JP2012520059A - プロタンパク質およびその使用方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2009年2月23日に出願された米国仮特許出願第61/154,730号の利益を主張し、この米国仮特許出願の全体は本明細書中に参考として援用される。
参照による組み入れ
本明細書で言及するすべての刊行物、特許、および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願がそれぞれ特異的におよび個別に参照により組み入れられることが指摘されたのと同じ程度まで、参照により本明細書に組み入れられている。
本開示はプロタンパク質を提供する。
(ペプチドマスク)−(リンカー)−(機能性タンパク質)
(機能性タンパク質)−(リンカー)−(ペプチドマスク)
(ペプチドマスク)−(活性化可能リンカー)−(機能性タンパク質)
(機能性タンパク質)−(活性化可能リンカー)−(ペプチドマスク)
ペプチドマスクおよび切断可能なリンカーは上の式で別個の構成要素として指摘されないが、本明細書で開示されるすべての例示的な実施形態において、たとえば切断可能なリンカーがペプチドマスク内に完全にまたは部分的に含有されるように、ペプチドマスクおよび切断可能なリンカーのアミノ酸配列が重複可能であることが熟慮されることに注目すべきである。加えて上の式は、プロタンパク質要素のN末端側またはC末端側に位置決めされ得る追加のアミノ酸配列を提供する。
(ペプチドマスク)−(任意の可撓性リンカー)−(活性化可能リンカー)−(任意の可撓性リンカー)−(機能性タンパク質)
(機能性タンパク質)−(任意の可撓性リンカー)−(活性化可能リンカー)−(任意の可撓性リンカー)−(ペプチドマスク)
上記の要素に加えて、プロタンパク質は、追加の要素または特別の特色、たとえば追加の治療部分、興味のある細胞または組織への送達を容易にするターゲティング部分、プロタンパク質の局在化を促進する標的受容体へ直接結合する部分、たとえばプロタンパク質の血清半減期を延長する免疫グロブリンのFc領域などにカップリングすることができる。
(細胞取り込みのターゲティング部分)−(ペプチドマスク)−(活性化可能リンカー)−(機能性タンパク質)
(機能性タンパク質)−(活性化可能リンカー)−(ペプチドマスク)−(細胞取り込みのターゲティング部分)
(Fc)−(ペプチドマスク)−(活性化可能リンカー)−(機能性タンパク質)(機能性タンパク質)−(活性化可能リンカー)−(ペプチドマスク)−(Fc)
ペプチドマスクにカップリングされているときの、機能性タンパク質のその結合パートナーに対する解離定数(Kd)は、ペプチドマスクにカップリングされていないときの、機能性タンパク質のその結合パートナーに対するKdよりも大きい。反対に、ペプチドマスクにカップリングされているときの、機能性タンパク質のその結合パートナーに対する結合親和性は、ペプチドマスクにカップリングされていないときの、機能性タンパク質のその結合パートナーに対する結合親和性よりも低い。
本開示は、機能性タンパク質の結合パートナーまたは標的への相互作用を阻害するペプチドマスクにカップリングされた、全長タンパク質または機能性タンパク質フラグメントを提供する。本開示によって熟慮される使用のための機能性タンパク質は、いずれかの全長タンパク質またはその機能性フラグメント(互換的に「機能性タンパク質」と呼ばれる)であり得る。機能性タンパク質によって、全長タンパク質、またはその機能性フラグメントが関連する生物活性、すなわち結合、ターゲティング、シグナル伝達などを保持することが指摘される。いったんアンマスクされると、機能性タンパク質のその結合パートナーまたは標的への結合は、望ましい生物学的効果、たとえば標的タンパク質の活性の阻害および/または標的タンパク質の検出を提供することができる。いったんアンマスクされると、機能性タンパク質は1つの結合パートナーまたは複数の結合パートナーに結合することができる。
本開示は、機能性タンパク質が結合パートナーと相互作用するのを阻害するペプチドマスク(互換的にマスキングペプチドまたはマスキング部分とも呼ばれる)にカップリングされた、機能性タンパク質を提供する。ペプチドマスクは、機能性タンパク質と特異的に相互作用して、機能性タンパク質とその結合パートナーとの間の相互作用を低減または阻害することができる。
(ペプチドマスク)−(機能性タンパク質)
(機能性タンパク質)−(ペプチドマスク)
(ペプチドマスク)−(リンカー)−(機能性タンパク質)
(機能性タンパク質)−(リンカー)−(ペプチドマスク)
例示的なペプチドマスクは、表3および14に示すような配列を含有することができる。本発明のペプチドマスクは、表3に示す配列から選択される配列または少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%もしくは95%のその相同性を有する配列を含有することができる。本発明のペプチドマスクは、表14に示す配列から選択される配列または少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%もしくは95%のその相同性を有する配列を含有することができる。
本発明は、ペプチドマスクおよびプロタンパク質がその結合パートナーを結合する能力を調節する活性化可能部分またはドメインの両方を含有する活性化可能プロタンパク質を提供する。このような組成物は、活性化可能プロタンパク質と呼ばれる。
プロタンパク質およびその構成要素を同定および/または最適化する方法、ならびにこのような方法で有用な組成物を後述する。
候補プロタンパク質およびその構成要素のライブラリ、ならびに複製可能な生物学的実体での提示
概して、プロタンパク質、その構成要素、たとえばペプチドマスク/ペプチドおよび切断可能なリンカーを同定するおよび/またはプロタンパク質を活性化可能表現型に最適化するスクリーニング方法は、その表面上に複数の異なる候補プロタンパク質を提示する複製可能な生物学的実体(細胞によって例示される)のライブラリの産生を包含する。次にこれらのライブラリにスクリーニング方法を受けさせて、プロタンパク質およびその構成要素の1つ以上の望ましい特徴を有する、候補プロタンパク質および構成要素を同定することができる。
本開示は、プロタンパク質および/または候補プロタンパク質をコードする配列を含むベクターおよび核酸構築物をさらに提供する。好適な核酸構築物は、これに限定されるわけではないが、原核細胞および真核細胞にて発現可能である構築物を含む。発現構築物は一般に、該発現構築物が使用される宿主細胞と適合性であるように選択される。ある実施形態において、ベクターはタンパク質およびペプチドマスクまたはタンパク質、ペプチドマスク、および切断可能なリンカーをコードする。
スクリーニング方法で使用するための候補プロタンパク質の産生は、当分野で公知の方法を使用して達成することができる。ポリペプチド提示、単鎖抗体提示、抗体提示および抗体フラグメント提示は、当分野で周知の方法である。概して、候補プロタンパク質ライブラリにおいて変動されるプロタンパク質の要素、たとえばペプチドマスクがランダム化のために選択される。ライブラリ中の候補プロタンパク質は、完全にランダム化することができるか、部分的にランダム化することができるか、またはそのランダム化において、たとえば一般にヌクレオチド/残基頻度において、もしくは要素内の(複数の)アミノ酸の位置において偏らせることができる。たとえばプロタンパク質要素(たとえば候補ペプチドマスク)を部分的にランダム化して、アミノ酸のサブセットのみを選択された位置に提供して(たとえば可撓性リンカーをアミノ酸配列中の選択された位置に提供し 、望ましい特徴(たとえば疎水性、極性、正に荷電した、負に荷電したなど)のアミノ酸残基を提供することができる。別の例において、プロタンパク質要素(たとえば候補ペプチドマスク)を部分的にランダム化して、別の方法でランダム化されたアミノ酸配列内の1個以上の残基がプロタンパク質ライブラリメンバの集団またはサブ集団のうちで選択され、(たとえば候補ペプチドマスク内の望ましい位置にシステインを提供するために)不変のまま保持することができる。
ペプチドマスクのスクリーニング方法
一般に、望ましいマスキング表現型を有するペプチドマスクおよびペプチドマスクのスクリーニング方法は、(機能性タンパク質を結合するメンバを同定するための)ポジティブ・スクリーニング・ステップおよび(機能性タンパク質を結合しないメンバを同定するための)ネガティブ・スクリーニング・ステップによって達成される。ネガティブ・スクリーニング・ステップは、ペプチドマスクの非存在下で機能性タンパク質を結合するメンバを集団から消耗させることによって達成することができる。本明細書に記載するライブラリスクリーニング方法は、最初にネガティブスクリーニングを行って機能性タンパク質を結合しない候補を選択して、次にポジティブスクリーニング(すなわち候補ペプチドマスクを提示する複製可能な生物学的実体のライブラリを機能性タンパク質に曝露して、機能性タンパク質を結合するメンバを選択する)を行うことによって開始できることに注目すべきである。
概して、プロタンパク質の望ましい活性化可能表現型を得るための候補基質のスクリーニング方法は、(酵素への曝露後に基質を切断するメンバを同定するための)ポジティブ・スクリーニング・ステップおよび(酵素への曝露時に基質を切断しないメンバを同定するための)ネガティブ・スクリーニング・ステップによって達成される。ネガティブ・スクリーニング・ステップは、たとえば、プロテアーゼの非存在下で基質を切断するメンバを集団から消耗させることによって達成することができる。本明細書に記載するライブラリスクリーニング方法は、最初にネガティブスクリーニングを行って酵素処置の非存在下では基質を切断しない候補を選択して、次にポジティブスクリーニング(すなわち酵素によって処置して、基質を切断するメンバを選択する を行うことによって開始できることに注目すべきである。
概して、望ましい活性化可能表現型を有する候補プロタンパク質のスクリーニング方法は、ポジティブ・スクリーニング・ステップ(酵素への曝露後に結合パートナーを結合するメンバを同定するための)およびネガティブ・スクリーニング・ステップ(酵素へ曝露されないときに結合パートナーを結合しないメンバを同定するための)によって達成される。ネガティブ・スクリーニング・ステップは、プロテアーゼの非存在下で結合パートナーを結合するメンバを集団から消耗させることによって達成することができる。本明細書に記載するライブラリスクリーニング方法は、最初にネガティブスクリーニングを行って酵素処置の非存在下では標識結合パートナーを結合しない(すなわち切断されていないときに標識結合パートナーを結合しない)候補を選択して、次にポジティブスクリーニング(すなわち酵素によって処置して、切断状態の標識結合パートナーを結合するメンバを選択する)を行うことによって開始できることに注目すべきである。
本明細書で使用する場合、「標識」、「検出可能な標識」および「検出可能な部分」は互換的に使用されて、これに限定されるわけではないが、放射性同位元素、蛍光剤、化学発光剤、発色団、酵素、酵素基質、酵素補因子、酵素阻害剤、発色団、染料、金属イオン、金属ゾル、リガンド(たとえばビオチン、アビジン、ストレプトアビジンまたはハプテン)などを含む検出可能な分子を指す。「蛍光剤」という用語は、検出可能な範囲の蛍光を呈することが可能な物質またはその部分(portion)を指す。標識としての使用に好適な例示的な検出可能な部分は、親和性タグおよび蛍光タンパク質を含む。
興味のあるプロタンパク質の分離および回収を提供するいずれの好適な方法も利用され得る。たとえば興味のあるプロタンパク質を提示する細胞は、FACS、免疫クロマトグラフィーによって、または検出可能な標識が磁性である場合には、磁気分離によって分離され得る。分離の結果として、集団は、望ましい特徴を呈する、たとえば切断後に結合パートナーへの結合を呈するまたは切断の非存在下で結合パートナーへの結合の低下を有するもしくは検出可能な結合を有さない細胞が濃縮される。
本明細書に記載するプロタンパク質は、提供された切断可能なリンカー−タンパク質の併用による好適な被験体の処置方法での使用のために選択することができる。プロタンパク質の例示的な非制限的な使用は、C型肝炎、および新脈管形成のためである。たとえば(たとえば上記のような)病態に罹患している患者に、治療的有効量のプロタンパク質を投与することができる。
本明細書で提供される組成物およびプロタンパク質は、治療薬および診断薬を含む多様な目的に有用であることができる。
肝臓病態の処置におけるインターフェロンシグナル伝達経路を調節するプロタンパク質の使用
プロタンパク質がインターフェロンシグナル伝達を調節する機能性タンパク質を含有する場合、たとえば機能性タンパク質がIFN−αであるとき、プロタンパク質はC型肝炎ウイルス感染および肝癌(たとえば肝細胞癌に)などの病態の処置に用途が見出される。
癌阻害プロタンパク質は、複数の種類の腫瘍の処置に用途が見出される。
本明細書に記載する組成物の治療能力は、改変機能性タンパク質のより高い生体内分布生体内分布および生物学的利用能を可能にする。本明細書に記載する組成物は、改善された生物学的利用能を有するタンパク質治療薬を提供し、該機能性タンパク質治療薬のその結合パートナーへの結合の親和性は、罹患組織と比較したときに健常組織において低い。ペプチドマスクにカップリングされた機能性タンパク質を含む薬学的組成物は、健常組織よりも罹患組織において、その結合パートナーに対するより高い親和性を提示することができる。好ましい実施形態において、罹患組織での親和性は、健常組織での親和性よりも5〜10,000,000倍高い。例示的な実施形態において、罹患組織における親和性は、健常組織における親和性よりも約10,000倍高い。
本開示のプロタンパク質はたとえば、治療的有効量の興味のある活性化可能のマスクされたタンパク質および担体である薬学的に許容され得る賦形剤(薬学的に許容され得る担体とも呼ばれる)を含有する薬学的組成物に組み入れることができる。多くの薬学的に許容され得る賦形剤は当分野で公知であり、一般に投与経路、処置される病態、および当分野で十分に理解されている他のこのような変数に従って選択される。薬学的に許容され得る賦形剤は、たとえばA.Gennaro(2000)“Remington:The Science and Practice of Pharmacy,”20th edition,Lippincott,Williams,& Wilkins;Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems(1999)H.C.Anselら、eds.,7th ed.,Lippincott,Williams,& Wilkins;およびHandbook of Pharmaceutical Excipients(2000)A.H.Kibbeら、eds.,3rd ed.Amer.Pharmaceutical Assoc.を含む多様な刊行物に詳細に記載されている。薬学的組成物は、他の構成要素、たとえばpH調整剤および緩衝剤、等張化剤、安定剤、湿潤剤なども含むことができる。いくつかの実施形態において、ナノ粒子またはリポソームは、プロタンパク質を含む薬学的組成物を担持する。
プロタンパク質は、診断方法および/または撮像方法でも使用できる。たとえば、酵素的に切断可能なリンカーを有するプロタンパク質を使用して、切断可能なリンカーの切断が可能である酵素の存在または非存在を検出することができる。このようなプロタンパク質は診断に使用することができ、該診断は、所与の宿主生物の所与の組織における活性化プロタンパク質の蓄積の測定を通じた、興味のある結合パートナーの存在を伴う酵素活性のインビボ検出(たとえば定性的または定量的)を含む。
ペプチドライブラリのスクリーニングおよびIFN−αに特異的なペプチドマスクの同定
インターフェロン−α(IFN−α)のペプチドマスクを同定するために、ペプチドライブラリをスクリーニングした。IFN−αを使用してランダム15×ペプチドライブラリをスクリーニングした。ここでXは、総多様性は5×1010である、いずれかのアミノ酸である。スクリーニングは、最初のラウンドのMACS(磁気活性化細胞ソーティング)と、続いての4ラウンドのFACS(蛍光活性化細胞ソーティング)から成った。最初のMACSおよび3ラウンドのFACSは、500nMの濃度のビオチン化IFN−αによって行った。MACSの場合、約1×1011個の細胞の結合をスクリーニングして、3.4×107個の細胞を収集した。ニュートラアビジン−PEを最初のFACSラウンドの蛍光プローブとして使用した。FACS選択の4回目のラウンドは、500nMダイライト標識IFN−α(ダイライト−IFN−α)を用いて行った。FACSソーティングの3回目および4回目のラウンドを図2に、ダイライト−IFN−αで標識して示す。
プロ−IFN−αの構築および発現
PhoA制御の下でのインターフェロン−αの構築:ヒトインターフェロン−α遺伝子をOpen Biosystemsから購入した。IFN−αをファージミド(Phagmid)X(PhoA駆動細菌発現ベクター)中に以下の方式でクローニングした。IFN−αはプライマーCX0573およびCX0566を使用して増幅した。PhoAプロモータをファージミド(Phagmid)Xから、プライマーCX0571およびCX0572を使用して増幅した。これらの2つの重複生成物を1つのポリメラーゼ連鎖反応で合せて、プライマーCX0581およびCX0572を使用して増幅した。HindIIIおよびEcoRI制限部位を使用して、最終生成物をファージミド(Phagmid)X中にクローニングした。
プロ−IFN−αマスキングおよびアンマスキングの分析
プロ−IFN−αのマスキングを実証するために、再折畳みタンパク質の47−MMP−IFN−αまたは49−MMP−IFN−αをMMP−9消化緩衝液(50mMトリス、20mM NaCl、2mM CaCl2、100μM ZnCl2、pH6.82)中1:1で希釈して、試料の半分をMMP−9約35ユニットで37℃にて3時間消化した。続いて消化および非消化物質60、40、20、および6.6μLをPBS−T(PBS、0.05% ツイーン、pH7.4)中の2%脱脂粉乳400μLに添加して、記載するようにELISAで分析した:
インターフェロンELISA:組換えインターフェロン受容体1−Fc(IFNR1−Fc)融合タンパク質(R&D Systems)を使用してIFN−α結合を検出した。簡潔には、ELISAプレートに受容体をPBS中5μg/mLの濃度でRTにて1時間吸収させた。次にウェルをPBS−T中2%脱脂粉乳でRTにて1時間遮断した。3つの濃度60、40、20および6.6nMのインターフェロン−αをウェルのPBS−T中2%脱脂粉乳100μLに添加した。ウェルをPBS−Tで3回洗浄して、インターフェロンを、ウェル当りPBS−T中の2%脱脂粉乳100uL中の力価1:2000の抗muFc−HRPコンジュゲート(Fisher)と混合した力価1:1000の抗His6モノクローナル抗体(Invitrogen)によって検出した。ELISAを製造者のプロトコルに従って、TMB(Pierce)100μLによって展開させた(図3)。図3は、MMP−9による処置前後の、2つのプロ−インターフェロン−α分子、プロ−インターフェロン−α−47(表7および8)およびプロ−インターフェロン−α−49CS(表8および9)の結合を示す。図3の最初の4本の棒(細かいチェック柄)は、処置前にプロ−インターフェロン−α−49CSはIFNRAに結合できないが、マスク49CSのMMP−9除去後には、得られたIFN−α(2組目の4本の棒、図、大きいチェック柄)分子がIFNRAに結合することを示す。対照的にマスク47は、プロ−インターフェロン−α−47中に包含されているときに、IFNRAへのIFN−α結合を弱く遮断して(図3、3組目の棒、水平線)、これはMMP9を用いた処置によって回復される(図3、最後の4本の棒、垂直線)。
括弧は各種の配列ドメイン間の境界を表す:
(リンカー)−(マスキングペプチド)−(リンカー)−(MMP−9基質)−(リンカー)−(IFN−α)−(親和性タグ)
括弧は各種の配列ドメイン間の境界を表す:
(リンカー)−(マスキングペプチド)−(リンカー)−(MMP−9基質)−(リンカー)−(IFN−α)−(親和性タグ)
候補基質およびペプチドマスクを提示するマトリプターゼまたはHCV NS3/4活性化可能IFN−αプロタンパク質ライブラリの構築および試験
望ましい活性化特徴(すなわち切断配座にあるときのIFNRA受容体結合と比べた、未切断配座にあるときのそのIFNRA受容体への結合の低下)を有するIFN−αプロタンパク質を同定するために、可変マトリプターゼまたはHCV NS3/4切断可能なリンカーおよびペプチドマスク中の異なる可変アミノ酸配列およびペプチドマスク中のシステインの各種位置を有する候補IFN−αプロタンパク質が生成された。
マスクされた可溶性プラスミンまたはMMP−9活性化可能Notch受容体タンパク質の構築
マスクされたプラスミン−活性化可能可溶性Notch受容体フラグメントおよびマスクされたMMP9−活性化可能可溶性Notch受容体フラグメントを構築するための配列が本実施例で供給される。これらのプロタンパク質は、付着ペプチドマスクのために正常条件下で不活性である。細菌細胞表面提示を使用して、可溶性Notch受容体タンパク質の好適なペプチドマスクを見出す。本実施例において、選択されたペプチドマスクは、酵素媒介活性化の後の標的化結合に適するようになるプロタンパク質構築物を作るための誘因として使用されるプラスミンまたはMMP−9酵素基質のどちらかと併用される。
括弧は各種の配列ドメイン間の境界を表す:
(ペプチドマスク)−(リンカー)−(プラスミン基質)−(GGリンカー)−(可溶性Notch受容体フラグメント)
括弧は各種の配列ドメイン間の境界を表す:
(ペプチドマスク)−(リンカー)−(MMP9基質)−(GGリンカー)−(可溶性Notch受容体フラグメント)
Claims (79)
- 抗体でも抗体フラグメントでもない機能性タンパク質を含む組成物であって、該機能性タンパク質が、(i)該機能性タンパク質のその結合パートナーへの結合を阻害し、(ii)該結合パートナーのアミノ酸配列を有さない、ペプチドマスクにカップリングされている、組成物。
- 前記機能性タンパク質が、切断されることが可能である切断可能なリンカーにさらにカップリングされ、それにより、(i)未切断状態では、前記ペプチドマスクが該機能性タンパク質のその結合パートナーへの結合を阻害し、(ii)切断状態では、該ペプチドマスクが該機能性タンパク質のその結合パートナーへの結合を阻害しない、請求項1に記載の組成物。
- 前記切断可能なリンカーは、酵素によって特異的に切断することが可能であり、還元剤によって還元することが可能であり、または光分解することが可能である、請求項2に記載の組成物。
- ペプチドマスクにカップリングされた前記機能性タンパク質が組換え発現されている、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが前記機能性タンパク質にとって固有のものである、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが前記機能性タンパク質からいったんアンカップリングすると、治療効果を有する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクの長さが8〜15アミノ酸である、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクがその結合パートナーに対して50%未満のアミノ酸配列相同性を有する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが50%未満の遺伝的にコードされていないアミノ酸を含有する、請求項1に記載の組成物。
- 前記遺伝的にコードされていないアミノ酸がD−アミノ酸、β−アミノ酸、またはγ−アミノ酸である、請求項9に記載の組成物。
- 前記機能性タンパク質が全長タンパク質、全長タンパク質の機能性フラグメント、球状タンパク質、繊維状タンパク質、またはマルチマータンパク質である、請求項1に記載の組成物。
- 前記機能性タンパク質がリガンドである、請求項1に記載の組成物。
- 前記リガンドがインターフェロンタンパク質である、請求項12に記載の組成物。
- 前記インターフェロンタンパク質がI型インターフェロン、II型インターフェロン、およびIII型インターフェロンから成る群より選択される、請求項13に記載の組成物。
- インターフェロンタンパク質がIFN−α、IFN−β、IFN−ω、およびIFN−γから成る群より選択される、請求項13に記載の組成物。
- インターフェロンタンパク質がIFN−αである、請求項13に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが表3に示す配列から選択された配列または少なくともその90%の相同性を有する配列を含有する、請求項16に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクがコンセンサス配列TDVDYYREWXXXXXXXXを含有する、請求項16に記載の組成物。
- IFN−αタンパク質が2a、2b、およびcon1から成る群より選択される、請求項16に記載の組成物。
- 前記結合パートナーが前記インターフェロンタンパク質の受容体である、請求項13に記載の組成物。
- 前記インターフェロンタンパク質の前記受容体がIFNAR、IFNAR1、IFNAR2、IFNGR、およびIFNLR1から成る群より選択される、請求項20に記載の組成物。
- 前記機能性タンパク質が可溶性膜タンパク質またはその機能性フラグメントである、請求項1に記載の組成物。
- 前記機能性タンパク質が可溶性受容体またはそのフラグメントである、請求項1に記載の組成物。
- 前記機能性タンパク質が受容体タンパク質の細胞外ドメインまたはそのフラクションである、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが前記可溶性受容体のそのリガンドへの結合を阻害する、請求項23に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが前記受容体のリガンド結合ドメインを阻害する、請求項25に記載の組成物。
- 前記受容体がNotchである、請求項23に記載の組成物。
- 前記Notch受容体がNotch1、Notch2、Notch3およびNotch4から成る群より選択される、請求項27に記載の組成物。
- 前記リガンドがDLL1、DLL3、DLL4、Jagged1およびJagged2から成る群より選択される、請求項25に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが表14に示す配列から選択された配列または少なくともそれの90%相同性を有する配列を含有する、請求項27に記載の組成物。
- 前記切断可能なリンカーが表2の基質から選択された酵素の基質である、請求項2に記載の組成物。
- 前記切断可能なリンカーがマトリプターゼ、プラスミン、MMP−9、uPA、HCV−NS3/4、PSA、およびレグマインから成る群より選択された酵素の基質である、請求項2に記載の組成物。
- 前記切断可能なリンカーがマトリプターゼまたはHCV−NS3/4の基質である、請求項32に記載の組成物。
- マトリプターゼ基質のコンセンサス配列がXXQAR(A/V)XまたはAGPRを含む、請求項32に記載の組成物。
- HCV−NS3/4基質のコンセンサス配列がDEXXXC(A/S)またはDLXXXT(A/S)を含む、請求項32に記載の組成物。
- MMP−9基質の配列がVHMPLGFLGPを含む、請求項32に記載の組成物。
- プラスミン基質の配列がQGPMFKSLWDを含む、請求項32に記載の組成物。
- 免疫グロブリンのFc領域をさらに含む、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクの前記機能性タンパク質への前記カップリングが非共有結合である、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが前記機能性タンパク質のその結合パートナーへの結合をアロステリックに阻害する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクが前記機能性タンパク質のその結合パートナーへの結合を立体的に阻害する、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクの前記機能性タンパク質への結合親和性が、前記結合パートナーの該機能性タンパク質への結合親和性よりも低い、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクの前記機能性タンパク質に対する解離定数(Kd)が、該機能性タンパク質のその結合パートナーに対するKdの少なくとも100倍高い、請求項1に記載の組成物。
- 前記ペプチドマスクの前記機能性タンパク質に対するKdが約5nMよりも低い、請求項43に記載の組成物。
- 前記組成物が前記切断可能なリンカーを切断することができる酵素の存在下にないとき、該組成物が該切断可能なリンカーを切断することができる該酵素の存在下にあり、該ペプチドマスクが該機能性タンパク質のその結合パートナーへの結合を阻害しないときと比較した場合に、該ペプチドマスクが該機能性タンパク質のその結合パートナーへの結合を少なくとも90%阻害する、請求項3に記載の組成物。
- 前記切断可能なリンカーが酵素により、少なくとも5×104M−1Sの速度にて特異的に切断されることができる、請求項3に記載の組成物。
- 治療的有効量の請求項2に記載の組成物および薬学的に許容され得る賦形剤を含む、薬学的組成物。
- 疾患または障害を処置する方法であって、それを必要とする被験体に治療的有効量の請求項47に記載の薬学的組成物を投与する工程を含む方法。
- 前記疾患または障害が癌である、請求項48に記載の方法。
- 前記疾患または障害が肝臓病態である、請求項48に記載の方法。
- 前記肝臓病態がC型肝炎感染または肝細胞癌である、請求項50に記載の方法。
- 哺乳動物被験体の新脈管形成を阻害する方法であって、それを必要とする被験体に治療的有効量の請求項47に記載の薬学的組成物を投与する工程を含む方法。
- 複製可能な生物学的実体の表面に提示された、複数の活性化可能機能性タンパク質の候補を含むライブラリ。
- 前記機能性タンパク質がインターフェロンまたは可溶性Notch受容体タンパク質である、請求項53に記載のライブラリ。
- a.複製可能な生物学的実体のゲノム中にペプチドマスクをそれぞれコードする組換えDNA構築物のコレクションを導入して、該導入が複製可能な組換え生物学的実体を産生する工程と;
b.該複製可能な組換え生物学的実体を候補ペプチドマスクの発現および提示に好適な条件下で培養する工程と;
を含む、候補ペプチドマスクのライブラリを作製する方法。 - 候補ペプチドマスクがインターフェロンタンパク質または可溶性Notch受容体を結合する能力についてスクリーニングされる、請求項64に記載の方法。
- 前記インターフェロンタンパク質がプロ−IFN−αである、請求項56に記載の方法。
- ペプチドマスクのスクリーニング方法であって、
a.複数の候補ペプチドマスクを機能性タンパク質と接触させる工程と;
b.メンバのうちの第1の集団を機能性タンパク質によってスクリーニングする工程を含み;
該方法がペプチドマスクの選択を提供する、方法。 - 候補ペプチドマスクがインターフェロンタンパク質または可溶性Notch受容体を結合する能力についてスクリーニングされる、請求項58に記載の方法。
- 前記インターフェロンタンパク質がプロ−IFN−αである、請求項56に記載の方法。
- ペプチドマスクにカップリングされた活性化可能機能性タンパク質のスクリーニング方法であって、
a.候補の活性化可能タンパク質の複数を、該機能性タンパク質を結合することが可能な結合パートナーおよび該活性化可能タンパク質の切断可能なリンカーを切断することが可能な酵素と接触させる工程と;
b.該酵素の存在下で該結合パートナーに結合する該複数のメンバのうちの第1の集団をスクリーニングする工程と;
c.該第1の集団を該結合パートナーと該酵素の非存在下で接触させる工程と;該第1の集団を消耗させることによって、該第1の集団から、メンバのうちの第2の集団を、該酵素の非存在下で該結合パートナーを結合するメンバについてスクリーニングする工程を含み;
該方法が、該酵素の存在下で結合する結合パートナーと比較して、該酵素の非存在下でその結合パートナーへの結合の低下を呈する活性化可能機能性タンパク質の候補の選択を提供する、方法。 - 候補ペプチドマスクがインターフェロンタンパク質または可溶性Notch受容体を結合する能力についてスクリーニングされる、請求項64に記載の方法。
- 前記インターフェロンタンパク質がプロ−IFN−αである、請求項56に記載の方法。
- ペプチドマスクにそれぞれカップリングされた活性化可能機能性タンパク質の候補のライブラリを作製する方法であって、
a.複製可能な生物学的実体のゲノム中に、複数の活性化可能機能性タンパク質の候補をコードする組換えDNA構築物のコレクションを導入して、該導入が複製可能な組換え生物学的実体を産生する工程と;
b.該複製可能な組換え生物学的実体を、該活性化可能機能性タンパク質の候補の発現および提示に好適な条件下で培養する工程を含む方法。 - 活性化可能機能性タンパク質の候補が、そのカップリングされたペプチドマスクの配列において異なる、請求項64に記載の方法。
- 前記機能性タンパク質がインターフェロンまたは可溶性Notch受容体タンパク質である、請求項64に記載の方法。
- ペプチドにカップリングされた活性化可能機能性タンパク質のスクリーニング方法であって、
a.候補の活性化可能タンパク質の複数を、該機能性タンパク質を結合することが可能な結合パートナーおよび該活性化可能タンパク質の切断可能なリンカーを切断することが可能な酵素と接触させる工程と;
b.該酵素の存在下で該結合パートナーに結合する該複数のメンバのうちの第1の集団をスクリーニングする工程と;
c.該第1の集団を該結合パートナーと、該酵素の非存在下で接触させる工程と;該第1の集団を消耗させることによって、該第1の集団から、メンバのうちの第2の集団を、該酵素の非存在下で該結合パートナーを結合するメンバについてスクリーニングする工程とを含み;
該方法が該酵素の存在下で結合する結合パートナーと比較して、該酵素の非存在下でその結合パートナーへの結合の低下を呈する活性化可能機能性タンパク質の候補の選択を提供する、方法。 - 前記機能性タンパク質がインターフェロンまたは可溶性Notch受容体タンパク質である、請求項67に記載の方法。
- 請求項2に記載の組成物をコードするベクター。
- 前記機能性タンパク質がインターフェロンタンパク質または可溶性Notch受容体タンパク質である、請求項69に記載のベクター。
- マトリプターゼによる切断が可能な基質を含む改変IFN−αタンパク質。
- HCV−NS3/4による切断が可能な基質を含む改変IFN−αタンパク質。
- マトリクスメタロプロテイナーゼによる切断が可能な基質を含む改変可溶性Notch受容体タンパク質。
- プラスミンによる切断が可能な基質を含む改変可溶性Notch受容体タンパク質。
- レグマインによる切断が可能な基質を含む改変可溶性Notch受容体タンパク質。
- uPAによる切断が可能な基質を含む改変可溶性Notch受容体タンパク質。
- PSAによる切断が可能な基質を含む改変可溶性Notch受容体タンパク質。
- ペプチドマスクおよび切断可能なリンカーにカップリングされた機能性タンパク質を含む、改善された生物学的利用能を有するC型肝炎処置のためのタンパク質治療薬であって、該タンパク質治療薬のその標的に対する結合親和性が、非肝臓組織における該タンパク質治療薬のその標的への結合と比較したときに、肝臓組織においてより高く、標的が両方の組織に存在する、タンパク質治療薬。
- 前記切断可能なリンカーがマトリプターゼまたはHCV NS3/4酵素に特異的な基質を含む、請求項78に記載のタンパク質治療薬。
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