JP2010534467A - タンパク質性サンプルからの非タンパク質性生体分子、特に核酸の分離方法 - Google Patents
タンパク質性サンプルからの非タンパク質性生体分子、特に核酸の分離方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2010534467A JP2010534467A JP2010517411A JP2010517411A JP2010534467A JP 2010534467 A JP2010534467 A JP 2010534467A JP 2010517411 A JP2010517411 A JP 2010517411A JP 2010517411 A JP2010517411 A JP 2010517411A JP 2010534467 A JP2010534467 A JP 2010534467A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- protein
- samples
- nucleic acids
- solid phase
- dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Ceased
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
- C12N15/1006—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
【選択図】なし
Description
a) 生体サンプルに含有されるタンパク質非含有生体分子、特に核酸の、少なくとも一部の固相への固定化工程
b) 少なくとも一部のタンパク質分解の間、タンパク質非含有生体分子、特に核酸が固相に結合される、酵素的タンパク質分解工程。
− タンパク質分解の間、タンパク質非含有生体分子は少なくとも部分的に固相に結合するため、タンパク質非含有生体分子の分解は、殆どの適用において、大部分なくなるか、少なくとも大きく抑制され得る。
− 当該装置により、血液、血漿、喀痰、糞便または唾液等の、以前は困難を伴ってのみ利用可能であったサンプルを調査できるようになる。
− 溶液のプロトコルの場合ならば起こるであろうが、希釈が、タンパク質の分解の間、全くまたは非常にわずかしか起こらない。
− タンパク質の分解を、タンパク質非含有生体分子、特に核酸の結合の前の溶解工程から、タンパク質非含有生体分子、特に核酸の固相への結合後の時点に移すことによって、1つのサンプルから様々な種、特に核酸種を並行単離するプロトコルを実施することも、しばしば可能である。
a1) 固相を、少なくとも1つのカオトロピック物質を含有する溶液で洗浄する工程。
・ 固相を、少なくとも1つのカオトロピック物質を含有する溶液で洗浄する工程。
この実験では、ヒトの唾液サンプルを採取する。唾液サンプルへの食物残留物の混入を避けるために、採取の前に、被験者は1時間、何も飲食していない。サンプル採取の間、サンプルは氷上に保存する。次に、いずれの場合にも、サンプルを200μlの一定分量に分割し、各分割量を、唾液安定化溶液であるキアゲン(QIAGEN)社のRNAプロテクト・サリバ (RNAprotect Saliva)1mlと混合し、冷蔵庫中2〜8℃で2日間、保存する。製造元がキアゲンの、キアアンプ・ミニ・キット(QIAamp Mini Kit)およびRNイージー・マイクロキット(RNeasy Microkit)の構成品を、その後の、安定化された唾液サンプルからのDNAおよびRNAの単離に使用する。
サンプル1a〜cについて、この目的のため、膜を、350μlの塩酸グアニジン含有洗浄緩衝液AW1を通すことにより洗浄する。いずれの場合にも、キアアンプ・ミニ・キット(QIAamp Mini Kit)に含まれるプロテイナーゼK溶液25μlを水と一緒に、総容量80μlとなるように注ぎ足し、膜に適用する。56℃で10分間インキュベーションした後、AW1での洗浄工程を繰り返し、その後、アルコール含有洗浄緩衝液AW2で洗浄する。14000rpmで2分間遠心分離することにより、膜を乾燥する。100μlの水を適用した後に遠心分離してDNAを溶出し、さらに100μlを用いて溶出を繰り返す。
実施例1に記載した通り、唾液サンプルを採取し、一定分量に分割し、安定化して、冷蔵庫中2〜8℃で3日間保存し、RNAおよびDNAの単離に使用する。DNAを2×40μlの水で溶出した。サンプル4a〜cは、本発明による膜上でプロテイナーゼK消化を行うDNA単離に用い、サンプル5a〜cはプロテイナーゼKを使用しない同一の方法に付した。
実施例1で得たDNAサンプルを、定量的リアルタイムRT-PCRによるさらなる分析に使用した。実施例1および2に記載したサンプルに加えて、実施例1で得た唾液サンプルからのDNA単離を、サンプル6a〜cについて実施例2に記載した通り、コントロール(サンプル3a〜c)として実施した。
この実験のため、実施例1に記載した通り、ヒト唾液の2つのサンプルを採取する。その後、いずれの場合でも、サンプルを800μlの一定分量に分割し、各分割量を、キアゲン(QIAGEN)社の唾液安定化溶液RNAプロテクト・サリバ(RNAprotect Saliva) 4mlと混合し、冷蔵庫において、2〜8℃で1日間保存する。製造元がキアゲンの、RNイージー・マイクロキット(RNeasy Microkit)の構成品を、その後の、安定化された唾液サンプルからのRNAの単離に使用する。
この実験では、ホルムアルデヒド溶液で固定し、パラフィン中に包埋したラット肝臓由来の組織サンプル(FFPEサンプル)を使用する。これらのサンプルからミクロトームを用いて、約20μMの厚さの切片を調製し、1サンプル当り1つの切片を使用する。キアゲン(QIAGEN)のRNイージー(Rneasy)FFPEキット、オールプレプ(Allprep)DNA/RNAキットおよびキアアンプ・ミニ・キット(QIAamp Mini Kit)の構成品を、その後のFFPE切片からのDNAの単離に使用する。
Claims (10)
- タンパク質非含有生体分子、特に核酸を、タンパク質含有生体サンプルから単離する方法であって、
a) 生体サンプルに含有されるタンパク質非含有生体分子、特に核酸の、少なくとも一部の固相への固定化工程
b) 少なくとも一部のタンパク質分解の間、タンパク質非含有生体分子、特に核酸が固相に結合されることを特徴とする、酵素的タンパク質分解工程
を含む方法。 - 請求項1に記載の方法であって、当該方法を実施する前の生体サンプルにおいて、タンパク質の、タンパク質非含有生体分子、特に核酸に対するg/g比が≧10:1であることを特徴とする、方法。
- 請求項1または2に記載の方法であって、タンパク質非含有生体分子が核酸を含むことを特徴とする、方法。
- 請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法であって、固相が、核酸に対する親和性が高い相であり、好ましくはシリカ膜、シリカビーズ、磁性粒子、親水性膜、疎水性膜、イオン交換マトリクス、またはそれらの混合物を含む群から選択されることを特徴とする、方法。
- 請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法であって、工程a)およびb)の間に実施される工程a1)をさらに含む、方法:
a1) 固相を、少なくとも1つのカオトロピック物質を含有する溶液で洗浄する工程。 - 請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法であって、工程b)の後に実施される工程c)をさらに含む、方法:
c) 固相を、少なくとも1つのカオトロピック物質を含有する溶液で洗浄する工程。 - 請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法であって、工程b)が≧1 mAU/mgの活性を有する少なくとも1つのプロテアーゼを用いて実施されることを特徴とする、方法。
- 請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法であって、工程b)が≧300/X秒〜≦2600000/X秒間で実施され、ここで「X」は使用される酵素のプロテアーゼ活性の数値を示すことを特徴とする、方法。
- 請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法であって、工程b)が、≧1500/Y秒〜≦13000000/Y秒間で実施され、ここで「Y」は工程b)が実施される溶液のmAUにおけるプロテアーゼ活性の数値を示すことを特徴とする、方法。
- 請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法であって、工程b)が水中および/または非緩衝溶液中で実施されることを特徴とする、方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE102007035250A DE102007035250A1 (de) | 2007-07-27 | 2007-07-27 | Verfahren zum Abtrennen von nicht-proteinhaltigen Biomolekülen, insbesondere Nukleinsäuren aus proteinhaltigen Proben |
PCT/EP2008/059774 WO2009016110A1 (de) | 2007-07-27 | 2008-07-25 | Verfahren zum abtrennen von nicht-proteinhaltigen biomolekülen, insbesondere nukleinsäuren aus proteinhaltigen proben |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2010534467A true JP2010534467A (ja) | 2010-11-11 |
Family
ID=39832564
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010517411A Ceased JP2010534467A (ja) | 2007-07-27 | 2008-07-25 | タンパク質性サンプルからの非タンパク質性生体分子、特に核酸の分離方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20100291658A1 (ja) |
EP (1) | EP2176410A1 (ja) |
JP (1) | JP2010534467A (ja) |
DE (1) | DE102007035250A1 (ja) |
WO (1) | WO2009016110A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11542494B2 (en) | 2010-09-02 | 2023-01-03 | Qiagen Gmbh | Method for isolating a target nucleic acid including small target nucleic acids with high yield |
US9593375B2 (en) | 2011-12-30 | 2017-03-14 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Nucleic acid analysis using emulsion PCR |
JP6440616B2 (ja) | 2012-09-03 | 2018-12-19 | キアゲン ゲーエムベーハー | 高収量で小型rnaを含むrnaを単離するための方法 |
BR112022009977A2 (pt) * | 2019-11-25 | 2022-08-16 | Emp Biotech Gmbh | Separação e isolamento de ácidos nucleicos usando ligandos de afinidade ligados a uma superfície sólida |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004055207A1 (de) * | 2002-12-13 | 2004-07-01 | Merck Patent Gmbh | Verfahren zur aufreinigung von nukleinsäuren |
JP2004329213A (ja) * | 2003-05-01 | 2004-11-25 | Veridex Llc | 細胞および組織からのrna迅速抽出 |
JP2004337137A (ja) * | 2003-05-12 | 2004-12-02 | Marcom:Kk | 自動核酸抽出方法および自動核酸抽出装置 |
JP2005069955A (ja) * | 2003-08-27 | 2005-03-17 | Hitachi Maxell Ltd | 生体物質結合用磁性担体 |
JP2006517298A (ja) * | 2003-02-06 | 2006-07-20 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 生物学的試料からの核酸の抽出のための前処理方法、およびそのためのキット |
JP2007006728A (ja) * | 2005-06-28 | 2007-01-18 | Bando Chem Ind Ltd | 被覆無機粒子およびその利用 |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
NL8900725A (nl) * | 1989-03-23 | 1990-10-16 | Az Univ Amsterdam | Werkwijze en combinatie van middelen voor het isoleren van nucleinezuur. |
DE19520398B4 (de) * | 1995-06-08 | 2009-04-16 | Roche Diagnostics Gmbh | Magnetisches Pigment |
DE19937607A1 (de) * | 1999-08-09 | 2001-02-15 | Bilatec Ges Zur Entwicklung Bi | Reagenzienkit zur Isolierung von Nukleinsäuren |
ES2305023T3 (es) * | 2000-10-31 | 2008-11-01 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Metodos para el analisis de componentes no proteinaceos usando una proteasa de una cepa de bacilo. |
US20050032105A1 (en) * | 2001-10-12 | 2005-02-10 | Bair Robert Jackson | Compositions and methods for using a solid support to purify DNA |
GB0207975D0 (en) * | 2002-04-05 | 2002-05-15 | Genovision As | Isolating nucleic acid |
US20060188892A1 (en) * | 2005-02-18 | 2006-08-24 | Ambion, Inc. | Enzymatic digestion of tissue |
-
2007
- 2007-07-27 DE DE102007035250A patent/DE102007035250A1/de not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-07-25 WO PCT/EP2008/059774 patent/WO2009016110A1/de active Application Filing
- 2008-07-25 JP JP2010517411A patent/JP2010534467A/ja not_active Ceased
- 2008-07-25 EP EP08786435A patent/EP2176410A1/de not_active Withdrawn
- 2008-07-25 US US12/670,405 patent/US20100291658A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004055207A1 (de) * | 2002-12-13 | 2004-07-01 | Merck Patent Gmbh | Verfahren zur aufreinigung von nukleinsäuren |
JP2006517298A (ja) * | 2003-02-06 | 2006-07-20 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | 生物学的試料からの核酸の抽出のための前処理方法、およびそのためのキット |
JP2004329213A (ja) * | 2003-05-01 | 2004-11-25 | Veridex Llc | 細胞および組織からのrna迅速抽出 |
JP2004337137A (ja) * | 2003-05-12 | 2004-12-02 | Marcom:Kk | 自動核酸抽出方法および自動核酸抽出装置 |
JP2005069955A (ja) * | 2003-08-27 | 2005-03-17 | Hitachi Maxell Ltd | 生体物質結合用磁性担体 |
JP2007006728A (ja) * | 2005-06-28 | 2007-01-18 | Bando Chem Ind Ltd | 被覆無機粒子およびその利用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2009016110A1 (de) | 2009-02-05 |
EP2176410A1 (de) | 2010-04-21 |
US20100291658A1 (en) | 2010-11-18 |
DE102007035250A1 (de) | 2009-01-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US10273470B2 (en) | Method for isolating RNA from a RNA and DNA containing sample | |
US5973137A (en) | Low pH RNA isolation reagents, method, and kit | |
JP6096660B2 (ja) | 低分子標的核酸を含む標的核酸を高収量で単離するための方法 | |
US20090202998A1 (en) | Method for the extraction of biomolecules from fixed tissues | |
US20070031880A1 (en) | Chemical treatment of biological samples for nucleic acid extraction and kits therefor | |
US20230257733A1 (en) | Method for isolating nucleic acid | |
JP2013530697A (ja) | ワックス包埋サンプルからの核酸抽出 | |
US10329553B2 (en) | Method for isolating RNA including small RNA with high yield | |
JP2011522529A (ja) | 短鎖核酸を単離する方法 | |
JP2005052142A (ja) | Rna単離用の装置及び方法 | |
JP2005052142A5 (ja) | ||
CN114107289A (zh) | 粪便样本的核酸提取试剂盒、制备方法及提取方法 | |
JP2010534467A (ja) | タンパク質性サンプルからの非タンパク質性生体分子、特に核酸の分離方法 | |
US20210246160A1 (en) | Biomolecule isolation and inhibitor removal | |
JP2005151975A (ja) | Rna単離用の方法と装置 | |
WO2008035991A2 (en) | A nucleic acid extraction method | |
Thatcher | Nucleic acid isolation | |
CN116355893B (zh) | 一种磁珠法核酸提取试剂盒及其应用 | |
CN114641302A (zh) | 生物样本中微生物rna的快速分离和收集 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20110406 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130205 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130502 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130513 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130604 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130611 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130703 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130710 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130805 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422 Effective date: 20130821 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20130823 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20130821 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140422 |
|
AA92 | Notification that decision to refuse application was cancelled |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971092 Effective date: 20140701 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140716 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20150107 |