JP2023508277A - 新規のddr1抗体およびその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2019年12月17日に出願された米国仮特許出願第62/949,300号の優先権の利益を主張し、その全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、米国国立衛生研究所によって授与された助成金番号CA220578に基づく政府の支援を受けて行われた。米国政府は、本発明において一定の権利を有する。
配列表は、明細書と同時にASCII形式のテキストファイルとして提出され、ファイル名はP0362WO_ST25.txt、作成日は2020年12月17日、サイズは127キロバイトである。配列表の電子形式の情報は、明細書の一部であり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本開示は、概して、医学、腫瘍学、および免疫学の分野に関する。より具体的には、本開示は、DDR1に結合し、乳がんを含むがんを治療することができる抗体に関する。
腫瘍ジスコイジンドメイン受容体1(DDR1)および2(DDR2)タンパク質の異常な発現は、乳がんを含む複数の固形がんタイプの進行と関連付けられる(Valiathan et al.,2012、Rammal et al.,2016、Gao et al.,2016、Bayer et al.,2019)。公開されたデータは、腫瘍の進行および転移可能性を促進するためのDDRタンパク質の役割を支持する(Gao et al.,2016、Bayer et al.,2019、Hidalgo-Carcedo et al.,2011、Marcotte et al.,2012)。しかしながら、MMTV-PyMTマウスにおけるDdr1の遺伝子切除は、自発的腫瘍形成を促進し(Takai et al.,2018)、がんの発生および進行における段階依存性腫瘍DDR1機能を示唆する。
したがって、一態様では、本開示は、DDR1に特異的に結合する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、DDR1に結合すると、DDR1の活性を調節する、すなわち、DDR1を抑制する。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、DDR1に結合すると、DDR1に対するリガンドの結合を特異的に遮断する。
本発明者らは、腫瘍ジスコイジンドメイン受容体1(DDR1)が宿主免疫の制御に重要な役割を果たすと判断した。DDR1は、チロシンキナーゼ活性を有するコラーゲン受容体である。本発明者らは、DDR1が、宿主免疫細胞が腫瘍組織に浸潤し、キナーゼ非依存的な方法で腫瘍自体を攻撃するのを防ぐ腫瘍防御を誘導することを見出した。本発明者らは、DDR1タンパク質を認識する新規のモノクローナル抗体のパネルを単離しており、これはがんの治療に使用することができる。抗ヒトDDR1抗体は、DDR1機能の拮抗剤であり、DDR1の腫瘍防御の誘導を防止する。
前述の一般的な説明および以下の詳細な説明の両方は、例示的および説明的なものにすぎず、特許請求される本発明を限定するものではないことを理解されたい。本出願では、特に断りのない限り、単数形の使用は、複数形を含む。本出願では、「または」の使用は、別段明記されない限り、「および/または」を意味する。さらに、「含むこと(including)」という用語、ならびに「含む(includes)」および「含んだ(included)」などの他の形態の使用は、限定的ではない。また、「要素(element)」または「構成要素(component)」などの用語は、別段明記されない限り、1つのユニットを含む要素および構成要素、ならびに1つを超えるサブユニットを含む要素および構成要素の両方を包含する。また、「部分」という用語の使用は、部分の一部または部分全体を含むことができる。
A.DDR1
受容体チロシンキナーゼ(RTK)は、細胞とその微小環境とのコミュニケーションにおいて重要な役割を果たす。これらの分子は、細胞成長、分化、および代謝の調節に関与している。DDR1遺伝子によってコードされるDDR1タンパク質は、正常上皮細胞および形質転換された上皮細胞において広範に発現され、様々なタイプのコラーゲンによって活性化されるRTKである。DDR1タンパク質は、その細胞外ドメイン内にキイロタマホコリカビ(Dictyostelium discoideum)のタンパク質ジスコイジンIに対して相同な領域を有するチロシンキナーゼ受容体のサブファミリーに属する。その自己リン酸化は、これまでに試験されたすべてのコラーゲン(I型~VI型)によって達成される。密接に関連するファミリーメンバーは、DDR2タンパク質である。In situ研究およびノーザンブロット分析は、DDR1にコードされたタンパク質の発現が、上皮細胞、特に、腎臓、肺、消化管、および脳において限定されることを示した。加えて、DDR1タンパク質は、***、卵巣、食道、および小児の脳からのいくつかのヒト腫瘍において有意に過剰発現される。この遺伝子は、いくつかのHLAクラスI遺伝子に近接して染色体6p21.3上に位置する。この遺伝子の代替的スプライシングは、複数の転写バリアントをもたらす。DDR1の代表的なmRNA配列は、NM_001202521(配列番号:1)であり、代表的なアミノ酸配列は、NP_001189450(配列番号:2)である。
本開示による抗体またはその抗原結合断片は、まず、この場合では、DDR1に対するそれらの結合特異性によって定義され得る。当業者は、当業者に周知の技術を使用して所与の抗体の結合特異性/親和性を評価することによって、かかる抗体が本特許請求の範囲内に含まれるかどうかを決定することができる。
別の態様では、本開示は、抗DDR1抗体が結合するエピトープを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体によって結合されるエピトープが有用である。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるエピトープを利用して、DDR1に結合する抗体または抗原結合タンパク質を単離することができる。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるエピトープを利用して、DDR1に結合する抗体または抗原結合タンパク質を生成することができる。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるエピトープまたはエピトープを含む配列は、DDR1に結合する抗体または抗原結合タンパク質を生成するための免疫原として利用することができる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載のエピトープまたは本明細書に記載のエピトープを含む配列を利用して、DDR1の生物学的活性を妨害することができる。
別の態様では、本開示は、本明細書に開示されるDDR1タンパク質に特異的に結合する抗体およびその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含むベクター、ならびに、例えば、抗体またはその抗原結合断片の発現のためのポリヌクレオチドを含む宿主細胞、を提供する。
配列番号:108のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-1K)、および配列番号:129のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-1H)、
配列番号:109のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-3K)、および配列番号:130のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-3H)、
配列番号:110のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-5K)、および配列番号:131のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-5H)、
配列番号:111のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-6K)、および配列番号:132のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-6H)、
配列番号:112のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-9K)、および配列番号:133のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-9H)、
配列番号:113のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-11K)、および配列番号:134のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-11H)、
配列番号:114のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-12K)、および配列番号:135のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-12H)、
配列番号:115のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-13K)、および配列番号:136のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-13H)、
配列番号:116のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-14K)、および配列番号:137のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-14H)、
配列番号:117のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-15K)、および配列番号:138のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-15H)、
配列番号:118のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-17K)、および配列番号:139のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-17H)、
配列番号:119のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-20K)、および配列番号:140のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-20H)、
配列番号:120のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-21K)、および配列番号:141のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-21H)、
配列番号:121のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-22K)、および配列番号:142のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-22H)、
配列番号:122のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-23K)、および配列番号:143のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-23H)、
配列番号:123のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-26K)、および配列番号:144のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-26H)、
配列番号:124のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-28K)、および配列番号:145のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-28H)、
配列番号:125のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-29K)、および配列番号:146のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-29H)、
配列番号:126のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-32K)、および配列番号147のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-32H)、
配列番号:127のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-33K)、および配列番号:148のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-33H)、
配列番号:128のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-34K)、および配列番号:149のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-34H)、
配列番号:150のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-9hu_Lv)、および配列番号:153のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-9hu_Hv)、ならびに
配列番号:151のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-9hu_Lc2)、および配列番号:153のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-9hu_Hv)。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のモノクローナル抗体は、標準的な方法を使用して調製することができ、続いてスクリーニング、特徴付け、および機能評価が行われる。例えば、可変領域を配列決定し、次いで、ヒト発現ベクターにサブクローニングして、キメラ抗体遺伝子を生成し、次いで、それを発現および精製することができる。これらのキメラ抗体は、抗原結合、シグナル伝達の遮断、および異種移植片実験において試験することができる。
DDR1に結合するモノクローナル抗体は、いくつかの用途を有することが理解されるであろう。これらには、がんの検出および診断、ならびにがん療法に使用するための診断キットの製造が含まれる。これらの文脈では、かかる抗体を診断剤または治療剤に連結し、それらを競合アッセイにおいて捕捉剤または競合剤として使用し、または加の薬剤が付着することなくそれらを個別に使用してもよい。抗体は、以下でさらに考察されるように、変異されてもよく、または修飾されてもよい。抗体を調製および特徴付けるための方法は当該技術分野において周知である(例えば、Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,1988;米国特許第4,196,265号を参照されたい)。
様々な実施形態では、発現の改善、交差反応性の改善、またはオフターゲット結合の減少などの様々な理由で、同定された抗体の配列を操作することを選択してもよい。以下は、抗体操作に関する関連技術の一般的な説明である。
関連する実施形態では、抗体は、開示した抗体の誘導体、例えば、開示した抗体中のものと同一のCDR配列を含む抗体(例えば、キメラまたはCDR移植抗体)である。あるいは、抗体分子に保存的変化を導入するなどの修飾を行うことを望んでもよい。そのような変更を行う際、アミノ酸の疎水性親水性指標が考慮される場合がある。タンパク質に相互作用的生物学的機能を付与する際の疎水性親水性アミノ酸指標の重要性は、当該技術分野で一般に理解されている(Kyte and Doolittle,1982)。アミノ酸の相対的な疎水性親水性特性が、結果として生じたタンパク質の二次構造に寄与し、次いで、それが、タンパク質と、他の分子、例えば、酵素、基質、受容体、DNA、抗体、抗原等との相互作用を定義することが認められている。
上述のように、本明細書に開示される抗体はまた、Fc領域内に修飾を含むように、典型的には、抗体の1つ以上の機能特性、例えば、血清半減期、補体結合、Fc受容体結合、および/またはエフェクター機能(例えば、抗原依存性細胞傷害)を改変するように操作され得る。さらに、本明細書に開示される抗体は、化学修飾され得る(例えば、1つ以上の化学的部分が抗体に結合し得る)か、またはそのグリコシル化を改変するように修飾されて、この場合も同様に抗体の1つ以上の機能特性を改変することができる。これらの実施形態のそれぞれについて、以下にさらに詳細に記載される。Fc領域内の残基の番号付けは、KabatのEUインデックスの番号付けである。本明細書に開示される抗体は、改変されたエフェクター機能を提供するために修飾された(またはブロックされた)Fc領域を有する抗体も含む。例えば、米国特許第5,624,821号、WO2003/086310、WO2005/120571、WO2006/0057702を参照されたい。そのような修飾を使用して、診断および療法における可能性のある有益な効果を伴う、免疫系の様々な反応を増強または抑制することができる。Fc領域の改変は、アミノ酸変化(置換、欠失、および挿入)、グリコシル化、または脱グリコシル化、および複数のFcの添加を含む。Fcに対する変更はまた、治療用抗体における抗体の半減期を変化させることができ、より少ない頻度の投薬を可能にし、したがって、利便性の増加および材料の使用の減少を可能にする。この変異は、ヒンジ領域における重鎖間ジスルフィド架橋の不均一性を廃止することが報告されている。
単鎖可変断片(scFv)は、短い(通常はセリン、グリシン)リンカーと一緒に連結された、免疫グロブリンの重鎖および軽鎖の可変領域の融合物である。このキメラ分子は、定常領域の除去およびリンカーペプチドの導入にもかかわらず、元の免疫グロブリンの特異性を保持している。この修飾は通常、特異性を経変することなく保持する。これらの分子は、抗原結合ドメインを単一のペプチドとして発現することが非常に便利であるファージディスプレイを容易にするために歴史的に作成された。あるいは、scFvは、ハイブリドーマに由来するサブクローニングされた重鎖および軽鎖から直接作成することができる。単鎖可変断片は、完全抗体分子に見られる定常Fc領域を欠き、したがって、抗体を精製するために使用される共通結合部位(例えば、タンパク質A/G)を欠く。これらの断片は、プロテインLがカッパ軽鎖の可変領域と相互作用するので、プロテインLを使用して精製/固定化することができることが多い。
ある特定の実施形態では、本開示の抗体は、精製され得る。本明細書で使用される場合、「精製される」という用語は、他の構成要素から単離可能な組成物を指すことが意図され、タンパク質は、その天然に達成可能な状態と比較して任意の程度まで精製される。したがって、精製されたタンパク質は、それが天然に存在し得る環境から遊離したタンパク質も指す。「実質的に精製される」という用語が使用される場合、この指定は、タンパク質またはペプチドが、組成物中のタンパク質の約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%またはそれ以上を構成するなどの組成物の主要成分を形成する組成物を指す。
A.治療的方法および使用
1.がんの治療
過剰増殖性疾患は、細胞が制御不能に増殖し始める任意の疾患と関連付けることができるが、典型的な例は、がんである。がんの重要な要素の1つは、細胞の正常なアポトーシスサイクルが妨害されることであり、したがって、細胞の成長を妨害する薬剤は、これらの疾患を治療するための治療剤として重要である。本開示では、本明細書に記載される抗DDR1抗体またはその抗原結合断片を使用して、がん細胞数を減少させることができ、したがって、様々な種類のがん細胞株を治療するために潜在的に使用することができる。いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、固形腫瘍を含むがん、特に、DDR1タンパク質またはその一部(DDR1細胞外ドメインなど)を分泌するがん、および/またはがん細胞もしくはがん幹細胞の表面に存在するDDR1を有するがんを治療するために使用され得る。いくつかの実施形態では、DDR1タンパク質を過剰発現するがんまたはがん細胞は、本開示の抗体による治療のために選択される。
いくつかの実施形態では、治療のためのがんは、乳がんであり、乳がんは、典型的には、***、通常は、乳管または乳葉の内層に由来する。乳がんには様々なタイプがあり、ステージ(広がり)、攻撃性、遺伝的構成が異なる。最良の治療では、10年間の無病生存率は98%~10%まで変化する。治療は、手術、薬物(化学療法)、および放射線から選択される。米国では、2004年に216,000例の侵襲性乳がんの症例があり、40,000人が死亡した。世界的に、乳がんは、肺がんに次いで2番目に多いがんであり(男女を問わず、全がん発生率の10.4%)、がんの死因としては5番目に多い。2004年、乳がんは世界で519,000人の死者を出した(がんによる死者の7%、全死亡者のほぼ1%)。乳がんは女性の頻度が男性の約100倍であるが、生存率は男女とも等しい。
・正常(ER+、PR+、HER2+、サイトケラチン5/6+、およびHER1+)
・ルミナルA(ER+および/またはPR+、HER2-)
・ルミナルB(ER+および/またはPR+、HER2+)
・トリプルネガティブ(ER-、PR-、HER2-)
・HER2+/ER-(ER-、PR-、およびHER2+)
・未分類(ER-、PR-、HER2-、サイトケラチン5/6-、およびHER1-)
がんにおける発現に加えて、DDR1タンパク質は、他の臓器のうち、腎臓、肺、消化管、皮膚、および脳においても発現され、皮膚、肺、および肝臓の線維症に関与している(Moll,et al.2019、参照により本明細書に組み込まれる)。したがって、いくつかの実施形態では、本開示の抗DDR1抗体またはその抗原結合断片を、単独でまたは他の治療法と組み合わせて使用して、線維性障害を治療することができる。いくつかの実施形態では、線維性障害は、臓器線維症である。いくつかの実施形態では、線維性障害は、皮膚、腎臓、肝臓、肺、または心臓の線維症である。いくつかの実施形態では、治療される線維性障害は、皮膚肥厚性瘢痕、特発性肺線維症、肝硬変および腎線維症であるが、これに限定されない。
別の態様では、本開示は、抗DDR1抗体およびそれを生成するための抗原を含む薬学的組成物を提供する。そのような組成物は、予防的または治療的に有効な量の抗体またはその断片、および薬学的に許容される担体を含む。特定の実施形態では、「薬学的に許容される」という用語は、米国連邦政府または州政府の規制当局によって承認されるか、または動物、特にヒトにおいて使用するために米国薬局方または他の一般に認められた薬局方に記載されることを意味する。「担体」という用語は、治療剤とともに投与される希釈剤、賦形剤、またはビヒクルを指す。そのような薬学的担体は、無菌液体、例えば、水および油であってもよく、石油、動物、植物または合成由来のもの、例えば、ピーナッツ油、大豆油、鉱油、ゴマ油などを含む。薬学的組成物が、静脈内投与される場合、水は、特定の担体である。生理食塩水溶液およびデキストロース水溶液およびグリセロール水溶液も、液体担体として、特に注射用溶液に用いることができる。他の好適な薬学的賦形剤としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。
別の態様では、本開示は、キメラ抗原受容体(CAR)を発現する免疫細胞を提供する。いくつかの実施形態では、CARは、本明細書に提供される抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、CARタンパク質は、N末端からC末端までに、リーダーペプチド、抗DDR1重鎖可変ドメイン、リンカードメイン、抗DDR1軽鎖可変ドメイン、ヒトIgG1-CH2-CH3ドメイン、スペーサー領域、CD28膜貫通ドメイン、抗DDR1細胞内共刺激シグナル伝達およびCD3ζ細胞内T細胞シグナル伝達ドメインを含む。
追加の抗がん療法と併せて、本開示の抗体を使用した併用治療を提供することも望ましい場合がある。これらの療法は、1つ以上の疾患パラメータの減少を達成するのに有効な組み合わせ量で提供される。このプロセスは、例えば、両方の薬剤を含む単一の組成物または薬理学的製剤を使用することによって、または同時に2つの異なる組成物または製剤(1つの組成物は抗体を含み、もう1つの組成物はもう1つの薬剤を含む)を細胞/対象に接触させることによって、細胞/対象を両方の薬剤/療法と同時に接触させることを含み得る。
A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B B/A/A A/B/B B/B/B/A B/B/A/B
A/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A B/A/B/A B/A/A/B B/B/B/A
A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A A/B/B/B B/A/B/B B/B/A/B
本開示の抗体は、抗体コンジュゲートを形成するために少なくとも1つの薬剤に連結され得る。診断剤または治療剤としての抗体分子の有効性を増加させるために、少なくとも1つの所望の分子または部分を連結または共有結合または複合体化することが従来の方法である。かかる分子または部分は、少なくとも1つのエフェクターまたはレポーター分子であり得るが、これらに限定されない。エフェクター分子は、所望の活性、例えば、細胞傷害活性を有する分子を含む。抗体に結合されているエフェクター分子の非限定的な例としては、毒素、抗腫瘍剤、治療用酵素、放射性核種、抗ウイルス剤、キレート剤、サイトカイン、成長因子、およびオリゴまたはポリヌクレオチドが挙げられる。対照的に、レポーター分子は、アッセイを使用して検出され得る任意の部分として定義される。抗体にコンジュゲートされているレポーター分子の非限定的な例には、酵素、放射性標識、ハプテン、蛍光標識、リン光分子、化学発光分子、発色団、光親和性分子、着色粒子、またはビオチン等のリガンドが含まれる。
なおさらなる実施形態では、本開示は、結合、精製、除去、定量化、およびそれ以外の場合一般的にDDR1関連がんを検出するための免疫検出方法に関する。かかる方法は、従来の意味で適用することができるが、別の使用は、ワクチンおよび他のウイルスストックの品質管理および監視であり、ここで、本開示による抗体を使用して、ウイルス中のH1抗原の量または完全性(すなわち、長期安定性)を評価することができる。代替的に、方法を使用して、適切な/所望の反応性プロファイルについて様々な抗体をスクリーニングすることができる。
免疫アッセイは、その最も単純かつ直接的な意味で、結合アッセイである。ある特定の好ましい免疫測定法は、当該技術において既知である様々な種類の酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)および放射免疫アッセイ(RIA)である。組織切片を用いた免疫組織化学的検出も特に有用である。しかしながら、検出はそのような技術に限定されず、ウエスタンブロッティング、ドットブロッティング、FACS分析なども使用され得ることは容易に理解されるであろう。
ウエスタンブロット(代替的に、タンパク質免疫ブロット)は、所与の組織ホモジネートまたは抽出物の試料中の特定のタンパク質を検出するために使用される分析技術である。それは、ゲル電気泳動を使用して、ポリペプチドの長さ(変性条件)またはタンパク質の3D構造(天然/非変性条件)によって天然または変性タンパク質を分離する。次いで、タンパク質をメンブレン(典型的には、ニトロセルロースまたはPVDF)に移し、そこで標的タンパク質に特異的な抗体を使用してプローブ(検出)する。
いくつかの実施形態では、本開示の抗体は、免疫組織化学(IHC)による研究のために調製された新鮮凍結および/またはホルマリン固定パラフィン包埋組織ブロックの両方と併せて使用されてもよい。これらの微粒子標本から組織ブロックを調製する方法は、様々な予後因子の以前のIHC研究で首尾よく使用されており、当業者に周知である(Brown et al.,1990、Abbondanzo et al.,1990、Allred et al.,1990)。
なおさらなる実施形態では、本開示は、上述の免疫検出方法とともに使用するための免疫検出キットも企図する。抗体は、DDR1関連がん細胞を検出するために使用され得るので、抗体は、キットに含まれ得る。したがって、免疫検出キットは、適切な容器手段中に、DDR1に結合する第1の抗体、および任意選択で免疫検出試薬を含む。
本開示の抗体は、フローサイトメトリーまたはFACSでも使用することができる。フローサイトメトリーは、細胞計数、細胞選別、バイオマーカー検出およびタンパク質工学を含む多くの検出アッセイで使用されるレーザーまたはインピーダンスに基づく技術である。この技術は、細胞を流体の流れに懸濁させ、それらを電子検出装置に通過させることで、毎秒最大数千個の粒子の物理的および化学的特性の同時多パラメトリック的分析を可能にする。フローサイトメトリーは、障害、特に血液がんの診断において日常的に使用されるが、基礎研究、臨床実践および臨床試験においても多くの他の用途を有する。
以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態を実証するために含まれる。当業者であれば、以下の実施例に開示される技術が、発明者が本発明の実施において良好に機能することを発見した技術を表しており、したがって、その実施のための好ましいモードを構成しているとみなすことができることを理解すべきである。しかしながら、当業者は、本開示に照らして、開示される具体的な実施形態において多数の変更を行うことが可能であり、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく、なおも同様または類似の結果が得られることを理解されたい。
CRISPR KO。DDR1 sgRNA CRISPR/Cas9 All-in-Oneレンチベクターセット(ABM;カタログ番号K4331005)を製造元の指示に従って使用して、DDR1をM-WNT、AT-3、およびE0771においてノックアウトした。簡潔に述べると、レンチウイルスパッケージングは、HEK293T細胞を、Lipofectamine2000(Life Technologies、カタログ番号11668027)により、DDR1 KOベクターおよび2つのヘルパーベクター(psPAX2およびpMD2.G)を用いて同時トランスフェクションすることによって、実施した。2日後、レンチウイルス含有上清を回収し、標的腫瘍細胞に感染させるために使用した。単一クローンを採取し、抗生物質選択後に拡大した。すべての選択されたKOクローンのゲノムDNAを抽出し、配列決定して、所望の変異を検証した。sgRNA配列は、以下のとおりである:sgRNA1、AAGCAGTGATGGAGATG(配列番号:303);sgRNA2、TGTGTTCCCCAAAGAAG(配列番号:304);sgRNA3、GACCATGCAGTTATCTG(配列番号:305)。スクランブルsgRNA配列を対照として使用した。
本発明者らは、基底様/TNBCの特徴を有する複数のマウス***腫瘍細胞において、Ddr1を特異的に欠失させた(E0771、AT-3、およびM-Wnt;図1a、図5b~d)。ノックアウト(KO)腫瘍細胞は、インビトロでの細胞増殖、遊走、または浸潤では、いずれの顕著な欠陥も示さなかった(図1b~d、図5e~f)。加えて、免疫不全宿主におけるDdr1-KO腫瘍は、野生型(WT)対照マウスと同じ速度で増殖した(図1eおよび図5g)。全く対照的に、免疫能のある宿主(C57BL/6)におけるDdr1-KO腫瘍は、試験した3つの***腫瘍モデル(図1f~h)のすべてで、接種後2週間で完全に退縮した。免疫能のある宿主におけるKO腫瘍のこの成長欠失は、増加した数のKO腫瘍細胞の移植(1接種当たり0.5~20×106個の細胞、図5h)によっては、実質的に緩和されず、また、免疫不全宿主(Rag1-/-)における初期成長およびその後の免疫能のあるナイーブマウスへの再移植によっても、成長不全が救済されなかった(図1i~j)。さらに、同数の親WTおよびKO腫瘍細胞の混合物を使用した同時移植は、免疫能を有する宿主における堅牢な腫瘍増殖を生じさせ(図5i~k)、腫瘍DDR1の優性な作用を示した。WT腫瘍細胞を、同じ乳腺または対側の乳腺のいずれかで、以前にKO腫瘍細胞でチャレンジした免疫能のあるマウスに注射したところ、再チャレンジした親腫瘍の顕著な増殖は観察されなかった(図1k~m)。これは、KO腫瘍細胞がWT腫瘍に対して宿主にワクチン接種可能であることを示す。まとめると、これらのデータは、腫瘍DDR1が免疫能のある宿主における腫瘍増殖において特徴的な役割を果たすことを強く示唆する。
Claims (60)
- ジスコイジンドメイン受容体1(DDR1)タンパク質に特異的に結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、
配列番号:108~128から選択される軽鎖可変領域内にLC-LC-CDR1、LC-CDR2、およびLC-CDR3を有する軽鎖可変領域、ならびに
配列番号:129~149から選択される重鎖可変領域内にHC-CDR1、HC-CDR2、およびHC-CDR3を有する重鎖可変領域
を含むか、または
それらのバリアントであって、前記LC-CDRおよび/もしくは前記HC-CDRのうちの1つ以上が1つ、2つ、もしくは3つのアミノ酸置換、付加、欠失、もしくはそれらの組み合わせを有する、前記バリアント
を含む、
前記単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 表1から選択されるクローン対のLC-LC-CDR1、LC-CDR2、およびLC-CDR3、ならびに
表2から選択されるHC-CDR1、HC-CDR2、およびHC-CDR3
を含むか、または
それらのバリアントであって、前記LC-CDRおよび/もしくは前記HC-CDRのうちの1つ以上が1つ、2つ、もしくは3つのアミノ酸置換、付加、欠失、もしくはそれらの組み合わせを有する、前記バリアント
を含む、
請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - アミノ酸配列QSIGSV(配列番号:11)を含むLC-CDR1、アミノ酸配列GVFを含むLC-CDR2、およびアミノ酸配列QYIPYGSSP(配列番号:12)を含むLC-CDR3を有する軽鎖可変領域、ならびに
アミノ酸配列GFSLNRYY(配列番号:57)を含むHC-CDR1、アミノ酸配列ISYGDTT(配列番号:58)を含むHC-CDR2、およびアミノ酸配列ARADTGDNGYLGLQL(配列番号:59)を含むHC-CDR3を有する重鎖可変領域
を含むか(DDR1-9)、または
それらのバリアントであって、前記LC-CDRおよび/もしくは前記HC-CDRのうちの1つ以上が1つ、2つ、もしくは3つのアミノ酸置換、付加、欠失、もしくはそれらの組み合わせを有する、前記バリアント
を含む、
請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - アミノ酸配列ESINSW(配列番号:41)を含むLC-CDR1、アミノ酸配列DASを含むLC-CDR2、およびアミノ酸配列QSYYIINRSNYGNS(配列番号:42)を含むLC-CDR3を有する軽鎖可変領域、ならびに
アミノ酸配列GFSLSSYY(配列番号:102)を含むHC-CDR1、アミノ酸配列ITTAGPL(配列番号:103)を含むHC-CDR2、およびアミノ酸配列ARGHAGSIYYSYFDL(配列番号:104)を含むHC-CDR3を有する重鎖可変領域
を含むか(DDR1-32)、または
それらのバリアントであって、前記LC-CDRおよび/もしくは前記HC-CDRのうちの1つ以上が1つ、2つ、もしくは3つのアミノ酸置換、付加、欠失、もしくはそれらの組み合わせを有する、前記バリアント
を含む、
請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 配列番号:108~128から選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域、および配列番号:129~149から選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域
を含む、請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - (a)配列番号:108のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-1K)、および配列番号:129のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-1H)、
(b)配列番号:109のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-3K)、および配列番号:130のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-3H)、
(c)配列番号:110のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-5K)、および配列番号:131のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-5H)、
(d)配列番号:111のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-6K)、および配列番号:132のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-6H)、
(e)配列番号:112のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-9K)、および配列番号:133のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-9H)、
(f)配列番号:113のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-11K)、および配列番号:134のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-11H)、
(g)配列番号:114のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-12K)、および配列番号:135のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-12H)、
(h)配列番号:115のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-13K)、および配列番号:136のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-13H)、
(i)配列番号:116のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-14K)、および配列番号:137のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-14H)、
(j)配列番号:117のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-15K)、および配列番号:138のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-15H)、
(k)配列番号:118のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-17K)、および配列番号:1039のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-17H)、
(l)配列番号:119のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-20K)、および配列番号:140のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-20H)、
(m)配列番号:120のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-21K)、および配列番号:141のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-21H)、
(n)配列番号:121のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-22K)、および配列番号:142のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-22H)、
(o)配列番号:122のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-23K)、および配列番号:143のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-23H)、
(p)配列番号:123のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-26K)、および配列番号:144のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-26H)、
(q)配列番号:124のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-28K)、および配列番号:145のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-28H)、
(r)配列番号:125のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-29K)、および配列番号:146のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-29H)、
(s)配列番号:126のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-32K)、および配列番号:147のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-32H)、
(t)配列番号:127のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-33K)、および配列番号:148のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-33H)、もしくは
(u)配列番号:128のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-34K)、および配列番号:149のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-34H)
を含むか、または
それらのバリアントであって、前記軽鎖可変領域が前記親軽鎖可変領域のアミノ酸配列に対して80%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ前記重鎖可変領域が前記親重鎖可変領域のアミノ酸配列に対して80%以上の配列同一性を有する、DDR1タンパク質に特異的に結合する前記バリアント
を含む、
請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 配列番号:112のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-9K)、および配列番号:133のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-9H)
を含む、請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 配列番号:126のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-32K)、および配列番号:147のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-32H)
を含む、請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 前記単離されたモノクローナル抗体が、マウス抗体、げっ歯類抗体、ウサギ抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体である、請求項1または2に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 前記単離されたモノクローナル抗体が、ウサギ抗体またはキメラ抗体である、請求項9に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 前記単離されたモノクローナル抗体が、ウサギ抗体またはキメラ抗体である、請求項9に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 前記単離されたモノクローナル抗体が、ヒト化抗体である、請求項1~4のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 配列番号:150もしくは151のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域(DDR1-9hu_Lv1またはDDR1-9hu_Lc2)、および
配列番号:152のアミノ酸配列を有する重鎖可変領域(DDR1-9hu_Hv)
を含むか、または
それらのバリアントであって、前記軽鎖可変領域が前記親軽鎖可変領域のアミノ酸配列に対して80%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ前記重鎖可変領域が前記親重鎖可変領域のアミノ酸配列に対して80%以上の配列同一性を有する、DDR1タンパク質に特異的に結合する前記バリアント
を含む、請求項1に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 前記抗原結合断片が、ScFv(単鎖可変領域断片)抗体、Fab断片、F(ab’)2断片、またはFv断片である、請求項1~13のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 請求項1~14のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片によって特異的に結合されるエピトープまたは同じエピトープの全部または一部に特異的に結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 請求項1~14のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片と同じエピトープに対して競合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 請求項1~16のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片と、前記抗体またはその抗原結合断片に連結されている抗腫瘍薬物とを含む、抗体-薬物コンジュゲート。
- 前記抗腫瘍薬物が、光不安定性リンカーまたは酵素的に切断可能なリンカーを介して前記抗体に連結されている、請求項17に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
- 前記抗腫瘍薬物が、毒素、放射性同位体、サイトカイン、または酵素である、請求項17または18に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
- 請求項1~14のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片と、薬学的に許容される担体とを含む、薬学的組成物。
- 請求項1~14のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項21に記載の単離された核酸を含む、ベクター。
- 前記コードされた抗体またはその抗原結合断片を発現することができる発現ベクターを含む、請求項22に記載のベクター。
- 請求項21に記載のポリヌクレオチドまたは請求項22もしくは23に記載のベクターを含む、宿主細胞。
- 哺乳動物細胞である、請求項24に記載の宿主細胞。
- CHO細胞である、請求項25に記載の宿主細胞。
- 請求項1~14のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体をコードするおよび/または産生する、ハイブリドーマまたは操作された細胞。
- 前記モノクローナル抗体またはその抗原断片を発現することができる請求項24~26のいずれか一項に記載の宿主細胞
を培養する工程を含む、抗体を産生する方法であって、
前記抗体またはその抗原結合断片を発現するのに好適な条件下で前記宿主細胞を培養する工程、および前記抗体またはその抗原結合断片を単離する工程を含む、前記方法。 - 請求項1~14のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片を含む、キメラ抗原受容体(CAR)タンパク質。
- 請求項29に記載のCARタンパク質をコードする、単離された核酸。
- 請求項30に記載の単離された核酸を含む、ベクター。
- 前記CARタンパク質を発現することができる、請求項31に記載のベクター。
- 請求項30に記載の単離された核酸または請求項32に記載のベクターを含む、操作された細胞。
- T細胞、NK細胞、またはマクロファージである、請求項33に記載の操作された細胞。
- 治療有効量の請求項1~14のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、または請求項33もしくは34に記載の操作された細胞を、対象に投与する工程
を含む、対象におけるがんの影響を治療または緩和する方法。 - 前記対象における腫瘍負荷を減少させるかまたは根絶する、請求項35に記載の方法。
- 腫瘍細胞の数を減少させるか、または腫瘍サイズを減少させる、請求項36に記載の方法。
- 前記がんが、固形がんまたは腫瘍である、請求項35に記載の方法。
- 前記がんが、膵臓がん;小細胞肺がんおよび非小細胞肺がんを含む肺がん;結腸および結腸直腸がん;頭頸部がん;胃(胃部)がん;卵巣がん;乳がん;腎臓がん;肝臓がん;前立腺がん;子宮頸がん;脳がん;黒色腫を含む皮膚がん;および骨がんから選択される、請求項38に記載の方法。
- 前記がんが、乳がんである、請求項38に記載の方法。
- 前記乳がんが、(a)ルミナルA(ER+および/またはPR+、HER2-)、(b)ルミナルB(ER+および/またはPR+、HER2+)、(c)トリプルネガティブ(ER-、PR-、HER2-)、(d)HER2+/ER-(ER-、PR-、およびHER2+)、ならびに(e)未分類(ER-、PR-、HER2-、サイトケラチン5/6-、およびHER1-)から選択される乳がんサブタイプである、請求項40に記載の方法。
- 前記がんのがん細胞が、分泌されたDDR1タンパク質および/または前記がん細胞の表面上のDDR1タンパク質を発現していると同定されるか、または発現すると決定される、請求項35~41のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗体またはその抗原結合断片が、静脈内、動脈内、腫瘍内、または皮下に投与される、請求項35~42のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象に、トポイソメラーゼ阻害剤、アントラサイクリントポイソメラーゼ阻害剤、アントラサイクリン、ダウノルビシン、ヌクレオシド代謝阻害剤、シタラビン、低メチル化剤、低用量シタラビン(LDAC)、ダウノルビシンおよびシタラビンの組み合わせ、注射用のダウノルビシンおよびシタラビンリポソーム、Vyxeos(登録商標)、アザシチジン、Vidaza(登録商標)、デシタビン、オールトランスレチノイン酸(ATRA)、ヒ素、三酸化ヒ素、ヒスタミン二塩酸塩、Ceplene(登録商標)、インターロイキン-2、アルデスロイキン、Proleukin(登録商標)、ゲツムズマブ オゾガマイシン、Mylotarg(登録商標)、FLT-3阻害剤、ミドスタウリン、Rydapt(登録商標)、クロファラビン、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、デシタビン、IDH1阻害剤、イボシデニブ、Tibsovo(登録商標)、IDH2阻害剤、エナシデニブ、Idhifa(登録商標)、スムーズンド(smoothened)(SMO)阻害剤、グラスデギブ、アルギナーゼ阻害剤、IDO阻害剤、エパカドスタット、BCL-2阻害剤、ベネトクラクス、Venclexta(登録商標)、白金複合体誘導体、オキサリプラチン、キナーゼ阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、PI3キナーゼ阻害剤、BTK阻害剤、イブルチニブ、IMBRUVICA(登録商標)、アカラブルチニブ、CALQUENCE(登録商標)、ザヌブルチニブ、PD-1抗体、PD-L1抗体、CTLA-4抗体、LAG3抗体、ICOS抗体、TIGIT抗体、TIM3抗体、CD40抗体、4-1BB抗体、CD47抗体、SIRP1α抗体または融合タンパク質、E-セレクチン拮抗剤、腫瘍抗原に結合する抗体、T細胞表面マーカーに結合する抗体、骨髄細胞またはNK細胞表面マーカーに結合する抗体、アルキル化剤、ニトロソウレア剤、代謝拮抗剤、抗腫瘍抗生物質、植物由来のアルカロイド、ホルモン療法薬、ホルモン拮抗剤、アロマターゼ阻害剤、およびP糖タンパク質阻害剤からなる群から選択される1つ以上の薬物を投与する工程をさらに含む、請求項35に記載の方法。
- 前記単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片が、それに連結された抗腫瘍薬物をさらに含む、請求項35~44のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗腫瘍薬物が、毒素、放射性同位体、サイトカイン、または酵素である、請求項45に記載の方法。
- 治療有効量の請求項1~14のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、または請求項33もしくは34に記載の操作された細胞を、前記対象に投与する工程
を含む、対象における線維症の影響を治療または緩和する方法。 - 前記対象が、臓器線維症を有する、請求項47に記載の方法。
- 前記対象が、腎臓、肝臓、肺、または心臓の線維症を有する、請求項48に記載の方法。
- 前記対象が、肺の線維症を有する、請求項49に記載の方法。
- 前記対象が、間質性肺疾患を有する、請求項50に記載の方法。
- 前記対象が、特発性肺線維症(IPF)または肺の瘢痕化を有する、請求項50に記載の方法。
- 試料または対象におけるがん細胞またはがん幹細胞を検出する方法であって、
(a)対象または対象からの試料を、請求項1~14のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片と接触させる工程、および
(b)前記対象または前記試料におけるがん細胞またはがん幹細胞に対する前記抗体の結合を検出する工程
を含む、前記方法。 - 前記試料が、体液または生検である、請求項53に記載の方法。
- 前記試料が、血液、骨髄、痰、涙、唾液、粘膜、血清、尿、または糞便である、請求項54に記載の方法。
- 前記検出が、免疫組織化学、フローサイトメトリー、FACS、ELISA、RIA、またはウエスタンブロットを含む、請求項53~55のいずれか一項に記載の方法。
- 工程(a)および工程(b)を再度実行する工程、ならびに
1回目と比較したときの検出レベルの変化を決定する工程
をさらに含む、請求項53に記載の方法。 - 前記単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片が、標識をさらに含む、請求項53~57のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標識が、ペプチドタグ、酵素、磁性粒子、発色団、蛍光分子、化学発光分子、または色素である、請求項58に記載の方法。
- 前記単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片が、リポソームまたはナノ粒子にコンジュゲートされている、請求項35~59のいずれか一項に記載の方法。
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