JP2023523760A - 免疫グロブリン変異体 - Google Patents

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Abstract

本発明は、親IgA FcポリペプチドのFc変異体を提供し、ここでFc変異体は、FcαRに対する変更された結合を示し、Fc変異体は、親FcポリペプチドのFc領域における少なくとも1つのアミノ酸改変を含む。

Description

配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照により全体として本明細書に組み込まれる配列表を含有する。2021年4月19日に作成された前記ASCIIコピーはPAT058743-WO-PCT_SL.txtと命名され、サイズが316Kバイトである。
本発明は、好中球の動員を促進するように最適化された特性を有するFc変異体ポリペプチド及び抗体、並びにそれらを調製するための工学的方法に関する。Fc変異体ポリペプチド及び抗体は、腫瘍、特に固形腫瘍の治療に有用であり得る。
目下、全ての臨床的に承認された抗体は、免疫グロブリンIgGアイソタイプを含む。抗体依存性細胞媒介細胞毒性(ADCC)は、Fcガンマ受容体(FcγR)を認識し、それに結合するIgG抗体により媒介される腫瘍細胞殺傷のための重要な機序である。
しかしながら、高い腫瘍負荷を有する患者では、再発が起こる可能性があり、IgG抗体治療は、腫瘍に見出される免疫抑制環境に起因して有効性が損失する場合がある。腫瘍微環境においては、マクロファージ及びナチュラルキラー細胞などのFcγR保有エフェクター細胞がTGFβなどの免疫抑制因子によって溶解不能になる可能性がある。IgAは、骨髄エフェクター細胞、例えば、好中球及び腫瘍常在性骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)により発現されるFcアルファ受容体(FcαRI)をエンゲージすることにより抗体療法のための代替的アイソタイプを表す。IgAは、ヒト血清中でIgGに次いで2番目に最も豊富な免疫グロブリンであり;単量体IgAアロタイプ(IgA1及びIgA2)の両方がヒト血清免疫グロブリンの最大25%を占める。かつて、好中球は一般に潜在的なエフェクター細胞とみなされなかった。しかしながら、好中球は循環白血球の最も豊富な集団であり、固形腫瘍に浸潤することも示されている(Gregory & Houghton(2011)Cancer Res.,71:2411-16;Vogt Sionov et al.,(2015)Cancer Microenviron.,8(3):125-58;Uribe-Querol & Rosales(2015)J.Immunol.Res.,Article ID:983698;Rosales(2018)Front Physiol.,9:113)。MDSCも骨髄系統に由来し、最も多い免疫抑制細胞タイプの1つである。IgA抗体は、好中球の動員とそれによるADCCの向上により腫瘍細胞を有効に殺傷することが示されている。残念ながら、治療薬としてのIgA抗体の使用は、いくつかの不利益及び制限、例えば、低い発現収量及び高価な精製スキームにより妨げられる。さらに、産生は不均質グリコシル化を被る。IgAは、グリカン不均質性に感受性であり得る複数のグリコシル化部位を有する。単量体IgAについての一過的発現レベルは、ヒトIgA1について30~70μg/Lで報告されている(Lombana et al.,(2019)MABS,11:1122-38;Meyer et al.,(2016)MABS,8:87-98)。
したがって、治療抗体として開発され得るIgA抗体が依然として必要とされている。改善された効力を有するIgA抗体は、好中球、MDSCの動員、及び増強されたADCCによる有効な腫瘍細胞殺傷の利点を有する、IgG治療抗体の実行可能な代替物を提供する可能性がある。
本発明は、FcαRIに対する改善された結合特性を有し、好中球の動員及び活性化に使用することができる、IgAアイソタイプの親FcポリペプチドのFc変異体を提供する。本開示のFc変異体は、アミノ酸挿入、アミノ酸欠失及び/又はアミノ酸置換を独立して又は組み合わせて含み得るアミノ改変を含む。
一態様において、本開示は、親FcポリペプチドのFc変異体を提供し、ここでFc変異体は、親Fcポリペプチドと比較して変更されたFcαRへの結合、又は変更された抗体依存性細胞媒介性細胞毒性(ADCC)を示し、Fc変異体は、親FcポリペプチドのFc領域に少なくとも1つのアミノ酸改変を含む。一実施形態では、アミノ酸改変は:CH2.10、CH2.89、CH2.91、CH2.94、CH2.97、CH2.99、CH3.45、CH3.105、CH3.109、CH3.118及びCH3.124からなる群から選択される位置にあり、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。好ましい実施形態では、Fc変異体は、親FcポリペプチドのFc領域に少なくとも1つのアミノ酸改変を含み、ここでアミノ酸改変は:A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_Q、G_CH2.91_V、Q_CH2.94_E、N_CH2.97_H、N_CH2.97_Y、G_CH2.99_W、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、E_CH3.109_D、Q_CH3.118_Y及びL_CH3.124_Fからなる群から選択され、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。さらなる実施形態では、本開示は、Fc領域に少なくとも1つのアミノ酸改変を含むFc変異体を提供し、ここでアミノ酸改変は:Q_CH2.94_E、N_CH2.97Y、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_V、N_CH2.97_H、G_CH2.99_W、E_CH3.109_D、L_CH3.124_F、L_CH2.89_I/G_CH2.91_V/Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/G_CH2.99_Wからなる群から選択され、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。
一実施形態において、本開示は、位置CH2.94、CH2.97、CH3.45、CH3.105及びCH3.118におけるアミノ酸改変を含む、親FcポリペプチドのFc変異体を提供する。一実施形態では、親FcポリペプチドのFc変異体は、位置CH2.94におけるGlu、位置CH2.97におけるTyr、位置CH3.45におけるAsp、位置CH3.105におけるTyr、又は位置CH3.118におけるTyrのアミノ酸置換を含む。好ましい実施形態では、親FcポリペプチドのFc変異体は、アミノ酸置換Q_CH2.94_E、L_CH2.97_Y、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、及びQ_CH3.118_Yを含む。
一実施形態では、本開示は、親FcポリペプチドのFc変異体を提供し、ここで親FcポリペプチドはヒトIgA1内に含まれ、又は親FcポリペプチドはヒトIgA2内に含まれる。
本開示の一実施形態では、Fc変異体は、親Fcポリペプチドと比較して変更されたFcαRに対する結合を示す。親FcポリペプチドのFc変異体が本明細書に提供され、ここでFc変異体は、表面プラズモン共鳴(SPR)により測定して、親Fcポリペプチドの少なくとも50倍の、ヒトFcαRIに対する増加した親和性を有する。一実施形態では、本開示は、親FcポリペプチドのFc変異体を提供し、ここでFc変異体は、表面プラズモン共鳴により測定して、親Fcポリペプチドの少なくとも約50、約100、約150、約200、約250、約300倍の、ヒトFcαRIに対する増加した親和性を有する。一実施形態では、本開示は、親FcポリペプチドのFc変異体を提供し、ここでFc変異体は、SPRにより測定して、親Fcポリペプチドの少なくとも約300倍の、ヒトFcαRIに対する増加した親和性を有する。
本開示の一実施形態では、Fc変異体は、親Fcポリペプチドと比較して変更されたADCCを示す。親FcポリペプチドのFc変異体が本明細書に提供され、ここでFc変異体は、MDA-MB-453細胞殺滅アッセイにおいて測定して、抗体依存性細胞媒介性細胞毒性(ADCC)を親Fcポリペプチドの少なくとも約5倍増加させる。一実施形態では、本開示は、親FcポリペプチドのFc変異体を提供し、ここでFc変異体は、親Fcポリペプチドの少なくとも約2倍の、Calu-3細胞殺滅アッセイにおける増加した有効性を有する。
別の態様では、本開示は、変異体Fcポリペプチドを含むlgA抗体を提供し、ここで抗体は、野生型Fcポリペプチドを含むIgA抗体と比較して増加したFcαR親和性、又は増加したADCCを有する。一実施形態では、本開示は:CH2.10、CH2.89、CH2.91、CH2.94、CH2.97、CH2.99、CH3.45、CH3.105、CH3.109、CH3.118及びCH3.124からなる群から選択される位置におけるアミノ酸改変を含むlgA抗体を提供し、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。好ましい実施形態では、本開示は、アミノ酸改変を含むIgA抗体を提供し、ここでアミノ酸改変は:A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_Q、G_CH2.91_V、Q_CH2.94_E、N_CH2.97_H、N_CH2.97_Y、G_CH2.99_W、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、E_CH3.109_D、Q_CH3.118_Y及びL_CH3.124_Fからなる群から選択され、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。
さらなる実施形態では、本開示は、アミノ酸改変を含むIgA抗体を提供し、ここでアミノ酸改変は:Q_CH2.94_E、N_CH2.97Y、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_V、N_CH2.97_H、G_CH2.99_W、E_CH3.109_D、L_CH3.124_F、L_CH2.89_I/G_CH2.91_V/Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/G_CH2.99_Wからなる群から選択され、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。
一実施形態では、本開示は、位置CH2.94、CH2.97、CH3.45、CH3.105及びCH3.118におけるアミノ酸改変を含むIgA抗体を提供する。一実施形態では、IgA抗体は、位置CH2.94におけるGlu、位置CH2.97におけるTyr、位置CH3.45におけるAsp、位置CH3.105におけるTyr又は位置CH3.118におけるTyrのアミノ酸置換を含む。好ましい実施形態では、IgA抗体は、アミノ酸置換Q_CH2.94_E、L_CH2.97_Y、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、Q及びCH3.118_Yを含む。
一実施形態では、本開示は、変異体Fcポリペプチドを含むlgA抗体を提供し、ここで抗体は、ヒトlgA1又はlgA2抗体である。
本開示は、本明細書に記載されるFc変異体をコードする単離された核酸を提供する。本開示は、場合により、制御配列に作動可能に連結された、核酸を含むベクターを提供する。本開示は、ベクターを含む宿主細胞、並びにFc変異体を生成及び場合により回収する方法を提供する。本開示は、本明細書に記載されるFc変異体を含むIgA抗体、及び生理学的又は薬学的に許容され得る担体又は希釈剤を含む組成物を提供する。
本開示は、本明細書に開示されるFc変異体を含むIgA抗体の治療的及び診断的使用を意図する。本明細書に開示されるFc変異体は、二重特異性及び多重特異性抗体などの他の結合分子の構成にも使用され得る。本開示に記載されるIgA抗体は、癌などの増殖性疾患を含むがこれに限定されない多様な適応症の治療に使用され得る。
実施例4に記載のアッセイにおける、増大する濃度のFc変異体:配列番号3(■)、6(▲)、32(▼)、37(◆)及び42(
Figure 2023523760000002

)、並びに親IgA2(配列番号2(●))のSK-BR-3細胞に対するPMN細胞毒性を示す。各Fc変異体の有効性(Emax%)は、以下の通りであった:配列番号2:25%、配列番号3:32%、配列番号6:27%、配列番号32:28%、配列番号37:35%及び配列番号42:34%。
実施例4に記載のアッセイにおける、増大する濃度のFc変異体:配列番号3(■)、6(▲)、32(▼)、37(◆)及び42(
Figure 2023523760000003

)、並びに親IgA2(配列番号2(●))のCalu-3細胞に対するPMN細胞毒性を示す。各Fc変異体の有効性(Emax%)は、以下の通りであった:配列番号2:42%、配列番号3:44%、配列番号6:41%、配列番号32:71%、配列番号37:76%及び配列番号42:81%。
実施例4に記載のアッセイにおける、増大する濃度の配列番号42及びIgA2(配列番号2)のFc変異体のMDA-MB-453細胞に対するPMN細胞毒性を示す。配列番号2を含む変異体についてのEC50値は、2.45nMであり、配列番号42を含む変異体についてのEC50値は、0.36nMであった。 実施例4に記載のアッセイにおける、増大する濃度の配列番号42(
Figure 2023523760000004

)及び親IgA2(配列番号2(●))のFc変異体のMDA-MB-175細胞に対するPMN細胞毒性を示す。
実施例4に記載のアッセイにおける、増大する濃度のヘテロ二量体Fc候補のSK-BR-3細胞に対するPMN及びPBMC細胞毒性を示す。図5A及び5Bは、それぞれIgA2(配列番号3(●);図5a)及びIgG1(配列番号1(●);図5b)と比較した、配列番号7-8(■)及び80-8(▲)を有するFc変異体を示す。図5C及び5Dは、それぞれIgA2(配列番号2(●);図5c)及びIgG1(配列番号1(●);図5d)と比較した、配列番号7-9(▼)及び80-9(◆)を有するFc変異体を示す。 (上記の通り。) (上記の通り。) (上記の通り。) マウスにおけるIgG、IgA及び操作された免疫グロブリンの血清-時間濃度プロファイルを示す。(◆)HEK293Tからの配列番号1免疫グロブリン、(▲)HEK293Tからの配列番号2免疫グロブリン、(●)HEK293Tからの操作された免疫グロブリン配列番号7-8、(x)HEK293Tからの操作された免疫グロブリン配列番号8-80の血清中の濃度。 マウスにおけるIgG、IgA及び糖操作された免疫グロブリンの血清-時間濃度プロファイルを示す。(◆)CHO-Sからの配列番号1免疫グロブリン、(▲)CHO-Sからの配列番号2免疫グロブリン、(x)CHO-Sからの操作された免疫グロブリン配列番号8-80、(■)CHO-Sからの操作された免疫グロブリン配列番号40、(○)CHO-Sからの操作された免疫グロブリン配列番号82、(□)CHO-Sからの操作された免疫グロブリン配列番号83、(●)CHO-Sからの操作された免疫グロブリン配列番号84の血清中の濃度。
最適化された特性を有するIgA免疫グロブリンのFc変異体、及びこれらのFc変異体を含む抗体が本明細書に開示される。これらの最適化された特性は、親IgA Fcポリペプチドと比較して、FcαRに対する増強された結合及び変更された抗体依存性細胞媒介性細胞毒性(ADCC)を含む。
定義
本開示をより容易に理解することができるように、ある用語は詳細な説明全体にわたり具体的に定義される。特に定義のない限り、本明細書において使用される全ての技術及び科学用語は、本開示が属する分野の当業者により一般に理解される意味と同じ意味を有する。
「含む(comprise)」、「含む(comprises)」、又は「含む(comprising)」という用語などが配列(例えば、アミノ酸配列)に関して使用される全ての場合において、前記配列は「からなる(consist)」、「からなる(consists)」、又は「からなる(consisting)」という用語などによっても限定され得ることを理解されたい。本明細書において使用されるとき、「本質的に~からなる」という語句は、方法又は組成物に含まれる活性医薬剤の属又は種、及び方法又は組成物の意図される目的に不活性である任意の賦形剤を指す。一部の態様において、「本質的に~からなる」という語句は、本開示のFc変異体以外の1つ以上の追加の活性剤の包含を明示的に排除する。一部の態様において、「本質的に~からなる」という語句は、本開示のFc変異体及び第2の同時投与薬剤以外の1つ以上の追加の活性剤の包含を明示的に排除する。
本明細書において使用されるとき、「抗体」という用語は、対応する抗原に非共有結合的に、可逆的に、及び特異的に結合し得る免疫グロブリンファミリーのポリペプチドを指す。それぞれの抗体の基礎的な機能単位は、本明細書において「Ig単量体」と定義される1つのIg単位のみを含有する免疫グロブリン単量体である。分泌抗体は、2つのIg単位を有する二量体(例えば、IgA)、4つのIg単位を有する四量体又は5つのIg単位を有する五量体(例えば、哺乳類IgM)でもあり得る。「抗体」という用語には、例えば、モノクローナル抗体(例として、免疫グロブリンFc領域を有する全長抗体)が含まれる。Ig単量体は、4つのポリペプチド鎖;ジスルフィド結合により連結される2つの同一の重鎖及び2つの同一の軽鎖からなるY型分子である(Woof & Burton(2004)Nature Reviews Immunology,4(2):89-99)。それぞれの鎖は、それらのサイズ及び機能に従って2つのカテゴリー:可変又は定常に分類される約70~110個のアミノ酸を含有する多数の構造ドメインを含む。重鎖は、1つの可変ドメイン(VHと略記)及び3つの定常ドメイン(CH1、CH2及びCH3と略記)を含む。それぞれの軽鎖は、1つの可変ドメイン(VLと略記)及び1つの定常ドメイン(CLと略記)を含む。免疫グロブリンドメインは、2つのベータシートが保存システイン残基と他の荷電アミノ酸との間の相互作用により一緒に保持される「サンドイッチ」形を作出する特徴的な免疫グロブリンフォールドを有する。VH及びVL領域は、フレームワーク領域(FR)と称されるより保存される領域が散在する相補性決定領域(CDR)と称される超可変の領域にさらに下位分類することができる。それぞれのVH及びVLは、アミノ酸末端からカルボキシ末端に配置される3つのCDR及び4つのFRから構成され、以下の順序である:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、及びFR4。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する抗原結合ドメイン又は抗原結合部位を含有する。
「抗体」という用語には、限定されるものではないが、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ抗体、キメラ抗体、及び抗イディオタイプ(抗Id)抗体(例として、例えば、本開示の抗体に対する抗Id抗体)が含まれる。抗体は、任意のアイソタイプ/クラス(例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA及びIgY)、又はサブクラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2)のものであり得る。
本明細書において使用される「単一特異的分子」という用語は、標的抗原上の1つのエピトープに結合する分子を指す。一部の実施形態において、本開示の単一特異的分子は、単一特異的抗体様分子である。一部の実施形態において、本開示の単一特異的分子は、単一特異的抗体である。「二重特異的分子」という用語は、2つの異なる抗原に結合する多重特異的結合分子を指す。一部の実施形態において、本開示の二重特異的分子は、二重特異的抗体様分子である。本明細書において使用される「多重特異的結合分子」という用語は、2つ以上の異なる抗原に結合する分子を指す。それぞれの抗原の認識は、一般に、「抗原結合ドメイン」を介して達成される。一部の実施形態において、本開示の多重特異的結合分子は、多重特異的抗体様分子、例えば、二重特異的抗体様分子である。
「抗原結合部位」という用語は、抗原、又はそのエピトープに結合する界面を形成する決定基を含む抗体の部分を指す。「抗原結合部位」という用語は、「抗原結合ドメイン」という用語と互換的に使用することができる。タンパク質(又はタンパク質模倣体)に関して、抗原結合部位は、典型的には、抗原ポリペプチドに結合する界面を形成する(少なくとも4つのアミノ酸又はアミノ酸ミミックの)1つ以上のループを含む。典型的には、抗体分子の抗原結合部位は、少なくとも1若しくは2つのCDR及び/若しくは超可変ループ、又はより典型的には、少なくとも3、4、5若しくは6つのCDR及び/若しくは超可変ループを含む。
本明細書において使用される「相補性決定領域」(「CDR」)は、VL及びVHの超可変領域を指す。CDRは、標的タンパク質に対する特異性を保有する抗体鎖の標的タンパク質結合部位である。それぞれのヒトVL又はVH中には3つのCDR(CDR1~3、N末端から連続して番号付けされる)が存在し、可変ドメインの合計約15~20%を構成する。CDRは、それらの領域及び順序により称することができる。例えば、「VHCDR1」又は「HCDR1」は、両方とも、重鎖可変領域の第1のCDRを指す。CDRは、標的タンパク質のエピトープに構造的に相補的であり、したがって結合特異性を直接担う。VL又はVHの残りのストレッチ、いわゆるフレームワーク領域はアミノ酸配列の少ないバリエーションを示す(Kuby(2000)Immunology,4th ed.,Chapter 4.W.H.Freeman & Co.,New York)。CDR及びフレームワーク領域の位置は、当技術分野において種々の公知の定義、例えば、Kabat、Chothia、IMGT、AbM、及び組み合わせ定義(例えば、Johnson et al.,(2001)Nucleic Acids Res.,29:205-206;Chothia & Lesk,(1987)J.Mol.Biol.,196:901-917;Chothia et al.,(1989)Nature,342:877-883;Chothia et al.,(1992)J.Mol.Biol.,227:799-817;Lefranc,M.P.,(2001)Nucleic Acids Res.,29:207-209;Al-Lazikani et al.,(1997)J.Mol.Biol.,273:927-748及びKabat et al.,(1991)Sequences of proteins of immunological interest.5th Edition-US DHHS,NIH publication n°91-3242,pp 662,680,689参照)を使用して決定することができる。抗原結合部位の定義は、以下:Ruiz et al.,(2000)Nucleic Acids Res.,28:219-221;MacCallum et al.,(1996)J.Mol.Biol.,262:732-745;及びMartin et al.,(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,86:9268-9272;Martin et al.,(1991)Methods Enzymol.,203:121-153;及びRees et al.,(1996)In Sternberg M.J.E.(ed.),Protein Structure Prediction,Oxford University Press,Oxford,141-172にも記載されている。Kabat及びChothia番号付けスキームの組み合わせにおいて、一部の実施形態において、CDRは、Kabat CDR、Chothia CDR、又はその両方の一部であるアミノ酸残基に対応する。例えば、一部の実施形態において、CDRは、VH、例えば、哺乳類VH、例えば、ヒトVH中のアミノ酸残基26~35(HCDR1)、50~65(HCDR2)、及び95~102(HCDR3);及びVL、例えば、哺乳類VL、例えば、ヒトVL中のアミノ酸残基24~34(LCDR1)、50~56(LCDR2)、及び89~97(LCDR3)に対応する。IMGTのもと、VH中のCDRアミノ酸残基は、およそ26~35(CDR1)、51~57(CDR2)及び93~102(CDR3)と番号付けされ、VL中のCDRアミノ酸残基は、およそ27~32(CDR1)、50~52(CDR2)、及び89~97(CDR3)と番号付けされる(「Kabat」に従う番号付け)。IMGTのもと、抗体のCDR領域は、プログラムIMGT/DomainGap Alignを使用して決定することができる。IMGTツールは、ワールドワイドウェブ(www).imgt.orgにおいて利用可能である。
一実施形態において、抗体は、抗体の「抗原結合断片」を含む。このような断片の例としては、(i)Fab断片、VL、VH、CL及びCH1ドメインからなる一価断片;(ii)F(ab’)2断片、ヒンジ領域においてジスルフィド架橋により結合している2つのFab断片を含む二価断片;(iii)VH及びCH1ドメインからなるFd断片;(iv)抗体の単一アームのVL及びVHドメインからなるFv断片、(v)VHドメインからなるダイアボディ(dAb)断片;(vi)ラクダ又はラクダ化可変ドメイン;(vii)単鎖Fv(scFv)、例えば、Bird et al.,(1988)Science 242:423-426;及びHuston et al.,(1988)PNAS USA 85:5879-5883参照);(viii)単一ドメイン抗体;(ix)ダイアボディ(Dab)(二価及び二重特異的)、及び(x)全抗体又は組換えDNA技術を使用してデノボ合成されたものの改変により産生することができるキメラ(例えば、ヒト化)抗体が挙げられる。これらの機能的抗体断片は、それらのそれぞれの抗原又は受容体と選択的に結合する能力を保持する。これらの抗体断片は、当業者に公知の慣用の技術を使用して得られ、断片はインタクト抗体と同様に有用性についてスクリーニングされる。
哺乳類において、ラムダ(λ)及びカッパ(κ)と呼ばれる2つのタイプの免疫グロブリン軽鎖が存在する。それぞれの抗体は常に同一の2つの軽鎖を含有し;哺乳類において軽鎖、κ又はλの1つのタイプのみが抗体ごとに存在する。軽鎖のおよその長さは211~217アミノ酸であり、それぞれの軽鎖は2つのドメイン、1つの定常ドメイン及び1つの可変ドメインを有する。
α、δ、ε、γ、及びμと示される5つのタイプの哺乳類Ig重鎖が存在し、抗体中に存在する重鎖のタイプが抗体のクラス又はアイソタイプ:IgM、IgG、IgA、IgD、IgEをそれぞれ定義する。重鎖は物理化学的、構造的、及び免疫学的特性が変動するが、それぞれの重鎖は2つのドメイン、可変ドメイン及び定常ドメインを有する。可変ドメインは単一のIgドメイン(およそ110アミノ酸長さ)を含み、抗体結合特異性を決定する。定常ドメインは同じアイソタイプの全ての抗体において同一であるが、異なるアイソタイプの抗体において異なる。重鎖γ、α及びδは、3つのタンデムIgドメインから構成される定常領域、及びフレキシビリティの付加のためのヒンジ領域を有し;重鎖μ及びεは、4つの免疫グロブリンドメインから構成される定常領域を有する(Woof & Burton、前掲)。「免疫グロブリン」(Ig)という用語は、本明細書において「抗体」という用語と互換的に使用される。
IgGは、ヒト免疫グロブリンの70~75%を占める血液(血漿)中の最も豊富な抗体アイソタイプである。IgGは有害物質を解毒し、白血球及びマクロファージによる抗原-抗体複合体の認識において重要である。IgGは、ヒトにおいて4つのサブクラス:IgG1、IgG2、IgG3及びIgG4にさらに分類される。IgMは、通常、血液中を循環し、ヒト免疫グロブリンの約10%を占める。IgMは、5つの基礎Y型分子が一緒に結合している五量体構造を有する。B細胞は、微生物感染/抗原侵襲に応答して最初にIgMを産生する。IgMはIgGよりも低い抗原に対する親和性を有するが、それは、その五量体/六量体構造のために高い抗原に対するアビディティを有する。IgMは、細胞表面受容体への結合により、細胞シグナリング経路も活性化させる。IgAは、血清、鼻腔粘膜、唾液、母乳、及び腸液中で豊富であり、ヒト免疫グロブリンの25%を占める。IgAは、二量体(すなわち、一緒に結合している2つのIgA単量体)を形成する。母乳中のIgAは、新生児の胃腸管を病原体から保護する。IgAは、2つのサブクラス:IgA1及びIgA2に分類される。IgDは、ヒト免疫グロブリンの1%未満を占め、B細胞中の抗体産生の誘導に関与し得るが、その正確な機能は不明のままである。IgEは微量で存在し、ヒト免疫グロブリンの0.001%以下を占める。この元の役割は、寄生虫から保護することである。寄生虫感染が希少な領域において、IgEは主にアレルギーに関与する。
免疫細胞活性は、結晶化可能断片領域又は「Fc領域」として公知の抗体の領域によりモジュレートされる。Fc領域は2つの同一ポリペプチド鎖(それぞれ本明細書では「Fcドメイン」と称される)から構成され、IgG及びIgAは重鎖のCH2及びCH3定常ドメインを含む。IgM及びIgE Fc領域は、それぞれのポリペプチド鎖中の3つの重鎖定常ドメイン(CHドメイン2~4)を含有する。CH2及びCH3ドメイン中のアミノ酸残基は、EU番号付け体系(Edelman et al.,(1969)PNAS.USA,63,78-85)、「Kabat」番号付け(Kabat et al.、前掲)に従って、又は代替的にCドメインについてのIMGT番号付けを使用して番号付けすることができる。IMGTツールは、ワールドワイドウェブ(www).imgt.orgにおいて利用可能である。
Fc領域は、抗体の生理学的効果を媒介する細胞表面受容体、「Fc受容体」及び補体タンパク質に結合する。Fc受容体は、免疫系の多くの細胞、例として、Bリンパ球、濾胞樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、好塩基球、ヒト血小板及びマスト細胞上で見出される。Fc受容体への抗体Fc領域の結合は、食作用又は細胞毒性細胞を刺激して抗体依存性細胞媒介細胞毒性(ADCC)の機序により微生物、又は感染細胞を破壊する。いくつかの異なるタイプのFc受容体(FcR)が存在し、それらはそれらが認識する抗体のタイプに基づき分類される。例えば、IgGに結合するものはFc-ガンマ受容体(FcγR)と呼ばれ、IgAに結合するものはFc-アルファ受容体(FcαRI)と呼ばれ、IgEに結合するものはFc-イプシロン受容体(FcεR)と呼ばれる。FcRのクラスは、それらを発現する細胞(マクロファージ、顆粒球、ナチュラルキラー細胞、T及びB細胞)及びそれぞれの受容体のシグナリング特性によっても区別される(Owen J et al.,(2009)Immunology(7th ed.).New York:W.H.Freeman and Company.p423)。FcαRIはCD89としても知られ、その主要な抗体リガンドはIgAである。この受容体は、IgAに対する低い親和性(Kd>10-6M)を有し、単球、マクロファージ、好中球及び好酸球上に見出される。FcαRIに対するIgAの結合は、食作用及び微生物殺傷の誘導を主にもたらす。
一実施形態において、抗体は、全長抗体、又は全長免疫グロブリン鎖を含む。一実施形態において、抗体は、全長抗体、又は全長免疫グロブリン鎖の抗原結合又は機能的断片を含む。抗体の調製物は、モノクローナルでもポリクローナルでもよい。抗体は、ヒト、ヒト化、CDRグラフト化、又はインビトロ生成抗体でもあり得る。
一実施形態において、抗体又は免疫グロブリンは組換え産生することができ、例えば、ファージディスプレイにより、又はコンビナトリアル法により産生することができる。抗体を生成するためのファージディスプレイ及びコンビナトリアル法は、当技術分野において公知である(例えば、Ladner et al.、米国特許第5,223,409号明細書;Kang et al.、国際公開第92/18619号パンフレット;Dower et al.、国際公開第91/17271号パンフレット;Winter et al.、国際公開第92/20791号パンフレット;Markland et al.、国際公開第92/15679号パンフレット;Breitling et al.、国際公開第93/01288号パンフレット;McCafferty et al.、国際公開第92/01047号パンフレット;Garrard et al.、国際公開第92/09690号パンフレット;Ladner et al.、国際公開第90/02809号パンフレット;Fuchs et al.,(1991)Bio/Technology,9:1370-1372;Hay et al.,(1992)Hum Antibody Hybridomas,3:81-85;Huse et al.,(1989)Science 246:1275-1281;Griffths et al.,(1993)EMBO J.,12:725-734;Hawkins et al.,(1992)J Mol Biol.,226:889-896;Clackson et al.,(1991)Nature,352:624-628;Gram et al.,(1992)PNAS,89:3576-3580;Garrard et al.,(1991)Bio/Technology,9:1373-1377;Hoogenboom et al.,(1991)Nuc Acid Res.,19:4133-4137;及びBarbas et al.,(1991)PNAS,88:7978-7982に記載;それらの全ての内容は参照により本明細書に組み込まれる)。
一実施形態において、抗体又は免疫グロブリンは、完全ヒト抗体(例えば、ヒト免疫グロブリン配列から抗体を産生するように遺伝子人工操作されたマウス中で作製される抗体又はヒトから単離される抗体)、又は非ヒト抗体、例えば、齧歯類(マウス又はラット)、ヤギ、霊長類(例えば、サル)、ラクダ抗体である。ヒトモノクローナル抗体は、マウス系ではなくヒト免疫グロブリン遺伝子を担持するトランスジェニックマウスを使用して生成することができる。目的の抗原で免疫されたこれらのトランスジェニックマウスからの脾細胞を使用してヒトタンパク質からのエピトープに対する特異的親和性を有するヒトモノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマを産生する(例えば、Wood et al.、国際公開第91/00906号パンフレット、Kucherlapati et al.、国際公開第91/10741号パンフレット;Lonberg et al.、国際公開第92/03918号パンフレット;Kay et al.、国際公開第92/03917号パンフレット;Lonberg et al.,(1994)Nature 368:856-859;Green et al.,(1994)Nature Genet.7:13-21;Morrison et al.,(1994)PNAS USA 81:6851-6855;Bruggeman et al.,(1993)Year Immunol 7:33-40;Tuaillon et al.,(1993)PNAS 90:3720-3724;Bruggeman et al.,(1991)Eur J Immunol 21:1323-1326参照)。
抗体又は免疫グロブリンは、可変領域、又はその一部、例えば、CDRが非ヒト生物、例えば、ラット又はマウス中で生成されるものであり得る。キメラ、CDRグラフト化、及びヒト化抗体は、本発明の範囲内である。非ヒト生物、例えば、ラット又はマウス中で生成され、次いで、ヒトにおける抗原性を減少させるように例えば可変フレームワーク又は定常領域中で改変された抗体は、本発明の範囲内である。キメラ抗体は、当技術分野において公知の組換えDNA技術により産生することができる(Robinson et al.、国際公開第87/002671号パンフレット;Akira et al.、欧州特許出願公開第184187A1号明細書;Taniguchi,欧州特許出願公開第171496A1号明細書;Morrison et al.、欧州特許出願公開第173494A1号明細書;Neuberger et al.、国際公開第86/01533号パンフレット;Cabilly et al.、米国特許第4,816,567号明細書;Cabilly et al.、欧州特許出願公開第125023A1号明細書;Better et al.,(1988)Science 240:1041-1043;Liu et al.,(1987)PNAS 84:3439-3443;Liu et al.,(1987),J.Immunol.139:3521-3526;Sun et al.,(1987)PNAS 84:214-218;Nishimura et al.,(1987),Canc.Res.47:999-1005;Wood et al.,(1985)Nature 314:446-449;及びShaw et al.,(1988),J.Natl Cancer Inst.80:1553-1559参照)。
ヒト化又はCDRグラフト化抗体は、ドナーCDRで置き換えられた少なくとも1又は2つの(重鎖及び又は軽鎖免疫グロブリン鎖の)レシピエントCDRを有するが、一般に3つ全てのレシピエントCDRを有する。抗体を非ヒトCDRの少なくとも一部で置き換えることができ、又はCDRの一部のみを非ヒトCDRで置き換えることができる。標的抗原へのヒト化抗体の結合に要求されるCDRの数を置き換えることのみ必要である。好ましくは、ドナーは齧歯類抗体、例えば、ラット又はマウス抗体であり、レシピエントはヒトフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークである。典型的には、CDRを提供する免疫グロブリンは「ドナー」と称され、フレームワークを提供する免疫グロブリンは「アクセプター」と称される。一実施形態において、ドナー免疫グロブリンは、非ヒト(例えば、齧歯類)である。アクセプターフレームワークは、天然に生じる(例えば、ヒト)フレームワーク若しくはコンセンサスフレームワーク、又はそれと約85%以上、好ましくは、90%、95%、99%以上同一の配列である。
本明細書において使用されるとき、「コンセンサス配列」という用語は、関連配列のファミリーにおける最も高頻度に生じるアミノ酸(又はヌクレオチド)から形成される配列を指す(例えば、Winnaker,From Genes to Clones(Verlagsgesellschaft,Weinheim,Germany(1987))参照)。タンパク質のファミリーにおいて、コンセンサス配列中のそれぞれの位置は、そのファミリーにおけるその位置において最も高頻度に生じるアミノ酸により占有される。2つのアミノ酸が等しい頻度で生じる場合、いずれもコンセンサス配列中に含まれ得る。「コンセンサスフレームワーク」は、コンセンサス免疫グロブリン配列中のフレームワーク領域を指す。
抗体は、当技術分野において公知の方法によりヒト化させることができる(例えば、Morrison,(1985),Science 229:1202-1207;Oi et al.,(1986),BioTechniques 4:214、並びにQueen et al.、米国特許第5,585,089号明細書、米国特許第5,693,761号明細書及び米国特許第5,693,762号明細書参照、それらの全ての内容は参照により本明細書に組み込まれる)。ヒト化又はCDRグラフト化抗体は、免疫グロブリン鎖の1、2、又は全てのCDRを置き換えることができるCDRグラフト化又はCDR置換により産生することができる。例えば、米国特許第5,225,539号明細書;Jones et al.,(1986)Nature 321:552-525;Verhoeyan et al.,(1988)Science 239:1534;Beidler et al.,(1988)J.Immunol.141:4053-4060及びWinterの米国特許第5,225,539号明細書参照、それらの全ての内容は参照により本明細書に明示的に組み込まれる。規定のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたヒト化抗体も本発明の範囲内である。ドナーからのアミノ酸を選択するための基準は、米国特許第5,585,089号明細書、例えば、米国特許第5,585,089号明細書の第12~16列に記載されており、その内容は参照により本明細書に組み込まれる。抗体をヒト化するための他の技術は、Padlan et al.、欧州特許出願公開第519596A1号明細書に記載されている。
抗体定常領域を変更する方法は、当技術分野において公知である。変更された機能、例えば、エフェクターリガンド、例えば、細胞上のFcR、又は補体のC1成分に対する変更された親和性を有する抗体は、抗体の定常部分中の少なくとも1つのアミノ酸残基を異なる残基で置き換えることにより産生することができる(例えば、欧州特許出願公開第388151A1号明細書、米国特許第5,624,821号明細書及び米国特許第5,648,260号明細書参照)。
本明細書で使用される「位置」は、タンパク質の配列におけるアミノ酸の位置を意味する。位置は、連続的に、又は確立された形式、例えばKabatにおけるようなEUインデックス又はIMGT番号付け(www.imgt.org)に従って番号付けされ得る。例えばIMGT番号付けを使用する場合、グルタミン94(Gln94とも称される、Q94とも称される)は、それがCH2又はCH3ドメインに見出されるか否かを示すために、Fc領域における位置も与える。例えば、QCH2.94、SCH3.45は、ヒト抗体IgA1のCH2ドメインにおける位置94のグルタミン、及びCH3ドメインにおける位置45のセリンを示す。
本明細書で使用される「残基」は、タンパク質及びその関連するアミノ酸アイデンティティにおける位置を意味する。例えば、グルタミン94(Gln94とも称される、Q94とも称される)は、ヒト抗体lgA1における残基である。
本明細書において使用されるアミノ酸残基/位置の「改変」又は「突然変異」は、出発アミノ酸配列と比較した一次アミノ酸配列の変化を指し、その変化は、前記1つ以上のアミノ酸残基/位置が関与する配列変更から生じる。例えば、典型的な改変としては、1つ以上の残基の(又は前記位置における)別のアミノ酸での置換(例えば、保存的又は非保存的置換)、前記1つ以上の残基/位置に隣接する1つ以上のアミノ酸の挿入、及び前記1つ以上の残基/位置の欠失、前記1つ以上の残基/位置の逆位、及び前記1つ以上の残基/位置の重複が挙げられる。アミノ酸「置換」又はそのバリエーションは、所定の(出発)アミノ酸配列における1つ以上の現存するアミノ酸残基の、1つ以上の異なるアミノ酸残基との置換を指す。一般に且つ好ましくは、改変は、出発又は親(又は「野生型」)アミノ酸配列を含むポリペプチドと比較したバリアントポリペプチドの少なくとも1つの物理生化学的活性の変更をもたらす。例えば、抗体又はFc異性体の場合、変更される物理生化学的活性は、標的分子に対する結合親和性、結合能及び/又は結合効果であり得る。
本明細書で使用される「変異体ポリペプチド」、「ポリペプチド変異体」、又は「変異体」は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親ポリペプチド配列とは異なるポリペプチド配列を意味する。親ポリペプチドは、天然に存在する若しくは野生型(WT)ポリペプチドであり得、又はWTポリペプチドの改変バージョンであり得る。変異体ポリペプチドは、ポリペプチド自体、ポリペプチドを含む組成物、又はポリペプチドをコードするアミノ配列を指し得る。好ましくは、変異体ポリペプチドは、親ポリペプチドと比較して少なくとも1つのアミノ酸改変、例えば、親と比較して約1~10個のアミノ酸改変、好ましくは約1~約5個のアミノ酸改変を有する。本明細書に記載される変異体ポリペプチド配列は、親ポリペプチド配列との少なくとも約80%の相同性、好ましくは少なくとも約90%の相同性、より好ましくは少なくとも約95%の相同性を有するであろう。一実施形態では、本明細書に記載される変異体ポリペプチド配列は、親IgA CH2ポリペプチド配列との少なくとも約85%の相同性、好ましくは少なくとも約90%の相同性、より好ましくは少なくとも約95%の相同性を有するであろう。一実施形態では、本明細書に記載される変異体ポリペプチド配列は、親IgA CH3ポリペプチド配列との少なくとも約90%の相同性、好ましくは少なくとも約95%の相同性、より好ましくは少なくとも約97%の相同性を有するであろう。好ましい実施形態では、本明細書に記載される変異体ポリペプチド配列は、親IgA CH2ポリペプチド配列との少なくとも約85%の相同性、好ましくは少なくとも約90%の相同性、より好ましくは少なくとも約95%の相同性を有し、親IgA CH3ポリペプチド配列との少なくとも約90%の相同性、好ましくは少なくとも約95%の相同性、より好ましくは少なくとも約97%の相同性を有するであろう。したがって、本明細書で使用される「Fc変異体」又は「変異体Fc」は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親Fc配列とは異なるFc配列を意味する。Fc変異体は、Fc領域を包含するのみであり、又は抗体、Fc融合物、単離されたFc、Fc断片、若しくは実質的にFcによってコードされる他のポリペプチドの状況で存在し得る。Fc変異体は、ポリペプチド自体、Fc変異体ポリペプチドを含む組成物、又はFc変異体をコードするアミノ酸配列を指し得る。本明細書で使用される「Fcポリペプチド変異体」又は「変異体Fcポリペプチド」は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親Fcポリペプチドとは異なるFcポリペプチドを意味する。本明細書で使用される用語「親Fcポリペプチド」は、アミノ酸改変が行われる出発Fcポリペプチドを意味する。親Fcポリペプチドは、野生型Fcポリペプチド又は野生型Fcポリペプチドの対立遺伝子バリエーションであるFcポリペプチドであり得る。親Fcポリペプチドはまた、アミノ酸改変が既に行われているFcポリペプチドであり得る。本明細書で使用される「タンパク質変異体」又は「変異体タンパク質」は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親タンパク質とは異なるタンパク質を意味する。本明細書で使用される「抗体変異体」又は「変異体抗体」は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親抗体とは異なる抗体を意味する。本明細書で使用される「lgA変異体」又は「変異体lgA」は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親lgAとは異なる抗体を意味する。親IgAは、アイソタイプIgA1又はIgA2のものであり得る。本明細書で使用される「免疫グロブリン変異体」又は「変異体免疫グロブリン」は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親免疫グロブリン配列とは異なる免疫グロブリン配列を意味する。
本明細書で「野生型」又は「WT」は、対立遺伝子バリエーションを含む、天然に見出されるアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を意味する。WTタンパク質、ポリペプチド、抗体、免疫グロブリン、lgAなどは、意図的に改変されていないアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を有する。
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられる置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野において定義されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖(例えば、リジン(K)、アルギニン(R)、ヒスチジン(H))、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸(D)、グルタミン酸(E))、非荷電極性側鎖(例えば、グリシン(G)、アスパラギン(N)、グルタミン(Q)、セリン(S)、トレオニン(T)、チロシン(Y)、システイン(C))、非極性側鎖(例えば、アラニン(A)、バリン(V)、ロイシン(L)、イソロイシン(I)、プロリン(P)、フェニルアラニン(F)、メチオニン(M)、トリプトファン(W))、ベータ分枝側鎖(例えば、トレオニン(T)、バリン(V)、イソロイシン(I))及び芳香族側鎖(例えば、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、ヒスチジン(H))を有するアミノ酸が挙げられる。
2つ以上の核酸又はポリペプチド配列に関する「同一パーセント」又は「同一性パーセント」という用語は、同じである2つ以上の配列又は部分配列を指す。2つの配列は、以下の配列比較アルゴリズムの1つを使用して、又は手作業のアラインメント及び目視検査により測定して比較ウィンドウ、又は指定領域上で比較し、最大対応についてアラインした場合、2つの配列が規定の割合の同じ(すなわち、規定の領域と比べて、又は規定されない場合、配列全体と比べて60%の同一性、任意選択で65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%の同一性)であるアミノ酸残基又はヌクレオチドを有する場合、「実質的に同一」である。任意選択で、同一性は、少なくとも約50ヌクレオチド(又は10アミノ酸)長である領域上、又はより好ましくは、100~500又は1000ヌクレオチド以上(又は20、50、200アミノ酸以上)の長さである領域上に存在する。本開示の「同一性の割合」又は「配列同一性の割合」は、(i)2つの最適にアラインされた配列(ヌクレオチド又はタンパク質)を比較のウィンドウ上で比較することにより、(ii)同一の核酸塩基(ヌクレオチド配列についての)又はアミノ酸残基(タンパク質についての)が両方の配列中で生じる位置の数を決定してマッチ位置の数を得ることにより、(iii)マッチ位置の数を、比較のウィンドウ中の位置の総数により割ることにより、及び次いで(iv)この商に100%を掛けて同一性パーセントを得ることにより計算することができる。「同一性パーセント」が規定される特定の比較ウィンドウなしで参照配列に関して計算されている場合、同一性パーセントは、アラインメントの領域上のマッチ位置の数を参照配列の全長で割ることにより決定される。したがって、本開示の目的のため、2つの配列(クエリ及び対象)が(それらのアラインメントにおけるギャップを許容して)最適にアラインされる場合、クエリ配列についての「同一性パーセント」は、2つの配列間の同一位置の数をその長さ(又は比較ウィンドウ)にわたるクエリ配列中の位置の総数で割り、次いでそれに100%を掛けたものに等しい。
配列比較のため、典型的には、1つの配列は、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験及び参照配列はコンピュータに入力され、必要であれば部分配列座標が指定され、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定される。デフォルトプログラムパラメータを使用することができ、又は代替パラメータを指定することができる。次いで、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づき参照配列に対する試験配列についての配列同一性パーセントを計算する。
本明細書において使用される「比較ウィンドウ」という用語には、配列を2つの配列が最適にアラインされた後に連続位置の同じ数の参照配列と比較することができる20~600、通常、約50~約200、より通常、約100~約150からなる群から選択される連続位置の数のいずれか1つのセグメントへの言及が含まれる。比較のための配列のアラインメントの方法は、当技術分野において公知である。比較のための配列の最適なアラインメントは、例えば、Smith & Waterman(1970)Adv.Appl.Math.2:482cのローカル相同性アルゴリズムにより、Needleman & Wunsch(1970)J.Mol.Biol.,48:443の相同性アラインメントアルゴリズムにより、Pearson & Lipman(1988)PNAS.USA,85:2444の類似性検索方法により、これらのアルゴリズムのコンピュータによる実行(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group,575 Science Dr.,Madison,WI中のGAP、BESTFIT、FASTA、及びTFASTA)により、又は手作業のアラインメント及び目視検査(例えば、Brent et al.,(2003)Current Protocols in Molecular Biology参照)により実施することができる。
配列同一性パーセント及び配列類似性の決定に好適なアルゴリズムの2つの例は、BLAST及びBLAST 2.0アルゴリズムであり、それらはそれぞれAltschul et al.,(1977)Nuc.Acids Res,.25:3389-3402;及びAltschul et al.,(1990)J.Mol.Biol.,215:403-410に記載されている。BLAST分析を実施するためのソフトウェアは、National Center for Biotechnology Informationを介して公的に利用可能である。このアルゴリズムは、データベース配列中の同じ長さのワードとアラインした場合、マッチし、又はある正の値の閾値スコアTを満たすクエリ配列中の長さWの短いワードを同定することにより高スコアリング配列ペア(HSP)を最初に同定することを伴う。Tは、隣接ワードスコア閾値と称される(Altschul et al.,(1990)前掲)。これらの初期隣接ワードヒットは、それらを含有するより長いHSPを見出すための検索を開始するためのシーズとして機能する。ワードヒットは、累積的アラインメントスコアが増加され得る限り、それぞれの配列に沿って両方向に伸長される。累積スコアは、ヌクレオチド配列については、パラメータM(一対のマッチ残基に対する報酬スコア;常に>0)及びN(ミスマッチ残基に対するペナルティスコア;常に<0)を使用して計算される。アミノ酸配列については、累積スコアを計算するため、スコアリング行列が使用される。累積アラインメントスコアがその最大達成値から量Xだけ降下した場合;1つ以上の負のスコアの残基アラインメントの蓄積に起因して累積スコアが0以下になった場合;又はいずれかの配列の末端に達した場合、それぞれの方向におけるワードヒットの伸長は停止する。BLASTアルゴリズムパラメータのW、T、及びXは、アラインメントの感度及び速度を決定する。BLASTNプログラム(ヌクレオチド配列用)は、デフォルトとして、ワード長(W)11、期待値(E)又は10、M=5、N=-4、及び両鎖の比較を使用する。アミノ酸配列については、BLASTPプログラムは、ワード長3及び期待値(E)10をデフォルトとして使用し、BLOSUM62スコアリング行列(Henikoff & Henikoff,(1989)PNAS.USA,89:10915参照)は、アラインメント(B)50、期待値(E)10、M=5、N=-4、及び両鎖の比較をデフォルトとして使用する。
BLASTアルゴリズムは、2つの配列間の類似性の統計的分析も実行する(例えば、Karlin & Altschul(1993)PNAS.USA,90:5873-5787参照)。BLASTアルゴリズムにより提供される類似性の1つの尺度は、最小和確率(smallest sum probability)(P(N))であり、これは、2つのヌクレオチド配列間又はアミノ酸配列間のマッチが偶然に生じる確率の指標を提供する。例えば、試験核酸と参照核酸との比較における最小合計確率が約0.2未満、より好ましくは、約0.01未満、最も好ましくは、約0.001未満である場合、核酸は参照配列に類似するとみなされる。
2つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ALIGNプログラム(バージョン2.0)に組み込まれたE.Meyers and W.Miller(Comput.Appl.Biosci.4:11-17(1988))のアルゴリズムを使用して、PAM120ウエイト残基表、ギャップ長さペナルティ12及びギャップペナルティ4を使用して決定することもできる。さらに、2つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、GCGソフトウェアパッケージ(www.gcg.comにおいて利用可能)中のGAPプログラムに組み込まれたNeedleman & Wunschの前掲のアルゴリズムを使用して、Blossom62行列又はPAM250行列のいずれか、並びにギャップウエイト16、14、12、10、8、6、又は4及び長さウエイト1、2、3、4、5、又は6を使用して決定することができる。
上記の配列同一性の割合以外で、2つの核酸配列又はポリペプチドが実質的に同一である別の指標は、下記のとおり第1の核酸によりコードされるポリペプチドが、第2の核酸によりコードされるポリペプチドに対して生じる抗体と免疫学的に交差反応性であることである。したがって、ポリペプチドは、典型的には、例えば、2つのペプチドが保存的置換のみ異なる第2のポリペプチドと実質的に同一である。2つの核酸配列が実質的に同一である別の指標は、2つの分子又はそれらの相補体が下記のとおりストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。2つの核酸配列が実質的に同一であるさらに別の指標は、同じプライマーを使用してその配列を増幅させることができることである。
「核酸」という用語は、本明細書において「ポリヌクレオチド」という用語と互換的に使用され、一本鎖又は二本鎖形態のいずれかであるデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド及びそれらのポリマーを指す。この用語は、合成、天然発生、及び非天然発生であり、参照核酸と類似の結合特性を有し、参照ヌクレオチドと類似の様式で代謝される公知のヌクレオチド類似体又は改変骨格残基若しくは結合を含有する核酸を包含する。そのような類似体の例としては、限定されるものではないが、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、メチルホスホネート、キラル-メチルホスホネート、2-O-メチルリボヌクレオチド、ペプチド-核酸(PNA)が挙げられる。
特に示されない限り、特定の核酸配列は、明示的に示される配列だけでなく、その保存的に改変されたバリアント(例えば、縮重コドン置換)、及び相補的配列も黙示的に包含する。具体的には、以下に詳述されるとおり、縮重コドン置換は、1つ以上の選択された(又は全ての)コドンの3番目の位置が混合塩基及び/又はデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することにより達成することができる(Batzer et al.,(1991)Nucleic Acid Res.,19:5081;Ohtsuka et al.,(1985)J Biol Chem.,260:2605-2608;及びRossolini et al.,(1994)Mol Cell Probes,8:91-98)。本明細書において使用されるとき、「最適化ヌクレオチド配列」という用語は、産生細胞、この場合、チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)中で好ましいコドンを使用してアミノ酸配列をコードするようにヌクレオチド配列が変更されていることを意味する。最適化ヌクレオチド配列は、「親」配列としても公知の出発ヌクレオチド配列により最初にコードされる完全にアミノ酸配列を保持するように人工操作される。特定の実施形態において、本明細書における最適化配列は、CHO哺乳類細胞において好ましいコドンを有するように人工操作されている。
本明細書において使用されるとき、「C末端」は、フリーカルボキシル基(-COOH)を有するポリペプチド鎖のカルボキシル末端アミノ酸を指す。本明細書において使用されるとき、「N末端」は、フリーアミン基(-NH)を有するポリペプチド鎖のアミノ末端アミノ酸を指す。
本明細書において使用される「作動可能に結合している」又は「機能的に結合している」という用語は、2つ以上のポリヌクレオチド(例えば、DNA)セグメント間の機能的関係を指す。典型的には、これは、転写調節配列と転写される配列との機能的関係を指す。例えば、プロモーター又はエンハンサー配列は、それが適切な宿主細胞又は他の発現系中でコード配列の転写を刺激又はモジュレートする場合、コード配列に作動可能に結合している。一般に、転写される配列に作動可能に結合しているプロモーター転写調節配列は、転写される配列に物理的に連続しており、すなわち、それらはシス作用性である。しかしながら、一部の転写調節配列、例えば、エンハンサーは、それらが転写を向上させるコード配列に物理的に連続する必要も、近接して位置する必要もない。
「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーを指すために本明細書において互換的に使用される。この語句は、1つ以上のアミノ酸残基が対応する天然に生じるアミノ酸の人工化学模倣体であるアミノ酸ポリマー、並びに天然に生じるアミノ酸ポリマー及び天然に生じないアミノ酸ポリマーにも当てはまる。特に示されない限り、特定のポリペプチド配列は、その保存的に改変されたバリアントも黙示的に包含する。
本明細書で使用される「親ポリペプチド」、「親タンパク質」、「前駆体ポリペプチド」、又は「前駆体タンパク質」は、その後改変されて変異体を生成する非改変ポリペプチドを意味する。親ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、又は天然に存在するポリペプチドの変異体若しくは操作バージョンであり得る。親ポリペプチドは、ポリペプチド自体、親ポリペプチドを含む組成物、又は親ポリペプチドをコードするアミノ酸配列を指すことができる。したがって、本明細書で使用される「親Fcポリペプチド」は、変異体を生成するように改変されるFcポリペプチドを意味し、本明細書で使用される「親抗体」は、変異体抗体を生成するように改変される抗体を意味する。いくつかの実施形態では、「親」は、野生型タンパク質である。
本明細書において使用される「インビボ半減期」という用語は、所与の哺乳類の血液中で循環する目的の分子又はそのバリアントの半減期を指す。
「対象」という用語には、ヒト及び非ヒト動物が含まれる。非ヒト動物としては、全ての脊椎動物、例えば、哺乳類及び非哺乳類、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ニワトリ、両生類、及び爬虫類が挙げられる。好ましい実施形態では、対象はヒトである。注記される場合を除き、「患者」又は「対象」という用語は、本明細書において互換的に使用される。
本明細書において使用されるとき、「処置が必要とされる患者」又は「処置が必要とされる対象」などの語句には、例えば、検出、診断手順及び/又は処置に使用される本開示の分子又は医薬組成物の投与から利益を得る対象、例えば、哺乳類対象が含まれる。
本明細書において使用されるとき、「処置」又は「処置する」という用語の用語は、本明細書において、対象への、又は対象からの単離組織若しくは細胞系への本開示によるFc異性体、又は前記Fc異性体を含む医薬組成物の適用又は投与と定義され、対象は、特定の疾患(例えば、関節炎)、その疾患に伴う症状、又はその疾患発生の素因(該当する場合)を有し、その目的は、その疾患の1つ以上の症状を治癒し(該当する場合)、予防し(該当する場合)、その発症を遅延させ、その重症度を低減させ、緩和し、改善し、疾患を改善し、疾患の任意の付随症状又は疾患発生の素因を低減又は改善することである。「処置」又は「処置する」という用語には、疾患を有すると疑われる患者及び疾病患者又は疾患若しくは医学的病態を罹患していると診断された患者を処置することが含まれ、臨床的再発の抑制が含まれる。「見込みを低減させること」という語句は、疾患、感染又は障害の発症又は発生又は進行を遅延させることを指す。
「治療許容量」又は「治療有効量」又は「治療有効用量」という用語は、所望の結果(すなわち、疾患活動性の低減、疾患進行の低減、疾患徴候及び/又は症状の低減など)を生じさせるために十分な量を互換的に指す。一部の態様において、治療許容量は、不所望な副作用を誘導せず惹起もしない。治療許容量は、最初に低用量を投与し、次いで所望の効果が達成されるまでその用量を徐々に増加させることにより決定することができる。本開示の分子の「予防有効投与量」及び「治療有効投与量」は、疾患症状の発症を予防し(該当する場合)、又はその重症度の減少をそれぞれもたらし得る。
本明細書において使用されるとき、患者に関して「選択すること」及び「選択される」は、特定の患者が所定の基準を有する特定の患者に起因してより大きい患者群から具体的に選択されることを意味するために使用される。同様に、「患者を選択的に処置すること」は、所定の基準を有する特定の患者に起因してより大きい患者群から具体的に選択される患者に処置を提供することを指す。同様に、「選択的に投与すること」は、所定の基準を有する特定の患者に起因してより大きい患者群から具体的に選択される患者に薬物を投与することを指す。
特に具体的に記述のない限り、又は文脈から明らかでない限り、本明細書において使用されるとき、数値に関する「約」という用語は、当技術分野において通常の許容範囲内、例えば、平均の2つの標準偏差内であることが理解される。したがって、「約」は、記述値の+/-10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.1%、0.05%、又は0.01%、好ましくは、記述値の+/-10%の範囲内であり得る。「約」という用語は、数値又は数のリストの前で使用される場合、その系列のそれぞれの数に適用され、例えば、「約1~5」という語句は、「約1~約5」であると解釈すべきであり、又は例えば、「約1、2、3、4」という語句は、「約1、約2、約3、約4」解釈すべきなどである。
「実質的に」という語は、「完全に」を排除せず、例えば、Yを「実質的に有さない」組成物は、Yを完全に有さなくてよい。必要な場合、「実質的に」という語は、本開示の定義から除外することができる。
「同時投与する」という用語は、個体の血液中の2つの活性剤の同時存在を指す。本開示の抗体及び抗原結合断片と同時投与される活性剤(例えば、追加の治療剤)は、同時に又は連続的に送達することができる。
本開示の種々の態様は、以下のセクション及び下位セクションにさらに詳細に記載される。
本発明のFc変異体
抗原に結合する抗体の能力に加え、抗体の重要な特徴は、免疫エフェクター機能を動員するその能力である。体液性免疫応答のエンゲージメントは、C1qとの相互作用及び補体カスケードの開始により主に支配される(Meyer et al.,(2014)MABS,6(5):1133-44)。細胞性免疫応答は、大部分が抗体とFcガンマ受容体(FcγR)との間の相互作用に起因して生じる。活性化受容体を介する細胞内シグナリングは、エフェクター機能、例えば、抗体依存性細胞媒介細胞毒性(ADCC)、抗体依存性細胞食作用(ADCP)、及びサイトカイン分泌の誘導を介する炎症をもたらす免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ(ITAM)のリン酸化を介してモジュレートされる。
多くの抗体ベース療法は臨床的及び商業的成功を示しているが、それらの治療法は患者の小集団においてのみ有効であることが多い。これまで、全ての市販抗体は、FcγRIII(CD16)を介して免疫エフェクター機能を動員するIgGクラス、主にIgG1のものである。典型的な反応は、ADCCをトリガーするIgG抗体のFc部分により細胞表面上でFcγRIIIをディスプレイするナチュラルキラー(NK)細胞の活性化を伴う。しかしながら、NK細胞は自然免疫系の唯一の構成成分であり、他の形態の白血球の活性化を使用してIgGによりトリガーされるADCC応答を向上させることができた。抗体のIgAクラスは、好中球上で広く発現されるFcαRIをエンゲージする。好中球は循環中で見出される自然エフェクター細胞の最大の割合をなし、それらの活性化はADCC及びADCPの両方をトリガーする。さらに、これらは固形腫瘍に浸潤することが示されている(Gregory & Houghton(2011)前掲)。しかしながら、IgG抗体はFcαRIに結合しないため、ほとんどの市販の抗体ベース療法は、好中球を活性化させ得ない。今のところ、IgAベースの治療抗体は、IgG抗体と比較して、このクラスの抗体が有する認識された欠点に起因して、商業的に開発されていない。しかしながら、本出願人らは、Fc領域に改変を行うことによって、FcαRIに対する改善された結合を有するIgA抗体を生成できることを示した。1000倍までのこの改善された親和性は、細胞ベースのアッセイにおいて、効力の増加に直接変換されることが示された。したがって、治療的に使用される場合、必要な抗体はより少なく、抗体の投与頻度を減少させることができ、これは患者に有利である。
一般に、上記で概略したように、Fc変異体は、Fc領域のCH2ドメイン及び/又はCH3ドメインにおけるアミノ酸改変を含む。Fc変異体は、親Fcポリペプチドに対する1つ以上のアミノ酸改変を含み、ここでアミノ酸改変は、場合により1つ以上の最適化された特性を提供するが、いくつかの場合、変異体は、実質的に同一の生物学的特性を示す。最適化され得る特性としては、FcαRIに対する増強され又は低下した親和性が挙げられるがこれに限定されない。一実施形態では、本発明のFc変異体は、ヒトFcαRIに対する増強された親和性を有するように改変される。好ましい実施形態では、Fc変異体のFc領域は、親和性成熟しており、それによりアミノ酸改変は、その標的FcαRIへのFc領域の結合を増強するようにCH2及び/又はCH3ドメインに行われている。このようなタイプの改変は、標的抗原への結合及び/又は解離動力学を改善し得る。この最適化された特性は、ヒトにおける増強された治療特性、例えば増強されたエフェクター機能及びより高い抗癌効力を有するFc変異体を提供すると予想される。
本明細書で使用される、親Fcポリペプチドよりも「高い親和性」又は「改善された親和性」又は「増強された親和性」又は「より良好な親和性」は、結合アッセイで変異体と親ポリペプチドの量が本質的に同じである場合、Fc変異体が親Fcポリペプチドよりも有意に高い平衡結合定数(K)又は低い平衡解離定数(K)でFc受容体に結合することを意味する。例えば、改善されたFc受容体結合親和性を有するFc変異体は、表面プラズモン共鳴により測定して、親Fcポリペプチドの約10倍~約100倍、例えば少なくとも約50倍を示し得る。例えば、親FcポリペプチドのFc変異体は、表面プラズモン共鳴により測定して、親Fcポリペプチドの少なくとも約50、約100、約150、約200、約250、約300倍の、ヒトFcαRIに対する増加した親和性を有し得る。
所与のFc変異体のFc受容体選択性又は特異性は、それが抗体、Fc融合物、又は結合した融合若しくはコンジュゲートパートナーを有するFc変異体を構成するか否かに応じて、異なる特性を提供するであろう。
本発明のFc変異体は、FcγRs及び/又はFcRnを含むがこれらに限定されない、FcαRI以外のFc受容体との相互作用を調節する改変を含むことができる。
本発明のFc変異体は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって、その親IgA Fc領域とはアミノ酸配列が異なる。したがって、本発明のFc変異体は、親と比較して少なくとも1つのアミノ酸改変を有する。代替的に、本発明のFc変異体は、親と比較して1つを超えるアミノ酸改変、例えば、親と比較して約1~10個のアミノ酸改変、好ましくは1~5個のアミノ酸改変、1~4個のアミノ酸改変、1~3個のアミノ酸改変、1~2個のアミノ酸改変を有し得る。したがって、Fc変異体の配列と親Fcポリペプチドの配列は、実質的に相同又は同一である。例えば、本明細書の変異体Fc変異体配列は、親Fc変異体配列との約80%の相同性(同一性を含む)、好ましくは少なくとも約90%の相同性、最も好ましくは少なくとも約95、96、97、98及び99%の同一性を有するであろう。
一実施形態では、1つ以上のアミノ酸挿入、欠失又は置換が行われる。これらの置換の全ては、IgA分子、例えばIgA1又はIgA2に、特にIgA2に行われ得る。好ましくは、一実施形態では、アミノ酸置換は、CH2.10、CH2.89、CH2.91、CH2.94、CH2.97、CH2.99、CH3.45、CH3.105、CH3.109、CH3.118及び/又はCH3.124のFc領域内の位置において行われ得、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。これらのアミノ酸置換には(また置換、挿入及び欠失の任意の可能な組み合わせとして):A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_Q、G_CH2.91_V、Q_CH2.94_E、N_CH2.97_H、N_CH2.97_Y、G_CH2.99_W、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、E_CH3.109_D、Q_CH3.118_Y及び/又はL_CH3.124_Fが含まれるがこれらに限定されず、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。好ましい実施形態では、アミノ酸置換又はそれらの組み合わせには:Q_CH2.94_E、N_CH2.97Y、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_V、N_CH2.97_H、G_CH2.99_W、E_CH3.109_D、L_CH3.124_F、L_CH2.89_I/G_CH2.91_V/Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/G_CH2.99_Wが含まれ得るがこれらに限定されず、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。
一実施形態では、アミノ酸置換は、CH2.94、CH2.97、CH3.45、CH3.105及びCH3.118のFc領域における位置に行うことができる。一実施形態では、アミノ酸置換は、位置CH2.94におけるGlu、位置CH2.97におけるTyr、位置CH3.45におけるAsp、位置CH3.105におけるTyr又は位置CH3.118におけるTyrの、Fc領域における位置に行うことができる。好ましい実施形態では、アミノ酸置換は、Q_CH2.94_E、L_CH2.97_Y、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、Q_CH3.118_YのFc領域において行うことができる。
機能的に、FcαRIに対する増加した結合をもたらす変異体は、いくつかの実施形態において特定の用途を見出す。Fc変異体は、1つを超えるタンパク質鎖を含み得る。即ち、Fc変異体は、モノマー又はモノ-若しくはヘテロ-オリゴマーを含むオリゴマーである抗体又はFc融合物において用途を見出し得る。
Fc融合物、抗体融合物及び抗体コンジュゲート
本発明のFcポリペプチド及び抗体は、抗体断片、二重特異性抗体、ミニボディ、ドメイン抗体、合成抗体(本明細書で「抗体模倣物」と称されることがある)、キメラ抗体、ヒト化抗体、抗体融合物(「抗体コンジュゲート」と称されることがある)、及びそれぞれの断片をそれぞれ含むがこれらに限定されない多様な構造であり得る。本発明は、異種タンパク質又はポリペプチド(又はその断片、好ましくは少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90又は少なくとも100アミノ酸のポリペプチド)に組換え的に融合又は化学的にコンジュゲートされて(共有結合及び非共有結合コンジュゲートの両方を含む)、融合タンパク質を生成する変異体Fcポリペプチド及び抗体(例えば、抗体又は抗体様分子)又はその断片を含む。抗体又は抗体断片へのタンパク質、ポリペプチド、又はペプチドの融合又はコンジュゲートのための方法は、当技術分野で公知である。例えば、米国特許第5,336,603号明細書、米国特許第5,622,929号明細書、米国特許第5,359,046号明細書、米国特許第5,349,053号明細書、米国特許第5,447,851号明細書、及び米国特許第5,112,946号明細書;欧州特許第307434号明細書及び欧州特許第367166号明細書;国際公開第1996/04388号パンフレット及び国際公開第1991/06570号パンフレット;Ashkenazi et al.,(1991)PNAS.USA 88:10535-10539;Zheng et al.,(1995)J.Immunol.154:5590-5600;及びVil et al.,(1992)PNAS.USA 89:11337-11341を参照されたい。
追加の融合タンパク質は、遺伝子シャッフリング、モチーフシャッフリング、エキソンシャッフリング、及び/又はコドンシャッフリング(まとめて、「DNAシャッフリング」と称される)の技術を介して生成することができる。DNAシャッフリングを用いて本開示の分子又はその断片の活性を変更することができる(例えば、より高い親和性及びより低い解離速度を有する分子又はその断片)。一般に、米国特許第5,605,793号明細書、米国特許第5,811,238号明細書、米国特許第5,830,721号明細書、米国特許第5,834,252号明細書、及び米国特許第5,837,458号明細書;Patten et al.,(1997)Curr.Opinion Biotechnol.8:724-33;Harayama(1998)Trends Biotechnol.16(2):76-82;Hansson et al.,(1999)J.Mol.Biol.287:265-76;及びLorenzo & Blasco(1998)Biotechniques,24(2):308-313(これらの特許及び刊行物のそれぞれは参照により全体として本明細書に組み込まれる)参照。本明細書に記載の分子又はその断片は、組換え前にエラープローンPCR、ランダムヌクレオチド挿入又は他の方法によるランダム突然変異誘発に供することにより変更することができる。本分子の断片をコードするポリヌクレオチドは、1つ以上の異種分子の1つ以上の構成成分、モチーフ、セクション、部分、ドメイン、断片などと組み換えることができる。
さらに、本開示の変異体Fcポリペプチド及び抗体は、マーカー配列、例えば、ペプチドに融合させて精製を容易にすることができる。好ましい実施形態において、マーカーアミノ酸配列は、ヘキサ-ヒスチジンペプチド(配列番号81)、例えば、とりわけ、pQEベクター(QIAGEN,Inc.,9259 Eton Avenue,Chatsworth,CA,91311)中に提供されるタグであり、それらの多くは市販されている。例えば、Gentz et al.,(1989)PNAS.USA 86:821-824に記載のとおり、ヘキサ-ヒスチジン(配列番号81)は、融合タンパク質の簡便な精製を提供する。精製に有用な他のペプチドタグとしては、限定されるものではないが、インフルエンザヘマグルチニンタンパク質に由来するエピトープに対応するヘマグルチニン(「HA」)タグ(Wilson et al.,(1984)Cell 37:767)、及び「flag」タグが挙げられる。
他の実施形態において、本開示の変異体Fcポリペプチド及び抗体は、診断又は検出剤にコンジュゲートされる。このような分子は、臨床試験手順の一部としての疾患又は障害の発症、発生、進行及び/又は重症度のモニタリング又は予後診断、例えば、特定の治療法の有効性の決定に有用であり得る。このような診断及び検出は、分子を検出可能な物質、例として、限定されるものではないが、種々の酵素、例えば、限定されるものではないが、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ、又はアセチルコリンエステラーゼ;補欠分子族、例えば、限定されるものではないが、ストレプトアビジン/ビオチン及びアビジン/ビオチン;蛍光材料、例えば、限定されるものではないが、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシネート(fluorescein isothiocynate)、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、塩化ダンシル又はフィコエリスリン;発光材料、例えば、限定されるものではないが、ルミノール;生物発光材料、例えば、限定されるものではないが、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、及びエクオリン;放射性材料、例えば、限定されるものではないが、ヨウ素(131I、125I、123I、及び121I)、炭素(14C)、硫黄(35S)、トリチウム(3H)、インジウム(115In、113In、112In、及び111In)、テクネチウム(99Tc)、タリウム(201Ti)、ガリウム(68Ga、67Ga)、パラジウム(103Pd)、モリブデン(99Mo)、キセノン(133Xe)、フッ素(18F)、153Sm、177Lu、159Gd、149Pm、140La、175Yb、166Ho、90Y、47Sc、186Re、188Re、142Pr、105Rh、97Ru、68Ge、57Co、65Zn、85Sr、32P、153Gd、169Yb、51Cr、54Mn、75Se、113Sn、及び117Tin;並びに種々の陽電子放出断層撮影を使用する陽電子放出金属、及び非放射性常磁性金属イオンにカップリングすることにより達成することができる。
本出願は、治療部分にコンジュゲートしている本開示の変異体Fcポリペプチド及び抗体の使用をさらに包含する。例えば、治療部分は、細胞毒素、例えば、細胞増殖抑制又は殺細胞剤、治療剤又は放射性金属イオン、例えば、アルファ放射体であり得る。細胞毒素又は細胞毒性剤としては、細胞に有害な任意の薬剤が挙げられる。
さらに、変異体Fcポリペプチド及び抗体は、所与の生物学的応答を改変する治療部分又は薬物部分にコンジュゲートすることができる。例えば、薬物部分は、所望の生物学的活性を有するタンパク質、ペプチド、又はポリペプチドであり得る。このようなタンパク質としては、例えば、毒素、例えば、アブリン、リシンA、シュードモナス外毒素、コレラ毒素、又はジフテリア毒素;タンパク質、例えば、腫瘍壊死因子、α-インターフェロン、β-インターフェロン、神経成長因子、血小板由来成長因子、組織プラスミノーゲンアクチベーター、アポトーシス剤、抗血管新生剤;又は生物学的応答調節物質、例えば、リンホカインなどを挙げることができる。
細胞毒素、リンカーのタイプ及び治療剤を変異体Fcポリペプチド及び抗体にコンジュゲートする方法のさらなる考察については、Saito et al.,(2003)Adv.Drug Deliv.Rev.55:199-215;Trail et al.,(2003)Cancer Immunol.Immunother.52:328-337;Payne(2003)Cancer Cell 3:207-212;Allen(2002)Nat.Rev.Cancer,2:750-763;Pastan & Kreitman(2002)Curr.Opin.Investig.Drugs,3:1089-1091;Senter & Springer(2001)Adv.Drug Deliv.Rev.53:247-264も参照。
本開示の変異体Fcポリペプチド及び抗体を放射性同位体にコンジュゲートして放射性免疫コンジュゲートとも称される細胞毒性放射性医薬品を生成することもできる。診断又は治療的な使用のために人工操作免疫グロブリンにコンジュゲートすることができる放射性同位体の例としては、限定されるものではないが、ヨウ素131、インジウム111、イットリウム90、及びルテチウム177が挙げられる。放射性免疫コンジュゲートを調製する方法は、当技術分野において確立されている。例えば、Denardo et al.,(1998)Clin Cancer Res.4(10):2483-90;Peterson et al.,(1999)Bioconjug.Chem.10(4):553-7;及びZimmerman et al.,(1999)Nucl.Med.Biol.26(8):943-50参照、それぞれ参照により全体として組み込まれる。
治療部分を変異体Fcポリペプチド及び抗体、例えば、抗体又は抗体様分子にコンジュゲートするための技術は公知であり、例えば、Arnon et al.,“Monoclonal Antibodies for Immunotargeting of Drugs in Cancer Therapy”,Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Reisfeld et al.(eds.),pp.243-56(Alan R.Liss,Inc.1985);Hellstrom et al.,“Antibodies For Drug Delivery”,Controlled Drug Delivery(2nd Ed.),Robinson et al.(eds.),pp.623-53(Marcel Dekker,Inc.1987);Thorpe,“Antibody Carriers of Cytotoxic Agents in Cancer Therapy:A Review”,Monoclonal Antibodies 84:Biological and Clinical Applications,Pinchera et al.(eds.),pp.475-506(1985);“Analysis,Results,and Future Prospective of the Therapeutic Use of Radiolabeled Antibody in Cancer Therapy”,Monoclonal Antibodies for Cancer Detection and Therapy,Baldwin et al.(eds.),pp.303-16(Academic Press 1985)、及びThorpe et al.,(1982)Immunol.Rev.62:119-58参照。
変異体Fcポリペプチド及び抗体は、免疫アッセイ又は標的抗原の精製に特に有用である固体担体に付着させることもできる。このような固体担体としては、限定されるものではないが、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル又はポリプロピレンが挙げられる。
本発明のFc変異体は、Fc変異体の低下又は増強された内部移行を提供する1つ以上の改変を含み得る。一実施形態では、本発明のFc変異体は、1つ以上のFcリガンドとの相互作用を介して起こる、Fc変異体の細胞内部移行を低下させるために、使用され又は追加の改変と組み合わされ得る。この特性は、エフェクター機能を増強し、本発明のFc変異体の免疫原性を潜在的に低下させることが期待され得る。代替的に、本発明のFc変異体は、1つ以上のFcリガンドとの相互作用を介して起こる、Fc変異体の細胞内部移行を増強するために、直接使用され又は追加の改変と組み合わされ得る。
好ましい実施形態では、改変は、安定性、可溶性、及びオリゴマー状態を含むがこれらに限定されない、本発明のFc変異体の生物物理学的特性を改善するように行われる。改変には、例えば、例えばより高い安定性を提供するために、Fc変異体においてより好ましい分子内相互作用を提供する置換、又はより高い安定性のために、露出した非極性アミノ酸の極性アミノ酸による置換が含まれ得る。本発明のFc変異体をさらに最適化するために、追加の改変の操作のために利用できるいくつかの最適化目標及び方法が、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第10/379,392号に記載されている。本発明のFc変異体は、腫瘍浸透を増強するように、又はインビボクリアランス速度を所望通りに増加させるように、オリゴマー状態又はサイズを低下させる追加の改変と組み合わせることもできる。本発明のFc変異体に対する他の改変としては、特定の形成又はホモ二量体若しくはホモ多量体分子を可能にするものが挙げられる。そのような改変には、操作されたジスルフィド、及び共有結合ホモ二量体又はホモ多量体を生成する機構を提供し得る化学的改変又は凝集方法が含まれるがこれらに限定されない。例えば、そのような分子の操作方法及び組成物は、Kan et al.,(2001)J.lmmunol.,166:1320-1326;Stevenson et al.,(2002)Recent Results Cancer Res.159:104-12;米国特許第5,681,566;Caron et al.,(1992),J.Exp.Med.176:1191-1195及びShapes(1992)J.lmmunol.148(9):2918-22(全て参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている。本発明の変異体に対する追加の改変としては、特定の形成又はホモ二量体、ホモ多量体、二官能性、及び/若しくは多官能性分子を可能にするものが挙げられる。そのような改変には、CH3ドメインにおける1つ以上のアミノ酸置換が含まれるがこれに限定されず、この置換は、ホモ二量体形成を低下させ、ヘテロ二量体形成を増加させる。例えば、そのような分子の操作方法及び組成物は、Atwell et al.,1997,J.Mol.Bioi.270(1):26-35及びCarter et al.,2001,J.lmmunol.Methods 248:7-15(両方とも参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている。追加の改変には、ヒンジ及びCH3ドメインにおける改変が含まれ、この改変は、二量体を形成する傾向を低下させる。
Fc変異体ポリペプチドの調製
本明細書に開示される変異体Fcポリペプチドを含む抗体及びその断片は、従来のモノクローナル抗体方法、例えば、Kohler & Milstein,(1975)Nature 256:495の標準体細胞ハイブリダイゼーションを含む多様な技術によって生成することができる。
ハイブリドーマを調製するための動物系は、ネズミ系である。マウスにおけるハイブリドーマ産生は、知られている手順である。免疫化プロトコル及び融合のための免疫化脾細胞の単離のための技術は、当技術分野において公知である。融合相手(例えば、ネズミ骨髄腫細胞)及び融合手順も公知である。
キメラ又はヒト化抗体は、上記のとおり調製されるネズミモノクローナル抗体の配列に基づき調製することができる。重鎖及び軽鎖免疫グロブリンをコードするDNAを目的のネズミハイブリドーマから得、標準的分子生物学技術を使用して非ネズミ(例えば、ヒト)免疫グロブリン配列を含有するように人工操作することができる。例えば、キメラ抗体を作出するため、当技術分野において公知の方法を使用してネズミ可変領域をヒト定常領域に結合させることができる(例えば、米国特許第4,816,567号明細書、Cabilly et al.参照)。ヒト化抗体を作出するため、当技術分野において公知の方法を使用してネズミCDR領域をヒトフレームワーク中に挿入することができる。例えば、米国特許第5,225,539号明細書、Winter、及び米国特許第5,530,101号明細書;米国特許第5,585,089号明細書;米国特許第5,693,762号明細書及び米国特許第6,180,370号明細書、Queen et al.参照。
ある実施形態において、本開示の抗体又は本明細書に記載されるFc異性体を含むその断片は、ヒトモノクローナル抗体である。このようなヒトモノクローナル抗体は、マウス系ではなくヒト免疫系の一部を担持するトランスジェニック又はトランスクロモソミックマウスを使用して生成することができる。これらのトランスジェニック及びトランスクロモソミックマウスとしては、本明細書においてそれぞれHUMABマウス及びKMマウスと称されるマウスが挙げられ、本明細書においてまとめて「ヒトIgマウス」と称される。
HUMABマウス(Medarex,Inc.)は、再編成されていないヒト重鎖(μ及びγ)及びκ軽鎖免疫グロブリン配列をコードするヒト免疫グロブリン遺伝子ミニ遺伝子座(miniloci)を、内因性μ及びκ鎖遺伝子座を不活性化させる標的化突然変異(例えば、Lonberg,et al.,(1994)Nature 368(6474):856-859参照)と一緒に含有する。したがって、マウスはマウスIgM又はκの低減された発現を示し、免疫化に応答して、導入されたヒト重鎖及び軽鎖導入遺伝子はクラススイッチ及び体細胞突然変異を受けて高親和性ヒトIgGκモノクローナルを生成する(Lonberg et al.,(1994)前掲;Lonberg,(1994)Handbook of Experimental Pharmacology 113:49-101;Lonberg & Huszar,(1995)Intern.Rev.Immunol.13:65-93、及びHarding & Lonberg,(1995)Ann.N.Y.Acad.Sci.764:536-546に概説されている)。HUMABマウスの調製及び使用、並びにそのようなマウスにより担持されるゲノム改変は、Taylor et al.,(1992)Nucleic Acids Research 20:6287-6295;Chen et al.,(1993)International Immunology 5:647-656;Tuaillon et al.,(1993)PNAS USA 94:3720-3724;Choi et al.,(1993)Nature Genetics 4:117-123;Chen et al.,(1993)EMBO J.12:821-830;Tuaillon et al.,(1994)J.Immunol.152:2912-2920;Taylor et al.,(1994)Int.Immun.,579-591;及びFishwild et al.,(1996)Nature Biotec.,14:845-851にさらに記載されており、それらの全ての内容は参照により全体として本明細書に具体的に組み込まれる。さらに、米国特許第5,545,806号明細書;米国特許第5,569,825号明細書;米国特許第5,625,126号明細書;米国特許第5,633,425号明細書;米国特許第5,789,650号明細書;米国特許第5,877,397号明細書;米国特許第5,661,016号明細書;米国特許第5,814,318号明細書;米国特許第5,874,299号明細書;及び米国特許第5,770,429号明細書;全て、Lonberg & Kay;米国特許第5,545,807号明細書、Surani et al.;国際公開第92/103918号パンフレット、国際公開第93/12227号パンフレット、国際公開第94/25585号パンフレット、国際公開第97113852号パンフレット、国際公開第98/24884号パンフレット及び国際公開第99/45962号パンフレット、全てLonberg & Kay;並びに国際公開第01/14424号パンフレット、Korman et al.参照。
別の実施形態において、ヒト抗体は、導入遺伝子及び導入染色体上のヒト免疫グロブリン配列を担持するマウス、例えば、ヒト重鎖導入遺伝子及びヒト軽鎖導入染色体を担持するマウスを使用して生じさせることができる。このようなマウスは、本明細書において「KMマウス」と称され、国際公開第2002/43478号パンフレット(Ishida et al)に詳述されている。
さらに、ヒト免疫グロブリン遺伝子を発現する代替的トランスジェニック動物系が当技術分野において利用可能であり、それを使用してヒト抗体を生じさせることができる。例えば、Xenomouse(Abgenix,Inc.)と称される代替的トランスジェニック系を使用することができる。このようなマウスは、例えば、米国特許第5,939,598号明細書;米国特許第6,075,181号明細書;米国特許第6,114,598号明細書;米国特許第6,150,584号明細書及び米国特許第6,162,963号明細書(Kucherlapati et al)に記載されている。
さらに、ヒト免疫グロブリン遺伝子を発現する代替的トランスクロモソミック動物系が当技術分野において利用可能であり、それを使用してヒト抗体を生じさせることができる。例えば、「TCマウス」と称されるヒト重鎖導入染色体及びヒト軽鎖導入染色体の両方を担持するマウスを使用することができ;このようなマウスはTomizuka et al.,(2000)PNAS USA 97:722-727に記載されている。さらに、ヒト重鎖及び軽鎖導入染色体を担持するウシが当技術分野において記載されており(Kuroiwa et al.,(2002)Nature Biotechnology 20:889-894)、それを使用して本出願において有益なヒト抗体を生じさせることができる。
ヒトモノクローナル抗体又はその断片は、ヒト免疫グロブリン遺伝子のライブラリーをスクリーニングするためのファージディスプレイ法を使用して調製することもできる。ヒト抗体を単離するこのようなファージディスプレイ法は当技術分野において確立されており、又は以下の実施例に記載される。例えば、米国特許第5,223,409号明細書;米国特許第5,403,484号明細書;及び米国特許第5,571,698号明細書(Ladner et al);米国特許第5,427,908号明細書及び米国特許第5,580,717号明細書(Dower et al);米国特許第5,969,108号明細書及び米国特許第6,172,197号明細書(McCafferty et al);及び米国特許第5,885,793号明細書;米国特許第6,521,404号明細書;米国特許第6,544,731号明細書;米国特許第6,555,313号明細書;米国特許第6,582,915号明細書及び米国特許第6,593,081号明細書(Griffiths et al)参照。
本開示において有益なヒトモノクローナル抗体又はその断片は、免疫化時にヒト抗体応答を生じさせることができるようにヒト免疫細胞が再構成されたSCIDマウスを使用して調製することもできる。このようなマウスは、例えば、米国特許第5,476,996号明細書及び米国特許第5,698,767号明細書(Wilson et al)に記載されている。
下記に記載される、本発明に従って調製されるヒトモノクローナル抗体又はその断片は、VH、VL、CH1、CL、CH2、CH3ドメイン内のアミノ酸残基を変異導入して、それにより目的の受容体に対する抗体又はその断片の1つ以上の結合特性(例えば、親和性)を改善するようにさらに改変され得る(「親和性成熟」として知られるプロセス)。部位特異的突然変異誘発又はPCR媒介突然変異誘発を行って突然変異を導入し、受容体結合、又は他の目的の機能的特性に対する効果を、本明細書に記載され、実施例に提供するようにインビトロ又はインビボアッセイで評価することができる。したがって、一実施形態では、本開示は、親和性成熟抗体又はその断片、特に親和性成熟Fc領域に関する。突然変異は、アミノ酸置換、追加又は欠失であってもよい。例えば、本開示のFc変異体は、親和性成熟Fc領域であり、ここでCH2ドメイン及び/又はCH3ドメイン内の1つ、2つ、3つ、4つ又は5つ以上の残基が改変されている。これらの置換の全ては、IgA分子、例えばIgA1又はIgA2において、特にIgA2において行われ得る。好ましい実施形態では、アミノ酸置換は、CH2.10、CH2.89、CH2.91、CH2.94、CH2.97、CH2.99、CH3.45、CH3.105、CH3.109、CH3.118及び/又はCH3.124のFc領域における位置で行われ得、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。これらのアミノ酸置換には(また置換、挿入及び欠失の任意の可能な組み合わせとして):A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_Q、G_CH2.91_V、Q_CH2.94_E、N_CH2.97_H、N_CH2.97_Y、G_CH2.99_W、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、E_CH3.109_D、Q_CH3.118_Y及び/又はL_CH3.124_Fが含まれるがこれらに限定されず、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。好ましい実施形態では、本発明の親和性成熟Fc変異体におけるアミノ酸置換又はそれらの組み合わせには:Q_CH2.94_E、N_CH2.97Y、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_V、N_CH2.97_H、G_CH2.99_W、E_CH3.109_D、L_CH3.124_F、L_CH2.89_I/G_CH2.91_V/Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/G_CH2.99_Wが含まれ得るがこれらに限定されず、アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う。
核酸及び発現系
本発明はまた、本明細書に記載のFc変異体のポリペプチド鎖をコードする核酸を包含する。本開示の核酸分子としては、一本鎖及び二本鎖形態の両方のDNA及びRNA、並びに対応する相補的配列が挙げられる。本開示の核酸分子としては、全長遺伝子又はcDNA分子並びにそれらの断片の組み合わせが挙げられる。本開示の核酸はヒト資源に由来するが、非ヒト種に由来するものも含まれ得る。
「単離核酸」は、天然に生じる資源から単離された核酸の場合、核酸が単離された生物のゲノム中に存在する隣接遺伝子配列から分離された核酸である。例えば、鋳型から酵素的に、又は化学的に合成された核酸、例えば、PCR産物、cDNA分子、又はオリゴヌクレオチドの場合、そのようなプロセスから生じる核酸が単離核酸であることが理解される。単離核酸分子は、個別の断片の形態の、又はより大きい核酸構築物の構成成分としての核酸分子を指す。1つの好ましい実施形態において、核酸は、汚染内因性材料を実質的に有さない。核酸分子は、好ましくは、実質的に純粋な形態で、且つ標準的生化学的方法(例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY(1989)に概説されるもの)によるその構成成分ヌクレオチド配列の同定、操作、及び回収を可能とする量又は濃度で少なくとも1回単離されたDNA又はRNAに由来している。このような配列は、好ましくは、典型的には真核生物遺伝子中に存在する内部非翻訳配列、又はイントロンにより中断されないオープンリーディングフレームの形態で提供及び/又は構築される。非翻訳DNAの配列はオープンリーディングフレームから5’又は3’に存在し得、その場合、それはコード領域の操作も発現も妨害しない。
バリアント配列、例えばバリアント配列のライブラリは、本明細書に概説されるとおり、そのバリアントをコードするDNAを産生するための、カセット若しくはPCR突然変異誘発又は当技術分野において公知の他の技術を使用する、ポリペプチドをコードするDNA中のヌクレオチドの部位特異的突然変異誘発、及びその後に細胞培養物中でその組換えDNAを発現させることにより調製することができる。
「最適化ヌクレオチド配列」は、産生細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)において好ましいコドンを使用してアミノ酸配列をコードするようにヌクレオチド配列が変更されたことを意味する。最適化ヌクレオチド配列は、「親」配列としても公知の出発ヌクレオチド配列により最初にコードされるアミノ酸配列を完全に保持するように人工操作される。
本開示はまた、少なくとも1つの上記のポリヌクレオチドを含むプラスミド、発現ベクター、転写又は発現カセットの形態の発現系及び構築物を提供する。さらに、本開示は、そのような発現系又は構築物を含む宿主細胞を提供する。
一実施形態では、本発明は、本明細書に記載される変異体Fc領域を含む抗体又はその断片を調製する方法を提供し、この方法は:(a)変異体重鎖及び軽鎖ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を培養する工程であって、培養される宿主細胞は、変異体ポリペプチドを発現する、工程と;(b)宿主細胞培養物から抗体又はその断片を回収する工程とを含む。
本開示における使用の発現ベクターは、出発ベクター、例えば、市販のベクターから構築することができる。ベクターを構築し、人工操作免疫グロブリンのポリペプチド鎖をコードする核酸分子をベクターの適切な部位中に挿入した後、完成ベクターを増幅及び/又はポリペプチド発現のために好適な宿主細胞中に挿入することができる。選択宿主細胞中への発現ベクターの形質転換は、公知の方法、例として、形質移入、感染、リン酸カルシウム共沈、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、DEAE-デキストラン媒介形質移入、又は他の公知の技術により達成することができる。選択される方法は、部分的には、使用すべき宿主細胞のタイプに依存する。これらの方法及び他の好適な方法は当業者に知られており、例えば、Sambrook et al.,2001、前掲に記載されている。
典型的には、宿主細胞中で使用される発現ベクターは、プラスミド維持のための並びに外因性ヌクレオチド配列のクローニング及び発現のための配列を含有する。このような配列は、まとめて「フランキング配列」と称され、ある実施形態において、典型的には、以下のヌクレオチド配列の1つ以上:プロモーター、1つ以上のエンハンサー配列、複製起点、転写終結配列、ドナー及びアクセプタースプライス部位を含有する完全イントロン配列、ポリペプチド分泌のためのリーダー配列をコードする配列、リボソーム結合部位、ポリアデニル化配列、発現させるべきポリペプチドをコードする核酸の挿入のためのポリリンカー領域、並びに選択マーカーエレメントが挙げられる。
宿主細胞は、適切な条件下で培養される場合、それを使用してFc変異体を発現させることができ、続いてそれを培養培地から(宿主細胞がそれを培地中に分泌する場合)又はそれを産生する宿主細胞から直接(それが分泌されない場合)回収することができる。適切な宿主細胞の選択は、種々の因子、例えば、所望の発現レベル、活性に望ましい又は必要なポリペプチド改変(例えば、グリコシル化又はリン酸化)及び生物学的に活性な分子へのフォールディングの容易さに依存する。宿主細胞は、真核生物でも原核生物でもよい。
発現用宿主として利用可能な哺乳類細胞系は当技術分野において知られており、それとしては、限定されるものではないが、American Type Culture Collection(ATCC)から利用可能な不死化細胞系及び当技術分野において公知の発現系中で使用される任意の細胞系が挙げられ、それらを使用して本開示の人工操作免疫グロブリンを含むポリペプチドを作製することができる。一般に、宿主細胞は、所望の人工操作免疫グロブリンをコードするDNAを含む組換え発現ベクターで形質転換される。用いることができる宿主細胞のうち、原核生物、酵母又は高等真核生物細胞が存在する。原核生物としては、グラム陰性又はグラム陽性生物、例えば、大腸菌(E.coli)又は細菌が挙げられる。高等真核生物細胞としては、昆虫細胞及び哺乳類起源の樹立細胞系が挙げられる。好適な哺乳類宿主細胞系の例としては、COS-7細胞、L細胞、Cl27細胞、3T3細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、又は無血清培地中で成長するそれらの誘導体及び関連細胞系、HeLa細胞、BHK細胞系、CVIIEBNA細胞系、ヒト胚腎細胞、例えば、293、293EBNA又はMSR293、ヒト上皮A431細胞、ヒトColo205細胞、他の形質転換霊長類細胞系、正常二倍体細胞、初代組織のインビトロ培養物に由来する細胞株、初代外植体、HL-60、U937、HaK又はJurkat細胞が挙げられる。任意選択で、種々のシグナル伝達又はレポーターアッセイにおいてポリペプチドを使用することが望ましい場合、哺乳類細胞系、例えば、HepG2/3B、KB、NIH3T3又はS49などをポリペプチドの発現に使用することができる。或いは、下等真核生物、例えば、酵母中で又は原核生物、例えば、細菌中でポリペプチドを産生することが可能である。好適な酵母としては、出芽酵母(S.cerevisiae)、***酵母(S.pombe)、クリベロマイセス属(Kluyveromyces)株、カンジダ属(Candida)、又は異種ポリペプチドを発現し得る任意の酵母株が挙げられる。好適な細菌株としては、大腸菌(E.coli)、枯草菌(B.subtilis)、ネズミチフス菌(S.typhimurium)、又は異種ポリペプチドを発現し得る任意の細菌株が挙げられる。人工操作免疫グロブリンを酵母又は細菌中で作製する場合、その中で産生された産物を、例えば、適切な部位のリン酸化又はグリコシル化により改変して機能的産物を得ることが望ましいことがある。このような共有結合は、公知の化学又は酵素法を使用して達成することができる。
さらなる実施形態では、本発明のFc変異体は、タンパク質分解部位を除去する改変を含む。これらは、例えば、生成物収率を低下させるプロテアーゼ部位、及び投与したタンパク質をインビボで分解するプロテアーゼ部位を含み得る。
好ましい実施形態では、Fc変異体は、発現後に精製又は単離される。タンパク質は、当技術分野で公知の多様な方法で単離又は精製され得る。標準的な精製方法は、大気圧又はFPLC及びHPLCなどのシステムを使用して高圧で行われる、イオン交換、疎水性相互作用、親和性、サイジング又はゲル濾過、及び逆相を含むクロマトグラフィー技術を含む。精製方法は、電気泳動、免疫学的、沈殿、透析、及び等電点電気泳動技術も含む。タンパク質濃度と併せた限外濾過及び透析濾過技術も有用である。当技術分野で公知のように、多様な天然タンパク質がFc及び抗体に結合し、これらのタンパク質は、Fc変異体の精製のために本発明において利用され得る。例えば、細菌タンパク質A及びGは、Fc領域に結合する。同様に、細菌タンパク質Lは、もちろん抗体の標的抗原と同様に、いくつかの抗体のFab領域に結合する。精製は、多くの場合、特定の融合パートナーによって可能になり得る。例えば、Fc変異体は、GST融合物が使用される場合、グルタチオン樹脂、Hisタグが使用される場合、Ni+2親和性クロマトグラフィー、又はフラグタグが使用される場合、固定化抗フラグ抗体を使用して精製され得る。適切な精製技術における一般的なガイダンスについては、例えば、全体が参照により組み込まれるProtein Purification:Principles and Practice,3rd Ed.,Scopes,Springer-Verlag,NY,1994(参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい。
医薬組成物及び投与
本開示のFc変異体を含む医薬組成物が本明細書に提供される。Fc変異体は、抗体形式で、例えば単一特異性、二重特異性又は多重特異性抗体として、1つ以上の薬学的に許容され得る賦形剤、希釈剤又は担体と組み合わせて組み込まれ得る。
本開示のFc変異体を含む医薬又は無菌組成物を調製するため、分子を薬学的に許容可能な担体又は賦形剤と混合する。「薬学的に許容可能な」という語句は、連邦若しくは州政府の規制機関により承認されていること、又は動物、より特定すると、ヒトにおける使用について米国薬局方若しくは他の一般に認識される薬局方に列記されていることを意味する。「医薬組成物」という用語は、少なくとも1つの活性成分(例えば、本開示のFc変異体)及び少なくとも1つの薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤又は担体の混合物を指す。「医薬品」は、医学的処置に使用される物質を指す。
治療及び診断剤の医薬組成物は、例えば、凍結乾燥粉末、スラリー、水溶液、ローション、又は懸濁液の形態で生理学的に許容可能な担体、賦形剤、又は安定剤と混合することにより調製することができる(例えば、Hardman,et al.(2001)Goodman and Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,McGraw-Hill,New York,N.Y.;Gennaro(2000)Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Lippincott,Williams,and Wilkins,New York,N.Y.;Avis,et al.(eds.)(1993)Pharmaceutical Dosage Forms:Oral Medications,Marcel Dekker,NY;Lieberman,et al.(eds.)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets,Marcel Dekker,NY;Lieberman,et al.(eds.)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems,Marcel Dekker,NY;Weiner & Kotkoskie(2000)Excipient Toxicity and Safety,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.参照)。
治療薬のための投与レジメンの選択は、いくつかの因子、例として、実体の血清又は組織ターンオーバー速度、症状のレベル、実体の免疫原性、及び生物学的マトリックスにおける標的細胞の接近可能性に依存する。ある実施形態において、投与レジメンは、許容レベルの副作用と整合させて患者に送達される治療薬の量を最大化する。したがって、送達される生物薬の量は、部分的には、特定の実体及び処置されている病態の重症度に依存する。抗体、サイトカイン、及び小分子の適切な用量の選択指針が利用可能である(例えば、Wawrzynczak(1996)Antibody Therapy,Bios Scientific Pub.Ltd,Oxfordshire,UK;Kresina(ed.)(1991)Monoclonal Antibodies,Cytokines and Arthritis,Marcel Dekker,New York,N.Y.;Bach(ed.)(1993)Monoclonal Antibodies and Peptide Therapy in Autoimmune Diseases,Marcel Dekker,New York,N.Y.;Baert,et al.(2003)New Engl.J.Med.348:601-608;Milgrom,et al.(1999)New Engl.J.Med.341:1966-1973;Slamon,et al.(2001)New Engl.J.Med.344:783-792;Beniaminovitz,et al.(2000)New Engl.J.Med.342:613-619;Ghosh,et al.(2003)New Engl.J.Med.348:24-32;Lipsky,et al.(2000)New Engl.J.Med.343:1594-1602参照)。
適切な用量の決定は、例えば、当技術分野において処置に影響を与えることが公知の若しくは疑われ、又は処置に影響を与えることが予測されるパラメータ又は因子を使用して臨床医により行われる。一般に、用量は、最適用量よりもいくらか少ない量で開始し、その後に任意の負の副作用に対して所望又は最適効果が達成されるまでそれを少しずつ増加させる。重要な診断尺度としては、例えば、炎症の症状のもの又は産生される炎症性サイトカインのレベルが挙げられる。
本開示の医薬組成物中の活性成分の実際の投与量レベルは、患者への毒性なしで特定の患者、組成物、及び投与方式について所望の治療応答を達成するために有効な活性成分の量を得るように変えることができる。選択投与量レベルは、種々の薬物動態因子、例として、用いられる本開示の特定の組成物、又はそのエステル、塩若しくはアミドの活性、投与経路、投与時間、用いられている特定の化合物の***速度、処置の持続期間、用いられる特定の化合物との組み合わせで使用される他の薬物、化合物及び/又は材料、処置されている患者の年齢、性別、体重、病態、全身健康状態及び既往歴、並びに医学分野において公知の同様の因子に依存する。
本開示のFc変異体を含む医薬組成物は、連続注入により、又は例えば、1日、1週間、若しくは週1~7回の間隔の用量により提供することができる。用量は、静脈内に、皮下的に、局所的に、経口的に、経鼻的に、直腸的に、筋肉内で、脳内で、又は吸入により提供することができる。
本開示のFc変異体を含む治療薬の望ましい用量は、モル/kg体重基準で抗体又はポリペプチドとほぼ同じである。対象に投与される用量は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、又は12以上になり得る。
本開示のFc変異体を含む治療薬のため、患者に投与される投与量は、約0.0001mg/kg~約100mg/kg患者体重であり得る。
一連の用量を投与する場合、例えば、それらをほぼ毎日、ほぼ毎週、ほぼ毎月投与することができる。用量は、例えば、疾患進行、有害事象、又は医師により決定される他の時間まで投与し続けることができる。
特定の患者についての有効量は、因子、例えば、処置されている病態、患者の全身健康状態、投与の方法、経路及び用量並びに副作用の重症度に応じて変動し得る(例えば、Maynard,et al.(1996)A Handbook of SOPs for Good Clinical Practice,Interpharm Press,Boca Raton,Fla.;Dent(2001)Good Laboratory and Good Clinical Practice,Urch Publ.,London,UK参照)。
必要な場合、本開示のFc変異体を含む治療薬は、可溶化剤及び注射部位における疼痛を軽減するための局所麻酔薬、例えば、リドカインを含む組成物中に取り込むことができる。さらに、例えば、吸入器又はネブライザー、及びエアロゾル化剤を有する配合物の使用により経肺投与を用いることもできる。例えば、米国特許第6,019,968号明細書、米国特許第5,985,320号明細書、米国特許第5,985,309号明細書、米国特許第5,934,272号明細書、米国特許第5,874,064号明細書、米国特許第5,855,913号明細書、米国特許第5,290,540号明細書、及び米国特許第4,880,078号明細書;並びに国際公開第92/19244号パンフレット、国際公開第97/32572号パンフレット、国際公開第97/44013号パンフレット、国際公開第98/31346号パンフレット、及び国際公開第99/66903号パンフレット参照、それらのそれぞれは参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本開示のFc変異体を含む治療薬は、当技術分野において公知の種々の方法の1つ以上を使用して1つ以上の投与経路を介して投与することもできる。当業者により認識されるとおり、投与経路及び方式は、所望の結果に応じて変動する。抗体の選択投与経路としては、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊髄又は他の非経口投与経路、例えば、注射又は注入によるものが挙げられる。非経口投与は、通常、注射による腸及び局所投与以外の投与方式を表し得、それとしては、限定されるものではないが、静脈内、筋肉内、動脈内、鞘内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内、硬膜外及び胸骨内注射及び注入が挙げられる。或いは、本開示の組成物は、非経口経路、例えば、局所、表皮又は粘膜投与経路を介して、例えば、鼻腔内で、経口的に、経膣的に、直腸的に、舌下的に又は局所的に投与することができる。
本開示のFc変異体を含む治療薬は、例えば、注射デバイス、注射ペン、バイアル及びシリンジ、プレフィルドシリンジ、自動注射器、注入ポンプ、パッチポンプ、注入バッグ及び針などを使用して上記経路のいずれかを介して投与することができる。本開示のFc変異体を含む治療物を制御放出又は徐放系中で投与する場合、ポンプを使用して制御放出又は徐放を達成することができる(Langer、前掲;Sefton,1987,CRC Crit.Ref Biomed.Eng.14:20;Buchwald et al.,1980,Surgery 88:507;Saudek et al.,1989,N.Engl.J.Med.321:574参照)。ポリマー材料を使用して本開示の治療薬の制御放出又は徐放を達成することができる(例えば、Medical Applications of Controlled Release,Langer and Wise(eds.),CRC Pres.,Boca Raton,Fla.(1974);Controlled Drug Bioavailability,Drug Product Design and Performance,Smolen & Ball(eds.),Wiley,New York(1984);Ranger & Peppas(1983)J.Macromol.Sci.Rev.Macromol.Chem.23:61参照;Levy et al.,(1985)Science 228:190;During et al.,(1989)Ann.Neurol.25:351;Howard et al.,(1989)J.Neurosurg.,7(1):105;米国特許第5,679,377号明細書;米国特許第5,916,597号明細書;米国特許第5,912,015号明細書;米国特許第5,989,463号明細書;米国特許第5,128,326号明細書;国際公開第99/15154号パンフレット;並びに国際公開第99/20253号パンフレットも参照。徐放配合物中で使用されるポリマーの例としては、限定されるものではないが、ポリ(2-ヒドロキシエチルメタクリレート)、ポリ(メチルメタクリレート)、ポリ(アクリル酸)、ポリ(エチレン-co-酢酸ビニル)、ポリ(メタクリル酸)、ポリグリコリド(PLG)、ポリ無水物、ポリ(N-ビニルピロリドン)、ポリ(ビニルアルコール)、ポリアクリルアミド、ポリ(エチレングリコール)、ポリラクチド(PLA)、ポリ(ラクチド-co-グリコリド)(PLGA)、及びポリオルトエステルが挙げられる。一実施形態において、徐放配合物中で使用されるポリマーは、不活性で、浸出不純物を有さず、貯蔵安定的で、無菌で、生分解性である。制御放出又は徐放系は、予防又は治療標的に近接して配置することができ、したがって、全身用量のほんの一部が要求されるにすぎない(例えば、Goodson,Medical Applications of Controlled Release、前掲、vol.2,pp.115-138(1984)参照)。
制御放出系は、Langer(Science(1990)249:1527-1533)による概説において考察されている。当業者に公知の任意の技術を使用して本出願の1つ以上のFc変異体を含む徐放配合物を産生することができる。例えば、米国特許第4,526,938号明細書、国際公開第91/05548号パンフレット、国際公開第96/20698号パンフレット、Ning et al.,(1996)Radiotherapy & Oncology 39:179-189;Song et al.,(1995)PDA Journal of Pharm Sci & Tech.,50:372-397;Cleek et al.,(1997)Pro.Int’l.Symp.Control.Rel.Bioact.Mater.24:853-854;Lam et al.,(1997)Proc.Int’l.Symp.Control Rel.Bioact.Mater.,24:759-760参照、それらのそれぞれは参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本開示のFc変異体を含む医薬組成物を局所投与する場合、それは軟膏剤、クリーム剤、経皮パッチ剤、ローション剤、ゲル剤、シャンプー剤、噴霧剤、エアロゾル剤、液剤、乳濁液剤の形態、又は当業者に公知の他の形態で配合することができる。例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences and Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms,19th ed.,Mack Pub.Co.,Easton,Pa.(1995)参照。非噴霧局所剤形のため、局所適用と適合性の担体又は1つ以上の賦形剤を含み、一部の例において、水よりも大きい動的粘度を有する粘性から半固体又は固体形態が典型的には用いられる。好適な配合物としては、限定されるものではないが、液剤、懸濁液剤、乳濁液剤、クリーム剤、軟膏剤、散剤、リニメント剤、膏薬などが挙げられ、それらは、所望により、滅菌され、又は種々の特性、例えば、浸透圧などに影響を与えるために補助剤(例えば、保存剤、安定剤、湿潤剤、緩衝剤、又は塩)と混合される。他の好適な局所剤形としては、活性成分が一部の例において固体又は液体不活性担体との組み合わせで加圧揮発物質(例えば、気体噴射剤、例えば、Freon)との混合物中で、又はスクイーズボトル中でパッケージされている噴霧エアロゾル製剤が挙げられる。所望により、保湿剤又は加湿剤を医薬組成物及び剤形に添加することもできる。このような追加の成分の例は、当技術分野において公知である。
本開示のFc変異体を含む医薬組成物を鼻腔内投与する場合、それをエアロゾル形態、スプレー、ミストで、又は液滴の形態で配合することができる。特に、本開示による使用のための予防又は治療剤は、好適な噴射剤(例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素又は他の好適な気体)を使用する加圧パック又はネブライザーからのエアロゾルスプレー提供物の形態で簡便に送達することができる。加圧エアロゾルの場合、投与量単位は、計量された量を送達するための弁を提供することにより決定することができる。化合物及び好適な粉末基剤、例えば、ラクトース又はデンプンの粉末混合物を含有する、吸入器又は散布器における使用のためのカプセル及びカートリッジ(例えば、ゼラチンから構成される)を配合することができる。
本開示のFc変異体を含む医薬組成物は、患者に定期的に投与することもできる。
ある実施形態において、本開示のFc変異体を含む医薬組成物は、適切なインビボ分布を確保するように配合することができる。例えば、血液脳関門(BBB)は、多くの高度に親水性の化合物を排除する。本開示の治療化合物がBBBを通過することを確保するため(所望により)、それらを、例えばリポソーム中で配合することができる。リポソームの製造方法については、例えば、米国特許第4,522,811号明細書;米国特許第5,374,548号明細書;及び米国特許第5,399,331号明細書参照。リポソームは規定の細胞又は器官中に選択的に輸送され、したがって標的化薬物送達を向上させる1つ以上の部分を含み得る(例えば、Ranade(1989)J.Clin.Pharmacol.29:685参照)。例示的な標的化部分としては、葉酸塩又はビオチン(例えば、米国特許第5,416,016号明細書、Low et al参照);マンノシド(Umezawa et al.,(1988)Biochem.Biophys.Res.Commun.153:1038);抗体(Bloeman et al.,(1995)FEBS Lett.,357:140;Owais et al.(1995)Antimicrob.Agents Chemother.,39:180);サーファクタントプロテインA受容体(Briscoe et al.,(1995)Am.J.Physiol.1233:134);p120(Schreier et al(1994)J.Biol.Chem.269:9090)が挙げられ;Keinaenen & Laukkanen(1994)FEBS Lett.,346:123-6;Killion & Fidler(1994)Immunomethods,4:273も参照。
本出願はまた、本開示のFc変異体を他の治療法又は治療剤との組み合わせで含む医薬組成物を使用する患者の同時投与又は処置のためのプロトコルを提供する。追加の治療剤、例えば、サイトカイン、ステロイド、化学療法剤、抗生物質、又は放射線を用いる同時投与又は処置の方法は、当技術分野において公知である(例えば、Hardman et al.,(eds.)(2001)Goodman and Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,10.sup.th ed.,McGraw-Hill,New York,N.Y.;Poole and Peterson(eds.)(2001)Pharmacotherapeutics for Advanced Practice:A Practical Approach,Lippincott,Williams & Wilkins,Phila.,Pa.;Chabner and Longo(eds.)(2001)Cancer Chemotherapy and Biotherapy,Lippincott,Williams & Wilkins,Phila.,Pa.参照)。有効量の治療薬は、症状を少なくとも10%だけ、少なくとも20%だけ、少なくとも約30%だけ、少なくとも40%、又は少なくとも50%だけ減少させ得る。
一部の実施形態において、本開示の医薬組成物は、1つ以上の追加の治療剤をさらに含む。
上記の治療レジメンに加え、患者を手術及び他の理学療法の形態に供することができる。
治療用途
本開示のFc変異体を含む治療又は医薬組成物は、限定されるものではないが、本明細書において「細胞増殖障害又は病態」と称される細胞の異常増殖が存在する障害又は病態の処置、予防、又は改善に有用である。一態様において、本開示は、細胞増殖障害又は病態を処置する方法を提供する。一態様において、処置の対象はヒトである。
本開示のFc変異体を含む治療又は医薬組成物を使用して処置し、予防し、又は改善することができる細胞増殖障害又は病態の例としては、限定されるものではないが、癌が挙げられる。本明細書において使用されるとき、「癌」という用語は、組織病理学的タイプも侵襲のステージも関係なく、全てのタイプの癌性成長若しくは発癌プロセス、転移性組織又は悪性形質転換細胞、組織、若しくは器官が含まれることを意味する。
具体的な実施形態において、本開示のFc変異体を含む治療又は医薬組成物の、本明細書に記載の方法による対象への投与は、1、2、又は3つ以上の結果を達成する:(1)腫瘍又は新生物の成長の低減;(2)腫瘍の形成の低減;(3)原発性、局所性及び/又は転移性癌の根絶、除去、又は制御;(4)転移の拡がりの低減;(5)死亡率の低減;(6)生存率の増加;(7)生存期間の増加;(8)寛解期の患者数の増加;(9)入院率の減少;(10)入院期間の減少;並びに(11)腫瘍のサイズが10%超だけ、又は8%超だけ、又は6%超だけ、又は4%超だけ増加しないような維持;好ましくは、腫瘍のサイズは2%超だけ増加しない。
具体的な実施形態において、本開示のFc変異体を含む治療又は医薬組成物の、本明細書に記載の方法による癌を有する対象(一部の実施形態において、癌の動物モデル)への投与は、当技術分野において知られているアッセイを使用して測定して陰性対照を投与された癌を有する対象(一部の実施形態において、同じ癌の動物モデル)における腫瘍の成長に対して腫瘍の成長を少なくとも約2倍、好ましくは、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約7倍、又は少なくとも約10倍だけ阻害し、又は低減させる。別の実施形態において、本開示のFc変異体を含む治療又は医薬組成物の、本明細書に記載の方法による癌を有する対象(一部の実施形態において、癌の動物モデル)への投与は、当技術分野において知られているアッセイを使用して測定して陰性対照を投与された癌を有する対象(一部の実施形態において、同じ癌の動物モデル)における腫瘍の成長に対して腫瘍の成長を少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、又は少なくとも約95%だけ阻害し、又は低減させる。
癌性障害の例としては、限定されるものではないが、固形腫瘍、血液癌、軟部組織腫瘍、及び転移性病変が挙げられる。固形腫瘍の例としては、肝臓、肺、***、リンパ系、胃腸(例えば、結腸)、泌尿生殖器(例えば、腎臓、尿路上皮細胞)、前立腺及び咽頭に影響を及ぼすものなどの様々な器官系の悪性腫瘍、例えば、肉腫、及び癌腫(腺癌及び扁平上皮癌を含む)が挙げられる。腺癌には、大部分の結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝臓癌、肺の非小細胞癌、小腸の癌及び食道の癌などの悪性腫瘍が含まれる。扁平上皮癌には、例えば、肺、食道、皮膚、頭頸部領域、口腔、肛門、及び子宮頸部における悪性腫瘍が含まれる。一実施形態において、癌は黒色腫、例えば、進行期黒色腫である。前述の癌の転移性病変も、本開示の方法及び組成物を使用して治療又は予防することができる。
本開示のFc変異体を含む治療又は医薬組成物を使用して増殖を阻害することができる例示的な癌には、典型的には免疫療法に応答する癌が含まれる。治療のための好ましい癌の非限定的な例としては、黒色腫(例えば、転移性悪性黒色腫)、腎臓癌(例えば、明細胞癌)、前立腺癌(例えば、ホルモン不応性前立腺腺癌)、乳癌、結腸癌及び肺癌(例えば、非小細胞肺癌)、上皮癌が挙げられる。さらに、難治性又は再発性の悪性腫瘍は、本明細書に記載の組み合わせ療法を用いて治療することができる。
治療することができる他の癌の例としては、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭部又は頸部の癌、皮膚又は眼内の悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門癌、胃食道癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管の癌、子宮内膜の癌、子宮頸部の癌、膣の癌、外陰部の癌、メルケル細胞癌、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、食道の癌、小腸の癌、内分泌系の癌、甲状腺の癌、副甲状腺の癌、副腎の癌、軟部組織の癌、尿道の癌、陰茎の癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病を含む慢性又は急性白血病、小児の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱の癌、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、腎臓又は尿管の癌、腎盂の癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、神経芽細胞腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによって誘導されるものを含む環境的に誘導される癌(例えば、中皮腫)、及び前記癌の組み合わせが挙げられる。
具体的な実施形態において、癌は、乳癌、神経芽細胞腫、リンパ腫、結腸癌、膵管腺癌、黒色腫、腎細胞癌、膀胱癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫である。
組み合わせ療法
追加の治療剤に関して「組み合わせで」投与される、は、2つ(以上)の異なる処置物が対象に障害による対象の苦痛の過程の間に送達されることを意味する。一部の実施形態において、1つの処置物の送達は第2の処置物の送達が開始する時に依然として生じており、その結果、投与に関して重複が存在する。これは、「同時」又は「同時送達」と称される。他の実施形態において、1つの処置物の送達が終了してから他の処置物の送達が開始する。これは、「連続送達」と称される。いずれかの場合の一部の実施形態において、処置は、組み合わせ投与のためにより有効である。本開示の組み合わせ療法の追加の治療剤は、定期的に投与することもできる。組み合わせサイクリング療法は、一定期間の第1の治療物の投与とそれに続く一定期間の第2の治療物の投与並びにこの連続投与の反復を伴う。
本明細書に記載の人工操作免疫グロブリンを含む治療又は医薬組成物は、1つ以上の他の治療法、例えば、抗癌剤、サイトカイン又は抗ホルモン剤と一緒に投与して癌を処置及び/又は管理することができる。本明細書に記載の人工操作免疫グロブリンを含む治療又は医薬組成物との組み合わせで使用することができる他の治療法としては、限定されるものではないが、小分子、合成薬物、ペプチド(環状ペプチドを含む)、ポリペプチド、タンパク質、核酸(例えば、DNA及びRNAヌクレオチド、例として、限定されるものではないが、アンチセンスヌクレオチド配列、三重ヘリックス、RNAi、及び生物学的に活性なタンパク質、ポリペプチド又はペプチドをコードするヌクレオチド配列)、抗体、合成又は天然無機分子、模倣剤、及び合成又は天然有機分子が挙げられる。
本明細書に記載の人工操作免疫グロブリンを含む治療又は医薬組成物に加えて使用することができる1つ以上の他の治療法の非限定的な例としては、限定されるものではないが、化学療法、放射線療法、細胞毒性剤、化学療法剤、サイトカイン、キナーゼ阻害剤、低用量ゲムシタビン、5-フルオロウラシル及びサイトカインモジュレーターが挙げられる。特に、本開示の人工操作免疫グロブリンを含む治療又は医薬組成物に加えて使用することができる1つ以上の他の治療法としては、特に、腫瘍微小環境を摂動させる免疫腫瘍学的アプローチ、例えば、組換えIL-2、組換えIL-15、組換えIL-12、組換えIL-21、抗IL1β、抗TGFβ、抗CD39、抗CD73、抗CTLA4、抗PD(L)1、抗TIM3、HDAC阻害剤、HIF1a阻害剤及び抗血管新生薬、例えば、抗VEGFが挙げられる。
キット
本開示はまた、細胞増殖障害を有する患者を処置するためのキットを包含する。このようなキットは、本明細書に記載のFc変異体を含む治療有効量の治療又は医薬組成物を含む。さらに、このようなキットは、本明細書に記載のFc変異体を含む治療又は医薬組成物を投与するための手段(例えば、自動注射器、シリンジ及びバイアル、プレフィルドシリンジ、プレフィルドペン)及び使用指示書を含み得る。これらのキットは、細胞増殖障害を治療するための追加の治療剤(下記)を含有し得る。このようなキットは、患者を処置するための、本明細書に記載のFc変異体を含む治療又は医薬組成物の投与指示書も含み得る。このような指示書は、本明細書に記載のFc変異体を含む治療又は医薬組成物についての使用のための用量、投与経路、レジメン、及び総処置継続期間を提供し得る。
「投与するための手段」という語句は、薬物を患者に全身投与するための任意の利用可能な手法、例として、限定されるものではないが、プレフィルドシリンジ、バイアル及びシリンジ、注射ペン、自動注射器、IV点滴及びバッグ、注入ポンプ、パッチ、注入バッグ及び針などを示すために使用される。このような道具を用いて、患者は薬物を自己投与する(すなわち、医師の補助なしで薬物を投与する)ことができ、又は医療従事者が薬物を投与することができる。
以下の実施例は本開示をさらに説明するために提供するが、その範囲を限定するものではない。本開示の他のバリアントは当業者に容易に明らかであり、添付の特許請求の範囲により包含される。
実施例1に従って生成されたアミノ酸配列に由来する全ての構築物を哺乳類系中で発現させ、精製し(実施例4)、表面プラズモン共鳴(SPR)を使用してヒトFcαRI及びラットFcαRへの結合について査定した(実施例3)。最後に、人工操作免疫グロブリンの機能性は、ヒト新鮮単離PMNを使用する細胞ベースアッセイにより査定した(実施例4)。全ての実施例は、抗原HER2を認識するVH及びVLドメインと、IgA2をベースとする人工操作ヒンジ及びFc領域とを含む抗体フォーマットのFc変異体を使用して実施した。配列番号1は、HER2に結合するVHドメインと、IgG1からのヒンジ及び定常ドメインとを有する抗HER2結合抗体の全長重鎖配列である。配列番号2は、HER2に結合するVHドメインと、IgA2のm2アロタイプからのヒンジ及び定常ドメインとを有する抗HER2結合抗体の全長重鎖配列である(Lombana et al.,(2019)MABS,11:1122-38)。配列番号4は、HER2に結合するVLドメインとIgA2からの定常ドメイン(CL)とを有する抗HER2結合抗体の軽鎖配列である。
実施例1:hFcαRIのためのIgA2 Fc親和性成熟
1.1 IgA2 Fcライブラリー設計
IgA1 Fc/hFcαRI複合体に対して結晶構造PDB 1OW0を使用してインシリコ分析を実施した。それというのも、IgA1はヒンジ領域のみ異なるIgA2と類似の構造を有するためである。hFcαRIに近接して位置する全ての残基はIgA1 Fc/hFcαRI相互作用に潜在的に関与するとみなし、2つのカテゴリーに分類した:(i)「コア」界面領域からの残基(LCH2.15、LCH2.15.1、MCH3.105、ECH3.109、PCH3.113、LCH3.114、ACH3.115、FCH3.116、QCH3.118、ここで、残基はC-ドメインについてのIMGT番号付けに従って番号付けされる)及び(ii)コアを包囲する「シェル」領域からの残基(QCH2.94、NCH2.97、HCH2.98、RCH3.1、ECH3.3、RCH3.40、LCH3.42、SCH3.45、ECH3.45.2、ここで、残基はC-ドメインについてのIMGT番号付けに従って番号付けされる)。トリヌクレオチド特異的突然変異誘発(TRIM)ベースアプローチ(Virnekaes et al,(1994)Nucleic Acids Res.,22:5600-5607;Knappik et al.,(2000)J Mol Biol.,296:57-86)を使用して残基の両方のグループを多様化させて「シェル」領域及び「コア」領域にそれぞれ対応する2つのライブラリーL1及びL2を生成した。
IgA2 FcドメインのエラープローンPCRを使用して第3のライブラリー(EPライブラリー)を生成した(Gram et al.,(1992)PNAS USA,89:3576-3580)。
1.2 酵母ディスプレイによるライブラリースクリーニング
酵母ディスプレイ技術(Boder et al.,(1997)Nature Biot.,15:553-557)を使用して3つ全てのIgA2 Fcライブラリーをスクリーニングした。簡潔に述べると、IgA Fcを酵母細胞膜上でα-アグルチニン(Aga1/Aga2)タンパク質ヘテロ二量体を介して、IgA2 FcをAga2タンパク質のN末端に融合させてディスプレイした。4回のソーティングラウンドを実施した:
(i)第1のソーティングラウンドの間、3つ全てのライブラリーを、1%のラフィノース及び2%のガラクトースを含有する選択培地中で振盪させながら20℃において2日間成長させて酵母細胞表面上でIgA2 Fc発現を誘導した。それぞれの培養物をペレット化し、上清を除去し、ペレットを、1%のBSA(ウシ血清アルブミン)及び2mMのEDTAを有するPBSM(PBS(Gibco,Waltham,MA)で1回洗浄した。20mlのPBSM中でのペレットの再懸濁後、100μlのそれぞれのストレプトアビジン及び抗ビオチンマイクロビーズ(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,Germany)を添加した。細胞を回転させながら室温において1時間インキュベートした。次いで、MACS LSカラム(Miltenyi)を使用してビーズを除去した。次いで、ライブラリーをペレット化し、20mlのPBSM+50nMのビオチン化FcαRI(CD89)(配列番号5)中で再懸濁させ、回転させながら室温において1時間インキュベートした。次いで、細胞をペレット化し、上清を除去し、PBSM中で1回洗浄し、次いで20mlのPBSM+100μlのストレプトアビジンマイクロスフェア(Miltenyi)中で再懸濁させた。ライブラリーを時折振盪させながら氷上で5分間インキュベートし、次いで細胞をペレット化し、上清を除去し、20mlのPBSM中で再懸濁させ、次いでMACS LSカラム(Miltenyi)上で分離した。カラムを5mlのPBSMで1回洗浄し、次いで結合細胞を選択培地で溶出させ、選択培地中で最終10mlにし、振盪させながら30℃において一晩成長させた。
(ii)第2のソーティングラウンドのため、3つのライブラリーのそれぞれからの第1のラウンドアウトプットを、1%のラフィノース及び2%のガラクトースを含有する選択培地中で20℃において24時間成長させてIgA発現を誘導した。ライブラリーをペレット化し、PBSF(PBS(Gibco)+0.1%のウシ血清アルブミン)中で1回洗浄し、PBSF中で再懸濁させた。それぞれのライブラリーを2つのサンプルに分け;第1のサンプルをPBSF中25nMのビオチン化FcαRIにし、第2のサンプルをPBSF中10nMのビオチン化FcαRIにした。それぞれに、ウサギ抗myc-タグDylight 488(Rockland,Limerick,PA)を1:100の最終希釈率において添加し、サンプルを回転させながら室温において1.5時間インキュベートした。サンプルをペレット化し、PBSFで1回洗浄し、次いで回転させながらPBSF+1:100最終ストレプトアビジンDylight 633(Invitrogen,Waltham,MA)と5分間インキュベートした。次いでサンプルをペレット化し、1回洗浄し、PBSF中で再懸濁させ、40μmストレーナーに通して濾過し、次いでFACS Ariaセルソーター(Becton Dickinson Biosciences,San Jose,CA)上でのフローサイトメトリーを使用して分析し、ソートした。L1及びL2ライブラリーについては10nMのFcαRIサンプルをソートし、EPライブラリーについては25nMのFcαRIサンプルをソートした。それぞれの場合において、シグナルの上位1~2%を示す酵母をゲートにかけ、回収し、選択培地中で30℃において一晩成長させた。
(iii)第3のソーティングラウンドのため、第2のソーティングラウンドからの培養物を選択培地+1%のラフィノース+2%のガラクトース中に接種し、20°において一晩成長させてIgA発現を誘導した。第2のラウンドで行ったとおり3つのライブラリーのそれぞれからの細胞を調製し、ソートし、但し検出試薬としてニワトリ抗mycタグFITC(Genetex,Irvine,CA)及びNeutravidin Dylight 633(Invitrogen)を使用した。ビオチン化FcαRIをEPライブラリーについて5nMにおいて、L1ライブラリーについて2nMにおいて、L2ライブラリーについて1nMにおいて使用した。それぞれの場合において、シグナルの上位1~2%を示す酵母をゲートにかけ、回収し、選択培地中で30℃において一晩成長させた。
(iv)第4のソーティングラウンドをEP及びL1ライブラリーのみに対して完了させた。第3のソーティングラウンドからの培養物を選択培地+1%のラフィノース及び2%のガラクトース中に接種し、20°において一晩成長させてIgA発現を誘導した。第2のラウンドで行ったとおりライブラリーのそれぞれからの細胞を調製し、ソートし、但し検出試薬としてマウス抗c myc Dylight 488(Invitrogen)及びストレプトアビジンcy5(Invitrogen)を使用した。ビオチン化FcαRIをEPライブラリーについて2nMにおいて、L1ライブラリーについて1nMにおいて使用した。それぞれの場合において、シグナルの上位1~2%を示す酵母をゲートにかけ、回収し、選択培地中で30℃において一晩成長させた。
1.3 ホットスポット同定、全長免疫グロブリンにおける翻訳及びhFcαRIに対するSPR検証
第3(L2ライブラリー)及び第4(EP及びL1ライブラリー)ラウンド培養物からプラスミドを精製し、大腸菌(E.coli)中で形質転換し、選択寒天プレート上にプレーティングし、37°において一晩成長させ、Sangerシーケンシング(Sanger et al(1975)J Mol Biol.,94(3):441-8;Sanger et al(1977)PNAS USA.,74(12):5463-7)のためにGenewiz(South Plainfield,NJ)に送付した。上位クローンをそれらの出現頻度に基づき選択し、それらを使用してIgA2/hFcαRI相互作用を向上させる突然変異を同定した。IgA2残基位置を表1に提示する。
Figure 2023523760000005
同定された突然変異は、配列番号2を有する全長IgA2免疫グロブリン中に単一点突然変異として又は組み合わせで取り込み、HEK293細胞中で一過的に発現させた(実施例2に記載のとおり)。同じ突然変異を、配列番号3及び6を有し、hFcαRIに結合し得る人工操作IgG1 Fcを含有するIgG1アイソタイプ免疫グロブリン中にも取り込んだ。試験突然変異セットを表2(配列番号2をベースとする)、表4(配列番号3をベースとする)、及び表6(配列番号6をベースとする)に提示する。
Fc変異体を精製し、hFcαRIに対して測定される表面プラズモン共鳴(SPR)を使用して査定してhFcαRIに対する免疫グロブリン親和性に対する規定の突然変異の効果を評価した。興味深いことに、全ての突然変異は、それぞれの免疫グロブリンの発現収量及び凝集傾向に対して限定された効果を有し、又は実際の効果を有さなかった。SPRデータ及び捕捉後の凝集物含有率を表3、表5及び表7に示す。
最後に、リード候補物をSPR及び凝集データに基づき選択し、より広範囲のhFcαRI濃度を使用してSPR実験を繰り返した。適合濃度範囲の使用は、人工操作免疫グロブリンとhFcαRIとの間の相互作用のより正確な測定を可能とした。結果を表8、表9及び表10に示す。
Figure 2023523760000006
Figure 2023523760000007
Figure 2023523760000008
Figure 2023523760000009
Figure 2023523760000010
Figure 2023523760000011
Figure 2023523760000012
Figure 2023523760000013
Figure 2023523760000014
1.4 インビトロアッセイにおけるアルファエフェクター機能の向上への親和性成熟の変換
ホモ二量体Fc(配列番号32、37及び42)を有するリード候補物を、hFcαRIに対するそれらの改善された結合能について選択した。次にこれらを実施例4に記載の手順に従ってPMN殺傷アッセイにおいて試験した。効力(EC50;免疫グロブリンの最大効果の50%を産生するために要求される免疫グロブリンの濃度)及び有効性(Emax;免疫グロブリンに予測される最大効果)の結果を図1~図4に示す。
全ての試験候補物は活性であり、SK-BR-3 PMN殺傷アッセイにおいて親IgA2と比較して改善された有効性を有することが示された(図1)。
さらに、HER2受容体密度がSK-BR-3細胞よりも低いことが公知であるCalu-3細胞を使用するPMN殺傷アッセイにおいて最大2倍の有効性のかなりの改善が示された(図2)(実施例4に記載)。さらに、同様により低レベルのHER2受容体を発現することが公知であるMDA-MB-453細胞に対するPMN殺傷アッセイにおいて配列番号42を有するバリアントについて効力のかなりの改善が示された(図3)。この効力の改善は約7倍だった。
最後に、配列番号42を有する親和性成熟バリアントを、最小HER2発現細胞系として公知であるMDA-MB-175細胞を使用するPMN殺傷アッセイにおいて試験し、それは極めて高い濃度においても殺傷を示さなかった(図4)。この観察は、試験候補物の安全なプロファイルを強調する。
突然変異セットをヘテロ二量体Fcに適用して、配列番号7-8、配列番号80-8、配列番号7-9又は配列番号80-9を含む抗補をもたらした(図5)。試験した候補配列番号80-8及び配列番号80-9は、PMN殺傷アッセイにおいて、それらの親免疫グロブリン及びIgA2(図5A及び5C)と比較してSK-BR-3細胞に対するより良好な殺傷特性を有することを示したが、PBMC殺傷アッセイにおいてγ応答を媒介する効果を示さなかった(図5B及び5D)。
実施例2:人工操作タンパク質の発現及び精製
重鎖及び軽鎖をコードする核酸配列をGeneart(LifeTechnologies)において合成し、制限酵素-ライゲーションベースのクローニング技術を使用して哺乳類発現ベクター中にクローニングした。得られたプラスミドをHEK293T細胞中に同時形質移入した。簡潔に述べると、免疫グロブリン(IgG、IgA及び人工操作免疫グロブリン)の一過的発現のため、当量の軽鎖及びそれぞれの人工操作重鎖ベクターを懸濁液適合HEK293T細胞中にポリエチレンイミン((PEI)参照カタログ番号24765 Polysciences,Inc.)を使用して同時形質移入した。典型的には、1ml当たり1~2百万個の細胞の密度における懸濁液中の100mlの細胞を、人工操作重鎖をコードする50μgの発現ベクター及び軽鎖をコードする50μgの発現ベクターを含有するDNAと形質移入した。次いで、組換え発現ベクターを宿主細胞中に導入し、7日間の期間の細胞のさらなる培養により構築物を産生して0.1%のpluronic酸、4mMのグルタミン、及び0.25μg/mlの抗生物質が補給された培養培地(HEK、無血清培地)中への分泌を可能とした。
次いで、産生された構築物を無細胞上清から免疫親和性クロマトグラフィーを使用して精製した。PBS緩衝液pH7.4で平衡化された抗カッパLC樹脂(KappaSelect,GE Healthcare Life Sciences)を、液体クロマトグラフィーシステム(Aekta pureクロマトグラフィーシステム、GE Healthcare Life Sciences)を使用して濾過条件培地とインキュベートした。樹脂をPBS pH7.4で洗浄してから、構築物を溶出緩衝液(50mMのクエン酸塩、90mMのNaCl、pH2.7)で溶出させた。
捕捉後、溶出タンパク質を、1MのTRIS pH10.0溶液を使用してpH中和し、サイズ排除クロマトグラフィー技術(HiPrep Superdex 200 16/60,GE Healthcare Life Sciences)を使用してポリッシュした。最後に、精製タンパク質をPBS緩衝液pH7.4中で配合した。
凝集傾向は、捕捉及びpH中和ステップ後に分析サイズ排除クロマトグラフィー技術(Superdex 200 Increase 3.2/300GL,GE Healthcare Life Sciences)を使用して測定した。
実施例3:ヒトFcα受容体(hFcαRI)又はラットFcα受容体(rFcαR)に対するSPR測定
ヒトFcαRI又はラットFcαRに対する配列番号4の軽鎖を有するFc変異体抗体形式の結合を特徴付けるために、直接結合アッセイを行った。
動的結合親和性定数(KD)をBIAcore(登録商標)T200機器(GE Healthcare、Glattbrugg、Switzerland)で室温で測定し、タンパク質はランニングバッファ10mM NaP、150mM NaCl、0.05% Tween 20、pH7.6で希釈した。ビオチン化抗κ軽鎖scFvを固定化したストレプトアビジンセンサチップ(Sensor Chip SA、GE Healthcare Life Sciences)を使用して、操作された免疫グロブリンを補足し、組換えヒトhFcαRI又は組換えラットFcαRを分析物として使用した。
参照として機能させるため、1つのフローセルはいかなる免疫グロブリンも捕捉しなかった。結合データは、参照上の分析物希釈系列の後続のインジェクション及びフローセルの測定により収集した。ゼロ濃度サンプル(ランニング緩衝液のみ)を含めてデータ評価の間の二重参照を可能とした。データ評価のため、二重参照センサーグラムを、1:1結合モデル分析を適用することにより分析して平衡解離定数(KD)を生成した。rFCαRに関する結果を表11にまとめる。
この実験は、候補Fc変異体が、ヒト/ラットFcαRIと交差反応性であることを示し、これはインビボ疾患モデルにおける候補試験のための所望の特性である。
Figure 2023523760000015
実施例4:抗体依存性細胞毒性(ADCC)アッセイ方法
健常ドナーからの血液サンプルが、スイスヒト研究法(Swiss human research act)(Basel組織ドナープログラム-Prevomed)に従って新鮮に抜き取られた末梢血から回収された。ACK溶解緩衝液での赤血球の溶解後、多形核細胞及び末梢血単核細胞(PMN及びPBMC)をficoll-paque勾配により単離した。PMNを使用して人工操作免疫グロブリンのアルファエフェクター機能を特徴付けした一方、PBMCを使用してガンマエフェクター機能を特徴付けした。
エフェクター細胞(新鮮単離されたPMN又はPBMC細胞)を、HER2発現標的細胞(SK-BR-3、Calu-3、MDA-MB-453又はMDA-MB-175細胞、American Type Culture Collection,Rockville MDから購入)に20:1のエフェクターと標的との比において添加した。SK-BR-3は、HER2を過剰発現する乳癌細胞系である。Calu-3及びMDA-MB-453は、それぞれ、SK-BR-3と比較して低いレベルにおいてHER2を過剰発現する肺及び乳癌細胞系である(Cheung et al.,2019)。MDA-MD-175は、最少量のHER2を発現する乳癌細胞系である(Crocker et al.,2005)。PMN細胞殺傷は候補Fc変異体のいずれでも観察されず、低HER2発現細胞株に対する良好な安全性プロファイルを示している。
免疫グロブリン構築物を示される濃度において添加し、組み合わせを穏やかに混合し、次いで破壊なしで260×gにおいて4分間遠心分離して標的及びエフェクター細胞の同時局在化を促した。次いで、アッセイ物を標準的組織培養インキュベーター中で5%のCO中で37℃において18時間インキュベートした。18時間後、Cytotox96試薬(Promega)を製造業者の指示書に従って使用して上清をLDH放出測定に使用した。490nmにおける吸光度をBiotek Synergy HTプレートリーダー上で読み取った。GraphPad Prism 6.0を使用してデータを分析し、グラフ化した。
実施例5:IgAと比較した人工操作免疫グロブリンの薬物動態(PK)特性の改善
5.1 人工操作免疫グロブリンの材料産生
配列番号1、2、7、8、40、80、82、83、84の配列を有する抗HER2人工操作免疫グロブリン重鎖バリアントをコードする核酸をGeneart(LifeTechnologies)において合成し、制限酵素-ライゲーションベースのクローニング技術を使用して哺乳類発現ベクター中にクローニングした。選択N-グリコシル化部位を、特異Asp残基のAla残基による置換により除去した。重鎖をコードする得られたプラスミドを、軽鎖(配列番号4)をコードするプラスミドと哺乳類発現系中に同時形質移入した。HEK293T発現細胞系については、発現を実施例2に記載の手順に従って実施した。CHO-S発現細胞系(Thermo)については以下の手順を使用した。簡潔に述べると、タンパク質一過的発現のため、発現ベクターを懸濁液適合CHO-S細胞中にExpifectamineCHO形質移入剤(Thermo)を使用して形質移入した。典型的には、1ml当たり6百万個の細胞の密度における懸濁液中の400mlの細胞を、人工操作タンパク質をコードする400μgの発現ベクターを含有するDNAと形質移入した。次いで、組換え発現ベクターを、さらなる分泌のために宿主細胞中に培養培地(ExpiCHOフィード及びエンハンサー試薬が補給されたExpiCHO発現培地(Thermo))中で7日間導入した。次いで、発現コンストラクトを、実施例2に記載の手順に従って、無細胞上清から精製した。血清中の測定免疫グロブリン濃度を時間の関数としてプロットし、図6及び図7に示した。生成された材料は、表12及び13に記載されている。
Figure 2023523760000016
Figure 2023523760000017
コンストラクト設計と一致して、配列番号7-8及び配列番号8-80を有する操作された免疫グロブリンは、FcRnへの結合を保持しながらCD89に結合し、図6に示すように、IgA免疫グロブリンと比較して改善されたPK特性及び改善された半減期を示した。さらに、図6に示すように、配列番号8-80を有する親和性成熟変異体は、配列番号7-8を有する親コンストラクトと同一のPKを示す。これは、CD89に対する親和性成熟が、操作された免疫グロブリンPK特性を損なうことを示す。
図7に示すデータは、N-グリコシル化パターンが免疫グロブリンPKにどのように影響を及ぼすかを示す。操作された免疫グロブリンのPK特性は、IgAと比較して改善され、個々のN-グリコシル化部位CH2.84.4が除去された際に改善された(配列番号83)。
5.1 マウス試験
Charles River laboratoriesより雄CD1マウスを得た。到着後、全てのマウスを無病原体動物施設中で、標準的な12時間の明/12時間の暗サイクル下で21℃の室温において不断給餌及び給水で飼育した。全てのマウスは、上記のとおり産生及び精製されたIgG又はIgA又は人工操作免疫グロブリン(3mg/kg)の単回静脈内(IV)注射を受けた。それぞれの化合物を3匹のマウス中に注射した。血液サンプルを血清分離チューブ中に伏在静脈を介して注射後の種々の時点において回収した。血液を周囲温度において少なくとも20分間凝固させた。凝固サンプルを遠心分離まで室温において維持し、それを回収時間の1時間以内に開始した。それぞれのサンプルを1500~2000×gの相対遠心力において2~8℃で5分間遠心分離した。遠心分離後20分以内に血清を血液サンプルから分離し、標識された2.0mLのポリプロピレンのコニカル底微小遠心チューブ中に移した。健常であることが明らかな動物及び明らかな異常を有さない動物のみを試験に使用した。実施された全ての動物作業はNovartis’Institutional Animal Care and Use Committeeによりレビュー及び承認された。
5.2 薬物動態試験のための免疫グロブリンELISA
免疫グロブリンレベルを連続サンドイッチELISAにより測定した。IgA投薬については、Nunc Maxisorpマイクロタイタープレートのウェルをヤギ抗ヒトIgA(Southern Biotech、カタログ番号2053-01)で4℃において一晩コーティングした。IgG及び人工操作免疫グロブリン投薬については、Roche StreptaWellマイクロタイタープレートのウェルをビオチン化SBヤギ抗ヒトIgG(Southern Biotech、カタログ番号2049-08)で室温において1時間コーティングした。ブロッキング緩衝液(PBS、0.5%のウシ血清アルブミン(BSA))との1時間のインキュベーション後、同じブロッキング緩衝液中で希釈されたサンプルをブロッキングされたプレートに添加し、室温において2時間インキュベートした。インキュベーション後、セイヨウワサビペルオキシダーゼコンジュゲートヤギ抗ヒトIgA(SouthernBiotech、カタログ番号2053-05)又はセイヨウワサビペルオキシダーゼコンジュゲートヤギ抗ヒトIgG(SouthernBiotech,カタログ番号2049-05)を添加し、室温において1時間インキュベートした。次いで、プレートを基質溶液(BM Blue POD基質TMB、Roche、カタログ番号11484281001)とインキュベートし、0.5Mの硫酸で反応を停止させた。プレートリーダーを使用して吸光度を450nmにおいて測定し、650nmで減算した。ステップ間で、プレートを洗浄緩衝液(PBS中0.05%のTween-20)で3回洗浄した。
配列情報
表14は、完全抗体を生成するために使用される、実施例に記載のバリアントFc領域を含む全長重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列(配列番号)を記載する。本明細書に記載のFc変異体、全長重鎖、軽鎖又は完全抗体は、慣用の組換えタンパク質産生及び精製プロセスを使用して産生することができる。
本明細書において言及される全ての配列(配列番号)は、表14に見出される。参照番号は、社内配列参照番号を指す。本出願の本文全体にわたり、本明細書の本文(例えば、表14)と配列表との間に矛盾が存在する場合、本明細書の本文が優先される。
Figure 2023523760000018
Figure 2023523760000019
Figure 2023523760000020
Figure 2023523760000021
Figure 2023523760000022
Figure 2023523760000023
Figure 2023523760000024
Figure 2023523760000025
Figure 2023523760000026
Figure 2023523760000027

Claims (22)

  1. 親FcポリペプチドのFc変異体であって、前記Fc変異体は、前記親Fcポリペプチドと比較して変更されたFcαRに対する結合又は変更された抗体依存性細胞媒介性細胞毒性(ADCC)を示し、前記Fc変異体は、前記親Fcポリペプチドの前記Fc領域における少なくとも1つのアミノ酸改変を含み、前記アミノ酸改変は:CH2.10、CH2.89、CH2.91、CH2.94、CH2.97、CH2.99、CH3.45、CH3.105、CH3.109、CH3.118及びCH3.124からなる群から選択される位置にあり、前記アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う、Fc変異体。
  2. 前記少なくとも1つのアミノ酸改変が:A_CH2.10_S、L_CH2.89_I、G_CH2.91_Q、G_CH2.91_V、Q_CH2.94_E、N_CH2.97_H、N_CH2.97_Y、G_CH2.99_W、S_CH3.45_D、M_CH3.105_Y、E_CH3.109_D、Q_CH3.118_Y及びL_CH3.124_Fからなる群から選択され、前記アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う、請求項1に記載のFc変異体。
  3. 前記少なくとも1つのアミノ酸改変が:
    Q_CH2.94_E、
    N_CH2.97_Y、
    S_CH3.45_D、
    M_CH3.105_Y、
    Q_CH3.118_Y、
    Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y、
    Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D、
    Q_CH2.94_E/M_CH3.105_Y、
    N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、
    N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、
    S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、
    M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、
    Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y、
    N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、
    Q_CH2.94_E/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、
    M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y/S_CH3.45_D、
    Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D、
    Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y、
    Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、
    Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/S_CH3.45_D/M_CH3.105_Y/Q_CH3.118_Y、
    A_CH2.10_S、
    L_CH2.89_I、
    G_CH2.91_V、
    N_CH2.97_H、
    G_CH2.99_W、
    E_CH3.109_D、
    L_CH3.124_F、及び
    L_CH2.89_I/G_CH2.91_V/Q_CH2.94_E/N_CH2.97_Y/G_CH2.99_W
    からなる群から選択され、前記アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う、請求項1又は請求項2に記載のFc変異体。
  4. 前記親FcポリペプチドがヒトIgA内に含まれる、請求項1~3のいずれか1項に記載のFc変異体。
  5. 前記親FcポリペプチドがヒトIgA2内に含まれる、請求項1~4のいずれか1項に記載のFc変異体。
  6. 前記Fc変異体が、表面プラズモン共鳴により測定して、前記親Fcポリペプチドの少なくとも約50倍の、ヒトFcαRIに対する増加した親和性を有する、請求項1~5のいずれか1項に記載のFc変異体。
  7. 前記親FcポリペプチドがヒトIgG1を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載のFc変異体。
  8. 前記Fc変異体が、表面プラズモン共鳴により測定して、前記親Fcポリペプチドの少なくとも約300倍の、ヒトFcαRIに対する増加した親和性を有する、請求項7に記載のFc変異体。
  9. 前記Fc変異体が、MDA-MB-453細胞殺傷アッセイにおいて測定して、抗体依存性細胞媒介性細胞毒性を前記親Fcポリペプチドの少なくとも約5倍増加させる、請求項1~8のいずれか1項に記載のFc変異体。
  10. 前記Fc変異体が、前記親Fcポリペプチドの少なくとも約2倍の、Calu-3細胞殺傷アッセイにおける増加した有効性を有する、請求項1~9のいずれか1項に記載のFc変異体。
  11. Fc変異体を含むlgA抗体であって、前記抗体が、親Fcポリペプチドを含むIgA抗体と比較して増加したFcαR親和性、又は増加した抗体依存性細胞媒介性細胞毒性を有する、lgA抗体。
  12. 前記抗体が:CH2.10、CH2.89、CH2.91、CH2.94、CH2.97、CH2.99、CH3.45、CH3.105、CH3.109、CH3.118及びCH3.124からなる群から選択される位置におけるアミノ酸改変を含み、前記アミノ酸改変の番号付けは、C-ドメインについてのIMGT番号付けに従う、請求項11に記載のlgA抗体。
  13. 前記抗体がヒトlgA1又はlgA2抗体である、請求項12に記載のIgA抗体。
  14. 前記抗体が腫瘍抗原に結合する、請求項11~13のいずれか1項に記載のIgA抗体。
  15. 請求項1~10のいずれか1項に記載のFc変異体又は請求項11~14のいずれか1項に記載の抗体を、1つ以上の薬学的に許容され得る賦形剤、希釈剤又は担体と組み合わせて含む医薬組成物。
  16. さらに1つ以上の追加の活性剤を含む、請求項15に記載の医薬組成物。
  17. 細胞増殖性疾患又は状態の治療における使用のための、請求項1~10のいずれか1項に記載のFc変異体又は請求項11~14のいずれか1項に記載の抗体。
  18. 前記細胞増殖性疾患又は状態が:乳癌、神経芽腫、リンパ腫、膵膵管腺癌、黒色腫、腎細胞癌、膀胱癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、非ホジキンリンパ腫及び多発性骨髄腫からなる群から選択される、請求項17に記載の使用のためのFc変異体又は抗体。
  19. 請求項1~10のいずれか1項に記載のFc変異体又は請求項11~14のいずれか1項に記載の抗体をコードする単離された核酸分子。
  20. 1つ以上の請求項19に記載の核酸配列を含むクローニング又は発現ベクターであって、請求項1~10のいずれか1項に記載のFc変異体又は請求項11~14のいずれか1項に記載の抗体の組換え産生に適している、ベクター。
  21. 1つ以上の請求項20に記載のクローニング又は発現ベクターを含む宿主細胞。
  22. 請求項1~10のいずれか1項に記載のFc変異体又は請求項11~13のいずれか1項に記載の抗体を調製する方法であって、請求項21に記載の宿主細胞を培養することと、前記宿主細胞培養物から前記Fc変異体又は抗体を精製することと、前記宿主細胞培養物から前記Fc変異体又は抗体を回収することと、を含む、方法。
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