JP2011188853A - OATP1B3mRNAの新規な選択的スプライシングバリアント - Google Patents
OATP1B3mRNAの新規な選択的スプライシングバリアント Download PDFInfo
- Publication number
- JP2011188853A JP2011188853A JP2011032501A JP2011032501A JP2011188853A JP 2011188853 A JP2011188853 A JP 2011188853A JP 2011032501 A JP2011032501 A JP 2011032501A JP 2011032501 A JP2011032501 A JP 2011032501A JP 2011188853 A JP2011188853 A JP 2011188853A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- nucleic acid
- cancer
- base sequence
- oatp1b3
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 title claims abstract description 90
- 102000015661 Solute Carrier Organic Anion Transporter Family Member 1B3 Human genes 0.000 title abstract description 141
- 108091006730 SLCO1B3 Proteins 0.000 title abstract description 140
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 110
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 110
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 102
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims abstract description 36
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 28
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims abstract description 24
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract description 13
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims abstract description 9
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 117
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 117
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 117
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 106
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 96
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 84
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 81
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 72
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 65
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 55
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 55
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 52
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 43
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 36
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 claims description 30
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 claims description 27
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 claims description 25
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 25
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 24
- 238000000691 measurement method Methods 0.000 claims description 19
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 18
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 15
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 14
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 12
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 12
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 12
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 claims description 12
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 claims description 12
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 claims description 11
- 229940022399 cancer vaccine Drugs 0.000 claims description 9
- 238000009566 cancer vaccine Methods 0.000 claims description 9
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 claims description 6
- 108091006172 SLC21 Proteins 0.000 claims description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 2
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 claims description 2
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 abstract description 12
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 abstract description 4
- 239000003183 carcinogenic agent Substances 0.000 abstract 1
- 239000008177 pharmaceutical agent Substances 0.000 abstract 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 abstract 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 50
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 50
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 48
- 239000000047 product Substances 0.000 description 34
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 34
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 27
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 22
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 21
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 21
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 20
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 20
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 19
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 19
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 14
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 14
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 14
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 14
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 13
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 13
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 12
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 12
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 11
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 11
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 10
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 10
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 9
- 101150019786 SLCO1B3 gene Proteins 0.000 description 8
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- 101000836284 Homo sapiens Solute carrier organic anion transporter family member 1B3 Proteins 0.000 description 7
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 7
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 7
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 7
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 7
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 6
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 6
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 6
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 6
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 6
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 6
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 6
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 6
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 6
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 6
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 5
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 5
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 5
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 5
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 5
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 5
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 4
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 4
- 108091008109 Pseudogenes Proteins 0.000 description 4
- 102000057361 Pseudogenes Human genes 0.000 description 4
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 4
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 4
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 4
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 4
- HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K trisodium citrate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 229940038773 trisodium citrate Drugs 0.000 description 4
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 3
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 3
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 3
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 3
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 3
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 3
- 238000011088 calibration curve Methods 0.000 description 3
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 3
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 3
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 3
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 3
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 3
- 239000007758 minimum essential medium Substances 0.000 description 3
- 238000007857 nested PCR Methods 0.000 description 3
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 3
- 238000007862 touchdown PCR Methods 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 2
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 2
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 2
- 101100281953 Homo sapiens GAPDH gene Proteins 0.000 description 2
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 2
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 2
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 2
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 2
- 238000010802 RNA extraction kit Methods 0.000 description 2
- 102100027239 Solute carrier organic anion transporter family member 1B3 Human genes 0.000 description 2
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 2
- MUMGGOZAMZWBJJ-DYKIIFRCSA-N Testostosterone Chemical compound O=C1CC[C@]2(C)[C@H]3CC[C@](C)([C@H](CC4)O)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 MUMGGOZAMZWBJJ-DYKIIFRCSA-N 0.000 description 2
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 2
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 2
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 2
- 102000050259 human SLCO1B3 Human genes 0.000 description 2
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 2
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 210000005228 liver tissue Anatomy 0.000 description 2
- HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N luminol Chemical compound O=C1NNC(=O)C2=C1C(N)=CC=C2 HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 238000000816 matrix-assisted laser desorption--ionisation Methods 0.000 description 2
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 2
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 2
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 2
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 238000000164 protein isolation Methods 0.000 description 2
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 2
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 2
- 238000010517 secondary reaction Methods 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 102100027211 Albumin Human genes 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 208000010224 Castration-Resistant Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N D-Luciferin Chemical compound OC(=O)[C@H]1CSC(C=2SC3=CC=C(O)C=C3N=2)=N1 IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N 0.000 description 1
- 108010041986 DNA Vaccines Proteins 0.000 description 1
- 229940021995 DNA vaccine Drugs 0.000 description 1
- CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N Dehydro-luciferin Natural products OC(=O)C1=CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- 108010013369 Enteropeptidase Proteins 0.000 description 1
- 102100029727 Enteropeptidase Human genes 0.000 description 1
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 108010074860 Factor Xa Proteins 0.000 description 1
- BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N Fivefly Luciferin Natural products OC(=O)C1CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- HVLSXIKZNLPZJJ-TXZCQADKSA-N HA peptide Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@@H](N)CC=1C=CC(O)=CC=1)C1=CC=C(O)C=C1 HVLSXIKZNLPZJJ-TXZCQADKSA-N 0.000 description 1
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 1
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N Luciferin Natural products CCc1c(C)c(CC2NC(=O)C(=C2C=C)C)[nH]c1Cc3[nH]c4C(=C5/NC(CC(=O)O)C(C)C5CC(=O)O)CC(=O)c4c3C DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 102000013460 Malate Dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 108010026217 Malate Dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 108700015679 Nested Genes Proteins 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 101710086015 RNA ligase Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 description 1
- 108010063829 Solute Carrier Organic Anion Transporter Family Member 1B3 Proteins 0.000 description 1
- 208000000277 Splenic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 208000024313 Testicular Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010057644 Testis cancer Diseases 0.000 description 1
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 description 1
- 208000024770 Thyroid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000002495 Uterine Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical compound N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052921 ammonium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011130 ammonium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 1
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 1
- 230000001640 apoptogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 102000006995 beta-Glucosidase Human genes 0.000 description 1
- 108010047754 beta-Glucosidase Proteins 0.000 description 1
- 201000009036 biliary tract cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020790 biliary tract neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 201000008275 breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 238000003163 cell fusion method Methods 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000004700 cellular uptake Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000003795 desorption Methods 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 235000013601 eggs Nutrition 0.000 description 1
- 238000000132 electrospray ionisation Methods 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 238000010265 fast atom bombardment Methods 0.000 description 1
- ZFKJVJIDPQDDFY-UHFFFAOYSA-N fluorescamine Chemical compound C12=CC=CC=C2C(=O)OC1(C1=O)OC=C1C1=CC=CC=C1 ZFKJVJIDPQDDFY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002431 foraging effect Effects 0.000 description 1
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 208000019691 hematopoietic and lymphoid cell neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000010842 high-capacity cDNA reverse transcription kit Methods 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 229910052588 hydroxylapatite Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 1
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000000752 ionisation method Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 201000010982 kidney cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 1
- KNJDBYZZKAZQNG-UHFFFAOYSA-N lucigenin Chemical compound [O-][N+]([O-])=O.[O-][N+]([O-])=O.C12=CC=CC=C2[N+](C)=C(C=CC=C2)C2=C1C1=C(C=CC=C2)C2=[N+](C)C2=CC=CC=C12 KNJDBYZZKAZQNG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000010841 mRNA extraction Methods 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 229920000620 organic polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- XYJRXVWERLGGKC-UHFFFAOYSA-D pentacalcium;hydroxide;triphosphate Chemical compound [OH-].[Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O XYJRXVWERLGGKC-UHFFFAOYSA-D 0.000 description 1
- 102000013415 peroxidase activity proteins Human genes 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 1
- 239000000419 plant extract Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 1
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 1
- 238000004366 reverse phase liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000003161 ribonuclease inhibitor Substances 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 1
- 238000009331 sowing Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 201000002471 spleen cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000012086 standard solution Substances 0.000 description 1
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 description 1
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 229920003002 synthetic resin Polymers 0.000 description 1
- 239000000057 synthetic resin Substances 0.000 description 1
- 201000003120 testicular cancer Diseases 0.000 description 1
- 229960003604 testosterone Drugs 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010046766 uterine cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
- A61P37/04—Immunostimulants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
- C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
- C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
- C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5011—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing antineoplastic activity
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/20—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand
- C07K2319/21—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand containing a His-tag
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
- C07K2319/41—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation containing a Myc-tag
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
- C07K2319/42—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation containing a HA(hemagglutinin)-tag
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
- C07K2319/43—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation containing a FLAG-tag
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/60—Fusion polypeptide containing spectroscopic/fluorescent detection, e.g. green fluorescent protein [GFP]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Public Health (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
Abstract
【解決手段】被検試料中のOATP1B3 mRNAの選択的スプライシングバリアントの測定方法。当該測定方法は、生体から分離した被検試料中の、特定の塩基配列を含むmRNAを、他の塩基配列を含むmRNAと識別して測定することを含む。当該測定方法は、がんの検出やがんの予防および/または治療剤のスクリーニングに有用である。
【選択図】図5
Description
(1)従来報告されているOATP1B3 mRNA(本明細書中、「OATP1B3/wt」とも称する;「wt」とは野生型(Wild Type)の意である)の選択的スプライシングバリアントが存在すること、
(2)この新たな選択的スプライシングバリアントが、がん細胞・組織において特異的に強く発現すること;および、
(3)この新たな選択的スプライシングバリアントから、いくつかのペプチドまたはタンパク質が発現しうること、
の3つの知見を得て(本明細書中、この選択的スプライシングバリアントを「OATP1B3/ct」とも称する;「ct」とはがん型(Cancer Type)の意である)、これらの知見に基づき、本発明を完成させるに至った。
(1)配列番号:1で表される塩基配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする;
(2)配列番号:2で表される塩基配列を含む核酸が共存する場合に、ストリンジェントな条件下で、当該核酸とはハイブリダイズしないか、または、当該核酸とハイブリダイズした場合であってもその3’末端がミスマッチとなる。
(1)配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列を含み、かつ、がん細胞またはがん組織において発現が増強するポリペプチド、あるいは、
(2)配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列において、10%以下のアミノ酸が置換、欠失、および/または挿入されたアミノ酸配列を含み、かつ、がん細胞またはがん組織において発現が増強するポリペプチドが提供される。当該ポリペプチドは、好ましくは、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
(1)配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;および、
(2)配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列を含み、かつ、がん細胞またはがん組織において発現が増強するポリペプチド、あるいは、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列において、10%以下のアミノ酸が置換、欠失、および/または挿入されたアミノ酸配列を含み、かつ、がん細胞またはがん組織において発現が増強するポリペプチド(以下、「機能的等価改変体」とも称する);および、
が提供される。
例えば、入江 寛編「ラジオイムノアッセイ」(講談社、昭和49年発行)、入江 寛編「続ラジオイムノアッセイ」(講談社、昭和54年発行)、石川栄治ら編「酵素免疫測定法」(医学書院、昭和53年発行)、石川栄治ら編「酵素免疫測定法」(第2版)(医学書院、昭和57年発行)、石川栄治ら編「酵素免疫測定法」(第3版)(医学書院、昭和62年発行)、「Methods in ENZYMOLOGY」 Vol. 70 (Immunochemical Techniques (Part A))、同書 Vol. 73 (Immunochemical Techniques (Part B))、同書 Vol. 74 (Immunochemical Techniques (Part C))、同書 Vol. 84 (Immunochemical Techniques (Part D: Selected Immunoassays))、同書 Vol. 92 (Immunochemical Techniques (Part E: Monoclonal Antibodies and General Immunoassay Methods))、同書 Vol. 121 (Immunochemical Techniques (Part I: HybridomaTechnology and Monoclonal Antibodies))(以上、アカデミックプレス社発行)などを参照することができる。
ゲノムDNAコンタミネーションチェック、5’cDNA末端のRNAリガーゼ媒介迅速増幅(RLM-RACE;RNA ligase-mediated rapid amplification of 5’cDNA)、逆転写PCR(RT-PCR;Reverse Transcription-Polymeraze Chain Reaction)、cDNAクローニング、定量的リアルタイムPCR(Quantitative real-time PCR)、およびGFP融合ペプチド発現プラスミドからのペプチド発現に用いたプライマーは、インビトロジェン(カールスバッド,カリフォルニア州,アメリカ)またはグライナー−バイオ−ワン(タウフキルヒェン,ドイツ)に依頼して合成したものであり、それぞれ下記の表1〜表6に示す塩基配列を有する。
ヒト結腸がん由来細胞株であるLS180細胞は大日本住友製薬(大阪)より購入した。ヒト大腸がん由来細胞株であるHCT116細胞はボーゲルシュタイン博士(Dr.Vogelstein)(ジョンズホプキンス大学、ボルチモア、メリーランド州)よりご恵与いただいた。ヒト膵臓がん由来細胞株であるPK45p細胞は東北大学加齢医学研究所付属医用細胞資源センター(仙台)より入手した。LS180細胞およびPK45p細胞は、それぞれ10%非働化ウシ胎児血清(FBS)(ジェミニ バイオ−プロダクツ,カリフォルニア州)および50単位/mLペニシリン−50μg/mLストレプトマイシン(インビトロジェン)を加えた最小必須培地(MEM;Minimum Essential Medium)(インビトロジェン)またはRPMI(Roswell Park Memorial Institute)1640培地(インビトロジェン)を培地とし、5%CO2/95%Airを気相とした37℃のCO2インキュベーター内にて培養した。
白人種肝検体は、HAB(Human and Animal Bridging)協議会(東京)より入手した。上記検体は、米国立疾病研究互助組織(NDRI;National Disease Research Interchange)(フィラデルフィア,ペンシルバニア州)を介して米国から輸入された移植不適合のヒト肝組織である。なお、上記肝組織は肝炎等の感染症のないものを用いた。なお、本研究におけるこれら検体の研究利用は、千葉大学大学院薬学研究院倫理委員会において事前に承認されている。
細胞からのtotal RNA抽出は、FastPureTMRNA Isolation Kit(タカラバイオ株式会社,滋賀)を用いてプロトコールに従いおこなった。抽出したtotal RNAにゲノムDNAの混入がないことを、20μL中にGoTaq Green Master Mix(プロメガ,マディソン,ワイオミング州)10μL、並びに、プライマー(上記表1に記載のヒトグリセルアルデヒド−3−デヒドロゲナーゼ(GAPDH) FおよびGAPDH R)各0.5μL、RNA 1μLを含む反応溶液を用いたPCRにより確認した。PCR反応は、95℃にて30秒間加熱した後、95℃10秒、50℃10秒および72℃30秒のサイクルを40回おこなった。白人種肝からのtotal RNA抽出についても、FastPureTM RNA Isolation Kitを用いてプロトコールに従いおこなった。ヒト大腸がん/正常大腸ペアtotal RNAは、アプライドバイオシステムズ(フォスターシティ,マサチューセッツ州)より購入した。
GeneRacerTMKit(インビトロジェン)を用いたRLM−5’−RACE法により、SLCO1B3遺伝子の転写開始点を決定した。テンプレートとしてヒト大腸がん由来total RNAまたは白人種肝由来total RNAを用い、手順はプロトコールに従いおこなった。PCR反応は、20μL中にGoTaq Green Master Mix 10μL、Reverse transcriptionテンプレート 1μL、10μM GeneRacerTM5’プライマーおよびReverse gene specificプライマー(上記表2に記載の「SLCO1B3 648R」)各0.5μLを含むPCR反応溶液を調製し、これを94℃にて2分間加熱した後、94℃30秒、68℃30秒、72℃1分のサイクルを5回、94℃30秒、66℃30秒、72℃1分のサイクルを5回、94℃30秒、65℃30秒、72℃1分のサイクルを30回繰り返したTouch−downPCRをおこなった。このTouch−downPCRの後、PCR反応溶液を滅菌水で5倍希釈したものをテンプレートとして、Nested−PCRをおこなった。Nested−PCRは、20μL中にGoTaq Green Master Mix 10μL、テンプレート1μL、10μM GeneRacerTM5’ NestedプライマーおよびReverse Nested gene specificプライマー(上記表2に記載の「SLCO1B3 424Rnest」)各0.5μLを含むPCR反応溶液を調製し、これを95℃にて30秒間加熱した後、95℃10秒、53℃10秒および72℃30秒のサイクルを40回繰り返した。PCR産物は3%アガロースゲル電気泳動をおこない、エチジウムブロマイド染色により可視化した。電気泳動の結果を図3に示す。図3に示すように、白人種肝由来total RNAをテンプレートとして用いたサンプルでは、既報の転写開始点(図1に示す「TSS」)由来のバンドが確認された。これに対し、ヒト大腸がん由来total RNAをテンプレートとして用いたサンプルでは、既報の転写開始点由来のバンドよりも塩基長の短いバンドが確認された。この結果から、ヒト大腸がん由来OATP1B3 mRNAにおいては、既報とは異なる(既報のものよりも下流(3’)側に位置する)転写開始点が存在することが示唆された。なお、図3に示す「Non-template control」とは、テンプレートを含まない陰性コントロールである(後述する図5における「NTC」も同旨である)。
上記4.に記載の手法により抽出したLS180細胞total RNA、PK45p細胞、ヒト大腸がん/正常大腸ペアRNAおよび白人種肝由来のtotal RNAをテンプレートとして用い、High Capacity cDNA Reverse Transcription kit(アプライド バイオシステムズ)を用いて逆転写反応をおこない、cDNAを作製した。このcDNAをテンプレートとしてRT−PCRをおこない、新規OATP1B3 mRNAの発現量を解析した。PCRは、20μL中にGoTaq Green Master Mix 10μL、テンプレートcDNA 1μL、10μM ForwardおよびReverseプライマー(上記表3に記載の「SLCO1B3 TSS in cancer 33F」および「SLCO1B3 TSS in cancer 145R」)各0.5μLを含むPCR反応溶液を調製し、これを95℃にて30秒間加熱した後、95℃10秒、各プライマーに適したアニーリング温度(上記表3に記載の「アニーリング温度」)10秒および72℃15〜20秒のサイクルを38回おこなった。PCR産物は3%アガロースゲル電気泳動をおこない、エチジウムブロマイド染色により可視化した。電気泳動の結果を図5に示す。図5に示すように、ヒト大腸がん組織に加え、大腸がん由来LS180細胞およびHCT116細胞、膵臓がん由来PK45p細胞においても新規OATP1B3 mRNAの発現が認められた。一方、正常ヒト大腸組織においてはこのmRNAの発現は認められなかった。これらの結果より、新規OATP1B3 mRNAはがん細胞/組織に高く発現する分子種であると考えられることから、これを「OATP1B3/ct」とした。
OATP1B3/ctのcDNAクローニングは、ヒト大腸がん由来のcDNAをテンプレートとして、上記表4に記載のプライマーセット(ctSLCO1B3 cloning F33およびctSLCO1B3 cloning 2149R)並びにPrimeSTAR HS DNA polymerase(タカラバイオ株式会社,滋賀)を用いたPCRによりおこなった。なお、表4に示すように、OATP1B3/ctのcDNAクローニングに用いたフォワードプライマーは、上記「6.cDNAの作製およびRT−PCR法によるmRNA発現解析」のRT−PCRに用いた「SLCO1B3 TSS in cancer 33F」と同一である。PCRは94℃3分の後、98℃10分、58℃5秒、72℃2分30秒を40サイクル繰り返し、72℃3分を最終ステップとした条件でおこなった。得られたPCR産物は1%アガロースゲル電気泳動により分離し、抽出精製した後、pCR Blunt-II TOPO vector(インビトロジェン)に挿入した。得られた構築物をXbaI(ニッポンジーン、東京)およびBamHI(ニッポンジーン)で処理することにより、OATP1B3/ct cDNAを切り出し、これを同様に処理したpcDNA3.1(-) Neo vector(インビトロジェン)とライゲーションすることにより、OATP1B3/ct/pcDNA3.1(-)を作製した。
上記6.に記載の手法により作製したGHL pool(5つの日本人肝サンプルから調製したcDNAプール)、HHL pool(5つの白人種肝サンプルから調製したcDNAプール)、ヒト大腸がん組織、LS180細胞、PK45p細胞、およびHCT116細胞のそれぞれのcDNA、並びに、上記7.に記載の手法により作製したプラスミドを用いて定量的リアルタイムPCRをおこない、検量線法を用いてOATP1B3/ctおよびOATP1B3/wtのそれぞれのmRNAの定量をおこなった。PCRおよびDNA増幅の検出には、ABI PRISM(登録商標) 7000(アプライド バイオシステムズ)を用いた。
図7に示すように、OATP1B3/ct mRNAの各フレームには推定オープンリーディングフレーム(ORF;Open reading frame)が存在する。フレーム1の2つのORFはそれぞれ10アミノ酸からなるペプチドおよび27アミノ酸からなるペプチドをコードすると推定される(f1−1、f1−2)。また、フレーム2のORFはOATP1B3/wtのフレームの途中を開始コドンとしてそのままOATP1B3/wtの終止コドンを共有する655アミノ酸からなるタンパク質をコードすると推定される(f2)。さらに、フレーム3のORFは43アミノ酸からなるペプチドをコードすると推定される(f3)。これら翻訳産物の発現を解析するため、OATP1B3/ct mRNAのフレーム1およびフレーム3に存在するペプチドコード領域(f1−1、f1−2、f3)並びに、フレーム2に存在するタンパク質コード領域のN末端領域20アミノ酸(f2)のC末端側のそれぞれにGFPを融合したタンパク質(f1−1/GFP、f1−2/GFP、f2/GFP、f3/GFP)を発現させるプラスミドを作製した。
mCherry/pcDNA3.1(-) 320ng/ウェルと、各GFP融合ペプチド発現プラスミドまたはempty pcDNA3.1 (-)Neo(mock) 320ng/ウェルとの混合物にOPTI-MEM(登録商標)(インビトロジェン)100μL/ウェル、およびPlus Reagent(インビトロジェン)0.5μL/ウェルを混合し、Lipofectamin LTX(インビトロジェン)1.6μL/ウェルを加え293FT細胞3.5×105細胞/ウェルとともに24ウェルプレートに播種した。播種から24時間後、GFP由来の緑色蛍光およびmCherry由来の赤色蛍光をOlympus Fluoview ver2.3(オリンパス、東京)を用いて観察した。結果を図8に示す。ここで、図8において、緑色はGFP由来の蛍光であり、赤色はトランスフェクションコントロールであるmCherry由来の蛍光である。また、両蛍光の重ね合わせをMergeとして示し、微分干渉像をPhaseとして示す。なお、解析に用いたレーザー強度・照射時間は全て等しくした。
OATP1B3/ctのcDNAの塩基配列を表す。
〔配列番号:2〕
OATP1B3/wtのcDNAの塩基配列を表す。
〔配列番号:3〕
OATP1B3/wtによりコードされるタンパク質のアミノ酸配列を表す。
〔配列番号:4〕
OATP1B3/ctのフレーム1−1(終止コドン含む)の塩基配列を表す。
〔配列番号:5〕
OATP1B3/ctのフレーム1−1によりコードされるペプチド(f1−1)のアミノ酸配列を表す。
〔配列番号:6〕
OATP1B3/ctのフレーム1−2(終止コドン含む)の塩基配列を表す。
〔配列番号:7〕
OATP1B3/ctのフレーム1−2によりコードされるペプチド(f1−2)のアミノ酸配列を表す。
〔配列番号:8〕
OATP1B3/ctのフレーム2(終止コドン含む)の塩基配列を表す。
〔配列番号:9〕
OATP1B3/ctのフレーム2によりコードされるポリペプチド(f2)のアミノ酸配列を表す。
〔配列番号:10〕
OATP1B3/ctのフレーム3(終止コドン含む)の塩基配列を表す。
〔配列番号:11〕
OATP1B3/ctのフレーム3によりコードされるペプチド(f3)のアミノ酸配列を表す。
〔配列番号:12〕
ヒトGAPDH遺伝子の増幅に用いたフォワードプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:13〕
ヒトGAPDH遺伝子の増幅に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:14〕
RLM−5’−RACEのTouch-down PCRに用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:15〕
RLM−5’−RACEのNested-PCRに用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:16〕
RT−PCRおよびOATP1B3/ctのcDNAクローニングに用いたフォワード
プライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:17〕
RT−PCRに用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:18〕
OATP1B3/ctのcDNAクローニングに用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:19〕
OATP1B3/wtのcDNAクローニングに用いたフォワードプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:20〕
OATP1B3/wtのcDNAクローニングに用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:21〕
定量的リアルタイムPCRにおいてOATP1B3/ctの検出に用いたフォワードプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:22〕
定量的リアルタイムPCRにおいてOATP1B3/ctの検出に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:23〕
定量的リアルタイムPCRにおいてOATP1B3/wtの検出に用いたフォワードプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:24〕
定量的リアルタイムPCRにおいてOATP1B3/wtの検出に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:25〕
f1-1/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:5のアミノ酸配列からなるペプチドの発現に用いたフォワードプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:26〕
f1-1/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:5のアミノ酸配列からなるペプチドの発現に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:27〕
f1-2/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:7のアミノ酸配列からなるペプチドの発現、f2/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:9のアミノ酸配列からなるタンパク質の発現、およびf3/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:11のアミノ酸配列からなるペプチドの発現に用いたフォワードプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:28〕
f1-2/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:7のアミノ酸配列からなるペプチドの発現に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:29〕
f2/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:9のアミノ酸配列からなるタンパク質の発現に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:30〕
F3/GFP/pcDNA3.1からの配列番号:11のアミノ酸配列からなるペプチドの発現に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:31〕
F1-1/GFP/pcDNA3.1、f1-2/GFP/pcDNA3.1、f2/GFP/pcDNA3.1、およびf3/GFP/pcDNA3.1からのGFPタンパク質の発現に用いたフォワードプライマーの塩基配列を表す。
〔配列番号:32〕
F1-1/GFP/pcDNA3.1、f1-2/GFP/pcDNA3.1、f2/GFP/pcDNA3.1、およびf3/GFP/pcDNA3.1からのGFPタンパク質の発現に用いたリバースプライマーの塩基配列を表す。
Claims (30)
- 生体から分離した被検試料中のOATP1B3(Organic Anion Transporting Polypeptide 1B3)mRNAの選択的スプライシングバリアントの測定方法であって、
前記被検試料中の、配列番号:1で表される塩基配列を含むmRNAを、配列番号:2で表される塩基配列を含むmRNAと識別して測定することを含む、測定方法。 - 配列番号:1で表される塩基配列におけるエキソンSVの存在を指標として、配列番号:1で表される塩基配列を含むmRNAを測定する、請求項1に記載の測定方法。
- 前記エキソンSVを含む領域に設定したプライマーを一方のプライマーとして用いる核酸増幅法により、配列表の配列番号:1で表される塩基配列を含むmRNAまたはそのcDNAの部分領域を特異的に増幅し、増幅産物を測定することを含む、請求項2に記載の測定方法。
- 前記プライマーの塩基数が15〜35である、請求項3に記載の測定方法。
- 前記核酸増幅法がRT−PCR法である、請求項3または4に記載の測定方法。
- 以下の条件を満足する核酸:
(1)配列番号:1で表される塩基配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする;
(2)配列番号:2で表される塩基配列を含む核酸が共存する場合に、ストリンジェントな条件下で、当該核酸とハイブリダイズしないか、または、当該核酸とハイブリダイズした場合であってもその3’末端がミスマッチとなる。 - 配列番号:1で表される塩基配列におけるエキソンSVを含む領域とハイブリダイズする、請求項6に記載の核酸。
- 塩基数が10以上である、請求項6または7に記載の核酸。
- 塩基数が15〜35である、請求項8に記載の核酸。
- 配列番号:1で表される塩基配列または当該塩基配列の部分領域と同じ塩基配列またはこれらの塩基配列のうち10%以下の塩基が置換されてなる塩基配列からなる、請求項6〜9のいずれか1項に記載の核酸。
- OATP1B3 mRNAの選択的スプライシングバリアントの測定に用いられる、請求項6〜10のいずれか1項に記載の核酸。
- 核酸増幅用のプライマー、またはプローブである、請求項11に記載の核酸。
- 請求項11または12に記載の核酸を含む、OATP1B3 mRNAの選択的スプライシングバリアントの測定用キット。
- 請求項1〜5のいずれか1項に記載の測定方法により、または、請求項13に記載の測定用キットを用いて、生体から分離した被検試料中のOATP1B3 mRNAの選択的スプライシングバリアントを測定することを含む、がんの検出方法。
- 配列番号:1で表される塩基配列を含むOATP1B3 mRNAの選択的スプライシングバリアントを測定する、請求項14に記載の検出方法。
- 前記がんが大腸がんまたは膵臓がんである、請求項14または15に記載の検出方法。
- 請求項1〜5のいずれか1項に記載の測定方法により、または、請求項13に記載の測定用キットを用いて、がん細胞を被検物質の存在下で培養して得られる培養細胞中のOATP1B3 mRNAの選択的スプライシングバリアントを測定する工程と、
得られた測定結果を、前記被検物質の非存在下における場合と比較および/または評価する工程と、
を含む、がんの予防および/または治療剤のスクリーニング方法。 - 配列番号:1で表される塩基配列を含む、OATP1B3(Organic Anion Transporting Polypeptide 1B3)mRNAの選択的スプライシングバリアント。
- (1)配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列を含み、かつ、がん細胞またはがん組織において発現が増強するポリペプチド、あるいは、
(2)配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列において、10%以下のアミノ酸が置換、欠失、および/または挿入されたアミノ酸配列を含み、かつ、がん細胞またはがん組織において発現が増強するポリペプチド。 - 配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、または配列番号:11で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。
- 請求項19または20に記載のポリペプチドをコードする核酸。
- 請求項21に記載の核酸を含む発現ベクター。
- 請求項22に記載の発現ベクターで形質転換された細胞。
- 請求項19または20に記載のポリペプチドに結合する抗体。
- 配列番号4、配列番号6、配列番号8、または配列番号10で表される塩基配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、少なくとも15塩基を有する核酸。
- 生体から分離した被検試料中の、請求項19または20に記載のポリペプチドの量を測定することを含む、がんの検出方法。
- 請求項24に記載の抗体を測定に用いる、請求項26に記載の検出方法。
- 請求項24に記載の抗体を含む、がんの検出用キット。
- 請求項19または20に記載のポリペプチドもしくはその断片、または、請求項21に記載の核酸もしくはその断片を含む、特異的な細胞傷害性T細胞を誘導するための医薬。
- がんワクチンである、請求項29に記載の医薬。
Priority Applications (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2011032501A JP5901046B2 (ja) | 2010-02-19 | 2011-02-17 | OATP1B3mRNAの新規な選択的スプライシングバリアント |
US13/030,485 US9404158B2 (en) | 2010-02-19 | 2011-02-18 | Alternative splicing variant of OATP1B3 mRNA |
US13/759,101 US9115405B2 (en) | 2010-02-19 | 2013-02-05 | Alternative splicing variant of OATP1B3 mRNA |
US15/226,278 US10011881B2 (en) | 2010-02-19 | 2016-08-02 | Alternative splicing variant of OATP1B3 mRNA |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2010035166 | 2010-02-19 | ||
JP2010035166 | 2010-02-19 | ||
JP2011032501A JP5901046B2 (ja) | 2010-02-19 | 2011-02-17 | OATP1B3mRNAの新規な選択的スプライシングバリアント |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2011188853A true JP2011188853A (ja) | 2011-09-29 |
JP2011188853A5 JP2011188853A5 (ja) | 2014-04-03 |
JP5901046B2 JP5901046B2 (ja) | 2016-04-06 |
Family
ID=44794450
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011032501A Expired - Fee Related JP5901046B2 (ja) | 2010-02-19 | 2011-02-17 | OATP1B3mRNAの新規な選択的スプライシングバリアント |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US9404158B2 (ja) |
JP (1) | JP5901046B2 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016194993A1 (ja) * | 2015-06-02 | 2016-12-08 | 国立大学法人鹿児島大学 | 癌型slco1b3を標的とする核酸医薬 |
Families Citing this family (98)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20100022414A1 (en) | 2008-07-18 | 2010-01-28 | Raindance Technologies, Inc. | Droplet Libraries |
US20080003142A1 (en) | 2006-05-11 | 2008-01-03 | Link Darren R | Microfluidic devices |
US8772046B2 (en) | 2007-02-06 | 2014-07-08 | Brandeis University | Manipulation of fluids and reactions in microfluidic systems |
WO2008130623A1 (en) | 2007-04-19 | 2008-10-30 | Brandeis University | Manipulation of fluids, fluid components and reactions in microfluidic systems |
US12038438B2 (en) | 2008-07-18 | 2024-07-16 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Enzyme quantification |
CA2735250A1 (en) * | 2008-07-30 | 2010-02-04 | Nippon Steel Kankyo Engineering Co., Ltd. | Universal nucleic acid probe set and method for utilization thereof |
EP3298994B1 (en) | 2008-12-22 | 2019-05-29 | Medical College of Wisconsin, Inc. | Apparatus for limiting growth of eye length |
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
EP3392349A1 (en) | 2010-02-12 | 2018-10-24 | Raindance Technologies, Inc. | Digital analyte analysis |
US9399797B2 (en) | 2010-02-12 | 2016-07-26 | Raindance Technologies, Inc. | Digital analyte analysis |
RU2603082C2 (ru) * | 2010-07-09 | 2016-11-20 | Сергентис Б.В. | Способы секвенирования трехмерной структуры исследуемой области генома |
EP2614160B1 (en) | 2010-09-10 | 2016-04-06 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Detection of rna-interacting regions in dna |
EP2675913B1 (en) | 2011-02-15 | 2016-12-14 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Detecting methylation in a subpopulation of genomic dna |
EP2675819B1 (en) | 2011-02-18 | 2020-04-08 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Compositions and methods for molecular labeling |
DE202012013668U1 (de) | 2011-06-02 | 2019-04-18 | Raindance Technologies, Inc. | Enzymquantifizierung |
US8658430B2 (en) | 2011-07-20 | 2014-02-25 | Raindance Technologies, Inc. | Manipulating droplet size |
KR20140066782A (ko) * | 2011-09-29 | 2014-06-02 | 루미넥스 코포레이션 | 가수분해 프로브 |
CN103946285B (zh) * | 2011-12-02 | 2016-07-06 | 东丽株式会社 | 聚酯膜、太阳能电池背板、太阳能电池 |
EP3495817A1 (en) * | 2012-02-10 | 2019-06-12 | Raindance Technologies, Inc. | Molecular diagnostic screening assay |
US10941396B2 (en) | 2012-02-27 | 2021-03-09 | Becton, Dickinson And Company | Compositions and kits for molecular counting |
WO2013129457A1 (ja) * | 2012-02-27 | 2013-09-06 | 東レ株式会社 | 核酸の検出方法 |
US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
EP4397767A3 (en) | 2012-08-14 | 2024-07-31 | 10X Genomics, Inc. | Microcapsule compositions and methods |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10221442B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10273541B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-04-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US9951386B2 (en) | 2014-06-26 | 2018-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
CA2894694C (en) | 2012-12-14 | 2023-04-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
EP3998342A1 (en) | 2013-02-08 | 2022-05-18 | 10X Genomics, Inc. | Partitioning and processing of analytes and other species |
US20140272959A1 (en) * | 2013-03-14 | 2014-09-18 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of Hybridizing Probes to Genomic DNA |
ES2711168T3 (es) | 2013-08-28 | 2019-04-30 | Becton Dickinson Co | Análisis masivo en paralelo de células individuales |
US11901041B2 (en) | 2013-10-04 | 2024-02-13 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Digital analysis of nucleic acid modification |
JP2017504307A (ja) | 2013-10-07 | 2017-02-09 | セルラー リサーチ, インコーポレイテッド | アレイ上のフィーチャーをデジタルカウントするための方法およびシステム |
US20160273027A1 (en) * | 2013-11-26 | 2016-09-22 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods for detecting nucleic acids proximity |
US9944977B2 (en) | 2013-12-12 | 2018-04-17 | Raindance Technologies, Inc. | Distinguishing rare variations in a nucleic acid sequence from a sample |
WO2015147370A1 (en) * | 2014-03-28 | 2015-10-01 | Seegene, Inc. | Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures |
EP3126524B1 (en) * | 2014-04-04 | 2020-07-22 | Affymetrix, Inc. | Improved compositions and methods for molecular inversion probe assays |
BR112016023625A2 (pt) | 2014-04-10 | 2018-06-26 | 10X Genomics, Inc. | dispositivos fluídicos, sistemas e métodos para encapsular e particionar reagentes, e aplicações dos mesmos |
WO2015200893A2 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations |
GB201413718D0 (en) * | 2014-08-01 | 2014-09-17 | Olink Ab | Method for selecting a target nucleic acid sequence |
US9975122B2 (en) | 2014-11-05 | 2018-05-22 | 10X Genomics, Inc. | Instrument systems for integrated sample processing |
JP6629224B2 (ja) * | 2014-11-06 | 2020-01-15 | 公立大学法人大阪 | クランピングプローブ |
KR102321863B1 (ko) | 2015-01-12 | 2021-11-08 | 10엑스 제노믹스, 인크. | 핵산 시퀀싱 라이브러리의 제조 방법 및 시스템 및 이를 이용하여 제조한 라이브러리 |
EP3250716B1 (en) * | 2015-01-30 | 2021-07-07 | President and Fellows of Harvard College | Microscope-free imaging |
ES2975332T3 (es) | 2015-02-19 | 2024-07-04 | Becton Dickinson Co | Análisis unicelular de alto rendimiento que combina información proteómica y genómica |
EP4286516A3 (en) | 2015-02-24 | 2024-03-06 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
ES2836802T3 (es) | 2015-02-27 | 2021-06-28 | Becton Dickinson Co | Códigos de barras moleculares espacialmente direccionables |
US10787707B2 (en) | 2015-02-27 | 2020-09-29 | University Of Washington | Methods and reagents for predicting predisposition to refractive error |
EP3277843A2 (en) | 2015-03-30 | 2018-02-07 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for combinatorial barcoding |
US20160299129A1 (en) * | 2015-04-07 | 2016-10-13 | Xiaolei Qiu | Ultra Sensitive and Specific Multiplex Biosensor System Based on Multiple Cooperative Interactions |
WO2016172373A1 (en) * | 2015-04-23 | 2016-10-27 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for whole transcriptome amplification |
US11124823B2 (en) | 2015-06-01 | 2021-09-21 | Becton, Dickinson And Company | Methods for RNA quantification |
WO2017044574A1 (en) | 2015-09-11 | 2017-03-16 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid library normalization |
US11371094B2 (en) | 2015-11-19 | 2022-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides |
CN108350499B (zh) * | 2015-11-19 | 2022-05-13 | 10X基因组学有限公司 | 可转化标记组合物、方法及结合其的过程 |
DK3882357T3 (da) | 2015-12-04 | 2022-08-29 | 10X Genomics Inc | Fremgangsmåder og sammensætninger til analyse af nukleinsyrer |
US10822643B2 (en) | 2016-05-02 | 2020-11-03 | Cellular Research, Inc. | Accurate molecular barcoding |
WO2017197338A1 (en) | 2016-05-13 | 2017-11-16 | 10X Genomics, Inc. | Microfluidic systems and methods of use |
US10301677B2 (en) | 2016-05-25 | 2019-05-28 | Cellular Research, Inc. | Normalization of nucleic acid libraries |
EP4407625A2 (en) | 2016-05-26 | 2024-07-31 | Becton, Dickinson and Company | Molecular label counting adjustment methods |
US10640763B2 (en) | 2016-05-31 | 2020-05-05 | Cellular Research, Inc. | Molecular indexing of internal sequences |
US10202641B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-02-12 | Cellular Research, Inc. | Error correction in amplification of samples |
TWI773680B (zh) | 2016-08-01 | 2022-08-11 | 華盛頓大學 | 眼鏡、眼用鏡片、隱形鏡片及製造該眼鏡之方法 |
CN109923213B (zh) | 2016-09-20 | 2023-02-28 | 哈佛学院院长及董事 | 分子验证*** |
KR102522023B1 (ko) | 2016-09-26 | 2023-04-17 | 셀룰러 리서치, 인크. | 바코딩된 올리고뉴클레오티드 서열을 갖는 시약을 이용한 단백질 발현의 측정 |
US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10815525B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
WO2018132610A1 (en) | 2017-01-13 | 2018-07-19 | Cellular Research, Inc. | Hydrophilic coating of fluidic channels |
EP4029939B1 (en) | 2017-01-30 | 2023-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
CN110382708A (zh) | 2017-02-01 | 2019-10-25 | 赛卢拉研究公司 | 使用阻断性寡核苷酸进行选择性扩增 |
CN110914743B (zh) | 2017-05-08 | 2021-08-13 | 视窗视觉公司 | 用于降低近视的接触镜片及用于制造该接触镜片的方法 |
SG11201901822QA (en) | 2017-05-26 | 2019-03-28 | 10X Genomics Inc | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
US20180340169A1 (en) | 2017-05-26 | 2018-11-29 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
CN110719959B (zh) | 2017-06-05 | 2021-08-06 | 贝克顿迪金森公司 | 针对单细胞的样品索引 |
SG11201913654QA (en) | 2017-11-15 | 2020-01-30 | 10X Genomics Inc | Functionalized gel beads |
US10829815B2 (en) | 2017-11-17 | 2020-11-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles |
US11946095B2 (en) | 2017-12-19 | 2024-04-02 | Becton, Dickinson And Company | Particles associated with oligonucleotides |
US10884264B2 (en) | 2018-01-30 | 2021-01-05 | Sightglass Vision, Inc. | Ophthalmic lenses with light scattering for treating myopia |
SG11202009889VA (en) | 2018-04-06 | 2020-11-27 | 10X Genomics Inc | Systems and methods for quality control in single cell processing |
US11773441B2 (en) | 2018-05-03 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | High throughput multiomics sample analysis |
JP7358388B2 (ja) | 2018-05-03 | 2023-10-10 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 反対側の転写物末端における分子バーコーディング |
EP3861134A1 (en) | 2018-10-01 | 2021-08-11 | Becton, Dickinson and Company | Determining 5' transcript sequences |
CN112969789A (zh) | 2018-11-08 | 2021-06-15 | 贝克顿迪金森公司 | 使用随机引发的单细胞全转录组分析 |
EP3894552A1 (en) | 2018-12-13 | 2021-10-20 | Becton, Dickinson and Company | Selective extension in single cell whole transcriptome analysis |
WO2020150356A1 (en) | 2019-01-16 | 2020-07-23 | Becton, Dickinson And Company | Polymerase chain reaction normalization through primer titration |
CN113574178A (zh) | 2019-01-23 | 2021-10-29 | 贝克顿迪金森公司 | 与抗体关联的寡核苷酸 |
WO2020214642A1 (en) | 2019-04-19 | 2020-10-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data |
WO2021016239A1 (en) | 2019-07-22 | 2021-01-28 | Becton, Dickinson And Company | Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay |
US11287422B2 (en) | 2019-09-23 | 2022-03-29 | Element Biosciences, Inc. | Multivalent binding composition for nucleic acid analysis |
US11773436B2 (en) | 2019-11-08 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Using random priming to obtain full-length V(D)J information for immune repertoire sequencing |
WO2021146207A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for quantitation of proteins and rna |
EP4150118A1 (en) | 2020-05-14 | 2023-03-22 | Becton Dickinson and Company | Primers for immune repertoire profiling |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
US11739443B2 (en) | 2020-11-20 | 2023-08-29 | Becton, Dickinson And Company | Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6582908B2 (en) * | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
US6964868B1 (en) * | 1998-01-28 | 2005-11-15 | Nuvelo, Inc. | Human genes and gene expression products II |
US20040142325A1 (en) * | 2001-09-14 | 2004-07-22 | Liat Mintz | Methods and systems for annotating biomolecular sequences |
US7250496B2 (en) * | 2002-11-14 | 2007-07-31 | Rosetta Genomics Ltd. | Bioinformatically detectable group of novel regulatory genes and uses thereof |
JP2007119390A (ja) | 2005-10-27 | 2007-05-17 | Tohoku Univ | 大腸癌患者の予後を予測する方法 |
-
2011
- 2011-02-17 JP JP2011032501A patent/JP5901046B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2011-02-18 US US13/030,485 patent/US9404158B2/en active Active
-
2013
- 2013-02-05 US US13/759,101 patent/US9115405B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2016
- 2016-08-02 US US15/226,278 patent/US10011881B2/en not_active Expired - Fee Related
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
JPN6015015659; 日本薬学会第130年会要旨集3 Vol.130, No.3, 20100305, p.108, 29SH-am15 * |
JPN6015015660; 第25回日本薬物動態学会年会講演要旨集 [online] , 20101215, 1-P-21 * |
JPN6015015662; 第83回日本生化学会大会要旨集 , 20101119, 2P-0856 * |
JPN6015015663; Biochem. J. Vol.371, Part3, 2003, pp.897-905 * |
JPN6015015665; Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. Vol.293, No.1, 2007, pp.G271-G278 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016194993A1 (ja) * | 2015-06-02 | 2016-12-08 | 国立大学法人鹿児島大学 | 癌型slco1b3を標的とする核酸医薬 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP5901046B2 (ja) | 2016-04-06 |
US9404158B2 (en) | 2016-08-02 |
US20120014977A1 (en) | 2012-01-19 |
US10011881B2 (en) | 2018-07-03 |
US20130203064A1 (en) | 2013-08-08 |
US20160333426A1 (en) | 2016-11-17 |
US9115405B2 (en) | 2015-08-25 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5901046B2 (ja) | OATP1B3mRNAの新規な選択的スプライシングバリアント | |
JP6430560B2 (ja) | 前立腺癌マーカーとしてのホスホジエステラーゼ4d7 | |
WO2014017491A1 (ja) | Cep55遺伝子とret遺伝子との融合遺伝子 | |
US20150344965A1 (en) | Compositions and Methods for Treating or Preventing Prostate Cancer and for Detecting Androgen Receptor Variants | |
WO2013018882A1 (ja) | Kif5b遺伝子とret遺伝子との融合遺伝子、並びに該融合遺伝子を標的としたがん治療の有効性を判定する方法 | |
US10711311B2 (en) | Genomic rearrangements associated with prostate cancer and methods of using the same | |
US20210395834A1 (en) | Abca1 downregulation in prostate cancer | |
KR20180109811A (ko) | 항암 치료 내성 판단 방법 및 상기 방법에 사용되는 조성물 | |
JP6387001B2 (ja) | Cdk阻害剤と関連するバイオマーカー | |
US9822184B2 (en) | DCLK1 short form specific binding agents | |
KR102025005B1 (ko) | 전암성 병변에서 조기 간암을 진단 및 예측할 수 있는 바이오 마커 및 이의용도 | |
JP5316749B2 (ja) | シスプラチン耐性遺伝子診断方法及びシスプラチン治療効果遺伝子診断キット | |
JP6312861B2 (ja) | がん発症の予測、早期診断、及び治療剤としてのnkx6.3の用途 | |
KR102202120B1 (ko) | 알츠하이머 질환의 진단 또는 치료를 위한 Ube2h의 용도 | |
JP2008169132A (ja) | Lin7cの癌の転移診断への応用 | |
KR102042332B1 (ko) | 간암의 재발 및 예후 예측용 tcirg1 마커 및 이의 용도 | |
KR20240103878A (ko) | 신보강 화학요법에 대한 유방암의 치료 반응 또는 예후 예측을 위한 세포외 소포체 유래 바이오마커 및 이의 용도 | |
KR20230120908A (ko) | 신경교종의 악성도 진단을 위한 바이오마커 및 이의 용도 | |
JP5622156B2 (ja) | シスプラチン耐性遺伝子診断方法及びシスプラチン治療効果遺伝子診断キット | |
JP2010057371A (ja) | 成人t細胞白血病の発症危険性を検出する方法及びその診断薬 | |
Nitz | The Characterization and Role of RREB1 in Human Bladder Cancer | |
BG67180B1 (bg) | Метод и кит за откриване на онкофузионен протеин |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140217 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20140217 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20150421 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150622 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20151013 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20151214 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20160209 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20160307 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5901046 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |