JP2022541900A - Ｈｉｖ結合剤 - Google Patents

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Abstract

本開示は、ＨＩＶに特異的なＬＮ０２Ｍ結合剤、並びにそれを使用してＨＩＶ感染及び／又はＡＩＤＳを治療、予防、及び／又は改善するための方法に関する。幾つかの実施態様では、本開示は、図６Ａから６Ｅに示される可変領域；図７Ａから７Ｄ及び／又は図８Ａから８Ｆのいずれかの突然変異体のアミノ酸配列、並びにそれらのいずれかの有効な（例えば、ＨＩＶの中和）組合せ；配列番号３～９２、９５～２３３、２４８～４８２、又は４９１～６９９のいずれか１つ以上；及び／又はそれらの組合せを含む、（一又は複数の）結合剤を提供する。

Description

関連出願の相互参照
本願は、その各々の全体が本開示に組み込まれる、２０１９年７月１５日出願の米国仮特許出願第６２／８７４，０４２号、及び２０１９年７月１５日出願の米国仮特許出願第６２／８７４，０５７号に対する優先権を主張する。
本開示は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に特異的な結合剤、それらの製造方法、並びにＨＩＶ感染を治療及び／又は予防するためにそれらを使用する方法に関する。
ＨＩＶの流行は３０年以上に及んでおり、ＨＩＶの病因の理解及び強力かつ安全な抗ウイルス薬の開発に大きな進歩が成し遂げられている。３０を超える抗ウイルス薬が登録されており、罹患率及び死亡率の両方に対する併用抗レトロウイルス療法（ＡＲＴ）の影響は顕著である。しかしながら、ＡＲＴを最適に順守している患者ではＨＩＶの複製が長期的に抑制されているにもかかわらず、ＨＩＶは治療の中断後に必ず逆戻りする。さらには、治療が成功しても、ＡＲＴの不存在下でＨＩＶ複製を制御することができるウイルス特異的免疫応答の回復／発達は誘発されない、又は可能にならない。したがって、ＨＩＶに感染した対象の大多数には、ＨＩＶの複製及び関連する疾患を制御するために、生涯にわたってＡＲＴが必要である。
過去に多くの免疫学的介入が研究されており、現在、持続的な抗ウイルス療法なしにウイルスの複製が抑制されるというＨＩＶの機能的治癒を達成することを目的として、さらなる開発が行われている。治療的ワクチン戦略は、研究した主要な介入戦略であったが、結果は、ＣＭＶをベースとしたベクターＨＩＶワクチン（ＮＨＰモデルで５０％の有効性）を除き、実験動物モデル及び患者においてささやかな有効性を示した。最近の研究は、ＨＩＶ感染の治療薬として抗エンベロープの広域中和抗体（ｂＮａｂｓ）を使用する可能性について興味深い結果をもたらした。
当技術分野では、ＨＩＶを標的としたさらなる試薬、中和抗体、及びそれらを使用する方法が必要とされている。本開示は、ＨＩＶ、並びにそれに感染した及び／又はその宿主となる細胞及び／又は組織を標的として使用することができる試薬及び方法を提供することによって、これらのニーズに対処するものである。
本開示は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に特異的な結合剤、このような結合剤を製造する方法、並びにＨＩＶ感染を治療、予防、及び／又は改善するためにこのような結合剤を使用する方法に関する。幾つかの実施態様では、本開示は、図６Ａから６Ｅに示される可変領域；図７Ａから７Ｄ及び／又は図８Ａから８Ｆのいずれかの突然変異体のアミノ酸配列、及びそれらのいずれかの有効な（例えば、ＨＩＶの中和）組合せ；配列番号３～９２、９５～２３３、２４８～４８２、又は４９１～６９９のいずれか１つ以上、及びそれらのいずれかの有効な（例えば、ＨＩＶの中和）組合せ；表９に示される軽鎖と重鎖との組合せ（すなわち、ＭＬ０８５、Ｍｘ１５２、ＭＸ０６７、ＭＸ１２９、ＭＸ１３０、ＭＬ１２６、Ｍｘ１７５、Ｍｘ１７６、及びＭｘ１８１）；表１０Ａから１０Ｃ、表１１、表１２Ａから１２Ｄ、表１３Ａから１３Ｄ、又は表１４に示される軽鎖と重鎖との組合せ；並びに、それらの変異体を含む、（一又は複数の）結合剤を提供する。試薬及びそれを製造及び／又は使用する方法もまた、開示される。本開示から当業者には明らかであるように、他の実施態様も企図されている。
以下に、添付の図面について簡単に説明する。これらの図面は、本発明をより詳細に説明することが意図されている。しかしながら、それらは、いかなる方法でも本発明の主題を限定することを意図するものではない。
ＢａＬ ＨＩＶ－１ウイルスを用いて実施したＴＺＭ－ｂｌレポーターアッセイにおいて、野生型ＬＮ０２と比較して、効力の改善、効力への影響がささやかな程度～まったくない、又は中和効力の低下のいずれかをもたらす、ＬＮ０２突然変異体の概要。ＬＮ０２重鎖及び軽鎖の野生型配列が、密接に関連する生殖細胞系列配列、及び以下に記載される個々のアミノ酸置換と位置合わせされている。中和効力の１．４倍を超える増加を誘発する置換は灰色の背景に黒文字で、中和活性に大きな変化がないものは黒文字のみで、ＢａＬウイルスに対する効力の低下を誘発する置換は黒い背景に白い文字で示されている。 ８つの偽型ＨＩＶ－１ウイルスのグローバルパネルに対してプロファイリングされた重鎖突然変異でのＬＮ０２ ｂＮａｂのＩＣ８０値として提示した中和活性。中和活性は、各抗体の濃度応答阻害曲線を使用して計算し、各偽型ウイルスのＩＣ８０値は凡例に記号で示している。ＩＣ８０が試験した最大濃度を超えた場合は、個々のｂＮａｂの参照点として、２０μｇ／ｍｌの値をグラフに使用した。 ８つの偽型ＨＩＶ－１ウイルスのグローバルパネルに対してプロファイリングされた軽鎖突然変異でのＬＮ０２ ｂＮａｂのＩＣ８０値として提示した中和活性。中和活性は、各抗体の濃度応答阻害曲線を使用して計算し、各偽型ウイルスのＩＣ８０値は凡例に記号で示している。ＩＣ８０が試験した最大濃度を超えた場合は、個々のｂＮａｂの参照点として、２０μｇ／ｍｌの値をグラフに使用した。 ８つの偽型ウイルスのグローバルパネルに対してプロファイリングされた３ＢＮＣ１１７、１０１０７４、及びＶＲＣ０１ ｂＮａｂｓとともに、ＬＮ０２ ｂＮａｂの選択した単一の突然変異及び複数の突然変異のＩＣ８０値として提示した中和活性。中和活性は、各抗体の濃度応答阻害曲線を使用して計算し、各偽型ウイルスのＩＣ８０値は凡例に記号で示している。ＩＣ８０が試験した最大濃度を超えた場合は、個々のｂＮａｂの参照点として、２０μｇ／ｍｌの値をグラフに使用した。 ＴＺＭ－ｂｌルシフェラーゼレポーターアッセイで示された偽型ＨＩＶ－１ウイルスの中和率での選択されたＬＮ０２ ｂＮａｂ変異体の濃度応答曲線。陰性対照として用いられたＳＶＡ－ＭＬＶ偽ウイルスは、試験したｂＮａｂが非特異的阻害を示さないことを示している。 例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変重鎖アミノ酸配列 例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 追加の例示的なＬＮ０２可変軽鎖アミノ酸配列 ＡＣ１０偽ウイルスの中和 ２５７１０偽ウイルスの中和 ＣＨ１１９偽ウイルスの中和 ＴＲＯ．１１偽ウイルスの中和 ２４６Ｆ３偽ウイルスの中和 ＣＥ１１７６偽ウイルスの中和 ＣＮ１５５偽ウイルスの中和 ＢＪＯＸ偽ウイルスの中和 ＣＮ１５５偽ウイルスの中和
本開示は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に対して結合親和性を有する結合剤に関する。幾つかの実施態様では、結合剤は、ウイルス粒子自体、又はインビトロ及び／又はインビボでの細胞表面において、ＨＩＶ抗原に結合することができる。結合剤はまた、典型的にはインビトロで、単離されたＨＩＶ抗原及び／又はそれらの断片及び／又は誘導体に結合することもできる。このような結合剤を使用して、ＨＩＶに関連する１つ以上の疾患を診断、治療、予防、及び／又は改善する方法も提供される。例えば、結合剤は、ＨＩＶのエピトープ又はそのポリペプチドと反応及び／又は結合することができる抗体（例えば、モノクローナル抗体）でありうる。結合剤は、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）など、ＨＩＶによって引き起こされる疾患の治療に有用でありうる。幾つかの実施態様では、本明細書に記載される結合剤は、ＨＩＶ、及び／又はＨＩＶを含む（例えば、複製能力のあるＨＩＶ）及び／又はそのタンパク質を発現するＨＩＶ感染細胞を、選択的に標的化及び／又は排除することができる。幾つかの実施態様では、このような細胞は、複製能力のあるＨＩＶの貯蔵庫でありうる。幾つかの実施態様では、例えば、異なる特異性（例えば、異なるエピトープを認識する）を有する結合剤は、感染、複製、及び／又は他の細胞への拡散などのＨＩＶ活性に結合させることができる。幾つかの実施態様では、本明細書に記載される結合剤はまた、ＨＩＶ又はＨＩＶ発現細胞の選択的排除及び／又は抑制も提供することができる。幾つかの実施態様では、本明細書に記載される結合剤を使用して、例えばＨＩＶ感染及び／又はＡＩＤＳを治療するために、ＨＩＶ及び／又はＨＩＶ発現細胞を抑制及び／又は排除することができる。他の実施態様、使用法などが以下に説明される。
結合剤は、モノクローナル抗体などの抗体でありうる。本明細書の実施例に示されるように、以下に説明する技法は、本明細書（例えば、図１及び図６Ａ～Ｅ）並びに他の箇所に記載されている特定のアミノ酸配列及び特性を有する、「ＬＮ０２」と呼ばれる完全ヒトｍＡｂを特定するために使用されている。ＬＮ０２結合剤の変異体（改変ＬＮ０２結合剤（「ＬＮ０２Ｍ」））が、本明細書に説明され、実施例に示されている。組換え分子生物学技法を使用して、ＬＮ０２Ｍ結合剤を調製した。幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、その可変性及び／又は相補性決定領域（「ＣＤＲ」）に対応するアミノ酸配列及び／又は核酸配列を参照することによって説明される。ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａの両方の蓄積、ＡｂＭ、接触、及び／又はコンホメーション定義、若しくは当技術分野でよく知られているＣＤＲを決定する任意の方法、抗体モデリングソフトウェア（現在はＡｃｃｅｌｒｙｓ（登録商標））、又はMacCallum et al., 1996, J. Mol. Biol., 262:732-745に記載されている抗原接触の観察に基づいたＣＤＲの「接触定義」に従って同定された可変領域内にアミノ酸配列を含むことが当技術分野で知られている。ＣＤＲの「コンホメーション定義」では、ＣＤＲの位置は、抗原結合に対しエンタルピー的に寄与する残基として識別することができる（Makabe et al., 2008, Journal of Biological Chemistry, 283:1156-1166）。さらに他のＣＤＲの境界定義は、上記のアプローチの１つに厳密には従わない場合があるが、それでもなお、ＫａｂａｔのＣＤＲの少なくとも一部と重複しうる。ただし、特定の残基又は残基群、あるいはＣＤＲ全体でさえ抗原結合に有意な影響を与えないという予測又は実験的発見に照らせば、それらは短縮又は延長される可能性がある。本明細書で用いられる場合、ＣＤＲは、手法の組合せを含む、当技術分野で知られている任意の手法によって定義されるＣＤＲを指しうる。本明細書で用いられる方法では、これらの手法のいずれかに従って定義されたＣＤＲが利用されうる。複数のＣＤＲを含む任意の所与の実施態様では、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、拡張、ＡｂＭ、接触、及び／又はコンホメーションの定義のいずれかに従って定義されうる。一実施態様では、当業者は、例えば、図１に示され（例えば、配列番号２３４及び２３５；配列番号１及び９３も参照）、以下で論じられるものを参照することにより、本開示からＬＮ０２Ｍ結合剤のＣＤＲの意味及び特徴（アミノ酸配列を含む）を理解するであろう。
ＬＮ０２Ｍ結合剤（例えば、抗体）の３つの重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３）、３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３）、ＶＨ及びＶＬドメインの例示的かつ好ましいアミノ酸配列が、以下及び図１に要約されている。特定の例、及び幾つかの実施態様では、好ましいＬＮ０２Ｍ結合剤、及び／又はその一部が、配列番号３～９２、配列番号９５～２３３、及び図６Ａ～Ｅに記載されている。例示的なＬＮ０２Ｍ結合剤の機能的表現型（例えば、特定の活性）は、表１～３、並びに図２～５、及び下記の実施例のセクションにも記載されている。幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１及び／又は図６Ａ～Ｅ及び／又は配列番号３～９２、及び／又は配列番号９５～２３３、及び／又は配列番号２４８～４８２、及び／又は配列番号４９１～６９９に記載されるＣＤＲの１つ以上を含む抗体、及び／又は表１～３及び／又は表１～１４のいずれかに記載されるもの、及び／又は図２～５及び／又は図９に示されているような機能的表現型を有する抗体である。幾つかの好ましい実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるＣＤＲの１つ以上、例えば、配列番号３～９２、及び／又は配列番号９５～２３３のいずれか１つ以上、及び表１～３並びに図２～５に記載される機能的表現型を含む。幾つかの好ましい実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、配列番号３～９２、配列番号９５～２３３、配列番号２４８～４８２、及び／又は配列番号４９１～６９９、及び／又は図６Ａ～Ｅ、図７Ａ～Ｅ、図８Ａ～Ｆに示されるポリペプチド配列、並びに表１～３及び／又は表７～１４、及び／又は図２～５及び／又は図９のいずれかに記載される機能的表現型のうちの１つ以上を含む。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるＬＮ０２＿ＶＨアミノ酸配列（配列番号２３４）のアミノ酸２６～３５に対応し、かつＹ１、Ｇ２、Ｓ３、Ｉ４、Ｓ５、Ｒ６、Ｈ７、Ｆ８、Ｗ９、及びＧ１０として左から右に番号を付した、修飾されたＬＮ０２ ＣＤＲＨ１（ＹＧＳＩＳＲＨＦＷＧ）を含み、これは、次の置換のすべて、又は幾つかの実施態様ではそれらの１つ以上の保存的変異体を含みうる：Ｗ、Ｄ、Ｈ、又はＲによるＹ１；Ｗ、Ｙ、Ｔ、又はＱによるＳ３；Ｗ、Ｔ、Ｙ、Ｍ、又はＡによるＳ５；Ｗ、Ｋ、Ｙ、Ｅ、又はＱによるＲ６；Ｗ、Ｙ、Ｑ、Ｎ、Ｄ、Ｅ、Ａ、Ｔ、又はＳによるＨ７；Ｗ又はＹによるＦ８；及び／又はＦによるＷ９の置換。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択された、ＬＮ０２ ＣＤＲＨ１（ＹＧＳＩＳＲＨＦＷＧ）に対する特に好ましい置換は、Ｓ３からＹ又はＴへの；Ｓ５からＴへの；及び／又は、Ｈ７からＤへの置換である。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるＬＮ０２＿ＶＨアミノ酸配列（配列番号２３４）のアミノ酸５０～６４に対応し、かつＨ１、Ｍ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｌ５、Ｇ６、Ｖ７、Ｋ８、Ｙ９、Ｖ１０、Ｎ１１、Ｐ１２、Ｓ１３、Ｌ１４、及びＫ１５として左から右に番号を付した、修飾されたＬＮ０２ ＣＤＲＨ２（ＨＭＨＨＬＧＶＫＹＶＮＰＳＬＫ）を含み、これは、次の置換のすべて、又は幾つかの実施態様ではそれらの１つ以上の保存的変異体を含みうる：Ｙ、Ｑ、又はＴによるＨ１；Ｗ、Ｉ、Ｆ、又はＲによるＭ２；Ｙ、Ｑ、又はＴによるＨ３；Ｙ、Ｑ、又はＴによるＨ４；Ｗ、Ｆ、Ｒ、Ｅ、Ｙ、Ｖ、又はＡによるＬ５；ＤによるＧ６；Ｗ、Ｔ、Ｆ、Ｙ、又はＨによるＶ７；Ｗ、Ｄ、Ｅ、又はＲによるＫ８；Ｄ、Ｑ、Ｈ、Ｉ、又はＥによるＹ９；Ｓ、Ｍ、Ｔ、又はＡによるＶ１０；ＦによるＮ１１；ＧによるＰ１２；ＴによるＳ１３；Ｗ、Ｆ、又はＶによるＬ１４；及び／又は、Ｄ、Ｅ、又はＨによるＫ１５の置換。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択された、ＬＮ０２ ＣＤＲＨ２（ＨＭＨＨＬＧＶＫＹＶＮＰＳＬＫ）に対する特に好ましい置換は、Ｆ又はＲによるＭ２；Ｑ又はＴによるＨ４；Ｆ又はＹによるＶ７；Ｄ、Ｑ、又はＥによるＹ９；及び／又はＦ又はＶによるＬ１４の置換である。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるＬＮ０２Ｍ＿ＶＨアミノ酸配列（配列番号２３４）のアミノ酸９６～１１２に対応し、かつＶ１、Ｒ２、Ｍ３、Ｇ４、Ａ５、Ｒ６、Ｍ７、Ｓ８、Ｄ９、Ｉ１０、Ａ１１、Ｆ１２、Ｆ１３、Ｓ１４、Ｆ１５、Ｇ１６、及びＤ１７として左から右に番号を付した、修飾されたＬＮ０２ ＣＤＲＨ３（ＶＲＭＧＡＲＭＳＤＩＡＦＦＳＦＧＤ）を含み、これは、次の置換のすべて、又は幾つかの実施態様ではそれらの１つ以上の保存的変異体を含みうる：ＡによるＶ１；Ｉ又はＹによるＭ３；Ｔ、Ｓ、又はＹによるＡ５；ＷによるＲ６；Ｗ、Ａ、Ｖ、又はＹによるＭ７；Ｗ、Ａ、Ｙ、Ｔ、Ｈ、Ｄ、Ｖ、又はＱによるＳ８；Ｗ、Ｅ、又はＲによるＤ９；Ｗ、Ｖ、又はＹによるＩ１０；Ｑ、Ｗ、Ｙ、又はＨによるＡ１１；Ｗ、Ｙ、Ｈ、又はＭによるＦ１２；ＹによるＦ１３；Ａ、Ｔ、又はＹによるＳ１４；Ｗ又はＹによるＦ１５；Ｄ又はＳによるＧ１６；及び／又は、ＥによるＤ１７の置換。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択された、ＬＮ０２ ＣＤＲＨ３（ＶＲＭＧＡＲＭＳＤＩＡＦＦＳＦＧＤ）に対する特に好ましい置換は、ＳによるＡ５；Ｗ又はＹによるＭ７；Ｗ、Ａ、Ｙ、又はＴによるＳ８；ＱによるＡ１１；ＷによるＦ１２；ＹによるＦ１３；ＹによるＳ１４；及び／又はＹによるＦ１５の置換である。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるＬＮ０２Ｍ＿ＶＬ配列（配列番号２３５）のアミノ酸２３～３３に対応し、かつＷ１、Ｇ２、Ｙ３、Ｙ４、Ｍ５、Ｇ６、Ｓ７、Ｋ８、Ｐ９、Ｖ１０、及びＮ１１として左から右に番号を付した、修飾されたＬＮ０２ ＣＤＲＬ１（ＷＧＹＹＭＧＳＫＰＶＮ）を含み、これは、次の置換のすべて、又は幾つかの実施態様ではそれらの１つ以上の保存的変異体を含みうる：ＧによるＷ１；Ｗ、Ｓ、又はＤによるＹ３；Ｗ、Ｆ、Ｄ、又はＨによるＹ４；Ｗ、Ｆ、Ｌ、又はＩによるＭ５；Ｗ、Ａ、Ｙ、Ｖ、Ｈ、又はＳによるＳ７；Ｗ、Ｙ、又はＥによるＫ８；Ｓ又はＧによるＰ９；ＩによるＶ１０；及び／又は、ＥによるＮ１１の置換。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力置換（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択された、ＬＮ０２ ＣＤＲＬ１（ＷＧＹＹＭＧＳＫＰＶＮ）に対する特に好ましいは、ＷによるＹ３；ＷによるＹ４；Ｙ又はＶによるＳ７；ＹによるＫ８；ＩによるＶ１０；及び／又は、ＥによるＮ１１の置換である。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるＬＮ０２Ｍ＿ＶＬ配列（配列番号２３５）のアミノ酸４９～５５に対応し、かつＹ１、Ｄ２、Ｄ３、Ｅ４、Ｒ５、Ｄ６、及びＳ７として左から右に番号を付した、修飾されたＬＮ０２ ＣＤＲＬ２（ＹＤＤＥＲＤＳ）を含み、これは、次の置換のすべて、又は幾つかの実施態様ではそれらの１つ以上の保存的変異体を含みうる：Ｗ又はＦによるＹ１；ＥによるＤ２；Ｎ、Ｑ、Ｅ、又はＹによるＤ３；Ｗ又はＤによるＥ４；ＹによるＲ５；ＴによるＤ６；及び、Ｗ、Ｈ、Ｄ、Ｙ又はＱによるＳ７の置換。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択されたＬＮ０２ ＣＤＲＬ２（ＹＤＤＥＲＤＳ）に対する特に好ましい置換は、ＴによるＤ６；及び／又はＤ又はＱによるＳ７である。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるＬＮ０２Ｍ＿ＶＬ配列（配列番号２３５）のアミノ酸８８～９８に対応し、かつＣＤＲＬ３ Ｑ１、Ｖ２、Ｗ３、Ｄ４、Ｓ５、Ｋ６、Ｙ７、Ｅ８、Ｅ９、Ｉ１０、及びＹ１１として左から右に番号を付した、修飾されたＬＮ０２ ＣＤＲＬ３（ＱＶＷＤＳＫＹＥＥＩＹ）を含み、これは、次の置換のすべて、又は幾つかの実施態様ではそれらの１つ以上の保存的変異体を含みうる：ＹによるＱ１；ＩによるＶ２；ＥによるＤ４；Ａ、Ｙ、Ｔ、Ｍ、Ｈ、Ｄ、及びＱによるＳ５；Ｇ、Ｗ、Ｒ、Ｈ、Ｙ、Ｔ、又はＨによるＫ６；ＷによるＹ７；Ｄ、Ｙ、Ｒ、又はＨによるＥ８；Ｗ、又はＶによるＩ１０；並びに、Ｗ、Ｔ、又はＦによるＹ１１の置換。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択されたＬＮ０２ ＣＤＲＬ３（ＱＶＷＤＳＫＹＥＥＩＹ）に対する特に好ましい置換は、Ｙ、Ｈ、又はＱによるＳ５；Ｗ、又はＹによるＫ６；ＷによるＹ７；ＹによるＥ８；及び／又はＶによるＩ１０の置換である。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、そのＣＤＲが図１に示されているように、ＣＤＲの外側のＬＮ０２可変重鎖領域及び／又は可変軽鎖領域のアミノ酸配列への修飾を含みうる。例えば、幾つかの実施態様では、配列番号２３４を参照すると、Ｓ１９は、Ｗ、Ｈ、又はＲで置換されてよく；Ｔ２１は、Ｗ、Ｙ、又はＳで置換されてよく；Ｓ６８、Ｄ７２、Ｔ７３、Ｓ７４、Ｋ７５、又はＮ７６は、Ｗで置換されてよく；Ｎ６５は、Ｓ又はＷで置換されてよく；Ｈ９４は、Ｙで置換されてよく；及び／又は、Ｐ１０５はＷで置換されてもよい。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択された、ＣＤＲの外側のＬＮ０２可変重鎖（配列番号２３４を参照）に対する特に好ましい置換は、Ｈ又はＲによるＳ１９；ＹによるＴ２１；及び／又は、ＷによるＳ７４の置換である。幾つかの実施態様では、配列番号２３５を参照すると、Ｑ１６は、Ｅで置換されてよく；Ｓ４８は、Ｗ、Ｙ、Ｔ、又はＦで置換されてよく；Ｇ５６は、Ｅで置換されてよく；Ａ５９は、Ｅで置換されてよく；Ｈ６５は、Ｎで置換されてよく；Ｓ６８は、Ｎで置換されてよく；Ｎ７６は、Ｒで置換されてよく；Ｖ７８は、Ｅで置換されてよく；Ｐ７９は、Ａで置換されてよく；及び／又は、Ａ８０は、Ｇで置換されてもよい。野生型ＬＮ０２と比較したＨＩＶ中和効力（すなわち、１．４倍を超える増加（例えば、図１））に基づいて選択された、ＣＤＲの外側のＬＮ０２可変軽鎖（配列番号２３５を参照）に対する特に好ましい置換は、ＴによるＳ４８；ＲによるＮ７６；及び／又は、ＥによるＶ７８の置換である。ＣＤＲの外側のＬＮ０２可変重鎖及び可変軽鎖（それぞれ、配列番号２３４及び２３５を参照）に対するこれらの置換のいずれか１つ以上を、上記のＬＮ０２Ｍ ＣＤＲのいずれかを含む結合剤に含めることができる。このようなアミノ酸配列に対する追加の保存的置換も、当業者によって理解されるように、利用することができる。
幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図１に示されるように修飾されたＬＮ０２Ｍポリペプチドを含むことができる。幾つかの実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、図６Ａ～Ｅのいずれかに記載されるアミノ酸配列を含むポリペプチドでありうる。表１～２に提示されている効力データに基づいた、好ましいＬＮ０２Ｍポリペプチドは、野生型ＬＮ０２よりも高い中和活性を示すものであり（倍増加が括弧内に示されている）、これらには、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖領域ＭＨ０１（１．５９）（配列番号９５）、ＭＨ１６（１．６９）（配列番号１１０）、ＭＨ２２（１．１８）（配列番号１１６）、ＭＨ２６（１．４０）（配列番号１２０）、ＭＨ３０（３．３７）（配列番号１２４）、ＭＨ３２（１．３２）（配列番号１２６）、ＭＨ３５（１．９１）（配列番号１２９）、ＭＨ３６（１．３７）（配列番号１３０）、ＭＨ３７（１．７５）（配列番号１３１）、ＭＨ４３（１．９０）（配列番号１３６）、ＭＨ４４（１．３８）（配列番号１３７）、ＭＨ４８（２．１２）（配列番号１４１）、ＭＨ４９（１．７１）（配列番号１４２）、ＭＨ５０（２．７４）（配列番号１４３）、ＭＨ５１（２．４６）（配列番号１４４）、ＭＨ５３（１．４５）（配列番号１４６）、ＭＨ５９（１．３１）（配列番号１５１）、ＭＨ６１（１．４３）（配列番号１５３）、ＭＨ６４（１．５２）（配列番号１５６）、ＭＨ６８（１．１２）（配列番号１５９）、ＭＨ７３（１．８３）（配列番号１６３）、ＭＨ８４（１．１６）（配列番号１７４）、ＭＨ８９（２．２６）（配列番号１７７）、ＭＨ９１（１．３６）（配列番号１７８）、ＭＨ９２（１．４５）（配列番号１７９）、ＭＨ１０６（１．１６）（配列番号１９３）、ＭＨ１０７（２．１９）（配列番号１９４）、ＭＨ１０８（１．９１）（配列番号１９５）、ＭＨ１１１（３．３４）（配列番号１９８）、ＭＨ１１２（２．７７）（配列番号１９９）、ＭＨ１１５（１．４１）（配列番号２０２）、ＭＨ１１９（１．３２）（配列番号２０６）、ＭＨ１２０（１．５５）（配列番号２０７）、ＭＨ１２４（１．６７）（配列番号２１１）、ＭＨ１３１（１．５５）（配列番号２１８）、ＭＨ１３５（１．６０）（配列番号２２２）、ＭＨ１３６（１．８４）（配列番号２２３）、ＭＨ１３８（１．２０）（配列番号２２５）、及び／又はＭＨ１４６（１．６５）（配列番号２３２）；及び／又はＬＮ０２Ｍ可変軽鎖領域ＭＬ０１（１．２９）（配列番号３）、ＭＬ０２（１．９３）（配列番号４）、ＭＬ０５（１．４５）（配列番号７）、ＭＬ０８（２．３１）（配列番号１０）、ＭＬ１０（１．５１）（配列番号１２）、ＭＬ１１（１．２５）（配列番号１３）、ＭＬ１２（３．９０）（配列番号１４）、ＭＬ３１（５．７４）（配列番号３１）、ＭＬ３２（１．３８）（配列番号３２）、ＭＬ４４（１．５７）（配列番号４２）、ＭＬ４９（１．４０）（配列番号４７）、ＭＬ５１（１．１０）（配列番号４８）、ＭＬ５２（１．３６）（配列番号４９）、ＭＬ６０（１．１７）（配列番号５６）、ＭＬ７１（１．３８）（配列番号６６）、ＭＬ７３（１．２０）（配列番号６８）、ＭＬ７４（１．１０）（配列番号６９）、ＭＬ７９（１．４６）（配列番号７４）、ＭＬ８４（１．５９）（配列番号７９）、ＭＬ８５（９．９４）（配列番号８０）、ＭＬ９２（４．７９）（配列番号８７）、及びＭＬ９４（６．４２）（配列番号８９）；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体及び／又は断片を含むものが含まれる。特に好ましいＬＮ０２Ｍ結合剤は、ＬＮ０２ ＭＨ３０（配列番号９５）、ＬＮ０２ ＭＨ１１１（配列番号９５）、ＬＮ０２ ＭＬ１２（配列番号９５）、ＬＮ０２ ＭＬ３１（配列番号９５）、ＬＮ０２ ＭＬ８５（配列番号９５）、ＬＮ０２ ＭＬ９２（配列番号９５）、及びＬＮ０２ ＭＬ９４（配列番号９５）を含むものであり、これらの各々が、ＬＮ０２野生型対照（表１～２）、及び／又はそれらの保存的に置換された変異体及び／又は断片と比較して、ＢａＬウイルスに対して３倍を超える改善された中和効力を示す。
本開示の結合剤は、上記の修飾されたＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、及びＣＤＲＬ３アミノ酸配列のいずれか、又はそれらの保存的に置換された変異体を含みうる。このような結合剤は、以下により詳細に説明されるように、抗体などのポリペプチドでありうる。
本開示の結合剤は、例えば、配列番号３～９２、配列番号９５～２３３、及び／又は図１及び図６Ａ～Ｅに示されるアミノ酸配列（すなわち、ポリペプチド配列）のうちのいずれか１つ以上；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体を含みうる。それらの断片及び／又は誘導体（例えば、保存的置換などの置換アミノ酸を含む）もまた開示される。幾つかの実施態様では、本開示の結合剤は、該結合剤が本明細書に記載される（例えば、図２～５及び実施例のセクションに示されているような）機能的特徴を示すことを条件として、配列番号３～９２、配列番号９５～２３３、及び／又は図６Ａ～Ｅに示されるものの１つ以上（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又は７つ）を含みうる。好ましい実施態様では、結合剤は、図１に示される修飾されたＣＤＲの少なくとも１つ；配列番号３～９２の少なくとも１つ及び配列番号９５～２３３の少なくとも１つ；及び／又は、図６Ａ～Ｅに示されるアミノ酸配列の少なくとも１つを含み；さらになお好ましくは、このようなＬＮ０２Ｍ結合剤は、表１～３及び／又は図２～５のいずれかに提示される、及び／又は本明細書の実施例のセクションに記載される特性の１つ以上を示す。まとめて、本明細書に開示される修飾されたＬＮ０２アミノ酸配列は、「ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列」と呼ぶことができ、これは、図１及び図６Ａ～Ｅ、並びに配列番号３～９２及び９５～２３３に示されるＬＮ０２Ｍアミノ酸配列を指す。ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列は、典型的には、少なくとも６つのアミノ酸残基の配列（例えば、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のアミノ酸残基の少なくともいずれかの配列）を含む。
ＬＮ０２ ＣＤＲとＬＮ０２Ｍ ＣＤＲの組合せ、並びにＣＤＲの外側の修飾されたアミノ酸配列は、ＨＩＶ偽ウイルスの中和（表１～３及び表７～１４、図２～５及び図９、及び実施例に示されるような）などの機能的特徴を維持しつつ、必要に応じて互いに組み合わせることができる。例示的な組合せは表４に記載されており、次の組合せも含まれる：ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ０１（配列番号３）と、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、及び／又はＭＨ３７（配列番号１３１）；ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ１２（配列番号１４）と、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、及び／又はＭＨ３７（配列番号１３１）；ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ２３（配列番号２４と、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、及びＭＨ５１（配列番号１４４）；ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３０（配列番号３０と、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、又はＭＨ５１（配列番号１４４）；ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３１（配列番号３１と、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、ＭＨ３７（配列番号１３１）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、又はＭＨ５１（配列番号１４４）；ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３２（配列番号３２）と、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ３１（配列番号１２５）；ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ８５（配列番号８０）と、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４９（配列番号１４２）、ＭＨ６０（配列番号１５２）、ＭＨ７６（配列番号１６６）、ＭＨ１１１（配列番号１９８）、又はＭＨ１１２（配列番号１９９）；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体及び／又は断片。特に好ましいＬＮ０２Ｍ結合剤は、ＬＮ０２ ＭＬ８５４２（配列番号９９）及びＬＮ０２ ＭＸ０４８（ＬＮ０２ ＭＬ８５（配列番号８０）とＬＮ０２ ＭＨ３１（配列番号１２５）との組合せ（表４））；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体及び／又は断片である。当業者に理解されるように、他の組合せもまた本明細書において企図されている。
幾つかの実施態様では、結合剤は、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）若しくはそれらの断片又は誘導体でありうる。幾つかの実施態様では、結合剤は、このようなモノクローナル抗体（ｍＡｂ）のＨＩＶ結合断片でありうる。幾つかの実施態様では、１つ以上のＬＮ０２Ｍ ＣＤＲ、及び／又はこのようなＣＤＲを含むアミノ酸配列、並びに幾つかの実施態様では、ＣＤＲ領域の外側に存在する他の修飾された配列（例えば、図１を参照）は、標準的な技法を使用してＩｇＧ（例えば、ＩｇＧ１又はＩｇＧ３）骨格（例えば、フレームワーク）へとクローン化されうる。他の適切な実施態様は、本開示から当業者によって導き出すことができる。
結合剤（例えば、抗体、又はその抗原結合断片）は、少なくとも１つのＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列（例えば、図１に示される修飾されたＣＤＲ；配列番号３～９２又は４９１～６９９の少なくとも１つ及び配列番号９５～２３３又は２４８～４８２の少なくとも１つ；及び／又は図６Ａ～Ｅ、図７Ａ～Ｅ、又は図８Ａ～Ｆに示されるアミノ酸配列の少なくとも１つ）に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８８％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する１つ以上のアミノ酸配列を含むことが好ましく、さらになお好ましくは、ＬＮ０２Ｍ結合剤はさらに、表１～３及び／又は表７～１４、及び／又は図２～５及び／又は図９のいずれかに提示される、及び／又は本明細書の実施例のセクションに記載される特性の１つ以上を示す。以下に論じられるように、１００％未満の同一性は、保存的置換の場合のように、１つ以上のアミノ酸を別の（一又は複数の）アミノ酸で天然又は合成で置換した結果でありうる（例えば、表４参照）。ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列のさまざまな組合せもまた企図されており、本明細書に記載される技法を使用して当業者が確認することができる又は当業者が他の方法で利用可能でありうる目的と同様の目的に（例えば、抗ＨＩＶ抗体として）有用でありうる。好ましい実施態様では、本明細書に記載されるＬＮ０２Ｍ結合剤は、ＨＩＶ、及び／又はＨＩＶに感染した細胞、及び／又はＨＩＶタンパク質を発現している細胞に結合することができる。幾つかのとりわけ好ましい実施態様では、本明細書に記載されるＬＮ０２Ｍ結合剤は、ＨＩＶを中和することができる（例えば、中和結合剤（例えば、抗体）として機能する）。好ましい実施態様では、ＬＮ０２Ｍ結合剤は、ＨＩＶ、及び／又はＨＩＶに感染した及び／又はＨＩＶタンパク質を発現している細胞の両方に結合し、ＨＩＶを中和することができる。
ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＬＮ０２Ｍ ＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列は、当業者に利用可能な１つ以上の他の可変領域／ＣＤＲアミノ酸配列と組み合わせて使用することができる。このような可変領域／ＣＤＲアミノ酸配列は、代替的に、及び／又は加えて、抗体分子の１タイプ以上の定常領域ポリペプチドに接合しうる。例えば、ＬＮ０２Ｍ ＣＤＲは、同じ又は異なる種（例えば、ヒト、ヤギ、ラット、ヒツジ、ニワトリ）のいずれかの抗体分子、及び／又はＣＤＲアミノ酸配列の由来となるその抗体サブタイプの定常領域に接合しうる、又はそれらと関連付けることができる。例えば、例示的な結合剤ＬＮ０２Ｍは、１つ以上のＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列を含む別の結合剤とほぼ同じ中和活性を有するもの、及び／又は同じ又は類似のエピトープに結合するもの、及び／又はほぼ同じ親和性を示すものでありうるか、又はそれらに由来しうる。結合剤は、各々が１つ以上の定常領域及び／又可変領域を含む、抗体重鎖及び／又は軽鎖を含みうる。本明細書に記載されるアミノ酸配列のいずれか（例えば、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列）、及び／又はそれらの断片及び／又は誘導体はまた、任意の他の可変領域及び／又はＣＤＲと任意の順序及び／又は組合せで組み合わせて、新しい結合剤、例えば、ハイブリッド及び／又は融合結合剤を形成し、及び／又は標準的な技法を使用して他の重鎖及び／又は軽鎖可変領域に挿入することもできる。
本開示はまた、ＨＩＶ、及び／又はＨＩＶの宿主となる及び／又はＨＩＶに感染する及び／又はＨＩＶ抗原を発現する細胞を単離、同定、及び／又は標的化するためのこのような結合剤の使用を提供する。ある特定の実施態様では、このような結合剤は、細胞の表面に発現されるタンパク質などのＨＩＶ抗原に対して反応性でありうる。幾つかの実施態様では、（一又は複数の）結合剤は、（一又は複数の）抗体である。（一又は複数の）「抗体」という用語は、未精製又は部分的に精製された形態（例えば、ハイブリドーマ上清、腹水、ポリクローナル抗血清）、若しくは精製された形態の全抗体又は断片化された抗体を指しうる。抗体は、例えば、マウス（例えば、マウスハイブリドーマ細胞によって産生される）を含む、任意の適切な起源又は形態のものでありうるか、又はヒト化抗体、キメラ抗体、ヒト抗体などとして発現されうる。例として、抗体は、例えば、全体的に又は部分的に、ヒト（例えば、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＭ、ＩｇＡ（ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）、ＩｇＤ、及びＩｇＥ）、イヌ（例えば、ＩｇＧＡ、ＩｇＧＢ、ＩｇＧＣ、ＩｇＧＤ）、ニワトリ（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＹ）、ヤギ（例えば、ＩｇＧ）、マウス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ）、ブタ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ）、及び／又はラット（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ）抗体由来でありうる。さまざまなタイプの抗体を調製、利用、及び保存する方法は、当業者によく知られており、本発明の実施に適しているであろう（例えば、Harlow, et al. Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988; Harlow, et al. Using Antibodies: A Laboratory Manual, Portable Protocol No. 1, 1998; Kohler and Milstein, Nature, 256:495 (1975)); Jones et al. Nature, 321:522-525 (1986); Riechmann et al. Nature, 332:323-329 (19
88); Presta (Curr. Op. Struct. Biol., 2:593-596 (1992); Verhoeyen et al. (Science, 239:1534-1536 (1988); Hoogenboom et al., J. Mol. Biol., 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581 (1991); Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985); Boerner et al., J. Immunol., 147(1):86-95 (1991); Marks et al., Bio/Technology 10, 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368 856-859 (1994); Morrison, Nature 368 812-13 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnology 14, 845-51 (1996); Neuberger, Nature Biotechnology 14, 826 (1996); Lonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13 65-93 (1995)；並びに、米国特許第４，８１６，５６７号；同第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６；５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；及び、同第５，６６１，０１６号の各明細書を参照）。ある特定の用途では、抗体は、ハイブリドーマ上清又は腹水内に含まれ、それ自体で直接、又は標準的な技法を使用して濃縮した後に利用することができる。他の用途では、抗体は、例えば、塩分画及びイオン交換クロマトグラフィ、あるいはプロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＡ／Ｇ、及び／又はアガロースビーズなどの固体支持体に共有結合したプロテインＬリガンドを使用するアフィニティークロマトグラフィ、若しくはこれらの技法の組合せを使用してさらに精製することができる。抗体は、凍結調製物（例えば、－２０℃又は－７０℃）として、凍結乾燥形態で、又は通常の冷蔵条件下（例えば、４℃）を含む、任意の適切な形式で保存することができる。例えば、液体形態で保存される場合には、トリス緩衝生理食塩水（ＴＢＳ）又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）などの適切な緩衝液が利用されることが好ましい。幾つかの実施態様では、結合剤は、非毒性の非経口的に許容される希釈剤又は溶媒中の懸濁液など、注射可能な調製物として調製することができる。利用することができる適切なビヒクル及び溶媒には、とりわけ、水、リンゲル液、及び等張塩化ナトリウム溶液、ＴＢＳ、及び／又はＰＢＳが含まれる。このような調製物は、インビトロ又はインビボでの使用に適しており、当技術分野で知られているように調製することができ、その正確な調製物は、特定の用途に依存しうる。
しかしながら、本明細書に記載される結合剤は、抗体（すなわち、全抗体）に決して限定されるものではない。例えば、結合剤は、別のものと同様の結合特性を示す任意の化合物（例えば、模倣物）であってもよい。例えば、例示的な結合剤は、ＨＩＶに結合するもの、及び／又はそれに対して特異性を有する別の結合剤と競合することができるものでありうる（例えば、ＬＮ０２Ｍ抗体などのモノクローナル抗体）。幾つかの実施態様では、模倣物は、それが比較されている結合剤（例えば、モノクローナル抗体）と結合アッセイにおいて実質的に同じ親和性を示すことができる。特定の結合剤の親和性は、細胞表面のＨＩＶ抗原（例えば、ポリペプチド）のＦＡＣＳ染色を含むがこれに限定されない任意の適切なアッセイによって測定することができる。ある結合剤は、測定値（例えば、ｎｍ）が、互いに約１～２０、１～５、５～１０、１０～１５、又は１５～２０パーセントのいずれかの範囲内にある場合、別の結合剤と「実質的に同じ親和性」を有すると言うことができる。例示的な模倣物には、例えば、ＨＩＶに特異的に結合する有機化合物、又はアフィボディ（Nygren、et al. FEBS J. 275 (11): 2668-76 (2008)）、アフィリン（Ebersbach, et al. J. Mol. Biol. 372 (1): 172-85 (2007)）、アフィチン（Krehenbrink, et al.J. Mol.Biol.383 (5): 1058-68 (2008)）、アンチカリン（Skerra, A. FEBS J. 275 (11): 2677-83 (2008)）、アビマー（Silverman, et al. Nat. Biotechnol. 23 (12): 1556-61 (2005)）、ＤＡＲＰｉｎ（Stumpp, et al. Drug Discov. Today 13 (15-16): 695-701 (2008)）、フィノマー（Grabulovski, et al. J. Biol. Chem. 282 (5): 3196-3204 (2007)）、クニッツドメインペプチド（Nixon, et al. Curr. Opin. Drug Discov. Devel. 9 (2): 261-8 (2006)）、及び／又はモノボディ（Koide, et al.Methods Mol.Biol. 352: 95-109 (2007)）が含まれうる。他の模倣物は、例として、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ’一本鎖抗体、Ｆｖ、単一ドメイン抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、多価抗体、キメラ抗体、イヌ－ヒトキメラ抗体、イヌ－マウスキメラ抗体、イヌＦｃを含む抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、イヌ化、ＣＤＲグラフト化抗体、サメ抗体、ナノボディ、ラクダ抗体、マイクロボディ、及び／又はイントラボディ；及び／又はそれらの誘導体などの抗体の誘導体を含みうる。当業者によって理解されるように、他の結合剤もまた、本明細書で提供される。
当業者に知られているいずれかの方法を使用して、ＨＩＶに対する特異性（例えば、ＨＩＶへの結合）を有する結合剤を生成することができる。例えば、モノクローナル抗体を生成及び単離するために、マウスなどの動物に１つ以上のＨＩＶタンパク質を投与（例えば、免疫化）することができる。次に、活性化されたヒトＴリンパ球上で発現されたＨＩＶに対する血清反応性（例えば、フローサイトメトリ及び／又は顕微鏡検査によって決定される）を示す動物を、抗ＨＩＶハイブリドーマ細胞株の生成のために選択することができる。これを複数回繰り返すことができる。スクリーニングはまた、例えば、ＨＩＶに特異的である結合剤を同定するための親和性結合及び／又は機能的特徴付けも含みうる。本明細書の実施例などの幾つかの実施態様では、ＨＩＶに対する抗体の発現についてヒトをスクリーニングすることができる。幾つかの実施態様では、ＨＩＶに感染したヒトの血漿サンプルを、抗ＨＩＶ抗体、特に中和抗体を発現する個人を同定するためにスクリーニングすることができる。次に、このような個人の中和抗体産生細胞を単離し、続いて、それによって産生された抗体の単離及び特徴付けを（例えば、本明細書の実施例のように）行うことができる。中和抗体は、ＨＩＶによる細胞の感染を中和又は抑制する能力を示すものでありうる。概して、中和アッセイは、典型的には、ウイルスと特定の抗体との反応によるウイルスの感染力の低下を測定する。典型的には、感染力の低下は、標的細胞への結合、侵入、及び／又はウイルス放出を含むがこれらに限定されない、ウイルス複製ステップのいずれかとの結合抗体による干渉によって引き起こされる。中和されていないウイルスの存在は、当業者によって利用可能な系（例えば、ルシフェラーゼをベースとした系）のいずれかを使用して、標的細胞の感染を測定することによって、所定の時間、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、又は１４日後に検出される。中和アッセイの非限定的な例は、所与の量のウイルス又は偽ウイルス（以下を参照）を組み合わせ、異なる濃度の試験抗体又は対照（通常、別々にアッセイされる陽性対照及び陰性対照）抗体を適切な条件下で混合し（例えば、室温で１時間）、次に適切な標的細胞培養（例えば、ＴＺＭ－ｂｌ細胞）に接種することを含みうる。例えば、結合剤産生細胞（例えば、抗体を産生するＢ細胞）は、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）（これは、ポリクローナルにメモリーＢ細胞も刺激する）、成長因子のカクテル（例えば、ＴＬＲ９アゴニストＣｐＧ－２００６、ＩＬ－２（１０００ＩＵ／ｍｌ）、ＩＬ－６（１０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ－２１（１０ｎｇ／ｍｌ）、及び抗Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）ヤギ抗体（ＢＣＲをトリガする））の存在下、ヒトフィーダー細胞上での単一細胞マイクロ培養としてこのような細胞を別々のプレートに播種することにより、ＨＩＶ－１中和抗体の産生についてアッセイすることができる。適切な時間（例えば、１４日）後、このような培養物の上清は、このような細胞に生産的に感染する、２つ以上の代表的なＨＩＶ－１ウイルス又は偽ウイルスを使用して、一次ルシフェラーゼベーススクリーニング系において試験することができる。偽ウイルスは、宿主細胞（例えば、３０００ＴＺＭ－ｂｌ細胞）を加える前に、Ｂ細胞培養上清とともに適切な時間及び温度（例えば、３７％（５％ＣＯ２）で１時間）インキュベートされうる。次に、適切な時間（例えば、７２時間）のインキュベーションが続き、その後、上清を除去し、Ｓｔｅａｄｙｌｉｔｅ試薬（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ社）を加えることができる（例えば、１５μｌ）。次に、ルシフェラーゼ活性をＳｙｎｅｒｇｙマイクロプレートルミノメーター（ＢｉｏＴｅｋ社）で（例えば、５分後に）決定することができる。陰性対照と比較したルシフェラーゼ活性の低下は、通常、ウイルスの中和を示す。本開示の結合剤を分析するのに適した、これらのような中和アッセイは、当技術分野で知られている（例えば、Montefiori, D.C. Curr. Protocol. Immunol. Chapter 12, Unit 12.11 (2005); Edmonds, et al. Virology, 408(1): 1-13 (2010); Seaman, et al. J. Virol. 84(3): 1439-1452 (2010); Pace, et al. PNAS USA, 110(33): 13540-13545 (2013)を参照）。幾つかの実施態様では、試験サンプルは、ＨＩＶ偽ウイルスのパネルを中和することができる抗体の存在についてスクリーニングすることができる（例えば、本明細書の実施例で行われたＨＩＶ－１基準株のグローバルパネルからの８つのＨＩＶ－１偽ウイルス（これらの偽ウイルスは、ＴＲＯ．１１（Ｂ）、２４６Ｆ３（ＡＣ）、ＢＪＯＸ２０００（ＣＲＦ００７＿ＢＣ）、ＣＥ１１７６（Ｃ）、ＣＨ１１９（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＮＥ５５（ＣＲＦ０１＿ＡＥ）、２５７１０（Ｃ）、及びＸ１６３２（例えば、図２～５を参照）であるが、約１０μｇ／ｍｌ以下の対照ウイルスＳＶＡ－ＭＬＶでは中和されない（例えば、図５）；DeCamp, A. et al. Global panel of HIV-1 Env reference strains for standardized assessments of vaccine-elicited neutralizing antibodies. J Virol 88, 2489-2507 (2014)。偽ウイルスのより大きいパネルの中和も試験することができる；例えば、ｄｅ Ｃａｍｐらは、１２の偽ウイルス（ＨＩＶ－１ Ｅｎｖ基準株としても知られる）の群を記載している：３９８Ｆ１、２５７１０、ＣＮＥ８、ＴＲＯ１１、Ｘ２２７８、ＢＪＯＸ２０００、Ｘ１６３２、ＣＥ１１７６、２４６Ｆ３、ＣＨ１１９、ＣＥ０２１７、及びＣＮＥ５５。幾つかの実施態様では、１０のＨＩＶ分離株のパネルを試験することができ、ｂＮａｂは、９の偽ウイルスのパネルの６、７、８、９の成員；若しくは、１２の偽ウイルスのパネルの６、７、８、９、１０、１１、又は１２の成員を中和するものとして特定することができる。このような偽ウイルスのより大きいパネル（例えば、本明細書の実施例にあるような５７の偽ウイルスのパネル）のスクリーニングも実施することができる。一実施態様では、次に、試験サンプルを中和抗体について試験することができる、実施例で用いられる５７の偽ウイルスの例示的なパネルは、例えば、図２～５に示されているもの（例えば、クレードＡ（Ｔ／Ｆ）、クレードＢ、クレードＢ（Ｔ／Ｆ）、クレードＢＣ、クレードＣ、クレードＣ（Ｔ／Ｆ）、クレードＥ（Ｔ／Ｆ）、又はクレードＧ）を含みうる。幾つかの実施態様では、中和は、ウイルス感染の約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、又は９９％を中和することができるモノクローナル抗体の濃度（例えば、μｇ／ｍｌ）の尺度として決定することができる（中和率によって、及び／又は「ＩＣ５０」及び／又は「ＩＣ８０」値を決定することによって測定されうる）。幾つかの実施態様では、結合剤は、例えば、約１０－５、１０－４、１０－３、１０－２、１０－１、１００、１０１、１０２、又は１０３μｇ／ｍｌのいずれかの濃度でウイルス感染の５０％を中和することができる場合に、中和すると見なすことができる（例えば、図２～５に示されるＩＣ８０値）。幾つかの実施態様では、ウイルス感染を中和する中和抗体の能力は、中和率として表すことができる（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、又は９９％（例えば、図５のように））。また、幾つかの実施態様では、本明細書の実施例のように、ウイルス感染を中和する中和抗体の能力は、ＩＣ５０及び／又はＩＣ８０値で表すことができ、好ましい実施形態では、ＩＣ５０及び／又はＩＣ８０値は２５μｇ／ｍｌ未満であり、さらになお好ましくは、約１５、１０、５、２、１、０．５、０．２５、０．１、０．０５、又は０．０１μｇ／ｍｌ未満のいずれかである（例えば、図２～５参照）。中和の他の手段もまた、当業者による決定に適切でありうる。
幾つかの実施態様では、本明細書に記載される結合剤は、ＨＩＶ感染者から得られた生物学的サンプル（例えば、血漿）において同定された広域中和抗体（ｂＮａｂ）でありうる。上記のように、かつ本明細書の実施例に示されるように、このようなｂＮａｂは、ＨＩＶに慢性的に感染している患者（好ましくは、抗レトロウイルス療法を受けていない患者）の血漿サンプルを、マルチクレードＨＩＶ分離株を中和する能力について試験することによって特定することができる（例えば、最初に、偽ウイルスの９又は１２の成員のパネルを使用し、次に、より大きいパネル（例えば、５７の成員）を使用する）。幾つかの実施態様では、サンプルは、ウイルス血症が血漿１ｍｌあたりのＨＩＶ ＲＮＡコピーが５０未満である「エリートコントローラ」として知られる患者に由来しうる。これらのようなスクリーニング手順は、ｂＮａｂを産生するＢ細胞のその後の単離及び特徴付けのためのリンパ節ドナーとして役立ちうる患者の識別につながりうる。このようなスクリーニングアッセイを実施する際には、中和活性は、通常、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）偽ウイルスなどの陰性対照と比較される。
幾つかの実施態様では、中和結合剤（例えば、抗体）を発現する患者の胚中心細胞及びメモリーＩｇＧ型Ｂ細胞を単離し、さらに研究することができる。幾つかの実施態様では、細胞を、ＩｇＧ（例えば、ＩｇＡ及びＩｇＭ陰性細胞）、ＣＤ１９、及びＣＤ３８の発現に応じて別々に分類し（胚中心Ｂ細胞はＣＤ３８陽性である）、ＨＩＶ－１中和抗体の産生について調査することができる。例えば、高純度のＩｇＧ型メモリーＢ細胞及びＩｇＧ生殖細胞を、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）（これは、ポリクローナルにメモリーＢ細胞も刺激する）及び成長因子のカクテルなど（例えば、構成されたＴＬＲ９アゴニストＣｐＧ－２００６、ＩＬ－２（１０００ＩＵ／ｍｌ）、ＩＬ－６（１０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ－２１（１０ｎｇ／ｍｌ）、及び抗ＢＣＲヤギ抗体（Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）のトリガ））の存在下、ヒトフィーダー細胞上での単一細胞のマイクロ培養として別々のプレートに播種することができる。次に、このような培養物（例えば、１４日目の培養物から）の上清を、一次スクリーニングにおいて試験することができる（例えば、本明細書の実施例に示されるように、クレードＣ及びＣＲＦ０７を代表する２つの株ＣＥ１１７６及びＢＪＯＸ２０００を並行して使用した３８４ウェルベースのＨＩＶ－１偽ウイルス中和アッセイを使用）。中和アッセイは、任意の適切な宿主細胞を使用して行うことができる（例えば、ＴＺＭ－ｂｌ細胞（Seaman, et al.J. Virol.84(3): 1439-52 (2010); NIH AIDS Reagent Program Catalog Number 8129)）。次に、有意な（例えば、５０～１００×１０４ＲＬＵの）出力相対光単位（ＲＬＵ）をもたらす（すなわち、細胞の増殖性感染を示す）ＨＩＶ－１偽ウイルスを、宿主細胞（例えば、３０００のＴＺＭ－ｂｌ細胞）を添加する前に、Ｂ細胞培養上清とともに適切な時間及び温度で（例えば、３７％（５％ＣＯ２）で１時間）インキュベートすることができる。通常、適切な時間（例えば、７２時間）のインキュベーションが続き、その後、上清を除去し、Ｓｔｅａｄｙｌｉｔｅ試薬（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ社）を加えることができる（例えば、１５μｌ）。次に、Ｓｙｎｅｒｇｙマイクロプレートルミノメータ（ＢｉｏＴｅｋ社）で（例えば、５分後に）、ルシフェラーゼ活性を検出することができる。ルシフェラーゼ活性の低下は、細胞から放出されるウイルスの量がより少なく、ウイルスが中和されていることを示す。例えば、特定の偽ウイルスのベースＲＬＵが５０～１００×１０４ＲＬＵの場合、中和抗体は、その偽ウイルスのＲＬＵを２５～５０×１０４ＲＬＵ（すなわち、５０％の低下）、又はそれ未満に低下させるように決定することができる。このような系を使用して、株を交差中和することができる上清を同定し、さらに採取し、かつ他の偽ウイルスを中和するそれらの能力について試験することができる。
次に、抗体の可変領域及び相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ酸及びヌクレオチド配列を決定することによって、このような中和抗体含有培養物に由来する抗体をさらに特徴付けることができる。これらの技法を使用して、「ＬＮ０２」と呼ばれるＨＩＶ中和結合剤を、図１に示されるＣＤＲ、ＶＨ、及びＶＬ配列（配列番号２３４、２３５を含む）を有するＩｇＧ３型完全ヒトモノクローナル抗体として同定した。本明細書に記載されるように、ＬＮ０２の変異体が現在開発されており、驚くべき機能的特性（例えば、ＨＩＶ偽ウイルスの中和の増加）を示すことが示されている。幾つかの実施態様では、結合剤の可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）遺伝子を、同じアイソタイプ又は異なるアイソタイプのＩｇＧ発現ベクターにクローン化することができる。実施例に示されるように、例えば、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列をコードする核酸をＩｇＧ１骨格にクローン化し、適切な宿主細胞（例えば、Ｅｘｐｉ２９３Ｆ細胞）をトランスフェクトすることによって組換えＩｇＧ１ベースの抗体を産生させた。次に、抗体完全長ＩｇＧ１ベースの抗体を、標準的な技法を使用して精製することができる（例えば、組換えプロテインＡカラム（ＧＥ－Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ社）を使用して、完全長のＩｇＧ１ベースの抗体を精製することができる）。次に、組換え産生されたＩｇＧ１抗体を、適切な宿主細胞（例えば、ＴＺＭ－ｂｌ細胞）上で、本明細書に記載されているもののいずれかなどの偽ウイルスのパネルのいずれか（例えば、実施例で使用されている９つのＨＩＶ－１参照偽ウイルスのグローバルパネル）に対して試験することができる。好ましい実施態様では、結合剤は、陰性対照ウイルス（例えば、ＭＬＶ偽ウイルス）を中和することなく、偽ウイルスパネルの成員（例えば、９、１２、又は１１８の成員を含む）の大部分（すなわち、少なくとも約５０％以上）を中和する能力を示す。結合剤は、このようなウイルスの大部分を中和する能力を示すことが好ましく（例えば、約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、又は１００％のいずれかなど、約５０％を超える中和）、ＩＣ５０及び／又はＩＣ８０値が中和と見なされる（以下を参照）。例えば、幾つかの実施態様では、本開示の結合剤は、ＨＩＶ－１偽ウイルスＴＲＯ．１１（クレードＢ）、２５７１０（クレードＣ）、ＣＥ１１７６、ＢＪＯＸ（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＨ１１９（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、２４６－Ｆ３（クレードＡＣ）、Ｘ１６３２（クレードＧ）、ＣＮＥ５５（ＣＲＦ０１＿ＡＥ）、及び／又はＣＤ０２１７（クレードＣ）の中和を示すことができる。幾つかの実施態様では、ＨＩＶ－１偽ウイルスの中和は、抗体濃度が１０－２～１００μｇ／ｍｌ（すなわち、１０ｎｇ／ｍｌ～１μｇ／ｍｌ）、又は１００～１０１μｇ／ｍｌ（すなわち、１～１０μｇ／ｍｌ）の間である場合に、観察されうる。幾つかのこのような実施態様では、結合剤による中和率は少なくとも約５０％である。幾つかの実施態様では、１つのＨＩＶ－１分離株の感染は、この分離株の少なくとも１つの分離株の感染が２５μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０で中和される場合に、２５μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０及び／又はＩＣ８０で結合剤（例えば、抗体）によって中和されたと見なされる。幾つかの実施態様では、結合剤は、記載されるＨＩＶ－１偽ウイルスが、２５μｇ／ｍｌ未満、例えば、約１０μｇ／ｍｌ、９μｇ／ｍｌ、８μｇ／ｍｌ、７μｇ／ｍｌ、６μｇ／ｍｌ、５μｇ／ｍｌ、４μｇ／ｍｌ、３μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、１μｇ／ｍｌ、０．９μｇ／ｍｌ、０．８μｇ／ｍｌ、０．７μｇ／ｍｌ、０．６μｇ／ｍｌ、０．５μｇ／ｍｌ、０．４μｇ／ｍｌ、０．３μｇ／ｍｌ、０．２μｇ／ｍｌ、０．１μｇ／ｍｌ、０．０９μｇ／ｍｌ、０．０８μｇ／ｍｌ、０．０７μｇ／ｍｌ、０．０６μｇ／ｍｌ、０．０５μｇ／ｍｌ、０．０４μｇ／ｍｌ、０．０３μｇ／ｍｌ、０．０２μｇ／ｍｌ、又は０．０１μｇ／ｍｌのＩＣ５０；及び／又は、約０．００１～約１０μｇ／ｍｌの間のＩＣ５０で中和されると見なされる場合に、中和すると見なすことができる。好ましい実施態様では、結合剤は、ＨＩＶ－１偽ウイルス株ＴＲＯ．１１（クレードＢ）、２５７１０（クレードＣ）、ＣＥ１１７６、ＢＪＯＸ（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＨ１１９（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、２４６－Ｆ３（クレードＡＣ）、Ｘ１６３２（クレードＧ）、ＣＮＥ５５（ＣＲＦ０１＿ＡＥ）、及び／又はＣＤ０２１７（クレードＣ）；及び／又は、ＩＤ ＭＳ２０８．Ａ１、Ｑ２３．１７、Ｑ７６９．ｄ２２、Ｑ８４２．ｄ１２、Ｑ２５９．ｄ２．１７、０２６０．ｖ５．ｃ３６、１９１９５５＿Ａ１１、１９１０８４ Ｂ７－１９、ＴＲＯ．１１、６５３５．３、ＲＥＪＯ４５４１．６７、ＳＣ４２２６６１．８、ＱＨ０６９２．４２、ＴＲＪＯ４５５１．５８、ＲＨＰＡ４２５９．７、ＰＶＯ．４、ＳＣ０５ ８Ｃ１１ ２３４４、ＣＮＥ１７、ＣＮＥ１９、ＣＮＥ２０、ＣＮＥ２１、Ｄｕ４２２．１、ＣＡＰ２１０．２．００．Ｅ８、ＺＭ２４９Ｍ．ＰＢ６、ＨＩＶ－００１４２８－２．４２、ＺＭ２１４Ｍ．ＰＬ１５、ＣＡＰ４５．２．００．Ｇ３、Ｃｅ７０４８０９２２１＿１Ｂ３、Ｃｅ１１７６＿Ａ３、ＺＭ２４７ｖ１（Ｒｅｖ－）、Ｃｅ０６８２＿Ｅ４、２４９Ｍ Ｂ１０、２４６Ｆ Ｃ１Ｇ、及び／又はＢＦ１２６６．４３１ａを、例えば約１μｇ／ｍｌ以下のＩＣ５０又はＩＣ８０で中和することができる（図２～４、図９、表７Ａ、７Ｂ、及び／又は表８Ａから８Ｍ）。結合剤は、クレード依存性を示さないことがさらに好ましい。例えば、幾つかの実施態様では、結合剤は、クレードＡ（Ｔ／Ｆ）、クレードＢ、クレードＢ（Ｔ／Ｆ）、クレードＢＣ、クレードＣ、クレードＣ（Ｔ／Ｆ）、クレードＥ（Ｔ／Ｆ）、及び／又はクレードＧを含むがこれらに限定されないＨＩＶ－１クレードの偽ウイルスを中和する能力を示すことができる。幾つかの好ましい実施態様では、結合剤は、クレードＡ、Ａ（Ｔ／Ｆ）、Ｂ、Ｂ（Ｔ／Ｆ）、ＢＣ、Ｃ、Ｃ（Ｔ／Ｆ）、及びＧの各々の少なくとも１つの偽ウイルスを、約１μｇ／ｍｌ以下のＩＣ５０又はＩＣ８０で中和することができる。幾つかの好ましい実施態様では、結合剤は、クレードＡ、Ａ（Ｔ／Ｆ）、Ｂ、Ｂ（Ｔ／Ｆ）、ＢＣ、Ｃ、Ｃ（Ｔ／Ｆ）の各々の少なくとも１つの偽ウイルスを、約０．５μｇ／ｍｌ以下のＩＣ５０又はＩＣ８０で中和することができる。幾つかの好ましい実施態様では、結合剤は、約１μｇ／ｍｌ以下のＩＣ８０において、クレードＡ、Ａ（Ｔ／Ｆ）、Ｂ、Ｂ（Ｔ／Ｆ）、ＢＣ、Ｃ、及びＣ（Ｔ／Ｆ）の各々の少なくとも１つの偽ウイルスを中和することができる。幾つかの実施態様では、結合剤は、これらの特性のいずれか１つ以上、並びにＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列のうちの１つ以上を含む。
幾つかの実施態様では、結合剤は、１つ以上のタイプのＦｃ受容体を発現する細胞又は発現しない細胞（例えば、親ＴＺＭ－ｂｌ細胞及び実施例のようなＦｃ－γ受容体Ｉ（ＣＤ６４）を発現するＴＺＭ－ｂｌ細胞；例えば、Perez, et al. Utilization of immunoglobulin G Fc receptors by human immunodeficiency virus type 1: a specific role for antibodies against the membrane-proximal external region of gp41.J Virol 83, 7397-7410 (2009); NIH AIDS Reagent Program Catalog No. 11798を参照）を使用して、ＨＩＶ参照偽ウイルスに対する中和能力について試験することができる（例えば、９つのＨＩＶ－１参照偽ウイルスの上述のグローバルパネル）。Ｆｃ受容体を発現する細胞における中和活性の増強は、ウイルス阻害の速度論的利点を抗体に提供することができる。この速度論的利点は、抗体に特有であってよく、そのエピトープは、融合の初期段階において、Ｅｎｖタンパク質の中間体立体配座にアクセスするのが困難であるか、短時間しか晒されないと考えられている。Ｆｃ－γ受容体もまた、ＨＩＶ－１の中和を促進することができ、これは食作用であり、それによって抗体の中和能力を高める。これまで、そこからＴＺＭ－ｂｌ細胞株が構築されたＨｅＬａ細胞は、非専門的食細胞の特性を示すことが知られている。したがって、ＴＺＭ－ｂｌ細胞は、その表面にＦｃ－γ受容体を導入することにより、専門的食細胞へと変換された可能性がある。ＨＩＶ－１中和抗体に対するＦｃ－γ受容体を介した抗ウイルス効果は、侵入阻害によるか食作用によるかにかかわらず、ＨＩＶの治療及びワクチンレジメンに有益でありうる。Ｆｃ－γ受容体がＣＤ４＋リンパ球で発現することはめったにないが、他の幾つかのＨＩＶ－１感受性細胞型は、複数のＦｃ－γ受容体を発現し、性感染症並びに長寿命ウイルス貯留層の早期確立に関与している。特に、マクロファージは、粘膜への曝露後にウイルスが遭遇する最初の感染感受性細胞の１つであり、慢性感染症において長寿命のウイルス貯留層として機能すると考えられている。マクロファージ、並びに単球細胞及び樹状細胞の特定のサブセットは、複数のＦｃ－γ受容体を発現することが知られている。Ｆｃ－γ受容体は、抗原の取り込み、抗原提示、細胞の活性化、及びＢ細胞の寛容を促進することにより、適応免疫及び末梢性寛容の調節において役割を果たすことに言及することもまた重要である。したがって、幾つかの実施態様では、本明細書に記載される結合剤は、本明細書に記載される結合剤による治療とともに、又はそれと組み合わせて、１つ以上のＦｃ受容体をコードする核酸の導入を含む、Ｆｃ受容体発現を誘導及び／又は増強する薬剤と組み合わせて使用することができる。
本明細書に記載される結合剤の特異性は、当業者に利用可能な多くの技法のいずれかを使用して決定することができる。例えば、本明細書の実施例に示されるように、特定のエピトープに関する、結合剤（例えば、ＩｇＧ１ ＬＮ０２抗体）の特異性は、ＨＩＶエンベロープ遺伝子の突然変異をコードする偽ウイルス（例えば、ＣＡＰ４５）のパネルを使用して確認することができる。例えば、ＨＩＶエンベロープタンパク質（Ｅｎｖ）を修飾して、修飾Ｅｎｖタンパク質（ｍＥｎｖ）を生成し、各結合剤（例えば、抗体）をさまざまなｍＥｎｖタンパク質に結合する能力について試験することができる。使用することができる例示的なＨＩＶ－１エンベロープアミノ酸配列は、以下に示すように、ＣＡＰ４５偽ウイルス（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＥＦ２０３９６２；ＮＣＢＩ ＧｅｎＰｅｐｔアクセッション番号ＡＢＱ０２７０１．１；配列番号２３７）、及び／又はＨＸＢ２ Ｅｎｖ配列（配列番号２３８（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＭＦ９４４２２５．１、ｐｒｏｔｅｉｎ＿ｉｄ＝ＡＴＧ８８２０５．１））の配列である（太字及び下線で示されている修飾可能な例示的なアミノ酸を含む）：
Figure 2022541900000001
幾つかの実施態様では、本開示の結合剤は、上述した中和特性（すなわち、１０－２～１００μｇ／ｍｌ（すなわち、１０ｎｇ／ｍｌ～１μｇ／ｍｌ）、又は１００～１０１μｇ／ｍｌ（すなわち、１～１０μｇ／ｍｌ）の間の濃度でのＨＩＶ－１偽ウイルスＴＲＯ．１１（クレードＢ）、２５７１０（クレードＣ）、ＣＥ１１７６、ＢＪＯＸ（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＨ１１９（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、２４６－Ｆ３（クレードＡＣ）、Ｘ１６３２（クレードＧ）、ＣＮＥ５５（ＣＲＦ０１＿ＡＥ）、ＣＤ０２１７（クレードＣ）の少なくとも約５０％の中和（図３、図４、図９；表７Ａ、７Ｂ、及び表８Ａから８Ｍ）、並びに２５μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０又はＩＣ８０でのＨＩＶ－１偽ウイルスの大部分の中和）とともに、これらの結合特異性を含みうる。
結合剤の特異性はまた、ＨＩＶタンパク質を代表する可溶性三量体（例えば、本明細書の実施例で用いられているサブタイプＡ感染／創始（founder）株であるＢＧ５０５に基づく可溶性の切断されたＳＯＳＩＰ．６６４ ｇｐ１４０三量体）への結合についても試験することができる。好ましい三量体（本明細書の実施例で用いられるものなど）は、ネガティブ染色電子顕微鏡（ＥＭ）によって視覚化された場合に、非常に安定、均質、かつ天然のウイルススパイクによく似ているものである（Sanders, R. W. et al. A next-generation cleaved, soluble HIV-1 Env trimer, BG505 SOSIP.664 gp140, expresses multiple epitopes for broadly neutralizing but not non-neutralizing antibodies. PLoS Pathog. 9, e1003618 (2013)）。通常、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖ上の複数の中和エピトープに対する広域中和抗体は、このような三量体との反応性が非常に高くなる。逆に、ＣＤ４結合部位、ＣＤ４誘導エピトープ、又はｇｐ４１エクトドメインに対する非中和抗体（ＮＡｂ）は、それらのエピトープがより単純な形態のＥｎｖ（例えば、ｇｐ１２０単量体又は解離したｇｐ４１サブユニット）に存在する場合でも、三量体と反応しないであろう（実施例では反応しなかった）。実施例はまた、本明細書に記載される結合剤のいずれかを試験する際に使用することができる試験も含み、ここでは、三量体の溶解性を改善し、凝集体形成を低減するために、ＭＰＥＲも削除した。結合剤はまた、可溶性ＣＤ４（ｓＣＤ４）の存在下又は非存在下で、このような三量体への結合について試験することもできる。本明細書の実施例は、ＬＮ０２及びＰＧＴ１５１（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）で測定した、４２６ｃ ＷＴ ＳＯＳＩＰ Ｅｎｖタンパク質複合体に結合するためのｇｐ１２０抗体及びｇｐ４１抗体との界面において部位に結合する（Dingens et al. Cell Host Microbe. 2017 Jun 14;21(6):777-787.e4. doi: 10.1016/j.chom.2017.05.003. Epub 2017 Jun 1)）について説明している。実施例に示されるように、ビオチン化ＩｇＧ１ ＬＮ０２抗体は、４２６ｃ ＷＴ ＳＯＳＩＰ Ｅｎｖタンパク質に結合することが示されたが、非標識のＬＮ０２抗体とともに事前にインキュベートしたＥｎｖタンパク質の結合は完全にブロックされた。同様の実験では、ｂＮａｂ ＰＧＴ１５１に結合するビオチン化界面は、４２６ｃＷＴ ＳＯＳＩＰ Ｅｎｖタンパク質にはしっかりと結合したが、ＰＧＴ１５１は、ＬＮ０２＋４２６ｃ ＷＴ ＳＯＳＩＰＥｎｖタンパク質複合体にはより弱く結合した。したがって、実施例に示されている結果は、ＩｇＧ１ ＬＮ０２抗体がＨＩＶ－１Ｅｎｖのｇｐ１２０／ｇｐ４１界面のエピトープを認識する可能性があることを示唆している。４２６ｃ ＷＴ ＳＯＳＩＰへのＰＧＴ１５１の結合がＬＮ０２によって完全にはブロックされなかったことを所与とすると、ＬＮ０２は、ＰＧＴ１５１と比較して、同じ領域に結合するが、同一のエピトープには結合しない可能性がある。表面プラズモン共鳴を含む他のアッセイ系を使用して、本明細書で企図される結合剤を試験することができる。また、本明細書で企図される結合剤のいずれかに対して、同様の試験を実施することもできる。
「結合親和性」及び／又はＫＤという用語は、特定の抗体－抗原相互作用の解離速度を指す。ＫＤは、解離速度（「オフ速度（ｋｄ）」）の結合速度（「オン速度（ｋａ）」）に対する比である。したがって、ＫＤは、ｋｄ／ｋａに等しく、モル濃度（Ｍ）として表される。よって、ＫＤが小さくなるほど、結合の親和性が強くなる。例えば、１ｍＭのＫＤは、１ｎＭのＫＤと比較して、弱い結合を示す。抗体のＫＤ値は、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）系を使用するなど、当技術分野で十分に確立された方法を使用して決定することができる。幾つかの実施態様では、本明細書に記載される結合剤は、それぞれのＫＤ値をそれぞれ参照して、別の結合剤と比較することができる。これらの特性は、結合剤を互いに比較するために、中和能力及び／又はエピトープ特異性などの他の特性と組み合わせることができる。したがって、本明細書に記載されるものと同様のＫＤを有し、おそらくは本明細書に記載される中和能力及びエピトープ特異性も共有する結合剤（例えば、ＬＮ０２Ｍによって示される）もまた、本開示の一部として企図されている。
ＬＮ０２Ｍ可変領域のアミノ酸配列及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列のいずれか（及び／又は、それらの１つ以上の断片及び／又は誘導体）もまた、当業者に所望されるように、任意の他のアミノ酸で置換することができる。例えば、当業者は、下記表５に示されるように、特定のアミノ酸を他のアミノ酸で置き換えることによって保存的置換を行うことができる。選択される特定のアミノ酸置換は、選択される部位の位置に依存しうる。アミノ酸置換は、当業者が、置換されているアミノ酸を取り巻くアミノ酸配列間の有意な量の類似性を確認することができる場合に、「～に対応する」と言うことができる。例えば、特定のアミノ酸配列は、置換されているアミノ酸を取り巻く２つ、３つ、４つ、又はそれより多くのＮ末端及びＣ末端アミノ酸が比較されるポリペプチドにおいて同一であるか又は類似している（例えば、表５に記載されている）、別の配列に対応しうる。保存的アミノ酸置換は、その位置にあるアミノ酸残基のサイズ、極性、電荷、疎水性、又は親水性にほとんど又はまったく影響を及ぼさないように、特に、例えば、ＨＩＶ中和能力の低下及び／又は異なるエピトープ特異性をもたらさないように、天然アミノ酸残基を非天然残基で置換することを包含しうる。
Figure 2022541900000002
ある特定の実施態様では、本明細書に記載される１つ以上の結合剤をコードする核酸分子は、以下により詳細に論じられるように、１つ以上の発現ベクターに挿入することができる。このような実施態様では、結合剤は、アミノ酸配列に対応するヌクレオチドによってコードされうる。さまざまなアミノ酸（ＡＡ）をコードするヌクレオチドの特定の組合せ（コドン）は、当業者に使用されるさまざまな参考文献に記載されているように、当技術分野でよく知られている（例えば、Lewin, B. Genes V, Oxford University Press, 1994）。前記結合剤のアミノ酸をコードするヌクレオチド配列は、例えば、表６を参照して確認することができる。核酸変異体は、結合剤をコードするヌクレオチドの任意の組合せを使用することができる。
Figure 2022541900000003
当業者は、特定のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列が、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列のいずれかのアミノ酸配列、並びに表６に提示される情報から、容易に誘導することができることを理解している。例えば、アミノ酸配列ＹＧＳＩＳＲＨＦＷＧ（配列番号１）及び表６に提示される情報から、アミノ酸配列がヌクレオチド配列ＴＡＴＧＧＣＡＧＣＡＴＴＡＧＣＣＧＣＣＡＴＴＴＴＴＧＧＧＧＣ（配列番号３４）によってコードされうることを推定することができる。当業者は、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を同じ方法で推定することができることを理解しており、このようなヌクレオチド配列が本明細書で企図されている。このような核酸配列を含む発現ベクターもまた、本開示によって企図されている。結合剤が抗体である場合、その可変領域をコードするヌクレオチド配列は、発現ベクターにクローン化されたものと同じものを発現するファージ及び／又はハイブリドーマ細胞から単離することもできる。このような調製物を製造する方法は、当技術分野でよく知られている。
１つ以上のＨＩＶ結合剤をコードする核酸分子は、ウイルスベクター及び／又は非ウイルスベクター内に含まれうる。一実施態様では、１つ以上のＨＩＶ結合剤をコードする核酸を患者に送達するために、ＤＮＡベクターが利用される。そうすることで、このような機構の効率を改善するために、さまざまな戦略を利用することができ、例えば、自己複製ウイルスレプリコンの使用（Caley, et al. 1999. Vaccine, 17: 3124-2135;Dubensky, et al.2000. Mol. Med. 6: 723-732;Leitner, et al.2000.Cancer Res.60: 51-55）、コドンの最適化（Liu, et al.2000.Mol.Ther., 1: 497-500;Dubensky, supra; Huang, et al.2001.J. Virol.75: 4947-4951）、インビボでのエレクトロポレーション（Widera, et al.2000. J. Immunol. 164: 4635-3640）、共刺激分子、サイトカイン、及び／又はケモカインをコードする核酸の組み込み（Xiang, et al.1995. Immunity, 2: 129-135;Kim, et al.1998. Eur. J. Immunol., 28: 1089-1103;Iwasaki, et al.1997.J. Immunol.158: 4591-3301;Sheerlinck, et al.2001.Vaccine, 19: 2647-2656）、ＣｐＧなどの刺激モチーフの組み込み（Gurunathan, supra; Leitner, supra）、エンドサイトーシス又はユビキチン処理経路の標的化のための配列（Thomson, et al.1998.J. Virol.72: 2246-2252;Velders, et al.2001.J. Immunol.166: 5366-5373）、プライムブーストレジメン（Gurunathan, supra; Sullivan, et al.2000.Nature, 408: 605-609;Hanke, et al.1998.Vaccine, 16: 439-445;Amara, et al.2001.Science, 292: 69-74）、プロテアソーム感受性切断部位、及びサルモネラ菌などの粘膜送達ベクターの使用（Darji, et al.1997.Cell, 91: 765-775;Woo, et al.2001.Vaccine, 19: 2945-2954）が挙げられる。他の方法が当技術分野で知られており、その幾つかを以下に説明する。核酸を宿主に導入するために首尾よく利用されてきたさまざまなウイルスベクターには、とりわけ、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、ヘルペスウイルス、及びポックスウイルスが含まれる。ベクターは、当技術分野で広く利用可能な標準的な組換え技法を使用して構築することができる。このような技法は、次のものなど、一般的な分子生物学の参考文献に見出すことができる：Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Sambrook, et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press)、Gene Expression Technology (Methods in Enzymology, Vol. 185, edited by D. Goeddel, 1991. Academic Press, San Diego, CA)、及びPCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, et al. 1990.Academic Press, San Diego, ca）。「非ウイルス性」プラスミドベクターもまた、ある特定の実施態様では適切でありうる。好ましいプラスミドベクターは、細菌、昆虫、及び／又は哺乳動物の宿主細胞と適合性がある。このようなベクターには、例えば、ＰＣＲ－ｉｉ、ＰＣＲ３、及びｐｃＤＮＡ３．１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、米国カリフォルニア州サンディエゴ所在）、ｐＢＳｉｉ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社、米国カリフォルニア州ラ・ホーヤ所在）、ｐｅｔ１５（Ｎｏｖａｇｅｎ社、米国ウィスコンシン州マディソン所在）、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ社、米国ニュージャージー州ピスカタウェイ所在）、ｐＥＧＦｐ－ｎ２（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ社、米国カリフォルニア州パロアルト所在）、ｐＥＴｌ（Ｂｌｕｅｂａｃｉｉ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）、ｐＤＳＲ－アルファ（国際公開第９０／１４３６３号）、及びｐＦＡＳＴＢＡＣｄｕａｌ（Ｇｉｂｃｏ－ＢＲＬ社、米国ニューヨーク州グランドアイランド所在）、並びにＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ（登録商標）プラスミド誘導体（高コピー数ＣＯＬｅ１ベースのファージミド、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ社、米国カリフォルニア州ラ・ホーヤ所在）、ＴＡＱ増幅ＰＣＲ産物のクローニング用に設計されたＰＣＲクローニングプラスミド（例えば、ＴＯＰＯ（商標）ＴＡクローニング（登録商標）キット、ＰＣＲ２．１（登録商標）プラスミド誘導体、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、米国カリフォルニア州カールスバッド所在）が含まれる。細菌ベクターも使用することができる。これらのベクターには、例えば、赤痢菌、サルモネラ菌、コレラ菌、乳酸桿菌、カルメット・ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、及び連鎖球菌が含まれる（例えば、国際公開第８８／６６２６号；同第９０／０５９４号；同第９１／１３１５７号；同第９２／１７９６号；及び、同第９２／２１３７６号参照）。他の多くの非ウイルスプラスミド発現ベクター及び系が当技術分野で知られており、使用することができる。例えば、ＤＮＡ－リガンド複合体、アデノウイルス－リガンド－ＤＮＡ複合体、ＤＮＡの直接注入、ＣａＰＯ４沈殿、遺伝子銃技法、エレクトロポレーション、及びコロイド分散系を含む他の送達技法もまた十分でありうる。コロイド分散系には、高分子錯体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、並びに、水中油型エマルション、ミセル、混合ミセル、及びリポソームを含めた、脂質をベースとした系が含まれる。好ましいコロイド系は、インビトロ及びインビボでの送達ビヒクルとして有用な人工膜小胞である、リポソームである。ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び無傷のビリオンは、水性の内部にカプセル化され、生物学的に活性な形態で細胞に送達されうる（Fraley, R., et al., 1981, Trends Biochem.Sci., 6: 77）。リポソームの組成は、通常、リン脂質、特に高相転移温度のリン脂質の組合せであり、通常、ステロイド、とりわけコレステロールとの組合せである。他のリン脂質又は他の脂質も使用することができる。リポソームの物理的特性は、ｐＨ、イオン強度、及び二価カチオンの存在に依存する。リポソームの製造に有用な脂質の例には、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルエタノールアミン、スフィンゴ脂質、セレブロシド、及びガングリオシドなどのホスファチジル化合物が含まれる。特に有用なものは、脂質部分が１４～１８個の炭素原子、特に１６～１８個の炭素原子を含み、かつ飽和している、ジアシルホスファチジルグリセロールである。例示的なリン脂質には、卵ホスファチジルコリン、ジパルミトイルホスファチジルコリン、及びジステアロイルホスファチジルコリンが含まれる。
ベクターを含む培養細胞も提供される。培養細胞は、該細胞が免疫原性ポリペプチドを発現する、細胞のベクター又は子孫を用いてトランスフェクトした培養細胞でありうる。適切な細胞株は当業者に知られており、例えば、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）を通して市販されている。トランスフェクトされた細胞は、免疫原性ポリペプチドを産生する方法に使用することができる。該方法は、免疫原性ポリペプチドの発現を可能にする条件下で、任意選択的に発現配列の制御下で、ベクターを含む細胞を培養することを含む。免疫原性ポリペプチドは、標準的なタンパク質精製法を使用して、細胞又は培地から単離することができる。幾つかの実施態様では、本明細書に記載される結合剤は、活性剤にコンジュゲートして、ＨＩＶポリペプチドを発現する及び／又はＨＩＶ（及び／又は複数の特異性を有する結合剤の場合は別の抗原）の宿主となる細胞集団の機能を標的化及び阻害する、及び／又は細胞集団を排除することができる。例えば、複製能力のあるＨＩＶを含むＣＤ４＋Ｔ－細胞集団を、結合剤／薬物複合体（例えば、抗体薬物複合体（ＡＤＣ））を使用して標的化し、排除することができる。単一及び／又は二重特異性の候補結合剤は、１種類以上の薬物（例えば、ＤＮＡを損傷する薬物、微小管を標的とする薬物）とコンジュゲートさせることができる。本明細書に記載される結合剤及び／又はそれらの誘導体はまた、インビトロ及び／又はインビボでの使用のために機能性薬剤に接合及び／又はコンジュゲートさせることができる。例えば、結合剤を、細胞毒性薬又は毒素などの機能的部分、及び／又はそれらの活性断片、とりわけ、ジフテリアＡ鎖、外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン、クロチン、フェノマイシン、エノマイシンなどに接合及び／又はコンジュゲートさせることができる。適切な機能的部分はまた、放射性化学物質も含みうる。当技術分野の標準的な技法を使用して、抗体などの結合剤を、１つ以上の機能性薬剤に接合及び／又はコンジュゲートさせることができる。
幾つかの実施態様では、本開示は、ＬＮ０２Ｍ結合剤によって結合されるエピトープ及び少なくとも１つの他の二次抗原（例えば、細胞表面タンパク質）が単一の結合剤によって結合されうるような複数の特異性を有する結合剤を提供する。幾つかの実施態様では、二次抗原は、感染性病原体に感染した細胞によって発現されるものでありうる。例えば、例示的な二次抗原は、ｇｐ４１以外のＨＩＶ Ｅｎｖ抗原でありうる。このような結合剤は、二次抗原に結合することができ、及び／又は本明細書に記載されるアッセイを使用して決定することができるように感染性病原体を中和するのに役立てることができる。本明細書に記載される１つ以上と当業者に利用可能な別のものなどとの結合剤の組合せもまた、本明細書で企図されている。例えば、幾つかの実施態様では、組合せは、他のものではなく、１つ以上の結合剤のみを使用して得られた結果（例えば、中和アッセイ）との統計的に有意な差を提供するために識別されうる。幾つかの実施態様では、組合せは、例えば、ＨＩＶの相加的、及び／又は、好ましくは相乗的な中和を示す。幾つかの実施態様では、組合せは、ＬＮ０２Ｍ結合剤の特徴を有する（すなわち、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列を含む）第１の結合剤、及び／又はそれらの誘導体、並びに、次の１つ以上に記載される１つ以上の抗体を含みうる：米国特許第５，０８７，５５７号；同第５，２９８，４１９号；同第５，４５９，０６０号；同第５，６９３，７５２号；同第５，７３１，１８９号；同第５，７５３，５０３号；同第５，７５６，６７４号；同第５，７７７，０７４号；同第５，８０４，４４０号；同第５，８３１，０３４号；同第６，００８，０４４号；同第７，７７４，８８７号（Ｂ２）；米国特許出願公開第２００３／０１１８９８５号（Ａ１）、同第２００７／０２９２３９０号（Ａ１）、又は同第２０１４／０２０５６１２号（Ａ１）の各明細書；国際公開第２００２／０３２４５２号（Ａ１）（例えば、ｇｐ４１エピトープＥＬＤＫＷＡ、ＥＬＥＫＷＡ、ＥＬＮＫＷＡ、ＥＬＤＥＷＡに結合）；欧州特許第０３３５１３４号明細書 ＵＳ１７６０７７（例えば、そこに記載されているマウスｍＡｂのヒト化バージョン）；ドイツ国特許出願公開第３９３２４６１号明細書（エピトープＡｒｇ－Ｉｌｅ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｖａｌ－Ｇｌｕ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ－Ｔｒｙ－Ａｓｐ－Ｇｌｎ－Ｇｌｎ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－Ｇｌｙ－Ｉｌｅ－Ｔｒｐ－Ｇｌｙ－Ｃｙｓ－Ｓｅｒに対するｍＡｂ）；Evans, et al. J. Immunol. 140(3): 941-3 (1988); Gorney, et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86: 1624-28 (1989); Teeuwsen, et al. (1990) AIDS Res. Hum. Retroviruses 6, 381-392; Earl, et al. J. Virol. 71(4): 2674-2684 (1997); Jiang, et al. J. Virol.72(12): 10213-17 (1998); Zwick, et al. J. Virol.75(22): 10892-10905 (2001); Eckert et al. PNAS USA, 98(20): 11187-11192 (2001); Louis, et al. J. Biol. Chem. 278(22): 20278-20285 (2003);及び/又は、Pietzsch, et al.J. Virol.84(10): 5032-42 (2010)；これらはすべて、その全体が本明細書に組み込まれている。例えば、本明細書に記載される結合剤のいずれかは、とりわけ、２Ｆ５、４Ｅ１０、及び／又はＺ１３ｅ１、及び／又はそれらの誘導体として一般に知られている１つ以上の抗体と組み合わせる（すなわち、単一の組成物として、及び／又は組み合わせて使用する）ことができる。このような組成物の結合剤は、２つ以上の異なるモノクローナル抗体又はそれの誘導体などの異なる実体でありうるか、又は二官能性抗体（複数の結合特異性を含む単一の抗体又はその誘導体）などの同じ実体上に見出すことができる。本明細書に記載されるこのような組合せはまた、ＣＴＬＡ－４に対する抗体などの免疫細胞機能に影響を及ぼしうる１つ以上の他の薬剤と組み合わせることができる。当業者は、このような多くの組合せが本明細書に記載されるような使用に適しうることを認識するであろう。
上記のように、本明細書に記載されるＨＩＶ結合剤は、ＨＩＶによる感染の症状を治療及び／又は予防及び／又は改善するために使用することができる。当技術分野でよく知られているように、ＨＩＶ分離株は現在、個別の遺伝子サブタイプに分類されている。ＨＩＶ－１は、少なくとも１０のサブタイプ（Ａ１、Ａ２、Ａ３、Ａ４、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ１、Ｆ２、Ｇ、Ｈ、Ｊ、及びＫ）を含むことが知られている（Taylor et al, NEJM, 359(18):1965-1966 (2008)）。ＨＩＶ－２は、少なくとも５のサブタイプ（Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、及びＥ）を含むことが知られている。サブタイプＢは、世界中の同性愛者の男性及び静脈内薬物使用者におけるＨＩＶの流行に関連している。ほとんどのＨＩＶ－１免疫原、実験室で適応された分離株、試薬、及びマッピングされたエピトープは、サブタイプＢに属する。サハラ砂漠以南のアフリカ、インド、及び中国といった新しいＨＩＶ感染の発生率が高い地域では、ＨＩＶ－１サブタイプＢは感染のごく少数しか占めておらず、サブタイプＨＩＶ－１Ｃが最も一般的な感染サブタイプであるように思われる。これらのタイプの分離株のいずれも、本明細書に記載される結合剤を使用して対処することができる。１つ以上の結合剤はまた、例えば、プロテアーゼ阻害剤、ＨＩＶ侵入阻害剤、逆転写酵素阻害剤、及び／又は抗レトロウイルスヌクレオシド類似体など、ＨＩＶを予防、治療、及び／又は改善するために用いられる１つ以上の薬剤と共に、又はそれらと併用して投与することができる。適切な化合物には、例えば、アゲネラーゼ（アンプレナビル）、コンビビル（レトロビル／エピビル）、クリキシバン（インジナビル）、エムトリバ（エムトリシタビン）、エピビル（３ｔｃ／ラミブジン）、エプジコム、フォートバーゼ／インビラーゼ（サキナビル）、フゼオン（エンフビルチド）、ハイビッド（ｄｄｃ／ザルシタビン）、カレトラ（ロピナビル）、レクシヴァ（ホスアンプレナビル）、ノービア（リトナビル）、レスクリプタ（デラビルジン）、レトロビル／ＡＺＴ（ジドブジン）、レイアタッツ（アタザナビル、ＢＭＳ－２３２６３２）、サスティバ（エファビレンツ）、トリジビル（アバカビル／ジドブジン／ラミブジン）、トルバダ（エムトリシタビン／テノフォビルＤＦ）、ビデックス（ｄｄＩ／ジダノシン）、ビデックスＥＣ（ｄｄＩ、ジダノシン）、ビラセプト（ネビラピン）、ビレッド（テノホビルジソプロキシルフマル酸塩）、ゼリット（ｄ４Ｔ／スタブジン）、及びザイアジェン（アバカビル）が含まれる。他の適切な薬剤は当業者に知られており、本明細書に記載される使用に適切でありうる。このような薬剤は、結合剤の投与前、投与中、又は投与後に、及び／又は本明細書に記載される方法の使用のいずれかで使用することができる。
当業者は、本明細書に記載される結合剤（例えば、抗体）を使用して、それに結合するタンパク質を含む生物学的サンプルを同定するための多くの適切な技法を有している。例えば、抗体は、例えば免疫沈降又は他の捕捉型アッセイを使用して、ＨＩＶ又はＨＩＶを含む細胞及び／又はＨＩＶ抗原を発現する細胞を単離するために利用することができる。このよく知られている技法は、固体支持体又はクロマトグラフィ材料（例えば、プロテインＡ、プロテインＧ、及び／又はプロテインＬでコーティングされたビーズ）に抗体を付着させることによって行われる。次に、結合した抗体は、ＨＩＶ抗原（例えば、ＨＩＶ感染細胞）を含むか、又は含むと考えられる溶液に導入される。次に、（一又は複数の）ＨＩＶ抗原は抗体に結合することができ、（一又は複数の）ＨＩＶ抗原が抗体に結合したまま維持される条件下で、結合していない材料が洗い流される。次に、結合したタンパク質を抗体から分離し、必要に応じて分析することができる。抗体を使用してタンパク質を単離するための同様の方法は、当技術分野でよく知られている。結合剤（例えば、抗体）はまた、生物学的サンプル内のＨＩＶ又はＨＩＶ抗原を検出するために利用することもできる。例えば、抗体は、例えば、フローサイトメトリ分析、ＥＬＩＳＡ、イムノブロッティング（例えば、ウエスタンブロット）、インサイチュ検出、免疫細胞化学、及び／又は免疫組織化学などのアッセイに使用することができる。このようなアッセイを行う方法は、当技術分野でよく知られている。幾つかの実施態様では、結合剤は、１つ以上の検出可能な標識に接合及び／又はコンジュゲートされうる。例として、適切な検出可能な標識には、例えば、フルオレセイン（例えば、ＤｙＬｉｇｈｔ、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ＦＩＴＣ、ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ５５５、ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ６４７；５－カルボキシ－２，７－ジクロロフルオレセイン；５－カルボキシフルオレセイン（５－ＦＡＭ）；５－ＨＡＴ（ヒドロキシトリプタミン）；５－ヒドロキシトリプタミン（ＨＡＴ）；６－ＪＯＥ；６－カルボキシフルオレセイン（６－ＦＡＭ）；ＦＩＴＣ；６－カルボキシ－１，４－ジクロロ－２’，７’－ジクロロフルオレセイン（ＴＥＴ）；６－カルボキシ－１，４－ジクロロ－２’，４’、５’、７’－テトラクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）；６－カルボキシ－４’，５’－ジクロロ－２’、７’－ジメトキシフルオレセイン（ＪＯＥ）；Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ（例えば、３５０、４０５、４３０、４８８、５００、５１４、５３２、５４６、５５５、５６８、５９４、６１０、６３３、６３５、６４７、６６０、６８０、７００、７５０）；ＢＯＤＩＰＹフルオロフォア（例えば、４９２／５１５、４９３／５０３、５００／５１０、５０５／５１５、５３０／５５０、５４２／５６３、５５８／５６８、５６４／５７０、５７６／５８９、５８１／５９１、６３０／６５０－Ｘ、６５０／６６５－Ｘ、６６５／６７６、ＦＬ、ＦＬ ＡＴＰ、ＦＩ－セラミド、Ｒ６Ｇ ＳＥ、ＴＭＲ、ＴＭＲ－Ｘコンジュゲート、ＴＭＲ－Ｘ、ＳＥ、ＴＲ、ＴＲ ＡＴＰ、ＴＲ－Ｘ ＳＥ））、ローダミン（例えば、１１０、１２３、Ｂ、Ｂ２００、ＢＢ、ＢＧ、Ｂエクストラ、５－カルボキシテトラメチルローダミン（５－ＴＡＭＲＡ）、５ＧＬＤ、６－カルボキシローダミン６Ｇ、リサミン、リサミンローダミンＢ、ファリシジン、ファロイジン、レッド、Ｒｈｏｄ－２、ＲＯＸ（６－カルボキシ－Ｘ－ローダミン）、５－ＲＯＸ（カルボキシ－Ｘ－ローダミン）、スルホローダミンＢ ｃａｎ Ｃ、スルホローダミンＧエクストラ、ＴＡＭＲＡ（６－カルボキシテトラメチルローダミン）、テトラメチルローダミン（ＴＲＩＴＣ）、ＷＴ）、テキサスレッド、及び／又はテキサスレッド－Ｘが含まれうる。当技術分野で知られている他の検出可能な標識もまた、使用に適している可能性がある。当技術分野の標準的な技法を使用して、抗体などの結合剤を、１つ以上の検出可能な標識に接合及び／又はコンジュゲートさせることができる。
本明細書に記載される結合剤はまた、患者における病状の存在を決定するため、予後を予測するため、若しくは化学療法又は他の治療レジメンの有効性を決定するために使用することもできる。本明細書に記載されるように、又は当技術分野で知られている他の方法のように実施される発現プロファイルアッセイを使用して、例えば、細胞におけるＨＩＶの発現の相対レベルを決定することができる。次に、発現レベルをベース（例えば、対照）レベルと相関させて、特定の疾患が患者内に存在するかどうか、患者の予後、又は特定の治療レジメンが有効であるかどうかを決定することができる。例えば、患者が特定の抗感染症レジメンで治療されている場合、患者の組織（例えば、血漿）でのＨＩＶの発現レベルの増加又は減少は、レジメンがその宿主でのＨＩＶの負荷を悪化又は改善していることを示唆しうる。発現の増加又は減少は、レジメンが所望の効果を有する又は有しないことを示唆し、したがって、別の治療法を選択することができる。
本明細書に記載される結合剤を、例えば新薬候補を試験するための薬物スクリーニングアッセイにおける試薬として使用することも可能である。これらの試薬を使用して、細胞株、若しくは患者の細胞又は組織における免疫原性標的の発現に対する薬物候補の効果を確認することができる。発現プロファイリング技法をハイスループットスクリーニング技法と組み合わせて、有用な化合物の迅速な特定を可能にし、薬物候補による治療の有効性をモニタすることができる（例えば、Zlokarnik, et al., Science 279, 84-8 (1998)参照）。薬物候補は、天然に存在するか合成的に誘導されるかにかかわらず、化合物、核酸、タンパク質、抗体、又はそれらに由来する誘導体でありうる。このように特定された薬物候補は、とりわけ、患者への投与のための又はさらなるスクリーニングアッセイでの使用のための医薬組成物として利用することができる。
幾つかの実施態様では、結合剤は精製された形態である。「精製された」結合剤（例えば、抗体）は、それが最初に見出されるタンパク質及び／又は他の成分（例えば、モノクローナル抗体の場合、ハイブリドーマ上清又は腹水調製物の一部として）の少なくとも約５０％から分離されたものでありうる。精製された結合剤（例えば、抗体）は、それが最初に見出されるタンパク質及び／又は他の成分の少なくとも約５０％、６０％、７５％、９０％、又は９５％から分離されたものでありうる。
本明細書に記載される結合剤（例えば、ポリペプチド、抗体）及び核酸はまた、宿主に投与する前に、１つ以上の薬学的に許容される担体と組み合わせることができる。薬学的に許容される担体は、生物学的又は他の望ましくない材料ではなく、例えば、望ましくない生物学的効果を引き起こすことなく、あるいはそれが含まれる医薬組成物の他の成分のいずれかと有害な方法で相互作用することなく、材料を対象に投与することができる。当業者によく知られているように、担体は、有効成分の分解を最小限に抑え、かつ対象における有害な副作用を最小限に抑えるように自然に選択されるであろう。適切な医薬担体及びそれらの製剤は、例えば、Remington’s: The Science and Practice of Pharmacy, 21st Edition, David B. Troy, ed., Lippicott Williams & Wilkins (2005)に記載されている。典型的には、製剤を等張にするために、適切な量の薬学的に許容される塩が製剤に使用される。薬学的に許容される担体の例には、滅菌水、生理食塩水、リンゲル液などの緩衝液、及びデキストロース溶液が含まれるが、これらに限定されない。溶液のｐＨは、概して、約５～約８、又は約７～約７．５である。他の担体には、ポリペプチド又はそれらの断片を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスなどの徐放性調製物が含まれる。マトリクスは、成形品、例えば、膜、リポソーム、又は微粒子の形態でありうる。例えば投与経路及び投与される組成物の濃度に応じて、ある特定の担体がより好ましい可能性があることは、当業者にとって明らかであろう。担体は、ポリペプチド及び／又はそれらの断片をヒト又は他の対象に投与するのに適したものである。医薬組成物はまた、免疫原性ポリペプチドに加えて、担体、増粘剤、希釈剤、緩衝剤、防腐剤、界面活性剤、アジュバント、免疫刺激剤も含みうる。医薬組成物はまた、抗菌剤、抗炎症剤、及び麻酔薬などの１つ以上の有効成分も含みうる。医薬組成物は、従来の薬学的に許容される担体、アジュバント、及びビヒクルを含む投薬単位製剤で、経口、非経口、吸入スプレーによって、直腸、節内、又は局所的に、投与することができる。本明細書で用いられる「薬学的に許容される担体」又は「生理学的に許容される担体」という用語は、医薬組成物としての核酸、ポリペプチド、又はペプチドの送達を達成又は増強するのに適した１つ以上の製剤材料を指す。「医薬組成物」は、治療的有効量の核酸又はポリペプチドを含む組成物である。「有効量」及び「治療的有効量」という用語はそれぞれ、所望の治療効果（例えば、ＨＩＶの排除）を観察するために用いられる結合剤、核酸などの量を指す。
少なくとも１つ以上の有効量の本明細書に記載される１つ以上の結合剤（及び／又はそれらの（一又は複数の）誘導体）を哺乳動物に投与するステップを含む、哺乳動物宿主における１つ以上の病状（例えば、ＨＩＶ又はがん）を治療するための方法もまた提供される。幾つかの実施態様では、結合剤は、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列のうちの１つ以上を含む、モノクローナル抗体若しくはそれらの断片又は誘導体である（すなわち、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列を含む）。１つ以上の結合剤は、約１～約５０ｍｇ／ｋｇ、約１～約３０ｍｇ／ｋｇ、又は約５～約３０ｍｇ／ｋｇの投与量（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、又は４０ｍｇ／ｋｇのいずれか）で投与することができる。ある特定の実施態様では、１つ以上の結合剤は、哺乳動物（例えば、皮内、静脈内、経口、直腸）に約１０ｍｇ／ｋｇで１回以上投与することができる。複数回用量が投与される場合、用量は、各用量においてほぼ同じ又は異なる量の結合剤を含みうる。用量はまた、同じ又は異なる間隔で、互いに時間的に分離されてもよい。例えば、用量は、約６、１２、２４、３６、４８、６０、７２、８４、又は９６時間、１週間、２週間、３週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１．５年、２年、３年、４年、５年、又はこれらの期間の前後及び／又は間の任意の期間によって分離されうる。幾つかの実施態様では、結合剤は、他の薬剤（例えば、抗感染剤及び／又は化学療法剤）と併用して投与することができる。このような他の薬剤は、結合剤とほぼ同時に、又は異なる時間及び／又は頻度で投与することができる。このような方法の他の実施態様もまた、当業者によって容易に決定することができるように適切でありうる。
本明細書に記載される抗体などの結合剤を使用する際に当業者を支援するために、同じものをキット形式で提供することができる。１つ以上のこのような結合剤、並びに任意選択的にそれを使用してＨＩＶを発現する細胞を検出するために必要な他の成分を含むキットもまた提供される。キットの結合剤は、凍結、凍結乾燥、若しくはＴＢＳ又はＰＢＳなどの薬学的に許容される緩衝液を含む、任意の適切な形態で提供されうる。キットには、緩衝液（例えば、ＴＢＳ、ＰＢＳ）、ブロッキング剤（脱脂粉乳、通常の血清、Ｔｗｅｅｎ－２０洗剤、ＢＳＡ、又はカゼインを含む溶液）、及び／又は検出試薬（例えば、ヤギ抗マウスＩｇＧビオチン、ストレプトアビジン－ＨＲＰコンジュゲート、アロフィコシアニン、Ｂ－フィコエリトリン、Ｒ－フィコエリトリン、ペルオキシダーゼ、検出可能な標識、並びに他の標識及び／又は染色キット（例えば、ＡＢＣ染色キット、Ｐｉｅｒｃｅ））など、結合剤のインビトロ又はインビボでの利用に必要な他の試薬も含まれうる。キットはまた、例えば、フローサイトメトリ分析、ＥＬＩＳＡ、イムノブロッティング（例えば、ウエスタンブロット）、インサイチュ検出、免疫細胞化学、及び／又は免疫組織化学など、上述した一般的に利用されるアッセイで抗体を使用するための他の試薬及び／又は説明書も含みうる。一実施態様では、キットは、結合剤を精製された形態で提供する。別の実施態様では、結合剤は、単独で、又はアビジン－コンジュゲート検出試薬（例えば、抗体）と共に、ビオチン化された形態で提供されうる。別の実施態様では、キットには、ＨＩＶを直接検出するために使用することができる１つ以上の検出可能な標識を含む結合剤が含まれる。これらの系のいずれかを使用するために必要とされる緩衝液などは、当技術分野でよく知られており、及び／又はエンドユーザが調製することができるか、又はキットの構成要素として提供されうる。キットには、陽性対照及び陰性対照のタンパク質及び／又は組織サンプルを含有する固体支持体も含まれうる。例えば、スポッティング又はウエスタンブロットタイプのアッセイを実施するためのキットには、ＳＤＳ－ＰＡＧＥで使用するための対照細胞又は組織溶解物、若しくは実験サンプル用の追加スペースを備えた事前に固定された対照サンプルを含有するナイロン又は他の膜が含まれていてもよい。スライド上の細胞におけるＨＩＶを視覚化するためのキットには、実験サンプル用の追加スペースを備えた対照細胞又は組織サンプルを含有する、事前にフォーマットされたスライドが含まれていてもよい。当業者に理解されるように、キットの他の実施態様も本明細書において企図されている。
したがって、本開示は、ＨＩＶ（例えば、及び／又はそれらの抗原）に対する特異性を有するＬＮ０２抗体などの結合剤を提供する。幾つかの実施態様では、結合剤は、１つ以上のＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列からなる群より選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドである。幾つかの実施態様では、結合剤は、ＬＮ０２Ｍ可変領域及び／又はＣＤＲ及び／又は非ＣＤＲアミノ酸配列のうちの１つ以上の組合せを含む、ポリペプチドである。幾つかの実施態様では、結合剤は抗体である。幾つかの実施態様では、結合剤は、図１の結合剤（例えば、抗体又はそれらの誘導体）のいずれかに示される重鎖及び／又は軽鎖ＣＤＲ及び／又は追加のアミノ酸配列；図６Ａから６Ｅに示される可変領域；図７Ａから７Ｄの重鎖突然変異体；図８Ａから８Ｆの軽鎖突然変異体；配列番号３～９２、９５～２３３、２４８～４８２、又は４９１～６９９のいずれか１つ以上；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体；及び／又は、本明細書に記載されるそれらの非保存的に置換された変異体を含む、抗体などのポリペプチドである。
幾つかの実施態様では、結合剤は、ＨＩＶ－１Ｅｎｖのｇｐ１２０／ｇｐ４１界面の近くにあるアミノ酸残基（配列番号２３７で下線が引かれている、対応する残基）を含むエピトープに対して特異性を有する。幾つかの実施態様では、本開示の結合剤は、１０２～１００μｇ／ｍｌ、又は１００～１０１μｇ／ｍｌの濃度で、少なくとも約５０％に対する上述した中和特性（対照ウイルスにはない）、及び／又は２５μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０又はＩＣ８０におけるＨＩＶ－１偽ウイルスを中和する能力とともに、これらの結合特性のいずれか１つ以上を含みうる。
幾つかの実施態様では、結合剤は、ヒト抗体、ヒトＩｇＧ、ヒトＩｇＧ１、ヒトＩｇＧ２、ヒトＩｇＧ２ａ、ヒトＩｇＧ２ｂ、ヒトＩｇＧ３、ヒトＩｇＧ４、ヒトＩｇＭ、ヒトＩｇＡ、ヒトＩｇＡ１、ヒトＩｇＡ２、ヒトＩｇＤ、ヒトＩｇＥ、イヌ抗体、イヌＩｇＧＡ、イヌＩｇＧＢ、イヌＩｇＧＣ、イヌＩｇＧＤ、ニワトリ抗体、ニワトリＩｇＡ、ニワトリＩｇＤ、ニワトリＩｇＥ、ニワトリＩｇＧ、ニワトリＩｇＭ、ニワトリＩｇＹ、ヤギ抗体、ヤギＩｇＧ、マウス抗体、マウスＩｇＧ、ブタ抗体、及び／又はラット抗体、及び／又はそれらの誘導体に由来するか、又はそれらに関連する（例えば、配列又は誘導によって）。幾つかの実施態様では、誘導体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ’一本鎖抗体、Ｆｖ、一本鎖、単一特異性抗体、二重特異性抗体、三量体抗体、多重特異性抗体、多価抗体、キメラ抗体、イヌ－ヒトキメラ抗体、イヌ－マウスキメラ抗体、イヌＦｃを含む抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、イヌ化抗体、ＣＤＲグラフト化抗体、サメ抗体、ナノボディ、及び／又はラクダ抗体からなる群より選択されうる。幾つかの実施態様では、結合剤は、少なくとも第１及び第２の特異性を含み、第１の特異性はＨＩＶ ｇｐ４１に対するものであり、第２の特異性は異なる抗原（例えば、ＨＩＶ（例えば、ｅｎｖ）などの感染性病原体の抗原及び／又は腫瘍抗原）に対するものである。幾つかの実施態様では、結合剤及び／又はその誘導体は、それに固定可能に取り付けられた検出可能な標識を含みうる。幾つかの実施態様では、結合剤のいずれか１つ及び／又はそれらの誘導体は、それに固定的に結合されたエフェクタ部分（例えば、細胞毒性薬、毒素、ジフテリアＡ鎖、外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン、クロチン、フェノマイシン、エノマイシン、及び放射性化学物質）を含む。幾つかの実施態様では、１つ以上の結合剤をコードするポリヌクレオチドも提供される（例えば、発現ベクターとして）。このようなポリヌクレオチドのポリペプチド産生物を含む及び／又は発現する宿主細胞もまた提供される。幾つかの実施態様では、少なくとも１つの結合剤又は誘導体；少なくとも１つの単離されたポリヌクレオチド；少なくとも１つの発現ベクター；及び／又は、少なくとも１つの宿主細胞；又はそれらの組合せ；及び、薬学的に許容される担体を含む組成物も提供される。
本開示はまた、細胞上のＨＩＶを検出する方法も提供し、該方法は、試験する生物学的サンプルを本明細書に記載される結合剤又は誘導体と接触させるステップ、及び生物学的サンプル又はそれらの成分に結合した結合剤を検出するステップを含む。このような方法は、インビボの方法であってもインビトロの方法であってもよい。幾つかの実施態様では、該方法は、試験する生物学的サンプル又はそれらの成分に結合する量を対照の生物学的サンプル又はそれらの成分に結合する量と比較するステップを含むことができ、ここで、対照の生物学的サンプル又はそれらの成分と比較した、試験する生物学的サンプル又はそれらの成分への結合の増加は、試験する生物学的サンプル（例えば、哺乳動物の血液）におけるＨＩＶポリペプチドを発現する細胞の存在を示唆する。幾つかの実施態様では、細胞内又は細胞上でのＨＩＶの発現を検出するためのキットであって、該キットは、結合剤又はそれらの誘導体と使用説明書とを含む。幾つかの実施態様では、結合剤及び／又はその誘導体は、凍結乾燥形態である。幾つかの実施態様では、本開示は、結合剤又はそれらの誘導体を含む医薬組成物の少なくとも１つの有効量を哺乳動物に投与することを含む、哺乳動物における感染症、がん、及び／又は自己免疫を治療、予防、及び／又は緩和する方法を提供する。幾つかの実施態様では、感染症はヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である。幾つかの実施態様では、複数回用量が動物に投与される。幾つかの実施態様では、結合剤及び／又はその誘導体は、約１～５０ｍｇ／ｋｇの投与量で投与することができる。
幾つかの実施態様では、本開示は、図６Ａから６Ｅに示される可変領域；図７Ａから７Ｄ及び／又は図８Ａから８Ｆのいずれかの突然変異体のアミノ酸配列、及びそれらのいずれかの有効な（例えば、ＨＩＶの中和）組合せ；配列番号３～９２、９５～２３３、２４８～４８２、又は４９１～６９９のいずれか１つ以上、及びそれらのいずれかの有効な（例えば、ＨＩＶの中和）組合せ；表９に示される軽鎖と重鎖との組合せ（すなわち、ＭＬ０８５、Ｍｘ１５２、ＭＸ０６７、ＭＸ１２９、ＭＸ１３０、ＭＬ１２６、Ｍｘ１７５、Ｍｘ１７６、及びＭｘ１８１）；表１０Ａから１０Ｃ、表１１、表１２Ａから１２Ｄ、表１３Ａから１３Ｄ、又は表１４に示される軽鎖と重鎖との組合せ；並びに、それらの変異体を含む、（一又は複数の）結合剤を提供する。本開示は、結合剤（例えば、抗体などのポリペプチド）、又はそれらの組合せを提供し、該結合剤は、次のものを含む：ａ）図１に示される少なくとも１つのＣＤＲ（すなわち、本明細書に示されるアミノ酸置換の１つ以上、又はすべてを含む、本明細書に示されるＬＮ０２ ｂＮａｂ重鎖又はＬＮ０２ ｂＮａｂ軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及び／又はＣＤＲ３に対応するアミノ酸配列）；ｂ）好ましくはその１つ以上のＣＤＲ（図６Ｄの配列番号１のＬＮ０２＿軽鎖アミノ酸配列の下線が引かれているＣＤＲ）を含む、配列番号３～９２又は４９１～６９９からなる群より選択されるアミノ酸配列；ｃ）好ましくはその１つ以上のＣＤＲ（図６Ａの配列番号９３のＬＮ０２＿重鎖アミノ酸配列の下線が引かれているＣＤＲ）を含む、配列番号９５～２３３又は２４８～４８２からなる群より選択されるアミノ酸配列；ｄ）ＭＨ０１（配列番号９５）、ＭＨ１６（配列番号１１０）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２６（配列番号１２０）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３２（配列番号１２６）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、ＭＨ３７（配列番号１３１）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４４（配列番号１３７）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、ＭＨ４９（配列番号１４２）、ＭＨ５０（配列番号１４３）、ＭＨ５１（配列番号１４４）、ＭＨ５３（配列番号１４６）、ＭＨ５９（配列番号１５１）、ＭＨ６１（配列番号１５３）、ＭＨ６４（配列番号１５６）、ＭＨ６８（配列番号１５９）、ＭＨ７３（配列番号１６３）、ＭＨ８４（配列番号１７４）、ＭＨ８９（配列番号１７７）、ＭＨ９１（配列番号１７８）、ＭＨ９２（配列番号１７９）、ＭＨ１０６（配列番号１９３）、ＭＨ１０７（配列番号１９４）、ＭＨ１０８（配列番号１９５）、ＭＨ１１１（配列番号１９８）、ＭＨ１１２（配列番号１９９）、ＭＨ１１５（配列番号２０２）、ＭＨ１１９（配列番号２０６）、ＭＨ１２０（配列番号２０７）、ＭＨ１２４（配列番号２１１）、ＭＨ１３１（配列番号２１８）、ＭＨ１３５（配列番号２２２）、ＭＨ１３６（配列番号２２３）、ＭＨ１３８（配列番号２２５）、及び／又はＭＨ１４６（配列番号２３２）を含む可変重鎖領域；ｅ）ＭＬ０１（配列番号３）、ＭＬ０２（配列番号４）、ＭＬ０５（配列番号７）、ＭＬ０８（配列番号１０）、ＭＬ１０（配列番号１２）、ＭＬ１１（配列番号１３）、ＭＬ１２（配列番号１４）、ＭＬ３１（配列番号３１）、ＭＬ３２（配列番号３２）、ＭＬ４４（配列番号４２）、ＭＬ４９（配列番号４７）、ＭＬ５１（配列番号４８）、ＭＬ５２（配列番号４９）、ＭＬ６０（配列番号５６）、ＭＬ７１（配列番号６６）、ＭＬ７３（配列番号６８）、ＭＬ７４（配列番号６９）、ＭＬ７９（配列番号７４）、ＭＬ８４（配列番号７９）、ＭＬ８５（配列番号８０）、ＭＬ９２（配列番号８７）、又はＭＬ９４（配列番号８９）を含む可変軽鎖領域；ｆ）上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、又はｅ）のＣＤＲ、アミノ酸配列、可変重鎖領域、及び／又は可変軽鎖領域の組合せ；ｇ）表４、表９、表１０Ａから１０Ｃ、表１１、表１２Ａから１２Ｄ、表１３Ａから１３Ｄ、又は表１４に記載されるＬＮ０２Ｍ可変軽鎖（「軽鎖突然変異体」）とＬＮ０２Ｍ可変重鎖（「重鎖突然変異体」）との組合せ；ｈ）ＭＬ０１（配列番号３）を含むＬＮ０２Ｍ可変軽鎖と、ＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、及び／又はＭＨ３７（配列番号１３１）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；ｉ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ１２（配列番号１４）と、ＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、及び／又はＭＨ３７（配列番号１３１）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；ｊ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ２３（配列番号２４）と、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、及びＭＨ５１（配列番号１４４）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；ｋ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３０（配列番号３０）と、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、又はＭＨ５１（配列番号１４４）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；ｌ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３１（配列番号３１）と、ＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、ＭＨ３７（配列番号１３１）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、又はＭＨ５１（配列番号１４４）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；ｍ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３２（配列番号３２）とＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ３１（配列番号１２５）との組合せ；ｎ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ８５（配列番号８０）と、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４９（配列番号１４２）、ＭＨ６０（配列番号１５２）、ＭＨ７６（配列番号１６６）、ＭＨ１１１（配列番号１９８）、又はＭＨ１１２（配列番号１９９）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；ｏ）表９に示される軽鎖及び重鎖置換の組合せであって、任意選択的に、軽鎖のＫ９３Ｙ置換と野生型ＬＮ０２重鎖とを含むＭＬ０８５；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＥ９５Ｑ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ１９Ｈ置換とを含むＭｘ１５２；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ１９Ｈ置換とを含むＭＸ０６７；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＴ２９Ｓ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ１９Ｈ置換とを含むＭＸ１２９；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＴ２９Ｓ置換と野生型ＬＮ０２重鎖に対するＴ２１Ｙ置換とを含むＭＸ１３０；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＥ９５Ｑ置換と野生型ＬＮ０２重鎖とを含むＭＬ１２６；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＩ９７Ｖ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ４０Ａ、Ｑ４２Ｒ、及びＴ４４Ｇ置換とを含むＭｘ１７５；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＩ９７Ｖ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ４０Ｐ、Ｑ４２Ｒ、Ｇ４３Ｋ、及びＴ４４Ｇ置換とを含むＭｘ１７６；並びに、野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＩ９７Ｖ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ４０Ｐ、Ｑ４２Ｒ、Ｇ４３Ｋ、及びＴ４４Ｇ置換とを含むＭｘ１８１の結合剤からなる群より選択される、組合せ；及び／又は、ｐ）ａ）からｏ）のいずれかの保存的に置換された変異体；及び／又は、ｑ）ａ）からｐ）のいずれかのＣＤＲアミノ酸配列の外側の１つ以上のアミノ酸置換、又はａ）からｐ）のいずれかのＣＤＲアミノ酸配列内の１つから３つの置換を含む、非保存的に置換された変異体；ＬＮ０２と比較して中和活性が少なくとも２倍向上し、ＭＬ０８５と比較して同等又は改善された効力を示す、上記ａ）からｐ）のいずれかを含む、結合剤、好ましくは抗体。好ましい実施態様では、このような結合剤は、インビトロのＨＩＶ中和アッセイ及び／又はインビボで、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）を中和する。幾つかの実施態様では、結合剤は、インビトロＨＩＶ中和アッセイにおいて、１０２から１００μｇ／ｍｌ、又は１００から１０１μｇ／ｍｌの間の濃度で、ＨＩＶ－１偽ウイルスＢＪＯＸ（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＥ１１７６、ＴＲＯ．１１（Ｂ）、Ｘ１６３２（Ｇ）、ＣＨ１１９（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＮＥ５５（ＣＲＦ０１＿ＡＥ）、２５７１０（Ｃ）、ＣＤ０２１７（Ｃ）の中和を示す。幾つかの実施態様では、中和率は、少なくとも約５０％以上である。幾つかの実施態様では、結合剤は、２５μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０又はＩＣ８０で、試験されるＨＩＶ－１偽ウイルスの大部分を中和する。幾つかの実施態様では、結合剤は抗体であり、好ましい実施態様ではモノクローナル抗体であり、さらになお好ましい実施態様ではヒトモノクローナル抗体であるか、又はそれらの誘導体である。幾つかの実施態様では、抗体のアイソタイプはＩｇＧ１又はＩｇＧ３である。幾つかの好ましい実施態様では、結合剤は、図１に示される（すなわち、下線が引かれたＬＮ０２ ｂＮａｂ重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、又はＣＤＲ３、及びその中に示される、それらに対する置換に対応する）、及び／又は配列番号９５～２３３のいずれかに記載される、少なくとも１つの重鎖ＣＤＲアミノ酸配列；及び／又はそれらの保存的に置換された変異体を含む。幾つかの好ましい実施態様では、結合剤は、図１（すなわち、下線が引かれたＬＮ０２ ｂＮａｂ軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、又はＣＤＲ３、及びその中に示される、それらに対する置換に対応する）、及び／又は配列番号３～９２のいずれかに記載される、少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲアミノ酸配列；及び／又は、上に記載される、それらの保存的に置換された変異体；及び／又はそれらの非保存的に置換された変異体を含む。幾つかの好ましい実施態様では、結合剤は、配列番号３～９２及び／又は９５～２３３からなる群より選択される少なくとも１つの可変鎖アミノ酸配列；及び／又は、上に記載される、それらの保存的に置換された変異体；及び／又はそれらの非保存的に置換された変異体を含む。幾つかの実施態様では、結合剤は、ヒト抗体、ヒトＩｇＧ、ヒトＩｇＧ１、ヒトＩｇＧ２、ヒトＩｇＧ３、ヒトＩｇＧ４、ヒトＩｇＭ、ヒトＩｇＡ、ヒトＩｇＡ１、ヒトＩｇＡ２、ヒトＩｇＤ、ヒトＩｇＥ、イヌ抗体、イヌＩｇＧＡ、イヌＩｇＧＢ、イヌＩｇＧＣ、イヌＩｇＧＤ、ニワトリ抗体、ニワトリＩｇＡ、ニワトリＩｇＤ、ニワトリＩｇＥ、ニワトリＩｇＧ、ニワトリＩｇＭ、ニワトリＩｇＹ、ヤギ抗体、ヤギＩｇＧ、マウス抗体、マウスＩｇＧ、ブタ抗体、ラット抗体、又はラクダ抗体に由来するか、あるいは、それらをベースとしている（例えば、それらのフレームワーク配列を含む）。幾つかの実施態様では、本開示は、このような結合剤の誘導体、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ’一本鎖抗体、Ｆｖ、一本鎖、単一特異性抗体、二重特異性抗体、三量体抗体、多重特異性抗体、多価抗体、キメラ抗体、イヌ－ヒトキメラ抗体、イヌ－マウスキメラ抗体、イヌＦｃを含む抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、イヌ化抗体、ＣＤＲグラフト化抗体、サメ抗体、ナノボディ、及びラクダ抗体からなる群より選択されるものを提供する。幾つかの実施態様では、結合剤又はその誘導体は、少なくとも第１及び第２の特異性を含み、第１の特異性はｇｐ４１に対するものであり、第２の特異性は異なる抗原に対するものである。幾つかの実施態様では、結合剤又はそれらの誘導体は、それに固定的に結合された１つ以上の検出可能な標識を含む（例えば、フルオレセイン、ＤｙＬｉｇｈｔ、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ＦＩＴＣ、ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ５５５、ＨｉＬｙｔ
ｅ Ｆｌｕｏｒ６４７、５－カルボキシ－２，７－ジクロロフルオレセイン、５－カルボキシフルオレセイン、５－ＦＡＭ、ヒドロキシトリプタミン、５－ヒドロキシトリプタミン（５－ＨＡＴ）、６－カルボキシフルオレセイン（６－ＦＡＭ）、ＦＩＴＣ、６－カルボキシ－１，４－ジクロロ－２’，７’－ジクロロフルオレセイン（ＴＥＴ）、６－カルボキシ－１，４－ジクロロ－２’，４’，５’，７’－テトラクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６－カルボキシ－４’，５’－ジクロロ－２’，７’－ジメトキシフルオレセイン（６－ＪＯＥ）、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ３５０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ４０５、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ４３０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ４８８、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５００、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５１４、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５３２、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５４６、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５５５、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５６８、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５９４、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６１０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６３３、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６３５、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６４７、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６６０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６８０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ７００、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ７５０、ＢＯＤＩＰＹフルオロフォア、ＢＯＤＩＰＹ４９２／５１５、ＢＯＤＩＰＹ４９３／５０３、ＢＯＤＩＰＹ５００／５１０、ＢＯＤＩＰＹ５０５／５１５、ＢＯＤＩＰＹ５３０／５５０、ＢＯＤＩＰＹ５４２／５６３、ＢＯＤＩＰＹ５５８／５６８、ＢＯＤＩＰＹ５６４／５７０、ＢＯＤＩＰＹ５７６／５８９、ＢＯＤＩＰＹ５８１／５９１、ＢＯＤＩＰＹ６３０／６５０－Ｘ、ＢＯＤＩＰＹ６５０／６６５－Ｘ、ＢＯＤＩＰＹ６６５／６７６、ＦＬ、ＦＬ ＡＴＰ、ＦＩ－セラミド、Ｒ６Ｇ ＳＥ、ＴＭＲ、ＴＭＲ－Ｘコンジュゲート、ＴＭＲ－Ｘ、ＳＥ、ＴＲ、ＴＲ ＡＴＰ、ＴＲ－Ｘ ＳＥ、ローダミン、ローダミン１１０、ローダミン１２３、ローダミンＢ、ローダミンＢ２００、ローダミンＢＢ、ローダミンＢＧ、ローダミンＢエクストラ、５－カルボキシテトラメチルローダミン（５－ＴＡＭＲＡ）、５ＧＬＤ、６－カルボキシローダミン６Ｇ、リサミン、リサミンローダミンＢ、ファリシジン、ファロイジン、ローダミンレッド、Ｒｈｏｄ－２、６－カルボキシ－Ｘ－ローダミン（ＲＯＸ）、カルボキシ－Ｘ－ローダミン（５－ＲＯＸ）、スルホローダミンＢ ｃａｎ Ｃ、スルホローダミンＧエクストラ、６－カルボキシテトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミン（ＴＲＩＴＣ）、ローダミンＷＴ、テキサスレッド、及びテキサスレッド－Ｘからなる群より選択される）。幾つかの実施態様では、結合剤又はその誘導体は、それに固定的に結合された１つ以上のエフェクタ部分（例えば、細胞毒性薬、毒素、ジフテリアＡ鎖、外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン、クロチン、フェノマイシン、エノマイシン、及び放射性化学物質からなる群より選択される）を含む。
幾つかの実施態様では、本開示は、このような（一又は複数の）結合剤のいずれかをコードする単離されたポリヌクレオチド、それを含む発現ベクター、及び／又はそれを含む宿主細胞を提供する。幾つかの実施態様では、本開示は、少なくとも１つのこのような結合剤及び／又はその誘導体、それをコードする少なくとも１つの単離されたポリヌクレオチド；それをコードする少なくとも１つの発現ベクター、及び／又は、それを産生することができる少なくとも１つの宿主細胞（例えば、少なくとも１つのこのようなポリヌクレオチド及び／又は発現ベクターを含む）、及び／又はそれらの組合せ；並びに、薬学的に許容される担体を含む組成物を提供する。幾つかの実施態様では、本開示はまた、結合剤及び／又はその誘導体を製造する方法も提供する。幾つかの実施態様では、このような製造方法は、宿主細胞において本開示の結合剤及び／又はその誘導体をコードする１つ以上のポリヌクレオチドを発現するステップ、及び標準的な技法を使用して、宿主細胞、その細胞培養上清などからそれを精製するステップ（例えば、標準的な技法を使用して当業者が決定して、９０％、９５％、９９％、又は１００％の純度まで）を含む。
幾つかの実施態様では、本開示は、試験する生物学的サンプルを本開示の結合剤又は誘導体と接触させるステップ、及び生物学的サンプル又はそれらの成分に結合した結合剤を検出するステップを含む、細胞上のＨＩＶを検出する方法を提供する。幾つかの実施態様では、このような方法は、試験する生物学的サンプル又はそれらの成分に結合する量を対照の生物学的サンプル又はそれらの成分に結合する量と比較するステップを含み、ここで、対照の生物学的サンプル又はそれらの成分と比較した、試験する生物学的サンプル又はそれらの成分への結合の増加は、試験する生物学的サンプルにおけるＨＩＶを発現する細胞の存在を示唆する。幾つかの実施態様では、試験する生物学的サンプルは、哺乳動物の血液又はその成分を含むか、哺乳動物の血液又はその成分であるか、あるいは、哺乳動物の血液又はその成分に由来する。幾つかの実施態様では、該方法はインビボでの方法であるか、あるいは、該方法はインビトロでの方法である。幾つかの実施態様では、本開示は、本開示の結合剤及び／又はその誘導体を含む医薬組成物の少なくとも１つの有効量を哺乳動物に投与するステップを含む、哺乳動物におけるＨＩＶ感染及び／又はＡＩＤＳを治療、予防、及び／又は緩和する方法を提供する。幾つかの実施態様では、このような医薬組成物の複数回用量が、動物に投与される。幾つかの実施態様では、結合剤及び／又はその誘導体は、約１～５０ｍｇ／ｋｇの投与量で投与することができる。幾つかの実施態様では、本開示は、細胞内又は細胞上でのＨＩＶの発現を検出するためのキットを提供し、該キットは、本開示の結合剤及び／又はその誘導体と、任意選択的に使用説明書とを含む。このような幾つかの実施態様では、結合剤、抗体、又は誘導体は、凍結乾燥形態でありうる。
「約」、「おおよそ」などの用語は、数値又は範囲のリストの前（後）に置かれる場合、そのリスト又は範囲の個々の値の直前（直後）に置かれているかのように、リスト又は範囲の個々の値を個別に指す。これらの用語は、同じものが参照する値が、正確である、それに近い、又はそれに類似していることを意味する。
本明細書で用いられる場合、対象又は宿主は、個体であることを意味する。対象には、猫及び犬などの愛玩動物、家畜（例えば、牛、馬、豚、羊、及び山羊）、実験動物（例えば、マウス、ウサギ、ラット、モルモット）、並びに鳥が含まれる。一態様では、対象は、霊長類又はヒトなどの哺乳動物である。
任意選択的な又は任意選択的にとは、後に説明する事象又は状況が発生してもしなくてもよく、その説明にはその事象又は状況が発生する場合と発生しない場合が含まれることを意味する。例えば、任意選択的に、組成物が組合せを含むことができるという句は、組成物が異なる分子の組合せを含むことができること、あるいは、説明が組合せ及び組合せの不存在の両方を含むような組合せを含まない場合があることを意味する（すなわち、組合せの個々の成員）。
本明細書では、範囲は、約１つの特定の値から、及び／又は約別の特定の値までとして表現することができる。このような範囲が表現される場合、別の態様は、その１つの特定の値から及び／又は他方の特定の値までを含む。同様に、例えば先行詞約又はおよその使用によって、値が近似値として表される場合、その特定の値は別の態様を形成することが理解されよう。さらには、範囲の各々の端点は、他の端点に関連して、及び他の端点とは独立してのいずれにおいても重要であることが理解されよう。範囲（例えば、９０～１００％）は、範囲自体と、各値が個別に記載されているかのように、範囲内の各独立値を含むことを意味する。
「組み合わせた」又は「組み合わせて」又は「併用して」という用語は、一緒に投与される薬剤の物理的組合せ、あるいは、特定の疾患を治療、予防、及び／又は改善するためのレジメンにおける２つ以上の薬剤の使用（例えば、別々に、物理的に、及び／又は時間内に投与される）を指しうる。
治療、予防、及び／又は改善という用語、若しくはそれらの派生語が、所与の状態に対する所与の治療に関連して本明細書で用いられる場合（例えば、ＨＩＶによるがん感染の予防）、治療を受けた患者が臨床的に観察可能なレベルの状態をまったく発症しないか、又は治療を行わなかった場合よりもゆっくり及び／又はより少ない程度で発症することを伝えることを意味する。これらの用語は、患者が状態のいかなる側面もまったく経験しない状況のみに限定されない。例えば、治療は、患者が状態の所与の兆候を引き起こすと予想されるであろう刺激に曝露されている間に行われた場合、その状態を予防したと言われ、その結果、患者は他の方法で予想されるよりも少ない及び／又は軽度の症状を経験する。例えば、治療は、患者が感染の軽度の明白な症状のみを示す結果となることにより、感染を「予防」することができる；感染微生物が細胞に侵入していなかったに違いないという意味ではない。
同様に、特定の治療による所与の状態の予防、治療、及び／又は改善に関連して本明細書で用いられる減少する（reduce、reducing）及び減少は、典型的には、治療（例えば、１つ以上のＨＩＶ 結合剤の投与）なしで感染を発症する対照又は基礎レベルと比較して、よりゆっくり又はより少ない程度で感染を発症する対象を指す。感染のリスクが減少すると、患者は、結果的に、感染の軽度の明白な症状又は感染の遅延症状のみを示しうる；感染微生物が細胞に侵入していなかったに違いないという意味ではない。
本開示内で引用されたすべての参照文献は、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。ある特定の実施態様が、以下の実施例でさらに説明される。これらの実施態様は、例としてのみ提供されているのであって、いかなる方法でも特許請求の範囲を限定することを意図するものではない。
実施例１
リンパ節ドナー
広域中和抗体を単離するためのＨＩＶ－１リンパ節ドナーの選択。他の箇所でより詳細に説明されるように、抗レトロウイルス療法を受けていない慢性感染患者由来の１０７の血漿サンプル中のマルチクレードＨＩＶ－１分離株を幅広く中和することができるＬＮ０２抗体を単離するために、ＨＩＶ－１基準株のグローバルパネル由来の９つのＨＩＶ－１偽ウイルスのパネルを中和することができる高力価の抗体の存在についてスクリーニングした（DeCamp, A. et al.Global panel of HIV-1 Env reference strains for standardized assessments of vaccine-elicited neutralizing antibodies.J Virol 88, 2489-2507 (2014)）。この分析の結果、８人の患者（図１）をリンパ節ドナーとして特定し、その後に強力な広域中和抗体の単離及び特性評価を行った。特に、ドナーＳＡ０９０は、ウイルス中和活性が高い（かつ、陰性対照ＭＬＶ偽ウイルスに対するバックグラウンド活性を欠く）ことが特定された。ドナーＳＡ０９０由来の胚中心及びメモリーＩｇＧ Ｂ細胞を、ＩｇＧ（すなわち、ＩｇＡ及びＩｇＭ陰性細胞）、ＣＤ１９、及びＣＤ３８の発現に応じて別々に分類し（胚中心Ｂ細胞はＣＤ３８陽性であり、メモリーＢ細胞には存在しない）、ＨＩＶ－１中和抗体の産生について調査した。特に、高純度のＩｇＧメモリーＢ細胞及びＩｇＧ生殖細胞を、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）（これは、ポリクローナルにメモリーＢ細胞も刺激する）及びカクテル構成されたＴＬＲ９アゴニストＣｐＧ－２００６、ＩＬ－２（１０００ＩＵ／ｍｌ）、ＩＬ－６（１０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ－２１（１０ｎｇ／ｍｌ）、及び抗ＢＣＲヤギ抗体（ＢＣＲトリガ）の存在下、ヒトフィーダー細胞上での単一細胞マイクロ培養として別々のプレートに播種した。次に、１４日目の培養物からの上清を、３８４ウェルベースのＨＩＶ－１偽ウイルス中和アッセイを使用した一次スクリーニングにおいて試験した（クレードＣ及びＣＲＦ０７を代表する２つの株ＣＥ１１７６及びＢＪＯＸ２０００を並行して使用）。中和アッセイはＴＺＭ－ｂｌ細胞で行った。３８４ウェルプレートでは、３０００のＴＺＭ－ｂｌ細胞を添加する前に、５０～１００×１０４の相対発光量（ＲＬＵ）の出力をもたらしたＨＩＶ－１偽ウイルスを、３７％（５％ＣＯ２）で１時間、Ｂ細胞培養上清とともにインキュベートした。これらをさらに７２時間インキュベートした後、上清を除去し、１５μｌのＳｔｅａｄｙｌｉｔｅ試薬（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ社）を添加した。ルシフェラーゼ活性は、Ｓｙｎｅｒｇｙマイクロプレートルミノメータ（ＢｉｏＴｅｋ社）でプレートを読み取ることにより、５分後に検出した。胚中心Ｂ細胞に由来する上清は、１つ以上のＨＩＶ株を交差中和する抗体を産生することがわかった。これらの２つの培養物に由来する上清をさらに採取し、偽ウイルスを中和する能力について試験した。これらの１つは、「ＬＮ０２」と呼ばれる抗体を産生し、ＨＩＶを中和することがわかった。
ＬＮ０２抗体を、その可変領域のアミノ酸及びヌクレオチド配列を決定し、相補性決定領域（ＣＤＲ）を確認することによって特徴づけした。したがって、「ＬＮ０２」と呼ばれる結合剤は、図５及び６に示されるＣＤＲ、ＶＨ、及びＶＬ配列（例えば、配列番号１、９３、２３４、及び２３５）を有するＩｇＧ１型完全ヒトモノクローナル抗体である。ＬＮ０２抗体はまた、ＩＧＨＶ４－４＊０２及びＩＧＬＶ３－２１＊０１生殖細胞系遺伝子に由来しており、かつ、生殖細胞系と比較して重鎖（３１．２％）及びカッパ軽鎖（３１．６％）の両方の可変遺伝子において高度に体細胞突然変異しているものとして決定された。組換えＬＮ０２抗体を産生させ、ＴＺＭ－ｂｌ細胞上での９つのＨＩＶ－１参照偽ウイルスのグローバルパネルに対して試験し、ＨＩＶ－１偽ウイルスの大部分を中和することができることがわかった。
修飾されたＣＤＲ及び非ＣＤＲアミノ酸配列を含む、修飾ＬＮ０２（ＬＮ０２Ｍ）抗体についても、組換え技法を使用して産生させた。ウイルス中和特性が改善されたＬＮ０２Ｍ広域中和抗体を同定するために、ＬＮ０２の単一又は複数のアミノ酸置換のパネルを、ＬＮ０２抗体の重鎖又は軽鎖配列をコードする発現ベクターの部位特異的突然変異誘発によって生成した。ＬＮ０２Ｍ抗体は、重鎖の突然変異ベクターの１つとコトランスフェクトされた軽鎖の野生型ベクター（表１、図６）、又は突然変異軽鎖発現ベクターの１つとコトランスフェクトされたＬＮ０２重鎖の野生型ベクター（表２、図６）による、ＣＨＯ細胞の一過性トランスフェクションによって生成した。トランスフェクトされたＣＨＯ細胞の培養を６日間維持し、培地を回収し、標準的なプロトコルを使用してプロテインＡアフィニティーカラムで細胞培養上清から突然変異ＬＮ０２抗体を精製した。次に、得られたＬＮ０２Ｍ抗体の中和活性を、ＴＺＭ－ｂｌルシフェラーゼレポーターアッセイでＨＩＶ－１ ＢａＬウイルスを使用した抗体濃度応答阻害アッセイで評価した。中和活性に加えて、表１及び２の突然変異ＬＮ０２変異体のタンパク質産生及び濃度を評価して、治療用抗体に必要とされる抗体産生及び抗体安定性の改善という点で利益をもたらす変異を特定した。この方法で産生され、試験された例示的なＬＮ０２Ｍ可変領域のアミノ酸配列が、図５、図６Ａから６Ｅ、図７Ａから７Ｅ、図８Ａから８Ｆ、並びに配列番号３～９２、９５～２３３、２４８～４８２、及び４９１～６９９に示されている。
表１は、配列番号３～９２のＬＮ０２Ｍ可変重鎖アミノ酸配列を含む抗体の中和活性を記載している（ＬＮ０２ ＭＨ０１～ＭＨ１４７として表１及び図６に特定されている）。表２は、配列番号９５～２３３のＬＮ０２Ｍ可変軽鎖アミノ酸配列を含む抗体の中和活性を記載している（ＬＮ０２ ＭＬ０１～ＭＬ９４として表２及び図６に特定されている）。表１及び２は、ＩＣ５０（ｍｇ／ｍｌ）をＨＩＶ偽ウイルスと比較し、ＬＮ０２（すなわち、野生型（ＷＴ）ＬＮ０２モノクローナル抗体）の中和活性に対する比率として比較している。ＢａＬウイルスの５０％中和（ＩＣ５０）に必要とされる阻害濃度が、並行して試験した野生型ＬＮ０２ ｂＮａｂのＩＣ５０を突然変異ＬＮ０２変異体のＩＣ５０で割った比率とともに、重鎖置換（表１）又は軽鎖置換（表２）を伴うＬＮ０２ ｂＮａｂについて、示されている。後者の値は、異なる日に実施されるウイルス中和アッセイ間でのアッセイ間のばらつきを制限し、野生型ＬＮ０２対照と比較してＬＮ０２Ｍに中和活性に関して小さいが重要な利点を与えるうる突然変異を特定するために用いられる。ＬＮ０２Ｍ抗体の追加の中和データが、図９Ａから９Ｉ、並びに表７Ａ～７Ｂ、表８Ａから８Ｍ、表１０Ａから１０Ｃ、表１１、表１２Ａから１２Ｄ、表１３Ａから１３Ｄ、及び表１４に示されている。
驚くべきことに、ＬＮ０２Ｍ抗体の幾つかは、ＬＮ０２より高い中和活性を示した；これらには、例えば、ＬＮ０２Ｍ可変重鎖領域ＭＨ０１（１．５９）、ＭＨ１６（１．６９）、ＭＨ２２（１．１８）、ＭＨ２６（１．４０）、ＭＨ３０（３．３７）、ＭＨ３２（１．３２）、ＭＨ３５（１．９１）、ＭＨ３６（１．３７）、ＭＨ３７（１．７５）、ＭＨ４３（１．９０）、ＭＨ４４（１．３８）、ＭＨ４８（２．１２）、ＭＨ４９（１．７１）、ＭＨ５０（２．７４）、ＭＨ５１（２．４６）、ＭＨ５３（１．４５）、ＭＨ５９（１．３１）、ＭＨ６１（１．４３）、ＭＨ６４（１．５２）、ＭＨ６８（１．１２）、ＭＨ７３（１．８３）、ＭＨ８４（１．１６）、ＭＨ８９（２．２６）、ＭＨ９１（１．３６）、ＭＨ９２（１．４５）、ＭＨ１０６（１．１６）、ＭＨ１０７（２．１９）、ＭＨ１０８（１．９１）、ＭＨ１１１（３．３４）、ＭＨ１１２（２．７７）、ＭＨ１１５（１．４１）、ＭＨ１１９（１．３２）、ＭＨ１２０（１．５５）、ＭＨ１２４（１．６７）、ＭＨ１３１（１．５５）、ＭＨ１３５（１．６０）、ＭＨ１３６（１．８４）、ＭＨ１３８（１．２０）、及びＭＨ１４６（１．６５）；並びに、ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖領域ＭＬ０１（１．２９）、ＭＬ０２（１．９３）、ＭＬ０５（１．４５）、ＭＬ０８（２．３１）、ＭＬ１０（１．５１）、ＭＬ１１（１．２５）、ＭＬ１２（３．９０）、ＭＬ３１（５．７４）、ＭＬ３２（１．３８）、ＭＬ４４（１．５７）、ＭＬ４９（１．４０）、ＭＬ５１（１．１０）、ＭＬ５２（１．３６）、ＭＬ６０（１．１７）、ＭＬ７１（１．３８）、ＭＬ７３（１．２０）、ＭＬ７４（１．１０）、ＭＬ７９（１．４６）、ＭＬ８４（１．５９）、ＭＬ８５（９．９４）、及びＭＬ９４（６．４２）が含まれる。注目すべきことに、表１及び２の突然変異体ＬＮ０２ ＭＨ３０、ＬＮ０２ ＭＨ１１１、ＬＮ０２ ＭＬ１２、ＬＮ０２ ＭＬ３１、ＬＮ０２ ＭＬ８５、ＬＮ０２ ＭＬ９２、及びＬＮ０２ ＭＬ９４を含むＬＮ０２Ｈ抗体はすべて、ＬＮ０２野生型対照と比較してＢａＬウイルスに対して３倍以上改善された中和効力を実証している。図１は、中和活性の喪失を誘発する突然変異に対応する野生型ＬＮ０２と比較して、約１．４倍を超える改善された中和効力、最小の効果（ＬＮ０２ ＷＴと比較して１．４～０．７倍の差）、又は０．７倍未満の差を与える、ＬＮ０２の重鎖又は軽鎖のいずれかにおけるアミノ酸置換の概要を提供している。
実施例２
８つの偽型ＨＩＶ－１ウイルス株のグローバルパネルに対するＬＮ０２ ｂＮａｂ及びＬＮ０２突然変異体の中和。ＬＮ０２の重鎖及び／又は軽鎖に突然変異があるＬＮ０２ ｂＮａｂｓ変異体の選択されたパネルの中和幅の予備評価を、８つの偽型ＨＩＶ－１ウイルスのパネルを使用して行った。８つの偽型ウイルス（ＴＲＯ．１１、２５７１０、ＣＤ１１７６、ＢＪＯＸ、ＣＨ１１９、２４６－Ｆ３、Ｘ１６３２、及びＣＮＥ５５）の各々でのＬＮ０２突然変異体（重鎖突然変異のＭＨ、軽鎖突然変異体のＭＬ、及び重鎖と軽鎖の両方の突然変異体のＭＸ）の８０％阻害濃度（ＩＣ８０）の概要が図２～４に示されている。参照として、図４は、我々の偽型ウイルスのグローバルパネルに対する３ＢＮＣ１１７、１０－１０７４、及びＶＲＣ０１のＩＣ８０値も示している。野生型ＬＮ０２と比較して効力が大幅に改善され、かつ表３で並行して試験された１０－１０７４及び３ＢＮＣ１１７と比較して中和プロファイルが全体的に改善された、ＬＮ０２ ＭＬ８５、ＬＮ０２ ＭＬ８５４２、及びＬＮ０２ ＭＸ４８を含むＬＮ０２突然変異体の代表的な濃度応答ウイルス中和曲線が図５に示されている。図５のＳＶＡ－ＭＬＶ偽型ウイルス対照に対するＬＮ０２Ｍのプロファイリングは、ＬＮ０２Ｍ ｂＮａｂが非特異的阻害を示さないことも実証している。
ある特定の実施態様について、好ましい実施態様に関して説明してきたが、変更及び修正が行われることが当業者に理解される。したがって、添付の特許請求の範囲は、以下の特許請求の範囲内に含まれる、このような同等の変形のすべてに及ぶことが意図されている。
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Claims (34)

  1. 結合剤であって、
    ａ）図１、図６Ａから６Ｅ、図７Ａ～７Ｅ、又は図８Ａ～Ｆに示される少なくとも１つのＣＤＲ；
    ｂ）配列番号３～９２又は４９１～６９９からなる群より選択されるアミノ酸配列；
    ｃ）配列番号９５～２３３又は２４８～４８２からなる群より選択されるアミノ酸配列；
    ｄ）ＭＨ０１（配列番号９５）、ＭＨ１６（配列番号１１０）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２６（配列番号１２０）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３２（配列番号１２６）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、ＭＨ３７（配列番号１３１）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４４（配列番号１３７）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、ＭＨ４９（配列番号１４２）、ＭＨ５０（配列番号１４３）、ＭＨ５１（配列番号１４４）、ＭＨ５３（配列番号１４６）、ＭＨ５９（配列番号１５１）、ＭＨ６１（配列番号１５３）、ＭＨ６４（配列番号１５６）、ＭＨ６８（配列番号１５９）、ＭＨ７３（配列番号１６３）、ＭＨ８４（配列番号１７４）、ＭＨ８９（配列番号１７７）、ＭＨ９１（配列番号１７８）、ＭＨ９２（配列番号１７９）、ＭＨ１０６（配列番号１９３）、ＭＨ１０７（配列番号１９４）、ＭＨ１０８（配列番号１９５）、ＭＨ１１１（配列番号１９８）、ＭＨ１１２（配列番号１９９）、ＭＨ１１５（配列番号２０２）、ＭＨ１１９（配列番号２０６）、ＭＨ１２０（配列番号２０７）、ＭＨ１２４（配列番号２１１）、ＭＨ １３１（配列番号２１８）、ＭＨ１３５（配列番号２２２）、ＭＨ１３６（配列番号２２３）、ＭＨ１３８（配列番号２２５）、及び／又はＭＨ１４６（配列番号２３２）を含む可変重鎖領域；
    ｅ）ＭＬ０１（配列番号３）、ＭＬ０２（配列番号４）、ＭＬ０５（配列番号７）、ＭＬ０８（配列番号１０）、ＭＬ１０（配列番号１２）、ＭＬ１１（配列番号１３）、ＭＬ１２（配列番号１４）、ＭＬ３１（配列番号３１）、ＭＬ３２（配列番号３２）、ＭＬ４４（配列番号４２）、ＭＬ４９（配列番号４７）、ＭＬ５１（配列番号４８）、ＭＬ５２（配列番号４９）、ＭＬ６０（配列番号５６）、ＭＬ７１（配列番号６６）、ＭＬ７３（配列番号６８）、ＭＬ７４（配列番号６９）、ＭＬ７９（配列番号７４）、ＭＬ８４（配列番号７９）、ＭＬ８５（配列番号８０）、ＭＬ９２（配列番号８７）、又はＭＬ９４（配列番号８９）を含む可変軽鎖領域；
    ｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、又はｅ）のＣＤＲ、アミノ酸配列、可変重鎖領域、及び／又は可変軽鎖領域の組合せ；
    ｇ）表４、表９、表１０Ａから１０Ｃ、表１１、表１２Ａから１２Ｄ、表１３Ａから１３Ｄ、又は表１４のいずれかに記載されるＬＮ０２Ｍ可変軽鎖とＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；
    ｈ）ＭＬ０１（配列番号３）を含むＬＮ０２Ｍ可変軽鎖と、ＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、及び／又はＭＨ３７（配列番号１３１）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；
    ｉ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ１２（配列番号１４）と、ＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７） ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、及び／又はＭＨ３７（配列番号１３１）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；
    ｊ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ２３（配列番号２４）と、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、及びＭＨ５１（配列番号１４４）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；
    ｋ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３０（配列番号３０）と、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、又はＭＨ５１（配列番号１４４）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；
    ｌ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３１（配列番号３１）と、ＭＨ０２（配列番号９６）、ＭＨ０４（配列番号９８）、ＭＨ２２（配列番号１１６）、ＭＨ２３（配列番号１１７）、ＭＨ３０（配列番号１２４）、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ３６（配列番号１３０）、ＭＨ３７（配列番号１３１）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４８（配列番号１４１）、又はＭＨ５１（配列番号１４４）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；
    ｍ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ３２（配列番号３２）とＬＮ０２Ｍ可変重鎖のＭＨ３１（配列番号１２５）との組合せ；
    ｎ）ＬＮ０２Ｍ可変軽鎖のＭＬ８５（配列番号８０）と、ＭＨ３１（配列番号１２５）、ＭＨ３５（配列番号１２９）、ＭＨ４３（配列番号１３６）、ＭＨ４９（配列番号１４２）、ＭＨ６０（配列番号１５２）、ＭＨ７６（配列番号１６６）、ＭＨ１１１（配列番号１９８）、又はＭＨ１１２（配列番号１９９）を含むＬＮ０２Ｍ可変重鎖との組合せ；
    Ｏ）軽鎖上のＫ９３Ｙ置換と野生型ＬＮ０２重鎖を含むＭＬ０８５；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＥ９５Ｑ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ１９Ｈ置換とを含むＭｘ１５２；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ１９Ｈ置換とを含むＭＸ０６７；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＴ２９Ｓ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ１９Ｈ置換とを含むＭＸ１２９；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＴ２９Ｓ置換と野生型ＬＮ０２重鎖に対するＴ２１Ｙ置換とを含むＭＸ１３０；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＥ９５Ｑ置換と野生型ＬＮ０２重鎖を含むＭＬ１２６；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＩ９７Ｖ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ４０Ａ、Ｑ４２Ｒ、及びＴ４４Ｇ置換とを含むＭｘ１７５；野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＩ９７Ｖ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ４０Ｐ、Ｑ４２Ｒ、Ｇ４３Ｋ、及びＴ４４Ｇ置換とを含むＭｘ１７６；並びに、野生型ＬＮ０２の軽鎖上のＫ９３Ｙ及びＩ９７Ｖ置換と野生型ＬＮ０２の重鎖上のＳ４０Ｐ、Ｑ４２Ｒ、Ｇ４３Ｋ、及びＴ４４Ｇ置換とを含むＭｘ１８１の結合剤からなる群より任意選択的に選択される、表９に示される軽鎖及び重鎖置換の組合せ；並びに、
    ｐ）ａ）からｏ）の保存的に置換された変異体；
    のいずれかを含む、結合剤、若しくは、
    ＬＮ０２と比較して中和活性が少なくとも２倍向上し、かつＭＬ０８５と比較して同等又は改善された効力を示す、上記ａ）からｐ）のいずれかを含む、結合剤。
  2. 前記結合剤が、インビトロＨＩＶ中和アッセイ及び／又はインビボにおいて、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）を中和する、請求項１に記載の結合剤。
  3. 前記結合剤が、１０２～１００μｇ／ｍｌ、又は１００～１０１μｇ／ｍｌの間の濃度で、ＨＩＶ－１偽ウイルスである、ＢＪＯＸ（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＥ１１７６、ＴＲＯ．１１（Ｂ）、Ｘ１６３２（Ｇ）、ＣＨ１１９（ＣＲＦ０７＿ＢＣ）、ＣＮＥ５５（ＣＲＦ０１＿ＡＥ）、２５７１０（Ｃ）、ＣＤ０２１７（Ｃ）の中和を示す、請求項１又は２に記載の結合剤。
  4. 中和率が少なくとも約５０％である、請求項２又は３に記載の結合剤。
  5. 前記結合剤が、２５μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０又はＩＣ８０で試験された前記ＨＩＶ－１偽ウイルスの大部分を中和する、請求項１から４のいずれか一項に記載の結合剤。
  6. 抗体である、請求項１から５のいずれか一項に記載の結合剤。
  7. 単離されたモノクローナル抗体である、請求項６に記載の結合剤。
  8. 前記モノクローナル抗体がヒトモノクローナル抗体である、請求項６に記載の結合剤。
  9. 前記抗体のアイソタイプがＩｇＧ１又はＩｇＧ３である、請求項７又は８に記載の結合剤。
  10. 図１に示される、及び／又は配列番号９５～２３３のいずれかに記載される、少なくとも１つの重鎖ＣＤＲアミノ酸配列；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体を含む、請求項１に記載の結合剤。
  11. 図１、及び／又は配列番号３～９２のいずれかに記載される、少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲアミノ酸配列；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体を含む、請求項１に記載の結合剤。
  12. 配列番号３～９２及び／又は９５～２３３からなる群より選択される少なくとも１つの可変鎖アミノ酸配列；及び／又は、それらの保存的に置換された変異体を含む、請求項１に記載の結合剤。
  13. ヒト抗体、ヒトＩｇＧ、ヒトＩｇＧ１、ヒトＩｇＧ２、ヒトＩｇＧ３、ヒトＩｇＧ４、ヒトＩｇＭ、ヒトＩｇＡ、ヒトＩｇＡ１、ヒトＩｇＡ２、ヒトＩｇＤ、ヒトＩｇＥ、イヌ抗体、イヌＩｇＧＡ、イヌＩｇＧＢ、イヌＩｇＧＣ、イヌＩｇＧＤ、ニワトリ抗体、ニワトリＩｇＡ、ニワトリＩｇＤ、ニワトリＩｇＥ、ニワトリＩｇＧ、ニワトリＩｇＭ、ニワトリＩｇＹ、ヤギ抗体、ヤギＩｇＧ、マウス抗体、マウスＩｇＧ、ブタ抗体、及びラット抗体に由来する、請求項１から１２のいずれか一項に記載の結合剤。
  14. 請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤の誘導体。
  15. Ｆａｂ、Ｆａｂ２、Ｆａｂ’一本鎖抗体、Ｆｖ、一本鎖、単一特異性抗体、二重特異性抗体、三量体抗体、多重特異性抗体、多価抗体、キメラ抗体、イヌ－ヒトキメラ抗体、イヌ－マウスキメラ抗体、イヌＦｃを含む抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、イヌ化抗体、ＣＤＲグラフト化抗体、サメ抗体、ナノボディ、及びラクダ抗体からなる群より選択される、請求項１４に記載の誘導体。
  16. 少なくとも第１及び第２の特異性を含み、前記第１の特異性がｇｐ４１に対するものであり、前記第２の特異性が異なる抗原に対するものである、請求項１から１５のいずれか一項に記載の結合剤又は誘導体。
  17. それに固定可能に取り付けられた検出可能な標識を含む、請求項１から１６のいずれか一項に記載の結合剤又は誘導体。
  18. 前記検出可能な標識が、フルオレセイン、ＤｙＬｉｇｈｔ、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ＦＩＴＣ、ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ５５５、ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ６４７、５－カルボキシ－２，７－ジクロロフルオレセイン、５－カルボキシフルオレセイン、５－ＦＡＭ、ヒドロキシトリプタミン、５－ヒドロキシトリプタミン（５－ＨＡＴ）、６－カルボキシフルオレセイン（６－ＦＡＭ）、ＦＩＴＣ、６－カルボキシ－１，４－ジクロロ－２’，７’－ジクロロフルオレセイン（ＴＥＴ）、６－カルボキシ－１，４－ジクロロ－２’，４’，５’，７’－テトラクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６－カルボキシ－４’，５’－ジクロロ－２’，７’－ジメトキシフルオレセイン（６－ＪＯＥ）、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ３５０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ４０５、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ４３０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ４８８、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５００、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５１４、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５３２、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５４６、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５５５、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５６８、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ５９４、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６１０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６３３、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６３５、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６４７、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６６０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ６８０、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ７００、Ａｌｅｘａ ｆｌｕｏｒ７５０、ＢＯＤＩＰＹフルオロフォア、ＢＯＤＩＰＹ４９２／５１５、ＢＯＤＩＰＹ４９３／５０３、ＢＯＤＩＰＹ５００／５１０、ＢＯＤＩＰＹ５０５／５１５、ＢＯＤＩＰＹ５３０／５５０、ＢＯＤＩＰＹ５４２／５６３、ＢＯＤＩＰＹ５５８／５６８、ＢＯＤＩＰＹ５６４／５７０、ＢＯＤＩＰＹ５７６／５８９、ＢＯＤＩＰＹ５８１／５９１、ＢＯＤＩＰＹ６３０／６５０－Ｘ、ＢＯＤＩＰＹ６５０／６６５－Ｘ、ＢＯＤＩＰＹ６６５／６７６、ＦＬ、ＦＬ ＡＴＰ、ＦＩ－セラミド、Ｒ６Ｇ ＳＥ、ＴＭＲ、ＴＭＲ－Ｘコンジュゲート、ＴＭＲ－Ｘ、ＳＥ、ＴＲ、ＴＲ ＡＴＰ、ＴＲ－Ｘ Ｓｅ、ローダミン、ローダミン１１０、ローダミン１２３、ローダミンＢ、ローダミンＢ２００、ローダミンＢＢ、ローダミンＢＧ、ローダミンＢエクストラ、５－カルボキシテトラメチルローダミン（５－ＴＡＭＲＡ）、５ＧＬＤ、６－カルボキシローダミン６Ｇ、リサミン、リサミンローダミンＢ、ファリシジン、ファロイジン、ローダミンレッド、Ｒｈｏｄ－２、６－カルボキシ－Ｘ－ローダミン（ＲＯＸ）、カルボキシ－Ｘ－ローダミン（５－ＲＯＸ）、スルホローダミンＢ ｃａｎ Ｃ、スルホローダミンＧエクストラ、６－カルボキシテトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミン（ＴＲＩＴＣ）、ローダミンＷＴ、テキサスレッド、及びテキサスレッド－Ｘからなる群より選択される、請求項１７に記載の結合剤又は誘導体。
  19. それに固定的に結合されたエフェクタ部分を含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の結合剤又は誘導体。
  20. 前記エフェクタ部分が、細胞毒性薬、毒素、ジフテリアＡ鎖、外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン、クロチン、フェノマイシン、エノマイシン、及び放射性化学物質からなる群より選択される、請求項１９に記載の結合剤又は誘導体。
  21. 請求項１から１５のいずれか一項に記載の結合剤をコードする単離されたポリヌクレオチド。
  22. 請求項２１に記載の１つ以上のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  23. 請求項２１に記載の単離されたポリヌクレオチド、及び／又は請求項２２に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
  24. 請求項１から２０のいずれか一項に記載の少なくとも１つの結合剤又は誘導体；請求項２１に記載の少なくとも１つの単離されたポリヌクレオチド；又は、請求項２３に記載の少なくとも１つの発現ベクター；及び／又は、請求項２３に記載の少なくとも１つの宿主細胞；若しくはそれらの組合せ；並びに、薬学的に許容される担体を含む、組成物。
  25. 細胞上のＨＩＶを検出する方法であって、試験する生物学的サンプルを請求項１から２０のいずれか一項に記載の結合剤又は誘導体と接触させるステップ、及び前記生物学的サンプル又はそれらの成分に結合した前記結合剤を検出するステップを含む、方法。
  26. 前記試験する生物学的サンプル又はそれらの成分に結合する量を対照の生物学的サンプル又はそれらの成分に結合する量と比較するステップをさらに含み、前記対照の生物学的サンプル又はそれらの成分と比較した、前記試験する生物学的サンプル又はそれらの成分への結合の増加が、前記試験する生物学的サンプル中におけるＨＩＶを発現する細胞の存在を示唆する、請求項２５に記載の方法。
  27. 前記試験する生物学的サンプルが哺乳動物の血液である、請求項２５又は２６に記載の方法。
  28. 前記方法がインビボでの方法である、請求項２５から２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記方法がインビトロでの方法である、請求項２５から２７のいずれか一項に記載の方法。
  30. 請求項１から２０のいずれか一項に記載の結合剤又は誘導体を含む医薬組成物の少なくとも１つの有効量を前記哺乳動物に投与するステップを含む、哺乳動物におけるＨＩＶ感染及び／又はＡＩＤＳを治療、予防、及び／又は緩和する方法。
  31. 複数回用量が前記動物に投与される、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記結合剤が約１～５０ｍｇ／ｋｇの投与量で投与される、請求項３０又は３１に記載の方法。
  33. 細胞内又は細胞上でのＨＩＶの発現を検出するためのキットであって、請求項１から２０のいずれか一項に記載の結合剤又は誘導体と使用説明書とを含む、キット。
  34. 前記結合剤、抗体、又は誘導体が、凍結乾燥形態である、請求項３３に記載のキット。
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