JP2023517293A - 抗ウイルスの構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドおよびその使用 - Google Patents

抗ウイルスの構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドおよびその使用 Download PDF

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    • C12N2770/20033—Use of viral protein as therapeutic agent other than vaccine, e.g. apoptosis inducing or anti-inflammatory

Abstract

コロナウイルス感染（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染）を妨害および阻害するために有用な架橋ペプチドが本明細書に開示される。また、コロナウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）を処置する、および／または予防する方法も開示される。本開示は、構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗ウイルスペプチド、ならびにコロナウイルス感染の予防および処置においてそのようなペプチドを使用するための方法に関する。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年３月４日に出願された米国特許出願第６２／９８５，１００号に対する優先権の利益を主張し、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０２１年３月４日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーの名称は００５３０＿０４０１ＷＯ１＿２８２３＿Ｗ０１ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔであり、サイズは１６３，９６８バイトである。
技術的分野
本開示は、構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗ウイルスペプチド、ならびにコロナウイルス感染の予防および処置においてそのようなペプチドを使用するための方法に関する。
背景
Ｗｕｈａｎ ｎＣｏＶ（２０１９－ｎＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２としても知られている）によって引き起こされるＣＯＶＩＤ－１９などの新規コロナウイルス（ｎＣｏＶ）大流行による感染を予防または処置するための抗ウイルス治療薬は現在存在しない。ＣＯＶＩＤ－１９は、世界保健機関（ＷＨＯ）によって高リスクの世界的な健康緊急事態であると宣言されており、２０２１年３月現在で、世界中で１１４，８５７，７６４件の呼吸器疾患症例および２，５５１，４５９件の死亡例を引き起こしている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、宿主細胞との会合の際に立体構造変化を受け、宿主膜とウイルス膜とを一緒にする６ヘリックスバンドルの形成をもたらす表面タンパク質を含有する。ウイルス融合プロセスのペプチドベースの阻害は機構的に実行可能であり、臨床的に有効であるが（例えば、２００３年にＦＤＡによって承認されたＦｕｚｅｏｎ（すなわち、エンフルビルチド（enfurvirtide）））、生物活性形状の喪失およびインビボでの迅速なタンパク質分解（例えば、１００ｍｇを毎日２回自己注射）を含むペプチドの生物物理学的および薬理学的傾向により、この検証されたアプローチのより広範な適用が制限されている。したがって、大流行を効果的に緩和するために、ＣＯＶＩＤ－１９感染の予防および／または処置のための新しい戦略が緊急に必要とされている。
概要
本出願は、生物活性ヘリックスの構造を再現し強化して、コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのベータコロナウイルス）感染の予防および／または処置のための標的化された予防剤および治療剤を生成するペプチド安定化技術（例えば、ステープル、ステッチ）を開示する組成物および方法に関する。天然ペプチドに「ステープル」（例えば、全炭化水素ステープル）または「ステッチ」を挿入することによって、生物活性らせん構造を回復させることができ、さもなければ不安定であるアミド結合をらせん構造のコアに埋め込むこと、および／または身体のプロテアーゼによるそれらの認識およびタンパク質分解を妨げる様式でアミド結合を拘束することによって、顕著なプロテアーゼ耐性を付与することができる。ここでは、コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのベータコロナウイルス）の構造的に安定化されたペプチド阻害剤が開示される。これらの構造的に安定化されたペプチド阻害剤は、ＣＯＶＩＤ－１９などのコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのベータコロナウイルス）感染を予防および／または処置するために使用される。
本開示は、部分的に、配列番号１０もしくは２５８（それぞれＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２およびＥＫ１のコア鋳型配列）または配列番号１３３、４０、１３６、４２、３０、１１３、３４、３６、１３４、３９、１３５、４２、１３７、５０、５２、５１、３１～３３、３７、４１、４４～４９、１７７、および１７９のいずれか一つの配列と少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９４％、９５％、または１００％同一である配列を含むアミノ酸配列の構造的に安定化されたペプチドを提供し、構造的に安定化されたペプチドは、以下の特性のうち少なくとも１つ（１、２、３、４、５、６個）を有する：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の５ヘリックスバンドルと配列番号１０または２５８のペプチドとの間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する。本開示はまた、部分的に、配列番号１０もしくは２５８、または配列番号１３３、４０、１３６、４２、３０、１１３、３４、３６、１３４、３９、１３５、４２、１３７、５０、５２、５１、３１～３３、３７、４１、４４～４９、１７７、および１７９のいずれか一つの配列を含むアミノ酸配列の構造的に安定化されたペプチドを提供し（０～１０（０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のアミノ酸置換、挿入、および／または欠失を有する）、構造的に安定化されたペプチドは、以下の特性のうち少なくとも１つ（１、２、３、４、５、６個）を有する：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の５ヘリックスバンドルと配列番号１０または２５８のペプチドとの間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する。いくつかの例では、配列番号１０または２５８の１位、３位、５位、６位、８位、１０位、１２位、１３位、１５位、１７位、および１９位のうちの１またはそれより多くは、置換されていないか、または保存的アミノ酸置換によって置換されている。いくつかの例では、配列番号１０または２５８の２、４、７、９、１１、１４、１６、または１８位のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されている。特定の例では、配列番号１０または２５８の４位、８位、１０位、１３位、１５位、１７位および１８位のうちの１またはそれより多くは、置換されていないか、または置換されている場合は保存的アミノ酸によって置換されている。特定の例では、配列番号１０または２５８の１、５、７、１１、または１２位のうちの１またはそれより多くは、置換されている場合、保存的アミノ酸によって置換されている。配列番号１０または２５８のアミノ酸配列を変えることの指針となる特徴は、それが依然としてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の５ヘリックスバンドルに結合し、５ヘリックスバンドルと配列番号１０または２５８のペプチドとの会合を阻害または破壊することができるはずであるということである。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、配列番号１３３、４０、１３６、４２、３０、１１３、３４、３６、１３４、３９、１３５、４２、１３７、５０、５２、５１、３１～３３、３７、４１、４４～４９、１７７、および１７９のいずれか１つの配列を含む。上記のペプチドは、１９～１００（例えば、少なくとも１９、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５）アミノ酸長さであり得、これらのペプチドは脂質化され得る。ペプチドは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）にコンジュゲートするように改変することもできる。さらに、これらのペプチドは、対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドの追加のＮ末端（例えば、配列番号２５０または２５１のいずれか）および／またはＣ末端（例えば、配列番号２５２～２５５のいずれか１つ）の配列を含むように改変することができる。いくつかの場合では、これらのペプチドは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）を含むように改変され得る。いくつかの場合では、アミノ酸配列は、ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－Ａｃ－ＰＥＧ４－コレステロールのようなＣ末端ペプチド／ＰＥＧスペーサーコンジュゲートコレステロールをさらに含む。いくつかの場合では、これらのペプチドは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドを含むように改変され得る。これらの構造的に安定化されたペプチドは、コロナウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）の処置または予防に有用である。本開示はまた、上記の構造的に安定化されたペプチドを作製する方法に関する。例えば、配列番号１３３、４０、１３６、４２、３０、１１３、３４、３６、１３４、３９、１３５、４２、１３７、５０、５２、５１、３１～３３、３７、４１、４４～４９、１７７、および１７９のいずれか１つのペプチドは、（例えば、ルテニウム媒介閉環メタセシス反応によって）架橋を受ける。本方法は、架橋ペプチドを、それを必要とするヒト対象への投与（例えば、静脈内、皮下、局所、鼻腔内）のために有用な滅菌医薬組成物として製剤化することをさらに含み得る。
一態様では、本開示は、配列番号１０（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ）に示される配列と少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９４％同一であるアミノ酸配列を含む構造的に安定化されたポリペプチドを特徴とする。いくつかの例では、配列番号１０の、以下（１位は配列番号１０のＮ末端イソロイシンであり、１９位は配列番号１０のＣ末端ロイシンである）：
（ｉ）７位および１１位；
（ｉｉ）１０位および１４位；
（ｉｉｉ）１２位および１６位；
（ｉｖ）１４位および１８位
（ｖ）２位および９位；
（ｖｉ）４位および１１位；
（ｖｉｉ）９位および１６位；
（ｖｉｉｉ）２位および６位；
（ｉｘ）８位および１２位；
（ｘ）９位および１３位；
（ｘｉ）１１位および１５位；
（ｘｉｉ）１４位および１８位；
（ｘｉｉｉ）１５位および１９位；
（ｘｉｖ）７位および１４位；
（ｘｖ）３位および１０位；
（ｘｖｉ）６位および１３位；
（ｘｖｉｉ）１３位および１７位；
（ｘｉｉｉ）３位および７位；
（ｘｉｘ）３位、７位、１３位、および１７位；
（ｘｘ）３位、７位、１４位、および１８位；
（ｘｘｉ）２位、６位、１４位、および１８位；
（ｘｘｉｉ）２位、６位、１３位、および１７位；
（ｘｘｉｉｉ）３位、１０位、および１７位；
（ｘｉｖ）２位、９位、および１３位；
（ｘｖ）３位、１０位、および１４位；
（ｘｖｉ）６位、１３位、および１７位；または
（ｘｖｉｉ）７位、１４位、および１８位、
から選択される位置のアミノ酸は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられている。いくつかの例では、アミノ酸配列がさらなる置換（複数可）を含む場合、それらの置換（複数可）は、（Ａ）または（Ｂ）：
（Ａ）配列番号１０の４位、８位、１０位、１３位、１５位、１７位および１８位は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていない場合、置換されていないか、または保存的アミノ酸置換で置換されており；
１位、５位、７位および１１位は、置換されている場合、保存的アミノ酸置換またはオレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置換されており；ならびに
配列番号１０の残りの位置は、任意のアミノ酸、またはオレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていてもよい；または
（Ｂ）配列番号１０の１位、３位、５位、６位、８位、１０位、１２位、１３位、１５位、１７位、および１９位のうちの１またはそれより多くは、置換されていないか、または置換されている場合は保存的アミノ酸置換によって置き換えられている、のいずれかに基づく。
いくつかの例では、配列番号１０の２、４、７、９、１１、１４、１６、および１８位のうちの１またはそれより多くで構造的に安定化されたポリペプチドを、任意のアミノ酸またはオレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えることができる。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１５～１００アミノ酸長であり、必要に応じて、１９～４５アミノ酸長である。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルと配列番号１０との間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する。
いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０に示される配列と少なくとも７０％（７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％）同一である。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０に示される配列と少なくとも８０％（８０％、８５％、９０％、９５％）同一である。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５０の配列を含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５２の配列を含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５１の配列を含む。いくつかの例では、アミノ酸配列は、配列番号１３３、４０、１３６、４２、３０、１１３、３４、３６、１３４、３９、１３５、４２、および１３７の配列のいずれか１つの配列を含む。
いくつかの例では、構造的に安定化された（structurally-stabilized）は、アミノ酸配列のＮ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５０）をさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたは、アミノ酸配列のＮ末端に付加されたアミノ酸配列ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５１）をさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬ（配列番号２５２）をさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２５３）をさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５４）をさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５５）をさらに含む。
いくつかの例では、構造的に安定化されたは、ポリエチレングリコールをさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたは、コレステロールをさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたは、ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドをさらに含む。
別の態様では、本開示は、配列番号２５８（ＬＥＹＥＢＫＫＬＥＥＡＩＫＫＬＥＥＳＹに記載の配列と少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９４％同一であるアミノ酸配列を含む構造的に安定化されたポリペプチドを特徴とし、配列番号２５８の、以下（１位はＮ末端ロイシンであり、１９位はＣ末端チロシンである）：
（ｉ）２位、９位、および１５位；
（ｉｉ）３位、１０位、および１６位；
（ｉｉｉ）２位、６位、１３位、および１７位；
（ｉｖ）３位、７位、１３位、および１７位；
（ｖ）２位、６位、１４位、および１８位；または
（ｖｉ）３位、７位、１４位、および１８位、
から選択される位置のアミノ酸は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられている。いくつかの場合では、アミノ酸配列が追加の置換（複数可）を有する場合、それらは以下の通りである：配列番号２５８の２、４、７、９、１１、１４、１６、または１８位のうちの１またはそれより多くが、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていない場合、任意のアミノ酸で置換される；ならびに配列番号１１０の１、３、５、６、８、１０、１２、１３、１５、１７および１９位のうちの１またはそれより多くは置換されていないか、または置換されている場合、保存的アミノ酸置換によって置換されている。いくつかの場合では、アミノ酸配列がさらなる置換（複数可）を有する場合、それらは配列番号２５８の２、９、１１、１４または１６位のうちの１またはそれより多くにあり、置換は、保存的置換を含む任意のアミノ酸に対するものであり得る。いくつかの場合では、アミノ酸配列がさらなる置換（複数可）を有する場合、それらは配列番号２５８の１、５、７、１１、または１２位のうちの１またはそれより多くにあり、その場合、その置換は保存的アミノ酸置換である。いくつかの場合では、ペプチドは、１９～１００アミノ酸長である。最後に、構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルと配列番号２５８との間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する。
別の態様では、本開示は、配列番号１１０（ＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬＥＹＥＭＫＫＬＥＥＡＩＫＫＬＥＥＳＹＩＤＬＫＥＬ）に記載の配列と少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９４％同一であるアミノ酸配列を含む構造的に安定化されたポリペプチドを特徴とし、配列番号１１０の、以下（１位はＮ末端セリンであり、３６位はＣ末端ロイシンである）：
（ｉ）１３位、２０位、および２７位
（ｉｉ）１４位、２１位、および２８位；
（ｉｉｉ）１３位、１７位、２４位、および２８位；
（ｉｖ）１４位、１８位、２４位、および２８位；
（ｖ）１３位、１７位、２５位、および２９位；または
（ｖｉ）１４位、１８位、２５位、および２９位、
から選択される位置のアミノ酸は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられており；
アミノ酸配列がさらなる置換（複数可）を有する場合、それらは（Ａ）
（Ａ）配列番号１１０の４位、８位、１０位、１３位、１５位、１７位および１８位のうちの１またはそれより多くが、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていない場合、置換されていないか、または保存的アミノ酸置換で置換されており；
配列番号１１０の１位、５位、７位、および１１位のうちの１またはそれより多くが置換されている場合、保存的アミノ酸置換によって置換されており；
配列番号１１０の残りの位置のうちの１またはそれより多くは、任意のアミノ酸によって置換され得る、に基づき；
および
ペプチドは、１５～１００アミノ酸長であり；および
構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルと配列番号２５８との間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する。
いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、配列番号１７７に示される配列と少なくとも７０％（７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％）同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、配列番号１７７に示される配列と同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、配列番号１７９に示される配列と少なくとも７０％（７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％）同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、配列番号１７９に示される配列と同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）をさらに含む。
いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、ポリエチレングリコールをさらに含む。いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、コレステロールをさらに含む。
いくつかの例では、構造的に安定化されたポリペプチドは、ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドをさらに含む。
一態様では、本開示は、２、３、または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５個）のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号９に示されるアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の連続アミノ酸を含むペプチドを特徴とする。いくつかの例では、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド鋳型配列は、４５アミノ酸長以下である（例えば、４２、４３、４４、または４５）が、もちろん、活性を維持または最適化するために、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド鋳型配列をＮ末端またはＣ末端で（化学的誘導体化の有無にかかわらず）伸長することができることを理解されたい。ペプチドは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する。ペプチドはまた、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列（例えば、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、または１０８）と組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルＳタンパク質との間の相互作用を阻害または破壊することができる。
いくつかの例では、ペプチドは、配列番号１１～２９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の連続アミノ酸を含むか、またはそれからなる。いくつかの例では、ペプチドは、ステープルペプチドとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の組換え５ヘリックスバンドル標的との間の重要な結合相互作用の破壊を回避するために、許容される場合に非相互作用表面に１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換、または相互作用面上の相同置換のいずれかを有する配列番号１１～２９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の連続アミノ酸を含むか、またはそれからなる。いくつかの例では、ペプチドは、１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換を有する配列番号１１～２９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。これらのペプチドは、以下に列挙する特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列（例えば、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、または１０８）と組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質との間の相互作用を阻害または破壊する；（ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（例えば、１、２、３、４個）を有する。
別の態様では、本開示は、２、３、または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５個）のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号９に示されるアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の連続アミノ酸を含む構造的に安定化されたペプチドを特徴とする。オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている。いくつかの例では、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド鋳型配列は、４５アミノ酸長以下である（例えば、４２、４３、４４、または４５）が、活性を維持または最適化するために、Ｎ末端またはＣ末端で（化学的誘導体化の有無にかかわらず）伸長することができる。構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、または１０８）との間の相互作用を阻害または破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（例えば、１、２、３、４、５、６個）を有する。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、４２～４５（例えば、４２、４３、４４、４５）アミノ酸長である。
いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、配列番号１１～２９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の連続アミノ酸を含むか、またはそれらからなり、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている（例えば、ステープルおよび／またはステッチ）。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換を有する配列番号１１～２９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の連続アミノ酸を含むか、またはそれらからなり、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている（例えば、ステープルおよび／またはステッチ）。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換を有する配列番号１１～２９のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むか、またはそれらからなり、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている（例えば、ステープルおよび／またはステッチ）。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、４２～４５（例えば、４２、４３、４４、４５）アミノ酸長である。
別の態様では、本開示は、２、３、または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５個）のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号１０に示されるアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の連続アミノ酸を含むペプチドを提供する。いくつかの例では、ペプチド配列鋳型は、最大で４５アミノ酸長（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、または４５）であるが、いくつかの例では、活性を維持または最適化するためにＮ末端またはＣ末端で（化学的誘導体化の有無にかかわらず）伸長することができる。ペプチドは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する。ペプチドはまた、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列（例えば、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、または１０８）と組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルＳタンパク質との間の相互作用を阻害または破壊することができる。
いくつかの例では、ペプチドは、配列番号３０～５２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の連続アミノ酸を含むか、またはそれからなる。いくつかの例では、ペプチドは、ステープルペプチドとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の組換え５ヘリックスバンドル標的との間の重要な結合相互作用の破壊を回避するために、許容される場合に非相互作用表面に１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換、または相互作用面上の相同置換のいずれかを有する配列番号３０～５２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の連続アミノ酸を含むか、またはそれからなる。
いくつかの例では、ペプチドは、１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換を有する配列番号３０～５２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。これらのペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうち１またはそれより多く（例えば、１、２、３、４個）を有する。
別の態様では、本開示は、２、３、または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５個）のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号１０に示されるアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の連続アミノ酸を含む構造的に安定化されたペプチドを特徴とする。オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている。ペプチドは、４５アミノ酸長以下である（例えば、４２、４３、４４、または４５）が、活性を維持または最適化するために、Ｎ末端またはＣ末端で（化学的誘導体化の有無にかかわらず）伸長することができる。構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（例えば、１、２、３、４、５個）を有する。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～４５（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５）アミノ酸長である。
いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、配列番号３０～５２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の連続アミノ酸を含むか、またはそれらからなり、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている（例えば、ステープルおよび／またはステッチ）。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換を有する配列番号３０～５２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列の少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の連続アミノ酸を含むか、またはそれらからなり、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている（例えば、ステープルおよび／またはステッチ）。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１、２、３、４、または５個のアミノ酸置換を有する配列番号３０～５２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むか、またはそれらからなり、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸の側鎖は架橋されている（例えば、ステープルおよび／またはステッチ）。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～４５（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５）アミノ酸長である。
いくつかの例では、上記および本開示のペプチドまたは構造的に安定化された（例えば、ステープル、ステッチ）ペプチドは、以下の特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１、２、３、４、５または６つすべてを有する。
１つの態様では、本開示は、以下の式を含むまたはそれからなる構造的に安定化されたペプチド：
Figure 2023517293000001
 またはその薬学的に許容され得る塩に関する。
いくつかの例では、各Ｒ１およびＲ２は、ＨまたはＣ１～Ｃ１０アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されていない。いくつかの例では、各Ｒ３は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されていない。いくつかの例では、ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；および各［Ｘａａ］ｗは配列番号５３；５６、５９、６２、６５、６８、７４、７７、８０、８２、８６、もしくは８７のうちの１つ、またはＩもしくはＩＱのうちの１つであり；各［Ｘａａ］ｘは、配列番号５４、５７、６０、６３、６６、６９、７０、７２、７５、７８、８１もしくは８３のうちの１つであるか、またはＫＥＩ、ＥＩＤ、ＲＬＮ、ＥＶＡ、ＶＡＫ、ＮＬＮもしくはＬＮＥのうちの１つであり；および各［Ｘａａ］ｙは、配列番号５５；５８、６１、６４、６７、７１、７３、７６、７９、８４、８５のうちの１つ、またはＹＩ、ＥＳＬ、ＳＬ、もしくはＬのいずれかである。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、Ｒ１は、アルキル基またはメチル基である。いくつかの例では、Ｒ２はアルケニルである。いくつかの例では、Ｒ３は、アルキル基またはメチル基である。
１つの態様では、本開示は、以下の式を含むまたはそれからなる構造的に安定化されたペプチド：
Figure 2023517293000002
 またはその薬学的に許容され得る塩に関する。
いくつかの例では、各Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ６は、ＨまたはＣ１～Ｃ１０アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されていない。いくつかの例では、各Ｒ３は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されていない。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｔは、配列番号５３、５６、５９のうちの１つであるか、またはＩもしくはＩＱのうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｕは、配列番号５４、５７、６０のうちの１つであるか、またはＫＥＩもしくはＥＩＤのうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｖは、配列番号８８～１００のうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｘは、配列番号６３、６６、６９のうちの１つであるか、またはＮＬＮもしくはＬＮＥのうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｙは、配列番号６４もしくは６７のうちの１つであるか、またはＹＩ、ＳＬもしくはＬのうちの１つである。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
１つの態様では、本開示は、以下の式を含む構造的に安定化されたペプチド：
Figure 2023517293000003
 またはその薬学的に許容され得る塩を特徴とする。
いくつかの例では、［Ｘａａ］ｗは、配列番号６２、７４もしくは７７のうちの１つであるか、またはＩもしくはＩＱである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｘは、配列番号６３、７０、７２、７５または７８のうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｙは、配列番号６９、８１もしくは８３のうちの１つであるか、またはＥＶＡ、ＶＡＫ、ＮＬＮもしくはＬＮＥのうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｚは、配列番号７６もしくは７９であるか、またはＹＩ、ＥＳＬ、ＳＬもしくはＬのうちの１つである。いくつかの例では、各Ｒ１およびＲ４は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されていない。いくつかの例では、各Ｒ２およびＲ３は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されていない。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、４、５、６個）を有する。いくつかの例では、Ｒ１は、アルキル基またはメチル基である。いくつかの例では、Ｒ２はアルケニルである。いくつかの例では、Ｒ３はアルケニルである。いくつかの例では、Ｒ４は、アルキル基またはメチル基である。
１つの態様では、本開示は、以下の式を含む構造的に安定化されたペプチド：
Figure 2023517293000004
 またはその薬学的に許容され得る塩を特徴とする。
いくつかの例では、［Ｘａａ］ｕは、配列番号５３、５９または５９のうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｖは、配列番号５４、５７、または６０のうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｗは、配列番号８８、９１または９４のうちの１つである。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｙは、配列番号６３である。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｙは、配列番号６９である。いくつかの例では、［Ｘａａ］ｚは、ＹＩである。いくつかの例では、Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４およびＲ７は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されていない；いくつかの例では、Ｒ２、Ｒ５およびＲ６は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されていない。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、本明細書に開示される構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩は、最大で４５アミノ酸長である。いくつかの場合では、構造的に安定化されたペプチドは、１９、２０、２１、２２、３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００アミノ酸長である。
１つの態様では、本開示は、本明細書に開示されるペプチドの１つを含む医薬組成物を特徴とする。１つの態様では、本開示は、本明細書に開示される構造的に安定化されたペプチドの１つを含む医薬化合物を特徴とする。いくつかの例では、医薬化合物は薬学的に許容され得る担体を含む。
１つの態様では、本開示は、コロナウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）の処置を必要とするヒト対象においてコロナウイルス感染を処置する方法であって、治療有効量の本明細書中に開示されるペプチドのいずれか１つをヒト対象に投与することを含む方法を特徴とする。別の態様では、本開示は、コロナウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）の処置を必要とするヒト対象においてコロナウイルス感染を処置する方法であって、治療有効量の本明細書中に開示される構造的に安定化されたペプチドのいずれか１つをヒト対象に投与することを含む方法を特徴とする。
１つの態様では、本開示は、コロナウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）の予防を必要とするヒト対象においてコロナウイルス感染を予防する方法であって、治療有効量の本明細書中に開示されるペプチドのいずれか１つをヒト対象に投与することを含む方法を特徴とする。別の態様では、本開示は、コロナウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）の予防を必要とするヒト対象においてコロナウイルス感染を予防する方法であって、治療有効量の本明細書中に開示される構造的に安定化されたペプチドのいずれか１つをヒト対象に投与することを含む方法を特徴とする。
いくつかの例では、本明細書の方法は、コロナウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）を処置または予防する方法である。いくつかの例では、コロナウイルス感染は、ベータコロナウイルスによるものである。いくつかの例では、コロナウイルス感染は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染によって引き起こされる。
１つの態様では、本開示は、構造的に安定化されたペプチドを作製する方法であって、（ａ）本明細書に開示されるペプチド（例えば、配列番号１１～５２または１１２～１８０）を提供すること、および（ｂ）ペプチドを架橋することを含む方法を特徴とする。いくつかの例では、ペプチドを架橋することは、ルテニウム触媒メタセシス反応によるものである。
１つの態様では、本開示は、本明細書に開示される構造的に安定化されたペプチドの１つを含むナノ粒子含有組成物を特徴とする。いくつかの例では、ペプチドまたは構造的に安定化されたペプチドは、８、８１、および８２のうちの１つまたはそれより多くを含む。いくつかの例では、８、８１および８２は、（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンである。いくつかの例では、ペプチドまたは構造的に安定化されたペプチドは、Ｘ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４のうちの１つまたはそれより多くを含む。いくつかの例では、Ｘ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４はそれぞれ、（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンである。いくつかの例では、ペプチドまたは構造的に安定化されたペプチドは、α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシンまたはα，α－ビス（７’－オクテニル）グリシンである＃を含む。いくつかの例では、ペプチドまたは構造的に安定化されたペプチドは、（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンである％を含む。いくつかの例では、ナノ粒子はＰＬＧＡナノ粒子である。特定の場合において、ＰＬＧＡナノ粒子の乳酸：グリコール酸比は、２：９８～１００：０の範囲内である。
１つの態様において、本開示は、構造的に安定化されたペプチドを特徴とし、８、８１、および８２＝（Ｒ）－α（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン；Ｘ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４＝（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン；＃＝α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシンまたはα，α－ビス（７’－オクテニル）グリシン；ならびに％＝（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンである。別の態様では、構造的に安定化されたは、８、８１および８２＝（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニン；Ｘ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３およびＸ４＝（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン；＃＝α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシン；ならびに％＝（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニンであるペプチドを含む。
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載の方法および材料と類似または同等の方法および材料を本開示の実施または試験に使用することができるが、例示的な方法および材料を以下に説明する。本明細書で言及されるすべての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、その全体が参照により組み込まれる。矛盾する場合、定義を含む本出願が優先する。材料、方法、および実施例は例示にすぎず、限定することを意図するものではない。
本開示の他の特徴および利点は、以下の詳細な記載および特許請求の範囲から明らかになる。
図１Ａ～図１Ｂは、Ｓタンパク質のアミノ酸配列（配列番号１）（図１Ａ）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のらせんバンドルの３つの生成された配列（配列番号２６１～２６３）（図１Ｂ）を提供する。図１Ｂの下線が引かれた配列はＨＲ１配列を表し、図１Ｂの四角で囲まれた配列はＨＲ２を表す。 図１Ａ～図１Ｂは、Ｓタンパク質のアミノ酸配列（配列番号１）（図１Ａ）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のらせんバンドルの３つの生成された配列（配列番号２６１～２６３）（図１Ｂ）を提供する。図１Ｂの下線が引かれた配列はＨＲ１配列を表し、図１Ｂの四角で囲まれた配列はＨＲ２を表す。 図２は、ヘプタッドリピートドメイン１（ＨＲ１）（配列番号２）およびヘプタッドリピートドメイン２（ＨＲ２）（配列番号３）融合ドメインの配列組成を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（Ｓ）タンパク質の概略図である。 図３は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ融合阻害剤ペプチドの作用機序を示す。 図４は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ ＨＲ２（１１６９－１２１０）ドメイン両親媒性アルファ－ヘリックス（配列番号４～６）の一部のヘリカルホイールの図であり、主に疎水性の結合界面を示し、隣接する荷電残基または極性残基が結合界面の周囲および非相互作用面にある。矢印は疎水性モーメントを指す。 図５ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ ＨＲ２（１１７９－１１９７）ドメイン両親媒性アルファ－ヘリックス（配列番号７）の一部のヘリカルホイールの図であり、主に疎水性の結合界面を示し、隣接する荷電残基または極性残基が結合界面の周囲および非相互作用面にある。矢印は疎水性モーメントを指す。 図６Ａ～図６Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（「ＳＡＲＳ」）のＨＲ１領域およびＨＲ２領域のアラインメント（図６Ａ）、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ、および代替ＨＲ２型配列（「ＥＫ１」）からのＨＲ２配列のアラインメント（図６Ｂ）を示す。図６Ａにおいて、ＳＡＲＳ ＨＲ１配列は、配列番号８に示されている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ１配列は配列番号２に示されている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列を配列番号３に示す。図６Ｂでは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２配列は配列番号１０８に示されており、ＭＥＲＳ配列は配列番号２５９に示されており；およびＥＫ１配列は配列番号１１０に示されている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２およびその２つのホモログのコア鋳型らせん配列に下線を引き、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２およびＥＫ１からのコア鋳型配列をそれぞれ配列番号１０および配列番号２５８に示す。図６Ｂのアラインメントは、改変され得るＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ ＨＲ２配列中の可能性のある残基およびどのアミノ酸に対する同定を可能にする。 図７は、ｉ、ｉ＋３；ｉ、ｉ＋４、およびｉ、ｉ＋７位にわたるステープルを担持する炭化水素ステープルＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓペプチドを生成するために使用することができるオレフィンテザーを含有する種々の非天然アミノ酸を示す。単一ステープルスキャンを使用して、単一ステープルＣＯＶＩＤ－１９－Ｓペプチドのライブラリを生成する。 図８は、複数ステープルのペプチド中の様々なステープル組成物、および複数ステープルのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓペプチドのライブラリを生成するためのステープルスキャンを示す。 図９は、ステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓペプチドのライブラリを生成するためのタンデムステッチペプチド中の様々なステープル組成物を示す。 図１０は、Ａｌａスキャン、ステープルスキャン、ならびに可変Ｎ末端およびＣ末端の欠失、付加、および誘導体化ライブラリの生成を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２融合装置をターゲットにするための最適なステープルペプチド構築物を設計、合成、および同定するための例示的なアプローチの図である。アラニンおよびステープルおよびステッチスキャンを含む、単一および二重のステープルおよびステッチ構築物を使用して、インビトロおよびインビボ分析に最適なステープルペプチドを同定する。 図１１は、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）のｉ、ｉ＋４およびｉ、ｉ＋７ステープルスキャンによって生成された例示的な構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド配列、ならびにＮ末端およびＣ末端のステープルなし配列伸長、末端誘導体化（例えば、ＰＥＧ４－コレステロール）、二重ステープルおよびステッチの組み込み、ならびに代替ＨＲ２型配列へのステープルの適用を特徴とするその変形を示す。配列番号の隣の文字指定は、配列中のステープルの位置のキーである。 図１１は、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）のｉ、ｉ＋４およびｉ、ｉ＋７ステープルスキャンによって生成された例示的な構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド配列、ならびにＮ末端およびＣ末端のステープルなし配列伸長、末端誘導体化（例えば、ＰＥＧ４－コレステロール）、二重ステープルおよびステッチの組み込み、ならびに代替ＨＲ２型配列へのステープルの適用を特徴とするその変形を示す。配列番号の隣の文字指定は、配列中のステープルの位置のキーである。 図１１は、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）のｉ、ｉ＋４およびｉ、ｉ＋７ステープルスキャンによって生成された例示的な構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド配列、ならびにＮ末端およびＣ末端のステープルなし配列伸長、末端誘導体化（例えば、ＰＥＧ４－コレステロール）、二重ステープルおよびステッチの組み込み、ならびに代替ＨＲ２型配列へのステープルの適用を特徴とするその変形を示す。配列番号の隣の文字指定は、配列中のステープルの位置のキーである。 図１２Ａ～図１２Ｂは、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）へのステープルの挿入が、ステープルなしの配列と比較して、際立ったアルファらせん構造を付与し、この構造的利益は、Ｎ末端および／またはＣ末端のステープルなしの配列を付加すると保存されることを示す。図１２Ａは、ステープルなしコア鋳型配列（配列番号１０）の円二色性スペクトルを、ステッチＪ、Ｓ（配列番号４７）もしくはＫ、Ｔ（配列番号４８）、またはダブルステープルＮ、Ｓ（配列番号４９）もしくはＮ、Ｔ（配列番号５１）を含むものと比較する。図１２Ｂは、より長いステープルなしＨＲ２配列（配列番号９、１０８、１１０）の円二色性スペクトルを、二重ステープルＯ、Ｓ（配列番号１５８）およびＮ、Ｓ（配列番号１７７）を含有するものと比較する。 図１３Ａ～図１３Ｂは、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）への二重ステープルまたはステッチの挿入が、配列、ステープルの種類、およびステープルの位置に応じて、ステープルなし配列と比較して顕著なプロテアーゼ耐性を付与することを示す。図１３Ａは、二重ステープルまたはステッチの両方（配列番号４８および５２）がプロテイナーゼＫ処理に対する顕著な耐性を付与するのに対して（半減期＞１０００分）、ステープルなしの配列（配列番号１０）は急速に消化される（半減期３５分）ことを示す。図１３Ｂは、より長いステープルなしＨＲ２配列（配列番号９）がプロテイナーゼＫによって迅速に消化され（半減期２５分）、二重ステープルＯ、Ｓ（配列番号１５８）の挿入はタンパク質分解耐性をわずかに増強するだけである（半減期３３分）のに対して、別のＨＲ２型配列（配列番号１１０）への二重ステープルＮ、Ｓ（配列番号１７７）の挿入は、プロテイナーゼＫに対する顕著なタンパク質分解耐性を付与する（半減期８４０分）ことを示す。 図１４Ａ～図１４Ｂは、図１４Ａの配列番号５１（ステープルＮ、Ｔ）および図１４Ｂの配列番号５２（ステープルＯ、Ｔ）を含む、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）の２つの二重ステープルペプチドのマウス血漿安定性（分解なし）を示す。 図１５Ａ～図１５Ｂは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化ｉ、ｉ＋４ステープルスキャンライブラリを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１５Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１５Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光ｉ、ｉ＋４ステープルスキャンライブラリの用量応答曲線を示し、特定のステープル位置に応じて、ｉ、ｉ＋４ステープルペプチドは、ステープルなしのコア鋳型配列よりも良好に、類似して、またはより悪く結合することを強調している。図１５Ａおよび図１５Ｂの両方において、上から下への配列は、配列番号１３０、３６、３７、１３１、１３２、３８、１３３、１３４、３９、４０、１３５、１３６、４１、４２、１３７、および１０を有する。 図１６Ａ～図１６Ｄは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１６Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１６Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリの用量応答曲線を示し、特定のステープル位置に応じて、ｉ、ｉ＋７ステープルペプチドは、ステープルなしのコア鋳型配列よりも良好に、類似して、またはより悪く結合することを強調している。図１６Ａおよび図１６Ｂの両方において、上から下への配列は、配列番号１１２、３０、３１、１１３、１１４、３２、３３、１１５、３４、３５、１１６、１１７、および１０を有する。図１６Ｃは、好ましい（薄い灰色）、好ましくない（濃い灰色）、および中間（中程度の灰色）ｉ、ｉ＋７ステープルに関与する残基を示すヘリカルホイールの略図を示す。２つのステープルに関与する残基は、ステープルのＮ末端位置での残基の取り込みを表す左半円と、ステープルのＣ末端位置での残基の取り込みを表す右半円とを有する二等分円として示されている。半円が白色に着色されている場合、示された残基位置は、Ｎ末端またはＣ末端ステープル位置のいずれにも関与しない。疎水性表面に位置するステープル位置は５－ＨＢ結合活性を破壊し、予想外に、５－ＨＢ結合表面とは反対側の親水性表面に位置するステープル位置も好ましくない（濃い灰色の残基；Ｘでマークされる）。対照的に、疎水性結合表面と親水性表面との間の境界における選択ステープル位置は好ましい（薄灰色残基；星でマークされる）。図１６Ｄは、ＨＲ１のヘプタッドリピートに関与する際の特定のアミノ酸の役割、および特定の位置でのステープルの耐性または不耐性を強調し、どの残基がアミノ酸置換に多かれ少なかれ適しているかの情報を与える、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列を示す。 図１６Ａ～図１６Ｄは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１６Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１６Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリの用量応答曲線を示し、特定のステープル位置に応じて、ｉ、ｉ＋７ステープルペプチドは、ステープルなしのコア鋳型配列よりも良好に、類似して、またはより悪く結合することを強調している。図１６Ａおよび図１６Ｂの両方において、上から下への配列は、配列番号１１２、３０、３１、１１３、１１４、３２、３３、１１５、３４、３５、１１６、１１７、および１０を有する。図１６Ｃは、好ましい（薄い灰色）、好ましくない（濃い灰色）、および中間（中程度の灰色）ｉ、ｉ＋７ステープルに関与する残基を示すヘリカルホイールの略図を示す。２つのステープルに関与する残基は、ステープルのＮ末端位置での残基の取り込みを表す左半円と、ステープルのＣ末端位置での残基の取り込みを表す右半円とを有する二等分円として示されている。半円が白色に着色されている場合、示された残基位置は、Ｎ末端またはＣ末端ステープル位置のいずれにも関与しない。疎水性表面に位置するステープル位置は５－ＨＢ結合活性を破壊し、予想外に、５－ＨＢ結合表面とは反対側の親水性表面に位置するステープル位置も好ましくない（濃い灰色の残基；Ｘでマークされる）。対照的に、疎水性結合表面と親水性表面との間の境界における選択ステープル位置は好ましい（薄灰色残基；星でマークされる）。図１６Ｄは、ＨＲ１のヘプタッドリピートに関与する際の特定のアミノ酸の役割、および特定の位置でのステープルの耐性または不耐性を強調し、どの残基がアミノ酸置換に多かれ少なかれ適しているかの情報を与える、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列を示す。 図１６Ａ～図１６Ｄは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１６Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１６Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリの用量応答曲線を示し、特定のステープル位置に応じて、ｉ、ｉ＋７ステープルペプチドは、ステープルなしのコア鋳型配列よりも良好に、類似して、またはより悪く結合することを強調している。図１６Ａおよび図１６Ｂの両方において、上から下への配列は、配列番号１１２、３０、３１、１１３、１１４、３２、３３、１１５、３４、３５、１１６、１１７、および１０を有する。図１６Ｃは、好ましい（薄い灰色）、好ましくない（濃い灰色）、および中間（中程度の灰色）ｉ、ｉ＋７ステープルに関与する残基を示すヘリカルホイールの略図を示す。２つのステープルに関与する残基は、ステープルのＮ末端位置での残基の取り込みを表す左半円と、ステープルのＣ末端位置での残基の取り込みを表す右半円とを有する二等分円として示されている。半円が白色に着色されている場合、示された残基位置は、Ｎ末端またはＣ末端ステープル位置のいずれにも関与しない。疎水性表面に位置するステープル位置は５－ＨＢ結合活性を破壊し、予想外に、５－ＨＢ結合表面とは反対側の親水性表面に位置するステープル位置も好ましくない（濃い灰色の残基；Ｘでマークされる）。対照的に、疎水性結合表面と親水性表面との間の境界における選択ステープル位置は好ましい（薄灰色残基；星でマークされる）。図１６Ｄは、ＨＲ１のヘプタッドリピートに関与する際の特定のアミノ酸の役割、および特定の位置でのステープルの耐性または不耐性を強調し、どの残基がアミノ酸置換に多かれ少なかれ適しているかの情報を与える、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列を示す。 図１７Ａ～図１７Ｂは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化二重ｉ、ｉ＋４ステープルペプチド（配列番号５１（Ｎ，Ｔ）および配列番号５２（Ｏ，Ｔ））を使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１７Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、二重ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１７Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光二重ステープルペプチドについての用量応答曲線を示し、各例において、二重ステープルの挿入が、ステープルなしのコア鋳型配列と比較して結合活性の増強をもたらすことを強調している。 図１８は、より長いＨＲ２（配列番号９）および代替のＨＲ２型（配列番号１１０）配列のコンテキスト内でそれぞれ、コア鋳型配列、配列番号１０またはＬＥＹＥＢＫＫＬＥＥＡＩＫＫＬＥＥＳＹ（配列番号２５８）の組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化二重ｉ、ｉ＋４ステープルペプチド（上から下へ、配列番号１５６、１５８、１６０、１６２、１７９、および１８０）を使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。プロットは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の５－ＨＢに対する二重ステープルペプチドの比較用量応答性結合活性を実証している。 図１９Ａ～図１９Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用が、Ｎ末端伸長（ａａ１１６９～１１９７）を有するコア鋳型配列（配列番号１０）のｉ、ｉ＋４ステープルスキャンライブラリ（配列番号１３８～１５２、上から下）の段階希釈物によって競合される競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。図１９Ａは、完全な用量応答競合結合曲線を示し、図１９Ｂおよび図１９Ｃは、それぞれ３μＭおよび１０μＭの投与での各構築物の比較競合結合活性を強調している。 図２０は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用が、固定用量（１０μＭ）の配列番号１０に対応するコア鋳型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列の二重ステープルおよびステッチペプチド（配列番号１０、５２、５１、５０、４９、４８、４７、４４、および４３、上から下）によって競合される競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。ステープルなしコア鋳型配列（配列番号１０）は、５－ＨＢへの結合についてより長いＨＲ２鋳型配列（配列番号９）と競合することができないが、コア鋳型配列の選択二重ステープルペプチド（ステープル組み合わせＯ、ＳおよびＫ、Ｔ）およびステッチペプチド（ステープル組み合わせＨ、Ｌ）は、１０μＭの投与で結合相互作用を部分的に破壊することができる。 図２１は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用が、配列番号９に対応するより長いＨＲ２配列の二重ステープルおよびステッチペプチド（配列番号９、１５３、１５４、１５６、１５８、１６０、および１６２、上から下）での用量応答性処置によって競合される競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。５－ＨＢ／ＨＲ２相互作用を破壊する際の有効性は、より長いＨＲ２ペプチド（配列番号９）のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）内の二重ステープルおよびステッチのステープルのタイプおよびステープルの配置に依存する。 図２２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用が、配列番号１１０に対応する代替ＨＲ２配列の二重ステープルおよびステッチペプチド（配列番号１１０および１７５～１８０、上から下）での用量応答性処置によって競合される競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。５－ＨＢ／ＨＲ２相互作用を破壊する際の有効性は、より長いＨＲ２型ペプチド（配列番号１１０）のコンテキストにおけるコア鋳型配列の二重ステープルおよびステッチのステープルのタイプおよびステープルの配置に依存し、二重ステープルＮ、Ｓはこの群の最も強力な競合阻害剤を産生する。 図２３は、配列番号１０のコア鋳型配列の例示的な二重ステープルおよびステッチドペプチド（配列番号４３、４９、４８、５２、および２２、上から下）および配列番号９に対応するより長いＨＲ２配列の二重ステープルペプチドの抗ウイルス活性を示す。生きている野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスによるＶｅｒｏ Ｅ６細胞の感染を阻止する能力について、ペプチドを２５μＭでスクリーニングし、感染細胞の割合をプロットした。各場合において、ステープルペプチドは、ビヒクルコントロールによる処置と比較して感染を阻害する。 図２４は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に供したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２曝露Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞におけるペプチドスクリーニングからのヒットを、次いで、アッセイにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を阻止するためのＩＣ５０が６μＭ未満であるステープルＯ、Ｔを有する二重ステープルのコア鋳型配列（配列番号５２）によって例示されるように、さらなる用量応答試験に供したことを示す。 図２５は、感染したＶｅｒｏ Ｅ６細胞における抗体ベースのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出プラットフォームによってハイスループットで評価される、コア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルおよびステッチペプチド（配列番号１０、４３、４４、４７～５２、左から右）の異なる抗ウイルス活性を示す。 図２６は、感染したＶｅｒｏ Ｅ６細胞における抗体ベースのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出プラットフォームによってハイスループットで評価される、より長いＨＲ２ペプチド配列（配列番号９）のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）の外側の示された位置での二重ｉ、ｉ＋７ステープルおよびステッチが、抗ウイルス活性を有する化合物をもたらさなかったことを示す。上から下への配列は、配列番号９、２６～２８、１９、２２、２３、２５、および２４を有する。 図２７は、感染したＶｅｒｏ Ｅ６細胞における抗体ベースのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出プラットフォームによってハイスループットで評価される、配列番号９に対応するより長いＨＲ２ペプチド配列のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）の例示的な二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。二重ｉ、ｉ＋４ステープルＯ、Ｓを有する構築物が最も強力な抗ウイルス活性を有し、Ｏ、Ｔ；Ｉ、Ｒ；およびＮ、Ｓステープルを有する化合物がそれに続いたが、Ｎ、ＴおよびＨ、Ｌ構築物は、示された投与範囲にわたってこのアッセイにおいて効果を示さなかった。上から下への配列は、配列番号９、１５６、１５８、１６０、１６２、１５４、および１５３を有する。 図２８は、感染したＶｅｒｏ Ｅ６細胞における抗体ベースのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出プラットフォームによってハイスループットで評価される、配列番号１１０に対応するそのより長いＨＲ２型ペプチド配列のコンテキストにおける代替コア鋳型配列（配列番号２５８）の例示的な二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。二重ｉ、ｉ＋４ステープルＮ、Ｓを有する構築物は最も強力な抗ウイルス活性を有し、Ｎ、Ｔステープルを含有するペプチドがそれに続いたが、この群の他の化合物は、示された投与範囲にわたってこのアッセイにおいて有意な効果を示さなかった。上から下への配列は、配列番号１１０および１７５～１８０を有する。 図２９は、ＧＦＰ発現シュードウイルスに感染したＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞の蛍光に基づいてＩＸＭ顕微鏡法によって感染細胞の数をカウントするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスアッセイによって評価される、抗ウイルス活性を示さないステープルなしのコア鋳型配列と比較した、コア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。上から下への配列は、配列番号１０、４３、４４、および４７～５２を有する。 図３０は、ＧＦＰ発現シュードウイルスに感染したＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞の蛍光に基づいてＩＸＭ顕微鏡法によって感染細胞の数をカウントするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスアッセイによって評価される、そのより長いＨＲ２配列（配列番号９）のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。上から下への配列は、配列番号１５３、１５４、１５６、１５８、１６０、および１６２を有する。 図３１は、ＧＦＰ発現シュードウイルスに感染したＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞の蛍光に基づいてＩＸＭ顕微鏡法によって感染細胞の数をカウントするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスアッセイによって評価される、Ｎ末端ペプチド伸長（ａａ１１６８～１１７６）を有するまたは有さずＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドによるＣ末端誘導体化を有するコア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。上から下への配列は、配列番号１５５、１５９、１６１、および１６７～１７０を有する。 図３２は、ＧＦＰ発現シュードウイルスに感染したＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞の蛍光に基づいてＩＸＭ顕微鏡法によって感染細胞の数をカウントするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスアッセイによって評価される、そのより長いＨＲ２型配列（配列番号１１０）のコンテキストにおける代替コア鋳型配列（配列番号２５８）の二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。上から下への配列は、配列番号１７５～１８０を有する。
詳細な説明
本開示は、とりわけ、安定化（例えば、ステープル、二重ステープル、ステッチ、ステープルおよびステッチ）ペプチドが１またはそれを超えるコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのベータコロナウイルス）に選択的に結合するように設計され得るという発見に基づく。したがって、本開示は、１またはそれを超えるコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのベータコロナウイルス）による感染を処置するため、該感染に対する処置を開発するため、および該感染を予防するための新規な方法および組成物（例えば、ペプチド、安定化ペプチド、ペプチドの組み合わせ；安定化ペプチドの組み合わせ；ペプチドと安定化ペプチドとの組み合わせ）を提供する。したがって、本明細書に開示されるペプチドおよび組成物は、ＣＯＶＩＤ－１９を予防および／または処置するために使用することができる。
コロナウイルスペプチド
例示的なコロナウイルス表面糖タンパク質のアミノ酸配列を図１に提供する。（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＱＨＤ４３４１６．１も参照のこと。）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓのヘプタッドリピートドメイン１（ＨＲ１）の例示的なアミノ酸配列を図２に示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓのヘプタッドリピートドメイン２（ＨＲ２）の例示的なアミノ酸配列も図２に示す。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＳにおけるＨＲ２の他の例示的なアミノ酸配列は、表１において配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０（代替ＨＲ２領域（ＥＫ１））として提供されている。
特定の例では、本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ１またはＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号２、３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８および１１０）はまた、１またはそれを超える（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個の）アミノ酸置換（配列番号２、３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して）、例えば、１またはそれを超える（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個の）保存的および／または非保存的アミノ酸置換を含み得る。さらに、いくつかの例では、配列番号２、３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８または１１０の少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、または６個）のアミノ酸は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていてもよい。行われる置換のタイプは、例えば、ＳＡＲＳ、ＭＥＲＳ、およびＥＫ１ペプチドのＨＲ２様領域のアラインメント（図６Ｂ）、ならびに図１６Ｄによって提供される指針によってガイドされ得る。変化させることができるアミノ酸に関する、以下の構造的に安定化されたペプチドのセクションで提供される指針は、本明細書中に記載されるペプチドに等しく関連する。そのようなアラインメントにおいて、ＳＡＲＳ、ＭＥＲＳ、およびＥＫ１の間で変化しない残基は、改変されていないか、非天然アミノ酸または保存的アミノ酸で置換されている。ＭＥＲＳまたはＥＫ１のＨＲ２様領域において保存的置換によって置き換えられている（例えば、ＳＡＲＳのイソロイシンがロイシンまたはメチオニンによって置き換えられている）ことが見出されるアラインメント中の残基は、置き換えられていないか、または保存的アミノ酸置換によって置き換えられている。ＳＡＲＳ、ＭＥＲＳ、およびＥＫ１のＨＲ２様領域間で保存されていない残基は、任意のアミノ酸によって置き換えることができる。
「保存的アミノ酸置換」とは、あるアミノ酸を、類似の側鎖を有する別のアミノ酸残基で置き換えることを意味する。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）、および酸性側鎖およびそれらのアミドを有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン）が含まれる。
いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ１またはＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号２、３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８または１１０）はまた、ペプチドのＮ末端に付加された少なくとも１つの、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、または少なくとも５つのアミノ酸を含み得る。いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ１またはＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号２または３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８または１１０）はまた、ペプチドのＣ末端に付加された少なくとも１つの、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、または少なくとも５つのアミノ酸を含み得る。いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ１またはＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号２または３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８または１１０）はまた、ペプチドのＮ末端において欠失された少なくとも１つの、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、または少なくとも５つのアミノ酸を含み得る。いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ１またはＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号２または３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８または１１０）はまた、ペプチドのＣ末端において欠失された少なくとも１つの、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、または少なくとも５つのアミノ酸を含み得る。
いくつかの場合では、ペプチドは脂質付加されている。いくつかの場合では、ペプチドは、ポリエチレングリコールおよび／またはコレステロールを含むように改変される。いくつかの場合では、ペプチド（例えば、配列番号３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０）は、ペプチドのＣ末端に付加されたＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）配列を含む。いくつかの場合では、ペプチド（例えば、配列番号３、９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０）は、ペプチドのＣ末端に付加されたＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドを含む。いくつかの例では、ペプチドは配列番号１０２、１０５、１０７、および１０９のいずれか１つであるか、または、配列番号１０２、１０５、１０７、および１０９内の１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０位がこれらの配列とは異なるペプチドである。
いくつかの例では、ペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。
いくつかの例では、上記のペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合し、および／または組換え５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８のうちの１つ）との間の相互作用を阻害または破壊し；および／または宿主細胞とのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の融合を阻害し；および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する。
構造的に安定化されたペプチド
ＨＲ２領域の一部または代替ＨＲ２領域（ＥＫ１）に基づくステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドが本明細書で開示される。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１６９－１２１０）（ＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号９））に由来する。いくつかの例では、配列番号９に由来するステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドには、以下の表１に示されるように、ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ａ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｂ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｃ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｄ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｅ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｆ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｇ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ａ，Ｄ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ａ，Ｅ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ａ，Ｆ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ａ，Ｇ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｂ，Ｄ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｂ，Ｅ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｂ，Ｆ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｂ，Ｇ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｃ，Ｄ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｃ，Ｅ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｃ，Ｆ；またはＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｃ，Ｇ（例えば、配列番号１１～２９）が含まれる。さらなる配列を表１に示す。
いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０））に由来する。いくつかの例では、配列番号１０に由来するステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドには、以下の表１に示されるように、ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｈ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｉ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｊ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｋ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｌ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｍ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｏ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｐ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｑ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｒ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｔ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｈ－Ｌ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｉ－Ｍ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｈ－Ｑ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｉ－Ｒ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｊ－Ｓ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｋ－Ｔ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎ，Ｓ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｏ，Ｓ；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎ，Ｔ；およびＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｏ，Ｔ（例えば、配列番号３０～５２）が含まれる。さらなる配列を表１に示す。
いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）由来のステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、アミノ酸配列のＮ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５０）をさらに含む。いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）由来のステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、アミノ酸配列のＮ末端に付加されたアミノ酸配列ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５１）をさらに含む。いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）由来のステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬ（配列番号２５２）をさらに含む。いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）由来のステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２５３）をさらに含む。いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）由来のステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５４）をさらに含む。いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）由来のステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５５）をさらに含む。
いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）＊（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ＊（配列番号１０２）式中、＊＝ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミド）に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＣＯＶＩＤ１９ ＨＲ２（１１６９－１１９７）（ＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０３））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＣＯＶＩＤ１９ ＨＲ２（１１７９－１２０３）（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号１０４））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＣＯＶＩＤ１９ ＨＲ２（１１７９－１２０３）＊（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬ＊（配列番号１０５））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＣＯＶＩＤ１９ ＨＲ２（１１６８－１１９７）（ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０６））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＣＯＶＩＤ１９ ＨＲ２（１１６８－１１９７）＊（ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ＊（配列番号１０７））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＣＯＶＩＤ１９ ＨＲ２（１１６８－１２０３）（ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号１０８））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＣＯＶＩＤ１９ ＨＲ２（１１６８－１２０３）＊（ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬ＊（配列番号１０９））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＥＫ１（ＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬＥＹＥＭＫＫＬＥＥＡＩＫＫＬＥＥＳＹＩＤＬＫＥＬ（配列番号１１０））に由来する。いくつかの例では、ステープルまたはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、ＥＫ１＊（ＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬＥＹＥＭＫＫＬＥＥＡＩＫＫＬＥＥＳＹＩＤＬＫＥＬ＊（配列番号１１１））に由来する。
いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２安定化ペプチドは、配列番号１１～５２または１１２～１８０のいずれか１つを含む。いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２安定化ペプチドは、配列番号１１～５２または１１２～１８０のいずれか１つからなる。いくつかの例では、ステープルおよび／またはステッチＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドは、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０に由来し、表１に列挙されている。
Figure 2023517293000005
Figure 2023517293000006
Figure 2023517293000007
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Figure 2023517293000020
Figure 2023517293000021
表１において、「８」は、８、８１、および８２＝（Ｒ）－α（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン；Ｘ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４＝（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン；＃＝α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシンまたはα，α－ビス（７’－オクテニル）グリシン；％＝（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン；Ｂ＝ノルロイシン；ならびに＊＝ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドである。上記ペプチドは、Ｎ末端および／もしくはＣ末端にさらなるアミノ酸を含むように（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個のアミノ酸を付加）、および／または、Ｎ末端および／もしくはＣ末端の欠失を有するように（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個のアミノ酸を欠失）、改変することができることを理解されたい。
本明細書で使用される太字および下線の配列（例えば、表１）は、開示される各ペプチドについて、Ｎ末端およびＣ末端のステープルアミノ酸ならびにステープル間の介在配列を特定することに留意されたい。いくつかの例では（例えば、配列番号１１～１６、３０～４２、および１１２～１５２）、構造的に安定化されたペプチドは、単一ステープルペプチドである。いくつかの例では（例えば、配列番号１８～２０、２２～２４、２６～２８、４９～５２、１５５～１７４、および１７７～１８０）、構造的に安定化されたペプチドは、二重ステープルペプチドである。いくつかの例では（例えば、配列番号１７、４３～４８、１５３、１５４、１７５、および１７６）、構造的に安定化されたペプチドは、ステッチペプチドである。いくつかの例では（例えば、配列番号２１、２５、および２９）、構造的に安定化されたペプチドは、ステープルおよびステッチの両方である。
本開示は、表１に列挙されるありとあらゆるペプチドおよび構造的に安定化されたペプチド、ならびにそれらのバリアントを包含する。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。いくつかの例では、上記の構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９または１０）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、表１の単一ステープルペプチド（例えば、配列番号１１～１６、３０～４２および１１２～１５２）の１つと比較して、０～１０個（０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個）のアミノ酸置換を含むペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、表１の単一ステープルペプチド（例えば、配列番号１１～１６、３０～４２および１１２～１５２）の１つに対して少なくとも７５％（例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％同一）のペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。いくつかの例では、上記の構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９または１０）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、表１の二重ステープルペプチド（例えば、配列番号１８～２０、２２～２４、２６～２８、４９～５２、１５５～１７４、および１７７～１８０）の１つと比較して、０～１０個（０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個）のアミノ酸置換を含むペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、表１の二重ステープルペプチド（例えば、配列番号１８～２０、２２～２４、２６～２８、４９～５２、１５５～１７４、および１７７～１８０）の１つに対して少なくとも７５％（例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％同一）のペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。いくつかの例では、上記の構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９または１０）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、表１のステッチペプチド（例えば、配列番号１７、４３～４８、１５３、１５４、１７５、および１７６）の１つと比較して、０～１０個（０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個）のアミノ酸置換を含むペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、表１のステッチペプチド（例えば、配列番号１７、４３～４８、１５３、１５４、１７５、および１７６）の１つに対して少なくとも７５％（例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％同一）のペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。いくつかの例では、上記の構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９または１０）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、表１のペプチド（例えば、配列番号２１、２５、および２９）の１つと比較して、０～１０個（０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個）のアミノ酸置換を含み、ステープルおよびステッチの両方であるペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、表１のペプチド（例えば、配列番号２１、２５、および２９）の１つに対して少なくとも７５％（例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％同一）であり、ステープルおよびステッチの両方であるペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、これらの構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９または１０）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。いくつかの例では、上記の構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、ステープルまたはステッチペプチドは、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０の少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６個）のアミノ酸がステープルまたはステッチを形成することができる非天然アミノ酸で置き換えられていることを除いて、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０のアミノ酸配列のいずれか１つを含むかまたはそれからなるペプチドである。いくつかの例では、非天然アミノ酸は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸である。いくつかの例では、ステープルまたはステッチペプチドは、配列番号１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０の少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６個）のアミノ酸がステープルまたはステッチを形成することができる非天然アミノ酸で置き換えられていることを除いて、配列番号１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０のアミノ酸配列のいずれか１つを含むかまたはそれからなるペプチドである。いくつかの例では、非天然アミノ酸は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸である。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。いくつかの例では、上記の構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９または１０）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、表１の非改変ペプチド（例えば、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０）の１つと比較して、０～１０個（０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個）のアミノ酸置換を含むペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、表１の非改変ペプチド（例えば、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、および１１０）の１つに対して少なくとも７５％（例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％同一）のペプチドが本明細書に開示される。いくつかの例では、本明細書中に記載される置換は、保存的置換である。いくつかの例では、構造的に安定化されたペプチドは、１９～１００（例えば、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００）アミノ酸長である。いくつかの例では、上記の構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９または１０）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多く（１、２、３、４、５、６個）を有する。
いくつかの例では、本明細書中に記載される任意の置換は、保存的置換であり得る。いくつかの例では、本明細書中に記載される任意の置換は、非保存的置換である。
いくつかの例では、ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）を含むペプチド（すなわち、ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）を含む本明細書中に開示される任意のペプチド；例えば、表１に列挙されるペプチド）のいずれかにおいて、アミノ酸疎水性アミノ酸置換を以下の位置で行うことができる（太字および下線で示す）：
Figure 2023517293000022
 。
したがって、例えば、Ｉ１１７９、Ｉ１１８３、Ｌ１１８６、Ａ１１９０、Ｌ１１９３、およびＬ１１９７は、バリン、イソロイシン、ロイシン、フェニルアラニン、トリプトファン、またはシステインのいずれかで置換することができる。いくつかの場合では、これらの位置はアラニンまたはヒスチジンで置換されていてもよい。
いくつかの例では、ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）を含むペプチド（すなわち、ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）を含む本明細書中に開示される任意のペプチド；例えば、表１に列挙されるペプチド）のいずれかにおいて、アミノ酸置換を以下の位置で行うことができる（太字および下線で示す）：
Figure 2023517293000023
 。
いくつかの例では、これらの太字および下線の位置（Ｑ１１８０、Ｅ１１８２、Ｒ１１８５、Ｎ１１８７、Ｖ１１８９、Ｎ１１９２、Ｎ１１９４、またはＳ１１９６）のいずれかを、オレフィン側鎖を有するα，α二置換非天然アミノ酸で置換することができる。いくつかの例では、これらの位置における置換は、非極性アミノ酸（例えば、Ｇ、Ａ、Ｐ、Ｖ、Ｌ、Ｉ Ｍ、Ｗ、Ｆ、またはＣ）への置換である。いくつかの例では、これらの位置における置換は、アラニンへの置換である。いくつかの例では、これらの位置における置換は、ペプチド結合を改善する置換である（すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の５ヘリックスバンドルへの置換）。
いくつかの例では、ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）を含むペプチド（すなわち、ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１０）を含む本明細書中に開示される任意のペプチド；例えば、表１に列挙されるペプチド）のいずれかにおいて、以下の位置のうちの１またはそれより多くで置換は行われない（太字および下線で示す）：
Figure 2023517293000024
 。
特に、これらの太字および下線の位置（すなわち、Ｋ１１８１、Ｄ１１８４、Ｅ１１８８、Ｋ１１９１、Ｅ１１９５）は、ステープルアミノ酸（stapling amino acid）（例えば、オレフィン側鎖を有するα，α二置換非天然アミノ酸）で置換されない。
いくつかの例では、以下の位置のうちの１またはそれより多くで置換が行われる。
Figure 2023517293000025
 。
これらの例において、置換は、荷電アミノ酸または極性アミノ酸（例えば、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｙ、Ｓ、Ｔ、またはＮ）への置換である。
いくつかの例では、配列番号９に関して、ＨＲ１と直接接触する以下の位置（太字および下線で示されている；Ｉ１１６９、Ｉ１１７２、Ａ１１７４、Ｓ１１７５、Ｖ１１７７、Ｉ１１９８、Ｌ１２００、Ｌ１２０３）で置換は行われないか、または行われる場合、これらの位置のうちの１またはそれより多くは、以下について、保存されたアミノ酸置換で置換され得る（例えば、Ｉ、Ａ、ＶまたはＬについて、保存的置換はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉのうちの１つであり；およびＳについて、保存的置換はＴ、ＭまたはＣである）：
Figure 2023517293000026
 。
いくつかの例では、Ｄ１１６８が配列中にＤ１１６８としても存在する場合、それもまた置換されるべきではないか、または保存されたアミノ酸置換（例えば、Ｅ）でのみ置換されるべきである。
いくつかの例では、配列番号９に関して、溶媒に曝露された以下の位置（Ｓ１１７０、Ｇ１１７１、Ｎ１１７３、Ｖ１１７６、Ｎ１１７８、Ｄ１１９９、Ｑ１２０１、またはＥ１２０２）で、これらの位置のうちの１またはそれより多くを任意のアミノ酸置換で置換することができる（太字および下線で示す）：
Figure 2023517293000027
 。
いくつかの例では、ステープルアミノ酸またはステッチアミノ酸として使用され得る非天然アミノ酸は、以下の通りである：（Ｒ）－２－（２’－プロペニル）アラニン；（Ｒ）－２－（４’－ペンテニル）アラニン；（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニン；（Ｓ）－α－（２’－プロペニル）アラニン；（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン；（Ｓ）－２－（７’－オクテニル）アラニン；α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシン；およびα，α－ビス（７’－オクテン）グリシン。
いくつかの実施形態では、内部ステープルが２アミノ酸の側鎖を置き換える、すなわち、各ステープルは、例えば２、３、または６アミノ酸で分離された２アミノ酸間にある。いくつかの実施形態では、内部ステッチが３アミノ酸の側鎖を置き換える、すなわち、ステッチは、例えば、２、３、または６アミノ酸で分離された３アミノ酸間の一対の架橋である。いくつかの実施形態では、ステープルまたはステッチを形成するアミノ酸は、ステープルの位置ｉおよびｉ＋３のそれぞれにある。いくつかの実施形態では、ステープルまたはステッチを形成するアミノ酸は、ステープルの位置ｉおよびｉ＋４のそれぞれにある。いくつかの実施形態では、ステープルまたはステッチを形成するアミノ酸は、ステープルの位置ｉおよびｉ＋７のそれぞれにある。例えば、ペプチドが配列．．．Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９．．．を有する場合、．Ｘ１とＸ４との間（ｉとｉ＋３）、またはＸ１とＸ５との間（ｉとｉ＋４）、またはＸ１とＸ８との間（ｉとｉ＋７）の架橋は、そのペプチドの有用な炭化水素ステープル形態である。複数の架橋（例えば、２、３、４、またはそれを超える）の使用も想定される。炭化水素ステープルペプチドの作製および使用に関するさらなる記載は、例えば、米国特許出願公開第２０１２／０１７２２８５号、第２０１０／０２８６０５７号および第２００５／０２５０６８０号に見出すことができ、これらの全ての内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
「ペプチドステープル」は、架橋環を形成するために閉環メタセシス（ＲＣＭ）反応を使用して、ペプチド鎖中に存在する２つのオレフィン含有側鎖（例えば、架橋性側鎖）が共有結合している（例えば、「一緒にステープルされる」）合成方法論から造り出された用語である（例えば、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，６６：５２９１－５３０２，２００１；Ａｎｇｅｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．３７：３２８１，１９９４を参照のこと）。構造的安定化は、例えば、ペプチドをステープルすることによるものであり得る（例えば、Ｗａｌｅｎｓｋｙ，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，５７：６２７５－６２８８（２０１４）に記載されており、その内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。いくつかの場合では、ステープルは炭化水素ステープルである。
いくつかの例では、構造的安定化はステッチである。本明細書で使用される「ペプチドステッチ」という用語は、２つのステープルが例えば共通の残基に連結されている「ステッチ」（例えば、タンデムまたは多重のステープル）ペプチドを提供するための、単一のペプチド鎖における複数のタンデムステープル事象を指す。ペプチドのステッチは、例えば、国際公開第２００８／１２１７６７号および国際公開第２０１０／０６８６８４号に開示されており、これらは両方ともその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの例では、本明細書で使用されるステープルまたはステッチは、ラクタムステープルまたはステッチ；ＵＶ－付加環化ステープルまたはステッチ；オキシムステープルまたはステッチ；チオエーテルステープルまたはステッチ；ダブルクリックステープルまたはステッチ；ビスラクタムステープルまたはステッチ；ビスアリール化ステープルまたはステッチ；またはそれらの任意の２つまたはそれを超える組み合わせである。本明細書に記載される安定化ペプチドには、ステープルペプチドおよびステッチペプチド、ならびに複数のステッチ、複数のステープル、またはステープルとステッチの混合物を含むペプチド、または構造強化のための任意の他の化学的戦略が含まれる（例えば、Ｂａｌａｒａｍ Ｐ．Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．１９９２；２：８４５；Ｋｅｍｐ ＤＳ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９６；１１８：４２４０；Ｏｒｎｅｒ ＢＰ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００１；１２３：５３８２；Ｃｈｉｎ ＪＷ，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｅｄ．２００１；４０：３８０６；Ｃｈａｐｍａｎ ＲＮ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００４；１２６：１２２５２；Ｈｏｒｎｅ ＷＳ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．，Ｉｎｔ．Ｅｄ．２００８；４７：２８５３；Ｍａｄｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ Ｃｏｍｍｕｎ（Ｃａｍｂ）．２００９ Ｏｃｔ ７；（３７）：５５８８－５５９０；Ｌａｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．，２０１５，４４：９１－１０２；およびＧｕｎｎｏｏ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１６，１４：８００２－８０１３を参照のこと。その各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
ペプチドは、その天然の二次構造を維持するという点で「構造的に安定化されている」。例えば、ステープルは、αらせん二次構造を有する傾向があるペプチドが、その天然のαらせん構造を維持することを可能にする。この二次構造は、タンパク質分解的切断および熱に対するペプチドの耐性を高め、標的結合親和性、疎水性、および細胞透過性を高め得る。したがって、本明細書に記載のステープル（架橋）ペプチドは、対応するステープルなし（架橋なし）のペプチドと比較して、改善された生物学的活性および薬理学を有する。
特定の例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドに構造安定化（例えば、内部架橋、例えばステープル、ステッチ）を導入するための改変（複数可）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の組換え５ヘリックスバンドルと相互作用しないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ヘリックスの面に配置され得る。あるいは、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドに安定化（例えば、内部架橋、例えばステープルまたはステッチ）を導入するための改変（複数可）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の５ヘリックスバンドルと相互作用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ヘリックスの面に配置され得る。いくつかの場合では、本明細書に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２タンパク質の相互作用するおよび相互作用しないらせん面の界面にステープルまたはステッチ（例えば、炭化水素ステープルまたはステッチ）を導入することによって安定化される。
いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドに構造安定化を導入するための改変（例えば、内部架橋、例えばステープルまたはステッチ）は、以下の残基に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置に位置する：
（ｉ）配列番号９の５および１２；
（ｉｉ）配列番号９の６および１３；
（ｉｉｉ）配列番号９の７および１４；
（ｉｖ）配列番号９の２６および３３；
（ｖ）配列番号９の２７および３４；
（ｖｉ）配列番号９の３３および４０；
（ｖｉｉ）配列番号９の２６、３３および４０；
（ｖｉｉｉ）配列番号９の５、１２、２６および３３；
（ｉｘ）配列番号９の５、１２、２７および３４；
（ｘ）配列番号９の５、１２、３３および４０；
（ｘｉ）配列番号９の５、１２、２６、３３および４０；
（ｘｉｉ）配列番号９の６、１３、２６および３３；
（ｘｉｉｉ）配列番号９の６、１３、２７および３４；
（ｘｉｖ）配列番号９の６、１３、３３および４０；
（ｘｖ）配列番号９の６、１３、２６、３３および４０；
（ｘｖｉ）配列番号９の７、１４、２６および３３；
（ｘｖｉｉ）配列番号９の７、１４、２７および３４；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号９の７、１４、３３および４０；または
（ｘｉｘ）配列番号９の７、１４、２６、３３および４０。
いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドに構造安定化を導入するための改変（例えば、内部架橋、例えばステープルまたはステッチ）は、以下の残基に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置に位置する：
（ｉ）配列番号１０の１および８；
（ｉｉ）配列番号１０の２および９；
（ｉｉｉ）配列番号１０の３および１０；
（ｉｖ）配列番号１０の４および１１；
（ｖ）配列番号１０の５および１２；
（ｖｉ）配列番号１０の６および１３；
（ｖｉｉ）配列番号１０の７および１４；
（ｖｉｉｉ）配列番号１０の８および１５；
（ｉｖ）配列番号１０の９および１６；
（ｘ）配列番号１０の１０および１７；
（ｘｉ）配列番号１０の１１および１８；
（ｘｉ）配列番号１０の１２および１９；
（ｘｉｉ）配列番号１０の１および５；
（ｘｉｖ）配列番号１０の２および６；
（ｘｖ）配列番号１０の３および７；
（ｘｖｉ）配列番号１０の４および８；
（ｘｖｉｉ）配列番号１０の５および９；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号１０の６および１０；
（ｘｉｖ）配列番号１０の７および１１；
（ｘｘ）配列番号１０の８および１２；
（ｘｘｉ）配列番号１０の９および１３；
（ｘｘｉｉ）配列番号１０の１０および１４；
（ｘｘｉｉｉ）配列番号１０の１１および１５；
（ｘｘｉｖ）配列番号１０の１２および１６；
（ｘｘｖ）配列番号１０の１３および１７；
（ｘｘｖｉ）配列番号１０の１４および１８；
（ｘｘｖｉｉ）配列番号１０の１５および１９；
（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号１０の２、９および１６；
（ｘｘｉｖ）配列番号１０の３、１０および１７；
（ｘｘｘ）配列番号１０の２、９および１３；
（ｘｘｘｉ）配列番号１０の３、１０および１４；
（ｘｘｘｘｉｉ）配列番号１０の６、１３および１７；
（ｘｘｘｉｖ）配列番号１０の７、１４および１８；
（ｘｘｘｖ）配列番号１０の２、６、１３および１７；
（ｘｘｘｖｉ）配列番号１０の３、７、１３および１７；
（ｘｘｘｖｉｉ）配列番号１０の２、６、１４および１８；または
（ｘｘｘｖｉｉｉ）配列番号１０の３、７、１４および１８。
特定の例では、本明細書中に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号１１－５２、１１２～１８０、または２５８）はまた、１またはそれを超える（例えば、１、２、３、４、または５個の）アミノ酸置換（配列番号１１～５２、１１２～１８０、または２５８のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して）、例えば、１またはそれを超える（例えば、１、２、３、４、または５個の）保存的および／または非保存的アミノ酸置換を含み得る。いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号１１～５２、１１２～１８０、または２５８）はまた、ペプチドのＮ末端に付加された少なくとも１つの、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、または少なくとも５つのアミノ酸を含み得る。いくつかの例では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（例えば、配列番号１１～５２、１１２～１８０、または２５８）はまた、ペプチドのＣ末端に付加された少なくとも１つの、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、または少なくとも５つのアミノ酸を含み得る。
１つの態様では、構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、式（Ｉ）、
Figure 2023517293000028
 またはその薬学的に許容され得る塩を含み、式中、
各Ｒ１およびＲ２は、独立して、ＨまたはＣ１～Ｃ１０アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり；
Ｒ３は、アルキル、アルケニル、アルキニル；［Ｒ４－Ｋ－Ｒ４］ｎであり；それらのそれぞれが０～６個のＲ５で置換されており；
Ｒ４は、アルキル、アルケニルまたはアルキニルであり；
Ｒ５は、ハロ、アルキル、ＯＲ６，、Ｎ（Ｒ６）２、ＳＲ６、ＳＯＲ６、ＳＯ２Ｒ６、ＣＯ２Ｒ６、Ｒ６、蛍光部分、または放射性同位体であり；
Ｋは、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、ＣＯＮＲ６、または
Figure 2023517293000029
 であり、
Ｒ６は、Ｈ、アルキル、または治療剤であり；
ｎは１～４の整数であり；
ｘは２～１０の整数であり；
各ｙは、独立して、０～１００の整数であり；
ｚは１～１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０）の整数であり；
各Ｘａａは、独立してアミノ酸であり；かつ
該構造的に安定化されたペプチドは、組換え５ヘリックスバンドルＣＯＶＩＤ－１９ Ｓタンパク質に結合する。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の［Ｘａａ］ｗ、式（Ｉ）の［Ｘａａ］ｘおよび式（Ｉ）の［Ｘａａ］ｙの各々は、表２の構築物１～６０のいずれか１つについて記載される通りである。例えば、表２の構築物１の［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘおよび［Ｘａａ］ｙを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘおよび［Ｘａａ］ｙは、それぞれ、ＩＳＧＩ（配列番号５３）、ＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）およびＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号５５）である。別の例として、表２の構築物２の［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘおよび［Ｘａａ］ｙを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘおよび［Ｘａａ］ｙは、それぞれ、ＩＳＧＩＮ（配列番号５６）、ＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）、およびＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号５８）である。
Figure 2023517293000030
Figure 2023517293000031
Figure 2023517293000032
Figure 2023517293000033
Figure 2023517293000034
特定の例において、表２に上に示される配列は、少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５、または６個の）アミノ酸の置換または欠失を有し得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、本明細書に記載の任意のアミノ酸配列を含み得る。
いくつかの例では、上記の表２に示される配列を含む式（Ｉ）は、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）アルファらせんである；（ｉｉｉ）プロテアーゼ耐性である；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有することができる。
式（Ｉ）のテザーは、アルキル、アルケニルまたはアルキニル部分（例えば、Ｃ５、Ｃ８、Ｃ１１、もしくはＣ１２アルキル、Ｃ５、Ｃ８、もしくはＣ１１アルケニル、またはＣ５、Ｃ８、Ｃ１１、またはＣ１２アルキニル）を含むことができる。テザーアミノ酸は、アルファ二置換（例えば、Ｃ１－Ｃ３またはメチル）であり得る。
式（Ｉ）のいくつかの例では、ｘは、２、３または６である。式（Ｉ）のいくつかの例では、各ｙは、独立して、０～１５、または３～１５の整数である。式（Ｉ）のいくつかの例では、Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、ＨまたはＣ１－Ｃ６アルキルである。式（Ｉ）のいくつかの例では、Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、Ｃ１－Ｃ３アルキルである。式（Ｉ）のいくつかの例では、Ｒ１およびＲ２の少なくとも１つはメチルである。例えば、Ｒ１およびＲ２は両方ともメチルであり得る。式（Ｉ）のいくつかの例では、Ｒ３はアルキル（例えば、Ｃ８アルキル）であり、ｘは３である。式（Ｉ）のいくつかの例では、Ｒ３はＣ１１アルキルであり、ｘは６である。式（Ｉ）のいくつかの例では、Ｒ３はアルケニル（例えば、Ｃ８アルケニル）であり、ｘは３である。式（Ｉ）のいくつかの例では、ｘは６であり、Ｒ３はＣ１１アルケニルである。いくつかの例では、Ｒ３は、直鎖アルキル、アルケニルまたはアルキニルである。いくつかの例では、Ｒ３は、－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－である。
１つの態様では、構造的に安定化されたＣＯＶＩＤ－１９ ＨＲ２ペプチドは、式（Ｉ）またはその薬学的に許容され得る塩を含み、式中、
各Ｒ１およびＲ２は、ＨまたはＣ１～Ｃ１０アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
各Ｒ３は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されておらず；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０であり；および
（ａ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩ（配列番号５３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号５５）である；
（ｂ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮ（配列番号５６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号５８）である；
（ｃ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡ（配列番号５９）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＶＮＩＱＫ（配列番号６０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６１）である；
（ｄ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号６２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６４）である；
（ｅ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮ（配列番号６５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＳＬＩＤＬＱ（配列番号６６）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６７）である；
（ｆ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬ（配列番号６８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＹＩである；
（ｇ）各［Ｘａａ］ｗはＩであり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
（ｈ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱであり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤＲＬＮ（配列番号７２）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
（ｉ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩ（配列番号７４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
（ｊ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤ（配列番号７７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
（ｋ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号８０）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡＫＮＬ（配列番号８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
（ｌ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号８２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫＮＬＮ（配列番号８３）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
（ｍ）各［Ｘａａ］ｗはＩであり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩであり、および各［Ｘａａ］ｙはＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８４）である；
（ｎ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱであり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８５）である；
（ｏ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩ（配列番号７４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
（ｐ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号８０）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
（ｑ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号８２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
（ｒ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡ（配列番号８６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
（ｓ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号８７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；
（ｔ）各［Ｘａａ］ｗは欠落しており、各［Ｘａａ］ｘはＱＫＥＩＤＲ（配列番号２２８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
（ｕ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫであり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲＬＮＥ（配列番号２３０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
（ｖ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥ（配列番号２３２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
（ｗ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１８３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶＡＫＮ（配列番号１８４）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
（ｘ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号１８６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮＬＮＥ（配列番号１８７）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；
（ｙ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬＮＥＳ（配列番号１８９）であり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
（ｚ）各［Ｘａａ］ｗはＱＫＥであり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１９０）であり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
（ａａ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫであり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
（ｂｂ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫであり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
（ｃｃ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥ（配列番号２３２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
（ｄｄ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤ（配列番号７７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
（ｅｅ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１８３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶであり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
（ｆｆ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号１８６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
（ｇｇ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
（ｈｈ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮ（配列番号１９１）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＳであり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
（ｉｉ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５０）であり、各［Ｘａａ］ｘはＱＫＥＩＤＲ（配列番号２２８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
（ｊｊ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号１９３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
（ｋｋ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号１９４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤＲＬＮ（配列番号７２）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
（ｌｌ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫ（配列番号１９５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲＬＮＥ（配列番号２３０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
（ｍｍ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥ（配列番号１９６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
（ｎｎ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩ（配列番号１９７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
（ｏｏ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤ（配列番号１９８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
（ｐｐ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１９９）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶＡＫＮ（配列番号１８４）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
（ｑｑ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号２００）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡＫＮＬ（配列番号８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
（ｒｒ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号２０１）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫＮＬＮ（配列番号８３）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
（ｓｓ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号２０２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮＬＮＥ（配列番号１８７）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；
（ｔｔ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号２０３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬＮＥＳ（配列番号１８９）であり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
（ｕｕ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５０）であり、各［Ｘａａ］ｘはＱＫＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１９０）である；
（ｖｖ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号１９３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩであり、および各［Ｘａａ］ｙはＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８４）である；
（ｗｗ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号１９４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８５）である；
（ｘｘ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫ（配列番号１９５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
（ｙｙ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥ（配列番号１９６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
（ｚｚ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩ（配列番号１９７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
（ａａａ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤ（配列番号１９８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
（ｂｂｂ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１９９）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶであり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
（ｃｃｃ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号２００）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
（ｄｄｄ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号２０１）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
（ｅｅｅ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号２０２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
（ｆｆｆ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号２０３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
（ｇｇｇ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡ（配列番号２０４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
（ｈｈｈ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号２０５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；または
（ｉｉｉ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮ（配列番号２０６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＳであり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落しており、
該構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する。いくつかの例では、Ｒ１はアルキルである。いくつかの例では、Ｒ１はメチル基である。いくつかの例では、Ｒ３はアルキルである。いくつかの例では、Ｒ３はメチル基である。いくつかの例では、Ｒ２はアルケニルである。いくつかの例では、Ｚは１である。
式（Ｉ）の別の態様では、２つのアルファ、アルファ二置換立体中心は両方ともＲ配置またはＳ配置（例えば、ｉ、ｉ＋４クロスリンク）であるか、または一方の立体中心はＲであり、他方はＳ（例えば、ｉ、ｉ＋７クロスリンク）である。したがって、式（Ｉ）が次のように表される場合：
Figure 2023517293000035
 Ｃ’およびＣ’’二置換立体中心は両方ともＲ配置であり得るか、または両方ともＳ配置であり得る（例えば、ｘが３である場合）。式（Ｉ）においてｘが６である場合、Ｃ’二置換立体中心はＲ配置であり、Ｃ’’二置換立体中心はＳ配置である。式（Ｉ）のＲ３二重結合は、ＥまたはＺ立体化学配置であり得る。
式（Ｉ）のいくつかの例では、Ｒ３は、［Ｒ４－Ｋ－Ｒ４］ｎであり；およびＲ４は、直鎖アルキル、アルケニルまたはアルキニルである。
いくつかの例では、式（Ｉ）の「ｚ」は１より大きい。いくつかの例では、式（ＩＩ）に示されるように、ｚ＝２である。この例では、ペプチドは１つよりも多くのステープルを含む。いくつかの例では、ペプチドは、式（ＩＩ）に示すように、２つのステープルを含む（すなわち、ペプチドは二重ステープルされている）。いくつかの例では、二重ステープルペプチドは、同じ構築物に複数のステープルを含み、［Ｘａａ］ｔおよび［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、および［Ｘａａ］ｙを有する構築物を作製する。二重ステープルペプチドを、構築物６１～９７として表３に提供する。
式ＩＩは、二重ステープルペプチドの構造を提供する。
Figure 2023517293000036
例えば、表３の構築物６１の［Ｘａａ］ｔ、［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｘ、および［Ｘａａ］ｙを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｔ、［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｘ、および［Ｘａａ］ｙは、それぞれ、ＩＳＧＩ（配列番号５３）、ＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）、およびＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号８８）、ＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）、およびＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６４）である。別の例として、表３の構築物６２の［Ｘａａ］ｔ、［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｘ、および［Ｘａａ］ｙを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｔ、［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｘ、および［Ｘａａ］ｙは、それぞれ、ＩＳＧＩ（配列番号５３）、ＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）、およびＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮ（配列番号８９）、ＳＬＩＤＬＱ（配列番号６６）、およびＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６７）である。
Figure 2023517293000037
Figure 2023517293000038
Figure 2023517293000039
Figure 2023517293000040
Figure 2023517293000041
Figure 2023517293000042
１つの態様では、構造的に安定化された（ステッチ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、式（ＩＩＩ）：
Figure 2023517293000043
 またはその薬学的に許容され得る塩を含み、式中、
各Ｒ１およびＲ４は、独立して、ＨまたはＣ１－１０アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
Ｒ２およびＲ３の各々は独立して、Ｃ５－２０アルキル、アルケニル、アルキニル；［Ｒ４－Ｋ－Ｒ４］ｎであり；これらのそれぞれが０～６個のＲ５で置換されており；
Ｒ５は、ハロ、アルキル、ＯＲ６，、Ｎ（Ｒ６）２、ＳＲ６、ＳＯＲ６、ＳＯ２Ｒ６、ＣＯ２Ｒ６、Ｒ６、蛍光部分、または放射性同位体であり；
Ｋは、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、ＣＯＮＲ６、または
Figure 2023517293000044
 であり、
Ｒ６は、Ｈ、アルキル、または治療剤であり；
ｎは１～４の整数であり；および
［Ｘａａ］ｗ；［Ｘａａ］ｘ；［Ｘａａ］ｙ；および［Ｘａａ］ｚは表４に示される。
いくつかの実施形態では、式（ＩＩＩ）の［Ｘａａ］ｗ、式（ＩＩＩ）の［Ｘａａ］ｘ、式（ＩＩＩ）の［Ｘａａ］ｙ、式（ＩＩＩ）の［Ｘａａ］ｚの各々は、表４の構築物９８～１０８のいずれか１つについて記載される通りである。例えば、表４の構築物９８の［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙ、および［Ｘａａ］ｚを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙ、および［Ｘａａ］ｚはそれぞれ、ＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号６２）、ＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）、ＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）、およびＹＩである。別の例として、表４の構築物９９の［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙ、および［Ｘａａ］ｚを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙ、および［Ｘａａ］ｚはそれぞれ、Ｉ、ＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）、ＥＶＡＫＮＬ（配列番号８１）、およびＥＳＬである。
Figure 2023517293000045
Figure 2023517293000046
いくつかの例では、上記の表４に示される配列を含む式（ＩＩＩ）は、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）アルファらせんである；（ｉｉｉ）プロテアーゼ耐性である；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有することができる。
式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ１およびＲ４は、それぞれ独立して、ＨまたはＣ１－Ｃ６アルキルである。式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ１およびＲ４は、それぞれ独立して、Ｃ１－Ｃ３アルキルである。式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ１およびＲ４の少なくとも１つはメチルである。例えば、Ｒ１およびＲ４は両方ともメチルであり得る。式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、アルキル（例えば、Ｃ１２アルキル）である。式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、Ｃ１２アルキルである。式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、直鎖アルキル、アルケニルまたはアルキニル（例えば、直鎖Ｃ１２アルキル、アルケニルまたはアルキニル）である。式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ２は－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－である。式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ３は－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－である。
いくつかの例では、構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、式（ＩＩＩ）またはその薬学的に許容され得る塩を含み、式中、
［Ｘａａ］ｗ；［Ｘａａ］ｘ；［Ｘａａ］ｙ；および［Ｘａａ］ｚは表４に示され；
各Ｒ１およびＲ４は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
各Ｒ２およびＲ３は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；該構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する。いくつかの例では、Ｒ１はアルキルである。いくつかの例では、Ｒ１はメチル基である。いくつかの例では、Ｒ４はアルキルである。いくつかの例では、Ｒ４はメチル基である。いくつかの例では、Ｒ２はアルケニルである。いくつかの例では、Ｒ３はアルケニルである。
式（ＩＩＩ）の別の態様では、３つのα，α二置換立体中心のうち：（ｉ）２つの立体中心はＲ配置にあり、１つの立体中心はＳ配置にあるか；または（ｉｉ）２つの立体中心がＳ配置にあり、１つの立体中心がＲ配置にある。したがって、式（ＩＩＩ）が次のように表される場合：
Figure 2023517293000047
 Ｃ’およびＣ’’’二置換立体中心は両方ともＲ配置であり得るか、または両方ともＳ配置であり得る。Ｃ’およびＣ’’’が両方ともＲ配置である場合、Ｃ’’はＳ配置である。Ｃ’およびＣ’’’が両方ともＳ配置である場合、Ｃ’’はＲ配置である。式（ＩＩＩ）のＲ２およびＲ３のそれぞれにおける二重結合は、ＥまたはＺ立体化学配置であり得る。
式（ＩＩＩ）のいくつかの例では、Ｒ３は、［Ｒ４－Ｋ－Ｒ４］ｎであり；ならびにＲ４は、直鎖アルキル、アルケニルまたはアルキニルである。
別の態様では、構造的に安定化されたペプチドは、以下の構造：
Figure 2023517293000048
 に示すようにステープルおよびステッチの両方、
またはその薬学的に許容され得る塩であってよく、式中、
各Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は、独立して、ＨまたはＣ１－１０アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
Ｒ２、Ｒ５およびＲ６の各々は独立して、Ｃ５－２０アルキル、アルケニル、アルキニル；［Ｒ４－Ｋ－Ｒ４］ｎであり；これらのそれぞれが０～６個のＲ５で置換されており；
Ｒ５は、ハロ、アルキル、ＯＲ６，、Ｎ（Ｒ６）２、ＳＲ６、ＳＯＲ６、ＳＯ２Ｒ６、ＣＯ２Ｒ６、Ｒ６、蛍光部分、または放射性同位体であり；
Ｋは、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、ＣＯ、ＣＯ２、ＣＯＮＲ６、または
Figure 2023517293000049
 であり、
Ｒ６は、Ｈ、アルキル、または治療剤であり；
ｎは１～４の整数であり；および
［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙ、および［Ｘａａ］ｚは表５に示される。
いくつかの実施形態では式（ＩＶ）の［Ｘａａ］ｕ、式（ＩＶ）の［Ｘａａ］ｖ、式（ＩＶ）の［Ｘａａ］ｗ、式（ＩＶ）の［Ｘａａ］ｘ、式（ＩＶ）の［Ｘａａ］ｙ、および式（ＩＶ）の［Ｘａａ］ｚのそれぞれは、表５の構築物１０９～１１１のいずれか１つについて記載の通りである。例えば、表５の構築物１０９の［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙおよび［Ｘａａ］ｚを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙおよび［Ｘａａ］ｚは、ＩＳＧＩ（配列番号５３）；ＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）；ＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号８８）；ＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）；ＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）；およびＹＩである。別の例として、表５の構築物１１０の［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙおよび［Ｘａａ］ｚを含む安定化ペプチドの場合、［Ｘａａ］ｕ、［Ｘａａ］ｖ、［Ｘａａ］ｗ、［Ｘａａ］ｘ、［Ｘａａ］ｙおよび［Ｘａａ］ｚは、ＩＳＧＩＮ（配列番号５６）；ＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）；ＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号９１）；ＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）；ＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）；およびＹＩである。
Figure 2023517293000050
Figure 2023517293000051
いくつかの例では、上記の表５に示される配列を含む式（ＩＶ）は、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）アルファらせんである；（ｉｉｉ）プロテアーゼ耐性である；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有することができる。
式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は、それぞれ独立して、ＨまたはＣ１－Ｃ６アルキルである。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ２、Ｒ５、およびＲ６は、それぞれ独立して、Ｃ１－Ｃ３アルキルである。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７の少なくとも１つはメチルである。例えば、Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は両方ともメチルであり得る。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ２、Ｒ５、およびＲ６は、それぞれ独立して、アルキル（例えば、Ｃ１２アルキル）である。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ２、Ｒ５、およびＲ６は、それぞれ独立して、Ｃ１２アルキルである。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ２、Ｒ５、およびＲ６は、それぞれ独立して、直鎖アルキル、アルケニルまたはアルキニル（例えば、直鎖Ｃ１２アルキル、アルケニルまたはアルキニル）である。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ２は－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－である。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ５は－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－である。式（ＩＶ）のいくつかの例では、Ｒ６は－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－である。
いくつかの例では、構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、式（ＩＶ）またはその薬学的に許容され得る塩を含み、式中、
［Ｘａａ］ｕ；［Ｘａａ］ｖ；［Ｘａａ］ｗ；［Ｘａａ］ｘ；［Ｘａａ］ｙ；および［Ｘａａ］ｚは表５に示され；
各Ｒ１およびＲ４は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
各Ｒ２およびＲ３は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；該構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する。いくつかの例では、Ｒ１はアルキルである。いくつかの例では、Ｒ１はメチル基である。いくつかの例では、Ｒ４はアルキルである。いくつかの例では、Ｒ４はメチル基である。いくつかの例では、Ｒ２はアルケニルである。いくつかの例では、Ｒ３はアルケニルである。本明細書で使用される場合、「Ｃｉ－ｊ」（ｉおよびｊは整数であり、化学基と組み合わせて使用される）という用語は、化学基における炭素原子数の範囲を示し、ｉ－ｊは範囲を定義する。例えば、Ｃ１－６アルキルは、１、２、３、４、５または６個の炭素原子を有するアルキル基を指す。
本明細書で使用される場合、単独でまたは他の用語と組み合わせて使用される「アルキル」という用語は、直鎖または分岐であり得る飽和炭化水素基を指す。いくつかの実施形態では、アルキル基は、１～７個、１～６個、１～４個または１～３個の炭素原子を含む。アルキル部分の例としては、例えば、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソプロピル、ｎ－ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ｎ－ペンチル、２－メチル－１－ブチル、３－ペンチル、ｎ－ヘキシル、１，２，２－トリメチルプロピル、ｎ－ヘプチルなどの化学基が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、アルキル基は、メチル、エチルまたはプロピルである。「アルキレン」という用語は、連結アルキル基を指す。
本明細書で使用される場合、単独でまたは他の用語と組み合わせて用いられる「アルケニル」は、１またはそれを超える炭素－炭素二重結合を有するアルキル基を指す。いくつかの実施形態では、アルケニル部分は、２～６個または２～４個の炭素原子を含む。アルケニル基の例としては、エテニル、ｎ－プロペニル、イソプロペニル、ｎ－ブテニル、ｓｅｃ－ブテニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、単独でまたは他の用語と組み合わせて用いられる「アルキニル」は、１またはそれを超える炭素－炭素三重結合を有するアルキル基を指す。アルキニル基の例としては、エチニル、プロピン－１－イル、プロピン－２－イルなどが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、アルキニル部分は、２～６個または２～４個の炭素原子を含む。
本明細書で使用される場合、単独でまたは他の用語と組み合わせて用いられる「アルキニル」は、１またはそれを超える炭素－炭素三重結合を有するアルキル基を指す。アルキニル基の例としては、エチニル、プロピン－１－イル、プロピン－２－イルなどが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、アルキニル部分は、２～６個または２～４個の炭素原子を含む。
本明細書で使用される場合、単独でまたは他の用語と組み合わせて用いられる用語「シクロアルキルアルキル」は、式シクロアルキル－アルキル－の基を指す。いくつかの実施形態では、アルキル部分は、１～４個、１～３個、１～２個または１個の炭素原子を有する。いくつかの実施形態では、アルキル部分はメチレンである。いくつかの実施形態では、シクロアルキル部分は、３～１０個の環員または３～７個の環員を有する。いくつかの実施形態では、シクロアルキル基は、単環式または二環式である。いくつかの実施形態では、シクロアルキル部分は、単環式である。いくつかの実施形態では、シクロアルキル部分は、Ｃ３－７単環式シクロアルキル基である。
本明細書で使用される場合、単独でまたは他の用語と組み合わせて使用される「ヘテロアリールアルキル」という用語は、式ヘテロアリール－アルキル－の基を指す。いくつかの実施形態では、アルキル部分は、１～４個、１～３個、１～２個または１個の炭素原子を有する。いくつかの実施形態では、アルキル部分はメチレンである。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール部分は、窒素、硫黄および酸素から独立して選択される１、２、３または４個のヘテロ原子を有する単環式または二環式基である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール部分は、５～１０個の炭素原子を有する。
本明細書で使用される場合、「置換された」という用語は、水素原子が非水素基によって置き換えられていることを意味する。所与の原子における置換は原子価によって制限されることが理解されるべきである。
本明細書で使用される場合、単独でまたは他の用語と組み合わせて使用される「ハロ」または「ハロゲン」には、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードが含まれる。いくつかの実施形態では、ハロは、ＦまたはＣｌである。
いくつかの実施形態では、本開示は、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはその改変バージョン）を特徴とし、２、３、または６個のアミノ酸によって分離された２つのアミノ酸の側鎖は内部ステープルによって置き換えられ、３つのアミノ酸の側鎖は内部スティッチによって置き換えられ、４つのアミノ酸の側鎖は２つの内部ステープルによって置き換えられ、または５つのアミノ酸の側鎖は内部ステープルと内部スティッチの組み合わせによって置き換えられる。いくつかの実施形態では、本開示は、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはその改変バージョン）を特徴とし、２、３、または６個のアミノ酸によって分離された２つのアミノ酸の側鎖は、内部ステープルによって置き換えられる。いくつかの実施形態では、本開示は、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはその改変バージョン）を特徴とし、３個のアミノ酸によって分離された２つのアミノ酸の側鎖は、内部ステープルによって置き換えられる。いくつかの実施形態では、本開示は、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはその改変バージョン）を特徴とし、６個のアミノ酸によって分離された２つのアミノ酸の側鎖は、内部ステープルによって置き換えられる。いくつかの実施形態では、本開示は、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはその改変バージョン）を特徴とし、３個のアミノ酸の側鎖は、内部ステッチによって置き換えられる。
ステープルまたはステッチペプチドは、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００アミノ酸長であり得る。特定の実施形態では、ステープルまたはステッチペプチドは、１９～４５（すなわち、１９、２０、２１、２５、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５）アミノ酸長である。特定の実施形態では、ステープルまたはステッチペプチドは、１９～３５アミノ酸（すなわち、１９、２０、２１、２２、２３、３４、２３５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５）アミノ酸長である。特定の実施形態では、ステープルまたはステッチペプチドは、１９～４２アミノ酸（すなわち、１９、２０、２１、２２、２３、３４、２３５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１．４２）アミノ酸長である。特定の実施形態では、ステープルまたはステッチペプチドは、１９アミノ酸長である。別の特定の実施形態では、ステープルまたはステッチペプチドは、４２アミノ酸長である。例示的なＣＯＶＩＤ－１９ ＨＲ２ステープルまたはステッチペプチドを表１～５に示し、式（Ｉ）～（ＩＶ）に記載する。一実施形態では、ＣＯＶＩＤ－１９ ＨＲ２ステープルまたはステッチペプチドは、配列番号１１～５２または１１２～１８０のいずれか１つのアミノ酸配列のステープルまたはステッチのバージョン（例えば、それぞれ配列番号１１～５２または１１２～１８０のいずれか１つのアミノ酸配列を含むペプチドに対して行われる閉環メタセシス反応の生成物）を含むかまたはこれからなる。一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ステープルまたはステッチペプチドは、配列番号９のアミノ酸配列のステープルまたはステッチのバージョン（例えば、配列番号９のアミノ酸配列を含むペプチドに対して行われる閉環メタセシス反応の生成物）を含むかまたはこれからなる。一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ステープルまたはステッチペプチドは、配列番号１０のアミノ酸配列のステープルまたはステッチのバージョン（例えば、配列番号１０のアミノ酸配列を含むペプチドに対して行われる閉環メタセシス反応の生成物）を含むかまたはこれからなる。
特定の実施形態では、ステープルペプチドは、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列のバリアントを含むかまたはこれからなり、３アミノ酸でそれぞれ分離された２つのアミノ酸（すなわち、位置ｉおよびｉ＋４）は、ペプチドを構造的に安定化するように、（例えば、それらを非天然アミノ酸（すなわち、ステープルアミノ酸）で置換して、炭化水素ステッチを可能にすることによって）改変されている。特定の実施形態では、ステープルペプチドは、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列のバリアントを含むかまたはこれからなり、６アミノ酸でそれぞれ分離された２つのアミノ酸（すなわち、位置ｉおよびｉ＋７）は、ペプチドを構造的に安定化するように、（例えば、それらを非天然アミノ酸で（すなわち、ステープルアミノ酸で）置換して、炭化水素ステープルを可能にすることによって）改変されている。
特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の５位および１２位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の６位および１３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の７位および１４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の２６位および３３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の２７位および３４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の３３位および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された３個のアミノ酸は、配列番号９の２６位、３３位、および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の５位、１２位、２６位、および３３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の５位、１２位、２７位、および３４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の５位および１２位、３３位および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の５位、１２位、２６位、３３位、および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の６位、１３位、２６位、および３３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の６位、１３位、２７位、および３４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の６位、１３位、３３位、および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の６位、１３位、２６位、３３位、および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の７位、１４位、２６位、および３３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の７位、１４位、２７位、および３４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の７位、１４位、３３位、および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号９の７位、１４位、２６位、３３位、および４０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。
特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の２位および９位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の３位および１０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の６位および１３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の７位および１４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の９位および１６位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の１０位および１７位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の２位および６位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の３位および７位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の６位および１０位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の９位および１３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の１０位および１４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の１３位および１７位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の１４位および１８位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の２位、９位、および１６位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の３位、１０位、および１７位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個または３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の２位、９位、および１３位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個または３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の３位、１０位、および１４位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個または３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の６位、１３位、および１７位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、６個または３個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の７位、１４位、および１８位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個または６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の２位、６位、１３位、および１７位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個または６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の３位、７位、１３位、および１７位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個または６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の２位、６位、１４位、および１８位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。特定の実施形態では、３個または６個のアミノ酸によってそれぞれ分離された２個のアミノ酸は、配列番号１０の３位、７位、１４位、および１８位に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドのアミノ酸位置にある。
特定の実施形態では、ステッチペプチドは、配列番号９、１０、１０３、１０４、１０６、１０８、または１１０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列のバリアントを含むかまたはこれからなり、ｉ、ｉ＋３、ｉ、ｉ＋４、およびｉ＋７などの位置の２、３、４、５個のアミノ酸が、ペプチドを構造的に安定化するように、（例えば、それらを非天然アミノ酸で（すなわち、ステッチアミノ酸で）置換して炭化水素のステッチを可能にすることによって）置換されている。
炭化水素テザーは一般的であるが、他のテザーもまた、本明細書中に記載される構造的に安定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドにおいて使用され得る。例えば、テザーは、１またはそれを超えるエーテル、チオエーテル、エステル、アミンもしくはアミド、またはトリアゾール部分を含むことができる。いくつかの場合では、天然に存在するアミノ酸側鎖をテザーに組み込むことができる。例えば、テザーは、セリン中のヒドロキシル、システイン中のチオール、リジン中の第一級アミン、アスパラギン酸もしくはグルタミン酸中の酸、またはアスパラギンもしくはグルタミン中のアミドなどの官能基と結合することができる。したがって、２つの天然に存在しないアミノ酸をカップリングすることによって作製されるテザーを使用するのではなく、天然に存在するアミノ酸を使用してテザーを作製することが可能である。単一の天然に存在しないアミノ酸を天然アミノ酸と一緒に使用することも可能である。トリアゾール含有（例えば、１，４－トリアゾールまたは１，５－トリアゾール）架橋を使用することができる（例えば、Ｋａｗａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．２０１２ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ５５：１１３７；ＷＯ２０１０／０６０１１２を参照のこと）。さらに、異なる種類のステープルを行う他の方法は当技術分野で周知であり、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドと共に用いることができる（例えば、Ｌａｃｔａｍ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２７：２９７４－２９８３（２００５）；ＵＶ－ｃｙｃｌｏａｄｄｉｔｉｏｎ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｍａｄｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，２１：１４７２－１４７５（２０１１）；Ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｊａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１３：９３９１－９３９２（１９９１）；Ｏｘｉｍｅ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｈａｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，４７：１０９１５－１０９１７（２０１１）；Ｔｈｉｏｅｔｈｅｒ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｂｒｕｎｅｌ ａｎｄ Ｄａｗｓｏｎ，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，５５２－２５５４（２００５）；Ｐｈｏｔｏｓｗｉｔｃｈａｂｌｅ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｊ．Ｒ．Ｋｕｍｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９７：３８０３－３８０８（２０００）；Ｄｏｕｂｌｅ－ｃｌｉｃｋ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｌａｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，５：１８０４－１８０９（２０１４）；Ｂｉｓ－ｌａｃｔａｍ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ｊ．Ｃ．Ｐｈｅｌａｎ ｅｔ ａｌ．，，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１９：４５５－４６０（１９９７）；およびＢｉｓ－ａｒｙｌａｔｉｏｎ ｓｔａｐｌｉｎｇ：Ａ．Ｍ．Ｓｐｏｋｏｙｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１３５：５９４６－５９４９（２０１３）を参照のこと）。
テザーの長さを変えることができることがさらに想定される。例えば、二次アルファらせん構造に比較的高い程度の拘束を提供することが望ましい場合には、より短い長さのテザーを使用することができるが、いくつかの例では、二次アルファらせん構造にあまり拘束を提供しないことが望ましく、したがって、より長いテザーが望ましい場合がある。
さらに、主にアルファヘリックスの単一面上にあるテザーを提供するために、アミノ酸ｉからｉ＋３、ｉからｉ＋４、およびｉからｉ＋７に及ぶテザーが一般的であるが、テザーは、アミノ酸数の任意の組み合わせに及ぶように合成することができ、複数のテザーを組み込むために組み合わせて使用することもできる。
いくつかの例では、本明細書に記載の炭化水素テザー（すなわち、架橋）をさらに操作することができる。一例では、炭化水素アルケニルテザーの二重結合（例えば、ルテニウム触媒閉環メタセシス（ＲＣＭ）を用いて合成される）を、（例えば、エポキシ化、アミノヒドロキシル化またはジヒドロキシル化を介して）酸化して、以下の化合物の１つを提供することができる。
Figure 2023517293000052
エポキシド部分または遊離ヒドロキシル部分の１つのいずれかをさらに官能化することができる。例えば、エポキシドは求核剤で処理することができ、求核剤は、例えば治療剤を結合させるために使用することができる追加の官能基を提供する。そのような誘導体化は、代替的に、ペプチドのアミノ末端もしくはカルボキシ末端の合成操作によって、またはアミノ酸側鎖を介して達成することができる。他の作用物質（agent）、例えばペプチドの細胞への進入を容易にする作用物質を、官能化テザーに結合させることができる。
いくつかの例では、アルファ二置換アミノ酸は、アルファらせん二次構造の安定性を改善するためにペプチドにおいて使用される。しかしながら、アルファ二置換アミノ酸は必要とされず、モノ－α置換基（例えば、テザーアミノ酸において）を使用する例も想定される。
構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドは、薬物、毒素、ポリエチレングリコールの誘導体；第２のペプチド；炭水化物等を含むことができる。ポリマーまたは他の作用物質が構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドに連結されている場合、組成物は実質的に均質であることが望ましい場合がある。
ポリエテレングリコール（ＰＥＧ）分子の付加は、ペプチドの薬物動態学的および薬力学的特性を改善することができる。例えば、ＰＥＧ化は腎クリアランスを低下させることができ、より安定な血漿濃度をもたらし得る。ＰＥＧは水溶性ポリマーであり、ペプチドと結合しているものとして下記の式で表すことができる：
ＸＯ－－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ－－ＣＨ２ＣＨ２－－Ｙ（式中、ｎは２～１０，０００であり、ＸはＨまたは末端修飾、例えばＣ１－４アルキルであり；およびＹは、ペプチドのアミン基（それだけに限らないが、リジンのイプシロンアミンまたはＮ末端を含む）へのアミド、カルバメートまたは尿素結合である。Ｙはまた、チオール基（限定されないが、システインのチオール基を含む）へのマレイミド結合であり得る。ＰＥＧをペプチドに直接的または間接的に連結するための他の方法は、当業者に公知である。ＰＥＧは直鎖状または分枝状であり得る。様々な官能化誘導体を含む様々な形態のＰＥＧが市販されている。
主鎖に分解性結合を有するＰＥＧを使用することができる。例えば、ＰＥＧは、加水分解を受けやすいエステル結合を用いて調製することができる。分解性ＰＥＧ結合を有するコンジュゲートは、国際公開第９９／３４８３３号；国際公開第９９／１４２５９号および米国特許第６，３４８，５５８号に記載されている。
特定の実施形態では、巨大分子ポリマー（例えば、ＰＥＧ）は、中間リンカーを介して本明細書に記載の構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドに結合している。特定の実施形態では、リンカーは、ペプチド結合によって連結された１～２０個のアミノ酸で構成され、アミノ酸は２０個の天然に存在するアミノ酸から選択される。これらのアミノ酸のいくつかは、当業者によって十分に理解されているように、グリコシル化され得る。他の実施形態では、１～２０個のアミノ酸は、グリシン、アラニン、プロリン、アスパラギン、グルタミンおよびリジンから選択される。他の実施形態では、リンカーは、グリシンおよびアラニンなどの立体的に妨げられていないアミノ酸の大部分から構成される。非ペプチドリンカーも可能である。例えば、－ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）－などのアルキルリンカー（式中、ｎ＝２～２０）を使用することができる。これらのアルキルリンカーは、低級アルキル（例えば、Ｃ１－Ｃ６）低級アシル、ハロゲン（例えば、Ｃｌ、Ｂｒ）、ＣＮ、ＮＨ２、フェニルなどのような任意の非立体障害基でさらに置換されていてもよい。米国特第．５，４４６，０９０号は、二官能性ＰＥＧリンカー、および各ＰＥＧリンカー末端にペプチドを有するコンジュゲートの形成におけるその使用を記載している。
いくつかの実施形態では、構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドを、例えば、細胞取り込みをさらに促進するために、またはインビボ安定性を増加させるために改変することもできる。例えば、構造的に安定化されたペプチドのアシル化またはＰＥＧ化は、細胞取り込みを促進し、バイオアベイラビリティを増加させ、血液循環を増加させ、薬物動態を変化させ、免疫原性を低下させ、および／または必要な投与頻度を減少させる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドは、細胞膜を透過する能力が（例えば、非安定化ペプチドと比較して）増強されている。例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際公開第２０１７／１４７２８３号を参照されたい。
処置方法
本開示は、コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのベータコロナウイルス）感染またはコロナウイルス疾患（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）の予防および／または処置のために、本明細書に記載の任意の構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（または前記構造的に安定化されたペプチドを含む医薬組成物）を使用する方法を特徴とする。本明細書で使用される「処置する（ｔｒｅａｔ）」または「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」という用語は、対象（例えば、ヒト）が罹患している疾患または感染を緩和、阻害、または改善することを指す。
本明細書に記載の構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはそのペプチドを含む組成物）は、コロナウイルス（例えば、ベータコロナウイルス）感染を有する対象（例えば、ヒト対象）を処置するのに有用であり得る。本明細書に記載の構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはそのペプチドを含む組成物）はまた、コロナウイルス疾患を有するヒト対象を処置するのにも有用であり得る。特定の実施形態では、コロナウイルス感染は、２２９Ｅ（アルファコロナウイルス）；ＮＬ６３（アルファコロナウイルス）；ＯＣ４３（ベータコロナウイルス）；ＨＫＵ１（ベータコロナウイルス）；中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ；またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のうちの１つの感染である。特定の実施形態では、コロナウイルス疾患は、ＣＯＶＩＤ－１９感染によって引き起こされる。
本明細書に記載の構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド（またはそのペプチドを含む組成物）は、ヒト対象におけるコロナウイルス（例えば、ベータコロナウイルス）感染を予防するのに有用であり得る。本明細書に記載のペプチド（またはペプチドを含む組成物）はまた、対象（例えば、ヒト対象）におけるコロナウイルス疾患を予防するのにも有用であり得る。特定の実施形態では、コロナウイルス感染は、２２９Ｅ（アルファコロナウイルス）；ＮＬ６３（アルファコロナウイルス）；ＯＣ４３（ベータコロナウイルス）；ＨＫＵ１（ベータコロナウイルス）；中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ；またはＳＡＲＳ－ＣＯＶＩＤ－１９のうちの１つの感染である。特定の実施形態では、コロナウイルス疾患は、ＣＯＶＩＤ－１９感染によって引き起こされる。
特定の実施形態では、表１～５に記載のペプチドまたはそのバリアントを、それを必要とするヒト対象に投与する。特定の実施形態では、配列番号９またはその改変バージョンを含むかまたはそれからなるステープルＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドを、それを必要とするヒト対象に投与する。特定の実施形態では、配列番号１０またはその改変バージョンを含むかまたはそれからなるステープルＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドを、それを必要とするヒト対象に投与する。
特定の実施形態では、表１に記載の配列番号１１～５２、１０２、１０５、１０７、１０９もしくは１１１～１８０を有するペプチドのいずれか１つまたはそのバリアント（本明細書に記載）を、それを必要とするヒト対象に投与する。これらのペプチドの可能なバリエーションは、構造的に安定化されたペプチドのセクションに記載されている。さらなる指針が図６Ｂおよび図１６Ｄに提供される。これらの配列のバリアントは、以下の少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５個の）特性を有する：（ｉ）組換え５ヘリックスバンドルタンパク質に結合する；（ｉｉ）アルファらせんである；（ｉｉｉ）プロテアーゼ耐性である；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および／または（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する。特定の実施形態では、配列番号１１～５２、１０２、１０５、１０７、１０９もしくは１１１～１８０を有するペプチドのいずれか１つと少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０９％、７５％、８０％、８５％、９０％、９２％、９４％、９５％の同一性を有するペプチドを、それを必要とするヒト対象に投与する。特定の実施形態では、配列番号１１～５２、１０２、１０５、１０７、１０９、または１１１～１８０を有するが、１～１０個（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個）のアミノ酸の置換、挿入および／または欠失を有するペプチドのいずれか１つを、それを必要とするヒト対象に投与する。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、コロナウイルス（例えば、ベータコロナウイルス）に感染している。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、コロナウイルス（例えば、ベータコロナウイルス）に感染するリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、コロナウイルス疾患（例えば、ベータコロナウイルス）を発症するリスクがある。いくつかの例では、ヒト対象は、活動性コロナウイルス大流行に陥る地域（例えば、市、州、国）（例えば、少なくとも１人、少なくとも２人、少なくとも３人、少なくとも４人、少なくとも５人、少なくとも６人、少なくとも７人、少なくとも８人、少なくとも９人、少なくとも１０人、少なくとも２０人、少なくとも３０人、少なくとも４０人、またはそれを超える人々がコロナウイルスに感染していると診断された地域）に住む場合、コロナウイルスに感染するリスクがあるか、またはコロナウイルス疾患を発症するリスクがある。いくつかの例では、ヒト対象は、活動性コロナウイルス大流行に陥る第２の地域（例えば、市、州、国）の近く（例えば、境を接する市、州、国）の地域（例えば、少なくとも１人、少なくとも２人、少なくとも３人、少なくとも４人、少なくとも５人、少なくとも６人、少なくとも７人、少なくとも８人、少なくとも９人、少なくとも１０人、少なくとも２０人、少なくとも３０人、少なくとも４０人、またはそれを超える人々がコロナウイルスに感染していると診断された第２の地域の近くの地域（例えば、境を接する）に住む場合、コロナウイルスに感染するリスクがあるか、またはコロナウイルス疾患を発症している。特定の実施形態では、コロナウイルス疾患は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染によって引き起こされる。特定の実施形態では、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を有するか、または発症するリスクがある。
一般に、方法は、対象を選択すること、および、有効量の１またはそれを超える本明細書中の構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドを、例えば、医薬組成物中または医薬組成物として対象に投与すること、および必要に応じて、コロナウイルス感染またはコロナウイルス疾患の予防または処置のために必要とされる投与を繰り返すことを含み、経口、鼻腔内、静脈内、皮下、筋肉内、または局所的に投与することができ、例えば、皮膚、鼻腔、副鼻腔、呼吸樹、および肺への投与を含む。いくつかの例では、投与は、鼻粘膜、副鼻腔粘膜、または肺を含む呼吸樹への適用を含む局所呼吸器適用によるものである。いくつかの例では、局所適用は皮膚への適用を含む。対象は、例えば、対象がコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのベータコロナウイルス）感染を有すると決定することに基づいて、処置のために選択され得る。本開示のペプチドは、対象がコロナウイルスに感染しているかどうかを判定するために使用することができる。
任意の特定の患者に対する具体的な投与量および処置レジメンは、使用される具体的な化合物の活性、年齢、体重、全身の健康状態、性別、食事、投与時間、***速度、薬物の組み合わせ、疾患、状態または症状の重症度および経過、疾患、状態または症状に対する患者の性質、および処置する医師の判断を含む様々な要因に依存する。
有効量は、１またはそれを超える投与、適用または投与量で投与することができる。治療化合物の治療有効量（すなわち、有効投与量）は、選択される治療化合物に依存する。組成物は、１日に１またはそれを超える回数から１週間に１またはそれを超える回数まで投与することができ；１日おきに１回を含む。当業者は、疾患または障害の重症度、以前の処置、対象の一般的な健康状態および／または年齢、ならびに存在する他の疾患を含むがこれらに限定されない特定の要因が、対象を効果的に処置するために必要な投与量およびタイミングに影響を及ぼし得ることを理解するであろう。さらに、治療有効量の本明細書に記載の治療化合物による対象の処置は、単一の処置または一連の処置を含むことができる。例えば、有効量を少なくとも１回投与することができる。
医薬組成物
本明細書に記載の１またはそれを超える任意の構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドは、医薬組成物としてまたは医薬組成物において使用するために製剤化することができる。医薬組成物は、本明細書に記載の処置または予防の方法で使用され得る（上記参照）。特定の実施形態では、医薬組成物は、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１つのアミノ酸置換、挿入、または欠失を除いて、表１に記載のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドを含む。アミノ酸配列に対するこれらの変化は、これらのペプチドの非相互作用アルファらせん面で（すなわち、コロナウイルス５ヘリックスバンドルと相互作用しないアミノ酸に対して）、および／または、相互作用アルファらせん面で（すなわち、コロナウイルス５ヘリックスバンドルと相互作用するアミノ酸に対して）行うことができる。そのような組成物は、任意の経路、例えば、食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認された任意の経路を介した対象への投与のために製剤化または適合させることができる。例示的な方法は、ＦＤＡのＣＤＥＲ Ｄａｔａ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ Ｍａｎｕａｌ、バージョン番号００４（ｆｄａ．ｇａｖｅ／ｃｄｅｒ／ｄｓｍ／ＤＲＧ／ｄｒｇ００３０１．ｈｔｍで入手可能である）に記載されている。例えば、組成物は、吸入（例えば、経口および／または経鼻吸入（例えば、ネブライザーまたはスプレーを介して））、注射（例えば、静脈内、動脈内、真皮下、腹腔内、筋肉内、および／または皮下）；および／または経口投与、経粘膜投与、および／または局所投与（局所（例えば、鼻）スプレーおよび／または溶液を含む）による投与のために製剤化または適合させることができる。
いくつかの例では、医薬組成物は、有効量の１またはそれを超える構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドを含むことができる。本明細書で使用される「有効量」および「処置するのに有効」という用語は、意図された効果または生理学的結果（例えば、感染の処置）を引き起こすためにその投与のコンテキストにおいて有効な一定期間（急性または慢性投与および周期的または連続投与を含む）利用される１またはそれを超える構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドまたは本明細書に記載の医薬組成物の量または濃度を指す。
本発明の医薬組成物は、本明細書に記載の１またはそれを超える構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチド、ならびに任意の薬学的に許容され得る担体および／またはビヒクルを含むことができる。いくつかの例では、医薬品は、疾患または疾患症状の調整を達成するのに有効な量の１またはそれを超える追加の治療剤をさらに含むことができる。
「薬学的に許容され得る担体またはアジュバント という用語は、本発明の化合物と共に患者に投与することができ、その薬理活性を破壊せず、治療量の化合物を送達するのに十分な用量で投与した場合に非毒性である担体またはアジュバントを指す。
本発明の医薬組成物は、任意の従来の非毒性の薬学的に許容され得る担体、アジュバントまたはビヒクルを含有し得る。いくつかの場合では、製剤化された化合物またはその送達形態の安定性を高めるために、製剤のｐＨを薬学的に許容され得る酸、塩基またはバッファーで調整することができる。本明細書で使用される非経口という用語は、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、滑膜内、胸骨内、髄腔内、病変内および頭蓋内注射または注入技術を含む。
いくつかの例では、本明細書に開示される１またはそれを超える構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドを、例えば担体タンパク質にコンジュゲートさせることができる。そのようなコンジュゲートされた組成物は、一価または多価であり得る。例えば、コンジュゲートされた組成物は、担体タンパク質にコンジュゲートされた本明細書に開示される１つの構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドを含むことができる。あるいは、コンジュゲートされた組成物は、担体にコンジュゲートされた本明細書に開示される２つまたはまたはそれを超える構造的に安定化された（例えば、ステープルまたはステッチ）ペプチドを含むことができる。
本明細書で使用される場合、２つの実体が互いに「コンジュゲート」される場合、それらは直接的または間接的な共有結合または非共有結合相互作用によって連結される。特定の実施形態では、会合は共有結合である。他の実施形態では、会合は非共有結合である。非共有結合相互作用には、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、磁気相互作用、静電相互作用などが含まれる。間接的な共有結合相互作用は、２つの実体が、必要に応じてリンカー基を介して共有結合で接続している場合に生じる。
担体タンパク質は、対象における免疫原性を増加または増強する任意のタンパク質を含み得る。例示的な担体タンパク質は、当技術分野で記載されている（例えば、Ｆａｔｔｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．，５８：２３０９－２３１２，１９９０；Ｄｅｖｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：７１７５－７１７９，１９９１；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．５７：３８２３－３８２７，１９８９；Ｓｚｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．５９：４５５５－４５６１，１９９１；Ｓｚｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６６：１５１０－１５２４，１９８７；およびＳｚｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．６２：４４４０－４４４４，１９９４を参照されたい）。ポリマー担体は、１またはそれを超える第一級および／または第二級アミノ基、アジド基、またはカルボキシル基を含有する天然または合成材料であり得る。担体は水溶性であり得る。
ステープルまたはステッチペプチドの作製方法
１つの態様では、本開示は、構造的に安定化されたペプチドを作製する方法を特徴とする。この方法は、（ａ）オレフィン側鎖を有する少なくとも２つの非天然アミノ酸を含むペプチド（例えば、配列番号１１～５２または１１２～１８０）を提供すること、および（ｂ）ペプチドを架橋することを含む。いくつかの例では、ペプチドを架橋することは、ルテニウム触媒メタセシス反応によるものである。
ステープルペプチド合成：Ｆｍｏｃベースの固相ペプチド合成を使用して、本発明者らが報告した全炭化水素ステープルペプチドを生成する方法に従ってステープルペプチド融合阻害剤を合成した（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｐｒｏｔｏｃｏｌ．Ｃｈｅｍ，Ｂｉｏｌ．，３（３）：９９－１１７（２０１１；Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４４６：３６９－８６（２００８）。様々なステープル長を達成するために、α－メチル、α－アルケニルアミノ酸を、２つのＳ－ペンテニルアラニン残基（Ｓ５）の使用を位置決めするｉ、ｉ＋４についてなど、別々の位置で特定の対合に組み込んだ。ステープル反応のために、ジクロロエタンに溶解したＧｒｕｂｂｓの第１世代ルテニウム触媒を樹脂結合ペプチドに添加した。最大の変換を確実にするために、３～５回のステープルを行った。次いで、ペプチドをトリフルオロ酢酸を用いて樹脂から切断し、ヘキサン：エーテル（１：１）混合物を用いて沈殿させ、風乾し、ＬＣ－ＭＳによって精製した。すべてのペプチドをアミノ酸分析によって定量した。
ステッチペプチド合成：本明細書に記載のステッチペプチドを合成する方法は、当技術分野で公知である。しかしながら、以下の例示的な方法を使用してもよい。本明細書に記載の化合物を合成するのに有用な合成化学変換および保護基方法論（保護および脱保護）は当技術分野で公知であり、例えば、Ｒ．Ｌａｒｏｃｋ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ，ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ（１９８９）；Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ ａｎｄ Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，３ｄ．Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９９９）；Ｌ．Ｆｉｅｓｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｆｉｅｓｅｒ，Ｆｉｅｓｅｒ ａｎｄ Ｆｉｅｓｅｒ’ｓ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９９４）；およびＬ．Ｐａｑｕｅｔｔｅ，ｅｄ．，Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９９５）、およびそれらのその後の版に記載されたものなどが含まれる。
ＰＥＧ４－コレステロールによるステープルまたはステッチペプチドの誘導体化：２００ｍｇのＢｏｃ－ＰＥＧ４－ＣＯＯＨ（ｗｗｗ．ｂｉｏｃｈｅｍｐｅｇ．ｃｏｍ／ｐｒｏｄｕｃｔ／Ｂｏｃ－ＮＨ－ＰＥＧ４－ＣＯＯＨ．ｈｔｍｌ）を１０ｍＬのＴＨＦに溶解する。次いで、撹拌しながら４００ｍｇのコレステロール（Ｓｉｇｍａ）を添加し、引き続いて０．１ｍＬのジイソプロピルカルボジイミドおよび７ｍｇのジメチルアミノピリジンを添加する。反応をＣ３カラムでＬＣＭＳによってモニターし、典型的には１時間で完了する。１０ｍＬのトリフルオロ酢酸を添加し、再びＬＣＭＳによって監視しながら、１５分間撹拌する。溶媒を除去し、粗材料を５ｍＬのＴＨＦに溶解し、分取ＬＣＭＳによって精製する。生成物画分をプールし、凍結乾燥する。乾燥生成物を１０ｍＬのＴＨＦに溶解し、１．５ｍＬのジイソプロピルエチルアミンを添加し、続いて０．３６ｍＬのブロモアセチルブロミドを滴下添加する。ＬＣＭＳを使用して、典型的には２０分後に、反応が完了したことを確認する。生成物であるブロモアセチル化ＰＥＧ－４コレステロールをＬＣＭＳによって精製する。次いで、ＢｒＡｃ－ＰＥＧ４－ｃｈｏｌとシステイン含有ペプチドとの反応を以下のように達成する：５ｍｇのペプチド（例えば、ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＸＥＩＤＸＬＮＥＶＡＫＸＬＮＥＸＬＩＤＬＱＥＬＧＳＧＳＧＣ）を３５０μＬのＤＭＦ（５ｍＭ）に溶解し、次いで、３５０μＬのＢｒＡｃ－ＰＥＧ４－Ｃｈｏｌの１０ｍＭ溶液（ＤＭＦ中）を添加し、続いて３５μＬの５０ｍＭ ＴＣＥＰ（水中）を添加し、最後に３．２μＬのＤＩＥＡ（ペプチドに対して１０当量）を撹拌しながら添加する。反応をＣ３カラムでＬＣＭＳによってモニターする。コレステロールペプチド付加物を、一晩の反応後に分取ＬＣＭＳによって精製する。
本発明のペプチドは、当業者に周知の化学合成法によって作製することができる。例えば、Ｆｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈａｐｔｅｒ ３ ｉｎ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａ Ｕｓｅｒ’ｓ Ｇｕｉｄｅ，ｅｄ．Ｇｒａｎｔ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９９２，ｐ．７７を参照のこと。したがって、ペプチドは、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ Ｍｏｄｅｌ ４３０Ａまたは４３１で、側鎖保護アミノ酸を使用して、ｔ－ＢｏｃまたはＦｍｏｃ化学のいずれかによって保護されたα－ＮＨ２を用いる固相合成の自動化Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ技術を用いて合成することができる。
本明細書中に記載されるペプチドを作製する１つの様式は、固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）を使用することである。Ｃ末端アミノ酸は、リンカー分子との酸不安定結合を介して架橋ポリスチレン樹脂に結合している。この樹脂は、合成に使用される溶媒に不溶性であり、過剰な試薬および副生成物を洗い流すことを比較的簡単かつ迅速にする。Ｎ末端はＦｍｏｃ基で保護されており、これは酸中で安定であるが、塩基によって除去可能である。任意の側鎖官能基は、塩基安定性の酸不安定基で保護される。
天然の化学的ライゲーションを使用して個々の合成ペプチドを結合させることによって、より長いペプチドを作製することができた。ステッチアミノ酸の挿入は、例えば、Ｙｏｕｎｇ ａｎｄ Ｓｃｈｕｌｔｚ，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．２０１０ Ａｐｒ ９；２８５（１５）：１１０３９－１１０４４に記載されるとおりに行なわれ得る。あるいは、より長い合成ペプチドは、周知の組換えＤＮＡ技術によって合成することができる。そのような技術は、詳細なプロトコルを有する周知の標準マニュアルで提供される。本発明のペプチドをコードする遺伝子を構築するために、アミノ酸配列を逆翻訳して、好ましくは遺伝子が発現される生物に最適なコドンを有するアミノ酸配列をコードする核酸配列を得る。次に、典型的には、ペプチドおよび必要な場合任意の調節エレメントをコードするオリゴヌクレオチドを合成することによって、合成遺伝子を作製する。合成遺伝子を適切なクローニングベクターに挿入し、宿主細胞にトランスフェクトする。次いで、ペプチドを、選択された発現系および宿主に適した適切な条件下で発現させる。ペプチドを精製し、標準的な方法によって特性評価する。
ペプチドは、例えば、Ａｄｖａｎｃｅｄ ＣｈｅｍｔｅｃｈまたはＳｙｍｐｈｏｎｙ Ｘから入手可能なハイスループット多重チャネルコンビナトリアルシンセサイザを使用して、ハイスループットのコンビナトリアル様式で作製することができる。ペプチド結合は、例えばペプチドの生理学的安定性を高めるために、レトロインベルソ結合（Ｃ（Ｏ）－ＮＨ）；還元アミド結合（ＮＨ－ＣＨ２）；チオメチレン結合（Ｓ－ＣＨ２またはＣＨ２－Ｓ）；オキソメチレン結合（Ｏ－ＣＨ２またはＣＨ２－Ｏ）；エチレン結合（ＣＨ２－ＣＨ２）；チオアミド結合（Ｃ（Ｓ）－ＮＨ）；トランス－オレフィン結合（ＣＨ＝ＣＨ）；フルオロ置換ｔｒａｎｓ－オレフィン結合（ＣＦ＝ＣＨ）；ケトメチレン結合（Ｃ（Ｏ）－ＣＨＲまたはＣＨＲ－Ｃ（Ｏ）［式中、ＲはＨまたはＣＨ３である］；およびフルオロ－ケトメチレン結合（Ｃ（Ｏ）－ＣＦＲまたはＣＦＲ－Ｃ（Ｏ）［式中、ＲはＨまたはＦまたはＣＨ３である］によって置き換えることができる。
ペプチドは、アセチル化、アミド化、ビオチン化、シンナモイル化、ファルネシル化、蛍光化、ホルミル化、ミリストイル化、パルミトイル化、他の脂質化（例えば、コレステロール）、リン酸化（Ｓｅｒ、ＴｙｒまたはＴｈｒ）、ステアロイル化、スクシニル化およびスルフリル化によってさらに改変することができる。上記のように、ペプチドは、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）；アルキル基（例えば、Ｃ１－Ｃ２０直鎖または分岐アルキル基）；脂肪酸ラジカル；およびそれらの組み合わせにコンジュゲートさせることができる。様々な長さのオレフィン側鎖を含有するα，α－二置換非天然アミノ酸は、公知の方法によって合成することができる（Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１３：９２７６，１９９１；Ｓｃｈａｆｍｅｉｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ．，１２２：５８９１，２０００；およびＢｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４４６：３６９，２００８；Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１１）。いくつかの例では、ｉ＋７に連結されたｉ、ｉ＋１４ステッチに連結されたｉ＋７が使用されるペプチドについては（ヘリックスの４ターンが安定化される）：１つのＲ－オクテニルアラニン（例えば、（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニン）、１つの（ｏｎｅ ｏｎｅ）ビス－ペンテニルグリシン（例えば、α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシン）、および１つのＲ－オクテニルアラニン（例えば、（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニン）が使用される。いくつかの例では、ｉ＋７に連結されたｉ、ｉ＋１４ステッチに連結されたｉ＋７が使用されるペプチドについては（ヘリックスの４ターンが安定化される）：１つのＳ－オクテニルアラニン（例えば、（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニン）、１つの（ｏｎｅ ｏｎｅ）ビス－ペンテニルグリシン（例えば、α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシン）、および１つのＲ－オクテニルアラニン（例えば、（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニン）が使用される。いくつかの例では、ｉ＋７に連結されたｉ、ｉ＋１４ステッチに連結されたｉ＋７が使用されるペプチドについては（ヘリックスの４ターンが安定化される）：１つのＳ－オクテニルアラニン（例えば、（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニン）、１つのビス－ペンテニルグリシン（例えば、α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシン）、および１つのＳ－オクテニルアラニン（例えば、（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニン）が使用される。いくつかの例では、ｉ＋７に連結されたｉ、ｉ＋１４ステッチに連結されたｉ＋７が使用されるペプチドについては（ヘリックスの４ターンが安定化される）：１つのＲ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）、１つのビス－オクテニルグリシン（例えば、α，α－ビス（７’－オクテニル）グリシン）、および１つのＳ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）が使用される。いくつかの例では、ｉ＋７に連結されたｉ、ｉ＋１４ステッチに連結されたｉ＋７が使用されるペプチドについては（ヘリックスの４ターンが安定化される）：１つのＲ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）、１つのビス－オクテニルグリシン（例えば、α，α－ビス（７’－オクテニル）グリシン）、および１つのＲ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）が使用される。いくつかの例では、ｉ＋７に連結されたｉ、ｉ＋１４ステッチに連結されたｉ＋７が使用されるペプチドについては（ヘリックスの４ターンが安定化される）：１つのＳ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）、１つのビス－オクテニルグリシン（例えば、α，α－ビス（７’－オクテニル）グリシン）、および１つのＲ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）が使用される。いくつかの例では、ｉ＋７に連結されたｉ、ｉ＋１４ステッチに連結されたｉ＋７が使用されるペプチドについては（ヘリックスの４ターンが安定化される）：１つのＳ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）、１つのビス－オクテニルグリシン（例えば、α，α－ビス（７’－オクテニル）グリシン）、および１つのＳ－ペンテニルアラニン（例えば、（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニン）が使用される。Ｒ－オクテニルアラニンは、出発キラル補助剤がＲ－アルキル立体異性体を与えることを除いて、同じ経路を使用して合成される。また、５－ヨードペンテンに代えて８－ヨードオクテンを用いる。ＭＢＨＡ樹脂上での固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）を使用して、固体支持体上で阻害剤を合成する（例えば、国際公開第２０１０／１４８３３５号を参照のこと）。
Ｆｍｏｃ保護α－アミノ酸（オレフィン系アミノ酸Ｎ－Ｆｍｏｃ－α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシン、（Ｓ）－Ｎ－Ｆｍｏｃ－α－（４’－ペンテニル）アラニン、（Ｒ）－Ｎ－Ｆｍｏｃ－α－（７’－オクテニル）アラニン、（Ｒ）－Ｎ－Ｆｍｏｃ－α－（７’－オクテニル）アラニンおよび（Ｒ）－Ｎ－Ｆｍｏｃ－α－（４’－ペンテニル）アラニン）、２－（６－クロロ－１－Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル）－１，１，３，３－テトラメチルアミニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＣＴＵ）およびＲｉｎｋ Ａｍｉｄｅ ＭＢＨＡは、例えばＮｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（サンディエゴ、カリフォルニア州）から市販されている。ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ－メチル－２－ピロリジノン（ＮＭＰ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（ＤＩＥＡ）、トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）、１，２－ジクロロエタン（ＤＣＥ）、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）およびピペリジンは、例えばＳｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。オレフィンアミノ酸合成は、当技術分野で報告されている（Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｓｙｎｔｈ．，８０：３１，２００３）。
また、本明細書中に開示されるペプチドを得る（例えば、合成する）、ステッチする、および精製するのに適した方法も、当該分野で公知である（例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ．ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４４６：３６９－３８６（２００８）；Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１１；Ｗａｌｅｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０５：１４６６－１４７０（２００４）；Ｓｃｈａｆｍｅｉｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２２：５８９１－５８９２（２０００）；２０１０年３月１８日に出願された米国特許出願第１２／５２５，１２３号；および２０１０年５月２５日に発行された米国特許第７，７２３，４６８号を参照されたい。これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
いくつかの例では、ペプチドは、ステッチされていないもしくはステープルされていないペプチド夾雑物を実質的に含まないか、または単離される。ペプチドを精製する方法には、例えば、固相支持体上でペプチドを合成することが含まれる。環化後、固相支持体を単離し、ＤＭＳＯ、ＤＭＳＯ／ジクロロメタン混合物、またはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物などの溶媒の溶液に懸濁させることができる。ＤＭＳＯ／ジクロロメタンまたはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物は、約３０％、４０％、５０％または６０％のＤＭＳＯを含み得る。具体的な例では、５０％／５０％ ＤＭＳＯ／ＮＭＰ溶液が使用される。溶液を１、６、１２または２４時間インキュベートしてもよく、その後、樹脂を例えばジクロロメタンまたはＮＭＰで洗浄してもよい。１つの例では、樹脂をＮＭＰで洗浄する。振とうおよび溶液中に不活性ガスをバブリングしてもよい。
本開示のステッチまたはステープルペプチドの特性は、例えば、以下および実施例に記載される方法を用いてアッセイすることができる。
安定化ペプチドの特性および有効性を決定するためのアッセイ
αヘリシティを決定するためのアッセイ：化合物を水溶液（例えば、５μＭリン酸カリウム溶液（ｐＨ７）または蒸留Ｈ２Ｏ、２５～５０μＭの濃度まで）に溶解する。円偏光二色性（ＣＤ）スペクトルは、標準測定パラメータ（例えば、温度２０℃；波長１９０～２６０ ｎｍ；ステップ分解能０．５ｎｍ；速度２０ｎｍ／秒；アキュムレーション１０；応答１秒；バンド幅１ｎｍ；経路長０．１ｃｍ）を用いて分光偏光計（例えば、Ｊａｓｃｏ Ｊ－７１０、Ａｖｉｖ）で得られる。各ペプチドのαらせん含量は、平均残基楕円率をモデルらせんデカペプチドの報告値で割ることによって計算される（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１９８６）。
融解温度（Ｔｍ）を決定するためのアッセイ：架橋または非改変鋳型ペプチドを蒸留Ｈ２Ｏまたは他の緩衝液または溶媒に（例えば５０μＭの最終濃度で）溶解し、標準パラメータ（例えば、波長２２２ｎｍ；ステップ分解能０．５ｎｍ；速度２０ｎｍ／秒；アキュムレーション１０；応答１秒；バンド幅１ｎｍ；昇温速度：１℃／分；経路長０．１ ｃｍ）を用いて分光偏光計（例えば、Ｊａｓｃｏ Ｊ－７１０、Ａｖｉｖ）で温度範囲（例えば４～９５℃）にわたって楕円率の変化を測定することによってＴｍを決定する。
インビトロでのプロテアーゼ耐性アッセイ：ペプチド骨格のアミド結合はプロテアーゼによる加水分解を受けやすく、それによってペプチド性化合物をインビボでの急速分解に対して脆弱にする。しかしながら、ペプチドヘリックス形成は、典型的には、アミド骨格を埋め込み、および／またはねじる、および／または遮蔽し、したがってタンパク質分解的切断を防止または実質的に遅延させ得る。本発明のペプチド模倣大環状分子をインビトロ酵素タンパク質分解（例えば、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン）に供して、対応する未架橋または代替的にステープルしたポリペプチドと比較して、分解速度の任意の変化を評価することができる。例えば、ペプチド模倣大環状分子および対応する未架橋ポリペプチドをトリプシンアガロースと共にインキュベートし、遠心分離およびその後のＨＰＬＣ注入によって様々な時点で反応をクエンチして、２８０ｎｍでの紫外線吸収によって残留基質を定量する。簡潔には、ペプチド模倣大環状分子およびペプチド模倣前駆体（５ｍｃｇ）を、トリプシンアガロース（Ｐｉｅｒｃｅ）（Ｓ／Ｅ約１２５）と共に０、１０、２０、９０および１８０分間インキュベートする。反応物を卓上遠心分離によって高速でクエンチする；単離された上清中の残りの基質を、２８０ｎｍでのＨＰＬＣに基づくピーク検出によって定量する。タンパク質分解反応は一次速度論を示し、速度定数ｋは、時間に対するｌｎ［Ｓ］のプロットから決定される。
ペプチド模倣大環状分子および／または対応する未架橋ポリペプチドをそれぞれ、新鮮なマウス、ラットおよび／またはヒト血清（例えば１～２ｍＬ）と共に３７℃で、例えば０、１、２、４、８および２４時間インキュベートすることができる。異なる大環状分子濃度のサンプルは、血清で段階希釈することによって調製され得る。インタクトな化合物のレベルを決定するために、以下の手順を使用することができる：サンプルを、例えば、１００μＬの血清を２ｍｌ遠心管に移し、続いて１０μＬの５０％ギ酸および５００μＬのアセトニトリルを添加し、１４，０００ ＲＰＭで１０分間、４＋／－２℃で遠心分離することによって抽出する。次いで、上清を新しい２ｍｌチューブに移し、Ｎ２＜１０ ｐｓｉ、３７℃下、Ｔｕｒｂｏｖａｐでエバポレートする。サンプルを１００μＬの５０：５０アセトニトリル：水で再構成し、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析に供する。エクスビボ安定性を試験するための同等または類似の手順は公知であり、血清中の大環状分子の安定性を決定するために使用され得る。
血漿安定性アッセイ：ステープルペプチド安定性は、リチウムヘパリン管に収集した新たに採取したマウス血漿中で試験することができる。１０μＭの個々のペプチドを添加した５００μｌの血漿を用いて、三連のインキュベーションを設定する。サンプルを３７℃のオービタルシェーカー中で穏やかに振盪し、２５μｌのアリコートを０、５、１５、３０、６０、２４０、３６０および４８０分で取り出し、１０％メタノール：１０％水：８０％アセトニトリルを含有する１００μｌの混合物に添加して、ペプチドのさらなる分解を停止させる。サンプルをアッセイの期間にわたって氷上に静置させ、次いで、ＭｕｌｔｉＳｃｒｅｅｎ Ｓｏｌｖｉｎｅｒｔ ０．４５μｍ低結合親水性ＰＴＦＥプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）に移す。濾液をＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって直接分析する。ペプチドは、Ｓｃｉｅｘ ５５００質量分析計を使用して二重または三重荷電イオンとして検出される。残存ペプチドのパーセンテージを、クロマトグラフィのピーク面積の減少によって決定し、対数変換して半減期を計算する。
インビボでのプロテアーゼ耐性アッセイ：ペプチドステープルの重要な利点は、インビトロでのプロテアーゼ耐性をインビボで著しく改善された薬物動態に変換することである。
液体クロマトグラフィ／質量分析に基づく分析アッセイを使用して、血漿中のＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２レベルを検出および定量する。薬物動態分析のために、ペプチドを滅菌５％デキストロース水溶液（１ｍｇ／ｍＬ）に溶解し、ボーラス尾静脈または腹腔内注射（例えば、５、１０、２５、５０ｍｇ／ｋｇ）によってＣ５７ＢＬ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）に投与する。各時点で５匹の動物に投与した５、３０、６０、１２０および２４０分後に後眼窩穿刺によって血液を採取する。遠心分離（２，５００×ｇ、５分、４℃）後に血漿を採取し、アッセイするまで－７０℃で保存する。血漿中のペプチド濃度を、エレクトロスプレーイオン化質量分析検出（Ａｒｉｓｔｏｔｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．，２００７；Ｗａｌｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｃｈｅｍ．，２００４）を用いた逆相高速液体クロマトグラフィによって決定する。試験サンプルを、１．０μｇ／ｍＬ～５０．０μｇ／ｍＬの範囲の濃度の血漿中ペプチドの一連の７つの較正標準、内部標準の添加の有りまたは無しでアッセイした薬物なしの血漿、および３つの品質管理サンプル（例えば、３．７５、１５．０、および４５．０μｇ／ｍＬ）と共にアッセイする。標準曲線は、各較正標準における既知の薬物濃度に対して分析物／内部標準クロマトグラフィーピーク面積比をプロットすることによって構築される。線形最小二乗回帰は、較正標準の数に正規化された分析物濃度の逆数に比例する重み付けで実行される。最良適合線の傾きおよびｙ切片の値を用いて、試験サンプル中の薬物濃度を計算する。血漿濃度－時間曲線を、ＷｉｎＮｏｎｌｉｎ Ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ ５．０ソフトウェア（Ｐｈａｒｓｉｇｈｔ Ｃｏｒｐ．，Ｃａｒｙ，ＮＣ）を使用する標準的な非コンパートメント法によって分析して、初期および末期の血漿半減期、ピーク血漿レベル、総血漿クリアランス、および見かけの分布容積などの薬物動態パラメータを得る。
局所投与後の鼻粘膜（すなわち、点鼻薬）および噴霧後の呼吸器粘膜におけるＣＯＶＩＤ－１９（ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）ペプチドの安定化アルファ－ヘリックスの持続性を、ウイルス融合および播種の感染前および感染後の遮断に関連して調べる。マウスを、ｒｇＣＯＶＩＤ－１９による鼻腔内感染（intransal infection）に先立つ一連の間隔での点鼻薬またはネブライザーによる単一ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２処置に曝露し、粘膜感染からの保護期間（上記のように組織学的に、または下記のようにＰＣＲによって評価される）を用いて、ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２構築物の相対的粘膜安定性および予防有効性を測定した。
インビトロ結合アッセイ：アクセプタータンパク質に対するペプチド模倣大環状分子およびペプチド模倣前駆体の結合および親和性を評価するために、例えば、蛍光偏光アッセイ（ＦＰＡ）を使用することができる。ＦＰＡ技術は、偏光および蛍光トレーサを使用して分子配向および移動度を測定する。偏光で励起されると、分子またはペプチドに結合し、次いで高い見かけの分子量のタンパク質に結合した蛍光トレーサー（例えば、ＦＩＴＣ）（例えば、大きなタンパク質に結合したＦＩＴＣ標識ペプチド）は、より小さな分子またはペプチド単独に結合した蛍光トレーサー（例えば、溶液中に遊離のＦＩＴＣ標識ペプチド）と比較して、タンパク質結合の際の回転速度が遅いため、より高いレベルの偏光蛍光を放出する。
ペプチド－タンパク質相互作用のアンタゴニストを特徴付けるためのインビトロ置換アッセイ：ペプチドとアクセプタータンパク質との間の相互作用に拮抗する化合物の結合および親和性を評価するために、例えば、鋳型ペプチド配列に由来する蛍光化ペプチドまたはペプチド模倣大環状分子を利用する蛍光偏光アッセイ（ＦＰＡ）が使用される。ＦＰＡ技術は、偏光および蛍光トレーサを使用して分子配向および移動度を測定する。偏光で励起されると、高い見かけの分子量を有するタンパク質に結合した分子に結合した蛍光トレーサー（例えば、ＦＩＴＣ）（例えば、大きなタンパク質に結合したＦＩＴＣ標識ペプチド）は、ＦＩＴＣ誘導体化分子単独（例えば、溶液中に遊離のＦＩＴＣ標識ペプチド）と比較して回転速度が遅いため、より高いレベルの偏光蛍光を放出する。蛍光化ペプチドとアクセプタータンパク質との間の相互作用に拮抗する化合物は、競合結合ＦＰＡ実験で検出され、相互作用を破壊する際の化合物の異なる効力を定量し、比較することができる。
５ヘリックスバンドルタンパク質の産生および蛍光偏光アッセイ：短いペプチドリンカーによって接続されたヘアピンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ三量体のコアを構成する６つのヘリックスのうち５つを含むＣ末端ヘキサ－Ｈｉｓ（配列番号１０１）タグ付き組換え５－ヘリックスバンドル（５ＨＢ）タンパク質をｇｐ４１ ５－ＨＢの設計に従って設計する（Ｒｏｏｔ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９１（５５０５）：８８４－８（２００１）；Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１４ Ｍａｙ；１２４（５）：２１１３－２４）。プラスミドを大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）に形質転換し、ルリアブロス中で培養し、０．１Ｍのイソプロピルβ－Ｄ－チオガラクトシドを用いて３７℃で一晩誘導する。細胞を５，０００ｇで２０分間の遠心分離によって回収し、緩衝液Ａ（１００ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４、２０ｍＭのＴｒｉｓ、８Ｍの尿素；ｐＨ７．４）に再懸濁し、４℃で一晩撹拌することによって溶解する。混合物を遠心分離（３５，０００ｇで３０分間）によって清澄化した後、室温でニッケル－ニトリロ三酢酸（Ｎｉ－ＮＴＡ）アガロース（Ｑｉａｇｅｎ）カラムに結合させる。結合した５－ＨＢを緩衝液Ａ（ｐＨ６．３）で洗浄し、緩衝液Ａ（ｐＨ４．５）で溶出し、ＰＢＳ（５０ｍＭのリン酸ナトリウム、１００ｍＭのＮａＣｌ；ｐＨ７．５）で希釈（１：２）することにより再生し、１０ｋＤａのＡｍｉｃｏｎセントリコンで濃縮し（７回希釈および再濃縮）、約１ｍｇ／ｍｌのタンパク質溶液を得る。タンパク質の純度をＳＤＳ－ＰＡＧＥによって評価し、９０％超であると決定する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ ＨＲ２の蛍光化ペプチド（２５ｎＭ）を室温結合緩衝液（５０ｍＭのリン酸ナトリウム、１００ｍＭのＮａＣｌ；ｐＨ７．５）中で指示される濃度で５－ＨＢタンパク質と共にインキュベートする。平衡時（例えば１０分）の直接結合活性を、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ Ｍ５マイクロプレートリーダー（ＢＭＧ Ｌａｂｔｅｃｈ）を使用して蛍光偏光によって測定する。競合的結合アッセイのために、直接結合のためのＥＣ９０を反映する固定濃度のＦＩＴＣ－ペプチドおよび５－ＨＢタンパク質をその後、アセチル化ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの段階希釈物とインキュベートして、比較分析のための競合曲線を作成する。結合アッセイを３連で行い、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用して競合結合等温線の非線形回帰分析によってＫｉｓを計算する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルへの結合活性をスクリーニングするアッセイ：
いくつかの例では、本明細書に開示される方法は、直接および競合スクリーニングアッセイを含む。例えば、方法は、作用物質が、本明細書に開示される１またはそれを超えるペプチドの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）への結合を変化させる（例えば、低減する）かどうかを決定することを含み得る。いくつかの例では、方法は、（ｉ）本明細書中に開示される１またはそれを超えるペプチドとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）との間の結合レベルを（例えば、作用物質の非存在下で）決定すること；（ｉｉ）作用物質の存在下で、１またはそれを超えるペプチド（例えば、１またはそれを超える（ｉ）のペプチド）とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）との間の結合レベルを検出することであって、１またはそれを超えるペプチドとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）との間の結合レベルの変化（例えば、低減）が、その作用物質がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する候補作用物質であることを示す、検出すること；および（ｉｉｉ）候補作用物質を選択することを含む。いくつかの例では、ステップ（ｉ）は、１またはそれを超えるペプチドをＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）と接触させること、および、１またはそれを超えるペプチドとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）との結合レベルを検出することを含む。いくつかの例では、ステップ（ｉｉ）は、１またはそれを超えるペプチドおよび作用物質をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）と接触させること、および、１またはそれを超えるペプチドとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）との結合レベルを検出することを含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）を、１またはそれを超えるペプチドおよび作用物質と同時または異なる時間に接触させることができる（例えば、１またはそれを超えるペプチドを、作用物質の前または後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルに）と接触させることができる）。いくつかの実施形態では、候補作用物質を適切な動物モデル（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９の動物モデル）に投与して、作用物質が動物におけるＣＯＶＩＤ－１９感染レベルを低減させるかどうかを決定する。
いくつかの例では、ペプチドおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヘリックスバンドルの一方または両方が標識を含むことができ、ペプチドおよび／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヘリックスバンドルの検出を可能にする。いくつかの例では、ペプチドは標識を含む。いくつかの例では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヘリックスバンドルは標識を含む。いくつかの例では、ペプチドおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヘリックスバンドルの両方は標識を含む。標識は、蛍光標識、放射性同位体標識、または酵素標識を含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の任意の標識であり得る。いくつかの例では、標識はそれ自体で直接検出可能である（例えば、放射性同位体標識または蛍光標識）。いくつかの例では（例えば、酵素標識の場合）、標識は、例えば、化学基質化合物または組成物の化学的変化を触媒することによって間接的に検出可能であり、化学基質化合物または組成物は直接検出可能である。
ＥＬＩＳＡによる競合的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢ結合アッセイ：マイクロウェルを、ニュートラアビジン（４μｇ／ｍｌ）を含有する５０μｌのＰＢＳで４℃で一晩コーティングする。ウェルを、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標） ２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳ－Ｔ）で２回洗浄し、ＰＢＳ－Ｔ中の４％ ＢＳＡで３７℃で４５分間ブロッキングする。次に、５０μｌの２５０ｎＭビオチン化ＰＥＧ２－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（配列番号９）を、１％ ＢＳＡを含むＰＢＳ－Ｔ中に添加し、振とうしながら１時間インキュベートし、引き続いて３００μｌのＰＢＳ－Ｔで４回洗浄する。次に、１％ ＢＳＡを含む５０μＬのＰＢＳ－Ｔ中の５０ｎＭの組換え５－ＨＢを含む１０μＭから始まるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの１：２段階希釈物をプレートに加え、室温で２時間振とうした後に、３００μＬのＰＢＳ－Ｔで４回洗浄する。最後に、６×Ｈｉｓタグ－ＨＲＰコンジュゲート化ヤギポリクローナルの１：５０００希釈物５０μＬを添加する。室温で４０分間のインキュベーション後、ウェルを５回洗浄し、５０μｌのテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）溶液を加えることによって発色させる。２０分後、ＴＭＢ溶液を含むウェルを、５０μｌのＨ２ＳＯ４（２Ｍ）を添加することによって停止させ、４５０ｎｍでの吸光度をマイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）で読み取る。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｇｒａｐｈｐａｄ）を使用して、得られた結合曲線の内挿によって、最大半量シグナル（ＩＣ５０）に対応する競合ペプチドの濃度を決定する。各ペプチド競合剤を、少なくとも２つの別々の実験において三連で試験する。
細胞透過性アッセイ：ペプチドまたは架橋ポリペプチドの細胞透過性を測定するために、無血清培地またはヒト血清を補充した培地中、３７℃で蛍光化架橋ポリペプチド（１０μＭ）と共にインタクトな細胞を４時間インキュベートし、培地で２回洗浄し、３７℃で１０分間トリプシン（０．２５％）と共にインキュベートする。細胞を再度洗浄し、ＰＢＳに再懸濁する。細胞蛍光は、例えば、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターまたはＣｅｌｌｏｍｉｃｓのＫｉｎｅｔｉｃＳｃａｎＲＴＭ ＨＣＳリーダーのいずれかを使用することによって分析される。
抗ウイルス有効性アッセイ：ＣＯＶＩＤ－１９感染の予防および処置におけるＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの有効性を単層細胞培養物において評価する。ウイルス検出プラットフォームは、エボラウイルスに対する以前のスクリーニングに基づいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用に開発されている（Ａｎａｎｔｐａｄｍａ Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．２０１６；６０（８）：４４７１－８１．Ｅｐｕｂ ２０１６／０５／１１．ｄｏｉ：１０．１１２８／ＡＡＣ．００５４３－１６．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２７１６１６２２；ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ４９５８２０５を参照のこと）。３８４ウェル形式でプレーティングしたＶｅｒｏ Ｅ６細胞を、ステープルペプチドの段階希釈物（例えば、１０μＭの開始用量）により１時間処理し、３連で行い、その後、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による４時間のチャレンジを行い、１０％～２０％の細胞の対照感染を達成する（アッセイにおける試験化合物のダイナミックレンジを評価するための所定の最適な感染力）。次いで、感染細胞を洗浄し、４％パラホルムアルデヒドで固定し、ＰＢＳで再洗浄し、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドモノクローナル抗体、引き続いて抗Ｉｇ二次抗体（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８；Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で免疫染色し、細胞体をＨＣＳ ＣｅｌｌＭａｓｋブルーで対比染色する。細胞をＮｉｋｏｎ Ｔｉ Ｅｃｌｉｐｓｅ自動顕微鏡でｚ平面にわたって画像化し、ＣｅｌｌＰｒｏｆｉｌｅｒソフトウェアによって分析し、感染した細胞を総細胞で割ることによって感染効率を計算する。対照細胞傷害性アッセイを、Ｃｅｌｌ－Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）アッセイおよびＬＤＨ放出（Ｒｏｃｈｅ）アッセイを使用して行う。
別のアプローチでは、ｑＰＣＲに基づくウイルス検出を、ＡＣＥ２を発現する天然に感受性のヒト由来Ｈｕｈ７７０細胞およびＣａｌｕ－３７１細胞、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス（例えば、ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０；香港ＶＭ２０００１０６１）に感染したＭａｔＴｅｋ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ一次肺上皮細胞モデルおよび肺胞細胞モデルにおいて使用する。培養細胞をステープルペプチドの段階希釈物で１時間処理し、続いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でチャレンジする。培養上清をサンプリングし、ＲＮＡｓｅ阻害剤の存在下でウイルスを溶解し、記載のようにＲＴおよびｑＰＣＲを行う。Ｓｕｚｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ．２０１８（１４１）．Ｅｐｕｂ ２０１８／１１／２０．ｄｏｉ：１０．３７９１／５８４０７を参照のこと。ＣＤＣによって検証されたＢＨＱクエンチ色素対プライマーをＩＤＴから購入し、Ｃｔ値からゲノム等価物を計算する。
さらに別のアプローチでは、偽型ウイルスを使用してＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルペプチドの抗ウイルス活性を評価する。ＧＦＰ（カタログ番号ＲＶＰ－７０１Ｇ、ロット番号ＣＧ－１１３Ａ）レポーターを有する２９３Ｔ－ｈｓＡＣＥ２安定細胞株（カタログ番号Ｃ－ＨＡ１０１）および偽型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１株）粒子を使用する（Ｉｎｔｅｇｒａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）。中和アッセイは、製造業者のプロトコルに従って行う。簡単に記載すると、５μＬの単回用量のペプチド（５μＭの最終用量）を、５μＬの偽型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ＧＦＰと共に３７℃で１時間、３８４ウェルの黒色透明底プレートにおいてインキュベートし、続いて、３０μＬの１，０００個の２９３Ｔ－ｈｓＡＣＥ２細胞を添加し（１０％ ＦＢＳ ＤＭＥＭ、フェノールレッド非含有培地中）、４８時間または７２時間、加湿インキュベーターに入れる。Ｈｏｅｃｈｓｔ ３３３４２およびＤＲＡＱ７染料を添加し、プレートをＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＩｍａｇｅＸｐｒｅｓｓ Ｍｉｃｒｏ Ｃｏｎｆｏｃａｌ Ｌａｓｅｒ上で倍率１０倍で画像化する。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｇｒａｐｈｐａｄ）を使用して、ＧＦＰ（＋）細胞を計数し、プロットする。
リード・ステープルペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防する能力を評価するために、Ｋ１８－ｈＡＣＥ２（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）マウス（ｎ＝１０／アーム；雄５匹、雌５匹）の鼻腔内投与または中咽頭経路によって、ステープルペプチドまたはビヒクルを投与し、２４時間後、１０４ＰＦＵのウイルス投与量を鼻腔内接種する。剖検による評価のためにマウスを４日後（ウイルス血症のピーク）に安楽死させ、ウイルス量を、組織溶解装置（tissuelyzer）（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して記載されるように調製される肺ホモジネートの上清サンプルからのｑＰＣＲによって定量した。Ｂａｏ Ｌ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ．２０２０．Ｅｐｕｂ ２０２０／０５／０８；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８６－０２０－２３１２－ｙを参照のこと。確立されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置または緩和するリード・ステープルペプチドの能力を評価するために、Ｋ１８－ｈＡＣＥ２マウス（ｎ＝１０／アーム；雄５匹、雌５匹）に１日目に１０４ＰＦＵのウイルス投与量で鼻腔内接種し、続いて１０日間（２日目～１２日目）、ステープルペプチドまたはビヒクルで毎日、中咽頭または腹腔内処置する。代替の設計では、症状または陽性試験に基づく治療開始をシミュレートするために、接種後３～５日まで投与を遅らせる。マウスを継続的にモニタリングして体重および臨床徴候を記録し、１０％超の体重減少、呼吸困難および／または発育不全として疾患の進行をスコア化する。次いで、マウスを保護するための最小用量を決定するために、最も効果的な化合物の用量および経路を予防研究および処置研究の両方で精査する。４つの処置群（ｎ＝１０；雄５匹、雌５匹）に元の用量を投与し、次いで、４倍の増分で３つの漸減用量を投与する点を除き、同じ実験計画を使用する。
臨床試験：ヒトの処置に対する本発明の架橋ポリペプチドの適合性を決定するために、臨床試験を実施することができる。例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に曝露されたまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染と診断された患者を選択し、処置群と１またはそれを超える対照群に分け、処置群には本発明の架橋ポリペプチドを投与し、対照群にはプラセボまたは既知の抗ウイルス薬を投与する。したがって、本発明の架橋ポリペプチドの処置安全性および有効性は、症状の予防、症状の消散までの時間、および／または全体的な感染重症度などの因子に関して患者群の比較を行うことによって評価することができる。別の例では、非感染患者を同定し、架橋ポリペプチドまたはプラセボのいずれかを与える。処置を受けた後、患者を追跡する。両方の例において、架橋ポリペプチドで処置されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２曝露患者群は感染の発症を回避するか、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を有する患者群は、プラセボで処置された患者対照群と比較して症状の消散または軽減を示す。
以下の実施例は、特許請求される発明をよりよく説明するために提供され、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。特定の材料が言及されている限り、それは単に例示の目的のためであり、本発明を限定することを意図しない。当業者は、本発明の能力を発揮することなく、かつ本発明の範囲から逸脱することなく、同等の手段または反応物を開発することができる。
実施例１：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ステープルペプチドの設計および合成
コロナウイルスの宿主細胞への融合を阻止し得るペプチドを設計するために、示差的に局在化した化学ステープルを有する一連のステープルペプチドを設計した。選択（ｉ，ｉ＋４）または（ｉ，ｉ＋７）位置で天然残基をα，α－二置換非天然オレフィン残基（「Ｘ」）およびそれらの組み合わせによって二重ステープルまたはステッチの形態で置き換え、続いてルテニウム触媒オレフィンメタセシスによって、示差的に局在化した化学ステープルを表面糖タンパク質［重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２］の配列（図１参照）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ドメイン（すなわち、アミノ酸１１６９～１２１０または１１７９～１１９７）内に配置した（表１参照）。いくつかの設計は、らせんの非相互作用両親媒性面上またはらせんの疎水性相互作用面と両親媒性面との境界の位置にステープルを組み込む（図４および図５）。
ｉ，ｉ＋４位（すなわち、隣接する３アミノ酸）で、２つの天然に存在するアミノ酸を非天然Ｓ－２－（４’－ペンテニル）アラニン（Ｓ５）アミノ酸で置き換えて１つのαらせんターンにわたるステープルを生成することによって、またはｉ，ｉ＋７位で、（Ｒ）－２－（（（９Ｈ－フルオレン－９－イル）メトキシ）カルボニルアミノ）－２－メチル－デカ－９－エン酸（Ｒ８）およびＳ５を組み合わせてそれぞれ置き換えて２つのαらせんターンにわたるステープルを生成することによって、ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２構築物を設計した。α，α－二置換アミノ酸の不斉合成を、以前に詳細に記載されたように行った（Ｓｃｈａｆｍｅｉｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２０００；Ｗａｌｅｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００４；Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１１（それぞれ参照によりその全体が組み込まれる））。
「ステープルスキャン」を実施して、最適化された構築物および陰性対照変異体の設計を決定する、相互作用に重要な残基および結合表面をそれぞれ同定した。実験用途に応じて、ＳＡＨのＮ末端をアセチルまたはフルオロフォア（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン）でキャップした。
二重ステープルペプチドは、２つのＳ５－Ｓ５、２つの－Ｒ８－Ｓ５、または架橋非天然アミノ酸の他の組み合わせを組み込むことによって生成された。多重ステープルまたはステッチペプチドは、同様の原理を使用して生成される。
表１に示すＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの合成は、固相Ｆｍｏｃ化学およびルテニウム触媒オレフィンメタセシスを用いて行い、その後、ペプチドの脱保護および開裂、逆相高速液体クロマトグラフィ／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）による精製、およびアミノ酸分析（ＡＡＡ）による定量を行った（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２００８）。
実施例２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ステープルペプチドのアルファらせん安定化の評価
一般に、短いペプチドは、溶液中で有意なαらせん構造を示さない。これは、立体構造的に制限された構造を維持するエントロピーコストが、ペプチド骨格の水素結合からのエンタルピー利得によって克服されないためである。炭化水素ステープルペプチドの二次構造改善を実証するために、円二色性（ＣＤ）スペクトルを記録し、Ｍｏｄｅｌ ４１０ Ａｖｉｖ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ分光計で分析した。１ｍｍ経路長のセルを用いて、１９０～２６０ｎｍを０．５ｎｍ刻みで５回スキャンし、０．５秒の平均化時間でまとめて平均化することにより、各スペクトルを得た。ＣＤ研究のための標的ペプチド濃度は、５０ｍＭリン酸カリウム（ｐＨ７．５）またはＭｉｌｌｉ－Ｑ脱イオン水中２５～５０μＭであり、正確な濃度は２つのＣＤサンプル希釈物の定量的ＡＡＡによって確認された。ＣＤスペクトルを最初に波長対ミリ度としてプロットした。正確なペプチド濃度が確認された時点で、度・ｃｍ２・ｄｍｏｌ－１・残基－１の単位での平均残基楕円率［θ］を、式：［θ］＝ミリ度／モル濃度／アミノ酸残基数から算出した。平均残基楕円率への変換後、ヘリシティ（％）＝１００ｘ［θ］２２２／最大［θ］２２２の等式（式中、最大［θ］２２２＝－４０，０００ｘ［１－（２．５／アミノ酸残基の数）］）を使用してαヘリシティのパーセントを計算した。α－らせん構造を強化するステープル構築物を、プロテアーゼ耐性試験、結合分析、および抗ウイルス活性アッセイに進めた。図１２Ａおよび図１２Ｂは、配列番号１０、９、１０６および１１０に対応するステープルなしのＨＲ２ペプチドは、円二色性分析によって溶液中でアルファらせん構造をほとんどまたは全く示さなかったが、そのような配列への二重ステープル（すなわち、配列番号４９、配列番号５１、１５８および配列番号１７７）およびステッチ（すなわち、配列番号４７および４８）の挿入は、［θ］２２２における吸収の漸進的増加によって証明されるように、アルファヘリシティを効果的に誘導したことを示す。α－らせん構造を強化したこのようなステープル構築物を、プロテアーゼ耐性試験、結合分析、および抗ウイルス活性アッセイに進めた。
実施例３：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ステープルペプチドのプロテアーゼ耐性の決定
線状ペプチドは、インビトロおよびインビボで急速なタンパク質分解を受けやすく、機構的分析および治療的使用のための天然ペプチドの適用を制限する。対照的に、構造化ペプチドヘリックスの水素結合ネットワークに関与するアミド結合は、炭化水素ステープル自体によって遮蔽された残基と同様に、不十分な酵素基質である（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ，２０１０）。炭化水素ステープルによってもたらされる相対的なプロテアーゼ耐性を評価するために、以下のパラメータを使用して、ＬＣ／ＭＳ（Ａｇｉｌｅｎｔ １２００）によってインビトロでのタンパク質分解を測定した：２０μＬ注入、０．６ｍＬ流速、１０分にわたる水（０．１％ギ酸）から２０～８０％アセトニトリル（０．０７５％ギ酸）への勾配からなる１５分間のランタイム、開始勾配条件に戻すための４分間の洗浄、および０．５分間の後時間。ＤＡＤシグナルを８ｎｍの帯域幅で２８０ｎｍに設定し、ＭＳＤを（Ｍ＋２Ｈ）／２，＋／－１質量単位の一方のチャネルおよび（Ｍ＋３Ｈ）／３，＋／－１質量単位の他方のチャネルでスキャンモードに設定した。各ＭＳＤシグナルの積分により、＞１０８カウントの曲線下面積が得られた。反応サンプルは、ＤＭＳＯ中５μＬのペプチド（１ｍＭストック）および５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ（ｐＨ７．４）からなる１９５μＬの緩衝液から構成された。０時間の時点のサンプルを注入してから、２μＬの１００ｎｇ／μＬプロテイナーゼＫ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を添加し、経時的な連続注入によってインタクトなペプチドの量を定量した。１００μＭの濃度のアセチル化トリプトファンカルボキサミドの内部対照を使用して、各ＭＳＤデータポイントを正規化する。ＭＳＤ面積対時間のプロットは指数関数的減衰曲線を与え、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用して非線形回帰分析によって半減期を決定した。図１３および図１３Ｂは、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）への二重ステープルまたはステッチの挿入が、配列、ステープルの種類、およびステープルの位置に応じて、ステープルなし配列と比較して顕著なプロテアーゼ安定性をどのように付与したかを示す。図１３Ａは、二重ステープルまたはステッチの両方（配列番号４８および５２）がプロテイナーゼＫ処理に対する顕著な耐性を付与したのに対して（半減期＞１０００分）、ステープルなしの配列（配列番号１０）は急速に消化された（半減期３５分）ことを示す。図１３Ｂは、より長いステープルなしＨＲ２配列（配列番号９）がプロテイナーゼＫによって迅速に消化され（半減期２５分）、二重ステープルＯ、Ｓ（配列番号１５８）の挿入はタンパク質分解耐性をわずかに増強するだけであった（半減期３３分）のに対して、別のＨＲ２型配列（配列番号１１１）への二重ステープルＮ、Ｓ（配列番号１７７）の挿入は、プロテイナーゼＫに対する有意なタンパク質分解耐性を付与した（半減期８４０分）ことを示す。ステープルペプチドのプロテアーゼ耐性および安定性も、マウス血漿安定性アッセイの使用によって測定した。リチウムヘパリン管に収集した新たに採取したマウス血漿中で、ステープルペプチド安定性をで試験した。１０μＭの個々のペプチドを添加した５００μｌの血漿を用いて、三連のインキュベーションを設定した。サンプルを３７℃のオービタルシェーカー中で穏やかに振盪し、２５μｌのアリコートを０、５、１５、３０、６０、２４０、３６０および４８０分で取り出し、１０％メタノール：１０％水：８０％アセトニトリルを含有する１００μｌの混合物に添加して、ペプチドのさらなる分解を停止させた。サンプルをアッセイの期間にわたって氷上に静置させ、次いで、ＭｕｌｔｉＳｃｒｅｅｎ Ｓｏｌｖｉｎｅｒｔ ０．４５μｍ低結合親水性ＰＴＦＥプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）に移した。濾液をＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって直接分析した。ペプチドを、Ｓｃｉｅｘ ５５００質量分析計を使用して二重または三重荷電イオンとして検出した。残存ペプチドのパーセンテージを、クロマトグラフィのピーク面積の減少によって決定し、対数変換して半減期を計算した。図１４Ａおよび図１４Ｂは、図１４Ａの配列番号５１（ステープルＮ、Ｔ）および図１４Ｂの配列番号５２（ステープルＯ、Ｔ）を含む、コア鋳型配列（ａａ１１６９～１１９７）の２つの二重ステープルペプチドが、マウス血漿とのインキュベーションの際に経時的に分解を全く示さなかったことを示す。
実施例４：ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２結合活性の調査
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２融合性バンドルに対する直接結合親和性を測定するために、組換え５ヘリックスバンドルタンパク質および蛍光ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（励起波長４８８ｎｍおよび発光波長５２２ｎｍを有する）を使用して、表１に示す配列のＮ末端にＦＩＴＣ－ｂＡｌａを付加することによって直接蛍光偏光アッセイ（ＦＰＡ）を実施した。より具体的には、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックスバンドルの設計に従って、短いペプチドリンカーによって接続されたヘアピンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２三量体のコアを構成する６つのヘリックスのうちの５つを含む組換え５－ヘリックスバンドルタンパク質（配列番号２６３）を設計した。組換え５ヘリックスバンドルは、第３のＨＲ ２ヘリックスを欠いているが、他の点では可溶性で安定でらせん状であるので、ＦＩＴＣ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１７９－１１９７）または－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（１１６９－１２１０）ペプチドおよびその誘導体の形態の第６のＨＲ２ペプチドの組み込みは、安定な複合体をもたらし、これをＦＰＡによってモニターして直接結合親和性を測定することができる。ＦＰＡアッセイを使用して、５ヘリックス融合バンドルに対する異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２構築物の相対的結合活性を測定および比較した。ＦＩＴＣ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチドを組換え５ヘリックスバンドルタンパク質の段階希釈物と混合して、結合等温線を生成した。蛍光偏光（ｍＰ単位）をＳｐｅｃｔｒａＭａｘ蛍光光度計で測定し、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｇｒａｐｈｐａｄ）を使用して競合曲線の非線形回帰分析によってＥＣ５０値を計算した。
図１５Ａおよび図１５Ｂは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化ｉ、ｉ＋４ステープルスキャンライブラリを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１５Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、ｉ、ｉ＋４ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１５Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光ｉ、ｉ＋４ステープルスキャンライブラリの用量応答曲線を示し、特定のステープル位置に応じて、ｉ、ｉ＋４ステープルペプチドは、ステープルなしのコア鋳型配列よりも良好に、類似して、またはより悪く結合することを強調している。図１６Ａおよび図１６Ｂは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１６Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、ｉ、ｉ＋７ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１６Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光ｉ、ｉ＋７ステープルスキャンライブラリの用量応答曲線を示し、特定のステープル位置に応じて、ｉ、ｉ＋７ステープルペプチドは、ステープルなしのコア鋳型配列よりも良好に、類似して、またはより悪く結合することを強調している。図１６Ｃは、好ましい（薄い灰色）、好ましくない（濃い灰色）、および中間（中程度の灰色）ｉ、ｉ＋７ステープルに関与する残基を示すヘリカルホイールの略図を示す。２つのステープルに関与する残基は、その残基がステープルのＮ末端位置に組み込まれる場合にステープルの活性を表す左半円の着色と、その残基がステープルのＣ末端位置に組み込まれる場合にステープルの活性を表す右半円の着色とを有する二等分円として示されている。半円が白色に着色されている場合、示された残基位置は、ステープルのＮ末端位置またはＣ末端位置のいずれにも関与しない。疎水性表面に位置するステープル位置は５－ＨＢ結合活性を破壊し、予想外に、５－ＨＢ結合表面とは反対側の親水性表面に位置するステープル位置も好ましくなかった（Ｘでマークした）。対照的に、疎水性結合表面と親水性表面との間の境界における選択ステープル位置は好ましかった（星でマークした）。図１７Ａおよび図１７Ｂは、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびコア鋳型配列（ａａ１１７９～１１９７、配列番号１０）のＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化二重ｉ、ｉ＋４ステープルペプチドを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。図１７Ａは、４μＭの５－ＨＢタンパク質濃度での蛍光偏光（ΔｍＰ）の変化によって反映される、二重ステープル位置に基づくステープルペプチドの異なる結合活性を示す。図１７Ｂは、５－ＨＢタンパク質に対する蛍光二重ステープルペプチドについての用量応答曲線を示し、各例において、二重ステープルの挿入が、ステープルなしのコア鋳型配列と比較して結合活性の増強をもたらすことを強調している。図１８は、より長いＨＲ２（配列番号９）および代替のＨＲ２型（配列番号１１０）配列のコンテキスト内で、組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ヘリックス結合タンパク質およびＮ末端ＦＩＴＣ誘導体化二重ｉ、ｉ＋４ステープルペプチドを使用した直接蛍光偏光結合アッセイの結果を示す。プロットは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の５－ＨＢに対する二重ステープルペプチドの比較結合活性を実証している。いずれの場合も、二重ステープルの挿入により、用量応答性５－ＨＢ結合活性を有するステープルペプチドが得られる。
ｉ、ｉ＋４およびｉ、ｉ＋７ステープルスキャンにわたるＦＰＡデータの統合、ならびに異なる長さおよび配列のペプチド鋳型にわたる二重ステープル構築物の評価により、（１）顕著な結合活性を有する単一ステープルペプチドは、第２のステープルが単一のステープルペプチドとして有効性が低いかまたは無効であり得る場合であっても、二重ステープルペプチドのコンテキストにおいて標的親和性を維持できること（例えば、単一のｉ、ｉ＋４ステープルＮ、Ｔ、およびＯペプチドと、ｉ、ｉ＋４二重ステープルＮ、Ｔ、およびＯ、Ｔペプチドとを比較されたい）、（２）単一のステープルペプチドとしては各々有効性が低いかまたは無効であり得る２つのステープルを組み合わせて、二重ステープルペプチドのコンテキストにおいて改善された結合活性を有するペプチドを得ることができること（例えば、単一のｉ、ｉ＋４ステープルＯおよびＳペプチドと、ｉ、ｉ＋４二重ステープルＯ、Ｓペプチドとを比較されたい）；（３）１つのＨＲ２鋳型配列のコンテキストにおいて好ましい結合活性をもたらす二重ステープルの組み合わせはまた、別個のＨＲ２型鋳型配列のコンテキストにおいて好ましい結合活性をもたらすことができること（例えば、ＨＲ２およびＥＫ１鋳型配列のコンテキストにおいて、Ｏ、Ｔ二重ステープルペプチドの類似した好ましい結合活性を比較されたい；図１８）がさらに明らかになる。したがって、そのような結合データは反復ペプチド設計を導くことができるが、個別の構築物の合成および試験は、最終的にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢの決定的な直接バインダーを同定および検証するために必要とされる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ステープルペプチドの結合活性を測定するための代替アプローチは、ステープルペプチドの段階希釈物がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の組換え５ヘリックスバンドルへの結合について長いＨＲ２ペプチドと競合する競合ＥＬＩＳＡアッセイを行うことを含んでいた。特に、この結合アッセイは、ステープルペプチド構築物が別のＨＲ２ペプチドと５－ＨＢタンパク質標的との間の相互作用と競合し、それを破壊することができなければならないという点で、直接ＦＰＡとは異なる活性を測定する。ニュートラアビジン（４μｇ／ｍｌ）を含有する５０μｌのＰＢＳでマイクロウェルを４℃で一晩コーティングした。ウェルを、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ ２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳ－Ｔ）で２回洗浄し、ＰＢＳ－Ｔ中の４％ ＢＳＡで３７℃で４５分間ブロッキングした。次に、５０μｌの２５０ｎＭビオチン化ＰＥＧ２－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２（配列番号９）を、１％ ＢＳＡを含むＰＢＳ－Ｔ中に添加し、振とうしながら１時間インキュベートし、引き続いて３００μｌのＰＢＳ－Ｔで４回洗浄した。次に、１％ ＢＳＡを含む５０μＬのＰＢＳ－Ｔ中の５０ｎＭの組換え５－ＨＢを含む１０μＭから始まるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの１：２段階希釈物をプレートに加え、室温で２時間振とうした後に、３００μＬのＰＢＳ－Ｔで４回洗浄した。最後に、６×Ｈｉｓタグ－ＨＲＰコンジュゲート化ヤギポリクローナルの１：５０００希釈物５０μＬを添加した。室温で４０分間のインキュベーション後、ウェルを５回洗浄し、５０μｌのテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）溶液を加えることによって発色させた。２０分後、ＴＭＢ溶液を含むウェルを、５０μｌのＨ２ＳＯ４（２Ｍ）を添加することによって停止させ、４５０ｎｍでの吸光度をマイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）で読み取った。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｇｒａｐｈｐａｄ）を使用して、得られた結合曲線の内挿によって、最大半量シグナル（ＩＣ５０）に対応する競合ペプチドの濃度を決定した。各ペプチド競合剤を、少なくとも２つの別々の実験において三連で試験した。
図１９Ａ～図１９Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用を、Ｎ末端伸長（ａａ１１６９～１１７８）（配列番号１０３）を有するコア鋳型配列（配列番号１０）のｉ、ｉ＋４ステープルスキャンライブラリの段階希釈物によって競合させた競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。図１９Ａは、完全な用量応答競合結合曲線を示し、図１９Ｂおよび図１９Ｃは、それぞれ３μＭおよび１０μＭの投与での各構築物の比較競合結合活性を強調している。図２０は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用を、固定用量（１０μＭ）の配列番号１０に対応するコア鋳型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２配列の二重ステープルおよびステッチペプチドによって競合させた競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。ステープルなしコア鋳型配列（配列番号１０）は、５－ＨＢへの結合についてより長いＨＲ２鋳型配列（配列番号９）と競合することができないが、コア鋳型配列の選択二重ステープルペプチド（ステープル組み合わせＯ、ＳおよびＫ、Ｔ）およびステッチペプチド（ステープル組み合わせＨ、Ｌ）は、１０μＭの投与で結合相互作用を部分的に破壊することができた。図２１は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用を、配列番号９に対応するより長いＨＲ２配列の二重ステープルおよびステッチペプチドでの用量応答性処置によって競合させた競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。５－ＨＢ／ＨＲ２相互作用を破壊する際の有効性は、より長いＨＲ２ペプチド（配列番号９）のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）内の二重ステープルおよびステッチのステープルのタイプおよびステープルの配置に依存した。図２２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５－ＨＢタンパク質と配列番号９に対応するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ステープルなしＨＲ２配列との間の相互作用を、配列番号１１０に対応する代替ＨＲ２配列の二重ステープルおよびステッチペプチドでの用量応答性処置によって競合させた競合ＥＬＩＳＡ結合アッセイの結果を示す。５－ＨＢ／ＨＲ２相互作用を破壊する際の有効性は、より長いＨＲ２型ペプチド（配列番号１１０）のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号２５８）の二重ステープルおよびステッチのステープルのタイプおよびステープルの配置に依存し、二重ステープルＮ、Ｓはこの群の最も強力な競合阻害剤を産生した。
Ｎ末端伸長（配列番号１０３）を有するコア鋳型ＨＲ２配列（配列番号１０）、ならびにコア鋳型配列（配列番号１０）、より長いＨＲ２配列（配列番号９）、および代替ＨＲ－２型配列（配列番号１１０）内の様々な二重ステープルおよびステッチ構築物のｉ、ｉ＋４ステープルスキャンにわたる競合ＥＬＩＳＡデータを統合すると、（１）ステープル・コア鋳型配列にＮ末端またはＮ末端およびＣ末端配列を付加することにより、ステープルペプチドの競合的結合活性を高めることができること（配列番号１０、配列番号９、および配列番号１１０のコンテキストにおけるＮ、Ｓダブルステープルを比較されたい）；（２）配列番号１０３のコンテキストにおいて、Ｃ末端ステープル位置は、一般に、Ｎ末端ステープル位置よりも好ましいこと（図１９Ｂおよび図１９Ｃ）；ならびに（３）いくつかの二重ステープル位置は、直接結合アッセイおよび競合結合アッセイの両方にわたって、および代替ＨＲ２配列（配列番号９、配列番号１１０）のコンテキストにおいて、結合活性を示すことがさらに明らかになる（例えば、図１８、図２１、および図２２のダブルステープルＮ、Ｓ、およびＯ、Ｓを参照されたい）。
実施例５：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ ＨＲ２ステープルペプチドの抗ウイルス活性の評価
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ステープルペプチドが培養細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を阻止する能力を試験するために、３８４ウエル形式でプレーティングしたＶｅｒｏ Ｅ６細胞を、ステープルペプチドの段階希釈物（例えば、１０μＭの開始用量）により１時間処理し、３連で行い、その後、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による４時間のチャレンジを行い、１０％～２０％の細胞の対照感染を達成した（アッセイにおける試験化合物のダイナミックレンジを評価するための予め決定された最適な感染力）。次いで、感染細胞を洗浄し、４％パラホルムアルデヒドで固定し、ＰＢＳで再洗浄し、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドモノクローナル抗体、引き続いて抗マウスＩｇ二次抗体（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８；Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で免疫染色し、細胞体をＨＣＳ ＣｅｌｌＭａｓｋブルーで対比染色した。細胞をＮｉｋｏｎ Ｔｉ Ｅｃｌｉｐｓｅ自動顕微鏡でｚ平面にわたって画像化し、ＣｅｌｌＰｒｏｆｉｌｅｒソフトウェアによって分析し、感染した細胞を総細胞で割ることによって感染効率を計算した。対照細胞傷害性アッセイを、Ｃｅｌｌ－Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）アッセイおよびＬＤＨ放出（Ｒｏｃｈｅ）アッセイを使用して行なった。
図２３は、配列番号１０のコア鋳型配列の例示的な二重ステープルおよびステッチドペプチドおよび配列番号９に対応するより長いＨＲ２配列の二重ステープルペプチドの抗ウイルス活性を示す。生きている野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスによるＶｅｒｏ Ｅ６細胞の感染を阻止する能力について、ペプチドを２５μＭでスクリーニングし、感染細胞の割合をプロットした。各場合において、ステープルペプチドは、ビヒクルコントロールによる処置と比較して感染を阻害した。図２４は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に供したＶｅｒｏ Ｅ６細胞におけるペプチドスクリーニングからのヒットを、次いで、アッセイにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を阻止するためのＩＣ５０が６μＭ未満であるステープルＯ、Ｔを有する二重ステープルのコア鋳型配列（配列番号５２）によって例示されるように、さらなる用量応答試験に供したことを示す。図２５は、感染したＶｅｒｏ Ｅ６細胞における抗体ベースのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出プラットフォームによってハイスループットで評価される、コア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。図２６は、より長いＨＲ２ペプチド配列（配列番号９）のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）の外側の示された位置での二重ｉ、ｉ＋７ステープルおよびステッチが、抗ウイルス活性を有する化合物をもたらさなかったことを示す。図２７は、配列番号９に対応するより長いＨＲ２ペプチド配列のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）の例示的な二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。二重ｉ、ｉ＋４ステープルＯ、Ｓを有する構築物が最も強力な抗ウイルス活性を有し、Ｏ、Ｔ；Ｉ、Ｒ；およびＮ、Ｓステープルを有する化合物がそれに続いたが、Ｎ、ＴおよびＨ、Ｌ構築物は、アッセイにおいて効果を示さなかった。図２８は、配列番号１１０に対応するそのより長いＨＲ２型ペプチド配列のコンテキストにおける代替コア鋳型配列の例示的な二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。二重ｉ、ｉ＋４ステープルＮ、Ｓを有する構築物は最も強力な抗ウイルス活性を有し、Ｎ、Ｔステープルを含有するペプチドがそれに続いたが、この群の他の化合物は有意な効果を示さなかった。
代替の抗ウイルスアッセイ系では、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの代わりにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスを使用し、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞の代わりにＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞を使用した。ＧＦＰ（カタログ番号ＲＶＰ－７０１Ｇ、ロット番号ＣＧ－１１３Ａ）レポーターを有する２９３Ｔ－ｈｓＡＣＥ２安定細胞株（カタログ番号Ｃ－ＨＡ１０１）および偽型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１株）粒子を使用した（Ｉｎｔｅｇｒａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）。中和アッセイは、製造業者のプロトコルに従って行なった。簡単に記載すると、５μＬの単回用量のペプチド（５μＭの最終用量）を、５μＬの偽型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ＧＦＰと共に３７℃で１時間、３８４ウェルの黒色透明底プレートにおいてインキュベートし、続いて、３０μＬの１，０００個の２９３Ｔ－ｈｓＡＣＥ２細胞を添加し（１０％ ＦＢＳ ＤＭＥＭ、フェノールレッド非含有培地中）、４８時間または７２時間、加湿インキュベーターに入れた。Ｈｏｅｃｈｓｔ ３３３４２およびＤＲＡＱ７染料を添加し、プレートをＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＩｍａｇｅＸｐｒｅｓｓ Ｍｉｃｒｏ Ｃｏｎｆｏｃａｌ Ｌａｓｅｒ上で倍率１０倍で画像化した。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｇｒａｐｈｐａｄ）を使用して、ＧＦＰ（＋）細胞を計数し、プロットした。図２９は、ＧＦＰ発現シュードウイルスに感染したＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞の蛍光に基づいてＩＸＭ顕微鏡法によって感染細胞の数をカウントするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスアッセイによって評価される、抗ウイルス活性を示さないステープルなしのコア鋳型配列と比較した、コア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルおよびステッチペプチドの抗ウイルス活性を示す。図３０は、ＧＦＰ発現シュードウイルスに感染したＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞の蛍光に基づいてＩＸＭ顕微鏡法によって感染細胞の数をカウントするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスアッセイによって評価される、そのより長いＨＲ２配列（配列番号９）のコンテキストにおけるコア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。図３１は、Ｎ末端ペプチド伸長（ａａ１１６８～１１７６）の有りまたは無しでの、ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドによるＣ末端誘導体化を有するコア鋳型配列（配列番号１０）の二重ステープルペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。図３２は、そのより長いＨＲ２型配列（配列番号１１０）のコンテキストにおける代替コア鋳型配列の二重ステープルおよびステッチペプチドの異なる抗ウイルス活性を示す。
様々な長さおよび組成の鋳型配列にわたって様々な二重ステープルおよびステッチペプチドの抗ウイルスデータを統合することにより、（１）ステープルまたはステッチを組み込むことにより、ステープルなしの鋳型配列を、ほとんどまたは全く活性のないペプチドから活性抗ウイルス剤に変換することができる（例えば、図２７、図２８および図２９を参照されたい）；（２）ステープルを組み込む影響は、鋳型配列の長さおよび配列鋳型の代替組成に応じて抗ウイルス活性に異なる影響を及ぼし得ることがさらに明らかになった。例えば、Ｎ、Ｓ二重ステープルは、配列番号１１０のコンテキストにおいてより活性なペプチドを産出し、一方、Ｏ、Ｓ二重ステープルは、配列番号９のコンテキストにおいてより大きな利益を有しており（図２７および２８を参照のこと）；（３）直接ＦＰＡ、競合ＥＬＩＳＡ、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染性アッセイ、およびＡＣＥ２発現２９３Ｔ細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスアッセイの間の区別を考慮すると、直接または競合的結合活性を有するステープル構築物は、例えば二重ステープルＮ、Ｓ；Ｏ、Ｓ；およびＯ、Ｔを有するＨＲ２配列を含む１つまたは他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染性アッセイにおいて抗ウイルス活性を同様に示した。別の例として、Ｎ、ＴおよびＮ、Ｓの二重ステープルは、配列番号９と比較して配列番号１１０のコンテキストにおいて増強された５－ＨＢ競合結合活性を付与し、同様に、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞における野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染性アッセイに対して増強された抗ウイルス活性を示した（図２１対図２２、ならびに図２７および図２８の二重ステープルＮ、ＴおよびＮ、Ｓ構築物を比較されたい）；（４）コア鋳型配列の外側の二重ステープルまたはステッチは抗ウイルス効果を示さず、これはコア鋳型配列内のステープルの有益な効果とは対照的であった（図２６を図２７と比較されたい）；（５）ステープルの種類、ステープルの位置、１またはそれを超えるステープルの存在、鋳型配列長、および鋳型配列組成は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ドメインのステープルおよびステッチペプチドの機能的活性に影響を及ぼし得る。
実施例６：ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドが原形質膜に会合し、感染中にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共局在するかどうかの決定
ＦＩＴＣ標識ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドを培養細胞（例えば、Ｖｅｒｏ細胞、Ｈｕｈ７７０細胞、Ｃａｌｕ－３７１細胞、２９３Ｔ細胞、初代鼻細胞、肺上皮細胞または肺胞細胞）と接触させて、それらが原形質膜に会合するか、および／またはピノソーム経路を介して取り込まれるかを決定し、これは、サイトトラッカーレッド（cytotracker red）で標識された原形質膜上および／または細胞内小胞におけるＦＩＴＣ－ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の蓄積を測定することによって試験する。また、細胞接触および取り込みの間のＦＩＴＣ－ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドとローダミン（Ｒ１８）標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２との共局在化も調査し、感染過程の間にＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を標的とする能力を決定する。
実施例７：インビボでのＣＯＶＩＤ－１９感染のＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２阻害の調査
ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染をインビボで阻害する能力を調べるために、麻酔したマウスにビヒクルまたはＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチド（例えば２５０μＭ、２５μＬ）を鼻腔内投与し、これに続いて４～２４時間後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス（例えば、ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０；香港ＶＭ２０００１０６１）（１０４ＰＦＵ）による経鼻感染を行う。感染の２０時間後にマウスを屠殺し、鼻上皮を凍結切片化し、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシド抗体および蛍光抗マウスＩｇ二次抗体で免疫染色し、ＤＡＰＩで対比染色し、蛍光顕微鏡を用いて画像化する。
実施例８：ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドがインビトロでＣＯＶＩＤ－１９感染を予防および処置の両方をするかどうかの評価
３８４ウェル形式でプレーティングしたＶｅｒｏ Ｅ６細胞（６０，０００細胞／ウェル）を（ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のみに曝露する；（ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に４時間曝露した後にＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２で処置する；および（ｃ）４時間のＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染させる。次いで、Ｖｅｒｏ細胞を、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２免疫染色およびハイコンテント蛍光顕微鏡法によって感染の２４時間後に画像化する。
実施例９：タンパク質捕捉および結合部位分析のための光反応性ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチド
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞感染のコンテキストにおけるＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的を同定および確認するために、プロテオーム解析のために誘導体化されたステープルペプチドを使用する。最初に、（１）光反応性ベンゾフェノン官能基（Ｆｍｏｃ－Ｂｐａ）を含有する非天然アミノ酸がＨＲ２ドメインの相互作用表面に隣接する別個の部位で置換されており、（２）堅牢なストレプトアビジンに基づく標的回収のためにペプチドのＮ末端がビオチンでキャップされている光反応性ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２構築物を合成する。次いで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに曝露した培養細胞に光反応性ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ｐＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）を添加し、ＵＶ照射すると、ｐＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は標的タンパク質（複数可）内にインターカレートする。感染した細胞を溶解し、ペレット化し、単離した上清をＳＡプルダウンに供して、ｐＳＡＨ架橋タンパク質を回収する。複合体を負荷緩衝液中で加熱することによって溶出させ、次いでトリプシン処理し、オンラインＬＴＱ－Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて逆相ナノフローＬＣ／ＭＳ／ＭＳを使用するＭＳに基づく同定に供する。ＳＥＱＵＥＳＴおよびＭａｓｃｏｔソフトウェアを使用してＭＳデータを処理し、タンパク質標的を分類する。
特定のヒットは、ｐＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２処置サンプルおよび照射サンプルに固有に見られるが、非照射対照またはｐＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異体処置サンプルには見られないタンパク質として定義される。この方法論は、ｐＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって特異的に改変された標的タンパク質中のそれらのアミノ酸残基の同定を可能にし、したがって、ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチド相互作用の明白な部位（複数可）を明らかにする。
実施例１０：ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン接種のための構造化抗原
構造的に拘束された－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲペプチドをタンパク質担体（例えば、ＫＬＨ）にコンジュゲートし、引き続いてウサギに免疫し、抗血清を収集し、およびＥＬＩＳＡベースの免疫原性試験を行う。所与の構造的に拘束されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ構築物について、非改変鋳型ペプチドおよび３つの代替的にコンジュゲートされたステープル類似体を中和免疫原性試験で比較する。一度予備採血した後（約５ｍＬの血清）、免疫原あたり２羽のＮＺＷ雌ウサギ（６～８週齢）に、１日目に一次筋肉内（ＩＭ）注射をし（フロイント完全、ＣｐＧ－ＯＤＮ、またはＲｉｂｉアジュバントと共に２５０μｇ）、続いて２１、４２、６３、８４、および１０５日目にＩＭブースト（対応するアジュバントとともに１００μｇ）を行い、５２、７３、９４、および１１２日目にプロダクションブリードを行った。特定の抗体産生力価をモニターおよび比較するために、各プロダクションブリードに対して直接ＥＬＩＳＡアッセイを実施する。簡潔には、９６ウェルマイクロタイタープレートを個々のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ免疫原（５μｇ／ｍＬ）で４℃にて一晩コーティングする。ウェルを、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ ２０を含有するＰＢＳで２回洗浄し、３％ ＢＳＡで３７℃にて４５分間ブロッキングする。次いで、ウサギ抗血清の段階希釈物をプレートに三連で添加し、３７℃で２時間インキュベートする。３回洗浄した後、アルカリホスファターゼ標識ヤギ抗ウサギＩｇＧの１：５００希釈物（ＰＢＳ／１％ ＢＳＡ中）を添加し、プレートを室温で４０分間インキュベートする。ウェルを洗浄し、アルカリホスファターゼ基質に３０分間曝露し、４０５ｎｍでマイクロプレートリーダーによって分析する。
構造化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲペプチドの直接Ｎ末端コンジュゲーション（例えば、組み込まれたシステインのチオールを介して）、またはＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの非相互作用面へのコンジュゲーションのためのリジンの組込みに加えて、炭化水素ステープルのオレフィン誘導体化も行い、その結果、構築物の提案された「中和面」は外側に向けられ、タンパク質または脂質コンジュゲートに対して埋め込まれた非中和面が維持される（例えば、ＫＬＨ１４、ウシ血清アルブミン、コレラ毒素、ミセル）。触媒性四酸化オスミウムを使用して、最初にオレフィンをジヒドロキシル化し、続いて塩化チオニルまたはカルボニルジイミダゾールで環化する。次いで、求電子性環状亜硫酸塩または炭酸塩をアジ化ナトリウムと反応させ、これをホスフィンを用いてアミンに還元する。二官能性試薬３－チオプロピオン酸との反応はチオールを組込み、次いでこれを使用して担体を付着させる（例えば、マレイミド－ＫＬＨ）。代替アプローチとして、ペプチドは、中和抗体認識を促進し得る脂質膜のコンテキストにおいて提示される。例えば、ペプチドを１，３－ジパルミトイル－グリセロ－２－ホスホエタノールアミンに示差的にコンジュゲートさせ、次いでこれをドデシルホスホコリン（ＤＰＣ）と組み合わせて免疫原テザーミセルを生成させる。
ＤＮＡプライム－タンパク質ブースト免疫化戦略は、ＨＩＶ－１中和抗体を得るために、タンパク質単独またはＤＮＡ単独ワクチン接種よりも有効であることが示されている。公開された免疫化プロトコルに従って、時限型タンパク質ブーストを構造化ペプチドブーストで置き換えるリード構造化ＣＯＶＩＤ－１９ ＨＲコンジュゲートを用いて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の類似のアプローチを試験する。
実施例１１：ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドが培養中の感染細胞のＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２感染を阻害するかどうかの判定
この試験では、細胞（例えば、Ｖｅｒｏ細胞、Ｈｕｈ７７０細胞、Ｃａｌｕ－３７１細胞、２９３Ｔ細胞、初代鼻細胞、肺上皮細胞または肺胞細胞）を２４ウェルプレートに３０，０００細胞／ウェルでプレーティングする。翌日、細胞を、示されたステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの段階希釈物（例えば、１０μＭの開始用量）または体積が等価のＤＭＳＯビヒクルで処理し、引き続いて０．１ ＭＯＩで２時間以内にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染させる。感染培地を感染の２時間後に除去し、培地を上記のように示されたＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの段階希釈物を含む５％ ＦＢＳを含有する培地で置き換える。次いで、細胞を３７℃でインキュベートし、２４時間後にウイルス感染性を決定するために収集する（例えば、上記のように抗体に基づく検出またはｑＰＣＲ）。
実施例１２：ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２誘導性合胞体形成を阻害するかどうかの評価
この研究では、ウイルス合胞体の数を感染の４８時間後に計数することを除いて、実施例１１に記載されるように細胞（例えば、Ｖｅｒｏ細胞、Ｈｕｈ７７０細胞、Ｃａｌｕ－３７１細胞、２９３Ｔ細胞、初代鼻細胞、肺上皮細胞または肺胞細胞）をプレーティングおよび処理する。合胞体は、３つの異なるウェルにおいて、ウェルあたり４つの別々の位置で計数される。
実施例１３：ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドが培養中のウイルス感染を予防するかどうかの調査
この試験では、細胞（例えば、Ｖｅｒｏ細胞、Ｈｕｈ７７０細胞、Ｃａｌｕ－３７１細胞、２９３Ｔ細胞、初代鼻細胞、肺上皮細胞または肺胞細胞）をプレーティングし、示されたＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの段階希釈物（例えば、１０μＭの開始用量）または体積が等価のＤＭＳＯビヒクルで翌日処理し、続いて３０分以内にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに感染させる。感染の２４時間後に上清を回収し、前日に２４ウェルプレートに６０，０００細胞／ウェルでプレーティングした細胞に適用する。プラークアッセイを、収集された上清を使用して行い、感染の５日後に力価を決定する。
実施例１４：ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドが配列特異的様式で鼻腔内ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を阻止するかどうかの判定。
Ｋ１８－ｈＡＣＥ２（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）マウスの４つの群（ｎ＝１０／群）を麻酔し、ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２陰性対照ペプチド（例えば、１．２％ ＤＭＳＯ中１２５μＭ）または体積が等価のビヒクルで鼻腔内処置する。処置の１時間後、マウスの３つの群に１０４ｐｆｕ／マウスで単回用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を鼻腔内接種し、第４の群には偽接種を行う。感染の２４時間後にマウスを屠殺し、鼻を採取し、切片にし、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について免疫染色し、ＤＡＰＩで対比染色し、蛍光顕微鏡で画像化する。
実施例１５：ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドによる予防的鼻腔内処置がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２肺感染を阻害するかどうかの評価
この研究では、Ｋ１８－ｈＡＣＥ２（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）マウスの４つの群（ｎ＝１０／群）を麻酔し、ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、またはステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２陰性対照ペプチド（例えば、１．２％ ＤＭＳＯ中１２５μＭ）または体積が等価のビヒクルで鼻腔内処置する。２４時間後、マウスの３つの群に１０４ｐｆｕ／マウスで単回用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を鼻腔内接種する。第４の群は、体積が等価のビヒクルで処置し、偽感染させる。剖検による評価のためにマウスを４日後（ウイルス血症のピーク）に安楽死させ、ウイルス量を、組織溶解装置（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して記載されるように調製される肺ホモジネートの上清サンプルからのｑＰＣＲによって定量した。Ｂａｏ Ｌ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ．２０２０．Ｅｐｕｂ ２０２０／０５／０８；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８６－０２０－２３１２－ｙを参照のこと。１％パラホルムアルデヒド灌流後に各群のマウスのうち２匹から左肺葉を採取し、続いてＯＣＴで凍結保存する。組織切片（５μｍ）を抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシド抗体で一晩処理し、続いて蛍光抗Ｉｇ二次抗体で１時間処理する。切片を洗浄し、ＤＡＰＩ（青色）を含有する培地でマウントし、Ｏｌｙｍｐｕｓ蛍光顕微鏡で観察し、ＩｍａｇｅＪによって分析する。確立されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置または緩和するリード・ステープルペプチドの能力を評価するために、Ｋ１８－ｈＡＣＥ２マウス（ｎ＝１０／アーム；雄５匹、雌５匹）に１日目に１０４ＰＦＵのウイルス投与量で鼻腔内接種し、続いて１０日間（２日目～１２日目）、ステープルペプチドまたはビヒクルで毎日、中咽頭、腹腔内、静脈内、または皮下に処置する。代替の設計では、症状または陽性試験に基づく治療開始をシミュレートするために、接種後３～５日まで投与を遅らせる。マウスを継続的にモニタリングして体重および臨床徴候を記録し、１０％超の体重減少、呼吸困難および／または発育不全として疾患の進行をスコア化する。次いで、マウスを保護するための最小用量を決定するために、最も効果的な化合物の用量および経路を予防研究および処置研究の両方で精査する。４つの処置群（ｎ＝１０；雄５匹、雌５匹）に元の用量を投与し、次いで、４倍の増分で３つの漸減用量を投与する点を除き、同じ実験計画を使用する。
実施例１６：ナノ粒子調製物としてのステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの投与が肺送達を増加させるかどうかの調査
この研究では、Ｋ１８－ｈＡＣＥ２（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）マウスの３つの群（ｎ＝１０）を、単独（例えば１００μＭ）で、またはナノキトサンポリマー（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２００５）で形成されたナノ粒子（ＮＰ）と組み合わせて（１：２．５、ペプチド：ＮＰ）、５０μｌ容量で投与したＣｙ５標識ステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２で気管内処置した。対照群は、体積が等価のビヒクルを投与する。処置後２４時間でマウスを屠殺し、１％パラホルムアルデヒド灌流後に肺を回収し、続いてＯＣＴでの凍結保存、組織切片化、およびＣｙ５標識ステープルペプチドの蛍光検出を行う。
実施例１７：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２接種４８時間前のナノ粒子調製物としてのステープルＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチドの気管内投与が肺のウイルス感染を顕著に抑制するかどうかの評価
この研究では、Ｋ１８－ｈＡＣＥ２（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）マウスの４つの群（群あたりｎ＝１０）を麻酔し、ステープルナノ粒子（ＮＰ）を有する体積が等価のビヒクル；ＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチド単独（例えば、１．２％ ＤＭＳＯ中の２５０μＭペプチド）、ＮＰと組み合わせたＳＡＨ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ペプチド（１：２．５、ペプチド：ＮＰ）、または体積が等価のビヒクル単独で気管内処置する。処置の４８時間後、４群のマウスの鼻腔内に、単回用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を１ｘ１０４ｐｆｕ／マウスで接種する。第５の処置群（ｎ＝１０）は、体積相当のビヒクルを気管内投与し、続いて４８時間後に偽接種する。マウスを感染の４日後に屠殺し、実施例１５で上記のように評価する。
他の実施形態
本発明をその詳細な説明と併せて説明してきたが、前述の説明は例示を意図しており、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を限定するものではない。他の態様、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲内である。

Claims (62)

  1. 配列番号１０（ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ）に記載の配列と少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９４％同一であるアミノ酸配列を含む構造的に安定化されたポリペプチドであって、配列番号１０の、以下（１位は配列番号１０のＮ末端イソロイシンであり、１９位は配列番号１０のＣ末端ロイシンである）：
    （ｉ）７位および１１位；
    （ｉｉ）１０位および１４位；
    （ｉｉｉ）１２位および１６位；
    （ｉｖ）１４位および１８位
    （ｖ）２位および９位；
    （ｖｉ）４位および１１位；
    （ｖｉｉ）９位および１６位；
    （ｖｉｉｉ）２位および６位；
    （ｉｘ）８位および１２位；
    （ｘ）９位および１３位；
    （ｘｉ）１１位および１５位；
    （ｘｉｉ）１４位および１８位；
    （ｘｉｉｉ）１５位および１９位；
    （ｘｉｖ）７位および１４位；
    （ｘｖ）３位および１０位；
    （ｘｖｉ）６位および１３位；
    （ｘｖｉｉ）１３位および１７位；
    （ｘｖｉｉｉ）３位および７位；
    （ｘｉｘ）３位、７位、１３位、および１７位；
    （ｘｘ）３位、７位、１４位、および１８位；
    （ｘｘｉ）２位、６位、１４位、および１８位；
    （ｘｘｉｉ）２位、６位、１３位、および１７位；
    （ｘｘｉｉｉ）３位、１０位、および１７位；
    （ｘｉｖ）２位、９位、および１３位；
    （ｘｖ）３位、１０位、および１４位；
    （ｘｖｉ）６位、１３位、および１７位；または
    （ｘｖｉｉ）７位、１４位、および１８位、
    から選択される位置のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられており；ならびに
    前記アミノ酸配列がさらなる置換（複数可）を含む場合、それらの置換（複数可）は、（Ａ）または（Ｂ）：
    （Ａ）配列番号１０の４位、８位、１０位、１３位、１５位、１７位および１８位は、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていない場合、置換されていないか、または保存的アミノ酸置換で置換されており；
    １位、５位、７位および１１位は、置換されている場合、保存的アミノ酸置換またはオレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置換されており；ならびに
    配列番号１０の残りの位置は、任意のアミノ酸、またはオレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていてもよいか；または
    （Ｂ）配列番号１０の１位、３位、５位、６位、８位、１０位、１２位、１３位、１５位、１７位、および１９位のうちの１またはそれより多くは、置換されていないか、または置換されている場合は保存的アミノ酸置換によって置き換えられており、ならびに
    配列番号１０の２、４、７、９、１１、１４、１６、および１８位のうちの１またはそれより多くは、任意のアミノ酸またはオレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えることができるか、のいずれかに基づき；
    前記構造的に安定化されたペプチドが、１５～１００アミノ酸長であり、必要に応じて、１９～４５アミノ酸長であり；および
    前記構造的に安定化されたペプチドが、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）前記５ヘリックスバンドルと配列番号１０との間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたポリペプチド。
  2. 前記アミノ酸配列が、配列番号１０に示される配列と少なくとも７０％同一である、請求項１に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  3. 前記アミノ酸配列が、配列番号１０に示される配列と少なくとも８０％同一である、請求項１に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  4. 前記アミノ酸配列が配列番号５０である、請求項１～３のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  5. 前記アミノ酸配列が配列番号５２の配列を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  6. 前記アミノ酸配列が配列番号５１の配列を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  7. 前記アミノ酸配列が、（ｉ）配列番号１３３、４０、１３６、４２、３０、１１３、３４、３６、１３４、３９、１３５、４２、１３７、５０、５２、５１、３１～３３、３７、４１、および４４～４９の配列のいずれか１つの配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％または少なくとも９２％同一である配列；または（ｉｉ）配列番号１３３、４０、１３６、４２、３０、１１３、３４、３６、１３４、３９、１３５、４２、１３７、５０、５２、５１、３１～３３、３７、４１、および４４～４９の配列のいずれか１つの配列を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  8. 前記アミノ酸配列のＮ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５０）をさらに含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  9. 前記アミノ酸配列のＮ末端に付加されたアミノ酸配列ＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号２５１）をさらに含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  10. 前記アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬ（配列番号２５２）をさらに含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  11. 前記アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２５３）をさらに含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  12. 前記アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５４）をさらに含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  13. 前記アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５５）をさらに含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  14. ポリエチレングリコールをさらに含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  15. コレステロールをさらに含む、請求項１～１４のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  16. ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドをさらに含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  17. 配列番号１１０（ＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬＥＹＥＭＫＫＬＥＥＡＩＫＫＬＥＥＳＹＩＤＬＫＥＬ）に記載の配列と少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９４％同一であるアミノ酸配列を含む構造的に安定化されたポリペプチドであって、配列番号１１０の、以下（１位はＮ末端セリンであり、３６位はＣ末端ロイシンである）：
    （ｉ）１３位、２０位、および２７位
    （ｉｉ）１４位、２１位、および２８位；
    （ｉｉｉ）１３位、１７位、２４位、および２８位；
    （ｉｖ）１４位、１８位、２４位、および２８位；
    （ｖ）１３位、１７位、２５位、および２９位；または
    （ｖｉ）１４位、１８位、２５位、および２９位、
    から選択される位置のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられており；
    前記アミノ酸配列がさらなる置換（複数可）を有する場合、それらは（Ａ）
    （Ａ）配列番号１１０の４位、８位、１０位、１３位、１５位、１７位および１８位のうちの１またはそれより多くが、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸で置換されていない場合、置換されていないか、または保存的アミノ酸置換で置換されており；
    配列番号１１０の１位、５位、７位、および１１位のうちの１またはそれより多くが置換されている場合、保存的アミノ酸置換によって置換されており；
    配列番号１１０の残りの位置のうちの１またはそれより多くは、任意のアミノ酸によって置換され得る、に基づき；
    および
    前記ペプチドは、１５～１００アミノ酸長であり；および
    前記構造的に安定化されたペプチドが、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）前記５ヘリックスバンドルと配列番号２５８との間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたポリペプチド。
  18. 前記アミノ酸配列が、配列番号１７５～１８０に示される配列と少なくとも７０％同一である、請求項１７に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  19. 前記アミノ酸配列が、配列番号１７７または１７９に示される配列と少なくとも７０％同一である、請求項１７に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  20. 前記アミノ酸配列が、配列番号１７９に示される配列と同一である、請求項１７に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  21. 前記アミノ酸配列が、配列番号１７７に示される配列と同一である、請求項１７に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  22. 前記アミノ酸配列のＣ末端に付加されたアミノ酸配列ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）をさらに含む、請求項１７～２１のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  23. ポリエチレングリコールをさらに含む、請求項１７～２１に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  24. コレステロールをさらに含む、請求項１７～２１のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  25. ＧＳＧＳＧＣ（配列番号２５６）－（ＰＥＧ４－ｃｈｏｌ）－カルボキサミドをさらに含む、請求項１７～２１のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたポリペプチド。
  26. ２、３、または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２個のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むペプチドであって、４５アミノ酸長以下であり、組換え５ヘリックスバンドルＣＯＶＩＤ－１９ Ｓタンパク質に結合する、ペプチド。
  27. ２、３、または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２個のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むペプチドであって、最大４５アミノ酸長であり、組換え５ヘリックスバンドルＣＯＶＩＤ－１９ Ｓタンパク質に結合する、ペプチド。
  28. ２、３または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２個のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含む構造的に安定化されたペプチドであって、４５アミノ酸長以下であり、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２組換え５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）前記５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたペプチド。
  29. 前記アミノ酸配列が、配列番号１１～２９、１５３、１５４、１５６、１５８、１６０、または１６２のいずれか１つに記載の配列を含む、請求項２８に記載の構造的に安定化されたペプチド。
  30. 請求項２６に記載のペプチドであって、以下のアミノ酸配列：
    （ａ）
    Figure 2023517293000053
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１１）；
    （ｂ）
    Figure 2023517293000054
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１２）；
    （ｃ）
    Figure 2023517293000055
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１３）；
    （ｄ）
    Figure 2023517293000056
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１４）；
    （ｅ）
    Figure 2023517293000057
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１５）；
    （ｆ）
    Figure 2023517293000058
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１６）；
    （ｈ）
    Figure 2023517293000059
     ［式中、８、＃、および％は各々独立して、ステープル/ステッチアミノ酸である］（配列番号１７）；
    （ｉ）
    Figure 2023517293000060
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１８）；
    （ｊ）
    Figure 2023517293000061
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号１９）；
    （ｋ）
    Figure 2023517293000062
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号２０）；
    （ｌ）
    Figure 2023517293000063
     ［式中、８１、Ｘ、８２、＃、および％は各々独立して、ステープル/ステッチアミノ酸である］（配列番号２１）；
    （ｍ）
    Figure 2023517293000064
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号２２）；
    （ｎ）
    Figure 2023517293000065
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号２３）；
    （ｏ）
    Figure 2023517293000066
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号２４）；
    （ｐ）
    Figure 2023517293000067
     ［式中、８１、Ｘ、８２、＃、および％は各々独立して、ステープル/ステッチアミノ酸である］（配列番号２５）；
    （ｑ）
    Figure 2023517293000068
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号２６）；
    （ｒ）
    Figure 2023517293000069
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステッチアミノ酸である］（配列番号２７）；
    （ｓ）
    Figure 2023517293000070
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号２８）；
    （ｔ）
    Figure 2023517293000071
     ［式中、８１、Ｘ、８２、＃、および％は各々独立して、ステープル/ステッチアミノ酸である］（配列番号２９）；
    （ｕ）
    Figure 2023517293000072
     ［式中、８、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号１５３）；
    （ｖ）
    Figure 2023517293000073
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号１５４）；
    （ｗ）
    Figure 2023517293000074
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号１５６）；
    （ｘ）
    Figure 2023517293000075
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号１５８）；
    （ｙ）
    Figure 2023517293000076
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号１６０）；または
    （ｚ）
    Figure 2023517293000077
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号１６２）を含む、ペプチド。
  31. 請求項２８に記載の構造的に安定化されたペプチドであって、以下のアミノ酸配列：
    （ａ）
    Figure 2023517293000078
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１１）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｂ）
    Figure 2023517293000079
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１２）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｃ）
    Figure 2023517293000080
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１３）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｄ）
    Figure 2023517293000081
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１４）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｅ）
    Figure 2023517293000082
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１５）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｆ）
    Figure 2023517293000083
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１６）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｈ）
    Figure 2023517293000084
     ［式中、８、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号１７）であり；８および＃の側鎖は互いに架橋されており、＃および％の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｉ）
    Figure 2023517293000085
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１８）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｊ）
    Figure 2023517293000086
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１９）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｋ）
    Figure 2023517293000087
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号２０）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｌ）
    Figure 2023517293000088
     ［式中、８１、Ｘ、８２、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号２１）であり；８１およびＸの側鎖は互いに架橋されており、Ｘおよび８２の側鎖は互いに架橋されており、８２および＃の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｍ）
    Figure 2023517293000089
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号２２）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｎ）
    Figure 2023517293000090
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号２３）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｏ）
    Figure 2023517293000091
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号２４）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｐ）
    Figure 2023517293000092
     ［式中、８１、Ｘ、８２，、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号２５）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｑ）
    Figure 2023517293000093
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号２６）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｒ）
    Figure 2023517293000094
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステッチアミノ酸（配列番号２７）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｓ）
    Figure 2023517293000095
     ［式中、８１、Ｘ１、８２、およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号２８）であり；８１およびＸ１の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ１および８２の側鎖は互いに架橋されており、８２およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；または
    （ｔ）
    Figure 2023517293000096
     ［式中、８１、Ｘ、８２、、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号２９）であり；８１およびＸの側鎖は互いに架橋されており、Ｘおよび８２の側鎖は互いに架橋されており、８２および＃の側鎖は互いに架橋されている］、を含む、構造的に安定化されたペプチド。
  32. ２、３または６個のアミノ酸によって分離された少なくとも２個のアミノ酸が、オレフィン側鎖を有するα，α－二置換非天然アミノ酸によって置き換えられた、配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含む構造的に安定化されたポリペプチドであって、最大４５アミノ酸長であり、以下に列挙される特性：（ｉ）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５ヘリックスバンドルＳタンパク質に結合する；（ｉｉ）前記５ヘリックスバンドルとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨＲ２ペプチド（配列番号９）との間の相互作用を阻害する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたポリペプチド。
  33. 前記アミノ酸配列が、配列番号３０～５２、１１２～１１７、１３０～１３７、１５７、１５９、または１６１のいずれか１つに記載の配列を有する、請求項３２に記載の構造的に安定化されたペプチド。
  34. 請求項２７に記載のペプチドであって、以下のアミノ酸配列：
    （ａ）
    Figure 2023517293000097
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３０）；
    （ｂ）
    Figure 2023517293000098
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３１）；
    （ｃ）
    Figure 2023517293000099
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３２）；
    （ｄ）
    Figure 2023517293000100
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３３）；
    （ｅ）
    Figure 2023517293000101
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３４）；
    （ｆ）
    Figure 2023517293000102
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３５）；
    （ｈ）
    Figure 2023517293000103
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３６）；
    （ｉ）
    Figure 2023517293000104
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３７）；
    （ｊ）
    Figure 2023517293000105
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３８）；
    （ｋ）
    Figure 2023517293000106
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号３９）；
    （ｌ）
    Figure 2023517293000107
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号４０）；
    （ｍ）
    Figure 2023517293000108
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号４１）；
    （ｎ）
    Figure 2023517293000109
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号４２）；
    （ｏ）
    Figure 2023517293000110
     ［式中、８、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号４３）；
    （ｐ）
    Figure 2023517293000111
     ［式中、８、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号４４）；
    （ｑ）
    Figure 2023517293000112
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号４５）；
    （ｒ）
    Figure 2023517293000113
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号４６）；
    （ｓ）
    Figure 2023517293000114
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号４７）；
    （ｔ）
    Figure 2023517293000115
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸である］（配列番号４８）；
    （ｑ）
    Figure 2023517293000116
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号４９）；
    （ｒ）
    Figure 2023517293000117
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号５０）；
    （ｓ）
    Figure 2023517293000118
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号５１）；または
    （ｔ）
    Figure 2023517293000119
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸である］（配列番号５２）を含む、ペプチド。
  35. 請求項３２に記載の構造的に安定化されたペプチドであって、以下のアミノ酸配列：
    （ａ）
    Figure 2023517293000120
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３０）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｂ）
    Figure 2023517293000121
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３１）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｃ）
    Figure 2023517293000122
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３２）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｄ）
    Figure 2023517293000123
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３３）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｅ）
    Figure 2023517293000124
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３４）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｆ）
    Figure 2023517293000125
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３５）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｈ）
    Figure 2023517293000126
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３６）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｉ）
    Figure 2023517293000127
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３７）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｊ）
    Figure 2023517293000128
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３８）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｋ）
    Figure 2023517293000129
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号３９）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｌ）
    Figure 2023517293000130
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号４０）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｍ）
    Figure 2023517293000131
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号４１）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｎ）
    Figure 2023517293000132
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号４２）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｏ）
    Figure 2023517293000133
     ［式中、８、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号４３）であり；８および＃の側鎖は互いに架橋されており；＃および％の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｐ）
    Figure 2023517293000134
     ［式中、８、＃、および％は各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号４４）であり；８および＃の側鎖は互いに架橋されており；＃および％の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｑ）
    Figure 2023517293000135
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号４５）であり；８および＃の側鎖は互いに架橋されており；＃およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｒ）
    Figure 2023517293000136
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号４６）であり；８および＃の側鎖は互いに架橋されており；＃およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｓ）
    Figure 2023517293000137
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号４７）であり；８および＃の側鎖は互いに架橋されており；＃およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｔ）
    Figure 2023517293000138
     ［式中、８、＃、およびＸは各々独立して、ステープル／ステッチアミノ酸（配列番号４８）であり；８および＃の側鎖は互いに架橋されており；＃およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｑ）
    Figure 2023517293000139
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号４９）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ２およびＸ３の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ３およびＸ４の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｒ）
    Figure 2023517293000140
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号５０）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ２およびＸ３の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ３およびＸ４の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｓ）
    Figure 2023517293000141
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号５１）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ２およびＸ３の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ３およびＸ４の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｔ）
    Figure 2023517293000142
     ［式中、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号５２）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ２およびＸ３の側鎖は互いに架橋されており、Ｘ３およびＸ４の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｕ）
    Figure 2023517293000143
     ［式中、８およびＸは各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１１３）であり；８およびＸの側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｖ）
    Figure 2023517293000144
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１３３）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｗ）
    Figure 2023517293000145
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１３４）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｘ）
    Figure 2023517293000146
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１３５）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；
    （ｙ）
    Figure 2023517293000147
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１３６）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］；または
    （ｚ）
    Figure 2023517293000148
     ［式中、Ｘ１およびＸ２は各々独立して、ステープルアミノ酸（配列番号１３７）であり；Ｘ１およびＸ２の側鎖は互いに架橋されている］、を含む、構造的に安定化されたペプチド。
  36. １５～１００アミノ酸長であり、必要に応じて１９～４５アミノ酸長である、請求項２７または３２～３５のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチド。
  37. 以下の式を含む構造的に安定化されたペプチド：
    Figure 2023517293000149
     またはその薬学的に許容され得る塩であって、式中、
    各Ｒ１およびＲ２は、ＨまたはＣ１～Ｃ１０アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
    各Ｒ３は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されておらず；
    ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０であり；および
    （ａ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩ（配列番号５３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号５５）である；
    （ｂ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮ（配列番号５６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号５８）である；
    （ｃ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡ（配列番号５９）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＶＮＩＱＫ（配列番号６０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６１）である；
    （ｄ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号６２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６４）である；
    （ｅ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮ（配列番号６５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＳＬＩＤＬＱ（配列番号６６）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６７）である；
    （ｆ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬ（配列番号６８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＹＩである；
    （ｇ）各［Ｘａａ］ｗはＩであり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
    （ｈ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱであり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤＲＬＮ（配列番号７２）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
    （ｉ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩ（配列番号７４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
    （ｊ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤ（配列番号７７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
    （ｋ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号８０）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡＫＮＬ（配列番号８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
    （ｌ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号８２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫＮＬＮ（配列番号８３）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｍ）各［Ｘａａ］ｗはＩであり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩであり、および各［Ｘａａ］ｙはＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８４）である；
    （ｎ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱであり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８５）である；
    （ｏ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩ（配列番号７４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
    （ｐ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号８０）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
    （ｑ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号８２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
    （ｒ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡ（配列番号８６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｓ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号８７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｔ）各［Ｘａａ］ｗは欠落しており、各［Ｘａａ］ｘはＱＫＥＩＤＲ（配列番号２２８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
    （ｕ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫであり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲＬＮＥ（配列番号２３０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
    （ｖ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥ（配列番号２３２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
    （ｗ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１８３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶＡＫＮ（配列番号１８４）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
    （ｘ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号１８６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮＬＮＥ（配列番号１８７）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｙ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬＮＥＳ（配列番号１８９）であり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
    （ｚ）各［Ｘａａ］ｗはＱＫＥであり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１９０）であり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
    （ａａ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫであり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
    （ｂｂ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫであり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
    （ｃｃ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥ（配列番号２３２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
    （ｄｄ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤ（配列番号７７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
    （ｅｅ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１８３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶであり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
    （ｆｆ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号１８６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
    （ｇｇ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
    （ｈｈ）各［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮ（配列番号１９１）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＳであり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
    （ｉｉ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号１９２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＱＫＥＩＤＲ（配列番号２２８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
    （ｊｊ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号１９３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
    （ｋｋ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号１９４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤＲＬＮ（配列番号７２）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
    （ｌｌ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫ（配列番号１９５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲＬＮＥ（配列番号２３０）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
    （ｍｍ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥ（配列番号１９６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬＮＥＶ（配列番号１８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
    （ｎｎ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩ（配列番号１９７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
    （ｏｏ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤ（配列番号１９８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
    （ｐｐ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１９９）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶＡＫＮ（配列番号１８４）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
    （ｑｑ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号２００）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡＫＮＬ（配列番号８１）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
    （ｒｒ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号２０１）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫＮＬＮ（配列番号８３）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｓｓ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号２０２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮＬＮＥ（配列番号１８７）であり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｔｔ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号２０３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬＮＥＳ（配列番号１８９）であり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落している；
    （ｕｕ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ（配列番号１９２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＱＫＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１９０）である；
    （ｖｖ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号１９３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＥＩであり、および各［Ｘａａ］ｙはＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８４）である；
    （ｗｗ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号１９４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＩＤであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号８５）である；
    （ｘｘ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫ（配列番号１９５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＩＤＲであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２２９）である；
    （ｙｙ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥ（配列番号１９６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＤＲＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７１）である；
    （ｚｚ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩ（配列番号１９７）であり、各［Ｘａａ］ｘはＲＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号７３）である；
    （ａａａ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤ（配列番号１９８）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＡＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号２３１）である；
    （ｂｂｂ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲ（配列番号１９９）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＶであり、および各［Ｘａａ］ｙはＫＮＬＮＥＳＬ（配列番号１８２）である；
    （ｃｃｃ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬ（配列番号２００）であり、各［Ｘａａ］ｘはＥＶＡであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
    （ｄｄｄ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮ（配列番号２０１）であり、各［Ｘａａ］ｘはＶＡＫであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
    （ｅｅｅ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ（配列番号２０２）であり、各［Ｘａａ］ｘはＡＫＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＮＥＳＬ（配列番号１８５）である；
    （ｆｆｆ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶ（配列番号２０３）であり、各［Ｘａａ］ｘはＫＮＬであり、および各［Ｘａａ］ｙはＥＳＬである；
    （ｇｇｇ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡ（配列番号２０４）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および各［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｈｈｈ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号２０５）であり、各［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および各［Ｘａａ］ｙはＬである；または
    （ｉｉｉ）各［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮ（配列番号２０６）であり、各［Ｘａａ］ｘはＮＥＳであり、および各［Ｘａａ］ｙは欠落しており；ならびに
    前記構造的に安定化されたペプチドが、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記組換え５ヘリックスバンドルと配列番号９との間の相互作用を破壊する；（ｉｉ）アルファらせんである；（ｉｉｉ）プロテアーゼ耐性である；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  38. Ｒ１がアルキルである、請求項３７に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  39. Ｒ１がメチル基である、請求項３７に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  40. Ｒ３がアルキルである、請求項３７に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  41. Ｒ３がメチル基である、請求項３７に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  42. Ｒ２がアルケニルである、請求項３７に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  43. 以下の式を含む構造的に安定化されたペプチド：
    Figure 2023517293000150
     またはその薬学的に許容され得る塩であって、式中、
    （ａ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩ（配列番号５３）であり、［Ｘａａ］ｕはＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）であり、［Ｘａａ］ｖはＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号８８）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、および［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６４）である；
    （ｂ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩ（配列番号５３）であり、［Ｘａａ］ｕはＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）であり、［Ｘａａ］ｖはＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮ（配列番号８９）であり、［Ｘａａ］ｘはＳＬＩＤＬＱ（配列番号６６）であり、および［Ｘａａ］ｙはＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６７）である；
    （ｃ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩ（配列番号５３）であり、［Ｘａａ］ｕはＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）であり、［Ｘａａ］ｖはＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬ（配列番号９０）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり、および［Ｘａａ］ｙはＹＩである；
    （ｄ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮ（配列番号５６）であり、［Ｘａａ］ｕはＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）であり、［Ｘａａ］ｖはＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号９１）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、および［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６４）である；
    （ｅ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮ（配列番号５６）であり、［Ｘａａ］ｕはＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）であり、［Ｘａａ］ｖはＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮ（配列番号９２）であり、［Ｘａａ］ｘはＳＬＩＤＬＱ（配列番号６６）であり、および［Ｘａａ］ｙはＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６７）である；
    （ｆ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮ（配列番号５６）であり、［Ｘａａ］ｕはＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）であり、［Ｘａａ］ｖはＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬ（配列番号９３）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり、および［Ｘａａ］ｙはＹＩである；
    （ｇ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮＡ（配列番号５９）であり、［Ｘａａ］ｕはＶＶＮＩＱＫ（配列番号６０）であり、［Ｘａａ］ｖはＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号９４）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、および［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６４）である；
    （ｈ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮＡ（配列番号５９）であり、［Ｘａａ］ｕはＶＶＮＩＱＫ（配列番号６０）であり、［Ｘａａ］ｖはＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮ（配列番号９５）であり、［Ｘａａ］ｘはＳＬＩＤＬＱ（配列番号６６）であり、および［Ｘａａ］ｙはＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号６７）である；
    （ｉ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮＡ（配列番号５９）であり、［Ｘａａ］ｕはＶＶＮＩＱＫ（配列番号６０）であり、［Ｘａａ］ｖはＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬ（配列番号９６）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり、および［Ｘａａ］ｙはＹＩである；
    （ｊ）［Ｘａａ］ｔはＩであり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡ（配列番号９７）であり、［Ｘａａ］ｖはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｋ）［Ｘａａ］ｔはＩＱであり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡ（配列番号９８）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｌ）［Ｘａａ］ｔはＩであり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号９９）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｍ）［Ｘａａ］ｔはＩＱであり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡＫ（配列番号１００）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｎ）［Ｘａａ］ｔはＩであり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｏ）［Ｘａａ］ｔはＩＱであり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡ（配列番号９８）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｐ）［Ｘａａ］ｔはＩであり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号９９）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｑ）［Ｘａａ］ｔはＩＱであり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｒ）［Ｘａａ］ｔはＩであり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０７）である；
    （ｓ）［Ｘａａ］ｔはＱであり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡ（配列番号９８）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０７）である；
    （ｔ）［Ｘａａ］ｔはＩであり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号９９）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０８）である；
    （ｕ）［Ｘａａ］ｔはＩＱであり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０８）である；
    （ｖ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号２０９）であり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｗ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号２１０）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡ（配列番号９８）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬである；
    （ｘ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号２０９）であり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号９９）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｙ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号２１０）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬである；
    （ｚ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号２０９）であり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０７）である；
    （ａａ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号２１０）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡ（配列番号９８）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０７）である；
    （ｂｂ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号２０９）であり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号９９）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０８）である；
    （ｃｃ）［Ｘａａ］ｔはＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号２１０）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬＩＤＬＱＥＬ（配列番号２０８）である
    （ｄｄ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号１９３）であり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２１１）である；
    （ｅｅ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号１９４）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡ（配列番号９８）であり、［Ｘａａ］ｘはＮＬＮであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２１１）である；
    （ｆｆ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号１９３）であり、［Ｘａａ］ｕはＫＥＩであり、［Ｘａａ］ｖはＲＬＮＥＶＡＫ（配列番号９９）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２１２）である；
    （ｇｇ）［Ｘａａ］ｔはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号１９４）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＩＤであり、［Ｘａａ］ｖはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＮＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２１２）である
    （ｈｈ）［Ｘａａ］ｔはＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬ（配列番号２１３）であり、［Ｘａａ］ｕはＹＥＢであり、［Ｘａａ］ｖはＫＬＥＥＡＩ（配列番号２１４）であり、［Ｘａａ］ｘはＫＬＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＹＩＤＬＫＥ（配列番号２１５）である；
    （ｉｉ）［Ｘａａ］ｔはＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬＥ（配列番号２１６）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＢＫであり、［Ｘａａ］ｖはＬＥＥＡＩ（配列番号２１７）であり、［Ｘａａ］ｘはＫＬＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＳＹＩＤＬＫＥ（配列番号２１５）である；
    （ｊｊ）［Ｘａａ］ｔはＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬ（配列番号２１３）であり、［Ｘａａ］ｕはＹＥＢであり、［Ｘａａ］ｖはＫＬＥＥＡＩＫ（配列番号２１８）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＥＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＹＩＤＬＫＥ（配列番号２１９）である；
    （ｋｋ）［Ｘａａ］ｔはＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬＥ（配列番号２１６）であり、［Ｘａａ］ｕはＥＢＫであり、［Ｘａａ］ｖはＬＥＥＡＩＫ（配列番号２２０）であり、［Ｘａａ］ｘはＬＥＥであり、および［Ｘａａ］ｙはＹＩＤＬＫＥ（配列番号２１９）であり、
    式中、Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ６は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
    式中、Ｒ２およびＲ５は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されておらず；ならびに
    前記構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記組換え５ヘリックスバンドルと配列番号９または１０との間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  44. 以下の式を含む構造的に安定化されたペプチド：
    Figure 2023517293000151
     またはその薬学的に許容され得る塩であって、式中、
    （ａ）［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号６２）であり；［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり；［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり；および［Ｘａａ］ｚはＹＩである；
    （ｂ）［Ｘａａ］ｗはＩであり；［Ｘａａ］ｘはＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）であり；［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬ（配列番号８１）であり；および［Ｘａａ］ｚはＥＳＬである；
    （ｃ）［Ｘａａ］ｗはＩＱであり；［Ｘａａ］ｘはＥＩＤＲＬＮ（配列番号７２）であり；［Ｘａａ］ｙはＶＡＫＮＬＮ（配列番号８３）であり；および［Ｘａａ］ｚはＳＬである；
    （ｄ）［Ｘａａ］ｗはＩであり；［Ｘａａ］ｘはＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）であり；［Ｘａａ］ｙはＥＶＡであり；および［Ｘａａ］ｚはＮＬＮＥＳＬ（配列番号７６）である；
    （ｅ）［Ｘａａ］ｗはＩＱであり；［Ｘａａ］ｘはＥＩＤＲＬＮ（配列番号７２）であり；［Ｘａａ］ｙはＶＡＫであり；および［Ｘａａ］ｚはＬＮＥＳＬ（配列番号７９）である；
    （ｆ）［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩ（配列番号７４）であり；［Ｘａａ］ｘはＲＬＮＥＶＡ（配列番号７５）であり；［Ｘａａ］ｙはＮＬＮであり；および［Ｘａａ］ｚはＳＬである；
    （ｇ）［Ｘａａ］ｗはＩＱＫＥＩＤ（配列番号７７）であり；［Ｘａａ］ｘはＬＮＥＶＡＫ（配列番号７８）であり；［Ｘａａ］ｙはＬＮＥであり；および［Ｘａａ］ｚはＬである；
    （ｈ）［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩ（配列番号１９３）であり；［Ｘａａ］ｘはＫＥＩＤＲＬ（配列番号７０）であり；［Ｘａａ］ｙはＥＶＡＫＮＬ（配列番号８１）であり；および［Ｘａａ］ｚはＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２２１）である；
    （ｉ）［Ｘａａ］ｗはＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ（配列番号１９４）であり；［Ｘａａ］ｘはＥＩＤＲＬＮ（配列番号７２）であり；［Ｘａａ］ｙはＶＡＫであり；および［Ｘａａ］ｚはＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ（配列番号２２２）である；
    （ｊ）［Ｘａａ］ｗはＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬ（配列番号２１３）であり；［Ｘａａ］ｘはＹＥＢＫＫＬ（配列番号２２３）であり；［Ｘａａ］ｙはＥＡＩＫＫＬ（配列番号２２４）であり；および［Ｘａａ］ｚはＥＳＹＩＤＬＫＥ（配列番号２２５）である；または
    （ｋ）［Ｘａａ］ｗはＳＬＤＱＩＮＶＴＦＬＤＬＥ（配列番号２１６）であり；［Ｘａａ］ｘはＥＢＫＫＬＥ（配列番号２２６）であり；［Ｘａａ］ｙはＡＩＫＫＬＥ（配列番号２２７）であり；および［Ｘａａ］ｚはＳＹＩＤＬＫＥ（配列番号２１５）であり；
    式中、Ｒ１およびＲ４は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
    式中、Ｒ２およびＲ３は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されておらず；ならびに
    前記構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（ｉｉ）アルファらせんである；（ｉｉｉ）プロテアーゼ耐性である；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたポリペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  45. 以下の式を含む構造的に安定化されたペプチド：
    Figure 2023517293000152
     またはその薬学的に許容され得る塩であって、式中、
    （ａ）［Ｘａａ］ｕはＩＳＧＩ（配列番号５３）であり、［Ｘａａ］ｖはＡＳＶＶＮＩ（配列番号５４）であり、［Ｘａａ］ｗはＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号８８）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり；および［Ｘａａ］ｚはＹＩである；
    （ｂ）［Ｘａａ］ｕはＩＳＧＩＮ（配列番号５６）であり、［Ｘａａ］ｖはＳＶＶＮＩＱ（配列番号５７）であり、［Ｘａａ］ｗはＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号９１）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり；および［Ｘａａ］ｚはＹＩである；または
    （ｃ）［Ｘａａ］ｕはＩＳＧＩＮＡ（配列番号５９）であり、［Ｘａａ］ｖはＶＶＮＩＱＫ（配列番号６０）であり、［Ｘａａ］ｗはＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬ（配列番号９４）であり、［Ｘａａ］ｘはＥＳＬＩＤＬ（配列番号６３）であり、［Ｘａａ］ｙはＥＬＧＫＹＥ（配列番号６９）であり；および［Ｘａａ］ｚはＹＩであり；ならびに
    式中、Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれも置換されているかまたは置換されておらず；
    式中、Ｒ２、Ｒ５、およびＲ６は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれも、置換されているかまたは置換されておらず；および
    前記構造的に安定化されたペプチドは、以下に列挙される特性：（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組換え５ヘリックスバンドルに結合する；（（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記組換え５ヘリックスバンドルと配列番号９または１０のペプチドとの間の相互作用を破壊する；（ｉｉｉ）アルファらせんである；（ｉｖ）プロテアーゼ耐性である；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主細胞との融合を阻害する；および/または（ｖｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による細胞の感染を阻害する、のうちの１またはそれより多くを有する、構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  46. Ｒ１がアルキルである、請求項３７～４５のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  47. Ｒ１がメチル基である、請求項３７～４５のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  48. Ｒ４がアルキルである、請求項３７～４７のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  49. Ｒ４がメチル基である、請求項３７～４７のいずれか１項に記載の化合物またはその薬学的に許容され得る塩。
  50. Ｒ２がアルケニルである、請求項３７～４９のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  51. Ｒ３がアルケニルである、請求項３７～５０のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  52. 最大１００アミノ酸長であり、必要に応じて最大４５アミノ酸長である、請求項３７～５１のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩。
  53. 請求項１～５２のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチド、前記ペプチド、またはその薬学的に許容され得る塩、および薬学的に許容され得る担体を含む、医薬化合物。
  54. コロナウイルス感染の処置を必要とするヒト対象においてコロナウイルス感染を処置する方法であって、治療有効量の請求項１～５２のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチド、前記ペプチド、またはその薬学的に許容され得る塩を、前記ヒト対象に投与することを含む、方法。
  55. コロナウイルス感染の予防を必要とするヒト対象においてコロナウイルス感染を予防する方法であって、治療有効量の請求項１～５２のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチド、前記ペプチド、またはその薬学的に許容され得る塩を、前記ヒト対象に投与することを含む、方法。
  56. 前記コロナウイルス感染がベータコロナウイルスによるものである、請求項５４または５５に記載の方法。
  57. 前記コロナウイルス感染が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染によって引き起こされる、請求項５４～５６のいずれか１項に記載の方法。
  58. 構造的に安定化されたペプチドを作製する方法であって、（ａ）配列番号１１～５２、１１２～１８０、または２５８のいずれか１つに記載の配列を有するペプチドを提供すること、および（ｂ）前記ペプチドを架橋することを含む、方法。
  59. 前記ペプチドを架橋することが、ルテニウム触媒メタセシス反応によるものである、請求項５８に記載の方法。
  60. 請求項１～５２のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドを含むナノ粒子組成物であって、必要に応じて、前記ナノ粒子がＰＬＧＡナノ粒子であり、さらに必要に応じて、前記ＰＬＧＡナノ粒子の乳酸：グリコール酸比が２：９８～１００：０の範囲内である、ナノ粒子組成物。
  61. 請求項１～５２のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドであって、式中、
    ８、８１および８２＝（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｒ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンであり；
    Ｘ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４＝（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンであり；
    ＃＝α，α－ビス（４’－ペンテニル）グリシンまたはα，α－ビス（７’－オクテニル）グリシンであり；および
    ％＝（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニンまたは（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンである、構造的に安定化されたペプチド。
  62. 請求項１～５２のいずれか１項に記載の構造的に安定化されたペプチドであって、式中、
    ８、８１、および８２＝（Ｒ）－α－（７’－オクテニル）アラニンであり；
    Ｘ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４＝（Ｓ）－α－（４’－ペンテニル）アラニンであり；
    ＃＝α，α－Ｂｉｓビス（４’－ペンテニル）グリシンであり；および
    ％＝（Ｓ）－α－（７’－オクテニル）アラニンである、構造的に安定化されたペプチド。
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