６つのＣＤＲ、ＶＨ、ＶＬ、ＶＨ及びＶＬ、重鎖、軽鎖、又は重鎖及び軽鎖を含む抗体又はその抗原結合断片）、又はそのドメイン（例えば、表３及び表４に記載される抗体のＶＨ、ＶＬ、ＶＨ及びＶＬ、重鎖、又は軽鎖）をコードするポリヌクレオチドを含有する宿主細胞である。一部の態様において、二本鎖抗体又はその抗原結合断片の発現のために、重鎖及び軽鎖の双方をコードするベクターを、個々に、以下で詳細に説明するように、免疫グロブリン全体の発現用の宿主細胞内で共発現させることができる。一部の態様において、宿主細胞は、本明細書中に記載される抗体の重鎖及び軽鎖（例えば、表１～表４に記載される抗体の重鎖及び軽鎖）の双方、又はそれらのドメイン（例えば、表３～表４に記載される抗体のＶＨ及びＶＬ）をコードするポリヌクレオチドを含むベクターを含有する。一部の態様において、宿主細胞は、２つの異なるベクターを含有し、第１のベクターは、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片の重鎖又は重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含み、第２のベクターは、本明細書中に記載される抗体（例えば、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲを含む抗体）又はそのドメインの軽鎖又は軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の態様において、第１の宿主細胞は、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片の重鎖又は重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第１のベクターを含み、第２の宿主細胞は、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片（例えば、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲを含む抗体又はその抗原結合断片）の軽鎖又は軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第２のベクターを含む。一部の態様において、第１の細胞によって発現される重鎖／重鎖可変領域は、第２の細胞の軽鎖／軽鎖可変領域と結合して、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片（例えば、表１及び表２に記載される抗体の６つのＣＤＲを含む抗体又はその抗原結合断片）を形成した。一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、そのような第１の宿主細胞及びそのような第２の宿主細胞を含む宿主細胞の集団である。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片の軽鎖／軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第１のベクター、及び本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片（例えば、表１及び表２に記載される抗体のＣＤＲを含む抗体又はその抗原結合断片）の重鎖／重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第２のベクターを含むベクターの集団である。これ以外にも、重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドの双方をコードし、且つそれらを発現することができる単一のベクターが用いられてもよい。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、例えば、宿主細胞内、例えば哺乳動物細胞内での組換え発現用の、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むベクターである。
種々の宿主発現ベクター系を利用して、本明細書中に記載されるタンパク質、並びに抗体及びその抗原結合断片（例えば、表１及び表２に記載される抗体のＣＤＲを含む抗体又はその抗原結合断片）を発現させることが可能である（例えば、米国特許第５，８０７，７１５号明細書参照）。そのような宿主発現系は、注目するコード配列を生成してから精製することができるビヒクルを表すが、適切なヌクレオチドコード配列により形質転換又は形質移入された場合、本明細書中に記載されるタンパク質、又は抗体若しくはその抗原結合断片をインサイチュで発現し得る細胞も表す。これらとして、抗体コード配列を含有する組換えバクテリオファージＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、若しくはコスミドＤＮＡ発現ベクターにより形質転換された細菌（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）及び枯草菌（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ））等の微生物；抗体コード配列を含有する組換え酵母発現ベクターにより形質転換された酵母（例えば、サッカロマイセス・ピキア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ Ｐｉｃｈｉａ））；抗体コード配列を含有する組換えウイルス発現ベクター（例えばバキュロウイルス）に感染した昆虫細胞系；組換えウイルス発現ベクター（例えば、カリフラワーモザイクウイルス、ＣａＭＶ；タバコモザイクウイルス、ＴＭＶ）に感染した、若しくは組換えプラスミド発現ベクター（例えばＴｉプラスミド）により形質転換された植物細胞系（例えば、クラミドモナス・レインハルドチ（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ ｒｅｉｎｈａｒｄｔｉｉ）等の緑藻類）；又は哺乳動物細胞のゲノムに由来するプロモータ（例えばメタロチオネインプロモータ）若しくは哺乳動物ウイルスに由来するプロモータ（例えば、アデノウイルス後期プロモータ、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモータ）を含有する組換え発現構築物を有する哺乳動物細胞系（例えば、ＣＯＳ（例えば、ＣＯＳ１又はＣＯＳ）、ＣＨＯ、ＢＨＫ、ＭＤＣＫ、ＨＥＫ ２９３、ＮＳ０、ＰＥＲ．Ｃ６、ＶＥＲＯ、ＣＲＬ７Ｏ３Ｏ、ＨｓＳ７８Ｂｓｔ、ＨｅＬａ、ＮＩＨ ３Ｔ３、ＨＥＫ－２９３Ｔ、ＨｅｐＧ２、ＳＰ２１０、Ｒ１．１、Ｂ－Ｗ、Ｌ－Ｍ、ＢＳＣ１、ＢＳＣ４０、ＹＢ／２０、及びＢＭＴ１０細胞）が挙げられるが、これらに限定されない。一部の態様において、本明細書中に記載されるタンパク質、又は抗体及びその抗原結合断片（例えば、表１に記載される抗体のＣＤＲを含む抗体又はその抗原結合断片）を発現させるための細胞は、ＣＨＯ細胞、例えば、ＣＨＯ ＧＳ Ｓｙｓｔｅｍ（商標）（Ｌｏｎｚａ）のＣＨＯ細胞である。一部の態様において、本明細書中に記載されるタンパク質、又は抗体及びその抗原結合断片を発現させるための細胞は、ヒト細胞、例えばヒト細胞株である。一部の態様において、哺乳動物発現ベクターは、ｐＯｐｔｉＶＥＣ（商標）又はｐｃＤＮＡ３．３である。一部の態様において、とりわけ組換え抗体分子全体の発現のための、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）等の細菌細胞、又は真核細胞（例えば哺乳動物細胞）が、組換え抗体分子の発現に用いられる。例えば、ヒトサイトメガロウイルスに由来する主要中間体の初期遺伝子プロモータ要素等のベクターと併用される、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞等の哺乳動物細胞が、抗体に有効な発現系である（Ｆｏｅｃｋｉｎｇ ＭＫ ＆ Ｈｏｆｓｔｅｔｔｅｒ Ｈ（１９８６）Ｇｅｎｅ ４５：１０１－１０５；及びＣｏｃｋｅｔｔ ＭＩ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ８：６６２－６６７）。一部の態様において、本明細書中に記載されるタンパク質、又は抗体若しくはその抗原結合断片は、ＣＨＯ細胞又はＮＳ０細胞によって産生される。
加えて、挿入された配列の発現を調節するか、又は所望される特定の方法で遺伝子産物を修飾且つプロセシングする宿主細胞株を選択することができる。タンパク質産物のそのような修飾（例えばグリコシル化）及びプロセシング（例えば切断）は、タンパク質の機能に寄与し得る。このため、遺伝子産物の一次転写物の適切なプロセシング、グリコシル化、及びリン酸化のための細胞機構を有する真核宿主細胞を用いることができる。そのような哺乳動物宿主細胞として、ＣＨＯ、ＶＥＲＯ、ＢＨＫ、Ｈｅｌａ、ＭＤＣＫ、ＨＥＫ ２９３、ＮＩＨ ３Ｔ３、Ｗ１３８、ＢＴ４８３、Ｈｓ５７８Ｔ、ＨＴＢ２、ＢＴ２Ｏ、及びＴ４７Ｄ、ＮＳ０（いかなる免疫グロブリン鎖も内因的に産生しないマウス骨髄腫細胞株）、ＣＲＬ７Ｏ３Ｏ、ＣＯＳ（例えば、ＣＯＳ１又はＣＯＳ）、ＰＥＲ．Ｃ６、ＶＥＲＯ、ＨｓＳ７８Ｂｓｔ、ＨＥＫ－２９３Ｔ、ＨｅｐＧ２、ＳＰ２１０、Ｒ１．１、Ｂ－Ｗ、Ｌ－Ｍ、ＢＳＣ１、ＢＳＣ４０、ＹＢ／２０、ＢＭＴ１０、及びＨｓＳ７８Ｂｓｔ細胞が挙げられるがこれらに限定されない。一部の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、ＣＨＯ細胞等の哺乳動物細胞内で産生される。
本明細書中に記載されるタンパク質、又は抗体若しくはその抗原結合断片が組換え発現によって生成されると、これを、当該技術分野において知られている、タンパク質又は免疫グロブリン分子のあらゆる精製法、例えば、クロマトグラフィ（例えば、イオン交換、親和性、特にプロテインＡ後の特異的抗原に対する親和性によるもの、及びサイズ排除クロマトグラフィ）、遠心分離、示差溶解度、又は他のあらゆる標準的なタンパク質精製技術によって精製することができる。さらに、本明細書中に記載されるタンパク質、又は抗体若しくはその抗原結合断片を、本明細書中に記載される、又はそうでなければ当該技術分野において知られている異種ポリペプチド配列に融合させて、精製を促進することができる。
一部の態様において、本明細書中に記載されるタンパク質（例えば、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質）、又は抗体若しくはその抗原結合断片は、単離且つ精製されている。一般に、単離されたタンパク質、又は抗体若しくはその抗原結合断片は、単離された抗体又はその抗原結合断片とは異なる抗原特異性を有する他のタンパク質、又は抗体若しくはその抗原結合断片が実質的にないものである。例えば、一部の態様において、本明細書中に記載されるタンパク質（例えば、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質）、又は抗体若しくはその抗原結合断片の調製物は、細胞物質及び／又は化学前駆体が実質的にない。
５．５ 検出用途及び診断用途
本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合するタンパク質（例えば、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質）（例えば６．２節参照）、及び／又は抗体若しくはその抗原結合断片（例えば６．３節参照）を用いて、生体サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体のタンパク質レベルを、イムノアッセイ、例えば酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）が挙げられる、当業者に知られている古典的な方法を用いてアッセイすることができる。適切な抗体アッセイ標識が、当該技術分野において知られており、酵素ラベル、例えばグルコースオキシダーゼが挙げられる。そのような標識を用いて、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片を標識することもできるし、試験サンプル（例えば、対象から得られるサンプル）内の抗体又はその抗原結合断片を標識することもできる。これ以外にも、本明細書中に記載される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合するか、又は試験サンプル（例えば、対象から得られるサンプル）内の抗体若しくはその抗原結合断片を認識する抗体又はその抗原結合断片を認識する第２の抗体又はその抗原結合断片を標識且つ使用して、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出することができる。
本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合するタンパク質（例えば、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質）（例えば６．２節参照）、及び／又は抗体若しくはその抗原結合断片（例えば６．３節参照）を用いて、生体サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体のタンパク質レベルを、イムノアッセイ、例えば酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）が挙げられる、当業者に知られている古典的な方法を用いてアッセイすることができる。適切な抗体アッセイ標識が、当該技術分野において知られており、酵素ラベル、例えばグルコースオキシダーゼが挙げられる。そのような標識を用いて、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片を標識することもできるし、試験サンプル（例えば、対象から得られるサンプル）内の抗体又はその抗原結合断片を標識することもできる。これ以外にも、本明細書中に記載される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合するか、又は試験サンプル（例えば、対象から得られるサンプル）内の抗体若しくはその抗原結合断片を認識する抗体又はその抗原結合断片を認識する第２の抗体又はその抗原結合断片を標識且つ使用して、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出することができる。
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体についてアッセイすることは、生体サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を（例えば、絶対タンパク質レベルを判定又は推定することによって）直接的に、又は（例えば、第２の生体サンプル内のレベルと比較することによって）相対的に、質的又は量的に測定又は推定することを含む。
本明細書中で用いられる用語「生体サンプル」は、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を潜在的に含有する対象、細胞株、組織、又は他の供給源から得られるあらゆる生体サンプルを指す。動物（例えばヒト）から組織生検及び体液を得る方法は、当該技術分野において周知である。
本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片は、検出可能な、又は機能的な標識を有し得る。蛍光標識が用いられる場合、当該技術分野において知られている、現在利用可能な顕微鏡検査及び蛍光活性化セルソーター分析（ＦＡＣＳ）、又は双方の方法手順の組合せを利用して、特異的な結合部材を同定且つ定量化することができる。本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片は、蛍光標識を有し得る。例示的な蛍光標識として、例えば、反応性のコンジュゲートプローブ、例えば、アミノクマリン、フルオレセイン、及びテキサスレッド、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ色素、Ｃｙ色素、及びＤｙＬｉｇｈｔ色素が挙げられる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片は、同位体３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ、３６Ｃｌ、５１Ｃｒ、５７Ｃｏ、５８Ｃｏ、５９Ｆｅ、６７Ｃｕ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１１７Ｌｕ、１２１Ｉ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１９８Ａｕ、２１１Ａｔ、２１３Ｂｉ、２２５Ａｃ、及び１８６Ｒｅ等の放射性標識を有し得る。放射性標識を用いる場合、当該技術分野において知られている現在利用可能な計数手順を利用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片の特異的結合を同定且つ定量化することができる。標識が酵素である場合、検出は、現在利用されている、当該技術分野において知られている比色技術、分光光度技術、蛍光分光光度技術、電流測定技術、又は気体定量技術のいずれによっても達成することができる。これは、試料又は対照試料を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片と、抗体又はその抗原結合断片とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質との間での複合体の形成を可能にする条件の下で接触させることによって、達成することができる。抗体又は抗原結合断片と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質との間で形成されたあらゆる複合体が、試料（及び場合によっては対照）中で検出且つ比較される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する、本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片の特異的結合を考慮すると、抗体又はその抗原結合断片を用いて、（例えば対象において）抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片を特異的に検出することができる。
一部の態様において、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露されている。一部の態様において、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露されていない。一部の態様において、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への曝露の危険に曝されている。
また、本明細書中に含まれるのは、例えば、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片の存在の程度を定量的に分析するための試験キットの形態で調製され得るアッセイ系である。当該系又は試験キットは、標識成分、例えば標識抗体又は抗原結合断片、及び１つ以上の追加の免疫化学試薬を含み得る。キットの詳細について、例えば、以下の６．６節参照。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片をインビトロ検出する方法であって、サンプルを、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質、又は配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を含む三量体と接触させることを含む方法である。また、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片は、例えば陽性対照として、アッセイに用いられてもよい。
一部の態様において、本明細書中で提供されるのは、サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片を（例えばインビトロ）検出するのに用いられる、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質、又は配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を含む三量体である。検出は、例えば陽性対照としての、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片の使用をさらに含むアッセイを用いて実行することができる。
一態様において、本明細書中で提供されるのは、診断薬として用いられる、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質、又は配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を含む三量体である。検出は、例えば陽性対照としての、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片の使用をさらに含むアッセイを用いて実行することができる。
一部の態様において、対象はヒトである。
サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片を、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を含む三量体、及び／又は本明細書中で提供される抗体若しくはその抗原結合断片を用いて検出するためのアッセイは、スパイクタンパク質又はスパイクタンパク質三量体（場合によっては、スパイクタンパク質は、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むか、又は三量体は、配列番号１０１に示されるアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質を含む）を試験サンプルと接触させることを含み得る。試験サンプルは、患者から得たサンプルであり得る。試験サンプルは、体液から得たサンプルであり得る。試験サンプルは、対象から得た抗体及び／又はその抗原結合断片を含有する組成物であり得る。試験サンプルは、ＩｇＧ抗体又はその抗原結合断片を含有し得る。試験サンプルは、ＩｇＭ抗体又はその抗原結合断片を含有し得る。試験サンプルは、ＩｇＧ抗体若しくはＩｇＭ抗体、又はその抗原結合断片を含有し得る。アッセイはさらに、サンプル内のあらゆる抗体又はその抗原結合断片の、スパイクタンパク質及び／又は三量体への結合を検出することを含み得る。
一部の態様において、サンプル内のあらゆる抗体又はその抗原結合断片の、スパイクタンパク質及び／又は三量体への結合を検出することは、二次抗体又はその抗原結合断片の使用を含む。二次抗体又はその抗原結合断片は、抗体又はその抗原結合断片のＦｃ領域に結合する抗体又はその抗原結合断片であり得る。二次抗体又はその抗原結合断片は、検出可能な標識、例えば本明細書中で提供される検出可能な標識により標識することができる。検出可能な標識の存在は、スパイクタンパク質及び／又は三量体に結合する、試験サンプル内の抗体又は抗原結合断片の存在を示し得る。
一部の態様において、サンプル内のあらゆる抗体又はその抗原結合断片の、スパイクタンパク質及び／又は三量体への結合を検出することは、例えば対照としての、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片の使用を含む。そのような場合、（場合によっては標識されている）二次抗体又はその抗原結合断片は、本明細書中で提供される抗体又はその抗原結合断片に結合することができ、そしてサンプル内の抗体又は抗原結合断片に結合することができる。
５．６ キット
本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載される１つ以上のタンパク質、三量体、又は抗体若しくはその抗原結合断片、或いはそのコンジュゲートを含むキットである。
本明細書中で提供されるのは、本明細書中に記載される１つ以上のタンパク質、三量体、又は抗体若しくはその抗原結合断片、或いはそのコンジュゲートを含むキットである。
また、本明細書中で提供されるのは、診断法に用いることができるキットである。一部の態様において、キットは、１つ以上のコンテナ内に、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むスパイクタンパク質、又は配列番号１０１のアミノ酸配列を含むタンパク質を含む三量体を含む。一部の態様において、キットは、１つ以上のコンテナ内に、本明細書中に記載される抗体又はその抗原結合断片、好ましくは精製された抗体又はその抗原結合断片を含む。一部の態様において、本明細書中に記載されるキットは、例えば対照として用いることができる、本明細書中で提供される実質的に単離されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくは三量体、及び／又は本明細書中で提供される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体若しくはその抗原結合断片を含有する。一部の態様において、本明細書中に記載されるキットはさらに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗原と反応しない対照抗体又はその抗原結合断片を含む。一部の態様において、本明細書中に記載されるキットは、抗体又はその抗原結合断片の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、及び抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片への結合を検出するための１つ以上の要素を含有する（例えば、抗体又はその抗原結合断片が、蛍光化合物、酵素基質、放射性化合物、又は発光化合物等の検出可能な基質にコンジュゲートされていてもよいし、第１の抗体又はその抗原結合断片を認識する第２の抗体又はその抗原結合断片が、検出可能な基質にコンジュゲートされていてもよい）。一部の態様において、本明細書中で提供されるキットは、組換えにより生成されたか、又は化学的に合成されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質三量体を含んでよい。また、キット内に提供されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質及び／又は三量体は、固体支持体に結合されていてもよい。一部の態様において、上記のキットの検出手段は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又は三量体が結合する固体支持体を含む。また、そのようなキットは、非結合レポーター標識抗ヒト抗体若しくはその抗原結合断片、又は抗マウス／ラット抗体若しくはその抗原結合断片を含んでもよい。この態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗原への、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合断片の結合は、レポーター標識抗体又はその抗原結合断片の結合によって検出可能である。
以下の実施例は、限定としてではなく、例示として提供される。
本実施例のセクション（すなわち６節）における実施例は、限定としてではなく、例示として提供される。
６．１ 実施例１：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体
ヒトにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の有無を判定するＰＣＲ試験が利用可能である。陰性ＰＣＲ試験結果は、ＰＣＴ試験に用いるサンプルが得られた時点にて、ヒトが感染していなかったことを示している。しかしながら、これは、感染していない（従って、将来感染する場合があり、且つ感染性であり得る）人々と、以前に感染して、今は回復している（従って、将来感染性でないかもしれない）人々とを区別しない。ヒトにおける抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の存在について試験するアッセイは、これらの２つのタイプの人々を区別し得る。図１は、様々な病期での患者におけるウイルスＲＮＡ及び抗体の陽性率の動力学を示す。疾患の初期（例えば、徴候の最初の発症後の０～５日）に、ヒトは、ＰＣＲアッセイにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について陽性を検定する可能性が高くなり、そして抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を有する可能性が低くなり得る。疾患のそれ以後（例えば、徴候の最初の発症後の１５日超）、ヒトは、ＰＣＲアッセイにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について陽性をもはや検定し得ないが、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を発達させ得る。したがって、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の存在を判定するためのアッセイを開発した。
ヒトにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の有無を判定するＰＣＲ試験が利用可能である。陰性ＰＣＲ試験結果は、ＰＣＴ試験に用いるサンプルが得られた時点にて、ヒトが感染していなかったことを示している。しかしながら、これは、感染していない（従って、将来感染する場合があり、且つ感染性であり得る）人々と、以前に感染して、今は回復している（従って、将来感染性でないかもしれない）人々とを区別しない。ヒトにおける抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の存在について試験するアッセイは、これらの２つのタイプの人々を区別し得る。図１は、様々な病期での患者におけるウイルスＲＮＡ及び抗体の陽性率の動力学を示す。疾患の初期（例えば、徴候の最初の発症後の０～５日）に、ヒトは、ＰＣＲアッセイにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について陽性を検定する可能性が高くなり、そして抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を有する可能性が低くなり得る。疾患のそれ以後（例えば、徴候の最初の発症後の１５日超）、ヒトは、ＰＣＲアッセイにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について陽性をもはや検定し得ないが、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を発達させ得る。したがって、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の存在を判定するためのアッセイを開発した。
アッセイは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に重点を置く。なぜなら、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する抗体がウイルスを中和することができるからである。ラテラルフロー試験（ＬＦＴ）及び酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を開発した。ＬＦＴのパフォーマンスを試験するために、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を、陽性対照及び陰性対照として生成した。抗体ＣＶ１～ＣＶ１３（表１～表４に記載される配列）を、ＳＡＲＳ２三量体に、そしてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に結合する能力についてアッセイした。結果を図２に示す。抗体ＣＶ７が、三量体及びＲＢＤの双方に結合するのに特に有効である。
６．２ 実施例２：抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２偽ウイルスを中和しない
また、抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２偽ウイルスを中和する能力についてアッセイした。
また、抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２偽ウイルスを中和する能力についてアッセイした。
図３は、ＣＶ１、ＣＶ２、ＣＶ４、ＣＶ６、ＣＶ７、ＣＶ９、ＣＶ１０、ＣＶ１１、及びＣＶ１２抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２偽ウイルスを中和しないことを実証している。
６．３ 実施例３：抗体は、ラテラルフロー試験に有効である
ＣＶ７を、ＩｇＧフォーマットで、そしてＩｇＭフォーマットで発現させた。これらを双方とも、ＬＦＴにより試験した。図４に示すように、ＬＦＴは、双方のＣＶ７フォーマットを用いて、正確な結果を一貫してもたらした。
ＣＶ７を、ＩｇＧフォーマットで、そしてＩｇＭフォーマットで発現させた。これらを双方とも、ＬＦＴにより試験した。図４に示すように、ＬＦＴは、双方のＣＶ７フォーマットを用いて、正確な結果を一貫してもたらした。
６．４ 実施例４：抗体は、酵素結合免疫吸着アッセイにおいて有効である
アッセイの特異性を試験するために、２０１９年１２月以前に健康なボランティアからとった１２６個の血漿サンプル（前パンデミックサンプル）を、ＥＬＩＳＡアッセイにおいて試験した。結果を図５に示す。アッセイの特異性は９８％であった。そしてアッセイの感度は１００％であった。
アッセイの特異性を試験するために、２０１９年１２月以前に健康なボランティアからとった１２６個の血漿サンプル（前パンデミックサンプル）を、ＥＬＩＳＡアッセイにおいて試験した。結果を図５に示す。アッセイの特異性は９８％であった。そしてアッセイの感度は１００％であった。
６．５ 実施例５：抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の検出のためのアッセイ
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片を検出するための例示的なアッセイを図６に示す。そのような例示的なアッセイにおいて、黒色の３８４ウェルＧｒｅｉｎｅｒ高結合プレートを、ウェルあたり、配列番号１０１のアミノ酸配列を３μｇ／ＰＢＳｍｌで含む２０μｌのスパイクタンパク質三量体によりコーティングする。プレートを、４℃にて一晩インキュベートする。続いて、プレートを室温にして、ＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、８０μｌの１％カゼインブロックを、室温にて１時間添加してから、プレートをＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、１％カゼインブロック中に希釈した２０μｌの試験サンプル（例えばＩｇＧ試験サンプル）を、室温にて１．５時間添加する。試験サンプルは、患者（例えばヒト患者）から得たサンプルであり得る。対照として、対照抗体（例えばＣＶ０７）を含有する類似した２０μｌサンプルをウェルに添加してもよい。続いて、プレートをＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、１％カゼイン中に５０ｎｇ／ｍｌまで希釈した２０μｌの抗ヒトＦｃ ＨＲＰを、室温にて１時間添加して、プレートをここでもＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、２０μｌ ＴＭＢ又はＱｕａｎｔａＢｌｕ基質を添加する。ＱｕａｎｔａＢｌｕｅについて、２０μｌの停止溶液を３０分後に添加して反応を止めて、プレートをｍｕｌｔｉｄｒｏｐ上で２０秒間振盪させる。プロトコールの全体を通して、プレートを、各添加の後に３００ｇにて１分間遠心分離する。ウェル内のＨＲＰの（例えば、対照抗体、例えばＣＶ０７を有するウェル内でのＨＲＰのレベルに類似したレベルでの）存在は、当該ウェル内のサンプルに含有される抗体又はその抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質三量体に結合することを示す。
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片を検出するための例示的なアッセイを図６に示す。そのような例示的なアッセイにおいて、黒色の３８４ウェルＧｒｅｉｎｅｒ高結合プレートを、ウェルあたり、配列番号１０１のアミノ酸配列を３μｇ／ＰＢＳｍｌで含む２０μｌのスパイクタンパク質三量体によりコーティングする。プレートを、４℃にて一晩インキュベートする。続いて、プレートを室温にして、ＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、８０μｌの１％カゼインブロックを、室温にて１時間添加してから、プレートをＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、１％カゼインブロック中に希釈した２０μｌの試験サンプル（例えばＩｇＧ試験サンプル）を、室温にて１．５時間添加する。試験サンプルは、患者（例えばヒト患者）から得たサンプルであり得る。対照として、対照抗体（例えばＣＶ０７）を含有する類似した２０μｌサンプルをウェルに添加してもよい。続いて、プレートをＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、１％カゼイン中に５０ｎｇ／ｍｌまで希釈した２０μｌの抗ヒトＦｃ ＨＲＰを、室温にて１時間添加して、プレートをここでもＰＢＳＴにより３回洗浄する。続いて、２０μｌ ＴＭＢ又はＱｕａｎｔａＢｌｕ基質を添加する。ＱｕａｎｔａＢｌｕｅについて、２０μｌの停止溶液を３０分後に添加して反応を止めて、プレートをｍｕｌｔｉｄｒｏｐ上で２０秒間振盪させる。プロトコールの全体を通して、プレートを、各添加の後に３００ｇにて１分間遠心分離する。ウェル内のＨＲＰの（例えば、対照抗体、例えばＣＶ０７を有するウェル内でのＨＲＰのレベルに類似したレベルでの）存在は、当該ウェル内のサンプルに含有される抗体又はその抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質三量体に結合することを示す。
Claims (46)
- 可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含む抗体と同じ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のエピトープに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって、前記ＶＨ及び前記ＶＬのアミノ酸配列は：
（ａ）それぞれ配列番号５５及び配列番号６４；
（ｂ）それぞれ配列番号５６及び配列番号６５；
（ｃ）それぞれ配列番号５７及び配列番号６６；
（ｄ）それぞれ配列番号５８及び配列番号６７；
（ｅ）それぞれ配列番号５９及び配列番号６８；
（ｆ）それぞれ配列番号６０及び配列番号６９；
（ｇ）それぞれ配列番号６１及び配列番号７０；
（ｈ）それぞれ配列番号６２及び配列番号７１；又は
（ｉ）それぞれ配列番号６３及び配列番号７２
の配列を含む、抗体又はその抗原結合断片。 - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質への参照抗体の結合を競合的に阻害する抗体又はその抗原結合断片であって、前記参照抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨ及び前記ＶＬのアミノ酸配列は：
（ａ）それぞれ配列番号５５及び配列番号６４；
（ｂ）それぞれ配列番号５６及び配列番号６５；
（ｃ）それぞれ配列番号５７及び配列番号６６；
（ｄ）それぞれ配列番号５８及び配列番号６７；
（ｅ）それぞれ配列番号５９及び配列番号６８；
（ｆ）それぞれ配列番号６０及び配列番号６９；
（ｇ）それぞれ配列番号６１及び配列番号７０；
（ｈ）それぞれ配列番号６２及び配列番号７１；又は
（ｉ）それぞれ配列番号６３及び配列番号７２
の配列を含む、抗体又はその抗原結合断片。 - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって：
（ａ）それぞれ配列番号１、２、及び３、並びに配列番号２８、２９、及び３０；
（ｂ）それぞれ配列番号４、５、及び６、並びに配列番号３１、３２、及び３３；
（ｃ）それぞれ配列番号７、８、及び９、並びに配列番号３４、３５、及び３６；
（ｄ）それぞれ配列番号１０、１１、及び１２、並びに配列番号３７、３８、及び３９；
（ｅ）それぞれ配列番号１３、１４、及び１５、並びに配列番号４０、４１、及び４２；
（ｆ）それぞれ配列番号１６、１７、及び１８、並びに配列番号４３、４４、及び４５；
（ｇ）それぞれ配列番号１９、２０、及び２１、並びに配列番号４６、４７、及び４８；
（ｈ）それぞれ配列番号２２、２３、及び２４、並びに配列番号４９、５０、及び５１；又は
（ｉ）それぞれ配列番号２５、２６、及び２７、並びに配列番号５２、５３、及び５４
からなる群から選択されるＶＨ－ＣＤＲ１～３及びＶＬ ＣＤＲ１～３アミノ酸配列を含む抗体又はその抗原結合断片。 - 可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記可変重鎖（ＶＨ）アミノ酸配列は：
（ａ）配列番号５５；
（ｂ）配列番号５６；
（ｃ）配列番号５７；
（ｄ）配列番号５８；
（ｅ）配列番号５９；
（ｆ）配列番号６０；
（ｇ）配列番号６１；
（ｈ）配列番号６２；及び
（ｉ）配列番号６３
からなる群から選択される、請求項１～３のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。 - 可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記可変軽鎖（ＶＬ）アミノ酸配列は：
（ａ）配列番号６４；
（ｂ）配列番号６５；
（ｃ）配列番号６６；
（ｄ）配列番号６７；
（ｅ）配列番号６８；
（ｆ）配列番号６９；
（ｇ）配列番号７０；
（ｈ）配列番号７１；及び
（ｉ）配列番号７２
からなる群から選択される、請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。 - 可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって、可変重鎖（ＶＨ）アミノ酸配列は：
（ａ）配列番号５５；
（ｂ）配列番号５６；
（ｃ）配列番号５７；
（ｄ）配列番号５８；
（ｅ）配列番号５９；
（ｆ）配列番号６０；
（ｇ）配列番号６１；
（ｈ）配列番号６２；及び
（ｉ）配列番号６３
からなる群から選択される、抗体又はその抗原結合断片。 - 可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって、可変軽鎖（ＶＬ）アミノ酸配列は：
（ａ）配列番号６４；
（ｂ）配列番号６５；
（ｃ）配列番号６６；
（ｄ）配列番号６７；
（ｅ）配列番号６８；
（ｆ）配列番号６９；
（ｇ）配列番号７０；
（ｈ）配列番号７１；及び
（ｉ）配列番号７２
からなる群から選択される、抗体又はその抗原結合断片。 - （ａ）それぞれ配列番号５５及び配列番号６４；
（ｂ）それぞれ配列番号５６及び配列番号６５；
（ｃ）それぞれ配列番号５７及び配列番号６６；
（ｄ）それぞれ配列番号５８及び配列番号６７；
（ｅ）それぞれ配列番号５９及び配列番号６８；
（ｆ）それぞれ配列番号６０及び配列番号６９；
（ｇ）それぞれ；配列番号６１及び配列番号７０；
（ｈ）それぞれ配列番号６２及び配列番号７１；並びに
（ｉ）それぞれ配列番号６３及び配列番号７２
からなる群から選択される可変重鎖（ＶＨ）アミノ酸配列及び可変軽鎖（ＶＬ）アミノ酸配列を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。 - ＳＡＲＳ－ＣｏＶと交差反応する、請求項１～８のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 重鎖定常領域を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 前記重鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンＩｇＧ及びＩｇＭからなる群から選択される、請求項１０に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 軽鎖定常領域を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 前記軽鎖定常領域はカッパ軽鎖定常領域である、請求項１２に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 前記軽鎖定常領域はラムダ軽鎖定常領域である、請求項１２に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 完全長抗体である、請求項１～１４のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 抗原結合断片である、請求項１～１４のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖ、Ｖ－ＮＡＲドメイン、ＩｇＮａｒ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、シングルドメイン抗体、（ｓｃＦｖ）２、又はｓｃＦｖ－Ｆｃを含む、請求項１６に記載の抗原結合断片。
- 単離されている、請求項１～１７のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- モノクローナルである、請求項１～１８のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 組換え型である、請求項１～１９のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を中和しない、請求項１～２０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の偽ウイルスを中和しない、請求項１～２０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 検出可能な標識をさらに含む、請求項１～２２のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 前記標識は、酵素標識、金粒子、免疫蛍光標識、化学発光標識、燐光標識、放射性標識、アビジン／ビオチン、着色粒子、及び磁気粒子からなる群から選択される、請求項２３に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 前記標識は、酵素イムノアッセイ、ラテラルフロー試験、ラジオイムノアッセイ、ウェスタンブロットアッセイ、免疫蛍光アッセイ、免疫沈降アッセイ、化学発光アッセイ、サイトメトリー、又は免疫組織化学アッセイによって検出される、請求項２４に記載の抗体又はその抗原結合断片。
- 配列番号１０１のアミノ酸配列を含むポリペプチド。
- 単離されている、請求項２６に記載のポリペプチド。
- 組換えにより生成されるか、又は化学的に合成される、請求項２６又は２７に記載のポリペプチド。
- 請求項２７又は２８に記載のポリペプチドを含む三量体であって、場合によっては単離されている三量体。
- 請求項２６又は２７に記載のポリペプチドをコードする核酸分子を含む、単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項１～２５のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片の重鎖可変領域をコードする核酸分子及び／又は軽鎖可変領域をコードする核酸分子を含む、単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項３０又は３１に記載のポリヌクレオチドを含む、単離されたベクター。
- 請求項３０若しくは３１に記載のポリヌクレオチド、請求項３２に記載のベクター、又は請求項１～２５のいずれか一項に記載の抗体若しくはその抗原結合断片の重鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第１のベクター及び軽鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第２のベクターを含む宿主細胞。
- 請求項１～２５のいずれか一項に記載の抗体若しくはその抗原結合断片、又は請求項２７～２７のいずれか一項に記載のタンパク質を製造する方法であって、（ａ）請求項３３に記載の細胞を培養することと；（ｂ）前記抗体若しくはその抗原結合断片、又は前記タンパク質を、培養された前記細胞から単離することとを含む方法。
- サンプル内の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合断片を検出する方法であって、前記サンプルを、請求項２６～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項２９に記載の三量体と接触させることを含み、場合によってはさらに、前記抗体又は抗原抗原結合断片と、前記ポリペプチド又は前記三量体との間の結合を検出することを含む方法。
- 前記サンプルは生体サンプルである、請求項３５に記載の方法。
- 前記検出方法は酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である、請求項３５又は３６に記載の方法。
- 前記検出方法はラテラルフローアッセイである、請求項３５又は３６に記載の方法。
- 前記サンプルはヒト対象由来である、請求項３５～３７のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプルは、ＩｇＧ抗体又はその抗原結合断片を含有する、請求項３６～３９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプルは、ＩｇＭ抗体又はその抗原結合断片を含有する、請求項３６～４０のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項１～２５のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片の、対照としての使用を含む、請求項３５～４１のいずれか一項に記載の方法。
- （ｉ）請求項２６～２８のいずれか一項に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、請求項２９に記載の三量体、又は請求項３０に記載のポリヌクレオチド、及び（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する抗体又はその抗原結合断片を含むキット。
- 前記抗体又はその抗原結合断片は、請求項１～２５のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片である、請求項４３に記載のキット。
- 請求項１～２５のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片、及びＳＡＲＳ－Ｃｏ－Ｖ２スパイクタンパク質抗原を含むキット。
- 使用又は販売のための承認を反映する通知をさらに含む、請求項４３～４５のいずれか一項に記載のキット。
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