JP2023130528A - Plp1発現を調節するための化合物、方法及び医薬組成物 - Google Patents
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Abstract
【課題】Proteolipid protein 1(PLP1)の発現を抑制するための、及び/又はPLP1関連疾患を治療する、予防する、遅延させる又は改善させるための、化合物、方法、及び医薬組成物を提供する。【解決手段】12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ特定の配列の核酸塩基配列の5’末端から10014~10152位、10180~10252位または14033~14113位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が前記特定の配列の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。【選択図】なし
Description
本発明は、動物におけるProteolipid protein 1(PLP1)の
pre mRNAレベル、mRNAレベル及びタンパク質レベルのうち、少なくとも一つを低減するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物に関する。本発明の方法は、PLP1関連疾患、例えば、ペリツェウス・メルツバッハー病(Pelizaeus-Merzbacher Disease: PMD)を治療し、
予防し、又は進行遅延化するために有用である。
pre mRNAレベル、mRNAレベル及びタンパク質レベルのうち、少なくとも一つを低減するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物に関する。本発明の方法は、PLP1関連疾患、例えば、ペリツェウス・メルツバッハー病(Pelizaeus-Merzbacher Disease: PMD)を治療し、
予防し、又は進行遅延化するために有用である。
ペリツェウス・メルツバッハー病(PMD)は、20-50万人に1人の概算頻度で発症する、先天性大脳白質形成不全症で最も頻度が高い疾患である。多くの患者は眼振、頭部の振戦が発現し、その後に痙攣、痙性麻痺などに進展する。
PMDの発症の原因として、プロピオリピドプロテイン遺伝子(PLP1遺伝子)の変異が報告されている(非特許文献1~4)。PMDは、PLP1遺伝子の変異の種類によって、胎児型PMDと古典型PMDに分類される。胎児型PMDは、PLP1遺伝子の点変異によるアミノ酸置換やスプライシング異常により引き起こされ、PLP1遺伝子変異を持つ患者全体の約15~25%を占める。重症で、出生もしくは新生児期より発症し、乳幼児期に死亡する。古典型PMDは、PLP1遺伝子の重複により引き起こされ、同50~75%を占める。乳児期早期より発症し幼小児期に死亡する。
これまでに、PMDの治療のために複数の治療方法が試みられてきた。山内らは、MAPK経路活性化を阻害する物質を用いた治療方法を試みた(特許文献1)が、一般的にキナーゼ阻害剤には標的分子特異性の低さに起因する安全性に課題があると考えられる。また、井上らによるPLP1の発現を抑制するmiRNAを含むベクターを用いた遺伝子治療やTESARらによる遺伝子治療によるゲノム編集も試みられた(特許文献2,3)。さらに、アンチセンス核酸を用いた治療方法も試みられており、Elittらは、PLP1遺伝子のイントロン領域の塩基配列に相補的なアンチセンス核酸を用いてPLP1の発現を抑制することで、胎児型PMD様症状を発症する疾患モデルマウスで治療効果を示すことを確認している(非特許文献5)。しかしながら、上記のアンチセンス核酸はマウスPLP1遺伝子の塩基配列をもとに設計された方法であるため、実際のPMD患者の治療方法として臨床応用することは困難である。
Willardら、Science 1985 230,940-942
Gencicら、Am.J.Hum.Genet.1989 45,435-442
Hudsonら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1989 86,8128-8131
Trofatterら、Proc.Natl.Acad.Sci USA 1989 86,9427-9430
Elittら、biRxiv 2018 preprint doi:doi.org/10.1101/508192
現在のところ、PMD治療法としては根本的な治療がなく、てんかん、ジストニア、精神発達遅延などへの対症療法としての投薬や療育などであり、効果は不十分で患者の負担は大きい。したがって、本発明の課題はPMDなどのPLP1関連疾患を治療、予防、遅延、又は改善するための化合物、組成物および方法を提供することである。
本発明の課題はまた、PLP1発現を抑制するための化合物、方法、及び医薬組成物を提供することにある。
本発明者らは鋭意検討を行い、PLP1発現を強力に抑制する修飾オリゴヌクレオチドを見出し、当該修飾オリゴヌクレオチドがPMDなどのPLP1関連疾患の治療や予防に有効であることを見出し、本発明を完成させるに至った。
本発明の要旨は以下の通りである。
[1]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10014~10152位、10180~10252位または14033~14113位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、Proteolipid protein 1(PLP1)の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[2]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10055位、10064~10089位、10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[3]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[4]配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10104~10119位、10109~10124位、10114~10129位、10202~10217位、10203~10218位、14056~14071位、14057~14072位、14074~14089位または14075~14090位のいずれかに相補的な核酸塩基配列から成る、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[5]一本鎖である、[1]~[4]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[6]修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含む、[1]~[5]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[7]修飾糖が二環式糖、2’-O-メトキシエチルで修飾された糖、および2’-O-メチルで修飾された糖からなる群から選択される、[6]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[8]二環式糖が、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、またはALNA[Trz]の糖部分から選択される、[7]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[9]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、[1]~[8]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[10]修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、[9]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[11]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、[1]~[10]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[12]修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、[1
1]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[13]前記修飾オリゴヌクレオチドが、
1)ギャップセグメントと、
2)5’ウイングセグメントと、
3)3’ウイングセグメント、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、
前記5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントを構成するヌクレオシドが修飾糖を含むものである、[1]~[12]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[14][1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドまたはその医薬的に許容可能な塩、および薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
[15]PLP1関連疾患の治療、予防、またはその進行の遅延化のための、[14]に記載の医薬組成物。
[16]前記PLP1関連疾患がペリツェウス・メルツバッハー病である、[15]に記載の医薬組成物。
[17]前記ペリツェウス・メルツバッハー病が胎児型ペリツェウス・メルツバッハー病または古典型ペリツェウス・メルツバッハー病である、[16]に記載の医薬組成物。
[18][1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの治療的有効量をそれを必要とする被験者に投与することを特徴とする、被験者におけるPLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための方法。
[19]PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための医薬の製造における、[1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの使用。
[20]PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための、[1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[1]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10014~10152位、10180~10252位または14033~14113位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、Proteolipid protein 1(PLP1)の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[2]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10055位、10064~10089位、10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[3]12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[4]配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10104~10119位、10109~10124位、10114~10129位、10202~10217位、10203~10218位、14056~14071位、14057~14072位、14074~14089位または14075~14090位のいずれかに相補的な核酸塩基配列から成る、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
[5]一本鎖である、[1]~[4]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[6]修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含む、[1]~[5]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[7]修飾糖が二環式糖、2’-O-メトキシエチルで修飾された糖、および2’-O-メチルで修飾された糖からなる群から選択される、[6]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[8]二環式糖が、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、またはALNA[Trz]の糖部分から選択される、[7]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[9]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、[1]~[8]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[10]修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、[9]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[11]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、[1]~[10]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[12]修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、[1
1]に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[13]前記修飾オリゴヌクレオチドが、
1)ギャップセグメントと、
2)5’ウイングセグメントと、
3)3’ウイングセグメント、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、
前記5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントを構成するヌクレオシドが修飾糖を含むものである、[1]~[12]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
[14][1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドまたはその医薬的に許容可能な塩、および薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
[15]PLP1関連疾患の治療、予防、またはその進行の遅延化のための、[14]に記載の医薬組成物。
[16]前記PLP1関連疾患がペリツェウス・メルツバッハー病である、[15]に記載の医薬組成物。
[17]前記ペリツェウス・メルツバッハー病が胎児型ペリツェウス・メルツバッハー病または古典型ペリツェウス・メルツバッハー病である、[16]に記載の医薬組成物。
[18][1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの治療的有効量をそれを必要とする被験者に投与することを特徴とする、被験者におけるPLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための方法。
[19]PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための医薬の製造における、[1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの使用。
[20]PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための、[1]~[13]のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
本発明によれば、効率よくPLP1発現を抑制することができ、PLP1関連疾患、例えば、ペリツェウス・メルツバッハー病の症状を改善することができ、当該疾患の予防や治療に有効な医薬が提供される。
前述の概要及び以下の詳細な説明の両方とも例示的且つ説明的なものに過ぎず、請求される本発明を制限するものではないことを理解されたい。本明細書では、別段の記載がない限り、単数形の使用は複数形を含む。本明細書では、用語「含むこと(including)」並びに他の形態、例えば「含む(includes)」及び「含まれる(included)」の使用は、限定的なものではない。さらに、別段の記載がない限り、「要素」などの用語は、1つのユニットを含む要素と1つを超えるサブユニットを含む要素を包含する。
本明細書で使用されるセクションの見出しは、構成上の目的のためだけであり、記載される主題を制限するものとして解釈されるべきでない。これらに限定されないが、特許、特許出願、記事、書籍及び論文を含めた、本出願で引用されるすべての文書又は文書の一部分は、本明細書で論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により本明細書に明確に組み込まれる。
(定義)
具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載の分析化学、有機合成化学、並びに医化学及び薬化学に関連して利用される命名法、及びそれらの手順及び技法は、当技術分野で周知であり、一般に使用されるものである。標準的な技法を、本明細書中で使用する化学合成及び化学分析に使用することができる。許容される場合、本明細書の開示の全体を通して言及される、すべての特許、出願、公開出願及び他の刊行物、国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)などのデータベースを通して入手可能なGenBank受託番号及び関連する配列情報並びに他のデータは、本明細書に論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により組み込まれる。
また、本明細書は、電子フォーマットの配列表と共に出願するが、当該電子フォーマット中に記載する配列表の情報は、参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。
具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載の分析化学、有機合成化学、並びに医化学及び薬化学に関連して利用される命名法、及びそれらの手順及び技法は、当技術分野で周知であり、一般に使用されるものである。標準的な技法を、本明細書中で使用する化学合成及び化学分析に使用することができる。許容される場合、本明細書の開示の全体を通して言及される、すべての特許、出願、公開出願及び他の刊行物、国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)などのデータベースを通して入手可能なGenBank受託番号及び関連する配列情報並びに他のデータは、本明細書に論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により組み込まれる。
また、本明細書は、電子フォーマットの配列表と共に出願するが、当該電子フォーマット中に記載する配列表の情報は、参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。
別段の指示がない限り、以下の用語は以下の意味を有する。
「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対形成することができる複素環部分を意味する。
「核酸塩基配列」は、本発明のオリゴヌクレオチドを構成する、連続的な核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」は、糖と核酸塩基が連結した分子を意味する。ある種の実施態様では、ヌクレオシドはリン酸基に連結している。
「ヌクレオチド」は、ヌクレオシドの糖部分にリン酸基が結合した分子を意味する。天然に存在するヌクレオチドは糖部分がリボース又はデオキシリボースであり、リン酸基を介してホスホジエステル結合により共有結合している。
「オリゴマー化合物」又は「オリゴマー」は、核酸分子の少なくとも一領域にハイブリダイズすることができる、連結モノマーサブユニットのポリマーを意味する。
「オリゴヌクレオチド」は、各ヌクレオシド及び各ヌクレオシド間結合が、互いに独立して連結したヌクレオシドのポリマーを意味する。
「ヌクレオシド間結合」は、ヌクレオシド間の化学結合を指す。
「天然に存在するヌクレオシド間結合」は、3’-5’ホスホジエステル結合を意味する。
「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然に存在するヌクレオシド間結合(すなわち、ホスホジエステルヌクレオシド間結合)からの置換又は任意の変化を指す。例えば、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合があるが、これに限定されない。
「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」は、非架橋酸素原子の1つを硫黄原子で置き換えることによってホスホジエステル結合が修飾される、ヌクレオシド間の結合を意味する。ホスホロチオエート結合は、当該修飾ヌクレオシド間結合の1例である。
「修飾核酸塩基」は、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン又はウラシル以外の任意の核酸塩基を指す。例えば、5-メチルシトシンがあるが、これに限定されない。「非修飾核酸塩基」は、プリン塩基のアデニン(A)及びグアニン(G)、並びにピリミジン塩基のチミン(T)、シトシン(C)及びウラシル(U)を意味する。
「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも1つの当該修飾ヌクレオシド及び/又は当該修飾ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「塩」とは酸に含まれている1つ以上の解離しうる水素イオンを、金属イオンやアンモニウムイオンなどの陽イオンで置換した化合物の総称であり、修飾オリゴヌクレオチドの塩としては、ホスホロチオエート、もしくはホスホジエステル上、又は修飾核酸塩基内の官能基(例えば、アミノ基)上で、無機物イオン(例えば、ナトリウムイオン、マグネシウムイオン)と形成される塩(例えば、ナトリウム塩、マグネシウム塩)を挙げることができるが、これらに限定されない。
「糖」又は「糖部分」は、天然糖部分又は修飾糖部分を意味する。
「修飾糖」は、天然の糖からの置換又は変化を指す。修飾糖としては、例えば、置換糖部分及び二環式糖が挙げられる。
「置換糖部分」は、RNA又はDNAの天然糖以外のフラノシルを意味する。
「二環式糖」は、同一環上に存在する2つの異なる炭素原子の架橋によって修飾されるフラノシル環を意味する。
「一本鎖オリゴヌクレオチド」は、相補鎖とハイブリダイズしていないオリゴヌクレオチドを意味する。
「PLP1」は、Proteolipid protein 1といわれる核酸又はタ
ンパク質を意味する。PLP1は、例えば、PLP1遺伝子から転写される各種スプライシングバリアント、一塩基置換体(SNP)などの配列バリアントを含むものであってもよい。
ンパク質を意味する。PLP1は、例えば、PLP1遺伝子から転写される各種スプライシングバリアント、一塩基置換体(SNP)などの配列バリアントを含むものであってもよい。
「相補的」は、第一の核酸と第二の核酸の核酸塩基間の対形成に対する能力を意味する。ある種の実施態様では、アデニンはチミジン又はウラシルと相補的である。ある種の実施態様では、シトシンはグアニンと相補的である。ある種の実施態様では5-メチルシトシンは、グアニンと相補的である。
「完全に相補的(相補性ともいう)」又は「100%相補的(相補性ともいう)」は、第一の核酸の核酸塩基配列が完全に第二の核酸の核酸塩基配列と相補的であることを意味する。ある種の実施態様では、第一の核酸は修飾オリゴヌクレオチドであり、標的核酸が第二の核酸である。
「ミスマッチ」又は「非相補的核酸塩基」は、第一の核酸の核酸塩基が、第二の核酸又は標的核酸の対応する核酸塩基と対形成できない場合を指す。
「標的核酸」、「標的RNA」及び「標的RNA転写産物」はすべて、修飾オリゴヌクレオチドが標的とすることができる核酸を指す。ある種の実施態様では、標的核酸はPLP1 mRNA又はPLP1 pre-mRNAの領域を含む。
「モチーフ」は、修飾オリゴヌクレオチド中の化学的に異質な領域の組み合わせを意味する。
「医薬的に許容可能な塩」は、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの生理学的及び医薬的に許容可能な塩、すなわち、修飾オリゴヌクレオチドの所望の生物活性を保持し、望ましくない毒性効果をそれに与えない塩を意味する。
「投与すること」は、薬剤を動物に与えることを意味し、これらに限定されないが、医療専門家による投与及び自己投与が挙げられる。
「改善」は、関連する疾患、障害又は状態の少なくとも1つの指標、徴候又は症状を減らすことを指す。指標の重度は、当業者に既知の主観的又は客観的尺度によって決定することができる。
「動物」は、ヒト、又はこれらに限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタを含めた非ヒト動物、並びにこれらに限定されないが、サル及びチンパンジーを含めた非ヒト霊長類を指す。
「有効量」は、薬剤を必要としている個体において所望の生理的転帰を実現するのに十分である、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの量を意味する。有効量は、処置される個体の健康及び身体状態、処置される個体の分類群、組成物の製剤、個体の医学的状態の評価並びに他の関連する因子に応じて、個体の間で変動し得る。
「個体」は、処置又は療法について選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。
「予防する」は、数分から無期限の期間にわたって、疾患、障害もしくは好ましくない健康状態、又は当該疾患、障害もしくは好ましくない健康状態に関連する1つ以上の症状
の発症又は発生を遅延させるか又は未然に防ぐことを意味する。予防するは、疾患、障害又は好ましくない健康状態を発生する危険性を低減させることも意味する。
の発症又は発生を遅延させるか又は未然に防ぐことを意味する。予防するは、疾患、障害又は好ましくない健康状態を発生する危険性を低減させることも意味する。
「治療する」は、疾患、障害もしくは好ましくない健康状態、又は当該疾患、障害もしくは好ましくない健康状態に関連する1つ以上の症状、を軽減するか、もしくは排除するか、又は、当該疾患、障害、もしくは好ましくない健康状態自体の1つもしくはそれ以上の原因を部分的に解消するか又は根絶することを意味する。
(具体的実施態様)
下記に示すある種の具体的実施態様は、これらに限定するものではないが、PLP1の発現を抑制するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物を提供する。
下記に示すある種の具体的実施態様は、これらに限定するものではないが、PLP1の発現を抑制するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物を提供する。
(1)修飾オリゴヌクレオチド
本発明の修飾オリゴヌクレオチド(以下、「本発明化合物」又は「本発明修飾オリゴヌクレオチド」と称することがある)は、PLP1発現を抑制する活性を有するPLP1のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。本発明におけるPLP1発現(レベル)の抑制とは、PLP1遺伝子から転写されたpre-mRNAレベル、pre-mRNAからスプライシングを受けたmRNAレベル及びmRNAから翻訳されたPLP1タンパク質レベル(これらをまとめて「PLP1発現レベル」と称することがある)のうち、少なくとも1つを抑制することを意味する。PLP1 mRNAは、特に制限されず、配列バリエーションを含むものであってもよいが、例えば、GenBank受託番号NG_0088
63.2:4996-21109に記載の配列(配列表の配列番号1)で示されるものが
挙げられる。
本発明の修飾オリゴヌクレオチド(以下、「本発明化合物」又は「本発明修飾オリゴヌクレオチド」と称することがある)は、PLP1発現を抑制する活性を有するPLP1のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。本発明におけるPLP1発現(レベル)の抑制とは、PLP1遺伝子から転写されたpre-mRNAレベル、pre-mRNAからスプライシングを受けたmRNAレベル及びmRNAから翻訳されたPLP1タンパク質レベル(これらをまとめて「PLP1発現レベル」と称することがある)のうち、少なくとも1つを抑制することを意味する。PLP1 mRNAは、特に制限されず、配列バリエーションを含むものであってもよいが、例えば、GenBank受託番号NG_0088
63.2:4996-21109に記載の配列(配列表の配列番号1)で示されるものが
挙げられる。
本発明化合物が有するPLP1発現の抑制の程度は、PLP1のpre-mRNAレベル、mRNAレベル及びタンパク質レベルのうち、少なくとも1つが当該化合物を投与しない場合に比べて低下し、その結果としてPLP1関連疾患に伴う症状の予防及び/又は改善が認められる程度であればいずれの程度でもよいが、具体的には、例えば、後述するin vitro PLP1発現測定方法において、本発明化合物と細胞を接触させた後、PLP1発現レベルが、非接触時又は陰性コントロール物質接触時と比較して、少なくとも70%以下、好ましくは50%以下、より好ましくは40%以下、さらに好ましくは30%以下、特に好ましくは20%以下であるものが用いられる。また、後述するin vitro PLP1発現測定方法において、IC50が好ましくは100nM以下、より好ましくは50nM以下、より好ましくは20nM以下のものが用いられる。
本発明化合物の活性の検証方法としては、本発明化合物がPLP1発現を抑制することを検証できる方法であればいかなるものでもよく、後述の「本発明化合物の評価方法」に記載された方法が例示される。
本発明化合物は、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10014~10152位、10180~10252位または14033~14113位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列(以下「PLP1相補的核酸塩基配列」と称する)を含むものであればいずれのものでもよい。また、上記PLP1相補的核酸塩基配列は、8~25個の連続する核酸塩基配列であることが好ましく、12~20個の連続する核酸塩基配列であることがより好ましく、さらに好ましくは16、17、18、19又は20個の連続する核酸塩基配列である。
本発明化合物は、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10055位、10064~10089位、10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列(以下「PLP1相補的核酸塩基配列」と称する)を含むものであればいずれのものでもよい。また、上記PLP1相補的核酸塩基配列は、8~25個の連続する核酸塩基配列であることが好ましく、12~20個の連続する核酸塩基配列であることがより好ましく、さらに好ましくは16、17、18、19又は20個の連続する核酸塩基配列である。
本発明化合物は、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列(以下「PLP1相補的核酸塩基配列」と称する)を含むものであればいずれのものでもよい。また、上記PLP1相補的核酸塩基配列は、8~25個の連続する核酸塩基配列であることが好ましく、12~20個の連続する核酸塩基配列であることがより好ましく、さらに好ましくは16、17、18、19又は20個の連続する核酸塩基配列である。
PLP1相補的核酸塩基配列としては、配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10051位、10037~10052位、10038~10053位、10039~10054位、10040~10055位、10064~10079位、10065~10080位、10066~10081位、10067~10082位、1
0068~10083位、10069~10084位、10070~10085位、10071~10086位、10072~10087位、10073~10088位、10074~10089位、10101~10116位、10102~10117位、10103~10118位、10104~10119位、10105~10120位、10106~10121位、10107~10122位、10108~10123位、10109~10124位、10110~10125位、10111~10126位、10112~10127位、10113~10128位、10114~10129位、10115~10130位、10202~10217位、10203~10218位、10204~10219位、10205~10220位、10206~10221位、10207~10222位、10208~10223位、10209~10224位、10210~10225位、10211~10226位、10212~10227位、10213~10228位、10214~10229位、10215~10230位、14055~14070位、14056~14071位、14057~14072位、14062~14077位、14063~14078位、14074~14089位、14075~14090位、14076~14091位のいずれかに相補的な核酸塩基配列であってもよい。
0068~10083位、10069~10084位、10070~10085位、10071~10086位、10072~10087位、10073~10088位、10074~10089位、10101~10116位、10102~10117位、10103~10118位、10104~10119位、10105~10120位、10106~10121位、10107~10122位、10108~10123位、10109~10124位、10110~10125位、10111~10126位、10112~10127位、10113~10128位、10114~10129位、10115~10130位、10202~10217位、10203~10218位、10204~10219位、10205~10220位、10206~10221位、10207~10222位、10208~10223位、10209~10224位、10210~10225位、10211~10226位、10212~10227位、10213~10228位、10214~10229位、10215~10230位、14055~14070位、14056~14071位、14057~14072位、14062~14077位、14063~14078位、14074~14089位、14075~14090位、14076~14091位のいずれかに相補的な核酸塩基配列であってもよい。
ここで、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、上記PLP1相補的核酸塩基配列以外にその全長が12~30残基となる範囲で、またその全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有するものであれば、その5’末端側及び/又は3’末端側に付加配列を有してもよい。さらに、付加配列は、本発明の修飾オリゴヌクレオチドがPLP1発現を抑制する活性を有するものであれば、いかなるものでよい。
前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列は配列表の配列番号1の等長部分に少なくとも85%の相補性を有するものであるが、その相補性は好ましくは90%、より好ましくは95%、さらに好ましくは100%であるものである。ここで、等長部分とは、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列と、PLP1 pre-mRNA又はmRNAの核酸塩基配列とで例えばBLAST等のソフトウェアを用いてアラインした際に、相同性を有する部分として検出される部分を意味する。つまり、本発明のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、PLP1 pre-mRNA又はmRNAの核酸塩基配列の等長部分に対して完全相補的であることが望ましいが、1つ又は複数のミスマッチ核酸塩基を有していてもよく、85%以上、90%以上、好ましくは95%以上の相補性を有するものが用いられる。
上記ミスマッチ核酸塩基は、連続していてもよく、PLP1相補的核酸塩基配列が挟まれていてもよい。PLP1 pre-mRNA又はmRNAとの本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドの相補性パーセントは、当技術分野で既知のBLASTプログラム(basic local alignment searchtools)及びPowerB
LASTプログラム(Altschul et al.,J.Mol.Biol.,1990,215,403 410;Zhang and Madden,Genome Res.,1997,7,649 656)を使用して、慣例的に決定することができる。相同性
パーセント、配列同一性又は相補性は、例えば、ギャッププログラム(Wisconsin Sequence Analysis Package,Version 8 for Unix,Genetics Computer Group,University Re
search Park,Madison Wis.)によって、Smith and Waterman(Adv.Appl.Math.,1981,2,482 489)のアル
ゴリズムを使用するデフォルト設定を使用して決定することができる。例えば、修飾オリゴヌクレオチドの20個の核酸塩基のうちの18個が、PLP1 pre-mRNAの等長部分に相補的でありハイブリダイズする時、修飾オリゴヌクレオチドは、90パーセントの相補性を有する。
LASTプログラム(Altschul et al.,J.Mol.Biol.,1990,215,403 410;Zhang and Madden,Genome Res.,1997,7,649 656)を使用して、慣例的に決定することができる。相同性
パーセント、配列同一性又は相補性は、例えば、ギャッププログラム(Wisconsin Sequence Analysis Package,Version 8 for Unix,Genetics Computer Group,University Re
search Park,Madison Wis.)によって、Smith and Waterman(Adv.Appl.Math.,1981,2,482 489)のアル
ゴリズムを使用するデフォルト設定を使用して決定することができる。例えば、修飾オリゴヌクレオチドの20個の核酸塩基のうちの18個が、PLP1 pre-mRNAの等長部分に相補的でありハイブリダイズする時、修飾オリゴヌクレオチドは、90パーセントの相補性を有する。
本発明の修飾オリゴヌクレオチドの具体的な核酸塩基配列の一例としては、
TACCGTTGCGCTCAGG(配列番号1の10104~10119位の相補配列)(配列表の配列番号2)
CCTGTTACCGTTGCGC(配列番号1の10109~10124位の相補配列)(配列表の配列番号3)
GGCCCCCTGTTACCGT(配列番号1の10114~10129位の相補配列)(配列表の配列番号4)
TCGGGATGTCCTAGCC(配列番号1の10202~10217位の相補配列)(配列表の配列番号5)
GTCGGGATGTCCTAGC(配列番号1の10203~10218位の相補配列)(配列表の配列番号6)
ATGAGTTTAAGGACGG(配列番号1の14056~14071位の相補配列)(配列表の配列番号7)
CATGAGTTTAAGGACG(配列番号1の14057~14072位の相補配列)(配列表の配列番号8)
AACTTGGTGCCTCGGC(配列番号1の14074~14089位の相補配列)(配列表の配列番号9)、または
GAACTTGGTGCCTCGG(配列番号1の14075~14090位の相補配列)(配列表の配列番号10)
に記載される核酸塩基配列が挙げられる。
TACCGTTGCGCTCAGG(配列番号1の10104~10119位の相補配列)(配列表の配列番号2)
CCTGTTACCGTTGCGC(配列番号1の10109~10124位の相補配列)(配列表の配列番号3)
GGCCCCCTGTTACCGT(配列番号1の10114~10129位の相補配列)(配列表の配列番号4)
TCGGGATGTCCTAGCC(配列番号1の10202~10217位の相補配列)(配列表の配列番号5)
GTCGGGATGTCCTAGC(配列番号1の10203~10218位の相補配列)(配列表の配列番号6)
ATGAGTTTAAGGACGG(配列番号1の14056~14071位の相補配列)(配列表の配列番号7)
CATGAGTTTAAGGACG(配列番号1の14057~14072位の相補配列)(配列表の配列番号8)
AACTTGGTGCCTCGGC(配列番号1の14074~14089位の相補配列)(配列表の配列番号9)、または
GAACTTGGTGCCTCGG(配列番号1の14075~14090位の相補配列)(配列表の配列番号10)
に記載される核酸塩基配列が挙げられる。
本発明修飾オリゴヌクレオチドは、2本鎖修飾オリゴヌクレオチドであってもよいが、1本鎖修飾オリゴヌクレオチドが好ましく用いられる。
(修飾糖)
本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含むものが好ましく用いられる。本発明において修飾糖とは、糖部分が修飾されたものをいい、当該修飾糖を1つ以上含む修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼ安定性の増強、結合親和性の増大等の有利な特徴を有する。修飾糖のうち少なくとも一つは、二環式糖、2’-MOEで修飾された糖、及び2’-OMeで修飾された糖からなる群から選択されることが好ましい。二環式糖としては、例えば、以下に示すように、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、又はALNA[Trz]の糖部分があげられ、ALNA[Ms]の糖部分が好ましく用いられる。
本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含むものが好ましく用いられる。本発明において修飾糖とは、糖部分が修飾されたものをいい、当該修飾糖を1つ以上含む修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼ安定性の増強、結合親和性の増大等の有利な特徴を有する。修飾糖のうち少なくとも一つは、二環式糖、2’-MOEで修飾された糖、及び2’-OMeで修飾された糖からなる群から選択されることが好ましい。二環式糖としては、例えば、以下に示すように、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、又はALNA[Trz]の糖部分があげられ、ALNA[Ms]の糖部分が好ましく用いられる。
置換糖部分の例としては、これらに限定されないが、5’-ビニル、5’-メチル(R又はS)、4’-S、2’-F、2’-OCH3(2’-OMe)、2’-OCH2CH3、2’-OCH2CH2F及び2’-O(CH2)2OCH3(2’-MOE)置換基を含むヌクレオシドが挙げられる。2’位の置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、O-アリル、O-C1~C10アルキル、OCF3、OCH2F、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)及びO-CH2-C(=O)-N(Rl)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)(式中、各Rl、Rm及びRnは独立に、H又は置換もしくは無置換のC1~C10アルキルである)から選択することができる。
二環式糖を有するヌクレオシドの例としては、これらに限定されないが、4’と2’のリボシル環原子の間の架橋を含むヌクレオシドが挙げられる。ある種の実施態様では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、架橋が以下の式の1つを含む、1つ又は複数の二環式糖を有するヌクレオシドを含む:4’-(CH2)-O-2’(LNA);4’
-(CH2)-S-2’;4’-(CH2)2-O-2’(ENA);4’-CH(CH3)-O-2’(cEt)及び4’-CH(CH2OCH3)-O-2’(及びそれらの類似物。米国特許7,399,845号を参照されたい);4’-C(CH3)(CH3)-O-2’(及びそれらの類似物。WO2009/006478号を参照されたい);4’-CH2-N(OCH3)-2’(及びそれらの類似物。WO2008/150729号を参照されたい);4’-CH2-O-N(CH3)-2’(及びそれらの類似物。US2004-0171570号を参照されたい);4’-CH2-N(R)-O-2’(式中、Rは、H、C1~C12アルキル又は保護基である)(米国特許7,427,672号を参照されたい);4’-CH2-C(H)(CH3)-2’(及びそれらの類似物。Chattopadhyaya et al.,J.Org.Chem.,2009,74,118-134を参照されたい);並びに4’-CH2-C(=CH2)-2’(及びそれらの類似物。WO2008/154401号を参照されたい)。
-(CH2)-S-2’;4’-(CH2)2-O-2’(ENA);4’-CH(CH3)-O-2’(cEt)及び4’-CH(CH2OCH3)-O-2’(及びそれらの類似物。米国特許7,399,845号を参照されたい);4’-C(CH3)(CH3)-O-2’(及びそれらの類似物。WO2009/006478号を参照されたい);4’-CH2-N(OCH3)-2’(及びそれらの類似物。WO2008/150729号を参照されたい);4’-CH2-O-N(CH3)-2’(及びそれらの類似物。US2004-0171570号を参照されたい);4’-CH2-N(R)-O-2’(式中、Rは、H、C1~C12アルキル又は保護基である)(米国特許7,427,672号を参照されたい);4’-CH2-C(H)(CH3)-2’(及びそれらの類似物。Chattopadhyaya et al.,J.Org.Chem.,2009,74,118-134を参照されたい);並びに4’-CH2-C(=CH2)-2’(及びそれらの類似物。WO2008/154401号を参照されたい)。
さらなる二環式糖を有するヌクレオシドが、発表文献に報告されている(例えば:Srivastava et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(26)8362-8379;Frieden et al.,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372;Elayadi et al.,Curr.Opinion Invens.Drugs,2001,2,558-561
;Braasch et al.,Chem.Biol.,2001,8,1-7;Orum et al.,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,23
9-243;Wahlestedt et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638;Singh et al.,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singh et al.,;米国特許7,399,845号;6,770,748号;6,525,191号;6,268,490号;米国US2008-0039618号;US2007-0287831号;US2004-0171570号;US2009-0012281号;WO2010/036698;WO 2009/067647号;WO2
009/067647号;WO2007/134181号;WO2005/021570号;WO2004/106356号;WO94/14226号;WO 2009/0064
78号;WO2008/154401号;及びWO2008/150729号を参照されたい)。前述の二環式糖を有するヌクレオシドのそれぞれは、例えばα-L-リボフラノース及びβ-D-リボフラノースを含む1つ又は複数の立体化学的糖配置を有して、調製することができる。
;Braasch et al.,Chem.Biol.,2001,8,1-7;Orum et al.,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,23
9-243;Wahlestedt et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638;Singh et al.,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singh et al.,;米国特許7,399,845号;6,770,748号;6,525,191号;6,268,490号;米国US2008-0039618号;US2007-0287831号;US2004-0171570号;US2009-0012281号;WO2010/036698;WO 2009/067647号;WO2
009/067647号;WO2007/134181号;WO2005/021570号;WO2004/106356号;WO94/14226号;WO 2009/0064
78号;WO2008/154401号;及びWO2008/150729号を参照されたい)。前述の二環式糖を有するヌクレオシドのそれぞれは、例えばα-L-リボフラノース及びβ-D-リボフラノースを含む1つ又は複数の立体化学的糖配置を有して、調製することができる。
二環式糖を有するヌクレオシドのGuNAはグアニジン架橋を有する人工ヌクレオシドとして報告されている(WO2014/046212号、WO2017/047816号を参照されたい)。二環式ヌクレオシドのALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Trz]及びALNA[Oxz]は架橋型人工核酸アミノLNA(ALNA)として報告されている(WO2020/100826号を参照されたい)。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、ペントフラノシル糖部分の4’と2’の炭素原子の間に架橋を含み、これらには限定されないが、-[C(Ra)(Rb)]n-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-N(Ra)-、-O-、-Si(Ra)2-及び-S(=O)x-から独立に選択される1つ又は1つから4つの連結基を含む架橋が含まれ、式中、Xは0、1又は2であり;nは1、2、3又は4であり;各Ra及びRbは、独立に、H、保護基、ヒドロキシル、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル
、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、複素環基、置換複素環基、C5~C7脂環基、置換C5~C7脂環基、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2-J1)又はスルホキシル(S(=O)-J1)であり、
各J1及びJ2は、独立に、H、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、複素環基、置換複素環基、C1~C12アミノアルキル、置換C1~C12アミノアルキル又は保護基である。
、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、複素環基、置換複素環基、C5~C7脂環基、置換C5~C7脂環基、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2-J1)又はスルホキシル(S(=O)-J1)であり、
各J1及びJ2は、独立に、H、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、複素環基、置換複素環基、C1~C12アミノアルキル、置換C1~C12アミノアルキル又は保護基である。
ある種の実施態様では、二環式糖部分の架橋は、-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(RaRb)-N(R)-O-又はC(RaRb)-O-N(R)-である。ある種の実施態様では、架橋は、4’-CH2-2’、4’-(CH2)2-2’、4’-(CH2)3-2’、4’-CH2-O-2’(この場合の二環式糖を有するヌクレオシドをLNAともいう)、4’-(CH2)2-O-2’(この場合の二環式糖を有するヌクレオシドをENAともいう)、4’-CH(CH3)-O-2’ (この場合の二環式糖を有するヌクレオシドをcEtともいう)、4’-CH2
-O-N(R)-2’及び4’-CH2-N(R)-O-2’-であり、式中、各Rは独立に、H、保護基又はC1~C12アルキルである。
-O-N(R)-2’及び4’-CH2-N(R)-O-2’-であり、式中、各Rは独立に、H、保護基又はC1~C12アルキルである。
ある種の実施態様では、二環式糖部分の架橋は、4’-CH2-O-2’-(LNA)又はCH2-N(R)-であり、式中、各Rは独立に-SO2-CH3(ALNA[Ms])、-CO-NH-CH3(ALNA[mU])、1,5-ジメチル-1,2,4-トリア
ゾール-3-イル(ALNA[Trz])、-CO-NH-CH(CH3)2(ALNA
[ipU])、5-メチル-1,2,4-オキサジアゾール-3-イル(ALNA[Ox
z])である(WO2020/100826号)。
ゾール-3-イル(ALNA[Trz])、-CO-NH-CH(CH3)2(ALNA
[ipU])、5-メチル-1,2,4-オキサジアゾール-3-イル(ALNA[Ox
z])である(WO2020/100826号)。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、異性体立体配置によってさらに定義される。例えば、4’-(CH2)-O-2’架橋を含むヌクレオシドは、α-L-立体配置で存在してもよいし、β-D-立体配置で存在してもよい。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、4’-2’架橋を有するものを含み、そうした架橋としては、これらに限定されないが、α-L-4’-(CH2)-O-2’、β-D-4’-CH2-O-2’、4’-(CH2)2-O-2’、4’-CH2-O-N(R)-2’、4’-CH2-N(R)-O-2’、4’-CH(CH3)-O-2’、4’-CH2-S-2’、4’-CH2-CH(CH3)-2’及び4’-(CH2)3-2’(式中、Rは、H、保護基、C1~C12アルキル、又はC1~C12アルキルで置換されてもよいウレアもしくはグアニジンである)が挙げられる。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
式中、
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Zaは、C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C1~C6アルキル、置換C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオール又は置換チオールである。
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Zaは、C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C1~C6アルキル、置換C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオール又は置換チオールである。
ある種の実施態様では、置換基のそれぞれは独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、OJc、NJcJd、SJc、N3、OC(=X)Jc及びNJeC(=X)NJcJd(式中、各Jc、Jd及びJeは独立に、H、C1~C6アルキル又は置換C1~C6アルキルであり、XはO又はNJcである)から独立に選択される置換基で一置換又は多置換される。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
式中、
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Zbは、C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C1~C6アルキル、置換C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルキニル又は置換アシル(C(=O)-)である。
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Zbは、C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C1~C6アルキル、置換C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルキニル又は置換アシル(C(=O)-)である。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
式中、
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Rdは、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
各qa、qb、qc及びqdは独立に、H、ハロゲン、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニル、C1~C6アルコキシル、置換C1~C6アルコキシル、アシル、置換アシル、C1~C6アミノアルキル又は置換C1~C6アミノアルキ
ルである。
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
Rdは、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
各qa、qb、qc及びqdは独立に、H、ハロゲン、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニル、C1~C6アルコキシル、置換C1~C6アルコキシル、アシル、置換アシル、C1~C6アミノアルキル又は置換C1~C6アミノアルキ
ルである。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
式中、
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
qa、qb、qe及びqfはそれぞれ独立に、水素、ハロゲン、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C1~C12アルコキシ、置換C1~C12アルコキシ、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)-NJjJkもしくはN
(H)C(=S)NJjJkであり;
又は、qe及びqfは共に=C(qg)(qh)であり;
qg及びqhはそれぞれ独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキルもしくは置換C1~C12アルキルである。
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
qa、qb、qe及びqfはそれぞれ独立に、水素、ハロゲン、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C1~C12アルコキシ、置換C1~C12アルコキシ、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)-NJjJkもしくはN
(H)C(=S)NJjJkであり;
又は、qe及びqfは共に=C(qg)(qh)であり;
qg及びqhはそれぞれ独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキルもしくは置換C1~C12アルキルである。
4’-CH2-O-2’架橋を有する、アデニン、シトシン、グアニン、5-メチル-シトシン、チミン及びウラシル二環式ヌクレオシド(LNAともいう)の合成及び調製は、それらのオリゴマー化及び核酸認識特性と共に記載されている(Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630)。二環式糖を有するヌクレオシドの合成は、WO98/39352及びWO99/14226にも記載されている。
4’-CH2-O-2’(この場合の二環式ヌクレオシドをLNAともいう)及び4’-CH2-S-2’などの4’-2’架橋基を有する様々な二環式ヌクレオシドの類似物も、調製されている(Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222)。核酸ポリメラーゼの基質として使用するための、二環式ヌクレオシドを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖の調製も記載されている(Wengel et al.,WO99/14226)。さらに、2’-アミノ-LNA(この場合の二環式ヌクレオシドをALNAともいう)、すなわち立体構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似物の合成が、当技術分野で記載されている(Singh et al.,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039)。さらに、2’-アミノ-及び2’-メチルアミノ-LNAが調製されており、相補的なRNA鎖及びDNA鎖との二本鎖の熱安定性が以前に報告されている。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する:
式中、
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
各qi、qj、qk及びqlは独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C1~C12アルコキシル、置換C1~C12アルコキシル、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk又はN(H)C(=S)NJjJkであり;
qi及びqj又はql及びqkは共に=C(qg)(qh)であり、式中、qg及びqhはそれぞれ独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキル又は置換C1~C12アルキルである。
Bxは複素環塩基部分であり;
Ta及びTbはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
各qi、qj、qk及びqlは独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C1~C12アルコキシル、置換C1~C12アルコキシル、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk又はN(H)C(=S)NJjJkであり;
qi及びqj又はql及びqkは共に=C(qg)(qh)であり、式中、qg及びqhはそれぞれ独立に、H、ハロゲン、C1~C12アルキル又は置換C1~C12アルキルである。
4’-(CH2)3-2’架橋及びアルケニル類似物架橋4’-CH=CH-CH2-2’を有する1つの炭素環式二環式ヌクレオシドが記載されている(Frier et al.,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443及びAlbaek et al.,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740)。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、そのオリゴマー化及び生化学的な研究と共に記載されている(Srivastava et al.,J.Am.Chem.Soc.2007,129(26),8362-8379)。
ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドとしては、これらに限定されないが、以下に示すような化合物が挙げられる。
ある種の実施態様(LNA)では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の一般式:
[式中、
Bは、核酸塩基であり;
X及びYは、それぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等]で表されるヌクレオシドを挙げることができる(WO98/39352を参照)。典型的な具体例は、下記式:
で示されるヌクレオチドを挙げることができる。
Bは、核酸塩基であり;
X及びYは、それぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等]で表されるヌクレオシドを挙げることができる(WO98/39352を参照)。典型的な具体例は、下記式:
ある種の実施態様(GuNA)では、二環式を含むヌクレオシドは下記一般式:
[式中、Bは核酸塩基であり、R3、R4、R5、R6は各々独立して水素原子、又は1つ以上の置換基で置換されてもよいC1-6アルキル基であり、R7、R8はそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり、そしてR9、R10、R11は各々独立して水素原子、1つ以上の置換基で置換されてもよいC1-6アルキル基、又はアミノ基の保護基である。]
で表されるヌクレオシドである(例えば、WO2014/046212号、WO2017/047816号を参照)。
で表されるヌクレオシドである(例えば、WO2014/046212号、WO2017/047816号を参照)。
ある種の実施態様(ALNA[mU])では、二環式糖を含むヌクレオシドは下記一般式(I):
[式中、
Bは、核酸塩基であり;
R1、R2、R3及びR4は各々独立して、水素原子、又は1つ以上の置換基で置換されていてもよいC1-6アルキル基であり;
R5及びR6は各々独立して、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
mは、1又は2であり;
Xは、下記式(II-1):
で示される基であり;
式(II-1)中に記載の記号:
は、2’-アミノ基との結合点を示し;
R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が1つ以上の置換基で置換されてもよいメ
チル基である。]
で表されるヌクレオシドである(例えば、WO2020/100826号を参照)。典型的な具体例は、R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が無置換のメチル基である、ヌクレオシドである。
Bは、核酸塩基であり;
R1、R2、R3及びR4は各々独立して、水素原子、又は1つ以上の置換基で置換されていてもよいC1-6アルキル基であり;
R5及びR6は各々独立して、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり;
mは、1又は2であり;
Xは、下記式(II-1):
式(II-1)中に記載の記号:
R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が1つ以上の置換基で置換されてもよいメ
チル基である。]
で表されるヌクレオシドである(例えば、WO2020/100826号を参照)。典型的な具体例は、R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が無置換のメチル基である、ヌクレオシドである。
ある種の実施態様(ALNA[ipU])では、二環式糖を含むヌクレオシドは上記のALNA[mU]において定義する一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、
Xが、下記式(II-1):
で示される基であり;
R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が1つ以上の置換基で置換されてもよいイソプロピル基である(例えば、WO2020/100826号を参照)。典型的な具体例は、R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が無置換のイソプロピル基である、ヌクレオシドである。
Xが、下記式(II-1):
R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が1つ以上の置換基で置換されてもよいイソプロピル基である(例えば、WO2020/100826号を参照)。典型的な具体例は、R7及びR8の一方が水素原子であり、他方が無置換のイソプロピル基である、ヌクレオシドである。
ある種の実施態様(ALNA[Trz])では、二環式を含むヌクレオシドは上記一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、Xが、下記式(II-2):
で示される基であり;
Aが、1つ以上の置換基で置換されていてもよいトリアゾリル基である(例えば、特願2018-212424を参照)。ALNA[Trz]の典型的な具体例は、Aが、1又は複数のメチル基を有してもよいトリアゾリル基であり、より具体的には、1,5-ジメ
チル-1,2,4-トリアゾール-3-イル基である、ヌクレオシドである。
Aが、1つ以上の置換基で置換されていてもよいトリアゾリル基である(例えば、特願2018-212424を参照)。ALNA[Trz]の典型的な具体例は、Aが、1又は複数のメチル基を有してもよいトリアゾリル基であり、より具体的には、1,5-ジメ
チル-1,2,4-トリアゾール-3-イル基である、ヌクレオシドである。
ある種の実施態様(ALNA[Oxz])では、上記のALNA[mU]において定義する一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、
Xが、下記式(II-2):
で示される基であり;
Aが、1つ以上の置換基で置換されていてもよいオキサジアゾリル基である(例えば、特願2018-212424を参照)。典型的な具体例は、Aが1又は複数のメチル基を有してもよいオキサジアゾリル基であり、より具体的には、5-メチル-1,2,4-オキサジアゾール-3-イル基である、ヌクレオシド又はヌクレオチドである。
Xが、下記式(II-2):
Aが、1つ以上の置換基で置換されていてもよいオキサジアゾリル基である(例えば、特願2018-212424を参照)。典型的な具体例は、Aが1又は複数のメチル基を有してもよいオキサジアゾリル基であり、より具体的には、5-メチル-1,2,4-オキサジアゾール-3-イル基である、ヌクレオシド又はヌクレオチドである。
ある種の実施態様(ALNA[Ms])では、二環式を含むヌクレオシドは上記一般式(I)を有するヌクレオシドであって、該式中、Xが、下記一般式(II-3):
で示される基であり;
Mは、1つ以上の置換基で置換されていてもよいメチル基で置換された、スルホニル基である(例えば、WO2020/100826号を参照)。ALNA[Ms]の典型的な具体例は、Mが無置換のメチル基で置換されたスルホニル基である、ヌクレオシドである。
Mは、1つ以上の置換基で置換されていてもよいメチル基で置換された、スルホニル基である(例えば、WO2020/100826号を参照)。ALNA[Ms]の典型的な具体例は、Mが無置換のメチル基で置換されたスルホニル基である、ヌクレオシドである。
ある種の実施態様では、ヌクレオシドは、糖代用物とのリボシル環の置き換えによって修飾される。そうした修飾としては、これらに限定されないが、代用環系(DNA類似物と言われることもある)、例えば、モルホリノ環、シクロヘキセニル環、シクロヘキシル環又はテトラヒドロピラニル環、例えば以下の式のうちの1つを有するものとのリボシル環の置き換えが挙げられる:
ある種の実施態様では、以下の式を有する糖代用物が選択される:
式中、
Bxは複素環塩基部分であり;
T3及びT4はそれぞれ独立に、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基、又はT3及びT4の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物もしくはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、連結共役基又は5’もしくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7はそれぞれ独立に、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
R1及びR2の一方は水素であり、他方はハロゲン、置換又は無置換のアルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2及びCN(式中、XはO、S又はNJ1であり、各J1、J2及びJ3は独立に、H又はC1~C6アルキルである)から選択される。
Bxは複素環塩基部分であり;
T3及びT4はそれぞれ独立に、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基、又はT3及びT4の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物もしくはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、連結共役基又は5’もしくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7はそれぞれ独立に、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
R1及びR2の一方は水素であり、他方はハロゲン、置換又は無置換のアルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2及びCN(式中、XはO、S又はNJ1であり、各J1、J2及びJ3は独立に、H又はC1~C6アルキルである)から選択される。
ある種の実施態様では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7はそれぞれHである。ある種の実施態様では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つはH以外である。ある種の実施態様では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つはメチルである。ある種の実施態様では、R1及びR2の一方がFであるTHPヌクレオシドが提供される。ある種の実施態様では、R1がフルオロであり、且つR2がHであり;R1がメトキシであり、且つR2がHであり、及びR1がメトキシエトキシであり、且つR2がHである。
そうした糖代用物としては、これらに限定されないが、当技術分野で、ヘキシトール核酸(HNA)、アルトリトール核酸(ANA)及びマンニトール核酸(MNA)と言われるものが挙げられる(Leumann,C.J.,Bioorg.& Med.Chem
.,2002,10,841-854を参照されたい)。
.,2002,10,841-854を参照されたい)。
ある種の実施態様では、糖代用物は、5つを超える原子及び1つを超えるヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴマー化合物でのその使用が報告されている(例えば、Braasch et al.,Biochemistry,2002,41,4503-4510;並びに米国特許5,698,685;5,166,315;5,185,444;及び5,034,506を参照されたい)。
ある種の実施態様では、例えば、上記のモルホリノ構造から様々な置換基を付加する又は変えることによって、モルホリノを修飾することができる。そうした糖代用物は、本明細書で「修飾モルホリノ」と言われる。
ある種の実施態様では、オリゴヌクレオチドは、天然に存在するヌクレオシドのペントフラノシル残基の代わりに6員シクロヘキセニルを有するヌクレオシドである、1つ又は複数の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを含む。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドとしては、これらに限定されないが、当技術分野で記載されたものが挙げられる(例えば、共有に係る、2010年4月10日に公開されたWO2010/036696、Robeyns et al.,J.Am.Chem.Soc.,2008,130(6),1979-1984;Horvath et al.,Tetrahedron Letters
,2007,48,3621-3623;Nauwelaerts et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(30),9340-9348;Gu et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Aci
ds,2005,24(5-7),993-998;Nauwelaerts et al.,Nucleic Acids Research,2005,33(8),2452-2463;Robeyns et al.,Acta Crystallographic
a,Section F:Structural Biology and Crystallization Communications,2005,F61(6),585-
586;Gu et al.,Tetrahedron,2004,60(9),2111-2123;Gu et al.,Oligonucleotides,2003,13(6),479-489;Wang et al.,J.Org.Chem.,2003,68,4499-4505;Verbeure et al.,Nucleic Acids Research,2001,29(24),4941-4947;Wang etal
.,J.Org.Chem.,2001,66,8478-82;Wang et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Acids,
2001,20(4-7),785-788;Wang et al.,J.Am.Chem.,2000,122,8595-8602;WO06/047842号;及びWO01/049687号を参照されたい;それぞれのテキストは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。
,2007,48,3621-3623;Nauwelaerts et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(30),9340-9348;Gu et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Aci
ds,2005,24(5-7),993-998;Nauwelaerts et al.,Nucleic Acids Research,2005,33(8),2452-2463;Robeyns et al.,Acta Crystallographic
a,Section F:Structural Biology and Crystallization Communications,2005,F61(6),585-
586;Gu et al.,Tetrahedron,2004,60(9),2111-2123;Gu et al.,Oligonucleotides,2003,13(6),479-489;Wang et al.,J.Org.Chem.,2003,68,4499-4505;Verbeure et al.,Nucleic Acids Research,2001,29(24),4941-4947;Wang etal
.,J.Org.Chem.,2001,66,8478-82;Wang et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Acids,
2001,20(4-7),785-788;Wang et al.,J.Am.Chem.,2000,122,8595-8602;WO06/047842号;及びWO01/049687号を参照されたい;それぞれのテキストは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。
ある種の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは以下の式を有する:
式中、
Bxは複素環塩基部分であり;
T3及びT4はそれぞれ独立に、シクロヘキセニルヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、又はT3及びT4の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、連結共役基もしくは5’-もしくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6、q7、q8及びq9はそれぞれ独立に、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C2~C6アルキニル又は他の糖置換基である。
Bxは複素環塩基部分であり;
T3及びT4はそれぞれ独立に、シクロヘキセニルヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、又はT3及びT4の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、連結共役基もしくは5’-もしくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6、q7、q8及びq9はそれぞれ独立に、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル、置換C2~C6アルキニル又は他の糖置換基である。
オリゴヌクレオチドに組み込むためのヌクレオシドを修飾するのに使用することができる、多くの他の二環式及び三環式の糖代用環系が当技術分野で既知である(例えば、総説:Leumann,Christian J.,Bioorg.& Med.Chem.,2002,10,841-854を参照されたい)。そうした環系は、活性を増強するために様々なさらなる置換を受けることができる。
修飾糖の調製方法は当業者に周知である。そうした修飾糖の調製を教示するいくつかの代表的なU.S.特許は、これらに限定されないが、U.S.:4,981,957;5,118,800;5,319,080;5,359,044;5,393,878;5,446,137;5,466,786;5,514,785;5,519,134;5,567,811;5,576,427;5,591,722;5,597,909;5,610,300;5,627,053;5,639,873;5,646,265;5,670,633;5,700,920;5,792,847及び6,600,032並びにWO2005/121371号が挙げられ、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
修飾糖部分を有するヌクレオチドでは、核酸塩基部分(天然、修飾又はそれらの組み合わせ)は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションの間維持される。
好ましい修飾糖はALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、又はALNA[Trz]の糖部分であり、この中ではALNA[Ms]の糖部分がより好ましい。すなわち、ある種の実施態様では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、PLP1発現を抑制する活性を有する、12~25残基、好ましくは、16,17、18、19又は20塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、又は少なくとも95%の相補性を有し、当該オリゴヌクレオチドを構成するヌクレオシドのうち少なくとも1つがALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、又はALNA[Trz]の糖部分から選択される修飾糖を有する、修飾オリゴヌクレオチドである。
(修飾核酸塩基)
核酸塩基(又は塩基)の修飾又は置換は、天然に存在する又は合成の非修飾核酸塩基と構造的に識別可能であり、こうした非修飾核酸塩基とさらに機能的に互換性がある。天然及び修飾核酸塩基の両方とも、水素結合に関与することができる。そうした核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又はいくつかの他の有益な生物学的特性をオリゴヌクレオチド化合物に与えることができる。本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含むものが好ましく用いられる。修飾核酸塩基としては、例えば、5-メチルシトシン(5-me-C)があげられる。5-メチルシトシンは、5位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。5-メチルシトシン置換を含めたある種の核酸塩基置換は、オリゴヌクレオチドの結合親和性を増大させるのに特に有用である。例えば、5-メチルシトシン置換は、核酸の二本鎖安定性を0.6~1.2℃増大させることが示されている(Sanghvi,Y.S.,Crooke,S.T.and Lebleu,B.,eds.,Antisense Research and Applications,CRC Press,Boca Raton,1993,pp.276-278)。
核酸塩基(又は塩基)の修飾又は置換は、天然に存在する又は合成の非修飾核酸塩基と構造的に識別可能であり、こうした非修飾核酸塩基とさらに機能的に互換性がある。天然及び修飾核酸塩基の両方とも、水素結合に関与することができる。そうした核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又はいくつかの他の有益な生物学的特性をオリゴヌクレオチド化合物に与えることができる。本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含むものが好ましく用いられる。修飾核酸塩基としては、例えば、5-メチルシトシン(5-me-C)があげられる。5-メチルシトシンは、5位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。5-メチルシトシン置換を含めたある種の核酸塩基置換は、オリゴヌクレオチドの結合親和性を増大させるのに特に有用である。例えば、5-メチルシトシン置換は、核酸の二本鎖安定性を0.6~1.2℃増大させることが示されている(Sanghvi,Y.S.,Crooke,S.T.and Lebleu,B.,eds.,Antisense Research and Applications,CRC Press,Boca Raton,1993,pp.276-278)。
さらなる修飾核酸塩基としては、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニン及びグアニンの6-メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの2-プロピル及び他のアルキル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン及び2-チオシトシン、5-ハロウラシル及びシトシン、5-プロピニル(-C≡C-CH3)ウラシル及びシトシン並びにピリミジン塩基の他のアルキニル誘導体、6-アゾウラシル、シトシン及びチミン、5-ウラシル(シュードウラシル)、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル及び他の8-置換アデニン及びグアニン、5-ハロ、特に5-ブロモ、5-トリフルオロメチル及び他の5-置換ウラシル及びシトシン、7-メチルグアニン及び7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン及び8-アザアデニン、7-デアザグアニン及び7-デアザアデニン、3-デアザグアニン及び3-デアザアデニンが挙げられる。
複素環塩基部分は、プリン又はピリミジン塩基が他の複素環、例えば、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン及び2-ピリドンで置き換えられているものを含むこともできる。修飾オリゴヌクレオチドの結合親和性を増大させるのに特に有用な核酸塩基としては、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン及びN-2、N-6及びO-6置換プリン(2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル及び5-プロピニルシトシンを含める)が挙げられる。
(修飾ヌクレオシド間結合)
RNA及びDNAの天然に存在するヌクレオシド間結合は、3’-5’ホスホジエステル結合である。1つ又は複数の修飾された、すなわち天然に存在しない、ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、標的核酸に対する親和性の増強及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増大などの特性が理由で、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドよりも好ましいことが多い。
RNA及びDNAの天然に存在するヌクレオシド間結合は、3’-5’ホスホジエステル結合である。1つ又は複数の修飾された、すなわち天然に存在しない、ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、標的核酸に対する親和性の増強及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増大などの特性が理由で、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドよりも好ましいことが多い。
修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子を保持するヌクレオシド間結合及びリン原子を有さないヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、これらに限定されないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート及びホスホロチオエートの1つ以上が挙げられる。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は周知である。
本発明修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、修飾オリゴヌクレオチドがPLP1発現を抑制する活性を有するものであればいかなるものでもよいが、少なくとも1
つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むものが好ましく用いられ、例えば、全てヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であってもよい。
つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むものが好ましく用いられ、例えば、全てヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であってもよい。
(修飾オリゴヌクレオチドモチーフ)
ある種の実施態様では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによる分解に対する抵抗性の増大、細胞取り込みの増大、標的核酸に対する結合親和性の増大及び/又はPLP1発現抑制活性の増大を獲得するために、ギャップマーモチーフを有することができる。
ある種の実施態様では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによる分解に対する抵抗性の増大、細胞取り込みの増大、標的核酸に対する結合親和性の増大及び/又はPLP1発現抑制活性の増大を獲得するために、ギャップマーモチーフを有することができる。
「ギャップマー」は、RNase Hによる切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が、1つ又は複数のヌクレオシドを有する外部領域間に位置する、修飾オリゴヌクレオチドを意味する。内部領域は、「ギャップセグメント」と言うことができ、外部領域は「ウイングセグメント」と言うことができる。ギャップセグメントより5’側に存在するウイングセグメントを「5’ウイングセグメント」と言うことができ、ギャップセグメントより3’側に存在するウイングセグメントを「3’ウイングセグメント」と言うことができる。ギャップマーでは、ギャップへ接近している各々のウィングのヌクレオシド(5’-ウィングの最も3’側のヌクレオシド及び3’-ウィングの最も5’側のヌクレオシド)の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なる。例えば、5’-ウィングの最も3’側のヌクレオシド及び3’-ウィングの最も5’側のヌクレオシドの糖部分は、修飾糖であり、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分は、天然のDNAの糖部分である。
ある種の実施態様では、本発明修飾オリゴヌクレオチドは、1)ギャップセグメント、2)5’ウイングセグメント及び3)3’ウイングセグメント、を含み、前記ギャップセグメントが、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、前記5’ウイングセグメント及び3’ウイングセグメントのヌクレオシドが修飾糖を有するヌクレオシドを含む、修飾オリゴヌクレオチドである。ギャップセグメントのヌクレオシドは、天然のDNAの糖を有するもののみでもよいし、1又はそれ以上の修飾糖を有するヌクレオシドでもよい。修飾糖としては、二環式糖、2’-MOEで修飾された糖、及び2’-OMeで修飾された糖からなる群から選択されることが好ましく、二環式糖としては、例えば、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]及びALNA[Trz]の少なくとも1つの糖部分があげられる。
ギャップセグメント、5’ウイングセグメント及び3’ウイングセグメントに含まれるヌクレオシドの数は、PLP1発現阻害抑制を有すればいかなるものでもよい。
ある種の実施態様では、ヌクレアーゼ安定性などの特性を増強するため、修飾オリゴヌクレオチドの一方又は両方の末端に、キャップ構造が含まれる。好適なキャップ構造には、4’,5’-メチレンヌクレオチド、1-(β-D-エリトロフラノシル)ヌクレオチド、4’-チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、1,5-アンヒドロヘキシトールヌクレオチド、L-ヌクレオチド、α-ヌクレオチド、修飾塩基ヌクレオチド、ホスホロジチオアート結合、スレオ-ペントフラノシルヌクレオチド、非環式3’,4’-セコヌクレオチド、非環式3,4-ジヒドロキシブチルヌクレオチド、非環式3,5-ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、3’-3’-逆位ヌクレオチド部分、3’-3’-逆位脱塩基部分、3’-2’-逆位ヌクレオチド部分、3’-2’-逆位脱塩基部分、1,4-ブタンジオールホスフェート、3’-ホスホルアミデート、ヘキシルホスフェート、アミノヘキシルホスフェート、3’-ホスフェート、3’-ホスホロチオエート、ホスホロジチオアート、架橋メチルホスホネート部分及び非架橋メチルホスホネート部分、5’-アミ
ノ-アルキルホスフェート、1,3-ジアミノ-2-プロピルホスフェート、3-アミノプロピルホスフェート、6-アミノヘキシルホスフェート、1,2-アミノドデシルホスフェート、ヒドロキシプロピルホスフェート、5’-5’-逆位ヌクレオチド部分、5’-5’-逆位脱塩基部分、5’-ホスホルアミデート、5’-ホスホロチオエート、5’-アミノ、架橋及び/又は非架橋5’-ホスホルアミデート、ホスホロチオエート、並びに5’-メルカプト部分がある。
ノ-アルキルホスフェート、1,3-ジアミノ-2-プロピルホスフェート、3-アミノプロピルホスフェート、6-アミノヘキシルホスフェート、1,2-アミノドデシルホスフェート、ヒドロキシプロピルホスフェート、5’-5’-逆位ヌクレオチド部分、5’-5’-逆位脱塩基部分、5’-ホスホルアミデート、5’-ホスホロチオエート、5’-アミノ、架橋及び/又は非架橋5’-ホスホルアミデート、ホスホロチオエート、並びに5’-メルカプト部分がある。
(本発明化合物の評価方法)
本発明化合物の評価方法としては、本発明化合物がPLP1の細胞内における発現レベルの抑制を検証できる方法であればいかなるものでもよいが、具体的には、例えば、以下に示すin vitro及びin vivo PLP1発現測定方法が用いられる。
本発明化合物の評価方法としては、本発明化合物がPLP1の細胞内における発現レベルの抑制を検証できる方法であればいかなるものでもよいが、具体的には、例えば、以下に示すin vitro及びin vivo PLP1発現測定方法が用いられる。
本発明化合物の細胞内におけるPLP1発現の抑制を評価するための、in vitro PLP1発現測定方法は、PLP1が発現している細胞(以下、「PLP1発現細胞」と称することがある)であればいずれのものも用いることができるが、例えば、A375細胞(ヒト悪性黒色腫細胞、例えば、ATCC CRL-1619)があげられる。
本発明化合物をPLP1発現細胞に接触させる方法も特に制限はないが、一般的に核酸を細胞内へ導入するために用いられる方法が挙げられる。具体的には、例えば、リポフェクション法やエレクトロポレーション法、Gymnosis法等である。リポフェクション法では、本発明化合物は、例えば、終濃度3、10、30又は100nMで処理することができる。
PLP1の細胞内におけるmRNAレベルは、当技術分野で既知の様々な方法でアッセイすることができる。具体的には、例えば、ノーザンブロット解析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)又は定量的リアルタイムPCR等が挙げられる。
PLP1の細胞内におけるタンパク質レベルは、当技術分野で既知の様々な方法でアッセイすることができる。具体的には、例えば、免疫沈降法、ウェスタンブロット解析(免疫ブロット法)、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、定量的タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ(例えば、カスパーゼ活性アッセイ)、免疫組織化学法、免疫細胞化学法又は蛍光活性化セルソーティング(FACS)等があげられる。
本発明化合物の細胞内におけるPLP1発現の抑制を評価するための、in vivo
PLP1発現測定方法は、例えば、PLP1を発現する動物に対して、本発明化合物を投与し、当該細胞において上述のPLP1発現レベルの解析を行う方法が挙げられる。
PLP1発現測定方法は、例えば、PLP1を発現する動物に対して、本発明化合物を投与し、当該細胞において上述のPLP1発現レベルの解析を行う方法が挙げられる。
本発明化合物は、市販されているDNA・RNA合成用アミダイト(LNAも含む)を使用してホスホロアミダイト法により合成することができる。人工核酸ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]及びALNA[Trz]は、WO2020/100826号に記載された方法によりオリゴマーを合成することができる。
(本発明化合物によるPLP1関連疾患の治療)
本発明化合物はPLP1発現を抑制することにより、PLP1関連疾患を治療することができる。PLP1関連疾患としては、PLP1遺伝子の異常により引き起こされる疾患であれば特に制限はないが、先天性大脳白質形成不全症が例示される。
本発明化合物はPLP1発現を抑制することにより、PLP1関連疾患を治療することができる。PLP1関連疾患としては、PLP1遺伝子の異常により引き起こされる疾患であれば特に制限はないが、先天性大脳白質形成不全症が例示される。
PLP1遺伝子の異常により引き起こされる先天性大脳白質形成不全症としては、ペリツェウス・メルツバッハー病が例示され、ペリツェウス・メルツバッハー病は胎児型ペリ
ツェウス・メルツバッハー病および古典型ペリツェウス・メルツバッハー病を含む。
ツェウス・メルツバッハー病および古典型ペリツェウス・メルツバッハー病を含む。
したがって、本発明は、PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化に使用するための修飾オリゴヌクレオチド;PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化に使用するための医薬組成物;PLP1関連疾患を治療、予防又は進行遅延化するための修飾オリゴヌクレオチドの使用;PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化用医薬の製造における修飾オリゴヌクレオチドの使用;PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化用医薬の製造に使用するための修飾オリゴヌクレオチド;有効量の修飾オリゴヌクレオチドを、その必要のある対象に投与することを含む、PLP1関連疾患の治療、予防又は進行遅延化方法;を提供する。
(2)修飾オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物
本発明化合物、又はその医薬的に許容可能な塩、及び薬学的に許容可能な担体を含む本発明化合物は、医薬組成物として用いることができる。医薬組成物の調製のために、修飾オリゴヌクレオチドを1つ以上の医薬的に許容可能な活性又は不活性な物質と混合することができる。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度又は投与される用量を含めたいくつかの判断基準によって選択することができる。
例えば、非経口投与のための組成物としては、例えば、注射剤が用いられる。かかる注射剤は、自体公知の方法に従って、例えば、上記修飾オリゴヌクレオチドを通常注射剤に用いられる無菌の水性もしくは油性液に溶解、懸濁又は乳化することによって調製する。注射用の水性液としては、例えば、リン酸緩衝食塩水、生理食塩水、ブドウ糖やその他の補助薬を含む等張液などが用いられ、適当な溶解補助剤、例えば、アルコール(例、エタ
ノール)、ポリアルコール(例、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール)、非イ
オン界面活性剤〔例、ポリソルべート80、HCO-50(polyoxyethylene(50mo1)adduct of hydrogenated castor oil)〕などと併用してもよい。また、緩衝剤、pH調整剤、等張化剤
、無痛化剤、保存剤、安定化剤などを含むことができる。かかる組成物は公知の方法によって製造される。
本発明化合物、又はその医薬的に許容可能な塩、及び薬学的に許容可能な担体を含む本発明化合物は、医薬組成物として用いることができる。医薬組成物の調製のために、修飾オリゴヌクレオチドを1つ以上の医薬的に許容可能な活性又は不活性な物質と混合することができる。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度又は投与される用量を含めたいくつかの判断基準によって選択することができる。
例えば、非経口投与のための組成物としては、例えば、注射剤が用いられる。かかる注射剤は、自体公知の方法に従って、例えば、上記修飾オリゴヌクレオチドを通常注射剤に用いられる無菌の水性もしくは油性液に溶解、懸濁又は乳化することによって調製する。注射用の水性液としては、例えば、リン酸緩衝食塩水、生理食塩水、ブドウ糖やその他の補助薬を含む等張液などが用いられ、適当な溶解補助剤、例えば、アルコール(例、エタ
ノール)、ポリアルコール(例、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール)、非イ
オン界面活性剤〔例、ポリソルべート80、HCO-50(polyoxyethylene(50mo1)adduct of hydrogenated castor oil)〕などと併用してもよい。また、緩衝剤、pH調整剤、等張化剤
、無痛化剤、保存剤、安定化剤などを含むことができる。かかる組成物は公知の方法によって製造される。
非経口投与としては、例えば、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、頭蓋内投与、髄腔内投与、脳室内投与があげられる。投与は、持続的又は長期的でもよいし、短期的又は断続的でもよい。
経口投与のための組成物としては、固体又は液体の剤形、具体的には錠剤(糖衣錠、フ
イルムコーティング錠を含む)、丸剤、顆粒剤、散剤、カプセル剤(ソフトカプセル剤を含む)、シロツプ剤、乳剤、懸濁剤などがあげられる。かかる組成物は公知の方法によって
製造され、製剤分野において通常用いられる担体、希釈剤もしくは賦形剤を含有するものである。錠剤用の担体、賦形剤としては、例えば、乳糖、でんぶん、蔗糖、ステアリン酸マグネシウムなどが用いられ、希釈剤としては、例えば、生理食塩水が用いられる。
イルムコーティング錠を含む)、丸剤、顆粒剤、散剤、カプセル剤(ソフトカプセル剤を含む)、シロツプ剤、乳剤、懸濁剤などがあげられる。かかる組成物は公知の方法によって
製造され、製剤分野において通常用いられる担体、希釈剤もしくは賦形剤を含有するものである。錠剤用の担体、賦形剤としては、例えば、乳糖、でんぶん、蔗糖、ステアリン酸マグネシウムなどが用いられ、希釈剤としては、例えば、生理食塩水が用いられる。
また、本発明の医薬組成物には、核酸導入用試薬を含むことができる。該核酸導入用試薬としては、リポソーム、リポフェクチン、リポフェクタミン、DOGS(トランスフェクタム)、DOPE、DOTAP、DDAB、DHDEAB、HDEAB、ポリブレン、あるいはポリ(エチレンイミン)(PEI)等の陽イオン性脂質等を用いることができる。
また、本発明の医薬組成物に含まれる修飾オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の場所で、コレステロール、糖質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、ビタミン、ペプチド、葉酸塩、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素のコンジュゲート基とコンジュゲートしたものが好ましく用いられる。上記コンジュゲートした修飾オリゴヌクレオチドは公知の方法によって製造され、その活
性、細胞分布又は細胞取り込みを増強するものを選択することができる。
性、細胞分布又は細胞取り込みを増強するものを選択することができる。
上記コンジュゲート基は修飾オリゴヌクレオチドに直接結合しているものか、あるいはコンジュゲート基は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和部分(例えば、二重又は三重結合)、8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシニミジル4-(N-マレイミドメチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート(SMCC)、6-アミノヘキサン酸(AHEX又はAHA)、置換C1~C10アルキル、置換若しくは非置換C2~C10アルケニル、及び置換若しくは非置換C2~C10アルキニルから選択される連結部分により修飾オリゴヌクレオチドに結合している。ここで、置換基は、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルから選択される。
本発明の医薬組成物の投与形態としては、経口投与、静脈内投与又は動脈内投与などの全身投与であってもよいし、頭蓋内投与、髄腔内投与又は脳室内投与などの局所投与であってもよい。本発明の医薬組成物の投与量は、使用目的、疾患の重篤度、患者の年齢、体重、性別等により適宜変更し得るが、通常、修飾オリゴヌクレオチド量として、0.1ng~100mg/kg/日、好ましくは、1ng~10mg/kg/日の範囲から選ぶことができる。
非限定開示及び参照による組み込み
本明細書に記載のある種の化合物、組成物及び方法は、ある種の実施態様に従って特異的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を例示する役割を果たすにすぎず、これを限定することを意図しない。本出願に記載される参考文献のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載のある種の化合物、組成物及び方法は、ある種の実施態様に従って特異的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を例示する役割を果たすにすぎず、これを限定することを意図しない。本出願に記載される参考文献のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
実施例1
In vitro評価用修飾オリゴヌクレオチド化合物の合成及び精製
表1記載の塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド化合物(配列番号2~54)を、オリゴヌクレオチド類縁体の一般的なオリゴ核酸の固相合成法およびALNA[Ms]アミダイト(WO2020/100826号に記載された方法により合成)を用いて,日本ジーン社により合成および精製された。
In vitro評価用修飾オリゴヌクレオチド化合物の合成及び精製
表1記載の塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド化合物(配列番号2~54)を、オリゴヌクレオチド類縁体の一般的なオリゴ核酸の固相合成法およびALNA[Ms]アミダイト(WO2020/100826号に記載された方法により合成)を用いて,日本ジーン社により合成および精製された。
合成した修飾オリゴヌクレオチド化合物の標的位置を表1に示す。標的位置は標的開始位置~標的終了位置で示し、標的開始位置は、修飾オリゴヌクレオチドのPLP1 pre-mRNA5’標的部位(修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に対応する配列表の配列番号1の位置)を示し、標的終了位置は、修飾オリゴヌクレオチドのPLP1 pre-mRNA3’標的部位(修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に対応する配列表の配列番号1の位置)を示す。
各修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各修飾オリゴヌクレオチドは5-メチルシトシン及び/又はALNA[Ms]の糖部分を含んでいる。
各修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各修飾オリゴヌクレオチドは5-メチルシトシン及び/又はALNA[Ms]の糖部分を含んでいる。
実施例2
In vitro PLP1 ノックダウン活性試験
合成した修飾オリゴヌクレオチドとLipofectamine RNAi Reagentを混合したトランスフェクション試薬上に、A375細胞を3×103 cells/wellとなるように播種し、CO2インキュベーターで24時間程度培養した。その後、SuperPrep II Lysis & RT Kit for qPCR(TOYOBO)を用いて、RNAの調製と逆転写反応を行い、cDNAを合成した。合成
したcDNAを用いて定量的リアルタイムPCRにより、mRNA発現量を測定した。定量的リアルタイムPCRにはPLP1遺伝子(Hs.PT.58.39005119、INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES)とHPRT1遺伝子(Hs.PT.58v.45621572、INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES)のプローブを用い、ΔΔCt法により、HPRT1 mRNA発現量で補正したPLP1 mRNAの相対発現量を算出した。修飾オリゴヌクレオチドを添加した際のPLP1 mRNA発現量の減少率から修飾オリゴヌクレオチドの抑制率を百分率で算出し、抑制率50%を挟む2点の濃度からIC50値を算出した。結果を表1に示した。その結果、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは優れたPLP1発現抑制効果を有することがわかった。
In vitro PLP1 ノックダウン活性試験
合成した修飾オリゴヌクレオチドとLipofectamine RNAi Reagentを混合したトランスフェクション試薬上に、A375細胞を3×103 cells/wellとなるように播種し、CO2インキュベーターで24時間程度培養した。その後、SuperPrep II Lysis & RT Kit for qPCR(TOYOBO)を用いて、RNAの調製と逆転写反応を行い、cDNAを合成した。合成
したcDNAを用いて定量的リアルタイムPCRにより、mRNA発現量を測定した。定量的リアルタイムPCRにはPLP1遺伝子(Hs.PT.58.39005119、INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES)とHPRT1遺伝子(Hs.PT.58v.45621572、INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES)のプローブを用い、ΔΔCt法により、HPRT1 mRNA発現量で補正したPLP1 mRNAの相対発現量を算出した。修飾オリゴヌクレオチドを添加した際のPLP1 mRNA発現量の減少率から修飾オリゴヌクレオチドの抑制率を百分率で算出し、抑制率50%を挟む2点の濃度からIC50値を算出した。結果を表1に示した。その結果、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは優れたPLP1発現抑制効果を有することがわかった。
Claims (20)
- 12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10014~10152位、10180~10252位または14033~14113位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、Proteolipid protein 1(PLP1)の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
- 12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10036~10055位、10064~10089位、10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
- 12~30残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10101~10130位、10202~10230位または14055~14091位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも8個の連続する核酸塩基配列を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号1の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも85%相補性を有する、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
- 配列表の配列番号1の核酸塩基配列の5’末端から10104~10119位、10109~10124位、10114~10129位、10202~10217位、10203~10218位、14056~14071位、14057~14072位、14074~14089位または14075~14090位のいずれかに相補的な核酸塩基配列から成る、PLP1の発現を抑制する修飾オリゴヌクレオチド。
- 一本鎖である、請求項1~4のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項1~5のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 修飾糖が二環式糖、2’-O-メトキシエチルで修飾された糖、および2’-O-メチルで修飾された糖からなる群から選択される、請求項6に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 二環式糖が、LNA、ENA、cEt、GuNA、ALNA[Ms]、ALNA[mU]、ALNA[ipU]、ALNA[Oxz]、またはALNA[Trz]の糖部分から選択される、請求項7に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、請求項1~8のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、請求項9に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、請求項1~10のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項11に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
1)ギャップセグメントと、
2)5’ウイングセグメントと、
3)3’ウイングセグメント、を含み、
前記ギャップセグメントが、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、
前記5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントを構成するヌクレオシドが修飾糖を含むものである、請求項1~12のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。 - 請求項1~13のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチドまたはその医薬的に許容可能な塩、および薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
- PLP1関連疾患の治療、予防、またはその進行の遅延化のための、請求項14に記載の医薬組成物。
- 前記PLP1関連疾患がペリツェウス・メルツバッハー病である、請求項15に記載の医薬組成物。
- 前記ペリツェウス・メルツバッハー病が胎児型ペリツェウス・メルツバッハー病または古典型ペリツェウス・メルツバッハー病である、請求項16に記載の医薬組成物。
- 請求項1~13のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチドの治療的有効量をそれを必要とする被験者に投与することを特徴とする、被験者におけるPLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための方法。
- PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための医薬の製造における、請求項1~13のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチドの使用。
- PLP1関連疾患の治療、予防またはその進行の遅延化のための、請求項1~13のいずれか1項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
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