CN105637090B - 用于调节c9orf72表达的组合物 - Google Patents

用于调节c9orf72表达的组合物 Download PDF

Info

Publication number
CN105637090B
CN105637090B CN201480054676.7A CN201480054676A CN105637090B CN 105637090 B CN105637090 B CN 105637090B CN 201480054676 A CN201480054676 A CN 201480054676A CN 105637090 B CN105637090 B CN 105637090B
Authority
CN
China
Prior art keywords
certain embodiments
compound
antisense
c9orf72
nucleobase
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201480054676.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN105637090A (zh
Inventor
S·M·弗赖尔
F·里戈
P·辛格
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Ionis Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Ionis Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ionis Pharmaceuticals Inc filed Critical Ionis Pharmaceuticals Inc
Priority to CN202010989035.8A priority Critical patent/CN112080502A/zh
Publication of CN105637090A publication Critical patent/CN105637090A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN105637090B publication Critical patent/CN105637090B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/711—Natural deoxyribonucleic acids, i.e. containing only 2'-deoxyriboses attached to adenine, guanine, cytosine or thymine and having 3'-5' phosphodiester links
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/14—Drugs for disorders of the nervous system for treating abnormal movements, e.g. chorea, dyskinesia
    • A61P25/16—Anti-Parkinson drugs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • G01N33/6896—Neurological disorders, e.g. Alzheimer's disease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
    • C12N2310/3231—Chemical structure of the sugar modified ring structure having an additional ring, e.g. LNA, ENA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/341—Gapmers, i.e. of the type ===---===
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/343—Spatial arrangement of the modifications having patterns, e.g. ==--==--==--

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Psychology (AREA)

Abstract

本文公开了用于用C9ORF72特异性抑制剂降低C9ORF72mRNA和蛋白质在动物中的表达的组合物和方法。本文还公开了通过施用靶向C9ORF72前体mRNA中从外显子1A的起始位点处开始至外显子1B的起始位点的区域的反义化合物而选择性抑制C9ORF72病原相关mRNA变体的组合物和方法。此类方法适用于治疗、预防或改善有需要的个体的神经退行性疾病。此类C9ORF72特异性抑制剂包括反义化合物。

Description

用于调节C9ORF72表达的组合物
序列表
本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表是以创建于2014年10月11日的标题为BIOL0235WOSEQ_ST25.txt的文件提供，所述文件的大小为444Kb。电子格式的序列表的信息以全文引用的方式并入本文中。
领域
提供用于降低C9ORF72 mRNA和蛋白质在动物中的表达的组合物和方法。此类方法适用于治疗、预防或改善神经退行性疾病，包括肌萎缩性侧索硬化(ALS)、额颞痴呆(FTD)、皮质基底变性综合征(CBD)、非典型帕金森综合征以及橄榄桥脑小脑变性(OPCD)。
背景
肌萎缩性侧索硬化(ALS)是一种致命性神经退行性疾病，其临床上的特征为导致通常在症状发作二至三年内因呼吸衰竭而死亡的进行性麻痹(Rowland和Shneider,N.Engl.J.Med.,2001,344,1688-1700)。ALS是西方世界中第三最常见的神经退行性疾病(Hirtz等,Neurology,2007,68,326-337)，并且当前没有有效疗法。病例中约10％本质上是家族性的，然而大部分被诊断患有所述疾病的患者被归类为散发性的，因为在整个群体中他们似乎随机存在(Chio等,Neurology,2008,70,533-537)。基于临床、遗传以及流行病学数据，日益认识到ALS和额颞痴呆(FTD)代表疾病的重叠连续体，其病理上的特征为在整个中枢神经***中存在TDP-43阳性包涵体(Lillo和Hodges,J.Clin.Neurosci.,2009,16,1131-1135；Neumann等,Science,2006,314,130-133)。
迄今为止，已发现许多基因引起典型家族性ALS，例如SOD1、TARDBP、FUS、OPTN以及VCP(Johnson等,Neuron,2010,68,857-864；Kwiatkowski等,Science,2009,323,1205-1208；Maruyama等,Nature,2010,465,223-226；Rosen等,Nature,1993,362,59-62；Sreedharan等,Science,2008,319,1668-1672；Vance等,Brain,2009,129,868-876)。近来，对涉及多例ALS、FTD以及ALS-FTD的家族的连锁分析已表明在染色体9的短臂上存在对所述疾病来说重要的基因座(Boxer等,J.Neurol.Neurosurg.Psychiatry,2011,82,196-203；Morita等,Neurology,2006,66,839-844；Pearson等J.Nerol.,2011,258,647-655；Vance等,Brain,2006,129,868-876)。C9ORF72基因的突变是ALS和FTD的最常见的基因原因。引起ALS-FTD的突变是C9ORF72基因的第一个内含子的大六核苷酸(GGGGCC)重复扩增(Renton等,Neuron,2011,72,257-268；DeJesus-Hernandez等,Neuron,2011,72,245-256)。涵盖C9ORF72基因的创建者单倍型存在于与此区域相关的大多数情况中(Renton等,Neuron,2011,72,257-268)。染色体9p21上的此基因座造成405个芬兰患者的组群中家族性ALS的近一半和所有ALS病例的近四分之一(Laaksovirta等,Lancet Neurol.,2010,9,978-985)。
涵盖C9ORF72基因的创建者单倍型存在于与此区域相关的大多数情况中。
当前没有治疗此类神经退行性疾病的有效疗法。因此，目标是提供用于治疗此类神经退行性疾病的组合物和方法。
概述
本文提供用于调节细胞、组织以及动物中的C9ORF72 mRNA和蛋白质的水平的组合物和方法。在某些实施方案中，C9ORF72特异性抑制剂调节C9ORF72 mRNA和蛋白质的表达。在某些实施方案中，C9ORF72特异性抑制剂是核酸、蛋白质或小分子。
在某些实施方案中，调节可在细胞或组织中发生。在某些实施方案中，细胞或组织在动物中。在某些实施方案中，动物是人。在某些实施方案中，C9ORF72 mRNA水平降低。在某些实施方案中，C9ORF72蛋白水平降低。在某些实施方案中，C9ORF72相关重复相关非ATG翻译(RAN翻译)产物减少。在某些实施方案中，C9ORF72相关RAN翻译产物是聚(甘氨酸-脯氨酸)、聚(甘氨酸-丙氨酸)以及聚(甘氨酸-精氨酸)。在某些实施方案中，某些C9ORF72 mRNA变体优先减少。在某些实施方案中，优先减少的C9ORF72 mRNA变体是从含有内含子1的前体mRNA加工的变体。在某些实施方案中，内含子1含有六核苷酸重复扩增。在某些实施方案中，优先减少的C9ORF72 mRNA变体是C9ORF72病原相关mRNA变体。在某些实施方案中，C9ORF72病原相关mRNA变体是NM_001256054.1(SEQ ID NO:1)。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增与C9ORF72相关疾病相关。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增与C9ORF72六核苷酸重复扩增相关疾病相关。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增包含至少24个GGGGCC重复。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增与细胞核聚集点相关。在某些实施方案中，C9ORF72相关RAN翻译产物与细胞核聚集点相关。在某些实施方案中，C9ORF72相关RAN翻译产物是聚(甘氨酸-脯氨酸)、聚(甘氨酸-丙氨酸)以及聚(甘氨酸-精氨酸)。在某些实施方案中，本文所描述的组合物和方法适用于降低C9ORF72 mRNA水平、C9ORF72蛋白水平、C9ORF72 RAN翻译产物以及细胞核聚集点。在某些实施方案中，本文所描述的组合物和方法适用于选择性减少C9ORF72病原相关mRNA变体。此类降低可以时间依赖性方式或以剂量依赖性方式发生。
还提供适合用于预防、治疗以及改善与C9ORF72相关的疾病、病症以及病状的方法。在某些实施方案中，此类与C9ORF72相关的疾病、病症以及病状是神经退行性疾病。在某些实施方案中，神经退行性疾病是肌萎缩性侧索硬化(ALS)、额颞痴呆(FTD)、皮质基底变性综合征(CBD)、非典型帕金森综合征以及橄榄桥脑小脑变性(OPCD)。
此类疾病、病症以及病状可具有一种或多种共同的危险因素、原因或结果。发展神经退行性疾病并且尤其ALS和FTD的某些危险因素和原因包括遗传易感性和年龄较大。
在某些实施方案中，治疗方法包括向有需要的个体施用C9ORF72特异性抑制剂。在某些实施方案中，C9ORF72特异性抑制剂是核酸。在某些实施方案中，核酸是反义化合物。在某些实施方案中，反义化合物是单链反义寡核苷酸。在某些实施方案中，单链反义寡核苷酸与C9ORF72核酸互补。
详细描述
应了解，前述总体描述与以下详细描述均为示例性的和解释性的而不限制如所要求的本发明。在本文中，除非另外特别陈述，否则单数的使用包括复数。如本文所用，除非另外说明，否则使用“或”意指“和/或”。另外，除非另外说明，否则使用“和”意指“和/或”。此外，术语“包括”以及其他形式，诸如“包括(includes)”和“包括了(included)”的使用不具限制性。另外，除非另外特别陈述，否则诸如“元件”或“组分”等术语涵盖包含一个单位的元件和组分与包含超过一个亚单位的组分和组件两者。
本文所用的章节标题仅用于组织目的并且不应视为限制所描述的主题。本公开中所列举的所有文献或文献部分包括但不限于专利、专利申请、已公布的专利申请、文章、书、专著以及通过诸如国家生物技术信息中心(NCBI)等数据库可获得的GENBANK登录号和相关序列信息以及在本文的公开内容通篇中所提到的其他数据以对本文所论述的文献的部分以及全文进行引用的方式明确地并入本文中。
定义
除非提供特定定义，否则本文所描述的结合分析化学、合成有机化学以及医学和药物化学使用的命名法以及分析化学、合成有机化学以及医学和药物化学的程序和技术是本领域中熟知并且常用的那些。可使用标准技术来进行化学合成和化学分析。
除非另外指出，否则以下术语具有以下含义：
“2'-O-甲氧基乙基”(也是2'-MOE和2'-OCH2CH2-OCH3以及MOE)是指呋喃糖环的2'位置的O-甲氧基-乙基修饰。2'-O-甲氧基乙基修饰的糖是经修饰糖。
“2'-MOE核苷”(也是2'-O-甲氧基乙基核苷)意指包含MOE修饰的糖部分的核苷。
“2'-取代核苷”意指在呋喃糖环的2'-位置包含不是H或OH的取代基的核苷。在某些实施方案中，2'-取代核苷包括具有双环糖修饰的核苷。
“5-甲基胞嘧啶”意指经连接于5'位置的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是经修饰核碱基。
“约”意指在一个值的±7％以内。举例来说，如果陈述“化合物影响至少约70％的C9ORF72抑制”，那么意味着C9ORF72水平被抑制在63％与77％范围内。
“伴随施用”是指两种药剂以任何方式共施用，其中在患者中两者的药理学作用同时显现。伴随施用不要求两种药剂以单一药物组合物、以相同剂型或通过相同施用途径进行施用。两种药剂的作用不需要本身同时显现。所述作用仅需要重叠一段时间而不需要共同延伸。
“施用”意指向动物提供药剂，并且包括但不限于由医学专业人员施用和自己施用。
“改善”是指使病状或疾病严重程度的至少一个指标减小、减缓、停止或逆转。指标的严重程度可通过本领域技术人员已知的主观或客观度量来确定。
“动物”是指人或非人动物，包括但不限于小鼠、大鼠、兔、狗、猫、猪以及非人灵长类动物，包括但不限于猴和黑猩猩。
“抗体”是指以按某方式特异性地与抗原反应为特征的分子，其中抗体和抗原各自根据另一者来进行定义。抗体可指完整抗体分子或其任何片段或区域，诸如重链、轻链、Fab区以及Fc区。
“反义活性”意指任何可归因于反义化合物与其靶核酸杂交而可检测或可测量的活性。在某些实施方案中，反义活性是靶核酸或由此类靶核酸编码的蛋白质的量或表达降低。
“反义化合物”意指能够与靶核酸通过氢键结合进行杂交的寡聚化合物。反义化合物的实例包括单链和双链化合物，诸如反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、ssRNA以及基于占位性的化合物。
“反义抑制”意指与在不存在反义化合物的情况下的靶核酸水平相比在与靶核酸互补的反义化合物存在下靶核酸水平降低。
“反义机制”是所有那些涉及化合物与靶核酸杂交的机制，其中杂交的结果或作用是靶标降解或靶标占位，同时使涉及例如转录或剪接的细胞机制停止。
“反义寡核苷酸”意指具有允许与靶核酸的对应片段杂交的核碱基序列的单链寡核苷酸。
“碱基互补”是指反义寡核苷酸的核碱基与靶核酸中的对应核碱基精确碱基配对(即杂交)的能力，并且由对应核碱基之间的沃森-克里克(Watson-Crick)、霍氏(Hoogsteen)或反霍氏(reversed Hoogsteen)氢键结合介导。
“双环糖”意指通过两个原子桥联加以修饰的呋喃糖环。双环糖是经修饰糖。
“双环核苷”(也是BNA)意指具有包含连接糖环的两个碳原子的桥由此形成双环***的糖部分的核苷。在某些实施方案中，桥连接糖环的4’-碳和2'-碳。
“C9ORF72相关疾病”意指与任何C9ORF72核酸或其表达产物相关的任何疾病。此类疾病可包括神经退行性疾病。此类神经退行性疾病可包括ALS和FTD。
“C9ORF72相关RAN翻译产物”意指通过RAN翻译(即重复相关和非ATG依赖性翻译)所翻译的异常肽或二肽聚合物。在某些实施方案中，C9ORF72相关RAN翻译产物是聚(甘氨酸-脯氨酸)、聚(甘氨酸-丙氨酸)以及聚(甘氨酸-精氨酸)中的任一种。
“C9ORF72六核苷酸重复扩增相关疾病”意指与含有六核苷酸重复扩增的C9ORF72核酸相关的任何疾病。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增可包含重复至少24次的GGGGCC、GGGGGG、GGGGGC或GGGGCG。此类疾病可包括神经退行性疾病。此类神经退行性疾病可包括ALS和FTD。
“C9ORF72核酸”意指编码C9ORF72的任何核酸。举例来说，在某些实施方案中，C9ORF72核酸包括编码C9ORF72的DNA序列、从编码C9ORF72的DNA(包括包含内含子和外显子的基因组DNA)(即前体mRNA)转录的RNA序列以及编码C9ORF72的mRNA序列。“C9ORF72 mRNA”意指编码C9ORF72蛋白的mRNA。
“C9ORF72病原相关mRNA变体”意指由含有六核苷酸重复的C9ORF72前体mRNA变体加工的C9ORF72 mRNA变体。当在从外显子1A的起始位点至外显子1B的起始位点，例如基因组序列(SEQ ID NO:2，从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核苷酸1107至1520的区域中开始前体mRNA的转录时，C9ORF72前体mRNA含有六核苷酸重复。在某些实施方案中，测量C9ORF72病原相关mRNA变体的水平以确定样本中含有六核苷酸重复的C9ORF72前体mRNA的水平。
“C9ORF72特异性抑制剂”是指能够在分子水平特异性抑制C9ORF72 mRNA和/或C9ORF72蛋白的表达的任何试剂。举例来说，C9ORF72特异性抑制剂包括核酸(包括反义化合物)、siRNA、适配体、抗体、肽、小分子以及能够抑制C9ORF72 mRNA和/或C9ORF72蛋白的表达的其他试剂。类似地，在某些实施方案中，C9ORF72特异性抑制剂可影响动物中的其他分子过程。
“盖结构”或“未端盖部分”意指已并入反义化合物的任一端的化学修饰。
“cEt”或“受约束的乙基”意指双环核苷具有包含连接4'-碳与2'-碳的桥的糖部分，其中桥具有式：4'-CH(CH3)-O-2'。
“受约束的乙基核苷”(也是cEt核苷)意指包含含有4'-CH(CH3)-O-2'桥的双环糖部分的核苷。
“化学上不同的区域”是指反义化合物的以某方式在化学上不同于同一反义化合物的另一区域的区域。举例来说，具有2'-O-甲氧基乙基核苷的区域在化学上不同于具有不含2'-O-甲氧基乙基修饰的核苷的区域。
“嵌合反义化合物”意指具有至少两个化学上不同的区域的反义化合物，各位置具有多个亚基。
“共施用”意指向个体施用两种或更多种药剂。两种或更多种药剂可呈单一药物组合物形式，或可呈单独的药物组合物形式。两种或更多种药剂各自可通过相同或不同施用途径进行施用。共施用涵盖平行或依序施用。
“互补性”意指第一核酸和第二核酸的核碱基之间配对的能力。
“包含(Comprise/comprises/comprising)”应理解为暗示包括所陈述的步骤或元件或者步骤或元件的群组但不排除任何其他步骤或元件或者步骤或元件的群组。
“连续核碱基”意指彼此直接相邻的核碱基。
“设计(Designing/designed to)”是指设计与所选核酸分子特异性杂交的寡聚化合物的过程。
“稀释剂”意指组合物中缺少药理学活性但是药学上必需或所需的成分。举例来说，在注射的药物中，稀释剂可以是液体，例如盐水溶液。
“剂量”意指在单次施用中或在指定时间段内提供的药剂的指定量。在某些实施方案中，剂量可以是以一个、两个或更多个药丸、片剂或一次、两次或更多次注射的形式施用。举例来说，在需要皮下施用的某些实施方案中，所需剂量需要单次注射不容易容纳的体积，因此，可使用两次或更多次注射来实现所需剂量。在某些实施方案中，药剂通过历时延长的时间段或连续地输注来进行施用。剂量可陈述为每小时、每天、每周或每月的药剂量。
在调节活性或治疗或预防病状的情形下，“有效量”意指以单次剂量形式或作为一个系列的一部分向需要此类调节、治疗或预防的受试者施用的药剂的有效调节所述作用或者治疗或预防或改善所述病状的所述量。有效量可在个体间有所不同，这取决于所要治疗的个体的健康和身体状况、所要治疗的个体的分类群组、组合物的配方、对个体的医学病状的评估以及其他相关因素。
“功效”意指产生所要效果的能力。
“表达”包括使基因的编码信息转化至所存在的结构中并且在细胞中起作用的所有功能。此类结构包括但不限于转录和翻译的产物。
“聚集点”意指包含C9ORF72转录物的细胞核聚集点。在某些实施方案中，聚集点包含至少一个C9ORF72转录物。在某些实施方案中，C9ORF72聚集点包含含有以下六核苷酸重复中的任一种的转录物：GGGGCC、GGGGGG、GGGGGC以及/或者GGGGCG。
“完全互补”或“100％互补”意指第一核酸的各核碱基在第二核酸中均具有互补核碱基。在某些实施方案中，第一核酸是反义化合物并且靶核酸是第二核酸。
“间隔体(gapmer)”意指具有多个支持核RNA酶H裂解的核苷的内部区域定位于具有一个或多个核苷的外部区域之间的嵌合反义化合物，其中组成所述内部区域的核苷在化学上不同于组成所述外部区域的核苷。内部区域可称为“间隔”，而外部区域可称为“翼”。
“间隔变窄的”意指具有在具有1至6个核苷的5'与3'翼片段之间和与其直接相邻定位的9个或更少个连续2'-脱氧核糖核苷的间隔片段的嵌合反义化合物。
“间隔加宽的”意指具有在具有1至6个核苷的5'与3'翼片段之间和与其紧邻定位的12个或更多个连续2'-脱氧核糖核苷的间隔片段的嵌合反义化合物。
“六核苷酸重复扩增”意指重复至少两次的一系列六个碱基(例如GGGGCC、GGGGGG、GGGGCG或GGGGGC)。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增可位于C9ORF72核酸的内含子1内。在某些实施方案中，病原六核苷酸重复扩增包括C9ORF72核酸中的GGGGCC、GGGGGG、GGGGCG或GGGGGC的至少24个重复并且与疾病相关。在某些实施方案中，重复是连续的。在某些实施方案中，重复被1个或多个核碱基打断。在某些实施方案中，野生型六核苷酸重复扩增包括C9ORF72核酸中的GGGGCC、GGGGGG、GGGGCG或GGGGGC的23个或更少个重复。在某些实施方案中，重复是连续的。在某些实施方案中，重复被1个或多个核碱基打断。
“杂交”意指互补核酸分子的退火。在某些实施方案中，互补核酸分子包括但不限于反义化合物和靶核酸。在某些实施方案中，互补核酸分子包括但不限于反义寡核苷酸和核酸靶标。
“鉴别具有C9ORF72相关疾病的动物”意指鉴别已被诊断患有C9ORF72相关疾病或倾向于发展C9ORF72相关疾病的动物。倾向于发展C9ORF72相关疾病的个体包括具有一种或多种发展C9ORF72相关疾病的危险因素，包括具有一种或多种C9ORF72相关疾病的个人或家族史或遗传易感性的那些。此类鉴别可通过任何方法来实现，包括评估个体的病史和标准临床试验或评估，诸如基因测试。
“直接相邻”意指在直接相邻的元件之间不存在间插元件。
“个体”意指被选择用于治疗或疗法中的人或非人动物。
“抑制C9ORF72”意指降低C9ORF72 mRNA和/或蛋白质的水平或表达。在某些实施方案中，与在不存在C9ORF72反义化合物(诸如反义寡核苷酸)的情况下的C9ORF72 mRNA的表达和/或蛋白质水平相比，在靶向C9ORF72的反义化合物(包括靶向C9ORF72的反义寡核苷酸)存在下C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平受抑制。
“抑制表达或活性”是指降低或阻断表达或活性并且未必指示表达或活性完全消除。
“核苷间键”是指核苷之间的化学键。
“连接的核苷”意指通过核苷间键连接在一起的相邻核苷。
“锁核酸”或“LNA”或“LNA核苷”意指具有连接在核苷糖单位的4'与2'位置之间的两个碳原子的桥，由此形成双环糖的核酸单体。此类双环糖的实例包括但不限于如以下所示的A)α-L-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')LNA，(B)β-D-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')LNA，(C)亚乙基氧基(4'-(CH2)2-O-2')LNA，(D)氨基氧基(4'-CH2-O-N(R)-2')LNA以及(E)氧基氨基(4'-CH2-N(R)-O-2')LNA。
Figure BDA0000956641540000121
如本文所用，LNA化合物包括但不限于在糖的4'与2'位置之间具有至少一个桥的化合物，其中各桥独立地包含1或2至4个独立地选自以下的连接基团：-[C(R1)(R2)]n-、-C(R1)＝C(R2)-、-C(R1)＝N-、-C(＝NR1)-、-C(＝O)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(R1)2-、-S(＝O)x-以及-N(R1)-；其中x是0、1或2；n是1、2、3或4；各R1和R2独立地是H、保护基、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基团、取代的杂环基团、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环族基团、取代的C5-C7脂环族基团、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(＝O)2-J1)或增效砜(sulfoxyl)(S(＝O)-J1)；并且各J1和J2独立地是H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、杂环基团、取代的杂环基团、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
涵盖于LNA的定义内的4'-2'桥联基团的实例包括但不限于以下式中的一种：-[C(R1)(R2)]n-、-[C(R1)(R2)]n-O-、-C(R1R2)-N(R1)-O-或-C(R1R2)-O-N(R1)-。此外，LNA的定义涵盖的其他桥联基团是4'-CH2-2',4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'、4'-(CH2)2-O-2'、4'-CH2-O-N(R1)-2'以及4'-CH2-N(R1)-O-2'-桥，其中各R1和R2独立地是H、保护基或C1-C12烷基。
也包括在根据本发明的LNA的定义内的是核糖基糖环的2'-羟基连接至糖环的4'碳原子，由此形成亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')桥以形成双环糖部分的LNA。桥还可以是连接2'氧原子与4'碳原子的亚甲基(-CH2-)基团，对此使用术语亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')LNA。此外；在双环糖部分在此位置具有乙烯桥联基团的情况下，使用术语亚乙基氧基(4'-CH2CH2-O-2')LNA。α-L-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')(亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')LNA的异构体)也涵盖于如本文所用的LNA的定义内。
“错配”或“非互补核碱基”是指当第一核酸的核碱基不能与第二或靶核酸的对应核碱基配对时的情况。
“经修饰的核苷间键”是指由天然存在的核苷间键(即磷酸二酯核苷间键)进行的取代或任何变化。
“经修饰的核碱基”意指除腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶外的任何核碱基。“未修饰的核碱基”意指嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)，以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)以及尿嘧啶(U)。
“经修饰的核苷”意指独立地具有经修的饰糖部分和/或经修饰的核碱基的核苷。
“经修饰的核苷酸”意指独立地具有经修饰的糖部分、经修饰的核苷间键以及/或者经修饰的核碱基的核苷酸。
“经修饰的寡核苷酸”意指包含至少一个经修饰的核苷间键、经修饰的糖以及/或者经修饰的核碱基的寡核苷酸。
“经修饰的糖”意指由天然糖部分进行的取代和/或任何变化。
“单体”意指寡聚物的单个单元。单体包括但不限于核苷和核苷酸，无论是天然存在还是经修饰的。
“基序”意指反义化合物中未修饰的和修饰的核苷的模式。
“天然糖部分”意指存在于DNA(2'-H)或RNA(2'-OH)中的糖部分。
“天然存在的核苷间键”意指3'至5'磷酸二酯键。
“非互补核碱基”是指彼此不形成氢键或以其他方式支持杂交的核碱基对。
“核酸”是指由单体核苷酸组成的分子。核酸包括但不限于核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、单链核酸、双链核酸、小干扰核糖核酸(siRNA)以及微RNA(miRNA)。
“核碱基”意指能够与另一核酸的碱基配对的杂环部分。
“核碱基互补性”是指核碱基能够与另一核碱基碱基配对。举例来说，在DNA中，腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)互补。举例来说，在RNA中，腺嘌呤(A)与尿嘧啶(U)互补。在某些实施方案中，互补核碱基是指反义化合物中能够与其靶核酸的核碱基碱基配对的核碱基。举例来说，如果反义化合物的某一位置的核碱基能够与靶核酸的某一位置的核碱基通过氢键结合，那么认为在寡核苷酸与靶核酸之间氢键结合的位置在所述核碱基对处是互补的。
“核碱基序列”意指与任何糖、键以及/或者核碱基修饰无关的连续核碱基的顺序。
“核苷”意指连接至糖的核碱基。
“核苷模拟物”包括那些用于置换在寡聚化合物的一个或多个位置处的糖或糖和碱基以及未必存在的连接的结构，诸如具有吗啉基、环己烯基、环己基、四氢吡喃基、二环或三环糖模拟物(例如非呋喃糖糖单位)的核苷模拟物。核苷酸模拟物包括那些用于置换寡聚化合物的一个或多个位置处的核苷和连接的结构，诸如肽核酸或吗啉基寡聚核苷酸(morpholino)(通过-N(H)-C(＝O)-O-或其他非磷酸二酯键连接的吗啉基寡聚核苷酸)。糖替代物与略微更广泛的术语核苷模拟物重叠，但旨在指示仅置换糖单元(呋喃糖环)。本文提供的四氢吡喃基环说明了糖替代物的实例，其中呋喃糖糖基团已用四氢吡喃基环***置换。“模拟物”是指取代糖、核碱基以及/或者核苷间连接的基团。一般来说，模拟物用于替代糖或糖-核苷间键组合，并且核碱基保持与所选靶标杂交。
“核苷酸”意指具有共价连接至核苷的糖部分的磷酸基的核苷。
“脱靶效应”是指与不是预定靶核酸的基因的RNA或蛋白质表达调节相关的不需要或有害的生物效应。
“寡聚化合物”或“寡聚物”意指键单体亚单位的聚合物，其能够与核酸分子的至少一个区域杂交。
“寡核苷酸”意指键核苷的聚合物，所述键核苷各自可彼此独立地经修饰或未经修饰。
“肠胃外施用”意指通过注射(例如快速注射)或输注施用。肠胃外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌肉内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如鞘内或脑室内施用。
“肽”意指通过酰胺键连接至少两个氨基酸而形成的分子。在不限制的情况下，如本文所用，肽是指多肽和蛋白质。
“药剂”意指当向个体施用时提供治疗益处的物质。举例来说，在某些实施方案中，靶向C9ORF72的反义寡核苷酸是药剂。
“药物组合物”意指适合用于向受试者施用的物质的混合物。举例来说，药物组合物可包含反义寡核苷酸和无菌水溶液。
“药学上可接受的衍生物”涵盖本文所描述的化合物的药学上可接受的盐、缀合物、前药或异构体。
“药学上可接受的盐”意指反义化合物的生理学和药学上可接受的盐，即保留母体寡核苷酸的所需生物活性并且不赋予其不需要的毒理学作用的盐。
“硫代磷酸酯键”意指核苷之间的键，其中通过用硫原子置换非桥氧原子中的一者而修饰磷酸二酯键。硫代磷酸酯键是经修饰核苷间键。
“部分”意指核酸的确定数目的连续的(即，连接的)核碱基。在某些实施方案中，部分是靶核酸的确定数目的连续的核碱基。在某些实施方案中，部分是反义化合物的确定数目的连续的核碱基。
“预防(Prevent/preventing)”是指延迟或阻碍疾病、病症或病状的发作或发展达数分钟至数天、数周至数月或不确定地一段时间。
“前药”意指被制备成在身体或其细胞内通过内源性酶或其他化学品或条件的作用转化为活性形式的非活性形式的治疗剂。
“预防有效量”是指药剂为动物提供预防性(prophylactic或preventative)益处的量。
“区域”定义为靶核酸中具有至少一个可识别结构、功能或特征的部分。
“核糖核苷酸”意指在核苷酸的糖部分的2'位置处具有羟基的核苷酸。核糖核苷酸可用多种取代基中的任一种加以修饰。
“盐”意指反义化合物的生理学和药学上可接受的盐，即保留母体寡核苷酸的所需生物活性并且不赋予其不需要的毒理学作用的盐。
“片段”定义为靶核酸内的区域的更小部分或亚部分。
本文教示的“缩短”或“截短”型式的反义寡核苷酸具有一个、两个或更多个缺失的核苷。
“副作用”意指可归因于治疗的不是所要效果的生理反应。在某些实施方案中，副作用包括但不限于注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝脏毒性、肾脏毒性、中枢神经***异常以及肌肉病变。
“单链寡核苷酸”意指不与互补链杂交的寡核苷酸。
如本文所用，“位点”定义为靶核酸内独特的核碱基位置。
“减缓进展”意指减慢疾病的发展。
“可特异性杂交”是指反义化合物在反义寡核苷酸与靶核酸之间具有充足程度的互补性以诱导所要效果，同时在需要特异性结合的条件下，即在体内分析和治疗性治疗情况下的生理条件下，对非靶核酸展现最小效果或不展现效果。
“严格的杂交条件”或“严格的条件”是指使得寡聚化合物将与其靶序列杂交，但与最小数目的其他序列杂交的条件。
“受试者”意指被选择用于治疗或疗法中的人或非人动物。
“靶标”是指需要调节的蛋白质。
“靶基因”是指编码靶标的基因。
“靶向(Targeting/targeted)”意指设计和选择将与靶核酸特异性杂交并且诱导所要效果的反义化合物的过程。
“靶核酸”、“靶RNA”以及“靶RNA转录物”和“核酸靶标”全部意指能够由反义化合物靶向的核酸。
“靶区域”意指一种或多种反义化合物所靶向的靶核酸的部分。
“靶片段”意指靶核酸中反义化合物所靶向的核苷酸的序列。“5’靶位点”是指靶片段的最5’的核苷酸。“3’靶位点”是指靶片段的最3’的核苷酸。
“治疗有效量”意指药剂为个体提供治疗益处的量。
“治疗(Treat/treating/treatment)”意指施用组合物以实现疾病或病状的改变或改善。
“未修饰的核碱基”意指嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)，以及嘧啶碱基(T)、胞嘧啶(C)以及尿嘧啶(U)。
“未修饰的核苷酸”意指由天然存在的核碱基、糖部分以及核苷间键组成的核苷酸。在某些实施方案中，未修饰的核苷酸是RNA核苷酸(即β-D-核糖核苷)或DNA核苷酸(即β-D-脱氧核糖核苷)。
“翼片段”意指多个核苷经修饰以赋予诸如增强的抑制活性、增加的对靶核酸结合亲和力或体内核酸酶降解抗性等寡核苷酸性质。
某些实施方案
某些实施方案提供用于降低总C9ORF72 mRNA和蛋白质表达的组合物和方法。
某些实施方案提供用于减少C9ORF72病原相关mRNA变体的组合物和方法。
某些实施方案提供用于治疗、预防或改善有需要的个体的与C9ORF72相关的疾病、病症以及病状的方法。还涵盖用于制备用于治疗、预防或改善与C9ORF72相关的疾病、病症或病状的药剂的方法。C9ORF72相关的疾病、病症以及病状包括神经退行性疾病。在某些实施方案中，神经退行性疾病可以是ALS或FTD。在某些实施方案中，神经退行性疾病可以是家族性或散发性的。
某些实施方案提供用于治疗、预防或改善C9ORF72六核苷酸重复扩增相关疾病的组合物和的方法。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增可包含GGGGCC、GGGGGG、GGGGGC或GGGGCG。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且具有包含SEQ ID NO：20-401和SEQ ID NO：441-1545的任一核碱基序列的至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1107-1520的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修的饰寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1111-1200的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1211-1318的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1326-1540的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1331-1375的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1368-1391的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1398-1424的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1411-1440的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1429-1481的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1502-1539的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基1508-1539的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基7860-7906的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基7907-9744的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基7989-8038的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基8020-8135的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基8136-8161的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基8174-8211的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
本文提供包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12至30个连接的核苷组成并且包含与SEQ ID NO:2的核碱基8213-8325的等长部分互补的包含至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19或至少20个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ IDNO:1至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％互补。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸是单链经修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键是经修饰的核苷间键。
在某些实施方案中，至少一个经修饰的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
在某些实施方案中，各经修饰的核苷间键均是硫代磷酸酯核苷间键。
在某些实施方案中，至少一个核苷间键是磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，至少一个核苷间键是硫代磷酸酯键，并且至少一个核苷间键是磷酸二酯键。
在某些实施方案中，至少一个核苷包含经修饰的核碱基。
在某些实施方案中，经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含经修饰的糖。
在某些实施方案中，至少一个经修饰的糖是双环糖。
在某些实施方案中，双环糖在糖4’-CH2-N(R)-O-2’桥的2’与4’位置之间包含化学键，其中R独立地是H、C1-C12烷基或保护基。
在某些实施方案中，双环糖包含4'-CH2-N(R)-O-2'桥，其中R独立地是H、C1-C12烷基或保护基。
在某些实施方案中，至少一个经修饰的糖包含2'-O-甲氧基乙基基团。
在某些实施方案中，经修饰的糖包含2'-O(CH2)2-OCH3基团。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含：
间隔片段，其由10个连接的脱氧核苷组成；
5’翼片段，其由5个连接的核苷组成；以及
3'翼片段，其由5个连接的核苷组成；
其中间隔片段位于5’翼片段与3’翼片段之间，并且其中各翼片段的各核苷包含经修饰的糖。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含：
间隔片段，其由8个连接的脱氧核苷组成；
5’翼片段，其由5个连接的核苷组成；以及
3'翼片段，其由5个连接的核苷组成；
其中间隔片段位于5’翼片段与3’翼片段之间，并且其中各翼片段的各核苷包含经修饰的糖。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含呈以下模式中的任一种的糖修饰：eeekkdddddddkkeee、eekkddddddddkkeee、ekddddddddekekeee、kekeddddddddekeke以及ekekddddddddkekee；其中，
e＝2'-O-甲氧基乙基修饰的核苷
d＝2'-脱氧核苷，并且
k＝cEt核苷。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含呈以下模式中的任一种的核苷间键：soooossssssssssooss、sooosssssssssooss、soosssssssssooss以及sosssssssssoooss；其中，
s＝硫代磷酸酯键，并且
o＝磷酸二酯键。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由19个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由17个连接的核苷组成。
本文提供包含如任何前述权利要求所述的化合物或其盐和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的组合物。
本文提供包括向动物施用如任何前述权利要求所述的化合物或组合物的方法。
在某些实施方案中，动物是人。
在某些实施方案中，施用所述化合物预防、治疗、改善或减缓C9ORF72相关疾病、病症或病状的进展。
在某些实施方案中，施用所述化合物预防、治疗、改善或减缓C9ORF72六核苷酸重复扩增相关疾病、病症或病状的进展。
在某些实施方案中，疾病、病症或病状是肌萎缩性侧索硬化(ALS)、额颞痴呆(FTD)、皮质基底变性综合征(CBD)、非典型帕金森综合征以及橄榄桥脑小脑变性(OPCD)。
在某些实施方案中，所述施用减少细胞核聚集点。
在某些实施方案中，所述施用降低C9ORF72相关RAN翻译产物的表达。
在某些实施方案中，C9ORF72相关RAN翻译产物是聚(甘氨酸-脯氨酸)、聚(甘氨酸-丙氨酸)以及聚(甘氨酸-精氨酸)中的任一种。
本文提供如任何前述权利要求所述的化合物或组合物用于制造用于治疗神经退行性病症的药剂的用途。
本文提供选择性抑制C9ORF72病原相关mRNA变体的方法，其通过施用靶向C9ORF72前体mRNA中从外显子1A的起始位点开始至外显子1B的起始位点的区域的反义化合物来进行。
反义化合物
寡聚化合物包括但不限于寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸类似物、寡核苷酸模拟物、反义化合物、反义寡核苷酸以及siRNA。寡聚化合物可以是对靶核酸“反义”的，意指其能够与靶核酸通过氢键结合进行杂交。
在某些实施方案中，反义化合物具有在沿5'至3'方向书写时包含其所靶向的靶核酸的靶片段的反向互补序列的核碱基序列。在某些此类实施方案中，反义寡核苷酸具有在沿5'至3'方向书写时包含其所靶向的靶核酸的靶片段的反向互补序列的核碱基序列。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物的长度是12至30个亚单位。换言之，此类反义化合物是12至30个连接的亚单位。在某些实施方案中，反义化合物是8至80、12至50、15至30、18至24、19至22或20个连接的亚单位。在某些实施方案中，反义化合物的长度是8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79或80个，或由以上值中的任何两个界定的范围的连接的亚单位。在一些实施方案中，反义化合物是反义寡核苷酸，并且连接的亚单位是核苷。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义寡核苷酸可以是缩短或截短的。举例来说，单个亚单位可由5'末端(5'截短)，或者由3'末端(3'截短)缺失。缩短或截短的靶向C9ORF72核酸的反义化合物可具有两个由反义化合物的5'末端缺失的亚单位，或者可具有两个由3'末端缺失的亚单位。或者，缺失的核苷可分散在整个反义化合物中，例如在具有一个由5'末端缺失的核苷和由3'末端缺失的核苷的反义化合物中。
当单个其他亚单位存在于延长的反义化合物中时，所述其他亚单位可位于反义化合物的5'或3'末端。当存在两个或更多个其他亚单位时，添加的亚单位可彼此相邻，例如在具有添加至反义化合物的5'末端(5'添加)或者3'末端(3'添加)的两个亚单位的反义化合物中。或者，添加的亚单位可分散于整个反义化合物中，例如在具有一个添加至5'末端的亚单位和一个添加至3'末端的亚单位的反义化合物中。
有可能增加或减小反义化合物(诸如反义寡核苷酸)的长度，并且/或者引入错配碱基而不会消除活性。举例来说，在Woolf等(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992)中，测试了一系列长度是13-25个核碱基的反义寡核苷酸在***注入模型中诱导靶RNA裂解的能力。长度是25个核碱基并且在反义寡核苷酸的末端附近具有8或11个错配碱基的反义寡核苷酸能够引导靶mRNA的特异性裂解，不过程度低于不含错配的反义寡核苷酸。类似地，靶特异性裂解是使用13核碱基反义寡核苷酸来实现，包括具有1或3个错配的那些。
Gautschi等(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471,2001年3月)证实了与bcl-2 mRNA具有100％互补性并且与bcl-xL mRNA具有3个错配的寡核苷酸降低体外和体内bcl-2和bcl-xL表达的能力。此外，此寡核苷酸在体内展现有效抗肿瘤活性。
Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)测试了一系列串联的14核碱基反义寡核苷酸，以及包含两个或三个串联反义寡核苷酸的序列的28和42个核碱基的反义寡核苷酸分别阻止在兔网织红细胞分析中人DHFR的翻译的能力。三个14个核碱基的反义寡核苷酸各自单独地能够抑制翻译，不过与28或42个核碱基的反义寡核苷酸相比处于更适中的水平。
反义化合物基序
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物具有以多种模式或基序排列的经化学修饰的亚单位，以赋予诸如增强的抑制活性、增加的对靶核酸的结合亲和力或对体内核酸酶降解抗性等反义化合物性质。
嵌合反义化合物通常含有至少一个经修饰的区域，从而赋予增加的对核酸酶降解的抗性、增加的细胞吸收、增加的对靶核酸的结合亲和力以及/或者增加的抑制活性。嵌合反义化合物的第二区域可任选充当细胞核酸内切酶RNA酶H的底物，其裂解RNA:DNA双链体的RNA链。
具有间隔体基序的反义化合物被视为嵌合反义化合物。在间隔体中，具有多个支持RNA酶H裂解的核苷酸的内部区域定位于具有多个化学上不同于内部区域的核苷的核苷酸的外部区域之间。在具有间隔体基序的反义寡核苷酸的情况下，间隔片段通常充当核酸内切酶裂解的底物，而翼片段包含经修饰的核苷。在某些实施方案中，间隔体的区域按组成各不同区域的糖部分的类型来区分。在一些实施方案中，用于区分间隔体的区域的糖部分的类型包括β-D-核糖核苷、β-D-脱氧核糖核苷、2'-修饰的核苷(此类2'-修饰的核苷可包括2'-MOE和2'-O-CH3等)以及双环糖修饰的核苷(此类双环糖修饰的核苷可包括具有4’-(CH2)n-O-2’桥(其中n＝1或n＝2)和4’-CH2-O-CH2-2’的那些)。优选地，各不同区域包含均一的糖部分。翼-间隔-翼基序经常被描述为“X-Y-Z”，其中“X”表示5’翼区域的长度，“Y”表示间隔区域的长度，并且“Z”表示3翼区域的长度。如本文所用，被描述为"X-Y-Z"的间隔体具有使得间隔片段与5’翼片段和3’翼片段各自直接相邻定位的构型。因此，在5’翼片段与间隔片段或间隔片段与3’翼片段之间不存在间插核苷酸。本文所描述的反义化合物中的任一种均可具有间隔体基序。在一些实施方案中，X和Z相同，在其他实施方案中，它们不同。在一个优选实施方案中，Y在8与15个核苷酸之间。X、Y或Z可以是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30或更多个核苷酸中的任一者。因此，本文所描述的间隔体包括但不限于例如5-10-5、5-10-4、4-10-4、4-10-3、3-10-3、2-10-2、5-9-5、5-9-4、4-9-5、5-8-5、5-8-4、4-8-5、5-7-5、4-7-5、5-7-4或4-7-4。
在某些实施方案中，反义化合物具有“翼体(wingmer)”基序，其具有翼-间隔或间隔-翼形态，即如上文关于间隔体构型所描述的X-Y或Y-Z构型。因此，本文所描述的翼体构型包括但不限于例如5-10、8-4、4-12、12-4、3-14、16-2、18-1、10-3、2-10、1-10、8-2、2-13、5-13、5-8或6-8。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物具有5-10-5间隔体基序。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物具有5-8-5间隔体基序。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物具有呈以下模式中的任一种的糖修饰：eeekkdddddddkkeee、eekkddddddddkkeee、ekddddddddekekeee、kekeddddddddekeke以及ekekddddddddkekee；其中，
e＝2'-O-甲氧基乙基修饰的核苷
d＝2'-脱氧核苷，并且
k＝cEt核苷。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物具有间隔变窄的基序。在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的间隔变窄的反义寡核苷酸具有与具有5、4、3、2或1个经化学修饰的核苷的翼片段直接相邻和在其之间定位的具有9、8、7或6个2'-脱氧核苷酸的间隔片段。在某些实施方案中，化学修饰包含双环糖。在某些实施方案中，双环糖包含选自以下的4'至2'桥：4'-(CH2)n-O-2'桥，其中N是1或2；以及4'-CH2-O-CH2-2'。在某些实施方案中，双环糖包含4'-CH(CH3)-O-2'桥。在某些实施方案中，化学修饰包含非双环2'-修饰的糖部分。在某些实施方案中，非双环2'-修饰的糖部分包含2'-O-甲基乙基基团或2'-O-甲基基团。
靶核酸、靶区域以及核苷酸序列
编码C9ORF72的核苷酸序列包括但不限于以下各项：GENBANK登录号NM_001256054.1的互补序列(作为SEQ ID NO:1并入本文中)、从核碱基27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18(作为SEQ ID NO:2并入本文中)、GENBANK登录号BQ068108.1(作为SEQ ID NO:3并入本文中)、GENBANK登录号NM_018325.3(作为SEQ ID NO:4并入本文中)、GENBANK登录号DN993522.1(作为SEQ ID NO:5并入本文中)、GENBANK登录号NM_145005.5(作为SEQ ID NO:6并入本文中)、GENBANK登录号DB079375.1(作为SEQ ID NO:7并入本文中)、GENBANK登录号BU194591.1(作为SEQ ID NO:8并入本文中)、序列标识符4141_014_A(作为SEQ ID NO:9并入本文中)和序列标识符4008_73_A(作为SEQ ID NO:10并入本文中)以及从核苷8522000至8552000截短的GENBANK登录号NW_001101662.1(作为SEQID NO:19并入本文中)。
应了解，本文所含实例中的各SEQ ID NO中所示的序列与对糖部分、核苷间键或核碱基的任何修饰无关。因此，由SEQ ID NO定义的反义化合物可独立地包含一种或多种对糖部分、核苷间键或核碱基的修饰。通过Isis编号(Isis No)描述的反义化合物指示核碱基序列与基序的组合。
在某些实施方案中，靶区域是靶核酸中的结构上确定的区域。举例来说，靶区域可涵盖3'UTR、5’UTR、外显子、内含子、外显子/内含子连接点、编码区域、翻译起始区域、翻译终止区域或其他确定的核酸区域。C9ORF72的结构上确定的区域可通过登录号从诸如NCBI等序列数据库获得并且此类信息以引用的方式并入本文中。在某些实施方案中，靶区域可涵盖从靶区域内的一个靶片段的5'靶位点至同一靶区域内的另一靶片段的3'靶位点的序列。
靶向包括确定至少一个与反义化合物杂交从而产生所要效果的靶片段。在某些实施方案中，所要效果是mRNA靶核酸水平降低。在某些实施方案中，所要效果是由靶核酸编码的蛋白质的水平降低或与靶核酸相关的表型变化。
靶区域可含有一个或多个靶片段。靶区域内的多个靶片段可重叠。或者，它们可不重叠。在某些实施方案中，靶区域内的靶片段由不超过约300个核苷酸隔开。在某些实施方案中，靶区域内的靶片段由一定数目的核苷酸隔开，其为靶核酸上的约、不超过、不超过约250、200、150、100、90、80、70、60、50、40、30、20或10个核苷酸，或者是前述值中的任何两个所界定的范围。在某些实施方案中，靶区域内的靶片段由靶核酸上的不超过或不超过约5个核苷酸隔开。在某些实施方案中，靶片段是连续的。涵盖由起始核酸为本文所列举的5’靶位点或3’靶位点中的任一者的范围界定的靶区域。
适合的靶片段可存在于5’UTR、编码区域、3'UTR、内含子、外显子或外显子/内含子连接点内。含有起始密码子或终止密码子的靶片段也是适合的靶片段。适合的靶片段可具体地说排除某一在结构上确定的区域，诸如起始密码子或终止密码子。
确定适合的靶片段可包括比较靶核酸序列与在整个基因组中的其他序列。举例来说，可使用BLAST算法来确定在不同核酸之间具有相似性的区域。此比较可防止选择可以非特异性方式与不是所选靶核酸的序列(即非靶或脱靶序列)杂交的反义化合物序列
在靶区域内反义化合物的活性(例如如靶核酸水平降低百分比所定义)可存在变化。在某些实施方案中，C9ORF72 mRNA水平降低指示C9ORF72表达的抑制。C9ORF72蛋白水平降低也指示靶mRNA表达的抑制。在扩增C9ORF72 RNA聚集点存在下的降低指示C9ORF72表达的抑制。另外，表型变化指示C9ORF72表达的抑制。举例来说，改善的运动功能和呼吸可指示C9ORF72表达的抑制。
杂交
在一些实施方案中，杂交在本文所公开的反义化合物与C9ORF72核酸之间发生。最常见的杂交机制涉及核酸分子的互补核碱基之间的氢键结合(例如沃森-克里克、霍氏或反霍氏氢键结合)。
杂交可在不同条件下发生。严格的条件是序列依赖性的并且由所要杂交的核酸分子的性质和组成决定。
确定序列是否可与靶核酸特异性杂交的方法是本领域中熟知的。在某些实施方案中，本文提供的反义化合物可与C9ORF72核酸特异性杂交。
互补性
当反义化合物中足够数目的核碱基可与靶核酸中的对应核碱基通过氢键结合，以使得将产生所要效果(例如诸如C9ORF72核酸等靶核酸的反义抑制)时，反义化合物与靶核酸彼此互补。
反义化合物与C9ORF72核酸之间可容许非互补核碱基，前提条件为反义化合物仍然能够与靶核酸特异性杂交。此外，反义化合物可在C9ORF72核酸的一个或多个片段上杂交，使得间插或相邻片段不参与杂交事件(例如环结构、错配或发夹结构)。
在某些实施方案中，本文所提供的反义化合物或其指定部分与C9ORF72核酸、其靶区域、靶片段或指定部分是或至少是70％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％互补。反义化合物与靶核酸的互补性百分比可使用常规方法确定。
举例来说，反义化合物的20个核碱基中18个与靶区域互补并且因此将特异性杂交的反义化合物将显示90％互补性。在此实例中，其余非互补核碱基可与互补核碱基群集或分散开并且不需要彼此或与互补核碱基邻接。因此，长度是18个核碱基并且具有侧接与靶核酸完全互补的两个区域的4(四)个非互补核碱基的反义化合物将与靶核酸具有77.8％总互补性并且因此将属于本发明范围内。反义化合物与靶核酸的区域的互补性百分比可常规地使用本领域中已知的BLAST程序(基本局部比对检索工具)和PowerBLAST程序来确定(Altschul等,J.Mol.Biol.,1990,215,403 410；Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649656)。同源性百分比、序列同一性百分比或互补性可通过例如Gap程序(Wisconsin序列分析包，Unix的版本8,Genetics Computer Group,University Research Park,Madison Wis.)使用默认设置来确定，其使用Smith和Waterman的算法(Adv.Appl.Math.,1981,2,482489)。
在某些实施方案中，本文所提供的反义化合物或其指定部分与靶核酸或其指定部分完全互补(即100％互补)。举例来说，反义化合物可与C9ORF72核酸或其靶区域或靶片段或靶序列完全互补。如本文所用，“完全互补”意指反义化合物的各核碱基能够与靶核酸的对应核碱基精确碱基配对。举例来说，20个核碱基的反义化合物与400个核碱基长的靶序列完全互补，只要存在靶核酸的与反义化合物完全互补的对应20个核碱基的部分即可。完全互补还可以用于指第一和/或第二核酸的指定部分。举例来说，30个核碱基的反义化合物的20个核碱基的部分可与400个核碱基长的靶序列“完全互补”。如果靶序列具有各核碱基与反义化合物的20个核碱基的部分互补的对应的20个核碱基的部分，那么30个核碱基的寡核苷酸的20个核碱基的部分与靶序列完全互补。同时，整个30个核碱基的反义化合物可能或可能不与靶序列完全互补，这取决于反义化合物的其余10个核碱基是否也与靶序列互补。
非互补核碱基的位置可以在反义化合物的5’末端或3’末端。或者，非互补核碱基可位于反义化合物的内部位置。当存在两个或更多个非互补核碱基时，它们可以是连续(即，连接)或非连续的。在一个实施方案中，非互补核碱基位于间隔体反义寡核苷酸的翼片段中。
在某些实施方案中，长度是或至多是12、13、14、15、16、17、18、19或20个核碱基的反义化合物相对于诸如C9ORF72核酸等靶核酸或其指定部分包含不超过4、不超过3、不超过2或不超过1个非互补核碱基。
在某些实施方案中，长度是或至多是12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核碱基的反义化合物相对于诸如C9ORF72核酸等靶核酸或其指定部分包含不超过6、不超过5、不超过4、不超过3、不超过2或不超过1个非互补核碱基。
本文所提供的反义化合物还包括与靶核酸的一部分互补的那些。如本文所用，“部分”是指靶核酸的区域或片段内的确定数目的连续(即，连接)核碱基。“部分”还可以指反义化合物的确定数目的连续核碱基。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少8个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少9个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少10个核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少11个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少12个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少13个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少14个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶片段的至少15个核碱基的部分互补。还涵盖的与靶片段的至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个，或这些值中的任何两个所界定的范围的核碱基的部分互补的反义化合物。
同一性
本文所提供的反义化合物还可与特定核苷酸序列、SEQ ID NO或由特定Isis编号表示的化合物或其部分具有确定的同一性百分比。如本文所用，如果反义化合物具有相同核碱基配对能力，那么其与本文所公开的序列同一。举例来说，含有替代公开的DNA序列中的胸腺嘧啶的尿嘧啶的RNA将被认为与所述DNA序列同一，因为尿嘧啶与胸腺嘧啶均与腺嘌呤配对。也涵盖缩短和延长型式的本文所描述的反义化合物以及相对于本文所提供的反义化合物具有非同一碱基的化合物。非同一碱基可彼此相邻或分散于整个反义化合物中。反义化合物的同一性百分比是根据相对于与其比较的序列具有相同碱基配对的碱基数目来计算。
在某些实施方案中，反义化合物或其部分与本文所公开的反义化合物或SEQ IDNO或其部分中的一者或多者具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性。
在某些实施方案中，将反义化合物的一部分与靶核酸的等长部分相比较。在某些实施方案中，将8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核碱基的部分与靶核酸的等长部分相比较。
在某些实施方案中，将反义寡核苷酸的一部分与靶核酸的等长部分相比较。在某些实施方案中，将8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核碱基的部分与靶核酸的等长部分相比较。
修饰
核苷是碱基-糖组合。核苷的核碱基(也称为碱基)部分通常是杂环碱基部分。核苷酸是进一步包括共价连接至核苷的糖部分的磷酸基的核苷。对于那些包括呋喃戊糖基糖的核苷，磷酸基可连接至糖的2'、3'或5'羟基部分。寡核苷酸通过使相邻核苷彼此共价键以形成线性聚合寡核苷酸而形成。在寡核苷酸结构内，磷酸基通常被称为是形成寡核苷酸的核苷间键。
对反义化合物的修饰涵盖对核苷间键、糖部分或核碱基的取代或改变。经修饰的反义化合物往往由于诸如增强的细胞吸收、增强的对核酸靶标的亲和力、在核酸酶存在下的增加的稳定性或增加的抑制活性等所需性质而优于天然形式。
经化学修饰的核苷还可以用于增加缩短或截短的反义寡核苷酸对其靶核酸的结合亲和力。因此，在具有此类经化学修饰的核苷的更短反义化合物的情况下往往可获得类似结果。
经修饰的核苷间键
RNA和DNA的天然存在的核苷间键是3'至5'磷酸二酯键。因为诸如增强的细胞吸收、增强的对靶核酸的亲和力以及在核酸酶存在下的增加的稳定性等所需性质，与具有天然存在的核苷间键的反义化合物相比，往往选择具有一个或多个经修饰的(即非天然存在的)核苷间键的反义化合物。
具有经修饰的核苷间键的寡核苷酸包括保留磷原子的核苷间键以及不具有磷原子的核苷间键。代表性的含磷核苷间键包括但不限于磷酸二酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、磷酰胺脂以及硫代磷酸酯。含磷和非含磷键的制备方法是熟知的。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物包含一个或多个经修饰的核苷间键。在某些实施方案中，经修饰的核苷间键分散于整个反义化合物中。在某些实施方案中，经修饰的核苷间键是硫代磷酸酯键。在某些实施方案中，反义化合物的各核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物包含至少一个磷酸二酯键和至少一个硫代磷酸酯键。
在某些实施方案中，靶向C9ORF72核酸的反义化合物具有呈以下模式中的任一种的核苷间键：soooossssssssssooss、sooosssssssssooss、soosssssssssooss以及sosssssssssoooss；其中，
s＝硫代磷酸酯键，以及
o＝磷酸二酯键。
经修饰的糖部分
反义化合物可任选含有一个或多个糖基团已被修饰的核苷。此类糖修饰的核苷可赋予反义化合物增强的核酸酶稳定性、增加的结合亲和力或另外一些有益的生物学性质。在某些实施方案中，核苷包含经化学修饰的呋喃核糖环部分。经化学修饰的呋喃核糖环的实例包括但不限于添加取代基(包括5'和2'取代基)、桥联非成对环原子以形成双环核酸(BNA)、用S、N(R)或C(R1)(R2)(R、R1以及R2各独立地是H、C1-C12烷基或保护基)置换核糖基环氧原子及其组合。经化学修饰的糖的实例包括2'-F-5'-甲基取代的核苷(关于其他公开的5',2'-双取代核苷参见公布于08年8月21日的PCT国际申请WO 2008/101157)或用S置换核糖基环氧原子并且在2'-位置进一步取代(参见公布于2005年6月16日的已公布的美国专利申请US2005-0130923)或者BNA的5'-取代(参见公布于07年11月22日的PCT国际申请WO2007/134181，其中LNA用例如5'-甲基或5'-乙烯基取代)。
具有经修饰的糖部分的核苷的实例包括但不限于包含5'-乙烯基、5'-甲基(R或S)、4'-S、2'-F、2'-OCH3、2'-OCH2CH3、2'-OCH2CH2F以及2'-O(CH2)2OCH3取代基的核苷。2'位置处的取代基还可以选自烯丙基、氨基、叠氮基、硫代、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、OCF3,OCH2F、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、O-CH2-C(＝O)-N(Rm)(Rn)和O-CH2-C(＝O)-N(Rl)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)，其中各Rl、Rm以及Rn独立地是H或取代或未取代的C1-C10烷基。
如本文所用，“双环核苷”是指包含双环糖部分的经修饰的核苷。双环核苷的实例包括但不限于在4'与2'核糖基环原子之间包含桥的核苷。在某些实施方案中，本文所提供的反义化合物包括一个或多个包含4'至2'桥的双环核苷。此类4'至2'桥联的双环核苷的实例包括但不限于以下式中的一者：4'-(CH2)-O-2'(LNA)；4'-(CH2)-S-2'；4'-(CH2)2-O-2'(ENA)；4'-CH(CH3)-O-2'和4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(和其类似物，参见发表于2008年7月15日的美国专利7,399,845)；4'-C(CH3)(CH3)-O-2'(和其类似物，参见公布于2009年1月8日的已公布的国际申请WO/2009/006478)；4'-CH2-N(OCH3)-2'(和其类似物，参见公布于2008年12月11日的已公布的国际申请WO/2008/150729)；4'-CH2-O-N(CH3)-2'(和其类似物，参见公布于2004年9月2日的已公布的美国专利申请US2004-0171570)；4'-CH2-N(R)-O-2'，其中R是H、C1-C12烷基或保护基(参见发表于2008年9月23日的的美国专利7,427,672)；4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(参见Chattopadhyaya等,J.Org.Chem.,2009,74,118-134)；以及4'-CH2-C(＝CH2)-2'(和其类似物，参见公布于2008年12月8日的已公布的国际申请WO 2008/154401)。
与双环核苷有关的其他报导也可见于已公布的文献中(参见例如：Singh等,Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等,Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Wahlestedt等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638；Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(26)8362-8379；Elayadi等,Curr.Opinion Invest.Drugs,2001,2,558-561；Braasch等,Chem.Biol.,2001,8,1-7；以及Orum等,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239-243；美国专利号6,268,490；6,525,191；6,670,461；6,770,748；6,794,499；7,034,133；7,053,207；7,399,845；7,547,684；以及7,696,345；美国专利公布号US2008-0039618；US2009-0012281；美国专利序列号60/989,574；61/026,995；61/026,998；61/056,564；61/086,231；61/097,787；以及61/099,844；已公布的PCT国际申请WO1994/014226；WO 2004/106356；WO 2005/021570；WO 2007/134181；WO2008/150729；WO 2008/154401；以及WO 2009/006478。前述双环核苷各自可被制备成具有一个或多个立体化学糖构型，包括例如α-L-呋喃核糖和β-D-呋喃核糖(参见于1999年3月25日以WO99/14226公布的PCT国际申请PCT/DK98/00393)。
在某些实施方案中，BNA核苷的双环糖部分包括但不限于在呋喃戊糖基糖部分的4'与2'位置之间具有至少一个桥的化合物，其中此类桥独立地包含1或2至4个独立地选自以下的键的基团：-[C(Ra)(Rb)]n-、-C(Ra)＝C(Rb)-、-C(Ra)＝N-、-C(＝O)-、-C(＝NRa)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(＝O)x-以及-N(Ra)-；
其中：
x是0、1或2；
n是1、2、3或4；
各Ra和Rb独立地是H、保护基、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基团、取代的杂环基团、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环族基团、取代的C5-C7脂环族基团、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(＝O)2-J1)或增效砜(S(＝O)-J1)；并且
各J1和J2独立地是H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、杂环基团、取代的杂环基团、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
在某些实施方案中，双环糖部分的桥是-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(RaRb)-N(R)-O-或-C(RaRb)-O-N(R)-。在某些实施方案中，桥是4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'、4'-(CH2)2-O-2'、4'-CH2-O-N(R)-2'以及4'-CH2-N(R)-O-2'-，其中各R独立地是H、保护基或C1-C12烷基。
在某些实施方案中，双环核苷进一步通过异构构型来定义。举例来说，包含4'-2'亚甲基-氧基桥的核苷可呈α-L构型或呈β-D构型。先前，α-L-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')BNA已并入显示反义活性的反义寡核苷酸(Frieden等,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。
在某些实施方案中，双环核苷包括但不限于如以下所示的(A)α-L-亚甲基氧基(4’-CH2-O-2’)BNA，(B)β-D-亚甲基氧基(4’-CH2-O-2’)BNA，(C)亚乙基氧基(4’-(CH2)2-O-2’)BNA，(D)氨基氧基(4’-CH2-O-N(R)-2’)BNA，(E)氧基氨基(4’-CH2-N(R)-O-2’)BNA，以及(F)甲基(亚甲基氧基)(4’-CH(CH3)-O-2’)BNA，(G)亚甲基-硫代(4’-CH2-S-2’)BNA,(H)亚甲基-氨基(4’-CH2-N(R)-2’)BNA,(I)甲基碳环(4’-CH2-CH(CH3)-2’)BNA，以及(J)亚丙基碳环(4’-(CH2)3-2’)BNA。
Figure BDA0000956641540000401
Figure BDA0000956641540000411
其中Bx是碱基部分，并且R独立地是H、保护基或C1-C12烷基。
在某些实施方案中，提供具有式I的双环核苷：
Figure BDA0000956641540000412
其中：
Bx是杂环碱基部分；
-Qa-Qb-Qc-是-CH2-N(Rc)-CH2-、-C(＝O)-N(Rc)-CH2-、-CH2-O-N(Rc)-、-CH2-N(Rc)-O-或-N(Rc)-O-CH2；
Rc是C1-C12烷基或氨基保护基；并且
Ta和Tb各独立地是H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或共价连接至支撑介质。
在某些实施方案中，提供具有式II的双环核苷：
Figure BDA0000956641540000413
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各独立地是H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或共价连接至支撑介质。
Za是C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、取代的C1-C6烷基、取代的C2-C6烯基、取代的C2-C6炔基、酰基、取代的酰基、取代的酰胺、硫醇或取代的硫代。
在一个实施方案中，取代的基团各自独立地是，用独立地选自以下的取代基单取代或多取代：卤素、氧代、羟基、OJc、NJcJd、SJc、N3、OC(＝X)Jc以及NJeC(＝X)NJcJd，其中各Jc、Jd以及Je独立地是H、C1-C6烷基或取代的C1-C6烷基并且X是O或NJc。
在某些实施方案中，提供具有式III的双环核苷：
Figure BDA0000956641540000421
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各独立地是H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或共价连接至支撑介质。
Zb是C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、取代的C1-C6烷基、取代的C2-C6烯基、取代的C2-C6炔基或取代的酰基(C(＝O)-)。
在某些实施方案中，提供具有式IV的双环核苷：
Figure BDA0000956641540000431
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各独立地是H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或共价连接至支撑介质。
Rd是C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基；
各qa、qb、qc以及qd独立地是H、卤素、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基、C1-C6烷氧基、取代的C1-C6烷氧基、酰基、取代的酰基、C1-C6氨基烷基或取代的C1-C6氨基烷基；
在某些实施方案中，提供具有式V的双环核苷：
Figure BDA0000956641540000432
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各独立地是H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或共价连接至支撑介质。
qa、qb、qe以及qf各独立地是氢、卤素、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(＝O)OJj、C(＝O)NJjJk、C(＝O)Jj、O-C(＝O)NJjJk、N(H)C(＝NH)NJjJk、N(H)C(＝O)NJjJk或N(H)C(＝S)NJjJk；
或qe和qf一起是＝C(qg)(qh)；
qg和qh各独立地是H、卤素、C1-C12烷基或取代的C1-C12烷基。
已描述亚甲基氧基(4’-CH2-O-2’)BNA单体腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、5-甲基-胞嘧啶、胸腺嘧啶以及尿嘧啶的合成和制备以及其寡聚化，以及核酸识别性质(Koshkin等,Tetrahedron,1998,54,3607-3630)。BNA和其制备还描述于WO 98/39352和WO 99/14226中。
还已制备亚甲基氧基(4’-CH2-O-2’)BNA和2'-硫代-BNA的类似物(Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222)。还已描述包含寡脱氧核苷酸双链体作为核酸聚合酶的底物的锁核苷类似物的制备(Wengel等,WO 99/14226)。此外，本领域中已描述2'-氨基-BNA(一种新型构象限制高亲和力寡核苷酸类似物)的合成(Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039)。此外，已制备2'-氨基-BNA和2'-甲氨基-BNA并且先前已报导其具有互补RNA和DNA链的双链体的热稳定性。
在某些实施方案中，提供具有式VI的双环核苷：
Figure BDA0000956641540000441
其中：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各独立地是H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或共价连接至支撑介质。
各qi、qj、qk以及ql独立地是H、卤素、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(＝O)OJj、C(＝O)NJjJk、C(＝O)Jj、O-C(＝O)NJjJk、N(H)C(＝NH)NJjJk、N(H)C(＝O)NJjJk或N(H)C(＝S)NJjJk；并且
qi和qj或ql和qk一起是＝C(qg)(qh)，其中qg和qh各独立地是H、卤素、C1-C12烷基或取代的C1-C12烷基。
已描述一种具有4'-(CH2)3-2'桥和烯基类似物桥4'-CH＝CH-CH2-2'的碳环双环核苷(Freier等,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443和Albaek等,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740)。还已描述碳环双环核苷的合成和制备以及其寡聚化和生物化学研究(Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(26),8362-8379)。
如本文所用，“4'-2’双环核苷”或“4'至2’双环核苷”是指包含含有连接糖环的2’碳原子与4’碳原子的连接呋喃糖环的两个碳原子的桥的呋喃糖环的双环核苷。
如本文所用，“单环核苷”是指包含不是双环糖部分的经修饰糖部分的核苷。在某些实施方案中，核苷的糖部分或糖部分类似物可在任何位置被修饰或取代。
如本文所用，“2'-修饰的糖”意指在2'位置进行修饰的呋喃基糖。在某些实施方案中，此类修饰包括选自以下的取代基：卤化物，包括但不限于取代的和未取代的烷氧基、取代和未取代的硫代烷基、取代和未取代的氨基烷基、取代和未取代的烷基、取代和未取代的烯丙基以及取代和未取代的炔基。在某些实施方案中，2’修饰选自包括但不限于以下的取代基：O[(CH2)nO]mCH3、O(CH2)nNH2、O(CH2)nCH3、O(CH2)nF、O(CH2)nONH2、OCH2C(＝O)N(H)CH3以及O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2，其中n和m是1至约10。其他2'-取代基还可以选自：C1-C12烷基、取代的烷基、烯基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、CN、F、CF3、OCF3、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA裂解基团、报告基团、嵌入物、用于改善药代动力学性质的基团或用于改善反义化合物的药效动力学性质的基团及具有类似性质的其他取代基。在某些实施方案中，经修饰的核苷包含2'-MOE侧链(Baker等,J.Biol.Chem.,1997,272,11944-12000)。此类2'-MOE取代已描述为与未修饰的核苷和其他经修饰的核苷(诸如2'-O-甲基、O-丙基以及O-氨基丙基)相比具有改善的结合亲和力。具有2'-MOE取代基的寡核苷酸也已显示为对体内使用来说具有有前景的特征的基因表达的反义抑制剂(Martin,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504；Altmann等,Chimia,1996,50,168-176；Altmann等,Biochem.Soc.Trans.,1996,24,630-637；以及Altmann等,Nucleosides Nucleotides,1997,16,917-926)。
如本文所用，“经修饰的四氢吡喃核苷”或“经修饰的THP核苷”意指具有正常核苷中的呋喃戊糖基残基的六元四氢吡喃“糖”取代(糖替代物)的核苷。经修饰的THP核苷包括但不限于本领域中称为以下的各者：己糖醇核酸(HNA)、anitol核酸(ANA)、甘露醇核酸(MNA)(参见Leumann,Bioorg.Med.Chem.,2002,10,841-854)、氟HNA(F-HNA)或具有式VII的那些化合物：
Figure BDA0000956641540000461
其中，独立于所述至少一种式VII四氢吡喃核苷类似物中的各者：
Bx是杂环碱基部分；
Ta和Tb各独立地是连接四氢吡喃核苷类似物与反义化合物的核苷间键基团，或者Ta和Tb中的一者是连接四氢吡喃核苷类似物与反义化合物的核苷间键基团，而Ta和Tb中的另一者是H、羟基保护基、连接的缀合基团或5'或3'-末端基团；
q1、q2、q3、q4、q5、q6以及q7各独立地是H、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基；并且R1和R2各自选自氢、羟基、卤素、取代或未取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(＝X)J1、OC(＝X)NJ1J2、NJ3C(＝X)NJ1J2以及CN，其中X是O、S或NJ1并且各J1、J2以及J3独立地是H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中，提供式VII的经修饰的THP核苷，其中q1、q2、q3、q4、q5、q6以及q7各是H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6以及q7中的至少一者不是H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6以及q7中的至少一者是甲基。在某些实施方案中，提供式VII的THP核苷，其中R1和R2中的一者是氟代。在某些实施方案中，R1是氟代而R2是H；R1是甲氧基而R2是H，并且R1是H而R2是甲氧基乙氧基。
如本文所用，“2'-修饰的”或“2'-取代的”是指包含在2'位置包含不是H或OH的取代基的糖的核苷。2'-修饰的核苷包括但不限于双环核苷，其中连接糖环的两个碳原子的桥连接糖环的2’碳与另一个碳；和具有诸如以下的非桥联2’取代基的核苷：烯丙基、氨基、叠氮基、硫代、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、-OCF3、O-(CH2)2-O-CH3、2'-O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)或O-CH2-C(＝O)-N(Rm)(Rn)，其中各Rm和Rn独立地是H或取代的或未取代的C1-C10烷基。2'-修饰的核苷可进一步包含例如在糖的其他位置和/或在核碱基处的其他修饰。
如本文所用，“2'-F”是指包含在2'位置包含氟代基团的糖的核苷。
如本文所用，“2'-OMe”或“2'-OCH3”或“2'-O-甲基”各指包含在糖环的2'位置包含-OCH3基团的糖的核苷。
如本文所用，“MOE”或“2'-MOE”或“2'-OCH2CH2OCH3”或“2'-O-甲氧基乙基”各指包含在糖环的2'位置包含-OCH2CH2OCH3基团的糖的核苷。
如本文所用，“寡核苷酸”是指包含多个键的核苷的化合物。在某些实施方案中，多个核苷中的一者或多者被修饰。在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个核糖核苷(RNA)和/或脱氧核糖核苷(DNA)。
许多其他二环和三环糖替代物环***也在本领域中已知可用于修饰核苷以便并入反义化合物(参见例如评述文章：Leumann,Bioorg.Med.Chem.,2002,10,841-854)。
此类环***可经历各种其他取代以增强活性。
用于制备经修饰的糖的方法是本领域技术人员熟知的。
在具有经修饰的糖部分的核苷酸中，核碱基部分(天然、经修饰或其组合)保持与适当的核酸靶标杂交。
在某些实施方案中，反义化合物包含一个或多个具有经修的饰糖部分的核苷。在某些实施方案中，经修饰的糖部分是2'-MOE。在某些实施方案中，2'-MOE修饰的核苷是以间隔体基序形式排列。在某些实施方案中，经修饰的糖部分是具有(4'-CH(CH3)-O-2')桥联基团的双环核苷。在某些实施方案中，(4'-CH(CH3)-O-2')修饰的核苷排列于间隔体基序的全部翼中。
用于配制药物组合物的组合物和方法
反义寡核苷酸可与药学上可接受的活性或惰性物质混合以制备药物组合物或制剂。用于配制药物组合物的组合物和方法取决于许多准则，包括但不限于施用途径、疾病程度或所要施用的剂量。
靶向C9ORF72核酸的反义化合物可通过将反义化合物与适合的药学上可接受的稀释剂或载体组合而用于药物组合物中。药学上可接受的稀释剂包括磷酸盐缓冲盐水(PBS)。PBS是适合用于要肠胃外递送的组合物中的稀释剂。因此，在一个实施方案中，用于本文所描述的方法中的是包含靶向C9ORF72核酸的反义化合物和药学上可接受的稀释剂的药物组合物。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂是PBS。在某些实施方案中，反义化合物是反义寡核苷酸。
包含反义化合物的药物组合物涵盖任何药学上可接受的盐、酯或此类酯的盐，或在向动物(包括人)施用后能够提供(直接或间接)生物活性代谢产物或其残基的任何其它寡核苷酸。因此，举例来说，本公开还涉及反义化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐以及其他生物等效物。适合的药学上可接受的盐包括但不限于钠盐和钾盐。
前药可包括在反义化合物的一个或两个末端并入由体内的内源性核酸酶裂解的其他核苷，以形成活性反义化合物。
缀合的反义化合物
反义化合物可共价连接至一个或多个增强所得反义寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞吸收的部分或缀合物。典型的缀合基团包括胆固醇部分和脂质部分。其他缀合基团包括碳水化合物、磷脂、生物素、吩嗪、叶酸酯基、菲啶、蒽醌、吖啶、荧光素、罗丹明(rhodamine)、香豆素以及染料。
反义化合物还可以被修饰以具有一个或多个稳定基团，其通常连接于反义化合物的一端或两端以增强诸如核酸酶稳定性等性质。稳定基团中包括盖结构。这些未端修饰保护具有未端核酸的反义化合物以免发生核酸外切酶降解，并且可帮助在细胞内的递送和/或定位。盖可存在于5'-末端(5'-盖)，或3'-末端(3'-盖)，或可存在于两末端。盖结构是本领域中熟知的并且包括例如反向脱氧脱碱基盖。其他可用于在反义化合物的一个或两个末端封盖以赋予核酸酶稳定性的3'和5'-稳定基团包括公布于2003年1月16日的WO 03/004602中所公开的那些。
细胞培养物和反义化合物处理
反义化合物对C9ORF72核酸的水平、活性或表达的影响可在体外在多种细胞类型中进行测试。用于此类分析的细胞类型可购自商业供应商(例如American Type CultureCollection,Manassus,VA；Zen-Bio,Inc.,Research Triangle Park,NC；CloneticsCorporation,Walkersville,MD)并且使用可商购获得的试剂(例如Invitrogen LifeTechnologies,Carlsbad,CA)根据供应商的说明书进行培养。说明性细胞类型包括但不限于HepG2细胞、Hep3B细胞以及原代肝细胞。
反义寡核苷酸的体外测试
本文描述用于用反义寡核苷酸处理细胞的方法，其可适当地修改以用其他反义化合物进行治疗。
一般而言，当在培养物中细胞达到约60-80％汇合时，将细胞用反义寡核苷酸处理。
一种常用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞中的试剂包括阳离子型脂质转染试剂LIPOFECTIN(Invitrogen,Carlsbad,CA)。将反义寡核苷酸与LIPOFECTIN混合于OPTI-MEM 1(Invitrogen,Carlsbad,CA)中以达到所需反义寡核苷酸最终浓度和通常每100nM反义寡核苷酸2至12ug/mL范围内的LIPOFECTIN浓度。
用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞的另一试剂包括LIPOFECTAMINE(Invitrogen,Carlsbad,CA)。将反义寡核苷酸与LIPOFECTAMINE混合于OPTI-MEM 1减血清培养基(Invitrogen,Carlsbad,CA)中以达到所需反义寡核苷酸的最终浓度和通常每100nM反义寡核苷酸2至12ug/mL范围内的LIPOFECTAMINE浓度。
用于将反义寡核苷酸引入培养的细胞的另一技术包括电穿孔。
将细胞通过常规方法用反义寡核苷酸加以处理。通常在反义寡核苷酸处理之后16-24小时收获细胞，此时通过本领域中已知和本文所描述的方法测量靶核酸的RNA或蛋白质水平。一般而言，当以多个重复进行处理时，数据表示为以重复处理的平均值。
所用反义寡核苷酸浓度在细胞系之间有所不同。用于确定针对特定细胞系的最佳反义寡核苷酸浓度的方法是本领域中熟知的。当用LIPOFECTAMINE转染时，反义寡核苷酸通常按1nM至300nM范围内的浓度加以使用。当使用电穿孔转染时，反义寡核苷酸是按625至20,000nM范围内的较高浓度加以使用。
RNA分离
可对总细胞RNA或聚腺苷酸+mRNA进行RNA分析。RNA分离的方法是本领域中熟知的。RNA是使用本领域中熟知的方法来制备，例如根据制造商建议的方案使用TRIZOL试剂(Invitrogen,Carlsbad,CA)制备。
对靶标水平或表达的抑制的分析
对C9ORF72核酸的水平或表达的抑制可以本领域中已知的多种方式进行分析。举例来说，靶核酸水平可通过例如RNA印迹分析、竞争性聚合酶链式反应(PCR)或定量实时PCR进行定量。可对总细胞RNA或聚腺苷酸+mRNA进行RNA分析。RNA分离的方法是本领域中熟知的。RNA印迹分析也是本领域中的常规分析。定量实时PCR可便利地使用可获自PE-AppliedBiosystems,Foster City,CA的可商购获得的ABI PRISM 7600、7700或7900序列检测***来实现并且根据制造商的说明书加以使用。
靶RNA水平的定量实时PCR分析
靶RNA水平的定量可使用ABI PRISM 7600、7700或7900序列检测***(PE-AppliedBiosystems,Foster City,CA)根据制造商的说明书通过定量实时PCR来实现。定量实时PCR的方法是本领域中熟知的。
在实时PCR之前，对分离的RNA进行逆转录酶(RT)反应，其产生互补DNA(cDNA)，所述互补DNA然后用作实时PCR扩增的底物。RT和实时PCR反应是在同一样本孔中依序进行。RT和实时PCR试剂是获自Invitrogen(Carlsbad,CA)。RT实时-PCR反应通过本领域技术人员熟知的方法来进行。
使用表达恒定的基因(诸如亲环素A)的表达水平或通过使用RIBOGREEN(Invitrogen,Inc.Carlsbad,CA)定量总RNA来将通过实时PCR获得的基因(或RNA)靶标量标准化。亲环素A表达通过实时PCR通过多路重复或分开地与靶标同时运行来进行定量。总RNA是使用RIBOGREEN RNA定量试剂(Invetrogen,Inc.Eugene,OR)来定量。通过RIBOGREEN进行RNA定量的方法教示于Jones,L.J.等(Analytical Biochemistry,1998,265,368-374)中。CYTOFLUOR 4000仪器(PE Applied Biosystems)用于测量RIBOGREEN荧光。
将探针和引物设计成与C9ORF72核酸杂交。用于设计实时PCR探针和引物的方法是本领域中熟知的，并且可包括使用诸如PRIMER EXPRESS软件(Applied Biosystems,FosterCity,CA)等软件。
蛋白质水平的分析
C9ORF72核酸的反义抑制可通过测量C9ORF72蛋白质水平来评估。C9ORF72的蛋白质水平可以本领域中熟知的多种方式评估或定量，诸如免疫沉淀、蛋白质印迹分析(免疫印迹)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、定量蛋白质测定、蛋白质活性测定(例如半胱天冬酶活性测定)、免疫组织化学、免疫细胞化学或荧光激活细胞分选(FACS)。可鉴别针对靶标的抗体可并且获自多种来源，诸如MSRS目录的抗体(Aerie Corporation,Birmingham,MI)，或可经由本领域中熟知的常规单克隆或多克隆抗体产生方法来制备。适合用于检测小鼠、大鼠、猴以及人C9ORF72的抗体可商购获得。
反义化合物的体内测试
在动物中测试反义化合物(例如反义寡核苷酸)以评估其抑制C9ORF72的表达并且产生表型变化(诸如改善的运动功能和呼吸)的能力。在某些实施方案中，运动功能是在动物中通过转棒、握力、爬杆、开阔场性能、平衡木、后爪足印测试来测量。在某些实施方案中，呼吸是在动物中通过全身体积描记器、侵袭性抗性以及顺应性测量来测量。测试可在正常动物中或在实验疾病模型中进行。对于向动物施用，在诸如磷酸盐缓冲盐水(PBS)或人造脑脊髓液(aCSF)等药学上可接受的稀释剂中配制反义寡核苷酸。施用包括肠胃外施用途径，诸如腹膜内、静脉内以及皮下；以及中央施用途径，诸如脑室内或鞘内。反义寡核苷酸剂量和给药频率的计算在本领域技术人员能力范围内，并且取决于诸如施用途径和动物体重等因素。在用反义寡核苷酸处理一段时间之后，从CNS组织或CSF分离RNA并且测量C9ORF72核酸表达的变化。
靶向C9ORF72
本文所描述的反义寡核苷酸可在RNA加工的任何阶段与C9ORF72核酸杂交。举例来说，本文描述与前体mRNA或成熟mRNA互补的反义寡核苷酸。另外，本文所描述的反义寡核苷酸可与C9ORF72核酸的任何元件杂交。举例来说，本文描述与C9ORF72核酸的外显子、内含子、5’UTR、3'UTR、重复区域、六核苷酸重复扩增、剪接连接点、外显子:外显子剪接连接点、外显子剪接沉默子(ESS)、外显子剪接增强子(ESE)、外显子1a、外显子1b、外显子1c、外显子1d、外显子1e、外显子2、外显子3、外显子4、外显子5、外显子6、外显子7、外显子8、外显子9、外显子10、外显子11、内含子1、内含子2、内含子3、内含子4、内含子5、内含子6、内含子7、内含子8、内含子9或内含子10互补的反义寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸与C9ORF72的所有变体杂交。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸与C9ORF72的某些变体选择性杂交。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸与含有六核苷酸重复扩增的C9ORF72的变体选择性杂交。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸与含有六核苷酸重复的前体mRNA变体选择性杂交。在某些实施方案中，含有六核苷酸重复扩增的C9ORF72的前体mRNA变体包括SEQ ID NO:1-3和6-10。在某些实施方案中，此类六核苷酸重复扩增包含GGGGCC、GGGGGG、GGGGGC或GGGGCG中的任一者的至少24个重复。
在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸抑制C9ORF72的所有变体的表达。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸同样抑制C9ORF72的所有变体的表达。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸优先抑制C9ORF72的一个或多个变体的表达。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸优先抑制含有六核苷酸重复扩增的C9ORF72的变体的表达。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸选择性抑制含有六核苷酸重复的前体mRNA变体的表达。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸选择性抑制C9ORF72病原相关mRNA变体的表达。在某些实施方案中，含有六核苷酸重复扩增的C9ORF72的前体mRNA变体包括SEQ ID NO:1-3和6-10。在某些实施方案中，此类六核苷酸重复扩增包含GGGGCC、GGGGGG、GGGGGC或GGGGCG中的任一者的至少24个重复。在某些实施方案中，六核苷酸重复扩增形成细胞核聚集点。在某些实施方案中，本文所描述的反义寡核苷酸适用于减少细胞核聚集点。细胞核聚集点可在具有聚集点的细胞的百分比以及每个细胞的聚集点数目的方面减少。
某些病原相关变体的选择性抑制
在本文的某些实例中，引物探针组RTS3905检测从含有六核苷酸重复的前体mRNA变体加工的mRNA变体(例如NM_001256054.1)。mRNA变体从含有六核苷酸重复的前体mRNA变体(即“C9ORF72病原相关mRNA变体”)加工。当在从外显子1A的起始位点至外显子1B的起始位点，例如基因组序列(SEQ ID NO:2，从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核苷酸1107至1520的区域中开始前体mRNA的转录时，前体mRNA含有六核苷酸重复。寡核苷酸被设计成在此区域中选择性靶向含有六核苷酸重复的前体mRNA变体。RTS3905测量含有六核苷酸重复的前体mRNA变体的mRNA产物(即C9ORF72病原相关mRNA变体)，并且因此测量含有六核苷酸重复的前体mRNA变体的减少。
C9ORF72特征
本文所描述的反义寡核苷酸可在C9ORF72基因的任何元件内在任何加工状态与任何C9ORF72变体杂交。举例来说，本文所描述的反义寡核苷酸可与外显子、内含子、5’UTR、3'UTR、重复区域、六核苷酸重复扩增、剪接连接点、外显子:外显子剪接连接点、外显子剪接沉默子(ESS)、外显子剪接增强子(ESE)、外显子1a、外显子1b、外显子1c、外显子1d、外显子1e、外显子2、外显子3、外显子4、外显子5、外显子6、外显子7、外显子8、外显子9、外显子10、外显子11、内含子1、内含子2、内含子3、内含子4、内含子5、内含子6、内含子7、内含子8、内含子9或内含子10杂交。举例来说，反义寡核苷酸可靶向以下在表1-5中关于以下所描述的各种C9ORF72变体表征的外显子中的任一者。本文所描述的反义寡核苷酸还可以靶向以下未表征的变体并且此类变体在GENBANK进行表征。此外，本文所描述的反义寡核苷酸还可以靶向不是外显子的元件并且此类元件在GENBANK中进行表征。
表1
NM_001256054.1(SEQ ID NO:1)的功能片段
Figure BDA0000956641540000561
表2
NM_018325.3(SEQ ID NO:4)的功能片段
Figure BDA0000956641540000562
表3
NM_145005.5(SEQ ID NO:6)的功能片段
Figure BDA0000956641540000571
表4
DB079375.1(SEQ ID NO:7)的功能片段
Figure BDA0000956641540000572
表5
BU194591.1(SEQ ID NO:8)的功能片段
Figure BDA0000956641540000573
某些适应症
在某些实施方案中，本文提供治疗个体的方法，其包括施用本文所描述的一种或多种药物组合物。在某些实施方案中，个体患有神经退行性疾病。在某些实施方案中，个体处于发展神经退行性疾病(包括但不限于ALS或FTD)的危险之中。在某些实施方案中，个体已被鉴定为患有C9ORF72相关疾病。在某些实施方案中，个体已被鉴定为患有C9ORF72六核苷酸重复扩增相关疾病。在某些实施方案中，本文提供用于预防性降低个体中的C9ORF72表达的方法。某些实施方案包括通过向个体施用治疗有效量的靶向C9ORF72核酸的反义化合物来治疗有需要的个体。
在一个实施方案中，施用治疗有效量的靶向C9ORF72核酸的反义化合物伴随监测个体中的C9ORF72水平，以确定个体对施用反义化合物的反应。个体对施用反义化合物的反应可由医师用于确定治疗性干预的量和持续时间。
在某些实施方案中，施用靶向C9ORF72核酸的反义化合物引起C9ORF72表达降低至少15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或99％，或这些值中的任何两个所界定的范围。在某些实施方案中，施用靶向C9ORF72核酸的反义化合物在动物中产生改善的运动功能和呼吸。在某些实施方案中，施用C9ORF72反义化合物使运动功能和呼吸改善至少15、20、25、30、35、40、45、50，55、60、65、70、75、80、85、90，95或99％，或这些值中的任何两个所界定的范围。
在某些实施方案中，包含靶向C9ORF72的反义化合物的药物组合物用于制备用于治疗罹患包括ALS和FTD的神经退行性疾病或易受所述疾病影响的患者的药剂。
某些组合治疗
在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与一种或多种其他药剂共施用。在某些实施方案中，此类一种或多种其他药剂被设计成治疗与本文所描述的一种或多种药物组合物所治疗的疾病、病症或病状相同的疾病、病症或病状。在某些实施方案中，此类一种或多种其他药剂被设计成治疗与本文所描述的一种或多种药物组合物所治疗的疾病、病症或病状不同的疾病、病症或病状。在某些实施方案中，此类一种或多种其他药剂被设计成治疗本文所描述的一种或多种药物组合物的不需要的副作用。在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与用于治疗所述其他药剂的不需要的影响的另一药剂共施用。在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与用于产生组合效应的另一药剂共施用。在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与用于产生协同效应的另一药剂共施用。
在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与一种或多种其他药剂同时施用。在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与一种或多种其他药剂在不同时间施用。在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与一种或多种其他药剂被一起制备成单一制剂。在某些实施方案中，本文所描述的一种或多种药物组合物与一种或多种其他药剂是分开制备。
在某些实施方案中，可与本文所描述的药物组合物共施用的药剂包括利鲁唑(Riluzole)(Rilutek)、力奥来素(Lioresal)以及右旋普拉克索(Dexpramipexole)。
在某些实施方案中，可与本文所描述的C9ORF72特异性抑制剂共施用的药剂包括但不限于另一C9ORF72抑制剂。在某些实施方案中，共施用的药剂在施用本文所描述的药物组合物之前施用。在某些实施方案中，共施用的药剂是在施用本文所描述的药物组合物之后施用。在某些实施方案中，共施用的药剂是与本文所描述的药物组合物同时施用。在某些实施方案中，共施用的药剂的剂量与如果共施用的药剂单独施用将施用的剂量相同。在某些实施方案中，共施用的药剂的剂量低于如果共施用的药剂单独施用将施用的剂量。在某些实施方案中，共施用的药剂的剂量大于如果共施用的药剂单独施用将施用的剂量。
在某些实施方案中，共施用第二化合物增强第一化合物的效果，使得共施用化合物产生大于单独施用第一化合物的效果的效果。在其他实施方案中，共施用产生当化合物单独施用时的效果的相加效果。在某些实施方案中，共施用产生当化合物单独施用时的效果的超相加效果。在某些实施方案中，第一化合物是反义化合物。在某些实施方案中，第二化合物是反义化合物。
某些扩增子区域
本文所描述的某些反义寡核苷酸可靶向引物探针组的扩增子区域。可使用其他测定来测量这些化合物的效能和功效。
某些人治疗剂
本文所描述的人C9ORF72反义寡核苷酸正在作为可能的人治疗剂而被评估。正在检验效能、功效以及/或者耐受性的各个参数性。此类参数包括总C9ORF72RNA表达的体外抑制、C9ORF72病原相关RNA变体表达的体外抑制、体外剂量反应(IC50)、在相关组织(例如，脑和/或脊髓)中含有人C9ORF72转基因的转基因的动物中的总或病原RNA和/或蛋白质的体内抑制、在小鼠中的耐受性、在大鼠中的耐受性以及/或者在灵长类动物中的耐受性。可测量的耐受性标志包括血液和血清化学参数、CSF化学参数、体重和器官重量、整体观察和/或行为测试以及/或者生物化学标记物，诸如GFAP和/或AIF1。可测量短期或长期耐受性。
某些热点区域
1.SEQ ID NO:2的核碱基1107-1520
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1107-1520。在某些实施方案中，核碱基1107-1520是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1107-1520由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是17、18或20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体或5-8-5MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是17-mer脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基1107-1520由以下ISIS编号靶向：619042-619333、672581-672714、672735-672865、672885-673015、673035-673165、673185-673315以及673335-673465。
在某些实施方案中，核碱基1107-1520由以下SEQ ID NO靶向：21-31、33-50、52、54-134、138-248、251-319、325、744-877以及898-1028。
在某些实施方案中，核碱基1107-1520由以下ISIS编号靶向：619042-619333。
在某些实施方案中，核碱基1107-1520由以下SEQ ID NO靶向：21-31、33-50、52、54-134、138-248、251-319以及325。
在某些实施方案中，靶向核碱基1107-1520的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基1107-1520的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
2.SEQ ID NO:2的核碱基1111-1200
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1111-1200。在某些实施方案中，核碱基1111-1200是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1111-1200由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基1111-1200由以下ISIS编号靶向：619042-619095。
在某些实施方案中，核碱基1111-1200由以下SEQ ID NO靶向：21、26-31、33-50、52、54-60、75、81以及87-96。
在某些实施方案中，靶向核碱基1111-1200的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基1111-1200的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
3.SEQ ID NO:2的核碱基1211-1318
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1211-1318。在某些实施方案中，核碱基1211-1318是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1211-1318由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基1211-1318由以下ISIS编号靶向：619096-619172。
在某些实施方案中，核碱基1211-1318由以下SEQ ID NO靶向：22-25、70-74、76-80、82-86、99-134以及138-159。
在某些实施方案中，靶向核碱基1211-1318的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基1211-1318的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
4.SEQ ID NO:2的核碱基1326-1540
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1326-1540。在某些实施方案中，核碱基1326-1540是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1326-1540由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是17、18或20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体或5-8-5MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是17-mer脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基1326-1540由以下ISIS编号靶向：619173-619354和672581-673484。
在某些实施方案中，核碱基1326-1540由以下SEQ ID NO靶向：97、98、160-248、251-322、325-343以及744-1047。
在某些实施方案中，核碱基1326-1540由以下ISIS编号靶向：619173-619354。
在某些实施方案中，核碱基1326-1540由以下SEQ ID NO靶向：97、98、160-248、251-322以及325-343。
在某些实施方案中，靶向核碱基1326-1540的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基1326-1540的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
5.SEQ ID NO:2的核碱基1331-1375
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1331-1375。在某些实施方案中，核碱基1331-1375是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1331-1375由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含以下糖修饰模式：soooossssssssssooss。
在某些实施方案中，核碱基1331-1375由以下ISIS编号靶向：619178-619203。
在某些实施方案中，核碱基1331-1375由以下SEQ ID NO靶向：165-190。
在某些实施方案中，靶向核碱基1331-1375的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
6.SEQ ID NO:2的核碱基1368-1391
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1368-1391。在某些实施方案中，核碱基1368-1391是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1368-1391由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含以下糖修饰模式：soooossssssssssooss。
在某些实施方案中，核碱基1368-1391由以下ISIS编号靶向：619215-619219。
在某些实施方案中，核碱基1368-1391由以下SEQ ID NO靶向：202-206。
在某些实施方案中，靶向核碱基1368-1391的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
7.SEQ ID NO:2的核碱基1398-1424
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1398-1424。在某些实施方案中，核碱基1398-1424是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1398-1424由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含以下糖修饰模式：soooossssssssssooss。
在某些实施方案中，核碱基1398-1424由以下ISIS编号靶向：619245-619252。
在某些实施方案中，核碱基1398-1424由以下SEQ ID NO靶向：232-239。
在某些实施方案中，靶向核碱基1398-1424的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
8.SEQ ID NO:2的核碱基1411-1440
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1411-1440。在某些实施方案中，核碱基1411-1440是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1411-1440由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含以下糖修饰模式：soooossssssssssooss。
在某些实施方案中，核碱基1411-1440由以下ISIS编号靶向：619258-619268。
在某些实施方案中，核碱基1411-1440由以下SEQ ID NO靶向：244-248、251-255以及325。
在某些实施方案中，靶向核碱基1411-1440的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
9.SEQ ID NO:2的核碱基1429-1481
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1429-1481。在某些实施方案中，核碱基1429-1481是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1429-1481由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含以下糖修饰模式：soooossssssssssooss。
在某些实施方案中，核碱基1429-1481由以下ISIS编号靶向：619276-619303。
在某些实施方案中，核碱基1429-1481由以下SEQ ID NO靶向：98和263-289。
在某些实施方案中，靶向核碱基1429-1481的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
10.SEQ ID NO:2的核碱基1502-1539
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1502-1539。在某些实施方案中，核碱基1502-1539是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1502-1539由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含以下糖修饰模式：soooossssssssssooss。
在某些实施方案中，核碱基1502-1539由以下ISIS编号靶向：619335-619353。
在某些实施方案中，核碱基1502-1539由以下SEQ ID NO靶向：321、322以及326-342。
在某些实施方案中，靶向核碱基1502-1539的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
11.SEQ ID NO:2的核碱基1508-1539
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基1508-1539。在某些实施方案中，核碱基1508-1539是热点区域。在某些实施方案中，核碱基1508-1539由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷酸间键连接(例如反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。在某些实施方案中，反义寡核苷酸包含以下糖修饰模式：soooossssssssssooss。
在某些实施方案中，核碱基1508-1539由以下ISIS编号靶向：619341-619353。
在某些实施方案中，核碱基1508-1539由以下SEQ ID NO靶向：330-342。
在某些实施方案中，靶向核碱基1508-1539的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％,20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
12.SEQ ID NO:2的核碱基7860-7906
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基7860-7906。在某些实施方案中，核碱基7860-7906是热点区域。在某些实施方案中，核碱基7860-7906由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基7860-7906由以下ISIS编号靶向：655135-655144。
在某些实施方案中，核碱基7860-7906由以下SEQ ID NO靶向：445-454。
在某些实施方案中，靶向核碱基7860-7906的反义寡核苷酸实现至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％或至少89％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
13.SEQ ID NO:2的核碱基7907-7944
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基7907-7944。在某些实施方案中，核碱基7907-7944是热点区域。在某些实施方案中，核碱基7907-7944由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基7907-7944由以下ISIS编号靶向：655150-655156。
在某些实施方案中，核碱基7907-7944由以下SEQ ID NO靶向：460-467。
在某些实施方案中，靶向核碱基7907-7944的反义寡核苷酸实现至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％或至少91％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
14.SEQ ID NO:2的核碱基7989-8038
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基7989-8038。在某些实施方案中，核碱基7989-8038是热点区域。在某些实施方案中，核碱基7989-8038由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基7989-8038由以下ISIS编号靶向：619411、619412、619420、625183、627833以及655173-655180。
在某些实施方案中，核碱基7989-8038由以下SEQ ID NO靶向：20、51、53以及484-493。
在某些实施方案中，靶向核碱基7989-8038的反义寡核苷酸实现至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％或至少76％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基7989-8038的反义寡核苷酸实现至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
15.SEQ ID NO:2的核碱基8020-8135
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基8020-8135。在某些实施方案中，核碱基8020-8135是热点区域。在某些实施方案中，核碱基8020-8135由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基8020-8135由以下ISIS编号靶向：619413、619414、625255、627834、655181-655208。
在某些实施方案中，核碱基8020-8135由以下SEQ ID NO靶向：135、136、494-511以及517-528。
在某些实施方案中，靶向核碱基8020-8135的反义寡核苷酸实现至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％、至少20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％或至少54％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基8020-8135的反义寡核苷酸实现至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
16.SEQ ID NO:2的核碱基8136-8161
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基8136-8161。在某些实施方案中，核碱基8136-8161是热点区域。在某些实施方案中，核碱基8136-8161由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基8136-8161由以下ISIS编号靶向：655215-655217。
在某些实施方案中，核碱基8136-8161由以下SEQ ID NO靶向：535-537。
在某些实施方案中，靶向核碱基8136-8161的反义寡核苷酸实现至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％或至少41％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基8136-8161的反义寡核苷酸实现至少91％、至少92％、至少93％、至少94％或至少95％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
17.SEQ ID NO:2的核碱基8174-8211
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基8174-8211。在某些实施方案中，核碱基8174-8211是热点区域。在某些实施方案中，核碱基8174-8211由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基8174-8211由以下ISIS编号靶向：655228-655234。
在某些实施方案中，核碱基8174-8211由以下SEQ ID NO靶向：548-554。
在某些实施方案中，靶向核碱基8174-8211的反义寡核苷酸实现至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％或至少63％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基8174-8211的反义寡核苷酸实现至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
18.SEQ ID NO:2的核碱基8213-8325
在某些实施方案中，反义寡核苷酸被设计成靶向SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核碱基8213-8325。在某些实施方案中，核碱基8213-8325是热点区域。在某些实施方案中，核碱基8213-8325由反义寡核苷酸靶向。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的长度是20个核碱基。在某些实施方案中，反义寡核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，间隔体是5-10-5 MOE间隔体。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过磷酸二酯核苷间键连接。在某些实施方案中，反义寡核苷酸的核苷通过硫代磷酸酯和磷酸二酯核苷间键连接(例如，反义寡核苷酸具有“混合骨架”)。
在某些实施方案中，核碱基8213-8325由以下ISIS编号靶向：655235-655270。
在某些实施方案中，核碱基8213-8325由以下SEQ ID NO靶向：555-590。
在某些实施方案中，靶向核碱基8213-8325的反义寡核苷酸实现至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％、至少20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％或至少51％的体外和/或体内总C9ORF72 mRNA和/或蛋白质水平降低。
在某些实施方案中，靶向核碱基8213-8325的反义寡核苷酸实现至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％或至少98％的体外和/或体内C9ORF72病原相关mRNA变体水平降低。
实施例
非限制性公开和通过引用并入
虽然已根据某些实施方案将本文所描述的某些化合物、组合物以及方法描述为具有特异性，但以下实施例仅用于说明本文所描述的化合物并且不旨在限制本文所描述的化合物。本申请中所叙述的参考文献各自以全文引用的方式并入本文中。
实施例1：MOE间隔体对HepG2细胞中的人C9ORF72 mRNA变体的反义抑制
设计靶向C9ORF72核酸的反义寡核苷酸并且测试其在体外对C9ORF72 mRNA的影响。先前在2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。ISIS 576816是一种在整个结构中具有硫代磷酸酯键的5-10-5 MOE间隔体。将以20,000个细胞/孔的密度培养的HepG2细胞使用电穿孔用4,000nM反义寡核苷酸转染。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。使用人引物探针组RTS3905(正向引物序列GGGTCTAGCAAGAGCAGGTG，本文中命名为SEQ ID NO:13；反向引物序列GTCTTGGCAACAGCTGGAGAT，本文中命名为SEQ ID NO:14；探针序列TGATGTCGACTCTTTGCCCACCGC，本文中命名为SEQ ID NO:15，一种TAQ-man引物探针组)。RTS3905检测从含有六核苷酸重复的前体mRNA变体加工的mRNA变体(例如NM_001256054.1)。从含有六核苷酸重复的前体mRNA变体加工的mRNA变体在本文中是“C9ORF72病原相关mRNA变体”。当在从外显子1A的起始位点至外显子1B的起始位点的区域(通常是基因组序列(SEQ ID NO:2，从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的核苷酸1107至1520)中开始前体mRNA的转录时，前体mRNA含有六核苷酸重复。因此，寡核苷酸被设计成在此区域中选择性靶向含有六核苷酸重复的前体mRNA变体。RTS3905测量含有六核苷酸重复的前体mRNA变体的mRNA产物(即C9ORF72病原相关mRNA变体)，并且因此测量含有六核苷酸重复的前体mRNA变体的减少。将C9ORF72病原相关mRNA变体的水平标准化为如通过
Figure BDA0000956641540000871
所测量的细胞的总RNA含量。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72抑制百分比。用星号(*)标记的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用其他分析来测量这些寡核苷酸的效能和功效。
下表中的嵌合反义寡核苷酸被设计成5-10-5 MOE间隔体。间隔体的长度是20个核苷，其中中央间隔片段包含十个2'-脱氧核苷并且侧接5’末端与3’末端上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷包含2'-MOE基团。整个寡核苷酸中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。间隔体的核苷间键是混合的硫代磷酸酯和磷酸二酯键。各间隔体的核苷间键提供于键列中，其中‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。
“起始位点”指示在人基因序列中间隔体所靶向的最5’核苷。“终止位点”指示在人基因序列中间隔体所靶向的最3’核苷。下表中所列的各反义寡核苷酸靶向本文中命名为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号NM_001256054.1)的人C9ORF72 mRNA序列，或本文中命名为SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的人C9ORF72基因组序列，或两者。‘n/a’表明反义寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。
表6
靶向SEQ ID NO：1和2的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540000881
Figure BDA0000956641540000891
实施例2：MOE间隔体对HepG2细胞中的人C9ORF72 mRNA变体的反义抑制
设计其他靶向C9ORF72核酸的反义寡核苷酸并且测试其在体外对C9ORF72 mRNA的影响。先前在2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。在具有类似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果提供于以下所示的单独的表格中。将以20,000个细胞/孔的密度培养的HepG2细胞使用电穿孔用1,000nM反义寡核苷酸转染。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3905用于测量作为含有六核苷酸重复的前体mRNA的产物的C9ORF72病原相关mRNA变体。将C9ORF72病原相关mRNA变体的水平标准化为如通过
Figure BDA0000956641540000901
所测量的细胞的总RNA含量。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72抑制百分比。用星号(*)标记的寡核苷酸靶向引物探针组的区域。可使用其他测定来测量这些寡核苷酸的效能和功效。‘n.d.’表明在对于所述特定寡核苷酸的测定中存在无信号读数。
下表中的嵌合反义寡核苷酸被设计成5-10-5 MOE间隔体。间隔体的长度是20个核苷，其中中央间隔片段包含十个2'-脱氧核苷并且侧接5’末端与3’末端上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷包含2’-MOE基团。整个寡核苷酸中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。间隔体的核苷间键是混合的硫代磷酸酯和磷酸二酯键。各间隔体的核苷间键提供于键列中，其中‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。
“起始位点”指示在人基因序列中间隔体所靶向的最5’核苷。“终止位点”指示在人基因序列中间隔体所靶向的最3’核苷。下表的间隔体也靶向本文中命名为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号NM_001256054.1)的人C9ORF72 mRNA序列，或本文中命名为SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的人C9ORF72基因组序列，或两者。表10的间隔体中的一些靶向GENBANK登录号NM_145005.5(作为SEQ ID NO:3并入本文中)、GENBANK登录号DB079375.1(作为SEQ ID NO:4并入本文中)或GENBANK登录号BU194591.1(作为SEQ ID NO:5并入本文中)。‘n/a’表明反义寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。
表7
靶向SEQ ID NO：1和2的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540000911
Figure BDA0000956641540000921
表8
靶向SEQ ID NO：1和2的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540000922
Figure BDA0000956641540000931
Figure BDA0000956641540000941
表9
靶向SEQ ID NO：1和2的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540000942
Figure BDA0000956641540000951
Figure BDA0000956641540000961
表10
靶向SEQ ID NO：1-5的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540000971
Figure BDA0000956641540000981
Figure BDA0000956641540000991
实施例3：HepG2细胞中人C9ORF72 mRNA变体的剂量依赖性反义抑制
选择来自上文所描述的研究的对C9ORF72 mRNA展现显著体外抑制的反义寡核苷酸并且在HepG2细胞中在各种剂量下进行测试。先前在2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132中测试的ISIS576816和ISIS 577061用作基准寡核苷酸。ISIS 576816和ISIS577061是在整个结构中具有硫代磷酸酯键的5-10-5 MOE间隔体。在具有类似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果提供于以下所示的单独的表格中。以20,000个细胞/孔的密度涂铺细胞并且使用电穿孔用78.1nM、312.5nM、1,250.0nM或5,000.0nM浓度的反义寡核苷酸转染。在约16小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人C9ORF72引物探针组RTS3905用于测量C9ORF72病原相关mRNA变体。根据如通过
Figure BDA0000956641540001001
所测量的总RNA含量调节C9ORF72病原相关mRNA变体的水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞的变体C9ORF72水平的抑制百分比。‘n.d.’意指无数据。
各寡核苷酸的半数最大抑制浓度(IC50)也提供于下表中。如所示，在一些用反义寡核苷酸处理的细胞中，C9ORF72病原相关mRNA变体水平以剂量依赖性方式降低。
表11
C9ORF72病原相关mRNA变体的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001002
表12
C9ORF72病原相关mRNA变体的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001011
表13
C9ORF72病原相关mRNA变体的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001012
Figure BDA0000956641540001021
表14
C9ORF72病原相关mRNA变体的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001022
表15
C9ORF72病原相关mRNA变体的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001023
Figure BDA0000956641540001031
表16
被选择用于进一步分析的间隔体
Figure BDA0000956641540001032
Figure BDA0000956641540001041
实施例4：在LLC-MK2细胞中人-恒河猴交叉反应反义寡核苷酸对C9ORF72的反义抑制
设计靶向人C9ORF72核酸并且与恒河猴C9ORF72核酸完全交叉反应的反义寡核苷酸并且测试其在体外对恒河猴C9ORF72 mRNA的影响。先前在2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。在具有类似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果提供于下表中。将以20,000个细胞/孔的密度培养的恒河猴LLC-MK2细胞使用电穿孔用4,000nM反义寡核苷酸转染。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。使用人引物探针组RTS3750(正向序列TGTGACAGTTGGAATGCAGTGA，本文中命名为SEQ ID NO:16；反向序列GCCACTTAAAGCAATCTCTGTCTTG，本文中命名为SEQ ID NO:17；探针序列TCGACTCTTTGCCCACCGCCA，本文中命名为SEQ ID NO:18，一种TAQ-man引物探针组)来测量总C9ORF72 mRNA水平。RTS3750靶向mRNA转录物的外显子2并且因此测量总mRNA转录物。根据如通过RI
Figure BDA0000956641540001051
所测量的总RNA含量调节C9ORF72 mRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72抑制百分比。用星号(*)标记的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用其他测定来测量这些寡核苷酸的效能和功效。‘n.d.’表明在对所述特定寡核苷酸的测定中存在无信号读数。也在HepG2细胞中在具有类似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果也提供于以下所示的表格中。将以20,000个细胞/孔的密度培养的HepG2细胞使用电穿孔用4,000nM反义寡核苷酸转染。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3905用于测量作为含有六核苷酸重复的前体mRNA的产物的C9ORF72病原相关mRNA变体。将C9ORF72病原相关mRNA变体的水平标准化为如通过
Figure BDA0000956641540001052
所测量的细胞的总RNA含量。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72抑制百分比。‘n.d.’意指无数据。
下表中的嵌合反义寡核苷酸被设计成5-10-5 MOE间隔体。间隔体的长度是20个核苷，其中中央间隔片段包含十个2’-脱氧核苷并且侧接5’末端与3’末端上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷包含2’-MOE基团。整个寡核苷酸中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。间隔体的核苷间键是混合的硫代磷酸酯和磷酸二酯键。各间隔体的核苷间键提供于键列中，其中‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。
“起始位点”指示在人基因序列中间隔体所靶向的最5’核苷。“终止位点”指示在人基因序列中间隔体所靶向的最3’核苷。下表中所列的各反义寡核苷酸靶向本文中命名为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号NM_001256054.1)的人C9ORF72 mRNA序列、本文中命名为SEQID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的人C9ORF72基因组序列、GENBANK登录号NM_018325.3(作为SEQ ID NO:6并入本文中)，或所有三者。‘n/a’表明反义寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。
表17
靶向SEQ ID NO：1、2以及6的反义寡核苷酸与PBS对照相比对人C9ORF72的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001061
Figure BDA0000956641540001071
Figure BDA0000956641540001081
表18
靶向SEQ ID NO：1、2以及6的反义寡核苷酸与PBS对照相比对人C9ORF72的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001091
Figure BDA0000956641540001101
Figure BDA0000956641540001111
表19
靶向SEQ ID NO：1、2以及6的反义寡核苷酸与PBS对照相比对人C9ORF72的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001112
Figure BDA0000956641540001121
Figure BDA0000956641540001131
Figure BDA0000956641540001141
表20
靶向SEQ ID NO：1、2以及6的反义寡核苷酸与PBS对照相比对人C9ORF72的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001142
Figure BDA0000956641540001151
Figure BDA0000956641540001161
Figure BDA0000956641540001171
实施例5：LLC-MK2中的人C9ORF72 mRNA的剂量依赖性反义抑制
选择来自上文所描述的研究的对C9ORF72 mRNA展现显著体外抑制的反义寡核苷酸并且在LLC-MK2细胞中在各种剂量下进行测试。先前在2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。以20,000个细胞/孔的密度涂铺细胞并且使用电穿孔用0.33μM、1.00μM、3.00μM或9.00μM浓度的反义寡核苷酸转染。在约16小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人C9ORF72引物探针组RTS3750用于测量总C9ORF72 mRNA水平。根据如通过
Figure BDA0000956641540001173
所测量的总RNA含量调节C9ORF72 mRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72水平的抑制百分比。
如表21中所示，在反义寡核苷酸处理的细胞中，总C9ORF72mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表21
LLC-MK2细胞中的总C9ORF72 mRNA转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001172
Figure BDA0000956641540001181
还选择反义寡核苷酸并且在HepG2细胞中在各种剂量下进行测试。。先前在2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。以20,000个细胞/孔的密度涂铺细胞并且使用电穿孔用0.11μM、0.33μM、1.00μM或3.00μM浓度的反义寡核苷酸转染。在约16小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人C9ORF72引物探针组RTS3750用于测量总C9ORF72 mRNA水平。根据如通过
Figure BDA0000956641540001183
所测量的总RNA含量调节C9ORF72 mRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72水平的抑制百分比。
如表22中所示，在反义寡核苷酸处理的细胞中，总C9ORF72mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表22
在HepG2细胞中总C9ORF72 mRNA转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001182
Figure BDA0000956641540001191
实施例6：靶向人C9ORF72的混合骨架5-8-5 MOE间隔体和脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸的设计
设计靶向C9ORF72核酸的其他反义寡核苷酸。将下表中的新设计的嵌合反义寡核苷酸设计成5-8-5 MOE间隔体、5-10-5 MOE间隔体或脱氧、MOE以及cEt间隔体。
5-8-5 MOE间隔体的长度是18个核苷，其中中央间隔片段包含八个2'-脱氧核苷并且侧接5'方向和3'方向上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷具有2'-MOE修饰。核苷之间的键描述于键列中；‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。整个间隔体中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。
5-10-5 MOE间隔体的长度是20个核苷，其中中央间隔片段包含十个2'-脱氧核苷并且侧接5'方向和3'方向上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷具有2’-MOE修饰。核苷之间的键描述于键列中；‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。整个间隔体中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。
脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸的长度是17个核苷，其中核苷具有MOE糖修饰、cEt糖修饰或脱氧核糖糖。‘化学’列描述各寡核苷酸的糖修饰；‘k’指示cEt核苷；d’指示脱氧核糖核苷，数字指示脱氧核糖核苷的数目；而‘e’指示2'-MOE核苷。整个各间隔体中的核苷间键均是硫代磷酸酯键或磷酸二酯键。核苷之间的键描述于键列中；‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。整个间隔体中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示在人基因序列中反义寡核苷酸所靶向的最5’核苷。“终止位点”指示在人基因序列中反义寡核苷酸所靶向的最3’核苷。以下表23-29中所列的各反义寡核苷酸靶向本文中命名为SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的人C9ORF72基因组序列。表30提供靶向C9ORF72 mRNA序列，SEQ IDNO:1(GENBANK登录号NM_001256054.1)的5-10-5间隔体。
表23
靶向SEQ ID NO:2的5-8-5 MOE间隔体
Figure BDA0000956641540001201
Figure BDA0000956641540001211
Figure BDA0000956641540001221
Figure BDA0000956641540001231
Figure BDA0000956641540001241
Figure BDA0000956641540001251
表24
靶向SEQ ID NO:2的脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸
Figure BDA0000956641540001252
Figure BDA0000956641540001261
Figure BDA0000956641540001271
Figure BDA0000956641540001281
Figure BDA0000956641540001291
Figure BDA0000956641540001301
表25
靶向SEQ ID NO:2的脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸
Figure BDA0000956641540001302
Figure BDA0000956641540001311
Figure BDA0000956641540001321
Figure BDA0000956641540001331
Figure BDA0000956641540001341
表26
靶向SEQ ID NO:2的脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸
Figure BDA0000956641540001351
Figure BDA0000956641540001361
Figure BDA0000956641540001371
Figure BDA0000956641540001381
Figure BDA0000956641540001391
表27
靶向SEQ ID NO:2的脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸
Figure BDA0000956641540001392
Figure BDA0000956641540001401
Figure BDA0000956641540001411
Figure BDA0000956641540001421
Figure BDA0000956641540001431
Figure BDA0000956641540001441
表28
靶向SEQ ID NO:2的脱氧、MOE以及cEt寡核苷酸
Figure BDA0000956641540001442
Figure BDA0000956641540001451
Figure BDA0000956641540001461
Figure BDA0000956641540001471
Figure BDA0000956641540001481
Figure BDA0000956641540001491
表29
靶向SEQ ID NO:2的5-10-5 MOE间隔体
Figure BDA0000956641540001492
表30
靶向SEQ ID NO:1的5-10-5 MOE间隔体
Figure BDA0000956641540001493
Figure BDA0000956641540001501
实施例7：C9ORF72反义寡核苷酸处理情况下的体内啮齿动物抑制和耐受性
为评估体内C9ORF72表达的抑制耐受性，设计靶向鼠C9ORF72核酸的反义寡核苷酸并且在小鼠和大鼠模型中进行评估。
ISIS 571883被设计成长度是20个核苷的5-10-5 MOE间隔体，其中中央间隔片段包含十个2'-脱氧核苷并且侧接5’末端与3’末端上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷具有MOE修饰。核苷间键是硫代磷酸酯键。整个间隔体中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。ISIS 571883在本文中命名为SEQ ID NO:11(从核苷3587000至3625000截短的GENBANK登录号NT_166289.1的互补序列)的鼠C9ORF72基因组序列上具有靶起始位点核苷33704。
ISIS 603538被设计成长度是20个核苷的5-10-5 MOE间隔体，其中中央间隔片段包含十个2'-脱氧核苷并且侧接5’末端与3’末端上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷具有MOE修饰。核苷间键是硫代磷酸酯键或磷酸酯键(GsAo Co Co Gs Cs Ts Ts Gs As Gs Ts Ts Ts Gs Co Co Ao Cs A；其中‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键，‘o’表示磷酸酯键；并且A、G、C、T表示相关核苷)。整个间隔体中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。ISIS 603538在本文中命名为SEQ ID NO:12(GENBANK登录号NM_001007702.1)的大鼠C9ORF72 mRNA序列上具有靶起始位点核苷2872。
小鼠实验1
具有4只C57BL/6小鼠的组各自注射50μg、100μg、300μg、500μg或700μg的经由脑室内快速注射施用的ISIS 571883。具有四只C57/BL6小鼠的对照组类似地用PBS处理。将动物用3％异氟烷麻醉并且放置于立体定位框架中。在将手术部位灭菌之后，将各小鼠使用汉密尔顿注射器(Hamilton syringe)在距离前囟点前后-0.2mm和前囟点背腹侧3mm处注射以上所提到的剂量的ISIS 571883。用缝合线封闭切口。使小鼠恢复14天，其后根据由实验动物护理和使用委员会(Institutional Animal Care and Use Committee)批准的人道方案将动物安乐死。收获脑和脊髓组织并且在液氮中快速冷冻。在冷冻之前，使用小鼠脑切片模具将脑组织横向切割五个切片。
RNA分析
从注射部位后2-3mm的脑切片、脑前侧皮层以及脊髓组织的腰部切片提取RNA，用于分析C9ORF72 mRNA表达。C9ORF72 mRNA表达通过RT-PCR测量。数据提供于表31中。结果表明用增加剂量的ISIS 571883处理引起C9ORF72 mRNA表达的剂量依赖性抑制。
还评估了作为CNS毒性的度量的小神经胶质标记物AIF-1的诱导情况。数据提供于表32中。结果表明用增加剂量的ISIS 571883处理不引起显著的AIF-1mRNA表达增加。因此，认为注射ISIS 571883在此模型中是可耐受的。
表31
与PBS对照相比的C9ORF72 mRNA表达的抑制百分比
剂量(μg) 后脑 皮层 脊髓
50 22 8 46
100 22 12 47
300 55 47 67
500 61 56 78
700 65 65 79
表32
与PBS对照相比的AIF-1 mRNA表达的表达百分比
Figure BDA0000956641540001511
Figure BDA0000956641540001521
小鼠实验2
具有4个C57BL/6小鼠的组各自以类似于上文所描述的程序注射500μg的经由脑室内快速注射施用的ISIS 571883。具有四个C57/BL6小鼠的对照组类似地用PBS处理。在ICV施用之后在规则时间点测试小鼠。
行为分析
使用两种用于评估运动行为的标准测定；转棒测定和握力测定。在转棒测定的情况下，测量掉落等待时间。测定的数据提供于表33和34中。结果表明不存在因ISIS 571883的反义抑制或因ICV注射而产生的小鼠运动行为的显著变化。因此，认为C9ORF72的反义抑制在此模型中是可耐受的。
表33
转棒测定中的掉落等待时间(秒)
Figure BDA0000956641540001522
表34
握力测定中的平均后肢握力(g)
Figure BDA0000956641540001523
Figure BDA0000956641540001531
大鼠实验
具有4只斯普雷格-多利(Sprague-Dawley)大鼠的组各自注射700mg、1,000mg或3,000mg的经由鞘内快速注射施用的ISIS 603538。具有四只斯普雷格-多利大鼠的对照组类似地用PBS处理。将动物用3％异氟烷麻醉并且放置于立体定位框架中。在将手术部位灭菌之后，将各大鼠向脊椎管中2cm处以50μL冲刷体积注射30μL经由8cm鞘内导管施用的ASO溶液。使大鼠恢复4周，其后根据由实验动物护理和使用委员会批准的人道方案将动物安乐死。
RNA分析
从注射位点后2-3mm的脑切片、脑前侧皮层以及脊髓组织的颈部和腰部切片提取RNA，用于分析C9ORF72 mRNA表达。C9ORF72mRNA表达通过RT-PCR测量。数据提供于表35中。结果表明用增加剂量的ISIS 603538处理引起C9ORF72 mRNA表达的剂量依赖性抑制。
还评估了作为CNS毒性的度量的小神经胶质标记物AIF-1的诱导情况。数据提供于表36中。结果表明用增加剂量的ISIS 603538处理不产生显著的AIF-1 mRNA表达增加。因此，认为注射ISIS 603538在此模型中是可耐受的。
表35
与PBS对照相比的C9ORF72 mRNA表达抑制百分比
Figure BDA0000956641540001541
表36
与PBS对照相比的AIF-1 mRNA表达的表达百分比
Figure BDA0000956641540001542
体重分析
以规则时间点时间间隔测量大鼠的体重。数据提供于表37中。结果表明用增加剂量的ISIS 603538处理在大鼠的体重方面不具有任何显著变化。
表37
大鼠的体重(占初始体重的百分比)
Figure BDA0000956641540001543
实施例8：具有混合骨架的5-8-5 MOE间隔体和具有混合骨架的脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸对C9ORF72的反义抑制
将上文的实施例6中所描述的反义寡核苷酸(参见上文的表23和表24)在HepG2细胞中在具有类似培养条件的一系列实验中进行测试。先前在PCT/US2013/065073(要求2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132的优先权)中测试的ISIS 576816用作使用脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸的研究中的基准寡核苷酸。各实验的结果提供于以下所示的表格中。将以20,000个细胞/孔的密度培养的HepG2细胞使用电穿孔用500nM反义寡核苷酸转染。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3905用于测量作为含有六核苷酸重复的前体mRNA的产物的C9ORF72病原相关mRNA变体。将C9ORF72病原相关mRNA变体的水平标准化为如通过
Figure BDA0000956641540001551
所测量的细胞的总RNA含量。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72抑制百分比。
表38
靶向SEQ ID NO:2的具有混合骨架的5-8-5 MOE间隔体与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001552
Figure BDA0000956641540001561
Figure BDA0000956641540001571
Figure BDA0000956641540001581
Figure BDA0000956641540001591
Figure BDA0000956641540001601
表39
靶向SEQ ID NO:2的具有混合骨架的脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001602
Figure BDA0000956641540001611
Figure BDA0000956641540001621
Figure BDA0000956641540001631
Figure BDA0000956641540001641
Figure BDA0000956641540001651
实施例9：在HepG2细胞中人C9ORF72 mRNA的剂量依赖性反义抑制
选择来自在上文的实施例8中所描述的研究的对C9ORF72mRNA展现显著体外抑制的反义寡核苷酸并且在HepG2细胞中在各种剂量下进行测试。先前在PCT/US2013/065073(要求2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132的优先权)中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。以20,000个细胞/孔的密度涂铺细胞并且使用电穿孔用0.11μM、0.33μM、1.00μM或3.00μM浓度的反义寡核苷酸转染。在约16小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3905用于测量作为含有六核苷酸重复的前体mRNA的产物的C9ORF72病原相关mRNA变体。根据如通过
Figure BDA0000956641540001652
所测量的总RNA含量调节C9ORF72 mRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72水平的抑制百分比。
如表39和40中所示，在一些用反义寡核苷酸处理的细胞中，总C9ORF72 mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表39
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001661
表40
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001662
Figure BDA0000956641540001671
实施例10：具有混合骨架的脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸对C9ORF72的反义抑制
将在上文的实施例6中所描述的反义寡核苷酸(参见上文的表25-28)在HepG2细胞中在具有类似培养条件的一系列实验中进行测试。先前在PCT/US2013/065073(要求2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132的优先权)中测试的ISIS 576816用作使用脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸的研究的基准寡核苷酸。各实验的结果提供于以下所示的表格中。将以20,000个细胞/孔的密度培养的HepG2细胞使用电穿孔用700nM反义寡核苷酸转染。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3905用于测量作为含有六核苷酸重复的前体mRNA的产物的C9ORF72病原相关mRNA变体。将C9ORF72病原相关mRNA变体的水平标准化为如通过
Figure BDA0000956641540001673
所测量的细胞的总RNA含量。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72抑制百分比。
表41
靶向SEQ ID NO:2的具有混合骨架的脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001672
Figure BDA0000956641540001681
Figure BDA0000956641540001691
Figure BDA0000956641540001701
Figure BDA0000956641540001711
Figure BDA0000956641540001721
表42
靶向SEQ ID NO:2的具有混合骨架的脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001722
Figure BDA0000956641540001731
Figure BDA0000956641540001741
Figure BDA0000956641540001751
Figure BDA0000956641540001761
Figure BDA0000956641540001771
表43
靶向SEQ ID NO:2的具有混合骨架的脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001772
Figure BDA0000956641540001781
Figure BDA0000956641540001791
Figure BDA0000956641540001801
Figure BDA0000956641540001811
Figure BDA0000956641540001821
表44
靶向SEQ ID NO:2的具有混合骨架的脱氧、MOE以及cEt反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72病原相关mRNA变体的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001822
Figure BDA0000956641540001831
Figure BDA0000956641540001841
Figure BDA0000956641540001851
Figure BDA0000956641540001861
Figure BDA0000956641540001871
实施例11：在HepG2细胞中人C9ORF72 mRNA的剂量依赖性反义抑制
选择来自在上文的实施例10中所描述的研究的对C9ORF72mRNA展现显著体外抑制的反义寡核苷酸并且在HepG2细胞中在各种剂量下进行测试。先前在PCT/US2013/065073(要求2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132的优先权)中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。以20,000个细胞/孔的密度涂铺细胞并且使用电穿孔用0.185μM、0.56μM、1.67μM或5.00μM浓度的反义寡核苷酸转染。在约16小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3905用于测量作为含有六核苷酸重复的前体mRNA的产物的C9ORF72病原相关mRNA变体。根据如通过
Figure BDA0000956641540001881
所测量的总RNA含量调节C9ORF72 mRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72水平的抑制百分比。
如表45-52中所示，在一些用反义寡核苷酸处理的细胞中，总C9ORF72 mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表45
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001882
表46
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001891
表47
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001892
Figure BDA0000956641540001901
表48
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001902
Figure BDA0000956641540001911
表49
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001912
表50
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001913
Figure BDA0000956641540001921
表51
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001922
Figure BDA0000956641540001931
表52
在HepG2细胞中C9ORF72病原相关mRNA变体转录物水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540001932
实施例12：在LLC-MK2细胞中人-恒河猴交叉反应反义寡核苷酸通过混合骨架5-8-5 MOE和5-10-5 MOE间隔体对C9ORF72的反义抑制
设计靶向人C9ORF72核酸并且与恒河猴C9ORF72核酸交叉反应的反义寡核苷酸并且测试其在体外对恒河猴C9ORF72 mRNA表达的影响。先前在2012年10月15日提交的美国申请号61/714,132中测试的ISIS 576816用作基准寡核苷酸。还测试了在上文的实施例2中所描述的作为ISIS 576816的混合骨架型式的ISIS 619420。在具有类似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果提供于以下所示的单独的表格中。将以20,000个细胞/孔的密度培养的LLC-MK2细胞使用电穿孔用3,500nM反义寡核苷酸转染。在约24小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3750(一种TAQ-man引物探针组)用于测量总C9ORF72 mRNA水平。RTS3750靶向mRNA转录物的外显子2并且因此测量总mRNA转录物。在寡核苷酸与引物探针组RTS3750的扩增子重叠的情况下(参见例如表53)，使用替代引物探针组RTS3760_MGB(正向序列TTCCAATGCTTACTGGAGAAGTGA，本文中命名为SEQ ID NO:1546；反向序列GGAACACTGTGTGATTTCATAGATGA，本文中命名为SEQ ID NO:1547；探针序列TCCTGTAATGGAACTGC，本文中命名为SEQ ID NO:1548，一种TAQ-man引物探针组)来测量总mRNA转录物。将C9ORF72 mRNA的水平标准化为如通过
Figure BDA0000956641540001941
所测量的细胞的总RNA含量。结果表示为相对于未处理的对照细胞的恒河猴C9ORF72 mRNA表达的抑制百分比。用星号(*)标记的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用其他测定来测量这些寡核苷酸的效能和功效。‘n.d.’表明在对于所述特定寡核苷酸的测定中存在无信号读数。
下表中的新设计的嵌合反义寡核苷酸被设计成5-8-5 MOE间隔体和5-10-5 MOE间隔体。
5-8-5 MOE间隔体的长度是18个核苷，其中中央间隔片段包含八个2'-脱氧核苷并且侧接5'末端与3'末端上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷具有2'-MOE基团。整个间隔体中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。间隔体的核苷间键是混合的硫代磷酸酯和磷酸二酯键。各间隔体的核苷间键提供于键列中，其中‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。
5-10-5 MOE间隔体的长度是20个核苷，其中中央间隔片段包含十个2'-脱氧核苷并且侧接5'末端与3'末端上各自包含五个核苷的翼片段。5’翼片段中的各核苷和3’翼片段中的各核苷具有2'-MOE基团。整个间隔体中的所有胞嘧啶残基均是5-甲基胞嘧啶。间隔体的核苷间键是混合的硫代磷酸酯和磷酸二酯键。各间隔体的核苷间键提供于键列中，其中‘o’指示磷酸二酯键而‘s’指示硫代磷酸酯键。
“起始位点”指示在基因序列中间隔体所靶向的最5’核苷。“终止位点”指示在基因序列中间隔体所靶向的最3’核苷。下表中所列的各间隔体靶向本文中命名为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号NM_001256054.1)的人C9ORF72 mRNA序列、本文中命名为SEQ ID NO:2(从核苷27535000至27565000截短的GENBANK登录号NT_008413.18的互补序列)的人C9ORF72基因组序列以及本文中命名为SEQ ID NO:19(从核苷8522000至8552000截短的GENBANK登录号NW_001101662.1)的恒河猴C9ORF72基因组序列中的一者或多者。‘错配’列指示人反义寡核苷酸所与恒河猴基因组序列具有的错配数目。恒河猴序列列中的‘n/a’表明人寡核苷酸与恒河猴基因组序列具有超过3个错配。在表中不提供‘错配’列的情况下，应了解表中的人寡核苷酸与恒河猴基因组序列完全交叉反应。
表53
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001951
Figure BDA0000956641540001961
Figure BDA0000956641540001971
Figure BDA0000956641540001981
表54
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540001982
Figure BDA0000956641540001991
Figure BDA0000956641540002001
Figure BDA0000956641540002011
表55
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540002012
Figure BDA0000956641540002021
Figure BDA0000956641540002031
Figure BDA0000956641540002041
表56
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540002042
Figure BDA0000956641540002051
Figure BDA0000956641540002061
表57
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540002071
Figure BDA0000956641540002081
Figure BDA0000956641540002091
表58
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540002092
Figure BDA0000956641540002101
Figure BDA0000956641540002111
Figure BDA0000956641540002121
表59
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540002122
Figure BDA0000956641540002131
Figure BDA0000956641540002141
Figure BDA0000956641540002151
表60
靶向SEQ ID NO：1、2以及19的反义寡核苷酸与PBS对照相比对C9ORF72 mRNA水平的抑制百分比
Figure BDA0000956641540002152
Figure BDA0000956641540002161
Figure BDA0000956641540002171
实施例13：在HepG2细胞中人C9ORF72 mRNA的剂量依赖性反义抑制
选择来自上文所描述的研究的对C9ORF72 mRNA展现显著体外抑制的反义寡核苷酸并且在HepG2细胞中在各种剂量下进行测试。还测试了在上文的实施例2中所描述的ISIS619420。在具有类似培养条件的一系列实验中测试反义寡核苷酸。各实验的结果提供于以下所示的单独的表格中。以20,000个细胞/孔的密度涂铺细胞并且使用电穿孔用0.33μM、1.00μM、3.00μM或9.00μM浓度的反义寡核苷酸转染。在约16小时的处理时间之后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量C9ORF72 mRNA水平。人引物探针组RTS3750用于测量总C9ORF72 mRNA水平。根据如通过
Figure BDA0000956641540002181
所测量的总RNA含量调节C9ORF72 mRNA水平。结果表示为相对于未处理的对照细胞的C9ORF72水平的抑制百分比。
各寡核苷酸的半数最大抑制浓度(IC50)也提供于下表中。如下表中所示，在一些用反义寡核苷酸处理的细胞中，总C9ORF72 mRNA水平以剂量依赖性方式降低。
表61
在HepG2细胞中总C9ORF72 mRNA水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540002182
Figure BDA0000956641540002191
表62
在HepG2细胞中总C9ORF72 mRNA水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540002192
表63
在HepG2细胞中总C9ORF72 mRNA水平的剂量依赖性抑制
Figure BDA0000956641540002193
Figure BDA0000956641540002201
实施例14：小鼠中靶向人C9ORF72的反义寡核苷酸的耐受性
在标准小鼠模型中测试来自以上实施例的反义寡核苷酸以评估寡核苷酸耐受性。通过标准FOB测定和对GFAP和/或AIF表达水平的测量来评估啮齿动物。
小鼠组施用单次ICV剂量的700μg ISIS寡核苷酸。
小鼠FOB测定
在注射后3小时、一周、2周、4周、6周以及8周，根据7个不同的准则评估各小鼠。7个准则是(1)小鼠是聪明的、警觉的并且具反应性；(2)在没有刺激的情况下小鼠站立或弓起背部；(3)在没有刺激的情况下小鼠显示任何运动；(4)小鼠在其被提起之后展示向前的运动；(5)小鼠在其被提起之后展示任何运动；(6)小鼠对尾部夹捏作出反应；(7)规则呼吸。对于7个不同准则中的各者，如果各小鼠满足准则，那么给予其子得分0，或者如果其不满足，那么则为1。在评估所有7个准则之后，将各小鼠的子得分求和并且然后对各组取平均值。举例来说，如果小鼠在700μg ICV剂量之后3小时是聪明的、警觉的并且具反应性并且满足所有其他准则，那么其将得到总计得分0。如果另一小鼠在700μg ICV剂量之后3小时不是聪明的、警觉的并且具反应性，但满足所有其他准则，那么其将得到得分为1。
结果表示为各组中各小鼠的单个得分。在8周之后通过qRT-PCR评估小鼠的胸脊髓中GFAP和AIF1的表达水平。
使用cEt寡核苷酸的研究1
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表64
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
ISIS No 起始位点
672744 1335
672747 1338
672774 1368
672775 1369
672778 1372
672779 1373
672831 1440
672908 1349
672909 1350
672919 1360
672924 1368
672925 1369
672927 1371
672928 1372
672929 1373
672976 1435
672980 1439
672981 1440
表65
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
Figure BDA0000956641540002211
Figure BDA0000956641540002221
使用cEt寡核苷酸的研究2
在此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表66
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002222
Figure BDA0000956641540002231
表67
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0,0
672982 7,7,7,7
672983 5,7,5,7
672984 4,6,6,6
672985 5,4,4,4
673021 5,5,5,5
673023 7,7,7,7
673026 0,0,0,0
673036 7,7,7,7
673047 5,5,5,6
673057 5,0,5,7
673058 3,3,3,3
673067 7,0,0,6
673068 6,6,6,6
673074 1,1,1,1
673079 6,6,7,6
673082 1,3,0,3
673088 6,6,6,6
673125 0,0,0,0
673126 0,0,0,0
673127 7,7,7,7
672832 6,6,6,7
使用cEt寡核苷酸的研究3
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表68
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
ISIS No SEQ ID NO:2的起始位点
673131 1440
673132 1441
673133 1442
673134 1443
673135 1444
673193 1334
673203 1344
673204 1345
673224 1368
673225 1369
673226 1370
673228 1372
673229 1373
673275 1434
673276 1435
673280 1439
表69
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
Figure BDA0000956641540002241
Figure BDA0000956641540002251
使用cEt寡核苷酸的研究4
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表70
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
ISIS No SEQ ID NO:2的起始位点
673128 1437
673130 1439
673281 1440
673282 1441
673283 1442
673284 1443
673285 1444
673323 1512
673331 1520
673332 1521
673374 1368
673375 1369
673377 1371
673378 1372
673379 1373
673430 1439
673431 1440
673432 1441
673434 1443
表71
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
Figure BDA0000956641540002252
Figure BDA0000956641540002261
使用MOE寡核苷酸的研究1
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表72
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002262
Figure BDA0000956641540002271
表73
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0,0
619253 3,3,7,7
619293 6,4,2,4
619322 2,2,2,4
619352 0,0,7,0
619353 6,4,7,6
619410 7,3,3,3
619414 6,6,6,6
619420 7,7,7,7
619421 1,1,1,1
619422 5,5,5,5
619423 6,6,6,6
653222 3,3,3,3
653223 1,1,7,1
655016 5,5,3,3
655017 0,0,0,0
使用MOE寡核苷酸的研究2
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表74
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002272
Figure BDA0000956641540002281
表75
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0,0
619173 7,7,7,7
619174 7,7,7,7
619178 7,7,7,7
619179 7,7,7,7
619180 7,7,7,7
619181 7,7,7,7
619182 7,7,7,7
619185 7,6,6,7
619186 6,6,6,7
619187 5,7,5,7
619191 5,5,3,5
619201 3,3,3,1
619202 6,6,6,6
619203 5,1,5,5
619216 4,4,4,4
619217 2,2,2,2
使用MOE寡核苷酸的研究3
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表76
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002282
Figure BDA0000956641540002291
表77
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0,0
619218 4,2,7,7
619245 4,4,4,4
619246 4,5,5,4
619247 1,1,1,1
619251 4,7,4,4
619252 6,6,6,0
619259 6,6,4,5
619260 4,4,4,4
619276 3,3,4,4
619278 4,7,2,7
619280 7,7,7,7
619284 0,0,0,0
619292 6,5,5,5
619297 7,4,4,4
619298 0,0,0,0
619307 0,0,0,0
使用MOE寡核苷酸的研究4
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表78
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002301
表79
C57/Bl6小鼠中的FOB得分
Figure BDA0000956641540002302
Figure BDA0000956641540002311
实施例15：大鼠中靶向人C9ORF72的反义寡核苷酸的耐受性
在标准大鼠模型中测试来自以上实施例的反义寡核苷酸以评估寡核苷酸耐受性。通过标准FOB测定和对GFAP和/或AIF表达水平的测量来评估啮齿动物。斯普雷格-多利大鼠组经鞘内施用2,000μg或3,000μg的如下表中所指定的ISIS寡核苷酸。
大鼠FOB分析
在注射后3小时、一周、2周、4周、6周以及8周，评估各大鼠身体7个不同部位的运动。7个身体部位是(1)大鼠的尾部；(2)大鼠的后面姿势(posterior posture)；(3)大鼠的后肢；(4)大鼠的后爪；(5)大鼠的前爪；(6)大鼠的前面姿势(anterior posture)；以及(7)大鼠的头部。对于7个不同身体部位中的各者，如果身体部位运动，那么给予各大鼠子得分0，或者如果身体部位瘫痪，那么则为1。在评估7个身体部位中的各者之后，将各大鼠的子得分求和并且然后对各组取平均值。生理盐水处理的大鼠通常得到得分为0。
使用3,000μg5-10-5 MOE寡核苷酸的研究1
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表80
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002312
Figure BDA0000956641540002321
表81
斯普雷格-多利大鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0
619185 7,7,6
619186 0,6,6
619187 7,0,6
619191 6,0,0
619201 1,4,4
619203 5,1,5
619217 4,4,4
619218 4,2,4
619251 6,6,6
619252 6,6,6
619259 0,6,6
619266 4,4,3
619268 6,6,6
619278 6,6,6
619284 1
619346 0,0,6
619350 4,0,3
619351 3,3,3
使用3,000μg5-10-5 MOE寡核苷酸的研究2
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表82
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
ISIS No SEQ ID NO:2的起始位点
619176 1329
619183 1336
619253 1406
619260 1413
619276 1429
619292 1445
619293 1446
619307 1466
619317 1476
619338 1505
619339 1506
619342 1509
表83
斯普雷格-多利大鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,1,1
619176 7,7,6
619183 6,6,6
619253 7,6,6
619260 6,5,5
619276 4,5,5
619292 6,6,0
619293 ND
619307 ND
619317 6,6,7
619338 7,7,7
619339 7,6,3
619342 6,6,6
使用3,000μg5-8-5 MOE寡核苷酸的研究3
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表84
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
ISIS No SEQ ID NO:2的起始位点
672595 1340
672599 1344
672602 1347
672624 1372
672636 1399
672637 1400
672640 1403
672642 1405
672651 1414
672652 1415
表85
斯普雷格-多利大鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0,0
672595 4,0,3,0,4,4,4
672599 3,0,3,0,1,3
672602 3,3,1,0,0,3
672624 3,0,0,7,3,3,3
672636 5,5,5,5
672637 1,1,2,1
672640 6,6,5,1,6,0
672642 6,7,0,7,6,6
672651 6,1,1,6,3,2,3
672652 6,1,1,5,4,4
使用3,000μg5-8-5 MOE寡核苷酸的研究4
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。以下给出FOB得分。
表86
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
ISIS No SEQ ID NO:2的起始位点
672664 1427
672665 1428
672670 1433
672671 1434
672675 1438
672676 1439
672678 1441
672679 1442
672681 1444
672683 1446
672693 1464
672697 1468
672699 1470
672700 1471
672723 1512
672730 1519
表87
斯普雷格-多利大鼠中的FOB得分
Figure BDA0000956641540002351
Figure BDA0000956641540002361
使用3,000μg5-10-5 MOE寡核苷酸的研究5
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。FOB得分在下文中给出并且表明几种寡核苷酸在此模型中是可耐受的。
表88
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002362
表89
斯普雷格-多利大鼠中的FOB得分
Figure BDA0000956641540002363
Figure BDA0000956641540002371
使用2,000μg5-8-5 MOE寡核苷酸的研究6
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。FOB得分在下文中给出并且表明几种寡核苷酸在此模型中是可耐受的。
表90
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002372
表91
斯普雷格-多利大鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0,0
687978 3,3,3,3
688022 3,3,3,3
688077 0,3,1,3,3,3
688088 3,0,3,3,3
688089 1,3,3,3,3
688099 3,4,0,3,3
688100 0,3,4,4
使用2,000 μg 5-8-5和5-10-5 MOE寡核苷酸的研究7
此研究中所测试的寡核苷酸提供于下表中。FOB得分在下文中给出并且表明几种寡核苷酸在此模型中是可耐受的。
表92
靶向SEQ ID NO:2的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002381
表93
斯普雷格-多利大鼠中的FOB得分
3h
PBS 0,0,0,0
688101 3,2,2,2
688348 2,1,2,2
688356 3,3,3,3
688380 0,0,1,0
688382 2,2,2,2
688400 0,3,3,3
688407 2,2,2,2
688415 3,0,3,3
688416 3,3,3,3
688417 4,4,3,3
实施例16：来自WO 2014/062691的寡核苷酸的急性耐受性
在小鼠中在急性耐受性研究中测试WO 2014/062691中所描述的寡核苷酸。所测试的寡核苷酸包括ISIS 576816、ISIS 576974、ISIS 577061、ISIS 577065以及ISIS 577083，其是具有完全硫代磷酸酯骨架并且各胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶的5-10-5 MOE间隔体。序列提供于下表中。将小鼠分成3只或4只小鼠的组。各小鼠组中的各小鼠施用单次ICV剂量的700ug下表中的寡核苷酸。在注射后3小时，根据7个不同准则评估各小鼠。7个准则是(1)小鼠是聪明的、警觉的并且具反应性；(2)在没有刺激的情况下小鼠站立或弓起背部；(3)在没有刺激的情况下小鼠显示任何运动；(4)小鼠在其被提起之后展示向前的运动；(5)小鼠在其被提起之后展示任何运动；(6)小鼠对尾部夹捏作出反应；(7)规则呼吸。对于7个不同准则中的各者，如果各小鼠满足准则，那么给予其子得分0，或者如果其不满足，那么则为1。在评估所有7个准则之后，将各小鼠的子得分求和并且然后对各组取平均值。举例来说，如果小鼠在ICV剂量之后3小时是聪明的、警觉的并且具反应性并且满足所有其他准则，那么其将得到总和得分0。如果另一小鼠在剂量之后3小时不是聪明的、警觉的并且具反应性，但满足所有其他准则，那么其将得到得分为1。生理盐水处理的小鼠通常得到得分为0。结果表示为下表中各处理组的平均得分。这些结果证实ISIS 576816、ISIS 576974、ISIS 577061、ISIS 577065以及ISIS 577083是不良耐受的。
表94
来自WO 2014/062691的反义寡核苷酸
Figure BDA0000956641540002401
表95
小鼠中的FOB得分
3h 5h
576816 7,7,7 7,7,7
576974 6,5,6 7,5,7
577061 7,7,7 7,7,7
577065 6,6,6 7,7,7
577083 7,7,7 7,7,7
在斯普雷格-多利大鼠中测试来自上文所描述的研究的间隔体，包括先前公开于WO 2014/062691中的化合物ISIS 576816、ISIS 576974、ISIS 577061、ISIS 577065以及ISIS 577083的耐受性。将大鼠鞘内注射3mg单次剂量的ISIS寡核苷酸。大鼠对照组鞘内注射PBS。使用功能观察组合试验(FOB)在给药后3小时评估急性耐受性。此得分用于评估化合物的急性耐受性，其中较低得分表示化合物耐受性较好。对照动物通常具有得分‘0’或‘1’。在注射后3小时，通过将各大鼠放置于笼子顶部并且评估某些功能来观察大鼠，视大鼠在目标区域内展现(0)或不展现(1)各功能的正常功能而定分配数字‘0’或‘1’，并且然后将总得分相加。评估七个区域，包括尾部、后爪、后腿、臀部、正面姿势(front posture)、前爪以及头部。
小鼠中的不良急性耐受性通常预示大鼠中的不良急性耐受性。举例来说，ISIS619185(参见上文的实施例14)在小鼠中具有急性耐受性得分7、6、6、6(4个动物)，而在大鼠中具有急性耐受性得分为7、7、6(3个动物)(参见上文的实施例15)。ISIS 619342(参见上文的实施例14)在小鼠中具有急性耐受性得分6、6、6、6(4个动物)，而在大鼠中急性耐受性得分为6、6、6(3个动物)(参见上文的实施例15)。两种化合物均被认为是急性不良耐受的。因此，预期先前公开于WO2014/062691中的化合物ISIS 576816、ISIS 576974、ISIS 577061、ISIS 577065以及ISIS 577083将与在小鼠中类似在大鼠中显示高FOB得分。
Figure IDA0000956641580000011
Figure IDA0000956641580000021
Figure IDA0000956641580000031
Figure IDA0000956641580000041
Figure IDA0000956641580000051
Figure IDA0000956641580000061
Figure IDA0000956641580000071
Figure IDA0000956641580000081
Figure IDA0000956641580000091
Figure IDA0000956641580000101
Figure IDA0000956641580000111
Figure IDA0000956641580000121
Figure IDA0000956641580000131
Figure IDA0000956641580000141
Figure IDA0000956641580000151
Figure IDA0000956641580000161
Figure IDA0000956641580000171
Figure IDA0000956641580000181
Figure IDA0000956641580000191
Figure IDA0000956641580000201
Figure IDA0000956641580000211
Figure IDA0000956641580000221
Figure IDA0000956641580000231
Figure IDA0000956641580000241
Figure IDA0000956641580000251
Figure IDA0000956641580000261
Figure IDA0000956641580000271
Figure IDA0000956641580000281
Figure IDA0000956641580000291
Figure IDA0000956641580000301
Figure IDA0000956641580000311
Figure IDA0000956641580000321
Figure IDA0000956641580000331
Figure IDA0000956641580000341
Figure IDA0000956641580000351
Figure IDA0000956641580000361
Figure IDA0000956641580000371
Figure IDA0000956641580000381
Figure IDA0000956641580000391
Figure IDA0000956641580000401
Figure IDA0000956641580000411
Figure IDA0000956641580000421
Figure IDA0000956641580000431
Figure IDA0000956641580000441
Figure IDA0000956641580000451
Figure IDA0000956641580000461
Figure IDA0000956641580000471
Figure IDA0000956641580000481
Figure IDA0000956641580000491
Figure IDA0000956641580000501
Figure IDA0000956641580000511
Figure IDA0000956641580000521
Figure IDA0000956641580000531
Figure IDA0000956641580000541
Figure IDA0000956641580000551
Figure IDA0000956641580000561
Figure IDA0000956641580000571
Figure IDA0000956641580000581
Figure IDA0000956641580000591
Figure IDA0000956641580000601
Figure IDA0000956641580000611
Figure IDA0000956641580000621
Figure IDA0000956641580000631
Figure IDA0000956641580000641
Figure IDA0000956641580000651
Figure IDA0000956641580000661
Figure IDA0000956641580000671
Figure IDA0000956641580000681
Figure IDA0000956641580000691
Figure IDA0000956641580000701
Figure IDA0000956641580000711
Figure IDA0000956641580000721
Figure IDA0000956641580000731
Figure IDA0000956641580000741
Figure IDA0000956641580000751
Figure IDA0000956641580000761
Figure IDA0000956641580000771
Figure IDA0000956641580000781
Figure IDA0000956641580000791
Figure IDA0000956641580000801
Figure IDA0000956641580000811
Figure IDA0000956641580000821
Figure IDA0000956641580000831
Figure IDA0000956641580000841
Figure IDA0000956641580000851
Figure IDA0000956641580000861
Figure IDA0000956641580000871
Figure IDA0000956641580000881
Figure IDA0000956641580000891
Figure IDA0000956641580000901
Figure IDA0000956641580000911
Figure IDA0000956641580000921
Figure IDA0000956641580000931
Figure IDA0000956641580000941
Figure IDA0000956641580000951
Figure IDA0000956641580000961
Figure IDA0000956641580000971
Figure IDA0000956641580000981
Figure IDA0000956641580000991
Figure IDA0000956641580001001
Figure IDA0000956641580001011
Figure IDA0000956641580001021
Figure IDA0000956641580001031
Figure IDA0000956641580001041
Figure IDA0000956641580001051
Figure IDA0000956641580001061
Figure IDA0000956641580001071
Figure IDA0000956641580001081
Figure IDA0000956641580001091
Figure IDA0000956641580001101
Figure IDA0000956641580001111
Figure IDA0000956641580001121
Figure IDA0000956641580001131
Figure IDA0000956641580001141
Figure IDA0000956641580001151
Figure IDA0000956641580001161
Figure IDA0000956641580001171
Figure IDA0000956641580001181
Figure IDA0000956641580001191
Figure IDA0000956641580001201
Figure IDA0000956641580001211
Figure IDA0000956641580001221
Figure IDA0000956641580001231
Figure IDA0000956641580001241
Figure IDA0000956641580001251
Figure IDA0000956641580001261
Figure IDA0000956641580001271
Figure IDA0000956641580001281
Figure IDA0000956641580001291
Figure IDA0000956641580001301
Figure IDA0000956641580001311
Figure IDA0000956641580001321
Figure IDA0000956641580001331
Figure IDA0000956641580001341
Figure IDA0000956641580001351
Figure IDA0000956641580001361
Figure IDA0000956641580001371
Figure IDA0000956641580001381
Figure IDA0000956641580001391
Figure IDA0000956641580001401
Figure IDA0000956641580001411
Figure IDA0000956641580001421
Figure IDA0000956641580001431
Figure IDA0000956641580001441
Figure IDA0000956641580001451
Figure IDA0000956641580001461
Figure IDA0000956641580001471
Figure IDA0000956641580001481
Figure IDA0000956641580001491
Figure IDA0000956641580001501
Figure IDA0000956641580001511
Figure IDA0000956641580001521
Figure IDA0000956641580001531
Figure IDA0000956641580001541
Figure IDA0000956641580001551
Figure IDA0000956641580001561
Figure IDA0000956641580001571
Figure IDA0000956641580001581
Figure IDA0000956641580001591
Figure IDA0000956641580001601
Figure IDA0000956641580001611
Figure IDA0000956641580001621
Figure IDA0000956641580001631
Figure IDA0000956641580001641
Figure IDA0000956641580001651
Figure IDA0000956641580001661
Figure IDA0000956641580001671
Figure IDA0000956641580001681
Figure IDA0000956641580001691
Figure IDA0000956641580001701
Figure IDA0000956641580001711
Figure IDA0000956641580001721
Figure IDA0000956641580001731
Figure IDA0000956641580001741
Figure IDA0000956641580001751
Figure IDA0000956641580001761
Figure IDA0000956641580001771
Figure IDA0000956641580001781
Figure IDA0000956641580001791
Figure IDA0000956641580001801
Figure IDA0000956641580001811
Figure IDA0000956641580001821
Figure IDA0000956641580001831
Figure IDA0000956641580001841
Figure IDA0000956641580001851
Figure IDA0000956641580001861
Figure IDA0000956641580001871
Figure IDA0000956641580001881
Figure IDA0000956641580001891
Figure IDA0000956641580001901
Figure IDA0000956641580001911
Figure IDA0000956641580001921
Figure IDA0000956641580001931
Figure IDA0000956641580001941
Figure IDA0000956641580001951
Figure IDA0000956641580001961
Figure IDA0000956641580001971
Figure IDA0000956641580001981
Figure IDA0000956641580001991
Figure IDA0000956641580002001
Figure IDA0000956641580002011
Figure IDA0000956641580002021
Figure IDA0000956641580002031
Figure IDA0000956641580002041
Figure IDA0000956641580002051
Figure IDA0000956641580002061
Figure IDA0000956641580002071
Figure IDA0000956641580002081
Figure IDA0000956641580002091
Figure IDA0000956641580002101
Figure IDA0000956641580002111
Figure IDA0000956641580002121
Figure IDA0000956641580002131
Figure IDA0000956641580002141
Figure IDA0000956641580002151
Figure IDA0000956641580002161
Figure IDA0000956641580002171
Figure IDA0000956641580002181
Figure IDA0000956641580002191
Figure IDA0000956641580002201
Figure IDA0000956641580002211
Figure IDA0000956641580002221
Figure IDA0000956641580002231
Figure IDA0000956641580002241
Figure IDA0000956641580002251
Figure IDA0000956641580002261
Figure IDA0000956641580002271
Figure IDA0000956641580002281
Figure IDA0000956641580002291
Figure IDA0000956641580002301
Figure IDA0000956641580002311
Figure IDA0000956641580002321
Figure IDA0000956641580002331
Figure IDA0000956641580002341
Figure IDA0000956641580002351
Figure IDA0000956641580002361
Figure IDA0000956641580002371
Figure IDA0000956641580002381
Figure IDA0000956641580002391
Figure IDA0000956641580002401
Figure IDA0000956641580002411
Figure IDA0000956641580002421
Figure IDA0000956641580002431
Figure IDA0000956641580002441
Figure IDA0000956641580002451
Figure IDA0000956641580002461
Figure IDA0000956641580002471
Figure IDA0000956641580002481
Figure IDA0000956641580002491
Figure IDA0000956641580002501
Figure IDA0000956641580002511
Figure IDA0000956641580002521
Figure IDA0000956641580002531
Figure IDA0000956641580002541
Figure IDA0000956641580002551
Figure IDA0000956641580002561
Figure IDA0000956641580002571
Figure IDA0000956641580002581
Figure IDA0000956641580002591
Figure IDA0000956641580002601
Figure IDA0000956641580002611
Figure IDA0000956641580002621
Figure IDA0000956641580002631
Figure IDA0000956641580002641
Figure IDA0000956641580002651
Figure IDA0000956641580002661
Figure IDA0000956641580002671
Figure IDA0000956641580002681
Figure IDA0000956641580002691
Figure IDA0000956641580002701
Figure IDA0000956641580002711
Figure IDA0000956641580002721
Figure IDA0000956641580002731
Figure IDA0000956641580002741
Figure IDA0000956641580002751
Figure IDA0000956641580002761
Figure IDA0000956641580002771
Figure IDA0000956641580002781
Figure IDA0000956641580002791
Figure IDA0000956641580002801
Figure IDA0000956641580002811
Figure IDA0000956641580002821
Figure IDA0000956641580002831
Figure IDA0000956641580002841
Figure IDA0000956641580002851
Figure IDA0000956641580002861
Figure IDA0000956641580002871
Figure IDA0000956641580002881
Figure IDA0000956641580002891
Figure IDA0000956641580002901
Figure IDA0000956641580002911
Figure IDA0000956641580002921
Figure IDA0000956641580002931
Figure IDA0000956641580002941
Figure IDA0000956641580002951
Figure IDA0000956641580002961
Figure IDA0000956641580002971
Figure IDA0000956641580002981
Figure IDA0000956641580002991
Figure IDA0000956641580003001
Figure IDA0000956641580003011
Figure IDA0000956641580003021
Figure IDA0000956641580003031
Figure IDA0000956641580003041
Figure IDA0000956641580003051
Figure IDA0000956641580003061
Figure IDA0000956641580003071
Figure IDA0000956641580003081
Figure IDA0000956641580003091
Figure IDA0000956641580003101
Figure IDA0000956641580003111
Figure IDA0000956641580003121
Figure IDA0000956641580003131
Figure IDA0000956641580003141
Figure IDA0000956641580003151
Figure IDA0000956641580003161
Figure IDA0000956641580003171
Figure IDA0000956641580003181
Figure IDA0000956641580003191
Figure IDA0000956641580003201
Figure IDA0000956641580003211
Figure IDA0000956641580003221
Figure IDA0000956641580003231
Figure IDA0000956641580003241
Figure IDA0000956641580003251
Figure IDA0000956641580003261
Figure IDA0000956641580003271
Figure IDA0000956641580003281
Figure IDA0000956641580003291
Figure IDA0000956641580003301
Figure IDA0000956641580003311
Figure IDA0000956641580003321
Figure IDA0000956641580003331
Figure IDA0000956641580003341
Figure IDA0000956641580003351
Figure IDA0000956641580003361
Figure IDA0000956641580003371
Figure IDA0000956641580003381
Figure IDA0000956641580003391
Figure IDA0000956641580003401
Figure IDA0000956641580003411
Figure IDA0000956641580003421
Figure IDA0000956641580003431
Figure IDA0000956641580003441
Figure IDA0000956641580003451
Figure IDA0000956641580003461
Figure IDA0000956641580003471
Figure IDA0000956641580003481
Figure IDA0000956641580003491
Figure IDA0000956641580003501
Figure IDA0000956641580003511
Figure IDA0000956641580003521
Figure IDA0000956641580003531
Figure IDA0000956641580003541
Figure IDA0000956641580003551
Figure IDA0000956641580003561
Figure IDA0000956641580003571
Figure IDA0000956641580003581
Figure IDA0000956641580003591
Figure IDA0000956641580003601
Figure IDA0000956641580003611
Figure IDA0000956641580003621
Figure IDA0000956641580003631
Figure IDA0000956641580003641
Figure IDA0000956641580003651
Figure IDA0000956641580003661
Figure IDA0000956641580003671
Figure IDA0000956641580003681
Figure IDA0000956641580003691
Figure IDA0000956641580003701
Figure IDA0000956641580003711
Figure IDA0000956641580003721
Figure IDA0000956641580003731
Figure IDA0000956641580003741
Figure IDA0000956641580003751
Figure IDA0000956641580003761
Figure IDA0000956641580003771
Figure IDA0000956641580003781
Figure IDA0000956641580003791
Figure IDA0000956641580003801
Figure IDA0000956641580003811
Figure IDA0000956641580003821
Figure IDA0000956641580003831
Figure IDA0000956641580003841
Figure IDA0000956641580003851
Figure IDA0000956641580003861
Figure IDA0000956641580003871
Figure IDA0000956641580003881
Figure IDA0000956641580003891
Figure IDA0000956641580003901
Figure IDA0000956641580003911
Figure IDA0000956641580003921
Figure IDA0000956641580003931
Figure IDA0000956641580003941
Figure IDA0000956641580003951

Claims (27)

1.一种化合物，其包含单链经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由18至30个连接的核苷组成并且具有包含SEQ ID NO：98、263、264、266、268-272、274-276、278-285、287、830、833、834、837-839、841、842、844、846和856的任一核碱基序列的至少18个连续核碱基的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与C9ORF72核酸的等长部分100％互补，其中所述经修饰的寡核苷酸是间隔体，其中所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键是经修饰的核苷间键，且所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键，且其中所述修饰的寡核苷酸能够减少C9ORF72mRNA的表达和/或蛋白质水平。
2.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：98、263、264、266、268-272、274-276、278-285、287、830、833、834、837-839、841、842、844、846和856中的任一个的核碱基序列。
3.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：844的核碱基序列的核碱基序列。
4.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由18-24个连接的核苷组成。
5.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
6.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核碱基包含经修饰的核碱基。
7.如权利要求6所述的化合物，其中所述经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
8.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种经修饰的糖，所述至少一种经修饰的糖包含双环糖。
9.如权利要求8所述的化合物，其中所述双环糖在所述糖的4’与2’位置之间包含化学桥，其中各个化学桥独立地选自：4’-CH(R)-O-2’和4’-(CH2)2-O-2’，其中R独立地选自H、C1-C6烷基和C1-C6烷氧基。
10.如权利要求9所述的化合物，其中至少一种化学桥是4’-CH(R)-O-2’且其中R是甲基。
11.如权利要求9所述的化合物，其中至少一种化学桥是4’-CH(R)-O-2’且其中R是H。
12.如权利要求9所述的化合物，其中至少一种化学桥是4’-CH(R)-O-2’且其中R是–CH2-O-CH3。
13.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种经修饰的糖，所述至少一种经修饰的糖包含2'-O-甲氧基乙基基团。
14.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种经修饰的糖，所述至少一种经修饰的糖包含2'-O-甲基基团。
15.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
间隔片段，其由10个连接的脱氧核苷组成；
5’翼片段，其由5个连接的核苷组成；以及
3’翼片段，其由5个连接的核苷组成；
其中所述间隔片段位于所述5’翼片段与所述3’翼片段之间，并且其中各翼片段的各核苷包含经修饰的糖。
16.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
间隔片段，其由8个连接的脱氧核苷组成；
5’翼片段，其由5个连接的核苷组成；以及
3’翼片段，其由5个连接的核苷组成；
其中所述间隔片段位于所述5’翼片段与所述3’翼片段之间，并且其中各翼片段的各核苷包含经修饰的糖。
17.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含呈以下模式中的任一种的糖修饰：eeekkdddddddkkeee，eekkddddddddkkeee、ekddddddddekekeee、kekeddddddddekeke以及ekekddddddddkekee；其中，
e＝2'-O-甲氧基乙基修饰的核苷
d＝2'-脱氧核苷，并且
k＝cEt核苷。
18.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含呈以下模式中的任一种的核苷间键：soooossssssssssooss、sooosssssssssooss、soosssssssssooss以及sosssssssssoooss；其中，
s＝硫代磷酸酯键，并且
o＝磷酸二酯键。
19.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成。
20.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由19个连接的核苷组成。
21.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成。
22.如权利要求1所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸具有与C9ORF72的六核苷酸重复扩增以外的区域互补的核碱基序列，其中所述六核苷酸重复扩增包含GGGCC、GGGGGG、GGGGCG和GGGGGC的任意一个。
23.如权利要求1所述的化合物，其由所述经修饰的寡核苷酸组成。
24.一种缀合的反义化合物，其包含如权利要求1所述的化合物。
25.一种组合物，其包含如权利要求1-23中任意一个所述的化合物和药学上可接受的载体或稀释剂。
26.如权利要求25所述的组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂是磷酸盐缓冲盐水(PBS)。
27.如权利要求25所述的组合物，其中所述化合物的经修饰的寡核苷酸是钠盐。
CN201480054676.7A 2013-10-11 2014-10-11 用于调节c9orf72表达的组合物 Active CN105637090B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010989035.8A CN112080502A (zh) 2013-10-11 2014-10-11 用于调节c9orf72表达的组合物

Applications Claiming Priority (11)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361890108P 2013-10-11 2013-10-11
US61/890,108 2013-10-11
US201361891313P 2013-10-15 2013-10-15
US61/891,313 2013-10-15
US201361919540P 2013-12-20 2013-12-20
US61/919,540 2013-12-20
US201461927903P 2014-01-15 2014-01-15
US61/927,903 2014-01-15
US201461980502P 2014-04-16 2014-04-16
US61/980,502 2014-04-16
PCT/US2014/060194 WO2015054676A2 (en) 2013-10-11 2014-10-11 Compositions for modulating c9orf72 expression

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010989035.8A Division CN112080502A (zh) 2013-10-11 2014-10-11 用于调节c9orf72表达的组合物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN105637090A CN105637090A (zh) 2016-06-01
CN105637090B true CN105637090B (zh) 2020-10-16

Family

ID=52813758

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201480054676.7A Active CN105637090B (zh) 2013-10-11 2014-10-11 用于调节c9orf72表达的组合物
CN202010989035.8A Pending CN112080502A (zh) 2013-10-11 2014-10-11 用于调节c9orf72表达的组合物

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010989035.8A Pending CN112080502A (zh) 2013-10-11 2014-10-11 用于调节c9orf72表达的组合物

Country Status (16)

Country Link
US (3) US10221414B2 (zh)
EP (2) EP3055414A4 (zh)
JP (2) JP6679476B2 (zh)
KR (1) KR20160062069A (zh)
CN (2) CN105637090B (zh)
AU (2) AU2014331652B2 (zh)
BR (1) BR112016007751A2 (zh)
CA (1) CA2926408A1 (zh)
CL (3) CL2016000839A1 (zh)
IL (1) IL244759A0 (zh)
MX (2) MX2016004651A (zh)
MY (1) MY192689A (zh)
PH (1) PH12016500603A1 (zh)
RU (1) RU2748426C2 (zh)
SG (2) SG11201602597YA (zh)
WO (1) WO2015054676A2 (zh)

Families Citing this family (34)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
BRPI0923225A2 (pt) 2008-12-02 2016-10-04 Chiralgen Ltd metodo para sintese de acidos nucleicos modificados no atomo de fosforo
KR101885383B1 (ko) 2009-07-06 2018-08-03 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 신규한 핵산 프로드러그 및 그의 사용 방법
JP5868324B2 (ja) 2010-09-24 2016-02-24 株式会社Ｗａｖｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｊａｐａｎ 不斉補助基
CN103796657B (zh) 2011-07-19 2017-07-11 波涛生命科学有限公司 合成官能化核酸的方法
SG11201500239VA (en) 2012-07-13 2015-03-30 Wave Life Sciences Japan Asymmetric auxiliary group
US10577604B2 (en) 2012-10-15 2020-03-03 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for monitoring C9ORF72 expression
BR112015008399A8 (pt) 2012-10-15 2017-10-03 Ionis Pharmaceuticals Inc Composto para modular a expressão de c90rf72, seu uso, oligonucleotídeo modificado, composto de fita dupla e composição
PT2906696T (pt) 2012-10-15 2019-12-16 Univ California Métodos para modular a expressão de c9orf72
BR112016007751A2 (pt) 2013-10-11 2017-09-12 Ionis Pharmaceuticals Inc composições para modulação de expressão de c9orf72
KR102423317B1 (ko) 2014-01-16 2022-07-22 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 키랄 디자인
CA2942515A1 (en) 2014-03-18 2015-09-24 University Of Massachusetts Raav-based compositions and methods for treating amyotrophic lateral sclerosis
ES2791995T3 (es) * 2015-04-16 2020-11-06 Ionis Pharmaceuticals Inc Composiciones para modular la expresión de C90RF72
CN109477106B (zh) 2015-07-10 2022-10-04 Ionis制药公司 二酰基甘油酰基转移酶2(dgat2)的调节剂
US11260073B2 (en) 2015-11-02 2022-03-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating C90RF72
CN105663129B (zh) * 2015-12-29 2020-05-15 山东大学 用于治疗肌萎缩侧索硬化和额颞叶痴呆的化合物与应用
EP3443094B1 (en) * 2016-04-13 2022-10-19 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing c9orf72 expression
WO2018102397A1 (en) 2016-11-29 2018-06-07 PureTech Health LLC Exosomes for delivery of therapeutic agents
AU2018264996A1 (en) 2017-05-09 2019-12-05 University Of Massachusetts Methods of treating Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS)
WO2019032612A1 (en) * 2017-08-08 2019-02-14 Wave Life Sciences Ltd. OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND ASSOCIATED METHODS
JP7397488B2 (ja) 2017-09-22 2023-12-13 ユニバーシティ オブ マサチューセッツ Ｓｏｄ１二重発現ベクターおよびその使用
MX2020004207A (es) * 2017-10-23 2020-11-11 Prevail Therapeutics Inc Terapias génicas para enfermedades neurodegenerativas.
WO2019094694A1 (en) * 2017-11-10 2019-05-16 University Of Massachusetts Compositions and methods for the treatment of expanded repeat-associated disorders
BR112020013994A2 (pt) 2018-01-12 2020-12-08 Bristol-Myers Squibb Company Oligonucleotídeos antissenso que direcionam alfa-sinucleína e seus usos
WO2020055917A1 (en) * 2018-09-10 2020-03-19 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating cln3 expression
TWI781347B (zh) * 2018-10-01 2022-10-21 美商Ｕｎｓ Ｉｐ控股公司 針對源自c9orf72二肽重複蛋白的胜肽免疫原結構
US20220034907A1 (en) 2018-12-06 2022-02-03 Biogen Ma Inc. Neurofilament protein for guiding therapeutic intervention in amyotrophic lateral sclerosis
EP3946374A4 (en) * 2019-03-29 2023-07-19 University of Massachusetts OLIGONUCLEOTIDE-BASED MODULATION OF C9ORF72
CN114072501A (zh) * 2019-05-06 2022-02-18 马萨诸塞大学 抗c9orf72寡核苷酸及相关方法
WO2021159008A2 (en) 2020-02-07 2021-08-12 Maze Therapeutics, Inc. Compositions and methods for treating neurodegenerative diseases
US20230117089A1 (en) * 2020-02-28 2023-04-20 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating splicing of pre-mrna
EP4125930A1 (en) * 2020-03-27 2023-02-08 University Of Massachusetts Dual-acting sirna based modulation of c9orf72
US20230139408A1 (en) * 2020-04-09 2023-05-04 Association Institut De Myologie Antisense sequences for treating amyotrophic lateral sclerosis
AU2022255175A1 (en) 2021-04-06 2023-11-23 Trace NewCo, Inc. Compositions and methods for treating tdp-43 proteinopathy
WO2024077109A1 (en) 2022-10-05 2024-04-11 Maze Therapeutics, Inc. Unc13a antisense oligonucleotides and uses thereof

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100216864A1 (en) * 2006-10-09 2010-08-26 Ellen Marie Straarup RNA Antagonist Compounds for the Modulation of PCSK9
WO2013030588A1 (en) * 2011-08-31 2013-03-07 The University Of Manchester Method for diagnosing a neurodegenerative disease
WO2013086207A1 (en) * 2011-12-06 2013-06-13 The Ohio State University Non-ionic, low osmolar contrast agents for delivery of antisense oligonucleotides and treatment of disease
WO2014062686A1 (en) * 2012-10-15 2014-04-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating c9orf72 expression
CN104968783A (zh) * 2012-10-15 2015-10-07 Isis制药公司 用于调节c9orf72表达的组合物

Family Cites Families (73)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6582908B2 (en) 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
DK1695979T3 (da) 1991-12-24 2011-10-10 Isis Pharmaceuticals Inc Gappede modificerede oligonukleotider
JPH08504559A (ja) 1992-12-14 1996-05-14 ハネウエル・インコーポレーテッド 個別に制御される冗長巻線を有するモータシステム
US5801154A (en) 1993-10-18 1998-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of multidrug resistance-associated protein
US5681940A (en) 1994-11-02 1997-10-28 Icn Pharmaceuticals Sugar modified nucleosides and oligonucleotides
US6770748B2 (en) 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
US6794499B2 (en) 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
NZ503765A (en) 1997-09-12 2002-04-26 Exiqon As Bi-cyclic and tri-cyclic nucleotide analogues
US20030228597A1 (en) 1998-04-13 2003-12-11 Cowsert Lex M. Identification of genetic targets for modulation by oligonucleotides and generation of oligonucleotides for gene modulation
US5998148A (en) 1999-04-08 1999-12-07 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense modulation of microtubule-associated protein 4 expression
JP2002543214A (ja) 1999-05-04 2002-12-17 エクシコン エ／エス Ｌ−リボ−ｌｎａ類縁体
US6525191B1 (en) 1999-05-11 2003-02-25 Kanda S. Ramasamy Conformationally constrained L-nucleosides
DE19935303A1 (de) * 1999-07-28 2001-02-08 Aventis Pharma Gmbh Oligonukleotide zur Inhibierung der Expression von humanem eg5
USH2191H1 (en) 2000-10-24 2007-06-05 Snp Consortium Identification and mapping of single nucleotide polymorphisms in the human genome
US20050019915A1 (en) 2001-06-21 2005-01-27 Bennett C. Frank Antisense modulation of superoxide dismutase 1, soluble expression
CA2452458A1 (en) 2001-07-03 2003-01-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
EP1560840B1 (en) 2002-11-05 2015-05-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation
CA2504694C (en) 2002-11-05 2013-10-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
AU2003295600A1 (en) 2002-11-14 2004-06-15 Dharmacon, Inc. Functional and hyperfunctional sirna
US7250496B2 (en) 2002-11-14 2007-07-31 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory genes and uses thereof
US7790867B2 (en) 2002-12-05 2010-09-07 Rosetta Genomics Inc. Vaccinia virus-related nucleic acids and microRNA
WO2004106356A1 (en) 2003-05-27 2004-12-09 Syddansk Universitet Functionalized nucleotide derivatives
ATE555118T1 (de) 2003-08-28 2012-05-15 Takeshi Imanishi Neue synthetische nukleidsäuren vom typ mit quervernetzter n-o-bindung
CA2538252C (en) 2003-09-18 2014-02-25 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-thionucleosides and oligomeric compounds
US20050261233A1 (en) 2004-04-21 2005-11-24 Sanjay Bhanot Modulation of glucose-6-phosphatase translocase expression
EP1752536A4 (en) 2004-05-11 2008-04-16 Alphagen Co Ltd POLYNUCLEOTIDE CAUSING RNA INTERFERENCE AND METHOD OF REGULATING GENE EXPRESSION WITH THE USE OF THE SAME
CA2569036A1 (en) 2004-06-03 2005-12-22 Balkrishen Bhat Chimeric gapped oligomeric compositions
US20090291437A1 (en) 2005-11-02 2009-11-26 O'brien Sean Methods for targeting quadruplex sequences
US7951934B2 (en) 2006-01-26 2011-05-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and their uses directed to huntingtin
CA2640171C (en) 2006-01-27 2014-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-modified bicyclic nucleic acid analogs
ES2471978T3 (es) 2006-05-05 2014-06-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compuestos y procedimientos para modular la expresión de ApoB
WO2007134181A2 (en) 2006-05-11 2007-11-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-modified bicyclic nucleic acid analogs
WO2008076324A2 (en) 2006-12-14 2008-06-26 Novartis Ag Compositions and methods to treat muscular & cardiovascular disorders
EP2125852B1 (en) 2007-02-15 2016-04-06 Ionis Pharmaceuticals, Inc. 5'-substituted-2'-f modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
US8278425B2 (en) 2007-05-30 2012-10-02 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
EP2173760B2 (en) 2007-06-08 2015-11-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs
ATE462787T1 (de) 2007-06-18 2010-04-15 Commissariat Energie Atomique Reversibles sirna-silencing eines mutierten und endogenen huntington-wildtypgens und dessen anwendung zur behandlung von morbus huntington
CA2692579C (en) 2007-07-05 2016-05-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-disubstituted bicyclic nucleic acid analogs
US20090123928A1 (en) 2007-10-11 2009-05-14 The Johns Hopkins University Genomic Landscapes of Human Breast and Colorectal Cancers
EP2217705A2 (en) 2007-11-05 2010-08-18 Baltic Technology Development, Ltd. Use of oligonucleotides with modified bases in hybridization of nucleic acids
WO2009067647A1 (en) 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
EP2265627A2 (en) 2008-02-07 2010-12-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
US8669102B2 (en) 2008-08-14 2014-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of prion expression
DK2356129T3 (da) 2008-09-24 2013-05-13 Isis Pharmaceuticals Inc Substituerede alpha-L-bicykliske nukleosider
WO2010120820A1 (en) 2009-04-13 2010-10-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulation of smn2 splicing
BRPI1010689A2 (pt) 2009-06-15 2016-03-15 Alnylam Pharmaceuticals Inc "dsrna formulado por lipídios direcionados para o gene pcsk9"
CA2767231A1 (en) 2009-07-06 2011-01-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Cell-based bioprocessing
US8927513B2 (en) 2009-07-07 2015-01-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 5′ phosphate mimics
WO2011017521A2 (en) 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
WO2011135396A1 (en) 2010-04-30 2011-11-03 Cellectis Method for modulating double-strand break-induced homologous recombination
WO2012005898A2 (en) 2010-06-15 2012-01-12 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Chinese hamster ovary (cho) cell transcriptome, corresponding sirnas and uses thereof
EP2595664B1 (en) 2010-07-19 2018-10-17 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of nuclear-retained rna
EP2655621B1 (en) 2010-12-20 2018-05-23 The General Hospital Corporation Polycomb-associated non-coding rnas
US20140050778A1 (en) 2010-12-28 2014-02-20 University Of Rochester Nucleic acid binding compounds, methods of making, and use thereof
BR112013024768B1 (pt) 2011-04-01 2022-02-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc Composto para inibição da expressão de mrna e proteína stat3, uso do composto e composição farmacêutica
EP3505528B1 (en) 2011-04-21 2020-11-25 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of hepatitis b virus (hbv) expression
WO2013036833A1 (en) 2011-09-09 2013-03-14 Mayo Foundation For Medical Education And Research Detecting frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
JP2014533508A (ja) 2011-11-17 2014-12-15 リーアニクス・インコーポレイテッドＲｈｅｏｎｉｘ， Ｉｎｃ． 選択的分子分析のためのシステムおよび方法
ES2832531T3 (es) 2011-11-30 2021-06-10 Sarepta Therapeutics Inc Oligonucleótidos para el tratamiento de enfermedades por expansión de repeticiones
CN110025628B (zh) 2012-04-23 2023-03-31 维科医疗有限公司 治疗神经肌肉障碍的具有改善特性的rna调节寡核苷酸
EA201492116A1 (ru) 2012-05-16 2015-05-29 Рана Терапьютикс, Инк. Композиции и способы для модулирования экспрессии mecp2
US10577604B2 (en) 2012-10-15 2020-03-03 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for monitoring C9ORF72 expression
DK2948777T3 (da) 2013-01-22 2019-09-23 Deutsches Zentrum Fuer Neurodegenerative Erkrankungen E V Dipeptid-repeat-proteiner som terapeutisk mål i neurodegenerative sygdomme med hexanukleotid-repeat-udvidelse
BR112016007751A2 (pt) 2013-10-11 2017-09-12 Ionis Pharmaceuticals Inc composições para modulação de expressão de c9orf72
WO2016024205A1 (en) 2014-08-15 2016-02-18 Pfizer Inc. Oligomers targeting hexanucleotide repeat expansion in human c9orf72 gene
KR102594327B1 (ko) 2014-09-30 2023-10-27 뉴리뮨 홀딩 아게 인간-유래의 항-디펩티드 반복체(dpr) 항체
US10538762B2 (en) 2014-10-14 2020-01-21 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Allele selective inhibition of mutant C9orf72 foci expression by duplex RNAS targeting the expanded hexanucleotide repeat
ES2791995T3 (es) 2015-04-16 2020-11-06 Ionis Pharmaceuticals Inc Composiciones para modular la expresión de C90RF72
US11260073B2 (en) 2015-11-02 2022-03-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating C90RF72
SG10201510101XA (en) 2015-12-09 2017-07-28 Au Optronics Corp Evaporation apparatus and evaporation method
EP3443094B1 (en) 2016-04-13 2022-10-19 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing c9orf72 expression
WO2018064600A1 (en) 2016-09-30 2018-04-05 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals having a hexanucleotide repeat expansion in a c9orf72 locus

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100216864A1 (en) * 2006-10-09 2010-08-26 Ellen Marie Straarup RNA Antagonist Compounds for the Modulation of PCSK9
WO2013030588A1 (en) * 2011-08-31 2013-03-07 The University Of Manchester Method for diagnosing a neurodegenerative disease
WO2013086207A1 (en) * 2011-12-06 2013-06-13 The Ohio State University Non-ionic, low osmolar contrast agents for delivery of antisense oligonucleotides and treatment of disease
WO2014062686A1 (en) * 2012-10-15 2014-04-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating c9orf72 expression
CN104968783A (zh) * 2012-10-15 2015-10-07 Isis制药公司 用于调节c9orf72表达的组合物

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Antisense Therapy in Neurology;Joshua J. A. Lee等;《Journal of Personalized Medicine》;20130802;第3卷(第3期);第144-176页 *
Dramatically improved RNA in situ hybridization signals using LNA-modified probes;RUNE THOMSEN等;《RNA》;20051130;第11卷(第11期);第1745-1748页 *
The Unstable Repeats-Three Evolving Faces of Neurological Disease;David L. Nelson等;《Neuron》;20160306;第77卷(第5期);第825-843页 *
Treatment implications of C9ORF72;Sharon J Sha等;《Alzheimer’s Research & Therapy》;20121127;第4卷(第46期);第1-7页 *
Unconventional Translation of C9ORF72 GGGGCC Expansion Generates Insoluble Polypeptides Specific to c9FTD/ALS;Peter E. A.Ash等;《Neuron》;20130220;第77卷(第4期);第639-646页 *

Also Published As

Publication number Publication date
EP4166667A3 (en) 2023-08-02
US20160251655A1 (en) 2016-09-01
JP2020115865A (ja) 2020-08-06
CL2018001753A1 (es) 2018-10-19
US11339393B2 (en) 2022-05-24
CN105637090A (zh) 2016-06-01
AU2014331652B2 (en) 2020-05-21
EP4166667A2 (en) 2023-04-19
EP3055414A2 (en) 2016-08-17
WO2015054676A3 (en) 2015-06-04
JP6679476B2 (ja) 2020-04-15
JP2016533717A (ja) 2016-11-04
AU2014331652A1 (en) 2016-04-21
PH12016500603A1 (en) 2016-06-13
CN112080502A (zh) 2020-12-15
MY192689A (en) 2022-09-01
KR20160062069A (ko) 2016-06-01
EP3055414A4 (en) 2017-07-19
RU2748426C2 (ru) 2021-05-25
IL244759A0 (en) 2016-04-21
BR112016007751A2 (pt) 2017-09-12
MX2016004651A (es) 2016-08-05
CL2016000839A1 (es) 2016-12-30
CA2926408A1 (en) 2015-04-16
MX2018010676A (es) 2020-09-02
CL2020003121A1 (es) 2021-06-25
RU2016116849A (ru) 2017-11-16
SG10201808903UA (en) 2018-11-29
US20190367916A1 (en) 2019-12-05
WO2015054676A2 (en) 2015-04-16
AU2020220099A1 (en) 2020-09-03
US20230112920A1 (en) 2023-04-13
US10221414B2 (en) 2019-03-05
SG11201602597YA (en) 2016-05-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN105637090B (zh) 用于调节c9orf72表达的组合物
JP6974386B2 (ja) Ｃ９ｏｒｆ７２発現を調節するための組成物
JP7059242B2 (ja) 筋強直性ジストロフィープロテインキナーゼ（ｄｍｐｋ）の発現を調節するための化合物及び方法
JP6924242B2 (ja) Ｃ９ｏｒｆ７２発現を調節するための組成物
ES2762326T3 (es) Métodos para modular la expresión de C9ORF72
US10793855B2 (en) Compositions for modulating expression of C9ORF72 antisense transcript
EP3058068B1 (en) Compositions for modulating expression of c9orf72 antisense transcript
EP3058069B1 (en) Methods for modulating expression of c9orf72 antisense transcript
US11193128B2 (en) Compositions for modulating expression of C9ORF72 antisense transcript

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant