JP2019502753A - ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の抑制による免疫応答の誘導法 - Google Patents

Abstract

【解決手段】 とりわけ、未成熟終止コドン（ＰＴＣｓ）を有するメッセンジャーＲＮＡｓ（ｍＲＮＡｓ）のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害することにより、個体に免疫応答を発生させる、および／または異常（例えば、増殖）細胞表面のネオアンチゲン発現を誘導する組成物および方法が本明細書に提供される。【選択図】 図１

Description

関連出願書類の相互参照
本出願は、２０１５年１２月２３日に提出された米国仮特許出願第６２／３８７，５６５号明細書の優先権を請求するものであり、この参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

本発明は、異常細胞に免疫応答を誘導するため、これらの細胞のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の制御に関連する経路を調節する組成物および方法に関する。

過去２０年の癌治療開発における進歩にもかかわらず、異常増殖細胞を攻撃する免疫系の誘導に基づく治療は、転移性疾患の進行を含む腫瘍進行を遅らせる上での成功はごく限られていた。この理由の１つとして、一部は、癌細胞は一般に免疫系が異物として認識する抗原を発現しないため、癌細胞に対する免疫系の自然発生反応は弱いという事実にある。大部分は身体全体に免疫応答を引き起こすため、従来の癌ワクチンは腫瘍細胞に発現された免疫抗原に弱く依存している。しかし、最適な癌ワクチンでさえ疾患進行を一時的に遅らせる効果しかなく、癌を治療することができると示された癌ワクチンはごくわずかである。

そのため、癌細胞表面のネオアンチゲンの発現を誘導する、改良された組成物および方法に対して特別な需要がある。そのような新規抗原は個体に強力な免疫応答を引き起こすことができ、個体身体全体の癌細胞を破壊および排除する。

本明細書では、様々な特許、特許出願書類、および他の出版物（例えば、雑誌記事、電子データベースエントリなど）を参照する。本明細書で引用されたすべての特許、特許出願書類、および他の出版物の開示は、すべての目的で、この参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

本明細書に提供される発明は、とりわけ、ＰＴＣｓを有するメッセンジャーＲＮＡｓ（ｍＲＮＡｓ）のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害することにより、個体に免疫応答を発生させる、および／または異常（例えば、増殖）細胞表面のネオアンチゲンの発現を誘導する組成物および方法を開示する。

したがって、一部の態様では、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）が生じるフレームシフト変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害する一定量の化合物を前記個体に投与する工程を有する、それを必要とする個体に免疫応答を発生させる方法が本明細書で提供され、前記量はｍＲＮＡがタンパク質に翻訳されるのに十分であり、前記化合物は抑制性核酸ではない。別の観点では、異常細胞表面に１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法、すなわち、前記細胞に、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）が生じるフレームシフト変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害する化合物を接触させる工程を有する方法が本明細書で提供され、前記ｍＲＮＡのＮＭＤを阻害することで前記ｍＲＮＡがタンパク質に翻訳され、前記細胞表面の１若しくはそれ以上のネオアンチゲンが発現し、前記化合物は抑制性核酸ではない。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記化合物が小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害する前記化合物がＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を阻害する。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記フレームシフト変異により前記ｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質が非機能性である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答が、免疫細胞によりｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識を介する。一部の実施形態では、前記免疫細胞がＴ細胞またはＢ細胞である。一部の実施形態では、前記免疫応答がクラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子を介して行われる。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答がＴ細胞を介する。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答がＢ細胞を介する。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記Ｔ細胞がγδＴ細胞、αβＴ細胞、またはナチュラルキラーＴ細胞である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答が炎症反応である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記ｍＲＮＡが増殖細胞で発現される。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記増殖細胞または異常細胞が癌細胞である。一部の実施形態では、前記癌が結腸癌、乳癌、膵癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、子宮頚癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、脳室上衣細胞腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、白血病（例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病）、真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、および重鎖病から成る群から選択される。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物を投与する工程を有する。一部の実施形態では、前記免疫チェックポイント分子がＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、またはＴＩＭ３の１つまたはそれ以上である。一部の実施形態では、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物がアンタゴニスト抗体である。一部の実施形態では、前記アンタゴニスト抗体がイピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上のエピジェネティック調節化合物を投与する工程を有する。一部の実施形態では、前記エピジェネティック調節化合物がボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、５−アザシチジン、パノビノスタット、および／またはベリノスタットの１つ若しくはそれ以上である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記化合物が小分子化学化合物である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記個体が哺乳類である。一部の実施形態では、前記哺乳類がヒトである。

別の態様では、ノンストップ変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害する一定量の化合物を前記個体に投与する工程を有する、それを必要とする個体に免疫応答を発生させる方法が本明細書で提供され、前記量はｍＲＮＡがタンパク質に翻訳されるのに十分であり、前記化合物は抑制性核酸ではない。さらに別の観点では、異常細胞表面に１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法、すなわち、前記細胞にノンストップ変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害する化合物を接触させる工程を有する方法が本明細書で提供され、前記ｍＲＮＡのＮＭＤを阻害することで前記ｍＲＮＡがタンパク質に翻訳され、前記細胞表面の１若しくはそれ以上のネオアンチゲンが発現し、前記化合物は抑制性核酸ではない。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記化合物が小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）を阻害する前記化合物がＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を阻害する。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記フレームシフト変異により前記ｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質が非機能性である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答が、免疫細胞によりｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識を介する。一部の実施形態では、前記免疫細胞がＴ細胞またはＢ細胞である。一部の実施形態では、前記免疫応答がクラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子を介して行われる。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答がＴ細胞を介する。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答がＢ細胞を介する。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記Ｔ細胞がγδＴ細胞、αβＴ細胞、またはナチュラルキラーＴ細胞である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記免疫応答が炎症反応である。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記ｍＲＮＡが増殖細胞で発現される。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記増殖細胞または異常細胞が癌細胞である。一部の実施形態では、前記癌が結腸癌、乳癌、膵癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、子宮頚癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、脳室上衣細胞腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、白血病（例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病）、真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、および重鎖病から成る群から選択される。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物を投与する工程を有する。一部の実施形態では、前記免疫チェックポイント分子がＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、またはＴＩＭ３の１つまたはそれ以上である。一部の実施形態では、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物がアンタゴニスト抗体である。一部の実施形態では、前記アンタゴニスト抗体がイピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである。本明細書で開示される実施形態の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上のエピジェネティック調節化合物を投与する工程を有する。一部の実施形態では、前記エピジェネティック調節化合物がボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、５−アザシチジン、パノビノスタット、および／またはベリノスタットの１つ若しくはそれ以上である。

本明細書で説明される態様および実施形態は、前記実施形態または態様の内容から明示的にまたは明白に除外されない限り、一緒に使用することができる。

図１は、腫瘍容積（ｍｍ^３）に対するＮＭＤＩ１４投与の効果を比較したグラフを示す。 図２は、腫瘍容積（ｍｍ^３）に対するＮＭＤＩ１４および／または抗ＣＴＬＡ−４投与の効果を比較したグラフを示す。 図３は、腫瘍容積（ｍｍ^３）に対するＮＭＤＩ１４および／または抗ＰＤ−１投与の効果を比較したグラフを示す。 図４は、投与後の免疫細胞浸潤を示す腫瘍組織切片のマイクログラフである。

癌免疫療法のチェックポイント遮断の有効性に対する重大な障害は、広範な免疫編集（Ｉｍｍｕｎｏｅｄｉｔｉｎｇ）を受ける後期癌に発現される強力な腫瘍ネオアンチゲンが不足していることと関連する。このプロセスは腫瘍生活環の初期に起こり、免疫原性または強力な特異抗原を発現し、そのため細胞障害性Ｔ細胞を標的とした腫瘍細胞集団が欠失する。そのため、成熟した腫瘍は主に、弱い腫瘍抗原のみの発現など、複数の免疫回避の戦略を発現し、そのため、効率的に細胞障害性Ｔ細胞の標的となる可能性が低い腫瘍細胞から成る。最近の癌における免疫療法としてのチェックポイント遮断の成功にもかかわらず、これらの薬物の有効性は、強力な腫瘍のネオアンチゲンが利用できることと強く関連している。特に、これらの薬物が最も有効な腫瘍は、メラノーマおよび非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）など、変異負荷が最も高い腫瘍であり、これらはそれぞれ、ＵＶ損傷および喫煙という、環境で誘導される強い変異スペクトラム（ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ）を有している。

免疫療法の進歩と並行した腫瘍ワクチン開発の努力により、腫瘍サンプルに対して行ったＲＮＡｓｅｑ／エクソームシークエンシングから変異転写物が同定され、ここから強力なネオアンチゲンとして利用できるものを選択し、ワクチン開発の基盤として利用するという最近のアプローチが生まれた。これらの変異検出法の性質により、検出されたｍＲＮＡ種の圧倒的大多数は、ヌクレオチドの移行およびトランスバージョンにより生成したコード配列のミスセンスを含むものであり、サイレントまたは単一アミノ酸置換が生じる。これらのタンパク質はネオアンチゲンとして機能することができたが、１つ以上アミノ酸に違いを有する変異ｍＲＮＡ種を同定することがはるかに好ましく、これははるかに強力なネオアンチゲンとして機能することができるだろう。

強力な腫瘍ネオアンチゲンを得る、より望ましい腫瘍ｍＲＮＡｓプールは、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を含むものであろう。これらのｍＲＮＡ種は、挿入、欠失、ナンセンス変異、ノンストップ（遅延終止）変異などのはるかに有害な変異を含む。しかし、逆説的に言えば、これらの同じＰＴＣ含有種は非常に不安定であり、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）の経路により急速に分解されるため、これらの種は非常に少ないか、完全になくなることから、一般にはＲＮＡシーケンスで検出されず、タンパク質に検出されたとしてもまれである。ＰＴＣ含有ｍＲＮＡｓは、リーディングフレームのシフトおよび／または別の終止コドンが使用されるため、野生型シーケンスとは異なる多数のアミノ酸をコードする可能性がある。タンパク質をＰＴＣ含有ｍＲＮＡ種から転写することができる場合、非常に相違した配列を有するタンパク質をコードできるため、並外れて強力な腫瘍ネオアンチゲンの供給源となるだろう。腫瘍のＭＭＤ経路を遮断することを目的とした治療アプローチでは、ＰＴＣ含有転写物を翻訳することができ、ｉｎ ｖｉｖｏで強力なネオアンチゲンが発現される。

したがって、本発明は、とりわけ、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有する１若しくはそれ以上のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子を発現した細胞を有する固体において、これらの細胞表面で１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導することにより、免疫応答を発生する方法および組成物を提供する。本発明は、一部、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）の制御と関連した分子経路を抑制することで、リードスルー（ｒｅａｄ ｔｈｒｏｕｇｈ）およびその後、ＰＴＣｓを有するｍＲＮＡｓから対応する野生型タンパク質とは時には大きく異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドへの翻訳が起こるという発明者の発見に基づく。理論に縛られることはないが、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子を介した細胞表面におけるこれらのペプチドのタンパク質分解と提示により、免疫系成分、例えばＴ細胞の攻撃を受ける抗原性の高い標的となる可能性がある。本発明は、特に、急速に***する細胞の過剰変異の性質のため、癌などの過剰増殖性細胞で特徴付けられる疾患の治療に有用である。癌細胞は、一部は表面に弱または非抗原性ペプチドのみを発現することで、免疫系による検出を逃れる。したがって、１つの実施形態では、本明細書に開示される組成物および方法が、癌細胞表面にネオアンチゲンの発現を誘導する効果的な方法を提供し、それによって免疫系からの攻撃を受けやすくする。

Ｉ．一般的技術
本発明の実施では、他に示されていない限り、分子生物学、微生物学、細胞生物学、生化学、核酸化学、および免疫学の従来の技術を利用し、これらは当業者に周知である。そのような技術は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ｆｏｕｒｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ （Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， ２０１２）およびＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ｔｈｉｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ （Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌ， ２００１）（本明細書では、「Ｓａｍｂｒｏｏｋ」と連帯で表す）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ｆ．Ｍ． Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．， ｅｄｓ．， １９８７， ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ２０１４）； ＰＣＲ： Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ， （Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．， ｅｄｓ．， １９９４）； Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ （Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ， ｅｄ．， ２０１４）， Ｂｅａｕｃａｇｅ ｅｔ ａｌ． ｅｄｓ．， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ & Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ．， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ２０００（２０１４年までの補遺を含む）， Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ （Ｍａｋｒｉｄｅｓ， ｅｄ．， Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｂ．Ｖ．， Ａｍｓｔｅｒｄａｍ， ２００３）、およびＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ （Ｈｏｒｇａｎ Ｋ ａｎｄ Ｓ． Ｓｈａｗ （１９９４）（２０１４年までの補遺を含む）などの文献で十分に説明されている。

ＩＩ．定義
本明細書に用いるとおり、「未成熟終止コドン」（ＰＴＣ）または「未成熟停止コドン」は、変異の結果として、（内因性停止コドンの前に）ｍＲＮＡへ停止コドンを誘導することを指す。

本明細書に用いるとおり、「ナンセンス変異」は、転写ｍＲＮＡおよび切断された不完全で通常は機能を持たないタンパク質産物における、ＰＴＣまたはナンセンスコドンを生じるＤＮＡ配列の点変異である。ナンセンス変異は、様々な疾患、特に遺伝的疾患の根底にある遺伝的変異である。癌では、例えば、ナンセンス変異が、一般に腫瘍の後天性または体細胞変異である。一部の実施形態では、前記ナンセンス変異が体細胞変異である。別の実施形態では、前記ナンセンス変異が生殖細胞系変異ではない。

「ノンストップ変異」は、ｍＲＮＡの３’非翻訳領域への連続的かつ不適切な翻訳につながる、内因性終止コドンの点変異である。ノンストップ変異により異常アミノ酸配列が組み込まれ、下流終止コドンが利用される。一部の実施形態では、前記ノンストップ変異が体細胞変異である。別の実施形態では、前記ノンストップ変異が生殖細胞系変異ではない。

「フレームシフト変異」は、コード領域のリーディングフレームが１または２ヌクレオチドシフトするような、オープンリーディングフレーム内の１若しくはそれ以上のヌクレオチドの欠失または挿入、例えば単一ヌクレオチドまたはジヌクレオチドの欠失または挿入を指す。したがって、フレームシフト変異を有するｍＲＮＡから翻訳されたポリペプチドのアミノ酸配列は、対応する野生型配列とは非常に異なる。一部の実施形態では、フレームシフト変異がＰＴＣを生成する。一部の実施形態では、前記フレームシフト変異が＋１または＋２フレームシフト変異に至る１ヌクレオチドまたはジヌクレオチドの欠失である。しかし、いずれの数のヌクレオチド欠失も起こり、フレームシフト変異の結果を生じる可能性がある。代わりに、１若しくはそれ以上のヌクレオチド挿入によりフレームシフトが起こり、このような変異も本発明の一部を形成してもよい。別の位置から翻訳が開始されることになる、エクソンスキッピングまたはイントロン配列の保持またはヌクレオチド配列の変化が生じるスプライス部位の変異、またはイントロンまたは５’または３’非翻訳領域内などのコード領域外の変異（その変異により誤訳となり、変異タンパク質が生成するもの）など、フレームシフトを生じる他の遺伝的修飾も本発明の一部を成す。このタイプの遺伝子変異では、変異タンパク質が完全に変異したアミノ酸配列であり、野生型の配列は含まない。一部の実施形態では、フレームシフト変異により（ｍＲＮＡで早期に起こった場合は）未成熟終止コドンまたは（内因性終止コドン付近で起こった場合は）代わりに遅延終止コドンになる可能性がある。一部の実施形態では、前記フレームシフト変異が体細胞変異である。別の実施形態では、前記フレームシフト変異が生殖細胞系変異ではない。

本明細書に用いるとおり、「非機能的」ポリペプチドは、１若しくはそれ以上の変異のため、対応する非変異（野生型）ポリペプチドと比較し、細胞内で機能することができないポリペプチドを指す。「機能的」ポリペプチドは、対応する非変異（野生型）ポリペプチドと比較し、１若しくはそれ以上の変異アミノ酸を有していたとしても、少なくともある程度は細胞機能を果たすことができるポリペプチドである。

本明細書の「リードスルー」の用語は、リボソーム翻訳の未成熟終止コドンをスキップすること、またはアミノ酸を置換すること、または未成熟終止コドンを有するｍＲＮＡの分解を抑制することを意味する。

本明細書に用いるとおり、「ポリペプチド」の用語は、タンパク質、ペプチド、ポリペプチドフラグメント、および融合ポリペプチドを含む。

「患者」または「個体」の用語は本明細書では同義的に使用され、治療される被験者を指す。一部の実施形態では、前記個体が哺乳類である。他の実施形態では、前記哺乳類がヒトである。一部の実施形態では、本発明の方法が実験動物、獣医学の用途、およびこれに限定されるものではないが、マウス、ラット、およびハムスターなどの齧歯類および霊長類を含む疾患動物モデルの開発に使用される。

「含む」、「含有する」、または「特徴付けられる」と同義の暫定的用語「有する」は包括的または制限のない用語で、追加の列挙されていない要素または方法の工程を除外しない。対照的に、暫定的表現の「〜から成る」は、請求項に明記されていない要素、工程、または成分を除外する。暫定的表現の「原則的に〜成る」は、指定された材料または工程に対する請求項の範囲を制限し、前記請求された発明の「基本的および新規の特徴に物質的に影響しないもの」である。

本明細書でそれ以外に指定のない限り、本明細書で使用されるすべての技術的および科学的用語は、本発明が関与する分野の当業者の１人に一般的に理解されるものと同じ意味を有する。

本明細書に用いるとおり、単数系の「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、内容が明らかにそうでないことを示していない限り、複数の言及も含む。

ＩＩＩ．組成物
未成熟終止コドン（ＰＴＣ）の変異は、塩基置換またはフレームシフト変異がセンスコドンを３種類の停止コドン（ＵＡＡ、ＵＡＧ、またはＵＧＡ）のいずれか１つに変化させる変異である。酵母、ヒト遺伝疾患、および免疫グロブリンファミリー遺伝子の発現に関する研究から、翻訳を最小限とし、そのような鎖停止変異を含むナンセンスＲＮＡｓのＲＮＡ安定性を制御するＲＮＡサーベイランス機序が同定された。このサーベイランス機序は「ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）」と呼ばれ、例えばＨｅｎｔｚｅ & Ｋｕｌｏｚｉｋ， Ｃｅｌｌ ９６：３０７−３１０ （１９９９）； Ｃｕｌｂｅｒｔｓｏｎ， Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １５：７４−８０ （１９９９）；およびＬｉ & Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ， Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ８：１３５−１４１ （１９９８）を参照。ＮＭＤは、正常細胞（例えば、ＢおよびＴ細胞）および遺伝子が変異した細胞（すなわち、細胞増殖をコントロールする遺伝子が変異した細胞）のいずれにおいても使用できる、転写後の機序である。

ＮＭＤに関与するタンパク質の多くは種間で保存されていないが、サッカロマイセス・セレヴィシエ（酵母）では、ＮＭＤに主要因子がＵＰＦ１、ＵＰＦ２、およびＵＰＦ３（ヒトではＵＰＦ３ＡおよびＵＰＦ３Ｂ）の３つあり、これが保存されたＮＭＤ経路の中核を成す（Ｂｅｈｍ−Ａｎｓｍａｎｔ & Ｉｚａｕｒｒａｌｄｅ， ２００６， Ｇｅｎｅｓ & Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ２０ （４）： ３９１−３９８）。これらの因子３種類すべてがアップフレームシフト（ＵＰＦ）タンパク質と呼ばれるトランス作用要素である。哺乳類では、ＵＰＦ２およびＵＰＦ３は、ＮＭＤで機能する他のタンパク質と一緒にスプライシング後、ｍＲＮＡに結合したエキソン接合部複合体（ＥＪＣ）の一部である。ＵＰＦ１のリン酸化はタンパク質ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、およびＳＭＧ−７で制御される。

異常転写物を検出するプロセスはｍＲＮＡの翻訳中に起こる。よく用いられる哺乳類異常転写物の検出モデルは、翻訳の最初の段階でリボソームがスプライシング後のｍＲＮＡに結合したエキソン接合部複合体を除去することを示唆している。翻訳の最初の段階後にこれらのタンパク質がｍＲＮＡに結合したままの場合、ＮＭＤは活性化される。ＰＴＣの下流にあるエキソン接合部複合体は、リボソームがこれに到達する前に放出されるため、転写物から除去されない。翻訳が停止すると、ｍＲＮＡのＵＰＦ１、ＳＭＧ１、および放出因子ｅＲＦｌおよびｅＲＦ２から成る複合体が構築される。転写物がＰＴＣを含んでいるためＥＪＣがｍＲＮＡに残っている場合、ＵＰＦ１がＵＰＦ２およびＵＰＦ３と接触し、ＵＰＦ１のリン酸化を誘発する。

脊椎動物では、終止コドンに対する最後のエキソン接合部複合体の位置は、通常、その転写物がＮＭＤを受けるか否かを決定する。前記終止コドンが最終エキソン接合部複合体の下流またはその約５０ヌクレオチド以内にある場合、前記転写物は正常に翻訳される。しかし、前記終止コドンがさらにエキソン接合部複合体の約５０ヌクレオチド上流にある場合、前記転写物はＮＭＤのダウンレギュレーションを受ける（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．， ２００３， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ． Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．， １００：１８９−１９２）。リン酸化ＵＰＦ１は、次にＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、およびＳＭＧ−７と相互作用し、ＵＰＦ１の脱リン酸化を促す。ＳＭＧ−７は、ｍＲＮＡ分解の細胞質部位であるＰ−ｂｏｄｉｅｓに蓄積するため、ＮＭＤの末端エフェクターであると考えられる。酵母およびヒトの細胞いずれにおいても、ｍＲＮＡ分解の主要経路は５’キャップが外れることで開始され、続いてエキソリボヌクレアーゼ酵素であるＸＲＮ１が分解される。ｍＲＮＡが分解される他の経路は３’−５’の脱アデニル化である。

したがって、理論に縛られることはないが、本発明の一観点では、ＮＭＤ分解複合体と関連した１若しくはそれ以上のタンパク質（これに限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７など）の阻害を促す化合物および方法が本明細書で提供される。

Ａ．ＮＭＤ複合体を阻害する化合物
さらなる態様では、前記化合物が、前記ＮＭＤ分解複合体と関連した１若しくはそれ以上のタンパク質のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構に関与する１若しくはそれ以上の分子の発現および機能を調節する。本明細書に用いるとおり、「ＮＭＤ分解複合体」の表現は、ＰＴＣを有するｍＲＮＡのＮＭＤに関与する細胞内タンパク質のいずれか１つ（これに限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＵＰＦ３ＢＩ、ＲＮＰＳ１、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＲＥＮＴ１、ＲＥＮＴ２、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７の１若しくはそれ以上など）を指す。それ自体、前記化合物は１若しくはそれ以上のＮＭＤ分解複合体タンパク質の機能を阻害することで、ＰＴＣを有するｍＲＮＡがポリペプチドに翻訳されるようにすることができる。

候補化合物は、これに限定されるものではないが、小分子化学化合物（上述の小分子のいずれかなど）、抗体、タンパク質、またはその組み合わせとすることができる。１実施形態では、前記化合物が抑制性核酸（これに限定されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは低分子抑制性ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）など）ではない。別の実施形態では、前記化合物が米国特許出願第２０１３／０２２４２３７号で開示されたいずれかの化合物ではない。

１．抗体
一部の態様では、前記化合物が１若しくはそれ以上のＮＭＤ分解複合体タンパク質（これに限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＵＰＦ３ＢＩ、ＲＮＰＳ１、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＲＥＮＴ１、ＲＥＮＴ２、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７）およびその抗体に（選択的に結合するなど）結合する。一部の実施形態では、前記抗体がＮＭＤ分解複合体タンパク質拮抗薬であり、ＮＭＤを阻害することができる。

また、当該分野で既知の情報に基づき、抗体の活性に実質的に影響することなく、抗体の変異型を作成することができる。例えば、抗体変異型は、別の残基と置換された抗体分子に少なくとも１つのアミノ酸残基を有することができる。抗体では、置換型変異が起こる最も重要な部位には超可変領域を含むが、フレームワーク領域（ＦＲ）の変化も考えられる。

抗体では、置換変異体の一種に親抗体（例えば、ヒト化またはヒト抗体）の１若しくはそれ以上の超可変領域残基の置換が関与している。一般には、さらに開発するために選択される、得られた変異体が、作成される親抗体に対して生物学的特性を改善する。そのような置換変異体を作成する簡便な方法には、ファージ提示法による親和性変異が関与する。簡単に説明すると、数種類の超可変領域（例えば、６〜７箇所）が変異し、各部位で考えられるすべてのアミノ酸置換を生成する。このように作成された抗体は、繊維状ファージ粒子から、各粒子内に入ったＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物との融合体として提示される。本明細書に開示されるとおり、ファージにより提示された変異体の生物活性（例えば、結合親和性）をスクリーニングする。修飾候補の超可変領域を同定するため、アラニンスクリーニング変異原性試験を行い、抗体結合に大きく寄与する超可変領域を同定することができる。

前記抗体のアミノ酸配列変異体をコードする核酸分子は、当該分野で既知の様々な方法により調製することができる。これらの方法には、これに限定されるものではないが、（天然アミノ酸配列変異体の場合は）天然供給源からの単離、または前記抗体の初期に調製した変異体または非変異体オリゴヌクレオチドを介した（または部位特異的）変異誘発、ＰＣＲ変異誘発、およびカセット式変異誘発を含む。

本発明の免疫グロブリンポリペプチドのＦｃ領域に１若しくはそれ以上のアミノ酸修飾を導入し、Ｆｃ領域変異体を作成することも望ましい。前記Ｆｃ領域変異体は、ヒンジシステインを含む１若しくはそれ以上のアミノ酸部位にアミノ酸修飾（例えば置換）を有するヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトｇＧｌ、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を有してもよい。

Ｃｌｑ結合および／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）が変化した（すなわち、改善または減弱した）Ｆｃ領域変異体は、国際特許出願第Ｗ０９９／５１６４２号（本明細書に参考文献として組み込まれる）に説明されている。そのような変異体は、前記Ｆｃ領域の１若しくはそれ以上のアミノ酸部位のアミノ酸置換を有してもよい。それぞれの開示が参考文献として本明細書に組み込まれるＤｕｎｃａｎ & Ｗｉｎｔｅｒ， Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８−４０ （１９８８）、米国特許第５，６４８，２６０号明細書、米国特許第５，６２４，８２１号明細書、および国際特許出願公開第Ｗ０９４／２９３５１号も参照。

２．非抗体結合ポリペプチド
一部の態様では、前記化合物が１若しくはそれ以上のＮＭＤ分解複合体タンパク質（これに限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＵＰＦ３ＢＩ、ＲＮＰＳ１、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＲＥＮＴ１、ＲＥＮＴ２、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７）に（選択的に結合するなど）結合し、非抗体結合ポリペプチドである。一部の実施形態では、前記非抗体結合ポリペプチドがＮＭＤ分解複合体タンパク質拮抗薬であり、ＮＭＤを阻害することができる。

結合ポリペプチドは既知のポリペプチド合成方法を用いて化学的に合成してもよく、組み換え技術により調整および精製してもよい。結合ポリペプチドは、通常少なくとも約５アミノ酸長であり、代わりに少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００アミノ酸長以上であり、そのような結合ポリペプチドは、本明細書で開示されるＮＭＤ分解複合体のいずれかの成分などの標的に結合することができる。

結合ポリペプチドは、周知の技術を用い、必要以上の実験を行わずとも同定することができる。この点について、ポリペプチド標的に結合することができる、ポリペプチド結合用のペプチドライブラリをスクリーニングする方法は当該分野で周知である（例えば、各開示が本明細書に参考文献として組み込まれる、米国特許第５，５５６，７６２号、第５，７５０，３７３号、第４，７０８，８７１号、第４，８３３，０９２号、第５，２２３，４０９号、第５，４０３，４８４号、第５，５７１，６８９号、第５，６６３，１４３号明細書、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ ８４／０３５０６号および第ＷＯ８４／０３５６４号、Ｇｅｙｓｅｎ ｅｔ ａｌ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ．， ８１：３９９８−４００２ （１９８４）； Ｇｅｙｓｅｎ ｅｔ ａｌ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ．， ８２： １７８−１８２ （１９８５）； Ｇｅｙｓｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈ，， １０２：２５９−２７４ （１９８７）； Ｃｌａｃｋｓｏｎ， Ｔ． ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｎａｔｕｒｅ， ３５２： ６２４； Ｋａｎｇ， Ａ．Ｓ． ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８８：８３６３、およびＳｍｉｔｈ， Ｇ． Ｐ． （１９９１） Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ， ２：６６８を参照）。

ペプチドライブラリを作成し、これらのライブラリをスクリーニングする方法も、米国特許第５，７２３，２８６号、第５，４３２，０１８号、第５，５８０，７１７号、第５，４２７，９０８号、第５，４９８，５３０号、第５，７７０，４３４号、第５，７３４，０１８号、第５，６９８，４２６号、第５，７６３，１９２号、および第５，７２３，３２３号明細書に開示され、各開示が本明細書に参考文献として組み込まれる。

結合ポリペプチドを修飾し、抑制性および／または治療効果（例えば、親和性向上、半減期、安定性、およびクリアランス速度などの薬物動態特性の改善、毒性低下など）を向上させることができる。そのような修飾には、これに限定されるものではないが、糖鎖付加、ペグ化、非天然であるが機能的に同等のアミノ酸、結合基などとの置換が含まれる。

Ｂ．薬学的組成物
本明細書では、本明細書で開示されるＮＭＤ複合体を阻害する化合物を有する薬学的組成物も提供される。本発明の薬学的組成物には、錠剤、カプセル、顆粒、粉末、ペレット、カプレット、ミニ錠剤、トローチ剤、ミニ錠剤および／またはペレットを充填したカプセル、多層錠剤、懸濁用顆粒、顆粒、または小袋に充填した粉末の１若しくはそれ以上を含んでもよい。他の実施形態では、本発明の組成物がコーティングされ、フィルムコーティング錠を与えることもできる。

本発明の組成物は、薬学的に賦形剤を混合し、糖、選択的に他の薬学的に許容される賦形剤と共に前記ＮＭＤ複合体を阻害する化合物の水溶液またはアルコール溶液と顆粒化することで調製してもよい。前記顆粒は乾燥および潤滑化し、適切な投与形態に変換してもよい。

前記ＮＭＤ複合体またはその薬学的に許容される塩を阻害する化合物の安定な固体薬学的組成物は、直接圧縮、湿式または乾式造粒、埋め金溶接、ホットメルト造粒、ホットメルト押出、流動床造粒、押出球形化、噴霧乾燥、および溶媒蒸発など、薬学的技術分野の当業者に既知の工程により調製してもよい。一実施形態では、ＮＭＤ複合体を阻害する化合物の安定な組成物またはその薬学的に許容される塩が、１若しくはそれ以上の糖および１若しくはそれ以上の薬学的に許容される賦形剤を用い、前記化合物の乾式／湿式造粒により、また選択的に前記顆粒と他の賦形剤を混合して調製される。

薬学的に許容される賦形剤には、結合剤、充てん剤、潤滑剤、可溶化剤、安定剤、崩壊剤、流動促進剤などの１若しくはそれ以上を含んでもよい。

適切な「希釈剤」には、ラクトース、微結晶性セルロース、リン酸カルシウム、デキストリン、デキストロース、デキストレート（ｄｅｘｔｒａｔｅｓ）、マンニトール、ソルビトール、スクロースなどの１若しくはそれ以上を含んでもよい。特に、前記希釈剤はラクトースおよび微結晶性セルロースである。前記希釈剤は、前記組成物の顆粒外および／または顆粒内に存在してもよい。

適切な「崩壊剤」には、クロスポビドン（ポリプラスドン）、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルメロース、カルボキシデンプンナトリウム、カルメロースカルシウム、コーンスターチ、部分α化デンプン、クロスカルメロースナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウムなどの１若しくはそれ以上を含んでもよい。特に、前記崩壊剤はクロスポビドンである。前記崩壊剤は、前記組成物の顆粒外および／または顆粒内に存在してもよい。

適切な「結合剤」には、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルピロリドン（ポビドンＫ３０）、ポリビニルアルコール、これらの部分鹸化物、デンプンなどの１若しくはそれ以上を含んでもよい。特に、前記結合剤はポリビニルピロリドンである。

適切な「可溶化剤」には、ポロキサマー、ポリエチレングリコール、ポリソルベート、ラウリル硫酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、レシチン、ポリオキシエチレンアルキルエステル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレン脂肪酸エステルなどの１若しくはそれ以上を含んでもよい。特に、前記可溶化剤はポロキサマーおよびモノオレイン酸グリセリルである。

適切な「安定剤」には、クエン酸、酒石酸、フマル酸、マレイン酸、酢酸ビタミンＥなどの１若しくはそれ以上を含んでもよい。特に、前記安定剤は酢酸ビタミンＥである。

適切な「潤滑剤／流動促進剤」には、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリルフマル酸ナトリウム、ベヘン酸グリセリル、タルクなどの１若しくはそれ以上を含んでもよい。

本発明に沿って前記ＮＭＤ複合体を阻害するいずれかの化合物は、１若しくはそれ以上の薬学的に許容される担体または賦形剤を用い、従来の方法により製剤化してもよい。したがって、本発明に沿って使用される化合物は、例えば、経口、舌下、口腔、非経口、直腸、経腟、または鼻腔内投与用に、または（口または鼻からの）吸入または吹送投与に適した形態、または局所投与、好ましくは眼への点眼に適した形態で製剤化してもよい。別の実施形態では、前記ＮＭＤ複合体を阻害する化合物が局所または皮下投与用に製剤化される。

経口投与では、前記薬学的組成物が、例えば、結合剤（例えば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、またはヒドロキシプロピルメチルセルロース）、充てん剤（例えば、ラクトース、微結晶性セルロース、またはリン酸カルシウム）、潤滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、またはシリカ）、崩壊剤（例えば、ジャガイモデンプンまたはデンプングリコール酸ナトリウム）、または湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム）などの薬学的に許容可能な賦形剤を用い、従来の方法で調製された錠剤またはカプセルの形態をとってもよい。前記錠剤は、当該分野で既知の方法によりコーティングされてもよい。経口投与用の液体製剤は、例えば、溶液、シロップ、または懸濁液の形態をとるか、または使用前に水または他の適切な溶媒に再溶解する乾燥製剤として提示してもよい。そのような液体製剤は、懸濁剤（例えば、ソルビトールシロップ、メチルセルロースまたは水素化食用油脂）、乳化剤（例、レシチンまたはアカシア）、非水性媒体（例えば、アーモンド油、油性エステル、またはエチルアルコール）、および防腐剤（例えば、ｐ−ヒドロキシ安息香酸メチルまたはプロピルまたはソルビン酸）などの薬学的に許容できる添加物を用いて、従来の方法で調整することができる。

口腔投与では、前記組成物は従来の方法で製剤化された錠剤またはトローチ剤の形態をとってもよい。

本発明に沿って使用されるＮＭＤ複合体を阻害する化合物は、注射、従来の静脈内、筋肉内、腫瘍内、または皮下注射、例えばボーラス注射または連続静脈内注入による非経口投与用に製剤化してもよい。注射用製剤は、例えば、アンプルまたは複数回投与容器などの単位投与形態と、選択的に防腐剤を加えて提示してもよい。非経口投与組成物は、油性または水性媒体の懸濁液、溶液、または乳剤としてそのような形態をとってもよく、または懸濁剤、安定化剤、および／または分散剤などの処方剤（ｆｏｒｍｕｌａｔｏｒｙ ａｇｅｎｔｓ）を含んでもよい。代わりに、前記活性成分は、使用前に、例えば、滅菌し、発熱性物質を含まない水または等張食塩水などの適切な媒体に再溶解する粉末、結晶、または凍結乾燥固体などの乾燥形態としてもよい。例えば、滅菌アンプルまたはバイアルで提示してもよい。

本発明に沿って使用されるＮＭＤ複合体を阻害する化合物は、例えば、カカオ脂または他のグリセリドなど従来の坐剤の基剤を含む坐剤または保持浣腸など、直腸組成物に製剤化してもよい。

舌下投与用錠剤は、従来の方法で製剤化してもよい。

鼻腔内投与では、本発明に沿って使用されるＮＭＤ複合体を阻害する化合物は、噴霧または滴下の形態で提示される、例えば溶液、懸濁液、または乳剤の形態の液体として、または粉末として使用してもよい。好ましくは、鼻腔内投与用製剤は、吸入器または適切な噴霧剤を使用した加圧パックまたはネブライザからのスプレーまたはエアロゾルの形態で送達される。

吸入による投与では、本発明に沿って使用されるＮＭＤ複合体を阻害する化合物は、適切な噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、テトラフルオロエタン、ヘプタフルオロプロパン、二酸化炭素、または他の適切な気体を使用し、加圧パックまたはネブライザからのエアロゾルスプレーの形態で簡便に送達することができる。加圧エアロゾルの場合、前記投与形態は定量を送達するバルブを提供することで決定してもよい。例えば、吸入器で使用するゼラチンのカプセルおよびカートリッジは、本発明の化合物とラクトースまたはデンプンなど適切な粉末基剤との粉末混合物を含むように製剤化してもよい。

局所投与では、前記薬学的組成物は液体、例えば、眼の局所塗布に適したクリーム、ゲル、ローション、泡、または滴の形態で提示される、溶液、懸濁液、または乳剤（ナノ粒子またはリポソーム含有乳剤など）であってもよい。

前記組成物は、前記活性成分が約１ｍｇ〜約５ｍｇ、１ｍｇ〜約１０ｍｇ、約１ｍｇ〜約２０ｍｇ、約１ｍｇ〜約３０ｍｇ、約１ｍｇ〜約４０ｍｇ、約１ｍｇ〜約５０ｍｇ、約１ｍｇ〜約６０ｍｇ、約１ｍｇ〜約７０ｍｇ、約１ｍｇ〜約８０ｍｇ、または約１ｍｇ〜約９０ｍｇなど、これらの値のいずれの範囲も含む約５ｍｇ〜約１００ｍｇ以上を含む各投与量の単位投与形態として製剤化することができる。「単位投与形態」の用語は、個体への単位投与に適した物理的に離散した単位、すなわち、適切な薬学的賦形剤または担体と関連し、望みの治療効果を生じるように計算された活性材料の所定量を含む各単位を指す。

ＩＶ．本発明の方法
一部の態様では、本明細書で、それを必要とする個体に免疫応答を発生させる方法、および／または異常細胞表面に１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法が提供される。ＮＭＤは真核細胞で進化的に保存されたｍＲＮＡサーベイランス経路であり、未成熟終止コドン（ＰＴＣｓ）を内包するｍＲＮＡｓを検出し、排除する。理論に縛られることは望まないが、ＮＭＤが腫瘍細胞で抑制される場合の遺伝子発現のアップレギュレーションは、治療上有用な腫瘍抗原性の増大に変換され、つまり、新製剤が効果的な腫瘍抗原として機能し、腫瘍拒絶に関与する免疫応答を誘発することができる。抑制は、上述のＮＭＤ分解複合体の抑制を促すため、それを必要とする個体に有効量の１若しくはそれ以上の化合物を投与することで達成される。一実施形態では、前記ＮＭＤ分解複合体の抑制後に前記ｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質が非機能性タンパク質である。有効量では、以下および本明細書に説明するとおり、機能性が得られる。

一部の実施形態では、前記個体に投与されるＮＭＤ分解複合体の抑制を促す化合物の量が、約０．５〜約５ｍｇ／ｋｇ、約５〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１０〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約１５〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約２０〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約２０〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約２５〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約５０〜約７５ｍｇ／ｋｇ、約５０〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約７５〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約１００〜約１２５ｍｇ／ｋｇ、約１２５〜約１５０ｍｇ／ｋｇ、約１５０〜約１７５ｍｇ／ｋｇ、約１７５〜約２００ｍｇ／ｋｇ、約２００〜約２２５ｍｇ／ｋｇ、約２２５〜約２５０ｍｇ／ｋｇ、約２５０〜約３００ｍｇ／ｋｇ、約３００〜約３５０ｍｇ／ｋｇ、約３５０〜約４００ｍｇ／ｋｇ、約４００〜約４５０ｍｇ／ｋｇ、または約４５０〜約５００ｍｇ／ｋｇの範囲のいずれかに含まれる。一部の実施形態では、前記個体に投与された治療有効量のテロメラーゼ阻害剤の量（例えば、単位投与形態）は、約３０ｍｇ〜約３００ｍｇまたは約５０ｍｇ〜約２００ｍｇまたは約１０ｍｇ〜約１００ｍｇなど、約５ｍｇ〜約５００ｍｇの範囲である。

他の実施形態では、前記個体に投与されるＮＭＤ分解複合体の抑制を促す化合物の濃度が、例えば約０．１〜約２００ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１８０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１６０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１４０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１２０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１００ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約８０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約６０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約４０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約２０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１０ｍｇ／ｍｌ、約２〜約４０ｍｇ／ｍｌ、約４〜約３５ｍｇ／ｍｌ、約６〜約３０ｍｇ／ｍｌ、約８〜約２５ｍｇ／ｍｌ、約１０〜約２０ｍｇ／ｍｌ、約１２〜約１５ｍｇ／ｍｌのいずれか、または約０．１ｍｇ／ｍｌ、０．２ｍｇ／ｍｌ、０．３ｍｇ／ｍｌ、０．４ｍｇ／ｍｌ、０．５ｍｇ／ｍｌ、０．６ｍｇ／ｍｌ、０．７ｍｇ／ｍｌ、０．８ｍｇ／ｍｌ、０．９ｍｇ／ｍｌ、１ｍｇ／ｍｌ、１．１ｍｇ／ｍｌ、１．２ｍｇ／ｍｌ、１．３ｍｇ／ｍｌ、１．４ｍｇ／ｍｌ、１．５ｍｇ／ｍｌ、１．６ｍｇ／ｍｌ、１．７ｍｇ／ｍｌ、１．８ｍｇ／ｍｌ、１．９ｍｇ／ｍｌ、２ｍｇ／ｍｌ、２．１ｍｇ／ｍｌ、２．２ｍｇ／ｍｌ、２．３ｍｇ／ｍｌ、２．４ｍｇ／ｍｌ、または２．５ｍｇ／ｍｌのいずれかなど、希釈（約０．１ｍｇ／ｍｌ）または濃縮（約２００ｍｇ／ｍｌ）されている。

一部の実施形態では、前記ＮＭＤ分解複合体の抑制を促す化合物の濃度が、少なくとも約０．１ｍｇ／ｋｇ、０．２ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．４ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、１．３ｍｇ／ｋｇ、１．５ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、６ｍｇ／ｋｇ、７ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、９ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、１１ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、１３ｍｇ／ｋｇ、１４ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、１６ｍｇ／ｋｇ、１７ｍｇ／ｋｇ、１８ｍｇ／ｋｇ、１９ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、２１ｍｇ／ｋｇ、２２ｍｇ／ｋｇ、２３ｍｇ／ｋｇ、２４ｍｇ／ｋｇ、２５ｍｇ／ｋｇ、２６ｍｇ／ｋｇ、２７ｍｇ／ｋｇ、２８ｍｇ／ｋｇ、２９ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ、３１ｍｇ／ｋｇ、３２ｍｇ／ｋｇ、３３ｍｇ／ｋｇ、３３．３ｍｇ／ｋｇ、３４ｍｇ／ｋｇ、３５ｍｇ／ｋｇ、３６ｍｇ／ｋｇ、３７ｍｇ／ｋｇ、３８ｍｇ／ｋｇ、３９ｍｇ／ｋｇ、４０ｍｇ／ｋｇ、４１ｍｇ／ｋｇ、４２ｍｇ／ｋｇ、４３ｍｇ／ｋｇ、４４ｍｇ／ｋｇ、４５ｍｇ／ｋｇ、４６ｍｇ／ｋｇ、４７ｍｇ／ｋｇ、４８ｍｇ／ｋｇ、４９ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇ、５１ｍｇ／ｋｇ、５２ｍｇ／ｋｇ、５３ｍｇ／ｋｇ、５４ｍｇ／ｋｇ、５５ｍｇ／ｋｇ、５６ｍｇ／ｋｇ、５７ｍｇ／ｋｇ、５８ｍｇ／ｋｇ、５９ｍｇ／ｋｇ、６０ｍｇ／ｋｇ、６１ｍｇ／ｋｇ、６２ｍｇ／ｋｇ、６３ｍｇ／ｋｇ、６４ｍｇ／ｋｇ、６５ｍｇ／ｋｇ、６６ｍｇ／ｋｇ、６７ｍｇ／ｋｇ、６８ｍｇ／ｋｇ、６９ｍｇ／ｋｇ、７０ｍｇ／ｋｇ、７１ｍｇ／ｋｇ、７２ｍｇ／ｋｇ、７３ｍｇ／ｋｇ、７４ｍｇ／ｋｇ、７５ｍｇ／ｋｇ、７６ｍｇ／ｋｇ、７７ｍｇ／ｋｇ、７８ｍｇ／ｋｇ、７９ｍｇ／ｋｇ、８０ｍｇ／ｋｇ、８１ｍｇ／ｋｇ、８２ｍｇ／ｋｇ、８３ｍｇ／ｋｇ、８４ｍｇ／ｋｇ、８５ｍｇ／ｋｇ、８６ｍｇ／ｋｇ、８７ｍｇ／ｋｇ、８８ｍｇ／ｋｇ、８９ｍｇ／ｋｇ、９０ｍｇ／ｋｇ、９１ｍｇ／ｋｇ、９２ｍｇ／ｋｇ、９３ｍｇ／ｋｇ、９４ｍｇ／ｋｇ、９５ｍｇ／ｋｇ、９６ｍｇ／ｋｇ、９７ｍｇ／ｋｇ、９８ｍｇ／ｋｇ、９９ｍｇ／ｋｇ、１００ｍｇ／ｋｇ、１１０ｍｇ／ｋｇ、１２０ｍｇ／ｋｇ、１３０ｍｇ／ｋｇ、１４０ｍｇ／ｋｇ、１５０ｍｇ／ｋｇ、１６０ｍｇ／ｋｇ、１７０ｍｇ／ｋｇ、１８０ｍｇ／ｋｇ、１９０ｍｇ／ｋｇ、２００ｍｇ／ｋｇ、２１０ｍｇ／ｋｇ、２２０ｍｇ／ｋｇ、２３０ｍｇ／ｋｇ、２４０ｍｇ／ｋｇ、または２５０ｍｇ／ｋｇのいずれかである。

さらなる実施形態では、本明細書に開示された方法のいずれかに従って前記ＮＭＤ分解複合体の抑制を促す１若しくはそれ以上の化合物の投与により、前記ＮＭＤ分解複合体の抑制を促す１若しくはそれ以上の化合物を投与していない腫瘍と比較し、腫瘍サイズが少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％減少する。

一部の実施形態では、本明細書に開示された方法のいずれかに従って前記ＮＭＤ分解複合体の抑制を促す１若しくはそれ以上の化合物の投与により、前記ＮＭＤ分解複合体の抑制を促す１若しくはそれ以上の化合物を投与していない腫瘍におけるＴ細胞反応と比較し、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ３＋、および／またはＣＤ４５＋エフェクターＴ細胞反応（例えば、腫瘍内Ｔ細胞浸潤）が少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％増加する。

別の実施形態では、本明細書に開示された方法のいずれかに従ってナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の抑制を促す１若しくはそれ以上の化合物の投与により、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の抑制を促す１若しくはそれ以上の化合物を投与していない個体と比較し、腫瘍抑制性効果が少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％となる。

Ａ．免疫応答の生成
本明細書に説明される方法で誘発される免疫応答は、免疫細胞によりＰＴＣ含有ｍＲＮＡの翻訳から作成された処理タンパク質を認識することで媒介される。一部の実施形態では、前記免疫細胞が、骨髄造血幹細胞由来の主なリンパ球タイプであるＴ細胞またはＢ細胞である。Ｂ細胞は体液性免疫応答に関与し、Ｔ細胞は細胞性免疫応答に関与する。Ｂ細胞およびＴ細胞は、いずれも特異的標的を認識する受容体分子を保有する。Ｔ細胞は「非自己」標的を認識し、そのようなタンパク質は、抗原が主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子と一緒に処理、提示された後、ナンセンスまたはフレームシフト変異により生じたＰＴＣ含有ｍＲＮＡから翻訳される。Ｔ細胞には、キラーＴ細胞とヘルパーＴ細胞の２つの主要サブタイプがある。キラーＴ細胞はクラスＩ ＭＨＣ分子と結合した抗原のみを認識するが、ヘルパーＴ細胞はクラスＩＩ ＭＨＣ分子と結合した抗原のみを認識する。これらの２種類の抗原提示メカニズムはこの２種類のＴ細胞の役割が異なることを反映している。第３の少量存在するサブタイプはｙ５ Ｔ細胞であり、ＭＨＣ受容体に結合していないそのままの抗原を認識する（Ｈｏｌｔｍｅｉｅｒ & Ｋａｂｅｌｉｔｚ， （２００５）， Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ａｌｌｅｒｇｙ， ８６：１５１−８３）。

したがって、本明細書で開示された方法のいずれにおいても、前記免疫応答にはＢ細胞またはＴ細胞およびクラスＩ ＭＨＣ分子またはクラスＩＩ ＭＨＣ分子により提示された新規抗原が介在している可能性がある。例えば、キラーＴ細胞は、損傷があるまたは正常に機能しない細胞を殺すＴ細胞サブグループである。キラーＴ細胞は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）が、別の細胞のＭＨＣクラスＩ受容体と複合体を形成したこの特異的抗原に結合した場合に活性化される。前記Ｔ細胞はこの後、ＭＨＣ Ｉ受容体がこの抗原を持つ細胞を探して体中を移動する。活性化Ｔ細胞がこのような細胞と接触すると、パーフォリンなどのサイトカインを放出し、これが標的細胞の細胞膜に孔を開け、イオン、水、および毒素を流入させる。Ｔ細胞の活性化は厳密にコントロールされ、一般には非常に強いＭＨＣ／抗原の活性化シグナル、または「ヘルパー」Ｔ細胞が提示する追加の活性化シグナルが必要である。

Ｂ細胞について、これらの細胞は、その表面の抗体が特定の外来抗原に結合したときに標的を同定する。この抗原／抗体複合体は前記Ｂ細胞によって取り込まれ、タンパク分解によりペプチドに処理される。前記Ｂ細胞は、これらの抗原ペプチドをその表面にあるＭＨＣクラスＩＩ分子に提示する。このＭＨＣと抗原の組み合わせがそれにマッチするヘルパーＴ細胞を引き寄せ、リンホカインを放出して前記Ｂ細胞を活性化する。前記活性化Ｂ細胞がこの後***を開始すると、その次世代の細胞（形質細胞）がこの抗原を認識する抗体コピーを何百万個も分泌する。これらの抗体は血漿およびリンパを循環し、前記抗原を発現した病原体に結合してそれをマーキングし、保体活性化による破壊または貪食細胞による取込みと破壊を受けられるようにする。

特定の化合物を本明細書に開示された方法に沿って投与した場合に免疫応答を誘発するか否かは、これに限定されるものではないが、フローサイトメトリーによる計数、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞反応、およびＴ_ｒｅｇ反応を含む、当該分野で既知の方法により測定することができる。

Ｂ．異常細胞
本明細書に開示される方法の一部の態様では、１若しくはそれ以上の新規抗原の発現が異常細胞表面に誘導される。特定の実施形態では、前記異常細胞が癌などの過剰増殖性細胞である。

本発明の組成物および方法で予防および／または治療可能な癌は、これに限定されるものではないが、ヒト肉腫および癌、例えば、癌、例えば、結腸癌、膵癌、乳癌、膵癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、軟骨腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、メルケル細胞癌、子宮頚癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、脳室上衣細胞腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、白血病（例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病（骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性、および赤白血病））、慢性白血病（慢性骨髄性（顆粒球）白血病および慢性リンパ球性白血病）、および真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病および非ホジキン病））、多発性骨髄腫、ルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、および重鎖病から成る群から選択される。

Ｃ．チェックポイント阻害剤
本明細書で開示される方法の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する、１若しくはそれ以上の化合物を投与する工程を有する。免疫チェックポイントは、シグナル（同時刺激分子）を発生またはシグナルを停止する免疫系の分子である。チェックポイント阻害剤は、癌細胞が免疫系の検出を逃れる主な方法の１つを克服するようにデザインされている。Ｔリンパ球は、定期的に疾患の徴候となる細胞をモニターする。細胞表面の抗原がその細胞が異常であることを示していた場合、前記Ｔ細胞は、前記免疫応答が身体の正常細胞を損傷しないように、追加分子の発現増加を含む免疫応答を開始する。これらの分子は免疫チェックポイントとして知られている。

癌細胞は免疫チェックポイント分子を利用し、前記免疫系による攻撃を逃れるまたは抑制することが多い。そのため、癌細胞表面に免疫チェックポイント分子を発現することで、Ｔ細胞などの免疫細胞がこれらを「異物」または「異常」と認識しないようにする。結果として、チェックポイント阻害剤は、抑制性の免疫チェックポイント分子を阻害し、Ｔ細胞認識により免疫系を活性化させる。

抑制性チェックポイント分子は、当初は進行性黒色腫に適応となっていた２つのチェックポイント阻害剤、すなわち、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、ＣＴＬＡ−４を標的とすることで免疫系を活性化するように作用するモノクローナル抗体）およびペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ １（ＰＤ−１）受容体を標的とするヒト化抗体）が有効であったため、癌免疫療法の新規ターゲットとしてますます検討されてきた。ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標））として知られる別のチェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１とｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ ｌｉｇａｎｄ １（ＰＤ−Ｌ１）との相互作用を阻害し、免疫応答の抑制を阻害する。

１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害することができる分子は、すべて本明細書に開示される方法で使用することができる。これには、これに限定されるものではないが、抗体またはその機能性フラグメント、抑制性ポリペプチド、小分子化学化合物、および／または抑制性核酸（これに限定されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチド、低分子抑制性ＲＮＡｓ（ｓｉＲＮＡｓ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡｓ（ｓｈＲＮＡｓ）、および／またはリボザイムなどの触媒機能を持つ核酸など）を含む。本明細書で開示された方法のいずれかで使用する、チェックポイント阻害剤の標的に適した免疫チェックポイント分子には、これに限定されるものではないが、アデノシンＡ_２Ａ受容体（Ａ２ＡＲ）、Ｂ７−Ｈ３（別名ＣＤ２７６、例えば、ＭＧＡ２７１）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４、別名ＣＤ１５２、例えば、イピリムマブ、ＡＧＥＮ−１８８４（Ａｇｅｎｕｓ））、ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ ｌｉｇａｎｄ １（ＰＤ−Ｌ１、別名ＣＤ２７４、例えば、ＭＤＸ−１１０５（Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＷＢＰ−３１５５（Ｃ−ｓｔｏｎｅ）、ＬＹ３３０００５４（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ ｐｒｏｔｅｉｎ １（ＰＤ−１、別名ＣＤ２７９、例えば、ペムブロリズマブ、ＳＨＲ−１２１０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＳＴＩ−Ａｌｌ １０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）、ＲＥＧＮ２８１０（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、ＣＴ−０１１（ピジリズマブ、Ｃｕｒｅｔｅｃｈ）、ＰＤＲ−００１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＢＧＢ−Ａ３１７（ＢｅｉＧｅｎｅ）、ＴＳＲ−０４２（Ｔｅｓａｒｏ）、ＥＮＵＭＣ−８（Ｅｎｕｍｅｒａｌ）、ＭＧＤ−０１３（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ、ＰＤ１とＬａｇ３の二重特異性抗体）、Ｂ７−Ｈ４（別名ＶＴＣＮ１）、Ｔ−ｃｅｌｌ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ａｎｄ ｍｕｃｉｎ−ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ−３（ＴＩＭ３、別名ＨＡＶＣＲ２）、Ｂ ａｎｄ Ｔ Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ Ａｔｔｅｎｕａｔｏｒ（ＢＴＬＡ、別名ＣＤ２７２）、インドールアミン−ピロール−２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲｓ、例えば、イリルマブ）、リンホサイト−活性化遺伝子３（ＬＡＧ−３、例えば、ＢＭＳ−９８６０１６）、Ｔ ｃｅｌｌ ｉｍｍｕｎｏｒｅｃｅｐｔｏｒ ｗｉｔｈ Ｉｇ ａｎｄ ＩＴＩＭ ｄｏｍａｉｎｓ（ＴＩＧＩＴ、別名ＷＵＣＡＭおよびＶｓｔｍ３）、ＩＬＴ−３、ＩＬＴ−４、および／またはＶ−ｄｏｍａｉｎ Ｉｇ ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ ｏｆ Ｔ ｃｅｌｌ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ（ＶＩＳＴＡ）の１つ若しくはそれ以上を含む。

このようなアンタゴニスト抗体は癌の治療に幾分有用であることが示されたが、個体へのモノクローナル抗体の投与は、望まない免疫応答のため、有害事象および重度の副作用も伴った。特に、モノクローナル抗体の投与では、急性アナフィラキシー、血清病、および抗体の生成などの免疫応答が生じるリスクがある。さらに、その特異的標的と関連した、モノクローナル抗体による甚大な副作用があり、感染および癌、自己免疫疾患、および心毒性、ヘパリン、肺臓炎、および大腸炎などの臓器特異的有害事象が含まれる。免疫チェックポイント療法を受ける個体は、同時に複数の免疫チェックポイントタンパク質を標的とするため、２種類以上のモノクローナル抗体を投与することが多い。残念ながら、治療法の一環として個体に投与されるモノクローナル抗体の数により、副作用および毒性のリスクは指数関数的に増大する。そのようなものとして、腫瘍増殖を阻害する効果について、免疫チェックポイントタンパク質を標的とする複数のモノクローナル抗体を使用する現在の治療法よりも効果が高いか、または同等であるが、複数のモノクローナル抗体の投与に伴う副作用は生じない治療法が非常に必要である。

以下にさらに考察するとおり、一部の実施形態では、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する１若しくはそれ以上の化合物と、免疫チェックポイントタンパク質を阻害する化合物（抗体、例えばモノクローナル抗体など）とを併用投与することで、個体の腫瘍増殖を阻害する方法が本明細書に開示される。前記ＮＭＤＩ／免疫チェックポイント阻害剤の併用は、２若しくはそれ以上の抗体による免疫チェックポイント阻害療法の併用と比較し、腫瘍増殖の阻害に効果が同等であるか、より効果的である可能性がある。さらに、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する１若しくはそれ以上の化合物および本明細書に記載された方法により免疫チェックポイントタンパク質を阻害する化合物を併用投与することで、２種類若しくはそれ以上の抗体による免疫チェックポイント阻害療法（例えば、抗ＰＤ−１抗体と抗ＣＴＬＡ−４抗体との併用）の投与と比較し、副作用および有害事象が減少する（例えば、これらの割合に入るすべての値を含め、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％副作用および有害事象が減少する）。

別の実施形態では、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する１若しくはそれ以上の化合物と、本明細書に開示された方法のいずれかにより１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する１若しくはそれ以上の化合物との併用は、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する１若しくはそれ以上の化合物と、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する１若しくはそれ以上の化合物との併用により治療していない腫瘍と比較し、少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の腫瘍抑制効果を提供する。一実施形態では、前記ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する化合物がＮＭＤＩ１４である。別の実施形態では、前記ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）が抗ＰＤ−１抗体と併用投与される。別の実施形態では、前記ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）が抗ＣＴＬＡ−４抗体と併用投与される。さらなる実施形態では、前記ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）と免疫チェックポイントタンパク質を阻害する単一の化合物（例えば、抗ＰＤ−１抗体または抗ＣＴＬＡ−４抗体）が、免疫チェックポイントタンパク質のみを阻害する２若しくはそれ以上の化合物の併用（例えば、抗ＰＤ−１抗体と抗ＣＴＬＡ−４抗体との併用）と比較し、腫瘍増殖の抑制効果が同等であるか、より効果がある。

さらなる実施形態では、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する１若しくはそれ以上の化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）と、本明細書に開示された方法のいずれかにより１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する２若しくはそれ以上の化合物との併用は、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する１若しくはそれ以上の化合物と、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を阻害する２若しくはそれ以上の化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）との併用により治療していない腫瘍と比較し、少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の腫瘍抑制効果を提供する。一実施形態では、前記ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する化合物がＮＭＤＩ１４である。別の実施形態では、前記ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を阻害する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）が抗ＰＤ−１抗体および抗ＣＴＬＡ−４抗体と併用投与される。

Ｄ．エピジェネティック調節化合物
本明細書で開示される方法の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上のエピジェネティック調節化合物を投与する工程を有する。本明細書に用いるとおり、「エピジェネティック」は染色体および遺伝子で細胞に生じ、前記変化が前記染色体で前記ＤＮＡおよび遺伝子の機能に影響するが、前記遺伝子ＤＮＡのヌクレオチド配列は変化させない物理的変化を指す。エピジェネティック調節の代表例には、これに限定されるものではないが、メチル化およびアセチル化などのＤＮＡの共有結合化学的修飾、また、ＤＮＡ−ＤＮＡスーパーコイルの非共有結合、非化学的修飾およびヒストンなどの染色体タンパク質の結合を含む。限定されない、エピジェネティック変化の結果の代表例には、ＲＮＡｓ、これによって特定遺伝子から生じたタンパク質産物レベルの増減、および／または転写因子が遺伝子プロモーターで結合する様式の変化が含まれる。

本発明の方法で使用される適切なエピジェネティック調節化合物には、これに限定されるものではないが、１若しくはそれ以上のヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤、アザシチジン、ＢＥＴ阻害剤、ＥＺＨ２阻害剤、および／またはｄｏｔｌＬを含む。一部の実施形態では、前記エピジェネティック調節化合物がボリノスタット（Ｍｅｒｃｋ）、ロミデプシン（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、デシタビン（Ｏｔｓｕｋａ）、および５−アザシチジン（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、パノビノスタット（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、またはベリノスタット（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ）の１若しくはそれ以上である。

Ｅ．癌治療
本発明の方法は、アジュバントの条件で実施してもよい。「アジュバントの条件」は、個体に増殖性疾患、特に癌の既往があり、一般には（ただし、これに限らない）、これに限定されるものではないが、外科手術、放射線療法、および／または化学療法を含む治療に反応した臨床条件を指す。ただし、増殖性疾患の既往があるため、これらの個体はその疾患を発症するリスクがあると考えられる。前記「アジュバントの条件」での治療または投与は、その後の治療様式を指す。

本明細書に提供される方法は「ネオアジュバントの条件」で実施してもよく、前記方法は一次／根治治療の前に実施してもよい。一部の態様では、前記個体がすでに治療されている。他の態様では、前記個体がこれまでに治療されていない。一部の態様では、前記治療が第１選択の治療である。

一部の態様では、本明細書に説明される方法のいずれかが、それを必要とする個体に治療上有効な量の抗癌療法を投与する工程を含む。本明細書に用いるとおり、抗癌療法の「治療上有効な量」または「治療上有効な投与量」は、有益または望みの結果を得るために十分な量である。治療に使用する上で有益または望みの結果は、癌によって生じる１若しくはそれ以上の症状の減少、癌患者の生活の質の向上、前記癌の治療に必要な他の薬物用量の減量、標的化などによる別の薬物効果の向上、前記疾患進行の遅延、および／または生存の延長を含む。有効量は１回若しくはそれ以上の投与により投与することができる。本発明の目的で、抗癌療法の有効量は、直接または間接的に治療を達成するのに十分な量である。臨床状況で理解されるとおり、抗癌療法の治療有効量は、別の抗癌療法と同時に達成しても、達成しなくてもよい。

一部の態様では、本明細書で報告される治療法はすべて、さらに、前記個体に１若しくはそれ以上の追加抗癌療法を投与する工程を有することができる。様々なクラスの抗癌剤を使用することができる。制限されない例には、放射線療法、アルキル化剤（例えば、シスプラチン、カルボプラチン、またはオキサリプラチン）、代謝拮抗剤（例えば、アザチオプリンまたはメルカプトプリン）、アントラサイクリン、植物アルカロイド（例えば、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、またはビンデシンなど）およびタキサン（パクリタキセル、タキソール、またはドセタキセルなど）を含む）、トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、カンプトテシン、イリノテカン、トポテカン、アムサクリン、エトポシド、リン酸エトポシド、またはテニポシド）、ポドフィロトキシン（およびエトポシドおよびテニポシドなど、その誘導体）、抗体（例えば、モノクローナルまたはポリクローナル）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標）またはＧｌｉｖｅｃ（登録商標）））、ホルモン治療、可溶性受容体および他の抗悪性腫瘍薬（例えば、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ブレオマイシン、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロラムブシル、またはイフォスファミド）を含む。

Ｆ．Ｔ細胞作用薬
本明細書で開示される方法の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上のＴ細胞を活性化する化合物を投与する工程を有する。これらのポリペプチドはしばしば「刺激性チェックポイント分子」と呼ばれ、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）受容体スーパーファミリーおよびＢ７−ＣＤ２８スーパーファミリーの一種である。本発明での使用に適したＴ細胞作用薬の限定されない例は、これに限定されるものではないが、ＣＤ２７アクチベーター（例えば、ＣＤＸ−１１２７（Ｃｅｌｌｄｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ））、ＧＩＴＲ、Ｂ７−Ｈ３、ＣＤ２８（例えば、ＴＧＮ１４１２）、ＣＤ４０、インターロイキン−２受容体サブユニットβ（ＩＬＲ２Ｐ、別名ＣＤ１２２、例えば、ＮＫＴＲ−２１４）、ＣＤ１３７（別名ＴＮＦＲＳＦ９、４−１ＢＢ、およびｉｎｄｕｃｅｄ ｂｙ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ（ＩＬＡ））、ＩＣＯＳ、および／またはＯＸ４０（別名ＣＤ１３４およびＴＮＦＲＳＦ４、例えば、ＭＥＤＩ０５６２、ＭＥＤＩ６４６９、およびＭＥＤＩ６３８３（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ））を含む。

Ｇ．分子アジュバント
本明細書で開示される方法の一部の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上の分子アジュバントを投与する工程を有する。本明細書に用いるとおり、「分子アジュバント」は、これに限定されるものではないが、樹状細胞を活性化する薬剤など、免疫応答を向上させる分子を指す。分子アジュバントには、これに限定されるものではないが、樹状細胞が受容体を有し、その受容体が使用されることで細胞内シグナルおよび前記樹状細胞表現型の変化が伝達されるタンパク質、脂質、核酸、炭水化物、または化学化合物を含み、これにより続く免疫応答の質および量が改善する。分子アジュバントの制限されない例には、ＴＮＦ受容体スーパーファミリー（ＴＮＦＲＳＦ）作用薬、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）リガンド、細胞内ＤＮＡセンサー作用薬を含む。

１．分子アジュバントとしてのＴＮＦＲＳＦ作用薬
前記ＴＮＦＲＳＦには、樹状細胞、マクロファージ、およびＴ細胞の重要な受容体を数多く含む。例えば、ｃｌｕｓｔｅｒ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ４０（ＣＤ４０）は、抗原提示細胞にみられる共刺激タンパク質であり、その活性化に必要である。ＣＤ４０細胞へのＴＨ細胞ＣＤ １５４（ＣＤ４０Ｌ）の結合は抗原提示細胞を活性化し、様々な下流の作用を誘導する。ＣＤ４０ＬはＤＣｓのＣＤ８０およびＣＤ８６の発現を強力にアップレギュレートし、ＣＤ４＋ Ｔ細胞をＴｈ１細胞に分化させる。

分子アジュバントとしての重大な可能性が示された他のＴＮＦＲＳＦ作用薬には、これに限定されるものではないが、４−ＩＢＢ、ＣＤ３０、ｈｅｒｐｅｓ ｖｉｒｕｓ ｅｎｔｒｙ ｍｅｄｉａｔｏｒ、ＣＤ４０、ＣＤ２７、およびグルココルチコイド誘導性ＴＮＦＲ関連タンパク質（ＧＩＴＲ）を含み、そのリガンドは、それぞれ４−１ＢＢＬ、ＣＤ３０Ｌ、ＬＩＧＨＴ、ＣＤ２７Ｌ／ＣＤ７０、およびＧＩＴＲＬである（Ｓｏ ｅｔ ａｌ， （２００６）， Ｉｎｔ． Ｊ． Ｈｅｍａｔｏｌ．８３，１−１１）。

２．ＴＬＲ作用薬
本明細書で使用される「トール様受容体」（または「ＴＬＲ」）の用語は、微生物生産物を感知する、および／または適応的免疫応答を開始する、そのタンパク質またはフラグメントのトール様受容体ファミリーを指す。一実施形態では、ＴＬＲが樹状細胞（ＤＣ）を活性化する。トール様受容体（ＴＬＲｓ）はパターン認識受容体ファミリーであり、微生物病原体を認識する先天性免疫応答のセンサーとして最初に同定された。ＴＬＲｓは、ロイシンに富んだ受容体の外部ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ＴＩＲ（Ｔｏｌｌ／ＩＬ−ＩＲ）ドメインを含む保存された膜貫通分子ファミリーを有する。ＴＬＲｓは、「ＰＡＭＰｓ」（病原体関連分子パターン）と呼ばれることが多い、微生物の明確に異なる構造を認識する。ＴＬＲｓへのリガンドの結合は細胞内シグナル伝達経路のカスケードを誘発し、これが炎症および免疫に関与する因子の生産を誘導する。

ヒトでは、１０種類のＴＬＲが同定されている。細胞表面に発現されるＴＬＲｓにはＴＬＲ−１、−２、−４、−５、および−６が含まれるが、ＴＬＲ−３、−７／８、および−９はＥＲコンパートメントに発現される。ヒト樹状細胞のサブセットは、明確に異なるＴＬＲ発現パターンに基づいて特定することができる。例として、ＤＣの骨髄系または「従来型」サブセット（ｍＤＣ）は刺激を受けるとＴＬＲｓ １〜８を発現し、活性化マーカー（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣクラスＩおよびＩＩ、ＣＣＲ７）、炎症性サイトカイン、およびケモカインのカスケードが生成される。この刺激の結果およびその結果発現するものは、抗原特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋ Ｔ細胞のプライミングである。これらのＤＣｓは抗原を取り込む能力が向上し、抗原を適切な形態でＴ細胞に提示する。対照的に、ＤＣの形質細胞腫サブセット（ｐＤＣ）は活性化するとＴＬＲ７およびＴＬＲ９を発現し、その結果、ＮＫ細胞およびＴ細胞を活性化する。腫瘍細胞が消滅するとＤＣの機能に悪影響が及ぶ可能性があるため、ＴＬＲ作用薬によるＤＣの活性化は癌治療の免疫療法アプローチで抗腫瘍免疫のプライミングに有益であることが示唆された。放射線および化学療法による乳癌治療の成功では、ＴＬＲ４の活性化が必要であることも示唆された。

当該分野で既知のＴＬＲ作用薬および本発明の所見の利用には、これに限定されるものではないが、ＴＬＲ−１／２作用薬であるＰａｍ３Ｃｙｓ、ＴＬＲ−２作用薬であるＣＦＡ、ＴＬＲ−２作用薬であるＭＡＬＰ２、ＴＬＲ−２作用薬であるＰａｍ２Ｃｙｓ、ＴＬＲ−２作用薬であるＦＳＬ−１、ＴＬＲ−２作用薬であるＨｉｂ−ＯＭＰＣ、ＴＬＲ−３作用薬であるポリリボシン酸：ポリリボシチジン酸（Ｐｏｌｙ Ｉ：Ｃ）、ＴＬＲ−３作用薬であるポリアデノシン−ポリウリジン酸（ｐｏｌｙ ＡＵ）、ＴＬＲ−３作用薬であるポリ−Ｌ−リジンおよびカルボキシメチルセルロースで安定化したポリイノシン酸−ポリシチジン酸（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標））、ＴＬＲ−４作用薬であるモノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、ＴＬＲ−４作用薬であるＬＰＳ、ＴＬＲ−５作用薬である細菌フラゲリン、多数のヒト癌細胞のＭＵＣ１ムチンと関連した炭水化物であり、ＴＬＲ−４作用薬であるシアリル−Ｔｎ（ＳＴｎ）、ＴＬＲ−７作用薬であるイミキモド、ＴＬＲ−７／８作用薬であるレシキモド、ＴＬＲ−７／８作用薬であるロキソリビン、およびＴＬＲ−９作用薬である非メチル化ＣｐＧジヌクレオチド（ＣｐＧ−ＯＤＮ）が含まれる。

３．細胞内ＤＮＡセンサー作用薬
ｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路は、細胞質ＤＮＡの有無を検出し、それに応じて炎症性遺伝子の発現を誘発するように機能する先天性の免疫系コンポーネントである。ＤＮＡは通常、細胞の核に認められる。前記細胞質へのＤＮＡの局在化は、腫瘍形成またはウイルス感染と関連する。ｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路は、細胞質ＤＮＡを検出し、免疫応答を誘発するように作用する。

ＤＮＡに結合すると、タンパク質のサイクリックＧＭＰ−ＡＭＰ合成酵素（ｃＧＡＳ）がＡＭＰとＧＭＰの二量体化を誘発し、サイクリックＧＭＰ−ＡＭＰ（ｃＧＡＭＰ）を形成する。ｃＧＡＭＰはＳｔｉｍｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ Ｇｅｎｅｓ（ＳＴＩＮＧ）に結合し、これがＴＢＫｌを誘発し、下流の転写因子ＩＲＦ３をリン酸化することで、１型ＩＦＮ応答を誘導し、ＳＴＡＴ６がＩＲＦ３とは独立して、ＣＣＬ２およびＣＣＬ２０などのケモカインを誘発する（Ｂｕｒｄｅｔｔｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１１， Ｎａｔｕｒｅ ４７８， ５１５−１８）。ＳＴＩＮＧによって活性化されたシグナル伝達経路は、組み合わさって、細胞質に異所性ＤＮＡを有する細胞に先天性免疫応答を誘導する。ＳＴＩＮＧ活性の喪失は、マウス胎児線維芽細胞が特定ウイルスの感染に対抗する能力を阻害し、より一般的には、誘導された細胞質ＤＮＡに対する１型ＩＦＮ反応に必要である（Ｉｓｈｉｋａｗａ， ｅｔ ａｌ， ２００９， Ｎａｔｕｒｅ ４６１， ７８８−９２）。

ＤＮＡは、ワクチンがコードする抗原に対する免疫応答を高める強力なアジュバントであることが示された。ｃＧＡＭＰは、ＳＴＩＮＧのＩＲＦ３活性化により、インターフェロンの転写を刺激する。このため、ｃＧＡＭＰは炎症反応を高めることができる潜在的ワクチンアジュバントとなる（Ｄｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１３， Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．， ３（５）： １３５５−６１）。研究からは、ニワトリ抗原のオボアルブミン（ＯＶＡ）でコードされたワクチンは、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて、ＳＴＩＮＧに依存し、ｃＧＡＭＰと協力して抗原特異的Ｔ細胞およびＢ細胞を活性化できることが示された。ＯＶＡペプチドで刺激すると、ＯＶＡ＋ｃＧＡＭＰを接種したマウスのＴ細胞は、ＯＶＡのみを投与した動物と比較し、ＩＦＮ−ｇおよびＩＬ−２が増加することが示された（Ｘｉａｏ−Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１３， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ３４１（６１５２）： １３９０−９４）。さらに、独特の２’−５’リン酸ジエステル結合によりｃＧＡＭＰの安定性が向上すると、ｃＧＡＭＰはｉｎ ｖｉｖｏの用途でＤＮＡの好適なアジュバントになる可能性がある。

Ｈ．微小環境調節因子
本明細書で開示される方法の他の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上の微小環境調節因子を投与する工程を有する。「微小環境修調節因子」は、腫瘍増殖を支援する、免疫抑制性腫瘍微小環境を作ることができる因子を指す（Ｉｎｏ ｅｔ ａｌ．， ２０１３， Ｊ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ Ｔｈｅｒ．， Ｓ１３）。そのような調節因子の１つは、チェックポイントタンパク質としても同定されたインドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）である（上記参照）。ＩＤＯは、２つのイソ型（ＩＤＯ１およびＩＤＯ２）を持ち、必須アミノ酸のトリプトファンを分解する代謝経路の最初の段階に作用する酵素である。ＩＤＯは、免疫系のエフェクターＴ細胞を停止させることで、免疫調節作用を示す（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．２０１２；２（８）：７７２−７３５）。ＩＤＯの発現も、その主な機能が免疫応答の最後にＴ細胞性免疫を停止することである、制御性Ｔ細胞を直接活性化する。

別の微小環境調節因子は、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）である。ＴＤＯは、ヒト身体でのトリプトファン流動の生理学的制御において、中心的役割を果たす。ＴＤＯはキヌレニン経路のトリプトファン分解の最初の律速段階を触媒し、それによって全身のトリプトファンレベルを制御する。トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼは、ヒト腫瘍の大部分に発現されることが示された（Ｐｉｌｏｔｔｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１２， Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ １０９（７）：２４９７−５０２）。同研究において、腫瘍で発現されたトリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼは、免疫を持つマウスの拒絶を妨げた。このグループが開発したトリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ阻害剤は、これらのマウスがトリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ発現腫瘍の拒絶能力を回復させ、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ阻害剤が癌治療に利用できる可能性を示すことが証明された。

本発明の方法での使用に適した他の微小環境調節因子には、これに限定されるものではないが、ＩＤＯ、ＴＤＯ、ＣＤ７３、ＣＯＸ２阻害剤、ＣＤ３９阻害剤、およびＡ２Ａ受容体作用薬を含む。

Ｉ．ケモカイン受容体拮抗薬
本明細書で開示される方法の他の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上のケモカイン受容体拮抗薬を投与する工程を有する。ケモカイン受容体は、主に白血球表面に認められる７回膜貫通ドメインを含むＧタンパク質共役受容体である。ケモカイン受容体は異なるファミリーに分かれ、受容体が結合するケモカインのサブファミリー４種類に対応し、ＣＸＣケモカイン受容体、ＣＣケモカイン受容体、ＣＸ３Ｃケモカイン受容体、およびＸＣケモカイン受容体がある。

一部の実施形態では、本発明の方法が前記ＣＸＣケモカイン受容体ファミリーのケモカイン受容体に対する、１若しくはそれ以上の拮抗薬を含む。適切なＣＸＣファミリーメンバーの標的にはＣＸＣＲ１（別名ＩＬ８ＲＡまたはＣＤ１８１）が含まれ、腫瘍の生存およびＣＸＣＲ４（別名フシンまたはＣＤ１８４）に必要な細胞増殖および血管新生に関与すると考えられている。

別の実施形態では、本発明の方法に前記ＣＣケモカイン受容体（またはβケモカイン受容体）ファミリーのケモカイン受容体に対する１若しくはそれ以上の拮抗薬が含まれ、これに限定されるものではないが、ＣＣＲ２、ＣＣＲ５、および／またはＣＣＲ４が含まれる可能性がある。

Ｊ．サイトカイン療法
本明細書で開示される方法の他の実施形態では、前記方法が、さらに、１若しくはそれ以上のサイトカイン療法を実施する工程を有する。サイトカインは、腫瘍内に存在する多数の細胞タイプから産生される広範なタンパク質群であり、免疫応答を調節することができる。これらの免疫調節作用により、薬物を免疫応答の誘発に使用することができる。多く使用されるサイトカイン群はインターフェロンとインターロイキンの２種類である。

本発明での使用に適したサイトカイン療法の限定されない例には、これに限定されるものではないが、ＩＩ型ＦＮ（ＩＦＮａ）、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＦＮｙ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−２１、ＦＬＴ３、および／または抗ＴＧＦｐを含む。これらのタンパク質の受容体（例えば、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ−７Ｒ、ＩＬ−１５Ｒ、ＩＬ−１０Ｒ、ＩＬ−１２Ｒ、またはＩＬ−２１Ｒなど）を（例えば、実薬（例えば、小分子）、抗体、またはペプチドを用いて）標的とすることもできる。

Ｋ．その他の免疫療法
本明細書で開示された方法に使用するために適した他の免疫療法には、これに限定されるものではないが、免疫原性化学療法、ＸＲＴ、腫瘍溶解性ウイルス、寒冷療法、ＴＡＣＥ、免疫調節薬の腫瘍内注入、発癌経路の標的療法（ＭＡＰＫ、βカテニン、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ、ＦＧＦＲ３など）、エピジェネティック治療、ＣＳＦ１／ＣＳＦＲ１欠乏抗体および抗ＣＣＲ４抗体（例えば、モガムリズマブ、Ｋｙｏｗａ）、抗ＩＬ−８／ＩＬ−８Ｒ抗体、抗ＣＣＲ２抗体、抗ＣＣＲ５抗体、抗ＣＸＣＲｌ／ＣＸＣＲ２抗体、抗ＣＴＬＡ４抗体、抗ＣＣＲ４抗体、抗ＣＣＲ８抗体、抗ＣＤ２５抗体、抗ＫＩＲ抗体、抗ＮＫＧ２ａ抗体、抗ＮＫＧ２ＤＬ抗体（ＭＩＣＡ）、アルギナーゼ、ＩＤＯ／ＴＤＯ、アデノシン、Ａ２ＡＲ、ＣＤ３９、ＣＤ７３、ＰＩ３Ｋγ、抗ＮＫＧ２Ｄ抗体、ＣＤ９４、およびＣＤ４７／ＳＩＲＰａ、Ｍｅｒ／Ａｘｌ／Ｔｙｒｏ３、ＴＩＭ３、ＭＦＧ−Ｅ８／ＧＡＳ６、および／またはＤＤ１αの１若しくはそれ以上を活性化または阻害する治療を含む。免疫療法に関するさらなる情報は、Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１５， Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ． Ｄｒｕｇ． Ｄｉｓｃ， １４：６０３−２２； Ｗｅｉｎｍａｎｎ， ２０１６， ＣｈｅｍＭｅｄＣｈｅｍ， １１：４５０−６６； ａｎｄ Ｚｈａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１６， Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃ． Ｔｏｄａｙ， ２１（６）： １０２７−３６に見ることができ、その開示はこの参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書中に示されたすべての最大数値限定はそれよりも少ない数値限定を本明細書に明記したものとして、すべて含むことを意図する。本明細書中に示されたすべての最小数値限定はそれよりも多い数値限定を本明細書に明記したものとして、すべて含むことを意図する。本明細書中に示されたすべての数値範囲は、そのような狭い数値範囲がすべて本明細書に明記されているものとして、そのような広い数値範囲に入るすべての狭い数値範囲を含む。

本発明は、以下の実施例を参照することでさらに理解することができ、実施例は図示の目的で提供されるもので、制限する意味はない。

実施例

ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）の阻害を促す同種免疫適格マウスの腫瘍治療
本実施例は、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構阻害剤（ＮＭＤＩ）によるナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路の阻害により免疫応答が発生し、腫瘍が縮小することを証明する。

材料と方法
同種免疫適格腫瘍モデルはマウス癌細胞株から作られ、その例には、特に、膵臓癌（ＰａｎＯ２）、前立腺癌（ＲＭ１）、結腸癌（ＣＴ−２６、Ｃｏｌｏｎ−２６、ＭＣ３８−２６）、腎臓癌（Ｒｅｎｃａ）、膀胱癌（ＭＢＴ−２）、肺癌（ＬＬ／２、ＫＬＮ２０５）、黒色腫（Ｂ１６ＢＬ６、Ｂ１６Ｆ１０、Ｓ９１）、乳癌（４Ｔ１、ＥＭＴ６、ＪＣ）、線維肉腫（ＷＥＨＩ−１６４）、白血病（Ｃ１４９８、Ｌ１２１０）、肝臓癌（Ｈ２２、Ｈｅｐａｌ−６）、リンパ腫（Ａ２０、ＥＬ−４、Ｅ．Ｇ&−ＯＶＡ、Ｌ５１７８−Ｒ、Ｐ３８８Ｄ１）、肥満細胞腫（Ｐ８１５）、骨髄腫（ＭＰＣ−１１）、神経芽腫（Ｎｅｕｒｏ−２ａ）を含む（ｗｏｒｌｄ ｗｉｄｅ ｗｅｂ．ｃｒｏｗｎｂｉｏ．ｃｏｍ／ｏｎｃｏｌｏｇｙ／ｉｎ−ｖｉｖｏ−ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ−ｔｕｍｏｕｒ−ｍｏｄｅｌｓ／）。マウスには腫瘍細胞懸濁液を皮下注射し、これが注射後約４〜６週間で腫瘍を発症する。

初期に確立したマウス腫瘍に対する治療効果を検討するため、１群あたりマウス１０匹のコホートに３〜７日目から、または腫瘍が触診できるようになった時に薬物（または疑似薬）を投与する。薬物は毎日、週２回、１週間に数回、またはマウスを４〜６週間で殺処分するまで、または腫瘍サイズが３〜５ｃｍになるか、潰瘍化するまで連続して投与する。治療中、腫瘍容積はカリパスを用いた３次元測定により週３回測定した。腫瘍は殺処分後に回収し、最終腫瘍容積を決定するため計量した。

他の腫瘍を有するコホートは早い時点で殺処分し、腫瘍の免疫Ｔ細胞応答を検討した。腫瘍内免疫応答はフローサイトメトリー計数、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応により評価する。治癒した動物は同じ腫瘍を再度負荷し、ネオアンチゲンに対して抗腫瘍メモリー応答が誘導されたか否かを判定する。

同じ腫瘍細胞株をｉｎ ｖｉｔｒｏで薬物処理し、ネオアンチゲンを同定する。投与前後にＲＮＡｓｅｑを行い、コンピューター解析によりネオアンチゲンを予測する。これらの同じ薬物を処理した細胞株を用いて、腫瘍を有する薬物処理動物から得られたＴ細胞を刺激し、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞応答が誘導されたことを証明する。

前記薬物がＮＭＤＩの場合、１群あたりマウス１０匹のコホートに１０または１００ｍｇ／ｋｇのＮＭＤＩ（ＤＭＳＯに再懸濁）を腹腔内中注射、強制経口投与、または他の投与経路により投与し、注射は３０ｍｇ／ｋｇの濃度で１日２〜４回行った（Ｋｅｙａｌｉ ｅｔ ａｌ．２０１２）。ＮＭＤＩｓの例には、例えば、ＮＭＤＩ１４、ＮＭＤＩ１９、および／またはＮＭＤＩ２５またはＭａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２０１４， ７４（１１）：３１０４−１３）または米国特許出願公開第２０１４／００９４４５７号に開示された他のＮＭＤＩを含むことができ、各開示はこの参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

ＮＭＤＩｓと免疫療法剤との併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療
本実施例は、ＮＭＤＩｓと免疫療法剤との併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療効果を示す。これらの（局所的または全身的）アプローチをチェックポイントの遮断などの免疫療法剤と併用することで、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて強力な腫瘍ネオアンチゲンが生成するため、癌免疫療法の有効性が大きく上昇する可能性がある。これらのこれまで隠れていた強力な内因性腫瘍抗原に気付いたことで、他のアプローチ（チェックポイント遮断、免疫アジュバント）を併用することでさらに増強し、各個体の腫瘍に内在するこれらの変異に免疫性を誘導することができる新たなステージの免疫サーベイランスが導入される可能性がある。

現在、チェックポイント遮断は、進行中の適応免疫を有する免疫学的に「ホットな」腫瘍を持つ個体について重要な治療進歩であり、この適応免疫では、既存の細胞溶解性Ｔ細胞が腫瘍を根絶する仕事を完了することができように、Ｔ細胞抑制経路の除去のみが必要である。前記ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構経路の抑制は、内因性のワクチン作用により新たなＴ細胞発現を誘発することで、免疫学的に「コールドな」腫瘍を「ホットな」腫瘍に変換する可能性を有し、チェックポイント遮断による利益を受ける潜在的患者数を拡大する。

材料と方法
使用したマウス癌モデルについては上述している。

腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応の評価についても上述している。

前記薬物がＮＭＤＩの場合、１群あたりマウス１０匹のコホートに１０または１００ｍｇ／ｋｇのＮＭＤＩ（ＤＭＳＯに再懸濁）を腹腔内中注射、強制経口投与、または他の投与経路により投与し、注射は３０ｍｇ／ｋｇの濃度で１日２〜４回行う（Ｋｅｙａｌｉ ｅｔ ａｌ．２０１２）。ＮＭＤＩｓの例には、（Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ， Ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１４）が含まれる。

１若しくはそれ以上の免疫療法剤との併用には、腫瘍に対する免疫応答を強化する薬物（特に、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１および／またはＣＴＬＡ４の調節剤）を含む（Ｃｕｒｒａｎ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ， ２０１０； Ｄｕｒａｉｓｗａｍｙ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１３）。これには、これに限定されるものではないが、チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＴＩＧＩＴ、ＢＴＬＡ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＩＬＴ−３、ＩＬＴ−４、および／またはＶＩＳＴＡ）、Ｔ細胞作用薬（例えば、ＣＤ２７、ＯＸ−４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、Ｂ７−Ｈ３、および／またはＣＤ１３７作用薬）、分子アジュバント（例えば、ＣＤ４０、ＴＬＲリガンド、および／または細胞内ＤＮＡセンサー作用薬（ＳＴＩＮＧ））、微小環境調節薬（例えば、ＣＤ７３、ＩＤＯ、ＴＤＯ、ＣＯＸ２阻害薬、ＣＤ３９阻害薬、Ａ２Ａ受容体作用薬）、ケモカイン受容体拮抗薬（例えば、ＣＸＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ５、ＣＣＲ４、および／またはＣＸＣＲ４拮抗薬）、および／またはサイトカイン療法（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＦＮｙ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、および／または抗ＴＧＦｐ抗体）を含む可能性がある。

ＮＭＤＩとエピジェネティック調節薬との併用
本実施例は、ＮＭＤＩｓとエピジェネティック調節薬との併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療効果を示す。１若しくはそれ以上のエピジェネティック調節薬の追加は、ネオアンチゲンの免疫認識を強化する可能性を有する。

材料と方法
使用したマウス癌モデルについては上述している。

腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応の評価についても上述している。

エピジェネティック調節薬を用いた腫瘍治療は、免疫反応に関与する遺伝子の抑制を解除する可能性がある。エピジェネティック調節薬とＮＭＤＩとの併用は、ネオアンチゲンの認識を強化するだろう。免疫調節薬の制限されない例には、これに限定されるものではないが、ＨＤＡＣ阻害薬、アゾシチジン、ＢＥＴ阻害薬、ＥＺＨ２阻害薬、および／またはｄｏｔｌＬ阻害薬（例えば、ピノメトスタット）を含む。

ＮＭＤＩと放射線療法との併用
本実施例は、ＮＭＤＩｓと放射線療法との併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療効果を示す。放射線療法（ＲＴ）前にＮＭＤＩ薬を投与することで、免疫刺激による細胞死前に腫瘍のネオアンチゲンの発現が増加し、ネオアンチゲンの提示が強化されるだろう。

材料と方法
使用したマウス癌モデルについては上述している。

腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応の評価についても上述している。

腫瘍を標的とした放射線療法（ＲＴ）中にＮＭＤＩを連続的に投与する方法は、突然変異誘発およびＤＮＡ損傷によりネオアンチゲンを発生させる可能性がある。炎症性シグナルと連動した細胞死時のこれらネオアンチゲンの放出は、免疫応答を誘発させ、腫瘍特異的Ｔ細胞を活性化させる。放射線療法は腫瘍の微小環境に影響し、活性化Ｔ細胞の浸潤を亢進し、腫瘍拒絶のバリアを克服する可能性がある。ＮＭＤＩ薬および免疫調節薬とＲＴとの併用（実施例４）は、ネオアンチゲンの発現を増加することで、個々の患者において前記免疫応答のプライミング（抗原提示）およびエフェクター相に対する放射線の効果を高めるだろう（Ｄｅｍａｒｉａ ｅｔ ａｌ， ＪＡＭＡ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０１５）。

ＮＭＤＩと化学療法との併用
本実施例は、ＮＭＤＩｓと化学療法との併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療効果を示す。化学療法前にＮＭＤＩ薬を投与することで、免疫刺激による細胞死前に腫瘍のネオアンチゲンの発現が増加し、ネオアンチゲンの提示が強化されるだろう。

材料と方法
使用したマウス癌モデルについては上述している。

腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応の評価についても上述している。

化学療法中にＮＭＤＩを連続的に投与する方法は、突然変異誘発およびＤＮＡ損傷によりネオアンチゲンを発生させる可能性があり、炎症性シグナルと連動した細胞死時のこれらネオアンチゲンの放出は、免疫応答を誘発させ、腫瘍特異的Ｔ細胞を活性化させる。化学療法は腫瘍の微小環境に影響し、活性化Ｔ細胞の浸潤を亢進し、腫瘍拒絶のバリアを克服する可能性がある。ＮＭＤＩ薬および免疫調節薬とＲＴとの併用（実施例４）は、ネオアンチゲンの発現を増加することで、個々の患者において前記免疫応答のプライミングおよびエフェクター相に対する化学療法の効果を向上するだろう。

ＮＭＤＩと腫瘍溶解性ウイルスとの併用
本実施例は、ＮＭＤＩｓと腫瘍溶解性ウイルスとの併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療効果を示す。

材料と方法
使用したマウス癌モデルについては上述している。

腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応の評価についても上述している。

免疫原性の細胞死を誘導する他のアプローチには、腫瘍細胞を選択的に死滅させる腫瘍溶解性ウイルスの使用を含む。したがって、ＮＭＤＩｓを用いた患者の事前治療では、腫瘍溶解性ウイルスが誘導されたネオアンチゲンの抗原提示を改善することができ、その後Ｔ細胞反応を強化することができる。

ＮＭＤＩとワクチン療法との併用
本実施例は、ＮＭＤＩｓとワクチン療法との併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療効果を示す。

材料と方法
使用したマウス癌モデルについては上述している。

腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応の評価についても上述している。

ネオアンチゲンのワクチン接種は、癌において有効性が見込まれるワクチンアプローチとして浮上している。現在まで、これらのネオアンチゲンはアミノ酸置換を含んでいたが、ＮＭＤＩ化合物は一アミノ酸置換を超えてネオアンチゲンの範囲を拡大する。異常ペプチドはこれらの生成物をコードするＮＭＤＩまたはＤＮＡまたはＲＮＡから生成し、患者に合わせたワクチン成分となる。ＮＭＤＩ投与患者の腫瘍の転写プロファイリングは、そのようなワクチンの生成に使用することができる異常リードスルータンパク質の候補を提供する。ＮＭＤＩを投与した腫瘍全体を全細胞ワクチンの基盤として使用してもよい。誘導ネオアンチゲンに対するそのようなワクチンは、他のワクチンに加え、これらの実施例の薬物と併用することができる。

ＮＭＤＩとＣＡＲ−Ｔ細胞または患者由来の腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬｓ）との併用
本実施例は、ＮＭＤＩｓとＣＡＲ−Ｔ細胞または患者由来の腫瘍浸潤リンパ球との併用による同種免疫適格マウスの腫瘍治療効果を示す。

材料と方法
使用したマウス癌モデルについては上述している。

腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴ_ｒｅｇ反応の評価についても上述している。

ＮＭＤＩを投与した患者で誘発されるＴ細胞は、これらの薬物によって生成するネオアンチゲンを認識するものが誘導される。これらの特殊なＴ細胞はｅｘ ｖｉｖｏで増殖させ、直接患者に再注入するか、そのＴＣＲｓをクリーニングし、再注入用のＣＡＲ−Ｔ細胞の作成に使用することができる。

マウス腫瘍モデルにおけるＮＭＤＩの単独使用および１若しくはそれ以上の免疫療法薬との併用
本実施例では、腫瘍を有するＣ５７ＢＬ／６マウスの治療について、ＮＭＤＩ単独および１若しくはそれ以上の免疫療法薬との併用の有効性を評価した。

材料と方法
動物：６〜８週齢（接種時の推定年齢）の雌Ｃ５７ＢＬ／６マウスをＳｈａｎｇｈａｉ Ｌｉｎｇｃｈａｎｇ Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｏ． Ｌｔｄ（ＬＣ、中国、上海）から入手した。動物は２０〜２６°Ｃ、１２時間／１２時間の明暗サイクルで飼育した。

細胞培養：１０％ウシ胎児血清を添加したＤＭＥＭ培地中、３７°Ｃ、空気中のＣＯ_２ ５％の大気で、ＭＣ３８腫瘍細胞を単層培養としてｉｎ ｖｉｔｒｏで管理した。腫瘍細胞は、週２回、定期的に継代培養した。指数増殖期の細胞を回収し、腫瘍播種を計数した。

治療化合物：抗ＰＤ−１抗体および抗ＣＴＬＡ−４抗体は、抗ＣＤ８抗体同様、ＢｉｏＸＣｅｌｌから入手した。ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構阻害剤のＮＭＤＩ１４（４，５−ジメチル−２−［［２−（ｌ，２，３，４−テトラヒドロ−６，７−ジメチル−３−オキソ−２−キノキサリニル）アセチル］アミノ］−３−チオフェンカルボン酸エチルエーテル、２−｛［（６，７−ジメチル−３−オキソ−１２，３，４−テトラヒドロ−２−キノキサリニル）アセチル］アミノ｝−４，５−ジメチル−３−チオフェンカルボン酸エチル）はＣｈｅｍＢｒｉｄｇｅ Ｃｏｒｐ．（米国カリフォルニア州Ｌａ Ｊｏｌｌａ）から入手した。化合物は表１に示すとおり製剤化した。

腫瘍播種：各マウスの右下側腹部に０．１ｍＬのＰＢＳに入れたＭＣ３８腫瘍細胞（１ｘ１０^６）を皮下播種し、腫瘍を発症させた。平均腫瘍サイズが約５０ｍｍ^３に達したところで治療を開始した。化合物を投与し、各試験群の動物数を表２に示す。腫瘍細胞の播種日を０日目と示した。

群の割り付け：群の割り付けと投与前に、すべての動物の体重を測定し、腫瘍容積をカリパスにより測定した。数値パラメータとして腫瘍容積を用い、系統誤差を最小限にするため、選択した動物を特定の群に無作為に割り付けた。群の割り付けはＳｔｕｄｙＤｉｒｅｃｔｏｒ（登録商標）ソフトウェア（Ｓｔｕｄｙｌｏｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ， Ｉｎｃ．、米国カリフォルニア州）を用いて行った。腫瘍容積のグループ間のばらつきが最小限であることを示した、１つの最適な無作為化デザイン（マッチした分布により作成）を選択し、群の割り付けを行った。

ＦＡＣＳ解析：腫瘍細胞は各投与群から単離し、当該分野で周知の方法によりＦＡＣＳ解析を行った。ＦＡＣＳ解析に使用した試薬を以下の表３に示す。

免疫組織化学（ＩＨＣ）：腫瘍サンプルのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織を４μｍに切片化した。１００℃、ｐＨ９．０で２０分間、ＥＤＴＡ緩衝液で抗原回復（ＡＲ）を行った。一次抗体（妥当性が確認された濃度で希釈）、ＲＴ ６０分＋二次抗体（調製済み）、ＲＴ ６０分＋Ｂｏｎｄ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｒｅｆｉｎｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ。使用した抗体および試薬を表４に示す。

結果：
腫瘍細胞を播種後、前記動物の罹患率および死亡率、また腫瘍増殖および投与が移動性などの正常な行動、食餌および水分摂取の目測、体重増減、眼／体毛の一致、他の異常作用に与える効果を毎日確認した。腫瘍容積はカリパスを用いて少なくとも２次元で週２回測定し、前記容積は式Ｖ＝０．５ａｘｂ^２を用いてｍｍ^３で表し、式中、ａおよびｂはそれぞれ腫瘍の最大および最小直径である。

試験中の各投与群の平均腫瘍容積を表５に示し、腫瘍容積のパーセント阻害を表６に示す。

表６に示すとおり、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構阻害剤（ＮＭＤＩ１４）は、それ単独（２群、図１）および免疫療法薬の抗ＰＤ−１抗体（４群、図３）と抗ＣＴＬＡ−４抗体（５群、図２）との併用で腫瘍抑制を促進する効果を有する。この点は、１種類以上の抗体による治療薬を利用した免疫療法が、アナフィラキシー、血清病、および抗体生成などの重篤な有害事象および副作用と関連していたため、重要である。さらに、ＮＭＤＩ１４の投与はＴ細胞を介することが示されたが、これは、ＮＭＤＩ１４（群３、図１）の有益な治療効果を無効にすることが示されたためである。

図４に示されるとおり、免疫組織化学的分析からは、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構阻害剤（ＮＭＤＩ１４）を投与することで、膨大な数のＣＤ３＋免疫細胞が腫瘍組織に浸潤した。図４も、この効果が投与を抗ＰＤ−１抗体および抗ＣＴＬＡ−４抗体と併用した場合に向上したことを示している。

ＮＭＤＩと免疫療法薬との併用
本実施例では、腫瘍を有するＣ５７ＢＬ／６マウスの治療について、ＮＭＤＩと２つの免疫療法薬（抗ＰＤ−１抗体および抗ＣＴＬＡ−４抗体）との併用の効果を評価する。

材料と方法
動物の管理、細胞培養、播種、群の割り付け、およびＮＭＤＩ１４、抗ＰＤ−１抗体、および抗ＣＴＬＡ−４抗体の製剤化は、実施例９に考察したとおりに行った。

化合物を投与し、各試験群の動物数を表７に示す。腫瘍細胞の播種日を０日目と示した。

結果：
腫瘍細胞を播種後、動物の罹患率および死亡率、また腫瘍増殖および投与が移動性などの正常な行動、食餌および水分摂取の目測、体重増減、眼／体毛の一致、他の異常作用に与える効果を毎日確認する。腫瘍容積はカリパスを用いて少なくとも２次元で週２回測定し、前記容積は式Ｖ＝０．５ａｘｂ^２を用いてｍｍ^３で表し、式中、ａおよびｂはそれぞれ腫瘍の最大および最小直径である。

Claims (45)

1. それを必要とする個体に免疫応答を発生させる方法であって、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）をもたらすフレームシフト変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を阻害する一定量の化合物を前記個体に投与する工程を有し、前記量は前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳をもたらすために十分であり、前記化合物は抑制性核酸ではない、方法。
2. 異常細胞の表面で１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法であって、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）をもたらすフレームシフト変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を阻害する化合物を前記細胞に接触させる工程を有し、前記ｍＲＮＡのＮＭＤの阻害は、前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳及び前記細胞の表面での１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現をもたらし、前記化合物は抑制性核酸ではない、方法。
3. 請求項１または請求項２記載の方法において、前記化合物が小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである、方法。
4. 請求項１〜３のいずれか１つに記載の方法において、ナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を阻害する前記化合物は、ＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を阻害する、方法。
5. 請求項１〜４のいずれか１つに記載の方法において、前記フレームシフト変異をもつｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は非機能性である、方法。
6. 請求項１または３〜５のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答は、免疫細胞による前記ｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識によって媒介される、方法。
7. 請求項６記載の方法において、前記免疫細胞はＴ細胞またはＢ細胞である、方法。
8. 請求項６記載の方法において、前記免疫応答はクラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子によって媒介される、方法。
9. 請求項１または３〜５のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答はＴ細胞によって媒介される、方法。
10. 請求項１または３〜５のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答はＢ細胞によって媒介される、方法。
11. 請求項７または請求項９に記載の方法において、前記Ｔ細胞は、γδＴ細胞、αβＴ細胞、またはナチュラルキラーＴ細胞である、方法。
12. 請求項１または３〜５のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答は炎症反応である、方法。
13. 請求項１〜１２のいずれか１つに記載の方法において、前記ｍＲＮＡは増殖細胞において発現される、方法。
14. 請求項１〜１３のいずれか１つに記載の方法において、前記増殖細胞または異常細胞は癌細胞である、方法。
15. 請求項１４記載の方法において、前記癌は、結腸癌、乳癌、膵癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、子宮頚癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、脳室上衣細胞腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病；真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、および重鎖病から成る群から選択される、方法。
16. 請求項１〜１５のいずれか１つに記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物を投与する工程を有する、方法。
17. 請求項１６記載の方法において、前記免疫チェックポイント分子は、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、またはＴＩＭ３のうちの１つまたはそれ以上である、方法。
18. 請求項１７記載の方法において、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する前記化合物がアンタゴニスト抗体である、方法。
19. 請求項１８記載の方法において、前記アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである、方法。
20. 請求項１〜１９のいずれか１つに記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上のエピジェネティック調節化合物を投与する工程を有する、方法。
21. 請求項２０記載の方法において、前記エピジェネティック調節化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、５−アザシチジン、パノビノスタット、および／またはベリノスタットのうちの１つまたはそれ以上である、方法。
22. 請求項１〜２１のいずれか１つに記載の方法において、前記化合物は小分子化学化合物である、方法。
23. 請求項１〜２２のいずれか１つに記載の方法において、前記個体は哺乳類である、方法。
24. 請求項２３記載の方法において、前記哺乳類はヒトである、方法。
25. それを必要とする個体に免疫応答を発生させる方法であって、ノンストップ変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を阻害する一定量の化合物を前記個体に投与する工程を有し、前記量は前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳をもたらすために十分であり、前記化合物は抑制性核酸ではない、方法。
26. 異常細胞の表面で１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法であって、ノンストップ変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を阻害する化合物を前記細胞に接触させる工程を有し、前記ｍＲＮＡのＮＭＤの阻害は、前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳及び前記細胞の表面での１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現をもたらし、前記化合物は抑制性核酸ではない、方法。
27. 請求項２５または請求項２６記載の方法において、前記化合物は小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである、方法。
28. 請求項７６〜７８のいずれか１つに記載の方法において、ナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を阻害する前記化合物は、ＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、および／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を阻害する、方法。
29. 請求項２５〜２８のいずれか１つに記載の方法において、前記フレームシフト変異をもつｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は非機能性である、方法。
30. 請求項２５または２７〜２９のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答は、免疫細胞による前記ｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識によって媒介される、方法。
31. 請求項３０記載の方法において、前記免疫細胞はＴ細胞またはＢ細胞である、方法。
32. 請求項３０記載の方法において、前記免疫応答はクラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子によって媒介される、方法。
33. 請求項２５または２７〜２９のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答はＴ細胞によって媒介される、方法。
34. 請求項２５または２７〜２９のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答はＢ細胞によって媒介される、方法。
35. 請求項３１または請求項３３に記載の方法において、前記Ｔ細胞は、γδＴ細胞、αβＴ細胞、またはナチュラルキラーＴ細胞である、方法。
36. 請求項２５または２７〜２９のいずれか１つに記載の方法において、前記免疫応答は炎症反応である、方法。
37. 請求項２５〜３６のいずれか１つに記載の方法において、前記ｍＲＮＡは増殖細胞において発現される、方法。
38. 請求項２５〜３７のいずれか１つに記載の方法において、前記増殖細胞または異常細胞は癌細胞である、方法。
39. 請求項３８記載の方法において、前記癌は、結腸癌、乳癌、膵癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、子宮頚癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、脳室上衣細胞腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病；真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、および重鎖病から成る群から選択される、方法。
40. 請求項２５〜３９のいずれか１つに記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する化合物を投与する工程を有する、方法。
41. 請求項４０記載の方法において、前記免疫チェックポイント分子は、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、またはＴＩＭ３のうちの１つまたはそれ以上である、方法。
42. 請求項４１記載の方法において、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害する前記化合物がアンタゴニスト抗体である、方法。
43. 請求項４２記載の方法において、前記アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである、方法。
44. 請求項２５〜４３のいずれか１つに記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上のエピジェネティック調節化合物を投与する工程を有する、方法。
45. 請求項４４記載の方法において、前記エピジェネティック調節化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、５−アザシチジン、パノビノスタット、および／またはベリノスタットのうちの１つまたはそれ以上である、方法。

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