JP2018513682A - CRISPR/Cas媒介性遺伝子調節のための化学修飾型ガイドRNA - Google Patents
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Abstract
Description
この出願は、2015年4月6日に出願された米国仮出願第62/143,729号、および2015年5月12日に出願された米国仮出願第62/160,545号の優先権を主張し、それらの米国仮出願の開示は、引用することにより本明細書の一部をなすものとする。
この発明は、National Institutes of Healthによって授与された契約EY018244およびAI097320による政府支援でなされた。政府はこの発明において一定の権利を有する。
(a)標的核酸に相補的な第1のヌクレオチド配列、およびCRISPR関連タンパク質(Cas)ポリペプチドと相互作用する第2のヌクレオチド配列を含む修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)であって、前記第1のヌクレオチド配列および/または前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの1個または複数が修飾型ヌクレオチドである、修飾型単一ガイドRNA;ならびに
(b)Casポリペプチド、CasポリペプチドをコードするmRNA、および/またはCasポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクター
を初代細胞へ導入するステップ
を含み、
前記修飾型sgRNAがCasポリペプチドを標的核酸へ導き、
前記修飾型sgRNAが、対応する非修飾型sgRNAと比較して増強した活性で標的核酸の遺伝子調節を誘導する、方法を提供する。
(a)標的DNAに相補的な第1のヌクレオチド配列、およびCRISPR関連タンパク質(Cas)ポリペプチドと相互作用する第2のヌクレオチド配列を含む修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)であって、前記第1のヌクレオチド配列および/または前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの1個または複数が修飾型ヌクレオチドである、修飾型単一ガイドRNA;ならびに
(b)Casポリペプチド、CasポリペプチドをコードするmRNA、および/またはCasポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクター
を初代細胞へ導入するステップ
を含み、
前記修飾型sgRNAがCasポリペプチドを標的DNAへ導き、
前記修飾型sgRNAが、対応する非修飾型sgRNAと比較して、(例えば、修飾型sgRNAの安定性の増加および/または修飾型sgRNAの標的DNAに対する特異性の増加によって)標的DNAのゲノム編集を増強する、方法を提供する。
遺伝的疾患に関連した標的遺伝子における変異を正すのに十分な量で修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)を対象に投与するステップであって、前記修飾型sgRNAが、標的遺伝子に相補的な第1のヌクレオチド配列、およびCRISPR関連タンパク質(Cas)ポリペプチドと相互作用する第2のヌクレオチド配列を含み、かつ前記第1のヌクレオチド配列および/または前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの1個または複数が修飾型ヌクレオチドである、ステップ
を含む、方法を提供する。
インビトロ細胞(例えば、エクスビボ治療用の初代細胞)またはインビボ細胞(例えば、ヒトなどの対象の器官または組織における細胞)においてCRISPR/Casに基づいた、ゲノム編集および/または遺伝子発現のモジュレーションのための方法が本明細書に提供される。特に、本明細書に提供される方法は、対応する非修飾型sgRNAと比較して、遺伝子調節(例えば、ゲノム編集、遺伝子発現の阻害、および遺伝子発現の活性化)中、増強した活性を有する化学修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)を利用する。ある特定の態様において、本発明は、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9ポリペプチド)またはそのバリアントもしくは断片か、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9ポリペプチド)またはそのバリアントもしくは断片をコードするmRNAか、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9ポリペプチド)またはそのバリアントもしくは断片をコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクターかのいずれかと共に、標的核酸とハイブリダイズする化学修飾型sgRNAを導入することによる、細胞における標的核酸の遺伝子調節のための方法を提供する。ある特定の他の態様において、本発明は、疾患に関連した遺伝子変異を正すのに十分な量の化学修飾型sgRNAを投与することにより、対象において遺伝的疾患を予防または処置するための方法を提供する。
本発明の実施は、他に指示がない限り、当業者の能力の範囲内にある、免疫学、生化学、化学、分子生物学、微生物学、細胞生物学、ゲノム科学、および組換えDNAの通常の技術を用いる。Sambrook, Fritsch and Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition (1989)、Current Protocols in Molecular Biology (F. M. Ausubel, et al. eds., (1987))、the series Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.): PCR 2: A Practical Approach (M. J. MacPherson, B. D. Hames and G. R. Taylor eds. (1995))、Harlow and Lane, eds. (1988) Antibodies, A Laboratory Manual, and Animal Cell Culture (R. I. Freshney, ed. (1987))参照。
具体的に他に指示がない限り、本明細書で用いられる全ての技術的および科学的用語は、本発明の属する分野の当業者によって一般的に理解されているのと同じ意味をもつ。加えて、本明細書に記載された方法または材料と類似した、または等価の任意の方法または材料を、本発明の実施に用いることができる。本発明のために、以下の用語が定義される。
本発明は、細胞において標的核酸の遺伝子調節を誘導するための方法を提供する。本発明は、(例えば、エクスビボ治療用にインビトロで培養された)初代細胞において、または(例えば、インビボ治療用の)ヒトなどの対象内の細胞において、標的核酸のゲノム編集および/または遺伝子発現の阻害もしくは活性化を増強する修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)を用いることを含む。本発明はまた、疾患に関連した標的遺伝子における変異を正すための正確なゲノム編集を増強することによる、対象において疾患を予防または処置するための方法を提供する。本発明は、ヌクレアーゼ媒介性ゲノム編集技術を受け入れられる、いかなる細胞型に関しても、かついかなる遺伝子座においても用いることができる。
(a)標的核酸に相補的な第1のヌクレオチド配列、およびCRISPR関連タンパク質(Cas)ポリペプチドと相互作用する第2のヌクレオチド配列を含む修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)であって、前記第1のヌクレオチド配列および/または前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの1個または複数が修飾型ヌクレオチドである、修飾型単一ガイドRNA;ならびに
(b)Casポリペプチド、CasポリペプチドをコードするmRNA、および/またはCasポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクター
を初代細胞へ導入するステップ
を含み、
前記修飾型sgRNAがCasポリペプチドを標的核酸へ導き、
前記修飾型sgRNAが、対応する非修飾型sgRNAと比較して増強した活性で標的核酸の遺伝子調節を誘導する、方法を提供する。
遺伝的疾患に関連した標的遺伝子における変異を正すのに十分な量で修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)を対象に投与するステップであって、前記修飾型sgRNAが、標的遺伝子に相補的な第1のヌクレオチド配列、およびCRISPR関連タンパク質(Cas)ポリペプチドと相互作用する第2のヌクレオチド配列を含み、かつ前記第1のヌクレオチド配列および/または前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの1個または複数が修飾型ヌクレオチドである、ステップ
を含む、方法を提供する。
ゲノム改変のCRISPR/Casシステムは、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9ヌクレアーゼ)またはそのバリアントもしくは断片、Casヌクレアーゼを標的ゲノムDNAへ向けるガイド配列およびCasヌクレアーゼと相互作用するスキャフォールド配列(例えば、tracrRNA)を含有するDNAターゲティングRNA(例えば、修飾型sgRNA)、ならびに任意で、ドナー修復鋳型を含む。ある例では、変異D10A、H840A、D839A、およびH863Aの1つまたは複数を含有するCas9変異体などのCasヌクレアーゼのバリアント、またはCas9ニッカーゼを用いることができる。他の例では、所望の性質(例えば、一本鎖もしくは二本鎖切断を生じ、および/または遺伝子発現をモジュレートする能力がある)をもつCasヌクレアーゼまたはそのバリアントの断片を用いることができる。ドナー修復鋳型は、蛍光タンパク質または抗生物質耐性マーカーなどのレポーターポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、および標的DNAと相同であり、かつ遺伝子改変の部位に隣接する相同アームを含み得る。あるいは、ドナー修復鋳型は、一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド(ssODN)であり得る。
CRISPR(クラスター化された規則的な配置の短い回文配列リピート(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat))/Cas(CRISPR関連タンパク質)ヌクレアーゼシステムは、ゲノム操作のために用いることができる、細菌システムに基づいた人工ヌクレアーゼシステムである。それは、多くの細菌および古細菌の適応免疫応答の部分に基づいている。ウイルスまたはプラスミドが細菌に侵入した時、侵入者のDNAのセグメントが、「免疫」応答によりCRISPR RNA(crRNA)へ変換される。その後、crRNAは、tracrRNAと呼ばれる別の型のRNAと部分的相補性の領域を通して会合して、Cas(例えば、Cas9)ヌクレアーゼを、「プロトスペーサー」と呼ばれる標的DNAにおけるcrRNAと相同性の領域へ導く。Cas(例えば、Cas9)ヌクレアーゼは、crRNA転写産物内に含有される20ヌクレオチドガイド配列によって特定化された部位において、前記DNAを切断して、二本鎖切断点に平滑末端を生じる。Cas(例えば、Cas9)ヌクレアーゼは、部位特異的DNA認識および切断のためにcrRNAとtracrRNAの両方を必要とする。このシステムは、現在、crRNAとtracrRNAが1つの分子(「単一ガイドRNA」または「sgRNA」)へ組み合わされ得るように操作されており、単一ガイドRNAのcrRNA等価部分は、Cas(例えば、Cas9)ヌクレアーゼを、任意の所望の配列に向けるように導くために操作することができる(例えば、Jinek et al. (2012) Science, 337:816−821; Jinek et al. (2013) eLife, 2:e00471; Segal (2013) eLife, 2:e00563参照)。したがって、CRISPR/Casシステムは、細胞のゲノムにおける所望の標的地点に二本鎖切断を生じ、かつ相同組換え修復(HDR)または非相同末端結合(NHEJ)によって、誘導された切断を修復する細胞の内因性機構を利用するように操作することができる。
ゲノム改変のCRISPR/Casシステムに用いられる修飾型sgRNAは、典型的には、標的核酸配列に相補的なガイド配列(例えば、crRNA)、およびCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9ポリペプチド)またはそのバリアントもしくは断片と相互作用するスキャフォールド配列(例えば、tracrRNA)を含む。本発明者らは、1つまたは複数の化学修飾を含有する修飾型sgRNAが、初代細胞(例えば、T細胞または造血幹細胞・造血前駆細胞)においてCRISPRに基づいた遺伝子調節(例えば、ゲノム編集または遺伝子発現をモジュレートすること)のために用いられた場合、対応する非修飾型sgRNAと比較して、修飾型sgRNAの活性、安定性、および特異性を増加させ、ならびに/またはその毒性を減少させ得ることを発見した。先行技術に優る修飾型sgRNAの利点には、初代細胞などの標的細胞への送達がより容易なこと、加えて、安定性の増加、活性の持続時間の増加、および標的細胞における毒性の低下が挙げられるが、それらに限定されない。ある場合では、CRISPR/Casシステムの部分としての修飾型sgRNAは、他のシステムと比較してオンターゲット遺伝子調節のより高い頻度を提供する。他の場合では、修飾型sgRNAは、それらの非修飾型配列等価物と比較して向上した活性および/または特異性を提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9ヌクレアーゼ)切断部位の両側に、標的DNA配列(例えば、標的遺伝子または遺伝子座)の部分に相同である2つの相同アームを含む組換えドナー修復鋳型を提供する。ある特定の例では、組換えドナー修復鋳型は、レポーターポリペプチド(例えば、検出可能なポリペプチド、蛍光ポリペプチド、または選択マーカー)をコードするヌクレオチド配列を含むレポーターカセット、およびCasヌクレアーゼ切断部位の両側における、そのレポーターカセットに隣接し、かつ標的DNAの部分に相同である2つの相同アームを含む。レポーターカセットは、自己切断ペプチド、1個もしくは複数の核移行シグナル、および/または蛍光ポリペプチド、例えば、スーパーフォルダーGFP(sfGFP)をコードする配列をさらに含み得る。
CRISPR/Casシステムにおいて、標的DNA配列は、DNAターゲティングRNA(例えば、修飾型sgRNA)の断片に相補的であり得、その直後に、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)配列が続き得る。標的DNA部位は、PAM配列から5’側すぐにあり得、そのPAM配列は、用いられるCas9の細菌種に特異的である。例えば、化膿性連鎖球菌由来のCas9のPAM配列はNGGであり、髄膜炎菌由来のCas9のPAM配列はNNNNGATTであり、ストレプトコッカス・サーモフィラス由来のCas9のPAM配列はNNAGAAであり、トレポネーマ・デンティコーラ由来のCas9のPAM配列はNAAAACである。いくつかの実施形態において、PAM配列は、5’−NGG(ただし、Nは任意のヌクレオチドである)、5’−NRG(ただし、Nは任意のヌクレオチドであり、Rはプリンである)、または5’−NNGRR(ただし、Nは任意のヌクレオチドであり、Rはプリンである)であり得る。化膿性連鎖球菌システムについて、選択される標的DNA配列は、5’NGG(ただし、Nは任意のヌクレオチドである)PAMの直前にある(例えば、5’側に位置する)べきであり、その結果、DNAターゲティングRNA(例えば、修飾型sgRNA)のガイド配列が、逆ストランドと塩基対形成して、PAM配列から約3塩基対上流での切断を媒介する。
遺伝子発現を阻害すること、または遺伝子発現を活性化することなどの遺伝子発現を調節するCRISPR/Casシステムは、野生型または天然のCasヌクレアーゼのバリアントまたは断片(例えば、Cas9ポリペプチドのバリアントまたは断片)、およびDNAターゲティングsgRNAまたはRNAターゲティングsgRNAのいずれかを含み得る。非限定的例として、Cas9バリアントまたは断片と、sgRNAの一部に相補的な標的DNA配列と結合することができるsgRNAとを含む複合体は、RNAポリメラーゼによる転写開始および伸長をブロックまたは邪魔することができる。これは、次に、標的DNAの遺伝子発現を阻害または抑制することができる。あるいは、異なるCas9バリアントまたは断片と、sgRNAの一部に相補的な標的DNA配列と結合することができるsgRNAとを含む複合体は、標的DNAの遺伝子発現を誘導または活性化することができる。
本発明は、関心対象となる任意の初代細胞において標的核酸の遺伝子調節を誘導するために用いることができる。初代細胞は、任意の多細胞生物体から単離された細胞、例えば、植物細胞(例えば、イネ細胞、コムギ細胞、トマト細胞、シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)細胞、トウモロコシ(Zea mays)細胞など)、多細胞原生生物由来の細胞、多細胞真菌由来の細胞、無脊椎動物(例えば、ショウジョウバエ、刺胞動物、棘皮動物、線形動物など)由来の細胞または脊椎動物(例えば、魚、両生類、爬虫類、鳥、哺乳類など)由来の細胞などの動物細胞、ヒト由来の細胞、健康なヒト由来の細胞、ヒト患者由来の細胞、癌患者由来の細胞などであり得る。ある場合では、遺伝子調節を誘導された初代細胞は、対象(例えば、患者)へ移植することができる。例えば、初代細胞は、処置されることになっている対象(例えば、患者)に由来し得る。
本明細書に記載された方法は、エクスビボ治療に用いることができる。エクスビボ治療は、生物体の外側で作製または改変された組成物(例えば、細胞)を対象(例えば、患者)に投与することを含み得る。いくつかの実施形態において、組成物(例えば、細胞)は、本明細書に開示された方法により作製または改変することができる。例えば、エクスビボ治療は、生物体の外側で作製または改変された初代細胞を対象(例えば、患者)に投与することを含み得、本明細書に記載された1つまたは複数の修飾型sgRNA、およびCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9ポリペプチド)またはそのバリアントもしくは断片、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9ポリペプチド)またはそのバリアントもしくは断片をコードするmRNA、あるいはCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9ポリペプチド)またはそのバリアントもしくは断片をコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクターと初代細胞における標的核酸を接触させることを含む、本発明の方法に従って、前記初代細胞がインビトロで培養されている。
ポリペプチドおよび核酸を標的細胞(宿主細胞)へ導入するための方法は当技術分野において知られており、ヌクレアーゼまたは核酸(例えば、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列、DNAターゲティングRNA(例えば、修飾型単一ガイドRNA)、相同組換え修復(HDR)のためのドナー修復鋳型など)を細胞、例えば、幹細胞、前駆細胞、または分化細胞などの初代細胞へ導入するために用いることができる。適切な方法の非限定的例には、エレクトロポレーション、ウイルスまたはバクテリオファージの感染、トランスフェクション、コンジュゲーション、プロトプラスト融合、リポフェクション、リン酸カルシム沈殿法、ポリエチレンイミン(PEI)媒介性トランスフェクション、DEAE−デキストラン媒介性トランスフェクション、リポソーム媒介性トランスフェクション、パーティクルガン技術、リン酸カルシム沈殿法、直接的マイクロインジェクション、ナノ粒子媒介性核酸送達などが挙げられる。
正しいゲノム編集改変の存在を機能的に検査するために、標的DNAを、当業者に知られた標準方法によって分析することができる。例えば、インデル変異は、SURVEYOR(登録商標)変異検出キット(Integrated DNA Technologies、Coralville、IA)またはGuide−it(商標)インデル同定キット(Clontech、Mountain View、CA)を用いてシーケンシングすることにより同定することができる。相同組換え修復(HDR)は、PCRに基づいた方法により、かつシーケンシングまたはRFLP分析と組み合わせて、検出することができる。PCRに基づいたキットの非限定的例には、Guide−it変異検出キット(Clontech)およびGeneArt(登録商標)ゲノム切断検出キット(Life Technologies、Carlsbad、CA)が挙げられる。ディープシーケンシングもまた、特に多数の試料または候補のターゲット/オフターゲット部位について、用いることができる。
細胞において標的核酸の遺伝子調節、例えば、ゲノム編集、および/または遺伝子発現をモジュレートすること(例えば、阻害し、または活性化すること)を誘導するための方法が本明細書に提供される。細胞は、インビトロ(例えば、エクスビボ治療用の初代細胞)またはインビボ(例えば、ヒトなどの対象の器官または組織における細胞)であり得る。
本明細書に記載された修飾型sgRNAは、遺伝子調節の効率をモジュレートするために用いることができる。例えば、修飾型sgRNAは、対応する非修飾型sgRNAと比較して増強した活性で遺伝子調節を誘導することができる。ある場合では、増強した活性は、修飾型sgRNAの安定性の増加、および/または修飾型sgRNAの標的核酸に対する特異性の増加を含む。別の例として、修飾型sgRNAは、対応する非修飾型sgRNAと比較して細胞毒性を減少させて、遺伝子調節を誘導することができる。
化学修飾型ガイドRNAは、ヒト初代細胞においてCRISPR/Casゲノム編集を増強する
CRISPR/Cas媒介性ゲノム編集は、Casエンドヌクレアーゼにより促進される部位特異的DNA切断を方向づけるガイドRNAに頼る。ここで、本発明者らは、化学合成された単一ガイドRNA(sgRNA)の使用に関して報告し、化学的変化によるsgRNAの修飾が、ヒト初代T細胞およびCD34+造血幹細胞・造血前駆細胞においてゲノム編集を劇的に増強することを示す。このアプローチは、ゲノム編集の開発を合理化する簡便かつ非常に効果的な方法であり、CRISPR/Cas技術の多様な生物工学的および治療的適用を加速させる可能性をもつ。
RNA合成技術における最近の進歩により、100nt長より長いRNAの化学合成が実行可能になった(Dellinger, D.J. et al., Journal of the American Chemical Society 133, 11540−11556 (2011))。ゲノム編集のための化学合成されたsgRNAの有用性を試験するために、本発明者らは、以前に記載された手順(Dellinger, D.J. et al., Journal of the American Chemical Society 133, 11540−11556 (2011))に従い、ABI 394合成機および2’−O−チオカルバメート保護ヌクレオシドホスホラミダイトを用いて、100ntの完全長sgRNAを合成した。本発明者らはまた、両終端に様々な化学修飾を有するsgRNAを合成して、それらの効力への効果を評価した(図1Aおよび1B、および表1)。存在する場合、2’−O−メチル(M)、2’−O−メチル3’ホスホロチオエート(MS)、または2’−O−メチル3’チオPACE(MSP)を含む化学修飾を、5’末端と3’末端の両方における3個の終端ヌクレオチドに組み入れた。これらの3つの修飾は、それらの以前に報告された、血清およびヘビ毒ホスホジエステラーゼに対する安定性、および核酸の免疫賦活性へのそれらの広範な、報告された効果により、評価のために選択された(Deleavey, G.F. & Damha, M.J., Journal of the American Chemical Society 125, 940−950 (2003), Hendel et al., Cell Reports 7, 293−305 (2014))。本発明者らは、以前報告された3つのsgRNAを選択して、ヒト遺伝子、(i)IL2RG(その中の変異は、先天性原発性免疫不全症SCID−X1の原因である)、(ii)HBB(その中の変異は、鎌状赤血球貧血およびサラセミアの原因である)、および(iii)CCR5(それは、HIVの共受容体をコードし、現在、抗HIV臨床試験において治療的遺伝子編集のための標的として研究中である)(Tebas, P. et al., The New England Journal of Medicine 370, 901−910 (2014))のそれぞれの細胞株において高い遺伝子編集率を得た(Hendel et al., Cell Reports 7, 293−305 (2014), Cradick et al., Nucleic Acids Research 41, 9584−9592 (2013))。本発明者らはまず、インビトロで、精製組換えCas9タンパク質および合成sgRNAのそれぞれの存在下で標的DNA切断を試験した。全ての、化学合成され、かつ修飾されたsgRNAは、Cas9タンパク質の存在下でそれらのDNA標的を効率的に切断した(図3および4)。
1.sgRNA合成
全てのRNAオリゴマーを、ABI 394合成機(Life Technologies、Carlsbad、CA、USA)において、2’−O−チオノカルバメート保護ヌクレオシドホスホラミダイト(Sigma−Aldrich、St.Louis、MO、USAまたはThermo Fisher、Waltham、MA、USA)を用いて、以前、記載された手順(Dellinger et al., Journal of the American Chemical Society 133, 11540−11556 (2011))に従って合成した。2’−O−メチルホスホラミダイトを、Thermo Scientific、Grand Island、NYから購入し、2’−O−チオノカルバメート保護ヌクレオシドホスホラミダイトと同じ条件下でRNAオリゴマーへ組み入れた。チオホスホノアセテート(チオPACE)修飾型RNAの合成に用いられる2’−O−メチル−3’−O−(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ酢酸−1,1−ジメチルシアノエチルエステル−5’−O−ジメトキシトリチルヌクレオシドを、本質的に、公開された方法(Threlfall et al., Organic & biomolecular chemistry, 10, 746−754 (2012); Dellinger et al., Journal of the American Chemical Society, 125, 940−950 (2003))に従って合成した。ホスホロチオエート含有オリゴマーについて、カップリング反応後のヨウ素酸化ステップを、ピリジン−アセトニトリル(3:2)混合物中、6分間の3−((N,N−ジメチルアミノメチリデン)アミノ)−3H−1,2,4−ジチアゾール−5−チオンの0.05M溶液を用いる硫化ステップに置き換えた。特に断りのない限り、固相RNA合成のための試薬は、Glen Research(Sterling、VA、USA)から購入された。
4kb PAMアドレス可能な標的を、プラスミド由来のヒト配列の調製用PCR増幅により調製した。20μL反応体積において、50nM sgRNA、39nM 組換え精製Cas9タンパク質(Agilent)、および10mM MgCl2の存在下、pH7.6で50フェントモルの直線化されたDNA標的を、37℃で30分間、インキュベートした。完了時に、0.5μLのRNace It(Agilent)を加え、インキュベーションを37℃で5分間、その後、70℃で15分間、継続した。その後、0.5μLのプロテイナーゼK(分子生物学グレード、NEB)を加え、37℃で15分間、インキュベートした。アリコートをDNA 7500 LabChipにローディングし、Bioanalyzer 2200で分析した。切断頻度を、式:(a/b)×100(式中、「a」は、2つの切断生成物のバンド強度の合計であり、bは、切断された、および切断されていないDNAのバンド強度の合計である)により計算した。
sgRNA発現ベクターを、ヒトコドン最適化SpCas9発現カセット、およびキメラsgRNAの発現を作動させるヒトU6プロモーターを含有するpx330(Addgeneプラスミド#42230)への20bpオリゴヌクレオチド標的配列のクローニングにより構築した(sgRNA配列について表1参照)。
K562細胞およびT細胞を、37℃、5%CO2、および周囲酸素レベルで培養した。CD34+造血幹細胞/造血前駆細胞(HSPC)を、37℃、5%CO2、および5%O2で培養した。K562細胞を、10% ウシ成長血清、100mg/ml ストレプトマイシン、100ユニット/ml ペニシリン、および2mM L−グルタミンを追加したRPMI 1640(HyClone)中で維持した。K562細胞を、Lonza Nucleofector 2b(プログラムT−016)、および100mM KH2PO4、15mM NaHCO3、12mM MgCl2×6H20、8mM ATP、2mM グルコースを含有するヌクレオフェクションバッファー(pH7.4)を用いてヌクレオフェクションした。ヌクレオフェクション条件は、100μL ヌクレオフェクション溶液、106個の細胞、1〜20μg 化学修飾型sgRNA、1〜15μg Cas9 mRNA(Cas9 mRNA、5meC、Ψ、製品コード:L−6125、TriLink BioTechnologies、San Diego、CA、USA)、2μg sgRNA/Cas9コードプラスミド、または5μg HRドナープラスミドである。CD3+T細胞を、ヒトPan T細胞単離キット(Miltenyi Biotec、San Diego、CA、USA)を用いて、Stanford School of Medicine Blood Centerから入手されたバフィーコートから単離した。CD3+細胞を、5%ヒト血清(Sigma−Aldrich、St. Louis、MO、USA)、100IU/mL ヒト組換えIL−2(Peprotech、Rocky Hill、NJ、USA)、および10ng/mL ヒト組換えIL−7(BD Biosciences、San Jose、CA、USA)を追加したX−VIVO 15(Lonza、Walkersville、MD、USA)中で維持した。ヌクレオフェクション前に、T細胞を、固定化抗CD3抗体(クローン:OKT3、eBioscience、San Diego、CA、USA)および可溶性抗CD28抗体(クローン:CD28.2、eBioscience)で3日間、活性化した。非活性化CD3+T細胞について、細胞を、単離後すぐにヌクレオフェクションした。T細胞を、Lonza Nucleofector 2b(プログラムU−014)およびヒトT細胞Nucleofectorキット(VPA−1002、Lonza)を用いてヌクレオフェクションした。ヌクレオフェクション条件は、100μL ヌクレオフェクション溶液、106個の細胞、10〜20μg 化学修飾型sgRNA、15〜30μg Cas9(または15μg eGFP mRNA、TriLink BioTechnologies、San Diego、CA、USA)、1μg sgRNA/Cas9コードプラスミドである。動員化ヒト末梢血CD34+HSPCを、AllCellsから購入し、製造会社の使用説明書に従って解凍した。CD34+HSPCを、SCF(100ng/ml)、TPO(100ng/ml)、Flt3−リガンド(100ng/ml)、IL−6(100ng/ml)、およびStemRegenin1(0.75mM)を追加したX−VIVO 15(Lonza)中で維持した。CD34+HSPCを、Lonza 4D−Nucleofector(プログラムEO−100)およびP3初代細胞4D−Nucleofectorキット(V4XP−3024)を用いて、ヌクレオフェクションした。ヌクレオフェクション条件は、100μL ヌクレオフェクション溶液、5×105個の細胞、10μg 化学修飾型sgRNA、15μg Cas9 mRNA、1μg プラスミドである。Cas9 RNP実験について、Cas9タンパク質をPNA Bio(Thousand Oaks、CA、USA)またはLife Technologies(Carlsbad、CA、USA)から購入した。図8を除く全てのRNP実験について、PNA Bio社製のCas9タンパク質を用いた。Cas9タンパク質を、sgRNAと、1:2.5のCas9:sgRNAモル比で、25℃で10分間、複合体化させた。RNPを、上記のように、100μLのそれぞれのヌクレオフェクション溶液中の106個の細胞を用いて、K562細胞またはT細胞へヌクレオフェクションした。二重sgRNA実験について、全sgRNA量は、10μgであった(個々に用いられる場合は10μg、一緒に用いられる場合は2×5μg)。T細胞とCD34+HSPCの両方について、sgRNAを、15μg Cas9 mRNAと共に106個の細胞へヌクレオフェクションした。T細胞ヌクレオフェクションを上記のように実施したが、CD34+HSPCのヌクレオフェクションは、Lonza Nucleofector 2b(プログラムU−014)およびヒトT細胞Nucleofectorキット(VPA−1002、Lonza)を用いるT細胞ヌクレオフェクションと同様であった。ヌクレオフェクション後すぐに、CD34+HSPCを、30℃で24時間、インキュベートし、その後、それらを、ゲノムDNAの採取まで、37℃へ移した。
HR実験について、エピソームプラスミドからのeGFP発現が残存していない時点の、細胞型に依存してヌクレオフェクションから2〜3週間後、細胞を分析した。eGFP発現を、Accuri C6フローサイトメーター(BD Biosciences、San Jose、CA、USA)において測定した。細胞死を、LIVE/DEAD Fixable Red Dead Cell Stain Kit(Life Technologies、Carlsbad、CA、USA)を用いて、製造会社の使用説明書に従って測定し、細胞をAccuri C6フローサイトメーターで分析した。CD3+T細胞のCD4+集団およびCD8+集団へのソーティングについて、細胞を、PE−Cy7抗ヒトCD4(クローン:RPA−T4、Tonbo Biosciences、San Diego、CA、USA)およびAPC抗ヒトCD8a(クローン:RPA−T8、Tonbo Biosciences)の混合物で染色し、その2つの集団をFACS Aria II SORPにおいてソーティングした。
TIDEおよびT7アッセイについて、(他に指示がない場合には)ヌクレオフェクションから3日後、gDNAを細胞から、QuickExtract DNA抽出溶液(Epicentre、Madison、WI、USA)を用いて製造会社の使用説明書に従って抽出した。sgRNAゲノム標的部位に及ぶPCRアンプリコンを、iProof High−Fidelity Master Mix(Bio−Rad、Hercules、CA、USA)を用いて、以下のプライマー対で作製した:
IL2RG_fw(配列番号84):5’−TCACACAGCACATATTTGCCACACCCTCTG−3’、
IL2RG_RV(配列番号85):5’−TGCCCACATGATTGTAATGGCCAGTGG−3’、
HBB_fw(配列番号86):5’−CCAACTCCTAAGCCAGTGCCAGAAGAG−3’、
HBB_rv(配列番号87)5’−AGTCAGTGCCTATCAGAAACCCAAGAG−3’、
CCR5_fw(配列番号88):5’−GCACAGGGTGGAACAAGATGG−3’、
CCR5_rv(配列番号89):5’−CACCACCCCAAAGGTGACCGT−3’。
ヌクレオフェクション後のT細胞の増殖を測定するために、CellTiter−Glo 2.0アッセイ(Promega、Madison、WI、USA)を用いた。ヌクレオフェクション後すぐに、T細胞を、マルチプル96ウェルU底96ウェルプレートへ、3×104細胞/ウェルで移した。ヌクレオフェクション後すぐに、および24時間間隔で、細胞を、白色96ウェルプレート内の100μL培地中へ移し、製造会社のガイドライン通り、100μL CellTiter−Glo 2.0を加えた。発光を、Tecan Infinite 200 PRO(Tecan、Mannedorf、Switzerland)において1秒間積分時間を用いて、読み取った。
各遺伝子ターゲティング実験について、ゲノムDNAを、トランスフェクションから48時間後、様々なCRISPR処理されたK562細胞および対照K562細胞から抽出した。CRISPR標的に隣接するゲノム領域および3つのオフターゲット(表2)を、2ラウンドのPCRにより増幅して、(処理特異的)バーコードおよびIlluminaシーケンシングアダプターを付着させた(表3)。バーコード付きPCRアンプリコンを等モルでプールし、スピンカラムにより精製し、Illumina MiSeq DNAシーケンサープラットフォームにおいてシーケンシングした。さらなる詳細については、下記の「9.ディープシーケンシングのためのCRISPRオンターゲットおよび予測オフターゲットアンプリコンの作製」セクションを参照。
各標的遺伝子座について、106個のK562細胞に、1μgかもしくは20μgのいずれかの合成ガイドRNA(非修飾型、M、MS、またはMSP)および2μgのCas9発現プラスミド(PX330)、sgRNAとCas9タンパク質の両方をコードする2μgのsgRNAプラスミド(陽性対照)、または2μgのPX330のみ(Cas9のみ、陰性対照)をトランスフェクトした。追加として、IL2RG遺伝子座を標的にする実験について、106個のK562細胞に、15μg Cas9 mRNAおよび10μgの合成ガイドRNA(非修飾型またはMS)、7.6μg 合成ガイドRNA(非修飾型またはMS)とあらかじめ複合体化した15μg Cas9タンパク質をトランスフェクトした。これらの試料およびmockトランスフェクション試料(第2の陰性対照)由来のゲノムDNAを、トランスフェクションから72時間後、QuickExtract(商標)DNA抽出溶液(Epicentre、Madison、WI)を用いて、製造会社の仕様書に従って、抽出した。PfuUltra II HS 2x Master Mix(Agilent Technologies、Santa Clara、CA)、およびMiSeq(Illumina、San Diego、CA)プラットフォームによるディープシーケンシングにおいて利用されるシーケンシングプライマーと共にアンプリコン末端をタグ付けする遺伝子特異的プライマー(表3)を用いる、オンターゲットおよび3つのコンピュータ的に予測されたオフターゲット遺伝子座(表2)のPCR増幅のための鋳型として、40ngのゲノムDNAを用いた。オンターゲットおよびオフターゲットアンプリコン(表4)に2回目のPCR反応を行って、追加のIlluminaシーケンシングアダプター(すなわち、P5、P7)、および対応するトランスフェクション処理を一意的に同定するカスタムの二重8bpバーコードを付加した。2回目のPCR後、バーコード付きアンプリコンを、Agilent D1000 TapeStationにより定量化し、等モル濃度でプールし、その後、QIAquick PCR精製キット(Qiagen、Valencia、CA)を用いて、製造会社の使用説明書に従って精製した。精製されたライブラリーは、NGS DNAシーケンシングサービス(Seqmatic、Fremont、CA)により、Illumina MiSeq DNAシーケンサーにおいて、二重インデキシングで2×201サイクルで、シーケンシングされた。
表5は、図1C、1E、および5が基づいている数を示す。2μg Cas9プラスミド、および1μg sgRNA(上部パネル)かまたは20μg sgRNA(下部パネル)のいずれかに関して、図1Cにおいて実施されているような合成sgRNAによって媒介される標的化切断の特異性。イン/デル頻度を、標的ゲノム遺伝子座由来のPCRアンプリコン、および各遺伝子についてバイオインフォマティクス的に予測されたオフターゲット遺伝子座のディープシーケンシングにより測定した。平均値は、+/−SEM、n=3で示されている。
化学修飾型ガイドRNAおよび合成一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド(ssODN)鋳型を用いたCRISPR/Casに基づいた相同組換え
3つの異なるドナー由来の刺激ヒト初代T細胞に、10μg CCR5 sgRNA(非修飾型またはMS)、15μg Cas9 mRNA、および2.81μgの183nt CCR5 ssODN(両末端における3個の終端ヌクレオチド間のホスホロチオエート(「PS」)結合の有りまたは無し)をヌクレオフェクションした。ssODNは、WT CCR5配列には存在しない、中央のHindIII制限部位を含有した。ゲノムDNA(gDNA)を、ヌクレオフェクションから3日後、抽出し、標的部位から(ssODNに相同的な配列の外側へ)及ぶPCR産物を作製し、HindIIIで消化した。制限断片を、2%TBEアガロースゲル上で分析し、HDR頻度を計算した。
配列番号1
IL2RGターゲティングベクター配列
HBBターゲティングベクター配列
CCR5ターゲティングベクター配列
表1参照。
配列番号20〜31
表2参照。
配列番号32〜71
表3参照。
配列番号72〜83
表4参照。
配列番号84
IL2RG_fw:5’−TCACACAGCACATATTTGCCACACCCTCTG−3’、
配列番号85
IL2RG_RV:5’−TGCCCACATGATTGTAATGGCCAGTGG−3’
配列番号86
HBB_fw:5’−CCAACTCCTAAGCCAGTGCCAGAAGAG−3’
配列番号87
HBB_rv:5’−AGTCAGTGCCTATCAGAAACCCAAGAG−3’
配列番号88
CCR5_fw:5’−GCACAGGGTGGAACAAGATGG−3’
配列番号89
CCR5_rv:5’−CACCACCCCAAAGGTGACCGT−3’
配列番号90
5’−GGCTGTTGTCATCTATGACCTTCCC−3’
配列番号91
5’−TGTAAACTGAGCTTGCTCGCTCG−3’
配列番号92
5’−GCACAGGGTGGAACAAGATGG−3’
Claims (50)
- 初代細胞において標的核酸の遺伝子調節を誘導するための方法であって、
(a)標的核酸に相補的な第1のヌクレオチド配列、およびCRISPR関連タンパク質(Cas)ポリペプチドと相互作用する第2のヌクレオチド配列を含む修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)であって、前記第1のヌクレオチド配列および/または前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの1個または複数が修飾型ヌクレオチドである、修飾型単一ガイドRNA;ならびに
(b)Casポリペプチド、CasポリペプチドをコードするmRNA、および/またはCasポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクター
を初代細胞へ導入するステップ
を含み、
前記修飾型sgRNAが前記Casポリペプチドを標的核酸へ導き、
前記修飾型sgRNAが、対応する非修飾型sgRNAと比較して増強した活性で標的核酸の遺伝子調節を誘導する、方法。 - 前記増強した活性が、前記修飾型sgRNAの増加した安定性および/または前記修飾型sgRNAの標的核酸に対する増加した特異性を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸が標的DNAまたは標的RNAを含む、請求項1または2に記載の方法。
- 前記遺伝子調節が前記標的DNAのゲノム編集を含む、請求項3に記載の方法。
- 前記ゲノム編集が、標的DNAの相同組換え修復(HDR)または非相同末端結合(NHEJ)を含む、請求項4に記載の方法。
- 組換えドナー修復鋳型を前記初代細胞へ導入するステップをさらに含む、請求項4または5に記載の方法。
- 前記組換えドナー修復鋳型が、前記標的DNAの2つの重複しない相同部分を含む2つのヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列が、ゲノム編集を受ける前記標的DNAに対応するヌクレオチド配列の5’末端および3’末端に位置する、請求項6に記載の方法。
- 前記組換えドナー修復鋳型が、一塩基多型(SNP)を正すための変異をコードするヌクレオチド配列を含む合成の一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド(ssODN)鋳型、および標的DNAの2つの重複しない相同部分を含む2つのヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列が、変異をコードするヌクレオチド配列の5’末端および3’末端に位置する、請求項6に記載の方法。
- 前記遺伝子調節が、エンドヌクレアーゼ欠損Casポリペプチドを用いた、前記標的DNAまたは前記標的RNAの遺伝子発現の阻害または活性化を含む、請求項3に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAおよび前記Casポリペプチドを前記初代細胞へ導入する前に、前記初代細胞が多細胞生物体から単離される、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記多細胞生物体が、植物、多細胞原生生物、多細胞真菌、または動物である、請求項10に記載の方法。
- 前記初代細胞が、幹細胞、免疫細胞、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 前記幹細胞が、造血幹細胞・造血前駆細胞(HSPC)、間葉幹細胞、神経幹細胞、臓器幹細胞、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー細胞、単球、末梢血単核細胞(PBMC)、末梢血リンパ球(PBL)、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAおよび前記Casポリペプチドを前記初代細胞へ導入した後に、前記初代細胞またはその子孫が前記多細胞生物体へ戻される、請求項10〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 前記初代細胞が初代細胞集団を含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが、前記初代細胞集団の少なくとも約30%において前記標的核酸の遺伝子調節を誘導する、請求項16に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが、前記初代細胞集団の少なくとも約40%において前記標的核酸の遺伝子調節を誘導する、請求項16に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが、前記初代細胞集団の少なくとも約50%において前記標的核酸の遺伝子調節を誘導する、請求項16に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが、前記初代細胞集団の少なくとも約60%において前記標的核酸の遺伝子調節を誘導する、請求項16に記載の方法。
- 前記修飾型ヌクレオチドが、リボース基、リン酸基、核酸塩基、またはそれらの組合せにおける修飾を含む、請求項1〜20のいずれか1項に記載の方法。
- 前記リボース基における修飾が、前記リボース基の2’位における修飾を含む、請求項21に記載の方法。
- 前記リボース基の2’位における修飾が、2’−O−メチル、2’−フルオロ、2’−デオキシ、2’−O−(2−メトキシエチル)、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項22に記載の方法。
- 前記リン酸基における修飾が、ホスホロチオエート修飾を含む、請求項21に記載の方法。
- 前記修飾型ヌクレオチドが、2’−O−メチル(M)ヌクレオチド、2’−O−メチル3’−ホスホロチオエート(MS)ヌクレオチド、2’−O−メチル3’−チオPACE(MSP)ヌクレオチド、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第1のヌクレオチド配列が約20ヌクレオチド長である、請求項1〜25のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第1のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの少なくとも2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、またはそれ以上が、修飾型ヌクレオチドである、請求項1〜26のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型ヌクレオチドが、前記第1のヌクレオチド配列の5’末端に、もしくは5’末端の近くに、および/または前記第1のヌクレオチド配列内の内部の位置に位置する、請求項1〜27のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第1のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの約10%から約30%までが修飾型ヌクレオチドである、請求項1〜28のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第2のヌクレオチド配列が約80ヌクレオチド長である、請求項1〜29のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの少なくとも2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、またはそれ以上が、修飾型ヌクレオチドである、請求項1〜30のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型ヌクレオチドが、前記第2のヌクレオチド配列の3’末端に、もしくは3’末端の近くに、および/または前記第2のヌクレオチド配列内の内部の位置に位置する、請求項1〜31のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの約1%から約10%までが修飾型ヌクレオチドである、請求項1〜32のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが、前記第1のヌクレオチド配列の5’末端、または5’末端の近くにおける1個、2個、または3個の連続した、または非連続の修飾型ヌクレオチド、および前記第2のヌクレオチド配列の3’末端、または3’末端の近くにおける1個、2個、または3個の連続した、または非連続の修飾型ヌクレオチドを含む、請求項1〜33のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが、前記第1のヌクレオチド配列の5’末端における3個の連続した修飾型ヌクレオチド、および前記第2のヌクレオチド配列の3’末端における3個の連続した修飾型ヌクレオチドを含む、請求項34に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが化学合成される、請求項1〜35のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAが少なくとも2個の異なる修飾型sgRNAを含み、各修飾型sgRNAが、異なる標的核酸へ方向づけられている、請求項1〜36のいずれか1項に記載の方法。
- 前記Casポリペプチドが、前記CasポリペプチドをコードするmRNAである、請求項1〜37のいずれか1項に記載の方法。
- 前記Casポリペプチドが、Cas9ポリペプチド、そのバリアント、またはその断片である、請求項1〜38のいずれか1項に記載の方法。
- 前記初代細胞へ導入するステップが、前記初代細胞をエレクトロポレーションすることを含む、請求項1〜39のいずれか1項に記載の方法。
- 対象において遺伝的疾患を予防または処置するための方法であって、
前記遺伝的疾患に関連した標的遺伝子における変異を正すのに十分な量で修飾型単一ガイドRNA(sgRNA)を前記対象に投与するステップであって、前記修飾型sgRNAが、前記標的遺伝子に相補的な第1のヌクレオチド配列、およびCRISPR関連タンパク質(Cas)ポリペプチドと相互作用する第2のヌクレオチド配列を含み、かつ前記第1のヌクレオチド配列および/または前記第2のヌクレオチド配列におけるヌクレオチドの1個または複数が修飾型ヌクレオチドである、ステップ
を含む、方法。 - 前記遺伝的疾患が、X連鎖重症複合免疫不全症、鎌状赤血球貧血、サラセミア、血友病、腫瘍症、癌、HIV感染症、加齢黄斑変性、統合失調症、トリヌクレオチドリピート障害、脆弱X症候群、プリオン関連障害、筋萎縮性側索硬化症、薬物依存、自閉症、アルツハイマー病、パーキンソン病、嚢胞性線維症、血液凝固性疾患または障害、炎症、免疫関連疾患または障害、代謝性疾患、肝臓疾患および障害、腎臓疾患および障害、筋肉/骨格疾患および障害、神経学的および神経細胞の疾患および障害、心血管疾患および障害、肺疾患および障害、ならびに眼疾患および障害からなる群から選択される、請求項41に記載の方法。
- Casポリペプチド、CasポリペプチドをコードするmRNA、および/またはCasポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクターを対象に投与するステップをさらに含む、請求項41または42に記載の方法。
- 前記Casポリペプチドが、Cas9ポリペプチド、そのバリアント、またはその断片である、請求項43に記載の方法。
- 組換えドナー修復鋳型を前記対象に投与するステップをさらに含む、請求項41〜44のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNAの投与が、対応する非修飾型sgRNAの投与と比較して、前記標的遺伝子において前記変異を正す前記Casポリペプチドの効果を増強する、請求項41〜45のいずれか1項に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNA、Casポリペプチド、および/または組換えドナー修復鋳型が、薬学的に許容される担体と共に前記対象に投与される、請求項45または46に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNA、Casポリペプチド、および/または組換えドナー修復鋳型が、ナノ粒子、リポソーム、ミセル、ビロソーム、核酸複合体、およびそれらの組合せからなる群から選択される送達系によって前記対象へ投与される、請求項45〜47のいずれか1項に記載の方法。
- 前記核酸複合体が、前記Casポリペプチドと複合体化した前記修飾型sgRNAを含む、請求項48に記載の方法。
- 前記修飾型sgRNA、Casポリペプチド、および/または組換えドナー修復鋳型が、経口、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮内、皮下、細動脈内、脳室内、頭蓋内、病巣内、髄腔内、局所的、経粘膜、鼻腔内、およびそれらの組合せからなる群から選択される送達経路によって対象へ投与される、請求項45〜49のいずれか1項に記載の方法。
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