JP2017046698A - ペプチド癌抗原特異的t細胞のレセプター遺伝子 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】WT1蛋白に対するWT1特異的細胞傷害性T細胞(CTL)のT細胞レセプター(TCR)遺伝子のCDR3領域のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の提供。これらのヌクレオチド配列、アミノ酸配列を用いる癌の検査や癌治療の方法、これらのヌクレオチド配列、アミノ酸配列を含む癌の検査のためのチップ、プライマーセット、キット、装置等の提供。
【選択図】なし
Description
すなわち、本発明は以下のものを提供する。
(1)WT1特異的細胞障害性T細胞(CTL)のT細胞レセプター(TCR)のVβ鎖のCDR3をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号:1〜756に示すいずれかのCDR3ヌクレオチド配列を有するDNA、またはその相補的RNA、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチド;
(2)配列番号:1〜756に示すいずれかのCDR3ヌクレオチド配列からなるDNA、またはその相補的RNA、またはそれらの相補配列からなる(1)記載のポリヌクレオチド;
(3)WT1特異的細胞障害性T細胞(CTL)のT細胞レセプター(TCR)のVβ鎖のCDR3のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号:757〜1512に示すいずれかのCDR3アミノ酸配列を有するペプチド;
(4)配列番号:757〜1512に示すいずれかのCDR3アミノ酸配列からなる(3)記載のペプチド;
(5)(1)または(2)記載のポリヌクレオチドあるいは(3)または(4)記載のペプチドの、癌マーカーとしての使用;
(6)治療前にHLA−A*0201陽性患者から得られた試料中の、(1)または(2)記載のいずれかのポリヌクレオチドあるいは(3)または(4)記載のいずれかのペプチドを有するWT1特異的CTLのクロナリティーを調べることを特徴とする、癌の診断方法であって、該クロナリティーが複数であるWT1特異的CTLが存在する場合に、該クロナリティーが複数であるWT1特異的CTLの種類が多いほど、あるいは該クロナリティーが複数であるWT1特異的CTLのクロナリティーが大きいほど、患者が癌にかかっている可能性が高いと判定する方法;
(7)治療前の患者におけるいずれかのCDR3ポリヌクレオチドまたはいずれかのCDR3ペプチドを有する3以上のクロナリティーを有するWT1特異的CTLのクロナリティーが大きいほど、あるいは3以上のクロナリティーを有するWT1特異的CTLの種類が多いほど、該患者が癌にかかっている可能性が高いと判定する(6)記載の方法;
(8)治療前においてHLA−A*0201陽性患者から得られた試料中の、(1)または(2)記載のいずれかのポリヌクレオチドあるいは(3)または(4)記載のいずれかのペプチドを有するWT1特異的CTLの種類およびクロナリティーを調べることを特徴とする、WT1ペプチド免疫療法に対する患者の感受性を調べる方法であって、該患者におけるクロナリティーが複数であるWT1特異的CTLの種類が、WT1ペプチド免疫療法に対する無応答者のそれよりも多い場合に、WT1ペプチド免疫療法に対する該患者の感受性があると判定する方法;
(9)治療前の患者におけるクロナリティーが複数であるWT1特異的CTLクローンの種類が多いほど、あるいはクロナリティーが大きいほど、WT1ペプチド免疫療法に対する該患者の感受性が高いと判定する(8)記載の方法;
(10)WT1ペプチド免疫療法の前後において、HLA−A*2402陽性患者から得られた試料中の、(1)または(2)記載のいずれかのポリヌクレオチドあるいは(3)または(4)記載のいずれかのペプチドを有するWT1特異的CTLクローンのクロナリティーを調べることを特徴とする、該患者におけるWT1ペプチド免疫療法のモニタリング方法であって、いずれかのクローンに関してWT1ペプチド免疫療法前よりもWT1ペプチド免疫療法後において該WT1特異的CTLのクロナリティーが増加した場合に、該患者がWT1ペプチド免疫療法に応答したと判定する方法;
(11)WT1ペプチド免疫療法後において、クロナリティーの増加の割合が大きいほど、あるいはクロナリティーが増加したクローンの種類が多いほど、WT1ペプチド免疫療法に対する応答性が高いと判定する(10)記載の方法;
(12)(3)または(4)記載のペプチドに対する抗体;
(13)(1)または(2)記載のポリヌクレオチド、(3)または(4)記載のペプチド、あるいは(12)記載の抗体を含むチップ;
(14)配列番号:1513〜1538に示す配列から選択される配列を有するCDR3ポリペプチド増幅用プライマー;
(15)(1)または(2)記載のポリヌクレオチドあるいは(3)または(4)記載のペプチドを有するWT1特異的CTLを検出するための手段を含む、癌の診断キット、WT1ペプチド免疫療法に対する癌患者の感受性を調べるためのキット、またはWT1ペプチド免疫療法のモニタリング用キット;
(16)(1)または(2)記載のポリヌクレオチドあるいは(3)または(4)記載のペプチドを有するWT1特異的CTLを検出するための手段を含む、癌の診断装置、WT1ペプチド免疫療法に対する癌患者の感受性を調べるための装置、またはWT1ペプチド免疫療法のモニタリング用装置;
(17)(13)記載のチップまたは(14)記載のプライマーを含む(15)記載のキット;
(18)(13)記載のチップまたは(14)記載のプライマーが用いられる(16)記載の装置;
(19)(1)または(2)記載のポリヌクレオチド配列を含むT細胞レセプター遺伝子を導入したHLA−A*0201陽性癌患者のリンパ球。
(1)細胞試料
5人の健常人ボランティア(HD1〜HD5)ならびに6人のHLA−A*0201陽性固形癌患者(PT1〜PT6)から末梢血試料を得た。健常人および癌患者のHLA−アレルは、HD1:0201/2402、HD2:0201/0206、HD3:0201/2602、HD4:0201/3303、HD5:0201/2402、PT1:0201/2402、PT2:0201/2402、PT3:0201/2402、PT4:0201/2402、PT5:0201/2402、PT6:0201/2402であった。得られた末梢血試料をFicoll-Hypaque(Pharmacia, Uppsala, Sweden)を用いる密度勾配遠心分離に供して末梢血単核細胞(PBMCs)を分離し、使用するまで−170℃にて冷凍した。
先ず、1試料あたり2x106個のPBMCsを、FACSバッファー(2%ウシ胎児血清含有PBS)中にて37℃で30分、PE抱合HLA−A*0201−WT1 126−134テトラマー(MBL, Tokyo, Japan)にて染色した。次いで、下記の5色の蛍光標識モノクローナル抗体にて、暗所かつ氷上で25分染色した:FITC−標識抗−CD4、CD14、CD16、CD19およびCD56、抗−CD3−PerCP、抗−CD8−APC−Cy7(BD Bioscience, San Jose, CA)、抗−CD45RA−APCおよび抗−CCR7−PE−Cy7(BD Pharmingen, San Diego, CA)。染色された細胞をFACSバッファーにて2回洗浄した。FACSAria装置(BD Biosciences)を用いてソーティングを行い、FACSDivaソフトウェア(BD Biosciences)にてデータ解析を行って、CD4−CD14−CD16−CD19−CD56−細胞フラクション中の単一のHLA−A*0201−WT1126−134テトラマー+CD3+CD8+細胞を得て、WT1−Tet+細胞と定義した。
上記のごとく得られた単一WT1−Tet+細胞を反応ミックスを入れたPCRチューブに直接ソーティングし(反応体積20μl)、50℃で90分インキュベーションしてcDNA合成を行い、次いで、反応を停止させるために95℃で5分インキュベーションした。RT反応液組成を表1に示す。
上記手順により得た10μlの合成cDNA生成物を、40μlの反応ミックス中に添加し、1st PCR反応を行った。PCR手順は以下のとおりであった:プレ−PCR加熱工程を95℃で9分、次いで、95℃で45秒の変性工程、57℃で45秒のアニーリング工程および72℃で50秒の伸長工程からなるサイクルを40サイクル。1st PCR反応液組成を表2に示す。
Vb PCR−2ミックスは、S3ミックス、S4ミックスおよびS8ミックスを含んでいた。
Vb PCR−3ミックスは、S5ミックスおよびS6ミックスを含んでいた。
表中<>はその中から1つの塩基を選択することを意味する。例えば....<ct>....と標記した場合は、....c....および....t....の2種の配列があることを意味する。
3rd PCT生成物を2%アガロースゲル電気泳動にかけ、陽性反応を確認した。増幅されたTCR−β遺伝子フラグメントを、QIAquick PCR Purification kit(Qiagen, Valencia, CA)により精製した。対応するVbプライマーを用いて配列決定を行った。配列決定にはABI PRIAM BigDye Terminator v 3.1 Cycle Sequencing kit(Applied Biosystems, Foster City, CA, USA)を用い、ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer(Applied Biosystems)にて分析を行った。IMGTヒトTCR遺伝子データベースのサイト
(http://imgt.cines.fr/IMGT_vquest/vquest?livret=0&Option=humanTcRfor)と比較することによりCDR3の配列データを分析した。
本発明において、HLA−A*0201の5人の健常人(HD1〜HD5)および6人の癌患者(PT1〜PT6)の末梢血単核球中の636種のTCRβ鎖遺伝子の塩基配列を決定し、それらがコードするアミノ酸配列も決定することができた。健常人(HD1〜HD5)および癌患者(PT1〜PT6)由来のWT1特異的CTLのVβ鎖遺伝子の配列、J領域の配列、D領域の配列、N領域の配列、CDR3ヌクレオチド配列およびCDR3アミノ酸配列を図1−1〜図1−9に示す。各人のWT1特異的CTLのクロナリティーを図2−1〜図2−13に示す。また、CDR3ヌクレオチド配列を配列番号:1〜636に示し、CDR3アミノ酸配列を配列番号:757〜1392に示した。
Claims (15)
- WT1特異的細胞障害性T細胞(CTL)のT細胞レセプター(TCR)のVβ鎖のCDR3をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号:1〜756に示すいずれかのCDR3ヌクレオチド配列を有するDNA、またはその相補的RNA、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチド。
- 配列番号:1〜756に示すいずれかのCDR3ヌクレオチド配列からなるDNA、またはその相補的RNA、またはそれらの相補配列からなる請求項1記載のポリヌクレオチド。
- WT1特異的細胞障害性T細胞(CTL)のT細胞レセプター(TCR)のVβ鎖のCDR3のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号:757〜1512に示すいずれかのCDR3アミノ酸配列を有するペプチド。
- 配列番号:757〜1512に示すいずれかのCDR3アミノ酸配列からなる請求項3記載のペプチド。
- 請求項1または2記載のポリヌクレオチドあるいは請求項3または4記載のペプチドの、癌マーカーとしての使用。
- 治療前にHLA−A*0201陽性患者から得られた試料中の、請求項1または2記載のいずれかのポリヌクレオチドあるいは請求項3または4記載のいずれかのペプチドを有するWT1特異的CTLのクロナリティーを調べることを特徴とする、癌の診断方法であって、該クロナリティーが複数であるWT1特異的CTLが存在する場合に、該クロナリティーが複数であるWT1特異的CTLの種類が多いほど、あるいは該クロナリティーが複数であるWT1特異的CTLのクロナリティーが大きいほど、患者が癌にかかっている可能性が高いと判定する方法。
- 治療前の患者におけるいずれかのCDR3ポリヌクレオチドまたはいずれかのCDR3ペプチドを有する3以上のクロナリティーを有するWT1特異的CTLのクロナリティーが大きいほど、あるいは3以上のクロナリティーを有するWT1特異的CTLの種類が多いほど、該患者が癌にかかっている可能性が高いと判定する、請求項6記載の方法。
- 請求項3または4記載のペプチドに対する抗体。
- 請求項1または2記載のポリヌクレオチド、請求項3または4記載のペプチド、あるいは請求項8記載の抗体を含むチップ。
- 配列番号:1513〜1538に示す配列から選択される配列を有するCDR3ポリペプチド増幅用プライマー。
- 請求項1または2記載のポリヌクレオチドあるいは請求項3または4記載のペプチドを有するWT1特異的CTLを検出するための手段を含む、癌の診断キット。
- 請求項1または2記載のポリヌクレオチドあるいは請求項3または4記載のペプチドを有するWT1特異的CTLを検出するための手段を含む、癌の診断装置。
- 請求項9記載のチップまたは請求項10記載のプライマーを含む請求項11記載のキット。
- 請求項9記載のチップまたは請求項10記載のプライマーが用いられる請求項12記載の装置。
- 請求項1または2記載のポリヌクレオチド配列を含むT細胞レセプター遺伝子を導入したHLA−A*0201陽性癌患者のリンパ球。
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